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特表2024-535853結腸直腸がんに対する新規の腫瘍特異的抗原及びそれらの使用
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-02
(54)【発明の名称】結腸直腸がんに対する新規の腫瘍特異的抗原及びそれらの使用
(51)【国際特許分類】
C07K 7/00 20060101AFI20240925BHJP
C07K 14/74 20060101ALI20240925BHJP
C07K 14/725 20060101ALI20240925BHJP
C07K 16/18 20060101ALI20240925BHJP
C07K 16/46 20060101ALI20240925BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20240925BHJP
C12N 15/88 20060101ALI20240925BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240925BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20240925BHJP
A61K 39/39 20060101ALI20240925BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240925BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240925BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240925BHJP
A61K 35/17 20150101ALI20240925BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240925BHJP
C12N 15/86 20060101ALN20240925BHJP
C12N 15/63 20060101ALN20240925BHJP
【ＦＩ】
C07K7/00 ZNA
C07K14/74
C07K14/725
C07K16/18
C07K16/46
C12N15/12
C12N15/88 Z
C12N5/10
A61K39/00 H
A61K39/00 G
A61K39/39
A61K45/00
A61P35/00
A61P43/00 121
A61K35/17
A61K39/395 E
A61K39/395 T
C12N15/86 Z
C12N15/63 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024516885
(86)(22)【出願日】2022-09-16
(85)【翻訳文提出日】2024-03-18
(86)【国際出願番号】 CA2022051377
(87)【国際公開番号】W WO2023039673
(87)【国際公開日】2023-03-23
(31)【優先権主張番号】63/261,315
(32)【優先日】2021-09-17
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＰＹＴＨＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】303055165
【氏名又は名称】ウニヴェルシテ ド モントリオール
(74)【代理人】
【識別番号】100147485
【弁理士】
【氏名又は名称】杉村 憲司
(74)【代理人】
【識別番号】230118913
【弁護士】
【氏名又は名称】杉村 光嗣
(74)【代理人】
【識別番号】100230891
【弁理士】
【氏名又は名称】里見 紗弥子
(72)【発明者】
【氏名】クラウデ ペロー
(72)【発明者】
【氏名】ピエール ティボー
(72)【発明者】
【氏名】ジェナ クライル
(72)【発明者】
【氏名】マリー－ピエール ハーディ
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C085
4C087
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B065AA90X
4B065AA90Y
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA25
4B065CA44
4B065CA45
4C084AA19
4C084MA02
4C084NA05
4C084NA14
4C084ZB261
4C084ZB262
4C084ZC75
4C085AA03
4C085AA13
4C085AA14
4C085BB01
4C085CC32
4C085EE01
4C085EE03
4C085EE06
4C085FF24
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB37
4C087BB65
4C087CA04
4C087CA12
4C087MA02
4C087NA05
4C087NA14
4C087ZB26
4C087ZC75
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA30
4H045DA50
4H045DA76
4H045DA86
4H045EA31
4H045FA74
4H045GA21
(57)【要約】
結腸直腸がん（ＣＲＣ）は、主に作用可能な免疫標的がないため、革新的な免疫療法から恩恵を受けていない。ＣＲＣ細胞によって発現される新規の腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）が本明細書に記載される。本明細書に記載されるＴＳＡのほとんどは、正常な組織では発現されないイントロン配列及び遺伝子間配列などの異常に発現される非変異ゲノム配列に由来する。これらのＴＳＡに由来する核酸、組成物、細胞、抗体、及びワクチンが記載される。ＣＲＣの治療のためのＴＳＡ、核酸、組成物、抗体、細胞及びワクチンの使用もまた記載される。
【選択図】図１３
【選択図】図１３
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下のアミノ酸配列：【表1】
【請求項2】
前記ＴＡＰが、配列番号６、１～５及び６～１７に定義される配列のうちの１つを含む、請求項１に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項3】
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子に結合し、配列番号６の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項4】
ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子に結合し、配列番号１、１１、又は１４の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項5】
ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２分子に結合し、配列番号３、５、７、１６、又は２３の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項6】
ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子に結合し、配列番号９又は１８の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項7】
ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子に結合し、配列番号１９、２０又は２３の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項8】
ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子に結合し、配列番号８の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項9】
ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子に結合し、配列番号２又は２１の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項10】
ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２分子に結合し、配列番号１３の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項11】
ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５分子に結合し、配列番号４の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項12】
ＨＬＡ－Ｂ＊５２：０１分子に結合し、配列番号１０、１２又は１５の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項13】
ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子に結合し、配列番号１７の配列を含む、請求項１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項14】
前記ＴＡＰが、ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされる、請求項１～１３のいずれか一項に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項15】
前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）である、請求項１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項16】
前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、イントロンである、請求項１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項17】
前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、遺伝子間領域である、請求項１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項18】
前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、長い非コードＲＮＡである、請求項１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【請求項19】
前記核酸が、ｍＲＮＡである、請求項１～１８のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項20】
前記核酸が、ＤＮＡである、請求項１～１８のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項21】
前記核酸が、ウイルスベクターの成分である、請求項１～２０のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項22】
請求項１～２１のいずれか一項に定義されるＴＡＰ又は核酸のうちの少なくとも２つを含む、組み合わせ。
【請求項23】
請求項１に定義されるアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む、合成の長いペプチド（ＳＬＰ）。
【請求項24】
請求項１～２３のいずれか一項に記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ、若しくはＳＬＰを含む、小胞又は粒子。
【請求項25】
前記小胞が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、請求項２４に記載の小胞又は粒子。
【請求項26】
カチオン性脂質を含む、請求項２４又は２５に記載の小胞又は粒子。
【請求項27】
請求項１～２３のいずれか一項に記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ若しくはＳＬＰ、又は請求項２４～２６のいずれか一項に記載の小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物。
【請求項28】
請求項１～２３のいずれか一項に記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ若しくはＳＬＰ、請求項２４～２６のいずれか一項に記載の小胞若しくは粒子、又は請求項２７に記載の組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン。
【請求項29】
単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子であって、そのペプチド結合溝内に、請求項１～１８のいずれか一項に記載のＴＡＰを含む、単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【請求項30】
多量体の形態である、請求項２９に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【請求項31】
前記多量体が、四量体である、請求項３０に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【請求項32】
（ｉ）請求項１～１８のいずれか一項に記載のＴＡＰ、（ｉｉ）請求項１９に記載の組み合わせ、（ｉｉｉ）請求項２３に記載のＳＬＰ、又は（ｉｖ）請求項１～１８のいずれか一項に記載のＴＡＰ、請求項１９に記載の組み合わせ、若しくは請求項２３に記載のＳＬＰをコードするヌクレオチド配列を含むベクターを含む、単離された細胞。
【請求項33】
単離された細胞であって、その表面において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現し、前記ＭＨＣクラスＩ分子が、それらのペプチド結合溝内に、請求項１～１８のいずれか一項に記載のＴＡＰ又は請求項１９に記載の組み合わせを含む、単離された細胞。
【請求項34】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）である、請求項３３に記載の細胞。
【請求項35】
前記ＡＰＣが、樹状細胞である、請求項３４に記載の細胞。
【請求項36】
請求項２９～３１のいずれか一項に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子、及び／又は請求項３２～３５のいずれか一項に記載の細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【請求項37】
請求項２９～３１のいずれか一項に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子、及び／又は請求項３３～３５のいずれか一項に記載の細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、抗体又はその抗原結合断片。
【請求項38】
二重特異性抗体又はその抗原結合断片である、請求項３７に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項39】
前記二重特異性抗体又はその抗原結合断片が、一本鎖ダイアボディ（ｓｃＤｂ）である、請求項３８に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項40】
前記二重特異性抗体又はその抗原結合断片が、Ｔ細胞シグナル伝達分子にも特異的に結合する、請求項３８又は３９に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項41】
前記Ｔ細胞シグナル伝達分子が、ＣＤ３鎖である、請求項４０に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項42】
単離された細胞であって、その細胞表面において、請求項３６に記載のＴＣＲを発現する、単離された細胞。
【請求項43】
ＣＤ８＋Ｔリンパ球である、請求項４２に記載の単離された細胞。
【請求項44】
請求項４２又は４３に定義される単離された細胞を少なくとも０．５％含む、細胞集団。
【請求項45】
対象において結腸直腸がんを治療する方法であって、前記対象に、有効量の：（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される前記組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義される前記ＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される前記細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される前記細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片を投与することを含む、方法。
【請求項46】
前記ＴＡＰ若しくは核酸が、請求項１～２１のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組み合わせが、請求項２２に定義されるとおりであり、前記ＳＬＰが、請求項２３に定義されるとおりであり、前記小胞が、請求項２４～２６のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組成物が、請求項２７に定義されるとおりであり、前記ワクチンが、請求項２８に定義されるとおりであり、前記細胞が、請求項３２～３５、４２、及び４３のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記細胞集団が、請求項４４に定義されるとおりであり、かつ／又は前記抗体若しくは抗原結合断片が、請求項３７～４１のいずれか一項に定義されるとおりである、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
前記ＣＲＣが、結腸がんである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項48】
前記ＣＲＣが、直腸がんである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項49】
少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法を、前記対象に投与することを更に含む、請求項４５～４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項50】
前記少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、請求項４９に記載の方法。
【請求項51】
対象において結腸直腸がんを治療するための、又は対象において結腸直腸がんを治療するための医薬を製造するための：（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される前記組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義される前記ＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される前記細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される前記細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片、の使用。
【請求項52】
前記ＴＡＰ若しくは核酸が、請求項１～２１のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組み合わせが、請求項２２に定義されるとおりであり、前記ＳＬＰが、請求項２３に定義されるとおりであり、前記小胞が、請求項２４～２６のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組成物が、請求項２７に定義されるとおりであり、前記ワクチンが、請求項２８に定義されるとおりであり、前記細胞が、請求項３２～３５、４２、及び４３のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記細胞集団が、請求項４４に定義されるとおりであり、かつ／又は前記抗体若しくは抗原結合断片が、請求項３７～４１のいずれか一項に定義されるとおりである、請求項５５に記載の使用。
【請求項53】
前記ＣＲＣが、結腸がんである、請求項５１又は５２に記載の使用。
【請求項54】
前記ＣＲＣが、直腸がんである、請求項５１又は５２に記載の使用。
【請求項55】
少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法の前記対象への前記使用を更に含む、請求項５１～５４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項56】
前記少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、請求項５５に記載の使用。
【請求項57】
対象において結腸直腸がんを治療する際に使用するための薬剤であって、前記薬剤が：（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義される前記ＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される前記少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される前記小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される前記組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義される前記ＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される前記細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される前記細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片である、薬剤。
【請求項58】
前記ＴＡＰ若しくは核酸が、請求項１～２１のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組み合わせが、請求項２２に定義されるとおりであり、前記ＳＬＰが、請求項２３に定義されるとおりであり、前記小胞が、請求項２４～２６のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記組成物が、請求項２７に定義されるとおりであり、前記ワクチンが、請求項２８に定義されるとおりであり、前記細胞が、請求項３２～３５、４２、及び４３のいずれか一項に定義されるとおりであり、前記細胞集団が、請求項４４に定義されるとおりであり、かつ／又は前記抗体若しくは抗原結合断片が、請求項３７～４１のいずれか一項に定義されるとおりである、請求項６１に記載の使用するための薬剤。
【請求項59】
前記ＣＲＣが、結腸がんである、請求項５７又は５８に記載の使用するための薬剤。
【請求項60】
前記ＣＲＣが、直腸がんである、請求項５７又は５８に記載の使用するための薬剤。
【請求項61】
少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法の前記対象への前記使用を更に含む、請求項５７～６０のいずれか一項に記載の使用するための薬剤。
【請求項62】
前記少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、請求項６１に記載の使用するための薬剤。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、参照により本明細書に組み込まれる、２０２１年９月１７日に出願された米国仮特許出願第６３／２６１，３１５号の利益を主張する。
本出願は、参照により本明細書に組み込まれる、２０２１年９月１７日に出願された米国仮特許出願第６３／２６１，３１５号の利益を主張する。
【0002】
本開示は、概して、腫瘍学の分野に関し、より具体的には、結腸直腸がんなどのがんの治療に関する。
【背景技術】
【0003】
結腸直腸がん（ＣＲＣ）は、世界で３番目に多く一般的に診断されているがんであり、がんによる死亡の２番目に多い原因であり、２０１８年だけで１８０万人を超える症例があり、８８１，０００人の死亡が推定されている（１）。ＣＲＣの発生率は、世界的な社会経済的変化が起こるにつれて増加すると予想され、２０３０年までに年間２２０万人の症例が予測され、１１０万人の死亡が発生する（１、２）。この重大な疾患負荷は、この疾患に対する新規かつ効果的な治療法を開発する必要性を強調するものである。
【0004】
腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の存在量と、結腸がん及び直腸がんの両方における全生存期間の増加との間の正の相関関係は、Ｔ細胞が、これらの腫瘍において生物学的に関連する腫瘍抗原を認識することができることを示唆する（３、４）。これらの抗原の潜在的な免疫原性は、免疫チェックポイント阻害（ＩＣＩ）を、がん患者のための有望な治療にした。しかしながら、ＣＲＣにおけるそれらの有効性を評価する初期の臨床試験は、混合された結果が得られた。マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）として知られる反復ＤＮＡ配列（マイクロサテライト）の蓄積を引き起こすミスマッチ修復タンパク質の欠損を特徴とする結腸直腸腫瘍は、抗ＰＤ１治療を用いた第ＩＩ相臨床試験において相対的な成功を示している（５）。対照的に、そのような治療は、ＣＲＣ症例のおよそ８０％を構成する、高い変異負荷を有さないマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）腫瘍に対する臨床試験において、ほとんど有効性がなかった（５、６）。
【0005】
ＣＲＣにおける免疫応答の重要性及びＩＣＩ単独の限定的な成功を考慮すると、近年の研究のための有望な道筋は、ＩＣＩの有無にかかわらず使用することができ、理想的には、ＭＳＩ腫瘍及びＭＳＳ腫瘍にわたる治療有効性のギャップを埋めることができる、ネオ抗原ベースのワクチン又はＴ細胞受容体ベースの療法である。例えば、正常細胞と比較してがん細胞で過剰発現される抗原である腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、ＣＲＣにおいて以前に特定されている（７、８）。いくつかのＴＡＡは、ワクチン及びＣＲＣに対する第Ｉ相試験で試験されているが、ほとんどは、おそらく、胸腺によるそのような抗原の陰性選択に起因して、「限定的な成功」を満たすに過ぎなかった（９）。１つの研究では、遺伝子操作された抗ＣＥＡ Ｔ細胞による転移性ＣＲＣの治療は、１名の患者では腫瘍退縮をもたらしたが、全ての患者において「重度の炎症性大腸炎」を引き起こし、有害な自己免疫応答が、ＴＡＡを使用することの別のあり得る負の結果であることを示している（１０）。
【0006】
ＴＡＡに対する混合された応答に起因して、効果的なネオ抗原ベースの療法は、単一ヌクレオチドバリアント、異常に発現された転写産物、又は新規のスプライシングイベントを含むがこれらに限定されない遺伝的変動、エピジェネティック変動及び翻訳後変動によって生成されてもよく、腫瘍によって排他的に発現される、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）を利用する可能性が更に高い（１１）。ＣＲＣにおける単一ヌクレオチドバリアント、スプライスバリアント、及びＩＮＤＥＬ変異の高い発生率は、腫瘍の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）によって固有の抗原が提示される可能性が高く、その結果、腫瘍特異的な免疫応答を誘発することが可能であり得ることを示唆している（１２）。ＴＳＡは、近年、ＣＲＣにおいて特定されており、第Ｉ相及び第ＩＩ相のワクチン治験でいくつかの成功を示している。ＭＳＩ－高腫瘍に由来するフレームシフト抗原を使用した２０１５年のワクチン治験では、全ての患者で有意かつ特異的な免疫応答が示された（１３）。しかしながら、本研究では、マイクロサテライト不安定性フレームシフトに由来する抗原を用いたため、これらの知見は、大多数のＣＲＣ患者には適用することができない。今日までのＣＲＣにおけるＴＳＡを特定する他の研究は、ゲノムのコード領域に由来する変異体ＴＳＡ（ｍＴＳＡ）にのみ焦点を当ててきた（１３、１４）。ＭＳＳ ＣＲＣオルガノイドの調査は、非サイレント変異の０．５％のみがｍＴＳＡとして特定されたことを明らかにした。これは、ＨＬＡ結合予測ソフトウェアによって予測されたものよりも有意に低い割合であった（１５）。加えて、以前の研究は、腫瘍細胞上のそれらのＴＳＡの発現を定量化するために質量分析（ＭＳ）技術を用いず、これは、所与のＴＳＡを標的とする治療可能性に影響を及ぼし得る情報である（１３、１４）。
【0007】
このことを考慮すると、ＣＲＣに対する治療的免疫応答を誘発させることができる腫瘍特異的抗原を特定することが急務である。かかる抗原は、ワクチン（±免疫チェックポイント阻害剤）として、又はＴ細胞受容体ベースのアプローチ（細胞療法、二重特異性生物製剤）の標的として使用され得る。
【0008】
本記載には、いくつかの文献を参照し、それらの内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【0009】
様々な態様及び実施形態では、本開示は、以下の項目１～６２を提供する：
【0010】
１．以下のアミノ酸配列：
のうちの１つを含むか、若しくはそれらからなる、腫瘍抗原ペプチド（ＴＡＰ）、又は当該ＴＡＰをコードする核酸。
【表1】
【0011】
２．ＴＡＰが、配列番号６、１～５及び６～１７に定義される配列のうちの１つを含む、項目１に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0012】
３．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子に結合し、配列番号６の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0013】
４．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子に結合し、配列番号１、１１、又は１４の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0014】
５．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２分子に結合し、配列番号３、５、７、１６、又は２３の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0015】
６．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子に結合し、配列番号９又は１８の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0016】
７．ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子に結合し、配列番号１９、２０又は２３の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0017】
８．ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子に結合し、配列番号８の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0018】
９．ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子に結合し、配列番号２又は２１の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0019】
１０．ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２分子に結合し、配列番号１３の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0020】
１１．ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５分子に結合し、配列番号４の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0021】
１２．ＨＬＡ－Ｂ＊５２：０１分子に結合し、配列番号１０、１２又は１５の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0022】
１３．ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子に結合し、配列番号１７の配列を含む、項目１又は２に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0023】
１４．ＴＡＰが、ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされる、項目１～１３のいずれか１つに記載のＴＡＰ又は核酸。
【0024】
１５．ゲノムの当該非タンパク質コード領域が、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）である、項目１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0025】
１６．ゲノムの当該非タンパク質コード領域が、イントロンである、項目１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0026】
１７．ゲノムの当該非タンパク質コード領域が、遺伝子間領域である、項目１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0027】
１８．ゲノムの当該非タンパク質コード領域が、長い非コードＲＮＡである、項目１４に記載のＴＡＰ又は核酸。
【0028】
１９．核酸が、ｍＲＮＡである、項目１～１８のいずれか１つに記載の核酸。
【0029】
２０．核酸が、ＤＮＡである、項目１～１８のいずれか１つに記載の核酸。
【0030】
２１．核酸が、ウイルスベクターの成分である、項目１～２０のいずれか１つに記載の核酸。
【0031】
２２．項目１～２１のいずれか１つに定義されるＴＡＰ又は核酸のうちの少なくとも２つを含む、組み合わせ。
【0032】
２３．項目１に定義されるアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む、合成の長いペプチド（ＳＬＰ）。
【0033】
２４．項目１～２３のいずれか１つに記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ、若しくはＳＬＰを含む、小胞又は粒子。
【0034】
２５．小胞が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、項目２４に記載の小胞又は粒子。
【0035】
２６．カチオン性脂質を含む、項目２４又は２５に記載の小胞又は粒子。
【0036】
２７．項目１～２３のいずれか１つに記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ若しくはＳＬＰ、又は項目２４～２６のいずれか１つに記載の小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物。
【0037】
２８．項目１～２３のいずれか１つに記載のＴＡＰ、核酸、組み合わせ若しくはＳＬＰ、項目２４～２６のいずれか１つに記載の小胞若しくは粒子、又は項目２７に記載の組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン。
【0038】
２９．単離された主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子であって、そのペプチド結合溝内に、項目１～１８のいずれか１つに記載のＴＡＰを含む、単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【0039】
３０。多量体の形態である、項目２９に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【0040】
３１．当該多量体が、四量体である、項目３０に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【0041】
３２．（ｉ）項目１～１８のいずれか１つに記載のＴＡＰ、（ｉｉ）項目１９に記載の組み合わせ、（ｉｉｉ）項目２３に記載のＳＬＰ、又は（ｉｖ）項目１～１８のいずれか１つに記載のＴＡＰ、項目１９に記載の組み合わせ、若しくは項目２３に記載のＳＬＰをコードするヌクレオチド配列を含むベクターを含む、単離された細胞。
【0042】
３３．単離された細胞であって、その表面において、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現し、ＭＨＣクラスＩ分子が、それらのペプチド結合溝内に、項目１～１８のいずれか１つに記載のＴＡＰ又は項目１９に記載の組み合わせを含む、単離された細胞。
【0043】
３４．抗原提示細胞（ＡＰＣ）である、項目３３に記載の細胞。
【0044】
３５．当該ＡＰＣが、樹状細胞である、項目３４に記載の細胞。
【0045】
３６．項目２９～３１のいずれか１つに記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子及び／又は項目３２～３５のいずれか１つに記載の細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【0046】
３７．項目２９～３１のいずれか１つに記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子、及び／又は項目３３～３５のいずれか１つに記載の細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、抗体又はその抗原結合断片。
【0047】
３８．二重特異性抗体又はその抗原結合断片である、項目３７に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【0048】
３９．二重特異性抗体又はその抗原結合断片が、一本鎖ダイアボディ（ｓｃＤｂ）である、項目３８に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【0049】
４０．二重特異性抗体又はその抗原結合断片が、Ｔ細胞シグナル伝達分子にも特異的に結合する、項目３８又は３９に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【0050】
４１．Ｔ細胞シグナル伝達分子が、ＣＤ３鎖である、項目４０に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【0051】
４２．単離された細胞であって、その細胞表面において、項目３６に記載のＴＣＲを発現する、単離された細胞。
【0052】
４３．ＣＤ８＋Ｔリンパ球である、項目４２に記載の単離された細胞。
【0053】
４４．項目４２又は４３に定義される単離された細胞を少なくとも０．５％含む、細胞集団。
【0054】
４５．対象においてがん（例えば、結腸直腸がん）を治療する方法であって、対象に、有効量の：
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片を投与することを含む、方法。
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片を投与することを含む、方法。
【0055】
４６．ＴＡＰ若しくは核酸が、項目１～２１のいずれか１つに定義されるとおりであり、組み合わせが、項目２２に定義されるとおりであり、ＳＬＰが、項目２３に定義されるとおりであり、小胞が、項目２４～２６のいずれか１つに定義されるとおりであり、組成物が、項目２７に定義されるとおりであり、ワクチンが、項目２８に定義されるとおりであり、細胞が、項目３２～３５、４２、及び４３のいずれか１つに定義されるとおりであり、細胞集団が、項目４４に定義されるとおりであり、かつ／又は抗体若しくは抗原結合断片が、項目３７～４１のいずれか１つに定義されるとおりである、項目４５に記載の方法。
【0056】
４７．ＣＲＣが、結腸がんである、項目４５又は４６に記載の方法。
【0057】
４８．ＣＲＣが、直腸がんである、項目４５又は４６に記載の方法。
【0058】
４９．対象に、少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法を投与することを更に含む、項目４５～４８のいずれか１つに記載の方法。
【0059】
５０．当該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、項目４９に記載の方法。
【0060】
５１．対象においてがん（例えば、結腸直腸がん）を治療するための、又は対象においてがん（例えば、結腸直腸がん）を治療するための医薬を製造するための：
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される前記細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片、の使用。
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される前記細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片、の使用。
【0061】
５２．ＴＡＰ若しくは核酸が、項目１～２１のいずれか１つに定義されるとおりであり、組み合わせが、項目２２に定義されるとおりであり、ＳＬＰが、項目２３に定義されるとおりであり、小胞が、項目２４～２６のいずれか１つに定義されるとおりであり、組成物が、項目２７に定義されるとおりであり、ワクチンが、項目２８に定義されるとおりであり、細胞が、項目３２～３５、４２、及び４３のいずれか１つに定義されるとおりであり、細胞集団が、項目４４に定義されるとおりであり、かつ／又は抗体若しくは抗原結合断片が、項目３７～４１のいずれか１つに定義されるとおりである、項目５５に記載の使用。
【0062】
５３．ＣＲＣが、結腸がんである、項目５１又は５２に記載の使用。
【0063】
５４．ＣＲＣが、直腸がんである、項目５１又は５２に記載の使用。
【0064】
５５．少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法の対象への使用を更に含む、項目５１～５４のいずれか１つに記載の使用。
【0065】
５６．当該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、項目５５に記載の使用。
【0066】
５７．対象においてがん（例えば、結腸直腸がん）を治療する際に使用するための薬剤であって、薬剤が：
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片である、薬剤。
（ａ）配列番号１～２３及び２５～５０に定義されるアミノ酸配列のうちの１つ、若しくは配列番号１～２３及び２５～５０に示される配列のうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を含むか、又はそれらからなるＴＡＰ、
（ｂ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、その組み合わせ、又はＳＬＰをコードする、少なくとも１つの核酸、
（ｃ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、又は（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸を含む、小胞又は粒子、
（ｄ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、又は（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、
（ｅ）（ａ）に定義されるＴＡＰ、それらの組み合わせ、若しくはＳＬＰ、（ｂ）に定義される少なくとも１つの核酸、（ｃ）に定義される小胞若しくは粒子、又は（ｄ）に定義される組成物と、アジュバントと、を含む、ワクチン、
（ｆ）細胞であって、その細胞表面において、（ａ）に定義されるＴＡＰ又はそれらの組み合わせをそれらのペプチド結合溝内に含む主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を発現する、細胞、
（ｇ）細胞であって、その細胞表面において、（ｆ）に定義される細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、細胞、あるいは
（ｈ）（ｆ）に定義される細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子に特異的に結合する、可溶性ＴＣＲ、抗体、又はその抗原結合断片である、薬剤。
【0067】
５８．ＴＡＰ若しくは核酸が、項目１～２１のいずれか１つに定義されるとおりであり、組み合わせが、項目２２に定義されるとおりであり、ＳＬＰが、項目２３に定義されるとおりであり、小胞が、項目２４～２６のいずれか１つに定義されるとおりであり、組成物が、項目２７に定義されるとおりであり、ワクチンが、項目２８に定義されるとおりであり、細胞が、項目３２～３５、４２、及び４３のいずれか１つに定義されるとおりであり、細胞集団が、項目４４に定義されるとおりであり、かつ／又は抗体若しくは抗原結合断片が、項目３７～４１のいずれか１つに定義されるとおりである、項目６１に記載の使用するための薬剤。
【0068】
５９．ＣＲＣが、結腸がんである、項目５７又は５８に記載の使用するための薬剤。
【0069】
６０．ＣＲＣが、直腸がんである、項目５７又は５８に記載の使用するための薬剤。
【0070】
６１．少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法の対象への使用を更に含む、項目５７～６０のいずれか１つに記載の使用するための薬剤。
【0071】
６２．当該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤又は療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法、又は手術である、項目６１に記載の使用するための薬剤。
【0072】
本開示の他の目的、利点、及び特徴は、添付の図面を参照して例としてのみ与えられる、それらの特定の実施形態の以下の非制限的な説明を読むと、より明らかになるだろう。
【0073】
添付図面において：
【図面の簡単な説明】
【0074】
【図1】結腸直腸がん（ＣＲＣ）由来細胞株及び一次腫瘍試料の両方における腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）の発見のためのプロテオゲノミクスワークフローを示す。ＣＲＣ及び正常な腸に由来する細胞株から生成された試料、並びに６名の個体から得られた一致する一次腫瘍／正常な隣接組織（ＮＡＴ）の生検を全て、ＲＮＡ配列決定及び主要組織適合複合体クラスＩ（ＭＨＣ－Ｉ）免疫沈降（ＩＰ）の両方のために処理した。ＲＮＡ配列決定データを、試料のトランスクリプトーム特性決定及びカスタマイズされた全般的ながんプロテオームデータベースの生成の両方のために使用した。各試料について、ＩＰによって単離されたＭＨＣ－Ｉ関連ペプチド（ＭＡＰ）を、それぞれのデータベースを使用して、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって特定した。ＴＳＡ候補の特定及び腫瘍特異性の両方を検証した後、それらの免疫原性及び腫瘍間分布の両方の予測によって、それらの治療可能性を評価した。ＢｉｏＲｅｎｄｅｒ．ｃｏｍ．により作成された図。
【図2】Ａ～Ｅは、一次腫瘍／正常な隣接組織のＣＲＣ生検のトランスクリプトームプロファイルを示す。図２Ａ：ペアエンドＲＮＡ ｓｅｑ及びＤＥＳｅｑ２による遺伝子リードカウント正規化の後の各腫瘍／ＮＡＴ試料の上位５００個の様々な遺伝子の主成分分析（ＰＣＡ）。（ＭＳＩＳｅｎｓｏｒによって決定される）ＭＳＩ組織を丸で囲んでいる。図２Ｂ：隣接するＮＡＴと比較した、ＣＲＣ組織における上方／下方調節された遺伝子のＧＯ ｔｅｒｍ分析。ＧＯ ｔｅｒｍ分析に提出された遺伝子は、｜ｌｏｇ２ＦＣ｜＞１を有するものであり、かつＴＰＭ正規化された値を使用して全ての試料において差次的に制御されることが判明したものであった。図２Ｃ：ＭＳＳ ＮＡＴ、ＭＳＩ ＮＡＴ、ＭＳＳ ＣＲＣ、及びＭＳＩ ＣＲＣの平均ＥＳＴＩＭＡＴＥ免疫スコアを示す棒グラフであり、標準偏差が示されている。図２Ｄ：ＣＲＣ試料に対する、ＮＡＴにおける５個の別個の転写産物バイオタイプに帰属可能なトランスクリプトームの平均割合を示す積み重ね棒グラフであり、非コード転写産物の割合の差は、ＮＡＴとＣＲＣとの間で統計的に有意である（ｐ＝０．０１５６）。図２Ｅ：平均及び標準誤差の棒グラフを用いて、ＳＮＰＥｆｆゲノムアノテーションによって決定されるＭＳＳ及びＭＳＩ ＣＲＣ組織の非コードＲＮＡ転写産物の発現（左）、ＳＮＶカウント（中央）及びＩＮＤＥＬカウント（右）を示す散布図。
【図3】Ａ～Ｅは、ＣＲＣ由来細胞株及び組織の免疫ペプチドーム分析の結果を示す。図３Ａ：上パネル：ＣＲＣ細胞株において特定された固有のペプチドの数を示す積み上げ棒グラフ、及び細胞株当たりのＭＡＰの平均数を示す水平線。下パネル：各細胞株において特定された固有のＭＡＰの数と細胞表面におけるＭＨＣ Ｉの提示との間の相関を示す散布図（ピアソンのｒ＝０．９６）。図３Ｂ：一次組織試料において特定された固有のペプチドの数を示す積み上げ棒グラフ、及び組織試料当たりのＭＡＰの平均数を示す水平線。図３Ａ及び３Ｂの「全てのペプチド」は、５％ＦＤＲにより特定されたペプチドの数を示し、一方、「ＭＨＣ Ｉペプチド」は、ｎｅｔｐａｎＭＨＣ４．１ｂ予測を使用して、対応するペプチドスコア、８～１１アミノ酸長、及びランク溶出リガンド閾値≦２％で特定されたペプチドの数を示す。図３Ｃ：溶出ランク予測を使用して、各試料中の所与のＨＬＡアレルに結合することが予測される固有のＭＡＰの割合を示す棒グラフ。図３Ｄ：ＣＲＣ由来細胞株及び一次組織についてのＭＡＰ源遺伝子のＧＯ ｔｅｒｍ分析。この分析において、組織について、４種類以上の組織によって共有される供給源遺伝子のみが含まれた。図３Ｅ、左パネル：タンパク質コード、超可変遺伝子（免疫グロブリン若しくはＴＣＲ）、又は非コード転写産物、又はアノテーションされていない転写産物に由来する各組織試料中のＭＡＰの割合を示す積み重ね棒グラフ。右パネル：プロセシングされた転写産物、保持されたイントロン、ノンストップ分解産物、ナンセンス媒介性分解産物、ｌｎｃＲＮＡ、又はアノテーションされていない転写産物を有するものに由来する非コードＭＡＰの割合を示す積み重ねた棒グラフ。
【図4】Ａ～Ｅは、ＣＲＣにおいて特定された新規のＴＳＡが、主に非コード領域に由来し、一方、ＴＡＡの大部分が、エキソンに由来することを示す。図４Ａ：試料ごとに特定されたＴＳＡの数を示す棒グラフ、組織試料ごとのＴＳＡの平均数を水平線で示す。図４Ｂ：内側の円にＴＳＡのゲノム起源を特定し、ＴＳＡのどの割合が変異である（ｍＴＳＡ）か、又は異常に発現している（ａｅＴＳＡ）かを特定する、積み重ね円グラフ。外側の円は、ＴＳＡのどの割合がコード配列又は非コード配列に由来するかを示す。図４Ｃ：試料ごとに特定されたＴＡＡの数を示す棒グラフ。図４Ｄ：内側の円にＴＡＡのゲノム起源を特定し、ＴＡＡのどの割合がカノニカルであるか、又は非カノニカルであるかを特定する、積み重ね円グラフ。外側の円は、ＴＡＡのどの割合がコード配列又は非コード配列に由来するかを示す。図４Ｅ：ＣＲＣの免疫ペプチドミクスに関する２つの以前の刊行物（８、１５）、並びにＩＥＤＢ及びＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄ Ａｔｌａｓ（全ての組織、及び結腸組織のみ）において、推定ＴＳＡ及びＴＡＡの存在又は不存在を示すヒートマップ。
【図5】Ａ～Ｂは、推定ＴＳＡ及びＴＡＡのＲＮＡ発現プロファイルを示す。図５Ａ：ｙ軸上の一致したＮＡＴ、並びに所与の組織試料における平均（ｍｅａｎ ａｖｅｒａｇｅ）発現（ＣＲＣ及びＮＡＴの平均）と比較した、ＴＰＭ、ＣＲＣにおける転写産物のｌｏｇ２ＦＣを示すＭＡプロット。強調表示された点は、推定ＴＡＡ及びＴＳＡの供給源転写産物を示す。Ｓ４及びＳ５プロットは両方とも、別のカノニカルＴＡＡ源転写産物と重なるため、見ることができないカノニカルＴＡＡ点を有する。図５Ｂ：Ｇｅｎｏｔｙｐｅ Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥｘ）Ｐｏｒｔａｌからの正常組織、及びプールされたＴＥＣ試料における、ａｅＴＳＡコード配列及びＴＡＡコード配列（カノニカルＴＡＡ（ｃａｎＴＡＡ）及び非カノニカルＴＡＡ（非ｃａｎＴＡＡ）として分けられる）のｌｏｇ（ｒｐｈｍ＋１）における平均ＲＮＡ発現のヒートマップ。ＭＨＣ低組織には、脳、神経、及び精巣からのものが含まれ、これらはＭＨＣ Ｉを低く発現することが示されている。黒色の輪郭は、平均ＲＮＡ発現が８．５５ｒｐｈｍを超えることを示す。
【図6】Ａ～Ｃは、ＴＳＡ及びＴＡＡ候補の検証を示す。図６Ａ：１５１個のＴＣＧＡ ＣＯＡＤ試料における、ＴＳＡ及びＴＡＡのｌｏｇ（ｒｐｈｍ＋１）における平均ＲＮＡ発現を示すヒートマップ。プールされたＧＴＥｘ及びｍＴＥＣ試料のｌｏｇ変換された（ｌｏｇ（ｒｐｈｍ＋１））平均発現よりも少なくとも１０倍高いＴＳＡ及びＴＡＡ配列を発現するＴＣＧＡ ＣＯＡＤ試料の割合を左に示す。図６Ｂ：Ａｄａｍｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．２０１３に報告された推定非免疫原性胸腺ペプチドと比較した、検証されたＴＳＡ及びＴＡＡの様々なグループ分けのｒＥｐｉｔｏｐｅ免疫原性スコア。ｒＥｐｉｔｏｐｅは、ＭＨＣ Ｉペプチドの免疫原性の閾値（０．３６）を示唆し、これは破線によって示されている。図６Ｃ：米国集団（ＩＥＤＢ）における腫瘍抗原結合性ＭＨＣクラスＩアレルの予測発生率。
【図7】試料、具体的には、所与の試料に固有であるか、又は２つの試料によって固有に共有されるＭＡＰの所与の交差に固有のＨＬＡアレルの数を示すアップセットプロットを示す。
【図8】Ａ～Ｄは、ＣＲＣ由来細胞株のトランスクリプトームプロファイル、ＣＲＣ組織における免疫浸潤のｓｓＧＳＥＡ分析、及び全ての試料の変異プロファイルを示す。図８Ａ：ペアエンドＲＮＡ ｓｅｑ及びＤＥＳｅｑ２による遺伝子リードカウント正規化の後のＣＲＣ由来細胞株の上位５００個の様々な遺伝子及び１つの正常な腸細胞株（ＨＩＥＣ－６）の主成分分析（ＰＣＡ）。既知のＭＳＩ細胞株を丸で囲んでいる。図８Ｂ：Ｄａｎａｈｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１７に記載の遺伝子及びＧＳＶＡ Ｒプログラム（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｒｃａｓｔｅｌｏ／ＧＳＶＡ）を使用した、腫瘍及び一致したＮＡＴにおける免疫浸潤のｓｓＧＳＥＡ分析。図８Ｃ：平均及び標準誤差の棒グラフを用いて、ＳＮＰＥｆｆゲノムアノテーションによって決定されるＭＳＳ及びＭＳＩ ＣＲＣ由来細胞株のＳＮＶカウント及びＩＮＤＥＬカウントを示す散布図。図８Ｄ：平均及び標準誤差の棒グラフを用いて、ＳＮＰＥｆｆゲノムアノテーションによって決定される全てのＭＳＳ及びＭＳＩ試料（細胞株及び組織）のＳＮＶカウント及びＩＮＤＥＬカウントを示す散布図。ＭＳＳ試料とＭＳＩ試料との間のＩＮＤＥＬ変異の数の差は、統計的に有意である（ｐ＝０．００２３５）。
【図9】Ａ及びＢは、ＭＳＩ及びＭＳＳ一次組織試料のＧＯ ｔｅｒｍ分析の結果を示す。図９Ａ：隣接するＮＡＴと比較した、ＭＳＩ腫瘍における上方／下方調節された遺伝子のＧＯ ｔｅｒｍ分析。ＧＯ ｔｅｒｍ分析に使用された遺伝子は、ＴＰＭ正規化された値を使用したそれぞれのＮＡＴと比較して、｜ｌｏｇ２ＦＣ｜＞１を有するものであり、ＭＳＩ腫瘍試料の両方において固有に差次的に発現されることが見出されたものであった（すなわち、ＭＳＩ腫瘍の両方においてのみ上方／下方調節されたが、ＭＳＳ腫瘍のいずれかにおいて上方／下方調節されなかった遺伝子）。図９Ｂ：それらのＮＡＴと比較した、ＭＳＳ腫瘍における上方／下方調節された遺伝子のＧＯ ｔｅｒｍ分析。ＧＯ ｔｅｒｍ分析に使用された遺伝子は、ＴＰＭ正規化された値を使用したそれぞれのＮＡＴと比較して、｜ｌｏｇ２ＦＣ｜＞１を有するものであり、ＭＳＩ腫瘍試料の３種類以上において固有に差次的に発現されることが見出されたものであった（すなわち、少なくとも３種類のＭＳＳ腫瘍において上方／下方調節されたが、ＭＳＩ腫瘍において上方／下方調節されなかった遺伝子）。
【図10】Ａ～Ｄは、ＣＲＣ由来細胞株及びＣＲＣ／ＮＡＴ組織試料における固有のＭＡＰ及び共有されたＭＡＰの概要を提供する。図１０Ａ：４種類のＣＲＣ由来細胞株のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームにおけるＭＡＰの重複を示すベン図。図１０Ｂ：６種類の一次組織試料のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームにおけるＭＡＰの重複を示すベン図。図１０Ｃ：試料、具体的には、所与の試料に固有であるか、又は２つの試料によって固有に共有されるＭＡＰの所与の交差に固有のＭＡＰの数を示すＵｐｓｅｔＲプロット。図１０Ｄ：任意の２種類の細胞株又は組織試料間のＭＡＰの共有数を示すヒートマップ。
【図11】Ａ～Ｅは、ＣＲＣ由来細胞株及びＣＲＣ／ＮＡＴ組織試料における固有のＭＡＰ源遺伝子及び共有されたＭＡＰ源遺伝子の概要を提供する。図１１Ａ：上パネル：試料ごとに特定された固有の供給源遺伝子の数を示す棒グラフ。下パネル：各試料において特定された固有のＭＡＰの数と、対応する固有の供給源遺伝子の数との間の相関を示す散布図（ピアソンのｒ＝０．９９）。コード配列からのペプチドについて供給源遺伝子を特定し、１つより多い供給源遺伝子にマッピングされた任意のペプチドを除外した。図１１Ｂ：所与の試料又は交差、具体的には、所与の試料に固有であるか、又は２つの試料によって固有に共有される供給源遺伝子の数を示すＵｐｓｅｔＲプロット。図１１Ｃ：４種類のＣＲＣ由来細胞株のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームにおける供給源遺伝子の重複を示すベン図。図１１Ｄ：６種類の一次組織試料のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームにおける供給源遺伝子の重複を示すベン図。図１１Ｅ：任意の２種類の細胞株又は組織試料間の供給源遺伝子の共有数を示すヒートマップ。
【図12】各試料において特定された固有のＭＡＰの数と、特定及び検証されたＴＳＡの数との間の相関を示す散布図である（ピアソンのｒ＝０．７６）。
【発明を実施するための形態】
【0075】
技術を説明する文脈において（特に、以下の特許請求の範囲の文脈において）、「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という用語、並びに同様の指示対象の使用は、本明細書中で別段の指示がない限り、又は文脈によって明らかに矛盾しない限り、単数形及び複数形の両方を網羅するように解釈されるものである。
【0076】
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「有する」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、及び「含有する」という用語は、別段注釈が付かない限り、オープンエンド用語（すなわち、「含むが、それに限定されない」を意味する）として解釈されるものである。
【0077】
本明細書に記載される全ての方法は、本明細書中で別段の指示がない限り、又は文脈によって明らかに矛盾しない限り、任意の好適な順序で実施され得る。
【0078】
本明細書に提供される任意の及び全ての実施例、又は例示的な言語（「例えば」、「など」）の使用は、単に特許請求される技術の実施形態をより良好に例示することを意図しており、別段特許請求されない限り、範囲の限定を提起するものではない。
【0079】
本明細書におけるいかなる言語も、任意の特許請求されていない要素を特許請求される技術の実施形態の実施に不可欠であることを示すものとして解釈されるべきではない。
【0080】
本明細書では、「約」という用語は、その通常の意味を有する。「約」という用語は、ある値が、その値を決定するために用いられるデバイス若しくは方法の誤差についての固有の変動を含むか、又は列挙された値に近似する値、例えば、列挙された値（若しくは値の範囲）の１０％以内の値を包含することを示すために使用される。
【0081】
本明細書における値の範囲の列挙は、本明細書において別段示されない限り、単に、範囲内に含まれる各個別の値を個々に参照する簡略方法として機能することを意図しており、各個別の値は、本明細書に個々に列挙されているかのように本明細書に組み込まれる。範囲内の値の全てのサブセットもまた、本明細書に個々に列挙されているかのように本明細書に組み込まれる。
【0082】
本開示の特徴又は態様が、マーカッシュ群又は代替物の一覧の観点から説明される場合、当業者は、本開示がまた、それによってマーカッシュ群又は代替物の一覧の任意の個々の構成要素又は構成要素の部分群の観点からも説明されることを認識するであろう。
【0083】
別段具体的に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、当業者によって一般的に理解される意味（例えば、幹細胞生物学、細胞培養、分子遺伝学、免疫学、免疫組織化学、タンパク質化学、及び生化学における）と同じ意味を有すると解釈されるべきである。
【0084】
別段示されない限り、本開示において利用される組換えタンパク質、細胞培養、及び免疫学的技術は、当業者に周知の標準的な手順である。そのような技術は、Ｊ．Ｐｅｒｂａｌ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９８４），Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ、Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｕｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（１９８９），Ｔ．Ａ．Ｂｒｏｗｎ（編集者），Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １ ａｎｄ ２，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ（１９９１）、Ｄ．Ｍ．Ｇｌｏｖｅｒ ａｎｄ Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ（編集者），ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－４，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ（１９９５及び１９９６）、及びＦ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（編集者），Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８、現在に至るまでの全ての改訂版を含む）、Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ（編集者）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｕｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，（１９８８）、及びＪ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．（編集者）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（現在に至るまでの全ての改訂版を含む）などの情報源における文献全体を通じて記載及び説明されている。
【0085】
本明細書に記載の研究において、本発明者らは、プロテオゲノミクスベースのアプローチを使用して、ＣＲＣ細胞株及びＣＲＣ検体からのＴＳＡ及びＴＡＡ候補を特定した。これらのＴＳＡの大部分は、非エキソン配列（例えば、イントロン配列及び遺伝子間配列）などの正常な組織では発現されない、異常に発現される非変異ゲノム配列に由来した。本明細書で特定された新規のＣＲＣ ＴＳＡ及びＴＡＡ候補は、例えば、例えば、ＣＲＣ Ｔ細胞ベースの免疫療法及びワクチンに有用であり得る。
【0086】
したがって、一態様では、本開示は、腫瘍抗原ペプチド（ＴＡＰ）（又は腫瘍特異的ペプチド）、より具体的には、以下のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、又はそれらからなる、ＣＲＣ ＴＡＰなどの単離されたＴＡＰに関する。
【表2】
【0087】
別の態様では、本開示は更に、がん、より具体的にはＣＲＣの治療のための、以下のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、又はそれらからなるＴＡＰ（例えば、単離されたＴＡＰ）の使用に関する。
【表3】
【0088】
一実施形態では、ＴＡＰは、以下のアミノ酸配列：配列番号１～２３のうちの１つを含むか、又はそれらからなる。一実施形態では、ＴＡＰは、以下のアミノ酸配列：配列番号１～１７、２２、２５、２７、２９、３１、３３、３８、４０、４１及び４６のうちの１つを含むか、又はそれらからなる。更なる実施形態では、ＴＡＰは、以下のアミノ酸配列：配列番号１～１７、２２、及び２５のうちの１つを含むか、又はそれらからなる。更なる実施形態では、ＴＡＰは、以下のアミノ酸配列：配列番号１～１７及び２２のうちの１つを含むか、又はそれらからなる。
【0089】
一般に、ＨＬＡクラスＩに関連して提示される腫瘍抗原ペプチド（ＴＡＰ）などのペプチドは、長さが約７若しくは８～約１５個、又は好ましくは８～１４個のアミノ酸残基である。本開示の方法のいくつかの実施形態では、本明細書に定義されるＴＡＰ配列を含む、より長いペプチドは、細胞によってプロセシングされる抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの細胞に人工的に負荷され、ＴＡＰは、ＡＰＣの表面においてＭＨＣクラスＩ分子によって提示される。この方法では、１５個のアミノ酸残基よりも長いペプチド／ポリペプチドをＡＰＣに負荷することができ、提示のために本明細書に定義される対応するＴＡＰを提供するＡＰＣ細胞質中のプロテアーゼによってプロセシングされる。いくつかの実施形態では、本明細書に定義されるＴＡＰを生成するために使用される前駆体ペプチド／ポリペプチドは、例えば、１０００、５００、４００、３００、２００、１５０、１００、７５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、又は１５個以下のアミノ酸である。したがって、本明細書に記載のＴＡＰを使用する全ての方法及びプロセスは、細胞（ＡＰＣ）によるプロセシング後の「最終的な」８～１４個のＴＡＰの提示を誘導するための、より長いペプチド又はポリペプチド（天然タンパク質を含む）、すなわち、腫瘍抗原前駆体ペプチド／ポリペプチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＡＰは、約８～１４、８～１３、又は８～１２アミノ酸長（例えば、８、９、１０、１１、１２、又は１３アミノ酸長）であり、ＨＬＡクラスＩ分子に直接適合するのに十分小さい。一実施形態では、ＴＡＰは、２０個以下のアミノ酸、好ましくは１５個以下のアミノ酸、より好ましくは１４個以下のアミノ酸を含む。一実施形態では、ＴＡＰは、少なくとも７個のアミノ酸、好ましくは少なくとも８個又はそれ以下のアミノ酸、より好ましくは少なくとも９個のアミノ酸を含む。
【0090】
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、ＴＡＰの合成類似体を調製するためのペプチド化学において使用される天然に存在するアミノ酸並びに他のアミノ酸（例えば、天然に存在するアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、核酸配列によってコードされていないアミノ酸など）のＬ異性体及びＤ異性体の両方を含む。天然に存在するアミノ酸の例は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、スレオニンなどである。他のアミノ酸としては、例えば、非遺伝子コード形態のアミノ酸、並びにＬ－アミノ酸の保存的置換が挙げられる。天然に存在する非遺伝子コードアミノ酸としては、例えば、ベータ－アラニン、３－アミノプロピオン酸、２，３－ジアミノプロピオン酸、アルファ－アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）、４－アミノ－酪酸、Ｎ－メチルグリシン（サルコシン）、ヒドロキシプロリン、オルニチン（例えば、Ｌ－オルニチン）、シトルリン、ｔ－ブチルアラニン、ｔ－ブチルグリシン、Ｎ－メチルイソロイシン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、ノルロイシン（Ｎｌｅ）、ノルバリン、２－ナフチルアラニン、ピリジルアラニン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、２－フルオロフェニルアラニン、３－フルオロフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、ペニシラミン、１，２，３，４－テトラヒドロ－イソキノリン－３－カルボン酸、ベータ－２－チエニルアラニン、メチオニンスルホキシド、Ｌ－ホモアルギニン（Ｈｏａｒｇ）、Ｎ－アセチルリジン、２－アミノ酪酸、２－アミノ酪酸、２，４－ジアミノ酪酸（Ｄ－若しくはＬ－）、ｐ－アミノフェニルアラニン、Ｎ－メチルバリン、ホモシステイン、ホモセリン（ＨｏＳｅｒ）、システイン酸、イプシロン－アミノヘキサン酸、デルタ－アミノ吉草酸、又は２，３－ジアミノ酪酸（Ｄ－若しくはＬ－）などが挙げられる。これらのアミノ酸は、生化学／ペプチド化学の分野において周知である。一実施形態では、ＴＡＰは、天然に存在するアミノ酸のみ含む。
【0091】
実施形態では、本明細書に記載されるＴＡＰは、本明細書に記載の配列と比較して、機能的に同等のアミノ酸残基の置換を含有する変化した配列を有するペプチドを含む。例えば、配列内の１つ以上のアミノ酸残基は、機能的等価物として作用する類似の極性（類似の物理化学的特性を有する）の別のアミノ酸と置換することができ、サイレント変更をもたらす。配列内のアミノ酸の置換は、アミノ酸が所属するクラスの他のメンバーから選択され得る。例えば、正電荷（塩基性）アミノ酸には、アルギニン、リジン、及びヒスチジン（並びにホモアルギニン及びオルニチン）が含まれる。無極性（疎水性）アミノ酸には、ロイシン、イソロイシン、アラニン、フェニルアラニン、バリン、プロリン、トリプトファン、及びメチオニンが含まれる。非電荷極性アミノ酸には、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、及びグルタミンが含まれる。負電荷（酸性）アミノ酸には、グルタミン酸及びアスパラギン酸が含まれる。アミノ酸グリシンは、無極性アミノ酸ファミリー又は非電荷（中性）極性アミノ酸ファミリーのいずれかに含まれ得る。アミノ酸のファミリー内で行われた置換は、保存的置換であると一般に理解されている。本明細書に記載のＴＡＰは、あらゆるＬ－アミノ酸、あらゆるＤ－アミノ酸、又はＬ－アミノ酸とＤ－アミノ酸との混合物を含み得る。一実施形態では、本明細書に記載のＴＡＰは、全てのＬ－アミノ酸を含む。
【0092】
一実施形態では、配列番号１～２３及び２５～５０の配列のうちの１つを含むか、又はそれらからなるＴＡＰの配列において、Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、Ｔ細胞の反応性に実質的に影響を与えず、かつ関連するＭＨＣへの結合を排除しない他のアミノ酸で置き換えることによって修飾することができる。
【0093】
ＴＡＰはまた、分解を防ぎ、安定性、親和性、及び／又は取り込みを増加させるために、Ｎ末端及び／若しくはＣ末端キャップされてもよく、又は修飾されてもよい。したがって、別の態様では、本開示は、式Ｚ１－Ｘ－Ｚ２の修飾されたＴＡＰを提供し、式中、Ｘは、配列番号１～２３及び２５～５０のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、又はそれからなるＴＡＰである。
【0094】
一実施形態では、ＴＡＰのアミノ末端残基（すなわち、Ｎ末端の遊離アミノ基）は、例えば、部分／化学基（Ｚ１）の共有結合によって、修飾される（例えば、分解に対する保護のために）。Ｚ１は、１～８個の炭素の直鎖又は分枝鎖アルキル基、又はアシル基（Ｒ－ＣＯ－）であってもよく、式中、Ｒは、疎水性部分（例えば、アセチル、プロピオニル、ブタニル、イソプロピオニル、若しくはイソ－ブタニル）、又はアロイル基（Ａｒ－ＣＯ－）であり、式中、Ａｒは、アリール基である。一実施形態では、アシル基は、Ｃ１～Ｃ１６又はＣ３～Ｃ１６アシル基（直鎖又は分枝鎖、飽和又は不飽和）であり、更なる一実施形態では、飽和Ｃ１～Ｃ６アシル基（直鎖又は分枝鎖）又は不飽和Ｃ３～Ｃ６アシル基（直鎖又は分枝鎖）、例えば、アセチル基（ＣＨ３－ＣＯ－、Ａｃ）である。一実施形態では、Ｚ１は存在しない。ＴＡＰのカルボキシ末端残基（すなわち、ＴＡＰのＣ末端の遊離カルボキシ基）は、例えば、アミド化（ＮＨ２基によるＯＨ基の置き換え）によって修飾されてもよく（例えば、分解に対する保護のために）、したがって、そのような場合、Ｚ２はＮＨ２基である。一実施形態では、Ｚ２は、ヒドロキサメート基、ニトリル基、アミド（一級、二級、又は三級）基、メチルアミン、イソ－ブチルアミン、イソ－バレリルアミン、若しくはシクロヘキシルアミンなどの１～１０個の炭素の脂肪族アミン、アニリン、ナフチルアミン、ベンジルアミン、シンナミルアミン、若しくはフェニルエチルアミンなどの芳香族若しくはアリールアルキルアミン、アルコール、又はＣＨ２ＯＨであり得る。一実施形態では、Ｚ２は存在しない。一実施形態では、ＴＡＰは、配列番号１～２４及び２６～５０のアミノ酸配列のうちの１つを含む。一実施形態では、ＴＡＰは、配列番号１～２４及び２６～５０のアミノ酸配列のうちの１つからなり、すなわち、Ｚ１及びＺ２は存在しない。
【0095】
別の態様では、本開示は、配列番号６の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性（ｐｒｏｍｉｓｃｕｉｔｙ）を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６及び／又はＨＬＡ－Ａ＊０２：０７分子に更に結合し得る。
【0096】
別の態様では、本開示は、配列番号１、１１、１４、３８、４５若しくは４６、好ましくは配列番号１、１１、若しくは１４の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１又はＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子に更に結合し得る。
【0097】
別の態様では、本開示は、配列番号３、５、７、１６、２３、３１、３２、３３若しくは３４、好ましくは配列番号３、５、７、１６、若しくは２３の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１又はＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子に更に結合し得る。
【0098】
別の態様では、本開示は、配列番号９、１８、３３若しくは３４、好ましくは配列番号９若しくは１８の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１及び／又はＨＬＡ－Ａ＊６８：０１分子に更に結合し得る。
【0099】
別の態様では、本開示は、配列番号２９の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子に更に結合し得る。
【0100】
別の態様では、本開示は、配列番号２６、２７若しくは２９の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１分子に更に結合し得る。
【0101】
別の態様では、本開示は、配列番号１９、２０若しくは２３の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０２及び／又はＨＬＡ－Ｂ＊１５：０２分子に更に結合し得る。
【0102】
別の態様では、本開示は、配列番号８、３７若しくは３９、好ましくは配列番号８の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１及び／又はＨＬＡ－Ｂ＊５８：０１分子に更に結合し得る。
【0103】
別の態様では、本開示は、配列番号２、２１、２４若しくは５０、好ましくは配列番号２若しくは２１の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３、ＨＬＡ－Ｂ＊５５：０１及び／又はＨＬＡ－Ｂ＊５６：０１分子に更に結合し得る。
【0104】
別の態様では、本開示は、配列番号１３若しくは４８、好ましくは配列番号１３の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。
【0105】
別の態様では、本開示は、配列番号２５の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３及び／又はＨＬＡ－Ｂ＊４５：０１分子に更に結合し得る。
【0106】
別の態様では、本開示は、配列番号４の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０２に更に結合し得る。
【0107】
別の態様では、本開示は、配列番号１０、１２、１５、若しくは４３、好ましくは配列番号１０、１２、若しくは１５の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｂ＊５２：０１分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１に更に結合し得る。
【0108】
別の態様では、本開示は、配列番号１７若しくは４４、好ましくは配列番号１７の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１及び／又はＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２分子に更に結合し得る。
【0109】
別の態様では、本開示は、配列番号４７若しくは４９の配列を含むか、又はそれらからなる、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０２分子に結合する、ＴＡＰを提供する。ＨＬＡアレルが乱雑性を示すため（特定のＨＬＡアレルが類似のエピトープを提示する）、上の特定されたＴＡＰは、ＨＬＡ－Ｂ＊４６：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０３、ＨＬＡ－Ｃ＊１５：０２、及び／又はＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１分子に更に結合し得る。
【0110】
一実施形態では、ＴＡＰは、ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされる。一実施形態では、ＴＡＰは、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）、すなわち、３’－ＵＴＲ又は５’－ＵＴＲ領域に位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、ＴＡＰは、イントロンに位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、ＴＡＰは、遺伝子間領域に位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、ＴＡＰは、エキソンに位置する配列によってコードされ、フレームシフトから生じる。
【0111】
本開示のＴＡＰは、ＴＡＰ（組換え発現）をコードする核酸を含む宿主細胞における発現によって、又は化学合成（例えば、固相ペプチド合成）によって生成され得る。ペプチドは、当該技術分野で周知の手動及び／又は自動化固相手順によって容易に合成することができる。好適な合成は、例えば、「Ｔ－ｂｏｃ」又は「Ｆｍｏｃ」手順を利用することによって行うことができる。固相合成のための技術及び手順は、例えば、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｅ．Ａｔｈｅｒｔｏｎ ａｎｄ Ｒ．Ｃ．Ｓｈｅｐｐａｒｄ，ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９に記載されている。代替的に、ＭｉＨＡペプチドは、例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３７：９３３－９３６，１９９６、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１７：１８８１－１８８７，１９９５、Ｔａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．４５：２０９－２１６，１９９５、Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ ａｎｄ Ｋｅｎｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：２２１－２２５，１９９２、Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１６：４１４９－４１５３，１９９４、Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：６５８４－６５８８，１９９４、及びＹａｍａｓｈｉｒｏ ａｎｄ Ｌｉ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３１：３２２－３３４，１９８８）に記載されるように、セグメント凝縮によって調製されてもよい。ＴＡＰの合成に有用な他の方法は、Ｎａｋａｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７：７０８７－７０９２，１９８５に記載されている。一実施形態では、ＴＡＰは、化学的に合成される（合成ペプチド）。本開示の別の実施形態は、天然に存在しないペプチドに関するものであり、当該ペプチドは、本明細書に定義されるアミノ酸配列からなるか、又は本質的になり、薬学的に許容される塩として合成的に生成されている（例えば、合成されている）。本開示によるＴＡＰの塩は、インビボで生成されるペプチドが塩を有しないので、インビボでのそれらの状態（複数可）においてペプチドとは実質的に異なる。非天然塩形態のペプチドは、具体的には、ペプチド、例えば、本明細書に開示されるペプチドワクチンを含む薬学的組成物の文脈において、ペプチドの溶解性を調節することができる。好ましくは、塩は、ペプチドの薬学的に許容される塩である。
【0112】
一実施形態では、本明細書に記載のＴＡＰは、単離されているか、又は実質的に純粋である。ペプチド又は核酸などの化合物は、分子の天然環境に存在する成分又は天然に存在する供給源の高分子（例えば、他の核酸、タンパク質、脂質、糖などを含む）から分離されるとき、「単離される」か、又は「実質的に純粋で」ある。典型的に、化合物は、試料中の総材料の重量当たり、少なくとも６０％、より一般には、７５％、８０％、又は８５％、好ましくは９０％より多く、及びより好ましくは９５％より多くであるときに、実質的に純粋である。したがって、例えば、組換え技術によって化学的に合成されるか又は産生されるポリペプチドは、一般に、その天然に関連する成分、例えば、その供給源の高分子の成分を実質的に含まないであろう。核酸分子は、核酸が由来する有機体の天然に存在するゲノムにおいて正常に連続しているコード配列と直後に連続しない（すなわち、共有結合されていない）ときに、実質的に純粋である。実質的に純粋な化合物は、例えば、天然源からの抽出によるか、ペプチド化合物をコードする組換え核酸分子の発現によるか、又は化学合成によって得られ得る。純度は、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、ＨＰＬＣなどの任意の適切な方法を用いて測定することができる。一実施形態では、ＴＡＰは、溶液中にある。別の実施形態では、ＴＡＰは、固形形態であり、例えば、凍結乾燥されている。
【0113】
一実施形態では、ＴＡＰは、ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされる。一実施形態では、ＴＡＰは、遺伝子間領域に位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、ＴＡＰは、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）によってコードされる。
【0114】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載されるＴＡＰのうちの少なくとも１つを含む合成の長いペプチド（ＳＬＰ）を更に提供する。一実施形態では、ＳＬＰは、少なくとも２個のＴＡＰを含み、ＴＡＰのうちの少なくとも１個は、本明細書に記載のＴＡＰである。一実施形態では、ＳＬＰは、本明細書に記載されるＴＡＰのうちの少なくとも２、３、４、又は５個を含む。一実施形態では、ＳＬＰは、ＳＬＰを安定化し、かつ／又はＭＨＣ分子によるプロセシング及び提示を改善する配列又はドメイン、例えば、カテプシンなどの細胞プロテアーゼによって切断可能なモチーフを含む配列など、ＳＬＰに所望の特性を付与する１つ以上のアミノ酸配列又はドメインに連結された、本明細書に記載のＴＡＰのうちの少なくとも１つを含む。別の実施形態では、ＳＬＰは、本明細書に記載のＴＡＰのうちの少なくとも１つと、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するＴＡＰと、を含む。ＴＡＰは、互いに直接的に接続し得るか、又は短いアミノ酸リンカーなどのリンカーを介して間接的に接続し得る。実施形態では、リンカーは、約４～約２０個のアミノ酸、又は約４～約１５個のアミノ酸、例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、若しくは１５個のアミノ酸を含む。一実施形態では、リンカーは、グリシン残基、セリン残基、プロリン残基、スレオニン残基、又はそれらの混合物を含む。一実施形態では、ＳＬＰは、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、又は５０個以下のアミノ酸の長さを有する。更なる実施形態では、ＳＬＰは、２０～５０個、４５個又は４０個のアミノ酸、例えば、２０個又は２５個のアミノ酸～３０個、３５個又は４０個のアミノ酸の長さを有する。本明細書で使用される場合、「合成」とは、例えば、組換え技術によって、又は化学合成を使用して生成される、その天然源から単離されていないペプチド又は核分子を指す。
【0115】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載のＴＡＰ又は腫瘍抗原前駆体ペプチド又はＳＬＰをコードする（例えば、単離された）核酸を更に提供する。一実施形態では、核酸は、約２１ヌクレオチド～約４５ヌクレオチド、約２４～約４５ヌクレオチド、例えば、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２又は４５ヌクレオチドを含む。
【0116】
一実施形態では、本開示のＴＡＰをコードする核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）は、配列番号５１～７３及び７５～１００、又は配列番号５１～６７、７２、７５、７７、７９、８１、８３、８８、９０、９１及び９６、又は配列番号５１～６７、７２及び７５（例えば、配列番号５１～６７及び７２）に定義される配列、又は対応するＲＮＡ配列（すなわち、チミン核酸塩基（Ｔ）がウラシル核酸塩基（Ｕ）によって置き換えられている）のうちのいずれか１つを含む。一実施形態では、ＴＡＰをコードする核酸は、ｍＲＮＡ分子である。一実施形態では、核酸は、溶液中にある。別の実施形態では、核酸は、固形形態であり、例えば、凍結乾燥されている。
【0117】
本開示の核酸は、本開示のＴＡＰ又はＳＬＰの組換え発現のために使用することができ、宿主細胞にトランスフェクトされ得るベクター又はプラスミド、例えば、クローニングベクター又は発現ベクター内に含まれ得る。一実施形態では、本開示は、本開示のＴＡＰをコードする核酸配列を含むクローニングベクター、発現ベクター、若しくはウイルスベクター、又はプラスミドを提供する。代替的に、本開示のＴＡＰをコードする核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれ得る。いずれにしても、宿主細胞は、核酸によってコードされるＴＡＰ又はタンパク質を発現する。本明細書で使用される場合、「宿主細胞」という用語は、特定の対象細胞のみならず、そのような細胞の子孫又は潜在的子孫を指す。宿主細胞は、本明細書に記載されるＴＡＰを発現することができる任意の原核細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）又は真核細胞（例えば、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、又は哺乳動物細胞）であり得る。ベクター又はプラスミドは、挿入されたコード配列の転写及び翻訳に必要な要素を含有し、耐性遺伝子、クローニング部位などの他の構成要素を含有し得る。当業者に周知の方法を使用して、ペプチド又はポリペプチドをコードする配列、及びそれに作動可能に連結された適切な転写及び翻訳制御／調節要素を含む発現ベクターを構築してもよい。これらの方法には、インビトロでの組換えＤＮＡ技術、合成技術、及びインビボでの遺伝子組換えが含まれる。そのような技術は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．、及びＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。「作動可能に連結されている」とは、成分、特にヌクレオチド配列の正常な機能を行うことができるようにする成分の並列配置を指す。したがって、調節配列に作動可能に連結されたコード配列は、コード配列が調節配列の調節制御、すなわち、転写及び／又は翻訳制御下で発現され得る、ヌクレオチド配列の構成を指す。本明細書で使用される場合、「調節／制御領域」又は「調節／制御配列」とは、コード核酸の発現の調整にかかわる非コードヌクレオチド配列を指す。したがって、調節領域という用語は、プロモーター配列、調節タンパク質結合部位、上流活性化因子配列などを含む。ベクター（例えば、発現ベクター）は、それぞれの宿主細胞における効率的な遺伝子転写及び翻訳のための、プロモーター配列（例えば、ＣＭＶ、ＰＧＫ、及びＥＦ－１αプロモーター）、リボソーム認識及び結合ＴＡＴＡボックス、並びに３’ＵＴＲ ＡＡＵＡＡＡ転写終結配列などの必要な５’上流及び３’下流の調節要素を有し得る。他の好適なプロモーターとしては、シミアンビムス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、マウス乳がんウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶ ＬＴＲプロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、ＥＢＶ最初期プロモーター、及びＲｏｕｓ肉腫ビムスプロモーターの構成的プロモーターが挙げられる。ヒト遺伝子プロモーターも使用され得、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、及びクレアチンキナーゼプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、誘導性プロモーターは、ＴＡＰを発現するベクターの一部としても企図される。これは、目的のポリヌクレオチド配列の発現をオンにする、又は発現をオフにすることができる分子スイッチを提供する。誘導性プロモーターの例としては、メタロチオニンプロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーター、又はテトラサイクリンプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。ベクターの例としては、プラスミド、自律複製配列、及び転位要素である。追加の例示的なベクターとしては、プラスミド、ファージミド、コスミド、人工染色体（例えば、酵母人工染色体（ＹＡＣ））、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、又はＰｌ由来人工染色体（ＰＡＣ）、バクテリオファージ（例えば、ラムダファージ又はＭ１３ファージ）、及び動物ウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。ベクターとして有用な動物ウイルスのカテゴリーの例としては、限定されないが、レトロウイルス（レンチウイルスを含む）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス）、ポックスウイルス、バキュロウイルス、パピローマウイルス、及びパポーバウイルス（例えば、ＳＶ４０）が挙げられる。発現ベクターの例は、哺乳動物細胞における発現のためのＬｅｎｔｉ－Ｘ（商標）Ｂｉｃｉｓｔｒｏｎｉｃ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｎｅｏ）ベクター（Ｃｏｎｔｅｃｈ）、ｐＣｌｎｅｏベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ）；哺乳動物細胞におけるレンチウイルス媒介性遺伝子導入及び発現のためのｐＬｅｎｔｉ４／Ｖ５－ＤＥＳＴ（商標）、ｐＬｅｎｔｉ６／Ｖ５－ＤＥＳＴ（商標）、及びｐＬｅｎｔｉ６．２Ｎ５－ＧＷ／ｌａｃＺ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）である。本明細書に開示されるＴＡＰのコード配列は、哺乳動物細胞におけるＴＡＰの発現のためのそのような発現ベクターにライゲーションすることができる。
【0118】
特定の実施形態では、本開示のＴＡＰをコードする核酸は、ウイルスベクターにおいて提供される。ウイルスベクターは、アデノウイルス、ワクチニアウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、又はフォーミーウイルスに由来するものであり得る。本明細書で使用される場合、「ウイルスベクター」という用語は、ウイルス起源の少なくとも１つの要素を含み、ウイルスベクター粒子にパッケージングされる能力を有する核酸ベクター構築物を指す。ウイルスベクターは、非必須ウイルス遺伝子の代わりに、本明細書に記載の様々なタンパク質のコード配列を含有することができる。別の実施形態では、本開示のＴＡＰをコードする核酸は、自己増幅又は自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターにおいて提供される。ｓｒＲＮＡは、構造タンパク質が除去され、目的の異種遺伝子で置き換えられたプラス鎖ＲＮＡウイルスに由来する。ｓｒＲＮＡは、単一サイクルのウイルスレプリコン粒子（ＶＲＰ）を作製するために、トランスで構造タンパク質を提供する治療態様の技術を有するフラビウイルス、ノダムラウイルス、ニドウイルス、及びアルファウイルスに由来することに成功している（例えば、Ａｌｉａｈｍａｄ ｅｔ ａｌ．Ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｌｆ－ｒｅｐｌｉｃａｔｉｎｇ ＲＮＡ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｉｅｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ（２０２２）．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１４１７－０２２－００４３５－８を参照されたい）。ベクター及び／又は粒子は、インビトロ又はインビボのいずれかで、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は他の核酸を細胞内に移動する目的で利用することができる。多数の形態のウイルスベクターが当該技術分野で既知である。
【0119】
実施形態では、本開示のＴＡＰをコードする核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）は、脂質小胞（例えば、リポソーム）又は脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）などの小胞若しくはナノ粒子、又は任意の他の好適なビヒクル内に含まれる。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載されるＴＡＰのうちの１つ以上をコードする、ｍＲＮＡなどの核酸を含む、脂質小胞又はナノ粒子などの小胞又はナノ粒子を提供する。
【0120】
本明細書で使用されるリポソームという用語は、その通常の意味に従って、内部水性媒体を封入するリン脂質の二重層又は任意の同様の両親媒性脂質（例えば、スフィンゴ脂質）から構成される微細な脂質小胞を指す。
【0121】
「脂質ナノ粒子」という用語は、リポソームと同様の内部水性媒体を取り囲む１つ以上の脂質二重層環、又は非水性コア内の分子（例えば、核酸）を封入するミセル様構造を含み得るリポソーム様構造を指す。脂質ナノ粒子は、典型的には、イオン化可能なカチオン性脂質などのカチオン性脂質を含有する。ＬＮＰに使用され得るカチオン性脂質の例としては、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＳＰＡ、ＤＯＴＡＰ、ｅＰＣ、ＤＬｉｎ－ＭＣ３－ＤＭＡ、Ｃ１２－２００、ＡＬＣ－０３１５、ｃＫＫ－Ｅ１２、脂質Ｈ（ＳＭ－１０２）、ＯＦ－Ｄｅｇ－Ｌｉｎ、Ａ２－Ｉｓｏ５－２ＤＣ１８、３０６Ｏｉ１０、ＢＡＭＥ－Ｏ１６Ｂ、ＴＴ３、９Ａ１Ｐ９、ＦＴＴ５、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－Ｅ、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＥＣ、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＯＣ、及びＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＯＰが挙げられる（例えば、Ｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ，ｖｏｌｕｍｅ ６，ｐａｇｅｓ １０７８－１０９４（２０２１）、Ｔｅｎｃｈｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＡＣＳ Ｎａｎｏ，１５，１６９８２－１７０１５（２０２１）を参照されたい。
【0122】
リポソーム及び脂質ナノ粒子は、典型的には、脂質、脂質様材料、並びに安定性、送達有効性、耐容性、及び生体内分布などのリポソーム又はナノ粒子の特性を改善することができるポリマーなどの他の脂質成分を含む。これらには、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＳＰＣ）などのリン脂質（例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、及びホスファチジルグリセロール）並びにＤＯＰＥ、ステロール（コレステロール及びコレステロール誘導体など）、１，２－ジミリストイル－ｒａｃ－グリセロ－３－メトキシポリエチレングリコール－２０００（ＰＥＧ２０００－ＤＭＧ）及び１，２－ジステアロイル－ｒａｃ－グリセロ－３－メトキシポリエチレングリコール－２０００（ＰＥＧ２０００－ＤＳＧ）などのＰＥＧ化脂質（ＰＥＧ脂質）が含まれる。
【0123】
一実施形態では、本開示による脂質ナノ粒子は、イオン化可能なカチオン性脂質などの１つ以上のカチオン性脂質を含む。イオン化可能なカチオン性脂質の例としては、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－Ｅ、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＥＣ、ＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＯＣ、及びＣＯＡＴＳＯＭＥ（登録商標）ＳＳ－ＯＰの商標名で市販されているイオン化可能なカチオン性脂質を包含する、ＰＣＴ公開第２０１７／０６１１５０号及び同第２０１９／１８８８６７号に列挙されているものが挙げられる。
【0124】
ＴＡＰのうちの１つ以上をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ）は、例えば、安定性を増加させ、かつ／又は免疫原性を低減するように修飾され得る。例えば、５’末端は、（例えば、米国特許第１０５１９１８９号及びＵＳ１０４９４３９９に記載されるように）分子を安定化させ、免疫原性を低下させるためにキャップされ得る。ｍＲＮＡの１つ以上のヌクレオシドは、分子の安定性を増加させるか、又は先天性免疫系による分子の認識を低減するかのいずれかのために、１－メチル偽ウリジンで修飾又は置換されてもよい。修飾ヌクレオシドの形態は、ＵＳ９３７１５１１に記載されている。ｍＲＮＡに対して行われ得る他のタイプの修飾としては、抗リバースキャップ類似体（ＡＲＣＡ）、５′－メチル－シチジン三リン酸塩（ｍ５ＣＴＰ）、Ｎ６－メチル－アデノシン－５′－三リン酸塩（ｍ６ＡＴＰ）、２－チオ－ウリジン三リン酸塩（ｓ２ＵＴＰ）、プソイドウリジン三リン酸塩、Ｎ１メチルプソイドウリジン三リン酸塩、又は５－メトキシウリジン三リン酸塩（５ｍｏＵＴＰ）の組み込みが挙げられる。ｍＲＮＡはまた、５’及び／又は３’非翻訳領域（ＵＴＲ）並びにポリアデニル化（ポリＡ）尾部への追加の修飾を含み得る（例えば、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＆ ｃｅｌｌｕｌａｒ ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．１８，１（２０２２）：１－８を参照されたい。）ＴＡＰをコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ）に対するこれらの修飾及び他の修飾は全て本開示に包含される。
【0125】
別の態様では、本開示は、配列番号配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７及び２２のＴＡＰのうちの１つ以上を含む（すなわち、提示するか、又は結合される）ＭＨＣクラスＩ分子を提供する。
【0126】
一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ３分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１又はＨＬＡ－Ａ＊０３：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ１１分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２３分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２４分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ３０分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ３２分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ０７分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ１３分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ１８分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ２７分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ５２分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊５２：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０６分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０４分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ１２分子であり、更なる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０２分子である。
【0127】
一実施形態では、ＴＡＰ（例えば、配列番号配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは、配列番号１～２３）は、ＭＨＣクラスＩ分子に非共有結合される（すなわち、ＴＡＰは、ＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝／ポケットに負荷されるか、又は非共有結合される）。別の実施形態では、ＴＡＰは、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）に共有結合／結合される。そのような構築物において、ＴＡＰ及びＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）は、典型的には短い（例えば、５～２０個の残基、好ましくは約８～１２個、例えば、１０個）可撓性リンカー又はスペーサー（例えば、ポリグリシンリンカー）を有する、合成融合タンパク質として産生される。別の態様では、本開示は、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）に融合された本明細書に定義されるＴＡＰを含む融合タンパク質をコードする核酸を提供する。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）－ペプチド複合体は、多量体化される。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載のＴＡＰで負荷された（共有的に又は非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体を提供する。そのような多量体は、多量体の検出を可能にするタグ、例えば蛍光タグに付着され得る。ＭＨＣ二量体、四量体、五量体、八量体などを含む、ＭＨＣ多量体の産生のための多数の戦略が開発されている（Ｂａｋｋｅｒ ａｎｄ Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００５，１７：４２８－４３３に概説されている）。ＭＨＣ多量体は、例えば、抗原特異的Ｔ細胞の検出及び精製に有用である。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＴＡＰに特異的なＣＤ８＋Ｔリンパ球を検出又は精製（単離、濃縮）するための方法を提供し、ＴＡＰで負荷された（共有的に又は非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体と細胞集団を接触させることと、ＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されたＣＤ８＋Ｔリンパ球を検出又は単離することと、を含む。ＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されたＣＤ８＋Ｔリンパ球は、既知の方法、例えば、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）又は磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）を使用して単離され得る。
【0128】
また別の態様では、本開示は、細胞（例えば、宿主細胞）を提供し、一実施形態では、本明細書に記載の核酸、ベクター、又は本開示のプラスミド（すなわち、１つ以上のＴＡＰをコードする核酸又はベクター）を含む単離された細胞を提供する。別の態様では、本開示は、細胞であって、その細胞表面において、本開示によるＴＡＰに結合した又はそれを提示するＭＨＣクラスＩ分子（例えば、上に開示されたアレルのうちの１つのＭＨＣクラスＩ分子）を発現する、細胞を提供する。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞、細胞株又は不死化細胞である。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。一実施形態では、宿主細胞は、初代細胞、細胞株又は不死化細胞である。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。核酸及びベクターは、従来の形質転換又はトランスフェクション技術を介して細胞に導入することができる。「形質転換」及び「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウム又は塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、電気穿孔、マイクロ注入、及びウイルス媒介性トランスフェクションを含む、外来核酸を宿主細胞に導入するための技術を指す。宿主細胞を形質転換又はトランスフェクションするための好適な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（上記）、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。インビボで哺乳動物細胞に核酸を導入する方法も既知であり、遺伝子治療のために本開示のベクター又はプラスミドを対象に送達するために使用され得る。
【0129】
ＡＰＣなどの細胞は、当該技術分野で既知の様々な方法を使用して、１つ以上のＴＡＰで負荷され得る。本明細書で使用される場合、ＴＡＰで「細胞を負荷する」とは、ＴＡＰをコードするＲＮＡ若しくはＤＮＡ又はＴＡＰが細胞にトランスフェクトされること、あるいは代替的に、ＡＰＣがＴＡＰをコードする核酸で形質転換されること、を意味する。また、細胞を、細胞表面（例えば、ペプチドでパルスされた細胞）に存在するＭＨＣクラスＩ分子に直接結合することができる外因性ＴＡＰと接触させることによって、細胞が負荷され得る。ＴＡＰはまた、ＭＨＣクラスＩ分子によってその提示を促進するドメイン又はモチーフ（例えば、小胞体（ＥＲ）回収シグナル、Ｃ末端Ｌｙｓ－Ａｓｐ－Ｇｌｕ－Ｌｅｕ配列（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００４ Ｄｅｃ；３４（１２）：３５８２－９４を参照されたい）に融合され得る。
【0130】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＴＡＰ（又は当該ペプチド（複数可）をコードする核酸）のうちのいずれか１つ又は任意の組み合わせを含む、組成物又はペプチドの組み合わせ／プールを提供する。一実施形態では、組成物は、本明細書に定義されるＴＡＰの任意の組み合わせ（２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、若しくはそれ以上のＴＡＰの任意の組み合わせ）、又は当該ＴＡＰをコードする核酸の任意の組み合わせを含む。本明細書に定義されるＴＡＰの任意の組み合わせ／部分的組み合わせを含む組成物が本開示に包含される。別の実施形態では、組み合わせ又はプールは、１つ以上の既知の腫瘍抗原を含んでもよい。
【0131】
したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＴＡＰ又はＳＬＰ（複数可）（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７、及び２２の配列を含むか、又はそれらからなる）のうちのいずれか１つ又は任意の組み合わせと、ＭＨＣクラスＩ分子（例えば、上に開示されたアレルのうちの１つのＭＨＣクラスＩ分子）を発現する細胞と、を含む、組成物を提供する。本開示において使用するためのＡＰＣは、特定の型の細胞に限定されるものではなく、ＣＤ８＋Ｔリンパ球によって認識されるように、それらの細胞表面上にタンパク質性抗原を提示することが知られている、樹状細胞（ＤＣ）、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、及びＢ細胞などのプロフェッショナルＡＰＣを含む。例えば、ＡＰＣは、末梢血単球からＤＣを誘導し、次いで、インビトロ、エクスビボ、又はインビボのいずれかで、ＴＡＰに接触させる（刺激する）ことによって得ることができる。ＡＰＣはまた、インビボでＴＡＰを提示するように活性化され得（本開示のＴＡＰのうちの１つ以上が対象に投与される）、ＴＡＰを提示するＡＰＣは、対象の体内で誘導される。「ＡＰＣを誘導する」又は「ＡＰＣを刺激する」という語句は、細胞を、１つ以上のＴＡＰ又はＴＡＰをコードする核酸と接触させるか又はそれらを負荷し、その結果、ＭＨＣクラスＩ分子によって細胞の表面においてＴＡＰが提示されることを含む。本明細書に記載されるように、本開示によると、ＴＡＰは、例えば、ＴＡＰの配列を含むより長いペプチド／ポリペプチド（天然タンパク質を含む）を使用して間接的に負荷され得、次いで、ＡＰＣの内部でプロセシングされて（例えば、プロテアーゼによって）、細胞の表面にＴＡＰ／ＭＨＣクラスＩ複合体を生成する。ＡＰＣをＴＡＰで負荷し、ＡＰＣにＴＡＰを提示させた後、ＡＰＣをワクチンとして対象に投与することができる。例えば、エクスビボ投与は、（ａ）第１の対象からＡＰＣを採取するステップと、（ｂ）ステップ（ａ）のＡＰＣをＴＡＰと接触させて／を負荷して、ＡＰＣの表面においてＭＨＣクラスＩ／ＴＡＰ複合体を形成するステップと、（ｃ）治療を必要とする第２の対象に、ペプチド負荷ＡＰＣを投与するステップと、を含むことができる。
【0132】
第１の対象及び第２の対象は、同じ対象（例えば、自己ワクチン）であってもよく、又は異なる対象（例えば、同種ワクチン）であってもよい。代替的に、本開示によると、抗原提示細胞を誘導するための組成物（例えば、薬学的組成物）を製造するための本明細書に記載のＴＡＰ（又はその組み合わせ）の使用が提供される。加えて、本開示は、抗原提示細胞を誘導するための薬学的組成物を製造するための方法又はプロセスを提供し、本方法又はプロセスが、ＴＡＰ、又はその組み合わせを薬学的に許容可能な担体と混合又は配合するステップを含む。本明細書に定義されるＴＡＰのうちのいずれか１つ又は任意の組み合わせで負荷されたＭＨＣクラスＩ分子（例えば、上記のＨＬＡ分子のうちのいずれか）を発現するＡＰＣなどの細胞は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球、例えば、自己ＣＤ８＋Ｔリンパ球を刺激／増殖するために使用され得る。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＴＡＰ（又はそれをコードする核酸若しくはベクター）、ＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞、及びＴリンパ球、より具体的にはＣＤ８＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む細胞集団）、のうちのいずれか１つ、又はそれらの任意の組み合わせを含む組成物を提供する。
【0133】
一実施形態では、組成物は、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、及び／又は培地（例えば、培養培地）を更に含む。更なる実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、及び／又は培地は、薬学的に許容される緩衝液（複数可）、賦形剤（複数可）、担体（複数可）、希釈剤（複数可）及び／又は培地（複数可）である。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、及び／又は培地」は、生理学的に適合性であり、有効成分（複数可）の生物活性の有効性を妨げず、かつ対象に毒性でない、任意及び全ての溶媒、緩衝液、結合剤、潤滑剤、充填剤、増粘剤、崩壊剤、可塑剤、コーティング、バリア層製剤、潤滑剤、安定化剤、放出遅延剤、分散媒体、コーティング、抗菌剤及び抗真菌剤、等張剤などが含まれる。医薬活性物質のためのそのような培地及び薬剤の使用は、当該技術分野で周知である（Ｒｏｗｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，２００３，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ ＵＫ）。任意の従来の培地又は薬剤が活性化合物（ペプチド、細胞）と不適合である限りを除いて、本開示の組成物におけるそれらの使用が企図される。一実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、及び／又は培地は、天然に存在しない緩衝液、賦形剤、担体、及び／又は培地である。一実施形態では、本明細書に定義されるＴＡＰ、又は当該１つ以上のＴＡＰをコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ）のうちの１つ以上は、脂質小胞若しくはリポソーム、例えば、カチオン性脂質小胞若しくはリポソームなどの小胞内（例えば、Ｖｉｔｏｒ ＭＴ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃｅｎｔ Ｐａｔ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｆｏｒｍｕｌ．２０１３ Ａｕｇ；７（２）：９９－１１０を参照されたい）又は他の好適な担体に含まれるか、又はそれらと複合体化される。
【0134】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＴＡＰ又はＳＬＰ（複数可）（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７及び２２の配列を含むか、又はそれらからなる）（又は当該ペプチド（複数可）若しくはＳＬＰ（複数可）をコードする核酸（複数可））のうちのいずれか１つのうちの多くのうちの１つ、又は任意の組み合わせと、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、及び／又は培地と、を含む組成物を提供する。細胞（例えば、ＡＰＣ、Ｔリンパ球）を含む組成物について、組成物は、生細胞の維持を可能にする好適な培地を含む。そのような培地の代表的な例としては、生理食塩水、Ｅａｒｌの緩衝塩類溶液（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））、又はＰｌａｓｍａＬｙｔｅ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（登録商標））が挙げられる。一実施形態では、組成物（例えば、薬学的組成物）は、「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」又は「ワクチン」である。本明細書で使用される場合、「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、又は「ワクチン」という用語は、１つ以上のＴＡＰ又はワクチンベクターを含み、対象に投与された場合、その中に存在する１つ以上のＴＡＰに対して免疫応答を誘発することができる組成物又は配合物を指す。哺乳動物における免疫応答を誘導するためのワクチン又はワクチンベクターの使用は、ワクチン分野で既知の任意の従来の経路によって、例えば、粘膜（例えば、眼、鼻腔内、肺、経口、胃、腸、直腸、膣、又は尿路）表面を介して、非経口（例えば、皮下、皮内、筋肉内、静脈内、又は腹腔内）経路を介して、又は局所投与（例えば、パッチなどの経皮送達システムを介して）によって投与されるワクチン又はワクチンベクターを含む。一実施形態では、ＴＡＰ（又はその組み合わせ）は、ＴＡＰ（複数可）の免疫原性を増加させるために担体タンパク質にコンジュゲートされる（コンジュゲートワクチン）。したがって、本開示は、ＴＡＰ（若しくはその組み合わせ）又はＴＡＰをコードする核酸（若しくはその組み合わせ）と、担体タンパク質と、を含む組成物（コンジュゲート）を提供する。例えば、ＴＡＰ（複数可）又は核酸（複数可）は、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド（例えば、Ｚｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１２，１１４：１７７－２０１を参照されたい）又はポリマー／デンドリマー（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１３ Ａｕｇ １２；１４（８）：２７９８－８０６を参照されたい）にコンジュゲート又は複合体化されてもよい。一実施形態では、免疫原性組成物又はワクチンは、アジュバントを更に含む。「アジュバント」とは、抗原（本開示によるＴＡＰ、核酸、及び／又は細胞）などの免疫原性剤に添加された場合、混合物への曝露時に、宿主において薬剤に対する免疫応答を非特異的に増強又は強化する物質を指す。現在ワクチンの分野で使用されているアジュバントの例としては、（１）鉱物塩（リン酸アルミニウム及び水酸化アルミニウムなどのアルミニウム塩、リン酸カルシウムゲル）、スクアレン、（２）油ベースのアジュバント（油エマルション及び界面活性剤ベースの配合物など）、例えば、ＭＦ５９（マイクロ流動化洗剤安定化水中油型エマルション）、ＱＳ２１（精製サポニン）、ＡＳ０２［ＳＢＡＳ２］（水中油型エマルション＋ＭＰＬ＋ＱＳ－２１）、（３）粒子状アジュバント、例えば、ビロソーム（インフルエンザヘマグルチニンを組み込んだ単層リポソームビヒクル）、ＡＳ０４（ＭＰＬを含む［ＳＢＡＳ４］アルミニウム塩）、ＩＳＣＯＭＳ（サポニン及び脂質の構造複合体）、ポリラクチドコグリコリド（ＰＬＧ）、（４）微生物誘導体（天然及び合成）、例えば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、Ｄｅｔｏｘ（ＭＰＬ＋Ｍ．Ｐｈｌｅｉ細胞壁骨格）、ＡＧＰ［ＲＣ－５２９］（合成アシル化単糖類）、ＤＣ＿Ｃｈｏｌ（リポソームへと自己構築することができるリポイド免疫促進物質）、ＯＭ－１７４（リピドＡ誘導体）、ＣｐＧモチーフ（免疫促進性ＣｐＧモチーフを含有する合成オリゴヌクレオチド）、改変ＬＴ及びＣＴ（非毒性アジュバント効果を提供するために遺伝子修飾した細菌毒素免疫組織化体）、（５）内因性ヒト免疫調節剤、例えば、ｈＧＭ－ＣＳＦ若しくはｈＩＬ－１２（タンパク質若しくはコードされるプラスミドのいずれかとして投与され得るサイトカイン）、Ｉｍｍｕｄａｐｔｉｎ（Ｃ３ｄタンデムアレイ）、並びに／又は（６）金粒子などの不活性ビヒクルなどが挙げられる。
【0135】
一実施形態では、ＴＡＰ（複数可）又はＳＬＰ（複数可）（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３の配列を含むか、若しくはそれらからなる）（又は当該ペプチド（複数可）をコードするｍＲＮＡなどの核酸）、又はそれを含む組成物は、凍結乾燥された形態である。別の実施形態では、ＴＡＰ（複数可）、ＳＬＰ（複数可）、核酸（複数可）、又はそれらを含む組成物は、液体組成物である。更なる実施形態では、ＴＡＰ（複数可）、ＳＬＰ（複数可）、又は核酸（複数可）は、組成物中で約０．０１μｇ／ｍＬ～約１００μｇ／ｍＬの濃度である。更なる実施形態では、ＴＡＰ（複数可）、ＳＬＰ（複数可）、又は核酸（複数可）は、組成物中で約０．２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬ～約１０、２０、３０、４０、又は５０μｇ／ｍＬ、約１μｇ／ｍＬ～約１０μｇ／ｍＬ、又は約２μｇ／ｍＬの濃度である。
【0136】
本明細書に記載されるように、本明細書に定義されるＴＡＰのうちのいずれか１つ、又はそれらの任意の組み合わせで負荷された又はそれらに結合されたＭＨＣクラスＩ分子を発現するＡＰＣなどの細胞は、インビボ又はエクスビボでＣＤ８＋Ｔリンパ球を刺激／増殖するために使用され得る。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩ分子／ＴＡＰ複合体と相互作用又は結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）分子、及びそのようなＴＣＲ分子をコードする核酸分子、及びそのような核酸分子を含むベクターを提供する。本開示によるＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩ分子に負荷される又はそれによって提示されるＴＡＰと、好ましくはインビトロ又はインビボで生細胞の表面において、特異的に相互作用又は結合することができる。
【0137】
本明細書で使用されるＴＣＲという用語は、可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、及び短い細胞質尾部を有する免疫グロブリンスーパーファミリーメンバーを指し（例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ，Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ：Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐ．４：３３，１９９７を参照）、ＭＨＣ受容体に結合した抗原ペプチドに特異的に結合することができる。ＴＣＲは、細胞の表面に見出され得、一般に、α鎖及びβ鎖（それぞれＴＣＲα及びＴＣＲβとしても知られる）を有するヘテロ二量体からなる。免疫グロブリンと同様に、ＴＣＲ鎖（例えば、α鎖、β鎖）の細胞外部分は、２つの免疫グロブリン領域、可変領域（例えば、ＴＣＲ可変α領域又はＶα、及びＴＣＲ可変β領域又はＶβ；典型的には、Ｎ末端におけるＲａｂａｔ番号付けに基づくアミノ酸１～１１６）と、細胞膜に隣接する１つの定常領域（例えば、ＴＣＲ定常ドメインα又はＣα、及び典型的には、Ｒａｂａｔに基づくアミノ酸１１７～２５９、ＴＣＲ定常ドメインβ又はＣβ、典型的には、Ｒａｂａｔに基づくアミノ酸１１７～２９５）と、を含有する。また、免疫グロブリンと同様に、可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）によって分離された相補性決定領域（各鎖におけるＣＤＲ３）を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（又はＴリンパ球）の表面に見出され、ＣＤ３複合体と会合する。
【0138】
ＴＣＲ及び具体的には本開示のＴＣＲをコードする核酸を適用して、例えば、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）又はＭＨＣクラスＩ／ＴＡＰ複合体を特異的に認識する新規のＴリンパ球クローンを生成する他のタイプのリンパ球を、遺伝子的に形質転換／修飾することができる。特定の実施形態では、患者から得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、ＴＡＰを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞が、患者に投与される（自己細胞輸血）。特定の実施形態では、ドナーから得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、ＴＡＰを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞が、レシピエントに投与される（同種細胞輸血）。別の実施形態では、本開示は、ＴＡＰ特異的ＴＣＲをコードするベクター又はプラスミドによって形質転換／トランスフェクトされたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）を提供する。更なる実施形態では、本開示は、ＴＡＰ特異的ＴＣＲで形質転換された自己細胞又は同種細胞で患者を治療する方法を提供する。特定の実施形態では、ＴＣＲは、例えば、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガー、又は他の標的化破壊システムを使用して、内因性遺伝子座（例えば、内因性ＴＲＡＣ及び／又はＴＲＢＣ遺伝子座）を置き換えることによって、初代Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）において発現される。
【0139】
別の実施形態では、本開示は、上述のＴＣＲをコードする核酸を提供する。更なる実施形態では、核酸は、上記のベクターなどのベクターに存在する。更なる実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡ分子である。
【0140】
なお更なる実施形態では、がん（例えば、結腸直腸がん）の治療のための自己細胞又は同種細胞の製造における腫瘍抗原特異的ＴＣＲの使用が提供される。
【0141】
いくつかの実施形態では、本開示の組成物（例えば、薬学的組成物）で治療される患者は、抗腫瘍剤及び／又は免疫療法（例えば、ＣＡＲ療法）での治療の前又は後に治療される。本開示の組成物には、ＴＡＰに対してエクスビボで活性化された同種Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、ＴＡＰで負荷された同種若しくは自己ＡＰＣワクチン、ＴＡＰワクチン、及び同種若しくは自己Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、又は腫瘍抗原特異的ＴＣＲで形質転換されたリンパ球が含まれる。本開示によるＴＡＰを認識することができるＴリンパ球クローンを提供するための方法は、対象（例えば、移植片レシピエント）、例えば、ＡＳＣＴ及び／又はドナーリンパ球輸注（ＤＬＩ）レシピエントにおいて、ＴＡＰを発現する腫瘍細胞のために生成され得、それを特異的に標的化し得る。したがって、本開示は、ＴＡＰ／ＭＨＣクラスＩ分子複合体を特異的に認識するか、又はそれに結合することができるＴ細胞受容体をコード及び発現するＣＤ８＋Ｔリンパ球を提供する。当該Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、組換え（操作された）又は自然選択されたＴリンパ球であり得る。したがって、本明細書は、本開示のＣＤ８＋Ｔリンパ球を産生するための少なくとも２つの方法を提供し、Ｔ細胞活性化及びＴ細胞増殖の誘発に資する条件下で、未分化リンパ球を（典型的には、ＡＰＣなどの細胞の表面において発現される）ＴＡＰ／ＭＨＣクラスＩ分子複合体と接触させるステップを含み、これは、インビトロ又はインビボで（すなわち、ＡＰＣがＴＡＰで負荷されるＡＰＣワクチンを投与された患者において、又はＴＡＰワクチンで治療された患者において）行うことができる。ＭＨＣクラスＩ分子に結合したＴＡＰの組み合わせ又はプールを使用して、複数のＴＡＰを認識することができるＣＤ８＋Ｔリンパ球の集団を生成することが可能である。代替的に、腫瘍抗原特異的Ｔリンパ球又は標的Ｔリンパ球は、ＭＨＣクラスＩ分子／ＴＡＰ複合体（すなわち、操作又は組換えＣＤ８＋Ｔリンパ球）に特異的に結合するＴＣＲ（より具体的には、アルファ鎖及びベータ鎖）をコードする１つ以上の核酸（遺伝子）をクローニングすることによって、インビトロで、又はエクスビボで産生／生成することができる。本開示のＴＡＰ特異的ＴＣＲをコードする核酸は、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでＴＡＰに対して活性化されたＴリンパ球から（例えば、ＴＡＰで負荷されたＡＰＣにより）、又はペプチド／ＭＨＣ分子複合体に対して免疫応答を示す個体から、得ることができる。本開示のＴＡＰ特異的ＴＣＲは、移植片レシピエント又は移植片ドナーから得られた宿主細胞及び／又は宿主リンパ球において組換え発現され、任意選択的に、インビトロで分化させて、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を提供することができる。ＴＣＲアルファ鎖及びベータ鎖をコードする核酸（複数可）（導入遺伝子（複数可））は、トランスフェクション（例えば、電気穿孔）又は形質導入（例えば、ウイルスベクターを使用する）などの任意の好適な方法を使用して、Ｔ細胞（例えば、治療される対象又は別の個体由来の）に導入され得る。ＴＡＰに特異的なＴＣＲを発現する操作されたＣＤ８＋Ｔリンパ球は、周知の培養方法を使用して、インビトロで増殖させることができる。
【0142】
本開示は、本明細書に記載されるＴＣＲを発現する免疫エフェクター細胞を作製するための方法を提供する。一実施形態では、本方法は、免疫エフェクター細胞が本明細書に記載される１つ以上のＴＣＲを発現するように、免疫エフェクター細胞、例えば、結腸直腸がん（例えば、結腸がん、直腸がん）を有する対象などの対象から単離された免疫エフェクター細胞をトランスフェクト又は形質導入することを含む。特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、個体から単離され、更にインビトロで操作することなく遺伝子修飾される。そのような細胞は、次いで、個体に直接再投与することができる。更なる実施形態では、免疫エフェクター細胞は、最初に活性化され、インビトロで増殖するように刺激した後、ＴＣＲを発現するように遺伝子修飾される。これに関して、免疫エフェクター細胞は、遺伝子修飾される前又は遺伝子修飾された後に培養され得る（すなわち、本明細書に記載されるＴＣＲを発現するように形質導入又はトランスフェクトされる）。
【0143】
本明細書に記載の免疫エフェクター細胞のインビトロ操作又は遺伝子修飾の前に、細胞源を、対象から得ることができる。特に、本明細書に記載されるＴＣＲとともに使用するための免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞を含む。Ｔ細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺問題、感染部位からの組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍を含む、いくつかの供給源から得ることができる。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ＦＩＣＯＬＬ（商標）分離などの当業者に既知の任意の数の技術を使用して、対象から採取された血液の単位から得ることができる。一実施形態では、個体の循環血液由来の細胞は、アフェレーシスによって得ることができる。アフェレーシス生成物は、典型的には、リンパ球を含有し、Ｔ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球、赤血球、及び血小板が含まれる。一実施形態では、アフェレーシスによって採取された細胞は、洗浄して血漿画分を除去し、その後のプロセシングのために細胞を適切な緩衝液又は培地中に入れることができる。本発明の一実施形態では、細胞は、ＰＢＳで洗浄される。代替の実施形態では、洗浄液は、カルシウムを欠き、マグネシウムを欠いてもよく、又は全てではないが多くの二価カチオンを欠いてもよい。当業者によって理解されるであろうが、洗浄ステップは、例えば、半自動フロースルー遠心分離を使用することによって、当業者に既知の方法によって達成され得る。洗浄後、細胞は、様々な生体適合性の緩衝液又は緩衝液を含む若しくは含まない他の生理食塩水に再懸濁され得る。特定の実施形態では、アフェレーシス試料の望ましくない成分は、培地に直接再懸濁された細胞において除去され得る。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、赤血球を溶解し、単球を枯渇させることによって（例えば、ＰＥＲＣＯＬＬ（商標）勾配を介した遠心分離によって）、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離される。ＣＤ２８＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、及びＣＤ４５ＲＯ＋Ｔ細胞などのＴ細胞の特定の亜集団は、ポジティブ又はネガティブ選択技術によって更に単離され得る。例えば、ネガティブ選択によるＴ細胞集団の濃縮は、ネガティブ選択された細胞に固有の表面マーカーを対象とする抗体の組み合わせによって達成することができる。本明細書で使用するための１つの方法は、負の磁気免疫付着又はフローサイトメトリーによる細胞選別及び／又は選択であり、これは、ネガティブ選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーを対象とするモノクローナル抗体のカクテルを使用する。例えば、ネガティブ選択によってＣＤ８＋細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ－ＤＲ、及びＣＤ４に対する抗体を含む。フローサイトメトリー及び細胞選別を使用して、本開示で使用するための目的の細胞集団を単離することもできる。ＰＢＭＣは、本明細書に記載される方法を使用して、ＴＣＲによる遺伝子修飾のために直接使用することができる。特定の実施形態では、ＰＢＭＣの単離後、Ｔリンパ球は更に単離され、特定の実施形態では、遺伝子修飾及び／又は増殖の前又は後のいずれかで、細胞傷害性Ｔリンパ球及びヘルパーＴリンパ球の両方を、ナイーブＴ細胞、メモリーＴ細胞、及びエフェクターＴ細胞の亜集団に選別することができる。
【0144】
本開示は、ＴＡＰ（すなわち、細胞の表面において発現されたＭＨＣクラスＩ分子に結合したＴＡＰ）、又はＴＡＰの組み合わせによって、特異的に誘導、活性化、及び／又は増幅（増殖）される単離された免疫細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）を提供する。本開示はまた、本開示によるＴＡＰ又はその組み合わせ（すなわち、ＭＨＣクラスＩ分子に結合した１つ以上のＴＡＰ）及び当該ＴＡＰ（複数可）を認識することができるＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む組成物を提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に記載される１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ＴＡＰ複合体を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球において濃縮された細胞集団又は細胞培養（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球集団）を提供する。そのような濃縮された集団は、本明細書に開示されるＴＡＰのうちの１つ以上で負荷された（例えば、これらを提示する）ＭＨＣクラスＩ分子を発現するＡＰＣなどの細胞を使用して、特異的Ｔリンパ球のエクスビボ増殖を行うことによって得ることができる。本明細書で使用される「濃縮」とは、集団中の腫瘍抗原特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合が、天然細胞集団、すなわち、特定のＴリンパ球のエクスビボ増殖のステップに供されていない集団と比較して有意に高いことを意味する。更なる実施形態では、細胞集団におけるＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合は、少なくとも約０．５％、例えば、少なくとも約１％、１．５％、２％、又は３％である。いくつかの実施形態では、細胞集団におけるＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合は、約０．５～約１０％、約０．５～約８％、約０．５～約５％、約０．５～約４％、約０．５～約３％、約１％～約５％、約１％～約４％、約１％～約３％、約２％～約５％、約２％～約４％、約２％～約３％、約３％～約５％、又は約３％～約４％である。目的の１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ペプチド（ＴＡＰ）複合体を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球で濃縮されそのような細胞集団又は培養物（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球集団）は、以下に詳細に記載されるように、腫瘍抗原ベースのがん免疫療法において使用され得る。いくつかの実施形態では、ＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の集団は、例えば、本明細書に定義されるＴＡＰ（複数可）で負荷された（共有的に又は非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体などの親和性に基づくシステムを使用して、更に濃縮される。したがって、本開示は、ＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の精製又は単離された集団を提供し、例えば、ＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合は、少なくとも約５０％、６０％，７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％である。
【0145】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ分子などのＨＬＡ分子に結合した本明細書に記載のＴＡＰを含む複合体に特異的に結合する抗体若しくはその抗原結合断片、又は可溶性ＴＣＲを提供する。そのような抗体は、一般的に、ＴＣＲ様抗体と称される。本明細書で使用する用語「抗体又はその抗原結合断片」は、所望の抗原特異性／結合活性を示す限り、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト化抗体、ＣＤＲ－グラフト抗体、キメラ抗体、及び抗体断片を含むあらゆる種類の抗体／抗体断片を指す。抗体断片は、全長抗体の一部、一般には抗原結合領域又は可変領域を含む。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、ダイアボディ、線形抗体、一本鎖抗体分子（例えば、一本鎖Ｆｖ、ｓｃＦｖ）、単一ドメイン抗体（例えば、ラクダ科由来）、サメＮＡＲ単一ドメイン抗体、並びに抗体断片、一本鎖ダイアボディ（ｓｃＤｂ）、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、二重親和性リターゲティング分子（ＤＡＲＴ）、二価ｓｃＦｖ－Ｆｃ、及び三価ｓｃＦｖ－Ｆｃから形成された多重特異性抗体が挙げられる。抗体断片は、ＶＨ領域（ＶＨ、ＶＨ－ＶＨ）、アンチカリン、ペプボディ、抗体－Ｔ細胞エピトープ融合体（トロイボディ）、又はペプチボディなど、ＣＤＲや抗原結合ドメインを含む結合部位を指す場合もあるが、これらに限定されない。一実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、一本鎖抗体、好ましくは一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）である。一実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、少なくとも１つの定常ドメイン、例えば、軽鎖及び／若しくは重鎖の定常ドメイン、又はその断片を含む。更なる実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、抗体の定常重鎖の断片結晶化可能な（Ｆｃ）断片を含む。一実施形態では、抗体又は抗原結合断片は、Ｆｃ断片（ｓｃＦＶ－Ｆｃ）を含むｓｃＦｖである。一実施形態では、ｓｃＦｖ成分は、リンカー、例えば、ヒンジによってＦｃ断片に接続される。Ｆｃ領域の存在は、腫瘍細胞に対する補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）又は抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）応答を誘導するのに有用である。
【0146】
一実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、二重特異性抗体又はその抗原結合断片などの多重特異性抗体又はその抗原結合断片であり、多重特異性抗体又は抗体断片の抗原結合ドメインのうちの少なくとも１つが、ＨＬＡ分子に結合した本明細書に記載のＴＡＰを含む複合体を認識する。一実施形態では、多重特異性抗体又は抗体断片の抗原結合ドメインのうちの少なくとも１つは、免疫細胞エフェクター分子を認識する。「免疫細胞エフェクター分子」という用語は、免疫細胞によって発現され、その多重特異性抗体又は抗体断片による係合が免疫細胞の活性化をもたらす分子（例えば、タンパク質）を指す。免疫細胞エフェクター分子の例としては、ＣＤ８ Ｔ細胞などのＴ細胞におけるＣＤ３シグナル伝達複合体、及びＮＫ細胞上の様々な活性化受容体（ＮＫＧ２Ｄ、ＫＩＲ２ＤＳ、ＮＫｐ４４など）が挙げられる。更なる実施形態では、多重特異性抗体又は抗体断片の抗原結合ドメインのうちの少なくとも１つは、Ｔ細胞（例えば、抗ＣＤ３）中のＣＤ３シグナル伝達複合体を認識し、係合する。更なる実施形態では、多重特異性抗体又は抗体断片は、一本鎖ダイアボディ（ｓｃＤｂ）である。更なる実施形態では、ｓｃＤｂは、ＨＬＡ分子に結合した本明細書に記載されるＴＡＰを含む複合体に結合する第１の抗体断片（例えば、ｓｃＦｖ）と、Ｔ細胞内のＣＤ３シグナル伝達複合体（例えば、抗ＣＤ３ ｓｃＦｖ）などの免疫細胞エフェクター分子に結合し、係合する第２の抗体断片（例えば、ｓｃＦｖ）と、を含む。そのような構築物は、例えば、多重特異性抗体又は抗体断片によって認識される腫瘍抗原／ＭＨＣ複合体を発現する腫瘍細胞の細胞傷害性Ｔ細胞媒介性殺傷を誘導するために使用され得る。抗体又はその抗原結合断片は、ＣＡＲ Ｔ細胞、ＣＡＲ ＮＫ細胞などを産生するためのキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）としても使用され得る。ＣＡＲは、所望の抗原（例えば、ＭＨＣ／ＴＡＰ複合体）に対して特異性を提供するリガンド結合ドメイン（例えば、抗体又は抗体断片）を、Ｔ細胞又はＮＫ細胞活性化ドメインなどの活性化細胞内ドメイン（又はシグナル伝達ドメイン）部分と組み合わせ、一次活性化シグナルを提供する。腫瘍細胞によって発現される分子に結合することができる抗体、より具体的にはｓｃＦｖの抗原結合断片は、ＣＡＲにおけるリガンド結合ドメインとして一般的に使用される。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体又は抗体断片（例えば、ｓｃＦｖ）を発現する、宿主細胞、好ましくはＴ細胞又はＮＫ細胞などの免疫細胞を提供する。
【0147】
一実施形態では、可溶性ＴＣＲは、可溶性治療二重特異的ＴＣＲである（例えば、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｊ．２０２１ Ｎｏｖ；２８８（２１）：６１５９－６１７３、Ｄｉｌｃｈｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｂａｓｅｌ）．２０２２ Ｍａｙ １０；１１（２）：３４を参照されたい）。
【0148】
本開示は、上記の免疫細胞（ＣＤ８＋Ｔリンパ球、ＣＡＲ Ｔ細胞）又はＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の集団を含む薬学的組成物又はワクチンに更に関する。そのような薬学的組成物又はワクチンは、上記のように、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤及び／又はアジュバントを含み得る。
【0149】
本開示は、本開示による任意のＴＡＰ又はＳＬＰ（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７及び２２の配列のうちのいずれかを含むか、又はそれらからなる）、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、抗体／抗体断片、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ ＣＡＲ Ｔ細胞）、及び／若しくは組成物、又はそれらの任意の組み合わせの、医薬としての使用又は医薬の製造における使用に更に関する。一実施形態では、医薬は、がんの治療のためのものであり、例えば、がんワクチンである。本開示は、がんの治療における、例えば、がんワクチンとして使用するための、本開示による任意のＴＡＰ、ＳＬＰ、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、抗体／抗体断片、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、及び／若しくは組成物（例えば、ワクチン組成物）、又はそれらの任意の組み合わせに関する。本明細書で特定されるＴＡＰ配列は、ｉ）腫瘍患者に注射される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のインビトロ刺激及び増殖のために使用される、及び／又はｉｉ）がん患者（例えば、ＣＲＣ患者）における抗腫瘍Ｔ細胞応答を誘導若しくは増強するためのワクチンとして使用される、合成ペプチドの産生のために使用され得る。一実施形態では、がん（例えば、ＣＲＣ）は、本明細書に記載されるＴＡＰのうちの１つ以上を発現する。
【0150】
別の態様では、本開示は、対象において、ＣＲＣなどのがんを治療するためのワクチンとして、本明細書に記載のＴＡＰ（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７及び２２）、又はそれらの組み合わせ（例えば、ペプチドプール）、又はＴＡＰ（複数可）をコードする１つ以上の核酸の使用を提供する。本開示はまた、対象において、ＣＲＣなどのがんを治療するためのワクチンとして使用するための、本明細書に記載のＴＡＰ、又はその組み合わせ（例えば、ペプチドプール）、又はＴＡＰ（複数可）をコードする１つ以上の核酸のものを提供する。一実施形態では、対象は、ＴＡＰ特異的Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）のレシピエントである。したがって、別の態様では、本開示は、ＣＲＣなどのがんを治療する（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）方法を提供し、当該方法は、それを必要とする対象に、有効量の、（ＡＰＣなどの細胞の表面に発現される）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ＴＡＰ複合体を認識する（すなわち、それらに結合するＴＣＲを発現する）Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）を投与（注入）することを含む。一実施形態では、本方法は、当該ＣＤ８＋Ｔリンパ球の投与／注入後、当該対象に、有効量のＴＡＰ若しくはその組み合わせ、又はＴＡＰ（複数可）をコードする１つ以上の核酸のもの、及び／又はＴＡＰ（複数可）で負荷されたＭＨＣクラスＩ分子（複数可）を発現する細胞（例えば、樹状細胞などのＡＰＣ）を投与することを更に含む。なお更なる実施形態では、本方法は、それを必要とする対象に、治療有効量の１つ以上のＴＡＰで負荷された樹状細胞を投与することを含む。なお更なる実施形態では、本方法は、それを必要とする患者に、治療有効量の、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＴＡＰに結合する組換えＴＣＲを発現する同種又は自己細胞を投与することを含む。
【0151】
別の態様では、本開示は、対象においてＣＲＣなどのがんを治療する（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）ための、ＴＡＰで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、又はその組み合わせの使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象においてＣＲＣなどのがんを治療する（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）ための医薬の調製／製造のための、ＴＡＰで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、又はその組み合わせの使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象においてＣＲＣなどのがんの治療（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）に使用するための、ＴＡＰで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、又はその組み合わせを提供する。更なる実施形態では、本使用は、当該ＴＡＰ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の使用後、有効量のＴＡＰ（若しくはその組み合わせ）、及び／又はＴＡＰで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞（例えば、ＡＰＣ）の使用を更に含む。
【0152】
本開示はまた、対象において本明細書に開示されるＴＡＰ（例えば、配列番号１～２３及び２５～５０、好ましくは配列番号１～２３、例えば、配列番号１～１７及び２２）のうちのいずれか、又はその組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞（例えば、結腸直腸がん細胞）に対する免疫反応を作成する方法を提供し、この方法は、ＴＡＰ又はＴＡＰの組み合わせで負荷されたクラスＩ ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞傷害性Ｔリンパ球を投与することを含む。本開示はまた、ＴＡＰ又はその組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫応答を生成するための、本明細書に開示されるＴＡＰのうちのいずれか又はＴＡＰの組み合わせで負荷されたクラスＩ ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞傷害性Ｔリンパ球の使用を提供する。
【0153】
一実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。更なる実施形態では、がんは、結腸がんである。別の実施形態では、がんは、直腸がんである。一実施形態では、結腸直腸がんは、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を特徴とする。一実施形態では、結腸直腸がんは、マイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）を特徴とする。一実施形態では、結腸直腸がんは、ＲＡＳ（例えば、ＫＲＡＳ）及び／又はＲＡＦ変異を特徴とする。別の実施形態では、結腸直腸がんは、化学療法に対して耐性／難治性である。別の実施形態では、結腸直腸がんは、ＥＧＦＲ阻害剤に対して耐性／難治性である。
【0154】
一実施形態では、本明細書に記載の方法又は使用は、治療／使用の前に、患者によって発現されるＨＬＡクラスＩアレルを決定することと、患者によって発現されるＨＬＡクラスＩアレルのうちの１つ以上に結合するＴＡＰを投与又は使用することと、を更に含む。例えば、患者がＨＬＡ－Ａ２＊０１及びＨＬＡ－Ｂ０７＊０２を発現すると決定された場合、配列番号６のＴＡＰ（ＨＬＡ－Ａ２＊０１に結合するもの）及び／又は配列番号２、２１、２４、及び／若しくは５０のＴＡＰ（ＨＬＡ－Ｂ０７＊０２に結合するもの）の組み合わせが、患者に投与又は使用され得る。
【0155】
一実施形態では、本開示によるＴＡＰ、ＳＬＰ、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、抗体／抗体断片、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＣＡＲ Ｔ若しくはＮＫ細胞、ＡＰＣ）、及び／若しくは組成物、又はそれらの任意の組み合わせは、がん（例えば、ＣＲＣ）を治療するための１つ以上の追加の活性剤又は療法、例えば、化学療法（例えば、ビンカアルカロイド、微小管形成を妨げる薬剤（例えば、コルヒチン及びその誘導体）、抗血管新生剤、治療用抗体、ＥＧＦＲ標的化剤、チロシンキナーゼ標的化剤（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤）、遷移金属錯体、プロテアソーム阻害剤、代謝拮抗剤（例えば、ヌクレオシド類似体）、アルキル化剤、白金系薬剤、アントラサイクリン抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、マクロライド、レチノイド（例えば、オールトランスレチノイン酸又はその誘導体）、ゲルダナマイシン又はその誘導体（例えば、１７－ＡＡＧ）、手術、免疫チェックポイント阻害剤若しくは免疫療法剤（例えば、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１抗体などのＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤、抗ＣＴＬＡ－４抗体などのＣＴＬＡ－４阻害剤、抗Ｂ７－１／Ｂ７－２抗体などのＢ７－１／Ｂ７－２阻害剤、抗ＴＩＭ３抗体などのＴＩＭ３阻害剤、抗ＢＴＬＡ抗体などのＢＴＬＡ阻害剤、抗ＣＤ４７抗体などのＣＤ４７阻害剤、抗ＧＩＴＲ抗体などのＧＩＴＲ阻害剤）、腫瘍抗原に対する抗体（例えば、抗ＣＤ１９、抗ＣＤ２２抗体）、細胞ベースの療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞、ＣＡＲ ＮＫ細胞）、並びにサイトカイン（例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－２１、ＩＬ－１５）と組み合わせて使用することができる。一実施形態では、本開示によるＴＡＰ、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、及び／又は組成物は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与／使用される。一実施形態では、本開示によるＴＡＰ、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、及び／又は組成物は、ＣＲＣの治療に使用される１つ以上の療法（例えば、手術、化学療法（例えば、５－フルオロウラシル、カペシタビン、オキサリプラチン、イリノテカン、ラルチトレキセド、トリフルリジン、チピラシルを使用）、放射線療法、ベバシズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、レゴラフェニブを組み合わせて投与／使用される。
【0156】
追加の療法は、本開示による、ＴＡＰ、ＳＬＰ、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、抗体／抗体断片、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＣＡＲ Ｔ若しくはＮＫ細胞、ＡＰＣ）、及び／又は組成物の投与前、投与と同時、又は投与後に投与され得る。
【実施例】
【0157】
本開示は、以下の非限定的な例によって更に詳細に例示される。
【0158】
実施例１：実験手順
細胞株。４種類の結腸直腸がん細胞株細胞株［ＣＯＬＯ ２０５（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２２２（商標））、ＨＣＴ １１６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２４７（商標））、ＲＫＯ（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－２５７７（商標））、ＳＷ６２０［ＳＷ－６２０］（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２２７（商標））］及び１種類の正常な胎児小腸細胞株［ＨＩＥＣ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ３２６６（商標））］を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から得た。ＣＯＬＯ２０５、ＨＣＴ１１６、及びＳＷ６２０を、１０％のウシ胎児血清（ＦＢＳ）を補充したＲＰＭＩ－１６４０（Ｇｉｂｃｏ）中で成長させ、ＲＫＯを、１０％のＦＢＳを補充したイーグル最小必須培地（ＥＭＥＭ）（ＡＴＣＣ（登録商標））中で成長させ、ＨＩＥＣ－６を、２０ｍＭのＨＥＰＥＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＧｌｕｔａＭＡＸ（登録商標）（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｎｇ／ｍＬの上皮成長因子（ＥＧＦ）（Ｇｉｂｃｏ）、及び最終濃度４％になるまでのＦＢＳを補充したＯｐｔｉＭＥＭ（登録商標）１ Ｒｅｄｕｃｅｄ Ｓｅｒｕｍ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｇｉｂｃｏ）中で成長させた。全ての細胞を３７℃、５％ＣＯ２で維持した。収集のために、細胞を、温かいＰＢＳですすいだ後、３７℃、５％ＣＯ２で５～１５分間かけてＴｒｙｐＬＥ（商標）Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｅｎｚｙｍｅ（１Ｘ）（Ｇｉｂｃｏ）によりトリプシン処理した。次に、収穫した材料を１０００ｒｐｍで５分間回転させ、暖かいＰＢＳで１回すすぎ、次に氷冷ＰＢＳに再懸濁させた。細胞カウントの後、２×１０８個のＣＲＣ細胞の複製物をペレット化し、更なる使用まで－８０℃で凍結させた。ＣＲＣ細胞株のＭＨＣクラスＩ表面密度は、製造業者の指示に従って、Ｗ６／３２抗ＨＬＡクラスＩ抗体（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）を使用してＱｉｆｉｋｉｔ（商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ）によって決定した。
細胞株。４種類の結腸直腸がん細胞株細胞株［ＣＯＬＯ ２０５（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２２２（商標））、ＨＣＴ １１６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２４７（商標））、ＲＫＯ（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－２５７７（商標））、ＳＷ６２０［ＳＷ－６２０］（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ－２２７（商標））］及び１種類の正常な胎児小腸細胞株［ＨＩＥＣ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ３２６６（商標））］を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から得た。ＣＯＬＯ２０５、ＨＣＴ１１６、及びＳＷ６２０を、１０％のウシ胎児血清（ＦＢＳ）を補充したＲＰＭＩ－１６４０（Ｇｉｂｃｏ）中で成長させ、ＲＫＯを、１０％のＦＢＳを補充したイーグル最小必須培地（ＥＭＥＭ）（ＡＴＣＣ（登録商標））中で成長させ、ＨＩＥＣ－６を、２０ｍＭのＨＥＰＥＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＧｌｕｔａＭＡＸ（登録商標）（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｎｇ／ｍＬの上皮成長因子（ＥＧＦ）（Ｇｉｂｃｏ）、及び最終濃度４％になるまでのＦＢＳを補充したＯｐｔｉＭＥＭ（登録商標）１ Ｒｅｄｕｃｅｄ Ｓｅｒｕｍ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｇｉｂｃｏ）中で成長させた。全ての細胞を３７℃、５％ＣＯ２で維持した。収集のために、細胞を、温かいＰＢＳですすいだ後、３７℃、５％ＣＯ２で５～１５分間かけてＴｒｙｐＬＥ（商標）Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｅｎｚｙｍｅ（１Ｘ）（Ｇｉｂｃｏ）によりトリプシン処理した。次に、収穫した材料を１０００ｒｐｍで５分間回転させ、暖かいＰＢＳで１回すすぎ、次に氷冷ＰＢＳに再懸濁させた。細胞カウントの後、２×１０８個のＣＲＣ細胞の複製物をペレット化し、更なる使用まで－８０℃で凍結させた。ＣＲＣ細胞株のＭＨＣクラスＩ表面密度は、製造業者の指示に従って、Ｗ６／３２抗ＨＬＡクラスＩ抗体（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）を使用してＱｉｆｉｋｉｔ（商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ）によって決定した。
【0159】
一次組織。一致した結腸腺がん腫瘍及び正常な隣接組織（ＮＡＴ）からなる６対の一次ヒト試料をＴｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓから購入した。組織試料を、治療のファーストラインとして手術を受けた患者から採取し、液体窒素中で急速凍結させた。一次組織試料に関する更に多くの情報は、表２中に見出すことができる。
【0160】
ＲＮＡ抽出。細胞株のＲＮＡ抽出のために、１００万～２００万個の細胞を収集し、氷冷ＰＢＳで１回洗浄した。次に、細胞をＴｒｉｚｏｌ（商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に再懸濁させた。細胞株及び一次組織試料について、製造業者によって推奨されるようにＡｌｌＰｒｅｐ（商標）ＤＮＡ／ＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌキット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＲＮｅａｓｙ（商標）Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、全ＲＮＡを単離した。
【0161】
ＲＮＡ配列決定。５００ｎｇの全ＲＮＡをライブラリー調製に使用した。ＲＮＡ品質制御を、２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（商標）システム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）上のＢｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（商標）ＲＮＡ ６０００ Ｎａｎｏアッセイにより評価し、全ての試料が８を超えるＲＩＮを有していた。ＫＡＰＡ ｍＲＮＡｓｅｑ Ｈｙｐｅｒｐｒｅｐ（商標）キット（Ｒｏｃｈｅ）により、ライブラリーを調製した。ライゲーションを、ＩｌｌｕｍｉｎａデュアルインデックスＵＭＩ（ＩＤＴ）により行った。ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ（商標）ＤＮＡ１０００チップ上で検証され、ＱｕＢｉｔ及びｑＰＣＲによって定量化された後、ライブラリーを等モル濃度までプールし、Ｎｅｘｔｓｅｑ（商標）Ｈｉｇｈ Ｏｕｔｐｕｔ １５０（２×７５ｂｐ）サイクルキットを使用して、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｎｅｘｔｓｅｑ５００により配列決定した。細胞株及び組織試料について、それぞれ平均で１億２９００万回及び９５００万回のペアエンドＰＦリードを生成した。ライブラリー調製及び配列決定は、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ（ＩＲＩＣ）のＧｅｎｏｍｉｃ Ｐｌａｔｆｏｒｍで行った。
【0162】
バイオインフォマティクス分析。配列を、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃバージョン０．３５を使用してトリミングし（１７）、ＳＴＡＲバージョン２．７．１ａを使用して、参照ヒトゲノムバージョンＧＲＣｈ３８（Ｅｎｓｅｍｂｌ ９９に基づく、Ｇｅｎｃｏｄｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ３３からの遺伝子アノテーション）にアラインメントした（１８）。遺伝子発現は、これらの鎖状ＲＮＡライブラリーについて、ＴＰＭ値において、正規化された遺伝子及び転写産物レベル発現を得るために、ＳＴＡＲから直接的にリードカウントとして得られ、及びＲＳＥＭを使用して計算された（１９）。
【0163】
ＨＬＡ遺伝子型決定。ＯｐｔｉＴｙｐｅ（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ＦＲＥＤ－２／ＯｐｔｉＴｙｐｅ）を使用して、細胞株及び組織のＨＬＡ遺伝子型決定を行った（２０）。
【0164】
マイクロサテライト不安定性予測。一次腫瘍試料のＭＳＩステータスは、対になった腫瘍及びＮＡＴを使用して、ＭＳＩｓｅｎｓｏｒプログラムを使用して予測された（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｄｉｎｇ－ｌａｂ／ｍｓｉｓｅｎｓｏｒ）（２１）。
【0165】
差次的発現分析。ＤＥＳｅｑ２バージョン１．２２．２（２２）を使用して、遺伝子リードカウントを正規化し、腫瘍試料と正常試料との間の差次的発現を計算した。主成分分析（ＰＣＡ）を、最初の２つの最も重要な成分について正規化されたｌｏｇリードカウントを使用して生成した。細胞株の差次的発現分析のために、正常細胞株（ＨＩＥＣ－６）と比較した、４種類のＣＲＣ細胞株の平均発現間の倍率変化を計算した。有意に差次的に発現された遺伝子（ＤＥＧ）は、（０．０５未満のｐａｄｊを有するもの）であり、Ｍｅｔａｓｃａｐｅツールを使用して、ＧＯ ｔｅｒｍについて│ｌｏｇ２倍率変化│＞１であるとみなされるものであった（２３）。組織の対応あり差次的発現分析のために、ＴＰＭ正規化された値を使用して、腫瘍／ＮＡＴ対を比較した。調整されたｐ値によってフィルタリングするのではなく、組織の単回複製のみを配列決定したため、│ｌｏｇ２倍率変化│＞１を有するＧＯ ｔｅｒｍ分析について６名全ての対象において有意に差次的に発現された遺伝子のみを選択した。ＭＳＳ組織とＭＳＩ組織との間で差次的に発現した遺伝子を調べるとき、同じ倍率変化閾値を適用した。ＭＳＩ ＤＥＧのＧＯ ｔｅｒｍ分析のために、両方のＭＳＩ組織において排他的に差異的に発現された（すなわち、任意のＭＳＳ組織におけるＤＥＧとはみなされなかった）遺伝子を選択した。ＭＳＳ ＤＥＧのＧＯ ｔｅｒｍ分析については、遺伝子が３つ以上のＭＳＳ組織において差異的に発現された場合に、その遺伝子が考慮された。
【0166】
組織試料のトランスクリプトーム分析。組織試料のトランスクリプトームにおける様々なバイオタイプの割合を、以前に記載されているように決定した（２４）。簡潔に述べると、Ｋａｌｌｉｓｔｏ（１９）によるＥｎｓｅｍｂｌアノテーション付き転写産物の定量化及びアラインメントの後、転写産物及び反復要素を、ＵＳＣＳ Ｔａｂｌｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ＧＲＣｈ３８リピートマスカーデータベースからの遺伝子リピート特定を追加したＥｎｓｅｍｂｌアノテーション付き転写産物を含むＫａｌｌｉｓｔｏインデックスを使用してアノテーションした（２５）。
【0167】
変異プロファイル／「遺伝子バリアントアノテーション」。ＳＮＰＥｆｆ（ｈｔｔｐｓ：／／ｐｃｉｎｇｏｌａ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ＳｎｐＥｆｆ／＃ｓｎｐｅｆｆ）を使用して、細胞株及び一次生検の両方について、遺伝子バリアントコーリングを実施した（２６）。
【0168】
データベース生成。全般的ながんデータベースを、以前に記載されているように構築した（１６）。簡潔に述べると、ＲＮＡ－ｓｅｑリードを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃバージョン０．３５を使用してトリミングし（１７）、ＳＴＡＲバージョン２．７．１ａを使用して、参照ヒトゲノムバージョンＧＲＣｈ３８（Ｅｎｓｅｍｂｌ ９９に基づく、Ｇｅｎｃｏｄｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ３３からの遺伝子アノテーション）にアラインメントした（１８）。Ｋａｌｌｉｓｔｏ（ｈｔｔｐｓ：／／ｐａｃｈｔｅｒｌａｂ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｋａｌｌｉｓｔｏ）を使用して、ＴＰＭにおける転写産物発現を定量化した（１９）。試料特異的エキソームは、Ｆｒｅｅｂａｙｅｓ（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｅｋｇ／ｆｒｅｅｂａｙｅｓ）で特定された単一ヌクレオチドバリアント（品質＞２０）をＰｙＧｅｎｏに組み込むことによって構築された（２７）。次いで、ＴＰＭ＞０を有するアノテーション付きオープンリーディングフレームを、インシリコで翻訳し、ｆａｓｔａフォーマットでカノニカルプロテオームに追加した。がん特異的プロテオームを生成するために、ＲＮＡ－ｓｅｑリードを、ｋｍｅｒとして知られる３３個のヌクレオチド配列に切断し、ｍＴＥＣにおいて２未満で存在するｋｍｅｒのみ、又は細胞株及び組織について一致したＮＡＴをそれぞれ保存した。重複するｋｍｅｒをコンティグに組み立て、次いで３フレームをインシリコで翻訳した。注目すべきことに、ｋｍｅｒアプローチによって生成された短いペプチド配列を、次いで、およそ１万個のアミノ酸のより長い配列に連結した。これらのペプチドを、セパレータとして「ＪＪ」配列を使用して連結し、これをＰｅａｋｓＸ＋ソフトウェアによって内部的に認識し、この配列の出現時に配列を分割した。次いで、カノニカルプロテオーム及びがん特異的プロテオームを連結して、全般的ながんデータベースを作成した。細胞株データベースは、平均で３．３８×１０６個の配列からなっていた。
【0169】
ＭＡＰの単離。ＣＲＣ細胞株ペレット試料（複製物当たり２×１０８個の細胞、細胞株当たり４個の複製物）を最大２ｍＬのＰＢＳで再懸濁させ、次いで、２ｍＬの氷冷２倍溶解緩衝液（１％ｗ／ｖのＣＨＡＰＳ）を添加することによって可溶化した。腫瘍及び正常な隣接組織試料（４５５ｍｇ～６９３ｍｇ）を小片（立方体、サイズ約３ｍｍ）に切断し、タンパク質阻害剤カクテル（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号Ｐ８３４０－５ｍｌ）を含有する氷冷ＰＢＳ ５ｍｌを添加した。最初に、速度２００００ｒｐｍに設定したＵｌｔｒａ Ｔｕｒｒａｘ Ｔ２５ホモジナイザ（ＩＫＡ－Ｌａｂｏｒｔｅｃｈｎｉｋ）を使用して２０秒間、次いで、速度２５０００ｒｐｍに設定したＵｌｔｒａ Ｔｕｒｒａｘ Ｔ８ホモジナイザ（ＩＫＡ－Ｌａｂｏｒｔｅｃｈｎｉｋ）を使用して２０秒間、２回均質化した。次いで、５５０μｌの氷冷１０倍溶解緩衝液（５％ｗ／ｖのＣＨＡＰＳ）を各試料に添加した。４℃でタンブリングしながら６０分間インキュベーションした後、組織試料及びＣＲＣ細胞株試料を１００００ｇで、４℃にて３０分間遠心分離した。上清を、１ｍｇのＷ６／３２抗体共有結合架橋タンパク質Ａ磁気ビーズを含有する新しいチューブに移し、ＭＡＰを前述のように免疫沈降させた（２８）。次いで、ＭＡＰ抽出物を、Ｓｐｅｅｄ－Ｖａｃを使用して乾燥させ、ＭＳ分析の前に凍結したままにした。
【0170】
ＴＭＴ標識。ＭＡＰ抽出物を２００ｍＭのＨｅｐｅｓ緩衝液（ｐＨ８．１）に再懸濁させた。無水アセトニトリル中の５０μｇのＴＭＴ試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、以下のように試料に添加した。ＣＲＣ細胞株複製物を、ＴＭＴ６ｐｌｅｘ（ロット番号ＵＧ２８７１６６）チャネルＴＭＴ６－１２６－１２９で標識し、組織試料を、ＴＭＴ１０ｐｌｅｘ（ロット番号ＵＨ２８５２２８）－１２６（ＮＡＴ）及び－１２７Ｎ（腫瘍）で標識した。試料を穏やかにボルテックスし、室温で１．５時間反応させた。次いで、試料を、５０％ヒドロキシルアミンを用いて室温で３０分間クエンチし、次いで、４％ＦＡ／Ｈ２Ｏで希釈した。ＣＲＣ細胞株複製物及び個々のＮＡＴ腫瘍対を組み合わせた。次いで、試料を自家製のＣ１８膜（Ｅｍｐｏｒｅ）カラム上で脱塩し、注入まで－２０℃で保存した。一次組織試料中の目的のＭＡＰを定量化するために、０．７５～１９２ｆｍｏｌｅの濃度の合成ペプチドを、ＴＭＴ １０ｐｌｅｘチャネル－１２８Ｎ、－１２８Ｃ、－１２９Ｎ、－１２９Ｃ、－１３０Ｎ、－１３０Ｃ、－１３１で標識し、一方、ＮＡＴ組織及びＣＲＣ組織を、それぞれ－１２６及び１２７Ｎで標識した。チャネル間の汚染を評価するために、チャネル－１２７Ｃを空のままにしたことに留意されたい。
【0171】
液体クロマトグラフィー－タンデムＭＳ分析。乾燥ペプチド抽出物を、４％のＦＡに再懸濁させ、ＥＡＳＹ－ｎＬＣ ＩＩシステム上で、０％～３０％のＡＣＮ（０．２％ＦＡ）からの１０６分間の勾配及び流速６００ｎＬ／分を用いて、自家製のＣ１８分析カラム（Ｃ１８ Ｊｕｐｉｔｅｒ Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘを充填した２０ｃｍ×内径１５０μｍ）にロードした。試料を、Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｅｘｐｌｏｒｉｓ ４８０分光計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、２．８ｋＶのＮａｎｏｆｌｅｘ源を有する陽イオンモードで分析した。２４０，０００分解能で取得された各々の完全ＭＳスペクトルの後に、２０個のＭＳ／ＭＳスペクトルが続き、３０，０００の分解能、１００％の自動ゲイン制御ターゲット、７００ｍｓの注入時間、及び４０％の衝突エネルギーを用いたＭＳ／ＭＳ配列決定のために、最も豊富な多重荷電イオンを選択した。
【0172】
ＭＡＰ特定。ＰｅａｋｓＸ＋ソフトウェア（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．）を使用して、データベース検索を行った（２９）。前駆体質量及び断片イオンのエラー耐性を、それぞれ１０．０ｐｐｍ及び０．０１Ｄａに設定した。非特異的ダイジェストモードを使用した。ＴＭＴ６ｐｌｅｘ又は１０ｐｌｅｘを、固定ＰＴＭとして設定し、可変修飾には、リン酸化（ＳＴＹ）、酸化（Ｍ）、脱アミド化（ＮＱ）、及びＴＭＴ６ｐｌｅｘ又は１０ｐｌｅｘ ＳＴＹが含まれていた。次いで、ピーク検索をＭＡＰＤＰにロードし（３０）、これを使用して、以下のフィルタを適用した。５％ＦＤＲを使用して、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１ｂ予測に基づいてランク溶出リガンド閾値≦２％を有する、８～１１アミノ酸長のペプチドを選択する。
【0173】
ＲＮＡ－ＳｅｑデータにおけるＭＡＰコード配列の定量化。ＭＡＰコード配列（ＭＣＳ）を、以前に記載されているようにＲＮＡ－ｓｅｑデータで定量化した（３１）。簡潔に述べると、ＭＣＳを、当施設のｐｙｔｈｏｎスクリプトを用いて全ての可能なヌクレオチド配列に逆翻訳した（ＺｅｎｏｄｏにＤＯＩ：３７３９２５７で寄託）。次いで、ヌクレオチド配列を、ＧＳＮＡＰを用いてゲノム上にマッピングして（３２）、所与のＭＡＰをコードすることができる全ての可能なゲノム位置を決定した。ＭＣＳはまた、ＭＡＰが重複するスプライス部位を説明するためにトランスクリプトーム上にマッピングされ、次いで、これらのＭＡＰに対応するトランスクリプトームの部分もまた、ＧＳＮＡＰを用いて参照ゲノム上にマッピングされた。目的のＭＡＰについて、ＭＣＳを含む全てのリードのゲノムアラインメントを行った。ＧＳＮＡＰの出力をフィルタリングして、配列と参照との間の完全な一致のみを保持して、所与のＭＡＰをコードすることができる全ての可能なゲノム領域を含有するファイルを得た。ＳＴＡＲにより参照ゲノム上にアラインメントされた、各々の所望のＲＮＡ－Ｓｅｑ試料（ＣＲＣ及びＮＡＴ、ＧＴＥｘ、又はＴＣＧＡ試料など）におけるそれぞれのゲノム位置でＭＣＳを含有するリードの数を合計した。最後に、所与のＭＡＰの全てのリードカウントを合計し、目的の各試料において配列決定されたリードの総数に対して正規化し、１億当たりのリード（ＲＰＨＭ）カウントを得た。
【0174】
ＭＡＰ源転写産物の決定。どの割合の組織試料ＭＡＰが特定の転写産物バイオタイプに由来するかを調べるために、１億当たりのｋｍｅｒ（ＫＰＨＭ）定量化に基づく最も豊富な推定供給源転写産物を決定した。がん特異的（ｋｍｅｒ）データベースからのペプチドについては、ＭＣＳを全ての可能なヌクレオチド配列に逆翻訳し、所与のＭＡＰをコードすることができる全ての可能なゲノム領域を特定した（上の「ＲＮＡ－ＳｅｑデータにおけるＭＡＰコード配列の定量化」を参照されたい）。最後に、Ｋａｌｌｉｓｔｏを使用して、その位置で最も多く発現された転写産物を決定し、次いで、これを、所与のペプチドについての最も可能性の高い転写産物として割り当てた。１つより多い推定供給源転写産物を有するペプチドは、分析から除外した。
【0175】
ＴＳＡ候補の特定。ＴＳＡ候補は、厳格なＴＳＡ特定パイプラインによって特定した。まず、ＭＡＰは、タンパク質データベースからペプチド配列アクセッションを検索し、これを使用して各ペプチドのヌクレオチド配列を抽出する、ペプチド分類を受けた。各々のがん組織及び正常組織からのＲＮＡ－Ｓｅｑデータを、Ｊｅｌｌｙｆｉｓｈ ２．２．３（－Ｃオプションを使用する）によって２４ヌクレオチド長ｋ－ｍｅｒデータベースに変換し、これを使用して、各ＴＳＡ候補コード配列の２４ヌクレオチド長ｋ－ｍｅｒセットを照会した。所与のペプチドコード配列と完全に重複するリードの数を、ｋ－ｍｅｒセットの最小出現数（ｋｍｉｎ）を使用して推定した。一般に、１つのｋ－ｍｅｒは、常に単一のＲＮＡ－Ｓｅｑリードに由来する。次いで、このｋｍｉｎ値を、以下の式ｋｐｈｍ＝（ｋｍｉｎ×１０８）ｒｔｏｔ（式中、ｒｔｏｔは、所与のＲＮＡ－Ｓｅｑ実験で配列決定されたリードの総数を表している）を使用して、配列決定された１０８個のリード当たり検出されたいくつかのｋ－ｍｅｒ（ｋｐｈｍ）に変換した。ペプチドのＲＮＡコード配列が、正常（細胞株についてはプールされたｍＴＥＣ試料、組織については一致したＮＡＴ）よりも、がんにおいて少なくとも１０倍高く発現し、正常において２ＫＰＨＭ未満を発現した場合にのみ、ペプチドを保持した。その後のフィルタリングにより、区別することができないイソロイシン／ロイシンバリアントを有するペプチドを除去した。ＩＬバリアントを有するペプチドは、最も多く発現したバリアントが上述の基準を満たす場合にのみ、保持された。上述のように、残りのペプチドのＭＣＳをＲＮＡ－ｓｅｑデータで定量化し、それらの発現がｍＴＥＣ及び他の正常組織（ＧＴＥｘ）において８．５５ＲＰＨＭ未満である場合にのみ保持した。各ペプチドのゲノム局在化は、ＢＬＡＴ（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｃｇｉ－ｂｉｎ／ｈｇＢｌａｔ，Ｋｅｎｔ ＷＪ．ＢＬＡＴ － ｔｈｅ ＢＬＡＳＴ－ｌｉｋｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｔｏｏｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．２００２ Ａｐｒ；１２（４）：６５６－６４．ＰＭＩＤ：１１９３２２５０）を使用して、各ＭＣＳを含有するリードを、参照ゲノム（ＧＲＣｈ３８．９９）にマッピングすることによって割り当てられた。ゲノム位置が不明な場合、又はそれらが超可変領域（ＨＬＡ、Ｉｇ、又はＴ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子）にマッピングされた場合、ペプチドを除外した。最後に、残りの候補のＭＳ／ＭＳスペクトルを手動で検証した。ペプチドは、それらのアミノ酸配列が参照と異なる場合、及び変異が既知の生殖細胞多型でない場合、ｍＴＳＡとして分類された。ペプチドは、腫瘍中で正常と比較して１０倍以上過剰発現され、ｍＴＥＣ（及び組織の場合はＮＡＴ）中で０．２ＫＰＨＭ以下であった場合、ａｅＴＳＡとして分類され、がんにおいて１０倍以上過剰発現されたが、ｍＴＥＣ及び／又はＮＡＴにおける発現が０．２ＫＰＨＭより大きかった場合、ＴＡＡとして分類された。最終的に、各ＴＳＡ／ＴＡＡの起源転写産物は、ｋａｌｌｉｓｔｏ定量化ファイルからの最も多く発現したペプチド重複転写産物を選択することによって帰属された（データベース生成のセクションを参照されたい）。
【0176】
腫瘍間共有。他のＣＲＣ腫瘍におけるＴＳＡ及びＴＡＡ配列の腫瘍間分布を調べるために、ＴＣＧＡからの１５１個の結腸腺がん（ＣＯＡＤ）試料におけるペプチドコード配列のｌｏｇ（ＲＰＨＭ＋１）発現を決定した（「ＲＮＡ－ＳｅｑデータにおけるＭＡＰコード配列の定量化」を参照されたい）。
【0177】
免疫原性予測。目的のＭＡＰの予測免疫原性は、Ｒ ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｐｉｔｏｐｅ ｖ３．０．１（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｍａｓａｔｏ－ｏｇｉｓｈｉ／Ｒｅｐｉｔｏｐｅ）により決定された（３４）。
【0178】
ＴＳＡペプチド候補の検証。ＴＳＡ及び選択されたＴＡＡ配列の合成ペプチドは、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔから得た。合成ペプチドをＤＭＳＯ中で１ｎｍｏｌ／μＬの濃度まで可溶化し、全ての合成ペプチドを１０ｐｍｏｌ／μＬの濃度でストック溶液中で組み合わせた。ストック溶液を、自家製Ｃ１８膜（Ｅｍｐｏｒｅ）カラム上で１５０ｐｍｏｌのアリコートで脱塩し、Ｓｐｅｅｄ－Ｖａｃを使用して乾燥させた。乾燥したペプチド抽出物を、記載されているようにＴＭＴ１０ｐｌｅｘチャネルで標識し（「ＴＭＴ標識」のセクションを参照されたい）、脱塩し、Ｓｐｅｅｄ－Ｖａｃで乾燥させた。標識した合成ペプチドを、４％のＦＡに再懸濁させ、１ｐｍｏｌの各合成ペプチドを、ＥＡＳＹ－ｎＬＣ ＩＩシステム上で、０％～３０％のＡＣＮ（０．２％ＦＡ）からの７６分間の勾配及び流速６００ｎＬ／分を用いて、自家製のＣ１８分析カラム（Ｃ１８ Ｊｕｐｉｔｅｒ Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘを充填した２０ｃｍ×内径１５０μｍ）にロードした。試料を、Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｅｘｐｌｏｒｉｓ ４８０分光計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、２．８ｋＶのＮａｎｏｆｌｅｘ源を有する陽イオンモードで分析した。各々の完全ＭＳスペクトルは、１２００００分解能で取得され、包含リストを使用して、４０％の衝突エネルギー及び１ｍ／ｚの単離ウィンドウによる断片化のためのイオンを選択した。３００００の分解能でＭＳ／ＭＳを取得した。ＭＳ／ＭＳ相関を、以前に記載されているように計算した（１７）。簡潔に述べると、予想されるペプチド断片をｐｙｔｅｏｍｉｃｓ ｖ４．０．１（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｉｔｂｕｃｋｅｔ．ｏｒｇ／ｌｅｖｉｔｓｋｙ／ｐｙｔｅｏｍｉｃｓ）により計算し、再現可能に検出されたペプチド断片を特定した。これらの断片のルートスケールの強度は、内因性ペプチドスキャン対と合成ペプチドスキャン対との間で相関し、ＳｃｉＰｙ ｖ１．２．１（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｐｙ．ｏｒｇ／）を使用して、ピアソン相関係数、ｐ値、及び信頼区間を計算した。最も低いｐ値を有するスキャン対のミラープロットを、ｓｐｅｃｔｒｕｍ＿ｕｔｉｌｓ ｖ０．２．１（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｂｉｔｔｒｅｍｉｅｕｘ／ｓｐｅｃｔｒｕｍ＿ｕｔｉｌｓ）を使用して、各ペプチドについて生成した。
【0179】
相対定量化。一次組織試料中の目的のＭＡＰを相対的に定量化するために、それぞれＴＭＴ １０ｐｌｅｘ－１２９Ｎ、１３０Ｎ、及び１３１Ｎで標識された１０、１００、又は１０００ｆｍｏｌの濃度の合成ペプチドを、それぞれＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２６及び１２７Ｎで標識されたＮＡＴ及びＣＲＣ組織試料からの残りの精製ＭＡＰにスパイクした。汚染を評価するために、チャネルＴＭＴ １０ｐｌｅｘ－１２７Ｃを空のままにしたことに留意されたい。試料を、Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｆｕｓｉｏｎ Ｔｒｉｂｒｉｄ分光計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、２．４ｋＶのＮａｎｏｆｌｅｘ源を有する陽イオンモードで分析した。同期前駆体選択ＭＳ３（ＳＰＳ－ＭＳ３）について、目的のペプチドの包含リストを使用して、３００～１０００ｍ／ｚの範囲、１２００００のＯｒｂｉｔｒａｐ分解能、５．０ｅ５の自動ゲイン制御（ＡＧＣ）、及び５０ｍｓの最大注入時間で、完全ＭＳスキャンを取得した。ＭＳ２のための３ｓ最高速度アプローチを、０．４ｍ／ｚの単離ウィンドウ、３５％の衝突誘導性解離、「正常な」イオントラップスキャンレートモード、２．０ｅ４のＡＧＣターゲット、及び５０ｍｓの最大注入時間で、イオントラップで使用した。これに続いて、ＭＳ３取得のための８つの同期前駆イオンの選択が行われ、これは、１１０～５００ｍ／ｚのスキャン範囲、５００００のＯｒｂｉｔｒａｐ分解能、１．０ｅ５のＡＧＣ、３００ｍｓの最大注入時間、２．０ｍ／ｚの分離ウィンドウ、及び６５％のＨＣＤ衝突エネルギーにより行われた。ＬＣ－ＭＳ機器は、Ｘｃａｌｉｂｕｒバージョン４．４（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ）を使用して制御された。前駆体質量及び断片イオンのエラー耐性を、それぞれ１０．０ｐｐｍ及び０．５Ｄａに設定した。非特異的ダイジェストモードを使用した。ＴＭＴ１０ｐｌｅｘを、固定ＰＴＭとして設定し、可変修飾には、リン酸化（ＳＴＹ）、酸化（Ｍ）、脱アミド化（ＮＱ）、及びＴＭＴ１０ｐｌｅｘ ＳＴＹが含まれていた。定量化のために、ＰＳＭをフィルタリングして、ＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２７Ｃチャネル内に汚染を有するものを除外して、７０番目の強度パーセンタイル内のものを選択した。全ての関連チャネルのＭＳ２前駆体プロファイル及び強度プロファイルを手動で精査して、定量化のためのペプチドを選択した。各ペプチドの強度比は、良好な品質のＰＳＭの平均ＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２７Ｎ及びＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２６強度を使用して計算された。
【0180】
データ分析及び視覚化。図１は、ＢｉｏＲｅｎｄｅｒ．ｃｏｍ．により生成した。他の図の大部分は、Ｐｙｔｈｏｎ ｖ３．７．６、Ｒ ｖ３．６．３、又はＯｒｉｇｉｎ（Ｐｒｏ）２０１９ｂで作成された。Ｒ ｐａｃｋａｇｅには、Ｒｅｐｉｔｏｐｅ ｖ３．０．１（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｍａｓａｔｏ－ｏｇｉｓｈｉ／Ｒｅｐｉｔｏｐｅ）（３４）、ＵｐｓｅｔＲ ｖ１．４．０（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｈｍｓ－ｄｂｍｉ／ＵｐＳｅｔＲ）（３５）、ＧＳＶＡ ｖ１．３８．２（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｒｃａｓｔｅｌｏ／ＧＳＶＡ）（３６）、ＥＳＴＩＭＡＴＥ ｖ１．０．１３（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｍｄａｎｄｅｒｓｏｎ．ｏｒｇ／ｅｓｔｉｍａｔｅ／）（３７）が含まれる。
【0181】
実験設計及び統計的根拠。結腸直腸がんのＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームを効果的に解明するために、４種類のＣＲＣ細胞株を選択し、一致した腫瘍及び正常な隣接組織（ＮＡＴ）の両方からなるヒト対象からの６個の試料を取得した。ＮＡＴは、各々のそれぞれの腫瘍について最も効果的な対照であるため、健康な組織の近似として使用した。細胞株については、一致した試料を利用することができなかったため、６個のｍＴＥＣ試料のプールを全般的ながんデータベースの作成に使用して、おおよその正常なＲＮＡ発現の幅広い余地を得た。全ての場合のｐ値は、免疫原性スコアの有意性の決定を除き、２つの試料のｔ検定を使用して決定される。免疫原性スコアの有意性の決定の場合には、シャピロ検定によって決定されるように、データが正規分布を有していなかったため、マン・ホイットニ検定が使用された。ｔ検定の場合、ｆ検定を実施して、データセットが有意な変動を有していたかどうかを決定した。有意な変動を有していた場合、変動を想定したｔ検定が使用され、そうでない場合には、変動がないと仮定したｔ検定が使用された。ＣＲＣ由来細胞株について、２×１０８個の細胞の４個の技術的複製物を調製し、これらをＴＭＴ標識し、注入前に多重化した。組織材料が限られていることに起因して、一次試料からの精製ＭＡＰの半分を注入して、全体的な免疫ペプチドミクスデータを取得し、全般的な免疫ペプチドームデータを得て、残りの試料を合成ペプチドを用いた標的分析に使用して、推定ＴＳＡ及び選択されたＴＡＡの配列及び存在量を確認した。定量化のために高品質のＰＳＭを選択するために、空のＴＭＴチャネル内の低強度のもの又は汚染を伴うものを除外した。更に、好ましいＭＳ２前駆体及び強度プロファイルを有するペプチドのみを定量化した。
【0182】
実施例２：プロテオゲノミクスアプローチを使用した免疫ペプチドーム分析
結腸直腸がんの免疫ペプチドームの組成を決定するために、一致した腫瘍及び正常な隣接組織からなる、４種類の結腸直腸がん由来細胞株及び６セットの一次腺がん試料から構成される試料の集合を分析した（表１及び２）。ペアエンドＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－ｓｅｑ）は、任意のゲノム起源からの非カノニカル配列を包含するために３つのリーディングフレームに翻訳されるがん特異的ｋｍｅｒの生成によって作成される、カノニカルがんプロテオーム、及び各試料についてのがん特異的プロテオームからなる全般的ながんデータベースの作成を可能にした（図１）。髄質胸腺上皮細胞（ｍＴＥＣ）は、胸腺内に末梢抗原を提示し、自己反応性Ｔ細胞の陰性選択を媒介する（３８）。ＣＲＣ由来細胞株の場合、健康な組織におけるこれらの配列の発現に近似するｍＴＥＣ由来配列を減算した後、がん特異的ｋｍｅｒを得た。一次組織試料については、一致したＮＡＴからの配列を減算した後、がん特異的ｋｍｅｒを生成した。このアプローチは、腫瘍において発現され、同じ個体の健康な結腸組織において観察されない配列の決定を可能にした。データベース構築に加えて、ＧＯ ｔｅｒｍ分析、免疫浸潤の調査、変異プロファイリング、及び転写産物存在量の決定を含む、トランスクリプトーム分析にもＲＮＡ－ｓｅｑデータを使用した（図１）。
結腸直腸がんの免疫ペプチドームの組成を決定するために、一致した腫瘍及び正常な隣接組織からなる、４種類の結腸直腸がん由来細胞株及び６セットの一次腺がん試料から構成される試料の集合を分析した（表１及び２）。ペアエンドＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－ｓｅｑ）は、任意のゲノム起源からの非カノニカル配列を包含するために３つのリーディングフレームに翻訳されるがん特異的ｋｍｅｒの生成によって作成される、カノニカルがんプロテオーム、及び各試料についてのがん特異的プロテオームからなる全般的ながんデータベースの作成を可能にした（図１）。髄質胸腺上皮細胞（ｍＴＥＣ）は、胸腺内に末梢抗原を提示し、自己反応性Ｔ細胞の陰性選択を媒介する（３８）。ＣＲＣ由来細胞株の場合、健康な組織におけるこれらの配列の発現に近似するｍＴＥＣ由来配列を減算した後、がん特異的ｋｍｅｒを得た。一次組織試料については、一致したＮＡＴからの配列を減算した後、がん特異的ｋｍｅｒを生成した。このアプローチは、腫瘍において発現され、同じ個体の健康な結腸組織において観察されない配列の決定を可能にした。データベース構築に加えて、ＧＯ ｔｅｒｍ分析、免疫浸潤の調査、変異プロファイリング、及び転写産物存在量の決定を含む、トランスクリプトーム分析にもＲＮＡ－ｓｅｑデータを使用した（図１）。
【表4】
【表5】
【表6】
【0183】
ＭＨＣ Ｉ：ペプチド複合体を免疫沈降によって単離し、溶出したＭＨＣ Ｉ関連ペプチド（ＭＡＰ）をタンデム質量タグ（ＴＭＴ）等圧標識試薬で標識した。ＴＭＴ標識は、近年、それらの電荷状態及び疎水性を増加させることによって、ＭＡＰの検出を強化することが示されたからである（３７）。次いで、ＭＡＰを配列決定し、ＲＮＡ－ｓｅｑによって生成された個別化されたがんデータベースを使用して、液体クロマトグラフィータンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）によって分析した。次いで、特定したＭＡＰは、推定ＴＳＡ及びＴＡＡを特定するために、一連の厳格な分類及び検証を受けた。次いで、ＣＲＣ組織において特定された腫瘍抗原を検証し、合成ペプチドで定量して、それらが腫瘍の細胞表面でどの程度過剰発現されたかを決定し、それらの予測された免疫原性及び腫瘍間分布も調べ、それらの臨床的可能性の感覚を得た（図１）。
【0184】
本研究では、表１にまとめられるように、異なるアレル及び特徴を有する４種類のＣＲＣ由来細胞株を使用した。ＨＣＴ１１６及びＲＫＯは、一次腫瘍に由来し、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を特徴とするが、一方、Ｃｏｌｏ２０５及びＳＷ６２０は、それぞれ、腹水及びリンパ節の転移に由来し、両方ともマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）である。これらの細胞株は、１．４４×１０５～５．０７×１０５個のＭＨＣ Ｉ分子／細胞及びＨＬＡアレルの多様性の範囲の幅広いＭＨＣ Ｉ表面発現を有する。４種類の細胞株の中には、ＢＲＡＦ、ＲＡＳ、ＳＭＡＤ４、ＴＰ５３、及びＰＩ３ＣＡなどのいくつかの重要な遺伝子の変異がある。これらの細胞株は、Ｑｉｆｉｋｉｔによって決定されるように、１．４４×１０５～５．０７×１０５個のＭＨＣ Ｉ分子／細胞の範囲の様々なＭＨＣ Ｉ表面発現、試料のＨＬＡアレルを予測するためのＲＮＡ－Ｓｅｑデータを使用するＨＬＡ遺伝子型決定ツールであるＯｐｔｉＴｙｐｅを使用して特定されたＨＬＡアレルの多様性を、文献に示されたこれらの細胞株についてのＨＬＡアレルと組み合わせて有する（表１）（２２）。
【0185】
一次腫瘍試料の全ては、腫瘍グレード及びＴＮＭ（腫瘍結節転移）分類においてわずかに変化する、ステージＩＩの腺がんに由来する（表２）。一次試料は、９５～１００％の腫瘍含有量を有しており、０．６６２５グラムの平均質量を有していた。腫瘍は、Ｓ１（盲腸）及びＳ５（上行結腸）を除き、全てＳ字結腸に由来する。Ｓ２を除く全ての患者が女性であり、患者の年齢は４３～８５歳の範囲であり、平均年齢は６２歳である。細胞株と同様に、組織試料も様々なＨＬＡアレルを有する。細胞株及び組織試料に固有の、又はそれらに共有されるＨＬＡアレルの数の視覚化は、図７で利用可能である。それぞれ、細胞株及び組織当たり平均で１．３及び３．２の固有のアレルが存在する。
【0186】
実施例３：ＣＲＣ試料のトランスクリプトーム特性決定
所与の疾患ステージ内のＣＲＣ患者の転帰は、腫瘍の分子特徴に基づいて大きく異なるため（４０、４１）、ＲＮＡ配列決定データを使用して、試料の分子不均一性を特性決定した。診療所で治療上の決定及び予後を導くために一般的に使用される主要なバイオマーカー（ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、又はＢＲＡＦなど）の変異ステータスを最初に調べた後（４０、４１）（表１）、細胞株及び一次試料のマイクロサテライトステータスを、それぞれ文献から決定し（４２、４３）、ＭＳＩｓｅｎｓｏｒパッケージ（４６）を使用して、これらの試料の分子特徴の知識を広げた。ＭＳＩは、ＣＲＣ腫瘍の限られたサブセット（すなわち、散発性ＣＲＣの１５％及び非ポリポーシス結腸直腸がんの９０％）に見出されるが（４７）、本研究では、腫瘍発生性細胞株の５０％及び一次生検の３３％が、この表現型を示す（表３）。文献のいくつかの要素は、ＭＳＩ腫瘍及びＭＳＳ腫瘍が免疫学的に異なることを示唆しているが（５、１１、４８、４９）、本研究は、免疫ペプチドームレベルでのＭＳＩ及びＭＳＳ結腸直腸腫瘍の比較を提供する。
所与の疾患ステージ内のＣＲＣ患者の転帰は、腫瘍の分子特徴に基づいて大きく異なるため（４０、４１）、ＲＮＡ配列決定データを使用して、試料の分子不均一性を特性決定した。診療所で治療上の決定及び予後を導くために一般的に使用される主要なバイオマーカー（ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、又はＢＲＡＦなど）の変異ステータスを最初に調べた後（４０、４１）（表１）、細胞株及び一次試料のマイクロサテライトステータスを、それぞれ文献から決定し（４２、４３）、ＭＳＩｓｅｎｓｏｒパッケージ（４６）を使用して、これらの試料の分子特徴の知識を広げた。ＭＳＩは、ＣＲＣ腫瘍の限られたサブセット（すなわち、散発性ＣＲＣの１５％及び非ポリポーシス結腸直腸がんの９０％）に見出されるが（４７）、本研究では、腫瘍発生性細胞株の５０％及び一次生検の３３％が、この表現型を示す（表３）。文献のいくつかの要素は、ＭＳＩ腫瘍及びＭＳＳ腫瘍が免疫学的に異なることを示唆しているが（５、１１、４８、４９）、本研究は、免疫ペプチドームレベルでのＭＳＩ及びＭＳＳ結腸直腸腫瘍の比較を提供する。
【表7】
【0187】
正常生検試料と腫瘍生検試料との間の上位５００個の様々な遺伝子の主成分分析（図２Ａ）又は細胞株図９Ａ）は、それらの異なるトランスクリプトームプロファイルを確認する。したがって、ＣＲＣ由来細胞株及び生検試料の両方の経路及びプロセス濃縮分析は、それらの腫瘍発生ステータスに関連する観点から濃縮されたトランスクリプトームプロファイルを明らかにした。最も有意に上方調節されたＧＯ ｔｅｒｍ及び下方調節されたＧＯ ｔｅｒｍは、それぞれ、細胞増殖（図２Ｂの上パネル）並びに筋肉表現型及び収縮性（図２Ｂの下パネル）に関連する。増殖及び細胞周期に関連するＧＯ ｔｅｒｍの濃縮は、がんの一般的な特徴であるが（５０、５１）、筋肉関連経路の下方調節は、ＣＲＣに固有であり、低分化腫瘍領域と高収縮性ＮＡＴとの間の機能的二項対立から生じる。本明細書で使用されるデータセットの腫瘍試料の中で、腫瘍間トランスクリプトームの差を説明するように思われるのは、ＭＳＩ／ＭＳＳステータスである（図２Ａ及び９Ａ）。ＭＳＩ試料は、まとまってしっかりとクラスター化する傾向があるが、ＭＳＳ腫瘍は、より分散しているように見え、したがって、トランスクリプトーム的に、より不均一である。機能的には、別々に分析すると、ＭＳＳ及びＭＳＩ ＣＲＣ試料は、非常に異なる遺伝子セットで濃縮される。対応するＮＡＴと比較すると、ＭＳＩ腫瘍は、様々な免疫関連ＧＯ ｔｅｒｍの有意な上方調節を特徴とし（図９Ａ）、一方、ＭＳＳ腫瘍は、Ｗｎｔ及びＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達の両方に関連する遺伝子の発現の増加の方に、より関連する（図９Ｂ）。これら２つのシグナル伝達経路とＣＲＣとの関連は既知であるが（５２）、ＣＲＣにおけるそれらの寄与がＭＳＳ腫瘍とＭＳＩ腫瘍の間で異なる可能性があることを裏付ける参考文献は見つからなかった。
【0188】
次に、各試料の免疫浸潤の程度を、ＥＳＴＩＭＡＴＥパッケージ（３７）からの免疫浸潤スコアを使用して（図２Ｃ）、また、単一試料のＧｅｎｅ Ｓｅｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ｓｓＧＳＥＡ）（５４）に基づく既知の腫瘍浸潤性白血球（ＴＩＬ）マーカー（５３）の濃縮スコアを用いた、２つのアプローチによって推定した（図８Ｂ）。全てのＮＡＴ試料は、同様のレベルの免疫浸潤を示したが、ＭＳＩ腫瘍及びＭＳＳ腫瘍は、それぞれ、増加した免疫浸潤スコア及び減少した免疫浸潤スコアを特徴としていた（図２Ｃ及び図８Ｂ）。そのような差は、ＭＳＩ腫瘍がそれらのＭＳＳ相同体よりも免疫原性が高い可能性があることを示唆している（４８、５５～５８）。
【0189】
ＴＳＡは、広範囲のがん特異的イベント／調節不全から生じる可能性があり（１１、１２）、各々の抗原供給源の免疫ペプチドーム寄与は、悪性腫瘍間で有意に異なる（１１）ため、ＲＮＡ配列決定データも使用して、試料においてどのＴＳＡクラスが濃縮され得るかを知らせた。転写産物のゲノム起源を見ることによって、非コードポリアデニル化ＲＮＡの割合及び絶対的存在量の両方が、ＮＡＴと比較して、腫瘍において有意に増加していることが観察された（図２Ｄ）。平均して、絶対的存在量の増加は２５％に制限されるが、データは、非コード転写産物の腫瘍特異的増加が、ＭＳＩ腫瘍においてＭＳＳよりも高い可能性があることを示唆する。この比較は、ＭＳＩ試料の数が少ない（ｎ＝２）ことに起因して、制限されたままであるが、ＭＳＩ試料中の非コード転写産物に由来するａｅＴＳＡの数は、ＭＳＳよりも多く特定されることが予想され得る。同様に、全てのＣＲＣ試料は、同等の単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）負荷を示し、したがって、同様の数のｍＴＳＡを有することが予想されるが（図２Ｅ）、挿入／欠失（インデル）負荷は、ＭＳＳと比較してＭＳＩ試料で顕著に増加し、この観察は、細胞株についても注目される（図８Ｃ）。実際に、細胞株及び組織試料の両方を一緒に考慮すると、ＭＳＳ試料とＭＳＩ試料との間のＩＮＤＥＬ変異の数に統計的有意差が生じた（ｐ＝０．００２３５）（図８Ｄ）。ＭＳＩ及びＩＮＤＥＬ蓄積の両方が、ＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路の欠陥から生じる（５９）ため、試料中で特定されたＩＮＤＥＬ由来ＴＳＡ（最も可能性が高いフレームシフト由来抗原）の数は、そのＭＳＩレベルに比例するという仮説を立てることができる。
【0190】
実施例４：免疫ペプチドーム分析は、ＣＲＣ抗原の多様性を強調する
ＣＲＣ由来細胞株のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームを解明するために、２×１０８個の細胞の４つの複製物からのＭＡＰを各株について免疫沈降させ、各複製物を、細胞株については別個のＴＭＴ６ｐｌｅｘチャネル（１２６、１２７、１２８、１２９）、又は一次ＮＡＴ及び組織試料についてはそれぞれＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２６及び－１２７Ｎにより誘導体化した。各細胞株の４つの複製物、及び各対象からのそれぞれのＮＡＴ及び腫瘍ＭＡＰの半分を多重化し、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって分析した。細胞株及び組織試料の標識効率の中央値は、それぞれ７２．４％又は８７．８％であった。細胞株における標識の効率の低さは、わずかなＭＡＰ収量に起因していた。５２８１個及び２７５８３個の固有のＭＡＰを、それぞれ、細胞株及び組織データセットにおいて特定し、平均で、細胞株当たり１４３３個、及び組織当たり５８５５個の固有のＭＡＰを有していた（図３Ａ、上パネル、及び図３Ｂ）。特定は、各株間で様々であるが、特定されたＭＡＰの数は、細胞当たりのＭＨＣ Ｉ分子の存在量と強く相関する（図３Ａ、下パネル、ピアソンのｒ＝０．９６）。
ＣＲＣ由来細胞株のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームを解明するために、２×１０８個の細胞の４つの複製物からのＭＡＰを各株について免疫沈降させ、各複製物を、細胞株については別個のＴＭＴ６ｐｌｅｘチャネル（１２６、１２７、１２８、１２９）、又は一次ＮＡＴ及び組織試料についてはそれぞれＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２６及び－１２７Ｎにより誘導体化した。各細胞株の４つの複製物、及び各対象からのそれぞれのＮＡＴ及び腫瘍ＭＡＰの半分を多重化し、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって分析した。細胞株及び組織試料の標識効率の中央値は、それぞれ７２．４％又は８７．８％であった。細胞株における標識の効率の低さは、わずかなＭＡＰ収量に起因していた。５２８１個及び２７５８３個の固有のＭＡＰを、それぞれ、細胞株及び組織データセットにおいて特定し、平均で、細胞株当たり１４３３個、及び組織当たり５８５５個の固有のＭＡＰを有していた（図３Ａ、上パネル、及び図３Ｂ）。特定は、各株間で様々であるが、特定されたＭＡＰの数は、細胞当たりのＭＨＣ Ｉ分子の存在量と強く相関する（図３Ａ、下パネル、ピアソンのｒ＝０．９６）。
【0191】
細胞株と組織試料を一緒に採取した場合、合計３０４８５個の固有のＭＡＰが特定された。各試料のＭＡＰレパートリー内では、ペプチドの３２～６８％が試料特異的であり、細胞株又は一次試料のみを比較する場合であっても、共有されるＭＡＰは非常に少ない（図１０Ａ～Ｂ）。この固有のＭＡＰの大部分は、どのペプチドが細胞表面に提示され得るかに影響を及ぼす主要な要因である、試料間のＨＬＡアレルの多様性に起因し得る（図３Ｃ、図７）。平均して、任意の２種類の細胞株又は任意の２種類の組織試料によって共有されるＭＡＰの数は、それぞれ、５９個又は６４０個のＭＡＰである。注目すべき外れ値が存在する。組織試料Ｓ１及びＳ６は、２０７９個のＭＡＰを共有し（そのうちの１６７３個は、これらの試料に固有である（図１０Ｃ））、それらのそれぞれのＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームの３分の１より多くを表している（図１０Ｄ）。２種類の組織間のＭＡＰレパートリーにおける次に近い類似性は、それらのレパートリーの２１％に対応する、２種類のＭＳＩ組織（Ｓ５及びＳ６）によって共有される１３２８個のＭＡＰである。細胞株におけるＭＡＰ特定の減少は、これらの比較を、より顕著ではないものにする。例えば、ＨＣＴ１１６及びＲＫＯは、ほとんどのＭＡＰを共有するが、これらのペプチドは、それらのＭＡＰの１０％未満を表し、それらのより大きなペプチドレパートリーの特徴である可能性が高い（図１０Ｃ）。対照的に、ＣＯＬＯ２０５及びＳＷ６２０は、それらの免疫ペプチドームのほぼ５分の１である１５２個のＭＡＰを共有する。
【0192】
これらの比較を文脈に当てはめるために、試料のＨＬＡアレルを再び考慮することができる。Ｓ１及びＳ６によって共有される２０７９個のＭＡＰのうち、１５４２個のＭＡＰは、両方の試料において同じアレルに結合すると予測され、これらの症例の９３％より多くにおいて、そのアレルは、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２である。同様に、ＣＯＬＯ２０５及びＳＷ６２０によって共有される１５２個のＭＡＰのうち１３６個は、同じアレルによって結合されており、そのアレルは、これらの症例のうちの１１３症例において、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１である。したがって、試料のＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームは、主にＨＬＡレパートリーによって影響を受ける。
【0193】
遺伝子レベルでは、８０００個を超える固有の供給源遺伝子に由来するペプチドが特定され、それぞれ、細胞株及び組織試料当たり平均１０１４個及び３１６８個の供給源遺伝子を有していた（図１１Ａ、上のパネル）。各試料において特定された供給源遺伝子の数は、特定されたＭＡＰの数と高度に相関する（図１１Ａ、下パネル）。所与の免疫ペプチドームにおける供給源遺伝子のおよそ６～１４％は、試料特異的であり（図１１Ｂ）、これは、試料特異的な生物学的特徴に起因し得るか、又は免疫ペプチドームの不完全なサンプリングを反映し得る（図１１Ｅ）。細胞表面に提示される全てのＭＡＰを特定することは期待されておらず、各試料における供給源遺伝子の大部分は、単一のＭＡＰにのみ帰属可能であるため、追加の供給源遺伝子がＭＡＰレパートリーに寄与し、単に検出されないことは、ほぼ確実である。任意の２種類の組織試料を比較する場合、それらは平均して４８％の供給源遺伝子を共通しているが、任意の２種類の細胞株を比較すると、平均して２４％の遺伝子が共有される（図１１Ｃ～Ｅ）。したがって、異なる細胞株は、供給源遺伝子レベルでは、あまり均質ではないようである。これは、組織試料がＮＡＴ、間質、浸潤細胞などに由来する供給源遺伝子を有し、一方、細胞株が単一の細胞型のみからなるため、試料組成の差を反映している可能性が高い。加えて、細胞株のＭＨＣ Ｉの提示が低下し、結果としてＭＡＰの特定が減少したことは、より少ない供給源遺伝子が試料であったことを意味し、重複の可能性が低下する。それにもかかわらず、全ての試料は、免疫ペプチドームレベルと比較して、供給源遺伝子レベルの方がより類似しており、試料特異的ＭＡＰは、共有された供給源遺伝子に由来している。
【0194】
ＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームのゲノム起源の概要を取得し、供給源遺伝子の共有性質を調査するために、細胞株において特定された全ての供給源遺伝子、及び４種類以上の組織で特定されたものに対してＧＯ ｔｅｒｍ分析を行った。細胞株と組織との間のいくつかの共通の特徴は、ＲＮＡ代謝、リボ核タンパク質複合体バイオジェネシス、翻訳、及びストレスに対する細胞応答に関与する遺伝子の有意な濃縮を含め、免疫ペプチドームレベルで検出可能である（図３Ｄ）。したがって、ペプチドレパートリーに大きな影響を与えるＨＬＡアレルの大きな多様性、及び細胞株における低いＭＡＰ特定を含む、細胞株と組織試料との間の両方の不均一性にもかかわらず、どの遺伝子がＭＨＣ Ｉ免疫ペプチドームに寄与しているかという点で著しい類似性がある。
【0195】
組織試料由来のＭＡＰのどの割合が非コード転写産物由来であったかを調べるために、まず、各ペプチドについて、最も豊富な推定供給源転写産物を決定した（Ｅｎｓｅｍｂｌ Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ９９）。がん特異的データベースからのペプチドについて、ＭＣＳをゲノム上にマッピングし、その位置で最も多く発現された転写産物を決定した（方法セクションの「ＲＮＡ－ＳｅｑデータにおけるＭＡＰコード配列の定量化」を参照されたい）。したがって、平均して、組織試料由来のＭＡＰの９５．３％がタンパク質コード転写産物（すなわち、ＵＴＲ又はＣＤＲ）由来であることが判定された（図３Ｅ、左パネル）。これらのペプチドは、遺伝子間配列に由来する可能性が高いため、アノテーションされていないＲＮＡ転写産物に由来するペプチドの２．８％が含まれる場合、ペプチドのおよそ４．２％は、非コード領域に由来する。全ての非コードＭＡＰのおよそ３分の１（アノテーションされていない転写産物からのものを含む）は、ナンセンス媒介性分解転写産物に由来し、それらの１％未満は、ｌｎｃＲＮＡ、ノンストップ分解産物、保持されたイントロン、又はプロセシングされた転写産物（オープンリーディングフレームを含まない転写産物）に由来する（図３Ｅ、右パネル）。
【0196】
実施例５：ＣＲＣにおける腫瘍特異的抗原及び腫瘍関連抗原の特定
３０，０００個を超える固有のＭＡＰの特定の後に、ペプチドコード配列をフィルタリングして、それぞれ細胞株及び一次試料について、がんにおいて少なくとも１０倍過剰発現され、プールされたｍＴＥＣ試料又は一致したＮＡＴにおいて２ｒｐｈｍ未満発現されたものを選択した。急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）における最近の免疫ペプチドーム研究は、ＲＰＨＭ＜８．５５のＭＣＳが、ＭＡＰを生成する確率が５％未満であることを示した（１８）。次いで、ＲＮＡデータにおけるＭＡＰコード配列を定量化し、ｍＴＥＣ及び他の正常組織（ＧＴＥｘ）において８．５５ｒｐｈｍ未満で発現したもののみを保持した。残りのペプチドの手動の検証に続いて、ペプチドは、腫瘍において少なくとも１０倍過剰発現され、ｍＴＥＣ（及び組織の場合にはＮＡＴ）において０．２ｋｐｈｍ未満発現された場合、異常に発現したＴＳＡ（ａｅＴＳＡ）として分類された。ＭＡＰもまた、がんにおいて少なくとも１０倍過剰発現されたが、ｍＴＥＣ及び／又はＮＡＴにおけるそれらの発現が０．２ｋｐｈｍを超えていた場合、ＴＡＡとして分類された。
３０，０００個を超える固有のＭＡＰの特定の後に、ペプチドコード配列をフィルタリングして、それぞれ細胞株及び一次試料について、がんにおいて少なくとも１０倍過剰発現され、プールされたｍＴＥＣ試料又は一致したＮＡＴにおいて２ｒｐｈｍ未満発現されたものを選択した。急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）における最近の免疫ペプチドーム研究は、ＲＰＨＭ＜８．５５のＭＣＳが、ＭＡＰを生成する確率が５％未満であることを示した（１８）。次いで、ＲＮＡデータにおけるＭＡＰコード配列を定量化し、ｍＴＥＣ及び他の正常組織（ＧＴＥｘ）において８．５５ｒｐｈｍ未満で発現したもののみを保持した。残りのペプチドの手動の検証に続いて、ペプチドは、腫瘍において少なくとも１０倍過剰発現され、ｍＴＥＣ（及び組織の場合にはＮＡＴ）において０．２ｋｐｈｍ未満発現された場合、異常に発現したＴＳＡ（ａｅＴＳＡ）として分類された。ＭＡＰもまた、がんにおいて少なくとも１０倍過剰発現されたが、ｍＴＥＣ及び／又はＮＡＴにおけるそれらの発現が０．２ｋｐｈｍを超えていた場合、ＴＡＡとして分類された。
【0197】
ＣＲＣ由来細胞株におけるＴＳＡ特定は、おそらく部分的には低いＭＡＰ特定に起因して、相対的に不十分であったが、一次組織試料当たり平均して３個のＴＳＡが特定された（図４Ａ）。全体として、ＣＲＣ由来細胞株で１個の推定ＴＳＡが特定され、一次組織で１８個の推定ＴＳＡが特定され、各試料からのＴＳＡ収量は、特定されたＭＡＰの数と相関した（ピアソンのｒ＝０．７６）（図１２）。これらのうち、およそ３分の１は、コード領域に由来したが、特定された推定ＴＳＡの大部分は、非コード領域に由来した（図４Ｂ）。コード領域由来のＴＳＡのうち、２つは、エキソンフレームシフト配列に由来する非カノニカルリーディングフレーム由来であり、別の２つは、ＭＳＳ組織Ｓ２及びＳ３において特定された変異ＴＳＡであった（図４Ａ及び４Ｂ）。非コードＴＳＡのうち、全てが異常に発現し、大部分は、イントロン又は遺伝子間領域に由来し、より少ない数が、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、又はｌｎｃＲＮＡに由来する（図４Ｂ）。９個のａｅＴＳＡ（５個のイントロン、３個の遺伝子間、１個のｌｎｃＲＮＡ）の配列は、ＥＲＥ配列と重複する（表４）。ＥＲＥのユビキタスな性質に起因して、異常なＥＲＥ発現に由来するＴＳＡは、腫瘍によって潜在的に共有され、免疫原性であることが示されている（６１、６２）。注目すべきことに、推定ＴＳＡのいずれも、共有されるＭＡＰの割合が高い試料であっても、複数の試料間で共有されなかった。しかしながら、ＣＯＬ１１Ａ１の同じ転写産物（１つのエキソンフレームシフト及び１つの５’ＵＴＲ）に由来する異なる組織で２つの固有のＴＳＡが特定され、これは最近、ＣＲＣの発症及び予後に役割を果たすことが示された（６３）。他のＴＳＡ源遺伝子の大部分は、ＣＲＣにおいて生物学的に関連することも示されている（表５）。
【表8-1】
【表8-2】
【表8-3】
【表9-1】
【表9-2】
【表9-3】
【表10-1】
【表10-2】
【0198】
主な目的は、ＣＲＣにおける推定ＴＳＡを特定することであったが、ＣＲＣ組織試料において平均で６．３３個のＴＡＡも特定されたが、ＣＲＣ由来細胞株においては特定されなかった（図４Ｃ）。主に非コード推定ＴＳＡとは対照的に、特定されたＴＡＡの大部分は、カノニカルコードエキソン配列に由来し、少数のみが、イントロン、遺伝子間配列、又はｌｎｃＲＮＡに由来していた（図４Ｄ）。２つの非カノニカルＴＡＡを、ＥＲＥ配列によって重複させた（表４）。注目すべきことに、４つの別個のＴＡＡが、１つより多い試料において特定され、１つのＴＡＡが、３つの組織において特定された。これらの繰り返されたＴＡＡは全て、カノニカルエキソンに由来し、供給源転写産物は、ＡＳＰＭ、ＭＫＩ６７、ＤＩＡＰＨ３、ＭＭＰ１２、ＮＯＳ２、及びＳＰＣ２５に由来し、これらの全てが、がんとの関連性を示されている（表６）。
【表11-1】
【表11-2】
【0199】
ＭＳＩ組織において、ＴＳＡ及びＴＡＡの両方の平均を上回る数を特定することが当初期待された。このことはＳ５では当てはまったが、他のＭＳＩ組織では当てはまらなかった（図４Ａ及び４Ｃ）。このことは、ＭＳＩｓｅｎｓｏｒの結果に反映されるように、Ｓ６が、より低い「程度」の不安定性を有することに起因する可能性がある（表３）。更に、特定されたＴＳＡの最多数を有する試料は、Ｓ２（ＭＳＳ組織）であった。したがって、試料当たりのＴＳＡ及びＴＡＡの収量は、ＭＳＩステータスに関係なく、本研究の範囲外の腫瘍の他の固有の生物学的特徴に起因する可能性があるようである。
【0200】
推定ＴＳＡ又はＴＡＡのうちのいずれかが以前に特定されているかどうかを決定するために、ペプチド配列が、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＩＥＤＢ）、ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄ Ａｔｌａｓ（６４）、及びＬｏｅｆｆｌｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１８（８）及びＮｅｗｅｙ ｅｔ ａｌ．２０１９（１５）からＣＲＣにおける腫瘍抗原を特定しようと試みた２つの以前の刊行物で報告されたかどうかを検証した。注目すべきことに、推定ａｅＴＳＡ、ｍＴＳＡ、又は非カノニカルＴＡＡのいずれも、これらの資料のいずれにおいても以前に報告されていない。特定された２６個の推定カノニカルＴＡＡのうち、２４個が、ＩＥＤＢ、Ｌｏｅｆｆｌｅｒ ｅｔ ａｌ ２０１８（ＰＸＤ００９６０２）、Ｎｅｗｅｙ ｅｔ ａｌ ２０１９（ＰＸＤ０１４０１７）、又はこれら３つのいくつかの組み合わせで報告されていた（図４Ｅ）。これらのうちの８個は、ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄ Ａｔｌａｓでも報告されており、そのうちの１個は、健康な結腸組織において具体的に示されている。興味深いことに、これらの以前の刊行物で以前に特定されたＴＡＡはいずれも腫瘍抗原として報告されておらず、逆に、Ｌｏｆｆｌｅｒ ｅｔ ａｌ．で報告された目的の１２この腫瘍抗原のうちの６個は、本研究の免疫ペプチドームでも特定されたが、それらは、ほとんどの場合、ＮＡＴにおける高い発現に起因して、ＴＳＡ又はＴＡＡとみなされるための特定パイプラインで確立された閾値を超えるものではなかった（表７Ａ）。したがって、主に非コード領域に由来する新規の結腸直腸がんＴＳＡ、及び主にコードＴＡＡの選択（そのうちのいくつかは、ＭＡＰとして以前に報告されているが、ＴＡＡとしてのそれらの生物学的関連性の文脈では報告されていない）が、本研究で特定されている。表７Ｂ及び７Ｃは、本研究でそれぞれ特定されたＴＳＡ及びＴＡＡを示す。
【表12】
【表13】
【表14-1】
【表14-2】
【表14-3】
【0201】
実施例６：推定腫瘍特異的抗原及び腫瘍関連抗原の検証
推定ＴＳＡ及びＴＡＡの特定に続いて、全てのＴＳＡ及び１１個のＴＡＡのサブセットの検証が行われ、これらは、合成ペプチドによる検証の前に、マッチしたＮＡＴに対する、がんにおける良好な初期ＴＭＴ強度比及び前駆体イオン割合に基づいて選択された。まず、ＴＰＭにおいて、一致したＮＡＴと比較した、それらのそれぞれの腫瘍試料における供給源転写産物の発現、及びＣＲＣ／ＮＡＴ試料におけるその転写産物の平均（ｍｅａｎ ａｖｅｒａｇｅ）を研究した（図５Ａ）。この分析は、当然、遺伝子間領域に由来するペプチドを含まない。それらが特定された試料中の推定ＴＳＡ及びＴＡＡの供給源転写産物の平均ｌｏｇ２ＦＣは、それぞれ３．６及び３．２であった。ａｅＴＳＡの供給源転写産物が腫瘍よりもＮＡＴにおいてより豊富であるいくつかの場合（Ｓ２、Ｓ６）が存在するが、これは、転写産物全体の全体的な豊富さのみを反映しており、ペプチドコード配列は、実際には、がんの方がより豊富である。これは、ペプチドコード領域が完全に不存在であるか、又はＮＡＴにおいて低い発現であるが、がん組織においてより高度に発現される、ａｅＴＳＡについても当てはまった。
推定ＴＳＡ及びＴＡＡの特定に続いて、全てのＴＳＡ及び１１個のＴＡＡのサブセットの検証が行われ、これらは、合成ペプチドによる検証の前に、マッチしたＮＡＴに対する、がんにおける良好な初期ＴＭＴ強度比及び前駆体イオン割合に基づいて選択された。まず、ＴＰＭにおいて、一致したＮＡＴと比較した、それらのそれぞれの腫瘍試料における供給源転写産物の発現、及びＣＲＣ／ＮＡＴ試料におけるその転写産物の平均（ｍｅａｎ ａｖｅｒａｇｅ）を研究した（図５Ａ）。この分析は、当然、遺伝子間領域に由来するペプチドを含まない。それらが特定された試料中の推定ＴＳＡ及びＴＡＡの供給源転写産物の平均ｌｏｇ２ＦＣは、それぞれ３．６及び３．２であった。ａｅＴＳＡの供給源転写産物が腫瘍よりもＮＡＴにおいてより豊富であるいくつかの場合（Ｓ２、Ｓ６）が存在するが、これは、転写産物全体の全体的な豊富さのみを反映しており、ペプチドコード配列は、実際には、がんの方がより豊富である。これは、ペプチドコード領域が完全に不存在であるか、又はＮＡＴにおいて低い発現であるが、がん組織においてより高度に発現される、ａｅＴＳＡについても当てはまった。
【0202】
推定腫瘍抗原の特異性を評価するために、Ｇｅｎｏｔｙｐｅ－Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎプロジェクト（ＧＴＥｘ）によって提供される健康な組織の大規模なデータセットにおけるペプチドコード配列の平均発現を決定した（図５Ｂ）。ＴＳＡ配列は、精巣において閾値を上回って発現されるＳ２で特定されるａｅＴＳＡであるＲＩＧＧＶＧＶＥＫを除いて、任意の健康な組織において８．５５ｒｐｈｍを上回って発現されない（図５Ｂ）。このことは、このＴＳＡが、雄性生殖細胞で発現されるが、がんでも異常に発現され得るａｅＴＳＡの一種であるがん精巣抗原（ＣＴＡ）としても分類され得ることを示唆する。精巣にＭＨＣ Ｉが存在しないことに起因して、これらの抗原も、がん免疫療法の有望な候補である（６５）。この推定ＴＳＡは、ＬＹ６Ｇ６Ｆ－ＬＹ６Ｇ６Ｄエキソンフレームシフトである。これらの遺伝子は、以前にＣＴＡとして報告されていないが、同じ遺伝子ファミリーの別のメンバーであるＬＹ６Ｋは、肺がん及び食道がんにおけるＣＴＡとして報告されている（６６）。ＴＡＡ発現は、健康な組織において閾値未満であったが、食道及び横行結腸においてより高くなる傾向があった。これらのペプチドのうちの７つはまた、精巣において閾値を上回って発現した。
【0203】
実施例７：ＴＳＡ及びＴＡＡのがん特異性及び免疫原性
推定ＴＳＡ及びＴＡＡを、それらに対応する合成ペプチドを用いてＭＳによって検証した。これらのＴＡＡを、一致したＮＡＴに対する、がんにおける望ましい初期ＴＭＴ強度比及び前駆体イオン割合に基づいて選択した。これらの候補は全て、合成ペプチドのＭＳ／ＭＳと十分に相関したＭＳ／ＭＳを有し、ピアソン相関スコアは０．６以上であった。合成ペプチドを、それぞれ１０、１００、及び１０００ｆｍｏｌの濃度でＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２９Ｎ、１３０Ｎ、及び１３１で標識し、ＴＭＴ１２６（ＮＡＴ）及び１２７Ｎ（ＣＲＣ）で標識した組織試料からの残りの精製ＭＡＰにスパイクした。次いで、ＳＰＳ－ＭＳ３を使用して、これらの試料において目的のペプチドを定量化した。ＳＰＳ－ＭＳ３の感受性の低下にもかかわらず、７個のＴＳＡ及び７個のＴＡＡを定量化することが可能であった。良好な品質のＰＳＭを定量化のために選択し、全てが、ＮＡＴと比較して、それぞれのＣＲＣにおいて、より豊富であった（表８）。ＴＭＴ１２６ペプチドと比較したＴＭＴ１２７Ｎペプチドの強度の比を決定すると、ＴＳＡは、ＮＡＴと比較して、ＣＲＣにおいて１６．９６の中央値強度の倍率変化を有し、ＴＡＡは、６．９３の倍率変化を有することが明らかになった。加えて、配列ＲＹＬＥＫＦＹＧＬを有するＴＳＡは、Ｓ１腫瘍においても過剰発現したが、Ｓ６についてだけ、トランスクリプトーム閾値を超えた。したがって、本研究で使用されたＴＳＡ特定方法が、ＮＡＴのものよりもがん細胞の表面においてより高度に存在するＴＳＡ及びＴＡＡ配列を成功裏に特定したことを示すことが可能であった。合成ペプチドで検証されたＴＳＡ及びＴＡＡ候補は、表９Ａ～９Ｂに列挙されている。
推定ＴＳＡ及びＴＡＡを、それらに対応する合成ペプチドを用いてＭＳによって検証した。これらのＴＡＡを、一致したＮＡＴに対する、がんにおける望ましい初期ＴＭＴ強度比及び前駆体イオン割合に基づいて選択した。これらの候補は全て、合成ペプチドのＭＳ／ＭＳと十分に相関したＭＳ／ＭＳを有し、ピアソン相関スコアは０．６以上であった。合成ペプチドを、それぞれ１０、１００、及び１０００ｆｍｏｌの濃度でＴＭＴ１０ｐｌｅｘ－１２９Ｎ、１３０Ｎ、及び１３１で標識し、ＴＭＴ１２６（ＮＡＴ）及び１２７Ｎ（ＣＲＣ）で標識した組織試料からの残りの精製ＭＡＰにスパイクした。次いで、ＳＰＳ－ＭＳ３を使用して、これらの試料において目的のペプチドを定量化した。ＳＰＳ－ＭＳ３の感受性の低下にもかかわらず、７個のＴＳＡ及び７個のＴＡＡを定量化することが可能であった。良好な品質のＰＳＭを定量化のために選択し、全てが、ＮＡＴと比較して、それぞれのＣＲＣにおいて、より豊富であった（表８）。ＴＭＴ１２６ペプチドと比較したＴＭＴ１２７Ｎペプチドの強度の比を決定すると、ＴＳＡは、ＮＡＴと比較して、ＣＲＣにおいて１６．９６の中央値強度の倍率変化を有し、ＴＡＡは、６．９３の倍率変化を有することが明らかになった。加えて、配列ＲＹＬＥＫＦＹＧＬを有するＴＳＡは、Ｓ１腫瘍においても過剰発現したが、Ｓ６についてだけ、トランスクリプトーム閾値を超えた。したがって、本研究で使用されたＴＳＡ特定方法が、ＮＡＴのものよりもがん細胞の表面においてより高度に存在するＴＳＡ及びＴＡＡ配列を成功裏に特定したことを示すことが可能であった。合成ペプチドで検証されたＴＳＡ及びＴＡＡ候補は、表９Ａ～９Ｂに列挙されている。
【表15-1】
【表15-2】
【0204】
表９Ａ及び９Ｂは、合成ペプチドで検証されたＴＳＡ及びＴＡＡ候補を示す。
【表16】
【表17】
【0205】
他のＣＲＣ腫瘍におけるこれらのＴＳＡ及びＴＡＡの腫瘍間分布を調べるために、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）からの１５１個の結腸腺がん試料におけるペプチドコード配列のｌｏｇ（ＲＰＨＭ＋１）発現をプロットした（図６Ａ）。抗原の共有可能性を評価するために、目的の各ペプチドについて、プールされたＧＴＥｘ（ｎ＝２４４２）及びｍＴＥＣ（ｎ＝８）試料のｌｏｇ変換された（ｌｏｇ（ｒｐｈｍ＋１））値の平均を最初に計算した。全体として、９個のＴＳＡ（５３％）及び９個のＴＡＡ（１００％）は、ＴＣＧＡ ＣＯＡＤ腫瘍の少なくとも５％において、対応する平均したＧＴＥｘ／ｍＴＥＣ値より１０倍以上高い発現を有していた。このことは、ＴＡＡが、それらのＴＳＡ対応物よりもＣＯＡＤ ＴＣＧＡ腫瘍の間でより頻繁に共有されることを示す。しかし、このことはまた、ほとんどのＴＳＡが、これらの試料で高度に共有されていることを意味する。
【0206】
腫瘍抗原の特定における別の重要な考慮事項は、これらのペプチドが有効な抗腫瘍免疫応答を誘発することができるかどうかである。免疫原性のレピトープ予測は、ａｅＴＳＡが、非免疫原性であると推定される１セットの胸腺ペプチドよりも有意に高い免疫原性であると予測されることを明らかにした（６７）（図６Ｂ）。加えて、ａｅＴＳＡは、カノニカルＴＡＡ及びコードＴＡ全体（コード領域に由来するＴＳＡ及びＴＡＡ）と比較して、有意により高い免疫原性スコアを有していた。実際に、これらの予測によれば、カノニカル領域由来のＴＡＡは、胸腺ペプチドよりも有意に免疫原性が低かった（ｐ＜０．０１）。これは、検証されたＴＡＡの数が少ないことに部分的に起因する可能性がある。これらの予測を３１個のＴＡＡのセット全体で考慮した場合、このことはもはや当てはまらない（図１３）。３１個のＴＡＡ全てを考慮すると、ＭＳＩ ＴＡは、胸腺ペプチドよりも免疫原性が高いと予測される一方で、ＭＳＳと比較して、ＭＳＩ組織に由来するＴＡの予測される免疫原性の統計学的に有意な増加も存在する。
【0207】
最後に、腫瘍抗原に結合し、提示すると予測されるアレルを有する個体の割合の近似を求めた（図６Ｃ）。試料中の抗原の多くはかなり存在量が多く、ＩＥＤＢ集団カバレッジツールを用いた推定は、米国の人口の８０．６４％が、本研究で特定されたＴＡに関連するアレルの少なくとも１つを発現すると予測した。
【0208】
本発明は、本明細書に上述の特定の実施形態によって説明されてきたが、添付の特許請求の範囲に定義される主題発明の趣旨及び性質から逸脱することなく、変更され得る。特許請求の範囲では、「含む」という単語は、「含むが、それに限定されない」という語句と実質的に等価である、オープンエンド用語として使用される。「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」という単数形は、別段文脈が明らかに指示しない限り、対応する複数の対象物を含む。
【0209】
参考文献
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５．Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，Ｕｒａｍ，Ｊ．Ｎ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｂ．Ｒ．，Ｋｅｍｂｅｒｌｉｎｇ，Ｈ．，Ｅｙｒｉｎｇ，Ａ．Ｄ．，Ｓｋｏｒａ，Ａ．Ｄ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ａｚａｄ，Ｎ．Ｓ．，Ｌａｈｅｒｕ，Ｄ．，Ｂｉｅｄｒｚｙｃｋｉ，Ｂ．，Ｄｏｎｅｈｏｗｅｒ，Ｒ．Ｃ．，Ｚａｈｅｅｒ，Ａ．，Ｆｉｓｈｅｒ，Ｇ．Ａ．，Ｃｒｏｃｅｎｚｉ，Ｔ．Ｓ．，Ｌｅｅ，Ｊ．Ｊ．，Ｄｕｆｆｙ，Ｓ．Ｍ．，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ，Ｒ．Ｍ．，ｄｅ ｌａ Ｃｈａｐｅｌｌｅ，Ａ．，Ｋｏｓｈｉｊｉ，Ｍ．，Ｂｈａｉｊｅｅ，Ｆ．，Ｈｕｅｂｎｅｒ，Ｔ．，Ｈｒｕｂａｎ，Ｒ．Ｈ．，Ｗｏｏｄ，Ｌ．Ｄ．，Ｃｕｋａ，Ｎ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｃｏｒｎｉｓｈ，Ｔ．Ｃ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．Ｍ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，Ｅｓｈｌｅｍａｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，ａｎｄ Ｄｉａｚ，Ｌ．Ａ．，Ｊｒ．（２０１５）ＰＤ－１ Ｂｌｏｃｋａｄｅ ｉｎ Ｔｕｍｏｒｓ ｗｉｔｈ Ｍｉｓｍａｔｃｈ－Ｒｅｐａｉｒ Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５０９－２５２０
６．Ｆａｂｒｉｚｉｏ，Ｄ．Ａ．，Ｇｅｏｒｇｅ，Ｔ．Ｊ．，Ｊｒ．，Ｄｕｎｎｅ，Ｒ．Ｆ．，Ｆｒａｍｐｔｏｎ，Ｇ．，Ｓｕｎ，Ｊ．，Ｇｏｗｅｎ，Ｋ．，Ｋｅｎｎｅｄｙ，Ｍ．，Ｇｒｅｅｎｂｏｗｅ，Ｊ．，Ｓｃｈｒｏｃｋ，Ａ．Ｂ．，Ｈｅｚｅｌ，Ａ．Ｆ．，Ｒｏｓｓ，Ｊ．Ｓ．，Ｓｔｅｐｈｅｎｓ，Ｐ．Ｊ．，Ａｌｉ，Ｓ．Ｍ．，Ｍｉｌｌｅｒ，Ｖ．Ａ．，Ｆａｋｉｈ，Ｍ．，ａｎｄ Ｋｌｅｍｐｎｅｒ，Ｓ．Ｊ．（２０１８）Ｂｅｙｏｎｄ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｔｅｓｔｉｎｇ：ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｂｕｒｄｅｎ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｓｕｂｓｅｔｓ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｗｈｏ ｍａｙ ｒｅｓｐｏｎｄ ｔｏ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ．Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｏｎｃｏｌ ９，６１０－６１７
７．Ｗａｇｎｅｒ，Ｓ．，Ｍｕｌｌｉｎｓ，Ｃ．Ｓ．，ａｎｄ Ｌｉｎｎｅｂａｃｈｅｒ，Ｍ．（２０１８）Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ：Ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｖｓ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２４，５４１８－５４３２
８．Ｌｏｆｆｌｅｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ，Ｄ．Ｊ．，Ｂａｃｋｅｒｔ，Ｌ．，Ｂｅｒｎｈａｒｄｔ，Ｊ．，Ａｄａｍ，Ｐ．，Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，Ｈ．，Ｄｅｎｇｌｅｒ，Ｆ．，Ｂａｃｋｅｓ，Ｄ．，Ｋｏｐｐ，Ｈ．Ｇ．，Ｂｅｃｋｅｒｔ，Ｓ．，Ｗａｇｎｅｒ，Ｓ．，Ｋｏｎｉｇｓｒａｉｎｅｒ，Ｉ．，Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．，Ｋａｎｚ，Ｌ．，Ｋｏｎｉｇｓｒａｉｎｅｒ，Ａ．，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，Ｈ．Ｇ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，ａｎｄ Ｈａｅｎ，Ｓ．Ｐ．（２０１８）Ｍａｐｐｉｎｇ ｔｈｅ ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄｏｍｅ ｏｆ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｖｅａｌｓ ａｎ Ｉｍｐｒｉｎｔ ｏｆ Ｍａｌｉｇｎａｎｔ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７８，４６２７－４６４１
９．Ｐｉｃａｒｄ，Ｅ．，Ｖｅｒｓｃｈｏｏｒ，Ｃ．Ｐ．，Ｍａ，Ｇ．Ｗ．，ａｎｄ Ｐａｗｅｌｅｃ，Ｇ．（２０２０）Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ Ｂｅｔｗｅｅｎ Ｉｍｍｕｎｅ Ｌａｎｄｓｃａｐｅｓ，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｕｂｔｙｐｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，３６９
１０．Ｐａｒｋｈｕｒｓｔ，Ｍ．Ｒ．，Ｙａｎｇ，Ｊ．Ｃ．，Ｌａｎｇａｎ，Ｒ．Ｃ．，Ｄｕｄｌｅｙ，Ｍ．Ｅ．，Ｎａｔｈａｎ，Ｄ．Ａ．，Ｆｅｌｄｍａｎ，Ｓ．Ａ．，Ｄａｖｉｓ，Ｊ．Ｌ．，Ｍｏｒｇａｎ，Ｒ．Ａ．，Ｍｅｒｉｎｏ，Ｍ．Ｊ．，Ｓｈｅｒｒｙ，Ｒ．Ｍ．，Ｈｕｇｈｅｓ，Ｍ．Ｓ．，Ｋａｍｍｕｌａ，Ｕ．Ｓ．，Ｐｈａｎ，Ｇ．Ｑ．，Ｌｉｍ，Ｒ．Ｍ．，Ｗａｎｋ，Ｓ．Ａ．，Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｎ．Ｐ．，Ｒｏｂｂｉｎｓ，Ｐ．Ｆ．，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ，Ｃ．Ｍ．，ａｎｄ Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．Ａ．（２０１１）Ｔ ｃｅｌｌｓ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｃａｎ ｍｅｄｉａｔｅ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｂｕｔ ｉｎｄｕｃｅ ｓｅｖｅｒｅ ｔｒａｎｓｉｅｎｔ ｃｏｌｉｔｉｓ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ １９，６２０－６２６
１１．Ｍｉｎａｔｉ，Ｒ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）Ａ Ｒｏａｄｍａｐ Ｔｏｗａｒｄ ｔｈｅ Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ Ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，５８３２８７
１２．Ｓｍｉｔｈ，Ｃ．Ｃ．，Ｓｅｌｉｔｓｋｙ，Ｓ．Ｒ．，Ｃｈａｉ，Ｓ．，Ａｒｍｉｓｔｅａｄ，Ｐ．Ｍ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｂ．Ｇ．，ａｎｄ Ｓｅｒｏｄｙ，Ｊ．Ｓ．（２０１９）Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｔｕｍｏｕｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ １９，４６５－４７８
１３．Ｋｌｏｏｒ，Ｍ．，Ｒｅｕｓｃｈｅｎｂａｃｈ，Ｍ．，Ｋａｒｂａｃｈ，Ｊ．，Ｒａｆｉｙａｎ，Ｍ．，Ａｌ－Ｂａｔｒａｎ，Ｓ．－Ｅ．，Ｐａｕｌｉｇｋ，Ｃ．，Ｊａｅｇｅｒ，Ｅ．，ａｎｄ Ｄｏｅｂｅｒｉｔｚ，Ｍ．ｖ．Ｋ．（２０１５）Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＳＩ－Ｈ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ ｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｔｉｇｅｎｓ：Ａ ｐｈａｓｅ Ｉ／ＩＩａ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ３３，３０２０－３０２０
１４．ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｕｌｋ，Ｊ．，Ｖｅｒｄｅｇａａｌ，Ｅ．Ｍ．Ｅ．，Ｒｕａｎｏ，Ｄ．，Ｉｊｓｓｅｌｓｔｅｉｊｎ，Ｍ．Ｅ．，Ｖｉｓｓｅｒ，Ｍ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｒｅｇｇｅｎ，Ｒ．，Ｄｕｈｅｎ，Ｔ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｌｏｅｇ，Ｍ．，ｄｅ Ｖｒｉｅｓ，Ｎ．Ｌ．，Ｏｏｓｔｉｎｇ，Ｊ．，Ｐｅｅｔｅｒｓ，Ｋ．，Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ａ．Ｄ．，Ｆａｒｉｎａ－Ｓａｒａｓｑｕｅｔａ，Ａ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｕｒｇ，Ｓ．Ｈ．，ａｎｄ ｄｅ Ｍｉｒａｎｄａ，Ｎ．（２０１９）Ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｌｏｗ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｂｕｒｄｅｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｔｙｐｅ ４．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １１，８７
１５．Ｎｅｗｅｙ，Ａ．，Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，Ｂ．，Ｍｉｃｈａｕｘ，Ｊ．，Ｐａｋ，Ｈ．Ｓ．，Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｂ．Ｊ．，Ｗｏｏｌｓｔｏｎ，Ａ．，Ｓｅｍｉａｎｎｉｋｏｖａ，Ｍ．，Ｓｐａｉｎ，Ｇ．，Ｂａｒｂｅｒ，Ｌ．Ｊ．，Ｍａｔｔｈｅｗｓ，Ｎ．，Ｒａｏ，Ｓ．，Ｗａｔｋｉｎｓ，Ｄ．，Ｃｈａｕ，Ｉ．，Ｃｏｕｋｏｓ，Ｇ．，Ｒａｃｌｅ，Ｊ．，Ｇｆｅｌｌｅｒ，Ｄ．，Ｓｔａｒｌｉｎｇ，Ｎ．，Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｄ．，Ｂａｓｓａｎｉ－Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ，Ｍ．，ａｎｄ Ｇｅｒｌｉｎｇｅｒ，Ｍ．（２０１９）Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｏｒｇａｎｏｉｄｓ ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｓｐａｒｓｅ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ ｌａｎｄｓｃａｐｅ ａｎｄ ｎｏ ｉｎｃｒｅａｓｅ ｉｎ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｏｒ ＭＥＫ－ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ７，３０９
１６．Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ａｕｄｅｍａｒｄ，Ｅ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｓｔ－Ｐｉｅｒｒｅ，Ｃ．，Ｂｅｎｈａｍｍａｄｉ，Ｍ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｖｏｂｅｃｋｙ，Ｓ．，Ｈａｄｄａｄ，Ｅ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１８）Ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｍａｉｎ ｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｔａｒｇｅｔａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ １０
１７．Ｚｈａｏ，Ｑ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｍｉｌｌａｒ，Ｄ．Ｇ．，Ｏｈａｓｈｉ，Ｐ．Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２０）Ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｕｎｃｏｖｅｒｓ ａ Ｖａｓｔ Ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｏｆ Ｓｈａｒｅｄ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ ８，５４４－５５５
１８．Ｅｈｘ，Ｇ．，Ｌａｒｏｕｃｈｅ，Ｊ．Ｄ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｔｈｅｒｉａｕｌｔ，Ｃ．，Ｒｕｌｌｅａｕ，Ｃ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｆｅｇｈａｌｙ，Ａ．，Ａｐａｖａｌｏａｅｉ，Ａ．，Ｎｏｒｏｎｈａ，Ｎ．，Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｄｅｌｉｓｌｅ，Ｊ．Ｓ．，Ｖａｇｏ，Ｌ．，Ｈｅｂｅｒｔ，Ｊ．，Ｓａｕｖａｇｅａｕ，Ｇ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２１）Ａｔｙｐｉｃａｌ ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ｇｅｎｅｒａｔｅ ｓｈａｒｅｄ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ－Ｉ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ
１９．Ｂｏｌｇｅｒ，Ａ．Ｍ．，Ｌｏｈｓｅ，Ｍ．，ａｎｄ Ｕｓａｄｅｌ，Ｂ．（２０１４）Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ：ａ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｔｒｉｍｍｅｒ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，２１１４－２１２０
２０．Ｄｏｂｉｎ，Ａ．，Ｄａｖｉｓ，Ｃ．Ａ．，Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ，Ｆ．，Ｄｒｅｎｋｏｗ，Ｊ．，Ｚａｌｅｓｋｉ，Ｃ．，Ｊｈａ，Ｓ．，Ｂａｔｕｔ，Ｐ．，Ｃｈａｉｓｓｏｎ，Ｍ．，ａｎｄ Ｇｉｎｇｅｒａｓ，Ｔ．Ｒ．（２０１３）ＳＴＡＲ：ｕｌｔｒａｆａｓｔ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＲＮＡ－ｓｅｑ ａｌｉｇｎｅｒ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２９，１５－２１
２１．Ｂｒａｙ，Ｎ．Ｌ．，Ｐｉｍｅｎｔｅｌ，Ｈ．，Ｍｅｌｓｔｅｄ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐａｃｈｔｅｒ，Ｌ．（２０１６）Ｎｅａｒ－ｏｐｔｉｍａｌ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３４，５２５－５２７
２２．Ｓｚｏｌｅｋ，Ａ．，Ｓｃｈｕｂｅｒｔ，Ｂ．，Ｍｏｈｒ，Ｃ．，Ｓｔｕｒｍ，Ｍ．，Ｆｅｌｄｈａｈｎ，Ｍ．，ａｎｄ Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．（２０１４）ＯｐｔｉＴｙｐｅ：ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ＨＬＡ ｔｙｐｉｎｇ ｆｒｏｍ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，３３１０－３３１６
２３．Ｊｉａ，Ｐ．，Ｙａｎｇ，Ｘ．，Ｇｕｏ，Ｌ．，Ｌｉｕ，Ｂ．，Ｌｉｎ，Ｊ．，Ｌｉａｎｇ，Ｈ．，Ｓｕｎ，Ｊ．，Ｚｈａｎｇ，Ｃ．，ａｎｄ Ｙｅ，Ｋ．（２０２０）ＭＳＩｓｅｎｓｏｒ－ｐｒｏ：Ｆａｓｔ，Ａｃｃｕｒａｔｅ，ａｎｄ Ｍａｔｃｈｅｄ－ｎｏｒｍａｌ－ｓａｍｐｌｅ－ｆｒｅｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ Ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １８，６５－７１
２４．Ｌｏｖｅ，Ｍ．Ｉ．，Ｈｕｂｅｒ，Ｗ．，ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓ，Ｓ．（２０１４）Ｍｏｄｅｒａｔｅｄ ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ ａｎｄ ｄｉｓｐｅｒｓｉｏｎ ｆｏｒ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ ｗｉｔｈ ＤＥＳｅｑ２．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ １５，５５０
２５．Ｚｈｏｕ，Ｙ．，Ｚｈｏｕ，Ｂ．，Ｐａｃｈｅ，Ｌ．，Ｃｈａｎｇ，Ｍ．，Ｋｈｏｄａｂａｋｈｓｈｉ，Ａ．Ｈ．，Ｔａｎａｓｅｉｃｈｕｋ，Ｏ．，Ｂｅｎｎｅｒ，Ｃ．，ａｎｄ Ｃｈａｎｄａ，Ｓ．Ｋ．（２０１９）Ｍｅｔａｓｃａｐｅ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ａ ｂｉｏｌｏｇｉｓｔ－ｏｒｉｅｎｔｅｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｙｓｔｅｍｓ－ｌｅｖｅｌ ｄａｔａｓｅｔｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １０，１５２３
２６．Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ａｕｄｅｍａｒｄ，Ｅ．，Ｍｉｇｎｅａｕｌｔ，Ｆ．，Ｆｅｇｈａｌｙ，Ａ．，Ｂｒｏｃｈｕ，Ｓ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｂｏｉｌａｒｄ，Ｅ．，Ｍａｊｏｒ，Ｆ．，Ｄｉｅｕｄｅ，Ｍ．，Ｈｅｂｅｒｔ，Ｍ．Ｊ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１９）Ａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ｒｅｌｅａｓｅ ｓｍａｌｌ ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅｓ ｌｏａｄｅｄ ｗｉｔｈ ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ ｖｉｒａｌ－ｌｉｋｅ ＲＮＡｓ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ ９，７２０３
２７．Ｋａｒｏｌｃｈｉｋ，Ｄ．，Ｈｉｎｒｉｃｈｓ，Ａ．Ｓ．，Ｆｕｒｅｙ，Ｔ．Ｓ．，Ｒｏｓｋｉｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｓｕｇｎｅｔ，Ｃ．Ｗ．，Ｈａｕｓｓｌｅｒ，Ｄ．，ａｎｄ Ｋｅｎｔ，Ｗ．Ｊ．（２００４）Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｔａｂｌｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａ ｒｅｔｒｉｅｖａｌ ｔｏｏｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３２，Ｄ４９３－４９６
２８．Ｃｉｎｇｏｌａｎｉ，Ｐ．，Ｐｌａｔｔｓ，Ａ．，Ｗａｎｇ ｌｅ，Ｌ．，Ｃｏｏｎ，Ｍ．，Ｎｇｕｙｅｎ，Ｔ．，Ｗａｎｇ，Ｌ．，Ｌａｎｄ，Ｓ．Ｊ．，Ｌｕ，Ｘ．，ａｎｄ Ｒｕｄｅｎ，Ｄ．Ｍ．（２０１２）Ａ ｐｒｏｇｒａｍ ｆｏｒ ａｎｎｏｔａｔｉｎｇ ａｎｄ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ，ＳｎｐＥｆｆ：ＳＮＰｓ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ ｓｔｒａｉｎ ｗ１１１８；ｉｓｏ－２；ｉｓｏ－３．Ｆｌｙ（Ａｕｓｔｉｎ）６，８０－９２
２９．Ｄａｏｕｄａ，Ｔ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．（２０１６）ｐｙＧｅｎｏ：Ａ Ｐｙｔｈｏｎ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ．Ｆ１０００Ｒｅｓ ５，３８１
３０．Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｃｏｓｓｅｔｔｅ，Ｅ．，Ｃｏｍｔｏｉｓ－Ｍａｒｏｔｔｅ，Ｓ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０１８）Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＭＨＣ Ｉ ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒ ｏｆ Ｂ－ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｂｌａｓｔｓ ｕｓｉｎｇ ｔｗｏ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ １８，ｅ１７００２５１
３１．Ｍａ，Ｂ．，Ｚｈａｎｇ，Ｋ．，Ｈｅｎｄｒｉｅ，Ｃ．，Ｌｉａｎｇ，Ｃ．，Ｌｉ，Ｍ．，Ｄｏｈｅｒｔｙ－Ｋｉｒｂｙ，Ａ．，ａｎｄ Ｌａｊｏｉｅ，Ｇ．（２００３）ＰＥＡＫＳ：ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｄｅ ｎｏｖｏ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ ｔａｎｄｅｍ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ １７，２３３７－２３４２
３２．Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｄａｏｕｄａ，Ｔ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）ＭＡＰＤＰ：Ａ Ｃｌｏｕｄ－Ｂａｓｅｄ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ Ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ １９，１８７３－１８８１
３３．Ｗｕ，Ｔ．Ｄ．，Ｒｅｅｄｅｒ，Ｊ．，Ｌａｗｒｅｎｃｅ，Ｍ．，Ｂｅｃｋｅｒ，Ｇ．，ａｎｄ Ｂｒａｕｅｒ，Ｍ．Ｊ．（２０１６）ＧＭＡＰ ａｎｄ ＧＳＮＡＰ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ：Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｓｐｅｅｄ，Ａｃｃｕｒａｃｙ，ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １４１８，２８３－３３４
３４．Ｏｇｉｓｈｉ，Ｍ．，ａｎｄ Ｙｏｔｓｕｙａｎａｇｉ，Ｈ．（２０１９）Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｐａｃｅ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １０，８２７
３５．Ｃｏｎｗａｙ，Ｊ．Ｒ．，Ｌｅｘ，Ａ．，ａｎｄ Ｇｅｈｌｅｎｂｏｒｇ，Ｎ．（２０１７）ＵｐＳｅｔＲ：ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｎｇ ｓｅｔｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３３，２９３８－２９４０
３６．Ｈａｎｚｅｌｍａｎｎ，Ｓ．，Ｃａｓｔｅｌｏ，Ｒ．，ａｎｄ Ｇｕｉｎｎｅｙ，Ｊ．（２０１３）ＧＳＶＡ：ｇｅｎｅ ｓｅｔ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ．ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １４，７
３７．Ｙｏｓｈｉｈａｒａ，Ｋ．，Ｓｈａｈｍｏｒａｄｇｏｌｉ，Ｍ．，Ｍａｒｔｉｎｅｚ，Ｅ．，Ｖｅｇｅｓｎａ，Ｒ．，Ｋｉｍ，Ｈ．，Ｔｏｒｒｅｓ－Ｇａｒｃｉａ，Ｗ．，Ｔｒｅｖｉｎｏ，Ｖ．，Ｓｈｅｎ，Ｈ．，Ｌａｉｒｄ，Ｐ．Ｗ．，Ｌｅｖｉｎｅ，Ｄ．Ａ．，Ｃａｒｔｅｒ，Ｓ．Ｌ．，Ｇｅｔｚ，Ｇ．，Ｓｔｅｍｋｅ－Ｈａｌｅ，Ｋ．，Ｍｉｌｌｓ，Ｇ．Ｂ．，ａｎｄ Ｖｅｒｈａａｋ，Ｒ．Ｇ．（２０１３）Ｉｎｆｅｒｒｉｎｇ ｔｕｍｏｕｒ ｐｕｒｉｔｙ ａｎｄ ｓｔｒｏｍａｌ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｅ ｃｅｌｌ ａｄｍｉｘｔｕｒｅ ｆｒｏｍ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ４，２６１２
３８．Ｃｈａｎ，Ａ．Ｙ．，ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｍ．Ｓ．（２０１５）Ｃｅｎｔｒａｌ ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ｔｏ ｓｅｌｆ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ．Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ １３５６，８０－８９
３９．Ｐｆａｍｍａｔｔｅｒ，Ｓ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）Ｅｘｔｅｎｄｉｎｇ ｔｈｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｉｓｏｂａｒｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ．Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ ９２，９１９４－９２０４
４０．Ｐｉｒａ，Ｇ．，Ｕｖａ，Ｐ．，Ｓｃａｎｕ，Ａ．Ｍ．，Ｒｏｃｃａ，Ｐ．Ｃ．，Ｍｕｒｇｉａ，Ｌ．，Ｕｌｅｒｉ，Ｅ．，Ｐｉｕ，Ｃ．，Ｐｏｒｃｕ，Ａ．，Ｃａｒｒｕ，Ｃ．，Ｍａｎｃａ，Ａ．，Ｐｅｒｓｉｃｏ，Ｉ．，Ｍｕｒｏｎｉ，Ｍ．Ｒ．，Ｓａｎｇｅｓ，Ｆ．，Ｓｅｒｒａ，Ｃ．，Ｄｏｌｅｉ，Ａ．，Ａｎｇｉｕｓ，Ａ．，ａｎｄ Ｄｅ Ｍｉｇｌｉｏ，Ｍ．Ｒ．（２０２０）Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ｕｎｃｏｖｅｒｉｎｇ ｋｎｏｗｎ ａｎｄ ｎｏｖｅｌ ｄｒｉｖｅｒ ｅｖｅｎｔｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ １０，４３２
４１．Ｋａｗａｋａｍｉ，Ｈ．，Ｚａａｎａｎ，Ａ．，ａｎｄ Ｓｉｎｉｃｒｏｐｅ，Ｆ．Ａ．（２０１５）Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｔｅｓｔｉｎｇ ａｎｄ ｉｔｓ ｒｏｌｅ ｉｎ ｔｈｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｃｕｒｒ Ｔｒｅａｔ Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｏｎｃｏｌ １６，３０
４２．Ｊｉｍｅｎｏ，Ａ．，Ｍｅｓｓｅｒｓｍｉｔｈ，Ｗ．Ａ．，Ｈｉｒｓｃｈ，Ｆ．Ｒ．，Ｆｒａｎｋｌｉｎ，Ｗ．Ａ．，ａｎｄ Ｅｃｋｈａｒｄｔ，Ｓ．Ｇ．（２００９）ＫＲＡＳ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐａｔｉｅｎｔ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２７，１１３０－１１３６
４３．Ｖａｎ Ｃｕｔｓｅｍ，Ｅ．，Ｋｏｈｎｅ，Ｃ．Ｈ．，Ｌａｎｇ，Ｉ．，Ｆｏｌｐｒｅｃｈｔ，Ｇ．，Ｎｏｗａｃｋｉ，Ｍ．Ｐ．，Ｃａｓｃｉｎｕ，Ｓ．，Ｓｈｃｈｅｐｏｔｉｎ，Ｉ．，Ｍａｕｒｅｌ，Ｊ．，Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｄ．，Ｔｅｊｐａｒ，Ｓ．，Ｓｃｈｌｉｃｈｔｉｎｇ，Ｍ．，Ｚｕｂｅｌ，Ａ．，Ｃｅｌｉｋ，Ｉ．，Ｒｏｕｇｉｅｒ，Ｐ．，ａｎｄ Ｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｆ．（２０１１）Ｃｅｔｕｘｉｍａｂ ｐｌｕｓ ｉｒｉｎｏｔｅｃａｎ，ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，ａｎｄ ｌｅｕｃｏｖｏｒｉｎ ａｓ ｆｉｒｓｔ－ｌｉｎｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｆｏｒ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ｕｐｄａｔｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｏｖｅｒａｌｌ ｓｕｒｖｉｖａｌ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｕｍｏｒ ＫＲＡＳ ａｎｄ ＢＲＡＦ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｓｔａｔｕｓ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２９，２０１１－２０１９
４４．Ａｈｍｅｄ，Ｄ．，Ｅｉｄｅ，Ｐ．Ｗ．，Ｅｉｌｅｒｔｓｅｎ，Ｉ．Ａ．，Ｄａｎｉｅｌｓｅｎ，Ｓ．Ａ．，Ｅｋｎａｅｓ，Ｍ．，Ｈｅｋｔｏｅｎ，Ｍ．，Ｌｉｎｄ，Ｇ．Ｅ．，ａｎｄ Ｌｏｔｈｅ，Ｒ．Ａ．（２０１３）Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ２４ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅｓｉｓ ２，ｅ７１
４５．Ｂｅｒｇ，Ｋ．Ｃ．Ｇ．，Ｅｉｄｅ，Ｐ．Ｗ．，Ｅｉｌｅｒｔｓｅｎ，Ｉ．Ａ．，Ｊｏｈａｎｎｅｓｓｅｎ，Ｂ．，Ｂｒｕｕｎ，Ｊ．，Ｄａｎｉｅｌｓｅｎ，Ｓ．Ａ．，Ｂｊｏｒｎｓｌｅｔｔ，Ｍ．，Ｍｅｚａ－Ｚｅｐｅｄａ，Ｌ．Ａ．，Ｅｋｎａｅｓ，Ｍ．，Ｌｉｎｄ，Ｇ．Ｅ．，Ｍｙｋｌｅｂｏｓｔ，Ｏ．，Ｓｋｏｔｈｅｉｍ，Ｒ．Ｉ．，Ｓｖｅｅｎ，Ａ．，ａｎｄ Ｌｏｔｈｅ，Ｒ．Ａ．（２０１７）Ｍｕｌｔｉ－ｏｍｉｃｓ ｏｆ ３４ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ － ａ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ １６，１１６
４６．Ｎｉｕ，Ｂ．，Ｙｅ，Ｋ．，Ｚｈａｎｇ，Ｑ．，Ｌｕ，Ｃ．，Ｘｉｅ，Ｍ．，ＭｃＬｅｌｌａｎ，Ｍ．Ｄ．，Ｗｅｎｄｌ，Ｍ．Ｃ．，ａｎｄ Ｄｉｎｇ，Ｌ．（２０１４）ＭＳＩｓｅｎｓｏｒ：ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｐａｉｒｅｄ ｔｕｍｏｒ－ｎｏｒｍａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，１０１５－１０１６
４７．Ａａｌｔｏｎｅｎ，Ｌ．Ａ．，Ｐｅｌｔｏｍａｋｉ，Ｐ．，Ｍｅｃｋｌｉｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｊａｒｖｉｎｅｎ，Ｈ．，Ｊａｓｓ，Ｊ．Ｒ．，Ｇｒｅｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｌｙｎｃｈ，Ｈ．Ｔ．，Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．，Ｔａｌｌｑｖｉｓｔ，Ｇ．，Ｊｕｈｏｌａ，Ｍ．，ａｎｄ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｅｒｒｏｒｓ ｉｎ ｂｅｎｉｇｎ ａｎｄ ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｔｕｍｏｒｓ ｆｒｏｍ ｈｅｒｅｄｉｔａｒｙ ｎｏｎｐｏｌｙｐｏｓｉｓ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５４，１６４５－１６４８
４８．Ｌｌｏｓａ，Ｎ．Ｊ．，Ｃｒｕｉｓｅ，Ｍ．，Ｔａｍ，Ａ．，Ｗｉｃｋｓ，Ｅ．Ｃ．，Ｈｅｃｈｅｎｂｌｅｉｋｎｅｒ，Ｅ．Ｍ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．Ｍ．，Ｂｌｏｓｓｅｒ，Ｒ．Ｌ．，Ｆａｎ，Ｈ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｚｈａｎｇ，Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，Ｓｅａｒｓ，Ｃ．Ｌ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，ａｎｄ Ｈｏｕｓｓｅａｕ，Ｆ．（２０１５）Ｔｈｅ ｖｉｇｏｒｏｕｓ ｉｍｍｕｎｅ ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｌｅ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ ｉｓ ｂａｌａｎｃｅｄ ｂｙ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｏｕｎｔｅｒ－ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ５，４３－５１
４９．Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，Ｄｕｒｈａｍ，Ｊ．Ｎ．，Ｓｍｉｔｈ，Ｋ．Ｎ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｂ．Ｒ．，Ａｕｌａｋｈ，Ｌ．Ｋ．，Ｌｕ，Ｓ．，Ｋｅｍｂｅｒｌｉｎｇ，Ｈ．，Ｗｉｌｔ，Ｃ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｗｏｎｇ，Ｆ．，Ａｚａｄ，Ｎ．Ｓ．，Ｒｕｃｋｉ，Ａ．Ａ．，Ｌａｈｅｒｕ，Ｄ．，Ｄｏｎｅｈｏｗｅｒ，Ｒ．，Ｚａｈｅｅｒ，Ａ．，Ｆｉｓｈｅｒ，Ｇ．Ａ．，Ｃｒｏｃｅｎｚｉ，Ｔ．Ｓ．，Ｌｅｅ，Ｊ．Ｊ．，Ｇｒｅｔｅｎ，Ｔ．Ｆ．，Ｄｕｆｆｙ，Ａ．Ｇ．，Ｃｉｏｍｂｏｒ，Ｋ．Ｋ．，Ｅｙｒｉｎｇ，Ａ．Ｄ．，Ｌａｍ，Ｂ．Ｈ．，Ｊｏｅ，Ａ．，Ｋａｎｇ，Ｓ．Ｐ．，Ｈｏｌｄｈｏｆｆ，Ｍ．，Ｄａｎｉｌｏｖａ，Ｌ．，Ｃｏｐｅ，Ｌ．，Ｍｅｙｅｒ，Ｃ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ，Ｒ．Ｍ．，Ａｒｍｓｔｒｏｎｇ，Ｄ．Ｋ．，Ｂｅｖｅｒ，Ｋ．Ｍ．，Ｆａｄｅｒ，Ａ．Ｎ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．，Ｈｏｕｓｓｅａｕ，Ｆ．，Ｓｐｅｔｚｌｅｒ，Ｄ．，Ｘｉａｏ，Ｎ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｅｓｈｌｅｍａｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｉａｚ，Ｌ．Ａ．，Ｊｒ．（２０１７）Ｍｉｓｍａｔｃｈ ｒｅｐａｉｒ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ ｔｏ ＰＤ－１ ｂｌｏｃｋａｄｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５７，４０９－４１３
５０．Ｈａｎａｈａｎ，Ｄ．，ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｒ．Ａ．（２０００）Ｔｈｅ ｈａｌｌｍａｒｋｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ １００，５７－７０
５１．Ｈａｎａｈａｎ，Ｄ．，ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｒ．Ａ．（２０１１）Ｈａｌｌｍａｒｋｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ：ｔｈｅ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ．Ｃｅｌｌ １４４，６４６－６７４
５２．Ｐｒｏｓｓｏｍａｒｉｔｉ，Ａ．，Ｐｉａｚｚｉ，Ｇ．，Ａｌｑｕａｔｉ，Ｃ．，ａｎｄ Ｒｉｃｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｌ．（２０２０）Ａｒｅ Ｗｎｔ／ｂｅｔａ－Ｃａｔｅｎｉｎ ａｎｄ ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲＣ１ Ｄｉｓｔｉｎｃｔ Ｐａｔｈｗａｙｓ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ？ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ １０，４９１－５０６
５３．Ｄａｎａｈｅｒ，Ｐ．，Ｗａｒｒｅｎ，Ｓ．，Ｄｅｎｎｉｓ，Ｌ．，Ｄ’Ａｍｉｃｏ，Ｌ．，Ｗｈｉｔｅ，Ａ．，Ｄｉｓｉｓ，Ｍ．Ｌ．，Ｇｅｌｌｅｒ，Ｍ．Ａ．，Ｏｄｕｎｓｉ，Ｋ．，Ｂｅｅｃｈｅｍ，Ｊ．，ａｎｄ Ｆｌｉｎｇ，Ｓ．Ｐ．（２０１７）Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ５，１８
５４．Ｂａｒｂｉｅ，Ｄ．Ａ．，Ｔａｍａｙｏ，Ｐ．，Ｂｏｅｈｍ，Ｊ．Ｓ．，Ｋｉｍ，Ｓ．Ｙ．，Ｍｏｏｄｙ，Ｓ．Ｅ．，Ｄｕｎｎ，Ｉ．Ｆ．，Ｓｃｈｉｎｚｅｌ，Ａ．Ｃ．，Ｓａｎｄｙ，Ｐ．，Ｍｅｙｌａｎ，Ｅ．，Ｓｃｈｏｌｌ，Ｃ．，Ｆｒｏｈｌｉｎｇ，Ｓ．，Ｃｈａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｓｏｓ，Ｍ．Ｌ．，Ｍｉｃｈｅｌ，Ｋ．，Ｍｅｒｍｅｌ，Ｃ．，Ｓｉｌｖｅｒ，Ｓ．Ｊ．，Ｗｅｉｒ，Ｂ．Ａ．，Ｒｅｉｌｉｎｇ，Ｊ．Ｈ．，Ｓｈｅｎｇ，Ｑ．，Ｇｕｐｔａ，Ｐ．Ｂ．，Ｗａｄｌｏｗ，Ｒ．Ｃ．，Ｌｅ，Ｈ．，Ｈｏｅｒｓｃｈ，Ｓ．，Ｗｉｔｔｎｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｒａｍａｓｗａｍｙ，Ｓ．，Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ，Ｄ．Ｍ．，Ｓａｂａｔｉｎｉ，Ｄ．Ｍ．，Ｍｅｙｅｒｓｏｎ，Ｍ．，Ｔｈｏｍａｓ，Ｒ．Ｋ．，Ｌａｎｄｅｒ，Ｅ．Ｓ．，Ｍｅｓｉｒｏｖ，Ｊ．Ｐ．，Ｒｏｏｔ，Ｄ．Ｅ．，Ｇｉｌｌｉｌａｎｄ，Ｄ．Ｇ．，Ｊａｃｋｓ，Ｔ．，ａｎｄ Ｈａｈｎ，Ｗ．Ｃ．（２００９）Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ＫＲＡＳ－ｄｒｉｖｅｎ ｃａｎｃｅｒｓ ｒｅｑｕｉｒｅ ＴＢＫ１．Ｎａｔｕｒｅ ４６２，１０８－１１２
５５．Ｋｉｍ，Ｈ．，Ｊｅｎ，Ｊ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，ａｎｄ Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｓ．Ｒ．（１９９４）Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｓｐｏｒａｄｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｗｉｔｈ ＤＮＡ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｅｒｒｏｒｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ １４５，１４８－１５６
５６．Ｓｍｙｒｋ，Ｔ．Ｃ．，Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．，Ｋａｕｌ，Ｋ．，ａｎｄ Ｌｙｎｃｈ，Ｈ．Ｔ．（２００１）Ｔｕｍｏｒ－ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ａｒｅ ａ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃａｎｃｅｒ ９１，２４１７－２４２２
５７．Ｄｏｌｃｅｔｔｉ，Ｒ．，Ｖｉｅｌ，Ａ．，Ｄｏｇｌｉｏｎｉ，Ｃ．，Ｒｕｓｓｏ，Ａ．，Ｇｕｉｄｏｂｏｎｉ，Ｍ．，Ｃａｐｏｚｚｉ，Ｅ．，Ｖｅｃｃｈｉａｔｏ，Ｎ．，Ｍａｃｒｉ，Ｅ．，Ｆｏｒｎａｓａｒｉｇ，Ｍ．，ａｎｄ Ｂｏｉｏｃｃｈｉ，Ｍ．（１９９９）Ｈｉｇｈ ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｏｆ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ａｎｄ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｃｅｌｌ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｗｉｔｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ １５４，１８０５－１８１３
５８．Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，Ｓ．Ｍ．，Ｂａｎｅｒｊｅａ，Ａ．，Ｆｅａｋｉｎｓ，Ｒ．，Ｌｉ，Ｓ．Ｒ．，Ｂｕｓｔｉｎ，Ｓ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｏｒｕｄｉ，Ｓ．（２００４）Ｔｕｍｏｕｒ－ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｗｉｔｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｒｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ａｎｄ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ．Ｂｒ Ｊ Ｓｕｒｇ ９１，４６９－４７５
５９．Ｂｏｌａｎｄ，Ｃ．Ｒ．，Ｋｏｉ，Ｍ．，Ｃｈａｎｇ，Ｄ．Ｋ．，ａｎｄ Ｃａｒｅｔｈｅｒｓ，Ｊ．Ｍ．（２００８）Ｔｈｅ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ａｂｎｏｒｍａｌ ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｂｅｈａｖｉｏｒ ｉｎ Ｌｙｎｃｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ：ｆｒｏｍ ｂｅｎｃｈ ｔｏ ｂｅｄｓｉｄｅ．Ｆａｍ Ｃａｎｃｅｒ ７，４１－５２
６０．Ｓａｒｋｉｚｏｖａ，Ｓ．，Ｋｌａｅｇｅｒ，Ｓ．，Ｌｅ，Ｐ．Ｍ．，Ｌｉ，Ｌ．Ｗ．，Ｏｌｉｖｅｉｒａ，Ｇ．，Ｋｅｓｈｉｓｈｉａｎ，Ｈ．，Ｈａｒｔｉｇａｎ，Ｃ．Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｗ．，Ｂｒａｕｎ，Ｄ．Ａ．，Ｌｉｇｏｎ，Ｋ．Ｌ．，Ｂａｃｈｉｒｅｄｄｙ，Ｐ．，Ｚｅｒｖａｎｔｏｎａｋｉｓ，Ｉ．Ｋ．，Ｒｏｓｅｎｂｌｕｔｈ，Ｊ．Ｍ．，Ｏｕｓｐｅｎｓｋａｉａ，Ｔ．，Ｌａｗ，Ｔ．，Ｊｕｓｔｅｓｅｎ，Ｓ．，Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｊ．，Ｌａｎｅ，Ｗ．Ｊ．，Ｅｉｓｅｎｈａｕｒｅ，Ｔ．，Ｌａｎ Ｚｈａｎｇ，Ｇ．，Ｃｌａｕｓｅｒ，Ｋ．Ｒ．，Ｈａｃｏｈｅｎ，Ｎ．，Ｃａｒｒ，Ｓ．Ａ．，Ｗｕ，Ｃ．Ｊ．，ａｎｄ Ｋｅｓｋｉｎ，Ｄ．Ｂ．（２０２０）Ａ ｌａｒｇｅ ｐｅｐｔｉｄｏｍｅ ｄａｔａｓｅｔ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｅｐｉｔｏｐｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｃｒｏｓｓ ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３８，１９９－２０９
６１．Ｌａｒｏｕｃｈｅ，Ｊ．Ｄ．，Ｔｒｏｆｉｍｏｖ，Ａ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ｅｈｘ，Ｇ．，Ｚｈａｏ，Ｑ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２０）Ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ａｎｄ ｔｉｓｓｕｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｅｌｅｍｅｎｔｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｓｏｍａｔｉｃ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １２，４０
６２．Ｃｈｅｒｋａｓｏｖａ，Ｅ．，Ｓｃｒｉｖａｎｉ，Ｃ．，Ｄｏｈ，Ｓ．，Ｗｅｉｓｍａｎ，Ｑ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｙ．，Ｈａｒａｓｈｉｍａ，Ｎ．，Ｙｏｋｏｙａｍａ，Ｈ．，Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ，Ｒ．，Ｌｉｎｅｈａｎ，Ｗ．Ｍ．，Ｌｅｒｍａｎ，Ｍ．Ｉ．，ａｎｄ Ｃｈｉｌｄｓ，Ｒ．Ｗ．（２０１６）Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ＨＥＲＶ－Ｅ Ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｗｉｔｈ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｃｌｅａｒ Ｃｅｌｌ Ｋｉｄｎｅｙ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７６，２１７７－２１８５
６３．Ｐａｔｒａ，Ｒ．，Ｄａｓ，Ｎ．Ｃ．，ａｎｄ Ｍｕｋｈｅｒｊｅｅ，Ｓ．（２０２１）Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＬ１１Ａ１ Ｇｅｎｅ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｒｃｉｎｏｍａ：Ａｎ Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａｐｐｒｏａｃｈ．Ｆｒｏｎｔ Ｇｅｎｅｔ １２，６０８３１３
６４．Ｍａｒｃｕ，Ａ．，Ｂｉｃｈｍａｎｎ，Ｌ．，Ｋｕｃｈｅｎｂｅｃｋｅｒ，Ｌ．，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ，Ｄ．Ｊ．，Ｆｒｅｕｄｅｎｍａｎｎ，Ｌ．Ｋ．，Ｂａｃｋｅｒｔ，Ｌ．，Ｍｕｅｈｌｅｎｂｒｕｃｈ，Ｌ．，Ｓｚｏｌｅｋ，Ａ．，Ｌｕｅｂｋｅ，Ｍ．，Ｗａｇｎｅｒ，Ｐ．，Ｅｎｇｌｅｒ，Ｔ．，Ｍａｔｏｖｉｎａ，Ｓ．，Ｗａｎｇ，Ｊ．，Ｈａｕｒｉ－Ｈｏｈｌ，Ｍ．，Ｍａｒｔｉｎ，Ｒ．，Ｋａｐｏｌｏｕ，Ｋ．，Ｗａｌｚ，Ｊ．Ｓ．，Ｖｅｌｚ，Ｊ．，Ｍｏｃｈ，Ｈ．，Ｒｅｇｌｉ，Ｌ．，Ｓｉｌｇｉｎｅｒ，Ｍ．，Ｗｅｌｌｅｒ，Ｍ．，Ｌｏｅｆｆｌｅｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｅｒｈａｒｄ，Ｆ．，Ｓｃｈｌｏｓｓｅｒ，Ａ．，Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，Ｈ．－Ｇ．，ａｎｄ Ｎｅｉｄｅｒｔ，Ｍ．Ｃ．（２０２０）Ｔｈｅ ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄ Ａｔｌａｓ － Ａ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｎａｔｕｒａｌ ＨＬＡ ｌｉｇａｎｄｓ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｏｎ ｂｅｎｉｇｎ ｔｉｓｓｕｅｓ．ｂｉｏＲｘｉｖ，７７８９４４
６５．Ｇｊｅｒｓｔｏｒｆｆ，Ｍ．Ｆ．，Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｍ．Ｈ．，ａｎｄ Ｄｉｔｚｅｌ，Ｈ．Ｊ．（２０１５）Ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ｃａｎｃｅｒ／ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎｓ：ｐｒｉｍｅ ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ６，１５７７２－１５７８７
６６．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｎ．，Ｔａｋａｎｏ，Ａ．，Ｙａｓｕｉ，Ｗ．，Ｉｎａｉ，Ｋ．，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ，Ｈ．，Ｉｔｏ，Ｈ．，Ｍｉｙａｇｉ，Ｙ．，Ｎａｋａｙａｍａ，Ｈ．，Ｆｕｊｉｔａ，Ｍ．，Ｈｏｓｏｋａｗａ，Ｍ．，Ｔｓｕｃｈｉｙａ，Ｅ．，Ｋｏｈｎｏ，Ｎ．，Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｙ．，ａｎｄ Ｄａｉｇｏ，Ｙ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ－ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ ６ ｃｏｍｐｌｅｘ ｌｏｃｕｓ Ｋ ｉｓ ａ ｓｅｒｏｌｏｇｉｃ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ ａｎｄ ａ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｌｕｎｇ ａｎｄ ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７，１１６０１－１１６１１
６７．Ａｄａｍｏｐｏｕｌｏｕ，Ｅ．，Ｔｅｎｚｅｒ，Ｓ．，Ｈｉｌｌｅｎ，Ｎ．，Ｋｌｕｇ，Ｐ．，Ｒｏｔａ，Ｉ．Ａ．，Ｔｉｅｔｚ，Ｓ．，Ｇｅｂｈａｒｄｔ，Ｍ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，Ｓｃｈｉｌｄ，Ｈ．，Ｔｏｌｏｓａ，Ｅ．，Ｍｅｌｍｓ，Ａ．，ａｎｄ Ｓｔｏｅｃｋｌｅ，Ｃ．（２０１３）Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ＭＨＣ－ｐｅｐｔｉｄｅ ｍａｔｒｉｘ ｏｆ ｃｅｎｔｒａｌ ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｔｈｙｍｕｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ４，２０３９
６８．Ｋｏｔｅ，Ｓ．，Ｐｉｒｏｇ，Ａ．，Ｂｅｄｒａｎ，Ｇ．，Ａｌｆａｒｏ，Ｊ．，ａｎｄ Ｄａｐｉｃ，Ｉ．（２０２０）Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－Ｂａｓｅｄ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＨＣ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｃａｎｃｅｒｓ（Ｂａｓｅｌ）１２
６９．Ｌｉｎ，Ａ．，Ｚｈａｎｇ，Ｊ．，ａｎｄ Ｌｕｏ，Ｐ．（２０２０）Ｃｒｏｓｓｔａｌｋ Ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ＭＳＩ Ｓｔａｔｕｓ ａｎｄ Ｔｕｍｏｒ Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，２０３９
７０．Ｂｏｎａｖｅｎｔｕｒａ，Ｐ．，Ｓｈｅｋａｒｉａｎ，Ｔ．，Ａｌｃａｚｅｒ，Ｖ．，Ｖａｌｌａｄｅａｕ－Ｇｕｉｌｅｍｏｎｄ，Ｊ．，Ｖａｌｓｅｓｉａ－Ｗｉｔｔｍａｎｎ，Ｓ．，Ａｍｉｇｏｒｅｎａ，Ｓ．，Ｃａｕｘ，Ｃ．，ａｎｄ Ｄｅｐｉｌ，Ｓ．（２０１９）Ｃｏｌｄ Ｔｕｍｏｒｓ：Ａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｃｈａｌｌｅｎｇｅ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １０，１６８
７１．Ｓｈｉｈａｂ，Ｈ．Ａ．，Ｇｏｕｇｈ，Ｊ．，Ｃｏｏｐｅｒ，Ｄ．Ｎ．，Ｓｔｅｎｓｏｎ，Ｐ．Ｄ．，Ｂａｒｋｅｒ，Ｇ．Ｌ．，Ｅｄｗａｒｄｓ，Ｋ．Ｊ．，Ｄａｙ，Ｉ．Ｎ．，ａｎｄ Ｇａｕｎｔ，Ｔ．Ｒ．（２０１３）Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，ａｎｄ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ ｈｉｄｄｅｎ Ｍａｒｋｏｖ ｍｏｄｅｌｓ．Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ ３４，５７－６５
７２．Ｒｅｎｔｚｓｃｈ，Ｐ．，Ｗｉｔｔｅｎ，Ｄ．，Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇ．Ｍ．，Ｓｈｅｎｄｕｒｅ，Ｊ．，ａｎｄ Ｋｉｒｃｈｅｒ，Ｍ．（２０１９）ＣＡＤＤ：ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｄｅｌｅｔｅｒｉｏｕｓｎｅｓｓ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ８８６－Ｄ８９４
７３．Ｓｈｅｒｒｙ，Ｓ．Ｔ．，Ｗａｒｄ，Ｍ．，ａｎｄ Ｓｉｒｏｔｋｉｎ，Ｋ．（１９９９）ｄｂＳＮＰ－ｄａｔａｂａｓｅ ｆｏｒ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｃｌａｓｓｅｓ ｏｆ ｍｉｎｏｒ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ ９，６７７－６７９
７４．Ｔａｔｅ，Ｊ．Ｇ．，Ｂａｍｆｏｒｄ，Ｓ．，Ｊｕｂｂ，Ｈ．Ｃ．，Ｓｏｎｄｋａ，Ｚ．，Ｂｅａｒｅ，Ｄ．Ｍ．，Ｂｉｎｄａｌ，Ｎ．，Ｂｏｕｔｓｅｌａｋｉｓ，Ｈ．，Ｃｏｌｅ，Ｃ．Ｇ．，Ｃｒｅａｔｏｒｅ，Ｃ．，Ｄａｗｓｏｎ，Ｅ．，Ｆｉｓｈ，Ｐ．，Ｈａｒｓｈａ，Ｂ．，Ｈａｔｈａｗａｙ，Ｃ．，Ｊｕｐｅ，Ｓ．Ｃ．，Ｋｏｋ，Ｃ．Ｙ．，Ｎｏｂｌｅ，Ｋ．，Ｐｏｎｔｉｎｇ，Ｌ．，Ｒａｍｓｈａｗ，Ｃ．Ｃ．，Ｒｙｅ，Ｃ．Ｅ．，Ｓｐｅｅｄｙ，Ｈ．Ｅ．，Ｓｔｅｆａｎｃｓｉｋ，Ｒ．，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．，Ｗａｎｇ，Ｓ．，Ｗａｒｄ，Ｓ．，Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｐ．Ｊ．，ａｎｄ Ｆｏｒｂｅｓ，Ｓ．Ａ．（２０１９）ＣＯＳＭＩＣ：ｔｈｅ Ｃａｔａｌｏｇｕｅ Ｏｆ Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ９４１－Ｄ９４７
７５．Ｅｈｘ，Ｇ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１９）Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １１，２９
７６．Ｖｏｇｅｌ，Ｃ．，ａｎｄ Ｍａｒｃｏｔｔｅ，Ｅ．Ｍ．（２０１２）Ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｂｕｎｄａｎｃｅ ｆｒｏｍ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ ａｎｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ １３，２２７－２３２
７７．Ｘｉａｎｇ，Ｂ．，Ｓｎｏｏｋ，Ａ．Ｅ．，Ｍａｇｅｅ，Ｍ．Ｓ．，ａｎｄ Ｗａｌｄｍａｎ，Ｓ．Ａ．（２０１３）Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｄｉｓｃｏｖ Ｍｅｄ １５，３０１－３０８
７８．Ｇｏｌｄ，Ｐ．，ａｎｄ Ｆｒｅｅｄｍａｎ，Ｓ．Ｏ．（１９６５）Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｎｉｃ Ｃａｒｃｉｎｏｍａｔａ ｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ａｎｄ Ａｂｓｏｒｐｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １２１，４３９－４６２
７９．Ｚｈｏｕ，Ｆ．（２００９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ＩＦＮ－ｇａｍｍａ ｔｏ ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｅ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｉｎｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２８，２３９－２６０
８０．Ｄｅｕｔｓｃｈ，Ｅ．Ｗ．，Ｂａｎｄｅｉｒａ，Ｎ．，Ｓｈａｒｍａ，Ｖ．，Ｐｅｒｅｚ－Ｒｉｖｅｒｏｌ，Ｙ．，Ｃａｒｖｅｒ，Ｊ．Ｊ．，Ｋｕｎｄｕ，Ｄ．Ｊ．，Ｇａｒｃｉａ－Ｓｅｉｓｄｅｄｏｓ，Ｄ．，Ｊａｒｎｕｃｚａｋ，Ａ．Ｆ．，Ｈｅｗａｐａｔｈｉｒａｎａ，Ｓ．，Ｐｕｌｌｍａｎ，Ｂ．Ｓ．，Ｗｅｒｔｚ，Ｊ．，Ｓｕｎ，Ｚ．，Ｋａｗａｎｏ，Ｓ．，Ｏｋｕｄａ，Ｓ．，Ｗａｔａｎａｂｅ，Ｙ．，Ｈｅｒｍｊａｋｏｂ，Ｈ．，ＭａｃＬｅａｎ，Ｂ．，ＭａｃＣｏｓｓ，Ｍ．Ｊ．，Ｚｈｕ，Ｙ．，Ｉｓｈｉｈａｍａ，Ｙ．，ａｎｄ Ｖｉｚｃａｉｎｏ，Ｊ．Ａ．（２０２０）Ｔｈｅ ＰｒｏｔｅｏｍｅＸｃｈａｎｇｅ ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｉｎ ２０２０：ｅｎａｂｌｉｎｇ ’ｂｉｇ ｄａｔａ’ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４８，Ｄ１１４５－Ｄ１１５２
８１．Ｐｅｒｅｚ－Ｒｉｖｅｒｏｌ，Ｙ．，Ｃｓｏｒｄａｓ，Ａ．，Ｂａｉ，Ｊ．，Ｂｅｒｎａｌ－Ｌｌｉｎａｒｅｓ，Ｍ．，Ｈｅｗａｐａｔｈｉｒａｎａ，Ｓ．，Ｋｕｎｄｕ，Ｄ．Ｊ．，Ｉｎｕｇａｎｔｉ，Ａ．，Ｇｒｉｓｓ，Ｊ．，Ｍａｙｅｒ，Ｇ．，Ｅｉｓｅｎａｃｈｅｒ，Ｍ．，Ｐｅｒｅｚ，Ｅ．，Ｕｓｚｋｏｒｅｉｔ，Ｊ．，Ｐｆｅｕｆｆｅｒ，Ｊ．，Ｓａｃｈｓｅｎｂｅｒｇ，Ｔ．，Ｙｉｌｍａｚ，Ｓ．，Ｔｉｗａｒｙ，Ｓ．，Ｃｏｘ，Ｊ．，Ａｕｄａｉｎ，Ｅ．，Ｗａｌｚｅｒ，Ｍ．，Ｊａｒｎｕｃｚａｋ，Ａ．Ｆ．，Ｔｅｒｎｅｎｔ，Ｔ．，Ｂｒａｚｍａ，Ａ．，ａｎｄ Ｖｉｚｃａｉｎｏ，Ｊ．Ａ．（２０１９）Ｔｈｅ ＰＲＩＤＥ ｄａｔａｂａｓｅ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏｏｌｓ ａｎｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎ ２０１９：ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｓｕｐｐｏｒｔ ｆｏｒ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｄａｔａ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ４４２－Ｄ４５０．
１．Ｂｒａｙ，Ｆ．，Ｆｅｒｌａｙ，Ｊ．，Ｓｏｅｒｊｏｍａｔａｒａｍ，Ｉ．，Ｓｉｅｇｅｌ，Ｒ．Ｌ．，Ｔｏｒｒｅ，Ｌ．Ａ．，ａｎｄ Ｊｅｍａｌ，Ａ．（２０１８）Ｇｌｏｂａｌ ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０１８：ＧＬＯＢＯＣＡＮ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ ａｎｄ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｗｏｒｌｄｗｉｄｅ ｆｏｒ ３６ ｃａｎｃｅｒｓ ｉｎ １８５ ｃｏｕｎｔｒｉｅｓ．ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ ６８，３９４－４２４
２．Ａｒｎｏｌｄ，Ｍ．，Ｓｉｅｒｒａ，Ｍ．Ｓ．，Ｌａｖｅｒｓａｎｎｅ，Ｍ．，Ｓｏｅｒｊｏｍａｔａｒａｍ，Ｉ．，Ｊｅｍａｌ，Ａ．，ａｎｄ Ｂｒａｙ，Ｆ．（２０１７）Ｇｌｏｂａｌ ｐａｔｔｅｒｎｓ ａｎｄ ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ ａｎｄ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ．Ｇｕｔ ６６，６８３－６９１
３．Ｅｒｉｋｓｅｎ，Ａ．Ｃ．，Ｓｏｒｅｎｓｅｎ，Ｆ．Ｂ．，Ｌｉｎｄｅｂｊｅｒｇ，Ｊ．，Ｈａｇｅｒ，Ｈ．，ｄｅＰｏｎｔ Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ，Ｒ．，Ｋｊａｅｒ－Ｆｒｉｆｅｌｄｔ，Ｓ．，ａｎｄ Ｈａｎｓｅｎ，Ｔ．Ｆ．（２０１８）Ｔｈｅ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｖａｌｕｅ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ－Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ Ｓｔａｇｅ ＩＩ Ｃｏｌｏｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ａ Ｎａｔｉｏｎｗｉｄｅ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ－Ｂａｓｅｄ Ｓｔｕｄｙ．Ｔｒａｎｓｌ Ｏｎｃｏｌ １１，９７９－９８７
４．Ｚｈａｏ，Ｙ．，Ｇｅ，Ｘ．，Ｈｅ，Ｊ．，Ｃｈｅｎｇ，Ｙ．，Ｗａｎｇ，Ｚ．，Ｗａｎｇ，Ｊ．，ａｎｄ Ｓｕｎ，Ｌ．（２０１９）Ｔｈｅ ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｖａｌｕｅ ｏｆ ｔｕｍｏｒ－ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｄｉｆｆｅｒｓ ｂｙ ａｎａｔｏｍｉｃａｌ ｓｕｂｓｉｔｅ：ａ ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ｒｅｖｉｅｗ ａｎｄ ｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｓｕｒｇ Ｏｎｃｏｌ １７，８５
５．Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，Ｕｒａｍ，Ｊ．Ｎ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｂ．Ｒ．，Ｋｅｍｂｅｒｌｉｎｇ，Ｈ．，Ｅｙｒｉｎｇ，Ａ．Ｄ．，Ｓｋｏｒａ，Ａ．Ｄ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ａｚａｄ，Ｎ．Ｓ．，Ｌａｈｅｒｕ，Ｄ．，Ｂｉｅｄｒｚｙｃｋｉ，Ｂ．，Ｄｏｎｅｈｏｗｅｒ，Ｒ．Ｃ．，Ｚａｈｅｅｒ，Ａ．，Ｆｉｓｈｅｒ，Ｇ．Ａ．，Ｃｒｏｃｅｎｚｉ，Ｔ．Ｓ．，Ｌｅｅ，Ｊ．Ｊ．，Ｄｕｆｆｙ，Ｓ．Ｍ．，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ，Ｒ．Ｍ．，ｄｅ ｌａ Ｃｈａｐｅｌｌｅ，Ａ．，Ｋｏｓｈｉｊｉ，Ｍ．，Ｂｈａｉｊｅｅ，Ｆ．，Ｈｕｅｂｎｅｒ，Ｔ．，Ｈｒｕｂａｎ，Ｒ．Ｈ．，Ｗｏｏｄ，Ｌ．Ｄ．，Ｃｕｋａ，Ｎ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｃｏｒｎｉｓｈ，Ｔ．Ｃ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．Ｍ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，Ｅｓｈｌｅｍａｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，ａｎｄ Ｄｉａｚ，Ｌ．Ａ．，Ｊｒ．（２０１５）ＰＤ－１ Ｂｌｏｃｋａｄｅ ｉｎ Ｔｕｍｏｒｓ ｗｉｔｈ Ｍｉｓｍａｔｃｈ－Ｒｅｐａｉｒ Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５０９－２５２０
６．Ｆａｂｒｉｚｉｏ，Ｄ．Ａ．，Ｇｅｏｒｇｅ，Ｔ．Ｊ．，Ｊｒ．，Ｄｕｎｎｅ，Ｒ．Ｆ．，Ｆｒａｍｐｔｏｎ，Ｇ．，Ｓｕｎ，Ｊ．，Ｇｏｗｅｎ，Ｋ．，Ｋｅｎｎｅｄｙ，Ｍ．，Ｇｒｅｅｎｂｏｗｅ，Ｊ．，Ｓｃｈｒｏｃｋ，Ａ．Ｂ．，Ｈｅｚｅｌ，Ａ．Ｆ．，Ｒｏｓｓ，Ｊ．Ｓ．，Ｓｔｅｐｈｅｎｓ，Ｐ．Ｊ．，Ａｌｉ，Ｓ．Ｍ．，Ｍｉｌｌｅｒ，Ｖ．Ａ．，Ｆａｋｉｈ，Ｍ．，ａｎｄ Ｋｌｅｍｐｎｅｒ，Ｓ．Ｊ．（２０１８）Ｂｅｙｏｎｄ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｔｅｓｔｉｎｇ：ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｂｕｒｄｅｎ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｓｕｂｓｅｔｓ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｗｈｏ ｍａｙ ｒｅｓｐｏｎｄ ｔｏ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ．Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｏｎｃｏｌ ９，６１０－６１７
７．Ｗａｇｎｅｒ，Ｓ．，Ｍｕｌｌｉｎｓ，Ｃ．Ｓ．，ａｎｄ Ｌｉｎｎｅｂａｃｈｅｒ，Ｍ．（２０１８）Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ：Ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｖｓ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２４，５４１８－５４３２
８．Ｌｏｆｆｌｅｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ，Ｄ．Ｊ．，Ｂａｃｋｅｒｔ，Ｌ．，Ｂｅｒｎｈａｒｄｔ，Ｊ．，Ａｄａｍ，Ｐ．，Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，Ｈ．，Ｄｅｎｇｌｅｒ，Ｆ．，Ｂａｃｋｅｓ，Ｄ．，Ｋｏｐｐ，Ｈ．Ｇ．，Ｂｅｃｋｅｒｔ，Ｓ．，Ｗａｇｎｅｒ，Ｓ．，Ｋｏｎｉｇｓｒａｉｎｅｒ，Ｉ．，Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．，Ｋａｎｚ，Ｌ．，Ｋｏｎｉｇｓｒａｉｎｅｒ，Ａ．，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，Ｈ．Ｇ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，ａｎｄ Ｈａｅｎ，Ｓ．Ｐ．（２０１８）Ｍａｐｐｉｎｇ ｔｈｅ ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄｏｍｅ ｏｆ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｖｅａｌｓ ａｎ Ｉｍｐｒｉｎｔ ｏｆ Ｍａｌｉｇｎａｎｔ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７８，４６２７－４６４１
９．Ｐｉｃａｒｄ，Ｅ．，Ｖｅｒｓｃｈｏｏｒ，Ｃ．Ｐ．，Ｍａ，Ｇ．Ｗ．，ａｎｄ Ｐａｗｅｌｅｃ，Ｇ．（２０２０）Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ Ｂｅｔｗｅｅｎ Ｉｍｍｕｎｅ Ｌａｎｄｓｃａｐｅｓ，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｕｂｔｙｐｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，３６９
１０．Ｐａｒｋｈｕｒｓｔ，Ｍ．Ｒ．，Ｙａｎｇ，Ｊ．Ｃ．，Ｌａｎｇａｎ，Ｒ．Ｃ．，Ｄｕｄｌｅｙ，Ｍ．Ｅ．，Ｎａｔｈａｎ，Ｄ．Ａ．，Ｆｅｌｄｍａｎ，Ｓ．Ａ．，Ｄａｖｉｓ，Ｊ．Ｌ．，Ｍｏｒｇａｎ，Ｒ．Ａ．，Ｍｅｒｉｎｏ，Ｍ．Ｊ．，Ｓｈｅｒｒｙ，Ｒ．Ｍ．，Ｈｕｇｈｅｓ，Ｍ．Ｓ．，Ｋａｍｍｕｌａ，Ｕ．Ｓ．，Ｐｈａｎ，Ｇ．Ｑ．，Ｌｉｍ，Ｒ．Ｍ．，Ｗａｎｋ，Ｓ．Ａ．，Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｎ．Ｐ．，Ｒｏｂｂｉｎｓ，Ｐ．Ｆ．，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ，Ｃ．Ｍ．，ａｎｄ Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．Ａ．（２０１１）Ｔ ｃｅｌｌｓ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｃａｒｃｉｎｏｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｃａｎ ｍｅｄｉａｔｅ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｂｕｔ ｉｎｄｕｃｅ ｓｅｖｅｒｅ ｔｒａｎｓｉｅｎｔ ｃｏｌｉｔｉｓ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ １９，６２０－６２６
１１．Ｍｉｎａｔｉ，Ｒ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）Ａ Ｒｏａｄｍａｐ Ｔｏｗａｒｄ ｔｈｅ Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ Ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，５８３２８７
１２．Ｓｍｉｔｈ，Ｃ．Ｃ．，Ｓｅｌｉｔｓｋｙ，Ｓ．Ｒ．，Ｃｈａｉ，Ｓ．，Ａｒｍｉｓｔｅａｄ，Ｐ．Ｍ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｂ．Ｇ．，ａｎｄ Ｓｅｒｏｄｙ，Ｊ．Ｓ．（２０１９）Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｔｕｍｏｕｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ １９，４６５－４７８
１３．Ｋｌｏｏｒ，Ｍ．，Ｒｅｕｓｃｈｅｎｂａｃｈ，Ｍ．，Ｋａｒｂａｃｈ，Ｊ．，Ｒａｆｉｙａｎ，Ｍ．，Ａｌ－Ｂａｔｒａｎ，Ｓ．－Ｅ．，Ｐａｕｌｉｇｋ，Ｃ．，Ｊａｅｇｅｒ，Ｅ．，ａｎｄ Ｄｏｅｂｅｒｉｔｚ，Ｍ．ｖ．Ｋ．（２０１５）Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＳＩ－Ｈ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ ｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｔｉｇｅｎｓ：Ａ ｐｈａｓｅ Ｉ／ＩＩａ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ３３，３０２０－３０２０
１４．ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｕｌｋ，Ｊ．，Ｖｅｒｄｅｇａａｌ，Ｅ．Ｍ．Ｅ．，Ｒｕａｎｏ，Ｄ．，Ｉｊｓｓｅｌｓｔｅｉｊｎ，Ｍ．Ｅ．，Ｖｉｓｓｅｒ，Ｍ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｒｅｇｇｅｎ，Ｒ．，Ｄｕｈｅｎ，Ｔ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｌｏｅｇ，Ｍ．，ｄｅ Ｖｒｉｅｓ，Ｎ．Ｌ．，Ｏｏｓｔｉｎｇ，Ｊ．，Ｐｅｅｔｅｒｓ，Ｋ．，Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ａ．Ｄ．，Ｆａｒｉｎａ－Ｓａｒａｓｑｕｅｔａ，Ａ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｕｒｇ，Ｓ．Ｈ．，ａｎｄ ｄｅ Ｍｉｒａｎｄａ，Ｎ．（２０１９）Ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｌｏｗ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｂｕｒｄｅｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｔｙｐｅ ４．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １１，８７
１５．Ｎｅｗｅｙ，Ａ．，Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，Ｂ．，Ｍｉｃｈａｕｘ，Ｊ．，Ｐａｋ，Ｈ．Ｓ．，Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｂ．Ｊ．，Ｗｏｏｌｓｔｏｎ，Ａ．，Ｓｅｍｉａｎｎｉｋｏｖａ，Ｍ．，Ｓｐａｉｎ，Ｇ．，Ｂａｒｂｅｒ，Ｌ．Ｊ．，Ｍａｔｔｈｅｗｓ，Ｎ．，Ｒａｏ，Ｓ．，Ｗａｔｋｉｎｓ，Ｄ．，Ｃｈａｕ，Ｉ．，Ｃｏｕｋｏｓ，Ｇ．，Ｒａｃｌｅ，Ｊ．，Ｇｆｅｌｌｅｒ，Ｄ．，Ｓｔａｒｌｉｎｇ，Ｎ．，Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｄ．，Ｂａｓｓａｎｉ－Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ，Ｍ．，ａｎｄ Ｇｅｒｌｉｎｇｅｒ，Ｍ．（２０１９）Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｏｒｇａｎｏｉｄｓ ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｓｐａｒｓｅ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ ｌａｎｄｓｃａｐｅ ａｎｄ ｎｏ ｉｎｃｒｅａｓｅ ｉｎ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｏｒ ＭＥＫ－ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ７，３０９
１６．Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ａｕｄｅｍａｒｄ，Ｅ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｓｔ－Ｐｉｅｒｒｅ，Ｃ．，Ｂｅｎｈａｍｍａｄｉ，Ｍ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｖｏｂｅｃｋｙ，Ｓ．，Ｈａｄｄａｄ，Ｅ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１８）Ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｍａｉｎ ｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｔａｒｇｅｔａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ １０
１７．Ｚｈａｏ，Ｑ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｍｉｌｌａｒ，Ｄ．Ｇ．，Ｏｈａｓｈｉ，Ｐ．Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２０）Ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｕｎｃｏｖｅｒｓ ａ Ｖａｓｔ Ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｏｆ Ｓｈａｒｅｄ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ ８，５４４－５５５
１８．Ｅｈｘ，Ｇ．，Ｌａｒｏｕｃｈｅ，Ｊ．Ｄ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｔｈｅｒｉａｕｌｔ，Ｃ．，Ｒｕｌｌｅａｕ，Ｃ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｆｅｇｈａｌｙ，Ａ．，Ａｐａｖａｌｏａｅｉ，Ａ．，Ｎｏｒｏｎｈａ，Ｎ．，Ｌａｕｍｏｎｔ，Ｃ．Ｍ．，Ｄｅｌｉｓｌｅ，Ｊ．Ｓ．，Ｖａｇｏ，Ｌ．，Ｈｅｂｅｒｔ，Ｊ．，Ｓａｕｖａｇｅａｕ，Ｇ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２１）Ａｔｙｐｉｃａｌ ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ｇｅｎｅｒａｔｅ ｓｈａｒｅｄ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ－Ｉ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ
１９．Ｂｏｌｇｅｒ，Ａ．Ｍ．，Ｌｏｈｓｅ，Ｍ．，ａｎｄ Ｕｓａｄｅｌ，Ｂ．（２０１４）Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ：ａ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｔｒｉｍｍｅｒ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，２１１４－２１２０
２０．Ｄｏｂｉｎ，Ａ．，Ｄａｖｉｓ，Ｃ．Ａ．，Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ，Ｆ．，Ｄｒｅｎｋｏｗ，Ｊ．，Ｚａｌｅｓｋｉ，Ｃ．，Ｊｈａ，Ｓ．，Ｂａｔｕｔ，Ｐ．，Ｃｈａｉｓｓｏｎ，Ｍ．，ａｎｄ Ｇｉｎｇｅｒａｓ，Ｔ．Ｒ．（２０１３）ＳＴＡＲ：ｕｌｔｒａｆａｓｔ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＲＮＡ－ｓｅｑ ａｌｉｇｎｅｒ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２９，１５－２１
２１．Ｂｒａｙ，Ｎ．Ｌ．，Ｐｉｍｅｎｔｅｌ，Ｈ．，Ｍｅｌｓｔｅｄ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐａｃｈｔｅｒ，Ｌ．（２０１６）Ｎｅａｒ－ｏｐｔｉｍａｌ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３４，５２５－５２７
２２．Ｓｚｏｌｅｋ，Ａ．，Ｓｃｈｕｂｅｒｔ，Ｂ．，Ｍｏｈｒ，Ｃ．，Ｓｔｕｒｍ，Ｍ．，Ｆｅｌｄｈａｈｎ，Ｍ．，ａｎｄ Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．（２０１４）ＯｐｔｉＴｙｐｅ：ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ＨＬＡ ｔｙｐｉｎｇ ｆｒｏｍ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，３３１０－３３１６
２３．Ｊｉａ，Ｐ．，Ｙａｎｇ，Ｘ．，Ｇｕｏ，Ｌ．，Ｌｉｕ，Ｂ．，Ｌｉｎ，Ｊ．，Ｌｉａｎｇ，Ｈ．，Ｓｕｎ，Ｊ．，Ｚｈａｎｇ，Ｃ．，ａｎｄ Ｙｅ，Ｋ．（２０２０）ＭＳＩｓｅｎｓｏｒ－ｐｒｏ：Ｆａｓｔ，Ａｃｃｕｒａｔｅ，ａｎｄ Ｍａｔｃｈｅｄ－ｎｏｒｍａｌ－ｓａｍｐｌｅ－ｆｒｅｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ Ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １８，６５－７１
２４．Ｌｏｖｅ，Ｍ．Ｉ．，Ｈｕｂｅｒ，Ｗ．，ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓ，Ｓ．（２０１４）Ｍｏｄｅｒａｔｅｄ ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ ａｎｄ ｄｉｓｐｅｒｓｉｏｎ ｆｏｒ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ ｗｉｔｈ ＤＥＳｅｑ２．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ １５，５５０
２５．Ｚｈｏｕ，Ｙ．，Ｚｈｏｕ，Ｂ．，Ｐａｃｈｅ，Ｌ．，Ｃｈａｎｇ，Ｍ．，Ｋｈｏｄａｂａｋｈｓｈｉ，Ａ．Ｈ．，Ｔａｎａｓｅｉｃｈｕｋ，Ｏ．，Ｂｅｎｎｅｒ，Ｃ．，ａｎｄ Ｃｈａｎｄａ，Ｓ．Ｋ．（２０１９）Ｍｅｔａｓｃａｐｅ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ａ ｂｉｏｌｏｇｉｓｔ－ｏｒｉｅｎｔｅｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｙｓｔｅｍｓ－ｌｅｖｅｌ ｄａｔａｓｅｔｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １０，１５２３
２６．Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ａｕｄｅｍａｒｄ，Ｅ．，Ｍｉｇｎｅａｕｌｔ，Ｆ．，Ｆｅｇｈａｌｙ，Ａ．，Ｂｒｏｃｈｕ，Ｓ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｂｏｉｌａｒｄ，Ｅ．，Ｍａｊｏｒ，Ｆ．，Ｄｉｅｕｄｅ，Ｍ．，Ｈｅｂｅｒｔ，Ｍ．Ｊ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１９）Ａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ｒｅｌｅａｓｅ ｓｍａｌｌ ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅｓ ｌｏａｄｅｄ ｗｉｔｈ ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ ｖｉｒａｌ－ｌｉｋｅ ＲＮＡｓ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ ９，７２０３
２７．Ｋａｒｏｌｃｈｉｋ，Ｄ．，Ｈｉｎｒｉｃｈｓ，Ａ．Ｓ．，Ｆｕｒｅｙ，Ｔ．Ｓ．，Ｒｏｓｋｉｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｓｕｇｎｅｔ，Ｃ．Ｗ．，Ｈａｕｓｓｌｅｒ，Ｄ．，ａｎｄ Ｋｅｎｔ，Ｗ．Ｊ．（２００４）Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｔａｂｌｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａ ｒｅｔｒｉｅｖａｌ ｔｏｏｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３２，Ｄ４９３－４９６
２８．Ｃｉｎｇｏｌａｎｉ，Ｐ．，Ｐｌａｔｔｓ，Ａ．，Ｗａｎｇ ｌｅ，Ｌ．，Ｃｏｏｎ，Ｍ．，Ｎｇｕｙｅｎ，Ｔ．，Ｗａｎｇ，Ｌ．，Ｌａｎｄ，Ｓ．Ｊ．，Ｌｕ，Ｘ．，ａｎｄ Ｒｕｄｅｎ，Ｄ．Ｍ．（２０１２）Ａ ｐｒｏｇｒａｍ ｆｏｒ ａｎｎｏｔａｔｉｎｇ ａｎｄ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ，ＳｎｐＥｆｆ：ＳＮＰｓ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ ｓｔｒａｉｎ ｗ１１１８；ｉｓｏ－２；ｉｓｏ－３．Ｆｌｙ（Ａｕｓｔｉｎ）６，８０－９２
２９．Ｄａｏｕｄａ，Ｔ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．（２０１６）ｐｙＧｅｎｏ：Ａ Ｐｙｔｈｏｎ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ．Ｆ１０００Ｒｅｓ ５，３８１
３０．Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｃｏｓｓｅｔｔｅ，Ｅ．，Ｃｏｍｔｏｉｓ－Ｍａｒｏｔｔｅ，Ｓ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０１８）Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＭＨＣ Ｉ ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒ ｏｆ Ｂ－ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｂｌａｓｔｓ ｕｓｉｎｇ ｔｗｏ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ １８，ｅ１７００２５１
３１．Ｍａ，Ｂ．，Ｚｈａｎｇ，Ｋ．，Ｈｅｎｄｒｉｅ，Ｃ．，Ｌｉａｎｇ，Ｃ．，Ｌｉ，Ｍ．，Ｄｏｈｅｒｔｙ－Ｋｉｒｂｙ，Ａ．，ａｎｄ Ｌａｊｏｉｅ，Ｇ．（２００３）ＰＥＡＫＳ：ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｄｅ ｎｏｖｏ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ ｔａｎｄｅｍ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ １７，２３３７－２３４２
３２．Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｄａｏｕｄａ，Ｔ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）ＭＡＰＤＰ：Ａ Ｃｌｏｕｄ－Ｂａｓｅｄ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ Ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ １９，１８７３－１８８１
３３．Ｗｕ，Ｔ．Ｄ．，Ｒｅｅｄｅｒ，Ｊ．，Ｌａｗｒｅｎｃｅ，Ｍ．，Ｂｅｃｋｅｒ，Ｇ．，ａｎｄ Ｂｒａｕｅｒ，Ｍ．Ｊ．（２０１６）ＧＭＡＰ ａｎｄ ＧＳＮＡＰ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ：Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｓｐｅｅｄ，Ａｃｃｕｒａｃｙ，ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １４１８，２８３－３３４
３４．Ｏｇｉｓｈｉ，Ｍ．，ａｎｄ Ｙｏｔｓｕｙａｎａｇｉ，Ｈ．（２０１９）Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｐａｃｅ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １０，８２７
３５．Ｃｏｎｗａｙ，Ｊ．Ｒ．，Ｌｅｘ，Ａ．，ａｎｄ Ｇｅｈｌｅｎｂｏｒｇ，Ｎ．（２０１７）ＵｐＳｅｔＲ：ａｎ Ｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｎｇ ｓｅｔｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３３，２９３８－２９４０
３６．Ｈａｎｚｅｌｍａｎｎ，Ｓ．，Ｃａｓｔｅｌｏ，Ｒ．，ａｎｄ Ｇｕｉｎｎｅｙ，Ｊ．（２０１３）ＧＳＶＡ：ｇｅｎｅ ｓｅｔ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ．ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １４，７
３７．Ｙｏｓｈｉｈａｒａ，Ｋ．，Ｓｈａｈｍｏｒａｄｇｏｌｉ，Ｍ．，Ｍａｒｔｉｎｅｚ，Ｅ．，Ｖｅｇｅｓｎａ，Ｒ．，Ｋｉｍ，Ｈ．，Ｔｏｒｒｅｓ－Ｇａｒｃｉａ，Ｗ．，Ｔｒｅｖｉｎｏ，Ｖ．，Ｓｈｅｎ，Ｈ．，Ｌａｉｒｄ，Ｐ．Ｗ．，Ｌｅｖｉｎｅ，Ｄ．Ａ．，Ｃａｒｔｅｒ，Ｓ．Ｌ．，Ｇｅｔｚ，Ｇ．，Ｓｔｅｍｋｅ－Ｈａｌｅ，Ｋ．，Ｍｉｌｌｓ，Ｇ．Ｂ．，ａｎｄ Ｖｅｒｈａａｋ，Ｒ．Ｇ．（２０１３）Ｉｎｆｅｒｒｉｎｇ ｔｕｍｏｕｒ ｐｕｒｉｔｙ ａｎｄ ｓｔｒｏｍａｌ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｅ ｃｅｌｌ ａｄｍｉｘｔｕｒｅ ｆｒｏｍ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ４，２６１２
３８．Ｃｈａｎ，Ａ．Ｙ．，ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｍ．Ｓ．（２０１５）Ｃｅｎｔｒａｌ ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ｔｏ ｓｅｌｆ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ．Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ １３５６，８０－８９
３９．Ｐｆａｍｍａｔｔｅｒ，Ｓ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｌａｎｏｉｘ，Ｊ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｈａｒｄｙ，Ｍ．Ｐ．，Ｃｏｕｒｃｅｌｌｅｓ，Ｍ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，ａｎｄ Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．（２０２０）Ｅｘｔｅｎｄｉｎｇ ｔｈｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｉｓｏｂａｒｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ．Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ ９２，９１９４－９２０４
４０．Ｐｉｒａ，Ｇ．，Ｕｖａ，Ｐ．，Ｓｃａｎｕ，Ａ．Ｍ．，Ｒｏｃｃａ，Ｐ．Ｃ．，Ｍｕｒｇｉａ，Ｌ．，Ｕｌｅｒｉ，Ｅ．，Ｐｉｕ，Ｃ．，Ｐｏｒｃｕ，Ａ．，Ｃａｒｒｕ，Ｃ．，Ｍａｎｃａ，Ａ．，Ｐｅｒｓｉｃｏ，Ｉ．，Ｍｕｒｏｎｉ，Ｍ．Ｒ．，Ｓａｎｇｅｓ，Ｆ．，Ｓｅｒｒａ，Ｃ．，Ｄｏｌｅｉ，Ａ．，Ａｎｇｉｕｓ，Ａ．，ａｎｄ Ｄｅ Ｍｉｇｌｉｏ，Ｍ．Ｒ．（２０２０）Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ｕｎｃｏｖｅｒｉｎｇ ｋｎｏｗｎ ａｎｄ ｎｏｖｅｌ ｄｒｉｖｅｒ ｅｖｅｎｔｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ １０，４３２
４１．Ｋａｗａｋａｍｉ，Ｈ．，Ｚａａｎａｎ，Ａ．，ａｎｄ Ｓｉｎｉｃｒｏｐｅ，Ｆ．Ａ．（２０１５）Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｔｅｓｔｉｎｇ ａｎｄ ｉｔｓ ｒｏｌｅ ｉｎ ｔｈｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｃｕｒｒ Ｔｒｅａｔ Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｏｎｃｏｌ １６，３０
４２．Ｊｉｍｅｎｏ，Ａ．，Ｍｅｓｓｅｒｓｍｉｔｈ，Ｗ．Ａ．，Ｈｉｒｓｃｈ，Ｆ．Ｒ．，Ｆｒａｎｋｌｉｎ，Ｗ．Ａ．，ａｎｄ Ｅｃｋｈａｒｄｔ，Ｓ．Ｇ．（２００９）ＫＲＡＳ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐａｔｉｅｎｔ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２７，１１３０－１１３６
４３．Ｖａｎ Ｃｕｔｓｅｍ，Ｅ．，Ｋｏｈｎｅ，Ｃ．Ｈ．，Ｌａｎｇ，Ｉ．，Ｆｏｌｐｒｅｃｈｔ，Ｇ．，Ｎｏｗａｃｋｉ，Ｍ．Ｐ．，Ｃａｓｃｉｎｕ，Ｓ．，Ｓｈｃｈｅｐｏｔｉｎ，Ｉ．，Ｍａｕｒｅｌ，Ｊ．，Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｄ．，Ｔｅｊｐａｒ，Ｓ．，Ｓｃｈｌｉｃｈｔｉｎｇ，Ｍ．，Ｚｕｂｅｌ，Ａ．，Ｃｅｌｉｋ，Ｉ．，Ｒｏｕｇｉｅｒ，Ｐ．，ａｎｄ Ｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｆ．（２０１１）Ｃｅｔｕｘｉｍａｂ ｐｌｕｓ ｉｒｉｎｏｔｅｃａｎ，ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，ａｎｄ ｌｅｕｃｏｖｏｒｉｎ ａｓ ｆｉｒｓｔ－ｌｉｎｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｆｏｒ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ｕｐｄａｔｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｏｖｅｒａｌｌ ｓｕｒｖｉｖａｌ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｕｍｏｒ ＫＲＡＳ ａｎｄ ＢＲＡＦ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｓｔａｔｕｓ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２９，２０１１－２０１９
４４．Ａｈｍｅｄ，Ｄ．，Ｅｉｄｅ，Ｐ．Ｗ．，Ｅｉｌｅｒｔｓｅｎ，Ｉ．Ａ．，Ｄａｎｉｅｌｓｅｎ，Ｓ．Ａ．，Ｅｋｎａｅｓ，Ｍ．，Ｈｅｋｔｏｅｎ，Ｍ．，Ｌｉｎｄ，Ｇ．Ｅ．，ａｎｄ Ｌｏｔｈｅ，Ｒ．Ａ．（２０１３）Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ２４ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅｓｉｓ ２，ｅ７１
４５．Ｂｅｒｇ，Ｋ．Ｃ．Ｇ．，Ｅｉｄｅ，Ｐ．Ｗ．，Ｅｉｌｅｒｔｓｅｎ，Ｉ．Ａ．，Ｊｏｈａｎｎｅｓｓｅｎ，Ｂ．，Ｂｒｕｕｎ，Ｊ．，Ｄａｎｉｅｌｓｅｎ，Ｓ．Ａ．，Ｂｊｏｒｎｓｌｅｔｔ，Ｍ．，Ｍｅｚａ－Ｚｅｐｅｄａ，Ｌ．Ａ．，Ｅｋｎａｅｓ，Ｍ．，Ｌｉｎｄ，Ｇ．Ｅ．，Ｍｙｋｌｅｂｏｓｔ，Ｏ．，Ｓｋｏｔｈｅｉｍ，Ｒ．Ｉ．，Ｓｖｅｅｎ，Ａ．，ａｎｄ Ｌｏｔｈｅ，Ｒ．Ａ．（２０１７）Ｍｕｌｔｉ－ｏｍｉｃｓ ｏｆ ３４ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ － ａ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ １６，１１６
４６．Ｎｉｕ，Ｂ．，Ｙｅ，Ｋ．，Ｚｈａｎｇ，Ｑ．，Ｌｕ，Ｃ．，Ｘｉｅ，Ｍ．，ＭｃＬｅｌｌａｎ，Ｍ．Ｄ．，Ｗｅｎｄｌ，Ｍ．Ｃ．，ａｎｄ Ｄｉｎｇ，Ｌ．（２０１４）ＭＳＩｓｅｎｓｏｒ：ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｐａｉｒｅｄ ｔｕｍｏｒ－ｎｏｒｍａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，１０１５－１０１６
４７．Ａａｌｔｏｎｅｎ，Ｌ．Ａ．，Ｐｅｌｔｏｍａｋｉ，Ｐ．，Ｍｅｃｋｌｉｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｊａｒｖｉｎｅｎ，Ｈ．，Ｊａｓｓ，Ｊ．Ｒ．，Ｇｒｅｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｌｙｎｃｈ，Ｈ．Ｔ．，Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．，Ｔａｌｌｑｖｉｓｔ，Ｇ．，Ｊｕｈｏｌａ，Ｍ．，ａｎｄ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｅｒｒｏｒｓ ｉｎ ｂｅｎｉｇｎ ａｎｄ ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｔｕｍｏｒｓ ｆｒｏｍ ｈｅｒｅｄｉｔａｒｙ ｎｏｎｐｏｌｙｐｏｓｉｓ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５４，１６４５－１６４８
４８．Ｌｌｏｓａ，Ｎ．Ｊ．，Ｃｒｕｉｓｅ，Ｍ．，Ｔａｍ，Ａ．，Ｗｉｃｋｓ，Ｅ．Ｃ．，Ｈｅｃｈｅｎｂｌｅｉｋｎｅｒ，Ｅ．Ｍ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．Ｍ．，Ｂｌｏｓｓｅｒ，Ｒ．Ｌ．，Ｆａｎ，Ｈ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｚｈａｎｇ，Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，Ｓｅａｒｓ，Ｃ．Ｌ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，ａｎｄ Ｈｏｕｓｓｅａｕ，Ｆ．（２０１５）Ｔｈｅ ｖｉｇｏｒｏｕｓ ｉｍｍｕｎｅ ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｌｅ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ ｉｓ ｂａｌａｎｃｅｄ ｂｙ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｏｕｎｔｅｒ－ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ５，４３－５１
４９．Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，Ｄｕｒｈａｍ，Ｊ．Ｎ．，Ｓｍｉｔｈ，Ｋ．Ｎ．，Ｗａｎｇ，Ｈ．，Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｂ．Ｒ．，Ａｕｌａｋｈ，Ｌ．Ｋ．，Ｌｕ，Ｓ．，Ｋｅｍｂｅｒｌｉｎｇ，Ｈ．，Ｗｉｌｔ，Ｃ．，Ｌｕｂｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｗｏｎｇ，Ｆ．，Ａｚａｄ，Ｎ．Ｓ．，Ｒｕｃｋｉ，Ａ．Ａ．，Ｌａｈｅｒｕ，Ｄ．，Ｄｏｎｅｈｏｗｅｒ，Ｒ．，Ｚａｈｅｅｒ，Ａ．，Ｆｉｓｈｅｒ，Ｇ．Ａ．，Ｃｒｏｃｅｎｚｉ，Ｔ．Ｓ．，Ｌｅｅ，Ｊ．Ｊ．，Ｇｒｅｔｅｎ，Ｔ．Ｆ．，Ｄｕｆｆｙ，Ａ．Ｇ．，Ｃｉｏｍｂｏｒ，Ｋ．Ｋ．，Ｅｙｒｉｎｇ，Ａ．Ｄ．，Ｌａｍ，Ｂ．Ｈ．，Ｊｏｅ，Ａ．，Ｋａｎｇ，Ｓ．Ｐ．，Ｈｏｌｄｈｏｆｆ，Ｍ．，Ｄａｎｉｌｏｖａ，Ｌ．，Ｃｏｐｅ，Ｌ．，Ｍｅｙｅｒ，Ｃ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ，Ｒ．Ｍ．，Ａｒｍｓｔｒｏｎｇ，Ｄ．Ｋ．，Ｂｅｖｅｒ，Ｋ．Ｍ．，Ｆａｄｅｒ，Ａ．Ｎ．，Ｔａｕｂｅ，Ｊ．，Ｈｏｕｓｓｅａｕ，Ｆ．，Ｓｐｅｔｚｌｅｒ，Ｄ．，Ｘｉａｏ，Ｎ．，Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｄ．Ｍ．，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ，Ｎ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，Ｅｓｈｌｅｍａｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，Ａｎｄｅｒｓ，Ｒ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｉａｚ，Ｌ．Ａ．，Ｊｒ．（２０１７）Ｍｉｓｍａｔｃｈ ｒｅｐａｉｒ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ ｔｏ ＰＤ－１ ｂｌｏｃｋａｄｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５７，４０９－４１３
５０．Ｈａｎａｈａｎ，Ｄ．，ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｒ．Ａ．（２０００）Ｔｈｅ ｈａｌｌｍａｒｋｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ １００，５７－７０
５１．Ｈａｎａｈａｎ，Ｄ．，ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｒ．Ａ．（２０１１）Ｈａｌｌｍａｒｋｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ：ｔｈｅ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ．Ｃｅｌｌ １４４，６４６－６７４
５２．Ｐｒｏｓｓｏｍａｒｉｔｉ，Ａ．，Ｐｉａｚｚｉ，Ｇ．，Ａｌｑｕａｔｉ，Ｃ．，ａｎｄ Ｒｉｃｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｌ．（２０２０）Ａｒｅ Ｗｎｔ／ｂｅｔａ－Ｃａｔｅｎｉｎ ａｎｄ ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲＣ１ Ｄｉｓｔｉｎｃｔ Ｐａｔｈｗａｙｓ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ？ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ １０，４９１－５０６
５３．Ｄａｎａｈｅｒ，Ｐ．，Ｗａｒｒｅｎ，Ｓ．，Ｄｅｎｎｉｓ，Ｌ．，Ｄ’Ａｍｉｃｏ，Ｌ．，Ｗｈｉｔｅ，Ａ．，Ｄｉｓｉｓ，Ｍ．Ｌ．，Ｇｅｌｌｅｒ，Ｍ．Ａ．，Ｏｄｕｎｓｉ，Ｋ．，Ｂｅｅｃｈｅｍ，Ｊ．，ａｎｄ Ｆｌｉｎｇ，Ｓ．Ｐ．（２０１７）Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ５，１８
５４．Ｂａｒｂｉｅ，Ｄ．Ａ．，Ｔａｍａｙｏ，Ｐ．，Ｂｏｅｈｍ，Ｊ．Ｓ．，Ｋｉｍ，Ｓ．Ｙ．，Ｍｏｏｄｙ，Ｓ．Ｅ．，Ｄｕｎｎ，Ｉ．Ｆ．，Ｓｃｈｉｎｚｅｌ，Ａ．Ｃ．，Ｓａｎｄｙ，Ｐ．，Ｍｅｙｌａｎ，Ｅ．，Ｓｃｈｏｌｌ，Ｃ．，Ｆｒｏｈｌｉｎｇ，Ｓ．，Ｃｈａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｓｏｓ，Ｍ．Ｌ．，Ｍｉｃｈｅｌ，Ｋ．，Ｍｅｒｍｅｌ，Ｃ．，Ｓｉｌｖｅｒ，Ｓ．Ｊ．，Ｗｅｉｒ，Ｂ．Ａ．，Ｒｅｉｌｉｎｇ，Ｊ．Ｈ．，Ｓｈｅｎｇ，Ｑ．，Ｇｕｐｔａ，Ｐ．Ｂ．，Ｗａｄｌｏｗ，Ｒ．Ｃ．，Ｌｅ，Ｈ．，Ｈｏｅｒｓｃｈ，Ｓ．，Ｗｉｔｔｎｅｒ，Ｂ．Ｓ．，Ｒａｍａｓｗａｍｙ，Ｓ．，Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ，Ｄ．Ｍ．，Ｓａｂａｔｉｎｉ，Ｄ．Ｍ．，Ｍｅｙｅｒｓｏｎ，Ｍ．，Ｔｈｏｍａｓ，Ｒ．Ｋ．，Ｌａｎｄｅｒ，Ｅ．Ｓ．，Ｍｅｓｉｒｏｖ，Ｊ．Ｐ．，Ｒｏｏｔ，Ｄ．Ｅ．，Ｇｉｌｌｉｌａｎｄ，Ｄ．Ｇ．，Ｊａｃｋｓ，Ｔ．，ａｎｄ Ｈａｈｎ，Ｗ．Ｃ．（２００９）Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ＫＲＡＳ－ｄｒｉｖｅｎ ｃａｎｃｅｒｓ ｒｅｑｕｉｒｅ ＴＢＫ１．Ｎａｔｕｒｅ ４６２，１０８－１１２
５５．Ｋｉｍ，Ｈ．，Ｊｅｎ，Ｊ．，Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．，ａｎｄ Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｓ．Ｒ．（１９９４）Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｓｐｏｒａｄｉｃ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｗｉｔｈ ＤＮＡ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｅｒｒｏｒｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ １４５，１４８－１５６
５６．Ｓｍｙｒｋ，Ｔ．Ｃ．，Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．，Ｋａｕｌ，Ｋ．，ａｎｄ Ｌｙｎｃｈ，Ｈ．Ｔ．（２００１）Ｔｕｍｏｒ－ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ａｒｅ ａ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃａｎｃｅｒ ９１，２４１７－２４２２
５７．Ｄｏｌｃｅｔｔｉ，Ｒ．，Ｖｉｅｌ，Ａ．，Ｄｏｇｌｉｏｎｉ，Ｃ．，Ｒｕｓｓｏ，Ａ．，Ｇｕｉｄｏｂｏｎｉ，Ｍ．，Ｃａｐｏｚｚｉ，Ｅ．，Ｖｅｃｃｈｉａｔｏ，Ｎ．，Ｍａｃｒｉ，Ｅ．，Ｆｏｒｎａｓａｒｉｇ，Ｍ．，ａｎｄ Ｂｏｉｏｃｃｈｉ，Ｍ．（１９９９）Ｈｉｇｈ ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｏｆ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ａｎｄ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｃｅｌｌ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ｗｉｔｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ １５４，１８０５－１８１３
５８．Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，Ｓ．Ｍ．，Ｂａｎｅｒｊｅａ，Ａ．，Ｆｅａｋｉｎｓ，Ｒ．，Ｌｉ，Ｓ．Ｒ．，Ｂｕｓｔｉｎ，Ｓ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｏｒｕｄｉ，Ｓ．（２００４）Ｔｕｍｏｕｒ－ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｗｉｔｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｒｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ａｎｄ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ．Ｂｒ Ｊ Ｓｕｒｇ ９１，４６９－４７５
５９．Ｂｏｌａｎｄ，Ｃ．Ｒ．，Ｋｏｉ，Ｍ．，Ｃｈａｎｇ，Ｄ．Ｋ．，ａｎｄ Ｃａｒｅｔｈｅｒｓ，Ｊ．Ｍ．（２００８）Ｔｈｅ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ａｂｎｏｒｍａｌ ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｂｅｈａｖｉｏｒ ｉｎ Ｌｙｎｃｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ：ｆｒｏｍ ｂｅｎｃｈ ｔｏ ｂｅｄｓｉｄｅ．Ｆａｍ Ｃａｎｃｅｒ ７，４１－５２
６０．Ｓａｒｋｉｚｏｖａ，Ｓ．，Ｋｌａｅｇｅｒ，Ｓ．，Ｌｅ，Ｐ．Ｍ．，Ｌｉ，Ｌ．Ｗ．，Ｏｌｉｖｅｉｒａ，Ｇ．，Ｋｅｓｈｉｓｈｉａｎ，Ｈ．，Ｈａｒｔｉｇａｎ，Ｃ．Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｗ．，Ｂｒａｕｎ，Ｄ．Ａ．，Ｌｉｇｏｎ，Ｋ．Ｌ．，Ｂａｃｈｉｒｅｄｄｙ，Ｐ．，Ｚｅｒｖａｎｔｏｎａｋｉｓ，Ｉ．Ｋ．，Ｒｏｓｅｎｂｌｕｔｈ，Ｊ．Ｍ．，Ｏｕｓｐｅｎｓｋａｉａ，Ｔ．，Ｌａｗ，Ｔ．，Ｊｕｓｔｅｓｅｎ，Ｓ．，Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｊ．，Ｌａｎｅ，Ｗ．Ｊ．，Ｅｉｓｅｎｈａｕｒｅ，Ｔ．，Ｌａｎ Ｚｈａｎｇ，Ｇ．，Ｃｌａｕｓｅｒ，Ｋ．Ｒ．，Ｈａｃｏｈｅｎ，Ｎ．，Ｃａｒｒ，Ｓ．Ａ．，Ｗｕ，Ｃ．Ｊ．，ａｎｄ Ｋｅｓｋｉｎ，Ｄ．Ｂ．（２０２０）Ａ ｌａｒｇｅ ｐｅｐｔｉｄｏｍｅ ｄａｔａｓｅｔ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｅｐｉｔｏｐｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｃｒｏｓｓ ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３８，１９９－２０９
６１．Ｌａｒｏｕｃｈｅ，Ｊ．Ｄ．，Ｔｒｏｆｉｍｏｖ，Ａ．，Ｈｅｓｎａｒｄ，Ｌ．，Ｅｈｘ，Ｇ．，Ｚｈａｏ，Ｑ．，Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｋ．，Ｄｕｒｅｔｔｅ，Ｃ．，Ｇｅｎｄｒｏｎ，Ｐ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｂｏｎｎｅｉｌ，Ｅ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０２０）Ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ａｎｄ ｔｉｓｓｕｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｅｌｅｍｅｎｔｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｓｏｍａｔｉｃ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １２，４０
６２．Ｃｈｅｒｋａｓｏｖａ，Ｅ．，Ｓｃｒｉｖａｎｉ，Ｃ．，Ｄｏｈ，Ｓ．，Ｗｅｉｓｍａｎ，Ｑ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｙ．，Ｈａｒａｓｈｉｍａ，Ｎ．，Ｙｏｋｏｙａｍａ，Ｈ．，Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ，Ｒ．，Ｌｉｎｅｈａｎ，Ｗ．Ｍ．，Ｌｅｒｍａｎ，Ｍ．Ｉ．，ａｎｄ Ｃｈｉｌｄｓ，Ｒ．Ｗ．（２０１６）Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ＨＥＲＶ－Ｅ Ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｗｉｔｈ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｃｌｅａｒ Ｃｅｌｌ Ｋｉｄｎｅｙ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７６，２１７７－２１８５
６３．Ｐａｔｒａ，Ｒ．，Ｄａｓ，Ｎ．Ｃ．，ａｎｄ Ｍｕｋｈｅｒｊｅｅ，Ｓ．（２０２１）Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＬ１１Ａ１ Ｇｅｎｅ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｒｃｉｎｏｍａ：Ａｎ Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａｐｐｒｏａｃｈ．Ｆｒｏｎｔ Ｇｅｎｅｔ １２，６０８３１３
６４．Ｍａｒｃｕ，Ａ．，Ｂｉｃｈｍａｎｎ，Ｌ．，Ｋｕｃｈｅｎｂｅｃｋｅｒ，Ｌ．，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ，Ｄ．Ｊ．，Ｆｒｅｕｄｅｎｍａｎｎ，Ｌ．Ｋ．，Ｂａｃｋｅｒｔ，Ｌ．，Ｍｕｅｈｌｅｎｂｒｕｃｈ，Ｌ．，Ｓｚｏｌｅｋ，Ａ．，Ｌｕｅｂｋｅ，Ｍ．，Ｗａｇｎｅｒ，Ｐ．，Ｅｎｇｌｅｒ，Ｔ．，Ｍａｔｏｖｉｎａ，Ｓ．，Ｗａｎｇ，Ｊ．，Ｈａｕｒｉ－Ｈｏｈｌ，Ｍ．，Ｍａｒｔｉｎ，Ｒ．，Ｋａｐｏｌｏｕ，Ｋ．，Ｗａｌｚ，Ｊ．Ｓ．，Ｖｅｌｚ，Ｊ．，Ｍｏｃｈ，Ｈ．，Ｒｅｇｌｉ，Ｌ．，Ｓｉｌｇｉｎｅｒ，Ｍ．，Ｗｅｌｌｅｒ，Ｍ．，Ｌｏｅｆｆｌｅｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｅｒｈａｒｄ，Ｆ．，Ｓｃｈｌｏｓｓｅｒ，Ａ．，Ｋｏｈｌｂａｃｈｅｒ，Ｏ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，Ｈ．－Ｇ．，ａｎｄ Ｎｅｉｄｅｒｔ，Ｍ．Ｃ．（２０２０）Ｔｈｅ ＨＬＡ Ｌｉｇａｎｄ Ａｔｌａｓ － Ａ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｎａｔｕｒａｌ ＨＬＡ ｌｉｇａｎｄｓ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｏｎ ｂｅｎｉｇｎ ｔｉｓｓｕｅｓ．ｂｉｏＲｘｉｖ，７７８９４４
６５．Ｇｊｅｒｓｔｏｒｆｆ，Ｍ．Ｆ．，Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｍ．Ｈ．，ａｎｄ Ｄｉｔｚｅｌ，Ｈ．Ｊ．（２０１５）Ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ｃａｎｃｅｒ／ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎｓ：ｐｒｉｍｅ ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ６，１５７７２－１５７８７
６６．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｎ．，Ｔａｋａｎｏ，Ａ．，Ｙａｓｕｉ，Ｗ．，Ｉｎａｉ，Ｋ．，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ，Ｈ．，Ｉｔｏ，Ｈ．，Ｍｉｙａｇｉ，Ｙ．，Ｎａｋａｙａｍａ，Ｈ．，Ｆｕｊｉｔａ，Ｍ．，Ｈｏｓｏｋａｗａ，Ｍ．，Ｔｓｕｃｈｉｙａ，Ｅ．，Ｋｏｈｎｏ，Ｎ．，Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｙ．，ａｎｄ Ｄａｉｇｏ，Ｙ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ－ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ ６ ｃｏｍｐｌｅｘ ｌｏｃｕｓ Ｋ ｉｓ ａ ｓｅｒｏｌｏｇｉｃ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ ａｎｄ ａ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｌｕｎｇ ａｎｄ ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７，１１６０１－１１６１１
６７．Ａｄａｍｏｐｏｕｌｏｕ，Ｅ．，Ｔｅｎｚｅｒ，Ｓ．，Ｈｉｌｌｅｎ，Ｎ．，Ｋｌｕｇ，Ｐ．，Ｒｏｔａ，Ｉ．Ａ．，Ｔｉｅｔｚ，Ｓ．，Ｇｅｂｈａｒｄｔ，Ｍ．，Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ，Ｓ．，Ｓｃｈｉｌｄ，Ｈ．，Ｔｏｌｏｓａ，Ｅ．，Ｍｅｌｍｓ，Ａ．，ａｎｄ Ｓｔｏｅｃｋｌｅ，Ｃ．（２０１３）Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ＭＨＣ－ｐｅｐｔｉｄｅ ｍａｔｒｉｘ ｏｆ ｃｅｎｔｒａｌ ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｔｈｙｍｕｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ４，２０３９
６８．Ｋｏｔｅ，Ｓ．，Ｐｉｒｏｇ，Ａ．，Ｂｅｄｒａｎ，Ｇ．，Ａｌｆａｒｏ，Ｊ．，ａｎｄ Ｄａｐｉｃ，Ｉ．（２０２０）Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－Ｂａｓｅｄ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＨＣ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｃａｎｃｅｒｓ（Ｂａｓｅｌ）１２
６９．Ｌｉｎ，Ａ．，Ｚｈａｎｇ，Ｊ．，ａｎｄ Ｌｕｏ，Ｐ．（２０２０）Ｃｒｏｓｓｔａｌｋ Ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ＭＳＩ Ｓｔａｔｕｓ ａｎｄ Ｔｕｍｏｒ Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｉｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １１，２０３９
７０．Ｂｏｎａｖｅｎｔｕｒａ，Ｐ．，Ｓｈｅｋａｒｉａｎ，Ｔ．，Ａｌｃａｚｅｒ，Ｖ．，Ｖａｌｌａｄｅａｕ－Ｇｕｉｌｅｍｏｎｄ，Ｊ．，Ｖａｌｓｅｓｉａ－Ｗｉｔｔｍａｎｎ，Ｓ．，Ａｍｉｇｏｒｅｎａ，Ｓ．，Ｃａｕｘ，Ｃ．，ａｎｄ Ｄｅｐｉｌ，Ｓ．（２０１９）Ｃｏｌｄ Ｔｕｍｏｒｓ：Ａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｃｈａｌｌｅｎｇｅ ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １０，１６８
７１．Ｓｈｉｈａｂ，Ｈ．Ａ．，Ｇｏｕｇｈ，Ｊ．，Ｃｏｏｐｅｒ，Ｄ．Ｎ．，Ｓｔｅｎｓｏｎ，Ｐ．Ｄ．，Ｂａｒｋｅｒ，Ｇ．Ｌ．，Ｅｄｗａｒｄｓ，Ｋ．Ｊ．，Ｄａｙ，Ｉ．Ｎ．，ａｎｄ Ｇａｕｎｔ，Ｔ．Ｒ．（２０１３）Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，ａｎｄ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ ｈｉｄｄｅｎ Ｍａｒｋｏｖ ｍｏｄｅｌｓ．Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ ３４，５７－６５
７２．Ｒｅｎｔｚｓｃｈ，Ｐ．，Ｗｉｔｔｅｎ，Ｄ．，Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇ．Ｍ．，Ｓｈｅｎｄｕｒｅ，Ｊ．，ａｎｄ Ｋｉｒｃｈｅｒ，Ｍ．（２０１９）ＣＡＤＤ：ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｄｅｌｅｔｅｒｉｏｕｓｎｅｓｓ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ８８６－Ｄ８９４
７３．Ｓｈｅｒｒｙ，Ｓ．Ｔ．，Ｗａｒｄ，Ｍ．，ａｎｄ Ｓｉｒｏｔｋｉｎ，Ｋ．（１９９９）ｄｂＳＮＰ－ｄａｔａｂａｓｅ ｆｏｒ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｃｌａｓｓｅｓ ｏｆ ｍｉｎｏｒ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ ９，６７７－６７９
７４．Ｔａｔｅ，Ｊ．Ｇ．，Ｂａｍｆｏｒｄ，Ｓ．，Ｊｕｂｂ，Ｈ．Ｃ．，Ｓｏｎｄｋａ，Ｚ．，Ｂｅａｒｅ，Ｄ．Ｍ．，Ｂｉｎｄａｌ，Ｎ．，Ｂｏｕｔｓｅｌａｋｉｓ，Ｈ．，Ｃｏｌｅ，Ｃ．Ｇ．，Ｃｒｅａｔｏｒｅ，Ｃ．，Ｄａｗｓｏｎ，Ｅ．，Ｆｉｓｈ，Ｐ．，Ｈａｒｓｈａ，Ｂ．，Ｈａｔｈａｗａｙ，Ｃ．，Ｊｕｐｅ，Ｓ．Ｃ．，Ｋｏｋ，Ｃ．Ｙ．，Ｎｏｂｌｅ，Ｋ．，Ｐｏｎｔｉｎｇ，Ｌ．，Ｒａｍｓｈａｗ，Ｃ．Ｃ．，Ｒｙｅ，Ｃ．Ｅ．，Ｓｐｅｅｄｙ，Ｈ．Ｅ．，Ｓｔｅｆａｎｃｓｉｋ，Ｒ．，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．，Ｗａｎｇ，Ｓ．，Ｗａｒｄ，Ｓ．，Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｐ．Ｊ．，ａｎｄ Ｆｏｒｂｅｓ，Ｓ．Ａ．（２０１９）ＣＯＳＭＩＣ：ｔｈｅ Ｃａｔａｌｏｇｕｅ Ｏｆ Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ９４１－Ｄ９４７
７５．Ｅｈｘ，Ｇ．，ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．（２０１９）Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ １１，２９
７６．Ｖｏｇｅｌ，Ｃ．，ａｎｄ Ｍａｒｃｏｔｔｅ，Ｅ．Ｍ．（２０１２）Ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｂｕｎｄａｎｃｅ ｆｒｏｍ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ ａｎｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ １３，２２７－２３２
７７．Ｘｉａｎｇ，Ｂ．，Ｓｎｏｏｋ，Ａ．Ｅ．，Ｍａｇｅｅ，Ｍ．Ｓ．，ａｎｄ Ｗａｌｄｍａｎ，Ｓ．Ａ．（２０１３）Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｄｉｓｃｏｖ Ｍｅｄ １５，３０１－３０８
７８．Ｇｏｌｄ，Ｐ．，ａｎｄ Ｆｒｅｅｄｍａｎ，Ｓ．Ｏ．（１９６５）Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｎｉｃ Ｃａｒｃｉｎｏｍａｔａ ｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ａｎｄ Ａｂｓｏｒｐｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １２１，４３９－４６２
７９．Ｚｈｏｕ，Ｆ．（２００９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ＩＦＮ－ｇａｍｍａ ｔｏ ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｅ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｉｎｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２８，２３９－２６０
８０．Ｄｅｕｔｓｃｈ，Ｅ．Ｗ．，Ｂａｎｄｅｉｒａ，Ｎ．，Ｓｈａｒｍａ，Ｖ．，Ｐｅｒｅｚ－Ｒｉｖｅｒｏｌ，Ｙ．，Ｃａｒｖｅｒ，Ｊ．Ｊ．，Ｋｕｎｄｕ，Ｄ．Ｊ．，Ｇａｒｃｉａ－Ｓｅｉｓｄｅｄｏｓ，Ｄ．，Ｊａｒｎｕｃｚａｋ，Ａ．Ｆ．，Ｈｅｗａｐａｔｈｉｒａｎａ，Ｓ．，Ｐｕｌｌｍａｎ，Ｂ．Ｓ．，Ｗｅｒｔｚ，Ｊ．，Ｓｕｎ，Ｚ．，Ｋａｗａｎｏ，Ｓ．，Ｏｋｕｄａ，Ｓ．，Ｗａｔａｎａｂｅ，Ｙ．，Ｈｅｒｍｊａｋｏｂ，Ｈ．，ＭａｃＬｅａｎ，Ｂ．，ＭａｃＣｏｓｓ，Ｍ．Ｊ．，Ｚｈｕ，Ｙ．，Ｉｓｈｉｈａｍａ，Ｙ．，ａｎｄ Ｖｉｚｃａｉｎｏ，Ｊ．Ａ．（２０２０）Ｔｈｅ ＰｒｏｔｅｏｍｅＸｃｈａｎｇｅ ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｉｎ ２０２０：ｅｎａｂｌｉｎｇ ’ｂｉｇ ｄａｔａ’ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４８，Ｄ１１４５－Ｄ１１５２
８１．Ｐｅｒｅｚ－Ｒｉｖｅｒｏｌ，Ｙ．，Ｃｓｏｒｄａｓ，Ａ．，Ｂａｉ，Ｊ．，Ｂｅｒｎａｌ－Ｌｌｉｎａｒｅｓ，Ｍ．，Ｈｅｗａｐａｔｈｉｒａｎａ，Ｓ．，Ｋｕｎｄｕ，Ｄ．Ｊ．，Ｉｎｕｇａｎｔｉ，Ａ．，Ｇｒｉｓｓ，Ｊ．，Ｍａｙｅｒ，Ｇ．，Ｅｉｓｅｎａｃｈｅｒ，Ｍ．，Ｐｅｒｅｚ，Ｅ．，Ｕｓｚｋｏｒｅｉｔ，Ｊ．，Ｐｆｅｕｆｆｅｒ，Ｊ．，Ｓａｃｈｓｅｎｂｅｒｇ，Ｔ．，Ｙｉｌｍａｚ，Ｓ．，Ｔｉｗａｒｙ，Ｓ．，Ｃｏｘ，Ｊ．，Ａｕｄａｉｎ，Ｅ．，Ｗａｌｚｅｒ，Ｍ．，Ｊａｒｎｕｃｚａｋ，Ａ．Ｆ．，Ｔｅｒｎｅｎｔ，Ｔ．，Ｂｒａｚｍａ，Ａ．，ａｎｄ Ｖｉｚｃａｉｎｏ，Ｊ．Ａ．（２０１９）Ｔｈｅ ＰＲＩＤＥ ｄａｔａｂａｓｅ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏｏｌｓ ａｎｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎ ２０１９：ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｓｕｐｐｏｒｔ ｆｏｒ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｄａｔａ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４７，Ｄ４４２－Ｄ４５０．
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図2D】
【図2E】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図3D】
【図3E】
【図4A】
【図4B】
【図4C】
【図4D】
【図4E】
【図5A】
【図5B】
【図6A】
【図6B】
【図6C】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【図8C】
【図8D】
【図9A】
【図9B】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
【図10D】
【図11A】
【図11B】
【図11C】
【図11D】
【図11E】
【図12】
【図13】
【配列表】
【国際調査報告】