(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-10
(54)【発明の名称】カプシドバリアント及びそれを使用する方法
(51)【国際特許分類】
C07K 14/015 20060101AFI20241003BHJP
C12N 15/35 20060101ALI20241003BHJP
C12N 7/01 20060101ALI20241003BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20241003BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20241003BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20241003BHJP
【FI】
C07K14/015 ZNA
C12N15/35
C12N7/01
A61K35/76
A61K48/00
A61P25/00
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024521746
(86)(22)【出願日】2022-10-07
(85)【翻訳文提出日】2024-06-04
(86)【国際出願番号】 US2022077804
(87)【国際公開番号】W WO2023060264
(87)【国際公開日】2023-04-13
(32)【優先日】2021-10-08
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(32)【優先日】2021-10-10
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524132704
【氏名又は名称】ダイノ セラピューティクス,インコーポレーテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100092783
【氏名又は名称】小林 浩
(74)【代理人】
【識別番号】100103182
【氏名又は名称】日野 真美
(74)【代理人】
【識別番号】100120134
【氏名又は名称】大森 規雄
(74)【代理人】
【識別番号】100153693
【氏名又は名称】岩田 耕一
(72)【発明者】
【氏名】チェン,イナ
(72)【発明者】
【氏名】ゲロルド,ジェフ
(72)【発明者】
【氏名】ホルト,ジェラー
(72)【発明者】
【氏名】ラパン,シルヴァン
(72)【発明者】
【氏名】リン,キャシー,エス.
(72)【発明者】
【氏名】ウォロック,サムエル
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B065AA95X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA45
4C084AA13
4C084NA14
4C084ZA02
4C087AA01
4C087AA02
4C087AA03
4C087BC83
4C087CA08
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4C087ZC41
4H045AA10
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA01
4H045DA86
4H045EA31
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、一部には、ペイロードを送達するために使用することができるバリアントカプシドポリペプチドを対象とする。
【選択図】
図1A
【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項2】
前記バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含み、任意選択的に、前記変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、請求項1に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【請求項3】
前記バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個であるが、7個以下の変異を含み、任意選択的に、前記変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、請求項1に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【請求項4】
バリアントカプシドポリペプチドであって、
(a)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、
(b)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、
(c)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、
(d)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、
(e)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(f)配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(g)配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、又は
(h)任意選択的に前記バリアントカプシドポリペプチドが(a)~(g)の全てを含む、それらの組み合わせ、を含むポリペプチドを含み、
任意選択的に、前記バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有し、但し、前記バリアントカプシドポリペプチドが、(a)~(g)の組み合わせを含むことを条件とし、任意選択的に、前記バリアントカプシドポリペプチドが、(a)~(g)の全てを含む、
前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項5】
バリアントカプシドポリペプチドであって、
(i)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(ii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(iii)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(iv)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(v)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、及び配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(vi)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(vii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(viii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、又は
(ix)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、を含むポリペプチドを含み、
任意選択的に、前記バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有し、但し、前記バリアントカプシドポリペプチドが、(i)~(ix)の変異セットを含むことを条件とする、
前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項6】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、前記バリアントカプシドポリペプチドが、
(i)位置596と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、前記変異が、配列
L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である、変異、
(ii)位置593と598との間にある変異(配列番号1による付番)であって、前記変異が、配列
n/V-n-A-L-n-Sを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである、変異、
(iii)位置579と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、前記変異が、配列
V-(n)
11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異、又は
(iv)位置579と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、前記変異が、配列
n/V-(n)
11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、
任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異
を含む、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項7】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含むか、又は配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含むか、又は配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、前記配列が、前記バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項8】
前記カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する、請求項7に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【請求項9】
前記カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する、請求項7に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【請求項10】
前記配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)が、配列番号1によるアミノ酸579~601に対応する位置に存在するか、又は前記配列IVGALQSQGA(配列番号267)が、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在するか、又は前記配列VGALQS(配列番号268)、請求項7~9のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【請求項11】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つに対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの前記いずれか1つの変異セットを更に含む、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項12】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つに対して15以下の編集距離を有する配列を含み、
(a)変異セットが、10個未満の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの前記いずれか1つの前記変異セット中に前記単一アミノ酸変異の70%以上、
(b)前記変異セットが、10~19個の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの前記いずれか1つの前記変異セット中に前記単一アミノ酸変異の80%以上、又は
(c)前記変異セットが、20個以上の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの前記いずれか1つの前記変異セット中に前記単一アミノ酸変異の90%以上
を更に含む、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項13】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含み、例えば、それらからなり、任意選択的に、配列番号2を含み、例えば、それからなる、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項14】
バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列を含み、例えば、それらからなる、前記バリアントカプシドポリペプチド。
【請求項15】
請求項1~14のいずれか一項に記載のカプシドバリアントポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項16】
前記核酸分子が、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、若しくは265の配列、又はそれらの断片(例えば、それらのVP1コード断片、VP2コード断片、若しくはVP3コード断片)、又はそれらの配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、若しくは100%の配列同一性を有する配列を含む、請求項15に記載の核酸分子。
【請求項17】
前記それらの断片が、VP2カプシドポリペプチド又はVP3カプシドポリペプチドをコードする、請求項15又は16のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項18】
前記核酸分子が、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、又は265の配列を含む、請求項15~17のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項19】
請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は請求項15~18のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含む、ウイルス粒子(例えば、アデノ随伴ウイルス(「AAV」)粒子)。
【請求項20】
ペイロード(例えば、異種導入遺伝子)及び1つ以上の調節要素を含む核酸を含む、請求項19に記載のウイルス粒子。
【請求項21】
前記ウイルス粒子が、野生型AAV9を含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合、増加した中枢神経系(CNS)生体内分布を示し、任意選択的に、前記生体内分布が、(例えば、実施例1~2に記載されるように)標的組織中のウイルスDNAの定量化によって測定される場合、野生型AAV9カプシドポリペプチド(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる)を含むウイルス粒子の生体内分布の少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも32倍、少なくとも45倍、少なくとも90倍、又はそれより大きい、請求項19又は20に記載のウイルス粒子。
【請求項22】
前記増加したCNS生体内分布が、前記ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与時に示される、請求項21に記載のウイルス粒子。
【請求項23】
前記ウイルス粒子が、末梢神経系(PNS)生体内分布よりも高いCNS生体内分布を示し、任意選択的に、PNS生体内分布に対するCNS生体内分布の比が、少なくとも10、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも50、少なくとも90、又はそれより大きく、任意選択的に、前記CNS生体内分布及びPNS生体内分布が、前記ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与の後に測定される通りである、請求項19又は20に記載のウイルス粒子。
【請求項24】
前記ウイルス粒子が、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス、ラットにおいて、又はNHPにおいて測定される場合、CNSの増加した形質導入を示し、任意選択的に、前記形質導入が、(例えば、実施例1~3に記載されるように)標的組織中に存在するウイルス転写産物mRNAの定量化によって測定される場合、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)の形質導入よりも少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍、少なくとも100倍、少なくとも150倍、少なくとも200倍、又は少なくとも220倍、又はそれより大きい、請求項19又は20に記載のウイルス粒子。
【請求項25】
前記ウイルス粒子が、
(g)減少した肝臓生体内分布、
(h)減少した脾臓生体内分布、
(i)減少した筋肉生体内分布、
(j)減少した心臓生体内分布、
(k)減少した肝臓形質導入、又は
(l)減少した心臓形質導入のうちの1つ以上、例えば、全てを示し、
それぞれの場合に、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、任意選択的に、前記形質導入又は生体内分布が、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合に、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の形質導入又は生体内分布よりも少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、又は少なくとも10倍低い、請求項19又は20に記載のウイルス粒子。
【請求項26】
前記核酸分子が、二本鎖又は一本鎖であり、前記核酸分子が、直鎖又は環状であり、例えば、前記核酸分子が、プラスミドである、請求項15~18のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項27】
バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を生成する方法であって、前記方法が、請求項15~18又は26のいずれか一項に記載の核酸分子を細胞(例えば、HEK293細胞)に導入することと、それらから前記ウイルス粒子を回収することとを含む、前記方法。
【請求項28】
細胞にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、前記細胞に、請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むウイルス粒子を接触させること、又は前記細胞に、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子を接触させることを含む、前記方法。
【請求項29】
前記細胞が、CNS細胞である、請求項28に記載の方法。
【請求項30】
前記CNS細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
対象にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、前記対象に、請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド及び前記ペイロードを含むウイルス粒子を投与すること、又は前記対象に、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子を投与することを含む、前記方法。
【請求項32】
前記ウイルス粒子が、前記ペイロードをCNSに送達する、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記ウイルス粒子(例えば、前記バリアントカプシドポリペプチドを含む前記ウイルス粒子)が、増加した生体内分布及び/又は形質導入、例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較した生体内分布で前記ペイロードを前記CNSに送達し、任意選択的に、前記生体内分布が、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の前記生体内分布及び/又は形質導入よりも少なくとも10、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも50、少なくとも90、又はそれより大きい、請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項27~32のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
前記CNSの1つ以上の細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項33に記載のバリアントカプシドポリペプチド、ウイルス粒子、又は方法。
【請求項35】
対象における疾患又は状態を治療する方法であって、前記対象に、請求項19~25若しくは33のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項45に記載の組成物を前記疾患又は状態を治療するのに有効な量で投与することを含む、前記方法。
【請求項36】
前記疾患又は状態が、前記CNSの疾患又は状態である、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記疾患又は状態が、透明中隔欠損、酸性リパーゼ疾患、酸性マルターゼ欠損症、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、注意欠如・多動症(ADHD)、Adie瞳孔、Adie症候群、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、失認症、アイカルディ症候群、アイカルディ・グティエール症候群障害、AIDS-神経学的合併症、アレキサンダー病、アルパーズ病、交互性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、アングレマン(Angleman)症候群、無酸素症、抗リン脂質抗体症候群、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈奇形、アスペルガー症候群、運動失調、毛細血管拡張性運動失調症、運動失調及び小脳若しくは脊髄小脳の変性、心房細動及び卒中、注意欠如・多動性障害、自閉スペクトラム症、自律神経機能障害、背部痛、バース症候群、バッテン病、ベッカー型筋緊張症、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼けいれん、良性限局性筋萎縮、良性頭蓋内圧亢進症、ベルンハルト・ロート症候群、ビンスワンガー病、眼瞼けいれん、ブロッホ・サルツバーガー症候群、腕神経叢分娩損傷、腕神経叢損傷、ブラッドバリー・エグルストン症候群、脳及び脊髄の腫瘍(限定されないが、脳に転移したもの、例えば、転移性乳がんを含む)、脳動脈瘤、脳損傷、ブラウン・セカール症候群、球麻痺、球脊髄性筋萎縮症、皮質下梗塞及び進行性白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症(CADASIL)、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頸髄症候群、頸髄症候群、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘崩壊症、頭部障害、セラミダーゼ欠損症、小脳変性、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性脚気、脳海綿状血管奇形、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳・眼・顔・骨格症候群(COFS)、シャルコー・マリー・トゥース病、キアリ奇形、コレステロールエステル蓄積症、舞踏病、有棘赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎(CIDP)、慢性起立不耐症、慢性疼痛、コケイン症候群II型、コフィン・ローリー症候群、側脳室後角拡大症、昏睡、複合性局所疼痛症候群、同心性硬化症(Baloの硬化症)、先天性両側顔面神経麻痺、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性血管海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性、頭蓋動脈炎、頭蓋骨縫合早期癒合症、クリー脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、慢性進行性外眼筋麻痺、蓄積外傷障害、クッシング症候群、巨大細胞性封入体症、サイトメガロウイルス感染、ダンシングアイズ・ダンシングフィート症候群、ダンディ・ウォーカー症候群、ドーソン病、ドモルシア症候群、Dejerine-Klumpke麻痺、認知症、多発梗塞性認知症、意味性認知症、皮質下認知症、レビー小体型認知症、脱髄症、歯状小脳運動失調、歯状核赤核萎縮、皮膚筋炎、発達性失行症、デビック症候群、糖尿病性神経障害、広汎性硬化症、遠位遺伝性運動ニューロパチー、ドラベ症候群、自律神経障害、書字障害、ディスレクシア、嚥下障害、ディスプラクシア、ミオクローヌス性小脳性共同運動障害、進行性小脳性共同運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん性脳症、エンプティ・セラ症候群、脳炎、嗜眠性脳炎、脳ヘルニア、脳脊髄炎、脳症、脳症(家族性乳児)、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、てんかん性片麻痺、反復発作性運動失調症、エルブ麻痺、エルブデュシェンヌ及びデジュリンクルンプケ麻痺、本態性振戦、橋外性髄鞘崩壊症、ファーバー病、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化症、家族性周期性四肢麻痺、家族性けいれん性麻痺、ファーバー病、熱性けいれん、線維筋形成不全、フィッシャー症候群、フロッピーインファント症候群、下垂足、脆弱X症、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス(GM1、GM2)、ゲルストマン症候群、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、巨大軸索ニューロパチー、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、グロボイド細胞白質ジストロフィー、舌咽神経痛、糖原病、ギラン・バレー症候群、ハレルフォルデン・スパッツ症候群、頭部損傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面けいれん、交互性片麻痺、遺伝性ニューロパチー、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、帯状疱疹(Herpes Zoster)、耳帯状疱疹、平山病、ホームズ・アディ症候群、全前脳胞症、HTLV-1関連ミエロパチー、ヒューズ症候群、ハンチントン病、ハーラー症候群、水頭無脳症、水頭症、正常圧水頭症、水髄症、副腎皮質機能亢進症、過眠症、筋緊張亢進、筋緊張低下症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児筋緊張低下症、小児神経軸索ジストロフィー、小児フィタン酸蓄積症、小児レフサム病、小児れん縮、炎症性ミオパチー、後頭孔脳脱出症、腸性リポジストロフィー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、アイザックス症候群、ジュベール症候群、カーンズ・セイヤー症候群、ケネディ病、Kinsbourne症候群、クライネ・レビン症候群、クリッペル・フェイル症候群、クリッペル・トレノネー症候群(KTS)、クリューバー・ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クールー、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドウ・クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、外側延髄症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ・ナイハン症候群、白質ジストロフィー、Levine-Critchley症候群、レビー小体型認知症、リヒトハイム病、脂質蓄積症、リポイドタンパク症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー・ゲーリッグ病、ループス-神経学的後遺症、ライム病-神経学的合併症、リソソーム蓄積症、マシャド・ジョセフ病、巨脳症、巨大脳髄症、メルカーソン・ローゼンタール症候群、髄膜炎、髄膜炎及び脳炎、メンケス病、大腿外側皮神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラーフィッシャー症候群、小発作、ミトコンドリアミオパチー、ミトコンドリアDNA枯渇症候群、メビウス症候群、一側萎縮、モルバン症候群、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピドーシス、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、脱髄性広汎性硬化症、脊髄炎、小児のミオクロニー脳症、ミオクローヌス、ミオクローヌス性てんかん、ミオパチー、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、ミオトニア、先天性ミオトニア、ナルコレプシー、NARP(ニューロパチー、運動失調及び網膜色素変性)、神経有棘赤血球症、脳内鉄沈着を伴う神経変性、神経変性疾患、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、AIDSの神経学的合併症、ライム病の神経学的合併症、サイトメガロウイルス感染の神経学的結果、ポンペ病の神経学的徴候、ループスの神経学的後遺症、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、神経セロイドリポフスチン症、神経細胞移動異常障害、神経障害性疼痛、遺伝性ニューロパチー、ニューロパチー、神経サルコイドーシス、神経梅毒、神経毒性、母斑細胞母斑、ニーマン・ピック病、O’Sullivan-McLeod症候群、後頭神経痛、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス、起立性低血圧、過用症候群、慢性疼痛、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、傍腫瘍性症候群、知覚異常、パーキンソン病、発作性舞踏アテトーゼ、発作性片側頭痛、パリー・ロンベルグ、ペリツェウス・メルツバッハー病、ペナー・ショッカーII型症候群、神経根嚢胞、腓骨筋萎縮、周期性四肢麻痺、末梢性ニューロパチー、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フェラン・マクダーミド症候群、フィタン酸蓄積症、ピック病、圧迫神経、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポストポリオ症候群、帯状疱疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、起立性低血圧、体位性起立性頻拍症候群、体位性頻脈症候群、原発性歯状核萎縮症(Primary Dentatum Atrophy)、原発性側索硬化症、原発性進行性失語、プリオン病、進行性球麻痺、進行性顔面片側萎縮症、進行性歩行運動失調、進行性多巣性白質脳症、進行性筋萎縮症、進行性硬化性灰白質萎縮症、進行性核上性麻痺、相貌失認、偽性球麻痺、偽性トーチ症候群、偽性トキソプラズマ症候群、偽性腫瘍、心因性運動、ラムゼイ・ハント症候群I型、ラムゼイ・ハント症候群II型、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、レフサム病、小児レフサム病、反復性動作障害、反復ストレス損傷、レストレスレッグス症候群、レトロウイルス関連ミエロパチー、レット症候群、ライ症候群、リウマチ性脳炎、ライリー・デイ症候群、仙骨神経根嚢胞、舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、ザイテルベルガー病、てんかん障害、意味性認知症、中隔視神経形成異常症、乳児重症ミオクロニーてんかん(SMEI)、乳幼児揺さぶられ症候群、帯状疱疹(Shingles)、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙性、二分脊椎、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄筋萎縮症、脊髄小脳運動失調、脊髄小脳萎縮症、脊髄小脳変性、孤発性運動失調、スティール・リチャードソン・オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、短時間持続性片側神経痛様(SUNCT)頭痛、嚥下障害、シデナム舞踏病、気絶、梅毒性脊髄硬化、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、仙椎内嚢胞、テイ・サックス病、側頭動脈炎、脊髄係留症候群、トムセンミオトニア、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、有痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性対麻痺、トロヤー症候群、結節性硬化症、海綿状血管腫瘍、中枢神経系及び末梢神経系の血管炎症候群、ビタミンB12欠乏症、フォン・エコノモ疾患、フォンヒッペル・リンドウ病(VHL)、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒホフマン病、ウェルニッケ・コルサコフ症候群、ウエスト症候群、むち打ち症、ホイップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウォルマン病、又はX連鎖性球脊髄性筋萎縮症である、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記対象が、哺乳動物、例えば、ヒトである、請求項35~37のいずれか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記ウイルス粒子が、前記CNSの疾患又は状態を治療するのに有効な治療用生成物をコードする核酸分子と、前記治療用生成物の発現を駆動するのに十分なプロモーターとを含む、請求項35~38のいずれか一項に記載の方法。
【請求項40】
先行請求項のいずれか一項に記載のカプシドポリペプチド、核酸分子、又はウイルス粒子を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系。
【請求項41】
ウイルス(例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス(AAV)粒子)を作製する方法であって、
請求項15~18又は26のいずれか一項に記載の核酸を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、
前記ウイルス粒子の生成に好適な条件下で、前記細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することとを含み、
それによって、前記ウイルス粒子を作製する、前記方法。
【請求項42】
前記細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、ペイロード、例えば、治療用生成物をコードする異種核酸配列(例えば、本明細書に記載されるもの)を含む第2の核酸分子を含み、前記第2の核酸分子の少なくとも一部分が、前記ディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングされる、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
請求項15~18又は26のいずれか一項に記載の核酸分子が、請求項15~18又は26のいずれか一項に記載の核酸分子を含まないウイルス粒子、又はその断片の生成を媒介するか、あるいは請求項15~18又は26のいずれか一項に記載の核酸分子が、それ以外は同様の生成系において、配列番号4を含む核酸によって媒介される生成レベルと同様、又はそれよりも少なくとも10%大きいレベルでウイルス粒子の生成を媒介する、請求項41又は42に記載の方法。
【請求項44】
請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項27若しくは41~43のいずれか一項に記載の方法によって生成されるウイルス粒子と、薬学的に許容される担体とを含む、組成物、例えば、薬学的組成物。
【請求項45】
対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための、請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項15~18若しくは26のいずれか一項に記載の核酸分子、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項44に記載の組成物。
【請求項46】
対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための医薬の製造に使用するための、請求項1~14のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項15~18若しくは26のいずれか一項に記載の核酸分子、又は請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項44に記載の組成物。
【請求項47】
前記ウイルス粒子が、少なくとも2つの異なるNHP種において、CNSの細胞の少なくとも50倍増加した形質導入を示し、任意選択的に、前記種が、カニクイザル及びアフリカグリーンモンキーである、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子。
【請求項48】
前記ウイルス粒子が、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、小脳のプルキンエニューロンを形質導入する、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子。
【請求項49】
前記ウイルス粒子が、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、海馬のCA3錐体ニューロンを形質導入する、請求項19~25のいずれか一項に記載のウイルス粒子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、2021年10月10日に出願された米国仮出願第63/262,341号、及び2021年10月8日に出願された米国仮出願第63/262,330号に対する優先権を主張する。
【0002】
電子的に提出された配列表の参照
本出願は、XMLファイル形式で電子的に提出されている配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。2022年10月6日に作成された当該XMLコピーは、「257394_001302_SeqList.XML」という名称であり、621,812バイトのサイズである。
【背景技術】
【0003】
ディペンドパルボウイルス、例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス、例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV)は、ヒト対象を含む細胞に様々なペイロードを送達するためのベクターとして興味深いものである。
【発明の概要】
【0004】
本開示は、一部には、改善されたバリアントディペンドパルボウイルスカプシドタンパク質(例えば、AAV9バリアントカプシドポリペプチド)、例えば、VP1、VP2及び/又はVP3のバリアントカプシドポリペプチド、ディペンドパルボウイルスを生成する方法、それにおいて使用するための組成物、並びにそれらによって生成されるウイルス粒子を提供する。いくつかの実施形態では、生成されるウイルス粒子は、カプシドタンパク質中に変異を含まないウイルス粒子と比較して、増加した中枢神経系(CNS)生体内分布及び/又は形質導入を有する。
【0005】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に提供されるバリアントカプシドタンパク質をコードする配列を含む核酸を対象とする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスは、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス(AAV)である。いくつかの実施形態では、AAVは、AAV9、例えば、バリアントAAV9である。
【0006】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを対象とする。
【0007】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するポリペプチドを含み、任意選択的に、配列番号2を含み、例えば、それからなる、バリアントカプシドポリペプチドを対象とする。
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。
【0008】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸を含むベクター、例えば、プラスミドを対象とする。
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、若しくは265の配列、それらの断片、又はそれらに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、若しくは100%の配列同一性を有するそれらのバリアントを含む、核酸分子を対象とする。
【0009】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸(例えば、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、VP1をコードする配列を含む核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子であって、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、ディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。
【0010】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、例えば、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、VP1ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含むベクターであって、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、ベクターを対象とする。
【0011】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸若しくはベクターを含み、例えば、VP1などのバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列を含み、バリアントカプシドポリペプチドコード配列が、コード配列において本明細書に提供される電荷又は変異を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を含み、例えば、本粒子は、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、VP1ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含み、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む。
【0012】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のポリペプチドを含み、ポリペプチドコード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を含み、例えば、本粒子は、VP1ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含み、VP1コード配列が、本明細書に提供されるような対応する電荷又は変異を含む。
【0013】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞にペイロードを送達する方法であって、細胞に、本明細書に記載の核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子を接触させることを含む、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞にペイロードを送達する方法であって、細胞に、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を接触させることを含む、方法を対象とする。
【0014】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法であって、本明細書に記載の核酸(例えば、本明細書に提供されるカプシドバリアントをコードする配列を含む核酸)を含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。
【0015】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法であって、本明細書に記載のポリペプチドを含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。
【0016】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系で作製されたディペンドパルボウイルス粒子であって、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、本明細書で提供されるカプシドバリアントを含むディペンドパルボウイルスをコードする核酸を含む、ディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。
【0017】
いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、対象における疾患又は状態を治療する方法であって、対象に、疾患又は状態を治療するのに有効な量で本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を投与することを含む、方法を対象とする。
【0018】
以下の付番された実施形態を参照しながら、本発明が更に説明される。
【図面の簡単な説明】
【0019】
【
図1A】例示的なAAV血清型アラインメントの例示。VP1ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、VP1ポリペプチド及びVP2ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド及びVP3ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。
【
図1B】例示的なAAV血清型アラインメントの例示。VP1ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、VP1ポリペプチド及びVP2ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド及びVP3ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。
【
図1C】例示的なAAV血清型アラインメントの例示。VP1ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、VP1ポリペプチド及びVP2ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド及びVP3ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。
【
図2A】実施例2で使用されるプラスミドのゲノムマップ。A)野生型AAV9 rep capプラスミド。
【
図2B】実施例2で使用されるプラスミドのゲノムマップ。B)VAR-1 rep capプラスミド。
【
図2C】実施例2で使用されるプラスミドのゲノムマップ。C)VAR-1カプシド:NLS-eGFPをコードするITR含有プラスミドにパッケージングされた異種核酸配列に関連するパッケージングプラスミド。
【
図2D】実施例2で使用されるプラスミドのゲノムマップ。D)野生型AAV9カプシド:NLS-mCherryをコードするITR含有プラスミドにパッケージングされた異種核酸配列に関するパッケージングプラスミド。
【
図3A】実施例2に記載される2-カプシドNHP実験からの(野生型AAV9と比較した)VAR-1についての相対的形質導入(
図3A)及び生体内分布(
図3B)。
【
図4A】A)海馬及び小脳におけるVAR-1及び野生型AAV9免疫蛍光の代表的な画像。海馬では、VAR-1 GFP発現を有する細胞の数は、AAV9 mCherry発現を有する細胞の約25倍である。このことは、CA3層においても見出され、VAR-1 GFPは、ニューロンマーカーNeuNと共染色を示すCA3錐体ニューロンにおいて見ることができる。小脳では、VAR-1 GFPは、AAV9 mCherryよりも多くの細胞で発現し、プルキンエ細胞層において、最も高い発現を有する。
【
図4B】B)頸部脊髄、前頭皮質、及び尾状核におけるVAR-1及び野生型AAV9免疫蛍光の代表的な画像。脊髄においてVAR-1 GFP発現を有する細胞の数は、AAV9 mCherryの9.4倍である。VAR-1発現GFPは、AAV9 mCherryとは異なり、いくつかのニューロン(NeuNと共染色する)においても検出される。前頭皮質及び尾状体では、VAR-1 GFPを発現する細胞の総数は、AAV9 mCherryと比較して増加し(15.9倍及び4.6倍の増加)、これは、ニューロンについては、特異的に25倍及び37倍まで増加する(NeuNと共染色する)。
【
図5】初代ヒトニューロン及びSh-sy5y細胞株の両方におけるVAR-1及びWT AAV9の形質導入を示す、インビトロ細胞形質導入実験からの代表的な画像。初代ヒトニューロンを、VAR-1及びWT AAV9の両方について、50K MOIでウイルスによって処理し、Sh-sy5y細胞を、100K MOIでウイルスにより処理した。画像を、EVOS M5000で、20倍対物レンズを使用して、固定された試料から撮影した。
【0020】
実施形態の列挙
1.配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0021】
2.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号2(AAV9)のポリペプチドと同じ血清型である、実施形態1に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0022】
3.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号2(AAV9)のポリペプチドと比較して異なる血清型である、実施形態1に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0023】
4.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0024】
5.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0025】
6.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0026】
7.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0027】
8.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0028】
9.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0029】
10.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0030】
11.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0031】
12.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び592における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0032】
13.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び593における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0033】
14.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0034】
15.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0035】
16バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0036】
17.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0037】
18.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592及び593における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0038】
19.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0039】
20.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0040】
21.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0041】
22.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0042】
23.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0043】
24.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0044】
25.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0045】
26.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0046】
27.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0047】
28.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0048】
29.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0049】
30.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0050】
31.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0051】
32.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0052】
33.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592及び593における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0053】
34.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0054】
35.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0055】
36.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0056】
37.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0057】
38.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0058】
39.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0059】
40.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0060】
41.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0061】
42.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0062】
43.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0063】
44.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0064】
45.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0065】
46.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0066】
47.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0067】
48.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0068】
49.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0069】
50.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0070】
51.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0071】
52.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0072】
53.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0073】
54.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0074】
55.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0075】
56.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0076】
57.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0077】
58.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0078】
59.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0079】
60.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0080】
61.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0081】
62.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0082】
63.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0083】
64.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0084】
65.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0085】
66.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0086】
67.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0087】
68.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び595における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0088】
69.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0089】
70.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0090】
71.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0091】
72.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0092】
73.カプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、位置579、593、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0093】
74.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0094】
75.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0095】
76.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0096】
77.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0097】
78.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0098】
79.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0099】
80.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0100】
81.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0101】
82.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0102】
83.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0103】
84.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0104】
85.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0105】
86.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0106】
87.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び596における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0107】
88.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0108】
89.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0109】
90.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0110】
91.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0111】
92.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0112】
93.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0113】
94.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0114】
95.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0115】
96.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0116】
97.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0117】
98.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0118】
99.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0119】
100.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0120】
101.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0121】
102.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0122】
103.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0123】
104.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0124】
105.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0125】
106.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0126】
107.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0127】
108.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0128】
109.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0129】
110.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0130】
111.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0131】
112.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0132】
113.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0133】
114.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0134】
115.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0135】
116.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0136】
117.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0137】
118.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、596、598及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0138】
119.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0139】
120.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0140】
121.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0141】
122.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595、596及び598における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0142】
123.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595、596及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0143】
124.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0144】
125.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0145】
126.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0146】
127.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0147】
128.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0148】
129.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0149】
130.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0150】
131.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0151】
132.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0152】
133.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0153】
134.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置579、592、593、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0154】
135.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0155】
136.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0156】
137.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して位置592、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0157】
138.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、
(a)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、
(b)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、
(c)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、
(d)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、
(e)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(f)配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(g)配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、又は
(h)任意選択的にバリアントカプシドポリペプチドが(a)~(g)の全てを含む、それらの組み合わせ、を含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0158】
139.バリアントカプシドポリペプチドが、
(a)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、
(b)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、
(c)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、
(d)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、
(e)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(f)配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(g)配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、又は
(h)任意選択的にバリアントカプシドポリペプチドが(a)~(g)の全てを含む、それらの組み合わせ、を含む、実施形態1~138のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0159】
140.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0160】
141.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0161】
142.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0162】
143.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0163】
144.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0164】
145.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0165】
146.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0166】
147.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0167】
148.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0168】
149.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0169】
150.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0170】
151.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0171】
152.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0172】
153.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0173】
154.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0174】
155.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0175】
156.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0176】
157.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0177】
158.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0178】
159.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0179】
160.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0180】
161.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0181】
162.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0182】
163.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0183】
164.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0184】
165.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0185】
166.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0186】
167.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0187】
168.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0188】
169.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0189】
170.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0190】
171.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0191】
172.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0192】
173.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0193】
174.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0194】
175.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0195】
176.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0196】
177.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0197】
178.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0198】
179.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0199】
180.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0200】
181.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0201】
182.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0202】
183.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0203】
184.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0204】
185.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0205】
186.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0206】
187.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0207】
188.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0208】
189.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0209】
190.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0210】
191.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0211】
192.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0212】
193.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0213】
194.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0214】
195.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0215】
196.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0216】
197.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0217】
198.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0218】
199.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0219】
200.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0220】
201.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0221】
202.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0222】
203.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0223】
204.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0224】
205.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0225】
206.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0226】
207.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0227】
208.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0228】
209.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0229】
210.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0230】
211.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0231】
212.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0232】
213.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0233】
214.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0234】
215.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0235】
216.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、n596sと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0236】
217.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0237】
218.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0238】
219.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0239】
220.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0240】
221.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0241】
222.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0242】
223.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0243】
224.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0244】
225.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0245】
226.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0246】
227.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0247】
228.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0248】
229.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0249】
230.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0250】
231.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0251】
232.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0252】
233.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0253】
234.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0254】
235.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0255】
236.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0256】
237.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0257】
238.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0258】
239.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0259】
240.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0260】
241.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0261】
242.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0262】
243.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0263】
244.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0264】
245.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0265】
246.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0266】
247.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0267】
248.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0268】
249.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0269】
250.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0270】
251.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0271】
252.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0272】
253.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0273】
254.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0274】
255.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0275】
256.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0276】
257.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0277】
258.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0278】
259.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0279】
260.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0280】
261.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0281】
262.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0282】
263.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0283】
264.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0284】
265.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0285】
266.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0286】
267.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0287】
268.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンと、Q592に対応する位置におけるイソロイシンと、T593に対応する位置におけるバリンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0288】
268.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0289】
269.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるバリンと、T593に対応する位置におけるバリンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0290】
270.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるバリンと、W595に対応する位置におけるアラニンと、V596に対応する位置におけるロイシンと、N598に対応する位置におけるセリンと、I601に対応する位置におけるアラニンと、を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0291】
271.配列番号2のカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3ポリペプチド配列番号2)に対して少なくとも、又は約95、96、97、98又は99%同一であり、VAR-1の少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、任意選択的に全ての変異差を含む、バリアントカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2、又はVP3)。
【0292】
272.配列番号2のカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約20個の変異を有し、VAR-1の少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、任意選択的に全ての変異差を含む、バリアントカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2、又はVP3)。
【0293】
273.カプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約10個の変異を有する、実施形態215に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0294】
274.カプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約5個の変異を有する、実施形態215に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0295】
275.配列番号2のポリペプチドに対して少なくとも、又は約95、96、97、98又は99%同一であり、配列番号1による596Lに対応する位置におけるバリンを含む、バリアントカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2、又はVP3)。
【0296】
276.配列番号2のカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約20個の変異を有し、配列番号1による596Lに対応する位置におけるバリンを含む、バリアントカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2、又はVP3)。
【0297】
277.配列番号2のカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約10個の変異を有する、実施形態219に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0298】
278.配列番号2のカプシドポリペプチド(例えば、VP1、VP2又はVP3)と比較して約1~約5個の変異を有する、実施形態219に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0299】
279.配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0300】
280.配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる、バリアントカプシドポリペプチド。
【0301】
281.バリアントカプシドポリペプチドが、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド又はVP3ポリペプチドである、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0302】
282.先行する実施形態のいずれか1つに記載のカプシドバリアントポリペプチドをコードする、核酸分子。
【0303】
283.核酸分子が、配列番号3、その断片(例えば、そのVP1コード断片、VP2コード断片、若しくはVP3コード断片)の配列を含むか、又はそれらに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、若しくは100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態282に記載の核酸分子。
【0304】
284.その断片が、VP2カプシドポリペプチド又はVP3カプシドポリペプチドをコードする、実施形態282又は283に記載の核酸分子。
【0305】
285.核酸分子が、配列番号3の配列を含む、実施形態282又は283に記載の核酸分子。
【0306】
286.先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態282~285のいずれか1つに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含む、ウイルス粒子(例えば、アデノ随伴ウイルス(「AAV」)粒子)。
【0307】
287.ペイロード(例えば、異種導入遺伝子)及び1つ以上の調節要素を含む核酸を含む、実施形態286に記載のウイルス粒子。
【0308】
288.当該ウイルス粒子が、野生型AAV9(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合、増加した中枢神経系(CNS)生体内分布を示し、任意選択的に、生体内分布が、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の生体内分布の少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも32倍、少なくとも45倍、又はそれより大きい、実施形態286~287のいずれか1つに記載のウイルス粒子。
【0309】
289.増加したCNS生体内分布が、当該ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与時に示される、実施形態288に記載のウイルス粒子。
【0310】
290.ウイルス粒子が、末梢神経系(PNS)生体内分布よりも高いCNS生体内分布を示し、任意選択的に、PNS生体内分布に対するCNS生体内分布の比が、少なくとも10、少なくとも20、又は少なくとも25、又はそれより大きく、任意選択的に、当該CNS生体内分布及びPNS生体内分布が、ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与の後に測定される通りである、実施形態286~289のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0311】
291.当該ウイルス粒子が、野生型AAV9(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合、CNSにおける増加した形質導入を示し、任意選択的に、形質導入が、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の形質導入の少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも50倍、少なくとも60倍、少なくとも65倍、少なくとも70倍、少なくとも75倍、又はそれより大きい、実施形態286~290のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0312】
292.当該ウイルス粒子が、
減少した肝臓生体内分布、
減少した脾臓生体内分布、
減少した筋肉生体内分布、
減少した心臓生体内分布、
減少した肝臓形質導入、又は
減少した心臓形質導入のうちの1つ以上、例えば、全てを示し、
それぞれの場合に、野生型AAV9(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、任意選択的に、形質導入又は生体内分布が、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合に、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の形質導入又は生体内分布よりも少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、又は少なくとも10倍低い、実施形態286~291のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0313】
293.核酸分子が、二本鎖又は一本鎖であり、核酸分子が、直鎖又は環状であり、例えば、核酸分子が、プラスミドである、実施形態282~285のいずれか1つに記載の核酸分子。
【0314】
294.バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を生成する方法であって、当該方法が、実施形態282~285又は293のいずれか1つに記載の核酸分子を細胞(例えば、HEK293細胞)に導入することと、それらから当該ウイルス粒子を回収することと、を含む、方法。
【0315】
295.細胞にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、細胞に、先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むウイルス粒子を接触させること、又は細胞に、実施形態286~292のいずれか1つに記載のウイルス粒子を接触させることを含む、方法。
【0316】
296.細胞が、CNS細胞である、実施形態295に記載の方法。
【0317】
297.CNS細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせである、実施形態296に記載の方法。
【0318】
298.対象にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、対象に、先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むウイルス粒子を投与すること、又は対象に、実施形態286~292のいずれか1つに記載のウイルス粒子を投与することを含む、方法。
【0319】
299.ウイルス粒子が、ペイロードをCNSに送達する、実施形態298に記載の方法。
【0320】
300.ウイルス粒子(例えば、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子)が、増加した生体内分布及び/又は形質導入、例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較した生体内分布でペイロードをCNSに送達し、任意選択的に、生体内分布が、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の生体内分布及び/又は形質導入の少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも32倍、少なくとも50倍、少なくとも75倍、又はそれより大きい、先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態286~292のいずれか1つに記載のウイルス粒子、又は実施形態294~299のいずれか1つに記載の方法。
【0321】
301.CNSの1つ以上の細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態300に記載のバリアントカプシドポリペプチド、ウイルス粒子、又は方法。
【0322】
302.対象における疾患又は状態を治療する方法であって、対象に、疾患又は状態を治療するのに有効な量で実施形態312に記載のウイルス粒子又は組成物を投与することを含み、ウイルス粒子が、先行する実施形態のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む粒子であるか、又は実施形態282~285若しくは293のいずれか1つに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態286~292のいずれか1つに記載のウイルス粒子である、方法。
【0323】
303.疾患又は状態が、CNSの疾患又は状態である、実施形態302に記載の方法。
【0324】
304.疾患又は状態が、透明中隔欠損、酸性リパーゼ疾患、酸性マルターゼ欠損症、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、注意欠如・多動症(ADHD)、Adie瞳孔、Adie症候群、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、失認症、アイカルディ症候群、アイカルディ・グティエール症候群障害、AIDS-神経学的合併症、アレキサンダー病、アルパーズ病、交互性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、アングレマン(Angleman)症候群、無酸素症、抗リン脂質抗体症候群、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈奇形、アスペルガー症候群、運動失調、毛細血管拡張性運動失調症、運動失調及び小脳若しくは脊髄小脳の変性、心房細動及び卒中、注意欠如・多動性障害、自閉スペクトラム症、自律神経機能障害、背部痛、バース症候群、バッテン病、ベッカー型筋緊張症、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼けいれん、良性限局性筋萎縮、良性頭蓋内圧亢進症、ベルンハルト・ロート症候群、ビンスワンガー病、眼瞼けいれん、ブロッホ・サルツバーガー症候群、腕神経叢分娩損傷、腕神経叢損傷、ブラッドバリー・エグルストン症候群、脳及び脊髄の腫瘍(限定されないが、脳に転移したもの、例えば、転移性乳がんを含む)、脳動脈瘤、脳損傷、ブラウン・セカール症候群、球麻痺、球脊髄性筋萎縮症、皮質下梗塞及び進行性白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症(CADASIL)、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頸髄症候群、頸髄症候群、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘崩壊症、頭部障害、セラミダーゼ欠損症、小脳変性、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性脚気、脳海綿状血管奇形、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳・眼・顔・骨格症候群(COFS)、シャルコー・マリー・トゥース病、キアリ奇形、コレステロールエステル蓄積症、舞踏病、有棘赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎(CIDP)、慢性起立不耐症、慢性疼痛、コケイン症候群II型、コフィン・ローリー症候群、側脳室後角拡大症、昏睡、複合性局所疼痛症候群、同心性硬化症(Baloの硬化症)、先天性両側顔面神経麻痺、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性血管海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性、頭蓋動脈炎、頭蓋骨縫合早期癒合症、クリー脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、慢性進行性外眼筋麻痺、蓄積外傷障害、クッシング症候群、巨大細胞性封入体症、サイトメガロウイルス感染、ダンシングアイズ・ダンシングフィート症候群、ダンディ・ウォーカー症候群、ドーソン病、ドモルシア症候群、Dejerine-Klumpke麻痺、認知症、多発梗塞性認知症、意味性認知症、皮質下認知症、レビー小体型認知症、脱髄症、歯状小脳運動失調、歯状核赤核萎縮、皮膚筋炎、発達性失行症、デビック症候群、糖尿病性神経障害、広汎性硬化症、遠位遺伝性運動ニューロパチー、ドラベ症候群、自律神経障害、書字障害、ディスレクシア、嚥下障害、ディスプラクシア、ミオクローヌス性小脳性共同運動障害、進行性小脳性共同運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん性脳症、エンプティ・セラ症候群、脳炎、嗜眠性脳炎、脳ヘルニア、脳脊髄炎、脳症、脳症(家族性乳児)、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、てんかん性片麻痺、反復発作性運動失調症、エルブ麻痺、エルブデュシェンヌ及びデジュリンクルンプケ麻痺、本態性振戦、橋外性髄鞘崩壊症、ファーバー病、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化症、家族性周期性四肢麻痺、家族性けいれん性麻痺、ファーバー病、熱性けいれん、線維筋形成不全、フィッシャー症候群、フロッピーインファント症候群、下垂足、脆弱X症、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス(GM1、GM2)、ゲルストマン症候群、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、巨大軸索ニューロパチー、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、グロボイド細胞白質ジストロフィー、舌咽神経痛、糖原病、ギラン・バレー症候群、ハレルフォルデン・スパッツ症候群、頭部損傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面けいれん、交互性片麻痺、遺伝性ニューロパチー、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、帯状疱疹(Herpes Zoster)、耳帯状疱疹、平山病、ホームズ・アディ症候群、全前脳胞症、HTLV-1関連ミエロパチー、ヒューズ症候群、ハンチントン病、ハーラー症候群、水頭無脳症、水頭症、正常圧水頭症、水髄症、副腎皮質機能亢進症、過眠症、筋緊張亢進、筋緊張低下症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児筋緊張低下症、小児神経軸索ジストロフィー、小児フィタン酸蓄積症、小児レフサム病、小児れん縮、炎症性ミオパチー、後頭孔脳脱出症、腸性リポジストロフィー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、アイザックス症候群、ジュベール症候群、カーンズ・セイヤー症候群、ケネディ病、Kinsbourne症候群、クライネ・レビン症候群、クリッペル・フェイル症候群、クリッペル・トレノネー症候群(KTS)、クリューバー・ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クールー、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドウ・クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、外側延髄症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ・ナイハン症候群、白質ジストロフィー、Levine-Critchley症候群、レビー小体型認知症、リヒトハイム病、脂質蓄積症、リポイドタンパク症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー・ゲーリッグ病、ループス-神経学的後遺症、ライム病-神経学的合併症、リソソーム蓄積症、マシャド・ジョセフ病、巨脳症、巨大脳髄症、メルカーソン・ローゼンタール症候群、髄膜炎、髄膜炎及び脳炎、メンケス病、大腿外側皮神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラーフィッシャー症候群、小発作、ミトコンドリアミオパチー、ミトコンドリアDNA枯渇症候群、メビウス症候群、一側萎縮、モルバン症候群、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピドーシス、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、脱髄性広汎性硬化症、脊髄炎、小児のミオクロニー脳症、ミオクローヌス、ミオクローヌス性てんかん、ミオパチー、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、ミオトニア、先天性ミオトニア、ナルコレプシー、NARP(ニューロパチー、運動失調及び網膜色素変性)、神経有棘赤血球症、脳内鉄沈着を伴う神経変性、神経変性疾患、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、AIDSの神経学的合併症、ライム病の神経学的合併症、サイトメガロウイルス感染の神経学的結果、ポンペ病の神経学的徴候、ループスの神経学的後遺症、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、神経セロイドリポフスチン症、神経細胞移動異常障害、神経障害性疼痛、遺伝性ニューロパチー、ニューロパチー、神経サルコイドーシス、神経梅毒、神経毒性、母斑細胞母斑、ニーマン・ピック病、O’Sullivan-McLeod症候群、後頭神経痛、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス、起立性低血圧、過用症候群、慢性疼痛、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、傍腫瘍性症候群、知覚異常、パーキンソン病、発作性舞踏アテトーゼ、発作性片側頭痛、パリー・ロンベルグ、ペリツェウス・メルツバッハー病、ペナー・ショッカーII型症候群、神経根嚢胞、腓骨筋萎縮、周期性四肢麻痺、末梢性ニューロパチー、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フェラン・マクダーミド症候群、フィタン酸蓄積症、ピック病、圧迫神経、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポストポリオ症候群、帯状疱疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、起立性低血圧、体位性起立性頻拍症候群、体位性頻脈症候群、原発性歯状核萎縮症(Primary Dentatum Atrophy)、原発性側索硬化症、原発性進行性失語、プリオン病、進行性球麻痺、進行性顔面片側萎縮症、進行性歩行運動失調、進行性多巣性白質脳症、進行性筋萎縮症、進行性硬化性灰白質萎縮症、進行性核上性麻痺、相貌失認、偽性球麻痺、偽性トーチ症候群、偽性トキソプラズマ症候群、偽性腫瘍、心因性運動、ラムゼイ・ハント症候群I型、ラムゼイ・ハント症候群II型、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、レフサム病、小児レフサム病、反復性動作障害、反復ストレス損傷、レストレスレッグス症候群、レトロウイルス関連ミエロパチー、レット症候群、ライ症候群、リウマチ性脳炎、ライリー・デイ症候群、仙骨神経根嚢胞、舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、ザイテルベルガー病、てんかん障害、意味性認知症、中隔視神経形成異常症、乳児重症ミオクロニーてんかん(SMEI)、乳幼児揺さぶられ症候群、帯状疱疹(Shingles)、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙性、二分脊椎、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄筋萎縮症、脊髄小脳運動失調、脊髄小脳萎縮症、脊髄小脳変性、孤発性運動失調、スティール・リチャードソン・オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、短時間持続性片側神経痛様(SUNCT)頭痛、嚥下障害、シデナム舞踏病、気絶、梅毒性脊髄硬化、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、仙椎内嚢胞、テイ・サックス病、側頭動脈炎、脊髄係留症候群、トムセンミオトニア、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、有痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性対麻痺、トロヤー症候群、結節性硬化症、海綿状血管腫瘍、中枢神経系及び末梢神経系の血管炎症候群、ビタミンB12欠乏症、フォン・エコノモ疾患、フォンヒッペル・リンドウ病(VHL)、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒホフマン病、ウェルニッケ・コルサコフ症候群、ウエスト症候群、むち打ち症、ホイップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウォルマン病、又はX連鎖性球脊髄性筋萎縮症である、実施形態303に記載の方法。
【0325】
305.対象が、哺乳動物、例えば、ヒトである、実施形態302~304のいずれかに記載の方法。
【0326】
306.先行する実施形態のいずれか1つに記載のカプシドポリペプチド、核酸分子、又はウイルス粒子を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系。
【0327】
307.ウイルス(例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス(AAV)粒子)を作製する方法であって、
実施形態282~285又は293のいずれかに記載の核酸を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、
ウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、
それによって、ウイルス粒子を作製する、方法。
【0328】
308.細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、第2の核酸分子を含み、当該第2の核酸分子の少なくとも一部分が、ディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングされる、実施形態307に記載の方法。
【0329】
309.第2の核酸が、例えば、本明細書に記載されるように、ペイロード、例えば、治療用生成物をコードする異種核酸配列を含む、実施形態308に記載の方法。
【0330】
310.実施形態282~285又は293のいずれかに記載の核酸分子が、実施形態282~285又は293のいずれかに記載の核酸又はその断片を含まないウイルス粒子の生成を媒介する、実施形態307~309のいずれか1つに記載の方法。
【0331】
311.実施形態282~285又は293のいずれかに記載の核酸分子が、それ以外は同様の生成系において、配列番号4を含む核酸によって媒介される生成レベルと同様、又はそれよりも少なくとも10%大きいレベルでウイルス粒子の生成を媒介する、実施形態307~310のいずれか1つに記載の方法。
【0332】
312.実施形態286~292のいずれか1つに記載のウイルス粒子、又は実施形態307~311のいずれか1つに記載の方法によって生成されるウイルス粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、例えば、薬学的組成物。
【0333】
313.対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態282~285若しくは293のいずれかに記載の核酸分子、実施形態286~292のいずれかに記載のウイルス粒子、又は実施形態312に記載の組成物。
【0334】
314.対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための医薬の製造に使用するための、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態282~285若しくは293のいずれかに記載の核酸分子、実施形態286~292のいずれかに記載のウイルス粒子、又は実施形態312に記載の組成物。
【0335】
315.配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するポリペプチドを含むバリアントカプシドポリペプチド。
【0336】
316.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、実施形態315に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0337】
317.バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個であるが、7個以下の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、実施形態315に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0338】
318.バリアントカプシドポリペプチドであって、
(a)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、
(b)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、
(c)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、
(d)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、
(e)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(f)配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(g)配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、又は
(h)任意選択的にバリアントカプシドポリペプチドが(a)~(g)の全てを含む、それらの組み合わせ、を含むポリペプチドを含み、
任意選択的に、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有し、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、(a)~(g)の組み合わせを含むことを条件とし、任意選択的に、バリアントカプシドポリペプチドが、(a)~(g)の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0339】
319.バリアントカプシドポリペプチドであって、
(i)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(ii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(iii)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(iv)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(v)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、及び配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(vi)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(vii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(viii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、又は
(ix)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、を含むポリペプチドを含み、
任意選択的に、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有し、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、(i)~(ix)の変異セットを含むことを条件とする、バリアントカプシドポリペプチド。
【0340】
320.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、
(i)位置596と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、変異が、配列
L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である、変異、
(ii)位置593と598との間にある変異(配列番号1による付番)であって、変異が、配列
n/V-n-A-L-n-Sを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである、変異、
(iii)位置579と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異、又は
(iv)位置579と601との間にある変異(配列番号1による付番)であって、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、
任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異、を含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0341】
321.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含むか、又は配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含むか、又は配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、当該配列が、当該バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある、バリアントカプシドポリペプチド。
【0342】
322.カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する、実施形態321に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0343】
323.カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する、実施形態321に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0344】
324.配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)が、配列番号1によるアミノ酸579~601に対応する位置に存在するか、又は配列IVGALQSQGA(配列番号267)が、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在するか、又は配列VGALQS(配列番号268)、実施形態321~323のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
【0345】
325.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0346】
326.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、
(a)変異セットが、10個未満の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の70%以上、
(b)変異セットが、10~19個の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の80%以上、又は
(c)変異セットが、20個以上の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の90%以上、を更に含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0347】
327.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含み、例えば、それらからなり、任意選択的に、配列番号2を含み、例えば、それからなる、バリアントカプシドポリペプチド。
【0348】
328.バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列を含み、例えば、それらからなる、バリアントカプシドポリペプチド。
【0349】
329.実施形態315~328のいずれか1つに記載のカプシドバリアントポリペプチドをコードする、核酸分子。
【0350】
330.核酸分子が、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、若しくは265の配列、又はその断片(例えば、そのVP1コード断片、VP2コード断片、若しくはVP3コード断片)、又はそれらに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、若しくは100%の配列同一性を有する配列を含む、実施形態329に記載の核酸分子。
【0351】
331.それらの断片が、VP2カプシドポリペプチド又はVP3カプシドポリペプチドをコードする、実施形態329又は330のいずれか1つに記載の核酸分子。
【0352】
332.核酸分子が、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、又は265の配列を含む、実施形態329~331のいずれか1つに記載の核酸分子。
【0353】
333.実施形態315~328のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態329~332のいずれか1つに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含む、ウイルス粒子(例えば、アデノ随伴ウイルス(「AAV」)粒子)。
【0354】
334.ペイロード(例えば、異種導入遺伝子)及び1つ以上の調節要素を含む核酸を含む、実施形態19に記載のウイルス粒子。
【0355】
335.当該ウイルス粒子が、野生型AAV9を含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合、増加した中枢神経系(CNS)生体内分布を示し、任意選択的に、生体内分布が、(例えば、実施例1~2に記載されるように)標的組織中のウイルスDNAの定量化によって測定される場合、野生型AAV9カプシドポリペプチド(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる)を含むウイルス粒子の生体内分布の少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも32倍、少なくとも45倍、少なくとも90倍、又はそれより大きい、実施形態19~20のいずれか1つに記載のウイルス粒子。
【0356】
336.増加したCNS生体内分布が、当該ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与時に示される、実施形態335に記載のウイルス粒子。
【0357】
337.ウイルス粒子が、末梢神経系(PNS)生体内分布よりも高いCNS生体内分布を示し、任意選択的に、PNS生体内分布に対するCNS生体内分布の比が、少なくとも10、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも50、少なくとも90、又はそれより大きく、任意選択的に、当該CNS生体内分布及びPNS生体内分布が、ウイルス粒子の全身投与、例えば、静脈内投与の後に測定される通りである、実施形態333~334のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0358】
338.当該ウイルス粒子が、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、哺乳動物、例えば、マウス、ラットにおいて、又はNHPにおいて測定される場合、CNSの増加した形質導入を示し、任意選択的に、形質導入が、(例えば、実施例1~3に記載されるように)標的組織中に存在するウイルス転写産物mRNAの定量化によって測定される場合、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)の形質導入よりも少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍、少なくとも100倍、少なくとも150倍、少なくとも200倍、又は少なくとも220倍、又はそれより大きい、実施形態333~334のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0359】
339.当該ウイルス粒子が、
(a)減少した肝臓生体内分布、
(b)減少した脾臓生体内分布、
(c)減少した筋肉生体内分布、
(d)減少した心臓生体内分布、
(e)減少した肝臓形質導入、又は
(f)減少した心臓形質導入のうちの1つ以上、例えば、全てを示し、
それぞれの場合に、野生型AAV9カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号4によってコードされる、ウイルス粒子)と比較して、任意選択的に、形質導入又は生体内分布が、例えば、哺乳動物、例えば、マウス又はNHPにおいて測定される場合に、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の形質導入又は生体内分布よりも少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、又は少なくとも10倍低い、実施形態333~334のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0360】
340.核酸分子が、二本鎖又は一本鎖であり、核酸分子が、直鎖又は環状であり、例えば、核酸分子が、プラスミドである、実施形態329~332のいずれか1つに記載の核酸分子。
【0361】
341.バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を生成する方法であって、当該方法が、実施形態329~332又は340のいずれか1つに記載の核酸分子を細胞(例えば、HEK293細胞)に導入することと、それらから当該ウイルス粒子を回収することと、を含む、方法。
【0362】
342.細胞にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、細胞に、実施形態315~328のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むウイルス粒子を接触させること、又は細胞に、実施形態333~339のいずれか1つに記載のウイルス粒子を接触させることを含む、方法。
【0363】
343.細胞が、CNS細胞である、実施形態342に記載の方法。
【0364】
344.CNS細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせである、実施形態343に記載の方法。
【0365】
345.対象にペイロード(例えば、核酸)を送達する方法であって、対象に、実施形態315~328のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むウイルス粒子を投与すること、又は対象に、実施形態333~339のいずれか1つに記載のウイルス粒子を投与することを含む、方法。
【0366】
346.ウイルス粒子が、ペイロードをCNSに送達する、実施形態345に記載の方法。
【0367】
347.ウイルス粒子(例えば、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子)が、増加した生体内分布及び/又は形質導入、例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較した生体内分布でペイロードをCNSに送達し、任意選択的に、生体内分布が、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の生体内分布及び/又は形質導入よりも少なくとも10、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも50、少なくとも90、又はそれより大きい、実施形態315~328のいずれか1つに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態333~339のいずれか1つに記載のウイルス粒子、又は実施形態341~346のいずれか1つに記載の方法。
【0368】
348.CNSの1つ以上の細胞が、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞、又はそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態347に記載のバリアントカプシドポリペプチド、ウイルス粒子、又は方法。
【0369】
349.対象における疾患又は状態を治療する方法であって、対象に、実施形態333~339若しくは347のいずれか1つに記載のウイルス粒子、又は実施形態358に記載の組成物を疾患又は状態を治療するのに有効な量で投与することを含む、方法。
【0370】
350.疾患又は状態が、CNSの疾患又は状態である、実施形態349に記載の方法。
【0371】
351.疾患又は状態が、透明中隔欠損、酸性リパーゼ疾患、酸性マルターゼ欠損症、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、注意欠如・多動症(ADHD)、Adie瞳孔、Adie症候群、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、失認症、アイカルディ症候群、アイカルディ・グティエール症候群障害、AIDS-神経学的合併症、アレキサンダー病、アルパーズ病、交互性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、アングレマン(Angleman)症候群、無酸素症、抗リン脂質抗体症候群、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈奇形、アスペルガー症候群、運動失調、毛細血管拡張性運動失調症、運動失調及び小脳若しくは脊髄小脳の変性、心房細動及び卒中、注意欠如・多動性障害、自閉スペクトラム症、自律神経機能障害、背部痛、バース症候群、バッテン病、ベッカー型筋緊張症、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼けいれん、良性限局性筋萎縮、良性頭蓋内圧亢進症、ベルンハルト・ロート症候群、ビンスワンガー病、眼瞼けいれん、ブロッホ・サルツバーガー症候群、腕神経叢分娩損傷、腕神経叢損傷、ブラッドバリー・エグルストン症候群、脳及び脊髄の腫瘍(限定されないが、脳に転移したもの、例えば、転移性乳がんを含む)、脳動脈瘤、脳損傷、ブラウン・セカール症候群、球麻痺、球脊髄性筋萎縮症、皮質下梗塞及び進行性白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症(CADASIL)、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頸髄症候群、頸髄症候群、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘崩壊症、頭部障害、セラミダーゼ欠損症、小脳変性、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性脚気、脳海綿状血管奇形、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳・眼・顔・骨格症候群(COFS)、シャルコー・マリー・トゥース病、キアリ奇形、コレステロールエステル蓄積症、舞踏病、有棘赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎(CIDP)、慢性起立不耐症、慢性疼痛、コケイン症候群II型、コフィン・ローリー症候群、側脳室後角拡大症、昏睡、複合性局所疼痛症候群、同心性硬化症(Baloの硬化症)、先天性両側顔面神経麻痺、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性血管海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性、頭蓋動脈炎、頭蓋骨縫合早期癒合症、クリー脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、慢性進行性外眼筋麻痺、蓄積外傷障害、クッシング症候群、巨大細胞性封入体症、サイトメガロウイルス感染、ダンシングアイズ・ダンシングフィート症候群、ダンディ・ウォーカー症候群、ドーソン病、ドモルシア症候群、Dejerine-Klumpke麻痺、認知症、多発梗塞性認知症、意味性認知症、皮質下認知症、レビー小体型認知症、脱髄症、歯状小脳運動失調、歯状核赤核萎縮、皮膚筋炎、発達性失行症、デビック症候群、糖尿病性神経障害、広汎性硬化症、遠位遺伝性運動ニューロパチー、ドラベ症候群、自律神経障害、書字障害、ディスレクシア、嚥下障害、ディスプラクシア、ミオクローヌス性小脳性共同運動障害、進行性小脳性共同運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん性脳症、エンプティ・セラ症候群、脳炎、嗜眠性脳炎、脳ヘルニア、脳脊髄炎、脳症、脳症(家族性乳児)、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、てんかん性片麻痺、反復発作性運動失調症、エルブ麻痺、エルブデュシェンヌ及びデジュリンクルンプケ麻痺、本態性振戦、橋外性髄鞘崩壊症、ファーバー病、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化症、家族性周期性四肢麻痺、家族性けいれん性麻痺、ファーバー病、熱性けいれん、線維筋形成不全、フィッシャー症候群、フロッピーインファント症候群、下垂足、脆弱X症、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス(GM1、GM2)、ゲルストマン症候群、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、巨大軸索ニューロパチー、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、グロボイド細胞白質ジストロフィー、舌咽神経痛、糖原病、ギラン・バレー症候群、ハレルフォルデン・スパッツ症候群、頭部損傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面けいれん、交互性片麻痺、遺伝性ニューロパチー、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、帯状疱疹(Herpes Zoster)、耳帯状疱疹、平山病、ホームズ・アディ症候群、全前脳胞症、HTLV-1関連ミエロパチー、ヒューズ症候群、ハンチントン病、ハーラー症候群、水頭無脳症、水頭症、正常圧水頭症、水髄症、副腎皮質機能亢進症、過眠症、筋緊張亢進、筋緊張低下症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児筋緊張低下症、小児神経軸索ジストロフィー、小児フィタン酸蓄積症、小児レフサム病、小児れん縮、炎症性ミオパチー、後頭孔脳脱出症、腸性リポジストロフィー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、アイザックス症候群、ジュベール症候群、カーンズ・セイヤー症候群、ケネディ病、Kinsbourne症候群、クライネ・レビン症候群、クリッペル・フェイル症候群、クリッペル・トレノネー症候群(KTS)、クリューバー・ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クールー、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドウ・クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、外側延髄症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ・ナイハン症候群、白質ジストロフィー、Levine-Critchley症候群、レビー小体型認知症、リヒトハイム病、脂質蓄積症、リポイドタンパク症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー・ゲーリッグ病、ループス-神経学的後遺症、ライム病-神経学的合併症、リソソーム蓄積症、マシャド・ジョセフ病、巨脳症、巨大脳髄症、メルカーソン・ローゼンタール症候群、髄膜炎、髄膜炎及び脳炎、メンケス病、大腿外側皮神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラーフィッシャー症候群、小発作、ミトコンドリアミオパチー、ミトコンドリアDNA枯渇症候群、メビウス症候群、一側萎縮、モルバン症候群、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピドーシス、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、脱髄性広汎性硬化症、脊髄炎、小児のミオクロニー脳症、ミオクローヌス、ミオクローヌス性てんかん、ミオパチー、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、ミオトニア、先天性ミオトニア、ナルコレプシー、NARP(ニューロパチー、運動失調及び網膜色素変性)、神経有棘赤血球症、脳内鉄沈着を伴う神経変性、神経変性疾患、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、AIDSの神経学的合併症、ライム病の神経学的合併症、サイトメガロウイルス感染の神経学的結果、ポンペ病の神経学的徴候、ループスの神経学的後遺症、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、神経セロイドリポフスチン症、神経細胞移動異常障害、神経障害性疼痛、遺伝性ニューロパチー、ニューロパチー、神経サルコイドーシス、神経梅毒、神経毒性、母斑細胞母斑、ニーマン・ピック病、O’Sullivan-McLeod症候群、後頭神経痛、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス、起立性低血圧、過用症候群、慢性疼痛、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、傍腫瘍性症候群、知覚異常、パーキンソン病、発作性舞踏アテトーゼ、発作性片側頭痛、パリー・ロンベルグ、ペリツェウス・メルツバッハー病、ペナー・ショッカーII型症候群、神経根嚢胞、腓骨筋萎縮、周期性四肢麻痺、末梢性ニューロパチー、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フェラン・マクダーミド症候群、フィタン酸蓄積症、ピック病、圧迫神経、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポストポリオ症候群、帯状疱疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、起立性低血圧、体位性起立性頻拍症候群、体位性頻脈症候群、原発性歯状核萎縮症(Primary Dentatum Atrophy)、原発性側索硬化症、原発性進行性失語、プリオン病、進行性球麻痺、進行性顔面片側萎縮症、進行性歩行運動失調、進行性多巣性白質脳症、進行性筋萎縮症、進行性硬化性灰白質萎縮症、進行性核上性麻痺、相貌失認、偽性球麻痺、偽性トーチ症候群、偽性トキソプラズマ症候群、偽性腫瘍、心因性運動、ラムゼイ・ハント症候群I型、ラムゼイ・ハント症候群II型、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、レフサム病、小児レフサム病、反復性動作障害、反復ストレス損傷、レストレスレッグス症候群、レトロウイルス関連ミエロパチー、レット症候群、ライ症候群、リウマチ性脳炎、ライリー・デイ症候群、仙骨神経根嚢胞、舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、ザイテルベルガー病、てんかん障害、意味性認知症、中隔視神経形成異常症、乳児重症ミオクロニーてんかん(SMEI)、乳幼児揺さぶられ症候群、帯状疱疹(Shingles)、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙性、二分脊椎、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄筋萎縮症、脊髄小脳運動失調、脊髄小脳萎縮症、脊髄小脳変性、孤発性運動失調、スティール・リチャードソン・オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、短時間持続性片側神経痛様(SUNCT)頭痛、嚥下障害、シデナム舞踏病、気絶、梅毒性脊髄硬化、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、仙椎内嚢胞、テイ・サックス病、側頭動脈炎、脊髄係留症候群、トムセンミオトニア、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、有痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性対麻痺、トロヤー症候群、結節性硬化症、海綿状血管腫瘍、中枢神経系及び末梢神経系の血管炎症候群、ビタミンB12欠乏症、フォン・エコノモ疾患、フォンヒッペル・リンドウ病(VHL)、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒホフマン病、ウェルニッケ・コルサコフ症候群、ウエスト症候群、むち打ち症、ホイップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウォルマン病、又はX連鎖性球脊髄性筋萎縮症である、実施形態350に記載の方法。
【0372】
352.対象が、哺乳動物、例えば、ヒトである、実施形態349~351のいずれかに記載の方法。
【0373】
353.ウイルス粒子が、CNSの疾患又は状態を治療するのに有効な治療用生成物をコードする核酸分子と、当該治療用生成物の発現を駆動するのに十分なプロモーターと、を含む、実施形態349~352のいずれかに記載の方法。
【0374】
354.先行する実施形態のうちのいずれか1つに記載のカプシドポリペプチド、核酸分子、又はウイルス粒子を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系。
【0375】
355.ウイルス(例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス(AAV)粒子)を作製する方法であって、
実施形態329~332又は340のいずれかに記載の核酸を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、
ウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、
それによって、ウイルス粒子を作製する、方法。
【0376】
356.細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、ペイロード、例えば、治療用生成物をコードする異種核酸配列(例えば、本明細書に記載されるもの)を含む第2の核酸分子を含み、当該第2の核酸分子の少なくとも一部分が、ディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングされる、実施形態355に記載の方法。
【0377】
357.実施形態329~332又は340のいずれかに記載の核酸分子が、実施形態329~332又は340のいずれかに記載の核酸分子を含まないウイルス粒子、又はその断片の生成を媒介するか、あるいは実施形態329~332又は340のいずれかに記載の核酸分子が、それ以外は同様の生成系において、配列番号4を含む核酸によって媒介される生成レベルと同様、又はそれよりも少なくとも10%大きいレベルでウイルス粒子の生成を媒介する、実施形態355~356のいずれか1つに記載の方法。
【0378】
358.実施形態333~339のいずれか1つに記載のウイルス粒子、又は実施形態355~357のいずれか1つに記載の方法によって生成されるウイルス粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、例えば、薬学的組成物。
【0379】
359.対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための、実施形態315~328のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態329~332若しくは340のいずれかに記載の核酸分子、実施形態333~339のいずれかに記載のウイルス粒子、又は実施形態358に記載の組成物。
【0380】
360.対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための医薬の製造に使用するための、実施形態315~328のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態329~332若しくは340のいずれかに記載の核酸分子、実施形態333~339のいずれかに記載のウイルス粒子、又は実施形態358に記載の組成物。
【0381】
361.ウイルス粒子が、少なくとも2つの異なるNHP種において、CNSの細胞の少なくとも50倍増加した形質導入を示し、任意選択的に、種が、カニクイザル及びアフリカグリーンモンキーである、実施形態333~339のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0382】
362.ウイルス粒子が、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、小脳のプルキンエニューロンを形質導入する、実施形態333~339のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0383】
363.ウイルス粒子が、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、海馬のCA3錐体ニューロンを形質導入する、実施形態333~339のいずれかに記載のウイルス粒子。
【0384】
364.物質(例えば、ウイルス粒子)の組成物であって、
(A)カプシドポリペプチドであって、(i)配列番号2若しくは14~139、又は(ii)当該配列番号2若しくは14~139の変異セットの70パーセント(70%)以上を有する配列を含み、当該配列番号2若しくは14~139から15以下の編集距離を有するカプシドポリペプチドを含む、カプシドポリペプチドと、
(B)本明細書に記載の障害を治療するための異種核酸と、を含む、組成物。
【0385】
365.物質(例えば、ウイルス粒子)の組成物であって、
(A)カプシドポリペプチドであって、(i)配列番号2、又は(ii)配列番号2の変異セットの70パーセント(70%)以上を有する配列を含み、配列番号2から15以下の編集距離を有するカプシドポリペプチドを含む、カプシドポリペプチドと、
(B)本明細書に記載の障害を治療するための異種核酸と、を含む、組成物。
【0386】
366.本明細書に記載の障害の治療方法であって、実施形態252又は253に記載の物質(例えば、ウイルス粒子)の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含み、本明細書に記載の当該障害が治療される、方法。
【発明を実施するための形態】
【0387】
本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子を生成するために使用することができるバリアントカプシドポリペプチドを対象とする。いくつかの実施形態では、粒子は、バリアントカプシドポリペプチドを含まないディペンドパルボウイルス粒子と比較して、CNSにおいてより高い形質導入効率で、CNSに目的の導入遺伝子又は分子を送達するために使用することができる、増加したCNS形質導入を有する。したがって、バリアントカプシドポリペプチド、それをコードする核酸分子、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子、及びそれを使用する方法が本明細書に提供される。
【0388】
定義
1つの(a)、1つの(an)、その(the):本明細書で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈上明白に別途指示されない限り、複数の指示対象を含む。
【0389】
約、およそ:本明細書で使用される場合、「約」及び「およそ」という用語は、概して、測定の性質又は精度を考慮して、測定された量についての許容可能な程度の誤差を意味するものとする。例示的な誤差の程度は、所与の値又は値の範囲の15パーセント(%)以内、典型的には10%以内、より典型的には5%以内である。
【0390】
ディペンドパルボウイルスカプシド:本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルスカプシド」という用語は、ディペンドパルボウイルスポリペプチドを含む組み立てられたウイルスカプシドを指す。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスカプシドは、機能性ディペンドパルボウイルスカプシドであり、例えば、完全に折り畳まれ、かつ/又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである(例えば、折り畳まれ/組み立てられ、かつ/又は標的細胞に感染する能力を有する)。
【0391】
ディペンドパルボウイルス粒子:本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルス粒子」という用語は、例えば、ペイロード、ディペンドパルボウイルスゲノム(例えば、全ディペンドパルボウイルスゲノム)の1つ以上の成分、又はその両方を含む、ディペンドパルボウイルスポリペプチド及びパッケージングされた核酸を含む、組み立てられたウイルスカプシドを指す。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、機能性ディペンドパルボウイルス粒子であり、例えば、所望のペイロードを含み、完全に折り畳まれ、かつ/又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである(例えば、折り畳まれ/組み立てられ、かつ/又は標的細胞に感染する能力を有する)。
【0392】
ディペンドパルボウイルスX粒子/カプシド:本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルスX粒子/カプシド」という用語は、天然に存在するディペンドパルボウイルスX種に由来する核酸配列をコードする少なくとも1つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、ディペンドパルボウイルス粒子/カプシドを指す。例えば、ディペンドパルボウイルスB粒子は、天然に存在するディペンドパルボウイルスB配列に由来する核酸配列をコードする少なくとも1つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、ディペンドパルボウイルス粒子を指す。本文脈で使用される場合、~に由来するとは、問題にしている配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100%の同一性を有することを意味する。これに対応して、本明細書で使用される場合、AAVX粒子/カプシドは、天然に存在するAAV X血清型に由来する核酸配列をコードする少なくとも1つのポリペプチド又はポリペプチドを含むAAV粒子/カスピド(caspid)を指す。例えば、AAV9粒子は、天然に存在するAAV9配列に由来する核酸配列をコードする少なくとも1つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、AAV粒子を指す。
【0393】
外因性:本明細書で使用される場合、「外因性」という用語は、当該状況で自然に生じない状況(例えば、核酸、ポリペプチド、又は細胞)に存在する特徴、配列、又は成分を指す。例えば、ポリペプチドをコードするORFを含む核酸配列は、本明細書に提供されるような、外因性開始コドン又は新しい開始コドン(例えば、翻訳開始コドン)を含み得る。このようにして外因性という用語を使用することは、この位置に問題としている開始コドンを含むポリペプチドをコードするORFが天然に存在せず、例えば、AAV9に存在せず、例えば、配列番号7に存在しないことを意味する。いくつかの実施形態では、外因性開始コドンは、内因性開始コドンを置き換え得る。いくつかの実施形態では、外因性開始コドンは、宿主細胞によって開始コドンとして認識されないコドンを置き換え得る。当業者は、配列(例えば、開始コドン)が第1のORFに提供されるとき(例えば、問題としている部位で開始コドンを自然に含まない)に外因性であってもよいが、第2のORFに外因性ではなくてもよい(例えば、問題としている部位でその特定の開始コドンを自然に含む)ことを容易に理解するであろう。
【0394】
機能性:ディペンドパルボウイルスカプシド(例えば、Cap(例えば、VP1、VP2、及び/若しくはVP3)又はRep)のポリペプチド成分への言及において本明細書で使用される場合、「機能性」という用語は、そのポリペプチド成分の天然に存在するバージョン(例えば、宿主細胞中に存在する場合)の活性の少なくとも50、60、70、80、90、又は100%を提供するポリペプチドを指す。例えば、機能性VP1ポリペプチドは、安定して折り畳まれ、ディペンドパルボウイルスカプシド(例えば、パッケージング及び/又は分泌に適合する)へと組み立てられ得る。ディペンドパルボウイルスカプシド又は粒子への言及において本明細書で使用される場合、「機能性」は、所望のペイロードを含み、完全に折り畳まれ、かつ/又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである(例えば、折り畳まれ/組み立てられ、かつ/又は標的細胞に感染する能力を有する)という生成特徴のうちの1つ以上を含むカプシド又は粒子を指す。
【0395】
核酸:本明細書で使用される場合、その最も広い意味で、「核酸」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖に組み込まれているか、又は組み込まれ得る任意の化合物及び/若しくは物質を指す。いくつかの実施形態では、核酸は、ホスホジエステル結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に組み込まれているか、又は組み込まれ得る化合物及び/若しくは物質である。文脈から明らかになるように、いくつかの実施形態では、「核酸」は、個々の核酸モノマー(例えば、ヌクレオチド及び/又はヌクレオシド)を指し、いくつかの実施形態では、「核酸」は、個々の核酸モノマーを含むオリゴヌクレオチド鎖、又は多くの個々の核酸モノマーを含む、より長いポリヌクレオチド鎖を指す。いくつかの実施形態では、「核酸」は、RNAであるか、又はそれを含み、いくつかの実施形態では、「核酸」は、DNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、1つ以上の天然核酸残基であるか、それらを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸は、1つ以上の核酸類似体であるか、それらを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸は、1つ以上の修飾された、合成の、若しくは天然に存在しないヌクレオチドであるか、それらを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸類似体は、ホスホジエステル骨格を利用しない点において核酸と異なる。例えば、いくつかの実施形態では、核酸は、1つ以上の「ペプチド核酸」であるか、それらを含むか、又はそれらからなり、当該技術分野で既知であり、骨格内のホスホジエステル結合の代わりにペプチド結合を有し、本発明の範囲内であるとみなされる。代替的に、又は追加的に、いくつかの実施形態では、核酸は、ホスホジエステル結合ではなく、1つ以上のホスホロチオエート結合及び/又は5’-N-ホスホラミダイト結合を有する。いくつかの実施形態では、核酸は、RNA又はタンパク質などの機能性遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、核酸は、部分的又は完全に一本鎖であり、いくつかの実施形態では、核酸は、部分的又は完全に二本鎖である。
【0396】
変異セット:本明細書で使用される場合、「変異セット」という用語は、参照配列(例えば、野生型参照配列)に対するバリアントカプシドポリペプチド配列における単一アミノ酸変異(置換、欠失、及び/又は挿入)の完全なセットを指す。いくつかの実施形態では、参照配列は、野生型AAV9(配列番号1)である。いくつかの場合では、変異セットの一部(すなわち、1つより多い単一アミノ酸変異)は、まとめて表記されるが、このように言及される場合であっても、変異セットは、単一アミノ酸変異の集合であることが理解されよう。例えば、参照配列の位置nnにあるアミノ酸Nと位置wwにあるアミノ酸Wとの間へのアミノ酸1、2、及び3の挿入は、「Nnn_3aa_Www_123」と表記されてもよく、アミノ酸1、2、及び3のそれぞれは、変異セット内の別個の単一アミノ酸変異を表すことが理解されるであろう。本明細書に記載される特定のバリアントの変異セットは、例えば、表1の最右欄に見出される。
【0397】
開始コドン:本明細書で使用される場合、「開始コドン」という用語は、翻訳を開始する部位(例えば、検出可能な翻訳開始を媒介する部位)として宿主細胞によって認識される任意のコドンを指す。理論に束縛されることを望むものではないが、開始コドンは強度が様々であり、強い開始コドンは翻訳開始をより強く促進し、弱い開始コドンは翻訳開始をあまり強く促進しない。カノニカル開始コドンは、アミノ酸メチオニンをコードするATGであるが、多くの非カノニカル開始コドンもまた、宿主細胞によって認識される。
【0398】
バリアント: 本明細書で使用される場合、「バリアント」又は「バリアントカプシドポリペプチド」は、参照配列(例えば、配列番号1)とは異なるポリペプチドを指す。バリアントは、例えば、変異(例えば、置換、欠失、又は挿入)を含み得る。いくつかの実施形態では、バリアントは、参照配列に対して約、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一である。いくつかの実施形態では、参照配列は、配列番号1を含むポリペプチドである。いくつかの実施形態では、バリアントは、参照配列(例えば、配列番号1)に対して少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の単一アミノ酸変異を含み、任意選択的に、当該参照配列(配列番号1)に対して70、60、50、40、30、35、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、又は20個以下の単一アミノ酸変異を更に含む。
【0399】
CNS:本明細書で使用される場合、中枢神経系の1つ以上の領域を意味する。いくつかの実施形態では、CNSは、前頭皮質、側頭皮質、運動皮質、海馬、基底核、中脳、脳幹、小脳、及び脊髄のうちの1つ以上を含む。
【0400】
PNS:本明細書で使用される場合、CNSを含まない末梢神経系の1つ以上の領域を意味する。いくつかの実施形態では、PNSは、後根神経節を含む。いくつかの実施形態では、PNSは、感覚ニューロン及び運動ニューロンを含む。
【0401】
カプシドポリペプチド及びそれをコードする核酸
本開示は、一部には、バリアントカプシドポリペプチド、及びバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列を含む核酸であって、バリアントカプシドポリペプチドが、野生型配列と比較して変異(挿入、欠失、又は置換)を含む、バリアントカプシドポリペプチド及び核酸を対象とする。いくつかの実施形態では、野生型配列は、配列番号1である。本開示は、一部には、配列番号1と比較して、1つ以上の変異を有する配列番号1を含むバリアントカプシドポリペプチド、及びバリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子を対象とする。変異は、例えば、野生型配列と比較して、挿入、欠失、又は置換であり得る。いくつかの実施形態では、野生型配列は、配列番号1である。
【0402】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596、598、601、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び592における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び593における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592及び593における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592及び593における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び595における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアント
カプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、596、598及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び596における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596及び598における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置592、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、598及び601における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して位置579、592、593、595、596、598及び601における変異に対応する変異を含む。
【0403】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個であるが、7個以下の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも1個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも2個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも3個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも4個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも5個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する少なくとも6個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する7個の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する7個又はそれより少ない変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較して、579、592、593、595、596、598、601の1つ以上の位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する7個以下の変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む。
【0404】
いくつかの実施形態では、位置529に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、バリンである。いくつかの実施形態では、配列番号1の529位における置換は、E529Vである。いくつかの実施形態では、配列番号1のE529に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のE529に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0405】
いくつかの実施形態では、位置530に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置530における置換は、配列番号1に従ってG530Aである。いくつかの実施形態では、配列番号1のG530に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のG530に対応する位置におけるアラニンの置換である。
【0406】
いくつかの実施形態では、位置579に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、バリンである。いくつかの実施形態では、位置579における置換は、配列番号1に従ってQ579Vである。いくつかの実施形態では、配列番号1のQ579に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のQ579に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0407】
いくつかの実施形態では、位置592に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、イソロイシンである。いくつかの実施形態では、位置592における置換は、配列番号1に従ってQ592Iである。いくつかの実施形態では、配列番号1のQ592に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のQ592に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0408】
いくつかの実施形態では、位置593に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、バリンである。いくつかの実施形態では、位置593における置換は、配列番号1に従ってT593Vである。いくつかの実施形態では、配列番号1のT593に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のT593に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0409】
いくつかの実施形態では、位置595に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置595における置換は、配列番号1に従ってW595Aである。いくつかの実施形態では、配列番号1のW595に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のW595に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0410】
いくつかの実施形態では、位置596に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、ロイシンである。いくつかの実施形態では、位置596における置換は、配列番号1に従ってV596Lである。いくつかの実施形態では、配列番号1のV596に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のV596に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0411】
いくつかの実施形態では、位置598に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、セリンである。いくつかの実施形態では、位置598における置換は、配列番号1に従ってN598Sである。いくつかの実施形態では、配列番号1のN598に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号1以外の参照カプシド配列における配列番号1のN598に対応する位置におけるバリンの置換である。
【0412】
いくつかの実施形態では、位置601に対応する変異は、配列番号1と比較して置換である。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置601における置換は、配列番号1に従ってI601Aである。
【0413】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、(a)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、(b)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、(c)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、(d)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、(e)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、(f)配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、(g)配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、又は(h)任意選択的にバリアントカプシドポリペプチドが(a)~(g)の全てを含む、それらの組み合わせ、を含む。
【0414】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、
(i)配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(ii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(iii)配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(iv)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(v)配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、及び配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、
(vi)配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニン、
(vii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、
(viii)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、又は
(ix)配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、を含む。
【0415】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニンを含む。
【0416】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニンを含む。
【0417】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンを含む。
【0418】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンを含む。
【0419】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ592に対応する位置におけるイソロイシン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、及び配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシンを含む。
【0420】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリン、及び配列番号1と比較してI601に対応する位置におけるアラニンを含む。
【0421】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンを含む。
【0422】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリンを含む。
【0423】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号1と比較してQ579に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してT593に対応する位置におけるバリン、配列番号1と比較してW595に対応する位置におけるアラニン、配列番号1と比較してV596に対応する位置におけるロイシン、及び配列番号1と比較してN598に対応する位置におけるセリンを含む。
【0424】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、
(i)位置596と601との間にある変異であって、変異が、配列
L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である、変異、
(ii)位置593と598との間にある変異であって、変異が、配列
n/V-n-A-L-n-Sを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである、変異、
(iii)位置579と601との間にある変異であって、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異、又は
(iv)位置579と601との間にある変異であって、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、
任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、
任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、
任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである、変異、を含む。
【0425】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置596と601との間にある変異を含み、変異が、配列
L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である。
【0426】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置593と598との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-n-A-L-n-Sを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置593と598との間にある変異を含み、変異が、配列
V-n-A-L-n-Sを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である。
【0427】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、任意のアミノ酸であり、任意選択的に、nが、配列番号1に示されるように非修飾である。
【0428】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-n/V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-n/I-V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンであり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-V-n-n/A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置595におけるアミノ酸残基が、アラニンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-I-n/V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置593におけるアミノ酸残基が、バリンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
V-(n)11-n/I-V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置592におけるアミノ酸残基が、イソロイシンである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%の同一性を有するポリペプチドを含み、但し、バリアントカプシドポリペプチドが、位置579と601との間にある変異を含み、変異が、配列
n/V-(n)11-I-V-n-A-L-n-S-n-n-Aを含み、
nが、配列番号1に示される野生型残基であり、任意選択的に、位置579におけるアミノ酸残基が、バリンである。
【0429】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してV596L変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してN598S変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してI601A変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びQ592Iの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びT593Vの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I及びT593Vの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してV596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してV596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してN598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I及びT593Vの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してV596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びW595Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペ
プチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、W595A及びN596Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してW595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A及びV596Lの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592I、T593V、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してT593V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592V、T593V、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592V、T593V、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A、V596L及びN598Sの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A、V596L及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ592V、T593V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、T593V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1と比較してQ579V、Q592I、T593V、W595A、V596L、N598S及びI601Aの変異に対応する変異を含む。
【0430】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、(a)配列番号2~139のいずれか1つを含む配列、(b)配列番号2若しくは14~139のいずれか1つに対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%若しくは少なくとも99%の配列同一性を有するか、又は当該配列番号2若しくは14~139の変異セットを含む、配列、あるいは(c)配列番号2若しくは14~139のいずれか1つの変異セットを含み、配列番号2若しくは14~139のうちの当該いずれか1つに対して少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個の単一アミノ酸変異を有し、任意選択的に配列番号2若しくは14~139のうちの当該いずれか1つに対して70、60、50、40、35、30若しくは20個未満の単一アミノ酸変異を有する配列を含む。
【0431】
いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の少なくとも1個を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差に対応する少なくとも1個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも2個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する2個の変異差に対応する少なくとも2個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも3個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する3個の変異差に対応する少なくとも3個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも4個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する4個の変異差に対応する少なくとも4個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも5個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する5個の変異差に対応する少なくとも5個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも6個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する6個の変異差に対応する少なくとも6個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも7個の変異差を含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する7個の変異差に対応する少なくとも7個の変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。
【0432】
いくつかの実施形態では、本開示は、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の全てを含むか、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の全てに対応する変異を含む、バリアントカプシドポリペプチド(及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸)を提供する。
【0433】
上述の態様のいずれかでは、表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差、又は表1の任意のバリアントカプシドポリペプチドの変異差に対応する変異差の数が特定されている上述のバリアントカプシドポリペプチドにおいて、変異は、そのバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差のうちのいずれかから選択され得ることが理解されよう。したがって、例えば、VAR-1の変異差(Q579V、Q592I、T593V、W595A、V596L、N598S、I601A)に関して、バリアントカプシドが、変異差のうちの1個を含む場合、それはQ579V、Q592I、T593V、W595A、V596L、N598S又はI601Aであってもよい。同様に、バリアントカプシドが、変異差のうちの2個を含む場合、それらの2個は、Q579V及びQ592I、Q579V及びT593V、Q579V及びW595A、Q579V及びV596L、Q579V及びN598S、Q579V及びI601A、Q592I及びT593V、Q592I及びW595A、Q592I及びV596L、Q592I及びN598S、Q592I及びI601A、T593V及びW595A、T593V及びV596L、T593V及びN598S、T593V及びI601A、W595A及びV596L、W595A及びN598S、W595A及びI601A、V596L及びN598S、V596L及びI601A、N598S及びI601Aであってもよい。同様に、バリアントが、変異差のうちの3個を含む場合、それらの3個は、Q579V及びQ592I及びT593V、Q579V及びQ592I及びW595A、Q579V及びQ592I及びV596L、Q579V及びQ592I及びN598S、Q579V及びQ592I及びI601A、Q592I及びT593V及びW595A、Q592I及びT593V及びV596L、Q592I及びT593V及びN598S、Q592I及びT593V及びI601A、T593V及びW595A及びV596L、T593V及びW595A及びN598S、T593V及びW595A及びI601A、W595A及びV596L及びN598S、W595A及びV596L及びI601A、V596L及びN598S及びI601Aであってもよい。同様に、バリアントが、変異差のうちの4個を含む場合、それらの4個は、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A、Q579V及びQ592I及びT593V及びV596L、Q579V及びQ592I及びT593V及びN598S、Q579V及びQ592I及びT593V及びI601A、Q592I及びT593V及びW595A及びV596L、Q592I及びT593V及びW595A及びN598S、Q592I及びT593V及びW595A及びI601A、T593V及びW595A及びV596L及びN598S、T593V及びW595A及びV596L及びI601A、W595A及びV596L及びN598S及びI601Aであってもよい。同様に、バリアントが、変異差のうちの5個を含む場合、それらの5個は、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びV596L、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びN598S、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びI601A、Q592I及びT593V及びW595A及びV596L及びN598S、Q592I及びT593V及びW595A及びV596L及びI601A、T593V及びW595A及びV596L及びN598S及びI601Aであってもよい。同様に、バリアントが、変異差のうちの6個を含む場合、それらの6個は、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びV596L及びN598S、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びV596L及びI601A、Q592I及びT593V及びW595A及びV596L及びN598S及びI601A、Q579V及びT593V及びW595A及びV596L及びN598S及びI601A、Q579V及びQ592I及びW595A及びV596L及びN598S及びI601A、Q579V及びQ592I及びT593V及びV596L及びN598S及びI601A、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びN598S及びI601Aであってもよい。同様に、バリアントが、変異差のうちの7個を含む場合、それらの7個は、Q579V及びQ592I及びT593V及びW595A及びV596L及びN598S及びI601Aであってもよい。
【0434】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、例えば、表1に記載されるような1つ以上の変異差を含み、例えば、参照AAV血清型(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、配列番号1)に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、表1に記載されるような、又は表1に記載されるような1つ以上の変異差に対応する、1つ以上の変異差を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、表1に記載されるような、又は表1に記載されるような変異差に対応する、変異差を除き、本明細書に記載の参照AAV血清型に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号1のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号1のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号5のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号5のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号7のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号7のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号9のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号9のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号11のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号11のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、そのようなカプシドポリペプチド内に含まれる表1の変異差、又は表1の変異差に対応する変異差を除き、配列番号12のカプシドポリペプチド(例えば、配列番号12のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列)に対して少なくとも90%、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一である。
【0435】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含むか、又は配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含むか、又は配列VGALQS(配列番号268)を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含むか、又は配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含むか、又は配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、当該配列が、当該バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある。
【0436】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、任意選択的に、当該配列が、当該バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含むか、又は配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、当該配列が、当該バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、当該配列が、当該バリアントカプシドポリペプチドの配列番号1によるアミノ酸550~620に対応する領域内にある。
【0437】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)は、配列番号1によるアミノ酸579~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含み、配列IVGALQSQGA(配列番号267)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、配列VGALQS(配列番号268)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)は、配列番号1によるアミノ酸579~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列IVGALQSQGA(配列番号267)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列VGALQS(配列番号268)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列VVATNHQSAQAQAIVGALQSQGA(配列番号266)は、配列番号1によるアミノ酸579~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列IVGALQSQGA(配列番号267)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列IVGALQSQGA(配列番号267)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、カプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有し、配列VGALQS(配列番号268)は、配列番号1によるアミノ酸592~601に対応する位置に存在する。
【0438】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号1のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列VGALQS(配列番号268)を含み、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11又は配列番号12のカプシドポリペプチドに対して95%を超えるか、96%を超えるか、97%を超えるか、98%を超えるか、又は99%を超える配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、配列VGALQS(配列番号268)は、配列番号1によるアミノ酸593~598に対応する位置に存在する。
【0439】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む、バリアントカプシドポリペプチドが本明細書に記載される。そのような実施形態では、編集距離を計算するために使用される参照配列は、バリアントカプシドポリペプチド中に存在する変異セットの由来となる配列と同じである。例えば、一実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2の変異セット(すなわち、位置579におけるバリン、位置592におけるイソロイシン、位置593におけるバリン、位置595におけるアラニン、位置596におけるロイシン、位置598におけるセリン、及び位置601におけるアラニン、全て配列番号1に関する付番を有する)を更に含む、バリアントカプシドポリペプチドが提供される。
【0440】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のいずれか1つに対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号14に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号14のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号15に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号15のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号16に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号16のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号17に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号17のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号18に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号18のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号19に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号19のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号20に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号20のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号21に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号21のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号22に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号22のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号23に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号23のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号24に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号24のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号25に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号25のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号26に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号26のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号27に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号27のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号28に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号28のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号29に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号29のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号30に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号30のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号31に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号31のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号32に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号32のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号33に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号33のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号34に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号34のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号35に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号35のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号36に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号36のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号37に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号37のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号38に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号38のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号39に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号39のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号40に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号40のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号41に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号41のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号42に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号42のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号43に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号43のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号44に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号44のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号45に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号45のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号46に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号46のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号47に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号47のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号48に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号48のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号49に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号49のうちの当該いずれか1つ
の変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号50に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号50のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号51に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号51のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号52に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号52のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号53に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号53のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号54に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号54のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号55に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号55のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号56に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号56のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号57に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号57のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号58に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号58のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号59に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号59のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号60に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号60のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号61に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号61のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号62に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号62のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号63に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号63のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号64に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号64のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号65に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号65のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号66に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号66のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号67に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号67のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号68に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号68のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号69に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号69のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号70に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号70のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号71に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号71のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号72に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号72のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号73に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号73のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号74に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号74のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号75に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号75のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号76に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号76のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号77に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号77のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号78に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号78のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号79に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号79のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号80に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号80のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号81に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号81のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号82に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号82のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号83に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号83のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号84に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号84のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号85に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号85のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号86に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号86のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号87に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号87のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号88に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号88のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号89に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号89のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号90に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号90のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号91に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号91のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号92に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号92のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号93に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号93のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号94に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号94のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号95に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号95のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号96に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号96のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号97に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号97のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号98に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号98のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号99に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号99のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号100に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号100のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号101に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号101のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号102に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号102のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号103に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号103のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号104に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号104のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号105に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号105のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号106に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号106のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号107に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号107のうちの当該いずれか1つの
変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号108に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号108のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号109に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号109のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号110に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号110のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号111に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号111のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号112に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号112のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号113に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号113のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号114に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号114のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号115に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号115のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号116に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号116のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号117に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号117のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号118に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号118のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号119に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号119のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号120に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号120のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号121に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号121のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号122に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号122のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号123に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号123のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号124に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号124のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号125に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号125のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号126に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号126のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号127に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号127のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号128に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号128のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号129に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号129のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号130に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号130のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号131に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号131のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号132に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号132のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号133に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号133のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号134に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号134のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号135に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号135のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号136に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号136のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号137に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号137のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号138に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号138のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号139に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号139のうちの当該いずれか1つの変異セットを更に含む。
【0441】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、(a)変異セットが、10個未満の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の70%以上、(b)変異セットが、10~19個の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の80%以上、又は(c)変異セットが、20個以上の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の90%以上、を更に含む、バリアントカプシドポリペプチドが本明細書に記載される。そのような実施形態では、編集距離を計算するために使用される参照配列(例えば、配列番号2)は、バリアントカプシドポリペプチド中に存在する変異セットの由来となる配列と同じである。例えば、一実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2の変異セットの7個の単一アミノ酸変異のうちの少なくとも5個(すなわち、位置579におけるバリン、位置592におけるイソロイシン、位置593におけるバリン、位置595におけるアラニン、位置596におけるロイシン、位置598におけるセリン、及び位置601におけるアラニンのうちの少なくとも5個、全て配列番号1に関する付番を有する)を更に含む、バリアントカプシドポリペプチドが提供される。
【0442】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドであって、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のいずれか1つ、任意選択的に配列番号2に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、
(a)変異セットが、10個未満の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の70%以上、
(b)変異セットが、10~19個の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の80%以上、又は
(c)変異セットが、20個以上の単一アミノ酸変異を含む場合、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、若しくは139のうちの当該いずれか1つの変異セット中に単一アミノ酸変異の90%以上、を更に含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0443】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号2の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号14(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号14の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号15(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号15の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号16(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号16の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号17(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号17の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号18(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号18の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号19(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号19の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号20(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号20の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号21(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号21の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号22(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号22の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号23(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号23の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号24(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号24の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号25(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号25の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号26(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号26の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号27(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号27の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号28(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号28の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号29(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号29の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号30(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号30の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号31(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号31の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号32(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号32の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号33(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号33の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号34(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号34の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号35(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号35の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号36(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号36の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号37(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号37の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号38(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号38の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号39(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号39の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号40(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号40の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号41(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号41の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号42(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号42の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号43(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号43の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号44(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号44の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号45(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号45の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号46(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号46の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号47(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号47の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号48(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号48の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号49(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号49の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号50(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号50の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号51(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号51の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号52(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号52の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号53(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号53の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号54(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号54の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号55(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号55の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号56(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号56の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号57(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号57の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号58(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号58の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号59(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号59の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号60(任意選択的に配列番号
2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号60の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号61(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号61の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号62(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号62の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号63(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号63の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号64(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号64の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号65(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号65の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号66(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号66の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号67(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号67の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号68(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号68の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号69(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号69の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号70(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号70の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号71(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号71の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号72(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号72の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号73(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号73の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号74(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号74の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号75(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号75の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号76(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号76の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号77(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号77の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号78(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号78の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号79(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号79の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号80(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号80の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号81(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号81の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号82(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号82の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号83(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号83の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号84(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号84の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号85(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号85の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号86(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号86の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号87(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号87の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号88(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号88の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号89(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号89の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号90(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号90の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号91(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号91の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号92(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号92の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号93(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号93の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号94(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号94の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号95(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号95の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号96(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号96の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号97(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号97の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号98(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号98の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号99(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号99の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号100(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号100の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号101(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号101の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号102(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号102の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号103(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号103の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号104(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号104の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号105(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号105の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号106(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号106の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号107(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号1
07の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号108(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号108の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号109(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号109の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号110(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号110の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号111(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号111の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号112(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号112の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号113(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号113の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号114(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号114の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号115(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号115の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号116(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号116の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号117(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号117の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号118(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号118の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号119(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号119の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号120(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号120の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号121(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号121の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号122(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号122の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号123(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号123の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号124(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号124の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号125(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号125の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号126(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号126の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号127(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号127の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号128(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号128の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号129(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号129の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号130(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号130の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号131(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号131の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号132(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号132の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号133(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号133の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号134(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号134の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号135(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号135の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号136(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号136の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号137(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号137の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号138(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号138の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号139(任意選択的に配列番号2)に対して15以下の編集距離を有する配列を含み、配列番号139の変異セット中の単一アミノ酸変異のうちの70%以上を更に含む。
【0444】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号14の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号15の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号16の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号17の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号18の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号19の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号20の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号21の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号22の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号23の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号24の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号25の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号26の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号27の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号28の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号29の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号30の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号31の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号32の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号33の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号34の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号35の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号36の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号37の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号38の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号39の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号40の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号41の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号42の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号43の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号44の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号45の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号46の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号47の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号48の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号49の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号50の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号51の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号52の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号53の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号54の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号55の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号56の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号57の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号58の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号59の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号60の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号61の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号62の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号63の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号64の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号65の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号66の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号67の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号68の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号69の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号70の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号71の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号72の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号73の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号74の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号75の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号76の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号77の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号78の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号79の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号80の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号81の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号82の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号83の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号84の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号85の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号86の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号87の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号88の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号89の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号90の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号91の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号92の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号93の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号94の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号95の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号96の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号97の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号98の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号99の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号100の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号101の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号102の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号103の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号104の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号105の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号106の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号107の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号108の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号109の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号110の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号111の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号112の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号113の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号114の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号115の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号116の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号117の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号118の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号119の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号120の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号121の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号122の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号123の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号124の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号125の変異セットを含む。いくつかの実施形態で
は、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号126の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号127の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号128の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号129の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号130の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号131の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号132の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号133の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号134の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号135の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号136の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号137の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号138の変異セットを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号139の変異セットを含む。
【0445】
いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドをコードする。
【0446】
いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドに対して少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるバリアントカプシドポリペプチドをコードする。
【0447】
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドに対して少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるバリアントカプシドポリペプチドを含むバリアントカプシドポリペプチドが提供される。
【0448】
カプシドポリペプチド及びバリアントカプシドポリペプチド配列に関するいくつかの実施形態では、VP1配列が開示されるとき、その配列はまた、その断片として及び本明細書に記載されるように、VP2配列及びVP3配列を開示することが当業者によって理解されるであろう。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるバリアントカプシドポリペプチドは、VP1配列であり、そのような場合には、参照配列に対する配列同一性又は他の比較は、対応するVP1配列に関するものである。他の実施形態では、本明細書に開示されるバリアントカプシドポリペプチドは、VP2配列であり、そのような場合には、参照配列に対する配列同一性又は他の比較は、対応するVP2配列に関するものである。他の実施形態では、本明細書に開示されるバリアントカプシドポリペプチドは、VP3配列であり、そのような場合には、参照配列に対する配列同一性又は他の比較は、対応するVP3配列に関して行われる。
【0449】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のポリペプチドに対して少なくとも、又は約95、96、97、98又は99%同一であるVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。
【0450】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のポリペプチドと比較して約1~約20個の変異を有するVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。
【0451】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のポリペプチドと比較して約1~約10個の変異を有するVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。
【0452】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のポリペプチドと比較して約1~約5個の変異を有するVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。
【0453】
いくつかの実施形態では、各々が配列番号2のポリペプチドに対して少なくとも、又は約95、96、97、98又は99%同一であり、V596L変異を含むVP1、VP2、VP3、又はそれらの任意の組み合わせを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0454】
いくつかの実施形態では、各々が配列番号2のポリペプチドと比較して約1~約20個の変異を有し、V596L変異を含むVP1、VP2、VP3、又はそれらの任意の組み合わせを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0455】
いくつかの実施形態では、各々が配列番号2のポリペプチドと比較して約1~約10個の変異を有し、V596L変異を含むVP1、VP2、VP3、又はそれらの任意の組み合わせを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0456】
いくつかの実施形態では、各々が配列番号2のポリペプチドと比較して約1~約5個の変異を有し、V596L変異を含むVP1、VP2、VP3、又はそれらの任意の組み合わせを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
【0457】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号14のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号15のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号16のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号17のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号18のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号19のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号20のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号21のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号22のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号23のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号24のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号25のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号26のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号27のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号28のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号29のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号30のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号31のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号32のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号33のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号34のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号35のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号36のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号37のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号38のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号39のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号40のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号41のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号42のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号43のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号44のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号45のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号46のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号47のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号48のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号49のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号50のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号51のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号52のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号53のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号54のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号55のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号56のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号57のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号58のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号59のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号60のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号61のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号62のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号63のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号64のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号65のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号66のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号67のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号68のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号69のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号70のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号71のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号72のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号73のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号74のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号75のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号76のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号77のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号78のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号79のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号80のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号81のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号82のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号83のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号84のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号85のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号86のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号87のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号88のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号89のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号90のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号91のVP1配列
、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号92のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号93のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号94のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号95のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号96のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号97のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号98のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号99のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号100のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号101のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号102のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号103のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号104のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号105のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号106のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号107のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号108のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号109のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号110のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号111のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号112のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号113のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号114のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号115のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号116のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号117のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号118のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号119のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号120のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号121のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号122のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号123のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号124のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号125のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号126のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号127のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号128のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号129のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号130のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号131のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号132のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号133のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号134のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号135のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号136のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号137のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号138のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列を含む。
【0458】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号14のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号15のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号16のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号17のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号18のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号19のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号20のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号21のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号22のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号23のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号24のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号25のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号26のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号27のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号28のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号29のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号30のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号31のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号32のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号33のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号34のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号35のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号36のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号37のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号38のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号39のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号40のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号41のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号42のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号43のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号44のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号45のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号46のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号47のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号48のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号49のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号50のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号51のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号52のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号53のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号54のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号55のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号56のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号57のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号58のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号59のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号60のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号61のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号62のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号63のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号64のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号65のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号66のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号67のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号68のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号69のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号70のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号71のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号72のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号73のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号74のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号75のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号76のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号77のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号78のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号79のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号80のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号81のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号82のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号83のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号84のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号85のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号86のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号87のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号88のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号89のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポ
リペプチドは、配列番号90のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号91のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号92のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号93のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号94のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号95のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号96のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号97のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号98のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号99のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号100のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号101のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号102のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号103のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号104のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号105のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号106のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号107のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号108のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号109のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号110のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号111のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号112のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号113のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号114のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号115のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号116のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号117のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号118のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号119のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号120のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号121のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号122のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号123のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号124のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号125のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号126のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号127のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号128のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号129のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号130のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号131のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号132のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号133のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号134のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号135のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号136のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号137のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号138のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号139のVP1配列、VP2配列、又はVP3配列からなる。
【0459】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド、又はVP3ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、又は同一性%の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列を含む。
【0460】
いくつかの実施形態では、核酸分子、又は同一性%の目的のための参照ポリペプチドをコードする核酸分子は、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、又は265のヌクレオチド配列を含む。
【0461】
いくつかの実施形態では、核酸分子、又は同一性%の目的のための参照ポリペプチドをコードする核酸分子は、例えば、本明細書に記載されるように、バリアントカプシドポリペプチドの配列をコードする、例えば、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139をコードする、ヌクレオチド配列を含む。
【0462】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、又は同一性%の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、又は265のヌクレオチド配列によってコードされる、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列を含む。
【0463】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、(例えば、表1に示されるような)VAR-1~VAR-127のいずれか1つに関連する全ての変異差を含む配列を含み、更に、参照カプシド配列に対して、例えば、配列番号1に対して、30個以下、20個以下、10個以下、9個以下、8個以下、7個以下、6個以下、5個以下、4個以下、3個以下、2個以下、又は1個以下の追加の変異を含む。
【0464】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、VP1カプシドポリペプチドである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、VP2カプシドポリペプチドである。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、VP3カプシドポリペプチドである。参照配列の配列番号1に関して、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸1~737を含む。参照配列の配列番号1に関して、VP2カプシドポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸138~737を含む。参照配列の配列番号1に関して、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸203~737を含む。
【0465】
バリアントカプシドポリペプチド配列である配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139に関して、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のアミノ酸1~737を含む。
【0466】
配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列に関して、VP2カプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のアミノ酸138~737を含む。
【0467】
配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列に関して、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のアミノ酸203~737を含む。
【0468】
バリアントカプシドポリペプチド及びそれをコードする核酸分子の例示的な配列は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、表1及びXMLファイル形式で電子的に提出された配列表に提供される。
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【表1-4】
【表1-5】
【表1-6】
【表1-7】
【表1-8】
【0469】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、表1及びXMLファイル形式で電子的に提出された配列表に提供されるVP1配列、VP2配列、又はVP3配列に対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%、又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%、又は100%同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号2のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号14のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号15のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号16のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号17のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号18のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号19のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号20のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号21のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号22のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号23のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号24のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号25のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号26のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号27のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号28のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号29のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号30のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号31のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号32のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号33のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号34のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号35のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号36のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号37のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号38のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号39のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号40のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号41のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号42のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号43のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号44のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号45のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号46のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号47のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号48のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号49のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアン
トカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号50のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号51のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号52のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号53のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号54のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号55のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号56のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号57のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号58のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号59のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号60のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号61のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号62のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号63のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号64のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号65のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号66のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号67のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号68のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号69のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号70のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号71のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号72のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号73のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号74のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号75のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号76のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号77のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号78のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号79のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号80のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号81のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号82のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号83のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号84のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号85のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号86のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号87のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号88のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号89のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号90のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号91のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号92のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号93のポリペプ
チドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号94のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号95のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号96のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号97のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号98のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号99のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号100のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号101のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号102のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号103のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号104のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号105のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号106のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号107のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号108のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号109のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号110のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号111のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号112のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号113のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号114のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号115のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号116のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号117のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号118のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号119のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号120のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号121のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号122のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号123のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号124のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号125のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号126のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号127のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号128のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号129のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号130のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号131のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号132のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号133のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号134のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号135のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号136のポリペプチドに対して少なくと
も70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号137のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号138のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号139のポリペプチドに対して少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又は100%の同一性を有するバリアントカプシドポリペプチドをコードする。
【0470】
バリアントカプシド(対応する位置)
本明細書に記載のカプシドポリペプチド配列への変異は、参照配列(例えば、配列番号1)内の位置及び/又は位置におけるアミノ酸に関連して記載される。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のカプシドポリペプチドは、参照配列(例えば、配列番号1)のバリアントカプシドポリペプチドであり、例えば、参照カプシドポリペプチド配列(例えば、参照カプシドポリペプチドのVP1配列、VP2配列、及び/又はVP3配列)、例えば、配列番号1(又はそれに含まれるVP2配列若しくはVP3配列)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を含むカプシドポリペプチドを含み、本明細書に記載の1つ以上の変異を含む。
【0471】
当業者によって、理論によって拘束されるものではないが、参照配列内の各アミノ酸位置が、異なる血清型を有するディペンドパルボウイルスに由来するカプシドポリペプチドなどの他の参照カプシドポリペプチドの配列内の位置に対応することが理解されるであろう。そのような対応する位置は、当該技術分野で既知の配列アラインメントツールを使用して特定される。特に好ましい配列アラインメントツールは、Clustal Omega(Sievers F.,et al.,Mol.Syst.Biol.7:359,2011,DOI:10.1038/msb.2011.75、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)である。他のツールは、Madeira F,et al.,Nuc.Acids Res.,2019,47(W1):W636-W641(DOI:10.1093/nar/gkz268)(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載される。例示的な参照カプシドポリペプチドのアラインメントを
図1A~1Cに示す。したがって、いくつかの実施形態では、本発明のバリアントカプシドポリペプチドは、異なる参照カプシドポリペプチドに関連して本明細書に記載される変異の位置に対応する位置に、そのような参照カプシドポリペプチド内に本明細書に記載の1つ以上の変異を含む参照カプシドポリペプチドのバリアントを含む。したがって、例えば、配列番号1に対してXnnnYとして記載される変異(ここで、Xは、配列番号1の位置nnnに存在するアミノ酸であり、Yは、例えば、本明細書に記載されるその位置におけるアミノ酸変異である)、本開示は、配列番号1以外の参照カプシドポリペプチド配列(例えば、参照カプシドポリペプチドのVP1配列、VP2配列及び/若しくはVP3配列)(又はその中に含まれるVP2配列若しくはVP3配列)に対して少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一性を含み、配列番号1の位置nnnに対応する位置に開示された変異を更に含む(例えば、配列番号1の位置nnnに対応する新しいバリアントカプシドポリペプチド配列内の位置にYを含む)、バリアントカプシドポリペプチドを提供する。上述のように、そのような対応する位置は、例えば、上述のクラスタルオメガツールなどの配列アラインメントツールを使用して決定される。例示的な公知のAAV血清型の対応するアミノ酸位置の例が、
図1A~1Cに提供される。いくつかの実施形態では、バリアントは、AAV9カプシドポリペプチドのバリアントであり、これは「AAV9バリアントカプシドポリペプチド」又は「バリアントAAV9カプシドポリペプチド」と称され得る。
【0472】
したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の変異に対応する1つ以上の変異を含む、配列番号1以外の参照配列、例えば、本明細書に記載の配列番号1以外の参照配列のバリアントである、バリアントカプシドポリペプチド配列を提供する。いくつかの実施形態では、そのようなバリアントは、表1に従うVAR-1~VAR-127のいずれか1つに関連する変異の全てに対応する変異、及びXMLファイルフォーマットで電子的に提出される配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【0473】
本明細書で使用される場合、アミノ酸又は核酸配列などの配列内の位置への言及において使用される「~に対応する」という用語は、VP1ポリペプチド、VP2ポリペプチド、及びVP3ポリペプチドを含むカプシドポリペプチドの全長配列、又はそれをコードする核酸分子などのカプシドポリペプチド全長配列などの全カプシドポリペプチド又はポリヌクレオチド配列、あるいはそれをコードする核酸分子への言及において使用され得る。いくつかの実施形態では、「~に対応する」という用語は、カプシドポリペプチドの領域又はドメインへの言及において使用され得る。例えば、参照カプシドポリペプチドのVP1セクション内の位置に対応する位置は、バリアントカプシドポリペプチドのポリペプチドのVP1部分に対応し得る。したがって、ある位置が別の位置に対応するかどうかを決定するために2つの配列をアラインメントするとき、全長ポリペプチドを使用することができるか、又はドメイン(領域)を使用して、ある位置が特定の位置に対応するかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、領域は、VP1ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、領域は、VP2ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、領域は、VP3ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、参照ポリペプチドが特定の血清型のAAVの野生型配列(例えば、全長又は領域)である場合、バリアントポリペプチドは、参照配列(例えば、全長又は領域)と比較して、そのような対応する位置で作製された変異を有する同じ血清型のものであり得る。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、参照配列と比較して異なる血清型である。
本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、任意選択的に、当該技術分野で既知の参照カプシド血清型のバリアントである。そのようなAAV血清型の非限定的な例としては、AAV1、AAVrh10、AAV-DJ、AAV-DJ8、AAV5、AAVPHP.B(PHP.B)、AAVPHP.A(PHP.A)、AAVG2B-26、AAVG2B-13、AAVTH1.1-32、AAVTH1.1-35、AAVPHP.B2(PHP.B2)、AAVPHP.B3(PHP.B3)、AAVPHP.N/PHP.B-DGT、AAVPHP.B-EST、AAVPHP.B-GGT、AAVPHP.B-ATP、AAVPHP.B-ATT-T、AAVPHP.B-DGT-T、AAVPHP.B-GGT-T、AAVPHP.B-SGS、AAVPHP.B-AQP、AAVPHP.B-QQP、AAVPHP.B-SNP(3)、AAVPHP.B-SNP、AAVPHP.B-QGT、AAVPHP.B-NQT、AAVPHP.B-EGS、AAVPHP.B-SGN、AAVPHP.B-EGT、AAVPHP.B-DST、AAVPHP.B-DST、AAVPHP.B-STP、AAVPHP.B-PQP、AAVPHP.B-SQP、AAVPHP.B-QLP、AAVPHP.B-TMP、AAVPHP.B-TTP、AAVPHP.eB、AAVPHP.S/G2A12、AAVG2A15/G2A3(G2A3)、AAVG2B4(G2B4)、AAVG2B5(G2B5)、PHP.S、AAV2、AAV2G9、AAV3、AAV3a、AAV3b、AAV3-3、AAV4、AAV4-4、AAV6、AAV6.1、AAV6.2、AAV6.1.2、AAV7、AAV7.2、AAV8、AAV9.11、AAV9.13、AAV9、AAV9 K449R(又はK449R AAV9)、AAV9.16、AAV9.24、AAV9.45、AAbiodisV9.47、AAV9.61、AAV9.68、AAV9.84、AAV9.9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV16.3、AAV24.1、AAV27.3、AAV42.12、AAV42-1b、AAV42-2、AAV42-3a、AAV42-3b、AAV42-4、AAV42-5a、AAV42-5b、AAV42-6b、AAV42-8、AAV42-10、AAV42-11、AAV42-12、AAV42-13、AAV42-15、AAV42-aa、AAV43-1、AAV43-12、AAV43-20、AAV43-21、AAV43-23、AAV43-25、AAV43-5、AAV44.1、AAV44.2、AAV44.5、AAV223.1、AAV223.2、AAV223.4、AAV223.5、AAV223.6、AAV223.7、AAV1-7/rh.48、AAV1-8/rh.49、AAV2-15/rh.62、AAV2-3/rh.61、AAV2-4/rh.50、AAV2-5/rh.51、AAV3.1/hu.6、AAV3.1/hu.9、AAV3-9/rh.52、AAV3-11/rh.53、AAV4-8/r11.64、AAV4-9/rh.54、AAV4-19/rh.55、AAV5-3/rh.57、AAV5-22/rh.58、AAV7.3/hu.7、AAV16.8/hu.10、AAV16.12/hu.11、AAV29.3/bb.1、AAV29.5/bb.2、AAV106.1/hu.37、AAV114.3/hu.40、AAV127.2/hu.41、AAV127.5/hu.42、AAV128.3/hu.44、AAV130.4/hu.48、AAV145.1/hu.53、AAV145.5/hu.54、AAV145.6/hu.55、AAV161.10/hu.60、AAV161.6/hu.61、AAV33.12/hu.17、AAV33.4/hu.15、AAV33.8/hu.16、AAV52/hu.19、AAV52.1/hu.20、AAV58.2/hu.25、AAVA3.3、AAVA3.4、AAVA3.5、AAVA3.7、AAVC1、AAVC2、AAVC5、AAVF3、AAVF5、AAVH2、AAVrh.72、AAVhu.8、AAVrh.68、AAVrh.70、AAVpi.1、AAVpi.3、AAVpi.2、AAVrh.60、AAVrh.44、AAVrh.65、AAVrh.55、AAVrh.47、AAVrh.69、AAVrh.45、AAVrh.59、AAVhu.12、AAVH6、AAVH-1/hu.1、AAVH-5/hu.3、AAVLG-10/rh.40、AAVLG-4/rh.38、AAVLG-9/hu.39、AAVN721-8/rh.43、AAVCh.5、AAVCh.5R1、AAVcy.2、AAVcy.3、AAVcy.4、AAVcy.5、AAVCy.5R1、AAVCy.5R2、AAVCy.5R3、AAVCy.5R4、AAVcy.6、AAVhu.1、AAVhu.2、AAVhu.3、AAVhu.4、AAVhu.5、AAVhu.6、AAVhu.7、AAVhu.9、AAVhu.10、AAVhu.11、AAVhu.13、AAVhu.15、AAVhu.16、AAVhu.17、AAVhu.18、AAVhu.20、AAVhu.21、AAVhu.22、AAVhu.23.2、AAVhu.24、AAVhu.25、AAVhu.27、AAVhu.28、AAVhu.29、AAVhu.29R、AAVhu.31、AAVhu.32、AAVhu.34、AAVhu.35、AAVhu.37、AAVhu.39、AAVhu.40、AAVhu.41、AAVhu.42、AAVhu.43、AAVhu.44、AAVhu.44R1、AAVhu.44R2、AAVhu.44R3、AAVhu.45、AAVhu.46、AAVhu.47、AAVhu.48、AAVhu.48R1、AAVhu.48R2、AAVhu.48R3、AAVhu.49、AAVhu.51、AAVhu.52、AAVhu.54、AAVhu.55、AAVhu.56、AAVhu.57、AAVhu.58、AAVhu.60、AAVhu.61、AAVhu.63、AAVhu.64、AAVhu.66、AAVhu.67、AAVhu.14/9、AAVhu.t19、AAVrh.2、AAVrh.2R、AAVrh.8、AAVrh.8R、AAVrh.10、AAVrh.12、AAVrh.13、AAVrh.13R、AAVrh.14、AAVrh.17、AAVrh.18、AAVrh.19、AAVrh.20、AAVrh.21、AAVrh.22、AAVrh.23、AAVrh.24、AAVrh.25、AAVrh.31、AAVrh.32、AAVrh.33、AAVrh.34、AAVrh.35、AAVrh.36、AAVrh.37、AAVrh.37R2、AAVrh.38、AAVrh.39、AAVrh.40、AAVrh.46、AAVrh.48、AAVrh.48.1、AAVrh.48.1.2、AAVrh.48.2、AAVrh.49、AAVrh.51、AAVrh.52、AAVrh.53、AAVrh.54、AAVrh.56、AAVrh.57、AAVrh.58、AAVrh.61、AAVrh.64、AAVrh.64R1、AAVrh.64R2、AAVrh.67、AAVrh.73、AAVrh.74(AAVrh74とも称される)、AAVrh8R、AAVrh8R A586R変異体、AAVrh8R R533A変異体、AAAV、BAAV、ヤギAAV、ウシAAV、AAVhE1.1、AAVhEr1.5、AAVhER1.14、AAVhEr1.8、AAVhEr1.16、AAVhEr1.18、AAVhEr1.35、AAVhEr1.7、AAVhEr1.36、AAVhEr2.29、AAVhEr2.4、AAVhEr2.16、AAVhEr2.30、AAVhEr2.31、AAVhEr2.36、AAVhER1.23、AAVhEr3.1、AAV2.5T、AAV-PAEC、AAV-LK01、AAV-LK02、AAV-LK03、AAV-LK04、AAV-LK05、AAV-LK06、AAV-LK07、AAV-LK08、AAV-LK09、AAV-LK10、AAV-LK11、AAV-LK12、AAV-LK13、AAV-LK14、AAV-LK15、AAV-LK16、AAV-LK17、AAV-LK18、AAV-LK19、AAV-PAEC2、AAV-PAEC4、AAV-PAEC6、AAV-PAEC7、AAV-PAEC8、AAV-PAEC11、AAV-PAEC12、AAV-2-プレ-miRNA-101、AAV-8h、AAV-8b、AAV-h、AAV-b、AAV SM 10-2、AAV Shuffle 100-1、AAV Shuffle 100-3、AAV Shuffle 100-7、AAV Shuffle 10-2、AAV Shuffle 10-6、AAV Shuffle 10-8、AAV Shuffle 100-2、AAV SM 10-1、AAV SM 10-8、AAV SM 100-3、AAV SM 100-10、BNP61 AAV、BNP62 AAV、BNP63 AAV、AAVrh.50、AAVrh.43、AAVrh.62、AAVrh.48、AAVhu.19、AAVhu.11、AAVhu.53、AAV4-8/rh.64、AAVLG-9/hu.39、AAV54.5/hu.23、AAV54.2/hu.22、AAV54.7/hu.24、AAV54.1/hu.21、AAV54.4R/hu.27、AAV46.2/hu.28、AAV46.6/hu.29、AAV128.1/hu.43、トゥルータイプAAV(ttAAV)、UPENN AAV 10、Japanese AAV 10血清型、AAV CBr-7.1、AAV CBr-7.10、AAV CBr-7.2、AAV CBr-7.3、AAV CBr-7.4、AAV CBr-7.5、AAV CBr-7.7、AAV CBr-7.8、AAV CBr-B7.3、AAV CBr-B7.4、AAV CBr-E1、AAV CBr- E2、AAV CBr-E3、AAV CBr-E4、AAV CBr-E5、AAV CBr-e5、AAV CBr-E6、AAV CBr-E7、AAV CBr-E8、AAV CHt-1、AAV CHt-2、AAV CHt-3、AAV CHt-6.1、AAV CHt-6.10、AAV CHt-6.5、AAV CHt-6.6、AAV CHt-6.7、AAV CHt-6.8、AAV CHt-P1、AAV CHt-P2、AAV CHt-P5、AAV CHt-P6、AAV CHt-P8、AAV CHt-P9、AAV CKd-1、AAV CKd-10、AAV CKd-2、AAV CKd-3、AAV CKd-4、AAV CKd-6、AAV CKd-7、AAV CKd-8、AAV CKd-B1、AAV CKd-B2、AAV CKd-B3、AAV CKd-B4、AAV CKd-B5、AAV CKd-B6、AAV CKd-B7、AAV CKd-B8、AAV CKd-H1、AAV CKd-H2、AAV CKd-H3、AAV CKd-H4、AAV CKd-H5、AAV CKd-H6、AAV CKd-N3、AAV CKd-N4、AAV CKd-N9、AAV CLg-F1、AAV CLg-F2、AAV CLg-F3、AAV CLg-F4、AAV CLg-F5、AAV CLg-F6、AAV CLg-F7、AAV CLg-F8、AAV CLv-1、AAV CLv1-1、AAV Clv1-10、AAV CLv1-2、AAV CLv-12、AAV CLv1-3、AAV CLv-13、AAV CLv1-4、AAV Clv1-7、AAV Clv1-8、AAV Clv1-9、AAV CLv-2、AAV CLv-3、AAV CLv-4、AAV CLv-6、AAV CLv-8、AAV CLv-D1、AAV CLv-D2、AAV CLv-D3、AAV CLv-D4、AAV CLv-D5、AAV
CLv-D6、AAV CLv-D7、AAV CLv-D8、AAV CLv-E1、AAV CLv-K1、AAV CLv-K3、AAV CLv-K6、AAV CLv-L4、AAV CLv-L5、AAV CLv-L6、AAV CLv-M1、AAV CLv-M11、AAV CLv-M2、AAV CLv-M5、AAV CLv-M6、AAV CLv-M7、AAV CLv-M8、AAV CLv-M9、AAV CLv-R1、AAV CLv-R2、AAV CLv-R3、AAV CLv-R4、AAV CLv-R5、AAV CLv-R6、AAV CLv-R7、AAV CLv-R8、AAV CLv-R9、AAV CSp-1、AAV CSp-10、AAV CSp-11、AAV CSp-2、AAV CSp-3、AAV CSp-4、AAV CSp-6、AAV CSp-7、AAV CSp-8、AAV CSp-8.10、AAV CSp-8.2、AAV CSp-8.4、AAV CSp-8.5、AAV CSp-8.6、AAV CSp-8.7、AAV CSp-8.8、AAV CSp-8.9、AAV CSp-9、AAV.hu.48R3、AAV.VR-355、AAV3B、AAV4、AAV5、AAVF1/HSC1、AAVF11/HSC11、AAVF12/HSC12、AAVF13/HSC13、AAVF14/HSC14、AAVF15/HSC15、AAVF16/HSC16、AAVF17/HSC17、AAVF2/HSC2、AAVF3/HSC3、AAVF4/HSC4、AAVF5/HSC5、AAVF6/HSC6、AAVF7/HSC7、AAVF8/HSC8、及び/又はAAVF9/HSC9、7m8、Spark100、AAVMYO、並びにこれらのバリアントが挙げられる。
【0474】
いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、AAV2配列を含む。いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、AAV5配列を含む。いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、AAV8配列を含む。いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、AAV9配列を含む。いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、AAVrh74配列を含む。理論に拘束されることを望まないが、参照AAVカプシド配列がVP1領域を含むことが理解される。特定のいくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、VP1領域、VP2領域、及び/若しくはVP3領域、又はそれらの任意の組み合わせを含む。参照VP1配列は、参照AAVカプシド配列と同義であるとみなされ得る。
【0475】
配列番号1の野生型参照配列は、以下の通りである。
【化1】
【0476】
特に明記しない限り、配列番号1は、参照配列である。上の配列では、VP1、VP2、及びVP3に見られる配列には下線が引かれ(例えば、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸203~737に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり)、VP1及びVP2の両方に見られる配列は太字であり(例えば、VP2カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号1のアミノ酸138~737に対応する配列を含み、例えば、それらからなり)、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、VP1にのみ見られる(例えば、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸1~737に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる)。
配列番号1の野生型参照配列は、配列番号4の参照核酸分子配列によってコードされ得る。
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGTATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA(配列番号4).
【0477】
野生型AAV2、配列番号5(野生型AAV2)の例示的な参照配列は、以下の通りである。
【化2】
【0478】
上の配列では、VP1、VP2、及びVP3に見られる配列には下線が引かれ(例えば、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸203~735に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり)、VP1及びVP2の両方に見られる配列は太字であり(例えば、VP2カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号5のアミノ酸138~735に対応する配列を含み、例えば、それらからなり)、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、VP1にのみ見られる(例えば、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号5のアミノ酸1~735に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる)。
【0479】
配列番号5をコードする例示的な核酸配列は、配列番号6である。
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACACTCTCTCTGAAGGAATAAGACAGTGGTGGAAGCTCAAACCTGGCCCACCACCACCAAAGCCCGCAGAGCGGCATAAGGACGACAGCAGGGGTCTTGTGCTTCCTGGGTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGAGAGCCGGTCAACGAGGCAGACGCCGCGGCCCTCGAGCACGACAAAGCCTACGACCGGCAGCTCGACAGCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCGGAGTTTCAGGAGCGCCTTAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGACGAGCAGTCTTCCAGGCGAAAAAGAGGGTTCTTGAACCTCTGGGCCTGGTTGAGGAACCTGTTAAGACGGCTCCGGGAAAAAAGAGGCCGGTAGAGCACTCTCCTGTGGAGCCAGACTCCTCCTCGGGAACCGGAAAGGCGGGCCAGCAGCCTGCAAGAAAAAGATTGAATTTTGGTCAGACTGGAGACGCAGACTCAGTACCTGACCCCCAGCCTCTCGGACAGCCACCAGCAGCCCCCTCTGGTCTGGGAACTAATACGATGGCTACAGGCAGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAGGGCGCCGACGGAGTGGGTAATTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGATGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAACCACCTCTACAAACAAATTTCCAGCCAATCAGGAGCCTCGAACGACAATCACTACTTTGGCTACAGCACCCCTTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAAAGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGACCCAAGAGACTCAACTTCAAGCTCTTTAACATTCAAGTCAAAGAGGTCACGCAGAATGACGGTACGACGACGATTGCCAATAACCTTACCAGCACGGTTCAGGTGTTTACTGACTCGGAGTACCAGCTCCCGTACGTCCTCGGCTCGGCGCATCAAGGATGCCTCCCGCCGTTCCCAGCAGACGTCTTCATGGTGCCACAGTATGGATACCTCACCCTGAACAACGGGAGTCAGGCAGTAGGACGCTCTTCATTTTACTGCCTGGAGTACTTTCCTTCTCAGATGCTGCGTACCGGAAACAACTTTACCTTCAGCTACACTTTTGAGGACGTTCCTTTCCACAGCAGCTACGCTCACAGCCAGAGTCTGGACCGTCTCATGAATCCTCTCATCGACCAGTACCTGTATTACTTGAGCAGAACAAACACTCCAAGTGGAACCACCACGCAGTCAAGGCTTCAGTTTTCTCAGGCCGGAGCGAGTGACATTCGGGACCAGTCTAGGAACTGGCTTCCTGGACCCTGTTACCGCCAGCAGCGAGTATCAAAGACATCTGCGGATAACAACAACAGTGAATACTCGTGGACTGGAGCTACCAAGTACCACCTCAATGGCAGAGACTCTCTGGTGAATCCGGGCCCGGCCATGGCAAGCCACAAGGACGATGAAGAAAAGTTTTTTCCTCAGAGCGGGGTTCTCATCTTTGGGAAGCAAGGCTCAGAGAAAACAAATGTGGACATTGAAAAGGTCATGATTACAGACGAAGAGGAAATCAGGACAACCAATCCCGTGGCTACGGAGCAGTATGGTTCTGTATCTACCAACCTCCAGAGAGGCAACAGACAAGCAGCTACCGCAGATGTCAACACACAAGGCGTTCTTCCAGGCATGGTCTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTTCAGGGGCCCATCTGGGCAAAGATTCCACACACGGACGGACATTTTCACCCCTCTCCCCTCATGGGTGGATTCGGACTTAAACACCCTCCTCCACAGATTCTCATCAAGAACACCCCGGTACCTGCGAATCCTTCGACCACCTTCAGTGCGGCAAAGTTTGCTTCCTTCATCACACAGTACTCCACGGGACAGGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAACGCTGGAATCCCGAAATTCAGTACACTTCCAACTACAACAAGTCTGTTAATGTGGACTTTACTGTGGACACTAATGGCGTGTATTCAGAGCCTCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA(配列番号6).
【0480】
野生型AAV5、配列番号7(野生型AAV5)の例示的な参照配列は、以下の通りである。
【化3】
【0481】
上の配列では、VP1、VP2、及びVP3に見られる配列には下線が引かれ(例えば、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号7のアミノ酸193~725に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり)、VP1及びVP2の両方に見られる配列は太字であり(例えば、VP2カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号7のアミノ酸137~725に対応する配列を含み、例えば、それらからなり)、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、VP1にのみ見られる(例えば、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号7のアミノ酸1~725に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる)。
【0482】
配列番号7をコードする例示的な核酸配列は、配列番号8である。
ATGTCTTTTGTTGATCACCCTCCAGATTGGTTGGAAGAAGTTGGTGAAGGTCTTCGCGAGTTTTTGGGCCTTGAAGCGGGCCCACCGAAACCAAAACCCAATCAGCAGCATCAAGATCAAGCCCGTGGTCTTGTGCTGCCTGGTTATAACTATCTCGGACCCGGAAACGGGCTCGATCGAGGAGAGCCTGTCAACAGGGCAGACGAGGTCGCGCGAGAGCACGACATCTCGTACAACGAGCAGCTTGAGGCGGGAGACAACCCCTACCTCAAGTACAACCACGCGGACGCCGAGTTTCAGGAGAAGCTCGCCGACGACACATCCTTCGGGGGAAACCTCGGAAAGGCAGTCTTTCAGGCCAAGAAAAGGGTTCTCGAACCTTTTGGCCTGGTTGAAGAGGGTGCTAAGACGGCCCCTACCGGAAAGCGGATAGACGACCACTTTCCAAAAAGAAAGAAGGCTCGGACCGAAGAGGACTCCAAGCCTTCCACCTCGTCAGACGCCGAAGCTGGACCCAGCGGATCCCAGCAGCTGCAAATCCCAGCCCAACCAGCCTCAAGTTTGGGAGCTGATACAATGTCTGCGGGAGGTGGCGGCCCATTGGGCGACAATAACCAAGGTGCCGATGGAGTGGGCAATGCCTCGGGAGATTGGCATTGCGATTCCACGTGGATGGGGGACAGAGTCGTCACCAAGTCCACCCGAACCTGGGTGCTGCCCAGCTACAACAACCACCAGTACCGAGAGATCAAAAGCGGCTCCGTCGACGGAAGCAACGCCAACGCCTACTTTGGATACAGCACCCCCTGGGGGTACTTTGACTTTAACCGCTTCCACAGCCACTGGAGCCCCCGAGACTGGCAAAGACTCATCAACAACTACTGGGGCTTCAGACCCCGGTCCCTCAGAGTCAAAATCTTCAACATTCAAGTCAAAGAGGTCACGGTGCAGGACTCCACCACCACCATCGCCAACAACCTCACCTCCACCGTCCAAGTGTTTACGGACGACGACTACCAGCTGCCCTACGTCGTCGGCAACGGGACCGAGGGATGCCTGCCGGCCTTCCCTCCGCAGGTCTTTACGCTGCCGCAGTACGGTTACGCGACGCTGAACCGCGACAACACAGAAAATCCCACCGAGAGGAGCAGCTTCTTCTGCCTAGAGTACTTTCCCAGCAAGATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTGAGTTTACCTACAACTTTGAGGAGGTGCCCTTCCACTCCAGCTTCGCTCCCAGTCAGAACCTGTTCAAGCTGGCCAACCCGCTGGTGGACCAGTACTTGTACCGCTTCGTGAGCACAAATAACACTGGCGGAGTCCAGTTCAACAAGAACCTGGCCGGGAGATACGCCAACACCTACAAAAACTGGTTCCCGGGGCCCATGGGCCGAACCCAGGGCTGGAACCTGGGCTCCGGGGTCAACCGCGCCAGTGTCAGCGCCTTCGCCACGACCAATAGGATGGAGCTCGAGGGCGCGAGTTACCAGGTGCCCCCGCAGCCGAACGGCATGACCAACAACCTCCAGGGCAGCAACACCTATGCCCTGGAGAACACTATGATCTTCAACAGCCAGCCGGCGAACCCGGGCACCACCGCCACGTACCTCGAGGGCAACATGCTCATCACCAGCGAGAGCGAGACGCAGCCGGTGAACCGCGTGGCGTACAACGTCGGCGGGCAGATGGCCACCAACAACCAGAGCTCCACCACTGCCCCCGCGACCGGCACGTACAACCTCCAGGAAATCGTGCCCGGCAGCGTGTGGATGGAGAGGGACGTGTACCTCCAAGGACCCATCTGGGCCAAGATCCCAGAGACGGGGGCGCACTTTCACCCCTCTCCGGCCATGGGCGGATTCGGACTCAAACACCCACCGCCCATGATGCTCATCAAGAACACGCCTGTGCCCGGAAATATCACCAGCTTCTCGGACGTGCCCGTCAGCAGCTTCATCACCCAGTACAGCACCGGGCAGGTCACCGTGGAGATGGAGTGGGAGCTCAAGAAGGAAAACTCCAAGAGGTGGAACCCAGAGATCCAGTACACAAACAACTACAACGACCCCCAGTTTGTGGACTTTGCCCCGGACAGCACCGGGGAATACAGAACCACCAGACCTATCGGAACCCGATACCTTACCCGACCCCTTTAA(配列番号8).
【0483】
野生型AAV8、配列番号9(野生型AAV8)の例示的な参照配列は、以下の通りである。
【化4】
【0484】
上の配列では、VP1、VP2、及びVP3に見られる配列には下線が引かれ(例えば、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号9のアミノ酸204~739に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり)、VP1及びVP2の両方に見られる配列は太字であり(例えば、VP2カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号9のアミノ酸138~735に対応する配列を含み、例えば、それらからなり)、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、VP1にのみ見られる(例えば、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号9のアミノ酸1~739に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる)。
【0485】
配列番号9をコードする例示的な核酸配列は、配列番号10である。
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGCGCTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTGCAGGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCCATCACCCCAGCGTTCTCCAGACTCCTCTACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAACAGCCCGCCAGAAAAAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTTCCAGACCCTCAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAGCGCCCTCTGGTGTGGGACCTAATACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACGGGACATCGGGAGGAGCCACCAACGACAACACCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAGCTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGCAGAATGAAGGCACCAAGACCATCGCCAATAACCTCACCAGCACCATCCAGGTGTTTACGGACTCGGAGTACCAGCTGCCGTACGTTCTCGGCTCTGCCCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCCCAGTACGGCTACCTAACACTCAACAACGGTAGTCAGGCCGTGGGACGCTCCTCCTTCTACTGCCTGGAATACTTTCCTTCGCAGATGCTGAGAACCGGCAACAACTTCCAGTTTACTTACACCTTCGAGGACGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCCCACAGCCAGAGCTTGGACCGGCTGATGAATCCTCTGATTGACCAGTACCTGTACTACTTGTCTCGGACTCAAACAACAGGAGGCACGGCAAATACGCAGACTCTGGGCTTCAGCCAAGGTGGGCCTAATACAATGGCCAATCAGGCAAAGAACTGGCTGCCAGGACCCTGTTACCGCCAACAACGCGTCTCAACGACAACCGGGCAAAACAACAATAGCAACTTTGCCTGGACTGCTGGGACCAAATACCATCTGAATGGAAGAAATTCATTGGCTAATCCTGGCATCGCTATGGCAACACACAAAGACGACGAGGAGCGTTTTTTTCCCAGTAACGGGATCCTGATTTTTGGCAAACAAAATGCTGCCAGAGACAATGCGGATTACAGCGATGTCATGCTCACCAGCGAGGAAGAAATCAAAACCACTAACCCTGTGGCTACAGAGGAATACGGTATCGTGGCAGATAACTTGCAGCAGCAAAACACGGCTCCTCAAATTGGAACTGTCAACAGCCAGGGGGCCTTACCCGGTATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGCAACTTCCACCCGTCTCCGCTGATGGGCGGCTTTGGCCTGAAACATCCTCCGCCTCAGATCCTGATCAAGAACACGCCTGTACCTGCGGATCCTCCGACCACCTTCAACCAGTCAAAGCTGAACTCTTTCATCACGCAATACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCCGAGATCCAGTACACCTCCAACTACTACAAATCTACAAGTGTGGACTTTGCTGTTAATACAGAAGGCGTGTACTCTGAACCCCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTGTAA(配列番号10).
【0486】
野生型AAVrh74、配列番号11(野生型AAVrh74)の例示的な参照配列は、以下の通りである。
【化5】
【0487】
配列番号12の代替の例示的な参照配列(代替の野生型AAVrh74)は、以下の通りである。
【化6】
【0488】
上の配列(配列番号11又は配列番号12)では、VP1、VP2、及びVP3に見られる配列には下線が引かれ(例えば、VP3カプシドポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸204~739に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり)、VP1及びVP2の両方に見られる配列は太字であり(例えば、VP2カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号11のアミノ酸137~739に対応する配列を含み、例えば、それらからなり)、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、VP1にのみ見られる(例えば、VP1カプシドポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸1~739に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる)。
【0489】
配列番号11をコードする例示的な核酸配列は、配列番号13である。
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACCTGAAACCTGGAGCCCCGAAACCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACAACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCCAAGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAATCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGCGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGCGGGTTCTCGAACCTCTGGGCCTGGTTGAATCGCCGGTTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCGGTAGAGCCATCACCCCAGCGCTCTCCAGACTCCTCTACGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAGCAGCCCGCAAAAAAGAGACTCAATTTTGGGCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTCCCCGACCCTCAACCAATCGGAGAACCACCAGCAGGCCCCTCTGGTCTGGGATCTGGTACAATGGCTGCAGGCGGTGGCGCTCCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAGTTCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGCACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACGGGACCTCGGGAGGAAGCACCAACGACAACACCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGGCTCAACTTCAAGCTCTTCAACATCCAAGTCAAGGAGGTCACGCAGAATGAAGGCACCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGATTCAGGTCTTTACGGACTCGGAATACCAGCTCCCGTACGTGCTCGGCTCGGCGCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTCTTCATGATTCCTCAGTACGGGTACCTGACTCTGAACAATGGCAGTCAGGCTGTGGGCCGGTCGTCCTTCTACTGCCTGGAGTACTTTCCTTCTCAAATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTGAATTCAGCTACAACTTCGAGGACGTGCCCTTCCACAGCAGCTACGCGCACAGCCAGAGCCTGGACCGGCTGATGAACCCTCTCATCGACCAGTACTTGTACTACCTGTCCCGGACTCAAAGCACGGGCGGTACTGCAGGAACTCAGCAGTTGCTATTTTCTCAGGCCGGGCCTAACAACATGTCGGCTCAGGCCAAGAACTGGCTACCCGGTCCCTGCTACCGGCAGCAACGTGTCTCCACGACACTGTCGCAGAACAACAACAGCAACTTTGCCTGGACGGGTGCCACCAAGTATCATCTGAATGGCAGAGACTCTCTGGTGAATCCTGGCGTTGCCATGGCTACCCACAAGGACGACGAAGAGCGATTTTTTCCATCCAGCGGAGTCTTAATGTTTGGGAAACAGGGAGCTGGAAAAGACAACGTGGACTATAGCAGCGTGATGCTAACCAGCGAGGAAGAAATAAAGACCACCAACCCAGTGGCCACAGAACAGTACGGCGTGGTGGCCGATAACCTGCAACAGCAAAACGCCGCTCCTATTGTAGGGGCCGTCAATAGTCAAGGAGCCTTACCTGGCATGGTGTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATCTGGGCCAAGATTCCTCATACGGACGGCAACTTTCATCCCTCGCCGCTGATGGGAGGCTTTGGACTGAAGCATCCGCCTCCTCAGATCCTGATTAAAAACACACCTGTTCCCGCGGATCCTCCGACCACCTTCAATCAGGCCAAGCTGGCTTCTTTCATCACGCAGTACAGTACCGGCCAGGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAGAACAGCAAACGCTGGAACCCAGAGATTCAGTACACTTCCAACTACTACAAATCTACAAATGTGGACTTTGCTGTCAATACTGAGGGTACTTATTCCGAGCCTCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTGTAA(配列番号13).
【0490】
本開示は、カプシド(Cap)遺伝子によってコードされる構造カプシドタンパク質(VP1、VP2、及びVP3を含む)を指す。これらのカプシドタンパク質は、AAVなどのウイルスベクターの外側タンパク質構造シェル(すなわち、カプシド)を形成する。Capポリヌクレオチドから合成されたVPカプシドタンパク質は、一般に、ペプチド配列中の第1のアミノ酸としてメチオニン(Met1)を含み、これが、対応するCapヌクレオチド配列中の開始コドン(AUG又はATG)と会合する。しかしながら、第1のメチオニン(Met1)残基、又は一般に任意の第1のアミノ酸(AA1)が、Met-アミノペプチダーゼなどのタンパク質処理酵素によるポリペプチド合成の間又はその最中に切断されることが一般的である。この「Met/AA-クリッピング」プロセスは、多くの場合、ポリペプチド配列中の第2のアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、セリン、トレオニンなど)の対応するアセチル化と相関する。Met-クリッピングは、一般に、VP1カプシドタンパク質及びVP3カプシドタンパク質で生じるが、VP2カプシドタンパク質でも生じ得る。Met/AA-クリッピングが不完全である場合、ウイルスカプシドを含む1つ以上(1つ、2つ、又は3つ)のVPカプシドタンパク質の混合物を生成することができ、そのうちのいくつかが、Met1/AA1アミノ酸(Met+/AA+)を含み、そのうちのいくつかが、Met/AA-クリッピング(Met-/AA-)の結果として、Met1/AA1アミノ酸を欠いている。カプシドタンパク質におけるMet/AA-クリッピングに関する更なる考察については、Jin,et al.Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins.Hum Gene Ther Methods.2017 Oct.28(5):255-267、Hwang,et al.N- Terminal Acetylation of Cellular Proteins Creates Specific Degradation Signals.Science.2010 February 19.327(5968):973-977を参照されたい(それらの内容は、各々その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。本開示によれば、カプシドポリペプチドへの言及は、クリッピングされた(Met-/AA-)又はクリッピングされていない(Met+/AA++)のいずれかに限定されず、文脈において、独立したカプシドポリペプチド、カプシドタンパク質の混合物から構成されるウイルスカプシド、及び/又は本開示のカプシドポリペプチドをコードするか、記述するか、生成するか、又はもたらすポリヌクレオチド配列(又はその断片)も指す。「カプシドポリペプチド」(VP1、VP2、又はVP3など)への直接的な言及は、Met1/AA1アミノ酸(Met+/AA+)、及びMet/AAクリッピングの結果としてMet1/AA1アミノ酸を欠く(Met-/AA-)対応するVPカプシドポリペプチドを含む、VPカプシドタンパク質も含む。更に、本開示によれば、それぞれ、Met1/AA1アミノ酸を含む(Met+/AA+)1つ以上のカプシドポリペプチドを含むか、又はコードする特定の配列番号(タンパク質であるか、又は核酸であるかによらず)への言及は、配列のレビュー時に、Met1/AA1アミノ酸を欠くVPカプシドポリペプチドを教示することが理解されるべきであり、第1の列挙されたアミノ酸(Met1/AA1であるか否かにかかわらず)を単に欠く任意の配列は、容易に明らかである。非限定的な例として、長さが736アミノ酸であり、AUG/ATG開始コドンによってコードされる「Met1」アミノ酸を含む(Met+)VP1ポリペプチド配列への言及は、長さが735アミノ酸であり、736アミノ酸Met+配列の「Met1」アミノ酸を含まない(Met-)VP1ポリペプチド配列も教示すると理解される。第2の非限定的な例として、長さが736アミノ酸であり、任意のNNNイニシエーターコドンによってコードされる「AA1」アミノ酸を含む(AA1+)VP1ポリペプチド配列への言及は、長さが735アミノ酸であり、736アミノ酸AA1+配列の「AA1」アミノ酸を含まない(AA1-)VP1ポリペプチド配列も教示すると理解され得る。VPカプシドタンパク質から形成されるウイルスカプシドへの言及(例えば、特定のAAVカプシド血清型への言及)は、Met1/AA1アミノ酸を含む(Met+/AA1+)VPカプシドタンパク質、Met/AA1クリッピングの結果としてMet1/AA1アミノ酸を欠く(Met-/AA1-)対応するVPカプシド、及びそれらの組み合わせ(Met+/AA1+及びMet-/AA1-)を組み込むことができる。非限定的な例として、AAVカプシド血清型は、VP1(Met+/AA1+)、VP1(Met-/AA1-)、又はVP1(Met+/AA1+)及びVP1(Met-/AA1-)の組み合わせを含んでいてもよい。AAVカプシド血清型はまた、VP3(Met+/AA1+)、VP3(Met-/AA1-)、又はVP3(Met+/AA1+)及びVP3(Met-/AA1-)の組み合わせを含んでいてもよく、同様の任意選択的なVP2(Met+/AA1)及びVP2(Met-/AA1-)の組み合わせも含んでいてもよい。
【0491】
いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、上述のこれらのいずれかに対して50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0492】
いくつかの実施形態では、参照AAVカプシド配列は、上述のこれらのいずれかに対して50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされる。特定のいくつかの実施形態では、参照配列は、AAVカプシド配列ではなく、代わりに、異なるベクター(例えば、レンチウイルス、プラスミドなど)である。
【0493】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸(例えば、本明細書に記載のAAV9バリアントカプシドタンパク質又はバリアントカプシドタンパク質をコードする)は、核酸(例えば、当該核酸を含むプラスミドベクター)でトランスフェクトされた、又は当該核酸を含むウイルスに感染した細胞において転写、翻訳、及び/又は発現を可能にするような方式で核酸分子に作動可能に連結される従来の制御要素又は配列を含む。本明細書で使用される場合、「作動可能に連結される」配列には、目的の遺伝子と連続する発現制御配列、及び目的の遺伝子を制御するためにトランスで、又は所定の距離で作用する発現制御配列の両方が含まれる。
【0494】
発現制御配列は、スプライシング及びポリアデニル化(ポリA)シグナルなどの効率的なRNAプロセシングシグナル;適切な転写開始配列、終結配列、プロモーター配列及びエンハンサー配列;細胞質mRNAを安定化する配列;タンパク質安定性を増強する配列;翻訳効率を増強する配列(例えば、コザックコンセンサス配列);並びにいくつかの実施形態では、コードされた導入遺伝子産物の分泌を増強する配列を含む。天然の、構成的、誘導性、及び/又は組織特異的プロモーターを含む、発現制御配列は、当該技術分野で既知であり、本明細書に開示する組成物及び方法とともに利用することができる。
【0495】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子の天然プロモーターを使用してもよい。理論に束縛されることを望むものではないが、天然プロモーターは、導入遺伝子の天然発現を模倣してもよく、時間的、発達的、若しくは組織特異的な発現、又は特異的な転写刺激に応答した発現を提供してもよい。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、例えば、天然の発現を模倣するために、エンハンサー要素、ポリアデニル化部位、又はコザックコンセンサス配列などの他の天然の発現制御要素に作動可能に連結し得る。
【0496】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、組織特異的プロモーター、例えば、1つ以上のCNS細胞型において特異的に活性なプロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、CNS細胞は、例えば、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞などである。
【0497】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子を担持するベクター(例えば、プラスミド)はまた、選択可能なマーカー又はレポーター遺伝子を含み得る。そのような選択可能なレポーター又はマーカー遺伝子を使用して、細菌細胞中のベクター、例えばプラスミドの存在をシグナル伝達することができる。ベクターの他の成分、例えば、プラスミドは、複製起点を含み得る。これら及び他のプロモーター並びにベクター要素の選択は、従来から行われており、多くのそのような配列が利用可能である(例えば、Sambrook et al及びその中に引用されている参考文献を参照のこと)。
【0498】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加したCNS形質導入を示す。いくつかの実施形態では、CNS形質導入は、脳、脊髄、皮質、皮質下、中脳及び脳幹、並びに小脳形質導入を含む。
【0499】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子中に存在するバリアントカプシドポリペプチドは、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、脳形質導入を少なくとも2倍増加させる。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも64倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも70倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも100倍の増加した脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、1つ以上、例えば、5つ以上の脳領域、例えば、動物、例えば、非ヒト霊長類(「NHP」)の組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである(例えば、実施例に記載されるように)。
【0500】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも64倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも90倍の増加した小脳形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、例えば、動物の、例えば、NHP(例えば、実施例に記載されるように)の小脳組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである。
【0501】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも64倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも80倍の増加した皮質形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、(例えば、実施例に記載されるように)動物、例えば、非ヒト霊長類(「NHP」)の皮質の組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである。
【0502】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも50倍の増加した中脳及び脳幹形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、例えば、動物、例えば、非ヒト霊長類(「NHP」)の中脳及び/又は脳幹の組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである(例えば、実施例に記載されるように)。
【0503】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも64倍の増加した脊髄形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、(例えば、実施例に記載されるように)動物、例えば、非ヒト霊長類(「NHP」)の脊髄の組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである。
【0504】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも64倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも90倍の増加した皮質下形質導入を示す。いくつかの実施形態では、増加した脳形質導入は、(例えば、実施例に記載されるように)動物、例えば、非ヒト霊長類(「NHP」)の皮質下の組織から単離されたウイルスRNAの定量化によって測定される通りである。
【0505】
いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、単離又は精製されたポリペプチドである(例えば、細胞、他の生物学的成分、又は汚染物質から単離又は精製された)。いくつかの実施形態では、バリアントポリペプチドは、例えば、本明細書に記載される、ディペンドパルボウイルス粒子内に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載される、細胞、無細胞系、又は翻訳系内に存在する。
【0506】
いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ディペンドパルボウイルスB(例えば、AAV9)粒子中に存在する。いくつかの実施形態では、カプシド粒子は、増加したCNS形質導入を有する。
【0507】
いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書について提供されるアミノ酸配列(例えば、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139)に対して少なくとも80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドのアミノ酸配列とは30個以下、29個以下、28個以下、27個以下、26個以下、25個以下、24個以下、23個以下、22個以下、21個以下、20個以下、19個以下、18個以下、17個以下、16個以下、15個以下、14個以下、13個以下、12個以下、11個以下、10個以下、9個以下、8個以下、7個以下、6個以下、5個以下、4個以下、3個以下、2個以下、又は1個以下のアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。
【0508】
いくつかの実施形態では、追加の変化は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成特徴又はそれを作製する方法を改善する。いくつかの実施形態では、追加の変化は、ディペンドパルボウイルス粒子の別の特徴、例えば、向性を改善するか、又は変化させる。
【0509】
核酸及びポリペプチド
本開示は、一部には、本明細書について提供されるバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列を含む核酸を更に対象とする。いくつかの実施形態では、核酸は、例えば、本明細書に記載されるようなVP1バリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸は、例えば、本明細書に記載されるようなVP2バリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸は、例えば、本明細書に記載されるようなVP3バリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸は、例えば、本明細書に記載されるようなVP1バリアントカプシドポリペプチド、VP2バリアントカプシドポリペプチド及びVP3バリアントカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、又は139の配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号2の配列を含む。
【0510】
いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号3、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、又は265を含むか、又はそれらのVP2又はVP3コード断片を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号3を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号140を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号141を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号142を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号143を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号144を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号145を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号146を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号147を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号148を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号149を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号150を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号151を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号152を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号153を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号154を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号155を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号156を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号157を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号158を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号159を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号160を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号161を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号162を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号163を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号164を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号165を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号166を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号167を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号168を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号169を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号170を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号171を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号172を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号173を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号174を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号175を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号176を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号177を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号178を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号179を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号180を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号181を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号182を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号183を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号184を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号185を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号186を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号187を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号188を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号189を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号190を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号191を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号192を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号193を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号194を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号195を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号196を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号197を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号198を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号199を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号200を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号201を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号202を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号203を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号204を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号205を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号206を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号207を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号208を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号209を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号210を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号211を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号212を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号213を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号214を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号215を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号216を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号217を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号218を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号219を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号220を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号221を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号222を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号223を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号224を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号225を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号226を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号227を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号228を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号229を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号230を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号231を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号232を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号233を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号234を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号235を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号236を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号237を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号238を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号239を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号240を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号241を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号242を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号243を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号244を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号245を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号246を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号247を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号248を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号249を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号250を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号251を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号252を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号253を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号254を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号255を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号256を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号257を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号258を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号259を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号260を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号261を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号262を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号263を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号264を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号265を含む。
【0511】
ディペンドパルボウイルス粒子
本開示はまた、一部には、本明細書に記載されるか、又は本明細書に記載の方法によって生成される核酸又はポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子(例えば、機能性ディペンドパルボウイルス粒子)を対象とする。
【0512】
ディペンドパルボウイルスは、特定の機能が、例えば、同時感染ヘルパーウイルスによって提供される、細胞内でのみ成長する一本鎖DNAパルボウイルスである。アデノ随伴ウイルス(AAV)として当該技術分野で既知の血清型を含む、ディペンドパルボウイルスA及びディペンドパルボウイルスBを含む、いくつかの種のディペンドパルボウイルスが既知である。特徴付けられている少なくとも13種類のAAVの血清型。AAVの一般的な情報及び概説は、例えば、Carter,Handbook of Parvoviruses,Vol.1,pp.169-228(1989)、及びBerns,Virology,pp.1743-1764,Raven Press,(New York,1990)で見出され得る。AAV血清型、及びある程度まで、ディペンドパルボウイルス種は、構造的及び機能的に有意に相互に関連している。(例えば、Blacklowe,Parvoviruses and Human Diseaseの165~174頁,J.R.Pattison,ed.(1988)、及びRose,Comprehensive Virology 3:1-61(1974)を参照されたい)。例えば、全てのAAV血清型が、相同rep遺伝子によって媒介される非常に類似した複製特性を明白に示し、全てが、3つの関連するカプシドタンパク質を有する。加えて、ヘテロ二本鎖分析は、ゲノムの長さに沿った血清型間の広範な交差ハイブリダイゼーションを明らかにし、相互関連性を更に示唆する。ディペンドパルボウイルスゲノムはまた、「逆位末端反復配列」(ITR)に対応する末端に、自己アニーリングセグメントを含む。
【0513】
天然に存在するディペンドパルボウイルス、例えばAAV血清型のゲノム編成は、非常に似ている。例えば、AAVのゲノムは、およそ5,000ヌクレオチド(nt)長以下である直鎖一本鎖DNA分子である。逆位末端反復(ITR)は、非構造複製(Rep)タンパク質及び構造カプシド(Cap)タンパク質に固有のコードヌクレオチド配列に隣接している。3種類の異なるウイルス粒子(VP)タンパク質は、カプシドを形成する。末端の145ntは、自己相補的であり、T字形のヘアピンを形成するエネルギー的に安定した分子内二本鎖が形成され得るように組織化される。これらのヘアピン構造は、ウイルスDNA複製の起源として機能し、細胞DNAポリメラーゼ複合体のプライマーとしての役割を果たす。Rep遺伝子は、Rep78、Rep68、Rep52、及びRep40といったRepタンパク質をコードする。Rep78及びRep68は、p5プロモーターから転写され、Rep 52及びRep40は、p19プロモーターから転写される。cap遺伝子は、VPタンパク質であるVP1、VP2、及びVP3をコードする。cap遺伝子は、p40プロモーターから転写される。
【0514】
いくつかの実施形態では、本開示のディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書について提供されるバリアントカプシドポリペプチドを含む核酸を含む。いくつかの実施形態では、粒子は、本明細書に提供されるポリペプチドを含む。
【0515】
いくつかの実施形態では、本開示のディペンドパルボウイルス粒子は、AAV9粒子であってもよい。いくつかの実施形態では、AAV9粒子は、本明細書について提供されるバリアントカプシドポリペプチド、又はそれをコードする核酸分子を含む。
【0516】
いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むバリアントカプシドを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載されるバリアントカプシドポリペプチドと、核酸分子と、を含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載されるバリアントカプシドポリペプチドと、1つ以上の逆位末端反復配列(ITR)、例えば、AAV9ディペンドパルボウイルス又はAAV2ディペンドパルボウイルスに由来するITR、1つ以上の調節要素(例えば、プロモーター)、及びペイロード(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、異種導入遺伝子)を含む核酸分子と、を含む。いくつかの実施形態では、ITRのうちの少なくとも1つが改変される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、一本鎖である。いくつかの実施形態では、核酸分子は、二本鎖、例えば、自己相補的である。
【0517】
増加したCNS生体内分布及び形質導入特徴
本開示は、一部には、本明細書に記載の変異(又はそれに対応する変異)を含まない参照配列を含むバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、例えば、配列番号1の野生型配列を含むバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、CNSの組織及び細胞への増加した分布及び/又はCNS形質導入を有するウイルス粒子を生成するための、核酸、ポリペプチド、細胞、無細胞系、翻訳系、ウイルス粒子、及びそれらを使用し、作製することに関連する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の使用は、CNSの細胞におけるウイルス粒子の増加したCNS生体内分布及び/又は導入遺伝子ウイルス粒子の増加した形質導入をもたらし、したがって、導入遺伝子のCNSにおけるペイロード(導入遺伝子)の増加した発現をもたらす。
【0518】
いくつかの実施形態では、CNS生体内分布及び/又は形質導入の増加は、log2スケールで、例えば、野生型カプシドタンパク質を有する(例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを有する)参照配列を有するバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、約又は少なくとも1~6倍、例えば、2倍良好、例えば、4倍良好、例えば、8倍良好、例えば、16倍良好、例えば、32倍良好、例えば、64倍良好、例えば、128倍良好である。いくつかの実施形態では、生体内分布及び形質導入は、本明細書に記載されるように測定される。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加したCNS生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、CNS生体内分布は、脳、脊髄、皮質、皮質下、中脳及び脳幹、並びに小脳生体内分布を含む。
【0519】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも40倍の増加した脳生体内分布を示す。
【0520】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した小脳生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも60倍の増加した小脳生体内分布を示す。
【0521】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した皮質生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも50倍の増加した皮質生体内分布を示す。
【0522】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも40倍の増加した中脳及び脳幹生体内分布を示す。
【0523】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した脊髄生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した脊髄生体内分布を示す。
【0524】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも1倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも2倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも4倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも6倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも8倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも10倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも15倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも16倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも32倍の増加した皮質下生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、少なくとも40倍の増加した皮質下生体内分布を示す。
【0525】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した背側根神経節(DRG)生体内分布を示さない。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、増加した末梢神経系(PNS)生体内分布を示さない。
【0526】
いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、例えば、少なくとも2倍の低下した肝臓生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、例えば、少なくとも2倍の低下した脾臓生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチド、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、例えば、参照カプシドポリペプチド、例えば、野生型カプシドポリペプチド(配列番号1)を有するウイルス粒子と比較して、例えば、少なくとも4倍の低下した脾臓生体内分布を示す。いくつかの実施形態では、増加又は低下した生体内分布及び/又は形質導入は、哺乳動物、例えば、霊長類、例えば、ヒトにおいて示される。いくつかの実施形態では、増加又は低下した生体内分布及び/又は形質導入は、例えば本明細書に記載されるような、全身投与、例えば静脈内投与による、ウイルス粒子、又はウイルス粒子を含む薬学的組成物の投与の際に示される。
【0527】
いくつかの実施形態では、投与は、髄腔内投与、脳室内投与、又は静脈内投与である。いくつかの実施形態では、投与は、静脈内投与である。いくつかの実施形態では、投与は、脳室内投与である。いくつかの実施形態では、脳室内投与は、1つ以上の脳室への投与である。いくつかの実施形態では、投与は、髄腔内投与である。いくつかの実施形態では、髄腔内投与は、腰椎内又は大槽内投与である。いくつかの実施形態では、髄腔内投与は、腰椎内投与である。いくつかの実施形態では、髄腔内投与は、大槽内投与である。
【0528】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、血液脳関門を通過することができる。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、ウイルス粒子(参照カプシドポリペプチド、例えば、配列番号1の参照カプシドポリペプチドを含む)と比較して、血液脳関門の増加した通過を示す。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、ウイルス粒子(参照カプシドポリペプチド、例えば、配列番号1の参照カプシドポリペプチドを含む)と比較して、ニューロン、アストロサイト、グリア細胞、又はそれらの組み合わせの増加した形質導入を示す。
【0529】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、少なくとも2つの異なるNHP種において、CNSの細胞の少なくとも50倍増加した形質導入を示し、任意選択的に、種が、カニクイザル及びアフリカグリーンモンキーである。
【0530】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、小脳のプルキンエニューロンを形質導入する。
【0531】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子(例えば、本明細書に記載されるような、例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む)は、(例えば、実施例2に従って、例えば、組織学によって測定される場合)例えば、配列番号1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子よりも少なくとも10倍又は100倍大きなレベルで、海馬のCA3錐体ニューロンを形質導入する。
【0532】
本明細書に記載の組成物を作製する方法
本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、本明細書で提供されるバリアントカプシドポリペプチド、又は本明細書で提供されるポリペプチド(例えば、バリアントカプシドポリペプチド)をコードする、記載される核酸を含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する。
【0533】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される核酸を含む細胞を提供することは、核酸を細胞に導入すること、例えば、細胞を核酸でトランスフェクト又は形質転換することを含む。本開示の核酸は、宿主細胞、例えば、裸のDNA、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、エピソーム、非ウイルス送達ビヒクル(例えば、脂質ベースの担体)中のタンパク質、その上に担持される配列を導入するウイルスなどに送達され得る任意の遺伝子要素(ベクター)の一部として位置し得る。そのようなベクターは、トランスフェクション、リポソーム送達、エレクトロポレーション、膜融合技術、ウイルス感染、高速DNAコーティングペレット、及びプロトプラスト融合を含む、任意の好適な方法によって送達され得る。当業者は、本発明の任意の実施形態を構築するための核酸操作における知識及び技能を有し、当該技能は、遺伝子工学、組換え工学、及び合成技術を含む。例えば、Sambrook et al,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NYを参照されたい。
【0534】
いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、本明細書に提供されるようなディペンドパルボウイルスバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列、又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、ディペンドパルボウイルスrepタンパク質をコードする配列、又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、かかるベクターは、ディペンドパルボウイルスcapタンパク質及びrepタンパク質の両方を含み得る。AAVのrep及びcapの両方が提供されるベクターでは、ディペンドパルボウイルスrep配列及びディペンドパルボウイルスcap配列は、両方とも同じディペンドパルボウイルス種又は血清型起源のもの(例えば、AAV9)であり得る。代替的に、本実施形態はまた、rep配列が、cap配列を提供するものとは異なるディペンドパルボウイルス種又は血清型由来であるベクターを提供する。いくつかの実施形態では、rep配列及びcap配列は、別個の供給源(例えば、別個のベクター、又は宿主細胞ゲノム及びベクター)から発現される。いくつかの実施形態では、rep配列は、異なるディペンドパルボウイルス種又は血清型のcap配列にインフレームで融合され、キメラディペンドパルボウイルスベクターを形成する。いくつかの実施形態では、本発明のベクターは、ペイロード、例えば、ディペンドパルボウイルス5’ITR及びディペンドパルボウイルス3’ITRに隣接する、選択された導入遺伝子を含むミニ遺伝子を更に含有する。
【0535】
本明細書に記載のベクター、例えば、プラスミドは、様々な目的に有用であるが、ディペンドパルボウイルス配列又はその断片、及びいくつかの実施形態では、ペイロードを含む組換えディペンドパルボウイルス粒子の生成における使用に特に十分に適している。
【0536】
一態様では、本開示は、ディペンドパルボウイルス粒子(例えば、ディペンドパルボウイルスB粒子、例えば、AAV9粒子)、又はその一部分を作製する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に提供されるディペンドパルボウイルスバリアントカプシドタンパク質をコードする核酸配列、又はその断片、機能性rep遺伝子、ペイロード、例えば、ディペンドパルボウイルス逆位末端反復(ITR)及び導入遺伝子を含むミニ遺伝子、並びにペイロード、例えば、ミニ遺伝子をディペンドパルボウイルスカプシドにパッケージングするのを促進するのに十分なヘルパー機能を含有する宿主細胞を培養することを含む。ペイロード、例えば、ミニ遺伝子をディペンドパルボウイルスカプシドにパッケージングするために宿主細胞中で培養される必要がある成分は、トランスで宿主細胞に提供され得る。いくつかの実施形態では、必要な成分(例えば、ペイロード(例えば、ミニ遺伝子)、rep配列、cap配列、及び/又はヘルパー機能)のうちの任意の1つ以上は、当業者に既知の方法を使用して、必要な成分のうちの1つ以上を安定的に含むように操作されている宿主細胞によって提供され得る。いくつかの実施形態では、必要な成分(複数可)を安定的に含むように操作された宿主細胞は、それを誘導性プロモーターの制御下に含む。いくつかの実施形態では、必要な成分は、構成的プロモーターの制御下にあり得る。好適な誘導性及び構成的プロモーターの例を本明細書に提供し、更なる例は、当業者に既知である。いくつかの実施形態では、1つ以上の成分を安定的に含むように操作された選択された宿主細胞は、構成的プロモーターの制御下にある成分と、1つ以上の誘導性プロモーターの制御下にある別の成分と、を含み得る。例えば、必要な成分を安定的に含むように操作された宿主細胞は、1つ以上の誘導性プロモーターの制御下にあるrepタンパク質及び/又はcapタンパク質を含む、293細胞(例えば、構成的プロモーターの制御下にあるヘルパー機能を含む)から生成され得る。
【0537】
本開示のディペンドパルボウイルス粒子の生成に必要なペイロード(例えば、ミニ遺伝子)、rep配列、cap配列、及びヘルパー機能は、(例えば、ベクター又はベクターの組み合わせにおいて)その上に運ばれる配列を導入する任意の遺伝子要素の形態でパッケージングする宿主細胞に送達され得る。遺伝子要素は、本明細書に記載されるものを含む任意の好適な方法によって送達され得る。本開示の遺伝子要素、ベクター、及び他の核酸を構築するために使用される方法は、当業者に既知であり、遺伝子工学、組換え工学、及び合成技術を含む。例えば、Sambrook et al,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NYを参照されたい。同様に、rAAVビリオンを生成する方法は周知であり、好適な方法の選択は、本発明を限定するものではない。例えば、K.Fisher et al,J.Virol,70:520-532(1993)及び米国特許第5,478,745号を参照されたい。別途指定されない限り、ディペンドパルボウイルスITR、及び本明細書に記載の他の選択されたディペンドパルボウイルス成分は、任意のディペンドパルボウイルス種及び血清型、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV9の中から容易に選択され得る。ITR又は他のディペンドパルボウイルス成分は、当業者に利用可能な技術を使用して、ディペンドパルボウイルス種又は血清型から容易に単離され得る。ディペンドパルボウイルス種及び血清型は、学術的、商業的、又は公的資源(例えば、American Type Culture Collection,Manassas,VA)から単離又は取得することができる。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス配列は、文献又はデータベース(例えば、GenBank、PubMedなど)で利用可能であるような公開された配列を参照することによって、合成又は他の好適な手段を通して取得され得る。
【0538】
本開示のディペンドパルボウイルス粒子(例えば、バリアントカプシドポリペプチド及び例えば、ペイロードを含む)は、ディペンドパルボウイルス又は生物学的産物の生成を可能にする任意の無脊椎動物細胞型を用いて生成することができ、培養物中で維持することができる。いくつかの実施形態では、昆虫細胞は、本明細書に記載の組成物の生成において、又は本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法において使用され得る。例えば、使用される昆虫細胞は、Spodoptera frugiperda由来のもの、例えば、Sf9、SF21、SF900+、ショウジョウバエ細胞株、蚊細胞株、例えば、Aedes albopictus由来の細胞株、カイコ細胞株、例えば、Bombyxmori細胞株、Trichoplusia ni細胞株、例えば、High Five細胞、又はLepidoptera細胞株、例えば、Ascalapha odorata細胞株であり得る。いくつかの実施形態では、昆虫細胞は、バキュロウイルス感染に感受性であり、High Five、Sf9、Se301、SeIZD2109、SeUCR1、SP900+、Sf21、BTI-TN-5B1-4、MG-1、Tn368、HzAml、BM-N、Ha2302、Hz2E5及びAo38を含む。
【0539】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ディペンドパルボウイルスの複製又は生物学的産物の生成を可能にし、かつ培養液中で維持することができる、任意の哺乳動物細胞型を用いて実行することができる。別の実施形態では、使用される哺乳類細胞は、HEK293、HeLa、CHO、NS0、SP2/0、PER.C6、Vero、RD、BHK、HT 1080、A549、Cos-7、ARPE-19、又はMRC-5細胞であり得る。
【0540】
昆虫細胞においてタンパク質(例えば、組換え又は異種タンパク質、例えば、ディペンドパルボウイルスポリペプチド)を発現させる方法は、十分に文書化されており、核酸、例えばベクター、例えば昆虫細胞適合性ベクターをそのような細胞に導入する方法、及びそのような細胞を培養液中で維持する方法などである。例えば、METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY,ed.Richard,Humana Press,N J(1995)、O’Reilly et al.,BACULOVIRUS EXPRESSION VECTORS,A LABORATORY MANUAL,Oxford Univ.Press(1994)、Samulski et al.,J.Vir.63:3822-8(1989)、Kajigaya et al.,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 88:4646-50(1991)、Ruffing et al.,J.Vir.66:6922-30(1992)、Kirnbauer et al.,Vir.219:37-44(1996)、Zhao et al.,Vir.272:382-93(2000)、及びSamulski et al.、米国特許第6,204,059号を参照されたい。いくつかの実施形態では、昆虫細胞においてディペンドパルボウイルスポリペプチド(例えば、ディペンドパルボウイルスゲノム)をコードする核酸構築物は、昆虫細胞適合性ベクターである。本明細書で使用される場合、「昆虫細胞適合性ベクター」は、昆虫又は昆虫細胞の生成的形質転換又はトランスフェクションが可能な核酸分子を指す。例示的な生物学的ベクターとしては、プラスミド、直鎖核酸分子、及び組換えウイルスが挙げられる。任意のベクターが、昆虫細胞適合性である限り用いられ得る。ベクターは、昆虫細胞のゲノムに組み込むことができるか、又は染色体外に存在し続けることができる。ベクターは、永続的又は一過性に、例えば、エピソームベクターとして存在し得る。ベクターは、当該技術分野で知られている任意の方法によって導入され得る。かかる手段には、細胞の化学的処理、エレクトロポレーション、又は感染が含まれるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、ベクターは、バキュロウイルス、ウイルスベクター、又はプラスミドである。
【0541】
いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスポリペプチドをコードする核酸配列は、Sf9又はHEK細胞などの特定の細胞型における発現のために調節発現調節配列に作動可能に連結される。昆虫宿主細胞又は哺乳動物宿主細胞において外来遺伝子を発現するための、当業者に公知の手法が、本開示の組成物及び方法とともに使用され得る。昆虫細胞におけるポリペプチドの分子操作及び発現のための方法は、例えば、Summers and Smith.A Manual of Methods for Baculovirus Vectors and Insect Culture Procedures,Texas Agricultural Experimental Station Bull.No.7555,College Station,Tex.(1986)、Luckow.1991.In Prokop et al.,Cloning and Expression of Heterologous Genes in Insect Cells with Baculovirus Vectors’ Recombinant DNA Technology and Applications,97-152(1986)、King,L.A.and R.D.Possee,The baculovirus expression system,Chapman and Hall,United Kingdom(1992)、O’Reilly,D.R.,L.K.Miller,V.A.Luckow,Baculovirus Expression Vectors:A Laboratory Manual,New York(1992)、W.H.Freeman and Richardson,C.D.,Baculovirus Expression Protocols,Methods in Molecular Biology,volume 39(1995)、米国特許第4,745,051号、US2003/148506、及びWO03/074714に記載される。ディペンドパルボウイルスポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の転写に好適なプロモーターとしては、多面体、p10、p35、又はIE-1プロモーターが挙げられ、上述の参考文献に記載される更なるプロモーターも企図される。
【0542】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸を含む細胞を提供することは、核酸を含む細胞を取得することを含む。
【0543】
細胞、無細胞系、及び他の翻訳系を育成する方法は、当業者に既知である。いくつかの実施形態では、細胞を育成することは、細胞に適切な培地を提供することと、細胞及び培地を、ウイルス粒子生成を達成するのに適切な時間インキュベートすることと、を含む。
【0544】
いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、1つ以上の他の成分(例えば、細胞又は培地成分)からディペンドパルボウイルス粒子を単離することを含む精製工程を更に含む。
【0545】
いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、ディペンドパルボウイルス粒子を生成するための、ディペンドパルボウイルスポリペプチドの発現、ディペンドパルボウイルスカプシドの組み立て、ディペンドパルボウイルスゲノムの発現(例えば、複製)、及びディペンドパルボウイルスカプシドへのディペンドパルボウイルスゲノムのパッケージングのうちの1つ以上(例えば、全て)を含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、ディペンドパルボウイルス粒子の分泌を更に含む。
【0546】
いくつかの実施形態では、及び本明細書の他の箇所に記載されるように、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子が、ディペンドパルボウイルスゲノム内に配置される。いくつかの実施形態では、及び本明細書の他の箇所に記載されるように、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子は、本明細書に記載されるディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法の一部として、ディペンドパルボウイルスゲノムとともにディペンドパルボウイルス粒子内にパッケージングされる。他の実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子は、本明細書に記載される方法によって作製されるディペンドパルボウイルス粒子内にパッケージングされない。
【0547】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、ペイロード(例えば、本明細書に記載のペイロード)及びバリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を生成する。いくつかの実施形態では、ペイロードは、(例えば、ディペンドパルボウイルスゲノムに加えて)第2の核酸を含み、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、第2の核酸をディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングすることを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法において使用するための細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第2の核酸を含む。いくつかの実施形態では、第2の核酸は、外因性配列(例えば、ディペンドパルボウイルス、細胞に対して外因性、又はディペンドパルボウイルス粒子を投与される標的細胞若しくは対象に対して外因性)を含む。いくつかの実施形態では、外因性配列は、外因性ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、外因性配列は、治療用生成物をコードする。
【0548】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸又はポリペプチドは、当業者に知られている方法によって生成される。本開示の核酸、ポリペプチド、及びそれらの断片は、組換え生成、化学合成、又は他の合成手段を含む任意の好適な手段によって生成され得る。このような生成方法は、当業者の知識の範囲内であり、本発明を限定するものではない。
【0549】
用途
本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、ポリペプチド、又は粒子を含む組成物を対象とする。本開示は、一部には、本明細書に記載の組成物、核酸、ポリペプチド、又は粒子を利用する方法を更に対象とする。本開示に基づいて明らかになるように、本明細書に開示される核酸、ポリペプチド、粒子、及び方法は、様々な有用性を有する。
【0550】
本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、例えば、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを対象とする。多くの種類のベクターは、当業者に公知である。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、単離されたベクター、例えば、細胞又は他の生物学的成分から除去された単離されたベクターである。
【0551】
本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸又はベクター、例えば、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子を含む核酸又はベクターを含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、バリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を生成することができる。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、バリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子の生成を促進するのに十分な、ディペンドパルボウイルスゲノム又はディペンドパルボウイルスゲノムの成分を含む核酸を含む。
【0552】
いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成及び/又は分泌を促進する1つ以上の非ディペンドパルボウイルス核酸配列を更に含む。当該配列は、本明細書においてヘルパー配列と称される。いくつかの実施形態では、ヘルパー配列は、別のウイルス、例えば、アデノウイルス又はヘルペスウイルス由来の1つ以上の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ヘルパー配列の存在は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成及び/又は分泌に必要である。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、1つ以上のヘルパー配列を含むベクター、例えば、プラスミドを含む。
【0553】
いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第1の核酸及び第2の核酸を含み、第1の核酸は、1つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子(例えば、Cap遺伝子、Rep遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム)をコードする配列、及びヘルパー配列を含み、第2の核酸は、ペイロードを含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第1の核酸及び第2の核酸を含み、第1の核酸は、1つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子(例えば、Cap遺伝子、Rep遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム)をコードする配列、及びペイロードを含み、第2の核酸は、ヘルパー配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第1の核酸及び第2の核酸を含み、第1の核酸は、ヘルパー配列及びペイロードを含み、第2の核酸は、1つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子(例えば、Cap遺伝子、Rep遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム)をコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第1の核酸、第2の核酸、及び第3の核酸を含み、第1の核酸は、1つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子(例えば、Cap遺伝子、Rep遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム)をコードする配列を含み、第2の核酸は、ヘルパー配列を含み、第3の核酸は、ペイロードを含む。
【0554】
いくつかの実施形態では、第1の核酸、第2の核酸、及び任意選択的に第3の核酸は、別個の分子、例えば、別個のベクター、又はベクター及びゲノムDNA中に位置する。いくつかの実施形態では、第1の核酸、第2の核酸、及び任意選択的に第3の核酸のうちの1つ、2つ、又は全てが、細胞のゲノム内に組み込まれる(例えば、安定的に組み込まれる)。
【0555】
本開示の細胞は、適切な細胞を本明細書に記載の核酸でトランスフェクトすることによって生成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法、又はディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を改善することは、本明細書に記載の細胞を提供することを含む。いくつかの実施形態では、細胞を提供することは、好適な細胞を、本明細書に記載の1つ以上の核酸でトランスフェクトすることを含む。
【0556】
本明細書に記載の核酸及びベクターとともに使用するのに好適な細胞の多くの型及び種類は、当該技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、不死化細胞又は当該技術分野で公知の細胞株由来の細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、HEK293細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、HEK293T細胞である。
【0557】
ペイロードを送達する方法
本開示は、一部には、ペイロードを細胞、例えば、対象内又は試料内の細胞に送達する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、ペイロードを細胞に送達する方法は、細胞に、ペイロードを含むバリアントカプシドポリペプチド(例えば、本明細書に記載のもの)を含むディペンドパルボウイルス粒子を接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子であり、本明細書に記載のペイロードを含む。いくつかの実施形態では、細胞は、CNS細胞である。いくつかの実施形態では、CNS細胞は、例えば、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞などである。
【0558】
いくつかの実施形態では、ペイロードは、導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、目的のポリペプチド、RNA(例えば、miRNA若しくはsiRNA)、又は他の産物をコードする導入遺伝子に隣接するベクター配列に対して異種の核酸配列である。導入遺伝子の核酸は、宿主細胞中で導入遺伝子の転写、翻訳、及び/又は発現を促進するのに十分な様式で調節成分に作動可能に連結され得る。
【0559】
導入遺伝子は、任意のポリペプチド又はRNAコード配列であってよく、選択される導入遺伝子は、想定される使用に依存する。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、発現時に検出可能なシグナルを生成するレポーター配列を含む。かかるレポーター配列としては、限定されないが、比色レポーター(例えば、β-ラクタマーゼ、β-ガラクトシダーゼ(LacZ)、アルカリホスファターゼ)、細胞分裂レポーター(例えば、チミジンキナーゼ)、蛍光又は発光レポーター(例えば、緑色蛍光タンパク質(GFP)又はルシフェラーゼ)、耐性輸送配列(例えば、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT))、又はそれらを対象とする高親和性抗体が存在するか、又は従来の手段、例えば、抗原タグ、例えば、ヘマグルチニン又はMycを含むことによって生成され得る膜結合タンパク質をコードするDNA配列が含まれる。
【0560】
いくつかの実施形態では、それらの発現を駆動する調節要素と作動可能に連結されたレポーター配列は、酵素アッセイ、放射線撮影アッセイ、比色アッセイ、蛍光アッセイ、又は他のスペクトログラフィーアッセイ、蛍光活性化細胞選別アッセイ、並びに酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、及び免疫組織化学を含む免疫学的アッセイを含む従来の手段によって検出可能なシグナルを提供する。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、RNA、タンパク質、ペプチド、酵素、ドミナントネガティブ変異体などの、生物学及び医学において有用な産物をコードする。いくつかの実施形態では、RNAは、tRNA、リボソームRNA、dsRNA、触媒RNA、低分子ヘアピンRNA、siRNA、トランススプライシングRNA、及びアンチセンスRNAを含む。いくつかの実施形態では、RNAは、治療される対象(例えば、ヒト又は動物の対象)において標的の核酸配列の発現を阻害するか、又は無効にする。
【0561】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子を使用して、遺伝子欠損を修正又は改善し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子欠損には、正常な遺伝子が正常レベル未満で発現される欠損、又は機能性遺伝子産物が発現されない欠損が含まれる。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、宿主細胞で発現される治療用タンパク質又はポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、複数の導入遺伝子を更に含むか、又は送達して、例えば、マルチサブユニットタンパク質によって引き起こされる遺伝子欠損を修正又は改善し得る。いくつかの実施形態では、異なる導入遺伝子(例えば、各々が異なるディペンドパルボウイルス粒子に、又は単一のディペンドパルボウイルス粒子に位置する/送達される)を使用して、例えば、タンパク質サブユニットをコードするDNAのサイズが大きい場合、例えば、免疫グロブリン、血小板由来成長因子、又はジストロフィンタンパク質について、タンパク質の各サブユニットをコードするか、又は異なるペプチド若しくはタンパク質をコードし得る。いくつかの実施形態では、タンパク質の異なるサブユニットは、同じ導入遺伝子、例えば、内部リボザイム進入部位(IRES)によって分離された各サブユニットのDNAを有する各サブユニットをコードする単一の導入遺伝子によってコードされ得る。いくつかの実施形態では、翻訳後事象において自己切断する2Aペプチドをコードする配列によってDNAが分離されていてもよい。例えば、Donnelly et al, J.Gen.Virol.,78(Pt 1):13-21(January 1997)、Furler,et al,Gene Ther.,8(11):864-873(June 2001)、Klump et al.,Gene Ther 8(10):811-817(May 2001)を参照されたい。
【0562】
いくつかの実施形態では、ゲノムを含むウイルス粒子が提供され、ゲノムは、核酸発現構築物を含む。核酸発現構築物は、異種導入遺伝子及び1つ以上の調節要素を含み得る。
【0563】
いくつかの実施形態では、調節要素は、プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞、例えば目的のヒト細胞型において活性なユビキタス又は構成的プロモーターである。いくつかの実施形態では、細胞型は、CNS細胞、例えば、神経細胞、グリア細胞、アストロサイト、乏突起膠細胞、内皮細胞などである。ユビキタスプロモーターの例としては、限定されないが、CAGプロモーター(サイトメガロウイルス早期エンハンサー要素由来のハイブリッド、ニワトリ-ベータアクチンプロモーター、例えば、ニワトリベータアクチン遺伝子の第1のエキソン及び第1のイントロン、並びにウサギベータグロビン遺伝子のスプライスアクセプター)、ニワトリ-ベータアクチンプロモーター、CBAプロモーター、CBhプロモーター、CB6プロモーター、CMVプロモーター、ヒトEF1-アルファプロモーター、PGKプロモーター、ユビキチンC(UBC)プロモーター、及びそれらの断片が挙げられる。いくつかの実施形態では、プロモーターは、組織特異的プロモーター、例えば、CNS組織又はCNSの細胞に特異的なプロモーターである。CNS特異的プロモーターの例としては、限定されないが、シナプシン(SYN若しくはSYN1)プロモーター、ニューロン特異的エノラーゼ(NSE)プロモーター、Ca2+/カルモジュリン依存性キナーゼサブユニットα(CaMKII)プロモーター、最小CMV配列を有するシナプシンI(SynI-minCMV)プロモーター、グリア線維性酸性タンパク質(GFAP)プロモーター、インターネクシンニューロン中間フィラメントタンパク質アルファ(INA)プロモーター、ネスチン(NES)プロモーター、ニューロフィラメント軽鎖(NfL)プロモーター、ニューロフィラメント重鎖(NfH)プロモーター、ミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質(MOBP)プロモーター、ミエリン塩基性タンパク質(MBP)プロモーター、チロシンヒドロキシラーゼ(TH)プロモーター、フォークヘッドボックスA2(FOXA2)プロモーター、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーL1(ALDH1L1)プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ2(GAD2)プロモーター、リケン遺伝子A930098C07Rik(A93)プロモーター、ソマトスタチン(SST)プロモーター、血小板由来成長因子受容体アルファ(PDGFRA)プロモーター、グルタミン酸受容体代謝型1(GRM1)プロモーター、C型ナトリウム利尿ペプチド前駆体(NPPC)プロモーター、アドレノメデュリン(ADM)プロモーター、2型ラクトサミンアルファ-2,3-シアリルトランスフェラーゼ(ST3GAL6)プロモーター、ras応答性要素結合タンパク質1(RREB1)プロモーター、デヨージナーゼヨードチロニンII型(DIO2)プロモーター、興奮性アミノ酸トランスポーター2(EAAT2)プロモーター、核受容体サブファミリー2グループFメンバー2(NR2F2)プロモーター、血小板由来成長因子(PDGF)プロモーター、メチル-CpG結合タンパク質2(MeCP2)プロモーター、及び上述のいずれかのマウス、霊長類又はヒトホモログ、並びに上述のいずれかの断片(例えば、活性断片)が挙げられる。いくつかの実施形態では、CNS特異的プロモーターは、ニューロン特異的プロモーターである。いくつかの実施形態では、CNS特異的プロモーターは、アストロサイト特異的プロモーターである。
【0564】
いくつかの実施形態では、核酸発現構築物は、イントロンを含む。イントロンは、プロモーターと異種導入遺伝子との間に配置されてもよい。いくつかの態様では、イントロンは、発現構築物上の異種導入遺伝子に対して5’に、例えば、異種導入遺伝子に対してすぐ5’に、又は異種導入遺伝子に対して5’の100ヌクレオチド以内に配置される。いくつかの態様では、イントロンは、ヒトb-グロビン及びIg重鎖に由来するキメライントロン(b-グロビンスプライスドナー/免疫グロビン重鎖スプライスアクセプターイントロン、又はb-グロビン/IgGキメライントロンとしても知られる、Reed,R.,et al.Genes and Development,1989、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)である。他の態様では、イントロンは、VH4イントロン又はSV40イントロンである。
【0565】
本明細書に提供されるように、いくつかの実施形態では、ペイロードを含むウイルス粒子であって、ペイロードが、異種導入遺伝子を含む核酸を含む、ウイルス粒子が提供される。いくつかの実施形態では、異種導入遺伝子は、RNA干渉剤、例えば、siRNA、shRNA、又は他の干渉核酸をコードする。
【0566】
いくつかの実施形態では、ペイロードは、治療用ポリペプチドをコードする異種導入遺伝子を含む。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、ヒト遺伝子又はその断片である。いくつかの態様では、治療用ポリペプチドは、ヒトタンパク質である。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子の異種導入遺伝子は、疾患の治療に有用な分子をコードし、ウイルス粒子は、当該疾患を治療するためにそれを必要とする患者に投与される。いくつかの態様では、ペイロードは、慢性CNS疾患の治療に有効である分子、例えば、RNA干渉ヌクレオチド(例えば、APOL-1を阻害するshRNA、siRNA又はmiRNA)を含む。本開示による疾患(及び異種導入遺伝子又は当該異種導入遺伝子によってコードされる分子)の例としては、MPSI(アルファ-L-イズロニダーゼ(IDUA));MPS II-ハンター症候群(イズロニダーゼ-2-スルファターゼ(IDS)); セロイドリポフスチン症-バッテン病(CLN1、CLN2、CLN10、CLN13、CLN5、CLN11、CLN4、CNL14、CLN3、CLN6、CLN7、CLN8、CLN12);MPS Illa-サンフィリポA型症候群(ヘパリン硫酸スルファターゼ(N-スルホグルコサミンスルホヒドロラーゼ(SGSH)とも呼ばれる);MPS IIIB-サンフィリポb型症候群(N-アセチル-アルファ-D-グルコサミニダーゼ(NAGLU));MPS VI-マロトー・ラミー症候群(アリールスルファターゼB);MPS IV A-モルキオ症候群A型(GALNS);MPS IV B-モルキオ症候群B型(GLB1);慢性又は神経障害性疼痛;骨形成不全症I型、II型、III型、又はIV型(COL1Al及び/又はCOL1A2);遺伝性血管性浮腫(SERPING1、C1NH);骨形成不全症V型(IFITM5);骨形成不全症VI型(SERPINF1);骨形成不全症VII型(CRTAP);骨形成不全症VIII型(LEPRE1及び/又はP3H1);骨形成不全症IX型(PPIB);ゴーシェ病I型、II型及びIII型(グルコセレブロシダーゼ;GBAl);パーキンソン病(グルコセレブロシダーゼ;GBAl及び/又はドーパミンデカルボキシラーゼ);ポンペ(酸マルターゼ;GAA;hGAA);異染性白質ジストロフィー(アリールスルファターゼA);MPS VII-スライ症候群(ベータ-グルクロニダーゼ);MPS VIII(グルコサミン-6-硫酸スルファターゼ);MPS IX(ヒアルロニダーゼ);メープルシロップ尿症(BCKDHA、BCKDHB、及び/又はDBT);ニーマン・ピック病(スフィンゴミエリナーゼ);パーキンソン病(抗アルファシヌクレインRNAi);アルツハイマー病(抗変異体APP RNAi);スフィンゴミエリナーゼ欠損症を伴わないニーマン・ピック病(コレステロール代謝酵素をコードするNPC1又はNPC遺伝子);テイ-サックス病(ベータ-ヘキソサミニダーゼのアルファサブユニット);サンドホフ病(ベータ-ヘキソサミニダーゼのアルファ及びベータサブユニットの両方);ファブリー病(アルファ-ガラクトシダーゼ);フコシドーシス(フコシダーゼ(FUCAl));アルファ-マンノシドーシス(アルファ-マンノシダーゼ);ベータ-マンノシドーシス(ベータ-マンノシダーゼ);ウォルマン病(コレステロールエステルヒドロラーゼ);ドラベ症候群(SCN1A、SCN1B、SCN2A、GABRG2);パーキンソン病(ニュールツリン);パーキンソン病(グリア由来成長因子(GDGF));パーキンソン病(チロシンヒドロキシラーゼ);前頭側頭型認知症(プログラニュリン);アンジェルマン症候群(ユビキチンタンパク質リガーゼ3A(UBE3A)、UBE3A阻害性RNAを標的とする遺伝子編集系(UBE3Aアンチセンス転写産物));パーキンソン病(グルタミン酸デカルボキシラーゼ;FGF-2;BDGF);脊髄性筋萎縮症(SMN、SMN1又はSMN2を含む);フリードライヒ運動失調症(フラタキシン);筋萎縮性側索硬化症(ALS)(SOD1阻害剤、例えば、抗SOD1 RNAi);糖原病Ia型(グルコース-6-ホスファターゼ);XLMTM(MTMl);クリグラー・ナジャー(UGTlAl);CPVT(CASQ2);脊髄小脳変性症(ATXN2;ATXN3又は他のATXN遺伝子;抗変異体マシャド・ジョセフ病/SCA3対立遺伝子RNAi);レット症候群(MECP2又はその断片);色覚異常(CNGB3、CNGA3、GNAT2、PDE6C);コロイデレミア(CDM);ダノン病(LAMP2);嚢胞性線維症(CFTR又はその断片);デュシェンヌ型筋ジストロフィー(ミニ-/マイクロ-ジストロフィン遺伝子);SARS-Cov-2感染(抗SARS-Cov-2 RNAi、SARS-Cov-2ゲノム断片又はSタンパク質(バリアントを含む));肢帯型筋ジストロフィー2C型-ガンマ-サルコグリカノパチー(ヒト-アルファ-サルコグリカン);進行性心不全(SERCA2a);関節リウマチ(TNFR:Fc融合;抗TNF抗体又はその断片);レーベル先天性黒内障(GAA);X連鎖性副腎白質ジストロフィー(ABCD1);肢帯型筋ジストロフィー2C型-ガンマ-サルコグリカノパチー(ガンマ-サルコグリカン);アンジェルマン症候群(UBE3A);網膜色素変性症(hMERTK);加齢黄斑変性(sFLT01);フェラン-マクダーミド症候群(SHANK3;22q13.3置換);ベッカー型筋ジストロフィー及び封入体筋炎(huFollistatin344);パーキンソン病(GDNF);異染性白質ジストロフィー-MLD(cuARSA);C型肝炎(抗HCV RNAi);肢帯型筋ジストロフィー2D型(hSGCA);ヒト免疫不全ウイルス感染;(PG9DP);急性間欠性ポルフィリン症(PBGD);レーベル遺伝性視神経症(PIND4v2);アルファ-1アンチトリプシン欠乏症(alphaIAT);X連鎖性網膜分離症(RS1);コロイデレミア(hCHM);巨大軸索ニューロパチー(GAN);血友病B(第IX因子);ホモ接合性FH(hLDLR);遠位型ミオパチー(DYSF);色覚異常(CNGA3又はCNGB3);進行性核上性麻痺(MAPT;抗Tau;抗MAPT RNAi);オルニチントランスカルバミラーゼ欠損症(OTC);血友病A(第VIII因子);加齢黄斑変性(AMD)、ウェット型AMD(抗VEGF抗体又はRNAi);X連鎖性網膜色素変性(RPGR);筋強直性ジストロフィー1型(DMPK;抗DMPK RNAi、抗CTGトリヌクレオチドリピートRNAiを含む);筋強直性ジストロフィー2型(CNBP);顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー(D4Z4 DNA);眼咽頭型筋ジストロフィー(PABPN1;変異したPABPN1阻害剤(例えば、RNAi));ムコ多糖症VI型(hARSB);レーベル遺伝性視神経症(ND4);X連鎖性ミオチュブラーミオパチー(MTMl);クリグラー・ナジャー症候群(UGTlAl);網膜色素変性(hPDE6B);ムコ多糖症3B型(hNAGLU);デュシェンヌ型筋ジストロフィー(GALGT2);アルツハイマー病(NGF;ApoE4;ApoE2;ApoE3;抗ApoE RNAi、MAPT、抗Tau抗体、抗アミロイドベータ抗体(例えば、アデュカヌマブ));多系統萎縮症;家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症(LPL);アルファ-1アンチトリプシン欠乏症(hAAT);レーベル先天性黒内障2(hRPE65v2);バッテン病;後期乳児神経リポフスチン症(CLN2);ハンチントン病(HTT;抗HTT RNAi);脆弱X症候群(FMR1);レーベル遺伝性視神経症(PlND4v2);芳香族アミノ酸脱炭酸酵素欠損症(hAADC);網膜色素変性(hMERKTK);及び網膜色素変性(RLBPl)が挙げられる。
【0567】
いくつかの実施形態では、異種導入遺伝子は、治療用ポリペプチドをコードする。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、ヒト遺伝子又はその断片である。いくつかの態様では、治療用ポリペプチドは、ヒトタンパク質である。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、抗体又はその断片(例えば、抗体軽鎖、抗体重鎖、Fab、又はscFv)をコードする。異種導入遺伝子によってコードされる抗体又はその断片の例としては、限定されないが、及び抗Ab抗体(例えば、ソラネズマブ、GSK933776、及びレカネマブ)、抗ソルチリン(例えば、AL-001)、抗Tau(例えば、ABBV-8E12、UCB-0107、及びNI-105)、抗SEMA4D(例えば、VX15/2503)、抗アルファシヌクレイン(例えば、プラシネズマブ、NI-202、及びMED-1341)、抗SOD1(例えば、NI-204)、抗CGRP受容体(例えば、エプチネズマブ、フレマネズマブ、又はガルカネズマブ)、抗VEGF(例えば、セバシズマブ、ラニビズマブ、ベバシズマブ、及びブロルシズマブ)、抗EpoR(例えば、LKA-651、)、抗ALKl(例えば、アスクリンバクマブ)、抗C5(例えば、テシドルマブ、ラブリズマブ、及びエクリズマブ)、抗CD105(例えば、カロツキシマブ)、抗CClQ(例えば、ANX-007)、抗TNFa(例えば、アダリムマブ、インフリキシマブ、及びゴリムマブ)、抗RGMa(例えば、エレザヌマブ)、抗TTR(例えば、NI-301及びPRX-004)、抗CTGF(例えば、パムレブルマブ)、抗IL6R(例えば、サトラリズマブ、トシリズマブ、及びサリルマブ)、抗IL6(例えば、シルツキシマブ、クラザキズマブ、シルクマブ、オロキズマブ、及びゲリリムズマブ)、抗IL4R(例えば、デュピルマブ)、抗IL17A(例えば、イキセキズマブ及びセクキヌマブ)、抗IL5R(例えば、レスリズマブ)、抗IL-5(例えば、ベンラリズマブ及びメポリズマブ)、抗IL13(例えば、トラロキヌマブ)、抗IL12/IL23(例えば、ウステキヌマブ)、抗CD19(例えば、イネビリズマブ)、抗IL31RA(例えば、ネモリズマブ)、抗ITGF7 mAb(例えば、エトロリズマブ)、抗SOST mAb(例えば、ロモソズマブ)、抗IgE(例えば、オマリズマブ)、抗TSLP(例えば、ネモリズマブ)、抗pKal mAb(例えば、ラナデルマブ)、抗ITGA4(例えば、ナタリズマブ)、抗ITGA4B7(例えば、ベドリズマブ)、抗BLyS(例えば、ベリムマブ)、抗PD-1(例えば、ニボルマブ及びペムブロリズマブ)、抗RANKL(例えば、デノスマブ)、抗PCSK9(例えば、アリロクマブ及びエボロクマブ)、抗ANGPTL3(例えば、エビナクマブ*)、抗OxPL(例えば、E06)、抗fD(例えば、ランパリズマブ)、又は抗MMP9(例えば、アンデカリキシマブ)が挙げられ、任意選択的に、重鎖(Fab及びFc領域)並びに軽鎖が、自己切断フリン(F)/F2A又はフリン(F)/T2A、IRES部位、又は可撓性リンカーによって分離され、例えば、等量の重鎖及び軽鎖ポリペプチドの発現を確実にする。
【0568】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子は、ゲノム編集系をコードする異種導入遺伝子を含む。例としては、CRISPRゲノム編集系(例えば、ガイドRNA分子及び/又はCas9、Cpf1などのCas酵素などのRNA誘導ヌクレアーゼなど、例えば、CRISPRゲノム編集系の1つ以上の成分)、ジンクフィンガーヌクレアーゼゲノム編集系、TALENゲノム編集システム、又はメガヌクレアーゼゲノム編集系が挙げられる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、哺乳動物、例えば、ヒトのゲノム標的配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子は、標的化可能な転写調節因子をコードする異種導入遺伝子を含む。例としては、CRISPRベースの転写調節因子(例えば、CRISPRベースの転写調節因子の1つ以上の成分、例えば、ガイドRNA分子及び/又は酵素的に不活性なRNA誘導ヌクレアーゼ/転写因子(「TF」)融合タンパク質、例えば、dCas9-TF融合、dCpf1-TF融合などの)、ジンクフィンガー転写因子融合タンパク質、TALEN転写調節因子又はメガヌクレアーゼ転写調節因子が挙げられる。
【0569】
いくつかの実施形態では、治療用分子又は系の成分は、1つより多い独自のウイルス粒子(例えば、1つより多い独自のウイルス粒子を含む集合体)によって送達される。他の実施形態では、治療用分子、又は治療用分子若しくは系の成分は、単一の独自のウイルス粒子(例えば、単一の独自のウイルス粒子を含む集合体)によって送達される。
【0570】
導入遺伝子はまた、任意の生物学的に活性な産物又は他の産物(例えば、研究に望ましい産物)をコードすることができる。好適な導入遺伝子は、限定されないが、本明細書に記載されるものなど、当業者によって容易に選択され得る。
【0571】
導入遺伝子によってコードされるタンパク質の他の例としては、限定されないが、コロニー刺激因子(CSF);β-グロビン、ヘモグロビン、組織プラスミノーゲン活性化因子、及び凝固因子などの血液因子;インターロイキン;可溶性受容体、例えば、可溶性TNF-α受容体、可溶性VEGF受容体、可溶性インターロイキン受容体(例えば、可溶性IL-1受容体及び可溶性II IL-1受容体)、又は可溶性受容体のリガンド結合断片;成長因子、例えば、ケラチノサイト成長因子(KGF)、幹細胞因子(SCF)、又は線維芽細胞成長因子(FGF、例えば、塩基性FGF及び酸性FGF);酵素;ケモカイン;酵素活性化因子、例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子;血管新生薬剤、例えば、血管内皮成長因子、グリオーマ由来成長因子、アンギオゲニン、又はアンギオゲニン-2;抗血管新生薬剤、例えば、可溶性VEGF受容体;タンパク質ワクチン;神経活性ペプチド、例えば、神経成長因子(NGF)又はオキシトシン;血栓溶解剤;組織因子;マクロファージ活性化因子;メタロプロテイナーゼの組織阻害剤;又はIL-1受容体アンタゴニストが挙げられる。
【0572】
したがって、カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子であって、(a)配列番号2のVP1配列、VP2配列若しくはVP3配列、(b)VAR-1の変異セットを含み、かつ配列番号2に対して80%より大きく(例えば、85%より大きく、90%より大きく、91%より大きく、92%より大きく、93%より大きく、94%より大きく、95%より大きく、96%より大きく、97%より大きく、98%より大きく、99%より大きい)同一性を有する、VP1配列、VP2配列若しくはVP3配列、又は(c)VAR-1の変異セットを含み、かつ配列番号1に対して少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10個の追加の変異を有するが、16個より少ない追加の変異を有する、VP1配列、VP2配列若しくはVP3配列を含む、ウイルス粒子が本明細書に提供される。複数の実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号2のVP1配列、VP2配列及びVP3配列を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子は、導入遺伝子、例えば、CNS障害の治療のための分子をコードする導入遺伝子(例えば、本明細書に記載されるような)を含む核酸分子を含む。
【0573】
複数の実施形態では、導入遺伝子は、アルツハイマー病の治療のための分子をコードする。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、阻害性核酸分子(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド又は阻害性RNA(例えば、siRNA、miRNA、若しくはshRNA分子))を含む。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ベータ-アミロイド、アルファ-シヌクレイン、Tau、TREM、例えば、TREM2、又はアポリポタンパク質(APO)Eタンパク質、例えば、APOE1、APOE2、APOE3、若しくはAPOE4を標的とする阻害性核酸分子(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド又は阻害性RNA(例えば、siRNA、miRNA若しくはshRNA分子)を含む。
【0574】
いくつかの実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ゲノム編集系(例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、TALEN、又はRNAガイドゲノム編集系(例えば、Casポリペプチド及びガイドRNA分子)を含む。複数の実施形態では、ゲノム編集系は、ベータ-アミロイドタンパク質又はTauタンパク質をコードする遺伝子領域を標的とする。複数の実施形態では、ゲノム編集系は、MSA4を標的とする。
複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、抗体又はその抗原結合断片(例えば、scFVとして)である。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ヒトタンパク質又はその断片若しくはバリアントである。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ベータ-アミロイド凝集の阻害剤である。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、アルファ-シヌクレインの阻害剤である。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、抗ベータアミロイド抗体、例えば、ガンテネルマブ、クレネズマブ、アドカヌマブ又はレカネマブである。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、Tau阻害剤、例えば、抗tau抗体(例えば、セモリネマブ)である。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、抗TREM抗体又はその抗原結合断片である。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ヒト神経成長因子、又はその断片若しくはバリアントである。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ヒト脳由来の神経栄養因子、又はその断片若しくはバリアントである。複数の実施形態では、アルツハイマー病の治療のための分子は、ヒトシナプシンカベオリン-1(SynCav1)、又はその断片若しくはバリアントである。
【0575】
したがって、複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)例えば、本明細書に記載のアルツハイマー病の治療のための分子をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)配列番号2のVP1配列、VP2配列若しくはVP3配列を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)例えば、本明細書に記載のアルツハイマー病の治療のための分子をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に提供される。
【0576】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)アルツハイマー病の治療のための分子、例えば、ガンテネルマブ、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0577】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)アルツハイマー病の治療のための分子、例えば、クレネズマブ、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0578】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)重症筋無力症の治療のための分子、例えば、抗IL-6抗体(例えば、サトラリズマブ)、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0579】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)パーキンソン病の治療のための分子、例えば、抗アルファ-シヌクレイン抗体(例えば、プラシネズマブ若しくはBIIB054)、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)パーキンソン病の治療のための分子、例えば、ヒトベータ-グルコセレブロシダーゼ、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子(例えば、ヒトGBA遺伝子)、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)パーキンソン病の治療のための分子、例えば、LRRK2の阻害剤をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)パーキンソン病の治療のための分子、例えば、栄養因子(例えば、グリア細胞由来の神経栄養因子(GDNF)若しくは大脳ドーパミン神経栄養因子(CDNF))、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0580】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ゴーシェ病の治療のための分子、例えば、ヒトグルコセレブロシダーゼ(GCase、例えば、ベータ-グルコセレブロシダーゼ-1)若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子(例えば、ヒトGBA遺伝子、例えば、ヒトGBA-1遺伝子)、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0581】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)多発性硬化症の治療のための分子、例えば、抗CD-20抗体(例えば、オクレリズマブ、リツキシマブ若しくはオファツムマブ)、若しくはその抗原結合断片をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、多発性硬化症は、再発寛解型多発性硬化症である。複数の実施形態では、多発性硬化症は、原発性進行性多発性硬化症である。複数の実施形態では、多発性硬化症は、続発性進行性多発性硬化症である。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0582】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ハンチントン病の治療のための分子、例えば、変異したハンチンチンタンパク質(HTT)に指向する阻害性核酸(例えば、トミネルセン)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0583】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)フェラン・マクダーミド症候群の治療のための分子、例えば、ヒトSHANK3、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)フェラン・マクダーミド症候群の治療のための分子、例えば、ヒト成長ホルモン、例えば、ヒトインスリン様成長因子1(IGF-1)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0584】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)前頭側頭型認知症の治療のための分子、例えば、ヒトプログラニュリン若しくはグラニュリン、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)前頭側頭型認知症の治療のための分子、例えば、抗tau抗体(例えば、セモリネマブ)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)前頭側頭型認知症の治療のための分子、例えば、SOD-1を標的とする阻害性核酸(例えば、トフェルセン)をコードする導入遺伝子を含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0585】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)筋萎縮性側索硬化症(ALS)の治療のための分子、例えば、SOD-1を標的とする阻害性核酸(例えば、トフェルセン)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ALSの治療のための分子、例えば、C9orf72を標的とする阻害性核酸(例えば、BIIB078)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ALSの治療のための分子、例えば、ATXN2を標的とする阻害性核酸(例えば、BIIB105)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ALSの治療のための分子、例えば、FUSを標的とする阻害性核酸をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0586】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)多系統萎縮症の治療のための分子、例えば、抗アルファ-シヌクレイン抗体(例えば、プラシネズマブ)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)多系統萎縮症の治療のための分子、例えば、ヒトグリア細胞由来の神経栄養因子(GDNF)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0587】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)進行性核上性麻痺(PSP)の治療のための分子、例えば、抗Tau抗体(例えば、セモリネマブ)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)進行性核上性麻痺(PSP)の治療のための分子、例えば、抗アルファ-シヌクレイン抗体(例えば、プラシネズマブ)をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0588】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)フリードライヒ運動失調症の治療のための分子、例えば、ヒトフラタキシン(FRXN)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0589】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)アンジェルマン症候群の治療のための分子、例えば、UBE3Aアンチセンス核酸の阻害剤(例えば、ルゴネルセン)若しくはヒトUBE3A、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0590】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)脆弱X症候群の治療のための分子、例えば、ヒト脆弱X精神遅滞タンパク質(FMRP)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)脆弱X症候群の治療のための分子、例えば、FMRPの転写サイレンシングの阻害剤をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)脆弱X症候群の治療のための分子、例えば、ヒトジアシルグリセロールキナーゼ(DGKk)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0591】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)レット症候群の治療のための分子、例えば、ヒトMECP2、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0592】
複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ドラベ症候群の治療のための分子、例えば、ヒトナトリウムチャンネル電位依存性1型-アルファ(SCN1A若しくはNav1.1)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ドラベ症候群の治療のための分子、例えば、変異体SCN1A転写産物を標的とする阻害性核酸をコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子であって、(a)本明細書に記載のカプシドポリペプチド、例えば、配列番号2を含むカプシドポリペプチドと、(b)(i)ドラベ症候群の治療のための分子、例えば、抗tau抗体(例えば、セモリネマブ)、若しくはその断片若しくはバリアントをコードする導入遺伝子、及び(ii)当該導入遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターを含む異種核酸と、を含むウイルス粒子が本明細書に記載される。複数の実施形態では、ウイルス粒子の異種核酸分子は、(a)ディペンドパルボウイルスITR、(b)イントロン、(c)エンハンサー又はリプレッサー配列、(d)スタッファー配列、及び(e)ポリA配列のうちの1つ以上を更に含む。
【0593】
本開示は、一部には、対象、例えば、動物又はヒト対象にペイロードを送達する方法を更に対象とする。いくつかの実施形態では、ペイロードを対象に送達する方法は、例えば、ペイロードを送達するのに十分な量及び時間で、ペイロードを含むバリアントポリペプチド(例えば、本明細書に記載のもの)を含むディペンドパルボウイルス粒子を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子であり、本明細書に記載のペイロードを含む。いくつかの実施形態では、粒子は、ペイロードをCNSに送達する。いくつかの実施形態では、CNSへの送達は、バリアントカプシドポリペプチドを含まない粒子と比較して、又は野生型カプシドポリペプチドと比較して、増加する。
【0594】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、全身投与、例えば、静脈内投与によるものである。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、髄腔内投与によるもの、例えば、大槽内投与によるもの、又は腰椎内投与によるものである。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、CNS領域への直接注射、例えば、大脳内脳室投与によるものである。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、筋肉内投与によるものである。
【0595】
治療方法
本開示は、一部には、対象、例えば、動物又はヒト対象における疾患又は状態を治療する方法を対象とする。本明細書で使用される場合、「疾患又は状態を治療すること」という用語は、例えば、対象が疾患若しくは状態の1つ以上の症状を既に患っている場合、明らかな疾患若しくは状態を治療することを指すか、又は例えば、対象が疾患若しくは状態を有すると特定されているが、疾患若しくは状態の1つ以上の症状をまだ呈していない場合、明らかになる前の疾患又は状態を治療することを指す。明らかになる前の状態は、例えば、遺伝子検査によって特定され得る。いくつかの実施形態では、対象における疾患又は状態を治療する方法は、本明細書に記載のバリアントポリペプチドを含む、例えば、本明細書に記載のペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のペイロードを含むバリアントポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子は、疾患又は状態を治療するのに有効な量及び/又は時間で投与される。いくつかの実施形態では、ペイロードは、治療用生成物である。いくつかの実施形態では、ペイロードは、例えば、外因性ポリペプチドをコードする、核酸である。
【0596】
本明細書に記載の、又は本明細書に記載の方法によって生成されたバリアントポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を用いて、様々な疾患又は障害を治療するための1つ以上の治療用タンパク質を発現することができる。いくつかの実施形態では、疾患又は障害は、がん、例えば、がん腫、肉腫、白血病、リンパ腫などのがん、又は自己免疫疾患、例えば、多発性硬化症である。がん腫の非限定的な例としては、食道がん腫;気管支原性肺がん腫;結腸がん腫;結腸直腸がん腫;胃がん腫;肝細胞がん腫;基底細胞がん腫、扁平細胞がん腫(様々な組織);膀胱がん腫、移行細胞がん腫を含む;肺がん腫、肺の小細胞がん腫及び非小細胞がん腫を含む;副腎皮質がん腫;汗腺がん腫;皮脂腺がん腫;甲状腺がん腫;膵臓がん腫;乳がん腫;卵巣がん腫;前立腺がん腫;腺がん;乳頭がん腫;乳頭腺がん;嚢胞腺がん腫;髄様がん腫;腎細胞がん腫;子宮がん腫;精巣がん腫;骨原性がん腫;非浸潤性乳管がん腫又は胆管がん腫;絨毛がん腫;セミノーマ;胎児性がん腫;ウィルムス腫瘍;子宮頸がん腫;上皮がん腫;及び鼻咽腔がん腫が挙げられる。肉腫の非限定的な例としては、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、骨原性肉腫、骨肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、及び他の軟組織肉腫が挙げられる。固形腫瘍の非限定的な例としては、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、及び網膜芽細胞腫が挙げられる。白血病の非限定的な例としては、慢性骨髄増殖性症候群;T細胞CLL前リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病;慢性リンパ球性白血病、B細胞CLL、有毛細胞白血病を含む;及び急性リンパ芽球性白血病が挙げられる。リンパ腫の例としては、限定されないが、B細胞リンパ腫、例えば、バーキットリンパ腫、及びホジキンリンパ腫が挙げられる。いくつかの実施形態では、疾患又は障害は、遺伝性障害である。いくつかの実施形態では、遺伝性障害は、鎌状赤血球症、糖原病(GSD、例えば、GSD I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、及びXIV型)、嚢胞性線維症、ライソゾーム酸性リパーゼ(LAL)欠損症1、テイ・サックス病、フェニルケトン尿症、ムコ多糖症、ガラクトース血症、筋ジストロフィー(例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィー)、血友病、例えば、血友病A(古典的な血友病)又は血友病B(クリスマス病)、ウィルソン病、ファブリー病、ゴーシェ病遺伝性血管性浮腫(HAE)、及びアルファ1アンチトリプシン欠損症である。他の疾患又は障害の例は、上述の「ペイロードを送達する方法」において、上に提供される。
【0597】
複数の態様では、疾患又は状態は、CNSの疾患である。CNSの例示的な疾患としては、透明中隔欠損、酸性リパーゼ疾患、酸性マルターゼ欠損症、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、注意欠如・多動症(ADHD)、Adie瞳孔、Adie症候群、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、失認症、アイカルディ症候群、アイカルディ・グティエール症候群障害、AIDS-神経学的合併症、アレキサンダー病、アルパーズ病、交互性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、アングレマン(Angleman)症候群、無酸素症、抗リン脂質抗体症候群、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈奇形、アスペルガー症候群、運動失調、毛細血管拡張性運動失調症、運動失調及び小脳若しくは脊髄小脳の変性、心房細動及び卒中、注意欠如・多動性障害、自閉スペクトラム症、自律神経機能障害、背部痛、バース症候群、バッテン病、ベッカー型筋緊張症、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼けいれん、良性限局性筋萎縮、良性頭蓋内圧亢進症、ベルンハルト・ロート症候群、ビンスワンガー病、眼瞼けいれん、ブロッホ・サルツバーガー症候群、腕神経叢分娩損傷、腕神経叢損傷、ブラッドバリー・エグルストン症候群、脳及び脊髄の腫瘍(限定されないが、脳に転移したもの、例えば、転移性乳がんを含む)、脳動脈瘤、脳損傷、ブラウン・セカール症候群、球麻痺、球脊髄性筋萎縮症、皮質下梗塞及び進行性白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症(CADASIL)、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頸髄症候群、頸髄症候群、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘崩壊症、頭部障害、セラミダーゼ欠損症、小脳変性、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性脚気、脳海綿状血管奇形、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳・眼・顔・骨格症候群(COFS)、シャルコー・マリー・トゥース病、キアリ奇形、コレステロールエステル蓄積症、舞踏病、有棘赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎(CIDP)、慢性起立不耐症、慢性疼痛、コケイン症候群II型、コフィン・ローリー症候群、側脳室後角拡大症、昏睡、複合性局所疼痛症候群、同心性硬化症(Baloの硬化症)、先天性両側顔面神経麻痺、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性血管海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性、頭蓋動脈炎、頭蓋骨縫合早期癒合症、クリー脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、慢性進行性外眼筋麻痺、蓄積外傷障害、クッシング症候群、巨大細胞性封入体症、サイトメガロウイルス感染、ダンシングアイズ・ダンシングフィート症候群、ダンディ・ウォーカー症候群、ドーソン病、ドモルシア症候群、Dejerine-Klumpke麻痺、認知症、多発梗塞性認知症、意味性認知症、皮質下認知症、レビー小体型認知症、脱髄症、歯状小脳運動失調、歯状核赤核萎縮、皮膚筋炎、発達性失行症、デビック症候群、糖尿病性神経障害、広汎性硬化症、遠位遺伝性運動ニューロパチー、ドラベ症候群、自律神経障害、書字障害、ディスレクシア、嚥下障害、ディスプラクシア、ミオクローヌス性小脳性共同運動障害、進行性小脳性共同運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん性脳症、エンプティ・セラ症候群、脳炎、嗜眠性脳炎、脳ヘルニア、脳脊髄炎、脳症、脳症(家族性乳児)、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、てんかん性片麻痺、反復発作性運動失調症、エルブ麻痺、エルブデュシェンヌ及びデジュリンクルンプケ麻痺、本態性振戦、橋外性髄鞘崩壊症、ファーバー病、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化症、家族性周期性四肢麻痺、家族性けいれん性麻痺、ファーバー病、熱性けいれん、線維筋形成不全、フィッシャー症候群、フロッピーインファント症候群、下垂足、脆弱X症、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス(GM1、GM2)、ゲルストマン症候群、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、巨大軸索ニューロパチー、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、グロボイド細胞白質ジストロフィー、舌咽神経痛、糖原病、ギラン・バレー症候群、ハレルフォルデン・スパッツ症候群、頭部損傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面けいれん、交互性片麻痺、遺伝性ニューロパチー、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、帯状疱疹(Herpes Zoster)、耳帯状疱疹、平山病、ホームズ・アディ症候群、全前脳胞症、HTLV-1関連ミエロパチー、ヒューズ症候群、ハンチントン病、ハーラー症候群、水頭無脳症、水頭症、正常圧水頭症、水髄症、副腎皮質機能亢進症、過眠症、筋緊張亢進、筋緊張低下症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児筋緊張低下症、小児神経軸索ジストロフィー、小児フィタン酸蓄積症、小児レフサム病、小児れん縮、炎症性ミオパチー、後頭孔脳脱出症、腸性リポジストロフィー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、アイザックス症候群、ジュベール症候群、カーンズ・セイヤー症候群、ケネディ病、Kinsbourne症候群、クライネ・レビン症候群、クリッペル・フェイル症候群、クリッペル・トレノネー症候群(KTS)、クリューバー・ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クールー、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドウ・クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、外側延髄症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ・ナイハン症候群、白質ジストロフィー、Levine-Critchley症候群、レビー小体型認知症、リヒトハイム病、脂質蓄積症、リポイドタンパク症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー・ゲーリッグ病、ループス-神経学的後遺症、ライム病-神経学的合併症、リソソーム蓄積症、マシャド・ジョセフ病、巨脳症、巨大脳髄症、メルカーソン・ローゼンタール症候群、髄膜炎、髄膜炎及び脳炎、メンケス病、大腿外側皮神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラーフィッシャー症候群、小発作、ミトコンドリアミオパチー、ミトコンドリアDNA枯渇症候群、メビウス症候群、一側萎縮、モルバン症候群、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピドーシス、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、脱髄性広汎性硬化症、脊髄炎、小児のミオクロニー脳症、ミオクローヌス、ミオクローヌス性てんかん、ミオパチー、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、ミオトニア、先天性ミオトニア、ナルコレプシー、NARP(ニューロパチー、運動失調及び網膜色素変性)、神経有棘赤血球症、脳内鉄沈着を伴う神経変性、神経変性疾患、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、AIDSの神経学的合併症、ライム病の神経学的合併症、サイトメガロウイルス感染の神経学的結果、ポンペ病の神経学的徴候、ループスの神経学的後遺症、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、神経セロイドリポフスチン症、神経細胞移動異常障害、神経障害性疼痛、遺伝性ニューロパチー、ニューロパチー、神経サルコイドーシス、神経梅毒、神経毒性、母斑細胞母斑、ニーマン・ピック病、O’Sullivan-McLeod症候群、後頭神経痛、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス、起立性低血圧、過用症候群、慢性疼痛、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、傍腫瘍性症候群、知覚異常、パーキンソン病、発作性舞踏アテトーゼ、発作性片側頭痛、パリー・ロンベルグ、ペリツェウス・メルツバッハー病、ペナー・ショッカーII型症候群、神経根嚢胞、腓骨筋萎縮、周期性四肢麻痺、末梢性ニューロパチー、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フェラン・マクダーミド症候群、フィタン酸蓄積症、ピック病、圧迫神経、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポストポリオ症候群、帯状疱疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、起立性低血圧、体位性起立性頻拍症候群、体位性頻脈症候群、原発性歯状核萎縮症(Primary Dentatum Atrophy)、原発性側索硬化症、原発性進行性失語、プリオン病、進行性球麻痺、進行性顔面片側萎縮症、進行性歩行運動失調、進行性多巣性白質脳症、進行性筋萎縮症、進行性硬化性灰白質萎縮症、進行性核上性麻痺、相貌失認、偽性球麻痺、偽性トーチ症候群、偽性トキソプラズマ症候群、偽性腫瘍、心因性運動、ラムゼイ・ハント症候群I型、ラムゼイ・ハント症候群II型、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、レフサム病、小児レフサム病、反復性動作障害、反復ストレス損傷、レストレスレッグス症候群、レトロウイルス関連ミエロパチー、レット症候群、ライ症候群、リウマチ性脳炎、ライリー・デイ症候群、仙骨神経根嚢胞、舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、ザイテルベルガー病、てんかん障害、意味性認知症、中隔視神経形成異常症、乳児重症ミオクロニーてんかん(SMEI)、乳幼児揺さぶられ症候群、帯状疱疹(Shingles)、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙性、二分脊椎、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄筋萎縮症、脊髄小脳運動失調、脊髄小脳萎縮症、脊髄小脳変性、孤発性運動失調、スティール・リチャードソン・オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、短時間持続性片側神経痛様(SUNCT)頭痛、嚥下障害、シデナム舞踏病、気絶、梅毒性脊髄硬化、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、仙椎内嚢胞、テイ・サックス病、側頭動脈炎、脊髄係留症候群、トムセンミオトニア、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、有痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性対麻痺、トロヤー症候群、結節性硬化症、海綿状血管腫瘍、中枢神経系及び末梢神経系の血管炎症候群、ビタミンB12欠乏症、フォン・エコノモ疾患、フォンヒッペル・リンドウ病(VHL)、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒホフマン病、ウェルニッケ・コルサコフ症候群、ウエスト症候群、むち打ち症、ホイップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウォルマン病、又はX連鎖性球脊髄性筋萎縮症が挙げられる。他の疾患又は障害の例は、上述の「ペイロードを送達する方法」において、上に提供される。
【0598】
いくつかの実施形態では、バリアントポリペプチドを含み、かつペイロード(例えば、導入遺伝子)を含むディペンドパルボウイルス粒子の対象への投与は、対象におけるペイロード(例えば、導入遺伝子)の発現を誘導する。いくつかの実施形態では、発現は、CNSにおいて誘導される。いくつかの実施形態では、野生型カプシドタンパク質と同様の粒子と比較して、CNSにおける生成は同様である。いくつかの実施形態では、野生型カプシドタンパク質と同様の粒子と比較して、CNSにおける生成が増加する。対象(例えば、対象の血清)において発現されるペイロード、例えば、導入遺伝子、例えば、異種タンパク質、例えば、治療用ポリペプチドの量は、変動し得る。例えば、いくつかの実施形態では、ペイロード、例えば、導入遺伝子のタンパク質又はRNA産物は、対象の血清において、少なくとも約9μg/ml、少なくとも約10μg/ml、少なくとも約50μg/ml、少なくとも約100μg/ml、少なくとも約200μg/ml、少なくとも約300μg/ml、少なくとも約400μg/ml、少なくとも約500μg/ml、少なくとも約600μg/ml、少なくとも約700μg/ml、少なくとも約800μg/ml、少なくとも約900μg/ml、又は少なくとも約1000μg/mlの量で発現され得る。いくつかの実施形態では、ペイロード、例えば、導入遺伝子のタンパク質又はRNA産物は、対象の血清において、約9μg/ml、約10μg/ml、約50μg/ml、約100μg/ml、約200μg/ml、約300μg/ml、約400μg/ml、約500μg/ml、約600μg/ml、約700μg/ml、約800μg/ml、約900μg/ml、約1000μg/ml、約1500μg/ml、約2000μg/ml、約2500μg/ml、又はこれらの値の任意の2つの間の範囲の量で発現される。
【0599】
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、全身投与、例えば、静脈内投与によるものである。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、髄腔内投与によるもの、例えば、大槽内投与によるもの、又は腰椎内投与によるものである。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、CNS領域への直接注射、例えば、大脳内脳室投与によるものである。複数の実施形態では、ウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のウイルス粒子の投与は、筋肉内投与によるものである。
【0600】
本明細書に開示される配列は、同一性パーセントの観点から記載され得る。当業者は、そのような特徴が、2つ以上の配列のアラインメントを伴うことを理解するであろう。アラインメントは、公的又は商業的に利用可能な様々な多重配列整列プログラムのいずれか、例えば、インターネットを介して利用可能な「Clustal W」を使用して行われ得る。別の例として、核酸配列は、GCGバージョン6.1のプログラムであるFASTAを用いて比較することができる。FASTAは、照会及び検索配列の間の最良の重複領域のアラインメント及び配列同一性パーセントを提供する。例えば、核酸配列間のパーセント同一性は、GCGバージョン6.1(参照により本明細書に組み込まれる)に提供されるように、そのデフォルトパラメータを有するFASTAを使用して決定され得る。同様のプログラム、例えば、「Clustal X」プログラムが、アミノ酸配列に対して利用可能である。使用され得る更なる配列アラインメントツールは、(タンパク質配列アラインメント;(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/))及び(核酸アラインメント;http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html))によって提供される。一般的に、これらのプログラムのいずれかをデフォルト設定で使用してもよいが、当業者は、これらの設定を必要に応じて変更し得る。代替的に、当業者は、別のアルゴリズム又はコンピュータプログラムを利用することができ、参照のアルゴリズム及びプログラムによって提供されるように、少なくとも同一性又はアラインメントのレベルが提供される。本明細書に開示される配列は、編集距離に関して更に記載され得る。本明細書で使用される場合、「編集距離」という用語は、比較される任意の2つのアミノ酸配列に関して、1つのアミノ酸配列を別のアミノ酸配列に変化させるのに十分な単一のアミノ酸置換、挿入、又は欠失の最小数を意味するものとする。1つの配列を別の配列に変化させる配列編集(すなわち、単一のアミノ酸残基又はヌクレオチド残基の付加、置換、又は欠失)の最小数は、2つの配列間の編集距離である。いくつかの実施形態では、2つの配列間の距離は、レーベンシュタイン距離として計算される。
【0601】
本明細書で引用される全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の刊行物及び参考文献(例えば、配列データベース参照番号)は、それらの全体が参照により組み込まれる。例えば、本明細書、例えば、本明細書の任意の表において参照される全てのGenBank、Unigene、及びEntrez配列は、参照により組み込まれる。別途指定されない限り、本明細書の任意の表に含まれる、本明細書に指定される配列受託番号は、2020年8月21日現在のデータベースエントリを指す。1つの遺伝子又はタンパク質が複数の配列受託番号を参照する場合、配列バリアントの全てが包含される。
【0602】
本発明は、以下の実施例によって更に例示される。以下の実施例は、単なる例示の目的のために提供され、本発明の範囲又は内容を決して限定するものとして解釈されるべきではない。
【実施例】
【0603】
実施例1
CNSにおける高スループットAAV9ライブラリ評価
ライブラリ作成
AAV粒子生成効率、及び複数の組織にわたる形質導入及び生体内分布を含む、複数の血清型にわたる数十万のカプシドバリアントからのデータに基づいて訓練された機械学習アルゴリズムを使用して、AAV粒子にパッケージングされ、高効率で静脈内注射後に中枢神経系組織を形質導入し、肝臓及び他の組織型を脱標的化するカプシドを生成することを目的として、野生型AAV9の1E5カプシドバリアントのライブラリを設計した。設計されたカプシドポリペプチドをプラスミドにクローニングして、カプシドバリアントをコードするプラスミドのライブラリを作成した。各バリアントのカプシド及び独自のカプシドバリアントバーコード識別子をコードするAAVバリアントゲノムのライブラリを、以前に記載されているように(Ogden et al.Science,Nov.19 2019,366,(6469):1139-1143;doi:10.1126/science.aaw2900、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)、2つのITRプラスミド骨格にクローニングし1つはヒトEF1-アルファプロモーター(hEF1-アルファ)の制御下でカプシド遺伝子の発現を有するものであり、もう1つはCBhプロモーターの制御下でカプシド遺伝子の発現を有するものである。hEF1-アルファ及びCBhは両方とも、CNS及び他の組織で発現するユビキタスプロモーターである。各プラスミド骨格は、2つのプロモーターのそれぞれを介した生体内分布及び形質導入効率の分析を可能にする独自のゲノム識別子(「骨格タグ」)を含有していた。各カプシドポリペプチドバリアントを、1~500個の独自のゲノム識別子(「バーコード」)と組み合わせて含め、独自のカプシドポリペプチドを含む各ウイルスの生物学的複製物の測定を可能にした。各々がバリアントのカプシドポリペプチドをコードするゲノムを含む、AAVカプシドバリアントのライブラリは、接着性HEK293Tの一過性三重トランスフェクションによって生成された。トランスフェクションは、ヘルパー、Rep、及びCap-インサイド-ITRプラスミドの1:1:1の比率で完了した。これは、これらのプラスミドを用いてクロスパッケージングを制限するように最適化されている。細胞を回収し、溶解し、以下の一連の工程によって精製した。(1)ダイアフィルトレーション、(2)タンジェンシャルフロー濾過(TFF)、(3)イオジキサノール勾配精製、及び(4)緩衝液交換。生成されたウイルスを、適切な無菌性及びエンドトキシンについて試験し、ddPCRによって力価を決定した。
【0604】
ライブラリのインビトロ評価
データを、以下に記載されるように調製した。各バリアントのパッケージング効率(又は「生成」)を測定するために、プラスミドライブラリ内のベクターゲノムからのバーコード及び生成されたAAVライブラリを、2ラウンドのPCRを使用したIllumina配列決定のために調製した。生成されたAAV粒子バリアントの各々についての生成効率を、入力プラスミドライブラリ内の存在量について正規化し、生成されたAAV粒子ベクタープール内の各バリアントのバーコード配列決定レベルを、AAVベクタープールを作成するために使用される入力プラスミドライブラリ内の各バリアントのバーコード配列決定レベルと比較することによって表した。AAVベクターライブラリにおけるバリアント頻度の測定はまた、入力ベクターライブラリにおけるバリアント頻度による生体内分布及び形質導入測定の下流正規化を可能にする。
【0605】
非ヒト霊長類におけるライブラリのインビボ評価
全てのNHP実験を、施設の方針及びNIHガイドラインに従って実施した。体重が3.04kg及び3.33kgであり、抗AAV9中和抗体(インビトロNAbアッセイに基づく血清NAb力価<1:4)について血清陰性である2匹のアフリカグリーンモンキー(Chlorocebus sabaeus)を、本試験のために選択した。試験物品の投与前に、血液の試料を採取した。動物をケタミン及びジラジンで麻酔し、異なるプロモーター(用量:8.5e13vg/kg及び9.5e13vg/kg)を有するベクターライブラリの混合物の静脈内注射を行った。生存期間中、動物を炎症の徴候について監視し、ステロイドの毎週のIM注射(メチルプレドニゾロン、獣医師からの8回の推奨)により治療した。1時間、4時間及び24時間で、並びに毎週の注射後に、血清試料を収集した。動物を注射の4週間後に安楽死させ、生体内分布及び形質導入分析のために組織を収集した。収集された組織を表2に示す。全ての試料をRNAlater(登録商標)(Sigma-Aldrich)に回収し、4℃で一晩インキュベートした後、RNAlater(登録商標)を排液し、試料を-80℃で凍結させるか、又はRNAlater(登録商標)(試料の小サブセット)中、4℃で維持した。加えて、血清及び脳脊髄液の試料を剖検で収集し、-80℃で保存した。
【表2】
【0606】
脳片を、限定されないが、前頭皮質、側頭皮質、運動皮質、海馬、基底核、中脳、脳幹、及び小脳を含む単離された領域に解剖した。全ての生物内分布及び形質導入分析のために、全DNA及びRNAを、トリゾール/クロロホルム及びイソプロパノール沈殿を用いて組織試料から抽出した。逆転写は、ベクター導入遺伝子に特異的であり、かつ独自の分子識別子(UMI)を含むプライマーを利用して、Protoscript II Reverse Transcriptase(NEB)で行った。逆転写酵素を欠く対照反応(-RT対照)も調製した。生体内分布の定量化(ウイルスDNA定量化に基づく)及び形質導入の定量化(転写産物RNA定量化に基づく)は、導入遺伝子構築物に特異的なプライマー及びプローブを使用して、Luna Universal Probe qPCR Master Mix(NEB)を用いて行った。最後に、試料を、Illumina NGSプラットフォームと適合性のあるプライマーを用いて導入遺伝子バーコード領域を増幅し、NextSeq 550(Illumina)で配列決定することによって、次世代配列決定のために調製した。
【0607】
配列決定後、期待されるアンプリコン構造を有するリードからバーコードタグを抽出し、各バーコードの存在量(リード数又はUMI数)を記録した。分析は、入力プラスミド試料のバリアント領域を標的とする別個の配列決定アッセイによって測定されるように、入力プラスミド試料中に存在したバーコードのセットに限定した。
【0608】
パッケージング複製物を集計するために、複製物ウイルス生成試料からのリードカウントを合計した。生体内分布を集計するために、同じ組織からの試料からのリードカウントを合計した。形質導入試料を集計するために、同じ組織からの試料からの形質導入事象の数(検出された独自のidタグによって測定された)を合計した。
【0609】
組織のウイルスパッケージング及び形質導入は、入力として、集計された生成及び/又は形質導入試料を用いるベイズモデルを使用して、計算した。手短に言えば、確率的プログラミング及び確率的変動推論を使用して、実際の試験ウイルス粒子とそれらの設計された配列との間の測定プロセス及びデカップリングのソース(例えば、クロスパッケージング、テンプレートスイッチング、及びDNA合成におけるエラー)をモデリングし、ウイルス生成、形質導入(様々な組織試料中)、及びエラー率を計算した。組織の生体内分布は、入力ウイルス存在量で、集計された生体内分布試料を正規化することによって計算した。出力は、野生型(WT)AAV9に対して計算された分布のlog2変換された平均又は正規化された率であった。したがって、正の値は、測定された特性についてWTよりも高い性能を示し、負の値は、WTよりも低い性能を示す。特に明記しない限り、全ての結果は、CBhプロモーターを含むライブラリからの集計値から報告される。
【0610】
結果
野生型AAV9と比較して、複数の脳領域にわたる形質導入及び生体内分布の75倍を超える増加を示した1つのバリアントカプシド(VAR-1)を特定した。このバリアントは、HEK293T細胞生成系から効率的にAAVウイルス粒子を追加的にパッケージング/生成した。指された組織型について、全ての組織片にわたって、及び両方のNHPにわたって平均されたVAR-1の特性測定値を表3に報告している。オフターゲット組織の評価は、VAR-1が、肝臓に対する減少した生体内分布を示し(野生型AAV9よりおよそ2倍低い)、肝臓組織の減少した形質導入を示し(AAV9より約6倍低い)、脾臓、筋肉及び心臓に対する減少した生体内分布を示し(それぞれ、野生型AAV9と比較して、およそ4倍低い、2倍低い、及び2倍低い)、このことは、このAAVバリアントカプシドが、静脈内投与後の目的の脳領域に特異的であることを示している。加えて、VAR-1についての全体的な脳形質導入に対する後根神経節の相対的形質導入は、AAV9の場合よりも実質的に低く(VAR-1については0.023、これに対してwtAAV9については1.0)、DRGと比較して、目的の脳領域に対して実質的な(40倍を超える)特異性を示している。加えて、VAR-1についての生体内分布及び形質導入の測定は、2匹の霊長類にわたって十分に相関していた。まとめると、これらの知見は、VAR-1及び本明細書に記載されるものなどのカプシドポリペプチドが、例えば、本明細書に記載されるように、脳を標的とすることが重要である遺伝子療法に適していることを示す。理論によって拘束されるものではないが、そのような遺伝子療法は、目的の脳領域に対するそれらの増強された特異性及び形質導入効率の実質的な増加に起因して、野生型AAV9を使用するものなどの既存の代替物よりも好ましい。
【表3】
【0611】
実施例2
NHPにおけるVAR-1の低スループットインビボ評価
VAR-1のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の性能を確認し、その特性を更に調査するために、以下に記載されるように、VAR-1カプシドポリペプチドを含み、蛍光タンパク質をコードする導入遺伝子を保有するウイルス粒子を合成し、野生型AAV9カプシドポリペプチド及び異なる蛍光タンパク質を含むウイルス粒子とともに、インビボ及びインビトロで試験した。
【0612】
ウイルスの設計及び生成
VAR-1及び野生型AAV9カプシドを含むウイルス粒子は、実施例1に記載されるように、接着性HEK293T細胞(pRepCap(VAR-1)、pHELP(pALD X-80、Aldevron)、pITR.Cbh.GFP、及びpRepCap(wtAAV9)、pHELP(pALD X-80、Aldevron)、pITR.CBh.mCherry)(
図2を参照)の一過性三重トランスフェクション、続いて精製を介して個々に生成された。各バリアントカプシドは、以下の5つの異なる領域を含む自己相補的(scAAV)ゲノムを用いて生成された。1つ目は、ユビキタスCBhプロモーター(CMVエンハンサー、Cbaプロモーター、CBA/MVMハイブリッドイントロン)、2つ目は、核局在化シグナル(NLS)タグ(VAR-1ウイルス粒子の場合はGFP、野生型AAV9ウイルス粒子の場合はmCherry)を有する各ウイルスに独自の蛍光レポーター、3つ目は、独自のバーコードである。各ゲノムは、蛍光レポーターごとに8つの独自のバーコードで生成され、これらは、単一の試験内の各カプシドについての技術的複製物を提供するために含まれた。4つ目は、SV40ポリA終結シグナルであり、5つ目は、ウイルス粒子内の自己相補的ゲノムパッケージングを可能にし得る左右のITRである(
図2A~2Dを参照されたい)。各ウイルスの個々の精製後、ddPCRを使用して濃度及び量を定量化し、最終試験物品を50%のVAR-1:50%のAAV9で製剤化した。
【0613】
インビボ試験設計
全てのNHP実験を、施設の方針及びNIHガイドラインに従って実施した。体重3kgであり、かつ抗AAV9中和抗体について血清陰性(インビトロNAbアッセイに基づく血清NAb力価<1:4)の2匹の雌カニクイザルNHPを試験のために選択した。動物を、試験期間中、-8日目に、及び2回/週、Kenalog(10mg/mL、0.8mg/kg)で治療した。試験物品の投与前に、血液の試料を採取した。動物は、VAR-1及びAAV9を含有する最終試験物品ウイルスの静脈内注射を受けた(合計併用用量:9e12vg/kg(低用量)及び1.9e13vg/kg(高用量))。生存期間中、動物を、動物施設のSOPに従って監視した。血清試料を、1日目、2日目、4日目、及び注射後毎週収集した。動物を注射の4週間後に安楽死させ、冷たい生理食塩水を灌流させ、生体内分布、形質導入、及び組織学的分析のために組織を収集した。組織及び収集方法を表4に示す。脳については、左半球を解剖し、4mm片で急速凍結させ(-80℃で保存)、右半球を4mmで切片化し、10%の天然緩衝化ホルマリン中、室温で48時間固定した後、冷PBSに移した。表4に示されるように、他の試料を収集し、急速凍するか、ホルマリン固定するか、又はRNAlater(登録商標)(Sigma-Aldrich)に収集するかのいずれかを行った。RNAlater(登録商標)に収集した試料を4℃で一晩インキュベートした後、RNAlater(登録商標)を排出し、試料を-80℃で凍結させた。加えて、血清試料を剖検で収集し、-80℃で保存した。
【表4】
【0614】
組織生体内分布及び形質導入分析
左半球を急速凍結した脳片を、限定されないが、前頭皮質、側頭皮質、運動皮質、海馬、基底核、中脳、脳幹、及び小脳を含む単離された領域に解剖した。また、肝臓、脾臓、及びDRG試料も分析した。生物内分布及び形質導入分析のために、全DNA及びRNAを、トリゾール/クロロホルム及びイソプロパノール沈殿を用いて組織試料から抽出した。逆転写は、ベクター導入遺伝子に特異的であったプライマー、及び独自の分子識別子(UMI)を含んでいた転写産物を用いて、Protoscript II Reverse Transcriptase(NEB)で行った。逆転写酵素を欠く対照反応(-RT対照)も調製した。生体内分布及び形質導入の定量化は、導入遺伝子構築物に特異的なプライマー及びプローブを使用して、Luna Universal Probe qPCR Master Mix(NEB)を用いて行った。最後に、試料を、Illumina NGSプラットフォームと適合性のあるプライマーを用いて導入遺伝子バーコード領域を増幅し、NextSeq 550(Illumina)で配列決定することによって、次世代配列決定のために調製した。
【0615】
配列決定後、期待されるアンプリコン構造を有するリードからバーコードタグを抽出し、各バーコードの存在量(リード数又はUMI数)を記録した。分析は、入力プラスミド試料のバリアント領域を標的とする別個の配列決定アッセイによって測定されるように、入力プラスミド試料中に存在したバーコードのセットに限定した。
【0616】
パッケージング複製物を集計するために、複製物ウイルス生成試料からのリードカウントを合計した。生体内分布を集計するために、同じ組織からの試料からのリードカウントを合計した。形質導入試料を集計するために、同じ組織からの試料からのUMIカウントを合計した。
【0617】
NHP組織免疫蛍光
ホルマリン固定された右半球脳切片、並びにDRG及び脊髄をパラフィン包埋し、5uMで切片化し、NeuN(ニューロンマーカー)、mCherry、及びGFPについて染色した。NeuN/GFP/mCherry染色を、Leica BOND RX Autostainerで行った。使用される一次抗体としては、GFP(PA5-34974、Thermo-Fisher)、mCherry (Ab6556、Abcam)、及びNeuN(Ab177487、Abcam)が挙げられる。免疫蛍光染色した組織の1インチ×3インチのガラススライドを、Akoya Vectra Polaris Fluorescentスキャナを使用してスキャンし、全スライドデジタル画像を生成した。GFP(VAR-1)及びmCherry(AAV9)について染色した総細胞数、並びにNeuNと共染色したVAR-1及びAAV9陽性細胞の数(ニューロンにおける形質導入及び発現を確認するため)を、QuPathソフトウェアを使用して、高用量動物において手動でカウントした。分析された目的の領域(ROI)には、海馬、前頭皮質、尾状核、小脳、及び脊髄が含まれていた。脊髄を3ツ組で分析したことを除き、全ての領域を2ツ組で分析した(それぞれ2スライド)。全てのROIは、スライド上で完全にカウントされたが、小脳では、1スライス当たり2つの皮質のひだが分析された。
【0618】
結果
ウイルスRNA(形質導入)及びウイルスDNA(生体内分布)のNGS配列決定によるバルク組織分析
VAR-1は、この2カプシドの直接比較試験において、WT AAV9と比較して、複数の脳領域にわたって増加した形質導入を示す。各動物及び脳領域におけるNGSによって分析される試料の数を表5及び6に列挙し、各NHPについて示される組織型について全ての組織片にわたって平均化されたVAR-1の特性測定値を、表7及び
図3A(野生型AAV9と比較した形質導入)並びに
図3B(野生型AAV9と比較した生体内分布)に報告する。
図3A及び表7では、「脳形質導入」は、収集された全ての脳試料にわたって平均化された相対的形質導入の集計された測定値を表す。高用量は、異なる領域で34~76倍の範囲の増加を伴い、全体的な脳形質導入の56.73倍の増加をもたらした(表7及び
図3A)。低用量は、全脳形質導入について、WT AAV9に対する相対的な161倍の増加をもたらし、異なる脳領域で82~213倍の範囲の増加をもたらした(表7及び
図3A)。オフターゲット組織の評価は、VAR-1が、高用量及び低用量でそれぞれAAV9の0.26倍及び0.23倍の減少した肝臓生体内分布を示し、肝臓形質導入は、両方の用量についてWTのAAV9の0.11倍であったことを示した(表7並びに
図3A及び3B)。DRGにおけるVAR-1の生体内分布は、それぞれ、高用量及び低用量で観察されるAAV9に対して1.1倍及び1.6倍の増加であり、WT AAV9から大きくは変化しなかった(表7及び
図3B)。脾臓生体内分布は、低用量では変化しなかったが、高用量ではAAV9の0.63倍まで減少した(
図3B)。これらの結果は、実施例1に報告された高スループットライブラリ実験で示されたVAR-1の改善された特性を確認するものである。これらの結果は、理論によって拘束されるものではないが、本明細書に記載のカプシドバリアントを含む遺伝子療法が、例えば、本明細書に記載されるようなCNS障害、例えば、限定されないが、パーキンソン病、ハンチントン病、アルツハイマー病、脆性X、レット症候群、アンジェルマン症候群、運動失調症、及び前頭側頭型認知症などの神経変性障害の治療に有用であることを示唆する。
【表5】
【表6】
【表7】
【0619】
組織学:免疫蛍光
VAR-1ウイルス粒子由来のGFP及び野生型AAV9ウイルス粒子由来のmCherryを発現する細胞数の組織学的分析は、VAR-1ウイルス粒子が、高用量動物から分析した脳領域全体にわたって、野生型AAV9ウイルス粒子と比較して、導入遺伝子発現が増加していることを示す。VAR-1について染色された細胞の数の倍率増加は、WT AAV9ウイルス粒子導入遺伝子発現と比較して、領域によって様々であり、海馬及び小脳皮質において最も高い増加が見られる(表8、
図4A及び4B)。AAV9と比較して、VAR-1について、染色されたニューロンの数の一貫した増加も観察されたが、これも領域によって様々である。ニューロン染色の大きな増加は、前頭皮質及び尾状核で観察される(表8、
図4B)。海馬CA3はまた、錐体ニューロン層におけるVAR-1からの形質導入による明確な染色を示し、この領域のニューロンの16.6%がGFPを発現し、一方で、ニューロンはmCherryを発現しない(表8、
図4A)。加えて、カウントされたCA3ニューロンの合計の5%が、VAR-1ウイルス粒子導入遺伝子(GFP)を発現した。小脳皮質のプルキンエ細胞層も、AAV9 mCherryと比較して、非常に高いレベルのVAR-1 GFP染色を有していた。しかしながら、大きなニューロンの視覚的外観を有するにもかかわらず、プルキンエニューロンは、使用されるNeuN抗体で染色されないため、ニューロン染色を決定することができない(
図4A)。小脳において示される高い形質導入及び細胞染色パターンは、理論によって拘束されるものではないが、本明細書に記載のカプシドバリアントを含む遺伝子療法が、脊髄小脳運動失調症の治療に特に有用であることを示唆する。完全な脳組織学的染色結果は、理論によって拘束されるものではないが、本明細書に記載されるカプシドバリアントを含む遺伝子療法が、CNS障害、例えば、本明細書に記載されるような、例えば、パーキンソン病、ハンチントン病、及びアルツハイマー病などの神経変性疾患の治療に有用であることを示唆する。
【表8】
【0620】
実施例3:
VAR-1及びAAV9のインビトロ評価
インビトロ形質導入を使用して、WT AAV9及びVAR-1ウイルス粒子がヒトニューロンに感染し、形質導入する能力を評価した。Sh-sy5y及び初代ニューロン培養物をこの分析に使用し、実施例2で生成されるVAR-1ウイルス粒子からのGFP及びWT AAV9ウイルス粒子からのmCherryの発現について分析した。
【0621】
Sh-sy5yインビトロ形質導入アッセイ
アッセイは、ポリ-l-リジンでコーティングされたカバースリップを有する12ウェルプレートで実施した。Sh-sy5y(ヒト膠芽腫細胞株、Sigma、94030304-1VL)細胞を、ウェル当たり300,000個の細胞密度でプレーティングした。プレーティングしてから24時間後に、ウイルス粒子を、FBSを欠く培地中の100,000、50,000、及び10,000vg/細胞のMOIで細胞に添加し、氷上で1時間インキュベートした。1時間後、完全培地を細胞に添加した。形質導入の4日後、細胞を4%のパラホルムアルデヒドで固定し、Alexa 595及び405をコンジュゲートした(1:1000)二次抗体を利用して、MAP2(1:1000のAbcam ab5392)及びNeuN(1:500、Sigma Aldrich ABN78)についての免疫蛍光によって染色した。GFPを、カプシド導入遺伝子からの天然蛍光を使用して可視化した。
【0622】
初代ヒトニューロンインビトロ形質導入アッセイ
アッセイは、ポリ-l-リジンでコーティングされたカバースリップを有する12ウェルプレートで実施した。初代ヒトニューロン(Sciencell #1530)をウェル当たり8.3e4細胞でプレーティングした。細胞を、培地を2日ごとに変更しながら、37℃のインキュベーター内で7日間成長させた。7日目に、インビトロで、ウイルス粒子を、10,000、25,000、又は50,000vg/細胞のMOIで細胞に添加し、37℃で1時間インキュベートした。1時間のインキュベーション後、必要な全ての補助物質を含む完全培地を添加した。形質導入から7日後、細胞を4%のパラホルムアルデヒドで固定し、MAP2(1:1000のAbcam ab5392)、天然GFP又はmCherry蛍光、及びDAPI(Vectashield NC1601055)を使用して染色/視覚化した。
【0623】
画像取得
画像は、20倍の対物レンズを備えたEVOS M5000で取得した。画像は、ImageJプラグインの細胞カウントを使用して定量化した。カウントは、2つの異なるカバースリップから5~7の視野にわたって平均化された。
【0624】
結果
インビトロ形質導入の結果を表9にまとめている。VAR-1ウイルス粒子は、8.65%(50K MOI)の割合で初代ヒトニューロンを形質導入し、Sh-sy5y膠芽腫ニューロンは37.65%(100K MOI)で形質導入する。VAR-1はまた、両方の細胞型において、WT AAV9よりも大きな存在量でヒトニューロンを形質導入し、Sh-sy5y(100K MOI)では、WTと比較して3.7倍増加し、初代ヒトニューロン(50K MOI)では、1.6倍増加する。VAR-1及びWT AAV9ウイルス粒子で治療されたsh-sy5y及び初代ヒトニューロンからの代表的な画像(明視野、導入遺伝子発現、及び細胞マーカー)を
図5に示す。これらの結果は、VAR-1が、インビトロでヒトニューロンを形質導入する能力を有することを示し、このことは、例えば、本明細書に記載されるように、CNS障害を標的とする遺伝子療法におけるこのカプシドの翻訳及び臨床への応用を裏付けている。
【表9】
【0625】
実施例4:
VAR-1の追加のカプシドバリアントの高スルー評価
ライブラリ作成
野生型AAV9の1E5カプシドバリアントのライブラリは、AAV粒子にパッケージングし、高効率で静脈内注射後に中枢神経系組織を形質導入し、かつ肝臓及び他の組織型を脱標的化するカプシドを生成することを目的として設計された。このライブラリは、以下のバリエーションで、実施例1に従って設計され、合成された。第一に、このライブラリに含まれるこれらのバリアントのサブセットは、野生型AAV9の配列と同一であるが、VAR-1の変異セット内のアミノ酸変異の種々のサブコンビネーションを含有する126個のカプシドポリペプチドバリアントである。カプシドポリペプチドのVP1配列は、配列番号14~139として提供される(対応する代表的な核酸配列は、表1に示されるように、配列番号140~256に提供される)(「サブコンビネーションバリアントセット」)。これらのバリアントのそれぞれに関連する変異セットを以下の表1に提供する。理論によって拘束されるものではないが、これらのバリアントは、VAR-1の増強された活性に関与する最小限の活性な変異のセットを特異的に特性決定するように設計された。加えて、ライブラリは、野生型AAV9に対して、VAR-1の変異セットの変異に加えて、1~3個のアミノ酸変異を含むバリアントの選択を含んでいた。理論によって拘束されるものではないが、これらの追加のバリアントは、異なる配列内容において、本明細書に記載の変異セット、例えば、VAR-1を含むウイルス粒子の増強された性能を確認する証拠を提供するように設計された。第二に、ライブラリを、2つの異なるバージョンのウイルスゲノムを使用して2回クローニングした。1つは、ユビキタスCBhプロモーターの制御下でのカプシド遺伝子の発現を有するものであり、もう1つは、ニューロン特異的hSynプロモーターの制御下でのカプシド遺伝子の発現を有するものである。各プラスミド骨格は、2つのプロモーターのそれぞれを介した各カプシドバリアントの生体内分布及び形質導入効率の分析を可能にする独自のゲノム識別子を含有していた。
【0626】
ライブラリのインビトロ評価
ライブラリのインビトロ評価は、実施例1に概説されるように完了した。
【0627】
非ヒト霊長類におけるライブラリのインビボ評価
全てのNHP実験を、施設の方針及びNIHガイドラインに従って実施した。体重が2.5及び2.6kgであり、かつ抗AAV9中和抗体について血清陰性(インビトロNAbアッセイに基づく血清NAb力価<1:4)の2匹の雌カニクイザル霊長類を試験のために選択した。動物を、試験期間中、-8日目及び毎週、メチルプレドニゾロン(40又は80mg IM)で治療した。試験物品の投与前に、血液の試料を採取した。動物は、プロモーターベクターライブラリの混合物の静脈内注射を受けた(各動物の合計併用用量:8.64e13vg/kg)。生存期間中、動物を、動物施設のSOPに従って監視した。血清試料を、2日目、4日目、7日目、及び注射後の毎週収集した。動物を注射の4週間後に安楽死させ、生体内分布及び形質導入分析のために実施例1に記載されるように、組織を収集し、分析した。収集された組織を表11に示す。
【表10】
【0628】
配列決定後、期待されるアンプリコン構造を有するリードからバーコードタグを抽出し、各バーコードの存在量(リード数又はUMI数)を記録した。分析は、入力プラスミド試料のバリアント領域を標的とする別個の配列決定アッセイによって測定されるように、入力プラスミド試料中に存在したバーコードのセットに限定した。
【0629】
パッケージング複製物を集計するために、複製物ウイルス生成試料からのリードカウントを合計した。生体内分布を集計するために、同じ組織からの試料からのリードカウントを合計した。形質導入試料を集計するために、同じ組織からの試料からの形質導入事象の数(検出された独自のidタグによって測定された)を合計した。
【0630】
ウイルスパッケージングは、集計された生成複製物を入力プラスミド存在量で正規化することによって計算した。組織の生体内分布及び形質導入は、入力ウイルス存在量で、集計された生体内分布又は形質導入試料を正規化することによって計算した。出力を、WT AAV9に対する倍率変化として報告した。
【0631】
結果
このライブラリ実験からのVAR-1及びサブコンビネーションバリアントセットの生成、生体内分布及び形質導入の結果を、表13(生成)、表14(CNS生体内分布)、表15(末梢生体内分布)、表16(CNS形質導入)及び表17(末梢形質導入)にまとめている。実施例1に記載のライブラリ実験及び実施例2に記載の単一カプシド実験の場合と同様に、VAR-1は、AAV9と比較して、サンプリングされた脳領域にわたって増加した形質導入及び生体内分布を示す。このことは、両方のプロモーターについて観察され、脳形質導入は、CBh及びhSynプロモーターを用いたWT AAV9と比較して、それぞれ138倍及び129倍増加している。加えて、肝臓における末梢VAR-1の生体内分布及び形質導入は、AAV9の0.3倍に減少し、脾臓における生体内分布も減少し、以前の実験の結果を再び確認するものであった。HEK293ウイルス生成も、この試験に好適であった。まとめると、これらの知見は、VAR-1が、例えば、本明細書に記載されるように、脳を標的とすることが重要である遺伝子療法に適していることを更に示す。
【0632】
VAR-1に加えて、他のVAR-1様カプシドポリペプチド(例えば、VAR-1の変異セットのサブコンビネーションを含む)は、脳全体にわたる上昇した形質導入を有するVAR-1と同様の形質導入プロファイルを示した。表16に示されるように、脳形質導入データを捕捉することができる93個のバリアントのうち、VAR-1変異セットのサブコンビネーションを有するバリアントのうちの77個は、導入遺伝子発現が神経特異的hSynプロモーターの制御下にあるときに評価される集計された脳領域においてWT AAV9形質導入よりも良好であることが示され、測定される93個のバリアントのうちの79個は、発現がユビキタスCBhプロモーターの制御下にあるときに、集計された脳領域においてWT AAV9形質導入よりも良好であることが示された。
【0633】
VAR-1変異セットのサブコンビネーションを有するバリアントのセットの評価は、バリアントカプシドポリペプチドの増強された脳形質導入を付与する変異の最小セットを表すいくつかの配列を明らかにした。特に、VAR-80(その変異セットに4つの変異[「T593V」、「V596L」、「N598S」、及び「I601A」]を有する)は、CBh及びhSynプロモーターからの野生型AAV9に対して、それぞれ22.4倍及び32.2倍の集計された脳形質導入の増加を示した。加えて、変異V596L、N598S、及びI601Aは、hSynプロモーターからの集計された脳発現によってランク付けされるとき、上位10のサブコンビネーションセットバリアントにおいて完全に保存され、これら3つの変異のみを含むバリアント(VAR-83)は、野生型AAV9と比較して、集計された脳において5倍を超える増加した形質導入を示す。上位の集計された脳トランスデューサにおける別の高度に保存されたモチーフは、W595A、V596L、及びN598Sの組み合わせである。その変異セット(VAR-112)中にこれら3つの変異のみを含むバリアントは、集計された脳組織において、野生型AAV9と比較して、ほぼ2倍の増加した形質導入を示した。興味深いことに、この変異セット(VAR-82)へのQ579V変異も含むバリアントは、hSynプロモーターからのAAV9と比較して、集計された脳形質導入において6.5倍の増加を示し、このことは、579でのバリン、位置595でのアラニン、位置596でのロイシン、及び位置589でのセリンの組み合わせが、ウイルス粒子に増強された脳形質導入特性を付与することを示している。出現した別のモチーフは、Q592I、T593V及びV596Lの組み合わせであった。その変異セットにこれらの変異のみを有するバリアント(VAR-110)は、wtAAV9と比較して3つの変異のみを有する最強の形質導入バリアントであり、野生型AAV9と比較して、hSynプロモーターからの集計された脳形質導入の8.2倍の増加を示している。出現した別のモチーフは、T593V、W595A、V596L、及びN598Sの組み合わせであった。hSynプロモーターからの集計された脳形質導入において野生型AAV9を上回る改善倍率に従ってランク付けされた10個のバリアントのうちの5個は、この変異セットを含み、これらの4個の変異のみを有するバリアント(VAR-114)は、hSynプロモーターからの野生型AAV9よりも2.18倍の集計された脳形質導入及びCBhプロモーターからの1.06倍の集計された脳形質導入を示した。ここでも再び、結果は、変異セットを組み合わせるときに改善された効果を示し、例えば、これらの4つの変異(T593V、W595A、V596L、及びN598S)がQ579V変異とともに含まれる場合(VAR-75)、ウイルス粒子は、それぞれ、CBh及びhSynプロモーターからの野生型AAV9に対する17.07倍及び18.85倍の集計された脳形質導入を示す。これらの最小モチーフは、理論によって拘束されることなく、独立して、増加した脳形質導入をもたらすため、これらのモチーフは、相加的及び/又は相乗的であり、組み合わせたときに増強された効果をもたらすことができる。
【0634】
hSynプロモーターからの5倍を超える集計された脳形質導入を示すバリアントのうち、6個のバリアントは、VAR-1変異セットの7個の変異のうちの6個を有し、9個のバリアントは、VAR-1変異セットの7個の変異のうちの5個を有し、7個のバリアントは、VAR-1変異セットの7個の変異のうちの4個を有し、3つのバリアントは、VAR-1変異セットの7個の変異のうちの3個を有していた。このことは、VAR-1の変異セット内の変異のうちの3個、4個、5個、6個、又は7個を含むバリアントが、静脈内注射時にCNSの細胞を形質導入することが可能であることを示し、血液脳関門を通過し、目的の細胞に到達して、例えば、本明細書に記載のCNS障害を治療する可能性を示している。
【0635】
最後に、VAR-1の変異セットを含み、1~3個の追加の変異を含む、追加のバリアントセットを設計した。このセットからのバリアントのうち、少なくとも1つの脳領域で検出された設計されたバリアント(19個の設計されたバリアントのうちの18個)のうちの1つを除く全てが、hSynプロモーターからの集計された脳領域において、野生型AAV9より少なくとも1.75倍の形質導入レベルを示した。集計された脳試料におけるこれらの19個のバリアントの増加倍率は、1.75倍の改善から134倍を超える改善までの範囲であった。理論によって拘束されるものではないが、これらの結果は、VAR-1の変異セットが、多様な配列内容に存在するとき、増加した脳形質導入を提供する際に活性であることを示す。
【0636】
個々の脳領域によってデータを評価する場合、VAR-1以外の3個のバリアントVAR-54、VAR-74、及びVAR-87は、側頭皮質において高い形質導入を示す。加えて、VAR-61は、CBhプロモーターと比較して(AVV9と比較して)hSynニューロンプロモーターについて一貫して増加した形質導入を示す。この結果は、このバリアントが、より神経特異的な特徴を有し得ることを示唆しており、理論によって拘束されるものではないが、本明細書に記載されるカプシドバリアントを含む遺伝子療法は、レット症候群、アンジェルマン症候群、脆性X、又はテイ・サックス病、及びより広範な神経変性疾患などの神経特異的障害の治療に有用である。
【0637】
別の重要な知見は、実施例1及び実施例4に記載される実験が、それぞれ、AGM及びカニクイザル非ヒト霊長類において完了され、それによって、2つの異なるNHP属にわたるVAR-1の比較を可能にしたという事実に基づいている。AGM(実施例1)及びサル(実施例4)におけるAAV9と比較したVAR-1形質導入を表12に示す。両方の種において、同様のレベルの脳形質導入が観察された。実施例4に記載の実験では、サルにおいて、VAR-1は、AGMの結果と比較して、脳全体にわたってわずかに増加した形質導入を示した(脊髄を除く)。しかしながら、種/実験間の違いはわずかであり、VAR-1が脳形質導入を増加させる方法は、2つの異なる属のNHP種にわたって保存されることを示唆している。これらの知見は、VAR-1が、脳を標的とすることが重要であり、特に、例えば、本明細書に記載されるように、ヒトなどの他の関連する種において、遺伝子療法に適していることを更に示す。
【表11】
【表12-1】
【表12-2】
【表12-3】
【表13-1】
【表13-2】
【表13-3】
【表14-1】
【表14-2】
【表14-3】
【表15-1】
【表15-2】
【表15-3】
【表16-1】
【表16-2】
【表16-3】
【0638】
【配列表】
【国際調査報告】