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特表2024-537796難聴を治療するための遺伝子療法送達組成物及び方法
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-16
(54)【発明の名称】難聴を治療するための遺伝子療法送達組成物及び方法
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/85 20060101AFI20241008BHJP
   C12N 15/11 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/12 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/13 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/16 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/19 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/55 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/53 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/54 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/86 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/864 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/861 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 15/867 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20241008BHJP
   C12N 7/01 20060101ALI20241008BHJP
   A61K 35/76 20150101ALI20241008BHJP
   A61K 35/761 20150101ALI20241008BHJP
   A61K 35/12 20150101ALI20241008BHJP
   A61P 27/16 20060101ALI20241008BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20241008BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20241008BHJP
【FI】
C12N15/85 Z
C12N15/11 Z ZNA
C12N15/12
C12N15/13
C12N15/16
C12N15/19
C12N15/55
C12N15/53
C12N15/54
C12N15/86 Z
C12N15/864 100Z
C12N15/861 Z
C12N15/867 Z
C12N5/10
C12N7/01
A61K35/76
A61K35/761
A61K35/12
A61P27/16
A61P43/00 105
A61K48/00
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024519540
(86)(22)【出願日】2022-09-30
(85)【翻訳文提出日】2024-05-20
(86)【国際出願番号】 US2022077397
(87)【国際公開番号】W WO2023056452
(87)【国際公開日】2023-04-06
(31)【優先権主張番号】63/251,017
(32)【優先日】2021-09-30
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.プルロニック
2.PLURONIC
(71)【出願人】
【識別番号】519062144
【氏名又は名称】アコーオス インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100099759
【弁理士】
【氏名又は名称】青木 篤
(74)【代理人】
【識別番号】100123582
【弁理士】
【氏名又は名称】三橋 真二
(74)【代理人】
【識別番号】100117019
【弁理士】
【氏名又は名称】渡辺 陽一
(74)【代理人】
【識別番号】100141977
【弁理士】
【氏名又は名称】中島 勝
(74)【代理人】
【識別番号】100138210
【弁理士】
【氏名又は名称】池田 達則
(74)【代理人】
【識別番号】100170852
【弁理士】
【氏名又は名称】白樫 依子
(72)【発明者】
【氏名】キャサリン ダイアン グリブル
(72)【発明者】
【氏名】ダニエル アール.レンズ
(72)【発明者】
【氏名】ロバート ウン
(72)【発明者】
【氏名】ハオ チーアン
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C087
【Fターム(参考)】
4B065AA93Y
4B065AA95X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA01
4B065CA24
4B065CA28
4B065CA29
4B065CA31
4B065CA44
4B065CA46
4C084AA13
4C084MA56
4C084MA66
4C084NA14
4C084ZA341
4C084ZB211
4C087AA01
4C087AA02
4C087AA03
4C087BB65
4C087BC83
4C087CA04
4C087CA08
4C087CA12
4C087MA56
4C087MA66
4C087NA14
4C087ZA34
4C087ZB21
(57)【要約】
本開示は、外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたコード配列を含み、該コード配列がポリペプチド(例えば、異種ポリペプチド)をコードする、構築物を提供する。例示的な構築物には、AAV構築物が含まれる。また、難聴及び/または聴覚消失の治療のための、開示される構築物の使用方法も提供される。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含み、前記プロモーターが、オンコモジュリン(OCM)プロモーター、プレスチンプロモーター、コリン作動性受容体ニコチン性アルファ10(CHRNA10)プロモーター、ダイナミン3(DNM3)プロモーター、ムチン14(MUC15)プロモーター、ホスホリパーゼD(PLDB1)プロモーター、RAR関連オーファン受容体B(RORB)プロモーター、ストリアチン相互作用タンパク質2(STRIP2)プロモーター、アクアポリン11(AQP11)プロモーター、電位依存性カリウムチャネルサブファミリーQメンバー4(KCNQ4)プロモーター、LBHプロモーター、ステレオシリン(STRC)プロモーター、チューブリンアルファ8(TUBA8)プロモーター、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、構築物。
【請求項2】
外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含み、前記プロモーターが、前記ポリヌクレオチドに対して異種である、構築物。
【請求項3】
前記プロモーターが、配列番号1~15のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、請求項1または2に記載の構築物。
【請求項4】
外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドを含み、前記プロモーターが、配列番号1~15のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物。
【請求項5】
前記プロモーターが、ヒトプレスチンプロモーターである、請求項1~4のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項6】
前記プロモーターが、ヒトオンコモジュリン(OCM)プロモーターである、請求項1~4のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項7】
前記プロモーターが、配列番号3または15に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項8】
前記プロモーターが、配列番号3に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項9】
前記プロモーターが、配列番号1または2に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項10】
前記プロモーターが、前記ポリヌクレオチドに対して異種である、請求項1または3~9のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項11】
前記ポリペプチドが、外有毛細胞ポリペプチド、治療用ポリペプチド、またはレポーターポリペプチドである、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項12】
外有毛細胞ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項13】
外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)から選択される遺伝子を含む、請求項1~12のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項14】
外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)を含む、請求項1~13のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項15】
前記治療用ポリペプチドが、膜貫通型タンパク質、酵素、成長因子、サイトカイン、受容体、受容体リガンド、ホルモン、膜タンパク質、膜結合タンパク質、抗原、または抗体である、請求項11~14のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項16】
前記治療用ポリペプチドが、膜貫通型タンパク質である、請求項11~15のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項17】
前記治療用ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、請求項11~15のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項18】
前記治療用ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)から選択される遺伝子を含む、請求項11~15または17のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項19】
外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)を含む、請求項1~18のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項20】
レポーターポリペプチドが、ベータ-ラクタマーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ(LacZ)、アルカリホスファターゼ、チミジンキナーゼ、緑色蛍光タンパク質(GFP)、赤色蛍光タンパク質、mCherry蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、FLAGタグ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、及びルシフェラーゼのうちの1つまたは複数である、請求項11に記載の構築物。
【請求項21】
前記構築物が、エンハンサーをさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項22】
前記構築物が、エンハンサーを含まない、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項23】
前記エンハンサーが、CMVエンハンサーである、請求項21または22に記載の構築物。
【請求項24】
前記構築物が、5’UTRをさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項25】
前記構築物が、3’UTRをさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項26】
前記構築物が、ポリAテールをさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項27】
前記ポリAテールが、ウシ成長ホルモン、マウス-β-グロビン、マウス-α-グロビン、ヒトコラーゲン、ポリオーマウイルス、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ遺伝子(HSV TK)、IgG重鎖遺伝子、ヒト成長ホルモン、またはSV40後期及び初期ポリ(A)である、請求項26に記載の構築物。
【請求項28】
前記ポリAテールが、ウシ成長ホルモンのポリAである、請求項26または27に記載の構築物。
【請求項29】
前記構築物が、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つを含む核酸配列を含む、請求項1、4~6、11~20、または24~28のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項30】
前記構築物が、配列番号23~38のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項1、4~6、11、12~20、または24~31のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項31】
前記構築物が、発現カセットである、先行請求項のいずれかに記載の構築物。
【請求項32】
先行請求項のいずれかに記載の構築物を含むベクター。
【請求項33】
前記ベクターが、哺乳類ベクターまたはウイルスベクターである、請求項32に記載のベクター。
【請求項34】
前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項33に記載のベクター。
【請求項35】
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)、アデノウイルス、またはレンチウイルスベクターからなる群から選択される、請求項34に記載のベクター。
【請求項36】
前記ウイルスベクターが、AAVベクターである、請求項35に記載のベクター。
【請求項37】
5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITRをさらに含む、請求項1~31のいずれか1項に記載の構築物または請求項32~36のいずれか1項に記載のベクター。
【請求項38】
前記5’ITR及び前記3’ITRが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、及びAAV Anc80 ITRから選択される血清型に由来するAAV ITRである、請求項37に記載の構築物またはベクター。
【請求項39】
前記AAV ITRが、血清型AAV2であるか、または血清型AAV2に由来する、請求項38に記載の構築物またはベクター。
【請求項40】
(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物またはベクター。
【請求項41】
(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1または2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物またはベクター。
【請求項42】
請求項1~41のいずれか1項に記載の構築物を含むAAV粒子。
【請求項43】
AAVカプシドを含み、前記AAVカプシドが、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV-rh8、AAV-rh10、AAV-rh39、AAV-rh43、またはAAV Anc80カプシドであるか、またはそれに由来する、請求項42に記載のAAV粒子。
【請求項44】
前記AAVカプシドが、AAV Anc80カプシドである、請求項43に記載のAAV粒子。
【請求項45】
請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、またはAAV粒子を含む組成物。
【請求項46】
前記組成物が、薬学的に許容される担体をさらに含む薬学的組成物である、請求項45に記載の組成物。
【請求項47】
前記薬学的組成物が、合成外リンパ液である、請求項45~46のいずれか1項に記載の組成物。
【請求項48】
請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、またはAAV粒子を含む細胞。
【請求項49】
前記細胞が、外有毛細胞である、請求項48に記載の細胞。
【請求項50】
前記細胞が、エクスビボ細胞である、請求項48または49に記載の細胞。
【請求項51】
細胞に、
a.請求項1~41のいずれかに記載の構築物またはベクター、ならびに
b.AAV Rep遺伝子、AAV Cap遺伝子、AAV VA遺伝子、AAV E2a遺伝子、及びAAV E4遺伝子をまとめて含む1つまたは複数のヘルパープラスミドで形質導入することを含む、方法。
【請求項52】
前記細胞が外有毛細胞である、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
前記細胞がエクスビボ細胞である、請求項51または52に記載の方法。
【請求項54】
外有毛細胞におけるポリペプチドの発現を必要とする対象の前記外有毛細胞において前記ポリペプチドを発現させる方法であって、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項55】
外有毛細胞におけるポリペプチドの発現の増加を必要とする対象の外有毛細胞において前記ポリペプチドの発現を増加させる方法であって、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項56】
前記対象の前記外有毛細胞における前記ポリペプチドの前記増加した発現が、前記対象の前記外有毛細胞における前記ポリペプチドの内在性発現と比べたものである、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
難聴を患うかまたはそのリスクがある対象において難聴を治療する方法であって、1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項58】
前記対象が欠陥のある内耳細胞標的遺伝子を有すると以前に特定されている、請求項54~57のいずれか1項に記載の方法。
【請求項59】
前記欠陥のある内耳細胞標的遺伝子が、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)である、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
前記対象がヒトである、請求項54~59のいずれか1項に記載の方法。
【請求項61】
前記投与が、前記対象の前記内耳へのものである、請求項54~60のいずれかに記載の方法。
【請求項62】
前記投与が、前記対象の蝸牛へのものである、請求項54~61のいずれか1項に記載の方法。
【請求項63】
前記投与が、正円窓膜注射を介するものである、請求項54~62のいずれか1項に記載の方法。
【請求項64】
前記構築物、前記ベクター、前記AAV粒子、前記組成物、または前記細胞が、デバイスにあらかじめ充填されている、請求項54~63のいずれか1項に記載の方法。
【請求項65】
前記デバイスが、マイクロカテーテルである、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
難聴を患うかまたはそのリスクがある対象における前記難聴の治療のための、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞の使用。
【請求項67】
難聴の治療のための医薬の製造における、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞の使用。
【請求項68】
医薬として使用するための、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞。
【請求項69】
難聴の治療において使用するための、請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞。
【請求項70】
請求項1~44のいずれかに記載の構築物、ベクター、もしくはAAV粒子、請求項45~47のいずれかに記載の組成物、または請求項48~50のいずれかに記載の細胞を含む、キット。
【請求項71】
前記構築物、前記ベクター、前記AAV粒子、前記組成物、または前記細胞が、デバイスにあらかじめ充填されている、請求項70に記載のキット。
【請求項72】
前記デバイスが、マイクロカテーテルである、請求項71に記載のキット。
【請求項73】
前記マイクロカテーテルが、それが外耳道を介して中耳腔に進入し、前記マイクロカテーテルの端部をRWMに接触させることができるような形状となっている、請求項65に記載の方法または請求項72に記載のキット。
【請求項74】
前記マイクロカテーテルの遠位端が、10~1,000ミクロンの直径を有する少なくとも1つのマイクロニードルで構成されている、請求項65または72~73のいずれかに記載の方法またはキット。
【請求項75】
デバイスをさらに含む、請求項70~75のいずれか1項に記載のキット。
【請求項76】
前記デバイスが、図2~4のうちのいずれか1つに描かれるデバイスである、請求項75に記載のキット。
【請求項77】
前記デバイスが、屈曲部分及び斜めになった先端を含む針を含む、請求項75または76に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
関連出願の相互参照
本願は、2021年9月30日に出願された米国仮特許出願第63/251,017号に対する優先権を主張するものであり、同文献の内容全体が参照により本明細書に援用される。
【0002】
電子的に提出された配列表への参照
電子的に提出された配列表(名称:4833_013PC01_SeqListing_ST26.xml、サイズ:164,451バイト、及び作成日:2022年9月29日)の内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0003】
難聴は、伝音性(外耳道または中耳から発生する)、感音性(内耳または聴神経から発生する)、または混合型であり得る。非症候性聴覚消失のほとんどの形態は、内耳における構造への損傷によって引き起こされる永久的難聴に関連するが(感音性聴覚消失)、一部の形態は、中耳における変化を伴い得る(伝音性難聴)。ヒトの感音性難聴の大多数は、蝸牛内のコルチ器の有毛細胞における異常(良好でない有毛細胞機能)によって引き起こされる。有毛細胞は、誕生時に異常である場合もあれば、個体の生涯の間に損傷を受ける(例えば、騒音性外傷または感染の結果として)場合もある。
【0004】
難聴に対する治療には、現在のところ、軽度から高度の喪失に対する聴力増幅、及び高度から重度の喪失に対する蝸牛移植が含まれる(Kral and O’Donoghue,2010,N.Engl.J.Med.363:1438-1450)。非症候性聴覚消失及び他の形態の難聴に対する改善された治療選択肢に対する必要性がある。
【発明の概要】
【0005】
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、該プロモーターが、オンコモジュリン(OCM)プロモーター、プレスチンプロモーター、コリン作動性受容体ニコチン性アルファ10(CHRNA10)プロモーター、ダイナミン3(DNM3)プロモーター、ムチン14(MUC15)プロモーター、ホスホリパーゼD(PLDB1)プロモーター、RAR関連オーファン受容体B(RORB)プロモーター、ストリアチン相互作用タンパク質2(STRIP2)プロモーター、アクアポリン11(AQP11)プロモーター、電位依存性カリウムチャネルサブファミリーQメンバー4(KCNQ4)プロモーター、LBHプロモーター、ステレオシリン(STRC)プロモーター、チューブリンアルファ8(TUBA8)プロモーター、またはそれらの組み合わせ、オンコモジュリン(OCM)プロモーターのうちの1つまたは複数から選択される、構築物に関する。
【0006】
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、該プロモーターが、ポリヌクレオチドに対して異種である、構築物に関する。
【0007】
一部の態様では、プロモーターは、配列番号1~15のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。
【0008】
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、該プロモーターが、配列番号1~15のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物に関する。
【0009】
一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号3または配列番号15に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。
【0010】
一部の態様では、オンコモジュリン(OCM)プロモーターは、配列番号1または配列番号2に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。
【0011】
一部の態様では、プロモーターは、ポリヌクレオチドに対して異種である。
【0012】
一部の態様では、ポリペプチドは、外有毛細胞ポリペプチド、治療用ポリペプチド、またはレポーターポリペプチドである。
【0013】
一部の態様では、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(pejvakin)(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセント(eyes absent)ホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体(recetpro)P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉(small muscle)タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(taperin)(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(harmonin)(USH1C)、アッシャリン(usherin)(USH2A)、ウォルフラミン(wolframin)(WFS1)、ならびにワールリン(whirlin)(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む。
【0014】
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞においてポリペプチドを発現させるための、本明細書に開示される構築物、ベクター、ウイルス粒子(例えば、AAV)、細胞、組成物、及び薬学的組成物の使用方法に関する。
【0015】
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞においてポリペプチドの発現を増加させるための、本明細書に開示される構築物、ベクター、ウイルス粒子(例えば、AAV)、細胞、組成物、及び薬学的組成物の使用方法に関する。一部の態様では、増加した発現は、外有毛細胞における内在性ポリペプチド発現と比べたものである。
【0016】
本開示のある特定の態様は、難聴を治療するための、本明細書に開示される構築物、ベクター、ウイルス粒子(例えば、AAV)、細胞、組成物、及び薬学的組成物の使用方法に関する。
【図面の簡単な説明】
【0017】
図1A】外有毛細胞プロモーターを含む構築物からのKCNQ4タンパク質のインビトロ発現を図示する。プレスチン、オンコモジュリン、CMV、またはCAGプロモーターによって駆動される構築物を含む500ngの例示的なプラスミドでトランスフェクトされたHEK293細胞におけるKCNQ4-FLAGタンパク質レベル(「KCNQ4-FLAG」)を示す(赤色のバンド、白枠)。GAPDHがローディング対照として示される(緑色)。
図1B】外有毛細胞プロモーターを含む構築物からのKCNQ4タンパク質のインビトロ発現を図示する。DNM3、STRIP2、MUC15、LBD1、RORB、CHRNA10、プレスチン、オンコモジュリン、またはCMVプロモーターによって駆動される構築物を含む400ngの例示的なプラスミドでトランスフェクトされたHEK293細胞におけるKCNQ4-FLAGタンパク質レベルを示す(赤色のバンド、白枠)。GAPDHがローディング対照として示される(緑色)。
図1C】外有毛細胞プロモーターを含む構築物からのKCNQ4タンパク質のインビトロ発現を図示する。AQP11、KCNQ4、LBH、TUBA8、STRC、プレスチン、オンコモジュリン、またはCMVプロモーターによって駆動される構築物を含む400ngの例示的なプラスミドでトランスフェクトされたHEK293細胞におけるKCNQ4-FLAGタンパク質レベルを示す(赤色のバンド、白枠)。GAPDHがローディング対照として示される(緑色)。
図2】本開示の態様による、流体を内耳に送達するためのデバイスの透視図を図示する。
図3】本開示の態様による、屈曲針サブアセンブリの側面図を図示する。
図4】本開示の態様による、流体を内耳に送達するためのデバイスの透視図を図示する。
図5】本開示の態様による、デバイスの遠位端に連結された屈曲針サブアセンブリの透視図を図示する。
図6】A~Cは、プレスチンプロモーターの制御下にあるKCNQ4タンパク質をコードするrAAV構築物のインビボ発現を図示する。Aは、配列番号26の構築物を含むrAAV粒子を生後2日のKcnq4dn/+KIマウスの内耳に投与してから28日後の蝸牛におけるF-アクチンのファロイジン染色を示す。Bは、配列番号26の構築物を含むrAAV粒子を生後2日のKcnq4dn/+KIマウスの内耳に投与してから28日後の外有毛細胞における異種KCNQ4の発現を示す。Cは、配列番号26の構築物を含むrAAV粒子を生後2日のKcnq4dn/+KIマウスの内耳に投与してから28日後の、蝸牛の16kHz周波数位置での外有毛細胞における異種KCNQ4発現の拡大図を示す。
【0018】
定義
本開示の範囲は、本明細書に添付される特許請求の範囲によって定義され、本明細書に記載のある特定の態様によっては限定されない。当業者であれば、本明細書を読めば、そのように記載される態様と同等であり得るか、さもなければ特許請求の範囲内にあり得る種々の変更形態に気付くであろう。一般に、本明細書で使用される用語は、別途明確に指示されない限り、当該技術分野で理解されるそれらの意味に従う。ある特定の用語の明示的な定義が下記に提供される。本明細書全体を通して特定の出現例におけるこれら及び他の用語の意味は、文脈から当業者に明らかとなろう。
【0019】
請求項要素を修飾するような、特許請求の範囲における「第1の」、「第2の」、「第3の」等といった順序を示す用語の使用は、それ自体、1つの請求項要素の、別の請求項要素に対するいかなる優先、優位性、もしくは順序、または方法の行為が行われる時間的順序も内包するものではなく、むしろ、請求項要素を区別するために、ある特定の名称を有する1つの請求項要素を、同じ名称(順序を示す用語の使用を除いて)を有する別の要素と区別するためのラベルとして使用されるにすぎない。
【0020】
本明細書で使用される冠詞「a」及び「an」は、反対の明確な指示がない限り、複数形の指示対象を含むことが理解されるべきである。群の1つまたは複数の成員間に「または」を含む請求項または説明は、反対の指示がない限り、または文脈から別途明らかでない限り、群の成員のうちの1つ、1つよりも多く、または全てが所与の生成物またはプロセスに存在するか、用いられるか、または別様にそれと関連性がある場合、満たされるとみなされる。一部の態様では、群の厳密に1つの成員が、所与の生成物またはプロセスに存在するか、用いられるか、または別様にそれと関連性がある。一部の態様では、1つよりも多く、または全ての群の成員が、所与の生成物またはプロセスに存在するか、用いられるか、または別様にそれと関連性がある。本開示は、別途指示されない限り、または矛盾もしくは不一致が生じようことが当業者に明らかでない限り、列挙される請求項のうちの1つまたは複数からの1つまたは複数の制限、要素、節、説明的用語等が、同じ基本請求項(または関連性がある場合、任意の他の請求項)に従属する別の請求項に導入される、全ての変形、組み合わせ、及び置換を包含することを理解されたい。要素がリストとして提示される場合(例えば、マーカッシュ群または類似の形式で)、要素の各下位群もまた開示されており、任意の要素(複数可)がその群から取り除かれる可能性があることを理解されたい。一般に、態様または態様が特定の要素、特徴等「を含む」ものとして言及される場合、ある特定の態様または態様は、かかる要素、特徴等「からなる」か、またはそれ「から本質的になる」ことを理解されたい。簡略化の目的で、それらの態様は、全ての場合において本明細書ではっきりと明確に記載されているわけではない。任意の実施形態または態様が特許請求の範囲から明示的に除外される可能性があり、これはその特定の除外が本明細書に列挙されているかどうかを問わないことも理解されたい。
【0021】
本明細書全体を通して、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドがひと続きの文字(例えば、A、C、G、及びT、これらはポリヌクレオチドの場合、それぞれアデノシン、シチジン、グアノシン、及びチミジンを意味する)によって表される場合はいつでも、かかるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、左から右に、5’から3’またはN末端からC末端の順序で提示される。
【0022】
投与:本明細書で使用されるとき、「投与」という用語は典型的には、対象または系への薬剤の送達を達成するための、対象または系への構築物または組成物の投与を指す。一部の態様では、薬剤は、組成物であるか、またはそれに含まれ、一部の態様では、薬剤は、組成物またはその1つもしくは複数の構成成分の代謝により生成される。当業者であれば、適切な状況で、対象、例えばヒトへの投与に利用され得る、様々な経路に気付くであろう。例えば、一部の態様では、投与は、全身または局所であり得る。一部の態様では、全身投与は、静脈内であり得る。一部の態様では、投与は、局所であり得る。局所投与は、例えば、正円窓膜を通したもしくは鼓室階への注射を介した蝸牛外リンパ、内リンパを通した中央階注射、耳道造設術(canalostomy)後の外リンパ及び/または内リンパへの送達を伴い得る。一部の態様では、投与は、単回用量のみを伴ってもよい。一部の態様では、投与は、固定数の用量の適用を伴ってもよい。一部の態様では、投与は、断続的(例えば、時間を空けた複数回用量)及び/または周期的(例えば、共通の一定期間を空けた個々の用量)投薬である投薬を伴ってもよい。一部の態様では、投与は、少なくとも選択される一定期間にわたる持続的投薬(例えば、灌流)を伴ってもよい。
【0023】
アレル:本明細書で使用されるとき、「アレル」という用語は、特定の多型の遺伝子座の2つ以上の既存の遺伝子バリアントのうちの1つを指す。
【0024】
改善:本明細書で使用されるとき、「改善」という用語は、対象の状態の予防、低減、もしくは一時的緩和、または状態の好転を指す。改善には、疾患、障害、または病態の完全な回復または完全な予防が含まれてもよいが、それを必要とするわけではない。
【0025】
アミノ酸:その最も広義において、本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」という用語は、例えば、1つまたは複数のペプチド結合の形成により、ポリペプチド鎖に組み込まれ得る任意の化合物及び/または物質を指す。一部の態様では、アミノ酸は、例えば、HN-C(H)(R)-COOHの一般構造を有する。一部の態様では、アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸である。一部の態様では、アミノ酸は、非天然アミノ酸であり、一部の態様では、アミノ酸は、D-アミノ酸であり、一部の態様では、アミノ酸は、L-アミノ酸である。「標準アミノ酸」とは、天然に存在するペプチドに一般的に見られる20個の標準的なL-アミノ酸のうちのいずれかを指す。「非標準アミノ酸」とは、それが合成的に調製されるかまたは天然源から得られるかを問わず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。一部の態様では、ポリペプチドにおけるカルボキシ末端及び/またはアミノ末端のアミノ酸を含めたアミノ酸は、上記に示される一般構造と比較して構造的修飾を含有し得る。例えば、一部の態様では、アミノ酸は、一般構造と比較して(例えば、アミノ基、カルボン酸基、1つもしくは複数のプロトン、及び/またはヒドロキシル基の)メチル化、アミド化、アセチル化、ペグ化、グリコシル化、リン酸化、及び/または置換によって修飾され得る。一部の態様では、かかる修飾は、例えば、修飾されたアミノ酸を含有するポリペプチドの循環半減期を、さもなければ同一の未修飾アミノ酸を含有するものと比較して変化させ得る。一部の態様では、かかる修飾は、修飾されたアミノ酸を含有するポリペプチドの適切な活性を、さもなければ同一の未修飾アミノ酸を含有するものと比較して顕著に変化させない。
【0026】
およそまたは約:本明細書で使用されるとき、「およそ」または「約」という用語は、述べられる参照値に類似した値を含む、目的の1つまたは複数の値に適用され得る。一部の態様では、「およそ」または「約」という用語は、別途定めのない限り、または文脈から別途明らかでない限り、述べられる参照値の±10%以内(それよりも大きいまたは小さい)に収まる値の範囲を指す(かかる数が、可能な値の100%を超える場合を除く)。例えば、一部の態様では、「およそ」または「約」という用語は、参照値の10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、またはそれ未満以内である値の範囲を包含し得る。
【0027】
関連する:本明細書で使用されるとき、「関連する」という用語は、2つの事象または実体が、一方の存在、レベル、及び/または形態が他方のそれと相関付けられる場合、互いに「関連する」として説明する。例えば、特定の実体(例えば、ポリペプチド、遺伝子シグネチャ、代謝産物、微生物等)は、その存在、レベル、及び/または形態が(例えば、関連性のある集団にわたって)疾患、障害、または病態の発生率及び/または易罹患性と相関する場合、特定の疾患、障害、または病態に関連するとみなされる。一部の態様では、2つ以上の実体は、それらが互いに物理的に近接している及び/または互いに物理的に近接したままであるように、それらが直接的または間接的に相互作用する場合、互いに物理的に「関連する」。一部の態様では、互いに物理的に関連する2つ以上の実体は、互いに共有結合性で連結されており、一部の態様では、互いに物理的に関連する2つ以上の実体は、互いに共有結合性では連結されていないが、例えば、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、磁気、及びそれらの組み合わせの手段によって非共有結合性で関連している。
【0028】
生物学的に活性:本明細書で使用されるとき、「生物学的に活性」という用語は、目的の薬剤または実体によって達成される観察可能な生物学的効果または結果を指す。例えば、一部の態様では、特定の結合相互作用が生物学的活性である。一部の態様では、生物学的経路または事象の調節(例えば、誘導、強化、または阻害)が生物学的活性である。一部の態様では、目的の生物学的経路または事象によって生成された直接的または間接的生成物の検出により、生物学的活性の存在または程度が評定される。
【0029】
細胞選択的プロモーター:本明細書で使用されるとき、「細胞選択的プロモーター」という用語は、ある特定の細胞種において主に活性なプロモーターを指す(例えば、特定の遺伝子の転写が、組織特異的プロモーターに結合する転写調節及び/または制御タンパク質を発現する細胞内でのみ生じる)。一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、内耳の1つまたは複数の外有毛細胞において主に活性なプロモーターである。
【0030】
特徴的部分:本明細書で使用されるとき、「特徴的部分」という用語は、最も広義において、物質の部分であって、その存在(または不在)がその物質の特定の特徴、属性、または活性の存在(または不在)と相関するものを指す。一部の態様では、物質の特徴的部分は、特定の特徴、属性、または活性を共有する所与の物質及び関連する物質に見られるが、その特定の特徴、属性、または活性を共有しないものにおいては見られない部分である。一部の態様では、特徴的部分は、無傷の物質と少なくとも1つの機能的特性を共有する。例えば、一部の態様では、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」とは、合わせてタンパク質またはポリペプチドに特有の、連続した一続きのアミノ酸、または連続した一続きのアミノ酸の集まりを含有するものである。一部の態様では、かかる連続した一続きの各々は一般に、少なくとも2、5、10、15、20、50個、またはそれよりも多くのアミノ酸を含有する。一般に、物質の(例えば、タンパク質、抗体等の)特徴的部分は、上記で明記された配列及び/または構造的同一性に加えて、関連性のある無傷の物質と少なくとも1つの機能的特性を共有するものである。一部の態様では、特徴的部分は、生物学的に活性であり得る。
【0031】
特徴的配列:本明細書で使用されるとき、「特徴的配列」という用語は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーの全てのメンバーに見られる配列であり、したがって、当該ファミリーのメンバーを定義するために当業者により使用され得る。
【0032】
特徴的配列要素:本明細書で使用されるとき、「特徴的配列要素」という語句は、ポリマーに(例えば、ポリペプチドまたは核酸に)見られる、そのポリマーの特徴的部分を表す配列要素を指す。一部の態様では、特徴的配列要素の存在は、ポリマーの特定の活性または特性の存在またはレベルと相関する。一部の態様では、特徴的配列要素の存在(または不在)は、特定のポリマーが、かかるポリマーの特定のファミリーまたは群のメンバーである(またはメンバーでない)として定義する。特徴的配列要素は典型的には、少なくとも2つのモノマー(例えば、アミノ酸またはヌクレオチド)を含む。一部の態様では、特徴的配列要素は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50個、またはそれよりも多くのモノマー(例えば、連続的に連結されたモノマー)を含む。一部の態様では、特徴的配列要素は、配列要素を共有するポリマーにわたって長さが異なる場合も、異ならない場合もある1つまたは複数のスペーサー領域によって離間された、少なくとも第1の一続きの連続したモノマー及び第2の一続きの連続したモノマーを含む。
【0033】
併用療法:本明細書で使用されるとき、「併用療法」という用語は、対象が2つ以上の治療レジメン(例えば、2つ以上の治療剤)に同時に曝露される状況を指す。一部の態様では、2つ以上の薬剤は、同時に投与されてもよい。一部の態様では、2つ以上の薬剤は、順次に投与されてもよい。一部の態様では、2つ以上の薬剤は、重複する投薬レジメンで投与されてもよい。
【0034】
同等:本明細書で使用されるとき、「同等」という用語は、互いに同一でない場合があるが、それらの間の比較を可能にするのに十分に類似しており、よって、観察される差異または類似性に基づいて結論が合理的に導かれ得ることが当業者には理解されよう、2つ以上の薬剤、実体、状況、条件セット、対象、集団等を指す。一部の態様では、同等の薬剤、実体、状況、条件セット、対象、集団等のセットは、複数の実質的に同一の特徴及び1つまたは少数の変化に富む特徴によって特徴付けられる。当業者であれば、任意の所与の状況で、2つ以上のかかる薬剤、実体、状況、条件セット、対象、集団等が同等とみなされるにはどの程度の同一性が必要とされるかを文脈において理解しよう。例えば、当業者であれば、薬剤、実体、状況、条件セット、対象、集団等のセットは、異なる状況、刺激、薬剤、実体、状況、条件セット、対象、集団等のセットの下でまたはそれにより得られた結果または観察された現象における差異が、変化に富むそれらの特徴における変動によって引き起こされるか、またはそれを示すものであるという、合理的な結論を保証するのに十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、互いに同等であることを理解しよう。
【0035】
構築物:本明細書で使用されるとき、「構築物」という用語は、少なくとも1つの異種ポリヌクレオチドを運搬することができるポリヌクレオチドを含む組成物を指す。一部の態様では、構築物は、プラスミド、トランスポゾン、コスミド、人工染色体(例えば、ヒト人工染色体(HAC)、酵母人工染色体(YAC)、細菌人工染色体(BAC)、もしくはP1由来人工染色体(PAC))またはウイルスベクター、カプシド、ウイルス粒子、及び任意のGateway(登録商標)プラスミドであり得る。構築物は、例えば、発現のために十分なシス作用要素を含むことができ、発現のための他の要素は、宿主霊長類細胞によって、またはインビトロ発現系において供給され得る。構築物は、適切な調節要素に関連付けられた場合に複製することができる任意の遺伝子要素(例えば、プラスミド、トランスポゾン、コスミド、人工染色体、またはウイルスベクター、カプシド、ウイルス粒子等)を含んでもよい。故に、一部の態様では、「構築物」には、クローニング及び/または発現構築物及び/またはウイルス構築物(例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV)構築物、アデノウイルス構築物、レンチウイルス構築物、またはレトロウイルス構築物)が含まれ得る。
【0036】
保存的:本明細書で使用されるとき、「保存的」という用語は、あるアミノ酸残基の、類似の化学特性(例えば、電荷または疎水性度)を持つ側鎖R基を有する別のアミノ酸残基との置換を含む、保存的アミノ酸置換を説明する事例を指す。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の目的の機能的特性、例えば、受容体がリガンドに結合する能力を実質的に変化させない。類似の化学特性を持つ側鎖を有するアミノ酸の群の例としては、グリシン(Gly、G)、アラニン(Ala、A)、バリン(Val、V)、ロイシン(Leu、L)、及びイソロイシン(Ile、I)等の脂肪族側鎖;セリン(Ser、S)及びトレオニン(Thr、T)等の脂肪族ヒドロキシル側鎖;アスパラギン(Asn、N)及びグルタミン(Gln、Q)等のアミド含有側鎖;フェニルアラニン(Phe、F)、チロシン(Tyr、Y)、及びトリプトファン(Trp、W)等の芳香族側鎖;リジン(Lys、K)、アルギニン(Arg、R)、及びヒスチジン(His、H)等の塩基性側鎖;アスパラギン酸(Asp、D)及びグルタミン酸(Glu、E)等の酸性側鎖;ならびにシステイン(Cys、C)及びメチオニン(Met、M)等の硫黄含有側鎖が挙げられる。保存的アミノ酸置換基には、例えば、バリン/ロイシン/イソロイシン(Val/Leu/Ile、V/L/I)、フェニルアラニン/チロシン(Phe/Tyr、F/Y)、リジン/アルギニン(Lys/Arg、K/R)、アラニン/バリン(Ala/Val、A/V)、グルタミン酸/アスパラギン酸(Glu/Asp、E/D)、及びアスパラギン/グルタミン(Asn/Gln、N/Q)が含まれる。一部の態様では、保存的アミノ酸置換は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発で使用されるような、タンパク質における任意の天然残基の、アラニンとの置換であり得る。一部の態様では、Gonnet et al.,1992,Science 256:1443-1445(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)に開示されるPAM250対数尤度行列において正の値を有する保存的置換が行われる。一部の態様では、置換は、置換がPAM250対数尤度行列において負でない値を有する、適度に保存的な置換である。当業者であれば、異なる種由来の同じタンパク質の間で保存されていないアミノ酸の変化(例えば、置換、付加、欠失等)がタンパク質の機能に対して影響を有する可能性が低いため、これらのアミノ酸が変異のために選択されるべきであることを理解しよう。異なる種由来の同じタンパク質の間で保存されているアミノ酸は変化(例えば、欠失、付加、置換等)させるべきでなく、これは、これらの変異がタンパク質の機能の変化をもたらす可能性が高いためである。例示的な保存的アミノ酸置換が表1に示される。
【表1】
【0037】
対照:本明細書で使用されるとき、「対照」という用語は、結果が比較される基準であるという、当該技術分野で理解される「対照」の意味を指す。典型的には、対照は、可変要素についての結論を下すためにかかる可変要素を切り離すことによって、実験における完全性を増強するために使用される。一部の態様では、対照は、比較対象を提供するために試験反応またはアッセイと同時に実施される反応またはアッセイである。例えば、1つの実験において、「試験」(すなわち、試験されている可変要素)が適用される。第2の実験、すなわち「対照」において、試験されている可変要素は適用されない。一部の態様では、対照は、(例えば、以前に実施された試験もしくはアッセイ、または従来より知られている量もしくは結果の)歴史的対照である。一部の態様では、対照は、印刷されたまたは他の方法で保存された記録であるか、またはそれを含む。一部の態様では、対照は、陽性対照である。一部の態様では、対照は、陰性対照である。
【0038】
決定する、測定する、評価する、評定する、アッセイする、及び分析する:本明細書で使用されるとき、「決定する」、「測定する」、「評価する」、「評定する」、「アッセイする」、及び「分析する」という用語は、任意の形態の測定を指して互換的に使用され得、ある要素が存在するか否かを決定することを含み得る。これらの用語は、定量的決定及び/または定性的決定の両方を含む。アッセイすることは、相対的であっても、絶対的であってもよい。例えば、一部の態様では、「~の存在についてアッセイする」とは、存在する何らかのものの量を決定すること及び/またはそれが存在するかもしくは不在であるか否かを決定することであり得る。
【0039】
内在性:物質またはプロセスに関して本明細書で使用されるとき、生物、組織、または細胞等の系内に源を発する、天然に存在する物質またはプロセスを指す。
【0040】
操作された(engineered):一般に、本明細書で使用されるとき、「操作された(engineered)」という用語は、人為的に操作されている(manipulated)態様を指す。例えば、細胞または生物は、その遺伝情報が改変される(例えば、以前には存在しなかった新たな遺伝物質が、例えば形質転換、交配、体細胞交雑、トランスフェクション、形質導入、もしくは他の機構によって導入されている、または以前に存在していた遺伝物質が、例えば置換もしくは欠失変異によって、もしくは交配プロトコルによって改変もしくは除去される)ように操作されている(manipulated)場合、「操作された(engineered)」とみなされる。慣習であり、かつ当業者に理解されるように、操作されたポリヌクレオチドまたは細胞の子孫は典型的には、実際の操作(manipulation)が前の実体に対して実施されたとしても依然として「操作された(engineered)」と称される。
【0041】
賦形剤:本明細書で使用されるとき、「賦形剤」という用語は、例えば、所望の粘稠度または安定化効果を提供するためまたはそれに寄与するために薬学的組成物に含められ得る、不活性(例えば、非治療的)薬剤を指す。一部の態様では、好適な薬学的賦形剤には、例えば、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール等が含まれ得る。
【0042】
発現:本明細書で使用されるとき、核酸配列の「発現」という用語は、核酸配列からの任意の遺伝子産物(例えば、転写産物、例えば、mRNA、例えば、ポリペプチド等)の生成を指す。一部の態様では、遺伝子産物は、転写産物であり得る。一部の態様では、遺伝子産物は、ポリペプチドであり得る。一部の態様では、核酸配列の発現は、以下のうちの1つまたは複数を伴う:(1)DNA配列からのRNA鋳型の産生(例えば、転写による)、(2)RNA転写産物のプロセシング(例えば、スプライシング、編集、5’キャップ形成、及び/または3’末端形成による)、(3)RNAのポリペプチドもしくはタンパク質への翻訳、及び/または(4)ポリペプチドもしくはタンパク質の翻訳後修飾。
【0043】
挟まれた:本明細書で使用されるとき、「挟まれた」という用語は、参照アイテムの末端に対する位置を指す。例えば、参照核酸配列(複数可)に関して、「挟まれた」とは、参照核酸配列(複数可)の上流及び下流に配列を有することを指す。一部の態様では、挟まれた指示対象の核酸配列は、指示対象の核酸の5’末端に隣接して位置付けられた第1の配列または一連のヌクレオチド残基及び指示対象の核酸の3’末端に隣接して位置付けられた第2の配列または一連のヌクレオチド残基を有する。一部の態様では、上流及び/または下流の隣接配列は、指示対象の核酸配列に直接隣接する。一部の態様では、上流及び/または下流の隣接配列と指示対象の核酸配列との間に介在する核酸が存在する。
【0044】
機能的:本明細書で使用されるとき、「機能的」という用語は、そのものを特徴付ける特性及び/または活性を示す形態で存在する何らかのものを説明する。例えば、一部の態様では、「機能的」生体分子は、それを特徴付ける特性及び/または活性を示す形態で存在する生体分子である。一部のかかる態様では、機能的生体分子は、「非機能的」バージョンが「機能的」分子と同じまたは等価の特性及び/または活性を示さないという点で非機能的である、別の生体分子と比べて特性評価される。生体分子は、1つの機能、2つの機能(すなわち、二機能性)、または多くの機能(すなわち、多機能性)を有してもよい。
【0045】
遺伝子:本明細書で使用されるとき、「遺伝子」という用語は、遺伝子産物(例えば、RNA産物、例えば、ポリペプチド産物)をコードする染色体内のDNA配列を指す。一部の態様では、遺伝子は、コード配列(すなわち、特定の産物をコードする配列)を含む。一部の態様では、遺伝子は、非コード配列を含む。一部の特定の態様では、遺伝子は、コード(例えば、エクソン)配列及び非コード(例えば、イントロン)配列の両方を含んでもよい。一部の態様では、遺伝子は、例えば、遺伝子発現の1つまたは複数の態様(例えば、細胞種特異的発現、誘導性発現等)を制御し得るかまたはそれに影響を及ぼし得る、1つまたは複数の調節配列(例えば、プロモーター、エンハンサー等)及び/またはイントロン配列を含んでもよい。本明細書で使用されるとき、「遺伝子」という用語は一般に、ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸の一部分を指す。文脈から当業者には明らかとなろうが、この用語は、任意選択で調節配列を包含してもよい。この定義は、「遺伝子」という用語の非タンパク質コード発現単位への適用を除外することは意図されず、むしろ、本明細書で使用されるこの用語が、ほとんどの場合において、ポリペプチドコード核酸を指すことを明確化するためのものである。一部の態様では、遺伝子は、ポリペプチドをコードしてもよいが、そのポリペプチドは機能的でない場合があり、例えば、遺伝子バリアントは、野生型遺伝子と比べて同じように機能しないか、または全く機能しないポリペプチドをコードしてもよい。一部の態様では、遺伝子は、一部の態様では閾値レベルを超えると有毒な場合がある、転写産物をコードしてもよい。一部の態様では、遺伝子は、ポリペプチドをコードしてもよいが、そのポリペプチドは、機能的でない場合があり、及び/または閾値レベルを超えると有毒な場合がある。
【0046】
有毛細胞:本明細書で使用されるとき、「有毛細胞」または「内耳有毛細胞」という用語は、全ての脊椎動物の耳における聴覚系及び前庭系の両方の感覚受容器を指す。「有毛細胞」または「内耳有毛細胞」という用語は、内有毛細胞及び/または外有毛細胞を指す。「内有毛細胞」または「内耳内有毛細胞」という用語は、蝸牛内の流体からの音の振動を電気信号に変換する内耳の細胞を指し、この電気信号が次いで聴覚神経を介して脳に伝達される。「外有毛細胞」または「内耳外有毛細胞」という用語は、機械的に蝸牛の流体に進入する低レベル音を増幅する内耳の細胞を指す。
【0047】
難聴:本明細書で使用されるとき、「難聴」という用語は、生存生物の聴覚能力の部分的または完全な欠如に対して使用され得る。一部の態様では、難聴は、後天性であり得る。一部の態様では、難聴は、遺伝性(hereditary)であり得る。一部の態様では、難聴は、遺伝性(genetic)であり得る。一部の態様では、難聴は、疾患または外傷(例えば、身体的外傷、難聴をもたらす1つまたは複数の薬剤での治療等)の結果としてのものであり得る。一部の態様では、難聴は、1つまたは複数の既知の遺伝的原因及び/または症候群に起因するものであり得る。一部の態様では、難聴は、病因不明のものであり得る。一部の態様では、難聴は、補聴器または他の治療の使用によって軽減される場合もあれば、されない場合もある。
【0048】
異種:本明細書で使用されるとき、「異種」という用語は、異なる供給源に由来する2つ以上の核酸またはタンパク質配列間の関係である。一部の態様では、タンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターは、当該タンパク質をコードする遺伝子以外の異なる遺伝子に由来してもよい。
【0049】
同一性:本明細書で使用されるとき、「同一性」という用語は、ポリマー分子間の、例えば、核酸分子(例えば、DNA分子及び/またはRNA分子)間の及び/またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。一部の態様では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または99%同一である場合、互いに「実質的に同一」とみなされる。2つの核酸またはポリペプチド配列の同一性パーセントの算出は、例えば、最適な比較を得る目的で2つの配列をアライメントすることによって実施することができる(例えば、最適なアライメントを得るために第1の配列及び第2の配列の一方または両方においてギャップが導入され得、同一でない配列は比較目的で無視され得る)。一部の態様では、比較目的でアライメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、または実質的に100%であり、対応する位置でのヌクレオチドが次いで比較される。第1の配列における位置が、第2の配列における対応する位置と同じ残基(例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸)によって占有される場合、それら2つの(すなわち、第1及び第2の)分子は、その位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適なアライメントを得るために導入する必要のあるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮した上で、比較されている2つの配列によって共有される同一の位置の数の関数である。配列の比較及び2つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して遂行することができる。例えば、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ALIGNプログラム(第2.0版)に組み込まれているMeyers and Miller(CABIOS,1989,4:11-17(参照によりその全体が本明細書に援用される))のアルゴリズムを使用して決定することができる。一部の態様では、ALIGNプログラムを用いて行われる核酸配列の比較は、PAM120重み残基表、ギャップ長ペナルティ12、及びギャップペナルティ4を使用する。
【0050】
改善する、増加させる、強化する、阻害する、または低減する:本明細書で使用されるとき、「改善する」、「増加させる」、「強化する」、「阻害する」、「低減する」という用語、またはそれらの文法上の等価物は、ベースラインまたは他の参照測定値と比べた値を示す。一部の態様では、値は、ベースラインまたは他の参照測定値との統計的有意差である。一部の態様では、適切な参照測定値は、特定の薬剤もしくは治療の存在(例えば、その前及び/または後)を除いてその他の点では同等の条件下での、または適切な同等の参照薬剤の存在下での特定の系(例えば、単一の個体)における測定値であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、適切な参照測定値は、関連性のある薬剤または治療の存在下で、特定の方式で応答すること知られているかまたは予想される同等の系における測定値であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、適切な参照は、陰性参照であり、一部の態様では、適切な参照は、陽性参照である。
【0051】
ノックダウン:本明細書で使用されるとき、「ノックダウン」という用語は、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の減少を指す。一部の態様では、阻害性核酸がノックダウンを達成する。一部の態様では、本明細書に記載のゲノム編集システムがノックダウンを達成する。
【0052】
ノックアウト:本明細書で使用されるとき、「ノックアウト」という用語は、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の除去を指す。一部の態様では、本明細書に記載のゲノム編集システムがノックアウトを達成する。
【0053】
核酸:本明細書で使用されるとき、「核酸」という用語は、その最も広義において、オリゴヌクレオチド鎖に組み込まれるか、または組み込まれ得る任意の化合物及び/または物質を指す。一部の態様では、核酸は、ホスホジエステル結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に組み込まれるか、または組み込まれ得る化合物及び/または物質である。文脈から明らかとなろうが、一部の態様では、「核酸」とは、個々の核酸残基(例えば、ヌクレオチド及び/またはヌクレオシド)を指し、一部の態様では、「核酸」とは、個々の核酸残基を含むオリゴヌクレオチド鎖を指す。一部の態様では、「核酸」は、RNAであるか、またはそれを含み、一部の態様では、「核酸」は、DNAであるか、またはそれを含む。一部の態様では、核酸は、1つまたは複数の天然核酸残基であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、核酸は、1つまたは複数の核酸類似体であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、核酸類似体は、それがホスホジエステル骨格を利用しないという点で核酸とは異なる。代替としてまたは追加として、一部の態様では、核酸は、ホスホジエステル結合ではなく1つまたは複数のホスホロチオエート及び/または5’-N-ホスホロアミダイト結合を有する。一部の態様では、核酸は、1つまたは複数の天然ヌクレオシド(例えば、アデノシン、チミジン、グアノシン、シチジン、ウリジン、デオキシアデノシン、デオキシチミジン、デオキシグアノシン、及びデオキシシチジン)であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、核酸は、1つまたは複数のヌクレオシド類似体(例えば、2-アミノアデノシン、2-チオチミジン、イノシン、ピロロ-ピリミジン、3-メチルアデノシン、5-メチルシチジン、C-5プロピニル-シチジン、C-5プロピニル-ウリジン、2-アミノアデノシン、C5-ブロモウリジン、C5-フルオロウリジン、C5-ヨードウリジン、C5-プロピニル-ウリジン、C5-プロピニル-シチジン、C5-メチルシチジン、2-アミノアデノシン、7-デアザアデノシン、7-デアザグアノシン、8-オキソアデノシン、8-オキソグアノシン、0(6)-メチルグアニン、2-チオシチジン、メチル化塩基、インターカレーション塩基、及びそれらの組み合わせ)であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、核酸は、天然核酸における糖と比較して1つまたは複数の修飾糖(例えば、2’-フルオロリボース、リボース、2’-デオキシリボース、アラビノース、及びヘキソース)を含む。一部の態様では、核酸は、RNAまたはタンパク質等の機能的遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を有する。一部の態様では、核酸は、1つまたは複数のイントロンを含む。一部の態様では、核酸は、天然供給源からの単離、相補的鋳型に基づく重合による酵素的合成(インビボまたはインビトロ)、組換え細胞または系における複製、及び化学合成のうちの1つまたは複数によって調製される。一部の態様では、核酸は、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000残基長、またはそれよりも長い残基長である。一部の態様では、核酸は、部分的または完全に一本鎖であり、一部の態様では、核酸は、部分的または完全に二本鎖である。一部の態様では、核酸は、ポリペプチドをコードするか、またはそれをコードする配列に相補的である少なくとも1つの要素を含むヌクレオチド配列を有する。一部の態様では、核酸は、酵素活性を有する。
【0054】
作動可能に連結された:本明細書で使用されるとき、記載される構成成分が、それらの意図される様態でそれらが機能することを可能にする関係にある、並置を指す。機能的要素に「作動可能に連結された」制御要素は、制御要素と適合性の条件下で機能的要素の発現及び/または活性が達成されるような方式で関連付けられている。一部の態様では、「作動可能に連結された」制御要素は、目的のコーディング要素と連続的であり(例えば、共有結合性で連結されている)、一部の態様では、制御要素は、目的の機能的要素に対してトランスに、または他の様態でそれから離れて作用する。一部の態様では、「作動可能に連結された」とは、調節配列と異種核酸配列との間における、後者の発現をもたらす機能的結合を指す。例えば、第1の核酸配列が第2の核酸配列と機能的関係に置かれる場合、第1の核酸配列は、第2の核酸配列と作動可能に連結されている。一部の態様では、例えば、機能的結合は、転写制御を含んでもよい。例えば、プロモーターがコード配列の転写または発現に影響を及ぼす場合、プロモーターは、コード配列に作動可能に連結されている。作動可能に連結されたDNA配列は、互いに連続していることが可能であり、また例えば、2つのタンパク質のコード領域を連結することが必要な場合は、同じリーディングフレーム内にある。
【0055】
薬学的組成物:本明細書で使用されるとき、「薬学的組成物」という用語は、活性薬剤が1つまたは複数の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化される組成物を指す。一部の態様では、活性薬剤は、関連性のある集団に投与されたときに既定の治療効果を達成する統計学的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適切な単位投与量で存在する。一部の態様では、薬学的組成物は、例えば、投与に適応させたもの、例えば水性もしくは非水性の溶液もしくは懸濁液である、例えば注射用製剤、または外耳道内に投与するように設計された液滴を含めて、固体または液体形態での投与のために特別に製剤化され得る。一部の態様では、薬学的組成物は、特定の臓器もしくはコンパートメント、例えば、耳内に直接的に、または全身的に、例えば、静脈内のいずれかにおける、注射を介した投与のために製剤化され得る。一部の態様では、製剤は、飲薬(水性または非水性の溶液または懸濁液)、錠剤、ボーラス、散剤、顆粒剤、パスタ剤、カプセル剤、散剤等であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、活性薬剤は、単離された、精製された、または純粋な化合物であり得るか、またはそれを含み得る。
【0056】
薬学的に許容される:本明細書で使用されるとき、例えば、本明細書に開示される薬学的組成物を製剤化するために使用される担体、希釈剤、または賦形剤に関して使用され得る、「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、または賦形剤が組成物の他の成分と適合性であり、そのレシピエントにとって有害でないことを意味する。
【0057】
薬学的に許容される担体:本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される担体」という用語は、対象化合物を1つの臓器または身体部分から別の臓器または身体部分に運搬または輸送することに関与する、液体または固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料等の薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であるとともに、患者にとって有害でないという意味で「許容される」必要がある。薬学的に許容される担体としての役目を果たすことができる材料のいくつかの例としては、ラクトース、グルコース、及びスクロース等の糖;トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン等のデンプン;ナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、及び酢酸セルロース等のセルロース及びその誘導体;トラガカント末;麦芽;ゼラチン;タルク;ココアバター及び坐剤ワックス等の賦形剤;ピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及び大豆油等の油;プロピレングリコール等のグリコール;グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール等のポリオール;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル等のエステル;寒天;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム等の緩衝剤;アルギン酸;発熱物質不含水;等張食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;pH緩衝液;ポリエステル、ポリカーボネート、及び/またはポリ無水物;ならびに薬学的製剤に用いられる他の無毒の適合性物質が挙げられる。
【0058】
ポリアデニル化:本明細書で使用されるとき、「ポリアデニル化」とは、メッセンジャーRNA分子への、ポリアデニリル(polyadenylyl)部分、またはその修飾バリアントの共有結合を指す。真核生物において、ほとんどのメッセンジャーRNA(mRNA)分子は、3’末端にてポリアデニル化される。一部の態様では、3’ポリ(A)テールは、酵素であるポリアデニル酸ポリメラーゼの作用によりプレmRNAに付加される、アデニンヌクレオチドの長い連なり(例えば、50、60、70、100、200、500、1000、2000、3000、4000、または5000)である。より高等の真核生物においては、ポリ(A)テールは、特定の配列であるポリアデニル化シグナルすなわち「ポリ(A)配列」を含有する転写産物に付加され得る。ポリ(A)テール及びそれに結合したタンパク質は、mRNAをエキソヌクレアーゼによる分解から保護するのを助ける。ポリアデニル化はまた、転写終結、mRNAの核外への搬出、及び翻訳に影響を及ぼし得る。典型的には、ポリアデニル化は、DNAのRNAへの転写直後に核内で生じるが、追加的により後で細胞質においても生じ得る。転写が終結した後、mRNA鎖は、RNAポリメラーゼに関連するエンドヌクレアーゼ複合体の作用により切断され得る。切断部位は、切断部位の近くにある塩基配列AAUAAAの存在を特徴とし得る。mRNAが切断された後、アデノシン残基が切断部位の空いている3’末端に付加され得る。本明細書で使用されるとき、「ポリ(A)配列」とは、mRNAのエンドヌクレアーゼ切断及び切断されたmRNAの3’末端への一連のアデノシンの付加を誘発する配列である。
【0059】
ポリペプチド:本明細書で使用されるとき、「ポリペプチド」という用語は、ペプチド結合によって典型的に連結される残基(例えば、アミノ酸)の任意のポリマー鎖を指す。
【0060】
一部の態様では、ポリペプチドは、自然界に存在するアミノ酸配列を有する。一部の態様では、ポリペプチドは、自然界に存在しないアミノ酸配列を有する。一部の態様では、ポリペプチドは、それが人為的な行為により設計及び/または生産されるという点で操作されているアミノ酸配列を有する。一部の態様では、ポリペプチドは、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、または両方を含み得るか、またはそれからなり得る。一部の態様では、ポリペプチドは、ポリペプチドのN末端にて、ポリペプチドのC末端にて、またはそれらの任意の組み合わせにて、例えば、1つまたは複数のアミノ酸側鎖を修飾するかまたはそれに結合させられた、1つまたは複数のペンダント基または他の修飾を含んでもよい。一部の態様では、かかるペンダント基または修飾は、アセチル化、アミド化、脂質化、メチル化、ペグ化等(それらの組み合わせを含む)であり得る。一部の態様では、ポリペプチドは、L-アミノ酸、D-アミノ酸、または両方を含有してもよく、当該技術分野で既知の様々なアミノ酸修飾または類似体のうちのいずれを含有してもよい。一部の態様では、有用な修飾は、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化等であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、タンパク質は、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、合成アミノ酸、及びそれらの組み合わせを含んでもよい。「ペプチド」という用語は一般に、約100アミノ酸未満、約50アミノ酸未満、20アミノ酸未満、または10アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指して使用される。
【0061】
ポリヌクレオチド:本明細書で使用されるとき、「ポリヌクレオチド」という用語は、核酸の任意のポリマー鎖を指す。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、RNAであるか、またはそれを含み、一部の態様では、ポリヌクレオチドは、DNAであるか、またはそれを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の天然核酸残基であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の核酸類似体であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリヌクレオチド類似体は、それがホスホジエステル骨格を利用しないという点で核酸とは異なる。代替としてまたは追加として、一部の態様では、ポリヌクレオチドは、ホスホジエステル結合ではなく1つまたは複数のホスホロチオエート及び/または5’-N-ホスホロアミダイト結合を有する。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の天然ヌクレオシド(例えば、アデノシン、チミジン、グアノシン、シチジン、ウリジン、デオキシアデノシン、デオキシチミジン、デオキシグアノシン、及びデオキシシチジン)であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数のヌクレオシド類似体(例えば、2-アミノアデノシン、2-チオチミジン、イノシン、ピロロ-ピリミジン、3-メチルアデノシン、5-メチルシチジン、C-5プロピニル-シチジン、C-5プロピニル-ウリジン、2-アミノアデノシン、C5-ブロモウリジン、C5-フルオロウリジン、C5-ヨードウリジン、C5-プロピニル-ウリジン、C5-プロピニル-シチジン、C5-メチルシチジン、2-アミノアデノシン、7-デアザアデノシン、7-デアザグアノシン、8-オキソアデノシン、8-オキソグアノシン、0(6)-メチルグアニン、2-チオシチジン、メチル化塩基、インターカレーション塩基、及びそれらの組み合わせ)であるか、それを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、天然核酸における糖と比較して1つまたは複数の修飾糖(例えば、2’-フルオロリボース、リボース、2’-デオキシリボース、アラビノース、及びヘキソース)を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、RNAまたはタンパク質等の機能的遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を有する。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数のイントロンを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、天然供給源からの単離、相補的鋳型に基づく重合による酵素的合成(インビボまたはインビトロ)、組換え細胞または系における複製、及び化学合成のうちの1つまたは複数によって調製される。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000残基長、またはそれよりも長い残基長である。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、部分的または完全に一本鎖であり、一部の態様では、ポリヌクレオチドは、部分的または完全に二本鎖である。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、ポリペプチドをコードするか、またはそれをコードする配列の相補配列である少なくとも1つの要素を含むヌクレオチド配列を有する。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、酵素活性を有する。
【0062】
プロモーター:本明細書で使用されるとき、「プロモーター」という用語は、コード配列の転写開始部位の転写の方向に対して上流に位置する、1つまたは複数のコード配列(例えば、ポリペプチドをコードする、例えば、遺伝子または導入遺伝子)を制御するように機能する核酸配列を指す。一部の態様では、プロモーターは、DNA依存的RNAポリメラーゼのための結合部位、転写開始部位、または他のDNA配列(例えば、転写因子結合部位、リプレッサー及び/またはアクチベータータンパク質結合部位、またはプロモーターからの転写の量を調節するように直接的もしくは間接的に作用する他のヌクレオチド配列)の存在によって構造的に同定される。
【0063】
タンパク質:本明細書で使用されるとき、「タンパク質」という用語は、ポリペプチド(すなわち、ペプチド結合によって互いに連結された少なくとも2つのアミノ酸の連なり)を指す。タンパク質は、アミノ酸以外の部分を含んでもよく(例えば、糖タンパク質、プロテオグリカン等であってもよい)、及び/または他の様態でプロセスもしくは修飾されてもよい。当業者であれば、「タンパク質」が、細胞によって産生されるような完全なポリペプチド鎖(シグナル配列の有無にかかわらず)であり得るか、またはその特徴的部分であり得ることを理解しよう。当業者であれば、タンパク質がときには、例えば、1つもしくは複数のジスルフィド結合によって連結された、または他の手段によって関連付けられた、1つよりも多くのポリペプチド鎖を含み得ることを理解しよう。
【0064】
組換え:本明細書で使用されるとき、「組換え」という用語は、組換え手段によって設計された、操作された、調製された、発現させられた、作出された、製造された、及び/または単離されたポリペプチド、例えば、宿主細胞にトランスフェクトされた組換え発現構築物を使用して発現させられたポリペプチド;組換えコンビナトリアルヒトポリペプチドライブラリーから単離されたポリペプチド;ポリペプチドまたはその1つもしくは複数の構成要素(複数可)、部分(複数可)、要素(複数可)、もしくはドメイン(複数可)をコードする及び/またはその発現を指示する遺伝子(単数または複数)または遺伝子構成要素を遺伝子導入したまたはそれを発現するように他の様態で操作された動物(例えば、マウス、ウサギ、ヒツジ、サカナ等)から単離されたポリペプチド;及び/または選択された核酸配列要素のスプライシングもしくは互いへのライゲーション、選択された配列要素の化学合成、及び/またはポリペプチドまたはその1つもしくは複数の構成要素(複数可)、部分(複数可)、要素(複数可)、もしくはドメイン(複数可)をコードする及び/またはその発現を指示する核酸の他の様態での生成を伴う、任意の他の手段によって調製された、発現させられた、作出された、もしくは単離されたポリペプチドを指すことが意図される。一部の態様では、かかる選択された配列要素のうちの1つまたは複数は、自然界で見られる。一部の態様では、かかる選択された配列要素のうちの1つまたは複数は、インシリコで設計される。一部の態様では、1つまたは複数のかかる選択された配列要素は、例えば、目的の供給源生物の(例えば、ヒト、マウス等の)生殖細胞系におけるもの等の、例えば、天然または合成供給源に由来する、既知の配列要素の変異誘発(例えば、インビボまたはインビトロ)からもたらされる。
【0065】
参照:本明細書で使用されるとき、「参照」という用語は、それに対して比較が行われる基準または対照を説明する。例えば、一部の態様では、目的の薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値が、参照または対照薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値と比較される。一部の態様では、参照または対照は、目的の試験または判定と実質的に同時に試験及び/または判定される。一部の態様では、参照または対照は、任意選択で有形媒体に具体化された、歴史的参照または対照である。典型的には、当業者には理解されるように、参照または対照は、評定を受けているものと同等の条件または状況下で判定または特性評価される。当業者であれば、特定の考えられる参照または対照に対する信頼性及び/またはそれとの比較を正当化するのに十分な類似性がどのような場合に存在するかを理解しよう。一部の態様では、参照は、陰性対照参照であり、一部の態様では、参照は、陽性対照参照である。一部の態様では、参照は、本開示に開示される化合物、タンパク質、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドであり得る。
【0066】
調節要素:本明細書で使用されるとき、「調節要素」または「調節配列」という用語は、1つまたは複数の特定の遺伝子の発現を何らかの方法で調節する、DNAの非コード領域を指す。一部の態様では、かかる遺伝子は、所与の調節要素と並置されるか、またはその「近傍にある」。一部の態様では、かかる遺伝子は、所与の調節要素からかなり離れて位置する。一部の態様では、調節要素は、1つまたは複数の遺伝子の転写を損なうか、または強化する。一部の態様では、調節要素は、調節されている遺伝子に対してシスに位置してもよい。一部の態様では、調節要素は、調節されている遺伝子に対してトランスに位置してもよい。例えば、一部の態様では、調節配列は、調節配列に作動可能に連結された遺伝子産物の発現を調節する核酸配列を指す。一部のかかる態様では、この配列は、遺伝子産物の発現を調節するエンハンサー配列及び他の調節要素であってもよい。
【0067】
試料:本明細書で使用されるとき、「試料」という用語は典型的には、目的の供給源から得られたまたはそれに由来する材料のアリコートを指す。一部の態様では、目的の供給源は、生物源または環境源である。一部の態様では、目的の供給源は、細胞または生物、例えば、微生物(例えば、ウイルス)、植物、もしくは動物(例えば、ヒト)であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、目的の供給源は、生体組織または生体液であるか、またはそれを含む。一部の態様では、生体組織または生体液は、羊水、房水、腹水、胆汁、骨髄、血液、母乳、脳脊髄液、耳垢、乳糜、糜粥、射精液、内リンパ、浸出液、便、胃酸、胃液、リンパ液、粘液、心膜液、外リンパ、腹水、胸水、膿汁、粘膜の分泌物、唾液、皮脂、精液、血清、恥垢、痰、滑液、汗、涙、尿、膣分泌物、硝子体液、嘔吐物、及び/またはそれらの組み合わせもしくは構成成分(複数可)であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、生体液は、細胞内液、細胞外液、血管内液(血漿)、間質液、リンパ液、及び/または細胞通過液であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、生体液は、植物の浸出液であり得るか、またはそれを含み得る。一部の態様では、生体組織または試料は、例えば、吸引、生検(例えば、微細針または組織生検)、スワブ(例えば、経口、鼻腔、皮膚、または膣スワブ)、掻き取り、外科手術、洗浄(washing)または洗浄(lavage)(例えば、気管支肺胞上皮、乳管、鼻腔、眼、口腔、子宮、膣、または他の洗浄(washing)または洗浄(lavage))によって得られてもよい。一部の態様では、生体試料は、個体から得られた細胞であるか、またはそれを含む。一部の態様では、試料は、任意の適切な手段によって目的の供給源から直接的に得られた「一次試料」である。一部の態様では、文脈から明らかとなろうが、「試料」という用語は、一次試料を処理することによって(例えば、その1つもしくは複数の構成成分を除去することによって及び/またはそれに1つもしくは複数の薬剤を添加することによって)得られる調製物を指す。例えば、半透膜を使用した濾過。かかる「処理された試料」は、例えば、試料から抽出された、または一次試料を、核酸の増幅もしくは逆転写、ある特定の構成成分の単離及び/または精製等といった1つもしくは複数の技法に供することによって得られた、核酸またはタンパク質を含んでもよい。
【0068】
選択的発現:本明細書で使用されるとき、「選択的発現」または「選択的に発現する」という用語は、ある特定の具体的な細胞種(例えば、内耳細胞、例えば、内耳外有毛細胞)における目的の遺伝子またはポリペプチドの優勢的な発現を指す。
【0069】
対象:本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、生物、典型的には哺乳動物(例えば、一部の態様では出生前のヒト形態を含めた、ヒト)を指す。一部の態様では、対象は、関連性のある疾患、障害、または病態を患う。一部の態様では、対象は、疾患、障害、または病態に感受性がある。一部の態様では、対象は、疾患、障害、または病態の1つまたは複数の症状または特性を呈する。一部の態様では、対象は、疾患、障害、または病態のいずれの症状または特性も呈していない。一部の態様では、対象は、疾患、障害、または病態に対する易罹患性またはそのリスクに特有の1つまたは複数の特徴を有する者である。一部の態様では、対象は、患者である。一部の態様では、対象は、診断及び/または療法が施与される、及び/または施与されている個体である。
【0070】
実質的に:本明細書で使用されるとき、「実質的に」という用語は、目的とする特性または性質の完全なまたはほぼ完全な範囲または程度を示す定性的状態を指す。生物学分野の当業者であれば、生物学的現象及び化学的現象が、完全に達する及び/または完全性まで進行する、または絶対的な結果を達成もしくは回避することは、たとえあったとしても稀であることを理解しよう。「実質的に」という用語は、したがって、多くの生物学的現象及び化学的現象に本質的に存在する、完全性の欠如の可能性を捕捉するように本明細書で使用される。
【0071】
治療:本明細書で使用されるとき、「治療」(また、「治療する」または「治療すること」)という用語は、特定の疾患、障害、及び/または病態の1つまたは複数の症状、特徴、及び/または原因を部分的または完全に緩和する、改善する、排除する、好転させる、軽減する、阻害する、その発症を遅延させる、その重症度を低減する、及び/またはその発生率を低減する、療法の任意の施与を指す。一部の態様では、かかる治療は、関連性のある疾患、障害、及び/または病態の徴候を呈していない対象、及び/または疾患、障害、及び/または病態の早期徴候のみを呈する対象のものであり得る。代替として、または追加として、かかる治療は、関連性のある疾患、障害、及び/または病態の1つまたは複数の確立された徴候を呈する対象のものであり得る。一部の態様では、治療は、関連性のある疾患、障害、及び/または病態を患うと診断されている対象のものであり得る。一部の態様では、治療は、所与の疾患、障害、及び/または病態の発症の増加したリスクと統計的に相関がある1つまたは複数の易罹患性因子を有することが知られている対象のものであり得る。
【0072】
バリアント:本明細書で使用されるとき、「バリアント」という用語は、何らかのもの、例えば、遺伝子配列の、別のバージョンとは何らかの方式で異なるバージョンを指す。何らかのものがバリアントであるかどうかを決定するために、参照バージョンが典型的に選定され、バリアントはその参照バージョンと比べて異なる。一部の態様では、バリアントは、野生型配列と同じまたはそれと異なる(例えば、増加したまたは減少した)レベルの活性または機能性を有し得る。例えば、一部の態様では、バリアントは、それが、例えば阻害性核酸、例えばmiRNAによる、例えば分解に耐えるようにコドン最適化される場合、野生型配列と比較して改善された機能性を有し得る。かかるバリアントは、本明細書で機能獲得型バリアントと称される。一部の態様では、バリアントは、否定的な結果をもたらす活性もしくは機能性の低減もしくは排除または活性の変化(例えば、細胞死につながる慢性的脱分極をもたらす増加した電気活性)を有する。かかるバリアントは、本明細書で機能喪失型バリアントと称される。一部の態様では、機能獲得型バリアントは、その対応する野生型(例えば、コドン最適化されていない)バージョンよりも改善された特性(例えば、分解に対する感受性の低下、例えば、miRNA媒介性分解に対する感受性の低下)を有し得る転写産物またはポリペプチドをコードするコドン最適化された配列である。一部の態様では、機能喪失型バリアントは、野生型の転写産物及び/またはポリペプチドと比べて何らかの方式で欠陥のある(例えば、減少した機能、非機能性)転写産物またはポリペプチドをもたらす1つまたは複数の変化を有する。
【発明を実施するための形態】
【0073】
本開示は、導入遺伝子の選択的発現、例えば、外有毛細胞における優先的発現のために設計される、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む構築物及びそれを含む組成物に関する。
【0074】
難聴
一般に、耳は、外耳、中耳、内耳、聴覚(聴)神経、及び聴覚系(音が耳から脳に伝わるときにそれをプロセスする)を含むものとして説明され得る。音を検出することに加えて、耳は平衡を保つことも助ける。故に、一部の態様では、内耳の障害は、難聴、耳鳴り、めまい、平衡異常、またはそれらの組み合わせを引き起こし得る。
【0075】
難聴は、遺伝因子、環境因子、または遺伝因子及び環境因子の組み合わせの結果であり得る。耳鳴り、すなわちその聴覚系における錯覚の雑音(鳴り響く音(ringing)、ブーンという音(buzzing)、チュンチュンさえずる音(chirping)、ブンブンいう音(humming)、またはビート音(beating))を有する全ての人々の約半分が、聴覚過敏(hyperacusis)(聴覚過敏(hyperacousis)とも綴られる)として知られる、ある特定の音の周波数及び音量範囲に対する過敏さ/許容度の低減もまた有する。様々な非症候性及び症候性関連の難聴が当業者には知られよう(例えば、DFNB1及びDFNA3、またはそれぞれBart-Pumphrey症候群、聴覚消失を伴う棘状の魚鱗癬(hystrix-like ichthyosis with deafness)(HID)、聴覚消失を伴う掌蹠角化症、角膜炎-魚鱗癬-聴覚消失(KID)症候群、及びVohwinkel症候群)。聴覚障害または難聴の環境的原因には、例えば、ある特定の薬物治療、誕生前もしくは誕生後の特定の感染症、及び/または長期間にわたる大きな騒音への曝露が含まれ得る。一部の態様では、難聴は、騒音、聴器毒性薬剤、老人性難聴、疾患、感染症、または耳の特定の部位に影響を及ぼすがんからもたらされ得る。一部の態様では、虚血性障害が、病態生理学的機構を介して難聴を引き起こし得る。一部の態様では、蝸牛の解剖学的構造もしくは生理機能において重要な役割を果たす遺伝子の先天的な変異、または支持細胞及び/または有毛細胞における遺伝子変化もしくは解剖学的変化のような内因性の異常が、難聴の原因または一因となり得る。
【0076】
難聴及び/または聴覚消失は、ヒトの最も一般的な感覚欠陥のうちの1つであり、多くの理由で生じ得る。一部の態様では、ある対象は、生まれつき難聴であるか、または聴力をもたない一方で、他の対象は、時間をかけて徐々に聴力を失う場合がある。およそ3600万人の米国の成人がある程度の難聴を報告しており、60歳を超える人々の3人に1人及び85歳を超える人々の半分が難聴を経験している。1,000人の小児のうちおよそ1.5人が生まれつき重度の難聴を有し、1,000人の小児当たり別の2~3人が生まれつき部分的難聴を有する(Smith et al.,2005,Lancet 365:879-890(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。これらの症例のうちの半分よりも多くが、遺伝的基盤に帰する(Di Domenico,et al.,2011,J.Cell.Physiol.226:2494-2499(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。
【0077】
難聴に対する治療は、現在のところ、軽度から高度の喪失に対する聴力増幅、及び高度から重度の喪失に対する蝸牛移植からなる(Kral and O’Donoghue,2010,N.Engl.J.Med.363:1438-1450(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。この領域における最近の研究は、老人性難聴、騒音障害、感染症、及び聴器毒性を含めた最も一般的な形態の難聴に適用可能な、蝸牛有毛細胞の再生に焦点を当てている。聴力問題の源を修復及び/または軽減することができる、遺伝子療法等の有効な治療に対する必要性が残っている(例えば、WO2018/039375、WO2019/165292、及びPCT出願US2019/060328を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される)。
【0078】
一部の態様では、聴覚消失及び/または難聴は、伝音性(外耳道または中耳から発生する)、感音性(内耳または聴神経から発生する)、または混合型であり得る。一部の態様では、非症候性聴覚消失及び/または難聴は、内耳における構造への損傷によって引き起こされる永久的難聴に関連する(感音性聴覚消失)。一部の態様では、感音性難聴は、有毛細胞の機能不全に起因し得る。一部の態様では、感音性聴覚障害には、第8脳神経(前庭蝸牛神経)または脳の聴覚部分が関わっている。一部のかかる態様では、脳の聴覚中枢のみが影響を受けている。かかる状況では、皮質聾が生じる場合があり、皮質聾では、正常な閾値で音が聞こえている場合があるが、音の質が良好でないため、言語を理解することができない。中耳における変化からもたらされる難聴は、伝音性難聴と呼ばれる。一部の形態の非症候性聴覚消失及び/または難聴は、混合型難聴と呼ばれる、内耳及び中耳の両方における変化を伴う。小児が話せるようになる前から存在する難聴及び/または聴覚消失は、言語習得期前または先天性として分類され得る。言語発達後に生じる難聴及び/または聴覚消失は、言語習得期後として分類され得る。症候性または非症候性難聴に関連するほとんどの常染色体劣性の遺伝子座が、高度から重度の言語習得期前難聴を引き起こす。
【0079】
一部の態様では、聴覚消失または難聴は、非症候性であり得る。一部の態様では、聴覚消失または難聴は、症候性であり得る。非症候性聴覚消失または難聴は、他の徴候及び症状に関連しない難聴である。対照的に、症候性聴覚消失は、身体の他の部位における異常を伴って生じる難聴を含む。遺伝性聴覚消失のほとんどの症例(70パーセント~80パーセント)は非症候性であり、残りの症例は特定の遺伝性症候群によって引き起こされる。
【0080】
非症候性聴覚消失は、異なる遺伝様式を有し得、いずれの年齢でも生じ得る。非症候性聴覚消失の種類は、それらの遺伝様式に従って命名される。常染色体優性型はDFNAと表記され、常染色体劣性型はDFNBと表記され、X連鎖型はDFNXと表記される。各種類はまた、それが記載された順序で付番される。例えば、DFNA1は最初に記載された常染色体優性型の非症候性聴覚消失である。一部の態様では、非症候性聴覚消失または難聴は、常染色体優性、常染色体劣性、またはX連鎖性の遺伝様式を有し得る。
【0081】
75パーセント~80パーセントの非症候性聴覚消失症例は、常染色体劣性の様式で遺伝し、これは各細胞における遺伝子の両方のコピーが変異を有することを意味する。通常は、常染色体劣性聴覚消失を有する個体の各親は、変異した遺伝子の1つのコピーの保因者であるが、この形態の難聴の影響を受けていない。一部の態様では、非症候性(nonsydromic)聴覚消失または難聴は、常染色体劣性の遺伝様式で遺伝し得る(Venkatesh,et al.,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
【0082】
別の20パーセント~25パーセントの非症候性聴覚消失症例は、常染色体優性であり、これは各細胞における変化した遺伝子の1つのコピーが難聴をもたらすのに十分であることを意味する。常染色体優性聴覚消失を有する人々は、難聴を有する片親から遺伝子の変化したコピーを受け継ぐことが最も多い。一部の態様では、非症候性(nonsydromic)聴覚消失または難聴は、常染色体優性の遺伝様式で遺伝し得る(例えば、DFNA2)(Venkatesh,et al.,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
【0083】
1パーセント~2パーセントの聴覚消失及び難聴症例は、X連鎖性の遺伝様式を示し、これは病態の原因となる変異した遺伝子がX染色体上に位置することを意味する。一部の態様では、非症候性聴覚消失または難聴は、X連鎖性の遺伝様式で遺伝し得る(Venkatesh,et al.,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
【0084】
非症候性聴覚消失の原因は複雑である。研究者らは、変化した場合に非症候性聴覚消失に関連する30超の遺伝子を同定しているが、これらの遺伝子のうちのいくつかは、特性が完全に解明されていない。同じ遺伝子における異なる変異は、異なる種類の難聴に関連する場合があり、いくつかの遺伝子は、症候性聴覚消失及び非症候性聴覚消失の両方に関連する(Venkatesh,et al.,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
【0085】
例えば、非症候性聴覚消失に関連する遺伝子には、ATP2B2、ACTG1、CDH23、CLDN14、COCH、COL11A2、DFNA5、DFNB31(WHRN)、DFNB59、ESPN、EYA4、GJB3、KCNQ4、LHFPL5、MYO15A、MYO6、MYO7A、OTOF、PCDH15、SLC26A4、STRC、TECTA、TMC1、TMIE、TMPRSS3、TRIOBP、USH1C、及びWFS1が含まれるが、これらに限定されない(Athena Diagnostics,2017,“Hearing Loss Advanced Sequencing and CNV Evaluation”,1-3)。一部の態様では、非症候性聴覚消失または難聴は、ATP2B2、ACTG1、CDH23、CLDN14、COCH、COL11A2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、ESPN、EYA4、GJB3、KCNQ4、LHFPL5、MYO15A、MYO6、MYO7A、OTOF、PCDH15、SLC26A4、STRC、TECTA、TMC1、TMIE、TMPRSS3、TRIOBP、USH1C、及びWFS1から選択される遺伝子に関連する。
【0086】
OTOF関連聴覚消失(DFNB9非症候性難聴)は、言語習得期前非症候性難聴、及びより低い頻度では、温度感受性非症候性オーディトリーニューロパチー(TS-NSAN)の2つの表現型を特徴とする(Azaiez,et al.,2008,“OTOF-Related Deafness”,GeneReviews,1-16)。別の形態の進行性聴覚障害は、オトフェルリン遺伝子における変異(例えば、E1700Q変異)に関連するか、または温度感受性ではない(Iwasa,et al.2019,PLoS ONE 14(5):e0215932)。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、オトフェルリン関連である。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、DFNB9非症候性難聴である。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、オトフェルリン遺伝子における変異に関連する。
【0087】
DFNB59(聴覚消失、常染色体劣性59)、別名、PejvakinまたはPJVKは、脊椎動物においてガスダーミンファミリーに属する352アミノ酸のタンパク質である。DFNB59は、聴覚路神経の適切な機能及び外有毛細胞の機能に必須の、ヒト染色体2q31.2にマッピングされる遺伝子によってコードされる。DFNB59における変異は、聴性脳幹反応が欠如しているかまたは重篤に異常であるが、耳音響放射が正常であることを特徴とする感音性聴覚障害の一形態(オーディトリーニューロパチーまたは聴覚同期不全)である、常染色体劣性59型の非症候性感音性聴覚消失を引き起こすと考えられる。DFNB59は、DFNA5と顕著な類似性を共有し、これらの遺伝子が共通の起源を共有することを示す(Delmaghani,et al.,2006,Nat.Genet.38:770-778)。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、ペジバキン関連である。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、DFNB59非症候性難聴である。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、DFNA5非症候性(nonsydromic)難聴である。
【0088】
イオンチャネルにおける欠陥が聴覚消失に関連しており、DFNA2非症候性難聴は、電位依存性カリウムチャネルサブファミリーKQTメンバー4、別名、電位依存性カリウムチャネルサブユニットKv7.4をコードするKCNQ4遺伝子における常染色体優性変異として遺伝する。DFNA2非症候性難聴は、全ての周波数にわたって進行性である、対称性の主に高周波数の感音性難聴(SNHL)を特徴とする(Jung,et a.,2019,Exp.Mol.Med.51:1-12)。より若い年齢では、難聴は、低周波で軽度であり、高周波で中等度である傾向があり、高齢者においては、難聴は、低周波で中等度であり、高周波では高度から重度である。聴覚障害は、多くの場合、学童期小児の日常的な聴力評価の最中に検出されるが、聴力は、とりわけ高周波で、生まれつき損なわれている可能性が高い。最も影響を受けた人は、10歳~40歳の間に、音増幅を補助するための補聴器を最初に必要とする。70歳までに、DFNA2難聴を有する全ての人が、高度から重度の聴覚障害を有する(Smith and Hildebrand,2008,DFNA2 Nonsydrmoic Hearing Loss,GeneReviews,1-14)。
【0089】
アッシャー症候群(別名、ハルグレン症候群、アッシャー-ハルグレン症候群、網膜色素変性症-聴覚異常症候群、及び網膜ジストロフィー聴覚異常症候群)は、難聴及び漸進的な視覚障害の組み合わせをもたらす、少なくとも10種の遺伝子のうちのいずれか1つにおける変異によって引き起こされるまれな障害であり、盲聾の主因である。難聴は、欠陥のある内耳によって引き起こされる一方で、視力喪失は、網膜細胞の変性である網膜色素変性症(RP)からもたらされる。アッシャー症候群は、I、II、及びIIIとして表される3つの臨床サブタイプを有する。アッシャーIを有する対象は、生まれつき重度に耳が聞こえず、人生の最初の10年でその視力を失い始め、その前庭系における問題のために子供の頃に歩くことを学習するのがゆっくりであり、かつ平衡障害を呈する。アッシャーIIを有する対象は、生まれつき耳が聞こえないわけではないが、難聴を有し、しかし平衡について注目に値する問題を有するようには見えない。そのような対象はまた、その視力を後に(10歳代において)失い始め、たとえ中年になってもいくらかの視力を保持している場合がある。アッシャー症候群IIIを有する対象は、生まれつき耳が聞こえないわけではないが、その聴力及び視力の漸進的な損失を経験する。そのような対象は、平衡障害を有する場合もあれば、有しない場合もある(Toms,et al.,2020,Ther.Adv.Ophthalmol.,12:2515841420952194)。一部の態様では、難聴は、症候性である。一部の態様では、難聴は、アッシャー症候群に関連する。一部の態様では、聴覚消失または難聴は、アッシャー症候群I、アッシャー症候群II、またはアッシャー症候群IIIに関連する。
【0090】
WFS1遺伝子における変異は、ウォルフラム症候群1型症例の90パーセント超を引き起こす。ウォルフラム症候群は、ホルモンであるインスリンの不足に起因する高い血糖レベル(真性糖尿病)、及び眼から脳へ情報を運ぶ神経の変性による進行性視力損失(視神経萎縮症)を特徴とすることが最も多い、身体の系の多くに影響を及ぼす病態である。しかしながら、ウォルフラム症候群を有する人々はまた、多くの場合、過剰量の尿の排泄(尿崩症)、内耳における変化によって引き起こされる難聴(感音性聴覚消失)、尿路の問題、男性における性ホルモンであるテストステロンの量の低下(性腺機能低下症)、または神経障害もしくは精神障害をもたらす、下垂体機能不全も有する。ウォルフラム症候群を有する人々の約65パーセントは、重症度が、誕生時に始まる難聴から、青年期に始まり経時的に悪化する軽度の難聴までの範囲であり得る、感音性聴覚消失を有する。さらに、ウォルフラム症候群を有する人々の約60パーセントは、典型的には成人期早期に始まり、神経障害または精神障害、最も一般的には平衡及び協調についての問題(運動失調症)を発症する(Medlej,et al.,2004,J.Clin.Endocrinol.Metab.,89(4):1656-1661)。
【0091】
WFS1遺伝子は、細胞においてカルシウムの量を調節すると考えられるウォルフラミンと呼ばれるタンパク質をコードする。ウォルフラム症候群が、WFS1遺伝子における変異によって引き起こされる場合、それは常染色体劣性の様式で遺伝し、ウォルフラミンタンパク質は、機能が低下または欠如している。結果として、細胞内のカルシウムレベルが調節されず、小胞体が正しく働かない。小胞体が十分な機能的ウォルフラミンを有していない場合、細胞は、それ自体の細胞死(アポトーシス)を誘発する(Zmyslowska,et al.,2021,Cell Commun Signal,19:116)。膵臓における細胞、具体的にはインスリンを作る細胞(ベータ細胞)の死は、ウォルフラム症候群を有する人々において真性糖尿病を引き起こす。視神経に沿った細胞の漸進的な損失は、影響を受けた個体において視覚消失を最終的にもたらす。他の身体系における細胞の死は、ウォルフラム症候群1型の種々の徴候及び症状を引き起こす可能性が高い(Urano,2016,Curr.Diab.Rep.,16:6)。一部の態様では、難聴または聴覚消失は、症候性難聴または聴覚消失である。一部の態様では、症候性難聴または聴覚消失は、WFS1関連である。一部の態様では、症候性難聴または聴覚消失は、ウォルフラム症候群に関連する。
【0092】
当業者に知られるように、有毛細胞は、脊椎動物の耳の聴覚系及び前庭系の両方の感覚受容器である。有毛細胞は、環境における動きを検出し、哺乳動物においては、有毛細胞は、耳の蝸牛内、コルチ器に位置する。哺乳類の耳は、内有毛細胞及び外有毛細胞の2種類の有毛細胞を有することが知られている。外有毛細胞は、有毛細胞束の機械的な動きまたは有毛細胞体の電気的に駆動される動きのいずれかを介して、低レベル音の周波数を増幅することができる。内有毛細胞は、蝸牛の流体における振動を電気信号に変換し、聴覚神経がこれを脳に伝達する。一部の態様では、有毛細胞は、誕生時に異常である場合も、個体の生涯の間に損傷を受ける場合もある。
【0093】
ポリペプチド
本開示のある特定の態様は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、細胞(例えば、内耳細胞)において発現させることができるポリペプチドをコードし得る。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、有毛細胞において発現させることができるポリペプチドをコードし得る。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、外有毛細胞において発現させることができるポリペプチドをコードし得る。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、完全長ポリペプチドまたはその機能的断片をコードし得る。
【0094】
ポリヌクレオチドによってコードされる例示的なポリペプチドには、膜貫通型タンパク質、酵素、成長因子、サイトカイン、受容体、受容体リガンド、ホルモン、膜タンパク質、膜結合タンパク質、抗原、及び抗体が含まれるが、これらに限定されない。
【0095】
ポリペプチドをコードする例示的なポリヌクレオチドには、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体(recetpro)P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)が含まれるが、これらに限定されない。
【0096】
一部の態様では、外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)から選択される遺伝子を含む。一部の態様では、外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)を含む。
【0097】
一部の態様では、コードされるポリペプチドは、ヒトポリペプチドである。一部の態様では、コードされるポリペプチドは、本明細書に開示されるヒトポリペプチドの機能的断片である。
【0098】
例示的なポリペプチドは、Li,Y.et al.Transcriptomes of cochlear inner and outer hair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199 doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)、及びNishio,S.et al.Gene Expression Profiles of the Cochlea and Vestibular Endorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology & Laryngology 124(55)(2015)に開示され、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0099】
一部の態様では、ポリペプチドは、外有毛細胞ポリペプチドである。一部の態様では、ポリペプチドは、治療用ポリペプチドである。一部の態様では、ポリペプチドは、レポーターポリペプチドである。
【0100】
外有毛細胞ポリペプチド
本開示のある特定の態様は、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。ポリヌクレオチドは、完全長ポリペプチドまたはその機能的断片をコードし得る。
【0101】
ポリヌクレオチドによってコードされる例示的なポリペプチドには、膜貫通型タンパク質、酵素、成長因子、サイトカイン、受容体、受容体リガンド、ホルモン、膜タンパク質、膜結合タンパク質、抗原、及び抗体が含まれるが、これらに限定されない。
【0102】
ポリペプチドをコードする例示的なポリヌクレオチドには、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体(recetpro)P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)が含まれるが、これらに限定されない。
【0103】
一部の態様では、外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)から選択される遺伝子を含む。一部の態様では、外有毛細胞ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)を含む。
【0104】
一部の態様では、コードされるポリペプチドは、ヒトポリペプチドである。一部の態様では、コードされるポリペプチドは、本明細書に開示されるヒトポリペプチドの機能的断片である。
【0105】
例示的なポリペプチドは、Li,Y.et al.Transcriptomes of cochlear inner and outer hair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199 doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)、及びNishio,S.et al.Gene Expression Profiles of the Cochlea and Vestibular Endorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology & Laryngology 124(55)(2015)に開示され、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0106】
本開示のある特定の態様のは、治療用ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。ポリヌクレオチドは、細胞(例えば、内耳細胞)において発現させることができるポリペプチドをコードし得る。ポリヌクレオチドは、完全長ポリペプチドまたはその機能的断片をコードし得る。
【0107】
ポリヌクレオチドによってコードされる例示的なポリペプチドには、膜貫通型タンパク質、酵素、成長因子、サイトカイン、受容体、受容体リガンド、ホルモン、膜タンパク質、膜結合タンパク質、抗原、及び抗体が含まれるが、これらに限定されない。
【0108】
治療用ポリペプチドをコードする例示的なポリヌクレオチドには、アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体(recetpro)P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)が含まれるが、これらに限定されない。
【0109】
例示的なポリペプチドは、Li,Y.et al.Transcriptomes of cochlear inner and outer hair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199 doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)、及びNishio,S.et al.Gene Expression Profiles of the Cochlea and Vestibular Endorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology & Laryngology 124(55)(2015)に開示され、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0110】
構築物
とりわけ、本開示は、本明細書に記載されるいくつかのポリヌクレオチドがポリヌクレオチド構築物であることを規定する。本開示によるポリヌクレオチド構築物には、ポリペプチドまたはその特徴的部分をコードするポリヌクレオチドを組み込む、コスミド、プラスミド(例えば、裸でまたはリポソームに含まれて)、及びウイルス構築物(例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、及びアデノ随伴ウイルス構築物)を含めた、当該技術分野で既知の全てのものが含まれる。当業者であれば、本明細書に記載のポリヌクレオチドのうちのいずれかを作製するために好適な構築物ならびに細胞を選択することができるであろう。一部の態様では、構築物は、プラスミド(すなわち、細胞の内部で自律的に複製することができる環状DNA分子)である。一部の態様では、構築物は、コスミドであり得る(例えば、pWEまたはsCosシリーズ)。一部の態様では、該構築物は、哺乳類またはウイルスベクターである。
【0111】
一部の態様では、構築物は、ウイルス構築物である。一部の態様では、ウイルス構築物は、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、またはアデノ随伴ウイルス構築物である。一部の態様では、構築物は、アデノ随伴ウイルス(AAV)構築物である(例えば、Asokan et al.,Mol.Ther.20:699-7080,2012を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。一部の態様では、該構築物は、ウイルスベクターである。一部の態様では、該構築物は、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、またはアデノ随伴ウイルスベクターである。一部の態様では、該構築物は、AAVベクターである。一部の態様では、ウイルス構築物は、アデノウイルス構築物である。一部の態様では、ウイルス構築物はまた、アルファウイルスに基づくかまたはそれに由来してもよい。アルファウイルスには、シンドビス(Sindbis)(及びVEEV)ウイルス、アウラ(Aura)ウイルス、ババンキ(Babanki)ウイルス、バルマ森林(Barmah Forest)ウイルス、ババル(Bebaru)ウイルス、キャバッソウ(Cabassou)ウイルス、チクングニア(Chikungunya)ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エバーグレーズ(Everglades)ウイルス、フォートモルガン(Fort Morgan)ウイルス、ゲタ(Getah)ウイルス、ハイランドJ(Highlands J)ウイルス、クイズールアガッシュ(Kyzylagach)ウイルス、マヤロ(Mayaro)ウイルス、メトリ(Me Tri)ウイルス、ミッデルブルグ(Middelburg)ウイルス、モッソダスペドラス(Mosso das Pedras)ウイルス、ムカンボ(Mucambo)ウイルス、ヌドゥム(Ndumu)ウイルス、オニョンニョン(O’nyong-nyong)ウイルス、ピクスナ(Pixuna)ウイルス、リオネグロ(Rio Negro)ウイルス、ロスリバー(Ross River)ウイルス、サケ膵臓病ウイルス、セムリキ森林(Semliki Forest)ウイルス、南ゾウアザラシウイルス、トナテ(Tonate)ウイルス、トロカラ(Trocara)ウイルス、ウナ(Una)ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、及びワタロア(Whataroa)ウイルスが含まれる。一般に、かかるウイルスのゲノムは、宿主細胞の細胞質において翻訳され得る非構造タンパク質(例えば、レプリコン)及び構造タンパク質(例えば、カプシド及びエンベロープ)をコードする。ロスリバーウイルス、シンドビスウイルス、セムリキ森林ウイルス(SFV)、及びベネズエラウマ脳炎ウイルス(VEEV)は全て、コード配列送達のためのウイルス構築物を開発するために使用されている。シュードタイプ化ウイルスは、アルファウイルスエンベロープ糖タンパク質及びレトロウイルスカプシドを組み合わせることによって形成され得る。アルファウイルス構築物の例は、米国公開第20150050243号、同第20090305344号、及び同第20060177819号に見出すことができ、構築物及びそれらの作製方法は、これらの刊行物の各々の参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0112】
本明細書で提供される構築物は、異なるサイズのものであり得る。一部の態様では、構築物は、プラスミドであり、最大約1kb、最大約2kb、最大約3kb、最大約4kb、最大約5kb、最大約6kb、最大約7kb、最大約8kb、最大約9kb、最大約10kb、最大約11kb、最大約12kb、最大約13kb、最大約14kb、または最大約15kbの全長を含み得る。一部の態様では、構築物は、プラスミドであり、約1kb~約2kb、約1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約1kb~約6kb、約1kb~約7kb、約1kb~約8kb、約1kb~約9kb、約1kb~約10kb、約1kb~約11kb、約1kb~約12kb、約1kb~約13kb、約1kb~約14kb、または約1kb~約15kbの範囲の全長を有し得る。
【0113】
一部の態様では、構築物は、ウイルス構築物であり、最大10kbのヌクレオチドの総数を有し得る。一部の態様では、ウイルス構築物は、約1kb~約2kb、1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約1kb~約6kb、約1kb~約7kb、約1kb~約8kb、約1kb~約9kb、約1kb~約10kb、約2kb~約3kb、約2kb~約4kb、約2kb~約5kb、約2kb~約6kb、約2kb~約7kb、約2kb~約8kb、約2kb~約9kb、約2kb~約10kb、約3kb~約4kb、約3kb~約5kb、約3kb~約6kb、約3kb~約7kb、約3kb~約8kb、約3kb~約9kb、約3kb~約10kb、約4kb~約5kb、約4kb~約6kb、約4kb~約7kb、約4kb~約8kb、約4kb~約9kb、約4kb~約10kb、約5kb~約6kb、約5kb~約7kb、約5kb~約8kb、約5kb~約9kb、約5kb~約10kb、約6kb~約7kb、約6kb~約8kb、約6kb~約9kb、約6kb~約10kb、約7kb~約8kb、約7kb~約9kb、約7kb~約10kb、約8kb~約9kb、約8kb~約10kb、または約9kb~約10kbの範囲のヌクレオチドの総数を有し得る。
【0114】
一部の態様では、構築物は、レンチウイルス構築物であり、最大8kbのヌクレオチドの総数を有し得る。一部の例では、レンチウイルス構築物は、約1kb~約2kb、約1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約1kb~約6kb、約1kb~約7kb、約1kb~約8kb、約2kb~約3kb、約2kb~約4kb、約2kb~約5kb、約2kb~約6kb、約2kb~約7kb、約2kb~約8kb、約3kb~約4kb、約3kb~約5kb、約3kb~約6kb、約3kb~約7kb、約3kb~約8kb、約4kb~約5kb、約4kb~約6kb、約4kb~約7kb、約4kb~約8kb、約5kb~約6kb、約5kb~約7kb、約5kb~約8kb、約6kb~約8kb、約6kb~約7kb、または約7kb~約8kbのヌクレオチドの総数を有し得る。
【0115】
一部の態様では、構築物は、アデノ随伴ウイルス構築物であり、最大8kbのヌクレオチドの総数を有し得る。一部の態様では、アデノ随伴ウイルス構築物は、約1kb~約2kb、約1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約1kb~約6kb、約1kb~約7kb、約1kb~約8kb、約2kb~約3kb、約2kb~約4kb、約2kb~約5kb、約2kb~約6kb、約2kb~約7kb、約2kb~約8kb、約3kb~約4kb、約3kb~約5kb、約3kb~約6kb、約3kb~約7kb、約3kb~約8kb、約4kb~約5kb、約4kb~約6kb、約4kb~約7kb、約4kb~約8kb、約5kb~約6kb、約5kb~約7kb、約5kb~約8kb、約6kb~約7kb、約6kb~約8kb、または約7kb~約8kbの範囲のヌクレオチドの総数を有し得る。
【0116】
一部の態様では、構築物は、アデノウイルス構築物であり、最大8kbのヌクレオチドの総数を有し得る。一部の態様では、アデノウイルス構築物は、約1kb~約2kb、約1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約1kb~約6kb、約1kb~約7kb、約1kb~約8kb、約2kb~約3kb、約2kb~約4kb、約2kb~約5kb、約2kb~約6kb、約2kb~約7kb、約2kb~約8kb、約3kb~約4kb、約3kb~約5kb、約3kb~約6kb、約3kb~約7kb、約3kb~約8kb、約4kb~約5kb、約4kb~約6kb、約4kb~約7kb、約4kb~約8kb、約5kb~約6kb、約5kb~約7kb、約5kb~約8kb、約6kb~約7kb、約6kb~約8kb、または約7kb~約8kbの範囲のヌクレオチドの総数を有し得る。
【0117】
本明細書に記載の構築物のうちのいずれかは、制御配列、例えば、転写開始配列、転写終結配列、プロモーター配列、エンハンサー配列、RNAスプライシング配列、ポリアデニル化(ポリ(A))配列、コザックコンセンサス配列、及び/または転写前もしくは転写後調節要素及び/または制御要素を収容し得る追加の非翻訳領域の群から選択される制御配列をさらに含み得る。一部の態様では、プロモーターは、ネイティブプロモーター、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、及び/または組織特異的プロモーターであり得る。制御配列の非限定的な例が本明細書に記載される。
【0118】
一部の態様では、該構築物は、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
【0119】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0120】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0121】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0122】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0123】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを選択的に発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0124】
一部の態様では、該構築物は、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーターに作動可能に連結されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
【0125】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0126】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0127】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0128】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0129】
一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、3’UTR、ポリA、及び3’ITRを含む。一部の態様では、該構築物は、5’ITR、エンハンサー、内耳外有毛細胞においてポリヌクレオチドを発現させるプロモーター、5’UTR、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、タグ、ポリA、及び3’ITRを含む。
【0130】
AAV粒子
とりわけ、本開示は、本明細書に記載のポリペプチドをコードする構築物及びカプシドを含むAAV粒子を提供する。一部の態様では、AAV粒子は、構築物株及びカプシド株の説明である血清型を有するものとして説明され得る。一部の態様では、AAV粒子は、AAV1、AAV2、AAV3(例えば、AAV3B)、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、またはAAV Anc80血清型を有する。一部の態様では、AAV粒子は、AAVAnc80血清型を有する。一部の態様では、AAV粒子は、粒子がAAV2カプシド、及び特徴的なAAV2逆位末端反復配列(ITR)を含む構築物を有する、AAV2として説明され得る。一部の態様では、AAV粒子は、カプシド及び構築物が異なるAAV株に由来する、シュードタイプとして説明され得、例えば、AAV2/9とは、AAV2 ITRを利用する構築物及びAAV9カプシドを含むAAV粒子を指す。
【0131】
AAV構築物
本開示は、ポリペプチドまたはその特徴的部分を含むポリヌクレオチド構築物を提供する。本明細書に記載の一部の態様では、ポリペプチドまたはその特徴的部分を含むポリヌクレオチドは、AAV粒子に含まれ得る。
【0132】
一部の態様では、ポリヌクレオチド構築物は、天然に存在するAAVゲノム構築物に由来するかまたはそれから改変された1つまたは複数の構成要素を含む。一部の態様では、AAV構築物に由来する配列は、AAV1構築物、AAV2構築物、AAV3構築物、AAV4構築物、AAV5構築物、AAV6構築物、AAV7構築物、AAV8構築物、AAV9構築物、AAV2.7m8構築物、AAV8BP2構築物、AAV293構築物、またはAAV Anc80構築物である。一部の態様では、構築物は、AAV Anc80構築物に由来する。本明細書で使用され得る追加の例示的なAAV構築物は、当該技術分野で知られている。例えば、Kanaan et al.,Mol.Ther.Nucleic Acids 8:184-197,2017、Li et al.,Mol.Ther.16(7):1252-1260,2008、Adachi et al.,Nat.Commun.5:3075,2014、Isgrig et al.,Nat.Commun.10(1):427,2019、及びGao et al.,J.Virol.78(12):6381-6388,2004を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0133】
一部の態様では、提供される構築物は、コード配列、例えば、ポリペプチド、1つまたは複数の調節配列及び/または制御配列、ならびに任意選択で5’及び3’AAV由来逆位末端反復配列(ITR)をコードする核酸を含む。5’及び3’AAV由来ITRが利用される一部の態様では、ポリヌクレオチド構築物は、組換えAAV(rAAV)構築物と称され得る。一部の態様では、提供されるrAAV構築物は、AAVカプシドにパッケージングされてAAV粒子を形成する。一部の態様では、AAVカプシドは、Anc80カプシド(例えば、Anc80L65カプシド)である。
【0134】
一部の態様では、AAV由来配列(これらはポリヌクレオチド構築物に含まれる)は典型的には、シス作用5’及び3’ITR配列を含む(例えば、B.J.Carter,in“Handbook of Parvoviruses,”ed.,P.Tijsser,CRC Press,pp.155 168,1990を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。典型的なAAV2由来ITR配列は、約145ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、典型的なITR配列の少なくとも75%(例えば、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%)が、本明細書で提供される構築物に組み込まれる。これらのITR配列を改変する能力は、当業者の技能の範囲内である(例えば、Sambrook et al.,“Molecular Cloning.A Laboratory Manual”,2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,New York,1989、及びK.Fisher et al.,J Virol.70:520 532,1996等の教本を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が援用される)。一部の態様では、本明細書に記載のコード配列及び/または構築物のうちのいずれかは、5’及び3’AAV ITR配列によって挟まれている。AAV ITR配列は、現在同定されたAAV型を含めた、任意の既知のAAVから得られてもよい。
【0135】
一部の態様では、本開示により記載される、当該技術分野で既知の様式(例えば、Asokan et al.,Mol.Ther.20:699-7080,2012を参照されたい(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))にあるポリヌクレオチド構築物は典型的には、コード配列もしくはその一部分、少なくとも1つの及び/または制御配列、ならびに任意選択で5’及び3’AAV逆位末端反復配列(ITR)から構成される。一部の態様では、提供される構築物は、カプシドにパッケージングされてAAV粒子を作出し得る。AAV粒子は、選択された標的細胞に送達され得る。一部の態様では、核酸コード配列は、標的組織の細胞におけるコード配列の転写、翻訳、及び/または発現を可能にする様態で及び/または制御構成要素に作動的に連結されている。
【0136】
一部の態様では、構築物は、rAAV構築物である。一部の態様では、rAAV構築物は、少なくとも500bp、少なくとも1kb、少なくとも1.5kb、少なくとも2kb、少なくとも2.5kb、少なくとも3kb、少なくとも3.5kb、少なくとも4kb、または少なくとも4.5kbを含み得る。一部の態様では、AAV構築物は、最大でも7.5kb、最大でも7kb、最大でも6.5kb、最大でも6kb、最大でも5.5kb、最大でも5kb、最大でも4.5kb、最大でも4kb、最大でも3.5kb、最大でも3kb、または最大でも2.5kbを含み得る。一部の態様では、AAV構築物は、約1kb~約2kb、約1kb~約3kb、約1kb~約4kb、約1kb~約5kb、約2kb~約3kb、約2kb~約4kb、約2kb~約5kb、約3kb~約4kb、約3kb~約5kb、または約4kb~約5kbを含み得る。
【0137】
本明細書に記載の構築物のうちのいずれかは、調節配列及び/または制御配列、例えば、転写開始配列、転写終結配列、プロモーター配列、エンハンサー配列、RNAスプライシング配列、ポリアデニル化(ポリ(A))配列、コザックコンセンサス配列、及び/またはそれらの任意の組み合わせの群から選択される制御配列をさらに含み得る。一部の態様では、プロモーターは、ネイティブプロモーター、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、及び/または組織特異的プロモーターであり得る。制御配列の非限定的な例が本明細書に記載される。
【0138】
例示的な構築物の構成要素
逆位末端反復配列(ITR)
構築物のAAV由来配列は典型的には、シス作用5’及び3’ITRを含む(例えば、B.J.Carter,in“Handbook of Parvoviruses”,ed.,P.Tijsser,CRC Press,pp.155 168(1990)を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。一般に、ITRは、ヘアピンを形成することができる。ヘアピンを形成する能力は、第2のDNA鎖のプライマーゼ非依存性の合成を可能にするITRの自己プライミング能力に寄与し得る。ITRはまた、AAV構築物(例えば、コード配列、例えば、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの、対象の細胞のゲノムへの組み込みにおいても役割を果たす。ITRはまた、AAV粒子内のAAV構築物の効率的なカプシド封入も補助し得る。
【0139】
本開示のrAAV粒子(例えば、AAV2/Anc80粒子)は、5’及び3’AAV ITR配列によって挟まれたコード配列(例えば、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド)及び関連する要素を含む、rAAV構築物を含み得る。一部の態様では、ITRは、約145個の核酸であるか、またはそれを含む。一部の態様では、ITRは、約119個の核酸であるか、またはそれを含む。一部の態様では、ITRは、約130個の核酸であるか、またはそれを含む。一部の態様では、ITRをコードする配列の全てまたは実質的に全てが使用される。AAV ITR配列は、現在同定されている哺乳類AAV型を含めた、任意の既知のAAVから得られてもよい。一部の態様では、ITRは、AAV2 ITRである。
【0140】
本開示で用いられる構築物分子の例は、選択された導入遺伝子配列及び関連する調節要素が5’すなわち「左側」AAV ITR配列及び3’すなわち「右側」AAV ITR配列によって挟まれている、導入遺伝子を含有する「シス作用」構築物である。5’及び左側という表記は、センス方向で左から右に読まれる、構築物全体に対するITR配列の位置を指す。例えば、一部の態様では、5’または左側ITRは、構築物がセンスの向きに線形で表現される場合に、所与の構築物について(ポリアデニル化配列とは対照的に)プロモーターに最も近いITRである。同時に、3’及び右側という表記は、センス方向で左から右に読まれる、構築物全体に対するITR配列の位置を指す。例えば、一部の態様では、3’または右側ITRは、構築物がセンスの向きに線形で表現される場合に、所与の構築物について(プロモーター配列とは対照的に)ポリアデニル化配列に最も近いITRである。本明細書で提供されるITRは、センス鎖に従って5’から3’の順序で表現される。したがって、当業者であれば、センスからアンチセンス方向に変換する場合、5’または「左側」向きのITRがまた3’または「右側」ITRとして表現され得ることを理解しよう。さらに、所与のセンスITR配列(例えば、5’/左側AAV ITR)をアンチセンス配列(例えば、3’/右側ITR配列)に転換することは、十分に当業者の能力の範囲内である。当業者であれば、5’/左側ITRもしくは3’/右側ITRのいずれかとして使用するために所与のITR配列、またはそのアンチセンスバージョンを改変する方法が分かるであろう。
【0141】
例えば、一部の態様では、ITR(例えば、5’ITR)は、配列番号16による配列を有し得る。一部の態様では、ITR(例えば、3’ITR)は、配列番号17による配列を有し得る。一部の態様では、当該技術分野で知られているように、ITRは、1つまたは複数の改変、例えば、切り詰め、欠失、置換、または挿入を含む。一部の態様では、ITRは、145個未満のヌクレオチド、例えば、119、127、130、134、または141個のヌクレオチドを含む。例えば、一部の態様では、ITRは、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、または145個のヌクレオチドを含む。一部の態様では、ITRは、約119個のヌクレオチドを含む。一部の態様では、ITRは、約130個のヌクレオチドを含む。一部の態様では、ITR(例えば、5’ITR)は、配列番号16による配列を有し得る。一部の態様では、ITR(例えば、3’ITR)は、配列番号17による配列を有し得る。
【0142】
5’AAV ITR配列の非限定的な例としては、配列番号16または46が挙げられる。3’AAV ITR配列の非限定的な例としては、配列番号17または47が挙げられる。一部の態様では、5’及び3’AAV ITR(例えば、配列番号16及び17、または配列番号46及び47)は、コード配列の一部分、例えば、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの全てまたは一部分を挟む。これらのITR配列を改変する能力は、当業者の技能の範囲内である(例えば、Sambrook et al.,“Molecular Cloning.A Laboratory Manual”,2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,New York,1989、及びK.Fisher et al.,J Virol.70:520 532(1996)を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される)。一部の態様では、5’ITRは、配列番号16に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、5’ITR配列は、配列番号16の核酸配列を有する。一部の態様では、5’ITRは、配列番号46に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、5’ITRは、配列番号46の核酸配列を含む。
【0143】
一部の態様では、3’ITRは、配列番号17に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、3’ITRは、配列番号17の核酸配列を含む。一部の態様では、3’ITRは、配列番号47に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、3’ITRは、配列番号47の核酸配列を含む。
【0144】
一部の態様では、3’ITRは、配列番号51に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、3’ITRは、配列番号51の核酸配列を含む。
例示的な5’AAV ITR(配列番号46)
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
例示的な3’AAV ITR(配列番号47)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
例示的な5’AAV ITR(配列番号16)
CTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
例示的な3’AAV ITR(配列番号17)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAG
例示的な5’ITR(配列番号51)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
【0145】
プロモーター
一部の態様では、本開示は、細胞(例えば、内耳細胞、例えば、外有毛細胞)におけるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現を調節する(例えば、増加させる)ために使用され得る、細胞選択的プロモーターを含む構築物に関する。一部の態様では、増加した発現は、細胞における内在性ポリヌクレオチド発現と比べたものである。
【0146】
一部の態様では、構築物(例えば、rAAV構築物)は、プロモーターを含む。「プロモーター」という用語は、作動可能に連結された遺伝子(例えば、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド)の転写を促進及び/または開始し得る酵素/タンパク質によって認識されるDNA配列を指す。例えば、プロモーターは典型的には、例えば、RNAポリメラーゼ及び/または任意の関連因子が結合し、それが転写を開始することができるヌクレオチド配列を指す。故に、一部の態様では、構築物(例えば、rAAV構築物)は、本明細書に記載の非限定的な例としてのプロモーターのうちの1つに作動可能に連結されたポリヌクレオチドを含む。
【0147】
一部の態様では、プロモーターは、誘導性プロモーター、構成的プロモーター、哺乳類細胞プロモーター、ウイルスプロモーター、キメラプロモーター、操作されたプロモーター、組織特異的プロモーター、細胞選択的プロモーター、または当該技術分野で既知の任意の他の種類のプロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、哺乳類RNAポリメラーゼIIプロモーター等のRNAポリメラーゼIIプロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、H1プロモーター、ヒトU6プロモーター、マウスU6プロモーター、またはブタU6プロモーターを含むがこれらに限定されない、RNAポリメラーゼIIIプロモーターである。プロモーターは一般に、内耳細胞において転写を促進することができるものである。一部の態様では、プロモーターは、蝸牛選択的プロモーターまたは蝸牛指向性プロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、有毛細胞選択的プロモーター、または外有毛細胞選択的プロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、内耳外有毛細胞選択的プロモーターである。
【0148】
「構成的」プロモーターという用語は、タンパク質(例えば、ポリペプチド)をコードする核酸に作動可能に連結された際に、ほとんどまたは全ての生理的条件下で細胞において核酸からのRNAの転写を引き起こすヌクレオチド配列を指す。
【0149】
構成的プロモーターの例としては、限定されないが、レトロウイルスラウス肉腫ウイルス(RSV)LTRプロモーター、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター(例えば、Boshart et al,Cell 41:521-530,1985を参照されたい(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))、SV40プロモーター、ジヒドロ葉酸レダクターゼプロモーター、ベータ-アクチンプロモーター、ホスホグリセロールキナーゼ(PGK)プロモーター、及びEFl-アルファプロモーター(Invitrogen)が挙げられる。一部の態様では、プロモーターは、構成的プロモーターである。一部の態様では、構成的プロモーターは、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CMVプロモーター、CMV/CBAエンハンサー/プロモーター、またはCB7プロモーターである。
【0150】
一部の態様では、調節配列及び/または制御配列は、細胞選択的遺伝子発現能を与える。一部の実例では、細胞選択的調節配列及び/または制御配列は、細胞選択的様態で転写を誘導する細胞選択的転写因子に結合する。
【0151】
一部の態様では、細胞選択的プロモーターは、耳細胞選択的プロモーターである。一部の態様では、細胞選択的プロモーターは、内耳細胞選択的プロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、内耳外有毛細胞選択的プロモーターである。
【0152】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、オンコモジュリン、プレスチン、CHRNA10、DNM3、MUC15、PLBD1、RORB、STRIP2、AQP11、KCNQ4、LBH、STRC、TUBA8、またはそれらの任意の組み合わせのうちの1つまたは複数から選択される。
【0153】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、オンコモジュリンプロモーターである。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号1~2のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号1~2のうちのいずれか1つの核酸配列を有する。
【0154】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号1のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性の核酸配列を含む。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号1の核酸配列である。
【0155】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号2のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性の核酸配列を含む。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号2の核酸配列である。
【0156】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、100~2000、200~1800、300~1700、400~1600、500~1500、600~1400、700~1300、800~1200、900~1100、950~1050、または1000~1050ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、1000~1050ヌクレオチドの長さである。
【0157】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、500~2500、600~2400、700~2300、800~2200、900~2100、1000~2000、1100~1900、1200~1800、1300~1700、1400~1600、または1450~1500ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、1450~1500ヌクレオチドの長さである。
例示的なオンコモジュリンプロモーター(配列番号1)
GTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAA
例示的なオンコモジュリンプロモーター(配列番号2)
GTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGGAAATCTAAGAGGTTGTAACTATCACTTTTTCTAGCCTATATAAGGTAGGTCAGTAAGGTAGCAAAAACACATCTGTTGTTTTGCTCCTTCAACTCTTTTTCCTGATTCTTCCTGGGGGGAAACCGAAAACGGTGAGTAACTGGTGGACACATCAGACCCCAGACTCTTTTCTTCACTGCATGCATTCATATTAGGCTCAGGTGCTTAGACTCCTGTTTTCCGGTGGCTCTGACACCTGGAAGGATTTTAATCTCTGGGAGATGGGCTTTTCATCCATCTGCTTCCCACCTTTCAGGACAGGTGCATGCCTTCTTCCACAGAATGTCTGCAAGCAGCCCAAACTGTATCCTTTCCCACGTGGAATTTGCAACATTGCATCTCTCGGGCTGCTGTAGGAAAATGCCAGTGCATGTGTAACATGGTTTACGGCTGCCTATGCAAATGACTGATTATGTCAGTATAATTTTTATAAGAAAACAATTGAATCCTTCTTTGGGTCATTTTTTTTTTCCATTTTTGGCATGTATTCAAAAGAAGGCTCTGAGACAAAAAAGGCTGGGGTGTTTTCCGTATCTGGTTTTAATTTGGATATTCTGTCCCGTCACTTAATACAAAACCATGCTTATCACATTTTAAAAATTCTAGACAGGCCTGGCTCGGTGGCTTGCATCTGTCATCCCAGCACTTTGTGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGCTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAATTAGCCAGGCATGGTAGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTGGGAAGGCTTAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCACGCTCTTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTTAATTTAAAAAAAAAAATAA
【0158】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、プレスチンプロモーターである。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号3または15のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号3または15のうちのいずれか1つの核酸配列を有する。
【0159】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、プレスチンプロモーターである。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号3のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性の核酸配列を含む。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号3の核酸配列である。
【0160】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、プレスチンプロモーターである。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号15のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性の核酸配列を含む。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号15の核酸配列である。
【0161】
一部の態様では、プレスチンプロモーターは、500~2500、600~2400、700~2300、800~2200、900~2100、1000~2000、1100~1900、1200~1800、1300~1700、1400~1600、1450~1550、または1500~1550ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、1500~1550ヌクレオチドの長さである。
【0162】
一部の態様では、プレスチンプロモーターは、1000~3000、1100~2900、1200~2800、1300~2700、1400~2600、1500~2500、1600~2400、1700~2300、1800~2200、1850~1950、1900~1950ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、プレスチンプロモーターは、1900~1950ヌクレオチドの長さである。
例示的なプレスチンプロモーター(配列番号3)
AAAGCAAACTCATCTCTAAACCAGAAATAATAGCAATATCTATACAAGTAAATACATGTACTCAGAACAGTGCCTACTACATGTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTACTCATACTCACATTGTCCTCTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTG
例示的なプレスチンプロモーター(配列番号15)
TAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCTCAGCTAGGGACGCGGAGAGTGGTCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTTAAGAGACGGAGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGCAATTCTCCCAGCTTGGGGTAACGTGTTACATTATTCTACTTAATAAAAAGCAAAAGTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTTATCATGCATTGCCTTGTCGTGCAATAGTCAATATTTGCAAACCAAGTGTTAACCAAAGGCAGTTCATCAAAGATTTTTGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAACTCATACTCACATTGTCCTCAGGATTTCCTGTTTTCGAAATGTTCCTGTACGAATCGGAGTCTCTATAATGATTGTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGGGCCAAGGAGCGAGCTCTCCCTTCTCCTGCTCTCAGCCTCAGTGATCAAGGCTTCAGTGAACTGCACTGGAGCTCCCAGCGGGGGATCTTGTCCCCTGTCCCGACTTTTGTGCTGCACATTGGATCTGGTGACACTCAGGAAATTGCTTGTCTCCGGCTGTTAAGGAATAATTTCAGAGTACT
【0163】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、CHRNA10プロモーターである。一部の態様では、CHRNA10プロモーターは、配列番号4に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、CHRNA10プロモーターは、配列番号4の核酸配列を有する。
【0164】
一部の態様では、CHRNA10プロモーターは、100~1200、200~1100、300~1000、400~950、500~900、600~850、700~800、または700~750ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、CHRNA10プロモーターは、740ヌクレオチドの長さである。
例示的なCHRNA10プロモーター(配列番号4)
TTCAGATGCCATCATTAATGAGAACTATGACTACCTGAAGGGGTTCTTGGAAGACCTGGCAAGGAACTCCCCTTGGATTAATTGGCTTCTCTGCTTCTTTGTAGGTGGATTGCTCAGGTAATGACCTGGAGCAGTTACACATCAAAGTGACTTCACTGTGCAGTCGGATAGAGCAGATTCAGTGTCTGGTATTGGCTTTCCCTTTGTATTTTTGAATAGAATATACCATTCAAAGCCTCCTCGCTCTTCTACTATAGTGGTTTTGTTTTTAAACCCTGAGTGACGCTTCACCTTTCTAAATCAGATTCCCTTTTGTAAAGGGGATAATGATTGCTGATGTTACTTCACACAGGGCTATTTTCAAGAGGAATCAATTGAGTAGCATGAGTACTATTCCAGATCTTATTTTGATCTGTCAAGCTGAAGATGTGAGCAAATTCCAATTAAGATTAGACCAAAGACTTCTGAGACTTTCAGGAATTCAGGGATGAGAAAGCAGAGTGGGTCAGCTCTGTTGTCTGGAACTTCCATTTAACTTAGATGCCTCAGGATAGGGGTTACTCAGCTGGAATCCCCTCCACTACTGACTCACTATGTGAACCTGAGTGAGTCACAAAACATAGTTGGACTTCCAGCAAAGAACACCTGACCTGGTTTCCTTACCAGAGGAATGTTTCAGAAAGTGAGTATGCTATAGAAATGGTTAGCTCTTAGCAGTGTTCGGAATTGTGGGCCAGGAG
【0165】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、DNM3プロモーターである。一部の態様では、DNM3プロモーターは、配列番号5に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、DNM3プロモーターは、配列番号5の核酸配列を有する。
【0166】
一部の態様では、DNM3プロモーターは、100~2000、200~1800、300~1700、400~1600、500~1500、600~1400、700~1300、800~1200、850~1000、または900~950ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、DNM3プロモーターは、900~950ヌクレオチドの長さである。
例示的なDNM3プロモーター(配列番号5)
CCTTGATTCAGAGTTAAAGCTATGGGAAAGTCCTCAGGCAGAGGACAAACATTAGACAAGAAAATGCCCATATATGAAACCCTGCGAAGCATCAGTATTTGAGGAGCAGACTAAAAAGGAACCGTCTGTGGAGGCTAAGAGAAGCATGGCCATTTATCTTTGTGTCCCGATCATCAGGCACAGGACCCCACACACAGTCACTTCTCAATGTGCTAAATTTCACAGAATGCGTCCAGGGTACCTGGTTCTGGATAGATCCGGTAGAAGGAGATAGACCGGGAGGGCAAATGGCATGAGGAGTCTCACAGGCCAGAGTGATTAAAGGGGTGTATCGGGGCGGTAAACCCTACAGACTCTACCTGTGCTTATGCGGGGCTGGGGAGGACGAGTCATTACAGATGAAGAATTAAGTAAGGTCAGACCACTCAGGGCCTTAGATGGATGTCACATTGAAGAATTTAGACTCCAACAGGCCTGCCACCCTGGGAGGAGTCATCGCGGATTCTGGAGAAGGGCGTGACAGAGGAGATTTCCTTTCGGGAAGTGTAGTCTGGCAGCGGTGCCCCGGTGGTGGCGGCGGCGGTGCTGCTGTTGCTGGTGATCGTGTGGTGGTGTTAGCGGCGATAGTGCTTTCCACTGGGCTTTGGCTTGGTAGCCGCTGAAAGAGAACAACGCTGCCGCTGCTGCTGATTTCATGCCATTTCCTGACCCGGCGCTGTAACTTGGCCTCTGAGCCTTGGCCACAGAACGCAGAGGCCGTGGCATCTGGCCGCAGCTGGGCTGCAGTGCGTGCGCGCCTGGCCTGGTGGTCCGATGGGAAGCCCGGGGCGGGGCAGCCGCGGGGCGGGGGCGGGGCGTCGCGGAGATAGGCCACGCCCCTGCCCGCCCGCGCAGGCGCGCTGCGGGTCGTTAGCTGTC
【0167】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、MUC15プロモーターである。一部の態様では、MUC15プロモーターは、配列番号6に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、MUC15プロモーターは、配列番号6の核酸配列を有する。
【0168】
一部の態様では、MUC15プロモーターは、500~2500、600~2400、700~2300、800~2200、900~2100、1000~2000、1100~1900、1200~1800、1400~1700、1500~1650、または1600~ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、MUC15プロモーターは、1600~1650ヌクレオチドの長さである。
例示的なMUC15プロモーター(配列番号6)
TTTCTCCTAATTCAGCACAAAAATTGAGTTCCTTTTCTGTAGCTAAAGAGCTTGTATGAACTGTCAGCTTAGCTAACCATATGTTTTCAATGTTCCCTGCAAATTGTTTAAGGTATGTATAGTCCTTTCAATGGATGAGTAAGTCTTTTGTCATTGTTATTTGCTGCCTGTGGACTTGATTTCAAAATCTTCTTCAGGTCATGAATAAATTTCCTTTTCCTTCTGTCCCTACTTTTGAGCCAAGGAACAAATCAAGATTCTTCCTCAGAGTGTACACACCTTCCCAGGCATCTCACTCTCTCCTCACTCTATCTGCTTCAAGTTATGGCTCGTTGGTGAGAACACTCTGCTGCTGAGGTTATTATTTAGCTATAATAACTTTTTCTAACTAGACAGAAACAAATTAGATATGCCAGGATTTTCTAATTACCTGCCTTAAGTGCTTTTTTAGAAAGCATTAATAAATCATGTGGATCTTTTCCTAGCAGTGGTAAGATAAGTTATAATATTATCAAACTGTCAGTTTTGCCACTTCAATATATGTATGCCTGGTTGTAACCTCACTTAATAAGTTAAGTCCATGTAAAAATAGTTGATAGTTAATAAATTGGGCAAGAGTTGCTTAAACAGATTAGACTATATAACAAAATTAGGGTTTTAAAAGAATAAAGCTGCTATAACAGTACGCTTCATCTCACAGGAATTAATCAGTTATGGTATCTCCACAAAACAGAATATCACGTATTGTTGAAGAGAGCCGTCTCATTTCCCCGGGGTTGGTTTAATTTCTAATCAAACTCTGAAGGGGCCTTTGGGCTTCAGAAAATTTAAAACTATAGAATTACCTTGTTCTTTCCTCGGGCCAATTAACTGGGCAGATTCTTTGCATTCCATTTGAAGCTTACTAGCTCCTGCATTTTAGCTAAAGTTTCGTTTCTCGCTCAGCAGTTGAAAACCTATCTCCTTGTGCAGCAGAAACCAAGTATGAACCTCAGGCATATTGAGCTGAACGGCCCTTGGCGCCATCCCCAAACGCTGATGTGCGGAAGATCCCAGTTTCACTCTTCTCCCTTTCATAAGCTCTGAAAGGAAGTGTAGGAAGTATGCCAAGTTGTTATTCAACTCTAGTATTTAATCAAGCATTACCTGGGCACTTCTGAAATTCTCCAGCTTCTAAAGTGAGAGTAAACCAGAGAGAACACAGGGTGGAAACTACTTAATCGAGAAGGCTCCTAGGATAAGTGAGGATCACATGGCCATTCTCAGGCCCCAGTTCCTCTCCAAACTCCTGAAAGTCAGCAAGAAACCGAATCTCAGTCATGATGATTATTTTTCATGTAACACCTCACAGCGTTCTCAGGGATCCCAATATATGCTACTAATTCACTTTGTGTTAAGTAGGAGTTTCTTAAAAAAACAATTTCAGTGGAGAAATTCCTGCTATACCAGATGACTTTGCCAAAATCTTTGTCCTTTTTTTCACTTAGGGTGAAAAAAAAAATTGATGACCCGTGTTTTGCTACCACTGACGAGAGTAATACCTTGTCCCAAAGCTAAAACGATCAACCTATGAAAACTGGAGGGTTGGGCTTTTGTTGTTGTTGTTAAAGGCCTGAATGAGGTGATATCTT
【0169】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、PLBD1プロモーターである。一部の態様では、PLBD1プロモーターは、配列番号7に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、PLBD1プロモーターは、配列番号7の核酸配列を有する。
【0170】
一部の態様では、PLBD1プロモーターは、100~2000、200~1800、300~1700、400~1600、500~1500、600~1400、700~1300、800~1200、850~1100、900~1050、または950~1000ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、PLBD1プロモーターは、950~1000ヌクレオチドの長さである。
例示的なPLBD1プロモーター(配列番号7)
GACCCATTATTCAATGGGAGTTGTCAGGATGTCAGCAATGTACAAAATCATTGCTTAATTTGTTTGACAATGGAAATGGCCATTATGGTTTTTATGTAACTTTGCTTCTGTTACATAATTCTTGCTGACACGGTGTTTCAACCAAGGTACTTGGTAGCAAGTGTTGTACAGAAAAGGATCTGTAAGTGGTTTATGTGGTCATCAACCACAGCAAAGATTTCATCTGAGCTGTGCTATGAAGAATGTAGCTTGAGAAACACAAAATGTATCACTGGGCAAAAAGGAAGCAGAAGAAAAATACAGTTCTGCTAATGAGAGCTCTGACTGGTATCTGGAGTATAAGATGGGCCCAGCCAATGCTGAGTGAATGAATGAAATGCCTTTTGCCTACTTCACAATGTCACCTAGGGCACCCGGTGCCAACTTCACAATATCACCCAAGGCATAACTTTTGACTACTTCACAATGTCACTTTTAACTGACCCCACACAGAAATGGGGACTCCACAGAAACGTAGGAGTGTGTCTAGTGTCAGCCCCGTCTGAATCACTCTCCTGTGGTGGCTCCAGCCAACGAAGAGGAAGCAAAAAGGATAAAAAATCTGAGCTACAGCGCATGGATTTAGGTTAAACAGCCTGGGAATGAGGGGTACGCTAATCGCTGAGGAAAACGCACCTGTGGAGGCCTCTCCAGAAACAGCAGAGGATCCGAGCTGCGTGTAGGCAGGGCGCGCATGTCACCCTGGCCCGGGCGCCTGGTCCGCTGCTGGAGATAAATGGTCGACCCCGGAGGGAGAGGCTAGTAGGGGTGTTGATGTGAACTGATTCGCCCAAGCCTTGGGCCGCAAAACTGCGAAAGAAAGCGGCAGGCAGCCTCTGCATTTCCCAGAAGTGCAGCTGGGGAACTTTCCCAGACCGGCCCAGGGGTTGCTAGAGGGTCAGACGTAAAGGATCCGCCTTTCCTAGGCGGGGTGGGCCCCAGGCC
【0171】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、RORBプロモーターである。一部の態様では、RORBプロモーターは、配列番号8に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、RORBプロモーターは、配列番号8の核酸配列を有する。
【0172】
一部の態様では、RORBプロモーターは、500~2500、600~2400、700~2300、800~2200、900~2100、1000~2000、1100~1900、1200~1800、1250~1700、1300~1600、1350~1550、1400~1500、または1400~1450ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、RORBプロモーターは、1400~1450ヌクレオチドの長さである。
例示的なRORBプロモーター(配列番号8)
CCAATAAATGTTGGCTCTTGTTTTTTCTGACCTGTATGTTTTGTCTTTGTTCCAAAGCTAGCCTTACCTCTCCCACATACTGGGGTTAATTCATGCTTTGGCCCTTATCACCTTTTCCAATTTATTTCAAAATTACATGCTCTATTTTAATATTTGCTTTCTTTTTTTTATTTTGAAAACTTATTGAACTTGCATCTACACTTTAAAATGAAGCAGAACTTAAAGAACTCAAAGATTATGAAGAAGACTCAGTACCTGGGAATAAAATTGAGAATAGGTTCCTTTTATGACTATATAACCAATCTCAACCATTATTTTTTGCTTCCCCAAATTAGGAGAGTTTAAAATGCAGATTCTCCCCACTCTCCTCTTCCCATTCAATAGAAACTGAGAAAGAAGGATCTTATTCAGGTCTTCACTCCATTTGTGATTCATATTCAGTGGCTGAAAGGTTAGAAAGCATTCACTCCACCAATAATGATCAAGCACCCATAAAGTACCAGGAGCTCTTACAAACTCTAGGGAAATCCTGGCTCCTGTTGTCATGAATTTTGCATTCTCAGGTAGGAAATGTGGCTCTGATGCCTGCTGGGGCAGTGTACACTTAGAGCTACAGAGGATCTTGGAGGTAATCTAAAACCTTTCTAAAGAGCACCCTGCAATCACACCTTCTAGCAACAGCCATTTCTCTTGAATTAGTAAGGTGGCTACACCGCCAATTTGAGCTGTTCTCCTTCAGTCCTGTAGTCCATCGCCAGGGGAGTCTCCAAATGCTAATAAAAATCAATTTCCCAGACAAAAGAACATAGAGGGTCAGGGAGCATCTGACGGACGTTTTTAAAGGAAGGGGACAGCTACTTCCATGGGACTGCATTTTAGTTGTGCTAAAAGTGATGAAAGTGGGTTTGCATTATTCTACCACCAACACCCAAACCACCTGCCCACGGAAACCCCCGCCGGAGACCGAAGTTTACCCAAATAGCGCTCGGCAAAGCGCTGCCATAAATTCAAAACTAACTCTGCCGGGCCCGCGGGGGTTGCGAGACAGGGACCGAACGTGAAACCCGGGGAGCCCCGCGTCTCTTGCCTCCGAAGGTTTTCCGTGATCAGTGTCCCCTTCTCTGCTGGAGTCGGAAGTGCCTGTCACCTGCGGATCTGCCCGACTCTCCCGGTCGGCCCTTCTTCTCTGCCCAGTTCGGACAGTCTCGAATTCCCCGTCGCAGCCCCGGCCACCTCGGACTCCCTGGTCCCCAGCCCCCGCCCCACCCCCCGCCTCCACCACGTCCCCTCCCCGCGGTCCCAGCCTCTCCAGGCGCTGCTGGGCTCTGATTGGCGGCTGCGCTGACAGCAGGCGGGGCCTGGAAGTCGCGGCCAAGCCCGCCCTCGCGTATAAGCCCCTCTCAGCGCTCTCTCTCC
【0173】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、STRIP2プロモーターである。一部の態様では、STRIP2プロモーターは、配列番号9に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、STRIP2プロモーターは、配列番号9の核酸配列を有する。
【0174】
一部の態様では、STRIP2プロモーターは、500~2000、600~1900、700~1800、800~1700、900~1600、1000~1500、1100~1400、1200~1300、または1250~1300ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、STRIP2プロモーターは、1250~1300ヌクレオチドの長さである。
例示的なSTRIP2プロモーター(配列番号9)
CCTTGAATATTTATGTCCATTTTAACACTTCCTGGTTGCAAGAGGGATGTGCCTCCATTATTTCCTCCACAGTTTTGGTATTTGTCAGACATTTGTTCTGCTGTCTTTCTAATCCAGCCAACGTCTGCTCAGGAAGTGGGGCCAGCTCCACTGGGACCCATAGTTTTACTTCCTTGTCATTTGATTGGATAGTTTCCAAGGAAGCCCCTCCAGATTGGCACTATCTCAGAAAAGGAGAGCTTGTTGTGAAACACTGCTTCCTGAAACTTCCTGCTATTGCCTAAAGCTACGTCTGAAACTGAGTAGGGAAAGGCATACTTTTCCAGGGACTTAGGGGGATAGGCTTTGAGGTCTCTCCTCGTGTTGACTCTATGCAATCTTCATAGCACCAGTTTTACACATTCCTTCTCTGAAATTAAAGCCAGATGGAGCCTCTAGGCTTAGCAAGTGGCTTTAGATAGCCACCAGAGGGGACTTGCAAGCTGTCCTCTATCCTACTCCCAAGATCAGTCTGCCCTTTCCCCTAGGAATAGGCAGGAAAAGAATAAAGGAAAGAAAGGACTGGCGAGCAGGTGAGGGTGGGGGCTTGCTCTACCCTCAACATTTACACACCATGAGGAAGAGGCCCCCTACAGCAGAGAAGGGCAGATGACAGGAGCAGCCCTCGAGGGCACCACCAATTTCAGTGATGGAAAAACTCCCCCATCCCACCCTTAGACCTCCAGTCTCCCAGCCAAGCCCTAGCTCCGGGCGAGATGCGTTCTCTTCAGAAAAACGCTGAGAATTCTCAGCTTCCAGAGACAGCGAGTCCCTCGTTTCGGGCGATGTCCCTGGCCACCTGGCGGTGCCATCCCTCCCCTGAGACTAAGCGGGATATGGGACGTGTGCAGGAGCCGGGATATGGGGGGCCGGGTCGGTGGTAACAGGGAAACGGAGACTGCTGTGGAGCAGTAGGCGGAGACTAGAGCTCCGGAAAAGGTCGCTACAGGGACGGGGGTGAGAGCTGAGAGACACCGAGTGAGGAGCACAGAGATAACCCGCCTGATCTCAAGGCCCAGCTTTCGCGAGGTGTGGAGCCTGTAGCTAACCTAGGAGTCTCCGTCCGCCAGCAATGCCGCAGGACTAAAAAGATCCCCTCAAAAATCTCTTCATTGAGCCCCCACCTCCTCGAGTCCCGCTCCGGCCGGTCGAGCAGCCAATCGCCTCGCGGGGCGGGGTTGCGGCGAGCTGCCGTAACCAATAGAGGTGGAGGGGGCGGGGCCTGGCTCCCGGCGCGCGGCGGTAGGGTCGCCTCCGG
【0175】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、AQP11プロモーターである。一部の態様では、AQP11プロモーターは、配列番号10に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、AQP11プロモーターは、配列番号10の核酸配列を有する。
【0176】
一部の態様では、AQP11プロモーターは、500~2000、600~1900、700~1800、800~1700、900~1600、1000~1500、1100~1400、1200~1300、または1250~1300ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、AQP11プロモーターは、1250~1300ヌクレオチドの長さである。
例示的なAQP11プロモーター(配列番号10)
AGGCATGAGCCACTATGCCCAAATGAGAAATAATTTTGTATGAAAAATAATCTTGTATGGTAAATTTAGACCAAGAATAAAATGAGTGGTTGTATAAGAAAGAAAGATGTTCAGAACAAACCAAAAAGTCCAAGCATGTCACGAATGGTCTGTGTAAGTCATAATAAAAGGATTTATCTAAAAAAACCAAAAACTTTTATATGATCAAGTCGTCTATAATTAAAGGAAAATTATAATGGGTTTTTCTAGACATTGGGTGTGATGTAATGAAACGTACACACTAAAGAATTCATTACAAGGCTTTCATGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGACTGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAATGGCGCGATCTAGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCATCATCCTCCCGAGTAGCTGGGATGACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGGTTTCTCATGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCCGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCGCGCCCGGTTTTTGTTGTTGTTTTTGTTTCTAAAAACAGCGTCTCGCTCTGTGGCCCAGGCAGGGGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAGCCTGGAACTCCTGGGGTCAAGCGGTCTTCCCACCTAAGCCTCTCCGTGCTGGGACTCCGGACGCGCTCCACCTCACGCAGCCGTATTCCTGCTTTCAAAGCAGATGGAAGAGGTGCGCCAGGACCCCCAGTTCTTGGAAACAGACCTCTCCAGTTACCTGTTGTTTCCTCTTCACGAAGAGTGCATGTAACAGTAAGACACAACTGTTTCATATTATACGTAAAGAGTTCATGCCAAAGGTTATAGACAGTCACATGCTAAAACTAGGCTACACTTTGAAGAATCACCGCTCAAGTTCTGGAAAAAAGAGGTGACTGTTGAACAACACTGTGAGGGTAATCGATGCCACTGAAATATACACTTAAATTGATTAAAGTGGCGAATTTTATCTGGCATATATTACCACCATTTTTAGAAATGTTTTTTGGCAGGTGAAGAAAAGCAAGGCTCCAGGAGGCCCTGCGCACCGGTCTACGCCCACTAACTCACCCGCCCCCTGCGCCGCGTCTCCCCTCTCAATTTCAGTCGCCCATTGAT
【0177】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、KCNQ4プロモーターである。一部の態様では、KCNQ4プロモーターは、配列番号11に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、KCNQ4プロモーターは、配列番号11の核酸配列を有する。
【0178】
一部の態様では、KCNQ4プロモーターは、500~2500、600~2400、700~2300、800~2200、900~2100、1000~2000、1100~1900、1200~1800、1300~1750、1400~1700、1450~1650、または1550~1600ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、KCNQ4プロモーターは、1550~1600ヌクレオチドの長さである。
例示的なKCNQ4プロモーター(配列番号11)
AGGGCCCATCCTGGTGTAAACAAACCCTTTGGCGCAGCCCAAGAGAGCCCCTATCTAATACCCAGCACGATCCCCTTACATCCGGAGCACTCTTTAAACATTTTTCCTAGCTGATCTTCACAGTGACCCTGCAGGGGAGACAGGAAGAGGTATCATGATCCCTGTGTTAGCGTGGGAGGGCTAGTGAAGTGCAGTGACTTGCCCAAGGTCACTCCATGAATTGAGGGTGGAATTGAAACCAAAACACTGATCTCCTGACCCCCTGTGCATACACAGTTGCTCTTGGAGATTGGAGACCCCTGGAATCTGGAGCAGACAATCTGGCTGGCTTCCTTGCAGCTCAGGTCTGCGGAGGCCACAAGGGGGCAGCATGCAGCCCTCACCTGTGTCTCTGGGACCTTTGAAGGGAGGGTCCTCCCTAGGATAACAGTGAGAGCTGGAAACTCTACCCTCTCCAGAGTATTGCCTCAAGATCCCTGAACTTAGCTCCATGTTTTCAGAATGTGCTAGCTACAATTCCTGAAATGCCCTTTTACTTCCCTTTTCACTTATTGAGCTCCTATACATCCATCAAGGCCCAATTTAAATGGCCCTTTCAGCAGCTATTTCTTTGGCACCTTCTGTGTGTCAGACGTTGTTTTAAACATTGTGAATACAGCTTAAAACAAGTCTGACGGGTGGAAAGGAAACTGCTGAGGGTGGGGTCAGGGGAACAGGTGGGAGAGGGACCAGTCCCCTCCAGCAGAGGGGCCAATTGAGGGAGCCTGAGACAGCTGTTTGCTCAGAAAAGTGTCTTAGTCACTAAAGGTTGTGGTGGGGAAAGTCCGTCCTCCCAGTCATGTCCTGGGAATCCGGATGGCGCAGGAAGGCCACCCGGTGACCCTAAGAGTGGCCACCTGTCCTCTCTGAACTGGACTTTCTCTTCTGGCCCTTCCCCTCCCTCCCTCCCTCACTGGCGCTCAGCAGATCAATGCTGCCTTTGCTGACAGCTGAGAATCGAGCTCGCCTTCCCGCCCCTTCCCCCGCCCCTCCCGCTCGGCTTCGTCCCTCGAGATCCTCCCGGAGGAACCGGGAAGAGTTTGCTGCGGAAGGCTCACCCTGGGGCAGGGCCTGCGGAGGGAGCGGCTGGTGTGGCCGCAGCTTTCCGTGGAGGAAGAGGGAAAGAGGATCGGGAAACCCAAGTTACCAACCCTGTGCAGGGGAGATGGAGGTCGGGGACTAAGAAAAACTGCTGCCCACCCAGCCACACACAGCACTGGGCACACTTTAAGCACCCGCACCAGGCACACAGTGCTCGACCCCAACGGACACACCTCATCCTGCCGCCCGCGGCCACAACTCCACATTCACTTGCACGCGTCCGGCTTCCCGGCCCCGCGCGCTGCCCCCGCCACGCGGTTCGGCCCAGGCACCAACTCGGCCGCCCGTGCGCCCTGCCCCGCCGCCTGCTCCGCGCGTTCCCTCCCTCCGCCTCGCCTCGCTTGCTCGCTCGCTCCCTCCCGATTTGGGAAGGCGGCCGCGGGGCGGGCGGGGGAGGGGCGGGGCGGGGGAGGGT
【0179】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、LBHプロモーターである。一部の態様では、LBHプロモーターは、配列番号12に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、LBHプロモーターは、配列番号12の核酸配列を有する。
【0180】
一部の態様では、LBHプロモーターは、500~2000、600~1900、700~1800、800~1700、900~1600、1000~1500、1100~1400、1150~1300、または1200~1250ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、LBHプロモーターは、1200~1250ヌクレオチドの長さである。
例示的なLBHプロモーター(配列番号12)
GTGAATTCGATGATGTGCTTGTGTGGACATGTGGAGGTCTCAAGAACAAAAGAAGAGCTGGGCCTGGCACACAGTGGGTGCTAATGCCTGTTAGAATTGTTGTTGAGAGGGCAGGAGGGTGTAACATGGACCCAGCTATCTGATCCTGAGGCTGGGCGCCATGTGGGTGTGAAGTACACCAGGGGCTCCAACCAGCAAGTGCTAGCTCAGGTTACAGTCAGCTGCCCCTGGAGGAAGCTAGCAGACATCCTGTGTACTTGAAAAGAAAACTGAAAGTGCTATCTGCATCCTGGTGATAGTAACCTCTCTTTTCTGGCTGTTGAAGTGCATTCCTGTGCGGATGTGGAAAGAGAGAAAGCAAGATACAGCCAGGGCTAGGACAGGAATGTGAGTATTTCCTTAATTGGACATGAGAGCCTTGAACTGATTCCAGTTGGAGTGTTTTCTTTTAGGGCCTGGACCCTAAAGATTTCATACAGTTTTCTTTGTCAGAAAAATCCCTTTGGTTCAAAGGCCCCTCGATAGAAATAAAGAAAAAGCCAGGGCTGAATTTCTTTGATATGTGGGAAGGCAAGAGTTTATGAGCTGCCAGATCTCAGGCTTCTTTTGGGGTGGAGGATTTTGTCTGGTGGGTTCGGGTTGCTTTGTGTTGTTGACTGCTAATTCACTGATGACCAAGTTTCTCAAATACCTTAAAAACAAGCCCTACGTCTGCTCAGTGCTTTCCAATTTACCAAGTGTTTTCATAACATTTCTTATGTACGCAAATGAGTTTCACCGAAAAATTGGCTAGAAACTTCCCTTCTCCTACTCACGTTCATAGTGTAGCTGTGAAAACAAACAAAACCACAGAGGCATGGTAAGTGTGGTATGGTGGGGAAAACAAAGCCATTTTACAGGCGTGATTGAAGCGGAGGCCACAGAGCGGCAGCGCTGGGTCCCGAGTGAGACTCCCATCATGTGGCTCAATGGAAAAATCCTACCCAGGACGACACCACATCCTTGCTCCCACAAATAAAACCTTCCACGGAACTCAGGGCTGCAGACGCAGAGCCGAGCGCGCCCCCGAGCCGCCGCCCGCCGGAGCTGCGAGCGCTGAAGCCATTCATGATTTTGGTGACGTTATTCCAGGAGTGGGCGAGGGAGGGCGGGGCCTCTCGGGGCCAAGCCCCGCCCCCGCCCCTATAAATACGGCTTCCCGGGCTCTTTGTGGG
【0181】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、STRCプロモーターである。一部の態様では、STRCプロモーターは、配列番号13に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、STRCプロモーターは、配列番号13の核酸配列を有する。
【0182】
一部の態様では、STRCプロモーターは、100~2100、200~2000、300~1900、400~1800、500~1700、600~1600、700~1500、800~1400、900~1300、1100~1200、または1100~1150ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、STRCプロモーターは、1100~1150ヌクレオチドの長さである。
例示的なSTRCプロモーター(配列番号13)
CACTGCCATCTCAACATGTGGTTTCTAGGTTGCCTCAACAGGGAAGAGATTGTTGGAGGCTCATTTGCTAGCTCTTAAATTCTTTGGTCAACCACAGTCCATTGAACAGAACTAATCACCTGACTGCAAGAGATCTGGGAAATGTGAGAAACACCTAGATATCTAGTAAGCAATAAATATTTCAGTTACCAAAGCCAAACCAAAAAAAGAGAAAAATAATTGTACTTTACAAAGGGAGGCATCTGGGTCCTGTGGGAGTTTTGGGGAGTGAGGATGTTTCAGAGTTCTCAACTCCTGTGGCTATCCATTTCATTTTAGCAGGACATATGATTAATTTCTTGTTCTGGACCTTTGTAATTTAAAGTCTGAATCCTTAGCGGCAAGAGAATTGCTTAATCAATGGCTTACAACAGCAGAACGTGGACTGCCAGGAAAATTTCCATCCTGAGTTAAGAAAGAAGGATAATTTATTATAAGAGGGTTGTTACAGAATGAAGGGCAGAAATTCAGAAGGATTACAGGATGGGCTGGAACCACAAAGCACTGTCTGCTTTTTAGACTAGGTGTGGTATCCTTGATGGGCAAAGGGAATATTGGTAAAATTATTTGTGACCTGGGTTAAGTCATTCCATTTCTCTGGGCTTCAATTCCCCTGTCTATAAAATGTTTGAGGGAGAGAATGGGGAAGGGTTCTAGGGAAAGAAGGACAGAATAAAAGTTTGGGTATATGAATTACTATTTAGAGTTGGTATAAAGTGAAGGCCTTTGGGGAGATATACCCTGACCAGACCAGATTATTTTGAATGAAATCTCTTTCTCTGTTCCATGAGCAGTTCTGTGTGTAGGGAGAACATTTGAATGGCCTAATGAGCAAATCACATTTCTCTGGGTCTGTTTCCTTATCCATAAGTTCTGCATCACTGGCTCCTAACTCAAGCAATCTCCTTGGGTTTCTCTGAGGGGCCCCTGGGATCCCCTATCATTAGTCCCTCTCACAGAAGCATACCCTTCTCCAGAGCTAAAGGATCAGATATTCAGCGGCTCAGGTAACAAACCTGCTGTCAGGTTACACATATTGTTTCCTGAAAGACCACACTACAGTGTCAGTGGAGCCTCAGGTTGCCTGCAGT
【0183】
一部の態様では、内耳外有毛細胞選択的プロモーターは、TUBA8プロモーターである。一部の態様では、TUBA8プロモーターは、配列番号14に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、TUBA8プロモーターは、配列番号14の核酸配列を有する。
【0184】
一部の態様では、TUBA8プロモーターは、1000~2600、1100~2500、1200~2400、1300~2300、1400~2200、1500~2100、1600~2000、1700~1900、1800~1900、または1800~1850ヌクレオチドの長さである。一部の態様では、TUBA8プロモーターは、1800~1850ヌクレオチドの長さである。
例示的なTUBA8プロモーター(配列番号14)
GAAGACATAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGGGACCCATGAGAGCTGAAGACGTGGTCCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGACGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGATCCAGGAGAGCTAAGGACATGGTTCTAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAATACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGTTCCAGGAGAGCTGAGGACATGGTTCCAGTCTGAATCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGTCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGCAGAGCTGAAGACATGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCGGGAGAGCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCTTGAGACCCAGGGGAGCTGAAGATGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGGTGAAGACGTGGTTTCAGTCTGAGTCAAGGCCTGAGAACCAGGAGAGCTGCTGGTGAAAGTTCTAGTGCAAGGGCAGAAGACCAATGTCCTACCTAGCTCAACAGTCAGGCAGGCAGAAGTTCCCTGTTTCTCAGCCTTTTTGTTCTATTCTGTTCTTCAGTTGGTTGGATGAGGCCCCTGCACATTAAGGATAGACAAAAATTCAACGCATGCTTTACTAAGTACCGTTTGTATCAGTGGGTAAAGCACTGTGTTTGGTACTCTCTCAAATGCAAAGATGATTACGACACATGTACTATCGTTTATGAATGGGTGGCCAACAGAACAGATTGCCGCATAGGTAAGCAGAAATCTGCTCTCATTCTCTATTGGCCACAAGCAGGCATGTCTTAGGAGCAGAAGGGTAGGAAGATCTCTAACTGTGCTTGGAAACTTGGGGAGTTACCACGTCTGGCTAAAGTGGTATTGTCTTAAGGAAAACCTCTTACTACTGGGCAGAGGCAGGGGAACCCTGGTATGAGTTCTGGATTACATAGGAGATGTGACTTGGACACGTTTGGGGCTTAAAAGTAGGAAGGGATCAAGGGGGGAGATTTGAAAATCCCGGTGGAGGTGCGAGGTATCCGGGGAGAGGTGGGAGCAGAGGCCCTGCAGCTTGCCAAGCACACACGGCCCTAGGGCGCCCAGCTGAGACGGCACCTTGGCACCCGGGCCCGCTGCAGCCCGCTCCGGTCAGCTGCACCCCAGTCAGGAGCCTTTCCAGCGGGTCGGAGGAGAACGGAAGTTTGGGGAGACCCGCGCGATTCGCCTGGCTGCATTTTACATTTCTTTCTCCGGCAGCTGGGGTCACGAAGGCTGCTCTCGCCGGCGGTGTTGGAACGTGGACACGTGCGCTTTGGTAATAGGGCAGCCTCCCCCGCGGGCGCAGTCCCCGCTGCGAGCGCCCCCGGCTGCTGAGGCGGGACCGAGGACCCGGAGATTT
【表2】
【0185】
エンハンサー
一部の態様では、構築物は、エンハンサー配列を含み得る。一部の態様では、該構築物は、エンハンサー配列を含まない。「エンハンサー」という用語は、目的のタンパク質(例えば、ポリペプチド)をコードする核酸の転写レベルを増加させることができるヌクレオチド配列を指す。エンハンサー配列(一般に50~1500bpの長さ)は一般に、転写関連タンパク質(例えば、転写因子)に追加の結合部位を提供することによって転写レベルを増加させる。一部の態様では、エンハンサー配列は、イントロン配列内に見出される。プロモーター配列とは異なり、エンハンサー配列は、転写開始部位から(例えば、プロモーターと比較して)はるかに遠く離れて作用することができる。エンハンサーの非限定的な例としては、RSVエンハンサー、CMVエンハンサー、及び/またはSV40エンハンサーが挙げられる。一部の態様では、構築物は、配列番号18に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するCMVエンハンサーを含む。一部の態様では、CMVエンハンサーは、配列番号18の核酸配列を含む。
例示的なCMVエンハンサー(配列番号18)
GACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATG
【0186】
隣接する非翻訳領域、5’UTR及び3’UTR
一部の態様では、本明細書に記載の構築物のうちのいずれかは、5’UTRまたは3’UTR等の非翻訳領域(UTR)を含み得る。遺伝子のUTRは、転写されるが、翻訳はされない。5’UTRは、転写開始部位で開始し、開始コドンまで継続するが、開始コドンは含まない。3’UTRは、終止コドンの直後から開始し、転写終結シグナルまで継続する。UTRの調節特徴及び/または制御特徴は、ポリペプチドの発現を強化または他の様態で調節するために、本明細書に記載される構築物、組成物、キット、または方法のうちのいずれにも組み込むことができる。
【0187】
天然の5’UTRは、翻訳開始において役割を果たす配列を含む。一部の態様では、5’UTRは、リボソームが多くの遺伝子の翻訳を開始するプロセスに関与することが一般的に知られている、コザック配列のような配列を含み得る。コザック配列は、コンセンサス配列CCR(A/G)CCAUGGを有し、ここで、Rは、開始コドン(AUG)の3塩基上流のプリン(AまたはG)であり、開始コドンの後には別の「G」が続く。5’UTRはまた、伸長因子の結合に関与する二次構造を形成することが知られている。
【0188】
一部の態様では、5’UTRが、本明細書に記載される構築物のうちのいずれかに含まれる。以下の遺伝子、すなわち、アルブミン、血清アミロイドA、アポリポタンパク質A/B/E、トランスフェリン、アルファフェトプロテイン、エリスロポエチン、及び第VIII因子からの5’UTRを含めた、5’UTRの非限定的な例を使用して、mRNA等の核酸分子の発現を強化することができる。
【0189】
一部の態様では、蝸牛内の細胞によって転写されるmRNAからの5’UTRが、本明細書に記載の構築物、組成物、キット、及び方法のうちのいずれかに含まれ得る。一部の態様では、5’UTRは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの5’UTRに由来する。一部の態様では、5’UTRは、内在性KCNQ4 5’UTRに由来する。一部の態様では、5’UTRは、配列番号19に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号19の核酸配列を含む。
【0190】
3’UTRは、目的の遺伝子の終止コドンのすぐ3’側に見出される。一部の態様では、蝸牛内の細胞によって転写されるmRNAからの3’UTRが、本明細書に記載の構築物、組成物、キット、及び方法のうちのいずれかに含まれ得る。一部の態様では、
【0191】
一部の態様では、3’UTRは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの3’UTRに由来する。一部の態様では、3’UTRは、内在性KCNQ4 3’UTRに由来する。一部の態様では、KCNQ4 3’UTRは、配列番号45に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、KCNQ4 3’UTRは、配列番号45の核酸配列を含む。
【0192】
一部の態様では、3’UTRは、配列番号45に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号45の核酸配列を含む。
【0193】
3’UTRは、それらの中に埋め込まれた一続きのアデノシン及びウリジン(RNA形態で)またはチミジン(DNA形態で)を有することが知られている。これらのAUリッチシグネチャは、高い回転率を有する遺伝子において特に広く見られる。それらの配列特徴及び機能的特性に基づいて、AUリッチ要素(ARE)は、下記の3つの部類に分離することができる(Chen et al.,Mol.Cell.Biol.15:5777-5788,1995、Chen et al.,Mol.Cell Biol.15:2010-2018,1995(同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される)):クラスI AREは、Uリッチ領域内にAUUUAモチーフのいくつかの分散したコピーを含有する。例えば、c-Myc及びMyoD mRNAは、クラスI AREを含有する。クラスII AREは、2つ以上の重複するUUAUUUA(U/A)(U/A)九量体を持つ。GM-CSF及びTNF-アルファmRNAは、クラスII AREを含有する例である。クラスIII AREは、あまりよく定義されていない。これらのUリッチ領域は、AUUUAモチーフを含有せず、このクラスの2つのよく研究された例は、c-Jun及びミオゲニンmRNAである。
【0194】
AREに結合するほとんどのタンパク質は、メッセンジャーを不安定にすることが知られているが、一方で、ELAVファミリーのメンバー、とりわけHuRは、mRNAの安定性を増加させることが実証された。HuRは、これら3つのクラス全てのAREに結合する。HuR特異的結合部位を核酸分子の3’UTRに導入操作することにより、HuR結合、ひいてはインビボでのメッセージの安定化がもたらされよう。
【0195】
一部の態様では、3’UTR AREの導入、除去、または修飾を使用して、ポリペプチドをコードするmRNAの安定性を調節することができる。他の態様では、AREを除去するか、または変異させて、ポリペプチドの細胞内安定性を増加させ、ひいてはその翻訳及び生産を増加させることができる。
【0196】
他の態様では、非ARE配列が5’または3’UTRに組み込まれてもよい。一部の態様では、イントロンまたはイントロン配列の一部分が、本明細書で提供される構築物、組成物、キット、及び方法のうちのいずれかにおいて、該ポリヌクレオチドの隣接領域に組み込まれてもよい。イントロン配列の組み込みは、mRNAレベルと同時に、タンパク質産生を増加させ得る。
例示的な5’UTR配列(配列番号19)
CGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCC
例示的な3’UTR配列(配列番号45)
GGGACTTCTCAGAGGCAGGGCAGCACACGGCCAGCCCCGCGGCCTGGCGCTCCGACTGCCCTCTGAGGCCTCCGGACTCCTCTCGTACTTGAACTCACTCCCTCACGGGGAGAGAGACCACACGCAGTATTGAGCTGCCTGAGTGGGCGTGGTACCTGCTGTGGGTGCCAGCGCCCCTTCCCCACCTCAGGAGCGTGAGATGCCAGGTCGCACAGAGGGCAGCAGCAGCGGCCGTCCCGCGGCCTCTGGGCCCCCCAGTGCCCTGCCCACTCCATCAAGGCCCTATGTGGCCCACCTGGCAGGGGCACAGCCCCGGGAGTGGGAGCGGGCGCTGGGGCCCTGGGCCCTGACCCAGCTTCCAGCTATGCAAGGTGAGGTCTCTGGCCCACCCTTCGGACACAGCAGGGAAGCCCTCCCGCCAAGTCCCCGCCCCACTTGGGGGTGGGCCAAGGTGCCCCCACAGGTACCCACAAAGCACAGGACCCTGCCACAAGGCAGGTGGACACCATATATGCAAACCATGTTAAATATGCAACTTTGGGGACCCCCATGGGGTCTCTCTGTCCCTCCCCCATTGGGAGCTGGGCCCCCAGCAGTAGCTGGTCTCAGGCTGCTTGGCCACCACCCTGTCCCTATTCTTTGGCTTATCACTCCTTCCCCTCCCAGCATGGGGCCTGTTTCTCCCCTGCCCTCTCCTAAGGGCAATGCCTGGGCCTTTCTTCCCATTTGCAAGTGTCAGCTCCCAGGGGCTCCCTCCTCCTGCTGGGTGGCCACTCCCCTCCTTGGCCCTCCAGACACCACTCATAGTCAGCACAGGTTTCTGTATCCTCCCCAAAACTCCCAGACAGTGCTTCGTGGACGATCGCACAAACATAGCCTTTTAGTTTCTCCAGACAGGAAGAAAGCCTCTCACACTTAAACATGCAATGACGTGACACACTTGGAGACATGAGTGCAGAGCCACTCAGCCGCTCCTGGGCCTCTGCAGCAGATGCCAGTGGACTGGCCTTGCAGGGTGACGACCACTAAGAGGAAGACCCCCAACTCCATCTGAGCAGGAGAAGGAGCTTTGAAGTAACCCGAGAGCTCTCCAGGCCCCACCCAGACCTTTACCCGCTCCCCTTCTTCAAGAAGATCTCCTCCTCTCTGGTCCAGGAGCCCTAACCCACTGCCTCTGCCTGTCCCCAAGGGCCCGCCTCCGTGTCTCCACAGCACAACTCGGGCCCAGGCCTGACACCACTGGAGAGACCCCAGGCCCACTTCTAGCCAGGCCTGTGCCTTCCTAGTCACTCTAACTCCCAGAGAGAATAAGAATGCATGTAATAGCTATACCAACCGCGCATCCGGCTTTCACATGCACTGTCTCCCCTCCCTCCACACCCCACTTCTTCACTTCAATTGGCAGCGCCACATCCAGGCGTCAGCCCCCATTCACTCCAGGAACACTTTCTTATCCCCACCCCTTTGCTCCTCTTCTGCAAAGCCAATGCAGGTGGCAGGAAGGTGAGGGGTAGTGGACCAATGGCAACCCTCTGTGGGAACAAGGGGCCGAGGCCACGCTGCCTGCATCTCGTGCTGGGGACCTGCATGCGCCAGCACCAGGGCTTGGACTGGATCTTACTCAGTCCATGGTGCCCAGCCTCTGCCCCAACATGCCCTCTGCATGTGACCGTCATGCCCTGGATGGAGCCACTCCTGGCTCACCCCACCTGCACTGCACTGTCCCCAGAGAGCCACCCCTCCACCCACTCAGAGACAGCTGTGGAGAGGGCCAGGAGAATGGGATTACCCTATGACCAAGGAGACATGGGAAGAAGCCCTCCTTCCTTCCACGATCGAGGTTCCGCCATCAACTCGGTTCTCGGATATGCAAGTACCTCACTTTGTTAACTTATTAACTTATTGGTTTCATTAAAGTTTTCAAGAGGA
【0197】
ポリアデニル化配列
一部の態様では、本明細書で提供される構築物は、ポリアデニル化(ポリ(A))シグナル配列を含み得る。真核生物のほとんどの新生mRNAは、それらの3’末端に、ポリ(A)シグナル配列によって駆動される一次転写産物の切断及び共役したポリアデニル化反応を含む複合プロセス中に付加される、ポリ(A)テールを持つ(例えば、Proudfoot et al.,Cell 108:501-512,2002を参照されたい(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。ポリ(A)テールは、mRNA安定性及び移行性を付与する(Molecular Biology of the Cell,Third Edition by B.Alberts et al.,Garland Publishing,1994(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、コード配列の3’側に位置付けられる。
【0198】
本明細書で使用されるとき、「ポリアデニル化」とは、メッセンジャーRNA分子への、ポリアデニリル(polyadenylyl)部分、またはその修飾バリアントの共有結合を指す。真核生物において、ほとんどのメッセンジャーRNA(mRNA)分子は、3’末端にてポリアデニル化される。3’ポリ(A)テールは、酵素であるポリアデニル酸ポリメラーゼの作用によりプレmRNAに付加される、アデニンヌクレオチドの長い連なり(例えば、50、60、70、100、200、500、1000、2000、3000、4000、または5000)である。一部の態様では、ポリ(A)テールは、特定の配列、例えば、ポリアデニル化(またはポリ(A))シグナルを含有する転写産物に付加される。ポリ(A)テール及び会合したタンパク質は、mRNAをエキソヌクレアーゼによる分解から保護するのを助ける。ポリアデニル化はまた、転写終結、mRNAの核外への搬出、及び翻訳においても役割を果たす。ポリアデニル化シグナルは典型的には、DNAのRNAへの転写直後に核内で生じるが、より後で細胞質においても生じ得る。転写が終結した後、mRNA鎖は、RNAポリメラーゼに関連するエンドヌクレアーゼ複合体の作用により切断される。切断部位は通常、切断部位の近くにある塩基配列AAUAAAの存在を特徴とする。mRNAが切断された後、アデノシン残基が切断部位の空いている3’末端に付加される。
【0199】
本明細書で使用されるとき、「ポリ(A)シグナル配列」または「ポリアデニル化シグナル配列」とは、mRNAのエンドヌクレアーゼ切断及び切断されたmRNAの3’末端への一連のアデノシンの付加を誘発する配列である。
【0200】
使用され得るいくつかのポリ(A)シグナル配列が存在し、これには、ウシ成長ホルモン(bGH)(Woychik et al.,Proc.Natl.Acad Sci.US.A.81(13):3944-3948,1984、米国特許第5,122,458号(同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される))、マウス-β-グロビン、マウス-α-グロビン(Orkin et al.,EMBO J 4(2):453-456,1985、Thein et al.,Blood71(2):313-319,1988(同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される))、ヒトコラーゲン、ポリオーマウイルス(Batt et al.,Mol.Cell Biol.15(9):4783-4790,1995(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ遺伝子(HSV TK)、IgG重鎖遺伝子ポリアデニル化シグナル(US2006/0040354(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))、ヒト成長ホルモン(hGH)(Szymanski et al.,Mol.Therapy 15(7):1340-1347,2007(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))、SV40後期及び初期ポリ(A)部位等のSV40ポリ(A)部位を含む群(Schek et al.,Mol.Cell Biol.12(12):5386-5393,1992(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))に由来するものが含まれる。
【0201】
ポリ(A)シグナル配列は、AATAAAであり得る。AATAAA配列は、ATTAAA、AGTAAA、CATAAA、TATAAA、GATAAA、ACTAAA、AATATA、AAGAAA、AATAAT、AAAAAA、AATGAA、AATCAA、AACAAA、AATCAA、AATAAC、AATAGA、AATTAA、またはAATAAGを含めた、AATAAAに対して相同性を有し、かつポリアデニル化をシグナル伝達することができる他のヘキサヌクレオチド配列と置換されてもよい(例えば、WO06/12414を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。
【0202】
一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、合成ポリアデニル化部位であり得る(例えば、Levitt el al,Genes Dev.3(7):1019-1025,1989(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)に基づく、PromegaのpCl-neo発現構築物を参照されたい)。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、SV40ポリ(A)部位を含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、bGHpAを含むか、またはそれからなる。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、配列番号22に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、配列番号22の核酸配列を含む。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、配列番号48に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、ポリ(A)シグナル配列は、配列番号48の核酸配列を含む。
例示的なbGHポリ(A)シグナル配列(配列番号22)
CTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATG
例示的なSV40ポリ(A)シグナル配列(配列番号48)
AACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTA
【0203】
追加の配列
一部の態様では、本開示の構築物は、1つまたは複数のフィラー配列(filler sequence)を含んでもよい。一部の態様では、フィラー配列は、構築物の発現を変化させる調節要素として機能し得る。一部のかかる態様では、フィラー配列は、対象への投与のための製造前に十分に除去されない場合がある。一部の態様では、フィラー配列は、リンカー配列として、調節領域として、または安定化領域としての役割を含めた、機能的役割を有してもよい。当業者には理解されようが、フィラー配列は、それらの所望の機能を保持しつつも、一次配列が顕著に異なり得る。
【0204】
一部の態様では、本開示の構築物は、1つまたは複数のクローニング部位を含んでもよい。一部のかかる態様では、クローニング部位は、対象への投与のための製造前に十分に除去されない場合がある。一部の態様では、クローニング部位は、リンカー配列として、コザック部位の部分、または終止コドンをコードする部位としての役割を含めた、機能的役割を有してもよい。当業者には理解されようが、クローニング部位は、それらの所望の機能を保持しつつも、一次配列が顕著に異なり得る。一部の態様では、構築物は、5ヌクレオチド未満の長さである追加のクローニング部位を含有してもよい。
【0205】
レポーターポリペプチド、配列、または要素
一部の態様では、本明細書で提供される構築物は任意選択で、レポーターポリペプチド及び/またはタンパク質をコードする配列(「レポーター配列」)を含み得る。レポーター配列の非限定的な例としては、ベータ-ラクタマーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ(LacZ)、アルカリホスファターゼ、チミジンキナーゼ、緑色蛍光タンパク質(GFP)、赤色蛍光タンパク質、mCherry蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、及びルシフェラーゼをコードするDNA配列が挙げられる。レポーター配列の追加の例は、当該技術分野で既知である。レポーターポリペプチドの非限定的な例としては、ベータ-ラクタマーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ(LacZ)、アルカリホスファターゼ、チミジンキナーゼ、緑色蛍光タンパク質(GFP)、赤色蛍光タンパク質、mCherry蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、及びルシフェラーゼが挙げられる。レポーター配列の追加の例は、当該技術分野で既知である。
【0206】
レポーター配列の発現を駆動する制御要素に関連付けられた際、レポーター配列は、酵素、X線撮影、比色、蛍光、または他の分光撮影アッセイ;蛍光標識細胞分取(FACS)アッセイ;免疫学的アッセイ(例えば、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、放射免疫測定法(RIA)、及び免疫組織化学法)を含めた従来の手段によって検出可能なシグナルを提供することができる。
【0207】
一部の態様では、レポーター配列は、LacZ遺伝子であり、哺乳類細胞(例えば、蝸牛有毛細胞)における、LacZ遺伝子を運搬する構築物の存在が、ベータ-ガラクトシダーゼ活性に関するアッセイによって検出される。レポーターが蛍光タンパク質(例えば、緑色蛍光タンパク質)またはルシフェラーゼである場合、哺乳類細胞(例えば、蝸牛有毛細胞)における、蛍光タンパク質またはルシフェラーゼを運搬する構築物の存在が、蛍光技法(例えば、蛍光顕微鏡法またはFACS)により、またはルミノメーター(例えば、分光光度計またはIVIS撮像装置)における光生成により測定されてもよい。一部の態様では、レポーター配列を使用して、本明細書に記載の構築物のうちのいずれかの組織特異的標的化能力ならびに組織特異的プロモーター調節活性及び/または制御活性を検証することができる。
【0208】
一部の態様では、レポーターポリペプチドは、FLAGタグ(例えば、3×FLAGタグ)であり、哺乳類細胞(例えば、内耳細胞、例えば、外有毛細胞)における、FLAGタグを運搬する構築物の存在が、タンパク質結合または検出アッセイ(例えば、ウェスタンブロット、免疫組織化学法、放射免疫測定法(RIA)、質量分析法)によって検出される。例示的な3×FLAGタグ配列が、配列番号21及び39として提供される。
例示的な3×FLAGタグ配列(配列番号21)
GACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAG
終止コドンを含む例示的な3×FLAGタグ配列(配列番号39)
GACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAA
【0209】
AAVカプシド
本開示は、AAVカプシドにパッケージングされた1つまたは複数のポリヌクレオチド構築物を提供する。一部の態様では、AAVカプシドは、AAV2、3、4、5、6、7、8、9、10、rh8、rh10、rh39、rh43、もしくはAnc80血清型、またはその1つもしくは複数のハイブリッドのAAVカプシドからのものであるか、またはそれに由来する。一部の態様では、AAVカプシドは、AAV祖先血清型からのものである。一部の態様では、AAVカプシドは、祖先(Anc)AAVカプシドである。Ancカプシドは、確からしい祖先配列を決定するための進化的確率及び進化的モデリングを使用して構築される構築物の配列から作出される。故に、Ancカプシド/構築物の配列は、自然界に存在していたことが知られていない。例えば、一部の態様では、AAVカプシドは、Anc80カプシド(例えば、Anc80L65カプシド)である。一部の態様では、AAVカプシドは、配列番号40を含む鋳型ヌクレオチドコード配列を使用して作出される。一部の態様では、カプシドは、配列番号41によって表されるポリペプチドを含む。一部の態様では、カプシドは、配列番号41によって表されるポリペプチドと少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一のポリペプチドを含む。
【0210】
本明細書で提供されるように、AAVカプシド及びAAV構築物(例えば、AAV ITRを含む)の任意の組み合わせが、本開示の組換えAAV(rAAV)粒子において使用されてもよい。例えば、野生型またはバリアントAAV2 ITR及びAnc80カプシド(例えば、Anc80L65カプシド)、野生型またはバリアントAAV2 ITR及びAAV6カプシド等。本開示の一部の態様では、AAV粒子は、完全にAAV2構成要素から構成される(例えば、カプシド及びITRがAAV2血清型である)。一部の態様では、AAV粒子は、AAV2/6、AAV2/8、またはAAV2/9粒子(例えば、AAV6、AAV8、またはAAV9カプシドと、AAV2 ITRを有するAAV構築物)である。本開示の一部の態様では、AAV粒子は、コード配列、例えば、ポリペプチドをコードする核酸の一部分を挟むAAV2 ITR(例えば、配列番号16及び17)を有するAAV構築物をカプシドに封入するAnc80カプシド(例えば、配列番号41のポリペプチドを含む)を含む、AAV2/Anc80粒子である。他のAAV粒子が当該技術分野で知られており、例えば、Sharma et al.,Brain Res Bull.2010 Feb 15;81(2-3):273に記載される(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。一部の態様では、カプシド配列は、それぞれ配列番号40または41によって表されるカプシドヌクレオチドまたはアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。
【0211】
一部の態様では、該組成物は、(i)5’ITR(例えば、AAV 5’ITR)、(ii)配列番号1~15のうちの1つのいずれかに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含むプロモーター、(iii)ポリペプチド(例えば、治療用ポリペプチド)をコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、3×FLAGタグ(例えば、配列番号39の核酸配列を含む)、(vi)ポリA配列、及び(vii)3’ITR(例えば、AAV 3’ITR)を含む、構築物を含む。
【0212】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0213】
一部の態様では、該組成物は、(i)5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちの1つのいずれかの核酸配列を含むプロモーター;(iii)アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(vi)ポリA配列;ならびに(vii)3’ITRを含む、構築物を含む。
【0214】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0215】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0216】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0217】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0218】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0219】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;ならびに(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0220】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;ならびに(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0221】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)をコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0222】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0223】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0224】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0225】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0226】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0227】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性の構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれかの核酸配列を含む構築物を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つを含む核酸配列を含む、構築物を含む。
【0228】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23の核酸配列を含む構築物を含む。
【0229】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23のヌクレオチド12~4396に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396を含む構築物を含む。
【0230】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0231】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24の核酸配列を含む構築物を含む。
【0232】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24のヌクレオチド12~4464に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24のヌクレオチド12~4464を含む構築物を含む。
【0233】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0234】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0235】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25の核酸配列を含む。
【0236】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25のヌクレオチド12~4016に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25のヌクレオチド12~4016を含む構築物を含む。
【0237】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0238】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26の核酸配列を含む構築物を含む。
【0239】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26のヌクレオチド12~4521に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26のヌクレオチド12~4521を含む構築物を含む。
【0240】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0241】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0242】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27の核酸配列を含む構築物を含む。
【0243】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27のヌクレオチド12~3750に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27のヌクレオチド12~3750を含む構築物を含む。
【0244】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0245】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0246】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28の核酸配列を含む構築物を含む。
【0247】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28のヌクレオチド12~3928に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28のヌクレオチド12~3928を含む構築物を含む。
【0248】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0249】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0250】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29の核酸配列を含む。
【0251】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29のヌクレオチド12~4641に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29のヌクレオチド12~4641を含む構築物を含む。
【0252】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0253】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0254】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30の核酸配列を含む構築物を含む。
【0255】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30のヌクレオチド12~3994に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30のヌクレオチド12~3994を含む構築物を含む。
【0256】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0257】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0258】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31の核酸配列を含む構築物を含む。
【0259】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31のヌクレオチド12~4426に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31のヌクレオチド12~4426を含む構築物を含む。
【0260】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0261】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0262】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32の核酸配列を含む構築物を含む。
【0263】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32のヌクレオチド12~4307に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32のヌクレオチド12~4307を含む構築物を含む。
【0264】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0265】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0266】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33の核酸配列を含む構築物を含む。
【0267】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33のヌクレオチド12~4293に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33のヌクレオチド12~4293を含む構築物を含む。
【0268】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0269】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0270】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34の核酸配列を含む構築物を含む。
【0271】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34のヌクレオチド12~4565に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34のヌクレオチド12~4565を含む構築物を含む。
【0272】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0273】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0274】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35の核酸配列を含む構築物を含む。
【0275】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35のヌクレオチド12~4224に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35のヌクレオチド12~4224を含む構築物を含む。
【0276】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0277】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0278】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36の核酸配列を含む構築物を含む。
【0279】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36のヌクレオチド12~4140に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36のヌクレオチド12~4140を含む構築物を含む。
【0280】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0281】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0282】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37の核酸配列を含む構築物を含む。
【0283】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37のヌクレオチド12~4816に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37のヌクレオチド12~4816を含む構築物を含む。
【0284】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0285】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0286】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38の核酸配列を含む構築物を含む。
【0287】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38のヌクレオチド12~4915に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38のヌクレオチド12~4915を含む構築物を含む。
【0288】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0289】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0290】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49の核酸配列を含む構築物を含む。
【0291】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49のヌクレオチド12~4070に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49のヌクレオチド12~4070を含む構築物を含む。
【0292】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50の核酸配列を含む構築物を含む。
例示的なAAV Anc80カプシドのDNA配列(配列番号40)
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACTTGAAACCTGGAGCCCCGAAACCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAAGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCAATCACCCCAGGAACCAGACTCCTCTTCGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAGCAGCCCGCGAAGAAGAGACTCAACTTTGGGCAGACAGGCGACTCAGAGTCAGTGCCCGACCCTCAACCACTCGGAGAACCCCCCGCAGCCCCCTCTGGTGTGGGATCTAATACAATGGCAGCAGGCGGTGGCGCTCCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAACGCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTCCCCACCTACAACAACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCGGGAGCAAGCACCAACGACAACACCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGACGAATGATGGCACCACGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTTCAGGTCTTTACGGACTCGGAATACCAGCTCCCGTACGTCCTCGGCTCTGCGCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTCTTCATGATTCCTCAGTACGGGTACCTGACTCTGAACAATGGCAGTCAGGCCGTGGGCCGTTCCTCCTTCTACTGCCTGGAGTACTTTCCTTCTCAAATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTGAGTTCAGCTACACGTTTGAGGACGTGCCTTTTCACAGCAGCTACGCGCACAGCCAAAGCCTGGACCGGCTGATGAACCCCCTCATCGACCAGTACCTGTACTACCTGTCTCGGACTCAGACCACGAGTGGTACCGCAGGAAATCGGACGTTGCAATTTTCTCAGGCCGGGCCTAGTAGCATGGCGAATCAGGCCAAAAACTGGCTACCCGGGCCCTGCTACCGGCAGCAACGCGTCTCCAAGACAGCGAATCAAAATAACAACAGCAACTTTGCCTGGACCGGTGCCACCAAGTATCATCTGAATGGCAGAGACTCTCTGGTAAATCCCGGTCCCGCTATGGCAACCCACAAGGACGACGAAGACAAATTTTTTCCGATGAGCGGAGTCTTAATATTTGGGAAACAGGGAGCTGGAAATAGCAACGTGGACCTTGACAACGTTATGATAACCAGTGAGGAAGAAATTAAAACCACCAACCCAGTGGCCACAGAACAGTACGGCACGGTGGCCACTAACCTGCAATCGTCAAACACCGCTCCTGCTACAGGGACCGTCAACAGTCAAGGAGCCTTACCTGGCATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCTATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGACACTTTCATCCCTCGCCGCTGATGGGAGGCTTTGGACTGAAACACCCGCCTCCTCAGATCCTGATTAAGAATACACCTGTTCCCGCGAATCCTCCAACTACCTTCAGTCCAGCTAAGTTTGCGTCGTTCATCACGCAGTACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAAGAAAACAGCAAACGCTGGAACCCAGAGATTCAATACACTTCCAACTACAACAAATCTACAAATGTGGACTTTGCTGTTGACACAAATGGCGTTTATTCTGAGCCTCGCCCCATCGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTG
例示的なAAV Anc80カプシドのアミノ酸配列(配列番号41)
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGSNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQTTSGTAGNRTLQFSQAGPSSMANQAKNWLPGPCYRQQRVSKTANQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGPAMATHKDDEDKFFPMSGVLIFGKQGAGNSNVDLDNVMITSEEEIKTTNPVATEQYGTVATNLQSSNTAPATGTVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPTTFSPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSTNVDFAVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL
【0293】
組成物
とりわけ、本開示は、組成物を提供する。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される構築物を含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される1つまたは複数の構築物を含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される複数の構築物を含む。一部の態様では、1つよりも多くの構築物が組成物中に含まれる場合、該構築物は各々異なる。
【0294】
一部の態様では、組成物は、本明細書に記載されるAAV粒子を含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される1つまたは複数のAAV粒子を含む。一部の態様では、組成物は、複数のAAV粒子を含む。一部の(come)態様では、1つよりも多くのAAV粒子が組成物中に含まれる場合、AAV粒子は各々異なる。
【0295】
一部の態様では、組成物は、本明細書に記載されるベクターを含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される1つまたは複数のベクターを含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される複数のベクターを含む。一部の態様では、1つよりも多くのベクターが組成物中に含まれる場合、ベクターは各々異なる。
【0296】
一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される細胞を含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載される1つまたは複数の細胞を含む。
【0297】
一部の態様では、組成物は、薬学的組成物であるか、またはそれを含む。一部の態様では、薬学的(pharmaceutic)組成物は、薬学的に許容される担体を含む。一部の態様では、組成物は、合成外リンパ液であるか、またはそれを含む。一部の態様では、合成外リンパ液は、20~200mMのNaCl、1~5mMのKCl、0.1~10mMのCaCl2、1~10mMのグルコース、及び2~50mMのHEPESを含み、pHが約6~約9である。
【0298】
一部の態様では、該組成物は、(i)5’ITR(例えば、AAV 5’ITR)、(ii)配列番号1~15のうちの1つのいずれかに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含むプロモーター、(iii)ポリペプチド(例えば、治療用ポリペプチド)をコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、3×FLAGタグ(例えば、配列番号39の核酸配列を含む)、(vi)ポリA配列、及び(vii)3’ITR(例えば、AAV 3’ITR)を含む、構築物を含む。
【0299】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0300】
一部の態様では、該組成物は、(i)5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちの1つのいずれかの核酸配列を含むプロモーター;(iii)アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(vi)ポリA配列;ならびに(vii)3’ITRを含む、構築物を含む。
【0301】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0302】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0303】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0304】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0305】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0306】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)アクチンガンマ1(ACTG1)、アデニル酸シクラーゼ1型(ADCY1)、カルシウム結合タンパク質2(CABP2)、コイルドコイルドメイン含有50(CCDC50)、カドヘリン関連23(CDH23)、がん胎児性抗原関連細胞接着分子16(CEACAM16)、クロモドメインヘリカーゼDNA結合タンパク質7(CHD7)、カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2)、クローディン14(CLDN14)、細胞内塩素イオンチャネル5(CLIC5)、カゼイン分解性ミトコンドリアマトリックスペプチダーゼタンパク質分解性サブユニット(CLPP)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、エンドセリン3(EDN3)、ELMOドメイン含有タンパク質3(ELMOD3)、上皮成長因子受容体キナーゼ基質8(EPS8)、エスピン(ESPN)、エストロゲン関連受容体ベータ(ESRRB)、アイズアブセントホモログ1(EYA1)、GIPC PDZドメイン含有ファミリー、メンバー3(GIPC3)、Gタンパク質共役型受容体98(GPR98)、Gタンパク質シグナル伝達モジュレーター2(GPSM2)、グルタレドキシン、システインリッチ1(GRXCR1)、グルタレドキシン、システインリッチ2(GRXCR2)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体1(ILDR1)、リジル-tRNAシンテターゼ(KARS)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、脂肪腫HMGIC融合パートナー様5(LHFPL5)、ロイシンリッチ膜貫通及びO-メチルトランスフェラーゼドメイン含有(LRTOMT1 COMT2)、トリセルリン(MARVELD2)、マイクロrna 96(MIR96)、メチオニンスルホキシドレダクターゼB3(MSRB3)、非筋肉型ミオシン重鎖9(MYH9)、非筋肉型ミオシン重鎖14(MYH14)、非定型ミオシンIIIA(MYO3A)、非定型ミオシンVI(MYO6)、非定型ミオシンVIIA(MYO7A)、非定型ミオシンXVA(MYO15A)、オトフェルリン(OTOF)、オトゲリン様タンパク質(OTOGL)、プリン作動性受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、2(P2RX2)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、PDZドメイン含有7(PDZD7)、ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ1、ミトコンドリア(PNPT1)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、ホスホリボシルピロリン酸シンテターゼ1(PRPS1)、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体Q型(PTPRQ)、ラジキシン(RDX)、足場含有アンキリンリピート及びSAMドメイン(SANS)、セルピンペプチダーゼ阻害剤、クレードB、メンバー6(SERPINB6)、SIXホメオボックス1(SIX1)、SIXホメオボックス5(SIX5)、プレスチン(SLC26A5)、第2のミトコンドリア由来カスパーゼアクチベーター(SMAC/DIABLO)、小筋肉タンパク質、x連鎖性(SMPX)、ステレオシリン(STRC)、ネスプリン-4(SYNE4)、TBC1ドメインファミリー、メンバー24(TBC/D24)、タイトジャンクションタンパク質XO 2(TJP2)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、膜貫通型内耳発現タンパク質(TMIE)、膜貫通型プロテアーゼ、セリン3(TMPRSS3)、タペリン(TPRN)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、トロンボスポンジンタイプラミニンGドメイン及びEARリピート(TSPEAR)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;ならびに(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0307】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)カドヘリン関連23(CDH23)、クラリン1(CLRN1)、ペジバキン(DFNB59)、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)、オトフェルリン(OTOF)、プロトカドヘリン15(PCDH15)、POUドメイン、クラス4、転写因子3(POU4F3)、プレスチン(SLC26A5)、ステレオシリン(STRC)、膜貫通型チャネル様タンパク質1(TMC1)、TRIO及びF-アクチン結合タンパク質(TRIOBP)、ハルモニン(USH1C)、アッシャリン(USH2A)、ウォルフラミン(WFS1)、ならびにワールリン(WHRN)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される遺伝子を含む、外有毛細胞ポリペプチドをコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;ならびに(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0308】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR;(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター;(iii)電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)をコードするポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ;(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列;及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0309】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0310】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0311】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0312】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0313】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0314】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0315】
一部の態様では、該組成物は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれかの核酸配列を含む構築物を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の態様では、該組成物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つを含む核酸配列を含む、構築物を含む。
【0316】
一部の態様では、該組成物は、配列番号23に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号23の核酸配列を含む構築物を含む。
【0317】
一部の態様では、該組成物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396を含む構築物を含む。
【0318】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0319】
一部の態様では、該組成物は、配列番号24に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号24の核酸配列を含む構築物を含む。
【0320】
一部の態様では、該組成物は、配列番号24のヌクレオチド12~4464に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号24のヌクレオチド12~4464を含む構築物を含む。
【0321】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24の核酸配列を含む。
【0322】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0323】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0324】
一部の態様では、該構築物は、配列番号25に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号25の核酸配列を含む構築物を含む。
【0325】
一部の態様では、該構築物は、配列番号25のヌクレオチド12~4016に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号25のヌクレオチド12~4016を含む構築物を含む。
【0326】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25の核酸配列を含む。
【0327】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0328】
一部の態様では、該組成物は、配列番号26に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号26の核酸配列を含む構築物を含む。
【0329】
一部の態様では、該組成物は、配列番号26のヌクレオチド12~4521に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号26のヌクレオチド12~4521を含む構築物を含む。
【0330】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26の核酸配列を含む。
【0331】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0332】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0333】
一部の態様では、該組成物は、配列番号27に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号27の核酸配列を含む構築物を含む。
【0334】
一部の態様では、該組成物は、配列番号27のヌクレオチド12~3750に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号27のヌクレオチド12~3750を含む構築物を含む。
【0335】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27の核酸配列を含む。
【0336】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0337】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0338】
一部の態様では、該組成物は、配列番号28に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号28の核酸配列を含む構築物を含む。
【0339】
一部の態様では、該組成物は、配列番号28のヌクレオチド12~3928に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号28のヌクレオチド12~3928を含む構築物を含む。
【0340】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28の核酸配列を含む。
【0341】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0342】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0343】
一部の態様では、該組成物は、配列番号29に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号29の核酸配列を含む構築物を含む。
【0344】
一部の態様では、該組成物は、配列番号29のヌクレオチド12~4641に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号29のヌクレオチド12~4641を含む構築物を含む。
【0345】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29の核酸配列を含む。
【0346】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0347】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0348】
一部の態様では、該組成物は、配列番号30に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号30の核酸配列を含む構築物を含む。
【0349】
一部の態様では、該組成物は、配列番号30のヌクレオチド12~3994に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号30のヌクレオチド12~3994を含む構築物を含む。
【0350】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30の核酸配列を含む。
【0351】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0352】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0353】
一部の態様では、該組成物は、配列番号31に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号31の核酸配列を含む構築物を含む。
【0354】
一部の態様では、該組成物は、配列番号31のヌクレオチド12~4426に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号31のヌクレオチド12~4426を含む構築物を含む。
【0355】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、構築物rAAVAnc80粒子、配列番号31の核酸配列。
【0356】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0357】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0358】
一部の態様では、該組成物は、配列番号32に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号32の核酸配列を含む構築物を含む。
【0359】
一部の態様では、該組成物は、配列番号32のヌクレオチド12~4307に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号32のヌクレオチド12~4307を含む構築物を含む。
【0360】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32の核酸配列を含む。
【0361】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0362】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0363】
一部の態様では、該組成物は、配列番号33に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号33の核酸配列を含む構築物を含む。
【0364】
一部の態様では、該組成物は、配列番号33のヌクレオチド12~4293に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号33のヌクレオチド12~4293を含む構築物を含む。
【0365】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33の核酸配列を含む。
【0366】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0367】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0368】
一部の態様では、該組成物は、配列番号34に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号34の核酸配列を含む構築物を含む。
【0369】
一部の態様では、該組成物は、配列番号34のヌクレオチド12~4565に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号34のヌクレオチド12~4565を含む構築物を含む。
【0370】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34の核酸配列を含む。
【0371】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0372】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0373】
一部の態様では、該組成物は、配列番号35に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号35の核酸配列を含む構築物を含む。
【0374】
一部の態様では、該組成物は、配列番号35のヌクレオチド12~4224に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号35のヌクレオチド12~4224を含む構築物を含む。
【0375】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、構築物rAAVAnc80粒子、配列番号35の核酸配列。
【0376】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0377】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0378】
一部の態様では、該組成物は、配列番号36に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号36の核酸配列を含む構築物を含む。
【0379】
一部の態様では、該組成物は、配列番号36のヌクレオチド12~4140に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号36のヌクレオチド12~4140を含む構築物を含む。
【0380】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36の核酸配列を含む。
【0381】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0382】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0383】
一部の態様では、該組成物は、配列番号37に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号37の核酸配列を含む構築物を含む。
【0384】
一部の態様では、該組成物は、配列番号37のヌクレオチド12~4816に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号37のヌクレオチド12~4816を含む構築物を含む。
【0385】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37の核酸配列を含む。
【0386】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0387】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0388】
一部の態様では、該組成物は、配列番号38に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号38の核酸配列を含む構築物を含む。
【0389】
一部の態様では、該組成物は、配列番号38のヌクレオチド12~4915に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号38のヌクレオチド12~4915を含む構築物を含む。
【0390】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38の核酸配列を含む。
【0391】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0392】
一部の態様では、該組成物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む、構築物を含む。
【0393】
一部の態様では、該組成物は、配列番号49に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号49の核酸配列を含む構築物を含む。
【0394】
一部の態様では、該組成物は、配列番号49のヌクレオチド12~4070に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号49のヌクレオチド12~4070を含む構築物を含む。
【0395】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49の核酸配列を含む。
【0396】
一部の態様では、該組成物は、配列番号50に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸配列を含む、構築物を含む。一部の態様では、該組成物は、配列番号50の核酸配列を含む構築物を含む。
【0397】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50の核酸配列を含む。
【0398】
投薬及び投与容量
一部の態様では、本明細書に開示される組成物、例えば、本明細書に開示される1つまたは複数のAAVベクターは、単回用量としてまたは複数回用量として投与される。
【0399】
一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、単回用量として投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、複数回用量、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回用量として投与される。
【0400】
一部の態様では、本明細書に開示される組成物(例えば、本明細書に開示される1つまたは複数のrAAV構築物を含む組成物)は、約0.01mL~約2.00mL、約0.05mL~約1.5mL、約0.08mL~約1.10mL、または約0.09mL~約1.0mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物(例えば、本明細書に開示される1つまたは複数のrAAV構築物を含む組成物)は、約0.01mL、約0.02mL、約0.03mL、約0.04mL、約0.05mL、約0.06mL、約0.07mL、約0.08mL、約0.09mL、約1.00mL、約1.10mL、約1.20mL、約1.30mL、約1.40mL、約1.50mL、約1.60mL、約1.70mL、約1.80mL、約1.90mL、または約2.00mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.01mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.02mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.03mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.04mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.05mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.06mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.07mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.08mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.09mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.10mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.20mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.3mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.4mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.5mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.6mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.7mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.8mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約0.9mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.00mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.10mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.20mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.30mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.40mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.50mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.60mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.70mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.80mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約1.90mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、約2.00mLの容量で投与される。
【0401】
一部の態様では、本明細書に開示される組成物(例えば、本明細書に開示される1つまたは複数のrAAV構築物を含む組成物)は、約0.01~2.00mL、約0.02~1.90mL、約0.03~1.8mL、約0.04~1.70mL、約0.05~1.60mL、約0.06~1.50mL、約0.06~1.40mL、約0.07~1.30mL、約0.08~1.20mL、または約0.09~1.10mLの容量で投与される。一部の態様では、本明細書に開示される組成物(例えば、本明細書に開示される1つまたは複数のrAAV構築物を含む組成物)は、約0.01~2.00mL、約0.02~2.00mL、約0.03~2.00mL、約0.04~2.00mL、約0.05~2.00mL、約0.06~2.00mL、約0.07~2.00mL、約0.08~2.00mL、約0.09~2.00mL、約0.01~1.90mL、約0.01~1.80mL、約0.01~1.70mL、約0.01~1.60mL、約0.01~1.50mL、約0.01~1.40mL、約0.01~1.30mL、約0.01~1.20mL、約0.01~1.10mL、約0.01~1.00mL、約0.01~0.09mLの容量で投与される。
【0402】
一部の態様では、投薬レジメンは、蝸牛当たり少なくとも0.01mL、少なくとも0.02mL、少なくとも0.03mL、少なくとも0.04mL、少なくとも0.05mL、少なくとも0.06mL、少なくとも0.07mL、少なくとも0.08mL、少なくとも0.09mL、少なくとも0.10mL、少なくとも0.11mL、少なくとも0.12mL、少なくとも0.13mL、少なくとも0.14mL、少なくとも0.15mL、少なくとも0.16mL、少なくとも0.17mL、少なくとも0.18mL、少なくとも0.19mL、または少なくとも0.20mLの容量での送達を含む。一部の態様では、投薬レジメンは、蝸牛当たり最大でも0.30mL、最大でも0.25mL、最大でも0.20mL、最大でも0.15mL、最大でも0.14mL、最大でも0.13mL、最大でも0.12mL、最大でも0.11mL、最大でも0.10mL、最大でも0.09mL、最大でも0.08mL、最大でも0.07mL、最大でも0.06mL、または最大でも0.05mLの容量での送達を含む。一部の態様では、投薬レジメンは、集団に応じて、蝸牛当たり約0.05mL、約0.06mL、約0.07mL、約0.08mL、約0.09mL、約0.10mL、約0.11mL、約0.12mL、約0.13mL、約0.14mL、または約0.15mLの容量での送達を含む。
【0403】
単一のAAV構築物の組成物
一部の態様では、本開示は、単一の構築物から構成されるAAV粒子を含む組成物または系を提供する。一部のかかる態様では、単一の構築物は、機能的な(例えば、野生型または他の様態で機能的な、例えば、コドン最適化された)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを送達し得る。一部の態様では、構築物は、rAAV構築物であるか、またはそれを含む。本明細書に記載の一部の態様では、単一のrAAV構築物は、標的細胞(例えば、内耳外有毛細胞)においてそのポリペプチドを発現させることができる。
【0404】
一部の態様では、単一の構築物の組成物または系は、本明細書に記載の例示的な構築物の構成要素のうちのいずれかまたは全てを含んでもよい。
【0405】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0406】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0407】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0408】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0409】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0410】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0411】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(iv)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(v)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vi)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0412】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0413】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0414】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0415】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iii)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)3’UTR、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0416】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1~15のうちのいずれか1つの核酸配列を含むプロモーター、(iv)配列番号19の核酸を含む5’UTR、(v配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号45の核酸配列を含む3’UTR、(viii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(ix)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0417】
一部の態様では、該構築物は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23~38及び49~50のうちのいずれかの核酸配列を含む。一部の態様では、構築物(construc)は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396、配列番号24の12~4464、配列番号25のヌクレオチド12~4016、配列番号26のヌクレオチド12~4521、配列番号27のヌクレオチド12~3750、配列番号28のヌクレオチド12~3928、配列番号29のヌクレオチド12~4641、配列番号30のヌクレオチド12~3994、配列番号31のヌクレオチド12~4426、配列番号32のヌクレオチド12~4307、配列番号33のヌクレオチド12~4293、配列番号34のヌクレオチド12~4565、配列番号35のヌクレオチド12~4224、配列番号36のヌクレオチド12~4140、配列番号37のヌクレオチド12~4816、または配列番号38のヌクレオチド12~4915のうちのいずれか1つを含む核酸配列を含む。
【0418】
一部の態様では、該構築物は、配列番号23に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23の核酸配列を含む。
【0419】
一部の態様では、該構築物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号23のヌクレオチド12~4396を含む。
【0420】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号23の核酸配列を含む。
【0421】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号23)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表3】
【0422】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号23のヌクレオチド525~1530に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0423】
一部の態様では、該構築物は、配列番号24に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号24の核酸配列を含む。
【0424】
一部の態様では、該構築物は、配列番号24のヌクレオチド12~4464に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号24のヌクレオチド12~4464を含む。
【0425】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号24の核酸配列を含む。
【0426】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0427】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号2の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号24)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGGAAATCTAAGAGGTTGTAACTATCACTTTTTCTAGCCTATATAAGGTAGGTCAGTAAGGTAGCAAAAACACATCTGTTGTTTTGCTCCTTCAACTCTTTTTCCTGATTCTTCCTGGGGGGAAACCGAAAACGGTGAGTAACTGGTGGACACATCAGACCCCAGACTCTTTTCTTCACTGCATGCATTCATATTAGGCTCAGGTGCTTAGACTCCTGTTTTCCGGTGGCTCTGACACCTGGAAGGATTTTAATCTCTGGGAGATGGGCTTTTCATCCATCTGCTTCCCACCTTTCAGGACAGGTGCATGCCTTCTTCCACAGAATGTCTGCAAGCAGCCCAAACTGTATCCTTTCCCACGTGGAATTTGCAACATTGCATCTCTCGGGCTGCTGTAGGAAAATGCCAGTGCATGTGTAACATGGTTTACGGCTGCCTATGCAAATGACTGATTATGTCAGTATAATTTTTATAAGAAAACAATTGAATCCTTCTTTGGGTCATTTTTTTTTTCCATTTTTGGCATGTATTCAAAAGAAGGCTCTGAGACAAAAAAGGCTGGGGTGTTTTCCGTATCTGGTTTTAATTTGGATATTCTGTCCCGTCACTTAATACAAAACCATGCTTATCACATTTTAAAAATTCTAGACAGGCCTGGCTCGGTGGCTTGCATCTGTCATCCCAGCACTTTGTGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGCTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAATTAGCCAGGCATGGTAGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTGGGAAGGCTTAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCACGCTCTTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTTAATTTAAAAAAAAAAATAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表4】
【0428】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号24のヌクレオチド145~1598に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0429】
一部の態様では、該構築物は、配列番号25に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号25の核酸配列を含む。
【0430】
一部の態様では、該構築物は、配列番号25のヌクレオチド12~4016に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号25のヌクレオチド12~4016を含む。
【0431】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号25の核酸配列を含む。
【0432】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号1の核酸配列を含むオンコモジュリンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号25)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表5】
【0433】
一部の態様では、オンコモジュリンプロモーターは、配列番号25のヌクレオチド145~1150に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0434】
一部の態様では、該構築物は、配列番号26に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号26の核酸配列を含む。
【0435】
一部の態様では、該構築物は、配列番号26のヌクレオチド12~4521に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号26のヌクレオチド12~4521を含む。
【0436】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号26の核酸配列を含む。
【0437】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0438】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号3の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号26)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAAAGCAAACTCATCTCTAAACCAGAAATAATAGCAATATCTATACAAGTAAATACATGTACTCAGAACAGTGCCTACTACATGTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTACTCATACTCACATTGTCCTCTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表6】
【0439】
一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号26のヌクレオチド145~1655に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0440】
一部の態様では、該構築物は、配列番号27に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号27の核酸配列を含む。
【0441】
一部の態様では、該構築物は、配列番号27のヌクレオチド12~3750に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号27のヌクレオチド12~3750を含む。
【0442】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号27の核酸配列を含む。
【0443】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0444】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号4の核酸配列を含むCHRNA10プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号27)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTTCAGATGCCATCATTAATGAGAACTATGACTACCTGAAGGGGTTCTTGGAAGACCTGGCAAGGAACTCCCCTTGGATTAATTGGCTTCTCTGCTTCTTTGTAGGTGGATTGCTCAGGTAATGACCTGGAGCAGTTACACATCAAAGTGACTTCACTGTGCAGTCGGATAGAGCAGATTCAGTGTCTGGTATTGGCTTTCCCTTTGTATTTTTGAATAGAATATACCATTCAAAGCCTCCTCGCTCTTCTACTATAGTGGTTTTGTTTTTAAACCCTGAGTGACGCTTCACCTTTCTAAATCAGATTCCCTTTTGTAAAGGGGATAATGATTGCTGATGTTACTTCACACAGGGCTATTTTCAAGAGGAATCAATTGAGTAGCATGAGTACTATTCCAGATCTTATTTTGATCTGTCAAGCTGAAGATGTGAGCAAATTCCAATTAAGATTAGACCAAAGACTTCTGAGACTTTCAGGAATTCAGGGATGAGAAAGCAGAGTGGGTCAGCTCTGTTGTCTGGAACTTCCATTTAACTTAGATGCCTCAGGATAGGGGTTACTCAGCTGGAATCCCCTCCACTACTGACTCACTATGTGAACCTGAGTGAGTCACAAAACATAGTTGGACTTCCAGCAAAGAACACCTGACCTGGTTTCCTTACCAGAGGAATGTTTCAGAAAGTGAGTATGCTATAGAAATGGTTAGCTCTTAGCAGTGTTCGGAATTGTGGGCCAGGAGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表7】
【0445】
一部の態様では、CHRNA10プロモーターは、配列番号27のヌクレオチド145~884に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0446】
一部の態様では、該構築物は、配列番号28に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号28の核酸配列を含む。
【0447】
一部の態様では、該構築物は、配列番号28のヌクレオチド12~3928に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号28のヌクレオチド12~3928を含む。
【0448】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号28の核酸配列を含む。
【0449】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0450】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号5の核酸配列を含むDNM3プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号28)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCTTGATTCAGAGTTAAAGCTATGGGAAAGTCCTCAGGCAGAGGACAAACATTAGACAAGAAAATGCCCATATATGAAACCCTGCGAAGCATCAGTATTTGAGGAGCAGACTAAAAAGGAACCGTCTGTGGAGGCTAAGAGAAGCATGGCCATTTATCTTTGTGTCCCGATCATCAGGCACAGGACCCCACACACAGTCACTTCTCAATGTGCTAAATTTCACAGAATGCGTCCAGGGTACCTGGTTCTGGATAGATCCGGTAGAAGGAGATAGACCGGGAGGGCAAATGGCATGAGGAGTCTCACAGGCCAGAGTGATTAAAGGGGTGTATCGGGGCGGTAAACCCTACAGACTCTACCTGTGCTTATGCGGGGCTGGGGAGGACGAGTCATTACAGATGAAGAATTAAGTAAGGTCAGACCACTCAGGGCCTTAGATGGATGTCACATTGAAGAATTTAGACTCCAACAGGCCTGCCACCCTGGGAGGAGTCATCGCGGATTCTGGAGAAGGGCGTGACAGAGGAGATTTCCTTTCGGGAAGTGTAGTCTGGCAGCGGTGCCCCGGTGGTGGCGGCGGCGGTGCTGCTGTTGCTGGTGATCGTGTGGTGGTGTTAGCGGCGATAGTGCTTTCCACTGGGCTTTGGCTTGGTAGCCGCTGAAAGAGAACAACGCTGCCGCTGCTGCTGATTTCATGCCATTTCCTGACCCGGCGCTGTAACTTGGCCTCTGAGCCTTGGCCACAGAACGCAGAGGCCGTGGCATCTGGCCGCAGCTGGGCTGCAGTGCGTGCGCGCCTGGCCTGGTGGTCCGATGGGAAGCCCGGGGCGGGGCAGCCGCGGGGCGGGGGCGGGGCGTCGCGGAGATAGGCCACGCCCCTGCCCGCCCGCGCAGGCGCGCTGCGGGTCGTTAGCTGTCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表8】
【0451】
一部の態様では、DNM3プロモーターは、配列番号28のヌクレオチド145~1062に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0452】
一部の態様では、該構築物は、配列番号29に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号29の核酸配列を含む。
【0453】
一部の態様では、該構築物は、配列番号29のヌクレオチド12~4641に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号29のヌクレオチド12~4641を含む。
【0454】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号29の核酸配列を含む。
【0455】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0456】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号6の核酸配列を含むMUC15プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号29)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTTTCTCCTAATTCAGCACAAAAATTGAGTTCCTTTTCTGTAGCTAAAGAGCTTGTATGAACTGTCAGCTTAGCTAACCATATGTTTTCAATGTTCCCTGCAAATTGTTTAAGGTATGTATAGTCCTTTCAATGGATGAGTAAGTCTTTTGTCATTGTTATTTGCTGCCTGTGGACTTGATTTCAAAATCTTCTTCAGGTCATGAATAAATTTCCTTTTCCTTCTGTCCCTACTTTTGAGCCAAGGAACAAATCAAGATTCTTCCTCAGAGTGTACACACCTTCCCAGGCATCTCACTCTCTCCTCACTCTATCTGCTTCAAGTTATGGCTCGTTGGTGAGAACACTCTGCTGCTGAGGTTATTATTTAGCTATAATAACTTTTTCTAACTAGACAGAAACAAATTAGATATGCCAGGATTTTCTAATTACCTGCCTTAAGTGCTTTTTTAGAAAGCATTAATAAATCATGTGGATCTTTTCCTAGCAGTGGTAAGATAAGTTATAATATTATCAAACTGTCAGTTTTGCCACTTCAATATATGTATGCCTGGTTGTAACCTCACTTAATAAGTTAAGTCCATGTAAAAATAGTTGATAGTTAATAAATTGGGCAAGAGTTGCTTAAACAGATTAGACTATATAACAAAATTAGGGTTTTAAAAGAATAAAGCTGCTATAACAGTACGCTTCATCTCACAGGAATTAATCAGTTATGGTATCTCCACAAAACAGAATATCACGTATTGTTGAAGAGAGCCGTCTCATTTCCCCGGGGTTGGTTTAATTTCTAATCAAACTCTGAAGGGGCCTTTGGGCTTCAGAAAATTTAAAACTATAGAATTACCTTGTTCTTTCCTCGGGCCAATTAACTGGGCAGATTCTTTGCATTCCATTTGAAGCTTACTAGCTCCTGCATTTTAGCTAAAGTTTCGTTTCTCGCTCAGCAGTTGAAAACCTATCTCCTTGTGCAGCAGAAACCAAGTATGAACCTCAGGCATATTGAGCTGAACGGCCCTTGGCGCCATCCCCAAACGCTGATGTGCGGAAGATCCCAGTTTCACTCTTCTCCCTTTCATAAGCTCTGAAAGGAAGTGTAGGAAGTATGCCAAGTTGTTATTCAACTCTAGTATTTAATCAAGCATTACCTGGGCACTTCTGAAATTCTCCAGCTTCTAAAGTGAGAGTAAACCAGAGAGAACACAGGGTGGAAACTACTTAATCGAGAAGGCTCCTAGGATAAGTGAGGATCACATGGCCATTCTCAGGCCCCAGTTCCTCTCCAAACTCCTGAAAGTCAGCAAGAAACCGAATCTCAGTCATGATGATTATTTTTCATGTAACACCTCACAGCGTTCTCAGGGATCCCAATATATGCTACTAATTCACTTTGTGTTAAGTAGGAGTTTCTTAAAAAAACAATTTCAGTGGAGAAATTCCTGCTATACCAGATGACTTTGCCAAAATCTTTGTCCTTTTTTTCACTTAGGGTGAAAAAAAAAATTGATGACCCGTGTTTTGCTACCACTGACGAGAGTAATACCTTGTCCCAAAGCTAAAACGATCAACCTATGAAAACTGGAGGGTTGGGCTTTTGTTGTTGTTGTTAAAGGCCTGAATGAGGTGATATCTTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表9】
【0457】
一部の態様では、MUC15プロモーターは、配列番号29のヌクレオチド145~1775に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0458】
一部の態様では、該構築物は、配列番号30に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号30の核酸配列を含む。
【0459】
一部の態様では、該構築物は、配列番号30のヌクレオチド12~3994に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号30のヌクレオチド12~3994を含む。
【0460】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号30の核酸配列を含む。
【0461】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0462】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号7の核酸配列を含むPLBD1プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号30)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGACCCATTATTCAATGGGAGTTGTCAGGATGTCAGCAATGTACAAAATCATTGCTTAATTTGTTTGACAATGGAAATGGCCATTATGGTTTTTATGTAACTTTGCTTCTGTTACATAATTCTTGCTGACACGGTGTTTCAACCAAGGTACTTGGTAGCAAGTGTTGTACAGAAAAGGATCTGTAAGTGGTTTATGTGGTCATCAACCACAGCAAAGATTTCATCTGAGCTGTGCTATGAAGAATGTAGCTTGAGAAACACAAAATGTATCACTGGGCAAAAAGGAAGCAGAAGAAAAATACAGTTCTGCTAATGAGAGCTCTGACTGGTATCTGGAGTATAAGATGGGCCCAGCCAATGCTGAGTGAATGAATGAAATGCCTTTTGCCTACTTCACAATGTCACCTAGGGCACCCGGTGCCAACTTCACAATATCACCCAAGGCATAACTTTTGACTACTTCACAATGTCACTTTTAACTGACCCCACACAGAAATGGGGACTCCACAGAAACGTAGGAGTGTGTCTAGTGTCAGCCCCGTCTGAATCACTCTCCTGTGGTGGCTCCAGCCAACGAAGAGGAAGCAAAAAGGATAAAAAATCTGAGCTACAGCGCATGGATTTAGGTTAAACAGCCTGGGAATGAGGGGTACGCTAATCGCTGAGGAAAACGCACCTGTGGAGGCCTCTCCAGAAACAGCAGAGGATCCGAGCTGCGTGTAGGCAGGGCGCGCATGTCACCCTGGCCCGGGCGCCTGGTCCGCTGCTGGAGATAAATGGTCGACCCCGGAGGGAGAGGCTAGTAGGGGTGTTGATGTGAACTGATTCGCCCAAGCCTTGGGCCGCAAAACTGCGAAAGAAAGCGGCAGGCAGCCTCTGCATTTCCCAGAAGTGCAGCTGGGGAACTTTCCCAGACCGGCCCAGGGGTTGCTAGAGGGTCAGACGTAAAGGATCCGCCTTTCCTAGGCGGGGTGGGCCCCAGGCCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表10】
【0463】
一部の態様では、PLBD1プロモーターは、配列番号30のヌクレオチド145~1128に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0464】
一部の態様では、該構築物は、配列番号31に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号31の核酸配列を含む。
【0465】
一部の態様では、該構築物は、配列番号31のヌクレオチド12~4426に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号31のヌクレオチド12~4426を含む。
【0466】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号31に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、構築物rAAVAnc80粒子、配列番号31の核酸配列。
【0467】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0468】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号8の核酸配列を含むRORBプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号31)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCAATAAATGTTGGCTCTTGTTTTTTCTGACCTGTATGTTTTGTCTTTGTTCCAAAGCTAGCCTTACCTCTCCCACATACTGGGGTTAATTCATGCTTTGGCCCTTATCACCTTTTCCAATTTATTTCAAAATTACATGCTCTATTTTAATATTTGCTTTCTTTTTTTTATTTTGAAAACTTATTGAACTTGCATCTACACTTTAAAATGAAGCAGAACTTAAAGAACTCAAAGATTATGAAGAAGACTCAGTACCTGGGAATAAAATTGAGAATAGGTTCCTTTTATGACTATATAACCAATCTCAACCATTATTTTTTGCTTCCCCAAATTAGGAGAGTTTAAAATGCAGATTCTCCCCACTCTCCTCTTCCCATTCAATAGAAACTGAGAAAGAAGGATCTTATTCAGGTCTTCACTCCATTTGTGATTCATATTCAGTGGCTGAAAGGTTAGAAAGCATTCACTCCACCAATAATGATCAAGCACCCATAAAGTACCAGGAGCTCTTACAAACTCTAGGGAAATCCTGGCTCCTGTTGTCATGAATTTTGCATTCTCAGGTAGGAAATGTGGCTCTGATGCCTGCTGGGGCAGTGTACACTTAGAGCTACAGAGGATCTTGGAGGTAATCTAAAACCTTTCTAAAGAGCACCCTGCAATCACACCTTCTAGCAACAGCCATTTCTCTTGAATTAGTAAGGTGGCTACACCGCCAATTTGAGCTGTTCTCCTTCAGTCCTGTAGTCCATCGCCAGGGGAGTCTCCAAATGCTAATAAAAATCAATTTCCCAGACAAAAGAACATAGAGGGTCAGGGAGCATCTGACGGACGTTTTTAAAGGAAGGGGACAGCTACTTCCATGGGACTGCATTTTAGTTGTGCTAAAAGTGATGAAAGTGGGTTTGCATTATTCTACCACCAACACCCAAACCACCTGCCCACGGAAACCCCCGCCGGAGACCGAAGTTTACCCAAATAGCGCTCGGCAAAGCGCTGCCATAAATTCAAAACTAACTCTGCCGGGCCCGCGGGGGTTGCGAGACAGGGACCGAACGTGAAACCCGGGGAGCCCCGCGTCTCTTGCCTCCGAAGGTTTTCCGTGATCAGTGTCCCCTTCTCTGCTGGAGTCGGAAGTGCCTGTCACCTGCGGATCTGCCCGACTCTCCCGGTCGGCCCTTCTTCTCTGCCCAGTTCGGACAGTCTCGAATTCCCCGTCGCAGCCCCGGCCACCTCGGACTCCCTGGTCCCCAGCCCCCGCCCCACCCCCCGCCTCCACCACGTCCCCTCCCCGCGGTCCCAGCCTCTCCAGGCGCTGCTGGGCTCTGATTGGCGGCTGCGCTGACAGCAGGCGGGGCCTGGAAGTCGCGGCCAAGCCCGCCCTCGCGTATAAGCCCCTCTCAGCGCTCTCTCTCCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表11】
【0469】
一部の態様では、RORBプロモーターは、配列番号31のヌクレオチド145~1560に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0470】
一部の態様では、該構築物は、配列番号32に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号32の核酸配列を含む。
【0471】
一部の態様では、該構築物は、配列番号32のヌクレオチド12~4307に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号32のヌクレオチド12~4307を含む。
【0472】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号32の核酸配列を含む。
【0473】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0474】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号9の核酸配列を含むSTRIP2プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号32)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCTTGAATATTTATGTCCATTTTAACACTTCCTGGTTGCAAGAGGGATGTGCCTCCATTATTTCCTCCACAGTTTTGGTATTTGTCAGACATTTGTTCTGCTGTCTTTCTAATCCAGCCAACGTCTGCTCAGGAAGTGGGGCCAGCTCCACTGGGACCCATAGTTTTACTTCCTTGTCATTTGATTGGATAGTTTCCAAGGAAGCCCCTCCAGATTGGCACTATCTCAGAAAAGGAGAGCTTGTTGTGAAACACTGCTTCCTGAAACTTCCTGCTATTGCCTAAAGCTACGTCTGAAACTGAGTAGGGAAAGGCATACTTTTCCAGGGACTTAGGGGGATAGGCTTTGAGGTCTCTCCTCGTGTTGACTCTATGCAATCTTCATAGCACCAGTTTTACACATTCCTTCTCTGAAATTAAAGCCAGATGGAGCCTCTAGGCTTAGCAAGTGGCTTTAGATAGCCACCAGAGGGGACTTGCAAGCTGTCCTCTATCCTACTCCCAAGATCAGTCTGCCCTTTCCCCTAGGAATAGGCAGGAAAAGAATAAAGGAAAGAAAGGACTGGCGAGCAGGTGAGGGTGGGGGCTTGCTCTACCCTCAACATTTACACACCATGAGGAAGAGGCCCCCTACAGCAGAGAAGGGCAGATGACAGGAGCAGCCCTCGAGGGCACCACCAATTTCAGTGATGGAAAAACTCCCCCATCCCACCCTTAGACCTCCAGTCTCCCAGCCAAGCCCTAGCTCCGGGCGAGATGCGTTCTCTTCAGAAAAACGCTGAGAATTCTCAGCTTCCAGAGACAGCGAGTCCCTCGTTTCGGGCGATGTCCCTGGCCACCTGGCGGTGCCATCCCTCCCCTGAGACTAAGCGGGATATGGGACGTGTGCAGGAGCCGGGATATGGGGGGCCGGGTCGGTGGTAACAGGGAAACGGAGACTGCTGTGGAGCAGTAGGCGGAGACTAGAGCTCCGGAAAAGGTCGCTACAGGGACGGGGGTGAGAGCTGAGAGACACCGAGTGAGGAGCACAGAGATAACCCGCCTGATCTCAAGGCCCAGCTTTCGCGAGGTGTGGAGCCTGTAGCTAACCTAGGAGTCTCCGTCCGCCAGCAATGCCGCAGGACTAAAAAGATCCCCTCAAAAATCTCTTCATTGAGCCCCCACCTCCTCGAGTCCCGCTCCGGCCGGTCGAGCAGCCAATCGCCTCGCGGGGCGGGGTTGCGGCGAGCTGCCGTAACCAATAGAGGTGGAGGGGGCGGGGCCTGGCTCCCGGCGCGCGGCGGTAGGGTCGCCTCCGGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表12】
【0475】
一部の態様では、STRIP2プロモーターは、配列番号32のヌクレオチド145~1441に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0476】
一部の態様では、該構築物は、配列番号33に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号33の核酸配列を含む。
【0477】
一部の態様では、該構築物は、配列番号33のヌクレオチド12~4293に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号33のヌクレオチド12~4293を含む。
【0478】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号33の核酸配列を含む。
【0479】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0480】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号10の核酸配列を含むAQP11プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号33)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAGGCATGAGCCACTATGCCCAAATGAGAAATAATTTTGTATGAAAAATAATCTTGTATGGTAAATTTAGACCAAGAATAAAATGAGTGGTTGTATAAGAAAGAAAGATGTTCAGAACAAACCAAAAAGTCCAAGCATGTCACGAATGGTCTGTGTAAGTCATAATAAAAGGATTTATCTAAAAAAACCAAAAACTTTTATATGATCAAGTCGTCTATAATTAAAGGAAAATTATAATGGGTTTTTCTAGACATTGGGTGTGATGTAATGAAACGTACACACTAAAGAATTCATTACAAGGCTTTCATGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGACTGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAATGGCGCGATCTAGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCATCATCCTCCCGAGTAGCTGGGATGACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGGTTTCTCATGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCCGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCGCGCCCGGTTTTTGTTGTTGTTTTTGTTTCTAAAAACAGCGTCTCGCTCTGTGGCCCAGGCAGGGGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAGCCTGGAACTCCTGGGGTCAAGCGGTCTTCCCACCTAAGCCTCTCCGTGCTGGGACTCCGGACGCGCTCCACCTCACGCAGCCGTATTCCTGCTTTCAAAGCAGATGGAAGAGGTGCGCCAGGACCCCCAGTTCTTGGAAACAGACCTCTCCAGTTACCTGTTGTTTCCTCTTCACGAAGAGTGCATGTAACAGTAAGACACAACTGTTTCATATTATACGTAAAGAGTTCATGCCAAAGGTTATAGACAGTCACATGCTAAAACTAGGCTACACTTTGAAGAATCACCGCTCAAGTTCTGGAAAAAAGAGGTGACTGTTGAACAACACTGTGAGGGTAATCGATGCCACTGAAATATACACTTAAATTGATTAAAGTGGCGAATTTTATCTGGCATATATTACCACCATTTTTAGAAATGTTTTTTGGCAGGTGAAGAAAAGCAAGGCTCCAGGAGGCCCTGCGCACCGGTCTACGCCCACTAACTCACCCGCCCCCTGCGCCGCGTCTCCCCTCTCAATTTCAGTCGCCCATTGATCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表13】
【0481】
一部の態様では、AQP11プロモーターは、配列番号33のヌクレオチド145~1427に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0482】
一部の態様では、該構築物は、配列番号34に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号34の核酸配列を含む。
【0483】
一部の態様では、該構築物は、配列番号34のヌクレオチド12~4565に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号34のヌクレオチド12~4565を含む。
【0484】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号34の核酸配列を含む。
【0485】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0486】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号11の核酸配列を含むKCNQ4プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号34)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAGGGCCCATCCTGGTGTAAACAAACCCTTTGGCGCAGCCCAAGAGAGCCCCTATCTAATACCCAGCACGATCCCCTTACATCCGGAGCACTCTTTAAACATTTTTCCTAGCTGATCTTCACAGTGACCCTGCAGGGGAGACAGGAAGAGGTATCATGATCCCTGTGTTAGCGTGGGAGGGCTAGTGAAGTGCAGTGACTTGCCCAAGGTCACTCCATGAATTGAGGGTGGAATTGAAACCAAAACACTGATCTCCTGACCCCCTGTGCATACACAGTTGCTCTTGGAGATTGGAGACCCCTGGAATCTGGAGCAGACAATCTGGCTGGCTTCCTTGCAGCTCAGGTCTGCGGAGGCCACAAGGGGGCAGCATGCAGCCCTCACCTGTGTCTCTGGGACCTTTGAAGGGAGGGTCCTCCCTAGGATAACAGTGAGAGCTGGAAACTCTACCCTCTCCAGAGTATTGCCTCAAGATCCCTGAACTTAGCTCCATGTTTTCAGAATGTGCTAGCTACAATTCCTGAAATGCCCTTTTACTTCCCTTTTCACTTATTGAGCTCCTATACATCCATCAAGGCCCAATTTAAATGGCCCTTTCAGCAGCTATTTCTTTGGCACCTTCTGTGTGTCAGACGTTGTTTTAAACATTGTGAATACAGCTTAAAACAAGTCTGACGGGTGGAAAGGAAACTGCTGAGGGTGGGGTCAGGGGAACAGGTGGGAGAGGGACCAGTCCCCTCCAGCAGAGGGGCCAATTGAGGGAGCCTGAGACAGCTGTTTGCTCAGAAAAGTGTCTTAGTCACTAAAGGTTGTGGTGGGGAAAGTCCGTCCTCCCAGTCATGTCCTGGGAATCCGGATGGCGCAGGAAGGCCACCCGGTGACCCTAAGAGTGGCCACCTGTCCTCTCTGAACTGGACTTTCTCTTCTGGCCCTTCCCCTCCCTCCCTCCCTCACTGGCGCTCAGCAGATCAATGCTGCCTTTGCTGACAGCTGAGAATCGAGCTCGCCTTCCCGCCCCTTCCCCCGCCCCTCCCGCTCGGCTTCGTCCCTCGAGATCCTCCCGGAGGAACCGGGAAGAGTTTGCTGCGGAAGGCTCACCCTGGGGCAGGGCCTGCGGAGGGAGCGGCTGGTGTGGCCGCAGCTTTCCGTGGAGGAAGAGGGAAAGAGGATCGGGAAACCCAAGTTACCAACCCTGTGCAGGGGAGATGGAGGTCGGGGACTAAGAAAAACTGCTGCCCACCCAGCCACACACAGCACTGGGCACACTTTAAGCACCCGCACCAGGCACACAGTGCTCGACCCCAACGGACACACCTCATCCTGCCGCCCGCGGCCACAACTCCACATTCACTTGCACGCGTCCGGCTTCCCGGCCCCGCGCGCTGCCCCCGCCACGCGGTTCGGCCCAGGCACCAACTCGGCCGCCCGTGCGCCCTGCCCCGCCGCCTGCTCCGCGCGTTCCCTCCCTCCGCCTCGCCTCGCTTGCTCGCTCGCTCCCTCCCGATTTGGGAAGGCGGCCGCGGGGCGGGCGGGGGAGGGGCGGGGCGGGGGAGGGTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表14】
【0487】
一部の態様では、KCNQ4プロモーターは、配列番号34のヌクレオチド145~1699に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0488】
一部の態様では、該構築物は、配列番号35に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号35の核酸配列を含む。
【0489】
一部の態様では、該構築物は、配列番号35のヌクレオチド12~4224に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号35のヌクレオチド12~4224を含む。
【0490】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号35に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、構築物rAAVAnc80粒子、配列番号35の核酸配列。
【0491】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0492】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号12の核酸配列を含むLBHプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号35)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGAATTCGATGATGTGCTTGTGTGGACATGTGGAGGTCTCAAGAACAAAAGAAGAGCTGGGCCTGGCACACAGTGGGTGCTAATGCCTGTTAGAATTGTTGTTGAGAGGGCAGGAGGGTGTAACATGGACCCAGCTATCTGATCCTGAGGCTGGGCGCCATGTGGGTGTGAAGTACACCAGGGGCTCCAACCAGCAAGTGCTAGCTCAGGTTACAGTCAGCTGCCCCTGGAGGAAGCTAGCAGACATCCTGTGTACTTGAAAAGAAAACTGAAAGTGCTATCTGCATCCTGGTGATAGTAACCTCTCTTTTCTGGCTGTTGAAGTGCATTCCTGTGCGGATGTGGAAAGAGAGAAAGCAAGATACAGCCAGGGCTAGGACAGGAATGTGAGTATTTCCTTAATTGGACATGAGAGCCTTGAACTGATTCCAGTTGGAGTGTTTTCTTTTAGGGCCTGGACCCTAAAGATTTCATACAGTTTTCTTTGTCAGAAAAATCCCTTTGGTTCAAAGGCCCCTCGATAGAAATAAAGAAAAAGCCAGGGCTGAATTTCTTTGATATGTGGGAAGGCAAGAGTTTATGAGCTGCCAGATCTCAGGCTTCTTTTGGGGTGGAGGATTTTGTCTGGTGGGTTCGGGTTGCTTTGTGTTGTTGACTGCTAATTCACTGATGACCAAGTTTCTCAAATACCTTAAAAACAAGCCCTACGTCTGCTCAGTGCTTTCCAATTTACCAAGTGTTTTCATAACATTTCTTATGTACGCAAATGAGTTTCACCGAAAAATTGGCTAGAAACTTCCCTTCTCCTACTCACGTTCATAGTGTAGCTGTGAAAACAAACAAAACCACAGAGGCATGGTAAGTGTGGTATGGTGGGGAAAACAAAGCCATTTTACAGGCGTGATTGAAGCGGAGGCCACAGAGCGGCAGCGCTGGGTCCCGAGTGAGACTCCCATCATGTGGCTCAATGGAAAAATCCTACCCAGGACGACACCACATCCTTGCTCCCACAAATAAAACCTTCCACGGAACTCAGGGCTGCAGACGCAGAGCCGAGCGCGCCCCCGAGCCGCCGCCCGCCGGAGCTGCGAGCGCTGAAGCCATTCATGATTTTGGTGACGTTATTCCAGGAGTGGGCGAGGGAGGGCGGGGCCTCTCGGGGCCAAGCCCCGCCCCCGCCCCTATAAATACGGCTTCCCGGGCTCTTTGTGGGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表15】
【0493】
一部の態様では、LBHプロモーターは、配列番号35のヌクレオチド145~1358に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0494】
一部の態様では、該構築物は、配列番号36に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号36の核酸配列を含む。
【0495】
一部の態様では、該構築物は、配列番号36のヌクレオチド12~4140に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号36のヌクレオチド12~4140を含む。
【0496】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号36の核酸配列を含む。
【0497】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0498】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号13の核酸配列を含むSTRCプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号36)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCACTGCCATCTCAACATGTGGTTTCTAGGTTGCCTCAACAGGGAAGAGATTGTTGGAGGCTCATTTGCTAGCTCTTAAATTCTTTGGTCAACCACAGTCCATTGAACAGAACTAATCACCTGACTGCAAGAGATCTGGGAAATGTGAGAAACACCTAGATATCTAGTAAGCAATAAATATTTCAGTTACCAAAGCCAAACCAAAAAAAGAGAAAAATAATTGTACTTTACAAAGGGAGGCATCTGGGTCCTGTGGGAGTTTTGGGGAGTGAGGATGTTTCAGAGTTCTCAACTCCTGTGGCTATCCATTTCATTTTAGCAGGACATATGATTAATTTCTTGTTCTGGACCTTTGTAATTTAAAGTCTGAATCCTTAGCGGCAAGAGAATTGCTTAATCAATGGCTTACAACAGCAGAACGTGGACTGCCAGGAAAATTTCCATCCTGAGTTAAGAAAGAAGGATAATTTATTATAAGAGGGTTGTTACAGAATGAAGGGCAGAAATTCAGAAGGATTACAGGATGGGCTGGAACCACAAAGCACTGTCTGCTTTTTAGACTAGGTGTGGTATCCTTGATGGGCAAAGGGAATATTGGTAAAATTATTTGTGACCTGGGTTAAGTCATTCCATTTCTCTGGGCTTCAATTCCCCTGTCTATAAAATGTTTGAGGGAGAGAATGGGGAAGGGTTCTAGGGAAAGAAGGACAGAATAAAAGTTTGGGTATATGAATTACTATTTAGAGTTGGTATAAAGTGAAGGCCTTTGGGGAGATATACCCTGACCAGACCAGATTATTTTGAATGAAATCTCTTTCTCTGTTCCATGAGCAGTTCTGTGTGTAGGGAGAACATTTGAATGGCCTAATGAGCAAATCACATTTCTCTGGGTCTGTTTCCTTATCCATAAGTTCTGCATCACTGGCTCCTAACTCAAGCAATCTCCTTGGGTTTCTCTGAGGGGCCCCTGGGATCCCCTATCATTAGTCCCTCTCACAGAAGCATACCCTTCTCCAGAGCTAAAGGATCAGATATTCAGCGGCTCAGGTAACAAACCTGCTGTCAGGTTACACATATTGTTTCCTGAAAGACCACACTACAGTGTCAGTGGAGCCTCAGGTTGCCTGCAGTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表16】
【0499】
一部の態様では、STRCプロモーターは、配列番号36のヌクレオチド145~1274に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0500】
一部の態様では、該構築物は、配列番号37に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号37の核酸配列を含む。
【0501】
一部の態様では、該構築物は、配列番号37のヌクレオチド12~4816に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号37のヌクレオチド12~4816を含む。
【0502】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号37の核酸配列を含む。
【0503】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0504】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号14の核酸配列を含むTUBA8プロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号37)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGAAGACATAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGGGACCCATGAGAGCTGAAGACGTGGTCCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGACGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGATCCAGGAGAGCTAAGGACATGGTTCTAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAATACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGTTCCAGGAGAGCTGAGGACATGGTTCCAGTCTGAATCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGTCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGCAGAGCTGAAGACATGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCGGGAGAGCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCTTGAGACCCAGGGGAGCTGAAGATGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGGTGAAGACGTGGTTTCAGTCTGAGTCAAGGCCTGAGAACCAGGAGAGCTGCTGGTGAAAGTTCTAGTGCAAGGGCAGAAGACCAATGTCCTACCTAGCTCAACAGTCAGGCAGGCAGAAGTTCCCTGTTTCTCAGCCTTTTTGTTCTATTCTGTTCTTCAGTTGGTTGGATGAGGCCCCTGCACATTAAGGATAGACAAAAATTCAACGCATGCTTTACTAAGTACCGTTTGTATCAGTGGGTAAAGCACTGTGTTTGGTACTCTCTCAAATGCAAAGATGATTACGACACATGTACTATCGTTTATGAATGGGTGGCCAACAGAACAGATTGCCGCATAGGTAAGCAGAAATCTGCTCTCATTCTCTATTGGCCACAAGCAGGCATGTCTTAGGAGCAGAAGGGTAGGAAGATCTCTAACTGTGCTTGGAAACTTGGGGAGTTACCACGTCTGGCTAAAGTGGTATTGTCTTAAGGAAAACCTCTTACTACTGGGCAGAGGCAGGGGAACCCTGGTATGAGTTCTGGATTACATAGGAGATGTGACTTGGACACGTTTGGGGCTTAAAAGTAGGAAGGGATCAAGGGGGGAGATTTGAAAATCCCGGTGGAGGTGCGAGGTATCCGGGGAGAGGTGGGAGCAGAGGCCCTGCAGCTTGCCAAGCACACACGGCCCTAGGGCGCCCAGCTGAGACGGCACCTTGGCACCCGGGCCCGCTGCAGCCCGCTCCGGTCAGCTGCACCCCAGTCAGGAGCCTTTCCAGCGGGTCGGAGGAGAACGGAAGTTTGGGGAGACCCGCGCGATTCGCCTGGCTGCATTTTACATTTCTTTCTCCGGCAGCTGGGGTCACGAAGGCTGCTCTCGCCGGCGGTGTTGGAACGTGGACACGTGCGCTTTGGTAATAGGGCAGCCTCCCCCGCGGGCGCAGTCCCCGCTGCGAGCGCCCCCGGCTGCTGAGGCGGGACCGAGGACCCGGAGATTTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表17】
【0505】
一部の態様では、TUBA8プロモーターは、配列番号37のヌクレオチド145~1950に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0506】
一部の態様では、該構築物は、配列番号38に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号38の核酸配列を含む。
【0507】
一部の態様では、該構築物は、配列番号38のヌクレオチド12~4915に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号38のヌクレオチド12~4915を含む。
【0508】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号38の核酸配列を含む。
【0509】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号18の核酸配列を含むCMVエンハンサー、(iii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iv)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(v)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(vi)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vii)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(viii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
【0510】
一部の態様では、該構築物は、(i)配列番号16の核酸配列を含む5’ITR、(ii)配列番号15の核酸配列を含むプレスチンプロモーター、(iii)配列番号19の核酸配列を含む5’UTR、(iv)配列番号20の核酸配列を含むKCNQ4コード領域、(v)任意選択で、配列番号39の核酸配列を含む3×FLAGタグ、(vi)配列番号22の核酸配列を含むポリA配列、及び(vii)配列番号17の核酸配列を含む3’ITRを含む。
例示的な構築物(配列番号38)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCTCAGCTAGGGACGCGGAGAGTGGTCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTTAAGAGACGGAGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGCAATTCTCCCAGCTTGGGGTAACGTGTTACATTATTCTACTTAATAAAAAGCAAAAGTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTTATCATGCATTGCCTTGTCGTGCAATAGTCAATATTTGCAAACCAAGTGTTAACCAAAGGCAGTTCATCAAAGATTTTTGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAACTCATACTCACATTGTCCTCAGGATTTCCTGTTTTCGAAATGTTCCTGTACGAATCGGAGTCTCTATAATGATTGTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGGGCCAAGGAGCGAGCTCTCCCTTCTCCTGCTCTCAGCCTCAGTGATCAAGGCTTCAGTGAACTGCACTGGAGCTCCCAGCGGGGGATCTTGTCCCCTGTCCCGACTTTTGTGCTGCACATTGGATCTGGTGACACTCAGGAAATTGCTTGTCTCCGGCTGTTAAGGAATAATTTCAGAGTACTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGTTAATTCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
【表18】
【0511】
一部の態様では、プレスチンプロモーターは、配列番号38のヌクレオチド145~2049に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0512】
一部の態様では、該構築物は、配列番号49に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号49の核酸配列を含む。
【0513】
一部の態様では、該構築物は、配列番号49のヌクレオチド12~4070に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号49のヌクレオチド12~4070を含む。
【0514】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号49の核酸配列を含む。
例示的な構築物(配列番号49)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCTAGATCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGTTTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAACAACTCCGCCCCATTGACGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCGCCTGGAGACGCACCGGTGCCACCATGGCCGAGGCCCCCCCGCGCCGCCTCGGCCTGGGTCCCCCGCCCGGGGACGCCCCCCGCGCGGAGCTAGTGGCGCTCACGGCCGTGCAGAGCGAACAGGGCGAGGCGGGCGGGGGCGGCTCCCCGCGCCGCCTCGGCCTCCTGGGCAGCCCCCTGCCGCCGGGCGCGCCCCTCCCTGGGCCGGGCTCCGGCTCGGGCTCCGCCTGCGGCCAGCGCTCCTCGGCCGCGCACAAGCGCTACCGCCGCCTGCAGAACTGGGTCTACAACGTGCTGGAGCGGCCCCGCGGCTGGGCCTTCGTCTACCACGTCTTCATATTTTTGCTGGTCTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCTGTGCTGTCCACTATCCAGGAGCACCAGGAACTTGCCAACGAGTGTCTCCTCATCTTGGAATTCGTGATGATCGTGGTTTTCGGCTTGGAGTACATCGTCCGGGTCTGGTCCGCCGGATGCTGCTGCCGCTACCGAGGATGGCAGGGTCGCTTCCGCTTTGCCAGAAAGCCCTTCTGTGTCATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCTCGGTGGCCGTCATCGCCGCGGGTACCCAGGGCAACATCTTCGCCACGTCCGCGCTGCGCAGCATGCGCTTCCTGCAGATCCTGCGCATGGTGCGCATGGACCGCCGCGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCAGTGGTCTACGCGCATAGCAAGGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGGTTCCTGGTGCTCATCTTCGCCTCCTTCCTGGTCTACCTGGCTGAGAAGGACGCCAACTCCGACTTCTCCTCCTACGCCGACTCGCTCTGGTGGGGGACGATTACATTGACAACCATCGGCTATGGTGACAAGACACCGCACACATGGCTGGGCAGGGTCCTGGCTGCTGGCTTCGCCTTACTGGGCATCTCTTTCTTTGCCCTGCCTGCCGGCATCCTAGGCTCCGGCTTTGCCCTGAAGGTCCAGGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGCGGAGGATGCCGGCAGCCAACCTCATCCAGGCTGCCTGGCGCCTGTACTCCACCGATATGAGCCGGGCCTACCTGACAGCCACCTGGTACTACTATGACAGTATCCTCCCATCCTTCAGAGAGCTGGCCCTCTTGTTTGAGCACGTGCAACGGGCCCGCAATGGGGGCCTACGGCCCCTGGAGGTGCGGCGGGCGCCGGTACCCGACGGAGCACCCTCCCGTTACCCGCCCGTTGCCACCTGCCACCGGCCGGGCAGCACCTCCTTCTGCCCTGGGGAAAGCAGCCGGATGGGCATCAAAGACCGCATCCGCATGGGCAGCTCCCAGCGGCGGACGGGTCCTTCCAAGCAGCATCTGGCACCTCCAACAATGCCCACCTCCCCAAGCAGCGAGCAGGTGGGTGAGGCCACCAGCCCCACCAAGGTGCAAAAGAGCTGGAGCTTCAATGACCGCACCCGCTTCCGGGCATCTCTGAGACTCAAACCCCGCACCTCTGCTGAGGATGCCCCCTCAGAGGAAGTAGCAGAGGAGAAGAGCTACCAGTGTGAGCTCACGGTGGACGACATCATGCCTGCTGTGAAGACAGTCATCCGCTCCATCAGGATTCTCAAGTTCCTGGTGGCCAAAAGGAAATTCAAGGAGACACTGCGACCGTACGACGTGAAGGACGTCATTGAGCAGTACTCAGCAGGCCACCTGGACATGCTGGGCCGGATCAAGAGCCTGCAAACTCGGGTGGACCAAATTGTGGGTCGGGGGCCCGGGGACAGGAAGGCCCGGGAGAAGGGCGACAAGGGGCCCTCCGACGCGGAGGTGGTGGATGAAATCAGCATGATGGGACGCGTGGTCAAGGTGGAGAAGCAGGTGCAGTCCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGTTGGGCTTCTATTCGCGCTGCCTGCGCTCTGGCACCTCGGCCAGCCTGGGCGCCGTGCAAGTGCCGCTGTTCGACCCCGACATCACCTCCGACTACCACAGCCCTGTGGACCACGAGGACATCTCCGTCTCCGCACAGACGCTCAGCATCTCCCGCTCGGTCAGCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGGGCTCCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTGCTAACATGCGGTGACGTCGAGGAGAATCCTGGCCCAATGGTGAGCAAGGGCGAGGCAGTGATCAAGGAGTTCATGCGGTTCAAGGTGCACATGGAGGGCTCCATGAACGGCCACGAGTTCGAGATCGAGGGCGAGGGCGAGGGCCGCCCCTACGAGGGCACCCAGACCGCCAAGCTGAAGGTGACCAAGGGTGGCCCCCTGCCCTTCTCCTGGGACATCCTGTCCCCTCAGTTCATGTACGGCTCCAGGGCCTTCATCAAGCACCCCGCCGACATCCCCGACTACTATAAGCAGTCCTTCCCCGAGGGCTTCAAGTGGGAGCGCGTGATGAACTTCGAGGACGGCGGCGCCGTGACCGTGACCCAGGACACCTCCCTGGAGGACGGCACCCTGATCTACAAGGTGAAGCTCCGCGGCACCAACTTCCCTCCTGACGGCCCCGTAATGCAGAAGAAGACAATGGGCTGGGAAGCGTCCACCGAGCGGTTGTACCCCGAGGACGGCGTGCTGAAGGGCGACATTAAGATGGCCCTGCGCCTGAAGGACGGCGGCCGCTACCTGGCGGACTTCAAGACCACCTACAAGGCCAAGAAGCCCGTGCAGATGCCCGGCGCCTACAACGTCGACCGCAAGTTGGACATCACCTCCCACAACGAGGACTACACCGTGGTGGAACAGTACGAACGCTCCGAGGGCCGCCACTCCACCGGCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGGAAGCTTGAATTCAGCTGACGTGCCTCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGGGGCGCCTGATGCGGTATTTTCTCCTTACGCATCTGTGCGGTATTTCACACCGCATACGTCAAAGCAACCATAGTACGCGCCCTGTAGCGGCGCATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGCCAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTCGCTTTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAAATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCGATTTAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTTGGGTGATGGTTCACGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGACGGTTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATCTCGGGCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGCTGATTTAACAAAAATTTAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGTTTACAATTTTATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGATGCCGCATAGTTAAGCCAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGACGGGCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGCTTACAGACAAGCTGTGACCGTCTCCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGTTTTCACCGTCATCACCGAAACGCGCGAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGAACAATAAAACTGTCTGCTTACATAAACAGTAATACAAGGGGTGTTATGAGCCATATTCAACGGGAAACGTCGAGGCCGCGATTAAATTCCAACATGGATGCTGATTTATATGGGTATAAATGGGCTCGCGATAATGTCGGGCAATCAGGTGCGACAATCTATCGCTTGTATGGGAAGCCCGATGCGCCAGAGTTGTTTCTGAAACATGGCAAAGGTAGCGTTGCCAATGATGTTACAGATGAGATGGTCAGACTAAACTGGCTGACGGAATTTATGCCTCTTCCGAC
CATCAAGCATTTTATCCGTACTCCTGATGATGCATGGTTACTCACCACTGCGATCCCCGGAAAAACAGCATTCCAGGTATTAGAAGAATATCCTGATTCAGGTGAAAATATTGTTGATGCGCTGGCAGTGTTCCTGCGCCGGTTGCATTCGATTCCTGTTTGTAATTGTCCTTTTAACAGCGATCGCGTATTTCGTCTCGCTCAGGCGCAATCACGAATGAATAACGGTTTGGTTGATGCGAGTGATTTTGATGACGAGCGTAATGGCTGGCCTGTTGAACAAGTCTGGAAAGAAATGCATAAACTTTTGCCATTCTCACCGGATTCAGTCGTCACTCATGGTGATTTCTCACTTGATAACCTTATTTTTGACGAGGGGAAATTAATAGGTTGTATTGATGTTGGACGAGTCGGAATCGCAGACCGATACCAGGATCTTGCCATCCTATGGAACTGCCTCGGTGAGTTTTCTCCTTCATTACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAATCTCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTTCCACTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGATCAAAGGATCTTCTTGAGATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGCAAACAAAAAAACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGCTTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACCGCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACGACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTGTCGGGTTTCGCCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGCAACGCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACATGT
【表19】
【0515】
一部の態様では、CMVプロモーターは、配列番号49のヌクレオチド473~676に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0516】
一部の態様では、該構築物は、配列番号50に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、該構築物は、配列番号50の核酸配列を含む。
【0517】
一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。一部の態様では、rAAVAnc80粒子は、配列番号50の核酸配列を含む。
例示的な構築物(配列番号50)
TCGCAGTGGTGAGTAACCATGCATCATCAGGAGTACGGATAAAATGCTTGATGGTCGGAAGAGGCATAAATTCCGTCAGCCAGTTTAGTCTGACCATCTCATCTGTAACATCATTGGCAACGCTACCTTTGCCATGTTTCAGAAACAACTCTGGCGCATCGGGCTTCCCATACAATCGATAGATTGTCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAATCAGCATCCATGTTGGAATTTAATCGCGGCCTAGAGCAAGACGTTTCCCGTTGAATATGGCTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTTTGTCGACGCGGCCGCACGCGTGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGGTCGAGGTGAGCCCCACGTTCTGCTTCACTCTCCCCATCTCCCCCCCCTCCCCACCCCCAATTTTGTATTTATTTATTTTTTAATTATTTTGTGCAGCGATGGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGCGCGCGCCAGGCGGGGCGGGGCGGGGCGAGGGGCGGGGCGGGGCGAGGCGGAGAGGTGCGGCGGCAGCCAATCAGAGCGGCGCGCTCCGAAAGTTTCCTTTTATGGCGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCTATAAAAAGCGAAGCGCGCGGCGGGCGGGAGTCGCTGCGTTGCCTTCGCCCCGTGCCCCGCTCCGCGCCGCCTCGCGCCGCCCGCCCCGGCTCTGACTGACCGCGTTACTCCCACAGGTGAGCGGGCGGGACGGCCCTTCTCCTCCGGGCTGTAATTAGCGCTTGGTTTAATGACGGCTCGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGAAAGCCTTAAAGGGCTCCGGGAGGGCCCTTTGTGCGGGGGGGAGCGGCTCGGGGGGTGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGGGGAGCGCCGCGTGCGGCCCGCGCTGCCCGGCGGCTGTGAGCGCTGCGGGCGCGGCGCGGGGCTTTGTGCGCTCCGCGTGTGCGCGAGGGGAGCGCGGCCGGGGGCGGTGCCCCGCGGTGCGGGGGGGCTGCGAGGGGAACAAAGGCTGCGTGCGGGGTGTGTGCGTGGGGGGGTGAGCAGGGGGTGTGGGCGCGGCGGTCGGGCTGTAACCCCCCCCTGCACCCCCCTCCCCGAGTTGCTGAGCACGGCCCGGCTTCGGGTGCGGGGCTCCGTGCGGGGCGTGGCGCGGGGCTCGCCGTGCCGGGCGGGGGGTGGCGGCAGGTGGGGGTGCCGGGCGGGGCGGGGCCGCCTCGGGCCGGGGAGGGCTCGGGGGAGGGGCGCGGCGGCCCCCGGAGCGCCGGCGGCTGTCGAGGCGCGGCGAGCCGCAGCCATTGCCTTTTATGGTAATCGTGCGAGAGGGCGCAGGGACTTCCTTTGTCCCAAATCTGTGCGGAGCCGAAATCTGGGAGGCGCCGCCGCACCCCCTCTAGCGGGCGCGGGGCGAAGCGGTGCGGCGCCGGCAGGAAGGAAATGGGCGGGGAGGGCCTTCGTGCGTCGCCGCGCCGCCGTCCCCTTCTCCCTCTCCAGCCTCGGGGCTGTCCGCGGGGGGACGGCTGCCTTCGGGGGGGACGGGGCAGGGCGGGGTTCGGCTTCTGGCGTGTGACCGGCGGCTCTAGAGCCTCTGCTAACCATGTTCATGCCTTCTTCTTTTTCCTACAGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTTATTGTGACCGGTCGCTAGCCACCATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGGAAGCTTGAATTCAGCTGACGTGCCTCGGACCGTCCTAGGAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACATAGGCGCGCCTCGGGCCGTGCTTGTAATCCTGAGGAAATTGTAAACGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTTGTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCGAAATCGGCAAAATCCCTTATAAATCAAAAGAATAGCCCGAGATAGGGTTGAGTGTTGTTCCAGTTTGGAACAAGAGTCCACTATTAAAGAACGTGGACTCCAACGTCAAAGGGCGAAAAACCGTCTATCAGGGCGATGGCCCACTACGTGAACCATCACCCAAATCAAGTTTTTTGGGGTCGAGGTGCCGTAAAGCACTAAATCGGAACCCTAAAGGGAGCCCCCGATTTAGAGCTTGACGGGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGAAAGGAAGGGAAGAAAGCGAAAGGAGCGGGCGCTAGGGCGCTGGCAAGTGTAGCGGTCACGCTGCGCGTAACCACCACACCCGCCGCGCTTAATGCGCCGCTACAGGGCGCGTACTAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGATTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTAGAAAAACTCATCGAGCATCAAATGAAACTGCAATTTATTCATATCAGGATTATCAATACCATATTTTTGAAAAAGCCG
TTTCTGTAATGAAGGAGAAAACTCACCGAGGCAGTTCCATAGGATGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCGATTCCGACCCGTCCAACATCAATACAACCTATTAATTTCCCCTCGTCAAAAATAAGGTTATCAAGTGAGAAATCACCATGAGTGACGACTGAATCCGGTGAGAATGGCAAAAGTTTATGCATTTCTTTCCAGACTTGTTCAACAGGCCAGCCATTACGCTCGTCATCAAAATCACTCGCATCAACCAAACCGTTATTCATTCGTGATTGCGCCTGAGCGAGACGAAATACGCGATCGCTGTTAAAAGGACAATTACAAACAGGAATCGAATGCAACCGGCGCAGGAACACTGCCAGCGCATCAACAATATTTTCACCTGAATCAGGATATTCTTCTAATACCTGGAATGCTGTTTTCCCAGGGA
【表20】
【0518】
一部の態様では、CBAプロモーターは、配列番号23のヌクレオチド1239~1516に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を含む核酸配列を含む。
【0519】
薬学的組成物
とりわけ、本開示は、薬学的組成物を提供する。一部の態様では、本明細書で提供される組成物は、症候性及び/または非症候性難聴に関連する症状の改善のための動物への投与に好適である。
【0520】
一部の態様では、本開示の薬学的組成物は、例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、例えば、1つまたは複数の構築物を含んでもよい。一部の態様では、薬学的組成物は、本明細書に記載される1つまたは複数のAAV粒子、例えば、1つまたは複数のAAV血清型カプシドによってカプシド封入された1つまたは複数のrAAV構築物を含んでもよい。
【0521】
一部の態様では、薬学的組成物は、1つまたは複数の薬学的または生理的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む。本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される担体」という用語は、薬剤投与に適合する溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤、抗真菌剤等を含む。補助的な活性化合物もまた、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかに組み込むことができる。かかる組成物は、中性緩衝食塩水、リン酸緩衝食塩水等の1つもしくは複数の緩衝液;グルコース、マンノース、スクロース、及びデキストラン等の1つもしくは複数の炭水化物;マンニトール;1つもしくは複数のタンパク質、ポリペプチド、もしくはグリシン等のアミノ酸;1つもしくは複数の酸化防止剤;EDTAもしくはグルタチオン等の1つもしくは複数のキレート剤;及び/または1つもしくは複数の防腐剤を含んでもよい。一部の態様では、製剤は、注射液、注入可能なゲル、薬物放出カプセル等の剤形にある。
【0522】
一部の態様では、本開示の組成物は、静脈内投与用に製剤化される。一部の態様では、本開示の組成物は、蝸牛内投与用に製剤化される。一部の態様では、治療用組成物は、脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子、小環状DNA及び/またはCELiD DNAを含むように製剤化される。一部の態様では、本開示の組成物のうちのいずれかは、対象の内耳の正円窓膜へのまたはそれを通した投与用に製剤化される。一部の態様では、本開示の組成物のうちのいずれかは、内耳の外リンパ流体への投与用に製剤化される。
【0523】
一部の態様では、治療用組成物は、合成外リンパ液を含むように製剤化される。例えば、一部の態様では、合成外リンパ液は、20~200mMのNaCl、1~5mMのKCl、0.1~10mMのCaCl、1~10mMのグルコース、及び2~50mMのHEPESを含み、pHが約6~約9である。一部の態様では、治療用組成物は、生理的に好適な溶液を含むように製剤化される。例えば、一部の態様では、生理的に好適な溶液には、8.10mMの二塩基性リン酸ナトリウム、1.5mMのリン酸一カリウム、2.7mMの塩化カリウム、172mMの塩化ナトリウム、及び0.001%のプルロニック酸F68)の最終濃度に調製されたプルロニック酸(pluronic acid)F68を含む市販の1×PBSが含まれる。一部の態様では、代替のプルロニック酸が利用される。一部の態様では、代替のイオン濃度が利用される。
【0524】
一部の態様では、本明細書に記載の薬学的組成物のうちのいずれかは、核酸、すなわち本明細書に記載の構築物のうちのいずれかの哺乳類細胞中への進入を促進する1つまたは複数の薬剤(例えば、リポソームまたはカチオン性脂質)をさらに含んでもよい。一部の態様では、本明細書に記載の構築物のうちのいずれかは、天然及び/または合成ポリマーを使用して製剤化することができる。本明細書に記載される組成物のうちのいずれかに含まれ得るポリマーの非限定的な例としては、DYNAMIC POLYCONJUGATE(登録商標)(Arrowhead Research Corp.、Pasadena,Calif.)、Mirus Bio(Madison,Wis.)及びRoche Madison(Madison,Wis.)による製剤、限定されないが、SMARTT POLYMER TECHNOLOGY(登録商標)(PhaseRX、Seattle,Wash.)等のPhaseRXポリマー製剤、DMRI/DOPE、ポロキサマー、Vical(San Diego,Calif.)によるVAXFECTIN(登録商標)アジュバント、キトサン、Calando Pharmaceuticals(Pasadena,Calif.)によるシクロデキストリン、デンドリマー及びポリ(乳酸-グリコール酸共重合体)(PLGA)ポリマー、RONDEL(商標)(RNAi/オリゴヌクレオチドナノ粒子送達)ポリマー(Arrowhead Research Corporation、Pasadena,Calif.)、ならびに、限定されないが、PhaseRX(Seattle,Wash.)により生産されるブロック共重合体等のpH反応性ブロック共重合体が挙げられ得るが、これらに限定されない。これらのポリマーのうちの多くは、哺乳類細胞へのインビボでのオリゴヌクレオチドの送達において有効性を実証した(例えば、deFougerolles,Human Gene Ther.19:125-132,2008、Rozema et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:12982-12887,2007、Rozema et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:12982-12887,2007、Hu-Lieskovan et al.,Cancer Res.65:8984-8982,2005、Heidel et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:5715-5721,2007を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される)。
【0525】
一部の態様では、組成物は、薬学的に許容される担体(例えば、リン酸緩衝食塩水、食塩水、または静菌水)を含む。製剤化されると、溶液は、剤形に適合する様態で、かつ治療上有効であるような量で投与される。製剤は、注射液、注射可能なゲル、薬物放出カプセル等の様々な剤形で容易に投与される。
【0526】
一部の態様では、本明細書で提供される組成物は、例えば、それらの意図される投与経路に適合するように製剤化することができる。意図される投与経路の非限定的な例は、局所投与(例えば、蝸牛内投与)である。一部の態様では、提供される組成物は、1つの核酸構築物を含む。一部の態様では、提供される組成物は、2つ以上の異なる構築物を含む。一部の態様では、ポリペプチド及び/またはその機能的な特徴的部分をコードするコード配列を含む、単一の核酸構築物を含む組成物。一部の態様では、組成物は、ポリペプチド及び/またはその機能的な特徴的部分をコードするコード配列を含む、単一の核酸構築物を含み、これは、哺乳類細胞に導入されると、そのコード配列が哺乳類細胞のゲノムに組み込まれる。
【0527】
また、本明細書に記載される組成物のうちのいずれかを含むキットも提供される。一部の態様では、キットは、固体組成物(例えば、本明細書に記載の少なくとも2つの異なる構築物を含む凍結乾燥組成物)、及び凍結乾燥組成物を可溶化させるための液体を含み得る。一部の態様では、キットは、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを含む充填済みシリンジを含み得る。
【0528】
一部の態様では、キットは、(例えば、水性組成物、例えば、水性薬学的組成物として製剤化された)本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを含むバイアルを含む。
【0529】
一部の態様では、キットは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかを実施するための説明書を含み得る。
【0530】
遺伝子改変された細胞
本開示はまた、本明細書に記載の核酸、構築物、または組成物のうちのいずれかを含む細胞(例えば動物細胞、例えば哺乳類細胞、例えば霊長類細胞、例えばヒト細胞)も提供する。一部の態様では、動物細胞は、ヒト細胞(例えば、ヒト有毛細胞またはヒト外有毛細胞)である。他の態様では、動物細胞は、非ヒト哺乳動物(例えば、サル細胞、ネコ科細胞、イヌ科細胞等)である。当業者であれば、本明細書に記載の核酸及び構築物が任意の動物細胞(例えば、獣医学的介入に好適な任意の動物の外有毛細胞)に導入され得ることを理解しよう。構築物を動物細胞に導入するための構築物及び方法の非限定的な例が本明細書に記載される。
【0531】
一部の態様では、動物細胞は、外有毛細胞を含めた、内耳の任意の細胞であり得る。
【0532】
一部の態様では、動物細胞は、蝸牛の特殊化した細胞である。一部の態様では、動物細胞は、有毛細胞である。一部の態様では、動物細胞は、蝸牛内有毛細胞または蝸牛外有毛細胞である。一部の態様では、動物細胞は、蝸牛内有毛細胞である。一部の態様では、動物細胞は、蝸牛外有毛細胞である。
一部の態様では、動物細胞は、インビトロにある。一部の態様では、動物細胞は、動物、例えば、霊長類及び/またはヒトに内在的に存在する細胞種のものである。一部の態様では、動物細胞は、細胞から得られ、エクスビボで培養された自家細胞である。一部の態様では、エクスビボ細胞は、内耳細胞である。一部の態様では、エクスビボ細胞は、内耳外有毛細胞である。
【0533】
方法
とりわけ、本開示は、方法を提供する。一部の態様では、方法は、本明細書に記載される構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞を対象の内耳(例えば、蝸牛)に導入することを含む。例えば、本明細書では、一部の態様において、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えば霊長類、例えばヒト)の内耳(例えば、蝸牛)に、治療上有効量の本明細書に記載のいずれかの構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞を投与することを含む、方法が提供される。一部の実施形態では、本開示の任意の組成物の投与は、対象の内耳の正円窓膜へのまたはそれを通した投与によって実施されてもよい。一部の実施形態では、本開示の任意の組成物の投与は、内耳の外リンパ流体への投与によって実施されてもよい。これらの方法のうちのいずれかの一部の態様では、対象は、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子(例えば、当該遺伝子によってコードされる聴覚細胞の標的タンパク質の発現及び/または活性の減少をもたらす変異を有する外有毛細胞及び/または聴覚細胞の標的遺伝子)を有すると以前に特定されている。これらの方法の一部の態様では、対象は、欠陥のある電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子を有すると以前に特定されている。
【0534】
これらの方法のうちのいずれかの一部の態様は、導入ステップまたは投与ステップの前に、対象が欠陥のある内耳細胞標的遺伝子(例えば、当該遺伝子によってコードされる聴覚細胞の標的タンパク質の発現及び/または活性の減少をもたらす変異を有する外有毛細胞及び/または聴覚細胞の標的遺伝子)を有することを判定することをさらに含む。これらの方法の一部の態様は、対象が欠陥のある電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子を有することを判定することをさらに含む。
【0535】
これらの方法のうちのいずれかの一部の態様は、対象において内耳細胞標的遺伝子における変異(例えば、当該遺伝子によってコードされる聴覚細胞の標的タンパク質の発現及び/または活性の減少をもたらす変異を有する外有毛細胞及び/または聴覚細胞の標的遺伝子)を検出することをさらに含み得る。これらの方法の一部の態様は、対象において電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子における変異を検出することをさらに含み得る。
【0536】
該方法のうちのいずれかの一部の態様は、対象が非症候性または症候性感音性難聴を有すると特定または診断することをさらに含み得る。これらの方法の一部の態様は、対象が、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子における変異によって引き起こされる非症候性または症候性感音性難聴を有すると特定または診断することをさらに含み得る。これらの方法の一部の態様は、対象がDFNA2難聴を有すると特定または診断することをさらに含み得る。
【0537】
一部の態様では、対象、例えば動物、例えば哺乳動物、例えば霊長類、例えばヒトの内耳における内耳細胞標的遺伝子の欠陥を補正する方法が本明細書で提供される。一部の態様では、方法は、対象の内耳に、治療上有効量の本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞のうちのいずれかを投与することを含み、該投与が対象の内耳の任意の細胞サブセットにおける内耳細胞標的遺伝子の欠陥を修復及びまたは改善する。一部の態様では、内耳標的細胞は、感覚細胞、例えば外有毛細胞、及び/または非感覚細胞、及び/または内耳細胞の全てもしくは任意のサブセットであり得る。一部の態様では、内耳細胞標的遺伝子の欠陥は、電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子における変異である。
【0538】
本明細書ではまた、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えば霊長類、例えばヒト)の内耳細胞において内耳細胞標的タンパク質の発現レベルを増加させる方法も提供され、該方法は、対象の内耳に、治療上有効量の本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞のうちのいずれかを投与することを含み、該投与が対象の内耳細胞(例えば、外有毛細胞)における内耳細胞標的タンパク質(例えば、ポリペプチド)の発現レベルの増加をもたらす。一部の態様では、内耳標的細胞は、外有毛細胞であり得る。一部の態様では、増加した発現は、内耳細胞における内在性ポリペプチド発現と比べたものである。一部の態様では、内耳細胞標的タンパク質は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)である。
【0539】
本明細書ではまた、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子を有すると特定された対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えば霊長類、例えばヒト)において難聴、例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴を治療する方法も提供され、該方法は、対象の内耳に、治療上有効量の本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞のうちのいずれかを投与することを含む。一部の態様では、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子である。
【0540】
本明細書ではまた、細胞に、本明細書に記載の構築物またはベクターのうちのいずれか、ならびにAAV Rep遺伝子、AAV Cap遺伝子、AAV VA遺伝子、AAV E2a遺伝子、及びAAV E4遺伝子をまとめて含む1つまたは複数のヘルパープラスミドで形質導入することを含む方法も提供される。
【0541】
本明細書ではまた、外有毛細胞におけるポリペプチドの発現を必要とする対象の外有毛細胞においてポリペプチドを発現させる方法も提供され、該方法は、本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞を投与することを含む。一部の態様では、対象は、欠陥のある電位依存性カリウムチャネル、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子を有すると以前に特定されている。
【0542】
本明細書ではまた、外有毛細胞におけるポリペプチドの発現の増加を必要とする対象の外有毛細胞においてポリペプチドの発現を増加させる方法も提供され、該方法は、本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞を投与することを含む。一部の態様では、増加した発現は、対象の外有毛細胞における内在性ポリペプチド発現と比べたものである。
【0543】
本明細書ではまた、難聴を患うかまたはそのリスクがある対象において難聴を治療する方法も提供され、該方法は、本明細書に記載の構築物、ベクター、AAV粒子、組成物、または細胞を投与することを含む。
【0544】
一部の態様では、投与は、対象の内耳へのものである。一部の態様では、投与は、対象の蝸牛へのものである。一部の態様では、投与は、正円窓膜注射を介するものである。
【0545】
本明細書ではまた、外有毛細胞におけるポリペプチドの発現を必要とする対象の外有毛細胞においてポリペプチドを発現させる方法も提供される。
【0546】
一部の態様では、投与は、対象の内耳へのものである。一部の態様では、投与は、対象の蝸牛へのものである。一部の態様では、投与は、正円窓膜注射を介するものである。
【0547】
本明細書ではまた、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴)の治療のための手術方法も提供される。一部の態様では、該方法は、対象の蝸牛に第1の切開点にて第1の切開部を導入するステップと、治療上有効量の本明細書で提供される組成物のうちのいずれかを蝸牛内投与するステップとを含む。一部の態様では、該組成物は、第1の切開点にて対象に投与される。一部の態様では、該組成物は、第1の切開部へとまたはそれを通して対象に投与される。
【0548】
本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、本明細書に記載のいずれかの組成物は、蝸牛の卵円窓膜へとまたはそれを通して対象に投与される。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、蝸牛の正円窓膜へとまたはそれを通して対象に投与される。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、該組成物は、正円窓膜に複数の切開部を作出することができる医療デバイスを使用して投与される。一部の態様では、医療デバイスは、複数のマイクロニードルを含む。一部の態様では、医療デバイスは、略円形の第1の面を含む複数のマイクロニードルを含み、各マイクロニードルが少なくとも約10ミクロンの直径を有する。一部の態様では、医療デバイスは、該組成物を保有することができる基部及び/またはリザーバを含む。一部の態様では、医療デバイスは、該組成物を移送することができる内腔を個々に含む、複数の中空マイクロニードルを含む。一部の態様では、医療デバイスは、少なくとも部分真空を発生させるための手段を含む。
【0549】
一部の態様では、本開示の技術は、難聴を有するかまたはそのリスクがある対象を治療するために使用される。一部のかかる態様では、病的バリアントは、難聴を引き起こすか、またはそれを引き起こすリスクがある。
【0550】
一部の態様では、難聴を経験している対象は、難聴を引き起こし得る1つまたは複数の変異が存在し得るかどうか及びそれが存在し得る箇所を判定するための評価を受ける。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、対象または動物は、哺乳動物であり、一部の態様では、哺乳動物は、飼育動物、家畜動物、動物園の動物、非ヒト霊長類、またはヒトである。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、動物、対象、または哺乳動物は、成体、ティーンエイジャー、若齢個体、幼齢個体、幼児期個体、乳児期個体、または新生児期個体である。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、動物、対象、または哺乳動物は、年齢1~5、1~10、1~20、1~30、1~40、1~50、1~60、1~70、1~80、1~90、1~100、1~110、2~5、2~10、10~20、20~30、30~40、40~50、50~60、60~70、70~80、80~90、90~100、100~110、10~30、10~40、10~50、10~60、10~70、10~80、10~90、10~100、10~110、20~40、20~50、20~60、20~70、20~80、20~90、20~100、20~110、30~50、30~60、30~70、30~80、30~90、30~100、40~60、40~70、40~80、40~90、40~100、50~70、50~80、50~90、50~100、60~80、60~90、60~100、70~90、70~100、70~110、80~100、80~110、または90~110歳である。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、対象または哺乳動物は、月齢1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または11ヶ月である。
【0551】
本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、該方法は、聴力の改善を必要とする対象において、少なくとも10日間、少なくとも15日間、少なくとも20日間、少なくとも25日間、少なくとも30日間、少なくとも35日間、少なくとも40日間、少なくとも45日間、少なくとも50日間、少なくとも55日間、少なくとも60日間、少なくとも65日間、少なくとも70日間、少なくとも75日間、少なくとも80日間、少なくとも85日間、少なくとも100日間、少なくとも105日間、少なくとも110日間、少なくとも115日間、少なくとも120日間、少なくとも5ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、少なくとも7ヶ月間、少なくとも8ヶ月間、少なくとも9ヶ月間、少なくとも10ヶ月間、少なくとも11ヶ月間、または少なくとも12ヶ月間にわたって聴力(例えば、本明細書に記載の聴力の改善を判定するための測定基準のうちのいずれか)の改善をもたらす。
【0552】
一部の態様では、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えばヒト)は、症候性または非症候性感音性難聴を有するか、またはそれを発症するリスクがある。一部の態様では、対象は、KCNQ4関連難聴を有するか、またはそれを発症するリスクがある。
【0553】
一部の態様では、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えばヒト)は、症候性または非症候性感音性難聴を有すると特定されている。一部の態様では、対象は、KCNQ4関連難聴を有すると特定されている。
【0554】
一部の態様では、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えばヒト)は、難聴のリスクがある(例えば、遺伝子変異の保因者であるリスクがある)と特定されている。一部のかかる態様では、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えばヒト)は、難聴のある特定のリスク因子または難聴のリスク(例えば、親が保因者であることが知られている、兄弟が罹患している、または難聴の症状)を有し得る。一部のかかる態様では、対象(例えば動物、例えば哺乳動物、例えばヒト)は、これまで特定されたことがない遺伝子における変異の保因者であると特定されている(例えば、遺伝子検査を介して)。一部のかかる態様では、特定された変異は、新規(すなわち、これまで文献に記載されたことがない)であってもよく、難聴を患っているかまたはそれに感受性がある対象に対する治療方法は、その特定の患者の変異(複数可)に合わせて個別化される。
【0555】
一部の態様では、症候性または非症候性感音性難聴の治療の成功は、当該技術分野で既知の従来の機能的聴力検査のうちのいずれかを使用して対象において判定することができる。機能的聴力検査の非限定的な例は、種々の種類の聴力測定アッセイ(例えば、純音検査、語音検査、中耳の検査、聴性脳幹反応、及び耳音響放射)である。
【0556】
本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、本明細書に記載のいずれかの組成物の2回以上の用量が、対象の蝸牛に導入または投与される。これらの方法のうちのいずれかの一部の態様は、組成物の第1の用量を対象の蝸牛に導入または投与することと、第1の用量の導入または投与に続いて対象の聴覚機能を評定することと、(例えば、当該技術分野で既知の任意の聴力検査を使用して判定したときに)正常な範囲の聴覚機能を有しないことが見出された対象の蝸牛に組成物の追加の用量を投与することとを含み得る。
【0557】
本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、該組成物は、蝸牛内投与用に製剤化することができる。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、本明細書に記載の組成物は、蝸牛内投与または局所投与を介して投与することができる。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、該組成物は、医療デバイス(例えば、本明細書に記載の例示的な医療デバイスのうちのいずれか)の使用により投与される。
【0558】
一部の態様では、蝸牛内投与は、本明細書に記載のまたは当該技術分野で既知の方法のうちのいずれかを使用して実施することができる。例えば、一部の態様では、組成物は、以下の手術技法を使用して、蝸牛に投与または導入することができる。まず、0度、2.5mm硬性内視鏡での可視化を使用して、外耳道をきれいにし、ラウンドナイフを使用しておよそ5mmの外耳道鼓膜弁の輪郭を鋭く線引きする。次いで、外耳道鼓膜弁を挙上し、後方から中耳に進入する。鼓索神経を特定して分割し、キュレットを使用して、上鼓室側壁の(scutal)骨を除去して、正円窓膜を露出させる。投与または導入された組成物の頂部への分布を強化するために、手術用レーザーを使用して、卵円窓に小さな2mmの開窓を作製して、組成物の経正円窓膜注入の際に外リンパ置換を可能にしてもよい。次いで、微量注入デバイスをプライミングし、術野に至らしめる。デバイスを正円窓へと操縦し、先端を正円窓の骨質突出部内に設置して、マイクロニードル(複数可)による膜の穿通を可能にする。フットペダルを連動させて、組成物を測定された一定量で注入できるようにする。次いで、デバイスを後退させ、正円窓及びアブミ骨底をゼルフォームパッチで封止する。
【0559】
本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、対象は、症候性または非症候性感音性難聴を有するか、またはそれを発症するリスクがある。本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、対象は、外有毛細胞において発現し得る遺伝子である内耳細胞標的遺伝子における変異を有すると以前に特定されている。
【0560】
本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、対象は、内耳細胞標的遺伝子における変異の保因者であると特定されている(例えば、遺伝子検査を介して)。一部のかかる態様では、対象は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子における変異の保因者であると特定されている。本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、対象は、内耳細胞標的遺伝子における変異を有すると特定されており、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴、例えば、DFNB1、DFNA3、DFNA2)があると診断されている。それぞれBart-Pumphrey症候群、聴覚消失を伴う棘状の魚鱗癬(HID)、聴覚消失を伴う掌蹠角化症、角膜炎-魚鱗癬-聴覚消失(KID)症候群、またはVohwinkel症候群)。本明細書に記載の方法のうちのいずれかの一部の態様では、対象は、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴)を有すると特定されている。一部の態様では、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴)の治療の成功は、当該技術分野で既知の従来の機能的聴力検査のうちのいずれかを使用して対象において判定することができる。機能的聴力検査の非限定的な例としては、種々の種類の聴力測定アッセイ(例えば、純音検査、語音検査、中耳の検査、聴性脳幹反応、及び耳音響放射)が挙げられる。
【0561】
一部の態様では、対象細胞は、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子を有すると以前に判定されている。一部のかかる態様では、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子である。一部の態様では、対象細胞は、欠陥のある有毛細胞標的遺伝子を有すると以前に判定されている。一部のかかる態様では、欠陥のある内耳細胞標的遺伝子は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)遺伝子である。
【0562】
これらの方法の一部の態様では、治療、例えば、本明細書に記載の組成物の1回または2回以上の投与に次いで、活性な内耳細胞標的タンパク質(例えば、ポリペプチド)の発現の増加が存在する。一部のかかる態様では、活性な内耳細胞標的タンパク質は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)である。一部の態様では、本明細書に記載される活性な内耳標的タンパク質(例えば、ポリペプチド)の発現の増加は、対照レベルと比べたもの、例えば、本明細書に記載されるいずれかの構築物(複数可)を含む組成物の導入前の内耳細胞標的タンパク質の発現レベルと比較したものである。一部のかかる態様では、活性な内耳細胞標的タンパク質は、KQT様サブファミリー、メンバー4(KCNQ4)である。
【0563】
標的タンパク質(例えば、ポリペプチド)の発現及び/または活性を検出する方法は、当該技術分野で知られている。一部の態様では、内耳細胞標的タンパク質の発現レベルは、直接検出することができる(例えば、内耳細胞標的タンパク質または標的mRNAの検出)。標的RNAまたはタンパク質(例えば、ポリペプチド)の発現及び/または活性を直接検出するために使用され得る技法の非限定的な例としては、リアルタイムPCR、ウェスタンブロット法、免疫沈降法、免疫組織化学法、質量分析法、または免疫蛍光法が挙げられる。一部の態様では、内耳細胞標的タンパク質の発現は、間接的に検出することができる(例えば、機能的聴力検査により)。
【0564】
デバイス、投与、及び手術方法
本明細書では、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴)を治療するための治療薬送達システムが提供される。一態様では、治療薬送達は、i)それを必要とする対象の内耳の正円窓膜に1つまたは複数の切開を作出することができる医療デバイスと、ii)有効用量の組成物(例えば、本明細書に記載の組成物のうちのいずれか)とを含む。一部の態様では、医療デバイスは、複数のマイクロニードルを含む。
【0565】
本明細書ではまた、難聴(例えば、非症候性感音性難聴または症候性感音性難聴)の治療のための手術方法も提供される。一部の態様では、方法は、対象の蝸牛に第1の切開点にて第1の切開部を導入するステップと、治療上有効量の本明細書で提供される組成物のうちのいずれかを蝸牛内投与するステップ。一部の態様では、組成物は、第1の切開点にて対象に投与される。一部の態様では、組成物は、第1の切開部へとまたはそれを通して対象に投与される。
【0566】
本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、蝸牛の卵円窓膜へとまたはそれを通して対象に投与される。本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、蝸牛の正円窓膜へとまたはそれを通して対象に投与される。本明細書で提供されるいずれかの方法の一部の態様では、該組成物は、正円窓膜に複数の切開部を作出することができる医療デバイスを使用して投与される。一部の態様では、医療デバイスは、複数のマイクロニードルを含む。一部の態様では、医療デバイスは、略円形の第1の面を含む複数のマイクロニードルを含み、各マイクロニードルが少なくとも約10ミクロンの直径を有する。一部の態様では、医療デバイスは、組成物を保有することができる基部及び/またはリザーバを含む。一部の態様では、医療デバイスは、組成物を移送することができる内腔を個々に含む、複数の中空マイクロニードルを含む。一部の態様では、医療デバイスは、少なくとも部分真空を発生させるための手段を含む。
【0567】
一部の態様では、本開示は、外耳道を介して中耳及び/または内耳にアクセスするための広く受け入れられている低侵襲手術技法を利用する送達アプローチについて記載する。この手技は、卵円窓にて中耳と内耳との間の物理的障壁のうちの1つを開き、その後、本明細書に開示される、例えば、図5~8に示されるようなデバイス(またはマイクロカテーテル)を使用して、正円窓膜を介して本明細書に開示される組成物を制御された流量及び一定の容量で送達することを含む。
【0568】
一部の態様では、哺乳動物(例えば、齧歯類(例えば、マウス、ラット、ハムスター、またはウサギ)、霊長類(例えば、NHP(例えば、マカク、チンパンジー、サル、または類人猿)またはヒト)に対する手術手技は、蝸牛の全長に沿ってAAVベクターによる形質導入率を増加させるために通気孔を設けることを含んでもよい。一部の態様では、外科手術中に通気孔が不在であると、通気孔を設けて実施した外科手術後のAAVベクターによる蝸牛細胞の形質導入率と比較したときに、AAVベクターによる蝸牛細胞の形質導入率の低下をもたらす場合がある。一部の態様では、通気孔は、蝸牛全体にわたる約75~100%のIHCの形質導入率を容易にする。一部の態様では、通気孔は、蝸牛底において約50~70%、約60~80%、約70~90%、または約80~100%のIHC形質導入率を可能にする。一部の態様では、通気孔は、蝸牛頂において約50~70%、約60~80%、約70~90%、または約80~100%のIHC形質導入率を可能にする。
【0569】
本明細書に記載の送達デバイスは、手術室の滅菌野に置かれてもよく、チューブの端部は、滅菌野から取り除かれてもよく、本明細書に開示される組成物(例えば、1つまたは複数のAAVベクター)が充填され、かつポンプに取り付けられたシリンジに接続されてもよい。いずれの空気も除去するためのシステムの適切なプライミングの後、次いで可視化(手術用顕微鏡、内視鏡、及び/または遠位端カメラ)の下で針を中耳に通してもよい。針(またはマイクロニードル)を使用して、RWMを穿刺してもよい。針は、ストッパーがRWMに接触するまで挿入されてもよい。次いでデバイスは、選択された継続時間にわたって、本明細書に開示される組成物が制御された流量で内耳に送達される間、その位置に保持されてもよい。一部の態様では、流量(または注入速度)は、約30μL/分、または約25μL/分~約35μL/分、または約20μL/分~約40μL/分、または約20μL/分~約70μL/分、または約20μL/分~約90μL/分、または約20μL/分~約100μL/分の速度を含んでもよい。一部の態様では、流量は、約20μL/分、約30μL/分、約40μL/分、約50μL/分、約60μL/分、約70μL/分、約80μL/分、約90μL/分、または約100μL/分である。一部の態様では、選択された継続時間(つまり、本明細書に開示される組成物が流れている時間)は、約3分間、または約2.5分間~約3.5分間、または約2分間~約4分間、または約1.5分間~約4.5分間、または約1分間~約5分間であり得る。一部の態様では、内耳に流れる本明細書に開示される組成物の総容量は、約0.09mL、または約0.08mL~約0.10mL、または約0.07mL~約0.11mLであり得る。一部の態様では、本明細書に開示される組成物の総容量は、内耳の容積の約40%~約50%に等しい。
【0570】
ひとたび送達が完了すると、デバイスは除去されてもよい。一部の態様では、本明細書に記載のデバイスは、単回使用の使い捨て製品として構成されてもよい。他の態様では、本明細書に記載のデバイスは、例えば、交換可能及び/または滅菌可能な針サブアセンブリを備えた、複数回使用の滅菌可能な製品として構成されてもよい。単回使用デバイスは、投与が完了した後、適切に破棄され得る(例えば、バイオハザード鋭利物容器において)。
【0571】
一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、1つまたは複数のrAAV構築物を含む。一部の態様では、1つよりも多くのrAAV構築物が組成物中に含まれる場合、rAAV構築物は各々異なる。一部の態様では、rAAV構築物は、例えば本明細書に記載される、抗VEGFコード領域を含む。一部の態様では、組成物は、本明細書に記載のAAV構築物を含むrAAV粒子を含む。一部の態様では、rAAV粒子は、Anc80カプシド(例えば、Anc80L65カプシド)によってカプシド形成される。一部の態様では、Anc80カプシドは、配列番号44のポリペプチドを含む。
【0572】
一部の態様では、本明細書に開示される組成物は、手術手技により対象に投与することができる。一部の態様では、例えば手術手技を介した、投与は、本明細書に記載される送達デバイスを介して本明細書に開示される組成物を内耳に注射することを含む。一部の態様では、本明細書に開示される手術手技は、経外耳道的鼓膜切開術を実施することと、レーザーを利用した顕微鏡下アブミ骨手術(micro-stapedotomy)を実施することと、本明細書に記載される送達デバイスを介して本明細書に開示される組成物を内耳に注射することとを含む。
【0573】
一部の態様では、手術手技は、経外耳道的鼓膜切開術を実施することと、レーザーを利用した顕微鏡下アブミ骨手術を実施することと、本明細書に記載される送達デバイスを介して本明細書に開示される組成物を内耳に注射することと、対象の正円窓及び/または卵円窓の周りにシーラントを適用することと、対象の外耳道鼓膜弁を解剖学的位置に下げることとを含む。
【0574】
一部の態様では、手術手技は、経外耳道的鼓膜切開術を実施することと、対象の正円窓を準備することと、レーザーを利用した顕微鏡下アブミ骨手術を実施することと、内耳への送達のために本明細書に記載される送達デバイス及び本明細書に開示される組成物の両方を準備することと、送達デバイスを介して本明細書に開示される組成物を内耳に注射することと、対象の正円窓及び/または卵円窓の周りにシーラントを適用することと、対象の外耳道鼓膜弁を解剖学的位置に下げることとを含む。
【0575】
一部の態様では、レーザーを利用した顕微鏡下アブミ骨手術を実施することは、KTP耳科レーザー及び/またはCO2耳科レーザーを使用することを含む。
【0576】
別の例として、本明細書に開示される組成物は、蝸牛内投与経路のために特別に設計されたデバイス及び/またはシステムを使用して投与される。一部の態様では、本明細書に記載のデバイスの設計要素は、注射流体の滅菌状態の維持、内耳に導入される気泡の最小化、小容量を制御された速度で正確に送達する能力、外科医による外耳道を介した送達、正円窓膜(RWM)への、もしくは内耳、例えば、RWMを超えた蝸牛構造への損傷の最小化、及び/または注射流体のRWMを通した逆漏出の最小化を含んでもよい。
【0577】
本明細書で提供されるデバイス、システム、及び方法はまた、例えば本明細書に記載される聴覚障害を含むがこれらに限定されない、本明細書に開示される組成物の内耳への送達が有益であろう病態及び障害を治療するために、組成物を内耳に安全かつ効率的に送達する可能性についても記載する。別の例として、アブミ骨底板に通気孔を設けること及びRWMを通して注射することによって、本明細書に開示される組成物は、作用部位における希釈を最小化しながら蝸牛全体にわたって分散させられる。記載されるデバイスの開発は、ヒトにおいて外耳道を通して外科的投与手順が実施されることを可能にする。記載されるデバイスは、ある量の流体を蝸牛の外リンパに注入した後に耳から除去することができる。対象において、デバイスは、外科用顕微鏡制御下でまたは内視鏡とともにのいずれかで、外耳道を通して前進させてもよい。
【0578】
本明細書に開示される方法のうちのいずれかにおいて使用するための例示的なデバイスが、図2~5に記載される。図2は、流体を内耳に送達するための例示的なデバイス10を図示する。デバイス10は、ローレットハンドル12、及び伸縮式ハイポチューブ針支持体24に連結する遠位ハンドル接着剤14(例えば、Loctite 4014等のエポキシ)を含む。ローレットハンドル12(またはハンドル部分)は、グリップを強化するためのローレット機構及び/または溝を含んでもよい。ローレットハンドル12(またはハンドル部分)は、約5mm~約15mmの厚さ、または約5mm~約12mmの厚さ、または約6mm~約10mmの厚さ、または約6mm~約9mmの厚さ、または約7mm~約8mmの厚さであり得る。ローレットハンドル12(またはハンドル部分)は、使用中に流体がデバイス10を通過し得るように中空であり得る。デバイス10はまた、ローレットハンドル12の近位端18における近位ハンドル接着剤16、デバイス10の遠位端20におけるストッパー28(図3に示される)を有する針サブアセンブリ26(図2に示される)、及びひずみ緩和機構22を含んでもよい。ひずみ緩和機構22は、Santoprene材料、Pebax材料、ポリウレタン材料、シリコーン材料、ナイロン材料、及び/または熱可塑性エラストマーから構成されてもよい。伸縮式ハイポチューブ針支持体24は、その中に配設された屈曲針38(図2に示される)を取り囲み、支持する。
【0579】
なおも図2~3を参照しながら、ストッパー28(図3に示される)は、熱可塑性材料またはプラスチックポリマー(UV硬化ポリマー等)、ならびに他の好適な材料から構成されてもよく、屈曲針38が外耳道のあまりにも奥まで挿入されるのを防止するために(例えば、側壁または他の内耳構造への屈曲針38の挿入を防止するために)使用されてもよい。デバイス10はまた、ローレットハンドル12と、伸縮式ハイポチューブ針支持体24に連結された遠位ハンドル接着剤14との間に配設されたテーパー部分23を含んでもよい。ローレットハンドル12(またはハンドル部分)は、ハンドル部分12の遠位端にテーパー部分23を含んでもよい。デバイス10はまた、デバイス10の近位端16に流体接続されたチューブ36を含んでもよく、デバイスを上流構成要素(例えば、一部の態様では、制御システム及び/または電源(図示せず)に連結され得るポンプ、シリンジ、及び/または上流構成要素)に接続する流体入口ラインとして機能する。一部の態様では、屈曲針38(図3に示される)は、遠位端20から、伸縮式ハイポチューブ針支持体24を通して、テーパー部分23を通して、ローレットハンドル12を通して、及びひずみ緩和機構22を通して延在し、チューブ36に直接流体接続する。他の態様では、屈曲針38は、ローレットハンドルの中空の内部と流体接続し(例えば、伸縮式ハイポチューブ針支持体24を介して)、これが次いで近位端16にてチューブ36と流体接続する。屈曲針38がデバイス10の内部全体にわたって延在しない態様では、接触領域(例えば、重なり合った入れ子式のハイポチューブ42A~C間(図4に示される)、許容差、及び/または接合している構成要素間のシーラントは、治療用流体がデバイス10(これは、比較的低い圧力(例えば、約1パスカル~約50Pa、または約2Pa~約20Pa、または約3Pa~約10Pa)で動作する)から漏出するのを防止するのに十分でなければならない。
【0580】
図3は、本開示の態様の態様による、屈曲針サブアセンブリ26の側面図を図示する。屈曲針サブアセンブリ26は、屈曲部分32を有する針38を含む。屈曲針サブアセンブリ26はまた、屈曲部分32に連結されたストッパー28を含んでもよい。屈曲部分32は、デバイス10の遠位端20に、耳の膜(例えば、RWM)を穿孔するための斜めになった先端34を含む。針38、屈曲部分32、及び斜めになった頂部34は、流体がそれを通って流れ得るように中空である。屈曲部分32の角度46(図5に示されるような)は異なり得る。ストッパー28の幾何学形状は、円筒形、円盤形、環状形、ドーム形、及び/または他の好適な形状であり得る。ストッパー28は、屈曲部分32上の所定の位置に成形され得る。例えば、ストッパー28は、接着剤または圧縮継手を使用して、屈曲部分32の周りに同心円状に位置付けられ得る。接着剤の例としては、UV硬化接着剤(Dymax 203A-CTH-F-T等)、エラストマー接着剤、熱硬化接着剤(エポキシまたはポリウレタン等)、またはエマルション接着剤(ポリ酢酸ビニル等)が挙げられる。ストッパー28は、斜めになった先端34が所望の挿入深さで耳に挿入されるように、屈曲部分32の周りに同心円状に適合する。屈曲針38は、逐次成形、ならびに他の好適な技法を使用して、まっすぐな針から形成され得る。
【0581】
図4は、流体を内耳に送達するための例示的なデバイス10の透視図を図示する。チューブ36は、長さが約1300mm(図4において寸法11)~約1600mm、または約1400mm~約1500mm、または約1430mm~約1450mmであり得る。ひずみ緩和機構22は、長さが約25mm~約30mm(図4において寸法15)、または長さが約20mm~約35mmであり得る。ハンドル12は、長さが約155.4mm(図4において寸法13)、または約150mm~約160mm、または約140mm~約170mmであり得る。伸縮式ハイポチューブ針支持体24は、2つ以上の入れ子式ハイポチューブ、例えば、3つの入れ子式ハイポチューブ42A、42B、及び42C、または4つの入れ子式ハイポチューブ42A、42B、42C、及び42Dを有してもよい。ハイポチューブ42A、42B、42C及び先端アセンブリ26(図4において寸法17)の全長は、約25mm~約45mm、または約30mm~約40mm、または約35mmであり得る。さらに、伸縮式ハイポチューブ針支持体24は、約36mm、または約25mm~約45mmの長さを有してもよく、または約30mm~約40mmを形成してもよい。3つの入れ子式ハイポチューブ42A、42B、及び42Cは各々、それぞれ3.5mm、8.0mm、及び19.8mm、プラスまたはマイナス約20%の長さを有してもよい。伸縮式ハイポチューブ針支持体24の最も内側の入れ子式ハイポチューブ(または最も狭い部分)は、針38の周りに同心円状に配設されてもよい。
【0582】
図5は、本開示の態様の態様による、デバイス10の遠位端20に連結された屈曲針サブアセンブリ26の透視図を図示する。図5に示されるように、屈曲針サブアセンブリ26は、屈曲部分32に連結された針38を含んでもよい。他の態様では、屈曲針38は、単一の針(例えば、所望の角度46を含むように次いで屈曲されるまっすぐな針)であり得る。針38は、33ゲージの針であってもよいし、または約32~約34、もしくは約31~35のゲージを含んでもよい。より細いゲージでは、チューブ36がねじれたり損傷したりしないように注意を払わなければならない。針38は、内耳への針38の安全かつ正確な配置のためにハンドル12に取り付けてられてもよい。図5に示されるように、屈曲針サブアセンブリ26はまた、屈曲部分32の周りに配設されたストッパー28を含んでもよい。図5はまた、屈曲部分32が、耳の膜(例えば、RWM)を穿孔するための斜めになった先端34を含んでもよいことを示す。ストッパー28は、約0.5mm、または約0.4mm~約0.6mm、または約0.3mm~約0.7mmの高さ48を有してもよい。屈曲部分32は、約1.45mm、または約1.35mm~約1.55mm、または約1.2mm~約1.7mmの長さ52を有してもよい。他の態様では、屈曲部分32は、ストッパー28の遠位端と斜めになった先端34の遠位端との間の距離が、約0.5mm~約1.7mm、または約0.6mm~約1.5mm、または約0.7mm~約1.3mm、または約0.8mm~約1.2mmであるように、2.0mm超の長さを有してもよい。図5は、ストッパー28が円筒形、円盤形、及び/またはドーム形である幾何学形状を有してもよいことを示す。当業者であれば、他の幾何学形状が使用され得ることを理解しよう。
【0583】
難聴及び回復の評価
一部の態様では、聴覚機能は、聴性脳幹反応測定(ABR)を使用して判定される。一部の態様では、聴力は、歪成分耳音響放射(DPOAE)を測定することによって試験される。一部のかかる態様では、測定は、対象の一方または両方の耳から行われる。一部のかかる態様では、記録が、同じ対象についての以前の記録及び/または、例えば、正常な聴力として定義される許容される聴力範囲と対比した難聴を定義するために使用される、かかる反応測定値に関する既知の閾値と比較される。一部の態様では、対象は、任意の治療を受ける前に記録されたABR及び/またはDPOAE測定を有する。一部の態様では、本明細書に記載の1つまたは複数の技術で治療される対象は、治療前と比較して、治療後のABR及び/またはDPOAE測定の改善を有する。一部の態様では、ABR及び/またはDPOAE測定は、治療が施与された後に、及び治療後の定期的な経過観察間隔で行われる。
【0584】
一部の態様では、聴覚機能は、発話パターン認識を使用して判定されるか、または発話療法士によって判定される。一部の態様では、聴覚機能は、純音試験によって判定される。一部の態様では、聴覚機能は、骨伝導試験によって判定される。一部の態様では、聴覚機能は、聴音反射試験によって判定される。一部の態様では、聴覚機能は、ティンパノメトリーによって判定される。一部の態様では、聴覚機能は、当該技術分野で既知の聴力分析の任意の組み合わせによって判定される。一部のかかる態様では、測定は、全体的に、及び/または対象の一方もしくは両方の耳から行われる。一部のかかる態様では、記録及び/または専門的な分析が、同じ対象についての以前の記録及び/または分析、及び/または、例えば、正常な聴力として定義される許容される聴力範囲と対比した難聴を定義するために使用される、かかる反応測定値に関する既知の閾値と比較される。一部の態様では、対象は、任意の治療を受ける前に実施される、発話パターン認識、純音試験、骨伝導試験、聴音反射試験、及び/またはティンパノメトリー測定及び/または分析を有する。一部の態様では、本明細書に記載の1つまたは複数の技術で治療される対象は、治療前と比較して、治療後の発話パターン認識、純音試験、骨伝導試験、聴音反射試験、及び/またはティンパノメトリー測定の改善を有する。一部の態様では、発話パターン認識、純音試験、骨伝導試験、聴音反射試験、及び/またはティンパノメトリー測定は、治療が施与された後に、及び治療後の定期的な経過観察間隔で行われる。
【0585】
生産方法
AAV系は一般に、当該技術分野で周知されている(例えば、Kelleher and Vos,Biotechniques,17(6):1110-17(1994)、Cotten et al.,P.N.A.S.U.S.A.,89(13):6094-98(1992)、Curiel,Nat Immun,13(2-3):141-64(1994)、Muzyczka,Curr Top Microbiol Immunol,158:97-129(1992)、及びAsokan A,et al.,Mol.Ther.,20(4):699-708(2012)を参照されたく、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される)。AAV構築物の生成方法及び使用方法は、例えば、米国特許第5,139,941号、同第4,797,368号、及びPCT出願US2019/060328に記載され、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0586】
ウイルス構築物を得るための方法は、当該技術分野で知られている。例えば、AAV構築物を生産するために、該方法は典型的には、AAVカプシドタンパク質もしくはその断片をコードする核酸配列、機能的rep遺伝子、AAV逆位末端反復配列(ITR)及びコード配列から構成される組換えAAV構築物、及び/または組換えAAV構築物のAAVカプシドタンパク質へのパッケージングを可能にするのに十分なヘルパー機能を含有する、宿主細胞を培養することを伴う。
【0587】
一部の態様では、AAV構築物をAAVカプシドにパッケージングするために宿主細胞において培養される構成要素は、宿主細胞にトランスに提供され得る。代替として、任意の1つまたは複数の構成要素(例えば、組換えAAV構築物、rep配列、cap配列、及び/またはヘルパー機能)は、当業者に既知の方法を使用して1つまたは複数のかかる構成要素を含有するように操作された安定な宿主細胞によって提供され得る。一部の態様では、かかる安定な宿主細胞は、誘導性プロモーターの制御下でかかる構成要素(複数可)を含有する。一部の態様では、かかる構成要素(複数可)は、構成的プロモーターの制御下にあってもよい。一部の態様では、選択された安定な宿主細胞は、構成的プロモーターの制御下にある選択された構成要素(複数可)及び1つまたは複数の誘導性プロモーターの制御下にある他の選択された構成要素(複数可)を含有してもよい。例えば、HEK293細胞(構成的プロモーターの制御下でE1ヘルパー機能を含有する)に由来するが、誘導性プロモーターの制御下でrep及び/またはcapタンパク質を含有する、安定な宿主細胞が生成されてもよい。他の安定な宿主細胞が、通例の方法を使用して当業者によって生成されてもよい。
【0588】
本開示のAAVの生産に必要とされる組換えAAV構築物、rep配列、cap配列、及びヘルパー機能は、任意の適切な遺伝子要素(例えば、構築物)を使用してパッケージング宿主細胞に送達されてもよい。選択された遺伝子要素は、当該技術分野で既知の、例えば、核酸操作の当業者に既知の任意の好適な方法によって送達されてもよく、遺伝子工学、組換え工学、及び合成技法を含む(例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,N.Y.を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。同様に、AAV粒子の生成方法は周知されており、任意の好適な方法を本開示とともに使用することができる(例えば、K.Fisher et al.,J.Virol.,70:520-532(1993)及び米国特許第5,478,745号を参照されたく、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される)。
【0589】
一部の態様では、組換えAAVは、トリプルトランスフェクション法を使用して生産されてもよい(例えば、米国特許第6,001,650号に記載されるように(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される))。一部の態様では、組換えAAVは、宿主細胞を、AAV粒子にパッケージングされる組換えAAV構築物(コード配列を含む)、AAVヘルパー機能構築物、及びアクセサリー機能構築物でトランスフェクトすることによって生産される。AAVヘルパー機能構築物は、AAVの生産的な複製及びカプシド形成のためにトランスに機能する「AAVヘルパー機能」配列(すなわち、rep及びcap)をコードする。一部の態様では、AAVヘルパー機能構築物は、いずれの検出可能な野生型AAV粒子(すなわち、機能的rep及びcap遺伝子を含有するAAV粒子)も生成することなく、AAV構築物の効率的な生産を支持する。本開示とともに使用するのに好適な構築物の非限定的な例としては、pHLP19(例えば、米国特許第6,001,650号を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)及びpRep6cap6構築物(例えば、米国特許第6,156,303号を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)が挙げられる。アクセサリー機能構築物は、複製のためにAAVが依存する非AAV由来のウイルス及び/または細胞機能(すなわち、「アクセサリー機能」)に対するヌクレオチド配列をコードする。アクセサリー機能には、限定されないが、AAV遺伝子転写の活性化、段階特異的なAAV mRNAスプライシング、AAV DNA複製、cap発現産物の合成、及びAAVカプシドアセンブリに関与する部分を含む、AAVの複製に必要とされる機能が含まれ得る。ウイルスに基づくアクセサリー機能は、アデノウイルス、ヘルペスウイルス(単純ヘルペスウイルス1型以外)、及びワクシニアウイルス等の任意の既知のヘルパーウイルスに由来し得る。
【0590】
対象への送達に好適なAAVウイルス構築物を生成し、単離するための追加の方法は、例えば、米国特許第7,790,449号、米国特許第7,282,199号、WO2003/042397、WO2005/033321、WO2006/110689、及び米国特許第7,588,772号に記載され、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される。1つの系において、プロデューサー細胞株が、ITRによって挟まれたコード配列をコードする構築物ならびにrep及びcapをコードする構築物(複数可)により一過性でトランスフェクトされる。別の系において、rep及びcapを安定に供給するパッケージング細胞株が、ITRによって挟まれたコード配列をコードする構築物により一過性でトランスフェクトされる。これらの系の各々において、AAV粒子がヘルパーアデノウイルスまたはヘルペスウイルスでの感染に応答して生産され、AAVが混入ウイルスから分離される。他の系は、AAVを回収するのにヘルパーウイルスでの感染を必要とせず、すなわち、ヘルパー機能(すなわち、アデノウイルスE1、E2a、VA、及びE4またはヘルペスウイルスUL5、UL8、UL52、及びUL29、ならびにヘルペスウイルスポリメラーゼ)もまた、この系によってトランスに供給される。かかる系において、ヘルパー機能は、ヘルパー機能をコードする構築物での細胞の一過性トランスフェクションによって供給され得るか、または細胞は、ヘルパー機能をコードする遺伝子を安定に含有するように操作され得、この遺伝子の発現が転写または転写後レベルで制御され得る。
【0591】
一部の態様では、精製後のウイルス構築物の力価が決定される。一部の態様では、力価は、定量的PCRを使用して決定される。ある特定の態様では、構築物のレベルを決定するために、構築物に特異的なTaqManプローブが利用される。ある特定の態様では、TaqManプローブは、配列番号42によって表される一方で、順方向及び逆方向増幅プライマーは、それぞれ配列番号43及び44によって例示される。
構築物の定量のための例示的なTaqmanプローブ(配列番号42)
/56-FAM/TCTGGCTCA/ZEN/CCGTCCTCTTCATTT/3IABkFQ/
構築物の定量のための例示的な順方向qPCRプライマー(配列番号43)
CAAACACTCCACCAGCATTG
構築物の定量のための例示的な逆方向qPCRプライマー(配列番号44)
CAGCCACAACGAGGATCATA
【0592】
本明細書に記載されるように、一部の態様では、本開示のウイルス構築物は、アデノ随伴ウイルス(AAV)構築物である。AAV1、AAV2、AAV3(例えば、AAV3B)、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、及びAAV Anc80、ならびにそれらのバリアントを含めた、いくつかのAAV血清型が特性評価されている。一部の態様では、AAV粒子は、AAV2/6、AAV2/8、AAV2/9、またはAAV2/Anc80粒子(例えば、AAV6、AAV8、AAV9、またはAnc80カプシド(例えば、Anc80L65カプシド)を有するもの、及びAAV2 ITRを有する構築物)である。他のAAV粒子及び構築物が、例えば、Sharma et al.,Brain Res Bull.2010 Feb 15;81(2-3):273に記載される(同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。一般に、本明細書に記載のコード配列を送達するために、いずれのAAV血清型を使用してもよい。しかしながら、血清型は異なる指向性を有し、例えば、それらは異なる組織に優先的に感染する。一部の態様では、AAV構築物は、自己相補的AAV構築物である。
【0593】
本開示は、とりわけ、AAVに基づく構築物を作製する方法を提供する。一部の態様では、かかる方法は、宿主細胞の使用を含む。一部の態様では、宿主細胞は、哺乳類細胞である。宿主細胞は、AAVヘルパー構築物、AAVミニ遺伝子プラスミド、アクセサリー機能構築物、及び/または組換えAAVの生産に関連する他の転移DNAのレシピエントとして使用されてもよい。この用語は、トランスフェクトされた元の細胞の子孫を含む。故に、本明細書で使用される「宿主細胞」とは、外因性DNA配列でトランスフェクトされた細胞を指し得る。単一の親細胞の子孫は、天然の、偶発的、または意図的な変異に起因して、形態またはゲノムもしくは全DNA相補配列が元の親と必ずしも完全に同一とは限らないことを理解されたい。
【0594】
対象への送達に好適なAAV粒子を生成し、単離するための追加の方法は、例えば、米国特許第7,790,449号、米国特許第7,282,199号、WO2003/042397、WO2005/033321、WO2006/110689、及び米国特許第7,588,772号に記載され、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される。1つの系において、プロデューサー細胞株が、ITRによって挟まれたコード配列をコードする構築物ならびにrep及びcapをコードする構築物(複数可)により一過性でトランスフェクトされる。別の系において、rep及びcapを安定に供給するパッケージング細胞株が、ITRによって挟まれたコード配列をコードする構築物により一過性でトランスフェクトされる。これらの系の各々において、AAV粒子がヘルパーアデノウイルスまたはヘルペスウイルスでの感染に応答して生産され、AAV粒子が混入ウイルスから分離される。他の系は、AAV粒子を回収するのにヘルパーウイルスでの感染を必要とせず、すなわち、ヘルパー機能(すなわち、アデノウイルスE1、E2a、VA、及びE4またはヘルペスウイルスUL5、UL8、UL52、及びUL29、ならびにヘルペスウイルスポリメラーゼ)もまた、この系によってトランスに供給される。かかる系において、ヘルパー機能は、ヘルパー機能をコードする構築物での細胞の一過性トランスフェクションによって供給され得るか、または細胞は、ヘルパー機能をコードする遺伝子を安定に含有するように操作され得、この遺伝子の発現が転写または転写後レベルで制御され得る。
【0595】
なおも別の系においては、ITRによって挟まれたコード配列及びrep/cap遺伝子が、バキュロウイルスに基づく構築物での感染によって宿主細胞に導入される。かかる生産システムは当該技術分野で知られている(全般的に、例えば、Zhang et al.,2009,Human Gene Therapy 20:922-929を参照されたく、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される)。これら及び他のAAV生産系の作製方法及び使用方法もまた、米国特許第5,139,941号、同第5,741,683号、同第6,057,152号、同第6,204,059号、同第6,268,213号、同第6,491,907号、同第6,660,514号、同第6,951,753号、同第7,094,604号、同第7,172,893号、同第7,201,898号、同第7,229,823号、及び同第7,439,065号に記載され、同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【実施例
【0596】
本開示は、以下の実施例を参照することによりさらに詳述される。これらの実施例は、例示説明の目的で提供されるにすぎず、別途明記されない限り、限定することを意図するものではない。故に、本開示は、決して以下の実施例に限定されるものとして解釈されるべきでなく、むしろ、本明細書に提供される教示の結果として明白となる、ありとあらゆる変形形態を包含するように解釈されるできである。
【0597】
当業者は、前述の説明及び以下の実施例、ならびに当該技術分野で既知のものを使用して、本開示の技術を作製及び利用することができると考えられる。
【0598】
実施例1:タンパク質生産のインビトロ実証実験
この実施例は、インビトロで増殖させた哺乳類細胞におけるhKCNQ4遺伝子を発現するプラスミドの導入、調節、及び発現分析に関する。
【0599】
HEK293細胞にトランスフェクトされたプラスミドからのKCNQ4タンパク質発現を実証するために実験を実施した。プレスチン-KCNQ4-FLAG(配列番号3のプロモーターを含む)、オンコモジュリン-KCNQ4-FLAG(配列番号24)、CMV.KCNQ4.mscarlet(配列番号49)、またはCAG-GFP(配列番号50)を含む500ngのプラスミド。細胞を48時間後に採取した。FLAG染色から明らかであるように、各構築物がKCNQ4を発現することが可能であったことがウェスタンブロット解析により示される(図1A)。
【0600】
次に、DNM3p-KCNQ4.FLAG(配列番号28)、STRIP2p-KCNQ4.FLAG(配列番号32)、MUC15p-KCNQ4.FLAG(配列番号29)、PLBD1p-KCNQ4.FLAG(配列番号30)、RORBp-KCNQ4.FLAG(配列番号31)、CHRNA10p-KCNQ4.FLAG(配列番号27)、sPrestinp-KCNQ4.FLAG(配列番号26)、OCMp-KCNQ4.FLAG(配列番号24)、またはCMV.hsaKCNQ4.mscarlet(配列番号49)を含む400ngのプラスミド。細胞を48時間後に採取した。FLAG染色から明らかであるように、各構築物がKCNQ4を発現することが可能であったことがウェスタンブロット解析により示される(図1B)。
【0601】
AQP11p.KCNQ4.FLAG(配列番号33)、KCNQ4p-KCNQ4.FLAG(配列番号34)、LBHp-KCNQ4.FLAG(配列番号35)、TUBA8p-KCNQ4.FLAG(配列番号37)、STRCp-KCNQ4.FLAG(配列番号36)、sPrestinp-KCNQ4.FLAG(配列番号26)、OCMp-KCNQ4.FLAG(配列番号24)、CMV.hsa-KCNQ4.FLAG、またはCMV.hsa.KCNQ4.mscarlet(配列番号49)を含む400ngのプラスミド。細胞を48時間後に採取した。FLAG染色から明らかであるように、各構築物がKCNQ4を発現することが可能であったことがウェスタンブロット解析により示される(図1C)。
【0602】
実施例2:変異マウスにおけるKCNQ4発現のインビボ実証実験
この実施例は、外有毛細胞特異的プロモーターの制御下にあるKCNQ4タンパク質をコードするrAAV構築物の導入及び発現分析に関する。
【0603】
ヒトにおける既知の病的バリアントを模倣するKcnq4における優性阻害性変異を保有する、新生児Kcnq4dn/+(ノックイン[KI])マウスにおける有毛細胞及び聴覚機能の保存を実証するために実験を実施した。KCNQ4タンパク質は、ヘテロ接合型KIマウス及びホモ接合型KIマウスの両方において本質的に検出不可能である。AAVAnc80ベクターは、外有毛細胞特異的プロモーター(例えば、プレスチンまたはオンコモジュリン)の制御下にある、ヒトコドン改変KCNQ4(hKCNQ4CM)をコードする遺伝子を送達することが意図される。例示的な構築物は、5’ITR、外有毛細胞特異的プロモーター(例えば、sPrestin)、5’UTR、KCNQ4コード領域、エピトープタグ(例えば、3×FLAG)、ポリアデニル化シグナル(例えば、BGH)、及び3’ITRを含み得る。
【0604】
配列番号26の構築物を含むrAAVAnc80粒子を、8.0E9vg/蝸牛で生後2日の新生児KIマウスの蝸牛に投与した。試料を生後30日で採取し、ファロイジン(図6A)及びKCNQ4に対する抗体(図6B)で染色した。これはOHCにおけるKCNQ4染色を示した。図6Cは、16キロヘルツの周波数を受容することができる蝸牛の領域の拡大図を示し、OHCにおけるKCNQ4染色がさらに示される。
図1A
図1B
図1C
図2
図3
図4
図5
図6
【配列表】
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【国際調査報告】