(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-18
(54)【発明の名称】エボラ偽型ベクター及びその使用方法
(51)【国際特許分類】
C12N 7/01 20060101AFI20241010BHJP
C12N 15/40 20060101ALI20241010BHJP
C12N 15/867 20060101ALI20241010BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20241010BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20241010BHJP
C07K 19/00 20060101ALI20241010BHJP
C07K 14/08 20060101ALI20241010BHJP
C07K 16/00 20060101ALI20241010BHJP
C12N 15/62 20060101ALI20241010BHJP
C07K 14/73 20060101ALI20241010BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20241010BHJP
C12N 5/0783 20100101ALI20241010BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20241010BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20241010BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20241010BHJP
A61K 35/12 20150101ALI20241010BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20241010BHJP
【FI】
C12N7/01 ZNA
C12N15/40
C12N15/867 Z
C12N15/12
C12N15/13
C07K19/00
C07K14/08
C07K16/00
C12N15/62 Z
C07K14/73
C12N5/10
C12N5/0783
A61P35/00
A61P35/02
A61K48/00
A61K35/12
A61K35/76
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024522680
(86)(22)【出願日】2022-10-14
(85)【翻訳文提出日】2024-05-10
(86)【国際出願番号】 US2022078092
(87)【国際公開番号】W WO2023064884
(87)【国際公開日】2023-04-20
(32)【優先日】2021-10-15
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524141809
【氏名又は名称】インテリウス・バイオセラピューティクス・インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100127926
【氏名又は名称】結田 純次
(74)【代理人】
【識別番号】100216105
【氏名又は名称】守安 智
(72)【発明者】
【氏名】フィリップ・アール・ジョンソン
(72)【発明者】
【氏名】リチャード・ダブリュ・ペルーソ
(72)【発明者】
【氏名】ロニー・エム・ラッセル
(72)【発明者】
【氏名】ブルース・シー・シュネップ
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B065AA90X
4B065AA90Y
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4B065AA95Y
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4H045AA10
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4H045DA76
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4H045FA74
(57)【要約】
本実施形態は、ウイルスベクターを偽型化するための方法及び組成物を提供する。また、ウイルス糖タンパク質に融合した標的部分を作成するための方法及び組成物も提供される。また、本明細書では、本明細書で提供される組成物を使用して、疾患の治療を必要とする対象の疾患を治療する方法も提供される。本明細書で提供される組成物を使用して、目的の分子を標的細胞に送達する方法も提供される。
【選択図】
図1A
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下を含む操作されたウイルス粒子:
i.組換えエボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープ;及び
ii.目的のポリペプチドをコードする核酸分子。
【請求項2】
前記標的部分が前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、請求項1に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項3】
前記ウイルス粒子がレンチウイルスである、請求項1または2のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項4】
前記ウイルス粒子が前記組換えエボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、請求項1~3のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項5】
前記偽型化されたウイルス粒子が偽型化されたレンチウイルスである、請求項4に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項6】
前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、欠失、突然変異、挿入、またはそれらの任意の組み合わせを含む配列を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項7】
前記欠失が、グリカンキャップアミノ酸配列、ムチン様ドメイン(MLD)アミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせのアミノ酸欠失を含む、請求項6に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項8】
前記欠失がグリカンキャップアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、請求項6または7のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項9】
前記欠失がMLDアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、請求項6または7のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項10】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、請求項6~9のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項11】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、または232~306からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列の欠失を含む、請求項6~10のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項12】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置305~484、または305~497からの、またはそれらの間のMLDアミノ酸配列の欠失を含む、請求項6~10のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項13】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、請求項6~10のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項14】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む、請求項6~13のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項15】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸欠失を含む、請求項6~14のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項16】
前記突然変異が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに、標的部分アミノ酸配列の挿入を含む、請求項6に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項17】
前記突然変異が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸挿入を含む、請求項6または16のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項18】
前記突然変異が以下を含む、請求項6または16~17のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子:
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306からの、または位置213~306の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置305~484からの、または位置305~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~484からの、または位置213~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~497からの、または位置213~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;または
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置232~497からの、または位置232~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること。
【請求項19】
前記標的部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項1~18のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項20】
前記標的部分が、ペプチドリンカーなどのリンカーを介して前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、請求項1~19のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項21】
前記リンカーが、配列番号3または配列番号4のアミノ酸配列を含む、請求項20に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項22】
前記標的部分が、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される、請求項1~21のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項23】
前記標的部分がCD8結合部分である、請求項1~22のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項24】
前記CD8結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項23に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項25】
前記CD8結合部分が、抗CD8 DARPinである、請求項23または24のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項26】
前記抗CD8 DARPinが配列番号2に記載のアミノ酸配列を含む、請求項25に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項27】
前記標的部分がCD7結合部分である、請求項1~22のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項28】
前記CD7結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項27に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項29】
前記CD7結合部分が抗CD7 DARPinである、請求項27または28のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項30】
以下を含む操作されたウイルス粒子:
i.標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質と、gag-polタンパク質とを含む操作されたエンベロープであって、標的部分に融合または連結された前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、または配列番号9のアミノ酸配列を含む、前記操作されたエンベロープ;及び
ii.目的のポリペプチドをコードする核酸分子。
【請求項31】
前記ウイルス粒子がレンチウイルスである、請求項30に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項32】
前記レンチウイルスが前記エボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、請求項30または31のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項33】
前記目的のポリペプチドがキメラ抗原受容体(CAR)、抗原、酵素、ヘモグロビンβ鎖などのタンパク質である、請求項1~32のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子。
【請求項34】
エボラウイルス糖タンパク質に融合または連結された標的部分を、前記グリカンキャップ、及び/または前記エボラウイルス糖タンパク質の前記MLDの代わりに含むポリペプチド分子。
【請求項35】
前記標的部分が、ペプチドリンカーなどのリンカーを介して前記エボラウイルス糖タンパク質に融合または連結されている、請求権34に記載のポリペプチド。
【請求項36】
前記リンカーがグリシン/セリンリンカーである、請求項34または35のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項37】
前記リンカーが配列番号3または配列番号4のアミノ酸配列を含む、請求項34~36のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項38】
前記標的部分が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、及び232~497からの、またはそれらの間の位置で前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、請求項34~37のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項39】
前記標的部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項34~38のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項40】
前記標的部分が、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される、請求項34~39のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項41】
前記標的部分がCD8結合部分である、請求項34~40のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項42】
前記CD8結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項41に記載のポリペプチド。
【請求項43】
前記CD8結合部分が抗CD8 DARPinである、請求項37または38のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項44】
前記抗CD8 DARPinが配列番号2に記載のアミノ酸配列を含む、請求項39に記載のポリペプチド。
【請求項45】
前記標的部分がCD7結合部分である、請求項34~40のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項46】
前記CD7結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項45に記載のポリペプチド。
【請求項47】
前記CD7結合部分が抗CD7 DARPinである、請求項45または46のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項48】
ペプチドリンカーなどのリンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、または配列番号9のアミノ酸配列を含むポリペプチド分子。
【請求項49】
目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、前記方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が、
組換えエボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び前記標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープ;
前記目的の分子をコードする核酸分子を含み、
前記操作されたウイルス粒子の前記投与は、前記目的の分子をコードする前記核酸分子を前記細胞に送達する、前記方法。
【請求項50】
前記ウイルス粒子が前記エボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
前記偽型化ウイルス粒子が偽型化レンチウイルスである、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、欠失、突然変異、挿入、またはそれらの任意の組み合わせを含む配列を含む、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
前記欠失が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせのアミノ酸欠失を含む、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
前記欠失がグリカンキャップアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、請求項52または53のいずれか一項に記載の方法。
【請求項55】
前記欠失がMLDアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、請求項52~54のいずれか一項に記載の方法。
【請求項56】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、請求項52~55のいずれか一項に記載の方法。
【請求項57】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、または232~306からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列の欠失を含む、請求項52~56のいずれか一項に記載の方法。
【請求項58】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置305~484、または305~497からの、またはそれらの間のMLDアミノ酸配列の欠失を含む、請求項52~57のいずれか一項に記載の方法。
【請求項59】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、請求項52~58のいずれか一項に記載の方法。
【請求項60】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む、請求項52~59のいずれか一項に記載の方法。
【請求項61】
前記欠失が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸欠失を含む、請求項52~60のいずれか一項に記載の方法。
【請求項62】
前記突然変異が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む、請求項52に記載の方法。
【請求項63】
前記突然変異が、配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の前記グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせの代わりに標的部分アミノ酸配列を挿入することを含む、請求項52または62のいずれか一項に記載の方法。
【請求項64】
前記突然変異が以下を含む、請求項52または63のいずれか一項に記載の方法:
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~306からの、または位置213~306の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置305~484からの、または位置305~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~484からの、または位置213~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置213~497からの、または位置213~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;または
配列番号1のアミノ酸配列を含むポリペプチドと比較して、位置232~497からの、または位置232~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること。
【請求項65】
前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項52に記載の方法。
【請求項66】
目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、前記方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が、
標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質と、gag-polタンパク質とを含む操作されたエンベロープであって、前記標的部分に融合または連結された前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、または配列番号9のアミノ酸配列を含む、前記操作されたエンベロープ;及び
目的の分子をコードする核酸分子を含み、
前記操作されたウイルス粒子の前記投与は、前記目的の分子をコードする前記核酸分子を前記細胞に送達する、前記方法。
【請求項67】
前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
目的のペプチドを抗原提示細胞(「APC」)などの標的細胞に送達する方法であって、
標的細胞に結合するための請求項1~29のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子をAPCと接触させ、それによって前記目的のペプチドを前記APCに送達すること、を含む、前記方法。
【請求項69】
前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項68に記載の方法。
【請求項70】
請求項1~33のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子によってコードされる前記目的のポリペプチドを含む細胞。
【請求項71】
前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項70に記載の細胞。
【請求項72】
請求項70に記載の細胞を含む医薬組成物。
【請求項73】
細胞に結合した請求項1~33のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子を含む、医薬組成物などの組成物。
【請求項74】
前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項73に記載の組成物。
【請求項75】
前記細胞が単離された細胞である、請求項73または74のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項76】
請求項1~33のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子を含む医薬組成物。
【請求項77】
対象における疾患を治療する方法であって、前記方法は、請求項1~33のいずれか一項に記載の操作されたウイルス粒子を前記対象に投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が細胞内で前記目的のポリペプチドを発現する、前記方法。
【請求項78】
疾患が、がんなどの本特許請求の範囲に提供されるものである、請求項77に記載の方法。
【請求項79】
前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、請求項77または78に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
組換えウイルスベースのベクターは、宿主細胞への遺伝子送達の方法として使用されて来た。所望の適応免疫応答の誘導を通じて、発現された遺伝子産物は治療効果をもたらしている。しかし、安全で効果的なシステムを実現するには多くの課題がある。これらの課題には、所望の宿主細胞セットを標的とするベクターの設計、適切な送達システムの提供、効果的な免疫応答を誘発するための所望の抗原の発現、及び十分に力価の高い組換えウイルスベクターの医薬組成物の一貫した製造が含まれ、その結果、それは指定されたヒト対象集団全体にわたって広く利用できる。本開示は、これらのニーズだけでなく他のニーズも満たす。
【発明の概要】
【0002】
本明細書には、標的細胞への分子の送達を可能にする操作されたウイルス粒子、方法、組成物、及びポリペプチドが開示されている。本明細書に開示される実施形態は、参照によりこのセクションに組み込まれる。
【0003】
いくつかの実施形態において、組換えエボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープを含む操作されたウイルス粒子;及び目的のポリペプチドをコードする核酸が提供される。
【0004】
いくつかの実施形態において、標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質とgag-polタンパク質とを含む操作されたエンベロープを含む操作されたウイルス粒子であって、標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質は、配列番号5~9に記載のアミノ酸配列を有する、操作されたウイルス粒子、及び目的のポリペプチドをコードする核酸が提供される。
【0005】
いくつかの実施形態において、グリカンキャップ及び/またはエボラウイルス糖タンパク質のMLDの代わりにエボラウイルス糖タンパク質に融合または連結された標的部分を含むポリペプチド分子が提供される。
【0006】
いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーなどのリンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号5~9に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。
【0007】
いくつかの実施形態において、目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、操作されたウイルス粒子が、組換えエボラウイルス糖タンパク質を含む操作されたエンベロープ、またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するために操作された標的部分;目的の分子をコードする核酸を含み;及び操作されたウイルス粒子の投与により、目的の分子をコードする核酸分子が細胞に送達される、方法が提供される。
【0008】
いくつかの実施形態において、目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、操作されたウイルス粒子が、標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質を含む操作されたエンベロープ、及びgag-polタンパク質を含み、該標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質は、配列番号5~9に記載のアミノ酸配列、目的の分子をコードする核酸を有し、及び操作されたウイルス粒子の投与によって、目的の分子をコードする核酸分子を細胞に送達する、方法が提供される。
【0009】
いくつかの実施形態において、目的のペプチドを抗原提示細胞(「APC」)などの標的細胞に送達する方法であって、標的細胞に結合するために本明細書に提供される操作されたウイルス粒子をAPCと接触させ、それによって目的のペプチドをAPCに送達することを含む方法が提供される。
【0010】
いくつかの実施形態においては、対象における疾患を治療する方法であって、本明細書に提供される操作されたウイルス粒子を対象に投与することを含み、該操作されたウイルス粒子が細胞内で目的のポリペプチドを発現する、方法が提供される。
【図面の簡単な説明】
【0011】
【
図1A】mAb KZ52の認識部位を示す。mAb KZ52は、GP1/GP2にわたる立体配座の融合前エピトープを認識する。
【
図1B】さまざまなエボラGP構築物で偽型化されたeGFP保有レンチウイルスを産生するためにトランスフェクトされ、ウイルス採取時に染色され、eGFP導入遺伝子(x軸)及びエボラGP(y軸)の発現について分析されたHEK293T細胞を示す。
【
図2A】さまざまなエボラGP構築物で偽型化され、形質導入4日後にGFP及びCD8発現について分析されたレンチウイルスで形質導入されたCD8+SupT1細胞を示す。フローサイトメトリーの結果を示す。
【
図2B】さまざまなエボラGP構築物で偽型化され、形質導入4日後にGFP及びCD8発現について分析されたレンチウイルスで形質導入されたCD8+SupT1細胞を示す。
図2Aの定量化を示す。
【
図3A】さまざまなエボラGP構築物で偽型化され、形質導入4日後にGFP及びCD8発現について分析されたレンチウイルスで形質導入されたCD8-293T細胞を示す。フローサイトメトリーの結果を示す。
【
図3B】さまざまなエボラGP構築物で偽型化され、形質導入4日後にGFP及びCD8発現について分析されたレンチウイルスで形質導入されたCD8-293T細胞を示す。
図3Aの定量化を示す。
【発明を実施するための形態】
【0012】
他に定義しない限り、本明細書で使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有する。潜在的な曖昧さがある場合には、本明細書で提供される定義が辞書や外部定義よりも優先される。さらに、別段文脈によって要求されない限り、単数形の用語は複数形を含むものとし、複数形の用語は単数形を含むものとする。「または」の使用は、特に記載しない限り「及び/または」を意味する。さらに、「~を含む(including)」という用語、ならびに「~を含む(includes)」及び「~に含まれる(included)」などの他の形態の使用は、限定的ではない。
【0013】
本明細書において使用される、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈上、明らかに別段に解される場合を除き、複数の指示対象を含むことに留意されたい。したがって、例えば、「細胞(a cell)」への言及は、1以上の細胞及び当業者に既知のそれらの均等物への言及を含む等である。
【0014】
本明細書で使用される「約」という用語は、それが使用される数値のプラスまたはマイナス10%を意味する。したがって、約50%とは、45%~55%の範囲を意味する。本開示は、特定の用語または値を「約」という用語で修飾するが、本開示は正確な値も開示するものと理解されるべきであり、単に便宜上書き記したものではない。例えば、「約9から約25」という語句は、「9から25」も開示する。さらに、「XからYまで」というフレーズ(XとYは任意の整数)などの範囲には、終点が含まれる。例えば、「1から5まで」というフレーズは、1、2、3、4、または5を意味する。
【0015】
T細胞に関して本明細書で使用される「活性化」とは、検出可能な細胞増殖を誘導するために十分に刺激されたT細胞の状態を指す。活性化は、誘導されたサイトカイン産生や検出可能なエフェクタ機能にも関連し得る。「活性化されたT細胞」という用語は、とりわけ、細胞分裂を受けているT細胞を指す。
【0016】
「投与すること」は、治療薬と組み合わせて使用される場合、標的組織内または標的組織上に治療薬を直接投与するか、または患者に治療薬を投与することを意味する。核酸分子を投与するために使用できる投与方法の非限定的な例としては、トランスフェクション、エレクトロポレーション、注射、超音波処理、または他の既知の技術と組み合わせた任意の方法が挙げられるが、これらに限定されない。このような組み合わせ技術には、加熱と放射が含まれる。いくつかの実施形態においては、核酸分子は筋細胞に送達される。これは、例えばエレクトロポレーションまたは他の適切な技術によって行うことができる。筋肉または他の組織タイプへの核酸分子のエレクトロポレーションは、例えばエレクトロポレーション装置を使用して行うことができる。
【0017】
本明細書で使用される場合、疾患を「緩和する」とは、疾患の1つ以上の症状の重症度を軽減することを意味する。
【0018】
本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、免疫応答を誘発する分子として定義づけされる。この免疫応答は、抗体産生、または特定の免疫学的能力を有する細胞の活性化、またはその両方のいずれかを包含し得る。当業者は、事実上すべてのタンパク質またはペプチドを含む任意の巨大分子が、抗原として機能することができることを理解するであろう。「抗原」という用語は、抗体または抗体様分子が結合できる分子、または抗体または抗体様分子によって認識される分子を指すこともできる。
【0019】
さらに、抗原は組換えDNAまたはゲノムDNAに由来する場合がある。したがって、当業者は、免疫応答を誘発するタンパク質をコードするヌクレオチド配列または部分ヌクレオチド配列を含む任意のDNAが、本明細書で使用される用語「抗原」をコードすることを理解するであろう。さらに、当業者は、抗原が遺伝子の完全長ヌクレオチド配列のみによってコードされる必要がないことを理解するであろう。さらに、当業者であれば、抗原が「遺伝子」によってコードされる必要は全くないことを理解するであろう。抗原を合成して生成することも、生体サンプルに由来することもできることは明らかである。このような生体サンプルには、組織サンプル、腫瘍サンプル、細胞または体液が含まれ得るが、これらに限定されない。
【0020】
本明細書で使用されるとき、「自己由来」という用語は、細胞などの任意の材料であって、それが後に対象に再導入される同じ対象に由来する任意の材料を指すよう意図されている。
【0021】
本明細書で使用される場合、「同種異系」という用語は、後に別の対象に導入される、ある対象に由来する細胞などの物質を指すことを意味する。
【0022】
本明細書で使用される「動物」という用語には、ヒト、ならびに野生動物、家畜動物及び家畜などの非ヒト脊椎動物が含まれるが、これらに限定されない。
【0023】
「共刺激分子」という用語は、共刺激リガンドに特異的に結合し、それにより、増殖、活性化、分化等であるが、これらに限定されないT細胞による共刺激応答を媒介するT細胞上の同族結合パートナーを指す。
【0024】
「クローニング」という用語は、核酸分子をプラスミドなどの別の核酸分子に結合するプロセスに関して使用される。クローン化された分子は、複製、増幅、または投与のために宿主細胞または対象に移植され得る。
【0025】
本明細書で使用される場合、「含む(comprising)」(及び「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、及び「含む(comprised)」などの含む(comprising)の任意の形式)、「有する(having)」(及び「有する(have)」及び「有する(has)」などの有する(having)の任意の形式)、「含む(including)」(及び「含む(includes)」や「含む(include)」などの含む(including)の任意の形式)、または「含有する(containing)」(及び「含有する(contains)」や「含有する(contain)」などの含有する(containing)の任意の形式)という用語は、包括的またはオープン・エンドであり、追加の未記載の要素や方法のステップを除外するものではない。
【0026】
「疾患」とは、動物が恒常性を維持できない健康状態であり、該疾患が改善されない場合、動物の健康は悪化し続ける。対照的に、動物の「障害」とは、動物が恒常性を維持することはできるが、動物の健康状態が障害がない場合よりも好ましくない健康状態を指す。病気を治療せずに放置しても、疾患が必ずしも動物の健康状態をさらに低下させるとは限らない。
【0027】
「有効量」または「治療有効量」という用語は、本明細書で互換的に使用され、特定の生物学的結果を達成するか、または、治療的または予防的な恩恵をもたらすために有効な、本明細書に記載される化合物、製剤、物質、または組成物の量を指す。このような結果には、哺乳動物に投与した場合に、組成物の非存在下で検出される免疫細胞活性化と比較して、検出可能なレベルの免疫細胞活性化を引き起こす量が含まれ得るが、これらに限定されない。免疫応答は、当技術分野で認知されている多数の方法によって容易に評価し得る。当業者であれば、本明細書で投与される組成物の量は変化し、治療される疾患または症状、治療される哺乳動物の年齢及び健康及び身体状態、疾患の重症度、投与される特定の化合物などの多くの要因に基づいて容易に決定し得ることを理解するであろう。
【0028】
「コードする」という用語は、ヌクレオチドの規定の配列(すなわち、rRNA、tRNA及びmRNA)またはアミノ酸の規定の配列のいずれかを有する生物学的プロセスにおける他のポリマー及び巨大分子の合成のための鋳型として機能する、遺伝子、cDNA、またはmRNAなどのポリヌクレオチド中のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性、及びそれから得られる生物学的特性を指す。したがって、遺伝子は、その遺伝子に対応するmRNAの転写及び翻訳が細胞または他の生物学的系においてタンパク質を産生する場合、該タンパク質をコードする。ヌクレオチド配列がmRNA配列と同一であり、通常配列表に提供されるコード鎖、及び遺伝子またはcDNAの転写のための鋳型として使用される非コード鎖の両方は、その遺伝子またはcDNAのタンパク質または他の産物をコードすると称され得る。
【0029】
「発現ベクター」とは、発現されるヌクレオチド配列に動作可能に連結された発現制御配列を含む組換えポリヌクレオチドを含むベクターを指す。発現ベクターには、発現に十分なシス作用性要素が含まれ、発現のための他の要素は、宿主細胞によって、またはインビトロ発現系において供給され得る。発現ベクターには、組換えポリヌクレオチドを組み込むコスミド、プラスミド(例えば、裸の、またはリポソームに含有される)及びウイルス(例えば、センダイウイルス、レンチウイルス、レトロウイルス)などの当技術分野で知られているすべての発現ベクターが含まれる。
【0030】
本明細書で使用される場合、エクスビボで形質導入、トランスフェクトまたは形質転換されている細胞に関する「エクスビボ」という語句は、対象の外側で形質導入、トランスフェクトまたは形質転換されている細胞、すなわち、細胞がこのような形質導入、トランスフェクト、または形質転換される前に対象から除去される細胞を指す。
【0031】
本明細書で使用される「同一性」とは、2つのポリマー分子間、例えば2つのアミノ酸分子間、例えば2つのポリペプチド分子間、または2つの核酸分子間のサブユニット配列の同一性を指す。2つのアミノ酸配列が同じ位置に同じ残基を有する場合。例えば、2つのポリペプチド分子のそれぞれの位置がアルギニンによって占められている場合、それらはその位置では同一である。2つのアミノ酸配列がアラインメントにおいて同じ位置に同じ残基を持っている同一性または程度は、パーセンテージで表されることがよくある。2つのアミノ酸配列間の同一性は、一致または同一の位置の数の直接的な関数である;例えば、2つの配列内の位置の半分(例えば、ポリマーの10アミノ酸長内の5つの位置)が同一であれば、2つの配列は50%同一である;例えば、位置の90%(例えば、10個中9個)が一致または同一であれば、2つのアミノ酸配列は90%同一である。同一性パーセントは、BLASTPまたは他の同様のアルゴリズムを使用し、デフォルトのパラメーターを使用して決定し得る。BLASTPの例は、National Center for Biotechnology InformationのWebサイトで見出せる。
【0032】
本明細書で使用される場合、アミノ酸またはヌクレオチドの位置が参照配列を参照して作成される場合、または別のポリペプチドまたはヌクレオチド配列と「比較して」言及される場合、それはデフォルト設定でBLASTPまたはBLASTNまたはCLUSTALを使用して行うことができるアラインメントに基づくか、または複数の配列を一直線に並べる場合は、CLUSTALに基づいたプログラムで実行し得る。
【0033】
本明細書で使用される「免疫応答」という用語は、リンパ球が抗原分子を外来分子として識別し、抗体の形成を誘導する、及び/またはリンパ球を活性化して抗原を除去するときに起こる、抗原に対する細胞応答として定義される。いくつかの実施形態においては、免疫応答は、抗原を発現する腫瘍細胞に対するものであり得る。いくつかの実施形態においては、免疫応答は、限定されないが、本明細書で提供されるT細胞などのキメラ抗原受容体を発現するT細胞によって促進される。
【0034】
「免疫抑制性」という用語は、本明細書では全体的な免疫応答を低下させることを指すために使用される。
【0035】
本明細書で使用される場合、インビボで形質導入、トランスフェクトまたは形質転換されている細胞に関する「インビボ」という語句は、細胞が形質導入、トランスフェクト、または形質転換される前に対象から除去されていない対象において、形質導入、トランスフェクトまたは形質転換されている細胞を指す。
【0036】
「単離された」とは、自然状態から変更または除去されたことを意味する。例えば、生きている動物に自然に存在する核酸またはペプチドは「単離され」ていないが、同じ核酸またはペプチドが自然状態の共存物質から部分的または完全に分離された場合は「単離され」たことになる。単離された核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在することも、例えば宿主細胞などの非天然環境に存在することもできる。
【0037】
本明細書で使用される「レンチウイルス」とは、非分裂細胞に感染することができるRetroviridae科の属を指す。レンチウイルスは、大量の遺伝情報を宿主細胞のDNAに送達できるため、遺伝子送達ベクターの最も効率的な方法の1つである。HIV、SIV、及びFIVはすべてレンチウイルスの例である。レンチウイルス由来のベクターは、インビボで遺伝子導入を達成する能力を提供する。
【0038】
本明細書で使用される「修飾された」という用語は、本明細書で提供される分子または細胞の変化した状態または構造を意味する。分子は、化学的、構造的、機能的など、さまざまな方法で修飾され得る。細胞は、核酸の導入または異種タンパク質の発現を通じて修飾され得る。
【0039】
本明細書で使用される場合、一般的に存在する核酸塩基の以下の略語が使用される:「A」はアデノシンを指し、「C」はシトシンを指し、「G」はグアノシンを指し、「T」はチミジンを指し、「U」はウリジンを指す。
【0040】
別段の指示がない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いに縮退版であり、かつ同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。タンパク質またはRNAをコードするヌクレオチド配列という語句は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列がいくつかのバージョンにおいてイントロン(複数可)を含有し得る範囲で、イントロンを含み得る。
【0041】
本明細書で使用する「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は互換的に使用され、ペプチド結合によって共有結合した複数のアミノ酸残基からなる化合物を指す。本明細書で使用される場合、該用語は、例えば、当技術分野において一般にペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも呼ばれる短鎖と、当技術分野において一般にタンパク質と呼ばれる長鎖の両方を指し、それらには多くの種類がある。「ポリペプチド」には、例えば、とりわけ、生物学的に活性な断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドの変異体、修飾ポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質などが含まれる。ポリペプチドには、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、またはそれらの組み合わせが含まれる。
【0042】
本明細書で使用される「偽型」または「偽型ウイルス粒子」という用語は、エンベロープを有する他のウイルスに由来するエンベロープ糖タンパク質を有するウイルス粒子、または親ウイルスとは異なるウイルスに由来するエンベロープ糖タンパク質をコードするウイルスベクターを指す。したがって、ベクター粒子の宿主範囲は、糖タンパク質によって使用される細胞表面受容体の種類に応じて拡張または変更し得る。例えば、HIVレンチウイルスベクターは、HIVエンベロープ糖タンパク質をVSVエンベロープ糖タンパク質に置き換えさせ得る。これは非限定的な一例にすぎず、エボラウイルスの糖タンパク質などの他のエンベロープ糖タンパク質を使用することもできる。したがって、いくつかの実施形態においては、ウイルス粒子は、エボラウイルス糖タンパク質をコードするレンチウイルスによってコードされる。
【0043】
抗体に関して本明細書で使用される「特異的に結合する」という用語は、特定の抗原を認識するが、試料中の他の分子を実質的に認識または結合しない抗体を意味する。例えば、1つの種からの抗原に特異的に結合する抗体は、1以上の種由来のその抗原にも結合する場合がある。しかし、そのような異種間の反応性自体は、抗体の分類を特異的として変更するものではない。別の例では、抗原に特異的に結合する抗体は、抗原の異なる対立遺伝子型にも結合する場合がある。しかし、そのような交差反応性自体は、抗体の分類を特異的として変更するものではない。場合によっては、「特異的結合」または「特異的に結合する」という用語は、抗体、タンパク質、またはペプチドと第二の化学種との相互作用に関して使用され、相互作用が化学種上の特定の構造(例えば、抗原決定基またはエピトープ)の存在に依存することを意味する;例えば、抗体はタンパク質一般ではなく、特定のタンパク質構造を認識して結合する。抗体がエピトープ「A」に特異的である場合、標識「A」と抗体を含有する反応中にエピトープA(または未標識の遊離A)を含有する分子が存在すると、抗体に結合する標識Aの量を減少させる。
【0044】
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、免疫応答を引き起こし得るもの(例えば、哺乳動物)を含む、生体を含む。本明細書で使用されるとき、「対象」または「患者」という用語は、ヒトまたは非ヒト哺乳動物を指す。非ヒト哺乳動物は、例えば、ヒツジ、ウシ、ブタ、イヌ、ヒト以外の霊長類、ネコ及びネズミの哺乳動物等の家畜及びペットを含む。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。
【0045】
本明細書で使用される「治療的」という用語は、治療及び/または予防を意味する。治療効果は、病状の抑制、寛解、または根絶によって得られる。
【0046】
本明細書で使用される「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」という用語は、外因性核酸が細胞に移行または導入されるプロセスを指す。「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」細胞は、外因性核酸でトランスフェクト、形質転換、または形質導入された細胞である。この細胞は、初代対象細胞及びその子孫を含む。いくつかの実施形態においては、トランスフェクション、形質転換、または形質導入は、インビボで行われるか、または起こる。
【0047】
この用語が本明細書で使用される場合、疾患を「治療する」とは、対象が経験する疾患または障害の少なくとも1つの兆候または症状の頻度または重症度を軽減することを意味する。
【0048】
本明細書で使用される場合、用語「変異体」は、アミノ酸配列と関連して使用される場合、少なくとも、または約、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%参照配列と同一である配列を指す。いくつかの実施形態においては、該変異体は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の置換を含む。いくつかの実施形態においては、置換は、保存的置換である。いくつかの実施形態においては、変異体は欠失を含む。いくつかの実施形態においては、変異体は挿入を含む。いくつかの実施形態においては、変異体は、置換、挿入、もしくは欠失、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
【0049】
本明細書で使用される場合、ポリペプチド、核酸分子、またはアミノ酸配列が「配列番号と比較して」とある場合、それは、そのポリペプチドまたはヌクレオチド配列が参照配列識別子「のアミノ酸/核酸配列を含むポリペプチド/核酸分子と比較して」と述べるのと同等であると理解されるべきである。
【0050】
「ベクター」は、タンパク質またはペプチドをコードする単離された核酸を含む物質の組成物である。線状ポリヌクレオチド、プラスミド、DNA、及びRNAを含むがこれらに限定されない多数のベクターが当技術分野で知られている。ウイルスベクターの例としては、センダイウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクターなどを含むが、これらに限定されない。
【0051】
「担体」または「送達ビヒクル」には、ウイルス粒子、ウイルス、ポリリジン化合物、及びリポソームが含まれ、これらは細胞への核酸の移動を促進する。担体または送達ビヒクルを使用して、タンパク質またはペプチドを細胞に送達することもできる。
【0052】
範囲:本開示を通じて、実施形態のさまざまな態様を範囲形式で表すことができる。範囲形式での説明は単に便宜と簡潔さのためのものであり、柔軟性のない制限として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、すべての可能な部分範囲及びその範囲内の個々の数値を具体的に開示したものとみなされるべきである。例えば、1から6などの範囲の説明は、1から3、1から4、1から5、2から4、2から6、3から6などの具体的に開示した部分範囲、及びその範囲内の個々の数値、例えば1、2、2.7、3、4、5、5.3、及び6を有するとみなされるべきである。これは、その範囲の幅に関係なく適用される。別途明示的に反対の記載がない限り、開示される範囲には、その範囲の終点も含まれる。
【0053】
本開示に記載される方法は、本明細書に開示される特定の方法及び実験条件に限定されず、そのような方法及び条件は変化し得ることが理解されるべきである。本明細書で使用される専門用語が特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定するようには意図されていないことも理解されるべきである。
【0054】
さらに、本明細書に記載される実験は、別段の指示がない限り、当技術分野の範囲内の従来の分子及び細胞の生物学的及び免疫学的技術を使用する。このような技術は当業者にはよく知られており、文献で十分に説明されている。例えば、Ausubel et al.ed.,Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,Inc.,NY,N.Y.(1987-2008),すべての補足を含む、MR Green及びJ.SambrookによるMolecular Cloning:A Laboratory Manual(Fourth Edition)、Harlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,Chapter 14,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor(2013,2nd edition)を参照。
【0055】
ウイルス
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子はレンチウイルス粒子である。レンチウイルス粒子は、共通のレトロウイルス遺伝子であるgag、pol、及びenvに加えて、調節機能または構造機能を有する他の遺伝子を含むレトロウイルスであるレンチウイルスに由来する(例えば、米国特許第6,013,516号及び第5,994,136号を参照)。レンチウイルスの例としては、ヒト免疫不全ウイルス(HIV-1、HIV-2)やサル免疫不全ウイルス(SIV)などがある。レンチウイルス粒子は、HIV毒性遺伝子を多重に弱毒化することによって生成されており、例えば、遺伝子env、vif、vpr、vpu及びnefが削除されており、ベクターが生物学的に安全になっている。レンチウイルス粒子は、非分裂細胞に感染することができ、インビボ及びエクスビボの両方の遺伝子導入及び、例えばCARをコードする核酸の発現に使用することができる(例えば、米国特許第5,994,136号を参照)。
【0056】
レトロウイルス発現ベクターは、宿主ゲノムに統合し、大量の外来遺伝物質を送達し、広範囲の種及び細胞型に感染し、特別な細胞株にパッケージ化することができる。レトロウイルス粒子は、核酸(例えば、CARをコードする核酸)をウイルスゲノムの特定の位置に挿入して、複製欠損ウイルスを生成することによって構築される。レトロウイルス粒子は広範の種類の細胞に感染することができるが、CARの統合と安定した発現には宿主細胞の分裂が必要である。
【0057】
操作されたウイルス粒子
本発明は、とりわけ、例えばウイルス粒子を用いてインビボで特定の細胞表面マーカーを発現する細胞に選択的に形質導入するために使用できる組成物を提供する。ウイルス粒子を利用して同じ細胞型に形質導入することにより、ウイルス粒子は特異性を高めたり、目的の分子全体の発現を特定の細胞型に制限することで安全性を向上させることができる。
【0058】
本発明は、とりわけ、例えば複数のウイルス粒子を用いてインビボで特定の細胞表面マーカーを発現する細胞に選択的に形質導入するために使用できる組成物をもまた提供する。複数のウイルス粒子を利用して同じ細胞型に形質導入することにより、ウイルス粒子は特異性を高めたり、目的の分子全体の発現を特定の細胞型に制限することで安全性を向上させることができる。
【0059】
いくつかの実施形態においては、ウイルス粒子は、目的の分子とも呼ばれる目的のポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態においては、目的のポリペプチドの例としては、キメラ抗原受容体(CAR)、ワクチン、または遺伝子治療が挙げられるが、これらに限定されない。
【0060】
いくつかの実施形態において、糖タンパク質またはその変異体、キメラgagタンパク質、及び標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープを含む操作されたウイルス粒子;及び目的のポリペプチドをコードする核酸を含む組成物が提供される。
【0061】
いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープを含む操作されたウイルス粒子;及び目的のポリペプチドをコードする核酸が提供される。いくつかの実施形態において、標的部分は、エボラウイルス糖タンパク質に融合される。いくつかの実施形態において、ウイルス粒子は、レンチウイルスである。
【0062】
いくつかの実施形態において、糖タンパク質はエボラウイルス(EBOV)糖タンパク質(GP)である。特定の理論に束縛されることは望まないが、細胞表面へのEBOV結合は融合から独立している。結合は、ビリオン関連ホスファチジルセリンまたはウイルス糖タンパク質グリカンとの相互作用を通じてEBOV粒子に結合する受容体によって細胞表面で起こる。EBOVは、細胞膜の波打ち運動とマクロピノサイトーシスを通じて内部移行する。エンドソームを通過する際、EBOV糖タンパク質はプロテアーゼによって切断され、ムチン様ドメイン(MLD)とグリカンキャップが除去され、受容体結合ドメイン(RBD)を露出させる。該RBDは、後期エンドソーム/リソソーム内のエンドソーム受容体ニーマンピックC1(NPC1)と相互作用し、融合ループの放出を引き起こし、標的膜への挿入を可能にし、ウイルス核タンパク質の融合と細胞質への放出を引き起こす。(Moller-Tank,S., & Maury,W.Ebola virus entry:a curious and complex series of events.PLoS Pathogens,11(4),e1004731(2015))。EBOV糖タンパク質の機能は、MLDが欠失し、外因性タンパク質で置き換えられた場合にも維持される。(Ao,Z.,et al.Development and Evaluation of an Ebola Virus Glycoprotein Mucin-Like Domain Replacement System as a New Dendritic Cell-Targeting Vaccine Approach against HIV-1.Journal of Virology,95(15),e0236820(2021))。
【0063】
いくつかの実施形態においては、エボラウイルス糖タンパク質は、シグナルペプチド、受容体結合ドメイン、カテプシン切断ループ、グリカンキャップ、ムチン様ドメイン(MLD)、フリン切断部位、融合ループ、ヘプタッドリピート1(HR1)、ヘプタッドリピート2(HR2)、膜貫通ドメイン、及び細胞質尾部を含む。(Lee J.E.,et al.,Structure of the Ebola virus glycoprotein bound to an antibody from a human survivor.Nature Vol 454,177-183(2008))いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質は、配列番号1に記載のアミノ酸配列を含む。
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVSNGAKNISGQSPARTSSDPGTNTTTEDHKIMASENSSAMVQVHSQGREAAVSHLTTLATISTSPQSLTTKPGPDNSTHNTPVYKLDISEATQVEQHHRRTDNDSTASDTPSATTAAGPPKAENTNTSKSTDFLDPATTTSPQNHSETAGNNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号1)
【0064】
いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質は、配列番号1と比較して、欠失、挿入、突然変異、またはそれらの任意の組み合わせを含む配列を含む。いくつかの実施形態において、該欠失は、グリカンキャップ、ムチン様ドメイン(MLD)配列、またはそれらの任意の組み合わせのアミノ酸欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、及び232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、グリカンキャップアミノ酸配列の欠失を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップ配列の欠失は、配列番号1と比較して、位置213及び306からの、または位置213及び306の間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、グリカンキャップアミノ酸配列の一部の欠失を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の一部の欠失は、配列番号1と比較して、位置232及び306からの、または位置232及び306の間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、MLDアミノ酸配列の欠失を含む。いくつかの実施形態において、MLDの欠失は、配列番号1と比較して、位置305及び497からの、または位置305及び497の間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、MLDアミノ酸配列の一部の欠失を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の一部の欠失は、配列番号1と比較して、位置305及び484からの、または位置305及び484の間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の欠失を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップ及びMLDの欠失は、配列番号1と比較して、位置213及び484からの、または位置213及び484との間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップ及びMLDの欠失は、配列番号1と比較して、位置232及び497からの、または位置232及び497の間のアミノ酸残基の欠失を含む。いくつかの実施形態において、欠失は、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、及び232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む。
【0065】
いくつかの実施形態において、挿入は、グリカンキャップアミノ酸配列、ムチン様ドメイン(MLD)アミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりの挿入を含む。いくつかの実施形態において、挿入は、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりの挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び306におけるアミノ酸残基からの挿入、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置232及び306のアミノ酸残基からの、または位置232及び306のアミノ酸残基の間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、挿入は、MLDアミノ酸の代わりの挿入を含む。いくつかの実施形態における、MLDアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び497におけるアミノ酸残基からの挿入、または位置305及び497の間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び484のアミノ酸残基からの、または位置305及び484のアミノ酸残基の間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、挿入は、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び484のアミノ酸残基からの、または位置213及び484のアミノ酸残基の間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップのアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び497のアミノ酸残基からの、または位置213及び497のアミノ酸残基の間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの挿入は、配列番号1と比較して、位置232及び497のアミノ酸残基からの、または位置232及び497のアミノ酸残基の間の挿入を含む。
【0066】
いくつかの実施形態において、突然変異は、グリカンキャップアミノ酸配列、ムチン様ドメイン(MLD)アミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、配列番号1と比較して、位置213~306からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置305~484からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置213~484からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置213~497からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;または、配列番号1と比較して、位置232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入することを含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び306のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置232及び306のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、MLDアミノ酸配列の代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び497におけるアミノ酸残基からの挿入、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び484のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び484のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び497のアミノ酸残基からの挿入またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において標的、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの標的部分アミノ酸配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置232及び497のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸挿入を含む。
【0067】
いくつかの実施形態において、目的のポリペプチドの例としては、CAR、ワクチン、または遺伝子治療が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、CARは、細胞外(抗原結合)ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
【0068】
いくつかの実施形態において、細胞外/抗原結合ドメインは、腫瘍抗原(例えば、抗CD19 scFv、抗CD19抗体、抗CD33 scFvなど)に結合するドメインである。いくつかの実施形態において、目的のポリペプチドは、膜貫通ドメイン及びCD3ゼータドメインを含む。いくつかの実施形態において、CARは細胞内4-1BBドメインを含む。
【0069】
いくつかの実施形態において、目的のポリペプチドは、ヘモグロビンベータ鎖である。
【0070】
いくつかの実施形態において、グリカンキャップ及び/またはエボラウイルス糖タンパク質のMLDの代わりにエボラウイルス糖タンパク質に融合する標的部分を含むポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、標的部分は、リンカーを介してエボラウイルス糖タンパク質に融合される。いくつかの実施形態において、リンカーは、ペプチドリンカーである。いくつかの実施形態において、リンカーはグリシン/セリンリンカーである。いくつかの実施形態において、標的部分は、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、及び232~497からの、またはそれらの間におけるエボラウイルス糖タンパク質に融合される。いくつかの実施形態において、標的部分は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、標的部分は、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、標的部分はCD7結合部分である。いくつかの実施形態において、CD7結合部分は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、CD7結合部分は抗CD7 DARPinである。いくつかの実施形態において、標的部分はCD8結合部分である。いくつかの実施形態において、CD8結合部分は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、CD8結合部分は抗CD8 DARPinである。いくつかの実施形態において、抗CD8 DARPinは、配列番号2に記載の配列を含む。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号5~9に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号5に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号6に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号7に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号8に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。いくつかの実施形態において、リンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号9に記載の配列を有するポリペプチド分子が提供される。
【0071】
偽型ウイルス粒子
ウイルス粒子の特異性を標的細胞に与えるために、ウイルス粒子を偽型化することができる。カプシドタンパク質とエンベロープ糖タンパク質は、ウイルスの付着と細胞受容体との相互作用に関与し、細胞の指向性を決定する。したがって、これらのウイルス表面タンパク質を操作すると、これらのベクターの形質導入能力が向上し、指向性が拡大または制限され得る。さらに、ベクターの偽型化を用いた実験により、偽型化されたベクターがより高い形質導入力価を達成し、形質導入効率を高めることができることが実証された。
【0072】
いくつかの実施形態において、細胞上の標的に結合する標的部分と、目的のポリペプチドをコードする核酸分子とを含むウイルス粒子が提供される。
【0073】
標的部分は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせ、セントリン、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分を含むが、これらに限定されない任意のタイプの標的部分であり得る。いくつかの実施形態において、標的は、cKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1である。
【0074】
いくつかの実施形態において、標的部分は、標的、抗体、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせに結合するタンパク質である。いくつかの実施形態において、標的部分は、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分である。いくつかの実施形態において、標的部分は、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、標的部分はCD7に結合する。いくつかの実施形態において、CD7に結合する標的部分は抗CD7抗体である。いくつかの実施形態において、抗CD7抗体は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、CD7に結合する標的部分は抗CD7 DARPinである。いくつかの実施形態において、標的部分はCD8に結合する。いくつかの実施形態において、CD8に結合する標的部分は抗CD8抗体である。いくつかの実施形態において、抗CD8抗体は、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、CD8に結合する標的部分は、抗CD8 DARPinである。いくつかの実施形態において、抗CD8 DARPinは、配列番号2に記載の配列を有する(PMID:32160795 DOI:10.1089/hum.2019.248)。
DLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAA(配列番号:2)
【0075】
いくつかの実施形態において、操作されたウイルス粒子は偽型ウイルス粒子である。いくつかの実施形態において、操作されたウイルス粒子は偽型レンチウイルスのウイルス粒子である。いくつかの実施形態において、偽型レンチウイルスのウイルス粒子は、エボラウイルス糖タンパク質などのエボラウイルス糖タンパク質で偽型化される。いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質は変異している。いくつかの実施形態において、操作されたウイルス粒子は、エボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている。いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質突然変異には、本明細書で提供される突然変異が含まれるが、これらに限定されない。エボラウイルス糖タンパク質またはその変異体で偽型化されたウイルス粒子の例は、米国特許第7,981,656号及びPCT公開公報WO2019113688号に見出すことができ、それぞれが、その全体を参照により本明細書に組み込まれる。
【0076】
いくつかの実施形態において、偽型ウイルス粒子はエボラウイルスの糖タンパク質を含み、グリカンキャップ及び/またはMLD部分は切断または欠失されており、切断または欠失部分は標的部分の挿入を含む。いくつかの実施形態において、エボラウイルス(ebolavirus)はエボラウイルス(Ebola virus)である。いくつかの実施形態において、標的部分はリンカー配列を含む。いくつかの実施形態において、リンカーはペプチドリンカーである。いくつかの実施形態において、リンカー配列はグリシン/セリンリンカーである。いくつかの実施形態において、リンカーは、SAGGGGSGGGGSGGGGSA(配列番号3)またはTGGGGGSGGGGSGGGGSSA(配列番号4)の配列を有する。いくつかの実施形態において、標的部分は、抗原、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッティン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、標的部分は、本明細書で提供される細胞表面タンパク質に対して向けられ、限定されないが、CD8を含む。いくつかの実施形態において、標的部分は、本明細書で提供される細胞表面タンパク質に対して向けられ、限定されないが、CD7を含む。いくつかの実施形態において、標的部分は、配列番号2に示される配列を有する。いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質は、グリカンキャップアミノ酸配列、ムチン様ドメイン(MLD)アミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに、配列番号2に記載の標的部分アミノ酸配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において。変異は、配列番号1と比較して、位置213~306からの、または位置213~306の間のアミノ酸配列の代わりに、配列番号2に記載の配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置305~484からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、配列番号2に記載の配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置213~484からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、配列番号2に記載の配列を挿入すること;配列番号1と比較して、位置213~497からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、配列番号2に記載の配列を挿入すること;または、配列番号1と比較して、位置232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸配列の代わりに、配列番号2に記載の配列を挿入することを含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置213及び306のアミノ酸残基からの挿入、またはそれらのアミノ酸残基間の挿入を含む。いくつかの実施形態においては、グリカンキャップアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置232及び306のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態では、突然変異は、MLDアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び497におけるアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、MLDアミノ酸配列の代わりの配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して、位置305及び484のアミノ酸残基からの、またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりに配列番号2に記載の配列の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して位置213及び484のアミノ酸残基からの挿入またはそれらの間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの配列番号2に記載の配列の挿入は、配列番号1と比較して位置213及び497のアミノ酸残基からの、またはそれらのアミノ酸残基間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、グリカンキャップアミノ酸配列及びMLDアミノ酸配列の代わりの配列番号2に記載の配列の挿入は、位置232及び497のアミノ酸残基からの、またはそれらのアミノ酸残基間の挿入を含む。いくつかの実施形態において、エボラウイルス糖タンパク質は、配列番号5、6、7、8、または9に記載の配列を有する。
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYSAGGGGSGGGGSGGGGSASDLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAATGGGGGSGGGGSGGGGSSALSFTVVSNGAKNISGQSPARTSSDPGTNTTTEDHKIMASENSSAMVQVHSQGREAAVSHLTTLATISTSPQSLTTKPGPDNSTHNTPVYKLDISEATQVEQHHRRTDNDSTASDTPSATTAAGPPKAENTNTSKSTDFLDPATTTSPQNHSETAGNNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号5)EBOVΔCap(抗CD8 DARPin);
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEESAGGGGSGGGGSGGGGSASDLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAATGGGGGSGGGGSGGGGSSANTIAGVAGLITGGRRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号6)EBOVΔMLD(抗CD8 DARPin);
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYSAGGGGSGGGGSGGGGSASDLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAATGGGGGSGGGGSGGGGSSANTIAGVAGLITGGRRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号7)EBOVΔCap+MLD(抗CD8 DARPin);
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYSAGGGGSGGGGSGGGGSASDLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAATGGGGGSGGGGSGGGGSSARRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号8)EBOVΔCap+MLDf;または
MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYSAGGGGSGGGGSGGGGSASDLGKKLLEASRAGQDDEVRILMANGADVNAQDRYGTTPLHLAAWHGHLEIVEVLLKHGADVNANDVKGNTPLHLAANVGHLEIVEVLLKYGADVNAADNWGHTPLHLAAFWGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKAATGGGGGSGGGGSGGGGSSARRTRREAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPDQGDNDNWWTGWRQWIPAGIGVTGVIIAVIALFCICKFVF(配列番号9)EBOVΔCap233+MLD。
【0077】
細胞
いくつかの実施形態において、提供される実施形態には、本明細書で提供される遺伝子操作されたウイルス粒子(複数可)を含む細胞が含まれる。いくつかの実施形態において、該細胞は、操作されたウイルス粒子によってコードされる目的のポリペプチドを含む。
【0078】
いくつかの実施形態において、目的のポリペプチドはヘモグロビンベータ鎖である。いくつかの実施形態において、目的のポリペプチドは、異種キメラ抗原受容体(CAR)である。
【0079】
いくつかの実施形態において、細胞は、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である。いくつかの実施形態において、細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、及び/または好塩基球である。一実施形態において、標的細胞は、人工多能性幹(iPS)細胞、またはiPS細胞由来の細胞、例えば、改変する(例えば、突然変異を誘導する)ように操作された、対象から生成された、1以上の標的遺伝子の発現を操作し、及び例えばT細胞、例えばCD8+ T細胞(例えば、CD8+ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、またはエフェクタメモリーT細胞)CD4+ T細胞、幹細胞メモリーT細胞、リンパ前駆細胞、または造血幹細胞に分化されたiPS細胞である。
【0080】
いくつかの実施形態において、細胞には、T細胞または他の細胞型の1以上のサブセット、例えば全T細胞集団、CD4+細胞、CD8+細胞、及びそのサブ集団、例えば、機能、活性化状態、成熟度、分化、拡大、再循環、局在化のための潜在力、及び/または持続能力、抗原特異性、抗原受容体の種類、特定の器官または区画における存在、マーカーまたはサイトカイン分泌プロファイル、及び/または分化の程度によって定義されるもの、が含まれる。T細胞及び/またはCD4+及び/またはCD8+T細胞のサブタイプ及びサブ集団の中には、ナイーブなT(TN)細胞、エフェクタT細胞(TEFF)、メモリーT細胞、及び幹細胞メモリーT(TSCM)、セントラルメモリーT(TCM)、エフェクタメモリーT(TEM)、または最終分化エフェクタメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T(MAIT)細胞、天然及び適応制御性T(Treg)細胞、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞などのヘルパーT細胞、アルファ/ベータT細胞、及びデルタ/ガンマT細胞などのそれらのサブタイプがある。いくつかの実施形態において、当該技術分野で入手可能な任意の数のT細胞株が使用され得る。
【0081】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の操作されたウイルス粒子によってコードされる目的のポリペプチドを含む細胞が提供される。いくつかの実施形態において、該細胞は、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である。
【0082】
ウイルスベクター
本明細書では、例えば、ウイルスベクターを使用して、インビボで特定の細胞表面マーカーを発現する細胞に選択的に形質導入するために使用できる組成物が提供される。いくつかの実施形態において、該ベクターは目的のポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、該ベクターは、偽型化ウイルスベクターである。
【0083】
本開示の核酸を含む発現ベクターは、当業者に知られている任意の方法または組成物によって宿主細胞に導入することができる。発現ベクターには、必要に応じてトランスフェクション用のウイルス配列が含まれ得る。あるいは、該発現ベクターは、融合、エレクトロポレーション、バイオリスティック、トランスフェクション、リポフェクションなどによって導入され得る。細胞はインビボで形質導入またはトランスフェクトすることができるが、いくつかの実施形態においては、次いで、形質導入された細胞を対象から単離することができ、次いで、いくつかの実施形態においては、エクスビボで培養して増殖及び拡大することができる。次いで、該拡大した細胞を、ベクター内に存在するマーカーによってスクリーニングすることができる。拡大した細胞は、治療のために同じ対象または異なる対象に再導入し得る。使用され得るさまざまなマーカーは当技術分野で知られており、hprt、ネオマイシン耐性、チミジンキナーゼ、ハイグロマイシン耐性などを含む。いくつかの実施形態において、宿主細胞は免疫細胞またはその前駆体、例えば、T細胞、NK細胞、またはNKT細胞である。
【0084】
真核細胞における発現の場合、適切なプロモーターには、軽鎖及び/または重鎖免疫グロブリン遺伝子プロモーター及びエンハンサーエレメント、サイトメガロウイルス即時初期プロモーター、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼプロモーター、初期及び後期SV40プロモーター、レトロウイルスの長い末端反復に存在するプロモーター、マウスメタロチオネイン-lプロモーター、及び当技術分野で既知のさまざまな組織特異的プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。可逆的誘導性プロモーターを含む適切な可逆的プロモーターは当技術分野で知られている。このような可逆的プロモーターは、多くの生物、例えば真核生物及び原核生物から単離及び誘導され得る。第2の生物、例えば、第1の原核生物と第2の真核生物、第1の真核生物と第2の原核生物などで使用するための第1の生物由来の可逆的プロモーターの修飾は、当技術分野でよく知られている。そのような可逆的プロモーター、及びそのような可逆的プロモーターに基づくが追加の制御タンパク質も含むシステムには、アルコール調節プロモーター(例えば、アルコールデヒドロゲナーゼI(alcA)遺伝子プロモーター、アルコールトランスアクチベータータンパク質に応答するプロモーター(A1cR)など)、テトラサイクリン制御プロモーター(例、TetActivators、TetON、TetOFFなどを含むプロモーターシステム)、ステロイド制御プロモーター(例、ラット糖質コルチコイド受容体プロモーターシステム、ヒトエストロゲン受容体プロモーターシステム、レチノイドプロモーターシステム、甲状腺プロモーターシステム、エクジソンプロモーターシステム、ミフェプリストンプロモーターシステムなど)、金属制御プロモーター(例えば、メタロチオネインプロモーターシステムなど)、病因関連制御プロモーター(例えば、サリチル酸制御プロモーター、エチレン制御プロモーター、ベンゾチアジアゾール制御プロモーター、等)、温度調節プロモーター(例えば、熱ショック誘導性プロモーター(例えば、HSP-70、HSP-90、大豆熱ショックプロモーターなど)、光調節プロモーター、合成誘導性プロモーターなどが含まれるが、これらに制限されない。
【0085】
いくつかの実施形態において、該プロモーターは、CD8細胞特異的プロモーター、CD4細胞特異的プロモーター、好中球特異的プロモーター、またはNK特異的プロモーターである。例えば、CD4遺伝子プロモーターを使用し得る。例えば、Salmon et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1993)90:7739、及びMarodon et al.(2003)Blood 101:3416を参照。別の例として、CD8遺伝子プロモーターを使用し得る。NK細胞特異的な発現は、NcrI(p46)プロモーターの使用によって達成し得る。例えば、Eckelhart et al.Blood(2011)117:1565を参照。
【0086】
適切なプロモーターの他の例には、前初期サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター配列が含まれる。このプロモーター配列は、プロモーター配列と作動可能に連結された任意のポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することができる強力な構成的プロモーター配列である。使用され得る他の好適な構成的プロモーター配列には、シミアンウイルス40(SV40)初期プロモーター、マウス乳癌ウイルス(MMTV)プロモーター、またはヒト免疫不全ウイルス(HIV)長末端反復配列(LTR)プロモーター、MoMuLVプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、エプスタインバーウイルス前初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、EF-1アルファプロモーター、ならびにヒト遺伝子プロモーターとしては、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、クレアチンキナーゼプロモーターなどが挙げられるが、これらに限定されない。さらに、該ベクターは構成的プロモーターの使用に限定されるべきではない。誘導性プロモーターも使用することができる。誘導性プロモーターの使用は、発現が望ましい場合に作動可能に連結されたポリヌクレオチド配列の発現をオンにし、発現が望まない場合にそのような発現をオフにすることができる分子スイッチを提供する。誘導性プロモーターの例には、メタロチオニンプロモーター、糖質コルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーター、及びテトラサイクリンプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
【0087】
いくつかの実施形態において、適切なプロモーターを含有する遺伝子座、構築物、または導入遺伝子は、誘導系の誘導を通じて不可逆的に切り替えられる。不可逆スイッチの誘導に適した系は当技術分野で周知であり、例えば、不可逆スイッチの誘導は、Cre-lox媒介組換えを利用することができる(例えば、Fuhrmann-Bensakein et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA(2000)28:e99、その開示内容は参照により本明細書に組み込まれる)。当技術分野で公知のリコンビナーゼ、エンドヌクレアーゼ、リガーゼ、組換え部位などの任意の適切な組み合わせを、不可逆的に切り替え可能なプロモーターを生成する際に使用することができる。本明細書の他の場所に記載されている、部位特異的組換えを行うための方法、機構、及び要件は、不可逆的に切り替えられるプロモーターの生成に使用され、当技術分野で周知である。例えば、Grindley et al.Annual Review of Biochemistry(2006)567-605、及びTropp,Molecular Biology(2012)(Jones & Bartlett Publishers,Sudbury,Mass.)を参照されたく、その開示内容は参照により本明細書に組み込まれる。
【0088】
使用に適した発現ベクターは、例えば、限定されないが、レンチウイルスベクター、ガンマレトロウイルスベクター、フォーミーウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、操作されたハイブリッドウイルスベクター、トランスポゾン媒介ベクター等が挙げられる。ベクターとして有用なウイルスには、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、及びレンチウイルスが含まれるが、これらに限定されない。
【0089】
いくつかの実施形態において、発現ベクター(例えば、レンチウイルスベクター)を使用して、目的のポリペプチド(例えば、CARまたはその一部)を細胞(例えば、T細胞)に導入することができる。したがって、発現ベクター(例えば、レンチウイルスベクター)は、目的のポリペプチド(例えば、CARまたはその一部)をコードする核酸を含み得る。本明細書で提供されるように、目的のポリペプチドは、発現ベクターの使用を通じて細胞に導入され得る。
【0090】
治療の方法
また、本明細書においては、疾患の治療を必要とする対象における疾患を治療する方法もまた提供される。
【0091】
いくつかの実施形態において、提供される方法には、疾患を治療するために本明細書に提供されるウイルス粒子(複数可)を対象に投与することを含む、疾患の治療を必要とする対象における疾患を治療する方法が含まれるが、これらに限定されない。
【0092】
いくつかの実施形態において、疾患はがんである。さらに、本明細書で提供される組成物は、疾患を治療または軽減することが望ましい、腫瘍細胞(複数可)に対する細胞媒介性免疫応答などの、がんに関連する任意の症状の治療方法に使用することができる。治療されるがんの種類には、癌腫、芽腫、肉腫、成人急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫などが含まれるがこれらに限定されない特定の白血病またはリンパ系悪性腫瘍、良性及び悪性腫瘍、悪性腫瘍、例えば、肉腫、癌腫、及び黒色腫が含まれるが、これらに限定されない。他の例示的ながんには、限定されないが、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、皮膚癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎臓癌、肝臓癌、脳癌、リンパ腫、白血病、肺癌、甲状腺癌などを含む。がんは、非固形腫瘍(血液系腫瘍など)または固形腫瘍であり得る。成人の腫瘍/がん及び小児の腫瘍/がんも含まれる。一実施形態において、がんは血液系腫瘍である。一実施形態において、がんは癌腫である。一実施形態において、がんは肉腫である。一実施形態において、がんは、白血病である。一実施形態において、がんは固形腫瘍である。
【0093】
固形腫瘍は、通常、嚢胞または液状領域を含有しない組織の異常な塊である。固形腫瘍は、良性または悪性であり得る。さまざまな種類の固形腫瘍は、それを形成する細胞の種類に応じて名前が付けられている(肉腫、癌腫、リンパ腫など)。肉腫や癌腫などの固形腫瘍の例には、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、リンパ系悪性腫瘍、膵臓癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、肝細胞癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、髄様甲状腺癌、甲状腺乳頭癌、褐色細胞皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、精上皮腫、膀胱癌、黒色腫、CNS腫瘍(神経膠腫(脳幹神経膠腫や混合神経膠腫など)、神経膠芽腫(多形神経膠芽腫としても知られる)、星細胞腫、CNSリンパ腫、胚細胞腫、髄芽腫、神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫、脳転移)などがある。
【0094】
本明細書に開示される方法による治療に適し得る癌種には、食道癌、肝細胞癌、基底細胞癌(皮膚癌の形態)、扁平上皮癌(さまざまな組織)、移行性細胞癌を含む膀胱癌(膀胱の悪性新生物)、気管支癌、結腸癌、結腸直腸癌、胃癌、肺の小細胞癌及び非小細胞癌を含む肺癌、副腎皮質癌、甲状腺癌、膵臓癌、乳房癌、卵巣癌、前立腺癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、腎細胞癌、上皮内乳管癌または胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎児癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、骨原性癌、上皮癌、及び上咽頭癌が含まれるが、これらに限定されない。
【0095】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される組成物は、骨髄腫または骨髄腫に関連する症状を治療する方法に使用することができる。骨髄腫またはそれに関連する症状の例としては、軽鎖骨髄腫、非分泌性骨髄腫、意義不明の単クローン性高ガンマグロブリン血症(MGUS)、形質細胞腫(例えば、孤立性、多発性孤立性、髄外形質細胞腫)、アミロイドーシス、及び多発性骨髄腫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、多発性骨髄腫を治療する方法が提供される。いくつかの実施形態においては、該多発性骨髄腫は、難治性骨髄腫である。いくつかの実施形態においては、該多発性骨髄腫は、再発性骨髄腫である。
【0096】
いくつかの実施形態においては、本明細書で提供されるベクター及び組成物を使用して産生されるインビボ修飾免疫細胞は、黒色腫または黒色腫に関連する症状を治療するために使用される。黒色腫またはそれに関連する症状の例としては、表在性黒色腫、結節性黒色腫、悪性黒子黒色腫、末端黒子黒色腫、無色素性黒色腫、または皮膚の黒色腫(例えば、皮膚、眼、外陰部、膣、直腸黒色腫)が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、該黒色腫は、皮膚黒色腫である。いくつかの実施形態において該黒色腫は、難治性黒色腫である。いくつかの実施形態では、該黒色腫は、再発性黒色腫である。
【0097】
いくつかの実施形態においては、本明細書で提供されるベクター及び組成物は、肉腫または肉腫に関連する症状を治療するために使用される。肉腫またはそれに関連する症状の例には、血管肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、内皮肉腫、ユーイング肉腫、線維肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、中皮腫、悪性末梢神経鞘腫瘍、粘液腫骨肉腫、骨形成性肉腫、骨肉腫、多形肉腫、横紋筋肉腫、滑膜腫、滑膜肉腫、及びその他の軟部組織肉腫が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、該肉腫は滑膜肉腫である。いくつかの実施形態においては、該肉腫は、粘液様/円形細胞脂肪肉腫、分化/脱分化脂肪肉腫、または多形性脂肪肉腫などの脂肪肉腫である。いくつかの実施形態においては、該肉腫は粘液様/円形細胞脂肪肉腫である。いくつかの実施形態においては、該肉腫は難治性肉腫である。いくつかの実施形態においては、該肉腫は再発性肉腫である。
【0098】
いくつかの実施形態においては、組成物及びベクターは鎌状赤血球症を治療する方法に使用される。いくつかの実施形態においては、ウイルスベクターまたは粒子は鎌状赤血球症に罹患している対象に投与され、該粒子はヘモグロビンβ鎖をコードする。細胞内で発現すると、ヘモグロビンベータ鎖が発現し、鎌状赤血球症の症状を軽減して病気を治療する。
【0099】
いくつかの実施形態においては、該対象は、組成物または複数のウイルスベクターを投与する前に、腫瘍などの疾患または症状を標的とする治療薬で治療されている。いくつかの態様においては、該対象は、他の治療薬に対して難治性であるか、または非反応性である。いくつかの実施形態においては、該対象は、例えば、化学療法、放射線及び/または造血幹細胞移植(HSCT)、例えば同種異系HSCTを含む別の治療的介入による治療後に、持続性または再発性疾患を有する。いくつかの実施形態において、該対象が別の治療法に対して耐性になったにもかかわらず、投与は該対象を効果的に治療する。
【0100】
いくつかの実施形態において、該対象は他の治療薬に反応しており、該治療薬による治療により疾患負担が軽減される。いくつかの態様において、該対象は最初は治療薬に対して反応性であるが、時間の経過とともに疾患または症状の再発を示す。いくつかの実施形態において、該対象は、再発していなかった。いくつかのそのような実施形態において、該対象は例えば再発の危険性が高いと、再発の危険性を判定され、したがって該細胞は、例えば再発の可能性を低減するかまたは再発を防止するために予防的に投与される。いくつかの態様においては、該対象は以前に別の治療薬による治療を受けていない。
【0101】
該組成物の投与は、当業者に知られている任意の便利な方法で実施することができる。例えば、組成物は、エアロゾル吸入、注射、摂取、輸血、注入または移植によって対象に投与され得る。本明細書に記載の組成物は、患者に、経動脈、皮下、皮内、腫瘍内、結節内、髄内、筋肉内、静脈内注射によって、または腹腔内投与され得る。他の例においては、該組成物は、該対象の局所疾患部位、リンパ節、器官、腫瘍などに直接注射される。
【0102】
疾患の予防または治療に関して、適切な投薬量は、治療すべき疾患の種類、疾患の重症度及び経過、該組成物が予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の治療法、対象の病歴及び治療への反応、ならびに主治医の裁量に依存し得る。該組成物は、いくつかの実施形態において、1回で、または一連の治療にわたって患者に好適に投与される。
【0103】
いくつかの実施形態において、該組成物は、併用治療の一部として、例えば、抗体、操作された細胞または受容体、または細胞傷害性薬剤または治療薬などの薬剤などの別の治療的介入と同時に、または任意の順序で連続して投与される。いくつかの実施形態において、該組成物(複数可)は、1つ以上の追加の治療薬と同時投与されるか、または別の治療介入と関連して、同時にまたは任意の順序で連続的に投与される。いくつかの状況において、該組成物は、組成物が1つ以上の追加の治療薬の効果を増強するように、またはその逆に、十分に近い時間で別の治療法と同時投与される。いくつかの実施形態において、該組成物は、1以上の追加の治療薬の前に投与される。いくつかの実施形態においては、該組成物は、1以上の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの実施形態においては、1以上の追加の薬剤には、持続性を高めるために、例えばIL-2などのサイトカインが含まれる。いくつかの実施形態においては、本方法は、化学療法剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態においては、本方法は、化学療法剤を投与することを含まない。
【0104】
いくつかの実施形態においては、該組成物は、免疫チェックポイント抗体(例えば、抗PD1抗体、抗CTLA-4抗体、または抗PDL1抗体)と組み合わせて対象に投与され得る。例えば、ウイルスベクターは、例えばPD-1(プログラムデス1タンパク質)を標的とする抗体または抗体フラグメントと組み合わせて投与され得る。抗PD-1抗体の例には、ペムブロリズマブ(KEYTRUDA(登録商標)、以前はランブロリズマブ、MK-3475としても知られている)、及びニボルマブ(BMS-936558、MDX-1106、ONO-4538、OPDIVA(登録商標))またはその抗原結合断片が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、該組成物は、抗PD-L1抗体またはその抗原結合断片と組み合わせて投与され得る。抗PD-L1抗体の例には、BMS-936559、MPDL3280A(TECENTRIQ(登録商標)、アテゾリズマブ)、及びMEDI4736(デュルバルマブ、イムフィンジ)が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、組成物は、抗CTLA-4抗体またはその抗原結合断片と組み合わせて投与され得る。抗CTLA-4抗体の例としては、イピリムマブ(商品名Yervoy)が挙げられるが、これに限定されない。小分子、siRNA、miRNA、及びCRISPRシステムを含むがこれらに限定されない、他のタイプの免疫チェックポイント調節因子も使用し得る。免疫チェックポイント調節因子は、ウイルスベクターの前、後、またはウイルスベクターと同時に投与することができる。いくつかの実施形態においては、免疫チェックポイント調節因子を含む併用療法は、本明細書に提供される組成物を含む療法の治療効果を増大させ得る。他の治療薬は、本明細書で提供されるベクターを対象に投与すると同時に、投与する前、または投与した後に投与することができる。
【0105】
いくつかの実施形態においては、対象には二次治療が提供される。二次治療には、化学療法、放射線、手術、薬物療法が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態においては、対象には二次治療が提供されない。
【0106】
いくつかの実施形態においては、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療する方法が提供され、この方法は、本明細書で提供されるウイルス粒子(複数可)などの組成物のいずれかを対象に投与することを含む。いくつかの実施形態においては、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法が提供され、この方法は、本明細書に開示される方法のいずれか1つによって生成された組成物を対象に投与することを含む。
【0107】
いくつかの実施形態において、目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、操作されたウイルス粒子が、組換えエボラウイルス糖タンパク質を含む操作されたエンベロープ、またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するために操作された標的部分;目的の分子をコードする核酸を含み;及び操作されたウイルス粒子の投与により、目的の分子をコードする核酸分子が細胞に送達される、方法が提供される。
【0108】
いくつかの実施形態において、目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、操作されたウイルス粒子が、標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質を含む操作されたエンベロープ、及びgag-polタンパク質を含み、該標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質は、配列番号5~9に記載のアミノ酸配列、目的の分子をコードする核酸を有し、及び操作されたウイルス粒子の投与によって、目的の分子をコードする核酸分子が送達される、方法が提供される。
【0109】
いくつかの実施形態において、目的のペプチドを抗原提示細胞(「APC」)などの標的細胞に送達する方法であって、標的細胞に結合するために本明細書に記載される操作されたウイルス粒子をAPCと接触させ、それによって目的のペプチドをAPCに送達することを含む方法が提供される。
【0110】
薬学的組成物及び製剤
本明細書に開示される組成物は、医薬組成物を含むことができ、例えば、薬学的に許容される担体及び/または医薬製剤を含む。
【0111】
「医薬製剤」という用語は、調製物の中に含有される活性成分の生物活性が有効になるような形態であり、製剤が投与されるであろう対象にとって許容できないほど有毒である追加の構成成分を何ら含有しない、調製物を指す。「薬学的に許容される担体」とは、対象に対して非毒性である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体としては、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または保存剤が挙げられる。いくつかの態様においては、担体の選択は、特定の細胞及び/または投与方法によって部分的に決定される。したがって、さまざまな適切な製剤が存在する。例えば、医薬組成物は保存剤を含むことができる。適切な保存剤としては、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、及び塩化ベンザルコニウムが挙げられる。いくつかの態様においては、2つ以上の保存剤の混合物が使用される。保存剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.0001重量%~約2重量%の量で存在する。担体は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.(1980)に記載されている。薬学的に許容される担体は、一般に、用いられる投薬量及び濃度で、受容者に対して非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸等の緩衝液;アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤;保存剤(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム;塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール;メチルもしくはプロピルパラベン等のアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;及びm-クレゾール等);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免役グロブリン等のタンパク質;ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸;単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTA等のキレート剤;ショ糖、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトール等の糖類;ナトリウム等の塩形成対イオン;金属複合体(例えば、Zn-タンパク質複合体);及び/またはポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤が含まれるが、これらに限定されない。
【0112】
いくつかの態様においては、緩衝剤が組成物中に含まれる。適切な緩衝剤としては、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、及び他のさまざまな酸及び塩が挙げられる。いくつかの態様においては、2つ以上の緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.001重量%~約4重量%の量で存在する。投与可能な医薬組成物を調製する方法は既知である。例示的な方法は、例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams & Wilkins;21st ed.(May 1,2005)に詳細が記載されている。
【0113】
製剤は、水溶液を含むことができる。本明細書における組成物及び製剤は、該組成物にて治療される特定の兆候、疾患、または症状に有用な1つより多くの活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない該組成物に相補的な活性を有するものも含有し得る。かかる活性成分は、好適には、意図される目的のために有効な量で組み合わせで存在する。したがって、いくつかの実施形態においては、医薬組成物は、化学療法剤、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン及び/またはビンクリスチンなどの他の薬学的に活性な薬剤または薬物をさらに含む。いくつかの実施形態における医薬組成物は、疾患または症状を治療または予防するのに有効な量、例えば治療有効量または予防有効量で組成物を含有する。いくつかの実施形態における治療効果または予防効果は、治療対象の定期的な評価によって監視される。所望の用量は、組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回のボーラス投与によって、または組成物の連続点滴投与によって送達され得る。いくつかの実施形態においては、医薬組成物は化学療法剤を含まない。
【0114】
製剤には、経口、静脈内、腹腔内、皮下、肺、経皮、筋肉内、鼻腔内、口腔内、舌下、または座薬投与用の製剤が含まれる。いくつかの実施形態において、該組成物は、非経口的に投与される。本明細書で使用する「非経口」という用語には、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、膣、及び腹腔内投与が含まれる。いくつかの実施形態においては、組成物は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。いくつかの実施形態における組成物は、滅菌液体調合剤、例えば等張水溶液、懸濁液、乳濁液、分散液、または粘性組成物として提供され、いくつかの態様においては選択されたpHに緩衝され得る。液体調合剤は、通常、ゲル、他の粘性組成物、及び固体組成物よりも調製が容易である。追加的に、液体組成物は、特に注射によって、ある程度より便利に投与することができる。一方で粘性組成物は、特定の組織とのより長い接触期間を提供するために、適切な粘度範囲内で製剤化され得る。液体または粘性組成物は、例えば、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど)及びそれらの好適な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る担体を含み得る。
【0115】
殺菌注射溶液は、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどの好適な担体、希釈剤、または賦形剤と混合して、溶媒に該組成物を組み入れることによって調製され得る。組成物は、投与経路及び所望する調製に応じて、湿潤剤、分散剤、または乳化剤(例えば、メチルセルロース)、pH緩衝剤、ゲル化剤または増粘剤、保存剤、香味剤、及び/または着色料などの補助物質を含むことができる。いくつかの態様においては、適切な調合剤を調製するために標準テキストが参照される場合がある。
【0116】
抗菌保存剤、抗酸化剤、キレート剤、及び緩衝剤を含む、組成物の安定性及び無菌性を高めるさまざまな添加剤を添加することができる。微生物の作用の予防は、種々の抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸等によって確実にすることができる。注射可能な薬学的形態の持続的吸収は、吸収を遅らせる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンの使用によってもたらすことができる。
【0117】
体内投与のために使用されるべき製剤は、一般に滅菌されている。滅菌状態は、例えば、滅菌濾過膜を通じた濾過によって、容易に遂行され得る。
【0118】
本明細書で述べられるか引用される刊行物、特許、及び特許出願、及びすべての他の書面及び電子的に入手可能な情報は、それぞれ個々の刊行物が参照により組み込まれることが具体的かつ個々に示されると同じ程度に、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる。出願人は、このようないずれの刊行物、特許、特許出願、または他の物理的及び電子的文書に由来するあらゆる資料及び情報を本明細書に物理的に援用する権利を留保する。
【0119】
本発明を、その特定の実施形態を参照して説明してきたが、当業者は、本発明の真の主旨及び範囲から逸脱することなく、さまざまな変更が行われてもよく、均等物に置き換えられてもよいことを理解されたい。本明細書に開示される実施形態の範囲から逸脱することなく、本明細書に記載される方法の他の適切な修正及び適応が、適切な等価物を使用して行われ得ることは、当業者には容易に明らかであろう。また、特定の状態、材料、物質の組成、プロセス、単数または複数のプロセスステップを、本発明の目的、主旨、及び範囲に適応させるために、多くの修正が行われてもよい。すべてのそのような修飾は、ここに添付される特許請求の範囲内であることが意図される。いくつかの実施形態を詳細に説明してきたが、以下の実施例を参照することにより、同様のことがさらに明確に理解されるであろうが、これらは例示のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
【0120】
いくつかの実施形態においては、本明細書に記載の細胞を含む医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態においては、細胞に結合した、本明細書に記載の操作されたウイルス粒子を含む医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態において、該細胞は、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である。いくつかの実施形態においては、該細胞は単離された細胞である。いくつかの実施形態においては、本明細書に記載の操作されたウイルスベクターを含む医薬組成物が提供される。
実施形態の列挙リスト
1.以下を含む操作されたウイルス粒子:
i.組換えエボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープ;及び
ii.目的のポリペプチドをコードする核酸。
2.前記標的部分が前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、実施形態1に記載の操作されたウイルス粒子。
3.前記ウイルス粒子がレンチウイルスである、実施形態1または2のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
4.前記ウイルス粒子が前記組換えエボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、実施形態1~3のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
5.前記偽型化されたウイルス粒子が偽型化されたレンチウイルスである、実施形態4に記載の操作されたウイルス粒子。
6.前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号1と比較して欠失、突然変異、またはそれらの任意の組み合わせを含む配列を含む、実施形態1~5のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
7.前記欠失が、グリカンキャップアミノ酸配列、ムチン様ドメイン(MLD)アミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせのアミノ酸欠失を含む、実施形態6に記載の操作されたウイルス粒子。
8.前記欠失がグリカンキャップアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、実施形態6または7のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
9.前記欠失がMLDアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、実施形態6または7のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
10.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、実施形態6~9のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
11.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、または232~306からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列の欠失を含む、実施形態6~10のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
12.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置305~484、または305~497からの、またはそれらの間のMLDアミノ酸配列の欠失を含む、実施形態6~10のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
13.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、実施形態6~10のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
14.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む、実施形態6~13のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
15.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む、実施形態6~14のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
16.前記突然変異が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに、標的部分アミノ酸配列の挿入を含む、実施形態6に記載の操作されたウイルス粒子。
17.前記突然変異が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸挿入を含む、実施形態6または16のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
18.前記突然変異が以下を含む、実施形態6または16~17のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子:
配列番号1と比較して、位置213~306からの、または位置213~306の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置305~484からの、または位置305~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置213~484からの、または位置213~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置213~497からの、または位置213~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;または
配列番号1と比較して、位置232~497からの、または位置232~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること。
19.前記標的部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態1~18のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
20.前記標的部分が、ペプチドリンカーなどのリンカーを介して前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、実施形態1~19のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
21.前記リンカーが、配列番号3または4に記載の配列を有する、実施形態20に記載の操作されたウイルス粒子。
22.前記標的部分が、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される、実施形態1~21のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
23.前記標的部分がCD8結合部分である、実施形態1~22のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
24.前記CD8結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態23に記載の操作されたウイルス粒子。
25.前記CD8結合部分が抗CD8 DARPinである、実施形態23または24のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
26.前記抗CD8 DARPinが配列番号2に記載の配列を含む、実施形態25に記載の操作されたウイルス粒子。
27.前記標的部分がCD7結合部分である、実施形態1~22のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
28.前記CD7結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態27に記載の操作されたウイルス粒子。
29.前記CD7結合部分が抗CD7 DARPinである、実施形態27または28のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
30.以下を含む操作されたウイルス粒子:
i.標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質と、gag-polタンパク質とを含む操作されたエンベロープであって、標的部分に融合または連結された前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号5~9に記載のアミノ酸配列を有する、前記操作されたエンベロープ;及び
ii.目的のポリペプチドをコードする核酸。
31.前記ウイルス粒子がレンチウイルスである、実施形態30に記載の操作されたウイルス粒子。
32.前記レンチウイルスが前記エボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、実施形態30または31のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
33.前記目的のポリペプチドがキメラ抗原受容体(CAR)、抗原、酵素、ヘモグロビンβ鎖などのタンパク質である、実施形態1~32のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子。
34.エボラウイルス糖タンパク質に融合または連結された標的部分を、前記グリカンキャップ、及び/または前記エボラウイルス糖タンパク質の前記MLDの代わりに含むポリペプチド分子。
35.前記標的部分が、ペプチドリンカーなどのリンカーを介して前記エボラウイルス糖タンパク質に融合または連結されている、実施形態34に記載のポリペプチド。
36.前記リンカーがグリシン/セリンリンカーである、実施形態34または35のいずれか1つに記載のポリペプチド。
37.前記リンカーが配列番号3または4に記載の配列を有する、実施形態34~36のいずれか1つに記載のポリペプチド。
38.前記標的部分が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、及び232~497からの、またはそれらの間の位置で前記エボラウイルス糖タンパク質に融合されている、実施形態34~37のいずれか1つに記載のポリペプチド。
39.前記標的部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態34~38のいずれか1つに記載のポリペプチド。
40.前記標的部分が、幹細胞因子タンパク質(SCF、KITリガンド、KL、またはスチール因子)、またはcKit(CD117)、CD4、CD8、CD3、CD5、CD6、CD7、CD2、TCRアルファ、TCRベータ、TCRガンマ、TCRデルタ、CD10、CD34、CD14、CD68、CCR7、CD62L、CD25、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CXCR3、CD39、CD73、CTLA-4、GITR、LAG-3、LRRC32、Neurophili-1、及びCX3CR1に結合する部分からなる群から選択される、実施形態34~39のいずれか1つに記載のポリペプチド。
41.前記標的部分がCD8結合部分である、実施形態34~40のいずれか1つに記載のポリペプチド。
42.前記CD8結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態41に記載のポリペプチド。
43.前記CD8結合部分が抗CD8 DARPinである、実施形態37または38のいずれか1つに記載のポリペプチド。
44.前記抗CD8 DARPinが配列番号2に記載の配列を含む、実施形態39に記載のポリペプチド。
45.前記標的部分がCD7結合部分である、実施形態34~40のいずれか1つに記載のポリペプチド。
46.前記CD7結合部分が、scFv、抗原結合ドメイン、VHH、DARPin、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アプタマー、アルマジロリピートタンパク質ベースの足場、アトリマー、アビマー、フィノマー、ノッチン、クニッツドメインペプチド、モノボディ、ナノフィチン、またはそれらの任意の組み合わせである、実施形態45に記載のポリペプチド。
47.前記CD7結合部分が抗CD7 DARPinである、実施形態45または46のいずれか1つに記載のポリペプチド。
48.ペプチドリンカーなどのリンカーを介して標的部分に融合されたEBOV GPまたはその変異体を含み、配列番号5~9に記載の配列を有するポリペプチド分子。
49.目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、前記方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が:
組換えエボラウイルス糖タンパク質またはその変異体、gag-polタンパク質、及び前記標的細胞に結合するための操作された標的部分を含む操作されたエンベロープ;
前記目的の分子をコードする核酸を含み、
前記操作されたウイルス粒子の前記投与は、前記目的の分子をコードする前記核酸分子を前記細胞に送達する、前記方法。
50.前記ウイルス粒子が前記エボラウイルス糖タンパク質で偽型化されている、実施形態49に記載の方法。
51.前記偽型化ウイルス粒子が偽型化レンチウイルスである、実施形態50に記載の方法。
52.前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号1と比較して欠失、突然変異、またはそれらの任意の組み合わせを含む配列を含む、実施形態51に記載の方法。
53.前記欠失が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせのアミノ酸欠失を含む、実施形態52に記載の方法。
54.前記欠失がグリカンキャップアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、実施形態52または53のいずれか1つの方法。
55.前記欠失がMLDアミノ酸配列のアミノ酸欠失を含む、実施形態52~54のいずれか1つに記載の方法。
56.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、実施形態52~55のいずれか1つに記載の方法。
57.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、または232~306からの、またはそれらの間のグリカンキャップ配列の欠失を含む、実施形態52~56のいずれか1つに記載の方法。
58.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置305~484、または305~497からの、またはそれらの間のMLDアミノ酸配列の欠失を含む、実施形態52~57のいずれか1つに記載の方法。
59.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のグリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの欠失を含む、実施形態52~58のいずれか1つに記載の方法。
60.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間のアミノ酸欠失を含む、実施形態52~59のいずれか1つに記載の方法。
61.前記欠失が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の任意の位置のアミノ酸欠失を含む、実施形態52~60のいずれか1つに記載の方法。
62.前記突然変異が、グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの任意の組み合わせの代わりに標的部分アミノ酸配列の挿入を含む、実施形態52に記載の方法。
63.前記突然変異が、配列番号1と比較して、位置213~306、305~484、213~484、213~497、または232~497からの、またはそれらの間の前記グリカンキャップアミノ酸配列、MLDアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせの代わりに標的部分アミノ酸配列を挿入することを含む、実施形態52または62のいずれか1つに記載の方法。
64.突然変異が以下を含む、実施形態52または63のいずれか1つの方法:
配列番号1と比較して、位置213~306からの、または位置213~306の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置305~484からの、または位置305~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置213~484からの、または位置213~484の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;
配列番号1と比較して、位置213~497からの、または位置213~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること;または
配列番号1と比較して、位置232~497からの、または位置232~497の間のアミノ酸配列の代わりに、標的部分アミノ酸配列を挿入すること。
65.前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態52に記載の方法。
66.目的の分子を標的細胞にインビボ送達する方法であって、前記方法は、送達を必要とする対象に操作されたウイルス粒子を投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が、
標的部分に融合または連結されたエボラウイルス糖タンパク質と、gag-polタンパク質とを含む操作されたエンベロープであって、前記標的部分に融合または連結された前記エボラウイルス糖タンパク質が、配列番号5~9に記載のアミノ酸配列を有し;及び
目的の分子をコードする核酸を含み、
前記操作されたウイルス粒子の前記投与は、前記目的の分子をコードする前記核酸分子を前記細胞に送達する、前記方法。
67.前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態66に記載の方法。
68.目的のペプチドを抗原提示細胞(「APC」)などの標的細胞に送達する方法であって、
標的細胞に結合するための実施形態1~29のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子をAPCと接触させ、それによって前記目的のペプチドを前記APCに送達すること、を含む、前記方法。
69.前記標的細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態68に記載の方法。
70.実施形態1~33のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子によってコードされる前記目的のポリペプチドを含む細胞。
71.前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態70に記載の細胞。
72.実施形態70に記載の細胞を含む医薬組成物。
73.細胞に結合した実施形態1~33のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子を含む組成物。
74.前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態73に記載の組成物。
75.前記細胞が単離された細胞である、実施形態73または74のいずれか1つに記載の組成物。
76.実施形態1~33のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子を含む医薬組成物。
77.対象における疾患を治療する方法であって、前記方法は、実施形態1~33のいずれか1つに記載の操作されたウイルス粒子を前記対象に投与することを含み、前記操作されたウイルス粒子が細胞内で前記目的のポリペプチドを発現する、前記方法。
78.前記疾患が、本明細書に提供されている実施形態77に記載の方法。
79.前記細胞が、T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CD197+ T細胞、CD62L+ T細胞、CD25+ T細胞、CD152+ T細胞、NK細胞、CD16+ NK細胞、CD56+ NK細胞、アルファ-ベータT細胞、ガンマ-デルタT細胞、リンパ前駆細胞、造血幹細胞(HSC)、CD34+ HSC、CD117+ HSC、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、疲弊したTIL、CD279+ TIL、CD366+ TIL、CD223+ TIL、骨髄細胞、単球、マクロファージ、セントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞、活性化T細胞、制御性T細胞(Treg)、またはT-細胞CD8+CCR7+である、実施形態77または78に記載の方法。
【実施例】
【0121】
実施形態は、次の実施例を参照して記載される。これらの実施例は、例示の目的のために提供されるにすぎず、実施形態は、これらの実施例に限定されないが、むしろ、本明細書に提供される教示の結果として明白であるすべての変形を包含する。
【0122】
実施例1:プラスミドと配列の生成。
すべてのエボラウイルスの配列は、参照株Ebola Zaire Mayinga 1976(受入番号NC002549)に基づいている。エボラの配列は、ヒト発現用のコドン最適化を使用してGenScript(Piscataway,NJ)によって合成された。さまざまなエボラウイルス糖タンパク質アミノ酸の欠失が本明細書に提供されている。特定の細胞標的に結合するタンパク質が、エボラウイルス糖タンパク質の欠失領域に挿入され、グリシン-セリンリンカー(G4S)が隣接している。使用された特定の標的に結合するタンパク質の例は、ヒトCD8に結合するDARPIN(PMID:32160795 DOI:10.1089/hum.2019.248からのDp53F6配列)であったが、これに限定されない。任意の結合ドメインを標的部分として挿入し得る。得られた組換えエボラGPは、CMVプロモーターの指示下で発現された。
【0123】
実施例2:操作されたレンチウイルス粒子の生成。
表面に組み込まれたエボラウイルス糖タンパク質を発現する組換えレンチウイルス粒子は、リポフェクタミン3000(ThermoFisher Scientific)を使用したHEK293T細胞へのプラスミドトランセクションによって生成された。合計4つのプラスミドをトランスフェクトした:(1)エボラウイルス糖タンパク質を発現するプラスミド、(2)eGFPを発現するレンチウイルスゲノム、(3)gag-polを発現するプラスミド、(4)revを発現するプラスミド。トランスフェクションの6時間後に培地を交換し、48時間後に細胞を回収した。トランスフェクション後、HEK293Tプロデューサー細胞を抗エボラGP抗体(Absolute Antibody,Wilton,UK,00690-23.0,クローンKZ52)で染色し、エボラGPが細胞表面に発現していることを確認した。培地中のウイルスをショ糖クッションによる遠心分離によって濃縮し、PBSに再懸濁した。レンチウイルス粒子力価は、Lenti-X p24 Rapid Titer Kit(Takara Bio,San Jose,CA)を使用して測定された。
【0124】
実施例3:MLDの代わりにDARPinが挿入されたエボラウイルス糖タンパク質は、天然様立体配座で発現される。
HEK293T細胞を10% FBSを含むDMEM中で増殖させた。SupT1細胞は10%FBSを含むRPMI培地で維持された。濃縮レンチウイルスの一連の3倍希釈(細胞培養培地中)を実行し、HEK293T細胞及びSupT1の感染に使用した。24時間後に培地を交換し、形質導入後4日目及び7日目に、形質導入された細胞をフローサイトメトリーによって分析した。細胞を抗CD8抗体で染色し、CD8陽性細胞(BV421マウス抗ヒトCD8、クローンRPA-T8,BD Biosciences)とGFP発現を検出した。細胞生存率も測定された。ウイルスを含有する上清を採取した直後に、トランスフェクトされた293T細胞を再懸濁し、抗エボラウイルス糖タンパク質モノクローナル抗体KZ52を使用して染色した。この中和抗体は、融合前三量体のみに見られる立体配座エピトープを認識し、この結果、適切に折り畳まれた糖タンパク質(PMID:18615077)の高感度指標として機能する(
図1A)。予想通り、野生型エボラウイルス糖タンパク質を発現する細胞は、VSV-Gを発現する細胞と比較して陽性に染色された(
図1B)。MLDの代わりにCD8特異的DARPin dp53F6が挿入された構築物でトランスフェクトした細胞も陽性染色を示し、このキメラ糖タンパク質の発現と適切な折り畳みが実証された。対照的に、この同じDARPinをさまざまな長さのグリカンキャップを持つ糖タンパク質にクローニングし、MLDを除去した構築物では、染色が減少した。グリカンキャップは、糖タンパク質の基部にあるNPC1結合ポケットを折り畳んで早期の誘発を防ぐことが示されている。これと一致して、グリカンキャップのこの部分(位置232を通じて)が保持されると、糖タンパク質の染色が増加した。
【0125】
実施例4:CD8-DARPinを挿入すると、エボラウイルス糖タンパク質にSupT1細胞に侵入する能力が与えられる。
CD8-DARPinを挿入すると、エボラウイルス糖タンパク質にSupT1細胞に侵入する能力が与えられる。293T細胞から採取したレンチウイルスを濃縮し、スクロースクッションを通して精製し、ウイルスの希釈液を使用してCD8+ SupT1細胞株に形質導入した。形質導入の4日後に、形質導入効率の尺度としてフローサイトメトリーによりGFPを定量した(
図2)。野生型エボラウイルス糖タンパク質はこれらの細胞に感染したり形質導入を仲介したりできなかったが(
図3、PMID:10775638)、MLDの代わりにCD8を標的とするDARPINを含むエボラ構築物は効率的な形質導入を示した。形質導入効率の順位は、
図1で観察されたGP発現量と一致した。
【0126】
実施例5:CD8-DARPinの挿入は、天然のエボラウイルス糖タンパク質指向性を無効にしない。
CD8-DARPinの挿入は、天然のエボラウイルス糖タンパク質指向性を無効にしない。CD8+ SupT1細胞の形質導入と並行して、同じウイルス調製物を使用してCD8-293T細胞を形質導入した(
図3)。野生型エボラウイルス糖タンパク質はこれらの細胞に効率的に形質導入され、エボラウイルス糖タンパク質偽型(PMID:10775638)の既知の指向性と一致した。MLD構築物は、野生型糖タンパク質よりも顕著な強化を示した。しかし、293T細胞は一様にCD8陰性であるため、これがCD8-DARPinによって駆動される可能性は低い。以前の報告では、MLD(PMID:14599811)を除去するとエボラウイルス糖タンパク質の感染性が増強されることが実証されているため、次の実験における重要な対照は、CD8-DARPinを欠く同一の構築物である。ただし、SupT1細胞で観察された増強は、MLD除去のみによって媒介される可能性は低く、293T細胞での粒子:感染性の比は、CD8+ SupT1細胞で約2,000倍高かったのと比較して、MLD構築物では約17倍高かったのに過ぎなかったからである(表1)。
【表1】
【0127】
本明細書に記載される例は、例示的なものであり、実施形態の範囲を限定することを意図したものではなく、また、限定するために使用されるべきではない。あらゆる参考文献、出版物、受入番号、特許、文書などは、その意図された目的のために、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0128】
この説明は、説明される特定のプロセス、組成物、または方法論に限定されず、これらは変更される可能性がある。本明細書において使用される用語は、特定の版または実施形態を記述することのみを目的としており、本明細書に記載する実施形態の範囲を制限するものではない。他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。場合によっては、一般に理解されている意味を有する用語が、明確にするため、及び/または容易に参照できるように本明細書で定義されており、そのような定義を本明細書に含めることは、必ずしも当技術分野で一般に理解されているものとの実質的な違いを表すと解釈されるべきではない。ただし、矛盾がある場合には、定義を含む特許明細書が優先される。
【0129】
前述から、本開示のさまざまな実施形態が本明細書で例証の目的で記載されているが、本開示の範囲及び主旨から逸脱することなく種々の修飾が行われてもよいことが理解されるであろう。したがって、本明細書に開示されるさまざまな実施形態は、限定を意図するものではない。
【配列表】
【国際調査報告】