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特表2024-539188肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療するための組成物及び方法

書誌要約請求の範囲詳細な説明課題実施例実施するための形態図面の説明

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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-10-28

(54)【発明の名称】肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療するための組成物及び方法

(51)【国際特許分類】

A61K 39/12 20060101AFI20241018BHJP

A61P 1/00 20060101ALI20241018BHJP

A61K 48/00 20060101ALI20241018BHJP

A61P 37/04 20060101ALI20241018BHJP

A61P 31/20 20060101ALI20241018BHJP

A61K 31/7088 20060101ALI20241018BHJP

A61K 39/39 20060101ALI20241018BHJP

A61K 31/711 20060101ALI20241018BHJP

C12N 15/37 20060101ALN20241018BHJP

【ＦＩ】

A61K39/12

A61P1/00

A61K48/00

A61P37/04

A61P31/20

A61K31/7088

A61K39/39

A61K31/711

C12N15/37 ZNA

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024523770

(86)(22)【出願日】2022-10-21

(85)【翻訳文提出日】2024-06-18

(86)【国際出願番号】 US2022078551

(87)【国際公開番号】W WO2023070109

(87)【国際公開日】2023-04-27

(31)【優先権主張番号】63/270,929

(32)【優先日】2021-10-22

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】509320254

【氏名又は名称】イノビオファーマシューティカルズ，インコーポレイティド

(74)【代理人】

【識別番号】100099759

【弁理士】

【氏名又は名称】青木篤

(74)【代理人】

【識別番号】100123582

【弁理士】

【氏名又は名称】三橋真二

(74)【代理人】

【識別番号】100117019

【弁理士】

【氏名又は名称】渡辺陽一

(74)【代理人】

【識別番号】100141977

【弁理士】

【氏名又は名称】中島勝

(74)【代理人】

【識別番号】100138210

【弁理士】

【氏名又は名称】池田達則

(74)【代理人】

【識別番号】100225598

【弁理士】

【氏名又は名称】桐島拓也

(72)【発明者】

【氏名】チエンイェン

(72)【発明者】

【氏名】チョンジョセフキム

(72)【発明者】

【氏名】プラカシュブーヤン

(72)【発明者】

【氏名】ジェフリースコルニック

【テーマコード（参考）】

4C084

4C085

4C086

【Ｆターム（参考）】

4C084AA13

4C084MA66

4C084NA14

4C084ZA66

4C084ZB09

4C084ZB33

4C085AA02

4C085AA38

4C085BA51

4C085CC32

4C085CC40

4C085EE01

4C085FF21

4C085GG03

4C086AA01

4C086AA02

4C086EA16

4C086MA01

4C086MA04

4C086MA66

4C086NA14

4C086ZA66

4C086ZB09

4C086ZB33

(57)【要約】

肛門高悪性度扁平上皮内病変の治療及び予防のための抗ＨＰＶ免疫原及びそれらをコードする核酸分子の使用が開示される。薬学的組成物、ＤＮＡプラスミドを含む組換えワクチン、及び弱毒生ワクチン、並びに肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療又は予防するために免疫応答を誘導する方法が開示される。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

個体における肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療又は予防するための方法であって、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１６抗原及びＨＰＶ１８抗原からなる群から選択される少なくとも１つをコードする少なくとも１つの核酸分子を含む組成物を前記個体に投与することを含む、方法。

【請求項2】

前記ＨＰＶ１６抗原が、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原である、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記ＨＰＶ１６抗原が、配列番号５のアミノ酸配列及び配列番号６のアミノ酸配列を含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項4】

前記ＨＰＶ１６抗原が、配列番号１７のヌクレオチド配列及び配列番号１９のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項5】

前記ＨＰＶ１８抗原が、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項6】

前記ＨＰＶ１８抗原が、配列番号２１のアミノ酸配列及び配列番号２２のアミノ酸配列を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項7】

前記組成物が、ＨＰＶ１６抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子及びＨＰＶ１８抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】

前記核酸分子が、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

前記核酸分子が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項８に記載の方法。

【請求項10】

前記核酸分子が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項８に記載の方法。

【請求項11】

前記核酸分子が、
配列番号１のヌクレオチド１９～７９５を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１のヌクレオチド１～７９５を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号１の断片と、
配列番号１の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

前記核酸分子が、配列番号１と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１１に記載の方法。

【請求項13】

前記核酸分子が、配列番号１と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１１に記載の方法。

【請求項14】

前記ＨＰＶ１８抗原が、配列番号２３のヌクレオチド配列及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項15】

前記核酸分子が、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の方法。

【請求項16】

前記核酸分子が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１５に記載の方法。

【請求項17】

前記核酸分子が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１５に記載の方法。

【請求項18】

前記ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記核酸分子が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含み、前記ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含むか、又は前記ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含み、前記ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項19】

前記核酸分子が、
配列番号９のヌクレオチド１～７８０を含むヌクレオチド配列と、
配列番号９を含むヌクレオチド配列と、
配列番号９と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号９の断片と、
配列番号９の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の方法。

【請求項20】

前記核酸分子が、配列番号９と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項21】

前記核酸分子が、配列番号９と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項22】

前記少なくとも１つの核酸分子が、少なくとも１つのプラスミドを含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項23】

前記組成物が、薬学的組成物である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項24】

前記個体に、アジュバントを含む組成物を投与することを更に含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項25】

前記個体に、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子及びＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を投与することを含み、
前記ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片、及び配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択され、
前記ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片、及び配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択される、請求項７に記載の方法。

【請求項26】

前記核酸分子を前記個体に投与することが、エレクトロポレーションを含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項27】

前記組成物が、筋肉内に投与される、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

前記組成物が、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーを含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項29】

前記組成物が、３回又は４回用量で投与される、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項30】

前記組成物の第２の用量が、第１の用量の約４週間後に投与される、請求項２９に記載の方法。

【請求項31】

第３の用量が、前記第１の用量の約１２週間後に投与される、請求項２９に記載の方法。

【請求項32】

第４の用量が、前記第１の用量の約４０週間後に投与される、請求項２９に記載の方法。

【請求項33】

前記ＨＳＩＬが、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬである、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。

【請求項34】

前記リーダー配列が、配列番号７のアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載の方法。

【請求項35】

前記リーダー配列が、配列番号１１のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、請求項１８に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年１０月２２日に出願された米国仮特許出願第６３／２７０，９２９号の利益を主張するものであり、その開示は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。

【0002】

本発明は、改善されたワクチン、免疫応答を誘導するため、かつ肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）に対して個体を予防的及び／又は治療的に免疫化するための改善された方法に関する。

【背景技術】

【0003】

肛門扁平上皮内病変は、低悪性度扁平上皮内病変（ＬＳＩＬ）及び高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）の両方を含み、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）による慢性感染によって引き起こされる。肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）の現在の管理は、困難であり、未治療のＨＳＩＬが扁平上皮がんに進行し得るという重要な証拠が存在する。

【0004】

したがって、当該技術分野では、肛門ＨＳＩＬの治療又は予防のための改善された組成物及び方法に対する必要性が存在する。本発明は、この満たされていない必要性を満たす。

【発明の概要】

【0005】

本発明の態様は、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原、又はそれらの組み合わせを含む、少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む組成物、及び肛門高悪性度扁平上皮内病変の治療又は予防のためのその使用を提供する。

【0006】

別の態様は、配列番号２をコードするヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＰＶ６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列は、５’末端にリーダー配列を有しない。

【0007】

本発明の別の態様では、以下からなる群から選択されるＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物が提供される：配列番号１、配列番号１と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１の断片、配列番号１の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列。いくつかの実施形態では、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列は、５’末端にリーダー配列を有しない。

【0008】

別の態様は、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＰＶ６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列は、５’末端におけるリーダー配列をコードするヌクレオチドを更に含む。

【0009】

本発明の別の態様では、以下からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物が提供される：配列番号９、配列番号９と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号９の断片、配列番号９の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列。いくつかの実施形態では、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列は、５’末端におけるリーダー配列をコードするヌクレオチドを更に含む。

【0010】

提供されるヌクレオチド配列は、プラスミドであり得る。

【0011】

追加の態様では、開示されるヌクレオチド配列を含む薬学的組成物が提供される。

【0012】

いくつかの態様では、個体における有効な免疫応答を誘導することによって、個体における肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療又は予防する方法であって、当該個体に、提供されるヌクレオチド配列のうちの１つ以上を含む組成物を投与することを含む、方法が存在する。方法は、好ましくは、提供されるヌクレオチド配列をエレクトロポレーションによって個体に導入するステップを含む。

【図面の簡単な説明】

【0013】

【図1-1】本研究の研究設計を描画する。

【図1-2】本研究の研究設計を描画する。

【図2】３６週目及び６４週目のワクチンの有効性についてのデータを提供する。

【図3】ＶＧＸ－３１００がＨＰＶ１６抗原及びＨＰＶ１８抗原の両方に対する細胞免疫応答を誘導することを実証するデータを提供する。

【図4】ＶＧＸ－３１００がＨＰＶ１６Ｅ７抗原及びＨＰＶ１８Ｅ７抗原に対する体液性免疫応答を誘導することを実証するデータを提供する。

【図5】ＶＧＸ－３１００ワクチンの安全性についてのデータを提供する。

【発明を実施するための形態】

【0014】

定義
開示される方法は、本開示の一部を形成する以下の詳細な説明を参照することによって、より容易に理解され得る。開示される方法は、本明細書に記載される、及び／又は記載される具体的な方法に限定されず、本明細書で使用される用語は、例のみとして特定の実施形態を説明する目的のためであり、特許請求される方法の制限であることを意図しないことを理解されるべきである。

【0015】

特に別段明記しない限り、可能性のある作用機序若しくは作用モード、又は改善の理由に関する任意の説明は、例解のみを意図し、開示された方法は、任意のそのような提案された作機序若しくは作用モード、又は改善の理由の正確性又は不正確性によって制約されるものではない。

【0016】

値が近似値として表現される場合、「約」という先行詞を使用することによって、特定の値は別の実施形態を形成することが理解されるであろう。特定の数値への参照は、文脈が別段に明示しない限り、少なくともその特定の値を含む。

【0017】

明確にするために、別個の実施形態の文脈において本明細書に記載される開示される方法のある特定の特徴もまた、単一の実施形態において組み合わせて提供され得ることが理解されるべきである。逆に、簡潔にするために、単一の実施形態の文脈において記載される開示される方法の様々な特徴もまた、別々に、又は任意の副次的組み合わせで提供され得る。

【0018】

本明細書及び特許請求の範囲の全体を通して、本明細書の態様に関する様々な用語が使用される。そのような用語は、別段の指示がない限り、当該技術分野におけるそれらの通常の意味を付与されるものである。他の具体的に定義された用語は、本明細書で提供される定義と一致する様式で解釈されるものである。

【0019】

本明細書で使用される用語は、単に特定の実施形態を記載する目的のためであり、限定することが意図されない。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上別段明らかに指示されない限り、複数の指示対象を含む。

【0020】

本明細書における数値範囲の列挙について、同じ程度の精度でそれらの間に介在する各数値が明示的に企図される。例えば、６～９の範囲については、６及び９に加えて数字７及び８が企図され、６．０～７．０の範囲については、数字６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６，９、及び７．０が明示的に企図される。

【0021】

本明細書で使用される場合、「少なくとも１つ」という用語は、「１つ以上」を意味する。

【0022】

本明細書で使用される場合、本明細書で使用される場合の「対象」又は「個体」という用語は、任意の動物を指すが、特にヒトを指す。したがって、本方法は、ヒト及び非ヒト動物に適用可能であるが、最も好ましくは、ヒトで使用される。「対象」及び「患者」並びに「個人」は、本明細書では互換的に使用される。

【0023】

本明細書で使用される場合、「含む」という用語は、「から本質的になる」及び「からなる」という用語によって包含される例を含むことを意図しており、同様に、「から本質的になる」という用語は、「からなる」という用語によって包含される例を含むことを意図している。

【0024】

本明細書で使用される「アジュバント」は、ＤＮＡプラスミドによってコードされる１つ以上の抗原の抗原性を増強するために本明細書に記載されるＤＮＡプラスミドワクチンに添加され、以下に記載される核酸配列をコードする任意の分子を意味し得る。

【0025】

「抗体」とは、クラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、若しくはＩｇＥの抗体、又はＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、及び一本鎖抗体を含む、それらの断片、断片、若しくは誘導体、ダイアボディ、二重特異性抗体、二官能性抗体、及びそれらの誘導体を意味し得る。抗体は、哺乳動物の血清試料から単離された抗体、ポリクローナル抗体、親和性精製抗体、又はそれらの混合物であり得、これは所望のエピトープ又はそれに由来する配列に対して十分な結合特異性を示す。

【0026】

「抗原」は、ＨＰＶＥ６又はＨＰＶＥ７ドメイン、並びに好ましくは、それらの間に細胞内タンパク質分解切断部位を有するＥ６及びＥ７融合体を有するタンパク質を指す。抗原には、配列番号２（サブタイプ１６）及び配列番号４（サブタイプ１８）、本明細書に記載される長さのその断片、バリアント、すなわち、本明細書に記載される配列番号２又は配列番号４に相同である配列を有するタンパク質、本明細書に記載される長さを有するバリアントの断片、並びにそれらの組み合わせが含まれる。抗原は、配列番号７若しくは配列番号１２のＩｇＥリーダー配列を有し得るか、又は代替的に、Ｎ末端からそのような配列を除去させ得る。抗原は、任意に、他のタンパク質由来のものなどのシグナルペプチドを含み得る。

【0027】

「バイオシミラー」（承認された参照製品／生物学的薬物の、すなわち、参照収載の薬物の）は、（ａ）臨床的に不活性な成分のわずかな差異にもかかわらず、生物学的製品が参照製品と高度に類似していることを示す分析研究、（ｂ）動物研究（毒性の評価を含む）、並びに／又は（ｃ）参照製品が認可され、使用されることが意図され、バイオシミラーについて免許交付が求められる、１つ以上の適切な使用条件で安全性、純度、及び効力を示すのに十分な臨床研究若しくは研究（免疫原性及び薬物動態又は薬力学の評価を含む）から得られるデータに基づいて、安全性、純度、及び効力の点で、バイオシミラーと参照製品との間に臨床的に意味のある差異がなく、臨床的に不活性な成分のわずかな差異にもかかわらず、参照製品と高度に類似している生物学的製品を指す。バイオシミラーは、処方する医療専門家の介入なしに、薬局で参照産物の代わりに置き換えられ得る交換可能な産物であり得る。「交換可能性」の追加の基準を満たすために、バイオシミラーは、任意の所与の患者において参照製品と同じ臨床結果を生じることが予想され、バイオシミラーが個体に２回以上投与される場合、バイオシミラーと参照製品の使用との間の交互又は切り替えの安全性又は有効性の低下の観点からのリスクは、かかる交互又は切り替えなしで参照製品を使用するリスクよりも大きくはない。バイオシミラーは、機序が参照産物について既知の範囲で、提案された使用条件に対して同じ作用機序を利用する。バイオシミラーについて提案されているラベルに規定されているか、推奨されているか、又は提案されている使用条件は、以前に参照産物について承認されている。投与経路、剤形、及び／又はバイオシミラーの強度は、参照産物のものと同じであり、バイオシミラーは、バイオシミラーが安全で、純粋で、強力であり続けることを保証するように設計された基準を満たす施設で製造され、処理され、梱包され、又は保持される。バイオシミラーは、参照産物と比較した場合、例えば、バイオシミラー性能を変化させることが予想されないＮ末端又はＣ末端切断など、アミノ酸配列におけるわずかな修飾を含み得る。

【0028】

本明細書で使用される「コード配列」又は「コード核酸」は、上記セクションｃに記載されるような抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸（ＲＮＡ又はＤＮＡ分子）を指すことを意味し得る。コード配列は、核酸が投与される個体又は哺乳動物の細胞において発現を誘導することができるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む、調節要素に作動可能に連結された開始及び終結シグナルを更に含み得る。コード配列は、シグナルペプチドをコードする配列、例えば、配列番号７又は１２などのＩｇＥリーダー配列を更に含み得る。

【0029】

本明細書で使用される「補体」又は「相補的」は、核酸を意味し得、核酸分子のヌクレオチド又はヌクレオチド類似体間のワトソン－クリック（例えば、Ａ－Ｔ／Ｕ及びＣ－Ｇ）又はフーグスティーン塩基対形成を意味し得る。

【0030】

「断片」は、抗原に対して哺乳動物における免疫応答を誘発することができる抗原のポリペプチド断片を意味し得る。抗原の断片は、各々の場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンあり又はなしで、Ｎ及び／又はＣ末端から少なくとも１つのアミノ酸を欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、特定の全長抗原の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含み得る。断片は、好ましくは、抗原と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同であるポリペプチドの断片を含み、加えて、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドを含み得る。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを更に含み得る。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドは、抗原の断片に連結され得る。

【0031】

抗原をコードする核酸配列の断片は、各々の場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンをコードする配列あり又はなしで、５’及び／又は３’末端から少なくとも１つのヌクレオチドを欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、特定の全長コード配列の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含み得る。断片は、好ましくは、抗原と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同であるポリペプチドをコードする断片を含み、加えて任意に、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドをコードする配列を含み得る。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドのコード配列を更に含み得る。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドをコードするコード配列は、コード配列の断片に連結され得る。

【0032】

２つ以上の核酸又はポリペプチド配列の文脈において本明細書で使用される「同一」又は「同一性」は、配列が、特定の領域にわたって同じである残基の特定のパーセンテージを有することを意味し得る。パーセンテージは、２つの配列を最適に整列させ、２つの配列を特定の領域にわたって比較し、両方の配列において同一の残基が生じる位置の数を決定して、一致した位置の数を得、一致した位置の数を特定の領域における位置の総数で割り、結果を１００乗して、配列同一性のパーセンテージを得ることによって計算され得る。２つの配列が異なる長さを有するか、又はアラインメントが１つ以上の食い違った末端をもたらし、特定の比較領域が単一の配列のみを含む場合、単一の配列の残基は、計算の分子ではなく分母に含まれる。ＤＮＡとＲＮＡとを比較する場合、チミン（Ｔ）とウラシル（Ｕ）は、同等とみなされ得る。同一性は、手動で、又はＢＬＡＳＴ若しくはＢＬＡＳＴ２．０などのコンピュータ配列アルゴリズムを使用することによって行われ得る。

【0033】

本明細書で使用される「免疫応答」は、提供されるＤＮＡプラスミドワクチンを介した１つ以上の抗原の導入に応答した、宿主の免疫系、例えば、哺乳動物の免疫系の活性化を意味し得る。免疫応答は、細胞若しくは体液応答、又は両方の形態であり得る。

【0034】

本明細書で使用される「核酸」又は「オリゴヌクレオチド」又は「ポリヌクレオチド」は、一緒に共有結合された少なくとも２つのヌクレオチドを意味し得る。一本鎖の描写は、相補鎖の配列も画定する。よって、核酸は、描写される一本鎖の相補鎖も包含する。核酸の多くのバリアントは、所与の核酸と同じ目的で使用され得る。よって、核酸はまた、実質的に同一の核酸及びその補体を包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列にハイブリダイズし得るプローブを提供する。よって、核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。

【0035】

核酸は、一本鎖若しくは二本鎖であり得、又は二本鎖及び一本鎖配列の両方の部分を含有し得る。核酸は、ＤＮＡ、ゲノム及びｃＤＮＡの両方、ＲＮＡ、又はハイブリッドであり得、核酸は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの組み合わせ、並びにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、及びイソグアニンを含む塩基の組み合わせを含有し得る。核酸は、化学合成方法によって、又は組換え方法によって得られ得る。

【0036】

本明細書で使用される「作動可能に連結」とは、遺伝子の発現が、それが空間的に接続されるプロモーターの制御下にあることを意味し得る。プロモーターは、その制御下の遺伝子の５’（上流）又は３’（下流）に位置し得る。プロモーターと遺伝子との間の距離は、プロモーターが由来する遺伝子において、そのプロモーターとそれが制御する遺伝子との間の距離とほぼ同じであり得る。当該技術分野で知られているように、この距離の変動は、プロモーター機能の喪失なしに適応され得る。

【0037】

本明細書で使用される場合、「プラセボ」という用語は、ＶＧＸ－３１００を含まない薬学的組成物の投与を意味する。

【0038】

本明細書で使用される「プロモーター」は、細胞における核酸の発現を付与、活性化、又は増強することができる合成分子又は天然由来分子を意味し得る。プロモーターは、発現を更に増強し、かつ／又はその空間発現及び／若しくは時間発現を改変するために１つ以上の特異的転写調節配列を含み得る。プロモーターはまた、転写の開始部位から数千塩基対ほどに位置し得る、遠位エンハンサー又はリプレッサー要素を含み得る。プロモーターは、ウイルス、細菌、真菌、植物、昆虫、及び動物を含む供給源に由来し得る。プロモーターは、遺伝子成分の発現を構成的に、あるいは発現が生じる細胞、組織若しくは臓器に対して、又は発現が生じる発達段階に対して、又は生理学的ストレス、病原体、金属イオン、若しくは誘導剤などの外部刺激に応答して、差次的に調節し得る。プロモーターの代表例としては、バクテリオファージＴ７プロモーター、バクテリオファージＴ３プロモーター、ＳＰ６プロモーター、ｌａｃオペレーター－プロモーター、ｔａｃプロモーター、ＳＶ４０後期プロモーター、ＳＶ４０前期プロモーター、ＲＳＶ－ＬＴＲプロモーター、ＣＭＶＩＥプロモーター、ＳＶ４０前期プロモーター又はＳＶ４０後期プロモーター、及びＣＭＶＩＥプロモーターが挙げられる。

【0039】

本明細書で使用される「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、第１の核酸配列（例えば、プローブ）が、核酸の複雑な混合物のように、第２の核酸配列（例えば、標的）にハイブリダイズする条件を意味し得る。ストリンジェントな条件は、配列依存的であり、異なる状況において異なるであろう。ストリンジェントな条件は、定義されたイオン強度ｐＨでの特定の配列の熱融点（Ｔｍ）よりも約５～１０℃低くなるように選択され得る。Ｔｍは、標的に相補的なプローブの５０％が平衡で標的配列にハイブリダイズする（標的配列が過剰に存在するため、Ｔｍでは、プローブの５０％が平衡で占有される）温度（定義されたイオン強度、ｐＨ、及び核酸濃度下）であり得る。ストリンジェントな条件は、塩濃度がｐＨ７．０～８．３において約１．０Ｍ未満のナトリウムイオン、例えば、約０．０１～１．０Ｍナトリウムイオン濃度（又は他の塩）であり、温度が短いプローブについては（例えば、約１０～５０ヌクレオチド）少なくとも約３０℃、長いプローブについては（例えば、約５０ヌクレオチド超）少なくとも約６０℃であるものであり得る。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドなどの不安定化剤の添加で達成され得る。選択的又は特異的ハイブリダイゼーションについて、陽性シグナルは、バックグラウンドハイブリダイゼーションの少なくとも２～１０倍であり得る。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、以下を含む：５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ、及び１％ＳＤＳ、４２℃でのインキュベート、又は５ｘＳＳＣ、１％ＳＤＳ、６５℃でのインキュベート、６５℃で０．２ｘＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳで洗浄。

【0040】

本明細書で使用される「実質的に相補的」とは、第１の配列が、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００以上のヌクレオチド若しくはアミノ酸の領域にわたって、第２の配列の補体と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であること、又は２つの配列が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味し得る。

【0041】

本明細書で使用される「実質的に同一」とは、第１の配列が第２の配列の補体に実質的に相補的である場合、第１及び第２の配列が、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００以上のヌクレオチド若しくはアミノ酸の領域にわたって、又は核酸に対して、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であることを意味し得る。

【0042】

本明細書で使用される場合、「治療すること」及び同様の用語は、例えば、肛門及び／又は肛門周囲の症状のヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）型１６又はＨＰＶ型１８関連の高悪性度の肛門又は肛門／肛門周囲の上皮内病変（ＨＳＩＬ）、並びに肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）病変の重症度及び／又は頻度を低減すること、ＨＰＶ型１６又はＨＰＶ型１８の感染症状、特に、ＨＳＩＬ病変を排除すること、並びに／又は対象からＨＰＶ型１６若しくはＨＰＶ型１８のウイルスを取り除くこと、並びに／又は肛門若しくは肛門／肛門周囲の低悪性度扁平上皮内病変（ＬＳＩＬ）若しくは正常組織への消散を指す。

【0043】

核酸に関して本明細書で使用される「バリアント」は、（ｉ）参照されるヌクレオチド配列の一部分若しくは断片、（ｉｉ）参照されるヌクレオチド配列若しくはその一部分の補体、（ｉｉｉ）参照される核酸又はその補体と実質的に同一である核酸、又は（ｉｖ）参照される核酸、その補体、若しくはそれと実質的に同一である配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸を意味し得る。

【0044】

アミノ酸の挿入、欠失、又は保存的置換によってアミノ酸配列において異なるが、少なくとも１つの生物学的活性を保持するペプチド又はポリペプチドに関する「バリアント」。バリアントはまた、少なくとも１つの生物学的活性を保持するアミノ酸配列を有する参照タンパク質と実質的に同一であるアミノ酸配列を有するタンパク質を意味し得る。アミノ酸の保存的置換、すなわち、アミノ酸を類似の特性（例えば、親水性、荷電領域の程度及び分布）の異なるアミノ酸で置き換えることは、典型的には小さな変更を含むものとして当該技術分野で認識される。これらの小さな変更は、当該技術分野で理解されるように、部分的に、アミノ酸のハイドロパシーインデックスを考慮することによって特定することができる。Ｋｙｔｅｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５－１３２（１９８２）。アミノ酸のハイドロパシーインデックスは、その疎水性及び電荷の考慮に基づく。類似のハイドロパシーインデックスのアミノ酸は、置換され、依然としてタンパク質機能を保持し得ることが当該技術分野で既知である。一態様では、±２のハイドロパシーインデックスを有するアミノ酸が置換される。アミノ酸の親水性はまた、生物学的機能を保持するタンパク質をもたらすであろう置換を明らかにするために使用することができる。ペプチドの文脈におけるアミノ酸の親水性の考慮は、そのペプチドの最も大きな局所平均親水性、抗原性及び免疫原性と十分に相関することが報告されている有用な尺度の計算を可能にする。参照によって本明細書に完全に組み込まれる、米国特許第４，５５４，１０１号。類似の親水性値を有するアミノ酸の置換は、当該技術分野で理解されるように、生物学的活性、例えば、免疫原性を保持するペプチドをもたらすことができる。置換は、互いの±２以内の親水性値を有するアミノ酸で行われ得る。アミノ酸の疎水性指数及び親水性値の両方は、そのアミノ酸の特定の側鎖によって影響を受ける。その観察と一貫して、生物学的機能と適合性であるアミノ酸置換は、疎水性、親水性、電荷、サイズ、及び他の特性によって明らかになるように、アミノ酸、及び特にそれらのアミノ酸の側鎖の相対類似性に依存することが理解される。

【0045】

本明細書で使用される「ベクター」は、複製起点を含有する核酸配列を意味し得る。ベクターは、プラスミド、バクテリオファージ、細菌人工染色体、又は酵母人工染色体であり得る。ベクターは、ＤＮＡ又はＲＮＡベクターであり得る。ベクターは、自己複製染色体外ベクター又は宿主ゲノムに組み込まれるベクターのいずれかであり得る。

【0046】

説明
免疫原によって誘導される細胞性免疫応答を増強するための多相戦略から生じる改善されたワクチンが開示される。修飾コンセンサス配列が生成された。コドン最適化、ＲＮＡ最適化、及び高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を含む遺伝子修飾も開示される。新規の構築物は、対応するコドン最適化免疫原よりも強力で広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計されている。

【0047】

改善されたＨＰＶワクチンは、肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）に対する予防的又は治療的方略を媒介するように、免疫原として特に有効となるエピトープを有するタンパク質をコードするタンパク質及び遺伝子構築物に基づく。したがって、ワクチンは、治療的又は予防的免疫応答を誘導し得る。いくつかの実施形態では、免疫原を送達する手段は、ＤＮＡワクチン、組換えワクチン、タンパク質サブユニットワクチン、免疫原を含む組成物、弱毒ワクチン、又は死菌ワクチンである。いくつかの実施形態では、ワクチンは、１つ以上のＤＮＡワクチン、１つ以上の組換えワクチン、１つ以上のタンパク質サブユニットワクチン、免疫原を含む１つ以上の組成物、１つ以上の弱毒ワクチン、及び１つ以上の死菌ワクチンからなる群から選択される組み合わせを含む。

【0048】

いくつかの実施形態によれば、ワクチンは、個体の免疫系の活性を調節し、それによって、ＨＰＶに対する免疫応答を増強して肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療するために、個体に送達される。タンパク質をコードする核酸分子が個体の細胞によって取り込まれると、ヌクレオチド配列が細胞において発現され、タンパク質がそれによって個体に送達される。プラスミドなどの核酸分子上のタンパク質のコード配列を、組換えワクチンの一部として及び弱毒ワクチンの一部として、単離されたタンパク質又はベクターの一部として送達する方法が提供される。

【0049】

個体における肛門高悪性度扁平上皮内病変に対する予防的及び／又は治療的な処置を提供する組成物及び方法が提供される。

【0050】

免疫原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を送達するための組成物は、調節要素に作動可能に連結される。組成物は、免疫原をコードするプラスミド、免疫原をコードするヌクレオチド配列を含む組換えワクチン、本発明のタンパク質をコードする及び／若しくは本発明のタンパク質を含む弱毒生病原体、本発明のタンパク質を含む死菌病原体、又は本発明のタンパク質を含むリポソーム若しくはサブユニットワクチンなどの組成物を含み得る。本発明は更に、組成物を含む注射可能な薬学的組成物に関する。

【0051】

本発明の態様は、少なくとも１つのＨＰＶＥ６－Ｅ７融合抗原、例えば、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原又はＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。一実施形態では、本組成物は、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原及びＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む。

【0052】

一実施形態では、本発明は、本発明の組成物を、それを必要とする対象に投与する方法を含む。一実施形態では、対象は、肛門高悪性度扁平上皮内病変と診断された対象である。一実施形態では、対象は、肛門高悪性度扁平上皮内病変を有する対象である。一実施形態では、対象は、肛門高悪性度扁平上皮内病変を発症するリスクにある対象である。

【0053】

ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合
別の態様は、配列番号２をコードするヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。

【0054】

いくつかの実施形態では、本組成物は、配列番号２をコードするヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原を含む。

【0055】

本発明の別の態様では、以下からなる群から選択されるＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物が提供される：配列番号１、配列番号１と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１の断片、配列番号１の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列。

【0056】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるヌクレオチド配列は、リーダー配列が不在である。一実施形態では、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原を含むヌクレオチド配列は、リーダー配列が不在である。特に、配列番号２をコードするヌクレオチド配列を含むＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原は、５’末端におけるリーダー配列、例えば、配列番号７をコードするヌクレオチド配列が不在である。特に、ヌクレオチド配列番号１を含むＨＰＶ６Ｅ６－Ｅ７融合抗原は、５’末端におけるリーダー配列、例えば、配列番号７をコードするヌクレオチド配列が不在である。

【0057】

いくつかの実施形態では、本発明のヌクレオチド配列は、提供されるヌクレオチド配列と８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％、好ましくは、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％、又は９８％若しくは９９％相同であり得る。

【0058】

提供されるヌクレオチド配列は、プラスミド、ウイルスベクター、脂質ベクター、ナノ粒子、好ましくはプラスミドを含む、様々な既知のベクター又は送達系のうちの１つに含まれ得る。

【0059】

追加の態様では、開示されるヌクレオチド配列を含む薬学的組成物が提供される。

【0060】

いくつかの態様では、ＨＰＶの１つより多くのサブタイプに対する個体における有効な免疫応答を誘導し、それによって、肛門高悪性度扁平上皮内病変に対する予防的又は治療的処置を提供する方法であって、当該個体に、提供されるヌクレオチド配列のうちの１つ以上を含む組成物を投与することを含む、方法が存在し、好ましくは、組成物は、１つより多くの抗原を有する。方法は、好ましくは、提供されるヌクレオチド配列をエレクトロポレーションによって個体に導入するステップを含む。

【0061】

配列番号１は、ＨＰＶ１６Ｅ６及びＥ７タンパク質のコンセンサス免疫原をコードするヌクレオチド配列を含み、これは、タンパク質分解切断配列によってＨＰＶＥ７のコンセンサス配列に連結されたＨＰＶＥ６のコンセンサス配列であるＩｇＥリーダー配列を含む。配列番号２は、ＨＰＶ１６Ｅ６及びＥ７タンパク質のコンセンサス免疫原のアミノ酸配列を含み、これは、タンパク質分解切断配列によってＨＰＶＥ７のコンセンサス配列に連結されたＨＰＶＥ６のコンセンサス配列であるＩｇＥリーダー配列を含む。ＨＰＶ１６Ｅ６のコンセンサス配列は、配列番号３に記載される免疫優性エピトープを含む。ＨＰＶ１６Ｅ７のコンセンサス配列は、配列番号４に記載される免疫優性エピトープを含む。ＨＰＶＥ６のコンセンサス配列は、配列番号５である。ＨＰＶＥ６のコンセンサス配列は、配列番号６である。ＩｇＥリーダー配列は、配列番号７である。２つのコンセンサス配列を連結するために有用なタンパク質分解切断配列は、配列番号８である。

【0062】

ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原に関する更なる情報は、少なくとも、参照によってその全体が組み込まれる、米国特許第８，１６８，７６９号に見出され得る。

【0063】

いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号２、又は配列番号２をコードする核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、本発明のワクチンは、配列番号３及び／若しくは配列番号４、又はそれらの両方のうちの一方をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本発明のワクチンは、配列番号５及び／若しくは配列番号６、又はそれらの一方若しくは両方をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本発明のワクチンは、配列番号８などのタンパク質分解切断配列によって配列番号６に連結された配列番号５、又は融合タンパク質をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本発明のワクチンは、ＩｇＥリーダー配列番号７、又はそれをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本発明のワクチンは、配列番号２、又は配列番号１における核酸配列を含む。

【0064】

配列番号２の断片は、各々の場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンあり又はなしで、Ｎ及び／又はＣ末端から少なくとも１つのアミノ酸を欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。配列番号２の断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、全長配列番号２の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含むことができる。断片は、好ましくは、配列番号２と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同である配列番号２の断片を含み、加えて、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドを含むことができる。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを更に含むことができる。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドは、断片に連結され得る。

【0065】

核酸配列配列番号１の断片は、各々の場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンをコードする配列あり又はなしで、５’及び／又は３’末端から少なくとも１つのヌクレオチドを欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、全長コード配列配列番号１の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含むことができる。断片は、好ましくは、抗原配列番号２と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同であるポリペプチドをコードする断片を含み、加えて任意に、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドをコードする配列を含むことができる。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドのコード配列を更に含むことができる。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドをコードするコード配列は、断片に連結され得る。

【0066】

配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。断片は、６０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７５個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３００個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４２０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４８０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６００個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６６０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個未満のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態では、７８０個未満のヌクレオチドを含み得る。

【0067】

配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、好ましくは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２６０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号２の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。断片は、２４個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、３０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、３６個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、４２個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、４８個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、５４個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、６０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、７２個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、９０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１５０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１８０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、２１０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、２４０個未満のアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、２６０個未満のアミノ酸を含み得る。

【0068】

ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合
別の態様は、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。

【0069】

いくつかの実施形態では、本組成物は、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原を含む。

【0070】

本発明の別の態様では、以下からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物が提供される：配列番号９、配列番号９と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号９の断片、配列番号９の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列。

【0071】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるヌクレオチド配列は、リーダー配列が不在である。一実施形態では、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原を含むヌクレオチド配列は、リーダー配列が不在である。特に、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列を含むＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原は、５’末端におけるリーダー配列、例えば、配列番号１２をコードするヌクレオチド配列が不在である。特に、ヌクレオチド配列番号９を含むＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原は、５’末端におけるリーダー配列、例えば、配列番号１１を含むヌクレオチド配列が不在である。

【0072】

いくつかの実施形態では、本組成物は、配列番号１４をコードするヌクレオチド配列、配列番号１４をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１４をコードするヌクレオチド配列の断片、配列番号１４をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原を含む。配列番号１４は、配列番号１０のＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原のアミノ酸配列を含み、ＩｇＥリーダー配列を更に含む。

【0073】

本発明の別の態様では、以下からなる群から選択されるＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む組成物が提供される：配列番号１３、配列番号１３と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号９の断片、配列番号１３の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列。配列番号１３は、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする配列番号９のヌクレオチド配列を含み、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含む。

【0074】

【0075】

【0076】

追加の態様では、開示されるヌクレオチド配列を含む薬学的組成物が提供される。

【0077】

【0078】

配列番号９は、ＨＰＶ１８Ｅ６及びＥ７タンパク質のコンセンサス免疫原をコードするヌクレオチド配列を含む。配列番号１３は、配列番号９を含み、ＨＰＶ１８Ｅ６及びＥ７タンパク質のコンセンサス免疫原をコードするヌクレオチド配列に連結されたＩｇＥリーダー配列を更に含む。配列番号１０は、ＨＰＶ１８Ｅ６及びＥ７タンパク質のコンセンサス免疫原のアミノ酸配列を含む。配列番号１４は、配列番号１０を含み、コンセンサス免疫原配列に連結されたＩｇＥリーダー配列を更に含む。ＩｇＥリーダー配列は、配列番号１２であり、配列番号１１によってコードされ得る。配列番号１５は、その中に発現のために組み込まれた配列番号１３を有するプラスミドｐＧＸ３００２の核酸配列である。

【0079】

ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原に関する更なる情報は、少なくとも、参照によってその全体が組み込まれる、米国特許第８，３８９，７０６号に見出され得る。

【0080】

いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１０、又は配列番号１０をコードする核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１０をコードする核酸分子として配列番号９を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１４、又は配列番号１４をコードする核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１４をコードする核酸分子として配列番号１３を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１５を含む。

【0081】

配列番号１０又は１４の断片は、各場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンあり又はなしで、Ｎ及び／又はＣ末端から少なくとも１つのアミノ酸を欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。配列番号１０又は１５の断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、全長配列番号１０又は１４の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含むことができる。断片は、好ましくは、配列番号１０又は１４と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同である配列番号１０又は１５の断片を含み、加えて、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドを含むことができる。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを更に含むことができる。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドは、断片に連結され得る。

【0082】

核酸配列番号９又は１３の断片は、各場合において、１位におけるシグナルペプチド及び／又はメチオニンをコードする配列あり又はなしで、５’及び／又は３’末端から少なくとも１つのヌクレオチドを欠損していることを除いて、全長と１００％同一であり得る。断片は、付加された任意の異種シグナルペプチドを除く、全長コード配列番号９又は１３の長さの６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上のパーセントを含むことができる。断片は、好ましくは、抗原配列番号１０又は１４と９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上相同であるポリペプチドをコードする断片を含み、加えて任意に、相同性パーセントを計算する際に含まれないＮ末端メチオニン又は異種シグナルペプチドをコードする配列を含むことができる。断片は、Ｎ末端メチオニン及び／又は免疫グロブリンシグナルペプチド、例えば、ＩｇＥ若しくはＩｇＧシグナルペプチドなどのシグナルペプチドのコード配列を更に含むことができる。Ｎ末端メチオニン及び／又はシグナルペプチドをコードするコード配列は、断片に連結され得る。

【0083】

配列番号９の断片は、９０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号９の断片は、１８０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４５０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６３０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個以上のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態では、７７０個以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるものなどの配列番号９の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を更に含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号９の断片は、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。配列番号９の断片は、１８０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４５０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６３０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６９０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７６０個未満のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態では、７８０個未満のヌクレオチドを含み得る。

【0084】

配列番号１０の断片は、３０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１０の断片は、６０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、９０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１５０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１８０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、２１０個以上のアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、２４０個以上のアミノ酸を含み得る。断片は、９０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１５０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、１８０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、２１０個未満のアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、２４０個未満のアミノ酸を含み得る。

【0085】

配列番号１３の全ての断片は、ＨＰＶ配列をコードするコード配列を含み、すなわち、配列番号１３の断片は、ＩｇＥリーダーペプチドをコードする配列に加えて配列を含まなければならない。いくつかの実施形態では、配列番号１３の断片は、９０個以上のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、配列番号１３の断片は、１８０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４５０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６３０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個以上のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、８１０個以上のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態では、８３０個以上のヌクレオチドを含み得る。配列番号１３の断片は、１８０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４５０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６３０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６９０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７８０個未満のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態では、８４０個未満のヌクレオチドを含み得る。

【0086】

配列番号１４の断片は、ＨＰＶ配列を含む３０個以上のアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、配列番号１４の断片は、ＨＰＶ配列を含む６０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む９０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１２０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１５０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１８０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２１０個以上のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２４０個以上のアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２７０個以上のアミノ酸を含み得る。断片は、ＨＰＶ配列を含む９０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１２０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１５０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む１８０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２１０個未満のアミノ酸、いくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２４０個未満のアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、ＨＰＶ配列を含む２７０個未満のアミノ酸を含み得る。

【0087】

一実施形態では、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７免疫原、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７免疫原、又はＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７免疫原若しくはＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７免疫源をコードする核酸分子は、ＩＬ－１２と組み合わせて投与される。一実施形態では、ＩＬ－１２は、合成ＤＮＡプラスミドからコードされる。

【0088】

本明細書では、ＨＰＶに対する個体における免疫応答を誘導することによって、対象における肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療又は予防する方法であって、当該個体に、本明細書で提供される核酸配列を含む組成物を投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法はまた、核酸配列をエレクトロポレーションによって個体に導入することを含む。

【0089】

いくつかの態様では、ＨＰＶに対する個体における免疫応答を誘導することによって、対象における肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療又は予防する方法であって、当該個体に、本明細書で提供されるアミノ酸配列を含む組成物を投与することを含む、方法が存在する。いくつかの実施形態では、方法はまた、アミノ酸配列をエレクトロポレーションによって個体に導入することを含む。

【0090】

改善されたワクチンは、抗ＨＰＶ免疫応答が誘導され得る免疫原として特に有効となるエピトープを有するタンパク質をコードするタンパク質及び遺伝子構築物を含む。したがって、ワクチンは、治療的又は予防的免疫応答を誘導するために提供することができる。いくつかの実施形態では、免疫原を送達する手段は、ＤＮＡワクチン、組換えワクチン、タンパク質サブユニットワクチン、免疫原を含む組成物、弱毒ワクチン、又は死菌ワクチンである。いくつかの実施形態では、ワクチンは、１つ以上のＤＮＡワクチン、１つ以上の組換えワクチン、１つ以上のタンパク質サブユニットワクチン、免疫原を含む１つ以上の組成物、１つ以上の弱毒ワクチン、及び１つ以上の死菌ワクチンからなる群から選択される組み合わせを含む。

【0091】

本発明の態様は、プラスミドなどの核酸分子上のタンパク質のコード配列を、組換えワクチンの一部として及び弱毒ワクチンの一部として、単離されたタンパク質又はベクターの一部として送達する方法を提供する。

【0092】

本発明のいくつかの態様によれば、個体を予防的及び／又は治療的に免疫化する組成物及び方法が提供される。

【0093】

ＤＮＡワクチンは、各々が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，７３９，１１８号、同第５，８１７，６３７号、同第５，８３０，８７６号、同第５，９６２，４２８号、同第５，９８１，５０５号、同第５，５８０，８５９号、同第５，７０３，０５５号、同第５，６７６，５９４号、及びそれらに引用される優先出願に記載される。それらの出願に記載される送達プロトコルに加えて、ＤＮＡを送達する代替的な方法が、ともに参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第４，９４５，０５０号及び第５，０３６，００６号に記載される。

【0094】

本発明は、改善された弱毒生ワクチン、改善された死菌ワクチン、及び抗原をコードする外来遺伝子を送達するために組換えベクターを使用する改善されたワクチン、並びにサブユニット及び糖タンパク質ワクチンに関する。弱毒生ワクチン、外来抗原を送達するために組換えベクターを使用するもの、サブユニットワクチン、及び糖タンパク質ワクチンの例は、米国特許第４，５１０，２４５号、４，７９７，３６８号、４，７２２，８４８号、４，７９０，９８７号、４，９２０，２０９号、５，０１７，４８７号、５，０７７，０４４号、５，１１０，５８７号、５，１１２，７４９号、５，１７４，９９３号、５，２２３，４２４号、５，２２５，３３６号、５，２４０，７０３号、５，２４２，８２９号、５，２９４，４４１号、５，２９４，５４８号、５，３１０，６６８号、５，３８７，７４４号、５，３８９，３６８号、５，４２４，０６５号、５，４５１，４９９号、５，４５３，３６４号、５，４６２，７３４号、５，４７０，７３４号、５，４７４，９３５号、５，４８２，７１３号、５，５９１，４３９号、５，６４３，５７９号、５，６５０，３０９号、５，６９８，２０２号、５，９５５，０８８号、６，０３４，２９８号、６，０４２，８３６号、６，１５６，３１９号、及び６，５８９，５２９号に記載され、これらは各々参照によって本明細書に組み込まれる。

【0095】

細胞によって取り込まれた場合、遺伝子構築物（複数可）は、機能する染色体外分子として細胞に存在したままであり、かつ／又は細胞の染色体ＤＮＡに組み込まれ得る。ＤＮＡは細胞に導入され得、それはプラスミド（複数可）の形態で別個の遺伝子材料として残る。あるいは、染色体に組み込むことができる直鎖状ＤＮＡが細胞に導入され得る。ＤＮＡを細胞に導入する場合、染色体へのＤＮＡ組み込みを促進する試薬が添加され得る。組み込みを促進するのに有用なＤＮＡ配列もまた、ＤＮＡ分子に含まれ得る。あるいは、ＲＮＡが細胞に投与され得る。セントロメア、テロメア、及び複製起点を含む直鎖状微小染色体として遺伝子構築物を提供することも企図される。遺伝子構築物は、細胞において生存する弱毒生微生物又は組換え微生物ベクターにおける遺伝子材料の一部のままであり得る。遺伝子構築物は、遺伝子材料が細胞の染色体に組み込まれるか、又は染色体外のままであるかのいずれかである組換えウイルスワクチンのゲノムの一部であり得る。遺伝子構築物は、核酸分子の遺伝子発現に必要な調節要素を含む。要素としては、プロモーター、開始コドン、停止コドン、及びポリアデニル化シグナルが挙げられる。加えて、エンハンサーは、標的タンパク質又は免疫調節タンパク質をコードする配列の遺伝子発現にしばしば必要とされる。これらの要素は、所望のタンパク質をコードする配列に作動可能に連結されること、及び調節要素は、それらが投与される個体において作動可能であることが必要である。

【0096】

開始コドン及び停止コドンは、一般に、所望のタンパク質をコードするヌクレオチド配列の一部であると考えられる。しかしながら、これらの要素は、遺伝子構築物が投与される個体において機能的であることが必要である。開始コドン及び終結コドンは、コード配列とインフレームでなければならない。

【0097】

使用されるプロモーター及びポリアデニル化シグナルは、個体の細胞内で機能的でなければならない。

【0098】

特にヒトのための遺伝子ワクチンの産生において、本発明を実施するのに有用なプロモーターの例としては、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＢＩＶ長末端反復（ＬＴＲ）プロモーターなどのヒト免疫不全ウイルス（ＭＶ）、モロニーウイルス、ＡＬＶ、ＣＭＶ即初期プロモーターなどのサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、並びにヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、及びヒトメタロチオンなどのヒト遺伝子からのプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。

【0099】

特にヒトのための遺伝子ワクチンの産生において、本発明を実施するのに有用なポリアデニル化シグナルの例としては、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル及びＬＴＲポリアデニル化シグナルが挙げられるが、これらに限定されない。特に、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルと呼ばれる、ｐＣＥＰ４プラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＳａｎＤｉｅｇｏＣＡ）にあるＳＶ４０ポリアデニル化シグナルが使用される。

【0100】

ＤＮＡ発現に必要な調節要素に加えて、他の要素もまたＤＮＡ分子に含まれ得る。そのような追加の要素としては、エンハンサーが挙げられる。エンハンサーは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、並びにＣＭＶ、ＲＳＶ、及びＥＢＶ由来のものなどのウイルスエンハンサーを含むが、これらに限定されない群から選択され得る。

【0101】

遺伝子構築物は、構築物を染色体外に維持し、細胞において構築物の複数のコピーを産生するために、哺乳動物の複製起点を備えることができる。Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（ＳａｎＤｉｅｇｏ、ＣＡ）からのプラスミドｐＶＡＸ１、ｐＣＥＰ４、及びｐＲＥＰ４は、エプスタインバーウイルス複製起点及び組み込みなしで高コピーエピソーム複製をもたらす核抗原ＥＢＮＡ－１コード領域を含有する。

【0102】

免疫化用途に関連するいくつかの好ましい実施形態では、本発明のタンパク質をコードするヌクレオチド配列、及び加えて、そのような標的タンパク質に対する免疫応答を更に増強するタンパク質の遺伝子を含む、核酸分子（複数可）が送達される。そのような遺伝子の例は、アルファ－インターフェロン、ガンマ－インターフェロン、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ－ＣＳＦ、表皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、及びシグナル配列が欠失され、任意にＩｇＥからのシグナルペプチドを含むＩＬ－１５を含むＩＬ－１５などの他のサイトカイン及びリンホカインをコードするものである。有用であり得る他の遺伝子としては、以下をコードするものが挙げられる：ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－ｌα、ＭＩＰ－１ｐ、ＩＬ－８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、ＩＬ－１８の変異体形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管成長因子、ＩＬ－７、神経成長因子、血管内皮成長因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｌｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰＫ、ＳＡＰ－１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２、及びそれらの機能的断片。

【0103】

任意の理由で遺伝子構築物を受容する細胞を排除することが望ましい場合、細胞破壊の標的となる追加の要素が付加され得る。発現可能な形態のヘルペスチミジンキナーゼ（ｔｋ）遺伝子は、遺伝子構築物に含めることができる。薬物ガンシクロビルは、個体に投与することができ、その薬物は、任意の細胞産生ｔｋの選択的殺滅を引き起こし、よって、遺伝子構築物を有する細胞の選択的破壊のための手段を提供する。

【0104】

タンパク質産生を最大化するために、構築物が投与される細胞における遺伝子発現に十分に適した調節配列が選択され得る。更に、細胞において最も効率的に転写されるコドンが選択され得る。当業者は、細胞において機能的であるＤＮＡ構築物を生成することができる。

【0105】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質のコード配列がＩｇＥシグナルペプチドに連結される、遺伝子構築物が提供され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質は、ＩｇＥシグナルペプチドに連結される。

【0106】

タンパク質が使用されるいくつかの実施形態では、例えば、当業者は、周知の技法を使用して、周知の技法を使用して本発明のタンパク質を生成及び単離することができる。タンパク質が使用されるいくつかの実施形態では、例えば、当業者は、周知の技法を使用して、本発明のタンパク質をコードするＤＮＡ分子を、周知の発現系における使用のために市販されている発現ベクターに挿入することができる。例えば、市販のプラスミドｐＳＥ４２０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＳａｎＤｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）は、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるタンパク質の産生のために使用され得る。市販のプラスミドｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＳａｎＤｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）は、例えば、酵母のＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ株における産生のために使用され得る。市販のＭＡＸＢＡＣ（商標）完全バキュロウイルス発現系（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＳａｎＤｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）は、例えば、昆虫細胞における産生に使用され得る。市販のプラスミドｐｃＤＮＡＩ又はｐｃＤＮＡ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＳａｎＤｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）は、例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞などの哺乳類細胞における産生に使用され得る。当業者は、これらの商業的な発現ベクター及び発現系、又は他のものを使用して、日常的な技法及び容易に入手可能な出発材料によってタンパク質を産生することができる。（例えば、参照によって本明細書に組み込まれるＳａｍｂｒｏｏｋｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇａＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＳｅｃｏｎｄＥｄ．ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ（１９８９）を参照されたい。）よって、所望のタンパク質は、原核系及び真核系の両方において調製することができ、タンパク質の加工形態のスペクトルをもたらす。

【0107】

当業者は、他の市販の発現ベクター及び発現系を使用してもよく、又は周知の方法及び容易に入手可能な出発材料を使用してベクターを産生してもよい。プロモーター及びポリアデニル化シグナルなどの必要な制御配列、並びに好ましくはエンハンサーを含有する発現系は、様々な宿主について、容易に入手可能であり、当該技術分野において既知である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇａＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＳｅｃｏｎｄＥｄ．ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ（１９８９）を参照されたい。遺伝子構築物は、構築物がトランスフェクトされる細胞株において機能的であるプロモーターに作動可能に連結されたタンパク質コード配列を含む。構成的プロモーターの例としては、サイトメガロウイルス又はＳＶ４０からのプロモーターが挙げられる。誘導性プロモーターの例としては、マウス乳腺白血病ウイルス又はメタロチオネインプロモーターが挙げられる。当業者は、容易に入手可能な出発材料から本発明のタンパク質をコードするＤＮＡで細胞をトランスフェクトするのに有用な遺伝子構築物を容易に産生することができる。タンパク質をコードするＤＮＡを含む発現ベクターを使用して、適合性宿主を形質転換し、これは次いで、外来ＤＮＡの発現が起こる条件下で培養され、維持される。

【0108】

産生されたタンパク質は、細胞を溶解することによって、又は必要に応じて当業者に既知の培養培地から回収される。当業者は、周知の技法を使用して、そのような発現系を使用して産生されるタンパク質を単離することができる。上述のように特定のタンパク質に特異的に結合する抗体を使用して天然源からタンパク質を精製する方法は、組換えＤＮＡ方法論によって産生されるタンパク質の精製に等しく適用され得る。

【0109】

組換え技法によってタンパク質を産生することに加えて、単離された、本質的に純粋なタンパク質を産生するために自動化ペプチド合成装置も使用され得る。そのような技法は、当業者に周知であり、ＤＮＡコードタンパク質産生において提供されない置換を有する誘導体である場合に有用である。

【0110】

核酸分子は、ＤＮＡ注射（ＤＮＡワクチン接種とも呼ばれる）、組換えアデノウイルス、組換えアデノウイルス随伴ウイルス、及び組換えワクシニアなどの組換えベクターを含む、いくつかの周知の技術のうちのいずれかを使用して送達され得る。

【0111】

投与経路としては、これらに限定されないが、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、皮内、皮下、静脈内、動脈内、眼内、及び経口、並びに局所、経皮、吸入若しくは坐剤による、又は粘膜組織への、例えば、膣、直腸、尿道、頬側、及び舌下組織への洗浄によるものが挙げられる。好ましい投与経路としては、筋肉内、腹腔内、皮内、及び皮下注射が挙げられる。遺伝子構築物は、エレクトロポレーション方法及び装置、従来の注射器、無針注射装置、又は「マイクロプロジェクタイル衝撃遺伝子銃」を含むが、これらに限定されない手段によって投与され得る。

【0112】

ＤＮＡワクチンの送達を促進するために好ましいエレクトロポレーション装置及びエレクトロポレーション方法の例としては、その内容が参照によってそれらの全体で本明細書に組み込まれる、Ｄｒａｇｈｉａ－Ａｋｌｉ，ｅｔａｌ．による米国特許第７，２４５，９６３号、Ｓｍｉｔｈ，ｅｔａｌ．によって提出された米国特許公開２００５／００５２６３０に記載されるものが挙げられる。また、その全てがそれらの全体で本明細書に組み込まれる、２００６年１０月１７日に出願された米国仮出願第６０／８５２，１４９号、及び２００７年１０月１０日に出願された同第６０／９７８，９８２号に対する利益を３５ＵＳＣ１１９（ｅ）下で主張する、２００７年１０月１７日に出願された、同時係属中の共有された米国特許出願第１１／８７４０７２号に提供されるＤＮＡワクチンの送達を促進するためのエレクトロポレーション装置及びエレクトロポレーション方法が好ましい。

【0113】

以下は、エレクトロポレーション技術を使用する実施形態の例であり、上述の特許参考文献でより詳細に考察されている：エレクトロポレーション装置は、哺乳動物の所望の組織に、ユーザーによって予め設定された電流入力と同様の定電流を生成するエネルギーのパルスを送達するように構成することができる。エレクトロポレーション装置は、エレクトロポレーション構成要素、及び電極アセンブリ又はハンドルアセンブリを含む。エレクトロポレーション構成要素は、コントローラ、電流波形生成器、インピーダンステスター、波形ロガー、入力要素、状態報告要素、通信ポート、メモリ構成要素、電源、及び電源スイッチを含む、エレクトロポレーション装置の様々な要素のうちの１つ以上を含み、組み込むことができる。エレクトロポレーション構成要素は、エレクトロポレーション装置の１つの要素として機能することができ、他の要素は、エレクトロポレーション構成要素と連通する別個の要素（又は構成要素）である。いくつかの実施形態では、エレクトロポレーション構成要素は、エレクトロポレーション装置の２つ以上の要素として機能することができ、これはエレクトロポレーション構成要素とは別個のエレクトロポレーション装置の更に他の要素と連通し得る。改善されたＨＰＶワクチンを送達するためのエレクトロポレーション技術の使用は、要素が１つの装置として、又は互いに連通する別個の要素として機能することができるため、１つの電気機械又は機械装置の一部として存在するエレクトロポレーション装置の要素によって制限されない。エレクトロポレーション構成要素は、所望の組織において定電流を生成するエネルギーのパルスを送達することができ、フィードバック機構を含む。電極アセンブリは、空間配置において複数の電極を有する電極アレイを含み、電極アセンブリは、エレクトロポレーション構成要素からエネルギーのパルスを受信し、これを電極を通して所望の組織に送達する。複数の電極のうちの少なくとも１つは、エネルギーのパルスの送達中に中性であり、所望の組織におけるインピーダンスを測定し、インピーダンスをエレクトロポレーション構成要素に通信する。フィードバック機構は、測定されたインピーダンスを受信することができ、エレクトロポレーション構成要素によって送達されるエネルギーのパルスを調整して、定電流を維持することができる。

【0114】

いくつかの実施形態では、複数の電極は、分散化パターンでエネルギーのパルスを送達することができる。いくつかの実施形態では、複数の電極は、プログラムされたシーケンス下での電極の制御を通して分散化パターンでエネルギーのパルスを送達することができ、プログラムされたシーケンスは、ユーザーによってエレクトロポレーション構成要素に入力される。いくつかの実施形態では、プログラムされたシーケンスは、順次送達される複数のパルスを含み、複数のパルスの各パルスは、インピーダンスを測定する１つの中性電極を有する少なくとも２つの活性電極によって送達され、複数のパルスの後続のパルスは、インピーダンスを測定する１つの中性電極を有する少なくとも２つの活性電極のうちの異なる１つによって送達される。

【0115】

いくつかの実施形態では、フィードバック機構は、ハードウェア又はソフトウェアのいずれかによって実行される。好ましくは、フィードバック機構は、アナログ閉ループ回路によって実行される。好ましくは、このフィードバックは、５０μｓ、２０μｓ、１０μｓ、又は１μｓごとに生じるが、好ましくは、リアルタイムフィードバック又は瞬時である（すなわち、応答時間を決定するために利用可能な技法によって決定されるように、実質的に瞬時である）。いくつかの実施形態では、中性電極は、所望の組織におけるインピーダンスを測定し、インピーダンスをフィードバック機構に通信し、フィードバック機構は、インピーダンスに応答し、エネルギーのパルスを調整して、予め設定された電流と同様の値に定電流を維持する。いくつかの実施形態では、フィードバック機構は、エネルギーのパルスの送達中に連続して瞬時に定電流を維持する。

【0116】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、ポリヌクレオチド機能増強剤又は遺伝子ワクチン促進剤の投与と併せて細胞に送達される。ポリヌクレオチド機能増強剤は、各々が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，９６２，４２８号、及び１９９４年１月２６日に出願された国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ９４／００８９９号に記載される。遺伝子ワクチン促進剤は、参照によって本明細書に組み込まれる、１９９４年４月１日に出願された米国出願第０２１，５７９号に記載される。核酸分子と併せて投与される助剤は、核酸分子との混合物として投与されてもよく、又は核酸分子の投与の前若しくは後に、別々に同時に投与されてもよい。加えて、トランスフェクション剤及び／又は複製剤及び／又は炎症剤として機能し得、ＧＶＦと共投与され得る他の薬剤としては、成長因子、サイトカイン、及びリンパ球、例えば、α－インターフェロン、ガンマ－インターフェロン、ＧＭ－ＣＳＦ、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦ、表皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、及びＩＬ－１５、並びに線維芽細胞成長因子、表面活性剤、例えば、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Ａ（ＷＬ）を含むＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、並びにスクアレン及びスクアレンなどの小胞が挙げられ、ヒアルロン酸もまた使用され、遺伝子構築物と併せて投与され得る。いくつかの実施形態では、免疫調節タンパク質は、ＧＶＦとして使用され得る。いくつかの実施形態では、核酸分子は、送達／取り込みを増強するためにＰＬＧと会合して提供される。

【0117】

本発明による薬学的組成物は、約１ナノグラム～約２０００マイクログラムのＤＮＡを含む。いくつかの好ましい実施形態では、本発明による薬学的組成物は、約５ナノグラム～約１０００マイクログラムのＤＮＡを含む。いくつかの好ましい実施形態では、薬学的組成物は、約１０～約８００マイクログラムのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態では、薬学的組成物は、約０．１～約５００マイクログラムのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態では、薬学的組成物は、約１～約３５０マイクログラムのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態では、薬学的組成物は、約２５～約２５０マイクログラムのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態では、薬学的組成物は、約１００～約２００マイクログラムのＤＮＡを含有する。

【0118】

本発明による薬学的組成物は、使用される投与様式に従って製剤化される。薬学的組成物が注射可能な薬学的組成物である場合、それらは、滅菌、パイロジェンフリー、及び微粒子フリーである。等張性製剤が好ましくは使用される。一般に、等張性のための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール、及びラクトースを挙げることができる。いくつかの場合では、リン酸塩緩衝生理食塩水などの等張性溶液が好ましい。安定剤としては、ゼラチンやアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態では、血管収縮剤が製剤に添加される。

【0119】

本明細書では、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）型１６又はＨＰＶ型１８関連の肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療することを必要とする対象において、それを治療する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、当該方法が提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。

【0120】

また、本明細書では、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）型１６又はＨＰＶ型１８関連の肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療することを必要とする対象において、それを治療する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、当該方法で使用するためのＶＧＸ－３１００も提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。

【0121】

また、本明細書では、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）型１６又はＨＰＶ型１８関連の肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度上皮内病変（ＨＳＩＬ）を治療するための薬剤の製造におけるＶＧＸ－３１００の使用も提供され、当該方法は、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。

【0122】

また、本明細書では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの組織病理学的退縮を改善することを改善とする対象において、それを治療する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、方法も提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。ある特定の実施形態では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの組織病理学的退縮の改善は、対象又は対象の集団の治療なしに対するものである。ある特定の実施形態では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの組織病理学的退縮の改善は、標準治療を用いた対象の集団のうちの対象の治療に対するものである。

【0123】

また、本明細書では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬを有する対象におけるＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８のウイルス学的クリアランスを改善する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、方法も提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。

【0124】

また、本明細書では、ＨＰＶ型１６又はＨＰＶ型１８関連の肛門又は肛門周囲のＨＳＩＬを有する対象において、対象における肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの正常又は組織病理学的非進行への部分的又は完全な組織病理学的退縮を達成する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、方法も提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。ある特定の実施形態では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの正常又は組織病理学的非進行への部分的又は完全な組織病理学的退縮の達成は、対象又は対象の集団へのプラセボの投与に対するものである。ある特定の実施形態では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの正常又は組織病理学的非進行への部分的又は完全な組織病理学的退縮の達成は、対象又は対象の集団の治療なしに対するものである。ある特定の実施形態では、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの部分的若しくは完全な組織病理学的退縮又は組織病理学的非進行の達成は、標準治療を用いた対象の集団のうちの対象の治療に対するものである。

【0125】

また、本明細書では、ＨＰＶ型１６又はＨＰＶ型１８関連の肛門又は肛門周囲のＨＳＩＬを有する対象における非肛門解剖学的位置からのＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８の感染のクリアランスを改善する方法であって、対象に治療有効量の本発明による薬学的組成物を投与することを含むか、それからなるか、又は本質的にそれからなる、方法も提供される。いくつかの実施形態によれば、薬学的組成物は、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーである。

【0126】

いくつかの実施形態では、ＶＧＸ－３１００は、筋肉内注射、続いて、エレクトロポレーションによって対象に投与される。ある特定の実施形態では、ＶＧＸ－３１００は、６ｍｇの用量で対象に投与される。更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００は、１２週間にわたって対象に３回投与される。更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００は、４０週間にわたって対象に４回投与される。なお更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００は、１５０ｍＭ塩化ナトリウム及び１５ｍＭクエン酸ナトリウム中の６ｍｇ／ｍｌの濃度で製剤化される。

【0127】

ある特定の実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、ＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８のウイルス学的クリアランス並びに肛門ＨＳＩＬの組織病理学的退縮をもたらす。更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、肛門ＨＳＩＬの組織病理学的退縮をもたらす。なお更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、ＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８のウイルス学的クリアランスをもたらす。ある特定の実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、肛門ＨＳＩＬの正常への完全な組織病理学的退縮をもたらす。更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、肛門ＨＳＩＬの正常への完全な組織病理学的退縮並びにＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８のウイルス学的クリアランスをもたらす。なお更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、組織病理学的非進行をもたらす。ある特定の実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、非肛門解剖学的位置からのＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８の感染のクリアランスをもたらす。更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、ＶＧＸ－３１００の第３の投与後、及びＶＧＸ－３１００の投与後３６週間で、ベースラインに対して評価される、ＶＧＸ－３１００に対する体液性及び細胞性免疫応答の改善をもたらす。

【0128】

更なる実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与は、ＶＧＸ－３１００の第４の投与後に、ベースラインと比較して評価される、ＶＧＸ－３１００に対する体液性及び細胞性免疫応答の改善をもたらす。

【0129】

ある特定の実施形態では、ＶＧＸ－３１００の投与の結果は、ＶＧＸ－３１００の投与後３６週間で評価される。

【0130】

本発明のいくつかの実施形態によれば、免疫応答を誘導する方法が提供される。ワクチンは、タンパク質ベースの、弱毒生ワクチン、細胞ワクチン、組換えワクチン、又は核酸若しくはＤＮＡワクチンであり得る。いくつかの実施形態では、粘膜免疫応答を誘導する方法を含む、免疫原に対する個体における免疫応答を誘導する方法は、個体に、ＣＴＡＣＫタンパク質、ＴＥＣＫタンパク質、ＭＥＣタンパク質、及びそれらの機能的断片、又はそれらの発現可能なコード配列のうちの１つ以上を、本発明のタンパク質をコードする単離された核酸分子及び／又は本発明のタンパク質をコードする組換えワクチン及び／又は本発明のタンパク質をコードするサブユニットワクチン及び／又は弱毒生ワクチン及び／又は死菌ワクチンと組み合わせて投与することを含む。ＣＴＡＣＫタンパク質、ＴＥＣＫタンパク質、ＭＥＣタンパク質、及びそれらの機能的断片のうちの１つ以上は、免疫原をコードする単離された核酸分子及び／又は免疫原をコードする組換えワクチン及び／又は免疫原を含むサブユニットワクチン及び／又は弱毒生ワクチン及び／又は死菌ワクチンの投与の前に、それと同時に、又はその後に投与され得る。いくつかの実施形態では、ＣＴＡＣＫ、ＴＥＣＫ、ＭＥＣ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択されるもののうちの１つ以上のタンパク質をコードする単離された核酸分子が、個体に投与される。

【0131】

本発明は、以下の実施例において更に例示される。この実施例は、本発明の実施形態を示すが、例示としてのみ提供されることを理解されたい。上記の考察及びこの実施例から、当業者は、本発明の本質的な特徴を確認することができ、その趣旨及び範囲から逸脱することなく、様々な用途及び条件に適応するために本発明の様々な変更及び修正を行うことができる。よって、本明細書に示され、記載されるものに加えて、本発明の様々な修正が、前述の記載から当業者に明らかとなるであろう。そのような修正はまた、添付の特許請求の範囲内に該当することが意図される。

【0132】

本開示を通して引用される米国特許、米国出願、及び参考文献の各々は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。

【0133】

例解的な実施形態：
実施形態１．個体における肛門高悪性度扁平上皮内病変を治療又は予防するための方法であって、ＨＰＶ１６抗原及びＨＰＶ１８抗原からなる群から選択される少なくとも１つをコードする少なくとも１つの核酸分子を含む組成物を個体に投与することを含む、方法。
実施形態２．ＨＰＶ１６抗原が、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原である、実施形態１に記載の方法。
実施形態３．ＨＰＶ１６抗原が、配列番号５のアミノ酸配列及び配列番号６のアミノ酸配列を含む、実施形態１又は２に記載の方法。
実施形態４．ＨＰＶ１６抗原が、配列番号１７のヌクレオチド配列及び配列番号１９のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態５．ＨＰＶ１８抗原が、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原である、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態６．ＨＰＶ１８抗原が、配列番号２１のアミノ酸配列及び配列番号２２のアミノ酸配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態７．組成物が、ＨＰＶ１６抗原をコードするヌクレオチド配列及びＨＰＶ１８抗原をコードするヌクレオチド配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態８．核酸分子が、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と、
配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態９．核酸分子が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態８に記載の方法。
実施形態１０．核酸分子が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態８に記載の方法。
実施形態１１．核酸分子が、
配列番号１のヌクレオチド１９～７９５を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１のヌクレオチド１～７９５を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１を含むヌクレオチド配列と、
配列番号１と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号１の断片と、
配列番号１の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、請求項３に記載の方法。
実施形態１２．核酸分子が、配列番号１と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１１に記載の方法。
実施形態１３．核酸分子が、配列番号１と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１１に記載の方法。
実施形態１４．核酸分子が、配列番号２３のヌクレオチド配列及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態１５．核酸分子が、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と、
配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態１６．核酸分子が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１５に記載の方法。
実施形態１７．核酸分子が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１５に記載の方法。
実施形態１８．ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする核酸分子が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含み、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含むか、又はＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含み、ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列が、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列を更に含む、実施形態１～７又は１４～１７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９．核酸分子が、
配列番号９のヌクレオチド１～７８０を含むヌクレオチド配列と、
配列番号９を含むヌクレオチド配列と、
配列番号９と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、
配列番号９の断片と、
配列番号９の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列と、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２０．核酸分子が、配列番号９と少なくとも９８％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１９に記載の方法。
実施形態２１．核酸分子が、配列番号９と少なくとも９９％相同であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１９に記載の方法。
実施形態２２．少なくとも１つの核酸分子が、少なくとも１つのプラスミドを含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２３．組成物が、薬学的組成物である、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２４．個体に、アジュバントを含む組成物を投与することを更に含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２５．個体に、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子及びＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を投与することを含み、
ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列が、配列番号２をコードするヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片、及び配列番号２をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択され、
ＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードする前記ヌクレオチド配列が、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列、配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片、及び配列番号１０をコードするヌクレオチド配列の断片と少なくとも９５％相同であるヌクレオチド配列からなる群から選択される、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２６．１つの核酸分子が、ＨＰＶ１６Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列及びＨＰＶ１８Ｅ６－Ｅ７融合抗原をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２５に記載の方法。
実施形態２７．当該核酸分子を個体に投与することが、エレクトロポレーションを含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２８．組成物が、筋肉内に投与される、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態２９．組成物が、ＶＧＸ－３１００又はそのバイオシミラーを含む、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態３０．組成物が、３回又は４回用量で投与される、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態３１．組成物の第２の用量が、第１の用量の約４週間後に投与される、実施形態３０に記載の方法。
実施形態３２．第３の用量が、第１の用量の約１２週間後に投与される、実施形態３０に記載の方法。
実施形態３３．第４の用量が、第１の用量の約４０週間後に投与される、実施形態３０に記載の方法。
実施形態３４．ＨＳＩＬが、肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬである、いずれかの先行実施形態に記載の方法。
実施形態３５．リーダー配列が、配列番号７のアミノ酸配列を含む、実施形態３４に記載の方法。
実施形態３６．リーダー配列が、配列番号１１のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、実施形態１８に記載の方法。

【実施例】

【0134】

本発明は、以下の実施例において更に定義される。これらの実施例は、本発明の好ましい実施形態を示すが、例示としてのみ提供されることを理解されたい。上記の考察及びこれらの実施例から、当業者は、本発明の本質的な特徴を確認することができ、その趣旨及び範囲から逸脱することなく、様々な用途及び条件に適応するために本発明の様々な変更及び修正を行うことができる。よって、本明細書に示され、記載されるものに加えて、本発明の様々な修正が、前述の記載から当業者に明らかとなるであろう。そのような修正はまた、添付の特許請求の範囲内に該当することが意図される。

【0135】

実施例１：ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）－１／２について血清反応陰性である個体におけるＨＰＶ－１６及び／又はＨＰＶ－１８関連の肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）の治療のために、筋肉内に（ＩＭ）、続いて、エレクトロポレーション（ＥＰ）によって送達されたＶＧＸ－３１００（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ＿ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０３４９９７９５）
これは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）－１６及び／又はＨＰＶ－１８に関連する組織学的に確認された肛門又は肛門／肛門周囲の高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）を有する、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）陰性である成人男性及び女性における、筋肉内（ＩＭ）注射、続いて、エレクトロポレーション（ＥＰ）によって投与されたＶＧＸ－３１００の第２相非盲検有効性研究である。

【0136】

肛門高悪性度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）の管理は、困難なままである。ＶＧＸ－３１００は、ＨＰＶ１６及び１８Ｅ６／Ｅ７タンパク質をコードするＤＮＡベースのＨＰＶ１６／１８特異的免疫療法であり、肛門ＨＳＩＬを治療するための非盲検第２相試験で評価された（図１）。

【0137】

組み入れ基準：
１８歳以上、
用量１の３０日以内のＨＩＶ－１／２に対する陰性スクリーニング試験、
ＨＳＩＬ検体からのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によるスクリーニング時の確認された肛門又は肛門／肛門周囲ＨＰＶ－１６／１８感染、
スクリーニング時にＨＳＩＬとして組織学的に確認される少なくとも１つの肛門又は肛門／肛門周囲（ＡＩＮ２／３及び／又はＰＡＩＮ２／ＰＡＩＮ３）病変、
組織学収集手順（すなわち、切除又は生検）のための適切な候補、
女性対象は、閉経後であるか、外科的に不妊であるか、又は継続的禁欲若しくはスクリーニングから研究薬の最終用量後１ヶ月（１２週目又は４０週目）まで１年当たり１％未満の失敗率を伴う避妊方法の使用によって妊娠を回避することに同意しなければならない
子供の父親となり得る男性は、研究前、研究参加の期間中、及び研究薬の最終用量から１ヶ月後に、異性間性交中に少なくとも１つの形態の避妊又は異性間性交の継続的禁欲を使用することに同意しなければならない。

【0138】

正常スクリーニング心電図（ＥＣＧ）。

【0139】

除外基準：
未治療の微小浸潤性又は浸潤性がん、
生検で証明された膣上皮内新生物（ＶＡＩＮ）であり、ＶＡＩＮに対する医療処置及び／又は治療を受けていない、
生検で証明された外陰部上皮内新生物（ＶＩＮ）であり、ＶＩＮに対する医療処置及び／又は治療を受けていない、
生検で証明された子宮頸部上皮内新生物（ＣＩＮ）２／３であり、ＣＩＮに対する医療処置及び／又は治療を受けていない、
生検で証明された陰茎上皮内腫瘍（ＰＩＮ）であり、ＰＩＮに対する医療処置及び／又は治療を受けていない、
生検機器による試料採取のためにアクセス可能ではない肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬ、
スクリーニング時に完全に視覚化することができない肛門内及び／又は肛門周囲の病変（複数可）、
完全で満足のいく高解像度肛門鏡検査（ＨＲＡ）ができない、
スクリーニングの４週間以内の肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬに対するあらゆる治療（例えば、手術）、
研究薬の最後の用量後１ヶ月以内の妊娠、授乳、又は妊娠を検討すること、
０日目前の４５日以内に有害事象の一般毒性基準（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０３に従ってグレード１を上回るか、又はグレード１未満であるが、治験責任医師によって臨床的に有意とみなされる任意の異常臨床検査値の存在、
基礎疾患又は治療の結果としての免疫抑制、
以前の治療用ＨＰＶワクチン接種歴、
任意のＶＧＸ－３１００用量の２週間以内に任意の非研究関連の非生ワクチンを受けること、
任意のＶＧＸ－３１００用量の４週間以内に任意の非研究関連の非生ワクチン（例えば、麻疹ワクチン）を受けること、
治験責任医師によって判断された場合に治療される、エレクトロポレーションによって悪影響を受け得る重大な急性又は慢性内科的疾患、
治験責任医師の判断により、対象の安全を脅かすか、研究の評価若しくはエンドポイントの評価に干渉するか、又は別様に研究結果の有効性に影響を及ぼす、現在の臨床的に有意で医学的に不安定な疾患又は病歴、
０日目の４週間以内の以前の大手術、
治験化合物又は装置を用いた介入研究への参加、
治験責任医師の意見では対象の安全又は任意の研究エンドポイントの評価に影響を及ぼし得る任意の疾患又は症状。

【0140】

主要転帰の指標：
３６週目に肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの組織学的証拠がなく、かつＨＰＶ－１６／１８の証拠がない参加者の割合［時間枠：３６週目］
副次的アウトカム測定：
各用量後７日間の局所及び全身安全性事象の数［時間枠：０～７日目（０日目の用量後７日）、２２～２９日目（４週目の用量後７日）、及び７８～８５日目（１２週目の用量後７日）］
有害事象の数［時間枠：ベースラインから８８週目の来院まで］
３６週目の来院時に組織学上の肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの証拠がない参加者の割合［時間枠：３６週目］
３６週目の来院時に種類特異的ＨＰＶ試験によって肛門内及び／又は肛門周囲の組織からのＨＰＶ－１６／１８の証拠がない参加者の割合［時間枠：３６週目］
３６、６４、及び８８週目の来院時に特異的ＨＰＶ試験によって肛門内スワブからのＨＰＶ－１６／１８の証拠がない参加者の割合［時間枠：３６、６４、及び８８週目］
３６週目の来院時に組織学上の肛門若しくは肛門／肛門周囲の低悪性度上皮内扁平上皮病変（ＬＳＩＬ）又はＨＳＩＬの証拠がない参加者の割合［時間枠：３６週目］
３６週目の来院時に組織学上のベースラインからがんへの肛門又は肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの進行がない参加者の割合［時間枠：ベースラインから３６週目まで］
３６、６４、及び８８週目の来院時に治験責任医師によって決定される肛門内及び／又は肛門周囲の病変（複数可）の数のベースラインからの低減率［時間枠：ベースラインから３６、６４、及び８８週目まで］
３６、６４、及び８８週目の来院時に治験責任医師によって決定される肛門周囲病変（複数可）のサイズのベースラインからの低減率［時間枠：ベースラインから３６、６４、及び８８週目まで］
フローサイトメトリー応答の大きさ［時間枠：ベースライン及び１５週目］
３６週目に肛門若しくは肛門／肛門周囲のＨＳＩＬの組織学的証拠がないか、又はＨＰＶ－１６／１８の証拠がない参加者の割合［時間枠：３６週目］

【0141】

治験薬
一般名：ＶＧＸ－３１００
化学名：ｐＧＸ３００１プラスミドについては３７８２個の塩基対及びｐＧＸ３００２プラスミドについては３８２４個の塩基対からなる環状二本鎖デオキシリボ核酸。

【0142】

識別名：合成ＣＭＶプロモーターによって制御されるＨＰＶ１６並びに１８－Ｅ６及びＥ７をコードする転写単位、並びにＥ．ｃｏｌｉにおける複製及び選択のために必要とされる要素、すなわち、ｐＵＣ複製起点（ｐＵＣＯｒｉ）及びカナマイシン耐性遺伝子（ＫａｎＲ）を含む、真核生物発現プラスミド。

【0143】

詳細な説明：ＨＰＶ治療用ワクチンであるＶＧＸ－３１００は、等量での２つのプラスミドの組み合わせである（すなわち、６ｍｇ用量は、３ｍｇの各ｐＧＸ３００１及びｐＧＸ３００２プラスミドを送達する）：ａ）ｐＧＸ３００１：ｐ１６ＣｏｎＥ６Ｅ７、サイトメガロウイルス即初期（ＣＭＶ）プロモーターの制御下でｐＶＡＸ１骨格（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）への合成ＨＰＶ１６コンセンサスＥ６及びＥ７融合遺伝子（「コンセンサスＨＰＶ１６－６及び７」）をコードするプラスミド、並びにｂ）ｐＧＸ３００２：ｐ１８ＣｏｎＥ６Ｅ７、サイトメガロウイルス即初期（ＣＭＶ）プロモーターの制御下でｐＶＡＸ１骨格（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）へのＨＰＶ１８コンセンサスＥ６及びＥ７融合遺伝子（「コンセンサスＨＰＶ１８－６及び７」）をコードするプラスミド。ＶＧＸ－３１００は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる、ＷＯ２０１４／１６５２９１に記載されている。核酸及びアミノ酸コンセンサス配列は、それぞれ、表１及び表２で提供される。

【表1】

【表2】

【0144】

ＨＰＶ１６／１８陽性肛門ＨＳＩＬを有する対象が、３回又は４回用量のＶＧＸ－３１００を筋肉内に受け、続いて、ＣＥＬＬＥＣＴＲＡ（登録商標）エレクトロポレーションを受けた。対象がＨＳＩＬの生検を受け、組織学ベースの臨床エンドポイントをＶＧＸ－３１００治療開始後３６週目に評価した。エンドポイントには、肛門ＨＳＩＬの消散及び肛門組織中のＨＰＶ１６／１８のクリアランス（一次）、並びに病変数及びサイズの低減（二次）が含まれた。加えて、ベースライン時の肛門スワブとＨＰＶの切除組織との間の一致を実証するための試料を収集し、ＳＰＦ１０－ＬｉＰＡ２５（ラインプローブアッセイ）バージョン１システム（組織）及びＲｏｃｈｅｃｏｂａｓ（登録商標）ＨＰＶ試験（スワブ）を使用した。

【0145】

図２は、３６週目及び６４週目のワクチンの有効性についてのデータを提供する。

【0146】

図３は、ＶＧＸ－３１００がＨＰＶ１６抗原及びＨＰＶ１８抗原の両方に対する細胞免疫応答を誘導することを実証するデータを提供する。

【0147】

図４は、ＶＧＸ－３１００がＨＰＶ１６Ｅ７抗原及びＨＰＶ１８Ｅ７抗原に対する体液性免疫応答を誘導することを実証するデータを提供する。

【0148】

図５は、ＶＧＸ－３１００ワクチンの安全性についてのデータを提供する。

【0149】

肛門ＨＳＩＬの困難な性質を考慮すると、ＶＧＸ－３１００などの免疫療法アプローチは、その管理における著しい進歩を表すであろう。ＶＧＸ－３１００は、耐容性、免疫原性であり、ＨＰＶ－１６／１８関連の肛門ＨＳＩＬに治療効果を及ぼす。加えて、肛門スワブ及び組織からのＨＰＶ－１６／１８の検出は、高度に一致しており（データは示されていない）、スクリーニング及び監視を簡素化し得る、肛門病変を検出するための低侵襲性スクリーニング方略を提供し得る。

【0150】

実施例２：配列
ＨＰＶ遺伝子型１６コンセンサスＥ６－Ｅ７ＤＮＡ配列（配列番号１）

【化1】