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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-28
(54)【発明の名称】サンプルをがん特異的免疫細胞について分析する方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/06 20060101AFI20241018BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20241018BHJP
G01N 33/50 20060101ALI20241018BHJP
G01N 33/68 20060101ALI20241018BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/06
C12Q1/6869 Z ZNA
G01N33/50 K
G01N33/68
G01N33/50 P
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024525931
(86)(22)【出願日】2022-10-30
(85)【翻訳文提出日】2024-06-25
(86)【国際出願番号】 US2022078953
(87)【国際公開番号】W WO2023077113
(87)【国際公開日】2023-05-04
(31)【優先権主張番号】63/273,768
(32)【優先日】2021-10-29
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524161575
【氏名又は名称】イミュノラクル インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】シー， ユージアン ジェノ
【テーマコード（参考）】
2G045
4B063
【Ｆターム（参考）】
2G045AA24
2G045AA26
2G045CA18
2G045CA26
2G045CB01
2G045DA13
2G045DA14
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2G045FA37
4B063QA01
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4B063QS36
4B063QX02
(57)【要約】
本出願は、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法であって、前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを有する呈示部分を有するベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ならびに前記免疫細胞を単離すること、および分析することを含む方法を提供する。がん（例えば、残存がん）を検出する方法および処置方法もまた提供される。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、
ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、および
ｃ）前記単離された免疫細胞を分析すること
を含む方法。
【請求項2】
前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記呈示部分が、２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項4】
前記呈示部分が４つのネオ抗原ペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項5】
前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドが同じである、請求項３～４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
前記ネオ抗原ペプチドが、下記特徴：
ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭの結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；
ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭの結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；
ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；
ｄ）疎水性であること；および
ｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること
の１つまたはそれを超えるものを有する、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項7】
前記ネオ抗原ペプチドが低い免疫原性を有する、請求項１～６に記載の方法。
【請求項8】
前記呈示部分が、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
前記ＭＨＣクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃからなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
前記ペプチドが約８個～約１０個のアミノ酸の長さである、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項12】
前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩＩ分子である、請求項８に記載の方法。
【請求項13】
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記ネオ抗原ペプチドが約１０個～約２０個のアミノ酸の長さである、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項15】
前記呈示部分が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される２またはそれを超える異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含む、請求項８～１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項16】
前記呈示部分が粒子を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
前記粒子が、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
前記粒子がデキストラン粒子である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項19】
前記粒子が磁性ナノ粒子またはポリスチレンナノ粒子である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項20】
前記粒子がアガロースビーズまたはセファロースビーズである、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項21】
前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを前記粒子に直接付着させる、請求項１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを、前記ネオ抗原ペプチドに付着する第１の結合成分と、前記粒子に結合する第２の結合成分とを含む結合対を介して前記粒子に付着させる、請求項１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記呈示部分が細胞を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項24】
前記細胞が、前記ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項25】
前記ポリヌクレオチドが複数のネオ抗原ペプチドをコードする、請求項２４に記載の方法。
【請求項26】
前記呈示部分がさらに、検出可能な標識を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記検出可能な標識が蛍光体である、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
前記単離する工程が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
前記単離する工程が、前記呈示部分と会合する免疫細胞を前記サンプルの残部から分離することを含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記単離された免疫細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞および腫瘍浸潤Ｔ細胞からなる群から選択される、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記単離された免疫細胞がＢ細胞である、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記単離された免疫細胞が、単離された単一の免疫細胞である、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記単離された免疫細胞が免疫細胞の混合物の中に存在する、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
免疫細胞の前記混合物が、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出することを含む、請求項１～３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項36】
前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を定量することを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項37】
前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項38】
前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項39】
前記１またはそれを超える核酸がＴＣＲ配列である、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定を含む、請求項３７～３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項41】
前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ＲＮＡｓｅｑ配列決定を含む、請求項３７～４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項42】
前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ａ）前記１またはそれを超える核酸について富化される富化サンプルを前記単離された免疫細胞から得ること、および
ｂ）前記富化サンプルにおける前記１またはそれを超える核酸を配列決定すること
を含む、請求項３７～３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項43】
前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾を特定することを含む、請求項１～４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項45】
前記１またはそれを超えるエピジェネティック修飾がＤＮＡメチル化および／またはヒストングリコシル化を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
前記個体は、がんを有すると以前に診断されたことがない、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項47】
前記個体は、がんを有するリスクがある、請求項４６に記載の方法。
【請求項48】
前記個体はがんについて以前に処置されたことがあり、前記処置の後ではがんの病理学的症状を全く示していない、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項49】
前記個体がヒトである、請求項１～４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項50】
前記個体が少なくとも約５０歳である、請求項４９に記載の方法。
【請求項51】
前記サンプルが、血液、血漿、および末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）サンプルからなる群から選択される、請求項１～５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項52】
前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することをさらに含む、請求項１～５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項53】
がん状態に関する前記情報が、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項54】
前記ベイト組成物が複数の異なる呈示部分を含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項55】
前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分が、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも２つの異なる呈示部分を含む、請求項５４または５５に記載の方法。
【請求項57】
前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分が、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも４つの異なる呈示部分を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項58】
前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分が、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも１００個の異なる呈示部分を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項59】
異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識を含む、請求項５６～５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項60】
前記検出可能な標識が蛍光体である、請求項５９に記載の方法。
【請求項61】
前記単離する工程が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項62】
前記単離する工程が、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含む、請求項５９～６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項63】
複数の異なる呈示部分のそれぞれを前記個体からのサンプルと別々に接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項64】
請求項４８～６３のいずれか一項に記載の方法であって、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを、請求項４８～５６に記載の方法のいずれか１つに従って分析すること、および
ｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における違いを特定すること
を含む方法。
【請求項65】
個体におけるがんを検出する方法であって、前記個体からのサンプルを請求項１～６４のいずれか一項に従って分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される、方法。
【請求項66】
前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が、前記単離された免疫細胞の存在を含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項67】
前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項68】
前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャーを含む、請求項６５～６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項69】
前記シグネチャーエピジェネティック修飾が、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシル化シグネチャー、ならびにヒストンアセチル化シグネチャー、ヒストンメチル化シグネチャーおよび／またはヒストングリコシル化シグネチャーを含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項70】
抗がん治療により以前に処置されたことがあり、処置後はがんの病理学的症状を全く示していない個体における残存がんを検出する方法であって、前記個体からの処置後サンプルを請求項４８～５６のいずれか一項に記載の方法に従って分析することを含み、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体における残存がんが示される、方法。
【請求項71】
請求項７０に記載の方法であって、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを、請求項４８～５６のいずれか一項に記載の方法に従って分析すること、および
ｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴を比較すること
を含み、
前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における所定の違いにより、前記個体における残存がんが示される、方法。
【請求項72】
個体におけるがんを処置する方法であって、ａ）前記個体を、請求項６５～７１のいずれか一項に記載の方法に従って、がんを有するとして診断すること、および
ｂ）前記個体に抗がん治療を受けさせること
を含む方法。
【請求項73】
前記抗がん治療が免疫療法ではない、請求項７２に記載の方法。
【請求項74】
前記がんが固形腫瘍である、請求項１～７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項75】
前記がんが、癌、肉腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫、芽細胞腫、胚細胞腫瘍、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１～７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項76】
前記がんが扁平上皮癌または腺癌である、請求項１～７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項77】
前記がんが、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、鼻咽頭がん、結腸直腸がん、肛門がん、肝臓がん、膀胱がん、精巣がん、子宮頸がん、卵巣がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、甲状腺がん、メラノーマがんおよび乳がんからなる群から選択される、請求項１～７６のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は米国仮特許出願第６３／２７３，７６８号（２０２１年１０月２９日出願；その内容はその全体が参照によって本明細書中に組み込まれる）の優先権利益を主張する。
本出願は米国仮特許出願第６３／２７３，７６８号（２０２１年１０月２９日出願；その内容はその全体が参照によって本明細書中に組み込まれる）の優先権利益を主張する。
【0002】
電子配列表の参照
電子配列表（２３００６２０００１４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｘｍｌ；サイズ：７４，３１７バイト；作成日：２０２２年１０月２５日）の内容はその全体が参照によって本明細書中に組み込まれる。
電子配列表（２３００６２０００１４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｘｍｌ；サイズ：７４，３１７バイト；作成日：２０２２年１０月２５日）の内容はその全体が参照によって本明細書中に組み込まれる。
【0003】
分野
本出願は、サンプルをがん特異的免疫細胞について分析する方法に関する。
本出願は、サンプルをがん特異的免疫細胞について分析する方法に関する。
【背景技術】
【0004】
背景
がんの患者についての生存の見込みが、疾患が早期臨床段階で診断され、処置されるならば、実質的に改善される。このことが、予後を改善するために早期検出が有望であることを裏付けている。残念ながら、早期検出のための効果的なスクリーニング試験が多くのがんについては存在しない。
がんの患者についての生存の見込みが、疾患が早期臨床段階で診断され、処置されるならば、実質的に改善される。このことが、予後を改善するために早期検出が有望であることを裏付けている。残念ながら、早期検出のための効果的なスクリーニング試験が多くのがんについては存在しない。
【0005】
一方で、がんの処置に成功した患者の有意な割合が、転移性再発に進行する可能性がある微小残存病変（ＭＲＤ）を有する。ＭＲＤは、再発のリスクを予測する際、および寛解後の治療を選ぶ際の必須の予後因子であると考えられる。しかしながら、ＭＲＤは多くの場合、微小すぎて、ＣＴシステムまたはＭＲＩシステムを含めた最も高感度な医用画像化モダリティーによってでさえ明らかにすることができない。そのため、微小残存病変の評価は、患者における、とりわけ、疾患再発のリスクが高い患者における腫瘍の監視および管理の非常に重要な側面である必要がある。
【0006】
本明細書中で参照されるすべての刊行物、特許、特許出願および公開された特許出願の開示は、それらの全体が参照によって本明細書中に組み込まれる。
【発明の概要】
【0007】
簡単な概要
本出願は１つの局面において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は４つのネオ抗原ペプチドを含む。
本出願は１つの局面において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は４つのネオ抗原ペプチドを含む。
【0008】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。
【0009】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を（例えば、ＭＨＣ分子に結合したときには）同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。
【0010】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。
【0011】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記ペプチドは約８個～約１０個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは約１０個～約２０個のアミノ酸の長さである。
【0012】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記呈示部分は粒子を含む。いくつかの実施形態において、前記粒子は、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記粒子はデキストラン粒子である。いくつかの実施形態において、前記粒子は磁性ナノ粒子またはポリスチレンナノ粒子である。いくつかの実施形態において、前記粒子はアガロースビーズまたはセファロースビーズである。
【0013】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを前記粒子に直接付着させる。
【0014】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを、前記ネオ抗原ペプチドに付着する第１の結合成分と、前記粒子に結合する第２の結合成分とを含む結合対を介して前記粒子に付着させる。
【0015】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記呈示部分は細胞を含む。いくつかの実施形態において、前記細胞は、前記ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ポリヌクレオチドは複数のネオ抗原ペプチドをコードする。
【0016】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む。
【0017】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離する工程は、前記呈示部分と会合する免疫細胞を前記サンプルの残部から分離することを含む。
【0018】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞および腫瘍浸潤Ｔ細胞からなる群から選択される。
【0019】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。
【0020】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、樹状細胞、またはそれらの組み合わせを含む混合物である。
【0021】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出することを含む。
【0022】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、（例えば、免疫細胞の前記異なるタイプのそれぞれをひとまとめにして、または別々に定量することを含めて）前記単離された免疫細胞をサンプルまたは富化サンプルにおいて定量することを含む。
【0023】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸は、ＴＣＲ配列である核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における複数の核酸を配列決定して、所望の核酸のプロフィル（例えば、遺伝子発現プロフィル、遺伝子変異プロフィル、またはエピジェネティック修飾プロフィル（例えば、メチル化プロフィル））を得ることを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、複数の単離された免疫細胞においてける１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、複数の単離された免疫細胞における複数の核酸を配列決定して、所望の核酸のプロフィル（例えば、遺伝子発現プロフィル、遺伝子変異プロフィル、またはエピジェネティック修飾プロフィル（例えば、メチル化プロフィル））を得ることを含む。
【0024】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定を含む。
【0025】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ＲＮＡｓｅｑ配列決定を含む。
【0026】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ａ）前記１またはそれを超える核酸について富化される富化サンプルを前記単離された免疫細胞から得ること、およびｂ）前記富化サンプルにおける前記１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。
【0027】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供して、例えば、前記単離された免疫細胞のエピジェネティック修飾プロフィルを得ることを含む。
【0028】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾を特定することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるエピジェネティック修飾は、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化および／またはグリコシル化）を含む。
【0029】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記個体は、がんを有すると以前に診断されたことがない。いくつかの実施形態において、前記個体は、がんを発症するリスクがある。いくつかの実施形態において、前記個体はがんについて以前に処置されたことがあり、前記処置の後ではがんの病理学的症状を全く示していない。
【0030】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記個体はヒトである。いくつかの実施形態において、前記個体は、少なくとも約５０歳、少なくとも約５５歳、少なくとも約６０歳、少なくとも約６５歳、少なくとも約７０歳、少なくとも約７５歳、または少なくとも約８０歳のいずれかである。
【0031】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記サンプルは、血液、血漿、および末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）サンプルからなる群から選択される。
【0032】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記方法は、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することをさらに含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。
【0033】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は、複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分は、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも２つの異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分は、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも４つの異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分は、異なるＭＨＣ分子をそれぞれが含む少なくとも１００個の異なる呈示部分を含む。
【0034】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれは、異なる検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は、蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む。
【0035】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離する工程は、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含む。
【0036】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記方法は、複数の異なる呈示部分のそれぞれを前記個体からのサンプルと別々に接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。
【0037】
いくつかの実施形態において、前記方法は、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを、本明細書中に記載される方法のいずれか１つに従って分析すること、およびｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における違いを特定することを含む。
【0038】
本出願は別の局面において、個体におけるがんを検出する方法であって、前記個体からのサンプルを本明細書中に記載される方法のいずれか１つに従って分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される、方法を提供する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、前記単離された免疫細胞の存在を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。
【0039】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャーを含む。いくつかの実施形態において、前記シグネチャーエピジェネティック修飾は、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化シグネチャー、および／またはヒストン修飾シグネチャーを含む。
【0040】
本明細書中に記載される個体におけるがんを検出する方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態であって、前記個体が、抗がん治療により以前に処置されたことがあり、処置後はがんの病理学的症状を全く示していない実施形態において、前記方法は、前記個体からの処置後サンプルを本明細書中に記載される方法に従って分析することを含み、ここで、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体における残存がんが示される。いくつかの実施形態において、前記方法は、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを、本明細書中に記載される方法に従って分析すること、およびｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴を比較することを含み、ここで、前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における所定の違いにより、前記個体における残存がんが示される。
【0041】
いくつかの実施形態において、個体におけるがんを処置する方法であって、ａ）前記個体を、本明細書中に記載される方法に従って、がんを有するとして診断すること、およびｂ）前記個体に抗がん治療を受けさせることを含む方法。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は免疫療法ではない。
【0042】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記がんは、固形腫瘍である。
【0043】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記がんは、癌、肉腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫、芽細胞腫、胚細胞腫瘍、またはそれらの任意の組み合わせである。
【0044】
本明細書中に記載される方法のいずれか１つによるいくつかの実施形態において、前記がんは、扁平上皮癌または腺癌である。
【図面の簡単な説明】
【0045】
【0046】
【0047】
【0048】
【0049】
【0050】
【0051】
【0052】
【0053】
【0054】
【0055】
【0056】
【発明を実施するための形態】
【0057】
詳細な説明
本出願は、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する様々な方法を提供する。本出願は、腫瘍ネオ抗原によって活性化される免疫細胞が、がんの何らかの病理学的症状が示される前でさえ、がんを有する個体において検出可能であり得るという、したがって、早期がん検出のための有用なマーカーとして役立つという本発明者らの他に類を見ない洞察に基づいている。実施例の節において示されるように、例示的なＫｒａｓ変異関連ネオ抗原特異的Ｔ細胞が、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原を発現する（１０４個もの少ない）腫瘍細胞を静脈内または皮下に接種したマウスにおいて（例えば、図８を参照のこと）、また、接種後早くも４日目に（例えば、図９Ａ～図９Ｂを参照のこと）、しかも、バイオルミネセンスを介したどのような検出にも先立って（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照のこと）、またはＫｒａｓ変異を有している膵臓がん患者において（例えば、図１１Ａ～図１１Ｃ、および図１２を参照のこと）首尾よく検出された。これらのデータは、提供された方法が、早期がん検出を含めたがん検出のために、同様にまた、残存微小がん細胞を有するかもしれない個体においてがん細胞をモニターするために両方で首尾よく使用され得ることを明らかにした。
本出願は、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する様々な方法を提供する。本出願は、腫瘍ネオ抗原によって活性化される免疫細胞が、がんの何らかの病理学的症状が示される前でさえ、がんを有する個体において検出可能であり得るという、したがって、早期がん検出のための有用なマーカーとして役立つという本発明者らの他に類を見ない洞察に基づいている。実施例の節において示されるように、例示的なＫｒａｓ変異関連ネオ抗原特異的Ｔ細胞が、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原を発現する（１０４個もの少ない）腫瘍細胞を静脈内または皮下に接種したマウスにおいて（例えば、図８を参照のこと）、また、接種後早くも４日目に（例えば、図９Ａ～図９Ｂを参照のこと）、しかも、バイオルミネセンスを介したどのような検出にも先立って（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照のこと）、またはＫｒａｓ変異を有している膵臓がん患者において（例えば、図１１Ａ～図１１Ｃ、および図１２を参照のこと）首尾よく検出された。これらのデータは、提供された方法が、早期がん検出を含めたがん検出のために、同様にまた、残存微小がん細胞を有するかもしれない個体においてがん細胞をモニターするために両方で首尾よく使用され得ることを明らかにした。
【0058】
本出願は、がんの病理学的症状を全く示していない個体における免疫細胞を単離し、分析する方法、同様にまた、そのようにして得られる情報を健常な個体におけるがんスクリーニングのために、がんを有することが疑われる個体を診断するために、またはそのような個体の診断を助けるために、および抗がん治療により以前に処置されたことがあり、処置後はがんの病理学的症状を全く示していない個体における微小残存がん（ＭＲＤ）を検出するために利用する方法を提供する。単離された免疫細胞に関するより詳細な分析がさらに、個体のがんを分類するために使用されることが可能である。
【0059】
したがって、本出願は１つの局面において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記個体はがんについて以前に処置されたことがあり、前記処置の後ではがんの病理学的症状を全く示していない。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを分析すること、およびｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における違いを特定することを含む。
【0060】
本出願は別の局面において、がんの病理学的症状を全く示していない個体におけるがんを検出する方法であって、前記個体からのサンプルを分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される、方法を提供する。
【0061】
本出願は別の局面において、抗がん治療により以前に処置されたことがあり、処置後はがんの病理学的症状を全く示していない個体における残存がんを検出する方法であって、前記個体からの処置後サンプルを分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴（ｐｒｅｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｃｓ）により、前記個体における残存がんが示される、方法を提供する。処置後サンプルは、がん処置を受けたことがある個体から採取されるサンプルを示す。いくつかの実施形態において、処置後サンプルは、処置後約１週間～３週間の範囲内で採取される。いくつかの実施形態において、処置後サンプルは、処置後約１ヶ月～３ヶ月の範囲内で採取される。いくつかの実施形態において、処置後サンプルは、処置後約６ヶ月以内、９ヶ月以内、または１２ヶ月以内に採取される。
【0062】
本出願は別の局面において、個体におけるがんを処置する方法であって、ａ）前記個体を、本明細書中に記載される診断方法に従って、がんを有するとして診断すること、およびｂ）前記個体に抗がん治療を受けさせることを含む方法を提供する。
【0063】
定義
一般に、特許請求項および明細書において使用される用語は、当業者によって理解される平易な意味を有するとして解釈されることが意図される。ある特定の用語は、さらなる明瞭さを提供するために以下において定義される。平易な意味と、提供された定義との間に矛盾がある場合には、提供された定義が使用されるものとする。
一般に、特許請求項および明細書において使用される用語は、当業者によって理解される平易な意味を有するとして解釈されることが意図される。ある特定の用語は、さらなる明瞭さを提供するために以下において定義される。平易な意味と、提供された定義との間に矛盾がある場合には、提供された定義が使用されるものとする。
【0064】
本明細書中で使用される場合、用語「抗原」は、免疫応答を誘導する物質である。
【0065】
本明細書中で使用される場合、用語「ネオ抗原」は、例えば、腫瘍細胞における変異または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して、対応する野生型の親抗原とは別個なものにする少なくとも１つの変化を有する抗原である。ある１つのネオ抗原はポリペプチド配列を含み得る。ネオ抗原をもたらすある１つの変異は、フレームシフト型インデルもしくは非フレームシフト型インデル、ミスセンス置換もしくはナンセンス置換、スプライス部位変化、ゲノム再編成もしくは遺伝子融合、またはどのような変化であれネオＯＲＦ（ｎｅｏＯＲＦ）を生じさせるゲノム変化もしくは発現変化を含み得る。ある１つの変異はまた、スプライスバリアントを含み得る。腫瘍細胞に特異的である翻訳後修飾は、異常なリン酸化を含み得る。腫瘍細胞に特異的である翻訳後修飾はまた、プロテアソームによって生じるスプライシングされた抗原を含み得る。Ｌｉｅｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ａ ｌａｒｇｅ ｆｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｌｉｇａｎｄｓ ａｒｅ ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ－ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ｓｐｌｉｃｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ；Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１６ Ｏｃｔ ２１；３５４（６３１０）：３５４－３５８を参照のこと。
【0066】
本明細書中で使用される場合、用語「腫瘍ネオ抗原」または用語「がんネオ抗原」は、対象の腫瘍細胞または腫瘍組織に存在し、しかし当該対象の対応する正常な細胞または組織には存在しないネオ抗原である。
【0067】
本明細書中で使用される場合、用語「ミスセンス変異」は、あるアミノ酸から別のアミノ酸への置換を引き起こす変異である。
【0068】
本明細書中で使用される場合、用語「ナンセンス変異」は、アミノ酸から終止コドンへの置換を引き起こす変異である。
【0069】
本明細書で使用される場合、用語「フレームシフト変異」は、タンパク質の枠における変化を引き起こす変異である。
【0070】
本明細書中で使用される場合、用語「インデル」は、１またはそれを超える核酸の挿入または欠失である。
【0071】
本明細書中で使用される場合、パーセント「同一性」の用語は、２またはそれを超える核酸配列またはポリペプチド配列の文脈では、最大限対応させるために比較してアラインメントさせるときに、下記において記載される配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＮまたは当業者に利用可能な他のアルゴリズム）の１つを使用して測定する場合、または目視検査によって測定する場合、同じであるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の指定された割合を有する２またはそれを超える配列または部分配列を指す。出願に応じて、パーセント「同一性」が、比較されている配列の領域にわたって、例えば、機能的ドメインにわたって存在する場合があり、またはあるいは、比較される２つの配列の全長にわたって存在する場合がある。
【0072】
配列比較のために、典型的には、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として働く。配列比較アルゴリズムを使用するときには、試験配列および参照配列がコンピューターに入力され、部分配列座標が、必要ならば指定され、配列アルゴリズムのプログラムパラメーターが指定される。その後、配列比較アルゴリズムにより、参照配列に対する試験配列（１つまたは複数）についてのパーセント配列同一性が、指定されたプログラムパラメーターに基づいて算出される。あるいは、配列の類似性または非類似性が、特定のヌクレオチドの組み合わされた存在または非存在によって、あるいは翻訳された配列については選択された配列位置におけるアミノ酸（例えば、配列モチーフ）によって確立され得る。
【0073】
本明細書中で使用される場合、用語「エピトープ」は、抗体またはＴ細胞受容体が典型的には結合する抗原の特異的部分である。
【0074】
本明細書中で使用される場合、用語「免疫原性（の）」は、免疫応答を、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはそれらの両方を介して誘発することができることである。
【0075】
本明細書中で使用される場合、用語「ＨＬＡ結合親和性」「ＭＨＣ結合親和性」は、特異的な抗原と、特異的なＭＨＣ対立遺伝子との間における結合の親和性を意味する。
【0076】
本明細書中で使用される場合、用語「ベイト組成物」は、当該ベイト（ｂａｉｔ）に特異的に結合する細胞をサンプルから富化するために使用される分子（例えば、ネオ抗原ペプチド）を含む組成物である。
【0077】
本明細書中で使用される場合、用語「バリアント」は、対象の核酸と、対照として使用される参照ヒトゲノムとの間における差違である。
【0078】
本明細書中で使用される場合、用語「対立遺伝子」は、遺伝子のバージョン、または遺伝子配列のバージョン、またはタンパク質のバージョンである。
【0079】
本明細書中で使用される場合、用語「ＨＬＡタイプ」はＨＬＡ遺伝子対立遺伝子の相補体である。
【0080】
本明細書中で使用される場合、用語「エクソーム」は、タンパク質についてコードするゲノムのサブセットである。エクソームはゲノムの集合的なエクソンであり得る。
【0081】
本明細書中で使用される場合、用語「プロテオーム」は、細胞、細胞群または個体によって発現および／または翻訳されるすべてのタンパク質のセットである。
【0082】
本明細書中で使用される場合、用語「デキストラマー」は、フローサイトメトリーにおける抗原特異的免疫細胞染色のために使用される、デキストランに基づくペプチド－ＭＨＣマルチマーである。
【0083】
本明細書中で使用される場合、用語「ＭＨＣマルチマー」は、複数のペプチド－ＭＨＣモノマーユニットを含むペプチド－ＭＨＣ複合体である。
【0084】
本明細書中で使用される場合、用語「ＭＨＣテトラマー」は、４つのペプチド－ＭＨＣモノマーユニットを含むペプチド－ＭＨＣ複合体である。
【0085】
本明細書中で使用される場合、「サンプル」は、免疫細胞を含有する、対象から得られる体液のアリコートまたは組織を指す。
【0086】
用語「哺乳動物」はヒトおよび非ヒトの両方を包含し、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ネズミ科動物、ウシ、ウマおよびブタを含んでおり、しかし、これらに限定されない。
【0087】
本明細書中で使用される場合、「処置」または「処置すること」は、臨床結果を含めた有益な結果または所望の結果を得るためのアプローチである。本出願の目的のために、有益な臨床結果または所望の臨床結果は下記のうちの１つまたはそれを超えるものを含んでおり、しかし、これらに限定されない：疾患から生じる１またはそれを超える症状を緩和すること、疾患の範囲を漸減すること、疾患を安定化させること（例えば、疾患の悪化を防止すること、または遅らせること）、疾患の拡大（例えば、転移）を防止すること、または遅らせること、疾患の再発を防止すること、または遅らせること、疾患の増悪を遅らせること、または遅くすること、疾患状態を改善すること、疾患の寛解（部分的または完全）をもたらすこと、疾患を処置するために要求される１またはそれを超える他の薬物療法の用量を減らすこと、疾患の増悪を遅らせること、生活の質を向上させること、または改善すること、体重増加を増大させること、ならびに／あるいは生存を延ばすこと。「処置」によって、がんの病理学的結果（例えば、腫瘍体積など）の減少もまた包含される。本出願の方法では、処置のこれらの局面のいずれか１つまたはそれを超えるものが意図される。
【0088】
「参照」は本明細書中で使用される場合、比較目的のために使用される任意のサンプル、標準、またはレベルを指す。参照が健常サンプルおよび／または非罹患サンプルから得られる場合がある。いくつかの例において、参照が非処置サンプルから得られる場合がある。いくつかの例において、参照が個体の非罹患サンプルまたは非処置サンプルから得られる。いくつかの例において、参照が、前記個体または患者ではない１またはそれを超える健常な個体から得られる。
【0089】
用語「対象」、用語「個体」、および用語「患者」は、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、げっ歯類または霊長類（これらに限定されない）を含めた哺乳動物を指すために本明細書中では交換可能に使用される。いくつかの実施形態において、個体はヒトである。
【0090】
本明細書中に記載される本出願の実施形態は、様々な実施形態「からなる」こと、および／または様々な実施形態「から本質的になる」ことを含んでいることが理解される。
【0091】
本明細書中における「約」の値またはパラメーターに対する言及は、その値自体またはそのパラメーター自体に向けられる変動を含んでいる（記載している）。例えば、「約Ｘ」に言及する説明は、「Ｘ」の記載を含んでいる。
【0092】
本明細書中で使用される場合、値またはパラメーター「でない」への言及は、一般に、値またはパラメーター「意外」を意味し、記載する。例えば、方法が、タイプＸのがんを処置するために使用されないとは、方法が、Ｘ以外のタイプのがんを処置するために使用されることを意味する。
【0093】
本明細書中で使用される用語「約Ｘ～Ｙ」は、「約Ｘ～約Ｙ」と同じ意味を有する。
【0094】
本明細書および添付された特許請求項において使用される場合、「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」の単数形態は、そうでないことが文脈上明らかに示される場合を除き、複数の参照対象を含んでいることに留意しなければならない。
【0095】
本明細書中に直接に定義されていないどのような用語も、本発明の技術分野の中で理解されるような、それらに一般的に関連する意味を有すると理解されなければならない。ある特定の用語が、本発明の様々な局面の組成物、デバイス、方法など、ならびにそれらがどのようにしてなされるか、または使用されるかを説明する際においてさらなる手引きを専門家に提供するために本明細書中で論じられる。同じことが２通り以上で述べられる場合があることが理解される。その結果、代替となる言語および同義語が、本明細書中で論じられる用語のいずれか１つまたはそれを超えるもののために使用される場合がある。用語が本明細書中で詳しく説明されるか否か、あるいは論じられるか否かは重要視されることはない。いくつかの同義語または代用可能な方法、材料などが提供される。１つまたは少数の同義語または同等物の列挙は、明示的に述べられる場合を除き、他の同義語または同等物の使用を排除しない。様々な用語の様々な例を含めて様々な例の使用は例示目的のためであり、本明細書中の本発明の局面の範囲および趣旨を限定するものではない。
【0096】
がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプルを分析する方法
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0097】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記呈示部分が２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0098】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記呈示部分が、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＭＨＣクラスＩ分子と複合体形成する前記ペプチドは約８個～約１０個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体形成する前記ネオ抗原ペプチドは約１０個～約２０個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0099】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞が免疫細胞の混合物を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞および／または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0100】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0101】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じて、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ａ）前記１またはそれを超える核酸について富化される富化サンプルを前記単離された免疫細胞から得ること、およびｂ）前記富化サンプルにおける前記１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0102】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0103】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、さらには、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0104】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記ベイト組成物が複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを前記個体からのサンプルと別々に接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0105】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞がＴ細胞である、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記Ｔ細胞は細胞傷害性Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、前記Ｔ細胞はヘルパーＴ細胞である。いくつかの実施形態において、前記Ｔ細胞はメモリーＴ細胞である。いくつかの実施形態において、前記Ｔ細胞は腫瘍浸潤Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0106】
いくつかの実施形態において、がんの病理学的症状を全く示していない個体のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、ネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記呈示部分が、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含み、前記ＭＨＣ分子が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される２またはそれを超える（例えば、２つ、３つ、および４つ）異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、ＭＨＣクラスＩＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はＭＨＣクラスＩＩ分子を含まない。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0107】
いくつかの実施形態において、個体（例えば、がんの病理学的症状を全く示していない個体）のサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）を分析する方法であって、ａ）前記サンプルと、複数のネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記呈示部分が、前記複数のネオ抗原ペプチドと複合体形成する１またはそれを超えるＭＨＣ分子を含み、必要に応じて前記ＭＨＣ分子が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドの少なくとも１つ（例えば、それぞれ）が、がんに関連づけられる１またはそれを超える公知の変異（例えば、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異、Ｇ１２Ｄ変異、Ｇ１２Ｒ変異、Ｇ１２Ｖ変異、Ｇ１２Ｉ変異および／またはＧ１２Ａ変異）を含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、がんに関連づけられる単一の知られている変異（例えば、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異、Ｇ１２Ｄ変異、Ｇ１２Ｒ変異、Ｇ１２Ｖ変異、Ｇ１２Ｉ変異および／またはＧ１２Ａ変異）をそれぞれが含む少なくとも５個、１０個、１５個または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。単一の知られている変異に関連づけられる複数のネオ抗原ペプチドの例示された設計について図１を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｄ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｒ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｖ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｉ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ａ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される２またはそれを超える（例えば、２つ、３つ、および４つ）異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、ＭＨＣクラスＩＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はＭＨＣクラスＩＩ分子を含まない。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0108】
いくつかの実施形態において、がん細胞（例えば、微小残存がん細胞、例えば、固形腫瘍細胞）の存在を個体（例えば、がんの病理学的症状を全く示していない個体）において検出する（または特定する、または評価する）方法であって、ａ）前記個体に由来するサンプル（例えば、血液、血漿、またはＰＢＭＣサンプル）と、複数のネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記呈示部分が、前記複数のネオ抗原ペプチドと複合体形成する１またはそれを超えるＭＨＣ分子を含み、必要に応じて前記ＭＨＣ分子が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記個体は、少なくとも１つのがん関連変異を有する。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドの少なくとも１つ（例えば、それぞれ）が、がんに関連づけられる１またはそれを超える公知の変異（例えば、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異、Ｇ１２Ｄ変異、Ｇ１２Ｒ変異、Ｇ１２Ｖ変異、Ｇ１２Ｉ変異および／またはＧ１２Ａ変異）を含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、がんに関連づけられる単一の知られている変異（例えば、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異、Ｇ１２Ｄ変異、Ｇ１２Ｒ変異、Ｇ１２Ｖ変異、Ｇ１２Ｉ変異および／またはＧ１２Ａ変異）をそれぞれが含む少なくとも５個、１０個、１５個または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。単一の知られている変異に関連づけられる複数のネオ抗原ペプチドの例示された設計について図１を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｄ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｒ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｖ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｉ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、（例えば、図１に示されるような）Ｋｒａｓ Ｇ１２Ａ変異に関連づけられる少なくとも５個、１０個、１５個、または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される２またはそれを超える（例えば、２つ、３つ、および４つ）異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、ＭＨＣクラスＩＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はＭＨＣクラスＩＩ分子を含まない。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0109】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される粒子はデキストラン粒子である。いくつかの実施形態において、前記粒子は磁性ナノ粒子またはポリスチレンナノ粒子である。いくつかの実施形態において、前記粒子はアガロースビーズまたはセファロースビーズである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを前記粒子に直接付着させる。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを、前記ネオ抗原ペプチドに付着する第１の結合成分と、前記粒子に結合する第２の結合成分とを含む結合対を介して前記粒子に付着させる。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は細胞を含む。いくつかの実施形態において、前記細胞は、前記ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ポリヌクレオチドは複数のネオ抗原ペプチドをコードする。
【0110】
いくつかの実施形態において、前記個体はヒトである。いくつかの実施形態において、前記個体は、少なくとも約５０歳（例えば、少なくとも５０歳、６０歳、７０歳または８０歳）である。
【0111】
いくつかの実施形態において、（本セクションおよび本出願のいずれかの他のセクションを含めて）本明細書中に記載されるサンプルは、前記個体からのサンプルがどのようなものであれ可能である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるサンプルは血液サンプルである。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるサンプルは血漿サンプルである。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるサンプルは末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるサンプルは、前記個体の組織または器官から得られるサンプル（例えば、生検サンプル）である。いくつかの実施形態において、前記サンプルは前記個体のリンパ節から得られる。
【0112】
がんを個体において検出する方法
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんの病理学的症状を示していない個体、例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがない個体、例えば、がんを処置されたことがあり、かつ、微小残存がん細胞を有することが疑われる個体）において検出する方法であって、前記個体からのサンプルを本明細書中に記載される方法のいずれかに従って分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される、方法を提供する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、前記単離された免疫細胞の存在を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャーを含む。いくつかの実施形態において、前記シグネチャーエピジェネティック修飾は、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャーを含む。
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんの病理学的症状を示していない個体、例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがない個体、例えば、がんを処置されたことがあり、かつ、微小残存がん細胞を有することが疑われる個体）において検出する方法であって、前記個体からのサンプルを本明細書中に記載される方法のいずれかに従って分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される、方法を提供する。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、前記単離された免疫細胞の存在を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャーを含む。いくつかの実施形態において、前記シグネチャーエピジェネティック修飾は、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャーを含む。
【0113】
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがある個体）において検出する方法であって、ａ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示され、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が、前記単離された免疫細胞の存在を含み、必要に応じて、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴はさらに、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャー）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0114】
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがある個体）において検出する方法であって、ａ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示され、かつ、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が遺伝子発現プロフィルシグネチャーを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴はさらに、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャー）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0115】
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがある個体）において検出する方法であって、ａ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示され、かつ、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴が遺伝子変異プロフィルシグネチャーおよび／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャー）を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0116】
いくつかの実施形態において、抗がん治療により以前に処置されたことがあり、かつ、処置後はがんの病理学的症状を全く示していない個体において残存がんを検出する方法であって、前記個体からの処置後サンプルを分析することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、方法はさらに、ａ）抗がん治療前における前記個体からの処置前サンプルと、前記個体からの処置後サンプルとを本明細書中に記載される方法のいずれかに従って分析すること、およびｂ）前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴を比較することを含む。いくつかの実施形態において、前記処置前サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴と、前記処置後サンプルからの前記単離された免疫細胞の特徴における所定の違いにより、前記個体における残存がんが示される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は前記単離された免疫細胞の存在を含み、必要に応じてさらに、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよび／またはヒストングリコシル化シグネチャー）を含む。いくつかの実施形態において、方法は、ａ）前記処置前サンプルおよび／または処置後サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｂ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｃ）前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0117】
処置方法
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがある個体）において処置する方法であって、ａ）前記個体を、本明細書中に記載される方法に従ってがんを有すると診断すること、およびｂ）前記個体に抗がん治療を受けさせることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記個体を診断することが、ａ）サンプルを前記個体から得ること、ｂ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｃ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｄ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、前記単離された免疫細胞の存在を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよび／またはヒストングリコシル化シグネチャー）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
いくつかの実施形態において、がんを個体（例えば、がんを有すると診断されたことがない個体、例えば、がんを発症するリスクがある個体、例えば、がんについて処置されたことがある個体）において処置する方法であって、ａ）前記個体を、本明細書中に記載される方法に従ってがんを有すると診断すること、およびｂ）前記個体に抗がん治療を受けさせることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、前記個体を診断することが、ａ）サンプルを前記個体から得ること、ｂ）前記サンプルと、がんネオ抗原ペプチドを含む呈示部分を含むベイト組成物とを、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞および／または腫瘍浸潤Ｔ細胞）が前記呈示部分に結合するために十分な条件のもとで接触させること、ｃ）前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、およびｄ）前記単離された免疫細胞を分析することを含み、前記単離された免疫細胞の所定の特徴により、前記個体におけるがんが示される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、前記単離された免疫細胞の存在を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、閾値レベルを超える前記単離された免疫細胞の量を含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞の前記所定の特徴は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャー（例えば、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよび／またはヒストングリコシル化シグネチャー）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、４つの）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは下記特徴の１つまたはそれを超えるものを有する：ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有すること；ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有すること；ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有すること；ｄ）疎水性であること；およびｅ）高い含有量の芳香族残基を有すること。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成するＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子および／またはＭＨＣクラスＩＩ分子である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出すること、および／または定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含み、必要に応じてさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列（例えば、ＴＣＲ関連配列）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超えるエピジェネティック修飾（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシメチル化、および／またはヒストン修飾（例えば、アセチル化、メチル化、グリコシル化））を特定することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの分類；がんのタイプ；がんの性質；がんの起源；がんのステージ；がん増悪の可能性；１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性；分子診断；ＮＧＳ病理；ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む（例えば、少なくとも約２個、４個、１０個、２５個、５０個、７５個または１００個の異なる呈示部分がそれぞれ、異なるＭＨＣ分子を含む）。いくつかの実施形態において、異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれが、異なる検出可能な標識（例えば、蛍光体）を含む。いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用すること、および／または異なるＭＨＣ分子を含む前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する免疫細胞を異なる集団に分離することを含み、必要に応じてさらに、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態において、方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、粒子（例えば、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される粒子）を含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定、ＲＮＡｓｅｑ配列決定、および／または前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。
【0118】
いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は、がん（例えば、特定のがん）を処置するための標準的な、または一般に使用される薬剤または治療である。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は化学療法剤を含む。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は手術を含む。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は放射線療法を含む。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は免疫療法を含む。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は細胞療法（例えば、免疫細胞（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）を含む細胞療法など）を含む。いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は血管新生阻害剤を含む。
【0119】
いくつかの実施形態において、前記抗がん治療は免疫療法ではない。
【0120】
いくつかの実施形態において、前記個体は微小残存病変（ＭＲＤ）を有する。いくつかの実施形態において、前記個体は微小残存がんを有する。いくつかの実施形態では、前記微小残存がんは、前記がんが外科切除された後、または治癒した後で認められる。いくつかの実施形態において、前記微小残存病変は微小すぎて、画像化機器（例えば、前記がんを検出するために日常的に使用される、または標準的な画像化機器）によって検出することができない。いくつかの実施形態において、前記微小残存病変の場所は多様である。いくつかの実施形態において、前記微小残存がんは、免疫回避または処置に対する抵抗性の結果である。いくつかの実施形態において、前記個体はがんについて以前に処置されたことがあり、前記処置の後ではがんの病理学的症状を全く示していない。
【0121】
ベイト組成物、呈示部分およびネオ抗原ペプチド
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるベイト組成物は、１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超える呈示部分を含み、この場合、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）が前記呈示部分および／またはネオ抗原ペプチドに結合する（例えば、同族的に結合する）。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるベイト組成物は、１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超える呈示部分を含み、この場合、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）が前記呈示部分および／またはネオ抗原ペプチドに結合する（例えば、同族的に結合する）。
【0122】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される呈示部分は、ネオ抗原ペプチド（例えば、トランカル（ｔｒｕｎｃａｌ）ネオ抗原ペプチド）と複合体形成するＭＨＣ分子を含む。
【0123】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。
【0124】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＣおよびＨＬＡ－Ｄからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃからなる群から選択される。好ましい実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される。好ましい実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含む複数の種類のＭＨＣクラスＩ分子を含む。
【0125】
いくつかの実施形態において、ＭＨＣ Ｉ分子と複合体形成する前記ネオ抗原ペプチドは約８個～約１０個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、少なくとも８個（例えば、８個、９個または１０個）のアミノ酸の長さである。
【0126】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子は、組換えＭＨＣ Ｉ分子である。
【0127】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩＩ分子である。
【0128】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＦからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体形成する前記ネオ抗原ペプチドは約１０個～約２０個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、少なくとも１０個（例えば、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個または２０個）のアミノ酸の長さである。
【0129】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子は、組換えＭＨＣ ＩＩ分子である。
【0130】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子は、ＭＨＣ Ｉ分子と、ＭＨＣ ＩＩ分子との両方を含む。
【0131】
好ましい実施形態において、前記ＭＨＣ分子は、前記サンプルが得られる前記個体の少なくとも１つのＨＬＡタイプと一致する。例えば、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２またはＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を含むＭＨＣ Ｉ分子が、前記個体がＨＬＡ－Ａ＊２４：０２およびＨＬＡ－Ａ＊１１：０１の両方を有するときに使用される。ＷＧＳ、ＷＥＳまたはＲＮＡ－ｓｅｑからの患者特異的なＮＧＳデータを、ＨＬＡタイプを計算ツール（例えば、ＯｐｔｉｐｔｙｐｅおよびＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒ（多型遺伝子座リゾルバ））により予測するために使用することができる。例えば、Ｓｚｏｌｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０，３３１０－３３１６、例えば、Ｓｈｕｋｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３３，１１５２－１１５８を参照のこと。ＨＬＡ領域に潜在的に由来する読み取りデータをＮＧＳデータから選択することができ、その後、すべての知られているＨＬＡ対立遺伝子の全長ゲノムライブラリーに対して完全にアラインメントすることができる。例えば、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４１，Ｄ１２２２－Ｄ１２２７を参照のこと。
【0132】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子は、前記ネオ抗原ペプチドと複合体形成する前にシャペロン分子と結合する。例えば、Ｏｖｅｒａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０２０ Ａｐｒ ２０；１１（１）：１９０９を参照のこと。
【0133】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、２またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１０００個、１０，０００個、または１００，０００個の）ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は４つのネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは同じである、または類似している。いくつかの実施形態において、前記呈示部分における前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは別個なものである。いくつかの実施形態では、前記２またはそれを超えるネオ抗原ペプチドの少なくとも１つがトランカルネオ抗原ペプチドである。
【0134】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分はＭＨＣ／ペプチドテトラマーを含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ペプチド複合体が、呈示部分に結合する１つ、２つ、３つ、または４つのＭＨＣ／ペプチド複合体を含むテトラマーに構築される。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ／ペプチドテトラマーはさらに、検出可能な標識を含む。前記検出可能な標識は蛍光体であり、例えば、フィコエリトリン（ＰＥ）、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、またはこの技術分野で知られている任意の蛍光体である。
【0135】
いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ／ペプチド複合体は、マルチマー（例えば、ダイマー、トリマー、テトラマー、ペンタマー、ヘキサマー、または高次マルチマー）に構築される。いくつかの実施形態において、前記マルチマーは、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＭＨＣ／ペプチド複合体を含むことができる。いくつかの実施形態において、ハイスループット・ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）テトラマーライブラリーが構築される。例えば、Ｏｖｅｒａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０２０ Ａｐｒ ２０；１１（１）：１９０９を参照のこと。
【0136】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、バーコード（例えば、ＤＮＡバーコード）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える呈示部分のそれぞれが、特有のバーコード（例えば、特有のＤＮＡバーコード）を含む。例えば、Ｏｖｅｒａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０２０ Ａｐｒ ２０；１１（１）：１９０９を参照のこと。
【0137】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は粒子を含む。いくつかの実施形態において、前記粒子は、表面、ナノ粒子、ビーズおよびポリマーからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記粒子は、磁性ナノ粒子、例えば、磁石を使用する単離のための磁性ナノ粒子である。例えば、Ｐｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１９ Ｓｅｐ ３；２８（１０）：２７２８－２７３８．ｅ７を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記磁性粒子は磁性酸化鉄を含む。いくつかの実施形態において、前記粒子は、ポリスチレンナノ粒子、例えば、重力による単離のためのポリスチレンナノ粒子である。いくつかの実施形態において、前記粒子はアガロースビーズである。いくつかの実施形態において、前記粒子はセファロースビーズである。いくつかの実施形態において、前記粒子はデキストラン粒子である。いくつかの実施形態では、粒子はビオチン化デキストランまたはストレプトアビジン被覆デキストランである。
【0138】
いくつかの実施形態において、前記粒子は検出可能である。いくつかの実施形態において、前記粒子は蛍光性である。いくつかの実施形態において、前記粒子を蛍光体に直接的または間接的に付着させる。いくつかの実施形態において、前記粒子は、さらなる分子を付着させるための結合部分（attachment moiety）により改変される。
【0139】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを前記粒子に直接付着させる。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドまたはＭＨＣを、前記ネオ抗原ペプチドに付着する第１の結合成分と、前記粒子に結合する第２の結合成分とを含む結合対を介して前記粒子に付着させる。いくつかの実施形態では、前記結合成分は、この技術分野で知られている任意の好適な部分（例えば、チオール、マレイミド、シクロデキストリン、アミン、アダマンチン、カルボキシ、アジドおよびアルキン）である。
【0140】
いくつかの実施形態において、複数の呈示部分（例えば、ＭＨＣ／ペプチド複合体）を単一の粒子に付着させる。
【0141】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は細胞（例えば、抗原提示細胞、例えば、樹状細胞、例えば、マクロファージ）を含む。いくつかの実施形態において、前記細胞は、前記ネオ抗原ペプチド（例えば、トランカルネオ抗原ペプチド）をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ポリヌクレオチドは複数のネオ抗原ペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは前記細胞の表面に呈示される。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、ＭＨＣ分子との複合体で前記細胞の表面に呈示される。
【0142】
いくつかの実施形態において、前記細胞は前記個体から得られる。いくつかの実施形態において、前記細胞は、前記個体のＨＬＡタイプと同じ少なくとも１つ（または２つ）のＨＬＡタイプを有する。例えば、前記個体がＨＬＡ－Ａ＊２４：０２を有するならば、前記呈示部分における前記細胞もまた、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２を有する。
【0143】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分はさらに、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態において、前記検出可能な標識は蛍光体である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は自身が蛍光性であり、あるいは前記呈示部分を直接的または間接的に蛍光体に付着させる。いくつかの実施形態において、前記蛍光体は、フィコエリトリン（ＰＥ）、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、またはこの技術分野で知られている任意の蛍光体である。
【0144】
複数の呈示部分
いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。前記複数の異なる呈示部分の使用は、異種のネオ抗原特異的免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）の特定を容易にすることができ、または促進することができる。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、少なくとも２つ、３つ、または４つの種類のＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、少なくとも２つ（例えば、２つ、または３つ、または４つ）の異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含み、必要に応じて、前記少なくとも２つ（例えば、２つ、３つ、または４つ）の異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含む。
いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は複数の異なる呈示部分を含む。前記複数の異なる呈示部分の使用は、異種のネオ抗原特異的免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）の特定を容易にすることができ、または促進することができる。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、少なくとも２つ、３つ、または４つの種類のＭＨＣ分子を含む。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、少なくとも２つ（例えば、２つ、または３つ、または４つ）の異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子を含み、必要に応じて、前記少なくとも２つ（例えば、２つ、３つ、または４つ）の異なる種類のＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、複数の呈示部分が、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含む。
【0145】
いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分の少なくとも２つが、異なるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物における前記複数の異なる呈示部分のそれぞれが、異なるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）の異なるネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてネオ抗原ペプチドの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％が、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）について特定の種類のＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０３：０１）についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0146】
いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２である少なくとも１つの種類のＭＨＣ分子を含み、この場合、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）について少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊１１：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０２：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０３：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0147】
いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１である少なくとも１つの種類のＭＨＣ分子を含み、この場合、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊１１：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０２：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０３：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0148】
いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１である少なくとも１つの種類のＭＨＣ分子を含み、この場合、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０２：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分はさらに、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含み、必要に応じてこの場合、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０３：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0149】
いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である少なくとも１つの種類のＭＨＣ分子を含み、この場合、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１は、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）についてＨＬＡ－Ａ＊０３：０１についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0150】
いくつかの実施形態において、前記複数の異なる呈示部分は、少なくとも４つの種類のＭＨＣ分子を含み、この場合、前記少なくとも４つの種類のＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１およびＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を含む。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子のそれぞれの種類（ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１）が、少なくとも２つの異なるネオ抗原ペプチドと複合体形成する。いくつかの実施形態において、前記ＭＨＣ分子のそれぞれの種類が、多く（例えば、約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個または１００個）のネオ抗原ペプチドと複合体形成し、必要に応じてこの場合、ネオ抗原データベースにおけるがん（例えば、特定のがん）について前記特定のＭＨＣ分子についての少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％のネオ抗原ペプチドが、前記多くの異なるネオ抗原ペプチドに含まれる。
【0151】
いくつかの実施形態において、方法は、複数の異なる呈示部分のそれぞれを別々に前記個体からのサンプルと別々に接触させること、および前記異なる呈示部分のそれぞれと会合する前記免疫細胞を別々に単離することを含む。
【0152】
いくつかの実施形態において、方法は、前記複数の異なる呈示部分を前記個体からのサンプルと接触させること、および免疫細胞の前記プールを分析することを含む。例えば、多重フローサイトメトリーのための多色標識ＭＨＣテトラマー、マスサイトメトリー分析のために標識されるｐＭＨＣテトラマー、および配列決定分析のために設計されるＤＮＡ標識テトラマーの使用もまた報告されている。例えば、Ａｎｄｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ．２０１２ Ａｐｒ １２；７（５）：８９１－９０２を参照のこと。
【0153】
ネオ抗原ペプチド
ネオ抗原が様々な機構を介して形成され得る。アミノ酸コード配列を変化させることができる非同義的な体細胞変異は、ネオエピトープの主たる原因である。体細胞の非同義的なタンパク質を変化させる変異を除いて、腫瘍ネオ抗原が選択的スプライシングのバリエーションから生じ得る。多数の計算方法およびデータベースが、選択的スプライシング事象をＲＮＡ－ｓｅｑデータから特定するために開発されている（例えば、ＳｐｌＡｄｄｅｒおよびＣａｎｃｅｒＳｐｌｉｃｉｎｇＱＴＬ２）。例えば、Ｋａｈｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３２ １８４０－１８４７；Ｔｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４７ Ｄ９０９－Ｄ９１６を参照のこと。計算戦略が、腫瘍トランスクリプトームにおけるイントロン保持事象から生成するネオエピトープを特定するために開発され、これらのネオエピトープがプロセシングされ、ＭＨＣ－Ｉ上に提示されることが確認された。例えば、Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３６ １０５６－１０５８を参照のこと。
ネオ抗原が様々な機構を介して形成され得る。アミノ酸コード配列を変化させることができる非同義的な体細胞変異は、ネオエピトープの主たる原因である。体細胞の非同義的なタンパク質を変化させる変異を除いて、腫瘍ネオ抗原が選択的スプライシングのバリエーションから生じ得る。多数の計算方法およびデータベースが、選択的スプライシング事象をＲＮＡ－ｓｅｑデータから特定するために開発されている（例えば、ＳｐｌＡｄｄｅｒおよびＣａｎｃｅｒＳｐｌｉｃｉｎｇＱＴＬ２）。例えば、Ｋａｈｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３２ １８４０－１８４７；Ｔｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４７ Ｄ９０９－Ｄ９１６を参照のこと。計算戦略が、腫瘍トランスクリプトームにおけるイントロン保持事象から生成するネオエピトープを特定するために開発され、これらのネオエピトープがプロセシングされ、ＭＨＣ－Ｉ上に提示されることが確認された。例えば、Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３６ １０５６－１０５８を参照のこと。
【0154】
ネオ抗原の検出およびスクリーニング
様々な方法が、ネオ抗原を検出し、スクリーニングするための利用可能である。小型化システムにおけるサンドイッチ免疫アッセイにより、腫瘍抗原が、患者から取り出された血清サンプルにおいて首尾よく特定され得る。例えば、Ｐｏｌｌａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．１ ９３４－９５２（２００７）；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｅｎｓ．Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎ．４０ ３８５－３９２（２０１３）を参照のこと。血清学的プロテオーム分析（ＳＥＲＰＡ）または２Ｄウエスタンブロットと呼ばれる別のツールが、一次元目における等電点電気泳動（ＩＥＦ）ゲル泳動と、二次元目におけるＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル泳動とからなる。ＳＥＲＰＡでは、タンパク質がその等電点（ＩＰ）および分子量によってゲルの中で分離され、その後、タンパク質がゲルから、抗体をスクリーニングするためのキャリアメンブランに転写される。最後に、抗原タンパク質のスポットがＭＳによって特定され得る。例えば、Ｔｊａｌｓｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．２ １６７－１８０（２００８）を参照のこと。このアプローチが、抗原を異なる腫瘍タイプにおいて特定するために使用されている。組換えｃＤＮＡ発現ライブラリーの血清学的分析（ＳＥＲＥＸ）が、これは血清学的分析を抗原クローニング技術と組み合わせているので、腫瘍の抗原レパートリーを探索するために広く使用されている技術である。ＳＥＲＥＸでは、最初に、ｃＤＮＡライブラリーががん細胞系または新鮮な腫瘍サンプルから構築され、その後、このｃＤＮＡライブラリーががん患者の自己血清によりスクリーニングされ、最後に、免疫反応性クローンが配列決定される。ＳＥＲＥＸにより、ＣＴＡ、分化抗原、変異抗原、スプライスバリアント抗原および過剰発現抗原を含めて様々な腫瘍抗原が特定されている。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９４ １９１４－１９１８（１９９７）を参照のこと。さらに、他の方法、例えば、多重親和性タンパク質プロファイリング（ＭＡＰＰｉｎｇ）およびナノプラズモンバイオセンサーもまた、腫瘍抗原を特定するために開発されている。例えば、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｅｎｓ．Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎ．７４ ３４１－３４６（２０１５）を参照のこと。
様々な方法が、ネオ抗原を検出し、スクリーニングするための利用可能である。小型化システムにおけるサンドイッチ免疫アッセイにより、腫瘍抗原が、患者から取り出された血清サンプルにおいて首尾よく特定され得る。例えば、Ｐｏｌｌａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．１ ９３４－９５２（２００７）；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｅｎｓ．Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎ．４０ ３８５－３９２（２０１３）を参照のこと。血清学的プロテオーム分析（ＳＥＲＰＡ）または２Ｄウエスタンブロットと呼ばれる別のツールが、一次元目における等電点電気泳動（ＩＥＦ）ゲル泳動と、二次元目におけるＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル泳動とからなる。ＳＥＲＰＡでは、タンパク質がその等電点（ＩＰ）および分子量によってゲルの中で分離され、その後、タンパク質がゲルから、抗体をスクリーニングするためのキャリアメンブランに転写される。最後に、抗原タンパク質のスポットがＭＳによって特定され得る。例えば、Ｔｊａｌｓｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．２ １６７－１８０（２００８）を参照のこと。このアプローチが、抗原を異なる腫瘍タイプにおいて特定するために使用されている。組換えｃＤＮＡ発現ライブラリーの血清学的分析（ＳＥＲＥＸ）が、これは血清学的分析を抗原クローニング技術と組み合わせているので、腫瘍の抗原レパートリーを探索するために広く使用されている技術である。ＳＥＲＥＸでは、最初に、ｃＤＮＡライブラリーががん細胞系または新鮮な腫瘍サンプルから構築され、その後、このｃＤＮＡライブラリーががん患者の自己血清によりスクリーニングされ、最後に、免疫反応性クローンが配列決定される。ＳＥＲＥＸにより、ＣＴＡ、分化抗原、変異抗原、スプライスバリアント抗原および過剰発現抗原を含めて様々な腫瘍抗原が特定されている。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９４ １９１４－１９１８（１９９７）を参照のこと。さらに、他の方法、例えば、多重親和性タンパク質プロファイリング（ＭＡＰＰｉｎｇ）およびナノプラズモンバイオセンサーもまた、腫瘍抗原を特定するために開発されている。例えば、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｅｎｓ．Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎ．７４ ３４１－３４６（２０１５）を参照のこと。
【0155】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原データベース（例えば、本明細書中に記載されるネオ抗原データベースのいずれか）から得られる。例えば、Ｔａｎらは、下記のような４つの基準に基づくヒト腫瘍ネオ抗原ペプチドのための手作業により精選されたデータベース（「ｄｂＰｅｐＮｅｏ」）を構築した：（ｉ）ペプチドがヒト腫瘍組織またはヒト腫瘍細胞系から単離された；（ｉｉ）ペプチドが非同義的な変異をアミノ酸配列に含有した；（ｉｉｉ）ペプチドにはＨＬＡ－Ｉ分子が結合し得る；（ｉｖ）ペプチドにより、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答が誘導され得る。Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｏｘｆｏｒｄ）．２０２０ Ｊａｎ １；２０２０：ｂａａａ００４を参照のこと。Ｘｉａらは、１６，７４５個の共有のがん体細胞変異に由来する全がんレベルの予測されたＨＬＡ－Ｉネオエピトープを提供する別のデータベースＮＥＰｄｂを、最先端の予測因子を使用して構築した。Ｘｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０２１；１２：６４４６３７を参照のこと。Ｗｕらは、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）およびＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＩＡ）からの７７４８個の腫瘍サンプルを用いた、１６個の腫瘍タイプについての体細胞変異データおよびヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子情報の全がん免疫ゲノム分析に基づいて、包括的な腫瘍特異的ネオ抗原データベース（ＴＳＮＡｄｂ ｖ１．０）を開発した。Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，ｅｎｏｍｉｃｓ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１８ Ａｕｇ；１６（４）：２７６－２８２を参照のこと。
【0156】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、前記個体（例えば、がんを有した患者）の生物学的情報を分析することから得られる。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはがん患者の腫瘍ゲノムのコンピューター解析から得られる。例えば、Ｒｏｕｄｋｏ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０２０；１１：２７を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはがん患者のトランスクリプトームのコンピューター解析から得られる。例えば、Ｃａｕｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０２１ Ａｕｇ；５９６（７８７０）：１２６－１３２を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはがん患者のプロテオームのコンピューター解析から得られる。例えば、Ｗｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０２０ Ａｐｒ ９；１１（１）：１７５９を参照のこと。
【0157】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは患者データから選択される。いくつかの実施形態において、前記患者データは、特定のタイプのがん（例えば、ここで記載されるがんのいずれか）を有する一群の患者からのデータに由来する。いくつかの実施形態において、前記患者データは、いずれかのがんを有する一群の患者からのデータに由来する。いくつかの実施形態において、前記一群の患者は、同じ性別（例えば、男性または女性）の患者である。いくつかの実施形態において、前記一群の患者は、同じ民族性の患者である。いくつかの実施形態において、前記一群の患者は１またはそれを超えるバイオマーカー（例えば、特定の遺伝子における異常、例えば、ＫＲＡＳにおける異常、例えば、ＰＴＥＮにおける異常）を有する。
【0158】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、腫瘍特異的変異を含有することが知られているいずれかのポリペプチド、または腫瘍特異的変異を含有することが見出されているポリペプチドに由来する。前記ネオ抗原ペプチドが由来し得る好適なポリペプチドが、例えば、この分野で利用可能な様々なデータベース（例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベース）において見出され得る。これらのデータベースは、ヒトがんにおける体細胞変異に関する包括的情報を精選する。いくつかの実施形態において、前記ペプチドは腫瘍特異的変異を含有する。いくつかの実施形態において、前記腫瘍特異的変異は、特定のがんタイプについてのドライバー変異である。
【0159】
いくつかの実施形態において、腫瘍特異的ネオ抗原ペプチドのライブラリーが、（例えば、上記で記載されるような患者の一人または一群に基づいて）合成される。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはエクソームのハイスループット配列決定によって得られ、エピトープ予測アルゴリズムにより予備スクリーニングされる。
【0160】
ネオ抗原ペプチドの選択
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される前記ベイト組成物において使用される前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはさらに、１またはそれを超える選択基準に基づいて最適化される。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される前記ベイト組成物において使用される前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはさらに、１またはそれを超える選択基準に基づいて最適化される。
【0161】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはさらに、細胞表面ＨＬＡ分子でプロセシングおよび／または提示されるそれらの可能性に基づいて選択される。いくつかの実施形態において、インシリコ予測アルゴリズム（例えば、本明細書中に記載されるアルゴリズムのいずれか）が選択のための基礎として使用される。いくつかの実施形態において、免疫ペプチドミクス分析が選択のための基礎として使用される。
【0162】
計算アルゴリズム、例えば、大きいインビトロ実験データセットで訓練されるＮｅｔＭＨＣ（例えば、Ａｎｄｒｅａｔｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３２，５１１－５１７，２０１６を参照のこと）、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ（例えば、Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ５０，２１３－２１９，１９９９を参照のこと）、およびＭＨＣｆｌｕｒｒｙ（Ｏ’Ｄｏｎｎｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔ．７，１２９－１３２．ｅ１２４，２０１８）を使用して、予測されたＨＬＡタイプに高い親和性で結合する候補ネオ抗原を優先順位付けし得る。例えば、ＮｅｏｐｅｐｓｅｅおよびｐＶＡＣ－Ｓｅｑが、腫瘍体細胞変異についての代表的な分析パイプラインである（Ｈｕｎｄａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．８，１１，２０１６；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．２９，１０３０－１０３６，２０１８）。最近では、新しい予測モデル、すなわち、腫瘍ＨＬＡペプチド質量分析（ＭＳ）データセットに基づくＥＤＧＥは、陽性予測値が最大で９倍増加している。（Ｂｕｌｉｋ－Ｓｕｌｌｉｖａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８：４３１３）。
【0163】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、ａ）ＭＨＣ分子および／またはｂ）同族ＴＣＲ分子に対するその結合親和性に基づいて選択される。
【0164】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、５０００ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約５００ｎＭ～５０００ｎＭ（ＩＣ５０）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、５００ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約２５０ｎＭ～５００ｎＭ ＩＣ５０の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、２５０ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、１００ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約５０ｎＭ～５００ｎＭ ＩＣ５０の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、５０ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約１ｎＭ～５０ｎＭ ＩＣ５０の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有する。
【0165】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、５０００ｎＭ（ＩＣ５０）未満である結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約５００ｎＭ～５０００ｎＭ（ＩＣ５０）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約５０ｎＭ～５００ｎＭ ＩＣ５０の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約１ｎＭ～５０ｎＭ ＩＣ５０の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有する。
【0166】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、その変異状態に基づいて選択される。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、野生型ペプチドと比較して、Ｎ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に変異を有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、２またはそれを超える（例えば、少なくとも２つ、３つ、４つ、または５つの）体細胞変異を含む場合がある。
【0167】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、その疎水性状態に基づいて選択される。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは疎水性である。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、高い含有量の芳香族残基を有する。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、少なくとも約１０％、２０％、３０％、または４０％の芳香族残基を有する。
【0168】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは、約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性をＭＨＣ分子に対して有し、約１ｎＭ～約５０００ｎＭ（例えば、約１ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約５０００ｎＭ）の結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有し、野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有し、疎水性であり、かつ、高い含有量の芳香族残基を有する。
【0169】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは低い免疫原性を有する。前記ネオ抗原ペプチドの免疫原性が、この目的のために開発されるアルゴリズムによって予測され得る。例えば、Ｒｉｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１９ Ａｕｇ ２８；１０：２０４７；例えば、Ｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ Ｍｅｄ．２０２１ Ｆｅｂ ６；２（２）：１００１９４を参照のこと。
【0170】
いくつかの実施形態において、前記がん抗原ペプチドはユニバーサル配列またはその一部に挟まれている場合がある。いくつかの実施形態において、ユニバーサル配列または一部は、ポリヌクレオチドＭＨＣテンプレート内の抗原ペプチドをコードするヌクレオチドを置き換えるための、または挿入するための迅速なハイスループット方法を可能にする。
【0171】
いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドはさらに、それぞれの別個ポリペプチドの同一性と作動可能に関連する特有の定義されたバーコード配列を含む。いくつかの実施形態において、前記特有の定義されたバーコードは、前記免疫細胞の分析中に特定のための抗原特異的配列を提供する。例えば、Ｐｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１９ Ｓｅｐ ３；２８（１０）：２７２８－２７３８．ｅ７を参照のこと。
【0172】
ネオ抗原ペプチドのサイズは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個またはそれを超えるアミノ分子残基、およびその中から導き出せる範囲を含むことができ、しかしこれらに限定されない。好ましい実施形態において、前記ネオ抗原ペプチド分子は５０個のアミノ酸に等しいか、または５０個未満のアミノ酸である。
【0173】
いくつかの実施形態において、ＭＨＣクラスＩ分子と複合体形成する前記ネオ抗原ペプチドは１５残基またはそれ未満の長さを有し、通常の場合には約８個～約１１個の間の残基からなり、特に９個または１０個の残基からなる。いくつかの実施形態において、ＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体形成する前記ネオ抗原ペプチドは６個～３０個の残基を有する。
【0174】
望ましいならば、より長いペプチドが幾通りかの方法で設計され得る。例えば、ＨＬＡ対立遺伝子上におけるペプチドの提示可能性が予測されるとき、または知られているときには、より長いペプチドが下記のどちらかからなり得る：（１）２個～５個のアミノ酸の伸長をそれぞれの対応する遺伝子産物のＮ末端およびＣ末端に向かって有する個々の提示されたペプチド；（２）伸長配列をそれぞれについて有する提示されたペプチドの一部またはすべての連結。
【0175】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは長さが約８個～５０個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは長さが約８個～１０個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは長さが１０個超のアミノ酸であり、長さが１５個超のアミノ酸であり、長さが２０個超のアミノ酸であり、または長さが３０個超のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、前記ネオ抗原ペプチドは長さが約２４個～４０個のアミノ酸である。
【0176】
いくつかの実施形態において、方法では、複数のネオ抗原ペプチドペプチドを構築すること（例えば、実施例１および図１などにおいてライブラリーを組み立てること）が伴う。いくつかの実施形態において、前記複数のネオ抗原ペプチドは、知られている変異（例えば、Ｋｒａｓ変異）に基づく。いくつかの実施形態において、１つの知られている変異（例えば、点変異、例えば、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、またはＧ１２Ｉ）に基づく前記複数のネオ抗原ペプチドは、少なくとも５個、１０個、１２個、１５個、１８個または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、１つの知られている変異に基づく前記複数のネオ抗原ペプチドは、ａ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭの結合親和性をＭＨＣ分子に対して有し、ｂ）約１ｎＭ～約５０００ｎＭの結合親和性を同族ＴＣＲ分子に対して有し、ｃ）野生型ペプチドと比較して変異を、必要に応じてＮ末端から数えて３番目のアミノ酸位置に有し、ｄ）疎水性であり、かつ／またはｅ）高い含有量の芳香族残基を有する少なくとも約５個、１０個、１２個、１５個、１８個または２０個の別個のネオ抗原ペプチドを含む。
【0177】
ベイト組成物設計のための例示的な考慮すべき事項
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、下記に記載されるような１またはそれを超える工程を介して選択される。
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、下記に記載されるような１またはそれを超える工程を介して選択される。
【0178】
１．最適化された数の腫瘍サブクローンを網羅する一組のペプチドの決定
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはトランカルペプチドを含む。本明細書中に記載されるトランカルペプチドは、すべてまたはほとんどの腫瘍サブクローンによって提示されるペプチドを示し、ベイト組成物に含めることが優先される。
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはトランカルペプチドを含む。本明細書中に記載されるトランカルペプチドは、すべてまたはほとんどの腫瘍サブクローンによって提示されるペプチドを示し、ベイト組成物に含めることが優先される。
【0179】
高い確率で提示されることが予測されるトランカルペプチドが存在しないならば、または高い確率で提示されることが予測されるトランカルペプチドの数が、追加の非トランカルペプチドが呈示部分に含められ得るほど十分に少ないならば、さらにペプチドを、腫瘍サブクローンの数および同一性を推定し、網羅される腫瘍サブクローンの数を最大化するようにペプチドを選ぶことによって優先付けすることができる。
【0180】
２．ネオ抗原選択
ネオ抗原ペプチドが様々な方法またはプロセスを介して選択され得る。いくつかの実施形態においては、候補ネオ抗原を下記軸の少なくとも１つまたはそれを超えるものを有する空間に配置し、統合的アプローチを使用して選択を最適化する、下記に記載される統合多次元モデルを適用する。例えば、国際公開ＷＯ２０１９０５０９９４Ａを参照のこと。
ネオ抗原ペプチドが様々な方法またはプロセスを介して選択され得る。いくつかの実施形態においては、候補ネオ抗原を下記軸の少なくとも１つまたはそれを超えるものを有する空間に配置し、統合的アプローチを使用して選択を最適化する、下記に記載される統合多次元モデルを適用する。例えば、国際公開ＷＯ２０１９０５０９９４Ａを参照のこと。
【0181】
１．配列決定のアーチファクトの確率（アーチファクトのより低い確率が典型的には好ましい）。
【0182】
２．提示確率（より高い提示確率が典型的には好ましい）。
【0183】
３．遺伝子発現（より高い発現が典型的には好ましい）。
【0184】
４．ＨＬＡ遺伝子の網羅（一組のネオ抗原の提示に関わるより多くの数のＨＬＡ分子が典型的には好ましい）。
【0185】
５．両ＭＨＣクラスの網羅（ＭＨＣ－ＩおよびＭＨＣ－ＩＩの両方を網羅することが好ましい）。
【0186】
例示的なベイト組成物、呈示部分およびネオ抗原（例えば、個体からの免疫細胞を肺がん（例えば、ＮＳＣＬＣ）の存在について分析するためのもの）
例示的なベイト組成物が、本明細書中に記載される方法論を使用して決定された。
例示的なベイト組成物が、本明細書中に記載される方法論を使用して決定された。
【0187】
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【0188】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号１～配列番号５６からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個または５０個の）配列を含む。
【0189】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号１～配列番号５に示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはさらに、配列番号６～配列番号５０からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個または４０個の）配列、ならびに／あるいは配列番号５１～配列番号５６からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個または６個の）配列を含む。
【0190】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号６～配列番号５０からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個または４０個の）配列を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号６～配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはさらに、配列番号１～配列番号５からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個または５個の）配列、ならびに／あるいは配列番号５１～配列番号５６からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個または６個の）配列を含む。
【0191】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号５１～配列番号５６に示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドはさらに、配列番号６～配列番号５０からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個または４０個の）配列、ならびに／あるいは配列番号１～配列番号５からなる群から選択される１またはそれを超える１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個または５個の）配列を含む。
【0192】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号１、配列番号６、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号３５～配列番号３７、配列番号４０および配列番号４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0193】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、５個、１０個、１５個、２０個、２５個または３０個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号９～配列番号１３、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８～配列番号３４、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４１～配列番号４７、配列番号４９および配列番号５０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0194】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個または４個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号２、配列番号４、配列番号５および配列番号８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0195】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個または５個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号３、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0196】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個または４個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５１および配列番号５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0197】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える（例えば、１個または２個の）ネオ抗原ペプチドは、配列番号５４および配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0198】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドは、配列番号１～配列番号５６に示されるアミノ酸配列を含む。
【0199】
いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は、表１に示されるように対形成する１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個または５０個の）ＭＨＣ－ペプチド複合体（すなわち、ｐＭＨＣ）を含む１またはそれを超える呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は、表１によるＭＨＣ分子と複合体形成する、配列番号１～配列番号５に示される１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドを含むｐＭＨＣを含む１またはそれを超える呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は、表１によるＭＨＣ分子と複合体形成する、配列番号６～配列番号５０からなる群から選択されるアミノ酸を含む１またはそれを超える（例えば、少なくとも２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個または４０個の）ネオ抗原ペプチドを含むｐＭＨＣを含む１またはそれを超える呈示部分を含む。いくつかの実施形態において、前記ベイト組成物は、表１によるＭＨＣ分子と複合体形成する、配列番号５１～配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸を含む１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個または６個の）ネオ抗原ペプチドを含むｐＭＨＣを含む１またはそれを超える呈示部分を含む。
【0200】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号１、配列番号６、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号３５～配列番号３７、配列番号４０および配列番号４８からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個の）アミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊２４：０２である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号１、配列番号６、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号３５～配列番号３７、配列番号４０および配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊２４：０２である。
【0201】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号９～配列番号１３、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８～配列番号３４、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４１～配列番号４７、配列番号４９および配列番号５０からなる群から選択される（例えば、５個、１０個、１５個、２０個、２５個または３０個の）アミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊１１：０１である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号９～配列番号１３、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８～配列番号３４、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４１～配列番号４７、配列番号４９および配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊１１：０１である。
【0202】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号２、配列番号４、配列番号５および配列番号８からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個または４個の）アミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊０２：０１である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号２、配列番号４、配列番号５および配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊０２：０１である。
【0203】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号３、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個または５個の）アミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号３、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０および配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ａ＊０３：０１である。
【0204】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５１および配列番号５２からなる群から選択される１またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個または４個の）アミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ｂ分子である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５１および配列番号５２に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ｂ分子である。
【0205】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号５４および配列番号５６からなる群から選択される１またはそれを超えるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ｃ分子である。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号５４および配列番号５６に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含む１またはそれを超えるＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ＭＨＣ分子はＨＬＡ－Ｃ分子である。
【0206】
いくつかの実施形態において、前記呈示部分は、配列番号１～配列番号５６に示されるアミノ酸配列を含むネオ抗原ペプチドを含むＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、この場合、前記ネオ抗原ペプチドのそれぞれが表１によるＭＨＣ分子と複合体形成する。
【0207】
ネオ抗原ペプチドの改変
所望の活性または特性を有するネオ抗原ペプチドが、ある特定の所望の属性をもたらすように、一方で、所望のＭＨＣ分子と結合し、適切な免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を活性化するために未改変ペプチドの生物学的活性の実質的にすべてを増加させるように、または少なくとも保持するように改変され得る。例えば、本明細書中に記載されるネオ抗原ペプチドを、様々な変化、例えば、保存的または非保存的のいずれかの置換に供することができ、そのような変化により、その使用におけるある特定の利点、例えば、改善されたＭＨＣ結合、安定性または提示がもたらされる可能性がある。保存的置換によって、あるアミノ酸残基を、生物学的および／または化学的に類似する別のアミノ酸残基により置き換えること、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基に、または１つの極性残基を別の極性残基に置き換えることが意味される。前記置換は、様々な組み合わせ、例えば、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｉｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；およびＰｈｅ、Ｔｙｒを含んでいる。単一のアミノ酸置換の影響もまた、Ｄ－アミノ酸を使用して確かめることができる。そのような改変を、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６）；Ｂａｒａｎｙ＆Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ＆Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ編（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１－２８４（１９７９）；およびＳｔｅｗａｒｔ＆Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，１１１．，Ｐｉｅｒｃｅ），第２版（１９８４）に記載されるような広く知られているペプチド合成手順を使用して行うことができる。
所望の活性または特性を有するネオ抗原ペプチドが、ある特定の所望の属性をもたらすように、一方で、所望のＭＨＣ分子と結合し、適切な免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を活性化するために未改変ペプチドの生物学的活性の実質的にすべてを増加させるように、または少なくとも保持するように改変され得る。例えば、本明細書中に記載されるネオ抗原ペプチドを、様々な変化、例えば、保存的または非保存的のいずれかの置換に供することができ、そのような変化により、その使用におけるある特定の利点、例えば、改善されたＭＨＣ結合、安定性または提示がもたらされる可能性がある。保存的置換によって、あるアミノ酸残基を、生物学的および／または化学的に類似する別のアミノ酸残基により置き換えること、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基に、または１つの極性残基を別の極性残基に置き換えることが意味される。前記置換は、様々な組み合わせ、例えば、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｉｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；およびＰｈｅ、Ｔｙｒを含んでいる。単一のアミノ酸置換の影響もまた、Ｄ－アミノ酸を使用して確かめることができる。そのような改変を、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６）；Ｂａｒａｎｙ＆Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ＆Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ編（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１－２８４（１９７９）；およびＳｔｅｗａｒｔ＆Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，１１１．，Ｐｉｅｒｃｅ），第２版（１９８４）に記載されるような広く知られているペプチド合成手順を使用して行うことができる。
【0208】
本明細書中に記載されるタンパク質またはペプチドを、標準的な分子生物学的技術によるタンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの発現、天然供給源からのタンパク質またはペプチドの単離、あるいはタンパク質またはペプチドの化学合成を含めて、どのような技術であれ当業者に知られている技術によって作製することができる。様々な遺伝子に対応するヌクレオチド配列およびタンパク質配列、ポリペプチド配列およびペプチド配列が以前に開示されており、これらの配列を、当業者に知られているコンピューター化されたデータベースで見出すことができる。１つのそのようなデータベースが、国立衛生研究所のウェブサイトにある国立バイオテクノロジー情報センターのＧｅｎｂａｎｋデータベースおよびＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。知られている遺伝子についてのコード領域が、本明細書中に開示される技術を使用して、または当業者には公知であろうように増幅され得る、かつ／または発現され得る。あるいは、タンパク質、ポリペプチドおよびペプチドの様々な市販調製物が当業者には知られている。
【0209】
呈示部分に結合する免疫細胞を単離すること、培養することおよび／または分析すること
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法は、前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、および前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法は、前記呈示部分と会合する免疫細胞を単離すること、および前記単離された免疫細胞を分析することを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法はさらに、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養することを含む。
【0210】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法は、前記単離された免疫細胞を、前記分析する工程に先立って培養する工程を含まない。
【0211】
いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、前記呈示部分と会合する免疫細胞を前記サンプルの残部から分離することを含む。
【0212】
いくつかの実施形態において、前記単離する工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用することを含む。いくつかの実施形態において、前記呈示部分を、１またはそれを超える蛍光性の結合部分、例えば、蛍光分子に付着または結合するストレプトアビジンコアに付着させてもよい。いくつかの実施形態において、前記呈示部分は蛍光性であり、または直接蛍光体にコンジュゲートする。いくつかの実施形態において、前記呈示部分の内部における複数の要素（例えば、粒子、結合部分、結合成分）が、異なる蛍光体をそれぞれが含むことを含めて蛍光性であり得る。いくつかの実施形態において、使用される前記呈示部分は磁性または非磁性である。いくつかの実施形態において、磁気分離方法が、ＦＡＣＳとともに、（例えば、ＦＡＣＳの前において、ＦＡＣＳの後において、またはＦＡＣＳの前および後において）使用され得る。いくつかの実施形態において、磁気活性化細胞選別、親和性クロマトグラフィー、またはこの技術分野で知られている細胞選別の様々な方法のいずれかが使用される。
【0213】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）、ヘルパーＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞）メモリーＴ細胞および腫瘍浸潤Ｔ細胞からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞はヘルパーＴ細胞である。
【0214】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞はＢ細胞である。いくつかの実施形態において、前記Ｂ細胞はメモリーＢ細胞である。
【0215】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は、単離された単一の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞は免疫細胞の混合物の中に存在する。例えば、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）は、前記呈示部分と接触したときには免疫細胞の混合物（例えば、Ｔ細胞および抗原提示細胞の両方を含有する混合物）の中に存在し得る。いくつかの実施形態において、免疫細胞の前記混合物は、Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、マクロファージ細胞、または樹状細胞、あるいはそれらの組み合わせを含む混合物である。
【0216】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を培養することが、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を本明細書中に記載される１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドとともにインキュベートすることを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を培養することが、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を本明細書中に記載される１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドとともに少なくとも１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、１４日間、１５日間、インキュベートすることを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を培養することが、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を本明細書中に記載される１またはそれを超えるネオ抗原ペプチドとともに５日未満の間、４日未満の間、３日未満の間、２日未満の間、または１日未満の間、インキュベートすることを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を培養することが、前記単離された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を１またはそれを超えるサイトカイン（例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５）とともにインキュベートすることを含む。
【0217】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を検出することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞を定量することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記単離された免疫細胞における１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸は、ＴＣＲ配列からなる群から選択される核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、全ゲノム配列決定を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ＲＮＡ配列決定を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、単一細胞配列決定（例えば、ｓｃＲＮＡｓｅｑなど）を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、前記バーコード配列を解読することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、前記腫瘍特異的ネオ抗原活性化免疫細胞における再編成された遺伝子を特定することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、再編成されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子を特定することを含む。
【0218】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、前記ベイト組成物に結合する免疫細胞の数または割合を算出し、免疫細胞の前記数または割合が閾値レベルを超えているかどうかを判定することを含み、この場合、閾値レベルを超える免疫細胞の前記数または割合により、前記個体におけるがんが示される。いくつかの実施形態において、前記免疫細胞はＴ細胞（例えば、総Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態において、前記免疫細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、前記免疫細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、前記免疫細胞はメモリーＴ細胞である。いくつかの実施形態において、前記閾値は、前記個体からの前記サンプル（例えば、血液）において得られる合計で約１×１０５個、５×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、６×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、５×１０７個、または１×１０８個の細胞（例えば、免疫細胞）内の、前記ベイト組成物に結合する少なくとも約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、７５個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、５００個、１０００個、２０００個、３０００個、４０００個または５０００個の免疫細胞である。いくつかの実施形態において、少なくとも約１×１０５個のＣＤ８細胞が分析され、カットオフが、０．００１％超（例えば、約０．００１％超、０．００２％超、０．００３％超、０．００４％超または０．００５％超のＣＤ８細胞、および少なくとも２超、３超、４超、５超、６超、７超、８超、９超または１０超の事象に設定される。いくつかの実施形態において、少なくとも約１×１０５個のＣＤ８細胞が分析され、カットオフが、０．００５％超のＣＤ８細胞および少なくとも約１０超の事象に設定される。
【0219】
前記免疫レパートリーの分析では通常、異なるＴＣＲ配列の増幅状態を評価し、少数のＴ細胞クローンの大きな拡大があるかどうかを判定するために使用される１またはそれを超える多様性指数、例えば、シャノンエントロピー、クローン性、および高拡大クローン（ＨＥＣ）比が伴う。例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｏｍｍｕｎ（Ｌｏｎｄ）．２０２０ Ｏｃｔ；４０（１０）：４７３－４８３を参照のこと。最大の多様性が、シャノンエントロピーの算出結果に一致して健常集団の末梢血サンプルにおいて見出されたことが見出されている。そのうえ、腫瘍を有する患者からのセンチネルリンパ節におけるＴＣＲレパートリー多様性が、腫瘍組織での場合よりも大きかった。
【0220】
いくつかの実施形態において、免疫細胞を分析することが、前記個体から得られるＴ細胞のレパートリー多様性（例えば、シャノン多様性）を分析することを含む。いくつかの実施形態において、レパートリー多様性を分析することが、前記個体から得られるＴ細胞のレパートリー多様性を参照個体（例えば、健常個体、または一群の健常個体）からのＴ細胞のレパートリー多様性と比較すること、および前記レパートリー多様性が閾値よりも小さいかを判定することを含み、この場合、前記レパートリー多様性（例えば、シャノン多様性）が、閾値となる多様性よりも小さいことにより、前記個体におけるがんが示される。いくつかの実施形態において、前記閾値は、参照個体からのＴ細胞のシャノン多様性よりも低い（例えば、少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、または３０％）低いシャノン多様性であり、これにより、前記個体におけるがんが示される。
【0221】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、シグネチャープロフィルを生成することを含む。いくつかの実施形態において、前記シグネチャープロフィルは特定のがんに関連づけられる。いくつかの実施形態において、前記がんは肝細胞癌（ＨＣＣ）であり、前記シグネチャープロフィルは三遺伝子シグネチャーを含み、この場合、前記３つの遺伝子が、ＣＸＣＲ２、ＣＣＲ２およびＥＰ４００である。例えば、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ．２０１４ Ｍａｒ；５０（５）：９２８－３６を参照のこと。
【0222】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、ＣＤ８および／またはＣＤ４ Ｔ細胞のシグネチャープロフィル（例えば、遺伝子発現プロフィル（ＲＮＡ－ｓｅｑ）、遺伝子再編成、５ｍＣ、５ｈｍＣまたは５ｃａＣのプロフィル）を生成することを含む。
【0223】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することが、１またはそれを超える核酸を配列決定し、ライブラリーを生成することを含む。いくつかの実施形態では、前記１またはそれを超える核酸はレパートリー関連核酸（例えば、ＶＤＪ遺伝子関連のＤＮＡまたはＲＮＡ）である。いくつかの実施形態において、前記単離している免疫細胞を分析することがさらに、前記Ｔ細胞のレパートリーを上記で記載されるように分析することを含む。
【0224】
いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超える核酸の前記配列を分析することが、ａ）前記１またはそれを超える核酸について富化される富化サンプルを前記単離された免疫細胞から得ること、およびｂ）前記富化サンプルにおける前記１またはそれを超える核酸を配列決定することを含む。
【0225】
いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞を質量分析法による分析に供することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞を、配列決定を使用するトランスポザーゼアクセス可能クロマチンのためのアッセイ（Ａｓｓａｙ ｆｏｒ Ｔｒａｎｓｐｏｓａｓｅ－Ａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｕｓｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＡＴＡＣ）－配列決定に供することを含む。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、前記単離された免疫細胞をクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ）－配列決定に供することを含む。
【0226】
腫瘍特異的免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）のエピジェネティック修飾が報告されている。例えば、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ ２１，２（２０２０）；Ｖｉｌｌａｎｕｅｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０２０ Ａｕｇ；４１（８）：６７６－６９１を参照のこと。いくつかの実施形態において、前記単離された免疫細胞を分析することがさらに、１またはそれを超えるエピジェネティック修飾を前記単離された免疫細胞のＴ細胞受容体遺伝子において特定することを含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるエピジェネティック修飾は、ヒストンアセチル化、ヒストンユビキチン化、および／またはヒストンメチル化を含む。いくつかの実施形態において、前記１またはそれを超えるエピジェネティック修飾は、ＤＮＡまたはＲＮＡのメチル化、ヒドロキシル化、および／またはヒストングリコシル化を含む。
【0227】
個体
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される個体は、哺乳動物（例えば、ヒト、イヌ、ネコまたはウマ）である。いくつかの実施形態において、前記個体はヒトである。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される個体は、哺乳動物（例えば、ヒト、イヌ、ネコまたはウマ）である。いくつかの実施形態において、前記個体はヒトである。
【0228】
いくつかの実施形態において、前記個体は、がん（例えば、任意のがん、または特定のタイプのがん）を有すると以前に診断されたことがない。
【0229】
いくつかの実施形態において、前記個体は、がんを有すると以前に診断されたことがある。
【0230】
いくつかの実施形態において、前記個体は微小残存病変（ＭＲＤ）を有する。いくつかの実施形態において、前記個体は微小残存がんを有する。いくつかの実施形態では、前記微小残存がんは、前記がんが外科切除された後、または治癒した後で認められる。いくつかの実施形態において、前記微小残存病変は微小すぎて、画像化機器（例えば、前記がんを検出するために日常的に使用される、または標準的な画像化機器）によって検出することができない。いくつかの実施形態において、前記微小残存病変の場所は多様である。いくつかの実施形態において、前記微小残存がんは、免疫回避または処置に対する抵抗性の結果である。いくつかの実施形態において、前記個体はがんについて以前に処置されたことがあり、前記処置の後ではがんの病理学的症状を全く示していない。
【0231】
いくつかの実施形態において、前記個体は、がんを発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、がんを有する前記リスクは、家族歴、変異、環境要因および年齢からなる群から選択されるいずれか１またはそれを超える要因に基づく。いくつかの実施形態において、前記個体は、家族歴、変異、環境要因および年齢からなる群から選択されるいずれか１またはそれを超える要因に基づいて、がん（例えば、いずれかの特定の種類のがん）を発症するリスクが、少なくとも２０％、３０％、４０％または５０％であると医師によって予測される。
【0232】
いくつかの実施形態において、前記個体はヒトであり、少なくとも約５０歳（例えば、少なくとも約５０歳、６０歳、７０歳または８０歳）である。
【0233】
いくつかの実施形態において、前記個体は１４歳以下である。
【0234】
いくつかの実施形態において、前記個体は雄性（男性）である。いくつかの実施形態において、前記個体は雌性（女性）である。
【0235】
がん
本明細書中に記載されるがんは、一般のがん、またはいずれかのタイプのがんであり得る。いくつかの実施形態において、前記がんは固形腫瘍である。いくつかの実施形態において、前記がんは液性がんである。
本明細書中に記載されるがんは、一般のがん、またはいずれかのタイプのがんであり得る。いくつかの実施形態において、前記がんは固形腫瘍である。いくつかの実施形態において、前記がんは液性がんである。
【0236】
いくつかの実施形態において、前記がんは、癌、肉腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫、芽細胞腫、胚細胞腫瘍、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、前記がんは扁平上皮癌または腺癌である。
【0237】
いくつかの実施形態において、前記がんは、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、鼻咽頭がん、結腸直腸がん、肛門がん、肝臓がん、膀胱がん、精巣がん、子宮頸がん、卵巣がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、甲状腺がん、メラノーマがんおよび乳がんからなる群から選択される。
【0238】
いくつかの実施形態において、前記がんは再発がんである。
【0239】
レポートを作成すること
いくつかの実施形態において、個体のサンプルを分析する前記方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。
いくつかの実施形態において、個体のサンプルを分析する前記方法はさらに、前記個体におけるがん状態に関する情報を含むレポートを作成することを含む。
【0240】
いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、がんの存在の可能性、がんの分類、がんのタイプ、がんの性質、がんの起源、がんのステージ、がん増悪の可能性、１またはそれを超えるがん症状を発症する可能性、ならびに／あるいは前記個体のための処置選択肢を含む。
【0241】
前記がん状態に関する前記情報は、前記ベイト組成物に結合する前記免疫細胞を上記で議論されるように分析することから集められる結果に基づく。いくつかの実施形態において、がんの存在の可能性は、前記ベイト組成物に結合する免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）の数および／または割合に全面的に、または少なくとも部分的に基づく。例えば、前記ベイト組成物に結合する免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８ Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４ Ｔ細胞）の数および／または割合が閾値レベル（例えば、上記で記載される閾値レベル）を有意に超えているとき、作成されたレポートは、前記がんが前記個体に存在しているという情報を含む。免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８ Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４ Ｔ細胞）の数および／または割合が閾値に近いか、または閾値を超えており、しかし、閾値を有意に超えていないとき、作成されたレポートは、前記がんの存在の可能性が中位または高いという情報を含む。
【0242】
いくつかの実施形態において、がんの存在の可能性は、前記ベイト組成物に結合するＴ細胞のレパートリー多様性に全面的に、または少なくとも部分的に基づく。例えば、前記ベイト組成物に結合するＴ細胞（例えば、ＣＤ８ Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４ Ｔ細胞）のレパートリー多様性（例えば、シャノン多様性）が前記閾値を有意に下回るとき、作成されたレポートは、前記がんが前記個体に存在しているという情報を含む。前記ベイト組成物に結合するＴ細胞（例えば、ＣＤ８ Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４ Ｔ細胞）のレパートリー多様性（例えば、シャノン多様性）が前記閾値に近いか、または前記閾値を下回り、しかし、前記閾値を有意に下回らないとき、作成されたレポートは、前記がんの存在の可能性が中位または高いという情報を含む。
【0243】
いくつかの実施形態において、がん状態に関する前記情報は、遺伝子発現プロフィルシグネチャー、遺伝子変異プロフィルシグネチャー、および／またはエピジェネティック修飾シグネチャーを含む。いくつかの実施形態において、前記シグネチャーエピジェネティック修飾は、ＤＮＡメチル化シグネチャーおよびヒストングリコシル化シグネチャーを含む。
【実施例】
【0244】
以下の実施例は、本発明を純粋に例示していることが意図され、そのため、本発明をいかなる点でも限定するように見なしてはならない。下記の実施例および詳細な説明は例示として提供されており、限定としては提供されていない。
【0245】
実施例１．
Ａ．方法
ＨＬＡ精製
ＨＬＡ－Ａ：０２：０１、ＨＬＡ－Ａ：２４：０２、ＨＬＡ－Ａ：１１：０１、ＨＬＡ－Ａ：０３：０１およびβ－２Ｍを大腸菌において発現させた。精製されたサブユニットをクーマシーブルー染色によって確認した。例えば、図２を参照のこと。
Ａ．方法
ＨＬＡ精製
ＨＬＡ－Ａ：０２：０１、ＨＬＡ－Ａ：２４：０２、ＨＬＡ－Ａ：１１：０１、ＨＬＡ－Ａ：０３：０１およびβ－２Ｍを大腸菌において発現させた。精製されたサブユニットをクーマシーブルー染色によって確認した。例えば、図２を参照のこと。
【0246】
Ｋｒａｓ変異特異的ネオ抗原ライブラリー
Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｖ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｄ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｒ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃを含めた４つの最も一般的なＫｒａｓ変異の１つを含むネオ抗原を、例示されたネオ抗原ライブラリーを組み立てるために選択した。それぞれの変異について２０個の予測されたネオ抗原をネオ抗原の特徴に従って設計した。これらの特徴は、ＭＨＣ分子および／またはＴ細胞との結合親和性、結合安定性、変異の配列、および公開されているネオ抗原ライブラリーを含んでいる。例えば、図１を参照のこと。
Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｖ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｄ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｒ、Ｋｒａｓ Ｇ１２Ｃを含めた４つの最も一般的なＫｒａｓ変異の１つを含むネオ抗原を、例示されたネオ抗原ライブラリーを組み立てるために選択した。それぞれの変異について２０個の予測されたネオ抗原をネオ抗原の特徴に従って設計した。これらの特徴は、ＭＨＣ分子および／またはＴ細胞との結合親和性、結合安定性、変異の配列、および公開されているネオ抗原ライブラリーを含んでいる。例えば、図１を参照のこと。
【0247】
ネオ抗原合成
ネオ抗原ライブラリーが、Ｎａｎｊｉｎｇ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｌｔｄ．によって合成された。ペプチドの純度が９５％超であった。
ネオ抗原ライブラリーが、Ｎａｎｊｉｎｇ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｌｔｄ．によって合成された。ペプチドの純度が９５％超であった。
【0248】
特異的ネオ抗原のためのテトラマーはインビトロでの構築であった。簡単な手順が下記の通りであった。
【0249】
１．滅菌された磁極を備える１００ｍＬのビーカーを予冷のために４℃の冷蔵庫に入れる。還元型グルタチオンを加えて、その最終濃度を５ｍＭにする；酸化型グルタチオンを加え、その最終濃度が０．５ｍＭである；貯蔵濃度が１００ｍＭであり（イソプロパノールを用いて調製される）、最終濃度が－２０℃の冷蔵庫において０．２ｍＭである。
【0250】
２．１００ｎｍｏｌのＭＨＣ重鎖と、２００ｎｍｏｌのＭＨＣ軽鎖とをそれぞれ採取し、（６Ｍのグアニジン塩酸塩で前もって溶解した）それらを解凍する。５ｍＬの注入緩衝液（溶液構成を参照のこと）を加え、ピペットを使用して、高い局所的タンパク質濃度によって引き起こされる沈殿を避けるために均一に混合する。
【0251】
３．１００ｕｌのＤＭＳＯを使用して、９５％以上の純度を有するペプチドの混合物（例えば、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２ＲまたはＧ１２Ｃを含むネオ抗原の混合物）を完全に溶解する。ペプチドの溶解度に依存して、３０ｍｇのペプチドを最小量（例えば、１ｍＬ）のＤＭＳＯに溶解した。
【0252】
４．フォールディング系（すなわち、ＭＨＣ－ペプチドテトラマー混合物を構築するための系）を４℃における磁気撹拌機に入れ、高速度で撹拌する。１ｍＬのピペットを使用して、ペプチドを撹拌中のフォールディング系にゆっくり滴下する。過度な局所的ペプチド濃度を避け、ペプチドを１滴ずつ加える。
【0253】
５．調製されたＭＨＣ重鎖およびＭＨＣ軽鎖を氷上に置き、使用のために予冷する。調製が完了した後、１ｍＬの無菌ピペットを使用して、５ｍＬの軽鎖および重鎖の懸濁物を高速度で撹拌された反応系に加える。過度な局所的タンパク質濃度によって引き起こされる沈殿を避ける。同じ方法を、重鎖をフォールディング系に加えるときに使用し、フォールディング緩衝液を可能な限り混合棒の近くに加える。
【0254】
６．フォールディング反応系を４℃に戻し、１２時間（一晩）インキュベートする。この期間中に、磁気撹拌機を使用して、フォールディング反応をより完全にするために穏やかに撹拌した（回転速度を１５０～２００ｒｐｍ／分で制御した）。
【0255】
７．インキュベーション（すなわち、ＭＨＣ－ペプチド混合物の構築）の後、工程２でのように調製される１μＭのＭＨＣ重鎖を工程５で記載される方法によって加え、４℃で１０時間にわたって十分にインキュベートする。
【0256】
８．インキュベーション後（例えば、夕方に離れる前に）、追加の１μＭの重鎖を上記（工程５）で記載されるように加え、少なくとも一晩、最大でも５日間にわたって１０℃に戻す。
【0257】
９．構築されたテトラマーをアニオン交換クロマトグラフィーによって精製する。例えば、Ｇ１２Ｖ変異を含むネオ抗原ペプチドを有する例示された首尾よく構築されたＭＨＣテトラマーについて図３を参照のこと。Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２ＤまたはＧ１２Ｃを含むネオ抗原ペプチドを有するＭＨＣテトラマーもまた生成させた。複数のＫｒａｓ変異特異的ネオ抗原を発現する膵臓腫瘍細胞系の構築。
【0258】
膵臓がんにおける５つの最も一般的なＫｒａｓ変異を１つのプラスミドにおいて共過剰発現させ、膵臓腫瘍細胞Ｐａｎ０２－Ｌｕｃ－ＧＦＰまたは２６６－６－ｌｕｃにおける安定的発現のために細胞にトランスフェクトして、過剰なＫｒａｓ変異特異的ネオ抗原を産生させた。トランスフェクトされたＫｒａｓ変異体配列の発現をＰＣＲおよびマススペクトルによって検出した。例えば、図６を参照のこと。
【0259】
５つの最も一般的なＫｒａｓ変異を共過剰発現する腫瘍細胞の動物モデル
皮下腫瘍モデル：異なる勾配抗原ペプチド（gradient antigen peptide）組み合わせを有する腫瘍細胞Ｐａｎ０２－Ｌｕｃ－ＧＦＰ（例えば、４×１０５個）をＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスに皮下接種した。Ｋｒａｓ変異を含むネオ抗原を標的とするＴ細胞の存在を、末梢血細胞を接種後の様々な日にそれぞれ、上記のように調製される特異的抗原ライブラリーを標的とするテトラマーと接触させることによって評価して、腫瘍サイズおよび免疫刺激時間に関して早期診断の時点を決定した。腫瘍サイズをバイオルミネセンスによって記録した。図５を参照のこと。
皮下腫瘍モデル：異なる勾配抗原ペプチド（gradient antigen peptide）組み合わせを有する腫瘍細胞Ｐａｎ０２－Ｌｕｃ－ＧＦＰ（例えば、４×１０５個）をＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスに皮下接種した。Ｋｒａｓ変異を含むネオ抗原を標的とするＴ細胞の存在を、末梢血細胞を接種後の様々な日にそれぞれ、上記のように調製される特異的抗原ライブラリーを標的とするテトラマーと接触させることによって評価して、腫瘍サイズおよび免疫刺激時間に関して早期診断の時点を決定した。腫瘍サイズをバイオルミネセンスによって記録した。図５を参照のこと。
【0260】
静脈内モデル：異なる勾配過剰発現ネオ抗原ペプチド組み合わせを有する腫瘍細胞を、尾静脈を介して接種した。Ｋｒａｓ変異を含むネオ抗原を標的とするＴ細胞の存在を、上記のように調製される特異的ネオ抗原ライブラリーを標的とするテトラマーを、０日目、１日目、４日目、８日目、１６日目および２４日目にそれぞれインキュベートすることによって評価して、その結果、腫瘍サイズおよび免疫刺激時間に関して早期診断の時点を決定した。末梢系における残存腫瘍細胞の数を接種細胞の自己蛍光によりリアルタイムでモニターした。
【0261】
膵臓がん患者からの末梢血の収集およびＴ細胞の捕獲
新鮮な血液を膵臓がん患者から収集し、赤血球を室温で５分間、ＡＣＫ溶解緩衝液によって溶解した。その後、白色細胞ペレットを細胞染色の前に２回、氷上で冷ＰＢＳにより洗浄した。Ｆｃｂｌｏｃｋ抗体を使用して、サンプルを４℃で１０分間にわたって前処理し、ＣＤ４５、ＣＤ３ｅまたはＣＤ８を標的とする蛍光コンジュゲート化一次抗体をテトラマーとともに細胞特異的染色のために３０分間、暗所において４℃で加えた。染色後、細胞を２回、（２％のＦＢＳを含有する）冷ＰＢＳによって洗浄した。最後に、細胞を直ちにフローサイトメトリーによって検出し、データを、Ｆｌｏｗ Ｊｏ Ｖ１０ソフトウェアによって分析した。
新鮮な血液を膵臓がん患者から収集し、赤血球を室温で５分間、ＡＣＫ溶解緩衝液によって溶解した。その後、白色細胞ペレットを細胞染色の前に２回、氷上で冷ＰＢＳにより洗浄した。Ｆｃｂｌｏｃｋ抗体を使用して、サンプルを４℃で１０分間にわたって前処理し、ＣＤ４５、ＣＤ３ｅまたはＣＤ８を標的とする蛍光コンジュゲート化一次抗体をテトラマーとともに細胞特異的染色のために３０分間、暗所において４℃で加えた。染色後、細胞を２回、（２％のＦＢＳを含有する）冷ＰＢＳによって洗浄した。最後に、細胞を直ちにフローサイトメトリーによって検出し、データを、Ｆｌｏｗ Ｊｏ Ｖ１０ソフトウェアによって分析した。
【0262】
Ｂ．結果
図７Ａ～図７Ｂ、図８、図９Ａ～図９Ｂに示されるように、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原特異的Ｔ細胞が、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原を発現する腫瘍細胞が静脈内または皮下に接種されるマウスにおいて（１０４個もの少ない細胞の、例えば、図８を参照のこと）、接種後早くも４日目に（例えば、図９Ａ～図９Ｂを参照のこと）、しかも、バイオルミネセンスを介したどのような検出にも先立って（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照のこと）、またはＫｒａｓ変異を有している膵臓がん患者において首尾よく検出された（例えば、図１１Ａ～図１１Ｃ、および図１２を参照のこと）。これらの結果から、テトラマーに基づいたスクリーニングプラットフォームが早期がんスクリーニングのために首尾よく適用されることが明らかにされた。
図７Ａ～図７Ｂ、図８、図９Ａ～図９Ｂに示されるように、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原特異的Ｔ細胞が、Ｋｒａｓ変異関連ネオ抗原を発現する腫瘍細胞が静脈内または皮下に接種されるマウスにおいて（１０４個もの少ない細胞の、例えば、図８を参照のこと）、接種後早くも４日目に（例えば、図９Ａ～図９Ｂを参照のこと）、しかも、バイオルミネセンスを介したどのような検出にも先立って（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照のこと）、またはＫｒａｓ変異を有している膵臓がん患者において首尾よく検出された（例えば、図１１Ａ～図１１Ｃ、および図１２を参照のこと）。これらの結果から、テトラマーに基づいたスクリーニングプラットフォームが早期がんスクリーニングのために首尾よく適用されることが明らかにされた。
【表2-1】
【表2-2】
【表2-3】
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7A】
【図7B】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図10A】
【図10B】
【図11A】
【図11B】
【図11C】
【図12】
【配列表】
【国際調査報告】