知財求人 - 知財ポータルサイト「IP Force」
▶ アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドの特許一覧 ▶ セントルイス ユニバーシティの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-31
(54)【発明の名称】プログラニュリン発現を調節するための化合物及び方法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/113 20100101AFI20241024BHJP
A61P 25/28 20060101ALI20241024BHJP
A61P 21/00 20060101ALI20241024BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20241024BHJP
A61P 25/02 20060101ALI20241024BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20241024BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20241024BHJP
A61K 31/712 20060101ALI20241024BHJP
A61K 31/7125 20060101ALI20241024BHJP
A61K 47/02 20060101ALI20241024BHJP
A61K 47/54 20170101ALI20241024BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20241024BHJP
【ＦＩ】
C12N15/113 Z ZNA
A61P25/28
A61P21/00
A61P25/00
A61P25/02
A61K48/00
A61K31/7088
A61K31/712
A61K31/7125
A61K47/02
A61K47/54
A61P43/00 105
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024529579
(86)(22)【出願日】2022-11-18
(85)【翻訳文提出日】2024-06-03
(86)【国際出願番号】 US2022080113
(87)【国際公開番号】W WO2023092057
(87)【国際公開日】2023-05-25
(31)【優先権主張番号】63/281,057
(32)【優先日】2021-11-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】595104323
【氏名又は名称】アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド
【氏名又は名称原語表記】Ｉｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．
(71)【出願人】
【識別番号】509039013
【氏名又は名称】セントルイス ユニバーシティ
(74)【代理人】
【識別番号】100118902
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 修
(74)【代理人】
【識別番号】100106208
【弁理士】
【氏名又は名称】宮前 徹
(74)【代理人】
【識別番号】100196508
【弁理士】
【氏名又は名称】松尾 淳一
(74)【代理人】
【識別番号】100163784
【弁理士】
【氏名又は名称】武田 健志
(72)【発明者】
【氏名】ブイ，フィン・ホア
(72)【発明者】
【氏名】ジャファー・ネジャド，ペイマン
(72)【発明者】
【氏名】グエン，アンドリュー・トゥアン・ドゥク
【テーマコード（参考）】
4C076
4C084
4C086
【Ｆターム（参考）】
4C076CC01
4C076CC09
4C076CC26
4C076DD23
4C076EE59
4C084AA12
4C084NA14
4C084ZA02
4C084ZA15
4C084ZA16
4C084ZA22
4C084ZA94
4C084ZB21
4C086AA01
4C086AA02
4C086AA03
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA02
4C086MA04
4C086MA05
4C086NA14
4C086ZA02
4C086ZA15
4C086ZA16
4C086ZA22
4C086ZA94
4C086ZB21
(57)【要約】
細胞若しくは対象におけるプログラニュリンＲＮＡの発現を調節するための、又はプログラニュリンタンパク質の発現を調節するための、オリゴマー化合物、方法、及び薬学的組成物が提供される。そのような化合物、方法、及び薬学的組成物は、神経系疾患又は障害の少なくとも１つの症状又は特徴を緩和するのに有用である。そのような神経系疾患又は障害には、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、及び神経セロイドリポフスチン症を含む、プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が含まれる。そのような症状又は特徴としては、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいが挙げられる。
【選択図】なし
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、プログラニュリン核酸の等長部分に少なくとも８０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を有する、オリゴマー化合物。
【請求項2】
前記プログラニュリン核酸が、配列番号１又は配列番号２の核酸塩基配列を有する、請求項１に記載のオリゴマー化合物。
【請求項3】
１８、１９、又は２０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１２～８５４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含み、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、オリゴマー化合物。
【請求項4】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項5】
１８個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１２～８５４のうちのいずれかの核酸塩基配列からなり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、オリゴマー化合物。
【請求項6】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７の核酸塩基配列のうちのいずれかの１８個の連続する核酸塩基からなる、請求項５に記載のオリゴマー化合物。
【請求項7】
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１の核酸塩基８４９７～８５５２内の等長部分に相補的な少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む、オリゴマー化合物。
【請求項8】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７のうちのいずれかの核酸塩基配列からなる、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項9】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１又は配列番号２のうちのいずれかの核酸塩基配列内の等長部分に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％相補的であるか、又は１００％相補的である、請求項１～８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項10】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが、修飾された糖部分を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項11】
前記修飾された糖部分が、二環式糖部分を含む、請求項１０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項12】
前記二環式糖部分が、－ＣＨ２－Ｏ－及び－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－から選択される４’－２’架橋を含む、請求項１１に記載のオリゴマー化合物。
【請求項13】
前記修飾された糖部分が、非二環式の修飾された糖部分を含む、請求項１０～１２のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項14】
前記非二環式の修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、又は２’－Ｆ修飾された糖部分である、請求項１３に記載のオリゴマー化合物。
【請求項15】
前記修飾された糖部分が、糖サロゲートである、請求項１０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項16】
前記糖サロゲートが、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＰＮＡ、ＴＨＰ、又はＦ－ＨＮＡである、請求項１５に記載のオリゴマー化合物。
【請求項17】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが、修飾された糖部分を含む、請求項１０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項18】
各修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、又は２’－Ｆ修飾された糖部分である、請求項１７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項19】
各修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分である、請求項１７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項20】
各修飾された糖部分が、糖サロゲートである、請求項１７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項21】
各修飾された糖部分が、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＰＮＡ、ＴＨＰ、又はＦ－ＨＮＡである、請求項２０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項22】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項23】
前記少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項２２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項24】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、請求項２２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項25】
各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項２２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項26】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項１～２３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項27】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択される、請求項２２、２３、又は２６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項28】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、又は少なくとも１７個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項２２～２４、又は２６～２７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項29】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ及びｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓから選択されるヌクレオシド間結合モチーフを有する、請求項１～２３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項30】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシド間結合モチーフが、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓである、請求項１９に記載のオリゴマー化合物。
【請求項31】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ヌクレオシド間結合モチーフが、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓである、請求項１９に記載のオリゴマー化合物。
【請求項32】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、請求項１～３１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項33】
前記修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシン又はヒポキサンチンである、請求項３２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項34】
各シトシンが、５－メチルシトシンである、請求項３３に記載のオリゴマー化合物。
【請求項35】
以下の化学表記法（５’から３’に）：ＧｅｓＴｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓＴｅ；（配列番号８５５）、
ＧｅｓＴｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８５６）、
ＧｅｓＧｅｏＧｅｓＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５７）、
ＧｅｓＧｅｏＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＴｅ；（配列番号８５８）、
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５９）、
ＡｅｓＡｅｏＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８６０）、
ＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６１）、
ＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅ；（配列番号８６２）、
ｍＣｅｓＴｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅ；（配列番号８６３）、
Ａｅｓ ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ；（配列番号８６４）、
ｍＣｅｓＡｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６５）、又は
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ）（配列番号８６６）のうちのいずれか１つに従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、
式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【請求項36】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩である、請求項１～３５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項37】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムから選択される１つ以上のカチオンを含む、薬学的に許容される塩である、請求項３６に記載のオリゴマー化合物。
【請求項38】
前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、請求項１～３７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項39】
前記オリゴマー化合物が、コンジュゲート基を含む、請求項１～３７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項40】
前記コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、請求項３９に記載のオリゴマー化合物。
【請求項41】
前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、請求項４０に記載のオリゴマー化合物。
【請求項42】
前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、請求項４０又は請求項４１に記載のオリゴマー化合物。
【請求項43】
前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項４０又は請求項４１に記載のオリゴマー化合物。
【請求項44】
前記コンジュゲートリンカーが、いかなるリンカーヌクレオシドも含まない、請求項４０～４２のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項45】
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端に結合されている、請求項３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項46】
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端に結合されている、請求項３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項47】
前記オリゴマー化合物が、末端基を含む、請求項３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項48】
前記末端基が、脱塩基糖部分である、請求項４７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項49】
前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１～４８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項50】
以下の化学表記法：Ａｅｓ
ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ（配列番号８６４）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【請求項51】
以下の化学表記法：ｍＣｅｓＡｅｏ
ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ（配列番号８６５）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【請求項52】
以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：【化1】
【請求項53】
ナトリウム塩又はカリウム塩である、請求項５２に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項54】
以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：【化2】
【請求項55】
以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：【化3】
【請求項56】
ナトリウム塩又はカリウム塩である、請求項５５に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【請求項57】
以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：【化4】
【請求項58】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物のキラル的に濃縮された集団、又は請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むオリゴマー化合物について濃縮されている、キラル的に濃縮された集団。
【請求項59】
前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項60】
前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項61】
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択された立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項62】
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて、又は各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項63】
前記集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有し、かつ残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項64】
前記集団が、５’から３’の方向に、Ｓｐ配置、Ｓｐ配置、及びＲｐ配置で少なくとも３個の連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【請求項65】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物の集団、又は請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、集団。
【請求項66】
アンチセンス化合物を含むアンチセンス剤であって、前記アンチセンス化合物が、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物である、アンチセンス剤。
【請求項67】
前記アンチセンス剤が、コンジュゲート基を含み、前記コンジュゲート基が、細胞標的化部分を含む、請求項６６に記載のアンチセンス剤。
【請求項68】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤と、薬学的に許容される希釈剤と、を含む、薬学的組成物。
【請求項69】
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工ＣＳＦ（ａＣＳＦ）又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）である、請求項６８に記載の薬学的組成物。
【請求項70】
前記薬学的組成物が、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤と、ａＣＳＦと、から本質的になる、請求項６９に記載の薬学的組成物。
【請求項71】
前記薬学的組成物が、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤と、ＰＢＳと、から本質的になる、請求項６９に記載の薬学的組成物。
【請求項72】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物を対象に投与することを含む、方法。
【請求項73】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療する方法であって、プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患若しくは障害を有するか、又はそれを発症するリスクのある対象に、治療有効量の請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物を投与することを含み、それによって、プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害を治療する、方法。
【請求項74】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、神経系疾患又は障害である、請求項７３に記載の方法。
【請求項75】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、リソソーム蓄積症又はＴＤＰ－４３プロテイノパチーである、請求項７３又は請求項７４に記載の方法。
【請求項76】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、前頭側索性認知症（ＦＴＤ）、前頭側索性葉変性（ＦＴＬＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、又は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、請求項７３～７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項77】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害の少なくとも１つの症状又は特徴が、緩和される、請求項７３～７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項78】
前記少なくとも１つの症状又は特徴が、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいである、請求項７７に記載の方法。
【請求項79】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の投与が、行動若しくは性格を改善し、行動若しくは性格の悪化を遅らせ、言語能力を改善し、言語能力の悪化を遅らせ、筋肉若しくは運動機能を改善し、筋肉若しくは運動機能の悪化を遅らせ、記憶を改善し、記憶の悪化を遅らせ、認知機能を改善し、認知機能の悪化を遅らせ、振戦を低減し、発作を低減し、又はめまいを低減する、請求項７７又は請求項７８に記載の方法。
【請求項80】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物が、中枢神経系に、又は全身的に投与される、請求項７３～７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項81】
請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物が、髄腔内、全身的、皮下、又は筋肉内のうちのいずれかに投与される、請求項７３～７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項82】
前記対象が、ヒトである、請求項７３～８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項83】
細胞内のプログラニュリンＲＮＡ又は前記プログラニュリンＲＮＡの１つ以上のスプライスバリアントを増加させる方法であって、前記細胞を、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤と接触させることを含む、方法。
【請求項84】
細胞内のプログラニュリンタンパク質を増加させる方法であって、前記細胞を、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤と接触させることを含む、方法。
【請求項85】
前記細胞が、ニューロンである、請求項８３又は請求項８４に記載の方法。
【請求項86】
前記細胞が、ヒト細胞である、請求項８３～８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項87】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療するための、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項88】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療するための医薬の製造における、請求項１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、請求項５８～６５のいずれか一項に記載の集団、請求項６６若しくは請求項６７に記載のアンチセンス剤、又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項89】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、神経系疾患又は障害である、請求項８７又は請求項８８に記載の使用。
【請求項90】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、リソソーム蓄積症又はＴＤＰ－４３プロテイノパチーである、請求項８７又は請求項８８に記載の使用。
【請求項91】
プログラニュリンの不十分な発現に関連する前記疾患又は障害が、前頭側索性認知症（ＦＴＤ）、前頭側索性葉変性（ＦＴＬＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、又は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、請求項８７～９０のいずれか一項に記載の使用。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
政府支援の声明
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ／Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｎ Ａｇｉｎｇによって授与されたＡＧ０６４０６９、及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ／Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ａｄｖａｎｃｉｎｇ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓによって授与されたＵＬ１ＴＲ００２３４５の下で政府の支援を受けて行われた。政府は、本発明においてある特定の権利を有する。
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ／Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｎ Ａｇｉｎｇによって授与されたＡＧ０６４０６９、及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ／Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ａｄｖａｎｃｉｎｇ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓによって授与されたＵＬ１ＴＲ００２３４５の下で政府の支援を受けて行われた。政府は、本発明においてある特定の権利を有する。
【0002】
配列表
本出願は、電子形式で配列表とともに出願されている。配列表は、サイズが８３９ＫＢである、２０２２年１１月１７日に作成されたＢＩＯＬ０４５２ＷＯＳＥＱ．ｘｍｌという名称のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、電子形式で配列表とともに出願されている。配列表は、サイズが８３９ＫＢである、２０２２年１１月１７日に作成されたＢＩＯＬ０４５２ＷＯＳＥＱ．ｘｍｌという名称のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【0003】
細胞若しくは対象におけるプログラニュリンＲＮＡの発現を調節するための、又はプログラニュリンタンパク質の発現を調節するための、オリゴマー化合物、方法、及び薬学的組成物が提供される。そのような化合物、方法、及び薬学的組成物は、神経系疾患又は障害の少なくとも１つの症状又は特徴を緩和するのに有用である。そのような神経系疾患又は障害には、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、及び神経セロイドリポフスチン症を含む、プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が含まれる。そのような症状又は特徴としては、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいが挙げられる。
【背景技術】
【0004】
ヒト遺伝子ＧＲＮは、ヒトプログラニュリンタンパク質をコードする。ＧＲＮにおける変異は、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、前頭側頭葉変性症（ＦＴＬＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、リソソーム蓄積症、アルツハイマー病（ＡＤ）、及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む、神経系疾患又は障害を引き起こす。これらの疾患は、ＧＲＮ及び／又はプログラニュリンハプロ不全と関連している。ＦＴＤは、脳の前頭葉又は側頭葉における進行性神経細胞の喪失によって引き起こされる障害の１つの群を指す。ＦＴＤによって引き起こされる神経細胞損傷は、前頭葉又は側頭葉の機能の喪失につながり、それらは行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいに関連する。ＦＴＤは、ＴＤＰ－４３プロテイノパチーに関連する。
【0005】
現在、不十分な量のプログラニュリンに関連する神経系疾患又は障害を治療するための療法が依然として必要とされている。したがって、そのような疾患又は障害を治療するためのオリゴマー化合物、方法、及び薬学的組成物を提供することが、本明細書の目的である。
【図面の簡単な説明】
【0006】
【図1A】修飾されたオリゴヌクレオチドによる治療後のＨ４細胞溶解物又は馴化培地におけるヒトプログラニュリンレベルを示す。（左から右に）対照スクランブルＡＳＯ、水、化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６３９、１２１２６４１、１２１２６４２、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６４８、１２１２６６０、１２１２６６１、１２１２６６４、１２１２６６５、１２１２６６７、１２１２６７１、１２１２６７２、１２１２６７３、１２１２６７４、１２１２６７５、１２１２６７６、１２１２６８４による治療後の、細胞溶解物におけるＥＬＩＳＡアッセイの結果を示す。
【図1B】修飾されたオリゴヌクレオチドによる治療後のＨ４細胞溶解物又は馴化培地におけるヒトプログラニュリンレベルを示す。（左から右に）水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６３９、１２１２６４０、１２１２６４１、１２１２６４２、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２、１２１２６７４ １２１２６７５、１２１２６８４による細胞の治療後のＨ４細胞溶解物のウェスタンブロットである。
【図1CD】図１Ｃは修飾されたオリゴヌクレオチドによる治療後のＨ４細胞溶解物又は馴化培地におけるヒトプログラニュリンレベルを示す。（左から右に）水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６６０、１２１２６６１、１２１２６６４、１２１２６６５、１２１２６６７、１２１２６７２、１２１２６７４による細胞の治療後のＨ４細胞溶解物のウェスタンブロットである。 図１Ｄは修飾されたオリゴヌクレオチドによる治療後のＨ４細胞溶解物又は馴化培地におけるヒトプログラニュリンレベルを示す。（左から右に）水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１２１２６７６による細胞の治療後のＨ４細胞溶解物のウェスタンブロットである。
【図1E】修飾されたオリゴヌクレオチドによる治療後のＨ４細胞溶解物又は馴化培地におけるヒトプログラニュリンレベルを示す。（左から右に）水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６３９、１２１２６４０、１２１２６４１、１２１２６４２による細胞の治療後のＨ４細胞溶解物（上パネル）又は馴化培地（下パネル）のウェスタンブロットである。
【図2A】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図2B】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図2C】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図2D】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図2E】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図2F】それぞれ対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３７、１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、１２１２６７２のいずれかによるＨ４細胞の治療後の、ＥＬＩＳＡによって測定される場合の未治療細胞におけるＧＲＮレベルのパーセントとして提示される、プログラニュリンレベルの用量応答曲線である。
【図3】示される濃度（μＭ）で、対照スクランブルＡＳＯ又は化合物１２１２６３８、１２１２６４１、１２１２６４６、１２１２６４７、及び１２１２６７２による治療後の、ｉＰＳＣ由来のニューロン細胞溶解物のウェスタンブロットである。
【図4】図４Ａは修飾されたオリゴヌクレオチドの投与後の、雄の皮質におけるプログラニュリンレベル（ｎｇ／ｍｇタンパク質）のＥＬＩＳＡアッセイの結果を示す。ヒトＧＲＮに対してホモ接合性である治療されたトランスジェニックマウスにおけるＧＲＮレベルを、生理食塩水処理されたトランスジェニックＧＲＮマウスにおけるＧＲＮレベル及び未治療の非トランスジェニックマウスにおけるＧＲＮレベルと比較する。（左から右に）未治療の非トランスジェニックマウス、トランスジェニックＧＲＮマウス：生理食塩水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１５５７９９０、１５５７９９３、１２１２６４７、１５５７９８７。 図４Ｂは修飾されたオリゴヌクレオチドの投与後の、雌の皮質におけるプログラニュリンレベル（ｎｇ／ｍｇタンパク質）のＥＬＩＳＡアッセイの結果を示す。ヒトＧＲＮに対してホモ接合性である治療されたトランスジェニックマウスにおけるＧＲＮレベルを、生理食塩水処理されたトランスジェニックＧＲＮマウスにおけるＧＲＮレベル及び未治療の非トランスジェニックマウスにおけるＧＲＮレベルと比較する。（左から右に）トランスジェニックＧＲＮマウス：生理食塩水、対照スクランブルＡＳＯ、化合物１２１２６４０、１５５７９９３、１５５７９９４、１２１２６４７、１５５７９８７。 図４Ｃは未治療の非トランスジェニックマウスの皮質、視床、若しくは海馬、又は生理食塩水対照又は化合物１５５７９９３で治療されたトランスジェニックＧＲＮマウスにおけるプログラニュリンのウェスタンブロットである。
【発明の概要】
【0007】
本明細書では、細胞又は対象におけるプログラニュリンＲＮＡの量を調節するための、かつ／又はプログラニュリンタンパク質の量を調節するための化合物、方法、及び薬学的組成物が提供される。ある特定の実施形態では、プログラニュリンＲＮＡ及び／又はプログラニュリンタンパク質の量を調節するのに有用な化合物は、オリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、細胞内のプログラニュリンＲＮＡの量を増加させる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、細胞内のプログラニュリンタンパク質の量を増加させる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、対象は、神経系疾患又は障害を有する。ある特定の実施形態では、対象は、不十分な量のプログラニュリンタンパク質に関連する神経系疾患又は障害を有する。ある特定の実施形態では、対象は、ＦＴＤを有する。ある特定の実施形態では、対象は、ＦＴＬＤを有する。ある特定の実施形態では、対象は、ＮＣＬを有する。ある特定の実施形態では、対象は、ＴＤＰ－４３プロテイノパチーを有する。ある特定の実施形態では、対象は、リソソーム蓄積症を有する。いくつかの実施形態では、対象は、アルツハイマー病（ＡＤ）を有する。ある特定の実施形態では、対象は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を有する。
【0008】
また、神経系疾患又は障害の少なくとも１つの症状又は特徴の緩和に有用な方法も提供される。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、不十分な量のプログラニュリンタンパク質に関連する。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＦＴＤである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＦＴＬＤである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＮＣＬである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＴＤＰ－４３プロテイノパチーである。ある特定の実施形態では、疾患又は障害は、リソソーム蓄積症である。ある特定の実施形態では、疾患又は状態は、ＡＬＳである。ある特定の実施形態では、疾患又は状態は、ＡＤである。ある特定の実施形態では、症状又は特徴としては、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいが挙げられる。
【発明を実施するための形態】
【0009】
前述の概要及び以下の詳細な説明はいずれも、例示的かつ説明的であるにすぎず、制限するものではないことを理解されたい。本明細書では、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用される場合、「又は」の使用は、別途明記されない限り、「及び／又は」を意味する。更に、「含むこと」という用語、並びに「含む」及び「含まれる」などの他の形態の使用は、限定するものではない。また、「要素」又は「構成成分」などの用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む要素及び構成成分、並びに１つより多いサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
【0010】
本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためだけのものであり、記載された主題を限定するものと解釈されるべきではない。これらに限定されないが、特許、特許出願、論説、書物、及び論文、並びにＧｅｎＢａｎｋ、ＥＮＳＥＭＢＬ、及びＮＣＢＩ参考配列記録を含む、本出願に列挙される全ての文書、又は文書の部分は、本明細書で考察される文書の部分が、並びにそれらの全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる。
【0011】
定義
具体的な定義が提供されない限り、本明細書に記載される分析化学、有機合成化学、並びに医薬品及び創薬化学に関連して使用される命名法、並びにそれらの手順及び技術は、当該技術分野で周知のものであり、一般に使用されているものである。許容される場合、本開示全体において参照される全ての特許、出願、公開された出願、並びに他の出版物及び他のデータは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
具体的な定義が提供されない限り、本明細書に記載される分析化学、有機合成化学、並びに医薬品及び創薬化学に関連して使用される命名法、並びにそれらの手順及び技術は、当該技術分野で周知のものであり、一般に使用されているものである。許容される場合、本開示全体において参照される全ての特許、出願、公開された出願、並びに他の出版物及び他のデータは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【0012】
別途示されない限り、下記の用語は、以下の意味である。
本明細書で使用される場合、「２’－デオキシリボヌクレオシド」とは、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’－デオキシリボヌクレオシドは、２’－β－Ｄデオキシリボヌクレオシドであり、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含み、これは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出されるようなβ－Ｄ配置を有する。ある特定の実施形態では、２’－デオキシリボヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含み得るか、又はＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用される場合、「２’－デオキシリボヌクレオシド」とは、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’－デオキシリボヌクレオシドは、２’－β－Ｄデオキシリボヌクレオシドであり、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含み、これは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出されるようなβ－Ｄ配置を有する。ある特定の実施形態では、２’－デオキシリボヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含み得るか、又はＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
【0013】
本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥ」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりの２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３基を意味する。「２’－ＭＯＥ糖部分」又は「２’－Ｏ－メトキシエチル糖部分」又は「２’－ＭＯＥ修飾された糖部分」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３基を有する糖部分を意味する。別途示されない限り、２’－ＭＯＥ糖部分は、β－Ｄ配置にある。「ＭＯＥ」は、Ｏ－メトキシエチルを意味する。
【0014】
本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」とは、２’－ＭＯＥ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0015】
本明細書で使用される場合、「２’－ＮＭＡ」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに－Ｏ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＨ－ＣＨ３基を意味する。「２’－ＮＭＡ糖部分」又は「２’－ＮＭＡ修飾された糖部分」は、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに２’－Ｏ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＨ－ＣＨ３基を有する糖部分である。別途示されない限り、２’－ＮＭＡ糖部分は、β－Ｄ配置にある。「ＮＭＡ」は、Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミドを意味する。
【0016】
本明細書で使用される場合、「２’－ＮＭＡヌクレオシド」とは、２’－ＮＭＡ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0017】
本明細書で使用される場合、「２’－ＯＭｅ」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに２’－ＯＣＨ３基を意味する。「２’－ＯＭｅ糖部分」又は「２’－ＯＭｅ修飾された糖部分」は、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに２’－ＯＣＨ３基を有する糖部分である。別途示されない限り、２’－ＯＭｅ糖部分は、β－Ｄ配置にある。「ＯＭｅ」とは、Ｏ－メチルを意味する。
【0018】
本明細書で使用される場合、「２’－ＯＭｅヌクレオシド」とは、２’－ＯＭｅ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0019】
本明細書で使用される場合、「２’－置換ヌクレオシド」とは、２’－置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。糖部分に関して本明細書で使用する場合、「２’－置換」とは、Ｈ又はＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
【0020】
本明細書で使用される場合、「５－メチルシトシン」とは、５位に結合されたメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは修飾された核酸塩基である。
【0021】
本明細書で使用される場合、「投与すること」は、医薬剤を対象に提供することを意味する。
【0022】
本明細書で使用される場合、治療に関連する「緩和する」とは、治療の不在下で同じ症状又は特徴と比較して、少なくとも１つの症状又は特徴に改善がみられることを意味する。ある特定の実施形態では、緩和は、症状若しくは特徴の重症度若しくは頻度の低下、又は症状若しくは特徴の発症の遅延、又は症状若しくは特徴の重症度若しくは頻度の進行の遅延である。ある特定の実施形態では、症状又は特徴は、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいである。
【0023】
本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因し得る任意の検出可能な及び／又は測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、標的核酸又はそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量又は発現の、アンチセンス化合物の不在下での標的核酸又は標的タンパク質の量又は発現と比較した増加である。
【0024】
本明細書で使用される場合、「アンチセンス剤」とは、アンチセンス化合物、及び任意選択的に、センス化合物などの１つ以上の追加の特徴を意味する。
【0025】
本明細書で使用される場合、「アンチセンス化合物」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及び任意選択的に、コンジュゲート基などの１つ以上の追加の特徴を意味する。「アンチセンス化合物」はまた、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することができるオリゴマー二本鎖であってもよい。
【0026】
本明細書で使用される場合、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性が可能である、アンチセンス化合物のオリゴヌクレオチド部分を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
【0027】
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」又は「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0028】
本明細書で使用される場合、「二環式糖」又は「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾された糖部分を意味し、第２の環は、第１の環において原子のうち２つを連結する架橋を介して形成され、それにより、二環式構造を形成する。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、フラノシル部分は、リボシル部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
【0029】
本明細書で使用される場合、「脳脊髄液」又は「ＣＳＦ」とは、脳及び脊髄の周囲の空間を満たす流体を意味する。「人工脳脊髄液」又は「ａＣＳＦ」とは、脳脊髄液のある特定の特性（例えば、オスモル濃度、ｐＨ、及び／又は電解質）を有し、ＣＳＦと生体適合性である調製又は製造された流体を意味する。
【0030】
本明細書で使用される場合、「ｃＥｔ」とは、リボシル糖部分の２’ＯＨ基の代わりに４’から２’への架橋を意味し、架橋は、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’の式を有し、架橋のメチル基は、Ｓ配置にある。「ｃＥｔ糖部分」は、リボシル糖部分の２’ＯＨ基の代わりに４’から２’への架橋を有する二環式糖部分であり、架橋は、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’の式を有し、架橋のメチル基は、Ｓ配置にある。「ｃＥｔ」とは、拘束されたエチル（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）を意味する。
【0031】
本明細書で使用される場合、「ｃＥｔヌクレオシド」とは、ｃＥｔ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0032】
本明細書で使用される場合、集団に関して「キラル的に濃縮された」とは、同一の分子式の複数の分子であって、特定のキラル中心で特定の立体化学的配置を含む集団内の分子の数又はパーセンテージが、本明細書に定義されるように、特定のキラル中心がステレオランダムである場合に集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学的配置を含むことが予想される分子の数又はパーセンテージよりも大きい、同一の分子式の複数の分子を意味する。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル的に濃縮された集団は、１つ以上のステレオランダムキラル中心を含み得る。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、キラル中心は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のリン原子にある。本明細書で使用される場合、ヌクレオシド間結合に関して「キラル的に制御された」とは、その結合のキラリティが特定の立体化学的配置について濃縮されていることを意味する。
【0033】
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関連する「相補的」とは、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と別の核酸が反対の方向に整列されている場合に、オリゴヌクレオチド又はその１つ以上の部分の核酸塩基と、別の核酸又はその１つ以上の部分の核酸塩基の少なくとも７０％が、互いに水素結合することができることを意味する。相補的な核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的な核酸塩基対としては、アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）、並びにヒポキサンチン（イノシン（Ｉ）の）及びシトシン（Ｃ）、５－メチルシトシン（ｍＣ）、ウラシル（Ｕ）、又はアデニン（Ａ）が挙げられる。相補的なオリゴヌクレオチド及び／又は標的核酸は、各ヌクレオシドにおいて核酸塩基の相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチド又はその一部に関連する「完全に相補的」又は「１００％相補的」とは、オリゴヌクレオチド又はその一部が、２つのオリゴヌクレオチドのうちの短い方の各核酸塩基で、又はオリゴヌクレオチドが同じ長さである場合、各ヌクレオシドで、別のオリゴヌクレオチド又は標的核酸と相補的であることを意味する。
【0034】
本明細書で使用する場合、「コンジュゲート基」とは、オリゴヌクレオチドに直接的又は間接的に結合した原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分、及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合させるコンジュゲートリンカーを含む。
【0035】
本明細書で使用される場合、「コンジュゲートリンカー」とは、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する単結合又は少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
【0036】
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート部分」とは、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、コンジュゲート部分を欠く同一の分子と比較して、分子の１つ以上の薬理学的特性を修飾する、共有結合された原子団を意味する。
【0037】
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドの文脈における「連続する」とは、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続する核酸塩基」とは、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
【0038】
本明細書で使用される場合、「ホットスポット領域」とは、標的核酸の量又は活性のオリゴマー化合物媒介性の増加を生じやすい標的核酸上の核酸塩基の範囲である。
【0039】
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴヌクレオチド及び／又は核酸の対合又はアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般定なメカニズムは、相補的核酸塩基の間のワトソン・クリック、フーグスティーン、又は逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合を伴う。ある特定の実施形態では、相補性核酸分子は、これらに限定されないが、アンチセンス化合物及び核酸標的を含む。ある特定の実施形態では、相補性核酸分子は、これらに限定されないが、オリゴヌクレオチド及び核酸標的を含む。
【0040】
本明細書で使用される場合、「イノシン」（Ｉ）又は９－β－Ｄ－リボシルヒポキサンチンは、ヒポキサンチン核酸塩基を含有するヌクレオシドを意味する。
【0041】
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間の共有結合である。本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」又は「ＰＳヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子のうちの１つが硫黄原子で置き換えられる修飾されたヌクレオシド間結合である。
【0042】
本明細書で使用される場合、「結合されたヌクレオシド」とは、連続した配列において連結されている（すなわち、結合されたヌクレオシド間に追加のヌクレオシドが存在しない）ヌクレオシドである。
【0043】
本明細書で使用される場合、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接又は間接的のいずれかで結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、それらがオリゴヌクレオチドと連続していても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とはみなされない。
【0044】
本明細書で使用される場合、「ミスマッチ」又は「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴヌクレオチドが整列されている場合に、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基と相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
【0045】
本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド」とは、修飾された核酸塩基及び／又は修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【0046】
本明細書で使用される場合、「モチーフ」は、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び／又は修飾された糖部分、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【0047】
本明細書で使用される場合、「非二環式の修飾された糖部分」は、第２の環を形成するための糖の２つの原子間に架橋を形成しない、置換基などの修飾を含む修飾された糖部分を意味する。
【0048】
本明細書で使用されるとき、「核酸塩基」とは、修飾されていない核酸塩基又は修飾された核酸塩基を意味する。核酸塩基は、複素環式部分である。本明細書で使用される場合、「修飾されていない核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、又はグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用される場合、「修飾された核酸塩基」とは、少なくとも１つの他の核酸塩基と対合することができる修飾されていないＡ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、又はＧ以外の原子団である。「５－メチルシトシン」は、修飾された核酸塩基である。ユニバーサル塩基とは、５種類の修飾されていない核酸塩基の任意の１つと対合できる核酸塩基である。本明細書で使用される場合、「核酸塩基配列」とは、任意の糖又はヌクレオシド間結合修飾とは無関係の標的核酸又はオリゴヌクレオチドにおける連続する核酸塩基の順番を意味する。
【0049】
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物又は化合物の断片を意味する。核酸塩基及び糖部分は、各々独立して、修飾されていないか又は修飾されている。
【0050】
本明細書で使用される場合、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び任意選択的に、コンジュゲート基又は末端基などの１つ以上の追加の特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物と相補的な第２のオリゴマー化合物と対になっていてもよく、又は対になっていなくてもよい。「一本鎖オリゴマー化合物」は、不対オリゴマー化合物である。「オリゴマー二本鎖」という用語は、相補的核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成される二本鎖を意味する。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物は、「二本鎖オリゴマー化合物」と呼ぶ場合がある。
【0051】
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介して連結されている結合されたヌクレオシドの鎖を意味し、ヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は各々、修飾されていても修飾されていなくてもよい。別途示されない限り、オリゴヌクレオチドは、８～５０個の結合されたヌクレオシドからなる。本明細書で使用される場合、「修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つのヌクレオシド又はヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていないオリゴヌクレオチド」とは、いかなるヌクレオシド修飾又はヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【0052】
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」とは、対象に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、薬学的組成物は、オリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含むことができる。
【0053】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体又は希釈剤」とは、動物に投与することにおいて使用するのに好適な任意の物質を意味する。ある特定のそのような担体は、薬学的組成物を、例えば、対象による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ剤、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化されることを可能にする。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、滅菌緩衝液、又は滅菌人工脳脊髄液である。
【0054】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩を意味する。薬学的に許容される塩は、親化合物の望ましい生物学的活性を保持し、望ましくない毒物学的影響を親化合物に与えない。
【0055】
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」とは、対象に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、薬学的組成物は、オリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含むことができる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、ある特定の細胞株での自由取り込みアッセイにおいて活性を示す。
【0056】
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡ」とは、ＲＮＡ転写産物を意味し、別途定めがない限り、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。
【0057】
本明細書で使用される場合、「プログラニュリンＲＮＡ」とは、プログラニュリン遺伝子ＧＲＮによってコードされるＲＮＡ転写産物を意味し、別途定めがない限り、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ及びｍＲＮＡを含む。プログラニュリン核酸及びＧＲＮ核酸は、互換的に使用され、プログラニュリンタンパク質をコードする核酸を指す。本明細書で使用される場合、「プログラニュリン核酸」及び「ＧＲＮ核酸」は、互換性があり、別途定めがない限り、プログラニュリンＤＮＡ及びプログラニュリンＲＮＡを含む。
【0058】
本明細書で使用される場合、「立体遮断剤」とは、少なくとも部分的に、標的核酸に直接結合することに起因し、したがって、標的核酸と他の核酸又はタンパク質との相互作用を遮断する、作用するアンチセンス剤を意味する。
【0059】
本明細書で使用される場合、同一の分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダム」又は「ステレオランダムキラル中心」とは、特定の絶対的立体化学的配置のために、合成中に制御されないか、又は合成後に濃縮されたキラル中心を意味する。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成法の結果である場合にはランダムである。例えば、ステレオランダムキラル中心を含む分子の集団において、ステレオランダムキラル中心の（Ｓ）配置を有する分子の数は、ステレオランダムキラル中心（ラセミ）の（Ｒ）配置を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じであるとは限らない。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、例えば、隣接する糖部分の濃縮された立体化学の近くでの非キラル試薬の作用により、１つの絶対構成が合成後に優勢であるため、ラセミではない。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、ステレオランダムホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【0060】
本明細書で使用される場合、「対象」とは、ヒト又は非ヒト動物を意味する。
【0061】
本明細書で使用される場合、「糖部分」とは、修飾されていない糖部分又は修飾された糖部分を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていない糖部分」は、ＲＮＡに見出されるような２’－ＯＨ（Ｈ）β－Ｄリボシル糖部分（「修飾されていないＲＮＡ糖部分」）、又はＤＮＡに見出されるような２’－Ｈ（Ｈ）β－Ｄデオキシリボシル糖部分（「修飾されていないＤＮＡ糖部分」）を意味する。修飾されていない糖部分は１’、３’、及び４’位の各々に１個の水素、３’位に１個の酸素、５’位に２個の水素を有する。本明細書で使用される場合、「修飾された糖部分」又は「修飾された糖」とは、修飾されたフラノシル糖部分又は糖サロゲートを意味する。
【0062】
本明細書で使用される場合、「糖サロゲート」とは、核酸塩基を、オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、又は末端基などの別の基に結合し得るフラノシル部分以外を有するが、フラノシル糖部分又は二環式糖部分ではない、修飾された糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾されたヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内で１つ以上の位置に抱合され得、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的オリゴマー化合物又は標的核酸にハイブリダイズすることができる。糖サロゲートの例としては、ＧＮＡ（グリコール核酸）、ＦＨＮＡ（フルオロヘキシトール核酸）、モルホリノ、及び本明細書に記載され、当該技術分野で知られている他の構造が挙げられる。本明細書で使用される場合、「標準インビトロアッセイ」とは、実施例１に記載されるアッセイ及びその合理的な変形を意味する。
【0063】
本明細書で使用される場合、「症状又は特徴」とは、疾患又は障害の存在又は程度を示す任意の身体的特徴又は検査結果を意味する。ある特定の実施形態では、症状は、対象又はその対象を診察又は検査する医療専門家に明らかである。ある特定の実施形態では、特徴は、死後検査を含むがこれに限定されない侵襲的診断検査により明らかである。ある特定の実施形態では、特徴は、脳ＭＲＩスキャンにより明らかである。
【0064】
本明細書で使用される場合、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」とは、これに作用するようにアンチセンスオリゴマー又はオリゴマー化合物が設計されている核酸を意味する。標的ＲＮＡは、ＲＮＡ転写産物を意味し、別途定めがない限り、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ及びｍＲＮＡを含む。
【0065】
本明細書で使用される場合、「標的領域」とは、これとハイブリダイズするようにオリゴマー化合物が設計されている標的核酸の一部を意味する。
【0066】
本明細書で使用される場合、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合した化学基又は原子団を意味する。
【0067】
本明細書で使用される場合、「治療有効量」とは、対象に治療効果を提供する医薬剤の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患又は障害の症状又は特徴を改善する。
【0068】
本明細書で使用される場合、「治療すること」とは、本明細書に記載のオリゴマー化合物を投与することによって、対象の疾患又は障害を改善することを意味する。ある特定の実施形態では、対象を治療することは、治療の不在下で同じ症状に対する症状又は特徴を改善する。ある特定の実施形態では、治療は、症状若しくは特徴の重症度若しくは頻度を低減するか、又は症状若しくは特徴の発症を遅延させるか、症状若しくは特徴の進行を遅延させるか、又は症状若しくは特徴の重症度若しくは頻度を遅延させる。
【0069】
特定の実施形態
本開示は、以下の非限定的な番号付けされた実施形態を提供するものである。
実施形態１．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、プログラニュリン核酸の等長部分に少なくとも８０％相補的であり、修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を有する、オリゴマー化合物。
本開示は、以下の非限定的な番号付けされた実施形態を提供するものである。
実施形態１．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、プログラニュリン核酸の等長部分に少なくとも８０％相補的であり、修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を有する、オリゴマー化合物。
【0070】
実施形態２．プログラニュリン核酸が、配列番号１又は配列番号２の核酸塩基配列を有する、実施形態１に記載のオリゴマー化合物。
【0071】
実施形態３．１８、１９、又は２０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１２～８５４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含み、修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、オリゴマー化合物。
【0072】
実施形態４．修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む、実施形態１～３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0073】
実施形態５．１８個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１２～８５４のうちのいずれかの核酸塩基配列からなり、修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、オリゴマー化合物。
【0074】
実施形態６．修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７の核酸塩基配列のうちのいずれかの１８個の連続する核酸塩基からなる、実施形態５に記載のオリゴマー化合物。
【0075】
実施形態７．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１の核酸塩基８４９７～８５５２内の等長部分に相補的な少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む、オリゴマー化合物。
【0076】
実施形態８．修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７のうちのいずれかの核酸塩基配列からなる、実施形態７に記載のオリゴマー化合物。
【0077】
実施形態９．修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１又は配列番号２のうちのいずれかの核酸塩基配列内の等長部分に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％相補的であるか、又は１００％相補的である、実施形態１～８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0078】
実施形態１０．修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが、修飾された糖部分を含む、実施形態１～９のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0079】
実施形態１１．修飾された糖部分が、二環式糖部分を含む、実施形態１０に記載のオリゴマー化合物。
【0080】
実施形態１２．二環式糖部分が、－ＣＨ２－Ｏ－及び－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－から選択される４’－２’架橋を含む、実施形態１１に記載のオリゴマー化合物。
【0081】
実施形態１３．修飾された糖部分が、非二環式の修飾された糖部分を含む、実施形態１０～１２のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0082】
実施形態１４．非二環式の修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、又は２’－Ｆ修飾された糖部分である、実施形態１３に記載のオリゴマー化合物。
【0083】
実施形態１５．修飾された糖部分が、糖サロゲートである、実施形態１０に記載のオリゴマー化合物。
【0084】
実施形態１６．糖サロゲートが、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＰＮＡ、ＴＨＰ、又はＦ－ＨＮＡである、実施形態１５に記載のオリゴマー化合物。
【0085】
実施形態１７．修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが、修飾された糖部分を含む、実施形態１０に記載のオリゴマー化合物。
【0086】
実施形態１８．各修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、又は２’－Ｆ修飾された糖部分である、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
【0087】
実施形態１９．各修飾された糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分である、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
【0088】
実施形態２０．各修飾された糖部分が、糖サロゲートである、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
【0089】
実施形態２１．各修飾された糖部分が、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＰＮＡ、ＴＨＰ、又はＦ－ＨＮＡである、実施形態２０に記載のオリゴマー化合物。
【0090】
実施形態２２．修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～２１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0091】
実施形態２３．少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態２２に記載のオリゴマー化合物。
【0092】
実施形態２４．修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、実施形態２２に記載のオリゴマー化合物。
【0093】
実施形態２５．各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態２２に記載のオリゴマー化合物。
【0094】
実施形態２６．修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態１～２３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0095】
実施形態２７．修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択される、実施形態２２、２３、又は２６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0096】
実施形態２８．修飾されたオリゴヌクレオチドの少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、又は少なくとも１７個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態２２～２４、又は２６～２７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0097】
実施形態２９．修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ及びｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓから選択されるヌクレオシド間結合モチーフを有する、実施形態１～２３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0098】
実施形態３０．修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合モチーフが、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓである、実施形態１９に記載のオリゴマー化合物。
【0099】
実施形態３１．修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合モチーフが、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓである、実施形態１９に記載のオリゴマー化合物。
【0100】
実施形態３２．修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、実施形態１～３１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0101】
実施形態３３．修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシン又はヒポキサンチンである、実施形態３２に記載のオリゴマー化合物。
【0102】
実施形態３４．各シトシンが、５－メチルシトシンである、実施形態３３に記載のオリゴマー化合物。
【0103】
実施形態３５．以下の化学表記法（５’から３’に）：
ＧｅｓＴｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓＴｅ；（配列番号８５５）、
ＧｅｓＴｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８５６）、
ＧｅｓＧｅｏＧｅｓＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５７）、
ＧｅｓＧｅｏＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＴｅ；（配列番号８５８）、
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５９）、
ＡｅｓＡｅｏＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８６０）、
ＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６１）、
ＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅ；（配列番号８６２）、
ｍＣｅｓＴｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅ；（配列番号８６３）、
Ａｅｓ ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ；（配列番号８６４）、
ｍＣｅｓＡｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６５）、又は
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ）（配列番号８６６）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
ＧｅｓＴｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓＴｅ；（配列番号８５５）、
ＧｅｓＴｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８５６）、
ＧｅｓＧｅｏＧｅｓＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５７）、
ＧｅｓＧｅｏＡｅｓＴｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＴｅ；（配列番号８５８）、
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＴｅｓＴｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８５９）、
ＡｅｓＡｅｏＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ；（配列番号８６０）、
ＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６１）、
ＴｅｓＧｅｏＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅｓＧｅ；（配列番号８６２）、
ｍＣｅｓＴｅｏＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＴｅ；（配列番号８６３）、
Ａｅｓ ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ；（配列番号８６４）、
ｍＣｅｓＡｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ；（配列番号８６５）、又は
ＧｅｓＧｅｏＴｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｏＡｅｓＡｅｓ ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ）（配列番号８６６）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【0104】
実施形態３６．修飾されたオリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩である、実施形態１～３５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0105】
実施形態３７．修飾されたオリゴヌクレオチドが、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムから選択される１つ以上のカチオンを含む、薬学的に許容される塩である、実施形態３６に記載のオリゴマー化合物。
【0106】
実施形態３８．修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、実施形態１～３７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0107】
実施形態３９．オリゴマー化合物が、コンジュゲート基を含む、実施形態１～３７のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0108】
実施形態４０．コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、実施形態３９に記載のオリゴマー化合物。
【0109】
実施形態４１．コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、実施形態４０に記載のオリゴマー化合物。
【0110】
実施形態４２．コンジュゲートリンカーが、切断可能である、実施形態４０又は実施形態４１に記載のオリゴマー化合物。
【0111】
実施形態４３．コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態４０又は実施形態４１に記載のオリゴマー化合物。
【0112】
実施形態４４．コンジュゲートリンカーが、いかなるリンカーヌクレオシドも含まない、実施形態４０～４２のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0113】
実施形態４５．コンジュゲート基が、修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端に結合されている、実施形態３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0114】
実施形態４６．コンジュゲート基が、修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端に結合されている、実施形態３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0115】
実施形態４７．オリゴマー化合物が、末端基を含む、実施形態３９～４４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0116】
実施形態４８．末端基が、脱塩基糖部分である、実施形態４７に記載のオリゴマー化合物。
【0117】
実施形態４９．オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１～４８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【0118】
実施形態５０．以下の化学表記法：Ａｅｓ
ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ（配列番号８６４）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【0119】
実施形態５１．以下の化学表記法：ｍＣｅｓＡｅｏ
ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ（配列番号８６５）に従う修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、オリゴマー化合物。
【0120】
実施形態５２．以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：
【0121】
【化1】
【0122】
（配列番号８６４）、又はその塩。
【0123】
実施形態５３．ナトリウム塩又はカリウム塩である、実施形態５２に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【0124】
実施形態５４．以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：
【0125】
【化2】
【0126】
（配列番号８６４）。
【0127】
実施形態５５．以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：
【0128】
【化3】
【0129】
（配列番号８６５）、又はその塩。
【0130】
実施形態５６．ナトリウム塩又はカリウム塩である、実施形態５５に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
【0131】
実施形態５７．以下の化学構造に従う、修飾されたオリゴヌクレオチド：
【0132】
【化4】
【0133】
（配列番号８６５）。
【0134】
実施形態５８．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物のキラル的に濃縮された集団、又は実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むオリゴマー化合物について濃縮されている、キラル的に濃縮された集団。
【0135】
実施形態５９．集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0136】
実施形態６０．集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0137】
実施形態６１．集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５８に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0138】
実施形態６２．集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて、又は各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0139】
実施形態６３．集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において（Ｒｐ）配置を有し、かつ残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0140】
実施形態６４．集団が、５’から３’の方向に、Ｓｐ配置、Ｓｐ配置、及びＲｐ配置で少なくとも３個の連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態６１に記載のキラル的に濃縮された集団。
【0141】
実施形態６５．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物の集団、又は実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、修飾されたオリゴヌクレオチドのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、集団。
【0142】
実施形態６６．アンチセンス化合物を含むアンチセンス剤であって、アンチセンス化合物が、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物である、アンチセンス剤。
【0143】
実施形態６７．アンチセンス剤が、コンジュゲート基を含み、コンジュゲート基が、細胞標的化部分を含む、実施形態６６に記載のアンチセンス剤。
【0144】
実施形態６８．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤と、薬学的に許容される希釈剤と、を含む、薬学的組成物。
【0145】
実施形態６９．薬学的に許容される希釈剤が、人工ＣＳＦ（ａＣＳＦ）又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）である、実施形態６８に記載の薬学的組成物。
【0146】
実施形態７０．薬学的組成物が、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤と、ａＣＳＦと、から本質的になる、実施形態６９に記載の薬学的組成物。
【0147】
実施形態７１．薬学的組成物が、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤と、ＰＢＳと、から本質的になる、実施形態６９に記載の薬学的組成物。
【0148】
実施形態７２．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物を対象に投与することを含む、方法。
【0149】
実施形態７３．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療する方法であって、プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患若しくは障害を有するか、又はそれを発症するリスクのある対象に、治療有効量の実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物を投与することを含み、それによって、プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療する、方法。
【0150】
実施形態７４．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、神経系疾患又は障害である、実施形態７３に記載の方法。
【0151】
実施形態７５．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、リソソーム蓄積症又はＴＤＰ－４３プロテイノパチーである、実施形態７３又は実施形態７４に記載の方法。
【0152】
実施形態７６．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、前頭側索性認知症（ＦＴＤ）、前頭側索性葉変性（ＦＴＬＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、又は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、実施形態７３～７５のいずれか一項に記載の方法。
【0153】
実施形態７７．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害の少なくとも１つの症状又は特徴が、緩和される、実施形態７３～７７のいずれか一項に記載の方法。
【0154】
実施形態７８．少なくとも１つの症状又は特徴が、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいである、実施形態７７に記載の方法。
【0155】
実施形態７９．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の投与が、行動若しくは性格を改善し、行動若しくは性格の悪化を遅らせ、言語能力を改善し、言語能力の悪化を遅らせ、筋肉若しくは運動機能を改善し、筋肉若しくは運動機能の悪化を遅らせ、記憶を改善し、記憶の悪化を遅らせ、認知機能を改善し、認知機能の悪化を遅らせ、振戦を低減し、発作を低減し、又はめまいを低減する、実施形態７７又は実施形態７８に記載の方法。
【0156】
実施形態８０．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物が、中枢神経系に、又は全身的に投与される、実施形態７３～７９のいずれか一項に記載の方法。
【0157】
実施形態８１．実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物が、髄腔内、全身的、皮下、又は筋肉内のうちのいずれかに投与される、実施形態７３～７９のいずれか一項に記載の方法。
【0158】
実施形態８２．対象が、ヒトである、実施形態７３～８１のいずれか一項に記載の方法。
【0159】
実施形態８３．細胞内のプログラニュリンＲＮＡ又は上述のプログラニュリンＲＮＡの１つ以上のスプライスバリアントを増加させる方法であって、細胞を、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤と接触させることを含む、方法。
【0160】
実施形態８４．細胞内のプログラニュリンタンパク質を増加させる方法であって、細胞を、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、又は実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤と接触させることを含む、方法。
【0161】
実施形態８５．細胞が、ニューロンである、実施形態８３又は実施形態８４に記載の方法。
【0162】
実施形態８６．細胞が、ヒト細胞である、実施形態８３～８５のいずれか一項に記載の方法。
【0163】
実施形態８７．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療するための、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の使用。
【0164】
実施形態８８．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害を治療するための医薬の製造における、実施形態１～５１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、実施形態５２～５７のいずれか一項に記載の修飾されたオリゴヌクレオチド、実施形態５８～６５のいずれか一項に記載の集団、実施形態６６若しくは実施形態６７に記載のアンチセンス剤、又は実施形態６８～７１のいずれか一項に記載の薬学的組成物の使用。
【0165】
実施形態８９．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、神経系疾患又は障害である、実施形態８７又は実施形態８８に記載の使用。
【0166】
実施形態９０．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、リソソーム蓄積症又はＴＤＰ－４３プロテイノパチーである、実施形態８７又は実施形態８８に記載の使用。
【0167】
実施形態９１．プログラニュリンの不十分な発現に関連する疾患又は障害が、前頭側索性認知症（ＦＴＤ）、前頭側索性葉変性（ＦＴＬＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、又は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、実施形態８７～９０のいずれか一項に記載の使用。
【0168】
特定の組成物
１． 化合物番号１５５７９９３
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９３は、ＡＣＴＧＡＡＡＣＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号７８１）の核酸塩基配列（５’から３’へ）を有する修飾されたオリゴヌクレオチドであり、各ヌクレオシドが、２’－ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオチド２～３、及び１０～１１の間のヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオチド１～２、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが、５－メチルシトシンである、修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする。
１． 化合物番号１５５７９９３
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９３は、ＡＣＴＧＡＡＡＣＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号７８１）の核酸塩基配列（５’から３’へ）を有する修飾されたオリゴヌクレオチドであり、各ヌクレオシドが、２’－ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオチド２～３、及び１０～１１の間のヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオチド１～２、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが、５－メチルシトシンである、修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする。
【0169】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９３は、以下の化学表記法：Ａｅｓ
ｍＣｅｏＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅ（配列番号８６４）によって表され、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【0170】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９３は、以下の化学構造によって表される：
【0171】
【化5】
【0172】
（配列番号８６４）。
構造１．化合物番号１５５７９９３
構造１．化合物番号１５５７９９３
【0173】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造１によって表される修飾されたオリゴヌクレオチドのナトリウム塩又はカリウム塩を含む。
【0174】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９３のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
【0175】
【化6】
【0176】
（配列番号８６４）。
構造２．化合物番号１５５７９９３のナトリウム塩
構造２．化合物番号１５５７９９３のナトリウム塩
【0177】
２． 化合物番号１５５７９９４
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９４は、ＣＡＣＴＧＡＡＡＣＧＧＧＧＡＧＧＧＧ（配列番号８０）の核酸塩基配列（５’から３’へ）を有する修飾されたオリゴヌクレオチドであり、各ヌクレオシドが、２’－ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオチド２～３、及び１０～１１の間のヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオチド１～２、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが、５－メチルシトシンである、修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする。
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９４は、ＣＡＣＴＧＡＡＡＣＧＧＧＧＡＧＧＧＧ（配列番号８０）の核酸塩基配列（５’から３’へ）を有する修飾されたオリゴヌクレオチドであり、各ヌクレオシドが、２’－ＭＯＥ糖部分を含み、ヌクレオチド２～３、及び１０～１１の間のヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオチド１～２、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが、５－メチルシトシンである、修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする。
【0178】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９４は、以下の化学表記法：ｍＣｅｓＡｅｏ
ｍＣｅｓＴｅｓＧｅｓＡｅｓＡｅｓＡｅｓ
ｍＣｅｓＧｅｏＧｅｓＧｅｓＧｅｓＡｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅｓＧｅ（配列番号８６５）によって表され、式中、
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
Ａが、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣが、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇが、グアニン核酸塩基であり、
Ｔが、チミン核酸塩基であり、
ｅが、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｓが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
【0179】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９４は、以下の化学構造によって表される：
【0180】
【化7】
【0181】
（配列番号８６５）。
構造３．化合物番号１５５７９９４
構造３．化合物番号１５５７９９４
【0182】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造３によって表される修飾されたオリゴヌクレオチドのナトリウム塩又はカリウム塩を含む。
【0183】
ある特定の実施形態では、化合物番号１５５７９９４のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
【0184】
【化8】
【0185】
（配列番号８６５）。
構造４．化合物番号１５５７９９４のナトリウム塩
構造４．化合物番号１５５７９９４のナトリウム塩
【0186】
ある特定のオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物が、本明細書に提供される。オリゴヌクレオチドは、修飾されていないオリゴヌクレオチド（ＲＮＡ若しくはＤＮＡ）であってもよく、又は修飾されたオリゴヌクレオチドであってもよい。修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていないＲＮＡ又はＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（修飾された糖部分及び／又は修飾された核酸塩基を含む）及び／又は少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
ある特定の実施形態では、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物が、本明細書に提供される。オリゴヌクレオチドは、修飾されていないオリゴヌクレオチド（ＲＮＡ若しくはＤＮＡ）であってもよく、又は修飾されたオリゴヌクレオチドであってもよい。修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていないＲＮＡ又はＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（修飾された糖部分及び／又は修飾された核酸塩基を含む）及び／又は少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
【0187】
Ａ．ある特定の修飾されたヌクレオシド
修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖部分若しくは修飾された核酸塩基又は修飾された糖部分及び修飾された核酸塩基の両方を含む。ある特定の実施形態では、以下の修飾された糖部分及び／又は以下の修飾された核酸塩基を含む、修飾されたヌクレオシドは、修飾されたオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。
修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖部分若しくは修飾された核酸塩基又は修飾された糖部分及び修飾された核酸塩基の両方を含む。ある特定の実施形態では、以下の修飾された糖部分及び／又は以下の修飾された核酸塩基を含む、修飾されたヌクレオシドは、修飾されたオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。
【0188】
１． ある特定の糖部分
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、非二環式の修飾された糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。そのような糖サロゲートは、修飾された糖部分の他の種類のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、非二環式の修飾された糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。そのような糖サロゲートは、修飾された糖部分の他の種類のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
【0189】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、１つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式の修飾された糖部分であり、その置換基はいずれも、フラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しない。そのような非架橋置換基は、２’、３’、４’、及び／又は５’位の置換基を含むがこれらに限定されない、フラノシルの任意の位置にあってよい。非二環式の修飾された糖部分に好適な２’－置換基の例には、限定されないが、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」又は「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」又は「Ｏ－メトキシエチル」）、並びに２’－Ｏ－Ｎ－アルキルアセトアミド、例えば２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（「ＮＭＡ」）、２’－Ｏ－Ｎ－ジメチルアセトアミド、２’－Ｏ－Ｎ－エチルアセトアミド、又は２’－Ｏ－Ｎ－プロピルアセトアミドが挙げられる。例えば、Ｕ．Ｓ．６，１４７，２００、Ｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｏｒｇ．Ｌｅｔｔ．，５，４０３－６を参照されたい。
【0190】
「２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミドヌクレオシド」又は「２’－ＮＭＡヌクレオシド」は、以下に示される。
【0191】
【化9】
【0192】
ある特定の実施形態では、修飾されたフラノシル糖部分及びそのような修飾されたフラノシル糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によって更に定義される。例えば、２’－デオキシフラノシル糖部分は、天然に存在するβ－Ｄ－デオキシリボシル配置以外の７つの異性体配置であってもよい。そのような修飾された糖部分は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１９／１５７５３１に記載されている。２’－修飾された糖部分は、２’－デオキシフラノシル糖部分と比較して、２’－位置で追加の立体中心を有する。したがって、そのような糖部分は、合計で１６個の可能な異性体構成を有する。本明細書に記載される２’－修飾された糖部分は、別途定めがない限り、β－Ｄ－リボシル異性体配置にある。
【0193】
ある特定の実施形態では、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、各Ｒｍ及びＲｎは独立して、Ｈ、アミノ保護基、又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルであり、２’－置換基は、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載されている。これらの２’－置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基で更に置換され得る。非二環式の修飾された糖部分に好適な４’－置換基の例には、これらに限定されないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載されるものが挙げられる。非二環式の修飾された糖部分に好適な５’－置換基の例には、限定されないが、５’－メチル（Ｒ又はＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシが含まれる。ある特定の実施形態では、非二環式の修飾された糖部分は、１つより多い非架橋糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分、並びにＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシドを含む。
【0194】
ある特定の実施形態では、２’－置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）ＯＮ（ＣＨ３）２（ＤＭＡＯＥ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２（ＤＭＡＥＯＥ）、及びＮ置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含み、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、又は置換若しくは非置換のＣ１～Ｃ１０アルキル、例えば、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）である。
【0195】
ある特定の実施形態では、２’－置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
【0196】
ある特定の実施形態では、２’－置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
【0197】
ある特定の修飾された糖部分は、フラノシル環の２つの原子を架橋して第２の環を形成する置換基を含み、二環式糖部分をもたらす。そのような二環式糖部分を含むヌクレオシドは、二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）、ロックドヌクレオシド、又は立体構造的に制限されたヌクレオチド（ＣＲＮ）と呼ばれている。そのようなある特定の化合物は、米国特許公開第２０１３／０１９０３８３号、及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０３６８６８号に記載されている。ある特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、４’位と２’位のフラノース環原子間の架橋を含む。ある特定のそのような実施形態では、フラノース環は、リボース環である。そのような４’から２’への架橋糖置換基の例には、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（Ｓ構造にある場合、「拘束されたエチル」又は「ｃＥｔ」と称される）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束されたＭＯＥ」又は「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照のこと）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照のこと）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’，４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’，４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、並びに４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（式中、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、又はＣ１～Ｃ１２アルキルである）（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照のこと）が含まれるが、これらに限定されない。
【0198】
ある特定の実施形態では、そのような４’から２’への架橋は独立して、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１～４個の結合された基を含み、
式中、
ｘは、０、１、又は２であり、
ｎが、１、２、３、又は４であり、
各Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、又は保護基である。
更なる二環式糖部分は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ． Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１－７、Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８、及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照されたい。ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によって更に定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α－Ｌ配置又はβ－Ｄ配置にあり得る。
式中、
ｘは、０、１、又は２であり、
ｎが、１、２、３、又は４であり、
各Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、又は保護基である。
更なる二環式糖部分は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ． Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１－７、Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８、及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照されたい。ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によって更に定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α－Ｌ配置又はβ－Ｄ配置にあり得る。
【0199】
【化10】
【0200】
α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）又はα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的説明は、両方の異性体配置を含む。特定の二環式ヌクレオシド（例えばＬＮＡ又はｃＥｔ）の位置が、本明細書における例示的な実施形態で特定されるとき、それらは、別途定めがない限り、β－Ｄ配置にある。
【0201】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
【0202】
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。ある特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、又は窒素原子で置き換えられる。ある特定のそのような実施形態では、そのような修飾された糖部分はまた、本明細書に記載されるような架橋及び／又は非架橋置換基も含む。例えば、ある特定の糖サロゲートは、４’－硫黄原子並びに２’位での置換（例えば、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照のこと）及び／又は５’位での置換を含む。
【0203】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、６員のテトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランは、更に修飾又は置換されてもよい。そのような修飾されたテトラヒドロピランを含むヌクレオシドは、これらに限定されないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マンニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１－８５４を参照のこと）、フルオロＨＮＡ：
【0204】
【化11】
【0205】
（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照のこと；Ｆ－ＨＮＡはまた、Ｆ－ＴＨＰ又は３’－フルオロテトラヒドロピランとも称され得る）、及び以下の式を有する追加の修飾されたＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドを含み、
【0206】
【化12】
【0207】
式中、独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドの各々について、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は各々独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、又はＴ３及びＴ４の一方は、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合されたコンジュゲート基、又は５’若しくは３’－末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は各々独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２の各々は、独立して、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立して、Ｈ又はＣ１－Ｃ６アルキルである。
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は各々独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、又はＴ３及びＴ４の一方は、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合されたコンジュゲート基、又は５’若しくは３’－末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は各々独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２の各々は、独立して、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立して、Ｈ又はＣ１－Ｃ６アルキルである。
【0208】
ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、Ｈである。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外である。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、Ｒ１及びＲ２のうちの１つは、Ｆである。ある特定の実施形態では、Ｒ１は、Ｆであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
【0209】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個よりも多くの原子及び１個よりも多くのヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２、４１，４５０３－４５１０及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、並びにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照のこと）。本明細書で使用する場合、「モルホリノ」という用語は、以下の構造を有する糖サロゲートを意味する。
【0210】
【化13】
【0211】
ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造から種々の置換基を付加するか又は変更することによって、修飾されてもよい。そのような糖サロゲートは、本明細書で「修飾されたモルホリノ」と称される。
【0212】
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、非環式部分を含む。そのような非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ． Ｂｉｏｍｏｌ． Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照のこと）、並びにＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが含まれるが、これらに限定されない。
【0213】
修飾されたヌクレオシドに使用され得る多くの他の二環式糖及び三環式糖並びに糖サロゲート環系は、当該技術分野で既知である。
【0214】
２． ある特定の修飾された核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていない核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。修飾された核酸塩基の例としては、５－メチルシトシンが挙げられる。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていない核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。修飾された核酸塩基の例としては、５－メチルシトシンが挙げられる。
【0215】
ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、並びにＮ－２、Ｎ－６、及びＯ－６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、一般的な塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡張された塩基、並びにフッ素化塩基から選択される。更なる修飾された核酸塩基には、１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン、及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）などの三環式ピリミジンが含まれる。修飾された核酸塩基は、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、及び２－ピリドンで置き換えられるものも含み得る。更なる核酸塩基は、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されるもの、及びＣｈａｐｔｅｒｓ ６ ａｎｄ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６及び４４２－４４３に開示されるものを含む。
【0216】
上記の修飾された核酸塩基、並びに他の修飾された核酸塩基のある特定の調製を教示する出版物には、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６が含まれるが、これらに限定されない。
【0217】
３． ある特定の修飾されたヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然発生型ヌクレオシド間結合は、３’～５’ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合されてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主要なクラスは、リン原子の存否によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合（「Ｐ（Ｏ２）＝Ｏ」）（非修飾又は天然に存在する結合とも称される）を含むホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、メトキシプロピルホスホネート（「ＭＯＰ」）、ホスホロアミデート、ホスホロチオエート（Ｐ（Ｏ２）＝Ｓ）、及びホスホロジチオエート（ＨＳ－Ｐ＝Ｓ）が含まれるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基には、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が含まれるが、これらに限定されない。修飾されたヌクレオシド間結合は、天然型ホスホジエステルヌクレオシド間結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増加するために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合が、ラセミ混合物として、又は別個のエナンチオマーとして調製され得る。リン含有及びリン非含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然発生型ヌクレオシド間結合は、３’～５’ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合されてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主要なクラスは、リン原子の存否によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合（「Ｐ（Ｏ２）＝Ｏ」）（非修飾又は天然に存在する結合とも称される）を含むホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、メトキシプロピルホスホネート（「ＭＯＰ」）、ホスホロアミデート、ホスホロチオエート（Ｐ（Ｏ２）＝Ｓ）、及びホスホロジチオエート（ＨＳ－Ｐ＝Ｓ）が含まれるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基には、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が含まれるが、これらに限定されない。修飾されたヌクレオシド間結合は、天然型ホスホジエステルヌクレオシド間結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増加するために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合が、ラセミ混合物として、又は別個のエナンチオマーとして調製され得る。リン含有及びリン非含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
【0218】
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合には、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドの集団として、又は特定の立体化学的配置にあるホスホロチオエート又は他のヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムである。そのような修飾されたオリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の立体化学的配置のランダム選択をもたらす合成方法を使用して生成され得る。それにもかかわらず、各個々のオリゴヌクレオチド分子の各個々のホスホロチオエートは、定義される立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、特定の独立して選択される立体化学的配置にある１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の特定の配置は、集団中の少なくとも６５％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の特定の配置は、集団中の少なくとも７０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の特定の配置は、集団中の少なくとも８０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９９％の分子に存在する。修飾されたオリゴヌクレオチドのそのようなキラル的に濃縮された集団は、当該技術分野で既知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ，２００３，１２５，８３０７、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．，２０１４，４２，１３４５６及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を使用して生成され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置にある少なくとも１つの示されるホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置にある少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている。ある特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／又は（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、それぞれ、以下の式のうちの１つ以上を含み、式中、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
【0219】
【化14】
【0220】
別途示されない限り、本明細書に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムであり得るか、又は特定の立体化学的配置にあり得る。
【0221】
中性ヌクレオシド間結合には、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル（ＭＯＰ）、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が含まれるが、これらに限定されない。更なる中性ヌクレオシド間結合は、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル、及びアミドを含む非イオン結合を含む（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４，４０－６５を参照されたい）。更なる中性ヌクレオシド間結合には、混合Ｎ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２構成要素部分を含む非イオン結合が含まれる。
【0222】
Ｂ．ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含有する１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの修飾された、修飾されていない、及び異なって修飾された糖部分、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合は、パターン又はモチーフを定義する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは各々、互いに独立している。したがって、修飾されたオリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列に依存しない核酸塩基に対する修飾を説明する）。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含有する１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの修飾された、修飾されていない、及び異なって修飾された糖部分、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合は、パターン又はモチーフを定義する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは各々、互いに独立している。したがって、修飾されたオリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列に依存しない核酸塩基に対する修飾を説明する）。
【0223】
１． ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又は糖モチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される１つ以上の種類の修飾された糖及び／又は修飾されていない糖部分を含む。ある特定の例では、そのような糖モチーフは、本明細書で論じられる糖修飾のうちのいずれかを含むが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又は糖モチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される１つ以上の種類の修飾された糖及び／又は修飾されていない糖部分を含む。ある特定の例では、そのような糖モチーフは、本明細書で論じられる糖修飾のうちのいずれかを含むが、これらに限定されない。
【0224】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド、又はその一部は、２’－置換糖部分、二環式糖部分、糖サロゲート、又は２’－デオキシリボシル糖部分を含む。ある特定の実施形態では、２’－置換糖部分は、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、及び２’－Ｆ修飾された糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、ｃＥｔ糖部分及びＬＮＡ糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＰＮＡ、ＴＨＰ、及びＦ－ＨＮＡから選択される。
【0225】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を含む少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、又は少なくとも２０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、２’－置換糖部分、二環式糖部分、又は糖サロゲートから独立して選択される。ある特定の実施形態では、２’－置換糖部分は、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、及び２’－Ｆ修飾された糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、ｃＥｔ糖部分及びＬＮＡ糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＴＨＰ、及びＦ－ＨＮＡから選択される。
【0226】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む（「完全に修飾されたオリゴヌクレオチド」）。ある特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’－置換糖部分、二環式糖部分、又は糖サロゲートを含む。ある特定の実施形態では、２’－置換糖部分は、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、及び２’－Ｆ修飾された糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、ｃＥｔ糖部分及びＬＮＡ糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＴＨＰ、及びＦ－ＨＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、同じ修飾された糖部分（「均一に修飾された糖モチーフ」）を含む。ある特定の実施形態では、均一に修飾された糖部分は、７～２０ヌクレオシド長である。ある特定の実施形態では、均一に修飾された糖モチーフの各ヌクレオシドは、２’－置換糖部分、二環式糖部分、又は糖サロゲートを含む。ある特定の実施形態では、２’－置換糖部分は、２’－ＭＯＥ修飾された糖部分、２’－ＮＭＡ修飾された糖部分、２’－ＯＭｅ修飾された糖部分、及び２’－Ｆ修飾された糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、ｃＥｔ糖部分及びＬＮＡ糖部分から選択される。ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、モルホリノ、修飾されたモルホリノ、ＴＨＰ、及びＦ－ＨＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの完全に修飾された糖モチーフを有する修飾されたオリゴヌクレオチドはまた、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、又は少なくとも４個の２’－デオキシリボヌクレオシドを含んでもよい。
【0227】
２． ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又はモチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される修飾された及び／又は修飾されていない核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基は、修飾されている。ある特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリン又は各ピリミジンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちのいくつか又は全ては、５－メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、シトシン核酸塩基の全ては、５－メチルシトシンであり、修飾されたオリゴヌクレオチドの他の核酸塩基の全ては、修飾されていない核酸塩基である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又はモチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される修飾された及び／又は修飾されていない核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基は、修飾されている。ある特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリン又は各ピリミジンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルが、修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンが、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちのいくつか又は全ては、５－メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、シトシン核酸塩基の全ては、５－メチルシトシンであり、修飾されたオリゴヌクレオチドの他の核酸塩基の全ては、修飾されていない核酸塩基である。
【0228】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基のブロックを含む。ある特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端から３ヌクレオシド以内にある。
【0229】
３． ある特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又はモチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される修飾された及び／又は修飾されていないヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから選択される。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターン又はモチーフにおいてオリゴヌクレオチド又はその一部に沿って配列される修飾された及び／又は修飾されていないヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから選択される。
【0230】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、又は少なくとも１９個のホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、又は少なくとも１９個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、又は少なくとも５個のホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、ヌクレオシド間結合の残りは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、（５’から３’へ）ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、各「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、（５’から３’へ）ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを有し、各「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
【0231】
Ｃ．ある特定の長さ
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加又は減少させることが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９２，８９，７３０５－７３０９，１９９２）では、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注射モデルにおける標的核酸の切断を誘導するそれらの能力について試験された。オリゴヌクレオチドの末端付近に８個又は１１個のミスマッチ塩基を有する２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりも低い程度ではあるが、標的核酸の特異的切断を誘導することができた。同様に、標的特異的切断は、１つ又は３つのミスマッチを有するものを含む１３個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドを使用して達成された。
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加又は減少させることが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９２，８９，７３０５－７３０９，１９９２）では、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注射モデルにおける標的核酸の切断を誘導するそれらの能力について試験された。オリゴヌクレオチドの末端付近に８個又は１１個のミスマッチ塩基を有する２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりも低い程度ではあるが、標的核酸の特異的切断を誘導することができた。同様に、標的特異的切断は、１つ又は３つのミスマッチを有するものを含む１３個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドを使用して達成された。
【0232】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されたオリゴヌクレオチドを含む）は、様々な長さ範囲のうちのいずれかを有し得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘ～Ｙ個の結合されたヌクレオシドからなり、但し、Ｘは、その範囲の最小数のヌクレオシドを表し、Ｙは、その範囲の最大数のヌクレオシドを表す。ある特定のそのような実施形態では、Ｘ及びＹは、各々独立して、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から選択されるが、但し、ＸがＹ以下であることを条件とする。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２～１３、１２～１４、１２～１５、１２～１６、１２～１７、１２～１８、１２～１９、１２～２０、１２～２１、１２～２２、１２～２３、１２～２４、１２～２５、１２～２６、１２～２７、１２～２８、１２～２９、１２～３０、１３～１４、１３～１５、１３～１６、１３～１７、１３～１８、１３～１９、１３～２０、１３～２１、１３～２２、１３～２３、１３～２４、１３～２５、１３～２６、１３～２７、１３～２８、１３～２９、１３～３０、１４～１５、１４～１６、１４～１７、１４～１８、１４～１９、１４～２０、１４～２１、１４～２２、１４～２３、１４～２４、１４～２５、１４～２６、１４～２７、１４～２８、１４～２９、１４～３０、１５～１６、１５～１７、１５～１８、１５～１９、１５～２０、１５～２１、１５～２２、１５～２３、１５～２４、１５～２５、１５～２６、１５～２７、１５～２８、１５～２９、１５～３０、１６～１７、１６～１８、１６～１９、１６～２０、１６～２１、１６～２２、１６～２３、１６～２４、１６～２５、１６～２６、１６～２７、１６～２８、１６～２９、１６～３０、１７～１８、１７～１９、１７～２０、１７～２１、１７～２２、１７～２３、１７～２４、１７～２５、１７～２６、１７～２７、１７～２８、１７～２９、１７～３０、１８～１９、１８～２０、１８～２１、１８～２２、１８～２３、１８～２４、１８～２５、１８～２６、１８～２７、１８～２８、１８～２９、１８～３０、１９～２０、１９～２１、１９～２２、１９～２３、１９～２４、１９～２５、１９～２６、１９～２７、１９～２８、１９～２９、１９～３０、２０～２１、２０～２２、２０～２３、２０～２４、２０～２５、２０～２６、２０～２７、２０～２８、２０～２９、２０～３０、２１～２２、２１～２３、２１～２４、２１～２５、２１～２６、２１～２７、２１～２８、２１～２９、２１～３０、２２～２３、２２～２４、２２～２５、２２～２６、２２～２７、２２～２８、２２～２９、２２～３０、２３～２４、２３～２５、２３～２６、２３～２７、２３～２８、２３～２９、２３～３０、２４～２５、２４～２６、２４～２７、２４～２８、２４～２９、２４～３０、２５～２６、２５～２７、２５～２８、２５～２９、２５～３０、２６～２７、２６～２８、２６～２９、２６～３０、２７～２８、２７～２９、２７～３０、２８～２９、２８～３０、又は２９～３０個の結合されたヌクレオシドからなる。
【0233】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１６個の結合されたヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１７個の結合されたヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１８個の結合されたヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１９個の結合されたヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２０個の結合されたヌクレオシドからなる。
【0234】
Ｄ．ある特定の修飾されたオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾されたオリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、そのようなパラメータは、各々、互いに独立している。したがって、別途示されない限り、特定の糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても、又は修飾されていなくてもよく、糖修飾の修飾パターンに従う場合も、従わない場合もある。別途示されない限り、いずれの修飾も、核酸塩基配列とは独立している。
ある特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾されたオリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、そのようなパラメータは、各々、互いに独立している。したがって、別途示されない限り、特定の糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても、又は修飾されていなくてもよく、糖修飾の修飾パターンに従う場合も、従わない場合もある。別途示されない限り、いずれの修飾も、核酸塩基配列とは独立している。
【0235】
Ｅ．修飾されたオリゴヌクレオチドのある特定の集団
集団の修飾されたオリゴヌクレオチドが全て同じ分子式を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団又はキラル的に濃縮された集団であり得る。全ての修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル中心は全て、ステレオランダム集団においてステレオランダムである。キラル的に濃縮された集団において、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾されたオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分について濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全ては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分、及び特定の立体化学的配置にある少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮されている。
集団の修飾されたオリゴヌクレオチドが全て同じ分子式を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団又はキラル的に濃縮された集団であり得る。全ての修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル中心は全て、ステレオランダム集団においてステレオランダムである。キラル的に濃縮された集団において、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾されたオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分について濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全ては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分、及び特定の立体化学的配置にある少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮されている。
【0236】
Ｆ．核酸塩基配列
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されていない又は修飾されたオリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によって更に説明される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部又は全長の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの核酸と、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されていない又は修飾されたオリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によって更に説明される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの特定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部又は全長の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸などの核酸と、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。
【0237】
ＩＩ． ある特定のオリゴマー化合物
ある特定の実施形態では、（修飾された又は修飾されていない）オリゴヌクレオチドと、任意選択的に、１つ以上のコンジュゲート基及び／又は末端基と、からなるオリゴマー化合物が、本明細書に提供される。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのどちらかの末端若しくは両端及び／又は任意の内部位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのどちらかの末端又は両端に結合されたコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの３’末端及び／又は５’末端に結合される。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合される。
ある特定の実施形態では、（修飾された又は修飾されていない）オリゴヌクレオチドと、任意選択的に、１つ以上のコンジュゲート基及び／又は末端基と、からなるオリゴマー化合物が、本明細書に提供される。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのどちらかの末端若しくは両端及び／又は任意の内部位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのどちらかの末端又は両端に結合されたコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの３’末端及び／又は５’末端に結合される。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合される。
【0238】
末端基の例には、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、脱塩基ヌクレオシド、修飾された又は修飾されていないヌクレオシド、及び独立して修飾された又は修飾されていない２つ以上のヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。
【0239】
Ａ．ある特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を改変する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を改変する。
【0240】
ある特定の実施形態では、１つ以上の炭水化物部分の修飾されたオリゴヌクレオチドへのコンジュゲーションは、修飾されたオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を最適化することができる。ある特定の実施形態では、炭水化物部分は、修飾されたオリゴヌクレオチドの修飾されたサブユニットに結合される。例えば、修飾されたオリゴヌクレオチドの１つ以上のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、別の部分、例えば、炭水化物リガンドが結合している非炭水化物（好ましくは環状）担体で置き換えることができる。サブユニットのリボース糖がそのように置き換えられているリボヌクレオチドサブユニットは、本明細書では、修飾された糖部分であるリボース置換修飾サブユニット（ＲＲＭＳ）と称される。環状担体は、炭素環系であり得、すなわち、１つ以上の環原子は、ヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であり得る。環状担体は、単環式環系であり得るか、又は２つ以上の環、例えば縮合環を含み得る。環状担体は、完全に飽和した環系であり得るか、又は１つ以上の二重結合を含み得る。
【0241】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォア又はレポーター基を付与する。ある特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分は、以前に説明されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０、５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド－デカン－ジオール又はウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール又はトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、又はアダマンタン酢酸パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミン又はヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｅｘｐ． Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、又はＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
【0242】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、Ｃ２２アルキル、Ｃ２０アルキル、Ｃ１６アルキル、Ｃ１０アルキル、Ｃ２１アルキル、Ｃ１９アルキル、Ｃ１８アルキル、Ｃ１７アルキル、Ｃ１５アルキル、Ｃ１４アルキル、Ｃ１３アルキル、Ｃ１２アルキル、Ｃ１１アルキル、Ｃ９アルキル、Ｃ８アルキル、Ｃ７アルキル、Ｃ６アルキル、Ｃ５アルキル、Ｃ２２アルケニル、Ｃ２０アルケニル、Ｃ１６アルケニル、Ｃ１０アルケニル、Ｃ２１アルケニル、Ｃ１９アルケニル、Ｃ１８アルケニル、Ｃ１７アルケニル、Ｃ１５アルケニル、Ｃ１４アルケニル、Ｃ１３アルケニル、Ｃ１２アルケニル、Ｃ１１アルケニル、Ｃ９アルケニル、Ｃ８アルケニル、Ｃ７アルケニル、Ｃ６アルケニル、又はＣ５アルケニルのうちのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。
【0243】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、Ｃ２２アルキル、Ｃ２０アルキル、Ｃ１７アルキル、Ｃ１６アルキル、Ｃ１０アルキル、Ｃ２１アルキル、Ｃ１９アルキル、Ｃ１８アルキル、Ｃ１５アルキル、Ｃ１４アルキル、Ｃ１３アルキル、Ｃ１２アルキル、Ｃ１１アルキル、Ｃ９アルキル、Ｃ８アルキル、Ｃ７アルキル、Ｃ６アルキル、又はＣ５アルキルのうちのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得、アルキル鎖は、１つ以上の不飽和結合を有する。
【0244】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、以下の構造を有する脂質である。
【0245】
【化15】
【0246】
１． コンジュゲート部分
コンジュゲート部分には、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、親油基、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれるが、これらに限定されない。
コンジュゲート部分には、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、親油基、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれるが、これらに限定されない。
【0247】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性薬原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、又は抗生物質を含む。
【0248】
２． コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合している）。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを構成するサブユニットである、１つ以上のコンジュゲートリンカー部分を含むより複雑なコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、又はエチレングリコール、ヌクレオシド、若しくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ピロリジンを含む。
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合している）。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを構成するサブユニットである、１つ以上のコンジュゲートリンカー部分を含むより複雑なコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、又はエチレングリコール、ヌクレオシド、若しくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ピロリジンを含む。
【0249】
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン酸基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
【0250】
ある特定の実施形態では、上述のコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば、コンジュゲート部分を本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドなどの化合物に結合させるのに有用であることが当該技術分野で知られているものである。一般に、二官能性結合部分には少なくとも２つの官能基が含まれる。官能基のうちの一方は、化合物の特定の部位と反応するように選択され、他方は、コンジュゲート部分と反応するように選択される。二官能性結合部分に使用される官能基の例としては、これらに限定されるものではないが、求核性基と反応するための求電子基及び求電子基と反応するための求核性基が挙げられる。ある特定の実施形態では、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
【0251】
コンジュゲートリンカーの例としては、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸ又はＡＨＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーには、限定されないが、置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルケニル、又は置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的一覧には、限定されないが、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが挙げられる。
【0252】
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２～５個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ちょうど３個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ＴＣＡモチーフを含む。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、修飾されていない。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、又は置換ピリミジンから選択される、任意選択的に保護される複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドは、標的組織に到達した後、オリゴマー化合物から切断されることが典型的には望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは典型的には、切断可能な結合を介して互いにかつオリゴマー化合物の残部に結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
【0253】
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとはみなされない。したがって、オリゴマー化合物が、特定の数又は範囲の結合されたヌクレオシド及び／又は参照核酸との特定のパーセントの相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、かつオリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含むような実施形態では、これらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントの決定に用いられない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８～３０個のヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドと、（２）修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続する１～１０個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基と、を含み得る。そのようなオリゴマー化合物における連続する結合されたヌクレオシドの総数は、３０個を超える。あるいは、オリゴマー化合物は、８～３０個のヌクレオシドからなり、かつコンジュゲート基が存在しない修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得る。そのようなオリゴマー化合物における連続する結合されたヌクレオシドの総数は、３０個以下である。別途示されない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
【0254】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型により取り込まれやすいが、オリゴマー化合物が取り込まれた後、コンジュゲート基が切断されて、非コンジュゲート又は親オリゴヌクレオチドが放出されることが望ましい。したがって、ある特定のコンジュゲートリンカーは、１つ以上の切断可能な部分を含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ、２つ、３つ、４つ、又は４つよりも多くの切断可能な結合を有する原子団を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソームなどの細胞又は細胞内コンパートメントの内側で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ヌクレアーゼなどの内在性酵素によって選択的に切断される。
【0255】
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方若しくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、又はジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方又は両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェート又はホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分又はコンジュゲート基との間のリン酸結合である。
【0256】
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、又はそれからなる。ある特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、切断可能な結合によって、互いに及び／又はオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、修飾されていないホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’又は５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合しており、かつホスホジエステル結合又はホスホロチオエートヌクレオシド間結合によってコンジュゲートリンカー又はコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合している２’－デオキシリボヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は、２’－デオキシアデノシンである。
【0257】
１． 細胞標的化部分
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
【0258】
【化16】
【0259】
式中、ｎは１～約３であり、ｎが１の場合ｍは０であり、ｎが２以上の場合ｍは１であり、ｊは１又は０であり、ｋは１又は０である。
【0260】
ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。
【0261】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合された２つのテザーリガンドを含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合された３つのテザーリガンドを含む。
【0262】
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上の少なくとも１つの受容体型に対して親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、哺乳動物の肝臓細胞の表面上の少なくとも１つの受容体型に親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、肝臓のアシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ－Ｒ）に親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、炭水化物である。
【0263】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
【0264】
【化17】
【0265】
式中、ｎは１～約３であり、ｎが１の場合ｍは０であり、ｎが２以上の場合ｍは１であり、ｊは１又は０であり、ｋは１又は０である。
【0266】
ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。ある特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。
【0267】
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合された２つのテザーリガンドを含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合された３つのテザーリガンドを含む。
【0268】
Ｂ．ある特定の末端基
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。ある特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－ホスフェートを含む。安定化された５’－ホスフェートには、これらに限定されないが、５’－ビニルホスホネートを含むがこれらに限定されない５’－ホスファネート（５’－ｐｈｏｓｐｈａｎａｔｅ）が含まれる。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基糖部分及び／又は逆ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’－結合されたヌクレオシド又は糖部分を含む。ある特定のそのような実施形態では、２’－結合された基は、脱塩基糖部分である。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。ある特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－ホスフェートを含む。安定化された５’－ホスフェートには、これらに限定されないが、５’－ビニルホスホネートを含むがこれらに限定されない５’－ホスファネート（５’－ｐｈｏｓｐｈａｎａｔｅ）が含まれる。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基糖部分及び／又は逆ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’－結合されたヌクレオシド又は糖部分を含む。ある特定のそのような実施形態では、２’－結合された基は、脱塩基糖部分である。
【0269】
Ｃ．オリゴマー二本鎖
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸の配列と相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は第２のオリゴマー化合物と対合してオリゴマー二本鎖を形成する。そのようなオリゴマー二本鎖は、標的核酸に相補的な部分を有する第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物に相補的な部分を有する第２のオリゴマー化合物とを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー二本鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾された又は修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基と、（２）第２の修飾された又は修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基と、を含むか、又はそれらからなる。オリゴマー二本鎖の一方又は両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出ヌクレオシドを含み得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸の配列と相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は第２のオリゴマー化合物と対合してオリゴマー二本鎖を形成する。そのようなオリゴマー二本鎖は、標的核酸に相補的な部分を有する第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物に相補的な部分を有する第２のオリゴマー化合物とを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー二本鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾された又は修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基と、（２）第２の修飾された又は修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基と、を含むか、又はそれらからなる。オリゴマー二本鎖の一方又は両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出ヌクレオシドを含み得る。
【0270】
Ｄ．アンチセンス活性
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることで少なくとも１つのアンチセンス活性を与えることができる。そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが標準インビトロアッセイにおいて標的核酸の量又は活性を２５％以上低減するか、調整するか、又は増加させる場合に、アンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に選択的に作用する。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性を与え、かつ１つ以上の非標的核酸にはハイブリダイズしないか、又は重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような形で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることで少なくとも１つのアンチセンス活性を与えることができる。そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが標準インビトロアッセイにおいて標的核酸の量又は活性を２５％以上低減するか、調整するか、又は増加させる場合に、アンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に選択的に作用する。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性を与え、かつ１つ以上の非標的核酸にはハイブリダイズしないか、又は重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような形で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
【0271】
ある特定のアンチセンス活性では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅＨを介した標的核酸の切断をもたらす。ＲＮａｓｅＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＤＮＡは、修飾されていないＤＮＡである必要はない。ある特定の実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップ内の１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが許容される。
【0272】
ある特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物又はアンチセンス化合物の部分は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に取り込まれ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣに取り込まれたアンチセンス化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ若しくはｄｓＲＮＡｉ）又は一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
【0273】
ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、その標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変化をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質又は他の核酸との結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変化をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、エクソンの包含をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の量又は活性の増加をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、スプライシングの変化をもたらし、ｍＲＮＡへのエクソンの包含又は除外をもたらす。
【0274】
アンチセンス活性は、直接的又は間接的に観察することができる。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察又は検出は、標的核酸若しくはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸若しくはタンパク質のスプライス変異体の比の変化、及び／又は細胞若しくは対象の表現型の変化の観察又は検出を行う。
【0275】
ＩＩＩ． ある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エクソン、及び非翻訳領域を含む成熟ｍＲＮＡ及びｐｒｅ－ｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的核酸は、成熟ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、ｐｒｅ－ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソン接合部にまたがる。ある特定の実施形態では、標的領域は、少なくとも５０％がイントロン内にある。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エクソン、及び非翻訳領域を含む成熟ｍＲＮＡ及びｐｒｅ－ｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的核酸は、成熟ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、ｐｒｅ－ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソン接合部にまたがる。ある特定の実施形態では、標的領域は、少なくとも５０％がイントロン内にある。
【0276】
Ａ．標的核酸との相補性／ミスマッチ
活性を消失させることなくミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ－２ ｍＲＮＡとの１００％相補性を有し、ｂｃｌ－ｘＬ ｍＲＮＡとの３つの不適合を有し、インビトロ及びインビボでｂｃｌ－２及びｂｃｌ－ｘＬの両方の発現を低減するオリゴヌクレオチドの能力を示した。更に、このオリゴヌクレオチドはインビボで強力な抗腫瘍活性も示した。Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１－３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチド、並びに、それぞれ、タンデムオリゴヌクレオチドの２つ又は３つの配列から構成される２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドを、ウサギ網赤血球アッセイにおいてヒトＤＨＦＲの翻訳を停止するそれらの能力について試験した。３つの１４核酸塩基オリゴヌクレオチドの各々は単独で、２８又は４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも適度なレベルではあるが、翻訳を阻害することができた。
活性を消失させることなくミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ－２ ｍＲＮＡとの１００％相補性を有し、ｂｃｌ－ｘＬ ｍＲＮＡとの３つの不適合を有し、インビトロ及びインビボでｂｃｌ－２及びｂｃｌ－ｘＬの両方の発現を低減するオリゴヌクレオチドの能力を示した。更に、このオリゴヌクレオチドはインビボで強力な抗腫瘍活性も示した。Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１－３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチド、並びに、それぞれ、タンデムオリゴヌクレオチドの２つ又は３つの配列から構成される２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドを、ウサギ網赤血球アッセイにおいてヒトＤＨＦＲの翻訳を停止するそれらの能力について試験した。３つの１４核酸塩基オリゴヌクレオチドの各々は単独で、２８又は４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも適度なレベルではあるが、翻訳を阻害することができた。
【0277】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と９９％、９５％、９０％、８５％、又は８０％相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって標的核酸と少なくとも８０％相補的であり、標的核酸と１００％又は完全に相補的な部分を含む。ある特定の実施形態では、完全相補性の部分は、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０核酸塩基長である。
【0278】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して１つ以上のミスマッチな核酸塩基を含む。ある特定のそのような実施形態では、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’－末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０位にある。
【0279】
Ｂ．プログラニュリン
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、プログラニュリンをコードする標的核酸、又はその一部と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、配列番号１（ヌクレオチド４４３４２００１～４４３５６０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿００００１７．１１）、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２０８７．３）、又はその両方に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１８個、１９個、又は２０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号１２～８５４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、プログラニュリンをコードする標的核酸、又はその一部と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、配列番号１（ヌクレオチド４４３４２００１～４４３５６０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿００００１７．１１）、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２０８７．３）、又はその両方に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１８個、１９個、又は２０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなり、修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号１２～８５４の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１６個、少なくとも１７個、又は１８個の連続する核酸塩基を含む。
【0280】
ある特定の実施形態では、細胞をオリゴマー化合物と接触させることで、細胞内のプログラニュリンＲＮＡの量を調節する。ある特定の実施形態では、細胞をオリゴマー化合物と接触させることで、細胞内のプログラニュリンＲＮＡの量を増加させる。ある特定の実施形態では、細胞をオリゴマー化合物と接触させることで、細胞内のプログラニュリンタンパク質の量を調節する。ある特定の実施形態では、細胞をオリゴマー化合物と接触させることで、細胞内のプログラニュリンタンパク質の量を増加させる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。
【0281】
ある特定の実施形態では、対象における細胞をオリゴマー化合物と接触させることにより、神経系疾患又は障害の１つ以上の症状又は特徴を緩和する。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＦＴＤである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＦＴＬＤである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＮＣＬである。ある特定の実施形態では、神経系疾患又は障害は、ＴＤＰ－４３プロテイノパチーである。ある特定の実施形態では、疾患又は障害は、リソソーム蓄積症である。いくつかの実施形態では、疾患又は状態は、ＡＬＳである。ある特定の実施形態では、症状又は特徴は、行動及び性格の悪化、言語障害、筋肉若しくは運動機能の障害若しくは改変、記憶喪失、認知機能障害、振戦、発作、又はめまいのうちのいずれかである。
【0282】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標準的なインビトロアッセイに従って試験されたときに、インビトロでプログラニュリンＲＮＡを少なくとも５倍、少なくとも１倍、少なくとも２倍、又は少なくとも３倍増加させることができる。
【0283】
Ｃ．ある特定の組織中のある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなり、標的核酸は、薬理学的に関連する組織中に発現される。ある特定の実施形態では、薬理学的関連する組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）を含む細胞及び組織である。そのような組織には、皮質、視床下部、海馬、小脳、及び冠状脳組織などの脳組織が含まれる。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれからなり、標的核酸は、薬理学的に関連する組織中に発現される。ある特定の実施形態では、薬理学的関連する組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）を含む細胞及び組織である。そのような組織には、皮質、視床下部、海馬、小脳、及び冠状脳組織などの脳組織が含まれる。
【0284】
ＩＶ． ある特定の薬学的組成物
ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物は、各々、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物には、薬学的に許容される希釈剤又は担体が含まれる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌水は、医薬品グレードの水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは、医薬品グレードのＰＢＳを含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液（「人工ＣＳＦ」又は「ａＣＳＦ」）を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物は、各々、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物には、薬学的に許容される希釈剤又は担体が含まれる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌水は、医薬品グレードの水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは、医薬品グレードのＰＢＳを含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液（「人工ＣＳＦ」又は「ａＣＳＦ」）を含むか、又はそれらからなる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
【0285】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードの人工脳脊髄液である。
【0286】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及びＰＢＳを含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及びＰＢＳからなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及びＰＢＳから本質的になる。ある特定の実施形態では、ＰＢＳは、医薬品グレードのＰＢＳを含む。
【0287】
ある特定の実施形態では、ａＣＳＦは、塩化ナトリウム、塩化カリウム、リン酸二水素ナトリウム二水和物、リン酸二無水ナトリウム二水和物、塩化カルシウム二水和物、及び塩化マグネシウム六水和物を含む。ある特定の実施形態では、ａＣＳＦ溶液のｐＨは、適切なｐＨ調整剤、例えば、塩酸などの酸及び水酸化ナトリウムなどのアルカリを用いて、約７．１～７．３、又は約７．２の範囲に調節される。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。ある特定の実施形態では、賦形剤は、水、食塩水、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、滑石、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。ある特定の実施形態では、賦形剤は、水、食塩水、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、滑石、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
【0288】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、薬学的組成物又は配合物の調製のために薬学的に許容される活性及び／又は不活性物質と混合されてもよい。薬学的組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与の経路、疾患の程度、又は投与される用量を含むがこれらに限定されない、複数の基準に依存する。
【0289】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む薬学的組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、又はこのようなエステルの塩を包含する。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む薬学的組成物は、ヒトを含む対象に投与される際、生物学的に活性な代謝物又はその残渣を（直接的又は間接的に）与えることができる。したがって、例えば、本開示は、オリゴマー化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物も対象とする。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される塩は、一価又は二価の無機塩などの無機塩を含む。好適な薬学的に許容される塩としては、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウム塩が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、プロドラッグは、修飾されたオリゴヌクレオチドに結合された１つ以上のコンジュゲート基を含み、このコンジュゲート基は、体内の内因性ヌクレアーゼによって切断される。ある特定の実施形態では、プロドラッグは、修飾されたオリゴヌクレオチドに結合された１つ以上のコンジュゲート基を含み、このコンジュゲート基は、体内の内因性ヌクレアーゼによって切断される。
【0290】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、凍結乾燥され、ナトリウム塩として単離される。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物のナトリウム塩は、薬学的に許容される希釈剤と混合される。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、滅菌食塩水、滅菌水、ＰＢＳ、又はａＣＳＦを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物のナトリウム塩は、ＰＢＳと混合される。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物のナトリウム塩は、ａＣＳＦと混合される。
【0291】
脂質部分は、様々な方法で核酸療法において使用されている。ある特定のそのような方法において、オリゴマー化合物のような核酸は、カチオン性脂質と中性脂質との混合物から調製された予め形成されたリポソーム又はリポプレックスに導入される。ある特定の方法において、モノ又はポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は、中性脂質の非存在下で形成される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞又は組織への医薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への医薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織に対する医薬剤の分布を増加させるように選択される。
【0292】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、送達系を含む。送達系の例としては、リポソーム及びエマルジョンが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含む特定の薬学的組成物の調製に有用である。ある特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどのある特定の有機溶媒が使用される。
【0293】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、特定の組織又は細胞型に本明細書で提供されるオリゴマー化合物を含む１つ以上の医薬剤を送達するように設計された、１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
【0294】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、共溶媒系を含む。ある特定のそのような共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水相を含む。ある特定の実施形態では、そのような共溶媒系は、疎水性化合物に使用される。そのような共溶媒系の非限定的な例は、ＶＰＤ共溶媒系であり、それは、３％ｗ／ｖベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性剤Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０（商標）、及び６５％ｗ／ｖポリエチレングリコール３００を含む無水エタノールの溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解性及び毒性特性を著しく改変することなく、かなり変化し得る。更に、共溶媒構成成分の同一性は、変化してもよく、例えば、他の界面活性剤が、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ８０（商標）の代わりに使用されてもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズは変化してもよく、他の生体適合性ポリマーが、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンを置き換えてもよく、他の糖又は多糖類が、デキストロースを置換してもよい。
【0295】
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、経口投与のために調製される。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、口腔内投与のために調製される。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）、神経内、神経周囲など）による投与のために調製される。ある特定のそのような実施形態では、薬学的組成物は、担体を含み、水などの水溶液中、又はハンクス溶液、リンガー溶液、若しくは生理食塩水緩衝剤などの生理学的に適合する緩衝剤中で製剤化される。ある特定の実施形態では、他の成分が含まれる（例えば、溶解性を補助するか、又は防腐剤として役立つ成分）。ある特定の実施形態では、注射可能な懸濁液は、適切な液体担体、懸濁液などを使用して調製される。注射用のある特定の薬学的組成物は、単位剤形、例えば、アンプル又は複数回投与容器内にある。注射用のある特定の薬学的組成物は、油性又は水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、又はエマルジョンであり、懸濁液、安定化剤、及び／又は分散剤などの処方剤を含み得る。注射用の薬学的組成物での使用に好適なある特定の溶媒には、ゴマ油などの親油性溶媒及び脂肪油、オレイン酸エチル又はトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、並びにリポソームが含まれるが、これらに限定されない。
【0296】
ある特定の条件下では、本明細書で開示する特定の化合物は、酸として機能する。そのような化合物は、プロトン化（遊離酸）形態で、又はイオン化されカチオンと会合した（塩）形態で図示又は記載され得るが、そのような化合物の水溶液は、そのような形態の間で平衡状態で存在する。例えば、水溶液中のオリゴヌクレオチドのリン酸結合は、遊離酸、アニオン、及び塩形態の間で平衡状態で存在する。別途示されない限り、本明細書に開示される化合物は、全てのそのような形態を含むよう意図されている。更に、ある特定のオリゴヌクレオチドは、いくつかのそのような結合を有し、その各々は均衡状態にある。したがって、溶液中のオリゴヌクレオチドは、複数の位置で全て平衡状態である、形態の集合として存在する。「オリゴヌクレオチド」という用語は、全てのそのような形態を含むことが意図される。図示される構造は、必然的に単一の形態が描かれる。それにもかかわらず、別途示されない限り、そのような描写は、同様に対応する形態を含むよう意図されている。本明細書では、化合物の遊離酸の後に「又はその塩」又は「又はその薬学的に許容される塩」という用語が後に続く構造は、完全又は部分的にプロトン化されている／脱プロトン化されている／カチオン又はカチオンの組み合わせと会合し得る全てのそのような形態を明らかに含む。ある特定の実施形態では、１つ以上のある特定のカチオンが、特定される。カチオンとしては、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、化合物の遊離酸の後に「又はその薬学的に許容される塩」という用語が後に続く構造は、完全又は部分的にプロトン化されている／脱プロトン化されている／ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムから選択される、１つ以上のカチオンと会合し得る全てのそのような形態を明らかに含む。
【0297】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、ナトリウムを含む水溶液中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、カリウムを含む水溶液中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、ＰＢＳ中にある。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、水中にある。ある特定のそのような実施形態では、溶液のｐＨは、ＮａＯＨ及び／又はＨＣｌで調整され、所望のｐＨを達成する。
【0298】
本明細書において、ある特定の用量が記載される。用量は、投薬単位の形態であり得る。説明を明確にするため、ミリグラム単位の修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物の用量（又は投与単位）は、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物の遊離酸形態の質量を示す。上記のように、水溶液中では、遊離酸はアニオン型及び塩型の平衡状態にある。しかしながら、用量を計算する目的のために、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物が、無溶媒、無酢酸ナトリウム、無水、遊離酸として存在すると仮定される。例えば、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物がナトリウムを含む溶液中にある場合（例えば、生理食塩水）、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、部分的又は完全に脱プロトン化され、Ｎａ＋イオンと会合し得る。しかしながら、それでも、プロトンの質量は、用量の重量に計数され、Ｎａ＋イオンの質量は、用量の重量に計数されない。したがって、例えば、１０ｍｇの化合物番号１５５７９９３の用量又は投薬単位は、１０ｍｇの重量を有する完全にプロトン化された分子の数に等しい。これは、無溶媒、無酢酸ナトリウム、無水ソディエーションした（ｓｏｄｉａｔｅｄ）化合物番号１５５７９９３の１０．５１ｍｇに相当する。オリゴマー化合物がコンジュゲート基を含む場合、コンジュゲート基の質量は、そのようなオリゴマー化合物の用量の計算に含まれる。コンジュゲート基がまた酸を有する場合、コンジュゲート基も同様に、用量を計算する目的で完全にプロトン化されていると仮定される。
【0299】
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物が、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムを含むａＣＳＦなどの溶液中にある場合、修飾されたオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物は、部分的又は完全に脱プロトン化され、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及び／又はマグネシウムと会合し得る。しかしながら、それでも、プロトンの質量は、用量の重量に計数され、ナトリウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウムイオンの質量は、用量の重量に計数されない。
【0300】
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物がコンジュゲート基を含む場合、コンジュゲート基の質量は、そのようなオリゴマー化合物の用量の計算に含まれる。コンジュゲート基がまた酸を有する場合、コンジュゲート基も同様に、用量を計算する目的で完全にプロトン化されていると仮定される。
【0301】
Ｖ．ある特定のホットスポット領域
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２内の一部と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１８核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、２’－ＭＯＥ糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、（５’から３’へ）ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを含む。
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２内の一部と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１８核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、２’－ＭＯＥ糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの全てのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、（５’から３’へ）ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓのヌクレオシド間結合モチーフを含む。
【0302】
配列番号３４、２６８、３４５、４２４、５０１、５７９、６５７、７３５、８００、８０１、８０６、８１２、８１３、８１６、８２１、８２８、８４４、及び８４７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２の一部と相補的である。
【0303】
化合物番号１２１２１７７、１２１２１７８、１２１２１７９、１２１２１８０、１２１２１８１、１２１２１８２、１２１２１８３、１２１２１８４、１３６６７５７、１３６６７５８、１３６６７６３、１３６６７６９、１３６６７７０、１３６６７７３、１３６６７７８、１３６６７８５、１３６６８０１、及び１３６６８０４の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２内の一部と相補的である。
【0304】
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２内の一部と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準インビトロアッセイにおいてプログラニュリンＲＮＡの少なくとも１００％の発現を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基８，４９７～８，５５２内の一部と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準インビトロアッセイにおいて平均でプログラニュリンＲＮＡの１４７％の発現を達成する。
【0305】
非限定的な開示及び参照による組み込み
本明細書に列記される文献及び特許公開は各々、参照によりその全体が組み込まれる。本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が、ある特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証するものにすぎず、それを限定するようには意図されていない。本出願に列挙される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号、ＥＮＳＥＭＢＬ識別子などは各々、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に列記される文献及び特許公開は各々、参照によりその全体が組み込まれる。本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が、ある特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証するものにすぎず、それを限定するようには意図されていない。本出願に列挙される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号、ＥＮＳＥＭＢＬ識別子などは各々、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【0306】
本出願に添付している配列表は、各配列を必要に応じて「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」のいずれかとして特定しているが、実際には、これらの配列は化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者は、修飾されたオリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」としての指定は、ある特定の例では、任意であることを容易に理解するであろう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を有するＤＮＡ（ＤＮＡの１つの２’－Ｈの代わりに２’－ＯＨ）として、又は修飾された塩基を有するＲＮＡ（ＲＮＡのウラシルの代わりのチミン（メチル化ウラシル））として記載され得る。したがって、配列表にあるものを含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される核酸配列は、別途明記されない限り、修飾された核酸塩基を有するそのような核酸を含むがこれらに限定されない、天然若しくは修飾されたＲＮＡ及び／又はＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含するよう意図されている。更なる例として、限定することなく、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、修飾されているか又は修飾されていないかにかかわらず、これらに限定されないが、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの並びに「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＤＮＡ塩基及びいくつかのＲＮＡ塩基を有するものなどのＲＮＡ塩基を含むそのような化合物と、「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などの他の修飾された核酸塩基を有するオリゴマー化合物と、を含む、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含し、ｍＣは、５－位置でメチル基を含むシトシン塩基を示す。最後に、明確にするために、別途示されない限り、「配列番号Ｘの核酸塩基配列」という語句は、そのような配列番号Ｘにも記載されている任意の糖修飾又はヌクレオシド間結合修飾とは無関係である、その配列番号Ｘの核酸塩基の配列のみを指す。
【0307】
本明細書に記載されるある特定の化合物（例えば、修飾されたオリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を有し、したがってエナンチオマー、ジアステレオマー、及び（Ｒ）又は（Ｓ）として、糖アノマーなどのα若しくはβとして、又はアミノ酸などの（Ｄ）若しくは（Ｌ）として、絶対立体化学に関して定義され得る他の立体異性体配置を生じさせる。ある特定の立体異性体配置を有するとして描写又は記載される本明細書に提供される化合物は、示される化合物のみを含む。定義されていない立体化学で描写又は記載される本明細書に提供される化合物には、別途定めがない限り、全てのそのような可能な異性体（それらのステレオランダム及び光学的に純粋な形態を含む）が含まれる。同様に、別途示されない限り、本明細書の化合物の全てのシス異性体及びトランス異性体並びに互変異性形態も含まれる。本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、キラル的に純粋な又は濃縮された混合物、並びにラセミ混合物を含む。例えば、複数のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有するオリゴマー化合物は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のキラリティが制御されるか、又はランダムである、そのような化合物を含む。別途示されない限り、本明細書に記載の化合物は、対応する塩形態を含むことを意図している。
【0308】
本明細書に記載される化合物は、１個以上の原子が示される元素の非放射性同位体又は放射性同位体と置き換えられている変形形態を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書における化合物によって包含される同位体置換には、１Ｈの代わりに２Ｈ又は３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃ又は１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏ又は１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、又は３６Ｓが含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、オリゴマー化合物に治療又は研究ツールとしての使用に有益な新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物をイメージングなどの研究目的又は診断目的に好適なものにし得る。
【実施例】
【0309】
以下の実施例は、本開示のある特定の実施形態を例証するものであり、限定するものではない。更に、具体的な実施形態が提供される場合、発明者らは、それらの具体的な実施形態の一般的適用を企図した。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、同じ又は類似のモチーフを有する追加のオリゴヌクレオチドに対する合理的な裏付けを提供する。更に、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に出現する場合、同じ位置での他の高親和性修飾は、別途示されない限り、好適であるとみなされる。
【0310】
実施例１：インビトロ、単回投与でのヒトプログラニュリンに対する均一なホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する均一にＭＯＥ修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
ヒトプログラニュリン核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでプログラニュリンＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
ヒトプログラニュリン核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでプログラニュリンＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
【0311】
「開始部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１（ヌクレオチド４４３４２００１～４４３５６０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿００００１７．１１）、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２０８７．３）、又はその両方に対して１００％相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、その特定の標的核酸配列と１００％相補的でないことを示す。
【0312】
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１８ヌクレオシド長であり、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、（５’から３’へ）ｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅであり、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ糖部分を表す。修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’へ）ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓであり、各「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。
【0313】
１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度で培養したＡ－４３１細胞を、６，０００ｎＭの濃度で修飾されたオリゴヌクレオチドで、自由取り込みによって治療した。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、プログラニュリンＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４２４２６（配列番号３として本明細書で指定されるフォワード配列ＡＧＧＡＣＴＡＡＣＡＧＧＧＣＡＧＴＧＧ、配列番号４として本明細書で指定されるリバース配列ＣＡＧＣＡＧＣＣＡＴＡＣＴＴＣＣＣＡ、配列番号５として本明細書で指定されるプローブ配列ＴＴＧＴＣＣＡＧＣＴＣＧＧＴＣＡＴＧＴＧＴＣＣ）を使用して、プログラニュリンＲＮＡのアップレギュレーションを測定した。プログラニュリンＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化した。未治療の対照細胞中の量に対するプログラニュリンＲＮＡのパーセント（％ＵＴＣ）として結果を提示する。この実施例で説明される各個別の実験は、「ＡＩＤ」とラベル付けされた表列のアッセイ識別文字によって識別される。
【0314】
「†」で印付けられた値は、ＲＮＡｉ化合物が、プライマープローブセットのアンプリコン領域と相補的であることを示す。「Ｎ．Ｄ．」と印付けられた値は、定義されていない。この実施例で説明される各個別の実験は、「ＡＩＤ」とラベル付けされた表列のアッセイ識別文字によって識別される。
【0315】
【表1-1】
【0316】
【表1-2】
【0317】
【表1-3】
【0318】
【表1-4】
【0319】
【表1-5】
【0320】
【表1-6】
【0321】
【表1-7】
【0322】
【表1-8】
【0323】
【表1-9】
【0324】
【表1-10】
【0325】
【表1-11】
【0326】
【表1-12】
【0327】
【表1-13】
【0328】
【表1-14】
【0329】
【表1-15】
【0330】
【表1-16】
【0331】
【表1-17】
【0332】
実施例２：インビトロ、単回投与でのヒトプログラニュリンに対する均一なホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する均一にＭＯＥ修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
ヒトプログラニュリン核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでプログラニュリンＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
ヒトプログラニュリン核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでプログラニュリンＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
【0333】
「開始部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１（ヌクレオチド４４３４２００１～４４３５６０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＣ＿００００１７．１１）、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２０８７．３）、又はその両方に対して１００％相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、その特定の標的核酸配列と１００％相補的でないことを示す。
【0334】
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１８ヌクレオシド長であり、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、（５’から３’へ）ｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅであり、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ糖部分を表す。修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’へ）ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓであり、各「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。
【0335】
１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度で培養したＡ－４３１細胞を、４，０００ｎＭの濃度で修飾されたオリゴヌクレオチドで、自由取り込みによって処理した。約４８時間の治療期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、プログラニュリンＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４２４２６（本明細書で上記）を使用して、プログラニュリンＲＮＡのアップレギュレーションを測定した。プログラニュリンＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化した。未治療の対照細胞中の量に対するプログラニュリンＲＮＡのパーセント（％ＵＴＣ）として結果を提示する。
【0336】
【表2-1】
【0337】
【表2-2】
【0338】
実施例３：インビトロ、複数回投与でのヒトプログラニュリンへの修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、Ａ－４３１細胞において試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同じ培養条件を使用する一連の実験で試験した。各実験の結果を以下に示す別個の表に示す。
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、Ａ－４３１細胞において試験した。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同じ培養条件を使用する一連の実験で試験した。各実験の結果を以下に示す別個の表に示す。
【0339】
１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度でプレーティングしたＡ－４３１細胞を、以下の表に示されるように、様々な用量で自由取り込みによって治療した。約４８時間の治療期間後、全ＲＮＡを細胞から単離し、プログラニュリンＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプログラニュリンプライマープローブセットＲＴＳ４２４２６（本明細書で上記）を使用して、プログラニュリンＲＮＡを測定した。プログラニュリンＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化した。未治療の対照細胞中の量に対するプログラニュリンＲＮＡのパーセント（％ＵＴＣ）として、以下の表に結果を提示する。未治療の対照細胞に対する２０μＭでのプログラニュリンＲＮＡの量の倍率増加を計算し、以下の表に提示する。
【0340】
【表3】
【0341】
【表4】
【0342】
【表5】
【0343】
【表6】
【0344】
【表7】
【0345】
実施例４：ヒトプログラニュリンＲＮＡに相補的な混合されたＰＳ／ＰＯヌクレオシド間結合を有する均一なＭＯＥ修飾されたオリゴヌクレオチドの設計
ヒトプログラニュリンＲＮＡに相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを、以下の表８に記載されるように設計した。
ヒトプログラニュリンＲＮＡに相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを、以下の表８に記載されるように設計した。
【0346】
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、１８ヌクレオシド長であり、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、（５’から３’へ）ｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅｅであり、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ糖部分を表す。修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’へ）ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓｓｓｓｓｓであり、各「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。
【0347】
「開始部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において修飾されたオリゴヌクレオチドが相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１（本明細書で上記）、配列番号２（本明細書で上記）、又はその両方に対して１００％相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、その特定の標的核酸配列と１００％相補的でないことを示す。
【0348】
【表8】
【0349】
実施例５：単回用量でのＨ４細胞におけるヒトＧＲＮと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、インビトロでプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。また、対照スクランブルされた修飾されたオリゴヌクレオチド（「対照スクランブルＡＳＯ」）（均一に２’ＭＯＥ修飾された、核酸塩基配列（５’から３’へ）ＴＴＡＧＴＴＴＡＡＴＣＡＣＧＣＴＣＧ（配列番号１０）を有するホスホロチオエート骨格）を試験した。
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、インビトロでプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。また、対照スクランブルされた修飾されたオリゴヌクレオチド（「対照スクランブルＡＳＯ」）（均一に２’ＭＯＥ修飾された、核酸塩基配列（５’から３’へ）ＴＴＡＧＴＴＴＡＡＴＣＡＣＧＣＴＣＧ（配列番号１０）を有するホスホロチオエート骨格）を試験した。
【0350】
Ｈ４ヒト神経膠腫細胞（ＡＴＣＣ ＨＴＢ－１４８）を、５０００ｎＭの濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで２４時間治療した。プログラニュリンレベルを、ＥＬＩＳＡによって細胞溶解物中で測定した。プログラニュリン濃度を、サンドイッチＥＬＩＳＡアッセイ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、ＤＰＧＲＮ０）を使用して、ウェル当たり１０～１５μｌの溶解物（典型的には、ウェル当たり８～２０μｇの総タンパク質）を使用して、二連で決定した。データは、平均＋／－ＳＤとして図１Ａに提示され、Ｄｕｎｎｅｔｔ事後検定を用いた一元配置分散分析によって決定される場合、＊はｐ＜０．０５を示し、＊＊はｐ＜０．０１を示し、＊＊＊はｐ＜０．００１を示し、＊＊＊＊はｐ＜０．０００２を示す。
【0351】
Ｈ４ヒト神経膠腫細胞を、１０μＭの濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで２４時間治療した。ウェスタンブロットによって、細胞溶解物中のプログラニュリンレベルを測定した（図１Ｂ、図１Ｃ、及び図１Ｄ）。別個の実験では、Ｈ４細胞を１０μＭの修飾されたオリゴヌクレオチドで２４時間治療し、細胞溶解物中のプログラニュリンレベル、並びに馴化培地中の分泌されたプログラニュリンレベルをウェスタンブロットによって評価した。細胞プログラニュリンレベルを増加させる修飾されたオリゴヌクレオチド（図１Ｅの上パネル）は、培地中の分泌されたプログラニュリンレベルも増加させた（図１Ｅの下パネル）。
【0352】
免疫ブロット分析に使用される一次抗体としては、アミノ酸４９７～５１５間のエピトープを認識する抗ヒトプログラニュリンリンカー５ポリクローナル抗体＃６１４（Ｎｇｕｙｅｎ，Ａ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８８，８６２７－８６３５（２０１３））、抗ヒトビンクリンモノクローナル抗体（タンパク質レベルのためのローディング対照）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１３９０１）が挙げられる。
【0353】
実施例６：複数回用量でのインビトロでのヒトＧＲＮと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチド、及び上述の対照スクランブルＡＳＯを、Ｈ４細胞においてプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。細胞を、図２Ａ～２Ｆに示される用量で、修飾されたオリゴヌクレオチドで２４時間治療した。プログラニュリンレベルを、実施例５のように、ＥＬＩＳＡによって細胞溶解物中で測定した。データは、示されるＥＣ５０値を用いて、平均±ＳＤとして提示される。
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチド、及び上述の対照スクランブルＡＳＯを、Ｈ４細胞においてプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。細胞を、図２Ａ～２Ｆに示される用量で、修飾されたオリゴヌクレオチドで２４時間治療した。プログラニュリンレベルを、実施例５のように、ＥＬＩＳＡによって細胞溶解物中で測定した。データは、示されるＥＣ５０値を用いて、平均±ＳＤとして提示される。
【0354】
実施例７：ｉＰＳＣ由来ニューロンにおけるヒトＧＲＮと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチド、及び上述の対照スクランブルＡＳＯを、ｉＰＳＣ由来ニューロンにおいてプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。ｉ３皮質ニューロンへの分化のためのドキシサイクリン応答性ニューロゲニン－２（ＮＧＮ２）発現を有するヒトｉＰＳＣを、記載されているように調製した（Ｆｅｒｎａｎｄｏｐｕｌｌｅ，Ｍ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ． Ｐｒｏｔｏｃ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．７９，ｅ５１（２０１８））。２週間の分化の後、ｉ３ニューロンを、示される濃度（μＭ）で３～４日間、修飾されたオリゴヌクレオチドで治療した。ウェスタンブロット分析を実施例５と同様に実施し、データを図３に示す。
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチド、及び上述の対照スクランブルＡＳＯを、ｉＰＳＣ由来ニューロンにおいてプログラニュリンタンパク質レベルへのそれらの効果について試験した。ｉ３皮質ニューロンへの分化のためのドキシサイクリン応答性ニューロゲニン－２（ＮＧＮ２）発現を有するヒトｉＰＳＣを、記載されているように調製した（Ｆｅｒｎａｎｄｏｐｕｌｌｅ，Ｍ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ． Ｐｒｏｔｏｃ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．７９，ｅ５１（２０１８））。２週間の分化の後、ｉ３ニューロンを、示される濃度（μＭ）で３～４日間、修飾されたオリゴヌクレオチドで治療した。ウェスタンブロット分析を実施例５と同様に実施し、データを図３に示す。
【0355】
実施例８：インビボでのヒトＧＲＮと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
ヒトＧＲＮについてのマウスにおけるホモ接合性ノックを、ヘテロ接合性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊブリーダーペアから調製した（Ｐｅｔｋａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．Ｄｉｓ．１５３，１０５３１４（２０２１））。これらのトランスジェニックＧＲＮマウスを、右側脳室へのボーラス脳室内注射によって５００μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドで治療した（Ｊａｆａｒ－Ｎｅｊａｄ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４９，６５７－６７３（２０２１）、Ｆａｒｒ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ Ｄｉｓ．４０，１００５－１０１６（２０１４））。投与から３週間後、マウスを安楽死させ、タンパク質分析のために脳組織を収集した。ＥＬＩＳＡにより決定した、示される修飾されたオリゴヌクレオチドで治療されたマウス、上述の対照スクランブルＡＳＯ、及び生理食塩水で治療したマウスの皮質におけるヒトプログラニュリンレベル（プログラニュリンレベルは二連で決定した）を、図４Ｂ及び図４Ｃに示す。スクランブル対照ＡＳＯを受けた同性のマウスと比較して、化合物１５５７９９３で治療された雄マウス及び雌マウスにおいて、ヒトプログラニュリンレベルは、それぞれ５３％及び５５％増加した。データは、平均±ＳＥＭとして提示され、Ｄｕｎｎｅｔｔ事後検定を用いた一元配置分散分析によって決定される場合、＊はｐ＜０．０５を示す。非Ｔｇ＝未治療の非トランスジェニックマウスであって、トランスジェニックマウスの同腹仔であり、ヒトＧＲＮ対立遺伝子を保有しない、非トランスジェニックマウス。対照、又は化合物１５５７９９３（図４Ｃ）で治療された雄マウスの皮質、視床、及び海馬におけるヒトプログラニュリンのウェスタンブロットを実施例５と同様に実施し、化合物で治療された雄マウスの皮質、視床、及び海馬におけるヒトプログラニュリンの増加を示している。
ヒトＧＲＮについてのマウスにおけるホモ接合性ノックを、ヘテロ接合性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊブリーダーペアから調製した（Ｐｅｔｋａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．Ｄｉｓ．１５３，１０５３１４（２０２１））。これらのトランスジェニックＧＲＮマウスを、右側脳室へのボーラス脳室内注射によって５００μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドで治療した（Ｊａｆａｒ－Ｎｅｊａｄ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４９，６５７－６７３（２０２１）、Ｆａｒｒ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ Ｄｉｓ．４０，１００５－１０１６（２０１４））。投与から３週間後、マウスを安楽死させ、タンパク質分析のために脳組織を収集した。ＥＬＩＳＡにより決定した、示される修飾されたオリゴヌクレオチドで治療されたマウス、上述の対照スクランブルＡＳＯ、及び生理食塩水で治療したマウスの皮質におけるヒトプログラニュリンレベル（プログラニュリンレベルは二連で決定した）を、図４Ｂ及び図４Ｃに示す。スクランブル対照ＡＳＯを受けた同性のマウスと比較して、化合物１５５７９９３で治療された雄マウス及び雌マウスにおいて、ヒトプログラニュリンレベルは、それぞれ５３％及び５５％増加した。データは、平均±ＳＥＭとして提示され、Ｄｕｎｎｅｔｔ事後検定を用いた一元配置分散分析によって決定される場合、＊はｐ＜０．０５を示す。非Ｔｇ＝未治療の非トランスジェニックマウスであって、トランスジェニックマウスの同腹仔であり、ヒトＧＲＮ対立遺伝子を保有しない、非トランスジェニックマウス。対照、又は化合物１５５７９９３（図４Ｃ）で治療された雄マウスの皮質、視床、及び海馬におけるヒトプログラニュリンのウェスタンブロットを実施例５と同様に実施し、化合物で治療された雄マウスの皮質、視床、及び海馬におけるヒトプログラニュリンの増加を示している。
【図1A】
【図1B】
【図1CD】
【図1E】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図2D】
【図2E】
【図2F】
【図3】
【図4】
【配列表】
【国際調査報告】