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特表2024-540722変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を含む組換え／融合ポリペプチド
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-11-01
(54)【発明の名称】変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を含む組換え／融合ポリペプチド
(51)【国際特許分類】
C07K 19/00 20060101AFI20241025BHJP
C12N 9/48 20060101ALI20241025BHJP
C07K 16/10 20060101ALI20241025BHJP
C12N 15/62 20060101ALI20241025BHJP
C12N 15/57 20060101ALI20241025BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20241025BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20241025BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20241025BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20241025BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20241025BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20241025BHJP
A61K 38/48 20060101ALI20241025BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20241025BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20241025BHJP
【ＦＩ】
C07K19/00 ZNA
C12N9/48
C07K16/10
C12N15/62 Z
C12N15/57
C12N15/13
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
A61K38/48
A61P31/14
A61K39/395 W
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024525746
(86)(22)【出願日】2022-10-27
(85)【翻訳文提出日】2024-06-07
(86)【国際出願番号】 SG2022050775
(87)【国際公開番号】W WO2023075697
(87)【国際公開日】2023-05-04
(31)【優先権主張番号】10202112143T
(32)【優先日】2021-11-01
(33)【優先権主張国・地域又は機関】SG
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】503231882
【氏名又は名称】エージェンシー フォー サイエンス，テクノロジー アンド リサーチ
(74)【代理人】
【識別番号】100136629
【弁理士】
【氏名又は名称】鎌田 光宜
(74)【代理人】
【識別番号】100080791
【弁理士】
【氏名又は名称】高島 一
(74)【代理人】
【識別番号】100125070
【弁理士】
【氏名又は名称】土井 京子
(74)【代理人】
【識別番号】100121212
【弁理士】
【氏名又は名称】田村 弥栄子
(74)【代理人】
【識別番号】100174296
【弁理士】
【氏名又は名称】當麻 博文
(74)【代理人】
【識別番号】100137729
【弁理士】
【氏名又は名称】赤井 厚子
(74)【代理人】
【識別番号】100152308
【弁理士】
【氏名又は名称】中 正道
(74)【代理人】
【識別番号】100201558
【弁理士】
【氏名又は名称】亀井 恵二郎
(72)【発明者】
【氏名】ワン、チェン－イ
(72)【発明者】
【氏名】リー、チア イン
(72)【発明者】
【氏名】ミンハット、ラビアトゥル アダウィヤ ビンテ
(72)【発明者】
【氏名】ワン、ベイ
(72)【発明者】
【氏名】フーバー、ローランド
(72)【発明者】
【氏名】デファルコ、ルイス
(72)【発明者】
【氏名】ホワン、チン－ウェン
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B065AA01X
4B065AA57X
4B065AA72X
4B065AA87X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA25
4B065CA27
4B065CA44
4C084AA02
4C084BA01
4C084BA08
4C084BA22
4C084BA23
4C084BA41
4C084CA53
4C084DC09
4C084NA14
4C084ZB331
4C085AA33
4C085BB42
4C085EE01
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA30
4H045BA10
4H045BA41
4H045CA40
4H045DA76
4H045DA89
4H045EA29
4H045FA74
(57)【要約】
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する結合親和性の改善された、アミノ酸位置Ｔ２７、Ｆ２８、Ｋ３１、Ｈ３４、Ｙ４１、及びＱ４２に１つ以上のアミノ酸置換を含む組み換え変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に関する。また、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１ Ｈ／Ｈ３４Ａ、Ｔ２７ＹＺ Ｋ３１ Ｈ／Ｈ３４Ｖ、及びＴ２７Ｙ／Ｋ３１ Ｙ／Ｈ３４Ｖを含むコンビナトリアル変異体ＡＣＥ２、並びにコロナウイルス感染を治療及び予防するための該変異体ＡＣＥ２の使用にも関する。
【選択図】図１Ａ
【選択図】図１Ａ
【特許請求の範囲】
【請求項1】
変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）タンパク質又はその断片と免疫グロブリン断片とを含む組換え／融合ポリペプチド。
【請求項2】
免疫グロブリンＦｃ断片（領域／ドメイン）、前記組換え／融合ポリペプチドの半減期を延長することができるタンパク質（例えば、アルブミン、ヒトアルブミン等）、結合価を高めることができるリンカー（例えば、剛性リンカー又はＧＧＧＧＳリピート等の可動性リンカー）、又はそれらの組み合わせを含み、例えば、前記免疫グロブリンＦｃ断片が、ヒトＩｇＧ Ｆｃ断片等のＩｇＧ Ｆｃ断片である、請求項１に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項3】
前記免疫グロブリン断片が、配列：ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２３）
を含む、請求項１又は２に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項4】
ウイルスタンパク質に結合する、請求項１～３のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項5】
前記ウイルスタンパク質が、コロナウイルスタンパク質又はフラビウイルス科タンパク質である、請求項１～４のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項6】
前記コロナウイルスが、重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等の重症急性呼吸器症候群ウイルスである、請求項５に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項7】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、１つ以上の変異、２つ以上の変異、３つ以上の変異、４つ以上の変異、５つ以上の変異、又は６つ以上の変異、又は７つ以上の変異、又は８つ以上の変異、例えば３つの変異を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項8】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置、例えば配列番号２４に記載の２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位に１つ以上の変異を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項9】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、２７位、３１位、及び３４位を含む群から選択されるアミノ酸位置、例えば配列番号２４に記載の２７位、３１位、及び３４位に変異を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項10】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｔ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｑ、Ｑ４２Ｇ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｈ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｋ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｄ、Ｋ３１Ｅ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｇ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｌ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｐ、Ｋ３１Ｓ、Ｋ３１Ｔ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｒ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｄ、Ｆ２８Ｅ、Ｆ２８Ｑ、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ｈ、Ｆ２８Ｉ、Ｆ２８Ｌ、Ｆ２８Ｋ、Ｆ２８Ｍ、Ｆ２８Ｆ、Ｆ２８Ｐ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ、Ｆ２８Ｖ；
Ｙ４１Ａ、Ｙ４１Ｒ、Ｙ４１Ｎ、Ｙ４１Ｄ、Ｙ４１Ｅ、Ｙ４１Ｑ、Ｙ４１Ｇ、Ｙ４１Ｈ、Ｙ４１Ｉ、Ｙ４１Ｌ、Ｙ４１Ｋ、Ｙ４１Ｍ、Ｙ４１Ｆ、Ｙ４１Ｐ、Ｙ４１Ｓ、Ｙ４１Ｔ、Ｙ４１Ｗ、Ｙ４１Ｙ、及びＹ４１Ｖ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項11】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ；
Ｙ４１Ｈ、及びＹ４１Ｆ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項12】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、Ｔ２７Ｙ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｈ、Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｖ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の変異を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項13】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、以下：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ、又は
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ
の変異の組み合わせのうちの１つを含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項14】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、以下：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ
の変異の組み合わせを含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項15】
ウイルスに結合可能であり、任意で、細胞侵入受容体に結合するウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等）の結合を遮断／干渉／阻害／妨害／中断することができる、請求項１～１４のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項16】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスを中和する又は中和を媒介する（又は開始させる）ことができる、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項17】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、ＡＣＥ２の天然ペプチダーゼ活性を消失させる１つ以上の変異を含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項18】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、２７３位及び／又は５０５位、例えば、配列番号２４に記載の２７３位及び／又は５０５位のアミノ酸位置に変異を含む、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項19】
前記ＡＣＥ２タンパク質又はその断片が、Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異、例えば、Ｒ２７３Ｑ及びＨ５０５Ｌの両方を更に含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項20】
Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異を含む組換え／融合タンパク質又はその断片が、配列：ＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＱＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＬＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２２）
を含む、請求項１９に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項21】
前記組換え／融合タンパク質又はその断片が、配列番号１～２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項22】
前記４組換え／融合ポリペプチド又はその断片が、配列番号１～４からなる群から選択されるアミノ酸配列、例えば、配列番号１を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド。
【請求項23】
請求項１～２２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド。
【請求項24】
請求項２３に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項25】
請求項２４に記載のベクターでトランスフェクトされた又は前記ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項26】
請求項１～２２のいずれかに記載の組換え／融合ポリペプチドを含む組成物。
【請求項27】
療法又は薬物として使用するための、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド又は請求項２６に記載の組成物。
【請求項28】
対象におけるウイルス感染の治療及び／又は予防において使用するための、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド又は請求項２６に記載の組成物。
【請求項29】
対象におけるウイルス感染を治療及び／又は予防するための医薬の製造における、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド又は請求項２６に記載の組成物の使用。
【請求項30】
それを必要とする対象においてウイルス感染を治療及び／又は予防する方法であって、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組換え／融合ポリペプチド又は請求項２６に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項31】
前記ウイルス感染が、コロナウイルス、特に重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等のコロナウイルス科のウイルスによって引き起こされる、請求項２７又は２８に記載の通り使用するための組換え／融合ポリペプチド若しくは組成物、請求項２９に記載の使用、又は請求項３０に記載の方法。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、広くは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスに結合可能な、変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を含む組換え／融合ポリペプチドに関する。また、該ポリペプチドを含む組成物、該ポリペプチドを用いる治療方法、及び他の使用も提供される。
【背景技術】
【0002】
特定のウイルスに対する中和抗体（ワクチンによって誘発されるものも含む）は、感染を有効に阻止することができるが、多くの場合、特異性が高すぎてパンデミック中に自然変異によって生じるウイルスバリアントを阻害することはできない。また、あるウイルスに対する中和抗体は、同じ侵入受容体を利用する他のウイルスと交差反応しないことが多い。例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（ＳＡＲＳ）抗体の大部分はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＣＯＶＩＤ－１９）と反応せず、その逆も同様である。
【0003】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む多くのコロナウイルスは、宿主細胞のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を侵入受容体として用いて感染を開始する。従って、ＡＣＥ２の細胞外ドメインは、コロナウイルスのスパイク受容体結合ドメインへの結合について宿主細胞のＡＣＥ２と競合することにより、全てのＡＣＥ２依存性ウイルスのデコイとして機能することができる可能性がある。
【0004】
しかし、ネイティブ（野生型）ＡＣＥ２はコロナウイルスのスパイクタンパク質に対する親和性が低いことが多い。従って、ＡＣＥ２を治療薬として使用するのに好適なものにするためには、複数のコロナウイルス及びそのバリアントに対するＡＣＥ２の親和性を改善する必要がある。
【発明の概要】
【0005】
一態様では、変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）タンパク質又はその断片と免疫グロブリン断片とを含む組換え／融合ポリペプチドが提供される。
【0006】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ断片（領域／ドメイン）、組換え／融合ポリペプチドの半減期を延長することができるタンパク質（例えば、アルブミン、ヒトアルブミン等）、結合価を高めることができるリンカー（例えば、剛性リンカー又はＧＧＧＧＳリピート等の可動性リンカー）、又はそれらの組み合わせを含み、例えば、免疫グロブリンＦｃ断片は、ヒトＩｇＧ Ｆｃ断片等のＩｇＧ Ｆｃ断片である。
【0007】
一実施形態では、免疫グロブリン断片は、配列：
ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２３）
を含む。
ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２３）
を含む。
【0008】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドはウイルスタンパク質に結合する。
【0009】
一実施形態では、ウイルスタンパク質はコロナウイルスタンパク質又はフラビウイルス科タンパク質である。
【0010】
一実施形態では、コロナウイルスは、重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等の重症急性呼吸器症候群ウイルスである。
【0011】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、１つ以上の変異、２つ以上の変異、３つ以上の変異、４つ以上の変異、５つ以上の変異、又は６つ以上の変異、又は７つ以上の変異、又は８つ以上の変異を含む。
【0012】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置、例えば配列番号２４に記載の２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位に１つ以上の変異を含む。
【0013】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、３１位、及び３４位を含む群から選択されるアミノ酸位置、例えば配列番号２４に記載の２７位、３１位、及び３４位に変異を含む。
【0014】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｔ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｑ、Ｑ４２Ｇ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｈ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｋ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｄ、Ｋ３１Ｅ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｇ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｌ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｐ、Ｋ３１Ｓ、Ｋ３１Ｔ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｒ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｄ、Ｆ２８Ｅ、Ｆ２８Ｑ、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ｈ、Ｆ２８Ｉ、Ｆ２８Ｌ、Ｆ２８Ｋ、Ｆ２８Ｍ、Ｆ２８Ｆ、Ｆ２８Ｐ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ、Ｆ２８Ｖ；
Ｙ４１Ａ、Ｙ４１Ｒ、Ｙ４１Ｎ、Ｙ４１Ｄ、Ｙ４１Ｅ、Ｙ４１Ｑ、Ｙ４１Ｇ、Ｙ４１Ｈ、Ｙ４１Ｉ、Ｙ４１Ｌ、Ｙ４１Ｋ、Ｙ４１Ｍ、Ｙ４１Ｆ、Ｙ４１Ｐ、Ｙ４１Ｓ、Ｙ４１Ｔ、Ｙ４１Ｗ、Ｙ４１Ｙ、及びＹ４１Ｖ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｔ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｑ、Ｑ４２Ｇ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｈ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｋ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｄ、Ｋ３１Ｅ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｇ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｌ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｐ、Ｋ３１Ｓ、Ｋ３１Ｔ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｒ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｄ、Ｆ２８Ｅ、Ｆ２８Ｑ、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ｈ、Ｆ２８Ｉ、Ｆ２８Ｌ、Ｆ２８Ｋ、Ｆ２８Ｍ、Ｆ２８Ｆ、Ｆ２８Ｐ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ、Ｆ２８Ｖ；
Ｙ４１Ａ、Ｙ４１Ｒ、Ｙ４１Ｎ、Ｙ４１Ｄ、Ｙ４１Ｅ、Ｙ４１Ｑ、Ｙ４１Ｇ、Ｙ４１Ｈ、Ｙ４１Ｉ、Ｙ４１Ｌ、Ｙ４１Ｋ、Ｙ４１Ｍ、Ｙ４１Ｆ、Ｙ４１Ｐ、Ｙ４１Ｓ、Ｙ４１Ｔ、Ｙ４１Ｗ、Ｙ４１Ｙ、及びＹ４１Ｖ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
【0015】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ；
Ｙ４１Ｈ、及びＹ４１Ｆ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ；
Ｙ４１Ｈ、及びＹ４１Ｆ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
【0016】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｔ２７Ｙ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｈ、Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｖ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
【0017】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、以下：
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ、又は
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ
の変異の組み合わせのうちの１つを含む。
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ、又は
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ
の変異の組み合わせのうちの１つを含む。
【0018】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、以下：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａの変異の組み合わせを含む。
【0019】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドはウイルスに結合可能であり、任意で、組換え／融合ポリペプチドは、細胞侵入受容体に結合するウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等）の結合を遮断／干渉／阻害／妨害／中断することができる。
【0020】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスを中和する又は中和を媒介する（又は開始させる）ことができる。
【0021】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、ＡＣＥ２の天然ペプチダーゼ活性を消失させる１つ以上の変異を含む。
【0022】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７３位及び／又は５０５位、例えば配列番号２４に記載の２７３位及び／又は５０５位のアミノ酸に変異を含む。
【0023】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異、例えば、Ｒ２７３Ｑ及びＨ５０５Ｌの両方を更に含む。
【0024】
一実施形態では、Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異を含む組換え／融合タンパク質又はその断片は、
ＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＱＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＬＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２２）の配列を含む。
ＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＱＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＬＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２２）の配列を含む。
【0025】
一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号１～２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0026】
一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号１～４からなる群から選択されるアミノ酸配列、例えば、配列番号１を含む。
【0027】
一態様では、上記で定義した組換え／融合ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが提供される。
【0028】
一態様では、上記で定義したポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。
【0029】
一態様では、上記で定義したベクターでトランスフェクトされたか又は該ベクターを含む宿主細胞が提供される。
【0030】
一態様では、上記で定義した組換え／融合ポリペプチドを含む組成物が提供される。
【0031】
一態様では、療法又は薬物として使用するための、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物が提供される。
【0032】
一態様では、対象におけるウイルス感染の治療及び／又は予防において使用するための使用するための、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物が提供される。
【0033】
一態様では、対象におけるウイルス感染を治療及び／又は予防するための医薬の製造における、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物の使用が提供される。
【0034】
一態様では、それを必要とする対象においてウイルス感染を治療及び／又は予防する方法であって、上記で定義される組換え／融合ポリペプチド又は組成物を該対象に投与することを含む方法が提供される。
【0035】
一実施形態では、ウイルス感染は、コロナウイルス、特に重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等のコロナウイルス科のウイルスによって引き起こされる。
【図面の簡単な説明】
【0036】
【図1A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（モデル１）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（モデル２）のウイルスに結合するＡＣＥ２の構造モデリングを示す。
【図1B】より親和性の高い結合ポリペプチドを計算により予測するためのフローチャートを示す。
【図2】Ｏｃｔｅｔバイオレイヤー干渉（ＢＬＩ）センサＯｃｔｅｔバイオレイヤー干渉（ＢＬＩ）センサに固定化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤタンパク質に対する粗ＡＣＥ２ポリペプチドバリアントの反応速度測定を示す。
【図3A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＣＯＶＩＤ－１９）に対するＡＣＥ２バリアントの解離速度（ｋｏｆｆ）を示す。
【図3B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ（ＳＡＲＳ）に対するＡＣＥ２バリアントの解離速度（ｋｏｆｆ）を示す。
【図4A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルスのＲＢＤに対するＡＣＥ２バリアントの親和性測定を示す。
【図4B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルスのＲＢＤに対するＡＣＥ２バリアントの反応速度測定を示す。
【図5】偽ウイルス中和アッセイによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、そのバリアント、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対するＡＣＥ２バリアントのＥＣ５０値（ｎｇ／ｍＬ）を示す。数値は２回の独立した測定の平均を表す。
【図6】ＢＬＩアッセイによって測定したコウモリＳＡＲＳ様コロナウイルスのＲＢＤに対するＡＣＥ２－ＹＨＡ－Ｆｃバリアント及び野生型ＡＣＥ２の結合親和性を示す。ＡＣＥ２－ＹＨＡ－Ｆｃ及びＷＴ ＡＣＥ２－ＦｃはいずれもＲ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌ変異を有する。２００ｎＭ～３．１２５ｎＭのＭＢＰ－ＴＥＶ－ＲＢＤ濃度範囲（２倍希釈）を用いて、固定化されたＡＣＥ２－ＦｃのコウモリＲＢＤへの結合を試験した。
【発明を実施するための形態】
【0037】
定義
本明細書で使用するとき、「組換えポリペプチド」という用語は、任意の組換えＤＮＡ技術を用いて作製されたポリペプチドを指す。
本明細書で使用するとき、「組換えポリペプチド」という用語は、任意の組換えＤＮＡ技術を用いて作製されたポリペプチドを指す。
【0038】
本明細書で使用するとき、「融合ポリペプチド」という用語は、別々の遺伝子によってコードされており、２つのドメインが単一ユニットとして転写及び翻訳され、それによって単一のポリペプチドを産生するように接合されている少なくとも２つのドメインを含むポリペプチドを指す。
【0039】
本明細書で使用するとき、「ポリペプチド」という用語は、ペプチド結合を介して接続された任意の数のアミノ酸残基の単一線状鎖を指す。
【0040】
本明細書で使用するとき、「アンジオテンシン変換酵素２」又は「ＡＣＥ２」という用語は、ジペプチジルカルボキシジペプチダーゼのアンジオテンシン変換酵素ファミリーに属し、ヒトアンジオテンシン１変換酵素とかなりの相同性を有するタンパク質を指す。ＡＣＥ２は、アンジオテンシンＩのアンジオテンシン１－９への、アンジオテンシンＩＩの血管拡張剤アンジオテンシン１－７への切断を触媒する。ＡＣＥ２は、様々なヒトの臓器で発現することが知られており、その臓器及び細胞特異的な発現から、心臓血管及び腎臓の機能、更には生殖機能の調節において役割を果たしている可能性があることが示唆されている。更に、コードされているタンパク質は、ヒトコロナウイルスＨＣｏＶ－ＮＬ６３並びにヒト重症急性呼吸器症候群コロナウイルスＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（後者はコロナウイルス疾患－２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）の原因物質である）のスパイク糖タンパク質の機能的受容体である。この遺伝子には複数のスプライスバリアントが見出されており、ｄＡＣＥ２（又はＭＩＲｂ－ＡＣＥ２）のスプライスバリアントはインターフェロン誘導性であることが判明している。指定しない限り、ＡＣＥ２という用語は、一般に、ヒトＡＣＥ２（Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｑ９ＢＹＦ１及び／又はＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６８５７６．１）又はヌクレオチドＮＭ ０２１８０４．３によってコードされているものを指す。
【0041】
本明細書で使用するとき、「免疫グロブリン」又は「抗体」という用語は、２本の同一の重鎖及び２本の同一の軽鎖を含む二価のＹ字形分子を指す。ジスルフィド結合は、重鎖と軽鎖との対及び２本の重鎖を互いに連結させる。各鎖は、配列が異なり、抗原結合に関与する１つの可変ドメインからなり、これらはそれぞれ重鎖及び軽鎖についてＶＨドメイン及びＶＬドメインとして知られている。また、各鎖は、少なくとも１つの定常ドメインからなる。軽鎖には定常ドメイン（ＣＬ）が１つ存在し、重鎖には少なくとも３つ（ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３）、アイソタイプによって時には４つ（ＣＨ４）存在する。ヒトには、ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を含む）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４のサブクラスを含む）、及びＩｇＭを含む５つの異なるクラス又はアイソタイプの抗体が存在する。
【0042】
本明細書で使用するとき、「免疫グロブリン断片」という用語は、Ｆａｂ、改変Ｆａｂ、Ｆａｂ’、改変Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、Ｆａｂ－Ｆｖ、Ｆａｂ－ｄｓＦｖ、シングルドメイン抗体（例えば、ＶＨ又はＶＬ又はＶＨＨ）、ｓｃＦｖ、二価、三価、又は四価の抗体、Ｂｉｓ－ｓｃＦｖ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、及び上記のいずれかのエピトープ結合断片であってよいがこれらに限定されない抗体を指す（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ａｎｄ Ｈｕｄｓｏｎ，２００５，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３（９）：１１２６－１１３６；Ａｄａｉｒ ａｎｄ Ｌａｗｓｏｎ，２００５，Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ Ｒｅｖｉｅｗｓ － Ｏｎｌｉｎｅ ２（３），２０９－２１７を参照）。これら抗体断片を作製及び製造する方法は、当技術分野において周知である（例えば、Ｖｅｒｍａ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，２１６，１６５－１８１を参照）。
【0043】
本明細書で使用するとき、「ウイルスタンパク質」という用語は、ウイルスによって生成される任意のタンパク質、例えばウイルスエンベロープ又はウイルスカプシドタンパク質を指す。
【0044】
本明細書で使用するとき、「コロナウイルス」という用語は、プラス鎖一本鎖ＲＮＡゲノム及びヌクレオキャプシド又はらせん対称を有する、エンベロープを有するウイルス群を指す。コロナウイルスは、その表面から突き出た棍棒状のスパイクを特徴とし、電子顕微鏡写真では星のコロナに似ていることからこの名前がついた。コロナウイルスの例としては、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、アルファコロナウイルス１、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ（ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、ヒトコロナウイルスＮＬ６３（ＨＣｏＶ－ＮＬ６３）、ヒトコロナウイルスＯＣ４３（ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）、ヒトコロナウイルスＨＫＵ１（ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１）、ベータコロナウイルス１、中東呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＭＥＲＳ－Ｃｏｖ）、ネズミコロナウイルス、トリコロナウイルス、ブタコロナウイルスＨＫＵ１５等が挙げられるが、これらに限定されない。
【0045】
本明細書で使用するとき、「フラビウイルス科」という用語は、主にダニ及び蚊等の節足動物媒介者を介して伝播する、プラス鎖一本鎖エンベロープＲＮＡウイルスのファミリーを指す。フラビウイルス科のメンバーとしては、西ナイルウイルス、デングウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、黄熱ウイルス、ジカウイルス等が挙げられるが、これらに限定されない。
【0046】
本明細書で使用するとき、「重症急性呼吸器症候群コロナウイルス１」又は「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１」という用語は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）の原因となるコロナウイルスの株を指す。
【0047】
本明細書で使用するとき、「重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２」又は「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」という用語は、新型コロナウイルス疾患２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）の原因となるコロナウイルスを指す。
【0048】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２はいずれも、肺内の上皮細胞に感染する、エンベロープを有するプラス鎖一本鎖ＲＮＡウイルスである。ウイルスはＡＣＥ２に結合することによって宿主細胞に侵入し、ヒト、コウモリ、及びネコを含むがこれらに限定されない様々な生物に感染することが知られている。
【0049】
「Ｓタンパク質」と略される「スパイクタンパク質」及び「表面糖タンパク質」と互換的に使用される「ラージスパイク糖タンパク質」という用語は、本明細書で使用するとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質を指す。Ｓタンパク質は、Ｓ１及びＳ２サブユニットと呼ばれる２つのサブユニットからなる１８０～２００ｋＤａの三量体クラスＩ融合タンパク質である。Ｓ１サブユニット（記号：ＣｏＶ＿Ｓ１、Ｐｆａｍ：ＰＦ０１６００、ＩｎｔｅｒＰｒｏ：ＩＰＲ００２５５１）は、６７２アミノ酸（Ｓタンパク質の残基１４～６８５）で構成され、ヒト受容体アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）との相互作用を介した宿主細胞への結合の媒介に関与している。Ｓ２（記号：ＣｏＶ＿Ｓ２、Ｐｆａｍ：ＰＦ０１６０１、ＩｎｔｅｒＰｒｏ：ＩＰＲ００２５５２）サブユニットは、５８８アミノ酸（残基６８６～１２７３）で構成され、２つの７アミノ酸繰り返しドメインを介して６ヘリックス束を形成することによりウイルス細胞膜の融合を媒介する。従って、Ｓタンパク質は、宿主細胞との結合及び侵入において重要な役割を果たしている。Ｓタンパク質のアミノ酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋ番号ＱＨＤ４３４１６．１に記載されている。
【0050】
本明細書で使用するとき、「変異」という用語は、ペプチド、ポリペプチド、若しくはタンパク質のアミノ酸配列の変化、又はペプチド、ポリペプチド、若しくはタンパク質をコードしている核酸配列の変化を指す。変異の４つの主な原因は、自然変異、複製中のエラーによる変異、ＤＮＡ修復中に導入される変異、及び変異原によって引き起こされる誘発変異である。変異は、遺伝子の重複、倍数化、及び大きな染色体領域の欠失等の大規模な変異と、挿入、欠失、及び置換等の通常１個又は数個のヌクレオチドに影響する小規模な変異とに更に分類することができる。
【0051】
本明細書で使用するとき、「中和」という用語は、典型的には、ウイルス粒子の表面、そのような結合ウイルス受容体に結合し、それによってウイルスの転写又は合成に先行するウイルス複製サイクルの段階を遮断することにより、ウイルスの感染性を低下させることを指す。
【0052】
本明細書で使用するとき、「対象」という用語は、患者及び非患者を含む。「患者」とという用語は、フラビウイルス感染等の医学的状態に罹患しているか又は罹患している可能性の高い個体を指し、一方、「非患者」とは、医学的状態に罹患しておらず、罹患する可能性の低い個体を指す。「非患者」は、健常個体、非疾患個体、及び／又は医学的状態を有していない個体を含む。「対象」という用語は、ヒト及び動物を含む。動物は、ネズミ等を含む。「ネズミ」とは、マウス、ラット等のネズミ科の任意の哺乳動物を指す。
【0053】
「治療」、「治療する」、及び「療法」という用語、並びにこれらの同義語は、本明細書で使用するとき、治療的な処置及び予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）又は防止的（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）な措置の両方を指し、その目的は、疾患（フラビウイルス感染症等）、症状、及び障害を含むがこれらに限定されない医学的状態を予防する又は減速させる（減弱する）ことである。また、医学的状態は、疾患又は障害、例えば炎症に対する身体の応答も含む。このような治療を必要としているものは、既に医学的状態を有しているものに加えて、医学的状態になりやすいもの又は医学的状態を予防したいものを含む。
【0054】
本明細書で使用するとき、「治療剤」という用語は、薬物、タンパク質、ペプチド、遺伝子、化学化合物、又は他の薬学的活性成分を指す。
【0055】
「及び／又は」という用語、例えば「Ｘ及び／又はＹ」は、「Ｘ及びＹ」又は「Ｘ又はＹ」のいずれかを意味すると理解され、両方の意味又はいずれかの意味についての明示的な裏付けを提供すると解釈されるべきである。
【0056】
更に、本明細書における記載では、「実質的に」という語は、使用される場合は常に、「全体に」又は「完全に」等を含むがこれらに限定されないと理解される。更に、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ、ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」等の用語は、使用される場合は常に、明示的には列挙されていない他の構成要素に加えてこのような用語の後に列挙されている要素／構成要素を広く含むという点で、制限のない説明的言語であることが意図される。例えば、「含む」が使用される場合、「ある」特徴への言及は、「少なくとも１つ」のその特徴への言及でもあることが意図される。「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ、ｃｏｎｓｉｓｔ）等の用語は、適切な文脈では、「含む」等の用語の部分集合であると考えられ得る。従って、「含む」等の用語を用いて本明細書に開示される実施形態では、これら実施形態が「からなる」等の用語を用いた対応する実施形態についての教示を提供することが理解されるであろう。更に、「約」、「およそ」等の用語は、使用される場合は常に、典型的には、合理的なばらつき、例えば、開示されている値の±５％のばらつき、又は開示されている値の４％のばらつき、又は開示されている値の３％のばらつき、開示されている値の２％のばらつき、又は開示されている値の１％のばらつきを意味する。
【0057】
更に、本明細書における記載では、特定の値を範囲で開示している場合がある。範囲の端点を示す値は、好ましい範囲を示すことが意図される。範囲が記載されている場合は常に、その範囲が、その範囲内の個々の数値に加えて全ての可能な部分範囲を網羅し、教示することが意図される。すなわち、範囲の端点を不変の限度であると解釈すべきではない。例えば、１％～５％の範囲の記述は、個々に１％、２％、３％、４％、及び５％等のその範囲内の値に加えて、１％～２％、１％～３％、１％～４％、２％～３％等の部分範囲も具体的に開示されることが意図される。また、範囲内の個々の数値には、整数、分数、及び小数も含まれることを理解されたい。更に、範囲が記載されている場合は常に、その範囲は、示されている数値の端点から更に小数点以下又は有効数字（適切な場合）２桁までの値を網羅し、教示することも意図される。例えば、１％～５％の範囲の記述は、１．００％～５．００％の範囲、また１．０％～５．０％の範囲及びその範囲に及ぶ全ての中間値（１．０１％、１．０２％．．．４．９８％、４．９９％、５．００％及び１．１％、１．２％．．．４．８％、４．９％、５．０％等）も具体的に開示されることが意図される。上記の具体的な開示の意図は、任意の深さ／幅の範囲に適用可能である。
【0058】
本明細書で使用するとき、「少なくとも９５％同一」とは、その全長にわたって参照配列と９５％以上同一、例えば９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を指すことが意図される。同一性パーセントを計算するために、ソフトウェアプログラムを使用することができる。
【0059】
更に、幾つかの実施形態について説明するとき、本開示は、特定の一連の工程として方法及び／又はプロセスを開示している場合がある。しかし、特に必要とされない限り、方法又はプロセスは、開示された特定の一連の工程に限定されるべきではないことが理解されるであろう。他の一連の工程も可能であり得る。本明細書に開示される工程の特定の順序は、過度の制限として解釈されるべきではない。特に必要とされない限り、本明細書に開示される方法及び／又はプロセスは、記載されている順序で実行される工程に限定されるべきではない。一連の工程は変更してもよいが、依然として本開示の範囲内である。
【0060】
更に、本開示は、本明細書で論じた特徴／特性のうちの１つ以上を有する実施形態を提供するが、これら特徴／特性のうちの１つ以上は、他の代替実施形態では否定される場合もあり、本開示は、そのような否定及びこれら関連する代替実施形態についての裏付けを提供することが理解されるであろう。
【0061】
実施形態の説明
当業者であれば、広く記載されている本開示の趣旨又は範囲から逸脱することなく、本明細書に開示されている実施形態に他の変形及び／又は変更を加えることができることが理解されるであろう。例えば、本明細書の記載では、異なる例示的な実施形態の特徴は、異なる例示的な実施形態間で混合、結合、交換、組み込み、採用、改変、包含等を行ってもよい。従って、本実施形態は、全ての観点で例示的なものであり、制限的なものではないと考えられる。
当業者であれば、広く記載されている本開示の趣旨又は範囲から逸脱することなく、本明細書に開示されている実施形態に他の変形及び／又は変更を加えることができることが理解されるであろう。例えば、本明細書の記載では、異なる例示的な実施形態の特徴は、異なる例示的な実施形態間で混合、結合、交換、組み込み、採用、改変、包含等を行ってもよい。従って、本実施形態は、全ての観点で例示的なものであり、制限的なものではないと考えられる。
【0062】
一態様では、変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）タンパク質又はその断片と免疫グロブリン断片とを含む組換え／融合ポリペプチドが提供される。
【0063】
有利なことに、本明細書に開示されるポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）等のウイルスのスパイクタンパク質に対する結合親和性が改善されている。更に、開示されるポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの偽ウイルスに対する中和能が増強されている。従って、本明細書に開示されるポリペプチドは、療法、例えばＳＡＲＳ及びＣＯＶＩＤ－１９等のウイルス感染症の治療において使用できる可能性が高い。
【0064】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ断片（領域／ドメイン）、組換え／融合ポリペプチドの半減期を延長することができるタンパク質（例えば、アルブミン、ヒトアルブミン等）、結合価を高めることができるリンカー（例えば、剛性リンカー又はＧＧＧＧＳリピート等の可動性リンカー）、又はそれらの組み合わせを含み、例えば、免疫グロブリンＦｃ断片は、ヒトＩｇＧ Ｆｃ断片等のＩｇＧ Ｆｃ断片である。
【0065】
様々な実施形態では、免疫グロブリン断片は、Ｆｃ領域／ドメイン、１つ以上のＣＨ領域／ドメイン、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖Ｆｖ（ＳｃＦｖ）及び／又はＦｖ断片、ヒンジ領域／ドメイン、並びにそれらの断片又は部分を含み得るが、これらに限定されない。
【0066】
幾つかの実施形態では、組換え／融合ポリペプチドはまた、例えばＩｇの定常重鎖、可変重鎖、定常軽鎖、可変軽鎖、ヒンジ領域、及び／又はＦｃドメインの全部又は一部を含むがこれらに限定されない免疫グロブリン分子又は抗体の部分、並びにそれらのバリアントを含有していてもよい。例えば、本明細書に記載の組換え／融合ポリペプチドをヒトＩｇＧの一部と組み合わせてもよい。様々な実施形態では、免疫グロブリンのタイプは、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、及びＩｇＹ等であるがこれらに限定されない１つ以上のタイプを含み得る。様々な実施形態では、免疫グロブリンのタイプは、クラスＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、又はそれらのサブクラスの免疫グロブリンであってもよい。
【0067】
一実施形態では、免疫グロブリン断片は、ＩｇＧ Ｆｃ断片である。一実施形態では、免疫グロブリン断片は、ヒトＩｇＧ Ｆｃ断片、例えば配列番号２３を含むＦｃ断片である。従って、一実施形態では、免疫グロブリン断片は、配列：
ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２３）
を含む。
ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２３）
を含む。
【0068】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドはウイルスタンパク質に結合する。
【0069】
一実施形態では、ウイルスタンパク質はコロナウイルスタンパク質又はフラビウイルス科タンパク質である。
【0070】
一実施形態では、コロナウイルスは、重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等の重症急性呼吸器症候群ウイルスである。従って、一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する。
【0071】
様々な実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、アルファバリアント、ベータバリアント、ガンマバリアント、イプシロンバリアント、エータバリアント、イオタバリアント、カッパバリアント、カッパバリアント、ミューバリアント、ゼータバリアント、デルタバリアント等の当技術分野で公知の様々なバリアントを含む。様々な実施形態では、本明細書に記載のウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＣｏＶ－２ Ｖ４８３Ａ、ＣｏＶ－２ Ｇ４７６Ｓ、ＣｏＶ－２ Ｌ４５５Ｉ／Ｆ４５６Ｖ、ＣｏＶ－２ Ｖ４８３Ｉ、ＣｏＶ－２ Ｎ４３９Ｋ、ＣｏＶ－２ Ｓ４９４Ｐ、ＣｏＶ－２ Ｄ６１４Ｇ、ＣｏＶ－２ Ｓ４７７Ｎ、ＣｏＶ－２ Ａ２２２Ｖ、ＣｏＶ－２ Ｙ４５３Ｆ、ＣｏＶ－２ Ｎ５０１Ｙ、ＣｏＶ－２ Ｅ４０６Ｗ、ＣｏＶ－２ Ｑ４９３Ｆ、ＣｏＶ－２ Ｑ４９３Ｋ、ＣｏＶ－２ Ｌ４５５Ｆ、ＣｏＶ－２ Ｅ４８４Ｋ、ＣｏＶ－２ Ｇ４８５Ｄ、ＣｏＶ－２ Ｆ４８６Ｋ、ＣｏＶ－２ Ｆ４８６Ｖ、ＣｏＶ－２ Ｆ４８６Ａ、ＣｏＶ－２ Ｆ４８６Ｌ、ＣｏＶ－２ Ｋ４１７Ｎ、ＣｏＶ－２ Ｎ５０１Ｙ／Ｄ６１４Ｇ、ＣｏＶ－２ Ｅ４０６Ｗ／Ｄ６１４Ｇ、ＣｏＶ－２ Ｋ４１７Ｎ／Ｅ４８４Ｋ／Ｎ５０１Ｙ、アルファ（Ｂ．１．１．７）、ベータ（Ｂ．１．３５１）、ガンマ（Ｐ．１）、カッパ（Ｂ．１．６１７．１）、デルタ（Ｂ．１．６１７．２）、イプシロン（Ｂ．１．４２９）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１等であるがこれらに限定されないバリアントを含む。
【0072】
様々な実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、１つの変異、又は２つの変異、又は３つの変異、又は４つの変異、又は５つの変異、又は６つの変異、又は７つの変異、又は８つの変異を含み得る。様々な実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、少なくとも１つの変異、又は少なくとも２つの変異、又は少なくとも３つの変異、又は少なくとも４つの変異、又は少なくとも５つの変異、又は少なくとも６つの変異、又は少なくとも７つの変異、又は少なくとも８つの変異を含み得る。様々な実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、１つ以下の変異、又は２つ以下の変異、又は３つ以下の変異、又は４つ以下の変異、又は５つ以下の変異、又は６つ以下の変異、又は７つ以下の変異、又は８つ以下の変異を含み得る。
【0073】
様々な実施形態では、変異は、置換、挿入、欠失、重複、フレームシフト等を含み得るが、これらに限定されない。
【0074】
一実施形態では、変異は、置換である。
【0075】
様々な実施形態では、置換は、アミノ酸を、例えば、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリン等であるがこれらに限定されない天然アミノ酸に置き換える。様々な実施形態では、置換はシステインによる置換を含まない。従って、様々な実施形態では、置換は、アミノ酸を、例えば、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリン等であるがこれらに限定されない天然アミノ酸に置き換える。
【0076】
様々な実施形態では、置換は、類似の特性を有する別のものに置換する保存的置換であってもよい。例えば、あるアミノ酸を同じグループの別のアミノ酸で置換することである。様々な実施形態では、置換は、異なる特性を有するアミノ酸による置換を含み得る。様々な実施形態では、置換は、本明細書に記載の組換えポリペプチドの生物学的活性に影響を与えることなく行われる。本明細書に記載の変異は、ネイティブＡＣＥ２タンパク質と実質的に同じ構造を有する変異型ＡＣＥ２タンパク質を提供することが理解されるであろう。従って、本明細書に記載の変異型ＡＣＥ２タンパク質は、ウイルスタンパク質又はその断片に結合することができる。様々な実施形態では、変異型ＡＣＥ２タンパク質は、ウイルスタンパク質又はその断片に結合する能力は依然として維持しているが、天然のペプチダーゼ活性は消失又は減少している。様々な実施形態では、置換によりウイルスタンパク質との結合親和性が増大する。
【0077】
様々な実施形態では、変異は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク糖タンパク質に結合するＡＣＥ２のコンパクト領域に存在し得る。例えば、変異は、ＰＤＢ構造２ＡＪＦ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＡＣＥ２ Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｑ９ＢＹＦ１；Ｓｐｉｋｅ ＧＰ Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｐ５９５９４、ＤＯＩ １０．２２１０／ｐｄｂ２ＡＪＦ／ｐｄｂ）及び６Ｍ０Ｊ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＡＣＥ２ Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｑ９ＢＹＦ１、Ｓｐｉｋｅ ＧＰ Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｐ０ＤＴＣ２；ＤＯＩ１０．２２１０／ｐｄｂ６Ｍ０Ｊ／ｐｄｂ）に示されている位置に存在し得る。
【0078】
様々な実施形態では、指定の位置は、ＡＣＥ２とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質との間の結合安定性を高めるように選択され得る。様々な実施形態では、指定の実施形態は、自由エネルギー計算を用いて決定することができる。理論に拘束されることを望むものではないが、本開示における変異は、残基間の衝突を最小限に抑えながら、接触領域内の疎水性及び／又は嵌合を増加させることによって界面の補完性を高める。
【0079】
様々な実施形態では、ＡＣＥ２は、本明細書で使用するとき、ＡＣＥ２の細胞外ドメインを指す。様々な実施形態では、ＡＣＥ２は、本明細書で使用するとき、ヒトＡＣＥ２（Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｑ９ＢＹＦ１及び／又はＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６８５７６．１）のアミノ酸１８～７４０、又はヌクレオチドＮＭ ０２１８０４．３によってコードされているものを指す。従って、一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＡＣＥ２の変異型細胞外ドメインを含む。
【0080】
様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＡＣＥ２のＣ末端ドメインを含んでいてもよい／含んでいなくてもよい。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と相互作用するドメインを含み得る。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク糖タンパク質と相互作用するドメインを含み得る。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク糖タンパク質等）に結合可能な切断型ＡＣＥ２を含み得る。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク糖タンパク質等）に結合親和性を有しない切断型ＡＣＥ２を含まない。
【0081】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の変異を含む。有利なことに、本発明者らは、これら指定のアミノ酸位置が、ＡＣＥ２とウイルススパイクタンパク質との相互作用を変化させる可能性があり、例えば、ＡＣＥ２とウイルススパイクタンパク質との間の界面安定性に影響を及ぼす可能性があることを見出した。従って、これら位置のうちの１つ以上に変異を導入すると、ウイルススパイクタンパク質に対するＡＣＥ２の結合親和性が高まる可能性が高くなる。
【0082】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、３１位、３４位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置に変異を含む。別の実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、３１位、及び３４位を含む群から選択されるアミノ酸位置に変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７位、３１位、及び３４位のアミノ酸位置に変異を含む。驚くべきことに、これら指定のアミノ酸位置に変異を導入すると、ウイルスのスパイクタンパク質に対する解離速度が遅くなった。
【0083】
幾つかの実施形態では、記載されるアミノ酸位置は、ヒトＡＣＥ２（Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ Ｑ９ＢＹＦ１及び／又はＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６８５７６．１）に従ってＡＣＥ２を参照して１位から計算されるか、又はヌクレオチドＮＭ ０２１８０４．３によってコードされている通りである。
【0084】
様々な実施形態では、ヒトＡＣＥ２は、配列：
ＭＳＳＳＳＷＬＬＬＳＬＶＡＶＴＡＡＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＲＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＨＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＩＷＬＩＶＦＧＶＶＭＧＶＩＶＶＧＩＶＩＬＩＦＴＧＩＲＤＲＫＫＫＮＫＡＲＳＧＥＮＰＹＡＳＩＤＩＳＫＧＥＮＮＰＧＦＱＮＴＤＤＶＱＴＳＦ（配列番号２４）
を含む。
ＭＳＳＳＳＷＬＬＬＳＬＶＡＶＴＡＡＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＲＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＨＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＩＷＬＩＶＦＧＶＶＭＧＶＩＶＶＧＩＶＩＬＩＦＴＧＩＲＤＲＫＫＫＮＫＡＲＳＧＥＮＰＹＡＳＩＤＩＳＫＧＥＮＮＰＧＦＱＮＴＤＤＶＱＴＳＦ（配列番号２４）
を含む。
【0085】
従って、一実施形態では、２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位のアミノ酸位置における変異とは、配列番号２４に記載の２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位のアミノ酸位置における変異を指す。従って、一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、配列番号２４に記載の２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、配列番号２４に記載の２７位、３１位、３４位、及び４２位を含む群から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、配列番号２４に記載の２７位、３１位、及び３４位を含む群から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、配列番号２４に記載の２７位、３１位、及び３４位のアミノ酸位置に変異を含む。
【0086】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｔ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｑ、Ｑ４２Ｇ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｈ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｋ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｄ、Ｋ３１Ｅ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｇ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｌ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｐ、Ｋ３１Ｓ、Ｋ３１Ｔ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｒ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｄ、Ｆ２８Ｅ、Ｆ２８Ｑ、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ｈ、Ｆ２８Ｉ、Ｆ２８Ｌ、Ｆ２８Ｋ、Ｆ２８Ｍ、Ｆ２８Ｆ、Ｆ２８Ｐ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ、Ｆ２８Ｖ；
Ｙ４１Ａ、Ｙ４１Ｒ、Ｙ４１Ｎ、Ｙ４１Ｄ、Ｙ４１Ｅ、Ｙ４１Ｑ、Ｙ４１Ｇ、Ｙ４１Ｈ、Ｙ４１Ｉ、Ｙ４１Ｌ、Ｙ４１Ｋ、Ｙ４１Ｍ、Ｙ４１Ｆ、Ｙ４１Ｐ、Ｙ４１Ｓ、Ｙ４１Ｔ、Ｙ４１Ｗ、Ｙ４１Ｙ、及びＹ４１Ｖ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｔ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｑ、Ｑ４２Ｇ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｈ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｋ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｄ、Ｋ３１Ｅ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｇ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｌ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｐ、Ｋ３１Ｓ、Ｋ３１Ｔ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｒ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｄ、Ｆ２８Ｅ、Ｆ２８Ｑ、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ｈ、Ｆ２８Ｉ、Ｆ２８Ｌ、Ｆ２８Ｋ、Ｆ２８Ｍ、Ｆ２８Ｆ、Ｆ２８Ｐ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ、Ｆ２８Ｖ；
Ｙ４１Ａ、Ｙ４１Ｒ、Ｙ４１Ｎ、Ｙ４１Ｄ、Ｙ４１Ｅ、Ｙ４１Ｑ、Ｙ４１Ｇ、Ｙ４１Ｈ、Ｙ４１Ｉ、Ｙ４１Ｌ、Ｙ４１Ｋ、Ｙ４１Ｍ、Ｙ４１Ｆ、Ｙ４１Ｐ、Ｙ４１Ｓ、Ｙ４１Ｔ、Ｙ４１Ｗ、Ｙ４１Ｙ、及びＹ４１Ｖ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
【0087】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ；
Ｙ４１Ｈ、及びＹ４１Ｆ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
Ｔ２７Ａ、Ｔ２７Ｒ、Ｔ２７Ｎ、Ｔ２７Ｄ、Ｔ２７Ｅ、Ｔ２７Ｑ、Ｔ２７Ｇ、Ｔ２７Ｈ、Ｔ２７Ｉ、Ｔ２７Ｌ、Ｔ２７Ｋ、Ｔ２７Ｍ、Ｔ２７Ｆ、Ｔ２７Ｐ、Ｔ２７Ｓ、Ｔ２７Ｗ、Ｔ２７Ｙ、Ｔ２７Ｖ；
Ｑ４２Ａ、Ｑ４２Ｒ、Ｑ４２Ｎ、Ｑ４２Ｄ、Ｑ４２Ｅ、Ｑ４２Ｈ、Ｑ４２Ｉ、Ｑ４２Ｌ、Ｑ４２Ｋ、Ｑ４２Ｍ、Ｑ４２Ｆ、Ｑ４２Ｐ、Ｑ４２Ｓ、Ｑ４２Ｔ、Ｑ４２Ｗ、Ｑ４２Ｙ、Ｑ４２Ｖ；
Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｒ、Ｈ３４Ｎ、Ｈ３４Ｄ、Ｈ３４Ｅ、Ｈ３４Ｑ、Ｈ３４Ｇ、Ｈ３４Ｉ、Ｈ３４Ｌ、Ｈ３４Ｍ、Ｈ３４Ｆ、Ｈ３４Ｐ、Ｈ３４Ｓ、Ｈ３４Ｔ、Ｈ３４Ｗ、Ｈ３４Ｙ、Ｈ３４Ｖ；
Ｋ３１Ａ、Ｋ３１Ｒ、Ｋ３１Ｎ、Ｋ３１Ｑ、Ｋ３１Ｈ、Ｋ３１Ｉ、Ｋ３１Ｋ、Ｋ３１Ｍ、Ｋ３１Ｆ、Ｋ３１Ｗ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｖ；
Ｆ２８Ｗ、Ｆ２８Ｙ；
Ｙ４１Ｈ、及びＹ４１Ｆ
からなる群から選択される１つ以上の変異を含む。
【0088】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｔ２７Ｙ、Ｋ３１Ｙ、Ｋ３１Ｈ、Ｈ３４Ａ、Ｈ３４Ｖ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｋ３１Ｙ変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｋ３１Ｈ変異を含む。一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｈ３４Ｖ変異を含む。
【0089】
有利なことに、本発明者らは、これら指定の変異が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２のＲＢＤ等のウイルススパイクタンパク質に対して最も遅い解離速度を示す変異体をもたらすことを立証した。
【0090】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、以下：
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ、又は
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ
の変異の組み合わせのうちの１つを含む。
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ、
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ、又は
Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ
の変異の組み合わせのうちの１つを含む。
【0091】
有利なことに、これら三重変異の組み合わせを含む組換え／融合ポリペプチドは、単一変異を有するポリペプチドと比較して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２のＲＢＤ等のスパイクタンパク質に対する結合親和性が著しく改善された。
【0092】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、以下：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａの変異の組み合わせを含む。有利なことに、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａを含む組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２のＲＢＤ等のウイルススパイクタンパク質に対して最良の全体的な結合親和性を示した。驚くべきことに、このような三重変異体ポリペプチドは、単一のＴ２７Ｙ、Ｋ３１Ｈ、又はＨ３４Ａの変異を有するポリペプチドと比較して、広範囲のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（３０を超えるバリアント）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１にわたって中和能も著しく改善された。更に、三重変異体ポリペプチドは、少なくとも５つのコウモリＳＡＲＳ様コロナウイルス株に対して高い結合親和性を示した。
【0093】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチドはウイルスに結合可能であり、任意で、組換え／融合ポリペプチドは、細胞侵入受容体に結合するウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等）の結合を遮断／干渉／阻害／妨害／中断することができる。
【0094】
様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスに強力に結合する。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスのタンパク質（スパイクタンパク質等）に強力に結合する。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の細胞侵入受容体への結合等のウイルスの結合に対して強力な遮断／干渉／阻害／妨害／中断作用を有する。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドの関連ＥＣ５０値は、約０．１ｎＭ～約３６０ｎＭ、約０．５ｎＭ～約１００ｎＭ、約０．５ｎＭ～約５０ｎＭ、約０．５ｎＭ～約２５ｎＭ、約０．５ｎＭ～約１０ｎＭ、約０．５ｎＭ～約９ｎＭ、又は約０．５ｎＭ～約８ｎＭである。幾つかの実施形態では、組換え／融合ポリペプチドの関連ＥＣ５０値は、約１００ｎＭ以下、約９０ｎＭ以下、約８０ｎＭ以下、約７０ｎＭ以下、約６０ｎＭ以下、約５０ｎＭ以下、約４０ｎＭ以下、約３０ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約９ｎＭ以下、又は約８ｎＭ以下、又は約７ｎＭ以下、又は約６ｎＭ以下、又は約５ｎＭ以下、又は約４ｎＭ以下、又は約３ｎＭ以下、又は約２ｎＭ以下、又は約１ｎＭ以下である。
【0095】
幾つかの実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスの、細胞、任意でヒト細胞、更に任意でＡＣＥ２発現／提示細胞への侵入を中和する又は中和を媒介することができる。
【0096】
様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスの細胞侵入に対して強力な中和作用を有する。様々な実施形態では、組換え／融合ポリペプチドの関連ＥＣ５０値は、約１ｎｇ／ｍＬ～約１７０００ｎｇ／ｍＬ、約５ｎｇ／ｍＬ～約１０００ｎｇ／ｍＬ、約５ｎｇ／ｍＬ～約１００ｎｇ／ｍＬ、約５ｎｇ／ｍＬ～約６０ｎｇ／ｍＬ、約５ｎｇ／ｍＬ～約３０ｎｇ／ｍＬ、又は約５ｎｇ／ｍＬ～約１２ｎｇ／ｍＬである。幾つかの実施形態では、組換え／融合ポリペプチドの関連ＥＣ５０値は、約５００ｎｇ／ｍＬ以下、約１００ｎｇ／ｍＬ以下、又は約５０ｎｇ／ｍＬ以下、又は約４０ｎｇ／ｍＬ以下、又は約３０ｎｇ／ｍＬ以下、又は約２０ｎｇ／ｍＬ以下、又は約１０ｎｇ／ｍＬ以下である。
【0097】
従って、一実施形態では、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）及び／又は重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）を認識／相互作用／結合することができる組換え／融合ポリペプチドが提供される。
【0098】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、ＡＣＥ２の天然ペプチダーゼ活性を消失させる１つ以上の変異を含む。このような変異を含むことの利点は、ＡＣＥ２の酵素活性によって引き起こされる望ましくない副作用のリスクが減少することである。
【0099】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、２７３位及び／又は５０５位、例えば配列番号２４に記載の２７３位及び／又は５０５位のアミノ酸位置に変異を含む。有利なことに、２７３位及び／又は５０５位における変異は、ＡＣＥ２の天然ペプチダーゼに影響を与えることができる。
【0100】
一実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質又はその断片は、Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異、例えば、Ｒ２７３Ｑ及びＨ５０５Ｌの両方を更に含む。
【0101】
一実施形態では、Ｒ２７３Ｑ及び／又はＨ５０５Ｌの変異を含む組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列：
ＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＱＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＬＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２２）を含む。
ＱＳＴＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭＷＧＱＦＷＴＮＬＹＳＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰＡＳＬＦＬＶＳＮＤＹＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号２２）を含む。
【0102】
一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、以下の表１に示す通り、配列番号１～２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0103】
【表1-1】
【0104】
【表1-2】
【0105】
【表1-3】
【0106】
【表1-4】
【0107】
【表1-5】
【0108】
【表1-6】
【0109】
【表1-7】
【0110】
一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号１～４からなる群から選択されるアミノ酸配列、例えば、配列番号１を含む。従って、一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号２に記載のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、組換え／融合タンパク質又はその断片は、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含む。
【0111】
一態様では、上記で定義した組換え／融合ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが提供される。
【0112】
様々な実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド及び／又はポリヌクレオチドは、本明細書に記載の配列と類似性又は同一性を有するポリペプチド及び／又はポリヌクレオチドを含み得る。例えば、本明細書に記載のポリペプチド及び／又はポリヌクレオチドは、本明細書に記載の配列と比較して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の同一性を有するポリペプチド及び／又はポリヌクレオチドを含み得る。配列同一性パーセントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＮＢＬＡＳＴ、ＸＢＬＡＳＴ等のプログラムを使用して、当技術分野で公知の方法を使用して求めることができる。
【0113】
一態様では、上記で定義したポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。
【0114】
幾つかの実施形態では、ベクターは、プラスミド、ウイルス粒子、ファージ、バキュロウイルス、酵母プラスミド、脂質ベースのビヒクル、ポリマーミクロスフィア、リポソーム、及び細胞ベースのビヒクル、コロイド金粒子、リポ多糖、ポリペプチド、多糖、ウイルスビヒクル、アデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス、泡沫状ウイルス、サイトメガロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ポックスウイルス、仮性狂犬病ウイルス、ＲＮＡウイルスベクター、ＤＮＡウイルスベクター、及びプラスミドとファージＤＮＡとの組合せに由来するベクターからなる群から選択され、更に任意で、該ポリヌクレオチドは、ペプチド合成を指示するために発現制御配列（複数可）に作動可能に連結され、より更に任意で、該ベクターは、形質転換された宿主細胞を選別するための表現型形質を提供するために１つ以上の選択可能なマーカー遺伝子を含む。
【0115】
一態様では、上記で定義したベクターでトランスフェクトされたか又は該ベクターを含む宿主細胞が提供される。
【0116】
本発明の分子をコードしているＤＮＡ配列の発現には、任意の好適な宿主細胞／ベクター系を用いることができる。細菌、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及び他の微生物系を用いてもよく、真核生物、例えば哺乳動物の宿主細胞発現系を用いてもよい。好適な哺乳動物宿主細胞としては、ＣＨＯ細胞、ミエローマ細胞、又はハイブリドーマ細胞が挙げられる。
【0117】
一実施形態では、宿主細胞は、細菌細胞、酵母細胞、動物細胞、例えば哺乳動物細胞、及び／又は植物細胞を含み得る。様々な実施形態では、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞等であるがこれらに限定されない哺乳動物細胞であってよい。
【0118】
一態様では、上記で定義した組換え／融合ポリペプチドを含む組成物が提供される。一実施形態では、組成物は、治療用組成物又は医薬組成物を含む。従って、一態様では、上記で定義した組換え／融合ポリペプチドを含む医薬組成物及び／又は治療用組成物が提供される。
【0119】
一実施形態では、組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤、バッファ、又は担体を更に含む。
【0120】
薬学的に許容し得る塩、例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、及び硫酸塩等の鉱酸塩；又は酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、及び安息香酸塩等の有機酸の塩を使用してよい。
【0121】
治療用組成物における薬学的に許容し得る担体は、水、生理食塩水、グリセロール、エタノール等の液体を更に含有していてもよい。更に、このような組成物には、湿潤若しくは乳化剤、又はｐＨ緩衝物質等の補助物質が存在していてもよい。このような担体によって、患者による服用のために医薬組成物を錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、及び懸濁剤に製剤化することが可能になる。薬学的に許容し得る担体に関する綿密な考察は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｎ．Ｊ．１９９１）において入手可能である。
【0122】
一態様では、療法又は薬物として使用するための、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物が提供される。
【0123】
一態様では、対象におけるウイルス感染の治療及び／又は予防において使用するための使用するための、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物が提供される。
【0124】
一態様では、対象におけるウイルス感染を治療及び／又は予防するための医薬の製造における、上記で定義した組換え／融合ポリペプチド又は組成物の使用が提供される。
【0125】
一態様では、それを必要とする対象においてウイルス感染を治療及び／又は予防する方法であって、上記で定義される組換え／融合ポリペプチド又は組成物を対象に投与することを含む方法が提供される。
【0126】
一態様では、それを必要とする対象においてウイルスを中和する方法であって、上記で定義した組換え／融合タンパク質及び／又は組成物を投与することを含み、例えば、該ウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のコロナウイルスである方法が提供される。
【0127】
一実施形態では、組換え／融合ポリペプチド又は組成物は、筋肉内、皮下、静脈内、動脈内、関節内、腹腔内、鼻腔内、非経口等を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の投与様式によって対象に投与される。
【0128】
一実施形態では、対象は、サル、ウサギ、マウス、ラット、ブタ、又はイヌ等の哺乳動物である。一実施態様では、対象は、ヒトである。
【0129】
一実施形態では、ウイルス感染は、コロナウイルス、特に重症急性呼吸器症候群１（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）、重症急性呼吸器症候群２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）等のコロナウイルス科のウイルスによって引き起こされる。
【0130】
一態様では、本明細書に記載のタンパク質、組成物、療法、生成物、又は方法が提供される。
【実施例】
【0131】
本開示の例示的な実施形態は、以下の議論から、また適用可能な場合には図面と併せて、当業者により深く理解され、容易に明らかになるであろう。本発明の範囲を逸脱することなく、他の改変を行ってもよいことが理解されるべきである。幾つかを１つ以上の実施形態と組み合わせて新規の例示的な実施形態を形成することができるので、例示的な実施形態は必ずしも相互に排他的ではない。実施例の実施形態は、本開示の範囲を限定すると解釈されるべきではない。
【0132】
実施例１－より親和性の高いＡＣＥ２ポリペプチドバリアントの開発
親和性改善操作は、構造モデリングと、変異させたときにウイルスのスパイクタンパク質との相互作用が変化する可能性のあるアミノ酸位置の計算による予測から始めた。図１Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（モデル１）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（モデル２）のウイルスに結合するＡＣＥ２の構造モデリングを示す。図１Ｂは、より親和性の高い結合ＡＣＥ２ポリペプチドバリアントを計算により予測するためのプロセスのフローチャートを示す。
親和性改善操作は、構造モデリングと、変異させたときにウイルスのスパイクタンパク質との相互作用が変化する可能性のあるアミノ酸位置の計算による予測から始めた。図１Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（モデル１）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（モデル２）のウイルスに結合するＡＣＥ２の構造モデリングを示す。図１Ｂは、より親和性の高い結合ＡＣＥ２ポリペプチドバリアントを計算により予測するためのプロセスのフローチャートを示す。
【0133】
その天然のペプチダーゼ活性を消失させる変異Ｒ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌを有するＡＣＥ２バリアントを、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃとの融合タンパク質としてクローニングした。変異研究のための計算による予測によって、２７位、２８位、３１位、３４位、４１位、及び４２位のアミノ酸が選択された。各位置のアミノ酸を、部位特異的変異誘発によってシステインを除く全ての可能な天然アミノ酸に置換し、ＡＣＥ２変異体を一過性トランスフェクションによってＥｘｐｉＣＨＯ－Ｓ細胞で発現させた。次いで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）からの解離を求めるために、粗組換えＡＣＥ２変異体をバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）による結合解析に供した。
【0134】
【0135】
実施例２－コンビナトリアルＡＣＥ２ポリペプチドバリアントの開発
４つのコンビナトリアルＡＣＥ２バリアント：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ（ＹＨＡ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ（ＹＨＶ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ（ＹＹＡ）、及びＴ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ（ＹＹＶ）を作製した。これらはいずれもＡＣＥ２の酵素活性を消失させる２つの追加の変異Ｒ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌを含有する。野生型ＡＣＥ２（これもＲ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌを含有）と共にこれら４つのＡＣＥ２バリアントの親和性をバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって測定した。ＡＣＥ２タンパク質を抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（ＡＨＣ）センサに捕捉させ、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）との結合を２００ｎＭから始めて３．１２５ｎＭまで２倍希釈で測定した。親和性測定に用いたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤを、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）のＣ末端に融合させた。その結果、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ（ＹＨＡ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ（ＹＨＶ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ（ＹＹＡ）、及びＴ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ（ＹＹＶ）の三重変異体の組み合わせは全て、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の両方のＲＢＤに対する結合親和性が著しく改善することが示された（図４Ａ参照）。最適なバリアントＡＣＥ２－ＹＨＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤにそれぞれ０．７５ｎＭ及び１．６９ｎＭのＫＤ値で結合し、これはＷＴ ＡＣＥ２よりも５５倍及び１５倍低かった。Ｋ３１Ｈ変異は、Ｋ３１ＹよりもＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対する結合親和性を改善し、Ｈ３４Ａ変異は、Ｈ３４ＶよりもＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ結合を改善した。親和性及び反応速度の結果を図４Ａ及び４Ｂに示す。
４つのコンビナトリアルＡＣＥ２バリアント：Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ（ＹＨＡ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ（ＹＨＶ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ（ＹＹＡ）、及びＴ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ（ＹＹＶ）を作製した。これらはいずれもＡＣＥ２の酵素活性を消失させる２つの追加の変異Ｒ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌを含有する。野生型ＡＣＥ２（これもＲ２７３Ｑ／Ｈ５０５Ｌを含有）と共にこれら４つのＡＣＥ２バリアントの親和性をバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって測定した。ＡＣＥ２タンパク質を抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（ＡＨＣ）センサに捕捉させ、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）との結合を２００ｎＭから始めて３．１２５ｎＭまで２倍希釈で測定した。親和性測定に用いたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤを、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）のＣ末端に融合させた。その結果、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ａ（ＹＨＡ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｈ／Ｈ３４Ｖ（ＹＨＶ）、Ｔ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ａ（ＹＹＡ）、及びＴ２７Ｙ／Ｋ３１Ｙ／Ｈ３４Ｖ（ＹＹＶ）の三重変異体の組み合わせは全て、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の両方のＲＢＤに対する結合親和性が著しく改善することが示された（図４Ａ参照）。最適なバリアントＡＣＥ２－ＹＨＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤにそれぞれ０．７５ｎＭ及び１．６９ｎＭのＫＤ値で結合し、これはＷＴ ＡＣＥ２よりも５５倍及び１５倍低かった。Ｋ３１Ｈ変異は、Ｋ３１ＹよりもＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対する結合親和性を改善し、Ｈ３４Ａ変異は、Ｈ３４ＶよりもＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ結合を改善した。親和性及び反応速度の結果を図４Ａ及び４Ｂに示す。
【0136】
その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのパネルに対する野生型及び変異型のＡＣＥ２の中和能を、偽ウイルス中和アッセイ法によって測定した。ＥＣ５０値を図５にまとめる。
【0137】
一般に、結合親和性は中和効力とよく相関することが観察された。３つの単一アミノ酸変異体（ＡＣＥ２－Ｔ２７Ｙ、ＡＣＥ２－Ｋ３１Ｈ、及びＡＣＥ２－Ｈ３４Ａ）及びＷＴ（野生型）ＡＣＥ２－Ｆｃは全ての偽型ウイルスを中和することができたが、異なる変異体を中和する効果はまちまちであった。対照的に、ＡＣＥ２－ＹＨＡは、広範囲のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１にわたって高い中和能を保持し、ＩＣ５０はほとんどの場合５ｎｇ／ｍＬ～６０ｎｇ／ｍＬの範囲であった。それは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１並びにＥ４０６Ｗ、Ｅ４０６Ｗ／Ｄ６１４Ｇ、及びＦ４８６Ａ等の幾つかのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントにおいて著しく改善された効力を示し、ＩＣ５０がＷＴ ＡＣＥ２よりも９倍超低かった。
【0138】
実施例３－コウモリコロナウイルスに対するＡＣＥ２－ＹＨＡバリアントの結合親和性
次に、５つのコウモリＳＡＲＳ様コロナウイルス株ＬＹＲａ１１、Ｒｓ４０８４、Ｒｓ４２３１、Ｒｓ７３２７、ＲｓＳＣＨ０１４に対するＡＣＥ２－ＹＨＡバリアントの結合親和性を試験した。
次に、５つのコウモリＳＡＲＳ様コロナウイルス株ＬＹＲａ１１、Ｒｓ４０８４、Ｒｓ４２３１、Ｒｓ７３２７、ＲｓＳＣＨ０１４に対するＡＣＥ２－ＹＨＡバリアントの結合親和性を試験した。
【0139】
ＬＹＲａ１１及びＲｓ７３２７のＲＢＤ配列はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に酷似していることが知られているが、Ｒｓ４２３１、ＲｓＳＨＣ０１４、及びＲｓ４０８４はＲＢＤ領域においてより大きなＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１との遺伝的差異を示した。Ｒｓ７３２７、Ｒｓ４２３１、及びＲｓＳＨＣ０１４のスパイクを発現する偽型ウイルスは、ヒトＡＣＥ２発現細胞で複製することができた。そこで、これらコロナウイルスのＲＢＤを生成し、反応速度結合アッセイのためにＭＢＰタンパク質のＣ末端と融合させた。アッセイの結果を図６に示す。
【0140】
ＡＣＥ２－ＹＨＡは、ＷＴ ＡＣＥ２と比較して１．９倍～２．７倍の結合親和性の改善を示した。組換えＷＴ ＡＣＥ２は、これら５つの株の偽型ウイルスの細胞侵入を阻止することが以前に示されており、このことから、結合親和性が改善したＡＣＥ２－ＹＨＡバリアントも交差ＣｏＶ中和作用を有するはずであることが示唆される。
【0141】
用途
本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のコロナウイルスのスパイクタンパク質に対する親和性を高めた、変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を含む新規の組換え／融合ポリペプチドを開発した。具体的には、本開示は、ＡＣＥ－ＹＨＡ２として知られている組換えポリペプチドが、３０を超える既存のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント株のスパイクタンパク質を発現する偽型ウイルスを中和する能力を有することを実証する。
本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のコロナウイルスのスパイクタンパク質に対する親和性を高めた、変異型アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を含む新規の組換え／融合ポリペプチドを開発した。具体的には、本開示は、ＡＣＥ－ＹＨＡ２として知られている組換えポリペプチドが、３０を超える既存のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント株のスパイクタンパク質を発現する偽型ウイルスを中和する能力を有することを実証する。
【0142】
従って、本明細書に開示されるポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント偽ウイルスに対する中和能を高めることができ、従って、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のウイルスに対する汎用的な治療薬として機能する可能性がある。
【図1A】
【図1B】
【図2-1】
【図2-2】
【図3A】
【図3B】
【図4A】
【図4B】
【図5-1】
【図5-2】
【図6】
【配列表】
【国際調査報告】