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特表2024-542309HLAスーパーアゴニスト及びその使用
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  • 特表-HLAスーパーアゴニスト及びその使用 図1
  • 特表-HLAスーパーアゴニスト及びその使用 図2
  • 特表-HLAスーパーアゴニスト及びその使用 図3A
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  • 特表-HLAスーパーアゴニスト及びその使用 図7
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-11-14
(54)【発明の名称】HLAスーパーアゴニスト及びその使用
(51)【国際特許分類】
   A61K 45/00 20060101AFI20241107BHJP
   C07K 14/74 20060101ALI20241107BHJP
   C12N 15/12 20060101ALI20241107BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20241107BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20241107BHJP
   C12N 5/078 20100101ALI20241107BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 35/76 20150101ALI20241107BHJP
   A61K 35/15 20150101ALI20241107BHJP
   A61P 37/04 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 35/17 20150101ALI20241107BHJP
   A61K 39/395 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 39/00 20060101ALI20241107BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20241107BHJP
   A61P 35/02 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 38/46 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 38/16 20060101ALI20241107BHJP
   A61K 31/7088 20060101ALI20241107BHJP
   C12N 15/09 20060101ALN20241107BHJP
【FI】
A61K45/00
C07K14/74 ZNA
C12N15/12
C12N15/63 Z
C12N5/10
C12N5/078
A61K48/00
A61K35/76
A61K35/15
A61P37/04
A61K35/17
A61K39/395 U
A61K39/00
A61K39/00 H
A61P35/00
A61P35/02
A61K38/46
A61K38/16
A61K31/7088
C12N15/09 100
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024523809
(86)(22)【出願日】2022-10-21
(85)【翻訳文提出日】2024-05-22
(86)【国際出願番号】 IB2022060159
(87)【国際公開番号】W WO2023067577
(87)【国際公開日】2023-04-27
(31)【優先権主張番号】63/262,941
(32)【優先日】2021-10-22
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】507148294
【氏名又は名称】ユニバーシティー ヘルス ネットワーク
(74)【代理人】
【識別番号】100145403
【弁理士】
【氏名又は名称】山尾 憲人
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】ヒラノ ナオト
(72)【発明者】
【氏名】ムラタ ケンジ
(72)【発明者】
【氏名】リー,ダラム
(72)【発明者】
【氏名】サイジョウ ヒロシ
(72)【発明者】
【氏名】マツナガ ユキコ
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C085
4C086
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B065AA94X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA44
4C084AA02
4C084AA13
4C084BA02
4C084NA14
4C084ZB09
4C084ZB26
4C084ZB27
4C085AA03
4C085AA14
4C085BA01
4C085BB01
4C085BB12
4C085BB31
4C085DD62
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZB09
4C086ZB26
4C086ZB27
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB37
4C087BB65
4C087BC83
4C087CA12
4C087NA14
4C087ZB09
4C087ZB26
4C087ZB27
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA40
4H045DA86
4H045EA20
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、対象にてHLA分子のHLA結合ポケットを修飾する方法を対象とする。いくつかの態様は、修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子を対象としており、前記HLA分子は抗原のようなペプチドに対する親和性が向上している。他の態様は、前記HLA分子を含む組成物及びそれを使用する方法を対象とする。
【選択図】図4A
【特許請求の範囲】
【請求項1】
治療を必要とする対象を適切な状態に調整する方法であって、前記対象の細胞上に発現されるヒト白血球抗原(HLA)分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、前記方法。
【請求項2】
免疫応答を増強する必要がある対象にて免疫応答を増強する方法であって、前記対象の細胞上に発現されるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、前記方法。
【請求項3】
細胞上のHLA分子に対する抗原の結合親和性を高める方法であって、前記HLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、前記方法。
【請求項4】
前記細胞が治療を必要とする対象に存在する、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
治療を必要とする対象にて抗原の免疫原性を高める方法であって、前記対象にて細胞上のHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含み、その際、前記HLA分子は前記抗原を結合することができる、前記方法。
【請求項6】
免疫応答を高めることを必要とする対象にて治療に対する免疫応答を高める方法であって、前記対象の細胞にてHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、前記方法。
【請求項7】
前記治療が免疫療法を含む、請求項1、2、及び4~6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項8】
免疫応答を高めることを必要とする対象にて抗原に対する免疫応答を高める方法であって、前記対象の細胞にてHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含み、その際、前記HLA分子は前記抗原に結合することができる、前記方法。
【請求項9】
前記修飾することが、抗原に対する前記HLA結合ポケットの結合親和性を高める、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】
前記細胞が抗原提示細胞である、請求項1~9のいずれか1項に記載の方法。
【請求項11】
前記細胞が樹状細胞である、請求項1~10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項12】
前記HLA分子がHLAクラスI対立遺伝子である、請求項1~11のいずれか1項に記載方法。
【請求項13】
前記HLA分子がHLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-K、HLA-L、及びそれらの任意の組み合わせから成る群から選択される対立遺伝子である、請求項1~12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項14】
前記HLA分子が、
(a)HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74、及びHLA-A*80から成る群;
(b)HLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82、及びHLA-B*83から成る群;
(c)HLA-C*05:01、HLA-C*05:03、HLA-C*05:04、HLA-C*05:05、及びHLA-C*05:06から成る群;ならびに
(d)それらの任意の組合せから選択される対立遺伝子である、請求項1~13のいずれか1項に記載の方法。
【請求項15】
前記HLA分子がHLA-A*23、HLA-A*24、及びHLA-A*32から成る群から選択される対立遺伝子である、請求項1~14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】
前記HLA分子が、HLA-A*23:01:01:01、HLA-A*23:01:01:02、HLA-A*23:01:01:03、HLA-A*23:01:01:04、HLA-A*23:01:01:05、HLA-A*23:01:01:06、HLA-A*23:01:01:07、HLA-A*23:01:01:08、HLA-A*23:01:01:09、HLA-A*23:01:01:10、HLA-A*23:01:01:11、HLA-A*23:01:01:12、HLA-A*23:01:01:13、HLA-A*23:01:01:14、HLA-A*23:01:01:15、HLA-A*23:01:01:16、HLA-A*23:01:01:17、HLA-A*23:01:01:18、HLA-A*23:01:01:19、HLA-A*23:01:01:20、HLA-A*23:01:01:21、HLA-A*23:01:01:22、HLA-A*23:01:01:23、HLA-A*23:01:01:24、HLA-A*23:01:01:25、HLA-A*23:01:01:26、HLA-A*23:01:02、HLA-A*23:01:03、HLA-A*23:01:04、HLA-A*23:01:05、HLA-A*23:01:06、HLA-A*23:01:07、HLA-A*23:01:08、HLA-A*23:01:09、HLA-A*23:01:10、HLA-A*23:01:11、HLA-A*23:01:12、HLA-A*23:01:13、HLA-A*23:01:14、HLA-A*23:01:15、HLA-A*23:01:16、HLA-A*23:01:17、HLA-A*23:01:18、HLA-A*23:01:19、HLA-A*23:01:20、HLA-A*23:01:21、HLA-A*23:01:22、HLA-A*23:01:23、HLA-A*23:01:24、HLA-A*23:01:25、HLA-A*23:01:26、HLA-A*23:01:27、HLA-A*23:01:28、HLA-A*23:01:29、HLA-A*23:01:30、HLA-A*23:01:31、HLA-A*23:01:32、HLA-A*23:01:33、HLA-A*23:01:34、HLA-A*23:02、HLA-A*23:03:01、HLA-A*23:03:02:01、HLA-A*23:03:02:02、HLA-A*23:04、HLA-A*23:05、HLA-A*23:06、HLA-A*23:07、HLA-A*23:08、HLA-A*23:09、HLA-A*23:10、HLA-A*23:11、HLA-A*23:12、HLA-A*23:13、HLA-A*23:14:01、HLA-A*23:14:02、HLA-A*23:15、HLA-A*23:16、HLA-A*23:17:01:01、HLA-A*23:17:01:02、HLA-A*23:17:01:03、HLA-A*23:17:02、HLA-A*23:17:03、HLA-A*23:18、HLA-A*23:19、HLA-A*23:20、HLA-A*23:21、HLA-A*23:22、HLA-A*23:23、HLA-A*23:24、HLA-A*23:25、HLA-A*23:26、HLA-A*23:27、HLA-A*23:28、HLA-A*23:29、HLA-A*23:30、HLA-A*23:31、HLA-A*23:32、HLA-A*23:33、HLA-A*23:34、HLA-A*23:35、HLA-A*23:36、HLA-A*23:37:01、HLA-A*23:37:02、HLA-A*23:38、HLA-A*23:39、HLA-A*23:40、HLA-A*23:41、HLA-A*23:42、HLA-A*23:43、HLA-A*23:44、HLA-A*23:45、HLA-A*23:46、HLA-A*23:47、HLA-A*23:48、HLA-A*23:49、HLA-A*23:50、HLA-A*23:51、HLA-A*23:52、HLA-A*23:53、HLA-A*23:54、HLA-A*23:55、HLA-A*23:56、HLA-A*23:57、HLA-A*23:58、HLA-A*23:59、HLA-A*23:60、HLA-A*23:61、HLA-A*23:62、HLA-A*23:63、HLA-A*23:64、HLA-A*23:65、HLA-A*23:66、HLA-A*23:67、HLA-A*23:68、HLA-A*23:70、HLA-A*23:71、HLA-A*23:72、HLA-A*23:73、HLA-A*23:74、HLA-A*23:75、HLA-A*23:76、HLA-A*23:77、HLA-A*23:78、HLA-A*23:79、HLA-A*23:80、HLA-A*23:81、HLA-A*23:82、HLA-A*23:83、HLA-A*23:84、HLA-A*23:85、HLA-A*23:86、HLA-A*23:87、HLA-A*23:88、HLA-A*23:89、HLA-A*23:90、HLA-A*23:91、HLA-A*23:92、HLA-A*23:93、HLA-A*23:94、HLA-A*23:95、HLA-A*23:96、HLA-A*23:97、HLA-A*23:98、HLA-A*23:99、HLA-A*23:100、HLA-A*23:101、HLA-A*23:102、HLA-A*23:103、HLA-A*23:104、HLA-A*23:105、HLA-A*23:106、HLA-A*23:107、HLA-A*23:108、HLA-A*23:109、HLA-A*23:110、HLA-A*23:111、HLA-A*23:112、HLA-A*23:113、HLA-A*23:114、HLA-A*23:115、HLA-A*23:116、及びHLA-A*23:117から成る群から選択される対立遺伝子である、請求項1~15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項17】
前記HLA分子が、HLA-A*24:02:01:01、HLA-A*24:02:01:02、HLA-A*24:02:01:03、HLA-A*24:02:01:04、HLA-A*24:02:01:05、HLA-A*24:02:01:06、HLA-A*24:02:01:07、HLA-A*24:02:01:08、HLA-A*24:02:01:09、HLA-A*24:02:01:10、HLA-A*24:02:01:11、HLA-A*24:02:01:12、HLA-A*24:02:01:13、HLA-A*24:02:01:14、HLA-A*24:02:01:15、HLA-A*24:02:01:16、HLA-A*24:02:01:17、HLA-A*24:02:01:18、HLA-A*24:02:01:19、HLA-A*24:02:01:20、HLA-A*24:02:01:21、HLA-A*24:02:01:22、HLA-A*24:02:01:23、HLA-A*24:02:01:24、HLA-A*24:02:01:25、HLA-A*24:02:01:26、HLA-A*24:02:01:27、HLA-A*24:02:01:28、HLA-A*24:02:01:29、HLA-A*24:02:01:30、HLA-A*24:02:01:31、HLA-A*24:02:01:32、HLA-A*24:02:01:33、HLA-A*24:02:01:34、HLA-A*24:02:01:35、HLA-A*24:02:01:36、HLA-A*24:02:01:37、HLA-A*24:02:01:38、HLA-A*24:02:01:39、HLA-A*24:02:01:40、HLA-A*24:02:01:41、HLA-A*24:02:01:42、HLA-A*24:02:01:43、HLA-A*24:02:01:44、HLA-A*24:02:01:45、HLA-A*24:02:01:46、HLA-A*24:02:01:47、HLA-A*24:02:01:48、HLA-A*24:02:01:49、HLA-A*24:02:01:50、HLA-A*24:02:01:51、HLA-A*24:02:01:52、HLA-A*24:02:01:53、HLA-A*24:02:01:54、HLA-A*24:02:01:55、HLA-A*24:02:01:56、HLA-A*24:02:01:57、HLA-A*24:02:01:58、HLA-A*24:02:01:59、HLA-A*24:02:01:60、HLA-A*24:02:01:61、HLA-A*24:02:01:62、HLA-A*24:02:01:63、HLA-A*24:02:01:64、HLA-A*24:02:01:65、HLA-A*24:02:01:66、HLA-A*24:02:01:67、HLA-A*24:02:01:68、HLA-A*24:02:01:69、HLA-A*24:02:01:70、HLA-A*24:02:01:71、HLA-A*24:02:01:72、HLA-A*24:02:01:73、HLA-A*24:02:01:74、HLA-A*24:02:01:75、HLA-A*24:02:01:76、HLA-A*24:02:01:77、HLA-A*24:02:01:78、HLA-A*24:02:01:79、HLA-A*24:02:01:80、HLA-A*24:02:01:81、HLA-A*24:02:01:82、HLA-A*24:02:01:83、HLA-A*24:02:01:84、HLA-A*24:02:01:85、HLA-A*24:02:01:86、HLA-A*24:02:01:87、HLA-A*24:02:01:88、HLA-A*24:02:01:89、HLA-A*24:02:01:90、HLA-A*24:02:01:91、HLA-A*24:02:01:92、HLA-A*24:02:01:93、HLA-A*24:02:01:94、HLA-A*24:02:01:95、HLA-A*24:02:01:96、HLA-A*24:02:01:97、HLA-A*24:02:01:98、HLA-A*24:02:01:99、HLA-A*24:02:01:100、HLA-A*24:02:01:101、HLA-A*24:02:01:102、HLA-A*24:02:01:103、HLA-A*24:02:01:104、HLA-A*24:02:01:105、HLA-A*24:02:01:106、HLA-A*24:02:01:107、HLA-A*24:02:01:108、HLA-A*24:02:01:109、HLA-A*24:02:01:110、HLA-A*24:02:02、HLA-A*24:02:03、HLA-A*24:02:04、HLA-A*24:02:05、HLA-A*24:02:06、HLA-A*24:02:07、HLA-A*24:02:08、HLA-A*24:02:09、HLA-A*24:02:10、HLA-A*24:02:11、HLA-A*24:02:12、HLA-A*24:02:13、HLA-A*24:02:14、HLA-A*24:02:15、HLA-A*24:02:16、HLA-A*24:02:17、HLA-A*24:02:18、HLA-A*24:02:19、HLA-A*24:02:20、HLA-A*24:02:21、HLA-A*24:02:22、HLA-A*24:02:23、HLA-A*24:02:24、HLA-A*24:02:25、HLA-A*24:02:26、HLA-A*24:02:27、HLA-A*24:02:28、HLA-A*24:02:29、HLA-A*24:02:30、HLA-A*24:02:31、HLA-A*24:02:32、HLA-A*24:02:33、HLA-A*24:02:34、HLA-A*24:02:35、HLA-A*24:02:36、HLA-A*24:02:37、HLA-A*24:02:38、HLA-A*24:02:39、HLA-A*24:02:40:01、HLA-A*24:02:40:02、HLA-A*24:02:41、HLA-A*24:02:42、HLA-A*24:02:43、HLA-A*24:02:44、HLA-A*24:02:45、HLA-A*24:02:46、HLA-A*24:02:47、HLA-A*24:02:48、HLA-A*24:02:49、HLA-A*24:02:50、HLA-A*24:02:51、HLA-A*24:02:52、HLA-A*24:02:53、HLA-A*24:02:54、HLA-A*24:02:55、HLA-A*24:02:56、HLA-A*24:02:57、HLA-A*24:02:58、HLA-A*24:02:59、HLA-A*24:02:60、HLA-A*24:02:61、HLA-A*24:02:62、HLA-A*24:02:63、HLA-A*24:02:64、HLA-A*24:02:65、HLA-A*24:02:66、HLA-A*24:02:67、HLA-A*24:02:68、HLA-A*24:02:69、HLA-A*24:02:70、HLA-A*24:02:71、HLA-A*24:02:72、HLA-A*24:02:73、HLA-A*24:02:74、HLA-A*24:02:75、HLA-A*24:02:76、HLA-A*24:02:77、HLA-A*24:02:78、HLA-A*24:02:79、HLA-A*24:02:80、HLA-A*24:02:81、HLA-A*24:02:82、HLA-A*24:02:83、HLA-A*24:02:84、HLA-A*24:02:85、HLA-A*24:02:86、HLA-A*24:02:87、HLA-A*24:02:88、HLA-A*24:02:89、HLA-A*24:02:90、HLA-A*24:02:91、HLA-A*24:02:92、HLA-A*24:02:93、HLA-A*24:02:94、HLA-A*24:02:95、HLA-A*24:02:96、HLA-A*24:02:97、HLA-A*24:02:98、HLA-A*24:02:99、HLA-A*24:02:100、HLA-A*24:02:101、HLA-A*24:02:102:01、HLA-A*24:02:102:02、HLA-A*24:02:103、HLA-A*24:02:104、HLA-A*24:02:105、HLA-A*24:02:106、HLA-A*24:02:107、HLA-A*24:02:108、HLA-A*24:02:109、HLA-A*24:02:110、HLA-A*24:02:111、HLA-A*24:02:112、HLA-A*24:02:113、HLA-A*24:02:114、HLA-A*24:02:115:01、HLA-A*24:02:115:02、HLA-A*24:02:116、HLA-A*24:02:117、HLA-A*24:02:118、HLA-A*24:02:119、HLA-A*24:02:120、HLA-A*24:02:121、HLA-A*24:02:122、HLA-A*24:02:123、HLA-A*24:02:124、HLA-A*24:02:125、HLA-A*24:02:126、HLA-A*24:02:127、HLA-A*24:02:128、HLA-A*24:02:129、HLA-A*24:02:130、HLA-A*24:02:131、HLA-A*24:02:132、HLA-A*24:02:133、HLA-A*24:02:134、HLA-A*24:02:135、HLA-A*24:02:136、HLA-A*24:02:137、HLA-A*24:02:138、HLA-A*24:02:139、HLA-A*24:02:140、HLA-A*24:02:141、HLA-A*24:02:142、HLA-A*24:02:143、HLA-A*24:02:144、HLA-A*24:02:145、HLA-A*24:02:146、HLA-A*24:02:147、HLA-A*24:02:148、HLA-A*24:02:149、HLA-A*24:03:01:01、HLA-A*24:03:01:02、HLA-A*24:03:01:03、HLA-A*24:03:02、HLA-A*24:03:03、HLA-A*24:03:04、HLA-A*24:04、HLA-A*24:05:01、HLA-A*24:05:02、HLA-A*24:06、HLA-A*24:07:01:01、HLA-A*24:07:01:02、HLA-A*24:07:01:03、HLA-A*24:07:02、HLA-A*24:07:03、HLA-A*24:07:04、HLA-A*24:08、HLA-A*24:09、HLA-A*24:10:01:01、HLA-A*24:10:01:02、HLA-A*24:10:02、HLA-A*24:11、HLA-A*24:13:01、HLA-A*24:13:02、HLA-A*24:14:01:01、HLA-A*24:14:01:02、HLA-A*24:14:01:03、HLA-A*24:14:01:04、HLA-A*24:15、HLA-A*24:17:01:01、HLA-A*24:17:01:02、HLA-A*24:18、HLA-A*24:19、HLA-A*24:20:01:01、HLA-A*24:20:01:02、HLA-A*24:20:02、HLA-A*24:21:01、HLA-A*24:21:02、HLA-A*24:21:03、HLA-A*24:22、HLA-A*24:23、HLA-A*24:24、HLA-A*24:25、HLA-A*24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:36、HLA-A*24:37、HLA-A*24:38、HLA-A*24:39、HLA-A*24:40、HLA-A*24:41、HLA-A*24:42、HLA-A*24:43、HLA-A*24:44、HLA-A*24:45、HLA-A*24:46、HLA-A*24:47、HLA-A*24:48、HLA-A*24:49、HLA-A*24:50、HLA-A*24:51、HLA-A*24:52、HLA-A*24:53、HLA-A*24:54、HLA-A*24:55、HLA-A*24:56:01、HLA-A*24:56:02、HLA-A*24:57、HLA-A*24:58、HLA-A*24:59、HLA-A*24:60、HLA-A*24:61、HLA-A*24:62、HLA-A*24:63、HLA-A*24:64、HLA-A*24:66、HLA-A*24:67、HLA-A*24:68、HLA-A*24:69、HLA-A*24:70、HLA-A*24:71、HLA-A*24:72、HLA-A*24:73、HLA-A*24:74:01、HLA-A*24:74:02、HLA-A*24:75、HLA-A*24:76、HLA-A*24:77、HLA-A*24:78、HLA-A*24:79、HLA-A*24:80、HLA-A*24:81、HLA-A*24:82、HLA-A*24:83、HLA-A*24:84、HLA-A*24:85、HLA-A*24:86、HLA-A*24:87、HLA-A*24:88、HLA-A*24:89、HLA-A*24:90:01、HLA-A*24:90:02、HLA-A*24:91、HLA-A*24:92、HLA-A*24:93、HLA-A*24:94、HLA-A*24:95、HLA-A*24:96、HLA-A*24:97、HLA-A*24:98、HLA-A*24:99、HLA-A*24:100、HLA-A*24:101、HLA-A*24:102、HLA-A*24:103、HLA-A*24:104、HLA-A*24:105、HLA-A*24:106、HLA-A*24:107、HLA-A*24:108、HLA-A*24:109、HLA-A*24:110、HLA-A*24:111、HLA-A*24:112、HLA-A*24:113、HLA-A*24:114、HLA-A*24:115、HLA-A*24:116、HLA-A*24:117、HLA-A*24:118、HLA-A*24:119、HLA-A*24:120、HLA-A*24:121、HLA-A*24:122、HLA-A*24:123、HLA-A*24:124、HLA-A*24:125、HLA-A*24:126、HLA-A*24:127、HLA-A*24:128、HLA-A*24:129、HLA-A*24:130、HLA-A*24:131、HLA-A*24:132、HLA-A*24:133、HLA-A*24:134、HLA-A*24:135:01、HLA-A*24:135:02、HLA-A*24:136、HLA-A*24:137、HLA-A*24:138、HLA-A*24:139、HLA-A*24:140、HLA-A*24:141、HLA-A*24:142:01、HLA-A*24:142:02、HLA-A*24:143、HLA-A*24:144、HLA-A*24:145、HLA-A*24:146、HLA-A*24:147、HLA-A*24:148、HLA-A*24:149、HLA-A*24:150、HLA-A*24:151、HLA-A*24:152、HLA-A*24:153、HLA-A*24:154、HLA-A*24:155、HLA-A*24:156、HLA-A*24:157、HLA-A*24:158、HLA-A*24:159、HLA-A*24:160、HLA-A*24:161、HLA-A*24:162、HLA-A*24:163、HLA-A*24:164、HLA-A*24:165、HLA-A*24:166、HLA-A*24:167、HLA-A*24:168、HLA-A*24:169、HLA-A*24:170、HLA-A*24:171、HLA-A*24:172:01、HLA-A*24:172:02、HLA-A*24:173、HLA-A*24:174、HLA-A*24:175、HLA-A*24:176、HLA-A*24:177、HLA-A*24:178、HLA-A*24:179、HLA-A*24:180、HLA-A*24:181、HLA-A*24:182、HLA-A*24:183、HLA-A*24:184、HLA-A*24:185、HLA-A*24:186、HLA-A*24:187、HLA-A*24:188、HLA-A*24:189、HLA-A*24:190、HLA-A*24:191、HLA-A*24:192、HLA-A*24:193、HLA-A*24:194、HLA-A*24:195、HLA-A*24:196、HLA-A*24:197、HLA-A*24:198、HLA-A*24:199、HLA-A*24:200、HLA-A*24:201、HLA-A*24:202、HLA-A*24:203、HLA-A*24:204、HLA-A*24:205、HLA-A*24:206、HLA-A*24:207:01、HLA-A*24:207:02、HLA-A*24:208:01、HLA-A*24:208:02:01、HLA-A*24:208:02:02、HLA-A*24:209、HLA-A*24:210、HLA-A*24:212、HLA-A*24:213、HLA-A*24:214、HLA-A*24:215、HLA-A*24:216、HLA-A*24:217、HLA-A*24:218、HLA-A*24:219、HLA-A*24:220、HLA-A*24:221、HLA-A*24:222、HLA-A*24:223、HLA-A*24:224、HLA-A*24:225:01、HLA-A*24:225:02、HLA-A*24:226:01、HLA-A*24:226:02、HLA-A*24:227、HLA-A*24:228、HLA-A*24:229、HLA-A*24:230、HLA-A*24:231、HLA-A*24:232、HLA-A*24:233、HLA-A*24:234、HLA-A*24:235、HLA-A*24:236、HLA-A*24:237、HLA-A*24:238、HLA-A*24:239、HLA-A*24:240、HLA-A*24:241、HLA-A*24:242、HLA-A*24:243、HLA-A*24:244、HLA-A*24:245、HLA-A*24:246、HLA-A*24:247、HLA-A*24:248、HLA-A*24:249、HLA-A*24:250、HLA-A*24:251、HLA-A*24:252、HLA-A*24:253、HLA-A*24:254、HLA-A*24:255、HLA-A*24:256、HLA-A*24:257、HLA-A*24:258、HLA-A*24:259、HLA-A*24:260、HLA-A*24:261、HLA-A*24:262、HLA-A*24:263、HLA-A*24:264、HLA-A*24:265、HLA-A*24:266、HLA-A*24:267、HLA-A*24:268、HLA-A*24:269、HLA-A*24:270、HLA-A*24:271、HLA-A*24:272、HLA-A*24:273、HLA-A*24:274、HLA-A*24:275、HLA-A*24:276、HLA-A*24:277、HLA-A*24:278、HLA-A*24:279、HLA-A*24:280、HLA-A*24:281、HLA-A*24:282、HLA-A*24:283、HLA-A*24:284、HLA-A*24:285、HLA-A*24:286、HLA-A*24:287、HLA-A*24:288、HLA-A*24:289、HLA-A*24:290、HLA-A*24:291、HLA-A*24:292、HLA-A*24:293、HLA-A*24:294、HLA-A*24:295、HLA-A*24:296、HLA-A*24:297、HLA-A*24:298、HLA-A*24:299、HLA-A*24:300、HLA-A*24:301、HLA-A*24:302、HLA-A*24:303、HLA-A*24:304、HLA-A*24:305、HLA-A*24:306、HLA-A*24:307、HLA-A*24:308、HLA-A*24:309、HLA-A*24:310:01、HLA-A*24:310:02、HLA-A*24:311、HLA-A*24:312、HLA-A*24:313:01、HLA-A*24:313:02、HLA-A*24:314、HLA-A*24:315、HLA-A*24:316、HLA-A*24:317、HLA-A*24:318、HLA-A*24:319、HLA-A*24:320、HLA-A*24:321、HLA-A*24:322、HLA-A*24:323、HLA-A*24:324、HLA-A*24:325、HLA-A*24:326、HLA-A*24:327、HLA-A*24:328、HLA-A*24:329、HLA-A*24:330、HLA-A*24:331、HLA-A*24:332、HLA-A*24:333、HLA-A*24:334、HLA-A*24:335、HLA-A*24:336、HLA-A*24:337、HLA-A*24:338、HLA-A*24:339、HLA-A*24:340、HLA-A*24:341、HLA-A*24:342、HLA-A*24:343、HLA-A*24:344、HLA-A*24:345、HLA-A*24:346、HLA-A*24:347:01、HLA-A*24:347:02、HLA-A*24:348、HLA-A*24:349、HLA-A*24:350、HLA-A*24:351、HLA-A*24:352、HLA-A*24:353、HLA-A*24:354、HLA-A*24:355、HLA-A*24:356、HLA-A*24:357、HLA-A*24:358、HLA-A*24:359、HLA-A*24:360、HLA-A*24:361、HLA-A*24:362、HLA-A*24:363、HLA-A*24:364、HLA-A*24:365、HLA-A*24:366、HLA-A*24:367、HLA-A*24:368、HLA-A*24:369、HLA-A*24:370、HLA-A*24:371、HLA-A*24:372、HLA-A*24:373、HLA-A*24:374、HLA-A*24:375、HLA-A*24:376、HLA-A*24:377、HLA-A*24:378、HLA-A*24:379、HLA-A*24:380、HLA-A*24:381、HLA-A*24:382、HLA-A*24:383、HLA-A*24:384、HLA-A*24:385、HLA-A*24:386、HLA-A*24:387、HLA-A*24:388、HLA-A*24:389、HLA-A*24:390、HLA-A*24:391、HLA-A*24:392、HLA-A*24:393、HLA-A*24:394、HLA-A*24:395、HLA-A*24:396、HLA-A*24:397、HLA-A*24:398、HLA-A*24:399、HLA-A*24:400、HLA-A*24:401、HLA-A*24:402、HLA-A*24:403、HLA-A*24:404、HLA-A*24:405、HLA-A*24:406、HLA-A*24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、HLA-A*24:417、HLA-A*24:418、HLA-A*24:419、HLA-A*24:420、HLA-A*24:421、HLA-A*24:422、HLA-A*24:423、HLA-A*24:424、HLA-A*24:425、HLA-A*24:426、HLA-A*24:427、HLA-A*24:428、HLA-A*24:429、HLA-A*24:430、HLA-A*24:431:01、HLA-A*24:431:02、HLA-A*24:432、HLA-A*24:433、HLA-A*24:434、HLA-A*24:435、HLA-A*24:436、HLA-A*24:437、HLA-A*24:438、HLA-A*24:439、HLA-A*24:440、HLA-A*24:441、HLA-A*24:442、HLA-A*24:443、HLA-A*24:444、HLA-A*24:445、HLA-A*24:446、HLA-A*24:447、HLA-A*24:448、HLA-A*24:449、HLA-A*24:450、HLA-A*24:451、HLA-A*24:452、HLA-A*24:453、HLA-A*24:454、HLA-A*24:455、HLA-A*24:456、HLA-A*24:457、HLA-A*24:458、HLA-A*24:459、HLA-A*24:460:01:01、HLA-A*24:460:01:02、HLA-A*24:461、HLA-A*24:462、HLA-A*24:463、HLA-A*24:464、HLA-A*24:465、HLA-A*24:466、HLA-A*24:467、HLA-A*24:468、HLA-A*24:469、HLA-A*24:470、HLA-A*24:472、HLA-A*24:473、HLA-A*24:474、HLA-A*24:475、HLA-A*24:476、HLA-A*24:477、HLA-A*24:478、HLA-A*24:479、HLA-A*24:480、HLA-A*24:481、HLA-A*24:482、HLA-A*24:483、HLA-A*24:484、HLA-A*24:485、HLA-A*24:486、HLA-A*24:487、HLA-A*24:488、HLA-A*24:489、HLA-A*24:490、HLA-A*24:491、HLA-A*24:492、HLA-A*24:493、HLA-A*24:494、HLA-A*24:495、HLA-A*24:496、HLA-A*24:497、HLA-A*24:498、HLA-A*24:499、HLA-A*24:500、HLA-A*24:501、HLA-A*24:502、HLA-A*24:503、HLA-A*24:504、HLA-A*24:505、HLA-A*24:506、HLA-A*24:507、HLA-A*24:508、HLA-A*24:509、HLA-A*24:510、HLA-A*24:511、HLA-A*24:512、HLA-A*24:513、HLA-A*24:514、HLA-A*24:515、HLA-A*24:516、HLA-A*24:517、HLA-A*24:518、HLA-A*24:519、HLA-A*24:520、HLA-A*24:521、HLA-A*24:522、HLA-A*24:523、HLA-A*24:524、HLA-A*24:525、HLA-A*24:526、HLA-A*24:527、HLA-A*24:528、HLA-A*24:529、HLA-A*24:530、HLA-A*24:531、HLA-A*24:532、HLA-A*24:533、HLA-A*24:534、HLA-A*24:535、HLA-A*24:536、HLA-A*24:537、HLA-A*24:538、HLA-A*24:539、HLA-A*24:540、HLA-A*24:541、HLA-A*24:542、HLA-A*24:543、HLA-A*24:544、HLA-A*24:545、HLA-A*24:546、HLA-A*24:547、HLA-A*24:548、HLA-A*24:549、HLA-A*24:550、及びHLA-A*24:551から成る群から選択される対立遺伝子である、請求項1~15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項18】
前記HLA分子が、HLA-A*32:01:01:01、HLA-A*32:01:01:02、HLA-A*32:01:01:03、HLA-A*32:01:01:04、HLA-A*32:01:01:05、HLA-A*32:01:01:06、HLA-A*32:01:01:07、HLA-A*32:01:01:08、HLA-A*32:01:01:09、HLA-A*32:01:01:10、HLA-A*32:01:01:11、HLA-A*32:01:01:12、HLA-A*32:01:01:13、HLA-A*32:01:01:14、HLA-A*32:01:01:15、HLA-A*32:01:01:16、HLA-A*32:01:01:17、HLA-A*32:01:01:18、HLA-A*32:01:01:19、HLA-A*32:01:01:20、HLA-A*32:01:01:21、HLA-A*32:01:01:22、HLA-A*32:01:01:23、HLA-A*32:01:01:24、HLA-A*32:01:01:25、HLA-A*32:01:01:26、HLA-A*32:01:01:27、HLA-A*32:01:01:28、HLA-A*32:01:01:29、HLA-A*32:01:01:30、HLA-A*32:01:02、HLA-A*32:01:03、HLA-A*32:01:04、HLA-A*32:01:05、HLA-A*32:01:06、HLA-A*32:01:07、HLA-A*32:01:08、HLA-A*32:01:09、HLA-A*32:01:10、HLA-A*32:01:11、HLA-A*32:01:12、HLA-A*32:01:13、HLA-A*32:01:14、HLA-A*32:01:15、HLA-A*32:01:16、HLA-A*32:01:17、HLA-A*32:01:18、HLA-A*32:01:19、HLA-A*32:01:20、HLA-A*32:01:21、HLA-A*32:01:22、HLA-A*32:01:23、HLA-A*32:01:24、HLA-A*32:01:25、HLA-A*32:01:26、HLA-A*32:01:27、HLA-A*32:01:28、HLA-A*32:01:29、HLA-A*32:01:30、HLA-A*32:01:31、HLA-A*32:01:32、HLA-A*32:01:33、HLA-A*32:01:34、HLA-A*32:01:35、HLA-A*32:01:36、HLA-A*32:01:37、HLA-A*32:01:38、HLA-A*32:01:39、HLA-A*32:01:40、HLA-A*32:01:41、HLA-A*32:01:42、HLA-A*32:01:43、HLA-A*32:01:44、HLA-A*32:01:45、HLA-A*32:01:46、HLA-A*32:01:47、HLA-A*32:02、HLA-A*32:03:01:01、HLA-A*32:03:01:02、HLA-A*32:04、HLA-A*32:05、HLA-A*32:06、HLA-A*32:07、HLA-A*32:08、HLA-A*32:09、HLA-A*32:10、HLA-A*32:11、HLA-A*32:12、HLA-A*32:13、HLA-A*32:14、HLA-A*32:15、HLA-A*32:16、HLA-A*32:17、HLA-A*32:18、HLA-A*32:19、HLA-A*32:20、HLA-A*32:21、HLA-A*32:22、HLA-A*32:23、HLA-A*32:24、HLA-A*32:25、HLA-A*32:26:01、HLA-A*32:26:02、HLA-A*32:27、HLA-A*32:28、HLA-A*32:29、HLA-A*32:30:01、HLA-A*32:30:02、HLA-A*32:31、HLA-A*32:32、HLA-A*32:33:01、HLA-A*32:33:02、HLA-A*32:33:03、HLA-A*32:34、HLA-A*32:35、HLA-A*32:36、HLA-A*32:37、HLA-A*32:38、HLA-A*32:39、HLA-A*32:40、HLA-A*32:41、HLA-A*32:42、HLA-A*32:43:01、HLA-A*32:43:02、HLA-A*32:44、HLA-A*32:45、HLA-A*32:46:01、HLA-A*32:46:02、HLA-A*32:47、HLA-A*32:48、HLA-A*32:49、HLA-A*32:50、HLA-A*32:51、HLA-A*32:52、HLA-A*32:53、HLA-A*32:54、HLA-A*32:55:01、HLA-A*32:55:02、HLA-A*32:55:03、HLA-A*32:56、HLA-A*32:57、HLA-A*32:58、HLA-A*32:59、HLA-A*32:60、HLA-A*32:61、HLA-A*32:62、HLA-A*32:63、HLA-A*32:64、HLA-A*32:65、HLA-A*32:66、HLA-A*32:67、HLA-A*32:68、HLA-A*32:69、HLA-A*32:70、HLA-A*32:71、HLA-A*32:72、HLA-A*32:73、HLA-A*32:74、HLA-A*32:75、HLA-A*32:76、HLA-A*32:77、HLA-A*32:78、HLA-A*32:79、HLA-A*32:80、HLA-A*32:81、HLA-A*32:82、HLA-A*32:83、HLA-A*32:84、HLA-A*32:85、HLA-A*32:86、HLA-A*32:87、HLA-A*32:88、HLA-A*32:89、HLA-A*32:90、HLA-A*32:91、HLA-A*32:92、HLA-A*32:93、HLA-A*32:94、HLA-A*32:95、HLA-A*32:96、HLA-A*32:97、HLA-A*32:98、HLA-A*32:99、HLA-A*32:100、HLA-A*32:101、HLA-A*32:102、HLA-A*32:103、HLA-A*32:104、HLA-A*32:105、HLA-A*32:106:01:01、HLA-A*32:106:01:02、HLA-A*32:107、HLA-A*32:108、HLA-A*32:109、HLA-A*32:110、HLA-A*32:111、HLA-A*32:112、HLA-A*32:113、HLA-A*32:114、HLA-A*32:115、HLA-A*32:116、HLA-A*32:117、HLA-A*32:118、HLA-A*32:119、HLA-A*32:120、HLA-A*32:121、HLA-A*32:122、HLA-A*32:123、HLA-A*32:124、HLA-A*32:125、HLA-A*32:126、HLA-A*32:127、HLA-A*32:128、HLA-A*32:129、HLA-A*32:130、HLA-A*32:131、HLA-A*32:132、HLA-A*32:133、HLA-A*32:134、HLA-A*32:135、HLA-A*32:136、HLA-A*32:137、HLA-A*32:138、HLA-A*32:139、HLA-A*32:140、HLA-A*32:141、HLA-A*32:142、HLA-A*32:143、HLA-A*32:144、HLA-A*32:145、HLA-A*32:146、HLA-A*32:147、HLA-A*32:148、HLA-A*32:149、HLA-A*32:150、HLA-A*32:151、HLA-A*32:152、HLA-A*32:153、HLA-A*32:154、HLA-A*32:155、及びHLA-A*32:156から成る群から選択される対立遺伝子である、請求項1~15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項19】
前記HLA結合ポケットが、Aポケット、Bポケット、Cポケット、Dポケット、Eポケット、Fポケット、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項1~18のいずれか1項に記載の方法。
【請求項20】
前記結合ポケットがFポケットである。請求項1~19のいずれか1項に記載の方法。
【請求項21】
1を超える結合ポケットが修飾される、請求項1~20のいずれか1項に記載の方法。
【請求項22】
前記修飾することが前記細胞の前記表面上の前記抗原の提示を増やす、請求項1~21のいずれか1項に記載の方法。
【請求項23】
前記修飾することが抗原特異的なT細胞応答を高める、請求項1~22のいずれか1項に記載の方法。
【請求項24】
前記抗原が腫瘍抗原である、請求項1~23のいずれか1項に記載の方法。
【請求項25】
前記修飾することが腫瘍抗原特異的T細胞の増殖を増やす、請求項1~24のいずれか1項に記載の方法。
【請求項26】
前記修飾することが、前記HLA分子の前記HLA結合ポケットにてアミノ酸を変異させることを含む。請求項1~25のいずれか1項に記載の方法
【請求項27】
前記変異させることがアミノ酸置換を含む、請求項26に記載の方法
【請求項28】
前記修飾することがアミノ酸置換を含み、置換される前記アミノ酸がアラニンである。請求項1~25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項29】
前記元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸がロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される、請求項26または27に記載の方法。
【請求項30】
前記元のアミノ酸を置き換える前記新しいアミノ酸がロイシンである、請求項26~29のいずれか1項に記載の方法。
【請求項31】
前記修飾が、アミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83から選択されるアミノ酸残基を変異させることを含み、その際、前記位置が配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応する、請求項1~30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項32】
前記修飾が、配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応する前記アミノ酸残基81を変異させることを含む、請求項1~31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
前記修飾が、配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応する81位での前記アミノ酸残基の置換を含む、請求項1~32のいずれか1項に記載の方法。
【請求項34】
前記修飾が、配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応するA81L置換を含む、請求項1~33のいずれか1項に記載の方法。
【請求項35】
前記修飾することが遺伝子編集ツールによって実行される、請求項1~34のいずれか1項に記載の方法。
【請求項36】
前記遺伝子編集ツールが、CRISPR技術、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALEN、shRNA、siRNA、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、メガヌクレアーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記対象に免疫療法を施行することをさらに含む、請求項1~36のいずれか1項に記載の方法。
【請求項38】
前記免疫療法が免疫細胞療法を含む、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
前記免疫細胞療法が、T細胞、NK細胞、腫瘍浸潤リンパ球、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。請求項38に記載の方法。
【請求項40】
前記免疫細胞療法が操作されたT細胞を投与することを含み、その際、前記操作されたT細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む、請求項38または39に記載の方法。
【請求項41】
前記免疫療法がチェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項37~40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項42】
前記免疫療法がPD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、CTLA-4阻害剤、LAG3阻害剤、TIM3阻害剤、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む、請求項37~41のいずれか1項に記載の方法。
【請求項43】
前記免疫療法が、PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む、請求項37~42のいずれか1項に記載の方法。
【請求項44】
PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の前記相互作用を阻害する前記抗体またはその抗原結合部分がニボルマブ及びペンブロリズマブから選択される、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
前記免疫療法が、CTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む、請求項37~44のいずれか1項に記載の方法。
【請求項46】
CTLA-4に特異的に結合して阻害する前記抗体またはその抗原結合部分がイピリムマブ及びトレメリムマブから選択される、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
前記免疫療法が、LAG3に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む。請求項37~46のいずれか1項に記載の方法。
【請求項48】
前記免疫療法ががんワクチンを含む、請求項37~47のいずれか1項に記載の方法。
【請求項49】
前記対象ががんに罹患している、請求項1~48のいずれか1項に記載の方法。
【請求項50】
前記がんが、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓癌または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせから成る群から選択される、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子。
【請求項52】
HLAクラスI対立遺伝子である、請求項51に記載のHLA分子。
【請求項53】
HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-K、HLA-L、及びそれらの任意の組み合わせから成る群から選択される対立遺伝子である、請求項51または52に記載のHLA分子。
【請求項54】
(e)HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74、及びHLA-A*80から成る群;
(f)HLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82、及びHLA-B*83から成る群;
(g)HLA-C*05:01、HLA-C*05:03、HLA-C*05:04、HLA-C*05:05、及びHLA-C*05:06から成る群;ならびに
(h)それらの任意の組合せから選択される対立遺伝子である、請求項51~53のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項55】
HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*31、及びHLA-A*32から成る群から選択される対立遺伝子である、請求項51~54のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項56】
HLA-A*24対立遺伝子である、請求項51~55のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項57】
前記HLA結合ポケットが、Aポケット、Bポケット、Cポケット、Dポケット、Eポケット、Fポケット、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項51~58のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項58】
前記HLA結合ポケットがFポケットである、請求項51~57のいずれかに記載のHLA分子。
【請求項59】
1を超える修飾されたHLA結合ポケットを含む、請求項51~58のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項60】
修飾されていないHLA結合ポケットを含むHLA分子よりも抗原に対する親和性が高い、請求項51~59のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項61】
前記抗原が腫瘍抗原である、請求項60に記載のHLA分子。
【請求項62】
前記修飾されたHLA結合ポケットが、修飾されていないHLA結合ポケットに対するアミノ酸置換を含む、請求項51~61のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項63】
前記置換によって置き換えられる前記元のアミノ酸がアラニンである、請求項62に記載のHLA分子。
【請求項64】
前記元のアミノ酸を置き換える前記新しいアミノ酸がロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される、請求項62または63に記載のHLA分子。
【請求項65】
前記元のアミノ酸を置き換える前記新しいアミノ酸がロイシンである、請求項62~64のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項66】
前記HLA結合ポケットが、アミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83から選択される残基にてアミノ酸置換を含み、その際、前記位置は配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応する、請求項51~65のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項67】
前記HLA結合ポケットが、配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む、請求項51~66のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項68】
前記HLA結合ポケットが、配列番号1に示される前記アミノ酸配列に対応するA81L置換を含む、請求項51~67のいずれか1項に記載のHLA分子。
【請求項69】
請求項51~67のいずれか1項に記載のHLA分子をコードする核酸または核酸のセット。
【請求項70】
請求項69に記載の核酸を含むベクターまたはベクターのセット。
【請求項71】
ウイルスベクターである、請求項70に記載のベクターまたはベクターのセット。
【請求項72】
請求項51~68のいずれか1項に記載のHLAと抗原とを含むHLA-抗原複合体。
【請求項73】
前記抗原が腫瘍抗原である、請求項72に記載のHLA-抗原複合体。
【請求項74】
請求項51~68のいずれか1項に記載のHLA分子、請求項69に記載の核酸もしくは核酸のセット、請求項70もしくは71に記載のベクターもしくはベクターのセット、または請求項72もしくは73に記載のHLA-抗原複合体を含む抗原提示細胞。
【請求項75】
樹状細胞である、請求項74に記載の抗原提示細胞。
【請求項76】
人工抗原提示細胞である、請求項74に記載の抗原提示細胞。
【請求項77】
医薬組成物であって、請求項51~68のいずれか1項に記載のHLA分子、請求項69に記載の核酸もしくは核酸セット、請求項70もしくは71に記載のベクターもしくはベクターのセット、請求項72もしくは73に記載のHLA-抗原複合体、または請求項74~76のいずれか1項に記載の抗原提示細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、前記医薬組成物。
【請求項78】
ワクチンであって、請求項51~68のいずれか1項に記載のHLA分子、請求項69に記載の核酸もしくは核酸のセット、請求項70もしくは71に記載のベクターもしくはベクターのセット、請求項72もしくは73に記載のHLA-抗原複合体、または請求項74~76のいずれか1項に記載の抗原提示細胞を含む、前記ワクチン。
【請求項79】
治療を必要とする対象を治療する方法であって、請求項51~68のいずれか1項に記載のHLA分子、請求項69に記載の核酸もしくは核酸のセット、請求項70もしくは71に記載のベクターもしくはベクターのセット、請求項72もしくは73に記載のHLA-抗原複合体、請求項74~76のいずれか1項に記載の抗原提示細胞、請求項77に記載の医薬組成物、または請求項78に記載のワクチンを前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項80】
さらに、免疫療法を前記対象に施行することを含む、請求項79に記載の方法。
【請求項81】
前記免疫療法が免疫細胞療法を含む、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
前記免疫細胞療法が、T細胞、NK細胞、腫瘍浸潤リンパ球、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む、請求項80または81に記載の方法。
【請求項83】
前記免疫細胞療法が操作されたT細胞を投与することを含み、その際、前記操作されたT細胞はキメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む、請求項81または82に記載の方法。
【請求項84】
前記免疫療法がチェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項80~83のいずれか1項に記載の方法。
【請求項85】
前記免疫療法が、PD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、CTLA-4阻害剤、LAG3阻害剤、TIM3阻害剤、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。請求項80~84のいずれか1項に記載の方法。
【請求項86】
前記免疫療法が、PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分、CTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分、LAG3に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む、請求項80~85のいずれか1項に記載の方法。
【請求項87】
(i)PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の前記相互作用を阻害する前記抗体またはその抗原結合部分がニボルマブ及びペンブロリズマブから選択され、(ii)CTLA-4に特異的に結合して阻害する前記抗体またはその抗原結合部分がイピリムマブ及びトレメリムマブから選択され、(iii)(i)及び(ii)の任意の組み合わせである、請求項86に記載の方法。
【請求項88】
前記対象ががんに罹患している、請求項80~87のいずれか1項に記載の方法。
【請求項89】
前記がんが、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓癌または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせから成る群から選択される、請求項88に記載の方法。
【請求項90】
ヒト対象から得られたT細胞の集団を濃縮する方法であって、前記T細胞を請求項51~68のいずれか1項に記載のHLA分子、請求項72もしくは73に記載のHLA-抗原複合体、または請求項74~76のいずれか1項に記載の抗原提示細胞と接触させることを含む、前記方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、2021年10月22日出願の米国仮特許出願第63/262,941号の優先権の利益を主張するものであり、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
【0002】
EFS-WEBを介して電子的に提出された配列表の参照
本出願とともに出願したASCIIテキストファイル(名称:4285_022PC01_Seqlisting_ST26、サイズ:2,4484バイト、作成日:2022年10月21日)の電子的に提出された配列表の内容はその全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
【0003】
技術分野
本開示は、抗原提示細胞上に発現されるヒト白血球抗原(HLA)の結合ポケットを修飾することによって抗原に対する免疫応答を増強する方法を提供する。
【背景技術】
【0004】
免疫療法は、がんを含む種々の疾患との戦いにて重要なツールとして出現してきた。T細胞療法は、免疫療法の開発の最前線にあり、抗腫瘍T細胞の養子移入はがん患者にて臨床応答を誘導することが示されてきた。多くのT細胞療法は変異した腫瘍抗原を標的とするが、ネオ抗原の大部分は共有されず、各患者に固有なものである。
【0005】
T細胞抗原の免疫原性は、効果的ながん免疫療法を推進する主要な因子であり、抗原エピトープのHLAに結合してT細胞に安定して提示される能力と直接相関している。自己抗原に由来する多くの腫瘍関連エピトープは比較的弱いT細胞応答を引き出すので、これががん免疫療法の開発にとって制約となる。従来、この問題は、試行錯誤に基づく手間のかかる低スループットのアプローチである「ヘテロクリット性の」ペプチドの生成によって克服されてきたが、その際、増強された相互作用の強度でHLA分子と結合するように個々のエピトープが改変される。
【0006】
そのため、免疫療法の分野では、潜在的な標的抗原の免疫原性を改善するための新規の手段に対するニーズが残っている。
【発明の概要】
【0007】
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるヒト白血球抗原(HLA)分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、治療を必要とする対象を適切な状態に調整する方法を対象とする。
【0008】
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて免疫応答を増強する方法を対象とする。
【0009】
本開示のいくつかの態様は、HLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、細胞上のHLA分子に対する抗原の結合親和性を高める方法を対象とする。いくつかの態様では、細胞は治療を必要とする対象に存在する。
【0010】
本開示のいくつかの態様は、対象にて細胞上のHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、治療を必要とする対象にて抗原の免疫原性を高める方法を対象とし、その際、HLA分子は抗原を結合することができる。
【0011】
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞におけるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて治療に対する免疫応答を高める方法を対象とする。いくつかの態様では、治療法は免疫療法を含む。
【0012】
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞におけるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて抗原に対する免疫応答を高める方法を対象とし、その際、HLA分子は抗原を結合することができる。
【0013】
いくつかの態様では、修飾することは抗原に対するHLA結合ポケットの結合親和性を高める。
【0014】
いくつかの態様では、細胞は抗原提示細胞である。いくつかの態様では、細胞は樹状細胞である。
【0015】
いくつかの態様では、HLA分子はHLAクラスI対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子は、HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-K、HLA-L、及びそれらの任意の組み合わせから成る群から選択される対立遺伝子である。
【0016】
いくつかの態様では、HLA分子は、(a)HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74、及びHLA-A*80から成る群;(b)HLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82、及びHLA-B*83から成る群;(c)HLA-C*05:01、HLA-C*05:03、HLA-C*05:04、HLA-C*05:05、及びHLA-C*05:06から成る群;ならびに(d)それらの任意の組み合わせから選択される対立遺伝子である。
【0017】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*23、HLA-A*24、及びHLA-A*32から成る群から選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*23:01:01:01、HLA-A*23:01:01:02、HLA-A*23:01:01:03、HLA-A*23:01:01:04、HLA-A*23:01:01:05、HLA-A*23:01:01:06、HLA-A*23:01:01:07、HLA-A*23:01:01:08、HLA-A*23:01:01:09、HLA-A*23:01:01:10、HLA-A*23:01:01:11、HLA-A*23:01:01:12、HLA-A*23:01:01:13、HLA-A*23:01:01:14、HLA-A*23:01:01:15、HLA-A*23:01:01:16、HLA-A*23:01:01:17、HLA-A*23:01:01:18、HLA-A*23:01:01:19、HLA-A*23:01:01:20、HLA-A*23:01:01:21、HLA-A*23:01:01:22、HLA-A*23:01:01:23、HLA-A*23:01:01:24、HLA-A*23:01:01:25、HLA-A*23:01:01:26、HLA-A*23:01:02、HLA-A*23:01:03、HLA-A*23:01:04、HLA-A*23:01:05、HLA-A*23:01:06、HLA-A*23:01:07、HLA-A*23:01:08、HLA-A*23:01:09、HLA-A*23:01:10、HLA-A*23:01:11、HLA-A*23:01:12、HLA-A*23:01:13、HLA-A*23:01:14、HLA-A*23:01:15、HLA-A*23:01:16、HLA-A*23:01:17、HLA-A*23:01:18、HLA-A*23:01:19、HLA-A*23:01:20、HLA-A*23:01:21、HLA-A*23:01:22、HLA-A*23:01:23、HLA-A*23:01:24、HLA-A*23:01:25、HLA-A*23:01:26、HLA-A*23:01:27、HLA-A*23:01:28、HLA-A*23:01:29、HLA-A*23:01:30、HLA-A*23:01:31、HLA-A*23:01:32、HLA-A*23:01:33、HLA-A*23:01:34、HLA-A*23:02、HLA-A*23:03:01、HLA-A*23:03:02:01、HLA-A*23:03:02:02、HLA-A*23:04、HLA-A*23:05、HLA-A*23:06、HLA-A*23:07、HLA-A*23:08、HLA-A*23:09、HLA-A*23:10、HLA-A*23:11、HLA-A*23:12、HLA-A*23:13、HLA-A*23:14:01、HLA-A*23:14:02、HLA-A*23:15、HLA-A*23:16、HLA-A*23:17:01:01、HLA-A*23:17:01:02、HLA-A*23:17:01:03、HLA-A*23:17:02、HLA-A*23:17:03、HLA-A*23:18、HLA-A*23:19、HLA-A*23:20、HLA-A*23:21、HLA-A*23:22、HLA-A*23:23、HLA-A*23:24、HLA-A*23:25、HLA-A*23:26、HLA-A*23:27、HLA-A*23:28、HLA-A*23:29、HLA-A*23:30、HLA-A*23:31、HLA-A*23:32、HLA-A*23:33、HLA-A*23:34、HLA-A*23:35、HLA-A*23:36、HLA-A*23:37:01、HLA-A*23:37:02、HLA-A*23:38、HLA-A*23:39、HLA-A*23:40、HLA-A*23:41、HLA-A*23:42、HLA-A*23:43、HLA-A*23:44、HLA-A*23:45、HLA-A*23:46、HLA-A*23:47、HLA-A*23:48、HLA-A*23:49、HLA-A*23:50、HLA-A*23:51、HLA-A*23:52、HLA-A*23:53、HLA-A*23:54、HLA-A*23:55、HLA-A*23:56、HLA-A*23:57、HLA-A*23:58、HLA-A*23:59、HLA-A*23:60、HLA-A*23:61、HLA-A*23:62、HLA-A*23:63、HLA-A*23:64、HLA-A*23:65、HLA-A*23:66、HLA-A*23:67、HLA-A*23:68、HLA-A*23:70、HLA-A*23:71、HLA-A*23:72、HLA-A*23:73、HLA-A*23:74、HLA-A*23:75、HLA-A*23:76、HLA-A*23:77、HLA-A*23:78、HLA-A*23:79、HLA-A*23:80、HLA-A*23:81、HLA-A*23:82、HLA-A*23:83、HLA-A*23:84、HLA-A*23:85、HLA-A*23:86、HLA-A*23:87、HLA-A*23:88、HLA-A*23:89、HLA-A*23:90、HLA-A*23:91、HLA-A*23:92、HLA-A*23:93、HLA-A*23:94、HLA-A*23:95、HLA-A*23:96、HLA-A*23:97、HLA-A*23:98、HLA-A*23:99、HLA-A*23:100、HLA-A*23:101、HLA-A*23:102、HLA-A*23:103、HLA-A*23:104、HLA-A*23:105、HLA-A*23:106、HLA-A*23:107、HLA-A*23:108、HLA-A*23:109、HLA-A*23:110、HLA-A*23:111、HLA-A*23:112、HLA-A*23:113、HLA-A*23:114、HLA-A*23:115、HLA-A*23:116、及びHLA-A*23:117から成る群から選択される対立遺伝子である。
【0018】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*24:02:01:01、HLA-A*24:02:01:02、HLA-A*24:02:01:03、HLA-A*24:02:01:04、HLA-A*24:02:01:05、HLA-A*24:02:01:06、HLA-A*24:02:01:07、HLA-A*24:02:01:08、HLA-A*24:02:01:09、HLA-A*24:02:01:10、HLA-A*24:02:01:11、HLA-A*24:02:01:12、HLA-A*24:02:01:13、HLA-A*24:02:01:14、HLA-A*24:02:01:15、HLA-A*24:02:01:16、HLA-A*24:02:01:17、HLA-A*24:02:01:18、HLA-A*24:02:01:19、HLA-A*24:02:01:20、HLA-A*24:02:01:21、HLA-A*24:02:01:22、HLA-A*24:02:01:23、HLA-A*24:02:01:24、HLA-A*24:02:01:25、HLA-A*24:02:01:26、HLA-A*24:02:01:27、HLA-A*24:02:01:28、HLA-A*24:02:01:29、HLA-A*24:02:01:30、HLA-A*24:02:01:31、HLA-A*24:02:01:32、HLA-A*24:02:01:33、HLA-A*24:02:01:34、HLA-A*24:02:01:35、HLA-A*24:02:01:36、HLA-A*24:02:01:37、HLA-A*24:02:01:38、HLA-A*24:02:01:39、HLA-A*24:02:01:40、HLA-A*24:02:01:41、HLA-A*24:02:01:42、HLA-A*24:02:01:43、HLA-A*24:02:01:44、HLA-A*24:02:01:45、HLA-A*24:02:01:46、HLA-A*24:02:01:47、HLA-A*24:02:01:48、HLA-A*24:02:01:49、HLA-A*24:02:01:50、HLA-A*24:02:01:51、HLA-A*24:02:01:52、HLA-A*24:02:01:53、HLA-A*24:02:01:54、HLA-A*24:02:01:55、HLA-A*24:02:01:56、HLA-A*24:02:01:57、HLA-A*24:02:01:58、HLA-A*24:02:01:59、HLA-A*24:02:01:60、HLA-A*24:02:01:61、HLA-A*24:02:01:62、HLA-A*24:02:01:63、HLA-A*24:02:01:64、HLA-A*24:02:01:65、HLA-A*24:02:01:66、HLA-A*24:02:01:67、HLA-A*24:02:01:68、HLA-A*24:02:01:69、HLA-A*24:02:01:70、HLA-A*24:02:01:71、HLA-A*24:02:01:72、HLA-A*24:02:01:73、HLA-A*24:02:01:74、HLA-A*24:02:01:75、HLA-A*24:02:01:76、HLA-A*24:02:01:77、HLA-A*24:02:01:78、HLA-A*24:02:01:79、HLA-A*24:02:01:80、HLA-A*24:02:01:81、HLA-A*24:02:01:82、HLA-A*24:02:01:83、HLA-A*24:02:01:84、HLA-A*24:02:01:85、HLA-A*24:02:01:86、HLA-A*24:02:01:87、HLA-A*24:02:01:88、HLA-A*24:02:01:89、HLA-A*24:02:01:90、HLA-A*24:02:01:91、HLA-A*24:02:01:92、HLA-A*24:02:01:93、HLA-A*24:02:01:94、HLA-A*24:02:01:95、HLA-A*24:02:01:96、HLA-A*24:02:01:97、HLA-A*24:02:01:98、HLA-A*24:02:01:99、HLA-A*24:02:01:100、HLA-A*24:02:01:101、HLA-A*24:02:01:102、HLA-A*24:02:01:103、HLA-A*24:02:01:104、HLA-A*24:02:01:105、HLA-A*24:02:01:106、HLA-A*24:02:01:107、HLA-A*24:02:01:108、HLA-A*24:02:01:109、HLA-A*24:02:01:110、HLA-A*24:02:02、HLA-A*24:02:03、HLA-A*24:02:04、HLA-A*24:02:05、HLA-A*24:02:06、HLA-A*24:02:07、HLA-A*24:02:08、HLA-A*24:02:09、HLA-A*24:02:10、HLA-A*24:02:11、HLA-A*24:02:12、HLA-A*24:02:13、HLA-A*24:02:14、HLA-A*24:02:15、HLA-A*24:02:16、HLA-A*24:02:17、HLA-A*24:02:18、HLA-A*24:02:19、HLA-A*24:02:20、HLA-A*24:02:21、HLA-A*24:02:22、HLA-A*24:02:23、HLA-A*24:02:24、HLA-A*24:02:25、HLA-A*24:02:26、HLA-A*24:02:27、HLA-A*24:02:28、HLA-A*24:02:29、HLA-A*24:02:30、HLA-A*24:02:31、HLA-A*24:02:32、HLA-A*24:02:33、HLA-A*24:02:34、HLA-A*24:02:35、HLA-A*24:02:36、HLA-A*24:02:37、HLA-A*24:02:38、HLA-A*24:02:39、HLA-A*24:02:40:01、HLA-A*24:02:40:02、HLA-A*24:02:41、HLA-A*24:02:42、HLA-A*24:02:43、HLA-A*24:02:44、HLA-A*24:02:45、HLA-A*24:02:46、HLA-A*24:02:47、HLA-A*24:02:48、HLA-A*24:02:49、HLA-A*24:02:50、HLA-A*24:02:51、HLA-A*24:02:52、HLA-A*24:02:53、HLA-A*24:02:54、HLA-A*24:02:55、HLA-A*24:02:56、HLA-A*24:02:57、HLA-A*24:02:58、HLA-A*24:02:59、HLA-A*24:02:60、HLA-A*24:02:61、HLA-A*24:02:62、HLA-A*24:02:63、HLA-A*24:02:64、HLA-A*24:02:65、HLA-A*24:02:66、HLA-A*24:02:67、HLA-A*24:02:68、HLA-A*24:02:69、HLA-A*24:02:70、HLA-A*24:02:71、HLA-A*24:02:72、HLA-A*24:02:73、HLA-A*24:02:74、HLA-A*24:02:75、HLA-A*24:02:76、HLA-A*24:02:77、HLA-A*24:02:78、HLA-A*24:02:79、HLA-A*24:02:80、HLA-A*24:02:81、HLA-A*24:02:82、HLA-A*24:02:83、HLA-A*24:02:84、HLA-A*24:02:85、HLA-A*24:02:86、HLA-A*24:02:87、HLA-A*24:02:88、HLA-A*24:02:89、HLA-A*24:02:90、HLA-A*24:02:91、HLA-A*24:02:92、HLA-A*24:02:93、HLA-A*24:02:94、HLA-A*24:02:95、HLA-A*24:02:96、HLA-A*24:02:97、HLA-A*24:02:98、HLA-A*24:02:99、HLA-A*24:02:100、HLA-A*24:02:101、HLA-A*24:02:102:01、HLA-A*24:02:102:02、HLA-A*24:02:103、HLA-A*24:02:104、HLA-A*24:02:105、HLA-A*24:02:106、HLA-A*24:02:107、HLA-A*24:02:108、HLA-A*24:02:109、HLA-A*24:02:110、HLA-A*24:02:111、HLA-A*24:02:112、HLA-A*24:02:113、HLA-A*24:02:114、HLA-A*24:02:115:01、HLA-A*24:02:115:02、HLA-A*24:02:116、HLA-A*24:02:117、HLA-A*24:02:118、HLA-A*24:02:119、HLA-A*24:02:120、HLA-A*24:02:121、HLA-A*24:02:122、HLA-A*24:02:123、HLA-A*24:02:124、HLA-A*24:02:125、HLA-A*24:02:126、HLA-A*24:02:127、HLA-A*24:02:128、HLA-A*24:02:129、HLA-A*24:02:130、HLA-A*24:02:131、HLA-A*24:02:132、HLA-A*24:02:133、HLA-A*24:02:134、HLA-A*24:02:135、HLA-A*24:02:136、HLA-A*24:02:137、HLA-A*24:02:138、HLA-A*24:02:139、HLA-A*24:02:140、HLA-A*24:02:141、HLA-A*24:02:142、HLA-A*24:02:143、HLA-A*24:02:144、HLA-A*24:02:145、HLA-A*24:02:146、HLA-A*24:02:147、HLA-A*24:02:148、HLA-A*24:02:149、HLA-A*24:03:01:01、HLA-A*24:03:01:02、HLA-A*24:03:01:03、HLA-A*24:03:02、HLA-A*24:03:03、HLA-A*24:03:04、HLA-A*24:04、HLA-A*24:05:01、HLA-A*24:05:02、HLA-A*24:06、HLA-A*24:07:01:01、HLA-A*24:07:01:02、HLA-A*24:07:01:03、HLA-A*24:07:02、HLA-A*24:07:03、HLA-A*24:07:04、HLA-A*24:08、HLA-A*24:09、HLA-A*24:10:01:01、HLA-A*24:10:01:02、HLA-A*24:10:02、HLA-A*24:11、HLA-A*24:13:01、HLA-A*24:13:02、HLA-A*24:14:01:01、HLA-A*24:14:01:02、HLA-A*24:14:01:03、HLA-A*24:14:01:04、HLA-A*24:15、HLA-A*24:17:01:01、HLA-A*24:17:01:02、HLA-A*24:18、HLA-A*24:19、HLA-A*24:20:01:01、HLA-A*24:20:01:02、HLA-A*24:20:02、HLA-A*24:21:01、HLA-A*24:21:02、HLA-A*24:21:03、HLA-A*24:22、HLA-A*24:23、HLA-A*24:24、HLA-A*24:25、H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*24:416、HLA-A*24:417、HLA-A*24:418、HLA-A*24:419、HLA-A*24:420、HLA-A*24:421、HLA-A*24:422、HLA-A*24:423、HLA-A*24:424、HLA-A*24:425、HLA-A*24:426、HLA-A*24:427、HLA-A*24:428、HLA-A*24:429、HLA-A*24:430、HLA-A*24:431:01、HLA-A*24:431:02、HLA-A*24:432、HLA-A*24:433、HLA-A*24:434、HLA-A*24:435、HLA-A*24:436、HLA-A*24:437、HLA-A*24:438、HLA-A*24:439、HLA-A*24:440、HLA-A*24:441、HLA-A*24:442、HLA-A*24:443、HLA-A*24:444、HLA-A*24:445、HLA-A*24:446、HLA-A*24:447、HLA-A*24:448、HLA-A*24:449、HLA-A*24:450、HLA-A*24:451、HLA-A*24:452、HLA-A*24:453、HLA-A*24:454、HLA-A*24:455、HLA-A*24:456、HLA-A*24:457、HLA-A*24:458、HLA-A*24:459、HLA-A*24:460:01:01、HLA-A*24:460:01:02、HLA-A*24:461、HLA-A*24:462、HLA-A*24:463、HLA-A*24:464、HLA-A*24:465、HLA-A*24:466、HLA-A*24:467、HLA-A*24:468、HLA-A*24:469、HLA-A*24:470、HLA-A*24:472、HLA-A*24:473、HLA-A*24:474、HLA-A*24:475、HLA-A*24:476、HLA-A*24:477、HLA-A*24:478、HLA-A*24:479、HLA-A*24:480、HLA-A*24:481、HLA-A*24:482、HLA-A*24:483、HLA-A*24:484、HLA-A*24:485、HLA-A*24:486、HLA-A*24:487、HLA-A*24:488、HLA-A*24:489、HLA-A*24:490、HLA-A*24:491、HLA-A*24:492、HLA-A*24:493、HLA-A*24:494、HLA-A*24:495、HLA-A*24:496、HLA-A*24:497、HLA-A*24:498、HLA-A*24:499、HLA-A*24:500、HLA-A*24:501、HLA-A*24:502、HLA-A*24:503、HLA-A*24:504、HLA-A*24:505、HLA-A*24:506、HLA-A*24:507、HLA-A*24:508、HLA-A*24:509、HLA-A*24:510、HLA-A*24:511、HLA-A*24:512、HLA-A*24:513、HLA-A*24:514、HLA-A*24:515、HLA-A*24:516、HLA-A*24:517、HLA-A*24:518、HLA-A*24:519、HLA-A*24:520、HLA-A*24:521、HLA-A*24:522、HLA-A*24:523、HLA-A*24:524、HLA-A*24:525、HLA-A*24:526、HLA-A*24:527、HLA-A*24:528、HLA-A*24:529、HLA-A*24:530、HLA-A*24:531、HLA-A*24:532、HLA-A*24:533、HLA-A*24:534、HLA-A*24:535、HLA-A*24:536、HLA-A*24:537、HLA-A*24:538、HLA-A*24:539、HLA-A*24:540、HLA-A*24:541、HLA-A*24:542、HLA-A*24:543、HLA-A*24:544、HLA-A*24:545、HLA-A*24:546、HLA-A*24:547、HLA-A*24:548、HLA-A*24:549、HLA-A*24:550、及びHLA-A*24:551から成る群から選択される対立遺伝子である。
【0019】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*32:01:01:01、HLA-A*32:01:01:02、HLA-A*32:01:01:03、HLA-A*32:01:01:04、HLA-A*32:01:01:05、HLA-A*32:01:01:06、HLA-A*32:01:01:07、HLA-A*32:01:01:08、HLA-A*32:01:01:09、HLA-A*32:01:01:10、HLA-A*32:01:01:11、HLA-A*32:01:01:12、HLA-A*32:01:01:13、HLA-A*32:01:01:14、HLA-A*32:01:01:15、HLA-A*32:01:01:16、HLA-A*32:01:01:17、HLA-A*32:01:01:18、HLA-A*32:01:01:19、HLA-A*32:01:01:20、HLA-A*32:01:01:21、HLA-A*32:01:01:22、HLA-A*32:01:01:23、HLA-A*32:01:01:24、HLA-A*32:01:01:25、HLA-A*32:01:01:26、HLA-A*32:01:01:27、HLA-A*32:01:01:28、HLA-A*32:01:01:29、HLA-A*32:01:01:30、HLA-A*32:01:02、HLA-A*32:01:03、HLA-A*32:01:04、HLA-A*32:01:05、HLA-A*32:01:06、HLA-A*32:01:07、HLA-A*32:01:08、HLA-A*32:01:09、HLA-A*32:01:10、HLA-A*32:01:11、HLA-A*32:01:12、HLA-A*32:01:13、HLA-A*32:01:14、HLA-A*32:01:15、HLA-A*32:01:16、HLA-A*32:01:17、HLA-A*32:01:18、HLA-A*32:01:19、HLA-A*32:01:20、HLA-A*32:01:21、HLA-A*32:01:22、HLA-A*32:01:23、HLA-A*32:01:24、HLA-A*32:01:25、HLA-A*32:01:26、HLA-A*32:01:27、HLA-A*32:01:28、HLA-A*32:01:29、HLA-A*32:01:30、HLA-A*32:01:31、HLA-A*32:01:32、HLA-A*32:01:33、HLA-A*32:01:34、HLA-A*32:01:35、HLA-A*32:01:36、HLA-A*32:01:37、HLA-A*32:01:38、HLA-A*32:01:39、HLA-A*32:01:40、HLA-A*32:01:41、HLA-A*32:01:42、HLA-A*32:01:43、HLA-A*32:01:44、HLA-A*32:01:45、HLA-A*32:01:46、HLA-A*32:01:47、HLA-A*32:02、HLA-A*32:03:01:01、HLA-A*32:03:01:02、HLA-A*32:04、HLA-A*32:05、HLA-A*32:06、HLA-A*32:07、HLA-A*32:08、HLA-A*32:09、HLA-A*32:10、HLA-A*32:11、HLA-A*32:12、HLA-A*32:13、HLA-A*32:14、HLA-A*32:15、HLA-A*32:16、HLA-A*32:17、HLA-A*32:18、HLA-A*32:19、HLA-A*32:20、HLA-A*32:21、HLA-A*32:22、HLA-A*32:23、HLA-A*32:24、HLA-A*32:25、HLA-A*32:26:01、HLA-A*32:26:02、HLA-A*32:27、HLA-A*32:28、HLA-A*32:29、HLA-A*32:30:01、HLA-A*32:30:02、HLA-A*32:31、HLA-A*32:32、HLA-A*32:33:01、HLA-A*32:33:02、HLA-A*32:33:03、HLA-A*32:34、HLA-A*32:35、HLA-A*32:36、HLA-A*32:37、HLA-A*32:38、HLA-A*32:39、HLA-A*32:40、HLA-A*32:41、HLA-A*32:42、HLA-A*32:43:01、HLA-A*32:43:02、HLA-A*32:44、HLA-A*32:45、HLA-A*32:46:01、HLA-A*32:46:02、HLA-A*32:47、HLA-A*32:48、HLA-A*32:49、HLA-A*32:50、HLA-A*32:51、HLA-A*32:52、HLA-A*32:53、HLA-A*32:54、HLA-A*32:55:01、HLA-A*32:55:02、HLA-A*32:55:03、HLA-A*32:56、HLA-A*32:57、HLA-A*32:58、HLA-A*32:59、HLA-A*32:60、HLA-A*32:61、HLA-A*32:62、HLA-A*32:63、HLA-A*32:64、HLA-A*32:65、HLA-A*32:66、HLA-A*32:67、HLA-A*32:68、HLA-A*32:69、HLA-A*32:70、HLA-A*32:71、HLA-A*32:72、HLA-A*32:73、HLA-A*32:74、HLA-A*32:75、HLA-A*32:76、HLA-A*32:77、HLA-A*32:78、HLA-A*32:79、HLA-A*32:80、HLA-A*32:81、HLA-A*32:82、HLA-A*32:83、HLA-A*32:84、HLA-A*32:85、HLA-A*32:86、HLA-A*32:87、HLA-A*32:88、HLA-A*32:89、HLA-A*32:90、HLA-A*32:91、HLA-A*32:92、HLA-A*32:93、HLA-A*32:94、HLA-A*32:95、HLA-A*32:96、HLA-A*32:97、HLA-A*32:98、HLA-A*32:99、HLA-A*32:100、HLA-A*32:101、HLA-A*32:102、HLA-A*32:103、HLA-A*32:104、HLA-A*32:105、HLA-A*32:106:01:01、HLA-A*32:106:01:02、HLA-A*32:107、HLA-A*32:108、HLA-A*32:109、HLA-A*32:110、HLA-A*32:111、HLA-A*32:112、HLA-A*32:113、HLA-A*32:114、HLA-A*32:115、HLA-A*32:116、HLA-A*32:117、HLA-A*32:118、HLA-A*32:119、HLA-A*32:120、HLA-A*32:121、HLA-A*32:122、HLA-A*32:123、HLA-A*32:124、HLA-A*32:125、HLA-A*32:126、HLA-A*32:127、HLA-A*32:128、HLA-A*32:129、HLA-A*32:130、HLA-A*32:131、HLA-A*32:132、HLA-A*32:133、HLA-A*32:134、HLA-A*32:135、HLA-A*32:136、HLA-A*32:137、HLA-A*32:138、HLA-A*32:139、HLA-A*32:140、HLA-A*32:141、HLA-A*32:142、HLA-A*32:143、HLA-A*32:144、HLA-A*32:145、HLA-A*32:146、HLA-A*32:147、HLA-A*32:148、HLA-A*32:149、HLA-A*32:150、HLA-A*32:151、HLA-A*32:152、HLA-A*32:153、HLA-A*32:154、HLA-A*32:155、及びHLA-A*32:156から成る群から選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA結合ポケットはAポケット、Bポケット、Cポケット、Dポケット、Eポケット、Fポケット、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様では、結合ポケットはFポケットである。いくつかの態様では、1を超える結合ポケットが修飾される。
【0020】
いくつかの態様では、修飾することによって細胞表面上の抗原の提示が増加する。いくつかの態様では、修飾することによって抗原特異的なT細胞応答が増加する。いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、修飾することによって腫瘍抗原特異的なT細胞の増殖が増加する。
【0021】
請求項1~25のいずれか1項に記載の方法であって、修飾することはHLA分子のHLA結合ポケット内のアミノ酸を変異させることを含む。いくつかの態様では、変異させることはアミノ酸の置換を含む。いくつかの態様では、修飾することはアミノ酸置換を含み、その際、置換されるアミノ酸はアラニンである。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸は、ロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシンである。いくつかの態様では、修飾はアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83から選択されるアミノ酸残基を変異させることを含み、その際、該位置は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応する。いくつかの態様では、修飾は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81を変異させることを含む。いくつかの態様では、修飾は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応する81位のアミノ酸残基の置換を含む。いくつかの態様では、修飾は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81L置換を含む。
【0022】
いくつかの態様では、修飾することは遺伝子編集ツールによって実行される。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールはCRISPR技術、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALEN、shRNA、siRNA、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、メガヌクレアーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
【0023】
いくつかの態様では、方法はさらに、対象に免疫療法を施行することを含む。
【0024】
いくつかの態様では、免疫療法は免疫細胞療法を含む。いくつかの態様では、免疫細胞療法はT細胞、NK細胞、腫瘍浸潤リンパ球、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、操作されたT細胞を投与することを含み、その際、操作されたT細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む。
【0025】
いくつかの態様では、免疫療法はチェックポイント阻害剤を投与することを含む。いくつかの態様では、免疫療法はPD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、CTLA-4阻害剤、LAG3阻害剤、TIM3阻害剤、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、免疫療法はPD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む。いくつかの態様では、PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分はニボルマブ及びペンブロリズマブから選択される。いくつかの態様では、免疫療法はCTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む。いくつかの態様では、CTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分はイピリムマブ及びトレメリムマブから選択される。
【0026】
いくつかの態様では、免疫療法はLAG3に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分を投与することを含む。いくつかの態様では、免疫療法はがんワクチンを含む。
【0027】
いくつかの態様では、対象はがんに罹患している。いくつかの態様では、がんは、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせから成る群から選択される。
【0028】
本開示のいくつかの態様は、修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子を対象とする。
【0029】
いくつかの態様では、HLA分子はHLAクラスI対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-K、HLA-L、及びそれらの任意の組み合わせから成る群から選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子は、(a)HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74、及びHLA-A*80から成る群;(b)HLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82、及びHLA-B*83から成る群;(c)HLA-C*05:01、HLA-C*05:03、HLA-C*05:04、HLA-C*05:05、及びHLA-C*05:06から成る群;ならびに(d)それらの任意の組み合わせから選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*31、及びHLA-A*32から成る群から選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*24対立遺伝子である。
【0030】
いくつかの態様では、HLA結合ポケットはAポケット、Bポケット、Cポケット、Dポケット、Eポケット、Fポケット、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様では、HLA結合ポケットはFポケットである。
【0031】
いくつかの態様では、HLA分子は1を超える修飾されたHLA結合ポケットを含む。
【0032】
いくつかの態様では、HLA分子は、修飾されていないHLA結合ポケットを含むHLA分子よりも抗原に対する高い親和性を有する。いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。
【0033】
いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットは、修飾されていないHLA結合ポケットと比べてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、置換によって置き換えられる元のアミノ酸はアラニンである。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシンである。
【0034】
いくつかの態様では、HLA結合ポケットはアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83から選択される残基にてアミノ酸置換を含み、その際、該位置は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応する。いくつかの態様では、HLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、HLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81L置換を含む。
【0035】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子をコードする核酸または核酸のセットを対象とする。本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されている核酸を含むベクターまたはベクターのセットを対象とする。いくつかの態様では、ベクターはウイルスベクターである。
【0036】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLAと抗原とを含むHLA-抗原複合体を対象とする。いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。
【0037】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子、本明細書で開示されている核酸もしくは核酸のセット、本明細書で開示されているベクターもしくはベクターのセット、または本明細書で開示されているHLA-抗原複合体を含む抗原提示細胞を対象とする。いくつかの態様では、抗原提示細胞は樹状細胞である。いくつかの態様では、抗原提示細胞は人工抗原提示細胞である。
【0038】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子、本明細書で開示されている核酸もしくは核酸のセット、本明細書で開示されているベクターもしくはベクターのセット、本明細書で開示されているHLA-抗原複合体、または本明細書で開示されている抗原提示細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物を対象とする。
【0039】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子、本明細書で開示されている核酸もしくは核酸のセット、本明細書で開示されているベクターもしくはベクターのセット、本明細書で開示されているHLA-抗原複合体、または本明細書で開示されている抗原提示細胞を含むワクチンを対象とする。
【0040】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子、本明細書で開示されている核酸もしくは核酸のセット、本明細書で開示されているベクターもしくはベクターのセット、本明細書で開示されているHLA-抗原複合体、本明細書で開示されている抗原提示細胞、本明細書で開示されている医薬組成物、または本明細書で開示されているワクチンを対象に投与することを含む、治療を必要とする対象を治療する方法を対象とする。
【0041】
いくつかの態様では、方法はさらに、対象に免疫療法を施行することを含む。
【0042】
いくつかの態様では、免疫療法は免疫細胞療法を含む。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、T細胞、NK細胞、腫瘍浸潤リンパ球、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、操作されたT細胞を投与することを含み、その際、操作されたT細胞はキメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む。
【0043】
いくつかの態様では、免疫療法はさらに、チェックポイント阻害剤を投与することを含む。請求項80~84のいずれか1項に記載の方法であって、免疫療法は、PD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、CTLA-4阻害剤、LAG3阻害剤、TIM3阻害剤、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、免疫療法は、PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分、CTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分、LAG3に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、(i)PD-1に特異的に結合し、PD-1とPD-L1の相互作用を阻害する抗体またはその抗原結合部分はニボルマブ及びペンブロリズマブから選択され、(ii)CTLA-4に特異的に結合して阻害する抗体またはその抗原結合部分はイピリムマブ及びトレメリムマブから選択され、(iii)(i)及び(ii)の任意の組み合わせ。
【0044】
いくつかの態様では、対象はがんに罹患している。いくつかの態様では、がんは、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせから成る群から選択される。
【0045】
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているHLA分子、本明細書で開示されているHLA-抗原複合体、または本明細書で開示されている抗原提示細胞とT細胞を接触させることを含む、ヒト対象から得られたT細胞の集団を濃縮する方法を対象とする。
【図面の簡単な説明】
【0046】
図1】集団内で発現されている最も多いHLAクラスI対立遺伝子のα1ドメインのアミノ酸配列の配列比較を示す。HLA-A*24:02のアミノ酸配列が81~83位にて他のHLAクラスI対立遺伝子と異なることを示す。四角に囲まれたのは81位~83位のアミノ酸残基を表す。
図2】ペプチド-HLA複合体の表面形成のグラフ表示である。(A)ΔNGFRでタグ付けされた完全長HLA-A*24:02遺伝子で形質導入し、フローサイトメトリーによって解析し、その後、示した抗体(白抜き曲線)またはアイソタイプ対照(塗りつぶし曲線)で染色したT2細胞におけるΔNGFR、HLAクラスI及びHLA-A*24:02遺伝子の表面発現を示す。(B)T2-HLA-A*24:02(野生型またはA81L)細胞上のストレプトアビジン-PEを伴うビオチン化ペプチドの平均蛍光強度(MFI)を示す。使用したペプチドを表1に示す。B7に拘束されたHPVE75-13及びC7に拘束されたMART151-61ペプチドを関係な対照として使用した。データ解析については、ビオチン化ペプチドに対する試料のMFIからビオチン化されていないペプチドに対する試料のMFIを差し引いた。P値は、各ペプチドについてTukeyの多重比較検定を使用した反復測定一元配置分散分析(ANOVA)によって決定した(F=1128(アデノウイルス5ヘキソン)、45.78(CMV-IE1)、453.3(CMVpp65)、484.2(HIV env)、20.08(EpCAM)、及び430.2(KM-HN-1)、自由度=11)。
【表1】
図3A】81位がHLA-A*02:01の表面発現に重要であることを示す。T2細胞における内在性β2m及びHLAクラスI分子の表面発現のグラフ表示であり、T2/β2mKO細胞における形質導入されたβ2m-HLA-A*02:01(野生型またはL81A)に由来するβ2m及びHLAクラスIは、抗β2m及びHLAクラスImAb(白抜き曲線)及びアイソタイプ対照(塗りつぶし曲線)で染色した後、フローサイトメトリーで分析した。固定し、透過処理した後の表面発現を示す。
図3B】T2細胞における内在性β2m及びHLAクラスI分子の細胞内発現のグラフ表示であり、T2/β2mKO細胞における形質導入されたβ2m-HLA-A*02:01(野生型またはL81A)に由来するβ2m及びHLAクラスIは、抗β2m及びHLAクラスImAb(白抜き曲線)及びアイソタイプ対照(塗りつぶし曲線)で染色した後、フローサイトメトリーで分析した。固定し、透過処理した後の細胞内発現を示す。
図3C】A2/NY-ESO-1157-165TCR(クローン1G4LY)で形質導入したJurkat76/CD8細胞をIFN-γ ELISPOT分析における応答細胞として使用した。
図3D】A2/gp100154-162TCRで形質導入したJurkat76/CD8細胞をIFN-γELISPOT分析における応答細胞として使用した。10μg/mlのヘテロクリット性のNY-ESO-1157-165、gp100154-162、またはHIV pol476-484対照ペプチドでパルスした示されたT2細胞を刺激細胞として使用した。示されているデータは3つ組で実行した実験の平均値±SDを表す。**P<0.01、***P<0.001(両側Welchのt検定)。
図4】HLA-A*24:02(A81L)がT細胞への抗原の提示を増強することを示すグラフ表現である。(A)IL-2ELISPOT分析で応答細胞として使用した、示されたHLA-A*24:02に拘束されたWT1235-243TCRで個別に形質導入したJurkat76/CD8細胞を示す。HLA-A*24:02(野生型またはA81L)で形質導入し、段階的な濃度のA24/ヘテロクリット性WT1235-243ペプチドでパルスしたT2細胞をペプチドの存在下で(上段)またはペプチドでパルスしたT2細胞の存在下で(下段)T細胞と共培養した。最大反応に対するIL-2の分泌を分析した。(B)IFN-γELISPOT分析で応答細胞として使用したHLA-A*24/gp100-イントロン4170-178TCRで形質導入した初代T細胞を示す。T2細胞またはHLA-A*24:02(野生型またはA81L)で形質導入したT2細胞を、無血清培地にて指定されたgp100-イントロン4ペプチドでパルスし、刺激細胞として利用した。HIVenv584-592ペプチド及び形質導入していない初代T細胞を陰性対照として使用した。*P<0.05、**P<0.01(両側Welchのt検定)。
図5】ペプチドを負荷したHLA-A*24:02(A81L)多量体を使用して低親和性TCRを染色できることを示すグラフ表現である。(A)ペプチド競合結合アッセイ及びELISAによって測定された、可溶性単量体HLA-A*24:02野生型におけるペプチド交換効率を示す。(B)ペプチド競合結合アッセイ及びELISAによって測定された、A81L置換がある可溶性単量体HLA-A*24:02野生型におけるペプチド交換効率を示す。採用したHLA-A*24:02に拘束されたペプチドを表1に示す。HLA-B*18拘束性のMAGE-A3167-176(No.65)、HLA-B*27拘束性のVEGF(No.66)、及びHLA-C*16拘束性のMAGE-A4293-301(No.67)ペプチドを無関係な対照として使用した。示したデータは3つ組で実行した実験の平均値±SDを表す。(C)A81L置換があるHLA-A*24:02多量体が同族TCRを低親和性で効率的に染色することを示す。3つの異なるA24/WT1 TCRまたは対照としてのA24/gp100-イントロン4170-178TCRで形質導入したJurkat76/CD8細胞を、HLA-A*24:02Q115E-K/野生型WT1(上段)またはHLA-A*24:02Q115E/A81L-K/野生型WT1(下段)多量体で染色した。CD8T細胞における多量体細胞の割合を示す。
図6】aAPC/HLA-A*24:02(A81L)が腫瘍抗原特異的T細胞の増殖を増強することを示すグラフ表現である。黒色腫TILから単離したCD8T細胞を、10μg/mlのgp100-イントロン4170-178またはHTLV-1tax301-309ペプチドでパルスしたaAPC/HLA-A*24:02(野生型またはA81L)で刺激した。(A)刺激前(0日目)及び刺激後14日目の示された多量体による染色を示す。ゲートは多量体CD8T細胞の割合を示す。(B)14日間の増殖培養後のgp100-イントロン4170-178-多量体CD8T細胞の累積頻度を示す。(C)14日間の増殖培養後のgp100-イントロン4170-178-多量体CD8T細胞の累積倍数変化を示す。示したデータは平均値±SDを表す。*p<0.05(対応のある検定)。
図7】HLA-A*24:02ペプチド複合体におけるA81L置換を示すタンパク質モデルである。(A)81位の側鎖を含むFlu PB1498-505ペプチドと複合体形成したHLA-A*24:02のペプチド結合溝の上面図を示す(RCSB PDB:4F7T)。81位にアラニン(A81)があるモデルである。(B)81位の側鎖を含むFlu PB1498-505ペプチドと複合体形成したHLA-A*24:02のペプチド結合溝の上面図を示す(RCSB PDB:4F7T)。81位にロイシン(81L)があるモデルである。
【発明を実施するための形態】
【0047】
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるヒト白血球抗原(HLA)結合ポケットを修飾することを含む、治療を必要とする対象を適切な状態に調整する方法を対象とする。本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるHLA分子のHLA結合の結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて免疫応答を増強する方法を対象とする。本開示の他の態様は、HLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、細胞上のHLA分子に対する抗原の結合親和性を高める方法を対象とする。いくつかの態様では、HLAの結合ポケットは、抗原に対するHLAの結合親和性を高めるように修飾される。本開示のさらなる態様は、抗原に対するHLAの親和性を高めるように修飾されている結合ポケットを含む、操作された抗原提示細胞を対象とする。
【0048】
本開示のいくつかの態様はさらに、(i)操作された抗原提示細胞が抗原に対するHLAの親和性を高めるように修飾された結合ポケットを含む、操作された抗原提示細胞と標的抗原を接触させることと、(ii)複数のTCRを標的抗原-HLA複合体と接触させることとを含む、標的抗原-HLA複合体に結合することができる新規T細胞受容体(TCR)を同定する方法を対象とする。
【0049】
本開示の他の態様は、標的抗原と複合体形成した操作された抗原提示細胞を含むワクチンを対象とするものであり、その際、操作された抗原提示細胞は、抗原に対するHLAの親和性を高めるように修飾されている結合ポケットを含む。
【0050】
I.用語
本開示をより容易に理解し得るようにするために、特定の用語を最初に定義する。本明細書で別途明示的に提供される場合を除き、本出願で使用されるとき、以下の用語のそれぞれは以下に示される意味を有するものとする。追加の定義は、本出願の全体を通じて記載される。
【0051】
「a」または「an」なる用語で示される実体は、その実体の1以上を指し、例えば、「a nucleotide sequence(ヌクレオチド配列)」は、1以上のヌクレオチド配列を表すものとして理解される点に留意されたい。したがって、「a」(または「an」)、「1以上」、及び「少なくとも1つ」という用語は、本明細書において相互交換可能に使用され得る。
【0052】
さらに、「及び/または」は、本明細書で使用される場合、他方の有無にかかわらず2つの指定された特徴または構成成分のそれぞれの特定の開示と解釈されるべきである。したがって、本明細書で「A及び/またはB」のような語句で使用される「及び/または」という用語は、「A及びB」、「AまたはB」、「A」(単独)、及び「B」(単独)を含むことが意図される。同様に、「及び/または」という用語は、「A、B、及び/またはC」のような語句で使用されるとき、以下の態様:A、B、及びC、A、B、またはC、AまたはC、AまたはB、BまたはC、A及びC、A及びB、B及びC、A(単独)、B(単独)、ならびにC(単独)のそれぞれを包含することが意図される。
【0053】
態様が、文体「含む」とともに本明細書に記載されている場合は常に、「から成る」及び/または「から本質的になる」の観点から記載される他の同様の態様もまた提供されることが理解される。
【0054】
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術的及び科学的用語は、本開示が関係する当該技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。例えば、Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei-Show,2nd ed.,2002,CRC Press;The Dictionary of Cell and Molecular Biology,3rd ed.,1999,Academic Press、及びOxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology,Revised,2000,Oxford University Pressは、本開示において使用される用語の多くの一般的辞書を当業者に提供する。
【0055】
単位、接頭辞、及び記号は、それらのSysteme International de Unites(SI)で認められた形態で示される。数値範囲はその範囲を定義する数を含む。別段に示さない限り、ヌクレオチド配列は5’から3’の方向で左から右に書かれている。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向で左から右に書かれている。本明細書において提供する見出しは、本明細書全体を参照することによって得ることができる本開示の種々の態様を限定するものではない。したがって、直下で定義する用語は、本明細書全体を参照することによって、より十分に定義される。
【0056】
「投与すること」とは、当業者に周知の種々の方法及び送達系のいずれかを使用して、薬剤を対象に物理的に導入することを指す。本明細書で開示されている製剤の投与経路の例としては、例えば注射または注入による静脈内投与経路、筋肉内投与経路、皮下投与経路、腹腔内投与経路、脊髄投与経路またはその他の非経口投与経路が挙げられる。「非経口投与」という語句は、本明細書で使用する場合、経腸投与及び局所投与以外の、通常は注射による投与方法を意味し、これには、限定するものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ管内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外及び胸骨内の注射及び注入、ならびに生体内の電気穿孔法が挙げられる。いくつかの態様では、この製剤は、非経口ではない経路、例えば、経口的に投与される。他の非経口ではない経路としては、局所、上皮、または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内に、膣内に、直腸に、舌下で、または局所的に、が挙げられる。また、投与は、例えば1回、複数回、及び/または1以上の長い期間にわたって行うことができる。
【0057】
本明細書で使用されるとき「T細胞受容体」(TCR)という用語は、標的抗原と特異的に相互作用し得るヘテロマー細胞表面受容体を指す。本明細書で使用される場合、「TCR」という用語は、限定されないが、天然に存在するTCR及び天然に存在しないTCR、完全長TCR及びその抗原結合部分、キメラTCR、TCR融合構築物、ならびに合成TCRを含む。ヒトでは、TCRはT細胞の表面に発現され、T細胞の認識及び抗原提示細胞の標的化を担っている。抗原提示細胞(APC)は、主要組織適合抗原複合体(MHC、本明細書では、HLA分子、例えばHLAクラス1分子と複合体形成するものも指す)と複合体形成する外来性タンパク質(抗原)の断片を提示する。TCRは、抗原:HLA複合体を認識して結合し、CD3(T細胞によって発現される)を動員して、TCRを活性化する。活性化されたTCRは、EPCの破壊を含む、下流のシグナル伝達と免疫応答を開始する。
【0058】
一般に、TCRはジスルフィド結合によって相互接続された2つの鎖、アルファ鎖及びベータ鎖(頻度は低いもののガンマ鎖及びデルタ鎖)を含むことができる。各鎖は、可変ドメイン(アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメイン)及び定常領域(アルファ鎖定常領域及びベータ鎖定常領域)を含む。可変ドメインは、細胞膜の遠位に位置し、可変ドメインは抗原と相互作用する。定常領域は細胞膜の近位に位置している。TCRはさらに、膜貫通領域及び短い細胞質尾部を含むことができる。本明細書で使用される場合、「定常領域」という用語は、存在する場合、膜貫通領域及び細胞質尾部、ならびに従来の「定常領域」を包含する。
【0059】
可変ドメインは、フレームワーク領域(FR)と称される、より保存されている領域が挟み込まれる、相補性決定領域(CDR)と称される超可変性の領域に、さらに細分化され得る。各アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインは、3つのCDR及び4つのFR(FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4)を含む。各可変ドメインには、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれている。各鎖の3つのCDRの全ては抗原結合に関与しているが、CDR3は主要な抗原結合領域であると考えられている。CDR1は抗原とも相互作用するが、CD2は主にHLA複合体を認識すると考えられている。
【0060】
明示的に述べられていない場合、及び文脈が別段の指示をしない限り、「TCR」という用語はまた、本明細書で開示されている任意のTCRの抗原結合断片または抗原結合部分を含み、一価及び二価の断片または部分、及び一本鎖TCRを含む。「TCR」という用語は、T細胞の表面に結合した天然に存在するTCRに限定されない。本明細書で使用されるとき、「TCR」という用語はさらに、T細胞(例えば、本明細書に記載されているように、CD3を自然に発現する、または発現するように修飾される細胞)以外の細胞の表面に発現される本明細書に記載されているTCR、または細胞膜を含まない本明細書に記載されているTCR(例えば、単離されたTCRまたは可溶性TCR)を指す。
【0061】
「抗原結合分子」、「TCRの一部」、または「TCR断片」は全体よりも少ないTCRの任意の部分を指す。抗原結合分子は抗原性の相補性決定領域(CDR)を含むことができる。
【0062】
「抗原」とは、免疫応答を誘発する、またはTCRが結合することができる任意の分子、例えば、ペプチドを指す。本明細書で使用されるとき「エピトープ」とは、免疫応答を誘発する、またはTCRが結合することができるポリペプチドの一部を指す。免疫応答には、抗体産生、または特定の免疫適格細胞の活性化、またはその双方が含まれ得る。当業者は、事実上全てのタンパク質またはペプチドを含む任意の高分子が抗原として機能し得ることを容易に理解するであろう。抗原及び/またはエピトープは内在性に発現させることができ、すなわち、ゲノムDNAによって発現させることができ、または組換えで発現させることができる。抗原及び/またはエピトープは、がん細胞のような特定の組織に特異的であることができ、またはそれを広範に発現させることができる。加えて、さらに大きな分子の断片が抗原として機能することができる。一態様では、抗原は腫瘍抗原である。エピトープは、さらに長いポリペプチド(例えば、タンパク質に)に存在することができ、または、エピトープはさらに長いポリペプチドの断片として存在することができる。いくつかの態様では、エピトープは主要組織適合抗原複合体(MHC;本明細書では、HLA分子、例えば、HLAクラスI分子との複合体ともいう)と複合体形成する。
【0063】
本明細書で使用されるとき「HLA」という用語はヒト白血球抗原を指す。HLA遺伝子は、ヒトの主要組織適合抗原複合体(MHC)タンパク質をコードする。MHCタンパク質は、細胞の表面に発現され、免疫応答の活性化に関与している。HLAクラスI遺伝子は、自己または非自己のタンパク質のペプチド断片(抗原)との複合体で細胞の表面に発現されるMHCクラスI分子をコードする。TCR及びCD3を発現するT細胞は、抗原:MHCクラスI複合体を認識し、免疫応答を開始して、非自己タンパク質を提示する抗原提示細胞を標的にして破壊する。
【0064】
本明細書で使用されるとき、「HLAクラスI分子」または「HLAクラスI分子」は、MHCクラスI分子をコードする野生型または変異型のHLAクラスI遺伝子のタンパク質産物を指す。したがって、「HLAクラスI分子」及び「MHCクラスI分子」は本明細書では相互交換可能に使用される。
【0065】
MHCクラスI分子は、2つのタンパク質鎖、すなわち、アルファ鎖及びβ2-ミクログロブリン(β2m)鎖を含む。ヒトβ2mはB2M遺伝子によってコードされている。MHCクラスI分子のアルファ鎖はHLA遺伝子複合体によってコードされている。HLA複合体は、ヒト第6染色体の短腕の6p21.3領域内に位置し、220を超える多様な機能の遺伝子を含有する。HLA遺伝子は高度に変異しており、当該技術分野で知られている15,000を超えるHLAクラスI対立遺伝子を含む20,000を超えるHLA対立遺伝子及び関連対立遺伝子があり、10,000を超えるHLAクラスIタンパク質を含む何千ものHLAタンパク質をコードしている(例えば、hla.alleles.org,最終アクセス日2019年2月27日を参照のこと)。HLA複合体には、MHCクラスIアルファ鎖タンパク質をコードする少なくとも3つの遺伝子、HLA-A、HLA-B、及びHLA-Cがある。さらに、HLA-E、HLA-F、及びHLA-GはMHCクラスI分子に関連するタンパク質をコードする。
【0066】
「自家」という用語は、それが後に再導入される同じ個体に由来する任意の材料を指す。例えば、自家T細胞療法は、同じ対象から単離されたT細胞を対象に投与することを含む。「他家」という用語は、ある個体に由来し、次に同じ種の別の個体に導入される任意の材料を指す。例えば、他家T細胞移植は、対象以外のドナーから得られたT細胞を対象に投与することを含む。
【0067】
「がん」とは、体内の異常細胞の増殖が抑制されないことを特徴とする種々の疾患の広範な群を指す。細胞の分裂及び増殖が制御されないことによって、悪性腫瘍が形成され、この悪性腫瘍は、隣接組織に湿潤し、且つリンパ系または血流を介して身体の遠方部に転移する場合もある。「がん」または「がん組織」とは腫瘍を含み得る。本発明の方法によって治療され得るがんの例としては、限定するものではないが、リンパ腫、白血病、及び他の白血球悪性腫瘍を含む免疫系のがんが挙げられる。いくつかの態様では、本発明の方法は、例えば、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓癌または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせに由来する腫瘍の腫瘍サイズを縮小するために使用することができる。特定のがんは、化学療法もしくは放射線療法に応答する場合があるか、またはそのがんは難治性である場合がある。難治性のがんとは、外科的介入で修正できないがんを指し、このがんは最初から化学療法もしくは放射線療法に応答しないか、または時間の経過とともに応答しなくなる。
【0068】
本明細書で使用される「抗腫瘍効果」とは、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞の数の減少、腫瘍細胞増殖の減少、転移の数の減少、全生存期間または無増悪生存期間の延長、期待寿命の延長、または腫瘍に関連する種々の生理学的症状の改善として現れ得る生物学的効果を指す。抗腫瘍効果はまた、腫瘍の発生の予防、例えば、ワクチンを指すこともある。
【0069】
本発明で使用される場合、PFSと略記される場合がある「無増悪生存期間」という用語は、悪性リンパ腫に関して改訂されたIWG応答基準に従った、治療日から疾患進行日または何らかの原因による死亡までの時間を指す。
【0070】
本発明で使用される場合、PDと略記される場合がある「疾患進行」または「進行性疾患」とは、特定の疾患に関連する1以上の症状の悪化を指す。例えば、がんに罹患している対象の疾患進行には、1以上の悪性病変の数またはサイズの増加、腫瘍転移、及び死亡を挙げることができる。
【0071】
本発明で使用される場合、DORと略記される場合がある「奏効持続期間」とは、悪性リンパ腫に関して改訂されたIWG応答基準に従った、対象の最初の客観的応答から疾患進行が確認された日または死亡までの期間を指す。
【0072】
OSと略記される場合がある「全生存期間」という用語は、治療日から死亡日までの時間と定義される。
【0073】
本明細書で使用される「サイトカイン」とは、特定の抗原との接触に応答して1つの細胞によって放出される非抗体タンパク質であって、このサイトカインが、第2の細胞と相互作用して、この第2の細胞における応答に介在する、非抗体タンパク質である。サイトカインは、細胞で内因的に発現する場合があるか、または対象に投与される場合がある。サイトカインは、マクロファージ、B細胞、T細胞及び肥満細胞を含む免疫細胞から放出され、免疫応答を伝達してもよい。サイトカインはレシピエント細胞に種々の反応を誘発し得る。サイトカインとしては、恒常性サイトカイン、ケモカイン、炎症誘発性サイトカイン、エフェクター、及び急性期タンパク質が挙げられ得る。例えば、インターロイキン(IL)7及びIL-15を含む恒常性サイトカインは、免疫細胞の生存及び増殖を促進し、炎症誘発性サイトカインは炎症反応を促進することができる。恒常性サイトカインの例としては、限定するものではないが、IL-2、IL-4、IL-5、IL-7、IL-10、IL-12p40、IL-12p70、IL-15、及びインターフェロン(IFN)ガンマが挙げられる。炎症誘発性サイトカインの例としては、限定するものではないが、IL-1a、IL-1b、IL-6、IL-13、IL-17a、腫瘍壊死因子(TNF)-アルファ、TNF-ベータ、線維芽細胞成長因子(FGF)2、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)、可溶性細胞間接着分子1(sICAM-1)、可溶性血管接着分子1(sVCAM-1)、血管内皮増殖因子(VEGF)、VEGF-C、VEGF-D、及び胎盤成長因子(PLGF)が挙げられる。エフェクターの例としては、限定するものではないが、グランザイムA、グランザイムB、可溶性Fasリガンド(sFasL)、及びパーフォリンが挙げられる。急性期タンパク質の例としては、限定するものではないが、C反応性タンパク質(CRP)及び血清アミロイドA(SAA)が挙げられる。
【0074】
「ケモカイン」は細胞走化性または指向性運動に介在するサイトカインの一種であケモカインの例としては、限定するものではないが、IL-8、IL-16、エオタキシン、エオタキシン-3、マクロファージ由来ケモカイン(MDCまたはCCL22)、単球走化性タンパク質1(MCP-1またはCCL2)、MCP-4、マクロファージ炎症性タンパク質1α(MIP-1α、MIP-1a)、MIP-1β(MIP-1b)、ガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、ならびに胸腺及び活性化調節ケモカイン(TARCまたはCCL17)が挙げられる。
【0075】
本発明の分析物及びサイトカインの他の例としては、限定するものではないが、ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド(CCL)1、CCL5、単球特異的ケモカイン3(MCP3またはCCL7)、単球化学誘引物質タンパク質2(MCP-2またはCCL8)、CCL13、IL-1、IL-3、IL-9、IL-11、IL-12、IL-14、IL-17、IL-20、IL-21、顆粒球コロニー刺激因子(G-CSF)、白血病抑制因子(LIF)、オンコスタチンM(OSM)、CD154、リンホトキシン(LT)ベータ、4-1BBリガンド(4-1BBL)、増殖誘導リガンド(APRIL)、CD70、CD153、CD178、グルココルチコイド誘導TNFR関連リガンド(GITRL)、腫瘍壊死因子スーパーファミリーメンバー14(TNFSF14)、OX40L、TNF及びApoL関連白血球発現リガンド1(TALL-1)、またはTNF関連アポトーシス誘導リガンド(TRAIL)が挙げられる。
【0076】
薬物または治療剤の「治療有効量」、「有効用量」、「有効量」または「治療有効投薬量」とは、単独で、または別の治療剤と組み合わせて使用された場合に、疾患の発現に対して対象を保護するか、あるいは疾患症状の重症度の低下により証明される疾患退行、疾患の症状のない期間の頻度及び期間の増大、または疾患の苦痛に起因する機能障害もしくは障害の予防を促進する薬物の任意の量である。疾患の退行を促進する治療剤の能力は、熟練した医師に知られている種々の方法を使用して、例えば、臨床試験中のヒト対象にて、ヒトにおける効力を予測する動物モデル系にて、または試験管内アッセイで薬剤の活性をアッセイすることによって評価することができる。
【0077】
本明細書で使用されるとき「リンパ球」という用語は、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、またはB細胞を含む。NK細胞は、細胞傷害性(細胞毒性)リンパ球の一種であり、固有の免疫系の主要な構成要素である。NK細胞は、腫瘍及びウイルスに感染した細胞を拒絶する。それはアポトーシスまたはプログラム細胞死のプロセスを通して機能する。それらは細胞を殺すために活性化を必要としないので「ナチュラルキラー」と呼ばれた。T細胞は細胞介在性免疫(抗体の関与はない)において主要な役割を果たす。T細胞受容体(TCR)はT細胞を他のリンパ球タイプから区別する。免疫系の特殊な器官である胸腺は、主にT細胞の成熟を担う。T細胞には6つのタイプ、すなわち、ヘルパーT細胞(例えば、CD4+細胞)、細胞傷害性T細胞(TC、細胞傷害性Tリンパ球、CTL、Tキラー細胞、細胞溶解性T細胞、CD8+T細胞またはキラーT細胞としても知られている)、メモリーT細胞((i)ナイーブ細胞のような幹メモリーTSCM細胞は、CD45RO-、CCR7+、CD45RA+、CD62L+(L-セレクチン)、CD27+、CD28+及びIL-7Rα+であるが、それらは大量のCD95、IL-2Rβ、CXCR3、及びLFA-1を発現し、かつメモリー細胞に特有の非常に多くの機能的属性を示す、(ii)セントラルメモリーTCM細胞は、L-セレクチン及びCCR7を発現し、それらはIL-2を分泌するが、IFNγまたはIL-4は分泌しない、ならびに(iii)エフェクターメモリーTEM細胞は、L-セレクチンまたはCCR7を発現しないが、IFNγ及びIL-4のようなエフェクターサイトカインを産生する)、制御性T細胞(Treg、サプレッサーT細胞、またはCD4+CD25+制御性T細胞)、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、ならびにガンマ・デルタT細胞、がある。一方、B細胞は体液性免疫において主要な役割を果たす(抗体の関与を伴う)。B細胞は抗体及び抗原を作り、抗原提示細胞(APC)の役割を果たし、抗原相互作用による活性化後にメモリーB細胞に変わる。哺乳類では、未熟なB細胞が骨髄で形成され、その名前の由来となっている。
【0078】
「遺伝子操作された」または「操作された」という用語は、細胞のゲノムを修飾する方法を指し、該方法には、コード領域もしくは非コード領域もしくはその一部を欠失させること、またはコード領域またはその一部を挿入することが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの態様では、修飾された細胞は、リンパ球、例えばT細胞、またはCD3を発現している修飾された細胞であり、これは、患者またはドナーから得ることができる。細胞は、例えば、細胞のゲノムに組み込まれる、本明細書で開示されているT細胞受容体(TCR)のような外来性構築物を発現するように修飾され得る。いくつかの態様では、細胞はCD3を発現するように修飾される。
【0079】
本明細書で使用されるとき「修飾された」という用語は、標的、例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、または細胞の改変または操作を指し、標的の1以上の態様を変化させる。例えば、「修飾された」HLA結合ポケットとは、野生型のHLA結合ポケットと比べて変更されているHLA結合ポケットを指す。いくつかの態様では、修飾は標的の構造、例えば、HLA結合ポケットの構造に対して行われる。いくつかの態様では、修飾は標的のアミノ酸配列に対するものであり、例えば、修飾はアミノ酸変異(例えば、アミノ酸置換)を含む。「修飾された」という用語は、標的を変更する特定の手段に限定されることを意図するものではない。いくつかの態様では、修飾は遺伝子編集ツールを使用して達成される。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールは、CRISPR/Casシステム、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、メガヌクレアーゼ、またはジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)のシステムである。
【0080】
本明細書で細胞の文脈にて使用される場合「操作された」という用語は、異種ポリヌクレオチドを含むように修飾されている細胞、または内在性ポリヌクレオチドの配列、機能、及び/または発現を変更する方法で遺伝子操作されている細胞を指す。いくつかの態様では、細胞のゲノムは、例えば、遺伝子編集ツールを使用して遺伝子組換えされる。いくつかの態様では、細胞は、異種ポリペプチド、例えば、異種HLA分子、キメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、またはそれらの任意の組み合わせを発現するように操作される。
【0081】
「HLA結合ポケット」という用語またはその変形はHLA分子のペプチド(例えば、抗原)結合部位を指す。HLA結合ポケットは、8つの逆平行βシートを含むβシートフロアによって形成され、2つの逆平行αヘリックスに詰め込まれてチャネルを形成する。HLAクラスI分子では、結合溝は6つのポケット、A~Fに分割されており、これらは、その組織分布と機能性を決定する特定の多型アミノ酸残基によって定義される。BポケットとFポケットは、主要なアンカー残基である、ペプチドの2番目及び最後の位置(それぞれP2とPΩ)がHLAクラスIに結合する場所である。これらのクラスIのHLA分子は通常、長さが8~11アミノ酸のペプチドに結合する。ペプチド/HLA複合体の構造は、保存された水素結合がHLA側鎖と、結合したペプチド内の9つのコアアミノ酸のペプチド骨格との間に形成されることを示している。追加のHLA対立遺伝子特異的な相互作用は、ペプチド側鎖と抗原結合ポケット内の構造ポケットとの間に形成される。
【0082】
「免疫応答」とは、免疫系の細胞(例えば、Tリンパ球、Bリンパ球、ナチュラルキラー(NK)細胞、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞及び好中球)の作用、ならびに侵入する病原体、病原体に感染した細胞または組織、がん性細胞または他の異常な細胞の、あるいは自己免疫または病的炎症の場合、正常なヒトの細胞または組織の選択的標的化、それへの結合、それに対する損傷、その破壊、及び/または脊椎動物身体からのその排除を生じるそれら細胞または肝臓のいずれかによって産生される可溶性高分子(抗体(Ab)、サイトカイン、及び補体を含む)の作用を指す。
【0083】
「免疫療法」という用語は、免疫応答を誘導、増強、抑制、または他の方法で修飾することを含む方法による、疾患に罹患している、または疾患に罹患もしくは再発するリスクがある対象の治療を指す。免疫療法の例にはT細胞療法が挙げられるが、これに限定されない。T細胞療法には、養子T細胞療法、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)免疫療法、自家細胞療法、操作された自家細胞療法(eACT)、及び他家T細胞移植が挙げられる。
【0084】
本明細書に記載されている免疫療法で使用される細胞は、当該技術分野で既知の供給源に由来することができる。例えば、T細胞は、造血幹細胞集団から試験管内で分化することができ、またはT細胞は対象から得ることができる。T細胞は、例えば、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍から得ることができる。さらに、T細胞は、当該技術分野で入手可能な1以上のT細胞株から得ることができる。T細胞はまた、FICOLL(商標)分離及び/またはアフェレーシスのような当業者に既知の任意の数の技法を使用して対象から採取された血液の単位から得ることができる。T細胞治療のためにT細胞を単離する追加の方法は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許公開第2013/0287748号に開示されている。免疫療法はまた、修飾された細胞を対象に投与することを含むこともでき、その際、修飾された細胞は本明細書で開示されているCD3及びTCRを発現する。いくつかの態様では、修飾された細胞はT細胞ではない。
【0085】
本明細書で使用される「患者」としては、がん(例えば、リンパ腫または白血病)に罹患している任意のヒトが挙げられる。「対象」及び「患者」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。
【0086】
「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドには少なくとも2つのアミノ酸が含まれている必要があり、タンパク質またはペプチドの配列を含み得るアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドとしては、ペプチド結合によって互いに結合された2つ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタンパク質が挙げられる。本明細書で使用される場合、この用語は、例えば、当該技術分野で一般にペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも呼ばれる短鎖、ならびに多くの種類がある、当該技術分野で一般にタンパク質と呼ばれるさらに長い鎖の双方を指す。「ポリペプチド」としては、例えば、とりわけ、生物学的に活性な断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドの変異型、修飾ポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が挙げられる。このポリペプチドとしては、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、またはそれらの組み合わせが挙げられる。
【0087】
本明細書で使用されるとき「刺激」とは、刺激分子とその同族リガンドとの結合によって誘導される一次応答を指し、結合はシグナル伝達事象に介在する。「刺激分子」は、T細胞上の分子、例えば、T細胞受容体(TCR)/CD3複合体であり、抗原提示細胞上に存在する同族の刺激リガンドと特異的に結合する。「刺激性リガンド」とは、抗原提示細胞(例えば、aAPC、樹状細胞、B細胞など)上に存在する場合、T細胞上の刺激性分子と特異的に結合し、それによって、活性化、免疫応答の開始、増殖などを含むがこれらに限定されない、T細胞による一次応答に介在するリガンドである。刺激リガンドとしては、限定するものではないが、ペプチド、抗CD3抗体、スーパーアゴニスト抗CD28抗体、及びスーパーアゴニスト抗CD2抗体が負荷されたMHCクラスI分子が挙げられる。
【0088】
「適切な状態に調整すること」及び「予め適切な状態に調整すること」という用語は、本明細書では相互交換可能に使用され、T細胞療法を必要とする患者を好適な状態に整えることを示す。本発明で使用される適切な状態に調整することには、内在性リンパ球の数を減らすこと、サイトカインシンクを除去すること、1以上の恒常性サイトカインまたは炎症誘発性因子の血清レベルを高めること、調整後に投与されるT細胞のエフェクター機能を強化すること、抗原提示細胞活性化及び/または利用可能性を強化すること、またはT細胞療法前のこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。一態様では、「適切な状態に調整すること」は、1以上のサイトカイン、例えば、インターロイキン7(IL-7)、インターロイキン15(IL-15)、インターロイキン10(IL-10)、インターロイキン5(IL-5)、ガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、インターロイキン8(IL-8)、単球走化性タンパク質1(MCP-1)、胎盤成長因子(PLGF)、C反応性タンパク質(CRP)、可溶性細胞間接着分子1(sICAM-1)、可溶性血管接着分子1(sVCAM-1)またはこれらの任意の組み合わせの血清レベルを高めることを含む。別の態様では、「適切な状態に調整すること」は、IL-7、IL-15、IP-10、MCP-1、PLGF、CRP、またはこれらの任意の組み合わせの血清レベルを高めることを含む。
【0089】
対象の「治療」または「治療すること」とは、症状、合併症もしくは病態、または疾患に関連する生化学的兆候の発症、進行、発達、症状の重症度もしくは再発を逆転、緩和、改善、阻害、減速、または予防する目的で、対象に対して行われる任意の種類の介入もしくはプロセス、または対象に対する活性剤の投与を指す。一態様では、「治療」または「治療すること」とは、部分的な寛解を含む。別の態様では、「治療」または「治療すること」とは、完全寛解を含む。
【0090】
選択肢(例えば、「または」)の使用は、選択肢の一方、双方またはその任意の組み合わせのいずれかを意味することを理解されたい。本発明で使用されるとき、不定冠詞「a」または「an」は、列挙したまたは示した構成要素のうち「1以上」を指すと理解されるべきである。
【0091】
「約」または「本質的に含む」という用語は、当業者によって決定される特定の値または組成物の許容誤差範囲内にある値または組成物を指し、これは、部分的には、値または組成がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定システムの限界に依存する。例えば、「約」または「本質的に含む」とは、当該技術分野における実践ごとに1標準偏差以内または1標準偏差を超えることを意味することができる。あるいは、「約」または「本質的に含む」とは最大10%(すなわち、±10%)の範囲を意味することができる。例えば、約3mgは、2.7mgから3.3mg(10%の場合)の間の任意の数を含み得る。さらに、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、この用語は、最大1桁または最大5倍の値を意味し得る。特定の値または組成物が本出願及び特許請求の範囲で提供される場合、特に明記しない限り、「約」または「本質的に含む」の意味は、その特定の値または組成物の許容誤差範囲内にあると想定されるべきである。
【0092】
本明細書に記載されているとおり、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲または整数範囲は、特に指定しない限り、列挙される範囲内の任意の整数の値を含み、必要に応じて、その分数(整数の1/10及び1/100など)を含むものと理解されるべきである。
【0093】
本発明の種々の態様については、以下のサブセクションにてさらに詳細に説明する。
【0094】
II.本開示の方法
本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、治療を必要とする対象を適切な状態に調整する方法を対象とする。本開示のいくつかの態様は、対象の細胞上に発現されるHLA分子のHLA結合の結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて免疫応答を増強する方法を対象とする。本開示の他の態様は、細胞上のHLAの結合ポケットを修飾することを含む、細胞上のHLA分子に対するペプチドの結合親和性を高める方法を対象とする。いくつかの態様では、細胞は治療を必要とする対象に存在する。
【0095】
本開示のいくつかの態様は、対象における細胞上のHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、治療を必要とする対象にて抗原の免疫原性を高める方法を対象とし、その際、HLA分子は抗原に結合することができる。本開示のいくつかの態様は、対象の細胞におけるHLA分子のHLA結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて治療に対する免疫応答を高める方法を対象とする。いくつかの態様では、治療法は免疫療法を含む。本開示の他の態様は、対象の細胞におけるHLAの結合ポケットを修飾することを含む、それを必要とする対象にて抗原に対する免疫応答を高める方法を対象とする。
【0096】
いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットは抗原に対する高い結合親和性を有する。いくつかの態様では、結合親和性は、未修飾のHLA分子の結合親和性と比べて少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約100%、少なくとも約125%、少なくとも約150%、少なくとも約175%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、少なくとも約300%、少なくとも約350%、少なくとも約400%、少なくとも約450%、または少なくとも約500%高められる。
【0097】
いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子を含む細胞は、修飾されていないHLA分子を含む細胞と比べて抗原-HLA複合体の表面表示が増加している。いくつかの態様では、抗原-HLA複合体の表面表示は、修飾されていないHLA分子の抗原-HLA複合体の表面表示と比べて少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約100%、少なくとも約125%、少なくとも約150%、少なくとも約175%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、少なくとも約300%、少なくとも約350%、少なくとも約400%、少なくとも約450%、または少なくとも約500%増加する。
【0098】
いくつかの態様では、細胞は抗原提示細胞である。いくつかの態様では、細胞は樹状細胞である。いくつかの態様では、細胞は人工抗原提示細胞である。いくつかの態様では、人工抗原提示細胞は、ビーズ(例えば、ケイ酸塩ビーズ、ガラスビーズ、金属ビーズ、またはそれらの組み合わせ)、ナノ小胞、マイクロ小胞、エキソソーム、エンドソーム、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの態様では、細胞は生体内にある。いくつかの態様では、細胞生体外にある。いくつかの態様では、細胞は他家細胞である。いくつかの態様では、細胞はドナー細胞、すなわち、最終的に細胞を受け取る可能性のある対象以外の対象から得られた細胞である。
【0099】
いくつかの態様では、本明細書で開示されているような修飾されたHLA結合ポケットを有するHLA分子を含む抗原-HLA複合体はT細胞と接触すると、さらに大きな抗原特異的T細胞応答を誘発する。いくつかの態様では、抗原特異的T細胞応答は、T細胞が修飾されていないHLA分子を含む抗原-HLA複合体と接触した場合の抗原特異的T細胞応答と比べて少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約100%、少なくとも約125%、少なくとも約150%、少なくとも約175%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、少なくとも約300%、少なくとも約350%、少なくとも約400%、少なくとも約450%、または少なくとも約500%増加する。
【0100】
いくつかの態様では、本明細書で開示されているような修飾されたHLA結合ポケットを有するHLA分子を含む抗原-HLA複合体は、腫瘍抗原特異的T細胞の増殖を増加させる。いくつかの態様では、抗原特異的T細胞応答は、T細胞が修飾されていないHLA分子を含む抗原-HLA複合体と接触した場合の腫瘍抗原特異的T細胞の増殖と比べて少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約100%、少なくとも約125%、少なくとも約150%、少なくとも約175%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、少なくとも約300%、少なくとも約350%、少なくとも約400%、少なくとも約450%、または少なくとも約500%増加する。
【0101】
いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、抗原は病原体によって発現される抗原である。いくつかの態様では、抗原はウイルス抗原である。いくつかの態様では、抗原は細菌抗原である。いくつかの態様では、抗原は真菌抗原である。
【0102】
II.A.HLAクラスI分子
本明細書で説明されているのは、抗原結合親和性が強化された修飾されたHLA分子及びその使用方法である。任意のHLA分子を本開示の方法及び組成物に使用することができる。いくつかの態様では、HLA分子はHLAクラスI分子である。HLAクラスI分子は任意のHLAクラスI分子であることができる。いくつかの態様では、HLAクラスI分子はHLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-K、またはHLA-Lの対立遺伝子、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの態様では、HLAクラスI分子はHLA-A、HLA-B、及びHLA-Cの対立遺伝子から選択される。いくつかの態様では、HLAクラスI分子はHLA-E、HLA-F、及びHLA-Gの対立遺伝子から選択される。いくつかの態様では、HLAクラスI分子はHLA-A対立遺伝子である。特定の態様では、HLAクラスI分子はHLA-B対立遺伝子である。特定の態様では、HLAクラスI分子はHLA-C対立遺伝子である。
【0103】
多くのHLA-A、HLA-B、及びHLA-Cの対立遺伝子を含む多くのHLAクラスI対立遺伝子が知られており、任意の既知の対立遺伝子のいずれかを本開示で使用することができる。HLA対立遺伝子の更新されたリストはhla.alleles.org/(最終訪問日は2021年10月7日)で入手可能である。
【0104】
II.A.1.HLA-A対立遺伝子
いくつかの態様では、HLAクラスI分子はHLA-A対立遺伝子である。任意のHLA-A対立遺伝子を本開示の方法及び組成物にて使用することができる。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*11、HLA-A*23、HLA-A*24、HLA-A*25、HLA-A*26、HLA-A*29、HLA-A*30、HLA-A*31、HLA-A*32、HLA-A*33、HLA-A*34、HLA-A*36、HLA-A*43、HLA-A*66、HLA-A*68、HLA-A*69、HLA-A*74、及びHLA-A*80から選択される対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子は対立遺伝子のHLA-A*24スーパーファミリーの対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*24対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*23対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*32対立遺伝子である。
【0105】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*23:01:01:01、HLA-A*23:01:01:02、HLA-A*23:01:01:03、HLA-A*23:01:01:04、HLA-A*23:01:01:05、HLA-A*23:01:01:06、HLA-A*23:01:01:07、HLA-A*23:01:01:08、HLA-A*23:01:01:09、HLA-A*23:01:01:10、HLA-A*23:01:01:11、HLA-A*23:01:01:12、HLA-A*23:01:01:13、HLA-A*23:01:01:14、HLA-A*23:01:01:15、HLA-A*23:01:01:16、HLA-A*23:01:01:17、HLA-A*23:01:01:18、HLA-A*23:01:01:19、HLA-A*23:01:01:20、HLA-A*23:01:01:21、HLA-A*23:01:01:22、HLA-A*23:01:01:23、HLA-A*23:01:01:24、HLA-A*23:01:01:25、HLA-A*23:01:01:26、HLA-A*23:01:02、HLA-A*23:01:03、HLA-A*23:01:04、HLA-A*23:01:05、HLA-A*23:01:06、HLA-A*23:01:07、HLA-A*23:01:08、HLA-A*23:01:09、HLA-A*23:01:10、HLA-A*23:01:11、HLA-A*23:01:12、HLA-A*23:01:13、HLA-A*23:01:14、HLA-A*23:01:15、HLA-A*23:01:16、HLA-A*23:01:17、HLA-A*23:01:18、HLA-A*23:01:19、HLA-A*23:01:20、HLA-A*23:01:21、HLA-A*23:01:22、HLA-A*23:01:23、HLA-A*23:01:24、HLA-A*23:01:25、HLA-A*23:01:26、HLA-A*23:01:27、HLA-A*23:01:28、HLA-A*23:01:29、HLA-A*23:01:30、HLA-A*23:01:31、HLA-A*23:01:32、HLA-A*23:01:33、HLA-A*23:01:34、HLA-A*23:02、HLA-A*23:03:01、HLA-A*23:03:02:01、HLA-A*23:03:02:02、HLA-A*23:04、HLA-A*23:05、HLA-A*23:06、HLA-A*23:07、HLA-A*23:08、HLA-A*23:09、HLA-A*23:10、HLA-A*23:11、HLA-A*23:12、HLA-A*23:13、HLA-A*23:14:01、HLA-A*23:14:02、HLA-A*23:15、HLA-A*23:16、HLA-A*23:17:01:01、HLA-A*23:17:01:02、HLA-A*23:17:01:03、HLA-A*23:17:02、HLA-A*23:17:03、HLA-A*23:18、HLA-A*23:19、HLA-A*23:20、HLA-A*23:21、HLA-A*23:22、HLA-A*23:23、HLA-A*23:24、HLA-A*23:25、HLA-A*23:26、HLA-A*23:27、HLA-A*23:28、HLA-A*23:29、HLA-A*23:30、HLA-A*23:31、HLA-A*23:32、HLA-A*23:33、HLA-A*23:34、HLA-A*23:35、HLA-A*23:36、HLA-A*23:37:01、HLA-A*23:37:02、HLA-A*23:38、HLA-A*23:39、HLA-A*23:40、HLA-A*23:41、HLA-A*23:42、HLA-A*23:43、HLA-A*23:44、HLA-A*23:45、HLA-A*23:46、HLA-A*23:47、HLA-A*23:48、HLA-A*23:49、HLA-A*23:50、HLA-A*23:51、HLA-A*23:52、HLA-A*23:53、HLA-A*23:54、HLA-A*23:55、HLA-A*23:56、HLA-A*23:57、HLA-A*23:58、HLA-A*23:59、HLA-A*23:60、HLA-A*23:61、HLA-A*23:62、HLA-A*23:63、HLA-A*23:64、HLA-A*23:65、HLA-A*23:66、HLA-A*23:67、HLA-A*23:68、HLA-A*23:70、HLA-A*23:71、HLA-A*23:72、HLA-A*23:73、HLA-A*23:74、HLA-A*23:75、HLA-A*23:76、HLA-A*23:77、HLA-A*23:78、HLA-A*23:79、HLA-A*23:80、HLA-A*23:81、HLA-A*23:82、HLA-A*23:83、HLA-A*23:84、HLA-A*23:85、HLA-A*23:86、HLA-A*23:87、HLA-A*23:88、HLA-A*23:89、HLA-A*23:90、HLA-A*23:91、HLA-A*23:92、HLA-A*23:93、HLA-A*23:94、HLA-A*23:95、HLA-A*23:96、HLA-A*23:97、HLA-A*23:98、HLA-A*23:99、HLA-A*23:100、HLA-A*23:101、HLA-A*23:102、HLA-A*23:103、HLA-A*23:104、HLA-A*23:105、HLA-A*23:106、HLA-A*23:107、HLA-A*23:108、HLA-A*23:109、HLA-A*23:110、HLA-A*23:111、HLA-A*23:112、HLA-A*23:113、HLA-A*23:114、HLA-A*23:115、HLA-A*23:116、及びHLA-A*23:117から選択されるHLA-A対立遺伝子である。
【0106】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*24:02:01:01、HLA-A*24:02:01:02、HLA-A*24:02:01:03、HLA-A*24:02:01:04、HLA-A*24:02:01:05、HLA-A*24:02:01:06、HLA-A*24:02:01:07、HLA-A*24:02:01:08、HLA-A*24:02:01:09、HLA-A*24:02:01:10、HLA-A*24:02:01:11、HLA-A*24:02:01:12、HLA-A*24:02:01:13、HLA-A*24:02:01:14、HLA-A*24:02:01:15、HLA-A*24:02:01:16、HLA-A*24:02:01:17、HLA-A*24:02:01:18、HLA-A*24:02:01:19、HLA-A*24:02:01:20、HLA-A*24:02:01:21、HLA-A*24:02:01:22、HLA-A*24:02:01:23、HLA-A*24:02:01:24、HLA-A*24:02:01:25、HLA-A*24:02:01:26、HLA-A*24:02:01:27、HLA-A*24:02:01:28、HLA-A*24:02:01:29、HLA-A*24:02:01:30、HLA-A*24:02:01:31、HLA-A*24:02:01:32、HLA-A*24:02:01:33、HLA-A*24:02:01:34、HLA-A*24:02:01:35、HLA-A*24:02:01:36、HLA-A*24:02:01:37、HLA-A*24:02:01:38、HLA-A*24:02:01:39、HLA-A*24:02:01:40、HLA-A*24:02:01:41、HLA-A*24:02:01:42、HLA-A*24:02:01:43、HLA-A*24:02:01:44、HLA-A*24:02:01:45、HLA-A*24:02:01:46、HLA-A*24:02:01:47、HLA-A*24:02:01:48、HLA-A*24:02:01:49、HLA-A*24:02:01:50、HLA-A*24:02:01:51、HLA-A*24:02:01:52、HLA-A*24:02:01:53、HLA-A*24:02:01:54、HLA-A*24:02:01:55、HLA-A*24:02:01:56、HLA-A*24:02:01:57、HLA-A*24:02:01:58、HLA-A*24:02:01:59、HLA-A*24:02:01:60、HLA-A*24:02:01:61、HLA-A*24:02:01:62、HLA-A*24:02:01:63、HLA-A*24:02:01:64、HLA-A*24:02:01:65、HLA-A*24:02:01:66、HLA-A*24:02:01:67、HLA-A*24:02:01:68、HLA-A*24:02:01:69、HLA-A*24:02:01:70、HLA-A*24:02:01:71、HLA-A*24:02:01:72、HLA-A*24:02:01:73、HLA-A*24:02:01:74、HLA-A*24:02:01:75、HLA-A*24:02:01:76、HLA-A*24:02:01:77、HLA-A*24:02:01:78、HLA-A*24:02:01:79、HLA-A*24:02:01:80、HLA-A*24:02:01:81、HLA-A*24:02:01:82、HLA-A*24:02:01:83、HLA-A*24:02:01:84、HLA-A*24:02:01:85、HLA-A*24:02:01:86、HLA-A*24:02:01:87、HLA-A*24:02:01:88、HLA-A*24:02:01:89、HLA-A*24:02:01:90、HLA-A*24:02:01:91、HLA-A*24:02:01:92、HLA-A*24:02:01:93、HLA-A*24:02:01:94、HLA-A*24:02:01:95、HLA-A*24:02:01:96、HLA-A*24:02:01:97、HLA-A*24:02:01:98、HLA-A*24:02:01:99、HLA-A*24:02:01:100、HLA-A*24:02:01:101、HLA-A*24:02:01:102、HLA-A*24:02:01:103、HLA-A*24:02:01:104、HLA-A*24:02:01:105、HLA-A*24:02:01:106、HLA-A*24:02:01:107、HLA-A*24:02:01:108、HLA-A*24:02:01:109、HLA-A*24:02:01:110、HLA-A*24:02:02、HLA-A*24:02:03、HLA-A*24:02:04、HLA-A*24:02:05、HLA-A*24:02:06、HLA-A*24:02:07、HLA-A*24:02:08、HLA-A*24:02:09、HLA-A*24:02:10、HLA-A*24:02:11、HLA-A*24:02:12、HLA-A*24:02:13、HLA-A*24:02:14、HLA-A*24:02:15、HLA-A*24:02:16、HLA-A*24:02:17、HLA-A*24:02:18、HLA-A*24:02:19、HLA-A*24:02:20、HLA-A*24:02:21、HLA-A*24:02:22、HLA-A*24:02:23、HLA-A*24:02:24、HLA-A*24:02:25、HLA-A*24:02:26、HLA-A*24:02:27、HLA-A*24:02:28、HLA-A*24:02:29、HLA-A*24:02:30、HLA-A*24:02:31、HLA-A*24:02:32、HLA-A*24:02:33、HLA-A*24:02:34、HLA-A*24:02:35、HLA-A*24:02:36、HLA-A*24:02:37、HLA-A*24:02:38、HLA-A*24:02:39、HLA-A*24:02:40:01、HLA-A*24:02:40:02、HLA-A*24:02:41、HLA-A*24:02:42、HLA-A*24:02:43、HLA-A*24:02:44、HLA-A*24:02:45、HLA-A*24:02:46、HLA-A*24:02:47、HLA-A*24:02:48、HLA-A*24:02:49、HLA-A*24:02:50、HLA-A*24:02:51、HLA-A*24:02:52、HLA-A*24:02:53、HLA-A*24:02:54、HLA-A*24:02:55、HLA-A*24:02:56、HLA-A*24:02:57、HLA-A*24:02:58、HLA-A*24:02:59、HLA-A*24:02:60、HLA-A*24:02:61、HLA-A*24:02:62、HLA-A*24:02:63、HLA-A*24:02:64、HLA-A*24:02:65、HLA-A*24:02:66、HLA-A*24:02:67、HLA-A*24:02:68、HLA-A*24:02:69、HLA-A*24:02:70、HLA-A*24:02:71、HLA-A*24:02:72、HLA-A*24:02:73、HLA-A*24:02:74、HLA-A*24:02:75、HLA-A*24:02:76、HLA-A*24:02:77、HLA-A*24:02:78、HLA-A*24:02:79、HLA-A*24:02:80、HLA-A*24:02:81、HLA-A*24:02:82、HLA-A*24:02:83、HLA-A*24:02:84、HLA-A*24:02:85、HLA-A*24:02:86、HLA-A*24:02:87、HLA-A*24:02:88、HLA-A*24:02:89、HLA-A*24:02:90、HLA-A*24:02:91、HLA-A*24:02:92、HLA-A*24:02:93、HLA-A*24:02:94、HLA-A*24:02:95、HLA-A*24:02:96、HLA-A*24:02:97、HLA-A*24:02:98、HLA-A*24:02:99、HLA-A*24:02:100、HLA-A*24:02:101、HLA-A*24:02:102:01、HLA-A*24:02:102:02、HLA-A*24:02:103、HLA-A*24:02:104、HLA-A*24:02:105、HLA-A*24:02:106、HLA-A*24:02:107、HLA-A*24:02:108、HLA-A*24:02:109、HLA-A*24:02:110、HLA-A*24:02:111、HLA-A*24:02:112、HLA-A*24:02:113、HLA-A*24:02:114、HLA-A*24:02:115:01、HLA-A*24:02:115:02、HLA-A*24:02:116、HLA-A*24:02:117、HLA-A*24:02:118、HLA-A*24:02:119、HLA-A*24:02:120、HLA-A*24:02:121、HLA-A*24:02:122、HLA-A*24:02:123、HLA-A*24:02:124、HLA-A*24:02:125、HLA-A*24:02:126、HLA-A*24:02:127、HLA-A*24:02:128、HLA-A*24:02:129、HLA-A*24:02:130、HLA-A*24:02:131、HLA-A*24:02:132、HLA-A*24:02:133、HLA-A*24:02:134、HLA-A*24:02:135、HLA-A*24:02:136、HLA-A*24:02:137、HLA-A*24:02:138、HLA-A*24:02:139、HLA-A*24:02:140、HLA-A*24:02:141、HLA-A*24:02:142、HLA-A*24:02:143、HLA-A*24:02:144、HLA-A*24:02:145、HLA-A*24:02:146、HLA-A*24:02:147、HLA-A*24:02:148、HLA-A*24:02:149、HLA-A*24:03:01:01、HLA-A*24:03:01:02、HLA-A*24:03:01:03、HLA-A*24:03:02、HLA-A*24:03:03、HLA-A*24:03:04、HLA-A*24:04、HLA-A*24:05:01、HLA-A*24:05:02、HLA-A*24:06、HLA-A*24:07:01:01、HLA-A*24:07:01:02、HLA-A*24:07:01:03、HLA-A*24:07:02、HLA-A*24:07:03、HLA-A*24:07:04、HLA-A*24:08、HLA-A*24:09、HLA-A*24:10:01:01、HLA-A*24:10:01:02、HLA-A*24:10:02、HLA-A*24:11、HLA-A*24:13:01、HLA-A*24:13:02、HLA-A*24:14:01:01、HLA-A*24:14:01:02、HLA-A*24:14:01:03、HLA-A*24:14:01:04、HLA-A*24:15、HLA-A*24:17:01:01、HLA-A*24:17:01:02、HLA-A*24:18、HLA-A*24:19、HLA-A*24:20:01:01、HLA-A*24:20:01:02、HLA-A*24:20:02、HLA-A*24:21:01、HLA-A*24:21:02、HLA-A*24:21:03、HLA-A*24:22、HLA-A*24:23、HLA-A*24:24、HLA-A*24:25、HLA-A*24:26、HLA-A*24:27、HLA-A*24:28、HLA-A*24:29、HLA-A*24:30、HLA-A*24:31、HLA-A*24:32、HLA-A*24:33、HLA-A*24:34、HLA-A*24:35、H
LA-A*24:36、HLA-A*24:37、HLA-A*24:38、HLA-A*24:39、HLA-A*24:40、HLA-A*24:41、HLA-A*24:42、HLA-A*24:43、HLA-A*24:44、HLA-A*24:45、HLA-A*24:46、HLA-A*24:47、HLA-A*24:48、HLA-A*24:49、HLA-A*24:50、HLA-A*24:51、HLA-A*24:52、HLA-A*24:53、HLA-A*24:54、HLA-A*24:55、HLA-A*24:56:01、HLA-A*24:56:02、HLA-A*24:57、HLA-A*24:58、HLA-A*24:59、HLA-A*24:60、HLA-A*24:61、HLA-A*24:62、HLA-A*24:63、HLA-A*24:64、HLA-A*24:66、HLA-A*24:67、HLA-A*24:68、HLA-A*24:69、HLA-A*24:70、HLA-A*24:71、HLA-A*24:72、HLA-A*24:73、HLA-A*24:74:01、HLA-A*24:74:02、HLA-A*24:75、HLA-A*24:76、HLA-A*24:77、HLA-A*24:78、HLA-A*24:79、HLA-A*24:80、HLA-A*24:81、HLA-A*24:82、HLA-A*24:83、HLA-A*24:84、HLA-A*24:85、HLA-A*24:86、HLA-A*24:87、HLA-A*24:88、HLA-A*24:89、HLA-A*24:90:01、HLA-A*24:90:02、HLA-A*24:91、HLA-A*24:92、HLA-A*24:93、HLA-A*24:94、HLA-A*24:95、HLA-A*24:96、HLA-A*24:97、HLA-A*24:98、HLA-A*24:99、HLA-A*24:100、HLA-A*24:101、HLA-A*24:102、HLA-A*24:103、HLA-A*24:104、HLA-A*24:105、HLA-A*24:106、HLA-A*24:107、HLA-A*24:108、HLA-A*24:109、HLA-A*24:110、HLA-A*24:111、HLA-A*24:112、HLA-A*24:113、HLA-A*24:114、HLA-A*24:115、HLA-A*24:116、HLA-A*24:117、HLA-A*24:118、HLA-A*24:119、HLA-A*24:120、HLA-A*24:121、HLA-A*24:122、HLA-A*24:123、HLA-A*24:124、HLA-A*24:125、HLA-A*24:126、HLA-A*24:127、HLA-A*24:128、HLA-A*24:129、HLA-A*24:130、HLA-A*24:131、HLA-A*24:132、HLA-A*24:133、HLA-A*24:134、HLA-A*24:135:01、HLA-A*24:135:02、HLA-A*24:136、HLA-A*24:137、HLA-A*24:138、HLA-A*24:139、HLA-A*24:140、HLA-A*24:141、HLA-A*24:142:01、HLA-A*24:142:02、HLA-A*24:143、HLA-A*24:144、HLA-A*24:145、HLA-A*24:146、HLA-A*24:147、HLA-A*24:148、HLA-A*24:149、HLA-A*24:150、HLA-A*24:151、HLA-A*24:152、HLA-A*24:153、HLA-A*24:154、HLA-A*24:155、HLA-A*24:156、HLA-A*24:157、HLA-A*24:158、HLA-A*24:159、HLA-A*24:160、HLA-A*24:161、HLA-A*24:162、HLA-A*24:163、HLA-A*24:164、HLA-A*24:165、HLA-A*24:166、HLA-A*24:167、HLA-A*24:168、HLA-A*24:169、HLA-A*24:170、HLA-A*24:171、HLA-A*24:172:01、HLA-A*24:172:02、HLA-A*24:173、HLA-A*24:174、HLA-A*24:175、HLA-A*24:176、HLA-A*24:177、HLA-A*24:178、HLA-A*24:179、HLA-A*24:180、HLA-A*24:181、HLA-A*24:182、HLA-A*24:183、HLA-A*24:184、HLA-A*24:185、HLA-A*24:186、HLA-A*24:187、HLA-A*24:188、HLA-A*24:189、HLA-A*24:190、HLA-A*24:191、HLA-A*24:192、HLA-A*24:193、HLA-A*24:194、HLA-A*24:195、HLA-A*24:196、HLA-A*24:197、HLA-A*24:198、HLA-A*24:199、HLA-A*24:200、HLA-A*24:201、HLA-A*24:202、HLA-A*24:203、HLA-A*24:204、HLA-A*24:205、HLA-A*24:206、HLA-A*24:207:01、HLA-A*24:207:02、HLA-A*24:208:01、HLA-A*24:208:02:01、HLA-A*24:208:02:02、HLA-A*24:209、HLA-A*24:210、HLA-A*24:212、HLA-A*24:213、HLA-A*24:214、HLA-A*24:215、HLA-A*24:216、HLA-A*24:217、HLA-A*24:218、HLA-A*24:219、HLA-A*24:220、HLA-A*24:221、HLA-A*24:222、HLA-A*24:223、HLA-A*24:224、HLA-A*24:225:01、HLA-A*24:225:02、HLA-A*24:226:01、HLA-A*24:226:02、HLA-A*24:227、HLA-A*24:228、HLA-A*24:229、HLA-A*24:230、HLA-A*24:231、HLA-A*24:232、HLA-A*24:233、HLA-A*24:234、HLA-A*24:235、HLA-A*24:236、HLA-A*24:237、HLA-A*24:238、HLA-A*24:239、HLA-A*24:240、HLA-A*24:241、HLA-A*24:242、HLA-A*24:243、HLA-A*24:244、HLA-A*24:245、HLA-A*24:246、HLA-A*24:247、HLA-A*24:248、HLA-A*24:249、HLA-A*24:250、HLA-A*24:251、HLA-A*24:252、HLA-A*24:253、HLA-A*24:254、HLA-A*24:255、HLA-A*24:256、HLA-A*24:257、HLA-A*24:258、HLA-A*24:259、HLA-A*24:260、HLA-A*24:261、HLA-A*24:262、HLA-A*24:263、HLA-A*24:264、HLA-A*24:265、HLA-A*24:266、HLA-A*24:267、HLA-A*24:268、HLA-A*24:269、HLA-A*24:270、HLA-A*24:271、HLA-A*24:272、HLA-A*24:273、HLA-A*24:274、HLA-A*24:275、HLA-A*24:276、HLA-A*24:277、HLA-A*24:278、HLA-A*24:279、HLA-A*24:280、HLA-A*24:281、HLA-A*24:282、HLA-A*24:283、HLA-A*24:284、HLA-A*24:285、HLA-A*24:286、HLA-A*24:287、HLA-A*24:288、HLA-A*24:289、HLA-A*24:290、HLA-A*24:291、HLA-A*24:292、HLA-A*24:293、HLA-A*24:294、HLA-A*24:295、HLA-A*24:296、HLA-A*24:297、HLA-A*24:298、HLA-A*24:299、HLA-A*24:300、HLA-A*24:301、HLA-A*24:302、HLA-A*24:303、HLA-A*24:304、HLA-A*24:305、HLA-A*24:306、HLA-A*24:307、HLA-A*24:308、HLA-A*24:309、HLA-A*24:310:01、HLA-A*24:310:02、HLA-A*24:311、HLA-A*24:312、HLA-A*24:313:01、HLA-A*24:313:02、HLA-A*24:314、HLA-A*24:315、HLA-A*24:316、HLA-A*24:317、HLA-A*24:318、HLA-A*24:319、HLA-A*24:320、HLA-A*24:321、HLA-A*24:322、HLA-A*24:323、HLA-A*24:324、HLA-A*24:325、HLA-A*24:326、HLA-A*24:327、HLA-A*24:328、HLA-A*24:329、HLA-A*24:330、HLA-A*24:331、HLA-A*24:332、HLA-A*24:333、HLA-A*24:334、HLA-A*24:335、HLA-A*24:336、HLA-A*24:337、HLA-A*24:338、HLA-A*24:339、HLA-A*24:340、HLA-A*24:341、HLA-A*24:342、HLA-A*24:343、HLA-A*24:344、HLA-A*24:345、HLA-A*24:346、HLA-A*24:347:01、HLA-A*24:347:02、HLA-A*24:348、HLA-A*24:349、HLA-A*24:350、HLA-A*24:351、HLA-A*24:352、HLA-A*24:353、HLA-A*24:354、HLA-A*24:355、HLA-A*24:356、HLA-A*24:357、HLA-A*24:358、HLA-A*24:359、HLA-A*24:360、HLA-A*24:361、HLA-A*24:362、HLA-A*24:363、HLA-A*24:364、HLA-A*24:365、HLA-A*24:366、HLA-A*24:367、HLA-A*24:368、HLA-A*24:369、HLA-A*24:370、HLA-A*24:371、HLA-A*24:372、HLA-A*24:373、HLA-A*24:374、HLA-A*24:375、HLA-A*24:376、HLA-A*24:377、HLA-A*24:378、HLA-A*24:379、HLA-A*24:380、HLA-A*24:381、HLA-A*24:382、HLA-A*24:383、HLA-A*24:384、HLA-A*24:385、HLA-A*24:386、HLA-A*24:387、HLA-A*24:388、HLA-A*24:389、HLA-A*24:390、HLA-A*24:391、HLA-A*24:392、HLA-A*24:393、HLA-A*24:394、HLA-A*24:395、HLA-A*24:396、HLA-A*24:397、HLA-A*24:398、HLA-A*24:399、HLA-A*24:400、HLA-A*24:401、HLA-A*24:402、HLA-A*24:403、HLA-A*24:404、HLA-A*24:405、HLA-A*24:406、HLA-A*24:407、HLA-A*24:408、HLA-A*24:409、HLA-A*24:410、HLA-A*24:411、HLA-A*24:412、HLA-A*24:413、HLA-A*24:414、HLA-A*24:415、HLA-A
*24:416、HLA-A*24:417、HLA-A*24:418、HLA-A*24:419、HLA-A*24:420、HLA-A*24:421、HLA-A*24:422、HLA-A*24:423、HLA-A*24:424、HLA-A*24:425、HLA-A*24:426、HLA-A*24:427、HLA-A*24:428、HLA-A*24:429、HLA-A*24:430、HLA-A*24:431:01、HLA-A*24:431:02、HLA-A*24:432、HLA-A*24:433、HLA-A*24:434、HLA-A*24:435、HLA-A*24:436、HLA-A*24:437、HLA-A*24:438、HLA-A*24:439、HLA-A*24:440、HLA-A*24:441、HLA-A*24:442、HLA-A*24:443、HLA-A*24:444、HLA-A*24:445、HLA-A*24:446、HLA-A*24:447、HLA-A*24:448、HLA-A*24:449、HLA-A*24:450、HLA-A*24:451、HLA-A*24:452、HLA-A*24:453、HLA-A*24:454、HLA-A*24:455、HLA-A*24:456、HLA-A*24:457、HLA-A*24:458、HLA-A*24:459、HLA-A*24:460:01:01、HLA-A*24:460:01:02、HLA-A*24:461、HLA-A*24:462、HLA-A*24:463、HLA-A*24:464、HLA-A*24:465、HLA-A*24:466、HLA-A*24:467、HLA-A*24:468、HLA-A*24:469、HLA-A*24:470、HLA-A*24:472、HLA-A*24:473、HLA-A*24:474、HLA-A*24:475、HLA-A*24:476、HLA-A*24:477、HLA-A*24:478、HLA-A*24:479、HLA-A*24:480、HLA-A*24:481、HLA-A*24:482、HLA-A*24:483、HLA-A*24:484、HLA-A*24:485、HLA-A*24:486、HLA-A*24:487、HLA-A*24:488、HLA-A*24:489、HLA-A*24:490、HLA-A*24:491、HLA-A*24:492、HLA-A*24:493、HLA-A*24:494、HLA-A*24:495、HLA-A*24:496、HLA-A*24:497、HLA-A*24:498、HLA-A*24:499、HLA-A*24:500、HLA-A*24:501、HLA-A*24:502、HLA-A*24:503、HLA-A*24:504、HLA-A*24:505、HLA-A*24:506、HLA-A*24:507、HLA-A*24:508、HLA-A*24:509、HLA-A*24:510、HLA-A*24:511、HLA-A*24:512、HLA-A*24:513、HLA-A*24:514、HLA-A*24:515、HLA-A*24:516、HLA-A*24:517、HLA-A*24:518、HLA-A*24:519、HLA-A*24:520、HLA-A*24:521、HLA-A*24:522、HLA-A*24:523、HLA-A*24:524、HLA-A*24:525、HLA-A*24:526、HLA-A*24:527、HLA-A*24:528、HLA-A*24:529、HLA-A*24:530、HLA-A*24:531、HLA-A*24:532、HLA-A*24:533、HLA-A*24:534、HLA-A*24:535、HLA-A*24:536、HLA-A*24:537、HLA-A*24:538、HLA-A*24:539、HLA-A*24:540、HLA-A*24:541、HLA-A*24:542、HLA-A*24:543、HLA-A*24:544、HLA-A*24:545、HLA-A*24:546、HLA-A*24:547、HLA-A*24:548、HLA-A*24:549、HLA-A*24:550、及びHLA-A*24:551から選択されるHLA-A対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*24:02対立遺伝子である。
【0107】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*25:01:01:01、HLA-A*25:01:01:02、HLA-A*25:01:01:03、HLA-A*25:01:01:04、HLA-A*25:01:01:05、HLA-A*25:01:01:06、HLA-A*25:01:01:07、HLA-A*25:01:02、HLA-A*25:01:03、HLA-A*25:01:04、HLA-A*25:01:05、HLA-A*25:01:06、HLA-A*25:01:07、HLA-A*25:01:08、HLA-A*25:01:09、HLA-A*25:01:10、HLA-A*25:01:11、HLA-A*25:01:12、HLA-A*25:01:13、HLA-A*25:01:14、HLA-A*25:01:15、HLA-A*25:01:16、HLA-A*25:01:17、HLA-A*25:01:18、HLA-A*25:01:19、HLA-A*25:01:20、HLA-A*25:01:21、HLA-A*25:02、HLA-A*25:03、HLA-A*25:04、HLA-A*25:05、HLA-A*25:06、HLA-A*25:07、HLA-A*25:08、HLA-A*25:09、HLA-A*25:10、HLA-A*25:11、HLA-A*25:12、HLA-A*25:13、HLA-A*25:14、HLA-A*25:15、HLA-A*25:16、HLA-A*25:17、HLA-A*25:18、HLA-A*25:19:01、HLA-A*25:19:02、HLA-A*25:20、HLA-A*25:21、HLA-A*25:22、HLA-A*25:23、HLA-A*25:24、HLA-A*25:25、HLA-A*25:26、HLA-A*25:27:01、HLA-A*25:27:02、HLA-A*25:28、HLA-A*25:29、HLA-A*25:30、HLA-A*25:31、HLA-A*25:32、HLA-A*25:33、HLA-A*25:34、HLA-A*25:35、HLA-A*25:36、HLA-A*25:37、HLA-A*25:38、HLA-A*25:39、HLA-A*25:40、HLA-A*25:41、HLA-A*25:42、HLA-A*25:43、HLA-A*25:44、HLA-A*25:45、HLA-A*25:46、HLA-A*25:47、HLA-A*25:48、HLA-A*25:49、HLA-A*25:50、HLA-A*25:51、HLA-A*25:52、HLA-A*25:53、HLA-A*25:54、HLA-A*25:55、HLA-A*25:56、HLA-A*25:57、HLA-A*25:58、HLA-A*25:59、HLA-A*25:60、HLA-A*25:61、HLA-A*25:62、HLA-A*25:63、HLA-A*25:64、HLA-A*25:65、HLA-A*25:66、HLA-A*25:67、HLA-A*25:68、HLA-A*25:69、HLA-A*25:70、HLA-A*25:71、HLA-A*25:72、HLA-A*25:73、HLA-A*25:74、HLA-A*25:75、及びHLA-A*25:76から選択されるHLA-A対立遺伝子である。
【0108】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*31:01:02:01、HLA-A*31:01:02:02、HLA-A*31:01:02:03、HLA-A*31:01:02:04、HLA-A*31:01:02:05、HLA-A*31:01:02:06、HLA-A*31:01:02:07、HLA-A*31:01:02:08、HLA-A*31:01:02:09、HLA-A*31:01:02:10、HLA-A*31:01:02:11、HLA-A*31:01:02:12、HLA-A*31:01:02:13、HLA-A*31:01:02:14、HLA-A*31:01:02:15、HLA-A*31:01:02:16、HLA-A*31:01:02:17、HLA-A*31:01:02:18、HLA-A*31:01:02:19、HLA-A*31:01:02:20、HLA-A*31:01:02:21、HLA-A*31:01:02:22、HLA-A*31:01:02:23、HLA-A*31:01:02:24、HLA-A*31:01:02:25、HLA-A*31:01:02:26、HLA-A*31:01:02:27、HLA-A*31:01:02:28、HLA-A*31:01:02:29、HLA-A*31:01:02:30、HLA-A*31:01:02:31、HLA-A*31:01:02:32、HLA-A*31:01:02:33、HLA-A*31:01:02:34、HLA-A*31:01:02:35、HLA-A*31:01:02:36、HLA-A*31:01:02:37、HLA-A*31:01:02:38、HLA-A*31:01:02:39、HLA-A*31:01:02:40、HLA-A*31:01:02:41、HLA-A*31:01:03、HLA-A*31:01:04、HLA-A*31:01:05、HLA-A*31:01:06、HLA-A*31:01:07、HLA-A*31:01:08、HLA-A*31:01:09、HLA-A*31:01:10、HLA-A*31:01:11、HLA-A*31:01:12、HLA-A*31:01:13、HLA-A*31:01:14、HLA-A*31:01:15、HLA-A*31:01:16、HLA-A*31:01:17、HLA-A*31:01:18、HLA-A*31:01:19、HLA-A*31:01:20、HLA-A*31:01:21、HLA-A*31:01:22、HLA-A*31:01:23、HLA-A*31:01:24、HLA-A*31:01:25、HLA-A*31:01:26、HLA-A*31:01:27、HLA-A*31:01:28、HLA-A*31:01:29、HLA-A*31:01:30、HLA-A*31:01:31、HLA-A*31:01:32、HLA-A*31:01:33、HLA-A*31:01:34、HLA-A*31:01:35、HLA-A*31:01:36、HLA-A*31:01:37、HLA-A*31:01:38、HLA-A*31:01:39、HLA-A*31:01:40、HLA-A*31:01:41、HLA-A*31:01:42、HLA-A*31:01:43、HLA-A*31:01:44、HLA-A*31:01:45、HLA-A*31:01:46、HLA-A*31:01:47、HLA-A*31:02:01、HLA-A*31:02:02、HLA-A*31:03、HLA-A*31:04:01:01、HLA-A*31:04:01:02、HLA-A*31:04:02、HLA-A*31:05、HLA-A*31:06、HLA-A*31:07、HLA-A*31:08、HLA-A*31:09、HLA-A*31:10、HLA-A*31:11、HLA-A*31:12、HLA-A*31:13、HLA-A*31:14、HLA-A*31:15、HLA-A*31:16、HLA-A*31:17、HLA-A*31:18、HLA-A*31:19、HLA-A*31:20、HLA-A*31:21、HLA-A*31:22、HLA-A*31:23、HLA-A*31:24、HLA-A*31:25、HLA-A*31:26、HLA-A*31:27、HLA-A*31:28、HLA-A*31:29、HLA-A*31:30、HLA-A*31:31、HLA-A*31:32、HLA-A*31:33、HLA-A*31:34、HLA-A*31:35、HLA-A*31:36、HLA-A*31:37、HLA-A*31:38、HLA-A*31:39、HLA-A*31:40、HLA-A*31:41、HLA-A*31:42、HLA-A*31:43、HLA-A*31:44、HLA-A*31:45、HLA-A*31:46、HLA-A*31:47、HLA-A*31:48、HLA-A*31:49、HLA-A*31:50、HLA-A*31:51、HLA-A*31:52、HLA-A*31:53、HLA-A*31:54、HLA-A*31:55、HLA-A*31:56、HLA-A*31:57、HLA-A*31:58、HLA-A*31:59、HLA-A*31:60、HLA-A*31:61、HLA-A*31:62、HLA-A*31:63、HLA-A*31:64、HLA-A*31:65、HLA-A*31:66、HLA-A*31:67、HLA-A*31:68、HLA-A*31:69、HLA-A*31:70、HLA-A*31:71、HLA-A*31:72、HLA-A*31:73、HLA-A*31:74、HLA-A*31:75、HLA-A*31:76、HLA-A*31:77、HLA-A*31:78、HLA-A*31:79、HLA-A*31:80、HLA-A*31:81、HLA-A*31:82、HLA-A*31:83、HLA-A*31:84、HLA-A*31:85、HLA-A*31:86、HLA-A*31:87、HLA-A*31:88、HLA-A*31:89、HLA-A*31:90、HLA-A*31:91、HLA-A*31:92、HLA-A*31:93、HLA-A*31:94、HLA-A*31:95、HLA-A*31:96、HLA-A*31:97、HLA-A*31:98、HLA-A*31:99、HLA-A*31:100、HLA-A*31:101、HLA-A*31:102、HLA-A*31:103、HLA-A*31:104、HLA-A*31:105、HLA-A*31:106、HLA-A*31:107、HLA-A*31:108、HLA-A*31:109、HLA-A*31:110、HLA-A*31:111、HLA-A*31:112、HLA-A*31:113、HLA-A*31:114、HLA-A*31:115、HLA-A*31:116、HLA-A*31:117、HLA-A*31:118、HLA-A*31:119、HLA-A*31:120、HLA-A*31:121、HLA-A*31:122、HLA-A*31:123、HLA-A*31:124、HLA-A*31:125、HLA-A*31:126、HLA-A*31:127、HLA-A*31:128、HLA-A*31:129、HLA-A*31:130、HLA-A*31:131、HLA-A*31:132、HLA-A*31:133、HLA-A*31:134、HLA-A*31:135、HLA-A*31:136、HLA-A*31:137、HLA-A*31:138、HLA-A*31:139、HLA-A*31:140、HLA-A*31:141、HLA-A*31:142、HLA-A*31:143、HLA-A*31:144、HLA-A*31:145、HLA-A*31:146、HLA-A*31:147、HLA-A*31:148、HLA-A*31:149、HLA-A*31:150、HLA-A*31:151、HLA-A*31:152、HLA-A*31:153、HLA-A*31:154、HLA-A*31:155、HLA-A*31:156、HLA-A*31:157、HLA-A*31:158、HLA-A*31:159、HLA-A*31:160、HLA-A*31:161、HLA-A*31:162、HLA-A*31:163、HLA-A*31:164、HLA-A*31:165、HLA-A*31:166、HLA-A*31:167、HLA-A*31:168、HLA-A*31:169、HLA-A*31:170、HLA-A*31:171、HLA-A*31:172、HLA-A*31:173、HLA-A*31:174、HLA-A*31:175、HLA-A*31:176、HLA-A*31:177、HLA-A*31:178、HLA-A*31:179、HLA-A*31:180、HLA-A*31:181、HLA-A*31:182、HLA-A*31:183、HLA-A*31:184、HLA-A*31:185、HLA-A*31:186、HLA-A*31:187、HLA-A*31:188、HLA-A*31:189、HLA-A*31:190、HLA-A*31:191、HLA-A*31:192、HLA-A*31:193、HLA-A*31:194、HLA-A*31:195、HLA-A*31:196、HLA-A*31:197、及びHLA-A*31:198から選択されるHLA-A対立遺伝子である。
【0109】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-A*32:01:01:01、HLA-A*32:01:01:02、HLA-A*32:01:01:03、HLA-A*32:01:01:04、HLA-A*32:01:01:05、HLA-A*32:01:01:06、HLA-A*32:01:01:07、HLA-A*32:01:01:08、HLA-A*32:01:01:09、HLA-A*32:01:01:10、HLA-A*32:01:01:11、HLA-A*32:01:01:12、HLA-A*32:01:01:13、HLA-A*32:01:01:14、HLA-A*32:01:01:15、HLA-A*32:01:01:16、HLA-A*32:01:01:17、HLA-A*32:01:01:18、HLA-A*32:01:01:19、HLA-A*32:01:01:20、HLA-A*32:01:01:21、HLA-A*32:01:01:22、HLA-A*32:01:01:23、HLA-A*32:01:01:24、HLA-A*32:01:01:25、HLA-A*32:01:01:26、HLA-A*32:01:01:27、HLA-A*32:01:01:28、HLA-A*32:01:01:29、HLA-A*32:01:01:30、HLA-A*32:01:02、HLA-A*32:01:03、HLA-A*32:01:04、HLA-A*32:01:05、HLA-A*32:01:06、HLA-A*32:01:07、HLA-A*32:01:08、HLA-A*32:01:09、HLA-A*32:01:10、HLA-A*32:01:11、HLA-A*32:01:12、HLA-A*32:01:13、HLA-A*32:01:14、HLA-A*32:01:15、HLA-A*32:01:16、HLA-A*32:01:17、HLA-A*32:01:18、HLA-A*32:01:19、HLA-A*32:01:20、HLA-A*32:01:21、HLA-A*32:01:22、HLA-A*32:01:23、HLA-A*32:01:24、HLA-A*32:01:25、HLA-A*32:01:26、HLA-A*32:01:27、HLA-A*32:01:28、HLA-A*32:01:29、HLA-A*32:01:30、HLA-A*32:01:31、HLA-A*32:01:32、HLA-A*32:01:33、HLA-A*32:01:34、HLA-A*32:01:35、HLA-A*32:01:36、HLA-A*32:01:37、HLA-A*32:01:38、HLA-A*32:01:39、HLA-A*32:01:40、HLA-A*32:01:41、HLA-A*32:01:42、HLA-A*32:01:43、HLA-A*32:01:44、HLA-A*32:01:45、HLA-A*32:01:46、HLA-A*32:01:47、HLA-A*32:02、HLA-A*32:03:01:01、HLA-A*32:03:01:02、HLA-A*32:04、HLA-A*32:05、HLA-A*32:06、HLA-A*32:07、HLA-A*32:08、HLA-A*32:09、HLA-A*32:10、HLA-A*32:11、HLA-A*32:12、HLA-A*32:13、HLA-A*32:14、HLA-A*32:15、HLA-A*32:16、HLA-A*32:17、HLA-A*32:18、HLA-A*32:19、HLA-A*32:20、HLA-A*32:21、HLA-A*32:22、HLA-A*32:23、HLA-A*32:24、HLA-A*32:25、HLA-A*32:26:01、HLA-A*32:26:02、HLA-A*32:27、HLA-A*32:28、HLA-A*32:29、HLA-A*32:30:01、HLA-A*32:30:02、HLA-A*32:31、HLA-A*32:32、HLA-A*32:33:01、HLA-A*32:33:02、HLA-A*32:33:03、HLA-A*32:34、HLA-A*32:35、HLA-A*32:36、HLA-A*32:37、HLA-A*32:38、HLA-A*32:39、HLA-A*32:40、HLA-A*32:41、HLA-A*32:42、HLA-A*32:43:01、HLA-A*32:43:02、HLA-A*32:44、HLA-A*32:45、HLA-A*32:46:01、HLA-A*32:46:02、HLA-A*32:47、HLA-A*32:48、HLA-A*32:49、HLA-A*32:50、HLA-A*32:51、HLA-A*32:52、HLA-A*32:53、HLA-A*32:54、HLA-A*32:55:01、HLA-A*32:55:02、HLA-A*32:55:03、HLA-A*32:56、HLA-A*32:57、HLA-A*32:58、HLA-A*32:59、HLA-A*32:60、HLA-A*32:61、HLA-A*32:62、HLA-A*32:63、HLA-A*32:64、HLA-A*32:65、HLA-A*32:66、HLA-A*32:67、HLA-A*32:68、HLA-A*32:69、HLA-A*32:70、HLA-A*32:71、HLA-A*32:72、HLA-A*32:73、HLA-A*32:74、HLA-A*32:75、HLA-A*32:76、HLA-A*32:77、HLA-A*32:78、HLA-A*32:79、HLA-A*32:80、HLA-A*32:81、HLA-A*32:82、HLA-A*32:83、HLA-A*32:84、HLA-A*32:85、HLA-A*32:86、HLA-A*32:87、HLA-A*32:88、HLA-A*32:89、HLA-A*32:90、HLA-A*32:91、HLA-A*32:92、HLA-A*32:93、HLA-A*32:94、HLA-A*32:95、HLA-A*32:96、HLA-A*32:97、HLA-A*32:98、HLA-A*32:99、HLA-A*32:100、HLA-A*32:101、HLA-A*32:102、HLA-A*32:103、HLA-A*32:104、HLA-A*32:105、HLA-A*32:106:01:01、HLA-A*32:106:01:02、HLA-A*32:107、HLA-A*32:108、HLA-A*32:109、HLA-A*32:110、HLA-A*32:111、HLA-A*32:112、HLA-A*32:113、HLA-A*32:114、HLA-A*32:115、HLA-A*32:116、HLA-A*32:117、HLA-A*32:118、HLA-A*32:119、HLA-A*32:120、HLA-A*32:121、HLA-A*32:122、HLA-A*32:123、HLA-A*32:124、HLA-A*32:125、HLA-A*32:126、HLA-A*32:127、HLA-A*32:128、HLA-A*32:129、HLA-A*32:130、HLA-A*32:131、HLA-A*32:132、HLA-A*32:133、HLA-A*32:134、HLA-A*32:135、HLA-A*32:136、HLA-A*32:137、HLA-A*32:138、HLA-A*32:139、HLA-A*32:140、HLA-A*32:141、HLA-A*32:142、HLA-A*32:143、HLA-A*32:144、HLA-A*32:145、HLA-A*32:146、HLA-A*32:147、HLA-A*32:148、HLA-A*32:149、HLA-A*32:150、HLA-A*32:151、HLA-A*32:152、HLA-A*32:153、HLA-A*32:154、HLA-A*32:155、及びHLA-A*32:156から選択されるHLA-A対立遺伝子である。
【0110】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A対立遺伝子である。いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットはHLA分子のFポケットである。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子は対立遺伝子のHLA-A*24スーパーファミリー内の対立遺伝子である。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*24対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*24:02対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*24対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*24:02対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【表2】
【0111】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*23対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*23対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0112】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*25対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは、配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*25対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0113】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*31対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*31対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0114】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*32対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-A*32対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0115】
いくつかの態様では、置き換えられる元のアミノ酸はアラニンである。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシンである。いくつかの態様では、アミノ酸置換は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81Lである。特定の態様では、HLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA-A*24:02対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81L置換を含む。
【0116】
II.A.2.HLA-B対立遺伝子
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B対立遺伝子である。任意のHLA-B対立遺伝子を本開示の方法及び組成物にて使用することができる。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*07、HLA-B*08、HLA-B*13、HLA-B*14、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*27、HLA-B*35、HLA-B*37、HLA-B*38、HLA-B*39、HLA-B*40、HLA-B*41、HLA-B*42、HLA-B*44、HLA-B*45、HLA-B*46、HLA-B*47、HLA-B*48、HLA-B*49、HLA-B*50、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*54、HLA-B*55、HLA-B*56、HLA-B*57、HLA-B*58、HLA-B*59、HLA-B*67、HLA-B*73、HLA-B*78、HLA-B*79、HLA-B*81、HLA-B*82、及びHLA-B*83から選択されるHLA-B対立遺伝子である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*44である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*51である。いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*58である。
【0117】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*44対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*44対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0118】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*51対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*51対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0119】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*58対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B*58対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0120】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*44:02:01:01、HLA-B*44:02:01:02、HLA-B*44:02:01:03、HLA-B*44:02:01:04、HLA-B*44:02:01:05、HLA-B*44:02:01:06、HLA-B*44:02:01:07、HLA-B*44:02:01:08、HLA-B*44:02:01:09、HLA-B*44:02:01:10、HLA-B*44:02:01:11、HLA-B*44:02:01:12、HLA-B*44:02:01:13、HLA-B*44:02:01:14、HLA-B*44:02:01:15、HLA-B*44:02:01:16、HLA-B*44:02:01:17、HLA-B*44:02:01:18、HLA-B*44:02:01:19、HLA-B*44:02:01:20、HLA-B*44:02:01:21、HLA-B*44:02:01:22、HLA-B*44:02:01:23、HLA-B*44:02:01:24、HLA-B*44:02:01:25、HLA-B*44:02:01:26、HLA-B*44:02:01:27、HLA-B*44:02:01:28、HLA-B*44:02:01:29、HLA-B*44:02:01:30、HLA-B*44:02:01:31、HLA-B*44:02:01:32、HLA-B*44:02:01:33、HLA-B*44:02:01:34、HLA-B*44:02:01:35、HLA-B*44:02:01:36、HLA-B*44:02:01:37、HLA-B*44:02:01:38、HLA-B*44:02:01:39、HLA-B*44:02:01:40、HLA-B*44:02:01:41、HLA-B*44:02:01:42、HLA-B*44:02:01:43、HLA-B*44:02:01:44、HLA-B*44:02:01:45、HLA-B*44:02:01:46、HLA-B*44:02:01:47、HLA-B*44:02:01:48、HLA-B*44:02:01:49、HLA-B*44:02:01:50、HLA-B*44:02:01:51、HLA-B*44:02:01:52、HLA-B*44:02:02、HLA-B*44:02:03、HLA-B*44:02:04、HLA-B*44:02:05、HLA-B*44:02:06、HLA-B*44:02:07、HLA-B*44:02:08、HLA-B*44:02:09、HLA-B*44:02:10、HLA-B*44:02:11、HLA-B*44:02:12、HLA-B*44:02:13、HLA-B*44:02:14、HLA-B*44:02:15、HLA-B*44:02:16、HLA-B*44:02:17、HLA-B*44:02:18、HLA-B*44:02:19、HLA-B*44:02:20、HLA-B*44:02:21、HLA-B*44:02:22、HLA-B*44:02:23、HLA-B*44:02:24、HLA-B*44:02:25、HLA-B*44:02:26、HLA-B*44:02:27、HLA-B*44:02:28、HLA-B*44:02:29、HLA-B*44:02:30、HLA-B*44:02:31、HLA-B*44:02:32、HLA-B*44:02:33、HLA-B*44:02:34、HLA-B*44:02:35、HLA-B*44:02:36、HLA-B*44:02:37、HLA-B*44:02:38、HLA-B*44:02:39、HLA-B*44:02:40、HLA-B*44:02:41、HLA-B*44:02:42、HLA-B*44:02:43、HLA-B*44:02:44、HLA-B*44:02:45、HLA-B*44:02:46、HLA-B*44:02:47、HLA-B*44:02:48、HLA-B*44:02:49:01、HLA-B*44:02:49:02、HLA-B*44:02:50、HLA-B*44:02:51、HLA-B*44:02:52、HLA-B*44:02:53、HLA-B*44:02:54、HLA-B*44:02:55、HLA-B*44:02:56、HLA-B*44:02:57、HLA-B*44:02:58、HLA-B*44:02:59、HLA-B*44:02:60、HLA-B*44:02:61、HLA-B*44:02:62、HLA-B*44:02:63、HLA-B*44:02:64、HLA-B*44:02:65、HLA-B*44:02:66、HLA-B*44:02:67、HLA-B*44:02:68、HLA-B*44:02:69、HLA-B*44:02:70、HLA-B*44:02:71、HLA-B*44:02:72、HLA-B*44:02:73、HLA-B*44:02:74、HLA-B*44:02:75、HLA-B*44:03:01:01、HLA-B*44:03:01:02、HLA-B*44:03:01:03、HLA-B*44:03:01:04、HLA-B*44:03:01:05、HLA-B*44:03:01:06、HLA-B*44:03:01:07、HLA-B*44:03:01:08、HLA-B*44:03:01:09、HLA-B*44:03:01:10、HLA-B*44:03:01:11、HLA-B*44:03:01:12、HLA-B*44:03:01:13、HLA-B*44:03:01:14、HLA-B*44:03:01:15、HLA-B*44:03:01:16、HLA-B*44:03:01:17、HLA-B*44:03:01:18、HLA-B*44:03:01:19、HLA-B*44:03:01:20、HLA-B*44:03:01:21、HLA-B*44:03:01:22、HLA-B*44:03:01:23、HLA-B*44:03:01:24、HLA-B*44:03:01:25、HLA-B*44:03:01:26、HLA-B*44:03:01:27、HLA-B*44:03:01:28、HLA-B*44:03:01:29、HLA-B*44:03:01:30、HLA-B*44:03:01:31、HLA-B*44:03:01:32、HLA-B*44:03:01:33、HLA-B*44:03:01:34、HLA-B*44:03:01:35、HLA-B*44:03:01:36、HLA-B*44:03:01:37、HLA-B*44:03:01:38、HLA-B*44:03:01:39、HLA-B*44:03:01:40、HLA-B*44:03:01:41、HLA-B*44:03:01:42、HLA-B*44:03:01:43、HLA-B*44:03:02:01、HLA-B*44:03:02:02、HLA-B*44:03:02:03、HLA-B*44:03:03、HLA-B*44:03:04、HLA-B*44:03:05、HLA-B*44:03:06、HLA-B*44:03:07、HLA-B*44:03:08、HLA-B*44:03:09、HLA-B*44:03:10、HLA-B*44:03:11、HLA-B*44:03:12、HLA-B*44:03:13、HLA-B*44:03:14、HLA-B*44:03:15、HLA-B*44:03:16、HLA-B*44:03:17、HLA-B*44:03:18、HLA-B*44:03:19、HLA-B*44:03:20、HLA-B*44:03:21、HLA-B*44:03:22、HLA-B*44:03:23、HLA-B*44:03:24、HLA-B*44:03:25、HLA-B*44:03:26、HLA-B*44:03:27、HLA-B*44:03:28、HLA-B*44:03:29、HLA-B*44:03:30、HLA-B*44:03:31、HLA-B*44:03:32、HLA-B*44:03:33、HLA-B*44:03:34、HLA-B*44:03:35、HLA-B*44:03:36、HLA-B*44:03:37、HLA-B*44:03:38、HLA-B*44:03:39、HLA-B*44:03:40、HLA-B*44:03:41、HLA-B*44:03:42、HLA-B*44:03:43、HLA-B*44:03:44、HLA-B*44:03:45、HLA-B*44:03:46、HLA-B*44:03:47、HLA-B*44:03:48、HLA-B*44:03:49、HLA-B*44:03:50、HLA-B*44:03:51、HLA-B*44:03:52、HLA-B*44:03:53、HLA-B*44:03:54、HLA-B*44:03:55、HLA-B*44:03:56、HLA-B*44:03:57、HLA-B*44:03:58、HLA-B*44:04、HLA-B*44:05:01:01、HLA-B*44:05:01:02、HLA-B*44:05:01:03、HLA-B*44:05:01:04、HLA-B*44:05:02、HLA-B*44:05:03、HLA-B*44:05:04、HLA-B*44:05:05、HLA-B*44:06、HLA-B*44:07、HLA-B*44:08、HLA-B*44:09、HLA-B*44:10、HLA-B*44:11、HLA-B*44:12、HLA-B*44:13、HLA-B*44:14、HLA-B*44:15:01:01、HLA-B*44:15:01:02、HLA-B*44:16、HLA-B*44:17、HLA-B*44:18:01:01、HLA-B*44:18:01:02、HLA-B*44:19 19 HLA-B*44:20、HLA-B*44:21、HLA-B*44:22、HLA-B*44:23:01:01、HLA-B*44:23:01:02、HLA-B*44:24、HLA-B*44:25、HLA-B*44:26、HLA-B*44:27:01:01、HLA-B*44:27:01:02、HLA-B*44:27:01:03、HLA-B*44:27:02、HLA-B*44:27:03、HLA-B*44:27:04、HLA-B*44:28:01、HLA-B*44:28:02、HLA-B*44:29、HLA-B*44:30、HLA-B*44:31、HLA-B*44:32、HLA-B*44:33、HLA-B*44:34:01、HLA-B*44:34:02、HLA-B*44:35、HLA-B*44:36、HLA-B*44:37:01、HLA-B*44:37:02、HLA-B*44:38、HLA-B*44:39、HLA-B*44:40、HLA-B*44:41:01、HLA-B*44:41:02、HLA-B*44:42、HLA-B*44:43:01、HLA-B*44:43:02、HLA-B*44:44、HLA-B*44:45、HLA-B*44:46:01、HLA-B*44:46:02、HLA-B*44:47、HLA-B*44:48、HLA-B*44:49、HLA-B*44:50:01、HLA-B*44:50:02、HLA-B*44:50:03、HLA-B*44:51、HLA-B*44:52、HLA-B*44:53:01、HLA-B*44:53:02、HLA-B*44:54、HLA-B*44:55、HLA-B*44:56、HLA-B*44:57、HLA-B*44:58 74、HLA-B*44:59:01、HLA-B*44:59:02、HLA-B*44:60、HLA-B*44:61 45 HLA-B*44:62、HLA-B*44:63、HLA-B*44:64:01、HLA-B*44:64:02、HLA-B*44:65、HLA-B*44:66、HLA-B*44:67、HLA-B*44:68、HLA-B*44:69:01、HLA-B*44:69:02、HLA-B*44:70、HLA-B*44:71、HLA-B*44:72、HLA-B*44:73、HLA-B*44:74、HLA-B*44:75、HLA-
B*44:76、HLA-B*44:77、HLA-B*44:78、HLA-B*44:79:01、HLA-B*44:79:02、HLA-B*44:80、HLA-B*44:81、HLA-B*44:82、HLA-B*44:83、HLA-B*44:84:01、HLA-B*44:84:02、HLA-B*44:85:01、HLA-B*44:85:02、HLA-B*44:86、HLA-B*44:87、HLA-B*44:88、HLA-B*44:89、HLA-B*44:90、HLA-B*44:91、HLA-B*44:92、HLA-B*44:93、HLA-B*44:94、HLA-B*44:95、HLA-B*44:96、HLA-B*44:97、HLA-B*44:98、HLA-B*44:99、HLA-B*44:100、HLA-B*44:101、HLA-B*44:102、HLA-B*44:103、HLA-B*44:104、HLA-B*44:105、HLA-B*44:106、HLA-B*44:107、HLA-B*44:108、HLA-B*44:109、HLA-B*44:110、HLA-B*44:111、HLA-B*44:112、HLA-B*44:113、HLA-B*44:114、HLA-B*44:115、HLA-B*44:116、HLA-B*44:117、HLA-B*44:118、HLA-B*44:119、HLA-B*44:120、HLA-B*44:121、HLA-B*44:122、HLA-B*44:123、HLA-B*44:124、HLA-B*44:125、HLA-B*44:126:01、HLA-B*44:126:02、HLA-B*44:127、HLA-B*44:128:01、HLA-B*44:128:02、HLA-B*44:129、HLA-B*44:130、HLA-B*44:131、HLA-B*44:132、HLA-B*44:133、HLA-B*44:134、HLA-B*44:135、HLA-B*44:136、HLA-B*44:137、HLA-B*44:138、HLA-B*44:139、HLA-B*44:140、HLA-B*44:141、HLA-B*44:142、HLA-B*44:143、HLA-B*44:144、HLA-B*44:145、HLA-B*44:146、HLA-B*44:147、HLA-B*44:148、HLA-B*44:149 95、HLA-B*44:150、HLA-B*44:151、HLA-B*44:152、HLA-B*44:153、HLA-B*44:154、HLA-B*44:155、HLA-B*44:156、HLA-B*44:157、HLA-B*44:158、HLA-B*44:159、HLA-B*44:160、HLA-B*44:161、HLA-B*44:162、HLA-B*44:163:01、HLA-B*44:163:02、HLA-B*44:164、HLA-B*44:165、HLA-B*44:166、HLA-B*44:167、HLA-B*44:168、HLA-B*44:169、HLA-B*44:170、HLA-B*44:171 62、HLA-B*44:172、HLA-B*44:173、HLA-B*44:174、HLA-B*44:175、HLA-B*44:176、HLA-B*44:177、HLA-B*44:178、HLA-B*44:179、HLA-B*44:180、HLA-B*44:181、HLA-B*44:182、HLA-B*44:183、HLA-B*44:184、HLA-B*44:185、HLA-B*44:186:01、HLA-B*44:186:02、HLA-B*44:187、HLA-B*44:188、HLA-B*44:189、HLA-B*44:190、HLA-B*44:191、HLA-B*44:192:01、HLA-B*44:192:02、HLA-B*44:192:03、HLA-B*44:192:04、HLA-B*44:193、HLA-B*44:194:01、HLA-B*44:194:02、HLA-B*44:195、HLA-B*44:196、HLA-B*44:197、HLA-B*44:198、HLA-B*44:199、HLA-B*44:200、HLA-B*44:201、HLA-B*44:202、HLA-B*44:203:01、HLA-B*44:203:02、HLA-B*44:204:01、HLA-B*44:204:02、HLA-B*44:205:01、HLA-B*44:205:02、HLA-B*44:206、HLA-B*44:207、HLA-B*44:208、HLA-B*44:209、HLA-B*44:210:01、HLA-B*44:210:02、HLA-B*44:211、HLA-B*44:212、HLA-B*44:213、HLA-B*44:214、HLA-B*44:215、HLA-B*44:216、HLA-B*44:217、HLA-B*44:218、HLA-B*44:219、HLA-B*44:220、HLA-B*44:221、HLA-B*44:222、HLA-B*44:223、HLA-B*44:224、HLA-B*44:225、HLA-B*44:226、HLA-B*44:227、HLA-B*44:228、HLA-B*44:229、HLA-B*44:230、HLA-B*44:231、HLA-B*44:232、HLA-B*44:233、HLA-B*44:234、HLA-B*44:235、HLA-B*44:236、HLA-B*44:237、HLA-B*44:238、HLA-B*44:239、HLA-B*44:240、HLA-B*44:241、HLA-B*44:242、HLA-B*44:243、HLA-B*44:244、HLA-B*44:245、HLA-B*44:247、HLA-B*44:248、HLA-B*44:249、HLA-B*44:250、HLA-B*44:251、HLA-B*44:252、HLA-B*44:253、HLA-B*44:254、HLA-B*44:255、HLA-B*44:256、HLA-B*44:257、HLA-B*44:258、HLA-B*44:259、HLA-B*44:260、HLA-B*44:261、HLA-B*44:262、HLA-B*44:263、HLA-B*44:264、HLA-B*44:265、HLA-B*44:266:01、HLA-B*44:266:02、HLA-B*44:267、HLA-B*44:268、HLA-B*44:269、HLA-B*44:270:01、HLA-B*44:270:02、HLA-B*44:271、HLA-B*44:272、HLA-B*44:273、HLA-B*44:274、HLA-B*44:275、HLA-B*44:276、HLA-B*44:277、HLA-B*44:278、HLA-B*44:279、HLA-B*44:280、HLA-B*44:281:01、HLA-B*44:281:02、HLA-B*44:282、HLA-B*44:283、HLA-B*44:284、HLA-B*44:285、HLA-B*44:286、HLA-B*44:287、HLA-B*44:288、HLA-B*44:289、HLA-B*44:290、HLA-B*44:291、HLA-B*44:292、HLA-B*44:293、HLA-B*44:294、HLA-B*44:295、HLA-B*44:296、HLA-B*44:297、HLA-B*44:298、HLA-B*44:299、HLA-B*44:300、HLA-B*44:301、HLA-B*44:302、HLA-B*44:303、HLA-B*44:304、HLA-B*44:305、HLA-B*44:306 7、HLA-B*44:307、HLA-B*44:308、HLA-B*44:309、HLA-B*44:310、HLA-B*44:311、HLA-B*44:312、HLA-B*44:313、HLA-B*44:314、HLA-B*44:315、HLA-B*44:316、HLA-B*44:317、HLA-B*44:318、HLA-B*44:319、HLA-B*44:320、HLA-B*44:321、HLA-B*44:322、HLA-B*44:323、HLA-B*44:324、HLA-B*44:325、HLA-B*44:326、HLA-B*44:327、HLA-B*44:328 79、HLA-B*44:329、HLA-B*44:330、HLA-B*44:331、HLA-B*44:332、HLA-B*44:333、HLA-B*44:334、HLA-B*44:335、HLA-B*44:336、HLA-B*44:337、HLA-B*44:338、HLA-B*44:339、HLA-B*44:340、HLA-B*44:341、HLA-B*44:342、HLA-B*44:343、HLA-B*44:344、HLA-B*44:345、HLA-B*44:346、HLA-B*44:437、HLA-B*44:438、HLA-B*44:439、HLA-B*44:440、HLA-B*44:441、HLA-B*44:442、HLA-B*44:443、HLA-B*44:444、HLA-B*44:445、HLA-B*44:446、HLA-B*44:447、HLA-B*44:448、HLA-B*44:449 76 HLA-B*44:450、HLA-B*44:451、HLA-B*44:452、HLA-B*44:453、HLA-B*44:454、HLA-B*44:455、HLA-B*44:456、HLA-B*44:457、HLA-B*44:458、HLA-B*44:459、HLA-B*44:460、HLA-B*44:461、HLA-B*44:462、HLA-B*44:463、HLA-B*44:464:01:01、HLA-B*44:464:01:02、HLA-B*44:465、HLA-B*44:467、HLA-B*44:468、HLA-B*44:469、HLA-B*44:470、HLA-B*44:471、HLA-B*44:472、HLA-B*44:473、HLA-B*44:474、HLA-B*44:475、HLA-B*44:476、HLA-B*44:477、HLA-B*44:478、HLA-B*44:479、HLA-B*44:480、HLA-B*44:481、HLA-B*44:482、HLA-B*44:483、HLA-B*44:484、HLA-B*44:485、HLA-B*44:486、HLA-B*44:487、HLA-B*44:488、HLA-B*44:489、HLA-B*44:490、HLA-B*44:491、HLA-B*44:492、HLA-B*44:493、HLA-B*44:494、HLA-B*44:495、HLA-B*44:496、HLA-B*44:497、HLA-B*44:498、HLA-B*44:499、HLA-B*44:500、HLA-B*44:501、HLA-B*44:502、HLA-B*44:503、HLA-B*44:504、HLA-B*44:505、HLA-B*44:506、HLA-B*44:507、HLA-B*44:508、HLA-B*44:509、HLA-B*44:510、HLA-B*44:511、HLA-B*44:512、HLA-B*44:513、HLA-B*44:514、HLA-B*44:515、HLA-B*44:516、HLA-B*44:517、HLA-B*44:518、HLA-B*44:519、HLA-B*44:520、HLA-B*44:521、HLA-B*44:522、HLA-B*44:523、及びHLA-B*44:524から選択されるHLA-B対立遺伝子である。
【0121】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*51:01:01:01、HLA-B*51:01:01:02、HLA-B*51:01:01:03、HLA-B*51:01:01:04、HLA-B*51:01:01:05、HLA-B*51:01:01:06、HLA-B*51:01:01:07、HLA-B*51:01:01:08、HLA-B*51:01:01:09、HLA-B*51:01:01:10、HLA-B*51:01:01:11、HLA-B*51:01:01:12、HLA-B*51:01:01:13、HLA-B*51:01:01:14、HLA-B*51:01:01:15、HLA-B*51:01:01:16、HLA-B*51:01:01:17、HLA-B*51:01:01:18、HLA-B*51:01:01:19、HLA-B*51:01:01:20、HLA-B*51:01:01:21、HLA-B*51:01:01:22、HLA-B*51:01:01:23、HLA-B*51:01:01:24、HLA-B*51:01:01:25、HLA-B*51:01:01:26、HLA-B*51:01:01:27、HLA-B*51:01:01:28、HLA-B*51:01:01:29、HLA-B*51:01:01:30、HLA-B*51:01:01:31、HLA-B*51:01:01:32、HLA-B*51:01:01:33、HLA-B*51:01:01:34、HLA-B*51:01:01:35、HLA-B*51:01:01:36、HLA-B*51:01:01:37、HLA-B*51:01:01:38、HLA-B*51:01:01:39、HLA-B*51:01:01:40、HLA-B*51:01:01:41、HLA-B*51:01:01:42、HLA-B*51:01:01:43、HLA-B*51:01:01:44、HLA-B*51:01:01:45、HLA-B*51:01:01:46、HLA-B*51:01:01:47、HLA-B*51:01:01:48、HLA-B*51:01:01:49、HLA-B*51:01:01:50、HLA-B*51:01:01:51、HLA-B*51:01:01:52、HLA-B*51:01:01:53、HLA-B*51:01:01:54、HLA-B*51:01:01:55、HLA-B*51:01:01:56、HLA-B*51:01:01:57、HLA-B*51:01:01:58、HLA-B*51:01:01:59、HLA-B*51:01:01:60、HLA-B*51:01:01:61、HLA-B*51:01:01:62、HLA-B*51:01:01:63、HLA-B*51:01:01:64、HLA-B*51:01:01:65、HLA-B*51:01:01:66、HLA-B*51:01:01:67、HLA-B*51:01:01:68、HLA-B*51:01:01:69、HLA-B*51:01:01:70、HLA-B*51:01:01:71、HLA-B*51:01:01:72、HLA-B*51:01:01:73、HLA-B*51:01:01:74、HLA-B*51:01:01:75、HLA-B*51:01:01:76、HLA-B*51:01:01:77、HLA-B*51:01:01:78、HLA-B*51:01:02:01、HLA-B*51:01:02:02、HLA-B*51:01:03、HLA-B*51:01:04、HLA-B*51:01:05、HLA-B*51:01:06、HLA-B*51:01:07、HLA-B*51:01:08、HLA-B*51:01:09、HLA-B*51:01:10、HLA-B*51:01:11、HLA-B*51:01:12、HLA-B*51:01:13、HLA-B*51:01:14、HLA-B*51:01:15、HLA-B*51:01:16、HLA-B*51:01:17、HLA-B*51:01:18、HLA-B*51:01:19、HLA-B*51:01:20、HLA-B*51:01:21、HLA-B*51:01:22、HLA-B*51:01:23、HLA-B*51:01:24、HLA-B*51:01:25、HLA-B*51:01:26、HLA-B*51:01:27、HLA-B*51:01:28、HLA-B*51:01:29、HLA-B*51:01:30、HLA-B*51:01:31、HLA-B*51:01:32、HLA-B*51:01:33、HLA-B*51:01:34、HLA-B*51:01:35、HLA-B*51:01:36、HLA-B*51:01:37、HLA-B*51:01:38、HLA-B*51:01:39、HLA-B*51:01:40、HLA-B*51:01:41、HLA-B*51:01:42、HLA-B*51:01:43、HLA-B*51:01:44、HLA-B*51:01:45、HLA-B*51:01:46、HLA-B*51:01:47、HLA-B*51:01:48、HLA-B*51:01:49、HLA-B*51:01:50、HLA-B*51:01:51、HLA-B*51:01:52、HLA-B*51:01:53、HLA-B*51:01:54、HLA-B*51:01:55、HLA-B*51:01:56、HLA-B*51:01:57、HLA-B*51:01:58、HLA-B*51:01:59、HLA-B*51:01:60、HLA-B*51:01:61、HLA-B*51:01:62、HLA-B*51:01:63、HLA-B*51:01:64、HLA-B*51:01:65、HLA-B*51:01:66、HLA-B*51:01:67、HLA-B*51:01:68、HLA-B*51:01:69、HLA-B*51:01:70、HLA-B*51:01:71、HLA-B*51:01:72、HLA-B*51:01:73、HLA-B*51:01:74、HLA-B*51:01:75、HLA-B*51:01:76、HLA-B*51:01:77、HLA-B*51:01:78、HLA-B*51:01:79、HLA-B*51:01:80、HLA-B*51:01:81、HLA-B*51:01:82、HLA-B*51:01:83、HLA-B*51:01:84、HLA-B*51:01:85、HLA-B*51:01:86、HLA-B*51:01:87、HLA-B*51:01:88、HLA-B*51:01:89、HLA-B*51:01:90、HLA-B*51:01:91、HLA-B*51:01:92、HLA-B*51:02:01:01、HLA-B*51:02:01:02、HLA-B*51:02:01:03、HLA-B*51:02:02、HLA-B*51:02:03、HLA-B*51:02:04、HLA-B*51:02:05、HLA-B*51:02:06、HLA-B*51:02:07、HLA-B*51:03、HLA-B*51:04:01、HLA-B*51:04:02、HLA-B*51:05、HLA-B*51:06:01:01、HLA-B*51:06:01:02、HLA-B*51:06:01:03、HLA-B*51:06:02、HLA-B*51:06:03、HLA-B*51:06:04、HLA-B*51:07:01、HLA-B*51:07:02、HLA-B*51:08:01:01、HLA-B*51:08:01:02、HLA-B*51:08:01:03、HLA-B*51:08:01:04、HLA-B*51:08:02、HLA-B*51:08:03、HLA-B*51:08:04、HLA-B*51:08:05、HLA-B*51:09:01、HLA-B*51:09:02、HLA-B*51:09:03、HLA-B*51:10、HLA-B*51:11、HLA-B*51:12、HLA-B*51:13:01、HLA-B*51:13:02、HLA-B*51:14、HLA-B*51:15、HLA-B*51:16、HLA-B*51:17、HLA-B*51:18、HLA-B*51:19、HLA-B*51:20、HLA-B*51:21、HLA-B*51:22、HLA-B*51:23、HLA-B*51:24:01、HLA-B*51:24:02、HLA-B*51:24:03、HLA-B*51:24:04、HLA-B*51:24:05、HLA-B*51:26、HLA-B*51:27、HLA-B*51:28、HLA-B*51:29、HLA-B*51:30、HLA-B*51:31、HLA-B*51:32、HLA-B*51:33、HLA-B*51:34、HLA-B*51:35、HLA-B*51:36、HLA-B*51:37、HLA-B*51:38、HLA-B*51:39、HLA-B*51:40、HLA-B*51:41 74、HLA-B*51:42、HLA-B*51:43、HLA-B*51:44 64、HLA-B*51:45、HLA-B*51:46、HLA-B*51:48、HLA-B*51:49、HLA-B*51:50、HLA-B*51:51、HLA-B*51:52、HLA-B*51:53、HLA-B*51:54、HLA-B*51:55、HLA-B*51:56:01、HLA-B*51:56:02、HLA-B*51:56:03、HLA-B*51:57、HLA-B*51:58、HLA-B*51:59、HLA-B*51:60、HLA-B*51:61:01、HLA-B*51:61:02、HLA-B*51:62、HLA-B*51:63:01、HLA-B*51:63:02、HLA-B*51:64、HLA-B*51:65、HLA-B*51:66、HLA-B*51:67、HLA-B*51:68、HLA-B*51:69、HLA-B*51:70、HLA-B*51:71、HLA-B*51:72、HLA-B*51:73、HLA-B*51:74、HLA-B*51:75、HLA-B*51:76、HLA-B*51:77、HLA-B*51:78:01、HLA-B*51:78:02、HLA-B*51:79、HLA-B*51:80、HLA-B*51:81、HLA-B*51:82、HLA-B*51:83、HLA-B*51:84、HLA-B*51:85、HLA-B*51:86、HLA-B*51:87、HLA-B*51:88、HLA-B*51:89、HLA-B*51:90、HLA-B*51:91、HLA-B*51:92:01、HLA-B*51:92:02、HLA-B*51:93、HLA-B*51:94、HLA-B*51:95、HLA-B*51:96、HLA-B*51:97、HLA-B*51:98 18 HLA-B*51:99、HLA-B*51:100、HLA-B*51:101、HLA-B*51:102、HLA-B*51:103、HLA-B*51:104:01、HLA-B*51:104:02、HLA-B*51:105、HLA-B*51:106:01、HLA-B*51:106:02、HLA-B*51:107、HLA-B*51:108、HLA-B*51:109、HLA-B*51:110 84 HLA-B*51:111、HLA-B*51:112、HLA-B*51:113、HLA-B*51:114、HLA-B*51:115、HLA-B*51:116、HLA-B*51:117、HLA-B*51:118、HLA-B*51:119、HLA-B*51:120、HLA-B*51:121、HLA-B*51:122、HLA-B*51:123、HLA-B*51:124、HLA-B*51:125、HLA-B*51:126、HLA-B*51:127、HLA-B*51:128、HLA-B*51:129、HLA-B*51:130、HLA-B*51:131、HLA-B*51:132、HLA-B*51:133、HLA-B*51:134、HLA-B*51:135、HLA-B*51:136、HLA-B*51:137、HLA-B*51:138、HLA-B*51:13
9、HLA-B*51:140、HLA-B*51:141、HLA-B*51:142、HLA-B*51:143、HLA-B*51:144、HLA-B*51:145、HLA-B*51:146、HLA-B*51:147、HLA-B*51:148、HLA-B*51:149、HLA-B*51:150、HLA-B*51:151、HLA-B*51:152、HLA-B*51:153、HLA-B*51:154、HLA-B*51:155、HLA-B*51:156、HLA-B*51:157、HLA-B*51:158:01、HLA-B*51:158:02、HLA-B*51:159、HLA-B*51:160、HLA-B*51:161、HLA-B*51:162:01、HLA-B*51:162:02、HLA-B*51:163、HLA-B*51:164、HLA-B*51:165、HLA-B*51:166、HLA-B*51:167、HLA-B*51:168、HLA-B*51:169、HLA-B*51:170、HLA-B*51:171、HLA-B*51:172、HLA-B*51:173、HLA-B*51:174:01、HLA-B*51:174:02、HLA-B*51:175、HLA-B*51:176、HLA-B*51:177、HLA-B*51:178 57、HLA-B*51:179、HLA-B*51:180、HLA-B*51:181、HLA-B*51:182、HLA-B*51:183、HLA-B*51:184 31、HLA-B*51:185、HLA-B*51:186、HLA-B*51:187、HLA-B*51:188、HLA-B*51:189、HLA-B*51:190、HLA-B*51:191、HLA-B*51:192、HLA-B*51:193、HLA-B*51:194、HLA-B*51:195、HLA-B*51:196、HLA-B*51:197、HLA-B*51:198、HLA-B*51:199、HLA-B*51:200、HLA-B*51:201、HLA-B*51:202、HLA-B*51:203、HLA-B*51:204:01、HLA-B*51:204:02、HLA-B*51:205、HLA-B*51:206、HLA-B*51:207、HLA-B*51:208、HLA-B*51:209、HLA-B*51:210、HLA-B*51:211、HLA-B*51:212、HLA-B*51:213、HLA-B*51:214、HLA-B*51:215、HLA-B*51:216、HLA-B*51:217、HLA-B*51:218、HLA-B*51:219、HLA-B*51:220、HLA-B*51:221、HLA-B*51:222、HLA-B*51:223、HLA-B*51:224、HLA-B*51:225、HLA-B*51:226、HLA-B*51:227、HLA-B*51:228、HLA-B*51:229、HLA-B*51:230:01:01、HLA-B*51:230:01:02、HLA-B*51:230:01:03、HLA-B*51:231、HLA-B*51:232:01、HLA-B*51:232:02、HLA-B*51:233、HLA-B*51:234、HLA-B*51:235、HLA-B*51:236、HLA-B*51:237:01、HLA-B*51:237:02、HLA-B*51:238、HLA-B*51:239、HLA-B*51:240、HLA-B*51:241、HLA-B*51:242、HLA-B*51:243、HLA-B*51:244、HLA-B*51:245 64 HLA-B*51:246、HLA-B*51:247、HLA-B*51:248、HLA-B*51:249、HLA-B*51:250、HLA-B*51:251、HLA-B*51:252、HLA-B*51:253、HLA-B*51:254、HLA-B*51:255、HLA-B*51:256、HLA-B*51:257、HLA-B*51:258、HLA-B*51:259、HLA-B*51:260、HLA-B*51:261、HLA-B*51:262、HLA-B*51:263、HLA-B*51:264、HLA-B*51:265、HLA-B*51:266、HLA-B*51:267、HLA-B*51:268、HLA-B*51:269、HLA-B*51:270、HLA-B*51:271、HLA-B*51:272、HLA-B*51:273、HLA-B*51:274、HLA-B*51:275、HLA-B*51:276、HLA-B*51:277、HLA-B*51:278、HLA-B*51:279、HLA-B*51:280、HLA-B*51:281、HLA-B*51:282、HLA-B*51:283、HLA-B*51:284、HLA-B*51:285、HLA-B*51:286、HLA-B*51:287、HLA-B*51:288、HLA-B*51:289、HLA-B*51:290、HLA-B*51:291、HLA-B*51:292、HLA-B*51:293、HLA-B*51:294、HLA-B*51:295、HLA-B*51:296、HLA-B*51:297、HLA-B*51:298、HLA-B*51:299、HLA-B*51:300、HLA-B*51:301、HLA-B*51:302、HLA-B*51:303、HLA-B*51:304、HLA-B*51:305、HLA-B*51:306、HLA-B*51:307、HLA-B*51:308、HLA-B*51:309、HLA-B*51:310、HLA-B*51:311、HLA-B*51:312、HLA-B*51:313、HLA-B*51:314、HLA-B*51:315、HLA-B*51:316、HLA-B*51:317、HLA-B*51:318、HLA-B*51:319、HLA-B*51:320、HLA-B*51:321、HLA-B*51:322、HLA-B*51:323、HLA-B*51:324、HLA-B*51:325、HLA-B*51:326、HLA-B*51:327、HLA-B*51:328、HLA-B*51:329、HLA-B*51:330、HLA-B*51:331、HLA-B*51:332、HLA-B*51:333、HLA-B*51:334、HLA-B*51:335、HLA-B*51:336、HLA-B*51:337、HLA-B*51:338、HLA-B*51:339、HLA-B*51:340、HLA-B*51:341、HLA-B*51:342、HLA-B*51:343、HLA-B*51:344 31、及びHLA-B*51:345から選択されるHLA-B対立遺伝子である。
【0122】
いくつかの態様では、HLA分子はHLA-B*58:01:01:01、HLA-B*58:01:01:02、HLA-B*58:01:01:03、HLA-B*58:01:01:04、HLA-B*58:01:01:05、HLA-B*58:01:01:06、HLA-B*58:01:01:07、HLA-B*58:01:01:08、HLA-B*58:01:01:09、HLA-B*58:01:01:10、HLA-B*58:01:01:11、HLA-B*58:01:01:12、HLA-B*58:01:01:13、HLA-B*58:01:02、HLA-B*58:01:03、HLA-B*58:01:04、HLA-B*58:01:05、HLA-B*58:01:06、HLA-B*58:01:07、HLA-B*58:01:08、HLA-B*58:01:09、HLA-B*58:01:10、HLA-B*58:01:11、HLA-B*58:01:12、HLA-B*58:01:13、HLA-B*58:01:14、HLA-B*58:01:15、HLA-B*58:01:16、HLA-B*58:01:17、HLA-B*58:01:18、HLA-B*58:01:19、HLA-B*58:01:20、HLA-B*58:01:21、HLA-B*58:01:22、HLA-B*58:01:23、HLA-B*58:01:24、HLA-B*58:01:25、HLA-B*58:01:26、HLA-B*58:01:27、HLA-B*58:01:28、HLA-B*58:01:29、HLA-B*58:01:30、HLA-B*58:01:31、HLA-B*58:01:32、HLA-B*58:01:33、HLA-B*58:01:34、HLA-B*58:01:35、HLA-B*58:01:36、HLA-B*58:01:37、HLA-B*58:01:38、HLA-B*58:01:39、HLA-B*58:02:01:01、HLA-B*58:02:01:02、HLA-B*58:02:01:03、HLA-B*58:02:02、HLA-B*58:04、HLA-B*58:05、HLA-B*58:06、HLA-B*58:07、HLA-B*58:08:01、HLA-B*58:08:02、HLA-B*58:09、HLA-B*58:10、HLA-B*58:11、HLA-B*58:12、HLA-B*58:13、HLA-B*58:14、HLA-B*58:15、HLA-B*58:16:01、HLA-B*58:16:02、HLA-B*58:17、HLA-B*58:18、HLA-B*58:19、HLA-B*58:20、HLA-B*58:21、HLA-B*58:22、HLA-B*58:23、HLA-B*58:24、HLA-B*58:25、HLA-B*58:26、HLA-B*58:27、HLA-B*58:28:01、HLA-B*58:28:02、HLA-B*58:29、HLA-B*58:31、HLA-B*58:32、HLA-B*58:33、HLA-B*58:34、HLA-B*58:35、HLA-B*58:36、HLA-B*58:37、HLA-B*58:38、HLA-B*58:39 45、HLA-B*58:40、HLA-B*58:41、HLA-B*58:42、HLA-B*58:43、HLA-B*58:44、HLA-B*58:45:01、HLA-B*58:45:02、HLA-B*58:46、HLA-B*58:47、HLA-B*58:48、HLA-B*58:49、HLA-B*58:50、HLA-B*58:51、HLA-B*58:52、HLA-B*58:53、HLA-B*58:54、HLA-B*58:55、HLA-B*58:56、HLA-B*58:57、HLA-B*58:58、HLA-B*58:59:01、HLA-B*58:59:02、HLA-B*58:60、HLA-B*58:61、HLA-B*58:62、HLA-B*58:63、HLA-B*58:64、HLA-B*58:65、HLA-B*58:66、HLA-B*58:67、HLA-B*58:68、HLA-B*58:69、HLA-B*58:70、HLA-B*58:71、HLA-B*58:72、HLA-B*58:73、HLA-B*58:74、HLA-B*58:75、HLA-B*58:76、HLA-B*58:77、HLA-B*58:78、HLA-B*58:79、HLA-B*58:80、HLA-B*58:81、HLA-B*58:82、HLA-B*58:83、HLA-B*58:84、HLA-B*58:85、HLA-B*58:86、HLA-B*58:87、HLA-B*58:88、HLA-B*58:89、HLA-B*58:90、HLA-B*58:91、HLA-B*58:92、HLA-B*58:93、HLA-B*58:94、HLA-B*58:95、HLA-B*58:96、HLA-B*58:97、HLA-B*58:98、HLA-B*58:99、HLA-B*58:100、HLA-B*58:101、HLA-B*58:102、HLA-B*58:103、HLA-B*58:104、HLA-B*58:105、HLA-B*58:106、HLA-B*58:107、HLA-B*58:108、HLA-B*58:109、HLA-B*58:110、HLA-B*58:111、HLA-B*58:112、HLA-B*58:113、HLA-B*58:114、HLA-B*58:115、HLA-B*58:116、HLA-B*58:117、HLA-B*58:118、HLA-B*58:119、HLA-B*58:120、HLA-B*58:121、HLA-B*58:122、HLA-B*58:123、HLA-B*58:124、HLA-B*58:125、HLA-B*58:126、HLA-B*58:127、HLA-B*58:128、HLA-B*58:129、HLA-B*58:130、HLA-B*58:131、HLA-B*58:132、HLA-B*58:133から選択されるHLA-B対立遺伝子である。
【0123】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B対立遺伝子である。いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットはHLA分子のFポケットである。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは、配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-B対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0124】
いくつかの態様では、置き換えられる元のアミノ酸はアラニンである。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシンである。いくつかの態様では、アミノ酸置換は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81Lである。
【0125】
II.A.3.HLA-C対立遺伝子
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLA-C対立遺伝子である。任意のHLA-C対立遺伝子を本開示の方法及び組成物にて使用することができる。いくつかの態様では、HLA-C対立遺伝子は、HLA-C*05:01対立遺伝子、HLA-C*05:03対立遺伝子、HLA-C*05:04対立遺伝子、HLA-C*05:05対立遺伝子、及びHLA-C*05:06対立遺伝子から選択される。特定の態様では、HLA-C対立遺伝子はHLA-C*05:01対立遺伝子である。特定の態様では、HLA-C対立遺伝子はHLA-C*05:03対立遺伝子である。特定の態様では、HLA-C対立遺伝子はHLA-C*05:04対立遺伝子である。特定の態様では、HLA-C対立遺伝子はHLA-C*05:05対立遺伝子である。特定の態様では、HLA-C対立遺伝子はHLA-C*05:06対立遺伝子である。
【0126】
いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-C対立遺伝子である。いくつかの態様では、修飾されたHLA結合ポケットはHLA分子のFポケットである。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-C対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1のアミノ酸残基79、アミノ酸残基80、アミノ酸残基81、アミノ酸残基82、またはアミノ酸残基83に対応する位置にてアミノ酸置換を含む。いくつかの態様では、本開示のHLA分子は修飾されたHLA結合ポケットを含み、その際、HLA分子はHLA-C対立遺伝子であり、修飾されたHLA結合ポケットは配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸残基81にてアミノ酸置換を含む。
【0127】
いくつかの態様では、置き換えられる元のアミノ酸はアラニンである。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸は、ロイシン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから成る群から選択される。いくつかの態様では、元のアミノ酸を置き換える新しいアミノ酸はロイシンである。いくつかの態様では、アミノ酸置換は配列番号1に示されるアミノ酸配列に対応するA81Lである。
【0128】
II.A.3.HLAクラスI結合ポケット
本開示の種々の態様は、修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子を対象とする。HLAクラスI分子は、A、B、C、D、E、Fの6つの結合ポケットを含む。本明細書で提示されているデータは、6つの結合ポケットの1以上にある1以上の残基のアミノ酸配列を修飾すると、標的抗原へのHLA分子の結合親和性を増強することができることを説明している。そうすることで、本開示は、多数の異なるHLA対立遺伝子に適用できる、HLA分子の抗原結合親和性を高める新規の方法を提供する。
【0129】
いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたFポケットを含む。いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたAポケットを含む。いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたBポケットを含む。いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたCポケットを含む。いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたDポケットを含む。いくつかの態様では、HLA分子は修飾されたEポケットを含む。
【0130】
いくつかの態様では、HLA分子の1を超えるHLA結合ポケットが修飾される。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたAポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたBポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたCポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたDポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたEポケットとを含む。
【0131】
いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたBポケットと(iii)修飾されたAポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたBポケットと(iii)修飾されたCポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたBポケットと(iii)修飾されたDポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたBポケットと(iii)修飾されたEポケットとを含む。
【0132】
いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたAポケットと(iii)修飾されたCポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたAポケットと(iii)修飾されたDポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたAポケットと(iii)修飾されたEポケットとを含む。
【0133】
いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたCポケットと(iii)修飾されたDポケットとを含む。いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたCポケットと(iii)修飾されたEポケットとを含む。
【0134】
いくつかの態様では、HLA分子は(i)修飾されたFポケットと(ii)修飾されたDポケットと(iii)修飾されたEポケットとを含む。
【0135】
II.B.がんの治療方法
本開示の特定の態様は、本明細書で開示されている核酸分子、本明細書で開示されている組換えTCR、本明細書で開示されている二重特異性TCR、本明細書で開示されているエピトープ、または本明細書で開示されているHLAクラスI分子、または上記のいずれかを含むベクターもしくは細胞を対象に投与することを含む、それを必要とする対象にてがんを治療する方法を対象とする。
【0136】
いくつかの態様では、がんは、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内の悪性黒色腫、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓癌または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせから選択される。いくつかの態様では、がんは黒色腫である。
【0137】
いくつかの態様では、がんは再発性である。いくつかの態様では、がんは難治性である。いくつかの態様では、がんは進行性である。いくつかの態様では、がんは転移性である。
【0138】
いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は対象にてがんを治療する。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法はがんの1以上の症状の重症度を軽減する。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法はがんに由来する腫瘍のサイズまたは数を減少させる。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は、本明細書で開示されている方法を提供されない対象と比べて、対象の全生存期間を延長する。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は、本明細書で開示されている方法を提供されない対象と比べて、対象の無増悪生存期間を延長する。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は、対象の部分寛解をもたらす。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は対象にて完全寛解をもたらす。
【0139】
いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は、本明細書に記載されている細胞を対象に投与することを含む、それを必要とする対象にてがんを治療することを含み、その際、細胞は、本明細書で開示されている核酸分子、本明細書で開示されているベクター、本明細書で開示されている組換えTCR、及び/または本明細書で開示されている二重特異性抗体を含む。いくつかの態様では、細胞はT細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はCD3を発現するように改変されている細胞である。
【0140】
いくつかの態様では、細胞、例えばT細胞は対象から得られる。いくつかの態様では、細胞、例えばT細胞は対象以外のドナーから得られる。
【0141】
いくつかの態様では、対象は細胞を投与することに先立って予め適切な状態に調整される。予め適切な状態に調整することは、T細胞の機能及び/または生存を促進する任意の物質を包含することができる。いくつかの態様では、予め適切な状態に調整することは、対象に化学療法、サイトカイン、タンパク質、小分子、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、予め適切な状態に調整することはインターロイキンを投与することを含む。いくつかの態様では、予め適切な状態に調整することは、IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-21、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。いくつかの態様では、予め適切な状態に調整することは、シクロホスファミド、フルダラビン、またはその双方を投与することを含む。いくつかの態様では、予め適切な状態に調整することは、ビタミンC、AKT阻害剤、ATRA(ベサノイド、トレチノイン)、ラパマイシン、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む。
【0142】
いくつかの態様では、本明細書で開示されている組成物(例えば、抗原-HLA複合体、修飾HLAを発現する細胞、または本明細書で開示されているワクチン)は免疫療法と併用して対象に投与される。特定のメカニズムに束縛されることなく、本開示によれば、HLA結合ポケットの修飾によって、抗原に対するHLAの親和性が増加し、それによって、修飾されたHLAを発現する細胞上の抗原の表面表示が増加する。この表面表示の増加によって、抗原に対する免疫反応が強化される。したがって、本明細書で開示されている修飾されたHLA分子は、免疫療法に対する免疫応答を増強するように作用することができる。
【0143】
どんな免疫療法も、本明細書で開示されている修飾されたHLA分子との併用投与から利益を得ることができる。本明細書で使用されるとき、「併用投与」とは、設定された期間内に少なくとも2つの治療法が施行されることを指す。いくつかの態様では、少なくとも2つの療法は同時に(例えば、同じ時に)施行される。いくつかの態様では、少なくとも2つの療法は連続して(例えば、1つずつ)施行される。いくつかの態様では、少なくとも2つの療法が同じ日に施行される。いくつかの態様では、少なくとも2つの療法が連続した日に施行される。いくつかの態様では、少なくとも2つの療法は同じ投与サイクル中に(例えば、免疫療法の処方された投与計画に従って)施行される。
【0144】
いくつかの態様では、免疫療法は、対象に複数の免疫細胞を投与することを含む(すなわち、免疫細胞療法または細胞ベースの療法)。免疫細胞療法は、がんを含む種々の病気を治療する有望な手段として台頭している。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、複数のT細胞、NK細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはそれらの任意の組合せを投与することを含む。いくつかの態様では、免疫細胞は改変される。いくつかの態様では、免疫細胞はキメラ抗原受容体(CAR)、異種T細胞受容体(TCR)、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせを発現するように改変される。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、操作されたT細胞を投与することを含み、その際、操作されたT細胞は、CAR、異種TCR、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む。いくつかの態様では、免疫細胞療法は、操作されたNK細胞を投与することを含み、その際、操作されたNK細胞は、CAR、異種TCR、操作されたTCR、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子を含む。
【0145】
いくつかの態様では、免疫療法は、CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、GITR、LAG-3、ガレクチン9、CEACAM-1、BTLA、CD69、ガレクチン-1、TIGIT、CD113、GPR56、VISTA、B7-H3、B7-H4、2B4、CD48、GARP、PD1H、LAIR1、メソテリン、CD27、CD96、TIM-1、TIM-3、及びTIM-4のようなT細胞活性化を阻害するタンパク質(例えば、免疫チェックポイント阻害剤)のアンタゴニスト(阻害剤または遮断剤)を含む。いくつかの態様では、免疫療法はPD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、CTLA-4阻害剤、LAG3阻害剤、TIM3阻害剤、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
【0146】
いくつかの態様では、免疫療法はがんワクチンを含む。
【0147】
いくつかの態様では、免疫療法は、PD-1またはPD-L1に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分を含む。いくつかの態様では、免疫療法は、ニボルマブ(OPDIVO(登録商標))及びペンブロリズマブ(KEYTRUDA(登録商標))から選択される抗PD-1抗体を含む。いくつかの態様では、免疫療法は、YERVOY(登録商標)(イピリムマブ)またはトレメリムマブ(CTLA-4に対して)、ガリキシマブ(B7.1に対して)、BMS-936558(PD-1に対して)、MK-3475(PD-1に対して)、アテゾリズマブ(TECENTRIQ(登録商標))、AMP224(B7DCに対して)、BMS-936559(B7-H1に対して)、MPDL3280A(B7-H1に対して)、MEDI-570(ICOSに対して)、AMG557(B7H2に対して)、MGA271(B7H3に対して)、IMP321(LAG-3に対して)、BMS-663513(CD137に対して)、PF-05082566(CD137に対して)、CDX-1127(CD27に対して)、抗OX40(Providence Health Services)、huMAbOX40L(OX40Lに対して)、アタシセプト(TACIに対して)、CP-870893(CD40に対して)、ルカツムマブ(CD40に対して)、ダセツズマブ(CD40に対して)、ムロモナブ-CD3(CD3に対して)、抗GITR抗体MK4166、TRX518、Medi1873、INBRX-110、LK2-145、GWN-323、GITRL-Fc、及びそれらの任意の組み合わせから選択される。
【0148】
いくつかの態様では、免疫療法は、B7-1、B7-2、B7-H1(PD-L1)、B7-DC(PD-L2)、B7-H2(ICOS-L)、B7-H3、B7-H4、B7-H5(VISTA)、及びB7-H6を含む膜結合リガンドのB7ファミリーのメンバー、またはB7ファミリーのメンバーに特異的に結合する共刺激性または共阻害性の受容体もしくはリガンドを標的とする(またはそれに特異的に結合する)薬剤を含む。いくつかの態様では、免疫療法は、B7-1、B7-2、CD28、4-1BB(CD137)、4-1BBL、GITR、ICOS、ICOS-L、OX40、OX40L、CD70、CD27、CD40、DR3、及びCD28HのようなT細胞活性化を刺激するタンパク質のアゴニストを含む。いくつかの態様では、免疫療法は、NK細胞上の阻害性受容体のアンタゴニストまたはNK細胞上の活性化受容体のアゴニスト、例えばKIRのアンタゴニスト(例えば、リリルマブ)を含む。
【0149】
いくつかの態様では、本明細書で開示されている組成物(例えば、抗原-HLA複合体、修飾HLAを発現する細胞、または本明細書で開示されているワクチン)は、別の抗癌剤、例えば、化学療法、サイトカイン、放射線療法、手術、またはそれらの任意の組み合わせと併用して対象に投与される。いくつかの態様では、追加の抗癌剤は、放射線療法及び/または、例えば、カンプトテシン(CPT-11)、5-フルオロウラシル(5-FU)、シスプラチン、ドキソルビシン、イリノテカン、パクリタキセル、ゲムシタビン、シスプラチン、パクリタキセル、カルボプラチン-パクリタキセル(タキソール)、ドキソルビシン、またはカンプトテシン+アポ21/TRAIL(6倍コンボ)を使用する化学療法、1以上のプロテアソーム阻害剤(例えば、ボルテゾミブまたはMG132)、1以上のBcl-2阻害剤(例えば、BH3I-2’(bcl-xl阻害剤)、インドールアミンジオキシゲナーゼ-1阻害剤(例えば、INCB24360、インドキシモド、NLG-919、またはF001287)、AT-101(R-(-)-ゴシポール誘導体)、ABT-263(小分子)、GX-15-070(オバトクラックス)、またはMCL-1(骨髄性白血病細胞分化タンパク質-1)アンタゴニスト)、iAP(アポトーシスタンパク質の阻害剤)アンタゴニスト(例えば、smac7、smac4、小分子smac模倣体、合成smacペプチド(Fulda et al.、Nat.Med.2002;8:808-15を参照のこと)、ISIS23722(LY2181308)、またはAEG-35156(GEM-640))、HDAC(ヒストン脱アセチル化酵素)阻害剤、抗CD20抗体(例えば、リツキシマブ)、血管新生阻害剤(例えば、ベバシズマブ)、VEGF及びVEGFRを標的とする抗血管新生剤(例えば、アバスチン)、合成トリテルペノイド(Hyer et al、Cancer Research,2005;65:4799-808を参照のこと)、c-FLIP(細胞性FLICE阻害性タンパク質)調節因子(例えば、PPARγ(ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ)の天然及び合成のリガンド、5809354または5569100)、キナーゼ阻害剤(例えば、ソラフェニブ)、トラスツズマブ、セツキシマブ、テムシロリムス、ラパマイシンやテムシロリムスのようなmTOR阻害剤、ボルテゾミブ、JAK2阻害剤、HSP90阻害剤、PI3K-AKT阻害剤、レナリルドミド、GSK3P阻害剤、IAP阻害剤及び/または遺伝毒性薬物から選択される治療を含む。
【0150】
いくつかの態様では、抗癌剤は1以上の抗増殖性細胞傷害剤を含む。いくつかの態様では、抗癌剤はアルキル化剤(限定しないでナイトロジェンマスタード、エチレンイミン誘導体、スルホン酸アルキル、ニトロソウレア及びトリアゼンを含む)を含む。いくつかの態様では、抗癌剤は、ウラシルマスタード、クロルメチン、シクロホスファミド(CYTOXAN(登録商標))、ホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、ピポブロマン、トリエチレンメラミン、トリエチレンチオホスホラミン、ブスルファン、カルムスチン、ロムスチン、ストレプトゾシン、ダカルバジン、テモゾロミド、及びそれらの任意の組み合わせを含む。
【0151】
いくつかの態様では、抗癌剤は、代謝拮抗物質(限定しないで葉酸アンタゴニスト、ピリミジン類似体、プリン類似体、及びアデノシンデアミナーゼ阻害剤を含む)を含む。いくつかの態様では、抗癌剤は、メソトレキセート、5-フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、リン酸フルダラビン、ペントスタチン、ゲムシタビン、及びそれらの任意の組み合わせを含む。
【0152】
いくつかの態様では、抗癌剤は、タキサン、パクリタキセル(例えば、TAXOL(商標))、ドセタキセル、ディスコデルモリド(DDM)、ジクチオスタチン(DCT)、ペロルシドA、エポチロン、エポチロンA、エポチロンB、エポチロンC、エポチロンD、エポチロンE、エポチロンF、フラノエポチロンD、デソキシエポチロンBl、[17]-デヒドロデソキシエポチロンB、[18]デヒドロデソキシエポチロンB、C12,13-シクロプロピル-エポチロンA、C6-C8架橋エポチロンA、トランス-9,10-デヒドロエポチロンD、シス-9,10-デヒドロエポチロンD、16-デスメチルエポチロンB、エポチロンBIO、ディスコデルモリド、パツピロン(EPO-906)、KOS-862、KOS-1584、ZK-EPO、ABJ-789、XAA296A(ディスコデルモリド)、TZT-1027(ソブリドチン)、ILX-651(塩酸タシドチン)、ハリコンドリンB、エリブリンメシル酸塩(E-7389)、ヘミアステリン(HTI-286)、E-7974、シプトフィシン、LY-355703、メイタンシノイド免疫複合体(DM-1)、MKC-1、ABT-751、Tl-38067、T-900607、SB-715992(イスピネシブ)、SB-743921、MK-0731、STA-5312、エレウセロビン、17β-アセトキシ-2-エトキシ-6-オキソ-B-ホモ-エストラ-1,3,5(10)-トリエン-3-オール、シクロストレプチン、イソラウリマリド、ラウリマリド、4-エピ-7-デヒドロキシ-14,16-ジデメチル-(+)-ディスコデルモリド、及び微小管安定化剤であるクリプトチロン1、及びそれらの任意の組み合わせを含む。
【0153】
いくつかの態様では、抗がん剤はリンパ球枯渇化学療法を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇化学療法は修飾された免疫細胞の前に投与される。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法はシクロホスファミドを含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法はフルダラビンを含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法はシクロホスファミド及びフルダラビンを含む。
【0154】
いくつかの態様では、抗癌剤はサイトカインを含む。いくつかの態様では、サイトカインはインターロイキンを含む。いくつかの態様では、サイトカインはIL2、IL7、IL12、IL15、IL17、IL21、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)、及びインターフェロン(IFN)-αから選択される。いくつかの態様では、サイトカインはIL-2を含む。
【0155】
II.C.修飾HLAを操作する方法
本開示のいくつかの態様では、HLA分子のHLA結合ポケットは遺伝子編集ツールを使用して修飾される。いくつかの態様では、修飾は生体外でHLA分子を発現している細胞内にて発生する。いくつかの態様では、修飾は試験管内でHLA分子を発現している細胞内にて発生する。いくつかの態様では、修飾は生体内でHLA分子を発現している細胞にて発生する。いくつかの態様では、本明細書で開示されている方法は、生体内遺伝子編集ツールを使用してヒト対象のHLA分子を遺伝子組換えすることを含む。
【0156】
任意の遺伝子編集ツールを本開示の方法で使用することができる。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールはCRISPR/Cas9を含む。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールはTALENを含む。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールはジンクフィンガーヌクレアーゼを含む。いくつかの態様では、遺伝子編集ツールはメガヌクレアーゼを含む。
【0157】
II.C.1.CRISPR/Cas9
いくつかの態様では、本開示で使用することができる遺伝子編集ツールはCRISPR/Casシステムを含む。そのようなシステムは、例えば、Cas9ヌクレアーゼを採用することができ、これは場合によって、それを発現させようとする所望の細胞型(例えば、抗原提示細胞)に合わせてコドンが最適化されている。CRISPR/Casシステムは、Casヌクレアーゼ、例えば、Cas9ヌクレアーゼを使用し、これは、Casヌクレアーゼ、例えば、Cas9によって認識されるNGGモチーフの直前の標的DNA配列とハイブリッド形成するガイドRNA(例えば、合成ガイドRNA)(gRNA)と複合体形成することによってゲノム部位を標的とする。NGGモチーフの3塩基上流で二本鎖切断が生成される。他の酵素との追加の融合は二本鎖切断の非存在下で部位特異的な塩基編集をもたらすことができる。CRISPR/Cas9システムの独自の能力は、単一のCas9タンパク質を2以上のgRNA(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9または10のgRNA)と共発現させることによって、複数の別個のゲノム遺伝子座を同時に標的とする能力である。
【0158】
本明細書で使用されるCRISPRシステムは、コドン最適化Cas9とともに機能する融合crRNA-tracrRNA構築物(すなわち、単一の転写物)を使用することができる。この単一のRNAはガイドRNAまたはgRNAまたは単一ガイドRNAまたはsgRNAと呼ばれることが多い。gRNA内では、crRNA部分は所与の認識部位についての「標的配列」として識別され、tracrRNAは「足場」と呼ばれることが多い。簡潔には、標的配列を含有する短いDNA断片をガイドRNA発現プラスミドに挿入する。gRNA発現プラスミドは、標的配列(いくつかの態様では、約20ヌクレオチド)、ある形態のtracrRNA配列(足場)、と同様に細胞にて活性がある好適なプロモーター及び真核細胞における適切なプロセシングに必要な要素を含む。システムの多くは、二本鎖DNAを形成するためにアニールされ、その後gRNA発現プラスミドにクローニングされる特注の相補的オリゴに依存している。
【0159】
gRNA発現カセット及びCas9発現カセットを次いで細胞に導入する。例えば、そのそれぞれが、全体として参照によって本明細書に組み込まれる、Mali P et al.,(2013),Science,2013,Feb.15;339(6121):823-6;Jinek M.et al.,Science,2012,Aug.17;337(6096):816-21;Hwang W.Y.et al.,Nat.Biotechnol.2013,March;31(3):227-9;Jiang W.et al.,Nat.Biotechnol.2013,March;31(3):233-9;Cronican et al.,ACS.Chem.Biol.5(8):747-52(2010);及びCong Let al.,Science,2013,Feb.15;339(6121):819-23を参照のこと。
【0160】
いくつかの態様では、HLA分子のHLA結合ポケットはCRISPR/Cas9を使用して修飾される。
【0161】
II.C.2.TALEN
いくつかの態様では、本開示で使用することができる遺伝子編集ツールは、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)のようなヌクレアーゼ剤を含む。TALエフェクターヌクレアーゼは、原核生物または真核生物のゲノムの特定の標的配列にて二本鎖切断を行うのに使用することができる配列特異的ヌクレアーゼのクラスである。TALエフェクターヌクレアーゼは、天然または操作された転写活性化因子様(TAL)エフェクター、またはその機能的部分を、エンドヌクレアーゼ、例えば、FokIの触媒ドメインに融合することによって作り出される。
【0162】
特有のモジュール型TALエフェクターのDNA結合ドメインによって、潜在的に任意の所与のDNA認識特異性を有するタンパク質の設計が可能になる。したがって、TALエフェクターヌクレアーゼのDNA結合ドメインを、特定のDNA標的部位を認識するように操作し、ひいては所望の標的配列にて二本鎖切断を行うのに使用することができる。それらのすべてが参照によって全体として本明細書に組み込まれる、WO2010/079430;Morbitzer et al.,(2010),PNAS,10.1073/pnas.1013133107;Scholze & Boch,(2010),Virulence,1:428-432;Christian et al.,Genetics,(2010)186:757-761;Li et al.,(2010),Nuc.Acids Res.(2010),doi:10.1093/nar/gkq704;及びMiller et al.,(2011),Nature Biotechnology,29:143-148を参照のこと。
【0163】
いくつかの態様では、TALエフェクターヌクレアーゼは、例えば、目的のゲノム遺伝子座における標的核酸配列またはその近傍を切断するように操作され、標的核酸配列は、標的ベクターによって修飾される配列またはその近傍にある。本明細書で提供されている種々の方法及び組成物での使用に好適なTALヌクレアーゼは、本明細書に記載されている標的ベクターによって修飾される標的核酸配列またはその近傍に結合するように特異的に設計されるものを含む。
【0164】
II.C.3.ジンクフィンガーヌクレアーゼ
いくつかの態様では、本開示で使用することができる遺伝子編集ツールは、ヌクレアーゼ剤、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)のシステムを含む。ジンクフィンガーに基づくシステムは、2つのタンパク質ドメイン:ジンクフィンガーDNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含む融合タンパク質を含む。「ジンクフィンガーDNA結合ドメイン」、「ジンクフィンガータンパク質」、または「ZFP」は、亜鉛イオンの配位によって構造が安定化される結合ドメイン内のアミノ酸配列の領域である1以上のジンクフィンガーを介して配列特異的にDNAに結合するタンパク質またはさらに大きなタンパク質内のドメインである。ジンクフィンガードメインは、標的DNA配列に結合することによって、酵素ドメインの活性を配列の近傍に指向し、したがって、標的配列近傍の内在性標的遺伝子の修飾を誘導する。ジンクフィンガードメインは、実質的にどんな所望の配列にも結合するように操作され得る。したがって、切断または組換えが所望される標的DNA配列を含有する標的遺伝子座を同定した後、1以上のジンクフィンガー結合ドメインを、標的遺伝子座における1以上の標的DNA配列に結合するように操作することができる。細胞におけるジンクフィンガー結合ドメイン及び酵素ドメインを含む融合タンパク質の発現によって、標的遺伝子座にて修飾が達成される。
【0165】
通常、単一のジンクフィンガードメインは約30アミノ酸長である。個々のジンクフィンガーは、3ヌクレオチド(すなわち、トリプレット)配列(または隣接するジンクフィンガーの4ヌクレオチド結合部位と1ヌクレオチドが重複し得る4ヌクレオチド配列)に結合する。したがって、ジンクフィンガー結合ドメインが配列に結合するように操作される配列(例えば、標的配列)の長さが、操作されるジンクフィンガー結合ドメインのジンクフィンガーの数を決定する。例えば、フィンガーモチーフが重複するサブサイトに結合しないZFPについては、6ヌクレオチドの標的配列は2つのフィンガー結合ドメインによって結合され、9ヌクレオチドの標的配列は3つのフィンガー結合ドメインによって結合される、などである。標的部位の個々のジンクフィンガーの結合部位(すなわち、サブサイト)は連続している必要はないが、マルチフィンガー結合ドメインにおけるジンクフィンガー間のアミノ酸配列(すなわち、フィンガー間リンカー)の長さと性質に応じて、1ヌクレオチドまたは数ヌクレオチド離れることができる。いくつかの態様では、個々のZFNのDNA結合ドメインは、3~6の間の個々のジンクフィンガー反復を含み、それぞれ9~18の塩基対を認識することができる。
【0166】
ジンクフィンガー結合ドメインは選択の配列に結合するように操作され得る。例えば、そのそれぞれはその全体が参照によって本明細書に組み込まれる、Beerli et al.,(2002),Nature Biotechnol.20:135-141;Pabo et al.,(2001),Ann.Rev.Biochem.70:313-340;Isalan et al.,(2001),Nature Biotechnol.19:656-660;Segal et al.,(2001),Curr.Opin.Biotechnol.12:632-637、Choo et al.,(2000),Curr.Opin.Struct.Biol.10:411-416;2002-2003,Catalogue,New England Biolabs,Beverly,Mass.;及びBelfort et al.,(1997),Nucleic Acids Res.25:3379-3388を参照のこと。操作されたジンクフィンガー結合ドメインは、天然に存在するジンクフィンガータンパク質と比べて新規の結合特異性を有することができる。操作方法には、合理的設計及び種々のタイプの選択が含まれるが、これらに限定されない。
【0167】
標的DNA配列選択のための任意の手段を、本明細書に記載されている方法にて使用することができる。標的部位は一般に、少なくとも9ヌクレオチド長を有し、したがって、少なくとも3つのジンクフィンガーを含むジンクフィンガー結合ドメインが結合する。しかしながら、例えば、4フィンガー結合ドメインの12ヌクレオチド標的部位への結合、5フィンガー結合ドメインの15ヌクレオチド標的部位への結合、または6フィンガー結合ドメインの18ヌクレオチド標的部位への結合も可能である。明らかなように、さらに長い標的部位に対するより大きな結合ドメイン(例えば、7、8、9フィンガー及びそれより大きい)の結合も可能である。
【0168】
ジンクフィンガー融合タンパク質の酵素ドメイン部分は、任意のエンドまたはエキソヌクレアーゼから得ることができる。酵素ドメインが由来し得る例示的なエンドヌクレアーゼとしては、制限エンドヌクレアーゼ及びホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、2002-2003,Catalogue,New England Biolabs,Beverly,Mass.;及びBelfort et al.,(1997),Nucleic Acids Res.25:3379-3388を参照のこと。DNAを切断するさらなる酵素が知られている(例えば、51ヌクレアーゼ;マングビーンヌクレアーゼ;膵臓DNA分解酵素I;ミクロコッカスヌクレアーゼ;酵母HOエンドヌクレアーゼ、Linn et al.(eds.),Nucleases,Cold Spring Harbor Laboratory Press,1993も参照のこと)。これらの酵素(またはその機能的断片)のうちの1以上を切断ドメインの供給源として使用することができる。
【0169】
II.C.4.メガヌクレアーゼ
いくつかの態様では、使用することができる遺伝子編集ツールはメガヌクレアーゼシステムである。メガヌクレアーゼのドメイン、構造及び機能は既知であり、例えば、Guhan and Muniyappa,(2003),Crit.Rev.Biochem.Mol.Biol.38:199-248;Lucas et al.,(2001),Nucleic Acids Res.29:960-9;Jurica and Stoddard,(1999),Cell Mol.Life Sci.55:1304-26;Stoddard,(2006),Q Rev.Biophys.38:49-95;及びMoure et al.,(2002),Nat.Struct.Biol.9:764を参照のこと。
【0170】
いくつかの例では、天然に存在する変異型、及び/または操作された誘導体のメガヌクレアーゼが使用される。動態、補因子相互作用、発現、最適条件、及び/または認識部位特異性を改変する方法、ならびに活性のスクリーニングについては既知であり、例えば、それぞれが参照によって全体として本明細書に組み込まれる、Epinat et al.,(2003),Nucleic Acids Res.31:2952-62;Chevalier et al.,(2002),Mol.Cell,10:895-905;Gimble et al.,(2003),Mol.Biol.334:993-1008;Seligman et al.,(2002),Nucleic Acids Res.30:3870-9;Sussman et al.,(2004),J.Mol.Biol.342:31-41;Rosen et al.,(2006),Nucleic Acids Res.34:4791-800;Chames et al.,(2005),Nucleic Acids Res.33:e178;Smith et al.,(2006),Nucleic Acids Res.34:e149;Gruen et al.,(2002),Nucleic Acids Res.30:e29;Chen and Zhao,(2005),Nucleic Acids Res.33:e154;WO2005105989;WO2003078619;WO2006097854;WO2006097853;WO2006097784;及びWO2004031346を参照のこと。
【0171】
II.D.T細胞の標的集団を濃縮する方法
特定のメカニズムに束縛されることなく、本明細書に記載されている修飾されたHLA分子は抗原に対する親和性が向上している。そのため、修飾されたHLA分子は、低親和性TCRによって認識される抗原の表面表示を可能にし、新規のTCRの特定と、そのような新規のTCRを発現するT細胞の濃縮を可能にする。
【0172】
本開示のいくつかの態様はさらに、(i)抗原に対するHLAの親和性を高めるように修飾されている結合ポケットを含む抗原-HLA複合体に標的抗原を接触させることと、(ii)複数のTCRを標的抗原-HLA複合体と接触させることとを含む、標的抗原-HLA複合体に結合することができる新規T細胞受容体(TCR)を同定する方法を対象とする。本開示のいくつかの態様はさらに、(i)操作された抗原提示細胞が抗原に対するHLAの親和性を高めるように修飾された結合ポケットを含む、操作された抗原提示細胞と標的抗原を接触させることと、(ii)複数のTCRを標的抗原-HLA複合体と接触させることとを含む、標的抗原-HLA複合体に結合することができる新規T細胞受容体(TCR)を同定する方法を対象とする。
【0173】
いくつかの態様では、接触後、T細胞の濃縮された集団は、接触前に抗原-HLA複合体に結合することができるT細胞の数と比べて、抗原-HLA複合体に結合することができるさらに多数のT細胞を含む。
【0174】
いくつかの態様では、抗原-HLA複合体と会合するT細胞が単離される。従来の方法を使用して、抗原-HLA複合体に結合するTCRを同定し、配列を決定することができる。同定されたTCRは免疫細胞にて組換え発現され、その免疫細胞に抗原を標的とする能力を付与する。
【0175】
本開示のいくつかの態様は、腫瘍細胞を標的とすることができるT細胞を選択する方法を対象とする。いくつかの態様では、方法は、単離されたT細胞の集団を試験管内で抗原-HLA複合体と接触させることを含み、その際、HLAは、本明細書に記載されているように、修飾されたHLA結合ポケットを含む。いくつかの態様では、T細胞はヒト対象から得られる。
【0176】
ヒト対象から得られるT細胞は本明細書で開示されている任意のT細胞であることができる。いくつかの態様では、ヒト対象から得られるT細胞は腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である。いくつかの態様では、方法はさらに、濃縮されたT細胞をヒト対象に投与することを含む。いくつかの態様では、対象は、本明細書に記載されているようなT細胞の投与を受ける前に予め適切な状態に調整される。
【0177】
III.本開示の組成物
本開示のいくつかの態様は、修飾されたHLA結合ポケットを含むHLA分子を対象とする。修飾されたHLA分子は、本明細書、例えば、上記のセクションII.A.に開示されている任意の修飾されたHLA分子を含むことができる。本明細書に記載されている修飾されたHLA分子は抗原に対する親和性が向上している。したがって、本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されているように、修飾された結合ポケットを含むHLA分子を含む抗原-HLA複合体を対象とする。
【0178】
いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、抗原は病原体によって発現される抗原である。いくつかの態様では、抗原はウイルス抗原である。いくつかの態様では、抗原は細菌抗原である。いくつかの態様では、抗原は真菌抗原である。いくつかの態様では、抗原は、長さが約30アミノ酸未満、約29アミノ酸未満、約28アミノ酸未満、約27アミノ酸未満、約26アミノ酸未満、約25アミノ酸未満、約24アミノ酸未満、約23アミノ酸未満、約22アミノ酸未満、約21アミノ酸未満、約20アミノ酸未満、約19アミノ酸未満、約18アミノ酸未満、約17アミノ酸未満、約16アミノ酸未満、約15アミノ酸未満、約14アミノ酸未満、約13アミノ酸未満、約12アミノ酸未満、約11アミノ酸未満、約10アミノ酸未満であるポリペプチドである。いくつかの態様では、抗原は、低親和性のTCRによって認識される抗原(例えば、低親和性抗原)である。
【0179】
III.A.修飾されたHLAを含む細胞
本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されている修飾されたHLA分子、または修飾されたHLA分子をコードする核酸分子を含む細胞を対象とする。いくつかの態様では、細胞は哺乳類細胞である。いくつかの態様では、細胞はヒト細胞である。いくつかの態様では、細胞は抗原提示細胞である。いくつかの態様では、細胞は樹状細胞である。いくつかの態様では、細胞は人工抗原提示細胞である。いくつかの態様では、人工抗原提示細胞は、ビーズ(例えば、ケイ酸塩ビーズ、ガラスビーズ、金属ビーズ、またはそれらの組み合わせ)、ナノ小胞、マイクロ小胞、エキソソーム、エンドソーム、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの態様では、細胞は生体内にある。いくつかの態様では、細胞は生体外にある。
【0180】
いくつかの態様では、T細胞はヒト対象から単離される。いくつかの態様では、細胞は他家細胞である。いくつかの態様は、ヒト対象は最終的にT細胞療法を受けるであろう同じ対象である。いくつかの態様では、細胞はドナー細胞、すなわち、最終的に細胞を受け取る可能性のある対象以外の対象から得られた細胞である。
【0181】
いくつかの態様では、細胞はCD3を自然に発現しない細胞であり、その際、細胞はCD3を発現するように修飾されている。いくつかの態様では、細胞はCD3をコードする導入遺伝子を含み、その際、導入遺伝子は細胞によって発現される。いくつかの態様では、細胞は細胞による内在性CD3の発現を活性化するタンパク質をコードする導入遺伝子を含む。いくつかの態様では、細胞は細胞におけるCD3発現の阻害剤を阻害するタンパク質またはsiRNAをコードする導入遺伝子を含む。いくつかの態様では、導入遺伝子は細胞のゲノムに組み込まれる。いくつかの態様では、導入遺伝子は細胞のゲノムに組み込まれない。
【0182】
いくつかの態様では、細胞は、多能性幹細胞、例えば、胚性幹細胞(ESC)、造血幹細胞(HSC)、または人工多能性幹細胞(iPSC)に由来する。いくつかの態様では、細胞は末梢血単核細胞(PBMC)から単離される。いくつかの態様では、細胞は、腫瘍生検、例えば、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)から単離される。
【0183】
III.B.核酸分子及びベクター
本開示の特定の態様は、本明細書で開示されている修飾されたHLA分子をコードする核酸分子を対象とする。本開示のいくつかの態様は、本明細書で開示されている修飾されたHLAをコードする核酸分子を含むベクターを対象とする。いくつかの態様では、ベクターはウイルスベクターである。いくつかの態様では、ベクターはウイルス粒子またはウイルスである。いくつかの態様では、ベクターは哺乳類ベクターである。いくつかの態様では、ベクターは細菌ベクターである。
【0184】
特定の態様では、ベクターはレトロウイルスベクターである。いくつかの態様では、ベクターは、アデノウイルスベクター、レンチウイルス、センダイウイルス、バキュロウイルスベクター、エプスタインバーウイルスベクター、パポバウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、及びアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターから成る群から選択される。特定の態様では、ベクターはAAVベクターである。いくつかの態様では、ベクターはレンチウイルスである。特定の態様では、ベクターはAAVベクターである。いくつかの態様では、ベクターはセンダイウイルスである。いくつかの態様では、ベクターはハイブリッドベクターである。本開示で使用することができるハイブリッドベクターの例は、Huang and Kamihira,Biotechnol.Adv.31(2):208-23(2103)に見いだすことができ、それはその全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
【0185】
III.C.ワクチン
本開示の特定の態様は、抗原-HLA複合体を含むがんワクチンであり、その際、HLAは本明細書で開示されているような修飾されたHLA結合ポケットを含む。いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、ワクチンはさらに、1以上の賦形剤を含む。いくつかの態様では、ワクチンはさらに、1以上の追加のペプチドを含む。いくつかの態様では、1以上の追加のペプチドは1以上の追加のエピトープを含む。
【0186】
本明細書に記載されている種々の態様、態様及び選択肢はいずれも、あらゆる変形形態で組み合わせることができる。
【0187】
この本明細書に記述される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、明確かつ個別に参照によって組み込まれることが指示されているのと同程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。
【0188】
本開示を一般的に説明したので、本明細書で提供される実施例を参照することによって、さらなる理解を得ることができる。これらの実施例は説明のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
【実施例
【0189】
実施例1:方法
【0190】
細胞試料
末梢血試料は、治験審査委員会の承認後に健康なドナーから入手した。単核細胞は、密度勾配遠心分離(Ficoll-Paque PLUS;GE Healthcare,Chicago,IL)によって得た。K562はHLA発現に欠陥のある赤白血病細胞株である。T2はT細胞白血病/B-LCLハイブリッド細胞株である。Jurkat76はTCR及びCD8の発現を欠くT細胞白血病細胞株である。K562、T2及びJurkat76の細胞株を、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシン(Thermo Fisher Scientific)で補完したRPMI1640にて増殖させた。HEK293T細胞株は10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンで補完したDMEMにて増殖させた。K562、T2及びHEK293Tの細胞はアメリカンタイプカルチャーコレクション(ATCC,Manassas,VA)から得た。転移性黒色腫患者から単離されたTILを試験管内で増殖させた。TIL試料に対して高解像度のHLA DNAタイピングを実施した。
【0191】
ペプチド
【0192】
合成ペプチドをDMSOに50mg/mlで溶解した。使用したペプチドはA2に拘束されたヘテロクリット性のNY-ESO-1157-165(SLLMWITQV)、gp100154-162(KTWGQYWQV)、及びHIV pol476-484(ILKEPVHGV)、及びHLA-A24:02に拘束されたgp100-イントロン4170-178(VYFFLPDHL)、gp100-イントロン4161-180(PSQPIIHTCVYFFLPDHLSF)、gp100-イントロン4166-185(IHTCVYFFLPDHLSFGRPFH)、野生型WT1235-243 (CMTWNQMNL)、ヘテロクリット性のWT1235-243(CYTWNQMNL)、HTLV-1tax301-309(SFHSLHLLF)、及びHIVenv584-592(RYLRDQQLL)のペプチドであった。HIV pol476-484、HTLV-1 tax301-309,及びHIV env584-592のペプチドを陰性対照として利用した。ペプチド-HLA結合アッセイ及びペプチド交換効率の測定について調べたペプチド配列の例を表1に列挙する。
【0193】
遺伝子
【0194】
Furin-SGSG-F2A配列を使用して切り詰めたNGFR(ΔNGFR)遺伝子にすべてのHLA-A*24:02遺伝子を連結し、pMXレトロウイルスプラスミドにクローニングした。完全長gp100遺伝子はDharmacon(Lafayette、CO)から購入した。PureLinkゲノムDNAミニキット(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)を使用してgp100のゲノムDNAを単離した。すべての遺伝子をpMXレトロウイルスベクターにクローニングし、293GPG細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して形質導入した。
【0195】
形質転換体
【0196】
Jurkat76/CD8細胞に、以前報告されたように個別のTCRα及びTCRβ遺伝子で形質導入した(例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれるT.Ochi et al.,Optimization of T-cell reactivity by exploiting TCR chain centricity for the purpose of safe and effective antitumor TCR gene therapy.Cancer Immunol.Res.3,1070-1081(2015)を参照のこと)。CD3マイクロビーズ(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)を使用してJurkat76/CD8由来のTCR形質転換体を精製した(純度>95%)。PG13由来のレトロウイルス上清を使用して、TCR遺伝子をヒト初代T細胞に形質導入した。T2細胞にHLA-A*24:02(野生型)またはA*24:02(A81L、L82R、R83G)をレトロウイルスで形質導入し、それぞれT2-A*24:02またはT2-A*24:02(A81L、L82R、R83G)を生成した。Gene Pulser Xcell(Bio-Rad,Hercules,CA)を使用してβ2m sgRNAプラスミド(Origene,Rockville,MD)をT2細胞にエレクトロポレーションした。ビオチン結合抗β2m抗体(クローン2M2、BioLegend,San Diego,CA)で細胞を染色し、抗ビオチンマイクロビーズ(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,German)を使用してβ2m陰性細胞を単離し、β2mノックアウトT2(T2/β2mKO)細胞を得た。T2/β2mKO細胞にβ2m結合HLA-A*02:01(野生型またはL81A)をレトロウイルスで形質導入し、T2/β2mKO/β2m-A*02:01(野生型またはL81A)を生成した。上記のようにΔNGFR遺伝子ですべてのHLA-A*24:02遺伝子にタグ付けし、ΔNGFR+細胞を精製し(>95%純度)、その後の実験で使用した。
【0197】
フローサイトメトリー
【0198】
細胞表面分子を、PC5結合抗CD8mAb(クローンB9.11;Beckman Coulter, Brea, CA)、FITC結合抗NGFR(クローンME20.4;BioLegend,San Diego,CA)、及びAPC/Cy7結合抗CD3(クローンUCHT1;BioLegend,San Diego,CA)で染色した。LIVE/DEAD Fixable Aqua死細胞染色キット(Life Technologies, Carlsbad, CA)で死細胞を識別した。細胞内染色については、Cytofix/Cytopermキット(BD Biosciences Franklin Lakes,NJ)を使用して細胞を固定し、透過処理した。染色した細胞をフローサイトメトリー(Biosciences Franklin Lakes,NJ)で分析し、データ解析はFlowJo(BD Franklin Lakes,NJ)を使用して実行した。
【0199】
ペプチド-HLA結合アッセイ
【0200】
T2-A24(野生型)細胞、または81位、82位もしくは83位に単一のアミノ酸置換を持つT2-A24細胞を50μg/mlのビオチン化ペプチドで37℃にて一晩パルスした。徹底的に洗浄した後、細胞をPE結合ストレプトアビジン(SA-PE)で染色し、洗浄してフローサイトメトリー分析によって蛍光強度を測定した。
【0201】
サイトカインELISPOT解析
【0202】
IL-2及びIFN-γのELISPOT解析は前述のように実施した。IL-2ELISPOTアッセイについては、PVDFプレート(Millipore,Bedford,MA)を捕捉mAb(SEL002;R&D Systems,Minneapolis,MN)でコーティングした。T細胞を、ペプチドの存在下または非存在下で、ウェルあたり2×10個の標的細胞とともに37℃で20~24時間インキュベートした。プレートを洗浄し、ビオチン結合検出mAb(SEL002、R&D Systems、Brandywine、MD)とともにインキュベートした。洗浄後、アルカリホスファターゼ結合ストレプトアビジン(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)を加えた。プレートを洗浄し、NBT/BCIP(ニトロブルーテトラゾリウム/リン酸5-ブロモ-4-クロロ-3-インドリル、Promega,Madison,WI)とともにインキュベートし、IL-2スポットを発色させた。IFN-γELISPOT解析については、PVDFプレート(Millipore,Bedford,MA)を捕捉mAb(1-D1K;MABTECH,Mariemont,OH)でコーティングし、T細胞を1ウェルあたり2×10個の標的細胞とともに37℃で20~24時間インキュベートした。続いてプレートを洗浄し、ビオチン結合した検出mAb(7-B6-1;MABTECH)とともにインキュベートした。次に、HRPを結合したSA(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)を加え、IFN-γスポットを発色させた。冷たい水道水で十分にすすぐことによって反応を停止させた。ImmunoSpotプレートリーダー及びImmunoSpotバージョン5.0ソフトウェア(Cellular Technology Limited,Shaker Heights,OH)を使用してELISPOTプレートを走査し、カウントした。
【0203】
HLA-A24拘束性のペプチド特異的方法でのCD8TILの増殖
【0204】
CD8T細胞単離キット(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)を使用した陰性磁気選択によってCD8TILを精製した。HLA-A*24:02aAPCを目的のクラスI拘束性ペプチド10μg/mlで6時間パルスした。次に、aAPCを200Gyで照射し、洗浄し、エフェクター対標的(E:T)の比率が20:1になるようにTILに加えた。48時間後、10IU/mlのIL-2(Novartis,Basel,Switzerland)、10ng/mlのIL-15(Peprotech,East Windsor,NJ)、及び30ng/mlのIL-21(Peprotech,East Windsor,NJ)を3日ごとに培養物に加えた。
【0205】
TCRで形質導入した初代CD8T細胞の増殖
【0206】
汎T細胞単離キット(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)を使用した陰性磁気選択を介してCD3T細胞を精製した。精製したT細胞を、200Gyを照射したaAPC/mOKT3で20:1のE:T比にて刺激した。一晩のインキュベートの後、32℃にて1,000gでの1時間の遠心分離を3日間連続することを介して、クローニングしたTCR遺伝子を活性化T細胞にレトロウイルスで形質導入した。48時間後、100IU/mlのIL-2及び10ng/mlのIL-15をTCR形質導したT細胞に加えた。培養培地を2~3日ごとに補充した。
【0207】
ヒト細胞に基づくpHLA多量体の生産
【0208】
α2ドメインの115位でのGln(Q)残基の代わりにGlu(E)残基を、及びHLAクラスIのα3ドメインの代わりにマウスKb遺伝子由来のα3ドメインを保有するように、親和性成熟のHLA-A*24:02遺伝子を操作した。親和性成熟させたHLA-A*24:02遺伝子の細胞外ドメインを、Gly-Ser(GS)可塑性リンカーと、その後6×Hisタグと融合することによって、可溶性A*24:02Q115E-K遺伝子を生成した。293GPG細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して可溶性A*24:02Q115E-K遺伝子をHEK293T細胞に個々に形質導入した。可溶性アフィニティー成熟A*24:02Q115E-Kを発現する安定したHEK293T細胞を集密になるまで増殖させ、その培地を交換した。48時間後、馴化培地を回収し、直ちに使用した、または後で使用するまで-80℃で凍結した。HEK293T形質転換体によって生成された可溶性A*24:02Q115E-K含有上清を、試験管内でのペプチド交換のために100μg/mlの目的のA*24:02拘束性のペプチドと混合し、37℃で一晩インキュベートした。フィコエリスリン(PE)のような蛍光色素に結合した抗His mAB(クローンAD1.1.10;Abcam)を2:1のモル比で使用して、ペプチドを負荷した可溶性単量体A*24:02Q115E-Kを室温にて2時間、または4℃にて一晩二量体化した。機能性で可溶性のA*24:02Q115E-K分子の濃度は、抗HLAクラスImAb(クローンW6/32)及び抗Hisタグビオチン化mAb(クローンAD1.1.10、R&D Systems)をそれぞれ捕捉及び検出の抗体として使用する特定のELISAによって測定した。
【0209】
pHLA多量体の染色
【0210】
T細胞(2×10)を50nMのダサチニブ(LC Laboratories,Woburn,MA)の存在下37℃で30分間インキュベートした。次に、細胞を洗浄し、5~10μg/mlのpHLA多量体とともに室温で30分間インキュベートし、R-フィコエリスリンに結合したAffiniPure Fab断片ヤギ抗マウスIgG1(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)を4℃で15分間加えた。次に、細胞を3回洗浄し、抗CD8mAbによって4℃で15分間共染色した。LIVE/DEAD Fixable Aqua死細胞染色キットを使用して死細胞を識別した。
【0211】
ELISAを使用したペプチド交換効率の測定
【0212】
単量体中のペプチド交換の効率は、競合結合アッセイ及び酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を使用して評価した。アデノウイルス5ヘキソン由来の配列37TYFSLNNK(-ビオチン)F45を持つ100μg/mlのビオチン化ペプチドを単量体に負荷し、37℃で一晩インキュベートした。ビオチン化ペプチド-HLAを精製し、Amicon Ultraフィルター(分子量カットオフ(MWCO)10kDa)(MilliporeSigma,Burlington,MA)を使用してリン酸緩衝生理食塩水(PBS)に交換し、目的のペプチド1mg/mlと混合して37℃で一晩インキュベートした。4℃にて一晩、PBS中抗HLAクラスImAb(クローンW6/32)10μg/mlでELISAプレートをコーティングした。プレートを洗浄し、PBS中の10%脱脂粉乳で室温にて30分間ブロックした。pHLA単量体を加え、室温で2時間インキュベートした。洗浄後、プレートをストレプトアビジン結合アルカリホスファターゼとともに室温で30分間インキュベートした。最後に、プレートを洗浄し、リン酸p-ニトロフェニル(PNPP)基質(Pierce,Rockford,IL)とともに室温でインキュベートした。1mol/LのNaOHを加えて反応を停止させた。光学密度(OD)(405nm)を読み取った(Spectramax 190 Microplate Reader;Molecular Devices,Sunnyvale,CA)。ビオチン化されていないペプチドを含有する対照ウェルのOD値を、ビオチン化ペプチドを含有する試験ウェルのOD値から差し引いた。各単量体についてのペプチド交換効率は次のように算出した:ペプチド交換効率=[1-(ペプチドでのOD値/DMSOでのOD値)]×100。すべての試料は3つ組のウェルでアッセイした。
【0213】
統計的解析
【0214】
GraphPad Prism(GraphPad Software,San Diego,CA)を使用して統計的解析を実施した。2つの群が所与の変数について有意に異なるかどうかを判定するために、Welchのt検定(両側)を使用して解析を実行した。0.05未満のP値は有意であると見なした。
【0215】
実施例2:HLA-A*24:02の81位におけるロイシン置換(A81L)
ペプチドの免疫原性の評価中に、HLAクラスIの対立遺伝子間の対立遺伝子変異を調べた。HLAクラスIのペプチド結合ポケットを形成する主要な残基のうち、Fポケット内の81位に2つの多型が見られた:HLA-A及びHLA-Bの対立遺伝子はアラニン(Ala)またはロイシン(Leu)残基のいずれかを発現したが、HLA-C対立遺伝子はLeu残基のみを発現した。さらに、A24スーパータイプのほとんどのメンバーを除いて、LeuはすべてのHLAクラスI対立遺伝子の中で81位に最も頻繁に見られる残基だった。さらに、図1に示すように、一般集団内で最も多く見られるHLAクラスI対立遺伝子のみを並べると、HLA-A*24:02のα1ドメインは81位~83位で他のHLA対立遺伝子のものと異なるということは、これらの残基がHLA-A*24:02を独自に定義してもよく、そのペプチド結合に影響を与えてもよいことを示唆している。
【0216】
A24スーパータイプはすべての民族に存在し、世界で2番目に多いHLA-A対立遺伝子である一方で、アジア民族で最も多く見られ、日本人集団の間ではHLA-A*24:02が最も多く見られる対立遺伝子である。そこで、HLA-A*24:02がどのように抗原を提示するかを理解しようとして、HLA-A*24:02ペプチド結合ポケット内のアミノ酸置換の生物学的効果を調べた。
【0217】
T2細胞を使用して、81位~83位で単一のアミノ酸置換を発現するHLA-A*24:02構築物を形質導入し、他のHLAクラスI対立遺伝子で見られる最も一般的な残基で各位置を置換した(図1)。81位でのAlaからLeuへの置換(A81L)、82位でのLeuからアルギニン(Arg)への置換(L82R)、または83位でのArgからグリシンへの置換(R83G)を伴うHLA-A*24:02を発現するT2株はすべて上手く形質導入された。しかしながら、抗HLA抗体の結合には大きな差異が観察された(図2A)。汎抗HLAクラスI抗体(クローンW6/32)は、形質導入されていないT2細胞よりも高い平均蛍光強度(MFI)で、HLA-A*24:02を導入したすべてのT2細胞に同様に結合することができたのに対して、私たちは抗HLA-A*24(クローン22E1)が変異型HLA-A*24:02(L82R)を検出する能力を失っていることを見いだした。
【0218】
スーパーアゴニストHLAを生成するためにHLA-A*24:02構築物を発現するT2形質転換体が抗原を提示できるかどうかを調べ、多くのヘテロクリット性ペプチドを製造するのとは対照的に、1つの操作されたHLA分子が多くの天然ペプチドに対応できるようにした。T2細胞を、ウイルス関連抗原及び腫瘍関連抗原に由来する既知の多数のHLA-A*24:02拘束性のペプチドでパルスし、pHLA複合体の細胞表面提示をフローサイトメトリーで分析した。T2形質転換体で観察された汎HLAクラスI発現の増加と一致して、HLA-A*24:02(L82R)構築物を含むすべてのHLA-A*24:02構築物がペプチドを提示できることがわかった(図2B)ということは、81~83位での置換がHLA-A*24:02の表面発現や折り畳みを変化させたのではなく、むしろ抗HLA-A*24(クローン22E1)抗体によってエピトープ認識に影響を与えたことを示唆している。しかしながら、アッセイの結果、T2-HLA-A*24:02(A81L)は、野生型または他のHLA-A*24:02変異型と比べて、HLA-A*24:02拘束性ペプチドを提示する能力が著しく高いことが分かった。これらの結果は、ペプチドのアンカリングにおけるこの置換の重要性を強調し、HLA-A*24:02(A81L)スーパーアゴニスト構築物が抗原提示細胞(APC)の細胞表面上のHLA-A*24:02抗原の提示をさらに良好に存続できることを示唆している。
【0219】
実施例3:HLA-A*02:01の表面発現
81位でのLeu残基を発現によって、HLA-A*02:01はHLA-A*24:02よりも他の一般的なHLA-B及びHLA-C対立遺伝子に類似する(図1)。HLA-A*24:02のA81L置換はpMHC複合体の表面発現に大きな影響を与えることから、そのような置換がHLA-A*02:01を含む抗原提示を変化させるかどうかを調べた。T2細胞におけるHLA-A*02:01の内在性発現を制御するために、単鎖として発現されるL81A置換を持つβ2m結合HLA-A*02:01(β2m-HLA-A*02:01)を生成し、β2mノックアウトT2細胞(T2/β2mKO)に形質導入した。これまでの観察と一致して、内在性HLA発現は野生型T2細胞の表面で検出されたが、抗β2m抗体または汎抗HLA抗体を使用して検出したところ、T2/β2mKOでは存在しなかった(図3A)。β2m-HLA-A*02:01(野生型)とは異なり、L81A置換を含有するβ2m-HLA-A*02:01では発現が大幅に減少し、T2/β2mKOよりもわずかに高い染色が見られた(図3A)。L81A置換がβ2m-HLA-A*02:01の表面発現のみを破壊したかどうかを調べるために、固定及び透過処理したT2細胞を染色したところ、細胞内β2m発現はそのままであったものの、立体構造依存性の汎HLAクラスI抗体W6/32またはB9.12.1を使用した細胞内染色では、表面染色よりも高いレベルでβ2m-HLA-A*02:01(L81A)が検出されないことがわかった(図3B)。
【0220】
β2m-HLA-A*02:01(L81A)の表面発現の低下が生物学的活性につながることを確認するために、HLA-A*02:01拘束性NY-ESO-1157-165特異的TCR(クローン1G4LY)またはgp100154-162特異的TCR(クローンgp100154)を発現するJ76/CD8細胞を使用して機能アッセイを行った。同族ペプチドでパルスしたT2-β2m-HLA-A*02:01(野生型)はELISPOTアッセイにてTCR-J76/CD8細胞からIFNγを誘導することができた(図3C)のに対して、T2-β2m-HLA-A*02:01(L81A)との共培養ではIFNγ産生が大幅に減少した(図3C)。これらのデータは、β2m-HLA-A*02:01(L81A)の表面発現の減少は汎抗HLA抗体によるエピトープ認識の変化によるものではなく、むしろL81A置換によって安定したHLA-A*02:01pMHC複合体の形成が破壊されたためであった可能性が高いことを示唆している。
【0221】
実施例4:HLA-A*24:02(A81L)はペプチド特異的T細胞応答を高める
スーパーアゴニストHLAの表面発現の増加がT細胞活性化の上昇につながるかどうかを調べた。HLA-A*24:02/WT1235-243エピトープに対するさまざまな結合活性のTCRを形質導入したJurkat76/CD8細胞を使用して、WT1235-243が培養培地に継続的に存在する(図4A、上段)、またはT細胞アッセイの前に細胞にパルスされる(図4A、下段)という双方の条件にて、T2-HLA-A*24:02(A81L)はT2-HLA-A*24:02(野生型)と比べてIL-2のT細胞分泌を誘導する能力が高いことが分かった。pMHCに対するその結合活性に関係なく、すべてのWT1235-243特異的TCRについて観察したら、これらの結果はA81L置換によってHLA-A*24:02の表面発現を保持する能力が向上する場合があることを示唆している。短いペプチドは細胞表面のHLAに結合する能力があり、それによって潜在的なエンドソーム処理を迂回するので、A81L置換が、内部移行したHLA-A*24:02拘束性ペプチドを交差提示する能力を変化させるかどうかを調べた。T2形質転換体を使用して、HLA-A*24:02拘束性gp100int4170-178エピトープを含有する20-mer長さのペプチドをパルスした。短いペプチドに対するT細胞の活性化を高める能力と一致して、長いペプチドでパルスしたT2-HLA-A*24:02(A81L)によって活性化されたTCR形質導入T細胞は、HLA-A*24:02(野生型)と比べてIFNγ分泌スポットの数が4倍を超えて増加した(図4B)。
【0222】
実施例5:HLA-A*24:02(A81L)多量体は低親和性の抗原特異的TCRを強力に染色する
TCRに基づくがん免疫療法の主な限界は低親和性抗原を伴うTCRを同定する能力である。そのようなTCRを確実に染色できる多量体を設計することはさらに有望ながん治療の選択肢につながることができる。A81L置換によって天然に存在するHLA-A*24:02ペプチドのT細胞への抗原提示が増強されることが分かったので、スーパーアゴニストHLA構築物を試薬に使用してHLA-A*24:02拘束性T細胞の試験を改善できるかどうかを調べた。腫瘍浸潤物から腫瘍抗原特異的TCRを検出し、選別し、及びクローニングするのに使用される、新規のペプチド交換可能な親和性成熟HLAクラスI多量体が以前に設計された。この構築基盤を使用して、A81L置換を発現する親和性成熟HLA-A*24:02多量体を生成し、この置換によって低親和性TCRの検出にてこれらの多量体の有用性がさらに高まるかどうかを判定した。多数のウイルス関連抗原及び腫瘍関連抗原に由来するHLA-A*24:02拘束性ペプチドとのペプチド交換効率を、無細胞アッセイを使用して調べた。野生型HLA-A*24:02単量体と比べると、A81L置換によって、野生型HLA-A*24:02親和性成熟単量体にて交換効率が低いすべてのペプチドについてのペプチド交換効率が大幅に向上し、交換効率が少なくとも2倍以上増加した(図5A-5B)。特に、TSPAN1076-84ペプチドについては、親和性成熟HLA-A*24:02(A81L)単量体によって検出可能なペプチド交換が生じたが、これは野生型単量体では生じなかった(図5A-5B、ペプチド32)。A81L置換によってペプチドの特異性が損なわれることはなく、HLA-B*18拘束性ペプチドMAGE-A3167-176、HLA-B*27拘束性ペプチドVEGF(UTR)、及びHLA-C*06拘束性ペプチドGAGE1/2/89-16は、親和性成熟HLA-A*24:02(A81L)単量体への明らかな交換をもたらさなかった(図5A-5B、ペプチド65-67)。さらに効率的なペプチド交換が可能であるHLA-A*24:02(A81L)単量体を見いだしたので、野生型多量体及びA81LHLA-A*24:02WT1235-243多量体とともにさまざまな結合活性の同族TCRを発現するJurkat76/CD8細胞を染色した。交換効率と一致して、HLA-A*24:02(A81L)スーパーアゴニスト多量体は、HLA-A*24:02野生型多量体と比べて、低結合活性のTCRを染色する高い能力を示した。TCR A133及びA186については、HLA-A*24:02(A81L)多量体は、使用された実験条件下では検出されなかったであろうT細胞の染色を生じた(図5C)。
【0223】
実施例6:HLA-A*24:02(A81L)aAPCは腫瘍抗原特異的T細胞の増殖を増強する
低結合活性のT細胞の検出を増強することに加えて、A81L置換が腫瘍浸潤物由来のT細胞の増殖に有用であるかどうかを調べた。以前に開発された人工抗原提示細胞(aAPC)の構築基盤を使用して、HLA-A*24:02(A81L)または野生型を発現し、gp100int4170-178または対照HTLV-1tax301-309ペプチドでパルスしたaAPCを使用して黒色腫患者由来の腫瘍浸潤リンパ球(TIL)の短期増殖を実施した。2週間の共培養の後、gp100int4170-178でパルスしたaAPC-HLA-A*24:02(A81L)は、野生型HLA-A*24:02を発現するaAPCと比べて、抗原特異的CD8T細胞の2倍を超える増殖をもたらした(図6A)。抗原特異的T細胞の増殖を増強するこの能力は、3回の反復実験にわたって一貫しており(図6B)、ベースラインTILから約6倍の増殖をもたらした(図6C)。
【0224】
本明細書で提示されているデータは、A81L置換を発現するHLA-A*24:02由来のスーパーアゴニストHLA構築物の生成は、共培養アッセイにおけるT細胞の活性化を高め、サイトカイン分泌とT細胞の増殖を増やし、HLA-A*24:02拘束性抗原のプロセシングと提示を妨害しないことを示している。無細胞アッセイでは、スーパーアゴニストHLAはHLA-A*24:02拘束性ペプチドに対するペプチド交換の効率を大幅に高め、重要なことに、T2細胞によるペプチド提示の増加や無細胞ペプチド交換アッセイで、HLA-A*24:02非拘束ペプチドに対するペプチド提示の増加が観察されなかったので、HLA-A*24:02へのペプチドの拘束性を変えなかった。
【0225】
F結合ポケットの一部を形成することにおける残基81の重要性を考えると、A81L置換によってHLA-A*24:02拘束性ペプチドの結合が悪影響を受けず、実際ペプチド-HLA-A*24:02複合体の表面利用能が増加し、T細胞応答が高められたことは驚くべきことであった。これは、野生型HLA-A*24:02にほとんど結合しないHLA-A*24:02拘束性ペプチドについて特に当てはまった。他のペプチド-HLA I複合体と同様に、HLA-A*24:02の全体構造は他のHLA I対立遺伝子と類似しており、TCRに提示されるペプチド結合界面を構成する、逆平行βシートと2つの長いαヘリックスによって形成される、よく説明されているα1ドメイン及びα2ドメインを採用している。しかしながら、HLA-A*24:02に特有なのは、ペプチドリガンドのアンカー残基YまたはF(2位)及びF、L、I、またはW(C末端)のような嵩高な芳香族及び大きな疎水性の側鎖を収容できる、異常に深いBペプチド結合ポケット及びFペプチド結合ポケットである。A81L置換(コンピューター内モデル化については図7A-7Bを参照のこと)がこの好みを変えるかどうかは明らかではない;しかしながら、特定のHLA-A*24:02拘束性ペプチドの提示に対する偏りは観察されないが、調べたすべてのペプチドのペプチド提示とT細胞活性化を増強する能力が観察された。この観察結果は、HLA-A*24:02に対するペプチドリガンドの結合能力に強い影響を与えることが知られている二次ペプチドアンカーの重要性をたぶん強調している。実際、A81L置換は、二次ペプチドアンカーがHLA-A*24:02内でペプチドが採用する固有の立体構造にどのように影響するかに影響を及ぼす場合がある。いくつかの結晶構造は、HLA-A*24:02内のペプチドリガンドが、他のHLA I対立遺伝子と比べて中央の残基で中程度の大きさの「A」または「M」の形状(5位がアンカーとなる)を採用し、TCRドッキングとT細胞認識のための独自のペプチド「バルジ」を提供することを示している。興味深いことに、二次アンカーがさまざまなHLAI対立遺伝子に及ぼす固有の効果と同様に、HLA-A*02:01内の81位の置換によってこの対立遺伝子がT細胞を活性化できなくなり、pHLA複合体の表面発現におけるこの残基の重要性が強調されているので、81位のLeu修飾はHLA-A*24:02に固有であってもよい。
【0226】
ペプチド/HLA間の親和性、ひいては表面発現はpMHC複合体の免疫原性を決定する重要な因子であるので、スーパーアゴニスト修飾はペプチドのHLA-A*24:02への結合親和性を高める、またはペプチド結合の立体構造を改変してT細胞の活性化を高める可能性がある。この置換をHLA多量体染色に適用すると、スーパーアゴニスト多量体を使用して、野生型単量体では検出されなかった低親和性であると考えられるTCRが検出され得る。この観察と一致して、HLA-A*24:02(A81L)を発現するaAPCは、TIL由来の抗原特異的T細胞の増殖を増やした。低親和性TCRを検出するスーパーアゴニスト多量体の能力は抗原特異的T細胞を増殖させるaAPCの能力と併せて、腫瘍抗原に由来する任意の所与のエピトープに対する高親和性及び低親和性のT細胞レパートリーの双方をより強力に精査できるようになる可能性がある。
【0227】
全体として、これらのデータは、pHLA免疫原性を高めるための新規の方法を提示し、HLA結合ポケットの修飾を使用して、抗原拘束性を維持しながら、広範なペプチドに対するT細胞の活性化と増殖を高めることができることを示している。特定のA81L置換は81位にAlaを含有するHLAクラスI対立遺伝子に直接適用され得る。すなわち、A24スーパータイプ(HLA-A*23及びHLA-A*24対立遺伝子)のメンバー、と同様にA01-(HLA-A*25、HLA-A*31、HLA-A*32対立遺伝子)、B07-(HLA-B*51対立遺伝子)、B44-(HLA-B*44対立遺伝子)及びB58-(HLA-B*58対立遺伝子)のスーパータイプと同様にHLA-A*24:02とFポケットペプチド特異性を共有するが、特定のスーパータイプ(HLA-B*13、HLA-B*=38、HLA-B*49、HLA-B*52、HLA-B*53、HLA-B*57)には当てはまらない対立遺伝子の種々のメンバーの大部分(2)。他の対立遺伝子については、81位以降の結晶構造誘導修飾を適用することで、各ペプチドエピトープに対してヘテロクリット性ペプチドを個別に開発するという煩わしさを軽減し得る。
図1
図2
図3A
図3B
図3C
図3D
図4A
図4B
図5
図6
図7
【配列表】
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【国際調査報告】