特表 2024-542977 液体生検によって検出される新規キナーゼ融合

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-11-19

(54)【発明の名称】液体生検によって検出される新規キナーゼ融合

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6813 20180101AFI20241112BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20241112BHJP

   C12Q 1/6876 20180101ALI20241112BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20241112BHJP

   C07K 16/18 20060101ALI20241112BHJP

   C12Q 1/6841 20180101ALI20241112BHJP

   C12N 15/12 20060101ALI20241112BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20241112BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20241112BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20241112BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20241112BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20241112BHJP

   C12M 1/34 20060101ALI20241112BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20241112BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20241112BHJP

   A61P 35/02 20060101ALI20241112BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20241112BHJP

   A61K 35/17 20150101ALI20241112BHJP

   A61K 35/15 20150101ALI20241112BHJP

   A61K 31/7105 20060101ALI20241112BHJP

   A61K 31/713 20060101ALI20241112BHJP

   G01N 33/53 20060101ALI20241112BHJP

   G01N 33/574 20060101ALI20241112BHJP

   C40B 40/06 20060101ALN20241112BHJP

   C12N 15/113 20100101ALN20241112BHJP

   C12N 5/0783 20100101ALN20241112BHJP

   C12N 5/0786 20100101ALN20241112BHJP

   C12N 5/0781 20100101ALN20241112BHJP

   C12N 5/0784 20100101ALN20241112BHJP

   C12N 15/62 20060101ALN20241112BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6813 Z

C12Q1/6869 Z ZNA

C12Q1/6876 Z

C12Q1/686 Z

C07K16/18

C12Q1/6841 Z

C12N15/12

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

C12M1/34 Z

A61K45/00 101

A61P35/00

A61P35/02

A61P43/00 111

A61K35/17

A61K35/15

A61K31/7105

A61K31/713

G01N33/53 M

G01N33/574 A

C40B40/06

C12N15/113 Z

C12N5/0783

C12N5/0786

C12N5/0781

C12N5/0784

C12N15/62 Z

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024524983

(86)(22)【出願日】2022-10-28

(85)【翻訳文提出日】2024-06-14

(86)【国際出願番号】 US2022078934

(87)【国際公開番号】W WO2023077104

(87)【国際公開日】2023-05-04

(31)【優先権主張番号】63/273,794

(32)【優先日】2021-10-29

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＪＡＶＡ

２．ＰＹＴＨＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】517192663

【氏名又は名称】ファウンデーション・メディシン・インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110002077

【氏名又は名称】園田・小林弁理士法人

(72)【発明者】

【氏名】リー， ジェシカ ケー．

(72)【発明者】

【氏名】シュロック， アレクサ ビー．

(72)【発明者】

【氏名】ハザー－レシナム， メリカ

(72)【発明者】

【氏名】オックスナード， ジェフリー アール．

【テーマコード（参考）】

4B029

4B063

4B065

4C084

4C086

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B029AA07

4B029BB20

4B029FA12

4B063QA01

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR55

4B063QR62

4B063QS25

4B063QS34

4B065AA01X

4B065AA01Y

4B065AA57X

4B065AA57Y

4B065AA72X

4B065AA72Y

4B065AA83X

4B065AA83Y

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA46

4C084AA17

4C084NA14

4C084NA20

4C084ZB261

4C084ZB271

4C084ZC202

4C086AA01

4C086AA02

4C086EA16

4C086MA01

4C086MA04

4C086NA14

4C086ZB26

4C086ZB27

4C087AA01

4C087AA02

4C087BB63

4C087NA14

4C087ZB26

4C087ZB27

4H045AA10

4H045AA30

4H045AA40

4H045BA41

4H045CA40

4H045DA75

4H045EA50

4H045FA72

4H045FA74

(57)【要約】

キナーゼ融合核酸分子及びポリペプチド、がんにおけるキナーゼ融合核酸分子及びポリペプチドの検出に関連する方法、並びにそれらに関連する治療方法及び使用が、本明細書で提供される。キナーゼ融合核酸分子又はポリペプチドの検出は、抗がん療法での治療から利益を得ることができる個体を特定するために使用され得る。
【選択図】図２Ｂ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定する方法であって、前記方法が、前記個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、
前記試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの検出が、前記個体を、前記抗がん療法を含む前記治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法。

【請求項2】

がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、前記方法が、前記個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、
前記試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの検出が、前記個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法。

【請求項3】

がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）前記個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）前記試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの検出に少なくとも部分的に基づいて前記個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、前記１つ以上の治療選択肢が、抗がん療法を含む、生成することと、を含む、方法。

【請求項4】

がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、
（ｂ）前記知識に少なくとも部分的に基づいて、前記個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、前記１つ以上の治療選択肢が抗がん療法を含む、レポートを生成することと、を含む、方法。

【請求項5】

がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、前記方法が、前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
前記知識の前記取得に応答して、（ｉ）前記個体が、抗がん療法を含む治療を受容する候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）前記個体が、抗がん療法を含む治療に応答する可能性が高いとして特定される、方法。

【請求項6】

がんを有する個体の生存を予測する方法であって、前記方法が、前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
前記知識の前記取得に応答して、前記個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される、方法。

【請求項7】

抗がん療法を含む治療で治療されたがんを有する個体の生存を予測する方法であって、前記方法が、前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
前記知識の前記取得に応答して、前記個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを示さないがんを有する個体と比較してより長い生存を有すると予測される、方法。

【請求項8】

がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、
（ｂ）前記知識に応答して、有効量の抗がん療法を含む治療を前記個体に投与することと、を含む、方法。

【請求項9】

がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、前記方法が、がんを有する個体に、有効量の抗がん療法を含む治療を投与することを含み、前記抗がん療法が、前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することに応答して投与され、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【請求項10】

がんを有する個体を監視、評価、又はスクリーニングする方法であって、前記方法が、前記個体からの試料における融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
前記知識の前記取得に応答して、前記個体が、前記個体に投与された以前の抗がん療法に対する獲得抵抗性を有すると予測され、前記個体が、抗がん療法に応答すると予測され、かつ／又は前記個体が、前記融合核酸分子若しくは前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体と比較して予後不良を有すると予測される、方法。

【請求項11】

個体におけるがんにおける融合核酸分子又は融合ポリペプチドを評価する方法であって、
（ａ）前記個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの評価を提供することと、を含む、方法。

【請求項12】

融合核酸分子又は融合ポリペプチドを検出する方法であって、がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含む、方法。

【請求項13】

個体におけるがんの存在又は非存在を検出する方法であって、前記方法が、
（ａ）前記個体からの試料における前記がんの存在又は非存在を検出することと、
（ｂ）前記個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、を含む、方法。

【請求項14】

前記個体からの試料における前記がんの存在を検出することを含む、請求項１３に記載の方法。

【請求項15】

前記個体からの試料において、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの存在を検出することを含む、請求項１３に記載の方法。

【請求項16】

個体におけるがんの進行又は再発を監視するための方法であって、前記方法が、
（ａ）第１の時点で前記個体から得られた第１の試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、
（ｂ）前記第１の時点後の第２の時点で前記個体から得られた第２の試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、
（ｃ）前記第１の試料及び／又は前記第２の試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの存在又は非存在に少なくとも部分的に基づく前記個体におけるがん進行又はがん再発の評価を提供することと、を含み、

（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【請求項17】

前記第１の試料及び／又は前記第２の試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの存在が、前記個体を、がん進行又はがん再発の増加したリスクを有するとして特定する、請求項１６に記載の方法。

【請求項18】

前記方法が、前記第１の試料及び／又は前記第２の試料における前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、前記個体のための治療を選択すること、前記個体に治療を投与すること、前記個体のための治療を調整すること、前記個体のための治療の用量を調整すること、又は前記個体に治療を適用することを更に含み、前記治療が、抗がん療法を含む、請求項１６に記載の方法。

【請求項19】

融合核酸分子を検出する方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料から得られた複数の核酸分子を提供することであって、前記複数の核酸分子が、融合核酸分子に対応する核酸分子を含み、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、提供することと、
（ｂ）任意選択的に、１つ以上のアダプターを、前記複数の核酸分子からの１つ以上の核酸分子上に連結することと、
（ｃ）任意選択的に、前記複数の核酸分子からの１つ以上の連結された核酸分子を増幅することと、
（ｄ）任意選択的に、増幅された核酸分子から前記増幅された核酸分子を捕捉することと、
（ｅ）シーケンサーによって、前記捕捉された核酸分子を配列決定して、前記捕捉された核酸分子を表す複数の配列リードを得ることであって、前記複数の配列リードのうちの１つ以上が、前記融合核酸分子に対応する、得ることと、
（ｆ）前記複数の配列リードを分析することと、
（ｇ）前記分析に基づいて、前記試料における前記融合核酸分子の存在又は非存在を検出することと、を含む、方法。

【請求項20】

１つ以上のプロセッサにおいて、前記複数の配列リードについての配列リードデータを受信することを更に含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項21】

前記複数の配列リードを前記分析することが、前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記融合核酸分子に対応する配列リードの存在又は非存在を特定することを含む、請求項２０に記載の方法。

【請求項22】

前記増幅された核酸分子が、１つ以上のベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉される、請求項１９に記載の方法。

【請求項23】

融合核酸分子を検出する方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料を提供することであって、前記試料が、複数の核酸分子を含む、提供すること、
（ｂ）前記試料における前記複数の核酸分子から核酸配列決定ライブラリを調製すること、
（ｃ）前記ライブラリを増幅すること、
（ｄ）前記ライブラリにおける融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子を選択的に濃縮して、濃縮された試料を産生することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、産生すること、
（ｅ）前記濃縮された試料を配列決定し、それによって、複数の配列リードを生成すること、
（ｆ）前記複数の配列リードを前記融合核酸分子の存在について分析すること、
（ｇ）分析ステップに基づいて、前記個体からの前記試料における前記融合核酸分子の存在又は非存在を検出すること、を含む、方法。

【請求項24】

前記複数の核酸分子が、がん核酸分子と非がん核酸分子との混合物を含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項25】

前記がん核酸分子が、不均一組織生検試料の腫瘍部分に由来し、前記非がん核酸分子が、前記不均一組織生検試料の正常部分に由来する、請求項２４に記載の方法。

【請求項26】

前記試料が、液体生検試料を含み、前記がん核酸分子が、前記液体生検試料の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分に由来し、前記非がん核酸分子が、前記液体生検試料の非腫瘍及び／又はセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）画分に由来する、請求項２４に記載の方法。

【請求項27】

前記１つ以上のアダプターが、増幅プライマー、フローセルアダプター配列、基質アダプター配列、又は試料インデックス配列を含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項28】

前記選択的に濃縮することが、（ａ）１つ以上のベイト分子を前記ライブラリと組み合わせ、それによって、前記１つ以上のベイト分子を、前記融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）前記核酸ハイブリッドを単離して、前記濃縮された試料を産生することと、を含む、請求項２３に記載の方法。

【請求項29】

前記捕捉された核酸分子が、１つ以上のベイト分子へのハイブリダイゼーションによって前記増幅された核酸分子から捕捉される、請求項１９に記載の方法。

【請求項30】

前記増幅することが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅技法、非ＰＣＲ増幅技法、又は等温増幅技法を実行することを含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項31】

前記配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項32】

前記配列決定が、超並列配列決定技法を含み、前記超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、請求項３１に記載の方法。

【請求項33】

前記シーケンサーが、次世代シーケンサーを含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項34】

前記融合核酸分子の存在又は非存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、前記個体についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項35】

前記個体についての前記ゲノムプロファイルが、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む、請求項３４に記載の方法。

【請求項36】

前記個体についての前記ゲノムプロファイルが、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む、請求項３４に記載の方法。

【請求項37】

前記方法が、前記生成されたゲノムプロファイルに基づいて、前記個体のための治療を選択すること、前記個体に治療を投与すること、又は前記個体に治療を適用することを更に含み、前記治療が、抗がん療法を含む、請求項３４に記載の方法。

【請求項38】

前記試料における前記融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む、請求項１９に記載の方法。

【請求項39】

前記１つ以上のプロセッサによって、前記試料における前記融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項40】

前記レポートを医療提供者に送信することを更に含む、請求項３８に記載の方法。

【請求項41】

前記レポートが、コンピュータネットワーク又はピアツーピア接続を介して送信される、請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

がんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行う方法であって、前記方法が、前記個体から得られた試料においてＤＮＡ配列決定を実行して、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１のうちの１つ以上、又はそれらの任意の組み合わせを含む遺伝子の群における配列決定変異プロファイルを決定することを含み、前記配列決定変異プロファイルが、融合核酸分子の存在又は非存在を特定し、
（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【請求項43】

前記候補治療が、抗がん療法を含む、請求項４２に記載の方法。

【請求項44】

前記試料における前記融合核酸分子の存在が、前記個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、請求項４３に記載の方法。

【請求項45】

前記試料における前記融合核酸分子の存在が、前記個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、前記融合核酸分子を含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測する、請求項４３に記載の方法。

【請求項46】

前記配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む、請求項４２に記載の方法。

【請求項47】

前記配列決定が、超並列配列決定技法を含み、前記超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、請求項４６に記載の方法。

【請求項48】

前記配列決定変異プロファイルが、切断点又は融合接合部を含む前記融合核酸分子の断片の存在又は非存在を特定する、請求項４２に記載の方法。

【請求項49】

がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）有効量の抗がん療法を含む治療を前記個体に投与することと、を含む、方法。

【請求項50】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子が、表３に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、請求項１に記載の方法。

【請求項51】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である、請求項１に記載の方法。

【請求項52】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、固形腫瘍である、請求項１に記載の方法。

【請求項53】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、血液悪性腫瘍である、請求項１に記載の方法。

【請求項54】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、Ｂ細胞がん、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である、請求項１に記載の方法。

【請求項55】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能（ＮＯＳ）乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである、請求項１に記載の方法。

【請求項56】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表４に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、請求項１に記載の方法。

【請求項57】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表５に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、前記融合核酸分子が、表５に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、請求項１に記載の方法。

【請求項58】

請求項１に記載の方法であって、
（ｉ）前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、
（ｉｉ）前記融合核酸分子が、表６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、請求項１に記載の方法。

【請求項59】

前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１に記載の方法。

【請求項60】

前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１に記載の方法。

【請求項61】

前記抗がん療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、前記融合核酸分子若しくは前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを含むがんのための治療、臨床治験において試験されているがんのための治療、標的療法、前記融合核酸分子若しくは前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを含むがんのための臨床治験において試験されている治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１に記載の方法。

【請求項62】

前記抗がん療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１に記載の方法。

【請求項63】

前記キナーゼ阻害剤が、マルチキナーゼ阻害剤、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＮＴＲＫ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１特異的阻害剤である、請求項６２に記載の方法。

【請求項64】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項６１に記載の方法。

【請求項65】

前記核酸が、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項６１に記載の方法。

【請求項66】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項６１に記載の方法。

【請求項67】

前記個体からの試料において、１つ以上の遺伝子における塩基置換、短い挿入／欠失（インデル）、コピー数変化、又はゲノム再編成の知識を取得すること、又はそれを検出することを更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項68】

前記個体が、以前の抗がん治療を受容したことがあるか、又は抗がん治療で治療されている、請求項１に記載の方法。

【請求項69】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、前記抗がん治療に対する前記がんの抵抗性を付与する、請求項６８に記載の方法。

【請求項70】

前記抗がん治療が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、臨床治験において試験されているがんのための治療、免疫療法、化学療法、標的療法、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項６８に記載の方法。

【請求項71】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項７０に記載の方法。

【請求項72】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項７０に記載の方法。

【請求項73】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項74】

前記ＡＬＫ融合核酸分子が、ＡＬＫ融合ポリペプチドをコードする、請求項７３に記載の方法。

【請求項75】

コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、ＡＬＫキナーゼドメイン、又はＡＬＫキナーゼ活性を有するＡＬＫキナーゼドメインの断片を含む、請求項７４に記載の方法。

【請求項76】

前記コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、ＡＬＫキナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＡＬＫキナーゼ活性が、構成的である、請求項７４に記載の方法。

【請求項77】

前記コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項７４に記載の方法。

【請求項78】

前記コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項７４に記載の方法。

【請求項79】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｒ７４８Ｋ、Ｔ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｓ、及び／若しくはＤ７６１Ｎアミノ酸置換をもたらす変異、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅、コードされたＭＥＴポリペプチドにおけるＤ１２２８Ｈアミノ酸置換をもたらす変異、又は両方である、変異；
（ｅ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＮＦ１トランケーションである、変異；
（ｆ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＡ１４６Ｐアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＩ１０３＿Ｋ１０４ｄｅｌ変異をもたらす変異である、変異；
（ｈ）ＡＬＫ変異であって、任意選択的に、前記ＡＬＫ変異が、ＡＬＫ抵抗性変異であり、任意選択的に、前記ＡＬＫ抵抗性変異が、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＧ１２６９Ａ、Ｇ１２０２Ｒ、Ｉ１１７１Ｓ、Ｉ１１７１Ｔ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｔ１１５１Ｍ、Ｓ１２０６Ｙ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｄ１２０３Ｎ、Ｆ１１７４Ｃ、Ｌ１１５２Ｒ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｌ１１９８Ｆ、Ｃ１１５６Ｙ、Ｔ１１５１＿Ｌ１１５２ｉｎｓＴ、Ｖ１１８０Ｌ、Ｇ１２０２Ｌ、及び／若しくはＳ１２０６Ａアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ変異；あるいは
（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項７３に記載の方法。

【請求項80】

前記方法が、前記個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、前記ＡＬＫ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＰＬＥＫＨＡ７融合核酸分子である、請求項７３に記載の方法。

【請求項81】

前記がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項８０に記載の方法。

【請求項82】

前記個体が、エルロチニブ、アファチニブ、及び／又はオシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた、請求項８０に記載の方法。

【請求項83】

前記個体が、エルロチニブでの治療の部分奏効を示し、かつ／又は前記個体が、オシメルチニブでの治療の部分奏効を示した、請求項８２に記載の方法。

【請求項84】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項７３に記載の方法。

【請求項85】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項７３に記載の方法。

【請求項86】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＮＦ１標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与する、請求項７３に記載の方法。

【請求項87】

前記方法が、前記個体からの試料において、
（ａ）ＡＬＫ抵抗性変異であって、任意選択的に、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｄ１２０３Ｎ、若しくはＩ１１７１Ｔアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ抵抗性変異；及び／あるいは
（ｂ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＡＬＫ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＨＩＰ１融合核酸分子である、請求項７３に記載の方法。

【請求項88】

前記試料が、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ及びＩ１１７１Ｎアミノ酸置換、又はコードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＤ１２０３Ｎ及びＩ１１７１Ｔアミノ酸置換をもたらす１つ以上のＡＬＫ遺伝子変異を含む、請求項８７に記載の方法。

【請求項89】

前記試料が、ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異を含む、請求項８８に記載の方法。

【請求項90】

前記がんが、原発不明がん腫である、請求項８７に記載の方法。

【請求項91】

前記抗がん療法が、ＡＬＫ標的療法である、請求項７３に記載の方法。

【請求項92】

前記ＡＬＫ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＡＬＫ標的療法、臨床治験において試験されているＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項９１に記載の方法。

【請求項93】

前記ＡＬＫ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項９１に記載の方法。

【請求項94】

前記ＡＬＫ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項９１に記載の方法。

【請求項95】

前記ＡＬＫ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＡＬＫ特異的阻害剤である、請求項９３に記載の方法。

【請求項96】

前記キナーゼ阻害剤が、ＡＬＫポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項９３に記載の方法。

【請求項97】

前記ＡＬＫ標的療法が、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、ＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）、ＣＴ－７０７、ＷＸ－０５９３、アルコチニブ、ＳＩＭ１８０３－１Ａ、ＰＬＢ１００３、ＳＡＦ－１８９ｓ、ＰＦ０３４４６９６２、ＴＱ－Ｂ３１０１、ＡＰＧ－２４４９、Ｘ－３７６、ＣＥＰ－２８１２２、及びＧＳＫ１８３８７０５Ａのうちの１つ以上を含む、請求項９１に記載の方法。

【請求項98】

前記核酸が、前記ＡＬＫ融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項９２に記載の方法。

【請求項99】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項９２に記載の方法。

【請求項100】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項９２に記載の方法。

【請求項101】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項102】

前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドをコードする、請求項１０１に記載の方法。

【請求項103】

前記コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、ＢＲＡＦキナーゼドメイン、又はＢＲＡＦキナーゼ活性を有するＢＲＡＦキナーゼドメインの断片を含む、請求項１０２に記載の方法。

【請求項104】

前記コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、ＢＲＡＦキナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＢＲＡＦキナーゼ活性が、構成的である、請求項１０２に記載の方法。

【請求項105】

前記コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１０２に記載の方法。

【請求項106】

前記コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１０２に記載の方法。

【請求項107】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、並びに／又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ、Ｓ４９２Ｒ、及び／若しくはＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅である、変異；
（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ若しくはＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異、及び／又はＩ１１１Ｔ若しくはＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｆ）ＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、Ｆ９４５ｆｓ＊９変異である、変異；
（ｈ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｉ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項１０１に記載の方法。

【請求項108】

前記方法が、前記個体からの試料において、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅；並びに
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＳＮＤ１融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項109】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びに
ＭＥＴ遺伝子増幅の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＺＣ３ＨＡＶ１融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項110】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ変異及び／又はＩ１１１Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異；並びに
ＮＦ１遺伝子におけるＦ９４５ｆｓ＊９変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＭＫＲＮ１融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項111】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＤＥＮＮＤ２Ａ融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項112】

前記がんが、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）；５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）；並びに／又はレゴラフェニブで以前に治療されていた、請求項１１１に記載の方法。

【請求項113】

前記方法が、前記個体からの試料において、
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；及び
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項114】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項１０８に記載の方法。

【請求項115】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ－ＧＯＬＧＡ３融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項116】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項１１５に記載の方法。

【請求項117】

前記がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項１１５に記載の方法。

【請求項118】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＡＫＡＰ９融合核酸分子である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項119】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項１１８に記載の方法。

【請求項120】

前記がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項１１８に記載の方法。

【請求項121】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項122】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項１０１に記載の方法。

【請求項123】

前記抗がん療法が、ＢＲＡＦ標的療法である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項124】

前記ＢＲＡＦ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＢＲＡＦ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ標的療法、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１２３に記載の方法。

【請求項125】

前記ＢＲＡＦ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１２３に記載の方法。

【請求項126】

前記ＢＲＡＦ標的療法が、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である、請求項１２３に記載の方法。

【請求項127】

前記ＢＲＡＦ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＢＲＡＦ特異的阻害剤である、請求項１２３に記載の方法。

【請求項128】

前記キナーゼ阻害剤が、ＢＲＡＦポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項１２５に記載の方法。

【請求項129】

前記ＢＲＡＦ標的療法が、ソラフェニブ、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ－３６０３、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６）、エンコラフェニブ（ＬＧＸ８１８）、ＧＤＣ－０８７９、ＲＡＦ２６５、ＸＬ２８１、ＡＲＱ７３６、ＢＡＹ７３－４５０６、ベムラフェニブ、コビメチニブ、ビニメチニブ、レゴラフェニブ、セルメチニブ、トラメチニブ、又はＢＡＹ ４３－９００６のうちの１つ以上を含む、請求項１２３に記載の方法。

【請求項130】

前記核酸が、前記ＢＲＡＦ融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項１２４に記載の方法。

【請求項131】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１２４に記載の方法。

【請求項132】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項１２４に記載の方法。

【請求項133】

前記融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項134】

前記ＥＧＦＲ融合核酸分子が、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドをコードする、請求項１３３に記載の方法。

【請求項135】

前記コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲキナーゼドメイン、又はＥＧＦＲキナーゼ活性を有するＥＧＦＲキナーゼドメインの断片を含む、請求項１３４に記載の方法。

【請求項136】

前記コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲキナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲキナーゼ活性が、構成的である、請求項１３４に記載の方法。

【請求項137】

前記コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１３４に記載の方法。

【請求項138】

前記コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１３４に記載の方法。

【請求項139】

前記個体からの試料において、
（ａ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｂ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｃ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項１３３に記載の方法。

【請求項140】

前記方法が、前記個体からの試料において、
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びに／あるいは
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ－ＰＤＥ７Ａ融合核酸分子である、請求項１３３に記載の方法。

【請求項141】

前記抗がん療法が、ＥＧＦＲ標的療法である、請求項１３３に記載の方法。

【請求項142】

前記ＥＧＦＲ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＧＦＲ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ標的療法、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１４１に記載の方法。

【請求項143】

前記ＥＧＦＲ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１４１に記載の方法。

【請求項144】

前記ＥＧＦＲ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１４１に記載の方法。

【請求項145】

前記ＥＧＦＲ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ特異的阻害剤である、請求項１４１に記載の方法。

【請求項146】

前記キナーゼ阻害剤が、ＥＧＦＲポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項１４３に記載の方法。

【請求項147】

前記ＥＧＦＲ標的療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ、又はエルロチニブのうちの１つ以上を含む、請求項１４１に記載の方法。

【請求項148】

前記核酸が、前記ＥＧＦＲ融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項１４２に記載の方法。

【請求項149】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１４２に記載の方法。

【請求項150】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項１４２に記載の方法。

【請求項151】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＥＲＢＢ２融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項152】

前記ＥＲＢＢ２融合核酸分子が、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドをコードする、請求項１５１に記載の方法。

【請求項153】

前記コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、ＥＲＢＢ２キナーゼドメイン、又はＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有するＥＲＢＢ２キナーゼドメインの断片を含む、請求項１５２に記載の方法。

【請求項154】

前記コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＥＲＢＢ２キナーゼ活性が、構成的である、請求項１５２に記載の方法。

【請求項155】

前記コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１５２に記載の方法。

【請求項156】

前記コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１５２に記載の方法。

【請求項157】

前記抗がん療法が、ＥＲＢＢ２標的療法である、請求項１５１に記載の方法。

【請求項158】

前記ＥＲＢＢ２標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２標的療法、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１５７に記載の方法。

【請求項159】

前記ＥＲＢＢ２標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１５７に記載の方法。

【請求項160】

前記ＥＲＢＢ２標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１５７に記載の方法。

【請求項161】

前記ＥＲＢＢ２標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＲＢＢ２特異的阻害剤である、請求項１５７に記載の方法。

【請求項162】

前記キナーゼ阻害剤が、ＥＲＢＢ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項１５９に記載の方法。

【請求項163】

前記ＥＲＢＢ２標的療法が、アファチニブ、ＴＡＫ－２８５、ネラチニブ、ダコミチニブ、ＢＭＳ－６９０５１４、ＢＭＳ－５９９６２６、ペリチニブ、ＣＰ－７２４７１４、ラパチニブ、ＴＡＫ－１６５、ＡＲＲＹ－３８０、ＡＺＤ８９３１、ＡＶ－２０３、ＡＭＧ－８８８、ＭＭ－１１１、ＭＭ－１２１、ＭＭ－１４１、ＬＪＭ７１６、ＲＥＧＮ１４００、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、ＲＧ７１１６、トラスツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ペルツズマブ、又はＡＰＣ ８０２４のうちの１つ以上を含む、請求項１５７に記載の方法。

【請求項164】

前記核酸が、前記ＥＲＢＢ２融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項１５８に記載の方法。

【請求項165】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１５８に記載の方法。

【請求項166】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項１５８に記載の方法。

【請求項167】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ１融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項168】

前記ＦＧＦＲ１融合核酸分子が、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドをコードする、請求項１６７に記載の方法。

【請求項169】

前記コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ１キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ１キナーゼドメインの断片を含む、請求項１６８に記載の方法。

【請求項170】

前記コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＦＧＦＲ１キナーゼ活性が、構成的である、請求項１６８に記載の方法。

【請求項171】

前記コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１６８に記載の方法。

【請求項172】

前記コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１６８に記載の方法。

【請求項173】

前記抗がん療法が、ＦＧＦＲ１標的療法である、請求項１６７に記載の方法。

【請求項174】

前記ＦＧＦＲ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１７３に記載の方法。

【請求項175】

前記ＦＧＦＲ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１７３に記載の方法。

【請求項176】

前記ＦＧＦＲ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１７３に記載の方法。

【請求項177】

前記ＦＧＦＲ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ１特異的阻害剤である、請求項１７３に記載の方法。

【請求項178】

前記キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項１７５に記載の方法。

【請求項179】

前記ＦＧＦＲ１標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３）、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む、請求項１７３に記載の方法。

【請求項180】

前記核酸が、前記ＦＧＦＲ１融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項１７４に記載の方法。

【請求項181】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１７４に記載の方法。

【請求項182】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項１７４に記載の方法。

【請求項183】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ２融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項184】

前記ＦＧＦＲ２融合核酸分子が、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドをコードする、請求項１８３に記載の方法。

【請求項185】

前記コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ２キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ２キナーゼドメインの断片を含む、請求項１８４に記載の方法。

【請求項186】

前記コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＦＧＦＲ２キナーゼ活性が、構成的である、請求項１８４に記載の方法。

【請求項187】

前記コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項１８４に記載の方法。

【請求項188】

前記コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項１８４に記載の方法。

【請求項189】

前記個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｌ８３３Ｖ、及び／又はＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす、ＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、請求項１８３に記載の方法。

【請求項190】

前記個体が、エルロチニブでのがんの治療を以前に受容したことがある、請求項１８９に記載の方法。

【請求項191】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１８３に記載の方法。

【請求項192】

前記融合核酸分子及び／又は前記コードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項１８３に記載の方法。

【請求項193】

前記抗がん療法が、ＦＧＦＲ２標的療法である、請求項１８３に記載の方法。

【請求項194】

前記ＦＧＦＲ２標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項１９３に記載の方法。

【請求項195】

前記ＦＧＦＲ２標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項１９３に記載の方法。

【請求項196】

前記ＦＧＦＲ２標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項１９３に記載の方法。

【請求項197】

前記ＦＧＦＲ２標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ２特異的阻害剤である、請求項１９３に記載の方法。

【請求項198】

前記キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項１９５に記載の方法。

【請求項199】

前記ＦＧＦＲ２標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ホルモノネチン、ＲＯ４３８３５９６、Ｋｉ２３０５７、ＳＵ５４０２、ＲＬＹ－４００８、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む、請求項１９３に記載の方法。

【請求項200】

前記核酸が、前記ＦＧＦＲ２融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項１９４に記載の方法。

【請求項201】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１９４に記載の方法。

【請求項202】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項１９４に記載の方法。

【請求項203】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ３融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項204】

前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドをコードする、請求項２０３に記載の方法。

【請求項205】

前記コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ３キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ３キナーゼドメインの断片を含む、請求項２０４に記載の方法。

【請求項206】

前記コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＦＧＦＲ３キナーゼ活性が、構成的である、請求項２０４に記載の方法。

【請求項207】

前記コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項２０４に記載の方法。

【請求項208】

前記コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項２０４に記載の方法。

【請求項209】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｇ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項２０３に記載の方法。

【請求項210】

前記方法が、前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｆ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｈ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項211】

前記がんが、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、又は乳がんである、請求項２１０に記載の方法。

【請求項212】

前記試料が、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失を含む、請求項２１０に記載の方法。

【請求項213】

前記試料が、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ及び／又はＥ７０９Ｋアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異を含む、請求項２１０に記載の方法。

【請求項214】

前記個体が、アファチニブ及び／又はセツキシマブでのがんの治療を以前に受容していた、請求項２１０に記載の方法。

【請求項215】

前記個体が、アファチニブ及び／又はセツキシマブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した、請求項２１４に記載の方法。

【請求項216】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項217】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２１６に記載の方法。

【請求項218】

前記がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項２１６に記載の方法。

【請求項219】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項220】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２１９に記載の方法。

【請求項221】

前記がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項２１９に記載の方法。

【請求項222】

前記試料が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異を含み、前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２１１に記載の方法。

【請求項223】

前記試料が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子を含み、前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２１１に記載の方法。

【請求項224】

前記個体が、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた、請求項２２２に記載の方法。

【請求項225】

前記個体からの試料において、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、請求項２２２に記載の方法。

【請求項226】

前記試料が、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異、並びにコードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらすＡＫＴ１遺伝子変異を含み、前記がんが、乳がんである、請求項２１１に記載の方法。

【請求項227】

前記がんが、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）及び／又はプロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）である、請求項２２６に記載の方法。

【請求項228】

前記がんが、エベロリムス、デノスマブ、及び／又はフルベストラントで以前に治療されていた、請求項２２６に記載の方法。

【請求項229】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ホルモン抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与する、請求項２０３に記載の方法。

【請求項230】

前記方法が、前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／若しくはＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）及び（ｂ）の両方の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１融合核酸分子である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項231】

前記がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項２３０に記載の方法。

【請求項232】

前記試料が、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子変異を含む、請求項２３１に記載の方法。

【請求項233】

前記個体が、オシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた、請求項２３２に記載の方法。

【請求項234】

前記個体が、オシメルチニブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した、請求項２３３に記載の方法。

【請求項235】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項236】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項２０３に記載の方法。

【請求項237】

前記抗がん療法が、ＦＧＦＲ３標的療法である、請求項２０３に記載の方法。

【請求項238】

前記ＦＧＦＲ３標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項２３７に記載の方法。

【請求項239】

前記ＦＧＦＲ３標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項２３７に記載の方法。

【請求項240】

前記ＦＧＦＲ３標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項２３７に記載の方法。

【請求項241】

前記ＦＧＦＲ３標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ３特異的阻害剤である、請求項２３７に記載の方法。

【請求項242】

前記キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ３ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項２３９に記載の方法。

【請求項243】

前記ＦＧＦＲ３標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ＰＫＣ４１２、ボファタマブ（Ｂ－７０）、パゾパニブ、又はＭＦＧＲ１８７７Ｓのうちの１つ以上を含む、請求項２３７に記載の方法。

【請求項244】

前記核酸が、前記ＦＧＦＲ３融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項２３８に記載の方法。

【請求項245】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項２３８に記載の方法。

【請求項246】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項２３８に記載の方法。

【請求項247】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項248】

前記ＭＥＴ融合核酸分子が、ＭＥＴ融合ポリペプチドをコードする、請求項２４７に記載の方法。

【請求項249】

前記コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、ＭＥＴキナーゼドメイン、又はＭＥＴキナーゼ活性を有するＭＥＴキナーゼドメインの断片を含む、請求項２４８に記載の方法。

【請求項250】

前記コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、ＭＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＭＥＴキナーゼ活性が、構成的である、請求項２４８に記載の方法。

【請求項251】

前記コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項２４８に記載の方法。

【請求項252】

前記コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項２４８に記載の方法。

【請求項253】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／若しくはＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；並びに／あるいは
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項２４７に記載の方法。

【請求項254】

前記方法が、前記個体からの試料において、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異；並びに
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＭＥＴ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ－ＳＮＲＮＰ７０融合核酸分子である、請求項２４７に記載の方法。

【請求項255】

前記個体からの試料において、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、請求項２５４に記載の方法。

【請求項256】

前記個体が、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた、請求項２５４に記載の方法。

【請求項257】

前記方法が、前記個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅；及び野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、前記ＭＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２融合核酸分子である、請求項２４７に記載の方法。

【請求項258】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２５４に記載の方法。

【請求項259】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項２４７に記載の方法。

【請求項260】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項２４７に記載の方法。

【請求項261】

前記抗がん療法が、ＭＥＴ標的療法である、請求項２４７に記載の方法。

【請求項262】

前記ＭＥＴ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＭＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＭＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＭＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項２６１に記載の方法。

【請求項263】

前記ＭＥＴ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項２６１に記載の方法。

【請求項264】

前記ＭＥＴ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項２６１に記載の方法。

【請求項265】

前記ＭＥＴ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＭＥＴ特異的阻害剤である、請求項２６１に記載の方法。

【請求項266】

前記キナーゼ阻害剤が、ＭＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項２６３に記載の方法。

【請求項267】

前記ＭＥＴ標的療法が、ＰＨＡ－６６５７５２、クリゾチニブ、カボザンチニブ、又はカプマチニブ（ＩＮＣ２８０）を含む、請求項２６１に記載の方法。

【請求項268】

前記核酸が、前記ＭＥＴ融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項２６２に記載の方法。

【請求項269】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項２６２に記載の方法。

【請求項270】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項２６２に記載の方法。

【請求項271】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項272】

前記ＲＡＦ１融合核酸分子が、ＲＡＦ１融合ポリペプチドをコードする、請求項２７１に記載の方法。

【請求項273】

前記コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、ＲＡＦ１キナーゼドメイン、又はＲＡＦ１キナーゼ活性を有するＲＡＦ１キナーゼドメインの断片を含む、請求項２７２に記載の方法。

【請求項274】

前記コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、ＲＡＦ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＲＡＦ１キナーゼ活性が、構成的である、請求項２７２に記載の方法。

【請求項275】

前記コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項２７２に記載の方法。

【請求項276】

前記コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項２７２に記載の方法。

【請求項277】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｂ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／若しくはＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｆ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項２７１に記載の方法。

【請求項278】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＲＡＦ１融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１－ＳＹＮ２融合核酸分子である、請求項２７７に記載の方法。

【請求項279】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２７８に記載の方法。

【請求項280】

前記がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項２７８に記載の方法。

【請求項281】

前記方法が、前記個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
前記ＲＡＦ１融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１融合核酸分子である、請求項２７７に記載の方法。

【請求項282】

前記がんが、結腸直腸がんである、請求項２８１に記載の方法。

【請求項283】

前記がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、請求項２８１に記載の方法。

【請求項284】

前記抗がん療法が、ＲＡＦ１標的療法である、請求項２７１に記載の方法。

【請求項285】

前記ＲＡＦ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＡＦ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＡＦ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＡＦ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項２８４に記載の方法。

【請求項286】

前記ＲＡＦ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項２８４に記載の方法。

【請求項287】

前記ＲＡＦ１標的療法が、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である、請求項２８４に記載の方法。

【請求項288】

前記ＲＡＦ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＡＦ１特異的阻害剤である、請求項２８４に記載の方法。

【請求項289】

前記キナーゼ阻害剤が、ＲＡＦ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項２８６に記載の方法。

【請求項290】

前記ＲＡＦ１標的療法が、ソラフェニブ（ＢＡＹ４９－９００６）、ビニメチニブ、コビメチニブ、レゴラフェニブ、トラメチニブ、又はＲＡＦ２６５のうちの１つ以上を含む、請求項２８４に記載の方法。

【請求項291】

前記核酸が、前記ＲＡＦ１融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項２８５に記載の方法。

【請求項292】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項２８５に記載の方法。

【請求項293】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項２８５に記載の方法。

【請求項294】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項295】

前記ＲＥＴ融合核酸分子が、ＲＥＴ融合ポリペプチドをコードする、請求項２９４に記載の方法。

【請求項296】

前記コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、ＲＥＴキナーゼドメイン、又はＲＥＴキナーゼ活性を有するＲＥＴキナーゼドメインの断片を含む、請求項２９５に記載の方法。

【請求項297】

前記コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、ＲＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＲＥＴキナーゼ活性が、構成的である、請求項２９５に記載の方法。

【請求項298】

前記コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項２９５に記載の方法。

【請求項299】

前記コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項２９５に記載の方法。

【請求項300】

前記個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす変異、あるいは両方である、変異；
（ｂ）ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＰＴＥＮ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、請求項２９４に記載の方法。

【請求項301】

前記方法が、前記個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、前記ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＥＲＣ１融合核酸分子である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項302】

前記方法が、前記個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、及びコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、前記ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＮＣＯＡ４融合核酸分子である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項303】

前記個体が、オシメルチニブで以前に治療されていた、請求項３０２に記載の方法。

【請求項304】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項305】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する前記がんの抵抗性を付与し、任意選択的に、前記ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、請求項２９４に記載の方法。

【請求項306】

前記方法が、前記個体からの試料において、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異；コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異；コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；並びにコードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらすＰＴＥＮ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、前記ＲＥＴ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１融合核酸分子である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項307】

前記がんが、乳がんである、請求項３０６に記載の方法。

【請求項308】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＰＩ３Ｋ標的療法に対する前記がんの抵抗性を付与する、請求項２９４に記載の方法。

【請求項309】

前記方法が、前記個体からの試料において、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、前記ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＣＣＤＣ６融合核酸分子である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項310】

前記抗がん療法が、ＲＥＴ標的療法である、請求項２９４に記載の方法。

【請求項311】

前記ＲＥＴ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＲＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項３１０に記載の方法。

【請求項312】

前記ＲＥＴ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項３１０に記載の方法。

【請求項313】

前記ＲＥＴ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項３１０に記載の方法。

【請求項314】

前記ＲＥＴ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＥＴ特異的阻害剤である、請求項３１０に記載の方法。

【請求項315】

前記キナーゼ阻害剤が、ＲＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項３１２に記載の方法。

【請求項316】

前記ＲＥＴ標的療法が、セルペルカチニブ、プラルセチニブ、アレクチニブ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、又はバンデタニブのうちの１つ以上を含む、請求項３１０に記載の方法。

【請求項317】

前記核酸が、前記ＲＥＴ融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項３１１に記載の方法。

【請求項318】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項３１１に記載の方法。

【請求項319】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項３１１に記載の方法。

【請求項320】

前記融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＯＳ１融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項321】

前記ＲＯＳ１融合核酸分子が、ＲＯＳ１融合ポリペプチドをコードする、請求項３２０に記載の方法。

【請求項322】

前記コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、ＲＯＳ１キナーゼドメイン、又はＲＯＳ１キナーゼ活性を有するＲＯＳ１キナーゼドメインの断片を含む、請求項３２１に記載の方法。

【請求項323】

前記コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、ＲＯＳ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＲＯＳ１キナーゼ活性が、構成的である、請求項３２１に記載の方法。

【請求項324】

前記コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項３２１に記載の方法。

【請求項325】

前記コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項３２１に記載の方法。

【請求項326】

前記個体からの試料において、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、請求項３２０に記載の方法。

【請求項327】

前記ＲＯＳ１融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＯＳ１－ＧＯＰＣ融合核酸分子であり、前記試料が、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異を含む、請求項３２６に記載の方法。

【請求項328】

前記融合核酸分子及び／又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドが、ＰＩ３Ｋ標的療法に対する前記がんの抵抗性を付与する、請求項３２０に記載の方法。

【請求項329】

前記抗がん療法が、ＲＯＳ１標的療法である、請求項３２０に記載の方法。

【請求項330】

前記ＲＯＳ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＯＳ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＯＳ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＯＳ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項３２９に記載の方法。

【請求項331】

前記ＲＯＳ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項３２９に記載の方法。

【請求項332】

前記ＲＯＳ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項３２９に記載の方法。

【請求項333】

前記ＲＯＳ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＯＳ１特異的阻害剤である、請求項３２９に記載の方法。

【請求項334】

前記キナーゼ阻害剤が、ＲＯＳ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項３３１に記載の方法。

【請求項335】

前記ＲＯＳ１標的療法が、クリゾチニブ、ロルラチニブ、ＴＱ－Ｂ３１３９、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、ブリグチニブ、カボザンチニブ、セリチニブ、又はエヌトレクチニブのうちの１つ以上を含む、請求項３２９に記載の方法。

【請求項336】

前記核酸が、前記ＲＯＳ１融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項３３０に記載の方法。

【請求項337】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項３３０に記載の方法。

【請求項338】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項３３０に記載の方法。

【請求項339】

前記融合核酸分子が、表２及び６のうちのいずれかに列挙されるＮＴＲＫ１融合核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項340】

前記ＮＴＲＫ１融合核酸分子が、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドをコードする、請求項３３９に記載の方法。

【請求項341】

前記コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、ＮＴＲＫ１キナーゼドメイン、又はＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有するＮＴＲＫ１キナーゼドメインの断片を含む、請求項３４０に記載の方法。

【請求項342】

前記コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、前記ＮＴＲＫ１キナーゼ活性が、構成的である、請求項３４０に記載の方法。

【請求項343】

前記コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、発がん性である、請求項３４０に記載の方法。

【請求項344】

前記コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、請求項３４０に記載の方法。

【請求項345】

前記抗がん療法が、ＮＴＲＫ１標的療法である、請求項３３９に記載の方法。

【請求項346】

前記ＮＴＲＫ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１標的療法、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項３４５に記載の方法。

【請求項347】

前記ＮＴＲＫ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、請求項３４５に記載の方法。

【請求項348】

前記ＮＴＲＫ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項３４５に記載の方法。

【請求項349】

前記ＮＴＲＫ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＮＴＲＫ１特異的阻害剤である、請求項３４５に記載の方法。

【請求項350】

前記キナーゼ阻害剤が、ＮＴＲＫ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、請求項３４７に記載の方法。

【請求項351】

前記ＮＴＲＫ１標的療法が、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）、ＡＧ ８７９（チロホスチンＡＧ ８７９）、抗ＴｒＫ抗体、ＡＲＲＹ ９５４、ＡＲ５２３、ＡＺ－２３、ＡＺ６２３、ベンゾトリアゾール、ＣＥＰ－２５６３、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、エヌトレクチニブ、ＤＳ－６０５１、ＧＮＦ ５８３７、ＧＷ ４４１７５６、インデノピロロカルボアゾール１２ａ、イソチアゾール５ｎ、ラロトレクチニブ、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、セリトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１９５）、大環状化合物、ＯＮＯ－５３９０５５６、オキシインドール３、ペグカントラチニブ（ＳＮＡ－１２０）、ＰＨＡ－８４８１２５、ＰＬＸ７４８６、ピラゾール誘導体、ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、ピリドカルバゾール、ピリドキナゾリニル、ピリドトリアゾール、ピロリジニルチオ尿素、ピロリジニル尿素、ピロロ［２；３－ｄ］ピリミジン、キナゾリニル、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、Ｒｏ ０８－２７５０、置換ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）、ＳＮＡ－１２５、タビレルミド、チアゾール２０ｈ、Ｆ１７７５２、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ドビチニブ、ＯＮＯ－７５７９、又はＶＭＤ－９２８のうちの１つ以上を含む、請求項３４５に記載の方法。

【請求項352】

前記核酸が、前記ＮＴＲＫ１融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの発現を阻害する、請求項３４６に記載の方法。

【請求項353】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項３４６に記載の方法。

【請求項354】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項３４６に記載の方法。

【請求項355】

前記治療又は前記１つ以上の治療選択肢が、追加の抗がん療法を更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項356】

前記追加の抗がん療法が、小分子阻害剤、化学療法剤、がん免疫療法、抗体、細胞療法、核酸、手術、放射線療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、抗炎症療法、抗腫瘍剤、成長阻害剤、細胞傷害性剤、ワクチン、小分子アゴニスト、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含む、請求項３５５に記載の方法。

【請求項357】

前記細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、請求項３５６に記載の方法。

【請求項358】

前記核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項３５６に記載の方法。

【請求項359】

前記個体からの前記試料を得ることを更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項360】

前記試料が、前記がんから得られる、請求項１に記載の方法。

【請求項361】

前記試料が、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項362】

前記試料が、腫瘍生検、腫瘍検体、又は循環腫瘍細胞からのものである、請求項３６１に記載の方法。

【請求項363】

前記試料が、液体生検試料であり、かつ血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項364】

前記試料が、前記がんからの細胞及び／又は核酸を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項365】

前記試料が、前記がんからのｍＲＮＡ、ＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、請求項３６４に記載の方法。

【請求項366】

前記試料が、液体生検試料であり、かつ循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む、請求項３６３に記載の方法。

【請求項367】

前記試料が、液体生検試料であり、かつセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項３６３に記載の方法。

【請求項368】

前記個体からの組織生検試料、液体生検試料、又は組織生検試料及び液体生検試料の両方において、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項369】

前記知識を取得することが、前記試料において、前記融合核酸分子又は前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを検出することを含む、請求項４に記載の方法。

【請求項370】

前記検出することが、切断点又は融合接合部を含む前記融合核酸分子の断片を検出することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項371】

前記融合核酸分子が、前記試料において、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応制限断片長多型（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）アッセイ、リアルタイムＰＣＲ、スクリーニング分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、スペクトル核型決定、多色ＦＩＳＨ（ｍＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、配列特異的プライミング（ＳＳＰ）ＰＣＲ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、質量分析遺伝子型決定、又は配列決定のうちの１つ以上によって検出される、請求項１に記載の方法。

【請求項372】

前記配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法を含み、任意選択的に、前記超並列配列決定（ＭＰＳ）技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、請求項３７１に記載の方法。

【請求項373】

前記融合核酸分子によってコードされた前記融合ポリペプチドを検出することが、切断点又は融合接合部を含む前記融合核酸分子の断片によってコードされた前記融合ポリペプチドの一部分を検出することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項374】

前記融合ポリペプチドが、前記試料において、イムノブロッティング、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、又は質量分析のうちの１つ以上によって検出される、請求項１に記載の方法。

【請求項375】

前記方法が、前記融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む前記試料における１つ以上の核酸を選択的に濃縮することを更に含み、前記選択的に濃縮することが、濃縮された試料を産生する、請求項１に記載の方法。

【請求項376】

前記選択的に濃縮することが、（ａ）１つ以上のベイト分子を前記試料と組み合わせ、それによって、前記１つ以上のベイト分子を、前記融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む前記試料における１つ以上の核酸にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）前記核酸ハイブリッドを単離して、前記濃縮された試料を産生することと、を含む、請求項３７５に記載の方法。

【請求項377】

前記１つ以上のベイト分子が、前記融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列にハイブリダイズするように構成された捕捉核酸分子を含む、請求項２２に記載の方法。

【請求項378】

前記捕捉核酸分子が、約１０～約３０個のヌクレオチド、約５０～約１０００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、又は約１００～約２００個のヌクレオチドを含む、請求項３７７に記載の方法。

【請求項379】

前記１つ以上のベイト分子が、アフィニティー試薬又は検出試薬にコンジュゲートしている、請求項２２に記載の方法。

【請求項380】

前記アフィニティー試薬が、抗体、抗体断片、若しくはビオチンであるか、又は前記検出試薬が、蛍光性マーカーである、請求項３７９に記載の方法。

【請求項381】

前記捕捉核酸分子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は混合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む、請求項３７７に記載の方法。

【請求項382】

前記選択的に濃縮することが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、前記融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む前記１つ以上の核酸を増幅して、濃縮された試料を産生することを含む、請求項２３に記載の方法。

【請求項383】

前記濃縮された試料を配列決定することを更に含む、請求項３７５に記載の方法。

【請求項384】

前記個体が、ヒトである、請求項１に記載の方法。

【請求項385】

（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するためのプローブ又はベイトを含む、キット。

【請求項386】

表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を含む、核酸分子。

【請求項387】

請求項３８６に記載の核酸分子を含む、ベクター。

【請求項388】

請求項３８７に記載のベクターを含む、宿主細胞。

【請求項389】

表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分に特異的に結合する、抗体又は抗体断片。

【請求項390】

（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分を、表２又は６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための抗体又は抗体断片を含む、キット。

【請求項391】

（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドのインビトロ使用。

【請求項392】

（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、キット。

【請求項393】

システムであって、
１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、
前記１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備え、前記１つ以上のプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、
（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、前記１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）前記複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、
（ｃ）前記分析に基づいて、前記試料において前記融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システム。

【請求項394】

方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、前記方法が、
（ａ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、前記１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、
（ｃ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記分析に基づいて、前記試料において前記融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項395】

前記試料が、がんを有する個体からのものである、請求項３９３に記載のシステム。

【請求項396】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子が、表３に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、請求項３９３に記載のシステム。

【請求項397】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項398】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、固形腫瘍である、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項399】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、血液悪性腫瘍である、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項400】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、Ｂ細胞がん（多発性骨髄腫）、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項401】

前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項402】

（ａ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表４に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであるか、又は
（ｂ）前記融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表５に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、前記融合核酸分子が、表５に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／若しくは切断点２を含むか、若しくはそれらからもたらされる、請求項３９５に記載のシステム。

【請求項403】

システムであって、
１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、
前記１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備え、前記１つ以上のプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、
（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、前記１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）前記複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、
（ｃ）前記分析に基づいて、前記試料において前記融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システム。

【請求項404】

方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、前記方法が、
（ａ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、前記１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、前記融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、前記がんが、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、
（ｃ）前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記分析に基づいて、前記試料において前記融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項405】

前記融合核酸分子が、表６に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、請求項４０３に記載のシステム。

【請求項406】

前記複数の配列リードが、配列決定によって得られ、任意選択的に、前記配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含み、任意選択的に、前記超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、請求項３９３に記載のシステム。

【請求項407】

前記１つ以上のプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、前記検出に少なくとも部分的に基づいて、前記試料についてのゲノムプロファイルを生成するように更に構成されている、請求項３９３に記載のシステム。

【請求項408】

前記方法が、前記検出に少なくとも部分的に基づいて、前記試料についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む、請求項３９４に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項409】

前記個体が、前記ゲノムプロファイルに少なくとも部分的に基づく治療を投与される、請求項４０７に記載のシステム。

【請求項410】

前記ゲノムプロファイルが、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む、請求項４０７に記載のシステム。

【請求項411】

前記ゲノムプロファイルが、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む、請求項４０７に記載のシステム。

【請求項412】

がんを治療する又はその進行を遅らせる方法における使用のための抗がん療法であって、前記方法が、個体に前記抗がん療法を投与することを含み、
（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、前記個体から得られた試料において検出されるか、あるいは
（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、前記個体から得られた試料において検出され、前記個体が、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法。

【請求項413】

がんを治療する又はその進行を遅らせるための医薬の製造における使用のための抗がん療法であって、前記医薬が、個体に投与され、
（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、前記個体から得られた試料において検出されるか、あるいは
（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は前記融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、前記個体から得られた試料において検出され、前記個体が、表２に列挙される前記ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年１０月２９日に出願された米国特許仮出願第６３／２７３，７９４号の利益を主張し、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

電子配列表の参照
電子配列表の内容（１９７１０２００７６４０ｓｅｑｌｉｓｔ．ｘｍｌ；サイズ：７８，６８０バイト；及び作成日：２０２２年１０月２６日）は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0003】

キナーゼ融合核酸分子及びポリペプチド、そのようなキナーゼ融合核酸分子及びポリペプチドの検出に関連する方法、並びにそれらに関連する診断／治療方法及び使用が、本明細書で提供される。

【背景技術】

【0004】

遺伝子融合によって活性化されるキナーゼは、確立された発がん性ドライバー及び治療標的であり、造血器悪性腫瘍及び固形腫瘍の両方に関連している。例えば、いくつかのチロシンキナーゼ遺伝子融合（例えば、ＮＴＲＫファミリーのもの）は、いくつかのがんにわたって特定されている。最近、ＮＴＲＫ阻害剤の認可は、多くのがんタイプにわたるＮＴＲＫ融合のための常用診断試験をもたらしている（Ｃｏｃｃｏ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ，１５：７３１－７４７）。

【0005】

キナーゼ融合はまた、標的療法での初期治療後の患者において観察されており、これは、キナーゼ融合が、獲得抵抗性（ＡＲ）機構であり得、そのような融合を有する患者が、獲得キナーゼ融合を標的とする戦略から利益を得ることができることを示唆する。例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｍａｎａｇ Ｒｅｓ（２０１９）１１：６３４３－５１、Ｐｉｏｔｒｏｗｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ（２０１８）８（１２）：１５２９－３９、Ｓｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ（２０１８）１３（９）：１３１２－２３、及びＳｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ ２０１９；１４（２）：２５５－６４）を参照されたい。

【0006】

ゲノムプロファイリングのための液体生検は、腫瘍不均一性への洞察を潜在的にもたらしつつ、従来の組織生検よりも侵襲的でないという利点を有する（Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ，６：２２４ｒａ２４、Ｇｅｒｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，３６６：８８３－８９２、Ｐｉｏｔｒｏｗｓｋａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ，５：７１３－７２２、Ｄｉａｚ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎａｔｕｒｅ，４８６：５３７－５４０、Ｋｗａｋ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ，５：１２７１－１２８１、及びＲｕｓｓｏ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ，６：１４７－１５３）。しかしながら、キナーゼ融合は、液体生検、例えば、循環腫瘍（ｃｔＤＮＡ）において検出することが困難であり得、組織及び液体の一致が広範に変動する（例えば、Ｐａｗｅｌｅｔｚ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，２２：９１５－９２２、Ｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ，１２：１５０３－１５１１、Ｓｕｐｐｌｅｅ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ，１３４：９６－９９、及びＧｕｐｔａ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ，２５：２３５－２４３を参照されたい）。

【0007】

したがって、当該技術分野では、キナーゼ融合の汎がんランドスケープを特徴付ける必要性があり、そのような融合、例えば、液体生検（例えば、ｃｔＤＮＡにおいて）及び／又は組織生検を介して検出される融合を有する患者を評価及び治療するための方法、組成物、及びアッセイを開発する必要性がある。

【0008】

特許、特許出願、及び刊行物を含む本明細書で引用される全ての参照文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。参照により援用される参考文献が本開示と矛盾する限り、本開示が優先するものとする。

【発明の概要】

【0009】

一部の態様では、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定する方法であって、方法が、個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出が、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法が、本明細書で提供される。

【0010】

別の態様では、がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、方法が、個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出が、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法が、本明細書で提供される。

【0011】

別の態様では、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、（ａ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、（ｂ）試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、１つ以上の治療選択肢が、抗がん療法を含む、生成することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0012】

別の態様では、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、（ａ）個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、１つ以上の治療選択肢が、抗がん療法を含む、生成することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0013】

別の態様では、がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、当該知識の取得に応答して、（ｉ）個体が、抗がん療法を含む治療を受容する候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、抗がん療法を含む治療に応答する可能性が高いとして特定される、方法が、本明細書で提供される。

【0014】

別の態様では、がんを有する個体の生存を予測する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、当該知識の取得に応答して、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される、方法が、本明細書で提供される。

【0015】

別の態様では、抗がん療法を含む治療で治療されたがんを有する個体の生存を予測する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、当該知識の取得に応答して、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを示さないがんを有する個体と比較してより長い生存を有すると予測される、方法が、本明細書で提供される。

【0016】

別の態様では、がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、（ｂ）当該知識に応答して、個体に、有効量の抗がん療法を含む治療を投与することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0017】

別の態様では、がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、方法が、がんを有する個体に、有効量の抗がん療法を含む治療を投与することを含み、抗がん療法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することに応答して投与され、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法が、本明細書で提供される。

【0018】

別の態様では、がんを有する個体を監視、評価、又はスクリーニングする方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、当該知識の取得に応答して、個体が、個体に投与された以前の抗がん療法に対する獲得抵抗性を有すると予測され、個体が、抗がん療法に応答すると予測され、かつ／又は個体が、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体と比較して予後不良を有すると予測される、方法が、本明細書で提供される。

【0019】

別の態様では、個体におけるがんにおける融合核酸分子又は融合ポリペプチドを評価する方法であって、（ａ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、（ｂ）融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの評価を提供することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0020】

別の態様では、融合核酸分子又は融合ポリペプチドを検出する方法であって、がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含む、方法が、本明細書で提供される。

【0021】

別の態様では、個体におけるがんの存在又は非存在を検出する方法であって、（ａ）個体からの試料におけるがんの存在又は非存在を検出することと、（ｂ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるがんの存在を検出することを含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在を検出することを含む。

【0022】

別の態様では、個体におけるがんの進行又は再発を監視するための方法であって、方法が、（ａ）第１の時点で個体から得られた第１の試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、（ｂ）第１の時点後の第２の時点で個体から得られた第２の試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、（ｃ）第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在に少なくとも部分的に基づく個体におけるがん進行又はがん再発の評価を提供することと、を含み、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在は、個体を、がん進行又はがん再発の増加したリスクを有するとして特定する。一部の実施形態では、方法は、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、個体のための治療を調整すること、個体のための治療の用量を調整すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療は、抗がん療法を含む。

【0023】

別の態様では、融合核酸分子を検出する方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料から得られた複数の核酸分子を提供することであって、複数の核酸分子が、融合核酸分子に対応する核酸分子を含み、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、提供することと、（ｂ）任意選択的に、１つ以上のアダプターを、複数の核酸分子からの１つ以上の核酸分子上に連結することと、（ｃ）任意選択的に、複数の核酸分子からの１つ以上の連結された核酸分子を増幅することと、（ｄ）任意選択的に、当該増幅された核酸分子から増幅された核酸分子を捕捉することと、（ｅ）シーケンサーによって、捕捉された核酸分子を配列決定して、捕捉された核酸分子を表す複数の配列リードを得ることであって、複数の配列リードのうちの１つ以上が、融合核酸分子に対応する、得ることと、（ｆ）複数の配列リードを分析することと、（ｇ）分析に基づいて、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサにおいて、複数の配列リードについての配列リードデータを受信することを更に含む。一部の実施形態では、複数の配列リードを分析することは、１つ以上のプロセッサを使用して、融合核酸分子に対応する配列リードの存在又は非存在を特定することを含む。一部の実施形態では、増幅された核酸分子は、１つ以上のベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉される。

【0024】

別の態様では、融合核酸分子を検出する方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料を提供することであって、試料が、複数の核酸分子を含む、提供すること、（ｂ）試料における複数の核酸分子から核酸配列決定ライブラリを調製すること、（ｃ）当該ライブラリを増幅すること、（ｄ）当該ライブラリにおける融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子を選択的に濃縮して、濃縮された試料を産生することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、産生すること、（ｅ）濃縮された試料を配列決定し、それによって、複数の配列リードを生成すること、（ｆ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析すること、（ｇ）分析ステップに基づいて、個体からの試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出すること、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0025】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、複数の核酸分子は、がん核酸分子と非がん核酸分子との混合物を含む。一部の実施形態では、がん核酸分子は、不均一組織生検試料の腫瘍部分に由来し、非がん核酸分子は、不均一組織生検試料の正常部分に由来する。一部の実施形態では、試料は、液体生検試料を含み、がん核酸分子は、液体生検試料の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分に由来し、非がん核酸分子は、液体生検試料の非腫瘍及び／又はセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）画分に由来する。いくつかの実施形態では、１つ以上のアダプターは、増幅プライマー、フローセルアダプター配列、基質アダプター配列、又は試料インデックス配列を含む。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、（ａ）１つ以上のベイト分子をライブラリと組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む。いくつかの実施形態では、捕捉された核酸分子は、１つ以上のベイト分子へのハイブリダイゼーションによって増幅された核酸分子から捕捉される。一部の実施形態では、増幅することは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅技法、非ＰＣＲ増幅技法、又は等温増幅技法を実行することを含む。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定技法を含み、超並列配列決定技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。いくつかの実施形態では、配列決定は、次世代シーケンサーを含む。一部の実施形態では、方法は、融合核酸分子の存在又は非存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む。一部の実施形態では、個体についてのゲノムプロファイルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む。一部の実施形態では、個体についてのゲノムプロファイルは、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む。一部の実施形態では、方法は、生成されたゲノムプロファイルに基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療は、抗がん療法を含む。一部の実施形態では、方法は、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサによって、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む。いくつかの実施形態では、方法は、レポートを医療提供者に送信することを更に含む。いくつかの実施形態では、レポートは、コンピュータネットワーク又はピアツーピア接続を介して送信される。

【0026】

別の態様では、がんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行う方法であって、方法が、個体から得られた試料においてＤＮＡ配列決定を実行して、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１のうちの１つ以上、又はそれらの任意の組み合わせを含む遺伝子の群における配列決定変異プロファイルを決定することを含み、配列決定変異プロファイルが、融合核酸分子の存在又は非存在を特定し、（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、候補治療は、抗がん療法を含む。一部の実施形態では、試料における融合核酸分子の存在は、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する。一部の実施形態では、試料における融合核酸分子の存在は、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子を含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測する。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定技法を含み、超並列配列決定技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。一部の実施形態では、配列決定変異プロファイルは、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片の存在又は非存在を特定する。

【0027】

別の態様では、がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、（ｂ）個体に、有効量の抗がん療法を含む治療を投与することと、を含む、方法が、本明細書で提供される。

【0028】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0029】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である。

【0030】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、固形腫瘍である。

【0031】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、血液悪性腫瘍である。

【0032】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、Ｂ細胞がん、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である。

【0033】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能（ＮＯＳ）乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである。

【0034】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである。

【0035】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0036】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0037】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、発がん性である。上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0038】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、抗がん療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含むがんのための治療、臨床治験において試験されているがんのための治療、標的療法、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含むがんのための臨床治験において試験されている治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。一部の実施形態では、核酸は、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む。

【0039】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、マルチキナーゼ阻害剤、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＮＴＲＫ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１特異的阻害剤である。

【0040】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、１つ以上の遺伝子における塩基置換、短い挿入／欠失（インデル）、コピー数変化、又はゲノム再編成の知識を取得すること、又はそれを検出することを更に含む。

【0041】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、個体は、以前の抗がん治療を受容したことがあるか、又は抗がん治療で治療されている。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、抗がん治療に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん治療は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、臨床治験において試験されているがんのための治療、免疫療法、化学療法、標的療法、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む。

【0042】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＡＬＫ融合核酸分子は、ＡＬＫ融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドは、ＡＬＫキナーゼドメイン、又はＡＬＫキナーゼ活性を有するＡＬＫキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドは、ＡＬＫキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＡＬＫキナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｒ７４８Ｋ、Ｔ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｓ、及び／若しくはＤ７６１Ｎアミノ酸置換をもたらす変異、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はそれらの任意の組み合わせである、変異；（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅、コードされたＭＥＴポリペプチドにおけるＤ１２２８Ｈアミノ酸置換をもたらす変異、又は両方である、変異；（ｅ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＮＦ１トランケーションである、変異；（ｆ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＡ１４６Ｐアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＩ１０３＿Ｋ１０４ｄｅｌ変異をもたらす変異である、変異；（ｈ）ＡＬＫ変異であって、任意選択的に、ＡＬＫ変異が、ＡＬＫ抵抗性変異であり、任意選択的に、ＡＬＫ抵抗性変異が、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＧ１２６９Ａ、Ｇ１２０２Ｒ、Ｉ１１７１Ｓ、Ｉ１１７１Ｔ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｔ１１５１Ｍ、Ｓ１２０６Ｙ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｄ１２０３Ｎ、Ｆ１１７４Ｃ、Ｌ１１５２Ｒ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｌ１１９８Ｆ、Ｃ１１５６Ｙ、Ｔ１１５１＿Ｌ１１５２ｉｎｓＴ、Ｖ１１８０Ｌ、Ｇ１２０２Ｌ、及び／若しくはＳ１２０６Ａアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ変異；あるいは（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＡＬＫ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＰＬＥＫＨＡ７融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、個体は、エルロチニブ、アファチニブ、及び／又はオシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた。一部の実施形態では、個体は、エルロチニブでの治療の部分奏効を示し、かつ／又は個体は、オシメルチニブでの治療の部分奏効を示した。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＮＦ１標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＡＬＫ抵抗性変異であって、任意選択的に、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｄ１２０３Ｎ、若しくはＩ１１７１Ｔアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ抵抗性変異；及び／あるいは（ｂ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＡＬＫ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＨＩＰ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、試料は、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ及びＩ１１７１Ｎアミノ酸置換、又はコードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＤ１２０３Ｎ及びＩ１１７１Ｔアミノ酸置換をもたらす１つ以上のＡＬＫ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、試料は、ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異を含む。一部の実施形態では、がんは、原発不明がん腫である。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＡＬＫ標的療法である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＡＬＫ標的療法、臨床治験において試験されているＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＡＬＫ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＡＬＫポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、ＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）、ＣＴ－７０７、ＷＸ－０５９３、アルコチニブ、ＳＩＭ１８０３－１Ａ、ＰＬＢ１００３、ＳＡＦ－１８９ｓ、ＰＦ０３４４６９６２、ＴＱ－Ｂ３１０１、ＡＰＧ－２４４９、Ｘ－３７６、ＣＥＰ－２８１２２、及びＧＳＫ１８３８７０５Ａのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＡＬＫ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0043】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、ＢＲＡＦキナーゼドメイン、又はＢＲＡＦキナーゼ活性を有するＢＲＡＦキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、ＢＲＡＦキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＢＲＡＦキナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、並びに／又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ、Ｓ４９２Ｒ、及び／若しくはＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅である、変異；（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ若しくはＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異、及び／又はＩ１１１Ｔ若しくはＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｆ）ＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｇ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、Ｆ９４５ｆｓ＊９変異である、変異；（ｈ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは（ｉ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅；並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＳＮＤ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びにＭＥＴ遺伝子増幅の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＺＣ３ＨＡＶ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ変異及び／又はＩ１１１Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異；並びにＮＦ１遺伝子におけるＦ９４５ｆｓ＊９変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＭＫＲＮ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＤＥＮＮＤ２Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）；５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）；並びに／又はレゴラフェニブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子；及びコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；野生型ＫＲＡＳ遺伝子；コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ－ＧＯＬＧＡ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＡＫＡＰ９融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＢＲＡＦ標的療法である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＢＲＡＦ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ標的療法、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＢＲＡＦ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＢＲＡＦポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、ソラフェニブ、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ－３６０３、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６）、エンコラフェニブ（ＬＧＸ８１８）、ＧＤＣ－０８７９、ＲＡＦ２６５、ＸＬ２８１、ＡＲＱ７３６、ＢＡＹ７３－４５０６、ベムラフェニブ、コビメチニブ、ビニメチニブ、レゴラフェニブ、セルメチニブ、トラメチニブ、又はＢＡＹ ４３－９００６のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＢＲＡＦ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0044】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合核酸分子は、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲキナーゼドメイン、又はＥＧＦＲキナーゼ活性を有するＥＧＦＲキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＥＧＦＲキナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｂ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは（ｃ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びに／あるいはコードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ－ＰＤＥ７Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＥＧＦＲ標的療法である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＧＦＲ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ標的療法、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ、又はエルロチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＥＧＦＲ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0045】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合核酸分子は、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、ＥＲＢＢ２キナーゼドメイン、又はＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有するＥＲＢＢ２キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＥＲＢＢ２標的療法である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２標的療法、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＲＢＢ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＲＢＢ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、アファチニブ、ＴＡＫ－２８５、ネラチニブ、ダコミチニブ、ＢＭＳ－６９０５１４、ＢＭＳ－５９９６２６、ペリチニブ、ＣＰ－７２４７１４、ラパチニブ、ＴＡＫ－１６５、ＡＲＲＹ－３８０、ＡＺＤ８９３１、ＡＶ－２０３、ＡＭＧ－８８８、ＭＭ－１１１、ＭＭ－１２１、ＭＭ－１４１、ＬＪＭ７１６、ＲＥＧＮ１４００、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、ＲＧ７１１６、トラスツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ペルツズマブ、又はＡＰＣ ８０２４のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＥＲＢＢ２融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0046】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合核酸分子は、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ１キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＦＧＦＲ１標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３）、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0047】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合核酸分子は、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ２キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ２キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｌ８３３Ｖ、及び／又はＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす、ＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、個体は、エルロチニブでのがんの治療を以前に受容したことがある。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又はコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＦＧＦＲ２標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ホルモノネチン、ＲＯ４３８３５９６、Ｋｉ２３０５７、ＳＵ５４０２、ＲＬＹ－４００８、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ２融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0048】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ３キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ３キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｇ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｅ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｃ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｄ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｅ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｆ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｈ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、又は乳がんである。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失を含む。一部の実施形態では、試料は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ及び／又はＥ７０９Ｋアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、個体は、アファチニブ及び／又はセツキシマブでのがんの治療を以前に受容していた。一部の実施形態では、個体は、アファチニブ及び／又はセツキシマブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；野生型ＫＲＡＳ遺伝子；コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異を含み、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子を含み、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、個体は、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、試料は、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異、並びにコードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらすＡＫＴ１遺伝子変異を含み、がんは、乳がんである。一部の実施形態では、がんは、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）及び／又はプロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）である。一部の実施形態では、がんは、エベロリムス、デノスマブ、及び／又はフルベストラントで以前に治療されていた。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ホルモン抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／若しくはＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは（ａ）及び（ｂ）の両方の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、個体は、オシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた。一部の実施形態では、個体は、オシメルチニブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＦＧＦＲ３標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ３特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ３ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、
ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ＰＫＣ４１２、ボファタマブ（Ｂ－７０）、パゾパニブ、又はＭＦＧＲ１８７７Ｓのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ３融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0049】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＭＥＴ融合核酸分子は、ＭＥＴ融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドは、ＭＥＴキナーゼドメイン、又はＭＥＴキナーゼ活性を有するＭＥＴキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドは、ＭＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＭＥＴキナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／若しくはＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；並びに／あるいは（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異；並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＭＥＴ融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ－ＳＮＲＮＰ７０融合核酸分子である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、個体は、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅；及び野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＭＥＴ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＭＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＭＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＭＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＭＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＭＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＭＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、ＰＨＡ－６６５７５２、クリゾチニブ、カボザンチニブ、又はカプマチニブ（ＩＮＣ２８０）を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＭＥＴ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0050】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合核酸分子は、ＲＡＦ１融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドは、ＲＡＦ１キナーゼドメイン、又はＲＡＦ１キナーゼ活性を有するＲＡＦ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドは、ＲＡＦ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＡＦ１キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｂ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／若しくはＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｄ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは（ｆ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；野生型ＫＲＡＳ遺伝子；コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＡＦ１融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１－ＳＹＮ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びにコードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＡＦ１融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＲＡＦ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＡＦ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＡＦ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＡＦ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＡＦ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＡＦ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、ソラフェニブ（ＢＡＹ４９－９００６）、ビニメチニブ、コビメチニブ、レゴラフェニブ、トラメチニブ、又はＲＡＦ２６５のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＡＦ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0051】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＲＥＴ融合核酸分子は、ＲＥＴ融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドは、ＲＥＴキナーゼドメイン、又はＲＥＴキナーゼ活性を有するＲＥＴキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドは、ＲＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＥＴキナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす変異、あるいは両方である、変異；（ｂ）ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｃ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらす、変異；（ｅ）ＰＴＥＮ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＥＲＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、及びコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＮＣＯＡ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、個体は、オシメルチニブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異；コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異；コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；並びにコードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらすＰＴＥＮ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子は、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、がんは、乳がんである。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＣＣＤＣ６融合核酸分子である。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＲＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＲＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、セルペルカチニブ、プラルセチニブ、アレクチニブ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、又はバンデタニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＥＴ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0052】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合核酸分子は、ＲＯＳ１融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドは、ＲＯＳ１キナーゼドメイン、又はＲＯＳ１キナーゼ活性を有するＲＯＳ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドは、ＲＯＳ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＯＳ１キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合核酸分子は、表２又は６に列挙されるＲＯＳ１－ＧＯＰＣ融合核酸分子であり、試料は、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドは、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＲＯＳ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＯＳ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＯＳ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＯＳ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＯＳ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＯＳ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、クリゾチニブ、ロルラチニブ、ＴＱ－Ｂ３１３９、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、ブリグチニブ、カボザンチニブ、セリチニブ、又はエヌトレクチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＯＳ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0053】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表２及び６のうちのいずれかに列挙されるＮＴＲＫ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合核酸分子は、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、ＮＴＲＫ１キナーゼドメイン、又はＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有するＮＴＲＫ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。一部の実施形態では、抗がん療法は、ＮＴＲＫ１標的療法である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１標的療法、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、チロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、マルチキナーゼ阻害剤又はＮＴＲＫ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＮＴＲＫ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）、ＡＧ ８７９（チロホスチンＡＧ ８７９）、抗ＴｒＫ抗体、ＡＲＲＹ ９５４、ＡＲ５２３、ＡＺ－２３、ＡＺ６２３、ベンゾトリアゾール、ＣＥＰ－２５６３、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、エヌトレクチニブ、ＤＳ－６０５１、ＧＮＦ ５８３７、ＧＷ ４４１７５６、インデノピロロカルボアゾール１２ａ、イソチアゾール５ｎ、ラロトレクチニブ、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、セリトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１９５）、大環状化合物、ＯＮＯ－５３９０５５６、オキシインドール３、ペグカントラチニブ（ＳＮＡ－１２０）、ＰＨＡ－８４８１２５、ＰＬＸ７４８６、ピラゾール誘導体、ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、ピリドカルバゾール、ピリドキナゾリニル、ピリドトリアゾール、ピロリジニルチオ尿素、ピロリジニル尿素、ピロロ［２；３－ｄ］ピリミジン、キナゾリニル、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、Ｒｏ ０８－２７５０、置換ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）、ＳＮＡ－１２５、タビレルミド、チアゾール２０ｈ、Ｆ１７７５２、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ドビチニブ、ＯＮＯ－７５７９、又はＶＭＤ－９２８のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＮＴＲＫ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。

【0054】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、治療又は１つ以上の治療選択肢は、追加の抗がん療法を更に含む。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、小分子阻害剤、化学療法剤、がん免疫療法、抗体、細胞療法、核酸、手術、放射線療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、抗炎症療法、抗腫瘍剤、成長阻害剤、細胞傷害性剤、ワクチン、小分子アゴニスト、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む。

【0055】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、個体からの試料を得ることを更に含む。上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、試料は、がんから得られる。上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、試料は、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検、腫瘍検体、又は循環腫瘍細胞からのものである。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、かつ血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからの細胞及び／又は核酸を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからのｍＲＮＡ、ＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、かつセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む。

【0056】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、個体からの組織生検試料、液体生検試料、又は組織生検試料及び液体生検試料の両方において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0057】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、知識を取得することは、試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することを含む。

【0058】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、検出することは、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片を検出することを含む。

【0059】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、試料において、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応制限断片長多型（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）アッセイ、リアルタイムＰＣＲ、スクリーニング分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、スペクトル核型決定、多色ＦＩＳＨ（ｍＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、配列特異的プライミング（ＳＳＰ）ＰＣＲ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、質量分析遺伝子型決定、又は配列決定のうちの１つ以上によって検出される。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法を含み、任意選択的に、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。

【0060】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することは、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片によってコードされた融合ポリペプチドの一部分を検出することを含む。

【0061】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合ポリペプチドは、試料において、イムノブロッティング、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、又は質量分析のうちの１つ以上によって検出される。

【0062】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸を選択的に濃縮することを更に含み、選択的に濃縮することは、濃縮された試料を産生する。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、（ａ）１つ以上のベイト分子を試料と組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む。

【0063】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、１つ以上のベイト分子は、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列にハイブリダイズするように構成された捕捉核酸分子を含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１０～約３０個のヌクレオチド、約５０～約１０００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、又は約１００～約２００個のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、１つ以上のベイト分子は、アフィニティー試薬又は検出試薬にコンジュゲートしている。一部の実施形態では、アフィニティー試薬は、抗体、抗体断片、若しくはビオチンであるか、又は検出試薬は、蛍光マーカーである。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は混合されたＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む。

【0064】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を増幅して、濃縮された試料を産生することを含む。

【0065】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、濃縮された試料を配列決定することを更に含む。

【0066】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、個体は、ヒトである。

【0067】

別の態様では、（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するためのプローブ又はベイトを含む、キットが、本明細書で提供される。

【0068】

別の態様では、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を含む、核酸分子が、本明細書で提供される。

【0069】

別の態様では、本明細書に記載される核酸を含む、ベクターが、本明細書で提供される。

【0070】

別の態様では、本明細書で提供されるベクターを含む、宿主細胞が、本明細書で提供される。

【0071】

別の態様では、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分に特異的に結合する、抗体又は抗体断片が、本明細書で提供される。

【0072】

別の態様では、（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分、あるいは（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための抗体又は抗体断片を含む、キットが、本明細書で提供される。

【0073】

別の態様では、（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドのインビトロ使用が、本明細書で提供される。

【0074】

別の態様では、（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、キットが、本明細書で提供される。

【0075】

別の態様では、１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備える、システムあって、１つ以上のプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、（ｃ）分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システムが、本明細書で提供される。

【0076】

別の態様では、方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、方法が、（ａ）１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、（ｃ）１つ以上のプロセッサを使用して、分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が、本明細書で提供される。

【0077】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、試料は、がんを有する個体からのものである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、血液悪性腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、Ｂ細胞がん（多発性骨髄腫）、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである。一部の実施形態では、（ａ）融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであるか、又は（ｂ）融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／若しくは切断点２を含むか、若しくはそれらからもたらされる。

【0078】

別の態様では、１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備える、システムあって、１つ以上のプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、（ｃ）分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システムが、本明細書で提供される。

【0079】

別の態様では、方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、方法が、（ａ）１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、（ｃ）１つ以上のプロセッサを使用して、分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が、本明細書で提供される。

【0080】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、融合核酸分子は、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0081】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、複数の配列リードは、配列決定によって得られ、任意選択的に、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含み、任意選択的に、超並列配列決定技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。

【0082】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、１つ以上のプログラム命令は、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、検出に少なくとも部分的に基づいて、試料についてのゲノムプロファイルを生成するように更に構成されている。

【0083】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、方法は、検出に少なくとも部分的に基づいて、試料についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む。

【0084】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、個体は、ゲノムプロファイルに少なくとも部分的に基づく治療を投与される。

【0085】

上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む。上記の態様又は実施形態のうちのいずれかと組み合わされ得る一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む。

【0086】

別の態様では、がんを治療する又はその進行を遅らせる方法における使用のための抗がん療法であって、方法が、個体に抗がん療法を投与することを含み、（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されるか、あるいは（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出され、個体が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法が、本明細書で提供される。

【0087】

別の態様では、がんを治療する又はその進行を遅らせるための医薬の製造における使用のための抗がん療法であって、医薬が、個体に投与され、（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されるか、あるいは（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出され、個体が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法が、本明細書で提供される。

【0088】

本明細書に記載の様々な実施形態の特性の１つ、いくつか、又は全てを組み合わせて、本発明の他の実施形態を形成することができることを理解されたい。本発明のこれら及び他の態様は、当業者に明らかになるであろう。本発明のこれら及び他の実施形態は、以下の詳細な説明によって更に説明される。

【図面の簡単な説明】

【0089】

【図1A-1B】実施例１～３に記載される、多様ながんタイプにわたる循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）におけるキナーゼ融合を検出するためのハイブリッド捕捉ベースの包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）アッセイの結果を示す。図１Ａは、ｙ軸に示されるがんタイプの各々におけるｃｔＤＮＡにおいて検出されたキナーゼ融合の頻度（ｘ軸に示される百分率）を示す。各々のバーにおける数は、この腫瘍タイプにおけるキナーゼ融合を有する固有の試料の総数を示す。図１Ｂは、示されるがんタイプにおいて検出されたキナーゼ融合のヒートマップを示す。右側の図レジェンドにおける陰影（「融合カウント」）は、横軸のがんタイプにおいて特定された縦軸のキナーゼの各々についての融合の数を示す。胆管＝胆管がん；ＮＳＣＬＣ＝非小細胞肺がん；ＣＵＰ＝原発不明のがん腫；ＣＲＣ＝結腸直腸がん；ＮＯＳ＝特定不能。

【図2A-2B】多様ながんタイプにわたるｃｔＤＮＡにおいて特定された最も頻繁なキナーゼ融合パートナーの概要、及び特定された融合切断点位置を提供する。図２Ａは、示されるがんタイプの各々において特定された最も頻繁な融合を表す円グラフを示す。図２Ｂは、示されるキナーゼにおいて特定された融合切断点位置のロリポッププロットを示す。

【図3】ＮＳＣＬＣにおける組織生検（ｙ軸に示される百分率）及び液体生検（ｘ軸に示される百分率）において特定された、示されるキナーゼ（ＦＧＦＲ２、ＢＲＡＦ、ＦＧＦＲ３、ＲＯＳ１、ＲＥＴ、及びＡＬＫ）を含むキナーゼ融合の頻度を示す。矢印は、統計的有意性を示す（ｐ≦０．０５）。

【図4】実施例２に記載される、ｃｔＤＮＡ（液体生検；ｎ＝５７１）及び組織（組織生検；ｎ＝７，５９９）において特定されたキナーゼ融合間の一致の分析の概要を提供する。

【図5】ｘ軸の群の各々についての組織及び液体生検結果の両方を有する症例におけるキナーゼ融合の検出についての感度（陽性一致率［ＰＰＡ］）（ｙ軸）を示す。４，７２２個の組織－ｃｔＤＮＡ一致対のうち、１６９個の対が、組織又は液体検体のいずれかにおいて融合を保有した。少なくとも２０個の対を有する疾患及びキナーゼ特異的サブセットについてのＰＰＡが示される。ＢＢＬＢ１＝血液ベースの液体生検アッセイ＃１。

【図6】液体及び組織生検において特定されたキナーゼ融合の一致へのｃｔＤＮＡ画分の影響を示す。ｙ軸は、ｘ軸に記載される群の各々についての推定ｃｔＤＮＡ画分（百分率として；実施例２に記載されるように計算されたもの）を示す。「一致」とは、同じキナーゼ融合が液体及び組織生検の両方において特定された症例を指す。「組織陰性」とは、キナーゼ融合が液体生検のみにおいて特定された（組織生検において特定されなかった）症例を指す。「液体陰性」とは、キナーゼ融合が組織生検のみにおいて特定された（液体生検において特定されなかった）症例を指す。矢印は、ｃｔＤＮＡ画分中央値を示す。

【図7A-7B】組織及び液体生検ＣＧＰ結果の両方を有する症例におけるキナーゼ融合検出についての感度（陽性一致率［ＰＰＡ］）を示す。図７Ａは、いずれかのがんタイプ（「全ての対」；ｎ＝１６９）又はＮＳＣＬＣ（ｎ＝１０３）におけるｘ軸に示される液体生検における各々の推定ｃｔＤＮＡ画分におけるｃｔＤＮＡにおけるキナーゼ融合の検出についての感度（ＰＰＡ）（ｙ軸）を示す。各々のバーの上部の数は、組織又は液体生検において特定された融合を有する組織及び液体生検対の数を示す。図７Ｂは、いずれかのがんタイプ（「全ての対」；ｎ＝１０６）又はＮＳＣＬＣ（ｎ＝５９）におけるｘ軸に示される組織及び液体検体収集間の各々の時間枠（１年未満又は１年以上の組織及び液体生検試料の収集間の時間枠）におけるｃｔＤＮＡにおけるキナーゼ融合の検出についての感度（ＰＰＡ）（ｙ軸）を示す。各々のバーの上部の数は、組織又は液体生検において特定された融合を有する組織及び液体生検対の数を示す。

【図8】液体及び組織生検において特定されたキナーゼ融合間の一致への検体収集間の時間の影響を示す。ｙ軸は、ｘ軸に記載される群の各々についての、実施例２に記載されるように計算された液体及び組織生検検体収集間の日数を示す。「一致」とは、同じキナーゼ融合が液体及び組織生検の両方において特定された症例を指す。「組織陰性」とは、キナーゼ融合が液体生検のみにおいて特定された（組織生検において特定されなかった）症例を指す。「液体陰性」とは、キナーゼ融合が組織生検のみにおいて特定された（液体生検において特定されなかった）症例を指す。矢印は、検体収集間の日数中央値を示す。

【図9】既知のＡＬＫ抵抗性変異を有する液体生検検体において特定されたＡＬＫ融合を示す。レジェンド及び図の上部は、遺伝子融合パートナーを示す（例えば、「ＥＭＬ４」は、ＡＬＫ－ＥＭＬ４キナーゼ融合を示す）。示されるＡＬＫ融合の各々を含む試料において特定されたＡＬＫ変異は、陰影ボックスとして示される。星印は、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異の存在を示す。

【図10】一部の実施形態による例示的なデバイスを示す。

【図11】一部の実施形態による例示的なシステムを示す。

【図12】一部の実施形態による、融合核酸分子を検出するための例示的なプロセスのブロック図を示す。

【発明を実施するための形態】

【0090】

本開示は、概して、がんにおけるキナーゼ融合の検出、並びにそれに関連する治療方法及び使用に関する。

【0091】

キナーゼ融合は、重要なクラスの標的可能な発がん性ドライバーバリアントである。本開示は、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）試料及び腫瘍組織試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１／２／３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１／２／３、ＰＤＧＦＲＡ／Ｂ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、及びＲＯＳ１キナーゼを含むキナーゼ融合の汎がんランドスケープを特徴付けた高品質な確証されたハイブリッド捕捉ベースの次世代配列決定（ＮＧＳ）結果を含む実世界のデータセットの研究を記載する。本明細書に記載されるように、本出願人らは、多様ながんタイプ、がん遺伝子、及び切断点にわたる多数のキナーゼ融合を発見し、予想外にも、ｃｔＤＮＡ試料において少なくとも５７１個のキナーゼ融合を見出した。例えば、実施例１を参照されたい。有利にも、ｃｔＤＮＡのゲノムプロファイリングは、組織ベースの試験の結果を精密に再現し、組織及びｃｔＤＮＡ結果間の不一致の大部分は、生物学的及び／又は分析的因子の組み合わせに起因した。例えば、実施例２を参照されたい。本出願人は、予想外にも、ｃｔＤＮＡの分析、例えば、液体生検によるｃｔＤＮＡの分析が、抗がん療法に対する獲得抵抗性に関連する標的可能なキナーゼ融合を特定したことを更に発見した。例えば、実施例３を参照されたい。したがって、理論によって拘束されることを望むことなく、がんを有する個体からの試料、例えば、ｃｔＤＮＡを含む液体生検試料、及び／又は組織試料、例えば、腫瘍生検における本明細書に記載されるキナーゼ融合の存在は、抗がん療法、例えば、標的抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものでの治療に応答する可能性が高いがん患者を特定し得ることが考えられる。

【0092】

Ｉ．一般的な技法
本明細書に記載又は参照される技法及び手順は、概して、従来の方法論、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ３ｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．編集，（２００３））、シリーズＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ ２：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ編集（１９９５））、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ編集（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、及びＡｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編集（１９８７））、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編集，１９８４）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ編集，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ）編集，１９８７）、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ編集，１９９３－８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編集）、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編集，１９８７）、ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．編集，１９９４）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．編集，１９９１）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）、Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．編集，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ編集，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）、Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）、Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ編集，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）、並びにＣａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ．ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．編集，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）に記載されている広範に使用されている方法論を使用して、当業者によって十分に理解され、一般に使用される。

【0093】

ＩＩ．定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、文脈上他に明確に指示されない限り、複数の言及を含む。したがって、例えば、「１つの分子（ａ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」との言及は、任意選択的に、２つ以上のそのような分子の組み合わせなどを含む。

【0094】

本明細書に記載される「約」という用語は、当該技術分野で当業者にとって容易に知られるそれぞれの値についての通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値又はパラメータとの言及は、その値又はパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（及び説明する）。

【0095】

本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態「を含む」、「からなる」及び／又は「から本質的になる」を含むことが理解される。

【0096】

「がん」及び「がん性」という用語は、典型的には、未調節の細胞成長によって特徴付けられる、哺乳動物における生理学的状態を指すか、又はそれを記載する。この定義には、良性及び悪性のがんが含まれる。

【0097】

本明細書で使用される場合、「腫瘍」という用語は、悪性又は良性にかかわらず、全ての新生物性細胞成長及び増殖、並びに全ての前がん性及びがん性細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」及び「腫瘍」という用語は、本明細書について言及される場合、相互に排他的なものではない。

【0098】

本明細書で互換的に使用される場合、「ポリヌクレオチド」、「核酸」、又は「核酸分子」とは、いずれかの長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド若しくは塩基、及び／又はそれらの類似体、あるいはＤＮＡ若しくはＲＮＡポリメラーゼによって、又は合成反応によってポリマーに組み込まれ得る任意の基質であり得る。したがって、例えば、本明細書で定義されるポリヌクレオチドとしては、限定されないが、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖であってもよく、又は典型的には二本鎖であってもよいか、又は一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられる。加えて、本明細書で使用される「ポリヌクレオチド」という用語は、ＲＮＡ又はＤＮＡ、又はＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。そのような領域中の鎖は、同じ分子由来であってもよく、又は異なる分子由来であってもよい。領域は、分子のうちの１つ以上の全てを含んでもよいが、より典型的には、分子のいくつかの領域のみを伴ってもよい。三重らせん領域の分子の一方は、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」という用語は、具体的には、ｃＤＮＡを含む。

【0099】

ポリヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド、例えば、メチル化ヌクレオチド、及びそれらの類似体を含み得る。ヌクレオチド構造に対する修飾は、存在する場合、ポリマーの組み立て前又は組み立て後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは、合成後に、例えば、標識とのコンジュゲーションによって、更に修飾され得る。他のタイプの修飾としては、例えば、「キャップ」、類似体、ヌクレオチド間修飾による、天然に存在するヌクレオチドのうちの１つ以上の置換、例えば、帯電していない結合（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）を有するもの、及び帯電した結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエーテオなど）を有するもの、ペンダント部分、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ－Ｌ－リジンなど）を含有するもの、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）を有するもの、キレーター（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）を含有するもの、アルキレーターを含有するもの、修飾結合を有するもの（例えば、アルファアノマー性核酸）、並びにポリヌクレオチドの非修飾形態が挙げられる。更に、糖内に通常存在するヒドロキシル基のいずれかが、例えば、ホスホネート基、ホスフェート基によって置き換えられ、標準的な保護基によって保護され、又は追加のヌクレオチドに対する追加の結合を調製するために活性化されてもよく、又は固体若しくは半固体の支持体にコンジュゲートされてもよい。５’末端及び３’末端のＯＨは、リン酸化されてもよく、又は１～２０個の炭素原子のアミン又は有機キャッピング基部分で置換されてもよい。他のヒドロキシルもまた、標準的な保護基へと誘導体化されてもよい。ポリヌクレオチドはまた、例えば、２’－０－メチル－、２’－０－アリル－、２’－フルオロ－、又は２’－アジド－リボース、炭素環糖類似体、ａ－アノマー性糖、エピマー性糖、例えば、アラビノース、キシロース又はリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドなどの脱塩基ヌクレオシド類似体を含む、当該技術分野で一般に既知のリボース又はデオキシリボース糖の類似形態を含有し得る。１つ以上のホスホジエステル結合は、代替的な結合基によって置き換えられてもよい。これらの代替的な結合基は、ホスフェートが、Ｐ（０）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、「（０）ＮＲ_２（「アミデート」）、Ｐ（０）Ｒ、Ｐ（０）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ_２（「ホルムアセタール」）によって置き換えられており、式中、各々のＲ又はＲ’が、独立して、Ｈ、又は任意選択的に、エーテル（－０－）結合、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、若しくはアラルジル（ａｒａｌｄｙｌ）を含有する置換若しくは非置換アルキル（１～２０Ｃ）である、実施形態を含むが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。ポリヌクレオチドは、本明細書に記載の１つ以上の異なるタイプの修飾及び／又は同じタイプの複数の修飾を含有し得る。前の記載は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、本明細書で言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。

【0100】

本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」とは、概して、短い一本鎖ポリヌクレオチドであって、必ずしもではないが、約２５０ヌクレオチド長未満である、ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成であってもよい。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、相互に排他的なものではない。ポリヌクレオチドについての上の記載は、オリゴヌクレオチドと等しく、かつ完全に適用可能である。

【0101】

本明細書での「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、様々な抗体構造を包含し、抗体構造は、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を含むが、これらに限定されない。

【0102】

「単離された」抗体は、その自然環境の構成要素から特定及び分離され、かつ／又は回収されたものである。その天然環境の汚染成分は、抗体の研究、診断、及び／又は治療的使用を妨害し得る材料であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性又は非タンパク質性溶質を含み得る。一部の実施形態では、抗体は、（１）例えば、Ｌｏｗｒｙ方法によって決定される場合、抗体の９５重量％より多く、一部の実施形態では、９９重量％より多くなるまで、（２）例えば、スピニングカップ配列決定装置の使用によって、Ｎ末端又は内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで、あるいは（３）例えば、クマシーブルー又は銀染色を使用して、還元又は非還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥによって均一性になるまで、精製される。単離された抗体は、抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内にインサイツで抗体を含む。しかしながら、通常は、単離された抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製される。

【0103】

「天然抗体」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖から構成された約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、１つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に結合し、一方、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖によって変化する。各々の重鎖及び軽鎖はまた、規則的に離間された鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後に、いくつかの数の定常ドメインを有する。各軽鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＬ）と、その他方の末端に定常ドメインと、を有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列する。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインと間の界面を形成すると考えられる。

【0104】

いずれかの哺乳類種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（「κ」）及びラムダ（「λ」）と称される２つの明確に異なるタイプのうちの１つに割り当てられ得る。

【0105】

「定常ドメイン」という用語は、抗原結合部位を含有する免疫グロブリンの他の部分である可変ドメインに対してより保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の一部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメイン（まとめてＣＨ）と、軽鎖のＣＨＬ（又はＣＬ）ドメインと、を含有する。

【0106】

抗体の「可変領域」又は「可変ドメイン」とは、抗体の重又は軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と称されてもよい。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と称されてもよい。これらのドメインは、一般に、抗体の最も可変性の部分であり、抗原結合部位を含有する。

【0107】

「可変」という用語は、可変ドメインのある特定の部分が、抗体のうち配列において広範囲に異なり、各々の特定の抗体の特定の抗原へのその結合及び特異性において使用されることを指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体に均一に分布しているわけではない。軽鎖及び重鎖の可変ドメインの両方において、超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中する。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。ネイティブ重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、各々、大部分がベータシートの構成を採用し、接続するループを形成する３つのＨＶＲによって接続され、一部の場合では、ベータシート構造の一部を形成する、４つのＦＲ領域を含む。各鎖内のＨＶＲは、ＦＲ領域に近接して一緒に保持され、他の鎖からのＨＶＲとともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。定常ドメインは、抗原に対する抗体の結合に直接的には関与しないが、例えば、抗体依存性細胞傷害性への抗体の関与など、様々なエフェクター機能を示す。

【0108】

本明細書で使用される場合、「超可変領域」、「ＨＶＲ」、又は「ＨＶ」という用語は、配列において超可変であり、かつ／又は構造的に画定されたループを形成する、抗体可変ドメインの領域を指す。概して、抗体は、６つのＨＶＲを含み、ＶＨにおける３つのＨＶＲ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、及びＶＬにおける３つのＨＶＲ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。ネイティブ抗体では、Ｈ３及びＬ３は、６個のＨＶＲのうちで最大の多様性を示し、特に、Ｈ３は、抗体に対する精密な特異性を与える際に固有の役割を果たすと考えられる。例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７－４５（２０００）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１－２５におけるＪｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｗｕ（Ｌｏ編集，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）を参照されたい。実際に、重鎖のみからなる天然に存在するラクダ抗体は、機能的であり、軽鎖の非存在下で安定である。例えば、Ｈａｍｅｒｓ－Ｃａｓｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６－４４８（１ ９９３）、Ｓｈｅｒｉｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３－７３６（１９９６）を参照されたい。

【0109】

ＨＶＲの数の概要説明を使用し、これは本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列多様性に基づき、最も一般に使用される（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１ ９９１））。Ｃｈｏｔｈｉａとは、代わりに、構造的ループの位置を指す（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＨＶＲは、Ｋａｂａｔ ＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの間を補完するものを表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用される。「コンタクト（ｃｏｎｔａｃｔ）」ＨＶＲは、利用可能な複雑な結晶構造の分析に基づく。これらのＨＶＲの各々からの残基を以下に示す。

【表1】

【0110】

ＨＶＲは、以下のように「伸長されたＨＶＲ」を含み得る。ＶＬ内に、２４－３６若しくは２４－３４（Ｌ１）、４６－５６若しくは５０－５６（Ｌ２）、及び８９－９７若しくは８９－９６（Ｌ３）、並びにＶＨ内に、２６－３５（Ｈ１）、５０－６５若しくは４９－６５（Ｈ２）、及び９３－１０２、９４－１０２、若しくは９５－１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．上記に従って、これらの定義の各々についてナンバリングされる。

【0111】

「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基は、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。

【0112】

「Ｋａｂａｔにおける可変ドメイン残基ナンバリング」、又は「Ｋａｂａｔにおけるアミノ酸位置ナンバリング」、及びそれらの変形は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．上記における抗体の集録の重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインのために使用されるナンバリングシステムを指す。このナンバリングシステムを使用して、実際の線形アミノ酸配列は、可変ドメインの短縮、又は可変ドメインのＦＲ若しくはＨＶＲへの挿入に対応して、それより少ないアミノ酸又は追加のアミノ酸を含有し得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２後の単一アミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従って残基５２ａ）、及び重鎖ＦＲ残基８２後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従って残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃなど）を含み得る。残基のＫａｂａｔナンバリングは、抗体の配列の相同性の領域で、「標準的な」Ｋａｂａｔナンバリングされた配列とのアラインメントによって、所与の抗体について決定され得る。

【0113】

Ｋａｂａｔナンバリングシステムは、概して、可変ドメイン内の残基（軽鎖のおよそ残基１～１０７、及び重鎖の残基１～１１３）を指すときに使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。「ＥＵナンバリングシステム」又は「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域中の残基を参照する際に使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（前出）に報告されるＥＵインデックス）。「Ｋａｂａｔと同様のＥＵインデックス」は、ヒトｌｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。

【0114】

「完全長抗体」、「インタクト抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書で互換的に使用され、以下に定義される抗体断片でなく、実質的にインタクトな形態での抗体を指す。この用語は、特に、Ｆｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。

【0115】

「抗体断片」は、その抗原結合領域を含むインタクト抗体の一部分を含む。一実施形態では、本明細書に記載の抗体断片は、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；線形抗体；単鎖抗体分子；並びに抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられる。

【0116】

本明細書で使用される場合、「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均質な抗体集団から得られる抗体を指し、例えば、集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る可能性変異、例えば、自然発生の変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、別個の抗体の混合物ではない抗体の特徴を示す。ある特定の実施形態では、そのようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列からの単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を含むプロセスによって得られた。例えば、選択プロセスは、複数のクローン、例えば、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、又は組換えＤＮＡクローンのプールからの固有のクローンの選択であり得る。選択された標的結合配列は、更に変化し、例えば、標的に対する親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養物におけるその産生を改善し、インビボでのその免疫原性を低減し、多重特異性抗体を作成することなどができること、また、変化した標的結合配列を含む抗体も、本発明のモノクローナル抗体であることを理解すべきである。典型的には異なる決定因子（エピトープ）に対して指向する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に対して指向する。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、それらが典型的には他の免疫グロブリンによって汚染されていないという点で有利である。

【0117】

「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均質な抗体集団から得られるものとしての抗体の特徴を示し、いずれかの特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるべきでない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ方法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５－９７（１９７５）、Ｈｏｎｇｏ ｅｔ ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ １４（３）：２５３－２６０（１９９５）、Ｈａｒｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）、Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，ｉｎ：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３－６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１ ０（２００４）、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１ １ ９－１３２（２００４）を参照されたい）、及びヒト免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子座又は遺伝子の部分又は全てを有する動物においてヒト又はヒト様抗体を産生するための技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３、ＷＯ１９９６／３４０９６、ＷＯ１９９６／３３７３５、ＷＯ１９９１／１０７４１、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：２５５１（１９９３）、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６２：２５５－２５８（１９９３）、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１ ９９３）、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、及び同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９－７８３（１９９２）、Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６－８５９（１９９４）、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２－８１３（１９９４）、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５－８５１（１９９６）、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）、及びＬｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５－９３（１９９５）を参照されたい）を含む、様々な技術によって作製され得る。

【0118】

「ヒト抗体」は、ヒト若しくはヒト細胞によって産生される抗体、又はヒト抗体レパートリー若しくは他のヒト抗体コード配列を使用する非ヒト供給源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。このヒト抗体の定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特定的に排除する。

【0119】

「ヒト化」抗体とは、非ヒトＨＶＲからのアミノ酸残基、及びヒトフレームワーク領域（ＦＲ）からのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施形態では、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部分を含み得る。

【0120】

抗体、例えば、非ヒト抗体の「ヒト化形態」とは、ヒト化に供された抗体を指す。

【0121】

「遮断」抗体又は「アンタゴニスト」抗体は、これが結合する抗原の生物学的活性を阻害又は低減するものである。例えば、ブロッキング抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を実質的又は完全に阻害する。

【0122】

本明細書で使用される場合、「結合する」、「に特異的に結合する」、又は「に特異的」であるという用語は、測定可能及び再現可能な相互作用、例えば、標的及び抗体間の結合であって、生物学的分子を含む分子の不均一集団の存在下で、標的の存在を決定する、結合を指す。例えば、標的（エピトープであってもよい）に結合するか、又は特異的に結合する抗体は、より容易には、より大きな親和性、アビディティを有し、かつ／又は他の標的に結合するよりも大きな持続時間で、この標的に結合する抗体である。一実施形態では、無関係の標的への抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定された場合、標的への抗体の結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、標的に特異的に結合する抗体は、１μＭ未満、１００ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、１ｎＭ未満、又は０．１ｎＭ未満の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態では、抗体は、異なる種からのタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的な結合は、排他的な結合を含み得るが、必須ではない。

【0123】

本明細書で特定されるポリペプチド配列に対する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、比較されているポリペプチドにおけるアミノ酸残基と同一である候補配列におけるアミノ酸残基の百分率であって、配列をアラインメントし、必要な場合、ギャップを導入して、最大パーセント配列同一性を達成した後の百分率であり、いずれもの保存的置換を、配列同一性の一部分として考慮しない、百分率として定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的でのアラインメントは、当該技術分野での技能の範囲内である様々な様式で達成され得、例えば、一般に入手可能なコンピュータソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、ＡＬＩＧＮ－２、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して達成され得る。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大アラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含め、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。

【0124】

「検出」という用語は、直接的及び間接的検出を含むいずれかの検出手段を含む。本明細書で使用される場合、「バイオマーカー」という用語（例えば、本明細書に記載されるキナーゼ融合、又は融合核酸分子若しくはポリペプチドなどの「バイオマーカー」）は、試料において検出され得る指標、例えば、予測、診断、及び／又は予後指標を指す。バイオマーカーは、ある特定の分子特徴、病的な特徴、組織学的特徴、及び／又は臨床特徴（チェックポイント阻害剤を含む療法に対する応答性）を特徴とする、疾患又は障害（例えば、がん）の特定のサブタイプのインジケータとして機能し得る。一実施形態では、バイオマーカーは、遺伝子の集合、又は遺伝子の集合における変異／変化（例えば、体細胞変異）の集合数である。バイオマーカーとしては、限定されないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）、ポリヌクレオチド変化（例えば、ポリヌクレオチドコピー数変化、例えば、ＤＮＡコピー数変化）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチドの修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、及び／又は糖脂質系の分子マーカーが挙げられる。

【0125】

本明細書で使用される場合、「増幅」とは、概して、所望の配列の複数のコピーを産生するプロセスを指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」とは、テンプレート配列との完全な配列相補性又は同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、デオキシイノシンなどのヌクレオチド類似体、意図的な配列変化（例えば、テンプレートに対してハイブリダイズ可能であるが、テンプレートに対して相補的ではない配列を含むプライマーによって導入される配列変化）、及び／又は増幅中に生じる配列エラーを含み得る。

【0126】

本明細書で使用される場合、「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」の技法とは、概して、少量の特異的核酸、ＲＮＡ、及び／又はＤＮＡ片が、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているように増幅される、手順を指す。一般に、目的の領域の末端から、又はそれを超えた配列情報が入手可能である必要があり、その結果、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができ、これらのプライマーは、増幅されるテンプレートの反対側の鎖に対して配列が同一であるか、又は類似している。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅された材料の末端と一致していてもよい。ＰＣＲを使用して、特定のＲＮＡ配列を、全ゲノムＤＮＡから特定のＤＮＡ配列を、また、全細胞ＲＮＡ、バクテリオファージ、又はプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅させることができる。一般に、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５１：２６３（１９８７）、及びＥｒｌｉｃｈ編集，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照されたい。本明細書に使用される場合、ＰＣＲは、プライマーとしての既知の核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）の使用を含み、核酸ポリメラーゼを使用して特定の核酸片を増幅させるか、若しくは生成するか、又は特定の核酸に相補的である特定の核酸片を増幅させるか、若しくは生成する、核酸試験試料を増幅させるための核酸ポリメラーゼ反応方法の唯一の例ではないが、一例であると考えられる。

【0127】

「診断」という用語は、分子的又は病理学的状況、疾患、又は状態（例えば、がん）の特定又は分類を指すために本明細書で使用される。例えば、「診断」は、特定のタイプのがんの特定を指し得る。「診断」はまた、例えば、病理組織学的基準によって、又は分子特徴（例えば、バイオマーカーの１つ又は組み合わせ（例えば、特定の遺伝子、又は当該遺伝子によってコードされるタンパク質）の発現を特徴とするサブタイプ）によって、がんの特定のサブタイプの分類を指し得る。

【0128】

「診断を援助する」という用語は、疾患又は障害（例えば、がん）の特定のタイプの症状又は状態の存在又は性質に関する臨床的決定を行うことを支援する方法を指すために本明細書で使用される。例えば、疾患又は状態（例えば、がん）の診断を補助する方法は、個体からの生物学的試料においてある特定の体細胞変異を測定することを含み得る。

【0129】

本明細書で使用される場合、「試料」という用語は、目的の対象及び／又は個体から得られるか又はそれらに由来する組成物であって、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／又は生理学的特徴に基づいて特徴付けられ、かつ／又は特定される細胞及び／又は他の分子実体を含有する、組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句及びその変形は、特徴付けられる細胞及び／又は分子実体を含有すると予想されるか又はそれらを含有することが既知である目的の対象から得られるいずれかの試料を指す。試料としては、限定されないが、組織試料、初代若しくは培養された細胞若しくは細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血漿、血清、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物、例えば、均質化された組織、腫瘍組織、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせが挙げられる。場合によっては、試料は、全血試料、血漿試料、血清試料、又はそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、試料は、腫瘍からのもの（例えば、「腫瘍試料」）、例えば、生検からのものである。一部の実施形態では、試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料である。

【0130】

本明細書に使用される「腫瘍細胞」は、腫瘍又はその試料中に存在する任意の腫瘍細胞を指す。腫瘍細胞は、当該技術分野で既知の及び／又は本明細書に記載される方法を使用して、腫瘍試料において存在し得る他の細胞、例えば、間質細胞及び腫瘍浸潤性免疫細胞から区別され得る。

【0131】

本明細書で使用される場合、「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、又は「対照組織」とは、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準、又はレベルを指す。

【0132】

「相関する」、又は「相関すること」とは、いずれにせよ、第１の分析又はプロトコルの性能及び／又は結果を、第２の分析又はプロトコルの性能及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第２のプロトコルを実行する際に第１の分析又はプロトコルの結果を使用してもよく、かつ／又は第２の分析又はプロトコルを行うべきかどうかを決定するために、第１の分析又はプロトコルの結果を使用してもよい。ポリペプチド分析又はプロトコルの実施形態に関して、ポリペプチド発現分析又はプロトコルの結果を使用して、特定の療法レジメンを行うべきかどうかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析又はプロトコルの実施形態に関して、ポリヌクレオチド発現分析又はプロトコルの結果を使用して、特定の療法レジメンを行うべきかどうかを決定してもよい。

【0133】

「個体の応答」又は「応答」は、個体への利益を示すいずれかのエンドポイントを使用して評価され得、エンドポイントは、（１）疾患進行（例えば、がん進行）のある程度までの阻害であって、減速若しくは完全な停止を含む、阻害、（２）腫瘍サイズにおける低減、（３）隣接する末梢器官及び／若しくは組織内へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、低減、減速、又は完全な中止）、（４）転移の阻害（すなわち、低減、減速、又は完全な中止）、（５）疾患若しくは障害（例えば、がん）に関連する１つ以上の症状のある程度までの軽減、（６）全生存及び無進行生存を含む生存の長さにおける増加若しくは延長、並びに／又は（７）治療後の所与の時間点での減少した死亡率を含むが、これらに限定されない。

【0134】

医薬での治療への患者の「有効応答」又は患者の「応答性」、及び同様の表現は、疾患又は障害、例えば、がんのリスクがあるか又はそれを患っている患者に付与される臨床的又は治療的利益を指す。一実施形態では、そのような利益は、生存（全生存及び／又は無進行生存を含む）を延長すること；客観的な応答（完全奏効又は部分奏効を含む）をもたらすこと；又はがんの徴候若しくは症状を改善することのうちのいずれか１つ以上を含む。

【0135】

「有効量」とは、哺乳動物における疾患又は障害を治療又は予防するための治療剤の量を指す。がんの場合、治療有効量の治療剤は、がん細胞の数を低減し得、原発性腫瘍サイズを低減し得、末梢器官内へのがん細胞浸潤を阻害し得（すなわち、ある程度まで遅くし得、一部の実施形態では、中止し得）、腫瘍転移を阻害し得（すなわち、ある程度まで遅くし得、一部の実施形態では、中止し得）、腫瘍成長をある程度まで阻害し得、かつ／又は障害に関連する症状のうちの１つ以上をある程度まで緩和し得る。薬物が、存在するがん細胞の成長を防止し、かつ／又は死滅させ得る程度まで、薬物は、細胞増殖抑制性及び／又は細胞傷害性であってもよい。がん療法の場合、インビボでの有効性は、例えば、生存持続期間、疾患進行までの時間（ＴＴＰ）、奏功率（例えば、ＣＲ又はＰＲ）、応答の持続期間、及び／又は生活の質を評価することによって測定することができる。

【0136】

「薬学的製剤」という用語は、その中に含有された活性成分の生物学的活性が有効であることを可能にするような形態であり、製剤が投与される対象に許容されない毒性がある追加の構成要素を含有しない調製物を指す。

【0137】

「薬学的に許容される担体」とは、対象に無毒である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体としては、限定されないが、緩衝液、賦形剤、安定剤、又は防腐剤が挙げられる。

【0138】

本明細書で使用される場合、「治療」（及びその文法的な変形、例えば、「治療する」又は「治療すること」）とは、治療されている個体の自然の経過を変化させる試みでの臨床的介入を指し、予防のために実行され得るか、又は臨床病理学の経過中に実行され得るかのいずれかである。治療の望ましい効果は、疾患の発生又は再発の予防、症状の軽減、疾患のいずれかの直接的又は間接的病理学的帰結の減弱、転移の予防、疾患進行の速度の減少、疾患状況の寛解又は緩和、及び緩解又は改善された予後を含むが、これらに限定されない。

【0139】

本明細書で使用される場合、「個体」、「患者」、又は「対象」という用語は、互換的に使用され、治療が所望されるいずれかの単一動物、例えば、哺乳動物（非ヒト動物、例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、ウシ、ブタ、ヒツジ、及び非ヒト霊長類を含む）を指す。特定の実施形態では、本明細書の患者は、ヒトである。

【0140】

本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、対象（例えば、患者）に、投薬量の薬剤又は薬学的組成物（例えば、薬剤を含む薬学的組成物）を与える方法を意味する。投与は、非経口、肺内、及び経鼻を含み、及び所望な場合には、局所治療、病変内投与のための任意の好適な手段によるものであってもよい。非経口注入としては、例えば、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が挙げられる。投薬は、一部には投与が一時的であるか長期であるかに応じて、例えば、注射（例えば、静脈内又は皮下注射）による、任意の好適な経路によるものであってもよい。限定されないが、様々な時間点にわたる単回又は複数回の投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含む、様々な投薬スケジュールは、本明細書で企図される。

【0141】

「同時に」という用語は、２つ以上の治療剤の投与であって、投与の少なくとも一部分が時間的に重複する、投与を指すために本明細書で使用される。したがって、同時投与は、１つ以上の薬剤の投与が１つ以上の他の薬剤の投与を中断した後に継続するときの投薬レジメンを含む。

【0142】

「添付文書」という用語は、治療製品の市販パッケージ内に通例含まれる説明書であって、そのような治療製品の使用に関する適応症、使用、投薬量、投与、併用療法、禁忌、及び／又は警告についての情報を含む、説明書を指すために使用される。

【0143】

「製造物品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患若しくは障害（例えば、がん）の治療のための医薬、又は本明細書に記載されるバイオマーカー（例えば、本明細書に記載されるキナーゼ融合、又は融合核酸分子若しくはポリペプチド）を特異的に検出するための試薬を含むいずれかの製造品（例えば、パッケージ又は容器）又はキットである。ある特定の実施形態では、製造物又はキットは、本明細書に記載の方法を行うためのユニットとして販売促進され、配布され、又は販売される。

【0144】

本明細書で使用される場合、「に基づく」という語句は、１つ以上のバイオマーカー（例えば、本明細書に記載されるキナーゼ融合、又は融合核酸分子若しくはポリペプチド）についての情報が、治療決定、添付文書上で提供された情報、又はマーケティング／販売促進ガイダンスなどを通知するために使用されることを意味する。

【0145】

「アレル頻度」及び「アレル画分」という用語は、本明細書では互換的に使用され、ゲノム遺伝子座に対する配列リードの総数に対する特定のアレルに対応する配列リードの画分を指す。「バリアントアレル頻度」及び「バリアントアレル画分」という用語は、本明細書では互換的に使用され、ゲノム遺伝子座の配列リードの総数に対する特定のバリアントアレルに対応する配列リードの画分を指す。

【0146】

ＩＩＩ．方法、システム、及びデバイス
ある特定の態様では、がんを有する個体のための治療を選択するための方法；がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定するための方法；がんを有する個体の生存を予測するための方法；がんを治療する又はその進行を遅らせるための方法；がんを有する個体を監視、評価、又はスクリーニングするための方法；個体におけるがんにおけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを評価するための方法；ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出するための方法；個体におけるがんの存在又は非存在を検出するための方法；個体におけるがんの進行又は再発を監視するための方法；がんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行うための方法；抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定するための方法；及び抗がん療法を含む治療で治療されたがんを有する個体の生存を予測するための方法が、本明細書で提供される。

【0147】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、個体、例えば、がんを有する個体、がんを有すると疑われる個体、がんの治療を受容している個体、又はがんについて試験されている個体からの試料において、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することを含む。一部の実施形態では、試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出は、個体を、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療から利益を得ることができる個体として特定する。一部の実施形態では、方法は、例えば、試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に応答して、抗がん療法を、がんを有する個体のための治療として選択することを含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することを含む。一部の実施形態では、１つ以上の治療選択肢は、本明細書に記載される抗がん療法を含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に応答して、個体に、有効量の抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療を投与することを含む。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に応答して、個体は、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、例えば、試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在の検出に応答して、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの評価を提供することを含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるがんの存在若しくは非存在を検出すること、又はその存在若しくは非存在の知識を取得することを含む。一部の実施形態では、方法は、第１の時点で個体から得られた第１の試料において、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、第１の時点後の第２の時点で個体から得られた第２の試料において、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在に少なくとも部分的に基づく個体におけるがん進行又はがん再発の評価を提供することと、を含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料においてＤＮＡ配列決定を実行して、遺伝子における配列決定変異プロファイルを決定することを含み、配列決定変異プロファイルは、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の存在又は非存在を特定する。一部の実施形態では、方法は、遺伝子における配列決定変異プロファイルに少なくとも部分的に基づいて、候補治療を特定することを含む。一部の実施形態では、候補治療は、本明細書に記載される抗がん療法を含む。一部の実施形態では、候補治療は、配列決定変異プロファイルにおいて特定されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の存在に少なくとも部分的に基づいて特定される。

【0148】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、個体、例えば、がんを有する個体、がんを有すると疑われる個体、がんの治療を受容している個体、又はがんについて試験されている個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することを含む。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識は、個体を、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療から利益を得ることができる個体として特定する。一部の実施形態では、方法は、例えば、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識に応答して、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを、がんを有する個体のための治療として選択することを含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することを含む。一部の実施形態では、１つ以上の治療選択肢は、本明細書に記載される抗がん療法を含む。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識の取得に応答して、個体は、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療を受容する候補として分類される。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識の取得に応答して、個体は、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療に応答する可能性が高いとして特定される。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識の取得に応答して、個体は、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、例えば、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在の知識の取得に応答して、個体は、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを示さないがんを有する個体と比較してより長い生存を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識の取得に応答して、個体に、有効量の抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む治療を投与することを含む。一部の実施形態では、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識の取得に応答して、個体は、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体と比較して、抗がん療法での治療への改善された応答を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、例えば、個体からの試料におけるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在の知識の取得に応答して、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの評価を提供することを含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるがんの存在若しくは非存在を検出すること、又はその存在若しくは非存在の知識を取得することを含む。

【0149】

他の態様では、システムが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本開示のシステムは、１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備える。一部の実施形態では、１つ以上のプログラム命令は、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）複数の配列リードをＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の存在について分析することと、（ｃ）分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている。一部の実施形態では、試料は、がんを有する個体、がんを有すると疑われる個体、がんの治療を受容している個体、又はがんについて試験されている個体からのものである。

【0150】

他の態様では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本開示の非一時的コンピュータ可読記憶媒体は、方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、（ｂ）１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードをＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の存在について分析することと、（ｃ）１つ以上のプロセッサを使用して、分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を含む。一部の実施形態では、試料は、がんを有する個体、がんを有すると疑われる個体、がんの治療を受容している個体、又はがんについて試験されている個体からのものである。

【0151】

本明細書で提供される方法、システム、又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、血液悪性腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、Ｂ細胞がん、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能（ＮＯＳ）乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0152】

本明細書で提供される方法、システム、又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子は、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0153】

Ａ．キナーゼ融合
本開示のある特定の態様は、キナーゼをコードする遺伝子、例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子を含むゲノム再編成に関する。本開示のＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１再編成は、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子の遺伝子座を含むいずれかの染色体転座、融合、又は再編成に関連し得る。一部の実施形態では、本開示の再編成は、別の遺伝子の少なくとも一部分に融合したＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子の少なくとも一部分を含む融合核酸分子をもたらす。したがって、本開示のある特定の態様は、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子、及びそのような融合核酸分子によってコードされたＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合ポリペプチドに関する。

【0154】

一部の態様では、ＡＬＫ遺伝子、並びにＡＬＫ融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0155】

本明細書で使用される場合、「未分化リンパ腫キナーゼ」又は「ＡＬＫ」とは、ＡＬＫ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＬＫ遺伝子は、ＡＬＫ受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＡＬＫはまた、ＣＤ２４６、ＮＢＬＳＴ３、未分化リンパ腫受容体チロシンキナーゼ、及びＡＬＫ受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＡＬＫ遺伝子は、ヒトＡＬＫ遺伝子である。例示的なＡＬＫ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３８によって表される。例示的なＡＬＫ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４３０４によって表され、これは、配列番号１として以下で提供される。ＡＬＫポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４２９５によって表される。
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【0156】

一部の態様では、ＢＲＡＦ遺伝子、並びにＢＲＡＦ融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0157】

本明細書で使用される場合、「Ｂ－Ｒａｆがん原遺伝子セリン／スレオニンキナーゼ」又は「ＢＲＡＦ」とは、ＢＲＡＦ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＲＡＦ遺伝子は、ＢＲＡＦセリン／スレオニンキナーゼをコードする。ＢＲＡＦはまた、ＮＳ７、Ｂ－ｒａｆ、ＢＲＡＦ１、ＲＡＦＢ１、Ｂ－ＲＡＦ１、及びＢ－Ｒａｆがん原遺伝子セリン／スレオニンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ遺伝子は、ヒトＢＲＡＦ遺伝子である。例示的なＢＲＡＦ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６７３によって表される。例示的なＢＲＡＦ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４３３３によって表され、これは、配列番号２として以下で提供される。ＢＲＡＦポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４３２４によって表される。
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【0158】

一部の態様では、ＥＧＦＲ遺伝子、並びにＥＧＦＲ融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0159】

本明細書で使用される場合、「上皮成長因子受容体」又は「ＥＧＦＲ」とは、ＥＧＦＲ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＧＦＲ遺伝子は、ＥＧＦＲ受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＥＧＦＲはまた、ＥＲＢＢ、ＥＲＲＰ、ＨＥＲ１、ｍＥＮＡ、ＥＲＢＢ１、ＰＩＧ６１、ＮＩＳＢＤ２、上皮成長因子受容体、及びＥＧＦＲ受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子である。例示的なＥＧＦＲ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１９５６によって表される。例示的なＥＧＦＲ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５２２８によって表され、これは、配列番号３として以下で提供される。ＥＧＦＲポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５２１９によって表される。
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【0160】

一部の態様では、ＥＲＢＢ２遺伝子、並びにＥＲＢＢ２融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0161】

本明細書で使用される場合、「ｅｒｂ－ｂ２受容体チロシンキナーゼ２」又は「ＥＲＢＢ２」とは、ＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＲＢＢ２遺伝子は、ＥＲＢＢ２受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＥＲＢＢ２はまた、ＮＥＵ、ＮＧＬ、ＨＥＲ２、ＴＫＲ１、ＣＤ３４０、ＨＥＲ－２、ＶＳＣＮ２、ＭＬＮ １９、ＨＥＲ－２／ｎｅｕ、上皮成長因子、及びＥＲＢＢ２受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２遺伝子は、ヒトＥＲＢＢ２遺伝子である。例示的なＥＲＢＢ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２０６４によって表される。例示的なＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４４４８によって表され、これは、配列番号４として以下で提供される。ＥＲＢＢ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４４３９によって表される。
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【0162】

一部の態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子、並びにＦＧＦＲ１融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0163】

本明細書で使用される場合、「線維芽細胞成長因子受容体１」又は「ＦＧＦＲ１」とは、ＦＧＦＲ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＧＦＲ１遺伝子は、ＦＧＦＲ１受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＦＧＦＲ１はまた、ＣＥＫ、ＦＬＧ、ＨＨ２、ＯＧＤ、ＥＣＣＬ、ＦＬＴ２、ＫＡＬ２、ＢＦＧＦＲ、ＣＤ３３１、ＦＧＦＢＲ、ＦＬＴ－２、ＨＢＧＦＲ、Ｎ－ＳＡＭ、ＦＧＦＲ－１、ＨＲＴＦＤＳ、ｂＦＧＦ－Ｒ－１、線維芽細胞成長因子受容体１、及びＦＧＦＲ１受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１遺伝子は、ヒトＦＧＦＲ１遺伝子である。例示的なＦＧＦＲ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２６０によって表される。例示的なＦＧＦＲ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１５８５０によって表され、これは、配列番号５として以下で提供される。ＦＧＦＲ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５６９３４によって表される。
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【0164】

一部の態様では、ＦＧＦＲ２遺伝子、並びにＦＧＦＲ２融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0165】

本明細書で使用される場合、「線維芽細胞成長因子受容体２」又は「ＦＧＦＲ２」とは、ＦＧＦＲ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＧＦＲ２遺伝子は、ＦＧＦＲ２受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＦＧＦＲ２はまた、ＢＢＤＳ、ＢＥＫ、ＢＦＲ－１、ＣＤ３３２、ＣＥＫ３、ＣＦＤ１、ＥＣＴ１、ＪＷＳ、Ｋ－ＳＡＭ、ＫＧＦＲ、ＴＫ１４、ＴＫ２５、線維芽細胞成長因子受容体２、及びＦＧＦＲ２受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２遺伝子は、ヒトＦＧＦＲ２遺伝子である。例示的なＦＧＦＲ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２６３によって表される。例示的なＦＧＦＲ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００１４１によって表され、これは、配列番号６として以下で提供される。ＦＧＦＲ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００１３２によって表される。
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【0166】

一部の態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子、並びにＦＧＦＲ３融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0167】

本明細書で使用される場合、「線維芽細胞成長因子受容体３」又は「ＦＧＦＲ３」とは、ＦＧＦＲ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＧＦＲ３遺伝子は、ＦＧＦＲ３受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＦＧＦＲ３はまた、ＡＣＨ、ＣＥＫ２、ＪＴＫ４、ＣＤ３３３、ＨＳＦＧＦＲ３ＥＸ、線維芽細胞成長因子受容体３、及びＦＧＦＲ３受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３遺伝子は、ヒトＦＧＦＲ３遺伝子である。例示的なＦＧＦＲ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２６１によって表される。例示的なＦＧＦＲ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００１４２によって表され、これは、配列番号７として以下で提供される。ＦＧＦＲ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００１３３によって表される。
ＡＧＴＧＣＧＣＧＧＴＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＴＣＧＣＧＧＧＣＡＧＣＴＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＧＧＴＣＣＴＧＣＴＣＴＧＣＣＧＧＴＣＧＣＡＣＧＧＡＣＧＣＡＣＣＧＧＣＧＧＧＣＣＧＣＣＧＧＣＣＧＧＡＧＧＧＡＣＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＣＴＧＧＧＣＣＣＧＣＧＧＡＣＡＧＣＧＡＧＣＣＧＧＡＧＣＧＧＧＡＧＣＣＧＣＧＣＧＴＡＧＣＧＡＧＣＣＧＧＧＣＴＣＣＧＧＣＧＣＴＣＧＣＣＡＧＴＣＴＣＣＣＧＡＧＣＧＧＣＧＣＣＣＧＣＣＴＣＣＣＧＣＣＧＧＴＧＣＣＣＧＣＧＣＣＧＧＧＣＣＧＴＧＧＧＧＧＧＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＧＣＧＣＧＣＧＣＴＧＣＣＴＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＣＧＧＣＣＣＣＣＧＣＣＣＣＣＧＣＣＡＴＧＧＧＣＧＣＣＣＣＴＧＣＣＴＧＣＧＣＣＣＴＣＧＣＧＣＴＣＴＧＣＧＴＧＧＣＣＧＴＧＧＣＣＡＴＣＧＴＧＧＣＣＧＧＣＧＣＣＴＣＣＴＣＧＧＡＧＴＣＣＴＴＧＧＧＧＡＣＧＧＡＧＣＡＧＣＧＣＧＴＣＧＴＧＧＧＧＣＧＡＧＣＧＧＣＡＧＡＡＧＴＣＣＣＧＧＧＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＣＣＡＧＣＡＧＧＡＧＣＡＧＴＴＧＧＴＣＴＴＣＧＧＣＡＧＣＧＧＧＧＡＴＧＣＴＧＴＧＧＡＧＣＴＧＡＧＣＴＧＴＣＣＣＣＣＧＣＣＣＧＧＧＧＧＴＧＧＴＣＣＣＡＴＧＧＧＧＣＣＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＧＴＣＡＡＧＧＡＴＧＧＣＡＣＡＧＧＧＣＴＧＧＴＧＣＣＣＴＣＧＧＡＧＣＧＴＧＴＣＣＴＧＧＴＧＧＧＧＣＣＣＣＡＧＣＧＧＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＴＧＡＡＴＧＣＣＴＣＣＣＡＣＧＡＧＧＡＣＴＣＣＧＧＧＧＣＣＴＡＣＡＧＣＴＧＣＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＣＡＣＧＣＡＧＣＧＣＧＴＡＣＴＧＴＧＣＣＡＣＴＴＣＡＧＴＧＴＧＣＧＧＧＴＧＡＣＡＧＡＣＧＣＴＣＣＡＴＣＣＴＣＧＧＧＡＧＡＴＧＡＣＧＡＡＧＡＣＧＧＧＧＡＧＧＡＣＧＡＧＧＣＴＧＡＧＧＡＣＡＣＡＧＧＴＧＴＧＧＡＣＡＣＡＧＧＧＧＣＣＣＣＴＴＡＣＴＧＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＧＡＧＣＧＧＡＴＧＧＡＣＡＡＧＡＡＧＣＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＣＣＧＧＣＣＧＣＣＡＡＣＡＣＣＧＴＣＣＧＣＴＴＣＣＧＣＴＧＣＣＣＡＧＣＣＧＣＴＧＧＣＡＡＣＣＣＣＡＣＴＣＣＣＴＣＣＡＴＣＴＣＣＴＧＧＣＴＧＡＡＧＡＡＣＧＧＣＡＧＧＧＡＧＴＴＣＣＧＣＧＧＣＧＡＧＣＡＣＣＧＣＡＴＴＧＧＡＧＧＣＡＴＣＡＡＧＣＴＧＣＧＧＣＡＴＣＡＧＣＡＧＴＧＧＡＧＣＣＴＧＧＴＣＡＴＧＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＴＧＣＣＣＴＣＧＧＡＣＣＧＣＧＧＣＡＡＣＴＡＣＡＣＣＴＧＣＧＴＣＧＴＧＧＡＧＡＡＣＡＡＧＴＴＴＧＧＣＡＧＣＡＴＣＣＧＧＣＡＧＡＣＧＴＡＣＡＣＧＣＴＧＧＡＣＧＴＧＣＴＧＧＡＧＣＧＣＴＣＣＣＣＧＣＡＣＣＧＧＣＣＣＡＴＣＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＧＣＴＧＣＣＧＧＣＣＡＡＣＣＡＧＡＣＧＧＣＧＧＴＧＣＴＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＧＡＧＴＴＣＣＡＣＴＧＣＡＡＧＧＴＧＴＡＣＡＧＴＧＡＣＧＣＡＣＡＧＣＣＣＣＡＣＡＴＣＣＡＧＴＧＧＣＴＣＡＡＧＣＡＣＧＴＧＧＡＧＧＴＧＡＡＴＧＧＣＡＧＣＡＡＧＧＴＧＧＧＣＣＣＧＧＡＣＧＧＣＡＣＡＣＣＣＴＡＣＧＴＴＡＣＣＧＴＧＣＴＣＡＡＧＡＣＧＧＣＧＧＧＣＧＣＴＡＡＣＡＣＣＡＣＣＧＡＣＡＡＧＧＡＧＣＴＡＧＡＧＧＴＴＣＴＣＴＣＣＴＴＧＣＡＣＡＡＣＧＴＣＡＣＣＴＴＴＧＡＧＧＡＣＧＣＣＧＧＧＧＡＧＴＡＣＡＣＣＴＧＣＣＴＧＧＣＧＧＧＣＡＡＴＴＣＴＡＴＴＧＧＧＴＴＴＴＣＴＣＡＴＣＡＣＴＣＴＧＣＧＴＧＧＣＴＧＧＴＧＧＴＧＣＴＧＣＣＡＧＣＣＧＡＧＧＡＧＧＡＧＣＴＧＧＴＧＧＡＧＧＣＴＧＡＣＧＡＧＧＣＧＧＧＣＡＧＴＧＴＧＴＡＴＧＣＡＧＧＣＡＴＣＣＴＣＡＧＣＴＡＣＧＧＧＧＴＧＧＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＧＴＴＣＡＴＣＣＴＧＧＴＧＧＴＧＧＣＧＧＣＴＧＴＧＡＣＧＣＴＣＴＧＣＣＧＣＣＴＧＣＧＣＡＧＣＣＣＣＣＣＣＡＡＧＡＡＡＧＧＣＣＴＧＧＧＣＴＣＣＣＣＣＡＣＣＧＴＧＣＡＣＡＡＧＡＴＣＴＣＣＣＧＣＴＴＣＣＣＧＣＴＣＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＴＧＴＣＣＣＴＧＧＡＧＴＣＣＡＡＣＧＣＧＴＣＣＡＴＧＡＧＣＴＣＣＡＡＣＡＣＡＣＣＡＣＴＧＧＴＧＣＧＣＡＴＣＧＣＡＡＧＧＣＴＧＴＣＣＴＣＡＧＧＧＧＡＧＧＧＣＣＣＣＡＣＧＣＴＧＧＣＣＡＡＴＧＴＣＴＣＣＧＡＧＣＴＣＧＡＧＣＴＧＣＣＴＧＣＣＧＡＣＣＣＣＡＡＡＴＧＧＧＡＧＣＴＧＴＣＴＣＧＧＧＣＣＣＧＧＣＴＧＡＣＣＣＴＧＧＧＣＡＡＧＣＣＣＣＴＴＧＧＧＧＡＧＧＧＣＴＧＣＴＴＣＧＧＣＣＡＧＧＴＧＧＴＣＡＴＧＧＣＧＧＡＧＧＣＣＡＴＣＧＧＣＡＴＴＧＡＣＡＡＧＧＡＣＣＧＧＧＣＣＧＣＣＡＡＧＣＣＴＧＴＣＡＣＣＧＴＡＧＣＣＧＴＧＡＡＧＡＴＧＣＴＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＣＡＣＴＧＡＣＡＡＧＧＡＣＣＴＧＴＣＧＧＡＣＣＴＧＧＴＧＴＣＴＧＡＧＡＴＧＧＡＧＡＴＧＡＴＧＡＡＧＡＴＧＡＴＣＧＧＧＡＡＡＣＡＣＡＡＡＡＡＣＡＴＣＡＴＣＡＡＣＣＴＧＣＴＧＧＧＣＧＣＣＴＧＣＡＣＧＣＡＧＧＧＣＧＧＧＣＣＣＣＴＧＴＡＣＧＴＧＣＴＧＧＴＧＧＡＧＴＡＣＧＣＧＧＣＣＡＡＧＧＧＴＡＡＣＣＴＧＣＧＧＧＡＧＴＴＴＣＴＧＣＧＧＧＣＧＣＧＧＣＧＧＣＣＣＣＣＧＧＧＣＣＴＧＧＡＣＴＡＣＴＣＣＴＴＣＧＡＣＡＣＣＴＧＣＡＡＧＣＣＧＣＣＣＧＡＧＧＡＧＣＡＧＣＴＣＡＣＣＴＴＣＡＡＧＧＡＣＣＴＧＧＴＧＴＣＣＴＧＴＧＣＣＴＡＣＣＡＧＧＴＧＧＣＣＣＧＧＧＧＣＡＴＧＧＡＧＴＡＣＴＴＧＧＣＣＴＣＣＣＡＧＡＡＧＴＧＣＡＴＣＣＡＣＡＧＧＧＡＣＣＴＧＧＣＴＧＣＣＣＧＣＡＡＴＧＴＧＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＡＧＧＡＣＡＡＣＧＴＧＡＴＧＡＡＧＡＴＣＧＣＡＧＡＣＴＴＣＧＧＧＣＴＧＧＣＣＣＧＧＧＡＣＧＴＧＣＡＣＡＡＣＣＴＣＧＡＣＴＡＣＴＡＣＡＡＧＡＡＧＡＣＧＡＣＣＡＡＣＧＧＣＣＧＧＣＴＧＣＣＣＧＴＧＡＡＧＴＧＧＡＴＧＧＣＧＣＣＴＧＡＧＧＣＣＴＴＧＴＴＴＧＡＣＣＧＡＧＴＣＴＡＣＡＣＴＣＡＣＣＡＧＡＧＴＧＡＣＧＴＣＴＧＧＴＣＣＴＴＴＧＧＧＧＴＣＣＴＧＣＴＣＴＧＧＧＡＧＡＴＣＴＴＣＡＣＧＣＴＧＧＧＧＧＧＣＴＣＣＣＣＧＴＡＣＣＣＣＧＧＣＡＴＣＣＣＴＧＴＧＧＡＧＧＡＧＣＴＣＴＴＣＡＡＧＣＴＧＣＴＧＡＡＧＧＡＧＧＧＣＣＡＣＣＧＣＡＴＧＧＡＣＡＡＧＣＣＣＧＣＣＡＡＣＴＧＣＡＣＡＣＡＣＧＡＣＣＴＧＴＡＣＡＴＧＡＴＣＡＴＧＣＧＧＧＡＧＴＧＣＴＧＧＣＡＴＧＣＣＧＣＧＣＣＣＴＣＣＣＡＧＡＧＧＣＣＣＡＣＣＴＴＣＡＡＧＣＡＧＣＴＧＧＴＧＧＡＧＧＡＣＣＴＧＧＡＣＣＧＴＧＴＣＣＴＴＡＣＣＧＴＧＡＣＧＴＣＣＡＣＣＧＡＣＧＡＧＴＡＣＣＴＧＧＡＣＣＴＧＴＣＧＧＣＧＣＣＴＴＴＣＧＡＧＣＡＧＴＡＣＴＣＣＣＣＧＧＧＴＧＧＣＣＡＧＧＡＣＡＣＣＣＣＣＡＧＣＴＣＣＡＧＣＴＣＣＴＣＡＧＧＧＧＡＣＧＡＣＴＣＣＧＴＧＴＴＴＧＣＣＣＡＣＧＡＣＣＴＧＣＴＧＣＣＣＣＣＧＧＣＣＣＣＡＣＣＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＧＣＴＣＧＣＧＧＡＣＧＴＧＡＡＧＧＧＣＣＡＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＡＣＡＡＴＧＴＧＡＧＧＧＧＴＣＣＣＴＡＧＣＡＧＣＣＣＡＣＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＡＣＡＧＣＣＡＣＴＣＣＣＣＧＧＣＡＴＧＡＧＡＣＴＣＡＧＴＧＣＡＧＡＴＧＧＡＧＡＧＡＣＡＧＣＴＡＣＡＣＡＧＡＧＣＴＴＴＧＧＴＣＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＣＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＴＧＣＡＣＡＴＣＣＧＣＧＴＧＴＧＣＣＴＧＴＧＴＧＣＧＴＧＣＧＣＡＴＣＴＴＧＣＣＴＣＣＡＧＧＴＧＣＡＧＡＧＧＴＡＣＣＣＴＧＧＧＴＧＴＣＣＣＣＧＣＴＧＣＴＧＴＧＣＡＡＣＧＧＴＣＴＣＣＴＧＡＣＴＧＧＴＧＣＴＧＣＡＧＣＡＣＣＧＡＧＧＧＧＣＣＴＴＴＧＴＴＣＴＧＧＧＧＧＧＡＣＣＣＡＧＴＧＣＡＧＡＡＴＧＴＡＡＧＴＧＧＧＣＣＣＡＣＣＣＧＧＴＧＧＧＡＣＣＣＣＣＧＴＧＧＧＧＣＡＧＧＧＡＧＣＴＧＧＧＣＣＣＧＡＣＡＴＧＧＣＴＣＣＧＧＣＣＴＣＴＧＣＣＴＴＴＧＣＡＣＣＡＣＧＧＧＡＣＡＴＣＡＣＡＧＧＧＴＧＧＧＣＣＴＣＧＧＣＣＣＣＴＣＣＣＡＣＡＣＣＣＡＡＡＧＣＴＧＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＧＡＡＧＣＣＣＣＡＣＡＴＧＴＣＣＡＧＣＡＣＣＴＴＧＴＧＣＣＴＧＧＧＧＴＧＴＴＡＧＴＧＧＣＡＣＣＧＣＣＴＣＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＧＧＣＴＴＴＣＣＣＡＣＴＴＣＣＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＴＧＡＡＡＴＴＡＣＧＧＧＴＡＣＣＴＧＡＡＧＡＴＧＧＧＡＧＣＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＴＡＴＧＣＡＡＡＡＧＧＴＴＴＡＴＴＣＣＧＧＡＡＡＣＴＡＧＴＧＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＴＡＡＡＴＡＧＡＴＧＣＴＧＴＧＴＡＴＡＴＧＧＴＡＴＡＴＡＴＡＣＡＴＡＴＡＴＡＴＡＴＡＴＡＡＣＡＴＡＴＡＴＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＣＴＧＧＴＡＣＡＡＣＧＧＡＧＧＣＣＴＧＣＧＡＣＣＣＴＧＧＧＧＧＣＡＣＡＧＧＡＧＧＣＡＧＧＣＡＴＧＧＣＣＣＴＧＧＧＣＧＧＧＧＣＧＴＧＧＧＧＧＧＧＣＧＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧＣＣＣＣＡＧＧＧＧＧＴＣＴＣＡＣＣＣＡＴＧＣＡＡＧＣＡＧＡＧＧＡＣＣＡＧＧＧＣＣＴＴＴＴＣＴＧＧＣＡＣＣＧＣＡＧＴＴＴＴＧＴＴＴＴＡＡＡＡＣＴＧＧＡＣＣＴＧＴＡＴＡＴＴＴＧＴＡＡＡＧＣＴＡＴＴＴＡＴＧＧＧＣＣＣＣＴＧＧＣＡＣＴＣＴＴＧＴＴＣＣＣＡＣＡＣＣＣＣＡＡＣＡＣＴＴＣＣＡＧＣＡＴＴＴＡＧＣＴＧＧＣＣＡＣＡＴＧＧＣＧＧＡＧＡＧＴＴＴＴＡＡＴＴＴＴＴＡＡＣＴＴＡＴＴＧＡＣＡＡＣＣＧＡＧＡＡＧＧＴＴＴＡＴＣＣＣＧＣＣＧＡＴＡＧＡＧＧＧＡＣＧＧＣＣＡＡＧＡＡＴＧＴＡＣＧＴＣＣＡＧＣＣＴＧＣＣＣＣＧＧＡＧＣＴＧＧＡＧＧＡＴＣＣＣＣＴＣＣＡＡＧＣＣＴＡＡＡＡＧＧＴＴＧＴＴＡＡＴＡＧＴＴＧＧＡＧＧＴＧＡＴＴＣＣＡＧＴＧＡＡＧＡＴＡＴＴＴＴＡＴＴＴＣＣＴＴＴＧＴＣＣＴＴＴＴＴＣＡＧＧＡＧＡＡＴＴＡＧＡＴＴＴＣＴＡＴＡＧＧＡＴＴＴＴＴＣＴＴＴＡＧＧＡＧＡＴＴＴＡＴＴＴＴＴＴＧＧＡＣＴＴＣＡＡＡＧＣＡＡＧＣＴＧＧＴＡＴＴＴＴＣＡＴＡＣＡＡＡＴＴＣＴＴＣＴＡＡＴＴＧＣＴＧＴＧＴＧＴＣＣＣＡＧＧＣＡＧＧＧＡＧＡＣＧＧＴＴＴＣＣＡＧＧＧＡＧＧＧＧＣＣＧＧＣＣＣＴＧＴＧＴＧＣＡＧＧＴＴＣＣＧＡＴＧＴＴＡＴＴＡＧＡＴＧＴＴＡＣＡＡＧＴＴＴＡＴＡＴＡＴＡＴＣＴＡＴＡＴＡＴＡＴＡＡＴＴＴＡＴＴＧＡＧＴＴＴＴＴＡＣＡＡＧＡＴＧＴＡＴＴＴＧＴＴＧＴＡＧＡＣＴＴＡＡＣＡＣＴＴＣＴＴＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＴＣＴＡＧＡＧＴＴＴＴＡＴＡＧＣＣＴＧＧＡＣＴＧＣＴＡＣＣＴＴＴＣＡＡＡＧＣＴＴＧＧＡＧＧＧＡＡＧＣＣＧＴＧＡＡＴＴＣＡＧＴＴＧＧＴＴＣＧＴＴＣＴＧＴＡＣＴＧＴＴＡＣＴＧＧＧＣＣＣＴＧＡＧＴＣＴＧＧＧＣＡＧＣＴＧＴＣＣＣＴＴＧＣＴＴＧＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣＣＡＴＧＧＣＴＣＡＧＧＧＴＧＧＴＣＴＣＴＴＣＴＴＧＧＧＧＣＣＣＡＧＴＧＣＡＴＧＧＴＧＧＣＣＡＧＡＧＧＴＧＴＣＡＣＣＣＡＡＡＣＣＧＧＣＡＧＧＴＧＣＧＡＴＴＴＴＧＴＴＡＡＣＣＣＡＧＣＧＡＣＧＡＡＣＴＴＴＣＣＧＡＡＡＡＡＴＡＡＡＧＡＣＡＣＣＴＧＧＴＴＧＣＴＡＡ（配列番号７）

【0168】

一部の態様では、ＭＥＴ遺伝子、並びにＭＥＴ融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0169】

本明細書で使用される場合、「間葉上皮移行」又は「ＭＥＴ」とは、ＭＥＴ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＥＴ遺伝子は、ＭＥＴ受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＭＥＴはまた、ＨＧＦＲ、ＡＵＴＳ９、ＲＣＣＰ２、ｃ－Ｍｅｔ、ＤＦＮＢ９７、間葉上皮移行、及びＭＥＴ受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＭＥＴ遺伝子は、ヒトＭＥＴ遺伝子である。例示的なＭＥＴ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４２３３によって表される。例示的なＭＥＴ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００２４５によって表され、これは、配列番号８として以下で提供される。ＭＥＴポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００２３６によって表される。
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【0170】

一部の態様では、ＮＴＲＫ１遺伝子、並びにＮＴＲＫ１融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0171】

本明細書で使用される場合、「神経栄養受容体チロシンキナーゼ１」又は「ＮＴＲＫ１」とは、ＮＴＲＫ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＮＴＲＫ１遺伝子は、ＮＴＲＫ１チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＮＴＲＫ１はまた、ＭＴＣ、ＴＲＫ、ＴＲＫ１、ＴＲＫＡ、Ｔｒｋ－Ａ、ｐ１４０－ＴｒｋＡ、及び神経栄養受容体チロシンキナーゼ１として既知である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１遺伝子は、ヒトＮＴＲＫ１遺伝子である。例示的なＮＴＲＫ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４９１４によって表される。例示的なＮＴＲＫ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２５２９によって表され、これは、配列番号１２として以下で提供される。ＮＴＲＫ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２５２０によって表される。
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【0172】

一部の態様では、ＲＡＦ１遺伝子、並びにＲＡＦ１融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0173】

本明細書で使用される場合、「急速加速線維肉腫」又は「ＲＡＦ１」とは、ＲＡＦ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＡＦ１遺伝子は、ＲＡＦ１セリン／スレオニンキナーゼをコードする。ＲＡＦ１はまた、ＮＳ５、ＣＲＡＦ、Ｒａｆ－１、ｃ－Ｒａｆ、ＣＭＤ１ＮＮ、及び急速加速線維肉腫として既知である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１遺伝子は、ヒトＲＡＦ１遺伝子である。例示的なＲＡＦ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５８９４によって表される。例示的なＲＡＦ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２８８０によって表され、これは、配列番号９として以下で提供される。ＲＡＦ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２８７１によって表される。
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【0174】

一部の態様では、ＲＥＴ遺伝子、並びにＲＥＴ融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0175】

本明細書で使用される場合、「トランスフェクション中再編成」又は「ＲＥＴ」とは、ＲＥＴ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＥＴ遺伝子は、ＲＥＴ受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＲＥＴはまた、ＰＴＣ、ＭＴＣ１、ＨＳＣＲ１、ＭＥＮ２Ａ、ＭＥＮ２Ｂ、ＣＤＨＦ１２、ＣＤＨＲ１６、ＲＥＴ－ＥＬＥ１、トランスフェクション中再編成、及びＲＥＴ受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＲＥＴ遺伝子は、ヒトＲＥＴ遺伝子である。例示的なＲＥＴ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５９７９によって表される。例示的なＲＥＴ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０６３０によって表され、これは、配列番号１０として以下で提供される。ＲＥＴポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５６８１によって表される。
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【0176】

一部の態様では、ＲＯＳ１遺伝子、並びにＲＯＳ１融合核酸分子及びポリペプチドを含む再編成が、本明細書で提供される。

【0177】

本明細書で使用される場合、「ｃ－ｒｏｓがん遺伝子１」又は「ＲＯＳ１」とは、ＲＯＳ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＯＳ１遺伝子は、ＲＯＳ１受容体チロシンキナーゼタンパク質をコードする。ＲＯＳ１はまた、ＲＯＳ、ＭＣＦ３、ｃ－ｒｏｓ－１、ｃ－ｒｏｓがん遺伝子１、及びＲＯＳ１受容体チロシンキナーゼとして既知である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１遺伝子は、ヒトＲＯＳ１遺伝子である。例示的なＲＯＳ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６０９８によって表される。例示的なＲＯＳ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２９４４によって表され、これは、配列番号１１として以下で提供される。ＲＯＳ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２９３５によって表される。
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ＡＡＴＴＴＣＣＡＡＡＴＧＧＡＡＧＧＣＴＣＡＣＴＣＴＣＣＴＴＧＴＴＡＣＴＡＧＡＣＴＧＴＣＴＧＧＴＧＧＡＡＡＴＡＴＴＴＡＴＧＴＧＴＴＡＡＡＧＧＴＴＣＴＴＧＣＣＴＧＣＣＡＣＴＣＴＧＡＧＧＡＡＡＴＧＴＧＧＴＧＴＡＣＡＧＡＧＡＧＴＣＡＴＣＣＴＧＴＣＡＣＴＧＴＧＧＡＡＡＴＧＴＴＴＡＡＣＡＣＡＣＣＡＧＡＧＡＡＡＣＣＴＴＡＴＴＣＣＴＴＧＧＴＴＣＣＡＧＡＧＡＡＣＡＣＴＡＧＴＴＴＧＣＡＡＴＴＴＡＡＴＴＧＧＡＡＧＧＣＴＣＣＡＴＴＧＡＡＴＧＴＴＡＡＣＣＴＣＡＴＣＡＧＡＴＴＴＴＧＧＧＴＴＧＡＧＣＴＡＣＡＧＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＡＣＡＡＴＧＡＧＴＴＴＴＡＣＣＡＴＧＴＴＡＡＡＡＣＴＴＣＡＴＧＣＡＧＣＣＡＡＧＧＴＣＣＴＧＣＴＴＡＴＧＴＣＴＧＴＡＡＴＡＴＣＡＣＡＡＡＴＣＴＡＣＡＡＣＣＴＴＡＴＡＣＴＴＣＡＴＡＴＡＡＴＧＴＣＡＧＡＧＴＡＧＴＧＧＴＧＧＴＴＴＡＴＡＡＧＡＣＧＧＧＡＧＡＡＡＡＴＡＧＣＡＣＣＴＣＡＣＴＴＣＣＡＧＡＡＡＧＣＴＴＴＡＡＧＡＣＡＡＡＡＧＣＴＧＧＡＧＴＣＣＣＡＡＡＴＡＡＡＣＣＡＧＧＣＡＴＴＣＣＣＡＡＡＴＴＡＣＴＡＧＡＡＧＧＧＡＧＴＡＡＡＡＡＴＴＣＡＡＴＡＣＡＧＴＧＧＧＡＧＡＡＡＧＣＴＧＡＡＧＡＴＡＡＴＧＧＡＴＧＴＡＧＡＡＴＴＡＣＡＴＡＣＴＡＴＡＴＣＣＴＴＧＡＧＡＴＡＡＧＡＡＡＧＡＧＣＡＣＴＴＣＡＡＡＴＡＡＴＴＴＡＣＡＧＡＡＣＣＡＧＡＡＴＴＴＡＡＧＧＴＧＧＡＡＧＡＴＧＡＣＡＴＴＴＡＡＴＧＧＡＴＣＣＴＧＣＡＧＴＡＧＴＧＴＴＴＧＣＡＣＡＴＧＧＡＡＧＴＣＣＡＡＡＡＡＣＣＴＧＡＡＡＧＧＡＡＴＡＴＴＴＣＡＧＴＴＣＡＧＡＧＴＡＧＴＡＧＣＴＧＣＡＡＡＴＡＡＴＣＴＡＧＧＧＴＴＴＧＧＴＧＡＡＴＡＴＡＧＴＧＧＡＡＴＣＡＧＴＧＡＧＡＡＴＡＴＴＡＴＡＴＴＡＧＴＴＧＧＡＧＡＴＧＡＴＴＴＴＴＧＧＡＴＡＣＣＡＧＡＡＡＣＡＡＧＴＴＴＣＡＴＡＣＴＴＡＣＴＡＴＴＡＴＡＧＴＴＧＧＡＡＴＡＴＴＴＣＴＧＧＴＴＧＴＴＡＣＡＡＴＣＣＣＡＣＴＧＡＣＣＴＴＴＧＴＣＴＧＧＣＡＴＡＧＡＡＧＡＴＴＡＡＡＧＡＡＴＣＡＡＡＡＡＡＧＴＧＣＣＡＡＧＧＡＡＧＧＧＧＴＧＡＣＡＧＴＧＣＴＴＡＴＡＡＡＣＧＡＡＧＡＣＡＡＡＧＡＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＣＴＧＣＧＡＧＧＴＣＴＧＧＣＡＧＣＣＧＧＡＧＴＡＧＧＣＣＴＧＧＣＴＡＡＴＧＣＣＴＧＣＴＡＴＧＣＡＡＴＡＣＡＴＡＣＴＣＴＴＣＣＡＡＣＣＣＡＡＧＡＧＧＡＧＡＴＴＧＡＡＡＡＴＣＴＴＣＣＴＧＣＣＴＴＣＣＣＴＣＧＧＧＡＡＡＡＡＣＴＧＡＣＴＣＴＧＣＧＴＣＴＣＴＴＧＣＴＧＧＧＡＡＧＴＧＧＡＧＣＣＴＴＴＧＧＡＧＡＡＧＴＧＴＡＴＧＡＡＧＧＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＧＡＣＡＴＣＴＴＡＧＧＡＧＴＴＧＧＡＡＧＴＧＧＡＧＡＡＡＴＣＡＡＡＧＴＡＧＣＡＧＴＧＡＡＧＡＣＴＴＴＧＡＡＧＡＡＧＧＧＴＴＣＣＡＣＡＧＡＣＣＡＧＧＡＧＡＡＧＡＴＴＧＡＡＴＴＣＣＴＧＡＡＧＧＡＧＧＣＡＣＡＴＣＴＧＡＴＧＡＧＣＡＡＡＴＴＴＡＡＴＣＡＴＣＣＣＡＡＣＡＴＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＣＴＴＧＧＡＧＴＴＴＧＴＣＴＧＣＴＧＡＡＴＧＡＡＣＣＣＣＡＡＴＡＣＡＴＴＡＴＣＣＴＧＧＡＡＣＴＧＡＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧＡＧＡＣＣＴＴＣＴＴＡＣＴＴＡＴＴＴＧＣＧＴＡＡＡＧＣＣＣＧＧＡＴＧＧＣＡＡＣＧＴＴＴＴＡＴＧＧＴＣＣＴＴＴＡＣＴＣＡＣＣＴＴＧＧＴＴＧＡＣＣＴＴＧＴＡＧＡＣＣＴＧＴＧＴＧＴＡＧＡＴＡＴＴＴＣＡＡＡＡＧＧＣＴＧＴＧＴＣＴＡＣＴＴＧＧＡＡＣＧＧＡＴＧＣＡＴＴＴＣＡＴＴＣＡＣＡＧＧＧＡＴＣＴＧＧＣＡＧＣＴＡＧＡＡＡＴＴＧＣＣＴＴＧＴＴＴＣＣＧＴＧＡＡＡＧＡＣＴＡＴＡＣＣＡＧＴＣＣＡＣＧＧＡＴＡＧＴＧＡＡＧＡＴＴＧＧＡＧＡＣＴＴＴＧＧＡＣＴＣＧＣＣＡＧＡＧＡＣＡＴＣＴＡＴＡＡＡＡＡＴＧＡＴＴＡＣＴＡＴＡＧＡＡＡＧＡＧＡＧＧＧＧＡＡＧＧＣＣＴＧＣＴＣＣＣＡＧＴＴＣＧＧＴＧＧＡＴＧＧＣＴＣＣＡＧＡＡＡＧＴＴＴＧＡＴＧＧＡＴＧＧＡＡＴＣＴＴＣＡＣＴＡＣＴＣＡＡＴＣＴＧＡＴＧＴＡＴＧＧＴＣＴＴＴＴＧＧＡＡＴＴＣＴＧＡＴＴＴＧＧＧＡＧＡＴＴＴＴＡＡＣＴＣＴＴＧＧＴＣＡＴＣＡＧＣＣＴＴＡＴＣＣＡＧＣＴＣＡＴＴＣＣＡＡＣＣＴＴＧＡＴＧＴＧＴＴＡＡＡＣＴＡＴＧＴＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＧＧＧＡＧＡＣＴＧＧＡＧＣＣＡＣＣＡＡＧＡＡＡＴＴＧＴＣＣＴＧＡＴＧＡＴＣＴＧＴＧＧＡＡＴＴＴＡＡＴＧＡＣＣＣＡＧＴＧＣＴＧＧＧＣＴＣＡＡＧＡＡＣＣＣＧＡＣＣＡＡＡＧＡＣＣＴＡＣＴＴＴＴＣＡＴＡＧＡＡＴＴＣＡＧＧＡＣＣＡＡＣＴＴＣＡＧＴＴＡＴＴＣＡＧＡＡＡＴＴＴＴＴＴＣＴＴＡＡＡＴＡＧＣＡＴＴＴＡＴＡＡＧＴＣＣＡＧＡＧＡＴＧＡＡＧＣＡＡＡＣＡＡＣＡＧＴＧＧＡＧＴＣＡＴＡＡＡＴＧＡＡＡＧＣＴＴＴＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＡＴＧＧＣＧＡＴＧＴＧＡＴＴＴＧＴＴＴＧＡＡＴＴＣＡＧＡＴＧＡＣＡＴＴＡＴＧＣＣＡＧＴＴＧＣＴＴＴＡＡＴＧＧＡＡＡＣＧＡＡＧＡＡＣＣＧＡＧＡＡＧＧＧＴＴＡＡＡＣＴＡＴＡＴＧＧＴＡＣＴＴＧＣＴＡＣＡＧＡＡＴＧＴＧＧＣＣＡＡＧＧＴＧＡＡＧＡＡＡＡＧＴＣＴＧＡＧＧＧＴＣＣＴＣＴＡＧＧＣＴＣＣＣＡＧＧＡＡＴＣＴＧＡＡＴＣＴＴＧＴＧＧＴＣＴＧＡＧＧＡＡＡＧＡＡＧＡＧＡＡＧＧＡＡＣＣＡＣＡＴＧＣＡＧＡＣＡＡＡＧＡＴＴＴＣＴＧＣＣＡＡＧＡＡＡＡＡＣＡＡＧＴＧＧＣＴＴＡＣＴＧＣＣＣＴＴＣＴＧＧＣＡＡＧＣＣＴＧＡＡＧＧＣＣＴＧＡＡＣＴＡＴＧＣＣＴＧＴＣＴＣＡＣＴＣＡＣＡＧＴＧＧＡＴＡＴＧＧＡＧＡＴＧＧＧＴＣＴＧＡＴＴＡＡＴＡＧＣＧＴＴＧＴＴＴＧＧＧＡＡＡＴＡＧＡＧＡＧＴＴＧＡＧＡＴＡＡＡＣＡＣＴＣＴＣＡＴＴＣＡＧＴＡＧＴＴＡＣＴＧＡＡＡＧＡＡＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＧＡＡＴＧＡＴＡＡＡＴＧＴＣＡＴＧＧＴＧＧＴＣＴＡＴＡＡＣＴＣＣＡＡＡＴＡＡＡＣＡＡＴＧＣＡＡＣＧＴＴＣＣＴＧＡＴＴＴＣＴＡＡＴＣＴＴＧＧＴＴＣＴＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＴＧＧＴＴＴＣＡＧＴＴＧＴＡＧＣＡＡＴＣＣＣＣＡＴＡＣＣＡＧＣＴＧＣＣＴＧＡＣＴＴＴＣＡＧＴＡＧＡＡＴＴＡＴＧＡＧＡＴＧＡＡＣＡＣＴＡＡＧＣＡＴＧＴＧＧＡＡＡＧＣＴＴＡＧＧＡＡＧＡＣＴＣＡＧＡＡＧＴＣＴＧＧＡＡＧＧＧＡＡＡＣＡＣＴＧＣＴＣＴＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＴＴＧＡＧＧＴＧＣＴＴＴＡＧＧＣＴＣＴＴＡＣＣＣＡＣＣＴＴＴＣＡＧＴＴＴＧＧＧＣＴＧＴＡＡＴＡＡＡＡＡＴＡＴＣＴＴＧＧＣＣＡＣＡＴＧＴＴＴＡＧＡＧＡＣＡＧＡＡＴＡＧＧＴＧＴＧＴＴＣＡＧＣＧＡＴＡＴＡＡＡＧＡＡＧＡＧＧＣＴＡＡＧＧＡＧＴＡＧＧＣＴＣＡＧＧＧＧＧＧＴＣＡＡＣＴＧＡＡＣＴＡＣＡＧＡＴＡＡＴＣＴＣＡＡＡＴＧＧＧＡＣＣＡＡＧＧＡＡＡＴＧＡＧＡＡＡＴＡＡＴＴＴＣＡＣＡＣＡＴＡＣＡＧＡＡＧＡＡＡＣＣＡＧＣＡＣＣＴＧＴＧＡＣＴＴＧＡＧＡＡＡＴＣＡＣＴＴＧＧＡＡＡＧＣＴＧＴＴＡＣＴＧＣＡＡＴＧＡＴＡＴＡＴＡＴＡＴＴＡＴＣＴＴＴＴＴＴＴＡＡＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＧＡＧＡＣＧＡＡＧＴＣＴＴＧＣＴＣＴＧＴＴＧＣＣＣＡＧＧＣＴＧＧＡＧＴＴＣＡＡＴＧＧＣＡＣＧＡＴＣＴＣＧＧＣＡＣＴＧＣＡＡＡＣＴＣＣＡＣＣＴＣＣＴＧＧＧＴＴＣＡＡＧＣＡＡＴＴＣＴＣＧＴＧＣＣＴＣＡＧＣＣＴＣＣＴＡＡＧＴＡＧＣＴＧＧＧＡＴＴＡＣＡＧＧＣＧＴＧＴＧＣＣＡＣＣＡＣＧＣＣＣＧＧＣＴＡＡＴＴＴＴＴＧＴＡＴＴＴＴＴＡＧＴＡＧＡＧＡＴＧＡＧＧＴＴＴＣＡＣＣＡＴＡＴＴＧＧＣＣＡＧＧＣＴＧＧＴＣＴＡＧＡＡＣＴＣＣＴＧＡＣＣＴＣＧＧＧＡＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＴＴＧＧＣＣＴＣＣＣＡＡＡＧＴＧＣＴＧＧＡＴＴＡＣＡＧＧＴＧＴＧＡＧＣＣＡＣＣＡＴＧＣＣＴＡＧＣＣＧＡＴＡＴＡＴＡＴＴＧＴＣＴＴＴＡＡＴＣＡＣＴＡＣＴＧＴＡＡＡＡＴＡＴＴＴＴＧＴＡＧＴＴＴＴＧＡＧＧＣＴＴＡＣＡＡＣＡＧＴＡＧＡＴＴＣＡＧＴＣＡＴＧＴＴＧＡＡＡＡＴＡＡＧＡＣＴＧＴＧＡＡＧＡＴＣＴＴＴＴＡＡＧＴＣＣＴＧＡＡＧＴＴＴＴＧＣＡＴＴＣＴＧＴＡＡＴＣＴＴＣＡＧＴＴＧＴＡＴＡＡＡＡＴＣＡＣＴＣＴＧＡＣＴＴＧＴＧＴＧＣＴＡＴＴＡＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＣＴＡＧＴＡＴＡＡＡＧＡＴＴＧＣＴＡＴＴＴＧＣＣＡＴＡＴＣＴＡＴＴＴＴＡＴＧＴＡＴＡＡＡＡＴＡＣＴＴＡＡＧＡＴＴＡＣＡＴＴＴＴＧＴＡＴＣＡＡＡＴＴＡＴＧＣＴＴＡＡＡＡＴＴＡＡＡＴＡＴＡＡＡＴＧＡＴＴＡＴＡＣＡＡＴＧＴＴＡＡ（配列番号１１）
（ｉ）キナーゼ融合核酸分子

【0178】

一部の実施形態では、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１再編成は、遺伝子融合をもたらし、遺伝子融合は、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、融合核酸分子をもたらす。

【0179】

一部の態様では、ＡＬＫの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＡＬＫ融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0180】

一部の実施形態では、本開示のＡＬＫ融合核酸分子は、ＡＬＫの少なくとも一部分と、ＡＧＡＰ１、ＡＲＨＧＥＦ７、ＢＲＥ、ＥＰＳ８、ＧＰＲ１１３、ＨＤＡＣ９、ＭＩＰＯＬ１、ＰＥＬＩ１、ＳＬＣ３９Ａ１０、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１、ＰＬＥＫＨＡ７、ＳＰＩＮＫ５、ＧＣＣ２、ＨＩＰ１、ＫＡＮＫ１、ＫＬＣ１、ＰＰＦＩＢＰ１、ＳＯＲＢＳ１、ＴＦＧ、又はＴＰＭ３の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＡＬＫ融合核酸分子は、ＡＧＡＰ１－ＡＬＫ、ＡＲＨＧＥＦ７－ＡＬＫ、ＢＲＥ－ＡＬＫ、ＥＰＳ８－ＡＬＫ、ＧＰＲ１１３－ＡＬＫ、ＨＤＡＣ９－ＡＬＫ、ＭＩＰＯＬ１－ＡＬＫ、ＰＥＬＩ１－ＡＬＫ、ＳＬＣ３９Ａ１０－ＡＬＫ、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１－ＡＬＫ、ＡＬＫ－ＳＯＲＢＳ１、ＡＬＫ－ＳＰＩＮＫ５、ＧＣＣ２－ＡＬＫ、ＨＩＰ１－ＡＬＫ、ＫＡＮＫ１－ＡＬＫ、ＰＬＥＫＨＡ７－ＡＬＫ、ＫＬＣ１－ＡＬＫ、ＴＦＧ－ＡＬＫ、ＴＰＭ３－ＡＬＫ、又はＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫから選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＡＬＫ融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0181】

本明細書で使用される場合、「ＡＧＡＰ１」とは、ＡＧＡＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＧＡＰ１遺伝子は、ＧＴＰアーゼ、ＡＮＫリピート、及びＰＨドメイン含有タンパク質１を有するＡｒｆ－ＧＡＰをコードする。ＡＧＡＰ１はまた、ＣＥＮＴＧ２及びＫＩＡＡ１０９９として既知である。一部の実施形態では、ＡＧＡＰ１遺伝子は、ヒトＡＧＡＰ１遺伝子である。例示的なＡＧＡＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１６９８７によって表される。例示的なＡＧＡＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４９１４によって表される。ＡＧＡＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５７２９によって表される。

【0182】

本明細書で使用される場合、「ＡＲＨＧＥＦ７」とは、ＡＲＨＧＥＦ７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＲＨＧＥＦ７遺伝子は、Ｒｈｏグアニンヌクレオチド交換因子７タンパク質をコードする。ＡＲＨＧＥＦ７はまた、Ｐ５０、Ｐ８５、ＰＡＫ３、ＰＩＸＢ、ＣＯＯＬ１、Ｐ５０ＢＰ、ＣＯＯＬ－１、Ｐ８５ＳＰＲ、ＢＥＴＡ－ＰＩＸ、Ｐ８５ＣＯＯＬ１、及びＮｂｌａ１０３１４として既知である。一部の実施形態では、ＡＲＨＧＥＦ７遺伝子は、ヒトＡＲＨＧＥＦ７遺伝子である。例示的なＡＲＨＧＥＦ７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８８７４によって表される。例示的なＡＲＨＧＥＦ７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４５７３５によって表される。ＡＲＨＧＥＦ７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６６３７８８によって表される。

【0183】

本明細書で使用される場合、「ＢＲＥ」とは、ＢＲＥ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＲＥ遺伝子は、脳及び生殖器官発現タンパク質をコードする。ＢＲＥはまた、ＢＡＢＡＭ２、ＢＲＣＣ４、及びＢＲＣＣ４５として既知である。一部の実施形態では、ＢＲＥ遺伝子は、ヒトＢＲＥ遺伝子である。例示的なＢＲＥ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９５７７によって表される。例示的なＢＲＥ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４８９９によって表される。ＢＲＥポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４８９０によって表される。

【0184】

本明細書で使用される場合、「ＥＰＳ８」とは、ＥＰＳ８ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＰＳ８遺伝子は、上皮成長因子受容体経路基質８タンパク質をコードする。ＥＰＳ８はまた、ＤＦＮＢ１０２として既知である。一部の実施形態では、ＥＰＳ８遺伝子は、ヒトＥＰＳ８遺伝子である。例示的なＥＰＳ８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２０５９によって表される。例示的なＥＰＳ８ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４４４７によって表される。ＥＰＳ８ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４４３８によって表される。

【0185】

本明細書で使用される場合、「ＧＰＲ１１３」とは、ＧＰＲ１１３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＰＲ１１３遺伝子は、Ｇタンパク質共役型受容体１１３タンパク質をコードする。ＧＰＲ１１３はまた、ＡＤＧＲＦ３及びＰＧＲ２３として既知である。一部の実施形態では、ＧＰＲ１１３遺伝子は、ヒトＧＰＲ１１３遺伝子である。例示的なＧＰＲ１１３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１６５０８２によって表される。例示的なＧＰＲ１１３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１５３８３５によって表される。ＧＰＲ１１３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿７２２５７７によって表される。

【0186】

本明細書で使用される場合、「ＨＤＡＣ９」とは、ＨＤＡＣ９ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＨＤＡＣ９遺伝子は、ヒストンデアセチラーゼ９タンパク質をコードする。ＨＤＡＣ９はまた、ＨＤ７、ＨＤ９、ＨＤ７ｂ、ＨＤＡＣ、ＨＤＲＰ、ＭＩＴＲ、ＨＤＡＣ７、ＨＤＡＣ７Ｂ、ＨＤＡＣ９Ｂ、及びＨＤＡＣ９ＦＬとして既知である。一部の実施形態では、ＨＤＡＣ９遺伝子は、ヒトＨＤＡＣ９遺伝子である。例示的なＨＤＡＣ９遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９７３４によって表される。例示的なＨＤＡＣ９ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０５８１７６によって表される。ＨＤＡＣ９ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿４７８０５６によって表される。

【0187】

本明細書で使用される場合、「ＭＩＰＯＬ１」とは、ＭＩＰＯＬ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＩＰＯＬ１遺伝子は、鏡像多指症１タンパク質をコードする。ＭＩＰＯＬ１はまた、ＣＣＤＣ１９３として既知である。一部の実施形態では、ＭＩＰＯＬ１遺伝子は、ヒトＭＩＰＯＬ１遺伝子である。例示的なＭＩＰＯＬ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１４５２８２によって表される。例示的なＭＩＰＯＬ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１３８７３１によって表される。ＭＩＰＯＬ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６２００５９によって表される。

【0188】

本明細書で使用される場合、「ＰＥＬＩ１」とは、ＰＥＬＩ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＥＬＩ１遺伝子は、鏡像多指症１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＰＥＬＩ１遺伝子は、ヒトＰＥＬＩ１遺伝子である。例示的なＰＥＬＩ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７１６２によって表される。例示的なＰＥＬＩ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０６５１によって表される。ＰＥＬＩ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５７０２によって表される。

【0189】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ３９Ａ１０」とは、ＳＬＣ３９Ａ１０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ３９Ａ１０遺伝子は、溶質輸送体ファミリー３９メンバー１０タンパク質をコードする。ＳＬＣ３９Ａ１０はまた、ＬＺＴ－Ｈｓ２として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ３９Ａ１０遺伝子は、ヒトＳＬＣ３９Ａ１０遺伝子である。例示的なＳＬＣ３９Ａ１０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７１８１によって表される。例示的なＳＬＣ３９Ａ１０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０３４２によって表される。ＳＬＣ３９Ａ１０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５０７５によって表される。

【0190】

本明細書で使用される場合、「ＶＫＯＲＣ１Ｌ１」とは、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＶＫＯＲＣ１Ｌ１遺伝子は、ビタミンＫエポキシドレダクターゼ複合体サブユニット１様１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１遺伝子は、ヒトＶＫＯＲＣ１Ｌ１遺伝子である。例示的なＶＫＯＲＣ１Ｌ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１５４８０７によって表される。例示的なＶＫＯＲＣ１Ｌ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７３５１７によって表される。ＶＫＯＲＣ１Ｌ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿７７５７８８によって表される。

【0191】

本明細書で使用される場合、「ＳＯＲＢＳ１」とは、ＳＯＲＢＳ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＯＲＢＳ１遺伝子は、ソルビン及びＳＨ３ドメイン含有１タンパク質をコードする。ＳＯＲＢＳ１はまた、ＣＡＰ、ＦＬＡＦ２、Ｒ８５ＦＬ、ＳＨ３Ｄ５、ＳＯＲＢ１、及びＳＨ３Ｐ１２として既知である。一部の実施形態では、ＳＯＲＢＳ１遺伝子は、ヒトＳＯＲＢＳ１遺伝子である。例示的なＳＯＲＢＳ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０５８０によって表される。例示的なＳＯＲＢＳ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６４３４によって表される。ＳＯＲＢＳ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６４２５によって表される。

【0192】

本明細書で使用される場合、「ＳＰＩＮＫ５」とは、ＳＰＩＮＫ５ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＰＩＮＫ５遺伝子は、セリンペプチダーゼ阻害剤カザール型５タンパク質をコードする。ＳＰＩＮＫ５はまた、ＮＳ、ＮＥＴＳ、ＬＥＫＴＩ、ＬＥＴＫＩ、及びＶＡＫＴＩとして既知である。一部の実施形態では、ＳＰＩＮＫ５遺伝子は、ヒトＳＰＩＮＫ５遺伝子である。例示的なＳＰＩＮＫ５遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１００５によって表される。例示的なＳＰＩＮＫ５ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６８４６によって表される。ＳＰＩＮＫ５ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６８３７によって表される。

【0193】

本明細書で使用される場合、「ＧＣＣ２」とは、ＧＣＣ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＣＣ２遺伝子は、ＧＲＩＰ及びコイルドコイルドメイン含有２タンパク質をコードする。ＧＣＣ２はまた、ＲＥＮ５３、ＧＣＣ１８５、及びＲＡＮＢＰ２Ｌ４として既知である。一部の実施形態では、ＧＣＣ２遺伝子は、ヒトＧＣＣ２遺伝子である。例示的なＧＣＣ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９６４８によって表される。例示的なＧＣＣ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１８１４５３によって表される。ＧＣＣ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿８５２１１８によって表される。

【0194】

本明細書で使用される場合、「ＨＩＰ１」とは、ＨＩＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＨＩＰ１遺伝子は、ハンチンチン相互作用タンパク質１タンパク質をコードする。ＨＩＰ１はまた、ＳＨＯＮ、ＨＩＰ－Ｉ、ＩＬＷＥＱ、ＳＨＯＮベータ、及びＳＨＯＮガンマとして既知である。一部の実施形態では、ＨＩＰ１遺伝子は、ヒトＨＩＰ１遺伝子である。例示的なＨＩＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３０９２によって表される。例示的なＨＩＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５３３８によって表される。ＨＩＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５３２９によって表される。

【0195】

本明細書で使用される場合、「ＫＡＮＫ１」とは、ＫＡＮＫ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＡＮＫ１遺伝子は、ＫＮモチーフ及びアンキリンリピートドメイン１タンパク質をコードする。ＫＡＮＫ１はまた、ＫＡＮＫ、ＣＰＳＱ２、及びＡＮＫＲＤ１５として既知である。一部の実施形態では、ＫＡＮＫ１遺伝子は、ヒトＫＡＮＫ１遺伝子である。例示的なＫＡＮＫ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３１８９によって表される。例示的なＫＡＮＫ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１５１５８によって表される。ＫＡＮＫ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５９７３によって表される。

【0196】

本明細書で使用される場合、「ＰＬＥＫＨＡ７」とは、ＰＬＥＫＨＡ７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＬＥＫＨＡ７遺伝子は、プレクストリン相同性ドメイン含有Ａ７タンパク質をコードする。ＰＬＥＫＨＡ７はまた、ＤＫＦＺｐ６８６Ｍ２２２４３として既知である。一部の実施形態では、ＰＬＥＫＨＡ７遺伝子は、ヒトＰＬＥＫＨＡ７遺伝子である。例示的なＰＬＥＫＨＡ７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１４４１００によって表される。例示的なＰＬＥＫＨＡ７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１３２９６３０によって表される。ＰＬＥＫＨＡ７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１３１６５５９によって表される。

【0197】

本明細書で使用される場合、「ＫＬＣ１」とは、ＫＬＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＬＣ１遺伝子は、キネシン軽鎖１タンパク質をコードする。ＫＬＣ１はまた、ＫＬＣ、ＫＮＳ２、及びＫＮＳ２Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＫＬＣ１遺伝子は、ヒトＫＬＣ１遺伝子である。例示的なＫＬＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３８３１によって表される。例示的なＫＬＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５５５２によって表される。ＫＬＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５５４３によって表される。

【0198】

本明細書で使用される場合、「ＴＦＧ」とは、ＴＦＧ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＦＧ遺伝子は、ＥＲからゴルジへの輸送調節タンパク質をコードする。ＴＦＧはまた、ＴＦ６、ＨＭＳＮＰ、ＳＰＧ５７、及びＴＲＫＴ３として既知である。一部の実施形態では、ＴＦＧ遺伝子は、ヒトＴＦＧ遺伝子である。例示的なＴＦＧ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０３４２によって表される。例示的なＴＦＧ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６０７０によって表される。ＴＦＧポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６０６１によって表される。

【0199】

本明細書で使用される場合、「ＴＰＭ３」とは、ＴＰＭ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＰＭ３遺伝子は、トロポミオシン３タンパク質をコードする。ＴＰＭ３はまた、ＴＭ３、ＴＭ５、ＴＲＫ、ＣＦＴＤ、ＮＥＭ１、ＴＭ－５、ＴＭ３０、ＣＡＰＭ１、ＴＭ３０ｎｍ、ＴＰＭ３ｎｕ、ＴＰＭｓｋ３、ｈｓｃｐ３０、ＨＥＬ－１８９、ＨＥＬ－Ｓ－８２ｐ、及びＯＫ／ＳＷ－ｃｌ．５として既知である。一部の実施形態では、ＴＰＭ３遺伝子は、ヒトＴＰＭ３遺伝子である。例示的なＴＰＭ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７１７０によって表される。例示的なＴＰＭ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１５２２６３によって表される。ＴＰＭ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６８９４７６によって表される。

【0200】

本明細書で使用される場合、「ＰＰＦＩＢＰ１」とは、ＰＰＦＩＢＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＰＦＩＢＰ１遺伝子は、ＰＰＦＩＡ結合タンパク質１タンパク質をコードする。ＰＰＦＩＢＰ１はまた、Ｌ２、ＳＧＴ２、ｈＳＧＴ２、及びｈＳｇｔ２ｐとして既知である。一部の実施形態では、ＰＰＦＩＢＰ１遺伝子は、ヒトＰＰＦＩＢＰ１遺伝子である。例示的なＰＰＦＩＢＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４９６によって表される。例示的なＰＰＦＩＢＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３６２２によって表される。ＰＰＦＩＢＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３６１３によって表される。

【0201】

一部の態様では、ＢＲＡＦの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＢＲＡＦ融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0202】

一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、ＢＲＡＦの少なくとも一部分と、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＯＢＬＬ１、ＣＲＥＢ３Ｌ２、ＤＬＣ１、ＧＯＬＧＡ３、ＭＳＩ２、ＴＮＳ３、ＤＯＣＫ４、ＲＡＤ５１、ＡＫＡＰ９、ＡＲＭＣ１０、ＤＥＮＮＤ２Ａ、ＪＨＤＭ１Ｄ、ＫＩＡＡ１５４９、ＭＫＲＮ１、ＮＲＦ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＮＤ１、ＺＣ３ＨＡＶ１、ＺＮＦ２７７、又はＴＲＩＭ２４の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合核酸分子は、ＣＣＤＣ８８Ｃ－ＢＲＡＦ、ＣＯＢＬＬ１－ＢＲＡＦ、ＣＲＥＢ３Ｌ２－ＢＲＡＦ、ＤＬＣ１－ＢＲＡＦ、ＧＯＬＧＡ３－ＢＲＡＦ、ＭＳＩ２－ＢＲＡＦ、ＴＮＳ３－ＢＲＡＦ、ＢＲＡＦ－ＤＯＣＫ４、ＢＲＡＦ－ＲＡＤ５１、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ、ＤＥＮＮＤ２Ａ－ＢＲＡＦ、ＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦ、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＮＲＦ１－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４、ＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ、又はＺＮＦ２７７－ＢＲＡＦから選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＢＲＡＦ融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0203】

本明細書で使用される場合、「ＣＣＤＣ８８Ｃ」とは、ＣＣＤＣ８８Ｃ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＣＤＣ８８Ｃ遺伝子は、コイルドコイルドメイン含有８８Ｃタンパク質をコードする。ＣＣＤＣ８８Ｃはまた、ＨＹＣ１、ＤＡＰＬＥ、ＨＫＲＰ２、ＳＣＡ４０、及びＫＩＡＡ１５０９として既知である。一部の実施形態では、ＣＣＤＣ８８Ｃ遺伝子は、ヒトＣＣＤＣ８８Ｃ遺伝子である。例示的なＣＣＤＣ８８Ｃ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４４０１９３によって表される。例示的なＣＣＤＣ８８Ｃ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０８０４１４によって表される。ＣＣＤＣ８８Ｃポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０７３８８３によって表される。

【0204】

本明細書で使用される場合、「ＣＯＢＬＬ１」とは、ＣＯＢＬＬ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＯＢＬＬ１遺伝子は、コルドンブルーＷＨ２リピートタンパク質様１タンパク質をコードする。ＣＯＢＬＬ１はまた、ＣＯＢＬＲ１及びＫＩＡＡ０９７７として既知である。一部の実施形態では、ＣＯＢＬＬ１遺伝子は、ヒトＣＯＢＬＬ１遺伝子である。例示的なＣＯＢＬＬ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２８３７によって表される。例示的なＣＯＢＬＬ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４９００によって表される。ＣＯＢＬＬ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５７１５によって表される。

【0205】

本明細書で使用される場合、「ＣＲＥＢ３Ｌ２」とは、ＣＲＥＢ３Ｌ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＲＥＢ３Ｌ２遺伝子は、ｃＡＭＰ応答配列結合タンパク質３様２タンパク質をコードする。ＣＲＥＢ３Ｌ２はまた、ＢＢＦ２Ｈ７及びＴＣＡＧ＿１９５１４３９として既知である。一部の実施形態では、ＣＲＥＢ３Ｌ２遺伝子は、ヒトＣＲＥＢ３Ｌ２遺伝子である。例示的なＣＲＥＢ３Ｌ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６４７６４によって表される。例示的なＣＲＥＢ３Ｌ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１９４０７１によって表される。ＣＲＥＢ３Ｌ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿９１９０４７によって表される。

【0206】

本明細書で使用される場合、「ＤＬＣ１」とは、ＤＬＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＤＬＣ１遺伝子は、ＤＬＣ１ ＲｈｏＧＴＰアーゼ活性化タンパク質をコードする。ＤＬＣ１はまた、ＨＰ、ＡＲＨＧＡＰ７、ＳＴＡＲＤ１２、及びｐ１２２－ＲｈｏＧＡＰとして既知である。一部の実施形態では、ＤＬＣ１遺伝子は、ヒトＤＬＣ１遺伝子である。例示的なＤＬＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０３９５によって表される。例示的なＤＬＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２４７６７によって表される。ＤＬＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７９０４３によって表される。

【0207】

本明細書で使用される場合、「ＧＯＬＧＡ３」とは、ＧＯＬＧＡ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＯＬＧＡ３遺伝子は、ゴルジンＡ３タンパク質をコードする。ＧＯＬＧＡ３はまた、ＭＥＡ－２及びＧＣＰ１７０として既知である。一部の実施形態では、ＧＯＬＧＡ３遺伝子は、ヒトＧＯＬＧＡ３遺伝子である。例示的なＧＯＬＧＡ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８０２によって表される。例示的なＧＯＬＧＡ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５８９５によって表される。ＧＯＬＧＡ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５８８６によって表される。

【0208】

本明細書で使用される場合、「ＭＳＩ２」とは、ＭＳＩ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＳＩ２遺伝子は、ｍｕｓａｓｈｉ ＲＮＡ結合タンパク質２タンパク質をコードする。ＭＳＩ２はまた、ＭＳＩ２Ｈとして既知である。一部の実施形態では、ＭＳＩ２遺伝子は、ヒトＭＳＩ２遺伝子である。例示的なＭＳＩ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１２４５４０によって表される。例示的なＭＳＩ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１３８９６２によって表される。ＭＳＩ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６２０４１２によって表される。

【0209】

本明細書で使用される場合、「ＴＮＳ３」とは、ＴＮＳ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＮＳ３遺伝子は、テンシン３タンパク質をコードする。ＴＮＳ３はまた、ＴＥＭ６、Ｈ＿ＮＨ０５４９Ｉ２３．２、ＦＬＪ１３７３２、及びＴＥＮＳ１として既知である。一部の実施形態では、ＴＮＳ３遺伝子は、ヒトＴＮＳ３遺伝子である。例示的なＴＮＳ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６４７５９によって表される。例示的なＴＮＳ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２２７４８によって表される。ＴＮＳ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７３５８５によって表される。

【0210】

本明細書で使用される場合、「ＤＯＣＫ４」とは、ＤＯＣＫ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＤＯＣＫ４遺伝子は、細胞質分裂の献呈者４タンパク質をコードする。ＤＯＣＫ４はまた、ＦＬＪ３４２３８及びＫＩＡＡ０７１６として既知である。一部の実施形態では、ＤＯＣＫ４遺伝子は、ヒトＤＯＣＫ４遺伝子である。例示的なＤＯＣＫ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９７３２によって表される。例示的なＤＯＣＫ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４７０５によって表される。ＤＯＣＫ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５５２０によって表される。

【0211】

本明細書で使用される場合、「ＲＡＤ５１」とは、ＲＡＤ５１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＡＤ５１遺伝子は、ＲＡＤ５１リコンビナーゼタンパク質をコードする。ＲＡＤ５１はまた、ＲＥＣＡ、ＢＲＣＣ５、ＦＡＮＣＲ、ＭＲＭＶ２、ＨＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ａ、ＨｓＲａｄ５１、及びＨｓＴ１６９３０として既知である。一部の実施形態では、ＲＡＤ５１遺伝子は、ヒトＲＡＤ５１遺伝子である。例示的なＲＡＤ５１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５８８８によって表される。例示的なＲＡＤ５１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２８７５によって表される。ＲＡＤ５１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２８６６によって表される。

【0212】

本明細書で使用される場合、「ＡＫＡＰ９」とは、ＡＫＡＰ９ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＫＡＰ９遺伝子は、Ａキナーゼアンカータンパク質９タンパク質をコードする。ＡＫＡＰ９はまた、ＬＱＴ１１、ＰＲＫＡ９、ＡＫＡＰ－９、ＣＧ－ＮＡＰ、ＹＯＴＩＡＯ、ＡＫＡＰ３５０、ＡＫＡＰ４５０、ＰＰＰ１Ｒ４５、ＨＹＰＥＲＩＯＮ、及びＭＵ－ＲＭＳ－４０．１６Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＡＫＡＰ９遺伝子は、ヒトＡＫＡＰ９遺伝子である。例示的なＡＫＡＰ９遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０１４２によって表される。例示的なＡＫＡＰ９ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５７５１によって表される。ＡＫＡＰ９ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５７４２によって表される。

【0213】

本明細書で使用される場合、「ＡＲＭＣ１０」とは、ＡＲＭＣ１０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＲＭＣ１０遺伝子は、アルマジロリピート含有１０タンパク質をコードする。ＡＲＭＣ１０はまた、ＳＶＨ、ＰＮＡＳ１１２、ＰＮＡＳ－１１２、及びＰＳＥＣ０１９８として既知である。一部の実施形態では、ＡＲＭＣ１０遺伝子は、ヒトＡＲＭＣ１０遺伝子である。例示的なＡＲＭＣ１０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８３７８７によって表される。例示的なＡＲＭＣ１０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３１９０５によって表される。ＡＲＭＣ１０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１４１１１によって表される。

【0214】

本明細書で使用される場合、「ＤＥＮＮＤ２Ａ」とは、ＤＥＮＮＤ２Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＤＥＮＮＤ２Ａ遺伝子は、ＤＥＮＮドメイン含有２Ａタンパク質をコードする。ＤＥＮＮＤ２Ａはまた、ＦＡＭ３１Ｄ及びＫＩＡＡ１２７７として既知である。一部の実施形態では、ＤＥＮＮＤ２Ａ遺伝子は、ヒトＤＥＮＮＤ２Ａ遺伝子である。例示的なＤＥＮＮＤ２Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２７１４７によって表される。例示的なＤＥＮＮＤ２Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１５６８９によって表される。ＤＥＮＮＤ２Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５６５０４によって表される。

【0215】

本明細書で使用される場合、「ＪＨＤＭ１Ｄ」とは、ＪＨＤＭ１Ｄ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＪＨＤＭ１Ｄ遺伝子は、十文字Ｃドメイン含有ヒストンデメチラーゼ１相同体Ｄタンパク質をコードする。ＪＨＤＭ１Ｄはまた、ＫＤＭ７Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＪＨＤＭ１Ｄ遺伝子は、ヒトＪＨＤＭ１Ｄ遺伝子である。例示的なＪＨＤＭ１Ｄ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８０８５３によって表される。例示的なＪＨＤＭ１Ｄ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３０６４７によって表される。ＪＨＤＭ１Ｄポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０８５１５０によって表される。

【0216】

本明細書で使用される場合、「ＫＩＡＡ１５４９」とは、ＫＩＡＡ１５４９ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＩＡＡ１５４９遺伝子は、ＫＩＡＡ１５４９タンパク質をコードする。ＫＩＡＡ１５４９はまた、ＲＰ８６として既知である。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ１５４９遺伝子は、ヒトＫＩＡＡ１５４９遺伝子である。例示的なＫＩＡＡ１５４９遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７６７０によって表される。例示的なＫＩＡＡ１５４９ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０９１０によって表される。ＫＩＡＡ１５４９ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５９６１によって表される。

【0217】

本明細書で使用される場合、「ＭＫＲＮ１」とは、ＭＫＲＮ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＫＲＮ１遺伝子は、マコリンリングフィンガータンパク質１タンパク質をコードする。ＭＫＲＮ１はまた、ＲＮＦ６１として既知である。一部の実施形態では、ＭＫＲＮ１遺伝子は、ヒトＭＫＲＮ１遺伝子である。例示的なＭＫＲＮ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３６０８によって表される。例示的なＭＫＲＮ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１３４４６によって表される。ＭＫＲＮ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３８４７４によって表される。

【0218】

本明細書で使用される場合、「ＮＲＦ１」とは、ＮＲＦ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＮＲＦ１遺伝子は、核呼吸因子１タンパク質をコードする。ＮＲＦ１はまた、ＡＬＰＨＡ－ＰＡＬ及びＥＷＧとして既知である。一部の実施形態では、ＮＲＦ１遺伝子は、ヒトＮＲＦ１遺伝子である。例示的なＮＲＦ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４８９９によって表される。例示的なＮＲＦ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５０１１によって表される。ＮＲＦ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５００２によって表される。

【0219】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ４５Ａ３」とは、ＳＬＣ４５Ａ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子は、溶質輸送体ファミリー４５メンバー３タンパク質をコードする。ＳＬＣ４５Ａ３はまた、ＰＲＳＴ、ＩＰＣＡ６、ＩＰＣＡ－２、ＩＰＣＡ－６、ＩＰＣＡ－８、ＰＣＡＮＡＰ２、ＰＣＡＮＡＰ６、及びＰＣＡＮＡＰ８として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ４５Ａ３遺伝子は、ヒトＳＬＣ４５Ａ３遺伝子である。例示的なＳＬＣ４５Ａ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８５４１４によって表される。例示的なＳＬＣ４５Ａ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３３１０２によって表される。ＳＬＣ４５Ａ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１４９０９３によって表される。

【0220】

本明細書で使用される場合、「ＳＮＤ１」とは、ＳＮＤ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＮＤ１遺伝子は、ブドウ球菌ヌクレアーゼ及びｔｕｄｏｒドメイン含有１タンパク質をコードする。ＳＮＤ１はまた、ｐ１００、ＴＤＲＤ１１、ｐ１００ ＥＢＮＡ２コアクチベーター、及びＴｕｄｏｒ－ＳＮとして既知である。一部の実施形態では、ＳＮＤ１遺伝子は、ヒトＳＮＤ１遺伝子である。例示的なＳＮＤ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２７０４４によって表される。例示的なＳＮＤ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４３９０によって表される。ＳＮＤ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５２０５によって表される。

【0221】

本明細書で使用される場合、「ＴＲＩＭ２４」とは、ＴＲＩＭ２４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＲＩＭ２４遺伝子は、三要素モチーフ含有２４タンパク質をコードする。ＴＲＩＭ２４はまた、ＰＴＣ６、ＴＦ１Ａ、ＴＩＦ１、ＲＮＦ８２、ＴＩＦ１Ａ、ｈＴＩＦ１、及びＴＩＦ１ＡＬＰＨＡとして既知である。一部の実施形態では、ＴＲＩＭ２４遺伝子は、ヒトＴＲＩＭ２４遺伝子である。例示的なＴＲＩＭ２４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８８０５によって表される。例示的なＴＲＩＭ２４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３８５２によって表される。ＴＲＩＭ２４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３８４３によって表される。

【0222】

本明細書で使用される場合、「ＺＣ３ＨＡＶ１」とは、ＺＣ３ＨＡＶ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＣ３ＨＡＶ１遺伝子は、亜鉛フィンガーＣＣＣＨ型含有抗ウイルス１タンパク質をコードする。ＺＣ３ＨＡＶ１はまた、ＺＡＰ、ＺＣ３Ｈ２、ＡＲＴＤ１３、ＰＡＲＰ１３、ＦＬＢ６４２１、及びＺＣ３ＨＤＣ２として既知である。一部の実施形態では、ＺＣ３ＨＡＶ１遺伝子は、ヒトＺＣ３ＨＡＶ１遺伝子である。例示的なＺＣ３ＨＡＶ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５６８２９によって表される。例示的なＺＣ３ＨＡＶ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０１１９によって表される。ＺＣ３ＨＡＶ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６４５０４によって表される。

【0223】

本明細書で使用される場合、「ＺＮＦ２７７」とは、ＺＮＦ２７７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＮＦ２７７遺伝子は、亜鉛フィンガータンパク質２７７タンパク質をコードする。ＺＮＦ２７７はまた、ＮＲＩＦ４及びＺＮＦ２７７Ｐとして既知である。一部の実施形態では、ＺＮＦ２７７遺伝子は、ヒトＺＮＦ２７７遺伝子である。例示的なＺＮＦ２７７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１１７９によって表される。例示的なＺＮＦ２７７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１９９４によって表される。ＺＮＦ２７７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６８８３４によって表される。

【0224】

一部の態様では、ＥＧＦＲの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＥＧＦＲ融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0225】

一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合核酸分子は、ＥＧＦＲの少なくとも一部分と、ＡＢＣＢ１、ＰＤＥ７Ａ、ＥＺＨ２、ＦＬＪ４５９７４、又はＺＮＦ４７９の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合核酸分子は、ＡＢＣＢ１－ＥＧＦＲ、ＰＤＥ７Ａ－ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ－ＥＺＨ２、ＥＧＦＲ－ＦＬＪ４５９７４、又はＥＧＦＲ－ＺＮＦ４７９から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＥＧＦＲ融合核酸分子は、本明細書、並びに／又は表１及び３～５、並びに／又は本明細書での実施例に記載される。

【0226】

本明細書で使用される場合、「ＡＢＣＢ１」とは、ＡＢＣＢ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＢＣＢ１遺伝子は、ＡＴＰ結合カセットサブファミリーＢメンバー１７タンパク質をコードする。ＡＢＣＢ１はまた、ＣＬＣＳ、ＭＤＲ１、Ｐ－ＧＰ、ＰＧＹ１、ＡＢＣ２０、ＣＤ２４３、ＧＰ１７０、及びｐ－１７０として既知である。一部の実施形態では、ＡＢＣＢ１遺伝子は、ヒトＡＢＣＢ１遺伝子である。例示的なＡＢＣＢ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５２４３によって表される。例示的なＡＢＣＢ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００９２７によって表される。ＡＢＣＢ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００９１８によって表される。

【0227】

本明細書で使用される場合、「ＰＤＥ７Ａ」とは、ＰＤＥ７Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＤＥ７Ａ遺伝子は、ホスホジエステラーゼ７Ａタンパク質をコードする。ＰＤＥ７Ａはまた、ＨＣＰ１及びＰＤＥ７として既知である。一部の実施形態では、ＰＤＥ７Ａ遺伝子は、ヒトＰＤＥ７Ａ遺伝子である。例示的なＰＤＥ７Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５１５０によって表される。例示的なＰＤＥ７Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２６０３によって表される。ＰＤＥ７Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２５９４によって表される。

【0228】

本明細書で使用される場合、「ＥＺＨ２」とは、ＥＺＨ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＺＨ２遺伝子は、ｚｅｓｔｅ ２ポリコーム抑制複合体２サブユニットのエンハンサータンパク質をコードする。ＥＺＨ２はまた、ＥＺＨ１、ＷＶＳ、ＥＮＸ１、ＫＭＴ６、ＷＶＳ２、ＥＮＸ－１、ＥＺＨ２ｂ、及びＫＭＴ６Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＥＺＨ２遺伝子は、ヒトＥＺＨ２遺伝子である。例示的なＥＺＨ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２１４６によって表される。例示的なＥＺＨ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４４５６によって表される。ＥＺＨ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４４４７によって表される。

【0229】

本明細書で使用される場合、「ＦＬＪ４５９７４」とは、ＦＬＪ４５９７４ ｎｃＲＮＡをコードする遺伝子を指す。ＦＬＪ４５９７４遺伝子は、長い遺伝子間非タンパク質コードＲＮＡ １４４６をコードする。ＦＬＪ４５９７４はまた、ＬＩＮＣ０１４４６として既知である。一部の実施形態では、ＦＬＪ４５９７４遺伝子は、ヒトＦＬＪ４５９７４遺伝子である。例示的なＦＬＪ４５９７４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４０１３３７によって表される。例示的なＦＬＪ４５９７４ ｎｃＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＲ＿０３８３７１によって表される。

【0230】

本明細書で使用される場合、「ＺＮＦ４７９」とは、ＺＮＦ４７９ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＮＦ４７９遺伝子は、亜鉛フィンガータンパク質４７９タンパク質をコードする。ＺＮＦ４７９はまた、ＫＲ１９及びＨＫｒ１９として既知である。一部の実施形態では、ＺＮＦ４７９遺伝子は、ヒトＺＮＦ４７９遺伝子である。例示的なＺＮＦ４７９遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９０８２７によって表される。例示的なＺＮＦ４７９ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３３２７３によって表される。ＺＮＦ４７９ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１５０３７６によって表される。

【0231】

一部の態様では、ＥＲＢＢ２の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＥＲＢＢ２融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0232】

一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合核酸分子は、ＥＲＢＢ２の少なくとも一部分と、ＦＢＸＬ２０、ＧＲＢ７、ＭＳＩ２、ＲＡＮＢＰ１０、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＰＲＫＣＡ、又はＰＰＰ１Ｒ１Ｂの少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合核酸分子は、ＦＢＸＬ２０－ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７－ＥＲＢＢ２、ＭＳＩ２－ＥＲＢＢ２、ＲＡＮＢＰ１０－ＥＲＢＢ２、ＳＥＣ１４Ｌ１－ＥＲＢＢ２、ＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７、ＥＲＢＢ２－ＰＲＫＣＡ、又はＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂから選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＥＲＢＢ２融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0233】

本明細書で使用される場合、「ＦＢＸＬ２０」とは、ＦＢＸＬ２０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＢＸＬ２０遺伝子は、Ｆボックス及びロイシンリッチリピートタンパク質２０タンパク質をコードする。ＦＢＸＬ２０はまた、Ｆｂｌ２及びＦｂｌ２０として既知である。一部の実施形態では、ＦＢＸＬ２０遺伝子は、ヒトＦＢＸＬ２０遺伝子である。例示的なＦＢＸＬ２０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４９６１によって表される。例示的なＦＢＸＬ２０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２８７５によって表される。ＦＢＸＬ２０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１６２６４によって表される。

【0234】

本明細書で使用される場合、「ＭＳＩ２」とは、ＭＳＩ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＳＩ２遺伝子は、ｍｕｓａｓｈｉ ＲＮＡ結合タンパク質２タンパク質をコードする。ＭＳＩ２はまた、ＭＳＩ２Ｈとして既知である。一部の実施形態では、ＭＳＩ２遺伝子は、ヒトＭＳＩ２遺伝子である。例示的なＭＳＩ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１２４５４０によって表される。例示的なＭＳＩ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１３８９６２によって表される。ＭＳＩ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６２０４１２によって表される。

【0235】

本明細書で使用される場合、「ＲＡＮＢＰ１０」とは、ＲＡＮＢＰ１０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＡＮＢＰ１０遺伝子は、ＲＡＮ結合タンパク質１０タンパク質をコードする。ＲＡＮＢＰ１０はまた、ＫＩＡＡ１４６４として既知である。一部の実施形態では、ＲＡＮＢＰ１０遺伝子は、ヒトＲＡＮＢＰ１０遺伝子である。例示的なＲＡＮＢＰ１０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７６１０によって表される。例示的なＲＡＮＢＰ１０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０８５０によって表される。ＲＡＮＢＰ１０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５９０１によって表される。

【0236】

本明細書で使用される場合、「ＳＥＣ１４Ｌ１」とは、ＳＥＣ１４Ｌ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＥＣ１４Ｌ１遺伝子は、ＳＥＣ１４様脂質結合１タンパク質をコードする。ＳＥＣ１４Ｌ１はまた、ＳＥＣ１４Ｌ及びＰＲＥＬＩＤ４Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＳＥＣ１４Ｌ１遺伝子は、ヒトＳＥＣ１４Ｌ１遺伝子である。例示的なＳＥＣ１４Ｌ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６３９７によって表される。例示的なＳＥＣ１４Ｌ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３００３によって表される。ＳＥＣ１４Ｌ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２９９４によって表される。

【0237】

本明細書で使用される場合、「ＷＩＰＦ２」とは、ＷＩＰＦ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＷＩＰＦ２遺伝子は、ＷＡＳ／ＷＡＳＬ相互作用タンパク質ファミリーメンバー２タンパク質をコードする。ＷＩＰＦ２はまた、ＷＩＣＨ及びＷＩＲＥとして既知である。一部の実施形態では、ＷＩＰＦ２遺伝子は、ヒトＷＩＰＦ２遺伝子である。例示的なＷＩＰＦ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１４７１７９によって表される。例示的なＷＩＰＦ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１３３２６４によって表される。ＷＩＰＦ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿５７３５７によって表される。

【0238】

本明細書で使用される場合、「ＧＲＢ７」とは、ＧＲＢ７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＲＢ７遺伝子は、成長因子受容体結合タンパク質７タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＧＲＢ７遺伝子は、ヒトＧＲＢ７遺伝子である。例示的なＧＲＢ７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８８６によって表される。例示的なＧＲＢ７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５３１０によって表される。ＧＲＢ７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５３０１によって表される。

【0239】

本明細書で使用される場合、「ＰＲＫＣＡ」とは、ＰＲＫＣＡ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＲＫＣＡ遺伝子は、タンパク質キナーゼＣアルファタンパク質をコードする。ＰＲＫＣＡはまた、ＡＡＧ６、ＰＫＣＡ、ＰＲＫＡＣＡ、ＰＫＣＩ＋／－、ＰＫＣα、及びＰＫＣ－αとして既知である。一部の実施形態では、ＰＲＫＣＡ遺伝子は、ヒトＰＲＫＣＡ遺伝子である。例示的なＰＲＫＣＡ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５７８によって表される。例示的なＰＲＫＣＡ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２７３７によって表される。ＰＲＫＣＡポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２７２８によって表される。

【0240】

本明細書で使用される場合、「ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ」とは、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子は、タンパク質ホスファターゼ１調節阻害剤サブユニット１Ｂタンパク質をコードする。ＰＰＰ１Ｒ１Ｂはまた、ＤＡＲＰＰ３２、ＤＡＲＰＰ－３２、及びＦＬＪ２０９４０として既知である。一部の実施形態では、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子は、ヒトＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子である。例示的なＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４１５２によって表される。例示的なＰＰＰ１Ｒ１Ｂ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２１９２によって表される。ＰＰＰ１Ｒ１Ｂポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１５５６８によって表される。

【0241】

一部の態様では、ＦＧＦＲ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0242】

一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合核酸分子は、ＦＧＦＲ１の少なくとも一部分と、ＡＤＡＭ３２、ＳＬＣ１２Ａ８、ＡＤＡＭ１８、ＢＡＧ４、又はＴＡＣＣ１の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合核酸分子は、ＦＧＦＲ１－ＡＤＡＭ３２、ＦＧＦＲ１－ＳＬＣ１２Ａ８、ＡＤＡＭ１８－ＦＧＦＲ１、ＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１、又はＦＧＦＲ１－ＴＡＣＣ１から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＦＧＦＲ１融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0243】

本明細書で使用される場合、「ＡＤＡＭ３２」とは、ＡＤＡＭ３２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＤＡＭ３２遺伝子は、ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン３２タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＡＤＡＭ３２遺伝子は、ヒトＡＤＡＭ３２遺伝子である。例示的なＡＤＡＭ３２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２０３１０２によって表される。例示的なＡＤＡＭ３２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４５００４によって表される。ＡＤＡＭ３２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６５９４４１によって表される。

【0244】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ１２Ａ８」とは、ＳＬＣ１２Ａ８ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ１２Ａ８遺伝子は、溶質輸送体ファミリー１２メンバー８タンパク質をコードする。ＳＬＣ１２Ａ８はまた、ＣＣＣ９として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ１２Ａ８遺伝子は、ヒトＳＬＣ１２Ａ８である。例示的なＳＬＣ１２Ａ８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４５６１によって表される。例示的なＳＬＣ１２Ａ８ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２４６２８によって表される。ＳＬＣ１２Ａ８ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿７８９０４によって表される。

【0245】

本明細書で使用される場合、「ＡＤＡＭ１８」とは、ＡＤＡＭ１８ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＤＡＭ１８遺伝子は、ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン１８タンパク質をコードする。ＡＤＡＭ１８はまた、ＡＤＡＭ２７及びｔＭＤＣＩＩＩとして既知である。一部の実施形態では、ＡＤＡＭ１８遺伝子は、ヒトＡＤＡＭ１８である。例示的なＡＤＡＭ１８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８７４９によって表される。例示的なＡＤＡＭ１８ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４２３７によって表される。ＡＤＡＭ１８ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５０５２によって表される。

【0246】

本明細書で使用される場合、「ＢＡＧ４」とは、ＢＡＧ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＡＧ４遺伝子は、ＢＡＧコシャペロン４タンパク質をコードする。ＢＡＧ４はまた、ＳＯＤＤ及びＢＡＧ－４として既知である。一部の実施形態では、ＢＡＧ４遺伝子は、ヒトＢＡＧ４である。例示的なＢＡＧ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９５３０によって表される。例示的なＢＡＧ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４８７４によって表される。ＢＡＧ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４８６５によって表される。

【0247】

本明細書で使用される場合、「ＴＡＣＣ１」とは、ＴＡＣＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＡＣＣ１遺伝子は、形質転換酸性コイルドコイル含有タンパク質１タンパク質をコードする。ＴＡＣＣ１はまた、Ｇａ５５として既知である。一部の実施形態では、ＴＡＣＣ１遺伝子は、ヒトＴＡＣＣ１である。例示的なＴＡＣＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６８６７によって表される。例示的なＴＡＣＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６２８３によって表される。ＴＡＣＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６２７４によって表される。

【0248】

一部の態様では、ＦＧＦＲ２の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ２融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0249】

一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合核酸分子は、ＦＧＦＲ２の少なくとも一部分と、ＡＡＲＳＤ１、ＡＲＭＳ２、ＡＴＦ７、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＣＣＡＲ１、ＣＣＳＥＲ２、ＣＧＮＬ１、ＥＢＦ１、ＦＡＮＫ１、ＦＯＸＰ１、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＦＬＪ４０２８８、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＱＧＡＰ２、ＰＡＷＲ、ＦＬＮＢ、ＩＫＺＦ２、ＫＨＤＲＢＳ１、ＭＹＯＺ１、ＰＣＤＨ１５、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＲＣ２Ａ、ＲＡＢＧＡＰ１、ＳＣＩＮ、ＳＴＡＵ１、ＳＴＫ４、ＴＩＦＡ、ＴＬＫ１、ＴＲＩＭ５４、ＡＰＩＰ、ＡＴＥ１、ＢＩＣＣ１、ＴＦＥＣ、ＧＲＢ２、ＫＩＡＡ１２１７、ＫＩＡＡ１５９８、ＭＡＣＦ１、ＭＹＨ９、ＮＲＡＰ、ＲＢＭ２０、ＳＰＩＣＥ１、ＴＡＣＣ２、ＶＴＩ１Ａ、ＷＡＣ、ＷＡＲＳ、又はＺＭＹＭ４の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合核酸分子は、ＦＧＦＲ２－ＡＡＲＳＤ１、ＦＧＦＲ２－ＡＲＭＳ２、ＦＧＦＲ２－ＡＴＦ７、ＦＧＦＲ２－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２－ＣＣＡＲ１、ＦＧＦＲ２－ＣＣＳＥＲ２、ＦＧＦＲ２－ＣＧＮＬ１、ＦＧＦＲ２－ＥＢＦ１、ＦＧＦＲ２－ＦＡＮＫ１、ＣＡＭＫ２Ｇ－ＦＧＦＲ２、ＦＬＪ４０２８８－ＦＧＦＲ２、ＧＵＣＹ２Ｄ－ＦＧＦＲ２、ＩＱＧＡＰ２－ＦＧＦＲ２、ＰＡＷＲ－ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ２－ＦＬＮＢ、ＦＧＦＲ２－ＦＯＸＰ１、ＦＧＦＲ２－ＩＫＺＦ２、ＦＧＦＲ２－ＫＨＤＲＢＳ１、ＦＧＦＲ２－ＭＹＯＺ１、ＦＧＦＲ２－ＰＣＤＨ１５、ＦＧＦＲ２－ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＦＧＦＲ２－ＰＲＲＣ２Ａ、ＦＧＦＲ２－ＲＡＢＧＡＰ１、ＦＧＦＲ２－ＳＣＩＮ、ＦＧＦＲ２－ＳＴＡＵ１、ＦＧＦＲ２－ＳＴＫ４、ＦＧＦＲ２－ＴＩＦＡ、ＦＧＦＲ２－ＴＬＫ１、ＦＧＦＲ２－ＴＲＩＭ５４、ＦＧＦＲ２－ＡＰＩＰ、ＦＧＦＲ２－ＡＴＥ１、ＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１、ＴＦＥＣ－ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ２－ＧＲＢ２、ＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１２１７、ＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１５９８、ＦＧＦＲ２－ＭＡＣＦ１、ＦＧＦＲ２－ＭＹＨ９、ＦＧＦＲ２－ＮＲＡＰ、ＦＧＦＲ２－ＲＢＭ２０、ＦＧＦＲ２－ＳＰＩＣＥ１、ＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２、ＦＧＦＲ２－ＶＴＩ１Ａ、ＦＧＦＲ２－ＷＡＣ、ＦＧＦＲ２－ＷＡＲＳ、又はＦＧＦＲ２－ＺＭＹＭ４から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＦＧＦＲ２融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0250】

本明細書で使用される場合、「ＡＡＲＳＤ１」とは、ＡＡＲＳＤ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＡＲＳＤ１遺伝子は、アラニル－ｔＲＮＡシンテターゼドメイン含有１タンパク質をコードする。ＡＡＲＳＤ１はまた、ＭＧＣ２７４４及びＡｌａＸｐとして既知である。一部の実施形態では、ＡＡＲＳＤ１遺伝子は、ヒトＡＡＲＳＤ１である。例示的なＡＡＲＳＤ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８０７５５によって表される。例示的なＡＡＲＳＤ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１２６１４３４によって表される。ＡＡＲＳＤ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１２４８３６３によって表される。

【0251】

本明細書で使用される場合、「ＡＲＭＳ２」とは、ＡＲＭＳ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＲＭＳ２遺伝子は、加齢黄斑症感受性２タンパク質をコードする。ＡＲＭＳ２はまた、ＡＲＭＤ８及びＬＯＣ３８７７１５として既知である。一部の実施形態では、ＡＲＭＳ２遺伝子は、ヒトＡＲＭＳ２である。例示的なＡＲＭＳ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３８７７１５によって表される。例示的なＡＲＭＳ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０９９６６７によって表される。ＡＲＭＳ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０９３１３７によって表される。

【0252】

本明細書で使用される場合、「ＡＴＦ７」とは、ＡＴＦ７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＴＦ７遺伝子は、活性化転写因子７タンパク質をコードする。ＡＴＦ７はまた、ＡＴＦＡとして既知である。一部の実施形態では、ＡＴＦ７遺伝子は、ヒトＡＴＦ７である。例示的なＡＴＦ７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１０１６によって表される。例示的なＡＴＦ７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６８５６によって表される。ＡＴＦ７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６８４７によって表される。

【0253】

本明細書で使用される場合、「ＢＡＩＡＰ２Ｌ１」とは、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ＢＡＲ／ＩＭＤドメイン含有アダプタータンパク質２様１タンパク質をコードする。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１はまた、ＩＲＴＫＳとして既知である。一部の実施形態では、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ヒトＢＡＩＡＰ２Ｌ１である。例示的なＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５９７１によって表される。例示的なＢＡＩＡＰ２Ｌ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８８４２によって表される。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６１３３０によって表される。

【0254】

本明細書で使用される場合、「ＣＣＡＲ１」とは、ＣＣＡＲ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＣＡＲ１遺伝子は、細胞分裂周期及びアポトーシス調節１タンパク質をコードする。ＣＣＡＲ１はまた、ＦＬＪ１０５９０、ＣＡＲＰ－１、及びＣＡＲＰ１として既知である。一部の実施形態では、ＣＣＡＲ１遺伝子は、ヒトＣＣＡＲ１である。例示的なＣＣＡＲ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５７４９によって表される。例示的なＣＣＡＲ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８２３７によって表される。ＣＣＡＲ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６０７０７によって表される。

【0255】

本明細書で使用される場合、「ＣＣＳＥＲ２」とは、ＣＣＳＥＲ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＣＳＥＲ２遺伝子は、コイルドコイルセリンリッチタンパク質２タンパク質をコードする。ＣＣＳＥＲ２はまた、Ｇｃａｐ１４、ＦＡＭ１９０Ｂ、ＫＩＡＡ１１２８、及びｂＡ４８６Ｏ２２．１として既知である。一部の実施形態では、ＣＣＳＥＲ２遺伝子は、ヒトＣＣＳＥＲ２である。例示的なＣＣＳＥＲ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５４４６２によって表される。例示的なＣＣＳＥＲ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８９９９によって表される。ＣＣＳＥＲ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６１８７２によって表される。

【0256】

本明細書で使用される場合、「ＣＧＮＬ１」とは、ＣＧＮＬ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＧＮＬ１遺伝子は、シングリン様１タンパク質をコードする。ＣＧＮＬ１はまた、ＪＡＣＯＰ、ＦＬＪ１４９５７、ＫＩＡＡ１７４９、及びＰＣＩＮＧとして既知である。一部の実施形態では、ＣＧＮＬ１遺伝子は、ヒトＣＧＮＬ１である。例示的なＣＧＮＬ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４９５２によって表される。例示的なＣＧＮＬ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２８６６によって表される。ＣＧＮＬ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１６２５５によって表される。

【0257】

本明細書で使用される場合、「ＥＢＦ１」とは、ＥＢＦ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＢＦ１遺伝子は、ＥＢＦ転写因子１タンパク質をコードする。ＥＢＦ１はまた、ＥＢＦ、ＣＯＥ１、ＯＬＦ１、及びＯ／Ｅ－１として既知である。一部の実施形態では、ＥＢＦ１遺伝子は、ヒトＥＢＦ１である。例示的なＥＢＦ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１８７９によって表される。例示的なＥＢＦ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２４００７によって表される。ＥＢＦ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７６８７０によって表される。

【0258】

本明細書で使用される場合、「ＦＡＮＫ１」とは、ＦＡＮＫ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＡＮＫ１遺伝子は、フィブロネクチンＩＩＩ型及びアンキリンリピートドメイン１タンパク質をコードする。ＦＡＮＫ１はまた、ＨＳＤ１３として既知である。一部の実施形態では、ＦＡＮＫ１遺伝子は、ヒトＦＡＮＫ１である。例示的なＦＡＮＫ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９２５６５によって表される。例示的なＦＡＮＫ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４５２３５によって表される。ＦＡＮＫ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６６０２７８によって表される。

【0259】

本明細書で使用される場合、「ＦＯＸＰ１」とは、ＦＯＸＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＯＸＰ１遺伝子は、フォークヘッドボックスＰ１タンパク質をコードする。ＦＯＸＰ１はまた、ＭＦＨ、ＱＲＦ１、１２ＣＣ４、ｈＦＫＨ１Ｂ、及びＨＳＰＣ２１５として既知である。一部の実施形態では、ＦＯＸＰ１遺伝子は、ヒトＦＯＸＰ１である。例示的なＦＯＸＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２７０８６によって表される。例示的なＦＯＸＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２６８２によって表される。ＦＯＸＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１６０７１によって表される。

【0260】

本明細書で使用される場合、「ＣＡＭＫ２Ｇ」とは、ＣＡＭＫ２Ｇ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＡＭＫ２Ｇ遺伝子は、カルシウム／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼＩＩガンマタンパク質をコードする。ＣＡＭＫ２Ｇはまた、ＣＡＭＫ、ＣＡＭＫＧ、ＭＲＤ５９、及びＣＡＭＫ－ＩＩとして既知である。一部の実施形態では、ＣＡＭＫ２Ｇ遺伝子は、ヒトＣＡＭＫ２Ｇである。例示的なＣＡＭＫ２Ｇ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８１８によって表される。例示的なＣＡＭＫ２Ｇ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１２２２によって表される。ＣＡＭＫ２Ｇポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１２１３によって表される。

【0261】

本明細書で使用される場合、「ＦＬＪ４０２８８」とは、ＦＬＪ４０２８８ ｎｃＲＮＡをコードする遺伝子を指す。一部の実施形態では、ＦＬＪ４０２８８遺伝子は、ヒトＦＬＪ４０２８８遺伝子である。例示的なＦＬＪ４０２８８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８６０２３によって表される。例示的なＦＬＪ４０２８８ ｎｃＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＲ＿０４６３２３によって表される。

【0262】

本明細書で使用される場合、「ＧＵＣＹ２Ｄ」とは、ＧＵＣＹ２Ｄ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＵＣＹ２Ｄ遺伝子は、グアニル酸シクラーゼ２Ｄタンパク質をコードする。ＧＵＣＹ２Ｄはまた、ＬＣＡ、ＣＧ－Ｅ、ＣＹＧＤ、ＬＣＡ１、ＲＣＤ２、ＣＡＣＤ１、ＣＯＲＤ５、ＣＯＲＤ６、ＧＵＣ２Ｄ、ＲＯＳＧＣ、ｒｅｔＧＣ、ＣＳＮＢ１Ｉ、ＧＵＣ１Ａ４、ＲＥＴＧＣ－１、及びＲＯＳ－ＧＣ１として既知である。一部の実施形態では、ＧＵＣＹ２Ｄ遺伝子は、ヒトＧＵＣＹ２Ｄである。例示的なＧＵＣＹ２Ｄ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３０００によって表される。例示的なＧＵＣＹ２Ｄ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００１８０によって表される。ＧＵＣＹ２Ｄポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００１７１によって表される。

【0263】

本明細書で使用される場合、「ＩＱＧＡＰ２」とは、ＩＱＧＡＰ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＩＱＧＡＰ２遺伝子は、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２タンパク質をコードする。ＩＱＧＡＰ２はまた、ＬＣＡ、ＣＧ－Ｅ、ＣＹＧＤ、ＬＣＡ１、ＲＣＤ２、ＣＡＣＤ１、ＣＯＲＤ５、ＣＯＲＤ６、ＧＵＣ２Ｄ、ＲＯＳＧＣ、ｒｅｔＧＣ、ＣＳＮＢ１Ｉ、ＧＵＣ１Ａ４、ＲＥＴＧＣ－１、及びＲＯＳ－ＧＣ１として既知である。一部の実施形態では、ＩＱＧＡＰ２遺伝子は、ヒトＩＱＧＡＰ２である。例示的なＩＱＧＡＰ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０７８８によって表される。例示的なＩＱＧＡＰ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６６３３によって表される。ＩＱＧＡＰ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６６２４によって表される。

【0264】

本明細書で使用される場合、「ＰＡＷＲ」とは、ＰＡＷＲ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＡＷＲ遺伝子は、アポトーシス促進ＷＴ１調節タンパク質をコードする。ＰＡＷＲはまた、ＰＡＲ４及びＰａｒ－４として既知である。一部の実施形態では、ＰＡＷＲ遺伝子は、ヒトＰＡＷＲである。例示的なＰＡＷＲ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５０７４によって表される。例示的なＰＡＷＲ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２５８３によって表される。ＰＡＷＲポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２５７４によって表される。

【0265】

本明細書で使用される場合、「ＦＬＮＢ」とは、ＦＬＮＢ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＦＬＮＢ遺伝子は、フィラミンＢタンパク質をコードする。ＦＬＮＢはまた、ＡＯＩ、ＦＨ１、ＳＣＴ、ＴＡＰ、ＬＲＳ１、ＴＡＢＰ、ＦＬＮ－Ｂ、ＦＬＮ１Ｌ、ＡＢＰ－２７８、及びＡＢＰ－２８０として既知である。一部の実施形態では、ＦＬＮＢ遺伝子は、ヒトＦＬＮＢである。例示的なＦＬＮＢ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３１７によって表される。例示的なＦＬＮＢ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１４５７によって表される。ＦＬＮＢポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１４４８によって表される。

【0266】

本明細書で使用される場合、「ＩＫＺＦ２」とは、ＩＫＺＦ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＩＫＺＦ２遺伝子は、ＩＫＡＲＯＳファミリー亜鉛フィンガー２タンパク質をコードする。ＩＫＺＦ２はまた、ＡＮＦ１Ａ２、ＨＥＬＩＯＳ、ＺＮＦ１Ａ２、及びＺＮＦＮ１Ａ２として既知である。一部の実施形態では、ＩＫＺＦ２遺伝子は、ヒトＩＫＺＦ２である。例示的なＩＫＺＦ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２８０７によって表される。例示的なＩＫＺＦ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０７９５２６によって表される。ＩＫＺＦ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０７２９９４によって表される。

【0267】

本明細書で使用される場合、「ＫＨＤＲＢＳ１」とは、ＫＨＤＲＢＳ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＨＤＲＢＳ１遺伝子は、ＫＨ ＲＮＡ結合ドメイン含有シグナルトランスダクション関連１タンパク質をコードする。ＫＨＤＲＢＳ１はまた、ｐ６２、ｐ６８、及びＳａｍ６８として既知である。一部の実施形態では、ＫＨＤＲＢＳ１遺伝子は、ヒトＫＨＤＲＢＳ１である。例示的なＫＨＤＲＢＳ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０６５７によって表される。例示的なＫＨＤＲＢＳ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６５５９によって表される。ＫＨＤＲＢＳ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６５５０によって表される。

【0268】

本明細書で使用される場合、「ＭＹＯＺ１」とは、ＭＹＯＺ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＹＯＺ１遺伝子は、ミオゼニン１タンパク質をコードする。ＭＹＯＺ１はまた、ｐ６２、ｐ６８、及びＳａｍ６８として既知である。一部の実施形態では、ＭＹＯＺ１遺伝子は、ヒトＭＹＯＺ１である。例示的なＭＹＯＺ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５８５２９によって表される。例示的なＭＹＯＺ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１２４５によって表される。ＭＹＯＺ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６７０６８によって表される。

【0269】

本明細書で使用される場合、「ＰＣＤＨ１５」とは、ＰＣＤＨ１５ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＣＤＨ１５遺伝子は、プロトカドヘリン関連１５タンパク質をコードする。ＰＣＤＨ１５はまた、ＵＳＨ１Ｆ、ＣＤＨＲ１５、及びＤＦＮＢ２３として既知である。一部の実施形態では、ＰＣＤＨ１５遺伝子は、ヒトＰＣＤＨ１５である。例示的なＰＣＤＨ１５遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６５２１７によって表される。例示的なＰＣＤＨ１５ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３３０５６によって表される。ＰＣＤＨ１５ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１４９０４５によって表される。

【0270】

本明細書で使用される場合、「ＰＲＫＡＲ１Ａ」とは、ＰＲＫＡＲ１Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＲＫＡＲ１Ａ遺伝子は、タンパク質キナーゼｃＡＭＰ依存性Ｉ型調節サブユニットアルファタンパク質をコードする。ＰＲＫＡＲ１Ａはまた、ＣＡＲ、ＣＮＣ、ＣＮＣ１、ＰＫＲ１、ＴＳＥ１、ＡＤＯＨＲ、ＰＰＮＡＤ１、ＰＲＫＡＲ１、及びＡＣＲＤＹＳ１として既知である。一部の実施形態では、ＰＲＫＡＲ１Ａ遺伝子は、ヒトＰＲＫＡＲ１Ａである。例示的なＰＲＫＡＲ１Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５７３によって表される。例示的なＰＲＫＡＲ１Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１２７８４３３によって表される。ＰＲＫＡＲ１Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１２６５３６２によって表される。

【0271】

本明細書で使用される場合、「ＰＲＲＣ２Ａ」とは、ＰＲＲＣ２Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＲＲＣ２Ａ遺伝子は、プロリンリッチコイルドコイル２Ａタンパク質をコードする。ＰＲＲＣ２Ａはまた、ＣＡＲ、ＣＮＣ、ＣＮＣ１、ＰＫＲ１、ＴＳＥ１、ＡＤＯＨＲ、ＰＰＮＡＤ１、ＰＲＫＡＲ１、及びＡＣＲＤＹＳ１として既知である。一部の実施形態では、ＰＲＲＣ２Ａ遺伝子は、ヒトＰＲＲＣ２Ａである。例示的なＰＲＲＣ２Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７９１６によって表される。例示的なＰＲＲＣ２Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４６３８によって表される。ＰＲＲＣ２Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４６２９によって表される。

【0272】

本明細書で使用される場合、「ＲＡＢＧＡＰ１」とは、ＲＡＢＧＡＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＡＢＧＡＰ１遺伝子は、ＲＡＢ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１タンパク質をコードする。ＲＡＢＧＡＰ１はまた、ＧＡＰＣＥＮＡ及びＴＢＣ１Ｄ１１として既知である。一部の実施形態では、ＲＡＢＧＡＰ１遺伝子は、ヒトＲＡＢＧＡＰ１である。例示的なＲＡＢＧＡＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３６３７によって表される。例示的なＲＡＢＧＡＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２１９７によって表される。ＲＡＢＧＡＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６３２９によって表される。

【0273】

本明細書で使用される場合、「ＳＣＩＮ」とは、ＳＣＩＮ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＣＩＮ遺伝子は、シンデリンタンパク質をコードする。ＳＣＩＮはまた、ＫＩＡＡ１９０５として既知である。一部の実施形態では、ＳＣＩＮ遺伝子は、ヒトＳＣＩＮである。例示的なＳＣＩＮ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８５４７７によって表される。例示的なＳＣＩＮ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３３１２８によって表される。ＳＣＩＮポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１４９１１９によって表される。

【0274】

本明細書で使用される場合、「ＳＴＡＵ１」とは、ＳＴＡＵ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＴＡＵ１遺伝子は、スタウフェン二重鎖ＲＮＡ結合タンパク質１タンパク質をコードする。ＳＴＡＵ１はまた、ＳＴＡＵ及びＰＰＰ１Ｒ１５０として既知である。一部の実施形態では、ＳＴＡＵ１遺伝子は、ヒトＳＴＡＵ１である。例示的なＳＴＡＵ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６７８０によって表される。例示的なＳＴＡＵ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４６０２によって表される。ＳＴＡＵ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４５９３によって表される。

【0275】

本明細書で使用される場合、「ＳＴＫ４」とは、ＳＴＫ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＴＫ４遺伝子は、セリン／スレオニンキナーゼ４タンパク質をコードする。ＳＴＫ４はまた、ＫＲＳ２、ＭＳＴ１、及びＹＳＫ３として既知である。一部の実施形態では、ＳＴＫ４遺伝子は、ヒトＳＴＫ４である。例示的なＳＴＫ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６７８９によって表される。例示的なＳＴＫ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６２８２によって表される。ＳＴＫ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６２７３によって表される。

【0276】

本明細書で使用される場合、「ＴＩＦＡ」とは、ＴＩＦＡ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＩＦＡ遺伝子は、フォークヘッド関連ドメインを有するＴＲＡＦ相互作用タンパク質タンパク質をコードする。ＴＩＦＡはまた、Ｔ２ＢＰ、Ｔ６ＢＰ、及びＴＩＦＡＡとして既知である。一部の実施形態では、ＴＩＦＡ遺伝子は、ヒトＴＩＦＡである。例示的なＴＩＦＡ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９２６１０によって表される。例示的なＴＩＦＡ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０５２８６４によって表される。ＴＩＦＡポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿４４３０９６によって表される。

【0277】

本明細書で使用される場合、「ＴＬＫ１」とは、ＴＬＫ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＬＫ１遺伝子は、ｔｏｕｓｌｅｄ様キナーゼ１タンパク質をコードする。ＴＬＫ１はまた、ＰＫＵ－ベータとして既知である。一部の実施形態では、ＴＬＫ１遺伝子は、ヒトＴＬＫ１である。例示的なＴＬＫ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９８７４によって表される。例示的なＴＬＫ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２２９０によって表される。ＴＬＫ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６４２２によって表される。

【0278】

本明細書で使用される場合、「ＴＲＩＭ５４」とは、ＴＲＩＭ５４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＲＩＭ５４遺伝子は、三要素モチーフ含有５４タンパク質をコードする。ＴＲＩＭ５４はまた、ＭＵＲＦ、ＭＵＲＦ－３、ＲＮＦ３０、及びｍｕＲＦ３として既知である。一部の実施形態では、ＴＲＩＭ５４遺伝子は、ヒトＴＲＩＭ５４である。例示的なＴＲＩＭ５４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７１５９によって表される。例示的なＴＲＩＭ５４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２５４６によって表される。ＴＲＩＭ５４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１５９３５によって表される。

【0279】

本明細書で使用される場合、「ＡＰＩＰ」とは、ＡＰＩＰ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＰＩＰ遺伝子は、ＡＰＡＦ１相互作用タンパク質タンパク質をコードする。ＡＰＩＰはまた、ＡＰＩＰ２、ＣＧＩ－２９、ＣＧＩ２９、ＭＭＲＰ１９、及びｈＡＰＩＰとして既知である。一部の実施形態では、ＡＰＩＰ遺伝子は、ヒトＡＰＩＰである。例示的なＡＰＩＰ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５１０７４によって表される。例示的なＡＰＩＰ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１５９５７によって表される。ＡＰＩＰポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５７０４１によって表される。

【0280】

本明細書で使用される場合、「ＡＴＥ１」とは、ＡＴＥ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＴＥ１遺伝子は、アルギニントランスフェラーゼ１タンパク質をコードする。ＡＴＥ１はまた、ＡＰＩＰ２、ＣＧＩ－２９、ＣＧＩ２９、ＭＭＲＰ１９、及びｈＡＰＩＰとして既知である。一部の実施形態では、ＡＴＥ１遺伝子は、ヒトＡＴＥ１である。例示的なＡＴＥ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１１０１によって表される。例示的なＡＴＥ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００７０４１によって表される。ＡＴＥ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００８９７２によって表される。

【0281】

本明細書で使用される場合、「ＢＩＣＣ１」とは、ＢＩＣＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＩＣＣ１遺伝子は、ＢｉｃＣファミリーＲＮＡ結合タンパク質１タンパク質をコードする。ＢＩＣＣ１はまた、ＢＩＣＣ及びＣＹＳＲＤとして既知である。一部の実施形態では、ＢＩＣＣ１遺伝子は、ヒトＢＩＣＣ１である。例示的なＢＩＣＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８０１１４によって表される。例示的なＢＩＣＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０８０５１２によって表される。ＢＩＣＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０７３９８１によって表される。

【0282】

本明細書で使用される場合、「ＴＦＥＣ」とは、ＴＦＥＣ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＦＥＣ遺伝子は、転写因子ＥＣタンパク質をコードする。ＴＦＥＣはまた、ＴＣＦＥＣ、ＴＦＥ－Ｃ、ＴＦＥＣ－Ｌ、ＴＦＥＣＬ、ｂＨＬＨｅ３４、及びｈＴＦＥＣ－Ｌとして既知である。一部の実施形態ではまた、ＴＦＥＣ遺伝子は、ヒトＴＦＥＣである。例示的なＴＦＥＣ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２７９７によって表される。例示的なＴＦＥＣ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２２５２によって表される。ＴＦＥＣポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６３８４によって表される。

【0283】

本明細書で使用される場合、「ＧＲＢ２」とは、ＧＲＢ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＲＢ２遺伝子は、成長因子受容体結合タンパク質２タンパク質をコードする。ＧＲＢ２はまた、ＡＳＨ、ＥＧＦＲＢＰ－ＧＲＢ２、Ｇｒｂ３－３、ＭＳＴ０８４、ＭＳＴＰ０８４、及びＮＣＫＡＰ２として既知である。一部の実施形態では、ＧＲＢ２遺伝子は、ヒトＧＲＢ２である。例示的なＧＲＢ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８８５によって表される。例示的なＧＲＢ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２０８６によって表される。ＧＲＢ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２０７７によって表される。

【0284】

本明細書で使用される場合、「ＫＩＡＡ１２１７」とは、ＫＩＡＡ１２１７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ＫＩＡＡ１２１７タンパク質をコードする。ＫＩＡＡ１２１７はまた、ＥＴＬ４及びＳＫＴとして既知である。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ヒトＫＩＡＡ１２１７である。例示的なＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５６２４３によって表される。例示的なＫＩＡＡ１２１７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１９５９０によって表される。ＫＩＡＡ１２１７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６２５３６によって表される。

【0285】

本明細書で使用される場合、「ＫＩＡＡ１５９８」とは、ＫＩＡＡ１５９８ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＩＡＡ１５９８遺伝子は、ＫＩＡＡ１５９８タンパク質をコードする。ＫＩＡＡ１５９８はまた、ｓｈｏｏｔｉｎ－１及びＳＨＴＮ１として既知である。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ１５９８遺伝子は、ヒトＫＩＡＡ１５９８である。例示的なＫＩＡＡ１５９８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７６９８によって表される。例示的なＫＩＡＡ１５９８ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８３３０によって表される。ＫＩＡＡ１５９８ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６０８００によって表される。

【0286】

本明細書で使用される場合、「ＭＡＣＦ１」とは、ＭＡＣＦ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＡＣＦ１遺伝子は、微小管アクチン架橋因子１タンパク質をコードする。ＭＡＣＦ１はまた、ＡＢＰ６２０、ＡＣＦ７、ＬＩＳ９、Ｌｎｃ－ＰＭＩＦ、ＭＡＣＦ、及びＯＦＣ４として既知である。一部の実施形態では、ＭＡＣＦ１遺伝子は、ヒトＭＡＣＦ１である。例示的なＭＡＣＦ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３４９９によって表される。例示的なＭＡＣＦ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２０９０によって表される。ＭＡＣＦ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６２２２によって表される。

【0287】

本明細書で使用される場合、「ＭＹＨ９」とは、ＭＹＨ９ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＹＨ９遺伝子は、ミオシン重鎖９タンパク質をコードする。ＭＹＨ９はまた、ＢＤＰＬＴ６、ＤＦＮＡ１７、ＥＰＳＴＳ、ＦＴＮＳ、ＭＡＴＩＮＳ、ＭＨＡ、ＮＭＨＣ－ＩＩ－Ａ、ＮＭＭＨＣ－ＩＩＡ、及びＮＭＭＨＣＡとして既知である。一部の実施形態では、ＭＹＨ９遺伝子は、ヒトＭＹＨ９である。例示的なＭＹＨ９遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４６２７によって表される。例示的なＭＹＨ９ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２４７３によって表される。ＭＹＨ９ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２４６４によって表される。

【0288】

本明細書で使用される場合、「ＮＲＡＰ」とは、ＮＲＡＰ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＮＲＡＰ遺伝子は、ネブリン関連アンカータンパク質タンパク質をコードする。ＮＲＡＰはまた、Ｎ－ＲＡＰとして既知である。一部の実施形態では、ＮＲＡＰ遺伝子は、ヒトＮＲＡＰである。例示的なＮＲＡＰ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４８９２によって表される。例示的なＮＲＡＰ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６１７５によって表される。ＮＲＡＰポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６１６６によって表される。

【0289】

本明細書で使用される場合、「ＲＢＭ２０」とは、ＲＢＭ２０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＢＭ２０遺伝子は、ＲＮＡ結合モチーフタンパク質２０タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＲＢＭ２０遺伝子は、ヒトＲＢＭ２０である。例示的なＲＢＭ２０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８２９９６によって表される。例示的なＲＢＭ２０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１１３４３６３によって表される。ＲＢＭ２０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１１２７８３５によって表される。

【0290】

本明細書で使用される場合、「ＳＰＩＣＥ１」とは、ＳＰＩＣＥ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＰＩＣＥ１遺伝子は、紡錘体及び中心小体関連タンパク質１タンパク質をコードする。ＳＰＩＣＥ１はまた、ＣＣＤＣ５２及びＳＰＩＣＥとして既知である。一部の実施形態では、ＳＰＩＣＥ１遺伝子は、ヒトＳＰＩＣＥ１である。例示的なＳＰＩＣＥ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１５２１８５によって表される。例示的なＳＰＩＣＥ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４４７１８によって表される。ＳＰＩＣＥ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６５３３１９によって表される。

【0291】

本明細書で使用される場合、「ＴＡＣＣ２」とは、ＴＡＣＣ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＡＣＣ２遺伝子は、形質転換酸性コイルドコイル含有タンパク質２タンパク質をコードする。ＴＡＣＣ２はまた、ＡＺＵ－１及びＥＣＴＡＣＣとして既知である。一部の実施形態では、ＴＡＣＣ２遺伝子は、ヒトＴＡＣＣ２である。例示的なＴＡＣＣ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０５７９によって表される。例示的なＴＡＣＣ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６９９７によって表される。ＴＡＣＣ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００８９２８によって表される。

【0292】

本明細書で使用される場合、「ＶＴＩ１Ａ」とは、ＶＴＩ１Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＶＴＩ１Ａ遺伝子は、ｔ－ＳＮＡＲＥとの相互作用を介する小胞輸送１Ａタンパク質をコードする。ＶＴＩ１Ａはまた、ＭＭＤＳ３、ＭＶｔｉ１、ＶＴＩ１ＲＰ２、及びＶｔｉ１－ｒｐ２として既知である。一部の実施形態では、ＶＴＩ１Ａ遺伝子は、ヒトＶＴＩ１Ａである。例示的なＶＴＩ１Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１４３１８７によって表される。例示的なＶＴＩ１Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４５２０６によって表される。ＶＴＩ１Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６６０２０７によって表される。

【0293】

本明細書で使用される場合、「ＷＡＣ」とは、ＷＡＣ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＷＡＣ遺伝子は、コイルドコイルを有するＷＷドメイン含有アダプタータンパク質をコードする。ＷＡＣはまた、ＢＭ－０１６、ＤＥＳＳＨ、ＰＲＯ１７４１、及びＷｗｐ４として既知である。一部の実施形態では、ＷＡＣ遺伝子は、ヒトＷＡＣである。例示的なＷＡＣ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５１３２２によって表される。例示的なＷＡＣ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１６６２８によって表される。ＷＡＣポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５７７１２によって表される。

【0294】

本明細書で使用される場合、「ＷＡＲＳ」とは、ＷＡＲＳ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＷＡＲＳ遺伝子は、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼタンパク質をコードする。ＷＡＲＳはまた、ＴｒｐＲＳ、ＷＲＳ、及びＷａｒｓ１として既知である。一部の実施形態では、ＷＡＲＳ遺伝子は、ヒトＷＡＲＳである。例示的なＷＡＲＳ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７４５３によって表される。例示的なＷＡＲＳ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４１８４によって表される。ＷＡＲＳポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４１７５によって表される。

【0295】

本明細書で使用される場合、「ＺＭＹＭ４」とは、ＺＭＹＭ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＭＹＭ４遺伝子は、亜鉛フィンガーＭＹＭ型含有４タンパク質をコードする。ＺＭＹＭ４はまた、ＣＤＩＲ、ＭＹＭ、ＺＮＦ１９８Ｌ３、及びＺＮＦ２６２として既知である。一部の実施形態では、ＺＭＹＭ４遺伝子は、ヒトＺＭＹＭ４である。例示的なＺＭＹＭ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９２０２によって表される。例示的なＺＭＹＭ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５０９５によって表される。ＺＭＹＭ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５０８６によって表される。

【0296】

一部の態様では、ＦＧＦＲ３の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0297】

一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、ＦＧＦＲ３の少なくとも一部分と、ＣＣＴ５、ＣＮＯＴ４、ＴＮＩＰ２、ＩＧＨ、ＴＡＣＣ３、ＡＤＤ１、又はＷＨＳＣ１の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合核酸分子は、ＦＧＦＲ３－ＣＣＴ５、ＦＧＦＲ３－ＣＮＯＴ４、ＦＧＦＲ３－ＴＮＩＰ２、ＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１、ＦＧＦＲ３－ＩＧＨ、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３、又はＦＧＦＲ３－ＷＨＳＣ１から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＦＧＦＲ３融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0298】

本明細書で使用される場合、「ＣＣＴ５」とは、ＣＣＴ５ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＣＴ５遺伝子は、シャペロニン含有ＴＣＰ１サブユニット５タンパク質をコードする。ＣＣＴ５はまた、ＣＣＴ－イプシロン、ＣＣＴＥ、ＨＥＬ－Ｓ－６９、ＰＮＡＳ－１０２、及びＴＣＰ－１－イプシロンとして既知である。一部の実施形態では、ＣＣＴ５遺伝子は、ヒトＣＣＴ５である。例示的なＣＣＴ５遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２９４８によって表される。例示的なＣＣＴ５ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２０７３によって表される。ＣＣＴ５ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６２０５によって表される。

【0299】

本明細書で使用される場合、「ＣＮＯＴ４」とは、ＣＮＯＴ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＮＯＴ４遺伝子は、ＣＣＲ４－ＮＯＴ転写複合体サブユニット４タンパク質をコードする。ＣＮＯＴ４はまた、ＣＬＯＮＥ２４３、ＮＯＴ４、及びＮＯＴ４Ｈとして既知である。一部の実施形態では、ＣＮＯＴ４遺伝子は、ヒトＣＮＯＴ４である。例示的なＣＮＯＴ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４８５０によって表される。例示的なＣＮＯＴ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１３３１６によって表される。ＣＮＯＴ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３７４４８によって表される。

【0300】

本明細書で使用される場合、「ＴＮＩＰ２」とは、ＴＮＩＰ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＮＩＰ２遺伝子は、ＴＮＦＡＩＰ３相互作用タンパク質２タンパク質をコードする。ＴＮＩＰ２はまた、ＡＢＩＮ２、ＦＬＩＰ１、及びＫＬＩＰとして既知である。一部の実施形態では、ＴＮＩＰ２遺伝子は、ヒトＴＮＩＰ２である。例示的なＴＮＩＰ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７９１５５によって表される。例示的なＴＮＩＰ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２４３０９によって表される。ＴＮＩＰ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７７２８５によって表される。

【0301】

本明細書で使用される場合、「ＩＧＨ」とは、ＩＧＨ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＩＧＨ遺伝子は、免疫グロブリン重鎖遺伝子座タンパク質をコードする。ＩＧＨはまた、ＩＧＤ１、ＩＧＨとして既知である。１＠、ＩＧＨ＠、ＩＧＨＤ＠、ＩＧＨＤＹ１、ＩＧＨＪ、ＩＧＨＪ＠、ＩＧＨＶ、及びＩＧＨＶ＠として既知である。一部の実施形態では、ＩＧＨ遺伝子は、ヒトＩＧＨである。例示的なＩＧＨ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３４９２によって表される。例示的なＩＧＨ ＤＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿００１０１９によって表される。

【0302】

本明細書で使用される場合、「ＴＡＣＣ３」とは、ＴＡＣＣ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＡＣＣ３遺伝子は、形質転換酸性コイルドコイル含有タンパク質３タンパク質をコードする。ＴＡＣＣ３はまた、ＥＲＩＣ－１、ＥＲＩＣ１、Ｔａｃｃ４、及びｍａｓｋｉｎとして既知である。一部の実施形態では、ＴＡＣＣ３遺伝子は、ヒトＴＡＣＣ３である。例示的なＴＡＣＣ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０４６０によって表される。例示的なＴＡＣＣ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６３４２によって表される。ＴＡＣＣ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６３３３によって表される。

【0303】

本明細書で使用される場合、「ＡＤＤ１」とは、ＡＤＤ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＤＤ１遺伝子は、アデュシング１タンパク質をコードする。ＡＤＤ１はまた、ＡＤＤＡとして既知である。一部の実施形態では、ＡＤＤ１遺伝子は、ヒトＡＤＤ１である。例示的なＡＤＤ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１１８によって表される。例示的なＡＤＤ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１１１９によって表される。ＡＤＤ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１１１０によって表される。

【0304】

本明細書で使用される場合、「ＷＨＳＣ１」とは、ＷＨＳＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＷＨＳＣ１遺伝子は、ウォルフ－ヒルショルン症候群候補１タンパク質をコードする。ＷＨＳＣ１はまた、ＫＭＴ３Ｆ、ＫＭＴ３Ｇ、ＭＭＳＥＴ、ＲＥＩＩＢＰ、ＴＲＸ５、ＷＨＳ、及びＮＳＤ２として既知である。一部の実施形態では、ＷＨＳＣ１遺伝子は、ヒトＷＨＳＣ１である。例示的なＷＨＳＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７４６８によって表される。例示的なＷＨＳＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１３３３３０によって表される。ＷＨＳＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿５７９８７７によって表される。

【0305】

一部の態様では、ＭＥＴの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＭＥＴ融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0306】

一部の実施形態では、ＭＥＴ融合核酸分子は、ＭＥＴの少なくとも一部分と、ＬＤＨＡ、ＣＮＴＮＡＰ２、ＨＢＰ１、ＳＮＲＮＰ７０、ＣＡＰＺＡ２、又はＳＴ７の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＭＥＴ融合核酸分子は、ＭＥＴ－ＬＤＨＡ、ＣＮＴＮＡＰ２－ＭＥＴ、ＨＢＰ１－ＭＥＴ、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ、ＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２、又はＳＴ７－ＭＥＴから選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＭＥＴ融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0307】

本明細書で使用される場合、「ＬＤＨＡ」とは、ＬＤＨＡ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＬＤＨＡ遺伝子は、乳酸デヒドロゲナーゼＡタンパク質をコードする。ＬＤＨＡはまた、ＧＳＤ１１、ＨＥＬ－Ｓ－１３３Ｐ、ＬＤＨＭ、及びＰＩＧ１９として既知である。一部の実施形態では、ＬＤＨＡ遺伝子は、ヒトＬＤＨＡである。例示的なＬＤＨＡ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３９３９によって表される。例示的なＬＤＨＡ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５５６６によって表される。ＬＤＨＡポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５５５７によって表される。

【0308】

本明細書で使用される場合、「ＣＮＴＮＡＰ２」とは、ＣＮＴＮＡＰ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＮＴＮＡＰ２遺伝子は、コンタクチン関連タンパク質２タンパク質をコードする。ＣＮＴＮＡＰ２はまた、ＡＵＴＳ１５、ＣＡＳＰＲ２、ＣＤＦＥ、ＮＲＸＮ４、及びＰＴＨＳＬ１として既知である。一部の実施形態では、ＣＮＴＮＡＰ２遺伝子は、ヒトＣＮＴＮＡＰ２である。例示的なＣＮＴＮＡＰ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２６０４７によって表される。例示的なＣＮＴＮＡＰ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４１４１によって表される。ＣＮＴＮＡＰ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５４８６０によって表される。

【0309】

本明細書で使用される場合、「ＨＢＰ１」とは、ＨＢＰ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＨＢＰ１遺伝子は、ＨＭＧボックス転写因子１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＨＢＰ１遺伝子は、ヒトＨＢＰ１である。例示的なＨＢＰ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２６９５９によって表される。例示的なＨＢＰ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２２５７によって表される。ＨＢＰ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０３６３８９によって表される。

【0310】

本明細書で使用される場合、「ＳＮＲＮＰ７０」とは、ＳＮＲＮＰ７０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＮＲＮＰ７０遺伝子は、核内低分子リボ核タンパク質Ｕ１サブユニット７０タンパク質をコードする。ＳＮＲＮＰ７０はまた、ＲＮＰＵ１Ｚ、ＲＰＵ１、ＳＮＲＰ７０、Ｓｎｐ１、Ｕ１－７０Ｋ、Ｕ１７０Ｋ、Ｕ１ＡＰ、及びＵ１ＲＮＰとして既知である。一部の実施形態では、ＳＮＲＮＰ７０遺伝子は、ヒトＳＮＲＮＰ７０である。例示的なＳＮＲＮＰ７０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６６２５によって表される。例示的なＳＮＲＮＰ７０ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３０８９によって表される。ＳＮＲＮＰ７０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３０８０によって表される。

【0311】

本明細書で使用される場合、「ＣＡＰＺＡ２」とは、ＣＡＰＺＡ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＡＰＺＡ２遺伝子は、筋肉Ｚ線のキャッピングアクチンタンパク質サブユニットアルファ２タンパク質をコードする。ＣＡＰＺＡ２はまた、ＣＡＰＰＡ２及びＣＡＰＺとして既知である。一部の実施形態では、ＣＡＰＺＡ２遺伝子は、ヒトＣＡＰＺＡ２である。例示的なＣＡＰＺＡ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８３０によって表される。例示的なＣＡＰＺＡ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６１３６によって表される。ＣＡＰＺＡ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６１２７によって表される。

【0312】

本明細書で使用される場合、「ＳＴ７」とは、ＳＴ７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＴ７遺伝子は、腫瘍形成能の抑制７タンパク質をコードする。ＳＴ７はまた、ＥＴＳ７ｑ、ＦＡＭ４Ａ、ＦＡＭ４Ａ１、ＨＥＬＧ、ＲＡＹ１、ＳＥＮ４、及びＴＳＧ７として既知である。一部の実施形態では、ＳＴ７遺伝子は、ヒトＳＴ７である。例示的なＳＴ７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７９８２によって表される。例示的なＳＴ７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８４１２によって表される。ＳＴ７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６０８８２によって表される。

【0313】

一部の態様では、ＮＴＲＫ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＮＴＲＫ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0314】

一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合核酸分子は、ＮＴＲＫ１の少なくとも一部分と、ＭＥＦ２Ｄの少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合核酸分子は、ＮＴＲＫ１－ＭＥＦ２Ｄ融合核酸分子であり、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＮＴＲＫ１融合核酸分子は、本明細書、並びに／又は表２及び６、並びに／又は本明細書での実施例に記載される。

【0315】

本明細書で使用される場合、「ＭＥＦ２Ｄ」とは、ＭＥＦ２Ｄ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＥＦ２Ｄ遺伝子は、筋細胞エンハンサー因子２Ｄタンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＭＥＦ２Ｄ遺伝子は、ヒトＭＥＦ２Ｄである。例示的なＭＥＦ２Ｄ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４２０９によって表される。例示的なＭＥＦ２Ｄ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５９２０によって表される。ＭＥＦ２Ｄポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５９１１によって表される。

【0316】

一部の態様では、ＲＡＦ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＡＦ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0317】

一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合核酸分子は、ＲＡＦ１の少なくとも一部分と、ＰＯＣ１Ａ、ＳＹＮ２、ＴＲＡＫ１、又はＺＦＹＶＥ２０の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合核酸分子は、ＰＯＣ１Ａ－ＲＡＦ１、ＳＹＮ２－ＲＡＦ１、ＺＦＹＶＥ２０－ＲＡＦ１、又はＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＲＡＦ１融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0318】

本明細書で使用される場合、「ＰＯＣ１Ａ」とは、ＰＯＣ１Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＯＣ１Ａ遺伝子は、ＰＯＣ１中心子タンパク質Ａタンパク質をコードする。ＰＯＣ１Ａはまた、ＰＩＸ２、ＳＯＦＴ、及びＷＤＲ５１Ａとして既知である。一部の実施形態では、ＰＯＣ１Ａ遺伝子は、ヒトＰＯＣ１Ａである。例示的なＰＯＣ１Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２５８８６によって表される。例示的なＰＯＣ１Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１５４２６によって表される。ＰＯＣ１Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５６２４１によって表される。

【0319】

本明細書で使用される場合、「ＳＹＮ２」とは、ＳＹＮ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＹＮ２遺伝子は、シナプシンＩＩタンパク質をコードする。ＳＹＮ２はまた、ＳＹＮＩＩとして既知である。一部の実施形態では、ＳＹＮ２遺伝子は、ヒトＳＹＮ２である。例示的なＳＹＮ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６８５４によって表される。例示的なＳＹＮ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３１７８によって表される。ＳＹＮ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３１６９によって表される。

【0320】

本明細書で使用される場合、「ＴＲＡＫ１」とは、ＴＲＡＫ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＲＡＫ１遺伝子は、輸送キネシンタンパク質１タンパク質をコードする。ＴＲＡＫ１はまた、ＤＥＥ６８、ＥＩＥＥ６８、ＭＩＬＴ１、及びＯＩＰ１０６として既知である。一部の実施形態では、ＴＲＡＫ１遺伝子は、ヒトＴＲＡＫ１である。例示的なＴＲＡＫ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２９０６によって表される。例示的なＴＲＡＫ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４９６５によって表される。ＴＲＡＫ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５７８０によって表される。

【0321】

本明細書で使用される場合、「ＺＦＹＶＥ２０」とは、ＺＦＹＶＥ２０ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＦＹＶＥ２０遺伝子は、ラベノシン－５タンパク質をコードする。ＺＦＹＶＥ２０はまた、ラベノシン－５及びＲＢＳＮとして既知である。一部の実施形態では、ＺＦＹＶＥ２０遺伝子は、ヒトＺＦＹＶＥ２０である。例示的なＺＦＹＶＥ２０遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６４１４５によって表される。例示的なＺＦＹＶＥ２０ ｍＲＮＡ配列はＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２２３４０によって表される。ＺＦＹＶＥ２０ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７１７３５によって表される。

【0322】

一部の態様では、ＲＥＴの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＥＴ融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0323】

一部の実施形態では、ＲＥＴ融合核酸分子は、ＲＥＴの少なくとも一部分と、ＡＤＣＹ１、ＮＰＹ４Ｒ、ＰＡＷＲ、ＡＬＯＸ５、ＡＲＩＤ５Ｂ、ＤＨＸ３２、ＰＤＥ５Ａ、ＺＮＦ３６５、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＧＰＨＮ、ＮＣＯＡ４、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＫＩＡＡ１２１７、ＣＣＤＣ６、ＥＲＣ１、ＫＩＦ５Ｂ、ＴＲＩＭ２４、又はＶＣＬの少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＲＥＴ融合核酸分子は、ＲＥＴ－ＡＤＣＹ１、ＲＥＴ－ＮＰＹ４Ｒ、ＲＥＴ－ＰＡＷＲ、ＡＬＯＸ５－ＲＥＴ、ＡＲＩＤ５Ｂ－ＲＥＴ、ＤＨＸ３２－ＲＥＴ、ＰＤＥ５Ａ－ＲＥＴ、ＺＮＦ３６５－ＲＥＴ、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＲＥＴ、ＲＥＴ－ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＲＥＴ－ＧＰＨＮ、ＮＣＯＡ４－ＲＥＴ、ＲＥＴ－ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＫＩＡＡ１２１７－ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ、ＥＲＣ１－ＲＥＴ、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ、又はＶＣＬ－ＲＥＴから選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＲＥＴ融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0324】

本明細書で使用される場合、「ＡＤＣＹ１」とは、ＡＤＣＹ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＤＣＹ１遺伝子は、アデニル酸シクラーゼ１タンパク質をコードする。ＡＤＣＹ１はまた、ＡＣ１及びＤＦＮＢ４４として既知である。一部の実施形態では、ＡＤＣＹ１遺伝子は、ヒトＡＤＣＹ１である。例示的なＡＤＣＹ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０７によって表される。例示的なＡＤＣＹ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１１１６によって表される。ＡＤＣＹ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６６９３９によって表される。

【0325】

本明細書で使用される場合、「ＮＰＹ４Ｒ」とは、ＮＰＹ４Ｒ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＮＰＹ４Ｒ遺伝子は、ニューロペプチドＹ受容体Ｙ４タンパク質をコードする。ＮＰＹ４Ｒはまた、ＮＰＹ４－Ｒ、ＰＰ１、ＰＰＹＲ１、及びＹ４として既知である。一部の実施形態では、ＮＰＹ４Ｒ遺伝子は、ヒトＮＰＹ４Ｒである。例示的なＮＰＹ４Ｒ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５４０によって表される。例示的なＮＰＹ４Ｒ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５９７２によって表される。ＮＰＹ４Ｒポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５９６３によって表される。

【0326】

本明細書で使用される場合、「ＰＡＷＲ」とは、ＰＡＷＲ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＡＷＲ遺伝子は、アポトーシス促進ＷＴ１調節タンパク質をコードする。ＰＡＷＲはまた、ＰＡＲ４及びＰａｒ－４として既知である。一部の実施形態では、ＰＡＷＲ遺伝子は、ヒトＰＡＷＲである。例示的なＰＡＷＲ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５０７４によって表される。例示的なＰＡＷＲ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２５８３によって表される。ＰＡＷＲポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２５７４によって表される。

【0327】

本明細書で使用される場合、「ＡＬＯＸ５」とは、ＡＬＯＸ５ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＬＯＸ５遺伝子は、アラキドン酸５－リポキシゲナーゼタンパク質をコードする。ＡＬＯＸ５はまた、５－ＬＯ、５－ＬＯＸ、５ＬＰＧ、及びＬＯＧ５として既知である。一部の実施形態では、ＡＬＯＸ５遺伝子は、ヒトＡＬＯＸ５である。例示的なＡＬＯＸ５遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２４０によって表される。例示的なＡＬＯＸ５ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００６９８によって表される。ＡＬＯＸ５ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００６８９によって表される。

【0328】

本明細書で使用される場合、「ＡＲＩＤ５Ｂ」とは、ＡＲＩＤ５Ｂ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＲＩＤ５Ｂ遺伝子は、ＡＴリッチ相互作用ドメイン５Ｂタンパク質をコードする。ＡＲＩＤ５Ｂはまた、５ ＤＥＳＲＴ、ＭＲＦ－２、及びＭＲＦ２として既知である。一部の実施形態では、ＡＲＩＤ５Ｂ遺伝子は、ヒトＡＲＩＤ５Ｂである。例示的なＡＲＩＤ５Ｂ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８４１５９によって表される。例示的なＡＲＩＤ５Ｂ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３２１９９によって表される。ＡＲＩＤ５Ｂポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿１１５５７５によって表される。

【0329】

本明細書で使用される場合、「ＤＨＸ３２」とは、ＤＨＸ３２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＤＨＸ３２遺伝子は、ＤＥＡＨボックスヘリカーゼ３２タンパク質をコードする。ＤＨＸ３２はまた、ＤＤＸ３２及びＤＨＬＰ１として既知である。一部の実施形態では、ＤＨＸ３２遺伝子は、ヒトＤＨＸ３２である。例示的なＤＨＸ３２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５７６０によって表される。例示的なＤＨＸ３２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８１８０によって表される。ＤＨＸ３２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６０６５０によって表される。

【0330】

本明細書で使用される場合、「ＰＤＥ５Ａ」とは、ＰＤＥ５Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＰＤＥ５Ａ遺伝子は、ホスホジエステラーゼ５Ａタンパク質をコードする。ＰＤＥ５Ａはまた、ＣＧＢ－ＰＤＥ、ＣＮ５Ａ、及びＰＤＥ５として既知である。一部の実施形態では、ＰＤＥ５Ａ遺伝子は、ヒトＰＤＥ５Ａである。例示的なＰＤＥ５Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８６５４によって表される。例示的なＰＤＥ５Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０８３によって表される。ＰＤＥ５Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０７４によって表される。

【0331】

本明細書で使用される場合、「ＺＮＦ３６５」とは、ＺＮＦ３６５ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＺＮＦ３６５遺伝子は、亜鉛フィンガータンパク質３６５タンパク質をコードする。ＺＮＦ３６５はまた、Ｓｕ４８、ＵＡＮ、及びＺＮＦ３６５Ｄとして既知である。一部の実施形態では、ＺＮＦ３６５遺伝子は、ヒトＺＮＦ３６５である。例示的なＺＮＦ３６５遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２８９１によって表される。例示的なＺＮＦ３６５ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１４９５１によって表される。ＺＮＦ３６５ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０５５７６６によって表される。

【0332】

本明細書で使用される場合、「ＢＡＩＡＰ２Ｌ１」とは、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ＢＡＲ／ＩＭＤドメイン含有アダプタータンパク質２様１タンパク質をコードする。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１はまた、ＩＲＴＫＳとして既知である。一部の実施形態では、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ヒトＢＡＩＡＰ２Ｌ１である。例示的なＢＡＩＡＰ２Ｌ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５９７１によって表される。例示的なＢＡＩＡＰ２Ｌ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８８４２によって表される。ＢＡＩＡＰ２Ｌ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６１３３０によって表される。

【0333】

本明細書で使用される場合、「ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２」とは、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２遺伝子は、コンドロイチン硫酸Ｎ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ２タンパク質をコードする。ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２はまた、ＣＨＧＮ２、ＣｈＧｎ－２、ＧＡＬＮＡＣＴ－２、ＧＡＬＮＡＣＴ２、ＰＲＯ００８２、及びベータ４ＧａｌＮＡｃＴとして既知である。一部の実施形態では、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２遺伝子は、ヒトＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２である。例示的なＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５４５４によって表される。例示的なＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８５９０によって表される。ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６１０６０によって表される。

【0334】

本明細書で使用される場合、「ＧＰＨＮ」とは、ＧＰＨＮ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＰＨＮ遺伝子は、ゲフィリンタンパク質をコードする。ＧＰＨＮはまた、ＧＥＰＨ、ＧＰＨ、ＧＰＨＲＹＮ、ＨＫＰＸ１、及びＭＯＣＯＤＣとして既知である。一部の実施形態では、ＧＰＨＮ遺伝子は、ヒトＧＰＨＮである。例示的なＧＰＨＮ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０２４３によって表される。例示的なＧＰＨＮ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０８０６によって表される。ＧＰＨＮポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５８５７によって表される。

【0335】

本明細書で使用される場合、「ＮＣＯＡ４」とは、ＮＣＯＡ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＮＣＯＡ４遺伝子は、核内受容体コアクチベーター４タンパク質をコードする。ＮＣＯＡ４はまた、ＡＲＡ７０、ＥＬＥ１、ＰＴＣ３、及びＲＦＧとして既知である。一部の実施形態では、ＮＣＯＡ４遺伝子は、ヒトＮＣＯＡ４である。例示的なＮＣＯＡ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８０３１によって表される。例示的なＮＣＯＡ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５４３７によって表される。ＮＣＯＡ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５４２８によって表される。

【0336】

本明細書で使用される場合、「ＲＡＳＧＥＦ１Ａ」とは、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＡＳＧＥＦ１Ａ遺伝子は、ＲａｓＧＥＦドメインファミリーメンバー１Ａタンパク質をコードする。ＲＡＳＧＥＦ１Ａはまた、ＣＧ４８５３として既知である。一部の実施形態では、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ遺伝子は、ヒトＲＡＳＧＥＦ１Ａである。例示的なＲＡＳＧＥＦ１Ａ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２１００２によって表される。例示的なＲＡＳＧＥＦ１Ａ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１４５３１３によって表される。ＲＡＳＧＥＦ１Ａポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿６６０３５６によって表される。

【0337】

本明細書で使用される場合、「ＣＣＤＣ６」とは、ＣＣＤＣ６ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＣＣＤＣ６遺伝子は、コイルドコイルドメイン含有６タンパク質をコードする。ＣＣＤＣ６はまた、Ｄ１０Ｓ１７０、Ｈ４、ＰＴＣ、ＴＰＣ、及びＴＳＴ１として既知である。一部の実施形態では、ＣＣＤＣ６遺伝子は、ヒトＣＣＤＣ６である。例示的なＣＣＤＣ６遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８０３０によって表される。例示的なＣＣＤＣ６ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５４３６によって表される。ＣＣＤＣ６ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００５４２７によって表される。

【0338】

本明細書で使用される場合、「ＥＲＣ１」とは、ＥＲＣ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＲＣ１遺伝子は、コイルドコイルドメイン含有６タンパク質をコードする。ＥＲＣ１はまた、Ｃａｓｔ２、ＥＬＫＳ、ＥＲＣ－１、及びＲＡＢ６ＩＰ２として既知である。一部の実施形態では、ＥＲＣ１遺伝子は、ヒトＥＲＣ１である。例示的なＥＲＣ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２３０８５によって表される。例示的なＥＲＣ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７８０３９によって表される。ＥＲＣ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿８２９８８３によって表される。

【0339】

本明細書で使用される場合、「ＫＩＡＡ１２１７」とは、ＫＩＡＡ１２１７ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ＫＩＡＡ１２１７タンパク質をコードする。ＫＩＡＡ１２１７はまた、ＥＴＬ４及びＳＫＴとして既知である。一部の実施形態では、ＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ヒトＫＩＡＡ１２１７である。例示的なＫＩＡＡ１２１７遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５６２４３によって表される。例示的なＫＩＡＡ１２１７ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１９５９０によって表される。ＫＩＡＡ１２１７ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６２５３６によって表される。

【0340】

本明細書で使用される場合、「ＫＩＦ５Ｂ」とは、ＫＩＦ５Ｂ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＫＩＦ５Ｂ遺伝子は、キネシンファミリーメンバー５Ｂタンパク質をコードする。ＫＩＦ５Ｂはまた、ＨＥＬ－Ｓ－６１、ＫＩＮＨ、ＫＮＳ、ＫＮＳ１、及びＵＫＨＣとして既知である。一部の実施形態では、ＫＩＦ５Ｂ遺伝子は、ヒトＫＩＦ５Ｂである。例示的なＫＩＦ５Ｂ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号３７９９によって表される。例示的なＫＩＦ５Ｂ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４５２１によって表される。ＫＩＦ５Ｂポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４５１２によって表される。

【0341】

本明細書で使用される場合、「ＴＲＩＭ２４」とは、ＴＲＩＭ２４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＲＩＭ２４遺伝子は、三要素モチーフ含有２４タンパク質をコードする。ＴＲＩＭ２４はまた、ＰＴＣ６、ＴＦ１Ａ、ＴＩＦ１、ＲＮＦ８２、ＴＩＦ１Ａ、ｈＴＩＦ１、及びＴＩＦ１ＡＬＰＨＡとして既知である。一部の実施形態では、ＴＲＩＭ２４遺伝子は、ヒトＴＲＩＭ２４遺伝子である。例示的なＴＲＩＭ２４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８８０５によって表される。例示的なＴＲＩＭ２４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３８５２によって表される。ＴＲＩＭ２４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３８４３によって表される。

【0342】

本明細書で使用される場合、「ＶＣＬ」とは、ＶＣＬ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＶＣＬ遺伝子は、ビンキュリンタンパク質をコードする。ＶＣＬはまた、ＣＭＤ１Ｗ、ＣＭＨ１５、ＨＥＬ１１４、ＭＶ、及びＭＶＣＬとして既知である。一部の実施形態では、ＶＣＬ遺伝子は、ヒトＶＣＬ遺伝子である。例示的なＶＣＬ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７４１４によって表される。例示的なＶＣＬ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３３７３によって表される。ＶＣＬポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３３６４によって表される。

【0343】

一部の態様では、ＲＯＳ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＯＳ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。

【0344】

一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合核酸分子は、ＲＯＳ１の少なくとも一部分と、ＡＢＲ、ＡＳＣＣ３、ＥＬＯＶＬ４、ＱＫＩ、ＲＥＶ３Ｌ、ＭＥＤ２３、ＳＬＣ３０Ａ８、ＳＬＣ３８Ａ１１、ＴＬＮ１、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＹＮＧＲ１、ＥＺＲ、ＧＯＰＣ、ＭＹＯ５Ｃ、ＴＰＤ５２Ｌ１、又はＴＲＰＣ６の少なくとも一部分と、を含む。例えば、一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合核酸分子は、ＲＯＳ１－ＡＢＲ、ＲＯＳ１－ＡＳＣＣ３、ＲＯＳ１－ＥＬＯＶＬ４、ＲＯＳ１－ＱＫＩ、ＲＯＳ１－ＲＥＶ３Ｌ、ＭＥＤ２３－ＲＯＳ１、ＳＬＣ３０Ａ８－ＲＯＳ１、ＳＬＣ３８Ａ１１－ＲＯＳ１、ＴＬＮ１－ＲＯＳ１、ＲＯＳ１－ＳＬＣ２６Ａ２、ＲＯＳ１－ＳＹＮＧＲ１、ＲＯＳ１－ＴＲＰＣ６、ＥＺＲ－ＲＯＳ１、ＧＯＰＣ－ＲＯＳ１、ＭＹＯ５Ｃ－ＲＯＳ１、又はＲＯＳ１－ＴＰＤ５２Ｌ１から選択され、遺伝子の順序は、５’から３’方向である。例示的かつ非限定的なＲＯＳ１融合核酸分子は、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載される。

【0345】

本明細書で使用される場合、「ＡＢＲ」とは、ＡＢＲ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＢＲ遺伝子は、ＲｈｏＧＥＦ及びＧＴＰアーゼのＡＢＲアクチベータータンパク質をコードする。ＡＢＲはまた、ＭＤＢとして既知である。一部の実施形態では、ＡＢＲ遺伝子は、ヒトＡＢＲ遺伝子である。例示的なＡＢＲ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２９によって表される。例示的なＡＢＲ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０９２によって表される。ＡＢＲポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１０８３によって表される。

【0346】

本明細書で使用される場合、「ＡＳＣＣ３」とは、ＡＳＣＣ３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＡＳＣＣ３遺伝子は、活性化シグナルコインテグレータ１複合体サブユニット３タンパク質をコードする。ＡＳＣＣ３はまた、ＡＳＣ１ｐ２００、ＨＥＬＩＣ１、及びＲＮＡＨとして既知である。一部の実施形態では、ＡＳＣＣ３遺伝子は、ヒトＡＳＣＣ３遺伝子である。例示的なＡＳＣＣ３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１０９７３によって表される。例示的なＡＳＣＣ３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６８２８によって表される。ＡＳＣＣ３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６８１９によって表される。

【0347】

本明細書で使用される場合、「ＥＬＯＶＬ４」とは、ＥＬＯＶＬ４ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＬＯＶＬ４遺伝子は、ＥＬＯＶＬ脂肪酸エロンガーゼ４タンパク質をコードする。ＥＬＯＶＬ４はまた、ＡＤＭＤ、ＣＴ１１８、ＩＳＱＭＲ、ＳＣＡ３４、ＳＴＧＤ２、及びＳＴＧＤ３として既知である。一部の実施形態では、ＥＬＯＶＬ４遺伝子は、ヒトＥＬＯＶＬ４遺伝子である。例示的なＥＬＯＶＬ４遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６７８５によって表される。例示的なＥＬＯＶＬ４ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２２７２６によって表される。ＥＬＯＶＬ４ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０７３５６３によって表される。

【0348】

本明細書で使用される場合、「ＱＫＩ」とは、ＱＫＩ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＱＫＩ遺伝子は、ＱＫＩ ＫＨドメイン含有ＲＮＡ結合タンパク質をコードする。ＱＫＩはまた、Ｈｑｋ、ＱＫ、ＱＫ１、ＱＫ３、及びｈｑｋＩとして既知である。一部の実施形態では、ＱＫＩ遺伝子は、ヒトＱＫＩ遺伝子である。例示的なＱＫＩ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９４４４によって表される。例示的なＱＫＩ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６７７５によって表される。ＱＫＩポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６７６６によって表される。

【0349】

本明細書で使用される場合、「ＲＥＶ３Ｌ」とは、ＲＥＶ３Ｌ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＲＥＶ３Ｌ遺伝子は、ＲＥＶ３様ＤＮＡ指向性ポリメラーゼゼータ触媒サブユニットタンパク質をコードする。ＲＥＶ３Ｌはまた、ＰＯＬＺ及びＲＥＶ３として既知である。一部の実施形態では、ＲＥＶ３Ｌ遺伝子は、ヒトＲＥＶ３Ｌ遺伝子である。例示的なＲＥＶ３Ｌ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５９８０によって表される。例示的なＲＥＶ３Ｌ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００２９１２によって表される。ＲＥＶ３Ｌポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００２９０３によって表される。

【0350】

本明細書で使用される場合、「ＭＥＤ２３」とは、ＭＥＤ２３ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＥＤ２３遺伝子は、ＭＥＤ２３様ＤＮＡ指向性ポリメラーゼゼータ触媒サブユニットタンパク質をコードする。ＭＥＤ２３はまた、ＡＲＣ１３０、ＣＲＳＰ１３０、ＣＲＳＰ１３３、ＣＲＳＰ３、ＤＲＩＰ１３０、ＭＲＴ１８、ＳＵＲ－２、及びＳＵＲ２として既知である。一部の実施形態では、ＭＥＤ２３遺伝子は、ヒトＭＥＤ２３遺伝子である。例示的なＭＥＤ２３遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９４３９によって表される。例示的なＭＥＤ２３ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４８３０によって表される。ＭＥＤ２３ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４８２１によって表される。

【0351】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ３０Ａ８」とは、ＳＬＣ３０Ａ８ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ３０Ａ８遺伝子は、溶質輸送体ファミリー３０メンバー８タンパク質をコードする。ＳＬＣ３０Ａ８はまた、ＺＮＴ８及びＺｎＴ－８として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ３０Ａ８遺伝子は、ヒトＳＬＣ３０Ａ８遺伝子である。例示的なＳＬＣ３０Ａ８遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１６９０２６によって表される。例示的なＳＬＣ３０Ａ８ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１１７２８１１によって表される。ＳＬＣ３０Ａ８ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００１１６６２８２によって表される。

【0352】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ３８Ａ１１」とは、ＳＬＣ３８Ａ１１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ３８Ａ１１遺伝子は、溶質輸送体ファミリー３８メンバー１１タンパク質をコードする。ＳＬＣ３８Ａ１１はまた、ＡＶＴ２として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ３８Ａ１１遺伝子は、ヒトＳＬＣ３８Ａ１１遺伝子である。例示的なＳＬＣ３８Ａ１１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１５１２５８によって表される。例示的なＳＬＣ３８Ａ１１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７３５１２によって表される。ＳＬＣ３８Ａ１１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿７７５７８３によって表される。

【0353】

本明細書で使用される場合、「ＴＬＮ１」とは、ＴＬＮ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＬＮ１遺伝子は、タリン１タンパク質をコードする。ＴＬＮ１はまた、ＩＬＷＥＱ、ＴＬＮ、及びタリン－１として既知である。一部の実施形態では、ＴＬＮ１遺伝子は、ヒトＴＬＮ１遺伝子である。例示的なＴＬＮ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７０９４によって表される。例示的なＴＬＮ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６２８９によって表される。ＴＬＮ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００６２８０によって表される。

【0354】

本明細書で使用される場合、「ＳＬＣ２６Ａ２」とは、ＳＬＣ２６Ａ２ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＬＣ２６Ａ２遺伝子は、溶質輸送体ファミリー２６メンバー２タンパク質をコードする。ＳＬＣ２６Ａ２はまた、Ｄ５Ｓ１７０８、ＤＴＤ、ＤＴＤＳＴ、ＥＤＭ４、ＭＳＴ１５３、及びＭＳＴＰ１５７として既知である。一部の実施形態では、ＳＬＣ２６Ａ２遺伝子は、ヒトＳＬＣ２６Ａ２遺伝子である。例示的なＳＬＣ２６Ａ２遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号１８３６によって表される。例示的なＳＬＣ２６Ａ２ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００１１２によって表される。ＳＬＣ２６Ａ２ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０００１０３によって表される。

【0355】

本明細書で使用される場合、「ＳＹＮＧＲ１」とは、ＳＹＮＧＲ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＳＹＮＧＲ１遺伝子は、シナプトギリン１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＳＹＮＧＲ１遺伝子は、ヒトＳＹＮＧＲ１遺伝子である。例示的なＳＹＮＧＲ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号９１４５によって表される。例示的なＳＹＮＧＲ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４７１１によって表される。ＳＹＮＧＲ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４７０２によって表される。

【0356】

本明細書で使用される場合、「ＥＺＲ」とは、ＥＺＲ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＺＲ遺伝子は、シナプトギリン１タンパク質をコードする。ＥＺＲはまた、ＣＶＩＬ、ＣＶＬ、ＨＥＬ－Ｓ－１０５、及びＶＩＬ２として既知である。一部の実施形態では、ＥＺＲ遺伝子は、ヒトＥＺＲ遺伝子である。例示的なＥＺＲ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７４３０によって表される。例示的なＥＺＲ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３３７９によって表される。ＥＺＲポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３３７０によって表される。

【0357】

本明細書で使用される場合、「ＧＯＰＣ」とは、ＧＯＰＣ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＧＯＰＣ遺伝子は、ゴルジ関連ＰＤＺ及びコイルドコイルモチーフ含有タンパク質をコードする。ＧＯＰＣはまた、ＣＡＬ、ＦＩＧ、ＧＯＰＣ１、ＰＩＳＴ、及びｄＪ９４Ｇ１６．２として既知である。一部の実施形態では、ＧＯＰＣ遺伝子は、ヒトＧＯＰＣ遺伝子である。例示的なＧＯＰＣ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５７１２０によって表される。例示的なＧＯＰＣ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２０３９９によって表される。ＧＯＰＣポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６５１３２によって表される。

【0358】

本明細書で使用される場合、「ＭＹＯ５Ｃ」とは、ＭＹＯ５Ｃ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＭＹＯ５Ｃ遺伝子は、ミオシンＶＣタンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＭＹＯ５Ｃ遺伝子は、ヒトＭＹＯ５Ｃ遺伝子である。例示的なＭＹＯ５Ｃ遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５５９３０によって表される。例示的なＭＹＯ５Ｃ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１８７２８によって表される。ＭＹＯ５Ｃポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿０６１１９８によって表される。

【0359】

本明細書で使用される場合、「ＴＰＤ５２Ｌ１」とは、ＴＰＤ５２Ｌ１ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＰＤ５２Ｌ１遺伝子は、ＴＰＤ５２様１タンパク質をコードする。ＴＰＤ５２Ｌ１はまた、Ｄ５３及びＴＰＤ５３として既知である。一部の実施形態では、ＴＰＤ５２Ｌ１遺伝子は、ヒトＴＰＤ５２Ｌ１遺伝子である。例示的なＴＰＤ５２Ｌ１遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７１６４によって表される。例示的なＴＰＤ５２Ｌ１ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３２８７によって表される。ＴＰＤ５２Ｌ１ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００３２７８によって表される。

【0360】

本明細書で使用される場合、「ＴＲＰＣ６」とは、ＴＲＰＣ６ ｍＲＮＡ又はポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＴＲＰＣ６遺伝子は、一過性受容体電位カチオンチャネルサブファミリーＣメンバー６タンパク質をコードする。ＴＲＰＣ６はまた、ＦＳＧＳ２及びＴＲＰ６として既知である。一部の実施形態では、ＴＲＰＣ６遺伝子は、ヒトＴＲＰＣ６遺伝子である。例示的なＴＲＰＣ６遺伝子は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号７２２５によって表される。例示的なＴＲＰＣ６ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４６２１によって表される。ＴＲＰＣ６ポリペプチドの例示的なアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＰ＿００４６１２によって表される。

【0361】

例示的なＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、及びＲＯＳ１融合核酸分子は、以下の表１及び２で提供される。

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【表3-4】

【0362】

一部の態様では、ＡＬＫの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＡＬＫ融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４６３２０及び／又はｃｈｒ２：２３６９８４４１０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＧＡＰ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８１９２及び／又はｃｈｒ１３：１１１７９６６９０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＲＨＧＥＦ７－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８０９４～２９４４８２３９及び／又はｃｈｒ２：２８４３１６５６～２８４３１７９０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＲＥ－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８０３３及び／又はｃｈｒ１２：１５８１１７７９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＰＳ８－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８３４４及び／又はｃｈｒ２：２６５４６６６４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＰＲ１１３－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４２０５９３及び／又はｃｈｒ７：１８９０８７８３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＨＤＡＣ９－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４６６６９及び／又はｃｈｒ１４：３７９０６３６６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＩＰＯＬ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８１１６及び／又はｃｈｒ２：６４３６０６２９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＥＬＩ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８０４７及び／又はｃｈｒ２：１９６５８３３９３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＬＣ３９Ａ１０－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４７３６０～２９４４７４７７及び／又はｃｈｒ７：６５３８６５３９～６５３８６７４１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＶＫＯＲＣ１Ｌ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４７８４０及び／又はｃｈｒ１０：９７２８７１２８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＬＫ－ＳＯＲＢＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８６９８及び／又はｃｈｒ５：１４７５１３０１４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＬＫ－ＳＰＩＮＫ５融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４７１５７及び／又はｃｈｒ２：１０９１１０６４０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＣＣ２－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４７９３８～２９４４８１３８及び／又はｃｈｒ７：７５１７１６１９～７５１７１７５０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＨＩＰ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４９４８６～２９４４９６７４及び／又はｃｈｒ９：７２３０９３～７２３２８５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＡＮＫ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８０２０～２９４４８２３０及び／又はｃｈｒ１４：１０４１４１４５８～１０４１４１６２６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされる、ＫＬＣ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４７３５８～２９４４７６２５及び／又はｃｈｒ１２：２７８１３４２９～２７８１３６８５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８４３７～２９４４８７６５及び／又はｃｈｒ１１：１６８０３２１６～１６８０３５１６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＬＥＫＨＡ７－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４９０９７及び／又はｃｈｒ３：１００４５０５３８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＦＧ－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ２：２９４４８１９６及び／又はｃｈｒ１：１５４１３５４７７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＰＭ３－ＡＬＫ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＡＬＫ融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ融合核酸分子である。

【0363】

一部の態様では、ＢＲＡＦの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＢＲＡＦ融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８９２３７及び／又はｃｈｒ１４：９１７４２４５５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＣＤＣ８８Ｃ－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８９１９５及び／又はｃｈｒ２：１６５５４２４９３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＯＢＬＬ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８２５１５及び／又はｃｈｒ７：１３７６５５４８７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＲＥＢ３Ｌ２－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４３４５７３及び／又はｃｈｒ８：１３２４２７５８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＤＬＣ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４９４１５７及び／又はｃｈｒ１２：１３３３６０９８８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＯＬＧＡ３－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８４３１４及び／又はｃｈｒ１７：５５７２７３９４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＳＩ２－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８３０７０及び／又はｃｈｒ７：４７４０７６４９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＮＳ３－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８２１６５及び／又はｃｈｒ７：１１１３７９６４５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＲＡＦ－ＤＯＣＫ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１５：４１０２３１２７及び／又はｃｈｒ７：１４０５０１６９４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＲＡＦ－ＲＡＤ５１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４９３４５７及び／又はｃｈｒ７：９１７０１２２０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８１６４３及び／又はｃｈｒ７：１０２７３０７６７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８７３０４及び／又はｃｈｒ７：１４０２４３０１５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＤＥＮＮＤ２Ａ－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８８０７２及び／又はｃｈｒ７：１３９８００７５３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８５３１１及び／又はｃｈｒ７：１３８５６４０６１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８１６０５及び／又はｃｈｒ７：１４０１５７８７１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８５１１３及び／又はｃｈｒ７：１２９３７３０３７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＮＲＦ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４９９６２８及び／又はｃｈｒ１：２０５６３９５５９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８７６８０及び／又はｃｈｒ７：１２７７１５９４３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＮＤ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４９１２９５及び／又はｃｈｒ７：１２７３９９３８０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＮＤ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８１４５８～１４０４８１７５７及び／又はｃｈｒ７：１２７３５６９７８～１２７３５７０１５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＮＤ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４９０５２１及び／又はｃｈｒ７：１３８２２４１７５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８５９４２及び／又はｃｈｒ７：１３８７６５８９８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１４０４８１４９５及び／又はｃｈｒ７：１１１９２９３４１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＺＮＦ２７７－ＢＲＡＦ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＢＲＡＦ融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ融合核酸分子である。

【0364】

一部の態様では、ＥＧＦＲの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＥＧＦＲ融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：５５２６９０２７及び／又はｃｈｒ７：８７２２６０７０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＢＣＢ１－ＥＧＦＲ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：５５２２２３４６及び／又はｃｈｒ８：６６６５６４５５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＤＥ７Ａ－ＥＧＦＲ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：５５２６８１７６及び／又はｃｈｒ７：１４８５６５９７８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＧＦＲ－ＥＺＨ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：５５２６８１３８及び／又はｃｈｒ７：５３８３０７４７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＧＦＲ－ＦＬＪ４５９７４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：５５２６９３９４及び／又はｃｈｒ７：５７２０２７７０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＧＦＲ－ＺＮＦ４７９融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＧＦＲ融合核酸分子は、表３又は５のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３又は５に列挙されるＥＧＦＲ融合核酸分子である。

【0365】

一部の態様では、ＥＲＢＢ２の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＥＲＢＢ２融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８７６１４５～３７８７６２４７及び／又はｃｈｒ１７：３７４７２０８２～３７４７２２１３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＢＸＬ２０－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８８１８６１～３７８８２１８２及び／又はｃｈｒ１７：３７８９６４１０～３７８９６５６７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＲＢ７－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８７２５２８及び／又はｃｈｒ１７：５５７２５８６８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＳＩ２－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８６５４７５及び／又はｃｈｒ１６：６７７９０６３１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＡＮＢＰ１０－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８７９７７０及び／又はｃｈｒ１７：７５１８１４６６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＥＣ１４Ｌ１－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８８１７５０及び／又はｃｈｒ１７：３８４１９０９４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８８１３７３～３７８８１４８５及び／又はｃｈｒ１７：３７９０２９６６～３７９０３０８１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８７２８８３及び／又はｃｈｒ１７：６４５８８７８８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＲＢＢ２－ＰＲＫＣＡ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１７：３７８８３９３６及び／又はｃｈｒ１７：３７７８９５５０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＥＲＢＢ２融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＥＲＢＢ２融合核酸分子である。

【0366】

一部の態様では、ＦＧＦＲ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ８：３８２７１１８５及び／又はｃｈｒ８：３９０３１１９５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ１－ＡＤＡＭ３２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ８：３８２８５３４１及び／又はｃｈｒ３：１２４８９７２３６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ１－ＳＬＣ１２Ａ８融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ８：３８２７１２４１及び／又はｃｈｒ８：３９５３７６６１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＤＡＭ１８－ＦＧＦＲ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ８：３８２７２０８５～３８２７２２５８及び／又はｃｈｒ８：３８０３６４６０～３８０３６５７８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ８：３８２７３４４０及び／又はｃｈｒ８：３８６２２８２５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ１－ＴＡＣＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ１融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ１融合核酸分子である。

【0367】

一部の態様では、ＦＧＦＲ２の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ２融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４００８８及び／又はｃｈｒ１７：４１１１４４８２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＡＡＲＳＤ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４００２８及び／又はｃｈｒ１０：１２４２１５０８５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＡＲＭＳ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１９９９及び／又はｃｈｒ１２：５３９５１７２７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＡＴＦ７融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４３０１６～１２３２４３３４９及び／又はｃｈｒ７：９８０２５５６４～９８０２５７０３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０１９１及び／又はｃｈｒ１０：７０４９９６９６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＣＣＡＲ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１０４３及び／又はｃｈｒ１０：８６１６５１４０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＣＣＳＥＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２８６８及び／又はｃｈｒ１５：５７８２４１３８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＣＧＮＬ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９９２３～１２３２４０１１６及び／又はｃｈｒ５：１５８５１８９３０～１５８５１９１３０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＥＢＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１１８９及び／又はｃｈｒ１０：１２７５８７８３３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＦＡＮＫ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ３：７１１８９０３６～７１１８９１２１及び／又はｃｈｒ１０：１２３２４２１５１～１２３２４２２７４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＦＯＸＰ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１８７８～１２３２４１９８７及び／又はｃｈｒ１０：７５６０３５２６～７５６０３６２６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＡＭＫ２Ｇ－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２１９２及び／又はｃｈｒ７：１３２３８９８８０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＬＪ４０２８８－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２０５０～１２３２４２２６２及び／又はｃｈｒ１７：７９１０７８２～７９１１００４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＵＣＹ２Ｄ－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１２５８及び／又はｃｈｒ５：７５９７７３１５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＩＱＧＡＰ２－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１２０５及び／又はｃｈｒ１２：８００８０７７０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＡＷＲ－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２７０７～１２３２４２９１５及び／又はｃｈｒ３：５８１２１０７５～５８１２１２７６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＦＬＮＢ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０８０１及び／又はｃｈｒ３：５８１４３７２０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＦＬＮＢ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２１５１～１２３２４２２７４及び／又はｃｈｒ３：７１１８９０３６～７１１８９１２１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＦＯＸＰ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１８８４及び／又はｃｈｒ２：２１４０１６０２３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＩＫＺＦ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２６２６及び／又はｃｈｒ１：３２４９７１１７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＫＨＤＲＢＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２９０１及び／又はｃｈｒ１０：７５４００３３８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＭＹＯＺ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２５７９９２～１２３２５８１７１及び／又はｃｈｒ１０：５５６６８４３７～５５６６８６００内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＰＣＤＨ１５融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０９３７及び／又はｃｈｒ１７：６６４９６７０３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＰＲＫＡＲ１Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２６９４及び／又はｃｈｒ６：３１５９５３６９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＰＲＲＣ２Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１８９２及び／又はｃｈｒ９：１２５８５０３４８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＲＡＢＧＡＰ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９２９１及び／又はｃｈｒ７：１２６４０２９９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＳＣＩＮ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０７６４及び／又はｃｈｒ２０：４７７６２８０３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＳＴＡＵ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９７８４及び／又はｃｈｒ２０：４３７０２２６２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＳＴＫ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２２２２及び／又はｃｈｒ４：１１３２００６９３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＩＦＡ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９４６４及び／又はｃｈｒ２：１７１９３１１００内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＬＫ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０７１７及び／又はｃｈｒ２：２７５１６９１７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＲＩＭ５４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０８３９及び／又はｃｈｒ１１：３４９２１４７５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＡＰＩＰ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１６７６及び／又はｃｈｒ１０：１２３５５１２３４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＡＴＥ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１３８３及び／又はｃｈｒ１０：６０４１０１０３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１７０８及び／又はｃｈｒ１０：６０４２８８０１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９７０２及び／又はｃｈｒ１０：６０４２９６９５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０３２９及び／又はｃｈｒ７：１１５６０６０１４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＦＥＣ－ＦＧＦＲ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１８７５及び／又はｃｈｒ１７：７３３８４３２２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＧＲＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２１５９及び／又はｃｈｒ１７：７３３６５００８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－
ＧＲＢ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１１８０及び／又はｃｈｒ１０：２４６０５２４１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１２１７融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２７５８～１２３２４２９２９及び／又はｃｈｒ１０：１１８７０８９００～１１８７０９０４５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１５９８融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１２８５及び／又はｃｈｒ１：３９９１８１０４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＭＡＣＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４０４７４～１２３２４０６４９及び／又はｃｈｒ２２：３６６９５７９６～３６６９５９２３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＭＹＨ９融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１６３５及び／又はｃｈｒ１０：１１５３８０７８０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＮＲＡＰ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１２９３及び／又はｃｈｒ１０：１１２５８０７７３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＲＢＭ２０融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９８４０～１２３２３９９９５及び／又はｃｈｒ３：１１３２０７８４８～１１３２０７９５８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＳＰＩＣＥ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９６７５～１２３２３９７９６及び／又はｃｈｒ１０：１２３９８８４４１～１２３９８８５４６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１６５４～１２３２４１７８８及び／又はｃｈｒ１０：１２３９８９５６１～１２３９８９６５５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９６３１及び／又はｃｈｒ１０：１２３９８８７３４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１７４２及び／又はｃｈｒ１０：１２３９８７９５３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９８４５及び／又はｃｈｒ１０：１１４５４３８３９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＶＴＩ１Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２１５１～１２３２４２３３１及び／又はｃｈｒ１０：２８９０５６７３～２８９０５８５２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＷＡＣ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２３９９６８及び／又はｃｈｒ１４：１００８３４５９０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＷＡＲＳ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４２０２７～１２３２４２１４７及び／又はｃｈｒ１４：１００８２９０９０～１００８２９１８１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＷＡＲＳ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：１２３２４１８４６及び／又はｃｈｒ１：３５８５１７２５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ２－ＺＭＹＭ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ２融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ２融合核酸分子である。

【0368】

一部の態様では、ＦＧＦＲ３の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８８０１及び／又はｃｈｒ４：２８８２８２６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８５７５～１８０８７９６及び／又はｃｈｒ５：１０２５２７４４～１０２５２９００内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＣＣＴ５融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０５８２７～１８０５９６２及び／又はｃｈｒ７：１３５０７９９６９～１３５０８０３００内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＣＮＯＴ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８８４５及び／又はｃｈｒ４：２７５４７７５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＮＩＰ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８５５１及び／又はｃｈｒ１４：１０６００５４４４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＩＧＨ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８５６３～１８０８７１１及び／又はｃｈｒ４：１７３０１５６～１７３０２８８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８８４５及び／又はｃｈｒ４：１７３９１６５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８７５１及び／又はｃｈｒ４：１７３９６６７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８７１０及び／又はｃｈｒ４：１７４０７５５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８７２９及び／又はｃｈｒ４：１７３９０４３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８７０５及び／又はｃｈｒ４：１７３９２６１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８６７８及び／又はｃｈｒ４：１７３８９９８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８９１１及び／又はｃｈｒ４：１７３９８８６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８６７１及び／又はｃｈｒ４：１７４１１４４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ４：１８０８４４２～１８０８７０９及び／又はｃｈｒ４：１９４９１７６～１９４９４４５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＦＧＦＲ３－ＷＨＳＣ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＦＧＦＲ３融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ３融合核酸分子である。

【0369】

一部の態様では、ＭＥＴの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＭＥＴ融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６４１１８３２～１１６４１１９１５及び／又はｃｈｒ１１：１８４２９１７５～１８４２９２５４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＥＴ－ＬＤＨＡ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６３９８５１９及び／又はｃｈｒ７：１４５９６３９８９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＮＴＮＡＰ２－ＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６３３９４６９～１１６３３９６１０及び／又はｃｈｒ７：１０６８１４７０２～１０６８１４８３３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＨＢＰ１－ＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６４１２０４４～１１６４１２２４５及び／又はｃｈｒ１９：４９５９８４５９～４９５９８５７４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６４３５９５５及び／又はｃｈｒ７：１１６５０６１０９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６３９９４３１及び／又はｃｈｒ７：１１６７２６６８７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＴ７－ＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ７：１１６３９９３７３及び／又はｃｈｒ７：１１６８０３０９０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＴ７－ＭＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＭＥＴ融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ融合核酸分子である。

【0370】

一部の態様では、ＮＴＲＫ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＮＴＲＫ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＮＴＲＫ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１：１５６８４３８５３及び／又はｃｈｒ１：１５６４４１６０２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＮＴＲＫ１－ＭＥＦ２Ｄ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＮＴＲＫ１融合核酸分子は、表６に列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表６に列挙されるＮＴＲＫ１融合核酸分子である。

【0371】

一部の態様では、ＲＡＦ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＡＦ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＡＦ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ３：１２６４２７９３及び／又はｃｈｒ３：５２１７５９２８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＯＣ１Ａ－ＲＡＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＡＦ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ３：１２６４５７５６及び／又はｃｈｒ３：１２２１０７１７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＹＮ２－ＲＡＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＡＦ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ３：１２６４１４６７及び／又はｃｈｒ３：１５１１２１０３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＺＦＹＶＥ２０－ＲＡＦ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＡＦ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ３：１２６４５４８３及び／又はｃｈｒ３：４２２３１９６７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＡＦ１融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１融合核酸分子である。

【0372】

一部の態様では、ＲＥＴの少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＥＴ融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０９００～４３６１１０３８及び／又はｃｈｒ７：４５７２４５０１～４５７２４７５８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＡＤＣＹ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１００４０～４３６１０２５８及び／又はｃｈｒ７：９７９４３７６９～９７９４３９５７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１６９４及び／又はｃｈｒ１０：４７０８４４０９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＮＰＹ４Ｒ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１００４９～４３６１０１４２及び／又はｃｈｒ１２：８０００１１５２～８０００１２９９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＰＡＷＲ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０１１５及び／又はｃｈｒ１０：４５８８４３０９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＬＯＸ５－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０６９９及び／又はｃｈｒ１０：６３８４３９２２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＡＲＩＤ５Ｂ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０８１４～４３６１０９１８及び／又はｃｈｒ１０：１２７５５４１０２～１２７５５４２２１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＤＨＸ３２－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１７１６及び／又はｃｈｒ４：１２０４５８６４６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＰＤＥ５Ａ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０４０４及び／又はｃｈｒ１０：６４３３７７２７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＺＮＦ３６５－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６０９６１５～４３６０９８６２及び／又はｃｈｒ１０：４３６５１９３７～４３６５２２５０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１４８１及び／又はｃｈｒ１４：６７５８５４９６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＧＰＨＮ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１６０５～４３６１１７２９及び／又はｃｈｒ１０：５１５８６０５５～５１５８６１２１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１５１５及び／又はｃｈｒ１０：５１５８８８３９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３５９７８７４及び／又はｃｈｒ１０：４３７０５２４２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＥＴ－ＲＡＳＧＥＦ１Ａ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０１２１及び／又はｃｈｒ１０：２４８１６８４１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＡＡ１２１７－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０７２１及び／又はｃｈｒ１０：６１６５３６２７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０９３１及び／又はｃｈｒ１０：６１６３９０７９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０８７９及び／又はｃｈｒ１２：１３４６５５７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＲＣ１－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０５１３～４３６１０８１５及び／又はｃｈｒ１０：２４８１３５５７～２４８１３８３３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＡＡ１２１７－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１４０７及び／又はｃｈｒ１０：２４８１６２５６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＡＡ１２１７－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１０５１４～４３６１０６５９及び／又はｃｈｒ１０：３２３１３５４９～３２３１３７０７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６０９４１８及び／又はｃｈｒ１０：３２３０４６３４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１１３２～４３６１１４７３及び／又はｃｈｒ１０：３２３１２４０９～３２３１２７２９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１３７６～４３６１１５４３及び／又はｃｈｒ７：１３８２５０８１２～１３８２５１０５２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ１０：４３６１１１１２～４３６１１３１６及び／又はｃｈｒ１０：７５８６１５１５～７５８６１７１６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＶＣＬ－ＲＥＴ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＥＴ融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ融合核酸分子である。

【0373】

一部の態様では、ＲＯＳ１の少なくとも一部分と、別の遺伝子の少なくとも一部分と、を含む、ＲＯＳ１融合核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６５０３５７～１１７６５０５７１及び／又はｃｈｒ１７：９３９７１４～９３９９０２内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＡＢＲ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４８９３４及び／又はｃｈｒ６：１０１１３９９６０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＡＳＣＣ３融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４７９９１及び／又はｃｈｒ６：８０６３４３６７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＥＬＯＶＬ４融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４６３２２及び／又はｃｈｒ６：１６３８９４８４０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＱＫＩ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４７１２２及び／又はｃｈｒ６：１１１７７００１０内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＲＥＶ３Ｌ融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４４４９５及び／又はｃｈｒ６：１３１９１４１７５内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＥＤ２３－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４５８２５及び／又はｃｈｒ８：１１８１２６６９１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＬＣ３０Ａ８－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４４６７５及び／又はｃｈｒ２：１６５７７７４８９内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＳＬＣ３８Ａ１１－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４２５４９及び／又はｃｈｒ９：３５６９８４１６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＴＬＮ１－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４６０９０及び／又はｃｈｒ５：１４９３４０７１６内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＳＬＣ２６Ａ２融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４９５６１及び／又はｃｈｒ２２：３９７７６０８８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＳＹＮＧＲ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４７９８１及び／又はｃｈｒ１１：１０１４４４１２４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＴＲＰＣ６融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４５９２０～１１７６４６１３３及び／又はｃｈｒ６：１５９１９１０１９～１５９１９１１２４内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＥＺＲ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４３１４４及び／又はｃｈｒ６：１１７８８６５３３内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＯＰＣ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４３８０７及び／又はｃｈｒ６：１１７８８５０８１内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＯＰＣ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４１９７２及び／又はｃｈｒ６：１１７８９４９７７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＯＰＣ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４５１２１及び／又はｃｈｒ６：１１７８８５９１７内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＧＯＰＣ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４２７０９～１１７６４２９５９及び／又はｃｈｒ１５：５２５１２１６６～５２５１２３２８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＭＹＯ５Ｃ－ＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、５’から３’方向に、染色体座標ｃｈｒ６：１１７６４７４９３及び／又はｃｈｒ６：１２５５６８３５８内の切断点を含むか、又はそれからもたらされるＲＯＳ１－ＴＰＤ５２Ｌ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるＲＯＳ１融合核酸分子は、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙される対応する染色体座標内の切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、表３、５、又は６のうちのいずれかに列挙されるＲＯＳ１融合核酸分子である。

【表4-1】

【表4-2】

【表4-3】

【表4-4】

【表4-5】

【表5-1】

【表5-2】

【表5-3】

【表6-1】

【表6-2】

【表6-3】

【表6-4】

【表6-5】

【表6-6】

【表6-7】

【表7-1】

【表7-2】

【表7-3】

【表7-4】

【表7-5】

【表7-6】

【0374】

本明細書で提供される融合核酸分子のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子は、ゲノム核酸分子（すなわち、ゲノムＤＮＡ又はその断片）、あるいは転写核酸分子、例えば、ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡ、若しくはｃＤＮＡ、又はその断片である。

【0375】

本明細書で提供される融合核酸分子のうちのいずれかの一部の実施形態では、本明細書に記載される切断点のうちのいずれかに対応する染色体座標は、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）ゲノムアセンブリＧＲＣｈ３７（ｈｇ１９）に対応する。

【0376】

（ｉｉ）キナーゼ融合ポリペプチド
ある特定の態様では、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本開示の融合ポリペプチドは、本明細書で提供されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチド、又はその一部分である。

【0377】

一部の態様では、ＡＬＫポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＧＡＰ１、ＡＲＨＧＥＦ７、ＢＲＥ、ＥＰＳ８、ＧＰＲ１１３、ＨＤＡＣ９、ＭＩＰＯＬ１、ＰＥＬＩ１、ＳＬＣ３９Ａ１０、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１、ＰＬＥＫＨＡ７、ＳＰＩＮＫ５、ＧＣＣ２、ＨＩＰ１、ＫＡＮＫ１、ＫＬＣ１、ＰＰＦＩＢＰ１、ＳＯＲＢＳ１、ＴＦＧ、又はＴＰＭ３ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＡＬＫ融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＡＧＡＰ１－ＡＬＫ、ＡＲＨＧＥＦ７－ＡＬＫ、ＢＲＥ－ＡＬＫ、ＥＰＳ８－ＡＬＫ、ＧＰＲ１１３－ＡＬＫ、ＨＤＡＣ９－ＡＬＫ、ＭＩＰＯＬ１－ＡＬＫ、ＰＥＬＩ１－ＡＬＫ、ＳＬＣ３９Ａ１０－ＡＬＫ、ＶＫＯＲＣ１Ｌ１－ＡＬＫ、ＡＬＫ－ＳＯＲＢＳ１、ＡＬＫ－ＳＰＩＮＫ５、ＧＣＣ２－ＡＬＫ、ＨＩＰ１－ＡＬＫ、ＫＡＮＫ１－ＡＬＫ、ＰＬＥＫＨＡ７－ＡＬＫ、ＫＬＣ１－ＡＬＫ、ＴＦＧ－ＡＬＫ、ＴＰＭ３－ＡＬＫ、又はＰＰＦＩＢＰ１－ＡＬＫ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＡＬＫ融合ポリペプチドは、ＡＬＫキナーゼドメイン、又はＡＬＫキナーゼ活性を有するＡＬＫキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＡＬＫ融合ポリペプチドは、ＡＬＫキナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＡＬＫ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＡＬＫ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0378】

一部の態様では、ＢＲＡＦポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＯＢＬＬ１、ＣＲＥＢ３Ｌ２、ＤＬＣ１、ＧＯＬＧＡ３、ＭＳＩ２、ＴＮＳ３、ＤＯＣＫ４、ＲＡＤ５１、ＡＫＡＰ９、ＡＲＭＣ１０、ＤＥＮＮＤ２Ａ、ＪＨＤＭ１Ｄ、ＫＩＡＡ１５４９、ＭＫＲＮ１、ＮＲＦ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＮＤ１、ＺＣ３ＨＡＶ１、ＺＮＦ２７７、又はＴＲＩＭ２４ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＣＣＤＣ８８Ｃ－ＢＲＡＦ、ＣＯＢＬＬ１－ＢＲＡＦ、ＣＲＥＢ３Ｌ２－ＢＲＡＦ、ＤＬＣ１－ＢＲＡＦ、ＧＯＬＧＡ３－ＢＲＡＦ、ＭＳＩ２－ＢＲＡＦ、ＴＮＳ３－ＢＲＡＦ、ＢＲＡＦ－ＤＯＣＫ４、ＢＲＡＦ－ＲＡＤ５１、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ、ＤＥＮＮＤ２Ａ－ＢＲＡＦ、ＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦ、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＮＲＦ１－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３－ＢＲＡＦ、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４、ＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ、又はＺＮＦ２７７－ＢＲＡＦ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＢＲＡＦ融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、ＢＲＡＦキナーゼドメイン、又はＢＲＡＦキナーゼ活性を有するＢＲＡＦキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、ＢＲＡＦキナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0379】

一部の態様では、ＥＧＦＲポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＢＣＢ１、ＰＤＥ７Ａ、ＥＺＨ２、ＦＬＪ４５９７４、又はＺＮＦ４７９ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＡＢＣＢ１－ＥＧＦＲ、ＰＤＥ７Ａ－ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ－ＥＺＨ２、ＥＧＦＲ－ＦＬＪ４５９７４、又はＥＧＦＲ－ＺＮＦ４７９融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、並びに／又は表１及び３～５のうちのいずれか、並びに／又は本明細書での実施例に記載されるＥＧＦＲ融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲキナーゼドメイン、又はＥＧＦＲキナーゼ活性を有するＥＧＦＲキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲキナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0380】

一部の態様では、ＥＲＢＢ２ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＦＢＸＬ２０、ＧＲＢ７、ＭＳＩ２、ＲＡＮＢＰ１０、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＷＩＰＦ２、ＰＲＫＣＡ、又はＰＰＰ１Ｒ１Ｂポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＦＢＸＬ２０－ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７－ＥＲＢＢ２、ＭＳＩ２－ＥＲＢＢ２、ＲＡＮＢＰ１０－ＥＲＢＢ２、ＳＥＣ１４Ｌ１－ＥＲＢＢ２、ＷＩＰＦ２－ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ２－ＧＲＢ７、ＥＲＢＢ２－ＰＲＫＣＡ、又はＥＲＢＢ２－ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＥＲＢＢ２融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、ＥＲＢＢ２キナーゼドメイン、又はＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有するＥＲＢＢ２キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0381】

一部の態様では、ＦＧＦＲ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＤＡＭ３２、ＳＬＣ１２Ａ８、ＡＤＡＭ１８、ＢＡＧ４、又はＴＡＣＣ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＦＧＦＲ１－ＡＤＡＭ３２、ＦＧＦＲ１－ＳＬＣ１２Ａ８、ＡＤＡＭ１８－ＦＧＦＲ１、ＢＡＧ４－ＦＧＦＲ１、又はＦＧＦＲ１－ＴＡＣＣ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＦＧＦＲ１融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ１キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0382】

一部の態様では、ＦＧＦＲ２ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＡＲＳＤ１、ＡＲＭＳ２、ＡＴＦ７、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＣＣＡＲ１、ＣＣＳＥＲ２、ＣＧＮＬ１、ＥＢＦ１、ＦＡＮＫ１、ＦＯＸＰ１、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＦＬＪ４０２８８、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＱＧＡＰ２、ＰＡＷＲ、ＦＬＮＢ、ＩＫＺＦ２、ＫＨＤＲＢＳ１、ＭＹＯＺ１、ＰＣＤＨ１５、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＲＣ２Ａ、ＲＡＢＧＡＰ１、ＳＣＩＮ、ＳＴＡＵ１、ＳＴＫ４、ＴＩＦＡ、ＴＬＫ１、ＴＲＩＭ５４、ＡＰＩＰ、ＡＴＥ１、ＢＩＣＣ１、ＴＦＥＣ、ＧＲＢ２、ＫＩＡＡ１２１７、ＫＩＡＡ１５９８、ＭＡＣＦ１、ＭＹＨ９、ＮＲＡＰ、ＲＢＭ２０、ＳＰＩＣＥ１、ＴＡＣＣ２、ＶＴＩ１Ａ、ＷＡＣ、ＷＡＲＳ、又はＺＭＹＭ４ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＦＧＦＲ２－ＡＡＲＳＤ１、ＦＧＦＲ２－ＡＲＭＳ２、ＦＧＦＲ２－ＡＴＦ７、ＦＧＦＲ２－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２－ＣＣＡＲ１、ＦＧＦＲ２－ＣＣＳＥＲ２、ＦＧＦＲ２－ＣＧＮＬ１、ＦＧＦＲ２－ＥＢＦ１、ＦＧＦＲ２－ＦＡＮＫ１、ＦＧＦＲ２－ＦＯＸＰ１、ＣＡＭＫ２Ｇ－ＦＧＦＲ２、ＦＬＪ４０２８８－ＦＧＦＲ２、ＧＵＣＹ２Ｄ－ＦＧＦＲ２、ＩＱＧＡＰ２－ＦＧＦＲ２、ＰＡＷＲ－ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ２－ＦＬＮＢ、ＦＧＦＲ２－ＩＫＺＦ２、ＦＧＦＲ２－ＫＨＤＲＢＳ１、ＦＧＦＲ２－ＭＹＯＺ１、ＦＧＦＲ２－ＰＣＤＨ１５、ＦＧＦＲ２－ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＦＧＦＲ２－ＰＲＲＣ２Ａ、ＦＧＦＲ２－ＲＡＢＧＡＰ１、ＦＧＦＲ２－ＳＣＩＮ、ＦＧＦＲ２－ＳＴＡＵ１、ＦＧＦＲ２－ＳＴＫ４、ＦＧＦＲ２－ＴＩＦＡ、ＦＧＦＲ２－ＴＬＫ１、ＦＧＦＲ２－ＴＲＩＭ５４、ＦＧＦＲ２－ＡＰＩＰ、ＦＧＦＲ２－ＡＴＥ１、ＦＧＦＲ２－ＢＩＣＣ１、ＴＦＥＣ－ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ２－ＧＲＢ２、ＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１２１７、ＦＧＦＲ２－ＫＩＡＡ１５９８、ＦＧＦＲ２－ＭＡＣＦ１、ＦＧＦＲ２－ＭＹＨ９、ＦＧＦＲ２－ＮＲＡＰ、ＦＧＦＲ２－ＲＢＭ２０、ＦＧＦＲ２－ＳＰＩＣＥ１、ＦＧＦＲ２－ＴＡＣＣ２、ＦＧＦＲ２－ＶＴＩ１Ａ、ＦＧＦＲ２－ＷＡＣ、ＦＧＦＲ２－ＷＡＲＳ、又はＦＧＦＲ２－ＺＭＹＭ４融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＦＧＦＲ２融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ２キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ２キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0383】

一部の態様では、ＦＧＦＲ３ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＣＣＴ５、ＣＮＯＴ４、ＴＮＩＰ２、ＩＧＨ、ＴＡＣＣ３、ＡＤＤ１、又はＷＨＳＣ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＦＧＦＲ３－ＣＣＴ５、ＦＧＦＲ３－ＣＮＯＴ４、ＦＧＦＲ３－ＴＮＩＰ２、ＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１、ＦＧＦＲ３－ＩＧＨ、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３、又はＦＧＦＲ３－ＷＨＳＣ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＦＧＦＲ３融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ３キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ３キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0384】

一部の態様では、ＭＥＴポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＬＤＨＡ、ＣＮＴＮＡＰ２、ＨＢＰ１、ＳＮＲＮＰ７０、ＣＡＰＺＡ２、又はＳＴ７ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＭＥＴ融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＭＥＴ－ＬＤＨＡ、ＣＮＴＮＡＰ２－ＭＥＴ、ＨＢＰ１－ＭＥＴ、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ、ＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２、又はＳＴ７－ＭＥＴ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＭＥＴ融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＭＥＴ融合ポリペプチドは、ＭＥＴキナーゼドメイン、又はＭＥＴキナーゼ活性を有するＭＥＴキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＭＥＴ融合ポリペプチドは、ＭＥＴキナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＭＥＴ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＭＥＴ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0385】

一部の態様では、ＮＴＲＫ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＭＥＦ２Ｄポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＮＴＲＫ１－ＭＥＦ２Ｄ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、並びに／又は表２及び６のうちのいずれか、並びに／又は本明細書での実施例に記載されるＮＴＲＫ１融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、ＮＴＲＫ１キナーゼドメイン、又はＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有するＮＴＲＫ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0386】

一部の態様では、ＲＡＦ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＰＯＣ１Ａ、ＳＹＮ２、ＴＲＡＫ１、又はＺＦＹＶＥ２０ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＲＡＦ１融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＰＯＣ１Ａ－ＲＡＦ１、ＳＹＮ２－ＲＡＦ１、ＺＦＹＶＥ２０－ＲＡＦ１、又はＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＲＡＦ１融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合ポリペプチドは、ＲＡＦ１キナーゼドメイン、又はＲＡＦ１キナーゼ活性を有するＲＡＦ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合ポリペプチドは、ＲＡＦ１キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0387】

一部の態様では、ＲＥＴポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＤＣＹ１、ＮＰＹ４Ｒ、ＰＡＷＲ、ＡＬＯＸ５、ＡＲＩＤ５Ｂ、ＤＨＸ３２、ＰＤＥ５Ａ、ＺＮＦ３６５、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＧＰＨＮ、ＮＣＯＡ４、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＫＩＡＡ１２１７、ＣＣＤＣ６、ＥＲＣ１、ＫＩＦ５Ｂ、ＴＲＩＭ２４、又はＶＣＬポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＲＥＴ融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、ＲＥＴ－ＡＤＣＹ１、ＲＥＴ－ＮＰＹ４Ｒ、ＲＥＴ－ＰＡＷＲ、ＡＬＯＸ５－ＲＥＴ、ＡＲＩＤ５Ｂ－ＲＥＴ、ＤＨＸ３２－ＲＥＴ、ＰＤＥ５Ａ－ＲＥＴ、ＺＮＦ３６５－ＲＥＴ、ＢＡＩＡＰ２Ｌ１－ＲＥＴ、ＲＥＴ－ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＲＥＴ－ＧＰＨＮ、ＮＣＯＡ４－ＲＥＴ、ＲＥＴ－ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＫＩＡＡ１２１７－ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ、ＥＲＣ１－ＲＥＴ、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ、ＴＲＩＭ２４－ＲＥＴ、又はＶＣＬ－ＲＥＴ融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＲＥＴ融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＲＥＴ融合ポリペプチドは、ＲＥＴキナーゼドメイン、又はＲＥＴキナーゼ活性を有するＲＥＴキナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＲＥＴ融合ポリペプチドは、ＲＥＴキナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＲＥＴ融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＲＥＴ融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0388】

一部の態様では、ＲＯＳ１ポリペプチドの少なくとも一部分と、別の遺伝子によってコードされたポリペプチド、例えば、ＡＢＲ、ＡＳＣＣ３、ＥＬＯＶＬ４、ＱＫＩ、ＲＥＶ３Ｌ、ＭＥＤ２３、ＳＬＣ３０Ａ８、ＳＬＣ３８Ａ１１、ＴＬＮ１、ＳＬＣ２６Ａ２、ＳＹＮＧＲ１、ＥＺＲ、ＧＯＰＣ、ＭＹＯ５Ｃ、ＴＰＤ５２Ｌ１、又はＴＲＰＣ６ポリペプチドの少なくとも一部分と、を含む、ＲＯＳ１融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、本開示のＲＯＳ１－ＡＢＲ、ＲＯＳ１－ＡＳＣＣ３、ＲＯＳ１－ＥＬＯＶＬ４、ＲＯＳ１－ＱＫＩ、ＲＯＳ１－ＲＥＶ３Ｌ、ＭＥＤ２３－ＲＯＳ１、ＳＬＣ３０Ａ８－ＲＯＳ１、ＳＬＣ３８Ａ１１－ＲＯＳ１、ＴＬＮ１－ＲＯＳ１、ＲＯＳ１－ＳＬＣ２６Ａ２、ＲＯＳ１－ＳＹＮＧＲ１、ＲＯＳ１－ＴＲＰＣ６、ＥＺＲ－ＲＯＳ１、ＧＯＰＣ－ＲＯＳ１、ＭＹＯ５Ｃ－ＲＯＳ１、又はＲＯＳ１－ＴＰＤ５２Ｌ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドであって、遺伝子の順序が、５’から３’方向である、融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書、及び／又は表１～６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＲＯＳ１融合核酸分子のうちのいずれかによってコードされた融合ポリペプチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合ポリペプチドは、ＲＯＳ１キナーゼドメイン、又はＲＯＳ１キナーゼ活性を有するＲＯＳ１キナーゼドメインの断片を含む。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合ポリペプチドは、ＲＯＳ１キナーゼ活性を有する。一部の実施形態では、キナーゼ活性は、構成的である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合ポリペプチドは、発がん性である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１融合ポリペプチドは、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する。

【0389】

（ｉｉｉ）がん及びそれらに関連する方法
本開示のある特定の態様は、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定するための方法、がんを有する個体のための治療を選択するための方法、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定するための方法、がんを有する個体の生存を予測するための方法、がんを治療する若しくはその進行を遅らせるための方法、がんを有する個体を監視、評価、若しくはスクリーニングするための方法、個体におけるがんにおける融合核酸分子若しくはポリペプチドを評価するための方法、個体におけるがんの存在若しくは非存在を検出するための方法、個体におけるがんの進行若しくは再発を監視するための方法、又はがんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行うための方法に関する。

【0390】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法のうちのいずれかのうち、方法は、がんを有する個体からの試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。他の実施形態では、方法は、がんを有する個体からの試料において、本開示の融合ポリペプチド、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0391】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の検出は、個体を、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する。

【0392】

一部の実施形態では、方法は、第１の時点で個体から得られた第１の試料において、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の存在又は非存在を検出することを含む。一部の実施形態では、方法は、第１の時点後の第２の時点で個体から得られた第２の試料において、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の存在又は非存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又はポリペプチドの存在又は非存在に少なくとも部分的に基づく個体におけるがん進行又はがん再発の評価を提供することを更に含む。一部の実施形態では、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又はポリペプチドの存在は、個体を、がん進行又はがん再発の増加したリスクを有するとして特定する。一部の実施形態では、方法は、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又はポリペプチドの存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、個体のための治療を調整すること、個体のための治療の用量を調整すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む。

【0393】

一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料においてＤＮＡ配列決定を実行して、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１のうちの１つ以上、又はそれらの任意の組み合わせを含む遺伝子の群における配列決定変異プロファイルを決定することを含み、配列決定変異プロファイルは、本開示の融合核酸分子（例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子）の存在又は非存在を特定する。一部の実施形態では、方法は、配列決定変異プロファイルに少なくとも部分的に基づいて、個体におけるがんのための候補治療を特定することを更に含む。一部の実施形態では、候補治療は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む。一部の実施形態では、配列決定変異プロファイルは、切断点又は融合接合部、例えば、本明細書に記載される対応する切断点のうちの１つ以上を含む融合核酸分子の断片の存在又は非存在を特定する。一部の実施形態では、試料における融合核酸分子の存在は、個体を、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する。一部の実施形態では、試料における融合核酸分子の存在は、個体が、抗がん療法（例えば、本明細書で提供される抗がん療法）を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子を含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測する。

【0394】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、試料における融合核酸分子又はポリペプチドの検出に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することを更に含み、１つ以上の治療選択肢は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む。

【0395】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、個体からの試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の知識の取得に応答して、（ｉ）個体は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療を受容する候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療に応答する可能性が高いとして特定される。一部の実施形態では、個体からの試料における融合核酸分子又はポリペプチドの知識の取得に応答して、個体は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又はポリペプチドを含まない又は示さないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される。一部の実施形態では、個体からの試料における融合核酸分子又はポリペプチドの知識の取得に応答して、個体は、個体に投与された以前の抗がん療法に対する獲得抵抗性を有すると予測され、個体は、抗がん療法（例えば、本明細書で提供される抗がん療法）に応答すると予測され、かつ／又は個体は、融合核酸分子若しくはポリペプチドを含まないがんを有する個体と比較して予後不良を有すると予測される。

【0396】

一部の実施形態では、個体からの試料における融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の知識の取得に応答して、方法は、個体に、有効量の抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む治療を投与することを含む。

【0397】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、個体からの試料における融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の知識に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することを更に含み、１つ以上の治療選択肢は、抗がん療法、例えば、本明細書で提供される抗がん療法を含む。

【0398】

一部の実施形態では、試料における本開示の融合核酸分子又ポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の知識を取得することは、試料において融合核酸分子又ポリペプチドを検出することを含む。

【0399】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子を検出することは、切断点又は融合接合部、例えば、本明細書に記載される対応する切断点のうちの１つ以上を含む融合核酸分子の断片を検出することを含む。

【0400】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、本開示の融合ポリペプチドを検出することは、切断点又は融合接合部、例えば、本明細書に記載される対応する切断点のうちの１つ以上を含む融合核酸分子の断片によってコードされた融合ポリペプチドの一部分を検出することを含む。

【0401】

一部の実施形態では、方法は、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の評価を提供することを更に含む。

【0402】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、抗がん療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんのための治療、臨床治験において試験されているがんのための治療、標的療法、融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんのための臨床治験において試験されている治療、又はそれらの任意の組み合わせ、例えば、更に詳細に以下に記載されるものである。一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載される又は当該技術分野で既知のキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、細胞療法は、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である。一部の実施形態では、核酸は、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の発現を阻害する。一部の実施形態では、核酸は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、例えば、本明細書に記載されるものを含む。

【0403】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、１つ以上の遺伝子における塩基置換、短い挿入／欠失（インデル）、コピー数変化、又はゲノム再編成の知識を取得すること、又はそれを検出することを更に含む。

【0404】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｒ７４８Ｋ、Ｔ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｓ、及び／又はＤ７６１Ｎアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＢＲＡＦ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ変異は、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ変異は、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＥＴ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＥＴ変異は、ＭＥＴ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、ＭＥＴ変異は、コードされたＭＥＴポリペプチドにおけるＤ１２２８Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＦ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＦ１変異は、ＮＦ１トランケーションである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／又はＡ１４６Ｐアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ１変異は、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＩ１０３＿Ｋ１０４ｄｅｌ変異をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＡＬＫ変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＡＬＫ変異は、ＡＬＫ抵抗性変異である。一部の実施形態では、ＡＬＫ抵抗性変異は、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＧ１２６９Ａ、Ｇ１２０２Ｒ、Ｉ１１７１Ｓ、Ｉ１１７１Ｔ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｔ１１５１Ｍ、Ｓ１２０６Ｙ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｄ１２０３Ｎ、Ｆ１１７４Ｃ、Ｌ１１５２Ｒ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｌ１１９８Ｆ、Ｃ１１５６Ｙ、Ｔ１１５１＿Ｌ１１５２ｉｎｓＴ、Ｖ１１８０Ｌ、Ｇ１２０２Ｌ、及び／若しくはＳ１２０６Ａアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす。一部の実施形態では、ＡＬＫ抵抗性変異は、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｄ１２０３Ｎ、若しくはＩ１１７１Ｔアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ及びＩ１１７１Ｎアミノ酸置換をもたらす１つ以上のＡＬＫ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＤ１２０３Ｎ及びＩ１１７１Ｔアミノ酸置換の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、本開示のＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、本開示のＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、本開示のＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチドは、ＮＦ１標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）、カペシタビン、ｌｏｎｓｕｒｆ、ラムシルマブ、ベバシズマブ、並びに／又はパニツムマブに対するがんの抵抗性を付与する。本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、抗がん療法は、ＡＬＫ標的療法、例えば、本明細書に記載される又は当該技術分野で既知のものである。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＡＬＫ標的療法、臨床治験において試験されているＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＡＬＫ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＡＬＫポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、ＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）、ＣＴ－７０７、ＷＸ－０５９３、アルコチニブ、ＳＩＭ１８０３－１Ａ、ＰＬＢ１００３、ＳＡＦ－１８９ｓ、ＰＦ０３４４６９６２、ＴＱ－Ｂ３１０１、ＡＰＧ－２４４９、Ｘ－３７６、ＣＥＰ－２８１２２、及びＧＳＫ１８３８７０５Ａのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がんである。一部の実施形態では、がんは、原発不明がん腫である。一部の実施形態では、がんは、エルロチニブ、アファチニブ、及び／又はオシメルチニブで以前に治療されていた。

【0405】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＢＲＡＦ融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ、Ｓ４９２Ｒ、及び／又はＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／又はＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ遺伝子における変異は、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＥＴ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＥＴ遺伝子における変異は、ＭＥＴ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異は、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ若しくはＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異、及び／又はＩ１１１Ｔ若しくはＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異は、コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＦ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＦ１遺伝子変異は、Ｆ９４５ｆｓ＊９変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＢＲＡＦ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ遺伝子変異は、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＨＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＲＡＳ遺伝子変異は、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又はコードされた融合ポリペプチドは、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はコードされた融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせ；ベバシズマブ；又はレゴラフェニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＩＲＩと、例えば、セツキシマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ペムブロリズマブと、例えば、レゴラフェニブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）；５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）；並びに／又はレゴラフェニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＩＲＩとベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ、又はアダグラシブと、例えば、セツキシマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＢＲＡＦ標的療法である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＢＲＡＦ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ標的療法、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるセリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＢＲＡＦ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＢＲＡＦポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、ソラフェニブ、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ－３６０３、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６）、エンコラフェニブ（ＬＧＸ８１８）、ＧＤＣ－０８７９、ＲＡＦ２６５、ＸＬ２８１、ＡＲＱ７３６、ＢＡＹ７３－４５０６、ベムラフェニブ（例えば、Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））、コビメチニブ（例えば、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（登録商標））、ビニメチニブ（例えば、Ｍｅｋｔｏｖｉ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、セルメチニブ（例えば、Ｋｏｓｅｌｕｇｏ（登録商標））、トラメチニブ（例えば、Ｍｅｋｉｎｉｓｔ（登録商標））、又はＢＡＹ ４３－９００６のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＢＲＡＦ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）；５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）；並びに／又はレゴラフェニブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。

【0406】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＥＧＦＲ融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１、３～５のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／又はＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ遺伝子における変異は、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異は、Ｅ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらす。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＧＦＲ標的療法である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＧＦＲ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ標的療法、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＥＧＦＲ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0407】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＥＲＢＢ２融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＲＢＢ２標的療法である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２標的療法、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＥＲＢＢ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＲＢＢ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、アファチニブ、ＴＡＫ－２８５、ネラチニブ、ダコミチニブ、ＢＭＳ－６９０５１４、ＢＭＳ－５９９６２６、ペリチニブ、ＣＰ－７２４７１４、ラパチニブ、ＴＡＫ－１６５、ＡＲＲＹ－３８０、ＡＺＤ８９３１、ＡＶ－２０３、ＡＭＧ－８８８、ＭＭ－１１１、ＭＭ－１２１、ＭＭ－１４１、ＬＪＭ７１６、ＲＥＧＮ１４００、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、ＲＧ７１１６、トラスツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ペルツズマブ、又はＡＰＣ ８０２４のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＥＲＢＢ２融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0408】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＦＧＦＲ１融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ１標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（例えば、ＪＮＪ－４２７５６４９３、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0409】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＦＧＦＲ２融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｌ８３３Ｖ、及び／又はＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対する抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ２標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（例えば、ＪＮＪ－４２７５６４９３、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ホルモノネチン、ＲＯ４３８３５９６、Ｋｉ２３０５７、ＳＵ５４０２、ＲＬＹ－４００８、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ２融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、エルロチニブで以前に治療されていた。

【0410】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＦＧＦＲ３融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｇ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、Ｓ４９２Ｒ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＢＲＡＦ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ変異は、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／又はＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＨＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＲＡＳ変異は、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ変異は、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＳＲ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＳＲ１変異は、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＡＫＴ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＡＫＴ１変異は、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失を含む。一部の実施形態では、試料は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ及び／又はＥ７０９Ｋアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子を含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ１変異は、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、試料は、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異、並びにコードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらすＡＫＴ１遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、試料は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子変異を含む。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ホルモン抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、エベロリムス、デノスマブ、及び／又はフルベストラントに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせ；ベバシズマブ；又はレゴラフェニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＩＲＩと、例えば、セツキシマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ペムブロリズマブと、例えば、レゴラフェニブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ３標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ３特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ３ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（例えば、ＪＮＪ－４２７５６４９３、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ＰＫＣ４１２、ボファタマブ（Ｂ－７０）、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、又はＭＦＧＲ１８７７Ｓのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＦＧＦＲ３融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がんである。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、アファチニブ及び／又はセツキシマブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、乳がん、例えば、ＥＲ＋及び／又はＰＲ＋乳がんである。一部の実施形態では、がんは、エベロリムス、デノスマブ、及び／又はフルベストラントで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺がんである。一部の実施形態では、がんは、オシメルチニブで以前に治療されていた。

【0411】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＭＥＴ融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、融合核酸分子又は融合ポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＭＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＭＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＭＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＭＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＭＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＭＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、ＰＨＡ－６６５７５２、クリゾチニブ、カボザンチニブ、及び／又はカプマチニブ（ＩＮＣ２８０）を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＭＥＴ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブで以前に治療されていた。

【0412】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＮＴＲＫ１融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／あるいは表２若しくは６のうちのいずれか、及び／又は本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＮＴＲＫ１標的療法である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１標的療法、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＮＴＲＫ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＮＴＲＫ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）、ＡＧ ８７９（チロホスチンＡＧ ８７９）、抗ＴｒＫ抗体、ＡＲＲＹ ９５４、ＡＲ５２３、ＡＺ－２３、ＡＺ６２３、ベンゾトリアゾール、ＣＥＰ－２５６３、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１又はＮＭＳ－Ｅ６２８としても既知）、ＤＳ－６０５１、ＧＮＦ ５８３７、ＧＷ ４４１７５６、インデノピロロカルボアゾール１２ａ、イソチアゾール５ｎ、ラロトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１０１又はＡＲＲＹ－４７０として以前に既知）、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、セリトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１９５）、大環状化合物、ＯＮＯ－５３９０５５６、オキシインドール３、ペグカントラチニブ（ＳＮＡ－１２０）、ＰＨＡ－８４８１２５、ＰＬＸ７４８６、ピラゾール誘導体、ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、ピリドカルバゾール、ピリドキナゾリニル、ピリドトリアゾール、ピロリジニルチオ尿素、ピロリジニル尿素、ピロロ［２；３－ｄ］ピリミジン、キナゾリニル、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、Ｒｏ ０８－２７５０、置換ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）、ＳＮＡ－１２５、タビレルミド、チアゾール２０ｈ、Ｆ１７７５２、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ドビチニブ、ＯＮＯ－７５７９、及び／又はＶＭＤ－９２８のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＮＴＲＫ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0413】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＲＡＦ１融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ若しくはＶ４４１Ｇアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＢＲＡＦ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ変異は、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、野生型ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＨＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＲＡＳ変異は、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ変異は、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＭＡＰ２Ｋ１変異は、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせ；ベバシズマブ；又はレゴラフェニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＩＲＩと、例えば、セツキシマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）と、例えば、ベバシズマブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ペムブロリズマブと、例えば、レゴラフェニブとの組み合わせに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、アダグラシブ及び／又はセツキシマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＡＦ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＡＦ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＡＦ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＡＦ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるセリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＡＦ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＡＦ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、ソラフェニブ（ＢＡＹ４９－９００６）、ビニメチニブ（例えば、Ｍｅｋｔｏｖｉ（登録商標））、コビメチニブ（例えば、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、トラメチニブ（例えば、Ｍｅｋｉｎｉｔ（登録商標））、又はＲＡＦ２６５のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＡＦ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。一部の実施形態では、がんは、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた。

【0414】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＲＥＴ融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ変異は、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＳＲ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＥＳＲ１変異は、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＰＴＥＮ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＰＴＥＮ変異は、コードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、及びコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＥＧＦＲ標的抗がん療法、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブに対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異；コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異；コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；並びにコードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらすＰＴＥＮ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＲＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、セルペルカチニブ（例えば、Ｒｅｔｅｖｍｏ（登録商標））、プラルセチニブ（例えば、Ｇａｖｒｅｔｏ（登録商標））、アレクチニブ（例えば、Ａｌｅｃｅｎｓａ（登録商標））、カボザンチニブ（例えば、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（登録商標））、レンバチニブ（例えば、Ｌｅｎｖｉｍａ（登録商標））、ポナチニブ（例えば、Ｉｃｌｕｓｉｇ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、ソラフェニブ（例えば、Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、スニチニブ（例えば、Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、又はバンデタニブ（例えば、Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＥＴ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、がんは、オシメルチニブで以前に治療されていた。一部の実施形態では、がんは、乳がんである。

【0415】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、本開示のＲＯＳ１融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に記載されるもの、並びに／又は表１～６のうちのいずれか及び／若しくは本明細書での実施例に列挙されるものである。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらす。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する。一部の実施形態では、抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＯＳ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＯＳ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＯＳ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＯＳ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＯＳ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＯＳ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、クリゾチニブ（例えば、Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ロルラチニブ（例えば、Ｌｏｒｂｒｅｎａ（登録商標））、ＴＱ－Ｂ３１３９、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、ブリグチニブ（例えば、Ａｌｕｎｂｒｉｇ（登録商標））、カボザンチニブ（例えば、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（登録商標））、セリチニブ（例えば、Ｚｙｋａｄｉａ（登録商標））、又はエヌトレクチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＲＯＳ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0416】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、治療又は１つ以上の治療選択肢は、追加の抗がん療法を更に含む。本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、治療又は１つ以上の治療選択肢は、個体に、追加の抗がん療法を投与することを更に含む。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの抗がん療法である。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、小分子阻害剤、化学療法剤、がん免疫療法、抗体、細胞療法、核酸、手術、放射線療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、抗炎症療法、抗腫瘍剤、成長阻害剤、細胞傷害性剤、ワクチン、小分子アゴニスト、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0417】

一部の実施形態では、個体は、がんのための治療、例えば、本明細書に記載される抗がん療法、又は当該技術分野で既知のいずれかの他の抗がん療法若しくは治療でのがんの治療を以前に受容したことがあるか、又はそれを受容している。一部の実施形態では、融合核酸分子及び／又は融合ポリペプチドは、がんのための治療に対するがんの抵抗性を付与する。

【0418】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、がんは、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、がんは、血液悪性腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは、Ｂ細胞がん、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵臓がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、赤血球増加症Ｖｅｒａ、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ血管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭状がん、乳頭状腺がん、髄様がん、気管支原性がん、腎細胞がん、肝がん、胆管がん、絨毛がん、精上皮がん、胎児性がん、ウィルムス腫瘍、膀胱がん、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体細胞腫、神経膠芽腫、聴神経芽腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん、胃がん、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、無形成性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である。

【0419】

一部の実施形態では、がんは、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能（ＮＯＳ）乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである。

【0420】

一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるがんの存在又は非存在を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体に、有効量の抗がん療法、例えば、本明細書に記載される抗がん療法を投与することを更に含む。

【0421】

一部の実施形態では、本明細書に記載されるがんのうちのいずれかは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子のうちのいずれかを含む。他の実施形態では、本明細書に記載されるがんのうちのいずれかは、本開示の融合ポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドのうちのいずれかを含む。

【0422】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、当該技術分野で既知のいずれかのがん又は本明細書に記載されるがんのうちのいずれかを有する個体からの試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子のうちのいずれかの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、当該技術分野で既知のいずれかのがん又は本明細書に記載されるがんのうちのいずれかを有する個体からの試料において、本開示の融合ポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドのうちのいずれかの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0423】

一部の実施形態では、表２で提供されるがんは、表２に列挙される対応するＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含む。

【0424】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0425】

一部の実施形態では、表６で提供されるがんは、表６に列挙される対応するＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含む。

【0426】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0427】

一部の実施形態では、表４で提供されるがんは、表４に列挙される対応するＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含む。

【0428】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0429】

一部の実施形態では、表５で提供されるがんは、表５に列挙される対応するＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含む。

【0430】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む。

【0431】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、試料は、以下に記載される試料である。一部の実施形態では、試料は、個体又はがんから得られる。一部の実施形態では、方法は、試料、例えば、個体又はがんからの試料を得ることを更に含む。一部の実施形態では、試料は、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検、腫瘍検体、又は循環腫瘍細胞からのものである。一部の実施形態では、試料は、液体生検試料であり、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからの細胞及び／又は核酸を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからのｍＲＮＡ、ＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。一部の実施形態では、試料は、液体生検試料であり、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。一部の実施形態では、試料は、液体生検試料であり、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む。一部の実施形態では、融合核酸分子又はポリペプチドは、個体からの組織生検試料、液体生検試料、又は組織生検試料及び液体生検試料の両方において検出される。

【0432】

Ｂ．融合核酸分子及びポリペプチドの検出
本開示のある特定の態様は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子、例えば、患者試料の検出に関する。一部の実施形態では、融合核酸分子は、インビトロで検出される。

【0433】

本開示の他の態様は、本開示の融合ポリペプチド、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド、例えば、患者試料の検出に関する。一部の実施形態では、融合ポリペプチドは、インビトロで検出される。

【0434】

（ｉ）融合核酸分子の検出
本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を検出するための方法は、当該技術分野で既知である。例えば、一部の実施形態では、融合核酸分子は、融合核酸分子に関与する遺伝子、例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子の一部分若しくは全て、及び／又は本明細書に記載される対応する融合パートナー遺伝子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）を、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はｃＤＮＡの次世代又は他の配列決定によって配列決定することによって検出される。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はｃＤＮＡのＰＣＲ増幅によって検出される。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、融合核酸分子に関与する遺伝子座、例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子座、及び／又は本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載される対応する融合パートナー遺伝子遺伝子座にハイブリダイズする１つ以上のポリヌクレオチドを使用するインサイツハイブリダイゼーションによって、例えば、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を使用して検出される。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、がん若しくは腫瘍細胞において、例えば、腫瘍組織、例えば、腫瘍生検若しくは他の腫瘍検体からのものを使用して検出されるか、循環がん若しくは腫瘍細胞において、例えば、液体生検、例えば、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、若しくは唾液からのものを使用して検出されるか、又は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）において、例えば、液体生検、例えば、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、若しくは唾液からのものを使用して検出される。

【0435】

本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を検出するための例示的かつ非限定的な方法が、以下で提供される。

【0436】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、当該技術分野で既知のいずれかの好適な方法、例えば、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、ＰＣＲ）、ＰＣＲ－ＲＦＬＰアッセイ、リアルタイムＰＣＲ、配列決定（例えば、サンガー配列決定又は次世代配列決定）、スクリーニング分析（例えば、核型方法を使用して）、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、分離ＦＩＳＨ、スペクトル核型決定、多重ＦＩＳＨ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、単一特異的プライマー－ポリメラーゼ連鎖反応（ＳＳＰ－ＰＣＲ）、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、又は質量分析遺伝子型決定を使用して検出される。試料を分析して、例えば、核酸分子を検出する方法は、米国特許第９，３４０，８３０号及びＷＯ２０１２／０９２４２６Ａ１に記載されており、これらは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、配列決定によって検出される。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法を含む。一部の実施形態では、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。

【0437】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、インサイツハイブリダイゼーション方法、例えば、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）方法を使用して検出される。

【0438】

一部の実施形態では、ＦＩＳＨ分析は、本明細書に記載される融合核酸分子をもたらす染色体再編成を特定するために使用される。一部の実施形態では、ＦＩＳＨ分析は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を含むか、又はそれをコードするＲＮＡ分子を特定するために使用される。ＦＩＳＨを行うための方法は、当該技術分野で既知であり、ほぼあらゆるタイプの組織で使用することができる。ＦＩＳＨ分析において、検出可能に標識された核酸プローブ、例えば、蛍光標識された核酸プローブは、ＤＮＡの特異的領域、例えば、染色体、又はＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡに結合することが可能にされ、次いで、例えば、顕微鏡を介して調査される。例えば、米国特許第５，７７６，６８８号を参照されたい。まず、ＤＮＡ又はＲＮＡ分子をスライド上に固定し、次いで、標識されたプローブをＤＮＡ又はＲＮＡ分子にハイブリダイズし、次いで、例えば、当該技術分野で既知の酵素結合した標識ベースの検出方法を使用して、視覚化が達成される。一般に、ＦＩＳＨ分析の解像度は、おおよそ、ＤＮＡの６０～１０００００個のヌクレオチド、例えば、６０個の塩基対（ｂｐ）から最大１００キロベース対までの検出である。ＦＩＳＨ分析で使用される核酸プローブは、一本鎖核酸を含む。そのようなプローブは、典型的には、少なくとも約５０個のヌクレオチド長である。一部の実施形態では、プローブは、約１００～約５００個のヌクレオチドを含む。セントロメアＤＮＡ、及び遺伝子座特異的ＤＮＡ又はＲＮＡとハイブリダイズするプローブは、例えば、Ｖｙｓｉｓ，Ｉｎｃ．（Ｄｏｗｎｅｒｓ Ｇｒｏｖｅ，Ｉｌｌ．）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）、又はＣｙｔｏｃｅｌｌ（Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ，ＵＫ）から市販されている。あるいは、プローブは、染色体若しくはゲノムＤＮＡ又は核酸の他の供給源から、標準的な技法によって非商業的に作製され得る。プローブ、標識化及びハイブリダイゼーション方法の例は、当該技術分野で既知である。

【0439】

ＦＩＳＨ方法のいくつかの変形は、当該技術分野で既知であり、本開示の方法による使用に好適であり、単一分子ＲＮＡ ＦＩＳＨ、ファイバーＦＩＳＨ、Ｑ－ＦＩＳＨ、フローＦＩＳＨ、ＭＡ－ＦＩＳＨ、分離ＦＩＳＨ、ハイブリッド融合ＦＩＳＨ、及び多蛍光ＦＩＳＨ又はｍＦＩＳＨを含む。一部の実施形態では、「分離ＦＩＳＨ」は、本明細書で提供される方法において使用される。分離ＦＩＳＨにおいて、融合接合部又は切断点を標的とする少なくとも１つのプローブ、並びに融合の個々の遺伝子、例えば、遺伝子の１つ以上のエクソン及び又はイントロンを標的とする少なくとも１つのプローブが使用される。正常細胞（すなわち、本明細書に記載される融合核酸分子を有さない細胞）において、両方のプローブが観察され（又は、二次色が、遺伝子融合の２つの遺伝子の密接な近接に起因して観察され）、本明細書に記載される融合核酸分子を有する細胞において、単一遺伝子プローブのみが、融合核酸分子をもたらす再編成の存在に起因して観察される。

【0440】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、アレイベースの方法、例えば、アレイベースの比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）方法を使用して検出される。アレイベースのＣＧＨ方法において、核酸の第１の試料（例えば、試料からのもの、例えば、腫瘍、又は組織若しくは液体生検からのもの）は、第１の標識で標識され、核酸の第２の試料（例えば、対照、例えば、健常な細胞／組織からのもの）は、第２の標識で標識される。一部の実施形態では、等量のこの２つの試料を混合し、数千の均一に空間があけられたクローンＤＮＡ断片又はオリゴヌクレオチドのＤＮＡマイクロアレイに共ハイブリダイズし、このアレイに三重でスポッティングされた。ハイブリダイゼーションの後、デジタル撮像システムを使用して、ハイブリダイズされたフルオロフォアの各々の相対蛍光強度を捕捉し、定量化する。得られた蛍光強度の比は、この２つの試料におけるＤＮＡ配列のコピー数の比に比例する。一部の実施形態では、染色体の欠失又は重複が存在する場合、２つの標識からのシグナルの比の差を検出し、その比は、コピー数の尺度を提供する。アレイベースのＣＧＨは、単色標識化により行うこともできる。単色ＣＧＨにおいて、対照（例えば、対照核酸試料、例えば、健常な細胞／組織からのもの）は、標識され、１つのアレイにハイブリダイズし、絶対シグナルが読み取られ、試験試料（例えば、個体、又は腫瘍、又は組織若しくは液体生検から得られた核酸試料）は、標識され、（同一の含有物を有する）第２のアレイにハイブリダイズし、絶対シグナルが読み取られる。コピー数の差は、２つのアレイからの絶対シグナルに基づいて計算される。

【0441】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、増幅ベースの方法を使用して検出される。当該技術分野で既知であるように、そのような増幅ベースの方法において、核酸の試料、例えば、個体、腫瘍、又は組織若しくは液体生検から得られた試料は、１つ以上のオリゴヌクレオチド又はプライマー、例えば、本明細書で提供される１つ以上のオリゴヌクレオチド又はプライマーを使用する増幅反応（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））におけるテンプレートとして使用される。試料における本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の存在は、増幅産物の存在又は非存在に基づいて決定され得る。定量的増幅方法も、当該技術分野で既知であり、本明細書で提供される方法に従って使用され得る。定量的ＰＣＲ分析を使用する、マイクロサテライト遺伝子座におけるＤＮＡコピー数の測定方法は、当該技術分野で既知である。遺伝子の既知のヌクレオチド配列は、当業者が、遺伝子の任意の部分を増幅するためのプライマーを一般的に選択することが可能なほど十分である。蛍光原性定量的ＰＣＲも使用することができる。蛍光原性定量的ＰＣＲでは、定量化は、例えば、ＴａｑＭａｎ及びＳｙｂｒグリーンなどの蛍光シグナルの量に基づく。

【0442】

本明細書で提供される方法に従って使用するのに好適な他の増幅方法としては、例えば、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、転写増幅、自家持続配列複製、ドットＰＣＲ、及びリンカーアダプターＰＣＲが挙げられる。

【0443】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、配列決定方法を使用して検出される。当該技術分野で既知のいずれかの配列決定方法が、本明細書で提供される融合核酸分子を検出するために用いられ得る。本明細書で提供される融合核酸分子を検出するために使用され得る例示的な配列決定方法は、マクサム及びギルバート、又はサンガーによって開発された技法に基づくものを含む。例えば、質量分析による配列決定を含む、自動化された配列決定手順も使用可能である。

【0444】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、例えば、アダプター連結ベースのライブラリを使用するハイブリッド捕捉ベースの配列決定（ハイブリッド捕捉ベースのＮＧＳ）を使用して検出される。例えば、Ｆｒａｍｐｔｏｎ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．３１：１０２３－１０３１を参照されたく、これは、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して検出される。次世代配列決定は、個々の核酸分子、又は個々の核酸分子についてのクローン的に伸長したプロキシのいずれかのヌクレオチド配列を、高度に並列な様式で決定する（例えば、１０^５個超の分子が、同時に配列決定され得る）いずれかの配列決定方法を含む。本明細書で提供される発明に従って使用するのに好適な次世代配列決定方法は、当該技術分野で既知であり、限定されないが、超並列処理ショートリード配列決定、テンプレートベースの配列決定、パイロシーケンシング、ＤＮＡ合成中に色素標識ヌクレオチドの連続組み込みの撮像を含むリアルタイム配列決定、ナノポア配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ナノトランジスタアレイベースの配列決定、ポロニー配列決定、走査型トンネル顕微鏡（ＳＴＭ）ベースの配列決定、又はナノワイヤ分子センサベースの配列決定が挙げられる。例えば、Ｍｅｔｚｋｅｒ，Ｍ．（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ １１：３１－４６を参照されたく、これは、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書で提供される融合核酸分子を検出するために使用され得る例示的なＮＧＳ方法及びプラットフォームは、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ．，ＵＳＡ）からのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ遺伝子配列決定システム、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ，ＵＳＡ）からのＰａｃＢｉｏ ＲＳシステム、超並列短リード配列決定、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）からのＳｏｌｅｘａシーケンサー、並びに他の方法及びプラットフォーム、４５４ ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂｒａｎｆｏｒｄ，ＣＴ，ＵＳＡ）からの４５４配列決定、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ（Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）からのＩｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ配列決定、又はＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）からのＳＯＬｉＤシーケンサーを含むが、これらに限定されない。本明細書で提供される融合核酸分子を検出するために使用され得る追加の例示的な方法及びプラットフォームは、Ｒｏｃｈｅ（Ｂａｓｅｌ，ＣＨＥ）からのＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｇ．００７ ｐｏｌｏｎａｔｏｒシステム、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）からのＳｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ、ＨｉＳｅｑ ２５００、ＨｉＳｅｑ３０００、ＨｉＳｅｑ ４０００、及びＮｏｖａＳｅｑ ６０００プラットフォームを含むが、これらに限定されない。

【0445】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、（ｉ）個体（例えば、がんを有すると疑われる又は決定された個体）からの試料を得るステップと、（ｉｉ）核酸分子（例えば、腫瘍又はがん核酸分子と非腫瘍又は非がん核酸分子との混合物）を試料から抽出するステップと、（ｉｉｉ）１つ以上のアダプター（例えば、１つ以上の増幅プライマー、フローセルアダプター配列、基質アダプター配列、又は試料インデックス配列）を、試料から抽出された核酸分子に連結するステップと、（ｉｖ）核酸分子を（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅技法、非ＰＣＲ増幅技法、又は等温増幅技法を使用して）増幅するステップと、（ｖ）増幅された核酸分子から核酸分子を（例えば、１つ以上のベイト分子へのハイブリダイゼーションであって、ベイト分子が各々、１つ以上の核酸分子（例えば、捕捉核酸分子）を含み、１つ以上の核酸分子が各々、捕捉された核酸分子の領域と相補的である領域を含む、ハイブリダイゼーションによって）捕捉するステップと、（ｖｉ）試料から抽出された核酸分子（又はそれらに由来するライブラリプロキシ）を、例えば、次世代（超並列）配列決定技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）技法、全エクソーム配列決定技法、標的配列決定技法、直接配列決定技法、又はサンガー配列決定技法）を使用して、例えば、次世代（超並列）シーケンサーを使用して配列決定するステップと、（ｖｉｉ）レポート（例えば、電子レポート、ウェブベースのレポート、又は紙レポート）を、個体（又は患者）、介護者、医療提供者、医師、腫瘍学者、電子診療記録システム、病院、診療所、第三支払者、保険会社、又は官庁に生成、表示、送信、及び／又は送達するステップとのうちの１つ以上を含み得る。いくつかの例では、レポートは、本明細書に記載の方法からの出力を含む。一部の事例では、レポートの全て又は一部分は、オンライン又はウェブベースの医療ポータルのグラフィカルユーザインターフェースにおいて表示され得る。いくつかの例では、レポートは、コンピュータネットワーク又はピアツーピア接続を介して送信される。

【0446】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体（例えば、がんを有すると疑われる又は決定された個体）からの試料から得られた複数の核酸分子を提供するステップであって、複数の核酸分子が、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する核酸分子を含む、提供するステップと、（ｂ）１つ以上のアダプターを、複数の核酸分子からの１つ以上の核酸分子上に連結するステップと、（ｃ）複数の核酸分子からの１つ以上の連結された核酸分子を増幅するステップと、（ｄ）当該増幅された核酸分子から増幅された核酸分子を捕捉するステップと（ｅ）シーケンサーによって、捕捉された核酸分子を配列決定して、捕捉された核酸分子を表す複数の配列リードを得るステップであって、複数の配列リードのうちの１つ以上が、融合核酸分子に対応する、得るステップと、（ｆ）複数の配列リードを分析するステップと、（ｇ）分析に基づいて、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出するステップとのうちの１つ以上を含み得る。一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサにおいて、複数の配列リードについての配列リードデータを受信することを更に含む。一部の実施形態では、複数の配列リードを分析することは、１つ以上のプロセッサを使用して、融合核酸分子に対応する配列リードの存在又は非存在を特定することを含む。一部の実施形態では、増幅された核酸分子は、１つ以上のベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉される。

【0447】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体（例えば、がんを有すると疑われる又は決定された個体）からの試料を提供するステップであって、試料が、複数の核酸分子を含む、提供するステップと、（ｂ）試料における複数の核酸分子から核酸配列決定ライブラリを調製するステップと、（ｃ）当該ライブラリを増幅するステップと、（ｄ）当該ライブラリにおける本開示の融合核酸分子（例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子）に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を選択的に濃縮して、濃縮された試料を産生するステップと、（ｅ）濃縮された試料を配列決定し、それによって、複数の配列リードを生成するステップと、（ｆ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析するステップと、（ｇ）分析ステップに基づいて、個体からの試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出するステップとのうちの１つ以上を含み得る。

【0448】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、複数の核酸分子は、がん核酸分子と非がん核酸分子との混合物を含む。一部の実施形態では、がん核酸分子は、不均一組織生検試料の腫瘍部分に由来し、非がん核酸分子は、不均一組織生検試料の正常部分に由来する。一部の実施形態では、試料は、液体生検試料を含み、がん核酸分子は、液体生検試料の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分に由来し、非がん核酸分子は、液体生検試料の非腫瘍画分、又は液体生検試料のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）画分に由来する。

【0449】

方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、１つ以上のアダプターは、増幅プライマー、フローセルアダプター配列、基質アダプター配列、又は試料インデックス配列を含む。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、（ａ）１つ以上のベイト分子をライブラリと組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む。一部の実施形態では、捕捉された核酸分子は、１つ以上のベイト分子へのハイブリダイゼーションによって、増幅された核酸分子から捕捉される。一部の実施形態では、増幅することは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅技法、非ＰＣＲ増幅技法、又は等温増幅技法を実行することを含む。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定技法を含み、超並列配列決定技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。一部の実施形態では、シーケンサーは、次世代シーケンサーを含む。

【0450】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、本開示の融合核酸分子（例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子）に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸を選択的に濃縮することを更に含む。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、濃縮された試料を産生する。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、（ａ）１つ以上のベイト分子を試料と組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む。一部の実施形態では、選択的に濃縮することは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を増幅して、濃縮された試料を産生することを含む。一部の実施形態では、方法は、濃縮された試料を配列決定することを更に含む。

【0451】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、融合核酸分子の存在又は非存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体又は試料についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む。一部の実施形態では、個体又は試料についてのゲノムプロファイルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む。

【0452】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、生成されたゲノムプロファイルに基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療は、抗がん療法、例えば、本明細書に記載されるものを含む。

【0453】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサによって、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、レポートを医療提供者に送信することを更に含む。一部の実施形態では、レポートは、コンピュータネットワーク又はピアツーピア接続を介して送信される。

【0454】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、個体からの試料において、１つ以上の遺伝子における塩基置換、短い挿入／欠失（インデル）、コピー数変化、又はゲノム再編成の知識を取得すること、又はそれを検出することを更に含む。

【0455】

開示される方法は、様々な試料のうちのいずれか、例えば、更に詳細に以下に記載されるものとともに使用され得る。例えば、いくつかの例では、試料は、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含み得る。いくつかの例では、試料は、液体生検試料であり得、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含み得る。いくつかの例では、試料は、液体生検試料であり得、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含み得る。いくつかの例では、試料は、液体生検試料であり得、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含み得る。

【0456】

一部の事例では、試料から抽出された核酸分子は、腫瘍又はがん核酸分子と非腫瘍又は非がん核酸分子との混合物を含み得る。いくつかの例では、腫瘍核酸分子は、不均一組織生検試料の腫瘍部分に由来することができ、非腫瘍核酸分子は、不均一組織生検試料の正常部分に由来することができる。一部の事例では、試料は、液体生検試料を含み得、腫瘍又はがん核酸分子は、液体生検試料の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分に由来し得、非腫瘍又は非がん核酸分子は、液体生検試料の非腫瘍又は非がんセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）画分に由来し得る。

【0457】

本明細書で提供される方法のうちのいずれかの一部の実施形態では、方法は、液体生検試料、例えば、本明細書に実施例１に記載されるものの循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分を決定することを更に含む。

【0458】

（ｉｉ）融合ポリペプチドの検出
また、本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片を検出する方法が、本明細書で提供される。

【0459】

本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片は、例えば、個体から得られた試料において、当該技術分野で既知のいずれかの方法、例えば、抗体（例えば、本明細書に記載される抗体）、質量分析（例えば、タンデム質量分析）、レポーターアッセイ（例えば、蛍光ベースのアッセイ）、イムノブロット、例えば、ウエスタンブロット、イムノアッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、他の免疫学的アッセイ（例えば、流体又はゲル沈降反応、免疫拡散、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫蛍光アッセイ）、及び分析生化学的方法（例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー）を使用して検出又は測定され得る。

【0460】

一部の実施形態では、本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片は、参照ポリペプチド、例えば、非変異型又は野生型タンパク質又はポリペプチドと区別され得、抗体又は抗体断片は、参照タンパク質又はポリペプチドと比較して、変異型タンパク質又はポリペプチド（例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片）と異なって反応する。一部の実施形態では、本開示の融合ポリペプチド又はその断片は、検出試薬、例えば、基質、例えば、触媒活性のための基質、例えば、リン酸化のための基質との反応によって、参照ポリペプチド、例えば、非変異型又は野生型タンパク質又はポリペプチドと区別され得る。

【0461】

一部の態様では、本開示の融合ポリペプチド（例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子、例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるものによってコードされた融合ポリペプチド）又はその断片の検出方法であって、試料、例えば、本明細書に記載される融合ポリペプチドを含む本明細書に記載される試料を、本明細書で提供される検出試薬（例えば、本開示の抗体）と接触させることと、融合ポリペプチドが試料において存在するかを決定することと、を含む、方法が提供される。

【0462】

（ｉｉｉ）検出試薬
一部の態様では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片を、例えば、本明細書で提供される検出方法により検出するための試薬が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供される検出試薬は、標的核酸分子、例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、又はその断片若しくは一部分であるか、又はそれを含む核酸分子上のヌクレオチド配列と相補的であるヌクレオチド配列を含む核酸分子、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は混合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む。

【0463】

他の態様では、本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片を、例えば、本明細書で提供される検出方法により検出するための試薬が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供される検出試薬は、本開示の融合ポリペプチド又はその断片に特異的に結合する抗体又は抗体断片を含む。

【0464】

ベイト
一部の実施形態では、本明細書に記載される融合核酸分子に関与する遺伝子、例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子、及び／又は本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載される対応する遺伝子融合パートナーに対応する核酸は、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって（例えば、増幅された核酸から）捕捉される。本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の検出に好適なベイト分子が、本明細書で提供される。

【0465】

一部の実施形態では、ベイト分子は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片若しくは一部分を含む標的核酸分子にハイブリダイズするように構成された捕捉核酸分子を含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、標的核酸分子のＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子にハイブリダイズするように構成されている。

【0466】

一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の断片にハイブリダイズするように構成されている。一部の実施形態では、断片は、約５～約２５個のヌクレオチド、約５～約３００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、約１３０～約２３０個のヌクレオチド、又は約１５０～約２００個のヌクレオチドを含む（か、又はそれらである）。一部の実施形態では、断片は、約１００個のヌクレオチド、約１２５個のヌクレオチド、約１５０個のヌクレオチド、約１７５個のヌクレオチド、約２００個のヌクレオチド、約２２５個のヌクレオチド、約２５０個のヌクレオチド、約２７５個のヌクレオチド、又は約３００個のヌクレオチドの長さを含む（か、又はその長さである）。一部の実施形態では、断片は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の切断点又は融合接合部を含む。

【0467】

一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約５～約２５個のヌクレオチド、約５～約３００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、約１３０～約２３０個のヌクレオチド、又は約１５０～約２００個のヌクレオチドを含む（か、又はそれらである）。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１００個のヌクレオチド、約１２５個のヌクレオチド、約１５０個のヌクレオチド、約１７５個のヌクレオチド、約２００個のヌクレオチド、約２２５個のヌクレオチド、約２５０個のヌクレオチド、約２７５個のヌクレオチド、又は約３００個のヌクレオチドの長さを含む（か、又はその長さである）。

【0468】

一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の切断点にハイブリダイズするように構成されており、切断点のいずれかの側に隣接する約１０～約１００個又はそれ以上のヌクレオチド、例えば、約１０～約２０個、約２０～約３０個、約３０～約４０個、約４０～約５０個、約５０～約６０個、約６０～約７０個、約７０～約８０個、約８０～約９０個、若しくは約９０～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれかに更にハイブリダイズし得る。

【0469】

一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子のイントロン若しくはエクソンにおけるヌクレオチド配列、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子のイントロン若しくはエクソンを別の遺伝子（例えば、本明細書、例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に記載される対応する遺伝子融合パートナー）のイントロン若しくはエクソンに接合する切断点におけるヌクレオチド配列（例えば、プラス又はマイナス約１０～約２０個、約２０～約３０個、約３０～約４０個、約４０～約５０個、約５０～約６０個、約６０～約７０個、約７０～約８０個、約８０～約９０個、若しくは約９０～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれか）にハイブリダイズするように構成されている。

【0470】

一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＤＮＡ／ＲＮＡ分子である。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約５０～約１０００個のヌクレオチド、約５０～約５００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、約１３０～約２３０個のヌクレオチド、又は約１５０～２００個のヌクレオチドのうちのいずれかを含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約５０個のヌクレオチド～約１００個のヌクレオチド、約１００個のヌクレオチド～約１５０個のヌクレオチド、約１５０個のヌクレオチド～約２００個のヌクレオチド、約２００個のヌクレオチド～約２５０個のヌクレオチド、約２５０個のヌクレオチド～約３００個のヌクレオチド、約３００個のヌクレオチド～約３５０個のヌクレオチド、約３５０個のヌクレオチド～約４００個のヌクレオチド、約４００個のヌクレオチド～約４５０個のヌクレオチド、約４５０個のヌクレオチド～約５００個のヌクレオチド、約５００個のヌクレオチド～約５５０個のヌクレオチド、約５５０個のヌクレオチド～約６００個のヌクレオチド、約６００個のヌクレオチド～約６５０個のヌクレオチド、約６５０個のヌクレオチド～約７００個のヌクレオチド、約７００個のヌクレオチド～約７５０個のヌクレオチド、約７５０個のヌクレオチド～約８００個のヌクレオチド、約８００個のヌクレオチド～約８５０個のヌクレオチド、約８５０個のヌクレオチド～約９００個のヌクレオチド、約９００個のヌクレオチド～約９５０個のヌクレオチド、又は約９５０個のヌクレオチド～約１０００個のヌクレオチドのうちのいずれかを含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１０～約３０個のヌクレオチド、約５０～約１０００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、又は約１００～約２００個のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１５０個のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１５０個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１７０個のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、捕捉核酸分子は、約１７０個のヌクレオチドである。

【0471】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、標識、タグ、又は検出試薬を含む。一部の実施形態では、標識、タグ、又は検出試薬は、放射性標識、蛍光性標識、酵素標識、配列タグ、ビオチン、又は別のリガンドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、蛍光性マーカーなどの検出試薬を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、アフィニティータグ又は試薬、例えば、ベイトとベイトにハイブリダイズする核酸分子とによって形成されたハイブリッドの捕捉及び単離を可能にするアフィニティータグ又は試薬を含む（例えば、それにコンジュゲートしている）。一部の実施形態では、アフィニティータグ又は試薬は、抗体、抗体断片、ビオチン、又は当該技術分野で既知のいずれかの他の好適なアフィニティータグ又は試薬である。一部の実施形態では、ベイトは、溶液相ハイブリダイゼーションに好適である。

【0472】

ベイトは、当該技術分野で既知の方法、例えば、ＷＯ２０１２／０９２４２６Ａ１、及び／又はＦｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ（２０１３）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，３１：１０２３－１０３１に記載されている方法により産生及び使用され得、これらの文献は、参照により本明細書に組み込まれる。例えば、ビオチン化ベイト（例えば、ＲＮＡベイト）は、マイクロアレイ上で最初に合成された、合成された長いオリゴヌクレオチドのプールを得て、オリゴヌクレオチドを増幅してベイト配列を生成することによって生成することができる。一部の実施形態では、ベイトは、ベイト配列の一端にＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列を付加し、ＲＮＡポリメラーゼを使用してＲＮＡ配列を合成することによって生成される。一実施形態では、合成オリゴデオキシヌクレオチドのライブラリを、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．などの商業的供給業者から入手し、既知の核酸増幅方法を用いて増幅することができる。

【0473】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、約１００個のヌクレオチド～約３００個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、約１３０個のヌクレオチド～約２３０個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、約１５０個のヌクレオチド～約２００個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、標的特異的ベイト配列（例えば、本明細書に記載の捕捉核酸分子）と、各末端にユニバーサルテールと、を含む。一部の実施形態では、標的特異的配列、例えば、本明細書に記載される捕捉核酸分子は、約４０個のヌクレオチド～約３００個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、標的特異的配列、例えば、本明細書に記載される捕捉核酸分子は、約１００個のヌクレオチド～約２００個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、標的特異的配列、例えば、本明細書に記載される捕捉核酸分子は、約１２０個のヌクレオチド～約１７０個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、標的特異的配列、例えば、本明細書に記載される捕捉核酸分子は、約１５０個のヌクレオチド又は約１７０個のヌクレオチドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、約２００個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含み、そのうちの約１５０個のヌクレオチド又は約１７０個のヌクレオチドは、標的特異的であり（例えば、本明細書に記載の捕捉核酸分子）、他の５０個のヌクレオチド又は３０個のヌクレオチド（例えば、ベイトの各末端の２５個又は１５個のヌクレオチド）は、例えば、ＰＣＲ増幅に好適な、汎用的な任意のテール部である。

【0474】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベイトは、本明細書に記載される融合分子の他の遺伝子（例えば、本明細書、例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載される対応する遺伝子融合パートナー）のイントロン若しくはエクソン、並びに／又はイントロン及び／若しくはエクソンを接合する切断点における、本明細書に記載される融合分子の１つの遺伝子（例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子）のイントロン又はエクソンに対応するヌクレオチド配列にハイブリダイズする。

【0475】

本明細書に記載のベイトは、エクソン及び短い標的配列の選択に使用することができる。

【0476】

一部の実施形態では、本開示のベイトは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるものを有する核酸分子、例えば、ゲノム又は転写核酸分子、例えば、ｃＤＮＡ又はＲＮＡを、参照ヌクレオチド配列、例えば、切断点を有さないヌクレオチド配列と区別する。

【0477】

一部の実施形態では、ベイトは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの、及び切断点のいずれかの側における配列（例えば、切断点のいずれかの側における１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、又は１０個のヌクレオチドのうちのいずれか、あるいは切断点のいずれかの側における１～約５つ、約５つ～約１０個、約１０～約１５個、約１５～約２０個、約２０～約２５個、約２５～約３０個、約３０～約３５個、約３５～約４０個、約４０～約４５個、約４５～約５０個、約５０～約５５個、約５５～約６０個、約６０～約６５個、約７０～約７５個、約７５～約８０個、約８０～約８５個、約８５～約９０個、約９０～約９５個、若しくは約９５～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれか）にハイブリダイズする。

【0478】

プローブ
また、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の検出に好適なプローブ、例えば、核酸分子が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片若しくは一部分であるか、又はそれを含む標的核酸分子にハイブリダイズするように構成された核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブは、標的核酸分子の本開示の融合核酸分子、又はその断片若しくは一部分にハイブリダイズするように構成された核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブは、標的核酸分子の融合核酸分子の断片又は一部分にハイブリダイズするように構成された核酸配列を含む。一部の実施形態では、断片又はその一部分は、約５～約２５個のヌクレオチド、約５～約３００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、約１３０～約２３０個のヌクレオチド、又は約１５０～約２００個のヌクレオチドを含む。

【0479】

一部の実施形態では、プローブは、本開示の融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるものにハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含み、切断点のいずれかの側に隣接する約１０～約１００個又はそれ以上のヌクレオチド、例えば、約１０～約２０個、約２０～約３０個、約３０～約４０個、約４０～約５０個、約５０～約６０個、約６０～約７０個、約７０～約８０個、約８０～約９０個、若しくは約９０～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれかにハイブリダイズするように更に構成され得る。

【0480】

一部の実施形態では、プローブは、本明細書に記載される融合核酸分子に関与する遺伝子、例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子のイントロン若しくはエクソンにおけるヌクレオチド配列、又は遺伝子のイントロン若しくはエクソンを別の遺伝子（例えば、本明細書、例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載される対応する遺伝子融合パートナー）のイントロン若しくはエクソンに接合する切断点におけるヌクレオチド配列（例えば、プラス又はマイナス約１０～約２０個、約２０～約３０個、約３０～約４０個、約４０～約５０個、約５０～約６０個、約６０～約７０個、約７０～約８０個、約８０～約９０個、若しくは約９０～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれか）にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。

【0481】

一部の実施形態では、プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＤＮＡ／ＲＮＡ分子である核酸分子を含む。一部の実施形態では、プローブは、約１０～約２０個のヌクレオチド、約１２～約２０個のヌクレオチド、約１０～約１０００個のヌクレオチド、約５０～約５００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、約１３０～約２３０個のヌクレオチド、又は約１５０～約２００個のヌクレオチドのうちのいずれかを含む核酸分子を含む。一部の実施形態では、プローブは、１０個のヌクレオチド、１１個のヌクレオチド、１２個のヌクレオチド、１３個のヌクレオチド、１４個のヌクレオチド、１５個のヌクレオチド、１６個のヌクレオチド、１７個のヌクレオチド、１８個のヌクレオチド、１９個のヌクレオチド、２０個のヌクレオチド、２１個のヌクレオチド、２２個のヌクレオチド、２３個のヌクレオチド、２４個のヌクレオチド、２５個のヌクレオチド、２６個のヌクレオチド、２７個のヌクレオチド、２８個のヌクレオチド、２９個のヌクレオチド、又は３０個のヌクレオチドのうちのいずれかを含む核酸分子を含む。一部の実施形態では、プローブは、約４０個のヌクレオチド～約５０個のヌクレオチド、約５０個のヌクレオチド～約１００個のヌクレオチド、約１００個のヌクレオチド～約１５０個のヌクレオチド、約１５０個のヌクレオチド～約２００個のヌクレオチド、約２００個のヌクレオチド～約２５０個のヌクレオチド、約２５０個のヌクレオチド～約３００個のヌクレオチド、約３００個のヌクレオチド～約３５０個のヌクレオチド、約３５０個のヌクレオチド～約４００個のヌクレオチド、約４００個のヌクレオチド～約４５０個のヌクレオチド、約４５０個のヌクレオチド～約５００個のヌクレオチド、約５００個のヌクレオチド～約５５０個のヌクレオチド、約５５０個のヌクレオチド～約６００個のヌクレオチド、約６００個のヌクレオチド～約６５０個のヌクレオチド、約６５０個のヌクレオチド～約７００個のヌクレオチド、約７００個のヌクレオチド～約７５０個のヌクレオチド、約７５０個のヌクレオチド～約８００個のヌクレオチド、約８００個のヌクレオチド～約８５０個のヌクレオチド、約８５０個のヌクレオチド～約９００個のヌクレオチド、約９００個のヌクレオチド～約９５０個のヌクレオチド、又は約９５０個のヌクレオチド～約１０００個のヌクレオチドのうちのいずれかを含む核酸分子を含む。一部の実施形態では、プローブは、約１２～約２０個のヌクレオチドを含む核酸分子を含む。

【0482】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、標識又はタグを含む。一部の実施形態では、標識又はタグは、放射性標識（例えば、放射性同位体）、蛍光性標識（例えば、蛍光性化合物）、酵素標識、酵素補因子、配列タグ、ビオチン、又は別のリガンドである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、蛍光性マーカーなどの検出試薬を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、アフィニティータグ、例えば、プローブとプローブにハイブリダイズする核酸分子とによって形成されたハイブリッドの捕捉及び単離を可能にするアフィニティータグを含む（例えば、それにコンジュゲートしている）。一部の実施形態では、アフィニティータグは、抗体、抗体断片、ビオチン、又は当該技術分野で既知の任意の他の好適なアフィニティータグ又は試薬である。一部の実施形態では、プローブは、溶液相ハイブリダイゼーションに好適である。

【0483】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、本明細書で提供される融合核酸分子の検出方法により使用され得る。例えば、本明細書で提供されるプローブは、試料、例えば、個体から得られた試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を検出するために使用され得る。一部の実施形態では、プローブは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を発現する細胞又は組織を、例えば、融合核酸分子のレベルを測定することによって特定するために使用され得る。一部の実施形態では、プローブは、個体からの細胞の試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子のレベル、例えば、ｍＲＮＡレベルを検出するために使用され得る。

【0484】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるプローブは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子をもたらす再編成（例えば、欠失、逆位、挿入、重複、又は他の再編成）含む核酸分子に特異的にハイブリダイズする。

【0485】

一部の実施形態では、本開示のプローブは、本開示の融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるものを有する核酸、例えば、ゲノム又は転写核酸、例えば、ｃＤＮＡ又はＲＮＡを、参照ヌクレオチド配列、例えば、切断点を有さないヌクレオチド配列と区別する。

【0486】

また、アレル特異的プローブの単離対であって、例えば、対の第１のプローブが、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に特異的にハイブリダイズし、対の第２のプローブが、対応する野生型配列（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１核酸分子、並びに／又は本明細書、例えば、表１～６及び／若しくは本明細書での実施例に記載される遺伝子融合パートナーに対応する野生型核酸分子）に特異的にハイブリダイズする、アレル特異的プローブの単離対が、本明細書で提供される。プローブ対は、本明細書に記載される融合核酸分子のうちのいずれかのために設計及び産生され得、試料における体細胞変異の検出において有用である。一部の実施形態では、対の第１のプローブは、変異（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子をもたらす変化、再編成、逆位、重複、欠失、挿入、又は転座の切断点）に特異的にハイブリダイズし、対の第２のプローブは、変異の上流又は下流の配列に特異的にハイブリダイズする。

【0487】

一部の実施形態では、本明細書で提供される１つ以上のプローブは、インサイツハイブリダイゼーション方法、例えば、上記のもの、例えば、ＦＩＳＨにおける使用に好適である。

【0488】

（例えば、本明細書に記載のＦＩＳＨ方法で使用するための）染色体プローブは、典型的には、約５０～約１０^５個のヌクレオチド長である。より長いプローブは、典型的には、約１００～約５００個のヌクレオチドのより小さな断片を含む。セントロメアＤＮＡ及び遺伝子座特異的ＤＮＡとハイブリダイズするプローブは、例えば、Ｖｙｓｉｓ，Ｉｎｃ．（Ｄｏｗｎｅｒｓ Ｇｒｏｖｅ，Ｉｌｌ．）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）、又はＣｙｔｏｃｅｌｌ（Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ，ＵＫ）から市販されている。あるいは、プローブは、染色体若しくはゲノムＤＮＡから、標準的な技法によって非商業的に作製され得る。例えば、使用可能なＤＮＡの供給源としては、ゲノムＤＮＡ、クローンＤＮＡ配列、宿主の正常な染色体補体とともに１つの染色体、又は１つの染色体（例えば、ヒト染色体）の一部分を含有する体細胞ハイブリッド、並びにフローサイトメトリー若しくはマイクロダイセクションによって精製された染色体が挙げられる。目的の領域は、クローニングによって、又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による部位特異的増幅によって、単離され得る。本開示のプローブはまた、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又はそれを含むＲＮＡ分子、例えば、ｍＲＮＡ、例えば、ＲＮＡにハイブリダイズし得る。

【0489】

一部の実施形態では、プローブ、例えば、本明細書に記載されるＦＩＳＨ方法における使用のためのプローブは、細胞遺伝学的異常が、１つ以上の細胞において、例えば、本明細書で提供される１つ以上のプローブが結合した染色体又はＲＮＡの領域において存在するかを決定するために使用される。細胞遺伝学的異常は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子をもたらす細胞遺伝学的異常であり得る。そのような細胞遺伝学的異常の例としては、欠失（例えば、染色体全体の欠失、又は１つ以上の染色体の断片の欠失）、重複（例えば、染色体全体の重複、又は染色体全体よりも小さい領域の重複）、転座（例えば、非相互転座、均衡転座、相互転座）、染色体内逆位、点変異、欠失、遺伝子コピー数変化、生殖細胞系列変異、及び遺伝子発現レベル変化が挙げられるが、これらに限定されない。

【0490】

一部の実施形態では、プローブ、例えば、本明細書に記載されるＦＩＳＨ方法における使用のためのプローブは、プローブがハイブリダイズする染色体領域又はＲＮＡ上の領域が検出され得るように標識される。プローブは、典型的には、フルオロフォアで直接的に標識され、二次検出分子がなくてもプローブを可視化することが可能になる。プローブは、ニック翻訳、ランダムプライマー標識化、又はＰＣＲ標識化によって標識化することもできる。標識化は、蛍光性（直接）又はハプテン（間接的）標識化されたヌクレオチドを使用して達成され得る。標識の代表的で非限定的な例としては、ＡＭＣＡ－６－ｄＵＴＰ、ＣａｓｃａｄｅＢｌｕｅ－４－ｄＵＴＰ、フルオレセイン－１２－ｄＵＴＰ、ローダミン－６－ｄＵＴＰ、ＴｅｘａｓＲｅｄ－６－ｄＵＴＰ、Ｃｙ３－６－ｄＵＴＰ、Ｃｙ５－ｄＵＴＰ、ビオチン（ＢＩＯ）－１１－ｄＵＴＰ、ジゴキシゲニン（ＤＩＧ）－１１－ｄＵＴＰ、及びジニトロフェニル（ＤＮＰ）－１１－ｄＵＴＰが挙げられる。プローブはまた、プローブを可視化するために、ビオチン若しくはジゴキシゲニンで間接的に標識されてもよく、又は放射性同位体、例えば、^３２Ｐ及び^３Ｈで標識されてもよく、二次検出分子が使用されてもよく、又は更なる処理が実行されてもよい。例えば、ビオチンで標識されたプローブは、検出可能なマーカーにコンジュゲートされたアビジンによって検出することができ、例えば、アビジンを、アルカリホスファターゼ又はセイヨウワサビペルオキシダーゼなどの酵素マーカーにコンジュゲートしてもよい。酵素マーカーは、酵素の基質及び／又は触媒を使用して、標準的な比色反応で検出されてもよい。アルカリホスファターゼの触媒としては、５－ブロモ－４－クロロ－３－インドリルホスフェート及びニトロブルーテトラゾリウムが挙げられる。ジアミノベンゾエートを、セイヨウワサビペルオキシダーゼの触媒として使用することができる。プローブはまた、プローブをその標的にハイブリダイゼーションした後に、蛍光性標識又は他の標識が添加され、そのプローブが標的にハイブリダイズされたことを検出するように、調製され得る。例えば、ヌクレオチド配列に組み込まれた抗原性分子を有するプローブを使用することができる。ハイブリダイゼーションの後、これらの抗原性分子を、例えば、抗原性分子と反応性の特異的抗体を使用して、検出する。そのような抗体は、例えば、それ自身が蛍光色素を組み込んでいてもよく、又は結合した蛍光色素を有する第２の抗体を使用して検出することができる。蛍光性プローブの場合（例えば、ＦＩＳＨ技法に使用される）、各フルオロフォアに適したフィルタを備えた蛍光顕微鏡を用いて、又は複数のフルオロフォアを観察するために二重若しくは三重のバンドパスフィルタセットを使用することによって、蛍光を見ることができる。あるいは、フローサイトメトリーなどの技法を使用して、染色体プローブのハイブリダイゼーションパターンを試験することができる。

【0491】

一部の実施形態では、プローブは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）、及び切断点のいずれかの側における配列（例えば、切断点のいずれかの側における１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、又は１０個のヌクレオチドのうちのいずれか、あるいは切断点のいずれかの側における１～約５つ、約５つ～約１０個、約１０～約１５個、約１５～約２０個、約２０～約２５個、約２５～約３０個、約３０～約３５個、約３５～約４０個、約４０～約４５個、約４５～約５０個、約５０～約５５個、約５５～約６０個、約６０～約６５個、約７０～約７５個、約７５～約８０個、約８０～約８５個、約８５～約９０個、約９０～約９５個、若しくは約９５～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれか）にハイブリダイズする。

【0492】

オリゴヌクレオチド
一部の態様では、オリゴヌクレオチド、例えば、プライマーとして有用なオリゴヌクレオチドが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、プライマーは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片若しくは一部分であるか、又はそれを含む標的核酸分子にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸分子の融合核酸分子にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸分子の融合核酸分子の断片又は一部分にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。

【0493】

一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えば、プライマーは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含み、切断点のいずれかの側に隣接する約１０～約１２個、約１２～約１５個、約１５～約１７個、約１７～約２０個、約２０～約２５個、若しくは約２５～約３０個、又はそれ以上のヌクレオチドにハイブリダイズするように更に構成され得る。

【0494】

一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えば、プライマーは、本開示の融合核酸モルに関与する遺伝子（例えば、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１遺伝子）のイントロン若しくはエクソンにおけるヌクレオチド配列、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）、及び／又は別の遺伝子（例えば、本明細書、例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載される対応する遺伝子融合パートナー）のイントロン若しくはエクソンにハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。

【0495】

一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、融合核酸分子の断片又は一部分に対応するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、断片又はその一部分は、約１０～約３０個のヌクレオチド、約１２～約２０個のヌクレオチド、又は約１２～約１７個のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で提供される融合核酸分子と相補的なヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で提供される融合核酸分子の断片又は一部分と相補的なヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、断片又はその一部分は、約１０～約３０個のヌクレオチド、約１２～約２０個のヌクレオチド、又は約１２～約１７個のヌクレオチドを含む。

【0496】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）は、例えば、高ストリンジェンシー条件下で、オリゴヌクレオチドが、標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子に特異的にハイブリダイズするように、その標的ヌクレオチド配列に十分に相補的であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）は、重合反応（例えば、ＰＣＲ）を行うことを可能にする条件下で、オリゴヌクレオチドが、標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子に特異的にハイブリダイズするように、その標的ヌクレオチド配列に十分に相補的であるヌクレオチド配列を含む。

【0497】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）は、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）又は配列決定方法によってＤＮＡ合成を開始するのに有用であり得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片であるか、又はそれを含む核酸分子を、例えば、ＰＣＲを使用して増幅するために使用され得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で提供される融合核酸分子又はその断片であるか、又はそれを含む核酸分子を配列決定するために使用され得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）を含む核酸分子を、例えば、ＰＣＲを使用して増幅するために使用され得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）を含む核酸分子を配列決定するために使用され得る。

【0498】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）、又はその断片であるか、又はそれを含む核酸分子にハイブリダイズするように構成されている、オリゴヌクレオチドの対、例えば、プライマーの対が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドの対は、融合核酸分子又はその断片の増幅、例えば、ＰＣＲ反応を使用するその増幅を指示するために使用され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）を含む核酸分子にハイブリダイズするように構成されているオリゴヌクレオチドの対、例えば、プライマーの対であって、例えば、対応する融合核酸分子又はその断片の増幅、例えば、ＰＣＲ反応を使用するその増幅の指示における使用のためのオリゴヌクレオチドの対が、本明細書で提供される。

【0499】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）は、例えば、配列決定又は増幅方法において使用するための、一本鎖核酸分子である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖核酸分子である。一部の実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチドは、例えば、配列決定又は増幅方法において使用する前に、処理され、例えば、変性され、その２つの鎖を分離する。本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲ又は配列決定中に、それらの標的、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）、又はその断片にハイブリダイズし、伸長産物の合成をプライミングするのに十分な長さのヌクレオチド配列を含む。

【0500】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）は、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００個、又はそれより多くのデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約８個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約１０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約１２個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約１５個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約２０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約３０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０～約３０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０～約２５個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０～約２０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０～約１５個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１２～約２０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、約１７～約２０個のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドの長さ及びヌクレオチオド配列は、例えば、特定の用途（例えば、ＰＣＲ、配列決定ライブラリ調製、配列決定）、反応条件（例えば、緩衝液、温度）、及びオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列又はその標的相補配列のヌクレオチド組成などの因子に基づいて、当該技術分野で既知の方法に従って決定される。

【0501】

一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチド、例えば、プライマーは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点（例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）を有する核酸、例えば、ゲノム又は転写核酸、例えば、ｃＤＮＡ又はＲＮＡを、参照ヌクレオチド配列、例えば、切断点を有さないヌクレオチド配列と区別する。

【0502】

一態様では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）をもたらす細胞遺伝学的異常、例えば、変化、再編成、染色体逆位、欠失、転座、重複、又は他の再編成を含む核酸分子を増幅するためのプライマー又はプライマーセットが、本明細書で提供される。別の態様では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）をもたらす変化、再編成、染色体逆位、挿入、欠失、転座、重複、又は他の再編成を含む核酸分子を増幅するためのプライマー又はプライマーセットが、本明細書で提供される。ある特定の態様では、アレル特異的オリゴヌクレオチド、例えば、アレル特異的プライマーであって、対の第１のオリゴヌクレオチドが、変異（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）に特異的にハイブリダイズし、対の第２のオリゴヌクレオチドが、変異の上流又は下流の配列に特異的にハイブリダイズする、アレル特異的オリゴヌクレオチドが、本明細書で提供される。ある特定の態様では、オリゴヌクレオチドの対、例えば、プライマーの対であって、対の第１のオリゴヌクレオチドが、変異（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの）の上流の配列に特異的にハイブリダイズし、対の第２のオリゴヌクレオチドが、変異の下流の配列に特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドの対が、本明細書で提供される。

【0503】

一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えば、プライマーは、本明細書に記載される融合核酸分子の切断点、例えば、表３又は５～６のうちのいずれかに記載されるもの、及び切断点のいずれかの側における配列（例えば、切断点のいずれかの側における１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、又は１０個のヌクレオチドのうちのいずれか、あるいは切断点のいずれかの側における１～約５つ、約５つ～約１０個、約１０～約１５個、約１５～約２０個、約２０～約２５個、約２５～約３０個、約３０～約３５個、約３５～約４０個、約４０～約４５個、約４５～約５０個、約５０～約５５個、約５５～約６０個、約６０～約６５個、約７０～約７５個、約７５～約８０個、約８０～約８５個、約８５～約９０個、約９０～約９５個、若しくは約９５～約１００個、又はそれ以上のヌクレオチドのうちのいずれか）にハイブリダイズする。

【0504】

抗体
本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片に特異的に結合する、抗体又は抗体断片が、本明細書で提供される。

【0505】

抗体は、いずれかの好適なタイプの抗体のものあり得、好適なタイプの抗体は、抗体又は抗体断片が、特異的抗原結合活性、例えば、本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片に結合する特異的抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、又は抗体断片を含むが、これらに限定されない。

【0506】

一部の実施形態では、本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片は、本開示の１つ以上の抗体を、例えば、ポリクローナル及びモノクローナル抗体調製のための標準的な技法を使用して生成するための免疫原として使用される。一部の実施形態では、本明細書で提供される融合ポリペプチドは、本開示の１つ以上の抗体を、ポリクローナル及びモノクローナル抗体調製のための標準的な技法を使用して生成するための免疫原としての使用のための抗原ペプチド断片（例えば、少なくとも約８つ、少なくとも約１０個、少なくとも約１５個、少なくとも約２０個、少なくとも約３０個、又はそれ以上のアミノ酸のうちのいずれかを含むもの）を提供するために使用される。当該技術分野で既知であるように、本開示の抗体は、好適な（すなわち、免疫適格性）対象、例えば、ウサギ、ヤギ、マウス、又は他の哺乳動物若しくは脊椎動物を免疫化することによって調製され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、組換え発現又は化学合成ポリペプチド、例えば、本開示の融合ポリペプチド又はその断片、例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子（例えば、表１～６のうちのいずれか及び／又は本明細書での実施例に記載されるもの）によってコードされた融合ポリペプチド、又はその断片を含有することができる。調製物は、アジュバント、例えば、完全若しくは不完全フロイントアジュバント、又は同様の免疫刺激剤を更に含み得る。

【0507】

一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ポリクローナル抗体である。ポリクローナル抗体を産生する方法は、当該技術分野で既知である。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、モノクローナル抗体であり、抗体分子の集団は、特定のエピトープ、例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチド上のエピトープと免疫反応又は結合することが可能である１種の抗原結合部位のみを含有する。モノクローナル抗体の調製方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５－４９７によって最初に記載された標準的なハイブリドーマ技法、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技法（Ｋｏｚｂｏｒ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ ４：７２を参照されたい）、ＥＢＶ－ハイブリドーマ技法（Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．，ｐｐ．７７－９６ Ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，１９８５を参照されたい）、又はトリオーマ技法を使用する。ハイブリドーマを産生するための技術は、周知である（概して、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．編集，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４を参照されたい）。本開示のモノクローナル抗体はまた、目的のポリペプチド、例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片を有する組換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリ（例えば、抗体ファージディスプレイライブラリ）をスクリーニングすることによって特定及び単離され得る。ファージディスプレイライブラリを生成及びスクリーニングするためのキットは、市販されている（例えば、Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ Ｐｈａｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｙｓｔｅｍ、カタログ番号２７－９４００－０１、及びＳｔｒａｔａｇｅｎｅ ＳｕｒｆＺＡＰ Ｐｈａｇｅ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｋｉｔ、カタログ番号２４０６１２）。加えて、抗体ディスプレイライブラリの生成及びスクリーニングにおける使用に特に適した方法及び試薬の例は、例えば、米国特許第５，２２３，４０９号、国際公開第９２／１８６１９号、国際公開第９１／１７２７１号、国際公開第９２／２０７９１号、国際公開第９２／１５６７９号、国際公開第９３／０１２８８号、国際公開第９２／０１０４７号、国際公開第９２／０９６９０号、国際公開第９０／０２８０９号、Ｆｕｃｈｓ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：１３７０－１３７２、Ｈａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｈｕｍ．Ａｎｔｉｂｏｄ．Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ３：８１－８５、Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５－１２８１、及びＧｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ．１２：７２５－７３４に見出され得る。一実施形態では、本開示のモノクローナル抗体は、ヒト部分及び非ヒト部分の両方を含む、組換え抗体、例えば、キメラ及びヒト化モノクローナル抗体である。そのようなキメラ及び／又はヒト化モノクローナル抗体は、当該技術分野で既知の組換えＤＮＡ技法によって、例えば、国際公開第８７／０２６７１号、欧州特許出願第１８４，１８７号、欧州特許出願第１７１，４９６号、欧州特許出願第１７３，４９４号、国際公開第８６／０１５３３号、米国特許第４，８１６，５６７号、欧州特許出願第１２５，０２３号、Ｂｅｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０：１０４１－１０４３、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：３４３９－３４４３、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１－３５２６、Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：２１４－２１８、Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４７：９９９－１００５、Ｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４４６－４４９、Ｓｈａｗ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８０：１５５３－１５５９、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：１２０２－１２０７、Ｏｉ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４：２１４、米国特許第５，２２５，５３９号、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５５２－５２５、Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４、及びＢｅｉｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３－４０６０に記載されている方法を使用して産生され得る。一部の実施形態では、本開示のモノクローナル抗体は、ヒトモノクローナル抗体である。一実施形態では、ヒト化モノクローナル抗体は、当該技術分野で既知の方法を使用して、例えば、外因性免疫グロブリンの重鎖及び軽鎖遺伝子を発現することはできないが、ヒト重鎖及び軽鎖遺伝子を発現することができるトランスジェニックマウスを使用して、調製される。ヒト抗体を産生するためのこの技術の概要について、Ｌｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ（１９９５）Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５－９３を参照されたい。ヒト抗体及びヒトモノクローナル抗体を産生するためのこの技術、並びにそのような抗体を産生するためのプロトコルの詳細な考察について、例えば、米国特許第５，６２５，１２６号、米国特許第５，６３３，４２５号、米国特許第５，５６９，８２５号、米国特許第５，６６１，０１６号、及び米国特許第５，５４５，８０６号を参照されたい。

【0508】

一部の実施形態では、本開示の抗体又は抗体断片は、単離された抗体又は抗体断片であり、その天然環境又は抗体若しくは抗体断片を産生するために使用される細胞培養物の成分から分離されている。一部の実施形態では、本開示の抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）、又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）方法によって決定される場合、９５％又は９９％を超える純度まで精製される。

【0509】

一部の実施形態では、本開示の抗体は、標準的な技法、本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片を、標準的な技法、例えば、アフィニティークロマトグラフィー又は免疫沈降によって単離するために使用され得る。一部の実施形態では、本開示の抗体は、例えば、組織試料、細胞可溶化物、又は細胞上清において、本明細書で提供される融合ポリペプチド又はその断片を検出して、融合ポリペプチドの発現のレベル及び／又はパターンを評価するために使用され得る。検出は、検出可能な基質に抗体をカップリングすることによって促進することができる。したがって、一部の実施形態では、本開示の抗体を、検出可能な基質、例えば、酵素、補欠分子族、蛍光性材料、発光性材料、生物発光性材料、及び放射性材料にカップリングする。好適な酵素の非限定的な例としては、例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、又はアセチルコリンエステラーゼが挙げられ、好適な補欠分子族複合体の例としては、例えば、ストレプトアビジン／ビオチン及びアビジン／ビオチンが挙げられ、好適な蛍光性材料の例としては、例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、又はフィコエリトリンが挙げられ、発光性材料の例としては、ルミノールが挙げられるが、これに限定されず、生物発光性材料の例としては、例えば、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、及びエクオリンが挙げられ、好適な放射性材料の例としては、例えば、^１２５Ｉ、^１３１Ｉ、^３５Ｓ、又は^３Ｈが挙げられる。

【0510】

本開示の抗体又は抗体断片はまた、診断的に使用され得、例えば、組織又は体液において（例えば、腫瘍細胞含有組織又は体液において）、タンパク質レベル（例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチドのタンパク質レベル）を、例えば、本明細書で提供される方法により検出及び／又は監視するため使用され得る。

【0511】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、又は０．００１ｎＭ以下（例えば、１０^－８Ｍ以下、例えば、１０^－８Ｍ～１０^－１３Ｍ、例えば、１０^－９Ｍ～１０^－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。抗体親和性（例えば、Ｋｄ）を測定する方法は、当該技術分野で既知であり、放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）及びＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを含む、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体親和性（例えば、Ｋｄ）は、本開示の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原（例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチド）を使用して決定される。一部の実施形態では、ＲＩＡは、本開示の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原（例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチド）で実行され得る。

【0512】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆｖ、及び単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）断片、並びに本明細書に記載される又は当該技術分野で既知の他の断片を含むが、これらに限定されない。

【0513】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ダイアボディである。ダイアボディは、二価又は二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、トリアボディ又はテトラボディである。

【0514】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、シングルドメイン抗体である。シングルドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て若しくは一部分、又は軽鎖可変ドメインの全て若しくは一部分を含む抗体断片である。ある特定の実施形態では、シングルドメイン抗体は、ヒトシングルドメイン抗体である。

【0515】

抗体断片は、当該技術分野で既知であり、また、本明細書に記載されるように、限定されないが、インタクト抗体のタンパク質分解消化、及び組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ又はファージ）による産生を含む、様々な技法によって作製され得る。

【0516】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又は非ヒト霊長類、例えば、サルに由来する可変領域）と、ヒト定常領域と、を含む。更なる例では、キメラ抗体は、「クラススイッチした」抗体であり、抗体のクラス又はサブクラスが、親抗体のクラス又はサブクラスから変化している。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。

【0517】

ある特定の実施形態では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しつつ、ヒトに対する免疫原性を低減するようにヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部分）が非ヒト抗体に由来し、フレームワーク領域（ＦＲ）（又はその一部分）がヒト抗体配列に由来する、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意選択的に、ヒト定常領域の少なくとも一部分を含む。一部の実施形態では、ヒト化抗体中の一部のＦＲ残基は、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基の由来となる抗体）からの対応する残基で置換され、例えば、抗体特異性又は親和性を回復するか、又は改善する。ヒト化抗体、及びそれを作製する方法は、当該技術分野で既知である。ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域としては、限定されないが、「ベストフィット（ｂｅｓｔ－ｆｉｔ）」方法を使用して選択されたフレームワーク領域、軽鎖若しくは重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域、ヒト成熟（体細胞変異した）フレームワーク領域、又はヒト生殖細胞系列フレームワーク領域、及びＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域が挙げられる。

【0518】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で既知の様々な技法を使用して産生され得る。例えば、ヒト抗体は、抗原曝露に応答してインタクトなヒト抗体、又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製され得る。そのような動物は、典型的には、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て若しくは一部分を含有し、それらは内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えているか、又は染色体外で存在するか、又は動物の染色体に無作為に組み込まれ得る。そのようなトランスジェニック動物（例えば、マウス）では、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に、不活性化されている。そのような動物によって生成されるインタクト抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、更に修飾され得る。ヒト抗体はまた、当該技術分野で既知のハイブリドーマベースの方法によって、例えば、ヒトモノクローナル抗体の産生のための既知のヒト骨髄腫及びマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞株を使用して作製され得る。ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。次いで、そのような可変ドメイン配列を、所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。ヒト抗体を抗体ライブラリから選択するための技法は、当該技術分野で既知であり、本明細書に記載される。

【0519】

本開示の抗体は、所望の１つ以上の活性を有する抗体について、コンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージディスプレイライブラリを生成し、所望の結合特徴を保有する抗体について、そのようなライブラリをスクリーニングするための様々な方法が、当該技術分野で既知である。ある特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別個にクローニングし、ファージライブラリにおいて無作為に組み合わせ、次いで、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、典型的には、一本鎖Ｆｃ（ｓｃＦｖ）断片として、又はＦａｂ断片として、抗体断片を提示する。免疫付与された供給源からのライブラリは、ハイブリドーマを構築する必要なく、免疫原に対する高親和性抗体を提供する。あるいは、天然抗体のレパートリーは、単一の抗体源から多種多様な非自己、また自己の抗原を免疫付与することなく提供するように（例えば、ヒトから）クローン化され得る。天然ライブラリはまた、幹細胞から再配列されていないＶ－遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して、高度に可変性のＣＤＲ３領域を増幅させ、インビトロでの再配列を達成することによって、合成的に作製され得る。ヒト抗体ライブラリから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書のヒト抗体又はヒト抗体断片とみなされる。

【0520】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位又は少なくとも２つの異なる抗原に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である。例えば、結合特異性のうちの１つは、本開示の融合ポリペプチドへの結合特異性であることができ、他の結合特異性は、いずれかの他の抗原への結合特異性であることができる。多重特異性抗体は、完全長抗体として、又は抗体断片として、調製され得る。多重特異性抗体を作製するための技法は、当該技術分野で既知であり、限定されないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖－軽鎖対の組換え共発現、及び「ノブインホール（ｋｎｏｂ－ｉｎ－ｈｏｌｅ）」操作が挙げられる。多重特異性抗体はまた、ヘテロダイマーＦｃを作製するために静電的ステアリング効果を操作すること（例えば、定常領域内に変異を導入することによって）、２つ以上の抗体又は断片を架橋させること、ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を生成すること、二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術を使用すること、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ダイマーを使用すること、及び三重特異性抗体を調製することによって、作製され得る。「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も、本開示に含まれる。本開示の抗体又は抗体断片はまた、「二重作用性ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」、例えば、本開示の融合ポリペプチド及び別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含むＤＡＦを含む。

【0521】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。本開示の抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、又はペプチド合成によって、調製され得る。そのような修飾としては、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又は挿入、及び／又は置換が挙げられる。最終的な抗体に到達するように、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせを作製することができるが、最終抗体が所望な特徴（例えば、抗原結合）を有する場合に限る。

【0522】

ある特定の実施形態では、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換変異のための目的の部位としては、ＨＶＲ及びＦＲが挙げられる。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入されてもよく、産物を、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、又は改善若しくは低減した抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）、及び／又は補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）についてスクリーニングし得る。

【0523】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体を、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少するように変化させる。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、抗体のアミノ酸配列を変化させることによって簡便に達成されてもよく、その結果、１つ以上のグリコシル化部位が作成されるか、又は除去される。二等分オリゴ糖を有する抗体バリアントが更に提供され、例えば、抗体のＦｃ領域に接続した二分岐オリゴ糖が、ＧｌｃＮＡｃによって二等分される。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、増加したフコシル化を有し得る。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、低減したフコシル化を有し得る。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、減少したＡＤＣＣ機能を有し得る。Ｆｃ領域に接続したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体バリアントも提供される。そのような抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、増加したＣＤＣ機能を有し得る。一部の実施形態では、本開示の抗体バリアントは、減少したＣＤＣ機能を有し得る。

【0524】

ある特定の実施形態では、１つ以上のアミノ酸修飾は、本開示の抗体のＦｃ領域に導入されてもよく、それによって、Ｆｃ領域バリアントが生成する。Ｆｃ領域バリアントは、１つ以上のアミノ酸位置におけるアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。

【0525】

ある特定の実施形態では、本開示は、一部ではあるが全てではないエフェクター機能を保有し、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能（例えば、ＣＤＣ及びＡＤＣＣ）は不必要であるか、又は有害である用途にとって望ましい候補になる、抗体バリアントを企図する。インビトロ及び／インビボでの細胞傷害性アッセイを行い、ＣＤＣ及びＡＤＣＣ活性の低減／喪失を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを行い、抗体が、Ｆｃ－ガンマ－Ｒ結合を欠く（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠く可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にし得る。ＡＤＣＣを媒介する初代細胞（例えば、ＮＫ細胞）は、Ｆｃ－ガンマ－ＲＩＩＩのみを発現し、一方、単球は、Ｆｃ－ガンマ－ＲＩ、Ｆｃ－ガンマ－ＲＩＩ及びＦｃ－ガンマ－ＲＩＩＩを発現する。低減したエフェクター機能を有する抗体としては、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものが挙げられる。そのようなＦｃ変異体は、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７、及び３２７のうちの２つ以上における置換を有するＦｃ変異体を含み、これらのＦｃ変異体は、アラニンへの残基２６５及び２９７の置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む。ＦｃＲへの改善又は低減した結合を有する抗体バリアントも、本開示に含まれる。ある特定の実施形態では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換（例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４での置換）を有するＦｃ領域を含む。一部の実施形態では、Ｆｃ領域残基のナンバリングは、残基のＥＵナンバリングに従う。一部の実施形態では、変化した（例えば、改善又は低減した）Ｃ１ｑ結合及び／又はＣＤＣを生じる変化が、Ｆｃ領域において作製される。一部の実施形態では、本開示の抗体は、例えば、ＲｃＲｎに対するＦｃ領域の結合を改善する１つ以上の置換を含む、増加した半減期、及び新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）に対する改善された結合を有する抗体を含む。そのようなＦｃバリアントとしては、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、又は４３４のうちの１つ以上における置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を有するものを含む。また、Ｆｃ領域バリアントの他の例について、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、及びＷＯ９４／２９３５１を参照されたい。

【0526】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作された抗体、例えば、「チオＭＡｂ」である。一部の実施形態では、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で起こる。これらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、これを使用して、他の部分（例えば、薬物部分又はリンカー－薬物部分）に抗体をコンジュゲートし、例えば、本明細書に更に記載されるように、免疫コンジュゲートを作成し得る。ある特定の実施形態では、以下の残基のうちの任意の１つ以上が、システインで置換されてもよい。軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔナンバリング）、重鎖のＡ１１８（ＥＵナンバリング）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵナンバリング）。システイン操作された抗体は、当該技術分野で既知の任意の好適な方法を使用して生成され得る。

【0527】

一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体又は抗体断片は、標識又はタグを含む。一部の実施形態では、標識又はタグは、放射性標識、蛍光性標識、酵素標識、配列タグ、ビオチン、又は他のリガンドである。標識又はタグの例としては、６ｘＨｉｓタグ、ビオチンタグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）タグ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）タグ、ｃ－ｍｙｃタグ、ＦＬＡＧタグ、チオレドキシンタグ、Ｇｌｕタグ、Ｎｕｓタグ、Ｖ５タグ、カルモジュリン結合タンパク質（ＣＢＰ）タグ、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）タグ、キチンタグ、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）タグ、ＨＲＰタグ、ビオチンカボキシルキャリアータンパク質（ＢＣＣＰ）タグ、カルモジュリンタグ、Ｓタグ、Ｓｔｒｅｐタグ、ヘムオグルチニン（ＨＡ）タグ、ジゴキシゲニン（ＤＩＧ）タグ、ＤｓＲｅｄ、ＲＦＰ、ルシフェラーゼ、短いテトラシステインタグ、Ｈａｌｏ－ｔａｇ、及びＮｕｓタグが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、標識又はタグは、検出剤、例えば、蛍光性分子、又はアフィニティー試薬若しくはタグを含む。

【0528】

一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体又は抗体断片は、薬物分子、例えば、本明細書に記載の抗がん剤、又はメルタンシン若しくはモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）などの細胞傷害性剤にコンジュゲートされる。

【0529】

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体又は抗体断片は、更なる非タンパク質性部分を含有するように更に修飾され得る。そのような部分は、抗体の誘導体化に好適なものであってもよく、例えば、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ－１，３－ジオキソラン、ポリ－１，３，６－トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストラン又はポリ（ｎ－ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレン（ｐｒｏｐｒｏｐｙｌｅｎｅ）グリコールホモポリマー、プロイルプロピレンオキシド（ｐｒｏｌｙｐｒｏｐｙｌｅｎｅ ｏｘｉｄｅ）／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒド、及びそれらの混合物が挙げられる。ポリマーは、任意の分子量のものであってもよく、分枝又は非分枝であってもよい。抗体に接続したポリマーの数は、変化してもよく、１つより多いポリマーが接続する場合、ポリマーは、同じ又は異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／又はタイプは、限定されないが、改善される抗体の特定の特性若しくは機能、又は抗体誘導体が、定義された条件下で療法に使用されるかどうかを含む考慮事項に基づいて決定され得る。一部の実施形態では、例えば、抗体に近接する細胞が死滅される温度までの放射線を使用して、抗体を選択的に加熱するための方法で使用するために、カーボンナノチューブにコンジュゲートされた抗体が本明細書で提供される。
（ｉｖ）試料

【0530】

様々な材料が、本開示の方法のうちのいずれか、例えば、本開示の融合核酸分子若しくは融合ポリペプチド、又はその断片の検出方法における使用のための試料の供給源であってもよく、又はこれらの試料として機能してもよい。

【0531】

例えば、試料は、固形組織、例えば、新鮮、凍結、及び／若しくは保存器官、組織試料、生検（例えば、腫瘍、組織、又は液体生検）、切除、スメア、又は吸引液からの固形組織；擦過物；骨髄又は骨髄検体；骨髄吸引液；血液又はいずれかの血液構成物；血液細胞；体液、例えば、脳脊髄液、羊水、尿、唾液、痰、腹膜液、又は間質液；胸水；腹水；組織又は細針生検試料；手術検体；細胞含有体液；浮動核酸；便；リンパ液；婦人科学的流体；皮膚スワブ；腟スワブ；口腔スワブ；鼻腔スワブ；洗液又は洗浄液、例えば、管洗浄液又は気管支肺胞洗浄液；個体の妊娠又は発達におけるいずれかの時点からの細胞；がん又は腫瘍からの細胞；他の体液、分泌物、及び／若しくは排泄物、並びに／又はそれらからの細胞であってもよく、又はそれらに由来してもよい。一部の実施形態では、試料は、個体から得られた細胞であるか、又はそれを含む。一部の実施形態では、試料は、血液又は血液構成物、例えば、液体生検から得られたものであるか、又はそれに由来する。一部の実施形態では、試料は、腫瘍試料であるか、又はそれに由来する。一部の実施形態では、試料は、生体組織若しくは生体液であるか、又はそれを含む。一部の実施形態では、試料は、自然における試料の供給源と自然に混合されない化合物、例えば、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養剤、又は抗生物質などを含有することができる。一部の実施形態では、試料は、凍結試料として、又はホルムアルデヒド若しくはパラホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織調製物として保存される。一部の実施形態では、試料は、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。

【0532】

一実施形態では、試料は、腫瘍に関連する１つ以上の細胞、例えば、腫瘍細胞又は腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む。一実施形態では、試料は、１つ以上の前悪性細胞又は悪性細胞を含む。一実施形態では、試料は、血液悪性腫瘍（又は前悪性腫瘍）、例えば本明細書に記載の血液悪性腫瘍（又は前悪性腫瘍）から取得される。一実施形態では、試料は、がん、例えば、本明細書に記載のがんから取得される。一部の実施形態では、試料は、固形腫瘍、軟部組織腫瘍、又は転移性病変から取得される。他の実施形態では、試料は、手術縁からの組織又は細胞を含む。一実施形態では、試料は、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液であるか、又はそれの液体生検から取得される。一部の実施形態では、試料は、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／又は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、例えば、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液の生検からのものを含む。別の実施形態では、試料は、１つ以上の循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）（例えば、血液試料から取得されたＣＴＣ）を含む。一実施形態では、試料は、腫瘍又はがんに関連しない細胞、例えば、非腫瘍若しくは非がん細胞、又は末梢血リンパ球である。

【0533】

一部の実施形態では、試料は、いずれかの適切な手段によって目的の供給源から直接得られた一次試料である。例えば、一部の実施形態では、一次生物学的試料は、生検（例えば、細針吸引若しくは組織生検）、手術、又は体液の採取（例えば、血液、リンパ液若しくは糞便）などから選択される方法によって得られる。一部の実施形態では、文脈から明らかなように、「試料」という用語は、一次試料を処理（例えば、１つ以上の成分を除去することによって、及び／又は１つ以上の薬剤を添加することによって）することによって得られる調製物を指す。そのような処理された試料は、例えば、試料から抽出された核酸（例えば、本明細書で提供される融合核酸分子の検出方法のうちのいずれかにおける使用のためのもの）又はタンパク質（例えば、本明細書で提供される融合ポリペプチドの検出方法のうちのいずれかにおける使用のためのもの）、あるいは一次試料を、増幅方法、ｍＲＮＡの逆転写、又はある特定の構成要素、例えば、核酸及び／若しくはタンパク質の単離及び／若しくは精製などの技法に供することによって得られた核酸又はタンパク質を含み得る。

【0534】

一部の実施形態では、試料は、核酸、例えばゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、又はｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、試料は、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。一部の実施形態では、試料は、セルフリーＲＮＡ（ｃｆＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、試料は、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む。ある特定の実施形態では、核酸は、精製又は単離される（例えば、それらの自然状態から除去される）。一部の実施形態では、試料は、腫瘍又はがん核酸、例えば、腫瘍若しくはがん試料からの核酸、例えば、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、若しくはＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、又は液体生検からの核酸、例えば、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、若しくは唾液からのｃｔＤＮＡを含む。ある特定の実施形態では、腫瘍若しくはがん核酸試料、又はｃｔＤＮＡ試料は、精製又は単離される（例えば、それは、その自然状態から除去される）。

【0535】

一部の実施形態では、試料は、腫瘍又はがんタンパク質又はポリペプチド、例えば、腫瘍若しくはがん試料からのタンパク質若しくはポリペプチド、又は液体生検、例えば、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、若しくは唾液からのタンパク質若しくはポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、タンパク質又はポリペプチドは、精製又は単離される（例えば、それらの自然状態から除去される）。

【0536】

一部の実施形態では、試料は、がん（例えば、本明細書に記載のがん）を有する個体から得られる。一部の実施形態では、試料は、本開示の融合核酸分子又は融合ポリペプチドを含む。

【0537】

一部の実施形態では、試料は、対照試料又は参照試料、例えば、本明細書に記載される融合核酸分子又は融合ポリペプチドを含有しないものである。ある特定の実施形態では、参照試料は、精製又は単離される（例えば、それは、その自然状態から除去される）。ある特定の実施形態では、参照又は対照試料は、本明細書に記載される融合核酸分子又は融合ポリペプチドのうちのいずれかの野生型又は非変異型核酸分子又はポリペプチド対応物を含む。他の実施形態では、参照試料は、同じ又は異なる個体からの非腫瘍又はがん試料、例えば、血液対照、正常隣接腫瘍（ＮＡＴ）、又はいずれかの他の非がん試料からのものである。

【0538】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子は、個体から得られた試料、例えば、腫瘍若しくはがん試料、正常隣接組織（ＮＡＴ）試料、組織試料、又は血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、若しくは唾液試料から単離されたゲノム若しくはサブゲノムＤＮＡ断片、又はＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む試料において検出される。一部の実施形態では、試料は、ｍＲＮＡ試料に由来するか、又はｍＲＮＡを含む試料に由来するｃＤＮＡを含む。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子は、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、セルフリーＲＮＡ、及び／又は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む試料において検出される。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子は、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／又は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む試料において検出される。一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子は、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む試料において検出される。

【0539】

Ｃ．抗がん療法
本開示のある特定の態様は、抗がん療法、及び抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定するための方法、がんを有する個体のための治療を選択するための方法、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定するための方法、がんを有する個体の生存を予測するための方法、がんを治療する若しくはその進行を遅らせるための方法、がんを有する個体を監視、評価、若しくはスクリーニングするための方法、個体におけるがんの存在若しくは非存在を検出するための方法、個体におけるがんの進行若しくは再発を監視するための方法、又はがんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行うための方法に関する。本開示はまた、抗がん療法のための使用（例えば、個体におけるがんを治療する若しくはその進行を遅らせる方法、又はがんを治療する若しくはその進行を遅らせるための医薬を製造するための方法におけるそれらのための使用）を提供する。一部の事例では、本開示の方法は、生成されたゲノム及び／又は配列決定変異プロファイルに基づいて、個体に抗がん療法を投与すること又は抗がん療法を適用することを含むことができる。抗がん療法とは、がん細胞の治療において有効である化合物を指し得る。抗がん剤又は抗がん療法の例としては、アルキル化剤、代謝拮抗薬、自然産物、ホルモン、化学療法、放射線療法、免疫療法、手術、又は特異的細胞シグナル伝達経路における欠陥、例えば、ＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路における欠陥を標的とするように構成された療法が挙げられるが、これらに限定されない。

【0540】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、本開示の融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんのための治療、臨床治験において試験されているがんのための治療、標的療法、本開示の融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんのための臨床治験において試験されている治療、又はそれらの任意の組み合わせ、例えば、更に詳細に以下に記載されるものである。一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載される又は当該技術分野で既知のキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、核酸は、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド（例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド）の発現を阻害する。

【0541】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、ＡＬＫ標的療法、例えば、本明細書に記載される又は当該技術分野で既知のものである。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＡＬＫ標的療法、臨床治験において試験されているＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＡＬＫ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＡＬＫポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、クリゾチニブ、アレクチニブ（ＡＦ８０２、ＣＨ５４２４８０２）、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、ＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）、ＣＴ－７０７、ＷＸ－０５９３、アルコチニブ、ＳＩＭ１８０３－１Ａ、ＰＬＢ１００３、ＳＡＦ－１８９ｓ、ＰＦ０３４４６９６２、ＴＱ－Ｂ３１０１、ＡＰＧ－２４４９、Ｘ－３７６、ＣＥＰ－２８１２２、及びＧＳＫ１８３８７０５Ａのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＡＬＫ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ標的療法は、ＡＬＫキナーゼ阻害剤、例えば、ＷＯ２００５／０１６８９４の実施例３～３９に記載されているものであり、この文献は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0542】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＢＲＡＦ標的療法である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＢＲＡＦ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ標的療法、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるセリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＢＲＡＦ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＢＲＡＦポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＢＲＡＦ標的療法は、ソラフェニブ、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ－３６０３、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６）、エンコラフェニブ（ＬＧＸ８１８）、ＧＤＣ－０８７９、ＲＡＦ２６５、ＸＬ２８１、ＡＲＱ７３６、ＢＡＹ７３－４５０６、ベムラフェニブ（例えば、Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））、コビメチニブ（例えば、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（登録商標））、ビニメチニブ（例えば、Ｍｅｋｔｏｖｉ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、セルメチニブ（例えば、Ｋｏｓｅｌｕｇｏ（登録商標））、トラメチニブ（例えば、Ｍｅｋｉｎｉｓｔ（登録商標））、又はＢＡＹ ４３－９００６のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＢＲＡＦ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0543】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＧＦＲ標的療法である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＧＦＲ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ標的療法、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ標的療法は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＥＧＦＲ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0544】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＥＲＢＢ２標的療法である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２標的療法、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＥＲＢＢ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＲＢＢ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＥＲＢＢ２標的療法は、アファチニブ、ＴＡＫ－２８５、ネラチニブ、ダコミチニブ、ＢＭＳ－６９０５１４、ＢＭＳ－５９９６２６、ペリチニブ、ＣＰ－７２４７１４、ラパチニブ、ＴＡＫ－１６５、ＡＲＲＹ－３８０、ＡＺＤ８９３１、ＡＶ－２０３、ＡＭＧ－８８８、ＭＭ－１１１、ＭＭ－１２１、ＭＭ－１４１、ＬＪＭ７１６、ＲＥＧＮ１４００、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、ＲＧ７１１６、トラスツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ペルツズマブ、カネルチニブ（ＣＩ－１０３３）、又はＡＰＣ ８０２４のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＥＲＢＢ２融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0545】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ１標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ１標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３、例えば、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＦＧＦＲ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0546】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ２標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ２特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ２標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３、例えば、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ホルモノネチン、ＲＯ４３８３５９６、Ｋｉ２３０５７、ＳＵ５４０２、ＲＬＹ－４００８、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＦＧＦＲ２融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0547】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＦＧＦＲ３標的療法である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ３特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＦＧＦＲ３ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＦＧＦＲ３標的療法は、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ（例えば、Ｐｅｍａｚｙｒｅ（登録商標）、ＩＮＣＢ０５４８２８）、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３、例えば、Ｂａｌｖｅｒｓａ（登録商標））、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ＰＫＣ４１２、ボファタマブ（Ｂ－７０）、パゾパニブ（例えば、Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、又はＭＦＧＲ１８７７Ｓのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＦＧＦＲ３融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0548】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＭＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＭＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＭＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＭＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＭＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＭＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＭＥＴ標的療法は、チバンチニブ、カボザンチニブ、クリゾチニブ、ＰＨＡ－６６５７５２、及び／又はカプマチニブ（ＩＮＣ２８０）を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＭＥＴ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0549】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＮＴＲＫ１標的療法である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１標的療法、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＮＴＲＫ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＮＴＲＫ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）を含む。一部の実施形態では、ＮＴＲＫ１標的療法は、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）、ＡＧ ８７９（チロホスチンＡＧ ８７９）、抗ＴｒＫ抗体、ＡＲＲＹ ９５４、ＡＲ５２３、ＡＺ－２３、ＡＺ６２３、ベンゾトリアゾール、ＣＥＰ－２５６３、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１又はＮＭＳ－Ｅ６２８としても既知）、ＤＳ－６０５１、ＧＮＦ ５８３７、ＧＷ ４４１７５６、インデノピロロカルボアゾール１２ａ、イソチアゾール５ｎ、ラロトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１０１又はＡＲＲＹ－４７０として以前に既知）、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、セリトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１９５）、大環状化合物、ＯＮＯ－５３９０５５６、オキシインドール３、ペグカントラチニブ（ＳＮＡ－１２０）、ＰＨＡ－８４８１２５、ＰＬＸ７４８６、ピラゾール誘導体、ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、ピリドカルバゾール、ピリドキナゾリニル、ピリドトリアゾール、ピロリジニルチオ尿素、ピロリジニル尿素、ピロロ［２；３－ｄ］ピリミジン、キナゾリニル、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、Ｒｏ ０８－２７５０、置換ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）、ＳＮＡ－１２５、タビレルミド、チアゾール２０ｈ、Ｆ１７７５２、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ドビチニブ、ＯＮＯ－７５７９、及び／又はＶＭＤ－９２８のうちの１つ以上を含む。

【0550】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＡＦ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＡＦ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＡＦ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＡＦ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるセリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＡＦ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＡＦ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＡＦ１標的療法は、ソラフェニブ（ＢＡＹ４９－９００６）、ビニメチニブ（例えば、Ｍｅｋｔｏｖｉ（登録商標））、コビメチニブ（例えば、Ｃｏｔｅｌｌｉｃ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、トラメチニブ（例えば、Ｍｅｋｉｎｉｔ（登録商標））、又はＲＡＦ２６５のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＲＡＦ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0551】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＥＴ標的療法である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＲＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＥＴ特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＥＴ標的療法は、セルペルカチニブ（例えば、Ｒｅｔｅｖｍｏ（登録商標））、プラルセチニブ（例えば、Ｇａｖｒｅｔｏ（登録商標））、アレクチニブ（例えば、Ａｌｅｃｅｎｓａ（登録商標））、カボザンチニブ（例えば、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（登録商標））、レンバチニブ（例えば、Ｌｅｎｖｉｍａ（登録商標））、ポナチニブ（例えば、Ｉｃｌｕｓｉｇ（登録商標））、レゴラフェニブ（例えば、Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、ソラフェニブ（例えば、Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、スニチニブ（例えば、Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、又はバンデタニブ（例えば、Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））のうちの１つ以上を含む。

【0552】

一部の実施形態では、核酸は、本開示のＲＥＴ融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0553】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるＲＯＳ１標的療法である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＯＳ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＯＳ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＯＳ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるチロシンキナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるマルチキナーゼ阻害剤又はＲＯＳ１特異的阻害剤である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＲＯＳ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する。一部の実施形態では、ＲＯＳ１標的療法は、クリゾチニブ（例えば、Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ロルラチニブ（例えば、Ｌｏｒｂｒｅｎａ（登録商標））、ＴＱ－Ｂ３１３９、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、ブリグチニブ（例えば、Ａｌｕｎｂｒｉｇ（登録商標））、カボザンチニブ（例えば、Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（登録商標））、セリチニブ（例えば、Ｚｙｋａｄｉａ（登録商標））、又はエヌトレクチニブのうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、核酸は、本開示のＲＯＳ１融合核酸分子又はポリペプチドの発現を阻害する。

【0554】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、追加の抗がん療法との組み合わせで投与される。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの抗がん療法である。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、小分子阻害剤、化学療法剤、がん免疫療法、抗体、細胞療法、核酸、手術、放射線療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、抗炎症療法、抗腫瘍剤、成長阻害剤、細胞傷害性剤、ワクチン、小分子アゴニスト、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0555】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４を阻害する。一部の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、サイクリンＤ／ＣＤＫ４を阻害する。一部の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、（ａ）ＣＤＫ４の１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ＣＤＫ４の１つ以上の活性を（例えば、ＣＤＫ４に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ＣＤＫ４に結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＣＤＫ４を発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ＣＤＫ４の発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４及びＣＤＫ６を阻害する。一部の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４の小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。ＣＤＫ阻害剤の非限定的な例としては、パルボシクリブ、リボシクリブ、及びアベマシクリブ、並びにそれらの薬学的に許容される塩が挙げられる。

【0556】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、マウス二重微小２相同体（ＭＤＭ２）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＭＤＭ２阻害剤は、（ａ）（例えば、ｐ５３に結合する）ＭＤＭ２の１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ＭＤＭ２の１つ以上の活性を（例えば、ＭＤＭ２に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ＭＤＭ２に結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＭＤＭ２を発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ＭＤＭ２の発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ＭＤＭ２阻害剤は、ＭＤＭ２の小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。ＭＤＭ２阻害剤の非限定的な例としては、ヌトリン－３ａ、ＲＧ７１１２、イダサヌトリン（ＲＧ７３８８）、ＡＭＧ－２３２、ＭＩ－６３、ＭＩ－２９１、ＭＩ－３９１、ＭＩ－７７３０１（ＳＡＲ４０５８３８）、ＡＰＧ－１１５、ＤＳ－３０３２ｂ、ＮＶＰ－ＣＧＭ０９７、及びＨＤＭ－２０１（シレマドリン（ｓｉｒｅｍａｄｌｉｎ））、並びにそれらの薬学的に許容される塩が挙げられる。一部の実施形態では、ＭＤＭ２阻害剤は、ＭＤＭ２とｐ５３との間の相互作用を阻害するか、又は破壊する。

【0557】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、代謝拮抗薬、ＤＮＡ損傷剤、若しくは白金含有治療薬（例えば、５－アザシタジン、５－フルオロウラシル、アカデシン、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、クロラムブシル、ＣＰＴ－１１、シタラビン、ダウノルビシン、デシタビン、ドキソルビシン、エトポシド、フルダラビン、ゲムシタビン、イダルビシン、放射線、オキサリプラチン、テモゾロミド、トポテカン、トラベクテジン、ＧＳＫ２８３０３７１、又はルカパリブ）；アポトーシス促進剤（例えば、ＢＣＬ２阻害剤若しくは下方調節因子、ＳＭＡＣ模倣物、あるいはＴＲＡＩＬアゴニスト、例えば、ＡＢＴ－２６３、ＡＢＴ－７３７、オリドニン、ベネトクラクス、ベネトクラクスと抗ＣＤ２０抗体、例えば、オビヌツズマブ若しくはリツキシマブとの組み合わせ、１３９６－１１、ＡＢＴ－１０、ＳＭ－１６４、Ｄ２６９Ｈ／Ｅ１９５Ｒ、又はｒｈＴＲＡＩＬ）；チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、本明細書に記載されるもの）；ＲＡＳ、ＲＡＦ、ＭＥＫ、若しくはＭＡＰＫ経路の阻害剤（例えば、ＡＺＤ６２４４、ダブラフェニブ、ＬＧＸ８１８、ＰＤ０３２５９０１、ピマセルチブ、トラメチニブ、又はベムラフェニブ）；ＰＩ３Ｋ、ｍＴＯＲ、若しくはＡｋｔの阻害剤（例えば、本明細書に記載されるもの）；ＣＤＫ阻害剤（例えば、本明細書に記載されるもの）；ＰＫＣ阻害剤（例えば、ＬＸＳ１９６又はソトラスタウリン）；抗体ベースの治療薬（例えば、抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤＬ１抗体、例えば、アテゾリズマブ、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、若しくはスパルタリズマブ；抗ＣＤ２０抗体、例えば、オビヌツズマブ若しくはリツキシマブ；又は抗ＤＲ５抗体、例えば、ドロジツマブ）；プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、イキサゾミブ、又はＭＧ－１３２）；ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ＳＡＨＡ又はＶＰＡ）；抗生物質（例えば、アクチノマイシンＤ）；亜鉛含有治療薬（例えば、亜鉛又はＺＭＣ１）；ＨＳＰ阻害剤（例えば、ゲルダナマイシン）；ＡＴＰアーゼ阻害剤（例えば、アルカゾリド）；有糸分裂阻害剤（例えば、パクリタキセル又はビンクリスチン）；メトホルミン；メトトレキサート；タンシノンＩＩＡ；及び／又はＰ５０９１のうちの１つ以上を（単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで）含む。

【0558】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、チロシンキナーゼ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、チロシンキナーゼ阻害剤は、（ａ）チロシンキナーゼの１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）チロシンキナーゼの１つ以上の活性を（例えば、チロシンキナーゼに結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、チロシンキナーゼに結合し、その発現、例えば、その細胞表面発現を阻害すること、及び／又はチロシンキナーゼを発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）チロシンキナーゼの発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、チロシンキナーゼ阻害剤は、チロシンキナーゼの小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。チロシンキナーゼ阻害剤の非限定的な例としては、イマチニブ、クレノラニブ、リニファニブ、ニネテダニブ（ｎｉｎｅｔｅｄａｎｉｂ）、アキシチニブ、ダサチニブ、イメテルスタット、ミドスタウリン、パゾパニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、モテサニブ、マシチニブ、バタラニブ、カボザニチニブ（ｃａｂｏｚａｎｉｔｉｎｉｂ）、チボザニブ、ＯＳＩ－９３０、Ｋｉ８７５１、テラチニブ、ドビチニブ、チルホスチンＡＧ １２９６、及びアムバチニブ、並びにその薬学的に許容される塩が挙げられる。

【0559】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＭＥＫ阻害剤は、ＭＥＫ１及び／又はＭＥＫ２の１つ以上の活性を阻害する。一部の実施形態では、抗がん療法／ＭＥＫ阻害剤は、（ａ）ＭＥＫの１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ＭＥＫの１つ以上の活性を（例えば、ＭＥＫに結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ＭＥＫに結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＭＥＫを発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ＭＥＫの発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ＭＥＫ阻害剤は、ＭＥＫの小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。ＭＥＫ阻害剤の非限定的な例としては、トラメチニブ、コビメチニブ、ビニメチニブ、ＣＩ－１０４０、ＰＤ０３２５９０１、セルメチニブ、ＡＺＤ８３３０、ＴＡＫ－７３３、ＧＤＣ－０６２３、レファメチニブ、ピマセルチブ、ＲＯ４９８７６５５、ＲＯ５１２６７６６、ＷＸ－５４４、及びＨＬ－０８５、並びにその薬学的に許容される塩が挙げられる。一部の実施形態では、抗がん療法は、Ｒａｆ、ＭＥＫ、及び／又はＥＲＫの阻害剤を含む、Ｒａｆ／ＭＥＫ／ＥＲＫ経路の１つ以上の活性を阻害する。

【0560】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、哺乳類ラパマイシン標的タンパク質（ｍＴＯＲ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、（ａ）ｍＴＯＲの１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ｍＴＯＲの１つ以上の活性を（例えば、ｍＴＯＲに結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ｍＴＯＲに結合し、その発現を阻害すること、及び／又はｍＴＯＲを発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ｍＴＯＲの発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ｍＴＯＲの小分子阻害剤（例えば、競合的阻害剤、例えば、ＡＴＰ競合的阻害剤、又は非競合的阻害剤、例えば、ラパマイシン類似体）である。ｍＴＯＲ阻害剤の非限定的な例としては、テムシロリムス、エベロリムス、リダホロリムス、ダクトリシブ、ＧＳＫ２１２６４５８、ＸＬ７６５、ＡＺＤ８０５５、ＡＺＤ２０１４、ＭＬＮ１２８、ＰＰ２４２、ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５、ＬＹ３０２３４１４、ＰＱＲ３０９、ＰＫＩ５８７、及びＯＳＩ０２７、並びにその薬学的に許容される塩が挙げられる。一部の実施形態では、抗がん療法は、Ａｋｔ及び／又はｍＴＯＲの阻害剤を含む、Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路の１つ以上の活性を阻害する。

【0561】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、ＰＩ３Ｋ阻害剤又はＡｋｔ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、ＰＩ３Ｋの１つ以上の活性を阻害する。一部の実施形態では、抗がん療法／ＰＩ３Ｋ阻害剤は、（ａ）ＰＩ３Ｋの１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ＰＩ３Ｋの１つ以上の活性を（例えば、ＰＩ３Ｋに結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ＰＩ３Ｋに結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＰＩ３Ｋを発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ＰＩ３Ｋの発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、ＰＩ３Ｋの小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。ＰＩ３Ｋ阻害剤の非限定的な例としては、ＧＳＫ２６３６７７１、ブパリシブ（ＢＫＭ１２０）、ＡＺＤ８１８６、コパンリシブ（ＢＡＹ８０－６９４６）、ＬＹ２９４００２、ＰＸ－８６６、ＴＧＸ１１５、ＴＧＸ１２６、ＢＥＺ２３５、ＳＦ１１２６、イデラリシブ（ＧＳ－１１０１、ＣＡＬ－１０１）、ピクチリシブ（ＧＤＣ－０９４）、ＧＤＣ００３２、ＩＰＩ１４５、ＩＮＫ１１１７（ＭＬＮ１１１７）、ＳＡＲ２６０３０１、ＫＩＮ－１９３（ＡＺＤ６４８２）、デュベリシブ、ＧＳ－９８２０、ＧＳＫ２６３６７７１、ＧＤＣ－０９８０、ＡＭＧ３１９、パゾバニブ、及びアルペリシブ（ＢＹＬ７１９、Ｐｉｑｒａｙ）、並びにそれらの薬学的に許容される塩が挙げられる。一部の実施形態では、ＡＫＴ阻害剤は、ＡＫＴ（例えば、ＡＫＴ１）の１つ以上の活性を阻害する。一部の実施形態では、ＡＫＴ阻害剤は、（ａ）ＡＫＴ１の１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）ＡＫＴ１の１つ以上の活性を（例えば、ＡＫＴ１に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、ＡＫＴ１に結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＡＫＴ１を発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）ＡＫＴ１の発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、ＡＫＴ１阻害剤は、ＡＫＴ１の小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。ＡＫＴ１阻害剤の非限定的な例としては、ＧＳＫ６９０６９３、ＧＳＫ２１４１７９５（ウプロセルチブ）、ＧＳＫ２１１０１８３（アフレセルチブ）、ＡＺＤ５３６３、ＧＤＣ－００６８（イパタセルチブ）、ＡＴ７８６７、ＣＣＴ１２８９３０、ＭＫ－２２０６、ＢＡＹ １１２５９７６、ＡＫＴ１及びＡＫＴ２－ＩＮ－１、ペリフォシン、及びＶＩＩＩ、並びにその薬学的に許容される塩が挙げられる。一部の実施形態では、ＡＫＴ１阻害剤は、汎Ａｋｔ阻害剤である。

【0562】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、ヘッジホッグ（Ｈｈ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、Ｈｈ阻害剤は、（ａ）Ｈｈの１つ以上の酵素活性を阻害する小分子、（ｂ）Ｈｈの１つ以上の活性を（例えば、Ｈｈに結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、Ｈｈに結合し、その発現を阻害すること、及び／又はＨｈを発現する細胞に結合し、その１つ以上の活性を阻害すること、例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害性ＡＤＣＣ若しくは抗体依存性細胞性食作用ＡＤＣＰを誘導することによって）阻害する抗体、又は（ｃ）Ｈｈの発現を阻害する核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、モルホリノ、及びＣＲＩＳＰＲベースの治療薬など）である。一部の実施形態では、Ｈｈ阻害剤は、Ｈｈの小分子阻害剤（例えば、競合的又は非競合的阻害剤）である。Ｈｈ阻害剤の非限定的な例としては、ソニデジブ、ビスモデギブ、エリスモデギブ、サリデギブ、ＢＭＳ８３３９２３、ＰＦ－０４４４９９１３、及びＬＹ２９４０６８０、並びにその薬学的に許容される塩が挙げられる。

【0563】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）阻害剤、ＭＹＣ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、免疫療法、ネオ抗原、ワクチン、又は細胞療法を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。

【0564】

一部の実施形態では、抗がん療法は、免疫チェックポイント阻害剤、化学療法、ＶＥＧＦ阻害剤、インテグリンβ３阻害剤、スタチン、ＥＧＦＲ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＭＡＰＫ阻害剤、又はＣＤＫ４／６阻害剤のうちの１つ以上を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。

【0565】

一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エントレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、又はＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）である。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２００５０１６８９４の実施例３～３９に記載されるような、ＡＬＫキナーゼ阻害剤である。

【0566】

一部の実施形態では、抗がん療法は、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ＫＮＫ４２３などの汎ＨＳＰ阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ｃｍＨｓｐ７０．１、ケルセチン、ＶＥＲ１５５００８、又は１７－ＡＡＤなどのＨＳＰ７０阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ＨＳＰ９０阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ９０阻害剤は、１７－ＡＡＤ、Ｄｅｂｉｏ０９３２、ガネテスピブ（ＳＴＡ－９０９０）、レタスピマイシン塩酸塩（レタスピマイシン、ＩＰＩ－５０４）、ＡＵＹ９２２、アルベスピマイシン（ＫＯＳ－１０２２、１７－ＤＭＡＧ）、タネスピマイシン（ＫＯＳ－９５３、１７－ＡＡＧ）、ＤＳ ２２４８、又はＡＴ１３３８７（オナレスピブ）である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、アパトルセン（ＯＧＸ－４２７）などのＨＳＰ２７阻害剤である。

【0567】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＭＹＣ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＭＹＣ阻害剤は、ＭＹＣｉ３６１（ＮＵＣＣ－０１９６３６１）、ＭＹＣｉ９７５（ＮＵＣＣ－０２００９７５）、Ｏｍｏｍｙｃ（ドミナントネガティブペプチド）、ＺＩＮＣ１６２９３１５３（Ｍｉｎ９）、１００５８－Ｆ４、ＪＫＹ－２－１６９、７５９４－００３５、又はＭＹＣ／ＭＡＸ二量体化及び／若しくはＭＹＣ／ＭＡＸ／ＤＮＡ複合体形成の阻害剤である。

【0568】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ベリノスタット（ＰＸＤ１０１、例えば、Ｂｅｌｅｏｄａｑ（登録商標））、ＳＡＨＡ（ボリノスタット、スベロイルアニリドヒドロキサミン、例えば、Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、パノビノスタット（ＬＢＨ５８９、ＬＡＱ－８２４）、ＡＣＹ１２１５（Ｒｏｃｉｌｉｎｏｓｔａｔ）、キシノスタット（ＪＮＪ－２６４８１５８５）、アベキシノスタット（ＰＣＩ－２４７８１）、プラシノスタット（ＳＢ９３９）、ギビノスタット（ＩＴＦ２３５７）、レスミノスタット（４ＳＣ－２０１）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、ＭＳ－２７５（エチノスタット）、ロミデプシン（デプシペプチド、ＦＫ２２８）、ＭＧＣＤ０１０３（モセチノスタット）、ＢＭＬ－２１０、ＣＡＹ１０６０３、バルプロ酸、ＭＣ１５６８、ＣＵＤＣ－９０７、ＣＩ－９９４（タセジナリン）、Ｐｉｖａｎｅｘ（ＡＮ－９）、ＡＲ－４２、チダミド（ＣＳ０５５、ＨＢＩ－８０００）、ＣＵＤＣ－１０１、ＣＨＲ－３９９６、ＭＰＴ０Ｅ０２８、ＢＲＤ８４３０、ＭＲＬＢ－２２３、アピシジン、ＲＧＦＰ９６６、ＢＧ４５、ＰＣＩ－３４０５１、Ｃ１４９（ＮＣＣ１４９）、ＴＭＰ２６９、Ｃｐｄ２、Ｔ２４７、Ｔ３２６、ＬＭＫ２３５、Ｃ１Ａ、ＨＰＯＢ、Ｎｅｘｔｕｒａｓｔａｔ Ａ、ベフェキサマク、ＣＢＨＡ、フェニルブチレート、ＭＣ１５６８、ＳＮＤＸ２７５、スクリプタイド、Ｍｅｒｃｋ６０、ＰＸ０８９３４４、ＰＸ１０５６８４、ＰＸ１１７７３５、ＰＸ１１７７９２、ＰＸ１１７２４５、ＰＸ１０５８４４、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ Ｐｅｒｓｐｅｃｔ Ｍｅｄ（２０１６）６（１０）：ａ０２６８３１によって記載されている化合物１２、又はＰＸ１１７４４５である。

【0569】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＶＥＧＦ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤は、ベバシズマブ（例えば、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、ＢＭＳ－６９０５１４、ラムシルマブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、ゴルバチニブ、バンデタニブ、カボザンチニブ、レバンチニブ、アキシチニブ、セジラニブ、チボザニブ、ルシタニブ、セマキサニブ、ニンデンタニブ、レゴラフィニブ、又はアフリベルセプトである。

【0570】

一部の実施形態では、抗がん療法は、インテグリンβ３阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、インテグリンβ３阻害剤は、抗ａｖｂ３（クローンＬＭ６０９）、シレンギチド（ＥＭＤ１２１９７４、ＮＳＣ、７０７５４４）、ｓｉＲＮＡ、ＧＬＰＧ０１８７、ＭＫ－０４２９、ＣＮＴＯ９５、ＴＮ－１６１、エタラシズマブ（ＭＥＤＩ－５２２）、インテツムマブ（ＣＮＴＯ９５）（抗アルファＶサブユニット抗体）、アビツズマブ（ＥＭＤ ５２５７９７／ＤＩ１７Ｅ６）（抗アルファＶサブユニット抗体）、ＪＳＭ６４２７、ＳＪ７４９、ＢＣＨ－１５０４６、ＳＣＨ２２１１５３、又はＳＣ５６６３１である。一部の実施形態では、抗がん療法は、αＩＩｂβ３インテグリン阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、αＩＩｂβ３インテグリン阻害剤は、アブシキシマブ、エプチフィバチド（例えば、Ｉｎｔｅｇｒｉｌｉｎ（登録商標））、又はチロフィバン（例えば、Ａｇｇｒａｓｔａｔ（登録商標））である。

【0571】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ｍＴＯＲ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、テムシロリムス（ＣＣＩ－７７９）、ＫＵ－００６３７９、ＰＰ２４２、トリン１、トリン２、ＩＣＳＮ３２５０、ラパリンク－１、ＣＣ－２２３、シロリムス（ラパマイシン）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、ダクトシリブ（ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５）、ＧＳＫ２１２６４５８、ＷＡＹ－００１、ＷＡＹ－６００、ＷＹＥ－６８７、ＷＹＥ－３５４、ＳＦ１１２６、ＸＬ７６５、ＩＮＫ１２８（ＭＬＮ０１２）、ＡＺＤ８０５５、ＯＳＩ０２７、ＡＺＤ２０１４、又はＡＰ－２３５７３である。

【0572】

一部の実施形態では、抗がん療法は、スタチン又はスタチンベースの薬剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、スタチン又はスタチンベースの薬剤は、シンバスタチン、アトルバスタチン、フルバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、又はセリバスタチンである。

【0573】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＭＡＰＫ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＭＡＰＫ阻害剤は、ＳＢ２０３５８０、ＳＫＦ－８６００２、ＢＩＲＢ－７９６、ＳＣ－４０９、ＲＪＷ－６７６５７、ＢＩＲＢ－７９６、ＶＸ－７４５、ＲＯ３２０１１９５、ＳＢ－２４２２３５、又はＭＷ１８１である。

【0574】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＥＧＦＲ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ（例えば、Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、又はエルロチニブである。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ゲフィチニブ又はセツキシマブである。

【0575】

一部の実施形態では、抗がん療法は、がん免疫療法、例えば、チェックポイント阻害剤、がんワクチン、細胞ベースの療法、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベースの療法、アジュバント免疫療法、サイトカイン免疫療法、及び腫瘍溶解性ウイルス療法を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、小分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、毒素、細胞ベースの薬剤、又は細胞結合剤を含む。がん免疫療法の例は、本明細書により詳細に記載されているが、限定することを意図するものではない。一部の実施形態では、がん免疫療法は、免疫系の１つ以上の態様を活性化して、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原を発現する細胞（例えば、腫瘍細胞）を攻撃する。本開示のがん免疫療法は、医学的判断の対象となる、単剤療法としての使用、又は任意の組み合わせ若しくは数の２つ以上を含む組み合わせアプローチでの使用が企図される。がん免疫療法のいずれも（任意選択的に、単独療法として、又は本明細書に記載の別のがん免疫療法又は他の治療剤と組み合わせて）、本明細書に記載の方法のうちのいずれにも使用することができる。

【0576】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、がんワクチンを、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。がんに対する免疫応答を促進するための異なるアプローチを用いた様々ながんワクチンが試験されている（例えば、Ｅｍｅｎｓ Ｌ Ａ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｅｍｅｒｇ Ｄｒｕｇｓ １３（２）：２９５－３０８（２００８）及びＵＳ２０１９０３６７６１３を参照されたい）。アプローチは、腫瘍に対するＢ細胞、Ｔ細胞、又は専門的な抗原提示細胞の応答を増強するように設計されてきた。がんワクチンの例示的なタイプとしては、ＤＮＡベースのワクチン、ＲＮＡベースのワクチン、ウイルス形質導入ワクチン、ペプチドベースのワクチン、樹状細胞ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、全腫瘍細胞ワクチン、腫瘍抗原ワクチンなどが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、がんワクチンは、予防的又は治療的であり得る。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチン、又は細胞ベースのワクチンとして製剤化される。例えば、ワクチン組成物は、カチオン性脂質製剤中のネイキッドｃＤＮＡ、リポペプチド（例えば、Ｖｉｔｉｅｌｌｏ，Ａ．ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：３４１，１９９５）、例えば、ポリ（ＤＬ－ラクチド－コ－グリコリド）（「ＰＬＧ」）マイクロスフェアに封入された裸のｃＤＮＡ若しくはペプチド（例えば、Ｅｌｄｒｉｄｇｅ，ｅｔ ａｈ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：２８７－２９４，１９９１：Ａｌｏｎｓｏ ｅｔ ａｌ，Ｖａｃｃｉｎｅ １２：２９９－ ３０６，１９９４、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ，Ｖａｃｃｉｎｅ １３：６７５－６８１，１９９５を参照）、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）中に含有されるペプチド組成物（例えば、Ｔａｋａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ３４４：８７３－８７５，１９９０、Ｈｕ ｅｔ ａｌ，Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１３：２３５－２４３，１９９８）、又は多重抗原ペプチドシステム（ＭＡＰ）（例えば、Ｔａｍ，Ｊ．Ｐ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：５４０９－５４１３，１９８８、Ｔａｍ，Ｊ．Ｐ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １９６：１７－３２，１９９６を参照されたい）を含むことができる。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドベースのワクチン又は核酸ベースのワクチン（核酸がポリペプチドをコードする）として製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、抗体ベースのワクチンとして製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、細胞ベースのワクチンとして製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、一部の実施形態では個別化ペプチドワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、多価長鎖ペプチド、複数ペプチド、ペプチド混合物、ハイブリッドペプチド、又はペプチドパルス樹状細胞ワクチンである（例えば、Ｙａｍａｄａ ｅｔ ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ，１０４：１４－２１，２０１３を参照されたい）。一部の実施形態では、そのようながんワクチンは、抗がん応答を増強する。

【0577】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原をコードするＤＮＡを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原をコードするＲＮＡを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、抗原提示及び／又は免疫応答を促進する１つ以上の追加の抗原、ネオ抗原、又は他の配列を更に含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、リポソーム又はリポプレックスなどの１つ以上の追加の薬剤と複合体を形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって取り込まれて翻訳され、次いで、ＡＰＣ細胞表面上のＭＨＣクラスＩを介してネオ抗原を提示する。

【0578】

一部の実施形態では、がんワクチンは、無症候性又は最小症候性転移性去勢抵抗性（ホルモン不応性）前立腺がんの治療のために認可されているシプロイセルＴ（例えば、Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標）、Ｄｅｎｄｒｅｏｎ／Ｖａｌｅａｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、並びに黒色腫における切除不能な皮膚、皮下、及び結節病変の治療のために認可された遺伝子改変腫瘍溶解性ウイルス療法であるタリモジーンラハーパレプベック（例えば、Ｉｍｌｙｇｉｃ（登録商標）、Ｔ－ＶＥＣとして以前に既知のＢｉｏＶｅｘ／Ａｍｇｅｎ）から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、腫瘍溶解性ウイルス療法、例えば、肝細胞がん（ＮＣＴ０２５６２７５５）及び黒色腫（ＮＣＴ００４２９３１２）のための、ＧＭ－ＣＳＦを発現するように操作されたチミジンキナーゼ（ＴＫ）欠損ワクシニアウイルスであるペキサスチモジンデバシレプベク（ＰｅｘａＶｅｃ／ＪＸ－５９４、ＳｉｌｌａＪｅｎ／以前にＪｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；結腸直腸がん（ＮＣＴ０１６２２５４３）、前立腺がん（ＮＣＴ０１６１９８１３）、頭頸部扁平上皮がん（ＮＣＴ０１１６６５４２）、膵臓腺がん（ＮＣＴ００９９８３２２）、及び非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）（ＮＣＴ ００８６１６２７）を含む多数のがんにおける、ＲＡＳ活性化されない細胞において複製しない呼吸器腸管オーファンウイルス（レオウイルス）のバリアントであるペラレオレプ（例えば、Ｒｅｏｌｙｓｉｎ（登録商標）、Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）；卵巣がん（ＮＣＴ０２０２８１１７）、転移性若しくは進行上皮性腫瘍、例えば、結腸直腸がん、膀胱がん、頭頸部扁平上皮がん、及び唾液腺がん（ＮＣＴ０２６３６０３６）における、完全長ＣＤ８０及びＴ細胞受容体ＣＤ３タンパク質に特異的な抗体断片を発現するように操作されたアデノウイルスであるエナデノツシレフ（ＮＧ－３４８、ＣｏｌｏＡｄｌとして以前に既知のＰｓｉＯｘｕｓ）；黒色腫（ＮＣＴ０３００３６７６）、及び腹膜疾患、結腸直腸がん、若しくは卵巣がん（ＮＣＴ０２９６３８３１）における、ＧＭ－ＣＳＦを発現するように操作されたアデノウイルスであるＯＮＣＯＳ－１０２（Ｔａｒｇｏｖａｘ／以前にＯｎｃｏｓ）；腹膜がん腫症（ＮＣＴ０１４４３２６０）、卵管がん、卵巣がん（ＮＣＴ ０２７５９５８８）において研究された、ベータガラクトシダーゼ（ベータｇａｌ）／ベータグルコロニダーゼ、若しくはベータｇａｌ／ヒトナトリウムヨウ素共輸送体（ｈＮＩＳ）をそれぞれ発現するように操作されたワクシニアウイルスであるＧＬ－ＯＮＣ１（ＧＬＶ－１ｈ６８／ＧＬＶ－１ｈ１５３、Ｇｅｎｅｌｕｘ ＧｍｂＨ）；又は膀胱がん（ＮＣＴ０２３６５８１８）における、ＧＭ－ＣＳＦを発現するように操作されたアデノウイルスであるＣＧ００７０（Ｃｏｌｄ Ｇｅｎｅｓｙｓ）；抗ｇｐ１００；ＳＴＩＮＧＶＡＸ；ＧＶＡＸ；ＤＣＶａｘＬ；並びにＤＮＸ－２４０１から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＪＸ－９２９（ＳｉｌｌａＪｅｎ／以前のＪｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（プロドラッグ５－フルオロシトシンを細胞傷害性薬物５－フルオロウラシルに変換することができるシトシンデアミナーゼを発現するように設計されたＴＫ欠損及びワクシニア増殖因子欠損ワクシニアウイルスである）、ＴＧＯ１及びＴＧ０２（Ｔａｒｇｏｖａｘ／旧Ｏｎｃｏｓ）（治療が困難なＲＡＳ変異を標的とするペプチドベースの免疫療法剤である）、ＴＩＬＴ－１２３（ＴＩＬＴ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）Ａｄ５／３－Ｅ２Ｆ－デルタ２４－ｈＴＮＦα－ＩＲＥＳ－ｈＩＬ２０と称される操作されたアデノウイルス；並びにリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）の糖タンパク質（ＧＰ）を発現するように操作されており、抗原特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞応答をもたらすように設計された抗原を発現するように更に操作され得る水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）であるＶＳＶ－ＧＰ（ＶｉｒａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ベクターベースの腫瘍抗原ワクチンを含む。ベクターベースの腫瘍抗原ワクチンは、抗腫瘍免疫応答を刺激するための抗原の安定した供給を提供する方法として使用することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードするベクターを個体に注射し（おそらく、炎症促進剤又はＧＭ－ＣＳＦなどの他の誘引剤物質とともに）、インビボで細胞に取り込まれて特定の抗原を生成し、次いで、所望の免疫応答を誘発する。一部の実施形態では、ベクターを使用して一度に１つより多い腫瘍抗原を送達して、免疫応答を増加させることができる。更に、組換えウイルス、細菌、又は酵母ベクターは、それ自体免疫応答を引き起こす可能性があり、これが全体的な免疫応答を増強する可能性もある。

【0579】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡベースのワクチンを含む。一部の実施形態では、ＤＮＡベースのワクチンを用いて、抗腫瘍応答を刺激することができる。抗原タンパク質をコードするＤＮＡを直接注射して防御免疫応答を誘発する能力は、多数の実験系で実証されている。抗原タンパク質をコードするＤＮＡを直接注射して防御免疫応答を誘発することによるワクチン接種は、多くの場合、細胞性応答と体液性応答の両方を引き起こす。また、様々な抗原をコードするＤＮＡへの再現性のある免疫応答が、マウスにおいて報告されており、これは、本質的に動物の生涯にわたって持続する（例えば、Ｙａｎｋａｕｃｋａｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，１２：７７１－７７６を参照されたい）。一部の実施形態では、遺伝子発現に必要とされる調節エレメントに動作可能に結合したタンパク質をコードする配列を含むプラスミド（又は他のベクター）ＤＮＡが、個体（例えば、ヒト患者、非ヒト哺乳動物など）に投与される。一部の実施形態では、個体の細胞が、投与されたＤＮＡを取り込み、コード配列が発現される。一部の実施形態では、そのように産生された抗原は、免疫応答の対象となる標的になる。

【0580】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ＲＮＡベースのワクチンを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、抗腫瘍応答を刺激するために使用され得る。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、自己複製ＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、自己複製ＲＮＡ分子は、アルファウイルス由来のＲＮＡレプリコンであり得る。自己複製ＲＮＡ（又は「ＳＡＭ」）分子は、当該技術分野で周知であり、例えば、アルファウイルスに由来する複製要素を使用し、構造ウイルスタンパク質を、目的のタンパク質をコードするヌクレオチド配列で置き換えることによって生成することができる。自己複製ＲＮＡ分子は、典型的には、細胞への送達後に直接翻訳され得る＋鎖分子であり、この翻訳により、送達されたＲＮＡからアンチセンス転写物とセンス転写物の両方を生成するＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼが提供される。したがって、送達されたＲＮＡは、複数の娘ＲＮＡの生産つながる。これらの娘ＲＮＡ、並びに同一鎖上の（ｃｏｌｌｉｎｅａｒ）サブゲノム転写物は、それ自体翻訳されて、コードされたポリペプチドのインサイツ発現を提供するか、又は転写されて、送達されたＲＮＡと同じセンス鎖の更なる転写物（翻訳されて抗原のインサイツ発現を提供する）を提供することができる。

【0581】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、細胞ベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、Ｔ細胞ベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、養子療法（例えば、養子Ｔ細胞ベースの療法）を含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、レシピエントに対して自己又は同種である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。養子免疫療法とは、がん又は感染症を治療するための治療的アプローチを指し、細胞ががん細胞に対して直接的又は間接的な特異的免疫を媒介する（すなわち、それに対する免疫応答を開始する）ことを目的として、免疫細胞が宿主に投与される。一部の実施形態では、免疫応答は、腫瘍細胞及び／又は転移細胞の成長及び／又は増殖の阻害をもたらし、関連する実施形態では、腫瘍細胞の死及び／又は再吸収をもたらす。免疫細胞は、異なる生物／宿主に由来し得るか（外因性免疫細胞）、又は対象生物から得られた細胞であり得る（自己免疫細胞）。一部の実施形態では、免疫細胞（例えば、自己又は同種Ｔ細胞（例えば、制御性Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、又はガンマデルタＴ細胞）、ＮＫ細胞、インバリアントＮＫ細胞、又はＮＫＴ細胞）は、操作されたＴＣＲ及び／又はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）などの抗原受容体を発現するように遺伝子操作され得る。例えば、宿主細胞（例えば、自己又は同種Ｔ細胞）は、がん抗原に対する抗原特異性を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するように改変される。一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、ＴＣＲを発現するように操作される。ＮＫ細胞は、ＣＡＲを発現するように更に操作され得る。異なる抗原などに対する複数のＣＡＲ及び／又はＴＣＲを、Ｔ細胞又はＮＫ細胞などの単一の細胞型に加えることができる。一部の実施形態では、細胞は、１つ以上の抗原受容体をコードする遺伝子工学を介して導入された１つ以上の核酸／発現構築物／ベクター、及びそのような核酸の遺伝子操作された産物を含む。一部の実施形態では、核酸は、異種である。すなわち、別の生物又は細胞から得られたものなど、細胞又は細胞から得られる試料には通常存在せず、例えば、操作される細胞及び／又はそのような細胞が由来する生物には通常見出されない。一部の実施形態では、核酸は、自然発生せず、例えば、自然において見出されない核酸（例えば、キメラ）である。一部の実施形態では、免疫細胞の集団は、療法を必要としている対象、又は免疫細胞の活性の低減に関連する疾患に罹患している対象から得ることができる。したがって、細胞は、療法を必要としている対象にとって自己由来である。一部の実施形態では、ドナー（例えば、組織適合性が一致したドナー）から免疫細胞の集団を得ることができる。一部の実施形態では、免疫細胞集団は、当該対象又はドナーにおいて免疫細胞が存在する末梢血、臍帯血、骨髄、脾臓、又は任意の他の臓器／組織から採取することができる。一部の実施形態では、免疫細胞は、対象及び／又はドナーのプール（例えば、プールされた臍帯血）から単離することができる。一部の実施形態では、免疫細胞の集団が対象とは異なるドナーから得られる場合、得られた細胞が対象に導入され得るという点で対象適合性である限り、ドナーは同種であり得る。一部の実施形態では、同種ドナー細胞は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性であってもなくてもよい。一部の実施形態では、対象適合性にするために、同種細胞を処理して免疫原性を低減することができる。

【0582】

一部の実施形態では、細胞ベースの治療は、Ｔ細胞ベースの療法を含み、自己細胞、例えば、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）；自己ＤＣ、リンパ球、人工抗原提示細胞（ＡＰＣ）若しくはＴ細胞リガンド及び活性化抗体でコーティングされたビーズ、又は標的細胞膜を捕捉することによって単離された細胞を使用してエクスビボで活性化されたＴ細胞；抗宿主腫瘍Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を自然に発現する同種細胞；並びに腫瘍反応性ＴＣＲ若しくはキメラＴＣＲ分子（「Ｔボディ」として知られ、抗体様腫瘍認識能を示す）を発現するように遺伝的に再プログラム若しくは「リダイレクト」された非腫瘍特異的自己又は同種細胞などを含む。機能的な抗腫瘍エフェクター細胞の単離、誘導、操作又は改変、活性化、及び増殖のためのいくつかのアプローチが過去２０年間に記載されており、本明細書に提供される方法のうちのいずれかに従って使用することができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、血液、骨髄、リンパ、臍帯、又はリンパ器官に由来する。一部の実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。一部の実施形態では、細胞は、対象から直接単離された細胞及び／又は対象から単離されて凍結された細胞などの初代細胞である。一部の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞又は他の細胞型、例えば、全Ｔ細胞集団、ＣＤ４＋細胞、ＣＤ８＋細胞、並びにそれらの亜集団、例えば、機能、活性化状態、成熟度、分化への潜在性、増殖、再循環、局在化、及び／若しくは持続性能力、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の器官若しくは区画における存在、マーカー若しくはサイトカイン分泌プロファイル、並びに／又は分化の程度によって定義されるものの１つ以上のサブセットを含む。一部の実施形態では、細胞は、同種及び／又は自己であり得る。既製の技術などの一部の実施形態では、細胞は、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）などの幹細胞など、多能性（ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ）及び／又は多能性（ｍｕｌｔｉｐｏｔｅｎｔ）である。

【0583】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞ベースの療法を含む。このアプローチには、ＣＡＲの操作が含まれる。ＣＡＲは、目的の抗原に特異的に結合し、Ｔ細胞活性化のための１つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ＣＡＲは、次いで、操作されたＴ細胞（ＣＡＲ－Ｔ）の表面に発現され、患者に投与され、抗原を発現するがん細胞に対するＴ細胞特異的な免疫応答をもたらす。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原に特異的に結合する

【0584】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するＴ細胞を含む。このアプローチには、目的の抗原に特異的に結合するＴＣＲの特定が含まれる。次いで、これを使用して、操作されたＴ細胞の表面の内在性又は天然のＴＣＲを置き換える。これを患者に投与すると、抗原を発現しているがん細胞に対して、Ｔ細胞特異的な免疫応答がもたらされる。一部の実施形態では、組換えＴＣＲは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原に特異的に結合する。

【0585】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む。例えば、ＴＩＬは、本開示の腫瘍又はがんから単離することができ、次いで、単離し、インビトロで増殖させることができる。これらのＴＩＬの一部又は全部は、本開示の腫瘍又はがんによって発現される抗原を特異的に認識することができる。一部の実施形態では、ＴＩＬは、１つ以上のネオ抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原、例えば、単離後のインビトロでのネオ抗原に曝露される。次いで、ＴＩＬが患者に投与される（任意選択的に、１つ以上のサイトカイン又は他の免疫刺激物質と組み合わせて）。

【0586】

一部の実施形態では、細胞ベースの療法は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法を含む。ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、様々な腫瘍細胞、ウイルス感染細胞、並びに骨髄及び胸腺の一部の正常細胞に対して自発的な細胞傷害性を有するリンパ球の亜集団である。ＮＫ細胞は、形質転換細胞及びウイルス感染細胞に対する初期の自然免疫応答の重要なエフェクターである。ＮＫ細胞は、ヒトのＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ８などの特定の表面マーカーによって検出することができる。ＮＫ細胞は、Ｔ細胞抗原受容体、汎ＴマーカーＣＤ３、又は表面免疫グロブリンＢ細胞受容体を発現しない。一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、当該技術分野で周知の方法によって、ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、未刺激白血球除去産物（ＰＢＳＣ）、ヒト胚性幹細胞（ｈＥＳＣ）、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、骨髄、又は臍帯血から得られる。

【0587】

一部の実施形態では、細胞ベースの治療は、樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法（例えば、樹状細胞ワクチン）を含む。一部の実施形態では、ＤＣワクチンは、患者又はドナーから採取される、特異的Ｔ細胞免疫を誘導することができる抗原提示細胞を含む。一部の実施形態では、次いで、ＤＣワクチンをインビトロでペプチド抗原に曝露することができ、そのためのＴ細胞が患者において生成される。一部の実施形態では、抗原が負荷された樹状細胞は、次いで、患者に注射して戻される。一部の実施形態では、必要に応じて、免疫化を複数回繰り返すことができる。樹状細胞を、採取、増殖、及び投与する方法は、当該技術分野で既知である（例えば、ＷＯ２０１９／１７８０８１を参照されたい）。樹状細胞ワクチン（例えば、ＡＰＣ８０１５及びＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）としても知られているＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ－Ｔ）は、患者の免疫系に１つ以上のがん特異的抗原を提示するＡＰＣとして機能する樹状細胞の投与を伴うワクチンである。一部の実施形態では、樹状細胞は、レシピエントにとって自己又は同種である。

【0588】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、ＴＣＲベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、本開示のがんによって発現される抗原、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドに対応するネオ抗原に特異的に結合する１つ以上のＴＣＲ又はＴＣＲベースの治療薬の投与を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベースの治療薬は、Ｔ細胞表面タンパク質又は受容体に特異的に結合する抗体若しくは抗体断片（例えば、抗ＣＤ３抗体若しくは抗体断片）などの、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）に結合する部分を更に含み得る。

【0589】

一部の実施形態では、免疫療法は、アジュバント免疫療法を含む。アジュバント免疫療法は、自然免疫系の構成要素を活性化する１つ以上の薬剤、例えば、ＴＬＲ７経路を標的とするＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標）（イミキモド）の使用を含む。

【0590】

一部の実施形態では、免疫療法は、サイトカイン免疫療法を含む。サイトカイン免疫療法は、免疫系の構成要素を活性化する１つ以上のサイトカインの使用を含む。例としては、アルデスロイキン（例えば、ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）；インターロイキン－２）、インターフェロンアルファ－２ａ（例えば、ＲＯＦＥＲＯＮ（登録商標）－Ａ）、インターフェロンアルファ－２ｂ（例えば、ＩＮＴＲＯＮ（登録商標）－Ａ）、及びペグインターフェロンアルファ－２ｂ（例えば、ＰＥＧＩＮＴＲＯＮ（登録商標））が挙げられるが、これらに限定されない。

【0591】

一部の実施形態では、免疫療法は、腫瘍溶解性ウイルス療法を含む。腫瘍溶解性ウイルス療法では、遺伝子改変ウイルスを使用してがん細胞で複製し、それを殺傷して、免疫応答を刺激する抗原を放出する。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製可能な腫瘍溶解性ウイルスは、任意の天然に存在する（例えば、「フィールドソース」からの）又は改変された複製可能な腫瘍溶解性ウイルスを含む。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍抗原を発現することに加えて、がん細胞に対するウイルスの選択性を高めるために改変され得る。一部の実施形態では、複製能力のある腫瘍溶解性ウイルスには、ミオウイルス科、サイフォウイルス科、ポドウイルス科、テシウイルス科、コルチコウイルス科、プラズマウイルス科、リポスリクスウイルス科、フセロウイルス科、ポキシイリダ科、イリドウイルス科、フィコドナウイルス科、バキュロウイルス科、ヘルペスウイルス科、アドノウイルス科、パポバウイルス科、ポリドナウイルス科、イノウイルス科、ミクロウイルス科、ジェミニウイルス科、サーコウイルス科、パルボウイルス科、ヘパドナウイルス科、レトロウイルス科、サイトウイルス科、レオウイルス科、ビルナウイルス科、パラミクソウイルス科、ラブドウイルス科、フィロウイルス科、オルソミクソウイルス科、ブニヤウイルス科、アレナウイルス科、レビウイルス科、ピコルナウイルス科、セキウイルス科、コモウイルス科、ポティウイルス科、カリシウイルス科、アストロウイルス科、ノダウイルス科、テトラウイルス科、トンブスウイルス科、コロナウイルス科、グラビウイルス科、トガウイルス科、及びバルナウイルス科のメンバーである腫瘍溶解性ウイルスが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、複製能力のある腫瘍崩壊ウイルスには、アデノウイルス、レトロウイルス、レオウイルス、ラブドウイルス、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）、ポリオーマウイルス、ワクシニアウイルス（ＶａｃＶ）、単純ヘルペスウイルス、ピコルナウイルス、コクサッキーウイルス、及びパルボウイルスが含まれる。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製性の腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ウイルスのがん選択性を高めるために、１つ以上の機能的な遺伝子を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、チミジンキナーゼ（ＴＫ）活性を欠くように操作される。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ワクシニアウイルス増殖因子（ＶＧＦ）を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ＶＧＦ及びＴＫ活性の両方を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、Ｅ３Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｂ１８Ｒ、又はＢ８Ｒなどの宿主インターフェロン（ＩＦＮ）応答の回避に関与する１つ以上の遺伝子を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、複製性の腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ株、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、Ｌｉｓｔｅｒ株、又はＷｙｅｔｈ株であり、機能的なＴＫ遺伝子を欠いている。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、機能的なＢ１８Ｒ及び／又はＢ８Ｒ遺伝子を欠くＷｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ株、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、Ｌｉｓｔｅｒ株、又はＷｙｅｔｈ株である。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、対象に、例えば、腫瘍内、腹腔内、静脈内、動脈内、筋肉内、皮内、頭蓋内、皮下、又は鼻腔内投与を介して局所的又は全身的に投与され得る。

【0592】

一部の実施形態では、抗がん療法は、免疫チェックポイント阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、有効量の免疫チェックポイント阻害剤を個体に投与することを含む。当該技術分野で既知であるように、チェックポイント阻害剤は、少なくとも１つの免疫チェックポイントタンパク質を標的として、免疫応答の調節を変化させる。免疫チェックポイントタンパク質は、例えば、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＣＥＡＣＡＭ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ２７６、ＶＴＣＮ１、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬＳ、アデノシン、ＴＧＦＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＭＩＣＡ／Ｂ、アルギナーゼ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＯＸ４０、及びＡ２ａＲを含む。一部の実施形態では、免疫チェックポイントの調節に関与する分子には、以下が含まれるが、これらに限定されない：ＰＤ－１（ＣＤ２７９）、ＰＤ－Ｌ１（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４）、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＣＤ、ＣＤ２７３）、ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２）、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、ＬＡＧ－３（ＣＤ２２３）、ＴＩＭ－３（ＨＡＶＣＲ２）、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、ＣＥＡＣＡＭ－５、ＧＡＬ９、ＶＩＳＴＡ（ＰＤ－１Ｈ）、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＴＧＦＲベータ、Ａ２ＡＲ、ＧＩＴＲ（ＣＤ３５７）、ＣＤ８０（Ｂ７－１）、ＣＤ８６（Ｂ７－２）、ＣＤ２７６（Ｂ７－Ｈ３）、ＶＴＣＮＩ（Ｂ７－Ｈ４）、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬＳ、アデノシン、ＴＧＦＲ、Ｂ７－Ｈ１、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３７Ｌ（４－１ＢＢＬ）、ＣＤ４０、ＩＤＯ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４７、ＣＤ７０（ＣＤ２７Ｌ）、ＣＤ２２６、ＨＨＬＡ２、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＩＣＯＳＬ（ＣＤ２７５）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４、ＣＤ２５８）、ＮＫＧ２ａ、ＮＫＧ２ｄ、ＯＸ４０Ｌ（ＣＤ１３４Ｌ）、ＰＶＲ（ＮＥＣＬ５、ＣＤ１５５）、ＳＩＲＰａ、ＭＩＣＡ／Ｂ、及び／又はアルギナーゼ。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤（すなわち、チェックポイント阻害剤）は、例えば、Ｔ細胞活性化及び／又は抗がん免疫応答を増強するために、免疫細胞機能を負に調節するチェックポイントタンパク質の活性を減少させる。他の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、例えば、Ｔ細胞活性化及び／又は抗がん免疫応答を増強するために、免疫細胞機能を正に調節するチェックポイントタンパク質の活性を増加させる。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗体である。チェックポイント阻害剤の例としては、限定されないが、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共抑制分子に対するアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、若しくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、又はそれらの任意の組み合わせが挙げられる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、小分子、組換え形態のリガンド若しくは受容体、又は抗体（例えば、ヒト抗体）などの薬物を含む（例えば、国際特許公開第ＷＯ２０１５／０１６７１８号、Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ，１２（４）：２５２－６４，２０１２を参照されたい。両方とも参照により本明細書に組み込まれる）。一部の実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質又はその類似体の既知の阻害剤を使用することができ、特に、キメラ化、ヒト化、又はヒト形態の抗体を使用することができる。

【0593】

一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。ＰＤ－１（プログラム死１）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１」、「ＰＤＣＤ１」、「ＣＤ２７９」、及び「ＳＬＥＢ２」とも称される。例示的なヒトＰＤ－１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６に示されている。ＰＤ－Ｌ１（プログラム死リガンド１）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１リガンド１」、「ＰＤＣＤ １ＬＧ１」、「ＣＤ２７４」、「Ｂ７－Ｈ」、及び「ＰＤＬ１」とも称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されている。ＰＤ－Ｌ２（プログラム死リガンド２）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１リガンド２」、「ＰＤＣＤ１ ＬＧ２」、「ＣＤ２７３」、「Ｂ７－ＤＣ」、「Ｂｔｄｃ」、及び「ＰＤＬ２」とも称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ２は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱ５１に示されている。場合によっては、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２は、ヒトのＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２である。

【0594】

場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－１リガンド結合パートナーは、ＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２である。別の例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合リガンドへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合パートナーは、ＰＤ－１及び／又はＢ７－１である。別の例では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ２結合リガンドパートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドであり得る。一部の実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。

【0595】

場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、例えば、下記の抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。一部の事例では、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ－１ １０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ、例えば、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＭＧＡ－０１２、ＪＮＪ－６３７２３２８３、ＢＩ ７５４０９１、又はＢＧＢ－１０８のうちの１つ以上である。他の実施例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合されたＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－Ｌ２の細胞外又はＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシンである）。場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ－２２４である。抗ＰＤ－１抗体の他の例としては、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＤＲ００１（ＣＡＳ登録番号１８５９０７２－５３－９；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＲＥＧＮ２８１０（例えば、ＬＩＢＴＡＹＯ（登録商標）又はセミプリマブ－ｒｗｌｃ；Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＢＧＢ－１０８（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＢＧＢ－Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＢＩ ７５４０９１、ＪＳ－００１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ）、ＳＴＩ－Ａ１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＰＦ－０６８０１５９１（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＴＳＲ－０４２（ＡＮＢ０１１としても既知である；Ｔｅｓａｒｏ／ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、ＡＭ０００１（ＡＲＭＯ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）、又はＥＮＵＭ ３８８Ｄ４（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、チスレリズマブ（ＢＧＢ－Ａ３１７）、ＢＧＢ－１０８、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＡＭ０００１、ＢＩ ７５４０９１、シンチリマブ（ＩＢＩ３０８）、セトレリマブ（ＪＮＪ－６３７２３２８３）、トリパリマブ（ＪＳ－００１）、カムレリズマブ（ＳＨＲ－１２１０、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０、ＨＲ－３０１２１０）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＭＧＡ－０１２（ＩＮＣＭＧＡ ００１２）、ニボルマブ（ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ１１０６、ＯＮＯ－４５３８）、スパルタリズマブ（ＰＤＲ００ｌ）、ペムブロリズマブ（ＭＫ－３４７５、ＳＣＨ ９００４７５、例えば、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＰＦ－０６８０１５９１、セミプリマブ（ＲＥＧＮ－２８１０、ＲＥＧＥＮ２８１０）、ドスタルリマブ（ＴＳＲ－０４２、ＡＮＢ０１１）、ＦＩＴＣ－ＹＴ－１６（ＰＤ－１結合ペプチド）、ＡＰＬ－５０１若しくはＣＢＴ－５０１若しくはジェノリムズマブ（ＧＢ－２２６）、ＡＢ－１２２、ＡＫ１０５、ＡＭＧ ４０４、ＢＣＤ－１００、Ｆ５２０、ＨＬＸ１０、ＨＸ００８、ＪＴＸ－４０１４、ＬＺＭ００９、Ｓｙｍ０２１、ＰＳＢ２０５、ＡＭＰ－２２４（ＰＤ－１を標的とする融合タンパク質）、ＣＸ－１８８（ＰＤ－１ ｐｒｏｂｏｄｙ）、ＡＧＥＮ－２０３４、ＧＬＳ－０１０、ブディガリマブ（ＡＢＢＶ－１８１）、ＡＫ－１０３、ＢＡＴ－１３０６、ＣＳ－１００３、ＡＭ－０００１、ＴＩＬＴ－１２３、ＢＨ－２９２２、ＢＨ－２９４１、ＢＨ－２９５０、ＥＮＵＭ－２４４Ｃ８、ＥＮＵＭ－３８８Ｄ４、ＨＡＢ－２１、Ｈ ＥＩＳＣＯＩ １１－００３、ＩＫＴ－２０２、ＭＣＬＡ－１３４、ＭＴ－１７０００、ＰＥＧＭＰ－７、ＰＲＳ－３３２、ＲＸＩ－７６２、ＳＴＩ－１１１０、ＶＸＭ－１０、ＸｍＡｂ－２３１０４、ＡＫ－１１２、ＨＬＸ－２０、ＳＳＩ－３６１、ＡＴ－１６２０１、ＳＮＡ－０１、ＡＢ１２２、ＰＤ１－ＰＩＫ、ＰＦ－０６９３６３０８、ＲＧ－７７６９、ＣＡＢ ＰＤ－１ Ａｂｓ、ＡＫ－１２３、ＭＥＤＩ－３３８７、ＭＥＤＩ－５７７１、４Ｈ１１２８Ｚ－Ｅ２７、ＲＥＭＤ－２８８、ＳＧ－００１、ＢＹ－２４．３、ＣＢ－２０１、ＩＢＩ－３１９、ＯＮＣＲ－１７７、Ｍａｘ－１、ＣＳ－４１００、ＪＢＩ－４２６、ＣＣＣ－０７０１、又はＣＣＸ－４５０３、あるいはそれらの誘導体を含む。

【0596】

一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１及びＶＩＳＴＡ又はＰＤ－Ｌ１及びＴＩＭ３を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＣＡ－１７０（ＡＵＰＭ－１７０としても知られている）である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒトＰＤ－Ｌ１（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤ－Ｌ１）又はそのバリアントに結合することができる。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。

【0597】

場合によっては、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、例えば、下記の抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１との間の結合、及び／又はＰＤ－Ｌ１とＢ７－１との間の結合を阻害することができる。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、モノクローナル抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、又は（Ｆａｂ’）２断片から選択される抗体断片である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト化抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ－１ １０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、又はＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）から選択される。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ（ｉｍｆｉｎｚｉ）、ＢＧＢ－Ａ３３３、ＳＨＲ－１３１６（ＨＴＩ－１０８８）、ＣＫ－３０１、ＢＭＳ－９３６５５９、エンバフォリマブ（ＫＮ０３５、ＡＳＣ２２）、ＣＳ１００１、ＭＤＸ－１１０５（ＢＭＳ－９３６５５９）、ＬＹ３３０００５４、ＳＴＩ－Ａ１０１４、ＦＡＺ０５３、ＣＸ－０７２、ＩＮＣＢ０８６５５０、ＧＮＳ－１４８０、ＣＡ－１７０、ＣＫ－３０１、Ｍ－７８２４、ＨＴＩ－１０８８（ＨＴＩ－１３１、ＳＨＲ－１３１６）、ＭＳＢ－２３１１、ＡＫ－１０６、ＡＶＡ－００４、ＢＢＩ－８０１、ＣＡ－３２７、ＣＢＡ－０７１０、ＣＢＴ－５０２、ＦＰＴ－１５５、ＩＫＴ－２０１、ＩＫＴ－７０３、１０－１０３、ＪＳ－００３、ＫＤ－０３３、ＫＹ－１００３、ＭＣＬＡ－１４５、ＭＴ－５０５０、ＳＮＡ－０２、ＢＣＤ－１３５、ＡＰＬ－５０２（ＣＢＴ－４０２又はＴＱＢ２４５０）、ＩＭＣ－００１、ＫＤ－０４５、ＩＮＢＲＸ－１０５、ＫＮ－０４６、ＩＭＣ－２１０２、ＩＭＣ－２１０１、ＫＤ－００５、ＩＭＭ－２５０２、８９Ｚｒ－ＣＸ－０７２、８９Ｚｒ－ＤＦＯ－６Ｅ１１、ＫＹ－１０５５、ＭＥＤＩ－１１０９、ＭＴ－５５９４、ＳＬ－２７９２５２、ＤＳＰ－１０６、Ｇｅｎｓｃｉ－０４７、ＲＥＭＤ－２９０、Ｎ－８０９、ＰＲＳ－３４４、ＦＳ－２２２、ＧＥＮ－１０４６、ＢＨ－２９ｘｘ、若しくはＦＳ－１１８、又はそれらの誘導体を含む。

【0598】

一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ４のアンタゴニストである。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ４の小分子アンタゴニストである。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ４抗体である。ＣＴＬＡ４は、Ｔ細胞活性化、特に、ＣＤ２８依存性Ｔ細胞応答を負に調節するように作用する、免疫チェックポイント分子のＣＤ２８－Ｂ７免疫グロブリンスーパーファミリーの一部分である。ＣＴＬＡ４は、ＣＤ８０（Ｂ７－１）及びＣＤ８６（Ｂ７－２）などのＣＤ２８と共通のリガンドへの結合に対して競合し、ＣＤ２８よりも高い親和性でこれらのリガンドに結合する。ＣＴＬＡ４活性を（例えば、抗ＣＴＬＡ４抗体を使用して）遮断することは、ＣＤ２８媒介性共刺激を増強し（増加したＴ細胞活性化／プライミングをもたらし）、Ｔ細胞発生に影響し、かつ／又はＴｒｅｇ、例えば、腫瘍内Ｔｒｅｇを枯渇させると考えられる。一部の実施形態では、ＣＴＬＡ４アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。一部の実施形態では、ＣＴＬＡ－４阻害剤は、イピリムマブ（ＩＢＩ３１０、ＢＭＳ－７３４０１６、ＭＤＸ０１０、ＭＤＸ－ＣＴＬＡ４、ＭＥＤＩ４７３６）、トレメリムマブ（ＣＰ－６７５、ＣＰ－６７５、２０６）、ＡＰＬ－５０９、ＡＧＥＮ１８８４、ＣＳ１００２、ＡＧＥＮ１１８１、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ、ＢＭＳ－１８８６６７、ＲＧ２０７７）、ＢＣＤ－１４５、ＯＮＣ－３９２、ＡＤＵ－１６０４、ＲＥＧＮ４６５９、ＡＤＧ１１６、ＫＮ０４４、ＫＮ０４６、又はその誘導体を含む。

【0599】

一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体又は抗体断片は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ、例えば、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＭＧＡ－０１２、ＪＮＪ－６３７２３２８３、ＢＩ ７５４０９１、ＢＧＢ－１０８、ＢＧＢ－Ａ３１７、ＪＳ－００１、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０、ＰＦ－０６８０１５９１、ＴＳＲ－０４２、ＡＭ０００１、ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８、又はＥＮＵＭ ３８８Ｄ４である。一部の実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１イムノアドヘシンである。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１イムノアドヘシンは、ＡＭＰ－２２４である。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体又は抗体断片は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）、ＬＹ３３０００５４、ＳＴＩ－Ａ１０１４、ＫＮ０３５、ＦＡＺ０５３、又はＣＸ－０７２である。

【0600】

一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＬＡＧ－３阻害剤（例えば、抗体、抗体コンジュゲート、又はその抗原結合断片）を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、小分子を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、ＬＡＧ－３結合剤を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、抗体、抗体コンジュゲート、又はその抗原結合断片を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、エフチラギモドアルファ（ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ－３２１、ＥＤＤＰ－２０２、ＥＯＣ－２０２）、レラトリマブ（ＢＭＳ－９８６０１６）、ＧＳＫ２８３１７８１（ＩＭＰ－７３１）、ＬＡＧ５２５（ＩＭＰ７０１）、ＴＳＲ－０３３、ＥＶＩＰ３２１（可溶性ＬＡＧ－３タンパク質）、ＢＩ７５４１１１、ＩＭＰ７６１、ＲＥＧＮ３７６７、ＭＫ－４２８０、ＭＧＤ－０１３、ＸｍＡｂ２２８４１、ＩＮＣＡＧＮ－２３８５、ＥＮＵＭ－００６、ＡＶＡ－０１７、ＡＭ－０００３、ｉＯｎｃｔｕｒａ抗ＬＡＧ－３抗体、Ａｒｃｕｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ＬＡＧ－３抗体、Ｓｙｍ０２２、その誘導体、又は前述のいずれかと競合する抗体を含む。

【0601】

一部の実施形態では、抗がん療法は、免疫調節分子又はサイトカインを、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。免疫調節プロファイルは、効率的な免疫応答を誘発し、対象の免疫のバランスをとるために必要である。好適な免疫調節サイトカインの例としては、インターフェロン（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、及びＩＦＮγ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、及びＩＬ－２０）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦα及びＴＮＦβ）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＬＴ－３リガンド、ｇＩｐ１０、ＴＣＡ－３、ＭＣＰ－１、ＭＩＦ、ＭＩＰ－１α、ＭＩＰ－１β、Ｒａｎｔｅｓ、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、又は顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、並びにそれらの機能的断片が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ケモカイン受容体（すなわち、ＣＸＣ、ＣＣ、Ｃ、又はＣＸ３Ｃケモカイン受容体）に結合する任意の免疫調節性ケモカインを、本開示との関連で使用することができる。ケモカインの例としては、ＭＩＰ－３α（Ｌａｘ）、ＭＩＰ－３β、Ｈｃｃ－１、ＭＰＩＦ－１、ＭＰＩＦ－２、ＭＣＰ－２、ＭＣＰ－３、ＭＣＰ－４、ＭＣＰ－５、エオタキシン、Ｔａｒｃ、Ｅｌｃ、Ｉ３０９、ＩＬ－８、ＧＣＰ－２ Ｇｒｏα、Ｇｒｏ－β、Ｎａｐ－２、Ｅｎａ－７８、Ｉｐ－１０、ＭＩＧ、Ｉ－Ｔａｃ、ＳＤＦ－１、又はＢＣＡ－１（Ｂｌｃ）、並びにそれらの機能的断片が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、免疫調節分子は、本明細書に提供される治療のいずれかに含まれる。

【0602】

一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、一価及び／又は単一特異性である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、多価及び／又は多特異性である。

【0603】

一部の実施形態では、抗がん療法は、本開示の融合核酸分子若しくはその一部分、又は本開示の融合ポリペプチド若しくはその一部分を含むか、又はそれをコードする核酸の発現を阻害する抗がん剤を含む。一部の実施形態では、抗がん療法は、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、又はｓｈＲＮＡなどの核酸分子を含む。当該技術分野で既知であるように、二本鎖構造を有するｄｓＲＮＡは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を誘導するときに効果的である。一部の実施形態では、抗がん療法は、低分子干渉ＲＮＡ分子（ｓｉＲＮＡ）を含む。ｄｓＲＮＡ及びｓｉＲＮＡを使用して、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞）における遺伝子発現をサイレンシングすることができる。一部の実施形態では、本開示のｄｓＲＮＡは、約５～約１０個の塩基対、約１０～約１２個の塩基対、約１２～約１５個の塩基対、約１５～約２０個の塩基対、約２０～２３個の塩基対、約２３～約２５個の塩基対、約２５～約２７個の塩基対、又は約２７～約３０個の塩基対のうちのいずれかを含む。当該技術分野で既知であるように、ｓｉＲＮＡは、任意選択的にオーバーハングを含む低分子ｄｓＲＮＡである。一部の実施形態では、ｓｉＲＮＡの二本鎖領域は、約１８～２５個のヌクレオチド（例えば、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個のヌクレオチドのうちのいずれか）である。ｓｉＲＮＡはまた、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、例えば、およそ２９塩基対のステムと、２－ヌクレオチドの３’オーバーハングとを有するものである。一部の実施形態では、本開示のｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、又はｓｈＲＮＡは、本開示の融合核酸分子、又は切断点を含むその一部分を含むか、又はそれをコードする核酸にハイブリダイズするように構成されたヌクレオチド配列を含む。ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、又はｓｈＲＮＡを設計し、最適化し、産生し、使用するための方法は、当該技術分野で既知である。

【0604】

一部の実施形態では、抗がん療法は、化学療法を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。化学療法剤の例としては、アルキル化剤（例えば、チオテパ及びシクロホスファミド）、アルキルスルホネート（例えば、ブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファン）、アジリジン（例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ）、エチレンイミン及びメチルアメラミン（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミンを含む）、アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）、ブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ－１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）、クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）、ドラスタチン、デュオカルマイシン（合成類似体ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコディクチン、スポンジスタチン、ナイトロジェンマスタード（例えば、クロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、及びウラシルマスタード）、ニトロソウレア（カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン）、抗生物質（例えば、エンジイン抗生物質（カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマｌｌ及びカリケアマイシンオメガｌｌなど）、ダイネミシン（例えば、ダイネミシンＡを含む）、ビスホスホネート（例えば、クロドロネート）、エスペラミシン、並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン（例えば、マイトマイシンＣ）、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、及びゾルビシン））、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ））、葉酸類似体（例えば、デノプテリン、プテロプテリン、トリメトレキサート）、プリン類似体（例えば、フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン）、ピリミジン類似体（例えば、アンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、及びフロクスウリジン）、アンドロゲン（例えば、カルステロン、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、エピチオスタノール、メピチオスタン、及びテストラクトン）、抗副腎剤（例えば、ミトタン及びトリロスタン）、葉酸補充剤（例えば、葉酸）、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキサート、デフォアミン、デメコルシン、ジアジコン、エルホルミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、マイタンシノイド（例えば、マイタンシン及びアンサマイトシン）、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダンモール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２－エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ多糖複合体、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフィラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジコン、２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン（特に、Ｔ－２トキシン、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアンギジン）、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）、シクロホスファミド、タキソイド（例えば、パクリタキセル及びドセタキセルゲムシタビン）、６－チオグアニン、メルカプトプリン、白金配位錯体（例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン）、ビンブラスチン、白金、エトポシド（ＶＰ－１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン（例えば、ＣＰＴ－ｌ ｌ）、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００、ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイド（例えば、レチノイン酸）、カペシタビン、カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビン、ナベルビン、ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチナム、並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が挙げられる。

【0605】

本開示の抗がん療法と組み合わせることができる化学療法薬のいくつかの非限定的な例は、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ）、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ、Ｐｌａｔｉｎｏｌ－ＡＱ）、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ、Ｎｅｏｓａｒ）、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ）、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ）、エトポシド（ＶｅＰｅｓｉｄ）、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ）、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ）、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ）、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ、Ｍｅｘａｔｅ、Ａｍｅｔｈｏｐｔｅｒｉｎ）、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ、Ａｂｒａｘａｎｅ）、ソラフィニブ（Ｎｅｘａｖａｒ）、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ）、トポテカン（Ｈｙｃａｍｔｉｎ）、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ、Ｖｉｎｃａｓａｒ ＰＦＳ）、及びビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ）である。

【0606】

一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。キナーゼ阻害剤の例としては、１つ以上の受容体チロシンキナーゼ、例えば、ＢＣＲ－ＡＢＬ、Ｂ－Ｒａｆ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ－２／ＥｒｂＢ２、ＩＧＦ－ＩＲ、ＰＤＧＦＲ－ａ、ＰＤＧＦＲ－β、ｃＫｉｔ、Ｆｌｔ－４、Ｆｌｔ３、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＣＳＦ１Ｒ、ｃ－Ｍｅｔ、ＲＯＳ１、ＲＯＮ、ｃ－Ｒｅｔ、若しくはＡＬＫ；１つ以上の細胞質チロシンキナーゼ、例えば、ｃ－ＳＲＣ、ｃ－ＹＥＳ、Ａｂｌ、若しくはＪＡＫ－２；１つ以上のセリン／スレオニンキナーゼ、例えば、ＡＴＭ、オーロラＡ及びＢ、ＣＤＫ、ｍＴＯＲ、ＰＫＣｉ、ＰＬＫ、ｂ－Ｒａｆ、ｃ－Ｒａｆ、Ｓ６Ｋ、若しくはＳＴＫ１１／ＬＫＢ１；又は１つ以上の脂質キナーゼ、例えば、ＰＩ３Ｋ若しくはＳＫＩを標的とするものが挙げられる。小分子キナーゼ阻害剤には、ＰＨＡ－７３９３５８、ニロチニブ、ダサチニブ、ＰＤ１６６３２６、ＮＳＣ７４３４１１、ラパチニブ（ＧＷ－５７２０１６）、カネルチニブ（ＣＩ－１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、スーテント（ＳＵ１ １２４８）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３－９００６）、又はレフルノミド（ＳＵ１０１）が含まれる。チロシンキナーゼ阻害剤の追加の非限定的な例としては、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ／Ｇｌｉｖｅｃ）及びゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ）が挙げられる。

【0607】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗血管新生剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。血管新生阻害剤は、腫瘍が生存するために必要な血管の広範な増殖（血管新生）を防ぐ。本開示の方法で使用され得る血管新生媒介分子又は血管新生阻害剤の非限定的な例としては、可溶性ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦアイソフォーム、例えば、ＶＥＧＦ１２１及びＶＥＧＦ１６５；ＶＥＧＦ受容体、例えば、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２；並びに共受容体、例えば、ニューロピリン１及びニューロピリン２）、ＮＲＰ－１、アンジオポエチン２、ＴＳＰ－１及びＴＳＰ－２、アンジオスタチン及び関連分子、エンドスタチン、バソスタチン、カルレティキュリン、血小板因子４、ＴＩＭＰ及びＣＤＡＩ、Ｍｅｔｈ－１及びＭｅｔｈ－２、ＩＦＮα、ＩＦＮ－β及びＩＦＮ－γ、ＣＸＣＬ１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１２、及びＩＬ－１８、プロトロンビン（クリングルドメイン２）、アンチトロンビンＩＩＩ断片、プロラクチン、ＶＥＧＩ、ＳＰＡＲＣ、オステオポンチン、マスピン、カンスタチン、プロリフェリン関連タンパク質、レスチン、並びに薬物、例えばベバシズマブ、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＴＮＰ－４７０、ＣＭ１０１、ＩＦＮ－ａ血小板因子４、スラミン、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、ＶＥＧＦＲアンタゴニスト、抗血管新生ステロイド、及びヘパリン、軟骨由来血管新生阻害因子、マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤、２－メトキシエストラジオール、テコガラン、テトラチオモリブデート、サリドマイド、トロンボスポンジン、プロラクチナν β３阻害剤、リノミド、又はタスキニモドが挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る既知の治療薬候補としては、天然に存在する血管新生阻害剤が挙げられ、アンジオスタチン、エンドスタチン、又は血小板因子－４が含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る治療薬候補には、ＴＮＰ－４７０、サリドマイド、及びインターロイキン－１２などの内皮細胞の増殖の特異的阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。本開示の方法に従って使用され得る更に他の抗血管新生剤としては、血管新生分子を中和するものが挙げられ、線維芽細胞増殖因子に対する抗体、血管内皮増殖因子に対する抗体、血小板由来増殖因子に対する抗体、あるいはＥＧＦ、ＶＥＧＦ、若しくはＰＤＧＦの受容体の抗体又は他のタイプの阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生剤には、スラミン及びその類似体、並びにテコガランが含まれるが、これらに限定されない。他の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生剤としては、限定されないが、血管新生因子の受容体を中和する薬剤、又は血管基底膜及び細胞外マトリックスを妨害する薬剤が挙げられ、限定されないが、メタロプロテアーゼ阻害剤及び血管新生抑制ステロイドが含まれる。本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生化合物の別の群には、インテグリンアルファｖベータ３に対する抗体などの抗接着分子が含まれるが、これらに限定されない。本開示の方法に従って使用され得る更に他の抗血管新生化合物又は組成物には、キナーゼ阻害剤、サリドマイド、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣＭ１０１、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１２、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、軟骨由来血管新生抑制因子、２－メトキシエストラジオール、テトラチオモリブデート、トロンボスポンジン、プロラクチン、及びリノミドが含まれる。１つの特定の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生化合物は、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）／ベバシズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）などのＶＥＧＦに対する抗体である。

【0608】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗ＤＮＡ修復療法を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、抗ＤＮＡ修復療法は、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、タラゾパリブ、ルカパリブ、オラパリブ）、ＲＡＤ５１阻害剤（例えば、ＲＩ－１）、又はＤＮＡ損傷応答キナーゼの阻害剤（例えば、ＣＨＣＫ１（例えば、ＡＺＤ７７６２）、ＡＴＭ（例えば、ＫＵ－５５９３３、ＫＵ－６００１９、ＮＵ７０２６、若しくはＶＥ－８２１）、及びＡＴＲ（例えば、ＮＵ７０２６））である。

【0609】

一部の実施形態では、抗がん療法は、放射線増感剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。例示的な放射線増感剤には、低酸素放射線増感剤（例えば、ミソニダゾール、メトロニダゾール）、及び低酸素腫瘍組織への酸素の拡散を増加させるのに役立つ化合物であるトランス－クロセチン酸ナトリウムが含まれる。放射線増感剤はまた、相同組換え（ＨＲ）及び非相同末端結合（ＮＨＥＪ）及び直接修復機構を含む、塩基除去修復（ＢＥＲ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）を妨害するＤＮＡ損傷応答阻害剤であり得る。一本鎖切断（ＳＳＢ）修復メカニズムには、ＢＥＲ、ＮＥＲ、又はＭＭＲ経路が含まれるが、二本鎖切断（ＤＳＢ）修復メカニズムは、ＨＲ及びＮＨＥＪ経路で構成される。放射線は、修復されなければ致命的なＤＮＡ切断を引き起こす。ＳＳＢは、インタクトのＤＮＡ鎖をテンプレートとして使用して、ＢＥＲ、ＮＥＲ、及びＭＭＲメカニズムの組み合わせを介して修復される。ＳＳＢ修復の主な経路はＢＥＲであり、ポリ（ＡＤＰリボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）と呼ばれる関連酵素のファミリーを利用する。したがって、放射線増感剤は、ＰＡＲＰ阻害剤などのＤＮＡ損傷応答阻害剤を含むことができる。

【0610】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗炎症剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。一部の実施形態では、抗炎症剤は、炎症又は炎症性シグナル伝達経路からのシグナル伝達を遮断、阻害、又は低減する薬剤である。一部の実施形態では、抗炎症剤は、以下のいずれかの１つ以上の活性を阻害又は低減する：ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３、インターフェロン（ＩＦＮ）（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＩＦＮ－γ）誘導因子（ＩＧＩＦ）、形質転換増殖因子－β（ＴＧＦ－β）、形質転換増殖因子－α（ＴＧＦ－α）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦ－α、ＴＮＦ－β、ＴＮＦ－ＲＩ、ＴＮＦ－ＲＩＩ）、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ４０Ｌ、ＥＧＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＤＮＦ、ＰＤＧＦ－ＢＢ、ＲＡＮＴＥＳ／ＣＣＬ５、ＩＫＫ、ＮＦ－κＢ、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、及び／又はそれらの同族受容体。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＩＬ－１若しくはＩＬ－１受容体アンタゴニスト、例えば、アナキンラ（例えば、Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リロナセプト、又はカナキヌマブである。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＩＬ－６若しくはＩＬ－６受容体アンタゴニスト、例えば、抗ＩＬ－６抗体若しくは抗ＩＬ－６受容体抗体、例えば、トシリズマブ（例えば、ＡＣＴＥＭＲＡ（登録商標））、オロキズマブ、クラザキズマブ、サリルマブ、シルクマブ、シルツキシマブ、又はＡＬＸ－００６１である。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＴＮＦ－αアンタゴニスト、例えば、抗ＴＮＦα抗体、例えば、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ（登録商標））、アダリムマブ（例えば、Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（例えば、Ｃｉｍｚｉａ（登録商標））、又はエタネルセプトである。一部の実施形態では、抗炎症剤は、コルチコステロイドである。例示的なコルチコステロイドは、コルチゾン（ヒドロコルチゾン、リン酸ヒドロコルチゾンナトリウム、コハク酸ヒドロコルチゾンナトリウム、例えば、Ａｌａ－Ｃｏｒｔ（登録商標）、Ｈｙｄｒｏｃｏｒｔ Ａｃｅｔａｔｅ（登録商標）、リン酸ヒドロコルトンＬａｎａｃｏｒｔ（登録商標）、Ｓｏｌｕ－Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標））、デカドロン（デキサメタゾン、酢酸デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、例えば、Ｄｅｘａｓｏｎｅ（登録商標）、Ｄｉｏｄｅｘ（登録商標）、Ｈｅｘａｄｒｏｌ（登録商標）、Ｍａｘｉｄｅｘ（登録商標））、メチルプレドニゾロン（６－メチルプレドニゾロン、酢酸メチルプレドニゾロン、コハク酸メチルプレドニゾロンナトリウム、例えば、Ｄｕｒａｌｏｎｅ（登録商標）、Ｍｅｄｒａｌｏｎｅ（登録商標）、Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標）、Ｍ－Ｐｒｅｄｎｉｓｏｌ（登録商標）、Ｓｏｌｕ－Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標））、プレドニゾロン（例えば、Ｄｅｌｔａ－Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標）、ＯＲＡＰＲＥＤ（登録商標）、Ｐｅｄｉａｐｒｅｄ（登録商標）、Ｐｒｅｚｏｎｅ（登録商標））、及びプレドニゾン（例えば、Ｄｅｌｔａｓｏｎｅ（登録商標）、Ｌｉｑｕｉｄ Ｐｒｅｄ（登録商標）、Ｍｅｔｉｃｏｒｔｅｎ（登録商標）、Ｏｒａｓｏｎｅ（登録商標））、及びビスホスホネート（例えば、パミドロネート（Ａｒｅｄｉａ（登録商標））、及びゾレドロン酸（例えば、Ｚｏｍｅｔａｃ（登録商標））を含むが、これらに限定されない。

【0611】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗ホルモン剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。抗ホルモン剤は、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害するように作用する薬剤である。抗ホルモン剤の例としては、抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ）、例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）トレミフェンを含む抗エストロゲン及びＳＥＲＭ；副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、例えば、４（５）－イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＣＥ（登録商標）酢酸メゲストロール、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、フォルメスタニ、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）ボロゾール、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾール、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール）；抗アンドロゲン薬、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、及びゴセレリン；トロキサシタビン（１，３－ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えば、ＰＫＣ－アルファ、Ｒａｆ、Ｈ－Ｒａｓ、及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦ－Ｒ）；ワクチン、例えば、遺伝子療法ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ－２；ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１阻害剤；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；並びに上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が挙げられる。

【0612】

一部の実施形態では、抗がん療法は、代謝拮抗化学療法剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。代謝拮抗化学療法剤は、代謝産物に構造的に類似しているが、体内で生産的に使用することができない薬剤である。多くの代謝拮抗化学療法剤は、ＲＮＡ又はＤＮＡの生成を妨げる。代謝拮抗化学療法剤の例としては、ゲムシタビン（例えば、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、カペシタビン（例えば、ＸＥＬＯＤＡ（商標））、６－メルカプトプリン、メトトレキサート、６－チオグアニン、ペメトレキセド、ラルチトレキセド、アラビノシルシトシンＡＲＡ－Ｃシタラビン（例えば、ＣＹＴＯＳＡＲ－Ｕ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ－ＤＯＭＥＤ）、アゾシトシン、デオキシシトシン、ピリドミデン、フルダラビン（例えば、ＦＬＵＤＡＲＡ（登録商標））、クラドラビン、及び２－デオキシ－Ｄ－グルコースが挙げられる。一部の実施形態では、代謝拮抗化学療法剤は、ゲムシタビンである。ゲムシタビンＨＣｌは、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙによって商標ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）で販売されている。

【0613】

一部の実施形態では、抗がん療法は、白金ベースの化学療法剤を、例えば、単独で、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１標的療法との組み合わせで含む。白金ベースの化学療法剤は、分子の不可欠な部分として白金を含有する有機化合物を含む化学療法剤である。一部の実施形態では、化学療法剤は、白金剤である。一部のそのような実施形態では、白金剤は、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ネダプラチン、四硝酸トリプラチン、フェナントリプラチン、ピコプラチン、又はサトラプラチンから選択される。

【0614】

一部の態様では、本明細書で提供される抗がん療法と、薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤と、を含む、治療用製剤が本明細書で提供される。本明細書で提供される製剤は、１つより多い活性化合物、例えば、本明細書で提供される抗がん療法及び１つ以上の追加の薬剤（例えば、抗がん剤）を含有し得る。

【0615】

許容される担体、賦形剤、又は安定剤は、用いられる投薬量及び濃度で、レシピエントに対して非毒性であり、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、又は他の有機酸などの緩衝液；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、ヘキサメトニウムクロリド、ベンザルコニウムクロリド、ベンゼトニウムクロリド、フェノール、ブチル又はベンジルアルコール、アルキルパラベン、例えば、メチル又はプロピルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３－ペンタノール、又はｍ－クレゾール；低分子量ポリペプチド（例えば、約１０個未満の残基）；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン；グルコース、マンノース、又はデキストリンを含む、単糖、二糖、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート化剤；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、又はソルビトール；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）；界面活性剤、例えば、非イオン性界面活性剤；又はポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が挙げられる。

【0616】

活性成分は、マイクロカプセルに包まれていてもよい。そのようなマイクロカプセルは、例えば、コアセルベーション技法によって、又は例えば、それぞれヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチン－マイクロカプセル、及びポリ（メタクリル酸メチル）マイクロカプセルの界面重合によって；コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミン微小球、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）で；又はマクロエマルションで、調製され得る。そのような技法は、当該技術分野で既知である。

【0617】

持続放出組成物を調製してもよい。持続放出組成物の好適な例としては、本開示の抗がん療法を含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが挙げられる。そのようなマトリックスは、成形された物品、例えば、膜、又はマイクロカプセルの形態であってもよい。持続放出マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２－ヒドロキシエチル－メタクリレート）、又はポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド、Ｌ－グルタミン酸とγ エチル－Ｌ－グルタメートとのコポリマー、非分解性エチレン－酢酸ビニル、分解性乳酸－グリコール酸コポリマー、例えば、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸－グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射可能な微小球）、及びポリ－Ｄ－（－）－３－ヒドロキシ酪酸が挙げられる。

【0618】

本明細書で提供される製剤はまた、１つより多い活性化合物、例えば、互いに有害な影響を与えない相補的な活性を有するものを含有し得る。そのような医薬のタイプ及び有効量は、例えば、製剤中に存在する活性化合物の量及びタイプ、並びに対象の臨床パラメータに依存する。

【0619】

製剤に関する全般的な情報について、例えば、Ｇｉｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．（編集）Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，８ｔｈ ｅｄ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９０、Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（編集），Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，１９９０、Ａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．（編集）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（編集）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（編集），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０、及びＷａｌｔｅｒｓ（編集）Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ（Ｄｒｕｇｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｖｏｌ １ １９，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，２００２を参照されたい。

【0620】

インビボ投与に使用される製剤は、滅菌である。このことは、滅菌濾過膜による濾過、又は当該技術分野で既知の他の方法によって容易に達成される。

【0621】

一部の実施形態では、本開示の抗がん療法は、単独療法として投与される。一部の実施形態では、抗がん療法は、１つ以上の追加の抗がん療法又は治療、例えば、本明細書に記載されるものとの組み合わせで投与される。一部の実施形態では、１つ以上の追加の抗がん療法又は治療は、本明細書に記載の１つ以上の抗がん療法を含む。一部の実施形態では、本開示の方法は、本明細書で提供される抗がん療法のうちのいずれかの任意の組み合わせの投与を含む。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、及び抗炎症療法のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、追加の抗がん療法は、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生療法、放射線療法、細胞傷害性剤、又はそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、抗がん療法は、化学療法又は化学療法剤と組み合わせて投与され得る。一部の実施形態では、化学療法又は化学療法剤は、白金ベースの薬剤（限定されないが、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、及びスタラプラチンを含む）である。一部の実施形態では、抗がん療法は、放射線療法と組み合わせて投与され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法のうちのいずれかにおいて使用するための抗がん療法（例えば、単剤療法として、又は別の療法若しくは治療と組み合わせて）は、参照により本明細書に組み込まれるＰｉｅｔｒａｎｔｏｎｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ（２０１７）１０９（１２）及び／又はＷａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒｓ（２０２０）１２（２）：４２６によって記載される抗がん療法又は治療である。

【0622】

Ｄ．報告
一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、レポートを生成すること、及び／又はレポートを当事者に提供することを含む。

【0623】

一部の実施形態では、本開示によるレポートは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド；本開示のがん、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドを含むがん；あるいはがん、例えば、本開示のがん（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子又はポリペプチドを含むがん）を有する個体のための治療、療法、又は１つ以上の治療選択肢のうちの１つ以上についての情報を含む。

【0624】

一部の実施形態では、本開示によるレポートは、個体、例えば、がんを有する個体、例えば、本明細書で提供されるがんを有する個体から得られた試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在についての情報を含む。一実施形態では、本開示によるレポートは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドが、個体から得られた試料において存在することを示す。一実施形態では、本開示によるレポートは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドが、個体から得られた試料において存在しないことを示す。一実施形態では、本開示によるレポートは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されていることを示す。一実施形態では、本開示によるレポートは、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されていないことを示す。一部の実施形態では、レポートは、試料が得られた個体についての識別子を含む。

【0625】

一部の実施形態では、レポートは、疾患、例えば、がんにおける本開示の融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチド、あるいはその野生型対応物の役割についての情報を含む。そのような情報は、がん、例えば、本明細書で提供されるがん、例えば、本明細書に記載される融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんの予後についての情報；１つ以上の治療に対するがん、例えば、本明細書で提供されるがん、例えば、本明細書に記載される融合核酸分子若しくはポリペプチドを含むがんの抵抗性についての情報；潜在的若しくは示唆される治療選択肢（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）についての情報；又は回避されるべき治療選択肢についての情報のうちの１つ以上を含むことができる。一部の実施形態では、レポートは、がん、例えば、本明細書で提供されるがん、例えば、本明細書に記載される融合核酸分子又はポリペプチドを含み、レポートにおいて特定されるがんを有する個体への治療選択肢（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）の適用の高い可能性がある有効性、許容性、及び／又は得策についての情報を含む。一部の実施形態では、レポートは、治療（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法に従って選択又は特定された治療）の投与に対する情報又は推奨を含む。一部の実施形態では、情報又は推奨は、治療の投薬量及び／又は治療計画（例えば、第２の治療薬剤などの他の治療と組み合わせた）を含む。一部の実施形態では、レポートは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、又はそれより多くの治療についての情報又は推奨を含む。

【0626】

また、本開示に従ってレポートを生成する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、本開示によるレポートは、以下のステップ、個体、例えば、がんを有する個体、例えば、本明細書で提供されるがんを有する個体からの試料、例えば、本明細書に記載される試料を得るステップと、試料において、本開示の融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出するステップ、あるいは試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチドの存在の知識を取得するステップと、レポートを生成するステップとのうちの１つ以上を含む方法によって生成される。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法により生成されたレポートは、試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチド、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はそのような融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在についての情報；試料が得られた個体についての識別子；疾患（例えば、がん）における本開示の融合核酸分子若しくはポリペプチド、又はその野生型対応物の役割についての情報；予後、抵抗性、又は潜在的若しくは示唆される治療選択肢（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）についての情報；個体への治療選択肢（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）の適用の高い可能性がある有効性、許容性、又は得策についての情報；治療（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）の投与についての推奨又は情報；あるいは治療（例えば、本明細書で提供される抗がん療法、又は本明細書で提供される方法により選択若しくは特定される治療）と、例えば、他の治療（例えば、第２の治療剤）との組み合わせの投薬又は治療レジメンについての推奨又は情報のうちの１つ以上を含む。一部の実施形態では、生成されるレポートは、個人に合わせたがんレポートである。

【0627】

本開示によるレポートは、電子形態、ウェブベースの形態、又は紙形態であってもよい。レポートは、個体若しくは患者（例えば、がん、例えば、本明細書で提供されるがん、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドを含むがんを有する個体又は患者）、あるいは個体、又は個体若しくは患者以外の実体（例えば、がんを有する個体又は患者以外の実体）、例えば、介護者、医師、腫瘍学者、病院、診療所、第三支払者、保険会社、又は官庁のうちの１つ以上に提供され得る。一部の実施形態では、レポートは、個体（例えば、がんを有する個体）から試料を得てから約１日以上、約７日以上、約１４日以上、約２１日以上、約３０日以上、約４５日以上、又は約６０日以上のうちのいずれかの間に個体又は事業体に提供されるか、又は届けられる。一部の実施形態では、レポートは、個体（例えば、がんを有する個体）から得られた試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチドの検出から約１日以上、約７日以上、約１４日以上、約２１日以上、約３０日以上、約４５日以上、又は約６０日以上のうちのいずれか内に、個体又は実体に提供又は送達される。一部の実施形態では、レポートは、個体（例えば、がんを有する個体）から得られた試料における本開示の融合核酸分子又はポリペプチドの存在の知識の取得から約１日以上、約７日以上、約１４日以上、約２１日以上、約３０日以上、約４５日以上、又は約６０日以上のうちのいずれか内に、個体又は実体に提供又は送達される。

【0628】

Ｅ．ソフトウェア、システム、及びデバイス
一部の他の態様では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が本明細書に提供される。一部の実施形態では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体は、デバイスの１つ以上のプロセッサによって実行される１つ以上のプログラムを含み、１つ以上のプログラムが、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法をデバイスに実行させる命令を含む。

【0629】

図図１０は、一実施形態によるコンピューティングデバイス又はシステムの例を例示する。デバイス９００は、ネットワークに接続されたホストコンピュータとすることができる。デバイス９００は、クライアントコンピュータ又はサーバとすることができる。図１０に示されるように、デバイス９００は、パーソナルコンピュータ、ワークステーション、サーバ、又はハンドヘルド計算デバイス（携帯電子デバイス、例えば、電話又はタブレット）などの任意の好適なタイプのマイクロプロセッサベースのデバイスであり得る。デバイスは、例えば、１つ以上のプロセッサ９１０、入力デバイス９２０、出力デバイス９３０、メモリ又は記憶デバイス９４０、通信デバイス９６０、及び核酸シーケンサー９７０を含み得る。メモリ又は記憶デバイス９４０内に存在するソフトウェア９５０は、例えば、オペレーティングシステムと、本明細書に記載される方法を実行するためのソフトウェア、例えば、本開示の融合核酸分子を検出するためのソフトウェアと、を含み得る。入力デバイス９２０及び出力デバイス９３０は、一般に、本明細書に記載のものに対応していてもよく、コンピュータと接続可能であってもよく、又はコンピュータと一体化していてもよい。

【0630】

入力デバイス９２０は、タッチスクリーン、キーボード若しくはキーパッド、マウス、又は音声認識デバイスなどの入力を提供する任意の好適なデバイスであってもよい。出力デバイス９３０は、タッチスクリーン、触覚デバイス、又はスピーカなど、出力を提供する任意の好適なデバイスであってもよい。

【0631】

記憶装置９４０は、記憶装置（例えば、ＲＡＭ（揮発性及び不揮発性）、キャッシュ、ハードドライブ、又はリムーバブル記憶ディスクを含む電気、磁気、又は光学メモリ）を提供するいずれかの好適なデバイスであることができる。通信デバイス９６０は、ネットワークインターフェースチップ又はデバイスなどのネットワークを介してシグナルを送受信し得る任意の好適なデバイスを含み得る。コンピュータの構成要素は、いずれかの好適な様式で、例えば、有線媒体（例えば、物理システムバス９８０、イーサネット接続、又はいずれかの他の有線伝達技術）を介して、又は無線（例えば、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）、Ｗｉ－Ｆｉ（登録商標）、又はいずれかの他の無線技術）で接続され得る。

【0632】

記憶装置９４０内に実行可能な命令として記憶され得、プロセッサ９１０によって実行され得るソフトウェアモジュール９５０は、例えば、オペレーティングシステム、及び／又は本開示の方法、例えば、本開示の融合核酸分子を検出するための方法の機能（例えば、本明細書に記載されるデバイスにおいて具現化されるもの）を具現化するプロセスを含むことができる。

【0633】

ソフトウェアモジュール９５０はまた、命令実行システム、デバイス、若しくはデバイス（例えば、本明細書に記載のもの）によって、又はそれらと接続して使用するための任意の非一時的コンピュータ可読記憶媒体内に記憶及び／又は転送することができ、命令実行システム、デバイス、若しくはデバイスからの、ソフトウェアに関連付けられた命令をフェッチし、命令を実行することができる。本開示の文脈において、コンピュータ可読記憶媒体は、ストレージ９４０などの任意の媒体であり得、命令実行システム、装置、若しくはデバイスによって、又はそれらと接続して使用するためのプロセスを含む若しくは記憶することができる。コンピュータ可読記憶媒体の例としては、単一の機能ユニットとして動作するハードドライブ、フラッシュドライブ、及び配信モジュールなどのメモリユニットを挙げることができる。また、本明細書に記載の様々なプロセスは、上記の実施形態及び技法に従って動作するように構成されたモジュールとして具現化され得る。更に、プロセスは別個に示され、かつ／又は説明され得るが、当業者は、上記のプロセスが他のプロセス内のルーチン又はモジュールであり得ることを理解するであろう。

【0634】

ソフトウェアモジュール９５０はまた、命令実行システム、装置、若しくは上述したものなどのデバイスによって、又はそれらと接続して使用するための任意の伝送媒体内に伝播され得、命令実行システム、装置、若しくはデバイスからの、ソフトウェアに関連付けられた命令をフェッチし、命令を実行し得る。本開示の文脈において、伝送媒体は、任意の媒体とし得、命令実行システム、装置、若しくはデバイスによって、又はそれらと接続して使用するための伝送プログラミングを通信、伝播、又は伝送し得る。伝送可読媒体は、電子、磁気、光学、電磁気、若しくは赤外線の有線又は無線伝播媒体を含み得るが、これらに限定されない。

【0635】

デバイス９００は、ネットワーク（例えば、図１１に示され以下に記載されるネットワーク１００４）に接続され得、ネットワークは、いずれかの好適なタイプの相互接続された通信システムであることができる。ネットワークは、任意の好適な通信プロトコルを実装し得、任意の好適なセキュリティプロトコルによって保護され得る。ネットワークは、無線ネットワーク接続（Ｔ１若しくはＴ３回線）、ケーブルネットワーク、ＤＳＬ、又は電話回線などの、ネットワークシグナルの送受信を実装し得る任意の好適な配置のネットワークリンクを含み得る。

【0636】

デバイス９００は、いずれかのオペレーティングシステム、例えば、ネットワーク上で動作するのに好適なオペレーティングシステムを使用して実装され得る。ソフトウェアモジュール９５０は、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｊａｖａ、又はＰｙｔｈｏｎなどの任意の好適なプログラミング言語で書くことができる。様々な実施形態では、本開示の機能を具現化するアプリケーションソフトウェアは、異なる構成で（例えば、クライアント／サーバ配置で、又はウェブベースのアプリケーション若しくはウェブサービスとしてのウェブブラウザを介して）展開され得る。一部の実施形態では、オペレーティングシステムは、１つ以上のプロセッサ、例えば、プロセッサ９１０によって実行される。

【0637】

デバイス９００は、任意の適切な核酸配列決定機器とすることができるシーケンサー９７０を更に含むことができる。例示的なシーケンサーは、限定されないが、Ｒｏｃｈｅ／４５４のＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ＳｏｌｅｘａのＧｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＧＡ）、ＩｌｌｕｍｉｎａのＨｉＳｅｑ ２５００、ＨｉＳｅｑ ３０００、ＨｉＳｅｑ ４０００、及びＮｏｖａＳｅｑ ６０００配列決定システム、Ｌｉｆｅ／ＡＰＧのＳｕｐｐｏｒｔ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬｉＤ）システム、ＰｏｌｏｎａｔｏｒのＧ．００７システム、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ Ｇｅｎｅ配列決定システム、又はＰａｃｉｆｉｃ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ ＲＳシステムを含む。

【0638】

図図１１は、一実施形態によるコンピューティングシステムの例を例示する。コンピューティングシステム１０００において、デバイス９００（例えば、図１０に示される上記のデバイス）は、ネットワーク１００４に接続されており、ネットワーク１００４はまた、デバイス１００６に接続されている。いくつかの実施形態では、デバイス１００６は、シーケンサーである。例示的なシーケンサーは、限定されないが、Ｒｏｃｈｅ／４５４のＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ＳｏｌｅｘａのＧｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＧＡ）、ＩｌｌｕｍｉｎａのＨｉＳｅｑ ２５００、ＨｉＳｅｑ ３０００、ＨｉＳｅｑ ４０００、及びＮｏｖａＳｅｑ ６０００配列決定システム、Ｌｉｆｅ／ＡＰＧのＳｕｐｐｏｒｔ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬｉＤ）システム、ＰｏｌｏｎａｔｏｒのＧ．００７システム、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ Ｇｅｎｅ配列決定システム、又はＰａｃｉｆｉｃ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ ＲＳシステムを含む。

【0639】

デバイス９００及び１００６は、例えば、好適な通信インターフェースを使用して、ネットワーク１００４、例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、仮想プライベートネットワーク（ＶＰＮ）、又はインターネットを介して通信し得る。いくつかの実施形態では、ネットワーク１００４は、例えば、インターネット、イントラネット、仮想プライベートネットワーク、クラウドネットワーク、有線ネットワーク、又は無線ネットワークとすることができる。デバイス９００及び１００６は、イーサネット、ＩＥＥＥ８０２．１１ｂ無線などの無線又は有線通信を介して、部分的又は全体的に通信することができる。加えて、デバイス９００及び１００６は、例えば、好適な通信インターフェースを使用して、第２のネットワーク、例えば、移動通信／移動体通信ネットワークを介して通信し得る。デバイス９００と１００６との間の通信は、メールサーバ、モバイルサーバ、メディアサーバ、電話サーバなどの様々なサーバを更に含むか、それらと通信することができる。一部の実施形態では、デバイス９００及び１００６は、（ネットワーク１００４を介する通信の代わりに又はそれに加えて）、例えば、無線又はハードワイヤード通信、例えば、イーサネット又はＩＥＥＥ ８０２．１１ｂ無線などを介して直接通信することができる。一部の実施形態では、デバイス９００及び１００６は、通信１００８を介して通信し、通信１００８は、直接接続であってもよく、又はネットワーク（例えば、ネットワーク１００４）を介して発生してもよい。

【0640】

デバイス９００及び１００６のうちの一方又は全ては、概して、ローカル若しくはリモートのデータベース、又はデータ及びコンテンツの他のソースからアクセスされて、本明細書に記載される様々な例によりネットワーク１００４を介して情報を提供及び／又は受信するためのロジック（例えば、ｈｔｔｐウェブサーバロジック）を含むか、又はそのようなデータをフォーマットするようにプログラムされている。

【0641】

図１２は、本開示の一部の実施形態による、試料において本開示の融合核酸分子を検出するための例示的なプロセス１２００を示す。プロセス１２００は、例えば、ソフトウェアプログラムを実装する１つ以上の電子デバイスを使用して実行される。一部の実施例では、プロセス１２００は、クライアント－サーバシステムを使用して実行され、プロセス１２００のブロックは、サーバとクライアントデバイスとの間で、任意の方法で分割される。他の実施例では、プロセス１２００のブロックは、サーバと複数のクライアントデバイスとの間で分割される。したがって、プロセス１２００の一部は、クライアント－サーバシステムの特定のデバイスによって実行されるものとして本明細書に記載されているが、プロセス１２００はそのように限定されないことを理解されたい。一部の実施形態では、実行されるステップは、多くのシステムにわたって、例えば、クラウド環境において実行され得る。他の実施例では、プロセス１２００は、クライアントデバイスのみ、又は複数のクライアントデバイスのみを使用して実行される。プロセス１２００では、いくつかのブロックが、任意選択的に結合され、いくつかのブロックの順序が、任意選択的に変更され、いくつかのブロックが、任意選択的に省略される。一部の実施例では、プロセス１２００と組み合わせて追加のステップを実行することができる。したがって、図示されている（及び以下により詳細に説明されている）動作は、本質的に例示的なものであり、したがって、限定するものとみなされるべきではない。

【0642】

ブロック１２０２において、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードが得られ、１つ以上の核酸分子は、個体、例えば、本明細書に記載される個体から得られた試料に由来する。一部の実施形態では、試料は、がん（例えば、本明細書に記載のがん）を有する個体から得られる。一部の実施形態では、配列リードは、シーケンサー、例えば、本明細書に記載されるもの又は当該技術分野で既知の他のものを使用して得られる。一部の実施形態では、核酸分子は、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は本開示の融合核酸分子に関与する遺伝子、あるいはその断片に対応する１つ以上の核酸分子を含む。任意選択的に、配列リードを得る前に、試料は、精製され、濃縮され（例えば、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は本開示の融合核酸分子に関与する遺伝子、あるいはその断片に対応する核酸が濃縮され）、かつ／又はＰＣＲ増幅に供される。ブロック１２０４において、例示的なシステム（例えば、１つ以上の電子デバイス）は、複数の配列リードを、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片の存在について分析する。ブロック１２０６において、システムは、（例えば、分析に基づいて）試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書に（例えば、表１～６及び／又は本明細書での実施例に）記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又はその断片を検出する。

【0643】

一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子は、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。一部の実施形態では、がんは、本明細書に記載されるがん、例えば、上記のがんのうちのいずれかである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子は、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0644】

一部の実施形態では、融合核酸分子は、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんは、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである。一部の実施形態では、融合核酸分子は、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる。

【0645】

本開示の方法、システム、デバイス、非一時的コンピュータ可読記憶媒体、又はプロセスのうちのいずれかの一部の実施形態では、複数の配列リードは、本明細書に記載される試料のうちのいずれか、例えば、組織及び／又は液体生検などから得られた核酸を配列決定することによって得られる。一部の実施形態では、試料は、がんから得られる。いくつかの実施形態では、試料が、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検、腫瘍検体、又は循環腫瘍細胞からのものである。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、かつ血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからの細胞及び／又は核酸を含む。一部の実施形態では、試料は、がんからのｍＲＮＡ、ＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、液体生検試料であり、かつセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む。

【0646】

本開示の方法、システム、デバイス、非一時的コンピュータ可読記憶媒体、又はプロセスのうちのいずれかの一部の実施形態では、複数の配列リードは、配列決定によって得られる。一部の実施形態では、配列決定は、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む。一部の実施形態では、超並列配列決定技法は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む。

【0647】

本開示の方法、システム、デバイス、非一時的コンピュータ可読記憶媒体、又はプロセスのうちのいずれかの一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子の存在又は非存在を決定するための開示される方法は、個体に由来する試料における１つ以上の遺伝子座におけるバリアント配列の存在の特定を、特定の疾患、例えば、がんの検出、その監視、そのリスク因子の予測、又はそのための治療の選択の一部分として含むゲノムプロファイリングプロセスの一部分として実装され得る。いくつかの例では、ゲノムプロファイリングのために選択されるバリアントパネルは、選択された遺伝子座セットにおけるバリアント配列の検出を含み得る。いくつかの例では、ゲノムプロファイリングのために選択されるバリアントパネルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）、単一のアッセイで数百の遺伝子（関連するがんバイオマーカーを含む）を評価するために使用される次世代配列決定（ＮＧＳ）アプローチを介して、いくつかの遺伝子座でのバリアント配列の検出を含み得る。本開示の融合核酸分子の存在又は非存在を決定するための開示される方法をゲノムプロファイリングプロセスの一部分として含めることは、ゲノムプロファイルに基づいて、例えば、所与の患者試料における本開示の融合核酸分子の存在を独立して確認することによって行われる妥当性、例えば、疾患検出コールの妥当性を改善することができる。

【0648】

いくつかの例では、いくつかの例では、ゲノムプロファイルは、個人のゲノム及び／又はプロテオームにおける遺伝子（又はそのバリアント配列）、コピー数変異、エピジェネティック形質、タンパク質（又はその改変）、及び／又は他のバイオマーカーの存在に関する情報、並びに個人の対応する表現型形質、並びに遺伝的又はゲノム形質、表現型形質、及び環境因子の間の相互作用に関する情報を含み得る。

【0649】

一部の事例では、個体についてのゲノムプロファイルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、核酸配列決定ベースの試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を含み得る。

【0650】

したがって、本開示の方法、システム、デバイス、非一時的コンピュータ可読記憶媒体、又はプロセスのうちのいずれかの一部の実施形態では、試料又は個体についてのゲノムプロファイルは、試料における本開示の融合核酸分子又はその断片の検出に少なくとも部分的に基づいて生成される。一部の実施形態では、個体は、ゲノムプロファイルに少なくとも部分的に基づく治療、例えば、本明細書に記載される治療を投与される。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、１つ以上の追加の遺伝子、例えば、既知のがん遺伝子及び／又は腫瘍抑制因子のパネルにおける変異の存在又は非存在についての情報を更に含む／示す／含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、ゲノムプロファイリングアッセイ（例えば、がん又は腫瘍関連ゲノムプロファイリングアッセイ）から得られ、例えば、本明細書に記載される配列決定方法論のうちのいずれかを使用して得られる。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、全ゲノム又は全エクソーム配列決定からの情報を含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、標的配列決定からの情報を含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、ＮＧＳからの情報を含む。一部の実施形態では、ゲノムプロファイルは、１つ以上の遺伝子、例えば、既知のがん遺伝子及び／又は腫瘍抑制因子のパネルの変異、例えば、短いバリアント変化（例えば、塩基置換、挿入、又は欠失）、コピー数変化（例えば、増幅又はホモ接合型欠失）、及び／又は再編成（例えば、遺伝子融合、又は他のゲノム若しくは染色体再編成）の存在又は非存在についての情報を含む／示す／含む。

【0651】

本明細書に記載の本方法の方法ステップは、異なる意味が明示的に提供されるか、又は文脈から明らかでない限り、１つ以上の他の当事者又は事業体にステップを実行させる任意の好適な方法を含むことを意図している。そのような当事者又は事業体は、他の当事者又は事業体の指示又は管理下にある必要はなく、特定の管轄区域内に位置する必要はない。したがって、例えば、「第１の数を第２の数に足す」という記述又は列挙は、１つ以上の当事者又は事業体に２つの数を一緒に加えさせることを含む。例えば、人Ｘが人Ｙと対等な取引を行って、２つの数を足し、人Ｙが実際に２つの数を足した場合、人Ｘ及び人Ｙの両者は、人Ｙが、実際に数を足したという事実によって、人Ｘが、人Ｙに数を加えさせたという事実によって、示されたステップを実行する。更に、人Ｘが米国内に位置し、人Ｙが米国外に位置する場合、方法は、人Ｘがステップを実行させることに関与することによって米国において実行される。

【0652】

ＩＶ．製造物品又はキット
試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は本開示の融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出するための１つ以上の試薬を含む、キット又は製造物品が、本明細書で提供される。

【0653】

一部の実施形態では、キット又は製造物品は、試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を、例えば、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの検出方法により検出するための本開示の１つ以上のプローブを含む。一部の実施形態では、キット又は製造物品は、試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を、例えば、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの検出方法により検出するための本開示の１つ以上のベイト（例えば、１つ以上のベイト分子）を含む。一部の実施形態では、キット又は製造物品は、試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を、例えば、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの検出方法により検出するための本開示の１つ以上のオリゴヌクレオチド（例えば、１つ以上のプライマー）を含む。本明細書で提供されるキット又は製造物品のうちのいずれかの一部の実施形態では、キット又は製造物品は、本開示の融合核酸分子の野生型対応物（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子、並びに／又は本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載される野生型融合パートナー遺伝子）を検出するための試薬（例えば、本開示の１つ以上のオリゴヌクレオチド、プライマー、プローブ、又はベイト）を含む。一部の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチド、プライマー、プローブ、又はベイトは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は融合核酸分子の野生型対応物（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子、並びに／又は本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載される野生型融合パートナー遺伝子）にハイブリダイズすることが可能である。一部の実施形態では、本開示の１つ以上のオリゴヌクレオチド、プライマー、プローブ、又はベイトは、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子を、融合核酸分子の野生型対応物（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１遺伝子、並びに／又は本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載される野生型融合パートナー遺伝子）から区別することが可能である。一部の実施形態では、キットは、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載される融合核酸分子を検出するいずれかの方法、例えば、配列決定、ＰＣＲ、インサイツハイブリダイゼーション方法、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰアッセイ、リアルタイムＰＣＲ、配列決定、次世代配列決定、スクリーニング分析、ＦＩＳＨ、スペクトル核型決定、ＭＦＩＳＨ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、配列特異的プライミング（ＳＳＰ）ＰＣＲ、ＨＰＬＣ、及び質量分析遺伝子型決定による使用のためのものである。一部の実施形態では、本明細書で提供されるキットは、本開示の融合核酸分子を、例えば、本開示の１つ以上のオリゴヌクレオチド、プライマー、プローブ、又はベイトを使用して検出することについての説明書を更に含む。

【0654】

一部の実施形態では、キット又は製造物品は、試料において、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／又は表１～６、及び／又は本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを、例えば、当該技術分野で既知の又は本明細書に記載されるいずれかの検出方法により検出するための本開示の１つ以上の抗体又は抗体断片を含む。一部の実施形態では、キット又は製造物品は、本明細書で提供される融合ポリペプチドの野生型対応物（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１ポリペプチド、並びに／又は本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載される融合パートナー遺伝子によってコードされた野生型ポリペプチド）を検出するための試薬（例えば、本開示の１つ以上の抗体）を含む。一部の実施形態では、キット又は製造物品は、本明細書で提供される融合ポリペプチド、又は本明細書で提供される融合ポリペプチドの野生型対応物（例えば、野生型ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１ポリペプチド、並びに／又は本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載される融合パートナー遺伝子によってコードされた野生型ポリペプチド）に結合することが可能である本開示の１つ以上の抗体を含む。一部の実施形態では、キットは、当該技術分野で既知であるか、又は本明細書に記載の任意のタンパク質又はポリペプチド検出アッセイ、例えば、質量分析法（例えば、タンデム質量分析法）、レポーターアッセイ（例えば、蛍光ベースのアッセイ）、ウエスタンブロットなどのイムノブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などのイムノアッセイ、免疫組織化学、他の免疫学的アッセイ（例えば、流体若しくはゲルの沈降素反応、免疫拡散、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫蛍光アッセイ）、及び分析生物化学的方法（例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー）に従って使用するためのものである。一部の実施形態では、キットは、本開示の融合ポリペプチドを、例えば、本開示の１つ以上の抗体を使用して検出することについての説明書を更に含む。

【0655】

抗がん療法、例えば、本明細書に記載される抗がん療法と、例えば、本開示の融合核酸分子又はポリペプチドを含む試料が得られた個体への投与によってがんを治療する又はその進行を遅らせる方法における抗がん療法の使用についての説明書を含む添付文書と、を含む、キット又は製造物品が、本明細書で更に提供される。一部の実施形態では、抗がん療法は、本開示のがんを治療する又はその進行を遅らせるための方法のうちのいずれかにおける使用のための本明細書に記載される抗がん療法のうちのいずれかである。

【0656】

キット又は製造物品は、例えば、容器と、容器上の又はそれに付随した標識又は添付文書と、を含み得る。好適な容器としては、例えば、瓶、バイアル、シリンジなどが挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチックなどの様々な材料から形成され得る。容器は、本開示の融合核酸分子若しくはポリペプチドを検出するための１つ以上の試薬（例えば、本開示の１つ以上のオリゴヌクレオチド、プライマー、プローブ、ベイト、抗体、又は抗体断片）、又は本開示の１つ以上の抗がん療法を含む組成物を保持又は収容する。一部の実施形態では、容器は、本開示の１つ以上の抗がん療法を含む組成物を保持又は収容し、滅菌アクセスポートを有し得る（例えば、容器は、皮下注射針によって穿孔可能なストッパを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであり得る）。

【0657】

キット又は製造物品は、第２の容器を更に含み得、第２の容器は、希釈剤又は緩衝液、例えば、薬学的に許容される希釈剤緩衝液、例えば、静菌性注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル溶液、及び／又はデキストロース溶液を収容する。製造物品は、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、及びシリンジを含む、商業的観点及びユーザの観点から望ましい他の材料を更に含んでいてもよい。

【0658】

本開示のキット又は製造物品はまた、１つ以上の試薬及び／又は抗がん療法が、本開示の融合核酸分子若しくはポリペプチドを検出するために、又は本明細書に記載されるがんを治療するために使用されることを示す情報又は説明書を、例えば、添付文書の形態で含む。文書又はラベルは、紙又は電子媒体、例えば、磁気記録媒体（例えば、フロッピーディスク）、ＣＤ－ＲＯＭ、ユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）フラッシュドライブなどの任意の形態をとっていてもよい。文書又はラベルはまた、キット又は製造物品において、薬学的組成物及び剤形に関する他の情報を含んでいてもよい。

【0659】

Ｖ．発現ベクター、宿主細胞、及び組換え細胞
本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は本明細書に記載されるベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、あるいはその断片を含むか、又はそれをコードする、ベクターが、本明細書で提供される。

【0660】

一部の実施形態では、本開示の融合核酸分子、例えば、本明細書、及び／若しくは表１～６、及び／若しくは本明細書での実施例に記載されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は本明細書に記載される融合ポリペプチドをコードする核酸分子を含むか、又はそれをコードする、ベクターが、本明細書で提供される。

【0661】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクターは、それが結合した別の核酸（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片）を輸送することが可能である核酸分子である。一部の実施形態では、ベクターは、プラスミド、コスミド、又はウイルスベクターである。ベクターは、自律複製が可能であってもよく、又は宿主ＤＮＡに組み込まれてもよい。また、ウイルスベクター（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片を含むもの）が、本明細書で企図され、例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、及びアデノ随伴ウイルスを含む。

【0662】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクターは、本開示の融合核酸分子、ベイト、プローブ、又はオリゴヌクレオチドを、宿主細胞におけるその発現に好適な形態で含む。一部の実施形態では、ベクターは、発現されるヌクレオチド配列に作動的に結合される１つ以上の調節配列を含む。一部の実施形態では、１つ以上の調節配列は、プロモーター（例えば、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、及びサルウイルス４０に由来するプロモーター）、エンハンサー、及び他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含む。一部の実施形態では、調節配列は、ヌクレオチド配列（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片）の構成的発現を指示する。一部の実施形態では、調節配列は、ヌクレオチド配列（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片）の組織特異的発現を指示する。一部の実施形態では、調節配列は、ヌクレオチド配列（例えば、本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片）の誘導性発現を指示する。誘導性調節配列の例としては、限定されないが、ステロイドホルモンによって、ポリペプチドホルモンによって、又は異種ポリペプチドによって調節されるプロモーター、例えば、テトラサイクリン誘導性プロモーターが挙げられる。組織又は細胞のタイプに特異的な調節配列の例としては、限定されないが、アルブミンプロモーター、リンパ球特異的プロモーター、Ｔ細胞受容体若しくは免疫グロブリンのプロモーター、ニューロン特異的プロモーター、膵臓特異的プロモーター、乳腺特異的プロモーター、及び発生学的に調節されているプロモーターが挙げられる。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクターは、センス又はアンチセンス配向で、本開示の融合核酸分子、ベイト、プローブ、又はオリゴヌクレオチドを含むか、又はそれをコードする。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクター（例えば、発現ベクター）は、宿主細胞内に導入され、それによって、ポリペプチド、例えば、本明細書に記載される融合ポリペプチド、又はその断片若しくは変異型を産生する。

【0663】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望な発現のレベルなどの因子に依存する。一部の実施形態では、発現ベクターは、原核若しくは真核細胞、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞、昆虫細胞（例えば、バキュロウイルス発現ベクターを使用する）、酵母細胞、又は哺乳類細胞における本明細書に記載される融合核酸分子、ベイト、プローブ、若しくはオリゴヌクレオチド、又はその断片の発現のために設計されている。一部の実施形態では、本明細書に記載されるベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列及びＴ７ポリメラーゼを使用してインビトロで転写及び翻訳される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるベクター（例えば、発現ベクター）は、本明細書に記載される融合核酸分子を含むか、又はそれをコードし、本明細書に記載される融合核酸分子のヌクレオチド配列は、各々のコードされたアミノ酸についての個々のコドンが、宿主細胞において優先的に使用されるものであるように変化している（例えば、コドン最適化されている）。

【0664】

宿主細胞であって、例えば、本開示の融合核酸分子、融合ポリペプチド、ベイト、プローブ、ベクター、又はオリゴヌクレオチドを含む、宿主細胞が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、宿主細胞（例えば、組換え宿主細胞又は組換え細胞）は、本明細書に記載のベクター（例えば、本明細書に記載の発現ベクター）を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される融合核酸分子、ベイト、プローブ、ベクター、又はオリゴヌクレオチドは、それが宿主細胞のゲノム内に（例えば、特異的部位における相同組換えを介して）組み込まれるのを可能にする配列を更に含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される宿主細胞は、原核生物細胞又は真核生物細胞である。宿主細胞の非限定的な例としては、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母細胞、又は哺乳類細胞（例えば、ヒト細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞、ウサギ細胞、ブタ細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）、又はＣＯＳ細胞、例えば、ＣＯＳ－７細胞、ＣＶ－１起源ＳＶ４０細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載の宿主細胞には、特定の宿主細胞、及びそのような細胞の子孫が含まれる。ある特定の修飾は、変異又は環境的影響のいずれかに起因して、後の世代で生じる場合があるため、そのような子孫は、実際に、親宿主細胞と同一ではない可能性がある。

【0665】

本開示の融合核酸分子、ベイト、プローブ、ベクター、又はオリゴヌクレオチドは、当該技法分野で既知のいずれかの好適な方法、例えば、従来の形質転換又はトランスフェクション技法を使用して（例えば、リン酸カルシウム又は塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、又はエレクトロポレーションを使用して）宿主細胞内に導入され得る。

【0666】

また、本開示の融合ポリペプチドを産生する方法であって、例えば、本明細書に記載される宿主細胞（例えば、ポリペプチドをコードする組換え発現ベクターが導入されている宿主細胞）を好適な培地中で培養し、これにより、融合ポリペプチドを産生することによる、方法が、本明細書で提供される。別の実施形態では、方法は、融合ポリペプチドを培地又は宿主細胞から単離することを更に含む。

【0667】

ＶＩ．例示的な条項
以下の例示的な条項は、本発明の一部の態様の代表的なものである。
例示的な条項１：抗がん療法を含む治療から利益を得ることができるがんを有する個体を特定する方法であって、方法が、個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、
試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出が、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法。

【0668】

例示的な条項２：がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、方法が、個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含み、
試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出が、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、方法。

【0669】

例示的な条項３：がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの検出に少なくとも部分的に基づいて個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、１つ以上の治療選択肢が、抗がん療法を含む、生成することと、を含む、方法。

【0670】

例示的な条項４：がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、
（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体について特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することであって、１つ以上の治療選択肢が抗がん療法を含む、レポートを生成することと、を含む、方法。

【0671】

例示的な条項５：がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
当該知識の取得に応答して、（ｉ）個体が、抗がん療法を含む治療を受容する候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、抗がん療法を含む治療に応答する可能性が高いとして特定される、方法。

【0672】

例示的な条項６：がんを有する個体の生存を予測する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
当該知識の取得に応答して、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測される、方法。

【0673】

例示的な条項７：抗がん療法を含む治療で治療されたがんを有する個体の生存を予測する方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
当該知識の取得に応答して、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを示さないがんを有する個体と比較してより長い生存を有すると予測される、方法。

【0674】

例示的な条項８：がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することと、
（ｂ）当該知識に応答して、有効量の抗がん療法を含む治療を個体に投与することと、を含む、方法。

【0675】

例示的な条項９：がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、方法が、がんを有する個体に、有効量の抗がん療法を含む治療を投与することを含み、抗がん療法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することに応答して投与され、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【0676】

例示的な条項１０：がんを有する個体を監視、評価、又はスクリーニングする方法であって、方法が、個体からの試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、取得することを含み、
当該知識の取得に応答して、個体が、個体に投与された以前の抗がん療法に対する獲得抵抗性を有すると予測され、個体が、抗がん療法に応答すると予測され、かつ／又は個体が、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含まないがんを有する個体と比較して予後不良を有すると予測される、方法。

【0677】

例示的な条項１１：個体におけるがんにおける融合核酸分子又は融合ポリペプチドを評価する方法であって、
（ａ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの評価を提供することと、を含む、方法。

【0678】

例示的な条項１２：融合核酸分子又は融合ポリペプチドを検出する方法であって、がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することを含む、方法。

【0679】

例示的な条項１３：個体におけるがんの存在又は非存在を検出する方法であって、方法が、
（ａ）個体からの試料におけるがんの存在又は非存在を検出することと、
（ｂ）個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、を含む、方法。

【0680】

例示的な条項１４：個体からの試料におけるがんの存在を検出することを含む、条項１３に記載の方法。

【0681】

例示的な条項１５：個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在を検出することを含む、条項１３又は１４に記載の方法。

【0682】

例示的な条項１６：個体におけるがんの進行又は再発を監視するための方法であって、方法が、
（ａ）第１の時点で個体から得られた第１の試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、
（ｂ）第１の時点後の第２の時点で個体から得られた第２の試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在を検出することと、
（ｃ）第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在又は非存在に少なくとも部分的に基づく個体におけるがん進行又はがん再発の評価を提供することと、を含み、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【0683】

例示的な条項１７：第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在が、個体を、がん進行又はがん再発の増加したリスクを有するとして特定する、条項１６に記載の方法。

【0684】

例示的な条項１８：方法が、第１の試料及び／又は第２の試料における融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、個体のための治療を調整すること、個体のための治療の用量を調整すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療が、抗がん療法を含む、条項１６又は１７に記載の方法。

【0685】

例示的な条項１９：融合核酸分子を検出する方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料から得られた複数の核酸分子を提供することであって、複数の核酸分子が、融合核酸分子に対応する核酸分子を含み、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、提供することと、
（ｂ）任意選択的に、１つ以上のアダプターを、複数の核酸分子からの１つ以上の核酸分子上に連結することと、
（ｃ）任意選択的に、複数の核酸分子からの１つ以上の連結された核酸分子を増幅することと、
（ｄ）任意選択的に、当該増幅された核酸分子から増幅された核酸分子を捕捉することと、
（ｅ）シーケンサーによって、捕捉された核酸分子を配列決定して、捕捉された核酸分子を表す複数の配列リードを得ることであって、複数の配列リードのうちの１つ以上が、融合核酸分子に対応する、得ることと、
（ｆ）複数の配列リードを分析することと、
（ｇ）分析に基づいて、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出することと、を含む、方法。

【0686】

例示的な条項２０：１つ以上のプロセッサにおいて、複数の配列リードについての配列リードデータを受信することを更に含む、条項１９に記載の方法。

【0687】

例示的な条項２１：複数の配列リードを分析することが、１つ以上のプロセッサを使用して、融合核酸分子に対応する配列リードの存在又は非存在を特定することを含む、条項２０に記載の方法。

【0688】

例示的な条項２２：増幅された核酸分子が、１つ以上のベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉される、条項１９～２１のいずれか一項に記載の方法。

【0689】

例示的な条項２３：融合核酸分子を検出する方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料を提供することであって、試料が、複数の核酸分子を含む、提供すること、
（ｂ）試料における複数の核酸分子から核酸配列決定ライブラリを調製すること、
（ｃ）当該ライブラリを増幅すること、
（ｄ）当該ライブラリにおける融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子を選択的に濃縮して、濃縮された試料を産生することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、産生すること、
（ｅ）濃縮された試料を配列決定し、それによって、複数の配列リードを生成すること、
（ｆ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析すること、
（ｇ）分析ステップに基づいて、個体からの試料における融合核酸分子の存在又は非存在を検出すること、を含む、方法。

【0690】

例示的な条項２４：複数の核酸分子が、がん核酸分子と非がん核酸分子との混合物を含む、条項１９～２３のいずれか一項に記載の方法。

【0691】

例示的な条項２５：がん核酸分子が、不均一組織生検試料の腫瘍部分に由来し、非がん核酸分子が、不均一組織生検試料の正常部分に由来する、条項２４に記載の方法。

【0692】

例示的な条項２６：試料が、液体生検試料を含み、がん核酸分子が、液体生検試料の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）画分に由来し、非がん核酸分子が、液体生検試料の非腫瘍及び／又はセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）画分に由来する、条項２４に記載の方法。

【0693】

例示的な条項２７：１つ以上のアダプターが、増幅プライマー、フローセルアダプター配列、基質アダプター配列、又は試料インデックス配列を含む、条項１９～２２及び２４～２６のいずれか一項に記載の方法。

【0694】

例示的な条項２８：選択的に濃縮することが、（ａ）１つ以上のベイト分子をライブラリと組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸分子にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む、条項２３～２７のいずれか一項に記載の方法。

【0695】

例示的な条項２９：捕捉された核酸分子が、１つ以上のベイト分子へのハイブリダイゼーションによって、増幅された核酸分子から捕捉される、条項１９～２２及び２４～２７のいずれか一項に記載の方法。

【0696】

例示的な条項３０：増幅することが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅技法、非ＰＣＲ増幅技法、又は等温増幅技法を実行することを含む、条項１９～２９のいずれか一項に記載の方法。

【0697】

例示的な条項３１：配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む、条項１９～３０のいずれか一項に記載の方法。

【0698】

例示的な条項３２：配列決定が、超並列配列決定技法を含み、超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、条項３１に記載の方法。

【0699】

例示的な条項３３：シーケンサーが、次世代シーケンサーを含む、条項１９～２２及び２４～３２のいずれか一項に記載の方法。

【0700】

例示的な条項３４：融合核酸分子の存在又は非存在を検出することに少なくとも部分的に基づいて、個体についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む、条項１９～３３のいずれか一項に記載の方法。

【0701】

例示的な条項３５：個体についてのゲノムプロファイルが、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む、条項３４に記載の方法。

【0702】

例示的な条項３６：個体についてのゲノムプロファイルが、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む、条項３４又は３５に記載の方法。

【0703】

例示的な条項３７：方法が、生成されたゲノムプロファイルに基づいて、個体のための治療を選択すること、個体に治療を投与すること、又は個体に治療を適用することを更に含み、治療が、抗がん療法を含む、条項３４～３６のいずれか一項に記載の方法。

【0704】

例示的な条項３８：試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む、条項１９～３７のいずれか一項に記載の方法。

【0705】

例示的な条項３９：１つ以上のプロセッサによって、試料における融合核酸分子の存在又は非存在を示すレポートを生成することを更に含む、条項２１又は２２に記載の方法。

【0706】

例示的な条項４０：レポートを医療提供者に送信することを更に含む、条項３８又は３９に記載の方法。

【0707】

例示的な条項４１：レポートが、コンピュータネットワーク又はピアツーピア接続を介して送信される、条項４０に記載の方法。

【0708】

例示的な条項４２：がんのための候補治療を特定することを必要としている個体においてそれを行う方法であって、方法が、個体から得られた試料においてＤＮＡ配列決定を実行して、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１のうちの１つ以上、又はそれらの任意の組み合わせを含む遺伝子の群における配列決定変異プロファイルを決定することを含み、配列決定変異プロファイルが、融合核酸分子の存在又は非存在を特定し、
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、方法。

【0709】

例示的な条項４３：候補治療が、抗がん療法を含む、条項４２に記載の方法。

【0710】

例示的な条項４４：試料における融合核酸分子の存在が、個体を、抗がん療法を含む治療から利益を得ることができる個体として特定する、条項４３に記載の方法。

【0711】

例示的な条項４５：試料における融合核酸分子の存在が、個体が、抗がん療法を含む治療で治療されたときに、融合核酸分子を含まないがんを有する個体の生存と比較してより長い生存を有すると予測する、条項４３又は４４に記載の方法。

【0712】

例示的な条項４６：配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含む、条項４２～４５のいずれか一項に記載の方法。

【0713】

例示的な条項４７：配列決定が、超並列配列決定技法を含み、超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、条項４６に記載の方法。

【0714】

例示的な条項４８：配列決定変異プロファイルが、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片の存在又は非存在を特定する、条項４２～４７のいずれか一項に記載の方法。

【0715】

例示的な条項４９：がんを治療する又はその進行を遅らせる方法であって、
（ａ）がんを有する個体からの試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することであって、
（ｉ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であるか、又は
（ｉｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、検出することと、
（ｂ）有効量の抗がん療法を含む治療を個体に投与することと、を含む、方法。

【0716】

例示的な条項５０：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子が、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、条項１～４９のいずれか一項に記載の方法。

【0717】

例示的な条項５１：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である、条項１～５０のいずれか一項に記載の方法。

【0718】

例示的な条項５２：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、固形腫瘍である、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0719】

例示的な条項５３：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、血液悪性腫瘍である、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0720】

例示的な条項５４：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、Ｂ細胞がん、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0721】

例示的な条項５５：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能（ＮＯＳ）乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0722】

例示的な条項５６：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0723】

例示的な条項５７：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子が、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、条項１～５１のいずれか一項に記載の方法。

【0724】

例示的な条項５８：
（ｉ）融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、
（ｉｉ）融合核酸分子が、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、条項１～４９のいずれか一項に記載の方法。

【0725】

例示的な条項５９：融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１～５８のいずれか一項に記載の方法。

【0726】

例示的な条項６０：融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１～５９のいずれか一項に記載の方法。

【0727】

例示的な条項６１：抗がん療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含むがんのための治療、臨床治験において試験されているがんのための治療、標的療法、融合核酸分子若しくは融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを含むがんのための臨床治験において試験されている治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１～１０、１８、３７～４１、及び４３～６０のいずれか一項に記載の方法。

【0728】

例示的な条項６２：抗がん療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１～１０、１８、３７～４１、及び４３～６１のいずれか一項に記載の方法。

【0729】

例示的な条項６３：キナーゼ阻害剤が、マルチキナーゼ阻害剤、又はＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＮＴＲＫ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１特異的阻害剤である、条項６２に記載の方法。

【0730】

例示的な条項６４：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項６１～６３のいずれか一項に記載の方法。

【0731】

例示的な条項６５：核酸が、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項６１～６４のいずれか一項に記載の方法。

【0732】

例示的な条項６６：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、条項６１～６５のいずれか一項に記載の方法。

【0733】

例示的な条項６７：個体からの試料において、１つ以上の遺伝子における塩基置換、短い挿入／欠失（インデル）、コピー数変化、又はゲノム再編成の知識を取得すること、又はそれを検出することを更に含む、条項１～６６のいずれか一項に記載の方法。

【0734】

例示的な条項６８：個体が、以前の抗がん治療を受容したことがあるか、又は抗がん治療で治療されている、条項１～６７のいずれか一項に記載の方法。

【0735】

例示的な条項６９：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、抗がん治療に対するがんの抵抗性を付与する、条項６８に記載の方法。

【0736】

例示的な条項７０：抗がん治療が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、臨床治験において試験されているがんのための治療、免疫療法、化学療法、標的療法、又はそれらの任意の組み合わせである、条項６８又は６９に記載の方法。

【0737】

例示的な条項７１：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項７０に記載の方法。

【0738】

例示的な条項７２：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、条項７０に記載の方法。

【0739】

例示的な条項７３：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0740】

例示的な条項７４：ＡＬＫ融合核酸分子が、ＡＬＫ融合ポリペプチドをコードする、条項７３に記載の方法。

【0741】

例示的な条項７５：コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、ＡＬＫキナーゼドメイン、又はＡＬＫキナーゼ活性を有するＡＬＫキナーゼドメインの断片を含む、条項７４に記載の方法。

【0742】

例示的な条項７６：コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、ＡＬＫキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＡＬＫキナーゼ活性が、構成的である、条項７４又は７５に記載の方法。

【0743】

例示的な条項７７：コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、発がん性である、条項７４～７６のいずれか一項に記載の方法。

【0744】

例示的な条項７８：コードされたＡＬＫ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項７４～７７のいずれか一項に記載の方法。

【0745】

例示的な条項７９：個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｒ７４８Ｋ、Ｔ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｓ、及び／若しくはＤ７６１Ｎアミノ酸置換をもたらす変異、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅、コードされたＭＥＴポリペプチドにおけるＤ１２２８Ｈアミノ酸置換をもたらす変異、又は両方である、変異；
（ｅ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＮＦ１トランケーションである、変異；
（ｆ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＡ１４６Ｐアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＩ１０３＿Ｋ１０４ｄｅｌ変異をもたらす変異である、変異；
（ｈ）ＡＬＫ変異であって、任意選択的に、ＡＬＫ変異が、ＡＬＫ抵抗性変異であり、任意選択的に、ＡＬＫ抵抗性変異が、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＧ１２６９Ａ、Ｇ１２０２Ｒ、Ｉ１１７１Ｓ、Ｉ１１７１Ｔ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｔ１１５１Ｍ、Ｓ１２０６Ｙ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｄ１２０３Ｎ、Ｆ１１７４Ｃ、Ｌ１１５２Ｒ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｌ１１９８Ｆ、Ｃ１１５６Ｙ、Ｔ１１５１＿Ｌ１１５２ｉｎｓＴ、Ｖ１１８０Ｌ、Ｇ１２０２Ｌ、及び／若しくはＳ１２０６Ａアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ変異；あるいは
（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項７３～７８のいずれか一項に記載の方法。

【0746】

例示的な条項８０：方法が、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＡＬＫ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＰＬＥＫＨＡ７融合核酸分子である、条項７３～７８のいずれか一項に記載の方法。

【0747】

例示的な条項８１：がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、条項８０に記載の方法。

【0748】

例示的な条項８２：個体が、エルロチニブ、アファチニブ、及び／又はオシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた、条項８０又は８１に記載の方法。

【0749】

例示的な条項８３：個体が、エルロチニブでの治療の部分奏効を示し、かつ／又は個体が、オシメルチニブでの治療の部分奏効を示した、条項８２に記載の方法。

【0750】

例示的な条項８４：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項７３～８３のいずれか一項に記載の方法。

【0751】

例示的な条項８５：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項７３～８３のいずれか一項に記載の方法。

【0752】

例示的な条項８６：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＮＦ１標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する、条項７３～８５のいずれか一項に記載の方法。

【0753】

例示的な条項８７：方法が、個体からの試料において、
（ａ）ＡＬＫ抵抗性変異であって、任意選択的に、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｌ１１９６Ｍ、Ｄ１２０３Ｎ、若しくはＩ１１７１Ｔアミノ酸置換、又はそれらの任意の組み合わせをもたらす、ＡＬＫ抵抗性変異；及び／あるいは
（ｂ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＡＬＫ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＡＬＫ－ＨＩＰ１融合核酸分子である、条項７３～７８のいずれか一項に記載の方法。

【0754】

例示的な条項８８：試料が、コードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＶ１１８０Ｌ及びＩ１１７１Ｎアミノ酸置換、又はコードされたＡＬＫポリペプチドにおけるＤ１２０３Ｎ及びＩ１１７１Ｔアミノ酸置換をもたらす１つ以上のＡＬＫ遺伝子変異を含む、条項８７に記載の方法。

【0755】

例示的な条項８９：試料が、ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異を含む、条項８８に記載の方法。

【0756】

例示的な条項９０：がんが、原発不明がん腫である、条項８７～８９のいずれか一項に記載の方法。

【0757】

例示的な条項９１：抗がん療法が、ＡＬＫ標的療法である、条項７３～９０のいずれか一項に記載の方法。

【0758】

例示的な条項９２：ＡＬＫ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＡＬＫ標的療法、臨床治験において試験されているＡＬＫ陽性若しくはＡＬＫ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項９１に記載の方法。

【0759】

例示的な条項９３：ＡＬＫ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項９１又は９２に記載の方法。

【0760】

例示的な条項９４：ＡＬＫ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項９１～９３のいずれか一項に記載の方法。

【0761】

例示的な条項９５：ＡＬＫ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＡＬＫ特異的阻害剤である、条項９３又は９４に記載の方法。

【0762】

例示的な条項９６：キナーゼ阻害剤が、ＡＬＫポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項９３～９５のいずれか一項に記載の方法。

【0763】

例示的な条項９７：ＡＬＫ標的療法が、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、ＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）、ＣＴ－７０７、ＷＸ－０５９３、アルコチニブ、ＳＩＭ１８０３－１Ａ、ＰＬＢ１００３、ＳＡＦ－１８９ｓ、ＰＦ０３４４６９６２、ＴＱ－Ｂ３１０１、ＡＰＧ－２４４９、Ｘ－３７６、ＣＥＰ－２８１２２、及びＧＳＫ１８３８７０５Ａのうちの１つ以上を含む、条項９１～９６のいずれか一項に記載の方法。

【0764】

例示的な条項９８：核酸が、ＡＬＫ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項９２～９７のいずれか一項に記載の方法。

【0765】

例示的な条項９９：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項９２～９８のいずれか一項に記載の方法。

【0766】

例示的な条項１００：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項９２～９９のいずれか一項に記載の方法。

【0767】

例示的な条項１０１：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0768】

例示的な条項１０２：ＢＲＡＦ融合核酸分子が、ＢＲＡＦ融合ポリペプチドをコードする、条項１０１に記載の方法。

【0769】

例示的な条項１０３：コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、ＢＲＡＦキナーゼドメイン、又はＢＲＡＦキナーゼ活性を有するＢＲＡＦキナーゼドメインの断片を含む、条項１０２に記載の方法。

【0770】

例示的な条項１０４：コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、ＢＲＡＦキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＢＲＡＦキナーゼ活性が、構成的である、条項１０２又は１０３に記載の方法。

【0771】

例示的な条項１０５：コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１０２～１０４のいずれか一項に記載の方法。

【0772】

例示的な条項１０６：コードされたＢＲＡＦ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１０２～１０５のいずれか一項に記載の方法。

【0773】

例示的な条項１０７：個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、並びに／又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ、Ｓ４９２Ｒ、及び／若しくはＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらす変異である、変異；
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＭＥＴ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＭＥＴ遺伝子増幅である、変異；
（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ若しくはＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異、及び／又はＩ１１１Ｔ若しくはＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｆ）ＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＮＦ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、Ｆ９４５ｆｓ＊９変異である、変異；
（ｈ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｉ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0774】

例示的な条項１０８：方法が、個体からの試料において、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅；並びに
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｆ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＳＮＤ１融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0775】

例示的な条項１０９：方法が、個体からの試料において、
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｅ／Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄ及び／又はＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びに
ＭＥＴ遺伝子増幅の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＺＣ３ＨＡＶ１融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0776】

例示的な条項１１０：方法が、個体からの試料において、
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｖ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋ／Ｌアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＱ５８ｄｅｌ変異及び／又はＩ１１１Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ２ポリペプチドにおけるＦ５７Ｖアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ２遺伝子における変異；並びに
ＮＦ１遺伝子におけるＦ９４５ｆｓ＊９変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＭＫＲＮ１融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0777】

例示的な条項１１１：方法が、個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＤＥＮＮＤ２Ａ融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0778】

例示的な条項１１２：がんが、フォリン酸、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）；５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）；並びに／又はレゴラフェニブで以前に治療されていた、条項１１１に記載の方法。

【0779】

例示的な条項１１３：方法が、個体からの試料において、
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；及び
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＴＲＩＭ２４融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0780】

例示的な条項１１４：がんが、結腸直腸がんである、条項１０８～１１３のいずれか一項に記載の方法。

【0781】

例示的な条項１１５：方法が、個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＢＲＡＦ－ＧＯＬＧＡ３融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0782】

例示的な条項１１６：がんが、結腸直腸がんである、条項１１５に記載の方法。

【0783】

例示的な条項１１７：がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項１１５又は１１６に記載の方法。

【0784】

例示的な条項１１８：方法が、個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＢＲＡＦ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＢＲＡＦ－ＡＫＡＰ９融合核酸分子である、条項１０１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【0785】

例示的な条項１１９：がんが、結腸直腸がんである、条項１１８に記載の方法。

【0786】

例示的な条項１２０：がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項１１８又は１１９に記載の方法。

【0787】

例示的な条項１２１：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項１０１～１２０のいずれか一項に記載の方法。

【0788】

例示的な条項１２２：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項１０１～１２０のいずれか一項に記載の方法。

【0789】

例示的な条項１２３：抗がん療法が、ＢＲＡＦ標的療法である、条項１０１～１２２のいずれか一項に記載の方法。

【0790】

例示的な条項１２４：ＢＲＡＦ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＢＲＡＦ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ標的療法、臨床治験において試験されているＢＲＡＦ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１２３に記載の方法。

【0791】

例示的な条項１２５：ＢＲＡＦ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１２３又は１２４に記載の方法。

【0792】

例示的な条項１２６：ＢＲＡＦ標的療法が、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である、条項１２３～１２５のいずれか一項に記載の方法。

【0793】

例示的な条項１２７：ＢＲＡＦ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＢＲＡＦ特異的阻害剤である、条項１２３～１２６のいずれか一項に記載の方法。

【0794】

例示的な条項１２８：キナーゼ阻害剤が、ＢＲＡＦポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項１２５～１２７のいずれか一項に記載の方法。

【0795】

例示的な条項１２９：ＢＲＡＦ標的療法が、ソラフェニブ、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ－３６０３、ダブラフェニブ（ＧＳＫ２１１８４３６）、エンコラフェニブ（ＬＧＸ８１８）、ＧＤＣ－０８７９、ＲＡＦ２６５、ＸＬ２８１、ＡＲＱ７３６、ＢＡＹ７３－４５０６、ベムラフェニブ、コビメチニブ、ビニメチニブ、レゴラフェニブ、セルメチニブ、トラメチニブ、又はＢＡＹ ４３－９００６のうちの１つ以上を含む、条項１２３～１２８のいずれか一項に記載の方法。

【0796】

例示的な条項１３０：核酸が、ＢＲＡＦ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項１２４～１２９のいずれか一項に記載の方法。

【0797】

例示的な条項１３１：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項１２４～１３０のいずれか一項に記載の方法。

【0798】

例示的な条項１３２：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項１２４～１３１のいずれか一項に記載の方法。

【0799】

例示的な条項１３３：融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0800】

例示的な条項１３４：ＥＧＦＲ融合核酸分子が、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドをコードする、条項１３３に記載の方法。

【0801】

例示的な条項１３５：コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲキナーゼドメイン、又はＥＧＦＲキナーゼ活性を有するＥＧＦＲキナーゼドメインの断片を含む、条項１３４に記載の方法。

【0802】

例示的な条項１３６：コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＥＧＦＲキナーゼ活性が、構成的である、条項１３４又は１３５に記載の方法。

【0803】

例示的な条項１３７：コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１３４～１３６のいずれか一項に記載の方法。

【0804】

例示的な条項１３８：コードされたＥＧＦＲ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１３４～１３７のいずれか一項に記載の方法。

【0805】

例示的な条項１３９：個体からの試料において、
（ａ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｂ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｃ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項１３３～１３８のいずれか一項に記載の方法。

【0806】

例示的な条項１４０：方法が、個体からの試料において、
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ａ及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｄアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異；並びに／あるいは
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＥＧＦＲ－ＰＤＥ７Ａ融合核酸分子である、条項１３３～１３８のいずれか一項に記載の方法。

【0807】

例示的な条項１４１：抗がん療法が、ＥＧＦＲ標的療法である、条項１３３～１４０のいずれか一項に記載の方法。

【0808】

例示的な条項１４２：ＥＧＦＲ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＧＦＲ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ標的療法、臨床治験において試験されているＥＧＦＲ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１４１に記載の方法。

【0809】

例示的な条項１４３：ＥＧＦＲ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１４１又は１４２に記載の方法。

【0810】

例示的な条項１４４：ＥＧＦＲ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項１４１～１４３のいずれか一項に記載の方法。

【0811】

例示的な条項１４５：ＥＧＦＲ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ特異的阻害剤である、条項１４１～１４４のいずれか一項に記載の方法。

【0812】

例示的な条項１４６：キナーゼ阻害剤が、ＥＧＦＲポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項１４３～１４５のいずれか一項に記載の方法。

【0813】

例示的な条項１４７：ＥＧＦＲ標的療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、ネシツムマブ、又はエルロチニブのうちの１つ以上を含む、条項１４１～１４６のいずれか一項に記載の方法。

【0814】

例示的な条項１４８：核酸が、ＥＧＦＲ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項１４２～１４７のいずれか一項に記載の方法。

【0815】

例示的な条項１４９：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項１４２～１４８のいずれか一項に記載の方法。

【0816】

例示的な条項１５０：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項１４２～１４９のいずれか一項に記載の方法。

【0817】

例示的な条項１５１：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＥＲＢＢ２融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0818】

例示的な条項１５２：ＥＲＢＢ２融合核酸分子が、ＥＲＢＢ２融合ポリペプチドをコードする、条項１５１に記載の方法。

【0819】

例示的な条項１５３：コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、ＥＲＢＢ２キナーゼドメイン、又はＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有するＥＲＢＢ２キナーゼドメインの断片を含む、条項１５２に記載の方法。

【0820】

例示的な条項１５４：コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＥＲＢＢ２キナーゼ活性が、構成的である、条項１５２又は１５３に記載の方法。

【0821】

例示的な条項１５５：コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１５２～１５４のいずれか一項に記載の方法。

【0822】

例示的な条項１５６：コードされたＥＲＢＢ２融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１５２～１５５のいずれか一項に記載の方法。

【0823】

例示的な条項１５７：抗がん療法が、ＥＲＢＢ２標的療法である、条項１５１～１５６のいずれか一項に記載の方法。

【0824】

例示的な条項１５８：ＥＲＢＢ２標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２標的療法、臨床治験において試験されているＥＲＢＢ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１５７に記載の方法。

【0825】

例示的な条項１５９：ＥＲＢＢ２標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１５７又は１５８に記載の方法。

【0826】

例示的な条項１６０：ＥＲＢＢ２標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項１５７～１５９のいずれか一項に記載の方法。

【0827】

例示的な条項１６１：ＥＲＢＢ２標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＥＲＢＢ２特異的阻害剤である、条項１５７～１６０のいずれか一項に記載の方法。

【0828】

例示的な条項１６２：キナーゼ阻害剤が、ＥＲＢＢ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項１５９～１６１のいずれか一項に記載の方法。

【0829】

例示的な条項１６３：ＥＲＢＢ２標的療法が、アファチニブ、ＴＡＫ－２８５、ネラチニブ、ダコミチニブ、ＢＭＳ－６９０５１４、ＢＭＳ－５９９６２６、ペリチニブ、ＣＰ－７２４７１４、ラパチニブ、ＴＡＫ－１６５、ＡＲＲＹ－３８０、ＡＺＤ８９３１、ＡＶ－２０３、ＡＭＧ－８８８、ＭＭ－１１１、ＭＭ－１２１、ＭＭ－１４１、ＬＪＭ７１６、ＲＥＧＮ１４００、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、ＲＧ７１１６、トラスツズマブ、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１）、ペルツズマブ、又はＡＰＣ ８０２４のうちの１つ以上を含む、条項１５７～１６２のいずれか一項に記載の方法。

【0830】

例示的な条項１６４：核酸が、ＥＲＢＢ２融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項１５８～１６３のいずれか一項に記載の方法。

【0831】

例示的な条項１６５：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項１５８～１６４のいずれか一項に記載の方法。

【0832】

例示的な条項１６６：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項１５８～１６５のいずれか一項に記載の方法。

【0833】

例示的な条項１６７：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ１融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0834】

例示的な条項１６８：ＦＧＦＲ１融合核酸分子が、ＦＧＦＲ１融合ポリペプチドをコードする、条項１６７に記載の方法。

【0835】

例示的な条項１６９：コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ１キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ１キナーゼドメインの断片を含む、条項１６８に記載の方法。

【0836】

例示的な条項１７０：コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ１キナーゼ活性が、構成的である、条項１６８又は１６９に記載の方法。

【0837】

例示的な条項１７１：コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１６８～１７０のいずれか一項に記載の方法。

【0838】

例示的な条項１７２：コードされたＦＧＦＲ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１６８～１７１のいずれか一項に記載の方法。

【0839】

例示的な条項１７３：抗がん療法が、ＦＧＦＲ１標的療法である、条項１６７～１７２のいずれか一項に記載の方法。

【0840】

例示的な条項１７４：ＦＧＦＲ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１７３に記載の方法。

【0841】

例示的な条項１７５：ＦＧＦＲ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１７３又は１７４に記載の方法。

【0842】

例示的な条項１７６：ＦＧＦＲ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項１７３～１７５のいずれか一項に記載の方法。

【0843】

例示的な条項１７７：ＦＧＦＲ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ１特異的阻害剤である、条項１７３～１７６のいずれか一項に記載の方法。

【0844】

例示的な条項１７８：キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項１７５～１７７のいずれか一項に記載の方法。

【0845】

例示的な条項１７９：ＦＧＦＲ１標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ（ＪＮＪ－４２７５６４９３）、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む、条項１７３～１７８のいずれか一項に記載の方法。

【0846】

例示的な条項１８０：核酸が、ＦＧＦＲ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項１７４～１７９のいずれか一項に記載の方法。

【0847】

例示的な条項１８１：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項１７４～１８０のいずれか一項に記載の方法。

【0848】

例示的な条項１８２：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項１７４～１８１のいずれか一項に記載の方法。

【0849】

例示的な条項１８３：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ２融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0850】

例示的な条項１８４：ＦＧＦＲ２融合核酸分子が、ＦＧＦＲ２融合ポリペプチドをコードする、条項１８３に記載の方法。

【0851】

例示的な条項１８５：コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ２キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ２キナーゼドメインの断片を含む、条項１８４に記載の方法。

【0852】

例示的な条項１８６：コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ２キナーゼ活性が、構成的である、条項１８４又は１８５に記載の方法。

【0853】

例示的な条項１８７：コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、発がん性である、条項１８４～１８６のいずれか一項に記載の方法。

【0854】

例示的な条項１８８：コードされたＦＧＦＲ２融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項１８４～１８７のいずれか一項に記載の方法。

【0855】

例示的な条項１８９：個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ、Ｌ８３３Ｖ、及び／又はＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす、ＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、条項１８３～１８８のいずれか一項に記載の方法。

【0856】

例示的な条項１９０：個体が、エルロチニブでのがんの治療を以前に受容したことがある、条項１８９に記載の方法。

【0857】

例示的な条項１９１：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項１８３～１９０のいずれか一項に記載の方法。

【0858】

例示的な条項１９２：融合核酸分子及び／又はコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項１８３～１９０のいずれか一項に記載の方法。

【0859】

例示的な条項１９３：抗がん療法が、ＦＧＦＲ２標的療法である、条項１８３～１９２のいずれか一項に記載の方法。

【0860】

例示的な条項１９４：ＦＧＦＲ２標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ２再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項１９３に記載の方法。

【0861】

例示的な条項１９５：ＦＧＦＲ２標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項１９３又は１９４に記載の方法。

【0862】

例示的な条項１９６：ＦＧＦＲ２標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項１９３～１９５のいずれか一項に記載の方法。

【0863】

例示的な条項１９７：ＦＧＦＲ２標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ２特異的阻害剤である、条項１９３～１９６のいずれか一項に記載の方法。

【0864】

例示的な条項１９８：キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ２ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項１９５～１９７のいずれか一項に記載の方法。

【0865】

例示的な条項１９９：ＦＧＦＲ２標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ホルモノネチン、ＲＯ４３８３５９６、Ｋｉ２３０５７、ＳＵ５４０２、ＲＬＹ－４００８、パゾパニブ、レゴラフェニブ、又はＰＫＣ４１２のうちの１つ以上を含む、条項１９３～１９８のいずれか一項に記載の方法。

【0866】

例示的な条項２００：核酸が、ＦＧＦＲ２融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項１９４～１９９のいずれか一項に記載の方法。

【0867】

例示的な条項２０１：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項１９４～２００のいずれか一項に記載の方法。

【0868】

例示的な条項２０２：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項１９４～２０１のいずれか一項に記載の方法。

【0869】

例示的な条項２０３：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＦＧＦＲ３融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0870】

例示的な条項２０４：ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、ＦＧＦＲ３融合ポリペプチドをコードする、条項２０３に記載の方法。

【0871】

例示的な条項２０５：コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ３キナーゼドメイン、又はＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有するＦＧＦＲ３キナーゼドメインの断片を含む、条項２０４に記載の方法。

【0872】

例示的な条項２０６：コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＦＧＦＲ３キナーゼ活性が、構成的である、条項２０４又は２０５に記載の方法。

【0873】

例示的な条項２０７：コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、発がん性である、条項２０４～２０６のいずれか一項に記載の方法。

【0874】

例示的な条項２０８：コードされたＦＧＦＲ３融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項２０４～２０７のいずれか一項に記載の方法。

【0875】

例示的な条項２０９：個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ、Ｃ７９７Ｇ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項２０３～２０８のいずれか一項に記載の方法。

【0876】

例示的な条項２１０：方法が、個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ、Ｖ４４１Ｇ、Ｇ４６５Ｒ、Ｅ７０９Ｋ、若しくはＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／若しくはＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＡＫＴ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｆ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｇ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｈ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｈ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、条項２０３～２０８のいずれか一項に記載の方法。

【0877】

例示的な条項２１１：がんが、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、又は乳がんである、条項２１０に記載の方法。

【0878】

例示的な条項２１２：試料が、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失を含む、条項２１０又は２１１に記載の方法。

【0879】

例示的な条項２１３：試料が、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＬ８５８Ｒ及び／又はＥ７０９Ｋアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異を含む、条項２１０又は２１１に記載の方法。

【0880】

例示的な条項２１４：個体が、アファチニブ及び／又はセツキシマブでのがんの治療を以前に受容していた、条項２１０～２１３のいずれか一項に記載の方法。

【0881】

例示的な条項２１５：個体が、アファチニブ及び／又はセツキシマブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した、条項２１４に記載の方法。

【0882】

例示的な条項２１６：方法が、個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、条項２０３～２０８のいずれか一項に記載の方法。

【0883】

例示的な条項２１７：がんが、結腸直腸がんである、条項２１６に記載の方法。

【0884】

例示的な条項２１８：がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項２１６又は２１７に記載の方法。

【0885】

例示的な条項２１９：方法が、個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合核酸分子である、条項２０３～２０８のいずれか一項に記載の方法。

【0886】

例示的な条項２２０：がんが、結腸直腸がんである、条項２１９に記載の方法。

【0887】

例示的な条項２２１：がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項２１９又は２２０に記載の方法。

【0888】

例示的な条項２２２：試料が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異を含み、がんが、結腸直腸がんである、条項２１１に記載の方法。

【0889】

例示的な条項２２３：試料が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びに野生型ＫＲＡＳ遺伝子を含み、がんが、結腸直腸がんである、条項２１１に記載の方法。

【0890】

例示的な条項２２４：個体が、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた、条項２２２又は２２３に記載の方法。

【0891】

例示的な条項２２５：個体からの試料において、ＳＮＲＮＰ７０－ＭＥＴ遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、条項２２２～２２４のいずれか一項に記載の方法。

【0892】

例示的な条項２２６：試料が、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＹ５３７Ｎ及び／又はＤ５３８Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異、並びにコードされたＡＫＴ１ポリペプチドにおけるＥ１７Ｋアミノ酸置換をもたらすＡＫＴ１遺伝子変異を含み、がんが、乳がんである、条項２１１に記載の方法。

【0893】

例示的な条項２２７：がんが、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）及び／又はプロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）である、条項２２６に記載の方法。

【0894】

例示的な条項２２８：がんが、エベロリムス、デノスマブ、及び／又はフルベストラントで以前に治療されていた、条項２２６又は２２７に記載の方法。

【0895】

例示的な条項２２９：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ホルモン抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与する、条項２０３～２２８のいずれか一項に記載の方法。

【0896】

例示的な条項２３０：方法が、個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／若しくはＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）及び（ｂ）の両方の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＦＧＦＲ３融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＦＧＦＲ３－ＡＤＤ１融合核酸分子である、条項２０３～２０８のいずれか一項に記載の方法。

【0897】

例示的な条項２３１：がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、条項２３０に記載の方法。

【0898】

例示的な条項２３２：試料が、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＣ７９７Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異、並びにコードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子変異を含む、条項２３１に記載の方法。

【0899】

例示的な条項２３３：個体が、オシメルチニブでのがんの治療を以前に受容していた、条項２３２に記載の方法。

【0900】

例示的な条項２３４：個体が、オシメルチニブでの治療中に又はその後に、安定した疾患を経験した、条項２３３に記載の方法。

【0901】

例示的な条項２３５：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対する抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項２０３～２３４のいずれか一項に記載の方法。

【0902】

例示的な条項２３６：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項２０３～２３４のいずれか一項に記載の方法。

【0903】

例示的な条項２３７：抗がん療法が、ＦＧＦＲ３標的療法である、条項２０３～２３６のいずれか一項に記載の方法。

【0904】

例示的な条項２３８：ＦＧＦＲ３標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３標的療法、臨床治験において試験されているＦＧＦＲ３再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項２３７に記載の方法。

【0905】

例示的な条項２３９：ＦＧＦＲ３標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項２３７又は２３８に記載の方法。

【0906】

例示的な条項２４０：ＦＧＦＲ３標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項２３７～２３９のいずれか一項に記載の方法。

【0907】

例示的な条項２４１：ＦＧＦＲ３標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＦＧＦＲ３特異的阻害剤である、条項２３７～２４０のいずれか一項に記載の方法。

【0908】

例示的な条項２４２：キナーゼ阻害剤が、ＦＧＦＲ３ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項２３９～２４１のいずれか一項に記載の方法。

【0909】

例示的な条項２４３：ＦＧＦＲ３標的療法が、Ｅ３８１０（ルシタニブ）、ＡＺＤ４５４７、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）、ポナチニブ、デラザンチニブ（ＡＲＱ ０８７）、ニンテンダニブ（ＢＩＢＦ１１２０）、ロガラチニブ（ＢＡＹ １１６３８７７）、３Ｄ１８５、ＳＯＭＣＬ－０８５、ブリバニブ（ＢＭＳ５８２６６４）、レンバチニブ（Ｅ７０８０）、オランチニブ（ＴＳＵ－６８）、ＰＲＮ１３７１、ＸＬ－２２８、ＡＺ１２９０８０１０（ＡＺ８０１０）、デビオ－１３４７（ＣＨ５１８３２８４）、ＦＩＩＮ－２、ＬＹ２８７４４５５、インフィグラチニブ（ＢＧＪ３９８、ＮＶＰ－ＢＧＪ３９８）、ペミガチニブ、エルダフィチニブ、ＡＳＰ５８７８、ＴＡＳ－１２０、ＰＲＮ１３７１、ＰＫＣ４１２、ボファタマブ（Ｂ－７０）、パゾパニブ、又はＭＦＧＲ１８７７Ｓのうちの１つ以上を含む、条項２３７～２４２のいずれか一項に記載の方法。

【0910】

例示的な条項２４４：核酸が、ＦＧＦＲ３融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項２３８～２４３のいずれか一項に記載の方法。

【0911】

例示的な条項２４５：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項２３８～２４４のいずれか一項に記載の方法。

【0912】

例示的な条項２４６：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項２３８～２４５のいずれか一項に記載の方法。

【0913】

例示的な条項２４７：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0914】

例示的な条項２４８：ＭＥＴ融合核酸分子が、ＭＥＴ融合ポリペプチドをコードする、条項２４７に記載の方法。

【0915】

例示的な条項２４９：コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、ＭＥＴキナーゼドメイン、又はＭＥＴキナーゼ活性を有するＭＥＴキナーゼドメインの断片を含む、条項２４８に記載の方法。

【0916】

例示的な条項２５０：コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、ＭＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＭＥＴキナーゼ活性が、構成的である、条項２４８又は２４９に記載の方法。

【0917】

例示的な条項２５１：コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、発がん性である、条項２４８～２５０のいずれか一項に記載の方法。

【0918】

例示的な条項２５２：コードされたＭＥＴ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項２４８～２５１のいずれか一項に記載の方法。

【0919】

例示的な条項２５３：個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／若しくはＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらす変異、あるいはそれらの任意の組み合わせである、変異；並びに／あるいは
（ｂ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項２４７～２５２のいずれか一項に記載の方法。

【0920】

例示的な条項２５４：方法が、個体からの試料において、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅；コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＶ４４１Ｇ及び／又はＧ４６５Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異；並びに
野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＭＥＴ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＭＥＴ－ＳＮＲＮＰ７０融合核酸分子である、条項２４７～２５２のいずれか一項に記載の方法。

【0921】

例示的な条項２５５：個体からの試料において、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３遺伝子融合の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、条項２５４に記載の方法。

【0922】

例示的な条項２５６：個体が、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリン、オキサリプラチン、及びイリノテカン）、ベバシズマブ、及び／又はパニツムマブでのがんの治療を以前に受容していた、条項２５４又は２５５に記載の方法。

【0923】

例示的な条項２５７：方法が、個体からの試料において、ＥＧＦＲ遺伝子増幅；及び野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はコードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｈアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＭＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＭＥＴ－ＣＡＰＺＡ２融合核酸分子である、条項２４７～２５２のいずれか一項に記載の方法。

【0924】

例示的な条項２５８：がんが、結腸直腸がんである、条項２５４～２５７のいずれか一項に記載の方法。

【0925】

例示的な条項２５９：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項２４７～２５８のいずれか一項に記載の方法。

【0926】

例示的な条項２６０：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項２４７～２５８のいずれか一項に記載の方法。

【0927】

例示的な条項２６１：抗がん療法が、ＭＥＴ標的療法である、条項２４７～２６０のいずれか一項に記載の方法。

【0928】

例示的な条項２６２：ＭＥＴ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＭＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＭＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＭＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項２６１に記載の方法。

【0929】

例示的な条項２６３：ＭＥＴ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項２６１又は２６２に記載の方法。

【0930】

例示的な条項２６４：ＭＥＴ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項２６１～２６３のいずれか一項に記載の方法。

【0931】

例示的な条項２６５：ＭＥＴ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＭＥＴ特異的阻害剤である、条項２６１～２６４のいずれか一項に記載の方法。

【0932】

例示的な条項２６６：キナーゼ阻害剤が、ＭＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項２６３～２６５のいずれか一項に記載の方法。

【0933】

例示的な条項２６７：ＭＥＴ標的療法が、ＰＨＡ－６６５７５２、クリゾチニブ、カボザンチニブ、又はカプマチニブ（ＩＮＣ２８０）を含む、条項２６１～２６６のいずれか一項に記載の方法。

【0934】

例示的な条項２６８：核酸が、ＭＥＴ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項２６２～２６７のいずれか一項に記載の方法。

【0935】

例示的な条項２６９：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項２６２～２６８のいずれか一項に記載の方法。

【0936】

例示的な条項２７０：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項２６２～２６９のいずれか一項に記載の方法。

【0937】

例示的な条項２７１：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0938】

例示的な条項２７２：ＲＡＦ１融合核酸分子が、ＲＡＦ１融合ポリペプチドをコードする、条項２７１に記載の方法。

【0939】

例示的な条項２７３：コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、ＲＡＦ１キナーゼドメイン、又はＲＡＦ１キナーゼ活性を有するＲＡＦ１キナーゼドメインの断片を含む、条項２７２に記載の方法。

【0940】

例示的な条項２７４：コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、ＲＡＦ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＡＦ１キナーゼ活性が、構成的である、条項２７２又は２７３に記載の方法。

【0941】

例示的な条項２７５：コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、発がん性である、条項２７２～２７４のいずれか一項に記載の方法。

【0942】

例示的な条項２７６：コードされたＲＡＦ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項２７２～２７５のいずれか一項に記載の方法。

【0943】

例示的な条項２７７：個体からの試料において、
（ａ）ＢＲＡＦ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｂ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）野生型ＫＲＡＳ遺伝子、又はＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／若しくはＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＨＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらす、変異；並びに／あるいは
（ｆ）ＮＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項２７１～２７６のいずれか一項に記載の方法。

【0944】

例示的な条項２７８：方法が、個体からの試料において、
コードされたＢＲＡＦポリペプチドにおけるＶ６００Ｅアミノ酸置換をもたらすＢＲＡＦ遺伝子における変異；
コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＳ４９２Ｒ及び／又はＶ４４１Ｇアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子における変異；
野生型ＫＲＡＳ遺伝子；
コードされたＨＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｌアミノ酸置換をもたらすＨＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異及び／又はＫ５７Ｔアミノ酸置換をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＲＡＦ１融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＡＦ１－ＳＹＮ２融合核酸分子である、条項２７７に記載の方法。

【0945】

例示的な条項２７９：がんが、結腸直腸がんである、条項２７８に記載の方法。

【0946】

例示的な条項２８０：がんが、５－ＦＵ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びイリノテカン（ＦＯＬＦＩＲＩ）とベバシズマブとの組み合わせ；ＦＯＬＦＩＲＩとセツキシマブとの組み合わせ；フォリン酸、５－ＦＵ、及びオキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）とベバシズマブとの組み合わせ；並びに／又はペムブロリズマブとレゴラフェニブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項２７８又は２７９に記載の方法。

【0947】

例示的な条項２８１：方法が、個体からの試料において、
コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃ及び／又はＧ１３Ｄアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子における変異；
コードされたＭＡＰ２Ｋ１ポリペプチドにおけるＥ１０２＿Ｉ１０３ｄｅｌ変異をもたらすＭＡＰ２Ｋ１遺伝子における変異；並びに
コードされたＮＲＡＳポリペプチドにおけるＱ６１Ｋアミノ酸置換をもたらすＮＲＡＳ遺伝子における変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、
ＲＡＦ１融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＡＦ１－ＴＲＡＫ１融合核酸分子である、条項２７７に記載の方法。

【0948】

例示的な条項２８２：がんが、結腸直腸がんである、条項２８１に記載の方法。

【0949】

例示的な条項２８３：がんが、アダグラシブ、又はアダグラシブとセツキシマブとの組み合わせで以前に治療されていた、条項２８１又は２８２に記載の方法。

【0950】

例示的な条項２８４：抗がん療法が、ＲＡＦ１標的療法である、条項２７１～２８３のいずれか一項に記載の方法。

【0951】

例示的な条項２８５：ＲＡＦ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＡＦ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＡＦ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＡＦ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項２８４に記載の方法。

【0952】

例示的な条項２８６：ＲＡＦ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項２８４又は２８５に記載の方法。

【0953】

例示的な条項２８７：ＲＡＦ１標的療法が、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤である、条項２８４～２８６のいずれか一項に記載の方法。

【0954】

例示的な条項２８８：ＲＡＦ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＡＦ１特異的阻害剤である、条項２８４～２８７のいずれか一項に記載の方法。

【0955】

例示的な条項２８９：キナーゼ阻害剤が、ＲＡＦ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項２８６～２８８のいずれか一項に記載の方法。

【0956】

例示的な条項２９０：ＲＡＦ１標的療法が、ソラフェニブ（ＢＡＹ４９－９００６）、ビニメチニブ、コビメチニブ、レゴラフェニブ、トラメチニブ、又はＲＡＦ２６５のうちの１つ以上を含む、条項２８４～２８９のいずれか一項に記載の方法。

【0957】

例示的な条項２９１：核酸が、ＲＡＦ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項２８５～２９０のいずれか一項に記載の方法。

【0958】

例示的な条項２９２：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項２８５～２９１のいずれか一項に記載の方法。

【0959】

例示的な条項２９３：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項２８５～２９２のいずれか一項に記載の方法。

【0960】

例示的な条項２９４：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0961】

例示的な条項２９５：ＲＥＴ融合核酸分子が、ＲＥＴ融合ポリペプチドをコードする、条項２９４に記載の方法。

【0962】

例示的な条項２９６：コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、ＲＥＴキナーゼドメイン、又はＲＥＴキナーゼ活性を有するＲＥＴキナーゼドメインの断片を含む、条項２９５に記載の方法。

【0963】

例示的な条項２９７：コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、ＲＥＴキナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＥＴキナーゼ活性が、構成的である、条項２９５又は２９６に記載の方法。

【0964】

例示的な条項２９８：コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、発がん性である、条項２９５～２９７のいずれか一項に記載の方法。

【0965】

例示的な条項２９９：コードされたＲＥＴ融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項２９５～２９８のいずれか一項に記載の方法。

【0966】

例示的な条項３００：個体からの試料において、
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子における変異であって、任意選択的に、ＥＧＦＲのエクソン１９若しくはその一部分の欠失、又はコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらす変異、あるいは両方である、変異；
（ｂ）ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｃ）ＫＲＡＳ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｄ）ＥＳＲ１遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらす、変異；
（ｅ）ＰＴＥＮ遺伝子における変異であって、任意選択的に、コードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらす、変異；あるいは
（ａ）～（ｅ）の任意の組み合わせの存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含む、条項２９４～２９９のいずれか一項に記載の方法。

【0967】

例示的な条項３０１：方法が、個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＥＲＣ１融合核酸分子である、条項２９４～２９９のいずれか一項に記載の方法。

【0968】

例示的な条項３０２：方法が、個体からの試料において、ＥＧＦＲのエクソン１９又はその一部分の欠失、及びコードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＮＣＯＡ４融合核酸分子である、条項２９４～２９９のいずれか一項に記載の方法。

【0969】

例示的な条項３０３：個体が、オシメルチニブで以前に治療されていた、条項３０２に記載の方法。

【0970】

例示的な条項３０４：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤である、条項２９４～３０３のいずれか一項に記載の方法。

【0971】

例示的な条項３０５：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＥＧＦＲ標的抗がん療法に対するがんの抵抗性を付与し、任意選択的に、ＥＧＦＲ標的抗がん療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブである、条項２９４～３０３のいずれか一項に記載の方法。

【0972】

例示的な条項３０６：方法が、個体からの試料において、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４２Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異；コードされたＥＳＲ１ポリペプチドにおけるＥ３８０Ｑアミノ酸置換をもたらすＥＳＲ１遺伝子変異；コードされたＫＲＡＳポリペプチドにおけるＧ１２Ｃアミノ酸置換をもたらすＫＲＡＳ遺伝子変異；並びにコードされたＰＴＥＮポリペプチドにおけるＳ５９＊及び／又はＭ１３４Ｉアミノ酸置換をもたらすＰＴＥＮ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はそれらの存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子が、表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＲＥＴ－ＢＡＩＡＰ２Ｌ１融合核酸分子である、条項２９４～２９９のいずれか一項に記載の方法。

【0973】

例示的な条項３０７：がんが、乳がんである、条項３０６に記載の方法。

【0974】

例示的な条項３０８：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する、条項２９４～３０７のいずれか一項に記載の方法。

【0975】

例示的な条項３０９：方法が、個体からの試料において、コードされたＥＧＦＲポリペプチドにおけるＴ７９０Ｍ及び／又はＬ８５８Ｒアミノ酸置換をもたらすＥＧＦＲ遺伝子変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含み、ＲＥＴ融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＥＴ－ＣＣＤＣ６融合核酸分子である、条項２９４～２９９のいずれか一項に記載の方法。

【0976】

例示的な条項３１０：抗がん療法が、ＲＥＴ標的療法である、条項２９４～３０９のいずれか一項に記載の方法。

【0977】

例示的な条項３１１：ＲＥＴ標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＥＴ再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＥＴ標的療法、臨床治験において試験されているＲＥＴ再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項３１０に記載の方法。

【0978】

例示的な条項３１２：ＲＥＴ標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項３１０又は３１１に記載の方法。

【0979】

例示的な条項３１３：ＲＥＴ標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項３１０～３１２のいずれか一項に記載の方法。

【0980】

例示的な条項３１４：ＲＥＴ標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＥＴ特異的阻害剤である、条項３１０～３１３のいずれか一項に記載の方法。

【0981】

例示的な条項３１５：キナーゼ阻害剤が、ＲＥＴポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項３１２～３１４のいずれか一項に記載の方法。

【0982】

例示的な条項３１６：ＲＥＴ標的療法が、セルペルカチニブ、プラルセチニブ、アレクチニブ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、又はバンデタニブのうちの１つ以上を含む、条項３１０～３１５のいずれか一項に記載の方法。

【0983】

例示的な条項３１７：核酸が、ＲＥＴ融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項３１１～３１６のいずれか一項に記載の方法。

【0984】

例示的な条項３１８：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項３１１～３１７のいずれか一項に記載の方法。

【0985】

例示的な条項３１９：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項３１１～３１８のいずれか一項に記載の方法。

【0986】

例示的な条項３２０：融合核酸分子が、表１～６のうちのいずれかに列挙されるＲＯＳ１融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【0987】

例示的な条項３２１：ＲＯＳ１融合核酸分子が、ＲＯＳ１融合ポリペプチドをコードする、条項３２０に記載の方法。

【0988】

例示的な条項３２２：コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、ＲＯＳ１キナーゼドメイン、又はＲＯＳ１キナーゼ活性を有するＲＯＳ１キナーゼドメインの断片を含む、条項３２１に記載の方法。

【0989】

例示的な条項３２３：コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、ＲＯＳ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＲＯＳ１キナーゼ活性が、構成的である、条項３２１又は３２２に記載の方法。

【0990】

例示的な条項３２４：コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、発がん性である、条項３２１～３２３のいずれか一項に記載の方法。

【0991】

例示的な条項３２５：コードされたＲＯＳ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項３２１～３２４のいずれか一項に記載の方法。

【0992】

例示的な条項３２６：個体からの試料において、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異であって、任意選択的に、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらす、変異の存在の知識を取得すること、又はその存在を検出することを更に含む、条項３２０～３２５のいずれか一項に記載の方法。

【0993】

例示的な条項３２７：ＲＯＳ１融合核酸分子が、表２又は６に列挙されるＲＯＳ１－ＧＯＰＣ融合核酸分子であり、試料が、コードされたＰＩＫ３ＣＡポリペプチドにおけるＥ５４５Ｋアミノ酸置換をもたらすＰＩＫ３ＣＡ遺伝子変異を含む、条項３２６に記載の方法。

【0994】

例示的な条項３２８：融合核酸分子及び／又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、ＰＩ３Ｋ標的療法に対するがんの抵抗性を付与する、条項３２０～３２７のいずれか一項に記載の方法。

【0995】

例示的な条項３２９：抗がん療法が、ＲＯＳ１標的療法である、条項３２０～３２８のいずれか一項に記載の方法。

【0996】

例示的な条項３３０：ＲＯＳ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＲＯＳ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＲＯＳ１標的療法、臨床治験において試験されているＲＯＳ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項３２９に記載の方法。

【0997】

例示的な条項３３１：ＲＯＳ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項３２９又は３３０に記載の方法。

【0998】

例示的な条項３３２：ＲＯＳ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項３２９～３３１のいずれか一項に記載の方法。

【0999】

例示的な条項３３３：ＲＯＳ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＲＯＳ１特異的阻害剤である、条項３２９～３３２のいずれか一項に記載の方法。

【1000】

例示的な条項３３４：キナーゼ阻害剤が、ＲＯＳ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項３３１～３３３のいずれか一項に記載の方法。

【1001】

例示的な条項３３５：ＲＯＳ１標的療法が、クリゾチニブ、ロルラチニブ、ＴＱ－Ｂ３１３９、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、ブリグチニブ、カボザンチニブ、セリチニブ、又はエヌトレクチニブのうちの１つ以上を含む、条項３２９～３３４のいずれか一項に記載の方法。

【1002】

例示的な条項３３６：核酸が、ＲＯＳ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項３３０～３３５のいずれか一項に記載の方法。

【1003】

例示的な条項３３７：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項３３０～３３６のいずれか一項に記載の方法。

【1004】

例示的な条項３３８：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項３３０～３３７のいずれか一項に記載の方法。

【1005】

例示的な条項３３９：融合核酸分子が、表２及び６のうちのいずれかに列挙されるＮＴＲＫ１融合核酸分子である、条項１～７２のいずれか一項に記載の方法。

【1006】

例示的な条項３４０：ＮＴＲＫ１融合核酸分子が、ＮＴＲＫ１融合ポリペプチドをコードする、条項３３９に記載の方法。

【1007】

例示的な条項３４１：コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、ＮＴＲＫ１キナーゼドメイン、又はＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有するＮＴＲＫ１キナーゼドメインの断片を含む、条項３４０に記載の方法。

【1008】

例示的な条項３４２：コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性を有し、任意選択的に、ＮＴＲＫ１キナーゼ活性が、構成的である、条項３４０又は３４１に記載の方法。

【1009】

例示的な条項３４３：コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、発がん性である、条項３４０～３４２のいずれか一項に記載の方法。

【1010】

例示的な条項３４４：コードされたＮＴＲＫ１融合ポリペプチドが、がん細胞生存、血管新生、がん細胞増殖、及びそれらの任意の組み合わせを促進する、条項３４０～３４３のいずれか一項に記載の方法。

【1011】

例示的な条項３４５：抗がん療法が、ＮＴＲＫ１標的療法である、条項３３９～３４４のいずれか一項に記載の方法。

【1012】

例示的な条項３４６：ＮＴＲＫ１標的療法が、小分子阻害剤、抗体、細胞療法、核酸、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、ＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１標的療法、臨床治験において試験されているＮＴＲＫ１再編成がんのための治療、又はそれらの任意の組み合わせである、条項３４５に記載の方法。

【1013】

例示的な条項３４７：ＮＴＲＫ１標的療法が、キナーゼ阻害剤である、条項３４５又は３４６に記載の方法。

【1014】

例示的な条項３４８：ＮＴＲＫ１標的療法が、チロシンキナーゼ阻害剤である、条項３４５～３４７のいずれか一項に記載の方法。

【1015】

例示的な条項３４９：ＮＴＲＫ１標的療法が、マルチキナーゼ阻害剤又はＮＴＲＫ１特異的阻害剤である、条項３４５～３４８のいずれか一項に記載の方法。

【1016】

例示的な条項３５０：キナーゼ阻害剤が、ＮＴＲＫ１ポリペプチドのキナーゼ活性を阻害する、条項３４７～３４９のいずれか一項に記載の方法。

【1017】

例示的な条項３５１：ＮＴＲＫ１標的療法が、アルチラチニブ（ＤＣＣ－２７０１）、ＡＧ ８７９（チロホスチンＡＧ ８７９）、抗ＴｒＫ抗体、ＡＲＲＹ ９５４、ＡＲ５２３、ＡＺ－２３、ＡＺ６２３、ベンゾトリアゾール、ＣＥＰ－２５６３、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、エヌトレクチニブ、ＤＳ－６０５１、ＧＮＦ ５８３７、ＧＷ ４４１７５６、インデノピロロカルボアゾール１２ａ、イソチアゾール５ｎ、ラロトレクチニブ、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、セリトレクチニブ（ＬＯＸＯ－１９５）、大環状化合物、ＯＮＯ－５３９０５５６、オキシインドール３、ペグカントラチニブ（ＳＮＡ－１２０）、ＰＨＡ－８４８１２５、ＰＬＸ７４８６、ピラゾール誘導体、ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、ピリドカルバゾール、ピリドキナゾリニル、ピリドトリアゾール、ピロリジニルチオ尿素、ピロリジニル尿素、ピロロ［２；３－ｄ］ピリミジン、キナゾリニル、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－０００５）、Ｒｏ ０８－２７５０、置換ピラゾロ［１；５ａ］ピリミジン、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）、ＳＮＡ－１２５、タビレルミド、チアゾール２０ｈ、Ｆ１７７５２、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ドビチニブ、ＯＮＯ－７５７９、又はＶＭＤ－９２８のうちの１つ以上を含む、条項３４５～３５０のいずれか一項に記載の方法。

【1018】

例示的な条項３５２：核酸が、ＮＴＲＫ１融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの発現を阻害する、条項３４６～３５１のいずれか一項に記載の方法。

【1019】

例示的な条項３５３：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、条項３４６～３５２のいずれか一項に記載の方法。

【1020】

例示的な条項３５４：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項３４６～３５３のいずれか一項に記載の方法。

【1021】

例示的な条項３５５：治療又は１つ以上の治療選択肢が、追加の抗がん療法を更に含む、条項１～９、１８、３７、３８、及び４０～３５４のいずれか一項に記載の方法。

【1022】

例示的な条項３５６：追加の抗がん療法が、小分子阻害剤、化学療法剤、がん免疫療法、抗体、細胞療法、核酸、手術、放射線療法、抗血管新生療法、抗ＤＮＡ修復療法、抗炎症療法、抗腫瘍剤、成長阻害剤、細胞傷害性剤、ワクチン、小分子アゴニスト、ウイルスベースの療法、抗体－薬物コンジュゲート、組換えタンパク質、融合タンパク質、自然化合物、ペプチド、標的タンパク質分解キメラ（ＰＲＯＴＡＣ）、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含む、条項３５５に記載の方法。

【1023】

例示的な条項３５７：細胞療法が、養子療法、Ｔ細胞ベースの療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）Ｔ細胞療法、マクロファージベースの療法、誘導多能性幹細胞ベースの療法、Ｂ細胞ベースの療法、又は樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法である、条項３５６に記載の方法。

【1024】

例示的な条項３５８：核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、又は低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、条項３５６に記載の方法。

【1025】

例示的な条項３５９：個体からの試料を得ることを更に含む、条項１～３５８のいずれか一項に記載の方法。

【1026】

例示的な条項３６０：試料が、がんから得られる、条項１～３５９のいずれか一項に記載の方法。

【1027】

例示的な条項３６１：試料が、組織生検試料、液体生検試料、又は正常対照を含む、条項１～３６０のいずれか一項に記載の方法。

【1028】

例示的な条項３６２：試料が、腫瘍生検、腫瘍検体、又は循環腫瘍細胞からのものである、条項３６１に記載の方法。

【1029】

例示的な条項３６３：試料が、液体生検試料であり、血液、血漿、脳脊髄液、痰、便、尿、又は唾液を含む、条項１～３６１のいずれか一項に記載の方法。

【1030】

例示的な条項３６４：試料が、がんからの細胞及び／又は核酸を含む、条項１～３６３のいずれか一項に記載の方法。

【1031】

例示的な条項３６５：試料が、がんからのｍＲＮＡ、ＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、条項３６４に記載の方法。

【1032】

例示的な条項３６６：試料が、液体生検試料であり、かつ循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む、条項３６３に記載の方法。

【1033】

例示的な条項３６７：試料が、液体生検試料であり、かつセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む、条項３６３に記載の方法。

【1034】

例示的な条項３６８：個体からの組織生検試料、液体生検試料、又は組織生検試料及び液体生検試料の両方において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドの知識を取得すること、又はそれを検出することを含む、条項１～３６７のいずれか一項に記載の方法。

【1035】

例示的な条項３６９：知識を取得することが、試料において、融合核酸分子又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することを含む、条項４～１０及び５０～３６８のいずれか一項に記載の方法。

【1036】

例示的な条項３７０：検出することが、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片を検出することを含む、条項１～３、１１～４１、及び４９～３６９のいずれか一項に記載の方法。

【1037】

例示的な条項３７１：融合核酸分子が、試料において、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応制限断片長多型（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）アッセイ、リアルタイムＰＣＲ、スクリーニング分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、スペクトル核型決定、多色ＦＩＳＨ（ｍＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、配列特異的プライミング（ＳＳＰ）ＰＣＲ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、質量分析遺伝子型決定、又は配列決定のうちの１つ以上によって検出される、条項１～３、１１～４１、及び４９～３７０のいずれか一項に記載の方法。

【1038】

例示的な条項３７２：配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法を含み、任意選択的に、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、条項３７１に記載の方法。

【1039】

例示的な条項３７３：融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドを検出することが、切断点又は融合接合部を含む融合核酸分子の断片によってコードされた融合ポリペプチドの一部分を検出することを含む、条項１～３、１１～４１、及び４９～３６９のいずれか一項に記載の方法。

【1040】

例示的な条項３７４：融合ポリペプチドが、試料において、イムノブロッティング、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、又は質量分析のうちの１つ以上によって検出される、条項１～３、１１～４１、４９～３６９、及び３７３のいずれか一項に記載の方法。

【1041】

例示的な条項３７５：方法が、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸を選択的に濃縮することを更に含み、選択的に濃縮することが、濃縮された試料を産生する、条項１～３、１１～１８、及び４２～３７２のいずれか一項に記載の方法。

【1042】

例示的な条項３７６：選択的に濃縮することが、（ａ）１つ以上のベイト分子を試料と組み合わせ、それによって、１つ以上のベイト分子を、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む試料における１つ以上の核酸にハイブリダイズさせ、核酸ハイブリッドを産生することと、（ｂ）核酸ハイブリッドを単離して、濃縮された試料を産生することと、を含む、条項３７５に記載の方法。

【1043】

例示的な条項３７７：１つ以上のベイト分子が、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列にハイブリダイズするように構成された捕捉核酸分子を含む、条項２２、２８～４１、及び３７６のいずれか一項に記載の方法。

【1044】

例示的な条項３７８：捕捉核酸分子が、約１０～約３０個のヌクレオチド、約５０～約１０００個のヌクレオチド、約１００～約５００個のヌクレオチド、約１００～約３００個のヌクレオチド、又は約１００～約２００個のヌクレオチドを含む、条項３７７に記載の方法。

【1045】

例示的な条項３７９：１つ以上のベイト分子が、アフィニティー試薬又は検出試薬にコンジュゲートしている、条項２２、２８～４１、及び３７６～３７８のいずれか一項に記載の方法。

【1046】

例示的な条項３８０：アフィニティー試薬が、抗体、抗体断片、若しくはビオチンであるか、又は検出試薬が、蛍光マーカーである、条項３７９に記載の方法。

【1047】

例示的な条項３８１：捕捉核酸分子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は混合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む、条項３７７～３８０のいずれか一項に記載の方法。

【1048】

例示的な条項３８２：選択的に濃縮することが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、融合核酸分子に対応するヌクレオチド配列を含む１つ以上の核酸を増幅して、濃縮された試料を産生することを含む、条項２３～２７、３０～４１、及び５０～３７５のいずれか一項に記載の方法。

【1049】

例示的な条項３８３：濃縮された試料を配列決定することを更に含む、条項３７５～３８２のいずれか一項に記載の方法。

【1050】

例示的な条項３８４：個体が、ヒトである、条項１～３８３のいずれか一項に記載の方法。

【1051】

例示的な条項３８５：
（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するためのプローブ又はベイトを含む、キット。

【1052】

例示的な条項３８６：表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を含む、核酸分子。

【1053】

例示的な条項３８７：条項３８６に記載の核酸分子を含む、ベクター。

【1054】

例示的な条項３８８：条項３８７に記載のベクターを含む、宿主細胞。

【1055】

例示的な条項３８９：表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分に特異的に結合する、抗体又は抗体断片。

【1056】

例示的な条項３９０：
（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片によってコードされた融合ポリペプチド又はその一部分を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための抗体又は抗体断片を含む、キット。

【1057】

例示的な条項３９１：
（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドのインビトロ使用。

【1058】

例示的な条項３９２：
（ｉ）表１及び３～５のうちのいずれかに列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、あるいは
（ｉｉ）表２若しくは６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片を、表２又は６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する個体からの試料において検出するための１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、キット。

【1059】

例示的な条項３９３：システムであって、
１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、
１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備え、１つ以上のプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、
（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、
（ｃ）分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システム。

【1060】

例示的な条項３９４：方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、方法が、
（ａ）１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子である、分析することと、
（ｃ）１つ以上のプロセッサを使用して、分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1061】

例示的な条項３９５：試料が、がんを有する個体からのものである、条項３９３に記載のシステム、又は条項３９４に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1062】

例示的な条項３９６：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子が、表３に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、条項３９３若しくは３９５に記載のシステム、又は条項３９４若しくは３９５に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1063】

例示的な条項３９７：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、骨髄腫、胚細胞がん、又は芽細胞腫である、条項３９５又は３９６に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1064】

例示的な条項３９８：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、固形腫瘍である、条項３９５～３９７のいずれか一項に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1065】

例示的な条項３９９：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、血液悪性腫瘍である、条項３９５～３９７のいずれか一項に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1066】

例示的な条項４００：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、Ｂ細胞がん（多発性骨髄腫）、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳がん、中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮がん、子宮内膜がん、口腔のがん、咽頭のがん、肝臓がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸がん、虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液組織のがん、腺がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸がん、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性多血症、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、髄様がん、気管支原性肺がん、腎細胞がん、肝細胞腫、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胚性がん腫、ウィルムス腫瘍、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞がん、甲状腺がん（ｔｈｙｒｏｉｄ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、小細胞がん、本態性血小板血症、原発性骨髄線維症、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内分泌がん、又はカルチノイド腫瘍である、条項３９５～３９７のいずれか一項に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1067】

例示的な条項４０１：融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、虫垂腺がん、膀胱腺がん、膀胱尿路上皮（移行上皮）がん、特定不能ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ）、ＮＯＳ乳がん（ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、乳房浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、子宮頸部扁平上皮がん（ＳＣＣ）、結腸腺がん（ＣＲＣ）、食道腺がん、ＮＯＳ食道がん、食道扁平上皮がん（ＳＣＣ）、眼球内黒色腫、胆嚢腺がん、胃食道接合部腺がん、肝内胆管がん、ＮＯＳ腎臓がん、肝臓肝細胞がん（ＨＣＣ）、ＮＯＳ肺がん、肺腺がん、肺大細胞がん、ＮＯＳ肺非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺未分化小細胞がん、肺扁平上皮がん（ＳＣＣ）、ＮＯＳ卵巣がん、ＮＯＳ膵がん、膵管腺がん、膵胆管がん、ＮＯＳ前立腺がん、前立腺腺房腺がん、前立腺管腺がん、直腸腺がん（ＣＲＣ）、皮膚黒色腫、小腸腺がん、ＮＯＳ軟部組織肉腫、ＮＯＳ胃腺がん、ＮＯＳ原発不明がん、原発不明腺がん、ＮＯＳ原発不明がん腫（ＣＵＰ）、原発不明神経内分泌腫瘍、原発不明扁平上皮がん（ＳＣＣ）、又はＮＯＳ子宮内膜腺がんである、条項３９５～３９７のいずれか一項に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1068】

例示的な条項４０２：
（ａ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表４に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであるか、又は
（ｂ）融合核酸分子が、表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんであり、融合核酸分子が、表５に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／若しくは切断点２を含むか、若しくはそれらからもたらされる、条項３９５～３９７のいずれか一項に記載のシステム又は非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1069】

例示的な条項４０３：システムであって、
１つ以上のプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、
１つ以上のプログラム命令を実行するように構成された１つ以上のプロセッサと、を備え、１つ以上のプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、
（ａ）１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、
（ｃ）分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を行うように構成されている、システム。

【1070】

例示的な条項４０４：方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、方法が、
（ａ）１つ以上のプロセッサを使用して、１つ以上の核酸分子の複数の配列リードを得ることであって、１つ以上の核酸分子が、がんを有する個体から得られた試料に由来する、得ることと、
（ｂ）１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードを融合核酸分子の存在について分析することであって、融合核酸分子が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子であり、がんが、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんである、分析することと、
（ｃ）１つ以上のプロセッサを使用して、分析に基づいて、試料において融合核酸分子を検出することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1071】

例示的な条項４０５：融合核酸分子が、表６に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応する切断点１及び／又は切断点２を含むか、又はそれらからもたらされる、条項４０３に記載のシステム、又は条項４０４に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1072】

例示的な条項４０６：複数の配列リードが、配列決定によって得られ、任意選択的に、配列決定が、超並列配列決定（ＭＰＳ）技法、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、全エクソーム配列決定、標的配列決定、直接配列決定、又はサンガー配列決定技法の使用を含み、任意選択的に、超並列配列決定技法が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を含む、条項３９３、３９５～４０３、及び４０５のいずれか一項に記載のシステム、又は条項３９４～４０２、４０４、及び４０５のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1073】

例示的な条項４０７：１つ以上のプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行されたときに、検出に少なくとも部分的に基づいて、試料についてのゲノムプロファイルを生成するように更に構成されている、条項３９３、３９５～４０３、４０５、及び４０６のいずれか一項に記載のシステム。

【1074】

例示的な条項４０８：方法が、検出に少なくとも部分的に基づいて、試料についてのゲノムプロファイルを生成することを更に含む、条項３９４～４０２及び４０４～４０６のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1075】

例示的な条項４０９：個体が、ゲノムプロファイルに少なくとも部分的に基づく治療を投与される、条項４０７に記載のシステム、又は条項４０８に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1076】

例示的な条項４１０：ゲノムプロファイルが、包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）試験、遺伝子発現プロファイリング試験、がんホットスポットパネル試験、ＤＮＡメチル化試験、ＤＮＡ断片化試験、ＲＮＡ断片化試験、又はそれらの任意の組み合わせからの結果を更に含む、条項４０７若しくは４０９に記載のシステム、又は条項４０８若しくは４０９に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1077】

例示的な条項４１１：ゲノムプロファイルが、核酸配列決定ベースの試験からの結果を更に含む、条項４０７、４０９、及び４１０のいずれか一項に記載のシステム、又は条項４０８～４１０のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【1078】

例示的な条項４１２：がんを治療する又はその進行を遅らせる方法における使用のための抗がん療法であって、方法が、個体に抗がん療法を投与することを含み、
（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されるか、あるいは
（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出され、個体が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法。

【1079】

例示的な条項４１３：がんを治療する又はその進行を遅らせるための医薬の製造における使用のための抗がん療法であって、医薬が、個体に投与され、
（ａ）表１に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出されるか、あるいは
（ｂ）表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、若しくはＲＯＳ１融合核酸分子、又は切断点若しくは融合接合部を含むその断片、又は融合核酸分子によってコードされた融合ポリペプチドが、個体から得られた試料において検出され、個体が、表２に列挙されるＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、又はＲＯＳ１融合核酸分子に対応するがんを有する、抗がん療法。

【1080】

本明細書に記載の本発明の方法ステップは、異なる意味が明示的に提供されるか、又は文脈から明らかでない限り、１つ以上の他の当事者又は事業体にステップを実行させる任意の好適な方法を含むことを意図している。そのような当事者又は事業体は、他の当事者又は事業体の指示又は管理下にある必要はなく、特定の管轄区域内に位置する必要はない。したがって、例えば、「第１の数を第２の数に足す」という記述又は列挙は、１つ以上の当事者又は事業体に２つの数を一緒に加えさせることを含む。例えば、人Ｘが人Ｙと対等な取引を行って、２つの数を足し、人Ｙが実際に２つの数を足した場合、人Ｘ及び人Ｙの両者は、人Ｙが、実際に数を足したという事実によって、人Ｘが、人Ｙに数を加えさせたという事実によって、示されたステップを実行する。更に、人Ｘが米国内に位置し、人Ｙが米国外に位置する場合、方法は、人Ｘがステップを実行させることに関与することによって米国において実行される。

【1081】

本明細書で説明される様々な実施形態の説明で使用される用語は、特定の実施形態を説明することだけを目的としており、限定することを意図していない。説明される様々な実施形態及び添付の特許請求の範囲の説明で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、複数形も含むことを意図している。本明細書で使用される「及び／ま又は」という用語は、関連する列挙された項目のうち１つ以上のあらゆる可能な組み合わせを指し、包含することも理解されるであろう。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、及び／又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、記載された特徴、整数、ステップ、操作、要素、及び／又は成分の存在を明示するが、１つ以上の他の特徴、整数、ステップ、操作、要素、成分、及び／又はそれらの群の存在又は追加を排除しないことが更に理解されるであろう。

【1082】

本明細書は、当業者が本発明を実施することが可能なほど十分なものであると考えられる。本明細書に示され、記載されるものに加えて、本発明の様々な修正は、前述の記載から当業者には明らかなものとなり、添付の特許請求の範囲に入る。本明細書で引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あらゆる目的のために、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。参照により援用される参考文献が本開示と矛盾する限り、本開示が優先するものとする。

【実施例】

【1083】

本発明は、以下の実施例を参照することによって、より完全に理解されるであろう。しかしながら、それらは本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書に記載された例及び実施形態は、例示のみを目的としており、それに照らして様々な修正又は変更が当業者に提案され、本出願及び添付の特許請求の範囲の趣旨及び範囲内に含まれることが理解される。

【1084】

実施例１：多様な範囲のがんタイプからの循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）において検出されたキナーゼ融合
キナーゼ融合は、重要なクラスの標的可能な発がん性ドライバーバリアントであり、また、標的療法に対する獲得抵抗性（ＡＲ）を媒介することができる。キナーゼ融合は、ハイブリッド捕捉ＤＮＡ配列決定を使用して検出可能であるが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）において検出することが困難であり得る。この実施例において、ｃｔＤＮＡの次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して、キナーゼ融合の汎がんランドスケープを特徴付けた。

【1085】

方法
ハイブリッド捕捉ベースのＮＧＳを、臨床ケアの経過において４０５，８４７人の患者から前向きに収集されたホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍組織又は血液／血漿試料（すなわち、それぞれ、組織生検又は液体生検）において実行した。腫瘍組織試料について、ＤＮＡを、ＦＦＰＥ検体から抽出し、ＮＧＳを、ハイブリダイゼーション捕捉アダプター連結ベースのライブラリによって、最大３２４個のがん関連遺伝子の全てのコードエクソン及び選択されたイントロンについて高い均一のカバレッジ（５００×超）まで実行した（例えば、Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，３１：１０２３－１０３１を参照されたい）。ｃｔＤＮＡのＮＧＳを、血漿から抽出された２０ｎｇ以上のｃｔＤＮＡにおいて実行して、適応した配列決定ライブラリを作成し、その後、ハイブリッド捕捉及び試料多重配列決定を、最大３２４個の遺伝子について６，０００×超の固有エクソンカバレッジ深度中央値まで行った（例えば、Ｃｌａｒｋ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ Ｍｏｌ Ｄｉａｇｎ ２０：６８６－７０２；Ｗｏｏｄｈｏｕｓｅ ｅｔ ａｌ．（２０２０）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ １５：ｅ０２３７８０２を参照されたい）。塩基置換、短い挿入及び欠失（インデル）、コピー数変化、及び再編成を評価した。発がん性融合に関与する１６個のキナーゼ（ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１／２／３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１／２／３、ＰＤＧＦＲＡ／Ｂ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、及びＲＯＳ１）の全てのエクソン及び選択されたイントロンを配列決定して、融合を捕捉した。

【1086】

血漿セルフリーＤＮＡにおけるｃｔＤＮＡ画分を、２つの相補的方法を使用して推定した。ｃｔＤＮＡ画分が十分であるときに、腫瘍画分（ＴＦ）推定値を、所与の試料についてのゲノムにわたるカバレッジにおける観察された偏差を組み込んだ腫瘍異数性の尺度に基づいて計算した。このメトリックについての計算値を、明確に定義されたＴＦを有する試料に基づいて訓練セットに対して較正して、ＴＦの推定値が生成した。ｃｔＤＮＡ含有量がより低いときに、最大体細胞アレル頻度（ＭＳＡＦ）を、ある特定のコモン及びレア生殖系列バリアントを除いて、全ての既知の体細胞塩基置換、高い可能性がある体細胞塩基置換、及び意義不明のバリアント（ＶＵＳ）塩基置換についてのアレル画分を計算することによって決定した。推定ｃｔＤＮＡ画分は、入手可能なときにＴＦ推定値に基づき、推定ｃｔＤＮＡ画分を、腫瘍異数性の欠如が情報価値のあるＴＦ推定値を返す能力を制限したときにＭＳＡＦから生成した。

【1087】

フィッシャー正確確率検定を使用して、カテゴリー関係の有意性を評価し、ベンジャミン－ホッホバーグ手順を使用して、偽発見率について制御した。連続変数間の差を、マン－ホイットニーＵ検定によって評価した。

【1088】

ｃｔＤＮＡバリアントの証拠を有さない液体生検結果を、本明細書に記載される研究から除外した。

【1089】

融合産物が、標的がん遺伝子（ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＧＦＲ１／２／３、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１／２／３、ＰＤＧＦＲＡ／Ｂ、ＲＡＦ１、ＲＥＴ、及びＲＯＳ１）の完全キナーゼドメインを含み、予測されたキメラタンパク質が、Ｎ末端及びＣ末端の両方を含む場合、検出されたキナーゼ融合を、本明細書に記載される研究において考慮した。

【1090】

結果
３６，９１６個の血漿試料のうち、３２，４９２個（８８％）が、検出可能なｃｔＤＮＡを有した。全体的に、これらの試料のうちの５７１個（１．８％）が、ｃｔＤＮＡにおいて検出されたキナーゼ融合を特徴とした（循環腫瘍ＤＮＡについての血液ベースのアッセイ［ＢＢＡＣＴＤ］を使用して１３１個、血液ベースの液体生検アッセイ＃１［ＢＢＬＢ１］を使用して２０３個、血液ベースの液体生検アッセイ＃２［ＢＢＬＢ２］を使用して２３７個；表７及び１０）。胆管がん試料は、最も高いキナーゼ融合頻度（４．２％）を示し、膀胱がん（３．６％）及び非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ、３．１％）が続いた（図１Ａ及び表８）。２９６件のＮＳＣＬＣ症例において検出された２９７個の融合のうち、最も頻繁に再編成されたキナーゼは、ＡＬＫ（１７１、５８％）、ＲＥＴ（５４、１８％）、及びＲＯＳ１（３８、１３％）であった（図１Ｂ）。胆管がんにおいて、ＦＧＦＲ２（８５％、２８／３３）が、最も一般に再編成されたキナーゼであり、膀胱がんにおいて、ＦＧＦＲ３が、最も一般に再編成されたキナーゼであった（９２％、１２／１３）（図１Ｂ）。

【1091】

ＮＳＣＬＣにおいて、キナーゼ融合は、多様なパートナーを含み、ＥＭＬ４－ＡＬＫ（ｎ＝１５９）、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ（ｎ＝３４）、及びＣＤ７４－ＲＯＳ１（ｎ＝２２）を最も一般に含み、膀胱がんにおいて、ＦＧＦＲ３が、ＴＡＣＣ３と排他的にパートナーになった（図２Ａ）。胆管がんにおいて、ＦＧＦＲ２が、ＢＩＣＣ１（ｎ＝８）と最も一般に融合した（図２Ａ）。ＥＭＬ４－ＡＬＫを含むＡＬＫ融合は、多数の腫瘍タイプにおいて特定されている（例えば、Ｌｉｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎａｔ Ｍｅｄ １８：３８２－３８４、Ｐｅｒｏｔ ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ９：ｅ８７１７０、Ｄｅｂｅｌｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｄ Ｐａｔｈｏｌ ２４：４３０－４４２、Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７：１４６６－１４７６を参照されたい）。表９に示されるように、ＡＬＫ融合陽性症例の９．６％（２０／２０９）が、非肺であり、ＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を有する１件の胆管がん症例を含んだ。２１０個のＡＬＫ融合のうち、１８８個（９０％）が、イントロン１９における切断点を有して発生した。切断点はまた、エクソン２０（４．８％）、イントロン１８（１．９％）、エクソン１９（１．９％）において観察された（図２Ｂ）。

【1092】

ＮＳＣＬＣを有する患者（ｎ＝２９６）からのｃｔＤＮＡ試料において検出された１６個のキナーゼ融合の頻度を、一致する疾患オントロジーを有する患者の組織において検出された同じ融合の頻度と比較した。いくつかのキナーゼについて、キナーゼ融合の全体的な発生率は、組織試料において、ｃｔＤＮＡ試料における発生率と比較してわずかに上昇し、いくつかのキナーゼは、ＡＬＫ（２．４％対１．８％、ｐ＝０．００３）、ＲＥＴ（０．８３％対０．５６％、ｐ＝０．０２）、ＢＲＡＦ（０．１４％対０．０３％、ｐ＝０．０２）、及びＮＴＲＫ１（０．０７％対０％、ｐ＝０．０２）を含んだ（図３）。これは、アッセイバージョン間のイントロンベイティングにおける差に部分的に起因し得る。この実施例において使用されたｃｔＤＮＡアッセイは、９つの遺伝子（ＡＬＫ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＥＧＦＲ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、及びＰＤＧＦＲＡ）についてのイントロンベイティングを含んだことにより、他のイントロン、又はイントロンベイティングを有さない関与する遺伝子における非標準切断点を有する再編成が過小評価され得る。

【表8-1】

【表8-2】

【表8-3】

【表8-4】

【表8-5】

【表8-6】

【表8-7】

【表9】

【表10】

【1093】

結論
この実施例に記載される結果は、ｃｔＤＮＡアッセイが、がんタイプにわたる標的可能なキナーゼ融合を確実に特定したことを示す。したがって、ｃｔＤＮＡのゲノムプロファイリングは、原発性腫瘍の分子ドライバーを定義するために、かつ療法に対する獲得抵抗性（ＡＲ）の機構を検出するために使用され得る。

【1094】

ｃｔＤＮＡの分析は、非常に多様な融合パートナーを特定し、これは、多様なキナーゼ融合をｃｔＤＮＡにおけるＤＮＡ配列決定で検出する能力を強調した。加えて、多様なキナーゼ融合が、これらが一般に見出されないいくつかの腫瘍タイプにおいて検出され、したがって、これは、まれながんドライバーを、例えば、ｃｔＤＮＡにおけるキナーゼ融合のプロファイリングによって特定するためのゲノムプロファイリングの重要性を実証した。重要なことに、標的療法への応答が、キナーゼ融合をこれらが以前に観察されていない腫瘍タイプにおいて有する患者において実証されており、これは、一部のキナーゼ融合が汎腫瘍適応症について評価され得ることを示唆する（例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ ２２：７６８－７７３、Ｓｉｎｇｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｎａｔｌ Ｃｏｍｐｒ Ｃａｎｃ Ｎｅｔｗ １５：５５５－５６２、Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ ２２：１４４４－１４５０を参照されたい）。

【1095】

実施例２：同じ患者からの組織及び液体生検検体において特定されたキナーゼ融合についての高い一致
この実施例は、ｃｔＤＮＡ及び組織生検において特定されたキナーゼ融合間の一致を決定するために使用された分析の結果を記載する。

【1096】

方法
ハイブリッド捕捉ベースのＮＧＳを、ＦＦＰＥ腫瘍組織又は血液試料において、実施例１に記載されるように実行した。

【1097】

キナーゼ融合一致分析のために、同じ疾患における（循環腫瘍ＤＮＡについての血液ベースのアッセイ［ＢＢＡＣＴＤ］、血液ベースの液体生検アッセイ＃１［ＢＢＬＢ１］、又は同じ疾患における血液ベースの液体生検アッセイ＃２［ＢＢＬＢ２］を使用する；表１０）少なくとも１つの腫瘍ＮＧＳ結果及び少なくとも１つの液体生検ＮＧＳ結果を有する患者を特定し、両方は、十分な腫瘍含有量及びカバレッジを有した。組織アッセイでカバーされた遺伝子及びエクソン、並びに液体アッセイにおける同じエクソン及び遺伝子を含む融合のみを、一致分析に含めた。１つ超の液体検体が一致分析のために入手可能である患者について、最も高い推定ｃｔＤＮＡ画分を有する液体試料を選択した。１つ超の組織検体が入手可能である患者について、液体検体の収集の時間の最も近くに収集された組織検体を選択した。また、提出された病理学レポートのマニュアル再調査を実行して、患者治療歴を、入手可能な場合、収集した。

【1098】

組織及び液体生検間のキナーゼ融合検出の感度のために、陽性一致率（ＰＰＡ）を、組織包括的ゲノムプロファイリング（ＣＧＰ）を参照として使用して、真陽性／真陽性＋偽陰性として計算した。陰性一致率（ＮＰＡ）を、真陰性／真陰性＋偽陽性として計算した。

【表11】

【1099】

結果
ｃｔＤＮＡの液体生検配列決定が組織試料において特定されたキナーゼ融合をどの程度精密に再現したかを決定するために、組織及び液体結果の両方が入手可能であり、結果において、少なくとも１つの試料がキナーゼ融合を保有した１６９件の症例を調査した（図４）。組織において検出された融合を有する１３７件の症例のうち、融合はまた、９６件の症例におけるｃｔＤＮＡにおいて検出された（ＰＰＡ＝７０％）。

【1100】

ＡＬＫ及びＲＥＴ融合検出についての感度は、それぞれ、７３％及び７１％であった。図５及び表１１を参照されたい。

【1101】

ＲＯＳ１融合は、歴史的に、ｃｔＤＮＡにおいて検出することが困難であったが、この分析において、組織試料において特定された１３個のＲＯＳ１融合のうちの１０個はまた、液体生検において検出された。加えて、組織試料において特定された５つのＲＯＳ１融合のうちの５つはまた、液体生検において検出され、１％超の推定ｃｔＤＮＡ画分を有した。

【1102】

可変ｃｔＤＮＡシェッドは、ｃｔＤＮＡ遺伝子型決定の感度に影響することが既知であるため（例えば、Ｂｉｅｇ－Ｂｏｕｒｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｍｏｌ Ｏｎｃｏｌ １４：１２４２－１２５１、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｏｎｃｏｌ １０：８３１－８４０を参照されたい）、ｃｔＤＮＡ画分の推定が感度に影響するかを評価した。ｃｔＤＮＡ画分中央値は、一致するｃｔＤＮＡ試料（２．２％）において、不一致のｃｔＤＮＡ試料（０．３７％、ｐ＜０．００１）よりも高かった（図６）。組織において特定された融合との対において、ｃｔＤＮＡ検出が改善され、ｃｔＤＮＡ画分がより高かった。また、液体生検検体のＰＰＡ及びｃｔＤＮＡ画分間の直接的な関係が観察された。１％未満の推定ｃｔＤＮＡ画分を有する液体検体において、融合は、１％以上のｃｔＤＮＡ画分を有するｃｔＤＮＡ検体についての６４／７５個の試料（ＰＰＡ＝８５％）と比較して、組織において検出された融合が有する３２／６２個の試料（ＰＰＡ＝５２％）において検出された（ｐ＜０．００１）（図７Ａ）。

【1103】

また、ＣＧＰ分析間の延長した時間は、アッセイ一致に影響する潜在性を有する（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｏｎｃｏｌ １０：８３１－８４０を参照されたい）。組織及び液体試料収集間の時間中央値は、２０６日であった（四分位範囲：２６～６９６日）。推定血漿ｃｔＤＮＡ画分が１％超であった対のうち、１年未満の間隔で収集された対についてのＰＰＡは、１年以上の間隔で収集された対よりも高く（９２％対７１％、ｐ＝０．０３）（図７Ｂ）、一致する対及び不一致の対のための検体収集間の時間中央値は、それぞれ、１１０日及び４２６日であった（ｐ＜０．００１）（図８）。一致する組織及び液体結果が、組織及び液体検体の収集間の時間がより短い事例においてより頻繁に観察された。１年未満の間隔で収集され１％超のｃｔＤＮＡ画分を有する時間的に一致する対のうち、融合は、４７／５１個の試料において検出され、組織における融合であった（ＰＰＡ＝９２％）（図５、表１１）。

【表12】

【1104】

次に、組織において検出されたが、液体において検出されなかった融合を有する４１件の症例を更に分析した（図４）。３０／４１個の融合（７３％）は、融合検出についての感度が損なわれていた可能性が高く、推定腫瘍画分は、１％未満であった。５／４１個の融合（１２％）は、より古いアッセイの使用又は可能性クローン性造血の存在に起因して、１％超の疑い偽陽性推定腫瘍画分を有する試料において存在しなかった。４／４１個の不一致の融合（９．８％）は、腫瘍内又は時間的不均一性に起因する可能性が高かった。これらの融合のうちの３つは、高い腫瘍含有量の組織検体（５０％超の腫瘍）において低いリードカウント（７０個未満のリード）で検出された。したがって、これらの３つは、液体生検における検出の限界未満のサブクローン事象であり得る。更に、２つの融合は、一次組織生検の３年超後に収集された液体検体において検出されなかった。２／４１個の融合（４．９％）は、一次ＥＧＦＲ変異型液体検体後に組織において検出された推定獲得抵抗性（ＡＲ）機構であった（表１２）。

【表13】

【1105】

キナーゼ融合についての偽陰性結果のリスクをより良好に理解するために、結果を、ドライバーＡＬＫ融合の存在下で不変に検出されるべきＡＬＫ抵抗性変異を保有する症例についてクエリーした。文献におけるいくつかの報告は、キナーゼ融合の非存在下でｃｔＤＮＡにおいて検出されたＡＬＫ抵抗性変異を有する再発症例を記載しており、これは、必要とされる事前ドライバー融合事象の検出におけるギャップを示唆する（例えば、Ａｇｇａｒｗａｌ ｅｔ ａｌ．（２０１９）ＪＡＭＡ Ｏｎｃｏｌ ５：１７３－１８０、Ｏｄｅｇａａｒｄ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２４：３５３９－３５４９；ＭｃＣｏａｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２４：２７５８－２５７０を参照されたい）。疑いＡＬＫ抵抗性変異（バリアントアレル頻度（ＶＡＦ）０．１０％～９７％）が検出された５０件の症例が特定され、４８件（９６％）において、対応するＡＬＫキナーゼ融合もまた特定された（図９及び表１３）。融合が検出されなかった１件の症例において、ＥＧＦＲドライバー変異が検出され、これは、サブクローンＡＬＫ再編成事象を潜在的に示唆した。

【表14-1】

【表14-2】

【1106】

結論
ｃｔＤＮＡ画分は、腫瘍ＤＮＡシェディングに影響する因子によって影響され得、因子は、腫瘍タイプ、位置、サイズ、ステージ、又は血管分布を含み、これらは、循環への腫瘍の到達性に影響し得る（例えば、Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ ６：２２４ｒａ２４、Ｊａｈｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６１：１６５９－１６６５、Ｉｇｎａｔｉａｄｉｓ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ２５：２３０４－２３１３を参照されたい）。これらの生物学的因子は、血液内への腫瘍ＤＮＡの放出に影響し、これは、ｃｔＤＮＡにおけるキナーゼ融合の提示及び検出可能性に潜在的に影響する（例えば、Ｇｒａｓｓｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ６：１２９４－１３０１、Ｂａｎｄｏ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ １０：９８２－９８６を参照されたい）。しかしながら、この実施例に記載される結果は、ｃｔＤＮＡのゲノムプロファイリングが、組織ベースの試験の結果を精密に再現し、不一致の大部分が、生物学的及び／又は分析的因子（例えば、低いｃｔＤＮＡ画分、時間的因子、獲得抵抗性（ＡＲ）の発展、サブクローン変異、及び多発性原発性腫瘍）の組み合わせに起因し得たことを示した。

【1107】

実施例３：ｃｔＤＮＡにおける獲得キナーゼ融合は、薬物抵抗性を媒介し得る
この実施例は、同じ患者からのｃｔＤＮＡにおいてのみ検出され、組織生検において検出されなかったキナーゼ融合の分析を記載する。

【1108】

方法
ハイブリッド捕捉ベースのＮＧＳを、ＦＦＰＥ腫瘍組織又は血液試料において、実施例１に記載されるように実行した。

【1109】

結果
キナーゼ融合が液体生検において排他的に検出された患者からの３２個の検体を評価した（図４）。これらの症例のうちの６／３２件（１９％）において、組織及び液体結果の比較は、不一致についての潜在的な機構として多発性原発性腫瘍の可能性をもたらした。例えば、会陰肉腫の臨床診断を有する１人の対象は、明細胞肉腫に強く関連するドライバー事象であるＥＷＳＲ１－ＡＴＦ１融合を明らかにした組織試験を有し、液体試験は、ＮＳＣＬＣにおいて最も頻繁に見出される高信頼度ＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を示した。

【1110】

３２個の融合のうちの４つ（１３％）は、低いリードカウント（１０個未満のリード）で観察された。これらの４つは、液体生検によって捕捉された腫瘍内不均一性を表し得る。１／３２個の融合（３．１％）は、一次組織検体の２年超後に収集された前立腺がん液体検体におけるＲＥＴ融合であり、時間的不均一性及び神経内分泌前立腺がんへの発展を表し得た（例えば、ＶａｎＤｅｕｓｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １８：１１７６－１１８８を参照されたい）。

【1111】

残りの２１／３２件の症例（６６％）において、同時発生のＥＧＦＲ（ｎ＝１０）、又は他のドライバー変異（ｎ＝３）、又は他の同時発生の確立された抵抗性機構（ｎ＝８）の検出に基づいて、融合が推定獲得抵抗性を表したという証拠があった（表１４）。そのような獲得キナーゼ融合は、ＥＧＦＲドライバー変異を保有するＮＣＳＬＣ患者におけるＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤を含む標的療法に対する抵抗性機構として記載されている（例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｃａｎｃｅｒ Ｍａｎａｇ Ｒｅｓ １１：６３４３－６３５１、Ｐｉｏｔｒｏｗｓｋａ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ８：１５２９－１５３９、Ｓｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ １３：１３１２－１３２３、Ｓｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ １４：２５５－２６４を参照されたい）。

【1112】

表１４（１～５、７、８、１０、１１、及び１３～２１行目）に示されるように、これらの症例のうちの１８／２１件において、組織生検は、ｃｔＤＮＡ検体収集日に先立った（８１３日の差中央値、７５～２，９５９日の範囲）。残りの３／２１件の症例は、対の組織生検前に収集された液体検体を有し（表１４；６、９、及び１２行目）、組織及び液体ＣＧＰの両方によって検出された活性化ドライバー変化と同時発生したキナーゼ融合を保有した。これらの融合は全て、低いリードカウント（３つ～６２個の範囲）で検出された。これらの融合は全て、組織ＣＧＰによって検出不可能であったサブクローン獲得抵抗性を表し得る。

【1113】

表１４（１～１０行目）に示されるように、１０／２１件の症例が、ＮＳＣＬＣ検体であり、ＮＳＣＬＣ検体において、活性化ＥＧＦＲ変異が、一連のｃｔＤＮＡ検出キナーゼ融合と同時発生し、ｃｔＤＮＡ検出キナーゼ融合は、ＡＬＫ（ｎ＝４）、ＦＧＦＲ３（ｎ＝３）、ＲＥＴ（ｎ＝２）、及びＦＧＦＲ２（ｎ＝１）を含んだ（例えば、Ｓｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ １３：１３１２－１３２３、Ｌｅｏｎｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ １２１：７２５－７３７を参照されたい）。重要なことに、これらの獲得融合のうちの一部が、第１、第２、又は第３世代のＥＧＦＲ ＴＫＩでの治療後に検出された（Ｓｃｈｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔｙｒｏｓｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ Ｆｕｓｉｏｎｓ ａｎｄ ＢＲＡＦ Ｋｉｎａｓｅ Ｆｕｓｉｏｎｓ ａｒｅ Ｒａｒｅ ｂｕｔ Ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｔｏ ＥＧＦＲ Ｔｙｒｏｓｉｎｅ Ｋｉｎａｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ．２０１８）。また、これらの融合は、他の抵抗性機構と頻繁に同時発生した。例えば、２人の患者は、Ｃ７９７Ｇを有する及び有さない十分に特徴付けられたＥＧＦＲ抵抗性変異Ｔ７９０Ｍを保有し、これらは、それぞれ、ＦＧＦＲ３及びＦＧＦＲ２融合と同時発生した。１つの試料は、加えて、治療後の試料においてＦＧＦＲ３融合と同時発生したＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ変異を獲得した。これらの症例のうちの７／２１件は、ＫＲＡＳ野生型（ＷＴ）結腸直腸がん（ＣＲＣ）試料であった。ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ３、ＭＥＴ、及びＲＡＦ１融合は、抗ＥＧＦＲ療法に対する可能性獲得抵抗性として特定され、ＥＧＦＲ変化及びＲＡＳ変異を含む他の推定抵抗性変化とともに発生した（表１４；１１～１３、１５～１７、及び１９行目）（例えば、Ｃｌｉｆｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１９）ＪＣＯ Ｐｒｅｃｉｓ Ｏｎｃｏｌ ３、Ｓｔａｎｇｌ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １８：５３７－５４８、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ８：３９８０－４０００を参照されたい）。２１個の検体のうちの２つは、レゴラフェニブ及びアダグラシブに対する抵抗性を媒介し得る可能性獲得ＢＲＡＦ、ＦＧＦＲ３、及びＲＡＦ１融合を有するＫＲＡＳ変異型ＣＲＣ試料であった（表１４；１４、１８行目）。２１個の検体のうちの２つは、獲得ＲＥＴ及びＦＧＦＲ３融合を有する乳房試料であった。（表１４、２０～２１行目）。ＦＧＦＲ３融合は、ホルモン受容体陽性検体において存在し、２つのＥＳＲ１変異とともに見出された。ＦＧＦＲ３融合は、ホルモン療法に対する不均一獲得抵抗性を表し得る（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ８０：５２８０を参照されたい）。ＲＥＴ融合は、活性化ＰＩＫ３ＣＡ変異とともに観察された。ＲＥＴ融合は、同様に、ＰＩ３Ｋ標的療法に対する抵抗性を付与し得る。加えて、ｃｔＤＮＡのみの融合を有する６件の症例において、キナーゼ融合は、別個の原発性の可能性を示し、これは、ｃｔＤＮＡ試験が、単一の患者において共存する多発性原発性腫瘍を検出するための組織試験を超える付加価値を提供し得ることを強調した（図４）。

【1114】

総括して、これらの知見は、ＡＲの潜在的に標的可能な機構を特定するための液体生検ＣＧＰの臨床的妥当性が強調する。

【表15-1】

【表15-2】

【表15-3】

【1115】

結論
液体生検によってのみ見出され、組織試験において見出されなかったキナーゼ融合は、しばしば、獲得抵抗性に関連した。したがって、液体生検は、患者の腫瘍における経時的な動的変化を正確に捕捉することができ、標的療法に対する抵抗性を克服する課題を解明することができる。まとめると、これらの結果は、原発性及び再発性腫瘍の両方についてのｃｔＤＮＡプロファイリングの臨床的妥当性を支持する。

【図1A】

【図1B】

【図2A】

【図2B】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7A】

【図7B】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【配列表】

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【国際調査報告】