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特表2024-543736ＨＥＲ２陽性乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法の開発及び検証
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-11-22
(54)【発明の名称】ＨＥＲ２陽性乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法の開発及び検証
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20241115BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20241115BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20241115BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20241115BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6886 Z
A61P35/00
A61K45/00
A61P43/00 111
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024537011
(86)(22)【出願日】2022-12-16
(85)【翻訳文提出日】2024-07-22
(86)【国際出願番号】 EP2022086493
(87)【国際公開番号】W WO2023117807
(87)【国際公開日】2023-06-29
(31)【優先権主張番号】21383165.4
(32)【優先日】2021-12-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524230789
【氏名又は名称】リヴィール ゲノミクス エセ．エレ
(71)【出願人】
【識別番号】523030500
【氏名又は名称】フンダシオ デ レセルカ クリニック バルセロナ－インスティテュート ディンベスティガシオンス ビオメディケス アウグスト ペイ イ スニェー
(71)【出願人】
【識別番号】513295641
【氏名又は名称】ユニベルシタ デ バルセロナ
(71)【出願人】
【識別番号】513295630
【氏名又は名称】ホスピタル クリニック デ バルセロナ
(71)【出願人】
【識別番号】523030522
【氏名又は名称】ウニヴェルシタ デッリ ストゥディ ディ パドヴァ
(74)【代理人】
【識別番号】110000796
【氏名又は名称】弁理士法人三枝国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】プラット アパリシオ アレイシ
(72)【発明者】
【氏名】ブラソ マリスタニー ファラ
(72)【発明者】
【氏名】コンテ ピエルフランコ
(72)【発明者】
【氏名】ディエチ マリア ヴィットーリア
(72)【発明者】
【氏名】グアルネーリ ヴァレンティナ
(72)【発明者】
【氏名】ビジャグラーサ ゴンザレス パトリシア
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
【Ｆターム（参考）】
4B063QA13
4B063QQ02
4B063QQ03
4B063QQ08
4B063QQ53
4B063QX01
4C084AA17
4C084NA05
4C084ZB26
4C084ZC02
4C084ZC41
4C084ZC51
(57)【要約】
本発明は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うバイオマーカーシグネチャーを特定するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、前記バイオマーカーシグネチャーを、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うのに使用することができることを示している、方法。
【請求項2】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うことを示している、請求項１に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項3】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、前記比率は、
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ．前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後良好を示している、請求項１又は２に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項4】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の表７Ａの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後良好を示している、請求項１～３のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項5】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、前記比率は、
ｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ．前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後不良を示している、請求項１又は２に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項6】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の表７Ｂの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後不良を示している、請求項１、２及び５のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項7】
（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定することを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項8】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するバイオマーカーシグネチャーを特定するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、前記バイオマーカーシグネチャーを、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するのに、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するのに使用することができることを示している、方法。
【請求項9】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を示している、請求項８に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項10】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、前記比率は、
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＡＳＰＭと腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＮＥＫ２とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ．前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、請求項８又は９に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項11】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の表９Ａの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、請求項８～１０のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項12】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、前記比率は、
ｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．免疫分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＮＥＫ２と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＡＳＰＭとを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ．前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、請求項８又は９に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項13】
ａ．前記患者から得られた生体サンプル中の表９Ｂの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ．前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと、
を含み、ここで、
ｃ．予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、請求項８、９及び１２のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項14】
（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定することを含む、請求項８～１３のいずれか一項に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項15】
結節状態（ｐＮ１）及び／又は腫瘍病期分類（ｐＴ２～４）を特定することを更に含み、ここで、結節状態Ｎ１～３及び／又は腫瘍状態Ｔ２～４の特定は、予後不良又は前記患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示している、請求項１～１４のいずれか一項に記載のｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項16】
前記患者は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う、請求項１～１５のいずれか一項に記載のｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項17】
前記サンプルは、組織、血液、血清又は血漿から選択される、請求項１～１６のいずれか一項に記載のｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項18】
前記抗ＨＥＲ２療法は、トラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５、又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される薬物である、請求項１～１７のいずれか一項に記載のｉｎ ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項19】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うバイオマーカーシグネチャーを特定するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項20】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項21】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９又は２０に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、ＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択され、かつ前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項22】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の表７Ａの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項23】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９又は２０に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択され、かつ前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項24】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９又は２０及び２３のいずれか一項に記載の表７Ｂの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項25】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、請求項１９～２４のいずれか一項に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項26】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するバイオマーカーシグネチャーを特定するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項27】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項28】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６又は２７に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖に含まれるＡＳＰＭであり、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるＮＥＫ２であり、前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項29】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の表９Ａの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項30】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６又は２７に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖に含まれるＮＥＫ２であり、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるＡＳＰＭであり、前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項31】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６又は２７及び請求項３０のいずれか一項に記載の表９Ｂの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項32】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、請求項２６～３１のいずれか一項に記載の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【請求項33】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の治療において使用される、任意に薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物であって、前記方法は、請求項８～１８のいずれか一項に記載の方法に従うことによって、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測すること、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類することを含む、抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物。
【請求項34】
前記抗ＨＥＲ２療法薬は、任意にトラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５、又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される、請求項３３に記載のＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の治療において使用される、任意に薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、医療分野に関する。特に、本発明は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。
【背景技術】
【0002】
ＨＥＲ２陽性乳癌は、かなりの割合の死亡の原因となっている。早期には（ネオ）アジュバント化学療法及びトラスツズマブ（ホルモン受容体陽性疾患では内分泌療法を追加）が生存の大幅な延長を一貫して示している。しかしながら、ＨＥＲ２陽性疾患には臨床的及び生物学的な大きな異質性が存在し、これが患者の予後及び治療効果に影響を及ぼす。
【0003】
早期ＨＥＲ２陽性乳癌における全身療法を段階的に拡大又は縮小して生存転帰及び生活の質を改善する戦略、例えばネオアジュバント療法後に病理学的完全奏効（ｐＣＲ）が達成されなかった患者において、化学療法のサイクル数及びトラスツズマブの期間を減らすか、ペルツズマブ若しくはネラチニブによるＨＥＲ２遮断を増大させるか、又は抗ＨＥＲ２療法をトラスツズマブエムタンシンに切り替えることが検討されてきた。これらの進展にもかかわらず、早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う殆どの患者は化学療法及びトラスツズマブ単独で療治される。
【0004】
早期ＨＥＲ２陽性乳癌における患者の予後及び／又は治療奏効には、腫瘍量以外に幾つかの可変要素が関連している。例えば、間質性腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）のパーセンテージ、ホルモン受容体状態、及び乳癌の内因性分子サブタイプは全て奏効及び／又は生存と関連付けられている。しかしながら、今日では、全身療法の段階的な拡大又は縮小に関する決定は、腫瘍サイズ、結節状態、ホルモン受容体の発現、及びネオアジュバント療法に対する奏効（すなわち、ｐＣＲか否か）に基づいて行われる。したがって、これらの多数の可変要素を一つにまとめて早期ＨＥＲ２陽性乳癌における療法を導く助けとなるツールが求められており、いずれかの単一の特徴よりも優れた性能を発揮することとなる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
２０２０年に、本発明者らは、腫瘍サイズ及び結節病期分類、ＴＩＬ、内因性分子サブタイプ、並びに１３種の個々の遺伝子の発現を含む情報を統合した早期ＨＥＲ２陽性乳癌における多変量予後スコアを構築するＨＥＲ２ＤＸを報告したが、本発明は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効の予測、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの予測生存利益を改善するのに使用することができる新しいシグネチャーを検証することを目的としている。
【課題を解決するための手段】
【0006】
上記説明のように、本発明は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法に関する。特に、本発明の発明者らは、最大２７種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）の遺伝子発現を、任意に臨床的特徴と組み合わせて使用して、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、又は抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するＨＥＲ２ＤＸアッセイと呼ばれる改良したアッセイを開発した。これは、本発明の文脈において、上記で特定された２７種の遺伝子のいずれか、好ましくは２種から２７種の間の遺伝子を含むあらゆる組合せを使用して、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測することができることを意味する。
【0007】
一方、抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測するには、最大４種の遺伝子（ＣＤ８６、ＦＧＦＲ２、ＥＲＢＢ３、及び／又はＦＡ２Ｈ）の遺伝子発現が使用される。これは、本発明の文脈において、上記で特定された４種の遺伝子のいずれか、好ましくは２種から４種の間の遺伝子を含むあらゆる組合せを使用して、抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、及び／又は抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測することができることを意味する。
【0008】
好ましい実施の形態において、ＨＥＲ２ＤＸ教師あり学習アルゴリズムに含まれる２７種の遺伝子変数を、免疫浸潤、腫瘍細胞増殖、管腔分化、及びＨＥＲ２アンプリコンの発現を追跡する４つの遺伝子発現シグネチャーに分割し、単一のスコアが生成される。４つの遺伝子発現シグネチャーは以下の通りである：
【0009】
ＨＥＲ２ＤＸリスクスコア（ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行う）：
免疫シグネチャー（ＩＧＧ）（１４種の遺伝子）：（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）。
腫瘍細胞増殖シグネチャー（ＰＲＯＬＩＦ）（４種の遺伝子）：（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）。
管腔分化シグネチャー（ＬＵＭ）（５種の遺伝子）：（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）。
ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ＨＥＲ２）（４種の遺伝子）：（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）。
免疫シグネチャー（ＩＧＧ）（１４種の遺伝子）：（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）。
腫瘍細胞増殖シグネチャー（ＰＲＯＬＩＦ）（４種の遺伝子）：（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）。
管腔分化シグネチャー（ＬＵＭ）（５種の遺伝子）：（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）。
ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ＨＥＲ２）（４種の遺伝子）：（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）。
【0010】
ＨＥＲ２ＤＸ予後リスクスコア完全モデルの係数は次の通りである：ＬＵＭ：－０．０８７、ＰＲＯＬＩＦ：０．１２９、ＨＥＲ２：０．００、ＩＧＧ：－０．３２８、Ｔ期（Ｔ１対Ｔ２～４）：０対０．４３１、Ｎ期（Ｎ０対Ｎ１）：０対１．１５１、Ｎ期（Ｎ０対Ｎ２～３）：０対１．５８。
【0011】
ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコア（抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する）：
免疫シグネチャー（ＩＧＧ）（１４種の遺伝子）：（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）。
腫瘍細胞増殖シグネチャー（ＰＲＯＬＩＦ）（４種の遺伝子）：（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）。
管腔分化シグネチャー（ＬＵＭ）（５種の遺伝子）：（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）。
ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ＨＥＲ２）（４種の遺伝子）：（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）。
免疫シグネチャー（ＩＧＧ）（１４種の遺伝子）：（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）。
腫瘍細胞増殖シグネチャー（ＰＲＯＬＩＦ）（４種の遺伝子）：（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）。
管腔分化シグネチャー（ＬＵＭ）（５種の遺伝子）：（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）。
ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ＨＥＲ２）（４種の遺伝子）：（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）。
【0012】
ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアモデルの係数は次の通りである：ＬＵＭ：－０．３６５。ＰＲＯＬＩＦ：０．３７４。ＨＥＲ２：０．２１５。ＩＧＧ：０．１８４。Ｔ期（Ｔ１対Ｔ２～４）：０対－０．６３０。Ｎ期（Ｎ０対Ｎ１～３）：０対－０．２５１。
【0013】
これらのシグネチャーを検証するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ試験からの４３４例のＨＥＲ２＋腫瘍を使用して予後リスクモデルを訓練し、独立したコホートからの２６８例の症例を使用してＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの精度を検証した。さらに、抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント化学療法で治療された１１６例の症例を使用して、病理学的完全奏効（ｐＣＲ）の予測モデルを訓練し、９１例及び６７例の症例の２つの独立したコホートを使用して、ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの精度を検証した。
【0014】
ＨＥＲ２ＤＸ変数は、転帰良好（すなわち、免疫及び管腔）及び転帰不良（すなわち、増殖、並びに腫瘍及び結節の病期分類）と関連していた。独立したコホートにおいて、連続的なＨＥＲ２ＤＸリスクスコアは無病生存期間（ＤＦＳ）と有意に関連しており（ｐ＝０．００２）、低リスク群における５年ＤＦＳは９５．３％（９２．４％～９８．２％）であった。ネオアジュバントｐＣＲ予測因子訓練コホートについては、ＨＥＲ２ＤＸ変数はｐＣＲ（すなわち、免疫、増殖、及びＨＥＲ２アンプリコン）及び非ｐＣＲ（すなわち、管腔、並びに腫瘍及び結節の病期分類）と関連していた。両方の独立したテストセットコホートにおいて、連続的なＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアはｐＣＲと有意に関連していた（ｐ＜０．０００１）。２つのＨＥＲ２ＤＸスコアの間には弱い負の相関が見られた（相関係数－０．１９）。
【0015】
２つのＨＥＲ２ＤＸ試験により、早期ＨＥＲ２陽性乳癌における再発リスク及びｐＣＲ達成確率の正確な推定がもたらされる。したがって、結論として、ＨＥＲ２ＤＸは、早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う患者についての臨床使用を目的とした２７種の遺伝子発現及び臨床特徴に基づく新規の分類器である。このアッセイにより、任意に臨床データと腫瘍関連生物学及び免疫関連生物学を捉えるゲノムデータとが統合され、２つの異なる臨床エンドポイント、すなわち長期生存期間及びｐＣＲ達成確率が予測される。本発明者らは、多数のデータセットを使用する生存期間用のアッセイ及びｐＣＲ予測用のアッセイの２つの新規のアッセイを検証し、こうして高い水準の技術的及び臨床的な検証がもたらされる。興味深いことに、ＨＥＲ２ＤＸリスクスコア及びＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアは補完的な情報を提供することから、奏効及び生存期間の両方の予測の使用を通じて療法をより良好に導く機会が与えられる。
【0016】
好ましい実施の形態において、２７種の遺伝子のうち２３種（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を使用して、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行い、２７種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を使用して、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類した。
【0017】
そのため、本発明の第１の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から２３種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、
ａ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示しており、及び／又は、
ｂ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後不良を示しており、及び／又は、
ｃ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示している、方法に関する。
ａ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示しており、及び／又は、
ｂ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後不良を示しており、及び／又は、
ｃ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示している、方法に関する。
【0018】
本発明の第２の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示している、方法に関する。
【0019】
本発明の第３の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後不良を示している、方法に関する。
【0020】
本発明の第４の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が予後良好を示している、方法に関する。
【0021】
本発明の第４の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から２７種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、
ａ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｂ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｃ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｄ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
ａ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｂ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｃ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示しており、及び／又は、
ｄ．予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
【0022】
本発明の第５の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、患者から得られた生体サンプル中の予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
【0023】
本発明の第６の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
【0024】
本発明の第７の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
【0025】
本発明の第８の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測し、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの発現レベルを測定することを含み、予め確立された参照発現レベルに対する（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の上記遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、患者が抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者であることを示している、方法に関する。
【0026】
本発明の第９の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から２３種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0027】
本発明の第１０の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0028】
本発明の第１１の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0029】
本発明の第１２の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0030】
本発明の第１３の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から２７種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0031】
本発明の第１４の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から１４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0032】
本発明の第１５の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0033】
本発明の第１６の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から５種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0034】
本発明の第１７の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せのｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0035】
好ましい実施の形態においては、本発明は、結節状態（ｐＮ１）及び／又は腫瘍病期分類（ｐＴ２～４）を特定することを更に含み、ここで、結節状態Ｎ１～３及び／又は腫瘍状態Ｔ２～４の特定は、予後不良又は患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示している。
【0036】
好ましい実施の形態においては、患者はＨＥＲ２＋乳癌を患う。
【0037】
好ましい実施の形態においては、サンプルは組織、血液、血清又は血漿から選択される。
【0038】
好ましい実施の形態においては、抗ＨＥＲ２療法はトラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される薬物である。
【0039】
本発明の第１８の実施の形態は、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群、又は２種から２３種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せ、好ましくは（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）、（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）、又は（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定する試薬を含むキットに関する。
【0040】
本発明の第１９の実施の形態は、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群、又は２種から２７種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せ、好ましくは（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）、又は（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）、又は（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及び／又はＥＳＲ１）、又は（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定する試薬を含むキットに関する。
【0041】
本発明の第２０の実施の形態は、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の治療において使用される、任意に薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む、抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物であって、患者が予め確立された閾値と比較して（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及び／又はＴＮＦＲＳＦ１７）、又は（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及び／又はＫＩＦ２３）、又は（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及び／又はＴＣＡＰ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子の統計的により高い発現レベルを示すことを特徴とするため、この患者はレスポンダー患者として分類されており、ここで、抗ＨＥＲ２療法薬は、任意にトラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５、又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される、抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物に関する。この意味で、本発明は、上記の方法のいずれかに従って患者が事前にレスポンダー患者として分類されたら治療上有効な用量又は量の抗ＨＥＲ２化合物を投与することを含む、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者を治療する方法にも関する。
【0042】
本発明の第２１の実施の形態は、抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の抗ＨＥＲ２療法からの生存利益を予測するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ８６、ＦＧＦＲ２、ＥＲＢＢ３、及び／又はＦＡ２Ｈ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルを測定することを含み、ここで、予め確立された参照発現レベルに対する（ＣＤ８６、ＦＧＦＲ２、ＥＲＢＢ３、及び／又はＦＡ２Ｈ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子、又は２種から４種の間の遺伝子を含むそれらのあらゆる組合せの統計的に有意な過剰発現が、抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の生存利益を示している、方法に関する。
【0043】
本発明の第２２の実施の形態は、抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の生存利益を予測するための、（ＣＤ８６、ＦＧＦＲ２、ＥＲＢＢ３、及び／又はＦＡ２Ｈ）を含む群から選択される少なくとも１種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用に関する。
【0044】
本発明の第２３の実施の形態は、（ＣＤ８６、ＦＧＦＲ２、ＥＲＢＢ３、及び／又はＦＡ２Ｈ）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定する試薬を含むキットに関する。
【0045】
特に、本発明の方法は最大２３種又は最大２７種の遺伝子を要するが、本発明は、管腔、増殖、及び免疫経路を追跡する少なくとも２種の遺伝子の組合せが早期ＨＥＲ２＋乳癌における予後因子であること（実施例２．６）、並びに管腔、ＨＥＲ２アンプリコン、増殖、及び免疫シグネチャーを追跡する少なくとも２種の遺伝子の組合せが病理学的完全奏効（ｐＣＲ）の予測因子であること（実施例２．７）を示す強力なデータを提供していることを考慮することが重要である。したがって、好ましい実施の形態において、本発明はまた以下のことに関する。
【0046】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うバイオマーカーシグネチャーを特定するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、前記バイオマーカーシグネチャーを、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うのに使用することができることを示している、方法。
【0047】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うことを示している、方法。
【0048】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、前記比率は、
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後良好を示している、方法。
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後良好を示している、方法。
【0049】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の表７Ａの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後良好を示している、方法。
【0050】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、前記比率は、
ｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後不良を示している、方法。
ｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後不良を示している、方法。
【0051】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の表７Ｂの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、予後不良を示している、方法。
【0052】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定することを含む、方法。
【0053】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するバイオマーカーシグネチャーを特定するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、前記バイオマーカーシグネチャーを、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するのに、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するのに使用することができることを示している、方法。
【0054】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、これは、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を示している、方法。
【0055】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、前記比率は、
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＡＳＰＭと腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＮＥＫ２とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、方法。
ｉ．免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＡＳＰＭと腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＮＥＫ２とを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、方法。
【0056】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の表９Ａの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと
を含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、方法。
を含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ることを示している、方法。
【0057】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることとを含み、ここで、前記比率は、
ｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．免疫分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＮＥＫ２と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＡＳＰＭとを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、方法。
ｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｉｉ．免疫分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｉｖ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖ．管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉ．ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択される免疫シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉ．ＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子とＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択される管腔分化シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子とを組み合わせること、又は、
ｖｉｉｉ．腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる１つ目の遺伝子ＮＥＫ２と腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれる２つ目の遺伝子ＡＳＰＭとを組み合わせること、
によって計算され、ここで、
ｃ）前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含み、かつ、
ｄ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、方法。
【0058】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、ａ）前記患者から得られた生体サンプル中の表９Ｂの遺伝子の組合せから選択された少なくとも２種の遺伝子の発現レベルを測定することと、ｂ）前記２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコア値を求めることと
を含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、方法。
を含み、ここで、ｃ）予め確立された参照値と比較して前記組合せスコア値の偏差が特定された場合、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者が抗ＨＥＲ２療法に対して奏効を示し得ないことを示している、方法。
【0059】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するｉｎ ｖｉｔｒｏ方法であって、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群の発現レベルを測定することを含む、方法。
【0060】
好ましい実施の形態において、本方法は、結節状態（ｐＮ１）及び／又は腫瘍病期分類（ｐＴ２～４）を特定することを更に含み、ここで、結節状態Ｎ１～３及び／又は腫瘍状態Ｔ２～４の特定は、予後不良又は前記患者が抗ＨＥＲ２療法に対するノンレスポンダー患者であることを示している。
【0061】
好ましい実施の形態において、患者はＨＥＲ２＋乳癌を患う。
【0062】
好ましい実施の形態において、サンプルは組織、血液、血清又は血漿から選択される。
【0063】
好ましい実施の形態において、抗ＨＥＲ２療法はトラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される薬物である。
【0064】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うバイオマーカーシグネチャーを特定するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0065】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0066】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、ＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択され、かつ前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0067】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、表７Ａの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0068】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＣＤ２７、ＣＸＣＬ８、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、若しくはＰＯＵ２ＡＦ１からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＣＤ７９Ａ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＩＬ２ＲＧ、ＰＩＭ２、若しくはＩＧＬからなる群より選択され、かつ前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、かつ前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0069】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、表７Ｂの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0070】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の予後診断を行うための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）のみからなる遺伝子の群のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0071】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測する又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するバイオマーカーシグネチャーを特定するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0072】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0073】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖に含まれるＡＳＰＭであり、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるＮＥＫ２であり、前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0074】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、表９Ａの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0075】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）からなる群より選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用であって、１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、かつ２つ目の遺伝子がＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーに含まれるか、又は１つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ２７、ＩＧＪ、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、若しくはＴＮＦＲＳＦ１７からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が免疫シグネチャーに含まれ、これはＩＧＫＣ、ＩＧＬ、若しくはＬＡＸ１からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＥＳＲ１若しくはＡＧＲ３からなる群より選択され、かつ２つ目の遺伝子が管腔分化シグネチャーに含まれ、これはＡＦＦ３、ＢＣＬ２、若しくはＤＮＡＪＣ１２からなる群より選択されるか、又は１つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖に含まれるＮＥＫ２であり、かつ２つ目の遺伝子が腫瘍細胞増殖シグネチャーに含まれるＡＳＰＭであり、前記免疫シグネチャーは、遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、又はＴＮＦＲＳＦ１７）を含み、前記腫瘍細胞増殖シグネチャーは、遺伝子（ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、又はＫＩＦ２３）を含み、前記管腔分化シグネチャーは、遺伝子（ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、又はＥＳＲ１）を含み、かつ前記ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーは、遺伝子（ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、又はＴＣＡＰ）を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0076】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、表９Ｂの遺伝子の組合せから選択される少なくとも２種の遺伝子のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0077】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測するための、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類するための、（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）のみからなる遺伝子の群のｉｎ ｖｉｔｒｏ使用。
【0078】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の治療において使用される、任意に薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物であって、前記方法は、本発明の方法に従うことによって、前記ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者における抗ＨＥＲ２療法に対する奏効を予測すること、又は患者を抗ＨＥＲ２療法に対するレスポンダー患者若しくはノンレスポンダー患者に分類することを含む、抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物。
【0079】
ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者の治療において使用される、任意に薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物であって、前記抗ＨＥＲ２療法薬は、任意にトラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ピロチニブ、ポジオチニブ、ツカチニブ、ネラチニブ、トラスツズマブデルクステカン、ＳＹＤ９８５、又はａｄｏ－トラスツズマブエムタンシンから選択される、抗ＨＥＲ２療法薬又はそれを含む任意の医薬組成物。
【0080】
本発明はまた、ＨＥＲ２＋乳癌を患う患者に由来する試験サンプル中のバイオマーカーシグネチャーを検出する方法であって、ａ）試験サンプルとバイオマーカーに特異的な試薬とを接触させることと、ｂ）バイオマーカーを増幅させて、試験サンプル中に増幅産物を生成することと、ｃ）試験サンプル中の増幅産物のレベルを決定することによってレベルを測定することとを含む、方法に関する。
【0081】
好ましい実施の形態においては、本発明は、処理ユニット（ハードウェア）及びソフトウェアが、ａ）上記のバイオマーカー又はシグネチャーのいずれかの発現レベル値を受信し、ｂ）受信した発現レベル値を処理し、実質的な変動又は偏差を見つけ、かつｃ）発現レベルの変動又は偏差を端末表示を通して出力するように構成される、コンピュータにより実行される発明である。
【0082】
好ましい実施の形態においては、本発明の方法は、例えばＣＴスキャン、超音波、及び／又はマンモグラフィーによって腫瘍病期及び／又は結節状態を決定又は測定することを更に含む。
【0083】
本発明の目的上、以下の用語を定義する：
「予め確立された参照値」という用語は、本発明に記載されるバイオマーカーのレベルに言及する場合、患者において観察された５つのハウスキーピング遺伝子、すなわちＧＡＰＤ、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０及びＰＳＭＣ４の幾何平均レベルを指す。「参照」値は、閾値又はカットオフ値であり得る。通例、「閾値」又は「カットオフ値」は実験的、経験的又は理論的に決定することができる。閾値は、当業者には認識されるように、既存の実験条件及び／又は臨床条件に基づいて任意に選択することもできる。試験の機能及びベネフィット／リスクバランス（偽陽性及び偽陰性の臨床的帰結）に応じて最適な感度及び特異度を得るために閾値を決定する必要がある。通例、最適な感度及び特異度（ひいては閾値）は、実験データに基づく受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を用いて決定することができる。
「変動又は偏差」という用語は、予め確立された参照値を上回るか又は下回る値を指す。
「含む」という用語は、「含む」という単語の前の任意のものを限定せずに含むことを意味する。このため、「含む」という用語の使用は、列挙される要素が必要又は必須であるが、他の要素が任意であり、存在しても又は存在しなくてもよいことを示す。
「のみからなる」とは、「のみからなる」という表現の前の任意のものを限定して含むことを意味する。このため、「のみからなる」という表現は列挙される要素が必要又は必須であり、他の要素が存在し得ないことを示す。
「薬学的に許容可能な賦形剤又は担体」は、本発明の組成物に任意に含まれることができ、患者に対して重大な有害毒性効果を引き起こさない賦形剤を指す。
組成物の「治療上有効な用量又は量」とは、本明細書に記載のように投与された場合に、ＨＥＲ２＋乳癌を有する被験体において正の治療反応をもたらす量を意図している。必要とされる正確な量は、被験体の年齢及び全身状態、治療される病態の重症度、投与方法等に応じ、被験体によって異なる。当業者は、任意の個々の場合における適切な「有効」量を本明細書に提供される情報に基づき、日常実験を用いて決定することができる。
「予め確立された参照値」という用語は、本発明に記載されるバイオマーカーのレベルに言及する場合、患者において観察された５つのハウスキーピング遺伝子、すなわちＧＡＰＤ、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０及びＰＳＭＣ４の幾何平均レベルを指す。「参照」値は、閾値又はカットオフ値であり得る。通例、「閾値」又は「カットオフ値」は実験的、経験的又は理論的に決定することができる。閾値は、当業者には認識されるように、既存の実験条件及び／又は臨床条件に基づいて任意に選択することもできる。試験の機能及びベネフィット／リスクバランス（偽陽性及び偽陰性の臨床的帰結）に応じて最適な感度及び特異度を得るために閾値を決定する必要がある。通例、最適な感度及び特異度（ひいては閾値）は、実験データに基づく受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を用いて決定することができる。
「変動又は偏差」という用語は、予め確立された参照値を上回るか又は下回る値を指す。
「含む」という用語は、「含む」という単語の前の任意のものを限定せずに含むことを意味する。このため、「含む」という用語の使用は、列挙される要素が必要又は必須であるが、他の要素が任意であり、存在しても又は存在しなくてもよいことを示す。
「のみからなる」とは、「のみからなる」という表現の前の任意のものを限定して含むことを意味する。このため、「のみからなる」という表現は列挙される要素が必要又は必須であり、他の要素が存在し得ないことを示す。
「薬学的に許容可能な賦形剤又は担体」は、本発明の組成物に任意に含まれることができ、患者に対して重大な有害毒性効果を引き起こさない賦形剤を指す。
組成物の「治療上有効な用量又は量」とは、本明細書に記載のように投与された場合に、ＨＥＲ２＋乳癌を有する被験体において正の治療反応をもたらす量を意図している。必要とされる正確な量は、被験体の年齢及び全身状態、治療される病態の重症度、投与方法等に応じ、被験体によって異なる。当業者は、任意の個々の場合における適切な「有効」量を本明細書に提供される情報に基づき、日常実験を用いて決定することができる。
【図面の簡単な説明】
【0084】
【図1】ＨＥＲ２ＤＸの開発及び検証中に評価された様々な患者コホートの概要を示す図である。
【図2】早期ＨＥＲ２陽性乳癌におけるＨＥＲ２ＤＸ低リスク群及びＨＥＲ２ＤＸ高リスク群の生存転帰を示す図である。（Ａ）Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセットにおけるＤＲＦＳ、（Ｂ）Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセットにおけるＤＦＳ、（Ｃ）Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセットにおけるＯＳ、（Ｄ）独立した組み合わされた検証データセットにおけるＤＦＳ。
【図3】ＨＥＲ２ＤＸアッセイに含まれる変数の概要及び各臨床エンドポイントとの関連性を示す図である。
【図4】ＣＤ８６発現及び治療アームに基づく生存曲線を示す図である。低ＣＤ８６発現及び高ＣＤ８６発現は中央値によって定義される。時間は月数によって定義される。ＤＭＦＳ９６は９６ヶ月の無遠隔転移生存期間である。
【図5】５つのデータセット全体にわたる生存転帰と有意に関連する組合せスコア（２遺伝子組合せスコア）の数を表すベン図である。
【図6】３つのデータセットにおけるｐＣＲと有意に関連する組合せスコア（２遺伝子組合せスコア）の数を表すベン図である。
【発明を実施するための形態】
【0085】
本発明は、下記の実施例によって説明されるが、保護範囲を限定することは意図されない。
【実施例】
【0086】
実施例１．材料及び方法
実施例１．１．研究設計及び参加者
評価された全てのコホートの概要を図１に示す。Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲは、研究者主導の無作為化多施設第３相研究であり、９週間対１年間の化学療法と併用したアジュバントトラスツズマブの非劣性を評定することを目的にした。簡潔に述べると、アジュバント化学療法に適した、ＨＥＲ２＋乳癌を手術で摘出した１８歳～７５歳の女性が対象であった。女性はリンパ節転移陽性である必要があり、又はリンパ節転移陰性の場合は、以下の特徴：２ｃｍを超える腫瘍サイズ、グレード３、リンパ管浸潤の存在、Ｋｉ６７＞２０％、年齢３５歳以下若しくはホルモン受容体陰性の少なくとも１つを有する必要があった。ステージＩＩＩＢ／ＩＶ疾患の患者は対象外であった。２００７年１２月１７日から２０１３年１０月６日まで、パフォーマンスステータスが０又は１の合計１２５４人の患者をアームＡ又はアームＢに無作為に割り付けた。アームＡ（長期）の化学療法は、アドリアマイシン６０ｍｇ／ｍ２＋シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２又はエピルビシン９０ｍｇ／ｍ２＋シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに４コース、続いてパクリタキセル１７５ｍｇ／ｍ２又はドセタキセル１００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに４コースからなるものであった。トラスツズマブを最初のタキサン投与から開始して３週間おきに１８回投与した。アームＢ（短期）の化学療法は、ドセタキセル１００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに３コース、続いて５－フルオロウラシル６００ｍｇ／ｍ２、エピルビシン６０ｍｇ／ｍ２、シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに３コースからなるものであった。トラスツズマブはドセタキセルと同時に開始し、９週間にわたって毎週投与した。適応があれば、放射線療法及びホルモン療法を現地の標準に従って行った。追跡期間中央値は、９８．４ヶ月であった。
実施例１．１．研究設計及び参加者
評価された全てのコホートの概要を図１に示す。Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲは、研究者主導の無作為化多施設第３相研究であり、９週間対１年間の化学療法と併用したアジュバントトラスツズマブの非劣性を評定することを目的にした。簡潔に述べると、アジュバント化学療法に適した、ＨＥＲ２＋乳癌を手術で摘出した１８歳～７５歳の女性が対象であった。女性はリンパ節転移陽性である必要があり、又はリンパ節転移陰性の場合は、以下の特徴：２ｃｍを超える腫瘍サイズ、グレード３、リンパ管浸潤の存在、Ｋｉ６７＞２０％、年齢３５歳以下若しくはホルモン受容体陰性の少なくとも１つを有する必要があった。ステージＩＩＩＢ／ＩＶ疾患の患者は対象外であった。２００７年１２月１７日から２０１３年１０月６日まで、パフォーマンスステータスが０又は１の合計１２５４人の患者をアームＡ又はアームＢに無作為に割り付けた。アームＡ（長期）の化学療法は、アドリアマイシン６０ｍｇ／ｍ２＋シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２又はエピルビシン９０ｍｇ／ｍ２＋シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに４コース、続いてパクリタキセル１７５ｍｇ／ｍ２又はドセタキセル１００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに４コースからなるものであった。トラスツズマブを最初のタキサン投与から開始して３週間おきに１８回投与した。アームＢ（短期）の化学療法は、ドセタキセル１００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに３コース、続いて５－フルオロウラシル６００ｍｇ／ｍ２、エピルビシン６０ｍｇ／ｍ２、シクロフォスファミド６００ｍｇ／ｍ２を３週間おきに３コースからなるものであった。トラスツズマブはドセタキセルと同時に開始し、９週間にわたって毎週投与した。適応があれば、放射線療法及びホルモン療法を現地の標準に従って行った。追跡期間中央値は、９８．４ヶ月であった。
【0087】
ＰＡＭＥＬＡは、２０１３年１０月２２日から２０１５年１１月３０日までの非盲検単群第２相試験であり、手術時にｐＣＲを予測するＰＡＭ５０ ＨＥＲ２過剰発現サブタイプの能力を目的にした。ステージＩ～ＩＩＩＡのＨＥＲ２＋疾患を有し、パフォーマンスステータスが０又は１の患者にラパチニブ（１日に１０００ｍｇ）及びトラスツズマブを１８週間与え、ホルモン受容体陽性患者には、閉経状況に応じてレトロゾール（１日に２．５ｍｇ）又はタモキシフェン（１日に２０ｍｇ）を付加的に与えた。術後の治療は、担当医の判断に委ねた。追跡期間中央値は、６８．１ヶ月であった。
【0088】
病院クリニックコホート及びパドヴァ大学ＨＥＲ２陽性コホートは、標準的技法に従って、２００５年６月２８日から２０２０年９月２６日まで（病院クリニック）及び２００９年２月２３日から２０１６年５月２６日まで（パドヴァ大学コホート）、トラスツズマブベースのネオアジュバント多剤化学療法で３ヶ月～６ヶ月治療し、続いて手術を行った早期ＨＥＲ２＋乳癌を有し、パフォーマンスステータスが０又は１の患者の連続シリーズである。アジュバント治療は、最大１年間のトラスツズマブによって遂行し、ホルモン受容体陽性腫瘍を有する患者では最低５年間のホルモン療法によって遂行した。放射線療法は、現地のガイドラインに従って行った。病院クリニックコホート及びパドヴァ大学コホートの追跡期間中央値は、それぞれ４３．１ヶ月及び４９．９ヶ月であった。
【0089】
ＨＥＲ２陽性早期乳癌を伴う患者からの臨床データ及び生存転帰を含む公的に利用可能な３つの遺伝子発現に基づくデータセットを探索した。癌ゲノムアトラス（The Cancer Genome Atlas）（ＴＣＧＡ）データセット及びＭＥＴＡＢＲＩＣデータセットからの全てのデータをｃｂｉｏｐｏｒｔａｌウェブページから取得した。ＳＣＡＮ－ＢデータセットからのデータをＧＥＯからアクセッション番号ＧＳＥ８１５４０として取得した。ＴＣＧＡ及びＳＣＡＮ－Ｂからの遺伝子発現データはＲＮＡシーケンシングに基づくものであり、一方で、ＭＥＴＡＢＲＩＣからの遺伝子発現データはマイクロアレイに基づくものである。ＭＥＴＡＢＲＩＣにおける患者は抗ＨＥＲ２療法を受けていなかったが、これらのデータセットからは局所領域療法及び全身療法の種類に関する明確な情報を入手することはできない。
【0090】
最後に、病院クリニック及びＳＯＬＴＩ－１８０５ ＴＯＴ－ＨＥＲ３試験、すなわち治療機会試験から新たにＨＥＲ２陰性乳癌と診断された連続した患者の２つのコホートを含めた。ベースラインの治療前腫瘍のみを分析した。追跡期間はなかった。
【0091】
研究は、医薬品の臨床試験の実施の基準のガイドライン（Good Clinical Practice guidelines）及び世界医師会ヘルシンキ宣言に準拠して行った。研究の承認は、独立倫理委員会から得られた。
【0092】
実施例１．２．腫瘍サンプル手順
ＩＤＩＢＡＰＳのＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｉｅｓ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓにおいて、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ、ＰＡＭＥＬＡ、パドヴァ大学コホート及びバルセロナ病院クリニックコホートからの腫瘍サンプルに対して遺伝子発現アッセイを行った。最低約１２５ｎｇの全ＲＮＡを使用して、１８５種の乳癌関連遺伝子及び５種のハウスキーピング遺伝子（ＧＡＰＤ、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、及びＰＳＭＣ４）の発現をｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォーム（Nanostring Technologies、米国、シアトル）を使用して測定した。最後に、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲにおけるＴＩＬを単一のヘマトキシリン－エオシン染色スライド上で評定し、間質ＴＩＬを所定の基準に従ってスコアリングした。
ＩＤＩＢＡＰＳのＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｉｅｓ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓにおいて、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ、ＰＡＭＥＬＡ、パドヴァ大学コホート及びバルセロナ病院クリニックコホートからの腫瘍サンプルに対して遺伝子発現アッセイを行った。最低約１２５ｎｇの全ＲＮＡを使用して、１８５種の乳癌関連遺伝子及び５種のハウスキーピング遺伝子（ＧＡＰＤ、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、及びＰＳＭＣ４）の発現をｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォーム（Nanostring Technologies、米国、シアトル）を使用して測定した。最後に、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲにおけるＴＩＬを単一のヘマトキシリン－エオシン染色スライド上で評定し、間質ＴＩＬを所定の基準に従ってスコアリングした。
【0093】
実施例１．３．ＨＥＲ２ＤＸ遺伝子シグネチャー
ＨＥＲ２ＤＸは、免疫浸潤、腫瘍細胞増殖、管腔分化、及びＨＥＲ２アンプリコンの発現を含む様々な生物学的プロセスを捉える２７種の遺伝子を含む４つの異なる遺伝子シグネチャーに基づいている。ＨＥＲ２ＤＸ用に選択された免疫シグネチャーは、以前にヒト乳房腫瘍の教師なしクラスタリングによって特定された１４遺伝子免疫グロブリン（ＩＧＧ）モジュール（すなわち、ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及びＴＮＦＲＳＦ１７）であった。ＩＧＧシグネチャーは、患者がアジュバント全身療法を受けていない大規模な乳癌データセットにおいて強力な独立した予後値を以前に示していた。他の３つの遺伝子シグネチャーは、１８５種の乳癌関連遺伝子からのデータを使用したＳｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性データセットの教師なしクラスタリングから特定された。選択された遺伝子は相関性の高い遺伝子クラスター（０．８０を超える相関係数）から得られ、腫瘍細胞増殖シグネチャーには４種の遺伝子（すなわち、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及びＫＩＦ２３）が含まれ、管腔分化シグネチャーには５種の遺伝子（すなわち、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）が含まれ、ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーには１７ｑ１１－１２染色体に位置する４種の遺伝子（すなわち、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）が含まれる。各シグネチャーについて、各患者ごとに平均遺伝子発現を計算した。
ＨＥＲ２ＤＸは、免疫浸潤、腫瘍細胞増殖、管腔分化、及びＨＥＲ２アンプリコンの発現を含む様々な生物学的プロセスを捉える２７種の遺伝子を含む４つの異なる遺伝子シグネチャーに基づいている。ＨＥＲ２ＤＸ用に選択された免疫シグネチャーは、以前にヒト乳房腫瘍の教師なしクラスタリングによって特定された１４遺伝子免疫グロブリン（ＩＧＧ）モジュール（すなわち、ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、及びＴＮＦＲＳＦ１７）であった。ＩＧＧシグネチャーは、患者がアジュバント全身療法を受けていない大規模な乳癌データセットにおいて強力な独立した予後値を以前に示していた。他の３つの遺伝子シグネチャーは、１８５種の乳癌関連遺伝子からのデータを使用したＳｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性データセットの教師なしクラスタリングから特定された。選択された遺伝子は相関性の高い遺伝子クラスター（０．８０を超える相関係数）から得られ、腫瘍細胞増殖シグネチャーには４種の遺伝子（すなわち、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、及びＫＩＦ２３）が含まれ、管腔分化シグネチャーには５種の遺伝子（すなわち、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）が含まれ、ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャーには１７ｑ１１－１２染色体に位置する４種の遺伝子（すなわち、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）が含まれる。各シグネチャーについて、各患者ごとに平均遺伝子発現を計算した。
【0094】
実施例１．４．転帰
この研究の共主要目的は、予後リスクスコア及びｐＣＲ確率スコアという２つの独立して訓練されたＨＥＲ２ＤＸスコアを導出し、検証することであった。予後訓練データセット（すなわち、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ）において、生存期間エンドポイントは、無作為化から遠隔再発又は再発前死亡までの間の時間として計算されたＤＲＦＳであった。検証予後データセットにおいては、データの利用可能性のため、生存期間エンドポイントは、無作為化から次の事象のいずれか、すなわち、局所再発、領域再発、及び遠隔再発、上皮内癌を除く対側乳癌、その他の二次浸潤性原発癌、再発前又は二次原発癌前の死亡のいずれか早い方までの間の時間として計算されたＤＦＳであった。全てのネオアジュバントデータセットにおいて、手術時のｐＣＲは乳房及び腋窩に浸潤性腫瘍細胞が存在しないものと定義された。
この研究の共主要目的は、予後リスクスコア及びｐＣＲ確率スコアという２つの独立して訓練されたＨＥＲ２ＤＸスコアを導出し、検証することであった。予後訓練データセット（すなわち、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ）において、生存期間エンドポイントは、無作為化から遠隔再発又は再発前死亡までの間の時間として計算されたＤＲＦＳであった。検証予後データセットにおいては、データの利用可能性のため、生存期間エンドポイントは、無作為化から次の事象のいずれか、すなわち、局所再発、領域再発、及び遠隔再発、上皮内癌を除く対側乳癌、その他の二次浸潤性原発癌、再発前又は二次原発癌前の死亡のいずれか早い方までの間の時間として計算されたＤＦＳであった。全てのネオアジュバントデータセットにおいて、手術時のｐＣＲは乳房及び腋窩に浸潤性腫瘍細胞が存在しないものと定義された。
【0095】
副次的目的は、１）ＨＥＲ２ＤＸリスク群の臨床病理学的特徴を説明すること、２）ＨＥＲ２陽性早期乳癌の公的に利用可能なデータセットにおけるＨＥＲ２ＤＸリスクスコアと全生存期間（ＯＳ）との関連性をｉｎ－ｓｉｌｉｃｏで探索すること、３）ＡＳＣＯ／ＣＡＰガイドラインに従ってＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡの値を評価してＨＥＲ２状態を予測することであった。
【0096】
実施例１．５．ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの開発及び検証
Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ試験に登録された４３４人の患者を訓練データセットとして使用した。訓練データセットにおける患者サンプルを、無遠隔再発生存期間（ＤＲＦＳ）事象及び治療アームについてバランスを取りながら、訓練セット（サンプルの６７％）及びテストセット（サンプルの残りの３３％）に分割した。様々な特徴セットの予後モデルを、生存データについてのランクコンコーダンス（rank concordance）の指数であるＣ指数によって比較した。これらの特徴セットを、モンテカルロ交差検証（ＭＣＣＶ）によって１００回のイテレーションで評価した。Ｃｏｘ比例ハザードモデルを、各訓練のイテレーションにおいてリッジ回帰又はエラスティックネットに適合させ、ＭＣＣＶテストセットにおいて評価した。
Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ試験に登録された４３４人の患者を訓練データセットとして使用した。訓練データセットにおける患者サンプルを、無遠隔再発生存期間（ＤＲＦＳ）事象及び治療アームについてバランスを取りながら、訓練セット（サンプルの６７％）及びテストセット（サンプルの残りの３３％）に分割した。様々な特徴セットの予後モデルを、生存データについてのランクコンコーダンス（rank concordance）の指数であるＣ指数によって比較した。これらの特徴セットを、モンテカルロ交差検証（ＭＣＣＶ）によって１００回のイテレーションで評価した。Ｃｏｘ比例ハザードモデルを、各訓練のイテレーションにおいてリッジ回帰又はエラスティックネットに適合させ、ＭＣＣＶテストセットにおいて評価した。
【0097】
最終的なＨＥＲ２ＤＸリスクスコアからの単一のカットオフを選択して、患者を低リスク群と高リスク群とに分割した。このカットオフを選択する基準は、低リスク群が３年、５年、及び７年の時点で９０％を上回るＤＲＦＳ推定値の９５％信頼区間の下限を有さねばならないというものであった。最終的なＨＥＲ２ＤＸリスクスコアを、検証データセットからの２６８人の患者において、連続変数として、かつ予め指定されたカットオフを使用して試験した。検証データセットは、バルセロナ病院クリニックＨＥＲ２陽性コホート（ｎ＝１４７）、ＰＡＭＥＬＡ（ｎ＝８４）、及びパドヴァ大学コホート（ｎ＝３７）からの患者から構成されていた。検証データセットの追跡期間中央値は５１．０ヶ月であった。
【0098】
ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの予後値を更に評価するのに、ＨＥＲ２ＤＸアルゴリズムを、早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う患者の３つの公的に利用可能なデータセット（すなわち、ＴＣＧＡ、ＭＥＴＡＢＲＩＣ、及びＳＣＡＮ－Ｂ）全体にわたってｉｎ－ｓｉｌｉｃｏで評価した。異なるゲノムプラットフォーム間の既知の技術的バイアスのため、臨床変数（すなわち、腫瘍病期分類及び結節病期分類）ありなし両方のＨＥＲ２ＤＸリスクモデルを連続変数として探索した。
【0099】
実施例１．６．ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの開発及び検証
バルセロナ病院クリニックでトラスツズマブベースのネオアジュバント化学療法で治療された早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う１１６人の患者を、ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコア用の訓練データセットとして使用した。訓練データセットにおける患者サンプルを、ｐＣＲ状態についてバランスを取りながら、訓練セット（サンプルの６７％）及びテストセット（サンプルの残りの３３％）に分割した。ロジスティック回帰モデルを、各訓練のイテレーションにおいてリッジ回帰に適合させ、ＭＣＣＶテストセットにおいて評価した。訓練データセットにおける三分位数に基づく２つのカットオフを定義して、患者を低ｐＣＲ確率、中ｐＣＲ確率、及び高ｐＣＲ確率という３つの群に分割した。最終的なＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアを、２つの検証データセットからの１５８人の患者において、連続変数として、かつ予め指定されたカットオフを使用して試験した。１つ目の検証データセットは、パドヴァ大学コホート（ｎ＝３７）及びバルセロナ病院クリニックコホート（ｎ＝３０）からのトラスツズマブベースの化学療法で治療された６７人の患者から構成されていた。２つ目の検証データセットは、ＰＡＭＥＬＡ研究からの化学療法なしでネオアジュバントのラパチニブ及びトラスツズマブで治療された９１人の患者から構成されていた。
バルセロナ病院クリニックでトラスツズマブベースのネオアジュバント化学療法で治療された早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う１１６人の患者を、ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコア用の訓練データセットとして使用した。訓練データセットにおける患者サンプルを、ｐＣＲ状態についてバランスを取りながら、訓練セット（サンプルの６７％）及びテストセット（サンプルの残りの３３％）に分割した。ロジスティック回帰モデルを、各訓練のイテレーションにおいてリッジ回帰に適合させ、ＭＣＣＶテストセットにおいて評価した。訓練データセットにおける三分位数に基づく２つのカットオフを定義して、患者を低ｐＣＲ確率、中ｐＣＲ確率、及び高ｐＣＲ確率という３つの群に分割した。最終的なＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアを、２つの検証データセットからの１５８人の患者において、連続変数として、かつ予め指定されたカットオフを使用して試験した。１つ目の検証データセットは、パドヴァ大学コホート（ｎ＝３７）及びバルセロナ病院クリニックコホート（ｎ＝３０）からのトラスツズマブベースの化学療法で治療された６７人の患者から構成されていた。２つ目の検証データセットは、ＰＡＭＥＬＡ研究からの化学療法なしでネオアジュバントのラパチニブ及びトラスツズマブで治療された９１人の患者から構成されていた。
【0100】
実施例１．７．ＨＥＲ２ＤＸ ＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現アッセイ
ＡＳＣＯ／ＣＡＰガイドラインに従って判明したＨＥＲ２状態を有する原発浸潤性乳癌を伴う６３７人の患者のコホートを、ＨＥＲ２ＤＸアッセイを使用して評価し、臨床的ＨＥＲ２状態を予測する訓練データセットとして使用した。このデータセットは、病院クリニックで新たに早期ＨＥＲ２陰性と診断された乳癌を伴う２０３人の患者及びＳｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性コホートの４３４人の患者から構成されていた。受信者動作曲線及びヨーデン指標分析から、ＨＥＲ２臨床状態（陽性対陰性）を予測するＥＲＢＢ２発現の最適なカットオフを得た。最適なＥＲＢＢ２カットオフを、ＳＯＬＴＩ－１８０５ ＴＯＴ－ＨＥＲ３ ＨＥＲ２陰性試験（ｎ＝８５）、バルセロナ病院クリニックＨＥＲ２陽性コホート（ｎ＝１４７）、ＰＡＭＥＬＡ（ｎ＝８４）、及びパドヴァ大学コホート（ｎ＝３７）からの３５３例のＨＥＲ２陰性症例及びＨＥＲ２＋症例の独立したコホートにおいて検証した。
ＡＳＣＯ／ＣＡＰガイドラインに従って判明したＨＥＲ２状態を有する原発浸潤性乳癌を伴う６３７人の患者のコホートを、ＨＥＲ２ＤＸアッセイを使用して評価し、臨床的ＨＥＲ２状態を予測する訓練データセットとして使用した。このデータセットは、病院クリニックで新たに早期ＨＥＲ２陰性と診断された乳癌を伴う２０３人の患者及びＳｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性コホートの４３４人の患者から構成されていた。受信者動作曲線及びヨーデン指標分析から、ＨＥＲ２臨床状態（陽性対陰性）を予測するＥＲＢＢ２発現の最適なカットオフを得た。最適なＥＲＢＢ２カットオフを、ＳＯＬＴＩ－１８０５ ＴＯＴ－ＨＥＲ３ ＨＥＲ２陰性試験（ｎ＝８５）、バルセロナ病院クリニックＨＥＲ２陽性コホート（ｎ＝１４７）、ＰＡＭＥＬＡ（ｎ＝８４）、及びパドヴァ大学コホート（ｎ＝３７）からの３５３例のＨＥＲ２陰性症例及びＨＥＲ２＋症例の独立したコホートにおいて検証した。
【0101】
実施例１．８．概略的な統計手順
説明の目的で、ＤＲＦＳ又はＤＦＳの３年、５年、及び７年の推定値をカプラン－マイヤーによって計算した。単変量Ｃｏｘ比例ハザード回帰分析及び多変量Ｃｏｘ比例ハザード回帰分析を使用して、各変数と生存転帰との関連性を調査した。各変数の予後への寄与を評価するのに、尤度比値（χ２）を使用して予後情報の相対量を測定して比較した。カテゴリ変数を数値（％）として表し、χ２検定又はフィッシャーの正確検定によって比較した。ロジスティック回帰分析を実施して、各変数とｐＣＲとの関連性を調査した。Ｃ指数及び受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線をパフォーマンス尺度として使用した。有意水準を０．０５の両側α点に設定した。全ての統計分析にＲバージョン４．０．５を使用した。
説明の目的で、ＤＲＦＳ又はＤＦＳの３年、５年、及び７年の推定値をカプラン－マイヤーによって計算した。単変量Ｃｏｘ比例ハザード回帰分析及び多変量Ｃｏｘ比例ハザード回帰分析を使用して、各変数と生存転帰との関連性を調査した。各変数の予後への寄与を評価するのに、尤度比値（χ２）を使用して予後情報の相対量を測定して比較した。カテゴリ変数を数値（％）として表し、χ２検定又はフィッシャーの正確検定によって比較した。ロジスティック回帰分析を実施して、各変数とｐＣＲとの関連性を調査した。Ｃ指数及び受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線をパフォーマンス尺度として使用した。有意水準を０．０５の両側α点に設定した。全ての統計分析にＲバージョン４．０．５を使用した。
【0102】
実施例１．９．資金提供者の役割
この研究はパドヴァ大学、病院クリニック、及びReveal Genomicsからの研究者らによって設計され、実施された。著者全員が研究における全データに完全にアクセスすることができ、出版に向けた投稿の決定に最終責任を負うものとした。
この研究はパドヴァ大学、病院クリニック、及びReveal Genomicsからの研究者らによって設計され、実施された。著者全員が研究における全データに完全にアクセスすることができ、出版に向けた投稿の決定に最終責任を負うものとした。
【0103】
実施例２．結果
実施例２．１．ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの開発及び検証
予後モデルを構築するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ試験における１２５４人の患者のうち４３４人（３５％）から臨床病理学的データ及び遺伝子発現データを入手可能であった（表１）。
実施例２．１．ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの開発及び検証
予後モデルを構築するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ試験における１２５４人の患者のうち４３４人（３５％）から臨床病理学的データ及び遺伝子発現データを入手可能であった（表１）。
【0104】
【0105】
平均年齢は５５．４歳であり、腫瘍の殆どは２ｃｍ以下（Ｔ１期）、結節陰性（Ｎ０期）、ホルモン受容体陽性、及び組織学的グレード３であった。このコホートにおいて、本発明者らの以前の研究では、最良の予後モデルが腫瘍サイズ、結節状態、ＴＩＬ、及び４つの内因性サブタイプに関連する主な生物学を統合したものであることが示された。これらの以前の知見に基づき、免疫浸潤、腫瘍細胞増殖、ＨＥＲ２アンプリコン発現、及び腫瘍細胞管腔分化を追跡する４つの遺伝子発現ベースのシグネチャーとともに、腫瘍病期（Ｔ１対Ｔ２対Ｔ３～４）及び結節病期（Ｎ０対Ｎ１対Ｎ２～３）に基づいて、ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアを再開発した。免疫浸潤を捉えるのに、本発明らの以前に説明された、早期乳癌において強力な予後値を示したＩＧＧシグネチャーを選択した。ＨＥＲ２ＤＸ変数は、単変量解析において試験した場合、転帰良好（すなわち、免疫／ＩＧＧ及び管腔）及び転帰不良（すなわち、増殖、並びに腫瘍病期分類及び結節病期分類）と関連していた。全体的に、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲにおけるＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの予測性能（Ｃ指数）は０．７４であり、これは１７個の異なる変数に基づいて以前に報告された本発明者らのＨＥＲ２ＤＸリスクモデルのＣ指数（０．７２）と非常に類似していた。注目すべきは、ＴＩＬ、内因性サブタイプ、及び個々の遺伝子を含む現在のＨＥＲ２ＤＸリスクモデルに更に多くの変数を追加しようとしたときに、ＨＥＲ２ＤＸの予測性能が改善しなかったことである。
【0106】
連続変数として測定されたＨＥＲ２ＤＸは、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲの４３４人の患者データセットにおける無遠隔再発生存期間（ＤＲＦＳ）と有意に関連していた（ｐ＜０．００１）。臨床的に関連するカットオフを選択するのに、低リスク群を、９０％を上回る９５％信頼区間（ＣＩ）の下限を有する３年ＤＲＦＳ、５年ＤＲＦＳ、及び７年ＤＲＦＳを有する患者群として定義した。この選択されたカットオフにより、患者の４９．８％（ｎ＝２１６）が低リスクとして特定された。低リスク集団の３年ＤＲＦＳ、５年ＤＲＦＳ、及び７年ＤＲＦＳはそれぞれ９７．７％（９５％ＣＩ ９５．７～９９．７）、９５．３％（９５％ＣＩ ９２．５～９８．２）、及び９４．０％（９５％ＣＩ ９０．６～９７．４）であった（図２Ａ）。高リスク集団の３年ＤＲＦＳ、５年ＤＲＦＳ、及び７年ＤＲＦＳはそれぞれ９０．４％（９５％ＣＩ ８６．５～９４．４）、８４．３％（９５％ＣＩ ７９．６～８９．３）、及び７８．６％（９５％ＣＩ ７３．２～８４．５）であった。低リスク群と高リスク群との間のＤＲＦＳ、ＤＦＳ、及びＯＳのハザード比（ＨＲ）はそれぞれ０．２６（９５％ＣＩ ０．１～０．５）、０．５１（９５％ＣＩ ０．３～０．８）、及び０．４５（９５％ＣＩ ０．２～０．９）であった（図２Ａ～図２Ｃ）。臨床病理学的特性に関しては、２つのリスク群は、ＴＩＬ、結節状態、腫瘍サイズ、及び内因性サブタイプに関して統計的に有意な差を示した（表１）。
【0107】
３つのネオアジュバント研究の組み合わされたコホートから得られた早期ＨＥＲ２陽性疾患を伴う２６８人の患者のデータセットを使用して、ＨＥＲ２ＤＸスコアの独立した評価を行った（ネオアジュバント療法を開始する前の治療前検体に対してスコアを決定した、表２）。
【0108】
【0109】
評価データセットは、病院クリニックからの１４７人の患者、ＰＡＭＥＬＡからの１５１人のうち８４人（５６％）、及びパドヴァ大学コホートからの３７人の患者から構成されていた。全ての患者は化学療法及び１年間のトラスツズマブを受け、２６８人の患者のうち８４人（３１％）は４．５ヶ月～６．０ヶ月にわたってラパチニブ及びトラスツズマブによる二重ＨＥＲ２遮断を受け、２６８人のうち６６人（２５％）はネオアジュバントのペルツズマブを４サイクル～６サイクル受けた。全身療法における異質性にもかかわらず、４つのコホート全体にわたって、又はトラスツズマブ単独で治療された患者対二重ＨＥＲ２遮断で治療された患者の間でＤＦＳにおいて有意差はなかった。
【0110】
独立した予後データセットにおいて、連続変数としてのＨＥＲ２ＤＸスコアはＤＦＳと有意に関連していた（ＨＲ １．０３、９５％ＣＩ １．０～１．１、ｐ＝０．００２）。このデータセットにおいて、ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアが１０単位（０から１００へ）増加するごとに、その事象についてのハザードの３０％の増加が見られた。予め指定されたカットオフによれば、ＨＥＲ２ＤＸ低リスク群は高リスク群よりも長いＤＦＳを有した（ＨＲ ０．２１、９５％ＣＩ ０．１～０．６、ｐ値＝０．００５）（図２Ｂ）。ＨＥＲ２ＤＸ低リスク群及びＨＥＲ２ＤＸ高リスク群における５年ＤＦＳはそれぞれ９５．３％（９５％ＣＩ ９２．４～９８．２）及び８４．０％（７９．６～８９．３）であった。ＨＥＲ２ＤＸ低リスク群及びＨＥＲ２ＤＸ高リスク群における７年ＤＦＳはそれぞれ９３．９％（９５％ＣＩ ９０．６～９７．４）及び７８．６％（７３．２～８４．５）であった。ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアのＣ指数は全患者について０．７３であった。
【0111】
ＨＥＲ２ＤＸリスクスコアの予後値を更に探索するのに、早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う合計８１０人の患者についての臨床データ、全生存期間（ＯＳ）転帰、及び遺伝子発現データを含む公的に利用可能な３つの乳癌データセット（すなわち、ＴＣＧＡ、ＭＥＴＡＢＲＩＣ、及びＳＣＡＮ－Ｂ）からデータを得た。ＨＥＲ２ＤＸアルゴリズムを、臨床的特徴（すなわち、腫瘍病期分類及び結節病期分類）ありなし両方の各データセットにおいて適用した（表３）。
【0112】
【0113】
試験された公的なデータセット全体にわたって、連続変数としてのＨＥＲ２ＤＸリスクスコアとＯＳとの間に統計的に有意な関連性が観察された。全体として、これらのｉｎ－ｓｉｌｉｃｏの結果はＨＥＲ２ＤＸの強力な予後値を裏付けている。
【0114】
実施例２．２．ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの開発及び検証
予測モデルを構築するのに、トラスツズマブベースのネオアジュバント化学療法で治療された早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う１２０人の患者からの治療前腫瘍においてＨＥＲ２ＤＸアッセイを評価した（表４）。
予測モデルを構築するのに、トラスツズマブベースのネオアジュバント化学療法で治療された早期ＨＥＲ２陽性乳癌を伴う１２０人の患者からの治療前腫瘍においてＨＥＲ２ＤＸアッセイを評価した（表４）。
【0115】
【0116】
平均年齢は５５．４歳（ＳＤ １０．２）であり、腫瘍の殆どは２ｃｍ以下（Ｔ１期）、結節陰性（Ｎ０期）、ホルモン受容体陽性、及び組織学的グレード３であった。４つの遺伝子シグネチャー（すなわち、ＨＥＲ２アンプリコン、免疫／ＩＧＧ、管腔、及び増殖）と、２つの臨床変数（すなわち、腫瘍病期分類及び結節病期分類）とを使用して、ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアを訓練した。ＨＥＲ２ＤＸ変数は、ｐＣＲ（すなわち、免疫／ＩＧＧ及び増殖）及び非ｐＣＲ（すなわち、管腔、並びに腫瘍病期分類及び結節病期分類）と関連していた。全体として、訓練データセットにおけるＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの予測性能（ＡＵＣ）は０．８１であった。
【0117】
抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント療法で治療された早期ＨＥＲ２陽性疾患を伴う９７人及び６７人の患者の２つのコホートを使用して、ＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの独立した検証を行った（ネオアジュバント療法を開始する前のベースラインでスコアを決定した、表５）。
【0118】
【0119】
両コホートにおいて、連続変数としてのＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアは、ｐＣＲと統計的に有意に関連していることが判明した（ｐ＜０．００１）。全体として、ＰＡＭＥＬＡ研究及びトラスツズマブベースの化学療法コホートにおけるＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲ確率スコアの予測性能（ＡＵＣ）はそれぞれ０．８０及び０．７７であった。予想通り、３つの奏効群（すなわち、訓練データセットにおいて決定された三分位数によって定義される）全体にわたってｐＣＲ率に統計的に有意な差が観察された（表６）。
【0120】
【0121】
実施例２．３．両方のＨＥＲ２ＤＸスコア間の関係
両方のＨＥＲ２ＤＸスコア間の類似性（又はその欠如）を決定するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ（ｎ＝４３４）及び検証予後データセット（ｎ＝２６８）を含む組み合わされたＨＥＲ２陽性データセットを評価した。全体的に、両方のＨＥＲ２ＤＸスコアの相関係数は弱かった（すなわち、－０．１９）。ＨＥＲ２ＤＸ低リスクを有する患者において、４６．３％（３５２人中１６３人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ高確率と特定され、５３．７％（３５２人中１８９人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ低／中確率と特定された。ＨＥＲ２ＤＸ高リスクを伴う患者において、３３．１％（３５０人中１１６人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ高確率を有すると特定され、６６．９％（３５０人中２３４人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ低／中確率を有すると特定された。
両方のＨＥＲ２ＤＸスコア間の類似性（又はその欠如）を決定するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ（ｎ＝４３４）及び検証予後データセット（ｎ＝２６８）を含む組み合わされたＨＥＲ２陽性データセットを評価した。全体的に、両方のＨＥＲ２ＤＸスコアの相関係数は弱かった（すなわち、－０．１９）。ＨＥＲ２ＤＸ低リスクを有する患者において、４６．３％（３５２人中１６３人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ高確率と特定され、５３．７％（３５２人中１８９人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ低／中確率と特定された。ＨＥＲ２ＤＸ高リスクを伴う患者において、３３．１％（３５０人中１１６人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ高確率を有すると特定され、６６．９％（３５０人中２３４人）がｐＣＲのＨＥＲ２ＤＸ低／中確率を有すると特定された。
【0122】
実施例２．４．ＨＥＲ２ＤＸ ＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現アッセイ
ＨＥＲ２陽性乳癌内のＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現は、Ｔ－ＤＭ１を含む抗ＨＥＲ２療法に対して高い奏効を有する患者を特定するのに役立ち得る。さらに、ＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現は、ＡＳＣＯ／ＣＡＰガイドラインに従ってＨＥＲ２状態を特定するのに役立ち得る。臨床的ＨＥＲ２状態を追跡するＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現アッセイを構築するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性コホート（ｎ＝４３４）と、病院クリニックで早期乳癌と新たに診断された患者のＨＥＲ２陰性コホート（ｎ＝２０３）とを組み合わせた。全体として、ＨＥＲ２陰性疾患及びＨＥＲ２陽性疾患における平均ＥＲＢＢ２発現（２進対数で）はそれぞれ－２．０１及び１．２４（６．５倍の差）であった。臨床的ＨＥＲ２状態を予測するＥＲＢＢ２発現のＲＯＣ ＡＵＣは９０％の感度及び９８％の特異度で０．９７であった。ヨーデン解析を使用して、－０．９８の最適なカットオフが特定された。臨床的に定義されたＨＥＲ２陰性症例の３．４％がｍＲＮＡによってＥＲＢＢ２陽性と特定され、臨床的に定義されたＨＥＲ２陽性症例の９．７％がＥＲＢＢ２陰性／低と特定された。
ＨＥＲ２陽性乳癌内のＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現は、Ｔ－ＤＭ１を含む抗ＨＥＲ２療法に対して高い奏効を有する患者を特定するのに役立ち得る。さらに、ＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現は、ＡＳＣＯ／ＣＡＰガイドラインに従ってＨＥＲ２状態を特定するのに役立ち得る。臨床的ＨＥＲ２状態を追跡するＥＲＢＢ２ ｍＲＮＡ発現アッセイを構築するのに、Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ ＨＥＲ２陽性コホート（ｎ＝４３４）と、病院クリニックで早期乳癌と新たに診断された患者のＨＥＲ２陰性コホート（ｎ＝２０３）とを組み合わせた。全体として、ＨＥＲ２陰性疾患及びＨＥＲ２陽性疾患における平均ＥＲＢＢ２発現（２進対数で）はそれぞれ－２．０１及び１．２４（６．５倍の差）であった。臨床的ＨＥＲ２状態を予測するＥＲＢＢ２発現のＲＯＣ ＡＵＣは９０％の感度及び９８％の特異度で０．９７であった。ヨーデン解析を使用して、－０．９８の最適なカットオフが特定された。臨床的に定義されたＨＥＲ２陰性症例の３．４％がｍＲＮＡによってＥＲＢＢ２陽性と特定され、臨床的に定義されたＨＥＲ２陽性症例の９．７％がＥＲＢＢ２陰性／低と特定された。
【0123】
ＨＥＲ２状態を予測するのに最適なカットオフは、８５例のＨＥＲ２陰性症例及び２６８例のＨＥＲ２陽性症例の独立したデータセットにおいて試験された（図１）。全体として、ＨＥＲ２陰性疾患及びＨＥＲ２陽性疾患における平均ＥＲＢＢ２発現（２進対数で）はそれぞれ－２．１７及び０．９６（６．３倍の差）であった。臨床的ＨＥＲ２状態を予測するＥＲＢＢ２発現のＲＯＣ ＡＵＣは８４％の感度及び１００％の特異度で０．９６であった。ＨＥＲ２陰性症例はＥＲＢＢ２陽性と特定されず、ＨＥＲ２陽性症例の１６．４％はＥＲＢＢ２陰性／低と特定された。
【0124】
実施例２．５．９６ヶ月でのＤＭＦＳに関する４種の個別の遺伝子（連続変数として）と治療アーム（９週間対１年）との間の相互作用
合計４種の遺伝子（すなわち、ＣＤ８６、ＦＡ２Ｈ、ＦＧＦＲ２、及びＥＲＢＢ３）が、治療期間（すなわち、１年対９週間）に応じてＤＭＦＳに関してトラスツズマブの利益と関連していることが判明した。低いＣＤ８６発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＣＤ８６＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝０．３５０、相互作用のｐ値＝０．００１７）。低いＦＡ２Ｈ発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＦＡ２Ｈ＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝０．６５、相互作用のｐ値＝０．０４６）。高いＦＧＦＲ２発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＦＧＦＲ２＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝１．６８、相互作用のｐ値＝０．０２７）。最後に、高いＥＲＢＢ３発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＥＲＢＢ３＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ＤＭＦＳ９６のハザード比＝１．９９、相互作用のｐ値＝０．０３５）。
合計４種の遺伝子（すなわち、ＣＤ８６、ＦＡ２Ｈ、ＦＧＦＲ２、及びＥＲＢＢ３）が、治療期間（すなわち、１年対９週間）に応じてＤＭＦＳに関してトラスツズマブの利益と関連していることが判明した。低いＣＤ８６発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＣＤ８６＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝０．３５０、相互作用のｐ値＝０．００１７）。低いＦＡ２Ｈ発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＦＡ２Ｈ＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝０．６５、相互作用のｐ値＝０．０４６）。高いＦＧＦＲ２発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＦＧＦＲ２＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ハザード比＝１．６８、相互作用のｐ値＝０．０２７）。最後に、高いＥＲＢＢ３発現（連続変数として）は、患者が１年間治療された場合に９週間と比較してより大きな利益と関連していることが判明した（ＥＲＢＢ３＊アーム、９週間対１年間のトラスツズマブ治療、ＤＭＦＳ９６のハザード比＝１．９９、相互作用のｐ値＝０．０３５）。
【0125】
実施例２．６．管腔、増殖、及び免疫経路を追跡する少なくとも２種の遺伝子の組合せは早期ＨＥＲ２＋乳癌における予後因子である
ＨＥＲ２ＤＸアッセイのＨＥＲ２ＤＸリスクスコアは、２３種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）からなり、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌を伴う患者における予後を予測するのに使用される。２３種の遺伝子は、次の３つの遺伝子発現シグネチャー、すなわち管腔分化シグネチャー（ｎ＝５種の遺伝子）、腫瘍細胞増殖シグネチャー（ｎ＝４）、及び免疫シグネチャー（ｎ＝１４）のうちの１つに属する。
ＨＥＲ２ＤＸアッセイのＨＥＲ２ＤＸリスクスコアは、２３種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、及びＥＳＲ１）からなり、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌を伴う患者における予後を予測するのに使用される。２３種の遺伝子は、次の３つの遺伝子発現シグネチャー、すなわち管腔分化シグネチャー（ｎ＝５種の遺伝子）、腫瘍細胞増殖シグネチャー（ｎ＝４）、及び免疫シグネチャー（ｎ＝１４）のうちの１つに属する。
【0126】
以下を含む早期ＨＥＲ２＋乳癌を伴う患者の５つの異なるデータセット全体にわたって、３つのシグネチャーに含まれる遺伝子ペア（すなわち、２種の遺伝子の組合せ）の予後値を評価した：
１）無遠隔転移生存期間（ＤＭＦＳ）を生存期間エンドポイントとして使用するＳｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセット：Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ第ＩＩＩ相臨床試験の状況下にアジュバント抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う４３４人の患者。
２）全生存期間（ＯＳ）をエンドポイントとして使用するＳｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセット：Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ第ＩＩＩ相臨床試験の状況下にアジュバント抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う４３４人の患者。
３）ＯＳをエンドポイントとして使用するＴＣＧＡデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う１６４人の患者。
４）ＯＳをエンドポイントとして使用するＭＥＴＡＢＲＩＣデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う２３６人の患者。
５）ＯＳをエンドポイントとして使用するＳＣＡＮ－Ｂデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う３７８人の患者。
１）無遠隔転移生存期間（ＤＭＦＳ）を生存期間エンドポイントとして使用するＳｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセット：Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ第ＩＩＩ相臨床試験の状況下にアジュバント抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う４３４人の患者。
２）全生存期間（ＯＳ）をエンドポイントとして使用するＳｈｏｒｔ－ＨＥＲデータセット：Ｓｈｏｒｔ－ＨＥＲ第ＩＩＩ相臨床試験の状況下にアジュバント抗ＨＥＲ２療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う４３４人の患者。
３）ＯＳをエンドポイントとして使用するＴＣＧＡデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う１６４人の患者。
４）ＯＳをエンドポイントとして使用するＭＥＴＡＢＲＩＣデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う２３６人の患者。
５）ＯＳをエンドポイントとして使用するＳＣＡＮ－Ｂデータセット：ＨＥＲ２＋乳癌を伴う３７８人の患者。
【0127】
各遺伝子ペアについて、以下のように２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコアを決定した：
組合せスコア＝遺伝子１のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）－遺伝子２のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）。
組合せスコア＝遺伝子１のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）－遺伝子２のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）。
【0128】
ＤＭＦＳ及びＯＳについての単変量Ｃｏｘモデルを使用して、各組合せスコアの予後的意義を試験した。概念実証として、２つ以上のデータセットにおいて予後と有意に関連する幾つかのペアを特定した（図５及び表７）。
【0129】
【0130】
【0131】
予後良好を示している組合せスコアは、３つのシグネチャーの様々な組合せ（すなわち、免疫－増殖、免疫－管腔、管腔－増殖、及び免疫－免疫）を表す。具体的には、組合せスコアの４５％（ｎ＝３５）は免疫－増殖シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、１０％（ｎ＝８）は免疫－管腔シグネチャーに由来する遺伝子から構成されるペアであり、かつ４％（ｎ＝３）は管腔－増殖シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアである（表８）。予後不良を示している組合せスコアは、３つのシグネチャーの様々な組合せ（すなわち、増殖－免疫、管腔－免疫、増殖－管腔、及び免疫－免疫）を表す。具体的には、組合せスコアの４５％（ｎ＝３５）は増殖－免疫シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、１０％（ｎ＝８）は管腔－免疫シグネチャーに由来する遺伝子から構成されるペアであり、かつ４％（ｎ＝３）は増殖－管腔シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアである（表８）。
【0132】
【0133】
実施例２．７．管腔シグネチャー、ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー、増殖シグネチャー、及び免疫シグネチャーを追跡する２種の遺伝子の組合せは、病理学的完全奏効（ｐＣＲ）の予測因子である
ＨＥＲ２ＤＸアッセイのＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲスコアは、２７種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）からなり、抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント全身療法後のＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌を伴う患者におけるｐＣＲを予測する。２７種の遺伝子は、次の４つの遺伝子発現シグネチャー、すなわち管腔分化シグネチャー（ｎ＝５種の遺伝子）、ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ｎ＝４）、腫瘍細胞増殖シグネチャー（ｎ＝４）、及び免疫シグネチャー（ｎ＝１４）のうちの１つに属する。
ＨＥＲ２ＤＸアッセイのＨＥＲ２ＤＸ ｐＣＲスコアは、２７種の遺伝子（ＣＤ２７、ＣＤ７９Ａ、ＨＬＡ－Ｃ、ＩＧＪ、ＩＧＫＣ、ＩＧＬ、ＩＧＬＶ３－２５、ＩＬ２ＲＧ、ＣＸＣＬ８、ＬＡＸ１、ＮＴＮ３、ＰＩＭ２、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＥＸＯ１、ＡＳＰＭ、ＮＥＫ２、ＫＩＦ２３、ＢＣＬ２、ＤＮＡＪＣ１２、ＡＧＲ３、ＡＦＦ３、ＥＳＲ１、ＥＲＢＢ２、ＧＲＢ７、ＳＴＡＲＤ３、及びＴＣＡＰ）からなり、抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント全身療法後のＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌を伴う患者におけるｐＣＲを予測する。２７種の遺伝子は、次の４つの遺伝子発現シグネチャー、すなわち管腔分化シグネチャー（ｎ＝５種の遺伝子）、ＨＥＲ２アンプリコンシグネチャー（ｎ＝４）、腫瘍細胞増殖シグネチャー（ｎ＝４）、及び免疫シグネチャー（ｎ＝１４）のうちの１つに属する。
【0134】
以下を含む抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント全身療法で治療された早期ＨＥＲ２＋乳癌を伴う患者の３つの異なるデータセット全体にわたって、４つの遺伝子発現シグネチャーに含まれる遺伝子ペア（すなわち、２種の遺伝子の組合せ）の関連性を評価した：
１）コホート１、バルセロナ病院クリニックで抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント化学療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う１１７人の患者。
２）コホート２、ＰＡＭＥＬＡ第ＩＩ相臨床試験の状況下に化学療法なしでネオアジュバントのトラスツズマブ及びラパチニブを受けた８８人の患者。
３）コホート３、バルセロナ病院クリニック（ｎ＝３０）及びパドヴァ大学（ｎ＝３７）で抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント化学療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う６７人の患者。
１）コホート１、バルセロナ病院クリニックで抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント化学療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う１１７人の患者。
２）コホート２、ＰＡＭＥＬＡ第ＩＩ相臨床試験の状況下に化学療法なしでネオアジュバントのトラスツズマブ及びラパチニブを受けた８８人の患者。
３）コホート３、バルセロナ病院クリニック（ｎ＝３０）及びパドヴァ大学（ｎ＝３７）で抗ＨＥＲ２ベースのネオアジュバント化学療法で治療されたＨＥＲ２＋乳癌を伴う６７人の患者。
【0135】
各遺伝子ペアについて、以下のように２種の遺伝子の発現の比率を計算することによって組合せスコアを決定した：
組合せスコア＝遺伝子１のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）－遺伝子２のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）
組合せスコア＝遺伝子１のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）－遺伝子２のｍＲＮＡレベル（ｌｏｇ２値）
【0136】
ｐＣＲについての単変量ロジスティック回帰モデルを使用して、各組合せスコアがｐＣＲを予測する能力を試験した。概念実証として、２つ以上のデータセットにおいて奏効（ｐＣＲ）の予測と有意に関連する幾つかのペアを特定した（図６及び表９）。
【0137】
【0138】
【0139】
ｐＣＲの予測因子である組合せスコアは、４つのシグネチャーの様々な組合せ（すなわち、免疫－管腔、増殖－管腔、ＨＥＲ２－免疫、ＨＥＲ２－増殖、ＨＥＲ２－管腔、免疫－免疫、管腔－管腔、増殖－増殖）を表す。具体的には、４８％（ｎ＝７０）は免疫－管腔シグネチャーに由来する遺伝子から構成されるペアであり、１４％（ｎ＝２０）は増殖－管腔シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、６％（ｎ＝８）はＨＥＲ２－免疫シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、８％（ｎ＝１２）はＨＥＲ２－増殖シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、かつ１４％（ｎ＝２０）はＨＥＲ２－管腔シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアである（表１０）。ｐＣＲの欠如の予測因子である組合せスコアは、４つのシグネチャーの様々な組合せ（すなわち、管腔－免疫、管腔－増殖、免疫－ＨＥＲ２、増殖－ＨＥＲ２、管腔－ＨＥＲ２、免疫－免疫、管腔－管腔、及び増殖－増殖）を表す。具体的には、４８％（ｎ＝７０）は管腔－免疫シグネチャーに由来する遺伝子から構成されるペアであり、１４％（ｎ＝２０）は管腔－増殖シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、６％（ｎ＝８）は免疫－ＨＥＲ２シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、８％（ｎ＝１２）は増殖－ＨＥＲ２シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアであり、かつ１４％（ｎ＝２０）は管腔－ＨＥＲ２シグネチャーからの遺伝子から構成されるペアである（表１０）。
【0140】
【図1】
【図2-1】
【図2-2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【国際調査報告】