特表 2024-544960 皮膚疾患の処置のための微生物組成物

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-12-05

(54)【発明の名称】皮膚疾患の処置のための微生物組成物

(51)【国際特許分類】

   A61K 35/74 20150101AFI20241128BHJP

   A61K 9/10 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 9/107 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 9/08 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 9/06 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 9/12 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 9/14 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 31/51 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 17/04 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 17/06 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 31/10 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 17/14 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 17/02 20060101ALI20241128BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20241128BHJP

   A61K 8/99 20170101ALI20241128BHJP

   A61Q 19/00 20060101ALI20241128BHJP

   A61Q 19/08 20060101ALI20241128BHJP

   G01N 21/64 20060101ALI20241128BHJP

   C12N 1/20 20060101ALN20241128BHJP

【ＦＩ】

A61K35/74 A

A61K9/10

A61K9/107

A61K9/08

A61K9/06

A61K9/12

A61K9/14

A61K45/00

A61K31/51

A61P17/04

A61P17/00

A61P29/00

A61P17/06

A61P31/10

A61P31/04

A61P17/14

A61P17/02

A61P43/00

A61K8/99

A61Q19/00

A61Q19/08

G01N21/64 F

C12N1/20 A ZNA

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024527754

(86)(22)【出願日】2022-11-10

(85)【翻訳文提出日】2024-07-09

(86)【国際出願番号】 US2022079637

(87)【国際公開番号】W WO2023086883

(87)【国際公開日】2023-05-19

(31)【優先権主張番号】63/278,134

(32)【優先日】2021-11-11

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】524176834

【氏名又は名称】コンチェルト バイオサイエンシーズ， インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】ケヒ， ジャレッド

(72)【発明者】

【氏名】セルバンテス， ベルナルド

(72)【発明者】

【氏名】アッカーマン， シェリ

(72)【発明者】

【氏名】ハッサバラ， アブドゥルラーマン

(72)【発明者】

【氏名】アーメントラウト， キートン

【テーマコード（参考）】

2G043

4B065

4C076

4C083

4C084

4C086

4C087

【Ｆターム（参考）】

2G043AA03

2G043BA16

2G043CA04

2G043EA01

2G043FA01

2G043FA02

4B065AA01X

4B065AA01Y

4B065AC20

4B065CA44

4C076AA06

4C076AA09

4C076AA12

4C076AA13

4C076AA14

4C076AA17

4C076AA22

4C076BB31

4C076CC04

4C076CC18

4C076CC19

4C076CC31

4C076CC32

4C083AA031

4C083AA032

4C083AD661

4C083CC02

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4C083DD31

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4C084ZA89

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4C086AA01

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4C086ZB11

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4C086ZB35

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC30

4C087CA09

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4C087MA22

4C087MA23

4C087MA28

4C087MA43

4C087MA44

4C087MA63

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA89

4C087ZA90

4C087ZA92

4C087ZB11

4C087ZB13

4C087ZB32

4C087ZB35

(57)【要約】

皮膚疾患の処置のための組成物、方法、キット、およびデバイスを、本明細書中に提供する。分離および精製された細菌、賦形剤、担体、剤形、ならびにかかる細菌のための投与経路も本明細書中に提供する。さらに、分離および精製された細菌の混合物、賦形剤、担体、剤形、およびかかる混合物のための投与経路を本明細書中に提供する。細菌および細菌混合物を用いた処置のための条件もまた、本明細書中に提供する。組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されて得る。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項2】

前記第１の株が、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項3】

前記第２の株が、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項4】

前記第３の株が、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項5】

前記第１の株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項6】

前記第１の株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項7】

前記第２の株が、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項8】

前記第２の株が、配列番号１５の配列を有するをさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項9】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項10】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項11】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項１に記載の組成物。

【請求項12】

第４の細菌株をさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項13】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項14】

前記第１の株が、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項15】

前記第２の株が、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項16】

前記第３の株が、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項17】

前記第１の株が、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項18】

前記第１の株が、配列番号１３の配列を有するをさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項19】

前記第２の株が、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項20】

前記第２の株が、配列番号１５の配列を有するをさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項21】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項22】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項23】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項１３に記載の組成物。

【請求項24】

第４の細菌株をさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項25】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；
配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および
配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項26】

前記第１の株が、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項27】

前記第２の株が、配列番号３に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項28】

前記第３のが、配列番号６に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項29】

前記第１の株が、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項30】

前記第１の株が、配列番号１３の配列を有するをさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項31】

前記第２の株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項32】

前記第２の株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項33】

前記第３の株が、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項34】

前記第３の株が、配列番号１４の配列を有するをさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項35】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項２５に記載の組成物。

【請求項36】

第４の細菌株をさらに含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項37】

組成物であって、前記組成物が精製された細菌株を含み、前記細菌株が、以下の細菌株：
配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第４の株；
配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第５の株；および
配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第６の株；
のうちの少なくとも２つを含み、
（ａ）前記少なくとも２つの細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項38】

前記第１の株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項39】

前記第１の株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項40】

前記第２の株が、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項41】

前記第２の株が、配列番号１５の配列をさらに有する、請求項３７に記載の組成物。

【請求項42】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項43】

前記第３の株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項44】

前記第４の株が、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項45】

前記第４の株が、配列番号１３の配列を有するをさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項46】

前記第５の株が、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項47】

前記第５の株が、配列番号１４の配列を有するをさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項48】

前記第６の株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項49】

前記第６の株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項50】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項３７に記載の組成物。

【請求項51】

前記第１の株が、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項52】

前記第２の株が、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項53】

前記第３の株が、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項54】

前記第４の株が、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項55】

前記第５の株が、配列番号６に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項56】

前記第６の株が、配列番号３に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項57】

前記細菌株が、細菌株前記第１の株および前記第２の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項58】

前記細菌株が、前記第４の株および前記第２の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項59】

前記細菌株が、前記第４の株および前記第６の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項60】

前記細菌株が、前記第１の株および前記第３の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項61】

前記細菌株が、前記第２の株および前記第３の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項62】

前記細菌株が、前記第５の株および前記第６の株を含む、請求項３７に記載の組成物。

【請求項63】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項64】

前記細菌株が、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項６３に記載の組成物。

【請求項65】

前記細菌株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項６３に記載の組成物。

【請求項66】

前記細菌株が、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項６３に記載の組成物。

【請求項67】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項６３に記載の組成物。

【請求項68】

第２の細菌株をさらに含む、請求項６３に記載の組成物。

【請求項69】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項70】

前記細菌株が、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項６９に記載の組成物。

【請求項71】

前記細菌株が、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項６９に記載の組成物。

【請求項72】

前記細菌株が、配列番号１５の配列を有するをさらに含む、請求項６９に記載の組成物。

【請求項73】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項６９に記載の組成物。

【請求項74】

第２の細菌株をさらに含む、請求項６９に記載の組成物。

【請求項75】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項76】

前記細菌株が、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７５に記載の組成物。

【請求項77】

前記細菌株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項７５に記載の組成物。

【請求項78】

前記細菌株が、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項７５に記載の組成物。

【請求項79】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項７５に記載の組成物。

【請求項80】

第２の細菌株をさらに含む、請求項７５に記載の組成物。

【請求項81】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項82】

前記細菌株が、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項８１に記載の組成物。

【請求項83】

前記細菌株が、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項８１に記載の組成物。

【請求項84】

前記細菌株が、配列番号１３の配列を有するをさらに含む、請求項８１に記載の組成物。

【請求項85】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項８１に記載の組成物。

【請求項86】

第２の細菌株をさらに含む、請求項８１に記載の組成物。

【請求項87】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項88】

前記細菌株が、配列番号６に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項８７に記載の組成物。

【請求項89】

前記細菌株が、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項８７に記載の組成物。

【請求項90】

前記細菌株が、配列番号１４の配列を有するをさらに含む、請求項８７に記載の組成物。

【請求項91】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項８７に記載の組成物。

【請求項92】

第２の細菌株をさらに含む、請求項８７に記載の組成物。

【請求項93】

組成物であって、前記組成物が、
精製された細菌株を含み、前記細菌株が、
配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；
を含み、
（ａ）前記細菌株が凍結乾燥されている；あるいは
（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【請求項94】

前記細菌株が、配列番号３に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する前記１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む、請求項９３に記載の組成物。

【請求項95】

前記細菌株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項９３に記載の組成物。

【請求項96】

前記細菌株が、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む、請求項９３に記載の組成物。

【請求項97】

前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、請求項９３に記載の組成物。

【請求項98】

第２の細菌株をさらに含む、請求項９３に記載の組成物。

【請求項99】

前記組成物が、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む、請求項１～９８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項100】

前記組成物が、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む、請求項１～９９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項101】

前記細菌株を、好気的条件で成長させる、請求項１～１００のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項102】

前記細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる、請求項１～１０１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項103】

前記細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる、請求項１～１０２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項104】

前記組成物が、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する、請求項１～１０３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項105】

賦形剤をさらに含む、請求項１～１０４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項106】

凍結乾燥保護剤をさらに含む、請求項１～１０５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項107】

皮膚軟化薬をさらに含む、請求項１～１０６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項108】

チアミンまたはその塩をさらに含む、請求項１～１０７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項109】

前記細菌株が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、請求項１～１０８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項110】

前記細菌株が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、請求項１～１０８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項111】

アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項112】

アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項113】

前記投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に前記組成物を投与することを含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項114】

乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項115】

炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する前記状態が、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項116】

Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含み、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項117】

前記投与する方法が局所投与である、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項118】

皮膚の状態の処置で用いるための請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項119】

炎症の処置で用いるための請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項120】

炎症を処置するための方法であって、
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、前記細菌株が精製されており、前記細菌株が、炎症の処置のために十分な量で存在する、方法。

【請求項121】

皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させることを必要とする被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株；および
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の細菌株
を含む医薬組成物を前記被験体の皮膚に局所投与することを含み、
前記細菌株が精製されており、前記細菌株が、生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする前記被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する、方法。

【請求項122】

アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法であって、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、前記細菌株が精製されており、前記細菌株が、アトピー性皮膚炎に関連する症状の軽減のために十分な量で存在する、方法。

【請求項123】

炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法であって、
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；および
配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株
を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、
前記細菌株が精製されており、前記細菌株が炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在し、炎症に関連する前記状態が、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む、方法。

【請求項124】

そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の組成物を投与する方法。

【請求項125】

前記審美的状態が、皺または老化の外見を含む、請求項１２４に記載の方法。

【請求項126】

被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、
配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；
配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株；および
配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の細菌株
を含む組成物を前記被験体の皮膚に局所投与することを含み、
前記細菌株が精製されており、前記細菌株が、生存可能であり、前記被験体の皮膚の外見を向上させるために十分な量で存在する、方法。

【請求項127】

前記被験体の皮膚の外見を向上させることが、皺の減少、病変サイズの減少、毛穴サイズの減少、毛穴密度の減少、皺の発生の減少、皺の深さの減少、シミの減少、または皮膚の弾力性の増加を含む、請求項１２６に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

相互参照
本出願は、２０２１年１１月１１日出願の米国仮特許出願６３／２７８，１３４号（その開示全体が本明細書中で参考として援用される）の利益を主張する。

【0002】

配列表
本出願は、配列表を含んでおり、この配列表は、ＸＭＬ形式で電子的に提出され、その全体が本明細書中で参考として援用される。前記ＸＭＬコピーは、２０２２年１１月８日に作成され、名称はＳＴ２６＿２０２４２１－７０１６０１であり、サイズは４３，２８４バイトである。

【発明の概要】

【0003】

発明の概要
本明細書に開示されるのは、組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；を含み、（ａ）細菌株が凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0004】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；を含み、（ａ）細菌株が凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１３の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0005】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；および配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；を含み、（ａ）細菌株が凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号３に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号６に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１３の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号１４の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0006】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、以下の細菌株：配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の株；配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の株；配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の株；配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第４の株；配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第５の株；および配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第６の株；のうちの少なくとも２つを含み、（ａ）少なくとも２つの細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１５の配列をさらに有する。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第４の株は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第４の株は、配列番号１３の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第５の株は、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第５の株は、配列番号１４の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、第６の株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第６の株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、第１の株は、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第２の株は、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第３の株は、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第４の株は、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第５の株は、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、第６の株は、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、細菌株第１の株および第２の株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、第４の株および第２の株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、第４の株および第６の株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、第１の株および第３の株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、第２の株および第３の株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、第５の株および第６の株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0007】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では細菌株は、配列番号４に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0008】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１５の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0009】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号２に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0010】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号５に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１３の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0011】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号６に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号１４の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。

【0012】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌株を含み、細菌株は、配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列；を含み、（ａ）細菌株は凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号３に対して少なくとも１０００塩基にわたって少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を有するをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌株を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌株を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に少なくとも約１０^４ｃｆｕを保持する。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物は、またはその塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、発現の低下は、蛍光レポーターアッセイによって測定される。いくつかの実施形態では、細菌株は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、発現の低下は、蛍光レポーターアッセイによって測定される。

【0013】

本明細書でまた開示されるのは、上記の組成物を投与する方法である。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。

【0014】

本明細書でまた開示されるのは、上記の組成物を投与する方法である。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含み、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、投与する方法は局所投与である。

【0015】

本明細書でまた開示されるのは、皮膚の状態の処置で用いるための組成物（例えば、上記で開示された組成物）である。本明細書に開示されるのは、炎症の処置で用いるための組成物である。

【0016】

本明細書でまた開示されるのは、炎症を処置するための方法であって、配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、細菌株が精製されており、細菌株が、炎症の処置のために十分な量で存在する、方法である。

【0017】

本明細書でまた開示されるのは、被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株；および配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の細菌株を含む医薬組成物を被験体の皮膚に局所投与することを含み、細菌株が精製されており、細菌株が、生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する、方法である。

【0018】

本明細書でまた開示されるのは、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法であって、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、細菌株が精製されており、細菌株が、アトピー性皮膚炎に関連する症状の軽減のために十分な量で存在する、方法である。

【0019】

本明細書でまた開示されるのは、炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法であって、配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；および配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、細菌株が精製されており、細菌株が炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在し、炎症に関連する状態が、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む、方法である。

【0020】

本明細書でまた開示されるのは、上記の組成物を投与する方法である。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。

【0021】

本明細書でまた開示されるのは、被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第１の細菌株；配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第２の細菌株；および配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む第３の細菌株を含む組成物を被験体の皮膚に局所投与することを含み、細菌株が精製されており、細菌株が、生存可能であり、被験体の皮膚の外見を向上させるために十分な量で存在する、方法である。いくつかの実施形態では、被験体の皮膚の外見を向上させることは、皺の減少、病変サイズの減少、毛穴サイズの減少、毛穴密度の減少、皺の発生の減少、皺の深さの減少、シミの減少、または皮膚の弾力性の増加を含む。

【0022】

参照による組み込み
本明細書中で言及した全ての刊行物、特許、および特許出願は、各々の個別の刊行物、特許、または特許出願が、参考として援用されることを具体的かつ個別に示すことと同程度に、本明細書中で参考として援用される。

【図面の簡単な説明】

【0023】

本発明の特徴を、添付の特許請求の範囲に具体的に記載する。本発明の特徴および利点のよりよい理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明および添付の図面を参照することによって得られ、添付の図面は以下である：

【0024】

【図1】図１は、異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子を阻害した、試験した株の組み合わせの数をまとめている円グラフである。図１は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓのａｇｒおよびｐｓｍＡの発現を阻害し（左）、あるいは、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、およびｓｉｇＢの発現を阻害する（右）２つの株の組み合わせの百分率を示す。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの複数の機能を阻害する株の組み合わせは珍しい。

【0025】

【図2】図２は、蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の活性の百分率をプロットした棒グラフである。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ単独培養と比較した活性の百分率（０～１００％）を示す。図２は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株の単一の株、２つの株、または３つの株と混合した場合の、異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物の阻害を示す。

【0026】

【図3】図３は、蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の活性の百分率をプロットした棒グラフである。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ単独培養と比較した活性の百分率（０～１００％）を示す。図３は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の単一の株、２つの株、または３つの株と混合した場合の、異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物の阻害を示す。

【0027】

【図4】図４は、蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の活性の百分率をプロットした棒グラフである。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ単独培養と比較した活性の百分率（０～１００％）を示す。図４は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の単一の株、２つの株、または３つの株と混合した場合の、異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物の阻害を示す。

【0028】

【図5】図５は、異なる環境条件でのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株の３株混合物における蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の百分率変化をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。図５は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をさらなる環境条件（例えば、異なる栄養素）の存在下でｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株の３株混合物と混合した場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物（ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ＧＭＫ）の阻害を示す。このデータは、株の組み合わせが異なる栄養素にわたってＳ．ａｕｒｅｕｓの阻害機能を保持したことを示す。

【0029】

【図6】図６は、異なる環境条件でのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３株混合物における蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の百分率変化をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。図６は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をさらなる環境条件（例えば、異なる栄養素）の存在下でｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３株混合物と混合した場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物（ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ＧＭＫ）の阻害を示す。このデータは、株の組み合わせが異なる栄養素にわたってＳ．ａｕｒｅｕｓの阻害機能を保持したことを示す。

【0030】

【図7】図７は、異なる環境条件でのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３株混合物における蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子発現の百分率変化をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。図７は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をさらなる環境条件（例えば、異なる栄養素）の存在下でｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３株混合物と混合した場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物（ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ＧＭＫ）の阻害を示す。このデータは、株の組み合わせが異なる栄養素にわたってＳ．ａｕｒｅｕｓの阻害機能を保持したことを示す。

【0031】

【図8】図８は、異なる成長条件での蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の活性の百分率をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した活性の百分率を示す。Ｘ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の発現を示す。図８は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をチアミンの存在下でｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株の３株混合物と混合した場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物（ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ＧＭＫ）の阻害を示す。チアミンの存在は、３株混合物によるＳ．ａｕｒｅｕｓの阻害を増強する。

【0032】

【図9】図９は、異なる培地中の分離株の最大コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｍｌをプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、試験培地にわたって観察されたｃｆｕ／ｍＬを示す。Ｘ軸は、試験した株および試験した株のために使用した動物由来物質を含まない培地配合物（animal-free medium formulation）を示す。図９は、動物由来物質ベースの培地（animal-based medium）と比較した動物由来物質を含まない培地中の異なる皮膚分離菌の成長を示す。この図は、動物由来物質を含まない培地中でほとんどの分離株についての成長が増加したことを示す。

【0033】

【図10】図１０は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した混合培養の成長の百分率をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、株の組み合わせによる成長阻害の効果（％）を示す。Ｘ軸は、アンサンブル（例えば、３つの株の組み合わせ）またはＳ．ａｕｒｅｕｓ株のみの存在下での異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を示す。図１０は、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株と共に成長させた場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の阻害を示す。この図は、分離菌を組み合わせると多数のＳ．ａｕｒｅｕｓ分離菌の成長を阻害することができることを示す。

【0034】

【図11】図１１は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した混合培養の成長の百分率をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、株の組み合わせによる成長阻害の効果（％）を示す。Ｘ軸は、アンサンブル（例えば、３つの株の組み合わせ）またはＳ．ａｕｒｅｕｓ株のみの存在下での異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を示す。図１１は、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株と共に成長させた場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の阻害を示す。この図は、分離菌を組み合わせると多数のＳ．ａｕｒｅｕｓ分離菌の成長を阻害することができることを示す。

【0035】

【図12】図１２は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した混合培養の成長の百分率をプロットした棒グラフである。Ｙ軸は、株の組み合わせによる成長阻害の効果（％）を示す。Ｘ軸は、アンサンブル（例えば、３つの株の組み合わせ）またはＳ．ａｕｒｅｕｓ株のみの存在下での異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を示す。図１２は、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株と共に成長させた場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の阻害を示す。この図は、分離菌を組み合わせると多数のＳ．ａｕｒｅｕｓ分離菌の成長を阻害することができることを示す。

【0036】

【図13】図１３は、ｊｌ．２７株との異なる混合物における蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現のｌｏｇ_２（共培養／単独培養）の変化をプロットしたデータプロットである。Ｙ軸は、共培養／Ｓ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター単独培養のｌｏｇ_２発現変化を示す。Ｘ軸は、試験した遺伝子プロモーターを示す。図１３は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのレポーター株をｊｌ．２７株の株の組み合わせと混合した場合の異なるＳ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター構築物の阻害を示す。

【0037】

【図14】図１４は、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、およびＧＭＫの蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動（すなわち、発現）の百分率をプロットした棒グラフである。レポーターのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養の発現と比較した場合の発現をプロットしている。ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．６８株の異なる株の組み合わせを、最大７つの微生物コミュニティの存在下で、これらがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させる能力について試験した。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。データは、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．６８株の３種の組み合わせが、典型的には、そのサブセット（例えば、単一の株または２つの株の組み合わせ）より遺伝子発現を頑強に低下させ、さらなる微生物の存在下でＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させることができたことを示す。

【0038】

【図15】図１５は、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、およびＧＭＫの蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動（すなわち、発現）の百分率をプロットした棒グラフである。レポーターのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養の発現と比較した場合の発現をプロットしている。ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．６８株の異なる株の組み合わせを、最大７つの微生物コミュニティの存在下で、これらがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させる能力について試験した。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。データは、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．６８株の３種の組み合わせが、典型的には、そのサブセット（例えば、単一の株または２つの株の組み合わせ）より遺伝子発現を頑強に低下させ、さらなる微生物の存在下でＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させることができたことを示す。

【0039】

【図16】図１６は、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、およびＧＭＫの蛍光レポーターによるＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動（すなわち、発現）の百分率をプロットした棒グラフである。レポーターのＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養の発現と比較した場合の発現をプロットしている。ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株の異なる株の組み合わせを、最大７つの微生物コミュニティの存在下で、これらがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させる能力について試験した。Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。データは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株の３種の組み合わせが、典型的には、そのサブセット（例えば、単一の株または２つの株の組み合わせ）より遺伝子発現を頑強に低下させ、さらなる微生物の存在下でＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現を低下させることができたことを示す。

【0040】

【図17A】図１７Ａ～１７Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ細胞の菌叢上にプレーティングしたｊｌ．６８株のホールセルを含む寒天プレートの画像を示す。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ細胞は、ａｇｒ（クオラムセンシング）およびＧＭＫ（代謝）の発現についてのレポーターを含んでいた。ａｇｒおよびＧＭＫの発現は、ｊｌ．６８株の添加の影響を受けた。図１７Ａは、プレートのズームアウト写真を示す。図１７Ｂは、プレートのズームイン写真を示す。

【図17B】図１７Ａ～１７Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ細胞の菌叢上にプレーティングしたｊｌ．６８株のホールセルを含む寒天プレートの画像を示す。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ細胞は、ａｇｒ（クオラムセンシング）およびＧＭＫ（代謝）の発現についてのレポーターを含んでいた。ａｇｒおよびＧＭＫの発現は、ｊｌ．６８株の添加の影響を受けた。図１７Ａは、プレートのズームアウト写真を示す。図１７Ｂは、プレートのズームイン写真を示す。

【0041】

【図18A-B】図１８Ａ～１８Ｆは、単独培養または異なる細菌株との混合後におけるＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞中のＳ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒレポーターおよびＧＭＫレポーターの発現ならびにＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞のＣＦＵを示す棒グラフを示す。図１８Ａは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのＷＴ株（ａｇｒ／ＧＭＫレポーターを持たない）との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｃは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスとの１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｄは、単一のｊｌ．６８株との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｅは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスからの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｆは、ｊｌ．６８株からの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。

【図18C-D】図１８Ａ～１８Ｆは、単独培養または異なる細菌株との混合後におけるＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞中のＳ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒレポーターおよびＧＭＫレポーターの発現ならびにＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞のＣＦＵを示す棒グラフを示す。図１８Ａは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのＷＴ株（ａｇｒ／ＧＭＫレポーターを持たない）との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｃは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスとの１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｄは、単一のｊｌ．６８株との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｅは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスからの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｆは、ｊｌ．６８株からの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。

【図18E-F】図１８Ａ～１８Ｆは、単独培養または異なる細菌株との混合後におけるＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞中のＳ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒレポーターおよびＧＭＫレポーターの発現ならびにＳ．ａｕｒｅｕｓ細胞のＣＦＵを示す棒グラフを示す。図１８Ａは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのＷＴ株（ａｇｒ／ＧＭＫレポーターを持たない）との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｃは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスとの１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｄは、単一のｊｌ．６８株との１：１共培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｅは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３株ミックスからの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｆは、ｊｌ．６８株からの上清を用いた培養におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。

【0042】

【図19A】図１９Ａ～１９Ｂは、異なる密度のＳ．ａｕｒｅｕｓ培養物中の代謝活性およびクオラムセンシング活性を示す棒グラフを示す。ｊｌ．６８株からの上清（１０％）またはＰＢＳ（対照）を、異なる濃度のＳ．ａｕｒｅｕｓに添加した。図１９Ａは、上清添加後のＧＭＫの発現を示す。図１９Ｂは、上清添加後のａｇｒの発現を示す。

【図19B】図１９Ａ～１９Ｂは、異なる密度のＳ．ａｕｒｅｕｓ培養物中の代謝活性およびクオラムセンシング活性を示す棒グラフを示す。ｊｌ．６８株からの上清（１０％）またはＰＢＳ（対照）を、異なる濃度のＳ．ａｕｒｅｕｓに添加した。図１９Ａは、上清添加後のＧＭＫの発現を示す。図１９Ｂは、上清添加後のａｇｒの発現を示す。

【0043】

【図20】図２０は、ＴＳＢ寒天プレート中に異なる濃度（０％、５％、および１０％）のｊｌ．６８株からの上清を包埋し、寒天上にＳ．ａｕｒｅｕｓの１０倍希釈系列をプレーティングした寒天プレートの画像を示す。ＣＦＵ／ｍｌは、インキュベーション後のプレート上のＳ．ａｕｒｅｕｓの存在量である。

【発明を実施するための形態】

【0044】

発明の詳細な説明
皮膚疾患の処置のための組成物、方法、キット、およびデバイスを本明細書中に提供する。さらに、（１）細菌の混合物（２）賦形剤、剤形、およびかかる混合物のための投与経路、（３）ならびにかかる細菌混合物を用いた処置の条件を本明細書中に提供する。

【0045】

本開示を通して、種々の実施形態を範囲の形式で表している。範囲の形式での記載は便宜および簡潔さのみを目的とし、いかなる実施形態の範囲も不変の制限を受けると解釈されないと理解されるべきである。したがって、文脈上他の意味を明確に示さない限り、範囲の記載は、全ての可能な下位範囲ならびにその範囲内の個別の数値が、下限の単位の１０分の１まで具体的に開示されていると見なすべきである。例えば、１から６までなどの範囲の記載は、１から３まで、１から４まで、１から５まで、２から４まで、２から６まで、３から６までなどの下位範囲、ならびにその範囲内の個別の値（例えば、１．１、２、２．３、５、および５．９）を具体的に開示していると見なすべきである。これらの介在する範囲の上限または下限は、より小さな範囲に独立して含まれてよく、記載の範囲の任意の具体的に除外される制限を条件として、本発明の範囲内に包含される。文脈上別段の明確な指示がない限り、記載の範囲が限度の一方または両方を含む場合、含まれる限度のいずれかまたは両方を除外する範囲も含まれる。

【0046】

本明細書中で使用した用語が特定の例を説明することのみを目的とし、いかなる実施形態の制限も意図しない。本明細書中で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上明確に別段の指示がない限り、複数形も含まれることを意図する。本明細書中で使用する場合、用語「および／または」には、１つまたは複数の列挙した関連項目のありとあらゆる組み合わせが含まれる。

【0047】

具体的に記載されていないか、文脈から明らかでない限り、本明細書中で使用される場合、数値または数値の範囲に関する用語「約」は、記載の数値およびその数値＋／－１０％、または、範囲について列挙した値については、列挙した下限の１０％未満および列挙した上限の１０％超を意味すると理解される。

【0048】

本明細書中で使用される用語「被験体」は、ヒトおよび非ヒト哺乳動物（例えば、他の生物がコロニー形成することができる霊長類、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、またはげっ歯類を含む）を含む。

【0049】

いくつかの実施形態では、参照株との１６Ｓ ｒＲＮＡ細菌遺伝子配列、１６Ｓ ｒＲＮＡの超可変領域、または全ゲノムの比較に基づいてある同一性パーセントを有する細菌を含む組成物を本明細書中に提供する。典型的には、１６Ｓ ｒＲＮＡ細菌遺伝子配列の比較は、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ検索を使用して配列を既知の細菌ＤＮＡ配列と比較することによって、株が同一の種内にあるのか、別の株であるのかを同定することが可能である。ヌクレオチド配列に関する同一性のレベルを、少なくとも２０の連続するヌクレオチドについて、少なくとも３０の連続するヌクレオチドについて、少なくとも少なくとも４０の連続するヌクレオチドについて、少なくとも５０の連続するヌクレオチドについて、少なくとも６０の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも２００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも３００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも４００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも５００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも６００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも７００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも８００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも９００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１０００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１１００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１２００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１３００の連続するヌクレオチドについて、少なくとも１４００の連続するヌクレオチドについて、または少なくとも１５００の連続するヌクレオチドについて決定し得る。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列に関する同一性のレベルを、検索された配列全体について決定する。同一性パーセントは、参照細菌の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列、１６Ｓ ｒＲＮＡ Ｖ４領域配列、または全ゲノム配列に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。同一性パーセントは、参照細菌の１６Ｓ ｒＲＮＡ：Ｖ１領域、Ｖ２領域、Ｖ３領域、Ｖ５領域、Ｖ６領域、Ｖ７領域、Ｖ８領域、またはＶ９領域の配列に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。同一性パーセントは、参照細菌の配列に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。

【0050】

本明細書中で使用される場合、物質が得られる試料供給源の他の成分を実質的に含まない場合、物質は、「純粋」または「実質的に純粋」である。用語「精製する」、「精製すること」、および「精製された」は、細菌（単数または複数）に適用される場合、細菌が最初に産生または生成されたとき、あるいはその最初の産生後の任意の期間中に会合していた少なくともいくつかの成分から分離されている細菌を指すことができる。細菌または細菌集団は、産生時または産生後に細菌または細菌集団を含む材料もしくは環境などから分離されているか、培養によって継代されている場合、精製されていると見なされ得る。精製された細菌または細菌集団は、少なくとも最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約９０％超の他の材料を含んでよく、依然として精製されたと見なされ得る。精製された細菌または細菌集団は、単一の株型が組成物中に存在する細菌の少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０％、またはそれを超えて存在してよく、依然として精製されたと見なされ得る。

【0051】

細菌混合物
ヒトの皮膚は、マイクロバイオームに多数の環境を提供する。健常人では、皮膚のマイクロバイオームおよび皮膚の宿主環境の両方は、皮膚健康の維持に重要である。しかしながら、皮膚マイクロバイオームのディスバイオシスおよび共生細菌種の病原性細菌種での置き換えは、疾患を引き起こし得る。この目的のために、損傷を受けた皮膚マイクロバイオームを健常人からの細菌の分離菌で撹乱することにより、皮膚マイクロバイオームの機能および多様性を修復することができる。例えば、損傷を受けたマイクロバイオームの修復および／または改変を使用して、疾患を処置することができる。本明細書中に記載の組成物を、損傷を受けた皮膚マイクロバイオームの処置のために使用し、この組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、以下の細菌種のうちの少なくとも１つ、２つ、または３つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも１つ、２つ、または３つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｏｒｏｎｉｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ＩＮＯＰ０１、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ＦＮ１１、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． Ｌｚｈ－５、またはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓ。細菌種は、凍結乾燥されており、そして／あるいは皮膚への送達のために製剤化されている。組成物を、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化することができる。細菌種の投与を使用して、皮膚の炎症、皮膚障害（アトピー性皮膚炎など）、または皮膚の炎症もしくは皮膚障害に関連する症状を処置する。

【0052】

さらに、本明細書中に記載の組成物を、損傷を受けた皮膚マイクロバイオームの処置のために使用し、この組成物は、精製された細菌株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、以下の細菌株のうちの少なくとも１つ、２つ、または３つを含む：ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、ｊｌ．８３株、またはｊｌ．７７株。細菌株は、凍結乾燥されており、そして／あるいは皮膚への送達のために製剤化されている。組成物を、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化することができる。細菌株の投与を使用して、皮膚の炎症、皮膚障害（アトピー性皮膚炎など）、または皮膚の炎症もしくは皮膚障害に関連する症状を処置する。

【0053】

本明細書中に記載の細菌および本明細書中に記載の細菌の混合物を使用して、病原性細菌のコロニー形成または皮膚の炎症の誘発を処置もしくは阻害、軽減、および／または排除する。本明細書中に記載の細菌および本明細書中に記載の細菌の混合物を使用して、病原性細菌の成長を抑制する。本明細書中に記載の細菌を使用して、病原性微生物中の遺伝子発現をモジュレートする。本明細書中に記載の細菌を使用して、病原性微生物中のタンパク質発現をモジュレートする。本明細書中に記載の細菌を、健常人の皮膚から分離する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の細菌を精製する。例えば、本明細書中に記載の細菌の分離菌を、寒天培地上での１またはそれを超える回数の継代によって精製することができる。一部の場合において、健常人は、１またはそれを超える皮膚疾患を持たない被験体である。一部の場合において、細菌を、皮膚の表皮から分離する。一部の場合において、細菌を、足、脚、腕、胴体、手、鼠径部、腋窩、背中、頸部、頭部、耳、鼻、顔、または皮膚で覆われた身体の任意の領域の皮膚から分離する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の細菌は、組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の細菌を、疾患の処置のために投与する。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は凍結乾燥されている。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。

【0054】

いくつかの実施形態では、組成物は、生きている細菌を含む。一部の場合において、生きている細菌は、膜安定性を保持する細菌を含む。一部の場合において、生きている細菌は、転写および翻訳することができる細菌を含む。一部の場合において、生きている細菌は、細胞分裂することができる細菌を含む。一部の場合において、生きている細菌は、培養依存性技術または培養非依存性技術によって判定される。一部の場合において、生きている細菌は、安定な成長培地上にプレーティングした場合にコロニー形成単位（ｃｆｕ）を得ることができる個別の細菌または細菌群を含む。いくつかの実施形態では、生きているおよび／または死んだ細菌を、例えば、生／死染色を用いた画像化によって判定する。一部の場合において、生存率ＰＣＲベースの方法（ａ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ＰＣＲ ｂａｓｅｄ ｍｅｔｈｏｄ）を使用して、生きている細菌を判定することができる。一部の場合において、メタボロミックアッセイを使用して、生きている細菌を判定する。

【0055】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の細菌を、好気的条件で成長させる。一部の場合において、本明細書中に記載の細菌を、嫌気的条件で成長させる。一部の場合において、本明細書中に記載の細菌は、偏性好気性菌、偏性嫌気性菌、通性嫌気性菌、微好気性菌、または耐気性微生物であることが可能であり、成長のために適用可能な任意の条件（例えば、０～４０％のＯ_２、および／または０～４０％のＣＯ_２）で成長させることができる。本明細書中に記載の細菌を、室温またはインキュベーター中で成長させる。例えば、本明細書中に記載の細菌を、成長の助けとなる任意の温度で成長させることができる。一部の例において、本明細書中に記載の細菌を、約１℃～５０℃で成長させる。一部の例において、本明細書中に記載の細菌を、３０℃で成長させる。一部の例において、本明細書中に記載の細菌を、３７℃で成長させる。本明細書中に記載の細菌を、液体培養でまたは固体培地（栄養素を補足した寒天など）上で成長させる。一部の場合において、細菌を、動物性生成物を含むか含まない培地中で成長させる。一部の場合において、細菌を、動物性生成物を含まない培地中で成長させる。一部の例において、細菌を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。

【0056】

一部の場合において、本明細書中に記載の細菌および／または組成物を、容器中で保存する。一部の場合において、容器は、ガラス、プラスチック、金属、または任意の固体材料である。一部の場合において、容器は、キットに含まれる。一部の例において、本明細書中に記載の細菌または組成物を含む密封容器を約：-８０℃、－７９℃、－７８℃、－７７℃、－７６℃、－７５℃、－７４℃、－７３℃、－７２℃、－７１℃、－７０℃、－６９℃、－６８℃、－６７℃、－６６℃、－６５℃、－６４℃、－６３℃、－６２℃、－６１℃、－６０℃、－５９℃、－５８℃、－５７℃、－５６℃、－５５℃、－５４℃、－５３℃、－５２℃、－５１℃、－５０℃、－４９℃、－４８℃、－４７℃、－４６℃、－４５℃、－４４℃、－４３℃、－４２℃、－４１℃、－４０℃、－３９℃、－３８℃、－３７℃、－３６℃、－３５℃、－３４℃、－３３℃、－３２℃、－３１℃、－３０℃、－２９℃、－２８℃、－２７℃、－２６℃、－２５℃、－２４℃、－２３℃、－２２℃、－２１℃、－２０℃、－１９℃、－１８℃、－１７℃、－１６℃、－１５℃、－１４℃、－１３℃、－１２℃、－１１℃、－１０℃、－９℃、－８℃、－７℃、－６℃、－５℃、－４℃、－３℃、－２℃、－１℃、０℃、１℃、２℃、３℃、４℃、５℃、６℃、７℃、８℃、９℃、１０℃、１１℃、１２℃、１３℃、１４℃、１５℃、１６℃、１７℃、１８℃、１９℃、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、または３８℃においた場合、細菌は、ｃｆｕカウントによって測定した場合に、３ヶ月後、６ヶ月後、または１２ヶ月後に約：０．１％、１％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９９％を超える培養生存率を保持することができる。一部の例において、本明細書中に記載の細菌または組成物を含む密封容器を約：－８０℃、－７９℃、－７８℃、－７７℃、－７６℃、－７５℃、－７４℃、－７３℃、－７２℃、－７１℃、－７０℃、－６９℃、－６８℃、－６７℃、－６６℃、－６５℃、－６４℃、－６３℃、－６２℃、－６１℃、－６０℃、－５９℃、－５８℃、－５７℃、－５６℃、－５５℃、－５４℃、－５３℃、－５２℃、－５１℃、－５０℃、－４９℃、－４８℃、－４７℃、－４６℃、－４５℃、－４４℃、－４３℃、－４２℃、－４１℃、－４０℃、－３９℃、－３８℃、－３７℃、－３６℃、－３５℃、－３４℃、－３３℃、－３２℃、－３１℃、－３０℃、－２９℃、－２８℃、－２７℃、－２６℃、－２５℃、－２４℃、－２３℃、－２２℃、－２１℃、－２０℃、－１９℃、－１８℃、－１７℃、－１６℃、－１５℃、－１４℃、－１３℃、－１２℃、－１１℃、－１０℃、－９℃、－８℃、－７℃、－６℃、－５℃、－４℃、－３℃、－２℃、－１℃、０℃、１℃、２℃、３℃、４℃、５℃、６℃、７℃、８℃、９℃、１０℃、１１℃、１２℃、１３℃、１４℃、１５℃、１６℃、１７℃、１８℃、１９℃、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、または３８℃においた場合、細菌は、ｃｆｕカウントによって測定した場合に、３ヶ月後、６ヶ月後、または１２ヶ月後に、約：約１０^３ｃｆｕ、約１０^４ｃｆｕ、約１０^５ｃｆｕ、約１０^６ｃｆｕ、約１０^７ｃｆｕ、約１０^８ｃｆｕ、約１０^９ｃｆｕ、約１０^１０ｃｆｕ、約１０^１１ｃｆｕ、約１０^１２ｃｆｕを超えて保持することができる。一部の場合において、本明細書中に開示の組成物は、冷凍庫（例えば、－８０℃～約－２０℃）、冷蔵庫（例えば、４℃）、または室温で安定である。

【0057】

いくつかの実施形態では、細菌種の組成物を本明細書中に提供する。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、１またはそれを超える細菌種を含む。例えば、本明細書中に記載の組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える細菌種を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、１つの細菌種を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、２つの細菌種を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、３つの細菌種を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、４つの細菌種を含む。１またはそれを超える表１の細菌種を含む細菌の混合物を本明細書中に提供する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える表１中の細菌種を含む。

【0058】

【表1】

【0059】

一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、１またはそれを超える細菌株を含む。例えば、本明細書中に記載の組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える細菌株を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、１つの細菌株を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、２つの細菌株を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、３つの細菌株を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、４つの細菌株を含む。１またはそれを超える表２の細菌株を含む細菌の混合物を本明細書中に提供する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える表２中の細菌株を含む。

【0060】

【表2】

【0061】

一部の場合において、細菌株は、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、ｊｌ．６８株、ｊｌ．１２１株、またはｊｌ．２１株を含む。一部の例において、本明細書中の細菌株を、１６ｓ ｒＲＮＡ配列によって同定する。一部の場合において、ｊｌ．８３株は、配列番号４の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．８３株は、配列番号４に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株は、配列番号１の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株は、配列番号１に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．７７株は、配列番号２の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．７７株は、配列番号２に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．６８株は、配列番号５の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．６８株は、配列番号５に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１２１株は、配列番号６の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１２１株は、配列番号６に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２１株は、配列番号３の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２１株は、配列番号３に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0062】

一部の場合において、細菌株は、ｊｌ．１９株、ｊｌ．３９株、ｊｌ．２６株、ｊｌ．１１６株、ｊｌ．１１９株、またはｊｌ．４５株を含む。一部の場合において、ｊｌ．１９株は、配列番号１６の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１９株は、配列番号１６に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．３９株は、配列番号１７の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．３９株は、配列番号１７に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２６株は、配列番号１８の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２６株は、配列番号１８に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１１６株は、配列番号１９の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１１６株は、配列番号１９に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１１９株は、配列番号２０の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１１９株は、配列番号２０に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．４５株は、配列番号２１の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．４５株は、配列番号２１に対して少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、本明細書中の細菌株は、配列番号１～６または１６～２１のうちのいずれか１つに対して少なくとも５００塩基、６００塩基、７００塩基、８００塩基、９００塩基、１０００塩基、または１１００塩基にわたって少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。一部の場合において、本明細書中の細菌株は、配列番号１～６または１６～２１のうちのいずれか１つに対して少なくとも５００塩基、６００塩基、７００塩基、８００塩基、９００塩基、１０００塩基、または１１００塩基にわたって１００％の配列同一性を有する１６ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0063】

一部の例において、本明細書中の細菌株は、識別子配列によって同定される。例えば、識別子配列は、細菌株を同定するために使用されるゲノムおよび／またはアクセサリーゲノム（プラスミドなど）において見出される配列である。一部の場合において、ｊｌ．８３株は、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．８３株は、配列番号１１に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．８３株は、配列番号１２に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株は、配列番号１５の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株は、配列番号１５に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．７７株は、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．７７株は、配列番号７に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．７７株は、配列番号８に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．６８株は、配列番号１３の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．６８株は、配列番号１３に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１２１株は、配列番号１４の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．１２１株は、配列番号１４に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２１株は、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２１株は、配列番号９に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、ｊｌ．２１株は、配列番号１０に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、本明細書中の細菌株は、配列番号７～１５のうちのいずれか１つに対して少なくとも５００塩基、６００塩基、７００塩基、８００塩基、９００塩基、１０００塩基、１１００塩基、または１２００塩基にわたって少なくとも：９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する識別子配列を含む。一部の場合において、本明細書中の細菌株は、配列番号７～１５のうちのいずれか１つに対して少なくとも５００塩基、６００塩基、７００塩基、８００塩基、９００塩基、１０００塩基、１１００塩基、または１２００塩基にわたって１００％の配列同一性を有する識別子配列を含む。

【0064】

いくつかの実施形態では、配列番号１１、配列番号１２、またはこれらの両方の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１１に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１２に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１５の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１５に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号７、配列番号８、またはこれらの両方の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号７に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号８に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１３の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１３に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１４の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１４に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号９、配列番号１０、またはこれらの両方の配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号９に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。一部の場合において、配列番号１０に対して少なくとも：９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含む細菌を本明細書中に提供する。

【0065】

いくつかの実施形態では、本明細書中の組成物は、無細胞成分（表２に列挙した株のうちの任意の１つからの上清など）を含むことができる。一部の場合において、本明細書中の組成物は、表２に列挙した株の任意の組み合わせからの無細胞成分を含むことができる。一部の場合において、本明細書中の組成物は、配列番号１～６または１６～２１のうちの任意の１つに対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する１またはそれを超える細菌株からの無細胞成分を含むことができる。一部の場合において、本明細書中の組成物は、配列番号１～６または１６～２１のうちの任意の１つを含む１またはそれを超える細菌株からの無細胞成分を含むことができる。一部の場合において、本明細書中の組成物は、配列番号５に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する細菌株からの無細胞成分を含むことができる。一部の場合において、本明細書中の組成物は、配列番号５を含む細菌株からの無細胞成分を含むことができる。

【0066】

一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、１またはそれを超える細菌株および１またはそれを超える細菌種を含む。例えば、本明細書中に記載の組成物は、２つの細菌種および１つの細菌株を含む。

【0067】

いくつかの実施形態では、組成物は、２またはそれを超える細菌種または細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも２つを含む：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｈｎｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｙｃｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｃｅｍｂｅｎｓｉｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ ｍａｒｉｎａ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも２つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｏｒｏｎｉｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ＩＮＯＰ０１、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ＦＮ１１、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． Ｌｚｈ－５、またはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも２つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌株のうちの少なくとも２つを含む：ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、ｊｌ．６８株、ｊｌ．１２１株、およびｊｌ．２１株。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．８３株およびｊｌ．２７株を含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．６８株およびｊｌ．２７株を含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．６８株およびｊｌ．２１株を含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．８３株およびｊｌ．７７株を含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．２７株およびｊｌ．１２１株を含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．２１株およびｊｌ．１２１株を含む。

【0068】

いくつかの実施形態では、組成物は、３またはそれを超える細菌種または細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも３つを含む：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｈｎｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｙｃｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｃｅｍｂｅｎｓｉｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ ｍａｒｉｎａ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌種のうちの少なくとも３つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ。いくつかの実施形態では、組成物は、以下の細菌株のうちの少なくとも３つを含む：ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、ｊｌ．６８株、ｊｌ．１２１株、およびｊｌ．２１株。

【0069】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物は、３つの細菌種または細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、細菌種Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓを含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、細菌種Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．６８株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．１２１株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、細菌種Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む。一部の場合において、組成物は、細菌株ｊｌ．６８株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．１２１株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表３からの細菌種の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表３からの細菌種の組み合わせである。いくつかの実施形態では、組成物は、表４からの細菌株の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表４からの細菌株の組み合わせである。

【0070】

【表3】

【0071】

【表4-1】

【表4-2】

【0072】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物は、１つの細菌種または細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌種または細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．８３株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．２７株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．７７株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．２１株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．６８株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．１２１株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｈｎｉｉを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．１９株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．３９株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｙｃｏｉｄｅｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．２６株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓを含む。一部の場合において、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ ｊｌ．４４を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．１１６株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｃｅｍｂｅｎｓｉｓを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．１１９株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｋｏｃｕｒｉａ ｍａｒｉｎａを含む。一部の場合において、組成物は、ｊｌ．４５株を含む。

【0073】

いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓはＢａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ ＤＳＭ２３１１７であり、ＤＳＭＺ－Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉはＢａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ ＤＳＭ１０２０５０であり、ＤＳＭＺ－Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓはＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓ ＤＳＭ５４であり、ＤＳＭＺ－Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓはＢａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ ＤＳＭ７であり、ＤＳＭＺ－Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ ＤＳＭ２０６０８であり、ＤＳＭＺ－Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓはＢａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ ＡＴＣＣ２３３５０（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ Ｆ ＩＦＯ１５５３５）であり、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）寄託機関から入手することができる。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓはＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ ＡＴＣＣ４３４２（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ ＮＲＳ７３１）であり、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）寄託機関から入手することができる。

【0074】

いくつかの実施形態では、被験体に投与したとき、本明細書中に記載の細菌種または細菌株は、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの皮膚でのコロニー形成を軽減または排除することができる。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物を使用して、病原性の細菌、真菌、またはウイルスを死滅させる。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物を使用して、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの成長を抑制する。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物を使用して、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの成長を制御する。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物を使用して、病原性の細菌、真菌、またはウイルスのビルレンスを制御する。一部の場合において、１またはそれを超える細菌種または細菌株を含む組成物は、投与したとき、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの皮膚でのコロニー形成を軽減または排除することができる。皮膚病原性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ ｃａｎｉｍｏｒｓｕｓ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ ｓｐ．．、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ、およびＶｉｂｒｉｏ ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓを含むが、これらに限定されない。一部の場合において、病原性細菌は、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓを含む。病原性皮膚真菌は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ属、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ属、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ属、およびＥｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ属を含む子嚢菌類皮膚糸状菌、およびＭａｌａｓｓｅｚｉａ属における担子菌類の真菌を含むが、これらに限定されない。一部の場合において、皮膚病原性真菌は、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｐａｃｈｙｄｅｒｍａｔｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ ｃａｎｉｓ、およびＴｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓを含む。例示的な皮膚病原性ウイルスは、Ｈｅｒｐｅｓ ｓｐ．、Ｈｅｒｐｅｓ ｚｏｓｔｅｒ．、Ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ．、Ｍｏｌｌｕｓｃｕｍ ｃｏｎｔａｇｉｏｓｕｍ、およびヒトパピローマウイルスを含むが、これらに限定されない。病原性の細菌、真菌、またはウイルスのかかる減少は、皮膚の任意の位置（例えば、被験体の前腕、脚、または胃）においてであり得る。一部の場合において、本明細書中の組成物は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの毒素産生を減少させることができ、真菌（例えば、Ｃａｎｄｉｄａ）の菌糸形成を減少させることができ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａの皮脂代謝を減少させることができ、あるいはＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａのバイオフィルム形成を減少させることができる。

【0075】

病原性微生物中の遺伝子発現のモジュレーションまたは病原性微生物中のタンパク質発現のモジュレーションのために十分な量で本明細書中に記載の細菌種および／または細菌株を含む組成物を本明細書中に提供する。一部の場合において、モジュレーションは、遺伝子発現またはタンパク質発現の増加である。一部の場合において、モジュレーションは、遺伝子発現またはタンパク質発現の減少である。一部の場合において、組成物は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓからの遺伝子またはタンパク質の発現を低下させる。モジュレーションおよび抑制のための遺伝子の例は、ビルレンス遺伝子、代謝遺伝子、転写遺伝子、翻訳遺伝子、タンパク質プロセシング遺伝子、タンパク質折りたたみ遺伝子、分泌遺伝子、細胞分裂遺伝子、生合成遺伝子、細胞壁遺伝子、細胞膜遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、およびこれらの遺伝子のうちの１つによってコードされるタンパク質を含むが、これらに限定されない。一部の場合において、遺伝子またはタンパク質は、成長、調節（例えば、ビルレンス調節、代謝調節、または成長調節）、直接的なビルレンス（毒素、ストレス、または代謝状態など）に関連する。一部の場合において、遺伝子は、ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓｉｇＢ、ｓａｅＲ、および／またはｃｃｐＡである。一部の場合において、タンパク質は、ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓｉｇＢ、ｓａｅＲ、および／またはｃｃｐＡによってコードされる。一部の場合において、遺伝子の発現を、プロモーター－レポーター株によって測定する。例えば、ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓｉｇＢ、ｓａｅＲ、またはｃｃｐＡなどの目的の遺伝子のプロモーターを、蛍光レポーター（ＧＦＰなど）またはルシフェラーゼに融合して遺伝子発現量を測定することができる。プロモーター－レポーターＳ．ａｕｒｅｕｓ株の例示的な遺伝子を、表５に示す。一部の場合において、遺伝子発現を使用して、構成性代謝機能、クオラムセンシング、宿主の組織に損傷を与える毒素、ストレス応答シグマ因子、ビルレンス調節、および／または炭素異化代謝産物抑制を評価する。一部の場合において、遺伝子発現を、ノーザンブロット、ウェスタンブロット、プロモーター－レポーター遺伝子、マイクロアレイ、ＰＣＲアッセイ（逆転写ポリメラーゼ連鎖反応など）、遺伝子発現連続解析法（ＳＡＧＥ）、次世代配列決定技術（ＲＮＡ Ｓｅｑなど）、またはこれらの方法の組み合わせによって測定する。一部の場合において、タンパク質の発現を測定する。一部の場合において、タンパク質発現を、ウェスタンブロット、酵素結合免疫アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル、ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイ、またはタンパク質の発現および／または量を定量する任意のアッセイによって測定する。

【0076】

【表5】

【0077】

いくつかの実施形態では、細菌種および／または細菌株を含む組成物は、１またはそれを超える化合物をさらに含むことができる。一部の場合において、化合物は、環境成分であり得る。一部の場合において、化合物は、炭素源、窒素源、リン源、硫黄源、または金属イオン源を含む。一部の場合において、化合物は、細菌組成物と相乗効果を得ることができる。例えば、化合物は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ発現の阻害を増強することができる。一部の場合において、化合物は、細菌組成物の効力を増加させる。一部の場合において、化合物は、チアミン（ビタミンＢ－１）またはその塩を含む。一部の場合において、化合物は、アセテート、ベータ－アラニン、ビカルボネート、ビオチン、ブチレート、カフェイン、シトレート、クレアチン、Ｄ－セロビオース、Ｄ－フルクトース、Ｄ－グルコサミン、Ｄ－グルコース、Ｄ－マンニトール、Ｄ－ラフィノース、Ｄ－ソルビトール、Ｄ－スクロース、Ｄ－トレハロース、Ｄ－キシロース、ホルメート、ＧｌｃＮＡｃ、グリセロール、グリシン、Ｌ－アラニン、Ｌ－アラビノース、Ｌ－アルギニン、Ｌ－シトルリン、Ｌ－グルタミン、Ｌ－ヒドロキシプロリン、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－ロイシン、Ｌ－メチオニン、Ｌ－オルニチン、Ｌ－プロリン、Ｌ－セリン、Ｌ－タウリン、Ｌ－トレオニン、Ｌ－バリン、Ｌ－アスコルベート、Ｌ－ラクテート、ニコチンアミン、ポリソルベート２０、ポリソルベート８０、プロピオネート、ピルベート、スクシネート、チアミン、トリエタノールアミン、または尿素を含む。

【0078】

投与経路、賦形剤、投薬、および剤形
いくつかの実施形態では、用語「投与する」、「投与すること」、および「投与」などは、本明細書中で使用される場合、本明細書中に記載の組成物を所望の生物学的作用部位に送達できるように使用することができる方法を指すことができる。一部の場合において、送達は、局所投与を含む。一部の場合において、送達は、注射、吸入、カテーテル法、胃瘻管投与、静脈内投与、骨内投与、眼への投与、耳への投与、局所投与、経皮投与、経口投与、直腸投与、経鼻投与、膣内投与、海綿体内投与、脳内投与、経尿道投与、頬側投与、舌下投与、またはこれらの組み合わせを含むことができる。送達は、身体の罹患組織または罹患領域への直接適用を含むことができる。送達は、実質注射、髄腔内注射、室内注射、または槽内注射を含むことができる。本明細書中に提供した組成物を、任意の方法によって投与することができる。投与する方法は、動脈内注射、脳室内注射、槽内注射、筋肉内注射、眼窩内注射、実質内注射、腹腔内注射、脊髄内注射、髄腔内注射、静脈内注射、室内注射、定位注射、皮下注射、硬膜外、またはこれらの組み合わせによる方法であり得る。送達は、非経口投与（例えば、静脈内、皮下、髄腔内、腹腔内、筋肉内、血管内、または注入による投与）を含む。いくつかの実施形態では、送達は、ナノ粒子、微粒子、ウイルス様粒子、リポソーム、エキソソーム、細胞外小胞、マイクロニードル、インプラント、またはこれらの組み合わせを含む。一部の場合において、送達は、デバイスからの送達である。一部の場合において、送達は、浣腸器、点眼薬、鼻噴霧剤、噴霧剤、点耳薬、またはこれら任意の組み合わせによる送達である。一部の場合において、送達は、液剤、懸濁剤、乳剤、錠剤、丸薬、ペレット剤、カプセル剤、液体を含むカプセル剤、散剤、徐放製剤、指向性放出製剤（ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒｅｌｅａｓｅ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）、凍結乾燥物（フリーズドライ／凍結乾燥）、エアロゾル、噴霧剤、顆粒剤、散剤、またはシロップ剤の形態である。一部の場合において、送達は、吸入器、ディフューザー、ネブライザー、またはこれらの組み合わせを含む。送達は、皮膚などの表面の外面への局所投与（ローション剤、クリーム剤、貼付剤、フィルム剤、ゲル剤、噴霧剤、点滴剤、液体製剤、軟膏剤、懸濁剤、乳剤、チンキ剤、フォーム剤、散剤、パスタ剤、または油剤など）を含むことができる。一部の例において、被験体は、監督されることなく組成物を投与することができる。一部の例において、被験体は、医療専門家（例えば、医師、看護師、医師のアシスタント、オーダリー、ホスピス職員など）の監督下で組成物を投与することができる。一部の場合において、医療専門家が組成物を投与することができる。一部の場合において、被験体が組成物を投与することができる。

【0079】

投与を容易にするために、本明細書中に記載の医薬組成物は、１またはそれを超える薬学的に許容され得る賦形剤を含み得る。例示的な薬学的に許容され得る賦形剤は、希釈剤、補助剤、賦形剤、水、油（石油、動物油、植物油、天然油、合成油が挙げられる）を含むが、これらに限定されない。さらなる例は、食塩水、アカシアゴム、ゼラチン、デンプンペースト、タルク、ケラチン、コロイド状シリカ、および尿素を含む。かかる賦形剤は、結合剤（エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、微結晶性セルロース、またはゼラチンなど）；賦形剤（デンプン、ラクトース、またはデキストリンなど）；崩壊剤（アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、およびトウモロコシデンプンなど）；滑沢剤（ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘなど）；流動促進剤（コロイド状二酸化ケイ素など）；甘味剤（スクロースまたはサッカリンなど）、香味料（ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味など）、または着色剤を含み得る。賦形剤のさらなる例は、ポリエチレングリコール、シクロデキストリン、油、またはカプセル剤に製剤化され得る任意の他の類似の液体担体を含む。賦形剤のなおさらなる例は、滅菌希釈剤、例えば、水、食塩液、生理食塩水、リンゲル液、等張塩化ナトリウム、リン酸緩衝食塩水、固定油（合成のモノグリセリドもしくはジグリセリド）、ポリエチレングリコール、グリセリン、シクロデキストリン、プロピレングリコール、または他の溶媒など；抗菌剤（ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなど）；抗酸化剤（アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなど）；キレート剤（エチレンジアミン四酢酸など）；緩衝液（酢酸緩衝液、クエン酸緩衝液、またはリン酸緩衝液など）および張度を調整するための剤（塩化ナトリウムまたはデキストロースなど）、増粘剤、滑沢剤、ならびに着色剤を含む。本発明のいくつかの実施形態では、薬学的に許容され得る担体は、被験体への医薬組成物の投与前に医薬組成物の文脈で有利な本明細書中に記載の細菌の成長および／または静的存在を補助することができる成長培地を含む。

【0080】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物は、凍結乾燥保護剤を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、抗凍結剤を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物は、フリーズドライまたは凍結乾燥されている。一部の場合において、凍結乾燥保護剤は、ミルク、糖、スクロース、ラクトース、グルコース、トレハロース、グリセロール、マンニトール、ソルビトール、グリシン、アラニン、リジン、ポリエチレングリコール、デキストラン、またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）を含むことができる。

【0081】

種々の他の添加物を、組成物に含めることができる。

【0082】

添加物の非限定的な例は、抗酸化剤、収斂薬、香料、防腐剤、皮膚軟化薬、顔料、染料、湿潤剤、噴射剤、および日焼け防止剤、ならびにその存在が薬学的またはその他で望ましい場合がある他の材料クラスを含む。一部の場合において、皮膚軟化薬は、保湿剤を含むことができる。

【0083】

必要に応じた添加物の非限定的な例は、防腐剤（ソルベートなど）；溶媒（イソプロパノールおよびプロピレングリコールなど）；収斂薬（メントールおよびエタノールなど）；皮膚軟化薬（ポリアルキレンメチルグルコシドなど）；湿潤剤（グリセリンなど）；乳化剤（ステアリン酸グリセロール、ＰＥＧ－１００ステアラート、ポリグリセリル－３ヒドロキシルウリルエーテル、およびポリソルベート６０など）；ソルビトールおよび他のポリヒドロキシアルコール（ポリエチレングリコールなど）；日焼け防止剤（メトキシオクチルシンナマート（Ｐａｒｓｏｌ ＭＣＸ）およびブチルメトキシベンゾイルメタン（Ｐａｒｓｏｌ １７８９）など）；抗酸化剤（アスコルビン酸（ビタミンＣ）、α－トコフェロール（ビタミンＥ）、β－トコフェロール、γ－トコフェロール、δ－トコフェロール、ε－トコフェロール、ζ１－トコフェロール、ζ２－トコフェロール、η－トコフェロール、およびレチノール（ビタミンＴＨＥ）など）；精油、セラミド、必須脂肪酸、鉱油、植物油（例えば、ダイズ油、パーム油、シアバター液体画分、ヒマワリ油）、動物油（例えば、ペルヒドロスクアレン）、合成油、シリコーン油またはワックス（例えば、シクロメチコンおよびジメチコン）、フッ素化油（通常は、ペルフルオロポリエーテル）、脂肪アルコール（例えば、セチルアルコール）、およびワックス（例えば、蜜蝋、カルナウバ蝋、およびパラフィン蝋）；皮膚感触調整剤（ｍｏｄｉｆｉｅｒ ｏｆ ｓｋｉｎ ｆｅｅｌ）；ならびに増粘剤および構造化剤（膨張性クレイおよび架橋カルボキシポリアルキレンなど）を含む。

【0084】

一部の場合において、組成物は治療剤を含む。一部の例において、治療剤は、薬物または化合物である。一部の場合において、治療剤は、治療剤の塩を含むことができる。本明細書中で使用される場合、治療剤は、治療剤の遊離塩基、酸、塩、エステル、および混合物を指すこともできる。一部の場合において、塩は、薬学的に許容され得る塩を含むことができる。一部の場合において、塩は、ＨＣｌ塩、アスコルビン酸塩、マンデル酸塩、アスパラギン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、ギ酸塩、グルタミン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、マレイン酸塩、パルミチン酸塩、またはリン酸塩を含む。

【0085】

いくつかの実施形態では、投与は、１またはそれを超えるさらなる治療薬の投与を含む。一部の場合において、第２の治療薬を投与する。一部の例において、第２の治療を、第１の治療と併せてまたは連続して投与する。一部の例において、第２の治療を、第１の治療と並行して投与する。一部の例において、第２の治療は、第１の治療の有効性を増強することができる。一部の例において、第２の治療は、第１の治療と単回投与で構成される。例えば、さらなる治療薬を、本明細書中に記載の細菌混合物に添加することができる。一部の例において、第２の治療は、第１の治療とは別個の投与で構成される。一部の場合において、第２の治療は、クリーム剤、湿性包帯、光治療（例えば、光線療法）、または行動変容を含む。一部の場合において、第２の治療は、抗体（ヒトモノクローナル抗体など）を含む。一部の場合において、第２の治療は、抗生物質を含む。一部の場合において、第２の治療は、コルチコステロイド、カルシニューリン阻害剤、ピメクロリムス、タクロリムス、クリサボロール、ドキセピン、狭帯域紫外線Ｂ（ＮＢＵＶＢ）光線療法、紫外線Ａ１（ＵＶＡ１）光線療法、抗ヒスタミン、ジフェンヒドラミン、ヒドロキシジン、シプロヘプタジン、フェキソフェナジン、セチリジン、ロラタジン、シクロスポリン、デュピルマブ、トラロキヌマブ、ネモリズマブ、抗ＯＸ４０抗体、ＪＡＫ１／ＪＡＫ２阻害剤、ＰＤＥ４阻害剤、ウパダシチニブ、アブロシチニブ、アザチオプリン、皮膚軟化薬、保湿剤、インターロイキン阻害剤、メトトレキサート、ミコフェノール酸モフェチル、またはインターフェロンガンマを含む。一部の場合において、第２の治療は、セファロスポリン（ｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｎ）（例えば、セファゾリン、セファロチン、およびセファレキシン）、クリンダマイシン、リンコマイシン、エリスロマイシン、フルクロキサシリン、ジクロキサシリン、リファンピシン、リンコサミド（例えば、クリンダマイシン、リンコマイシン）、コトリモキサゾール、リネゾリド、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、フシジン酸、ペニシリン、メチシリン、バンコマイシン、またはこれらのうちのいずれかの塩を含む。一部の例において、第２の治療薬または第１の治療を、頬側に、経腸的に、吸入投与によって、注入投与によって、筋肉内に、髄腔内に、静脈内に、鼻に、眼に、経口で、耳に、直腸投与によって、皮下に、舌下に、局所に、経皮に、または任意の投与方法によって投与することができる。

【0086】

投薬は、本明細書中に記載の医薬組成物の単回投与または複数回投与を含み得る。例は、１日複数回、毎日、１日おき、１週間に１、２、３、５、６、または７回、毎週、もしくはそれ未満の頻度、単回投与、規則的もしくは不規則な数回の処置を含む一連の処置、または疾患もしくは状態が処置される一定期間にわたる複数回の投与を含む。一部の場合において、毎日、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、７ヶ月間、８ヶ月間、９ヶ月間、１０ヶ月間、１１ヶ月間、１年間、２年間、または必要に応じて投薬することができる。投薬レジメン（投与の規則性および様式を含む）は、処置される被験体；状態の重症度；投与様式、コロニー形成のステージ、病原性生物の存在量、１またはそれを超える他の状態（妊娠、乳児期など）の存在、または１またはそれを超えるさらなる疾患の存在を含むが、これらに限定されない要因に依存し得る。一部の場合において、被験体は乳児である。乳児は、最長６ヶ月齢、最長１２ヶ月齢、または最長２４ヶ月齢であり得る。一部の場合において、被験体は未成年者である。未成年者は、２歳～２１歳であり得る。一部の場合において、未成年者は、最長５、７、１２、１８、または２１歳であり得る。一部の場合において、被験体は成人である。成人は、２１歳またはそれを超え得る。いくつかの実施形態では、成人は、高齢の成人である（例えば、６５歳またはそれを超える）。

【0087】

本明細書中に開示の組成物の投与または適用を、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも４ヶ月間、少なくとも５ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも７ヶ月間、少なくとも８ヶ月間、少なくとも９ヶ月間、少なくとも１０ヶ月間、少なくとも１１ヶ月間、少なくとも１２ヶ月間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、少なくとも３年間、少なくとも４年間、約５年間、少なくとも６年間、少なくとも７年間、少なくとも８年間、少なくとも９年間、少なくとも１０年間、少なくとも１５年間、少なくとも２０年間、または一生涯の処置期間にわたって行うことができる。被験体の一生涯にわたって繰り返し投与することができる（被験体の一生涯にわたって１ヶ月に１回または１年に１回など）。被験体の生涯のかなりの部分にわたって繰り返し投与することができる（少なくとも約１年間、５年間、１０年間、１５年間、２０年間、２５年間、３０年間、またはそれを超える期間にわたって１ヶ月に１回または１年に１回など）。

【0088】

本明細書中に記載の組成物（医薬組成物を含む）は、単回（単位）用量の細菌を含み得る。本明細書中に記載の組成物は、約１０^２～約１０^１５コロニー形成単位（ｃｆｕ）の本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る。本明細書中に記載の組成物は、以下を含み得る：約１０^２～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１１ｃｆｕ、１０^３～１０^１０ｃｆｕ、１０^３～１０^９ｃｆｕ、１０^３～１０^８ｃｆｕ、１０^３～１０^７ｃｆｕ、１０^３～１０^６ｃｆｕ、１０^３～約１０^５ｃｆｕ、１０^３～１０^４ｃｆｕ、１０^４～１０^１２ｃｆｕ、１０^４～１０^１１ｃｆｕ、１０^４～１０^１０ｃｆｕ、１０^４～１０^９ｃｆｕ、１０^４～１０^８ｃｆｕ、１０^４～１０^７ｃｆｕ、１０^４～１０^６ｃｆｕ、１０^５～１０^１２ｃｆｕ、１０^５～１０^１１ｃｆｕ、約１０^５～約１０^１０ｃｆｕ、１０^６～１０^１２ｃｆｕ、１０^７～１０^１２ｃｆｕ、１０^８～１０^１２ｃｆｕ、１０^９～１０^１２ｃｆｕ、１０^１０～１０^１２ｃｆｕ、１０^１１～１０^１２ｃｆｕ、または１０^６～１０^１０ｃｆｕの本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株。いくつかの実施形態では、組成物は、約１０^３ｃｆｕ、約１０^４ｃｆｕ、約１０^５ｃｆｕ、約１０^６ｃｆｕ、約１０^７ｃｆｕ、約１０^８ｃｆｕ、約１０^９ｃｆｕ、約１０^１０ｃｆｕ、約１０^１１ｃｆｕ、約１０^１２ｃｆｕ、または約１０^１３ｃｆｕの本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含む。

【0089】

本明細書中に記載の組成物（医薬組成物など）は、ｍＬあたり１０^２～１０^１５コロニー形成単位（ｃｆｕ）の本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る。本明細書中に記載の組成物は、ｍＬあたり約１０^２～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１１ｃｆｕ、１０^３～１０^１０ｃｆｕ、１０^３～１０^９ｃｆｕ、１０^３～１０^８ｃｆｕ、１０^３～１０^７ｃｆｕ、１０^３～１０^６ｃｆｕ、１０^３～約１０^５ｃｆｕ、１０^３～１０^４ｃｆｕ、１０^４～１０^１２ｃｆｕ、１０^４～１０^１１ｃｆｕ、１０^４～１０^１０ｃｆｕ、１０^４～１０^９ｃｆｕ、１０^４～１０^８ｃｆｕ、１０^４～１０^７ｃｆｕ、１０^４～１０^６ｃｆｕ、１０^５～１０^１２ｃｆｕ、１０^５～１０^１１ｃｆｕ、１０^５～１０^１０ｃｆｕ、１０^６～１０^１２ｃｆｕ、１０^７～１０^１２ｃｆｕ、１０^８～１０^１２ｃｆｕ、１０^９～１０^１２ｃｆｕ、１０^１０～１０^１２ｃｆｕ、１０^１１～１０^１２ｃｆｕ、または１０^６～１０^１０ｃｆｕの本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る。

【0090】

本明細書中に記載の組成物（医薬組成物など）は、グラムあたり１０^２～１０^１５コロニー形成単位（ｃｆｕ）の本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る。本明細書中に記載の組成物は、グラムあたり約１０^２～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１２ｃｆｕ、１０^３～１０^１１ｃｆｕ、１０^３～１０^１０ｃｆｕ、１０^３～１０^９ｃｆｕ、１０^３～１０^８ｃｆｕ、１０^３～１０^７ｃｆｕ、１０^３～１０^６ｃｆｕ、１０^３～約１０^５ｃｆｕ、１０^３～１０^４ｃｆｕ、１０^４～１０^１２ｃｆｕ、１０^４～１０^１１ｃｆｕ、１０^４～１０^１０ｃｆｕ、１０^４～１０^９ｃｆｕ、１０^４～１０^８ｃｆｕ、１０^４～１０^７ｃｆｕ、１０^４～１０^６ｃｆｕ、１０^５～１０^１２ｃｆｕ、１０^５～１０^１１ｃｆｕ、１０^５～１０^１０ｃｆｕ、１０^６～１０^１２ｃｆｕ、１０^７～１０^１２ｃｆｕ、１０^８～１０^１２ｃｆｕ、１０^９～１０^１２ｃｆｕ、１０^１０～１０^１２ｃｆｕ、１０^１１～１０^１２ｃｆｕ、または１０^６～１０^１０ｃｆｕの本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る。

【0091】

本明細書中に記載の組成物は、少なくとも約０．０１重量％、少なくとも約０．０５重量％、少なくとも約０．１重量％、少なくとも約０．２重量％、少なくとも約０．３重量％、少なくとも約０．４重量％、少なくとも約０．５重量％、少なくとも約０．６重量％、少なくとも約０．７重量％、少なくとも約０．８重量％、少なくとも約０．９重量％、少なくとも約１．０重量％、少なくとも約１．５重量％、少なくとも約２．０重量％、少なくとも約３．０重量％、少なくとも約４．０重量％、少なくとも約５．０重量％、少なくとも約６．０重量％、少なくとも約７．０重量％、少なくとも約８．０重量％、少なくとも約９．０重量％、少なくとも約１０．０重量％、少なくとも約１１．０重量％、少なくとも約１２．０重量％、少なくとも約１３．０重量％、少なくとも約１４．０重量％、少なくとも約１５．０重量％、少なくとも約１６．０重量％、少なくとも約１７．０重量％、少なくとも約１８．０重量％、少なくとも約１９．０重量％、少なくとも約２０．０重量％、少なくとも約２５．０重量％、少なくとも約３０．０重量％、少なくとも約３５．０重量％、少なくとも約４０．０重量％、少なくとも約４５．０重量％、または少なくとも約５０．０重量％の本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含み得る（may comprise may）。いくつかの実施形態では、組成物は、０．０１重量％から３０重量％まで、約０．０１重量％から２０重量％まで、０．０１重量％から５重量％まで、０．１重量％から３０重量％まで、０．１重量％から２０重量％まで、０．１重量％から約１５重量％まで、０．１重量％から１０重量％まで、０．１重量％から５重量％まで、０．２重量％から５重量％まで、０．３重量％から５重量％まで、０．４重量％から５重量％まで、０．５重量％から５重量％まで、または１重量％から５重量％までの本明細書中に記載の細菌、細菌種、または細菌株を含むことができる。

【0092】

本明細書中に記載の組成物（医薬組成物を含む）は、約：１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：２０、１：３０、１：４０、１：５０、１：６０、１：７０、１：８０、１：９０、１：１００、１：２００、１：３００、１：４００、１：５００、１：６００、１：７００、１：８００、１：９００、または約１：１０００の表１中の種の表１中の別の種に対する比、表２中の株の表２中の別の株に対する比、または表１中の種の表２中の株に対する比（ｃｆｕ対ｃｆｕ）を含み得る。本明細書中に記載の組成物（医薬組成物を含む）は、約：１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：２０、１：３０、１：４０、１：５０、１：６０、１：７０、１：８０、１：９０、１：１００、１：２００、１：３００、１：４００、１：５００、１：６００、１：７００、１：８００、１：９００、または約１：１０００のＢａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、および／またはＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓの複数の株の比（ｃｆｕ対ｃｆｕ）を含み得る。

【0093】

いくつかの実施形態では、本明細書中の組成物は、製剤を含む。一部の場合において、製剤は、フリーズドライまたは凍結乾燥された細菌を含む。一部の場合において、製剤は、再構成された細菌を含む。一部の場合において、個別の種または株は、バイアルなどの容器中で保存されている。一部の例において、本明細書中の製剤は、２、３、４、５、またはそれを超える再構成されたバイアルからの細菌の混合物を含む。

【0094】

状態
いくつかの実施形態では、皮膚の状態または疾患の処置のための組成物を本明細書中に提供する。本明細書中により詳細に記載するように、かかる状態または疾患は、表皮、真皮、または皮下組織（例えば、皮下の組織）の状態または疾患である。一部の場合において、状態または疾患は、角質層、胚芽層、有棘層（ｓｔａｔｕｍ ｓｐｉｎｏｓｕｍ）、基底層、皮膚乳頭、皮脂腺、毛包、神経線維、立毛筋、皮膚乳頭、汗腺、またはこれらのいずれかの組み合わせの状態または疾患である。皮膚は、身体の任意の表面の皮膚を含むことができる。例えば、頭部、腕、脚、胴体、胃、足、趾、手の指、母指、前腕、背中、鼠径部、または身体上の任意の領域からの皮膚。一部の場合において、記載の組成物は、病原性の細菌、真菌、またはウイルスのコロニー形成の発生率の低減のために十分な量で存在する分離細菌を含む。一部の場合において、記載の組成物は、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの遺伝子発現の低減のために十分な量で存在する分離細菌を含む。一部の場合において、記載の組成物は、病原性の細菌、真菌、またはウイルスの代謝の低減のために十分な量で存在する分離細菌を含む。一部の場合において、記載の組成物は、病原性の細菌、真菌、またはウイルスのビルレンスの低減のために十分な量で存在する分離細菌を含む。一部の場合において、疾患または状態は、細菌感染に関し得る。本明細書中に記載の医薬組成物での処置のための細菌感染の供給源は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（メチシリン耐性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）およびメチシリン感受性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＳＳＡ））、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓを含むが、これらに限定されない。

【0095】

いくつかの実施形態では、皮膚の状態または疾患を、本明細書中に記載の組成物の投与によって処置する。一部の場合において、処置を、レシピエントにおいて有利または所望の結果を得るための医薬レジメンまたは他の介入レジメンを参照して使用することができる。有利または所望の結果は、治療上の利点および／または予防上の利点を含むが、これらに限定されない。治療上の利点は、処置される基礎となる障害の症状の根絶または改善を指し得る。一部の場合において、予防効果は、疾患または状態の出現の遅延、予防、または排除、疾患または状態の症状の発症の遅延もしくは排除、疾患または状態の進行の遅延、停止、または逆行を含むことができる。一部の場合において、炎症を、本明細書中に記載の組成物の投与によって処置する。本明細書中に記載の組成物の投与に従った処置のための皮膚の状態および疾患は、真菌症、乾燥皮膚、皮膚の痒み、皮膚糸状菌症（白癬菌属）、細菌性毛包炎、細菌感染、炎症の状態、または遺伝性の状態を含むが、これらに限定されない。本明細書中に記載の組成物の投与に従った処置のための皮膚の状態および疾患は、皮膚および軟部組織の感染を含む。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物の投与は、湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームの修復を含む。例えば、湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを、健康であるか湿疹を発症する傾向のないマイクロバイオームに修復することができる。一部の例において、真菌症は、マラセチア毛包炎、癜風、皮膚カンジダ症、カンジダ性爪囲炎を含む。一部の例において、皮膚糸状菌症（白癬菌属）は、頭部白癬（頭皮白癬）、白癬性毛瘡（ひげ白癬）、体幹白癬（体部白癬）、股部白癬（「いんきんたむし」）、足白癬（「足白癬」）、頭部白癬（頭皮白癬）、白癬性毛瘡（ひげ白癬）、体幹白癬（体部白癬）、爪白癬（爪真菌症）、手白癬（手）、顔面白癬（顔）を含む。一部の例において、細菌感染は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの毛包炎、毛包炎、尋常性毛瘡（「床屋かゆみ症」）、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、せつ、膿瘍、フルンケル、乳腺炎、膿瘡、丹毒、壊死性筋膜炎、二次皮膚感染（例えば、創傷、皮膚炎、疥癬、糖尿病性潰瘍の二次皮膚感染など）、熱帯性潰瘍、水疱性指端炎、レンサ球菌性の肛門周囲および／または外陰性の皮膚炎を含む。一部の場合において、疾患または状態は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍を含む。一部の例において、遺伝性の状態は、ネザートン症候群を含む。一部の例において、炎症の状態は、アトピー性皮膚炎、接触皮膚炎、湿疹、掻痒症、脂漏性皮膚炎、ざ瘡（尋常性ざ瘡）、乾癬（尋常性乾癬、尋常性の乾癬）、酒さ、汗腺膿瘍を含む。一部の場合において、皮膚の状態は、加齢状態（皺など）を含む。一部の場合において、皮膚の状態は、フケ症、または日光皮膚炎を含む。一部の場合において、皮膚の疾患または状態は、湿疹、おむつ負け、脂漏性皮膚炎、水疱、麻疹、疣贅、ざ瘡、第五病、じんま疹、白癬、細菌もしくは真菌感染症からの発疹（例えば、皮膚カンジダ症）、またはアレルギー反応からの発疹を含む。

【0096】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物を、膣の状態を処置するために投与する。本明細書中に記載の組成物の投与に従った処置のための膣の状態および疾患は、外陰膣カンジダ症、再発性外陰膣カンジダ症、および細菌性膣症を含むことができる。

【0097】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の組成物を被験体に局所投与することを含む、被験体における皮膚の状態を予防または軽減する方法を本明細書中に提供する。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物および方法は、美容上の不整（cosmetic irregularity）を改善するために使用される組成物である。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物および方法は、そう痒症（ｐｒｕｒｉｔｉｓ）、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するために使用される組成物である。一部の場合において、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。一部の例において、審美的状態は、美容上の不整である。美容上の不整が改善されると、小皺の発生、小皺の深さ、皺の発生、皺の深さ、鱗状の斑、粗さ、ざ瘡、瘢痕、不規則な色素沈着、黒点、肝斑、日光黒子、黒皮症、多形皮膚萎縮症、光線性角化症、悪性黒子、眼窩周囲の色素沈着過剰、てかり、ぎらつき、脂性の外見、水疱形成、剥離、痂皮形成、かさつき、または毛穴サイズが軽減され得る；皮膚の色合い、皮膚の硬さ、触覚的滑らかさ、柔軟性、艶、視覚的滑らかさ、または輝きが改善され得る。さらに、本明細書中に記載の組成物または方法を用いて美容上の不整が改善されると、皮膚上および／または皮膚内の病原性の細菌、ウイルス、または真菌を低減することを必要とする被験体の皮膚上および／または皮膚内の病原性の細菌、ウイルス、または真菌が低減し得る。一部の場合において、本明細書中に記載の組成物および方法により、経表皮性の水分喪失によって測定した場合の皮膚のバリア機能が向上する。本明細書中に記載の投与（例えば、局所、経口、または直腸）は再発を低減し得るので、皮膚の美容上の不整のさらなる出来事が、数、強度、または頻度に関して減少する。投与により、緩和の期間（出来事間の時間の長さなど）が増加し得る。いくつかの実施形態では、美容上の不整のさらなる出来事は、適用後１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間生じない。いくつかの実施形態では、美容上の不整のさらなる出来事は、局所適用後１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間生じない。例えば、本明細書中の組成物を、皺を減少させるか、病変サイズを減少させるか、毛穴サイズを減少させるか、毛穴密度を減少させるために投与する。被験体における皮膚の状態を予防または軽減する方法であって、皮膚の状態が、小皺の発生、小皺の深さ、皺の発生、皺の深さ、鼻唇ヒダ、鱗状の斑、粗さ、ざ瘡、瘢痕、発赤、不規則な色素沈着、張りの低下、皮膚バリアの低下、シミ、黒点、肝斑、光による損傷、日光曝露、日光曝露からの損傷、環境による損傷、日光黒子、黒皮症、多形皮膚萎縮症、光線性角化症、悪性黒子、眼窩周囲の色素沈着過剰、てかり、ぎらつき、脂性の外見、皮膚の保湿能力の減少、表皮の厚さの異常、真皮・上皮接合部の低下、水疱形成、剥離、痂皮形成、かさつき、毛穴サイズ、皮膚の色合い、皮膚の硬さ、肌のきめ、皮膚の弾力性、触覚的滑らかさ、柔軟性、艶、視覚的滑らかさ、輝き、またはこれらの組み合わせを含む、方法を本明細書中にさらに提供する。一部の場合において、処置に対する皮膚の状態および／または美容上の不整の有効性の評価を、１０点満点制を使用して、被験体の処置領域（例えば、被験体の顔）に対して臨床的に格付けすることができる（０＝なし、０．５～３．５＝軽度、４～６．５＝中等度、および７～１０＝重症）。一部の場合において、有効性評価を、一定期間（例えば、各々の処置後、または毎週、または毎月）実施することができる。全ての格付け評価を、格付けの一貫性を保証するために、各々の来院において同一の研究責任医師によるか、コンピュータによるアルゴリズムの実装によって実施することができる。一部の場合において、皺の数または皺の深さなどを測定し、これらは、臨床スコアの因子である。

【0098】

いくつかの実施形態では、炎症の症状を、本明細書中に記載の組成物の投与によって処置する。いくつかの実施形態では、皮膚の状態または疾患の症状を、本明細書中に記載の組成物の投与によって処置する。例えば、組成物を、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量で投与することができる。一部の場合において、症状は、瘤の隆起、瘤の変色、発疹、疼痛、そう痒、鱗状の皮膚、肌荒れ、皮膚の剥離、潰瘍、開放性のただれ、病変、乾燥皮膚、皮膚のひび割れ、皮膚のシミの変色、肉様隆起、疣贅、皮膚の成長、母斑、母斑のサイズもしくは色の変化、皮膚色素の喪失、または過剰な潮紅を含む。一部の場合において、症状は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、組成物を、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量で投与する。一部の場合において、組成物を、炎症に関連する状態（例えば、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑）の発生率の低減のために十分な量で投与する。

【0099】

いくつかの実施形態では、炎症の処置のための方法は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含む組成物を局所投与することを必要とする被験体に該組成物を局所投与することを含む。一部の場合において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉは精製されており、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉは、炎症の処置のために十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、方法は、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの成長を減少させることを必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの成長を減少させることを含む。一部の場合において、方法は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む医薬組成物を、該組成物を皮膚に局所投与することを必要とする被験体の皮膚に局所投与することを含む。一部の場合において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓは精製されており、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓは生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む。一部の場合において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓは精製されており、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓは、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む。一部の場合において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅは精製されている。一部の場合において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅは、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在する。一部の例において、炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。

【0100】

いくつかの実施形態では、炎症を処置するための方法は、細菌株ｊｌ．２７を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株は精製されており、ｊｌ．２７株は、炎症の処置のために十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、方法は、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの成長を減少させることを必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの成長を減少させることを含む。一部の場合において、方法は、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む医薬組成物を、該組成物を皮膚に局所投与することを必要とする被験体の皮膚に局所投与することを含む。一部の場合において、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株は精製されており、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株は生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法は、ｊｌ．６８株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む。一部の場合において、ｊｌ．６８株は精製されており、ｊｌ．６８株は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法は、ｊｌ．２７株およびｊｌ．１２１株を含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む。一部の場合において、ｊｌ．２７株およびｊｌ．１２１株は精製されている。一部の場合において、ｊｌ．２７株およびｊｌ．１２１株は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在する。一部の例において、炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。

【0101】

キット
本明細書中に記載の医薬組成物は、本明細書中に記載の細菌（例えば、凍結乾燥された細胞）が第１の容器に含まれ、１またはそれを超える薬学的に許容可能な賦形剤（例えば、水または緩衝液）が第２の容器に含まれるキットを含み得る。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｈｎｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｙｃｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｃｅｍｂｅｎｓｉｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ ｍａｒｉｎａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、またはこれらの混合物を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、ｊｌ．６８株、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、またはこれらの混合物を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓを含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ；Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ；およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。

【0102】

いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、ｊｌ．６８株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．１２１株を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、ｊｌ．６８株；ｊｌ．２１株；およびｊｌ．１２１株を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。

【0103】

いくつかの実施形態では、キットを本明細書中に提供し、前記キットは、第１の容器であって、少なくとも１０^３ｃｆｕの総量で存在する、表１からの１またはそれを超える種および／または表２からの１またはそれを超える株を含む精製され凍結乾燥された細菌を含む、第１の容器と；第２の容器であって、薬学的に許容され得る賦形剤を含む、第２の容器とを含む。一部の例において、キットは、１、２、３、４、５、またはそれを超える容器を、各々の容器が細菌の個別の株または種を含むために含む。キットを本明細書中にさら提供し、精製され凍結乾燥された細菌は、１０^１５ｃｆｕまでの総量で存在する。キットを本明細書中にさら提供し、精製され凍結乾燥された細菌は、１０^３～１０^１２ｃｆｕの総量で存在する。

【0104】

番号を付けた実施形態
いくつかの組成物および方法を本明細書中に開示する。これらの組成物および方法を具体的に例示した実施形態を、以下に開示する。以下の実施形態は、本明細書中に開示の特徴の組み合わせの非限定的な並び替えを列挙している。特徴の組み合わせの他の並び替えも意図される。特に、これらの番号を付けた実施形態の各々は、その列挙した順序と無関係に、あらゆる前または後の番号を付けた実施形態に依存するか関連することが意図される。

【0105】

実施形態１．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0106】

実施形態２．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態１に記載の組成物。

【0107】

実施形態３．第４の細菌種をさらに含む、実施形態１に記載の組成物。

【0108】

実施形態４．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ；Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ；およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0109】

実施形態５．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態４に記載の組成物。

【0110】

実施形態６．第４の細菌種をさらに含む、実施形態４に記載の組成物。

【0111】

実施形態７．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ；Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ；およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0112】

実施形態８．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態７に記載の組成物。

【0113】

実施形態９．第４の細菌種をさらに含む、実施形態７に記載の組成物。

【0114】

実施形態１０．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、以下の細菌種：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅ、およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓのうちの少なくとも２つを含み、（ａ）前記少なくとも２つの細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは、（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0115】

実施形態１１．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態１０に記載の組成物。

【0116】

実施形態１２．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは、（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0117】

実施形態１３．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態１２に記載の組成物。

【0118】

実施形態１４．第２の細菌種をさらに含む、実施形態１２に記載の組成物。

【0119】

実施形態１５．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは、（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0120】

実施形態１６．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態１５に記載の組成物。

【0121】

実施形態１７．第２の細菌種をさらに含む、実施形態１５に記載の組成物。

【0122】

実施形態１８．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは、（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0123】

実施形態１９．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態１８に記載の組成物。

【0124】

実施形態２０．第２の細菌種をさらに含む、実施形態１８に記載の組成物。

【0125】

実施形態２１．組成物であって、前記組成物が、精製された細菌種を含み、前記細菌種が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓを含み；（ａ）前記細菌種が凍結乾燥されており；あるいは、（ｂ）前記組成物が、皮膚への送達のために製剤化されている、組成物。

【0126】

実施形態２２．前記組成物が、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている、実施形態２１に記載の組成物。

【0127】

実施形態２３．第２の細菌種をさらに含む、実施形態２１に記載の組成物。

【0128】

実施形態２４．前記組成物が、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の組成物。

【0129】

実施形態２５．前記組成物が、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の組成物。

【0130】

実施形態２６．前記細菌種を、好気的条件で成長させる、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の組成物。

【0131】

実施形態２７．前記細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の組成物。

【0132】

実施形態２８．前記細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の組成物。

【0133】

実施形態２９．前記組成物が、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持する、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の組成物。

【0134】

実施形態３０．賦形剤をさらに含む、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の組成物。

【0135】

実施形態３１．凍結乾燥保護剤をさらに含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の組成物。

【0136】

実施形態３２．皮膚軟化薬をさらに含む、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の組成物。

【0137】

実施形態３３．チアミンまたはその塩をさらに含む、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の組成物。

【0138】

実施形態３４．前記細菌種が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させ、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の組成物。

【0139】

実施形態３５．前記細菌種が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在し、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の組成物。

【0140】

実施形態３６．アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0141】

実施形態３７．アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0142】

実施形態３８．前記投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に前記組成物を投与することを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0143】

実施形態３９．乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0144】

実施形態４０．炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する前記状態が、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0145】

実施形態４１．Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含み、前記発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0146】

実施形態４２．皮膚の状態の処置で用いるための実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物。

【0147】

実施形態４３．炎症の処置で用いるための実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物。

【0148】

実施形態４４．炎症を処置するための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉが精製されており、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉが炎症の処置のために十分な量で存在する、方法。

【0149】

実施形態４５．皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させることを必要とする被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む医薬組成物を、該組成物を皮膚に局所投与することを必要とする被験体の皮膚に局所投与することを含み、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓが精製されており、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓは生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する、方法。

【0150】

実施形態４６．アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓが精製されており、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓが、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量で存在する、方法。

【0151】

実施形態４７．炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含み、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅが精製されており、前記Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅが、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在し、前記炎症に関連する状態が、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む、方法。

【0152】

実施形態４８．そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物を投与する方法。

【0153】

実施形態４９．前記審美的状態が、皺または老化の外見を含む、実施形態４８に記載の方法。

【0154】

実施形態の概要

【0155】

組成物を本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ；Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ；およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0156】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0157】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第４の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0158】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、以下の細菌種のうちの少なくとも２つを含む：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅおよびＢａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓ。いくつかの実施形態では、（ａ）少なくとも２つの細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0159】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0160】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0161】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む。いくつかの場合では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0162】

いくつかの実施形態では、組成物は、精製された細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｏｐｉｃｕｓを含む。いくつかの実施形態では、（ａ）細菌種は、凍結乾燥されている；あるいは（ｂ）組成物は、皮膚への送達のために製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、ローション剤、チンキ剤、ゲル剤、フォーム剤、散剤、軟膏剤、パスタ剤、または油剤として製剤化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、第２の細菌種をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも１０^３コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１０^３～１０^１２コロニー形成単位（ｃｆｕ）／グラムの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌種を、好気的条件で成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、動物性生成物を用いずに成長させる。いくつかの実施形態では、細菌種を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で成長させる。いくつかの実施形態では、組成物は、密封容器に入れ２０℃に置いて保存した場合、ｃｆｕカウントによる測定で、６ヶ月後に約１０^４ｃｆｕ超を保持することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、賦形剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、凍結乾燥保護剤をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚軟化薬をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、チアミンまたはその塩をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと接触した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、細菌種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに有効な量で存在する。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。組成物を投与する方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、炎症、湿疹、乾癬、酒さ、真菌症、皮膚糸状菌症、毛包炎、ざ瘡、脱毛症、白斑、フケ症、慢性創傷、皮膚潰瘍、ネザートン症候群、汗腺膿瘍、尋常性毛瘡、ブドウ球菌性熱傷様皮膚症候群、膿痂疹、膿瘡、蜂巣炎、カルブンケル、フルンケル、および膿瘍からなる群から選択される疾患を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、そう痒症、審美的状態、および体臭からなる群から選択される状態を処置するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、審美的状態は、皺または老化の外見を含む。いくつかの実施形態では、方法は、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、組成物を、その投与前に湿疹を発症する傾向のあるマイクロバイオームを有する被験体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、乾燥皮膚に関連する症状を軽減するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量を投与することを含み、前記炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。いくつかの実施形態では、方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおける以下の遺伝子：ｇｍｋ、ａｇｒ、ｐｓｍａ、ｓａｅＲ、ｃｃｐＡ、およびＳｉｇＢのうちの少なくとも１つの発現の低下によって測定した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのビルレンスを抑制するのに十分な量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、発現の低下を、蛍光レポーターアッセイによって測定する。いくつかの実施形態では、組成物は、皮膚の状態の処置で用いるためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、炎症の処置で用いるためのものである。

【0163】

炎症を処置するための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む、方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉは精製されている。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉは、炎症の処置のために十分な量で存在する。

【0164】

皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させることを必要とする被験体の皮膚におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓの成長を低下させるための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓを含む医薬組成物を、該組成物を皮膚に局所投与することを必要とする被験体の皮膚に局所投与することを含む、方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓは精製されている。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉ、およびＬｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｒｏｉｄｅｓは生存可能であり、皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減を必要とする被験体の皮膚におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの低減のために十分な量で存在する。

【0165】

アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む、方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓは精製されている。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓは、アトピー性皮膚炎に関連する症状を軽減するのに十分な量で存在する。

【0166】

炎症に関連する状態の発生率を低下させるための方法であって、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅを含む組成物を、該組成物を局所投与することを必要とする被験体に局所投与することを含む、方法も本明細書中に開示する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅは精製されている。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｐｒａｅは、炎症に関連する状態の発生率の低減のために十分な量で存在する。いくつかの実施形態では、炎症に関連する状態は、そう痒、発疹、発赤、疼痛、腫脹、水疱形成、または落屑を含む。

【実施例】

【0167】

実施例１：細菌株およびスクリーニング

【0168】

１７５０の細菌の分離菌を、２０人の健常なドナーの皮膚の異なる部位から選別した。１７５０株のうち、６０９株を凍結し、１８０株を最初のスクリーニングのために選択した。１８０株を、Ｓａｎｇｅｒ配列決定を使用した１６Ｓ全長配列決定によって同定した。リードをトリミングし、連結した。１６Ｓ配列を、ＢＬＡＳＴアルゴリズムによってＮＣＢＩ１６Ｓデータベースと比較し、種を、データベースからの上位ヒットとして同定した。品質管理のために最小閾値を配列に適用した。最初のスクリーニングにおける１８０株からの上位２８株を、いくつかの実験のためにさらに選択した。表１は、選択された上位２８株からの種を示す。

【0169】

Ｓ．ａｕｒｅｕｓの株との分離菌（複数可）の相互作用を決定するための包括的アプローとしてのアレイアッセイにおいて株をスクリーニングした。簡潔に述べれば、分離菌およびＳ．ａｕｒｅｕｓ株を、数千のマイクロウェルを含むアレイアッセイに添加した。株を同定用の異なる波長の分子と混合し、混合したときに固有の波長コードが生成され、このコードを画像化デバイスによって読み取ってインプットを決定した。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株は、遺伝子発現の阻害についてスクリーニングするために使用されたプロモーター／レポーター株であった。皮膚分離菌（複数可）と共に成長させたときのプロモーター／レポーター株の発現の減少を、単独で成長させたプロモーター／レポーター株と比較した蛍光の減少として示した。

【0170】

Ｓ．ａｕｒｅｕｓプロモーター／レポーター株は、目的の遺伝子のプロモーターの制御下で蛍光レポーターを含んでいた。生成されたプロモーター／レポーター株は、以下の通りであった：株１－クオラムセンシング誘導のためのａｇｒプロモーター、株２－宿主組織に損傷を与える毒素のためのｐｓｍＡプロモーター、株３－ビルレンス調節のためのｓａｅＲプロモーター、株４－ストレス応答シグマ因子のためのｓｉｇＢプロモーター、株５－代謝（例えば、炭素異化代謝産物抑制）のためのｃｃｐＡプロモーター、および株６－構成性代謝機能のためのＧＭＫプロモーター。

【0171】

アレイアッセイのほかに、株を、多種多様のアッセイ（マイクロタイタープレート成長アッセイ、または別の液体培養成長アッセイなど）において遺伝子発現阻害について試験することができる。別の例では、株を、寒天プレート上で遺伝子阻害についてスクリーニングすることができる。

【0172】

実施例２：Ｓ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害についての細菌の分離菌のペアワイズアッセイ

【0173】

健常人の皮膚からの１８０の多様な細菌の分離菌を、４つのＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動レポーターに対するペアワイズコンビナトリアルスクリーニングアッセイでスクリーニングした。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。株の組み合わせを、アレイアッセイにおいて１０日間スクリーニングした。対照は、１）分離菌なし（Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養であった）、２）野生型Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、および３）Ｓ．ａｕｒｅｕｓの根絶についての負の対照としてのストレプトマイシンであった。スクリーニングでは、構成性代謝機能のためのレポーターＧＭＫ、クオラムセンシング誘導のためのレポーターａｇｒ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのレポーターｐｓｍＡ、およびストレス応答シグマ因子のためのレポーターｓｉｇＢを分析した。図１を参照して、図１の左側は、スクリーニングした１８０の細菌の分離菌のうちで、ペアワイズ組み合わせのわずか３．８％が、単独培養レベルの３倍または１２．５％までａｇｒおよびｐｓｍＡを阻害したことを示す。同様に、図１の右側は、スクリーニングした１８０の細菌の分離菌のうちで、ペアワイズ組み合わせのわずか１．１％が、単独培養レベルの３倍または１２．５％までａｇｒ、ｐｓｍＡ、およびｓｉｇＢを阻害したことを示す。これらのデータは、複数の機能を保有する組み合わせが稀であることを示す。

【0174】

実施例３：Ｓ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害についての細菌の分離菌の３つずつのアッセイ

【0175】

健常人の皮膚からの細菌の分離菌を、６つのＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動レポーターに対する３つずつのコンビナトリアルスクリーニングアッセイ（three-wise combinatorial screening assay）においてスクリーニングした。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。株の組み合わせを、アレイアッセイにおいて４日間スクリーニングした。株混合物の条件は、１）分離菌なし（Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養であった）、２）分離株を含む野生型Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、および３）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの根絶についての負の対照としてのストレプトマイシンであった。スクリーニングでは、クオラムセンシング誘導のためのレポーターａｇｒ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのレポーターｐｓｍＡ、ビルレンス調節のためのレポーターｓａｅＲ、ストレス応答シグマ因子のためのレポーターｓｉｇＢ、代謝（例えば、炭素異化代謝産物抑制）のためのレポーターｃｃｐＡ、および構成性代謝機能のためのレポーターＧＭＫの発現を分析した。

【0176】

図２を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した活性の百分率を示す。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。１またはそれを超える株に伴う「Ｘ」は、上位２８の分離菌からの全ての個別の株を混合物に添加したことを示し、混合物からの平均を示す。例えば、ｊｌ２７＋ｊｌ７７＋Ｘデータは、２６の異なる３つずつの組成物の平均である。別の例では、ｊｌ２７＋Ｘ＋Ｘは、３５１の異なる組成物の平均である。ランダムコミュニティは、上位２８の分離菌から無作為に選択された３分離菌のコミュニティである。レポーターを以下の通り左から右に示す：ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫ。ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）およびｐｓｍＡ（毒素産生）の抑制に有効であった；これらの対は依然としてより強力であった；３つ全てを合わせると最大の効果が得られた。いくつかの条件では、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの抑制に有効であった。３つ全てを合わせると、単独培養と比較して全てのレポーターの活性を１０％未満の活性に減少させた。前記減少は、単独培養と比較してｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの発現レベルを約２０％～４０％にしか減少させなかったランダムコミュニティと比較して予想外であった。データは、株の組み合わせがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害に有効であり得ることを示す。

【0177】

図３を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した活性の百分率を示す。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。１またはそれを超える株に伴う「Ｘ」は、上位２８の分離菌からの全ての個別の株を混合物に添加したことを示し、混合物からの平均を示す。例えば、ｊｌ２１＋ｊｌ６８＋Ｘデータは、２６の異なる３つずつの組成物の平均である。別の例では、ｊｌ２１＋Ｘ＋Ｘは、３５１の異なる組成物の平均である。ランダムコミュニティは、上位２８の分離菌から無作為に選択された３分離菌のコミュニティである。レポーターを以下の通り左から右に示す：ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫ。ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）およびｐｓｍＡ（毒素産生）の抑制に有効であった；これらの対は依然としてより強力であった；３つ全てを合わせると最大の効果が得られた。いくつかの条件では、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの抑制に有効であった。３つ全てを合わせると、単独培養と比較して全てのレポーターの活性を１０％未満の活性に減少させた。前記減少は、単独培養と比較してｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの発現レベルを約２０％～４０％にしか減少させなかったランダムコミュニティと比較して予想外であった。データは、株の組み合わせがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害に有効であり得ることを示す。

【0178】

図４を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した活性の百分率を示す。Ｘ軸は、コンビナトリアルスクリーニングアッセイにおける株を示す。１またはそれを超える株に伴う「Ｘ」は、上位２８の分離菌からの全ての個別の株を混合物に添加したことを示し、混合物からの平均を示す。例えば、ｊｌ２７＋ｊｌ６８＋Ｘデータは、２６の異なる３つずつの組成物の平均である。別の例では、ｊｌ２７＋Ｘ＋Ｘは、３５１の異なる組成物の平均である。ランダムコミュニティは、上位２８の分離菌から無作為に選択された３分離菌のコミュニティである。レポーターを以下の通り左から右に示す：ａｇｒ、ｐｓｍＡ、ｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫ。ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）およびｐｓｍＡ（毒素産生）の抑制に有効であった；これらの対は依然としてより強力であった；３つ全てを合わせると最大の効果が得られた。いくつかの条件では、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む３つずつの組み合わせは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの抑制に有効であった。３つ全てを合わせると、単独培養と比較して全てのレポーターの活性を１０％未満の活性に減少させた。前記減少は、単独培養と比較してｓａｅＲ、ｓｉｇＢ、ｃｃｐＡ、およびＧＭＫの発現レベルを約２０％～４０％にしか減少させなかったランダムコミュニティと比較して予想外であった。データは、株の組み合わせがＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害に有効であり得ることを示す。

【0179】

実施例４：異なる環境条件でのＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害のアッセイ

【0180】

ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株 ｊｌ．７７株 ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３つずつの組み合わせを、栄養素などのさらなる環境成分を混合物に添加した場合のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動の評価でスクリーニングした。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。株および環境条件の組み合わせを、アレイにおいて１日間スクリーニングした。株混合物の条件は、１）Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養、および２）３つの皮膚分離菌と混合したＳ．ａｕｒｅｕｓであった。スクリーニングでは、クオラムセンシング誘導のためのレポーターａｇｒ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのレポーターｐｓｍＡ、および構成性代謝機能のためのレポーターＧＭＫの発現を分析した。

【0181】

図５を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。単独培養条件を、灰色のバーを用いて示し、黒色のバーは、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を培養物に添加した条件を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。条件を左から右に示す：（１）基礎培地、次いで、以下のうちの１つを補足した基礎培地：（２）アセテート、（３）ベータ－アラニン、（４）ビカルボネート、（５）ビオチン、（６）ブチレート、（７）カフェイン、（８）シトレート、（９）クレアチン、（１０）Ｄ－セロビオース、（１１）Ｄ－フルクトース、（１２）Ｄ－グルコサミン、（１３）Ｄ－グルコース、（１４）Ｄ－マンニトール、（１５）Ｄ－ラフィノース、（１６）Ｄ－ソルビトール、（１７）Ｄ－スクロース、（１８）Ｄ－トレハロース、（１９）Ｄ－キシロース、（２０）ホルメート、（２１）ＧｌｃＮＡｃ、（２２）グリセロール、（２３）グリシン、（２４）Ｌ－アラニン、（２５）Ｌ－アラビノース、（２６）Ｌ－アルギニン、（２７）Ｌ－シトルリン、（２８）Ｌ－グルタミン、（２９）Ｌ－ヒドロキシプロリン、（３０）Ｌ－イソロイシン、（３１）Ｌ－ロイシン、（３２）Ｌ－メチオニン、（３３）Ｌ－オルニチン、（３４）Ｌ－プロリン、（３５）Ｌ－セリン、（３６）Ｌ－タウリン、（３７）Ｌ－トレオニン、（３８）Ｌ－バリン、（３９）Ｌ－アスコルベート、（４０）Ｌ－ラクテート、（４１）ニコチンアミン、（４２）ポリソルベート２０、（４３）ポリソルベート８０、（４４）プロピオネート、（４５）ピルベート、（４６）スクシネート、（４７）チアミン、（４８）トリエタノールアミン、または（４９）尿素。データは、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む株組み合わせが、全ての試験環境条件（Ｓ．ａｕｒｅｕｓの成長を補助した条件を含む）で、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったことを示す。

【0182】

図６を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。単独培養条件を、灰色のバーを用いて示し、黒色のバーは、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を培養物に添加した条件を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。条件を左から右に示す：（１）基礎培地、次いで、以下のうちの１つを補足した基礎培地：（２）アセテート、（３）ベータ－アラニン、（４）ビカルボネート、（５）ビオチン、（６）ブチレート、（７）カフェイン、（８）シトレート、（９）クレアチン、（１０）Ｄ－セロビオース、（１１）Ｄ－フルクトース、（１２）Ｄ－グルコサミン、（１３）Ｄ－グルコース、（１４）Ｄ－マンニトール、（１５）Ｄ－ラフィノース、（１６）Ｄ－ソルビトール、（１７）Ｄ－スクロース、（１８）Ｄ－トレハロース、（１９）Ｄ－キシロース、（２０）ホルメート、（２１）ＧｌｃＮＡｃ、（２２）グリセロール、（２３）グリシン、（２４）Ｌ－アラニン、（２５）Ｌ－アラビノース、（２６）Ｌ－アルギニン、（２７）Ｌ－シトルリン、（２８）Ｌ－グルタミン、（２９）Ｌ－ヒドロキシプロリン、（３０）Ｌ－イソロイシン、（３１）Ｌ－ロイシン、（３２）Ｌ－メチオニン、（３３）Ｌ－オルニチン、（３４）Ｌ－プロリン、（３５）Ｌ－セリン、（３６）Ｌ－タウリン、（３７）Ｌ－トレオニン、（３８）Ｌ－バリン、（３９）Ｌ－アスコルベート、（４０）Ｌ－ラクテート、（４１）ニコチンアミン、（４２）ポリソルベート２０、（４３）ポリソルベート８０、（４４）プロピオネート、（４５）ピルベート、（４６）スクシネート、（４７）チアミン、（４８）トリエタノールアミン、または（４９）尿素。全ての場合において、株組み合わせは、３つ全てのレポーターの発現を単独培養レベルの１０％未満に減少させることができた。データは、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む株組み合わせが、全ての試験環境条件（Ｓ．ａｕｒｅｕｓの成長を補助した条件を含む）で、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったことを示す。全ての場合において、株組み合わせは、３つ全てのレポーターの発現を単独培養レベルの１０％未満に減少させることができた。

【0183】

図７を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した百分率変化を示す。単独培養条件を、灰色のバーを用いて示し、黒色のバーは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を培養物に添加した条件を示す。Ｘ軸は、試験した環境条件を示す。条件を左から右に示す：（１）基礎培地、次いで、以下のうちの１つを補足した基礎培地：（２）アセテート、（３）ベータ－アラニン、（４）ビカルボネート、（５）ビオチン、（６）ブチレート、（７）カフェイン、（８）シトレート、（９）クレアチン、（１０）Ｄ－セロビオース、（１１）Ｄ－フルクトース、（１２）Ｄ－グルコサミン、（１３）Ｄ－グルコース、（１４）Ｄ－マンニトール、（１５）Ｄ－ラフィノース、（１６）Ｄ－ソルビトール、（１７）Ｄ－スクロース、（１８）Ｄ－トレハロース、（１９）Ｄ－キシロース、（２０）ホルメート、（２１）ＧｌｃＮＡｃ、（２２）グリセロール、（２３）グリシン、（２４）Ｌ－アラニン、（２５）Ｌ－アラビノース、（２６）Ｌ－アルギニン、（２７）Ｌ－シトルリン、（２８）Ｌ－グルタミン、（２９）Ｌ－ヒドロキシプロリン、（３０）Ｌ－イソロイシン、（３１）Ｌ－ロイシン、（３２）Ｌ－メチオニン、（３３）Ｌ－オルニチン、（３４）Ｌ－プロリン、（３５）Ｌ－セリン、（３６）Ｌ－タウリン、（３７）Ｌ－トレオニン、（３８）Ｌ－バリン、（３９）Ｌ－アスコルベート、（４０）Ｌ－ラクテート、（４１）ニコチンアミン、（４２）ポリソルベート２０、（４３）ポリソルベート８０、（４４）プロピオネート、（４５）ピルベート、（４６）スクシネート、（４７）チアミン、（４８）トリエタノールアミン、または（４９）尿素。全ての場合において、株組み合わせは、３つ全てのレポーターの発現を単独培養レベルの約５０％未満に減少させることができた。データは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む株組み合わせが、全ての試験環境条件（Ｓ．ａｕｒｅｕｓの成長を補助した条件を含む）で、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったことを示す。

【0184】

実施例５：チアミンによるＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害の増強のアッセイ

【0185】

ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を、チアミンを混合物に添加した場合のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動の評価でスクリーニングした。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。株および環境条件の組み合わせを、アレイアッセイにおいて１日間スクリーニングした。株混合物の条件は、（１）Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養、（２）過剰なチアミンを有する培地におけるＳ．ａｕｒｅｕｓの単独培養、（３）ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株と混合したＳ．ａｕｒｅｕｓ、ならびに（４）過剰なチアミンを有する培地におけるｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株と混合したＳ．ａｕｒｅｕｓであった。アレイアッセイでは、クオラムセンシング誘導のためのレポーターａｇｒ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのレポーターｐｓｍＡ、および構成性代謝機能のためのレポーターＧＭＫの発現を分析した。図８を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養と比較した活性の百分率を示す。Ｘ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の発現を示す。各々の遺伝子について、３つの株混合物の条件を左から右に示し、前記条件は、条件（４）、条件（３）、および条件（２）である。チミンの添加は、驚いたことに、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株と共に添加した場合に、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）およびｐｓｍＡ（毒素産生）の発現抑制において、相乗効果を示した。例えば、ａｇｒ発現およびｐｓｍＡ発現は、両方の場合において１／２未満に減少した。このデータは、チミンが細菌の混合物との相乗効果を示してＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子阻害を増加させたことを示す。

【0186】

実施例６：動物由来物質を含まない培地で成長させた分離株

【0187】

細菌の分離菌ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を、動物由来物質ベースの培地トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）および種々の動物由来物質を含まない培地（ＡＦＭ）において類似の条件で成長させた。株を、同数の細菌の接種後４８時間成長させた。図９を参照して、Ｙ軸は、試験した培地にわたって観察されたコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｍＬを示す。Ｘ軸は、試験した株および試験した株のために使用した動物由来物質を含まない培地配合物（例えば、動物由来物質を含まない培地配合物６についてはＡＦＭ－６）を示す。試験した株は、ｊｌ．２７株（ｊｌ２７）、ｊｌ．７７株（ｊｌ７７）、ｊｌ．８３株（ｊｌ８３）、ｊｌ．２１株（ｊｌ２１）、ｊｌ．６８株（ｊｌ６８）、およびｊｌ．１２１株（ｊｌ１２１）であった。動物由来物質を含まない培地で成長したほとんどの株について、４８時間後の培養ｃｆｕ／ｍｌが１０～１００倍改善された。データは、株を、様々な培地で培養することができ、医薬組成物などの組成物の生産のために動物由来物質を含まない培地で製造することができることを示す。

【0188】

実施例７：細菌の分離菌の組み合わせを用いたＳ．ａｕｒｅｕｓの成長阻害のアッセイ

【0189】

健常人の皮膚からの細菌の分離菌を、いくつかのＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を阻害する能力について試験した。株を、同数の細菌の接種後４８時間成長させた。図１０、図１１、および図１２を参照して、Ｙ軸は、株組み合わせによる成長阻害の効果を示す。Ｘ軸は、アンサンブル（例えば、３つの株の組み合わせ）またはＳ．ａｕｒｅｕｓ株のみの存在下での異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を示す。試験したＳ．ａｕｒｅｕｓ株について、アンサンブルは棒グラフの左側であり、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株のみは棒グラフの右側である。図１０は、アンサンブルｊｌ２７／ｊｌ７７／ｊｌ８３（ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株）を試験し、図１１は、アンサンブルｊｌ２１／ｊｌ６８／ｊｌ１２１（ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株）を試験し、図１２は、アンサンブルｊｌ２７／ｊｌ６８／ｊｌ１２１（ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株）を試験した。３つ全ての試験した株組み合わせは、異なるＳ．ａｕｒｅｕｓ株の成長を阻害することができた。これは、株組み合わせが多種多様のＳ．ａｕｒｅｕｓ株に対して有効であることを示唆している。

【0190】

実施例８：Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｗｉｅｄｍａｎｎｉｉのみおよびさらなる株との組み合わせを用いたＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害のアッセイ

【0191】

ｊｌ．２７株を、健常人の皮膚から分離し、４つのＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動レポーターに対するペアワイズコンビナトリアルスクリーニングアッセイでスクリーニングした。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。株の組み合わせを、アレイアッセイにおいてスクリーニングした。株混合物の条件は、１）ｊｌ．２７株の自家交雑、２）無作為な皮膚分離菌を伴うｊｌ．２７株、および３）Ｓ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害を示した別の分離菌を伴うｊｌ．２７株であった。スクリーニングでは、クオラムセンシング誘導のためのレポーターａｇｒ、ストレス応答シグマ因子のためのレポーターｓｉｇＢ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのレポーターｐｓｍＡ、および構成性代謝機能のためのレポーターＧＭＫの発現を分析した。図１３を参照して、Ｙ軸は、共培養／Ｓ．ａｕｒｅｕｓプロモーター－レポーター単独培養のｌｏｇ_２発現変化を示す。Ｘ軸は、試験した遺伝子プロモーターを示す。大きな丸は、自家交雑（ｊｌ．２７株およびｊｌ．２７株）についてのデータポイントを示す。小さな黒丸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害を示した別の分離菌と交雑させたｊｌ．２７株を示す。小さな淡灰色の丸は、無作為な皮膚分離菌を伴うｊｌ．２７株を示す。データは、ｊｌ．２７株がＳ．ａｕｒｅｕｓの成長、ストレス、および毒素産生に対して強力な抑制効果を有していたことを示す。また、Ｓ．ａｕｒｅｕｓにおいてクオラムセンシングが強力に抑制される組み合わせが多く生じた。このデータは、ｊｌ．２７株がＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現阻害において単独または組み合わせで有効であることを示す。

【0192】

実施例９：さらなる微生物の存在下でのＳ．ａｕｒｅｕｓの遺伝子発現の阻害

【0193】

ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株 ｊｌ．７７株 ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株の３つずつの組み合わせ、２つずつの組み合わせ、および個別の株を、異なる微生物が存在する場合のＳ．ａｕｒｅｕｓの挙動の評価でスクリーニングした。混合物に添加された細菌株を、最初の６０９の凍結株のコレクションから選択された９２株から無作為に選択した。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの挙動を、一連のプラスミド媒介「プロモーター－レポーター」株（その蛍光が１つの特異的な活性を報告する）を介して測定した。スクリーニングでは、レポーター：クオラムセンシング誘導のためのａｇｒ、宿主組織に損傷を与える毒素のためのｐｓｍＡ、および構成性代謝機能のためのＧＭＫの発現を分析した。株の組み合わせを、成長の１日後にアレイにおいてスクリーニングした。株混合物の条件は、１）さらなる４株セットを伴う３つずつの組み合わせ、２）さらなる５株セットを伴う２つずつの組み合わせ、および３）さらなる６株セットを伴う１つの個別株であった。例えば、ｊｌ１２１／ｊｌ２１／ｊｌ６８＋４Ｘは、ｊｌ．１２１、ｊｌ．２１、およびｊｌ．６８ならびに最大４つのさらなる微生物（８９株から選択）が存在する試験コミュニティを示す。別の例では、ｊｌ１２１／ｊｌ２１＋５Ｘは、ｊｌ．１２１およびｊｌ．２１ならびに最大５つのさらなる微生物（９０株から選択）が存在する試験コミュニティを示す。別の例では、ｊｌ１２１＋６Ｘは、ｊｌ．１２１および最大６つのさらなる微生物（９１株から選択）が存在する試験コミュニティを示す。

【0194】

図１４を参照して、Ｙ軸は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養（すなわち、単独培養が１００％である）と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。試験した株は、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．６８株であった。これらの株を、７株コミュニティが形成されるように株を無作為に選択した異なる組み合わせで試験した。データは、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．６８株を含む株組み合わせが、（１）Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったこと；（２）株組み合わせ（アンサンブル）が、他の微生物が存在する場合でさえも依然として強力に機能し、組み合わせがネイティブなマイクロバイオームでうまく機能すると示唆されること；および（３）３種の組み合わせの任意のサブセットが存在する場合よりも強力に機能することを示す。例えば、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２１株、およびｊｌ．６８株の３種の組み合わせは、ａｇｒ発現が約５％未満に低下し、ｐｓｍＡ発現が約２％未満に低下し、ＧＭＫ発現が約２０％未満に低下したので、より大きなコミュニティに対してロバストであり、そのサブセットよりロバストである。

【0195】

図１５を参照して、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養（すなわち、単独培養が１００％である）と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。試験した株は、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．６８株であった。これらの株を、７株コミュニティが形成されるように株を無作為に選択した異なる組み合わせで試験した。データは、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．６８株を含む株組み合わせが、（１）Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったこと；（２）株組み合わせ（アンサンブル）が、他の微生物が存在する場合でさえも依然として強力に機能し、組み合わせがネイティブなマイクロバイオームでうまく機能すると示唆されること；および（３）３種の組み合わせの任意のサブセットが存在する場合よりも強力に機能することを示す。例えば、ｊｌ．１２１株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．６８株の３種の組み合わせは、ａｇｒ発現が約５％未満に低下し、ｐｓｍＡ発現が約２％未満に低下し、ＧＭＫ発現が約４０％未満に低下したので、より大きなコミュニティに対してロバストであり、そのサブセットよりロバストである。

【0196】

図１６を参照して、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養（すなわち、単独培養が１００％である）と比較したレポーターの発現百分率を示す。Ｘ軸は、試験した株の組み合わせを示す。試験株は、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株であった。これらの株を、７株コミュニティが形成されるように株を無作為に選択した異なる組み合わせで試験した。データは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株を含む株組み合わせが、（１）Ｓ．ａｕｒｅｕｓのａｇｒ（クオラムセンシング）、ｐｓｍＡ（毒素産生）、およびＧＭＫ（代謝機能）の抑制に有効であったこと；（２）株組み合わせ（アンサンブル）が、他の微生物が存在する場合でさえも依然として強力に機能し、組み合わせがネイティブなマイクロバイオームでうまく機能すると示唆されること；および（３）３種の組み合わせの任意のサブセットが存在する場合よりも強力に機能することを示す。例えば、ｊｌ．２７株、ｊｌ．７７株、およびｊｌ．８３株の３種の組み合わせは、ａｇｒ発現が約２％未満に低下し、ｐｓｍＡ発現が約２％未満に低下し、ＧＭＫ発現が約１０％未満に低下したので、より大きなコミュニティに対してロバストであり、そのサブセットよりロバストである。

【0197】

実施例１０：皮膚炎症の臨床研究

【0198】

皮膚の炎症の診断を受けた女性被験体を、ｊｌ．２１株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．１２１株を含む医薬組成物で処置する。医薬組成物を２週間投与した後、以下を観察する：疼痛量、発赤量、腫脹量、およびそう痒量。

【0199】

実施例１１：アトピー性皮膚炎の臨床研究

【0200】

アトピー性皮膚炎の診断を受けた男性被験体を、ｊｌ．８３株、ｊｌ．２７株、およびｊｌ．７７株を含む医薬組成物で処置する。医薬組成物を３週間投与した後、以下を観察する：かさつきの量、発赤量、乾燥量、および剥離量。

【0201】

実施例１２：分離株の配列

【0202】

分離株を、全ゲノム配列決定および生成されたコンティグのアセンブリに供した。さらに、１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を、Ｓａｎｇｅｒ配列決定によって配列決定し、手作業でトリミングした。分離株からの１６ｓ ｒＲＮＡ配列を、表６に示す。さらに、いくつかの識別子配列を、同定のために各々の分離株のアセンブリから得た。分離株からの識別子配列を表７に示す。識別子配列を同定するために、ゲノムアセンブリを、株識別配列について評価した。アセンブリを、エッジ効果を最小にするために各々のアセンブリ配列の各々のサイドから１０００ｂｐを除去することによって前処理し、収穫後に得られた配列長が１０ｋｂｐ未満であった場合、考慮から排除した。一連の新規の部分配列を、いくらかの長さのスライディングウィンドウを適用すること（ウィンドウ全体にわたって１０％重複を有する）によって作出した；５００ｂｐ重複を有する５０００ｂｐのウィンドウを使用し、１２０ｂｐ重複を有する１２００ｂｐウィンドウを使用した。配列を、２０２２年９月１７日にダウンロードした国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）提供のヌクレオチドコレクションデータベース（ヌクレオチドコレクション（ｎｔ）データベース）からのＢＬＡＳＴによって検索した。クエリカバレッジが９９％より大きいまたはそれに等しく、かつ配列同一性パーセントが９８％未満であるＢＬＡＳＴ配列検索結果を有していた識別子配列が、表７に含まれる。

【0203】

【表6-1】

【表6-2】

【表6-3】

【表6-4】

【表6-5】

【表6-6】

【0204】

【表7-1】

【表7-2】

【表7-3】

【表7-4】

【表7-5】

【表7-6】

【表7-7】

【表7-8】

【表7-9】

【表7-10】

【0205】

実施例１３：ｊｌ．６８株と混合した場合の寒天プレート上のＳ．ａｕｒｅｕｓのクオラムセンシングおよび代謝発現

【0206】

ＧＭＫプロモーター融合ＧＦＰレポーターまたはａｇｒプロモーター融合ＧＦＰレポーターを含むＳ．ａｕｒｅｕｓレポーター株を、寒天プレート上に播種した。１０マイクロリットルのｊｌ．６８株を、プレートの中央部にプレーティングした。３７℃で２４時間のインキュベーション後に、プレートの画像を撮影した。図１７Ａ～図１７Ｂは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓレポーター株の発現および成長を示す。レポーターの発現を、ＧＦＰ列中に示す。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの成長を、明視野列中に示す。画像は、ｊｌ．６８株の細胞が寒天プレート上のＳ．ａｕｒｅｕｓの成長を遅延させ、クオラムセンシングに影響を及ぼすことを示唆している。

【0207】

実施例１４：選択された株および選択された株の上清との混合後のＳ．ａｕｒｅｕｓの成長およびＳ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子の発現

【0208】

ＧＭＫプロモーター融合ＧＦＰレポーターまたはａｇｒプロモーター融合ＧＦＰレポーターを含むＳ．ａｕｒｅｕｓレポーター株を、以下の条件にて液体培養で成長させた：単独培養で、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ ＷＴと混合して（対照）；ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株と混合して；ｊｌ．６８株のみと混合して；ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の上清と混合して；またはｊｌ．６８株のみからの上清と混合して成長させた。ＧＭＫおよびａｇｒの発現を、２４時間のインキュベーション後に決定した。発現およびＣＦＵのレベルを、ＰＢＳ対照と比較し、（時間２４－時間０）／（時間２４のＰＢＳ－時間０のＰＢＳ）によって計算した。図１８Ａ～図１８Ｆは、Ｙ軸においてＰＢＳと比較したレベルを示し、Ｘ軸において異なる成長条件でのＣＦＵ、ＧＭＫ発現、およびａｇｒ発現を示す。ゼロ未満の値を０に設定したので「ａｇｒ」のエラーバーが見かけ上大きい。図１８Ａは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの単独培養対照におけるＳ．ａｕｒｅｕｓのＣＦＵならびにＧＭＫおよびａｇｒの発現を示す。図１８Ｂは、ａｉ．１５（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ ＷＴ）との１：１共培養を示し、クオラムセンシングが増加したが、細胞の生存率や代謝に対する影響はほとんどないかまったくなかった。図１８Ｃ～図１８Ｄは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株またはｊｌ．６８株との１：１共培養を示し、細胞生存率が減少した（１％未満（ＣＦＵ））。同様に、クオラムセンシング（ａｇｒ－ＧＦＰ）は、ＰＢＳ対照と比較して無視できるレベル（ほぼ０％）まで低下し、代謝（ＧＭＫ－ＧＦＰ）は、ＰＢＳ対照と比較して５～１０％まで低下した。図１８Ｅ～図１８Ｆは、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株、またはｊｌ．６８株の上清がクオラムセンシング（ａｇｒ－ＧＦＰ）を減少させた（ほぼ０％）ことを示す。細胞生存率（ＣＦＵ）は影響を受けず、代謝（ＧＭＫ－ＧＦＰ）は、ＰＢＳ対照と比較して５～１０％まで低下した。高密度Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（１０^９ＣＦＵ／ｍＬ）との液体共培養では、ｊｌ．２７株、ｊｌ．６８株、およびｊｌ．７７株の３つの株組み合わせならびに単一のｊｌ．６８株は、クオラムセンシング（ａｇｒ）を抑制し、生存率を低下させた（１％未満）。同様に、上清は、生存率を低下させることなくクオラムセンシングに対するこの効果を維持した。

【0209】

実施例１５：選択された株の上清との混合後のＳ．ａｕｒｅｕｓの代謝およびクオラムセンシングの発現

【0210】

ＧＭＫプロモーター融合ＧＦＰレポーターまたはａｇｒプロモーター融合ＧＦＰレポーターを含むＳ．ａｕｒｅｕｓレポーター株を、１Ｅ４、１Ｅ５、１Ｅ６、１Ｅ７、１Ｅ８、または１Ｅ９ＣＦＵ／ｍｌのように開始密度を漸増させた液体培養で成長させた。液体培養物を、ＰＢＳまたは１０％（ｖ／ｖ）のｊｌ．６８株の一晩培養物からの上清と混合した。培養物を４８時間成長させた。発現レベルを、ＰＢＳ対照と比較し、（時間４８－時間０）／（時間４８のＰＢＳ－時間０のＰＢＳ）によって計算した。図１９Ａは、ＧＭＫの発現をプロットしたグラフを示し、図１９Ｂは、ａｇｒの発現を示す。グラフは、ＰＢＳ対照と比較した４８時間にわたるＧＭＫまたはａｇｒの活性をＹ軸に示す。Ｘ軸は、異なる濃度のＳ．ａｕｒｅｕｓの初期密度を示す。代謝（拡大解釈すると、クオラムセンシング）は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの低密度培養物（１Ｅ６ ＣＦＵ／ｍＬでまたはそれ未満から開始）で停止されるようであった。中密度およびより高い密度のＳ．ａｕｒｅｕｓ培養物において代謝が部分的に修復されているようであり（上清なしと比較して２０～３０％）、一方、クオラムセンシングはわずかしか増加しなかった（上清なしと比較して１～３％）。この実験からの結果は、上清が代謝を遅延させ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓを、それがクオラムセンスではないよりゆっくりとした成長状況に至らせ、そして／あるいは上清がクオラムセンシングに作用して代謝活性全体を遅延させることを示し得る。

【0211】

実施例１６：選択された株の上清との混合後のＳ．ａｕｒｅｕｓの成長阻害

【0212】

ａｇｒプロモーター融合ＧＦＰレポーターを含むＳ．ａｕｒｅｕｓを、０％（ＰＢＳ対照）、５％、または１０％（ｖ／ｖ）のｊｌ．６８株からの上清を含むＴＳＢ寒天プレート上に１０倍希釈系列でプレーティングした。プレートを３７℃で１８時間インキュベートし、コロニーをカウントした。図２０は、種々のパーセンテージのｊｌ．６８株からの上清を含む寒天プレート上にＳ．ａｕｒｅｕｓの希釈系列を含むプレートの画像を示す。未変更のＴＳＢ培地の存在下では、およそ６～７つの１０倍希釈系列の個別のコロニーを飽和培養物としてカウントできた。これらは鮮やかに蛍光を発しており、クオラムセンシングが作動していることを示していた。５％のｊｌ．６８株上清の存在下では、コロニーは、目視によってより小さく、かつ蛍光がはるかに弱く、成長およびクオラムセンシングが影響を受けたことを示唆していた。コロニーカウントは、ＴＳＢのみの対照と比較して明らかに変化していなかった。１８時間で、コロニーはほとんど目視できなかった。１０％のｊｌ．６８株上清の存在下では、カウント可能なコロニーは存在しなかった。プレーティングした培養物の残留物が存在し、蛍光は検出されなかった。時折、上清の阻害効果を克服する希釈度の低いケースではコロニーが出現した。まとめると、データは、寒天表面に包埋したｊｌ．６８株上清がＳ．ａｕｒｅｕｓのコロニー生育およびクオラムセンシングを実質的に排除したことを示す。

【0213】

本発明の好ましい実施形態を本明細書中に示し、説明しているが、かかる実施形態をほんの一例として提供していることが当業者に明らかである。当業者であるならば、本発明を逸脱することなく、多数の変形形態、変更形態、および置換形態を直ちに想到する。本発明の実施において、本明細書中に記載の発明の実施形態の種々の代替形態を使用することができると理解すべきである。以下の請求項は、本発明の範囲を定義しており、これらの請求項の範囲内の方法および構造物ならびにその均等物がそれによって包含されることが意図される。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【図17A】

【図17B】

【図18A-B】

【図18C-D】

【図18E-F】

【図19A】

【図19B】

【図20】

【配列表】

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【国際調査報告】