特表 2024-546446 制御性Ｔ細胞のバイオマーカー

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-12-24

(54)【発明の名称】制御性Ｔ細胞のバイオマーカー

(51)【国際特許分類】

   G01N 33/53 20060101AFI20241217BHJP

   C07K 16/28 20060101ALI20241217BHJP

   C12N 15/115 20100101ALI20241217BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20241217BHJP

   C12Q 1/6813 20180101ALI20241217BHJP

   C12Q 1/6876 20180101ALI20241217BHJP

   G01N 33/574 20060101ALI20241217BHJP

【ＦＩ】

G01N33/53 Y

C07K16/28

C12N15/115 Z

C12Q1/686 Z

C12Q1/6813 Z

C12Q1/6876 Z

G01N33/574 A

G01N33/53 M

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024528535

(86)(22)【出願日】2022-11-14

(85)【翻訳文提出日】2024-05-13

(86)【国際出願番号】 IB2022060908

(87)【国際公開番号】W WO2023084474

(87)【国際公開日】2023-05-19

(31)【優先権主張番号】63/278,610

(32)【優先日】2021-11-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】524180439

【氏名又は名称】ジェイアールディー サイエンス インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110002860

【氏名又は名称】弁理士法人秀和特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】イ，クリスティナ レギョン

【テーマコード（参考）】

4B063

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B063QA12

4B063QA19

4B063QQ03

4B063QQ41

4B063QR55

4B063QR62

4B063QS25

4B063QS34

4B063QX02

4H045AA11

4H045AA30

4H045DA76

(57)【要約】

本発明は、制御性Ｔ細胞のバイオマーカーに関する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体または抗原結合断片で制御性Ｔ細胞を確認する方法。

【請求項2】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項１に記載の制御性Ｔ細胞を確認する方法。

【請求項3】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項１に記載の制御性Ｔ細胞を確認する方法。

【請求項4】

ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む癌疾患の診断用組成物。

【請求項5】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項４に記載の診断用組成物。

【請求項6】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項５に記載の診断用組成物。

【請求項7】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ
ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、請求項４に記載の診断用組成物。

【請求項8】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、請求項４に記載の診断用組成物。

【請求項9】

前記癌は、卵巣癌、大腸癌、膵臓癌、胃癌、肝臓癌、乳癌、子宮頸癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肺癌、非小細胞性肺癌、前立腺癌、胆嚢癌、胆道癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、血液癌、膀胱癌、腎臓癌、黒色腫、結腸癌、骨癌、皮膚癌、頭部癌、子宮癌、直腸癌、脳腫瘍、肛門付近癌、ラッパ管癌腫、子宮内膜癌腫、膣癌、陰門癌腫、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、輸尿管癌、腎細胞癌腫、腎骨盤癌腫、中枢神経系（ＣＮＳ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓｓｙｓｔｅｍ）腫瘍、一次ＣＮＳリンパ腫、脊髓腫瘍、脳幹神経膠腫または脳下垂体腺腫である、請求項４～８のいずれか１項に記載の診断用組成物。

【請求項10】

請求項４～９のいずれか１項に記載の診断用組成物を含む癌疾患診断用キット。

【請求項11】

目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む癌疾患を診断するための情報提供方法。

【請求項12】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である
、請求項１１に記載の情報提供方法。

【請求項13】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項１２に記載の情報提供方法。

【請求項14】

前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ
ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、請求項１３に記載の情報提供方法。

【請求項15】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、請求項１４に記載の情報提供方法。

【請求項16】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、請求項１４に記載の情報提供方法。

【請求項17】

前記癌は、卵巣癌、大腸癌、膵臓癌、胃癌、肝臓癌、乳癌、子宮頸癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肺癌、非小細胞性肺癌、前立腺癌、胆嚢癌、胆道癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、血液癌、膀胱癌、腎臓癌、黒色腫、結腸癌、骨癌、皮膚癌、頭部癌、子宮癌、直腸癌、脳腫瘍、肛門付近癌、ラッパ管癌腫、子宮内膜癌腫、膣癌、陰門癌腫、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、輸尿管癌、腎細胞癌腫、腎骨盤癌腫、中枢神経系（ＣＮＳ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓｓｙｓｔｅｍ）腫
瘍、一次ＣＮＳリンパ腫、脊髓腫瘍、脳幹神経膠腫または脳下垂体腺腫である、請求項１１～１６のいずれか１項に記載の情報提供方法。

【請求項18】

ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む免疫関連疾患の診断用組成物。

【請求項19】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項１８に記載の診断用組成物。

【請求項20】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項１９に記載の診断用組成物。

【請求項21】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ
ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、請求項２０に記載の診断用組成物。

【請求項22】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、請求項２０に記載の診断用組成物。

【請求項23】

前記免疫関連疾患は、自己免疫疾患；移植片対宿主疾患；臓器移植拒絶反応；喘息；アトピー；または急性または慢性の炎症疾患である、請求項１８～２２のいずれか１項に記載の診断用組成物。

【請求項24】

前記自己免疫疾患は、リウマチ性関節炎、全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、アトピー皮膚炎、乾癬、円形脱毛症、喘息、クローン病、ベーチェット病、シェーグレン症侯群、ギラン・バレー症侯群、慢性甲状腺炎、多発性硬化症、多発性筋炎、強直性脊椎炎、線維組織炎および結節性多発性動脈炎から構成された群より選択される、請求項２３に記載の診断用組成物。

【請求項25】

請求項１８～２４のいずれか１項に記載の診断用組成物を含む免疫関連疾患診断用キット。

【請求項26】

目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む免疫関連疾患を診断するための情報提供方法。

【請求項27】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項２６に記載の情報提供方法。

【請求項28】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項２７に記載の情報提供方法。

【請求項29】

前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ
ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、請求項２８に記載の情報提供方法。

【請求項30】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、請求項２９に記載の情報提供方法。

【請求項31】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、請求項２９に記載の情報提供方法。

【請求項32】

前記免疫関連疾患は、自己免疫疾患；移植片対宿主疾患；臓器移植拒絶反応；喘息；アトピー；または急性または慢性の炎症疾患である、請求項２６～３１のいずれか１項に記載の情報提供方法。

【請求項33】

前記自己免疫疾患は、リウマチ性関節炎、全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、アトピー皮膚炎、乾癬、円形脱毛症、喘息、クローン病、ベーチェット病、シェーグレン症侯群、ギラン・バレー症侯群、慢性甲状腺炎、多発性硬化症、多発性筋炎、強直性脊椎炎、線維組織炎および結節性多発性動脈炎から構成された群より選択される、請求項３２に記載の情報提供方法。

【請求項34】

ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む脳神経系疾患の診断用組成物。

【請求項35】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項３４に記載の診断用組成物。

【請求項36】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項３５に記載の診断用組成物。

【請求項37】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ
ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、請求項３６に記載の診断用組成物。

【請求項38】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、請求項３６に記載の診断用組成物。

【請求項39】

前記脳神経系疾患は、神経退行性疾患または神経炎症性疾患である、請求項３４～３８のいずれか１項に記載の診断用組成物。

【請求項40】

前記神経退行性疾患または神経炎症性疾患は、脳卒中、認知症、アルツハイマー病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、パーキンソン病（Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ハンチントン病（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ニーマン・ピック病（Ｎｉｅｍａｎｎ－Ｐｉｃｋ ｄｉｓｅａｓｅ）、多発性硬化症、プリオン病（ｐｒｉｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（Ｃｒｅｕｔｚｆｅｌｄｔ－Ｊａｋｏｂ ｄｉｓｅａｓｅ）、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、筋委縮性側索硬化症（ＡｌｚＡｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、副腎生物症侯群（Ｐａｒａｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、皮質基底退行症、多系統萎縮病、進行性核上性麻痺、神経系自己免疫疾患、脊髄小脳変性症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ａｔａｘｉａ）、炎症性および神経病症性痛み、脳血管疾患、脊髓損傷（ｓｐｉｎａｌ ｃｏｒｄ ｉｎｊｕｒｙ）およびタウオパチー（ｔａｕｏｐａｔｈｙ）からなる群より選択される、請求項３９に記載の診断用組成物。

【請求項41】

請求項３４～４０のいずれか１項に記載の診断用組成物を含む脳神経系疾患診断用キット。

【請求項42】

目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む脳神経系疾患を診断するための情報提供方法。

【請求項43】

前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、請求項４２に記載の情報提供方法。

【請求項44】

前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、請求項４３に記載の情報提供方法。

【請求項45】

前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ
ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（
ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、請求項４４に記載の情報提供方法。

【請求項46】

前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、請求項４５に記載の情報提供方法。

【請求項47】

前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、請求項４５に記載の情報提供方法。

【請求項48】

前記脳神経系疾患は、神経退行性疾患または神経炎症性疾患である、請求項４２～４７のいずれか１項に記載の情報提供方法。

【請求項49】

前記神経退行性疾患または神経炎症性疾患は、脳卒中、認知症、アルツハイマー病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、パーキンソン病（Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ハンチントン病（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ニーマン・ピック病（Ｎｉｅｍａｎｎ－Ｐｉｃｋ ｄｉｓｅａｓｅ）、多発性硬化症、プリオン病（ｐｒｉｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（Ｃｒｅｕｔｚｆｅｌｄｔ－Ｊａｋｏｂ ｄｉｓｅａｓｅ）、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、筋委縮性側索硬化症（ＡｌｚＡｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、副腎生物症侯群（Ｐａｒａｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、皮質基底退行症、多系統萎縮病、進行性核上性麻痺、神経系自己免疫疾患、脊髄小脳変性症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ａｔａｘｉａ）、炎症性および神経病症性痛み、脳血管疾患、脊髓損傷（ｓｐｉｎａｌ ｃｏｒｄ ｉｎｊｕｒｙ）およびタウオパチー（ｔａｕｏｐａｔｈｙ）からなる群より選択される、請求項４８に記載の情報提供方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

制御性Ｔ細胞のバイオマーカー（Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ
Ｔ ｃｅｌｌ）に関する。

【背景技術】

【0002】

制御性Ｔ細胞（ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ、Ｔｒｅｇ）は、過度の炎症と免疫反応の発生を自然的に防止する重要な役割を果たすが、自己免疫疾患と慢性炎症疾患が発生する場合、制御性Ｔ細胞の機能と数字が著しく減少することが報告された。したがって、免疫疾患と炎症疾患がある患者の場合、制御性Ｔ細胞が正常な水準に生成されることが重要であり、これは前記疾患の治療法の一つになり得る。

【0003】

癌の場合、制御性Ｔ細胞は癌微細環境に多く分布していて、ナチュラルキラー細胞（ＮＫ ｃｅｌｌ）や癌特異的細胞毒性Ｔリンパ球（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ）の癌細胞除去能を阻害するため、免疫チェックポイントであるＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４などとともに、癌の免疫回避機序の重要な役割を果たすことが報告された。

【0004】

制御性Ｔ細胞は、発生由来および細胞の性質によって、ナイーブ制御性Ｔ細胞（未分化Ｔｒｅｇ；ｎＴｒｅｇ）、休止期制御性Ｔ細胞（ｒｅｓｔｉｎｇ Ｔｒｅｇ；ｒＴｒｅｇ）、エフェクター制御性Ｔ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｔｒｅｇ；ｅＴｒｅｇ）およびメモリー制御性Ｔ細胞（ｍｅｍｏｒｙ Ｔｒｅｇ；ｍＴｒｅｇ）に分けられる。最近、Ｓｈｉｍｏｎ ＳａｋａｇｕｃｈｉグループでＣＤ４、ＣＤ４５ＲＡ、Ｆｏｘｐ３、ＣＤ２５の発現量に基づいてｎｏｎ－Ｔｒｅｇ、ｎＴｒｅｇ／ｒＴｒｅｇ、ｅＴｒｅｇを区分した（ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＣＤ４５ＲＡ－Ｆｏｘｐ３ｌｏ；ｎｏｎ－Ｔｒｅｇ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＣＤ４５ＲＡ＋Ｆｏｘｐ３ｌｏ；ｎＴｒｅｇ、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＣＤ４５ＲＡ－Ｆｏｘｐ３ｈｉ；ｅＴｒｅｇ）。前記制御性Ｔ細胞の種類のうち、エフェクター制御性Ｔ細胞とメモリー制御性Ｔ細胞が高い免疫抑制能を有することが知られている。特に、癌浸潤リンパ球（ｔｕｍｏｒ ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ；ＴＩＬ）ではエフェクター制御性Ｔ細胞が多く分布しており、免疫チェックポイントであるＣＴＬＡ－４を高く発現していて、免疫抑制能も高いことが報告された。したがって、制御性Ｔ細胞の中でも免疫抑制能が高いエフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球内の制御性Ｔ細胞を特異的に調節することは、効果的な免疫治療法になり得る。

【0005】

現在まで制御性Ｔ細胞に特異的に存在する遺伝子およびタンパク質に関する研究が進められ、ＣＤ２５、ＣＴＬＡ４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ３８、ＣＤ１０３、ＧＩＴＲおよびＣＤ４５ＲＢなどの物質が標識物質に相当できることが提示されてきたが、依然として制御性Ｔ細胞のみを単独で標的化できる遺伝子およびタンパク質は存在しない。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

本発明の一目的は、制御性Ｔ細胞に特異的なマーカーまたはその断片に特異的に結合する抗体または抗原結合断片で制御性Ｔ細胞を確認する方法を提供することである。

【0007】

本発明の他の目的は、制御性Ｔ細胞に特異的なマーカーまたはその断片に；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む癌、免疫関連疾患または脳神経系疾患の診断用組成物を提供することである。

【0008】

本発明の他の目的は、制御性Ｔ細胞に特異的なマーカーまたはその断片に；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む癌、免疫関連疾患または脳神経系疾患の診断用組成物を含む診断用キットを提供することである。

【0009】

本発明の他の目的は、目的とする個体から分離された生物学的試料において制御性Ｔ細胞に特異的なマーカーまたはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む癌、免疫関連疾患または脳神経系疾患を診断するための情報提供方法を提供することである。

【0010】

しかし、本発明が解決しようとする技術的課題は以上に言及した課題に制限されず、言及されていない他の課題は以下の記載から当業界における通常の知識を有する者に明確に理解されるであろう。

【課題を解決するための手段】

【0011】

本発明の「制御性Ｔ細胞（Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）」または「Ｔｒｅｇ」は、免疫抑制能が高いエフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より選択できるが、これに制限されるものではない。

【0012】

本発明の「核酸分子」は、本発明で提供するポリペプチドのアミノ酸配列を、当業者に知られているように、ポリヌクレオチド配列に翻訳された核酸分子をすべて含む。そのため、ＯＲＦ（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ）による多様なポリヌクレオチド配列が製造可能であり、これもすべて本発明の核酸分子に含まれる。

【0013】

本発明の「抗体」は、抗原と特異的に結合して抗原－抗体反応を起こす物質を指す。本発明の目的上、抗体は、制御性Ｔ細胞特異的タンパク質またはその細胞外ドメインに対して特異的に結合する抗体を意味する。本発明の前記抗体は、多クローン抗体、単クローン抗体および組換え抗体をすべて含む。前記抗体は、当業界で広く公知の技術を用いて容易に製造できる。例えば、多クローン抗体は、前記バイオマーカータンパク質の抗原を動物に注射し、動物から採血して抗体を含む血清を得る過程を含む、当業界で広く公知の方法によって生産できる。このような多クローン抗体は、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、サル、ウマ、ブタ、ウシ、イヌなどの任意の動物から製造できる。また、単クローン抗体は、当業界で広く公知のハイブリドーマ方法（ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ｍｅｔｈｏｄ；ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９７６）Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ６：５１１－５１９参照）、またはファージ抗体ライブラリー技術（Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８，１９９１；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８，１－５９７，１９９１参照）を用いて製造できる。前記方法で製造された抗体は、ゲル電気泳動、透析、塩沈殿、イオン交換クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィーなどの方法を用いて分離、精製される。また、本発明の抗体は、２個の全長の軽鎖および２個の全長の重鎖を有する完全な形態のみならず、抗体分子の機能的な断片を含む。抗体分子の機能的な断片とは、少なくとも抗原結合機能を保持している断片を意味し、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖなどがある。

【0014】

本発明において、「免疫グロブリン」は、重鎖および軽鎖を有し、それぞれの重鎖および軽鎖は、不変領域および可変領域を含む。軽鎖および重鎖の可変領域は、相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ、以下、「ＣＤＲ」という）と呼ばれる３個の多変可能な領域および４個の構造領域（Ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｒｅｇｉｏｎ）を含む。前記ＣＤＲは、主に抗原の抗原決定基（Ｅｐｉｔｏｐｅ）に結合する役割を果たす。それぞれの鎖のＣＤＲは、典型的にＮ－末端から順次に、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と称し、また、特定のＣＤＲが位置している鎖によっ
て識別される。

【0015】

本発明において、「相補性決定領域（ＣＤＲ）」は、３個の多変可能な領域および４個の構造領域（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｒｅｇｉｏｎ）を含む。前記ＣＤＲは、主に抗原の抗原決定基（ｅｐｉｔｏｐｅ）に結合する役割を果たす。それぞれの鎖のＣＤＲは、典型的にＮ－末端から順次に、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と称し、また、特定のＣＤＲが位置している鎖によって識別される。

【0016】

本発明において、「全長抗体」は、２個の全体長さの軽鎖および２個の全体長さの重鎖を有する構造であり、それぞれの軽鎖は、重鎖とジスルフィド（Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ）結合で連結されており、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、およびＩｇＧを含む。前記ＩｇＧは、その亜型（ｓｕｂｔｙｐｅ）として、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４を含む。

【0017】

本発明において、「抗原結合断片」は、抗原結合機能を保持している断片を意味し、抗原結合断片の例は、（ｉ）軽鎖の可変領域（ＶＬ）および重鎖の可変領域（ＶＨ）と軽鎖の不変領域（ＣＬ）および重鎖の一番目の不変領域（ＣＨ１）からなるＦａｂ断片；（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｉｉ）単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；（ｉｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片；（ｖ）分離されたＣＤＲ領域；（ｖｉ）２個の連結されたＦａｂ断片を含む２価の断片であるＦ（ａｂ’）２断片；（ｖｉｉ）ＶＨドメインおよびＶＬドメインが抗原結合部位を形成するように結合させるペプチドリンカーによって結合した単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）；（ｖｉｉｉ）二特異的な単鎖Ｆｖ二量体および（ｉｘ）遺伝子融合によって作製された多価または多特異的な断片であるダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）などを含む。前記抗原結合断片は、タンパク質加水分解酵素、例えば、パパインまたはペプシンを用いる場合、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）_２の断片を得ることができ、遺伝子組換え技術により作製することができる。

【0018】

本発明において、「単クローン抗体」は、実質的に同一の抗体集団から得られた単一分子組成の抗体分子を称する言葉で、特定の抗原決定基（Ｅｐｉｔｏｐｅ）に対して単結合特異性および親和度を示す。

【0019】

本発明において、「結合」または「特異的結合」は、本願抗体または抗体組成物の抗原に対する親和度を示すものである。抗原抗体結合において「特異的結合」は、典型的に解離定数（ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｃｏｎｓｔａｎｔ、Ｋｄ）が１×１０^－５Ｍ未満または１×１０^－６Ｍ未満または１×１０^－７Ｍ未満の場合、非特異的な背景結合と区分される。特異的結合は、当業界の公知の方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＳＰＲ（Ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ）、免疫沈殿（ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ）、共沈殿（ｃｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ）などの方法で検出可能であり、非特異的結合と特異的結合とを区分できる適切な対照群を含む。

【0020】

本発明の「抗体または抗原結合断片」は、単量体の抗原結合能の少なくとも一部を含む二量体、三量体、四量体、五量体などの多量体として存在することができる。このような多量体はまた、同種多量体、または異種多量体を含むものである。抗体多量体は多数の抗原結合部位を含むため、単量体と比較して抗原に対する結合能に優れる。抗体の多量体はさらに、多機能性（ｂｉｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ、ｔｒｉｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ、ｔｅｔｒａｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ）抗体の作製にも容易である。

【0021】

本発明において、「予防」は、本発明の薬学組成物を用いて疾患の症状を遮断したり、疾患の症状の抑制または遅延させるすべての行為であれば制限なく含むことができる。

【0022】

本発明において、「治療」および「改善」は、本発明の薬学組成物を調べて疾患の症状が好転したり有利になるすべての行為であれば制限なく含むことができる。

【0023】

本発明の「薬学組成物」はこれらに限定されるものではないが、それぞれ通常の方法により、散剤、顆粒剤、カプセル、錠剤、水性懸濁液などの経口型剤形、外用剤、坐剤および滅菌注射溶液の形態に剤形化して使用できる。本発明の薬学組成物は、薬剤学的に許容可能な担体を含むことができる。薬剤学的に許容される担体は、経口投与時には、結合剤、滑沢剤、崩壊剤、賦形剤、可溶化剤、分散剤、安定化剤、懸濁化剤、色素、香料などを使用することができ、注射剤の場合は、緩衝剤、保存剤、無痛化剤、可溶化剤、等張剤、安定化剤などを混合して使用可能であり、局所投与用の場合は、基剤、賦形剤、潤滑剤、保存剤などを使用することができる。本発明の薬学組成物の剤形は、上述のような薬剤学的に許容される担体と混合して多様に製造可能である。例えば、経口投与時には、錠剤、トローチ、カプセル、エリキシル（ｅｌｉｘｉｒ）、サスペンション、シロップ、ウエハなどの形態に製造することができ、注射剤の場合には、単位投薬アンプルまたは多数回投薬形態に製造することができる。その他、溶液、懸濁液、錠剤、カプセル、徐放型製剤などに剤形することができる。一方、製剤化に適した担体、賦形剤および希釈剤の例としては、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、キシリトール、エリスリトール、マルチトール、デンプン、アカシアガム、アルギネート、ゼラチン、カルシウムホスフェート、カルシウムシリケート、セルロース、メチルセルロース、微晶質セルロース、ポリビニルピロリドン、水、メチルヒドロキシベンゾエート、プロピルヒドロキシベンゾエート、タルク、マグネシウムステアレートまたは鉱物油などが使用できる。また、充填剤、抗凝集剤、潤滑剤、湿潤剤、香料、乳化剤、防腐剤などを追加的に含むことができる。

【0024】

本発明において、薬学組成物に対する「投与経路」はこれらに限定されるものではないが、口腔、静脈内、筋肉内、動脈内、骨髄内、硬膜内、心臓内、経皮、皮下、腹腔内、鼻腔内、腸管、局所、舌下または直腸が含まれる。経口または非経口投下が好ましい。

【0025】

本発明において、「非経口」は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、滑液嚢内、胸骨内、硬膜内、病巣内および頭蓋骨内注射または注入技術を含む。本発明の薬学組成物はさらに、直腸投与のための坐剤の形態で投与されてもよい。

【0026】

本発明の組成物の「用法および用量」は、使用された特定の化合物の活性、年齢、体重、一般的な健康、性別、規定食、投与時間、投与経路、排出率、薬物配合および予防または治療される特定の疾患の重症を含んだ様々な要因によって多様に変化可能であり、前記薬学組成物の投与量は、患者の状態、体重、疾病の程度、薬物形態、投与経路および期間によって異なるが、当業者によって適宜選択可能であり、１日０．０００１～５０ｍｇ／ｋｇまたは０．００１～５０ｍｇ／ｋｇで投与することができる。投与は、１日に１回投与してもよく、数回分けて投与してもよい。前記投与量は、いかなる面でも本発明の範囲を限定するものではない。本発明による医薬組成物は、丸剤、糖衣錠、カプセル、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁剤に剤形化されてもよい。

【0027】

本発明の「ＰＮＡ（Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）」は、人工的に合成された、ＤＮＡまたはＲＮＡと類似の重合体を指し、１９９１年、デンマークのコペンハーゲン大学のＮｉｅｌｓｅｎ、Ｅｇｈｏｌｍ、ＢｅｒｇとＢｕｃｈａｒｄｔ教授によって初めて紹介された。ＤＮＡはリン酸－リボース糖骨格を有するのに対し、ＰＮＡはペプチド結合によって連結された繰り返しのＮ－（２－アミノエチル）－グリシン骨格を有し、これによってＤＮＡまたはＲＮＡに対する結合力と安定性が大きく増加して、分子生物学、診断分析およびアンチセンス治療法に使用されている。ＰＮＡは、文献［Ｎｉｅｌｓｅｎ ＰＥ，Ｅｇｈｏｌｍ Ｍ，Ｂｅｒｇ ＲＨ，Ｂｕｃｈａｒｄｔ Ｏ（Ｄｅｃｅｍｂｅ
ｒ１９９１）。「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ－ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ＤＮＡ ｂｙ ｓｔｒａｎｄ ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ ｗｉｔｈ ａ ｔｈｙｍｉｎｅ－ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｄ ｐｏｌｙａｍｉｄｅ」。Ｓｃｉｅｎｃｅ２５４（５０３７）：１４９７－１５００］に詳細に開示されている。

【0028】

本発明の「アプタマー」は、オリゴ核酸またはペプチド分子であり、アプタマーの一般的な内容は、文献［Ｂｏｃｋ ＬＣ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３５５（６３６０）：５６４６（１９９２）；Ｈｏｐｐｅ－Ｓｅｙｌｅｒ Ｆ，Ｂｕｔｚ Ｋ「Ｐｅｐｔｉｄｅ
ａｐｔａｍｅｒｓ：ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｎｅｗ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｄｉｃｉｎｅ」。Ｊ Ｍｏｌ Ｍｅｄ．７８（８）：４２６３０（２０００）；Ｃｏｈｅｎ ＢＡ，Ｃｏｌａｓ Ｐ，Ｂｒｅｎｔ Ｒ．「Ａｎ ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ
ｃｅｌｌ－ｃｙｃｌｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｆｒｏｍ ａ ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ ｌｉｂｒａｒｙ」。Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．９５（２４）：１４２７２７（１９９８）］に詳細に開示されている。

【0029】

本発明の「プライマー」は、標的遺伝子配列を認知する断片であって、正方向および逆方向のプライマー対を含むが、好ましくは、特異性および敏感性を有する分析結果を提供するプライマー対である。プライマーの核酸配列が試料内に存在する非－標的配列と不一致の配列であるので、相補的なプライマー結合部位を含む標的遺伝子配列のみ増幅し、非特異的増幅を誘発しないプライマーのとき、高い特異性が付与できる。

【0030】

本発明の「プローブ」とは、試料内の検出しようとする標的物質と特異的に結合可能な物質を意味し、前記結合により特異的に試料内の標的物質の存在を確認できる物質を意味する。プローブの種類は、当業界で通常使用される物質として制限はないが、好ましくは、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）、ＬＮＡ（ｌｏｃｋｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、ＲＮＡまたはＤＮＡであってもよいし、最も好ましくは、ＰＮＡである。より具体的には、前記プローブは、バイオ物質として、生物に由来するか、これと類似のもの、または生体外で製造されたものを含むもので、例えば、酵素、タンパク質、抗体、微生物、動植物細胞および器官、神経細胞、ＤＮＡ、およびＲＮＡであってもよいし、ＤＮＡは、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、オリゴヌクレオチドを含み、ＲＮＡは、ゲノムＲＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチドを含み、タンパク質の例としては、抗体、抗原、酵素、ペプチドなどを含むことができる。

【0031】

本発明の「ＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）」とは、２’－Ｏ、４’－Ｃメチレンブリッジを含む核酸アナログを意味する。ＬＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡとＲＮＡの一般的な核酸塩基を含み、Ｗａｔｓｏｎ－Ｃｒｉｃｋ塩基対の規則に従って塩基対を形成することができる。しかし、メチレンブリッジによる分子の「ｌｏｃｋｉｎｇ」によって、ＬＮＡはＷａｔｓｏｎ－Ｃｒｉｃｋ結合において理想的な形状を形成できなくなる。ＬＮＡがＤＮＡまたはＲＮＡオリゴヌクレオチドに含まれると、ＬＮＡはより早く相補的ヌクレオチド鎖と対をなして、二重螺旋の安定性を高めることができる。

【0032】

本発明の「アンチセンス」は、アンチセンスオリゴマーがワトソン・クリック塩基対の形成によってＲＮＡ内の標的配列と混成化されて、標的配列内で典型的にｍＲＮＡとＲＮＡ：オリゴマーヘテロ二重体の形成を許容する、ヌクレオチド塩基の配列およびサブユニット間のバックボーンを有するオリゴマーを意味する。オリゴマーは、標的配列に対する正確な配列相補性または近似相補性を有することができる。

【0033】

本発明の「キット」は、ＲＴ－ＰＣＲキット、ＤＮＡチップキット、ＥＬＩＳＡキット、タンパク質チップキット、ラピッド（ｒａｐｉｄ）キットまたはＭＲＭ（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ）キットであってもよいが、これに制限
されるものではない。前記診断用キットは、分析方法に適した１種類またはそれ以上の他の構成成分組成物、溶液または装置をさらに含むことができる。例えば、逆転写重合酵素反応を行うために必要な必須要素をさらに含むことができる。逆転写重合酵素反応キットは、マーカータンパク質を暗号化する遺伝子に対して特異的なプライマー対を含む。プライマーは、前記遺伝子の核酸配列に特異的な配列を有するヌクレオチドであって、約７ｂｐ～５０ｂｐの長さ、より好ましくは約１０ｂｐ～３０ｂｐの長さを有することができる。また、対照群遺伝子の核酸配列に特異的なプライマーを含むことができる。その他の逆転写重合酵素反応キットは、テストチューブまたは他の適切な容器、反応緩衝液（ｐＨおよびマグネシウムの濃度は多様）、デオキシヌクレオチド（ｄＮＴＰｓ）、Ｔａｑ－ポリメラーゼおよび逆転写酵素のような酵素、ＤＮａｓｅ、ＲＮａｓｅ抑制剤、ＤＥＰＣ－水（ＤＥＰＣ－ｗａｔｅｒ）、滅菌水などを含むことができる。前記診断用キットは、ＤＮＡチップを行うために必要な必須要素を含むことができる。ＤＮＡチップキットは、遺伝子またはその断片に相当するｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）が付着している基板、および蛍光標識プローブを作製するための試薬、製剤、酵素などを含むことができる。また、基板は、対照群遺伝子またはその断片に相当するｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドを含むことができる。前記診断用キットは、ＥＬＩＳＡを行うために必要な必須要素を含むことができる。ＥＬＩＳＡキットは、前記タンパク質に対して特異的な抗体を含む。抗体は、マーカータンパク質に対する特異性および親和性が高く、他のタンパク質に対する交差反応性がほとんどない抗体で、単クローン抗体、多クローン抗体または組換え抗体である。また、ＥＬＩＳＡキットは、対照群タンパク質に特異的な抗体を含むことができる。その他のＥＬＩＳＡキットは、結合した抗体を検出できる試薬、例えば、標識された二次抗体、発色団（ｃｈｒｏｍｏｐｈｏｒｅｓ）、酵素（例：抗体とコンズゲートされる）およびその基質または抗体と結合可能な他の物質などを含むことができる。

【0034】

本発明の前記「目的とする個体」とは、疾患の発病の有無が不確実な個体で、疾患の発病の可能性が高い個体を意味する。

【0035】

本発明の前記「生物学的試料」は、個体から得られるか、個体に由来する任意の物質、生物学的体液、組織または細胞を意味するもので、例えば、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ
ｆｌｕｉｄ）を含むことができるが、これに制限されるものではない。

【0036】

本発明において、「被検物質」は、任意の物質（ｓｕｂｓｔａｎｃｅ）、分子（ｍｏｌｅｃｕｌｅ）、元素（ｅｌｅｍｅｎｔ）、化合物（ｃｏｍｐｏｕｎｄ）、実在物（ｅｎｔｉｔｙ）、またはこれらの組み合わせを含む。例えば、これらに限定されないが、タンパク質、ポリペプチド、小有機分子（ｓｍａｌｌ ｏｒｇａｎｉｃ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）、
多糖類（ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、ポリヌクレオチドなどを含む。また、天然産物（ｎａｔｕｒａｌ ｐｒｏｄｕｃｔ）、合成化合物または２個以上の物質の組み合わせであってもよい。

【0037】

前記タンパク質に結合するファージディスプレイペプチドクローン（ｐｈａｇｅ－ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｃｌｏｎｅ）の検索、天然物および化学物質ライブラリー（ｃｈｅｍｉｃａｌ ｌｉｂｒａｒｙ）などを用いたＨＴＳ（ｈｉｇｈ ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）、ドラッグヒットＨＴＳ（ｄｒｕｇ ｈｉｔ ＨＴＳ）、細胞ベースのスクリーニング（ｃｅｌｌ－ｂａｓｅｄ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）、またはＤＮＡアレイ（ＤＮＡ ａｒｒａｙ）を用いたスクリーニング法などを使用することができる。この場合、本発明の組成物は、前記タンパク質以外にも、タンパク質の構造または生理活性を安定して維持させる緩衝液または反応液を含むことができる。また、本発明の組成物は、生体内（ｉｎ ｖｉｖｏ）実験のために、前記タンパク質を発現する細胞、または転写率を調節可能なプロモーター下で前記タンパク質を発現するプラスミドを含む細胞などを含むことができる。本発明のスクリーニング方法において、試験対象物質は、通常の選定方式によって癌転移抑制剤としての可能性を有すると推定されるか、またはランダムに選定された個別的な核酸、タンパク質、その他の抽出物または天然物、化合物などになる。また、本発明のスクリーニング方法により得られた、遺伝子発現を増進させたりタンパク質の機能を増進させる活性を示す試験対象物質および、逆に遺伝子発現を抑制させたりタンパク質の機能を抑制させる活性を示す試験対象物質は、前者の場合、試験対象物質に対する抑制剤を開発することにより免疫抑制剤候補物質になり、後者の場合は、免疫抑制剤候補物質になる。このような免疫抑制剤候補物質は、後の免疫抑制剤の開発過程でリーディング物質（ｌｅａｄｉｎｇ ｃｏｍｐｏｕｎｄ）として作用し、リーディング物質が前記遺伝子またはそれから発現するタンパク質の機能抑制効果を示すようにその構造を変形させて最適化することにより、新たな免疫抑制剤を開発することができる。

【0038】

本発明の「ｓｉＲＮＡ（ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡ）」は、短い１９－３０個の二重リボ核酸鎖（ｄｏｕｂｌｅ ｓｔｒａｎｄ ＲＮＡ ｄｕｐｌｅｘ）で細胞内導入すれば、非特異的阻害（ｎｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）なしに特定の遺伝子の発現のみを抑制する効果を示すもので、ｓｉＲＮＡの作用機序は、細胞内でＲＩＳＣ（ＲＮＡ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ）と結合してｍＲＮＡに相当する遺伝子のｓｅｎｓｅ ｓｔｒａｎｄが切り出され、ｓｅｎｓｅ ｓｔｒａｎｄに相補的なａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｓｔａｎｄ ＲＩＳＣと複合体となり、相補的な塩基配列を有するｍＲＮＡ、すなわち標的遺伝子のｍＲＮＡと結合してこれを分解することにより、遺伝子の発現を阻害することが知られている。

【0039】

本発明の「ｓｈＲＮＡ（ｓｈｏｒｔ ｈａｉｒｐｉｎ ＲＮＡ）」は、ターゲット遺伝子ｓｉＲＮＡ塩基配列のｓｅｎｓｅと相補的なｎｏｎｓｅｎｓｅとの間に３~１０個の塩
基ｌｉｎｋｅｒを連結するオリゴＤＮＡを合成した後、プラスミドベクターにクローニングするか、またはｓｈＲＮＡをレトロウイルスであるレンチウイルス（ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ）およびアデノウイルス（ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ）に挿入して発現させると、ｌｏｏｐのあるヘアピン構造のｓｈＲＮＡが作られ、細胞内のＤｉｃｅｒによってｓｉＲＮＡに転換されてＲＮＡｉ効果を示すものをいい、ｓｈＲＮＡは、比較的長期間ＲＮＡｉ効果を示すようにするという長所がある。本発明のｓｉＲＮＡは、生体内の核酸分解酵素による早い分解を防ぐために化学的に変形された形態であってもよい。ｓｉＲＮＡは二重螺旋構造を有するので、単一螺旋構造のリボ核酸やアンチセンスオリゴ核酸（ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）よりは相対的に安定した構造であるが、生体内の核酸分解酵素によって早く分解されるため、化学的変形により分解速度を減少させることができる。ｓｉＲＮＡが簡単に分解されないように安定かつ抵抗的にするためのｓｉＲＮＡの化学的変形方法は当業者によく知られている。ｓｉＲＮＡの化学的変形に最も多く使
用される方式は、ボラノホスフェート（ｂｏｒａｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ）またはホスホロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ）修飾方法（ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）である。これらの物質は、ｓｉＲＮＡのヌクレオシド（ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）間の連結を安定して形成して、結果的に、核酸分解に対する抵抗性を付与する。ボラノホスフェートで修飾されたリボ核酸は、核酸分解がうまく行われない特徴があるが、化学反応によって作られず、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写反応によってボラノホスフェートがリボ核酸に入る方式でのみ合成される。ボラノホスフェート修飾方法は比較的手軽な方法に属するが、特定の位置に修飾しにくいという短所がある。これに対し、ホスホロチオエート修飾方法は、所望の部分に硫黄（ｓｕｌｆｕｒ）元素を導入できるという長所があるが、度合いの激しいホスホチオエーション（ｐｈｏｓｐｈｏｔｈｉｏａｔｉｏｎ）は、効能減少、毒性、非特異的ＲＩＳＣ（ＲＮＡｉｎｄｕｃｅｄ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ）形成などの問題が現れる。したがって、最近は、前記２つの方法のほか、リボ核酸の終結位置（３’末端超過部位）にのみ化学的変形をして核酸分解酵素に抵抗性を付与する方法がより好まれている。また、リボース環（ｒｉｂｏｓｅ ｒｉｎｇ）を化学的に修飾しても核酸分解酵素に対する抵抗性が強くなることが知られているが、特に、本来細胞内に存在するリボース２’－位の変異はｓｉＲＮＡを安定化させる。しかし、この位置に正確にメチル基が入ってこそ安定性が増加し、過度に多いメチル基は逆にリボ核酸媒介の干渉現象が失われるなどの問題もある。このような化学的変形の理由は、生体内での薬物動態学的（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃ）な滞留時間の増大および有効性を高めるための目的もある（Ｍａｒｋ ｅｔ．ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，１３：６４４－６７０，２００６）。化学的修飾方法のほか、ｓｉＲＮＡの細胞内伝達効率を高めるためには、安全かつ効率的な伝達システムが要求される。このために、本発明のｓｉＲＮＡは、核酸伝達体（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍ）との複合体の形態で癌治療用医薬組成物中に含まれる。

【0040】

本発明において、「癌」は、哺乳類で典型的に調節されない細胞の成長で特徴づけられた生理的状態を示すか、指す。本発明において、予防、改善または治療の対象になる癌は、固形臓器（ｓｏｌｉｄ ｏｒｇａｎ）で異常に細胞が成長して発生した塊からなる固形癌（ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒ）であってもよく、固形臓器の部位によって、胃癌、肝臓癌、肝癌、膠芽腫、卵巣癌、大腸癌、頭頸部癌、膀胱癌、腎細胞癌、乳癌、転移癌、前立腺癌、膵臓癌、黒色腫または肺癌などであってもよいが、これに制限されるものではない。

【0041】

本発明において、「免疫関連疾患」は、自己免疫疾患、移植片対宿主疾患、臓器移植拒絶反応、喘息、アトピー、および急性または慢性の炎症疾患からなる群より選択される１種以上であってもよいが、これに制限されるものではない。また、前記自己免疫疾患は、リウマチ性関節炎、全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、アトピー皮膚炎、乾癬、円形脱毛症、喘息、クローン病、ベーチェット病、シェーグレン症侯群、ギラン・バレー症侯群、慢性甲状腺炎、多発性硬化症、多発性筋炎、強直性脊椎炎、線維組織炎および結節性多発性動脈炎から構成された群より選択される１種以上であってもよいが、これに制限されるものではない。

【0042】

本発明において、「脳神経系疾患」は、神経退行性疾患または神経炎症性疾患であってもよい。

【0043】

本発明において、前記「神経退行性疾患」は、神経細胞の機能減少または消失によって発生する疾患を意味することができ、前記「神経炎症性疾患」は、神経系の過度の炎症反応によって発生する疾患を意味することができる。

【0044】

本発明において、前記神経退行性疾患または神経炎症性疾患の具体的な例としては、脳卒中、認知症、アルツハイマー病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、パーキ
ンソン病（Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ハンチントン病（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ニーマン・ピック病（Ｎｉｅｍａｎｎ－Ｐｉｃｋ ｄｉｓｅａｓｅ）、多発性硬化症、プリオン病（ｐｒｉｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（Ｃｒｅｕｔｚｆｅｌｄｔ－Ｊａｋｏｂ ｄｉｓｅａｓｅ）、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、筋委縮性側索硬化症（ＡｌｚＡｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ
ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、副腎生物症侯群（Ｐａｒａｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、皮質基底退行症、多系統萎縮病、進行性核上性麻痺、神経系自己免疫疾患、脊髄小脳変性症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ａｔａｘｉａ）、炎症性および神経病症性痛み、脳血管疾患、脊髓損傷（ｓｐｉｎａｌ ｃｏｒｄ ｉｎｊｕｒｙ）およびタウオパチー（ｔａｕｏｐａｔｈｙ）からなる群より選択できるが、これに制限されるものではない。

【0045】

本発明において、「制御性Ｔ細胞を確認する方法」とは、逆転写重合酵素反応（Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＲＴ－ＰＣＲ）により制御性Ｔ細胞に存在する特異的なマーカーを増幅させ、フローサイトメトリー（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ、ＦＡＣＳ）などにより制御性Ｔ細胞に存在する特異的なマーカーを蛍光により確認して制御性Ｔ細胞を確認または分離する方法を意味するが、これに制限されるものではない。

【0046】

本発明において、前記「逆転写重合酵素反応」とは、重合酵素連鎖反応（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＰＣＲ）の変形で、増幅過程により多数のＤＮＡ配列を作るために分子生物学で一般的に使用する実験手法である。しかし、逆転写重合酵素連鎖反応では、ＲＮＡが先に逆転写酵素によって逆転写されてｃＤＮＡを作り、作られたｃＤＮＡが既存の重合酵素連鎖反応やリアルタイム重合酵素連鎖反応により増幅されるが、これに制限されるものではない。

【0047】

本発明において、前記「フローサイトメトリー（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ、ＦＡＣＳ）」または「ＦＡＣＳ」は、細胞によって発現する１つ以上のＦＡＣＳから選択可能なポリペプチドの存在、不在または水準によって細胞の母集団を１つ以上の下位母集団に分離する方法を意味する。前記ＦＡＣＳは、細胞を下位集団に分類するために、個別細胞の蛍光を含む光学特性に依存する。

【0048】

本発明において、前記「ＦＡＣＳ選択可能なポリペプチド」は、フローサイトメトリーによって直接または間接的に検出できるポリペプチドである。ＦＡＣＳ選択可能なポリペプチドの例としては、フローサイトメトリーによるポリペプチドの間接的な検出のために検出可能な結合パートナー（例えば、蛍光標識された抗体）に結合可能な細胞外ドメイン（例えば、ＣＤ５２またはＣＤ５９）を含むポリペプチドを含み、ＦＡＣＳ選択可能なポリペプチドの他の例は、蛍光タンパク質、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）およびｅＧＦＰ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＴｏｍａｔｏを含むこれらの変異体などがあり、これは前記フローサイトメトリーによって直接検出可能である。ＦＡＣＳにより制御性Ｔ細胞に存在する特異的なマーカーを確認し、制御性Ｔ細胞を分離することができる。

【0049】

本発明の一具体例は、ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体または抗原結合断片で制御性Ｔ細胞を確認する方法を提供する。

【0050】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現
する細胞表面タンパク質である、制御性Ｔ細胞を確認する方法を提供する。

【0051】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、制御性Ｔ細胞を確認する方法を提供する。

【0052】

本発明の一具体例は、ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む癌疾患の診断用組成物を提供する。

【0053】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0054】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0055】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0056】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0057】

本発明の他の具体例において、前記癌は、卵巣癌、大腸癌、膵臓癌、胃癌、肝臓癌、乳癌、子宮頸癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肺癌、非小細胞性肺癌、前立腺癌、胆嚢癌、胆道癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、血液癌、膀胱癌、腎臓癌、黒色腫、結腸癌、骨癌、皮膚癌、頭部癌、子宮癌、直腸癌、脳腫瘍、肛門付近癌、ラッパ管癌腫、子宮内膜癌腫、膣癌、陰門癌腫、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、輸尿管癌、腎細胞癌腫、腎骨盤癌腫、中枢神経系（ＣＮＳ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓｓｙｓｔｅｍ）腫瘍、一次ＣＮＳリンパ腫、脊髓腫瘍、脳幹神経膠腫または脳下垂体腺腫である、診断用組成物を提供する。

【0058】

本発明の他の具体例は、前記診断用組成物を含む癌疾患診断用キットを提供する。

【0059】

本発明の一具体例は、目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む癌疾患を診断するための情報提供方法を提供する。

【0060】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0061】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0062】

本発明の他の具体例において、前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、情報提供方法を提供する。

【0063】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、情報提供方法を提供する。

【0064】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、情報提供方法を提供する。

【0065】

本発明の他の具体例において、前記癌は、卵巣癌、大腸癌、膵臓癌、胃癌、肝臓癌、乳癌、子宮頸癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、肺癌、非小細胞性肺癌、前立腺癌、胆嚢癌、胆道癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、血液癌、膀胱癌、腎臓癌、黒色腫、結腸癌、骨癌、皮膚癌、頭部癌、子宮癌、直腸癌、脳腫瘍、肛門付近癌、ラッパ管癌腫、子宮内膜癌腫、膣癌、陰門癌腫、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、輸尿管癌、腎細胞癌腫、腎骨盤癌腫、中枢神経系（ＣＮＳ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓｓｙｓｔｅｍ）腫瘍、一次ＣＮＳリンパ腫、脊髓腫瘍、脳幹神経膠腫または脳下垂体腺腫である、情報提供方法を提供する。

【0066】

本発明の一具体例は、ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベル
を測定する製剤を含む免疫関連疾患の診断用組成物を提供する。

【0067】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0068】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0069】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0070】

本発明の他の具体例は、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0071】

本発明の他の具体例において、前記免疫関連疾患は、自己免疫疾患；移植片対宿主疾患；臓器移植拒絶反応；喘息；アトピー；または急性または慢性の炎症疾患である、診断用組成物を提供する。

【0072】

本発明の他の具体例において、前記自己免疫疾患は、リウマチ性関節炎、全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、アトピー皮膚炎、乾癬、円形脱毛症、喘息、クローン病、ベーチェット病、シェーグレン症侯群、ギラン・バレー症侯群、慢性甲状腺炎、多発性硬化症、多発性筋炎、強直性脊椎炎、線維組織炎および結節性多発性動脈炎から構成された群より選択される、診断用組成物を提供する。

【0073】

本発明の他の具体例は、前記診断用組成物を含む免疫関連疾患診断用キットを提供する。

【0074】

本発明の一具体例は、目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む癌疾患を診断するための情報提供方法を提供する。

【0075】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0076】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0077】

本発明の他の具体例において、前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、
唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、情報提供方法を提供する。

【0078】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、情報提供方法を提供する。

【0079】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、情報提供方法を提供する。

【0080】

本発明の他の具体例において、前記免疫関連疾患は、自己免疫疾患；移植片対宿主疾患；臓器移植拒絶反応；喘息；アトピー；または急性または慢性の炎症疾患である、情報提供方法を提供する。

【0081】

本発明の他の具体例において、前記自己免疫疾患は、リウマチ性関節炎、全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、アトピー皮膚炎、乾癬、円形脱毛症、喘息、クローン病、ベーチェット病、シェーグレン症侯群、ギラン・バレー症侯群、慢性甲状腺炎、多発性硬化症、多発性筋炎、強直性脊椎炎、線維組織炎および結節性多発性動脈炎から構成された群より選択される、情報提供方法を提供する。

【0082】

本発明の一具体例は、ＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤を含む脳神経系疾患の診断用組成物を提供する。

【0083】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0084】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、診断用組成物を提供する。

【0085】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルを測定する製剤は、前記タンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体、オリゴペプチド、リガンド、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）およびアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）からなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0086】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する製剤は、前記遺伝子に特異的に結合するプライマー、プローブおよびアンチセンスヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を含む、診断用組成物を提供する。

【0087】

本発明の他の具体例において、前記脳神経系疾患は、神経退行性疾患または神経炎症性疾患である、診断用組成物を提供する。

【0088】

本発明の他の具体例において、前記神経退行性疾患または神経炎症性疾患は、脳卒中、認知症、アルツハイマー病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、パーキンソン病（Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ハンチントン病（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ニーマン・ピック病（Ｎｉｅｍａｎｎ－Ｐｉｃｋ ｄｉｓｅａｓｅ）、多発性硬化症、プリオン病（ｐｒｉｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（Ｃｒｅｕｔｚｆｅｌｄｔ－Ｊａｋｏｂ ｄｉｓｅａｓｅ）、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、筋委縮性側索硬化症（ＡｌｚＡｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、副腎生物症侯群（Ｐａｒａｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、皮質基底退行症、多系統萎縮病、進行性核上性麻痺、神経系自己免疫疾患、脊髄小脳変性症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ａｔａｘｉａ）、炎症性および神経病症性痛み、脳血管疾患、脊髓損傷（ｓｐｉｎａｌ ｃｏｒｄ ｉｎｊｕｒｙ）およびタウオパチー（ｔａｕｏｐａｔｈｙ）からなる群より選択される、診断用組成物を提供する。

【0089】

本発明の他の具体例は、前記診断用組成物を含む脳神経系疾患診断用キットを提供する。

【0090】

本発明の一具体例は、目的とする個体から分離された生物学的試料においてＲＧＳ１；Ｆ５およびＣＤ２７から構成された群より選択されたいずれか１つのタンパク質またはその断片；またはこれを暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む脳神経系疾患を診断するための情報提供方法を提供する。

【0091】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質は、制御性Ｔ細胞の表面に特異的に発現する細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0092】

本発明の他の具体例において、前記制御性Ｔ細胞は、エフェクター制御性Ｔ細胞、メモリー制御性Ｔ細胞、癌浸潤リンパ球制御性Ｔ細胞からなる群より１種以上が含まれる細胞表面タンパク質である、情報提供方法を提供する。

【0093】

本発明の他の具体例において、前記生物学的試料は、全血（ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）、白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ）、末梢血液単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ）、白血球軟膜（ｂｕｆｆｙ ｃｏａｔ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、痰（ｓｐｕｔｕｍ）、涙（ｔｅａｒｓ）、
粘液（ｍｕｃｕｓ）、洗鼻液（ｎａｓａｌ ｗａｓｈｅｓ）、鼻腔吸引物（ｎａｓａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、呼吸（ｂｒｅａｔｈ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、唾（ｓａｌｉｖａ）、腹腔洗浄液（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｗａｓｈｉｎｇｓ）、骨盤液（ｐｅｌｖｉｃ ｆｌｕｉｄｓ）、嚢胞液（ｃｙｓｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、脳脊髄膜液（ｍｅｎｉｎｇｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水（ａｍｎｉｏｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、腺液（ｇｌａｎｄｕｌａｒ ｆｌｕｉｄ）、膵臓液（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｆｌｕｉｄ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ ｆｌｕｉｄ）、胸水（ｐｌｅｕｒａｌ ｆｌｕｉｄ）、乳頭吸引物（ｎｉｐｐｌｅ ａｓｐｉｒａｔｅ）、気管支吸引物（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｐｉｒａｔｅ）、滑液（ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ）、関節吸引物（ｊｏｉｎｔ ａｓｐｉｒａｔｅ）、器官分泌物（ｏｒｇａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、細胞（ｃｅｌｌ）、細胞抽出物（ｃｅｌｌ ｅｘｔｒａｃｔ）または脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）を含む、情報提供方法を提供する。

【0094】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片の発現レベルの測定方法は、タンパク質チップ分析、免疫測定法、リガンドバインディングアッセイ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、ＳＥＬＤＩ－ＴＯＦ（Ｓｕｌｆａｃｅ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）分析、放射線免疫分析、放射免疫拡散法、オクタロニー免疫拡散法、ロケット免疫電気泳動、組織免疫染色、補体固定分析法、二次元電気泳動分析、液状クロマトグラフィー質量分析（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ウェスタンブロッティングまたはＥＬＩＳＡ（ｅｎｚｙｍｅ ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔａｓｓａｙ）によって行われる、情報提供方法を提供する。

【0095】

本発明の他の具体例において、前記タンパク質またはその断片を暗号化する遺伝子の発現レベルを測定する方法は、逆転写重合酵素反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、競争的逆転写重合酵素反応（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイム逆転写重合酵素反応（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＰＡ；ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、ノーザンブロッティング（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ）またはＤＮＡチップによって行われる、情報提供方法を提供する。

【0096】

本発明の他の具体例において、前記脳神経系疾患は、神経退行性疾患または神経炎症性疾患である、情報提供方法を提供する。

【0097】

本発明の他の具体例において、前記神経退行性疾患または神経炎症性疾患は、脳卒中、認知症、アルツハイマー病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、パーキンソン病（Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ハンチントン病（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ）、ニーマン・ピック病（Ｎｉｅｍａｎｎ－Ｐｉｃｋ ｄｉｓｅａｓｅ）、多発性硬化症、プリオン病（ｐｒｉｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（Ｃｒｅｕｔｚｆｅｌｄｔ－Ｊａｋｏｂ ｄｉｓｅａｓｅ）、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、筋委縮性側索硬化症（ＡｌｚＡｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、副腎生物症侯群（Ｐａｒａｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、皮質基底退行症、多系統萎縮病、進行性核上性麻痺、神経系自己免疫疾患、脊髄小脳変性症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ａｔａｘｉａ）、炎症性および神経病症性痛み、脳血管疾患、脊髓損傷（ｓｐｉｎａｌ ｃｏｒｄ ｉｎｊｕｒｙ）およびタウオパチー（ｔａｕｏｐａｔｈｙ）からなる群より選択される、情報提供方法を
提供する。

【発明の効果】

【0098】

本発明の制御性Ｔ細胞に対する特異的マーカータンパク質またはその断片は、他の免疫細胞と区分できる要素という点で、これを用いて制御性Ｔ細胞を選別することができる。また、前記制御性Ｔ細胞に対する特異的マーカーを発現する制御性Ｔ細胞を確認することにより、前記制御性Ｔ細胞が影響を及ぼす、癌；免疫関連疾患；または脳神経系疾患を診断することができる。

【発明を実施するための形態】

【0099】

以下、本発明を下記の実施例によって詳細に説明する。ただし、下記の実施例は本発明を例示するものに過ぎず、本発明の内容が下記の実施例によって限定されるものではない。

【0100】

計３種の癌（大腸癌、肝細胞癌、非小細胞肺癌）患者試料から分析した単一細胞（ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ）ｍＲＮＡ配列分析データを用いて、ＸＧＢｏｏｓｔ（ＥＸｔｒｅｍｅ Ｇｒａｄｉｉｅｎｔ Ｂｏｏｓｔｉｎｇ）という意思決定木ベースのアルゴリズムに適用した。この時、ＸＧＢｏｏｓｔは、ＴＰＭ値による意思決定木（Ｄｅｃｉｓｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ｔｒｅｅ）を用いて、２個セットに系列化するための最適な組み合わせを見つけた。これを用いて、どの遺伝子が系列化（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）に関連しているか、どの遺伝子が腫瘍Ｔｒｅｇ特異的に発現しているかを一次的に分類することができた。

【0101】

実施例１．大腸癌（Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ：ＣＲＣ）におけるＴ制御性細胞のバイオマーカーの選別
患者試料（計１２人の患者＝男性８人、女性４人）を末梢血液、新鮮な癌組織および採取した癌組織において少なくとも２ｃｍ程度近傍の正常組織から採取した：

【0102】

次に、単一細胞分類分析（Ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）および逆転写増幅および配列分析（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ、ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を下記のように行った。
ｉ）収集した各組織から１ｍｍ^３の片組織を切り出して、ＲＰＭＩ－１６４０（ＦＢＳ１０％）に入れて、Ｍｉｌｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ社のＭＡＣＳ癌分離（ＭＡＣＳ ｔｕｍｏｒ Ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）キットを用いて、３７度のロータで３０分間酵素分解反応をさせた。
ｉｉ）分解された組織を４０μｍの細胞－ストレーナに通過させて、４００ｇで１０分間遠心分離した。
ｉｉｉ）上澄液を捨てて、ＲＢＣ溶解緩衝液を用いて２分間赤血球を溶解させた。
ｉｖ）ＰＢＳで２回洗浄した後、細胞ペレットをＰＢＳ／ｗ １％ＦＢＳに再懸濁した。
ｖ）ＨＩＳＴＯＰＡＱＵＥ－１０７７を用いてＰＢＭＣ分離した。
ｖｉ）ヒトＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５抗体で染色して、ＦＡＣＳで単一細胞分類分析を行った。
ｖｉｉ）細胞毒性Ｔ細胞、Ｔｈ細胞、Ｔｒｅｇ細胞にサブセット分離するために、それぞれ７ＡＡＤ－ＣＤ３＋ＣＤ８＋、７ＡＡＤ－ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＣＤ２５－および７ＡＡＤ－ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＣＤ２５ｈｉで濃縮して、予め４℃に冷却された９６ウェルプレートに集めた後、溶解緩衝液に溶解させた。
ｖｉｉｉ）単一細胞溶解物からＳｍａｒｔ－Ｓｅｑ２（Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ．２０１４Ｊａｎ；９（１）：１７１－８１）方法を用いて、ｃＤＮＡを逆転写酵素ＰＣＲで合成し、ｑＰＣＲでｍＲＮＡの発現量を測定した。

【0103】

この時、分析に使用されたＴ細胞サブセットは腫瘍Ｔｒｅｇ、末梢Ｔｒｅｇ、Ｔｈ１７、エフェクターメモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）および未分化（ｎａｉｖｅ）Ｔ細胞であった。また、分析に使用した細胞数は１１，１３８個の単一細胞のうち１０，８０５個の細胞（１２，５２５個の遺伝子に対するデータ）を使用した。

【0104】

分析指標は下記の通りである：
ＴＰＭ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）＝Ｒｅａｄｓ／ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｌｅｎｇｔｈ／ｋｉｌｏｂａｓｅ／１，０００，０００

【0105】

分析を下記の方法で行った。
各サブセットで発現する各遺伝子に対する平均ＴＰＭ値を算出した：
（１）腫瘍Ｔｒｅｇ：１，３１９個の細胞；
（２）末梢Ｔｒｅｇ：３６５個の細胞；
（３）Ｔｈ１７：２２９個の細胞；
（４）Ｔエフェクターメモリー細胞：２０４個の細胞；および
（５）未分化Ｔ細胞：４７２個の細胞

【0106】

腫瘍Ｔｒｅｇ細胞と他の細胞サブセット（末梢Ｔｒｅｇ、Ｔｈ１７、Ｔエフェクターメモリー、未分化Ｔ細胞）を区分した：
（１）腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：１，３１９個の単一細胞；および
（２）非腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：１，２７０個の単一細胞；

【0107】

ＸＧＢｏｏｓｔを用いて、機械学習過程を下記のように進行させた：
（１）すべての単一細胞に対するＴＰＭ値をＸＧＢｏｏｓｔに入力して、腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを最も効率的に分けられる条件アルゴリズムを生成した。この時、条件に使用された遺伝子は４７４個であった。
（２）４７４個の遺伝子を用いたアルゴリズムは腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを９７．５％の正確度で区分した。

【0108】

選別された４７４個の遺伝子から表面マーカーを見つけるために、細胞膜（ｐｌａｓｍａ ｍｅｍｂｒａｎｅ）の発現程度が４～５になる遺伝子のみを再選別した。最後の段階に、次のような細部戦略に基づいてＴｒｅｇ特異的マーカーを選別した。
（１）シナリオ１：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（２）シナリオ２：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（３）シナリオ３：末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（４）シナリオ４：末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値がＴｈ１７細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子

【0109】

前記のようなシナリオで下記のようなマーカーを選別した（表１参照）：

【0110】

実施例２．肝細胞癌（Ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ＨＣＣ）における制御性Ｔ細胞のバイオマーカーの選別
患者試料（計１２人の患者＝男性４人、女性２人）を末梢血液、新鮮な癌組織および採取した癌組織において少なくとも２ｃｍ程度近傍の正常組織から採取した：

【0111】

次に、単一細胞分類分析（Ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）および逆転写増幅および配列分析（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ、ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を実施例１と同様に行った。

【0112】

ただし、分析に使用されたＴ細胞サブセットは腫瘍Ｔｒｅｇ、末梢Ｔｒｅｇ、未分化Ｔ細胞、細胞毒性ＣＤ４および疲弊Ｔ細胞（Ｅｘｈａｕｓｔｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ）を使用した。

【0113】

分析に使用した細胞数は５，０６３個の単一細胞（２３，３８９個の遺伝子に対するデータ）である。

【0114】

分析指標と分析方法は実施例１と同様に行った。ただし、各サブセットは下記の細胞として使用した。
（１）腫瘍Ｔｒｅｇ：５８２個の細胞；
（２）末梢Ｔｒｅｇ：２６１個の細胞；
（３）未分化Ｔ細胞：６４６個の細胞；および
（４）疲弊Ｔ細胞（Ｅｘｈａｕｓｔｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ）：１４６個の細胞

【0115】

腫瘍Ｔｒｅｇランキングと他の細胞サブセット（末梢Ｔｒｅｇ、疲弊Ｔ細胞、細胞毒性ＣＤ４、および未分化Ｔ細胞）に区分した：
（１）腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：５８２個の単一細胞
（２）非－腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：１，２２０個の単一細胞

【0116】

ＸＧＢｏｏｓｔを用いて、機械学習過程を下記のように進行させた：
（１）すべての単一細胞に対するＴＰＭ値をＸＧＢｏｏｓｔに入力して、腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを最も効率的に分けられる条件アルゴリズムを生成した。この時、条件に使用された遺伝子は２８１個であった。
（２）２８１個の遺伝子を用いたアルゴリズムは腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを９７．７８％の正確度で区分した。

【0117】

選別された遺伝子から表面マーカーを見つけるために、細胞膜（ｐｌａｓｍａ ｍｅｍｂｒａｎｅ）の発現程度が４～５になる遺伝子のみを再選別した。最後の段階に、次のような細部戦略に基づいてＴｒｅｇ特異的マーカーを選別した。
（１）シナリオ１：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（２）シナリオ２：末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（３）シナリオ３：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子

【0118】

前記のようなシナリオで下記のようなマーカーを選別した（表１参照）：

【0119】

実施例３．非小細胞肺癌（Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ＮＳＣＬＣ）における制御性Ｔ細胞のバイオマーカーの選別
患者試料（腺癌１１人、扁平細胞癌３人）を末梢血液、および新鮮な癌組織から採取した：

【0120】

次に、単一細胞分類分析（Ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）および逆転写増幅および配列分析（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ、ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を実施例１と同様に行った。ただし、分析に
使用されたＴ細胞サブセットは腫瘍Ｔｒｅｇ、末梢Ｔｒｅｇ、未分化Ｔ細胞、細胞毒性ＣＤ４、疲弊Ｔ細胞（Ｅｘｈａｕｓｔｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ）、セントラルメモリーＴ細胞（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）を使用した。

【0121】

分析に使用した細胞数は１２，３４６個の単一細胞（１２，３９４個の遺伝子に対するデータ）である。

【0122】

分析指標と分析方法は実施例１と同様に行った。ただし、各サブセットは下記の細胞として使用した。
（１）腫瘍Ｔｒｅｇ：９３９個の細胞；
（２）休止期Ｔｒｅｇ（Ｒｅｓｔｉｎｇ Ｔｒｅｇ）：４２８個の細胞；
（３）未分化Ｔ細胞：５３２個の細胞；
（４）疲弊Ｔ細胞：３４３個の細胞；
（５）セントラルメモリーＴ細胞（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）：６６６個の細胞；および
（６）エフェクターメモリーＴ細胞（Ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）：４３４個の細胞

【0123】

腫瘍Ｔｒｅｇランキングと他の細胞サブセット（末梢Ｔｒｅｇ、疲弊Ｔ細胞、細胞毒性ＣＤ４、および未分化Ｔ細胞）に区分した：
（１）腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：９３９個の単一細胞
（２）非－腫瘍Ｔｒｅｇクラスター：２，３９８個の単一細胞

【0124】

ＸＧＢｏｏｓｔを用いて、機械学習過程を下記のように進行させた：
（１）すべての単一細胞に対するＴＰＭ値をＸＧＢｏｏｓｔに入力して、腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを最も効率的に分けられる条件アルゴリズムを生成した。この時、条件に使用された遺伝子は５４８個であった。
（２）５４８個の遺伝子を用いたアルゴリズムは腫瘍Ｔｒｅｇと他のＴ細胞サブセットを９６．７１％の正確度で区分した。

【0125】

選別された遺伝子から表面マーカーを見つけるために、細胞膜（ｐｌａｓｍａ ｍｅｍｂｒａｎｅ）の発現程度が４～５になる遺伝子のみを再選別した。最後の段階に、次のような細部戦略に基づいてＴｒｅｇ特異的マーカーを選別した。
（１）シナリオ１：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（２）シナリオ２：末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が未分化Ｔ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子
（３）シナリオ３：腫瘍Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値が末梢Ｔｒｅｇ細胞のＴＰＭ値より高い遺伝子

【0126】

前記のようなシナリオで下記のようなマーカーを選別した（下記表１参照）。

【0127】

【表1】

【国際調査報告】