特表 2025-500347 操作された心筋組成物

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2025-01-09

(54)【発明の名称】操作された心筋組成物

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/86 20060101AFI20241226BHJP

   C12N 15/864 20060101ALI20241226BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 9/10 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 19/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 21/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 37/06 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 3/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 31/12 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 25/14 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 31/7088 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 38/02 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20241226BHJP

   A61K 35/12 20150101ALI20241226BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 47/62 20170101ALI20241226BHJP

   A61K 47/54 20170101ALI20241226BHJP

   A61K 47/56 20170101ALI20241226BHJP

   C12N 5/077 20100101ALN20241226BHJP

   C12N 15/867 20060101ALN20241226BHJP

   C12N 15/12 20060101ALN20241226BHJP

   C12N 15/33 20060101ALN20241226BHJP

   C07K 14/015 20060101ALN20241226BHJP

【ＦＩ】

C12N15/86 Z ZNA

C12N15/864 100Z

C12N7/01

A61K48/00

A61P9/10

A61P19/00

A61P21/00

A61P25/00

A61P37/06

A61P35/00

A61P3/10

A61P3/00

A61P31/12

A61P43/00

A61P25/14

A61K31/7088

A61K38/02

A61K35/76

A61K35/12

A61K45/00

A61K47/62

A61K47/54

A61K47/56

C12N5/077

C12N15/867 Z

C12N15/12

C12N15/33

C07K14/015

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024537381

(86)(22)【出願日】2022-10-05

(85)【翻訳文提出日】2024-06-20

(86)【国際出願番号】 US2022077628

(87)【国際公開番号】W WO2023060142

(87)【国際公開日】2023-04-13

(31)【優先権主張番号】63/252,559

(32)【優先日】2021-10-05

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】515236259

【氏名又は名称】ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド

(71)【出願人】

【識別番号】505028576

【氏名又は名称】プレジデント アンド フェロウズ オヴ ハーヴァード カレッジ

(71)【出願人】

【識別番号】596060697

【氏名又は名称】マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー

(74)【代理人】

【識別番号】110000109

【氏名又は名称】弁理士法人特許事務所サイクス

(72)【発明者】

【氏名】サベッティ パルディス

(72)【発明者】

【氏名】タブボードバー ムハンマドシャリフ

(72)【発明者】

【氏名】イー サイモン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C086

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AA95X

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA44

4C076AA95

4C076BB01

4C076BB02

4C076BB13

4C076BB15

4C076BB16

4C076BB21

4C076BB22

4C076BB25

4C076BB28

4C076BB29

4C076BB30

4C076BB31

4C076CC01

4C076CC04

4C076CC07

4C076CC11

4C076CC21

4C076CC27

4C076CC29

4C076CC35

4C076CC41

4C076DD67

4C076EE01

4C076EE41

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4C076EE59

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4C084AA13

4C084AA17

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4C084MA63

4C084MA65

4C084MA66

4C084NA05

4C084NA13

4C084NA14

4C084ZA02

4C084ZA18

4C084ZA36

4C084ZA38

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4C084ZA96

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4C084ZB11

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4C086ZA96

4C086ZB08

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4C087ZA96

4C087ZB08

4C087ZB11

4C087ZB26

4C087ZB33

4C087ZC21

4C087ZC35

4C087ZC52

4H045AA10

4H045AA30

4H045BA10

4H045CA01

4H045DA50

4H045EA23

4H045FA74

(57)【要約】

中枢神経系細胞を標的とするのに有効な標的化部位を含む組成物及びその製剤が、いくつかの例示的な実施形態において記載される。特定の実施形態では、標的化部位は、１つ以上のｎ量体インサートから構成され、これには、１つ以上のＲＧＤモチーフ、及び／または１つ以上のＰモチーフが含まれ得る。また、１つ以上の標的化部位を含むポリペプチドを生成するように構成されたベクターシステムも特定の例示的な実施形態において記載される。また、本明細書では、中枢神経系細胞を標的とするのに有効な標的化部位を生成する方法、ならびに本明細書に記載される標的化部位を含む組成物を使用して、例えば対象にカーゴを送達する、及び／または中枢神経系の疾患、障害、もしくはそのシステムを処置する方法も記載される。
【選択図】図６Ａ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

心筋細胞を標的とするのに有効な標的化部位であって、前記標的化部位が１つ以上のｎ量体インサートを含み、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが表４（配列番号４～５００）または表５（配列番号５０１～７４６）から選択される、前記標的化部位と、
任意選択で、カーゴであって、前記カーゴが前記標的化部位と連結しているか、またはそうでなければ前記標的化部位と会合している、前記カーゴと、を含む、組成物。

【請求項2】

前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが、１つ以上のＲＧＤモチーフを含むか、またはそれからなり、前記ＲＧＤモチーフの少なくとも１つが、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを含むか、またはそれからなり、式中、ｍが０～４アミノ酸であり、ｎが０～１５アミノ酸であり、Ｘ_ｍ及びＸ_ｎが各々独立して任意のアミノ酸から選択される、請求項１に記載の組成物。

【請求項3】

前記標的化部位が、心筋細胞を標的とするのに有効である、請求項１に記載の組成物。

【請求項4】

前記１つ以上のｎ量体インサートが、各々３～２５または３～１５アミノ酸長である、請求項１に記載の組成物。

【請求項5】

前記標的化部位が、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、脂質、ポリマー、糖、またはそれらの組合せを含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項6】

前記標的化部位が、ウイルスタンパク質を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項7】

前記ウイルスタンパク質がカプシドタンパク質である、請求項６に記載の組成物。

【請求項8】

前記ｎ量体インサートの１つ以上が、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または任意選択のＲＧＤモチーフがウイルスカプシドの外部にあるように、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが前記ウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に位置するように、前記ウイルスタンパク質に組み込まれる、請求項６に記載の組成物。

【請求項9】

前記ウイルスタンパク質がアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質である、請求項６に記載の組成物。

【請求項10】

前記ＡＡＶタンパク質がＡＡＶカプシドタンパク質である、請求項９に記載の組成物。

【請求項11】

前記１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上が、前記１つのｎ量体インサートの少なくとも１つ以上及び／または任意選択のＲＧＤモチーフが各々、ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸２６２～２６９、３２７～３３２、３８２～３８６、４５２～４６０、４８８～５０５、５２７～５３９、５４５～５５８、５８１～５９３、５９８～５９９、７０４～７１４、もしくはそれらの任意の組合せから独立して選択される任意の２つの連続するアミノ酸の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０カプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、前記ＡＡＶタンパク質に組み込まれる、請求項９に記載の組成物。

【請求項12】

前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／またはＲＧＤモチーフがＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸５８８と５８９との間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、前記ＡＡＶタンパク質に組み込まれる、請求項９に記載の組成物。

【請求項13】

前記ＡＡＶカプシドタンパク質が、対応する野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドと比較して、非心筋細胞における取り込みが低減または排除された操作されたＡＡＶカプシドタンパク質である、請求項９に記載の組成物。

【請求項14】

前記非心筋細胞が肝臓細胞である、請求項１３に記載の組成物。

【請求項15】

前記野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである、請求項１３に記載の組成物。

【請求項16】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、非心筋細胞における取り込みが低減または排除される１つ以上の変異を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項17】

前記１つ以上の変異が、前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の
ａ．２６７位、
ｂ．２６９位、
ｃ．５０４位、
ｄ．５０５位、
ｅ．５９０位、
ｆ．もしくはそれらの任意の組合せ、
または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれらに対応する１つ以上の位置にある、請求項１６に記載の組成物。

【請求項18】

前記非ＡＡＶ９カプシドタンパク質が、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである、請求項１７に記載の組成物。

【請求項19】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項20】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６９位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＳまたはＸからＴへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項21】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項22】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０５位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＰまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項23】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＱまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項24】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位、２６９位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記２６７位における変異がＧからＡへの変異であり、前記２６９位における変異がＳからＴへの変異である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項25】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０９位に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記５９０位における変異がＱからＡへの変異である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項26】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位、５０５位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記５０４位における変異がＧからＡへの変異であり、前記５０５位における変異がＰからＡへの変異である、請求項１７に記載の組成物。

【請求項27】

前記組成物が操作されたウイルス粒子である、請求項１～２６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項28】

前記操作されたウイルス粒子が操作されたＡＡＶウイルス粒子である、請求項２７に記載の組成物。

【請求項29】

前記ＡＡＶウイルス粒子が、操作されたＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶウイルス粒子である、請求項２８に記載の組成物。

【請求項30】

前記任意選択のカーゴが、心筋疾患または障害を処置または予防することができる、請求項１に記載の組成物。

【請求項31】

前記心筋疾患または障害が、骨格筋疾患、中枢神経系疾患、神経筋疾患、またはそれらの任意の組合せに続発する、請求項３０に記載の組成物。

【請求項32】

前記心筋疾患が、自己免疫疾患、がん、筋ジストロフィー、神経筋疾患、糖もしくはグリコーゲン蓄積症、リピート伸長病、ドミナントネガティブ疾患、心筋症、ウイルス性疾患、早老性疾患、心筋症、またはそれらの任意の組合せであるか、またはそれらに続発する、請求項３１に記載の組成物。

【請求項33】

前記任意選択のカーゴが、モルホリノ、ペプチド結合モルホリノ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＰＭＯ、治療用導入遺伝子、治療用ポリペプチドもしくはペプチドをコードするポリヌクレオチド、ＰＰＭＯ、１つ以上のペプチド、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質、ガイドＲＮＡ、もしくはその両方をコードする１つ以上のポリヌクレオチド、リボ核タンパク質であり、前記リボ核タンパク質が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム分子、治療用導入遺伝子ＲＮＡ、もしくはその他の遺伝子改変もしくは治療用ＲＮＡ及び／またはタンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項３１に記載の組成物。

【請求項34】

前記任意選択のカーゴが、遺伝子、任意選択でジストロフィン遺伝子においてエクソンスキッピングを誘導することができる、請求項３３に記載の組成物。

【請求項35】

前記カーゴがミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子である、請求項３４に記載の組成物。

【請求項36】

前記ミニジストロフィン遺伝子または前記マイクロジストロフィン遺伝子が、スペクトリン様リピート１、２、３、及び２４を含み、任意選択でｎＮＯＳドメインを含む、請求項３５に記載の組成物。

【請求項37】

前記リピート伸長病が、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である、請求項３２に記載の組成物。

【請求項38】

前記筋ジストロフィーが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである、請求項３２に記載の組成物。

【請求項39】

前記筋強直性ジストロフィーが１型または２型である、請求項３８に記載の組成物。

【請求項40】

前記心筋症が、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である、請求項３２に記載の組成物。

【請求項41】

前記糖またはグリコーゲン蓄積症がＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である、請求項３２に記載の組成物。

【請求項42】

前記ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患がＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である、請求項４１に記載の組成物。

【請求項43】

前記神経筋疾患がシャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である、請求項３２に記載の組成物。

【請求項44】

１つ以上のポリヌクレオチドであって、前記１つ以上のポリヌクレオチドの少なくとも１つが、心筋細胞を標的とするのに有効な標的化部位のすべてまたは一部をコードし、前記標的化部位が１つ以上のｎ量体インサートを含み、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが表４または表５から選択される、前記１つ以上のポリヌクレオチドと、
任意選択で、前記１つ以上のポリヌクレオチドの１つ以上に作動可能に連結された調節エレメントと、を含むベクターを含む、ベクターシステム。

【請求項45】

前記１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上が、１つ以上のＲＧＤモチーフを含むか、またはそれからなり、前記ＲＧＤモチーフの少なくとも１つが、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを含むか、またはそれからなり、式中、ｍが０～４アミノ酸であり、ｎが０～１５アミノ酸であり、Ｘ_ｍ及びＸ_ｎが各々独立して任意のアミノ酸から選択される、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項46】

前記標的化部位が、心筋細胞を標的とするのに有効である、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項47】

前記１つ以上のｎ量体インサートが、各々３～２５または３～１５アミノ酸長である、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項48】

カーゴをさらに含む、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項49】

前記カーゴが、カーゴポリヌクレオチドであり、任意選択で、前記標的化部位のすべてまたは一部をコードする前記１つ以上のポリヌクレオチドの１つ以上に作動可能に連結される、請求項４８に記載のベクターシステム。

【請求項50】

前記ベクターシステムが、ウイルス粒子、前記カーゴを含むウイルス粒子、またはその両方を産生することができる、請求項４８に記載のベクターシステム。

【請求項51】

前記ベクターシステムが、前記標的化部位の１つ以上を含むポリペプチドを産生することができる、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項52】

前記ポリペプチドがウイルスポリペプチドである、請求項５１に記載のベクターシステム。

【請求項53】

前記ウイルスポリペプチドがカプシドポリペプチドである、請求項５２に記載のベクターシステム。

【請求項54】

前記カプシドポリペプチドがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドポリペプチドである、請求項５３に記載のベクターシステム。

【請求項55】

前記ウイルス粒子がＡＡＶウイルス粒子である、請求項５０に記載のベクターシステム。

【請求項56】

前記ＡＡＶウイルス粒子または前記ＡＡＶカプシドポリペプチドが、操作されたＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶウイルス粒子またはポリペプチドである、請求項５０に記載のベクターシステム。

【請求項57】

前記１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上が、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ、及び／または任意選択の１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが前記ウイルス粒子のウイルスカプシドの外部にあるように、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ、前記任意選択のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ、またはその両方が前記ウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に位置するように、前記標的化部位に組み込まれる、請求項５０に記載のベクターシステム。

【請求項58】

前記１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上が、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ以上及び／または１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが各々、ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸２６２～２６９、３２７～３３２、３８２～３８６、４５２～４６０、４８８～５０５、５２７～５３９、５４５～５５８、５８１～５９３、５９８～５９９、７０４～７１４、もしくはそれらの任意の組合せから独立して選択される任意の２つの連続するアミノ酸の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、前記ＡＡＶポリペプチドに組み込まれる、請求項５４に記載のベクターシステム。

【請求項59】

前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが、前記１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが前記ＡＡＶ９カプシドポリヌクレオチド内のアミノ酸５８８と５８９との間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、前記ＡＡＶポリペプチドに組み込まれる、請求項５４に記載のベクターシステム。

【請求項60】

前記ＡＡＶカプシドタンパク質が、対応する野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドと比較して、非心筋細胞または非筋細胞における取り込みが低減または排除された操作されたＡＡＶカプシドタンパク質である、請求項５４に記載のベクターシステム。

【請求項61】

前記非心筋細胞が肝臓細胞である、請求項６０に記載のベクターシステム。

【請求項62】

前記野生型カプシドポリペプチドが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである、請求項６０に記載のベクターシステム。

【請求項63】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、非心筋細胞における取り込みが低減または排除される１つ以上の変異を含む、請求項５４に記載のベクターシステム。

【請求項64】

前記１つ以上の変異が、前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の
ａ．２６７位、
ｂ．２６９位、
ｃ．５０４位、
ｄ．５０５位、
ｅ．５９０位、
ｆ．もしくはそれらの任意の組合せ、
または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれらに対応する１つ以上の位置にある、請求項６３に記載のベクターシステム。

【請求項65】

前記非ＡＡＶ９カプシドタンパク質が、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項66】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項67】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６９位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＳまたはＸからＴへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項68】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項69】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０５位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＰまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項70】

前記ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における前記変異が、ＱまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項71】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位、２６９位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記２６７位における変異がＧからＡへの変異であり、前記２６９位における変異がＳからＴへの変異である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項72】

前記操作されたＡＡＶ９カプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記５０９位における変異がＱからＡへの変異である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項73】

前記操作されたＡＡＶカプシドタンパク質が、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位、５０５位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、前記５０４位における変異がＧからＡへの変異であり、前記５０５位における変異がＰからＡへの変異である、請求項６４に記載のベクターシステム。

【請求項74】

前記１つ以上のポリヌクレオチドを含む前記ベクターが、スプライス調節エレメントを含まない、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項75】

ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項76】

前記ウイルスのｒｅｐタンパク質がＡＡＶｒｅｐタンパク質である、請求項７５に記載のベクターシステム。

【請求項77】

前記ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドが、前記１つ以上のポリヌクレオチドと同じベクター上または異なるベクター上に存在する、請求項７５に記載のベクターシステム。

【請求項78】

前記ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドが、前記任意選択の調節エレメントに作動可能に連結されている、請求項７５に記載のベクターシステム。

【請求項79】

前記ベクターシステムが、請求項１～４３のいずれかに記載の組成物またはその一部を産生することができる、請求項４４に記載のベクターシステム。

【請求項80】

請求項７９に記載のベクターシステムによってコードされるか、産生されるか、またはその両方が行われる、ポリペプチド。

【請求項81】

請求項４４～７８のいずれかに記載のベクターシステムによってコードされるか、産生されるか、またはその両方が行われる、ポリペプチド。

【請求項82】

前記ポリペプチドがウイルスポリペプチドである、請求項８１に記載のポリペプチド。

【請求項83】

前記ウイルスポリペプチドがＡＡＶポリペプチドである、請求項８２に記載のポリペプチド。

【請求項84】

前記ポリペプチドがカーゴと連結しているか、またはそうでなければカーゴと会合している、請求項８１に記載のポリペプチド。

【請求項85】

請求項７９に記載のベクターシステムによって産生される粒子であって、任意選択で、前記ベクターシステムによってコードされるか、産生されるか、またはその両方が行われるポリペプチドを含む、前記粒子。

【請求項86】

請求項４４～７９のいずれか１項に記載のベクターシステムによって産生される粒子であって、任意選択で請求項８１～８４のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む、前記粒子。

【請求項87】

前記粒子がウイルス粒子である、請求項８６に記載の粒子。

【請求項88】

前記ウイルス粒子がアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子、レンチウイルス粒子、またはレトロウイルス粒子である、請求項８７に記載の粒子。

【請求項89】

前記粒子がカーゴを含む、請求項８６のいずれか１項に記載の粒子。

【請求項90】

前記ウイルス粒子が心筋指向性を有する、請求項８９のいずれかに記載の粒子。

【請求項91】

前記カーゴが心筋疾患または障害を予防することができる、請求項４４～７９のいずれか１項に記載のベクターシステム、請求項８０～８４のいずれか１項に記載のポリペプチド、または請求項８５～９０のいずれか１項に記載の粒子。

【請求項92】

前記心筋疾患が、自己免疫疾患、がん、筋ジストロフィー、神経筋疾患、糖もしくはグリコーゲン蓄積症、リピート伸長病、ドミナントネガティブ疾患、心筋症、ウイルス性疾患、早老性疾患、心筋症、またはそれらの任意の組合せである、請求項４４～７９もしくは８９のいずれか１項に記載のベクターシステム、請求項８０～８４のいずれか１項に記載のポリペプチド、または請求項８５～９１のいずれか１項に記載の粒子。

【請求項93】

前記カーゴが遺伝子においてエクソンスキッピングを誘導することができる、請求項９１～９２のいずれか１項に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項94】

前記カーゴがジストロフィン遺伝子においてエクソンスキッピングを誘導することができる、請求項９１～９３のいずれか１項に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項95】

前記カーゴがミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子である、請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項96】

前記ミニジストロフィン遺伝子または前記マイクロジストロフィン遺伝子が、スペクトリン様リピート１、２、３、及び２４を含み、任意選択でｎＮＯＳドメインを含む、請求項９５に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項97】

前記リピート伸長病が、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である、請求項９２～９６のいずれか１項に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項98】

前記筋ジストロフィーが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである、請求項９２～９７のいずれか１項に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項99】

前記筋強直性ジストロフィーが１型または２型である、請求項９８に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項100】

前記心筋症が、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である、請求項９２～９９のいずれかに記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項101】

前記糖またはグリコーゲン蓄積症がＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である、請求項９２～１００のいずれかに記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項102】

前記ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患がＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である、請求項１０１に記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項103】

前記神経筋疾患がシャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である、請求項９２～１０２のいずれかに記載のベクターシステム、ポリペプチド、または粒子。

【請求項104】

前記ポリペプチド、前記粒子、またはその両方が、心筋細胞の効力の増加、心筋細胞の特異性の増加、免疫原性の低下、またはそれらの任意の組合せを有する、請求項８１～１０３のいずれか１項に記載のポリペプチドまたは粒子。

【請求項105】

ａ．請求項１～４３のいずれかに記載の組成物；
ｂ．請求項４４～７９もしくは９１～１０３のいずれか１項に記載のベクターシステム；
ｃ．請求項８０～８４もしくは９１～１０４のいずれか１項に記載のポリペプチド；
ｄ．請求項８５～１０４のいずれか１項に記載の粒子；または
ｅ．それらの任意の組合せ
を含む、細胞。

【請求項106】

前記細胞が原核細胞である、請求項１０３に記載の細胞。

【請求項107】

前記細胞が真核細胞である、請求項１０３に記載の細胞。

【請求項108】

ａ．請求項１～４３のいずれかに記載の組成物；
ｂ．請求項４４～７９もしくは９１～１０３のいずれか１項に記載のベクターシステム；
ｃ．請求項８０～８４もしくは９１～１０４のいずれか１項に記載のポリペプチド；
ｄ．請求項８５～１０４のいずれか１項に記載の粒子；
ｅ．請求項１０５～１０７のいずれか１項に記載の細胞；または
ｆ．それらの任意の組合せと、
薬学的に許容される担体と、
を含む、医薬製剤。

【請求項109】

心筋疾患、障害、またはその症状を処置する方法であって、それを必要とする対象に、
ａ．請求項１～４３のいずれかに記載の組成物；
ｂ．請求項４４～７９もしくは９１～１０３のいずれか１項に記載のベクターシステム；
ｃ．請求項８０～８４もしくは９１～１０４のいずれか１項に記載のポリペプチド；
ｄ．請求項８５～１０４のいずれか１項に記載の粒子；
ｅ．請求項１０５～１０７のいずれか１項に記載の細胞；
ｆ．請求項１０８に記載の医薬製剤；または
ｇ．それらの任意の組合せ
を投与することを含む、前記方法。

【請求項110】

前記心筋疾患が、骨格筋疾患、中枢神経系疾患、神経筋疾患、またはそれらの任意の組合せに続発する、請求項１０９に記載の方法。

【請求項111】

前記中枢神経系疾患または障害が、フリードライヒ運動失調症、ドラベ症候群、脊髄小脳失調症３型、ニーマン・ピック病Ｃ型、ハンチントン病、ポンペ病、筋強直性ジストロフィー１型、Ｇｌｕｔ１欠損症（Ｄｅ Ｖｉｖｏ病）、テイ・サックス病、脊髄性筋萎縮症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ダノン病、レット症候群、アンジェルマン症候群、またはそれらの組合せである、請求項１１０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項112】

前記心筋疾患が、（ａ）自己免疫疾患、（ｂ）がん、（ｃ）筋ジストロフィー、（ｄ）神経筋疾患、（ｅ）糖もしくはグリコーゲン蓄積症、（ｆ）リピート伸長病、（ｇ）ドミナントネガティブ疾患、（ｈ）心筋症、（ｉ）ウイルス性疾患、（ｊ）早老性疾患、または（ｋ）それらの任意の組合せであるか、またはそれらに続発する、請求項１０９～１１１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項113】

前記リピート伸長病が、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である、請求項１１２に記載の方法。

【請求項114】

前記筋ジストロフィーが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである、請求項１２～１１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項115】

前記筋強直性ジストロフィーが１型または２型である、請求項１１４に記載の方法。

【請求項116】

前記心筋症が、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である、請求項１１２～１１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項117】

前記糖またはグリコーゲン蓄積症がＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である、請求項１１２～１１６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項118】

前記ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患がＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である、請求項１１７に記載の方法。

【請求項119】

前記神経筋疾患がシャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である、請求項１１０～１１８のいずれかに記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年１０月５日に出願された同時係属中の米国仮特許出願第６３／２５２，５５９号の利益及び優先権を主張するものであり、この内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

【0002】

配列表
本出願は、２０２２年１０月４日に作成され、９３９，９２９バイト（ディスク上９４２ＫＢ）のサイズを有するＢＲＯＤ－５４７５ＷＰ＿ＳＴ２６というタイトルのｘｍｌファイルとして電子形式で提出された配列表を含む。該配列表の内容は、その全体が本明細書に組み込まれる。

【0003】

本明細書に開示される主題は一般に、操作された中枢神経系標的化組成物に関し、これには組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、ならびにそのシステム、組成物、及び使用が含まれるがこれらに限定されない。

【背景技術】

【0004】

組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）は、遺伝子治療及び遺伝子編集に最も一般的に使用される送達媒体である。それにもかかわらず、天然のカプシドバリアントを含むｒＡＡＶは、細胞指向性が限られている。実際には、現在使用されているｒＡＡＶは、全身送達後に主に肝臓に感染する。さらに、天然のカプシドバリアントを含むこれらの従来のｒＡＡＶによる他の細胞型、組織、及び器官における従来のｒＡＡＶの形質導入効率は限られている。したがって、肝臓以外の細胞、組織、及び器官、例えば中枢神経系に影響を及ぼす疾患に対するＡＡＶ媒介ポリヌクレオチド送達は、典型的には多量のウイルス（典型的には約２×１０^１４ｖｇ／ｋｇ）の注射を必要とし、これは、肝臓毒性をもたらすことが多い。さらに、従来のｒＡＡＶを用いる場合、多くの量が必要とされるため、成人患者に投与する必要のある十分な量の治療用ｒＡＡＶを製造することは非常に難題である。さらに、遺伝子発現及び生理機能の相違のため、マウス及び霊長類モデルでは、ウイルスカプシドに対して応答が異なる。異なるウイルス粒子の形質導入効率は、異なる種間で異なり、結果として、マウスにおける前臨床研究は、ヒトを含む霊長類における結果を正確に反映しないことが多い。したがって、様々な遺伝子疾患の処置において使用するための改善されたｒＡＡＶが必要とされている。

【0005】

本出願におけるいずれの文献の引用または特定も、かかる文献が本発明の先行技術として利用可能であることを認めるものではない。

【発明の概要】

【0006】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、心筋細胞を標的とするのに有効な標的化部位を含む組成物であって、該標的化部位が１つ以上のｎ量体インサートを含み、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが表４または表５から選択される、該標的化部位と、任意選択でカーゴであって、該カーゴが標的化部位と連結しているか、またはそうでなければ標的化部位と会合している、該カーゴと、を含む組成物が記載される。

【0007】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つは、１つ以上のＲＧＤモチーフを含むか、またはそれからなり、該ＲＧＤモチーフの少なくとも１つは、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを含むか、またはそれからなり、式中、ｍは０～４アミノ酸であり、ｎは０～１５アミノ酸であり、Ｘ_ｍ及びＸ_ｎは各々独立して任意のアミノ酸から選択される。

【0008】

特定の例示的な実施形態では、標的化部位は心筋細胞を標的とするのに有効である。

【0009】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートは、各々３～２５または３～１５アミノ酸長である。

【0010】

特定の例示的な実施形態では、標的化部位は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、脂質、ポリマー、糖、またはそれらの組合せを含む。

【0011】

特定の例示的な実施形態では、標的化部位は、ウイルスタンパク質を含む。

【0012】

特定の例示的な実施形態では、ウイルスタンパク質はカプシドタンパク質である。

【0013】

特定の例示的な実施形態では、ｎ量体インサートの１つ以上は、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または任意選択のＲＧＤモチーフがウイルスカプシドの外部にあるように、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが該ウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に位置するように、ウイルスタンパク質に組み込まれる。

【0014】

特定の例示的な実施形態では、ウイルスタンパク質はアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）タンパク質である。

【0015】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶタンパク質はＡＡＶカプシドタンパク質である。

【0016】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上は、該１つのｎ量体インサートの少なくとも１つ以上及び／または任意選択のＲＧＤモチーフが各々、ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸２６２～２６９、３２７～３３２、３８２～３８６、４５２～４６０、４８８～５０５、５２７～５３９、５４５～５５８、５８１～５９３、５９８～５９９、７０４～７１４、もしくはそれらの任意の組合せから独立して選択される任意の２つの連続するアミノ酸の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の（ａｎａｌｏｇｏｕｓ）位置に挿入されるように、ＡＡＶタンパク質に組み込まれる。

【0017】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つは、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または任意選択のＲＧＤモチーフがＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸５８８と５８９との間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶタンパク質に組み込まれる。

【0018】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、対応する野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドと比較して、非心筋細胞における取り込みが低減または排除された、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質である。特定の例示的な実施形態では、非心筋細胞は肝臓細胞である。特定の例示的な実施形態では、野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。

【0019】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、非心筋細胞における取り込みが低減または排除される１つ以上の変異を含む。特定の例示的な実施形態では、１つ以上の変異は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位、２６９位、５０４位、５０５位、５９０位、もしくはそれらの任意の組合せ、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する１つ以上の位置にある。特定の例示的な実施形態では、非ＡＡＶ９カプシドタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６９位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＳまたはＸからＴへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０５位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＰまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＱまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の２６７位、２６９位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、２６７位における変異はＧからＡへの変異であり、２６９位における変異はＳからＴへの変異である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５９０位に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０９位における変異はＱからＡへの変異である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５０４位、５０５位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０４位における変異はＧからＡへの変異であり、５０５位における変異はＰからＡへの変異である。

【0020】

特定の例示的な実施形態では、組成物は、操作されたウイルス粒子である。特定の例示的な実施形態では、操作されたウイルス粒子は、操作されたＡＡＶウイルス粒子である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、操作されたＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶウイルス粒子である。

【0021】

特定の例示的な実施形態では、任意選択のカーゴは、心筋疾患または障害を処置または予防することができる。

【0022】

特定の例示的な実施形態では、心筋疾患または障害は、骨格筋疾患、中枢神経系疾患、神経筋疾患、またはそれらの任意の組合せに続発する。

【0023】

特定の例示的な実施形態では、心筋疾患は、自己免疫疾患、がん、筋ジストロフィー、神経筋疾患、糖もしくはグリコーゲン蓄積症、リピート伸長病、ドミナントネガティブ疾患、心筋症、ウイルス性疾患、早老性疾患、心筋症、またはそれらの任意の組合せであるか、またはそれらに続発する。

【0024】

特定の例示的な実施形態では、任意選択のカーゴは、モルホリノ、ペプチド結合モルホリノ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＰＭＯ、治療用導入遺伝子、治療用ポリペプチドもしくはペプチドをコードするポリヌクレオチド、ＰＰＭＯ、１つ以上のペプチド、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質、ガイドＲＮＡ、もしくはその両方をコードする１つ以上のポリヌクレオチド、リボ核タンパク質であり、該リボ核タンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム分子、治療用導入遺伝子ＲＮＡ、もしくはその他の遺伝子改変もしくは治療用ＲＮＡ及び／またはタンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む。

【0025】

特定の例示的な実施形態では、任意選択のカーゴは、遺伝子、任意選択でジストロフィン遺伝子においてエクソンスキッピングを誘導することができる。

【0026】

特定の例示的な実施形態では、カーゴは、ミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子である。

【0027】

特定の例示的な実施形態では、ミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子は、スペクトリン様リピート１、２、３、及び２４を含み、任意選択でｎＮＯＳドメインを含む。

【0028】

特定の例示的な実施形態では、リピート伸長病は、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である。

【0029】

特定の例示的な実施形態では、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである。

【0030】

特定の例示的な実施形態では、筋強直性ジストロフィーは、１型または２型である。

【0031】

特定の例示的な実施形態では、心筋症は、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である。

【0032】

特定の例示的な実施形態では、糖またはグリコーゲン蓄積症は、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である。特定の例示的な実施形態では、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患は、ＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である。

【0033】

特定の例示的な実施形態では、神経筋疾患は、シャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である。

【0034】

本明細書の特定の例示的な実施形態において、１つ以上のポリヌクレオチドを含むベクターを含むベクターシステムであって、該１つ以上のポリヌクレオチドの少なくとも１つが、心筋細胞を標的とするのに有効な標的化部位のすべてまたは一部をコードし、該標的化部位が１つ以上のｎ量体インサートを含み、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つが表４または表５から選択される、該１つ以上のポリヌクレオチドと、任意選択で、該１つ以上のポリヌクレオチドの１つ以上に作動可能に連結された調節エレメントと、を含むベクターを含むベクターシステムが記載される。

【0035】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上は、１つ以上のＲＧＤモチーフを含むか、またはそれからなり、該ＲＧＤモチーフの少なくとも１つは、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを含むか、またはそれからなり、式中、ｍは０～４アミノ酸であり、ｎは０～１５アミノ酸であり、Ｘ_ｍ及びＸ_ｎは各々独立して任意のアミノ酸から選択される。

【0036】

特定の例示的な実施形態では、標的化部位は心筋細胞を標的とするのに有効である。

【0037】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートは、各々３～２５または３～１５アミノ酸長である。

【0038】

特定の例示的な実施形態では、ベクターシステムは、カーゴをさらに含む。特定の例示的な実施形態では、カーゴはカーゴポリヌクレオチドであり、任意選択で、標的化部位のすべてまたは一部をコードする１つ以上のポリヌクレオチドの１つ以上に作動可能に連結される。

【0039】

特定の例示的な実施形態では、ベクターシステムは、ウイルス粒子、カーゴを含むウイルス粒子、またはその両方を産生することができる。

【0040】

特定の例示的な実施形態では、ベクターシステムは、標的化部位の１つ以上を含むポリペプチドを産生することができる。特定の例示的な実施形態では、ポリペプチドはウイルスポリペプチドである。特定の例示的な実施形態では、ウイルスポリペプチドはカプシドポリペプチドである。特定の例示的な実施形態では、カプシドポリペプチドはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドポリペプチドである。

【0041】

特定の例示的な実施形態では、ウイルス粒子はＡＡＶウイルス粒子である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子またはＡＡＶカプシドポリペプチドは、操作されたＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４もしくはＡＡＶ ｒｈ．１０ウイルス粒子またはポリペプチドである。

【0042】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上は、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが該ウイルス粒子のウイルスカプシドの外部にあるように、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ、任意選択のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ、またはその両方がウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に位置するように、標的化部位に組み込まれる。

【0043】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上は、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ以上及び／または１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが各々、ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のアミノ酸２６２～２６９、３２７～３３２、３８２～３８６、４５２～４６０、４８８～５０５、５２７～５３９、５４５～５５８、５８１～５９３、５９８～５９９、７０４～７１４、もしくはそれらの任意の組合せから独立して選択される任意の２つの連続するアミノ酸の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶポリペプチドに組み込まれる。特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つは、該１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つが該ＡＡＶ９カプシドポリヌクレオチド内のアミノ酸５８８と５８９との間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶポリペプチドに組み込まれる。

【0044】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、対応する野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドと比較して、非心筋細胞または非筋細胞における取り込みが低減または排除された、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質である。特定の例示的な実施形態では、非心筋細胞は肝臓細胞である。特定の例示的な実施形態では、野生型カプシドポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。

【0045】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、非心筋細胞における取り込みが低減または排除される１つ以上の変異を含む。特定の例示的な実施形態では、１つ以上の変異は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位、２６９位、５０４位、５０５位、５９０位、もしくはそれらの任意の組合せ、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する１つ以上の位置にある。特定の例示的な実施形態では、非ＡＡＶ９カプシドタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６９位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＳまたはＸからＴへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０５位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＰまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＱまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の２６７位、２６９位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、２６７位における変異はＧからＡへの変異であり、２６９位における変異はＳからＴへの変異である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５９０位に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０９位における変異はＱからＡへの変異である。特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５０４位、５０５位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０４位における変異はＧからＡへの変異であり、５０５位における変異はＰからＡへの変異である。

【0046】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリヌクレオチドを含むベクターはスプライス調節エレメントを含まない。

【0047】

特定の例示的な実施形態では、ベクターは、ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードするポリヌクレオチドをさらに含む。特定の例示的な実施形態では、ウイルスのｒｅｐタンパク質はＡＡＶｒｅｐタンパク質である。特定の例示的な実施形態では、ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、１つ以上のポリヌクレオチドと同じベクター上または異なるベクター上に存在する。特定の例示的な実施形態では、ウイルスのｒｅｐタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、任意選択の調節エレメントに作動可能に連結されている。

【0048】

特定の例示的な実施形態では、ベクターシステムは、本明細書に記載される組成物またはその一部を産生することができる。

【0049】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、本明細書に記載されるベクターシステムによってコードされるか、産生されるか、またはその両方が行われるポリペプチドが記載される。いくつかの実施形態では、ポリペプチドはウイルスポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ウイルスポリペプチドはＡＡＶポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、カーゴと連結しているか、またはそうでなければカーゴと会合している。

【0050】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、本明細書に記載されるベクターシステムによって産生される粒子であって、本明細書に記載されるベクターシステムによって産生されるポリペプチドまたは本明細書に記載される組成物を任意選択で含む粒子が記載される。特定の例示的な実施形態では、粒子はウイルス粒子である。特定の例示的な実施形態では、ウイルス粒子は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子、レンチウイルス粒子、またはレトロウイルス粒子である。特定の例示的な実施形態では、粒子はカーゴを含む。特定の例示的な実施形態では、ウイルス粒子は心筋指向性を有する。

【0051】

特定の例示的な実施形態では、カーゴは心筋疾患または障害を予防することができる。特定の例示的な実施形態では、心筋疾患は、自己免疫疾患、がん、筋ジストロフィー、神経筋疾患、糖もしくはグリコーゲン蓄積症、リピート伸長病、ドミナントネガティブ疾患、心筋症、ウイルス性疾患、早老性疾患、心筋症、またはそれらの任意の組合せである。

【0052】

特定の例示的な実施形態では、カーゴは遺伝子のエクソンスキッピングを誘導することができる。特定の例示的な実施形態では、カーゴは、ジストロフィン遺伝子においてエクソンスキッピングを誘導することができる。

【0053】

特定の例示的な実施形態では、カーゴは、ミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子である。

【0054】

特定の例示的な実施形態では、ミニジストロフィン遺伝子またはマイクロジストロフィン遺伝子は、スペクトリン様リピート１、２、３、及び２４を含み、任意選択でｎＮＯＳドメインを含む。

【0055】

特定の例示的な実施形態では、リピート伸長病は、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である。

【0056】

特定の例示的な実施形態では、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである。

【0057】

特定の例示的な実施形態では、筋強直性ジストロフィーは、１型または２型である。

【0058】

特定の例示的な実施形態では、心筋症は、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である。

【0059】

特定の例示的な実施形態では、糖またはグリコーゲン蓄積症は、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である。特定の例示的な実施形態では、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患は、ＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である。

【0060】

特定の例示的な実施形態では、神経筋疾患はシャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である。

【0061】

特定の例示的な実施形態では、ポリペプチド、粒子、またはその両方は、心筋細胞の効力の増加、心筋細胞の特異性の増加、免疫原性の低下、またはそれらの任意の組合せを有する。

【0062】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、本発明の組成物、本発明のベクターシステム、本発明のポリペプチド、本発明の粒子、またはそれらの任意の組合せを含む細胞が記載される。

【0063】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、本発明の組成物、本発明のベクターシステム、本発明のポリペプチド、本発明の粒子、本発明の細胞もしくはその集団、またはそれらの任意の組合せと、薬学的に許容される担体とを含む医薬製剤が記載される。

【0064】

本明細書の特定の例示的な実施形態では、心筋疾患、障害、またはその症状を処置する方法が記載されており、この方法は、それを必要とする対象に、本発明の組成物、本発明のベクターシステム、本発明のポリペプチド、本発明の粒子、本発明の細胞もしくはその集団、または本発明の医薬製剤、またはそれらの任意の組合せを投与することを含む。

【0065】

特定の例示的な実施形態では、心筋疾患は、骨格筋疾患、中枢神経系疾患、神経筋疾患、またはそれらの任意の組合せに続発する。

【0066】

特定の例示的な実施形態では、中枢神経系疾患または障害は、フリードライヒ運動失調症、ドラベ症候群、脊髄小脳失調症３型、ニーマン・ピック病Ｃ型、ハンチントン病、ポンペ病、筋強直性ジストロフィー１型、Ｇｌｕｔ１欠損症（Ｄｅ Ｖｉｖｏ病）、テイ・サックス病、脊髄性筋萎縮症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ダノン病、レット症候群、アンジェルマン症候群、またはそれらの組合せである。

【0067】

特定の例示的な実施形態では、心筋疾患は、（ａ）自己免疫疾患、（ｂ）がん、（ｃ）筋ジストロフィー、（ｄ）神経筋疾患、（ｅ）糖もしくはグリコーゲン蓄積症、（ｆ）リピート伸長病、（ｇ）ドミナントネガティブ疾患、（ｈ）心筋症、（ｉ）ウイルス性疾患、（ｊ）早老性疾患、または（ｋ）それらの任意の組合せであるか、またはそれらに続発する。

【0068】

特定の例示的な実施形態では、リピート伸長病は、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である。

【0069】

特定の例示的な実施形態では、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである。

【0070】

特定の例示的な実施形態では、筋強直性ジストロフィーは、１型または２型である。

【0071】

特定の例示的な実施形態では、心筋症は、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、拘束型心筋症、またはダノン病である。

【0072】

特定の例示的な実施形態では、糖またはグリコーゲン蓄積症は、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である。特定の例示的な実施形態では、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患は、ＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である。

【0073】

特定の例示的な実施形態では、神経筋疾患は、シャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である。

【0074】

例示的な実施形態のこれらの及び他の態様、目的、特色、及び利点は、例示的な実施形態の以下の発明を実施するための形態を考慮することにより、当業者には明らかになるであろう。

【0075】

本発明の特色及び利点の理解は、本発明の原理が利用され得る例示的な実施形態を説明する以下の発明を実施するための形態、及びその添付の図面を参照することによって得られる。

【図面の簡単な説明】

【0076】

【図1】導入遺伝子からｍＲＮＡが産生される、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の形質導入機構を示す。

【図2】ＡＡＶバリアントのｍＲＮＡベースの選択がＤＮＡベースの選択よりもストリンジェントになり得ることを示すことができるグラフを示す。このウイルスライブラリーは、ＣＭＶプロモーターの制御下で発現させた。

【図3】肝臓におけるウイルスライブラリーと、ベクターゲノムＤＮＡ（Ａ）及びｍＲＮＡ（Ｂ）との相関関係を示すことができるグラフを示す。

【図4】異なる組織において同定されたＤＮＡレベルで存在し、ｍＲＮＡレベルで発現したカプシドバリアントを示すことができるグラフを示す。この実験では、ウイルスライブラリーはＣＭＶプロモーターの制御下で発現された。

【図5A】細胞型特異的プロモーター（ｘ軸に記載）の制御下にある異なる組織におけるカプシドｍＲＮＡの発現を示すことができるグラフを示す。ＣＭＶは例示的な構成的プロモーターとして含まれた。ＣＫ８は筋肉特異的プロモーターである。ＭＨＣＫ７は筋肉特異的プロモーターである。ｈＳｙｎはニューロン特異的プロモーターである。細胞型特異的プロモーターからの発現レベルは、各組織における構成的ＣＭＶプロモーターからの発現レベルに基づいて正規化されている。

【図5B】細胞型特異的プロモーター（ｘ軸に記載）の制御下にある異なる組織におけるカプシドｍＲＮＡの発現を示すことができるグラフを示す。ＣＭＶは例示的な構成的プロモーターとして含まれた。ＣＫ８は筋肉特異的プロモーターである。ＭＨＣＫ７は筋肉特異的プロモーターである。ｈＳｙｎはニューロン特異的プロモーターである。細胞型特異的プロモーターからの発現レベルは、各組織における構成的ＣＭＶプロモーターからの発現レベルに基づいて正規化されている。

【図5C】細胞型特異的プロモーター（ｘ軸に記載）の制御下にある異なる組織におけるカプシドｍＲＮＡの発現を示すことができるグラフを示す。ＣＭＶは例示的な構成的プロモーターとして含まれた。ＣＫ８は筋肉特異的プロモーターである。ＭＨＣＫ７は筋肉特異的プロモーターである。ｈＳｙｎはニューロン特異的プロモーターである。細胞型特異的プロモーターからの発現レベルは、各組織における構成的ＣＭＶプロモーターからの発現レベルに基づいて正規化されている。

【図6】（Ａ）種を超えて組織特異的な遺伝子送達のためのカプシドバリアントを産生及び選択する方法の実施形態を示す概略図、ならびに（Ｂ）上位選択されたカプシドのベンチマークを示す概略図を示す。

【図7】ＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成する実施形態、特に野生型ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９にランダムなｎ量体（ｎ＝３～１５アミノ酸）を挿入する実施形態を示す概略図を示す。

【図8】ＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成する実施形態、特にバリアントＡＡＶ粒子の産生の実施形態を示す概略図を示す。各カプシドバリアントは、ベクターゲノムとして独自のコード配列を内包する。

【図9】ＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成するためにＡＡＶベクターシステムにおいて使用することができる代表的なＡＡＶカプシドプラスミドライブラリーベクター（例えば、図８を参照）の概略的なベクターマップを示す。

【図10】異なる構成的及び細胞型特異的な哺乳動物プロモーターを含む構築物によってもたらされたウイルス力価（ＡＡＶ９ベクターゲノム／１５ｃｍディッシュとして計算）を示すことができるグラフを示す。

【発明を実施するための形態】

【0077】

本明細書の図は、例示のみを目的としており、必ずしも縮尺通りに描かれているわけではない。

【0078】

一般的な定義
別段に定義されない限り、本明細書で使用される技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。分子生物学における一般的な用語及び技術の定義は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（１９８９）（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ，ａｎｄ Ｍａｎｉａｔｉｓ）；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（２０１２）（Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８７）（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．）；ｔｈｅ ｓｅｒｉｅｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ ２：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（１９９５）（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ，ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ ｅｄｓ．）：Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８８）（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．）：Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ ２０１３（Ｅ．Ａ．Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ ｅｄ．）；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（１９８７）（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．）；Ｂｅｎｊａｍｉｎ Ｌｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ ＩＸ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｊｏｎｅｓ ａｎｄ Ｂａｒｔｌｅｔｔ，２００８（ＩＳＢＮ ０７６３７５２２２３）；Ｋｅｎｄｒｅｗ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｔｈｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ．，１９９４（ＩＳＢＮ ０６３２０２１８２９）；Ｒｏｂｅｒｔ Ａ．Ｍｅｙｅｒｓ（ｅｄ．），Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５（ＩＳＢＮ ９７８０４７１１８５７１０）；Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２ｎｄ ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９４），Ｍａｒｃｈ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ４ｔｈ ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９２）；及びＭａｒｔｅｎ Ｈ．Ｈｏｆｋｅｒ ａｎｄ Ｊａｎ ｖａｎ Ｄｅｕｒｓｅｎ，Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ Ｍｏｕｓｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（２０１１）に見出すことができる。

【0079】

本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈から明らかに指示されない限り、単数及び複数の両方の指示対象を含む。

【0080】

「任意選択の」または「任意選択で」という用語は、その後に記載された事象、状況、または置換基が生じても生じなくてもよく、その記載には、事象または状況が生じる場合及び生じない場合が含まれることを意味する。

【0081】

エンドポイントによる数値範囲の列挙は、列挙されるエンドポイントだけでなく、各々の範囲内に包含されるすべての数及び分数を含む。

【0082】

パラメータ、量、時間の長さなどの測定可能な値を指す場合に本明細書で使用される場合、「約」または「およそ」という用語は、指定された値の変動及びその値からの変動、例えば、指定された値の＋／－１０％以下、＋／－５％以下、＋／－１％以下、及び＋／－０．１％以下の変動を、かかる変動が開示された発明において実施するのに適切である限り、包含することを意味する。修飾語「約」または「およそ」が指す値は、それ自体もまた、具体的に、好ましくは、開示されることを理解されたい。

【0083】

本明細書で使用される場合、「生体試料」は、全細胞及び／または生細胞及び／または細胞残屑を含有し得る。生体試料は、「体液」を含有し得る（またはそれに由来し得る）。本発明は、体液が、羊水、房水、硝子体液、胆汁、血清、母乳、脳脊髄液、耳垢（ｃｅｒｕｍｅｎ）（耳垢（ｅａｒｗａｘ））、乳糜、糜粥、内リンパ、外リンパ、滲出液、糞便、雌性射精液、胃酸、胃液、リンパ液、粘液（鼻漏及び痰を含む）、心膜液、腹水、胸水、膿、粘膜分泌物、唾液、皮脂（皮膚油）、精液、喀痰、滑液、汗、涙、尿、膣分泌物、嘔吐物、及びそれらのうちの１つ以上の混合物から選択される実施形態を包含する。生体試料には、細胞培養物、体液、体液由来の細胞培養物が含まれる。体液は、例えば、穿刺、または他の収集もしくはサンプリング手順によって、哺乳動物生物から得てもよい。

【0084】

「対象」、「個体」、及び「患者」という用語は、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指すために本明細書で同義に使用される。哺乳動物としては、マウス、サル、ヒト、家畜、競技用動物、及び愛玩動物が挙げられるが、これらに限定されない。ｉｎ ｖｉｖｏで得られた、またはｉｎ ｖｉｔｒｏで培養された生物学的実体の組織、細胞、及びそれらの子孫も包含される。

【0085】

以下に、様々な実施形態を記載する。特定の実施形態は、網羅的な説明として、または本明細書で考察されるより広範な態様を制限するものとして意図されないことに留意されたい。特定の実施形態と関連して記載される一態様は、必ずしもその実施形態に制限されるものではなく、任意の他の実施形態（複数可）で実施され得る。本明細書全体を通して「一実施形態」、「実施形態」、「例示的な実施形態」への言及は、その実施形態に関連して記載される特定の特色、構造、または特徴が、本発明の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。したがって、本明細書全体を通して様々な場所での「一実施形態では」、「実施形態では」、または「例示的な実施形態」という句の出現は、必ずしもすべてが同じ実施形態を指すわけではないが、そうであってもよい。さらに、特定の特色、構造、または特徴は、１つ以上の実施形態では、本開示から当業者には明らかであるように、任意の好適な様式で組み合わされ得る。さらに、本明細書に記載されるいくつかの実施形態は、他の実施形態に含まれるいくつかの特色を含むが、他の特色を含まない一方で、異なる実施形態の特色の組合せが、本発明の範囲内であることを意図している。例えば、添付の特許請求の範囲では、特許請求される実施形態のいずれかを任意の組合せで使用することができる。

【0086】

本明細書で引用されるすべての刊行物、公開特許文書、及び特許出願は、各個々の刊行物、公開特許文書、または特許出願が参照により組み込まれると具体的かつ個別に示されたのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。

【0087】

概要
本明細書に開示される実施形態は、心筋特異性を有する標的化部位（例えば、心筋特異的標的化部位）を提供する。標的化部位は、カーゴ及び／または送達媒体またはシステムと連結し得るか、またはそうでなければそれと会合し得る。本明細書に開示される実施形態は、心筋特異的標的化部位の１つ以上を組み込むことができるポリペプチド及び粒子を提供する。ポリペプチド及び／または粒子は、カーゴに連結、結合、それを内包、またはそうでなければ組み込むことができ、それによってカーゴを標的化部位（複数可）と会合させることができる。本明細書に開示される実施形態は、本明細書にさらに記載されるように、ＲＧＤモチーフを含むかまたはＲＧＤモチーフであることができる１つ以上のｎ量体インサートを含むことができる心筋特異的標的化部位を提供する。

【0088】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）は、表４（配列番号４～５００）または５（配列番号５０１～７４６）のいずれかにある１つ以上のｎ量体インサートであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）は、１つ以上のＲＧＤモチーフであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤモチーフの少なくとも１つは、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを含むか、またはそれらからなり、式中、ｍは０～４アミノ酸であり、ｎは０～１５アミノ酸であり、Ｘ_ｍ及びＸ_ｎは各々独立して任意のアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートのＣ末端及び／またはＮ末端アミノ酸の１つ以上（例えば、１～３つ）は、ｎ量体インサートが挿入されるポリペプチド（例えば、カプシドポリペプチド）のアミノ酸の１つ以上を置換する。

【0089】

本明細書に開示される実施形態は、細胞特異的及び／または種特異的指向性、例えば心筋指向性を、操作されたウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ））粒子に付与するように操作することができる操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドを提供する。本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される１つ以上の標的化部位を含むことができる、操作されたウイルスポリペプチド（例えば、カプシドポリペプチド）を提供する。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスポリペプチドはウイルス粒子に組み込むことができる。

【0090】

本明細書に開示される実施形態は、バリアントカプシドタンパク質などの、改変された表面構造の多様なバリアントライブラリーの生成を系統的に指示することを含むことができる操作されたカプシドを有する組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）を生成する方法も提供する。操作されたカプシドを有するｒＡＡＶを生成する方法の実施形態には、特定の細胞、組織、及び／または器官型を標的とすることができるカプシドバリアントのストリンジェントな選択も含まれ得る。操作されたカプシドを有するｒＡＡＶを生成する方法の実施形態には、少なくとも２つ以上の種において効率的及び／または均一な形質導入が可能なカプシドバリアントのストリンジェントな選択が含まれ得る。１つの例示的な実施形態では、ｎ量体インサートは心筋細胞の形質導入の増加をもたらし得る。

【0091】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶを産生することができるベクター及びそのシステムを提供する。

【0092】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶ粒子を産生することができる細胞を提供する。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載される１つ以上のベクターまたはそのシステムを含む。

【0093】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される操作されたカプシドを含むことができる操作されたＡＡＶを提供する。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶは、細胞に送達されるカーゴポリヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは遺伝子改変ポリヌクレオチドである。

【0094】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶベクターもしくはそのシステム、操作されたＡＡＶカプシド、操作されたＡＡＶカプシドを含む操作されたＡＡＶ粒子、及び／または操作されたＡＡＶカプシド及び／または操作されたＡＡＶベクターもしくはそのシステムを含む本明細書に記載される操作された細胞を含むことができる製剤を提供する。いくつかの実施形態では、製剤には薬学的に許容される担体も含まれ得る。本明細書に記載される製剤は、それを必要とする対象または細胞に送達することができる。

【0095】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、操作されたＡＡＶカプシド、操作されたＡＡＶ粒子、細胞、または他の構成要素、及びそれらの組合せの１つ以上の１つ以上、ならびに本明細書に記載される医薬製剤を含むキットも提供する。実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、操作されたＡＡＶカプシド、操作されたＡＡＶ粒子細胞、及びそれらの組合せの１つ以上を、組合せキットとして提供することができる。

【0096】

本明細書に開示される実施形態は、本明細書に記載される細胞特異的指向性を有する操作されたＡＡＶを使用して、例えば治療用ポリヌクレオチドを細胞に送達する方法を提供する。このようにして、本明細書に記載される操作されたＡＡＶは、それを必要とする対象における疾患を処置及び／または予防するために使用することができる。本明細書に開示される実施形態は、操作されたＡＡＶカプシド、操作されたＡＡＶウイルス粒子、操作されたＡＡＶベクターもしくはそのシステム及び／またはその製剤を細胞に送達する方法も提供する。また、本明細書では、操作されたＡＡＶ粒子、操作されたＡＡＶカプシド、操作されたＡＡＶカプシドベクターもしくはそのシステム、操作された細胞、及び／またはその製剤を対象に送達することにより、処置を必要とする対象を処置する方法も提供される。

【0097】

本明細書では、操作されたＡＡＶの実施形態のさらなる特色及び利点、ならびに操作されたＡＡＶを作製及び使用する方法についてさらに説明する。

【0098】

標的化部位及び組成物
概して、本明細書では、心筋細胞を効果的に標的とすることができる１つ以上の心筋特異的標的化部位を含む組成物について記載する。いくつかの実施形態では、送達媒体、薬剤、またはそれらのシステムに心筋特異的標的化能力を提供するように、１つ以上の心筋特異的標的化部位を送達媒体、薬剤、またはそれらのシステムに組み込むことができる。例示的な送達媒体としては、ウイルス粒子（例えば、ＡＡＶウイルス粒子）、ミセル、リポソーム、エクソソームなどが挙げられるが、これらに限定されない。心筋特異的標的化部位を組み込むことができる例示的な送達媒体については、本明細書の他の箇所でより詳細に説明される。いくつかの実施形態では、心筋特異的標的化部位は、カーゴに間接的または直接的に連結することができ、したがって、連結されたカーゴに特異的な心筋をもたらすことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、心筋細胞に対して特異的であり得（例えば、本明細書に記載される心筋特異的標的化部位によって付与される）、非心筋細胞（肝臓細胞を含むがこれに限定されない）に対する特異性は低下し得る。いくつかの実施形態では、心筋特異的標的化部位は、心筋細胞上の１つ以上のＡＡＶ受容体と特異的に相互作用するか、またはそうでなければ会合することができ、それにより心筋特異性（または指向性）がもたらされる。心筋特異的標的化部位を生成する方法については、本明細書の他の箇所でより詳細に説明される。

【0099】

心筋特異的標的化部位
本明細書では、心筋細胞を特異的に標的とすることができる標的化部位について記載する。本明細書の文脈で使用される場合、「標的とする／標的化」とは、標的化部位による標的分子または部位との認識、結合、会合、親和性、アビディティー、伝達もしくは感染、及び／または他の相互作用が、非標的分子または部位との認識、結合、会合、親和性、アビディティー、伝達もしくは感染、及び／または他の相互作用と比較して、標的分子または部位に対してより大きく、より効率的、またはそうでなければより選択的であるように、標的特異的な方法で、標的分子または部位を認識する、結合する、会合する、伝達する、もしくは感染する、またはそうでなければ相互作用する能力を指す。例えば、心筋細胞特異的標的化部位は、非心筋細胞と比較して、心筋細胞の、もしくはそれとの認識、結合、会合、親和性、アビディティー、伝達、もしくは感染、及び／または他の相互作用が増加する、及び／またはより効率的もしくは選択的である。

【0100】

いくつかの実施形態では、標的化部位は、本明細書に記載される１つ以上のｎ量体インサートであり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、表４または表５におけるｎ量体インサートであり得る（からなり得る）か、またはｎ量体インサートを含有し得る（を含み得る）。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートはＲＧＤモチーフであり得る（からなり得る）か、またはＲＧＤモチーフを含有し得る（を含み得る）。一般に、ｎ量体インサートは短い（例えば、約３～約１５、２０、または２５）アミノ酸配列であり、ｎ量体インサートの各アミノ酸は任意のアミノ酸から選択できる。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５アミノ酸長である。

【0101】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは「ＲＧＤ」モチーフである（からなる）か、または「ＲＧＤ」モチーフを含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）（を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ））。「ＲＧＤ」モチーフは、通常、ｎ量体インサート内にアミノ酸ＲＧＤが存在することを指す。いくつかの実施形態では、ＲＧＤはｎ量体インサートの最初の３つのアミノ酸である。したがって、いくつかの実施形態では、ｎ量体はＲＧＤまたはＲＧＤＸ_ｎの配列を有することができ、式中、ｎは３～１５個のアミノ酸であり得、Ｘは任意のアミノ酸であり得、存在する各アミノ酸は各々任意のアミノ酸の群から他のものから独立して選択することができる。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、ＲＧＤ（３量体）、ＲＧＤＸ_１（４量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２（５量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３（６量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４（７量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５（８量体）、またはＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６（９量体）、ＲＧＤ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７（１０量体）、ＲＧＤ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７Ｘ_８（１１量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７Ｘ_８Ｘ_９（１２量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７Ｘ_８Ｘ_９Ｘ_１０（１３量体）、ＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７Ｘ_８Ｘ_９Ｘ_１０Ｘ_１１（１４量体）、またはＲＧＤＸ_１Ｘ_２Ｘ_３Ｘ_４Ｘ_５Ｘ_６Ｘ_７Ｘ_８Ｘ_９Ｘ_１０Ｘ_１１Ｘ_１２（１５量体）であり得、式中、Ｘ_１、Ｘ_２、Ｘ_３、Ｘ_４、Ｘ_５、Ｘ_６、Ｘ_７、Ｘ_８、Ｘ_９、Ｘ_１０、Ｘ_１１、Ｘ_１２は、各々独立して選択され得、任意のアミノ酸であり得る。いくつかの実施形態では、Ｘ_１は、Ｌ、Ｔ、Ａ、Ｍ、Ｖ、Ｑ、またはＭであることができる。いくつかの実施形態では、Ｘ_２は、Ｔ、Ｍ、Ｓ、Ｎ、Ｌ、Ａ、またはＩであることができる。いくつかの実施形態では、Ｘ_３は、Ｔ、Ｅ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、Ｑ、Ｙ、Ａ、またはＤであることができる。いくつかの実施形態では、Ｘ_４は、Ｐ、Ｙ、Ｋ、Ｌ、Ｈ、Ｔ、またはＳであることができる。

【0102】

特定の例示的な実施形態では、ＲＧＤモチーフは、Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎの式を有し、式中、ｍは０～４個のアミノ酸であり、ｎは０～１５個のアミノ酸であり、Ｘは任意のアミノ酸であり、存在する各Ｘアミノ酸は、任意のアミノ酸の群から他のものから独立して選択される。特定の例示的な実施形態では、ＲＧＤモチーフは式ＲＧＤＸｎを有し、式中、ｎは４または５であり、式中、Ｘは任意のアミノ酸であり、存在する各Ｘアミノ酸は、本明細書の他の箇所で説明される任意のアミノ酸または任意の特定の組合せからなる群から他のものから独立して選択される。

【0103】

特定の例示的な実施形態では、ｎ量体インサートのＣ末端またはＮ末端アミノ酸の１個以上、例えば１、２、３、４個以上は、ｎ量体インサートが組み込まれているか、またはそうでなければ挿入されているポリペプチドのアミノ酸の１個以上を置換する。ｎ量体インサートが配列Ｘ_ｍＲＧＤＸ_ｎを有するＲＧＤモチーフであり、ｎが０ではない（すなわち、ｎ＝１、２、３、または４）いくつかの実施形態では、Ｘ_ｎのアミノ酸は、ｎ量体インサートが組み込まれているポリペプチドのそれぞれ最大１、２、３、または４個のアミノ酸を置換することができる。いくつかの実施形態では、この方法でのｎ量体インサートの組み込みは、レシピエントポリペプチドの任意の２つの所望の連続アミノ酸の間に「挿入」として存在する場合に、インサート及び／またはＲＧＤモチーフを配置することができる。

【0104】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、標的化部位による心筋細胞の標的化を容易にする。本開示から分かるように、心筋細胞特異性を有するこのような標的化部位は、心疾患、または心筋細胞が一次的、二次的、または他の病態または症状に関与する疾患／障害を処置するための組成物及び製剤に使用するのに有利であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される心筋細胞特異的標的化部位は、筋肉、神経筋、及び／またはＣＮＳ疾患または障害の心筋細胞病態の処置に使用するのに有利である。いくつかの例示的な実施形態では、本明細書でさらに説明されるように、標的化部位は、ＡＡＶウイルスカプシドなどのウイルスカプシドであり得る。

【0105】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートはＲＧＤインサートではないか、またはＲＧＤインサートを含まない。

【0106】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート及び／またはＲＧＤモチーフの直前には、標的化部位のＡＱまたはＤＧが位置し、これはｎ量体インサートの一部であってもよく、またはｎ量体インサートが組み込まれ、挿入される別のポリペプチド、例えばベクター（例えば、ＡＡＶベクター）またはウイルスタンパク質（例えば、ウイルスカプシドポリペプチド）の一部であってもよい。いくつかの実施形態では、ＡＱまたはＤＧは、ＲＧＤモチーフの前のｎ量体インサートに組み込まれる、及び／またはｎ量体インサートが組み込まれているポリペプチドの１個もしくは２個のアミノ酸を置換する。いくつかの実施形態では、このようなｎ量体インサートが組み込まれているポリペプチドは、ウイルスポリペプチド、例えばウイルスカプシドポリペプチド（例えば、ＡＡＶカプシドポリペプチド）である。

【0107】

いくつかの実施形態では、任意選択でＲＧＤモチーフを含む心筋特異的ｎ量体インサートは種特異的である。言い換えれば、いくつかの実施形態では、心筋特異的ｎ量体インサートは、ある種では別の種よりも心筋の標的化を容易にする。いくつかの実施形態では、心筋特異的ｎ量体インサートは霊長類に特異的である。いくつかの実施形態では、心筋細胞特異的ｎ量体インサートはヒトに特異的である。いくつかの実施形態では、心筋細胞特異的ｎ量体インサートは非ヒト霊長類に特異的である。

【0108】

いくつかの実施形態では、心筋細胞特異的ｎ量体インサートは、生物内の他の種類の細胞及び組織、具体的には心臓細胞及び組織よりも心臓細胞及び／または組織を標的とすることができる。いくつかの実施形態では、心筋特異的ｎ量体インサートは、非筋細胞よりも、そして骨格筋細胞及び／または平滑筋細胞よりも、心筋細胞を標的とすることができる。

【0109】

いくつかの実施形態では、標的化部位は、本明細書に記載される心筋特異的ｎ量体インサートなどの複数のｎ量体インサートを含み得る。いくつかの実施形態では、標的化部位は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上のｎ量体インサートを含み得る。いくつかの実施形態では、標的化部位に含まれるすべてのｎモチーフは同じであり得る。複数のｎ量体インサートが含まれるいくつかの実施形態では、少なくとも２つのｎ量体インサートは互いに異なる。複数のｎ量体インサートが含まれるいくつかの実施形態では、すべてのｎ量体インサートは互いに異なる。

【0110】

いくつかの実施形態では、標的化部位、例えば心筋特異的標的化部位は、カーゴと連結し得るか、またはそうでなければカーゴと会合し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上の心筋特異的標的化部位は、カーゴに直接結合される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上の心筋特異的標的化部位は、リンカー分子などを介してカーゴに間接的に連結される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上の心筋特異的標的化部位は、カーゴに連結、結合、それを内包、及び／または含有するポリペプチドまたは他の粒子に連結、会合される。

【0111】

例示的な粒子としては、ウイルス粒子（例えば、バクテリオファージカプシドを含むウイルスカプシド）、ポリソーム、リポソーム、ナノ粒子、マイクロ粒子、エクソソーム、ミセルなどが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される「ナノ粒子」という用語には、均質または不均質な物質のナノスケール堆積物が含まれる。ナノ粒子は、形状が規則的であっても不規則であってもよく、複合ナノスケール粒子を形成する複数の共堆積粒子から形成され得る。ナノ粒子は、形状が略球形であってもよく、複数の共堆積された略球形粒子から形成された複合形状を有してもよい。ナノ粒子の例示的な形状としては、球形、棒状、楕円形、円筒形、円盤形などが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ナノ粒子は実質的に球形の形状を有する。

【0112】

本明細書で使用される場合、「特異的」という用語は、２つの部位の間の相互作用を説明することに関して使用される場合、第１の部位及び第２の部位の非共有結合性物理的会合であって、第１の部位と第２の部位との間の会合が、いずれかの部位と、結合が生じる環境に存在するほとんどまたはすべての他の部位との会合よりも少なくとも２倍強く、少なくとも５倍強く、少なくとも１０倍強く、少なくとも５０倍強く、少なくとも１００倍強く、またはそれ以上強いものを指す。２つ以上の実体の結合は、平衡解離定数であるＫｄが、用いられる条件下で、例えば、細胞内または細胞生存と調和するものなどの生理的条件下で、１０^－３Ｍ以下、１０^－４Ｍ以下、１０^－５Ｍ以下、１０^－６Ｍ以下、１０^－７Ｍ以下、１０^－８Ｍ以下、１０^－９Ｍ以下、１０^－１０Ｍ以下、１０^－１１Ｍ以下、または１０^－１２Ｍ以下である場合、特異的と見なされ得る。いくつかの実施形態では、特異的結合は、複数のより弱い相互作用（例えば、複数の個々の相互作用であって、各々の個々の相互作用が、１０^－３Ｍを超えるＫｄを特徴とするもの）によって達成され得る。いくつかの実施形態では、「分子認識」と称され得る特異的結合は、各実体上の官能基の相補的配向に依存する２つの実体間の飽和性結合相互作用である。特異的相互作用の例としては、プライマー－ポリヌクレオチド相互作用、アプタマー－アプタマー標的相互作用、抗体－抗原相互作用、アビジン－ビオチン相互作用、リガンド－受容体相互作用、金属－キレート相互作用、相補性核酸間のハイブリダイゼーションなどが挙げられる。

【0113】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）に加えて、標的化部位は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、脂質、ポリマー、糖、またはそれらの組合せを含み得る。

【0114】

いくつかの実施形態では、標的化部位は、レンチウイルス、アデノウイルス、ＡＡＶ、バクテリオファージ、レトロウイルスタンパク質を含むがこれらに限定されないカプシドタンパク質などのウイルスタンパク質に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、該ｎ量体インサートがウイルスカプシドの外側となる（すなわち、ウイルスカプシドの表面上に提示される）ように、ウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に配置される。

【0115】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される心筋特異的標的化部位の１つ以上を含有する組成物は、筋細胞の効力の増加、筋細胞の特異性、筋細胞指向性及び／または形質導入効率の増加、免疫原性の低下、またはそれらの任意の組合せを有する。

【0116】

カーゴは、本明細書に記載される筋特異的標的化部位に連結することまたはこれと会合することが可能な任意の分子を含み得る。カーゴとしては、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、リボタンパク質、脂質、糖、薬学的に活性な薬剤（例えば、薬物、イメージング剤及び他の診断用薬など）、化合物、及びそれらの組合せを挙げることができるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、カーゴは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、抗体、アプタマー、リボザイム、必須腫瘍タンパク質及び遺伝子の翻訳または転写を阻害するリボザイムのためのガイド配列、ホルモン、免疫調節剤、解熱剤、抗不安薬、抗精神病薬、鎮痛剤、鎮痙薬、抗炎症剤、抗ヒスタミン剤、抗感染薬、放射線増感剤、化学療法薬、放射性化合物、イメージング剤、ならびにそれらの組合せである。

【0117】

心筋特異的ｎ量体インサート及び標的化部位は、ポリヌクレオチドによって全体的または部分的にコードされ得る。コードポリヌクレオチドは、本明細書に記載される心筋特異的ｎ量体インサート（複数可）を含む標的化部位及びその組成物を生成するのに使用され得る１つ以上のベクター（またはベクターシステム）に含まれ得る。例示的なコードポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、及び組換え操作技術は、本明細書により詳細に記載され、及び／または当該技術分野において一般に公知であり、本明細書に記載される標的化部位及びその組成物との使用に適合させることができる。

【0118】

いくつかの実施形態では、カーゴは、心筋疾患もしくは障害、または心筋が影響を受ける１つ以上の心疾患もしくは他の疾患、及び／または骨格筋もしくはＣＮＳ疾患もしくは障害を含むがこれらに限定されない疾患病態の一部に関連する心筋細胞病態を処置または予防することができる。例示的な心臓、ＣＮＳ、神経筋、及び筋肉の疾患及び障害については、本明細書の他の箇所に記載されている。

【0119】

カーゴ
本明細書に開示される組成物を使用して送達され得る代表的なカーゴ分子としては、核酸、ポリヌクレオチド、タンパク質、ポリペプチド、ポリヌクレオチド／ポリペプチド複合体、小分子、糖、またはそれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載されるシステム及び方法にしたがって送達され得るカーゴとしては、治療剤、イメージング剤、及びモニタリング剤を含むがこれらに限定されない生物学的に活性な薬剤が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されない。カーゴは、外因性物質または内因性物質であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴは、「対象とする遺伝子」であり得る。

【0120】

ポリヌクレオチド
いくつかの実施形態では、カーゴはカーゴポリヌクレオチドである。本明細書で使用される場合、「核酸」、「ヌクレオチド配列」、及び「ポリヌクレオチド」は、本明細書において同義的に使用され得、一連の少なくとも２つの塩基－糖－リン酸の組合せを一般に指し得、とりわけ、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖領域と二本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖領域と二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくは、より典型的には、二本鎖、または一本鎖領域と二本鎖領域の混合物であり得るＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子を指す。加えて、本明細書で使用されるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指し得る。かかる領域内の鎖は、同じ分子由来であっても異なる分子由来であってもよい。これらの領域は、これらの分子のうちの１つ以上のすべてを含み得るが、より典型的には、これらの分子のうちのいくつかの領域のみを含む。三重らせん領域の分子のうちの１つは、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、ポリヌクレオチドのそのような化学的に、酵素的に、または代謝的に改変された形態、ならびにウイルス及び細胞（特に、単純細胞及び複雑細胞を含む）に特徴的なＤＮＡ及びＲＮＡの化学形態も包含する。例えば、本明細書で使用されるポリヌクレオチドという用語は、１つ以上の修飾塩基を含有する本明細書に記載されるＤＮＡまたはＲＮＡを含み得る。したがって、わずか２つの例を挙げると、イノシンなどの稀な塩基、またはトリチル化塩基などの修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡが、この用語が本明細書で使用される際のポリヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド配列」及び「核酸」は、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、ホスホロチオエート、及び天然核酸のリン酸骨格の他の変種も含む。天然核酸は、リン酸骨格を有し、人工核酸は、他のタイプの骨格を含有し得るが、同じ塩基を含有する。したがって、安定性または他の理由のために修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡは、その用語が本明細書で意図する「核酸」または「ポリヌクレオチド」である。本明細書で使用される場合、「核酸配列」及び「オリゴヌクレオチド」は、本明細書の他の箇所で定義される核酸及びポリヌクレオチドも包含する。

【0121】

本明細書で使用される場合、「デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）」及び「リボ核酸（ＲＮＡ）」は、一般に、非修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡであり得る、任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを指し得る。ＲＮＡは、ｔＲＮＡ（トランスファーＲＮＡ）、ｓｎＲＮＡ（低分子核内ＲＮＡ）、ｒＲＮＡ（リボソームＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ（ＲＮＡ干渉構築物）、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、またはリボザイム、アプタマー、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、またはコードｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）を含むがこれらに限定されない、非コードＲＮＡの形態であり得る。

【0122】

いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドはＤＮＡである。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドはＲＮＡである。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、ＲＮＡ及び／またはポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）である。ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質／ペプチドなどの間の関係に関連して本明細書で使用される場合、「に対応する」または「コードする」（本明細書において同義的に使用される）は、これらの異なる分子間の基礎的な生物学的関係を指す。したがって、当業者であれば、作動可能に「対応する」ことにより、これらの分子と同様の生物学的関係を有する任意の他の分子の配列が与えられた場合に、他の分子の潜在的な基礎となる及び／または得られる配列が決定されるように導かれ得ることを理解するであろう。例えば、ＤＮＡ配列から、ＲＮＡ配列が決定され得、ＲＮＡ配列から、ｃＤＮＡ配列が決定され得る。

【0123】

対象とする遺伝子
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムは、対象とする遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含む。本明細書で使用される場合、「対象とする遺伝子」という用語は、特定の目的のために選択され、本発明のシステムまたは小胞による送達が望まれる遺伝子を指す。対象とする遺伝子は、標的細胞またはレシピエント細胞で発現されると、それが発現されて所望の遺伝子産物を産生することができ、及び／または本発明の操作された送達小胞内にカーゴとしてパッケージ化されることができるように、ベクター、例えば発現ベクター（操作された送達小胞生成システムベクターの１つ以上を含む）の１つ以上の領域に挿入される。具体的に同定された他のカーゴも、対象とする遺伝子となり得ることが理解されるであろう。例えば、Ｃａｓエフェクターをコードするポリヌクレオチドは、この文脈において、例えばＣａｓエフェクターを細胞に送達することが望まれる対象とする遺伝子であり得る。

【0124】

一実施形態では、対象とする遺伝子は、疾患の処置のための治療機能を提供する遺伝子をコードする。いくつかの実施形態では、対象とする遺伝子はまた、ワクチン遺伝子（ｖａｃｃｉｎａｔｉｎｇ ｇｅｎｅ）、すなわち、ヒトまたは動物における免疫応答を生成することが可能な抗原ペプチドをコードする遺伝子であり得る。これは、ウイルス及び細菌感染に特異的なペプチド抗原を含み得るが、必ずしもそれに限定されず、または腫瘍特異的であり得る。いくつかの実施形態では、対象とする遺伝子は、所望の表現型を与える遺伝子である。本明細書に記載される実施形態は、対象とする遺伝子のパッケージング及び送達のための改良された方法に焦点を合わせているため、特定の対象とする遺伝子は限定的なものではなく、技術は、レンチウイルスシステムを用いて送達可能であると当業者によって一般に認識される対象とする任意の遺伝子を送達するのに一般に使用され得る。当業者は、自身が関心のある任意の遺伝子を含有する構築物を設計することができる。対象とする公知の遺伝子を含有する構築物の設計は、過度の実験を伴わずに行われ得る。当業者は、対象とする遺伝子を日常的に選択する。例えば、ＧｅｎＢａｎｋ公開データベースは、１９８２年から存在しており、本発明により特許請求される方法に関連する技術分野の当業者によって日常的に使用される。２０１９年６月の時点で、ＧｅｎＢａｎｋは、２１３，３８３，７５８の報告された配列からの２０１３，３８３，７５８の遺伝子座、３２９，８３５，２８２，３７０の塩基を含む。ヌクレオチド配列は、３００，０００を超える生物からのものであり、補助的な書誌的及び生物学的注釈が付されている。配列情報の多くの他の公知のリポジトリが存在するため、ＧｅｎＢａｎｋは、例に過ぎない。

【0125】

いくつかの実施形態では、対象とする遺伝子は、例えば、合成ＲＮＡ／ＤＮＡ配列、コドン最適化ＲＮＡ／ＤＮＡ配列、組換えＲＮＡ／ＤＮＡ配列（すなわち、組換えＤＮＡ技術の使用によって調製される）、ｃＤＮＡ配列または部分的ゲノムＤＮＡ配列（それらの組合せを含む）であり得る。好ましくは、これはセンス配向にある。好ましくは、配列は、ｃＤＮＡであるか、ｃＤＮＡを含むか、またはｃＤＮＡから転写される。対象とする遺伝子（複数可）は、本明細書において「異種配列（複数可）」「異種遺伝子（複数可）」または「導入遺伝子（複数可）」とも呼ばれ得る。

【0126】

いくつかの実施形態では、対象とする遺伝子は、いくらかの治療効果を与え得る。「治療剤（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｇｅｎｔ）」、「治療能力がある薬剤」または「処置剤（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｇｅｎｔ）」という用語は、同義的に使用され、対象に投与するといくらかの有益な効果を与える分子または化合物を指す。有益な効果は、診断的決定を可能にすること；疾患、症状、障害、または病状の改善；疾患、症状、障害、または病態の発症を低減または予防すること；及び疾患、症状、障害または病状に全般的に対抗することを含む。

【0127】

好ましくは、治療剤は、治療有効量の有効成分中で投与され得る。「治療有効量」という用語は、研究者、獣医、医師または他の臨床医によって求められる組織、システム、動物、またはヒトにおける生物学的または医薬的応答を引き起こし得る、特に、処置される疾患または状態の局所または全身症状または特色の１つ以上を予防または軽減し得る量を指す。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、心臓疾患、筋肉疾患、神経筋疾患、及びＣＮＳ疾患を含む、心臓もしくはその細胞の疾患もしくは状態、または心臓もしくはその細胞に影響を及ぼすものである。例示的な心臓の疾患及び障害、及び／または心臓に影響を及ぼすもの（主に、または別の疾患もしくは障害に関連して）は、本明細書の他の箇所でより詳細に説明されている。

【0128】

いくつかの実施形態では、対象とする遺伝子は、標的細胞における変更された発現をもたらし得る。本明細書で使用される場合、「変更された発現」という用語は、細胞による記載された遺伝子産物の変更された産生を特に示し得る。本明細書で使用される場合、「遺伝子産物（複数可）」という用語は、遺伝子（例えば、ｍＲＮＡ）から転写されたＲＮＡ、または遺伝子によってコードされたもしくはＲＮＡから翻訳されたポリペプチドを含む。

【0129】

また、本明細書で意図される「変更された発現」は、１つ以上の内因性遺伝子産物の活性を調節することを包含し得る。したがって、「変更された発現」、「発現を変更する」、「発現を調節する」、または「発現を検出する」あるいは同様の語は、それぞれ「変更された発現もしくは活性」、「発現もしくは活性を変更する」、「発現もしくは活性を調節する」、または「発現もしくは活性を検出する」あるいは同様の語と同義的に使用され得る。本明細書で使用される場合、「調節する」または「調節すること」は、一般に、好適なｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ、細胞アッセイ、またはｉｎ ｖｉｖｏアッセイを用いて測定される際、標的または抗原の活性を低下させるかまたは阻害すること、あるいは代替として標的または抗原の活性を増加させることを意味する。特に、「調節する」または「調節すること」は、好適なｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ、細胞アッセイ、またはｉｎ ｖｉｖｏアッセイ（通常、関与する標的または抗原に応じて決まる）を用いて測定される際、本明細書に記載される阻害因子／アンタゴニスト剤または活性化因子／アゴニスト剤の存在がない以外は同じ条件下における同じアッセイにおける標的または抗原の活性と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、もしくは９０％またはそれ以上、標的または抗原の（関連するまたは意図される）活性を低下させるかまたは阻害すること、あるいは代替として標的または抗原の（関連するまたは意図される）生物学的活性を増加させることを意味し得る。

【0130】

当業者に明らかであるように、「調節する」は、調節剤の存在がない以外は同じ条件と比較して、標的または抗原の、その標的の１つ以上に対する親和性、アビディティー、特異性及び／または選択性の変化（増加または減少のいずれかであり得る）をもたらすことも含み得る。また、これは、任意の好適な方法で、及び／またはそれ自体公知の任意の好適なアッセイを用いて、標的に応じて決定され得る。特に、阻害因子／アンタゴニストまたは活性化因子／アゴニストとしての作用は、意図される生物学的または生理学的活性が、阻害因子／アンタゴニスト剤または活性化因子／アゴニスト剤の存在がない以外は同じ条件下における同じアッセイにおける生物学的または生理学的活性と比較して、各々少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、もしくは９０％またはそれ以上、増加または減少されるようなものであり得る。調節は、標的もしくは抗原またはそれが関与する機構もしくは経路を活性化することも含み得る。

【0131】

干渉ＲＮＡ
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリヌクレオチドは、１つ以上の干渉ＲＮＡをコードし得る。干渉ＲＮＡは、遺伝子発現を抑制することが可能なＲＮＡ分子である。干渉ＲＮＡのタイプの例としては、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられる。

【0132】

特定の例示的な実施形態では、干渉ＲＮＡは、ｓｉＲＮＡであり得る。低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子は、干渉ＲＮＡによって標的遺伝子発現を阻害することが可能である。ｓｉＲＮＡは、化学的に合成され得るか、またはｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって得られ得るか、または標的細胞内でｉｎ ｖｉｖｏで合成され得る。ｓｉＲＮＡは、１５～４０ヌクレオチド長の二本鎖ＲＮＡを含んでもよく、１～６ヌクレオチド長の３’突出領域及び／または５’突出領域を含み得る。突出領域の長さは、ｓｉＲＮＡ分子の全長とは無関係である。ｓｉＲＮＡは、標的メッセンジャーの転写後分解またはサイレンシングによって作用し得る。場合によっては、外因性ポリヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡをコードする。ｓｈＲＮＡにおいて、ｓｉＲＮＡを形成する逆平行鎖は、ループまたはヘアピン領域によって連結される。

【0133】

干渉ＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ）は、対象に移植された後、細胞の長期生存及び機能性を促進するために遺伝子の発現を抑制し得る。いくつかの例では、干渉ＲＮＡは、ＴＧＦβ経路、例えば、ＴＧＦβ、ＴＧＦβ受容体、及びＳＭＡＤタンパク質において遺伝子を抑制する。いくつかの例では、干渉ＲＮＡは、コロニー刺激因子１（ＣＳＦ１）経路、例えば、ＣＳＦ１及びＣＳＦ１受容体において遺伝子を抑制する。特定の実施形態では、１つ以上の干渉ＲＮＡが、ＣＳＦ１経路及びＴＧＦβ経路の両方において遺伝子を抑制する。ＴＧＦβ経路遺伝子は、ＡＣＶＲ１、ＡＣＶＲ１Ｃ、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＣＶＲ２Ｂ、ＡＣＶＲＬ１、ＡＭＨ、ＡＭＨＲ２、ＢＭＰ２、ＢＭＰ４、ＢＭＰ５、ＢＭＰ６、ＢＭＰ７、ＢＭＰ８Ａ、ＢＭＰ８Ｂ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＭＰＲ１Ｂ、ＢＭＰＲ２、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＨＲＤ、ＣＯＭＰ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＵＬ１、ＤＣＮ、Ｅ２Ｆ４、Ｅ２Ｆ５、ＥＰ３００、ＦＳＴ、ＧＤＦ５、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７、ＩＤ１、ＩＤ２、ＩＤ３、ＩＤ４、ＩＦＮＧ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＨＢＢ、ＩＮＨＢＣ、ＩＮＨＢＥ、ＬＥＦＴＹ１、ＬＥＦＴＹ２、ＬＯＣ７２８６２２、ＬＴＢＰ１、ＭＡＰＫ１、ＭＡＰＫ３、ＭＹＣ、ＮＯＤＡＬ、ＮＯＧ、ＰＩＴＸ２、ＰＰＰ２ＣＡ、ＰＰＰ２ＣＢ、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＲＢＬ１、ＲＢＬ２、ＲＢＸ１、ＲＨＯＡ、ＲＯＣＫ１、ＲＯＣＫ２、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＲＰＳ６ＫＢ２、ＳＫＰ１、ＳＭＡＤ１、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ３、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＤ５、ＳＭＡＤ６、ＳＭＡＤ７、ＳＭＡＤ９、ＳＭＵＲＦ１、ＳＭＵＲＦ２、ＳＰ１、ＴＦＤＰ１、ＴＧＦＢ１、ＴＧＦＢ２、ＴＧＦＢ３、ＴＧＦＢＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＴＨＢＳ１、ＴＨＢＳ２、ＴＨＢＳ３、ＴＨＢＳ４、ＴＮＦ、ＺＦＹＶＥ１６、及び／またはＺＦＹＶＥ９のうちの１つ以上を含み得る。

【0134】

いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、ＲＮＡｉ分子、アンチセンス分子、及び／または遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチド、またはＲＮＡｉ分子、アンチセンス分子、及び／または遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドである。

【0135】

本明細書で使用される場合、「遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチド」は、単独でまたは他の遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチドと共に、細胞の内因性機構、分子、タンパク質、酵素、及び／または他の細胞機構または外因性分子、薬剤、タンパク質、酵素、及び／またはポリヌクレオチドを用いて、遺伝子発現、ＲＮＡレベル（複数可）、ＲＮＡ翻訳、ＲＮＡ転写の全体的または特異的減少または除去を引き起こし得、野生型または好適な対照と比較して、非コードＲＮＡのタンパク質発現及び／または機能の減少または有効な低下をもたらし得る任意のオリゴヌクレオチドを指す。これは、「遺伝子ノックダウン」という語句と同義である。遺伝子発現、ＲＮＡレベル（複数可）、ＲＮＡ翻訳、ＲＮＡ転写、及び／またはタンパク質発現の低下は、約１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８９、８８、８７、８６、８５、８４、８３、８２、８１、８０、７９、７８、７７、７６、７５、７４、７３、７２、７１、７０、６９、６８、６７、６６、６５、６４、６３、６２、６１、６０、５９、５８、５７、５６、５５、５４、５３、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２ ４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、～１％またはそれ未満の低下の範囲であり得る。「遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチド」としては、細胞内のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）経路を刺激するのに使用される任意のアンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、任意のオリゴヌクレオチド（一本鎖または二本鎖）（総称してＲＮＡｉオリゴヌクレオチド）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ、及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。市販のプログラム及びツールが、当業者に入手可能な遺伝子配列及び他の情報に基づいて、所望の遺伝子のための遺伝子サイレンシングオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列を設計するために利用可能である。

【0136】

治療用ポリヌクレオチド
いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、治療用ポリヌクレオチドである。治療用ポリヌクレオチドは、レシピエント細胞に送達されるとき、治療効果を提供するものである。ポリヌクレオチドは、毒性ポリヌクレオチド（転写または翻訳されるとき、細胞の死亡をもたらすポリヌクレオチド）または溶解性ペプチドもしくはタンパク質をコードするポリヌクレオチドであり得る。実施形態では、カーゴ分子として毒性ポリヌクレオチドを有する送達小胞は、抗菌剤または抗生物質として作用し得る。これは、本明細書の他の箇所でより詳細に説明されている。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、産生細胞及び／または第１の細胞に対して外因性であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、産生細胞及び／または第１の細胞に対して内因性であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、レシピエント細胞及び／または第２の細胞に対して外因性であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、レシピエント細胞及び／または第２の細胞に対して内因性であり得る。

【0137】

本明細書に記載されるように、カーゴポリヌクレオチドは、真核細胞に対して内因性または外因性の任意のポリヌクレオチドであり得る。例えば、カーゴポリヌクレオチドは、真核細胞の核内に存在するポリヌクレオチドであり得る。カーゴポリヌクレオチドは、遺伝子産物（例えば、タンパク質）をコードする配列または非コード配列（例えば、調節ポリヌクレオチド）であり得る。

【0138】

いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、ＤＮＡまたはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンである。

【0139】

アプタマー
特定の例示的な実施形態では、ポリヌクレオチドは、アプタマーであり得る。特定の実施形態では、１つ以上の薬剤は、アプタマーである。核酸アプタマーは、小分子、タンパク質、核酸、細胞、組織、及び生物などの様々な分子標的に結合するように、ｉｎ ｖｉｔｒｏ選択ラウンドの繰り返し、すなわちＳＥＬＥＸ（指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化）によって操作されている核酸種である。核酸アプタマーは、古典的なワトソン・クリック塩基対形成以外の相互作用によって、分子に対する特異的な結合親和性を有する。アプタマーは、それらが抗体と同様の分子認識特性を提供する際、生物工学的及び治療的用途において有用である。アプタマーは、それらの識別力のある認識に加えて、それらが試験管中で完全に操作され得、化学合成によって容易に生成され、望ましい保存特性を有し、治療的用途においてほとんどまたは全く免疫原性を引き起こさないため、抗体を上回る利点を提供する。特定の実施形態では、ＲＮＡアプタマーは、ＤＮＡ構築物から発現され得る。他の実施形態では、核酸アプタマーは、別のポリヌクレオチド配列に連結され得る。ポリヌクレオチド配列は、二本鎖ＤＮＡポリヌクレオチド配列であり得る。アプタマーは、ポリヌクレオチド配列の１つの鎖に共有結合され得る。アプタマーは、ポリヌクレオチド配列にライゲートされ得る。ポリヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド配列が、固体担体に連結されるかまたは別のポリヌクレオチド配列にライゲートされ得るように、構成され得る。

【0140】

アプタマーは、ファージディスプレイによって生成されたペプチドまたはモノクローナル抗体（「ｍＡｂ」）のように、選択された標的に特異的に結合し、標的の活性を例えば、結合を通じて調節することが可能であり、アプタマーは、それらの標的が機能する能力をブロックし得る。典型的なアプタマーは、１０～１５ｋＤａのサイズ（３０～４５ヌクレオチド）であり、サブナノモル親和性でその標的に結合し、密接に関連する標的を識別する（例えば、アプタマーは、典型的には、同じ遺伝子ファミリーからの他のタンパク質に結合しない）。構造研究により、アプタマーが、抗体－抗原複合体における親和性及び特異性を駆動する同じタイプの結合相互作用（例えば、水素結合、静電相補性、疎水性接触、立体排除）を使用することが可能であることが示されている。

【0141】

アプタマーは、高い特異性及び親和性、生物学的有効性、ならびに優れた薬物動態特性を含む、研究における、ならびに治療薬及び診断薬としての使用のためのいくつかの望ましい特性を有する。加えて、それらは、抗体及び他のタンパク質生物製剤を上回る特定の競争的優位性を提供する。アプタマーは、化学的に合成され、研究、診断または治療的用途の生産需要を満たすために必要に応じて容易に規模を調整される。アプタマーは、化学的に堅牢である。それらは、熱及び変性剤などの因子への曝露後に活性を取り戻すように本質的に適応しており、凍結乾燥粉末として室温で長期間（＞１年）にわたって貯蔵され得る。理論によって制約されるものではないが、固体担体またはビーズに結合されたアプタマーは、長期間にわたって保存され得る。

【0142】

ホスホジエステル形態におけるオリゴヌクレオチドは、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼなどの細胞内及び細胞外酵素によって急速に分解され得る。アプタマーは、リガンドに改善された特性、例えば改善されたｉｎ ｖｉｖｏ安定性または改善された送達特性を与える修飾ヌクレオチドを含み得る。このような修飾の例は、リボース及び／またはリン酸及び／または塩基位置における化学置換を含む。修飾ヌクレオチドを含有するＳＥＬＥＸで同定された核酸リガンドは、例えば、米国特許第５，６６０，９８５号（これは、リボースの２’位、ピリミジンの５位、及びプリンの８位で化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含有するオリゴヌクレオチドを記載）、米国特許第５，７５６，７０３号（これは、様々な２’修飾ピリミジンを含有するオリゴヌクレオチドを記載）、及び米国特許第５，５８０，７３７号（これは、２’－アミノ（２’－ＮＨ２）、２’－フルオロ（２’－Ｆ）、及び／または２’－０－メチル（２’－ＯＭｅ）置換基で修飾された１つ以上のヌクレオチドを含有する高度に特異的な核酸リガンドを記載）に記載されている。アプタマーの修飾は、環外アミンにおける修飾、４－チオウリジンの置換、５－ブロモまたは５－ヨード－ウラシルの置換；骨格修飾、ホスホロチオエートまたはアリルホスフェート修飾、メチル化、ならびにイソ塩基イソシチジン及びイソグアノシンなどの稀な塩基対形成の組合せも含み得る。修飾は、キャッピングなどの３’及び５’修飾も含み得る。本明細書で使用される場合、ホスホロチオエートという用語は、１つ以上の硫黄原子で置換されたホスホジエステル結合における１つ以上の非架橋酸素原子を包含する。さらなる実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾された糖基を含み、例えば、ヒドロキシル基の１つ以上は、ハロゲン、脂肪族基で置換されるか、またはエーテルもしくはアミンとして官能化される。一実施形態では、フラノース残基の２’位は、Ｏ－メチル、Ｏ－アルキル、Ｏ－アリル、Ｓ－アルキル、Ｓ－アリル、またはハロ基のいずれかで置換される。２’修飾糖の合成の方法は、例えば、Ｓｐｒｏａｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１９：７３３－７３８（１９９１）；Ｃｏｔｔｅｎ，ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１９：２６２９－２６３５（１９９１）及びＨｏｂｂｓ，ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １２：５１３８－５１４５（１９７３）に記載される。他の修飾が、当業者に公知である。特定の実施形態では、アプタマーは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際特許公開第ＷＯ２００９０１２４１８号、“Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ ａｐｔａｍａｅｒｓ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｏｆｆ－ｒａｔｅｓ”に記載される改善されたオフレートを有するアプタマーを含む。特定の実施形態では、アプタマーは、アプタマーのライブラリーから選択される。このようなライブラリーとしては、限定はされないが、Ｒｏｈｌｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ Ｗｉｔｈ Ｐｒｏｔｅｉｎ－ｌｉｋｅ Ｓｉｄｅ Ｃｈａｉｎｓ：Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ａｐｔａｍｅｒｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｕｓｅ ａｓ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ａｇｅｎｔｓ，”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（２０１４）３，ｅ２０１に記載されるものが挙げられる。アプタマーはまた、市販されている（例えば、ＳｏｍａＬｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｂｏｕｌｄｅｒ，Ｃｏｌｏｒａｄｏを参照）。特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される任意の修飾を含有する任意のアプタマーを利用し得る。

【0143】

特定の他の例示的な実施形態では、ポリヌクレオチドは、リボザイムまたは他の酵素的に活性なポリヌクレオチドであり得る。

【0144】

生物学的に活性な薬剤
いくつかの実施形態では、カーゴは、生物学的に活性な薬剤である。生物学的に活性な薬剤は、直接または間接的に、細胞内で効果を及ぼす任意の分子を含む。生物学的に活性な薬剤は、タンパク質、核酸、小分子、炭水化物、及び脂質であり得る。カーゴが核酸であるかまたは核酸を含む場合、該核酸は、ＤＮＡベースの担体とは別個の実体であり得る。これらの実施形態では、ＤＮＡベースの担体は、それ自体でカーゴではない。他の実施形態では、ＤＮＡベースの担体は、それ自体で核酸カーゴを含み得る。治療剤としては、化学療法剤、抗がん剤、抗血管新生薬、腫瘍抑制剤、抗菌剤、酵素補充剤、遺伝子発現調節剤、及び治療用タンパク質または核酸をコードする核酸を含む発現構築物、及びワクチンが挙げられるがこれらに限定されない。治療剤は、ペプチド、タンパク質（酵素、抗体及びペプチド性ホルモンを含む）、細胞骨格のリガンド、核酸、小分子、非ペプチド性ホルモンなどであり得る。核に対する親和性を高めるために、薬剤は、核局在配列にコンジュゲートされ得る。本発明の方法によって送達され得る核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、トランスポゾンＤＮＡ、アンチセンス核酸、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、転写ＲＮＡ、メッセンジャーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、核小体低分子ＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、リボザイム、プラスミド、発現構築物などを含む、合成及び天然核酸物質を含む。

【0145】

イメージング剤としては、強磁性流体ベースのＭＲＩ造影剤及びＰＥＴスキャン用のガドリニウム剤、フルオレセインイソチオシアネート及び６－ＴＡＭＡＲＡなどの造影剤が挙げられる。モニタリング剤としては、レポータープローブ、バイオセンサー、緑色蛍光タンパク質などが挙げられる。レポータープローブとしては、発光化合物、例えば、蛍光体、放射性部分、及び蛍光部分、例えば、希土類キレート（例えば、ユウロピウムキレート）、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、ローダミン、フルオレセイン、ＦＩＴＣ、ｆｌｕｏ－３，５ヘキサデカノイルフルオレセイン、Ｃｙ２、ｆｌｕｏｒ Ｘ、Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ダンシル、ダンシルクロリド、フィコエリスリン、フィコシアニン、スペクトルオレンジ、スペクトルグリーン、及び／または上記のいずれか１つ以上の誘導体が挙げられる。バイオセンサーは、例えば、化学物質の存在または存在の変化を検出することによって、生理学的変化またはプロセスに関連する情報を検出及び伝達する分子である。バイオセンサーによって得られる情報は、典型的に、トランスデューサーを用いて検出されるシグナルを活性化する。トランスデューサーは、典型的に、生物学的応答を電気シグナルに変換する。バイオセンサーの例としては、認識エレメントとして使用される酵素、抗体、ＤＮＡ、受容体、及び調節タンパク質が挙げられ、これは、全細胞または単離細胞のいずれかにおいて使用され、独立して使用され得る（Ｄ’Ｓｏｕｚａ，２００１，Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ ａｎｄ Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ １６：３３７－３５３）。

【0146】

１つまたは２つ以上の異なるカーゴが、本明細書に記載される送達粒子によって送達され得る。

【0147】

いくつかの実施形態では、カーゴは、本明細書の他の箇所に記載されるように、リンカーによって１つ以上のエンベロープタンパク質に連結され得る。好適なリンカーは、グリシン－セリンリンカーを含み得るが、必ずしもそれに限定されない。いくつかの実施形態では、グリシン－セリンリンカーは、（ＧＧＳ）_３である。

【0148】

いくつかの実施形態では、カーゴは、リボ核タンパク質を含む。特定の実施形態では、カーゴは、遺伝子調節剤を含む。

【0149】

本明細書で使用される場合、「変更された発現」という用語は、細胞による記載された遺伝子産物の変更された産生を特に示し得る。本明細書で使用される場合、「遺伝子産物（複数可）」という用語は、遺伝子（例えば、ｍＲＮＡ）から転写されたＲＮＡ、または遺伝子によってコードされたもしくはＲＮＡから翻訳されたポリペプチドを含む。

【0150】

遺伝子改変システム
いくつかの実施形態では、カーゴは遺伝子改変システムをコードするポリヌクレオチドである。遺伝子改変システムには、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、ＲＮＡｉ、及びＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムが挙げられ得るが、これらに限定されない。

【0151】

ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム
ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＭａｋａｒｏｖａ ｅｔ ａｌ．“Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ ｓｙｓｔｅｍｓ：ａ ｂｕｒｓｔ ｏｆ ｃｌａｓｓ ２ ａｎｄ ｄｅｒｉｖｅｄ ｖａｒｉａｎｔｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１８：６７－８１（Ｆｅｂ ２０２０）に記載され、特に、ｐ．３２６の図１のポリヌクレオチド改変システムまたはその構成要素（複数可）に記載される、タイプＩ、タイプＩＩＩ、またはタイプＩＶ Ｃａｓタンパク質を含むクラス１を含み得る。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムはまた、参照により本明細書に組み込まれるＭａｋａｒｏｖａ ｅｔ ａｌ．“Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ ｓｙｓｔｅｍｓ：ａ ｂｕｒｓｔ ｏｆ ｃｌａｓｓ ２ ａｎｄ ｄｅｒｉｖｅｄ ｖａｒｉａｎｔｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１８：６７－８１（Ｆｅｂ ２０２０）に記載される、タイプＩＩ、タイプＶ、またはタイプＶＩシステムなどのクラス２ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムであり得る。

【0152】

ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムには、Ｃａｓタンパク質を触媒的に不活性にし、他の機能ドメインまたはポリペプチドと融合して新しい機能を誘導する、さらなる改変システムも含まれ得る。改変システムの例としては、塩基エディター、プライマーエディター、及びＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ（ＣＡＳＴ）システムが挙げられる。

【0153】

塩基編集システムの例としては、ＤＮＡ塩基エディター（Ｋｏｍｏｒ ｅｔ ａｌ．２０１６ Ｎａｔｕｒｅ．５３３：４２０－４２４；Ｎｉｓｈｉｄａ ｅｔ ａ．２０１６．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５３；Ｇａｕｄｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．２０１７ Ｎａｔｕｒｅ ５５１：４６４－４７１；Ｍｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ．１８２，４６３－４８０（２０２０）；Ｋｏｂｌａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ５８９，６０８－６１４（２０２１）；Ｒｅｅｓ ａｎｄ Ｌｉｕ．２０１８．１９（１２）：７７０－７８８．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５７６－０１８－００５９－１；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｍｅｄ Ｅｎｇ．２０２０ Ｊａｎ；４（１）：１２５－１３０．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５５１－０１９－０３５７－８；Ｋｏｂｌａｎ ｅｔ ａｌ．２０１８．６（９）：８４３－８４６．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．４１７２；Ｔｈｕｒｏｎｙｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１９ Ｓｅｐ；３７（９）：１０７０－１０７９．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８７－０１９－０１９３－０；Ｄｏｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０２０ Ｍａｙ；３８（５）：６２０－６２８．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８７－０２０－０４１４－６；Ｒｉｃｈｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０２０ Ｊｕｌ；３８（７）：８８３－８９１．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８７－０２０－０４５３－ｚ；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ．２０２１ Ｆｅｂ；１６（２）：１０８９－１１２８．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９６－０２０－００４５０－９；Ｋｏｂｌａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０２１ Ｊｕｎ ２８．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８７－０２１－００９３８－ｚ；ＷＯ２０１８／２１３７０８、ＷＯ２０１８／２１３７２６、ＷＯ／２０１９／１２６７０９、ＷＯ／２０１９／１２６７；ＷＯ／２０１９／１２６７６２）及びＲＮＡ塩基エディター（Ｃｏｘ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５８：１０１９－１０２７，Ｒｅｅｓ ａｎｄ Ｌｉｕ．２０１８．１９（１２）：７７０－７８８．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５７６－０１８－００５９－１；Ａｂｕｄａｙｙｅｈ ＯＯ，ｅｔ ａｌ．，Ａ ｃｙｔｏｓｉｎｅ ｄｅａｍｉｎａｓｅ ｆｏｒ ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ ｓｉｎｇｌｅ－ｂａｓｅ ＲＮＡ ｅｄｉｔｉｎｇ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６ Ｊｕｌ ２０１９；ＷＯ２０１９／００５８８３、ＷＯ２０１９／００５８８６、ＷＯ２０１９／０７１０４８、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５７９、ＰＣＴ ＵＳ／２０１８／０６７２０７）が挙げられる。

【0154】

プライム編集システムの例としては、Ａｎｚａｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．２０１９ Ｎａｔｕｒｅ ５７６：１４９－１５７；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．２０２１ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ．２２：８３；Ｊａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０２１ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５５１－０２１－００７８８－９；ＷＯ２０２１／０７２３２８；ＷＯ２０２０／１９１２４８；ＷＯ２０２０／１９１２４９；ＷＯ２０２０／１９１２３９；ＷＯ２０２０／１９１２４５；ＷＯ２０２０／１９１２４６；ＷＯ２０２０／１９１２４１；ＷＯ２０２０／１９１１７１；ＷＯ２０２／１９１１５３；ＷＯ２０２０／１９１２４２；ＷＯ２０２０／１９１２３３；ＷＯ２０２０／１９１２４３；及びＷＯ２０２０／１９１２３４に記載のものが挙げられる。

【0155】

ＣＡＳＴシステムの例としては、Ｋｌｏｍｐｅ ｅｔ ａｌ．２０１９ Ｎａｔｕｒｅ ５７１（７７６４）：２１９－２２５；Ｓｔｒｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１９ Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６５：４８－５３；及びＳａｉｔｏ ｅｔ ａｌ．２０２１ Ｃｅｌｌ １８４：２４４１－２４５３；ＷＯ２０２０／１３１８６２；ＷＯ２０１９０９０１７３；ＷＯ２０１９０９０１７４；ＷＯ２０１９０９０１７５、及びＷＯ２０１９／２４１４５２に記載のものが挙げられる。

【0156】

非ＬＴＲレトロトランスポゾンシステムの例としては、ＷＯ２０２１／１０２０４２に記載のものが挙げられる。

【0157】

Ｃａｓ関連リガーゼシステムの例としては、ＷＯ２０２１／１３３９７７に記載のものが挙げられる。

【0158】

本明細書に開示された標的化部位を組み込んだ送達媒体のカーゴ容量を超える改変ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムについては、ＣＢＥ及びＡＢＥを再構成可能な半部へと分割するための分割インテイン手法が、参照により本明細書に組み込まれるＬｅｖｙ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１４４１－０１９－０５０５－５（２０１９）に記載される。

【0159】

ジンクフィンガーヌクレアーゼ
ジンクフィンガータンパク質は、機能的ドメインを含み得る。最初の合成ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）は、ＺＦタンパク質をタイプＩＩＳ制限酵素Ｆｏｋ Ｉの触媒ドメインに融合することによって開発された（Ｋｉｍ，Ｙ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１，８８３－８８７；Ｋｉｍ，Ｙ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｈｙｂｒｉｄ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｅｎｚｙｍｅｓ：ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｆｕｓｉｏｎｓ ｔｏ Ｆｏｋ Ｉ ｃｌｅａｖａｇｅ ｄｏｍａｉｎ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９３，１１５６－１１６０）。切断特異性の増加は、短いスペーサーによって分離された異なるヌクレオチド配列を各々標的とする対合したＺＦＮヘテロ二量体の使用によって低下したオフターゲット活性で達成することができる。（Ｄｏｙｏｎ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｚｉｎｃ－ｆｉｎｇｅｒ－ｎｕｃｌｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｏｂｌｉｇａｔｅ ｈｅｔｅｒｏｄｉｍｅｒｉｃ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅｓ．Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ８，７４－７９）。ＺＦＰはまた、転写活性化因子及びリプレッサーとして設計することもでき、多種多様な生物における多くの遺伝子を標的とするのに使用されている。ＺＦＮを用いたゲノム編集の例示的な方法は、例えば、米国特許第６，５３４，２６１号、同第６，６０７，８８２号、同第６，７４６，８３８号、同第６，７９４，１３６号、同第６，８２４，９７８号、同第６，８６６，９９７号、同第６，９３３，１１３号、同第６，９７９，５３９号、同第７，０１３，２１９号、同第７，０３０，２１５号、同第７，２２０，７１９号、同第７，２４１，５７３号、同第７，２４１，５７４号、同第７，５８５，８４９号、同第７，５９５，３７６号、同第６，９０３，１８５号、及び同第６，４７９，６２６号において見出され得、これらはすべて、参照により具体的に組み込まれる。

【0160】

メガヌクレアーゼ
いくつかの実施形態では、メガヌクレアーゼまたはそのシステムは、ポリヌクレオチドを改変するのに使用され得る。大きい認識部位（１２～４０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列）を特徴とするエンドデオキシリボヌクレアーゼであるメガヌクレアーゼ。メガヌクレアーゼを使用するための例示的な方法は、米国特許第８，１６３，５１４号、同第８，１３３，６９７号、同第８，０２１，８６７号、同第８，１１９，３６１号、同第８，１１９，３８１号、同第８，１２４，３６９号、及び同第８，１２９，１３４号において見出され得、これらは、参照により本明細書に具体的に組み込まれる。

【0161】

ＲＮＡｉ
特定の実施形態では、遺伝子改変剤は、ＲＮＡｉ（例えば、ｓｈＲＮＡ）である。本明細書で使用される場合、ＲＮＡｉ分子、例えば、ｓｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの活性に関して「遺伝子サイレンシング」または「遺伝子サイレンシングされた」は、標的遺伝子の細胞におけるｍＲＮＡレベルが、ｍｉＲＮＡまたはＲＮＡ干渉分子の存在なしで、細胞で見出されるｍＲＮＡレベルを少なくとも約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、約１００％減少することを指す。１つの好ましい実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、約１００％減少する。

【0162】

本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ」という用語は、ｓｉＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡｉ、内因性マイクロＲＮＡ及び人工マイクロＲＮＡを含むがこれらに限定されない、任意のタイプの干渉ＲＮＡを指す。例えば、それは、ＲＮＡの下流プロセシングの機構にかかわらず、ｓｉＲＮＡとして以前に同定された配列を含む（すなわち、ｓｉＲＮＡは、ｍＲＮＡの切断をもたらすｉｎ ｖｉｖｏプロセシングの特定の方法を有すると考えられるが、このような配列は、本明細書に記載される隣接配列の文脈ではベクターに組み込まれ得る）。「ＲＮＡｉ」という用語は、遺伝子サイレンシングＲＮＡｉ分子と、遺伝子の発現を活性化するＲＮＡｉエフェクター分子の両方を含むことができる。

【0163】

本明細書で使用される場合、「ｓｉＲＮＡ」は、二本鎖ＲＮＡを形成する核酸を指し、二本鎖ＲＮＡは、ｓｉＲＮＡが標的遺伝子と同じ細胞内に存在するかまたは発現されるとき、遺伝子または標的遺伝子の発現を低下させるかまたは阻害する能力を有する。二本鎖ＲＮＡ ｓｉＲＮＡは、相補鎖によって形成され得る。一実施形態では、ｓｉＲＮＡは、二本鎖ｓｉＲＮＡを形成し得る核酸を指す。ｓｉＲＮＡの配列は、全長標的遺伝子、またはその部分配列に対応し得る。典型的には、ｓｉＲＮＡは、少なくとも約１５～５０ヌクレオチド長である（例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡの各相補配列は、約１５～５０ヌクレオチド長であり、二本鎖ｓｉＲＮＡは、約１５～５０塩基対長、好ましくは約１９～３０塩基ヌクレオチド長、好ましくは約２０～２５ヌクレオチド長、例えば、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド長である）。

【0164】

本明細書で使用される場合、「ｓｈＲＮＡ」または「ショートヘアピンＲＮＡ」（ステムループとも呼ばれる）は、ｓｉＲＮＡの一種である。一実施形態では、これらのｓｈＲＮＡは、短い、例えば、約１９～約２５ヌクレオチド、アンチセンス鎖、続いて、約５～約９ヌクレオチドのヌクレオチドループ、及び類似のセンス鎖から構成される。あるいは、センス鎖がヌクレオチドループ構造に先行してもよく、アンチセンス鎖がその後に続き得る。

【0165】

「マイクロＲＮＡ」または「ｍｉＲＮＡ」という用語は、本明細書で同義的に使用され、内因性ＲＮＡであり、そのうちのいくつかは、転写後レベルでタンパク質コード遺伝子の発現を調節することが知られている。内因性マイクロＲＮＡは、ｍＲＮＡの生産的利用を調節することができるゲノムに天然に存在する低分子ＲＮＡである。人工マイクロＲＮＡという用語は、ｍＲＮＡの生産的利用を調節することができる内因性マイクロＲＮＡ以外の任意の種類のＲＮＡ配列を含む。マイクロＲＮＡ配列は、Ｌｉｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｓ＆Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，１７，ｐ．９９１－１００８（２００３）、Ｌｉｍ ｅｔ ａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９９，１５４０（２００３）、Ｌｅｅ ａｎｄ Ａｍｂｒｏｓ Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９４，８６２（２００１）、Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９４，８５８－８６１（２００１）、Ｌａｇｏｓ－Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１２，７３５－７３９（２００２）、Ｌａｇｏｓ Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９４，８５３－８５７（２００１）、及びＬａｇｏｓ－Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ，ＲＮＡ，９，１７５－１７９（２００３）（参照により本明細書に組み込まれる）などの刊行物に記載されている。複数のマイクロＲＮＡはまた、前駆体分子に組み込まれ得る。さらに、ｍｉＲＮＡ様ステム－ループは、ｍｉＲＮＡ及び／またはＲＮＡｉ経路を介して内因性遺伝子の発現を調節するために、人工ｍｉＲＮＡ及び低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を送達するための媒体として細胞内で発現され得る。

【0166】

本明細書で使用される場合、「二本鎖ＲＮＡ」または「ｄｓＲＮＡ」は、２つの鎖から構成されるＲＮＡ分子を指す。二本鎖分子は、折り返して二本鎖構造を形成する単一のＲＮＡ分子から構成されるものを含む。例えば、ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡと呼ばれる、一本鎖ｍｉＲＮＡが由来する前駆分子のステムループ構造（Ｂａｒｔｅｌ ｅｔ ａｌ．２００４．Ｃｅｌｌ １ １６：２８１－２９７）は、ｄｓＲＮＡ分子を含む。

【0167】

ポリペプチド
特定の例示的な実施形態では、カーゴ分子は１つ以上のポリペプチドであり得る。ポリペプチドは、全長タンパク質またはその機能的フラグメントもしくは機能的ドメイン、すなわち、全長タンパク質の所望の機能性を維持するフラグメントもしくはドメインであり得る。この節において使用される場合、「タンパク質」は、全長タンパク質ならびにその機能的フラグメント及びドメインを指すことが意図される。幅広いポリペプチドは、分泌タンパク質、免疫調節タンパク質、抗線維化タンパク質、組織再生及び／または移植生存機能を促進するタンパク質、ホルモン、抗菌性タンパク質、抗線維化ポリペプチド、ならびに抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に記載される操作された送達小胞を用いて送達され得る。１つ以上のポリペプチドはまた、上記の例のクラスのポリペプチドの組合せも含み得る。本明細書に記載されるポリペプチドのいずれも、対応するコードポリヌクレオチドの送達によって本明細書に記載される操作された送達小胞及びシステムを介して送達され得ることが理解されるであろう。

【0168】

分泌タンパク質
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、１つ以上の分泌タンパク質を含み得る。分泌は、細胞から能動的に輸送されたタンパク質、例えば、内分泌であるかまたは外分泌であるかにかかわらず、細胞によって分泌されるタンパク質である。分泌経路は、酵母から哺乳動物まで保存されていることが示されており、従来型及び非従来型タンパク質分泌経路の両方が、植物において実証されている。Ｃｈｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎ Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌｓ”，ＭＩＭＢ，１６６２：１９－３２，Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １，２０１７。したがって、１つ以上のポリヌクレオチドが挿入され得る分泌タンパク質の同定は、特定の細胞及び用途について同定され得る。実施形態では、当業者は、短い疎水性Ｎ末端配列からなるシグナルペプチドの存在に基づいて分泌タンパク質を同定することができる。

【0169】

実施形態では、タンパク質は、分泌経路によって分泌される。実施形態では、タンパク質は、消化管内に酵素を含む、外分泌タンパク質またはペプチドである。実施形態では、タンパク質は、内分泌タンパク質またはペプチド、例えば、血流中に放出されるインスリン及び他のホルモンである。他の実施形態では、タンパク質は、分泌されるシグナル伝達分子、例えば、傍分泌、自己分泌、内分泌または神経内分泌を介して細胞の間または細胞内のシグナル伝達に関与する。実施形態では、分泌タンパク質は、標的細胞の表面で受容体に結合するサイトカイン、キナーゼ、ホルモン、及び成長因子の群から選択される。

【0170】

記載されるように、分泌タンパク質は、ホルモン、酵素、毒素、及び抗菌ペプチドを含む。分泌タンパク質の例としては、セリンプロテアーゼ（例えば、ペプシン、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ及びプラスミノーゲン活性化因子）、アミラーゼ、リパーゼ、ヌクレアーゼ（例えばデオキシリボヌクレアーゼ及びリボヌクレアーゼ）、ペプチダーゼ酵素阻害剤、例えば、セルピン（例えば、α１－アンチトリプシン及びプラスミノーゲン活性化因子阻害剤）、細胞接着タンパク質、例えば、コラーゲン、フィブロネクチン及びラミニン、ホルモン及び成長因子、例えば、インスリン、成長ホルモン、プロラクチン血小板由来成長因子、上皮成長因子、線維芽細胞成長因子、インターロイキン、インターフェロン、アポリポタンパク質、ならびに担体タンパク質、例えば、トランスフェリン及びアルブミンが挙げられる。いくつかの例では、分泌タンパク質は、インスリンまたはそのフラグメントである。一例では、分泌タンパク質は、インスリンまたはそのフラグメントの前駆体である。特定の例では、分泌タンパク質は、ｃ－ペプチドである。好ましい実施形態では、１つ以上のポリヌクレオチドは、ｃ－ペプチドの中央に挿入される。いくつかの実施形態では、分泌タンパク質は、ＧＬＰ－１、グルカゴン、ベータトロフィン、膵アミラーゼ、膵リパーゼ、カルボキシペプチダーゼ、セクレチン、ＣＣＫ、ＰＰＡＲ（例えばＰＰＡＲ－アルファ、ＰＰＡＲ－ガンマ、ＰＰＡＲ－デルタまたはその前駆体（例えばプレタンパク質またはプレプロタンパク質）である。態様では、分泌タンパク質は、フィブロネクチン、凝固因子タンパク質（例えば第ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ因子など）、α２－マクログロブリン、α１－アンチトリプシン、アンチトロンビンＩＩＩ、プロテインＳ、プロテインＣ、プラスミノーゲン、α２－アンチプラスミン、補体成分（例えば補体成分Ｃ１－９）、アルブミン、セルロプラスミン、トランスコルチン、ハプトグロビン、ヘモペキシン、ＩＧＦ結合タンパク質、レチノール結合タンパク質、トランスフェリン、ビタミン－Ｄ結合タンパク質、トランスサイレチン、ＩＧＦ－１、トロンボポエチン、ヘプシジン、アンジオテンシノーゲン、またはその前駆体タンパク質である。態様では、分泌タンパク質は、ペプシノーゲン、胃リパーゼ、スクラーゼ、ガストリン、ラクターゼ、マルターゼ、ペプチダーゼ、またはそれらの前駆体である。態様では、分泌タンパク質は、レニン、エリスロポエチン、アンジオテンシン、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、アミリン、心房性ナトリウム利尿ペプチド（ＡＮＰ）、カルシトニン、グレリン、成長ホルモン（ＧＨ）、レプチン、メラニン細胞刺激ホルモン（ＭＳＨ）、オキシトシン、プロラクチン、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、サイロトロピン放出ホルモン（ＴＲＨ）、バソプレシン、血管作動性腸管ペプチド、またはその前駆体である。

【0171】

免疫調節ポリペプチド
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、１つ以上の免疫調節タンパク質を含み得る。特定の実施形態では、本発明は免疫状態の調節をもたらす。免疫状態は、Ｔ細胞の機能または機能不全を調節することによって調節され得る。特定の実施形態では、免疫状態は、本明細書の他の箇所に記載されているように、ＩＬ－１０及び／または他のサイトカインの発現及び分泌によって調節される。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、近接する他の免疫細胞など、全体的な免疫状態に影響を及ぼし得る。

【0172】

ポリヌクレオチドは、免疫抑制タンパク質を含む１つ以上の免疫調節タンパク質をコードし得る。「免疫抑制」という用語は、生物における免疫応答が、減少または低下されたことを意味する。免疫抑制タンパク質は、免疫系または処置される対象の応答の程度を抑制し、減少させ、またはマスキングし得る。例えば、免疫抑制タンパク質は、サイトカイン産生を抑制し、自己抗原発現を下方制御もしくは抑制し、またはＭＨＣ抗原をマスキングし得る。本明細書で使用される場合、「免疫応答」という用語は、刺激に対する、Ｂ細胞、Ｔ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）、制御性Ｔ細胞、抗原提示細胞、樹状細胞、単球、マクロファージ、ＮＫＴ細胞、ＮＫ細胞、好塩基球、好酸球、または好中球などの、免疫系の細胞による応答を指す。いくつかの実施形態では、応答は、特定の抗原に対して特異的であり（「抗原特異的応答」）、それらの抗原特異的受容体を介したＣＤ４ Ｔ細胞、ＣＤ８ Ｔ細胞、またはＢ細胞による応答を指す。いくつかの実施形態では、免疫応答は、ＣＤ４＋応答またはＣＤ８＋応答などのＴ細胞応答である。これらの細胞によるこのような応答は、例えば、細胞傷害性、増殖、サイトカインもしくはケモカイン産生、輸送、または食作用を含み得、応答を生じる免疫細胞の性質に依存し得る。場合によっては、免疫抑制タンパク質は、多面的な機能を発揮し得る。場合によっては、免疫調節タンパク質は、適切な制御性Ｔ細胞とエフェクターＴ細胞（Ｔｒｅｇ／Ｔｅｆｆ）バランスを維持し得る。例えば、免疫調節タンパク質は、Ｔｒｅｇを増殖及び／または活性化し得、Ｔｅｆｆの作用をブロックし、それによって、包括的な免疫抑制なしで免疫調節を提供する。免疫抑制に関連する標的遺伝子は、例えば、ＰＤ１、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＴＬＡ－４、及びそれらの組合せなどのチェックポイント阻害剤を含む。

【0173】

本明細書全体を通して使用される場合の「免疫細胞」という用語は、一般に、免疫応答において役割を果たす造血幹細胞に由来する任意の細胞を包含する。この用語は、自然免疫系または適応免疫系の両方の免疫細胞を包含することが意図される。本明細書において言及される免疫細胞は、分化の任意の段階（例えば、幹細胞、前駆細胞、成熟細胞）または任意の活性化段階における白血球であり得る。免疫細胞は、リンパ球（例えば、ナチュラルキラー細胞、Ｔ細胞（例えば、胸腺細胞、ＴｈまたはＴｃ；Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７、Ｔｈαβ、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、エフェクターＴｈ、メモリーＴｈ、制御性Ｔｈ、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋胸腺細胞、ＣＤ４－／ＣＤ８－胸腺細胞、γδ Ｔ細胞などを含む）またはＢ細胞（例えば、プロＢ細胞、初期プロＢ細胞、後期プロＢ細胞、プレＢ細胞、大型プレＢ細胞、小型プレＢ細胞、未成熟Ｂ細胞または任意のアイソタイプの抗体を産生する成熟Ｂ細胞、Ｔ１ Ｂ細胞、Ｔ２、Ｂ細胞、ナイーブＢ細胞、ＧＣ Ｂ細胞、形質芽球、メモリーＢ細胞、形質細胞、濾胞性Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、Ｂ－１細胞、Ｂ－２細胞、制御性Ｂ細胞などを含む）、例えば、単球（例えば、古典的な、非古典的な、または中間単球を含む）、（分葉核または桿状核）好中球、好酸球、好塩基球、肥満細胞、組織球、ミクログリアを含み、様々なサブタイプ、成熟、分化、または活性化段階、例えば造血幹細胞、骨髄性前駆細胞、リンパ系前駆細胞、骨髄芽球、前骨髄球、骨髄球、後骨髄球、単芽球、前単球、リンパ芽球、前リンパ球、小リンパ球、マクロファージ（例えば、クッパー細胞、星細胞マクロファージ、Ｍ１またはＭ２マクロファージを含む）、（骨髄性またはリンパ系）樹状細胞（例えば、ランゲルハンス細胞、従来型または骨髄性樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、ｍＤＣ－１、ｍＤＣ－２、Ｍｏ－ＤＣ、ＨＰ－ＤＣ、ベール細胞を含む）、顆粒球、多形核細胞、抗原提示細胞（ＡＰＣ）などを含む。

【0174】

Ｔ細胞応答は、より具体的には、Ｔ細胞が直接もしくは間接的に媒介するまたはそうでなければ対象における免疫応答に寄与する免疫応答を指す。Ｔ細胞媒介性応答は、細胞媒介性効果、サイトカイン媒介性効果、さらにはＢ細胞が、例えば、Ｔ細胞によって分泌されるサイトカインによって刺激される場合にはＢ細胞に関連する効果にも関連し得る。限定されるものではないが、例として、ＭＨＣクラスＩ拘束性細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）のエフェクター機能は、サイトカイン及び／または細胞溶解能力、例えば、Ｔ細胞受容体（天然ＴＣＲまたは遺伝子操作されたＴＣＲ、例えば、キメラ抗原受容体、ＣＡＲ）によって認識される抗原ペプチドを提示する標的細胞の溶解、サイトカイン、好ましくは、ＩＦＮγ、ＴＮＦα及び／または１つ以上の免疫刺激サイトカイン、例えば、ＩＬ－２の分泌、及び／または細胞傷害性エフェクター分子、例えば、グランザイム、パーフォリンもしくはグラニュリシンの抗原ペプチド誘導性分泌が挙げられ得る。限定するものではないが、例として、ＭＨＣクラスＩＩ拘束性Ｔヘルパー（Ｔｈ）細胞の場合、エフェクター機能は、サイトカイン、好ましくは、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＩＬ－４、ＩＬ５、ＩＬ－１０、及び／またはＩＬ－２の抗原ペプチド誘導性分泌であり得る。限定するものではないが、例として、Ｔ制御性（Ｔｒｅｇ）細胞の場合、エフェクター機能は、サイトカイン、好ましくは、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、及び／またはＴＧＦ－βの抗原ペプチド誘導性分泌であり得る。Ｂ細胞応答は、より具体的には、Ｂ細胞が直接もしくは間接的に媒介するまたはそうでなければ対象における免疫応答に寄与する免疫応答を指す。Ｂ細胞のエフェクター機能は、特に、Ｂ細胞による抗原特異的抗体の産生及び分泌（例えば、抗原の複数のエピトープに対するポリクローナルＢ細胞応答（抗原特異的抗体応答））、抗原提示、及び／またはサイトカイン分泌を含み得る。

【0175】

持続性の免疫活性化の際、例えば、無制御の腫瘍増殖または慢性感染症の際、免疫細胞、特に、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞の亜集団は、それらのサイトカイン及び／または細胞溶解能力に関して異なる程度に損なわれる。このような免疫細胞、特に、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞は、一般的に「機能不全」または「機能的に疲弊した」または「疲弊した」と称される。本明細書で使用される場合、「機能不全」または「機能的疲弊」という用語は、細胞が、正常な入力シグナルに応答してその通常の機能または活性を行わない場合の細胞の状態を指し、活性化受容体またはサイトカインを介した刺激などの刺激に対する免疫細胞の不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）を含む。このような機能または活性としては、増殖（例えば、ＩＦＮ－γなどのサイトカインに応答した）または細胞分裂、細胞周期への参入、サイトカイン産生、細胞傷害性、遊走及び輸送、食作用活性、またはそれらの任意の組合せが挙げられるがこれらに限定されない。正常な入力シグナルは、限定はされないが、受容体（例えば、Ｔ細胞受容体、Ｂ細胞受容体、共刺激受容体）を介した刺激を含み得る。非応答免疫細胞は、同じ型の対応する対照免疫細胞と比べて、細胞傷害性活性、サイトカイン産生、増殖、輸送、食作用活性、またはそれらの任意の組合せを少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％減少し得る。本明細書に記載される態様のいくつかの特定の実施形態では、機能不全である細胞は、ＣＤ８＋細胞表面マーカーを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞である。このようなＣＤ８＋細胞は、通常、細胞傷害酵素を増殖させ、産生する、例えば、それらは、細胞毒素パーフォリン、グランザイム、及びグラニュリシンを放出し得る。しかしながら、疲弊した／機能不全Ｔ細胞は、ＴＣＲ刺激に対して十分に応答せず、不十分なエフェクター機能、阻害性受容体の持続した発現及び機能的エフェクターまたはメモリーＴ細胞のものと異なる転写状態を示す。したがって、Ｔ細胞の機能不全／疲弊は、感染症及び腫瘍の最適な制御を妨げる。疲弊した／機能不全免疫細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞は、機能的免疫細胞と比較して、減少した量のＩＦＮ－γ、ＴＮＦ－α及び／または１つ以上の免疫刺激サイトカイン、例えば、ＩＬ－２を産生し得る。疲弊した／機能不全免疫細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞は、機能的免疫細胞と比較して、（増加した量の）１つ以上の免疫抑制転写因子またはサイトカイン、例えば、ＩＬ－１０及び／またはＦｏｘｐ３をさらに産生し得、それによって、局所的な免疫抑制に寄与し得る。機能不全ＣＤ８＋Ｔ細胞は、疾患制御に対して保護的にも有害にもなり得る。本明細書で使用される場合、「機能不全の免疫状態」は、対象または対象の微小環境（例えば、腫瘍微小環境）における全体的な抑制性免疫状態を指す。例えば、増加したＩＬ－１０産生は、免疫細胞の集団における他の免疫細胞の抑制をもたらす。

【0176】

ＣＤ８＋Ｔ細胞機能は、それらのサイトカインプロファイルに関連する。複数のサイトカインを同時に産生する能力を有するエフェクターＣＤ８＋Ｔ細胞（多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞）は、制御された慢性ウイルス感染症の患者及び免疫療法に応答するがん患者における防御免疫に関連することが報告されている（Ｓｐｒａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ，ｖｏｌ．２，３）。持続性抗原の存在下で、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、時間の経過と共に細胞溶解活性を完全に失うことが判明した（Ｍｏｓｋｏｐｈｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｎａｔｕｒｅ，ｖｏｌ．３６２，７５８－７６１）。その後、機能不全Ｔ細胞は、階層的順序でＩＬ－２、ＴＮＦａ及びＩＦＮｇを差次的に産生し得ることが判明した（Ｗｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，ｖｏｌ．７７，４９１１－４９２７）。分離された機能不全ＣＤ８＋細胞と活性化ＣＤ８＋細胞の状態も記載されている（例えば、Ｓｉｎｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．（２０１６）．Ａ Ｄｉｓｔｉｎｃｔ Ｇｅｎｅ Ｍｏｄｕｌｅ ｆｏｒ Ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ Ｕｎｃｏｕｐｌｅｄ ｆｒｏｍ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｉｎ Ｔｕｍｏｒ－Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ Ｔ Ｃｅｌｌｓ．Ｃｅｌｌ １６６，１５００－１５１１ ｅ１５０９；ＷＯ／２０１７／０７５４７８；及びＷＯ２０１８／０４９０２５を参照）。

【0177】

本発明は、Ｔ細胞バランスを調節するための組成物及び方法を提供する。本発明は、Ｔ細胞バランスを調節するＴ細胞調節剤を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、Ｔ細胞調節剤、ならびにＴ細胞型のレベル及び／またはその間のバランス、例えば、Ｔｈ１７及び他のＴ細胞型、例えば、Ｔｈ１様細胞のレベル及び／またはその間のバランスを調節し、影響を与え、またはそうでなければ影響するようにこれらのＴ細胞調節剤を使用する方法を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、Ｔ細胞調節剤、ならびにＴｈ１７活性及び炎症可能性のレベル及び／またはその間のバランスを調節し、影響を与え、またはそうでなければ影響するようにこれらのＴ細胞調節剤を使用する方法を提供する。本明細書で使用される場合、「Ｔｈ１７細胞」及び／または「Ｔｈ１７表現型」などの用語及びそのすべての文法的変化形は、インターロイキン１７Ａ（ＩＬ－１７Ａ）、インターロイキン１７Ｆ（ＩＬ－１７Ｆ）、及びインターロイキン１７Ａ／Ｆヘテロ二量体（ＩＬ１７－ＡＦ）からなる群から選択される１つ以上のサイトカインを発現する分化したＴヘルパー細胞を指す。本明細書で使用される場合、「Ｔｈ１細胞」及び／または「Ｔｈ１表現型」などの用語及びそのすべての文法的変化形は、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）を発現する分化したＴヘルパー細胞を指す。本明細書で使用される場合、「Ｔｈ２細胞」及び／または「Ｔｈ２表現型」などの用語及びそのすべての文法的変化形は、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターロイキン５（ＩＬ－５）及びインターロイキン１３（ＩＬ－１３）からなる群から選択される１つ以上のサイトカインを発現する分化したＴヘルパー細胞を指す。本明細書で使用される場合、「Ｔｒｅｇ細胞」及び／または「Ｔｒｅｇ表現型」などの用語及びそのすべての文法的変化形は、Ｆｏｘｐ３を発現する分化したＴ細胞を指す。

【0178】

いくつかの例では、免疫調節タンパク質は、免疫抑制サイトカインであり得る。一般に、サイトカインは、低分子タンパク質であり、インターロイキン、リンホカイン及び細胞シグナル分子、例えば、腫瘍壊死因子及びインターフェロンを含み、これらは、炎症、造血、及び感染に対する応答を調節する。免疫抑制性サイトカインの例としては、インターロイキン１０（ＩＬ－１０）、ＴＧＦ－β、ＩＬ－Ｒａ、ＩＬ－１８Ｒａ、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１４、ＩＬ－１５、ＩＬ－１６、ＩＬ－１７、ＩＬ－１９、ＩＬ－２０、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２、ＩＬ－２３、ＩＬ－２４、ＩＬ－２５、ＩＬ－２６、ＩＬ－２７、ＩＬ－２８、ＩＬ－２９、ＩＬ－３０、ＩＬ－３１、ＩＬ－３２、ＩＬ－３３、ＩＬ－３４、ＩＬ－３５、ＩＬ－３６、ＩＬ－３７、ＰＧＥ２、ＳＣＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＣＳＦ－１Ｒ、Ｍ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－γ、ＩＦＮ－λ、ｂＦＧＦ、ＣＣＬ２、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ１２、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＲ４、ＴＮＦ－α及びＶＥＧＦが挙げられる。免疫抑制タンパク質の例としては、さらに、ＦＯＸＰ３、ＡＨＲ、ＴＲＰ５３、ＩＫＺＦ３、ＩＲＦ４、ＩＲＦ１、及びＳＭＡＤ３が挙げられ得る。一例では、免疫抑制タンパク質はＩＬ－１０である。一例では、免疫抑制タンパク質はＩＬ－６である。一例では、免疫抑制タンパク質はＩＬ－２である。

【0179】

抗線維化タンパク質
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、抗線維化タンパク質を含み得る。抗線維化タンパク質の例としては、細胞外マトリックス構成要素、フィブロネクチン、プロテオグリカン、コラーゲン、エラスチン、ＴＧＩＦ、及びＳＭＡＤ７の産生を減少させるかまたは阻害する任意のタンパク質が挙げられる。実施形態では、抗線維化タンパク質は、ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体（ＰＰＡＲ）であるか、または１つ以上のＰＰＡＲを含み得る。いくつかの実施形態では、タンパク質はＰＰＡＲαであり、ＰＰＡＲγはデュアルＰＰＡＲα／γである。Ｄｅｒｏｓａ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ｖａｒｉｏｕｓ ｐｅｒｏｘｉｓｏｍｅ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｏｒ－ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｌｉｇａｎｄｓ ｉｎ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒａｃｔｉｃｅ”Ｊａｎｕａｒｙ １８，２０１７ Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｐｈｙｓ．２２３：１ １５３－１６１。

【0180】

組織再生及び／または移植生存機能を促進するタンパク質
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、組織再生及び／または移植生存機能を促進するタンパク質を含み得る。場合によっては、このようなタンパク質は、膵β細胞再生のための遺伝子の発現を誘導及び／または上方制御し得る。場合によっては、移植生存及び機能を促進するタンパク質は、膵β細胞再生のための遺伝子の産物を含む。このような遺伝子は、膵島細胞新生を刺激するタンパク質またはこのようなタンパク質に由来するペプチドである前膵島（ｐｒｏｉｓｌｅｔ）ペプチドを含み得る。膵β細胞再生のための遺伝子の例としては、Ｒｅｇ１、Ｒｅｇ２、Ｒｅｇ３、Ｒｅｇ４、ヒト前膵島ペプチド、副甲状腺ホルモン関連ペプチド（１－３６）、グルカゴン様ペプチド－１（ＧＬＰ－１）、エクステンジン－４、プロラクチン、Ｈｇｆ、Ｉｇｆ－１、Ｇｉｐ－１、アディプシン、レジスチン、レプチン、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、Ｐｄｘ１、Ｐｔｆａ１、Ｍａｆａ、Ｐａｘ６、Ｐａｘ４、Ｎｋｘ６．１、Ｎｋｘ２．２、ＰＤＧＦ、Ｖｇｌｙｃｉｎ、胎盤性ラクトゲン（ソマトマンモトロピン、例えば、ＣＳＨ１、ＣＨＳ２）、そのアイソフォーム、そのホモログ、及びそのオルソログが挙げられる。特定の実施形態では、膵Ｂ細胞再生を促進するタンパク質は、サイトカイン、マイオカイン、及び／またはアディポカインである。

【0181】

ホルモン
特定の実施形態では、１つ以上のポリヌクレオチドは、１つ以上のホルモンを含み得る。「ホルモン」という用語は、管を有する腺器官によって一般に分泌されるポリペプチドホルモンを指す。ホルモンは、天然源または組換え細胞培養物からのタンパク質、ならびに生物学的に活性のある天然配列ホルモンの等価物を含み、例えば合成により産生された低分子実体ならびにその薬学的に許容される誘導体及び塩が含まれる。ホルモンに含まれるのは、例えば、成長ホルモン、例えば、ヒト成長ホルモン、Ｎ－メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；リラキシン；プロリラキシン；糖タンパク質ホルモン、例えば卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、及び黄体形成ホルモン（ＬＨ）；プロラクチン、胎盤性ラクトゲン、マウス性腺刺激ホルモン関連ペプチド、インヒビン；アクチビン；ミュラー管抑制因子；及びトロンボポエチン、成長ホルモン（ＧＨ）、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、デヒドロエピアンドロステロン（ＤＨＥＡ）、コルチゾール、エピネフリン、甲状腺ホルモン、エストロゲン、プロゲステロン、胎盤性ラクトゲン（ソマトマンモトロピン、例えばＣＳＨ１、ＣＨＳ２）、テストステロン、ならびに神経内分泌ホルモンである。特定の例では、ホルモンは、膵臓から分泌され、例えば、インスリン、グルカゴン、ソマトスタチン、膵臓ポリペプチド及びグレリンである。いくつかの例では、ホルモンはインスリンである。

【0182】

本明細書におけるホルモンは、成長因子、例えば、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）ファミリー、骨形成タンパク質（ＢＭＰ）ファミリー、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）ファミリー、形質転換成長因子ベータ（ＴＧＦβ）ファミリー、神経成長因子（ＮＧＦ）ファミリー、上皮成長因子（ＥＧＦ）ファミリー、インスリン関連成長因子（ＩＧＦ）ファミリー、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）ファミリー、造血成長因子（ＨｅＧＦ）、血小板由来内皮細胞成長因子（ＰＤ－ＥＣＧＦ）、アンジオポエチン、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）ファミリー、及び糖質コルチコイドも含み得る。特定の実施形態では、ホルモンは、インスリンまたはインクレチン、例えば、エキセナチド、ＧＬＰ－１である。

【0183】

神経ホルモン
実施形態では、分泌されるペプチドは、神経ホルモン、神経内分泌細胞によって産生及び放出されるホルモンである。神経ホルモンの例としては、サイロトロピン放出ホルモン、コルチコトロピン放出ホルモン、ヒスタミン、成長ホルモン放出ホルモン、ソマトスタチン、ゴナドトロピン放出ホルモン、セロトニン、ドーパミン、ニューロテンシン、オキシトシン、バソプレシン、エピネフリン、及びノルエピネフリンが挙げられる。

【0184】

抗菌性タンパク質
いくつかの実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、１つ以上の抗菌性タンパク質を含み得る。細胞が哺乳動物細胞である実施形態において、ヒト宿主防御抗菌ペプチド及びタンパク質（ＡＭＰ）は、侵入する微生物病原体を防ぐ際に重大な役割を果たす。特定の実施形態では、抗菌剤は、例えば、α－デフェンシンＨＤ－６、ＨＮＰ－１及びβ－デフェンシンｈＢＤ－３、リゾチーム、カテリシジンＬＬ－３７、Ｃ型レクチンＲｅｇＩＩＩアルファである。例えば、参照により本明細書に組み込まれるＷａｎｇ，“Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ”Ｐｈａｒｍａ，Ｍａｙ ２０１４，７（５）：５４５－５９４を参照されたい。

【0185】

抗線維化タンパク質
特定の例示的な実施形態では、１つ以上のポリペプチドは、１つ以上の抗線維化ポリペプチドを含み得る。抗線維化ポリペプチドは、分泌されるポリペプチドであり得る。いくつかの実施形態では、抗線維化ポリペプチドは、本明細書の他の箇所に記載される１つ以上の他のポリヌクレオチド及び／またはポリペプチドと共発現される。抗線維化剤は、分泌され、それと共発現され得る内因性タンパク質及び／または外因性タンパク質の線維化及び／または凝集を阻害するように作用し得る。いくつかの実施形態では、抗線維化剤は、Ｐ４（ＶＩＴＹＦ（配列番号７４７））、Ｐ５（ＶＶＶＶＶ（配列番号７４８））、ＫＲ７（ＫＰＷＷＰＲＲ（配列番号７４９））、ＮＫ９（ＮＩＶＮＶＳＬＶＫ（配列番号７５０））、ｉＡｂ５ｐ（Ｌｅｕ－Ｐｒｏ－Ｐｈｅ－Ｐｈｅ－Ａｓｐ（配列番号７５１））、ＫＬＶＦ（配列番号７５２）及びその誘導体、インドリシジン、カルノシン、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１４．ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．５：９７２－９８１に記載されているヘキサペプチド、Ｈｏｐｐｉｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１４．Ｅｌｉｆｅ ３：ｅ０１６８１に記載されているＤ－アミノ酸とＬ－アミノ酸を交互に有するアルファシートペプチド、Ｄ－（ＰＧＫＬＶＹＡ（配列番号７５３）、ＲＩ－ＯＲ２－ＴＡＴ、シクロ（１７，２１）－（Ｌｙｓ１７，Ａｓｐ２１）Ａ＿（１－２８）、ＳＥＮ３０４、ＳＥＮ１５７６、Ｄ３、Ｒ８－Ａβ（２５－３５）、ヒトｙＤ－クリスタリン（ＨＧＤ）、ポリリジン、ヘパリン、ポリ－Ａｓｐ、ポリＧｌ、ポリ－Ｌ－リジン、ポリ－Ｌ－グルタミン酸、ＬＶＥＡＬＹＬ（配列番号７５４）、ＲＧＦＦＹＴ（配列番号７５５）、米国特許第８，７５４，０３４号に記載されているか、またはそれに記載の方法により設計／生成されたペプチド、及びそれらの組合せである。態様では、抗線維化剤は、Ｄ－ペプチドである。態様では、抗線維化剤は、Ｌ－ペプチドである。態様では、抗線維化剤は、レトロ－インベルソ修飾ペプチドである。レトロ－インベルソ修飾ペプチドは、側鎖及び３Ｄ構造の同じ空間配置を保持するため、Ｌ－アミノ酸をそれらのＤ－同等物に置き換え、元のペプチドを模倣するように配列を反転することによってペプチドから誘導される。態様では、レトロ－インベルソ修飾ペプチドは、天然または合成Ａβペプチドから誘導される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、線維化抵抗性タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、線維化抵抗性タンパク質は、修飾インスリンであり、例えば、米国特許第８，３４３，９１４号を参照されたい。

【0186】

抗体
特定の実施形態では、１つ以上のポリペプチドは１つ以上の抗体を含み得る。「抗体」という用語は、本明細書における「免疫グロブリン」という用語と同義的に使用され、インタクトな抗体、抗体のフラグメント、例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ならびにそれらの定常及び／または可変領域のいずれかにおいて変異されている（例えば、キメラ、部分的ヒト化、または完全ヒト化抗体を産生する変異、ならびに所望の形質、例えば、強化された結合及び／または減少したＦｃＲ結合を有する抗体を産生する変異）インタクトな抗体及びフラグメントを含む。「フラグメント」という用語は、インタクトなまたは完全な抗体または抗体鎖より少ないアミノ酸残基を含む抗体または抗体鎖の一部または部分を指す。フラグメントは、インタクトなまたは完全な抗体または抗体鎖の化学的または酵素的処理を介して得ることができる。フラグメントはまた、組換え手段によって得ることもできる。例示的なフラグメントは、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂｃ、Ｆｄ、ｄＡｂ、Ｖ_ＨＨ、及びｓｃＦｖ及び／またはＦｖフラグメントを含む。

【0187】

プロテアーゼ切断部位
上で例示されるように、１つ以上のカーゴポリペプチドは、１つ以上のプロテアーゼ切断部位、すなわち、プロテアーゼによって認識及び切断され得るアミノ酸配列を含み得る。プロテアーゼ切断部位は、所望の遺伝子産物（例えば、他のタンパク質の任意のタグまたは部分を有さないインタクトな遺伝子産物）を生成するために使用され得る。プロテアーゼ切断部位は、タンパク質の一端または両端であり得る。本明細書において使用され得るプロテアーゼ切断部位の例としては、エンテロキナーゼ切断部位、トロンビン切断部位、第Ｘａ因子切断部位、ヒトライノウイルス３Ｃプロテアーゼ切断部位、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼ切断部位、ジペプチジルアミノペプチダーゼ切断部位及び低分子ユビキチン様修飾因子（ＳＵＭＯ）／ユビキチン様タンパク質－１（ＵＬＰ－１）プロテアーゼ切断部位が挙げられる。特定の例では、プロテアーゼ切断部位は、Ｌｙｓ－Ａｒｇを含む。

【0188】

小分子
いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、小分子である。ペプチドを小分子剤に連結するための技術及び方法は、当該技術分野において一般に公知であり、心臓特異的標的化部位を小分子カーゴに連結するために、本明細書において適用され得る。小分子としては、ホルモン、免疫調節剤、解熱剤、抗不安薬、抗精神病薬、鎮痛剤、鎮痙薬、抗炎症剤、抗ヒスタミン剤、抗感染薬、放射線増感剤、化学療法薬が挙げられるがこれらに限定されない。

【0189】

好適なホルモンとしては、アミノ酸由来ホルモン（例えば、メラトニン及びチロキシン）、低分子ペプチドホルモン及びタンパク質ホルモン（例えば、サイロトロピン放出ホルモン、バソプレシン、インスリン、成長ホルモン、黄体形成ホルモン、卵胞刺激ホルモン、及び甲状腺刺激ホルモン）、エイコサノイド（例えば、アラキドン酸、リポキシン、及びプロスタグランジン）、ならびにステロイドホルモン（例えば、エストラジオール、テストステロン、テトラヒドロテストステロンコルチゾール）が挙げられるがこれらに限定されない。好適な免疫調節剤としては、プレドニゾン、アザチオプリン、６－ＭＰ、シクロスポリン、タクロリムス、メトトレキサート、インターロイキン（例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１２）、サイトカイン（例えば、インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－Ｋ、ＩＦＮ－ω、及びＩＦＮ－γ）、顆粒球コロニー刺激因子、及びイミキモド）、ケモカイン（例えば、ＣＣＬ３、ＣＣＬ２６及びＣＸＣＬ７）、シトシンリン酸グアノシン、オリゴデオキシヌクレオチド、グルカン、抗体、及びアプタマー）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0190】

好適な解熱剤としては、非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ナプロキセン、ケトプロフェン、及びニメスリド）、アスピリン及び関連するサリチル酸塩（例えば、コリンサリチル酸塩、サリチル酸マグネシウム、及びサリチル酸ナトリウム）、パラセタモール／アセトアミノフェン、メタミゾール、ナブメトン、フェナゾン、及びキニーネが挙げられるがこれらに限定されない。

【0191】

好適な抗不安薬としては、ベンゾジアゼピン系（例えば、アルプラゾラム、ブロマゼパム、クロルジアゼポキシド、クロナゼパム、クロラゼプ酸、ジアゼパム、フルラゼパム、ロラゼパム、オキサゼパム、テマゼパム、トリアゾラム、及びトフィソパム）、セロトニン作動性抗うつ薬（例えば選択的セロトニン再取り込み阻害剤、三環系抗うつ薬、及びモノアミンオキシダーゼ阻害剤）、メビカール、アホバゾール、セランク（ｓｅｌａｎｋ）、ブロマンタン、エモキシピン、アザピロン系、バルビツール酸系、ヒドロキシジン、プレガバリン、バリドール、及びベータ遮断薬が挙げられるがこれらに限定されない。

【0192】

好適な抗精神病薬としては、ベンペリドール、ブロムペリドール（ｂｒｏｍｏｐｅｒｉｄｏｌ）、ドロペリドール、ハロペリドール、モペロン、ピパンペロン（ｐｉｐａｐｅｒｏｎｅ）、チミペロン、フルスピリレン、ペンフルリドール、ピモジド、アセプロマジン、クロルプロマジン、シアメマジン、ジキシラジン（ｄｉｚｙｒａｚｉｎｅ）、フルフェナジン、レボメプロマジン、メソリダジン、ペラジン、ペリシアジン、ペルフェナジン、ピポチアジン、プロクロルペラジン、プロマジン、プロメタジン、プロチペンジル、チオプロペラジン、チオリダジン、トリフルオペラジン、トリフルプロマジン、クロルプロチキセン、クロペンチキソール、フルペンチキソール、チオチキセン、ズクロペンチキソール、クロチアピン、ロキサピン、プロチペンジル、カルピプラミン、クロカプラミン、モリンドン、モサプラミン、スルピリド、ベラリプリド、アミスルプリド、アモキサピン、アリピプラゾール、アセナピン、クロザピン、ブロナンセリン、イロペリドン、ルラシドン、メルペロン、ネモナプリド、オランザピン、パリペリドン、ペロスピロン、クエチアピン、レモキシプリド、リスペリドン、セルチンドール、トリミプラミン、ジプラシドン、ゾテピン、アルストニン（ａｌｓｔｏｎｉｅ）、ビフェプルノックス（ｂｅｆｅｐｒｕｎｏｘ）、ビトペルチン、ブレクスピプラゾール、カンナビジオール、カリプラジン、ピマバンセリン、ポマグルメタッドメチオニル、バビカセリン、キサノメリン、及びジクロナピンが挙げられるがこれらに限定されない。

【0193】

好適な鎮痛剤としては、パラセタモール／アセトアミノフェン、非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ナプロキセン、ケトプロフェン、及びニメスリド）、ＣＯＸ－２阻害剤（例えば、ロフェコキシブ、セレコキシブ、及びエトリコキシブ）、オピオイド（例えばモルヒネ、コデイン、オキシコドン、ヒドロコドン、ジヒドロモルヒネ、ペチジン、ブプレノルフィン）、トラマドール、ノルエピネフリン、フルピルチン（ｆｌｕｐｉｒｅｔｉｎｅ）、ネホパム、オルフェナドリン、プレガバリン、ガバペンチン、シクロベンザプリン、スコポラミン、メサドン、ケトベミドン、ピリトラミド、ならびにアスピリン及び関連サリチル酸塩（例えば、コリンサリチル酸塩、サリチル酸マグネシウム、及びサリチル酸ナトリウム）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0194】

好適な鎮痙薬としては、メベベリン、パパベリン（ｐａｐｖｅｒｉｎｅ）、シクロベンザプリン、カリソプロドール、オルフェナドリン、チザニジン、メタキサロン、メトカルバモール（ｍｅｔｈｏｄｃａｒｂａｍｏｌ）、クロルゾキサゾン、バクロフェン、ダントロレン、バクロフェン、チザニジン、及びダントロレンが挙げられるがこれらに限定されない。好適な抗炎症剤としては、プレドニゾン、非ステロイド性抗炎症薬（例えば、イブプロフェン、ナプロキセン、ケトプロフェン、及びニメスリド）、ＣＯＸ－２阻害剤（例えば、ロフェコキシブ、セレコキシブ、及びエトリコキシブ）、及び免疫選択的抗炎症誘導体（例えば、顎下腺ペプチド－Ｔ及びその誘導体）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0195】

好適な抗ヒスタミン剤としては、Ｈ１受容体アンタゴニスト（例えば、アクリバスチン、アゼラスチン、ビラスチン、ブロムフェニラミン、ブクリジン、ブロモジフェンヒドラミン、カルビノキサミン、セチリジン、クロルプロマジン、シクリジン、クロルフェニラミン、クレマスチン、シプロヘプタジン、デスロラタジン、デクスブロムフェニラミン（ｄｅｘｂｒｏｍａｐｈｅｎｉｒａｍｉｎｅ）、デクスクロルフェニラミン、ジメンヒドリナート、ジメチンデン、ジフェニルヒドラミン、ドキシラミン、エバスチン（ｅｂａｓｉｎｅ）、エンブラミン、フェキソフェナジン、ヒドロキシジン、レボセチリジン、ロラタジン、メクリジン、ミルタザピン、オロパタジン、オルフェナドリン、フェニンダミン、フェニラミン、フェニルトロキサミン、プロメタジン、ピリラミン、クエチアピン、ルパタジン、トリペレナミン、及びトリプロリジン）、Ｈ２受容体アンタゴニスト（例えば、シメチジン、ファモチジン、ラフチジン、ニザチジン、ラニチジン、及びロキサチジン）、トリトクアリン、カテキン、クロモグリケート、ネドクロミル、及びｐ２－アドレナリンアゴニストが挙げられるがこれらに限定されない。

【0196】

好適な抗感染薬としては、抗アメーバ薬（例えば、ニタゾキサニド、パロモマイシン、メトロニダゾール、チニダゾール、クロロキン、ミルテホシン、アムホテリシンｂ、及びヨードキノール）、アミノグリコシド（例えば、パロモマイシン、トブラマイシン、ゲンタマイシン、アミカシン、カナマイシン、及びネオマイシン）、駆虫薬（例えば、ピランテル、メベンダゾール、イベルメクチン、プラジカンテル、アルベンダゾール（ａｂｅｎｄａｚｏｌｅ）、チアベンダゾール、オキサムニキン）、抗真菌剤（例えば、アゾール系抗真菌剤（例えば、イトラコナゾール、フルコナゾール、ケトコナゾール、クロトリマゾール、ミコナゾール、及びボリコナゾール）、エキノキャンディン系（例えば、カスポファンギン、アニデュラファンギン、及びミカファンギン）、グリセオフルビン、テルビナフィン、フルシトシン、及びポリエン系（例えば、ナイスタチン、及びアムホテリシンｂ）、抗マラリア剤（例えば、ピリメタミン／スルファドキシン、アルテメテル／ルメファントリン、アトバコン／プログアニル（ｐｒｏｑｕａｎｉｌ）、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、メフロキン、クロロキン、ドキシサイクリン、ピリメタミン、及びハロファントリン）、抗結核剤（例えば、アミノサリチレート（例えば、アミノサリチル酸）、イソニアジド／リファンピン、イソニアジド／ピラジナミド／リファンピン、ベダキリン、イソニアジド、エタンブトール、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、カプレオマイシン、及びサイクロセリン）、抗ウイルス薬（例えば、アマンタジン、リマンタジン、アバカビル／ラミブジン、エムトリシタビン／テノホビル、コビシスタット／エルビテグラビル／エムトリシタビン／テノホビル、エファビレンツ／エムトリシタビン／テノホビル、アバカビル／ラミブジン／ジドブジン、ラミブジン／ジドブジン、エムトリシタビン／テノホビル、エムトリシタビン／ロピナビル／リトナビル／テノホビル、インターフェロンアルファ－２ｖ／リバビリン、ペグインターフェロンアルファ－２ｂ、マラビロク、ラルテグラビル、ドルテグラビル、エンフビルチド、ホスカルネット、ホミビルセン、オセルタミビル、ザナミビル、ネビラピン、エファビレンツ、エトラビリン、リルピビリン、デラビルジン（ｄｅｌａｖｉｒｉｄｉｎｅ）、ネビラピン、エンテカビル、ラミブジン、アデホビル、ソホスブビル、ジダノシン、テノホビル、アバシブル（ａｖａｃｉｖｒ）、ジドブジン、スタブジン、エムトリシタビン、カルシタビン（ｃａｌｃｉｔａｂｉｎｅ）、テルビブジン、シメプレビル、ボセプレビル、テラプレビル、ロピナビル／リトナビル、ホスアンプレナビル（ｆｏｓａｍｐｒｅｎｖｉｒ）、ダルナビル（ｄｒａｎｕａｖｉｒ）、リトナビル、チプラナビル、アタザナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、インジナビル、サキナビル（ｓａｗｕｉｎａｖｉｒ）、リバビリン、バラシクロビル、アシクロビル、ファムシクロビル、ガンシクロビル、及びバルガンシクロビル）、カルバペネム（例えば、ドリペネム、メロペネム、エルタペネム、及びシラスタチン／イミペネム）、セファロスポリン系（例えば、セファドロキシル、セフラジン、セファゾリン、セファレキシン、セフェピム、セフタロリン、ロラカルベフ、セフォテタン、セフロキシム、セフプロジル、ロラカルベフ、セフォキシチン、セファクロル、セフチブテン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフジニル、セフィキシム、セフジトレン、セフチゾキシム、及びセフタジジム）、糖ペプチド抗生物質（例えば、バンコマイシン、ダルババンシン、オリタバンシン、及びテラバンシン）、グリシルサイクリン系（例えば、チゲサイクリン）、抗らい菌薬（例えば、クロファジミン及びサリドマイド）、リンコマイシン及びその誘導体（例えば、クリンダマイシン及びリンコマイシン）、マクロライド系及びその誘導体（例えば、テリスロマイシン、フィダキソマイシン、エリスロマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、及びトロレアンドマイシン）、リネゾリド、スルファメトキサゾール／トリメトプリム、リファキシミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、メトロニダゾール、アズトレオナム、バシトラシン、ペニシリン系（アモキシシリン、アンピシリン、バカンピシリン、カルベニシリン、ピペラシリン、チカルシリン、アモキシシリン／クラブラン酸、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、クラブラン酸／チカルシリン、ペニシリン、プロカインペニシリン、オキサシリン（ｏｘａｘｉｌｌｉｎ）、ジクロキサシリン、及びナフシリン）、キノロン系（例えば、ロメフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシン、シプロフロキサシン、レボフロキサシン、ゲミフロキサシン、モキシフロキサシン、シノキサシン、ナリジクス酸、エノキサシン、グレパフロキサシン、ガチフロキサシン、トロバフロキサシン、及びスパルフロキサシン）、スルホンアミド系（例えば、スルファメトキサゾール／トリメトプリム、スルファサラジン、及びスルフイソキサゾール（ｓｕｌｆａｓｏｘａｚｏｌｅ））、テトラサイクリン系（例えば、ドキシサイクリン、デメクロサイクリン、ミノサイクリン、ドキシサイクリン／サリチル酸、ドキシサイクリン／オメガ－３多価不飽和脂肪酸、及びテトラサイクリン）、ならびに尿路感染症薬（例えば、ニトロフラントイン、メテナミン、ホスホマイシン、シノキサシン、ナリジクス酸、トリメトプリム、及びメチレンブルー）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0197】

好適な化学療法薬としては、パクリタキセル、ブレンツキシマブベドチン、ドキソルビシン、５－ＦＵ（フルオロウラシル）、エベロリムス、ペメトレキセド、メルファラン、パミドロネート、アナストロゾール、エキセメスタン、ネララビン、オファツムマブ、ベバシズマブ、ベリノスタット、トシツモマブ、カルムスチン、ブレオマイシン、ボスチニブ、ブスルファン、アレムツズマブ、イリノテカン、バンデタニブ、ビカルタミド、ロムスチン、ダウノルビシン、クロファラビン、カボザンチニブ、ダクチノマイシン、ラムシルマブ、シタラビン、シトキサン、シクロホスファミド、デシタビン、デキサメタゾン、ドセタキセル、ヒドロキシウレア、ダカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）、ロイプロリド、エピルビシン、オキサリプラチン、アスパラギナーゼ、エストラムスチン、セツキシマブ、ビスモデギブ、Ｅｒｗｉｎｉａ ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ由来アスパラギナーゼ、アミホスチン、エトポシド、フルタミド、トレミフェン、フルベストラント、レトロゾール、デガレリクス、プララトレキサート、メトトレキサート、フロクスウリジン、オビヌツズマブ、ゲムシタビン、アファチニブ、メシル酸イマチニブ、カルムスチン、エリブリン、トラスツズマブ、アルトレタミン、トポテカン、ポナチニブ、イダルビシン、イホスファミド、イブルチニブ、アキシチニブ、インターフェロンアルファ－２ａ、ゲフィチニブ、ロミデプシン、イキサベピロン、ルキソリチニブ、カバジタキセル、ａｄｏ－トラスツズマブエムタンシン、カルフィルゾミブ、クロラムブシル、サルグラモスチム、クラドリビン、ミトタン、ビンクリスチン、プロカルバジン、メゲストロール、トラメチニブ、メスナ、塩化ストロンチウム－８９、メクロレタミン、マイトマイシン、ブスルファン、ゲムツズマブオゾガマイシン、ビノレルビン、フィルグラスチム、ペグフィルグラスチム、ソラフェニブ、ニルタミド、ペントスタチン、タモキシフェン、ミトキサントロン、ペガスパルガーゼ、デニロイキンディフチトクス、アリトレチノイン、カルボプラチン、ペルツズマブ、シスプラチン、ポマリドミド、プレドニゾン、アルデスロイキン、メルカプトプリン、ゾレドロン酸、レナリドミド、リツキシマブ、オクトレオチド（ｏｃｔｒｅｔｉｄｅ）、ダサチニブ、レゴラフェニブ、ヒストレリン、スニチニブ、シルツキシマブ、オマセタキシン、チオグアニン（チオグアニン）、ダブラフェニブ、エルロチニブ、ベキサロテン、テモゾロミド、チオテパ、サリドマイド、ＢＣＧ、テムシロリムス、ベンダムスチン塩酸塩、トリプトレリン、三酸化ヒ素、ラパチニブ、バルルビシン、パニツムマブ、ビンブラスチン、ボルテゾミブ、トレチノイン、アザシチジン、パゾパニブ、テニポシド、ロイコボリン、クリゾチニブ、カペシタビン、エンザルタミド、イピリムマブ、ゴセレリン、ボリノスタット、イデラリシブ、セリチニブ、アビラテロン、エポチロン、タフルポシド、アザチオプリン、ドキシフルリジン、ビンデシン、及びａｌｌ－ｔｒａｎｓレチノイン酸が挙げられるがこれらに限定されない。

【0198】

心筋疾患カーゴ
いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、単独でまたはシステムの一部として送達される場合、システムの他の構成要素と共に送達されるかどうかにかかわらず、それが送達される細胞のゲノム、エピゲノム、及び／またはトランスクリプトームを改変するように作用し得るポリヌクレオチドまたはポリペプチドであり得、心筋疾患、障害、もしくはその症状、ＣＮＳ疾患、障害、及び／またはその症状、神経筋疾患もしくは障害、筋肉疾患もしくは障害、またはそれらの任意の組合せの疾患、障害、またはその症状を処置または予防するようなものである。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、システムの他の構成要素と共に送達されるかどうかにかかわらず、心筋疾患、障害、もしくはその症状、ＣＮＳ疾患、障害、及び／またはその症状、神経筋疾患もしくは障害、筋肉疾患もしくは障害、またはそれらの任意の組合せの疾患、障害、またはその症状を処置または予防するように、それが送達される細胞のゲノム、エピゲノム、及び／またはトランスクリプトームを改変するように作用する。いくつかの実施形態では、疾患または障害は心筋症である。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、早老性疾患（例えば、早老性ラミノパシー）、グリコーゲン蓄積症、免疫障害（例えば、自己免疫疾患）、がん、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）、６肢帯型筋ジストロフィー疾患（ＬＧＭＤ）、シャルコー・マリー・トゥース（ＣＭＴ）、ＭＰＳ ＩＩＩＡ、ポンペ病、または他のＣＮＳ関連疾患、例えば、ハンチントン病及び他のリピート伸長病である。

【0199】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、システムの他の構成要素と共に送達されるかどうかにかかわらず、それが送達される細胞のゲノム、エピゲノム、及び／またはトランスクリプトームを改変するように作用し、米国特許出願公開第２０１９０２８４５５５号（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載のもののいずれかなどのＧＡＡ遺伝子を改変し得るようなものである。

【0200】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、ＭＨＣＫ７、ＣＫ８、または他の筋肉特異的プロモーターに連結されたオリゴヌクレオチドを含む。

【0201】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、心臓アルファアクチンプロモーター、心臓トロポニンＴプロモーター、心臓トロポニンＣ、心臓アルファ－ミオシン重鎖プロモーター、ＴＮＮＩ３、ＭＹＢＰＣ３、ＭＹＨ６、または他の心筋特異的プロモーターに連結されたオリゴヌクレオチドを含む。

【0202】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、タンパク質機能性のために最適化されたジストロフィン遺伝子の選択された領域のみを含有するマイクロジストロフィンオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、選択された領域は、スペクトリン様リピート１、２、３、及び２４を含む。例えば、Ｈａｒｐｅｒ ＳＱ，Ｈａｕｓｅｒ ＭＡ，ＤｅｌｌｏＲｕｓｓｏ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｄｕｌａｒ ｆｌｅｘｉｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｄｙｓｔｒｏｐｈｉｎ：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｄｕｃｈｅｎｎｅ ｍｕｓｃｕｌａｒ ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．２００２；８（３）：２５３－２６１を参照のこと。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィンオリゴヌクレオチドは、ＡＡＶｒｈ７４．ＭＨＣＫ７マイクロジストロフィン遺伝子またはＳＲＰ－９００１として知られるｒＡＡＶ剤によって送達されるものであり、これは臨床試験ＮＣＴ０３３７５１６４及びＮＣＴ０３７６９１１６の対象である。このマイクロジストロフィン遺伝子構築物は、ＮＴ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｈ２－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲ－ＣＴを含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｈ２－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲ－ＣＴを含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ヒンジ領域を表すＨを含む。Ｅｎｇｌａｎｄ ＳＢ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．１９９０；３４３（６２５４）：１８０－１８２；Ｗｅｌｌｓ ＤＪ，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．１９９５；４（８）：１２４５－１２５０、Ｓａｌｖａ ＭＺ，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２００７；１５（２）：３２０－３２９；Ｍｅｎｄｅｌｌ ＪＲ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ Ｌｅｔｔ．２０１２；５２７（２）：９０－９９；Ｒｏｄｉｎｏ－Ｋｌａｐａｃ ＬＲ，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．２０１３；２２（２４）：４９２９－４９３７；Ｖｅｌａｚｑｕｅｚ ＶＭ，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｃｌｉｎ Ｄｅｖ．２０１７；４：１５９－１６８；Ｈａｒｐｅｒ ＳＱ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．２００２；８（３）：２５３－２６１；Ｎｅｌｓｏｎ ＤＭ，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．２０１８；２７（１２）：２０９０－２１００。いくつかの実施形態では、選択された領域は、少なくともスペクトリン様リピート２及び３を含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ｎＮＯＳドメインを含む。いくつかの実施形態では、ｎＮＯＳドメインは、スペクトリン様リピート１６及び／または１７から構成される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、スペクトリン様リピート１６及び１７を含む。いくつかの実施形態では、ｎＮＯＳドメインは、スペクトリン様リピートＲ１、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ２３、及びＲ２４から構成される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、筋肉特異的プロモーターに連結される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィンオリゴヌクレオチドは、ＭＨＣＫ７、ＣＫ８、ＳＮＰ１８、ＳＰ００３３、ＳＰ００５１、ＳＰ０１７３、ｔｍＣＫ、または別の筋肉特異的プロモーターに連結される。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、心臓アルファアクチンプロモーター、心臓トロポニンＴプロモーター、心臓トロポニンＣ、心臓アルファ－ミオシン重鎖プロモーター、ＴＮＮＩ３、ＭＹＢＰＣ３、ＭＹＨ６、または他の心筋特異的プロモーターに連結されたオリゴヌクレオチドを含む。

【0203】

いくつかの実施形態では、カーゴマイクロジストロフィンは、ＡＢＤ（アクチン結合ドメイン）、１つ以上のヒンジ領域（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４）、及び１つ以上のスペクトリン様リピート（例えば、Ｒ１、Ｒ１’、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２４’及び任意選択でジストログリカン結合ドメイン（ＤＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィンは、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ１６－Ｒ１７－Ｒ２３－Ｒ２４－Ｈ４－ＤＢＤから構成される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィンは、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｈ２－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲから構成される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｈ２－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲ－ＣＴを含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１’－Ｒ２４’－Ｈ４－ＣＲ－ＣＴを含む。

【0204】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、マイクロジストロフィン遺伝子をコードすることができるポリヌクレオチドであり、マイクロジストロフィン遺伝子は、スペクトリン様リピート、Ｒ１、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ２３及びＲ２４を含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ヒンジ領域（Ｈ）４及び／またはＨ１を含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、Ｎ末端アクチン結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、ヒト全長ジストロフィンタンパク質のＣ末端ジストログリカン結合ドメインを含む。マイクロジストロフィン遺伝子は、ｎＮＯＳドメインを含み得る。いくつかの実施形態では、ｎＮＯＳドメインは、スペクトリン様リピート１６及び／または１７から構成される。いくつかの実施形態では、マイクロジストロフィン遺伝子は、スペクトリン様リピート１６及び１７を含む。マイクロジストロフィン遺伝子は、ＷＯ２０１９１１８８０６Ａ１及びＷＯ２０１６／１１５５４３（本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載されている通りであり得る。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、ヒト全長ジストロフィンタンパク質のＮ末端からＣ末端にかけて、Ｎ末端アクチン結合ドメイン、ヒンジ領域１（Ｈｌ）、スペクトリン様リピートＲｌ、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ２３、及びＲ２４、ヒンジ領域４（Ｈ４）、ならびにＣ末端ジストログリカン結合ドメインを含有する５－リピートマイクロジストロフィンタンパク質をコードし得る。この５－リピートマイクロジストロフィン及び関連するジストロフィンミニ遺伝子のタンパク質配列は、ＷＯ２０１６／１１５５４３に記載されている。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、識別番号ＮＣＴ０３３６８７４２を有し、現在臨床試験中であるＳＧＴ００１として知られる薬剤の一部であるマイクロジストロフィン遺伝子に対応することができる。

【0205】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、ｍｉｎｉｄｙｓ遺伝子またはベクターである。いくつかの実施形態では、ｍｉｎｉｄｙｓ遺伝子またはベクターは、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｒ１６－Ｒ１７－Ｈ３－Ｒ２０－Ｒ２１、ＡＢＤ－Ｈ１－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３－Ｒ１６－Ｒ１７－Ｈ３－Ｒ２０－Ｒ２１－Ｒ２２－Ｒ２３－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲ、またはＨ３－Ｒ２０－Ｒ２１－Ｒ２２－Ｒ２３－Ｒ２４－Ｈ４－ＣＲ－ＣＴから構成され得る。

【0206】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子はＳＣＧＢ ｃＤＮＡである。いくつかの実施形態では、ＳＧＣＢ ｃＤＮＡは、ＭＨＣＫ７、ＣＫ８プロモーター、ＳＮＰ１８プロモーター、ＳＰ００３３プロモーター、ＳＰ００５１、ＳＰ０１７３プロモーター、ｔｍＣＫプロモーター、または別の筋肉特異的プロモーターに連結される。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、心臓アルファアクチンプロモーター、心臓トロポニンＴプロモーター、心臓トロポニンＣ、心臓アルファ－ミオシン重鎖プロモーター、ＴＮＮＩ３、ＭＹＢＰＣ３、ＭＹＨ６、または他の心筋特異的プロモーターに連結されたオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、ベータ－サルコグリカンｃＤＮＡ、アルファ－サルコグリカンｃＤＮＡ、ジスフェルリンｃＤＮＡ、ガンマ－サルコグリカンｃＤＮＡ、Ｃａｌｐｉｎ－３ ｃＤＮＡ、ＳＧＳＨ ｃＤＮＡ（例えば、ＬＹＳ－ＳＡＦ３０２）、ニューロトロピン３ ｃＤＮＡ、アノクタミン－５ ｃＤＮＡ、またはそれらの任意の組合せである。

【0207】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、システムの他の構成要素と共に送達されるかどうかにかかわらず、それが送達される細胞のゲノム、エピゲノム、及び／またはトランスクリプトームを改変するように作用し、ハンチントン病などのリピート伸長病に関連する遺伝子または遺伝子産物、例えば、米国特許出願公開第２０１９０１００７５５号、米国特許第１００６６２２８号（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載のものを処置、予防、及び／または改変するようなものである。

【0208】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、アンチセンスオリゴマーまたはＲＮＡ分子、例えば、米国特許出願公開第２０１６０２５１３９８号、同第２０１５０２６７２０２号、同第２０１９００１５４４０号、同第２０１４０２８７９８３号、同第２０１８０２１６１１１号、ＷＯ／２０１７／０６２８３５、米国特許第２０１９０１７７７２３号、同第２０１７００５１２７８号、同第２０１８０２７１８９３号、ＷＯ／２０１６／１４９６５、米国特許第１００７６５３６号、ＷＯ／２０１８／００５８０、ＷＯ／２０１８／１１８６６、ＷＯ／２０１９／０５９９７３（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載のものである。

【0209】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、システムの他の構成要素と共に送達されるかどうかにかかわらず、それが送達される細胞のゲノム、エピゲノム、及び／またはトランスクリプトームを改変するように作用し、一本鎖ＲＮＡウイルス、例えば、インフルエンザ、ウエストナイルウイルス、ＳＡＲＳ、Ｃ型肝炎、デング熱、エボラ、マールブルグ、及び／またはカリシウイルスを処置または予防するようなものである。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、アンチセンス抗ウイルス化合物、例えば、ＵＳ８７０３７３５Ｂ２（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載のもののいずれかであり得る。

【0210】

追加の例示的な遺伝子的及び遺伝子関連疾患、ならびに本明細書に記載されるカーゴ分子によって改変することが可能な遺伝子は、本明細書の他の箇所に列挙されており、例えば、表２～３を参照されたい。

【0211】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、ＧＡＬＧＴ２遺伝子を付加または改変し得る。欠損ジストロフィンを補充するように作用する代わりに、ＧＡＬＧＴ２遺伝子療法は、疾患において変異または欠損していないタンパク質の発現を増加させることによって、ジストロフィンの不在を補う方法で筋肉の構造的一体性を強化する。ＧＡＬＧＴ２は、特定のジストロフィン変異とは無関係にＤＭＤを処置する可能性をもたらすと共に、他の筋ジストロフィーにおいて有用性を有する。

【0212】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、米国特許出願公開第２０１８／０１６１３５９号及び同第２０１９／００５４１１３号（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）におけるものなどのモルホリノである。いくつかの実施形態では、モルホリノは、モルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）またはペプチド結合モルホリノＰＰＭＯである。ＰＭＯベースのプラットフォームは、ｍＲＮＡ転写を変化させることによって遺伝子疾患を処置するために使用され得る。ＰＭＯは、ＲＮＡの天然フレームワークをモデルにした合成化学構造である。ＰＭＯは、ＲＮＡに見られる同じ核酸塩基を有するのに対し、それらは、５辺のリボース環の代わりに６辺モルホリン環に結合する。加えて、モルホリン環は、ＲＮＡに見られるホスホジエステル結合の代わりにホスホロジアミデート結合によって互いに接続される。ＰＭＯ及びＰＰＭＯは、エクソンスキッピング及び翻訳抑制に使用され得る。

【0213】

いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、例えば国際特許出願公開ＷＯ２０１７１０６３０４Ａ１（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載されているようなペプチドオリゴマーコンジュゲートであり得る。

【0214】

いくつかの実施形態では、モルホリノは、エテプリルセンに見られるモルホリノであり、これは、ジストロフィンｍＲＮＡのエクソン５１を標的とするのに有効であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴ分子は、例えば米国特許出願公開第２０１４／０３１５９７７Ａ１号及び同第２０１８／０１０５８１号（その内容は、本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれ、本発明での使用に適合させることができる）に記載されているようなＤＭＤの文脈でエクソンスキッピングを生じさせることができる。

【0215】

エクソンスキッピング
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、エクソンスキッピングを誘導することができる核酸をコードし得る。そのようなコード核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスヌクレオチドシステムであり得る。本明細書で使用される場合、「エクソンスキッピング」という用語は、１つ以上の相補性アンチセンスオリゴヌクレオチド（複数可）（ＡＯＮ）を用いたｐｒｅ－ｍＲＮＡ内のスプライスドナー及び／またはアクセプター部位の標的化によるｐｒｅ－ｍＲＮＡスプライシングの改変を指す。１つ以上のスプライスドナーまたはアクセプター部位へのスプライソソームのアクセスを遮断することにより、ＡＯＮは、スプライシング反応を防止し、それにより完全にプロセシングされたｍＲＮＡから１つ以上のエクソンの欠失を引き起こし得る。エクソンスキッピングは、ｐｒｅ－ｍＲＮＡの成熟プロセス中に核において達成され得る。いくつかの例では、エクソンスキッピングは、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ内のスプライスドナー配列と相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を使用することによって標的とされたエクソンのスプライシングに関与する重要な配列のマスキングを含み得る。

【0216】

いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、ジストロフィンｍＲＮＡにおいてエクソンスキッピングを誘導することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスヌクレオチドシステムをコードする。例えば、ジストロフィン遺伝子のエクソンｘ内のナンセンスまたはフレームシフト変異は、カルボキシ末端切断型非機能性ジストロフィンタンパク質をもたらす。その成熟ｍＲＮＡ転写産物の発現は、エクソンｘによってコードされたアミノ酸が欠失しているが、それらの欠失アミノ酸に対してＮ末端及びＣ末端の両方にジストロフィンアミノ酸を含む機能性ジストロフィンタンパク質をもたらし得る。

【0217】

ヌクレオチド配列は、エクソン１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、４５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、またはそれらの任意の組合せにおいてエクソンスキッピングを誘導することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスヌクレオチドシステムをコードし得る。ヌクレオチド配列は、エクソン４３、４４、５０、５１、５２、５５、またはそれらの任意の組合せにおいてエクソンスキッピングを誘導することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスヌクレオチドシステムをコードし得る。

【0218】

操作されたウイルスカプシド及びコードポリヌクレオチド
本明細書では、細胞特異的指向性を、操作されたウイルスタンパク質（複数可）を含有する操作されたウイルス粒子（ＡＡＶ粒子）に与えるように操作され得る、操作されたウイルスタンパク質、（例えば、カプシドタンパク質）、例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（例えば、カプシドタンパク質）の例示的な実施形態が記載される。操作されたウイルスタンパク質（複数可）（例えば、カプシド（複数可））は、操作されたウイルス粒子に含まれ得、細胞特異的指向性、例えば、心筋特異的指向性、低下した免疫原性、または両方を、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子に与えることができる。本明細書の他の箇所に記載されるように、粒子は、カーゴを含み得る。このように、粒子は、カーゴのための細胞特異的送達媒体であり得る。本明細書に記載される操作されたウイルスカプシドは、本明細書に記載される１つ以上の操作されたウイルスカプシドタンパク質を含み得る。操作されたウイルスカプシドタンパク質は、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、またはＡＡＶであり得る。操作されたカプシドは、ウイルスカプシドタンパク質の１つ以上を含有し得る。操作されたウイルス粒子は、操作されたウイルスカプシドタンパク質の１つ以上を含み得、したがって、操作されたウイルスカプシドを含有する。操作されたウイルスカプシドタンパク質、カプシド、及び／またはウイルス粒子は、本明細書の他の箇所に記載される１つ以上のｎ量体インサートを含有するかまたはそれから構成される１つ以上の心筋特異的標的化部位を含有する。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスカプシドタンパク質、ウイルスカプシド、及び／またはウイルス粒子は、そこに含まれる１つ以上のｎ量体インサートによって付与される心筋特異的指向性を有し得る。

【0219】

心筋特異的ｎ量体インサート及び標的化部位は、ポリヌクレオチドによって全体的または部分的にコードされ得る。操作されたウイルスカプシド及び／またはウイルスカプシドタンパク質は、１つ以上の操作されたウイルスカプシドポリヌクレオチドによってコードされ得る。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスカプシドポリヌクレオチドは、操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド、操作されたレンチウイルスカプシドポリヌクレオチド、操作されたレトロウイルスカプシドポリヌクレオチド、または操作されたアデノウイルスカプシドポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスカプシドポリヌクレオチド（例えば、操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド、操作されたレンチウイルスカプシドポリヌクレオチド、操作されたレトロウイルスカプシドポリヌクレオチド、または操作されたアデノウイルスカプシドポリヌクレオチド）は、３’ポリアデニル化シグナルを含み得る。ポリアデニル化シグナルは、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルであり得る。

【0220】

操作されたＡＡＶカプシドは、野生型ＡＡＶカプシドのバリアントであり得る。いくつかの実施形態では、野生型ＡＡＶカプシドは、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３カプシドタンパク質またはそれらの組合せから構成され得る。言い換えると、操作されたＡＡＶカプシドは、野生型ＶＰ１、野生型ＶＰ２、及び／または野生型ＶＰ３カプシドタンパク質の１つ以上のバリアントを含み得る。いくつかの実施形態では、参照野生型ＡＡＶカプシドの血清型は、ＡＡＶ－１、ＡＡＶ－２、ＡＡＶ－３、ＡＡＶ－４、ＡＡＶ－５、ＡＡＶ－６、ＡＡＶ－８、ＡＡＶ－９またはそれらの任意の組合せであり得る。いくつかの実施形態では、野生型ＡＡＶカプシドの血清型は、ＡＡＶ－９であり得る。操作されたＡＡＶカプシドは、参照野生型ＡＡＶカプシドのものと異なる指向性を有し得る。

【0221】

操作されたＡＡＶカプシドは、１～６０個の操作されたカプシドタンパク質を含有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、または６０個の操作されたカプシドタンパク質を含有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドは、０～５９個の野生型ＡＡＶカプシドタンパク質を含有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、または５９個の野生型ＡＡＶカプシドタンパク質を含有し得る。

【0222】

いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、ｎ量体アミノ酸インサート（本明細書において「ｎ量体インサート」とも呼ばれる）を有し得、ここで、ｎは少なくとも３個のアミノ酸であり得る。いくつかの実施形態では、ｎは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個のアミノ酸であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドは、６量体または７量体アミノ酸インサートを有し得る。いくつかの実施形態では、ｎ量体アミノ酸インサートは、野生型ウイルスタンパク質（ＶＰ）（またはカプシドタンパク質）内の２つのアミノ酸の間に挿入され得る。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、ＡＡＶカプシドタンパク質内の可変アミノ酸領域における２つのアミノ酸の間に挿入され得る。各野生型ＡＡＶウイルスタンパク質のコアは、自律性パルボウイルスカプシド中に保存される８本のベータ－バレルモチーフ（ベータＢ～ベータＩ）及びアルファ－ヘリックス（アルファＡ）を含有する（例えば、ＤｉＭａｔｔｉａ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８６（１２）：６９４７－６９５８を参照）。構造的可変領域（ＶＲ）は、クラスター化してカプシド表面における局所変化を生成するベータ－鎖を接続する表面ループに存在する。ＡＡＶは、１２の可変領域（超可変領域とも呼ばれる）を有する（例えば、Ｗｅｉｔｚｍａｎ ａｎｄ Ｌｉｎｄｅｎ．２０１１．“Ａｄｅｎｏ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｖｉｒｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ．”Ｉｎ Ｓｎｙｄｅｒ，Ｒ．Ｏ．，Ｍｏｕｌｌｉｅｒ，Ｐ．（ｅｄｓ．）Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ：Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓを参照）。いくつかの実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートは、野生型ＡＶＶカプシドタンパク質内の１２の可変領域の１つ以上における２つのアミノ酸の間に挿入され得る。いくつかの実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートは各々、ＶＲ－Ｉ、ＶＲ－ＩＩ、ＶＲ－ＩＩＩ、ＶＲ－ＩＶ、ＶＲ－Ｖ、ＶＲ－ＶＩ、ＶＲ－ＶＩＩ、ＶＲ－ＩＩＩ、ＶＲ－ＩＸ、ＶＲ－Ｘ、ＶＲ－ＸＩ、ＶＲ－ＸＩＩ、またはそれらの組合せにおける２つのアミノ酸の間に挿入され得る。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）は、カプシドタンパク質のＶＲ－ＩＩＩにおける２つのアミノ酸の間に挿入され得る。いくつかの実施形態では、操作されたカプシドは、ＡＡＶ９ウイルスタンパク質のアミノ酸２６２～２６９の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸３２７～３３２の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸３８２～３８６の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸４５２～４６０の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸４８８～５０５の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸５４５～５５８の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸５８１～５９３の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間、アミノ酸７０４～７１４の間の任意の２つの連続したアミノ酸の間に挿入されたｎ量体インサートを有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたカプシドは、ＡＡＶ９ウイルスタンパク質のアミノ酸５８８と５８９との間に挿入されたｎ量体インサートを有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたカプシドは、ＡＡＶ９ウイルスタンパク質のアミノ酸５８８と５８９との間に挿入されたｎ量体インサートを有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたカプシドは、ＡＡＶ９ウイルスタンパク質のアミノ酸５８８と５８９との間に挿入されたｎ量体インサートを有し得る。配列番号１は、上述される挿入部位を少なくとも参照するための参照ＡＡＶ９カプシド配列である。ｎ量体インサート（複数可）が、他の血清型のＡＡＶウイルスタンパク質における類似の位置に挿入され得ることが理解されるであろう。いくつかの実施形態では、前述されているように、ｎ量体インサート（複数可）は、ＡＡＶウイルスタンパク質内の任意の２つの連続したアミノ酸の間に挿入され得、いくつかの実施形態では、挿入は、可変領域においてなされる。

【0223】

特定の例示的な実施形態では、ｎ量体モチーフの１つ以上は、１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＰモチーフがウイルスカプシド（例えば、ＡＡＶウイルスカプシド）の外部にあるように、１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ、１つ以上のＰモチーフの少なくとも１つ、またはその両方がウイルスタンパク質の２つのアミノ酸の間に位置するように、ウイルスタンパク質に組み込まれる。

【0224】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの１つ以上は、１つ以上のＲＧＤモチーフの１つ以上及び／または１つ以上のＰモチーフの１つ以上が、各々、ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内の２６２～２６９、３２７～３３２、３８２～３８６、４５２～４６０、４８８～５０５、５２７～５３９、５４５～５５８、５８１～５９３、５９８～５９９、７０４～７１４、もしくはそれらの任意の組合せから独立して選択されるアミノ酸間の任意の２つの連続するアミノ酸の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶタンパク質に組み込まれる。

【0225】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つは、１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＰモチーフの少なくとも１つがＡＡＶ９カプシドポリペプチドのアミノ酸５８８と５８９との間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶタンパク質に組み込まれる。

【0226】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上のｎ量体インサートの少なくとも１つは、１つ以上のＲＧＤモチーフの少なくとも１つ及び／または１つ以上のＰモチーフの少なくとも１つがＡＡＶ９カプシドポリペプチドのアミノ酸５９８～５９９の間に、またはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、もしくはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチド内の類似の位置に挿入されるように、ＡＡＶタンパク質に組み込まれる。

【0227】

配列番号１ ＡＡＶ９カプシド（野生型）参照配列：
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL。

【0228】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドは、Ｐモチーフ、ＲＧＤモチーフ、またはその両方を含む１つ以上のｎ量体インサートを有する１つ以上の標的化部位を含むことができる。ＰモチーフとＲＧＤモチーフについては、本明細書の他の箇所でより詳細に説明される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドは、各々ＡＱまたはＤＧが直前にある１つ以上のｎ量体インサートを有する１つ以上の標的化部位を含むことができる。いくつかの実施形態では、心筋特異的ＡＡＶカプシドなどのＡＡＶカプシド中のｎ量体インサートは、表４及び／または表５に記載される任意の１つ以上における１つ以上のｎ量体インサートであり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシド中のｎ量体インサートの挿入は、細胞、組織、器官特異的な操作されたＡＡＶカプシドをもたらし得る。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスタンパク質、操作されたウイルスカプシドタンパク質、操作されたウイルスカプシド、及び／または操作されたウイルス粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスタンパク質、操作されたウイルスカプシドタンパク質、操作されたウイルスカプシド、及び／または操作されたウイルス粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得、ＲＧＤモチーフを含む。いくつかの実施形態では、操作されたウイルスタンパク質、操作されたウイルスカプシドタンパク質、操作されたウイルスカプシド、及び／または操作されたウイルス粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得、ＲＧＤモチーフを含まない。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶタンパク質、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質、操作されたＡＡＶカプシド、及び／または操作されたＡＡＶ粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶタンパク質、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質、操作されたＡＡＶカプシド、及び／または操作されたＡＡＶ粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得、ＲＧＤモチーフを含む。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶタンパク質、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質、操作されたＡＡＶカプシド、及び／または操作されたＡＡＶ粒子は、心筋細胞及び／または組織に対して特異性を有し得、ＲＧＤモチーフを含まない。

【0229】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（例えば、７量体インサート）は、ＡＡＶベクター内にある２つの連続したアミノ酸の間でＡＡＶベクター中に挿入され得る。いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートの直前にあるアミノ酸は、ＤＧまたはＡＱであり得る。いくつかの実施形態では、ＤＧまたはＡＱは、ｎ量体インサートがカプシドポリペプチド、特にＡＡＶカプシドポリペプチドに含まれている場合、カプシドタンパク質内のｎ量体インサートの直前にあるアミノ酸である。理論によって制約されることを意図するものではないが、Ｃ末端にＤＧまたはＡＱを含むインサート、またはインサート（複数可）がカプシドポリペプチドのＡＱまたはＤＧの直後にあるように、ＡＡＶカプシドポリペプチドなどのカプシドポリペプチドに挿入されるインサートは、より多くの宿主、例えば、より多くの株または種を形質導入することが可能であり得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶのアミノ酸５８７及び５８８またはそれに類似したアミノ酸は、ＤＧであるか、またはｎ量体インサートのアミノ酸で置換されてＤＧとなる。いくつかの実施形態では、ＡＡＶのアミノ酸５８７及び５８８またはそれに類似したアミノ酸は、ＡＱであるか、またはｎ量体インサートのアミノ酸で置換されてＡＱとなる。いくつかの実施形態では、ＡＡＶのアミノ酸５８７及び５８８またはそれに類似したアミノ酸は、ＡＱであり、その後にｎ量体インサートが続く。いくつかの実施形態では、ＡＡＶのアミノ酸５８７及び５８８またはそれに類似したアミノ酸は、ＤＧであり、その後にｎ量体インサートが続く。

【0230】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサートは、宿主ポリペプチド（例えば、ウイルスまたはＡＡＶタンパク質、例えば、カプシドタンパク質）に含まれる場合、宿主ポリペプチドの１つ以上の残基がｎ量体インサートからの１つ以上の残基で置換されるものである。いくつかの実施形態では、Ｃ末端のＡＱまたはＤＧがｎ量体インサートに含まれるが、ＰまたはＲＧＤモチーフの一部ではない場合、ＡＱまたはＤＧは、ＰまたはＲＧＤモチーフが挿入される場所の直前の１つまたは２つのアミノ酸残基を任意選択で置換することができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＧＤまたはＰモチーフを、例えばＡＡＶ９の５８８と５８９の間、または他のＡＡＶ内のそれに類似した位置に挿入することが望ましい場合、ｎ量体インサートは、例えば、［ＡＱまたはＤＧ］－［ＰまたはＲＧＤモチーフ］－Ｘ_ｎまたはＸ_ｍを含み得、ここで、Ｘ_ｎまたはＸ_ｍは、それぞれＰ及びＲＧＤモチーフに関して本明細書の他の箇所に記載されている通りであり、ＡＱまたはＤＧは、ＡＡＶ９の残基５８７及び５８８、または他のＡＡＶ内のそれに類似した位置を置換し、ＰまたはＲＧＤモチーフは、ＡＡＶ９の５８８位と５８９位の間、または他のＡＡＶ内のそれに類似した位置に効果的に挿入される。このようなアプローチは、ＡＡＶ以外の他の宿主ポリペプチド及びＡＡＶ内の他の位置にも外挿できることが理解されるであろう。さらに、これは、場合によっては、ＡＱまたはＤＧ以外の他のＣ末端アミノ酸にも外挿できる（例えば、Ｐモチーフの文脈でＸ_ｍ）。

【0231】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶまたは他のウイルスカプシドは、心筋特異的である。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドの心筋特異性は、操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドに組み込まれる心筋特異的ｎ量体インサートによって与えられる。理論によって制約されることを意図するものではないが、ｎ量体インサートは、操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドを含有する操作されたＡＡＶの相互作用が、細胞表面受容体及び／または心筋細胞の表面上の他の分子との相互作用を増加または改善する（例えば、親和性の増加）ように、操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドのドメインまたは領域にまたはその中に３Ｄ構造をもたらすと考えられる。いくつかの実施形態では、細胞表面受容体はＡＡＶ受容体（ＡＡＶＲ）である。いくつかの実施形態では、細胞表面受容体は心筋細胞特異的ＡＡＶ受容体である。いくつかの実施形態では、心筋特異的カプシドを含有する心筋特異的な操作されたＡＡＶは、本明細書に記載される心筋特異的な操作されたＡＡＶまたは他の心筋特異的ウイルスカプシドを含有しない他の細胞型及び／または他のＡＡＶまたは他のウイルスと比較して、心筋細胞内において形質導入率、効率、量、またはそれらの組合せが増加している。

【0232】

また、本明細書では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ウイルスタンパク質（例えば、カプシドタンパク質）、及び他のポリペプチド（本明細書に記載される操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドが含まれるが、これらに限定されない）をコードするポリヌクレオチドも記載されている。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶまたは他のウイルスカプシドをコードするポリヌクレオチドは、本明細書の他の箇所に記載される操作されたＡＡＶまたは他のウイルス粒子を生成するのに使用され得るＡＡＶまたは他のウイルスベクターシステム中のＡＡＶまたは他のウイルスゲノムドナーとなるように構成されたポリヌクレオチドに含まれ得る。

【0233】

いくつかの実施形態では、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドをコードするポリヌクレオチドは、ポリアデニル化テールに作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化テールは、ＳＶ４０ポリアデニル化テールであり得る。いくつかの実施形態では、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドをコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結され得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは組織特異的プロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、組織特異的プロモーターは心筋細胞に特異的である。いくつかの実施形態では、プロモーターは、構成的プロモーターであり得る。好適な組織特異的プロモーター及び構成的プロモーターは、本明細書の他の箇所で説明されており、当該技術分野において一般に公知であり、市販品として入手可能である。

【0234】

好適な心臓特異的プロモーターとしては、心臓アルファアクチンプロモーター、心臓トロポニンＴプロモーター、心臓トロポニンＣ、心臓アルファ－ミオシン重鎖プロモーター、ＴＮＮＩ３、ＭＹＢＰＣ３、ＭＹＨ６、または他の心筋特異的プロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。

【0235】

好適な筋肉組織／細胞特異的プロモーターとしては、ＣＫ８、ＭＨＣＫ７、ミオグロビンプロモーター（Ｍｂ）、デスミンプロモーター、筋肉クレアチンキナーゼプロモーター（ＭＣＫ）及びそのバリアント、ならびにＳＰｃ５－１２合成プロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。

【0236】

好適な構成的プロモーターとしては、ＣＭＶ、ＲＳＶ、ＳＶ４０、ＥＦ１アルファ、ＣＡＧ、及びベータ－アクチンが挙げられるがこれらに限定されない。

【0237】

低下した非心筋細胞特異性を有するＡＡＶ
いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）は、１つ以上の非心筋細胞型に対する低下した特異性（または検出不可能な、測定不可能な、または臨床的に関連しない相互作用）を有するＡＡＶタンパク質（例えば、ＡＡＶカプシドタンパク質）に挿入される。例示的な非心筋細胞型としては、肝臓、腎臓、肺、心臓、脾臓、筋肉（骨格筋及び平滑筋）、骨、免疫、胃、腸、目、皮膚細胞、脳、ニューロンなどが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、非心筋細胞は肝臓細胞である。

【0238】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、対応する野生型ＡＡＶカプシドポリペプチドと比較して、非心筋細胞における取り込みが低減または排除された、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質である。

【0239】

特定の例示的な実施形態では、非心筋細胞は肝臓細胞である。

【0240】

特定の例示的な実施形態では、野生型カプシドポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。

【0241】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、非心筋細胞における取り込みが低減または排除される１つ以上の変異を含む。

【0242】

特定の例示的な実施形態では、１つ以上の変異は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位、２６９位、５０４位、５０５位、５９０位、もしくはそれらの任意の組合せ、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する１つ以上の位置にある。

【0243】

特定の例示的な実施形態では、非ＡＡＶ９カプシドタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ ｒｈ．７４、ＡＡＶ ｒｈ．１０、またはＡｎｃ８０ ＡＡＶカプシドポリペプチドである。

【0244】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６７位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。

【0245】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の２６９位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＳまたはＸからＴへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。

【0246】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０４位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＧまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。

【0247】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５０５位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＰまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。

【0248】

特定の例示的な実施形態では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）内の５９０位の変異、または非ＡＡＶ９カプシドポリペプチド内のそれに対応する位置における変異は、ＱまたはＸからＡへの変異であり、Ｘは任意のアミノ酸である。

【0249】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の２６７位、２６９位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、２６７位における変異はＧからＡへの変異であり、２６９位における変異はＳからＴへの変異である。

【0250】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５９０位に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０９位における変異はＱからＡへの変異である。

【0251】

特定の例示的な実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、野生型ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）の５０４位、５０５位、またはその両方に変異を含む操作されたＡＡＶ９カプシドポリペプチドであり、５０４位における変異はＧからＡへの変異であり、５０５位における変異はＰからＡへの変異である。

【0252】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）及び／またはＰモチーフ（複数可）が挿入され得るＡＡＶカプシドタンパク質は、国際特許出願公開ＷＯ２０１９／２１７９１１（本明細書にその全体が表されているかのように参照により組み込まれる）の配列番号４または配列番号５に対して８０～１００（例えば、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、から／または１００）パーセント同一であり得る。これらの配列はまた、それぞれ配列番号２及び３として本明細書に組み込まれる。肝臓特異性が低下したこれらのＡＡＶ９カプシドタンパク質のバリアントを検討する場合、その残基２６７及び／または２６９は、関連する変異または同等物を含まなければならないことが理解されるであろう。

【0253】

いくつかの実施形態では、ｎ量体インサート（複数可）が挿入され得るＡＡＶカプシドタンパク質は、非心臓細胞、特に、肝臓細胞に対して特異性が低下したＡｄａｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，（Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．２０１４．５：３０７５，ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｃｏｍｍｓ４０７５）に記載されるもののいずれかに対して８０～１００（例えば、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、から／または１００）パーセント同一であり得る。Ａｄａｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，（Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．２０１４．５：３０７５，ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｃｏｍｍｓ４０７５）は、その全体が表現されているかのように参照により本明細書に組み込まれる。

【0254】

いくつかの実施形態では、改変されたＡＡＶは、野生型ＡＡＶまたは対照と比較して、非心臓細胞に対する特異性が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００パーセントまたは倍低下している可能性がある。いくつかの実施形態では、改変されたＡＡＶは、１つ以上の非心臓細胞において、測定可能なまたは検出可能な取り込み及び／または発現を有さない可能性がある。

【0255】

操作されたＡＡＶカプシドを生成する方法
操作されたＡＡＶカプシドを生成する方法も、本明細書において提供される。操作されたＡＡＶカプシドバリアントは、野生型ＡＡＶカプシドのバリアントであり得る。図６Ａ～８は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドを生成することが可能な方法の様々な実施形態を示し得る。一般に、ＡＡＶカプシドライブラリーは、適切なＡＡＶ産生細胞株において、前述されている操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチドを各々含有する操作されたカプシドベクターを発現させることによって生成され得る。例えば、図８を参照されたい。図８は、ＡＡＶ粒子産生のヘルパー依存的な方法を示しているが、これは、ヘルパーフリーな方法を介しても同様に行われ得ることが理解されよう。これにより、もう１つの所望の細胞特異的な操作されたＡＡＶカプシドバリアントを含み得るＡＡＶカプシドライブラリーが生成され得る。図６に示されるように、ＡＡＶカプシドライブラリーは、１回目のｍＲＮＡベースの選択のために様々な非ヒト動物に投与され得る。図１に示されるように、ＡＡＶ及び関連するベクターによる形質導入プロセスにより、細胞を形質導入したウイルスのゲノムを反映しているｍＲＮＡ分子の産生がもたらされ得る。本明細書における実施例で少なくとも論じられるように、ｍＲＮＡベースの選択は、細胞を機能的に形質導入することが可能なウイルス粒子を決定するのにより特異的かつ有効であり得るが、その理由は、それが、ウイルスＤＮＡの存在を測定することによって該細胞におけるウイルス粒子の存在を単に検出することとは対照的に、産生された機能的産物に基づいているからである。

【0256】

１回目の投与後、所望のカプシドバリアントを有する１つ以上の操作されたＡＡＶウイルス粒子は次いで、フィルタリングされたＡＡＶカプシドライブラリーを形成するために使用され得る。所望のＡＡＶウイルス粒子は、カプシドバリアントのｍＲＮＡ発現を測定し、どのバリアントが、所望ではない細胞型（複数可）と比較して所望の細胞型（複数可）において高度に発現されるかを決定することによって同定され得る。所望の細胞、組織、及び／または器官型において高度に発現するものが、所望のＡＡＶカプシドバリアント粒子である。いくつかの実施形態では、該ＡＡＶカプシドバリアントをコードするポリヌクレオチドは、所望の細胞、組織、または器官において選択的活性を有する組織特異的プロモーターの制御下にある。

【0257】

１回目で同定された操作されたＡＡＶカプシドバリアント粒子は次いで、様々な非ヒト動物に投与され得る。いくつかの実施形態では、２回目の選択及び同定において使用される動物は、１回目の選択及び同定に使用された動物と同じではない。１回目と同様に、投与後、所望の細胞、組織、及び／または器官型（複数可）において上位の発現バリアントが、細胞におけるウイルスｍＲＮＡ発現を測定することによって同定され得る。２回目の後に同定された上位のバリアントは次いで、任意選択でバーコード化され、任意選択でプールされ得る。いくつかの実施形態では、２回目の上位バリアントは次いで、上位の細胞特異的バリアント（複数可）を同定するために非ヒト霊長類に投与され得る（特に、その上位バリアントの最終用途がヒトにおける場合）。各回での投与は、全身性であり得る。

【0258】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドバリアントを生成する方法は、（ａ）細胞において操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチドを含有する本明細書に記載されるベクターシステムを発現させて操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントを産生する工程；（ｂ）工程（ａ）において産生された操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントを採取する工程；（ｃ）操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントを１以上の第１の対象に投与する工程であって、該操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントが、細胞における操作されたＡＡＶカプシドバリアントベクターまたはそのシステムの発現、及び該細胞によって産生された操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントの採取によって産生される、投与する工程；ならびに（ｄ）１以上の第１の対象における１つ以上の特定の細胞または特定の細胞型によって有意に高いレベルで産生された１つ以上の操作されたＡＡＶカプシドバリアントを同定する工程を含み得る。この文脈では、「有意に高い」とは、１５ｃｍのディッシュあたり約２×１０^１１～約６×１０^１２ベクターゲノムの範囲であり得る力価を指し得る。

【0259】

本方法は、さらに、（ｅ）工程（ｄ）において同定されたいくつかのまたはすべての操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントを、１以上の第２の対象に投与する工程；及び（ｆ）１以上の第２の対象における１つ以上の特定の細胞または特定の細胞型において有意に高いレベルで産生された１つ以上の操作されたＡＡＶウイルス粒子カプシドバリアントを同定する工程を含み得る。工程（ａ）における細胞は、原核細胞または真核細胞であり得る。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）、工程（ｅ）、または両方における投与は、全身性である。いくつかの実施形態では、１以上の第１の対象、１以上の第２の対象、または両方は、非ヒト哺乳動物である。いくつかの実施形態では、１以上の第１の対象、１以上の第２の対象、または両方は、各々独立して、野生型非ヒト哺乳動物、ヒト化非ヒト哺乳動物、疾患特異的非ヒト哺乳動物モデル、及び非ヒト霊長類からなる群から選択される。

【0260】

操作されたベクター及びベクターシステム
本明細書に記載される操作されたポリヌクレオチド、（例えば、ＡＡＶカプシドポリヌクレオチド）の１つ以上を含有し得るベクター及びベクターシステムも、本明細書において提供される。この文脈で使用される際、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドは、本明細書の他の箇所に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドをコードすることが可能な本明細書に記載されるポリヌクレオチド及び／または本明細書の他の箇所に記載される１つ以上の操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドタンパク質をコードすることが可能なポリヌクレオチド（複数可）のいずれか１つ以上を指す。さらに、ベクターが、本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドを含む場合、該ベクターはまた、特に言及されていなくても、操作されたベクターまたはそのシステムと呼ばれ、操作されたベクターまたはそのシステムであると見なされ得る。実施形態では、ベクターは、本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドの１つ以上のエレメントをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含有し得る。ベクターは、本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドの１つ以上の構成要素を発現し得る細菌、真菌、酵母、植物細胞、動物細胞、及びトランスジェニック動物を産生するのに有用であり得る。本明細書に記載されるポリヌクレオチド配列の１つ以上を含有するベクターは、本開示の範囲内である。本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド及びそのシステムの一部であるポリヌクレオチドの１つ以上は、ベクターまたはベクターシステムに含まれ得る。

【0261】

いくつかの実施形態では、ベクターは、３’ポリアデニル化シグナルを有する操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、３’ポリアデニル化は、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルである。いくつかの実施形態では、ベクターは、スプライス調節エレメントを有さない。いくつかの実施形態では、ベクターは、１つ以上の最低限のスプライス調節エレメントを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、さらに、改変されたスプライス調節エレメントを含むことができ、改変により、スプライス調節エレメントは不活化される。いくつかの実施形態では、改変されたスプライス調節エレメントは、ｒｅｐタンパク質ポリヌクレオチドと操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドタンパク質バリアントポリヌクレオチドの間でスプライシングを誘導するのに十分なポリヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、スプライシングを誘導するのに十分であり得るポリヌクレオチド配列は、スプライスアクセプターまたはスプライスドナーである。いくつかの実施形態では、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドは、本明細書の他の箇所に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドである。

【0262】

ベクター及び／またはベクターシステムを使用して、例えば、産生細胞などの細胞において、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上を発現させ、本明細書の他の箇所に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドを含有する操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子を産生することができる。本明細書に記載されるベクター及びベクターシステムの他の使用もまた、本開示の範囲内に含まれる。一般に、及び本明細書全体を通して、この用語は、ある環境から別の環境への実体の移動を可能にするかまたは容易にするツールである。当業者によって理解されるいくつかの文脈では、「ベクター」は、それが連結されている別の核酸を輸送することが可能な核酸分子を指す専門用語であり得る。ベクターは、プラスミド、ファージ、またはコスミドなどのレプリコンであり得、その中に別のＤＮＡセグメントを挿入して、挿入されたセグメントの複製をもたらすことができる。通常、ベクターは、適切な制御エレメントと会合している場合、複製が可能である。

【0263】

ベクターとしては、一本鎖、二本鎖、または部分的二本鎖の核酸分子、１つ以上の自由端を含む、自由端を含まない（例えば、環状）核酸分子、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその両方を含む核酸分子、及び当該技術分野において公知である他の種類のポリヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。１つのタイプのベクターは「プラスミド」であり、標準的な分子クローニング技術などによって追加のＤＮＡセグメントが挿入され得る環状二本鎖ＤＮＡループを指す。別のタイプのベクターは、ウイルスベクターであり、ウイルス由来のＤＮＡまたはＲＮＡ配列が、ウイルス（例えば、レトロウイルス、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、複製欠損アデノウイルス、及びアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ））にパッケージングするためのベクター中に存在する。ウイルスベクターはまた、宿主細胞へのトランスフェクションのためのウイルスによって運ばれるポリヌクレオチドも含む。ある特定のベクターは、それらが導入される宿主細胞において自己複製が可能である（例えば、細菌の複製起点を有する細菌ベクター及びエピソーム哺乳動物ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞に導入されると宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それにより宿主ゲノムと共に複製される。さらに、ある特定のベクターは、それらが作動可能に連結された遺伝子の発現を指示することが可能である。かかるベクターは、本明細書では「発現ベクター」と称される。組換えＤＮＡ技術において有用な一般的な発現ベクターは、多くの場合、プラスミドの形態である。

【0264】

組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に好適な形態で本発明の核酸（例えば、ポリヌクレオチド）から構成され得る。これは、該組換え発現ベクターが、発現に使用される宿主細胞に基づいて選択され得る、発現される核酸配列に作動可能に連結される１つ以上の調節エレメントを含むことを意味する。組換え発現ベクター内で、「作動可能に連結された（ｏｐｅｒａｂｌｙ ｌｉｎｋｅｄ）」及び「作動可能に連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ－ｌｉｎｋｅｄ）」は、本明細書において同義的に使用され、本明細書の他の箇所でさらに定義される。ベクターの文脈において、「作動可能に連結された」という用語は、対象とするヌクレオチド配列が、（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写／翻訳システムにおいて、またはベクターが宿主細胞に導入される場合の宿主細胞において）ヌクレオチド配列の発現を可能とする様式で調節エレメント（複数可）に連結されることを意味することが意図されている。有利なベクターには、アデノ随伴ウイルスが含まれ、このようなベクターのタイプはまた、所望の細胞特異的指向性を有する操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドを含有する操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）ベクターなど、特定のタイプの細胞を標的とするために選択され得る。ベクター及びベクターシステムのこれらの及び他の実施形態は、本明細書の他の箇所に記載されている。

【0265】

いくつかの実施形態では、ベクターは、バイシストロニックベクターであり得る。いくつかの実施形態では、バイシストロニックベクターは、本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントに使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムのエレメントの発現は、好適な構成的または組織特異的プロモーターによって駆動され得る。操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムのエレメントがＲＮＡである場合、その発現は、Ｕ６プロモーターなどのＰｏｌ ＩＩＩプロモーターによって駆動され得る。いくつかの実施形態では、その２つが組み合わされる。

【0266】

細胞ベースのベクターの増幅及び発現
ベクターは、好適な宿主細胞における本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム（例えば、核酸転写産物、タンパク質、酵素、及びそれらの組合せ）などの１つ以上のエレメントの発現のために設計され得る。いくつかの実施形態では、好適な宿主細胞は、原核細胞である。好適な宿主細胞としては、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞が挙げられるがこれらに限定されない。ベクターは、ウイルスベースまたは非ウイルスベースであり得る。いくつかの実施形態では、好適な宿主細胞は、真核細胞である。いくつかの実施形態では、好適な宿主細胞は、好適な細菌細胞である。好適な細菌細胞としては、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種の細菌からの細菌細胞が挙げられるがこれらに限定されない。ベクターの発現のために多くの好適なＥ．ｃｏｌｉ株が当該技術分野において公知である。これらとしては、Ｐｉｒ１、Ｓｔｂｌ２、Ｓｔｂｌ３、Ｓｔｂｌ４、ＴＯＰ１０、ＸＬ１ Ｂｌｕｅ、及びＸＬ１０ Ｇｏｌｄが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、好適な昆虫細胞である。好適な昆虫細胞としては、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａからのものが挙げられる。Ｓ．ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞の好適な株としては、Ｓｆ９及びＳｆ２１が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、好適な酵母細胞である。いくつかの実施形態では、酵母細胞は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ由来であり得る。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、好適な哺乳動物細胞である。ベクターを発現するために多くの種類の哺乳動物細胞が開発されてきた。好適な哺乳動物細胞としては、ＨＥＫ２９３、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）、マウス骨髄腫細胞、ＨｅＬａ、Ｕ２ＯＳ、Ａ５４９、ＨＴ１０８０、ＣＡＤ、Ｐ１９、ＮＩＨ ３Ｔ３、Ｌ９２９、Ｎ２ａ、ＭＣＦ－７、Ｙ７９、ＳＯ－Ｒｂ５０、ＨｅｐＧ Ｇ２、ＤＩＫＸ－Ｘ１１、Ｊ５５８Ｌ、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）、及びニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）が挙げられるがこれらに限定されない。好適な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ，ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）においてさらに説明されている。

【0267】

いくつかの実施形態では、ベクターは、酵母発現ベクターであり得る。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおける発現のためのベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉ，ｅｔ ａｌ．，１９８７．ＥＭＢＯ Ｊ．６：２２９－２３４）、ｐＭＦａ（Ｋｕｉｊａｎ ａｎｄ Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ，１９８２．Ｃｅｌｌ ３０：９３３－９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．，１９８７．Ｇｅｎｅ ５４：１１３－１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、及びｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。本明細書で使用される場合、「酵母発現ベクター」とは、ＲＮＡ及び／またはポリペプチドをコードする１つ以上の配列を含み、核酸（複数可）の発現を制御する任意の所望のエレメント、ならびに酵母細胞内で発現ベクターの複製及び維持を可能にする任意のエレメントをさらに含み得る核酸を指す。多くの好適な酵母発現ベクター及びその特色は、当該技術分野において公知である。例えば、様々なベクター及び技術は、Ｙｅａｓｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｘｉａｏ，Ｗ．，ｅｄ．（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２００７）及びＢｕｃｋｈｏｌｚ，Ｒ．Ｇ．ａｎｄ Ｇｌｅｅｓｏｎ，Ｍ．Ａ．（１９９１）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＮＹ）９（１１）：１０６７－７２に示されている。酵母ベクターは、限定はされないが、セントロメア（ＣＥＮ）配列、自律複製配列（ＡＲＳ）、対象とする配列または遺伝子に作動可能に連結されたＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターなどのプロモーター、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩターミネーターなどのターミネーター、複製起点、及びマーカー遺伝子（例えば、栄養要求性選択マーカー、抗生物質選択マーカー、または他の選択マーカー）を含み得る。酵母で使用するための発現ベクターの例としては、プラスミド、酵母人工染色体、２μプラスミド、酵母組み込み型プラスミド、酵母複製型プラスミド、シャトルベクター、及びエピソームプラスミドが挙げられ得る。

【0268】

いくつかの実施形態では、ベクターは、バキュロウイルスベクターまたは発現ベクターであり、昆虫細胞におけるポリヌクレオチド及び／またはタンパク質の発現に好適であり得る。培養昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）におけるタンパク質の発現に利用可能なバキュロウイルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈ，ｅｔ ａｌ．，１９８３．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２１５６－２１６５）及びｐＶＬシリーズ（Ｌｕｃｋｌｏｗ ａｎｄ Ｓｕｍｍｅｒｓ，１９８９．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７０：３１－３９）が挙げられる。ｒＡＡＶ（組換えアデノ随伴ウイルス）ベクターは好ましくは、昆虫細胞、例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ Ｓｆ９昆虫細胞において産生され、無血清浮遊培養で増殖する。無血清昆虫細胞は、販売業者、例えば、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから購入することができる（ＥＸ－ＣＥＬＬ ４０５）。

【0269】

いくつかの実施形態では、ベクターは、哺乳動物発現ベクターである。いくつかの実施形態では、哺乳動物発現ベクターは、哺乳動物細胞において１つ以上のポリヌクレオチド及び／またはポリペプチドを発現させることが可能である。哺乳動物発現ベクターの例としては、限定はされないが、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，１９８７．Ｎａｔｕｒｅ ３２９：８４０）及びｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎ，ｅｔ ａｌ．，１９８７．ＥＭＢＯ Ｊ．６：１８７－１９５）が挙げられる。哺乳動物発現ベクターは、哺乳動物細胞において１つ以上のポリヌクレオチド及び／またはタンパク質の発現を制御することが可能な１つ以上の好適な調節エレメントを含み得る。例えば、一般的に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、シミアンウイルス４０、及び本明細書に開示され、当該技術分野において公知である他のものに由来する。好適な調節エレメントに関するさらなる詳細は、本明細書の他の箇所に記載されている。

【0270】

原核細胞及び真核細胞の両方のための他の好適な発現ベクター及びベクターシステムについては、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ．２ｎｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９のチャプター１６及び１７を参照されたい。

【0271】

いくつかの実施形態では、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型において優先的に核酸の発現を指示することが可能である（例えば、組織特異的調節エレメントが核酸を発現させるために使用される）。組織特異的調節エレメントは、当該技術分野において公知である。好適な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的、Ｐｉｎｋｅｒｔ，ｅｔ ａｌ．，１９８７．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１：２６８－２７７）、リンパ特異的プロモーター（Ｃａｌａｍｅ ａｎｄ Ｅａｔｏｎ，１９８８．Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５－２７５）、特にＴ細胞受容体のプロモーター（Ｗｉｎｏｔｏ ａｎｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，１９８９．ＥＭＢＯ Ｊ．８：７２９－７３３）及び免疫グロブリン（Ｂａｎｅｉｊｉ，ｅｔ ａｌ．，１９８３．Ｃｅｌｌ ３３：７２９－７４０、Ｑｕｅｅｎ ａｎｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，１９８３．Ｃｅｌｌ ３３：７４１－７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター、Ｂｙｒｎｅ ａｎｄ Ｒｕｄｄｌｅ，１９８９．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：５４７３－５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄ，ｅｔ ａｌ．，１９８５．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：９１２－９１６）、及び乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清プロモーター、米国特許第４，８７３，３１６号及び欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されたプロモーター、例えば、マウスｈｏｘプロモーター（Ｋｅｓｓｅｌ ａｎｄ Ｇｒｕｓｓ，１９９０．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３７４－３７９）及びα－フェトプロテインプロモーター（Ｃａｍｐｅｓ ａｎｄ Ｔｉｌｇｈｍａｎ，１９８９．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．３：５３７－５４６）も包含される。これらの原核細胞及び真核細胞ベクターに関しては、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第６，７５０，０５９号に言及されている。他の実施形態は、ウイルスベクターを利用することができ、この点に関して、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許出願第１３／０９２，０８５号に言及されている。組織特異的調節エレメントは、当該技術分野において公知であり、この点に関して、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第７，７７６，３２１号に言及されている。いくつかの実施形態では、調節エレメントは、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントの発現を駆動するように、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントに作動可能に連結され得る。

【0272】

ベクターは、原核生物または原核細胞に導入され、増殖され得る。いくつかの実施形態では、原核生物は、真核細胞に導入されるベクターのコピーを増幅するため、または真核細胞に導入されるベクターの産生における中間ベクターとして使用される（例えば、ウイルスベクターパッケージングシステムの一部としてプラスミドを増幅する）。いくつかの実施形態では、原核生物は、例えば、宿主細胞または宿主生物への送達用の１つ以上のタンパク質の供給源を提供するために、ベクターのコピーを増幅し、１つ以上の核酸を発現するのに使用される。

【0273】

いくつかの実施形態では、ベクターは、融合ベクターまたは融合発現ベクターであり得る。いくつかの実施形態では、融合ベクターは、その中にコードされるタンパク質に、例えば、組換えタンパク質のアミノ末端、カルボキシ末端、または両方に、いくつかのアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させること；（ｉｉ）組換えタンパク質の可溶性を高めること；及び（ｉｉｉ）アフィニティ精製におけるリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製を補助することなどの、１つ以上の目的を果たすことができる。いくつかの実施形態では、原核生物におけるポリヌクレオチド（例えば、非コードポリヌクレオチド）及びタンパク質の発現は、融合または非融合ポリヌクレオチド及び／またはタンパク質のいずれかの発現を指示する構成的または誘導性プロモーターを含有するベクターを用いて、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉで行われ得る。いくつかの実施形態では、融合発現ベクターは、タンパク質分解切断部位を含み得、これは、融合ベクター骨格または他の融合部位と組換えポリヌクレオチドまたはタンパク質との接合部に導入されて、融合ポリヌクレオチドまたはタンパク質の精製後に、融合ベクター骨格または他の融合部位からの組換えポリヌクレオチドまたはタンパク質の分離を可能にし得る。このような酵素、及びそれらの同族認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン及びエンテロキナーゼを含む。融合発現ベクターの例としては、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡをそれぞれ標的組換えタンパク質に融合するｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎ，１９８８．Ｇｅｎｅ ６７：３１－４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）及びｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。好適な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｇｅｎｅ ６９：３０１－３１５）及びｐＥＴ １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０－８９）が挙げられる。

【0274】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントの発現を駆動する１つ以上のベクターは、本明細書に記載される操作された送達システムのエレメントの発現が、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム（本明細書の他の箇所でより詳細に記載される操作された遺伝子導入剤粒子が挙げられるがこれらに限定されない）の形成を指示するように、宿主細胞中に導入される。例えば、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの異なるエレメントは各々、別個のベクターにおける別個の調節エレメントに作動可能に連結され得る。本明細書に記載される操作された送達システムの異なるエレメントのＲＮＡ（複数可）が、動物または哺乳動物またはその細胞に送達されて、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントを組み込むかまたは本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上のエレメントを組み込む及び／または発現する１つ以上の細胞を含有する本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの異なるエレメントを構成的にまたは誘導的にまたは条件付きで発現する動物または哺乳動物またはその細胞を産生し得る。

【0275】

いくつかの実施形態では、同じまたは異なる調節エレメント（複数可）から発現されるエレメントの２つ以上は、単一のベクターにおいて、第１のベクターに含まれないシステムの任意の構成要素を提供する１つ以上の追加のベクターと組み合わされ得る。単一のベクターにおいて組み合わされる操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムポリヌクレオチドは、任意の好適な配向で配置され得、例えば、１つのエレメントは第２のエレメントに対して５’（「上流」）に位置しても３’（「下流」）に位置してもよい。１つのエレメントのコード配列は、第２のエレメントのコード配列と同じ鎖に位置しても反対の鎖に位置してもよく、同じ方向に配向されても反対の方向に配向されてもよい。いくつかの実施形態では、単一のプロモーターは、１つ以上のイントロン配列に埋め込まれた（例えば、各々が異なるイントロンに含まれるか、２つ以上が少なくとも１つのイントロンに含まれるか、またはすべてが単一のイントロンに含まれる）１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドタンパク質をコードする転写産物の発現を駆動する。いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドは、同じプロモーターに作動可能に連結され、同じプロモーターから発現され得る。

【0276】

ベクターの特色
ベクターは、ベクター、送達されるポリヌクレオチド、それから産生されるウイルス粒子、またはそれから発現されるポリペプチドに１つ以上の機能を付与し得る追加の特色を含み得る。かかる特色としては、調節エレメント、選択マーカー、分子識別子（例えば、分子バーコード）、安定化エレメントなどが挙げられるがこれらに限定されない。当業者であれば、発現ベクター及び含まれる追加の特色の設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望の発現レベルなどの要因に依存し得ることが理解されよう。

【0277】

調節エレメント
実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド及び／またはそのベクター（本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドなど）は、ポリヌクレオチドに作動可能に連結され得る１つ以上の調節エレメントを含み得る。「調節エレメント」という用語は、プロモーター、エンハンサー、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、及び他の発現制御エレメント（例えば、転写終結シグナル、例えば、ポリアデニル化シグナル及びポリ－Ｕ配列）を含むことが意図されている。かかる調節エレメントは、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ，ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節エレメントは、多くの宿主細胞型においてヌクレオチド配列の構成的発現を指示するもの及びある特定の宿主細胞においてのみヌクレオチド配列の発現を指示するもの（例えば、組織特異的調節配列）を含む。組織特異的プロモーターは、主に所望の対象とする組織、例えば、筋肉（例えば、心筋）、ニューロン、骨、皮膚、血液、特定の器官（例えば、肝臓、膵臓）、または特定の細胞型（例えば、リンパ球）における発現を指示し得る。調節エレメントはまた、時間依存的に、例えば、細胞周期依存的または発達段階依存的に発現を指示し得、これは組織または細胞型特異的である場合もない場合もある。いくつかの実施形態では、ベクターは、１つ以上のｐｏｌ ＩＩＩプロモーター（例えば、１、２、３、４、５、またはそれ以上のｐｏｌ ＩＩＩプロモーター）、１つ以上のｐｏｌ ＩＩプロモーター（例えば、１、２、３、４、５、またはそれ以上のｐｏｌ ＩＩプロモーター）、１つ以上のｐｏｌ Ｉプロモーター（例えば、１、２、３、４、５、またはそれ以上のｐｏｌ Ｉプロモーター）、またはそれらの組合せを含む。ｐｏｌ ＩＩＩプロモーターの例としては、Ｕ６及びＨ１プロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。ｐｏｌ ＩＩプロモーターの例としては、レトロウイルスラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）ＬＴＲプロモーター（任意選択でＲＳＶエンハンサーを有する）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター（任意選択でＣＭＶエンハンサーを有する）（例えば、Ｂｏｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，４１：５２１－５３０（１９８５）参照）、ＳＶ４０プロモーター、ジヒドロ葉酸レダクターゼプロモーター、β－アクチンプロモーター、ホスホグリセロールキナーゼ（ＰＧＫ）プロモーター、及びＥＦ１αプロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。また、「調節エレメント」という用語に包含されるのは、エンハンサーエレメント、例えば、ＷＰＲＥ、ＣＭＶエンハンサー、ＨＴＬＶ－ＩのＬＴＲにおけるＲ－Ｕ５’セグメント（Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，Ｖｏｌ．８（１），ｐ．４６６－４７２，１９８８）、ＳＶ４０エンハンサー、及びウサギβ－グロビンのエクソン２と３の間のイントロン配列（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．，Ｖｏｌ．７８（３），ｐ．１５２７－３１，１９８１）である。

【0278】

いくつかの実施形態では、調節配列は、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第７，７７６，３２１号、米国特許公開第２０１１／００２７２３９号、及びＰＣＴ公開ＷＯ２０１１／０２８９２９に記載されている調節配列であり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、最小プロモーターを含み得る。いくつかの実施形態では、最小プロモーターは、Ｍｅｃｐ２プロモーター、ｔＲＮＡプロモーター、またはＵ６である。さらなる実施形態では、最小プロモーターは、組織特異的である。いくつかの実施形態では、ベクターポリヌクレオチド最小プロモーター及びポリヌクレオチド配列の長さは、４．４Ｋｂ未満である。

【0279】

ポリヌクレオチドを発現させるため、ベクターは、細胞における遺伝子の転写及び／またはコードされたタンパク質の翻訳を指示する１つ以上の転写及び／または翻訳開始調節配列、例えば、プロモーターを含み得る。いくつかの実施形態では、構成的プロモーターが用いられ得る。哺乳動物細胞に好適な構成的プロモーターは、当該技術分野において一般に公知であり、ＳＶ４０、ＣＡＧ、ＣＭＶ、ＥＦ－１α、β－アクチン、ＲＳＶ、及びＰＧＫを含むがこれらに限定されない。細菌細胞、酵母細胞、及び真菌細胞に好適な構成的プロモーター、例えば、細菌発現用のＴ－７プロモーター及び酵母における発現用のアルコールデヒドロゲナーゼプロモーターが、当該技術分野において一般に公知である。

【0280】

いくつかの実施形態では、調節エレメントは、調節型プロモーターであり得る。「調節型プロモーター」とは、構成的ではなく、時間的及び／または空間的に調節された様式で遺伝子発現を指示するプロモーターを指し、組織特異的、組織優先的及び誘導性プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、調節型プロモーターは、本明細書の他の箇所で先に説明されている組織特異的プロモーターである。調節型プロモーターは、条件付きプロモーター及び誘導性プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、条件付きプロモーターは、特定の細胞型において、ある特定の環境条件下で、及び／または特定の発達段階の間に、ポリヌクレオチドの発現を指示するために用いられ得る。好適な組織特異的プロモーターとしては、心筋組織及び細胞特異的プロモーターが挙げられ得るがこれらに限定されない。

【0281】

好適な心臓特異的プロモーターとしては、心臓アルファアクチンプロモーター、心臓トロポニンＴプロモーター、心臓トロポニンＣ、心臓アルファ－ミオシン重鎖プロモーター、ＴＮＮＩ３、ＭＹＢＰＣ３、ＭＹＨ６、または他の心筋特異的プロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。

【0282】

好適な筋肉組織／細胞特異的プロモーターとしては、ＣＫ８、ＭＨＣＫ７、ミオグロビンプロモーター（Ｍｂ）、デスミンプロモーター、筋肉クレアチンキナーゼプロモーター（ＭＣＫ）及びそのバリアント、ならびにＳＰｃ５－１２合成プロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。

【0283】

他の組織及び／または細胞特異的プロモーターは、本明細書の他の箇所で説明されており、当該技術分野において一般に公知であり得、本開示の範囲内である。

【0284】

誘導性／条件付きプロモーターは、正の誘導性／条件付きプロモーター（例えば、活性化された活性化因子、または誘導因子（化合物、環境条件、または他の刺激）との適切な相互作用によりポリヌクレオチドの転写を活性化するプロモーター）、または負の／条件付き誘導性プロモーター（例えば、プロモーターのリプレッサー条件が除かれるまで抑制される（例えば、リプレッサーによって結合される）プロモーター（例えば、誘導因子が、プロモーターに結合したリプレッサーに結合し、リプレッサーによるプロモーターの解放またはプロモーター環境からの化学的リプレッサーの除去を刺激する））であり得る。誘導因子は、化合物、環境条件、または他の刺激であり得る。したがって、誘導性／条件付きプロモーターは、任意の好適な刺激、例えば、化学的、生物学的、または他の分子作用物質、温度、光、及び／またはｐＨに対して反応性であり得る。好適な誘導性／条件付きプロモーターとしては、Ｔｅｔ－Ｏｎ、Ｔｅｔ－Ｏｆｆ、Ｌａｃプロモーター、ｐＢａｄ、ＡｌｃＡ、ＬｅｘＡ、Ｈｓｐ７０プロモーター、Ｈｓｐ９０プロモーター、ｐＤａｗｎ、ＸＶＥ／ＯｌｅｘＡ、ＧＶＧ、及びｐＯｐ／ＬｈＧＲが挙げられるがこれらに限定されない。

【0285】

植物細胞における発現が所望される場合、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの構成要素は、典型的には、植物プロモーター、すなわち、植物細胞において作動可能なプロモーターの制御下に置かれる。異なる型のプロモーターの使用が想定される。いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムベクターを植物に含むことは、ＡＡＶベクター産生の目的のためであり得る。

【0286】

構成的植物プロモーターは、それが制御するオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を、植物のすべてのまたはほぼすべての発達段階の間にすべてのまたはほぼすべての植物組織において発現（「構成的発現」と称される）させることができるプロモーターである。構成的プロモーターの１つの非限定的な例は、カリフラワーモザイクウイルス３５Ｓプロモーターである。異なるプロモーターは、異なる組織もしくは細胞型において、または異なる発達段階において、または異なる環境条件に反応して遺伝子の発現を指示し得る。特定の実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム構成要素の１つ以上は、構成的プロモーター、例えば、カリフラワーモザイクウイルス３５Ｓプロモーターの制御下で発現され、組織優先的プロモーターは、特定の植物組織内のある特定の細胞型、例えば、葉もしくは根における維管束細胞、または種子の特定の細胞における発現の向上を標的とするために利用することができる。操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムにおいて使用するための具体的なプロモーターの例は、Ｋａｗａｍａｔａ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ ３８：７９２－８０３、Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｐｌａｎｔ Ｊ １２：２５５－６５、Ｈｉｒｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２０：２０７－１８、Ｋｕｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２９：７５９－７２、及びＣａｐａｎａ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２５：６８１－９１に見出される。

【0287】

誘導性であり、遺伝子編集または遺伝子発現の時空制御を可能にし得るプロモーターの例としては、エネルギー形態を使用し得る。エネルギー形態としては、音エネルギー、電磁放射線、化学エネルギー及び／または熱エネルギーが挙げられ得るがこれらに限定されない。誘導性システムの例としては、テトラサイクリン誘導性プロモーター（Ｔｅｔ－ＯｎまたはＴｅｔ－Ｏｆｆ）、小分子２ハイブリッド転写活性化システム（ＦＫＢＰ、ＡＢＡなど）、または光誘導性システム（フィトクロム、ＬＯＶドメイン、またはクリプトクロム）、例えば、配列特異的に転写活性の変化を指示する光誘導性転写エフェクター（ＬＩＴＥ）が挙げられる。光誘導性システムの構成要素は、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム、光応答性シトクロムヘテロ二量体（例えば、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ由来）、及び転写活性化／抑制ドメインの１つ以上のエレメントを含み得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＰＣＴ公開ＷＯ２０１４／０１８４２３及び米国公開第２０１５／０２９１９６６号、同第２０１７／０１６６９０３号、同第２０１９／０２０３２１２号において提供される誘導性ＤＮＡ結合タンパク質の１つ以上を含み得、これらの文献には、例えば、誘導性ＤＮＡ結合タンパク質の実施形態及び使用方法が記載されており、本発明での使用に適合させることができる。

【0288】

いくつかの実施形態では、一過性または誘導性発現は、例えば、化学物質調節型プロモーターを含むことによって達成され得る、すなわち、外因性化学物質の適用が遺伝子発現を誘導する。遺伝子発現の調節はまた、化学物質によって抑制可能なプロモーターを含むことによって得ることができ、この場合、化学物質の適用が遺伝子発現を抑制する。化学物質誘導性プロモーターとしては、ベンゼンスルホンアミド除草剤薬害軽減剤によって活性化されるトウモロコシｌｎ２－２プロモーター（Ｄｅ Ｖｅｙｌｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ ３８：５６８－７７）、発芽前除草剤として使用される疎水性求電子化合物によって活性化されるトウモロコシＧＳＴプロモーター（ＧＳＴ－ｌｌ－２７、ＷＯ９３／０１２９４）、及びサリチル酸によって活性化されるタバコＰＲ－１プロモーター（Ｏｎｏ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｂｉｏｓｃｉ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ ６８：８０３－７）が挙げられるがこれらに限定されない。テトラサイクリン誘導性及びテトラサイクリン抑制性プロモーターなどの抗生物質によって調節されるプロモーター（Ｇａｔｚ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｍｏｌ Ｇｅｎ Ｇｅｎｅｔ ２２７：２２９－３７；米国特許第５，８１４，６１８号及び同第５，７８９，１５６号）も、本明細書において使用され得る。

【0289】

いくつかの実施形態では、ベクターまたはそのシステムは、特定の細胞構成要素または細胞小器官への／中での操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドのトランスロケーション及び／または発現が可能な１つ以上のエレメントを含み得る。このような細胞小器官としては、核、リボソーム、小胞体、ゴルジ体、葉緑体、ミトコンドリア、液胞、リソソーム、細胞骨格、細胞膜、細胞壁、ペルオキシソーム、中心小体などが挙げられ得るがこれらに限定されない。

【0290】

選択マーカー及びタグ
操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであり得る、選択マーカーもしくはタグをコードするかまたはそれらであるポリヌクレオチドを含むように作動可能に連結されるか、融合されるか、またはそうでなければ改変され得る。いくつかの実施形態では、選択マーカーポリペプチドが、翻訳されるとき、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリペプチドのＮ及びＣ末端の間、または操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリペプチドのＮ及び／またはＣ末端における２つのアミノ酸の間に挿入されるように、ポリペプチド選択マーカーをコードするポリペプチドは、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムポリヌクレオチドに組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、選択マーカーまたはタグは、ポリヌクレオチドバーコードまたは固有分子識別子（ＵＭＩ）である。

【0291】

このような選択マーカーまたはタグをコードするポリヌクレオチドが、選択マーカーまたはタグの発現を可能にするために適切な方法で本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の構成要素をコードするポリヌクレオチドに組み込まれ得ることが理解されるであろう。このような技術及び方法は、本明細書の他の箇所に記載され、本開示を考慮して当業者によって即座に理解されるであろう。多くのこのような選択マーカー及びタグは、当該技術分野において一般に公知であり、本開示の範囲内であることが意図される。

【0292】

好適な選択マーカー及びタグとしては、親和性タグ、例えば、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ポリ（Ｈｉｓ）タグ；可溶化タグ、例えば、チオレドキシン（ＴＲＸ）及びポリ（ＮＡＮＰ）、ＭＢＰ、及びＧＳＴ；クロマトグラフィータグ、例えば、ポリアニオン性アミノ酸からなるもの、例えば、ＦＬＡＧタグ；エピトープタグ、例えば、Ｖ５タグ、Ｍｙｃタグ、ＨＡタグ及びＮＥタグ；特定の酵素修飾（例えば、ビオチンリガーゼによるビオチン化）または化学修飾（例えば、蛍光イメージングのためのＦｌＡｓＨ－ＥＤＴ２との反応）を可能にし得るタンパク質タグ、制限酵素または他の酵素切断部位を含むＤＮＡ及び／またはＲＮＡセグメント；スペクチノマイシン、アンピシリン、カナマイシン、テトラサイクリン、Ｂａｓｔａ、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼＩＩ（ＮＥＯ）、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ（ＨＰＴ））などの抗生物質を含む、耐性がなければ毒性である化合物に対する耐性を提供する産物をコードするＤＮＡセグメント；レシピエント細胞において欠いている産物をコードするＤＮＡ及び／またはＲＮＡセグメント（例えば、ｔＲＮＡ遺伝子、栄養要求性マーカー）；容易に同定され得る産物をコードするＤＮＡ及び／またはＲＮＡセグメント（例えば、β－ガラクトシダーゼ、ＧＵＳなどの表現型マーカー；蛍光タンパク質、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、シアン（ＣＦＰ）、黄色（ＹＦＰ）、赤色（ＲＦＰ）、ルシフェラーゼ、及び細胞表面タンパク質）；ＰＣＲのための１つ以上の新たなプライマー部位を生成し得るポリヌクレオチド（例えば、以前には並置されていなかった２つのＤＮＡ配列の並置）、制限エンドヌクレアーゼまたは他のＤＮＡ修飾酵素、化学物質などによって作用しないまたは作用するＤＮＡ配列；エピトープタグ（例えば、ＧＦＰ、ＦＬＡＧ及びＨｉｓタグ）、ならびに分子バーコードまたは固有分子識別子（ＵＭＩ）を作製するＤＮＡ配列、その同定を可能にする特定の修飾（例えば、メチル化）に必要とされるＤＮＡ配列が挙げられるがこれらに限定されない。他の好適なマーカーは、当業者によって理解されるであろう。

【0293】

選択マーカー及びタグは、ＧＳまたはＧＧほどの短いものから（ＧＧＧＧＧ）_３（配列番号７５６）または（ＧＧＧＧＳ）_３（配列番号７５７）までのグリシンまたはグリシンセリンリンカーなどの好適なリンカーを介して本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステムの１つ以上の構成要素に作動可能に連結され得る。他の好適なリンカーは、本明細書の他の箇所に記載されている。

【0294】

ベクターまたはベクターシステムは、１つ以上の標的化部位をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、標的化部位をコードするポリヌクレオチドは、ウイルス粒子が特定の細胞、組織、器官などに標的化され得るように産生されたウイルス粒子（複数可）内及び／または上でそれらが発現されるように、ベクターまたはベクターシステム、例えばウイルスベクターシステムに含まれ得る。いくつかの実施形態では、標的化部位をコードするポリヌクレオチドは、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）及び／またはそれから発現される産物が、標的化部位を含み、特定の細胞、組織、器官などに標的化され得るように、ベクターまたはベクターシステムに含まれ得る。非ウイルス担体などのいくつかの実施形態では、標的化部位は、担体（例えば、ポリマー、脂質、無機分子など）に結合され得、担体、及び任意の結合したまたは会合した操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）を、特定の細胞、組織、器官などに標的化することが可能であり得る。

【0295】

無細胞ベクター及びポリヌクレオチド発現
いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の特色をコードするポリヌクレオチドは、無細胞ｉｎ ｖｉｔｒｏシステムにおいてベクターまたは好適なポリヌクレオチドから発現され得る。換言すれば、ポリヌクレオチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで転写され、任意選択で翻訳され得る。ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写／翻訳システム及び適切なベクターは、当該技術分野において一般に公知であり、市販されている。通常、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写及びｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳システムは、それぞれＲＮＡ及びタンパク質合成のプロセスを細胞環境外で再現する。ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写のためのベクター及び好適なポリヌクレオチドは、該ポリヌクレオチドまたはベクターを転写するために適切なポリメラーゼによって認識され、それが作用し得るＴ７、ＳＰ６、Ｔ３、プロモーター調節配列を含み得る。

【0296】

ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳は、独立型（例えば、精製されたポリリボヌクレオチドの翻訳）の場合もあれば、転写に連結／連動される場合もある。いくつかの実施形態では、無細胞（またはｉｎ ｖｉｔｒｏ）翻訳システムは、ウサギ網状赤血球、コムギ胚芽、及び／またはＥ．ｃｏｌｉからの抽出物を含み得る。抽出物は、外因性ＲＮＡの翻訳に必要な様々な高分子構成要素（例えば、７０Ｓまたは８０Ｓリボソーム、ｔＲＮＡ、アミノアシル－ｔＲＮＡ、シンセターゼ、開始因子、伸長因子、終結因子など）を含み得る。アミノ酸、エネルギー源（ＡＴＰ、ＧＴＰ）、エネルギー再生システム（クレアチンリン酸及びクレアチンホスホキナーゼ（真核細胞システム））（細菌システムのためのホスホエノールピルビン酸及びピルビン酸キナーゼ）、及び他の補因子（Ｍｇ２＋、Ｋ＋など）が挙げられるがこれらに限定されない他の構成要素が翻訳反応中に含められるか、または付加され得る。前述したように、ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳は、ＲＮＡまたはＤＮＡ出発物質に基づき得る。いくつかの翻訳システムは、出発物質としてＲＮＡ鋳型を利用し得る（例えば、網状赤血球ライセート及びコムギ胚芽抽出物）。いくつかの翻訳システムは、出発物質としてＤＮＡ鋳型を利用し得る（例えば、Ｅ ｃｏｌｉベースのシステム）。これらのシステムでは、転写及び翻訳は連動され、最初にＤＮＡがＲＮＡに転写され、これが、その後翻訳される。好適な標準的で連動型の無細胞翻訳システムは、当該技術分野において一般に公知であり、市販されている。

【0297】

ベクターポリヌクレオチドのコドン最適化
本明細書の他の箇所に記載されるように、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の実施形態をコードするポリヌクレオチドは、コドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるベクターに含まれる１つ以上のポリヌクレオチド（「ベクターポリヌクレオチド」）は、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの実施形態をコードする任意選択でコドン最適化されたポリヌクレオチドに加えて、コドン最適化され得る。一般に、コドン最適化は、天然配列の少なくとも１つのコドン（例えば、約または約１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０超、もしくはそれ以上のコドン）を、天然アミノ酸配列を維持しながらその宿主細胞の遺伝子においてより高頻度でまたは最も高頻度で使用されるコドンで置換することによって、対象とする宿主細胞における発現の向上のために核酸配列を改変するプロセスを指す。様々な種は、特定のアミノ酸のある特定のコドンに対して特定のバイアスを示す。コドンバイアス（生物間のコドン使用頻度の差）は、多くの場合、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の翻訳効率と相関し、この翻訳効率は、とりわけ、翻訳されるコドンの特性、及び特定のトランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）分子の利用可能性に依存するものと考えられる。細胞における選択されたｔＲＮＡの優位性は、一般に、ペプチド合成において最も高頻度で使用されるコドンを反映するものである。したがって、遺伝子は、コドン最適化に基づいて所与の生物における最適な遺伝子発現のために調整され得る。コドン使用頻度表は、例えば、ｗｗｗ．ｋａｚｕｓａ．ｏｒｊｐ／ｃｏｄｏｎ／で入手可能な「Ｃｏｄｏｎ Ｕｓａｇｅ Ｄａｔａｂａｓｅ」で容易に入手可能であり、これらの表は、いくつかの方法で適合させることができる。Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｔａｂｕｌａｔｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａｂａｓｅｓ：ｓｔａｔｕｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｙｅａｒ ２０００”Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２８：２９２（２０００）を参照されたい。特定の宿主細胞内での発現のために特定の配列を最適化するコドンのコンピュータアルゴリズムも利用可能であり、例えば、Ｇｅｎｅ Ｆｏｒｇｅ（Ａｐｔａｇｅｎ；Ｊａｃｏｂｕｓ，ＰＡ）も利用可能である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ／ＲＮＡ標的化Ｃａｓタンパク質をコードする配列における１つ以上のコドン（例えば、１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、もしくはそれ以上、またはすべてのコドン）は、特定のアミノ酸について最も高頻度で使用されるコドンに対応する。酵母におけるコドン使用頻度に関して、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｙｅａｓｔｇｅｎｏｍｅ．ｏｒｇ／ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ／ｃｏｄｏｎ＿ｕｓａｇｅ．ｓｈｔｍｌで利用可能なオンライン酵母ゲノムデータベース、またはＣｏｄｏｎ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ｙｅａｓｔ，Ｂｅｎｎｅｔｚｅｎ ａｎｄ Ｈａｌｌ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９８２ Ｍａｒ ２５；２５７（６）：３０２６－３１が参照される。藻類を含む植物におけるコドン使用頻度に関しては、Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｉｎ ｈｉｇｈｅｒ ｐｌａｎｔｓ，ｇｒｅｅｎ ａｌｇａｅ，ａｎｄ ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ ａｎｄ Ｇｏｗｒｉ，Ｐｌａｎｔ Ｐｈｙｓｉｏｌ．１９９０ Ｊａｎ；９２（１）：１－１１．、及びＣｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｉｎ ｐｌａｎｔ ｇｅｎｅｓ，Ｍｕｒｒａｙ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９８９ Ｊａｎ ２５；１７（２）：４７７－９８、またはＳｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｎ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ａｎｄ ｃｙａｎｅｌｌｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｐｌａｎｔ ａｎｄ ａｌｇａｌ ｌｉｎｅａｇｅｓ，Ｍｏｒｔｏｎ ＢＲ，Ｊ Ｍｏｌ Ｅｖｏｌ．１９９８ Ａｐｒ；４６（４）：４４９－５９が参照される。

【0298】

ベクターポリヌクレオチドは、特定の細胞型、組織型、器官型、及び／または対象型における発現のためにコドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、コドン最適化配列は、真核生物、例えば、ヒトにおける発現のために最適化された（すなわち、ヒトまたはヒト細胞における発現のために最適化された）、または別の真核生物、例えば本明細書の他の箇所に記載されているような別の動物（例えば、哺乳動物または鳥類）のために最適化された配列である。このようなコドン最適化配列は、本明細書における説明を考慮して当業者の技能の範囲内である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、特定の細胞型のためにコドン最適化される。このような細胞型としては、心筋細胞、心臓の結合組織細胞（心臓の脂肪及び他の軟組織パディング細胞）、幹細胞及び他の前駆細胞、免疫細胞、胚細胞、ならびにそれらの組合せが挙げられ得るがこれらに限定されない。このようなコドン最適化配列は、本明細書における説明を考慮して当業者の技能の範囲内である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、特定の組織型のためにコドン最適化される。このような組織型としては、心筋組織及び／またはその細胞が挙げられ得るがこれらに限定されない。このようなコドン最適化配列は、本明細書における説明を考慮して当業者の技能の範囲内である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、特定の器官のためにコドン最適化される。このような器官としては、脳が挙げられるがこれに限定されない。このようなコドン最適化配列は、本明細書における説明を考慮して当業者の技能の範囲内である。

【0299】

いくつかの実施形態では、ベクターポリヌクレオチドは、原核細胞または真核細胞などの特定の細胞における発現のためにコドン最適化される。真核細胞は、ヒト、または本明細書で説明されている非ヒト真核生物もしくは動物もしくは哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、家畜、もしくは非ヒト哺乳動物もしくは霊長類を含むがこれらに限定されない特定の生物、例えば、植物または哺乳動物のものでもそれに由来するものでもよい。

【0300】

非ウイルスベクター及び担体
いくつかの実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターまたは担体である。いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、ウイルスベクターと比較して低下した毒性及び／または免疫原性及び／または増加したバイオセーフティーという利点（複数可）を有し得る。「非ウイルスベクター及び担体」という専門用語は、この文脈において本明細書で使用される場合、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドに結合し、それを組み込み、それに連結し、及び／またはそうでなければそれと相互作用することが可能であり得、該ポリヌクレオチドを細胞に輸送し、及び／または該ポリヌクレオチドを発現することが可能であり得るウイルスまたはウイルスゲノムの１つ以上の構成要素（非ウイルスベクターによって送達及び／または発現される任意のヌクレオチドを除く）に基づかない分子及び／または組成物を指す。これは、送達されるウイルスベースのポリヌクレオチドの包含を排除するものではないことが理解されよう。例えば、送達されるｇＲＮＡがウイルス構成要素に対して指向され、それが、その他の点では非ウイルスのベクターもしくは担体に挿入されるか、またはそうでなければ連結される場合、かかるベクターは「ウイルスベクター」とはならない。非ウイルスベクター及び担体としては、裸のポリヌクレオチド、化学ベースの担体、ポリヌクレオチド（非ウイルス）ベースのベクター、及び粒子ベースの担体が挙げられる。「ベクター」という用語は、非ウイルスベクター及び担体の文脈で使用される場合、ポリヌクレオチドベクターを指し、この文脈で使用される「担体」は、送達されるポリヌクレオチド、例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドに結合するか、またはそうでなければ相互作用する非核酸またはポリヌクレオチド分子または組成物を指すことが理解されよう。

【0301】

裸のポリヌクレオチド
いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載される１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドは、裸のポリヌクレオチドに含まれ得る。本明細書で使用される専門用語「裸のポリヌクレオチド」は、多くの場合、環境因子及び／または分解からそれを保護するのを助け得る別の分子（例えば、タンパク質、脂質、及び／または他の分子）と会合しないポリヌクレオチドを指す。本明細書で使用される場合、と会合する（ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ）には、限定はされないが、に連結される（ｌｉｎｋｅｄ ｔｏ）、に付着される（ａｄｈｅｒｅｄ ｔｏ）、に吸着される（ａｄｓｏｒｂｅｄ ｔｏ）、に封入される（ｅｎｃｌｏｓｅｄ ｉｎ）、それにもしくはその中に封入される（ｅｎｃｌｏｓｅｄ ｉｎ ｏｒ ｗｉｔｈｉｎ）、と混合される（ｍｉｘｅｄ ｗｉｔｈ）などが含まれる。本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上を含む裸のポリヌクレオチドは、宿主細胞に直接送達され、任意選択でそこで発現され得る。裸のポリヌクレオチドは、任意の好適な二次元及び三次元構造を有し得る。非限定的な例として、裸のポリヌクレオチドは、一本鎖分子、二本鎖分子、環状分子（例えば、プラスミド及び人工染色体）、一本鎖の部分及び二本鎖の部分を含む分子（例えば、リボザイム）などであり得る。いくつかの実施形態では、裸のポリヌクレオチドは、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）のみを含む。いくつかの実施形態では、裸のポリヌクレオチドは、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）に加えて、他の核酸及び／またはポリヌクレオチドを含有し得る。裸のポリヌクレオチドは、トランスポゾンシステムの１つ以上のエレメントを含み得る。トランスポゾン及びそのシステムは、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される。

【0302】

非ウイルスポリヌクレオチドベクター
いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上は、非ウイルスポリヌクレオチドベクターに含まれ得る。好適な非ウイルスポリヌクレオチドベクターとしては、トランスポゾンベクター及びベクターシステム、プラスミド、細菌人工染色体、酵母人工染色体、ＡＲ（抗生物質耐性）フリープラスミド及びミニプラスミド、共有結合性閉環状ベクター（例えば、ミニサークル、ミニベクター、ミニノット）、直鎖状共有結合性閉鎖型ベクター（「ダンベル形状」）、ＭＩＤＧＥ（最小限の免疫学的に定義された（ｍｉｎｉｍａｌｉｓｔｉｃ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ ｄｅｆｉｎｅｄ）遺伝子発現）ベクター、ＭｉＬＶ（マイクロ直鎖状ベクター）ベクター、ミニストリング（Ｍｉｎｉｓｔｒｉｎｇ）、ミニイントロンプラスミド、ＰＳＫシステム（分離後殺傷システム）、ＯＲＴ（オペレーターリプレッサータイトレーション）プラスミドなどが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Ｈａｒｄｅｅ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｇｅｎｅｓ．８（２）：６５を参照されたい。

【0303】

いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、条件付き複製起点を有し得る。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、ＯＲＴプラスミドであり得る。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、最小限の免疫学的に定義された遺伝子発現を有し得る。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、１つ以上の分離後殺傷システム遺伝子を有し得る。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、ＡＲフリーである。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、ミニベクターである。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、核局在化シグナルを含む。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、１つ以上のＣｐＧモチーフを含み得る。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、１つ以上の足場／マトリックス結合領域（Ｓ／ＭＡＲ）を含み得る。例えば、Ｍｉｒｋｏｖｉｔｃｈ ｅｔ ａｌ．１９８４．Ｃｅｌｌ．３９：２２３－２３２，Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１５．Ａｄｖ．Ｇｅｎｅｔ．８９：１１３－１５２を参照されたい。この技術及びベクターは、本発明における使用に適合させることができる。Ｓ／ＭＡＲは、核マトリックスへのＤＮＡループ塩基の結合を介して染色体の空間的構成において役割を果たすＡＴリッチ配列である。Ｓ／ＭＡＲは、プロモーター、エンハンサー、及びＤＮＡ複製起点などの調節エレメントの近くに見られることが多い。１つ以上のＳ／ＭＡＲの包含は、非ウイルスポリヌクレオチドベクターを娘細胞内のエピソームとして維持するために、細胞周期につき一度（ｏｎｃｅ－ｐｅｒ－ｃｅｌｌ－ｃｙｃｌｅ）の複製を容易にし得る。実施形態では、Ｓ／ＭＡＲ配列は、非ウイルスポリヌクレオチドベクターに含まれる活性的に転写されるポリヌクレオチド（例えば、１つ以上の本発明の操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド）の下流に位置する。いくつかの実施形態では、Ｓ／ＭＡＲは、ベータ－インターフェロン遺伝子クラスターからのＳ／ＭＡＲであり得る。例えば、Ｖｅｒｇｈｅｓｅ ｅｔ ａｌ．２０１４．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．４２：ｅ５３、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．２０１６．Ｓｃｉ．Ｃｈｉｎａ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．５９：１０２４－１０３３、Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ．２０１６．８：７０２－７１１、Ｋｏｉｒａｌａ ｅｔ ａｌ．２０１４．Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．８０１：７０３－７０９、及びＮｅｈｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．２００６．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１０：２３３－２４４を参照されたい。この技術及びベクターは、本発明における使用に適合させることができる。

【0304】

いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、トランスポゾンベクターまたはそのシステムである。本明細書で使用される場合、「トランスポゾン」（転移因子とも呼ばれる）は、ゲノムにおける位置を別の位置に移動することが可能なポリヌクレオチド配列を指す。いくつかのクラスのトランスポゾンが存在する。トランスポゾンとしては、レトロトランスポゾン及びＤＮＡトランスポゾンが挙げられる。レトロトランスポゾンは、ポリヌクレオチドを新たなゲノムまたはポリヌクレオチドに転移させるために、移動される（または転移される）ポリヌクレオチドの転写を必要とする。ＤＮＡトランスポゾンは、ポリヌクレオチドを新たなゲノムまたはポリヌクレオチドに転移させるために、移動される（または転移される）ポリヌクレオチドの逆転写を必要としないものである。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、レトロトランスポゾンベクターであり得る。いくつかの実施形態では、レトロトランスポゾンベクターは、長い末端反復を含む。いくつかの実施形態では、レトロトランスポゾンベクターは、長い末端反復を含まない。いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドベクターは、ＤＮＡトランスポゾンベクターであり得る。ＤＮＡトランスポゾンベクターは、トランスポサーゼをコードするポリヌクレオチド配列を含み得る。いくつかの実施形態では、トランスポゾンベクターは、転移がそれ自体では自発的に起こらないことを意味する非自律型トランスポゾンベクターとして構成される。これらの実施形態の一部では、トランスポゾンベクターは、転移のために必要とされるタンパク質をコードする１つ以上のポリヌクレオチド配列を欠く。いくつかの実施形態では、非自律型トランスポゾンベクターは、１つ以上のＡｃエレメントを欠く。

【0305】

いくつかの実施形態では、非ウイルスポリヌクレオチドトランスポゾンベクターシステムは、トランスポゾン逆方向末端反復（ＴＩＲ）によって５’及び３’末端で挟まれた本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）を含有する第１のポリヌクレオチドベクター、ならびにトランスポサーゼの発現を駆動するためのプロモーターに連結されたトランスポサーゼをコードすることが可能なポリヌクレオチドを含む第２のポリヌクレオチドベクターを含み得る。両方が同じ細胞内で発現される場合、トランスポサーゼは、第２のベクターから発現され得、第１のベクターにおけるＴＩＲ間の物質（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））を転移させ、それを宿主細胞のゲノムにおける１つ以上の位置に組み込み得る。いくつかの実施形態では、トランスポゾンベクターまたはそのシステムは、遺伝子トラップとして構成され得る。いくつかの実施形態では、ＴＩＲは、強力なスプライスアクセプター部位と、それに続くレポーター及び／または他の遺伝子（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）の１つ以上）ならびに強力なポリＡテールを挟むように構成され得る。このベクターまたはそのシステムを使用して転移が生じる場合、トランスポゾンは、遺伝子のイントロンに挿入され得、挿入されたレポーターまたは他の遺伝子は、ミススプライシングプロセスを誘発し得、結果として、トラップされた遺伝子を活性化し得る。

【0306】

任意の好適なトランスポゾンシステムを使用することができる。好適なトランスポゾン及びそのシステムとしては、限定はされないが、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾンシステム（Ｔｃ１／ｍａｒｉｎｅｒスーパーファミリー）（例えば、Ｉｖｉｃｓ ｅｔ ａｌ．１９９７．Ｃｅｌｌ．９１（４）：５０１－５１０を参照）、ｐｉｇｇｙＢａｃ（ｐｉｇｇｙＢａｃスーパーファミリー）（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．２０１３ １１０（２５）：Ｅ２２７９－Ｅ２２８７及びＹｕｓａ ｅｔ ａｌ．２０１１．ＰＮＡＳ．１０８（４）：１５３１－１５３６を参照）、Ｔｏｌ２（スーパーファミリーｈＡＴ）、Ｆｒｏｇ Ｐｒｉｎｃｅ（Ｔｃ１／ｍａｒｉｎｅｒスーパーファミリー）（例えば、Ｍｉｓｋｅｙ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ Ｒｅｓ．３１（２３）：６８７３－６８８１を参照）及びその変種が挙げられ得る。

【0307】

化学担体
いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）は、化学的担体に連結され得る。ポリヌクレオチドの送達に好適であり得る化学的担体は、大きく、以下のクラス：（ｉ）無機粒子、（ｉｉ）脂質ベース、（ｉｉｉ）ポリマーベース、及び（ｉｖ）ペプチドベースに分類され得る。それらは、（１）ポリヌクレオチド（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））と縮合複合体を形成し得るもの、（２）特定の細胞を標的化することが可能であるもの、（３）宿主細胞の核またはサイトゾルへのポリヌクレオチド（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））の送達を増加させることが可能であるもの、（４）宿主細胞のサイトゾルにおけるＤＮＡ／ＲＮＡからの脱組み込み（ｄｉｓｉｎｔｅｇｒａｔｅ）が可能であるもの、及び（５）持続放出または制御放出が可能であるものに分類され得る。任意の１つの所与の化学担体は、複数の分類からの特色を含み得ることが理解されよう。本明細書で使用される「粒子」という用語は、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム構成要素の送達のための任意の好適なサイズの粒子を指す。好適なサイズは、マクロ、マイクロ、及びナノサイズの粒子を含む。

【0308】

いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、無機粒子であり得る。いくつかの実施形態では、無機粒子は、ナノ粒子であり得る。無機粒子は、様々なサイズ、形状、及び／または多孔度によって構成及び最適化され得る。いくつかの実施形態では、無機粒子は、細網内皮系から回避するように最適化される。いくつかの実施形態では、無機粒子は、トラップされた分子を分解から保護するように最適化され得る。この文脈において非ウイルス担体として使用され得る好適な無機粒子としては、リン酸カルシウム、シリカ、金属（例えば、金、白金、銀、パラジウム、ロジウム、オスミウム、イリジウム、ルテニウム、水銀、銅、レニウム、チタン、ニオブ、タンタル、及びそれらの組合せ）、磁性化合物、粒子、及び物質、（例えば、超磁性酸化鉄及び磁鉄鉱）、量子ドット、フラーレン（例えば、炭素ナノ粒子、ナノチューブ、ナノストリングなど）、ならびにそれらの組合せが挙げられ得るがこれらに限定されない。他の好適な無機非ウイルス担体は、本明細書の他の箇所で説明されている。

【0309】

いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、脂質ベースであり得る。好適な脂質ベースの担体も、本明細書においてより詳細に記載される。いくつかの実施形態では、脂質ベースの担体は、送達されるポリヌクレオチド（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド）における負電荷と結合するか、またはそうでなければ相互作用することが可能なカチオン性脂質または両親媒性脂質を含む。いくつかの実施形態では、化学的非ウイルス担体システムは、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））などのポリヌクレオチド、及び脂質（例えば、カチオン性脂質）を含み得る。これらは、当該技術分野においてリポプレックスとも呼ばれる。リポプレックスの他の実施形態は、本明細書の他の箇所に記載される。いくつかの実施形態では、非ウイルス脂質ベースの担体は、脂質ナノエマルジョンであり得る。脂質ナノエマルジョンは、非混和性液体を別の安定化された乳化剤中に分散させることによって形成され得、送達されるポリヌクレオチド（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））を含有し得る脂質、水、及び界面活性剤から構成される約２００ｎｍの粒子を有し得る。いくつかの実施形態では、脂質ベースの非ウイルス担体は、固体脂質粒子またはナノ粒子であり得る。

【0310】

いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、ペプチドベースであり得る。いくつかの実施形態では、ペプチドベースの非ウイルス担体は、１つ以上のカチオン性アミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、アミノ酸の３５～４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９９または１００％がカチオン性である。いくつかの実施形態では、ペプチド担体は、他のタイプの担体（例えば、これらの担体を機能化するポリマーベースの担体及び脂質ベースの担体）と併せて使用され得る。いくつかの実施形態では、官能化は、宿主細胞の標的化である。ポリマーベースの非ウイルス担体に含まれ得る好適なポリマーとしては、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、キトサン、ポリ（ＤＬ－ラクチド）（ＰＬＡ）、ポリ（ＤＬ－ラクチド－ｃｏ－グリコリド）（ＰＬＧＡ）、デンドリマー（例えば、米国特許公開第２０１７／００７９９１６号参照。その技術及び組成物は、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドとの使用に適合させることができる）、ポリメタクリレート、及びそれらの組合せが挙げられ得るがこれらに限定されない。

【0311】

いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、外部刺激、例えば、ｐＨ、温度、浸透圧、特定の分子または組成物（例えば、カルシウム、ＮａＣｌなど）の濃度、圧力などに応答して、非ウイルス担体に会合または結合している操作された送達システムポリヌクレオチドを放出するように構成され得る。いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド及び環境刺激要因の応答エレメントの１つ以上、及び任意選択で刺激要因を含むように構成される粒子であり得る。いくつかの実施形態では、粒子は、ポリメタクリレート及びポリアクリレートの群から選択され得るポリマーを含み得る。いくつかの実施形態では、非ウイルス粒子は、米国特許公開第２０１５０２３２８８３号及び第２００５０１２３５９６号に記載の組成物マイクロ粒子の１つ以上の実施形態を含み得る。これらの技術及び組成は、本発明での使用に適合させることができる。

【0312】

いくつかの実施形態では、非ウイルス担体は、ポリマーベースの担体であり得る。いくつかの実施形態では、ポリマーは、送達される負荷電ポリヌクレオチド（例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可））と電荷依存的に相互作用し得るように、カチオン性または主にカチオン性である。ポリマーベースのシステムは、本明細書の他の箇所により詳細に記載される。

【0313】

ウイルスベクター
いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。この文脈において本明細書で使用される「ウイルスベクター」という専門用語は、単独でまたは１つ以上の他のウイルスベクター（例えば、ウイルスベクターシステムにおける）と共に使用されるときにポリヌクレオチド、例えば、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドを発現し、ウイルス粒子内にパッケージングすることができる、かつ該ウイルス粒子を産生することができる、ウイルスからの１つ以上のエレメントを含むまたはウイルスの１つ以上のエレメントに基づくポリヌクレオチドベースのベクターを指す。ウイルスベクター及びそのシステムは、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の構成要素の送達及び／または発現のためのウイルス粒子を産生するのに使用され得る。ウイルスベクターは、複数のベクターを含むウイルスベクターシステムの一部であり得る。いくつかの実施形態では、複数のウイルスベクターを組み込むシステムは、これらのシステムの安全性を高め得る。好適なウイルスベクターは、アデノウイルスベースのベクター、アデノ随伴ベクター、ヘルパー依存性アデノウイルス（ＨｄＡｄ）ベクター、ハイブリッドアデノウイルスベクターなどを含み得る。ウイルスベクター及びそれから産生されるウイルス粒子の他の実施形態は、本明細書の他の箇所に記載される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、これらのシステムの安全性を向上させるために、複製能力のないウイルス粒子を産生するように構成される。

【0314】

アデノウイルスベクター、ヘルパー依存性アデノウイルスベクター、及びハイブリッドアデノウイルスベクター
いくつかの実施形態では、ベクターは、アデノウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、該ベクターまたはそのシステムを用いて産生されたウイルス粒子が、血清型２、５、または９となり得るようなエレメントを含み得る。いくつかの実施形態では、アデノウイルス粒子を介して送達されるポリヌクレオチドは、最大で約８ｋｂであり得る。したがって、いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、約０．００１ｋｂ～約８ｋｂのサイズの範囲であり得る、送達されるＤＮＡポリヌクレオチドを含み得る。アデノウイルスベクターは、いくつかの状況での使用が成功している（例えば、Ｔｅｒａｍａｔｏ ｅｔ ａｌ．２０００．Ｌａｎｃｅｔ．３５５：１９１１－１９１２、Ｌａｉ ｅｔ ａｌ．２００２．ＤＮＡ Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２１：８９５－９１３、Ｆｌｏｔｔｅ ｅｔ ａｌ．，１９９６．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｒ．７：１１４５－１１５９、及びＫａｙ ｅｔ ａｌ．２０００．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２４：２５７－２６１参照）。操作されたＡＡＶカプシドは、かかる操作されたＡＡＶカプシドを含むアデノウイルス粒子を産生するアデノウイルスベクターに含まれ得る。

【0315】

いくつかの実施形態では、ベクターはヘルパー依存性アデノウイルスベクターまたはそのシステムであり得る。これらは、当該技術分野において「ガットレス（ｇｕｔｌｅｓｓ）」または「ガッテド（ｇｕｔｔｅｄ）」ベクターとも呼ばれ、アデノウイルスベクターの改変世代である（例えば、Ｔｈｒａｓｈｅｒ ｅｔ ａｌ．２００６．Ｎａｔｕｒｅ．４４３：Ｅ５－７を参照）。ヘルパー依存性アデノウイルスベクターシステムの実施形態では、１つのベクター（ヘルパー）が、複製に必要なすべてのウイルス遺伝子を含有し得るが、パッケージングドメインにおいて条件付き遺伝子欠陥を含む。該システムの第２のベクターは、ウイルスゲノムの末端、１つ以上の操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド、及び天然のパッケージング認識シグナルのみを含有し得、これにより細胞からの選択的パッケージング放出が可能となり得る（例えば、Ｃｉｄｅｃｉｙａｎ ｅｔ ａｌ．２００９．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３６１：７２５－７２７を参照）。ヘルパー依存性アデノウイルスベクターシステムは、いくつかの状況において遺伝子送達に成功している（例えば、Ｓｉｍｏｎｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．２０１０．Ｊ Ａｍ Ｓｏｃ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１８：６４３－６５０；Ｃｉｄｅｃｉｙａｎ ｅｔ ａｌ．２００９．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３６１：７２５－７２７；Ｃｒａｎｅ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１９（４）：４４３－４５２；Ａｌｂａ ｅｔ ａｌ．２００５．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１２：１８－Ｓ２７；Ｃｒｏｙｌｅ ｅｔ ａｌ．２００５．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１２：５７９－５８７；Ａｍａｌｆｉｔａｎｏ ｅｔ ａｌ．１９９８．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：９２６－９３３；及びＭｏｒｒａｌ ｅｔ ａｌ．１９９９．ＰＮＡＳ．９６：１２８１６－１２８２１を参照）。これらの刊行物に記載される技術及びベクターは、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチドの包含及び送達のために適合させることができる。いくつかの実施形態では、ヘルパー依存性アデノウイルスベクターまたはそのシステムから産生されたウイルス粒子を介して送達されるポリヌクレオチドは、最大で約３８ｋｂであり得る。したがって、いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターは、約０．００１ｋｂ～約３７ｋｂのサイズの範囲であり得る、送達されるＤＮＡポリヌクレオチドを含み得る（例えば、Ｒｏｓｅｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．２０１１．Ｊ．Ｇｅｎｅｔ．Ｓｙｎｄｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．Ｓｕｐｐｌ．５：００１を参照）。

【0316】

いくつかの実施形態では、ベクターは、ハイブリッドアデノウイルスベクターまたはそのシステムである。ハイブリッドアデノウイルスベクターは、遺伝子欠失アデノウイルスベクターの高い形質導入効率、ならびにアデノ随伴、レトロウイルス、レンチウイルス、及びトランスポゾンベースの遺伝子導入の長期的なゲノム組み込み能から構成される。いくつかの実施形態では、このようなハイブリッドベクターシステムは、安定した形質導入及び限られた組み込み部位をもたらし得る。例えば、Ｂａｌａｇｕｅ ｅｔ ａｌ．２０００．Ｂｌｏｏｄ．９５：８２０－８２８；Ｍｏｒｒａｌ ｅｔ ａｌ．１９９８．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．９：２７０９－２７１６；Ｋｕｂｏ ａｎｄ Ｍｉｔａｎｉ．２００３．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７７（５）：２９６４－２９７１；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１３．ＰｌｏＳ Ｏｎｅ．８（１０）ｅ７６７７１；及びＣｏｏｎｅｙ ｅｔ ａｌ．２０１５．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．２３（４）：６６７－６７４）を参照されたい。これらの文献に記載されるその技術及びベクターは、本発明の操作されたＡＡＶカプシドシステムにおいて使用するために改変及び適合させることができる。いくつかの実施形態では、ハイブリッドアデノウイルスベクターは、レトロウイルス及び／またはアデノ随伴ウイルスの１つ以上の特色を含み得る。いくつかの実施形態では、ハイブリッドアデノウイルスベクターは、スプマレトロウイルスまたは泡沫状ウイルス（ＦＶ）の１つ以上の特色を含み得る。例えば、Ｅｈｒｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．２００７．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１５：１４６－１５６及びＬｉｕ ｅｔ ａｌ．２００７．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１５：１８３４－１８４１を参照されたい。これらの文献に記載されるその技術及びベクターは、本発明の操作されたＡＡＶカプシドシステムにおいて使用するために改変及び適合させることができる。ハイブリッドアデノウイルスベクターまたはそのシステムにおいてＦＶからの１つ以上の特色を使用する利点には、それから産生されたウイルス粒子の広範囲の細胞を感染させる能力、他のレトロウイルスと比較して大きなパッケージング容量、及び静止（非分裂）細胞において持続する能力が含まれ得る。例えば、Ｅｈｒｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．２００７．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１５６：１４６－１５６及びＳｈｕｊｉ ｅｔ ａｌ．２０１１．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１９：７６－８２も参照されたい。これらの文献に記載されるその技術及びベクターは、本発明の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムにおいて使用するために改変及び適合させることができる。

【0317】

アデノ随伴ベクター
一実施形態では、操作されたベクターまたはそのシステムは、アデノ随伴ベクター（ＡＡＶ）であり得る。例えば、Ｗｅｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １６０：３８－４７（１９８７）；米国特許第４，７９７，３６８号；ＷＯ９３／２４６４１；Ｋｏｔｉｎ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ５：７９３－８０１（１９９４）；及びＭｕｚｙｃｚｋａ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９４：１３５１（１９９４）を参照されたい。ＡＡＶは、それらの特色の一部においてアデノウイルスベクターと同様であるが、それらの複製及び／または病原性がいくらか欠けており、したがって、アデノウイルスベクターより安全であり得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶは、観察可能な副作用を伴わずに、ヒト細胞の１９番染色体上の特定の部位に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクター、そのシステム、及び／またはＡＡＶ粒子の容量は、最大で約４．７ｋｂであり得る。ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、本明細書に記載される１つ以上の操作されたカプシドポリヌクレオチドを含み得る。

【0318】

ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、１つ以上の調節分子を含み得る。いくつかの実施形態では、調節分子は、プロモーター、エンハンサー、リプレッサーなどであり得、これらは、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、１つ以上の調節タンパク質をコードし得る１つ以上のポリヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の調節タンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、Ｒｅｐ４０、そのバリアント、及びそれらの組合せから選択され得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは、前述される組織特異的プロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、組織特異的プロモーターは、本明細書に記載される操作されたカプシドＡＡＶカプシドポリヌクレオチドの発現を駆動し得る。

【0319】

ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、１つ以上のカプシドタンパク質、例えば、本明細書の他の箇所に記載される操作されたＡＡＶカプシドタンパク質をコードし得る１つ以上のポリヌクレオチドを含み得る。操作されたカプシドタンパク質は、ＡＡＶウイルス粒子のタンパク質シェル（操作されたカプシド）に組み立てることが可能であり得る。操作されたカプシドは、細胞特異的、組織特異的及び／または器官特異的指向性を有し得る。

【0320】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、１つ以上のアデノウイルスヘルパー因子、または１つ以上のアデノウイルスヘルパー因子をコードし得るポリヌクレオチドを含み得る。このようなアデノウイルスヘルパー因子には、限定はされないが、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ４ＯＲＦ６、及びＶＡ ＲＮＡが挙げられ得る。いくつかの実施形態では、産生宿主細胞株は、アデノウイルスヘルパー因子の１つ以上を発現する。

【0321】

ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、特定の血清型を有するＡＡＶ粒子を産生するように構成され得る。いくつかの実施形態では、血清型は、ＡＡＶ－１、ＡＡＶ－２、ＡＡＶ－３、ＡＡＶ－４、ＡＡＶ－５、ＡＡＶ－６、ＡＡＶ－８、ＡＡＶ－９またはそれらの任意の組合せであり得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ－２、ＡＡＶ－５、ＡＡＶ－９またはそれらの任意の組合せであり得る。標的とされる細胞に関してＡＡＶのＡＡＶを選択することができ；例えば、脳及び／または神経細胞を標的化するためにＡＡＶ血清型１、２、５、９またはハイブリッドカプシドＡＡＶ－１、ＡＡＶ－２、ＡＡＶ－５、ＡＡＶ－９またはそれらの任意の組合せを選択することができ；心臓組織を標的化するためにＡＡＶ－４を選択することができ；肝臓への送達のためにＡＡＶ－８を選択することができる。したがって、いくつかの実施形態では、脳及び／または神経細胞を標的化することが可能なＡＡＶ粒子を産生することが可能なＡＡＶベクターまたはそのシステムは、血清型１、２、５またはハイブリッドカプシドＡＡＶ－１、ＡＡＶ－２、ＡＡＶ－５またはそれらの任意の組合せを有するＡＡＶ粒子を生成するように構成され得る。いくつかの実施形態では、心臓組織を標的化することが可能なＡＡＶ粒子を産生することが可能なＡＡＶベクターまたはそのシステムは、ＡＡＶ－４血清型を有するＡＡＶ粒子を生成するように構成され得る。いくつかの実施形態では、肝臓を標的化することが可能なＡＡＶ粒子を産生することが可能なＡＡＶベクターまたはそのシステムは、ＡＡＶ－８血清型を有するＡＡＶを生成するように構成され得る。Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ．２０１７．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０も参照されたい。

【0322】

異なる血清型が、あるレベルの細胞、組織、及び／または器官特異性を提供することができる一方、各血清型は依然として多指向性であり、したがって、その血清型を使用して該血清型の形質導入効率が低い組織を標的とする場合、組織毒性がもたらされ得ることが理解されるであろう。したがって、特定の血清型のＡＡＶを選択することによって、いくらかの組織標的化能力を達成することに加えて、ＡＡＶ血清型の指向性が、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドによって改変され得ることが理解されるであろう。本明細書の他の箇所に記載されるように、任意の血清型の野生型ＡＡＶのバリアントは、本明細書に記載される方法によって生成され、参照野生型ＡＡＶ血清型のものと同じかまたは異なり得る特定の細胞特異的指向性を有することが決定され得る。いくつかの実施形態では、野生型血清型の細胞、組織、及び／または特異性は、増強され得る（例えば、血清型がすでに偏っている特定の細胞型に対してさらに選択的または特異的となる）。例えば、野生型ＡＡＶ－９は、ヒトにおいて筋肉及び脳に対して偏る（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ．２０１７．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０参照）。本明細書に記載される野生型ＡＡＶ－９の操作されたＡＡＶカプシド及び／またはカプシドタンパク質バリアントを含めることにより、例えば、脳（または他の非心筋組織または細胞）に対する偏りを減少もしくは排除することができ、及び／または比較すると脳（または他の非心筋組織もしくは細胞）特異性が減少したように見えるように心筋組織もしくは細胞特異性を増加させることができ、これにより野生型ＡＡＶ－９と比較して心筋組織または細胞に対する特異性が向上される。前述したように、野生型ＡＡＶ血清型の操作されたカプシド及び／またはカプシドタンパク質バリアントを含むことによって、野生型参照ＡＡＶ血清型とは異なる指向性を有し得る。例えば、ＡＡＶ－９の操作されたＡＡＶカプシド及び／またはカプシドタンパク質バリアントは、ヒトにおける骨格筋または脳以外の組織、例えば心筋細胞に対する特異性を有し得る。

【0323】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、ハイブリッドＡＡＶベクターまたはそのシステムである。ハイブリッドＡＡＶは、少なくとも１つの異なる血清型に由来するカプシドにパッケージングされた１つの血清型からのエレメントを有するゲノムを含むＡＡＶである。例えば、産生されるのがｒＡＡＶ２／５である場合、また、産生方法が上述されるヘルパーフリーの一過性トランスフェクション法に基づく場合、第１のプラスミド及び第３のプラスミド（アデノヘルパープラスミド）は、ｒＡＡＶ２産生について説明されたもの同じとなる。しかしながら、第２のプラスミドであるｐＲｅｐＣａｐは異なる。ｐＲｅｐ２／Ｃａｐ５と呼ばれるこのプラスミドにおいて、Ｒｅｐ遺伝子は依然としてＡＡＶ２に由来する一方で、Ｃａｐ遺伝子はＡＡＶ５に由来する。産生スキームは、ＡＡＶ２産生について上述したアプローチと同じである。得られるｒＡＡＶはｒＡＡＶ２／５と呼ばれ、そのゲノムは組換えＡＡＶ２に基づく一方で、カプシドはＡＡＶ５に基づく。このＡＡＶ２／５ハイブリッドウイルスによって示される細胞または組織指向性は、ＡＡＶ５のものと同じとなるはずであることが想定される。野生型ハイブリッドＡＡＶ粒子は、前述されている非ハイブリッド野生型血清型と同じ特異性の問題を有することが理解されよう。

【0324】

野生型ベースのハイブリッドＡＡＶシステムによって達成される利点は、操作されたＡＡＶカプシドによって達成され得る向上されたカスタマイズ可能な細胞特異性と組合せることができ、本明細書の他の箇所に記載されている操作されたＡＡＶカプシドを含み得るハイブリッドＡＡＶを生成することによって組合せることができる。ハイブリッドＡＡＶは、操作されたＡＡＶカプシドがそのバリアントである参照野生型血清型とは異なる血清型からのエレメントを有するゲノムを含む操作されたＡＡＶカプシドを含み得ることが理解されよう。例えば、ＡＡＶ－２血清型からの構成要素（例えば、ｒｅｐエレメント）を含むゲノムをパッケージングするために使用されるＡＡＶ－９血清型のバリアントである操作されたＡＡＶカプシドを含むハイブリッドＡＡＶが産生され得る。前述の野生型ベースのハイブリッドＡＡＶと同様に、得られるＡＡＶ粒子の指向性は、操作されたＡＡＶカプシドのものとなる。

【0325】

これらの細胞に関するある特定の野生型ＡＡＶ血清型の表は、Ｇｒｉｍｍ，Ｄ．ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８２：５８８７－５９１１（２００８）に見出され得、表１として以下に再現される。さらなる指向性の詳細は、前述のように、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ．２０１７．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０に見出され得る。

【表1】

【0326】

いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、ＡＡＶ ｒｈ．７４またはＡＡＶ ｒｈ．１０であるか、またはそれらから操作される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、Ａｎｃ８０ ＡＡＶであるか、またはそれらから操作される。

【0327】

いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶベクターまたはそのシステムは、レトロウイルスベクターに関して記載されているものと同様に、「ガットレス」ベクターとして構成される。いくつかの実施形態では、「ガットレス」ＡＡＶベクターまたはそのシステムは、対象とする異種配列（例えば、操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド（複数可））と連結してゲノム増幅及びパッケージングに関与するｃｉｓ作用性ウイルスＤＮＡエレメントを有し得る。

【0328】

ベクターの構築
本明細書に記載されるベクターは、任意の好適なプロセスまたは技術を使用して構築され得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の好適な組換え及び／またはクローニング方法または技術が、本明細書に記載されるベクター（複数可）のために使用され得る。好適な組換え及び／またはクローニング技術及び／または方法としては、米国出願公開第２００４－０１７１１５６Ａ１号に記載のものを挙げることができるがこれらに限定されない。他の好適な方法及び技術は、本明細書の他の箇所に記載されている。

【0329】

組換えＡＡＶベクターの構築は、米国特許第５，１７３，４１４号、Ｔｒａｔｓｃｈｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３２５１－３２６０（１９８５）、Ｔｒａｔｓｃｈｉｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４：２０７２－２０８１（１９８４）、Ｈｅｒｍｏｎａｔ＆Ｍｕｚｙｃｚｋａ，ＰＮＡＳ ８１：６４６６－６４７０（１９８４）、及びＳａｍｕｌｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６３：０３８２２－３８２８（１９８９）を含むいくつかの刊行物に記載されている。その技術及び／または方法のいずれかが、本明細書に記載されるＡＡＶまたは他のベクターを構築するために使用する及び／または適合させることができる。ＡＡＶベクターは、本明細書の他の箇所で説明されている。

【0330】

いくつかの実施形態では、ベクターは、１つ以上の挿入部位、例えば、制限エンドヌクレアーゼ認識配列（「クローニング部位」とも称される）を有し得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の挿入部位（例えば、約または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０超、もしくはそれ以上の挿入部位）は、１つ以上のベクターの１つ以上の配列エレメントの上流及び／または下流に位置する。

【0331】

本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステムの１つ以上のエレメントの発現のための送達媒体、ベクター、粒子、ナノ粒子、製剤及びその構成要素は、前述の文献、例えば、ＷＯ２０１４／０９３６２２（ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７４６６７）において使用されている通りであり、本明細書でより詳細に説明されている。

【0332】

ウイルスベクターからのウイルス粒子の産生
ＡＡＶ粒子の産生
本明細書に記載されるものなどのＡＡＶベクター及びそのシステムからＡＡＶ粒子を産生するための２つの主な戦略があり、これはアデノウイルスヘルパー因子がどのように提供されるか（ヘルパー対ヘルパーフリー）に依存する。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクター及びそのシステムからＡＡＶ粒子を産生する方法は、得られるＡＡＶ粒子によってパッケージング及び送達されるポリヌクレオチド（例えば、操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド（複数可））を含有するＡＡＶベクターと共に、ＡＡＶ複製及びカプシドをコードするポリヌクレオチドを安定的に保持する細胞株へのアデノウイルス感染を含み得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクター及びそのシステムからＡＡＶ粒子を産生する方法は、「ヘルパーフリー」方法であり得、これは、適切な産生細胞株を３つのベクター（例えば、プラスミドベクター）：（１）２つのＩＴＲの間に対象とするポリヌクレオチド（例えば、操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド（複数可））を含有するＡＡＶベクター；（２）ＡＡＶ Ｒｅｐ－Ｃａｐをコードするポリヌクレオチドを運ぶベクター；及びヘルパーポリヌクレオチドで共トランスフェクションすることを含む。当業者には、ヘルパー及びヘルパーフリーの両方の様々な方法及びその変形ならびに各システムの異なる利点が理解されよう。

【0333】

本明細書に記載される操作されたＡＡＶベクター及びそのシステムは、これらの方法のいずれかによって産生され得る。

【0334】

ベクター及びウイルス粒子の送達
本明細書に記載されるベクター（非ウイルス担体を含む）は、宿主細胞中に導入され、それにより、本明細書に記載される核酸によってコードされる融合タンパク質またはペプチド（例えば、操作されたＡＡＶカプシドシステム転写産物、タンパク質、酵素、その変異形態、その融合タンパク質など）を含む、転写産物、タンパク質、またはペプチド、及びウイルス粒子（ウイルスベクター及びそのシステムなどに由来する）が産生され得る。

【0335】

１つ以上の操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチドは、前述されているアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、アデノウイルスまたは他のプラスミドもしくはウイルスベクター型を使用して、特に、例えば、米国特許第８，４５４，９７２号（アデノウイルスのための製剤、用量）、同第８，４０４，６５８号（ＡＡＶのための製剤、用量）及び同第５，８４６，９４６号（ＤＮＡプラスミドのための製剤、用量）ならびにレンチウイルス、ＡＡＶ及びアデノウイルスを伴う臨床試験及び該臨床試験に関する刊行物からの製剤及び用量を使用して送達され得る。例えば、ＡＡＶの場合、投与経路、製剤及び用量は、米国特許第８，４５４，９７２号におけるもの及びＡＡＶを伴う臨床試験にある通りであり得る。アデノウイルスの場合、投与経路、製剤及び用量は、米国特許第８，４０４，６５８号におけるもの及びアデノウイルスを伴う臨床試験にある通りであり得る。

【0336】

プラスミド送達の場合、投与経路、製剤及び用量は、米国特許第５，８４６，９４６号におけるもの及びプラスミドを含む臨床研究にある通りであり得る。いくつかの実施形態では、用量は、平均７０ｋｇの個体（例えば、成人男性）に基づき、またはそれに外挿され得、異なる体重及び種の患者、対象、哺乳動物に対して調整され得る。投与の頻度は、患者または対象の年齢、性別、全般的な健康、他の状態ならびに対処されている特定の状態または症状を含む通常の要因に応じて、医学的または獣医学的専門家（例えば、医師、獣医師）の技能の範囲内である。ウイルスベクターは、対象とする組織または細胞に注射され、またはそうでなければ送達され得る。

【0337】

ｉｎ ｖｉｖｏ送達の観点で、ＡＡＶは、毒性が低いこと（これは、免疫応答を活性化し得る細胞粒子の超遠心分離を必要としない精製方法に起因し得る）、及び宿主ゲノムに組み込まれないため挿入変異を生じる可能性が低いことなどのいくつかの理由から、他のウイルスベクターより有利である。

【0338】

本明細書に記載されるベクター（複数可）及びウイルス粒子は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏ、及びまたはｅｘ ｖｉｖｏで宿主細胞中に送達され得る。送達は、限定はされないが、物理的方法、化学的方法、及び生物学的方法を含む任意の好適な方法によって行われ得る。物理的送達方法は、ベクターの細胞内送達を容易にするために細胞の膜障壁に対抗する物理的な力を用いる方法である。好適な物理的方法としては、針（例えば、注射）、バリスティックポリヌクレオチド（例えば、パーティクルボンバードメント、マイクロプロジェクタイル遺伝子導入、及び遺伝子銃）、エレクトロポレーション、ソノポレーション、フォトポレーション、マグネトフェクション、ハイドロポレーション、及び機械的マッサージが挙げられるがこれらに限定されない。化学的方法は、細胞膜透過性または細胞中へのベクターの進入を容易にする他の特性（複数可）の変化を引き起こす化学物質を用いる方法である。例えば、環境ｐＨを変化させて、細胞膜の透過性の変化を引き起こし得る。生物学的方法は、細胞中へのベクターの輸送（担体を用いるまたは用いない）を容易にする宿主細胞の生物学的プロセスまたは生物学的特性に依存し、それを利用する方法である。例えば、ベクター及び／またはその担体は、細胞におけるエンドサイトーシスまたは同様のプロセスを刺激して、細胞中へのベクターの取り込みを容易にし得る。

【0339】

粒子を介した細胞への操作されたＡＡＶカプシドシステムの構成要素（例えば、操作されたＡＡＶカプシド及び／またはカプシドタンパク質をコードするポリヌクレオチド）の送達。本明細書で使用される「粒子」という用語は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステムの構成要素を送達するための任意の好適なサイズの粒子を指す。好適なサイズは、マクロ、マイクロ、及びナノサイズの粒子を含む。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶカプシドシステムの構成要素（例えば、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、及びそれらの組合せ）のいずれかは、本明細書に記載される１つ以上の粒子またはその構成要素に結合され、連結され、それと統合され、そうでなければ会合され得る。次に、本明細書に記載される粒子は、適切な経路及び／または技術によって、細胞または生物に投与され得る。いくつかの実施形態では、粒子送達は、ポリヌクレオチドまたはベクター構成要素の送達のために選択され、そのような送達に有利であり得る。実施形態では、粒子送達はまた、本明細書の他の箇所に記載される他の操作されたカプシドシステム分子及び製剤に有利であり得ることが理解されるであろう。

【0340】

操作されたウイルスカプシドを含む操作されたウイルス粒子
また、本明細書では、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドを含有し得る操作されたウイルス粒子（ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｖｉｒｕｓ ｐａｒｔｉｃｌｅ）（本明細書及び本明細書の他の箇所において「操作されたウイルス粒子（ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｖｉｒａｌ ｐａｒｔｉｃｌｅ）」とも称される）も記載される。操作されたＡＡＶカプシドを有するウイルス粒子は、本明細書において操作されたＡＡＶ粒子と称される。操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子は、前述されている少なくとも１つの操作されたＡＡＶカプシドタンパク質を含有するアデノウイルスベース粒子、ヘルパーアデノウイルスベース粒子、ＡＡＶベース粒子、またはハイブリッドアデノウイルスベース粒子であり得ることが理解されるであろう。操作されたＡＡＶカプシドは、本明細書の他の箇所に記載されるように１つ以上の操作されたＡＡＶカプシドタンパク質を含有するものである。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶ粒子は、本明細書に記載される１～６０個の操作されたＡＡＶカプシドタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶ粒子は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、または６０個の操作されたカプシドタンパク質を含有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶ粒子は、０～５９個の野生型ＡＡＶカプシドタンパク質を含有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたＡＡＶ粒子は、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、または５９個の野生型ＡＡＶカプシドタンパク質を含有し得る。したがって、操作されたＡＡＶ粒子は、前述されているように１つ以上のｎ量体インサートを含み得る。

【0341】

操作されたＡＡＶ粒子は、１つ以上のカーゴポリヌクレオチドを含み得る。カーゴポリヌクレオチドは、本明細書の他の箇所でより詳細に説明されている。ウイルス及び非ウイルスベクターから操作されたＡＡＶ粒子を作製する方法が、本明細書の他の箇所に記載される。操作されたウイルス粒子を含有する製剤が、本明細書の他の箇所に記載される。

【0342】

操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド、他のウイルス（例えば、ＡＡＶ）ポリヌクレオチド（複数可）、及び／またはベクターポリヌクレオチドは、１つ以上のカーゴポリヌクレオチドを含有し得る。カーゴポリヌクレオチドは、１つ以上のポリペプチドをコードし得る。例示的なカーゴは、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される。カーゴポリペプチドが記載される場合、それをコードするポリヌクレオチドは、この文脈において記載されるカーゴポリヌクレオチドであり得ることが理解されるであろう。いくつかの実施形態では、１つ以上のカーゴポリヌクレオチドは、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド（複数可）に作動可能に連結され得、本発明のウイルス（例えば、ＡＡＶ）システムの操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）ゲノムの一部であり得る。カーゴポリヌクレオチドは、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子にパッケージングされ得、これは、例えば、細胞に送達され得る。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、それが送達される細胞のポリヌクレオチド（例えば、遺伝子または転写産物）を改変することが可能であり得る。本明細書で使用される場合、「遺伝子」は、染色体上の特定の位置を占め、かつ生物における特性（複数可）または形質（複数可）についての遺伝子的指示を含有するＤＮＡの配列に対応する遺伝性単位を指し得る。遺伝子という用語は、ゲノムの翻訳及び／または非翻訳領域を指し得る。「遺伝子」は、ポリペプチドに翻訳され得るか、または触媒ＲＮＡ分子（ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、長鎖非コードＲＮＡ及びｓｈＲＮＡが挙げられるがこれらに限定されない）となり得るＲＮＡ転写物へと転写されるＤＮＡの特定の配列を指し得る。ポリヌクレオチド、遺伝子、転写物などの改変は、遺伝子編集及び従来の組換え遺伝子改変技術（例えば、全体的または部分的な遺伝子挿入、欠失、及び変異誘発（例えば、挿入及び欠失変異誘発）技術を含むがこれらに限定されないすべての遺伝子操作技術を含む。

【0343】

かかる操作されたウイルスカプシドを発現する操作された細胞及び生物
本明細書では、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド、ポリペプチド、ベクター、及び／またはベクターシステムの１つ以上を含み得る操作された細胞が記載される。いくつかの実施形態では、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上は、操作された細胞において発現され得る。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、本明細書の他の箇所に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドタンパク質及び／または操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子を産生することが可能であり得る。また、本明細書では、本明細書に記載される１つ以上の操作された細胞を含み得る改変されたまたは操作された生物も記載される。操作された細胞は、本明細書の他の箇所に記載される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドに依存してまたはそれとは独立してカーゴ分子（例えば、カーゴポリヌクレオチド）を発現するように操作され得る。

【0344】

多種多様な動物、植物、藻類、真菌、酵母など及び動物、植物、藻類、真菌、酵母細胞または組織システムが、本明細書の他の箇所に記載される様々な形質転換方法を用いて、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の核酸構築物を発現するように操作され得る。これは、操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子を産生することができる生物を、例えば、生産目的で、操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドの設計及び／または生成、及び／またはモデル生物のために産生し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の構成要素をコードするポリヌクレオチド（複数可）は、植物、動物、藻類、真菌、及び／または酵母または組織システムの１つ以上の細胞に安定的にまたは一過性に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムポリヌクレオチドの１つ以上は、植物、動物、藻類、真菌、及び／または酵母または組織システムの１つ以上の細胞中にゲノム的に組み込まれる。改変生物及びシステムのさらなる実施形態が、本明細書の他の箇所に記載される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムの１つ以上の構成要素は、植物、動物、藻類、真菌、酵母、または組織システムの１つ以上の細胞において発現される。

【0345】

操作された細胞
本明細書では、本明細書の他の箇所に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステムポリヌクレオチド、ポリペプチド、ベクター、及び／またはベクターシステムの１つ以上を含み得る操作された細胞の様々な実施形態が記載される。いくつかの実施形態では、細胞は、操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチドの１つ以上を発現し得、１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子を産生し得、これは本明細書でより詳細に記載される。このような細胞は、本明細書において「産生細胞」とも称される。これらの操作された細胞は、細胞が操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子または本明細書に記載される他の粒子を産生することを可能にする本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドベクターまたは他のベクターのうちの１つ以上を含まない限り、改変細胞は必ずしも産生細胞ではない（すなわち、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子を作製しない）という点で、本明細書の他の箇所に記載される「改変細胞」とは異なることが理解されよう。改変細胞は、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子のレシピエント細胞であり得、いくつかの実施形態では、レシピエント細胞に送達される操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子（複数可）及び／またはカーゴポリヌクレオチドによって改変され得る。改変細胞は、本明細書の他の箇所でより詳細に説明されている。改変という用語は、レシピエント細胞であることに依存しない細胞の改変に関連して使用することができる。例えば、単離された細胞は、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド分子を受容する前に改変され得る。

【0346】

一実施形態では、本発明は、非ヒト真核生物、例えば、記載の実施形態のいずれかに従って本明細書に記載される操作された送達システムの１つ以上の構成要素を含有する真核生物宿主細胞といった多細胞真核生物を提供する。他の実施形態では、本発明は、真核生物、好ましくは、記載の実施形態のいずれかに従って本明細書に記載される操作された送達システムの１つ以上の構成要素を含有する真核生物宿主細胞を含む多細胞真核生物を提供する。いくつかの実施形態では、生物は、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）の宿主である。

【0347】

特定の実施形態では、得られる植物、藻類、真菌、酵母など、細胞、または部分は、細胞のすべてまたは部分のゲノムに組み込まれる外因性ＤＮＡ配列を含むトランスジェニック植物である。

【0348】

操作された細胞は、原核細胞であり得る。原核細胞は、細菌細胞であり得る。原核細胞は、古細菌細胞であり得る。細菌細胞は、任意の好適な細菌細胞であり得る。好適な細菌細胞は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｏｄｈｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｙｎｅｃｈｏｙｓｔｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｐｓｅｄｏａｌｔｅｒｍｏｎａｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈａｍｏｎａｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属に由来し得る。好適な細菌細胞としては、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ細胞、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ細胞、Ｒｏｄｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ細胞、Ｐｓｅｄｏａｌｔｅｒｍｏｎａｓ ｈａｌｏｐｌａｎｋｔｉｓ細胞が挙げられるがこれらに限定されない。好適な細菌株としては、ＢＬ２１（ＤＥ３）、ＤＬ２１（ＤＥ３）－ｐＬｙｓＳ、ＢＬ２１ Ｓｔａｒ－ｐＬｙｓＳ、ＢＬ２１－ＳＩ、ＢＬ２１－ＡＩ、Ｔｕｎｅｒ、Ｔｕｎｅｒ ｐＬｙｓＳ、Ｏｒｉｇａｍｉ、Ｏｒｉｇａｍｉ Ｂ ｐＬｙｓＳ、Ｒｏｓｅｔｔａ、Ｒｏｓｅｔｔａ ｐＬｙｓＳ、Ｒｏｓｅｔｔａ－ｇａｍｉ－ｐＬｙｓＳ、ＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ、ＡＤ４９４、ＢＬ２ｔｒｘＢ、ＨＭＳ１７４、ＮｏｖａＢｌｕｅ（ＤＥ３）、ＢＬＲ、Ｃ４１（ＤＥ３）、Ｃ４３（ＤＥ３）、Ｌｅｍｏ２１（ＤＥ３）、Ｓｈｕｆｆｌｅ Ｔ７、ＡｒｃｔｉｃＥｘｐｒｅｓｓ及びＡｒｔｉｃＥｘｐｒｅｓｓ（ＤＥ３）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0349】

操作された細胞は、真核細胞であり得る。真核細胞は、植物、あるいは哺乳動物、例えば、限定はされないが、ヒト、または本明細書で論じられる非ヒト真核生物または動物または哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、家畜、または非ヒト哺乳動物もしくは霊長類などの特定の生物のものであるかまたはそれに由来し得る。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、細胞株であり得る。細胞株の例としては、Ｃ８１６１、ＣＣＲＦ－ＣＥＭ、ＭＯＬＴ、ｍＩＭＣＤ－３、ＮＨＤＦ、ＨｅＬａ－Ｓ３、Ｈｕｈ１、Ｈｕｈ４、Ｈｕｈ７、ＨＵＶＥＣ、ＨＡＳＭＣ、ＨＥＫｎ、ＨＥＫａ、ＭｉａＰａＣｅｌｌ、Ｐａｎｃ１、ＰＣ－３、ＴＦ１、ＣＴＬＬ－２、Ｃ１Ｒ、Ｒａｔ６、ＣＶ１、ＲＰＴＥ、Ａ１０、Ｔ２４、Ｊ８２、Ａ３７５、ＡＲＨ－７７、Ｃａｌｕ１、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＳＫＯＶ３、ＳＫ－ＵＴ、ＣａＣｏ２、Ｐ３８８Ｄ１、ＳＥＭ－Ｋ２、ＷＥＨＩ－２３１、ＨＢ５６、ＴＩＢ５５、Ｊｕｒｋａｔ、Ｊ４５．０１、ＬＲＭＢ、Ｂｃｌ－１、ＢＣ－３、ＩＣ２１、ＤＬＤ２、Ｒａｗ２６４．７、ＮＲＫ、ＮＲＫ－５２Ｅ、ＭＲＣ５、ＭＥＦ、Ｈｅｐ Ｇ２、ＨｅＬａ Ｂ、ＨｅＬａ Ｔ４、ＣＯＳ、ＣＯＳ－１、ＣＯＳ－６、ＣＯＳ－Ｍ６Ａ、ＢＳ－Ｃ－１サル腎臓上皮、ＢＡＬＢ／３Ｔ３マウス胚線維芽細胞、３Ｔ３ Ｓｗｉｓｓ、３Ｔ３－Ｌ１、１３２－ｄ５ヒト胎児線維芽細胞、１０．１マウス線維芽細胞、２９３－Ｔ、３Ｔ３、７２１、９Ｌ、Ａ２７８０、Ａ２７８０ＡＤＲ、Ａ２７８０ｃｉｓ、Ａ１７２、Ａ２０、Ａ２５３、Ａ４３１、Ａ－５４９、ＡＬＣ、Ｂ１６、Ｂ３５、ＢＣＰ－１細胞、ＢＥＡＳ－２Ｂ、ｂＥｎｄ．３、ＢＨＫ－２１、ＢＲ ２９３、ＢｘＰＣ３、Ｃ３Ｈ－１０Ｔ１／２、Ｃ６／３６、Ｃａｌ－２７、ＣＨＯ、ＣＨＯ－７、ＣＨＯ－ＩＲ、ＣＨＯ－Ｋ１、ＣＨＯ－Ｋ２、ＣＨＯ－Ｔ、ＣＨＯ Ｄｈｆｒ－／－、ＣＯＲ－Ｌ２３、ＣＯＲ－Ｌ２３／ＣＰＲ、ＣＯＲ－Ｌ２３／５０１０、ＣＯＲ－Ｌ２３／Ｒ２３、ＣＯＳ－７、ＣＯＶ－４３４、ＣＭＬ Ｔ１、ＣＭＴ、ＣＴ２６、Ｄ１７、ＤＨ８２、ＤＵ１４５、ＤｕＣａＰ、ＥＬ４、ＥＭ２、ＥＭ３、ＥＭＴ６／ＡＲ１、ＥＭＴ６／ＡＲ１０．０、ＦＭ３、Ｈ１２９９、Ｈ６９、ＨＢ５４、ＨＢ５５、ＨＣＡ２、ＨＥＫ－２９３、ＨｅＬａ、Ｈｅｐａ１ｃ１ｃ７、ＨＬ－６０、ＨＭＥＣ、ＨＴ－２９、Ｊｕｒｋａｔ、ＪＹ細胞、Ｋ５６２細胞、Ｋｕ８１２、ＫＣＬ２２、ＫＧ１、ＫＹＯ１、ＬＮＣａｐ、Ｍａ－Ｍｅｌ １－４８、ＭＣ－３８、ＭＣＦ－７、ＭＣＦ－１０Ａ、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１、ＭＤＡ－ＭＢ－４６８、ＭＤＡ－ＭＢ－４３５、ＭＤＣＫ ＩＩ、ＭＤＣＫ ＩＩ、ＭＯＲ／０．２Ｒ、ＭＯＮＯ－ＭＡＣ ６、ＭＴＤ－１Ａ、ＭｙＥｎｄ、ＮＣＩ－Ｈ６９／ＣＰＲ、ＮＣＩ－Ｈ６９／ＬＸ１０、ＮＣＩ－Ｈ６９／ＬＸ２０、ＮＣＩ－Ｈ６９／ＬＸ４、ＮＩＨ－３Ｔ３、ＮＡＬＭ－１、ＮＷ－１４５、ＯＰＣＮ／ＯＰＣＴ細胞株、Ｐｅｅｒ、ＰＮＴ－１Ａ／ＰＮＴ ２、ＲｅｎＣａ、ＲＩＮ－５Ｆ、ＲＭＡ／ＲＭＡＳ、Ｓａｏｓ－２細胞、Ｓｆ－９、ＳｋＢｒ３、Ｔ２、Ｔ－４７Ｄ、Ｔ８４、ＴＨＰ１細胞株、Ｕ３７３、Ｕ８７、Ｕ９３７、ＶＣａＰ、Ｖｅｒｏ細胞、ＷＭ３９、ＷＴ－４９、Ｘ６３、ＹＡＣ－１、ＹＡＲ、及びそれらのトランスジェニック変種が挙げられるがこれらに限定されない。細胞株は、当業者に公知の様々な供給源から入手可能である（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）（Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．）参照）。

【0350】

いくつかの実施形態では、操作された細胞は、心筋細胞、骨細胞、血液細胞、免疫細胞（Ｂ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、ＣＡＲ－Ｔ細胞などを含むがこれらに限定されない）、腎臓細胞、膀胱細胞、肺細胞、心臓細胞、肝臓細胞、脳細胞、ニューロン、皮膚細胞、胃細胞、神経支持細胞、腸細胞、上皮細胞、内皮細胞、幹細胞または他の前駆細胞、副腎細胞、軟骨細胞、及びそれらの組合せである。

【0351】

いくつかの実施形態では、操作された細胞は、真菌細胞であり得る。本明細書で使用される場合、「真菌細胞」は、真菌界に含まれる任意の型の真核細胞を指す。真菌界の門は、Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ、Ｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ、Ｂｌａｓｔｏｃｌａｄｉｏｍｙｃｏｔａ、Ｃｈｙｔｒｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ、Ｇｌｏｍｅｒｏｍｙｃｏｔａ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ、及びＮｅｏｃａｌｌｉｍａｓｔｉｇｏｍｙｃｏｔａを含む。真菌細胞は、酵母、カビ、及び糸状菌を含み得る。いくつかの実施形態では、真菌細胞は、酵母細胞である。

【0352】

本明細書で使用される場合、「酵母細胞」」という用語は、Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ門及びＢａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ門に含まれる任意の真菌細胞を指す。酵母細胞は、出芽酵母細胞、分裂酵母細胞、及びカビ細胞を含み得る。これらの生物に限定に限らず、研究室及び工業環境で使用される多くのタイプの酵母は、Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ門に属する。いくつかの実施形態では、酵母細胞は、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｍａｒｘｉａｎｕｓ、またはＩｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ細胞である。他の酵母細胞としては、Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ及びＫｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｍａｒｘｉａｎｕｓ）、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．（例えば、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．（例えば、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、及びＩｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｉｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、別名Ｐｉｃｈｉａ ｋｕｄｒｉａｖｚｅｖｉｉ及びＣａｎｄｉｄａ ａｃｉｄｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）が挙げられ得るがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、真菌細胞は、糸状真菌細胞である。本明細書で使用される場合、「糸状真菌細胞」という用語は、糸状体、すなわち、菌糸または菌糸体に生長する任意のタイプの真菌細胞を指す。糸状真菌細胞の例としては、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．（例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．（例えば、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ）、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ）、及びＭｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ ｉｓａｂｅｌｌｉｎａ）が挙げられ得るがこれらに限定されない。

【0353】

いくつかの実施形態では、真菌細胞は、工業用菌株である。本明細書で使用される場合、「工業用菌株」とは、工業的プロセス、例えば、商業的または工業的規模での製品の生産において使用されるまたはそれから単離した真菌細胞の任意の菌株を指す。工業用菌株は、典型的には工業的プロセスにおいて使用される真菌種を指す場合もあれば、非工業的目的（例えば、実験室研究）のためにも使用され得る真菌種の分離株を指す場合もある。工業的プロセスの例としては、発酵（例えば、食料または飲料製品の生産におけるもの）、蒸留、バイオ燃料の生産、化合物の生産、及びポリペプチドの生産を挙げられ得る。工業用菌株の例としては、限定されないが、ＪＡＹ２７０及びＡＴＣＣ４１２４を挙げることができる。

【0354】

いくつかの実施形態では、真菌細胞は、倍数体細胞である。本明細書で使用される場合、「倍数体」細胞とは、ゲノムが複数のコピーで存在する任意の細胞を指し得る。倍数体細胞は、倍数体状態で天然に見られる細胞型を指す場合もあれば、倍数体状態で存在するように誘導された（例えば、減数分裂、細胞質分裂、またはＤＮＡ複製の特定の制御、変化、不活性化、活性化、または改変を介して）細胞を指す場合もある。倍数体細胞は、ゲノム全体が倍数体である細胞を指す場合もあれば、対象とする特定のゲノム遺伝子座において倍数体である細胞を指す場合もある。

【0355】

いくつかの実施形態では、真菌細胞は、二倍体細胞である。本明細書で使用される場合、「二倍体」細胞とは、ゲノムが２つのコピーで存在する任意の細胞を指し得る。二倍体細胞は、二倍体状態で天然に見られる細胞型を指す場合もあれば、二倍体状態で存在するように誘導された（例えば、減数分裂、細胞質分裂、またはＤＮＡ複製の特定の制御、変化、不活性化、活性化、または改変を介して）細胞を指す場合もある。例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ株Ｓ２２８Ｃは、単数体または二倍体状態で維持され得る。二倍体細胞は、ゲノム全体が二倍体である細胞を指す場合もあれば、対象とする特定のゲノム遺伝子座において二倍体である細胞を指す場合もある。いくつかの実施形態では、真菌細胞は、単数体細胞である。本明細書で使用される、「単数体」細胞とは、ゲノムが１つのコピーで存在する任意の細胞を指し得る。単数体細胞は、単数体状態で天然に見られる細胞型を指す場合もあれば、（例えば、減数分裂、細胞質分裂、またはＤＮＡ複製の特定の制御、変化、不活性化、活性化、または改変を介して）単数体状態で存在するように誘導された細胞を指す場合もある。例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ株Ｓ２２８Ｃは、単数体または二倍体状態で維持され得る。単数体細胞は、ゲノム全体が単数体である細胞を指す場合もあれば、対象とする特定のゲノム遺伝子座において単数体である細胞を指す場合もある。

【0356】

いくつかの実施形態では、操作された細胞は、対象から得られた細胞である。いくつかの実施形態では、対象は、健康または非罹患対象である。いくつかの実施形態では、対象は、操作された標的化部位、ポリペプチド、ベクター、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド粒子が産生される際に、それが所望の生理学的及び／または生物学的特性に関連し得る及び／または所望の生理学的及び／または生物学的特性を改変することが可能であり得る１つ以上のカーゴポリヌクレオチドをパッケージングし得るように、所望の生理学的及び／または生物学的特性を有する対象である。したがって、産生された操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）または他の粒子のカーゴポリヌクレオチドは、所望の特性をレシピエント細胞に移すことが可能であり得る。いくつかの実施形態では、カーゴポリヌクレオチドは、操作された細胞が所望の生理学的及び／または生物学的特性を有するように、操作された細胞のポリヌクレオチドを改変することが可能である。

【0357】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上のベクターでトランスフェクトされた細胞が、１つ以上のベクター由来配列を含む新たな細胞株を確立するために使用される。

【0358】

操作された細胞は、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド、ベクター、及び／または粒子を産生するために使用され得る。いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドポリヌクレオチド、ベクター、及び／または粒子は、産生され、採取され、及び／またはそれを必要とする対象に送達される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、対象に送達される。操作された細胞の他の使用は、本明細書の他の箇所に記載されている。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、本明細書の他の箇所に記載されている製剤及び／またはキットに含まれ得る。

【0359】

操作された細胞は、後の使用のために短期間または長期間保存され得る。好適な保存方法は、当該技術分野において一般に公知である。さらに、後の使用のために保存された細胞を復元する方法（例えば、解凍、再構成、及びそうでなければ保存後の操作された細胞において代謝を刺激すること）もまた、当該技術分野で一般に知られている。

【0360】

製剤
操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドシステム、操作された細胞、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／またはそれらの組合せの構成要素（複数可）は、対象または細胞に送達され得る製剤に含まれ得る。いくつかの実施形態では、製剤は、医薬製剤である。本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上は、それを必要とする対象または細胞に、単独でまたは医薬製剤中などで有効成分として提供され得る。そのため、本明細書では、ある量の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、またはそれらの組合せの１つ以上を含有する医薬製剤も記載される。いくつかの実施形態では、医薬製剤は、有効量の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上を含有し得る。本明細書に記載される医薬製剤は、それを必要とする対象または細胞に投与され得る。

【0361】

いくつかの実施形態では、医薬製剤に含まれる本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、ウイルス粒子、ナノ粒子、他の送達粒子、及びそれらの組合せの１つ以上の量は、それを必要とする対象の体重または医薬製剤が投与され得る特定の患者集団の平均体重に基づいて、約１ｐｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇの範囲であり得る。医薬製剤中の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上の量は、約１ｐｇ～約１０ｇ、約１０ｎＬ～約１０ｍｌの範囲であり得る。医薬製剤が１つ以上の細胞を含有する実施形態では、その量は、約１個の細胞～１×１０^２、１×１０^３、１×１０^４、１×１０^５、１×１０^６、１×１０^７、１×１０^８、１×１０^９、１×１０^１０個またはそれ以上の細胞の範囲であり得る。医薬製剤が１つ以上の細胞を含有する実施形態では、その量は、ｎＬ、μＬ、ｍＬ、またはＬ当たり、約１個の細胞～１×１０^２、１×１０^３、１×１０^４、１×１０^５、１×１０^６、１×１０^７、１×１０^８、１×１０^９、１×１０^１０個またはそれ以上の細胞の範囲であり得る。

【0362】

実施形態では、操作されたＡＡＶカプシド粒子が製剤に含まれ、該製剤は、１個～１×１０^１、１×１０^２、１×１０^３、１×１０^４、１×１０^５、１×１０^６、１×１０^７、１×１０^８、１×１０^９、１×１０^１０、１×１０^１１、１×１０^１２、１×１０^１３、１×１０^１４、１×１０^１５、１×１０^１６、１×１０^１７、１×１０^１８、１×１０^１９、または１×１０^２０個の形質導入単位（ＴＵ）／ｍＬの操作されたＡＡＶカプシド粒子を含有し得る。いくつかの実施形態では、製剤は、体積が０．１～１００ｍＬであり得、１個～１×１０^１、１×１０^２、１×１０^３、１×１０^４、１×１０^５、１×１０^６、１×１０^７、１×１０^８、１×１０^９、１×１０^１０、１×１０^１１、１×１０^１２、１×１０^１３、１×１０^１４、１×１０^１５、１×１０^１６、１×１０^１７、１×１０^１８、１×１０^１９、または１×１０^２０個の形質導入単位（ＴＵ）／ｍＬの操作されたＡＡＶカプシド粒子を含有し得る。

【0363】

薬学的に許容される担体及び補助成分及び薬剤
実施形態では、ある量の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、ウイルス粒子、ナノ粒子、他の送達粒子、及びそれらの組合せの１つ以上を含有する医薬製剤は、薬学的に許容される担体をさらに含み得る。好適な薬学的に許容される担体としては、活性な組成物と有害に反応しない、水、塩溶液、アルコール、アラビアゴム、植物油、ベンジルアルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、炭水化物、例えばラクトース、アミロースまたはデンプン、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンが挙げられるがこれらに限定されない。

【0364】

医薬製剤は、滅菌することができ、所望により、補助剤、例えば、活性な組成物と有害に反応しない、滑沢剤、防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与えるための塩、緩衝剤、着色剤、香味剤及び／または芳香物質などと混合され得る。

【0365】

ある量の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、操作されたウイルス（例えばＡＡＶ）カプシド、ウイルス（例えばＡＡＶ）または他の粒子、ナノ粒子、他の送達粒子、及びそれらの組合せの１つ以上に加えて、医薬製剤は、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、抗体、アプタマー、リボザイム、ホルモン、免疫調節剤、解熱剤、抗不安薬、抗精神病薬、鎮痛剤、鎮痙薬、抗炎症剤、抗ヒスタミン剤、抗感染薬、化学療法薬、及びそれらの組合せを含むがこれらに限定されない有効量の補助活性剤も含み得る。

【0366】

本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、組成物、ベクター、細胞、ウイルス粒子、ナノ粒子、他の送達粒子、及びそれらの組合せの１つ以上に加えて、医薬製剤に含まれる補助活性剤が存在する実施形態では、補助活性剤の量、例えば有効量は、補助活性剤に応じて変化する。いくつかの実施形態では、補助活性剤の量は、０．００１マイクログラム～約１ミリグラムの範囲である。他の実施形態では、補助活性剤の量は、約０．０１ＩＵ～約１０００ＩＵの範囲である。さらなる実施形態では、補助活性剤の量は、０．００１ｍＬ～約１ｍＬの範囲である。また他の実施形態では、補助活性剤の量は、総医薬製剤の約１％ｗ／ｗ～約５０％ｗ／ｗの範囲である。さらなる実施形態では、補助活性剤の量は、総医薬製剤の約１％ｖ／ｖ～約５０％ｖ／ｖの範囲である。さらに他の実施形態では、補助活性剤の量は、総医薬製剤の約１％ｗ／ｖ～約５０％ｗ／ｖの範囲である。

【0367】

剤形
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される医薬製剤は、剤形であり得る。剤形は、任意の適切な経路による投与のために適合させることができる。適切な経路としては、経口（頬側または舌下を含む）、直腸、硬膜外、頭蓋内、眼内、吸入、鼻腔内、局所（口腔、舌下、または経皮を含む）、膣内、尿道内、非経口、頭蓋内、皮下、筋肉内、静脈内、腹腔内、皮内、骨内、心臓内、関節内、海綿体内、髄腔内、硝子体内、脳内、歯肉、歯肉縁下、脳室内、及び皮内が挙げられるがこれらに限定されない。このような製剤は、当該技術分野において公知の任意の方法によって調製され得る。

【0368】

経口投与に適合された剤形は、個別の投薬量単位、例えば、カプセル、ペレットもしくは錠剤、粉末もしくは顆粒、溶液、または水性もしくは非水性液体中の懸濁液；食用のフォームもしくはホイップ、または水中油型液体エマルジョンまたは油中水型液体エマルジョンであり得る。いくつかの実施形態では、経口投与に適合された医薬製剤はまた、医薬製剤を風味付け、保存し、着色し、またはその分散を補助する１つ以上の薬剤を含む。経口投与のために調製された剤形はまた、フォーム、スプレー、または液体溶液として送達され得る液体溶液の形態であり得る。いくつかの実施形態では、経口剤形は、標的化エフェクター融合タンパク質及び／またはその複合体または本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上を含有する組成物の治療有効量またはその適切な画分を含有する約１ｎｇ～１０００ｇの医薬製剤を含有し得る。経口剤形は、それを必要とする対象に投与され得る。

【0369】

適切な場合には、本明細書に記載される剤形は、マイクロカプセル化され得る。

【0370】

剤形はまた、任意の成分の放出を延長または持続させるように調製され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上は、放出が遅延する成分であり得る。他の実施形態では、任意選択で含まれる補助成分の放出が遅延される。成分の放出を遅延させるための好適な方法としては、ポリマー、ワックス、ゲルなどの中の材料に成分をコーティングまたは埋め込むことが挙げられるがこれらに限定されない。遅延放出剤形は、標準的な参考文献、例えば、“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｄｏｓａｇｅ ｆｏｒｍ ｔａｂｌｅｔｓ，”ｅｄｓ．Ｌｉｂｅｒｍａｎ ｅｔ．ａｌ．（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，１９８９）、“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ－Ｔｈｅ ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｙ”，２０ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，２０００、及び“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｄｏｓａｇｅ ｆｏｒｍｓ ａｎｄ ｄｒｕｇ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ”，６ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，（Ｍｅｄｉａ，ＰＡ：Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，１９９５）に記載されているように調製され得る。これらの参考文献は、錠剤及びカプセル、ならびに錠剤及びペレット、カプセル、ならびに顆粒の遅延放出剤形を調製するための賦形剤、材料、装置、及びプロセスに関する情報を提供する。遅延放出は、約１時間～約３ヶ月またはそれ以上の範囲であり得る。

【0371】

好適なコーティング材料の例としては、セルロースポリマー、例えば、セルロースアセテートフタレート、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、及びヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートスクシネート；ポリビニルアセテートフタレート、アクリル酸ポリマー及びコポリマー、ならびにＥＵＤＲＡＧＩＴ（登録商標）（Ｒｏｔｈ Ｐｈａｒｍａ，Ｗｅｓｔｅｒｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）の商品名で市販されているメタクリル樹脂、ゼイン、シェラック、ならびに多糖類が挙げられるがこれらに限定されない。

【0372】

コーティングは、水不溶性／水溶性非ポリマー性賦形剤を用いてまたは用いずに、水溶性ポリマー、水不溶性ポリマー、及び／またはｐＨ依存性ポリマーの異なる比率で形成され得、所望の放出プロファイルをもたらす。コーティングは、錠剤（コーティングビーズを含むまたは含まない圧縮錠）、カプセル（コーティングビーズを含むまたは含まない）、ビーズ、粒子組成物、限定されないが懸濁液形態としてまたはスプリンクル剤形として製剤化された「そのままの成分」が含まれるがこれらに限定されない剤形（マトリックスまたは単体）のいずれかに対して行われる。

【0373】

局所投与に適合された剤形は、軟膏、クリーム、懸濁液、ローション、粉末、溶液、ペースト、ゲル、スプレー、エアロゾル、または油として製剤化され得る。眼または他の外部組織、例えば口または皮膚の処置のためのいくつかの実施形態では、医薬製剤は、局所軟膏またはクリームとして適用される。軟膏に製剤化される場合、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上は、パラフィン系または水混和性軟膏基剤と共に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、有効成分は、水中油型クリーム基剤または油中水型基剤を含むクリームとして製剤化され得る。口内の局所投与に適合された剤形は、ロゼンジ、トローチ、及び洗口液を含む。

【0374】

経鼻または吸入投与に適合された剤形は、エアロゾル、溶液、懸濁液滴、ゲル、または乾燥粉末を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上は、微粒子化（ｍｉｃｒｏｎｉｚａｔｉｏｎ）によって得られるまたは得ることができる低粒径化形態で、吸入に適合された剤形に含まれる。いくつかの実施形態では、低粒径化された（例えば、微粒子化された）化合物またはその塩もしくは溶媒和物の粒径は、当該技術分野において公知の適切な方法によって測定される約０．５～約１０ミクロンのＤ５０値によって定義される。吸入による投与に適合された剤形は、粒子ダストまたはミストも含む。担体または賦形剤が鼻腔スプレーまたは点鼻薬として投与するための液体である好適な剤形は、有効成分（例えば、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上及び／または補助活性剤）の水性または油性溶液／懸濁液を含み、これは、様々なタイプの定量式加圧エアロゾル、ネブライザー、または吹送器によって生成され得る。

【0375】

いくつかの実施形態では、剤形は、吸入による投与に好適なエアロゾル製剤であり得る。これらの実施形態のいくつかでは、エアロゾル製剤は、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上の溶液または微細懸濁液、ならびに薬学的に許容される水性または非水性溶媒を含有し得る。エアロゾル製剤は、密閉容器中に滅菌形態で、単回用量または複数回用量の分量で提供され得る。これらの実施形態のいくつかでは、密閉容器は、定量弁を備えた単回用量または複数回用量の鼻腔内またはエアロゾルディスペンサー（例えば、定量式吸入器）であり、これは、容器の内容物が使い果たされた後に廃棄されることが意図される。

【0376】

エアロゾル剤形が、エアロゾルディスペンサーに含まれる場合、ディスペンサーは、圧縮空気、二酸化炭素、またはハイドロフルオロカーボンを含むがこれに限定されない有機噴射剤などの、圧力下にある好適な噴射剤を含む。他の実施形態におけるエアロゾル製剤剤形は、ポンプ式アトマイザーに含まれる。加圧エアロゾル製剤は、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上の溶液または懸濁液も含有し得る。さらなる実施形態では、エアロゾル製剤は、例えば、製剤の安定性及び／または味及び／または微粒子質量特性（量及び／またはプロファイル）を改善するために組み込まれた共溶媒及び／または改変剤も含有し得る。エアロゾル製剤の投与は、１日１回または１日数回、例えば１日２、３、４、もしくは８回であり得、その場合、１回に１、２、または３用量が送達される。

【0377】

吸入投与に好適な及び／または適合された、いくつかの剤形では、医薬製剤は、乾燥粉末吸入可能製剤である。本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上、補助有効成分、及び／またはその薬学的に許容される塩に加えて、このような剤形は、ラクトース、グルコース、トレハロース、マンニトール、及び／またはデンプンなどの粉末基剤を含有し得る。これらの実施形態のいくつかでは、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上は、低粒径化された形態である。さらなる実施形態では、性能改変剤、例えば、Ｌ－ロイシンまたは別のアミノ酸、セロビオースオクタアセテート、及び／またはステアリン酸の金属塩、例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステアリン酸カルシウム。

【0378】

いくつかの実施形態では、エアロゾル剤形は、エアロゾルの各定量用量が、所定の量の有効成分、例えば、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上の１つ以上を含有するように構成され得る。

【0379】

膣内投与に適合された剤形は、ペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、フォーム、またはスプレー製剤として提供され得る。直腸投与に適合された剤形は、坐薬または浣腸を含む。

【0380】

非経口投与に適合された及び／または任意のタイプの注射（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、皮内、骨内、硬膜外、心臓内、関節内、海綿体内、歯肉、歯肉縁下、髄腔内、硝子体内、脳内、及び脳室内）に適合された剤形は、水性及び／または非水性滅菌注射溶液を含むことができ、これは、酸化防止剤、緩衝液、静菌剤、組成物を対象の血液と等張にする溶質、ならびに水性及び非水性滅菌懸濁液（懸濁化剤及び増粘剤を含み得る）を含有し得る。非経口投与に適合された剤形は、密閉アンプルまたはバイアルを含むがこれらに限定されない単回単位用量または複数回単位用量容器中で提供され得る。用量は、凍結乾燥され、滅菌担体に再懸濁され、投与前に用量が再構成され得る。即席注射溶液及び懸濁液は、いくつかの実施形態では、滅菌粉末、顆粒、及び錠剤から調製され得る。

【0381】

眼内投与に適合された剤形は、任意選択で注射に適合され得、任意選択で酸化防止剤、緩衝液、静菌剤、組成物を眼またはそれに含まれるもしくは対象の眼の周りにある流体と等張にする溶質、ならびに水性及び非水性滅菌懸濁液（懸濁化剤及び増粘剤を含み得る）を含有し得る水性及び／または非水性滅菌溶液を含み得る。

【0382】

いくつかの実施形態では、剤形は、単位用量当たり所定の量の本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上を含有する。したがって、いくつかの実施形態では、このような単位用量の所定の量は、１日１回または２回以上投与され得る。このような医薬製剤は、当該技術分野において周知の方法のいずれかによって調製され得る。

【0383】

キット
また、本明細書では、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または他の構成要素、及びそれらの組合せの１つ以上の１つ以上と、本明細書に記載される医薬製剤とを含むキットも記載されている。実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上を、組合せキットとして提供することができる。本明細書で使用される場合、「組合せキット」または「キット・オブ・パーツ」という用語は、その中に含まれる要素の組合せまたは単一の要素、例えば有効成分の包装、スクリーニング、試験、販売、流通、送達、及び／または投与に使用される化合物、または製剤、ならびにさらなる構成要素を指す。このようなさらなる構成要素は、限定はされないが、梱包材料、シリンジ、ブリスターパッケージ、ボトルなどを含む。組合せキットは、構成要素の１つ以上（例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、及びそれらの組合せの１つ以上の１つ以上）またはその製剤を含有し得、単一の製剤（例えば、液体、凍結乾燥粉末など）または別個の製剤中で提供され得る。別個の構成要素または製剤は、キット内の単一のパッケージまたは別個のパッケージに含まれ得る。キットはまた、その中に含まれる構成要素及び／または製剤の内容に関する情報及び／または指示、その中に含まれる構成要素（複数可）及び／または製剤（複数可）の内容に関する安全情報、その中に含まれる構成要素（複数可）及び／または製剤についての量、投与量、適用、スクリーニング方法、構成要素設計の推奨事項及び／または情報、推奨される治療レジメン（複数可）に関する情報を含み得る有形の表現媒体での指示書も含むことができる。本明細書で使用される場合、「有形の表現媒体」は、物理的に有形またはアクセス可能な媒体を指し、単なる抽象的思考または記録されていない話し言葉ではない。「有形の表現媒体」としては、限定はされないが、セルロースまたはプラスチック材料上の文字、または好適なコンピュータ可読メモリ形態で保存されたデータが挙げられる。データは、フラッシュメモリドライブもしくはＣＤ－ＲＯＭなどのユニットデバイスに、または例えば、ウェブインターフェースを介してユーザによってアクセス可能なサーバに保存され得る。

【0384】

一実施形態では、本発明は、本明細書に記載される構成要素の１つ以上を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットは、ベクターシステム、及びキットを使用するための指示書を含む。いくつかの実施形態では、ベクターシステムは、本明細書の他の箇所に記載される１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）送達システムポリヌクレオチドに作動可能に連結された調節エレメント、及び、任意選択で、調節エレメントに任意選択で作動可能に連結され得るカーゴ分子を含む。１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）送達システムポリヌクレオチドは、キット内にカーゴ分子を含有する実施形態において本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）送達システムによって送達可能なカーゴ分子と同じまたは異なるベクターに含まれ得る。

【0385】

いくつかの実施形態では、キットは、ベクターシステム、及びキットを使用するための指示書を含む。いくつかの実施形態では、ベクターシステムは、（ａ）ダイレクトリピート配列に作動可能に連結される第１の調節エレメント、及び該ダイレクトリピート配列の上流または下流（いずれか適用可能な方）に１つ以上のガイド配列を挿入するための１つ以上の挿入部位（発現されると、該ガイド配列は、真核細胞内の標的配列へのＣａｓ９ ＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指示し、該Ｃａｓ９ ＣＲＩＳＰＲ複合体は、該標的配列にハイブリダイズされるガイド配列と複合体形成するＣａｓ９酵素を含む）；及び／または（ｂ）核局在配列を含む該Ｃａｓ９酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に連結される第２の調節エレメントを含む。適用可能である場合、ｔｒａｃｒ配列も提供され得る。いくつかの実施形態では、キットは、システムの同じまたは異なるベクターに位置する構成要素（ａ）及び（ｂ）を含む。いくつかの実施形態では、構成要素（ａ）は、第１の調節エレメントに作動可能に連結される２つ以上のガイド配列をさらに含み、発現されると、該２つ以上のガイド配列の各々は、真核細胞内の異なる標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指示する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９酵素は、真核細胞の核内に検出可能な量の該ＣＲＩＳＰＲ酵素の蓄積を促進するのに十分な強度の１つ以上の核局在配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ酵素は、Ｖ型またはＶＩ型ＣＲＩＳＰＲシステム酵素である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ酵素は、Ｃａｓ９酵素である。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９酵素は、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ １、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｎｏｖｉｃｉｄａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｌｂｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＭＣ２０１７ １、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｐｒｏｔｅｏｃｌａｓｔｉｃｕｓ、Ｐｅｒｅｇｒｉｎｉｂａｃｔｅｒｉａ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＧＷ２０１１＿ＧＷＡ２＿３３＿１０、Ｐａｒｃｕｂａｃｔｅｒｉａ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＧＷ２０１１＿ＧＷＣ２＿４４＿１７、Ｓｍｉｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ＳＣＡＤＣ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．ＢＶ３Ｌ６、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＭＡ２０２０、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｍｅｔｈａｎｏｐｌａｓｍａ ｔｅｒｍｉｔｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｂｏｖｏｃｕｌｉ ２３７、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ ｉｎａｄａｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＮＤ２００６、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｃｒｅｖｉｏｒｉｃａｎｉｓ ３、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ、またはＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｍａｃａｃａｅ Ｃａｓ９（例えば、少なくとも１つのＤＤを有するかまたはそれと会合されるように変更された）に由来し、Ｃａｓ９のさらなる変更または変異を含んでもよく、キメラＣａｓ９であることも可能である。いくつかの実施形態では、ＤＤ－ＣＲＩＳＰＲ酵素は、真核細胞における発現のためにコドン最適化される。いくつかの実施形態では、ＤＤ－ＣＲＩＳＰＲ酵素は、標的配列の位置で１本または２本の鎖の切断を指示する。いくつかの実施形態では、ＤＤ－ＣＲＩＳＰＲ酵素は、ＤＮＡ鎖切断活性を欠く、または実質的に欠く（例えば、野生型酵素、またはヌクレアーゼ活性を低下させる変異もしくは変更を有さない酵素と比較して５％以下のヌクレアーゼ活性）。いくつかの実施形態では、第１の調節エレメントは、ポリメラーゼＩＩＩプロモーターである。いくつかの実施形態では、第２の調節エレメントは、ポリメラーゼＩＩプロモーターである。いくつかの実施形態では、ガイド配列は、少なくとも１６、１７、１８、１９、２０、２５ヌクレオチド、または１６～３０、または１６～２５、または１６～２０ヌクレオチド長である。

【0386】

使用方法
一般的な説明
本明細書に記載される心筋特異的標的化部位（例えば、操作された標的化部位システムポリヌクレオチド、ポリペプチド、ベクター（複数可）、操作された細胞、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド、ならびにウイルス及び他の粒子）を含有する組成物は、一般に、１つ以上のカーゴポリヌクレオチドをレシピエント細胞へとパッケージング及び／または送達するのに使用され得る。いくつかの実施形態では、送達は、含まれる標的化部位（複数可）の特異性に基づいて細胞特異的に行われる。いくつかの実施形態では、細胞特異性は、前述されている標的化部位に含まれるｎ量体インサート（複数可）を介して与えられる。いくつかの実施形態では、送達は、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシドの指向性に基づいて細胞特異的に行われる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている操作された標的化部位（複数可）、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、その組成物、及び／または細胞は、対象または細胞、組織、及び／または器官に投与され、レシピエント細胞へのカーゴポリヌクレオチドの移行及び／または組み込みを容易にし得る。他の実施形態では、操作された標的化部位（複数可）、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子及び／またはその組成物を産生することが可能な操作された細胞は、操作された標的化部位システム分子（例えば、ポリヌクレオチド、ベクター、及びベクターシステムなど）から生成され得る。いくつかの実施形態では、操作された標的化部位（複数可）、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子及び／またはその組成物は、対象または細胞、組織、及び／または器官に送達され得る。対象に送達される場合、それらの操作された送達システム分子（複数可）は、対象の細胞をｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで形質転換して、操作された標的化部位（複数可）、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）カプシド、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子及び／またはその組成物（これは、操作された細胞から放出されて、カーゴ分子（複数可）をｉｎ ｖｉｖｏでレシピエント細胞に送達することができる）を作製することが可能であり得る操作された細胞を産生し得るか、またはレシピエント細胞を得た対象への再導入のためにパーソナライズされた操作されたポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／または他の粒子を産生し得る。いくつかの実施形態では、操作された細胞は対象に送達され得、その場合、操作された細胞は、産生された操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／または他の粒子を放出し得、その結果、次にカーゴ（例えば、カーゴポリヌクレオチド（複数可））がレシピエント細胞に送達され得る。これらの一般的なプロセスは、対象における疾患もしくはその症状を処置及び／または予防し、モデル細胞を生成し、改変生物を生成し、細胞選択及びスクリーニングアッセイを提供するための多様な方法において、バイオプロダクションにおいて、ならびに他の様々な用途において使用され得る。

【0387】

いくつかの実施形態では、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／または他の粒子、ポリヌクレオチド、ベクター、及びそのシステムは、心筋細胞特異性などの所望の細胞特異性を有するバリアントのために利用され得る操作されたＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成するのに使用され得る。様々な実施例によって裏付けられる本明細書において提供される説明により、所望の細胞特異性を念頭に置いている者が、本明細書に記載される本発明を利用して、心筋特異性などの所望の細胞特異性を有するカプシドを得ることができるであろうことが実証され得る。

【0388】

治療薬
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された送達システム、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／または他の粒子、ポリヌクレオチド、ベクター、そのシステム、操作された細胞、及び／またはその製剤の１つ以上の分子は、１つ以上の疾患の治療としてそれを必要とする対象に送達され得る。いくつかの実施形態では、処置される疾患は、遺伝性またはエピジェネティックベース疾患である。いくつかの実施形態では、処置される疾患は、遺伝性またはエピジェネティックベース疾患ではない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された送達システム、操作された標的化部位、ポリペプチド、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、及び／または他の粒子、ポリヌクレオチド、ベクター、及びそのシステム、操作された細胞、及び／またはその製剤の１つ以上の分子は、疾患の処置または予防として（または処置もしくは予防の一部として）それを必要とする対象に送達され得る。操作された細胞及び／または操作の送達によって処置及び／または予防される特定の疾患は、操作されたＡＡＶカプシド粒子にパッケージングされるカーゴ分子に依存し得ることが理解されるであろう。

【0389】

一般に、本明細書に記載される組成物は、心臓疾患、障害、もしくはその症状、及び／またはその病態において心筋細胞を伴うか、そうでなければ心臓が関与する疾患もしくは障害を処置するための治療において使用され得る。心臓または心筋細胞の疾患または障害とは、その病態が、一次的病態の一部として、または二次的、三次的、もしくは他の病態の一部として、心臓の１つ以上の細胞型に関与または影響を及ぼす任意の疾患または障害を指すことが理解されよう。いくつかの実施形態では、心臓疾患または障害は、その一次的病態が、心臓、特に心筋の１つ以上の細胞型に関与するものである。いくつかの実施形態では、心臓以外の１つ以上の他の細胞型が心臓疾患の病態に関与している。いくつかの実施形態では、心臓疾患または障害は、ＣＮＳ細胞及び／または骨格筋細胞などの別の細胞型の疾患または障害に続発する。いくつかの実施形態では、心臓、ＣＮＳ、骨格筋の疾患または障害は、１つ以上の遺伝子異常によって引き起こされ得る。いくつかの実施形態では、心臓、ＣＮＳ、骨格筋の疾患または障害は、遺伝子異常によって引き起こされない。疾患の非遺伝的原因としては、感染症、がん、身体的外傷及び当業者によって理解される他の原因が挙げられる。疾患を処置するための遺伝子改変手法が、遺伝性疾患及び非遺伝性疾患の両方を処置及び／または予防するのに適用され得ることも理解されるであろう。例えば、非遺伝性疾患の場合、遺伝子治療手法を用いて非遺伝性疾患の原因（例えば、がんまたは感染性生物）を改変し、その原因がもはや疾患を引き起こさないようにすることができる（例えば、がん細胞または感染性生物を除去するかまたは非機能性にすることによって）。

【0390】

例示的な心筋疾患としては、心筋症（例えば、拡張型心筋症、肥大型心筋症、拘束型心筋症、不整脈源性右室異形成、及び他の分類不能型心筋症）、たこつぼ症候群、アルコールもしくは他の薬物乱用に続発する心臓障害、冠動脈疾患、先天性心疾患、心筋梗塞、心臓弁膜症、不整脈、高血圧、心臓感染症、及びそれらの組合せが挙げられるがこれらに限定されない。

【0391】

例示的なＣＮＳ疾患及び障害には、フリードライヒ運動失調症、ドラベ症候群、脊髄小脳失調症３型、ニーマン・ピック病Ｃ型、ハンチントン病、ポンペ病、筋強直性ジストロフィー１型、Ｇｌｕｔ１欠損症（Ｄｅ Ｖｉｖｏ病）、テイ・サックス病、脊髄性筋萎縮症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ダノン病、レット症候群、アンジェルマン症候群、またはそれらの組合せが挙げられるがこれらに限定されない。他のものが、本明細書の他の箇所に記載され、及び／または本明細書において提供される説明を考慮して当業者によって理解されるであろう）。

【0392】

処置され得る遺伝性疾患は、本明細書の他の箇所でより詳細に説明されている（例えば、以下の遺伝子改変ベースの治療法についての説明を参照）。他の疾患としては、限定はされないが、以下のもの：がん（例えば、膠芽腫または他の脳もしくはＣＮＳ癌）、Ａｃｕｂｅｔｉｖａｃｔｅｒ感染症、放線菌症、アフリカ睡眠病、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ、アメーバ症（ａｍｅｏｂｉａｓｉｓ）、アナプラズマ症、住血線虫症、アニサキス症、炭疽、Ａｃｒａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、バベシア症、細菌性髄膜炎、細菌性肺炎、細菌性膣炎、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ感染症、バランチジウム症、バルトネラ症、Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ感染症、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛、ブラストシスティス症（Ｂｌａｓｔｏｃｙｔｏｓｉｓ）、ブラストミセス症、ボリビア出血熱、ボツリヌス症、ブラジル出血熱、ブルセラ症、腺ペスト、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ感染症、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染症、カンピロバクター感染症、カンジダ症、毛頭虫症、カリオン病、ネコひっかき病、蜂窩織炎、シャーガス病、軟性下疳、水痘、チクングニア、クラミジア、クラミジア肺炎、コレラ、黒色分芽菌症、ツボカビ症、肝吸虫症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ大腸炎、コクシジオイデス症、コロラドダニ熱、ライノウイルス／コロナウイルス感染症（感冒）、クロイツフェルト・ヤコブ病、クリミア・コンゴ出血熱、クリプトコッカス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、サイクロスポーラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ感染症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、メジナ虫症、エボラ、エキノコックス症、エーリキア症、蟯虫症、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、伝染性紅斑、突発性発疹、肝蛭症、肥大吸虫症、致死性家族性不眠症、フィラリア症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｕｍ ｐｅｒｆｉｎｇｅｎｓ感染症、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ感染症、ガス壊疽（クロストリジウム性筋壊死）、ジオトリクム症、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー症候群、ジアルジア症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼠径肉芽腫、Ａ群レンサ球菌感染症、Ｂ群レンサ球菌感染症、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）感染症、手足口病、ハンタウイルス肺症候群、ハートランドウイルス病、ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ感染症、腎症候性出血熱、ヘンドラウイルス感染症、肝炎（Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ型のすべての群）、単純ヘルペス、ヒストプラスマ症、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒトエーリキア症、ヒト顆粒球アナプラズマ症、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球性エーリキア症、ヒトパピローマウイルス、膜様条虫症、エプスタイン・バー感染症、単核球症、インフルエンザ、イソスポーラ症、川崎病、Ｋｉｎｇｅｌｌ ｋｉｎｇａｅ感染症、クールー病、ラッサ熱、Ｌｅｇｉｎｏｌｌｏｓｉｓ（レジオネラ症及びポンティアック熱）、リーシュマニア症、ハンセン病、レプトスピラ症、リステリア症、ライム病、リンパ系フィラリア症、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ出血熱、麻疹、中東呼吸器症候群、類鼻疽、髄膜炎、髄膜炎菌感染症、メタゴニムス症、微胞子虫症、伝染性軟属腫、サル痘、ムンプス、発疹熱、マイコプラズマ肺炎、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ感染症、菌腫、蝿蛆症、結膜炎、ニパウイルス感染症、ノロウイルス、変異型クロイツフェルト・ヤコブ病、ノカルジア症、オンコセルカ症、オピストルキス症、パラコクシジオイデス症、肺吸虫症、パスツレラ症、アタマジラミ（Ｐｄｉｃｕｌｏｓｉｓｉ ｃａｐｉｔｉｓ）、コロモジラミ（Ｐｅｄｉｃｕｌｏｓｉｓ ｃｏｒｐｉｓ）、ケジラミ（Ｐｅｄｉｃｕｌｏｓｉｓ ｐｕｂｉｓ）、骨盤内炎症性疾患、百日咳、ペスト、肺炎球菌感染症、ニューモシスチス肺炎、肺炎、ポリオ、ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎、進行性多巣性白質脳症、オウム病、Ｑ熱、狂犬病、回帰熱、呼吸器合胞体ウイルス感染症、ライノウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘、リフトバレー熱、ロッキー山紅斑熱、ロタウイルス感染症、風疹、サルモネラ症、ＳＡＲＳ、疥癬、猩紅熱、住血吸虫症、敗血症、細菌性赤痢、帯状疱疹、天然痘、スポロトリクム症、Ｓｔａｐｈｌｏｃｏｃｃｏｌ感染症（ＭＲＳＡを含む）、糞線虫症、亜急性硬化性全脳炎、梅毒、条虫症、破傷風、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ種感染症、トキソカラ症（Ｔｏｃａｒｉａｓｉｓ）、トキソプラズマ症、トラコーマ、旋毛虫病、鞭虫症、結核、野兎病、腸チフス、発疹チフス、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ感染症、渓谷熱、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、Ｖｉｂｒｉｏ種感染症、ウイルス性肺炎、ウエストナイル熱、白色砂毛、仮性結核（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、エルシニア症、黄熱病、Ｚｅａｓｐｏｒａ症、ジカ熱、接合菌症、及びそれらの組合せのいずれかが挙げられ得る。

【0393】

本発明の実施形態を用いて処置され得る他の疾患及び障害としては、限定はされないが、内分泌疾患（例えば、Ｉ型及びＩＩ型糖尿病、妊娠糖尿病、低血糖症、グルカゴノーマ、甲状腺腫、甲状腺機能亢進症、甲状腺機能低下症、甲状腺炎、甲状腺癌、甲状腺ホルモン不応症、副甲状腺障害、骨粗鬆症、変形性骨炎、くる病、骨軟化症、下垂体機能低下症、下垂体腫瘍など）、感染性及び非感染性由来の皮膚疾患、感染性または非感染性由来の眼疾患、感染性または非感染性由来の胃腸疾患、感染性または非感染性由来の心血管疾患、感染性または非感染性由来の脳及び神経疾患、感染性または非感染性由来の神経系疾患、感染性または非感染性由来の筋疾患、感染性または非感染性由来の骨疾患、感染性または非感染性由来の生殖器系疾患、感染性または非感染性由来の腎臓系疾患、感染性または非感染性由来の血液疾患、感染性または非感染性由来のリンパ系疾患、感染性または非感染性由来の免疫系疾患、感染性または非感染性由来の精神疾患などが挙げられる。

【0394】

いくつかの実施形態では、処置される疾患は、心臓または心筋関連疾患または障害、例えば、遺伝性の心臓または心筋疾患または障害、あるいはＣＮＳ、骨格筋、及び／または神経筋疾患または障害などの非心臓疾患に続発するまたはそうでなければ関連する心臓または心筋の症状、疾患、または障害である。

【0395】

他の疾患及び障害が、当業者によって理解されるであろう。

【0396】

養子細胞療法
一般的に言えば、養子細胞移植は、対象への細胞（自己、同種、及び／または異種）の移植を含む。細胞は、対象への送達の前に改変及び／またはそうでなければ操作される場合もあれば、されない場合もある。操作は、１種以上の遺伝子改変剤による遺伝子改変を含み得る。例示的な遺伝子改変剤及びシステムは、本明細書の他の箇所でより詳細に記載され、当業者によって理解されるであろう。このような遺伝子または他の改変組成物またはシステムは、心筋特異的標的化部位を含有する本明細書に記載される組成物の１つ以上によって養子療法のために改変される細胞に送達され得る。

【0397】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された細胞は、養子細胞移植治療に含まれ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された細胞は、それを必要とする対象に送達され得る。いくつかの実施形態では、細胞は、対象から単離され、それが本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシド粒子を生成して操作された細胞を産生することが可能となるようにｉｎ ｖｉｔｒｏで操作され、自己移植により対象に戻されるか、または同種もしくは異種移植により異なる対象に送達され得る。単離、操作、及び／または送達される細胞は、真核細胞であり得る。単離、操作、及び／または送達される細胞は、幹細胞であり得る。単離、操作、及び／または送達される細胞は、分化した細胞であり得る。単離、操作、及び／または送達される細胞は、心筋細胞などの心臓細胞であり得る。他の特定の細胞型が、当業者によって即座に理解されるであろう。

【0398】

いくつかの実施形態では、単離された細胞は、本明細書の他の箇所に記載されるように操作された細胞になるように操作され得る（例えば、本明細書の他の箇所に記載される１つ以上の操作された送達システム分子またはベクターを含有し、及び／または発現する）。このような操作された細胞を作製する方法は、本明細書の他の箇所でより詳細に記載される。

【0399】

遺伝子ドライブ
本発明はまた、１つ以上のカーゴポリヌクレオチドの送達、または遺伝子ドライブを生成することが可能な１つ以上のカーゴポリヌクレオチドを有する操作されたＡＡＶカプシド粒子の産生によって遺伝子ドライブを生成するための、本明細書に記載される操作された送達システム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作されたＡＡＶカプシド粒子の使用を想定している。いくつかの実施形態では、遺伝子ドライブは、例えば、ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２０１５／１０５９２８号に記載の遺伝子ドライブに類似するシステムにおける、Ｃａｓ媒介性ＲＮＡ誘導型遺伝子ドライブ、例えばＣａｓがＲＮＡ誘導型遺伝子ドライブを提供するものであり得る。この種のシステムは、例えば、生殖系列細胞中に、ＲＮＡ誘導型ＤＮＡヌクレアーゼ及び１つ以上のガイドＲＮＡをコードする核酸配列を導入することによって、真核生物生殖系列細胞を変更するための方法を提供し得る。ガイドＲＮＡは、生殖系列細胞のゲノムＤＮＡにおける１つ以上の標的位置に相補的であるように設計され得る。ＲＮＡ誘導型ＤＮＡヌクレアーゼをコードする核酸配列、及びガイドＲＮＡをコードする核酸配列は、隣接配列の間の構築物上に提供され得、プロモーターは、同様に隣接配列の間に位置する任意の所望のカーゴコード配列と一緒に、生殖系列細胞がＲＮＡ誘導型ＤＮＡヌクレアーゼ及びガイドＲＮＡを発現し得るように配置された。隣接配列は、典型的に、選択された標的染色体上の対応する配列と同一の配列を典型的に含み、それによって、隣接配列は、構築物によってコードされた構成要素と共に作用して、相同組換えなどの機構によって標的切断部位におけるゲノムＤＮＡへの外来核酸構築物配列の挿入を促進し、生殖系列細胞を、外来核酸配列に対してホモ接合性にする。

【0400】

このように、遺伝子ドライブシステムは、繁殖集団全般にわたって所望のカーゴ遺伝子を遺伝子移入することを可能にする（Ｇａｎｔｚ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｈｉｇｈｌｙ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｃａｓ９－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｄｒｉｖｅ ｆｏｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｌａｒｉａ ｖｅｃｔｏｒ ｍｏｓｑｕｉｔｏ Ａｎｏｐｈｅｌｅｓ ｓｔｅｐｈｅｎｓｉ，ＰＮＡＳ ２０１５，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２３，２０１５，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１５２１０７７１１２；Ｅｓｖｅｌｔ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｃｏｎｃｅｒｎｉｎｇ ＲＮＡ－ｇｕｉｄｅｄ ｇｅｎｅ ｄｒｉｖｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｗｉｌｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｅＬｉｆｅ ２０１４；３：ｅ０３４０１）。選択された実施形態では、ゲノムにおける潜在的なオフターゲット部位がほとんどない標的配列が選択され得る。複数のガイドＲＮＡを用いて標的遺伝子座内の複数の部位を標的とすることは、切断頻度を増加させ、ドライブ抵抗性対立遺伝子の進化を妨げ得る。切断型ガイドＲＮＡはオフターゲット切断を減少させ得る。特異性をさらに高めるために、対形成されたニッカーゼを単一のヌクレアーゼの代わりに使用してもよい。遺伝子ドライブ構築物（例えば、遺伝子ドライブ操作された送達システム構築物）は、例えば相同組換え遺伝子を活性化するために、及び／または非相同の末端接合を抑制するために、転写調節因子をコードするカーゴ配列を含み得る。標的化部位は必須遺伝子内から選択され得、それにより非相同の末端接合事象が、ドライブ抵抗性対立遺伝子を生成するのではなく、致死性を引き起こし得る。遺伝子ドライブ構築物は、様々な温度で様々な宿主において機能するように操作され得る（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．２０１３，Ｒａｐｉｄ ａｎｄ Ｔｕｎａｂｌｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｉｎ Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ Ｕｓｉｎｇ ａ Ｓｍａｌｌ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ，ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（８）：ｅ７２３９３．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００７２３９３）。

【0401】

移植及び異種移植
本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子は、カーゴポリヌクレオチドを送達するために使用することができ、及び／またはそうでなければ２人の異なるヒトの間での移植（移植）または種の間での移植（異種移植）のための組織の改変に関与することができる。トランスジェニック動物の生成のためのこのような技術が、本明細書の他の箇所に記載される。種間移植技術は、当該技術分野において一般に公知である。例えば、ＲＮＡ誘導型ＤＮＡヌクレアーゼは、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチド、ベクター、操作された細胞、及び／または操作されたＡＡＶカプシド粒子を用いて送達することができ、例えば、ヒト免疫系によって認識されるエピトープをコードする遺伝子、すなわち異種抗原遺伝子の発現を破壊することによって、移植のための器官（例えばｅｘ ｖｉｖｏで（例えば採取後であるが、移植前）またはｉｎ ｖｉｖｏで（ドナーまたはレシピエント中））、動物、例えばトランスジェニックブタ（例えばヒトヘムオキシゲナーゼ－１トランスジェニックブタ株）において選択された遺伝子をノックアウト、ノックダウンまたは破壊するのに使用され得る。破壊のための候補ブタ遺伝子は、例えばα（ｌ，３）－ガラクトシルトランスフェラーゼ及びシチジン一リン酸－Ｎ－アセチルノイラミン酸ヒドロキシラーゼ遺伝子（ＰＣＴ特許公開ＷＯ２０１４／０６６５０５号を参照）を含み得る。さらに、内因性レトロウイルスをコードする遺伝子、例えばすべてのブタ内因性レトロウイルスをコードする遺伝子が破壊され得る（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅ ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ（ＰＥＲＶｓ），Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２０１５：Ｖｏｌ．３５０ ｎｏ．６２６４ ｐｐ．１１０１－１１０４を参照）。さらに、ＲＮＡ誘導型ＤＮＡヌクレアーゼは、ヒトＣＤ５５遺伝子などの異種移植ドナー動物におけるさらなる遺伝子の組み込みのための部位を標的とするのに使用され、超急性拒絶に対する保護を改善し得る。

【0402】

種間移植（例えば、ヒトからヒト）の場合、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子は、カーゴポリヌクレオチドを送達するために使用することができ、及び／またはそうでなければ移植される組織を改変するために関与することができる。いくつかの実施形態では、改変には、１つ以上のＨＬＡ抗原または他の組織型決定基を改変することが含まれ得、それにより、免疫原性プロファイルがドナーの免疫原性プロファイルよりもレシピエントの免疫原性プロファイルに類似するかまたはそれと同一となり、レシピエントによる拒絶反応の発生が低減される。関連する組織型決定基は、当該技術分野において公知であり（例えば、器官適合性を決定するために使用されるもの）、免疫原性プロファイル（組織型決定基の発現シグネチャから構成される）を決定するための技術は、当該技術分野において一般に公知である。

【0403】

いくつかの実施形態では、ドナー（例えば、採取前）またはレシピエント（移植後）は、移植された細胞、組織、及び／または器官の免疫原性プロファイルを改変することが可能な本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子のうちの１つ以上を投与され得る。いくつかの実施形態では、移植された細胞、組織、及び／または器官はドナーから採取することができ、レシピエントに移植された場合に、該採取された細胞、組織、及び／または器官を、例えば、免疫原性が低下するようにまたは何らかの特定の特性を有するように改変されるように改変することが可能な本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシドシステム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子は、採取された細胞、組織、及び／または器官にｅｘ ｖｉｖｏで送達され得る。送達後、細胞、組織、及び／または器官は、ドナーに移植され得る。

【0404】

遺伝子改変、及び心臓に影響を及ぼす遺伝的またはエピジェネティックな具現化（ｅｍｂｏｄｉｍｅｎｔ）を有する疾患の処置
本明細書に記載される操作された送達システム分子、ベクター、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子（例えば、本明細書に記載される心筋特異的標的化部位などの１つ以上の標的化部位を有するもの）は、遺伝子もしくは他のポリヌクレオチドを改変する、及び／または遺伝性及び／またはエピジェネティックな原因を有する心臓の疾患を処置するのに使用され得る。本明細書の他の箇所に記載されるように、カーゴ分子は、細胞に送達され得、いくつかの実施形態では、細胞のゲノムに組み込まれ得るポリヌクレオチドであり得る。いくつかの実施形態では、カーゴ分子（複数可）は、１つ以上のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム構成要素であり得る。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ構成要素は、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシド粒子によって送達されるとき、任意選択でレシピエント細胞において発現され、レシピエント細胞のゲノムを配列特異的に改変するように作用し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作されたＡＡＶカプシド粒子によってパッケージング及び送達され得るカーゴ分子は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓに依存しない方法によってゲノム改変を促進／媒介し得る。このような非ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓゲノム改変システムは、当業者によって即座に理解され、また、少なくとも部分的に、本明細書の他の箇所に記載される。いくつかの実施形態では、改変は、特定の標的配列におけるものである。他の実施形態では、改変は、ゲノム全体にわたってランダムであるような位置におけるものである。

【0405】

本明細書に記載される操作された送達ＡＡＶ送達システム分子、ベクター、カプシド、操作された細胞、及び／または操作された送達粒子を用いて改変され得る心臓、筋肉、ＣＮＳ、脳、及び／または神経疾患に関連する遺伝子及びポリヌクレオチドの例を以下に記載する。

【0406】

いくつかの実施形態では、治療薬または予防薬、例えば、本明細書の他の箇所に記載される操作されたＡＡＶカプシド及びそのシステムは、心臓、脳、ニューロン、神経系、及び／またはＣＮＳ疾患または障害を処置するためにそれを必要とする対象またはその細胞に送達され得る。いくつかの実施形態では、心臓、脳、ニューロン、神経系、及び／またはＣＮＳ疾患または障害は、正常なまたは非病理学的バリアントと比較して以下の遺伝子の１つ以上における１つ以上の変異によって、直接または間接的に引き起こされ得る：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）の場合：ＳＯＤ１、ＡＬＳ２、ＳＴＥＸ、ＦＵＳ、ＴＡＲＤＢＰ、ＶＥＧＦ（ＶＥＧＦ－ａ、ＶＥＧＦ－ｂ、ＶＥＧＦ－ｃ）；アルツハイマー病の場合：Ｅ１、ＣＨＩＰ、ＵＣＨ、ＵＢＢ、タウ、ＬＲＰ、ＰＩＣＡＬＭ、クラステリン、ＰＳ１、ＳＯＲＬ１、ＣＲ１、Ｖｌｄｌｒ、Ｕｂａ１、Ｕｂａ３、ＣＨＩＰ２８、Ａｑｐ１、Ｕｃｈｌ１、Ｕｃｈｌ３、ＡＰＰ、ＡＡＡ、ＣＶＡＰ、ＡＤ１、ＡＰＯＥ、ＡＤ２、ＰＳＥＮ２、ＡＤ４、ＳＴＭ２、ＡＰＢＢ２、ＦＥ６５Ｌ１、ＮＯＳ３、ＰＬＡＵ、ＵＲＫ、ＡＣＥ、ＤＣＰ１、ＡＣＥ１、ＭＰＯ、ＰＡＣＩＰ１、ＰＡＸＩＰ１Ｌ、ＰＴＩＰ、Ａ２Ｍ、ＢＬＭＨ、ＢＭＨ、ＰＳＥＮ１、ＡＤ３）；自閉症の場合：Ｍｅｃｐ２、ＢＺＲＡＰ１、ＭＤＧＡ２、Ｓｅｍａ５Ａ、ニューレキシン１、ＧＬＯ１、ＭＥＣＰ２、ＲＴＴ、ＰＰＭＸ、ＭＲＸ１６、ＭＲＸ７９、ＮＬＧＮ３、ＮＬＧＮ４、ＫＩＡＡ１２６０、ＡＵＴＳＸ２；脆弱Ｘ症候群の場合：ＦＭＲ２、ＦＸＲ１、ＦＸＲ２、ｍＧＬＵＲ５；ハンチントン病及びハンチントン病様障害の場合：ＨＤ、ＩＴ１５、ＰＲＮＰ、ＰＲＩＰ、ＪＰＨ３、ＪＰ３、ＨＤＬ２、ＴＢＰ、ＳＣＡ１７）；パーキンソン病の場合：ＮＲ４Ａ２、ＮＵＲＲ１、ＮＯＴ、ＴＩＮＵＲ、ＳＮＣＡＩＰ、ＴＢＰ、ＳＣＡ１７、ＳＮＣＡ、ＮＡＣＰ、ＰＡＲＫ１、ＰＡＲＫ４、ＤＪ１、ＰＡＲＫ７、ＬＲＲＫ２、ＰＡＲＫ８、ＰＩＮＫ１、ＰＡＲＫ６、ＵＣＨＬ１、ＰＡＲＫ５、ＳＮＣＡ、ＮＡＣＰ、ＰＡＲＫ１、ＰＡＲＫ４、ＰＲＫＮ、ＰＡＲＫ２、ＰＤＪ、ＤＢＨ、ＮＤＵＦＶ２、ＰＩＮＫ１、ｘ－シヌクレイン）；レット症候群の場合：ＭＥＣＰ２、ＲＴＴ、ＰＰＭＸ、ＭＲＸ１６、ＭＲＸ７９、ＣＤＫＬ５、ＳＴＫ９、ＭＥＣＰ２、ＲＴＴ、ＰＰＭＸ、ＭＲＸ１６、ＭＲＸ７９、ｘ－シヌクレイン、ＤＪ－１；統合失調症の場合：ニューレグリン１（Ｎｒｇ１）、Ｅｒｂ４（ニューレグリンのための受容体）、コンプレキシン１（Ｃｐｌｘ１）、Ｔｐｈ１トリプトファンヒドロキシラーゼ、Ｔｐｈ２、トリプトファンヒドロキシラーゼ２、ニューレキシン１、ＧＳＫ３、ＧＳＫ３ａ、ＧＳＫ３ｂ、５－ＨＴＴ（Ｓｌｃ６ａ４）、ＣＯＭＴ、ＤＲＤ（Ｄｒｄ１ａ）、ＳＬＣ６Ａ３、ＤＡＯＡ、ＤＴＮＢＰ１、Ｄａｏ（Ｄａｏ１））；セクレターゼ関連疾患（ＡＰＨ－１（アルファ及びベータ）、プレセニリン（Ｐｓｅｎ１）、ニカストリン、（Ｎｃｓｔｎ）、ＰＥＮ－２、Ｎｏｓ１、Ｐａｒｐ１、Ｎａｔ１、Ｎａｔ２）の場合；トリヌクレオチドリピート病（ＨＴＴ（ハンチントン病の診断）、ＳＢＭＡ／ＳＭＡＸ１／ＡＲ（ケネディー病の診断）、ＦＸＮ／Ｘ２５（フリードライヒ運動失調症）、ＡＴＸ３（マシャド・ジョセフ病の診断）、ＡＴＸＮ１及びＡＴＸＮ２（脊髄小脳失調症）、ＤＭＰＫ（筋強直性ジストロフィー）、アトロフィン－１及びＡｔｎ１（ＤＲＰＬＡの診断）、ＣＢＰ（Ｃｒｅｂ－ＢＰ－全体不安定性）、ＶＬＤＬＲ（アルツハイマー病）、Ａｔｘｎ７、Ａｔｘｎ１０）の場合；脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳにおける異常なまたは正常でない軸索ガイダンスシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＲＯＣＫ１；ＩＴＧＡ５；ＣＸＣＲ４；ＡＤＡＭ１２；ＩＧＦ１；ＲＡＣ１；ＲＡＰ１Ａ；ＥＩＦ４Ｅ；ＰＲＫＣＺ；ＮＲＰ１；ＮＴＲＫ２；ＡＲＨＧＥＦ７；ＳＭＯ；ＲＯＣＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＧＦ；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＧＮＡＳ；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＥＲＢＢ２；ＰＲＫＣＩ；ＰＴＫ２；ＣＦＬ１；ＧＮＡＱ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＣＸＣＬ１２；ＰＩＫ３Ｃ３；ＷＮＴ１１；ＰＲＫＤ１；ＧＮＢ２Ｌ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＲＨＯＡ；ＰＲＫＣＤ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＩＴＧＢ７；ＧＬＩ２；ＰＸＮ；ＶＡＳＰ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＡＤＡＭ１７；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＧＬＩ１；ＷＮＴ５Ａ；ＡＤＡＭ１０；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＣＤＣ４２；ＶＥＧＦＡ；ＩＴＧＡ２；ＥＰＨＡ８；ＣＲＫＬ；ＲＮＤ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳにおける異常なまたは正常でないアクチン細胞骨格シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＣＴＮ４；ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＲＯＣＫ１；ＩＴＧＡ５；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＲＡＣ１；ＩＮＳ；ＡＲＨＧＥＦ７；ＧＲＫ６；ＲＯＣＫ２；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＤＫ８；ＰＴＫ２；ＣＦＬ１；ＰＩＫ３ＣＢ；ＭＹＨ９；ＤＩＡＰＨ１；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；Ｆ２Ｒ；ＭＡＰＫ３；ＳＬＣ９Ａ１；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＲＨＯＡ；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＩＴＧＢ７；ＰＰＰ１ＣＣ；ＰＸＮ；ＶＩＬ２；ＲＡＦ１；ＧＳＮ；ＤＹＲＫ１Ａ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＰＩＰ５Ｋ１Ａ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＣＤＣ４２；ＡＰＣ；ＩＴＧＡ２；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＣＲＫＬ；ＢＲＡＦ；ＶＡＶ３；ＳＧＫ；ハンチントン病シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＧＦ１；ＥＰ３００；ＲＣＯＲ１；ＰＲＫＣＺ；ＨＤＡＣ４；ＴＧＭ２；ＭＡＰＫ１；ＣＡＰＮＳ１；ＡＫＴ２；ＥＧＦＲ；ＮＣＯＲ２；ＳＰ１；ＣＡＰＮ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＨＤＡＣ５；ＣＲＥＢ１；ＰＲＫＣＩ；ＨＳＰＡ５；ＲＥＳＴ；ＧＮＡＱ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＩＧＦ１Ｒ；ＰＲＫＤ１；ＧＮＢ２Ｌ１；ＢＣＬ２Ｌ１；ＣＡＰＮ１；ＭＡＰＫ３；ＣＡＳＰ８；ＨＤＡＣ２；ＨＤＡＣ７Ａ；ＰＲＫＣＤ；ＨＤＡＣ１１；ＭＡＰＫ９；ＨＤＡＣ９；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＨＤＡＣ３；ＴＰ５３；ＣＡＳＰ９；ＣＲＥＢＢＰ；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＣＡＳＰ１；ＡＰＡＦ１；ＦＲＡＰ１；ＣＡＳＰ２；ＪＵＮ；ＢＡＸ；ＡＴＦ４；ＡＫＴ３；ＰＲＫＣＡ；ＣＬＴＣ；ＳＧＫ；ＨＤＡＣ６；ＣＡＳＰ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアポトーシス調節及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＲＯＣＫ１；ＢＩＤ；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＢＡＫ１；ＢＩＲＣ４；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＣＡＰＮＳ１；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＣＡＰＮ２；ＣＤＫ８；ＦＡＳ；ＮＦＫＢ２；ＢＣＬ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＭＡＰＫ８；ＢＣＬ２Ｌ１；ＣＡＰＮ１；ＭＡＰＫ３；ＣＡＳＰ８；ＫＲＡＳ；ＲＥＬＡ；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＴＰ５３；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＣＡＳＰ９；ＤＹＲＫ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＣＨＵＫ；ＡＰＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＰＡＫ３；ＬＭＮＡ；ＣＡＳＰ２；ＢＩＲＣ２；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＢＲＡＦ；ＢＡＸ；ＰＲＫＣＡ；ＳＧＫ；ＣＡＳＰ３；ＢＩＲＣ３；ＰＡＲＰ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない白血球の血管外遊走シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＣＴＮ４；ＣＤ４４；ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＲＯＣＫ１；ＣＸＣＲ４；ＣＹＢＡ；ＲＡＣ１；ＲＡＰ１Ａ；ＰＲＫＣＺ；ＲＯＣＫ２；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＭＭＰ１４；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＲＫＣＩ；ＰＴＫ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＣＸＣＬ１２；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＰＲＫＤ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ１０；ＣＹＢＢ；ＭＡＰＫ１３；ＲＨＯＡ；ＰＲＫＣＤ；ＭＡＰＫ９；ＳＲＣ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＢＴＫ；ＭＡＰＫ１４；ＮＯＸ１；ＰＸＮ；ＶＩＬ２；ＶＡＳＰ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＣＴＮＮＤ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＴＮＮＢ１；ＣＬＤＮ１；ＣＤＣ４２；Ｆ１１Ｒ；ＩＴＫ；ＣＲＫＬ；ＶＡＶ３；ＣＴＴＮ；ＰＲＫＣＡ；ＭＭＰ１；ＭＭＰ９；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないインテグリンシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＣＴＮ４；ＩＴＧＡＭ；ＲＯＣＫ１；ＩＴＧＡ５；ＲＡＣ１；ＰＴＥＮ；ＲＡＰ１Ａ；ＴＬＮ１；ＡＲＨＧＥＦ７；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＣＡＰＮＳ１；ＡＫＴ２；ＣＡＰＮ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＴＫ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＣＡＶ１；ＣＡＰＮ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＲＨＯＡ；ＳＲＣ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＩＴＧＢ７；ＰＰＰ１ＣＣ；ＩＬＫ；ＰＸＮ；ＶＡＳＰ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＴＮＫ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＣＤＣ４２；ＲＮＤ３；ＩＴＧＡ２；ＣＲＫＬ；ＢＲＡＦ；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない急性期反応シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＲＡＫ１；ＳＯＤ２；ＭＹＤ８８；ＴＲＡＦ６；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＰＩＫ３ＣＢ；ＭＡＰＫ８；ＲＩＰＫ１；ＭＡＰＫ３；ＩＬ６ＳＴ；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＩＬ６Ｒ；ＲＥＬＡ；ＳＯＣＳ１；ＭＡＰＫ９；ＦＴＬ；ＮＲ３Ｃ１；ＴＲＡＦ２；ＳＥＲＰＩＮＥ１；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＰＤＫ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＦＲＡＰ１；ＣＥＢＰＢ；ＪＵＮ；ＡＫＴ３；ＩＬ１Ｒ１；ＩＬ６；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＰＴＥＮシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＴＧＡＭ；ＩＴＧＡ５；ＲＡＣ１；ＰＴＥＮ；ＰＲＫＣＺ；ＢＣＬ２Ｌ１１；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＡＫＴ２；ＥＧＦＲ；ＩＫＢＫＢ；ＣＢＬ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＰＴＫ２；ＮＦＫＢ２；ＢＣＬ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＢＣＬ２Ｌ１；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＩＴＧＢ７；ＩＬＫ；ＰＤＧＦＲＢ；ＩＮＳＲ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＣＡＳＰ９；ＣＤＫＮ１Ａ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＰＤＧＦＲＡ；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＩＴＧＢ３；ＣＤＣ４２；ＣＣＮＤ１；ＧＳＫ３Ａ；ＩＴＧＡ２；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；ＣＡＳＰ３；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないｐ５３シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＴＥＮ；ＥＰ３００；ＢＢＣ３；ＰＣＡＦ；ＦＡＳＮ；ＢＲＣＡ１；ＧＡＤＤ４５Ａ；ＢＩＲＣ５；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＨＥＫ１；ＴＰ５３ＩＮＰ１；ＢＣＬ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＴＨＢＳ１；ＡＴＲ；ＢＣＬ２Ｌ１；Ｅ２Ｆ１；ＰＭＡＩＰ１；ＣＨＥＫ２；ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ；ＴＰ７３；ＲＢ１；ＨＤＡＣ９；
ＣＤＫ２；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＭＡＰＫ１４；ＴＰ５３；ＬＲＤＤ；ＣＤＫＮ１Ａ；ＨＩＰＫ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＲＲＭ２Ｂ；ＡＰＡＦ１；ＣＴＮＮＢ１；ＳＩＲＴ１；ＣＣＮＤ１；ＰＲＫＤＣ；ＡＴＭ；ＳＦＮ；ＣＤＫＮ２Ａ；ＪＵＮ；ＳＮＡＩ２；ＧＳＫ３Ｂ；ＢＡＸ；ＡＫＴ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアリール炭化水素受容体シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＳＰＢ１；ＥＰ３００；ＦＡＳＮ；ＴＧＭ２；ＲＸＲＡ；ＭＡＰＫ１；ＮＱＯ１；ＮＣＯＲ２；ＳＰ１；ＡＲＮＴ；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＦＯＳ；ＣＨＥＫ１；ＳＭＡＲＣＡ４；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰＫ８；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＡＴＲ；Ｅ２Ｆ１；ＭＡＰＫ３；ＮＲＩＰ１；ＣＨＥＫ２；ＲＥＬＡ；ＴＰ７３；ＧＳＴＰ１；ＲＢ１；ＳＲＣ；ＣＤＫ２；ＡＨＲ；ＮＦＥ２Ｌ２；ＮＣＯＡ３；ＴＰ５３；ＴＮＦ；ＣＤＫＮ１Ａ；ＮＣＯＡ２；ＡＰＡＦ１；ＮＦＫＢ１；ＣＣＮＤ１；ＡＴＭ；ＥＳＲ１；ＣＤＫＮ２Ａ；ＭＹＣ；ＪＵＮ；ＥＳＲ２；ＢＡＸ；ＩＬ６；ＣＹＰ１Ｂ１；ＨＳＰ９０ＡＡ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない異物代謝シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＥＰ３００；ＰＲＫＣＺ；ＲＸＲＡ；ＭＡＰＫ１；ＮＱＯ１；ＮＣＯＲ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＡＲＮＴ；ＰＲＫＣＩ；ＮＦＫＢ２；ＣＡＭＫ２Ａ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＰＲＫＤ１；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＭＡＰＫ３；ＮＲＩＰ１；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＰＲＫＣＤ；ＧＳＴＰ１；ＭＡＰＫ９；ＮＯＳ２Ａ；ＡＢＣＢ１；ＡＨＲ；ＰＰＰ２ＣＡ；ＦＴＬ；ＮＦＥ２Ｌ２；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＰＰＡＲＧＣ１Ａ；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＫＥＡＰ１；ＰＲＫＣＡ；ＥＩＦ２ＡＫ３；ＩＬ６；ＣＹＰ１Ｂ１；ＨＳＰ９０ＡＡ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＳＡＰＫ／ＪＮＫシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＲＡＣ１；ＥＬＫ１；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＧＡＤＤ４５Ａ；ＲＡＣ２；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＦＡＤＤ；ＣＤＫ８；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＲＩＰＫ１；ＧＮＢ２Ｌ１；ＩＲＳ１；ＭＡＰＫ３；ＭＡＰＫ１０；ＤＡＸＸ；ＫＲＡＳ；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＴＲＡＦ２；ＴＰ５３；ＬＣＫ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＤＹＲＫ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＣＤＣ４２；ＪＵＮ；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＣＲＫＬ；ＢＲＡＦ；ＳＧＫ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＰＰＡｒ／ＲＸＲシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＡＡ２；ＥＰ３００；ＩＮＳ；ＳＭＡＤ２；ＴＲＡＦ６；ＰＰＡＲＡ；ＦＡＳＮ；ＲＸＲＡ；ＭＡＰＫ１；ＳＭＡＤ３；ＧＮＡＳ；ＩＫＢＫＢ；ＮＣＯＲ２；ＡＢＣＡ１；ＧＮＡＱ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＭＡＰＫ８；ＩＲＳ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＲＥＬＡ；ＰＲＫＡＡ１；ＰＰＡＲＧＣ１Ａ；ＮＣＯＡ３；ＭＡＰＫ１４；ＩＮＳＲ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ２；ＣＨＵＫ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＴＧＦＢＲ１；ＳＭＡＤ４；ＪＵＮ；ＩＬ１Ｒ１；ＰＲＫＣＡ；ＩＬ６；ＨＳＰ９０ＡＡ１；ＡＤＩＰＯＱ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＮＦ－カッパーＢシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＲＡＫ１；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＥＰ３００；ＩＮＳ；ＭＹＤ８８；ＰＲＫＣＺ；ＴＲＡＦ６；ＴＢＫ１；ＡＫＴ２；ＥＧＦＲ；ＩＫＢＫＢ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＢＴＲＣ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＲＩＰＫ１；ＨＤＡＣ２；ＫＲＡＳ；ＲＥＬＡ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＴＲＡＦ２；ＴＬＲ４；ＰＤＧＦＲＢ；ＴＮＦ；ＩＮＳＲ；ＬＣＫ；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＰＤＧＦＲＡ；ＮＦＫＢ１；ＴＬＲ２；ＢＣＬ１０；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＴＮＦＡＩＰ３；ＩＬ１Ｒ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないニューレグリンシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＲＢＢ４；ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＩＴＧＡ５；ＰＴＥＮ；ＰＲＫＣＺ；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＥＧＦＲ；ＥＲＢＢ２；ＰＲＫＣＩ；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＰＲＫＣＤ；ＳＴＡＴ５Ａ；ＳＲＣ；ＩＴＧＢ７；ＲＡＦ１；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＤＡＭ１７；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＩＴＧＢ３；ＥＲＥＧ；ＦＲＡＰ１；ＰＳＥＮ１；ＩＴＧＡ２；ＭＹＣ；ＮＲＧ１；ＣＲＫＬ；ＡＫＴ３；ＰＲＫＣＡ；ＨＳＰ９０ＡＡ１；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないｗｎｔ及びベータカテニンシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＤ４４；ＥＰ３００；ＬＲＰ６；ＤＶＬ３；ＣＳＮＫ１Ｅ；ＧＪＡ１；ＳＭＯ；ＡＫＴ２；ＰＩＮ１；ＣＤＨ１；ＢＴＲＣ；ＧＮＡＱ；ＭＡＲＫ２；ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＷＮＴ１１；ＳＲＣ；ＤＫＫ１；ＰＰＰ２ＣＡ；ＳＯＸ６；ＳＦＲＰ２；ＩＬＫ；ＬＥＦ１；ＳＯＸ９；ＴＰ５３；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＴＣＦ７Ｌ２；ＡＫＴ１；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；ＷＮＴ５Ａ；ＬＲＰ５；ＣＴＮＮＢ１；ＴＧＦＢＲ１；ＣＣＮＤ１；ＧＳＫ３Ａ；ＤＶＬ１；ＡＰＣ；ＣＤＫＮ２Ａ；ＭＹＣ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＳＯＸ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないインスリン受容体シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＴＥＮ；ＩＮＳ；ＥＩＦ４Ｅ；ＰＴＰＮ１；ＰＲＫＣＺ；ＭＡＰＫ１；ＴＳＣ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＣＢＬ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＲＫＣＩ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＩＲＳ１；ＭＡＰＫ３；ＴＳＣ２；ＫＲＡＳ；ＥＩＦ４ＥＢＰ１；ＳＬＣ２Ａ４；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＰＰＰ１ＣＣ；ＩＮＳＲ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＧＳＫ３Ａ；ＦＲＡＰ１；ＣＲＫＬ；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；ＳＧＫ；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＩＬ－６シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＳＰＢ１；ＴＲＡＦ６；ＭＡＰＫＡＰＫ２；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＩＫＢＫＢ；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＭＡＰＫ１０；ＩＬ６ＳＴ；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＩＬ６Ｒ；ＲＥＬＡ；ＳＯＣＳ１；ＭＡＰＫ９；ＡＢＣＢ１；ＴＲＡＦ２；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＭＡＰ２Ｋ２；ＩＬ８；ＪＡＫ２；ＣＨＵＫ；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＣＥＢＰＢ；ＪＵＮ；ＩＬ１Ｒ１；ＳＲＦ；ＩＬ６；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＩＧＦ－１シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＧＦ１；ＰＲＫＣＺ；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＮＥＤＤ４；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＲＫＣＩ；ＰＴＫ２；ＦＯＳ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＩＧＦ１Ｒ；ＩＲＳ１；ＭＡＰＫ３；ＩＧＦＢＰ７；ＫＲＡＳ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＹＷＨＡＺ；ＰＸＮ；ＲＡＦ１；ＣＡＳＰ９；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＩＧＦＢＰ２；ＳＦＮ；ＪＵＮ；ＣＹＲ６１；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；ＳＲＦ；ＣＴＧＦ；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＮＲＦ２を介した酸化ストレス反応経路調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＥＰ３００；ＳＯＤ２；ＰＲＫＣＺ；ＭＡＰＫ１；ＳＱＳＴＭ１；ＮＱＯ１；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＲＫＣＩ；ＦＯＳ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＰＲＫＣＤ；ＧＳＴＰ１；ＭＡＰＫ９；ＦＴＬ；ＮＦＥ２Ｌ２；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＭＡＰＫ１４；ＲＡＦ１；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＰＩＢ；ＪＵＮ；ＫＥＡＰ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＴＦ４；ＰＲＫＣＡ；ＥＩＦ２ＡＫ３；ＨＳＰ９０ＡＡ１；ＰＲＤＸ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＰＰＡＲ（例えばＰＰＡＲアルファ、ＰＰＡＲベータ、ＰＰＡＲデルタ、及び／またはＰＰＡＲガンマ）調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＰ３００；ＩＮＳ；ＴＲＡＦ６；ＰＰＡＲＡ；ＲＸＲＡ；ＭＡＰＫ１；ＩＫＢＫＢ；ＮＣＯＲ２；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＭＡＰＫ３；ＮＲＩＰ１；ＫＲＡＳ；ＰＰＡＲＧ；ＲＥＬＡ；ＳＴＡＴ５Ａ；ＴＲＡＦ２；ＰＰＡＲＧＣ１Ａ；ＰＤＧＦＲＢ；ＴＮＦ；ＩＮＳＲ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＣＨＵＫ；ＰＤＧＦＲＡ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＪＵＮ；ＩＬ１Ｒ１；ＨＳＰ９０ＡＡ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＦｃイプシロンＲＩ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＲＡＣ１；ＰＲＫＣＺ；ＬＹＮ；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＳＹＫ；ＰＲＫＣＩ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＭＡＰＫ１０；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＰＲＫＣＤ；ＭＡＰＫ９；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＢＴＫ；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＡＫＴ３；ＶＡＶ３；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＧタンパク質共役型受容体調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＲＡＰ１Ａ；ＲＧＳ１６；ＭＡＰＫ１；ＧＮＡＳ；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＲＥＢ１；ＧＮＡＱ；ＮＦＫＢ２；ＣＡＭＫ２Ａ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＲＥＬＡ；ＳＲＣ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＦＹＮ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＰＤＰＫ１；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＢＲＡＦ；ＡＴＦ４；ＡＫＴ３；ＰＲＫＣＡ；
心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないイノシトールリン酸代謝調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＰＴＥＮ；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＤＫ８；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＤＹＲＫ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＩＰ５Ｋ１Ａ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＡＴＭ；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＢＲＡＦ；ＳＧＫ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＰＤＧＦ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＩＦ２ＡＫ２；ＥＬＫ１；ＡＢＬ２；ＭＡＰＫ１；ＰＩＫ３ＣＡ；ＦＯＳ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＣＡＶ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＳＲＣ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＰＤＧＦＲＢ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＧＦＲＡ；ＳＴＡＴ３；ＳＰＨＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＭＹＣ；ＪＵＮ；ＣＲＫＬ；ＰＲＫＣＡ；ＳＲＦ；ＳＴＡＴ１；ＳＰＨＫ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＶＥＧＦ調節またはシグナル伝達に関連する関与する疾患または障害の場合：ＡＣＴＮ４；ＲＯＣＫ１；ＫＤＲ；ＦＬＴ１；ＲＯＣＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＧＦ；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＡＲＮＴ；ＰＴＫ２；ＢＣＬ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＢＣＬ２Ｌ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＨＩＦ１Ａ；ＮＯＳ３；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＰＸＮ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＥＬＡＶＬ１；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＳＦＮ；ＶＥＧＦＡ；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないナチュラルキラー細胞調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＲＡＣ１；ＰＲＫＣＺ；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＫＩＲ２ＤＬ３；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＳＹＫ；ＰＲＫＣＩ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＰＲＫＣＤ；ＰＴＰＮ６；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＬＣＫ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＡＫＴ３；ＶＡＶ３；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない細胞周期Ｇ１／Ｓチェックポイント調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＤＡＣ４；ＳＭＡＤ３；ＳＵＶ３９Ｈ１；ＨＤＡＣ５；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＢＴＲＣ；ＡＴＲ；ＡＢＬ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＤＡＣ２；ＨＤＡＣ７Ａ；ＲＢ１；ＨＤＡＣ１１；ＨＤＡＣ９；ＣＤＫ２；Ｅ２Ｆ２；ＨＤＡＣ３；ＴＰ５３；ＣＤＫＮ１Ａ；ＣＣＮＤ１；Ｅ２Ｆ４；ＡＴＭ；ＲＢＬ２；ＳＭＡＤ４；ＣＤＫＮ２Ａ；ＭＹＣ；ＮＲＧ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＲＢＬ１；ＨＤＡＣ６；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＴ細胞受容体調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＣ１；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＩＫＢＫＢ；ＣＢＬ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＲＥＬＡ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＢＴＫ；ＬＣＫ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＦＹＮ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＩＴＫ；ＢＣＬ１０；ＪＵＮ；ＶＡＶ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない細胞死受容体調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＲＡＤＤ；ＨＳＰＢ１；ＢＩＤ；ＢＩＲＣ４；ＴＢＫ１；ＩＫＢＫＢ；ＦＡＤＤ；ＦＡＳ；ＮＦＫＢ２；ＢＣＬ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＭＡＰＫ８；ＲＩＰＫ１；ＣＡＳＰ８；ＤＡＸＸ；ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ；ＲＥＬＡ；ＴＲＡＦ２；ＴＮＦ；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＣＡＳＰ９；ＣＨＵＫ；ＡＰＡＦ１；ＮＦＫＢ１；ＣＡＳＰ２；ＢＩＲＣ２；ＣＡＳＰ３；ＢＩＲＣ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＦＧＦ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＣ１；ＦＧＦＲ１；ＭＥＴ；ＭＡＰＫＡＰＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＲＥＢ１；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＭＡＰＫ１３；ＰＴＰＮ６；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＭＡＰＫ１４；ＲＡＦ１；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＦＧＦＲ４；ＣＲＫＬ；ＡＴＦ４；ＡＫＴ３；ＰＲＫＣＡ；ＨＧＦ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＧＭ－ＣＳＦ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＬＹＮ；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＡＭＫ２Ａ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＧＮＢ２Ｌ１；ＢＣＬ２Ｌ１；ＭＡＰＫ３；ＥＴＳ１；ＫＲＡＳ；ＲＵＮＸ１；ＰＩＭ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＣＣＮＤ１；ＡＫＴ３；ＳＴＡＴ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または筋萎縮性側索硬化症調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＢＩＤ；ＩＧＦ１；ＲＡＣ１；ＢＩＲＣ４；ＰＧＦ；ＣＡＰＮＳ１；ＣＡＰＮ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＢＣＬ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＢＣＬ２Ｌ１；ＣＡＰＮ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＴＰ５３；ＣＡＳＰ９；ＰＩＫ３Ｒ１；ＲＡＢ５Ａ；ＣＡＳＰ１；ＡＰＡＦ１；ＶＥＧＦＡ；ＢＩＲＣ２；ＢＡＸ；ＡＫＴ３；ＣＡＳＰ３；ＢＩＲＣ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＪＡＫ／Ｓｔａｔ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＴＰＮ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＳＯＣＳ１；ＳＴＡＴ５Ａ；ＰＴＰＮ６；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＲＡＦ１；ＣＤＫＮ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＦＲＡＰ１；ＡＫＴ３；ＳＴＡＴ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはニコチン酸及びニコチンアミド代謝調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＣＤＫ８；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＰＢＥＦ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＤＹＲＫ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＮＴ５Ｅ；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＢＲＡＦ；ＳＧＫ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはケモカインシグナル伝達調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＸＣＲ４；ＲＯＣＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＴＫ２；ＦＯＳ；ＣＦＬ１；ＧＮＡＱ；ＣＡＭＫ２Ａ；ＣＸＣＬ１２；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＲＨＯＡ；ＣＣＲ３；ＳＲＣ；ＰＰＰ１ＣＣ；ＭＡＰＫ１４；ＮＯＸ１；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＪＵＮ；ＣＣＬ２；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＩＬ－２シグナル伝達調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＳＹＫ；ＦＯＳ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＳＯＣＳ１；ＳＴＡＴ５Ａ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＬＣＫ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＪＵＮ；ＡＫＴ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるシナプス長期抑圧に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＧＦ１；ＰＲＫＣＺ；ＰＲＤＸ６；ＬＹＮ；ＭＡＰＫ１；ＧＮＡＳ；ＰＲＫＣＩ；ＧＮＡＱ；ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＩＧＦ１Ｒ；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＧＲＮ；ＰＲＫＣＤ；ＮＯＳ３；ＮＯＳ２Ａ；ＰＰＰ２ＣＡ；ＹＷＨＡＺ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはエストロゲン受容体調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＴＡＦ４Ｂ；ＥＰ３００；ＣＡＲＭ１；ＰＣＡＦ；ＭＡＰＫ１；ＮＣＯＲ２；ＳＭＡＲＣＡ４；ＭＡＰＫ３；ＮＲＩＰ１；ＫＲＡＳ；ＳＲＣ；ＮＲ３Ｃ１；ＨＤＡＣ３；ＰＰＡＲＧＣ１Ａ；ＲＢＭ９；ＮＣＯＡ３；ＲＡＦ１；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＮＣＯＡ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＲＫＤＣ；ＥＳＲ１；ＥＳＲ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはタンパク質ユビキチン化経路活性、調節、及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＴＲＡＦ６；ＳＭＵＲＦ１；ＢＩＲＣ４；ＢＲＣＡ１；ＵＣＨＬ１；ＮＥＤＤ４；ＣＢＬ；ＵＢＥ２Ｉ；ＢＴＲＣ；ＨＳＰＡ５；ＵＳＰ７；ＵＳＰ１０；ＦＢＸＷ７；ＵＳＰ９Ｘ；ＳＴＵＢ１；ＵＳＰ２２；Ｂ２Ｍ；ＢＩＲＣ２；ＰＡＲＫ２；ＵＳＰ８；ＵＳＰ１；ＶＨＬ；ＨＳＰ９０ＡＡ１；ＢＩＲＣ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＩＬ－１０調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＴＲＡＦ６；ＣＣＲ１；ＥＬＫ１；ＩＫＢＫＢ；ＳＰ１；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ１３；ＲＥＬＡ；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＪＡＫ１；ＣＨＵＫ；ＳＴＡＴ３；ＮＦＫＢ１；ＪＵＮ；ＩＬ１Ｒ１；ＩＬ６；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはビタミンＤ受容体（ＶＤＲ）及び／またはＲＸＲ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＥＰ３００；ＰＲＫＣＺ；ＲＸＲＡ；ＧＡＤＤ４５Ａ；ＨＥＳ１；ＮＣＯＲ２；ＳＰ１；ＰＲＫＣＩ；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＰＲＫＤ１；ＰＲＫＣＤ；ＲＵＮＸ２；ＫＬＦ４；ＹＹ１；ＮＣＯＡ３；ＣＤＫＮ１Ａ；ＮＣＯＡ２；ＳＰＰ１；ＬＲＰ５；ＣＥＢＰＢ；ＦＯＸＯ１；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＴＧＦ－ベータ調節またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＰ３００；ＳＭＡＤ２；
ＳＭＵＲＦ１；ＭＡＰＫ１；ＳＭＡＤ３；ＳＭＡＤ１；ＦＯＳ；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ９；ＲＵＮＸ２；ＳＥＲＰＩＮＥ１；ＲＡＦ１；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＴＧＦＢＲ１；ＳＭＡＤ４；ＪＵＮ；ＳＭＡＤ５；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＴｏｌｌ様受容体活性、調節、及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＲＡＫ１；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＭＹＤ８８；ＴＲＡＦ６；ＰＰＡＲＡ；ＥＬＫ１；ＩＫＢＫＢ；ＦＯＳ；ＮＦＫＢ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ１３；ＲＥＬＡ；ＴＬＲ４；ＭＡＰＫ１４；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＨＵＫ；ＮＦＫＢ１；ＴＬＲ２；ＪＵＮ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはｐ３８ ＭＡＰＫ活性、調節、及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＳＰＢ１；ＩＲＡＫ１；ＴＲＡＦ６；ＭＡＰＫＡＰＫ２；ＥＬＫ１；ＦＡＤＤ；ＦＡＳ；ＣＲＥＢ１；ＤＤＩＴ３；ＲＰＳ６ＫＡ４；ＤＡＸＸ；ＭＡＰＫ１３；ＴＲＡＦ２；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＴＧＦＢＲ１；ＭＹＣ；ＡＴＦ４；ＩＬ１Ｒ１；ＳＲＦ；ＳＴＡＴ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはニューロトロフィン／ＴＲＫ活性、調節、及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＮＴＲＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＴＰＮ１１；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＲＥＢ１；ＦＯＳ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＤＰＫ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＣＤＣ４２；ＪＵＮ；ＡＴＦ４；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＦＸＲ及び／またはＲＸＲ活性、調節、及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＮＳ；ＰＰＡＲＡ；ＦＡＳＮ；ＲＸＲＡ；ＡＫＴ２；ＳＤＣ１；ＭＡＰＫ８；ＡＰＯＢ；ＭＡＰＫ１０；ＰＰＡＲＧ；ＭＴＴＰ；ＭＡＰＫ９；ＰＰＡＲＧＣ１Ａ；ＴＮＦ；ＣＲＥＢＢＰ；ＡＫＴ１；ＳＲＥＢＦ１；ＦＧＦＲ４；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはシナプス長期増強に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＲＡＰ１Ａ；ＥＰ３００；ＰＲＫＣＺ；ＭＡＰＫ１；ＣＲＥＢ１；ＰＲＫＣＩ；ＧＮＡＱ；ＣＡＭＫ２Ａ；ＰＲＫＤ１；ＭＡＰＫ３；ＫＲＡＳ；ＰＲＫＣＤ；ＰＰＰ１ＣＣ；ＲＡＦ１；ＣＲＥＢＢＰ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＭＡＰ２Ｋ１；ＡＴＦ４；ＰＲＫＣＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはカルシウム調節及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＰ１Ａ；ＥＰ３００；ＨＤＡＣ４；ＭＡＰＫ１；ＨＤＡＣ５；ＣＲＥＢ１；ＣＡＭＫ２Ａ；ＭＹＨ９；ＭＡＰＫ３；ＨＤＡＣ２；ＨＤＡＣ７Ａ；ＨＤＡＣ１１；ＨＤＡＣ９；ＨＤＡＣ３；ＣＲＥＢＢＰ；ＣＡＬＲ；ＣＡＭＫＫ２；ＡＴＦ４；ＨＤＡＣ６；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＥＧＦまたはＥＧＦＲ調節及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＥＧＦＲ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＦＯＳ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＲＡＦ１；ＪＡＫ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＪＵＮ；ＰＲＫＣＡ；ＳＲＦ；ＳＴＡＴ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＬＰＳ／ＩＬ－１によるＲＸＲ機能、調節及び／またはシグナル伝達の阻害に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＲＡＫ１；ＭＹＤ８８；ＴＲＡＦ６；ＰＰＡＲＡ；ＲＸＲＡ；ＡＢＣＡ１；ＭＡＰＫ８；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＧＳＴＰ１；ＭＡＰＫ９；ＡＢＣＢ１；ＴＲＡＦ２；ＴＬＲ４；ＴＮＦ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＮＲ１Ｈ２；ＳＲＥＢＦ１；ＪＵＮ；ＩＬ１Ｒ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはＬＸＲ／ＲＸＲ機能、調節及び／またはシグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＦＡＳＮ；ＲＸＲＡ；ＮＣＯＲ２；ＡＢＣＡ１；ＮＦＫＢ２；ＩＲＦ３；ＲＥＬＡ；ＮＯＳ２Ａ；ＴＬＲ４；ＴＮＦ；ＲＥＬＢ；ＬＤＬＲ；ＮＲ１Ｈ２；ＮＦＫＢ１；ＳＲＥＢＦ１；ＩＬ１Ｒ１；ＣＣＬ２；ＩＬ６；ＭＭＰ９；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／またはアミロイドプロセシングに関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＣＳＮＫ１Ｅ；ＭＡＰＫ１；ＣＡＰＮＳ１；ＡＫＴ２；ＣＡＰＮ２；ＣＡＰＮ１；ＭＡＰＫ３；ＭＡＰＫ１３；ＭＡＰＴ；ＭＡＰＫ１４；ＡＫＴ１；ＰＳＥＮ１；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＡＰＰ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないＩＬ－４活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＩＲＳ１；ＫＲＡＳ；ＳＯＣＳ１；ＰＴＰＮ６；ＮＲ３Ｃ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＪＡＫ１；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＦＲＡＰ１；ＡＫＴ３；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない細胞周期：Ｇ２／Ｍ ＤＮＡ損傷チェックポイント調節活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＰ３００；ＰＣＡＦ；ＢＲＣＡ１；ＧＡＤＤ４５Ａ；ＰＬＫ１；ＢＴＲＣ；ＣＨＥＫ１；ＡＴＲ；ＣＨＥＫ２；ＹＷＨＡＺ；ＴＰ５３；ＣＤＫＮ１Ａ；ＰＲＫＤＣ；ＡＴＭ；ＳＦＮ；ＣＤＫＮ２Ａ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないプリン代謝そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＮＭＥ２；ＳＭＡＲＣＡ４；ＭＹＨ９；ＲＲＭ２；ＡＤＡＲ；ＥＩＦ２ＡＫ４；ＰＫＭ２；ＥＮＴＰＤ１；ＲＡＤ５１；ＲＲＭ２Ｂ；ＴＪＰ２；ＲＡＤ５１Ｃ；ＮＴ５Ｅ；ＰＯＬＤ１；ＮＭＥ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないｃＡＭＰを介したシグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＰ１Ａ；ＭＡＰＫ１；ＧＮＡＳ；ＣＲＥＢ１；ＣＡＭＫ２Ａ；ＭＡＰＫ３；ＳＲＣ；ＲＡＦ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＢＲＡＦ；ＡＴＦ４；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないミトコンドリア機能に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＳＯＤ２；ＭＡＰＫ８；ＣＡＳＰ８；ＭＡＰＫ１０；ＭＡＰＫ９；ＣＡＳＰ９；ＰＡＲＫ７；ＰＳＥＮ１；ＰＡＲＫ２；ＡＰＰ；ＣＡＳＰ３；ＡＩＦ；ＣｙｔＣ；ＳＭＡＣ（Ｄｉａｂｌｏ）；Ａｉｆｍ－１；Ａｉｆｍ－２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないｎｏｔｃｈシグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＥＳ１；ＪＡＧ１；ＮＵＭＢ；ＮＯＴＣＨ４；ＡＤＡＭ１７；ＮＯＴＣＨ２；ＰＳＥＮ１；ＮＯＴＣＨ３；ＮＯＴＣＨ１；ＤＬＬ４；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない小胞体ストレス経路活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＳＰＡ５；ＭＡＰＫ８；ＸＢＰ１；ＴＲＡＦ２；ＡＴＦ６；ＣＡＳＰ９；ＡＴＦ４；ＥＩＦ２ＡＫ３；ＣＡＳＰ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないピリミジン代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＮＭＥ２；ＡＩＣＤＡ；ＲＲＭ２；ＥＩＦ２ＡＫ４；ＥＮＴＰＤ１；ＲＲＭ２Ｂ；ＮＴ５Ｅ；ＰＯＬＤ１；ＮＭＥ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないパーキンソン病シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＵＣＨＬ１；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ１３；ＭＡＰＫ１４；ＣＡＳＰ９；ＰＡＲＫ７；ＰＡＲＫ２；ＣＡＳＰ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない解糖／糖新生活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＫ２；ＧＣＫ；ＧＰＩ；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＰＫＭ２；ＬＤＨＡ；ＨＫ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないインターフェロン活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＲＦ１；ＳＯＣＳ１；ＪＡＫ１；ＪＡＫ２；ＩＦＩＴＭ１；ＳＴＡＴ１；ＩＦＩＴ３；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないソニック・ヘッジホッグ（ｓｏｎｉｃ ｔｈｅ ｈｅｄｇｅｈｏｇ）活性、シグナル伝達、及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＲＲＢ２；ＳＭＯ；ＧＬＩ２；ＤＹＲＫ１Ａ；ＧＬＩ１；ＧＳＫ３Ｂ；ＤＹＲＫ１Ｂ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグリセロリン脂質代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＬＤ１；ＧＲＮ；ＧＰＡＭ；ＹＷＨＡＺ；ＳＰＨＫ１；ＳＰＨＫ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないリン脂質分解、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＰＬＤ１；ＧＲＮ；ＹＷＨＡＺ；ＳＰＨＫ１；ＳＰＨＫ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないトリプトファン代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＳＩＡＨ２；ＰＲＭＴ５；ＮＥＤＤ４；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＣＹＰ１Ｂ１；ＳＩＡＨ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないリジン分解、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＳＵＶ３９Ｈ１；ＥＨＭＴ２；ＮＳＤ１；ＳＥＴＤ７；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／
または正常でないヌクレオチド除去修復経路活性、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＲＣＣ５；ＥＲＣＣ４；ＸＰＡ；ＸＰＣ；ＥＲＣＣ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないヌクレオチドデンプン及びスクロース代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＵＣＨＬ１；ＨＫ２；ＧＣＫ；ＧＰＩ；ＨＫ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアミノ糖代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＮＱＯ１；ＨＫ２；ＧＣＫ；ＨＫ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアラキドン酸代謝、そのシグナル伝達、及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＧＲＮ；ＹＷＨＡＺ；ＣＹＰ１Ｂ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない概日リズムシグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＳＮＫ１Ｅ；ＣＲＥＢ１；ＡＴＦ４；ＮＲ１Ｄ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または凝固システム活性シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＢＤＫＲＢ１；Ｆ２Ｒ；ＳＥＲＰＩＮＥ１；Ｆ３；ＰＡＲ（例えばＰＡＲ１、ＰＡＲ２など）ＰＬＣ、ａＰＣ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないドーパミン受容体シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＰＰＰ２ＣＡ；ＰＰＰ１ＣＣ；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグルタチオン代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＤＨ２；ＧＳＴＰ１；ＡＮＰＥＰ；ＩＤＨ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグリセロ脂質代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；ＧＰＡＭ；ＳＰＨＫ１；ＳＰＨＫ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないリノール酸代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＧＲＮ；ＹＷＨＡＺ；ＣＹＰ１Ｂ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないメチオニン代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＤＮＭＴ１；ＤＮＭＴ３Ｂ；ＡＨＣＹ；ＤＮＭＴ３Ａ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないピルビン酸代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＧＬＯ１；ＡＬＤＨ１Ａ１；ＰＫＭ２；ＬＤＨＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアルギニン及びプロリン代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；ＮＯＳ３；ＮＯＳ２Ａ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないエイコサノイドシグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＧＲＮ；ＹＷＨＡＺ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないフルクトース及びマンノース代謝シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＨＫ２；ＧＣＫ；ＨＫ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない抗原提示経路活性、シグナル伝達及び／または調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＡＬＲ；Ｂ２Ｍ；脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないステロイド生合成に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＮＱＯ１；ＤＨＣＲ７；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないブタン酸代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；ＮＬＧＮ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないクエン酸回路に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＩＤＨ２；ＩＤＨ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない脂肪酸代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；ＣＹＰ１Ｂ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグリセロリン脂質代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＣＨＫＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないヒスチジン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５；ＡＬＤＨ１Ａ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないイノシトール代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＥＲＯ１Ｌ；ＡＰＥＸ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないフェニルアラニン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＤＸ６；ＰＲＤＸ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないセレノアミノ酸代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５；ＡＨＣＹ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないスフィンゴ脂質代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＳＰＨＫ１；ＳＰＨＫ２；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアミノホスホン酸代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアンドロゲン及び／またはエストロゲン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないアスコルビン酸及びアルドン酸代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないシステイン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＬＤＨＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない脂肪酸生合成に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＦＡＳＮ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグルタミン酸受容体シグナル伝達に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＧＮＢ２Ｌ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないペントースリン酸経路に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＧＰＩ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないレチノール代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないペントースとグルクロン酸の相互変換に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＵＣＨＬ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないリボフラビン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＴＹＲ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないチロシン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５、ＴＹＲ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないユビキノン生合成に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＭＴ５；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないバリン、ロイシン及びイソロイシン分解に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないグリシン、セリン、及びトレオニン代謝に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＣＨＫＡ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でないリジン分解に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＡＬＤＨ１Ａ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害における異常な、病的な、及び／または正常でない疼痛または疼痛シグナル伝達または疼痛シグナル生成に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＴＲＰＭ７；ＴＲＰＣ５；ＴＲＰＣ６；ＴＲＰＣ１；Ｃｎｒ１；ｃｎｒ２；Ｇｒｋ２；Ｔｒｐａ１；Ｐｏｍｃ；Ｃｇｒｐ；Ｃｒｆ；Ｐｋａ；Ｅｒａ；Ｎｒ２ｂ；ＴＲＰＭ５；Ｐｒｋａｃａ；Ｐｒｋａｃｂ；Ｐｒｋａｒ１ａ；Ｐｒｋａｒ２ａ；異常な、病的な、及び／または正常でない心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳの発達及び／またはその疾患または障害に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＢＭＰ－４；コーディン（Ｃｈｒｄ）；ノギン（Ｎｏｇ）；ＷＮＴ（Ｗｎｔ２；Ｗｎｔ２ｂ；Ｗｎｔ３ａ；Ｗｎｔ４；Ｗｎｔ５ａ；Ｗｎｔ６；Ｗｎｔ７ｂ；Ｗｎｔ８ｂ；Ｗｎｔ９ａ；Ｗｎｔ９ｂ；Ｗｎｔ１０ａ；Ｗｎｔ１０ｂ；Ｗｎｔ１６）；ベータ－カテニン；Ｄｋｋ－１；Ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質；Ｏｔｘ－２；Ｇｂｘ２；ＦＧＦ－８；Ｒｅｅｌｉｎ；Ｄａｂ１；
ｕｎｃ－８６（Ｐｏｕ４ｆ１またはＢｒｎ３ａ）；Ｎｕｍｂ；Ｒｅｌｎ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害のまたはそれにおけるプリオン病に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：Ｐｒｐ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳの活性に関与する物質または活性付加の場合：Ｐｒｋｃｅ（アルコール）；Ｄｒｄ２；Ｄｒｄ４；ＡＢＡＴ（アルコール）；ＧＲＩＡ２；Ｇｒｍ５；Ｇｒｉｎ１；Ｈｔｒ１ｂ；Ｇｒｉｎ２ａ；Ｄｒｄ３；Ｐｄｙｎ；Ｇｒｉａ１（アルコール）；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるＰＩ３Ｋ／ＡＫＴシグナル伝達及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＩＴＧＡ５；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＰＴＥＮ；ＥＩＦ４Ｅ；ＰＲＫＣＺ；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＴＳＣ１；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＤＫ８；ＣＤＫＮ１Ｂ；ＮＦＫＢ２；ＢＣＬ２；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＭＡＰＫ８；ＢＣＬ２Ｌ１；ＭＡＰＫ３；ＴＳＣ２；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＥＩＦ４ＥＢＰ１；ＲＥＬＡ；ＰＲＫＣＤ；ＮＯＳ３；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＣＤＫ２；ＰＰＰ２ＣＡ；ＰＩＭ１；ＩＴＧＢ７；ＹＷＨＡＺ；ＩＬＫ；ＴＰ５３；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＤＹＲＫ１Ａ；ＣＤＫＮ１Ａ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＰＤＰＫ１；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；ＣＴＮＮＢ１；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＣＣＮＤ１；ＧＳＫ３Ａ；ＦＲＡＰ１；ＳＦＮ；ＩＴＧＡ２；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＢＲＡＦ；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＫＴ３；ＦＯＸＯ１；ＳＧＫ；ＨＳＰ９０ＡＡ１；ＲＰＳ６ＫＢ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるＥＲＫ／ＭＡＰＫシグナル伝達及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＩＴＧＡ５；ＨＳＰＢ１；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＲＡＣ１；ＲＡＰ１Ａ；ＴＬＮ１；ＥＩＦ４Ｅ；ＥＬＫ１；ＧＲＫ６；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＤＫ８；ＣＲＥＢ１；ＰＲＫＣＩ；ＰＴＫ２；ＦＯＳ；ＲＰＳ６ＫＡ４；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＰＰ２Ｒ１Ａ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＥＴＳ１；ＫＲＡＳ；ＭＹＣＮ；ＥＩＦ４ＥＢＰ１；ＰＰＡＲＧ；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＳＲＣ；ＣＤＫ２；ＰＰＰ２ＣＡ；ＰＩＭ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＩＴＧＢ７；ＹＷＨＡＺ；ＰＰＰ１ＣＣ；ＫＳＲ１；ＰＸＮ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＤＹＲＫ１Ａ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＰＩＫ３Ｒ１；ＳＴＡＴ３；ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＥＳＲ１；ＩＴＧＡ２；ＭＹＣ；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＣＲＫＬ；ＢＲＡＦ；ＡＴＦ４；ＰＲＫＣＡ；ＳＲＦ；ＳＴＡＴ１；ＳＧＫ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるグルココルチコイド受容体シグナル伝達及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＣ１；ＴＡＦ４Ｂ；ＥＰ３００；ＳＭＡＤ２；ＴＲＡＦ６；ＰＣＡＦ；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＳＭＡＤ３；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＮＣＯＲ２；ＵＢＥ２Ｉ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＲＥＢ１；ＦＯＳ；ＨＳＰＡ５；ＮＦＫＢ２；ＢＣＬ２；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＢＣＬ２Ｌ１；ＭＡＰＫ３；ＴＳＣ２２Ｄ３；ＭＡＰＫ１０；ＮＲＩＰ１；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＲＥＬＡ；ＳＴＡＴ５Ａ；ＭＡＰＫ９；ＮＯＳ２Ａ；ＰＢＸ１；ＮＲ３Ｃ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＣＤＫＮ１Ｃ；ＴＲＡＦ２；ＳＥＲＰＩＮＥ１；ＮＣＯＡ３；ＭＡＰＫ１４；ＴＮＦ；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＣＲＥＢＢＰ；ＣＤＫＮ１Ａ；ＭＡＰ２Ｋ２；ＪＡＫ１；ＩＬ８；ＮＣＯＡ２；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＳＴＡＴ３；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＴＧＦＢＲ１；ＥＳＲ１；ＳＭＡＤ４；ＣＥＢＰＢ；ＪＵＮ；ＡＲ；ＡＫＴ３；ＣＣＬ２；ＭＭＰ１；ＳＴＡＴ１；ＩＬ６；ＨＳＰ９０ＡＡ１；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるエフリン受容体シグナル伝達及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＰＲＫＣＥ；ＩＴＧＡＭ；ＲＯＣＫ１；ＩＴＧＡ５；ＣＸＣＲ４；ＩＲＡＫ１；ＰＲＫＡＡ２；ＥＩＦ２ＡＫ２；ＲＡＣ１；ＲＡＰ１Ａ；ＧＲＫ６；ＲＯＣＫ２；ＭＡＰＫ１；ＰＧＦ；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＧＮＡＳ；ＰＬＫ１；ＡＫＴ２；ＤＯＫ１；ＣＤＫ８；ＣＲＥＢ１；ＰＴＫ２；ＣＦＬ１；ＧＮＡＱ；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＣＸＣＬ１２；ＭＡＰＫ８；ＧＮＢ２Ｌ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ３；ＩＴＧＡ１；ＫＲＡＳ；ＲＨＯＡ；ＰＲＫＣＤ；ＰＲＫＡＡ１；ＭＡＰＫ９；ＳＲＣ；ＣＤＫ２；ＰＩＭ１；ＩＴＧＢ７；ＰＸＮ；ＲＡＦ１；ＦＹＮ；ＤＹＲＫ１Ａ；ＩＴＧＢ１；ＭＡＰ２Ｋ２；ＰＡＫ４；ＡＫＴ１；ＪＡＫ２；ＳＴＡＴ３；ＡＤＡＭ１０；ＭＡＰ２Ｋ１；ＰＡＫ３；ＩＴＧＢ３；ＣＤＣ４２；ＶＥＧＦＡ；ＩＴＧＡ２；ＥＰＨＡ８；ＴＴＫ；ＣＳＮＫ１Ａ１；ＣＲＫＬ；ＢＲＡＦ；ＰＴＰＮ１３；ＡＴＦ４；ＡＫＴ３；ＳＧＫ；心臓、脳、ニューロン、及び／またはＣＮＳ及び／またはその疾患または障害におけるＢ細胞受容体シグナル伝達及び／またはその調節に関連するかまたは関与する疾患または障害の場合：ＲＡＣ１；ＰＴＥＮ；ＬＹＮ；ＥＬＫ１；ＭＡＰＫ１；ＲＡＣ２；ＰＴＰＮ１１；ＡＫＴ２；ＩＫＢＫＢ；ＰＩＫ３ＣＡ；ＣＲＥＢ１；ＳＹＫ；ＮＦＫＢ２；ＣＡＭＫ２Ａ；ＭＡＰ３Ｋ１４；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３Ｃ３；ＭＡＰＫ８；ＢＣＬ２Ｌ１；ＡＢＬ１；ＭＡＰＫ３；ＥＴＳ１；ＫＲＡＳ；ＭＡＰＫ１３；ＲＥＬＡ；ＰＴＰＮ６；ＭＡＰＫ９；ＥＧＲ１；ＰＩＫ３Ｃ２Ａ；ＢＴＫ；ＭＡＰＫ１４；ＲＡＦ１；ＩＫＢＫＧ；ＲＥＬＢ；ＭＡＰ３Ｋ７；ＭＡＰ２Ｋ２；ＡＫＴ１；ＰＩＫ３Ｒ１；ＣＨＵＫ；ＭＡＰ２Ｋ１；ＮＦＫＢ１；ＣＤＣ４２；ＧＳＫ３Ａ；ＦＲＡＰ１；ＢＣＬ６；ＢＣＬ１０；ＪＵＮ；ＧＳＫ３Ｂ；ＡＴＦ４；ＡＫＴ３；ＶＡＶ３；ＲＰＳ６ＫＢ１。

【0407】

疾患関連遺伝子及びポリヌクレオチドの追加の非限定的な例ならびに疾患特有の情報は、ワールドワイドウェブで利用可能なＭｃＫｕｓｉｃｋ－Ｎａｔｈａｎｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍｄ．）及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．）から利用可能である。これらのいずれもが、本明細書に記載される方法の１つ以上によって処置されることが適切であり得る。いくつかの実施形態では、疾患は、心臓疾患もしくは障害、神経筋疾患もしくは障害、またはＣＮＳ疾患もしくは障害である。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、以下のうちの任意の１つ以上から選択される：（ａ）自己免疫疾患、（ｂ）がん、（ｃ）筋ジストロフィー、（ｄ）神経筋疾患、（ｅ）糖もしくはグリコーゲン蓄積症、（ｆ）リピート伸長病、（ｇ）ドミナントネガティブ疾患、（ｈ）心筋症または他の心臓疾患もしくは障害、（ｉ）ウイルス性疾患、（ｊ）早老性疾患、あるいは（ｋ）それらの任意の組合せ。

【0408】

いくつかの実施形態では、リピート伸長病は、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、または顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）である。いくつかの実施形態では、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー、エメリー・ドレイフス型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、またはＦＳＨＤである。いくつかの実施形態では、筋強直性ジストロフィーは、１型または２型である。いくつかの実施形態では、心筋症は、拡張型心筋症、肥大型心筋症、ＤＭＤ関連心筋症、またはダノン病である。いくつかの実施形態では、糖またはグリコーゲン蓄積症は、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患またはポンペ病である。いくつかの実施形態では、ＭＰＳ ＩＩＩ型疾患は、ＭＰＳ ＩＩＩＡ型、ＩＩＩＢ型、ＩＩＩＣ型、またはＩＩＩＤ型である。いくつかの実施形態では、神経筋疾患は、シャルコー・マリー・トゥース病またはフリードライヒ運動失調症である。

【0409】

より具体的には、これらの遺伝子及び経路における変異は、不適切なタンパク質、または機能に影響を及ぼす不適切な量のタンパク質の産生をもたらし得る。遺伝子、疾患及びタンパク質のさらなる例は、２０１２年１２月１２日に出願された米国仮出願第６１／７３６，５２７号から参照により本明細書に組み込まれる。かかる遺伝子、タンパク質及び経路は、本発明のＣＲＩＳＰＲ複合体または他の遺伝子改変法の標的ポリヌクレオチドであり得る。疾患関連及び／または細胞機能関連遺伝子及びポリヌクレオチドの例が表２及び３に列挙されている。さらなる例は、本明細書の他の箇所で説明されている。

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表2-4】

【表2-5】

【表2-6】

【表2-7】

【表2-8】

【表2-9】

【表2-10】

【表2-11】

【表2-12】

【表2-13】

【表2-14】

【表2-15】

【表2-16】

【表2-17】

【表2-18】

【表2-19】

【表2-20】

【表2-21】

【表2-22】

【表2-23】

【表2-24】

【表2-25】

【表2-26】

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【表3-4】

【表3-5】

【表3-6】

【表3-7】

【表3-8】

【表3-9】

【表3-10】

【表3-11】

【表3-12】

【表3-13】

【0410】

したがって、本明細書では、本明細書で説明されている真核細胞または原核細胞（ｉｎ ｖｉｔｒｏ、すなわち、単離された真核細胞内）における１つ以上の変異を誘導する方法であって、細胞に、本明細書に記載されるベクターを送達することを含む方法も記載される。変異（複数可）は、細胞（複数可）の標的配列における１つ以上のヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。いくつかの実施形態では、変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における１～７５ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。変異は、各標的配列における１、５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、または７５ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、または７５ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、または７５ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含む。変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、または７５ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における４０、４５、５０、７５、１００、２００、３００、４００または５００ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。変異は、該細胞（複数可）の各標的配列における５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、３２００、３３００、３４００、３５００、３６００、３７００、３８００、３９００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４７００、４８００、４９００、５０００、５１００、５２００、５３００、５４００、５５００、５６００、５７００、５８００、５９００、６０００、６１００、６２００、６３００、６４００、６５００、６６００、６７００、６８００、６９００、７０００、７１００、７２００、７３００、７４００、７５００、７６００、７７００、７８００、７９００、８０００、８１００、８２００、８３００、８４００、８５００、８６００、８７００、８８００、８９００、９０００、９１００、９２００、９３００、９４００、９５００、９６００、９７００、９８００、または９９００～１００００ヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。

【0411】

いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムによって媒介されるものなどの、核酸構成要素（例えばガイド（複数可）ＲＮＡ（複数可）またはｓｇＲＮＡ（複数可））による細胞（複数可）の各標的配列におけるヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。

【0412】

いくつかの実施形態では、改変は、非ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムまたは技術によって該細胞（複数可）の標的またはランダム配列におけるヌクレオチドの導入、欠失、または置換を含み得る。このような技術は、本明細書の他の箇所、例えば、操作された細胞、ならびに操作された細胞及び生物を生成する方法が説明されている箇所で説明されている。

【0413】

ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムを用いる際に毒性及びオフターゲット効果を最小化するために、送達されるＣａｓ ｍＲＮＡ及びガイドＲＮＡの濃度を制御することが重要であり得る。Ｃａｓ ｍＲＮＡ及びガイドＲＮＡの最適な濃度は、細胞または非ヒト真核生物動物モデルにおいて異なる濃度で試験し、ディープシーケンシングを使用して潜在的なオフターゲットゲノム遺伝子座における改変の程度を分析することによって決定され得る。あるいは、毒性及びオフターゲット効果のレベルを最小化するために、ＣａｓニッカーゼｍＲＮＡ（例えばＤ１０Ａ変異を有するＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９様）が、対象とする部位を標的とする一対のガイドＲＮＡと共に送達され得る。毒性及びオフターゲット効果を最小化するためのガイド配列及び戦略は、ＷＯ２０１４／０９３６２２（ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７４６６７）におけるもの；または本明細書にあるような変異を介するものであり得る。

【0414】

典型的に、内因性ＣＲＩＳＰＲシステムの文脈において、ＣＲＩＳＰＲ複合体（標的配列にハイブリダイズされ、１つ以上のＣａｓタンパク質と複合体形成されるガイド配列を含む）の形成は、標的配列においてまたはその近傍（例えば、標的配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、またはそれ以上の塩基対以内）において一方または両方の鎖の切断をもたらす。理論に制約されることを望むものではないが、野生型ｔｒａｃｒ配列のすべてまたは一部を含むかまたはそれからなり得るｔｒａｃｒ配列（例えば、野生型ｔｒａｃｒ配列の約または約２０、２６、３２、４５、４８、５４、６３、６７、８５超、もしくはそれ以上のヌクレオチド）はまた、ガイド配列に作動可能に連結されるｔｒａｃｒメイト配列のすべてまたは一部への、ｔｒａｃｒ配列の少なくとも一部に沿ったハイブリダイゼーションなどによってＣＲＩＳＰＲ複合体の一部を形成し得る。

【0415】

一実施形態では、本発明は、真核細胞内で標的ポリヌクレオチドを改変する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、カーゴ分子として遺伝子改変剤（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムまたはシステム構成要素を含むが、これらに限定されない）を有する、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せを、対象及び／または細胞に送達することを含む。送達されるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム分子（複数可）は、複合体形成して標的ポリヌクレオチドに結合し得、例えば、該標的ポリヌクレオチドの切断を行い、それにより標的ポリヌクレオチドを改変し得、そのＣＲＩＳＰＲ複合体は、該標的ポリヌクレオチド内の標的配列にハイブリダイズされるガイド配列と複合体形成されるＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、そのガイド配列は、ｔｒａｃｒメイト配列に連結され得、ひいてはｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、該切断は、そのＣＲＩＳＰＲ酵素によって標的配列の位置において１つまたは２つの鎖を切断することを含む。いくつかの実施形態では、該切断は、標的遺伝子の減少した転写をもたらす。いくつかの実施形態では、本方法は、外因性鋳型ポリヌクレオチドを用いた相同組換えによって、切断された標的ポリヌクレオチドを修復することをさらに含み、該修復は、該標的ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換を含む変異をもたらす。いくつかの実施形態では、該変異は、標的配列を含む遺伝子から発現されたタンパク質における１つ以上のアミノ酸変化をもたらす。いくつかの実施形態では、本方法は、１つ以上のベクターを真核細胞に送達することをさらに含み、１つ以上のベクターは、ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、１つ以上のベクターは、ｔｒａｃｒメイト配列に連結されたガイド配列、及びｔｒａｃｒ配列の１つ以上の発現を駆動する。いくつかの実施形態では、該ＣＲＩＳＰＲ酵素は、ｔｒａｃｒメイト配列に連結されたガイド配列、及びｔｒａｃｒ配列のうちの１つ以上の発現を駆動する。いくつかの実施形態では、そのようなＣＲＩＳＰＲ酵素は、対象における真核細胞に送達される。いくつかの実施形態では、改変は、細胞培養物中の真核細胞において行われる。いくつかの実施形態では、本方法は、改変の前に対象から真核細胞を単離することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、真核細胞及び／またはそれから誘導される細胞を、対象に戻すことをさらに含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞は、単離された細胞への、本明細書に記載される１つ以上の操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せの送達の後に対象に戻され得る。いくつかの実施形態では、単離された細胞は、本明細書に記載される操作された送達システムの１つ以上の分子を、単離された細胞に送達した後に対象に戻され得、それによって、単離された細胞を、前述されているように操作された細胞とする。

【0416】

スクリーニング及び細胞選択
本明細書に記載される標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せは、スクリーニングアッセイ及び／または細胞選択アッセイにおいて使用され得る。本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せは、対象及び／または細胞に送達され得る。いくつかの実施形態では、細胞は、真核細胞である。細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｓｉｔｕ、またはｉｎ ｖｉｖｏであり得る。本明細書に記載される標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せは、外因性分子または化合物、例えばカーゴを、それらが送達される対象または細胞に導入し得る。細胞及び／またはその属性の同定を可能にし得る、外因性分子または化合物の存在が、検出され得る。いくつかの実施形態では、送達された分子または粒子は、遺伝子または他のヌクレオチド改変（例えば、変異、遺伝子またはポリヌクレオチド挿入及び／または欠失など）に影響を与え得る。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド改変は、シークエンシングによって細胞において検出され得る。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド改変は、細胞における検出可能な表現型変化をもたらす細胞への生理学的及び／または生物学的改変をもたらし得、これが、細胞の検出、同定、及び／または選択を可能にし得る。いくつかの実施形態では、表現型変化は、細胞死であり得、例えば、標的ポリヌクレオチドへのＣＲＩＳＰＲ複合体の結合により細胞死がもたらされることの具現化である。本発明の実施形態は、選択マーカー、またはカウンターセレクションシステムを含み得る２段階プロセスを必要とせずに、特定の細胞の選択を可能にする。細胞（複数可）は、原核細胞または真核細胞であり得る。

【0417】

一実施形態では、本発明は、１つ以上の細胞（複数可）における遺伝子において１つ以上の変異を導入することによって１つ以上の細胞（複数可）を選択する方法を提供し、該方法は、本明細書の他の箇所に記載されている１つ以上の操作された送達システム分子またはベクターを含み得る１つ以上のベクターを細胞（複数可）に導入することを含み、該１つ以上のベクターは、ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み得、及び／またはｔｒａｃｒメイト配列に連結されたガイド配列、ｔｒａｃｒ配列、及び編集鋳型のうちの１つ以上；または細胞及び／またはそのゲノムに挿入される他のポリヌクレオチドの発現を誘導し得；例えば、ＣＲＩＳＰＲ酵素及び／または編集鋳型によって内部で発現され、ｉｎ ｖｉｖｏで発現されるものは、含まれる場合、ＣＲＩＳＰＲ酵素切断を無効にする１つ以上の変異を含み；編集鋳型と細胞（複数可）における標的ポリヌクレオチドとの相同組換えが選択されることを可能とし；ＣＲＩＳＰＲ複合体を標的ポリヌクレオチドに結合させて、遺伝子内の標的ポリヌクレオチドの切断を行うことを可能とし；該ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）標的ポリヌクレオチド内の標的配列とハイブリダイズされるガイド配列、及び（２）ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされるｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成されたＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、該標的ポリヌクレオチドに対するＣＲＩＳＰＲ複合体の結合は、細胞死を誘導し、それにより１つ以上の変異が導入された１つ以上の細胞（複数可）が選択されることを可能にする。好ましい実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ酵素は、Ｃａｓタンパク質である。本発明の別の実施形態では、選択される細胞は、真核細胞であり得る。

【0418】

１つ以上のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム分子を細胞に送達するものを含むがこれに限定されない、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せを伴うスクリーニング方法は、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）などの検出方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、触媒的に不活性なＣａｓタンパク質を含む操作されたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムの１つ以上の構成要素は、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せによって細胞に送達され、ＦＩＳＨ法において使用され得る。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、ＤＮＡ二本鎖破断をもたらす能力を欠く不活性化Ｃａｓタンパク質（ｄＣａｓ）（例えば、ｄＣａｓ９）を含み得、マーカー、例えば、蛍光タンパク質、例えば、高感度緑色蛍光タンパク質（ｅＥＧＦＰ）と融合され、ペリセントリック、セントリック及びテロメリックリピートをｉｎ ｖｉｖｏで標的とするために低分子ガイドＲＮＡと共発現され得る。ｄＣａｓシステムは、ヒトゲノムの反復配列及び個々の遺伝子の両方を可視化するために使用され得る。本明細書に記載される標識されたｄＣａｓ、ｄＣａｓ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム、操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せのこのような新しい用途は、特に核体積が小さい場合または複雑な３次元構造を有する場合において、細胞のイメージング及び機能的な核構造の研究において使用され得る。（Ｃｈｅｎ Ｂ，Ｇｉｌｂｅｒｔ ＬＡ，Ｃｉｍｉｎｉ ＢＡ，Ｓｃｈｎｉｔｚｂａｕｅｒ Ｊ，Ｚｈａｎｇ Ｗ，Ｌｉ ＧＷ，Ｐａｒｋ Ｊ，Ｂｌａｃｋｂｕｒｎ ＥＨ，Ｗｅｉｓｓｍａｎ ＪＳ，Ｑｉ ＬＳ，Ｈｕａｎｇ Ｂ．２０１３．Ｄｙｎａｍｉｃ ｉｍａｇｉｎｇ ｏｆ ｇｅｎｏｍｉｃ ｌｏｃｉ ｉｎ ｌｉｖｉｎｇ ｈｕｍａｎ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ａｎ ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ ｓｙｓｔｅｍ．Ｃｅｌｌ １５５（７）：１４７９－９１．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１３．１２．００１．（その教示は、本明細書に記載されるＣＲＩＳＰＲシステムに適用及び／または適合させることができる）。マーカー（例えば蛍光マーカー）に融合されるポリヌクレオチドを含む同様の手法は、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えばＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せによって細胞に送達され、細胞のゲノムに組み込まれ、及び／またはそうでなければＦＩＳＨ分析のために細胞のゲノムの領域と相互作用し得る。

【0419】

他の細胞小器官及び他の細胞構造を研究するための同様のアプローチは、細胞に（例えば、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せを介して）、マーカー（例えば、蛍光マーカー）に融合された１つ以上の分子を送達することによって達成され得、マーカーに融合された分子は、１つ以上の細胞構造を標的とすることが可能である。マーカーの存在を分析することによって、特定の細胞構造を同定及び／またはイメージングすることができる。

【0420】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せは、細胞の内部または外部でスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。いくつかの実施形態では、スクリーニングアッセイは、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えばＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せによって、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓカーゴ分子（複数可）を送達することを含み得る。

【0421】

スクリーニング、例えば、機能獲得型スクリーンにおける本発明のシステムの使用も、本発明によって提供される。遺伝子を過剰発現するように人工的に強制された細胞は、例えば、負のフィードバックループによって、時間と共に遺伝子を下方制御することができる（平衡状態を取り戻す）。スクリーニングを開始するまでに、調節されていない遺伝子は、再び減少する可能性がある。他のスクリーニングアッセイは、本明細書の他の箇所で説明されている。

【0422】

一実施形態では、本発明は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ送達方法からのまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ送達方法の細胞を提供し、該方法は、送達システムを、細胞、任意選択で真核細胞と接触させることであって、これにより送達システムの構成要素を細胞に送達する、該接触させることと、任意選択で該接触からデータまたは結果を得ることと、該データまたは結果を伝達することとを含む。

【0423】

一実施形態では、本発明は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ送達方法からのまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ送達方法の細胞を提供し、該方法は、送達システムを細胞、任意選択で真核細胞と接触させることであって、これにより送達システムの構成要素を細胞に送達する、該接触させることと、任意選択で該接触からデータまたは結果を得ることと、該データまたは結果を伝達することとを含み、細胞産物は、送達システムと接触していない細胞と比較して変更され、例えば、接触がなければ細胞の野生型であったであろうものから変更される。一実施形態では、細胞産物は、非ヒトまたは動物である。いくつかの実施形態では、細胞産物は、ヒトである。

【0424】

いくつかの実施形態では、宿主細胞は、本明細書に記載される１つ以上のベクターで一過性にまたは非一過性にトランスフェクションされる。いくつかの実施形態では、細胞は、対象において自然に生じるようにトランスフェクションされ、任意選択でそこに再導入される。いくつかの実施形態では、トランスフェクションされる細胞は、対象から採取される。いくつかの実施形態では、細胞は、対象から採取された細胞から得られるか、またはそれに由来にするもの、例えば、細胞株である。標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せの送達メカニズム及び技術は、本明細書に記載されている。

【0425】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された標的化部位、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、ベクターシステム、粒子、ウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子、細胞、またはそれらの任意の組合せの１つ以上を宿主細胞に直接導入することが想定される。例えば、操作されたＡＡＶカプシドシステム分子（複数可）は、操作されたＡＡＶ粒子にパッケージングされる１つ以上のカーゴ分子と共に送達され得る。

【0426】

いくつかの実施形態では、本発明は、操作されたウイルス（例えば、ＡＡＶ）粒子にパッケージングされる操作された送達分子及びカーゴ分子を細胞において発現させる方法を提供し、これは、本明細書に開示されるベクター送達システムのいずれかによるベクターを導入するステップを含み得る。

【0427】

本発明は、以下の実施例においてさらに説明されるが、これらは特許請求の範囲に記載の本発明の範囲を限定するものではない。

【0428】

さらなる実施形態は、以下の実施例において例示され、これは、例示のみを目的として示され、本発明の範囲を限定することは意図されていない。

【実施例】

【0429】

実施例１－ｍＲＮＡベースの検出方法は、ＡＡＶバリアントの選択についてよりストリンジェントである。
図１は、ｍＲＮＡの産生をもたらすアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の形質導入メカニズムを示す。図１に示すように、ＡＡＶ粒子による細胞の機能的形質導入は、ｍＲＮＡ鎖の産生をもたらし得る。非機能的形質導入は、ウイルスゲノムがＤＮＡベースのアッセイを使用して検出可能であるにもかかわらず、かかる産物を産生しない。したがって、形質導入（例えば、ＡＡＶによる）を検出するためのｍＲＮＡベースの検出アッセイは、よりストリンジェントであり得、細胞を機能的に形質導入することができるウイルス粒子の機能性についてフィードバックを提供し得る。図２は、ＡＡＶバリアントのｍＲＮＡベースの選択がＤＮＡベースの選択よりもストリンジェントになり得ることを示すグラフを示す。このウイルスライブラリーは、ＣＭＶプロモーターの制御下で発現させた。

【0430】

実施例２－ｍＲＮＡベースの検出方法は、カプシドバリアントライブラリーからＡＡＶカプシドバリアントを検出するために使用され得る。
図３Ａ～３Ｂは、肝臓におけるウイルスライブラリーと、ベクターゲノムＤＮＡ（図３Ａ）及びｍＲＮＡ（図３Ｂ）との相関関係を示すことができるグラフを示す。図４Ａ～４Ｆは、異なる組織において同定されたｍＲＮＡレベルで発現したカプシドバリアントを示すことができるグラフを示す。

【0431】

実施例３－カプシドｍＲＮＡ発現は、組織特異的プロモーターによって駆動され得る。
図５Ａ～５Ｃは、細胞型特異的プロモーター（ｘ軸に記載）の制御下にある異なる組織におけるカプシドｍＲＮＡの発現を示すことができるグラフを示す。ＣＭＶは例示的な構成的プロモーターとして含まれた。ＣＫ８は筋肉特異的プロモーターである。ＭＨＣＫ７は筋肉特異的プロモーターである。ｈＳｙｎはニューロン特異的プロモーターである。

【0432】

実施例４－カプシドバリアントライブラリーの生成、バリアントスクリーニング、及びバリアントの同定。
一般に、ＡＡＶカプシドライブラリーは、適切なＡＡＶ産生細胞株において、前述されている操作されたＡＡＶカプシドポリヌクレオチドを各々含有する操作されたカプシドベクターを発現させることによって生成され得る。例えば、図８を参照されたい。これにより、もう１つの所望の細胞特異的な操作されたＡＡＶカプシドバリアントを含み得るＡＡＶカプシドライブラリーが生成され得る。図７は、ＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成する実施形態、特に野生型ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９にランダムなｎ量体（ｎ＝３～１５アミノ酸）を挿入する実施形態を示す概略図を示す。この実施例において、ランダム７量体が、ＡＡＶ９ウイルスタンパク質の可変領域ＶＩＩＩのアミノ酸５８８～５８９の間に挿入され、ベクターにつき１つのバリアントを有するベクターを含有するウイルスゲノムを形成するのに使用された。図８に示されるように、カプシドバリアントベクターライブラリーを用いて、ＡＡＶ粒子を生成し、ここで、各カプシドバリアントは、ベクターゲノムとしてそのコード配列を内包した。図９は、ＡＡＶカプシドバリアントライブラリーを生成するためにＡＡＶベクターシステムにおいて使用することができる代表的なＡＡＶカプシドプラスミドライブラリーベクター（例えば、図８を参照）のベクターマップを示す。ライブラリーは、組織特異的プロモーターまたは構成的プロモーターの制御下で、カプシドバリアントポリヌクレオチドにより生成され得る。ライブラリーはまた、ポリアデニル化シグナルを含むカプシドバリアントポリヌクレオチドにより作製された。

【0433】

図６Ａに示されるように、ＡＡＶカプシドライブラリーは、１回目のｍＲＮＡベースの選択のために様々な非ヒト動物に投与され得る。図１に示されるように、ＡＡＶ及び関連するベクターによる形質導入プロセスにより、細胞を形質導入したウイルスのゲノムを反映しているｍＲＮＡ分子の産生がもたらされ得る。本明細書における実施例で少なくとも論じられるように、ｍＲＮＡベースの選択は、細胞を機能的に形質導入することが可能なウイルス粒子を決定するのにより特異的かつ有効であり得るが、その理由は、それが、ウイルスＤＮＡの存在を測定することによって該細胞におけるウイルス粒子の存在を単に検出することとは対照的に、産生された機能的産物に基づいているからである。

【0434】

図６Ａにさらに示されるように、１回目の投与後、所望のカプシドバリアントを有する１つ以上の操作されたＡＡＶウイルス粒子は次いで、フィルタリングされたＡＡＶカプシドライブラリーを形成するために使用され得る。所望のＡＡＶウイルス粒子は、カプシドバリアントのｍＲＮＡ発現を測定し、どのバリアントが、所望ではない細胞型（複数可）と比較して所望の細胞型（複数可）において高度に発現されるかを決定することによって同定され得る。所望の細胞、組織、及び／または器官型において高度に発現するものが、所望のＡＡＶカプシドバリアント粒子である。いくつかの実施形態では、該ＡＡＶカプシドバリアントをコードするポリヌクレオチドは、所望の細胞、組織、または器官において選択的活性を有する組織特異的プロモーターの制御下にある。

【0435】

１回目で同定された操作されたＡＡＶカプシドバリアント粒子は次いで、様々な非ヒト動物に投与され得る。いくつかの実施形態では、２回目の選択及び同定において使用される動物は、１回目の選択及び同定に使用された動物と同じではない。１回目と同様に、投与後、所望の細胞、組織、及び／または器官型（複数可）において上位の発現バリアントが、細胞におけるウイルスｍＲＮＡ発現を測定することによって同定され得る。２回目の後に同定された上位のバリアントは次いで、任意選択でバーコード化され、任意選択でプールされ得る。いくつかの実施形態では、２回目の上位バリアントは次いで、上位の細胞特異的バリアント（複数可）を同定するために非ヒト霊長類に投与され得る（特に、その上位バリアントの最終用途がヒトにおける場合）。各回での投与は、全身性であり得る。図６Ｂにさらに示されるように、２回目の選択の後、公知の、対照、及び／または標準（例えば、ベンチマーク）バリアントに対するベンチマークを任意選択で含み得る３回目の選択が行われ得る。

【0436】

図１０は、異なるプロモーターを使用して生成されたライブラリーによってもたらされたウイルス力価（ＡＡＶ９ベクターゲノム／１５ｃｍディッシュとして計算）を示すことができるグラフを示す。図１０に示されるように、ウイルス力価は、異なるプロモーターの使用によって有意に影響を受けなった。

【0437】

実施例５－心筋特異性を有するモチーフバリアント。
心臓特異的インサートを、ＡＡＶ９カプシド中の７量体インサートを、例えば実施例４に記載されている選択アプローチを用いて最適化することにより生成した。これらについては、インサート内に示されるアミノ酸のいずれもが、カプシドプロリルペプチド内のいずれのアミノ酸も置換しない。得られたインサートバリアントをランク順に表４に示す。心臓特異的インサートはまた、固定されたＲＧＤモチーフ選択アプローチを使用して生成された。この場合、カプシドバリアント選択は、ＸＸＸＲＧＤＸＸＸＸをＡＡＶ９カプシドに挿入することによって行った、ここで、Ｘは任意のアミノ酸であり、「ＲＧＤ」の前の最初の３つのアミノ酸はＡＡＶ９カプシドポリペプチドのアミノ酸５８６、５８７及び５８８を置換し、それにより「ＲＧＤＸＸＸＸ」はＡＡＶ９カプシドポリペプチドのアミノ酸残基５８９の直前に挿入される。この選択方法による心筋特異的バリアントは、以下の表５にランク順に示されている。

【表4-1】

【表4-2】

【表4-3】

【表4-4】

【表4-5】

【表4-6】

【表4-7】

【表5-1】

【表5-2】

【表5-3】

【表5-4】

【0438】

本発明の記載される方法、医薬組成物、及びキットの様々な修正及び変形は、本発明の範囲及び趣旨から逸脱することなく当業者には明らかであろう。本発明は、特定の実施形態に関連して記載されているが、さらなる変更が可能であり、特許請求される本発明は、かかる特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことが理解されるであろう。実際に、当業者に明らかである本発明を実施するための記載される形態の様々な変更が、本発明の範囲内であることが意図される。本出願は、一般に、本発明の原理に従って本発明の任意の変形、使用、または適応を網羅することが意図され、本開示からのかかる逸脱の包含は、本発明が属する技術分野における既知の慣習的慣行の範囲内で含まれ、以前に記載された本明細書の本質的な特徴に適用され得る。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5A】

【図5B】

【図5C】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【配列表】

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【国際調査報告】