特表 2025-500546 微生物群

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2025-01-09

(54)【発明の名称】微生物群

(51)【国際特許分類】

   A61K 35/747 20150101AFI20241226BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 3/06 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 3/04 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 9/12 20060101ALI20241226BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20241226BHJP

   A61K 35/741 20150101ALI20241226BHJP

   C12N 1/20 20060101ALN20241226BHJP

【ＦＩ】

A61K35/747

A61P1/16

A61P3/06

A61P35/00

A61P3/04

A61P3/10

A61P9/12

A61P43/00 105

A61P43/00 121

A61K35/741

C12N1/20 E ZNA

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024538964

(86)(22)【出願日】2022-12-26

(85)【翻訳文提出日】2024-08-19

(86)【国際出願番号】 EP2022087841

(87)【国際公開番号】W WO2023126384

(87)【国際公開日】2023-07-06

(31)【優先権主張番号】21217852.9

(32)【優先日】2021-12-27

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】524240319

【氏名又は名称】エムアールエム・ヘルス・ナームローゼ・ベンノートシャープ

(71)【出願人】

【識別番号】500454769

【氏名又は名称】ウニフェルジテイト・ヘント

【氏名又は名称原語表記】Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｅｉｔ Ｇｅｎｔ

(74)【代理人】

【識別番号】100114188

【弁理士】

【氏名又は名称】小野 誠

(74)【代理人】

【識別番号】100119253

【弁理士】

【氏名又は名称】金山 賢教

(74)【代理人】

【識別番号】100124855

【弁理士】

【氏名又は名称】坪倉 道明

(74)【代理人】

【識別番号】100129713

【弁理士】

【氏名又は名称】重森 一輝

(74)【代理人】

【識別番号】100137213

【弁理士】

【氏名又は名称】安藤 健司

(74)【代理人】

【識別番号】100183519

【弁理士】

【氏名又は名称】櫻田 芳恵

(74)【代理人】

【識別番号】100196483

【弁理士】

【氏名又は名称】川嵜 洋祐

(74)【代理人】

【識別番号】100160255

【弁理士】

【氏名又は名称】市川 祐輔

(74)【代理人】

【識別番号】100219265

【弁理士】

【氏名又は名称】鈴木 崇大

(74)【代理人】

【識別番号】100203208

【弁理士】

【氏名又は名称】小笠原 洋平

(74)【代理人】

【識別番号】100216839

【弁理士】

【氏名又は名称】大石 敏幸

(74)【代理人】

【識別番号】100228980

【弁理士】

【氏名又は名称】副島 由加里

(74)【代理人】

【識別番号】100151448

【弁理士】

【氏名又は名称】青木 孝博

(74)【代理人】

【識別番号】100146318

【弁理士】

【氏名又は名称】岩瀬 吉和

(74)【代理人】

【識別番号】100127812

【弁理士】

【氏名又は名称】城山 康文

(72)【発明者】

【氏名】ヴァン・デ・ウィーレ，トム

(72)【発明者】

【氏名】ピニェイロ，アイリス

(72)【発明者】

【氏名】ポセミアーズ，サム

(72)【発明者】

【氏名】ボルカ，セリン

(72)【発明者】

【氏名】ロペス，ジョアナ

(72)【発明者】

【氏名】パンダ，スチタ

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065CA44

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC30

4C087BC31

4C087BC55

4C087BC56

4C087CA09

4C087MA02

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA42

4C087ZA70

4C087ZA75

4C087ZB21

4C087ZB26

4C087ZC33

4C087ZC35

4C087ZC75

(57)【要約】

少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、又はアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ以上の細菌株を含む組成物が本明細書に記載される。本明細書に記載の態様は、肝臓の疾患又は状態、その症状の治療に使用することができる。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法に使用するための、少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）の２つ以上の細菌株を含む組成物。

【請求項2】

少なくとも２つの以下の種：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）の２つ以上の細菌株を含む、請求項１に記載の使用のための組成物。

【請求項3】

酪酸塩を産生できる少なくとも１つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの細菌株を含む、請求項１又は２に記載の使用のための組成物。

【請求項4】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの追加の細菌株をさらに含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項5】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株をさらに含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項6】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つの追加の細菌株をさらに含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項7】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる前記１つ又は複数の追加の細菌株が、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属、好ましくはフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種に属する、請求項３～６のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項8】

－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項9】

前記組成物が、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、肝線維症、肝硬変、及び／又は肝臓新生物を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するためのものであり、前記肝臓新生物が、好ましくは肝細胞癌（ＨＣＣ）又はその症状である、請求項１～８のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項10】

前記症状が、体重増加、インスリン抵抗性、肝炎症、脂肪症、肝細胞風船様肥大、肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）、門脈圧亢進症、内皮機能障害、及び／又は線維症を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項11】

ＮＡＦＬの疾患進行を遅延させる又は予防する方法、好ましくはＮＡＦＬからＮＡＳＨへの進行、ＮＡＳＨから肝線維症への進行、肝線維症から肝硬変への進行、及び／又は肝硬変からＨＣＣへの進行を遅延させる方法で使用するための、請求項１～１０のいずれか一項に記載の使用のための組成物。

【請求項12】

フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属し、好ましくは、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種に属する細菌株を含み、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株をさらに含む組成物。

【請求項13】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つの追加の細菌株をさらに含む、請求項１２に記載の組成物。

【請求項14】

プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる前記２つ以上の追加の細菌株が、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属に属し、好ましくはフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種に属する、請求項１２又は１３に記載の組成物。

【請求項15】

－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む、請求項１２～１４のいずれか一項に記載の組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本明細書に記載の態様及び実施形態は、ヒト及び動物の健康のための微生物組成物の分野に関する。

【背景技術】

【0002】

非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）は最も一般的な慢性肝疾患であり、その世界的な有病率は約２５％と推定され、中東と南アメリカがほとんどの症例を報告し、アフリカは有病率が最も低い。（１）ＮＡＦＬＤは、メタボリックシンドロームの肝臓の兆候とされ、一般的な併存疾患には、肥満、２型糖尿病、高脂血症、及び高血圧が含まれる。（２）ＮＡＦＬＤ及び関連する併存疾患の有病率が増加しており（１，３）、その結果、ＮＡＦＬＤは、経済的及び社会的に急激に大きな負担となっている。（４）ＮＡＦＬＤは、単純性脂肪症としても知られる非アルコール性脂肪肝（ＮＡＦＬ）と、肝炎症の存在を特徴とする非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）とにさらに分類することができる。ＮＡＳＨは、肝線維症、肝硬変、肝不全、肝細胞癌（ＨＣＣ）に進行し得る侵攻型の疾患である。（２）代謝調節異常は、ＮＡＦＬＤの顕著な特徴である。インスリン抵抗性、高脂血症、又は脂質異常症は一般的な特徴であるため、チアゾリジンジオン（ＴＺＤ）などの脂質調節剤は、ＮＡＦＬＤの治療のための臨床試験に成功している。しかしながら、体重増加、体液貯留、及び心筋梗塞のリスクなどの重大な副作用が報告されている。（６～８）加えて、これまでのところ、ＮＡＳＨには承認された薬物療法はない。

【0003】

痩せたラットから採取した糞便物質の、高脂肪グルコース／フルクトース食（ＨＦＧＦＤ）を与えられたＮＡＳＨラットへの移植が報告されている（９）。しかしながら、組織学的に有意な変化は認められなかった。糞便移植又は糞便微生物移植（ＦＭＴ）が十分に特徴付けられていない手順であるという事実から、感染症の伝染リスクを伴い、それほど急性ではなく生命を脅かすほどではない病状への適用性については疑義が生じる。実際、ＦＭＴは、特にこの疾患の慢性的且つ進行性の性質を考慮すると、長期的な治療選択肢になる可能性は低い。

【0004】

国際公開第２０１７／１３４２４０号パンフレットは、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ローズブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）から本質的になる集団（ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）並びに胃腸障害におけるその使用について記載している。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

上記を考慮すると、肝臓の病状又は関連する状態や症状の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用することができ、既存の治療法の欠点が全くない改善された手段及び方法が依然として必要とされている。

【課題を解決するための手段】

【0006】

驚くべきことに、細菌の特定の組み合わせは、動物とヒトの健康に特別で驚くべき有益な効果をもたらすことが見出された。特に、本明細書の他の箇所及び実験のパートで詳述されているように、本明細書に記載される組成物は、少なくとも以下の有益な効果を発揮することが見出された：特に、体重増加の減少、インスリンレベルの低下、グルコースレベルの低下、インスリン抵抗性の低下、門脈圧及び肝内血管抵抗の低下、内皮機能障害の緩和、肝炎症の減少、脂肪症の軽減、肝細胞風船様肥大の軽減、及び線維症の軽減。

【0007】

したがって、本明細書に記載の態様及び実施形態は、本明細書で論じられる問題及びニーズの少なくとも一部を解決する。

【0008】

ある態様では、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するための、少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）の２つ以上の細菌株を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、使用のための組成物は、少なくとも２つの以下の種：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）の２つ以上の細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、使用のための組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも１つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、使用のための組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つ、より好ましくは３つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。いくつかの実施形態では、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる１つ又は複数の追加の細菌株は、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属、好ましくはフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種に属する。いくつかの実施形態では、使用のための組成物は：
－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む組成物である。

【0009】

いくつかの実施形態では、組成物は、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、肝線維症、肝硬変、及び／又は肝臓新生物を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するためのものであり、肝臓新生物は、好ましくは肝細胞癌（ＨＣＣ）又はその症状である。好ましくは、症状は、体重増加、インスリン抵抗性、肝炎症、脂肪症、肝細胞風船様肥大、肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）、門脈圧亢進症、内皮機能障害、及び／又は線維症を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ＮＡＦＬの疾患進行を遅延又は予防する方法、好ましくは、ＮＡＦＬからＮＡＳＨへの進行、ＮＡＳＨから肝線維症への進行、肝線維症から肝硬変への進行、及び／又は肝硬変からＨＣＣへの進行を遅延させる方法で使用するためのものである。

【0010】

別の態様では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属、好ましくはフィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種に属する細菌株を含み、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株をさらに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つの追加の細菌株をさらに含む。いくつかの実施形態では、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる２つ以上の追加の細菌株は、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属、好ましくはフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種に属する。いくつかの実施形態では、組成物は：
－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む。

【0011】

生物学的材料の寄託
本出願に記載の微生物株ＬＭＧ Ｐ－２９３６２、ＬＭＧ Ｐ２９３６０、ＬＭＧ Ｐ－２９３６５、ＬＭＧ Ｐ－２９３６１、ＬＭＧ Ｐ－２９３６６、及びＬＭＧ Ｐ２９３５９の精製培養物が、寄託者Ｐｒｏｄｉｇｅｓｔ（Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｐａｒｋ ３，９０５２ Ｚｗｉｊｎａａｒｄｅ，Ｂｅｌｇｉｕｍ；ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｒｅｓｓ：Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｐａｒｋ ８２，９０５２ Ｚｗｉｊｎａａｒｄｅ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）ｗｉｔｈ によって、ブダペスト条約及び世界知的所有権機関によって国際寄託機関として認められているＢＣＣＭ／ＬＭＧ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｕｍ ｖｏｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｅ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｅｉｔ Ｇｅｎｔ（ＵＧｅｎｔ），Ｋ．Ｌ．Ｌｅｄｅｇａｎｃｋｓｔｒａａｔ ３５，Ｂ－９０００ Ｇｅｎｔ，Ｂｅｌｇｉｕｍに寄託された。最初の寄託は、２０１６年１月１８日に行われた。

【0012】

説明
組成物
ある態様では、少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）の２つ以上の細菌株を含む組成物が提供される。言い換えれば、これは、組成物が、両方がフィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）から選択される異なる属からの少なくとも２つの細菌株を含むことを意味する。したがって、例えば、３つの細菌株を含む組成物は、１つの属からの２つの菌株と異なる属からの第３の菌株、或いは異なる属からの３つの菌株を含み得る。

【0013】

好ましくは、前記組成物は、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するためのものである。肝臓の疾患及び状態並びにその症状は、本明細書の他の箇所でより詳細に説明される（「方法及び使用」のセクションを参照されたい）。

【0014】

ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属は、以前はラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属に含まれていた（Ｚｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０２０；７０（４）：２７８２－２８５８）。

【0015】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）の３つ以上、好ましくは４つ以上、又はより好ましくは５つ以上の細菌株を含み得る。

【0016】

好ましい実施形態では、以下の属の６つ以上の細菌株を含む組成物が提供される：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）。したがって、このような組成物は、前記６つの属のそれぞれのうちの少なくとも１つの細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、前記６つの属のそれぞれの１つの細菌株を含むか、又は本質的にそれからなり得る。

【0017】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、それらが、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属に属する少なくとも１つの細菌株と、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。

【0018】

細菌株は、本明細書で使用される場合、微生物の遺伝的変異体又はサブタイプを指すことを理解できよう。いくつかの異なる菌株が、同じ細菌種に属し得る。本開示全体を通して、「細菌株」という用語は、「細菌」又は「細菌メンバー」という用語で置き換えることもできる。本明細書で提供される組成物のいずれにおいても、細菌株は、例えば、培養物又は微生物叢試料（例えば、糞便物質）などの供給源から単離又は精製することができる。本明細書で使用される場合、「単離された」及び「精製された」という用語は、別の細菌若しくは細菌株、増殖培地の１つ以上の成分、及び／又は糞便試料などの試料の１つ以上の成分などの、調製物を製造するために使用される任意のプロセスにおいて供給源物質又は細菌に関連する任意の材料に見出される１つ以上の関連物質から分離された細菌若しくは細菌株若しくは細菌メンバー又はその組成物を指す。いくつかの態様では、細菌は、例えば、供給源の他の成分が検出されないように、供給源から「実質的に単離」又は「実質的に精製」される。

【0019】

上述したように、本明細書で提供される組成物は、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株を含み得る。いくつかの実施形態では、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株は、前記属内の特定の種から選択される。フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の好ましい種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）である。ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）の好ましい種は、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）である。ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）の好ましい種は、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）である。アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の好ましい種は、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）である。ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）の好ましい種は、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）である。アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）の好ましい種は、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）である。

【0020】

上記の種は、当業者には周知である。特に、細菌種フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（Ｄｕｎｃａｎ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００２；５２：２１４１－２１４６）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ））（Ｅｅｃｋｈａｕｔ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００８；５８：２７９９－２８０２）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）（Ｄｕｎｃａｎ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００６；５６：２４３７－２４４１）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）（Ｄｅｒｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００４；５４：１４６９－１４７６）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）（Ｗａｌｔｅｒ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００８；７４：４９８５－４９９６）及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）（Ｓｃｈｗｉｅｒｔｚ ｅｔ ａｌ．Ｓｙｓｔ Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００２；２５：４６－５１）は、当業者には周知の細菌種である。ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種は、以前はラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種として知られていた（Ｚｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０２０；７０（４）：２７８２－２８５８）。

【0021】

したがって、いくつかの実施形態では、少なくとも２つの以下の種：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）の２つ以上の細菌株を含む組成物が提供される。

【0022】

上述したように、本明細書で提供される組成物は、いくつかの実施形態では、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属に属する少なくとも１つの細菌株と、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する少なくとも１つの細菌株を含み得る。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種に属する少なくとも１つの細菌株と、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）属に属する少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。

【0023】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つの以下の種：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）に属する３つ以上、好ましくは４つ以上、又はより好ましくは５つ以上の細菌株を含み得る。

【0024】

好ましい実施形態では、以下の種に属する６つ以上の細菌株を含む組成物が提供される：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）。

【0025】

したがって、このような組成物は、前記６つの種のそれぞれの少なくとも１つの細菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、前記６つの種のそれぞれの１つの菌株を含むか、又はそれから本質的になり得る。

【0026】

上述したように、本明細書で提供される組成物は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株を含み得る。いくつかの実施形態では、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株は、前記種内の特定の細菌株から選択される。

【0027】

フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）の好ましい菌株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）ＬＭＧ Ｐ－２９３６２及びフィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）ＤＳＭＺ １７６７７、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0028】

ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）の好ましい菌株は、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）ＬＭＧ Ｐ－２９３６０及びブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）ＬＭＧ２４１０９、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号６に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する株である。

【0029】

ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）の好ましい菌株は、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）ＬＭＧ Ｐ－２９３６５及びローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）ＤＳＭＺ １６８４１、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0030】

アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）の好ましい菌株は、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＬＭＧ Ｐ－２９３６１及びアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＤＳＭＺ ２２９５９、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0031】

ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）の好ましい菌株は、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）ＬＭＧ Ｐ－２９３６６及びラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）ＺＪ３１６、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号５に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0032】

アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）の好ましい菌株は、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）ＬＭＧ Ｐ－２９３５９及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）ＤＳＭＺ １４６６２、並びに少なくとも１つの前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列、例えば配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0033】

いくつかの実施形態では、特定の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列（配列番号１～６など）に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する上述の菌株は、前記１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ（配列番号１～６など）に対して９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、又は９９．５％の配列同一性を示し得る。

【0034】

本明細書で使用される場合、「１６ＳリボソームＲＮＡ」又は「１６Ｓ ｒＲＮＡ」という用語は、小さい原核生物のリボソームサブユニット（３０Ｓ）の構成要素である核酸配列を指す。１６Ｓ ｒＲＮＡは、リボソームタンパク質の位置を規定する足場として機能することが公知である。それをコードする遺伝子は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子又は１６Ｓ ｒＤＮＡと呼ばれ、高度に保存された配列であることが公知であるため、系統発生的研究に一般的に使用される。

【0035】

当業者には、１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列が、オンライン配列データベース、例えばＧｅｎＢａｎｋ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／）に寄託され得ること、及び１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を、例えばＥｅｃｋｈａｕｔ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００８；５８：２７９９－２８０２に記載されているように、配列相同性の評価における参照１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列として使用するために、それらの固有のアクセッション番号に基づいて検索できることは周知である。本明細書で提供されるいくつかの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号を以下に列挙する。これらのアクセッション番号は、配列相同性を評価するために、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｑｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／からそれぞれの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を検索するために使用することができる：
ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）ＤＳＭＺ １６８４１：ＡＪ２７０４７３．３（配列番号１）
アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＤＳＭＺ ２２９５９：ＡＹ２７１２５４．１（配列番号２）
アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）ＤＳＭＺ １４６６２：ＡＪ２７０４８７．２（配列番号３）
フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）ＤＳＭＺ １７６７７：ＡＪ２７０４６９．２（配列番号４）
ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）ＺＪ３１６：ＪＮ１２６０５２．１（配列番号５）
ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）ＬＭＧ ２４１０９ ＨＨ７９３４４０．１（配列番号６）。

【0036】

アクセッション番号ＬＭＧ Ｐ－２９３６２、ＬＭＧ Ｐ２９３６０、ＬＭＧ Ｐ－２９３６５、ＬＭＧ Ｐ－２９３６１、ＬＭＧ Ｐ－２９３６６、及びＬＭＧ Ｐ２９３５９を有する上記の菌株は、ＢＣＣＭ／ＬＭＧ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｕｍ ｖｏｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｅ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｅｉｔ Ｇｅｎｔ（ＵＧｅｎｔ），Ｋ．Ｌ．Ｌｅｄｅｇａｎｃｋｓｔｒａａｔ ３５，Ｂ－９０００ Ｇｅｎｔ，Ｂｅｌｇｉｕｍに寄託されている。

【0037】

アクセッション番号ＤＳＭＺ １７６７７、ＬＭＧ２４１０９、ＤＳＭＺ １６８４１、ＤＳＭＺ ２２９５９、ＺＪ３１６、及びＤＳＭＺ １４６６２を有する上記の菌株は、公共のコレクションに寄託され、詳しく記述され、世界中の当業者が容易に入手可能である。

【0038】

酪酸塩の産生
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも２つ、少なくとも３つ、又は少なくとも４つの細菌株を含む組成物である。

【0039】

いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株のいずれかは、酪酸塩を産生できる細菌株であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上は、酪酸塩を産生できる細菌株であり得る。いくつかの態様では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株の全ては、酪酸塩を産生できる細菌株であり得る。

【0040】

フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する細菌株は、酪酸塩を産生できることが公知である。特に、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）は、酪酸塩の産生できることが公知である種である。

【0041】

ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）は、酪酸塩とプロピオン酸塩の両方を産生することが公知である。

【0042】

いくつかの実施形態では、酪酸塩を産生できるさらなる細菌株が添加された上記のような組成物が本明細書で提供される。これに関連して、酪酸塩を産生できる共生腸内細菌が好ましい。

【0043】

本明細書で使用される場合、酪酸塩を産生できる細菌株は、そのゲノム中に酪酸塩の産生のための経路の少なくとも１つを有する細菌株を指すと理解できよう。細菌には４つの主要な酪酸塩の産生経路が存在する（例えば、Ｖｉｔａｌ ｅｔ ａｌ．ｍＢｉｏ ２０１４；５（２）：ｅ００８８９－１４の図１を参照されたい）。これらの経路は、４つの基質、即ちピルビン酸塩、グルタル酸塩、４－アミノ酪酸塩、及びリジンの１つを利用する。すべての経路は、クロトニルＣｏＡがブチリルＣｏＡに変換され、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ電子伝達フラボタンパク質複合体（Ｂｃｄ－Ｅｔｆαβ）によって触媒される中心エネルギー生成ステップで統合される。酪酸塩の最終産物は、ブチリル－ＣｏＡ：酢酸ＣｏＡトランスフェラーゼ（Ｂｕｔ）又は酪酸キナーゼ（Ｂｕｋ）のいずれかによって触媒される。

【0044】

当業者は、任意の所与の実験セットアップにおいて、本明細書に記載される酪酸塩を産生できる細菌株が、例えば増殖培地を含む試験条件によって、酪酸塩を産生できるか又は否かを理解されよう。

【0045】

細菌におけるこれらの経路の存在は、当業者に公知の遺伝的方法、例えばＲｅｉｃｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ ２０１４；８：１３２３－１３３５に記載される方法によって評価することができる。一例として、マーカー遺伝子の存在は、ＰＣＲ又は配列決定に基づく方法によって、又はｉｎ ｓｉｌｉｃｏ系統発生ツールを用いて検出することができる。酪酸キナーゼ経路の存在に適したマーカー遺伝子は、酪酸キナーゼ（Ｂｕｋ）である。ブチリルＣｏＡ：酢酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ経路の存在に適したマーカー遺伝子は、ブチリル－ＣｏＡ：酢酸ＣｏＡ－トランスフェラーゼ（ＢＣｏＡＴ又はＢｕｔ）である。

【0046】

或いは、又はそれに加えて、酪酸塩の産生は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）、液体クロマトグラフィー（ＬＣ）、核磁気共鳴（ＮＭＲ）、及びキャピラリー電気泳動（ＣＥ）を含む、当業者に公知の方法を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏ、又はｉｎ ｓｉｔｕ試料の化学分析によって評価することができる。

【0047】

プロピオン酸塩の産生
実験のパートで示されるように、驚くべきことに、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの追加の細菌株の本明細書で既に記載した組成物への添加が特定の利点と関連していることが見出された。

【0048】

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つ、好ましくは少なくとも３つ、より好ましくは少なくとも４つ、又はより好ましくは少なくとも５つの細菌株を含む組成物である。

【0049】

いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株のいずれかは、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる細菌株であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる細菌株であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属する２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、又はそれ以上の細菌株のすべては、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる細菌株であり得る。

【0050】

ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属及びアッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属に属する細菌株は、プロピオン酸を産生できることが公知である。特に、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）とアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）は、プロピオン酸を産生できることが公知である種である。

【0051】

ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）は、酪酸塩とプロピオン酸塩の両方を産生することが公知である。

【0052】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも１つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも２つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも３つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも３つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも４つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも４つの細菌株を含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも４つの細菌株と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも５つの細菌株を含む組成物である。

【0053】

好ましい組成物は、酪酸塩を産生できる少なくとも４つの細菌と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの細菌を含む。より好ましい組成物は、酪酸塩を産生できる４つの細菌と、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つ、好ましくは４つ、さらに好ましくは５つの細菌を含む。

【0054】

一般に、プロピオン酸塩又は酪酸塩を糖残基から産生する能力は、異なる種に存在することが観察されているが、いくつかの例外が知られている。酪酸塩とプロピオン酸塩の両方を産生できる注目すべき例外は、例えば、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）の細菌株である。

【0055】

いくつかの実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、又はアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属の２つ以上の細菌株を含む任意の組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも１つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも３つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。好ましい実施形態では、本明細書に記載される組成物は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。

【0056】

これに関連して、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる共生腸内細菌が好ましい。

【0057】

いくつかの実施形態では、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる追加の細菌株は、ベイロネラセアエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）科、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ）科、ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科、又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）科に属し、好ましくはベイロネラセアエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）科、ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科、又はバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）科に属する。

【0058】

ベイロネラセアエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）科の好ましい属は、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）である。好ましい種は、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）及びベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）である。

【0059】

アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ）科の好ましい属は、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）である。好ましい種は、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）である。

【0060】

ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科で好ましい属は、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）とローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）である。ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）内で好ましい種は、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）である。ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）内の好ましい種は、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）である。

【0061】

バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）科の好ましい属は、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）である。

【0062】

フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）内の好ましい種は、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）である。

【0063】

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる追加の細菌株は、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、又はフォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属の細菌株である。

【0064】

好ましい実施形態では、本明細書に記載されるようなプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる追加の細菌株は、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属の細菌株である。

【0065】

好ましい実施形態では、本明細書に記載されるようなプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる追加の細菌株は、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種の細菌株である。

【0066】

ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）株及びブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）株は、プロピオン酸塩前駆体のコハク酸塩を産生することが公知である。

【0067】

より好ましい実施形態では、本明細書の他の箇所に記載されるような、少なくとも２つの以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、又はアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属の２つ以上の細菌株を含む組成物は：
－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む。

【0068】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属に属し、好ましくは、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種に属する細菌株を含み、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株をさらに含む組成物である。このような組成物は、合計８株（各属／種の１株が含まれる場合）を含んでもよいし、又は合計８株超（例えば、１つの属／種の複数株がさらに含まれる場合）を含んでもよいことを理解されよう。

【0069】

いくつかの実施形態では、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる少なくとも２つの追加の細菌株は、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる３つの追加の細菌株であり得る。

【0070】

いくつかの実施形態では、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる２つ以上の追加の細菌株は、フォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属、又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属、好ましくはフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又は、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種に属し得る。

【0071】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属、好ましくはフィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種に属する細菌株を含む組成物であり、この組成物は：
－フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）をさらに含む。

【0072】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ）属、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）属、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）属、ラクチプランチバチルス（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、アナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）属、及びフォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）属、並びにベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属又はブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）属の少なくとも１つに属する細菌株を含む組成物である。好ましくは、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）種、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）種、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）種、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）種、及びフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）種、並びにベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）種、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）種、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）種、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）種、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）種の少なくとも１つに属する細菌株を含む組成物である。場合によっては、細菌メンバーには、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、好ましくはベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）が含まれ得る。他の例では、細菌メンバーには、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、好ましくはブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）が含まれ得る。さらに他の例では、細菌メンバーには、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）及びブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）の両方、好ましくはベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及びブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）の両方が含まれ得る。

【0073】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる追加の細菌株は、上述の種の特定の菌株から選択される。フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）の好ましい菌株は、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）ＬＭＧ１７７６７、及び前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列（配列番号７）に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0074】

ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）の好ましい菌株は、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）ＤＳＭ ２００７、及び前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列（配列番号８）に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0075】

ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）の好ましい菌株は、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）ＤＳＭ ２５２３８、及び前記菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列（配列番号９）に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する菌株である。

【0076】

いくつかの実施形態では、特定の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列（配列番号７～９など）に対して少なくとも９７％の配列同一性を示す１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ配列を有する上述の菌株は、前記１６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ（配列番号７～９など）に対して９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、又は９９．５％の配列同一性を示し得る。

【0077】

アクセッション番号ＬＭＧ１７７６７、ＤＳＭ ２００７、及びＤＳＭ ２５２３８を有する上記の菌株は、公共のコレクションに寄託され、詳しく記述され、世界中の当業者が容易に入手可能である。

【0078】

本明細書で使用される場合、プロピオン酸塩を産生できる細菌株は、そのゲノム中にプロピオン酸塩産生の経路、例えば、アクリル酸経路、プロパンジオール経路、及びコハク酸経路の少なくとも１つを有する細菌株を指すと理解できよう（Ｒｅｉｃｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ ２０１４；８：１３２３－１３３５の図１を参照されたい）。

【0079】

本明細書で使用される場合、プロピオン酸塩前駆体を産生できる細菌株は、そのゲノム中にプロピオン酸塩前駆体の産生経路の少なくとも１つを有する細菌株を指すと理解できよう。プロピオン酸塩前駆体は、プロピオン酸塩産生の様々な経路のいずれか１つにおける任意の前駆体又は代謝中間体であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロピオン酸塩前駆体は、アクリル酸塩、アスパラギン酸、フマル酸塩、リンゴ酸塩、２－オキソグルタル酸塩、リンゴ酸塩、オキサロ酢酸、及びコハク酸塩からなる群から選択することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載されるプロピオン酸塩前駆体はコハク酸塩である。

【0080】

当業者は、任意の所与の実験セットアップにおいて、本明細書に記載されるプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる菌株が、例えば増殖培地を含む試験条件によって、プロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できるか否かを理解されよう。これは、例えば、いくつかのプロピオン酸塩産生経路が特定の基質を必要とすることが原因であり得る。例えば、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）などの一部のブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）株は、フコースからプロピオン酸塩を産生する。

【0081】

細菌におけるプロピオン酸経路の存在は、当業者に公知の遺伝的方法、例えばＲｅｉｃｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ ２０１４；８：１３２３－１３３５に記載されるような方法によって評価することができる。一例として、マーカー遺伝子の存在は、ＰＣＲ又は配列決定に基づく方法によって、又はｉｎ ｓｉｌｉｃｏ系統発生ツールを用いて検出することができる。アクリル酸経路の存在に適したマーカー遺伝子は、ラクトイル－ＣｏＡデヒドラターゼ（ｌｃｄＡ）である。コハク酸経路の存在に適したマーカー遺伝子は、メチルマロニル－ＣｏＡデカルボキシラーゼ（ｍｍｄＡ）である。プロパンジオール経路の存在に適したマーカー遺伝子は、プロピオンアルデヒドデヒドロゲナーゼ又はプロパノールデヒドロゲナーゼ（ｐｄｕＰ、ｐｄｕＱ）である。

【0082】

或いは、又はそれに加えて、プロピオン酸塩（又はプロピオン酸塩前駆体）の産生は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）、液体クロマトグラフィー（ＬＣ）、核磁気共鳴（ＮＭＲ）、及びキャピラリー電気泳動（ＣＥ）を含む、当業者に公知の方法を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏ、又はｉｎ ｓｉｔｕ試料の化学分析によって評価することができる。

【0083】

総じて、本明細書に記載される酪酸塩を産生できる任意の細菌株は、以下の属：フィーカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリシコッカス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ）、ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、及びアナエロスティペス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）；及び以下の種：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、及びアナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）から選択することができる。

【0084】

同様に、本明細書に記載されるプロピオン酸塩又はプロピオン酸塩前駆体を産生できる任意の細菌株は、以下の科：ベイロネラセアエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ）、ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、及びバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）；以下の属：ローズブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、及びフォカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）；及び以下の種：ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、及びブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）から選択することができる。

【0085】

さらなる成分
さらなる態様では、本明細書に記載の組成物は、１つ以上のプレバイオティクスをさらに含み得る。「プレバイオティクス」という用語は、宿主の健康に寄与する微生物（例えば、細菌）の増殖又は活性を誘導することができる化学物質を指す。したがって、プレバイオティクスは、腸内細菌叢の生物の組成に影響を与える、又は変化させ得る。しかしながら、原則として、プレバイオティクスは、体の他の領域も指し得るより一般的な用語である。典型的には、限定されるものではないが、プレバイオティクスは、消化管の上部を少なくとも部分的に消化されずに通過し、それらの基質として作用することによって大腸にコロニーを形成する有利な細菌の増殖又は活性を刺激する非消化性繊維化合物である。

【0086】

さらなる態様では、本明細書に記載の組成物は、１つ以上の治療薬をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、前記治療薬は、スタチン（例えば、シンバスタチン）、他の脂質低下療法、非脂質低下療法、ＧＬＰ－１受容体アゴニスト（例えば、セマグルチド、デュラグルチド、リラグルチド）、ＳＧＬＴ１／２阻害剤（例えば、リコグリフォジン（ｌｉｃｏｇｌｉｆｏｚｉｎ））、ＳＧＬＴ２阻害剤、ＤＰＰ－４阻害剤（例えば、イタグリプチン（ｉｔａｇｌｉｐｔｉｎ）、サキサグリプチン、リナグリプチン、アログリプチン）、ＦＸＲアゴニスト（例えば、ＯＣＡ、トロピフェキソール、シロフェキソール）、アポトーシス阻害剤（例えば、セロンセルチブ、エムリカサン）、抗炎症薬（例えば、ペントキシフィリン）、アンジオテンシン受容体遮断薬などの降圧薬、ＣＣＲ２／５拮抗薬（例えば、セニクリビロック）、ＡＣＣ阻害剤（例えば、フィルソコスタット）、抗酸化ストレス薬（例えば、ビタミンＥ、ＵＤＣＡ）、及びチアゾリジンジオン（ＴＺＤ）などのＰＰＡＲアゴニスト（例えば、ピオグリタゾン）から選択される。

【0087】

好ましい実施形態では、前記治療薬は、スタチン（例えば、シンバスタチン）、ＧＬＰ－１受容体アゴニスト（例えば、セマグルチド、デュラグルチド、リラグルチド）、ＳＧＬＴ２阻害剤、及びチアゾリジンジオン（例えば、ピオグリタゾン）などのＰＰＡＲアゴニストから選択される。ＧＬＰ－１受容体アゴニストの好ましい例はリラグルチドである。好ましい実施形態では、前記治療薬は、チアゾリジンジオン（グリタゾンとしても知られる）（例えば、ピオグリタゾン）などのＰＰＡＲアゴニストである。

【0088】

特定の組成物及び誘導生成物
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、医薬組成物、則ち、薬学的に許容され得る成分をさらに含む組成物であり得る。

【0089】

本明細書で使用される場合、「薬学的に許容され得る成分」には、薬学的に許容され得る担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、ビヒクル、希釈剤、及び／又は賦形剤が含まれる。したがって、１つ又は複数の薬学的に許容され得る成分は、薬学的に許容され得る担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、ビヒクル、希釈剤（例えば、デンプン、セルロース誘導体、又は糖誘導体）、及び／又は賦形剤からなる群から選択することができる。そのような薬学的に許容され得る担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、ビヒクル、希釈剤、及び／又は賦形剤は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｅｌｓｅｖｉｅｒ（２０２０）で確認することができる。

【0090】

本明細書に記載の組成物は、迅速且つ効率的な治療効果を提供するように製剤化することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、腸への送達のために製剤化することができ、例えば、直腸投与用又は経口投与用、好ましくは経口投与用の組成物として製剤化することができる。

【0091】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、カプセル剤、マイクロカプセル剤、錠剤、顆粒剤、粉末剤、トローチ剤、丸剤、栄養補助食品、懸濁剤、坐剤又はシロップ剤など、好ましくは粉末剤、懸濁剤、錠剤、又は栄養補助食品として製剤化することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、懸濁剤形で提供することができる。

【0092】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の（医薬）組成物は、直腸投与用の組成物として製剤化することができる。この点に関して、本明細書に記載の組成物のいずれも、坐剤などの直腸投与用の（医薬）剤形として提供することができる。

【0093】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の（医薬）組成物は、カプセル剤、マイクロカプセル剤、錠剤、顆粒剤、粉末剤、トローチ剤、丸薬、栄養補助食品、懸濁剤、又はシロップ剤などの経口投与用の組成物として製剤化することができる。

【0094】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、凍結乾燥細菌又は活性培養形態で提供される細菌を含み得る。好ましい実施形態では、細菌は凍結乾燥させることができる。

【0095】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、食品、飲料、栄養補助食品、又は栄養補給食品に含めることができる。したがって、本開示の態様は、本明細書に記載の組成物のいずれかを含む食品、飲料、栄養補助食品、及び栄養補給食品も提供する。また、本明細書に記載の細菌株のいずれか（組み合わせ）を含む食品、飲料、栄養補助食品、及び栄養補給食品は本開示の範囲内に含まれる。

【0096】

「食品」は、典型的には、主に１つ又は複数のタンパク質、炭水化物、及び脂肪からなる食用材料である。食品にはまた、ビタミンやミネラルなどの１つ又は複数の微量栄養素も含まれ得る。組成物が組み込まれ得る食品の例には、スナックバー、シリアル、パン、マフィン、ビスケット、ケーキ、ペストリー、加工野菜、甘い食べ物、ヨーグルトを含むプロバイオティクス製剤、飲料、植物油ベースの液体、動物性脂肪ベースの液体、冷凍菓子、及びチーズが含まれる。好ましい食品には、ヨーグルト、チーズ、及びその他の乳製品が含まれる。

【0097】

飲料の例には、ソフトドリンク、シロップ、スカッシュ、ドライドリンクミックス、及び栄養飲料などが含まれる。

【0098】

栄養補給食品とは、疾患の予防及び治療を含む、医学的又は健康上の利点を提供すると考えられている食品成分、栄養補助食品、又は食品である。栄養補給食品は、「機能性食品」、即ち、消費者に純粋な栄養を供給する以上の健康上の利点を提供するものとして一般的に販売されている食品と呼ばれることもある。

【0099】

本開示はまた、本明細書で論じる組成物を含むプロバイオティクスを提供する。プロバイオティクスは、典型的には、腸内細菌叢を強化できる生きたサプリメントである。このようなプロバイオティクスは、特にヒトだけではなく、農場動物、家畜、水生生物にも投与することができる。プロバイオティクスは、ヒト又は動物による摂取に適している１つ又は複数の許容可能な賦形剤又は香料を追加で含み得る。

【0100】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも１０^２、好ましくは少なくとも１０^３、より好ましくは少なくとも１０^４、さらにより好ましくは少なくとも１０^５のＣＦＵの細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、１０^２～１０^１４、好ましくは１０^３～１０^１３、より好ましくは１０^４～１０^１２、さらにより好ましくは１０^５～１０^１１の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも１０^５の細菌のコロニー形成単位、例えば１０^５～１０^１１の細菌のコロニー形成単位を含む。

【0101】

本開示全体を通して提供される組成物のいずれかに関して、「含む」という用語は、「～から本質的になる」又は「～からなる」という用語に置き換えできることを理解されよう。換言すれば、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、提供される細菌株から本質的になる、又は提供される細菌株からなる。

【0102】

本明細書に記載される組成物に加えて、本開示の好ましい態様は、本明細書で後述する方法のいずれかに使用するための同一の組成物にも関する（「方法及び使用」のセクションを参照されたい）。

【0103】

組成物を得るための方法；及びそれにより得られた組成物
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、本セクションで記載される方法によって得ることができる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、本セクションで記載される方法によって取得可能であり得る。換言すれば、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物に含まれる細菌株は、本セクションで記載される方法に前もって供されている。これに関連して、細菌株は、本セクションで記載される方法のいずれかによって「前適応されている」又は「調整されている」とも言える。

【0104】

本セクションで提供される方法は、本開示の組成物に一定の有利な特性を付与する。特に、宿主に対する組成物の効果の発現は、より速くなり、且つ／又は有効性は、より高くなり得る、則ち、この組成物は、迅速且つ効率的な治療効果を提供する。

【0105】

より具体的には、「前適応された」又は「調整された」組成物は、バイオ医薬品発現の時間を有意に短縮することができる、則ち、前適応されることによって、微生物のセットは、大まかに集められた同じ菌株のセットと比較して、（時間的尺度で）少なくとも５％速く、好ましくは少なくとも１０％速く、より好ましくは少なくとも２０％速く、最も好ましくは少なくとも３０％速くそれらの機能を発揮できることを意味する。「前適応された」又は「調整された」組成物はまた、処置の効果を有意に増加させることもできる、則ち、前適応されることによって、微生物のセットは、少なくとも５％高い有効性、好ましくは少なくとも１０％高い有効性、より好ましくは少なくとも２０％、最も好ましくは少なくとも３０％高い有効性でそれらの機能を発揮できることを意味する。有効性は、微生物のセットが設計されたエンドポイントによって決まる。可能な機能性には、限定されるものではないが、特に、体重増加の減少、インスリンレベルの改善、グルコースレベルの低下、インスリン抵抗性の低下、門脈圧及び肝内血管抵抗の低下、内皮機能障害の緩和、肝炎症の減少、脂肪症の軽減、肝細胞風船様肥大の軽減、及び線維症の軽減が含まれる。

【0106】

一態様では、反応器内で細菌株を一緒に増殖させることを含む、本明細書に記載される組成物を得るための方法が提供される。

【0107】

いくつかの実施形態では、前記反応器は、胃腸管を表す標準化された条件下にある。

【0108】

標準化された条件を特徴付けるパラメーターには、限定されるものではないが、ｐＨ（１．５～８の範囲）；炭素源（炭水化物又はタンパク質、又はそれらの組み合わせ）の利用可能性；特定の反応器での保持時間（１０分～２００時間の範囲）；酸素の利用可能性（０～８ｇ／Ｌの範囲）；微量栄養素の利用可能性；抗生物質の有無；胆汁塩の濃度（０～２０ｍＭの範囲）；重金属の存在；免疫分子としての宿主因子の存在が含まれる。好ましい実施形態では、標準化された条件を特徴付けるパラメーターには、すべて本明細書で既に定義されたように、ｐＨ、特定の反応器での保持時間、及び胆汁塩の濃度が含まれる。集団の複雑さに応じて、機能的に安定した集団を得るには、１～１５日の期間が適し得る。平均して、７～１４のメンバーで構成される集団を得るには、３～１０日の期間が機能的に安定した集団を得るのに適している（環境条件によって異なる）。したがって、本明細書で定義される組成物は、ｐＨ、特定の反応器での保持時間、及び胆汁塩の濃度が本明細書で定義されるように設定された条件下で、３～１０日間の期間中に訓練又は培養された後に得ることができる。このようなプロセスにより、機能的に安定した組成物又は集団の製造が可能になる。

【0109】

本明細書で使用される場合、「機能的に安定した集団」は、少なくとも３日間又は５日間又は１０日間の培養後でも最初の異なる数の細菌種を含む本明細書に記載の組成物であり得る。

【0110】

さらなる態様では、１．５～８のｐＨ範囲；炭素源の利用可能性；１０分～２００時間の保持時間；０～８ｇ／Ｌの酸素の利用可能性；微量栄養素の利用可能性；抗生物質の有無；０～２０ｍＭの胆汁塩の濃度；重金属の存在；免疫分子としての宿主因子の存在を含む、ＧＩ管を表す標準化された条件下で動作する反応器が提供される。一実施形態では、前記反応器は、標準化された条件を特徴付けるパラメーターが、ｐＨ、特定の反応器での保持時間、及び前の段落で定義された胆汁塩の濃度を含むような反応器である。一実施形態では、このような反応器は、５～２０の異なる細菌メンバー、又は６～１４の異なる細菌メンバー、又は５～１５の異なる細菌メンバーの組成物を含む。好ましい実施形態では、このような組成物は、機能的に安定した集団を得るために、このような反応器で３～１４日間又は３～１０日間存在する。

【0111】

したがって、本明細書に記載される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、治療は、本明細書に記載されるような、より速い生物学的効果の発現及び／又は有効性の増大、則ち迅速で効率的な治療効果をもたらし得る。

【0112】

方法及び用途
実験のパートで詳述したように、驚くべきことに、上記の組成物は肝臓にいくつかの直接的及び間接的な有益な効果を及ぼすことが見出された。具体的には、本明細書に記載される組成物は、少なくとも以下の有益な効果：特に、体重増加の減少、インスリンレベルの低下、グルコースレベルの低下、インスリン抵抗性の低下、門脈圧及び肝内血管抵抗の低下、内皮機能障害の緩和、肝炎症の減少、脂肪症の軽減、肝細胞風船様肥大の軽減、及び線維症の軽減を発揮する。したがって、本明細書で提供される組成物は、肝臓の多様な疾患及び状態、並びにその症状、基礎疾患若しくは状態、及び肝外症状の治療、遅延、改善、予防、又は治癒において幅広い適用性を有することになる。

【0113】

したがって、さらなる態様では、本明細書に記載される組成物は、医学の分野での使用のために提供される。好ましくは、本明細書に記載される組成物は、肝臓の疾患又は状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用される。また、肝臓の疾患又は状態の症状、肝臓の疾患又は状態の根底にある疾患又は状態、並びに肝臓の疾患又は状態の肝外症状を治療することも本明細書に包含され、その態様のそれぞれは、本明細書の他の箇所でより詳細に説明される。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するために提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状、基礎疾患若しくは状態、又は肝外症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒する方法で使用するために提供される。

【0114】

さらなる態様では、本明細書に記載される組成物を投与することを含む、肝臓の疾患若しく状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することを含む、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することを含む、肝臓の疾患若しくは状態、その症状、基礎疾患若しくは状態、又は肝外症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、組成物を投与することは、それを必要とする対象などの対象に前記組成物を投与することを意味する。好ましい実施形態では、有効な量又は治療的に有効な量の組成物が投与される。

【0115】

さらなる態様では、肝臓の疾患又は状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための薬剤の製造のための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。いくつかの実施形態では、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための薬剤の製造のための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。いくつかの実施形態では、肝臓の疾患若しくは状態、その症状、基礎疾患若しくは状態、又は肝外症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための薬剤の製造のための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。

【0116】

さらなる態様では、肝臓の疾患又は状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。いくつかの実施形態では、肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。いくつかの実施形態では、肝臓の疾患若しくは状態、その症状、基礎疾患若しくは状態、又は肝外症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための、本明細書に記載される組成物の使用が提供される。

【0117】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、有効な量又は治療上有効な量の本明細書に記載される組成物を投与することができる。

【0118】

本明細書で使用される場合、「有効な量」は、有益な又は所望の結果を発揮するのに十分な量である。したがって、「治療的に有効な量」は、それを必要とする対象に投与した場合に、未治療の対象と比較して、限定されるものではないが、体重増加の減少、インスリンレベルの改善、グルコースレベルの低下、インスリン抵抗性の低下、門脈圧及び肝内血管抵抗の低下、内皮機能障害の緩和、肝炎症の減少、脂肪症の軽減、肝細胞風船様肥大の軽減、及び線維症の軽減などの本明細書に記載される何らかの治療効果又は予防効果を発揮するのに十分である量である。「治療的に有効」である量は、例えば、年齢、疾患の進行、又は個人の全体的な全身状態に応じて、対象ごとに異なり得る。任意の個々の症例における適切な「治療的に有効な」量は、本明細書で後述する方法及び／又は本明細書の実験パートの方法などのルーチン実験を用いて当業者が決定することができる。「有効な量」及び「治療的に有効な量」は、組成物中の細菌株の組み合わせ合計量を指すことを理解されたい。最終適用例に応じて、組み合わせ合計量は、等量の各細菌株又は不等量の各細菌株の結果であり得、各単一菌株は、組み合わせ合計量の０．０００１％の最小存在量、好ましくは組み合わせ合計量の０．００１％の最小存在量、より好ましくは、組み合わせ合計量の０．０１％の最小存在量を有する。

【0119】

最終適用例に応じて、前記有効な量又は治療的に有効な量（細菌の組み合わせ合計量を指すと理解される）は、少なくとも１０^２、好ましくは少なくとも１０^３、より好ましくは少なくとも１０^４、さらにより好ましくは少なくとも１０^５の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）であり得る。いくつかの実施形態では、前記有効な量又は治療的に有効な量（細菌の組み合わせ合計量を指すと理解される）は、１０^２～１０^１４、好ましくは１０^３～１０^１３、より好ましくは１０^４～１０^１２、さらにより好ましくは１０^５～１０^１１の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）であり得る。いくつかの実施形態では、前記量は、日用量、則ち、毎日投与される量である。

【0120】

本明細書に記載される組成物は、任意の投与計画に従って投与することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、唯１回の投与として投与することができる。好ましい実施形態では、組成物は、定期的又は周期的に対象に投与することができ、例えば、組成物は、１２時間ごと、２４時間ごと、又は４８時間ごとに１回、則ち、１日２回、１日１回、又は２日に１回、対象に投与することができる。好ましい実施形態では、組成物は、毎日投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも１週間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、１年間、又はそれ以上の期間投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、生涯にわたって投与される。

【0121】

本明細書で使用される「対象」又は「必要とする対象」は、ヒト（好ましい）又は非ヒト動物であり得る。いくつかの実施形態では、対象（必要とする）は、特に本明細書に記載されるような肝臓の疾患若しくは状態又はその症状を予防する文脈において、健康な対象であり得る。いくつかの実施形態では、対象（必要とする）はまた、本明細書に記載の疾患及び状態のいずれかに罹患しているか、又は発症するリスクがあり得る。いくつかの実施形態では、対象（必要とする）は、ＮＡＳＨに罹患している対象であり得る。

【0122】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、組成物は、本明細書に記載される必要とする対象に投与することができる。

【0123】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、組成物は、異なる投与様式によって投与することができる。いくつかの実施形態では、投与様式は、直腸又は経口であり得る。経口投与が好ましい。

【0124】

本明細書で提供される組成物は、当該技術分野で公知の適切な手段を用いて直接的又は間接的に投与することができる。したがって、これまでに既に達成された進歩を考慮すると、本明細書に記載される組成物を個人に提供するための手段の改善が予想される。もちろん、本明細書に記載される所望の効果を達成するためにそのような将来の改善を組み込むことができる。

【0125】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、本明細書に記載される組成物は、１つ又は複数の治療薬と組み合わせて使用することができる。いくつかの実施形態では、前記治療薬は、スタチン（例えば、シンバスタチン）、他の脂質低下療法、非脂質低下療法、ＧＬＰ－１受容体アゴニスト（例えば、セマグルチド、デュラグルチド、リラグルチド）、ＳＧＬＴ１／２阻害剤（例えば、リコグリフォジン（ｌｉｃｏｇｌｉｆｏｚｉｎ））、ＳＧＬＴ２阻害剤、ＤＰＰ－４阻害剤（例えば、イタグリプチン（ｉｔａｇｌｉｐｔｉｎ）、サキサグリプチン、リナグリプチン、アログリプチン）、ＦＸＲアゴニスト（例えば、ＯＣＡ、トロピフェキソール、シロフェキソール）、アポトーシス阻害剤（例えば、セロンセルチブ、エムリカサン）、抗炎症薬（例えば、ペントキシフィリン）、アンジオテンシン受容体遮断薬などの降圧薬、ＣＣＲ２／５拮抗薬（例えば、セニクリビロック）、ＡＣＣ阻害剤（例えば、フィルソコスタット）、抗酸化ストレス薬（例えば、ビタミンＥ、ＵＤＣＡ）、及びチアゾリジンジオン（ＴＺＤ）などのＰＰＡＲアゴニスト（例えば、ピオグリタゾン）から選択される。

【0126】

好ましい実施形態では、前記治療薬は、スタチン（例えば、シンバスタチン）、ＧＬＰ－１受容体アゴニスト（例えば、セマグルチド、デュラグルチド、リラグルチド）、ＳＧＬＴ２阻害剤、及びチアゾリジンジオン（例えば、ピオグリタゾン）などのＰＰＡＲアゴニストから選択される。ＧＬＰ－１受容体アゴニストの好ましい例はリラグルチドである。好ましい実施形態では、前記治療薬は、チアゾリジンジオン（グリタゾンとしても知られる）（例えば、ピオグリタゾン）などのＰＰＡＲアゴニストである。

【0127】

本明細書で提供される組成物及び１つ又は複数の治療薬は、単一の組成物で投与してもよいし、又は別々に投与してもよい。

【0128】

肝臓の疾患及び状態
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、肝臓の疾患又は状態は、腸内毒素症（ｄｉｓｂｙｏｓｉｓ）に関連する肝臓の疾患又は状態であり得る。

【0129】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、肝臓の疾患又は状態は、アルコール関連肝疾患（ＡＲＬＤ）、胆汁うっ滞性肝疾患、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、肝線維症、肝硬変、及び／又は肝臓新生物若しくはその症状であり得る。アルコール関連肝疾患（ＡＲＬＤ）には、アルコール性脂肪性肝疾患、アルコール性肝炎、及び（アルコール関連）肝硬変が含まれる。胆汁うっ滞性肝疾患の非限定的な例は、原発性胆汁性胆管炎（ＰＢＣ）及び原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）である。

【0130】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、肝臓の疾患又は状態は、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、肝線維症、肝硬変、及び／又は肝臓新生物若しくはその症状であり得る。

【0131】

ＮＡＦＬＤは現在、メタボリックシンドロームの肝症状として認識されている。したがって、本開示で使用される「ＮＡＦＬＤ」は、「メタボリックシンドロームの肝臓部分」、「メタボリックシンドロームの肝症状」、又は「代謝（機能不全）関連脂肪肝疾患」（ＭＡＦＬＤ）などの用語に置き換えることができる（Ｅｓｌａｍ Ｍ ｅｔ ａｌ．Ａ ｎｅｗ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｆｏｒ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ａｎ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｅｘｐｅｒｔ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｓｔａｔｅｍｅｎｔ．Ｊ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０２０；７３：２０２－２０９で提案されているように）。

【0132】

ＮＡＦＬＤは、非アルコール性脂肪性肝（ＮＡＦＬ）及び非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）に分類できる肝疾患のスペクトルの総称と見なされている（参照により本明細書に組み込まれるＬａｃｋｎｅｒ Ｃ．（２０１８）Ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ Ｆａｔｔｙ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｈｅｐａｔｉｃ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ： ａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ａｐｐｒｏａｃｈ，１６７－１８７を参照されたい）。

【0133】

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、肝臓の疾患又は状態は、非アルコール性脂肪性肝（ＮＡＦＬ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝線維症、肝硬変、及び／又は肝臓新生物、その症状、又は基礎疾患若しくは状態であり得る。

【0134】

本明細書で使用される場合、「肝臓新生物」という用語は、肝臓新生物及び肝内胆管腫瘍の両方を指すと理解され得る。したがって、いくつかの実施形態では、「肝臓新生物」などの用語は、「肝臓又は肝内胆管腫瘍」などの用語に置き換えることができる。

【0135】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される肝臓新生物は肝臓癌であり得る。好ましい実施形態では、肝臓癌は、肝細胞癌（ＨＣＣ）である。

【0136】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、肝臓の疾患又は状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するための方法は、ＮＡＦＬの疾患進行、好ましくはＮＡＦＬからＮＡＳＨへの進行、ＮＡＳＨから肝線維症への進行、肝線維症から肝硬変への進行、及び／又は肝硬変からＨＣＣへの進行、より好ましくはＮＡＦＬからＮＡＳＨへの進行又はＮＡＳＨから肝線維症への進行を遅延又は予防する方法であり得る。

【0137】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、本明細書で使用される「治療、遅延、改善、予防、又は治癒する」は、組成物を投与する前に、疾患、状態、又は症状と比較して、前記疾患、状態、又は症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒すると理解され得る。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される「治療、遅延、改善、予防、又は治癒する」は、プラセボを投与された疾患、状態、又は症状に罹患した対象において、同じ疾患、状態、又は症状と比較して、前記疾患、状態、又は症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒すると理解され得る。同様に、本明細書の他の箇所に記載の効果のいずれかの発生は、同じ方法で比較することができる。

【0138】

症状
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される肝臓の疾患又は状態の症状には、体重増加、インスリン抵抗性、肝炎、脂肪症、肝細胞風船様肥大、肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）、門脈圧亢進症、内皮機能障害、及び／又は線維症が含まれる。

【0139】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、本明細書に記載される組成物及び／又は薬剤は、好ましくは、以下の効果の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、又はすべてを示す：
・体重増加の減少：
・インスリンレベルの改善：
・グルコースレベルの低下：
・インスリン抵抗性の低下：
・門脈圧の低下：
・肝内血管抵抗の低下：
・内皮機能障害の緩和：
・肝炎症の減少：
・脂肪症の軽減：
・風船様肥大の軽減：及び
・線維症の軽減。

【0140】

これらの症状及び効果を測定するための手段及び方法は、当該技術分野で周知である。これらの症状及び効果を測定するための方法の非限定的な例は実験のセクションに示される。

【0141】

この文脈において、「減少させる」（それぞれ「改善する」）などは、実験のパートで行われるアッセイなどの当業者に公知のアッセイを用いる少なくとも検出可能な減少（それぞれ検出可能な改善）を意味する。減少は、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、又は少なくとも１００％の減少であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することは、任意選択によりプラセボを投与された同等の肝臓の疾患又は状態を有する対象と比較して、体重増加の減少、門脈圧亢進症の改善、又はインスリン感受性の改善をもたらし得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することは、任意選択によりプラセボを投与された対象と比較して、治療の２週間以内に空腹時血中インスリンレベルの約４０％の減少をもたらし得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することは、任意選択によりプラセボを投与された対象と比較して、治療の１０週間以内に肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）の約８０％の減少をもたらし得る。

【0142】

非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）活動性スコア（ＮＡＳ）は、ＮＡＳＨ臨床研究ネットワーク（ＮＡＳＨ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋ）の病理委員会（Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）によって、脂肪症（０～３の範囲）、小葉炎症（０～３の範囲）、及び風船様肥大（０～２の範囲）のスコア値の重み付けされていない合計として定義されているため、０～８の範囲のＮＡＳスコアが提供される（参照により本明細書に組み込まれるＫｌｅｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａ Ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｏｒｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ Ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ Ｆａｔｔｙ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．４１，Ｎｏ．６，２００５，ｐｐ．１３１３－１３２１を参照されたい。特にその中の表１を参照されたい）。０～４の範囲の線維化スコアも、Ｋｌｅｉｎｅｎらによって定義され、特にその中の表１を参照されたい。

【0143】

本明細書で提供される使用のための組成物、方法、及び使用の文脈において、本明細書に記載される組成物及び／又は薬剤は、ＮＡＦＬＤ活動性スコア（ＮＡＳ）、脂肪症スコア、小葉炎症スコア、風船様肥大スコア、又は線維症スコア、好ましくはＮＡＳスコア、脂肪症スコア、風船様肥大スコア、又は線維症スコア、より好ましくは線維症スコアの低下をもたらし得る。この低下は、好ましくは、少なくとも１のスコアレベル、或いは少なくとも２又は３のレベルの低下である。

【0144】

いくつかの実施形態では、記載された効果のいずれかが、少なくとも１週間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、１年間以上の治療後に観察され、前記治療は、任意選択により、本明細書の他の箇所で記載される量及び投与計画を含む。

【0145】

基礎疾患及び状態
本明細書に記載される肝臓の疾患及び状態又はその症状は、基礎疾患及び状態と呼ばれ得る多数の疾患及び状態で見られ得る。したがって、本開示は、本明細書で提供される組成物が、あらゆる基礎疾患及び状態を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するために使用できることも包含することを理解されたい。

【0146】

例えば、ＮＡＦＬＤは、表１に要約されているように、基礎疾患及び状態と呼ばれ得る多数の疾患及び状態で見られる。

【0147】

【表1】

【0148】

さらに、門脈圧亢進症は、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）及び慢性膵炎を含む胃腸障害に起因し得る。

【0149】

したがって、本開示は、本明細書で提供される組成物が、表１に記載される疾患又は状態のいずれかを治療、遅延、改善、予防、又は治癒するために使用できることも包含することを理解されたい。したがって、本開示は、肥満症、遺伝性疾患又は代謝性疾患、薬物又は毒素誘発性の状態、肝外状態、栄養障害、ウイルス感染、肝虚血、又は老化の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するために本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。

【0150】

したがって、本開示は、インスリン抵抗性の代謝障害（メタボリックシンドローム、Ｘ症候群、インスリン抵抗性症候群、２型糖尿病、アルストレーム症候群、バルデ・ビードル症候群、リポジストロフィー症候群、ＰＰＡＲγ変異など）、レプチン欠損又はレプチン抵抗性、視床下部肥満症、又はプラダー・ウィリー症候群の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。本開示はまた、ウィルソン病、ウェーバー・クリスチャン病、ウォルマン病、コレステロールエステル蓄積症、無βリポ蛋白血症、家族性低βリポ蛋白血症、Ｄｏｒｍａｎ－Ｃｈａｎａｒｉｎ症候群、偽新生児副腎白質ジストロフィー、ガラクトース血症、チロシン血症、遺伝性果糖不耐症、シスチン尿症、サンドホフ病、下垂体機能不全、又は甲状腺機能低下症の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。本開示はまた、コルチコステロイド、エストロゲン、ＮＳＡＩＤ、カルシウム拮抗薬、アミオダロン、タモキシフェン、テトラサイクリン、クロロキン、マレイン酸ペルヘキシリン、抗レトロウイルス薬、工業用溶剤ジメチルホルムアミド、塗料用シンナー及び溶剤、石油化学暴露、菜種食品、又はコカインに関連する毒性又は過剰摂取の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。本開示はまた、心不全、炎症性腸疾患及び他の腸疾患、腸内細菌過剰症候群、嚢胞性線維症、頭蓋咽頭腫、又は妊娠関連肝疾患の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。本開示はまた、空腸回腸バイパス、胃バイパス、胃形成術、胆膵バイパス、小腸切除術、完全非経口栄養、長期飢餓、急速な体重減少、タンパク質栄養不良、高炭水化物食、又はシュバッハマン症候群の肝臓関連状態の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に用いるための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。本開示はまた、Ｃ型、Ｂ型、又はＤ型肝炎ウイルス感染の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に用いるための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。また、本開示は、肝虚血又は老化の治療、遅延、改善、予防、又は治癒における使用のための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。また、本開示は、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）及び慢性膵炎を含む胃腸障害の治療、遅延、改善、予防、又は治癒に使用するための本明細書で提供される組成物のいずれかを包含する。

【0151】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、表１の上記の状態のいずれかにおいて肝症状を管理する方法で使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、表１の上記の状態のいずれかにおいて肝機能を改善する方法で使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、表１の上記の状態のいずれかにおいて肝臓の悪化（ｄｅｔｏｒｉａｔｉｏｎ）の遅延に使用するためのものである。

【0152】

肝外症状
肝外症状は、本明細書に記載される肝臓の疾患又は状態の結果である肝外障害及び／又は症状を指すと理解され得る。したがって、本開示は、本明細書で提供される組成物を、本明細書に記載される肝臓の疾患又は状態の任意の肝外症状を治療、遅延、改善、予防、又は治癒するために使用できることも包含することを理解されたい。

【0153】

肝外症状は、肝臓以外の臓器、組織、又は細胞に対する影響によるものであり得る。肝外症状は、例えば、脳に対する影響、血管系又は血管外への影響によるものであり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される肝外症状は、肝性脳症、静脈瘤、又は腹水であり得、好ましくは肝性脳症である。

【0154】

いかなる特定の理論にも拘束されることを望むものではないが、上記の組成物並びにそれらの使用及び方法は、以下のメカニズムに基づくことができると考えられる：
（ａ）腸管内の１つ又は限られた数の有益な細菌の増殖及び／又は活性を刺激する、
（ｂ）腸管内の１つ又は限られた数の病原細菌の増殖及び／又は活性を阻害する、
（ｃ）消化管表面の粘膜への非病原細菌の付着を相対的に増加させる、
（ｄ）腸による抗原、炎症誘発性の細菌又は細菌産物の無制御の取り込みを減少させる、
（ｅ）腸表面に抗炎症活性を提供する、
（ｆ）腸バリア機能を増加させる、
（ｇ）細菌代謝産物を産生する、
（ｈ）有害な腸代謝産物の産生を減少させる、
（ｉ）創傷修復を誘発する、
又は（ｊ）（ａ）から（ｉ）の任意の組み合わせ。

【0155】

いかなる特定の理論にも拘束されることを望むものではないが、或いは、又はそれに加えて、或いは、又はそれに加えて、上記の組成物並びにそれらの使用及び方法は、以下の肝臓関連メカニズムに基づくことができる：
（ａ）肝インスリンシグナル伝達を回復させる、
（ｂ）肝臓の線維化促進マーカーを減少させる、
（ｃ）肝臓の脂質蓄積を減少させる、
又は（ｄ）（ａ）から（ｃ）の任意の組み合わせ。

【0156】

本開示のいくつかの特定の態様及び実施形態を以下に列挙する。

【0157】

一態様では、本開示は、精製された細菌メンバーを含む組成物を提供し、この細菌メンバーには、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、及びフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、並びにベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）の少なくとも１つが含まれる。場合によっては、細菌メンバーには、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）が含まれ得る。他の例では、細菌メンバーには、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）が含まれ得る。さらに他の例では、細菌のメンバーには以下が含まれ得る；
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）。

【0158】

有利には、細菌メンバーの組成物は、肝臓の特定の望ましくない状態、例えば肝臓の炎症を治療又は予防するのに有用であり得る。

【0159】

いくつかの実施形態では、組成物は、細菌メンバーの特定の菌株を含み得る。例えば、場合によっては、細菌メンバーには、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６２が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６０が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６５が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６１が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６６が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３５９が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）株ＬＭＧ１７７６７が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）株ＤＳＭ ２００７が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）株ＤＳＭ ２５２３８が含まれ得る。

【0160】

組成物は、迅速且つ効率的な治療効果を提供するように製剤化することができる。場合によっては、組成物は、腸への送達のために製剤化することができる。例えば、組成物は、粉末、懸濁剤、錠剤、及び栄養補助食品などとして製剤化することができる。場合によっては、例えば、細菌メンバーを凍結乾燥させることができる。例えば、細菌メンバーは、フリーズドライさせることができる。場合によっては、細菌メンバーの組成物は、懸濁剤形で提供することができる。組成物は、少なくとも１０^５の細菌のコロニー形成単位を含み得、例えば、組成物は、１０^５～１０^１１の細菌のコロニー形成単位を含み得る。本明細書に記載されるように、細菌は、凍結乾燥させるか、又は活性培養形態で提供することができる。

【0161】

別の態様では、本開示は、肝臓の状態を改善するための方法を提供し、この方法は、細菌メンバーを含む組成物をそれを必要とする対象に投与することを含み、この細菌メンバーには、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）、及びフォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、並びにベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）の少なくとも１つを含み、この組成物を投与すると、任意選択によりこの組成物を投与する前の肝臓の状態と比較して、肝臓の状態が改善される。場合によっては、細菌メンバーには、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）が含まれ得る。場合によっては、細菌メンバーには、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）が含まれ得る。他の例では、細菌メンバーには以下が含まれ得る：
－ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）又はベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）；及び
－ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、又はブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）。

【0162】

この方法は、肝臓の状態を治療するのに有用であり得る。この状態は、例えば、肝臓の炎症、肥満症、遺伝性疾患又は代謝性疾患、薬物又は毒素誘発性の状態、肝外状態、栄養障害、ウイルス感染、肝虚血、又は老化のいずれか１つであり得る。例えば、場合によっては、この状態は、肝臓の炎症を含み得、組成物を投与することにより、対象のＮＡＦＬＤ活動性スコア（ＮＡＳ）の低下によって証明されるように、肝臓の炎症を改善することができる。ＮＡＳは、臨床及び実験の場で受け入れられているＮＡＦＬＤの組織学的病変の特徴に基づいたスコアリングの方法である。場合によっては、例えば、対象のＮＡＳは、任意選択によりプラセボを投与された対象と比較して、組成物を投与してから９週間以内に約１．０の数値が低下し得る。場合によっては、この状態は、ＮＡＳＨを含み得る。例えば、組成物は、ＮＡＳＨを有する対象に投与することができ、それにより、任意選択により組成物の代わりにプラセボを投与されたＮＡＳＨに罹患した対象と比較して、ＮＡＳＨの進行を遅延させることができる。

【0163】

場合によっては、対象に組成物を投与すると、任意選択によりプラセボを投与された同等の肝臓の状態を有する対象と比較して、体重増加、門脈圧亢進症の改善、又はインスリン感受性の改善をもたらし得る。場合によっては、組成物を投与すると、任意選択によりプラセボを投与された対象と比較して、治療してから２週間以内に空腹時血中インスリンレベルが約４０％低下し得る。さらなる例では、組成物を投与すると、任意選択によりプラセボを投与された対象と比較して、治療してから１０週間以内に肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）が約８０％低下し得る。組成物は、任意の投与計画に従って投与することができ、例えば、組成物は、唯１回の投与として投与することができ、又は組成物は、定期的又は周期的に対象に投与することができ、例えば、組成物は、１２時間ごと、２４時間ごと、又は４８時間ごとに１回、少なくとも７日間、８日間、９日間、又は１０日間以上対象に投与することができる。場合によっては、組成物は腸への送達のために製剤化される。場合によっては、細菌メンバーを凍結乾燥させることができる。場合によっては、組成物は、懸濁剤形で提供することができる。

【0164】

場合によっては、組成物は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６２、ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６０、ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６５、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６１、ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３６６、アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）株ＬＭＧ Ｐ－２９３５９、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）株ＬＭＧ１７７６７、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）株ＤＳＭ ２００７、及びブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）株ＤＳＭ ２５２３８を含む。組成物は、１０^５～１０^１１の細菌のコロニー形成単位を含み得る。

【0165】

一般情報
別段の記載がない限り、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、本発明が属する当業者によって慣習的に及び通常理解される意味、及び本開示を考慮して解釈される意味と同じ意味を有する。

【0166】

配列同一性
本開示の文脈において、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子をコードする核酸分子などの核酸分子は、１６ｓ ｒＲＮＡをコードする核酸又はヌクレオチド配列によって表される。

【0167】

所与の配列識別番号（配列番号）によって本明細書で同定される各核酸分子又はタンパク質断片又はポリペプチド又はペプチド又は誘導ペプチド又は構築物は、開示されるこの特定の配列に限定されないことを理解されたい。本明細書で同定される各コード配列は、所与のタンパク質断片若しくはポリペプチド若しくはペプチド若しくは誘導ペプチド若しくは構築物をコードするか、又はそれ自体がタンパク質断片若しくはポリペプチド若しくは構築物若しくはペプチド若しくは誘導ペプチドである。

【0168】

本出願全体を通して、所与のタンパク質断片又はポリペプチド又はペプチド又は誘導ペプチド又はｒＲＮＡをコードする特定のヌクレオチド配列の配列番号（例として、配列番号Ｘを取る）に言及するたびに、これを以下によって置換することができる：
ｉ．配列番号Ｘの少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、若しくは９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列；
ｉｉ．その配列が遺伝子コードの縮重により、（ｉ）の核酸分子の配列とは配列が異なるヌクレオチド配列；又は
ｉｉｉ．配列番号Ｘのヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、若しくは９９％のアミノ酸同一性又は類似性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列。

【0169】

配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは７０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは８０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９５％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９９％である。

【0170】

１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の文脈において、その保存性が高いため、好ましい配列同一性のレベルは一般的に高い。したがって、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列同一性の好ましいレベルは、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、又は９９．５％である。

【0171】

本出願全体を通して、特定のアミノ酸配列の配列番号（例として、配列番号Ｙを取る）に言及するたびに、これを以下によって置換することができる：アミノ酸配列の配列番号Ｙと少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、若しくは９９％の配列同一性又は類似性を有する配列を含むアミノ酸配列によって表されるポリペプチド。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは７０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは８０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９０％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９５％である。配列同一性又は類似性の別の好ましいレベルは９９％である。

【0172】

所与のヌクレオチド配列又はアミノ酸配列それぞれとの同一性又は類似度パーセンテージによって本明細書に記載される各ヌクレオチド配列又はアミノ酸配列は、さらに好ましい実施形態では、所与のヌクレオチド配列又はアミノ酸配列それぞれと少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の同一性又は類似性を有する。

【0173】

各非コードヌクレオチド配列（則ち、プロモーター又は別の調節領域の配列）は、特定の核酸配列の配列番号（例として、配列番号Ａを取る）と少なくとも６０％の配列同一性又は類似性を有するヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列によって置き換えることができる。好ましいヌクレオチド配列は、配列番号Ａと少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の同一性を有する。好ましい実施形態では、プロモーターなどのこのような非コードヌクレオチド配列は、当業者に公知であるプロモーターの活性などの、このような非コードヌクレオチド配列の活性を少なくとも示す、又は発揮する。

【0174】

「相同性」及び「配列同一性」などの用語は、本明細書では互換的に使用される。配列同一性は、配列を比較することによって決定される、２つ以上のアミノ酸（ポリペプチド又はタンパク質）配列間又は２つ以上の核酸（ポリヌクレオチド）配列間の関係として本明細書に記載される。好ましい実施形態では、配列同一性は、２つの所与の配列番号の配列の全長又はその一部に基づいて計算される。その一部は、好ましくは、両方の配列番号の配列の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％を意味する。当該技術分野において、「同一性」はまた、場合によっては、アミノ酸配列又は核酸配列の文字列間の一致によって決定される、アミノ酸配列間又は核酸配列間の配列関連性の程度を指す。２つのアミノ酸配列間の「類似性」は、１つのポリペプチドのアミノ酸配列及びその保存されたアミノ酸置換物を第２のポリペプチドの配列と比較することによって決定される。「同一性」及び「類似性」は、限定されるものではないが、それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ：Ｍｏｄｅｒｎ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｉｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ａｎｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃｓ，Ｘｉａ Ｘ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２０１８；ａｎｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｍｏｕｎｔ Ｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２００４に記載される方法を含む公知の方法によって容易に計算することができる。

【0175】

「配列同一性」及び「配列類似性」は、２つの配列の長さに応じて、グローバル又はローカルアライメントアルゴリズムを用いて、２つのペプチド配列又は２つのヌクレオチド配列のアライメントによって決定することができる。類似した長さの配列は、全長にわたって配列を最適にアライメントするグローバルアライメントアルゴリズム（例えば、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈ）を用いてアライメントすることが好ましく、一方、実質的に異なる長さの配列は、局所的アライメントアルゴリズム（例えば、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎ）を用いてアライメントすることが好ましい。次いで、配列は、それらが（例えば、デフォルトパラメーターを使用するプログラムＥＭＢＯＳＳ ｎｅｅｄｌｅ又はＥＭＢＯＳＳ ｗａｔｅｒによって最適にアライメントされる場合）少なくとも特定の最小パーセンテージの配列同一性（以下で説明する）を共有する場合、「実質的に同一」又は「本質的に類似」と呼ぶことができる。

【0176】

グローバルアライメントは、２つの配列が同様の長さを有する場合に配列同一性を決定するために適切に使用される。配列が実質的に異なる全長を有する場合、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用するアライメントなどのローカルアライメントが好ましい。ＥＭＢＯＳＳ ｎｅｅｄｌｅは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈグローバルアライメントアルゴリズムを使用して、２つの配列を全長（完全長）にわたって整列させ、一致数を最大化し、ギャップの数を最小化する。ＥＭＢＯＳＳ ｗａｔｅｒは、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎローカルアライメントアルゴリズムを使用する。一般に、デフォルトパラメーターがギャップオープンペナルティー＝１０（ヌクレオチド配列）／１０（タンパク質）及びギャップ伸長ペナルティー＝０．５（ヌクレオチド配列）／０．５（タンパク質）のＥＭＢＯＳＳ ｎｅｅｄｌｅ及びＥＭＢＯＳＳ ｗａｔｅｒが使用される。ヌクレオチド配列の場合、使用されるデフォルトのスコアリングマトリックスはＤＮＡｆｕｌｌであり、タンパク質の場合、デフォルトのスコアリングマトリックスはＢｌｏｓｕｍ６２である（参照により本明細書に組み込まれるＨｅｎｉｋｏｆｆ ＆ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，１９９２，ＰＮＡＳ ８９，９１５－９１９）。

【0177】

或いは、類似性又は同一性パーセンテージは、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴなどのアルゴリズムを使用して、公開データベースを検索することによって決定することもできる。したがって、本開示のいくつかの実施形態の核酸配列及びタンパク質配列は、例えば、他のファミリーメンバー又は関連する配列を同定するために、公開データベースの検索を実行するために「クエリ配列」としてさらに使用することができる。このような検索は、参照により本明細書に組み込まれるＡｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＢＬＡＳＴｎ及びＢＬＡＳＴｘプログラム（バージョン２．０）を用いて行うことができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、ＮＢＬＡＳＴプログラムを、スコア＝１００、ワード長＝１２で実行して、本開示の酸化還元酵素核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、スコア＝５０、ワード長＝３を使用するＢＬＡＳＴｘプログラムを用いて行って、本開示のタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的でギャップのあるアライメントを得るために、参照により本明細書に組み込まれるＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されているようにギャップ付きＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴ及びギャップ付きＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴｘ及びＢＬＡＳＴｎ）のデフォルトパラメーターを使用することができる。ワールドワイドウェブｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／でアクセス可能なアメリカ国立生物工学情報センターのホームページを参照されたい。

【0178】

任意選択により、アミノ酸類似性の程度を決定する際に、当業者は、いわゆる保存的アミノ酸置換も考慮に入れることができる。本明細書で使用される場合、「保存的」アミノ酸置換は、類似の側鎖を有する残基の互換性を指す。保存的置換のためのアミノ酸残基のクラスの例は、以下の表に示される。

【0179】

【表2】

【0180】

【表3】

【0181】

【表4】

【0182】

例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸のグループは、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンであり；脂肪族－ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸のグループは、セリン及びスレオニンであり；アミド含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、アスパラギン及びグルタミンであり；芳香族側鎖を有するアミノ酸のグループは、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンであり；塩基性側鎖を有するアミノ酸のグループは、リジン、アルギニン、及びヒスチジンであり；且つ硫黄含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、システイン及びメチオニンである。好ましい保存的アミノ酸置換基は：バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、及びアスパラギン－グルタミンである。本明細書に開示されるアミノ酸配列の置換変異体は、開示される配列中の少なくとも１つの残基が除去され、その場所に異なる残基が挿入された変異体である。好ましくは、アミノ酸変化は保存的である。天然に存在するアミノ酸のそれぞれに対する好ましい保存的置換は、以下の通りである：ＡｌａとＳｅｒ；ＡｒｇとＬｙｓ；ＡｓｎとＧｌｎ又はＨｉｓ；ＡｓｐとＧｌｕ；ＣｙｓとＳｅｒ又はＡｌａ；ＧｌｎとＡｓｎ；ＧｌｕとＡｓｐ；ＧｌｙとＰｒｏ；ＨｉｓとＡｓｎ又はＧｌｎ；ＩｌｅとＬｅｕ又はＶａｌ；ＬｅｕとＩｌｅ又はＶａｌ；ＬｙｓとＡｒｇ；ＧｌｎとＧｌｕ；ＭｅｔとＬｅｕ又はＩｌｅ；ＰｈｅとＭｅｔ、Ｌｅｕ、又はＴｙｒ；ＳｅｒとＴｈｒ；ＴｈｒとＳｅｒ；ＴｒｐとＴｙｒ；ＴｙｒとＴｒｐ又はＰｈｅ；及びＶａｌとＩｌｅ又はＬｅｕ。

【0183】

遺伝子又はコード配列
「遺伝子」という用語は、細胞内でＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）に転写され、適切な調節領域（例えばプロモーター）に機能的に連結された領域（転写領域）を含むＤＮＡ断片を意味する。遺伝子は通常、例えば、ポリアデニル化及び／又は転写終結部位を含む、プロモーター、５’リーダー配列、コード領域、及び３’－非翻訳配列（３’末端）などの機能的に連結されたいくつかの断片を含む。キメラ遺伝子又は組換え遺伝子は、例えばプロモーターが転写されたＤＮＡ領域の一部又はすべてと本質的に関連していない遺伝子などの自然界には通常見られない遺伝子である。「遺伝子の発現」は、適切な調節領域、特にプロモーターに機能的に連結されたＤＮＡ領域が、生物学的に活性である、則ち生物学的に活性なタンパク質又はペプチドに翻訳され得るＲＮＡに転写されるプロセスを指す。

【0184】

タンパク質及びアミノ酸
「タンパク質」又は「ポリペプチド」又は「アミノ酸配列」という用語は、互換的に使用され、特定の作用機序、サイズ、３次元構造、又は起源を考慮せずに、アミノ酸の鎖からなる分子を指す。本明細書に記載されるアミノ酸配列において、アミノ酸又は「残基」は、３文字の記号で表記される。これらの３文字記号及び対応する１文字記号は、当業者に周知であり、以下の意味を有する：Ａ（Ａｌａ）はアラニンであり、Ｃ（Ｃｙｓ）はシステインであり、Ｄ（Ａｓｐ）はアスパラギン酸であり、Ｅ（Ｇｌｕ）はグルタミン酸であり、Ｆ（Ｐｈｅ）はフェニルアラニンであり、Ｇ（Ｇｌｙ）はグリシンであり、Ｈ（Ｈｉｓ）はヒスチジンであり、Ｉ（Ｉｌｅ）はイソロイシンであり、Ｋ（Ｌｙｓ）はリジンであり、Ｌ（Ｌｅｕ）はロイシンであり、Ｍ（Ｍｅｔ）はメチオニンであり、Ｎ（Ａｓｎ）はアスパラギンであり、Ｐ（Ｐｒｏ）はプロリンであり、Ｑ（Ｇｌｎ）はグルタミンであり、Ｒ（Ａｒｇ）はアルギニンであり、Ｓ（Ｓｅｒ）はセリンであり、Ｔ（Ｔｈｒ）はスレオニンであり、Ｖ（Ｖａｌ）はバリンであり、Ｗ（Ｔｒｐ）はトリプトファンであり、Ｙ（Ｔｙｒ）はチロシンである。残基は、任意のタンパク質を構成するアミノ酸であり得、翻訳後修飾によって形成されるＤ－アミノ酸及び修飾アミノ酸などの任意のタンパク質を構成しないアミノ酸、及び任意の非天然アミノ酸でもあり得る。

【0185】

本明細書及びその特許請求の範囲において、「～を含む」という動詞及びその活用形は、その語に続く項目が含まれ、具体的に述べられない項目が除外されないことを意味するようにその非限定的な意味で用いられる。加えて、「～からなる」という動詞は、「～から本質的になる」に置き換えることができ、本明細書に記載される組成物が、具体的に明らかにされた成分とは別の成分を含み得ることを意味し、前記追加の成分は、本開示の固有の特性を変化させない。加えて、「～からなる」という動詞は、「～から本質的になる」に置き換えることができ、本明細書に記載される方法が、具体的に明らかにされたステップとは別のステップを含み得ることを意味し、前記追加のステップは、本開示の固有の特性を変化させない。

【0186】

不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」による要素への言及は、文脈上明らかに要素が１つのみである必要がない限り、２つ以上の要素が存在する可能性を排除するものではない。したがって、不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」は通常「少なくとも１つ」を意味する。

【0187】

本明細書で使用される場合、「少なくとも」特定の値は、特定の値以上を意味する。例えば、「少なくとも２つ」は、「２つ以上」、則ち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、．．．、などと同じであると理解される。

【0188】

さらに、本明細書及び特許請求の範囲において、第１、第２、及び第３などの用語は、類似の要素を区別するために使用され、必ずしも順序又は時系列を説明するために用いられるものではない。このように使用される用語は、適切な状況下で互換可能であり、本明細書に記載される実施形態は、本明細書に記載又は例示される以外の順序で動作できることを理解されたい。

【0189】

「約」又は「およそ」という語は、数値（例えば、約１０）と関連して使用される場合、好ましくは、その値は、プラスマイナス１％の（１０の）所与の値であり得ることを意味する。

【0190】

本明細書で使用される場合、「及び／又は」という用語は、１つ又は複数の記載された事例が、単独で、又は記載された事例の少なくとも１つ、最大で記載された事例のすべてと組み合わせて生じ得ることを示す。

【0191】

様々な実施形態が本明細書に記載されている。本明細書で明らかにされる各実施形態は、特段の記載がない限り、一緒に組み合わせることができる。タイトル、サブタイトル、及び見出しなどは、読みやすくするためだけに使用されており、開示を一切限定又は制限することを意図するものではない。

【0192】

本明細書に引用されるすべての特許出願、特許、及び刊行物は、すべての定義、主題の否定又は否認を除き、また、組み込まれた資料が本明細書の明示的な開示と矛盾する（この場合、本開示の文言が優先される）範囲を除き、参照により全体が本明細書に組み込まれる。

【0193】

当業者は、本発明の実施に使用できる、本明細書に記載のものと類似又は同等の多くの方法及び材料を認識するであろう。実際、本発明は、記載の方法及び材料に何ら限定されるものではない。また、本開示は、先行する開示に対する以下の実施例の態様の一般化を包含することも理解されたい。

【0194】

本発明は、その範囲を限定するものと解釈されるべきではない以下の実施例によってさらに説明される。

【図面の簡単な説明】

【0195】

【図1】実験デザイン。ＨＦＧＦＤ－Ｖ：偽強制経口投与（ビヒクル）を受けたラット群；ＨＦＧＦＤ－Ｃ：細菌集団を毎日投与されたラット群；ＨＦＧＦＤ－Ｔｒ：痩せた対照ラットから採取した腸内細菌叢（ＩＭ）を投与されたラット群（１回の移植とそれに続く偽強制経口投与）。略語：ＨＦＧＦＤ、高脂肪高グルコース／フルクトース食。

【図2】体重増加及びインスリン抵抗性の評価。（Ａ）介入の２週間後の体重増加。（Ｂ）介入の２週間後に測定された空腹時血中インスリンレベル。（Ｃ）インスリン抵抗性指数のホメオスタシスモデル評価の計算。略語：ＨＦＧＦＤ、高脂肪高グルコース／フルクトース食。

【図3】ｌｏｇ２比で表される、定量的ＲＴ－ＰＣＲによる（Ａ）α－ＳＭＡ及び（Ｂ）ＣＯＬ１Ａ１の相対的ｍＲＮＡ発現。β－アクチンを内在性対照として使用し、結果をＨＦＧＦＤ－Ｖ群に対して正規化した。略語：α－ＳＭＡ、α－平滑筋アクチン；ＣＯＬ１Ａ１、コラーゲンＩ型α１鎖；ＨＦＧＦＤ、高脂肪高グルコース／フルクトース食。

【図4-1】内皮機能障害の肝臓血行動態パラメーター及び肝内マーカー。（Ａ）門脈圧（ＰＰ）。（Ｂ）肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）。（Ｃ～Ｅ）内皮機能障害の肝内マーカーのウェスタンブロット分析。棒グラフは、グリセルアルデヒド３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）をローディング対照として使用し、ＨＦＧＦＤ－Ｖ群に対して正規化したリン酸化（Ｐ）－Ａｋｔ、Ｐ－ｅＮＯＳ、及びＫＬＦ２の定量を示している。略語：Ａｋｔ、プロテインキナーゼＢ；ｅＮＯＳ、内皮一酸化窒素合成酵素；ＨＦＧＦＤ、高脂肪高グルコース／フルクトース食；ＫＬＦ２、クルッペル様因子２。

【図4-2】内皮機能障害の肝臓血行動態パラメーター及び肝内マーカー。（Ａ）門脈圧（ＰＰ）。（Ｂ）肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）。（Ｃ～Ｅ）内皮機能障害の肝内マーカーのウェスタンブロット分析。棒グラフは、グリセルアルデヒド３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）をローディング対照として使用し、ＨＦＧＦＤ－Ｖ群に対して正規化したリン酸化（Ｐ）－Ａｋｔ、Ｐ－ｅＮＯＳ、及びＫＬＦ２の定量を示している。略語：Ａｋｔ、プロテインキナーゼＢ；ｅＮＯＳ、内皮一酸化窒素合成酵素；ＨＦＧＦＤ、高脂肪高グルコース／フルクトース食；ＫＬＦ２、クルッペル様因子２。

【図5】逆シンプソン多様性指数（Ｉｎｖｅｒｓｅ Ｓｉｍｐｓｏｎ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎｄｅｘ）。数値は、外れ値Ｒ７２を含めずに計算したｔ検定のｐ値を示す。

【図6】多次元尺度構成法（ＭＤＳ）。ＭＤＳは、Ｂｒａｙ－Ｃｕｒｔｉｓ距離に基づいている。

【図7】ｓＰＬＳ－ＤＡ分類。（Ａ）コントラスト（ｃｏｎｔｒａｓｔ）に対するＢＥＲ。（Ｂ）上位１０の識別分類群。（Ｃ）コントラスト特異的な分類群のオイラー図。判別分類群（ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ｔａｘａ）：菌株識別子は、ＣｏｓｍｏｓＩＤによって行われるＷＭＳ分類学的組成分析（ＷＭＳ ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ）によって確認されたヒットに対応し、分析に使用されたデータベースの構成を反映する。これらは、各治療群に実際に存在する菌株のプロキシと見なされるべきである。オイラー図－数値は、次のように解釈されるべきである：ＨＦＧＦＤ－Ｃの場合、４７の誘導分類群は、ＨＦＧＦＤ－Ｖ若しくはＨＦＧＦＤ－Ｔｒ、又はその両方と区別するための判別子であった。１３の誘導分類群は、Ｖ－ＴｒとＶ－Ｃのコントラストの両方でＨＦＧＦＤ－Ｖに対して判別子であった。１２のＨＦＧＦＤ－Ｖ及びＨＦＧＦＤ－Ｔｒ関連分類群は、ＨＦＧＦＤ－Ｃによって抑制された。９１のＨＦＧＦＤ－Ｖ関連分類群は、ＨＦＧＦＤ－Ｃ若しくはＨＦＧＦＤ－Ｔｒ、又はその両方によって抑制された。

【図8】（Ａ）空腹時血中インスリンレベル、（Ｂ）ＨＯＭＡ－ＩＲ指数、及び（Ｃ～Ｄ）肝臓血行動態に対する６株及び９株集団の効果。ＨＦＧＦＤ－Ｖ：偽強制経口投与（ビヒクル）を受けたラット群；ＨＦＧＦＤ－Ｃ１：６株集団を毎日投与されたラット群。ＨＦＧＦＤ－Ｃ２：９株集団を毎日投与されたラット群；ＨＦＧＦＤ－Ｔｒ：対照ラットから採取した腸内細菌叢（ＩＭ）を投与されたラット群（１回の移植とそれに続く偽強制経口投与）。

【図9】内皮機能障害マーカーに対する６株及び９株集団の効果。（Ａ）肝臓ＡＫＴリン酸化、（Ｂ）ｅＮＯＳリン酸化、及び（Ｃ）ＫＬＦ２。ＨＦＧＦＤ－Ｖ：偽強制経口投与（ビヒクル）を受けたラット群；ＨＦＧＦＤ－Ｃ１：６株集団を毎日投与されたラット群。ＨＦＧＦＤ－Ｃ２：９株集団を毎日投与されたラット群。ＨＦＧＦＤ－Ｔｒ：対照ラットから採取した腸内細菌叢（ＩＭ）を投与されたラット群（１回の移植とそれに続く偽強制経口投与）。凡例：ＡＫＴ、ＡＫＴセリン／スレオニンキナーゼ；ｅＮＯＳ、内皮一酸化窒素合成酵素；ＫＬＦ２、クルッペル様因子２。

【図10】ＳＴＡＭ（商標）研究デザイン。Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ雄マウスに、生後２日目に２００μｇのβ細胞毒素であるＳＴＺを皮下注射した。４週齢の動物に高脂肪食（ＨＦＤ）又は通常の対照食（ＣＤ）を与えた。５週齢で治療を開始し、対照食の動物とＳＴＡＭマウスに偽強制経口投与（それぞれＣＤ＋ＶＥＨ及びＳＴＡＭ＋ＶＥＨ）を合計４週間行った。２つの試験群において、ＳＴＡＭ動物に、９株集団（１０^９ＣＦＵ／日）（ＳＴＡＭ＋ＣＯＮ）又はテルミサルタン（１０ｍｇ／ｋｇ／日）（ＳＴＡＭ＋ＴＬＭ）のいずれかも合計４週間投与した。９週齢で動物を屠殺した（安楽死１）。ビークル対照群又は集団群に属するＳＴＡＭ動物の２つの群を、１２週齢で屠殺するまでさらに３週間追跡した（安楽死２）。

【図11】９株集団は、ＳＴＡＭ（商標）マウスの疾患後期段階での体重増加を改善する。体重増加は、９株集団とテルミサルタン（ＴＬＭ）の治療を開始したときに（則ち、ＨＦＤ開始から１週間後）、５週齢で記録された体重と比較して示している。動物をいくつかの群に分け、異なる時点で屠殺した（則ち、脂肪症／脂肪性肝炎、早期線維症、及び後期線維症それぞれを標的とするために、７週齢、９週齢、及び１２週齢）。ＴＬＭ又は９株集団による治療は、５週齢で開始し、２週間（安楽死１まで）又は４週間（安楽死２まで）行った。９株集団及びビヒクルで処置された群のいくつかの動物は、１２週齢まで追跡した（安楽死３）。凡例：ＣＤ、対照食群；Ｅｕｔｈ、安楽死；ＴＬＭ、テルミサルタン；ＶＥＨ、ビヒクル；ＣＯＮ、９株集団。

【図12】９株集団は、全血ＨｂＡ１ｃを改善する。全血ＨｂＡ１ｃ（％）をＳＴＡＭ（商標）研究で測定した。全血を、ヘパリン化チューブで９週齢及び１２週齢（それぞれ安楽死１及び２）で採取し、血流中の過剰なグルコースの存在を示すマーカーである糖化ヘモグロビンの分析に使用した。凡例：ＣＤ、対照食群；ＴＬＭ、テルミサルタン；ＶＥＨ、ビヒクル；ＣＯＮ、９株集団。

【図13-1】ＳＴＡＭ（商標）研究で採取されたＨ＆Ｅ染色肝臓切片の代表的な画像。肝臓切片は、９週齢及び１２週齢の両方で採取した（それぞれ安楽死１及び２）。

【図13-2】ＳＴＡＭ（商標）研究で採取されたＨ＆Ｅ染色肝臓切片の代表的な画像。肝臓切片は、９週齢及び１２週齢の両方で採取した（それぞれ安楽死１及び２）。

【図14】ＳＴＡＭ（商標）研究におけるＮＡＦＬＤ活動性スコア（ＮＡＳ）。Ｈ＆Ｅ染色肝臓切片で病理組織を評価し、ＮＡＳスコアをＫｌｅｉｎｅｒの基準に従って計算した。（２２）構成要素（Ａ）炎症、（Ｂ）脂肪症、（Ｃ）風船様肥大、及び（Ｄ）複合スコアを９週齢及び１２週齢の両方で評価した（それぞれ安楽死１及び２）。ＮＤ：１２週齢でのＣＤ＋ＶＥＨ及びＳＴＡＭ＋ＴＬＭ群では未定。

【図15-1】ＳＴＡＭ（商標）試験で採取した（Ａ）ピクロ－シリウスレッド染色及び（Ｂ）Ｆ４／８０免疫染色肝臓切片の代表画像。肝臓切片は、９週齢及び１２週齢の両方で採取した（それぞれ安楽死１及び２）。

【図15-2】ＳＴＡＭ（商標）試験で採取した（Ａ）ピクロ－シリウスレッド染色及び（Ｂ）Ｆ４／８０免疫染色肝臓切片の代表画像。肝臓切片は、９週齢及び１２週齢の両方で採取した（それぞれ安楽死１及び２）。

【図16】ＳＴＡＭ（商標）研究における肝線維症領域、Ｆ４／８０陽性領域、及び血清ＣＫ－１８レベル。（Ａ）シリウスレッド染色肝臓切片で評価した線維症。（Ｂ）Ｆ４／８０免疫染色切片で評価したマクロファージの免疫組織化学。（Ｃ）アポトーシス肝細胞のマーカーであるＣＫ－１８の血清レベル。すべてのマーカーは、９週齢及び１２週齢の両方で評価した（それぞれ安楽死１及び２）。ＮＤ：１２週齢でのＣＤ＋ＶＥＨ及びＳＴＡＭ＋ＴＬＭ群では未定。

【図17-1】ＨＶ５培地中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）プロファイル。（Ａ）ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）株及びベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）株。（Ｂ）フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）株。（Ｃ）ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）株、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）株、及びブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）株。

【図17-2】ＨＶ５培地中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）プロファイル。（Ａ）ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）株及びベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）株。（Ｂ）フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）株。（Ｃ）ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）株、ブラウティア・ウェクスレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）株、及びブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ ｌｕｔｉ）株。

【発明を実施するための形態】

【0196】

実施例
実施例１では、９つのヒト腸内共生系統からなる細菌集団の有効性を、関連するインビボ動物疾患モデル、則ち、門脈圧亢進症（ＰＨＴ）のラットＮＡＳＨモデルで試験した。結果を、痩せたラットから１回の糞便移植を受けた動物と比較した。細菌集団は、体重増加及び門脈圧亢進症を改善することが示され、さらに、インスリン感受性の回復により、内皮機能障害マーカーも改善した。加えて、肝臓トランスクリプトミクスは、良好に調節されている多数の線維形成促進経路を同定した。

【0197】

実施例２では、実施例１の９株集団を、ラットＮＡＳＨモデルでの６株集団と比較した。９株集団には、６株集団の６株に加えて、プロピオン酸塩生産を増加させるために含められた３つの追加の種が含まれる。どちらの集団も効果的であった：９株集団は、複数のエンドポイントにわたって一貫した結果を示し、６株集団は、空腹時インスリンレベル、ＨＯＭＡ－ＩＲ指数、及び肝臓血行動態（ＰＰ、ＩＨＶＲ）を含むいくつかのエンドポイントに保護効果を誘発した。

【0198】

実施例３では、９株集団の有効性を、別の関連するインビボ動物疾患モデル、即ち、ＮＡＳＨのＳＴＡＭ（商標）マウスモデルでさらに試験した。９株集団の投与により、１２週齢まで抗線維化効果が確認された。加えて、Ｆ４／８０免疫組織化学は、肝炎症の軽減を伴い、疾患の重症度と相関するアポトーシス性肝細胞の血液マーカーであるサイトケラチン－１８（ＣＫ－１８）の血清レベルは、処置の５週間後に有意に低下した。

【0199】

要するに、これらの結果は、微生物ベースのアプローチをＮＡＦＬＤなどの肝臓の状態の管理に使用できること、及び腸内共生の集団が疾患の進行を遅らせるための安全で便利で長期的な解決策を患者に提供することを示している。

【0200】

試験した６株集団は、以下の細菌種を含む：
・フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６２株）
・ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６０株）
・ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６５株）
・アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６１株）
・ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６６株）
・アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３５９株）。

【0201】

試験した９株集団は、以下の細菌種を含む：
・フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６２株）
・ブチリシコッカス・ピュリカエコーラム（Ｂｕｔｙｒｉｃｏｃｏｃｃｕｓ ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６０株）
・ローズブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６５株）
・アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６１株）
・ラクチプランチバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｉｐｌａｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３６６株）
・アナエロスティペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）（ＬＭＧ Ｐ－２９３５９株）
・フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）（ＬＭＧ１７７６７株）
・ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）（ＤＳＭ ２００７株）
・ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）（ＤＳＭ ２５２３８株）。

【0202】

６株集団は、国際公開第２０１７／１３４２４０号パンフレットにも記載されている。国際公開第２０１７／１３４／２４０号パンフレットでは、集団はロバストであり、各種に含まれる正確な株とは無関係であることが示された。したがって、当業者は、本明細書に提示された結果を例示された菌株以外を使用して得ることができることを理解する。

【0203】

実施例１：門脈圧亢進症（ＰＨＴ）のラットＮＡＳＨモデルでの６株集団の評価

1.1. 材料及び方法
1.1.1. 実験デザイン
1.1.2. モデル開発のために、Ｓｐｒａｇｕｅ－ＤａｗｌｅｙラットにＨＦＧＦＤ（高脂肪食と高グルコース／フルクトースシロップ）を８週間与えた（図１）。その後、ラットを３つの群に無作為に割り付けた：ＨＦＧＦＤ－ビヒクル（ＨＦＧＦＤ－Ｖ、ｎ＝１３）、９つのヒト共生細菌株のＨＦＧＦＤ集団（ＨＦＧＦＤ－Ｃ、ｎ＝１１）、及び痩せたラットの糞便物質を移植したＨＦＧＦＤ（ＨＦＧＦＤ－Ｔｒ、ｎ＝１１）。ＨＦＧＦＤ－Ｖ個体は、経口プロービングビヒクル（無菌ＰＢＳ）を投与されたが、ＨＦＧＦＤ－Ｃ群及びＨＦＧＦＤ－Ｔｒ群の個体は、それぞれ細菌共生の経口投与と腸内細菌叢（ＩＭ）移植からなる異なる微生物叢ベースの処置を受けた。各処置については、以下のセクションで詳しく説明する。処置期間は２週間続き、その間、動物は元の飼料で維持した（図１）。１０週目に、肝臓血行動態及び血液生化学を行って、肝臓組織試料を、組織学的及び分子学的分析のために採取した。加えて、盲腸内容物を、腸内微生物のショットガン配列決定のために採取した。

【0204】

動物モデル及び食餌
実験開始時に体重が２００～２２０ｇの雄Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙ ＯＦＡラット（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｌ’Ａｒｂｒｅｓｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）を、（９）で既に前述したように、食餌誘発性ＮＡＳＨモデルに使用した。ラットは、一定の温度（２４±１℃）及び相対湿度（５５±１０％）で１２時間の明暗サイクルの下で飼育した。動物は、コレステロール（１ｇ／ｋｇ）が添加された、主に飽和脂肪酸（５．７３ｋｃａｌ／ｇ；Ｓｓｎｉｆｆ Ｓｐｅｚｉａｌｄｉａｅｔｅｎ ＧｍｂＨ，Ｓｏｅｓｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を含む脂肪分３０％（バター、ココナッツオイル、パーム油、牛脂）からなる高脂肪高グルコース／フルクトース食（ＨＦＧＦＤ）及び１５７．７ｋｃａｌ／Ｌを提供する高グルコース／フルクトース（４２ｇ／Ｌ、４５％グルコース、及び５５％フルクトース）含有量を含む飲料を不断給餌した。体重と食餌及び飲料の摂取量を週に１回モニタリングした。

【0205】

すべての手順は、ヴァル・デブロン・リサーチ研究所（Ｖａｌｌ ｄ’Ｈｅｂｒｏｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ｄｅ Ｒｅｃｅｒｃａ）（Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，Ｓｐａｉｎ）の動物管理委員会（Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）によって承認された、実験動物の倫理的管理に関する欧州連合ガイドライン（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｕｎｉｏｎ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ Ｅｔｈｉｃａｌ Ｃａｒｅ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ａｎｉｍａｌｓ）（動物実験に関するＥＣ Ｄｉｒｅｃｔｉｖｅ ８６／６０９／ＥＥＣ）に従って、ヴァル・デブロン・リサーチ研究所の動物施設で行った。

【0206】

細菌集団処置
この集団処置は、８週間の食餌介入後に開始した。９つの細菌株を含む凍結乾燥バイアルを嫌気性条件（Ｎ_２：ＣＯ_２：Ｈ_２：８０：１０：１０）下で再懸濁した。嫌気性チャンバーとバイアルの蓋を除染した後、濃縮されて得られた菌株を、以前にろ過した２０ｍｌの嫌気性ＤＰＢＳ（塩化カルシウムと塩化マグネシウムを含まないダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）に穏やかに再懸濁した。バイアルの内容物を滅菌５０ｍｌファルコンチューブに注いで分割し、嫌気性チャンバーから取り出した。５０ｍｌファルコンを、１０分間室温で、５，３４０ｇで遠心分離した。ファルコンを嫌気性チャンバーに戻し、次いで、上清を流して廃棄した。各ペレットを３ｍｌの嫌気性ＤＰＢＳに再懸濁し、次いで、３．５ｍｌのＤＰＢＳを各チューブに添加して、バイアル当たり６．５ｍｌの最終容量を得た。すべての試料を、最終的に嫌気性雰囲気のガラス製密閉滅菌バイアルに移した。集団が再構成されたら、使い捨て経口プローブ（Ｂｉｏｃｈｒｏｍ Ｌｔｄ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）を使用して、１個体あたり１ｍｌの懸濁液（２×１０^９ＣＦＵの１日量に相当）を直ちに投与し、２４時間ごとに１０日間連続して手順を繰り返した。ビヒクル群に属する個体についても、同じ手順に従ったが、代わりに滅菌ＤＰＢＳを投与した。細菌集団を投与されたラットは、二次汚染を避けるために、処置期間中、個別に飼育した。

【0207】

腸内細菌叢（ＩＭ）移植
ＩＭ移植を、８週間の食餌介入後に行った。移植手順でより高い均質性を達成するために、３匹の対照（痩せた）ラットドナーの糞便をプールしてＩＭ移植に使用した。胃の酸性度を下げて微生物の生存率を高めることを目的として、オメプラゾールを、腸の除染前の３日間に５０ｋｇ／日の用量で経口投与した。腸を空にすることを進めるために、ラットを高速グリルに引き続き隔離し、移植前に１ｍｌ及び２ｍｌのＣｉｔｒａＦｌｅｅｔ（ピコ硫酸ナトリウム０．１６ｍｇ／ｍｌ及び酸化マグネシウム５１．２ｍｇ／ｍｌ）の２つの経口量をそれぞれ、２４時間及び１２時間投与した。これらの投与には、それぞれ２ｍｌの水を用いた。再コロニー形成を、１００ｍｇの糞便プールを２ｍｌの滅菌ＤＰＢＳに溶解して、単一の強制経口投与によって行った。

【0208】

血液生化学
血液試料を、屠殺時に大静脈から採取した。グルコース、ビリルビン、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、コレステロール、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、トリグリセリド、及びアルブミンを標準的な方法で測定した（Ｇａｒｃｉａ－Ｌｅｚａｎａ，Ｔ ｅｔ ａｌ．Ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａ Ｈｅａｌｔｈｙ Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｓ Ｐｏｒｔａｌ Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ ｉｎ ａ Ｒａｔ Ｍｏｄｅｌ ｏｆ Ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ Ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ． ＨＥＰＡＴＯＬＯＧＹ ２０１８；６７（４）を参照）。製造元の指示に従ってＥＬＩＳＡキットを使用してインスリンを測定した（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ）。インスリン抵抗性は、インスリン抵抗性指数（ＨＯＭＡ－ＩＲ）：（空腹時インスリン（ｎｇ／ｍＬ）×空腹時グルコース（ｍｇ／ｄＬ））／４０５の恒常性モデルを適用して推定した。

【0209】

組織学的分析
組織学的分析のために、肝臓試料を抽出し、４％ホルマリンに固定し、６５℃で流動パラフィンに包埋し、厚さ４μｍのスライドで切片にした。次いで、試料をヘマトキシリンとエオシン（Ｈ＆Ｅ）で染色して肝実質を評価し、シリウスレッドで染色してコラーゲン繊維を検出した。染色されたすべての肝臓試料は、動物に対して行われた介入を知らされていない専門の肝臓病理学者によって検査された。

【0210】

ＮＡＳＨの診断は、脂肪症、小葉性炎症、肝細胞風船様肥大の共存を含む、この疾患の３つの特徴的なパターンすべての存在に基づいて確定された。ＮＡＳＨ－ＣＲＮ活動性スコア（ＮＡＳ）を使用して、ＮＡＳＨ活動性を定量化した。ＮＡＳは、組織学的構成要素の重み付けされていない合計を含む：脂肪症（０～３）、小葉炎症（０～３）、及び肝細胞風船様肥大（０～２）。線維症も、ＮＡＳＨ－ＣＲＮシステムに従って、Ｆ０（線維症なし）からＦ４（肝硬変）までの５段階に分類した。

【0211】

肝臓血行動態
血行動態測定を、ケタミン（１００ｍｇ／Ｋｇ）及びミダゾラム（５ｍｇ／ｋｇ）を用いて、体温を３７℃に維持した腹腔内麻酔下で空腹時ラットで行った。平均動脈圧（ＭＡＰ）を、大腿動脈のカテーテル挿入によって測定し、門脈圧（ＰＰ）を、高感度圧力トランスデューサーを使用した回結腸静脈カテーテル法によって評価した（Ｈａｒｖａｒｄ ａｐｐａｒａｔｕｓ，Ｈｏｌｌｉｓｔｏｎ，ＭＡ，ＵＳＡ）。上腸間膜動脈（ＳＭＡ）血流（ＳＭＡＢＦ、ｍＬ／［分×１００ｇ］）及び門脈血流（ＰＢＦ、ｍＬ／［分×１００ｇ］）を血管周囲超音波通過時間流量プローブ（直径１ｍｍ、Ｔｒａｎｓｏｎｉｃ ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ，Ｉｔｈａｃａ，ＮＹ，ＵＳＡ）で測定した。ＳＭＡ抵抗（ＳＭＡＲ）及び肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ、ｍｍＨｇ／ｍＬ×分×１００ｇ）をそれぞれ、（［ＭＡＰ－ＰＰ］／ＳＭＡＢＦ）及び（ＰＰ／ＰＢＦ）として計算した。

【0212】

ウェスタンブロット
肝臓を放血のために生理食塩水で灌流させ、試料を液体窒素で直接凍結し、次の使用まで－８０℃で保存した。次いで、肝臓試料を、手作業で粉末になるまで、解凍しないように冷却粉砕した。次いで、肝臓試料を、トリトン溶解緩衝液中でホモジナイズし、超音波処理し、４℃で１０分間、１４，０００ｒｐｍで遠心分離した。上清の総タンパク質濃度を、ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）によって定量した。４０μｇのタンパク質を、１０％ドデシル硫酸ナトリウム－ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）で分析した。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって分離したタンパク質を、ポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）膜（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）に転写した。この膜をＴＴＢＳ １Ｘで数回洗浄し、ＰｈｏｓｐｈｏＢＬＯＣＫＥＲ（商標）５％（Ｃｅｌｌ ｂｉｏｌａｂｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）を用いてＲＴで１時間ブロックして、リン酸化タンパク質Ｐ－Ａｋｔ（１／５００，Ｃｅｌｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ，ＵＳＡ）及びＰ－ｅＮＯＳ（Ｓｅｒ１１７７、１／２５０）を検出するか、又はスキムミルクを用いてクルッペル様因子２（ＫＬＦ２）（１／２００，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｌｌａｓ，ＴＸ，ＵＳＡ）を検出した。ＧＡＰＤＨ抗体（１／５０００、Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）をローディング対照として使用した。膜をＥＣＬキット（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ；Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，ＵＫ）を用いて開発し、タンパク質発現を、Ｉｍａｇｅ Ｓｔｕｄｉｏ Ｌｉｔｅ（Ｌｉｎｃｏｌｎ，ＮＥ，ＵＳＡ）を使用する濃度測定分析バンドによって最終的に決定した。

【0213】

リアルタイムＰＣＲ
肝臓試料及び回腸試料を、ＲＮＡｌａｔｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中に少なくとも２４時間保持し、その後、さらなる分析まで－８０℃で保存した。ＲＮｅａｓｙミニキット（ＱＩＡＧＥＮ，Ｖｅｎｌｏ，Ｎｅｄｅｒｌａｎｄ）を使用して全ＲＮＡを抽出し、相補的ＤＮＡ（大容量ｃＤＮＡ逆転写、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）にレトロ転写した。２０ｎｇのｃＤＮＡを、ＴａｑｍａｎユニバーサルＰＣＲマスターミックスに加え、α－ＳＭＡ（α－平滑筋アクチン）及びＣＯＬ１Ａ１（コラーゲンＩ型α１鎖）用の特異的なＴａｑｍａｎプローブ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｌｔｄ，Ｒｅｎｆｒｅｗ，ＵＫ）に添加し、３８４ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）にロードした。７９００ＨＴ高速リアルタイムＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）を使用して定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を行った。相対的な遺伝子発現をβ－アクチンに対して正規化した。データを、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ｃｌｏｕｄの相対定量ｑＰＣＲ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎを使用して分析した。

【0214】

盲腸全メタゲノムショットガン
ゲノムＤＮＡを、製造元の指示に従ってＺｙｍｏｂｉｏＭｉｃｓ ＤＮＡ Ｍｉｎｉｐｒｅｐキット（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して各ラットの約０．２ｇの盲腸内容物から抽出し、Ｑｕｂｉｔ（商標）Ｆｌｅｘ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＤＥ，ＵＳＡ）を使用して定量し、これを全メタゲノムショットガン配列決定に使用した。ライブラリーの調製及び配列決定を、ＣｏｓｍｏｓＩＤ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）によって行い、２×１５０ｂｐ Ｉｌｌｕｍｉｎａリードを生成した。組み立てられていない配列決定リード（≧１２Ｍリード深度）を、分類学的及び機能的プロファイルのプロファイリングについてＣｏｓｍｏｓＩＤバイオインフォマティクスプラットフォームを使用して分析した。

【0215】

全メタゲノムショットガン（ＷＭＳ）配列決定、分類学的及び経路プロファイリングを、ＣｏｓｍｏｓＩＤ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）によって行った。２×１５０ｂｐのＩｌｌｕｍｉｎａリードを、分類学的プロファイリング（Ｔｈｏｅｎｄｅｌ Ｍ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ２０２０；５８（３）：ｅ００９８１－１９）では独自の微生物ゲノムデータベースにマッピングし、経路プロファイリング（Ｆｒａｎｚｏｓａ ＥＡ ｅｔ ａｌ．Ｓｐｅｃｉｅｓ－ｌｅｖｅｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅｓ ａｎｄ ｍｅｔａｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１８；１５（１１）：９６２－８）ではＵｎｉＲｅｆ９０及びＭｅｔａＣｙｃにマッピングした。処理誘発性微生物組成の調節を、それぞれＲパッケージｐｈｙｌｏｓｅｑ（ＭｃＭｕｒｄｉｅ ＰＪ，Ｈｏｌｍｅｓ Ｓ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ ２０１３；８（４）：ｅ６１２１７）及びｍｉｘＯｍｉｃｓ（Ｒｏｈａｒｔ Ｆ．ＰＬＯＳ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０１７；１３（１１）：ｅ１００５７５２）を使用する教師なし分析（ＵｎｉＦｒａｃ距離を使用した多次元尺度法）及び教師あり分析（スパース部分最小二乗判別分析、ｓＰＬＳ－ＤＡ）の両方で評価した。後者の分類器の性能は、偽陽性率と偽陰性率の平均（ＢＥＲ：ｂａｌａｎｃｅｄ ｅｒｒｏｒ ｒａｔｅ）によって評価した。

【数1】

【0216】

1.1.3. 肝臓トランスクリプトミクス
ＲＮＡ抽出、ＲＮＡライブラリー調製、及び配列決定反応を、製造元（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）の指示に従って以下の通り、ＧＥＮＥＷＩＺ，ＬＬＣ．（Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，ＮＪ，ＵＳＡ）で行った：Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙ Ｐｌｕｓ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌミニキットを使用して新鮮な凍結肝臓組織試料から全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡ試料を、Ｑｕｂｉｔ ２．０蛍光光度計（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して定量し、ＲＮＡの完全性を、ＲＮＡ Ｓｃｒｅｅｎ Ｔａｐｅ ｏｎ Ａｇｉｌｅｎｔ ２２００ ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して測定した。ＲＮＡ配列決定ライブラリーを、製造元のプロトコル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｃａｔ＃ ＲＳ－１２２－２１０１）に従って、ＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリー調製キットを使用して調製した。まず、ｍＲＮＡを、オリゴｄ（Ｔ）ビーズで濃縮した。濃縮したｍＲＮＡを、９４℃で８分間断片化した。続いて、第１鎖及び第２鎖ｃＤＮＡを合成した。ｃＤＮＡの第２鎖は、合成中にｄＵＴＰを組み込むことによってマークを付けた。ｃＤＮＡ断片を３’末端でアデニル化し、インデックス付きアダプター（ｉｎｄｅｘｅｄ ａｄａｐｔｅｒ）を、ｃＤＮＡ断片にライゲーションした。リミテッドサイクルＰＣＲ（ｌｉｍｉｔｅｄ ｃｙｃｌｅ ＰＣＲ）をライブラリーの濃縮に使用した。第２鎖ｃＤＮＡに組み込まれたｄＵＴＰは、増幅をクエンチして鎖特異性を維持した。配列決定ライブラリーを、ＤＮＡ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｃｒｅｅｎ Ｔａｐｅ ｏｎ ｔｈｅ Ａｇｉｌｅｎｔ ２２００ ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して検証し、Ｑｕｂｉｔ ２．０ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）及び定量ＰＣＲ（ＫＡＰＡ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ，ＵＳＡ）を使用して定量した。プールされたライブラリーを、フローセルの７レーンにクラスター化した。クラスター化の後、フローセルを製造元の指示に従ってＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ装置（４０００又は同等品）にロードし、２×１５０ｂｐのＰａｉｒｅｄ Ｅｎｄ（ＰＥ）構成を使用して配列決定した。画像解析とベースコーリングを、ＨｉＳｅｑ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＨＣＳ）によって行った。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑから生成された生の配列データ（．ｂｃｌファイル）をｆａｓｔｑファイルに変換し、Ｉｌｌｕｍｉｎａのｂｃｌ２ｆａｓｔｑ ２．１７ソフトウェアを使用して逆多重化した。インデックス配列の同定では、１つの不一致は許容された。

【0217】

鎖特異的な遺伝子発現プロファイリングを、２×１５０ｂｐのＩｌｌｕｍｉｎａリードをＥｎｓｅｍｂｌ Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ Ｒｎｏｒ＿６．０トランスクリプトームにマッピングし、ｓｕｂｒｅａｄパッケージのｆｅａｔｕｒｅＣｏｕｎｔｓ（Ｌｉａｏ Ｙ ｅｔ ａｌ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２０１４；３０（７）：９２３－３０）でアライメントを処理することで達成した．ラットＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤを、Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｂｉｏｍａｒｔによって、ヒトＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子同等物及びＨＵＧＯのヒトゲノム命名法委員会（ＨＧＮＣ）の記号にマッピングした。得られたユニークなマッピング断片数を、ＲパッケージＤＥＳｅｑ２（Ａｎｄｅｒｓ Ｓ，Ｈｕｂｅｒ Ｗ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０１０；１１（１０）：Ｒ１０６）を用いる差次的遺伝子発現分析に入れて、ｐ値がＢｅｎｊａｍｉｎｉ ＆ Ｈｏｃｈｂｅｒｇ偽発見率（ＦＤＲ）で調整された差次的遺伝子発現を得た。外れ値分析を、Ｒパッケージｒｏｐｌｓを使用した直交部分最小二乗分析で行った（Ｔｈｅｖｅｎｏｔ ＥＡ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１５；１４（８）：３３２２－３５）。同時に、ｓＰＬＳ－ＤＡを行って変数重要度（ＶＩＰ）を推定した。処置とビヒクルコントラストを判別する肝臓遺伝子は、ＶＩＰ＞１及び調整されたｐ値＜０．０５を有するとして保持した。これらの遺伝子の機能的過剰発現分析（ＯＲＡ）を、ＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓ機能的アノテーションデータベース（Ｍａｒｔｅｎｓ Ｍ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０２１；４９（Ｄ１）：Ｄ６１３－２１．）を使用してＲパッケージｃｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒ（Ｗｕ Ｔ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ ２０２１；２（３）：１００１４１）で行った。ＲパッケージＲｃｉｓＴａｒｇｅｔ（Ａｉｂａｒ Ｓ ｅｔ ａｌ．ＳＣＥＮＩＣ：Ｓｉｎｇｌｅ－ｃｅｌｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｎｅｔｗｏｒｋ ｉｎｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１７；１４（１１）：１０８３－６）を用いて、低発現遺伝子又は過剰発現遺伝子に富む転写モチーフを予測した。これらのモチーフに関連する信頼性の高い転写因子を保持した。

【0218】

1.1.4. 生物学的パラメーター分析
連続変数を、平均±標準誤差（ＳＥＭ）として記録した。統計分析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて行った。処置群の生物学的パラメーターを、スチューデントのｔ検定、又はダネットの多重比較検定を用いる一元配置分散分析によって比較した。Ｐ値＜０．０５は統計的に有意であると見なした。

【0219】

1.1.5. 結果
1.1.6. 集団処置は体重を有意に改善した
２週間の処置期間中、ＨＦＧＦＤ－Ｖ群の動物は、図２Ａに見られるように、体重が大幅に増加した（２２．０８±３．１８ｇ）。しかしながら、ＨＦＧＦＤ－Ｃが平均２．９１±３．５５ｇしか増加させなかったのに対し、ＨＦＧＦＤ－Ｔｒは、平均５±３．４７ｇ減少させた。ＨＦＧＦＤ－Ｖと比較すると、微生物叢ベースの処置を受けた両群とも、２週間の処置期間中に体重増加が有意に少なかった（図２Ａ）。

【0220】

集団処置は代謝プロファイルを有意に改善した
図２Ｂと図２Ｃ及び表２に見られるように、両方の微生物叢ベースの処置は、ＨＦＧＦＤ－Ｖ群に関して空腹時血中インスリンレベル及びＨＯＭＡ－ＩＲ指数の重要な低下を示した。

【0221】

【表5】

【0222】

線維化促進肝マーカー遺伝子の発現の低下
動物が屠殺された時点（ＨＦＧＦＤで１０週間）では、線維化促進経路が既に活性化されており、集団処置群では、線維化促進肝マーカーα－ＳＭＡ及びＣＯＬ１Ａ１の遺伝子発現が、ビヒクル群と比較して有意に減少した（図３）。これらの結果は、後述するゲノムワイドＲＮＡ－Ｓｅｑ分析結果によってさらに裏付けられる。

【0223】

集団処置により、門脈圧が大幅に低下し、肝臓血行動態が改善された
以前の所見（９）と一致し、組織学的線維症が存在しないにもかかわらず、１０週間のＨＦＧＦＤ介入の動物は、平均して１０．３２ｍｍＨｇの値の門脈圧（ＰＰ）の増加を示した（表３及び図４Ａ）。重要なことに、細菌集団処置及びＩＭ移植の両方が、２週間の処置期間中にＨＦＧＦＤを維持しても、ビヒクル処置群と比較してＰＰを有意に低下させた（表３及び図４Ａ）。ＨＦＧＦＤ－Ｃ群で観察されたＰＰのこの減少は、ＨＦＧＦＤ－Ｖと比較して肝内血管抵抗（ＩＨＶＲ）の有意な減少（８０％の減少）に続発し、ＩＭ－Ｔｒ群で測定されたもの（１０４％の減少）と同程度であった（図４Ｂ）。全身血行動態に関しては、関連する変化は群間で観察されなかった（表３）。

【0224】

【表6】

【0225】

内皮機能障害（ＥＤ）の特徴は、集団処置を受けた後の動物で改善された
ＥＤ分子の特性を評価して、ビヒクル処置群に対して、微生物叢ベースの処置によって誘発されたＩＨＶＲ及びＰＰで観察された変化をさらに特徴付けた。この目的のために、リン酸化プロテインキナーゼＢ（Ｐ－Ａｋｔ）及び内皮一酸化窒素合成酵素（Ｐ－ｅＮＯＳ）を分析した。加えて、ｅ－ＮＯＳの転写制御機構の可能性を評価するために、ＫＬＦ２が機能的な内皮表現型の維持に不可欠であると考えられるためＫＬＦ２を評価した。図４Ｃ～図４Ｅに見られるように、微生物叢ベースの処置は、Ｐ－Ａｋｔの有意な増加を誘発した。Ｐ－ｅＮＯＳは、ＨＦＧＦＤ－Ｖと比較して、ＨＦＧＦＤ－Ｃ及びＨＦＧＦＤ－Ｔｒの両方で増加する傾向を示した。興味深いことに、ＨＦＧＦＤ－Ｃは、ＫＬＦ２の顕著で有意な増加を示すという点でユニークであった。

【0226】

微生物叢ベースの処置は、盲腸種の多様性を改善し、重要な盲腸微生物叢組成の変化を促進する
ｐｈｙｌｏｓｅｑパッケージの逆シンプソン指数（図５）が示すように、微生物叢ベースの処置は盲腸種の多様性を改善する。微生物集団処置群の１つの外れ値である第２のバッチのラットＲ７２が同定された。

【0227】

ＣＤ群なしで適用された多次元スケーリングによって評価されるベータ多様性は、ＨＧＨＦＤ－Ｖ群、ＨＧＦＤ－Ｃ群、及びＨＧＦＤ－Ｔｒ群の良好な分離を示している（図６）。

【0228】

ＨＦＧＦＤ－Ｃコントラスト（０．０３）のＢＥＲで評価される分類器の性能は、ＨＦＧＦＤ－Ｔｒコントラスト（０．３４）と比較して遜色がない（図７Ａ）。したがって、ＨＦＧＦＤ－Ｃは、ＨＦＧＦＤ－Ｔｒよりも明確な変化を誘導すると主張できるが、これは、生成菌株の添加によって支配される、又は限定され得る。しかしながら、対応する特徴の選択（ＶＩＰ＞１、ｎ＝１２３）は、細菌集団処置が７２（観察可能な変化の５８．５％）のビヒクル関連分類群の抑制を誘導し、４８（４１．５％）の非生成処置関連分類群の出現を促進したが、特徴の選択（ｎ＝１７８）による微生物叢移植は、１３５（７５．８％）の分類群の抑制及びそれらの４３（２４．２％）の分類群での置換を誘導したことを示している。したがって、どちらの処置も、ＨＧＨＦＤ－Ｖ関連微生物群集の重要な置換をもたらしたが、細菌集団は移植よりも明確で豊富な置換を達成し、移植は、この群では移植前に生着率を高めるために腸を空にする処置が行われたため本質的により抑制的であった。図７Ｂは、分類器の推定変数重要度（ＶＩＰ）及びその関連性に従って上位１０の識別分類群を提供するが、図７Ｃは、３つのＶ－Ｃ、Ｖ－Ｔｒ、及びＣ－Ｔｒコントラストを、各コントラストで選択された特徴の数に比例する単一のオイラー図にまとめている。

【0229】

細菌集団処置は、差次的肝臓遺伝子発現を誘導し、線維症関連遺伝子を下方制御する
３２，５５２の肝臓遺伝子の発現をＲＮＡ－Ｓｅｑ分析によって記録した。これらのうち、７３２（２．２％）は、ＨＦＨＧＤ－Ｃ（ｎ＝２５２）又はＨＦＨＧＤ－Ｔｒ（ｎ＝６３２）コントラストのいずれか又はその両方の判別子（ＶＩＰ＞１、ＦＤＲ ｐ値＜０．０５）であった。ＨＧＨＦＤ－Ｃでは、処置関連遺伝子の上方制御（ｎ＝１５７、６２．３％）の傾向が見られたが、ＨＧＨＦＤ－Ｔｒでは、処置関連遺伝子の上方制御（ｎ＝３１５、４９．８％）とビヒクル関連遺伝子の下方制御（ｎ＝３１７、５０．４％）との間でバランスが取れていた。

【0230】

ＨＦＨＧＤ－Ｃ又はＨＦＨＧＤ－Ｔｒのいずれか又は両方で上方制御された遺伝子に対して過剰表現分析（ＯＲＡ：ｏｖｅｒｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ）を行ったが、ＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓアノテーションデータベースに対して有意な経路過剰表現は全く検出されなかった。下方制御された遺伝子に対して行われた同じ分析では、線維症に関連するいくつかの経路が検出された。

【0231】

実施例２：門脈圧亢進症（ＰＨＴ）のラットＮＡＳＨモデルにおける６株集団と９株集団の比較
実施例２は、実施例１で説明したものと同じ材料及び方法を用いて行った。９株集団は、複数のエンドポイントに対して一貫した結果を示した。６株集団はまた、特に空腹時インスリンレベル、ＨＯＭＡ－ＩＲ指数、及び肝臓血行動態（ＰＰ、ＩＨＶＲ）に対して有意な保護効果を誘発した（図８）。

【0232】

６株集団で処置された群では、リン酸化（ｐ）－ＡＫＴ及びｐ－ｅＮＯＳは、実際には処置に応答して変化しなかった（図９Ａ及び図９Ｂ）。これは、他のメカニズムが、インスリン抵抗性を改善し、それによって門脈圧亢進症を改善する役割を果たし得；加えて、ＫＬＦ２の発現の増加は、９株集団に特異的であると考えられる（図９Ｃ）。

【0233】

したがって、それらの類似した構成にもかかわらず、これら２つの集団の効果は、完全に比較可能ではなかった。特に、プロピオン酸塩を産生できる（別の）菌株の添加は有利であるように思われ、追加の有益なメカニズムを活性化し得る。

【0234】

実施例３：ＮＡＳＨのＳＴＡＭ（商標）マウスモデル
1.2. 材料及び方法
1.2.1. 実験デザイン
ＳＴＡＭ（商標）試験を、日本のＳＭＣラボラトリーズ株式会社で行った。簡単に説明すると、生後２日目に２００μｇのストレプトゾトシン（ＳＴＺ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、ＵＳＡ）溶液を単回皮下注射し、４週齢で高脂肪食（ＨＦＤ、５７ｋｃａｌ％脂肪、Ｃａｔ＃ＨＦＤ３２、ＣＬＥＡ Ｊａｐａｎ，Ｉｎｃ．，Ｊａｐａｎ）を導入することによって、ＮＡＳＨをＣ５７ＢＬ／６Ｊ雄マウスで誘発させた。

【0235】

ＳＴＡＭマウスモデルは、ＮＡＳＨによるＨＣＣの発生がヒト患者における既知の進行と同一であるという実質的な利点を有するが、プロセス全体が比較的短期間で完了する（Ｆｕｊｉｉ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｍｅｄ．Ｍｏｌ．Ｍｏｒｐｈｏｌ．２０１３；４６：１４１－１５２）。このモデルでは、２日齢の雄Ｃ５７ＢＬ／６マウスにストレプトゾトシン（ＳＴＺ）を単回投与して、インスリン分泌能力を低下させる。生後４週で、マウスは、高脂肪食（ＨＦＤ）の給餌を開始する。このモデルは、以下のように要約することができる（表４）。

【0236】

【表7】

【0237】

生後２日目に、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスにβ細胞毒素ＳＴＺを注射する。これにより、動物はプライミングされるため、第２のヒットを４週齢で開始すると、即ち、継続的な高脂肪食（ＨＦＤ）を開始すると、疾患が急速に進行する。生後５週齢までに肝脂質蓄積（脂肪症）が見られ、６週齢までに動物は組織学におけるＮＡＦＬＤ活動性スコア（ＮＡＳ）が増加し、ＡＬＴレベルが上昇する。生後７～８週までに肝臓の炎症が明らかになり、９～１２週で線維化が明らかになる。ＨＣＣは、生後約１６週で観察することができる。このモデルは、脂肪肝、ＮＡＳＨ、線維症、及び結果的に肝臓癌（ＨＣＣ）に進行する後期Ｔ２Ｄと一致している。他のＮＡＳＨ－ＨＣＣモデルと比較して、疾患は、比較的短期間で進行し、肝臓癌は、２０週齢までにすべての動物で発症する。このモデルの利点は、急速な疾患の発症と進行、及び表現型の完全浸透度である。疾患進行の標的段階に応じて、動物を、疾患の早期又は後期段階で安楽死させる。このモデルは、病理組織で線維化の顕著な兆候を示している。

【0238】

動物を、ＨＦＤを給餌する前日の体重に基づいて３つの処置群に無作為に割り付けた。無作為化は、Ｅｘｃｅｌソフトウェアを用いた体重層別無作為抽出法により行った。５週齢（ＨＦＤで１週間後）の動物に、偽強制経口投与（ＳＴＡＭ＋ＶＥＨ、ｎ＝１６）、９株細菌集団（ＳＴＡＭ＋ＣＯＮ、ｎ＝１８）、又はテルミサルタン（ＳＴＡＭ＋ＴＬＭ、ｎ＝８）のいずれかを投与した。通常の食餌を給餌し、偽強制経口投与を受けた対照群（ＣＤ＋ＶＥＨ、ｎ＝８）もこの研究に含めた（図１０）。動物は、温度（２３±３℃）、湿度（５０±２０％）、照明（１２時間の人工的な明暗サイクル；光は８：００～２０：００）、及び空気交換の制御条件下でＳＰＦ施設で維持した。この動物実験は、以下のガイドラインに従って行った：Ａｃｔ ｏｎ Ｗｅｌｆａｒｅ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ａｎｉｍａｌｓ（Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，Ａｃｔ Ｎｏ．１０５ ｏｆ Ｏｃｔｏｂｅｒ １，１９７３，Ｊａｐａｎ；Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｒｅｌａｔｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌｓ ａｎｄ Ｒｅｌｉｅｆ ｏｆ Ｐａｉｎ（Ｎｏｔｉｃｅ Ｎｏ．８８ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，Ａｐｒｉｌ ２８，２００６，Ｊａｐａｎ））及びＧｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｐｅｒ Ｃｏｎｄｕｃｔ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ（Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｃｏｕｎｃｉｌ ｏｆ Ｊａｐａｎ，Ｊｕｎｅ １，２００６）。

【0239】

処置管理
ビヒクル（滅菌ＰＢＳ）及び細菌集団を２００μｌ／マウスの容量で経口投与した：細菌集団を、１０^９ＣＦＵ／日の用量で合計４週間投与した。生成物懸濁液を、上記のように調製した。テルミサルタンをベンチマークとして使用し、１０ｍｌ／ｋｇの容量の１０ｍｇ／ｋｇの１日量で４週間経口投与した。そのために、テルミサルタンの１錠を乳鉢に移し、１ｍｇ／ｍｌの均質な懸濁液が得られるまで純水を加えて乳棒で粉砕した。すべての処置は、投与前に新たに調製した。実験期間中、体重を毎日記録した。

【0240】

屠殺及び試料採取
対照群（ＣＤ＋ＶＥＨ）及びＳＴＡＭ群（ＳＴＡＭ＋ＶＥＨ、ＳＴＡＭ＋ＣＯＮ、及びＳＴＡＭ＋ＴＬＭ）に属する動物を、処置の４週間後、即ち、脂肪性肝炎／早期線維症の段階に対応する９週齢で屠殺した。さらに、ビヒクルと集団群に属するＳＴＡＭ動物の２つの群をさらに３週間追跡し、末期線維症の段階に対応する１２週齢で屠殺した。これは、処置中止時に疾患の進行を遅らせる細菌集団の可能性を調べるために行った（図１０）。動物は、イソフルラン麻酔下での直接心臓穿刺による放血によって屠殺した（Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）。非空腹時血液を、抗凝固剤を含むポリプロピレンチューブで顔面静脈から採取した（Ｎｏｖｏ－ｈｅｐａｒｉｎ，Ｍｏｃｈｉｄａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｊａｐａｎ）。５０μＬの採血を、糖化ヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）分析に使用した。非空腹時血液も、抗凝固剤を含まない別々のチューブで血清調製のために採取した。これらを室温で３０分間インキュベートした後、３，５００×ｇ、４℃で５分間遠心分離した。残りの血清を回収し、血清ＣＫ－１８レベルの定量及び生化学でさらに使用するまで、－８０℃で保存した。肝臓全体を採取し、冷生理食塩水で洗浄した。肝臓検体は、免疫組織化学用のＯＣＴ（Ｏｐｔｉｍａｌ Ｃｕｔｔｉｎｇ Ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ）（Ｏ．Ｃ．Ｔ．，Ｓａｋｕｒａ Ｆｉｎｅｔｅｋ Ｊａｐａｎ，Ｊａｐａｎ）化合物に－８０℃で包埋するか、ブアン溶液（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｊａｐａｎ，Ｊａｐａｎ）に２４時間固定した。固定後、これらの検体を、Ｈ＆Ｅ及びシリウスレッド染色のためにパラフィン包埋した。Ｏ．Ｃ．Ｔ．に包埋した標本は、Ｆ４／８０免疫組織化学に使用した（以下を参照）。

【0241】

血液生化学
全血中のＨｂＡ１ｃを、ＤＣＮ２０００＋（Ｓｉｅｍｅｎｓ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，ＵＳＡ）によって定量した。血清ＣＫ－１８レベルを、マウスサイトケラチン１８－Ｍ３０ ＥＬＩＳＡキット（Ｃｕｓａｂｉｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏ．，Ｌｔｄ，Ｃｈｉｎａ）を使用して測定した。血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びトリグリセリド濃度を、ＦＵＪＩ ＤＲＩ－ＣＨＥＭ ７０００（Ｆｕｊｉｆｉｌｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）によって測定した。血清総コレステロール、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）コレステロール、及び低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）コレステロールのレベルを、Ｓｋｙｌｉｇｈｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｉｎｃ．（日本）のＨＰＬＣによって定量した。

【0242】

組織学的分析
回転式ミクロトーム（Ｌｅｉｃａ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して肝臓組織のパラフィンブロックから切片を切り取った。切片作製後、各スライドをブラインド評価のために番号をコード化した。各番号は、ＥｘｃｅｌソフトウェアのＲＡＮＤ機能を使用して生成し、昇順でソートし、スライドを割り当てた。組織スライドを以下の染色に使用し、実験によって評価した：Ｈ＆Ｅ染色では、ブアン溶液に事前固定した肝臓組織のパラフィンブロックから切片を切り取り、Ｌｉｌｌｉｅ－Ｍａｙｅｒのヘマトキシリン（Ｍｕｔｏ Ｐｕｒｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．，Ｊａｐａｎ）とエオシン溶液（ＦＵＪＩＦＩＬＭ Ｗａｋｏ Ｐｕｒｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｊａｐａｎ）で染色した。ＮＡＦＬＤ活動性スコア（ＮＡＳ）を、Ｋｌｅｉｎｅｒの基準に従って計算した。（２２）ＮＡＳの採点のために、Ｈ＆Ｅ染色切片の明視野画像を、デジタルカメラ（ＤＦＣ２９５；Ｌｅｉｃａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して５０倍と２００倍の倍率で撮った。１切片／マウス（５０倍の倍率での代表的な１つの視野）の脂肪症スコア、１切片／マウス（２００倍の倍率での代表的な１つの中心静脈周囲の視野）の炎症スコア、及び１切片／マウスの風船様肥大スコア（２００倍の倍率での中心静脈周囲の代表的な１つの視野）の風船様肥大スコアを推定した。コラーゲン沈着を可視化するために、ブアン固定肝臓切片をピクロ－シリウスレッド溶液（Ｗａｌｄｅｃｋ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で染色した。簡単に説明すると、切片を脱パラフィン化し、キシレン、１００～７０％アルコール系、及びＲＯ水で親水化し、次いで０．０３％ピクロ－シリウスレッド溶液（カタログ番号：１Ａ－２８０）で６０分間処置した。０．５％酢酸溶液とＲＯ水で洗浄した後、染色部分を脱水し、７０～１００％アルコール系とキシレンで除去し、Ｅｎｔｅｌｌａｎ（商標）（Ｍｅｒｃｋ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で密封して観察に使用した。線維症領域の定量分析のために、シリウスレッド染色切片の明視野画像を、デジタルカメラ（ＤＦＣ２９５；Ｌｅｉｃａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して２００倍の倍率で、中心静脈周囲で撮り、５つの視野／切片における陽性領域をＩｍａｇｅＪソフトウェア（米国国立衛生研究所）を使用して測定した。

【0243】

免疫組織化学のために、Ｔｉｓｓｕｅ－Ｔｅｋ Ｏ．Ｃ．Ｔ．化合物に包埋された凍結肝臓組織から切片を切り取り、アセトンに固定した。内因性ペルオキシダーゼ活性を、０．０３％Ｈ_２Ｏ_２を用いて５分間ブロックした後、Ｂｌｏｃｋ Ａｃｅ（日本の大日本住友製薬株式会社）と共に１０分間インキュベートした。切片を抗Ｆ４／８０抗体（モノクローナル抗体、Ｔ－２００６、ＢＭＡ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ）と共に４℃で一晩インキュベートした。二次抗体（ＶＥＣＴＡＳＴＡＩＮ ＡＢＣ ＫＩＴ，ＰＫ－４００４，Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）と共にインキュベートした後、３，３’－ジアミノベンジジン／Ｈ_２Ｏ_２溶液（日本の株式会社ニチレイバイオサイエンス）を用いて酵素－基質反応を行った。Ｆ４／８０免疫染色切片の明視野画像を、デジタルカメラ（ＤＦＣ２９５；Ｌｅｉｃａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して２００倍の倍率で、中心静脈周囲で撮り、５つの視野／切片の陽性領域をＩｍａｇｅＪソフトウェア（米国国立衛生研究所）を使用して測定した。

【0244】

結果
ＮＡＳＨラットで行った肝臓トランスクリプトミクスは、試験した細菌集団が線維形成促進経路を良好に調節し得ることを示唆したため、病理組織で線維化の顕著な兆候を示すげっ歯類モデルに対して同じ集団を試験するように促した。そのために、ＳＴＡＭ（商標）マウスモデルを使用した。このモデルでは、雄マウスに、軽度の膵島の炎症と破壊を誘発するβ細胞毒素であるＳＴＺを生後すぐに皮下注射した。加えて、ＳＴＺプライミングマウスは、４週齢で連続ＨＦＤを開始した。これにより、脂肪肝からＮＡＳＨ、線維症、そして最終的に腫瘍突出まで、連続した組織学的変化が誘発される。疾患は急速に進行し、浸透率はほぼ１００％である。これにより、目的の疾患の病期に応じて、明確に定義された時点での薬物の保護効果を研究することができる。線維症を標的とする研究のために、８週齢から１２週齢の動物を屠殺することができる。したがって、９株集団の効果は、４週間の処置期間の終了時、即ち、脂肪性肝炎／早期線維症の段階（９週齢）、及び後期線維症を伴う１２週齢でも評価した。結果を、肝脂肪の蓄積を減少させ、肝星細胞の活性化を阻害し、従って肝線維形成を抑制するアンジオテンシンＩＩ受容体遮断薬であるベンチマークテルミサルタンと比較した。その効果を、病理組織学的レベルで評価し、生化学的分析のために血液を採取した。

【0245】

集団処置群では、研究の終了、即ち、９～１２週齢までに体重増加を改善する傾向が観察された（図１１）。しかしながら、ＳＴＡＭ動物は食餌誘発性ＮＡＳＨの他のモデルとは対照的に痩せているため、ＳＴＡＭ（商標）モデルは、肥満の追跡には最も適しているわけではない。ＮＡＳＨラットと同様に、血液パラメーター、即ち、ＡＬＴ及びコレステロールレベルに有意な変化は観察されなかった（エラー！参照元が見つかりません。）。

【0246】

また、研究終了時にはＨｂＡ１ｃｖ（糖化ヘモグロビン）の全血中濃度の低下が観察され、糖尿病に対する有益な効果が示された（図１２）。

【0247】

【表8】

【0248】

腸内共生９集団は、９週齢の病理学組織でＮＡＳを改善した
ＮＡＦＬＤの特徴、即ち、肝炎症、脂肪症、及び風船様肥大を評価するために肝臓切片を採取した。Ｈ＆Ｅ染色肝臓切片の代表的な画像を図１３に示し（エラー！参照元が見つかりません。）；計算したスコアを示す（エラー！参照元が見つかりません。）。予想通り、ビヒクル処置ＳＴＡＭ群の肝臓切片は、微滴性及び大滴性の脂肪沈着、肝細胞風船様肥大、及び炎症性細胞浸潤を示した。細菌集団処置ＳＴＡＭマウスは、９週齢の疾患群と比較してＮＡＳスコアの有意な低下を示した（エラー！参照元が見つかりません。Ｄ）。これは、脂肪症及び風船様肥大スコアの低下の結果であった（エラー！参照元が見つかりません。Ｂ及びＣ）。１２週齢では、これはもはや観察されなかった。

【0249】

腸内共生９集団は、線維症を改善し、Ｆ４／８０の肝発現及び血清ＣＫ－１８レベルの低下を示した
コラーゲン沈着を評価するために、肝臓切片をピクロ－シリウスレッドで染色した。代表的な画像を図に示す（エラー！参照元が見つかりません。エラー！参照元が見つかりません。Ａ）。計算した面積を示す（エラー！参照元が見つかりません。Ａ）。予想通り、ビヒクル処置ＳＴＡＭ群の肝臓切片は、対照食群と比較して、肝小葉の中心周辺領域でのコラーゲン沈着の増加を示した。細菌集団処置群は、１２週齢の疾患群と比較して、線維症（シリウスレッド陽性）領域の有意な減少を示したが、９週齢ではそうではなかった。炎症をさらに評価するために、マクロファージＦ４／８０免疫染色を肝臓切片で使用した。Ｈ＆Ｅ染色切片では、全般的な炎症の有意な減少が観察されなかったにもかかわらず（エラー！参照元が見つかりません。Ａ及び図１３）、Ｆ４／８０染色切片は、９週齢で集団処置群におけるマクロファージ炎症浸潤の有意な減少を示し、１２週齢で減少する傾向を示した（エラー！参照元が見つかりません。Ｂ及び図（エラー！参照元が見つかりません。Ｂ））。最後に、ＣＫ－１８血清レベルもまた、９週齢で集団処置群で有意に低下し、１２週齢までに減少する傾向が観察され（エラー！参照元が見つかりません。Ｃ）、結果は、組織学的活動と見事に相関している。

【0250】

これらの結果は、９株集団が実際にＮＡＳＨ疾患の線維化への進行を防止できることを裏付けている。

【0251】

実施例４
フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）（株ＬＭＧ１７７６７）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）（株ＤＳＭ ２００７）、及びブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）（株ＤＳＭ ２５２３８）のＳＣＦＡ産生を測定し、同じ種又は近縁種の代替株と比較した。

【0252】

【表9】

【0253】

試験したすべての株は、健康なヒトドナーの糞便物質から分離された共生腸内細菌である。ＳＣＦＡレベルを、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）によって定量した。

【0254】

試験した全ての株は、非常に類似したＳＣＦＡプロファイルを示し（図１７）、上記の集団の結果は、フォカエイコラ・バルガタス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）（株ＬＭＧ１７７６７）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）（株ＤＳＭ ２００７）、及び／又はブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ）（株ＤＳＭ ２５２３８）を、同一種又は近縁種の代わりの株に置き換えることによっても得ることができることを示している。

【0255】

参考文献
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９． Ｇａｒｃｉａ－Ｌｅｚａｎａ Ｔ，Ｒａｕｒｅｌｌ Ｉ，Ｂｒａｖｏ Ｍ，Ｔｏｒｒｅｓ－Ａｒａｕｚ Ｍ，Ｓａｌｃｅｄｏ ＭＴ，Ｓａｎｔｉａｇｏ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｈｅａｌｔｈｙ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｎｏｒｍａｌｉｚｅｓ ｐｏｒｔａｌ ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ ｉｎ ａ ｒａｔ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ．２０１８；６７：１４８５－１４９８．

【0256】

【表10】

【図1】

【図2】

【図3】

【図4-1】

【図4-2】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13-1】

【図13-2】

【図14】

【図15-1】

【図15-2】

【図16】

【図17-1】

【図17-2】

【配列表】

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【国際調査報告】