特表 2025-501311 自然免疫活性化因子に応答するための転写バイオマーカー

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2025-01-17

(54)【発明の名称】自然免疫活性化因子に応答するための転写バイオマーカー

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6886 20180101AFI20250109BHJP

   C12Q 1/6844 20180101ALI20250109BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20250109BHJP

   C12Q 1/6874 20180101ALI20250109BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61K 31/711 20060101ALI20250109BHJP

   A61K 51/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 1/02 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 1/18 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 5/14 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 11/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 11/02 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 11/04 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 13/08 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 13/10 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 13/12 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 15/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 19/08 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 21/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20250109BHJP

   A61P 35/02 20060101ALI20250109BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6886 Z ZNA

C12Q1/6844 Z

C12Q1/6869 Z

C12Q1/6874 Z

A61K45/00

A61P35/00

A61P37/02

A61P43/00 111

A61K31/711

A61K51/00 100

A61P1/02

A61P1/04

A61P1/16

A61P1/18

A61P5/14

A61P11/00

A61P11/02

A61P11/04

A61P13/08

A61P13/10

A61P13/12

A61P15/00

A61P17/00

A61P19/08

A61P21/00

A61P25/00

A61P35/02

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024539940

(86)(22)【出願日】2022-12-30

(85)【翻訳文提出日】2024-08-05

(86)【国際出願番号】 US2022082627

(87)【国際公開番号】W WO2023130072

(87)【国際公開日】2023-07-06

(31)【優先権主張番号】63/296,098

(32)【優先日】2022-01-03

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】517228342

【氏名又は名称】チェックメイト ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100127926

【弁理士】

【氏名又は名称】結田 純次

(74)【代理人】

【識別番号】100216105

【弁理士】

【氏名又は名称】守安 智

(72)【発明者】

【氏名】アーサー・クリーグ

(72)【発明者】

【氏名】ホン・リュウ

【テーマコード（参考）】

4B063

4C084

4C086

【Ｆターム（参考）】

4B063QA19

4B063QQ02

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR08

4B063QR55

4B063QR62

4B063QS10

4B063QS25

4B063QS34

4B063QS40

4B063QX02

4B063QX04

4B063QX10

4C084AA12

4C084AA17

4C084MA41

4C084MA52

4C084MA63

4C084MA66

4C084NA14

4C084ZA021

4C084ZA341

4C084ZA591

4C084ZA661

4C084ZA671

4C084ZA751

4C084ZA811

4C084ZA891

4C084ZA941

4C084ZA961

4C084ZB071

4C084ZB091

4C084ZB261

4C084ZB271

4C084ZC031

4C084ZC061

4C084ZC411

4C084ZC711

4C086AA01

4C086EA16

4C086MA01

4C086MA04

4C086MA41

4C086MA52

4C086MA63

4C086MA66

4C086NA14

4C086ZA02

4C086ZA34

4C086ZA59

4C086ZA66

4C086ZA67

4C086ZA75

4C086ZA81

4C086ZA89

4C086ZA94

4C086ZA96

4C086ZB07

4C086ZB26

4C086ZB27

4C086ZC06

4C086ZC41

(57)【要約】

本明細書において、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャの発現レベル、及び／またはＥＬＦ２の高発現、及び／またはＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現、及び／または腫瘍中のＴ_ｒｅｇもしくはマクロファージ／単球の低いレベルの検出に基づいて、ＴＬＲ９アゴニストまたは他の自然免疫活性化因子またはがん免疫療法を用いた治療に応答する可能性が高いがん患者を診断するための方法及びキットを提供する。本明細書ではまた、例えばｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャのエンリッチメントを判定した後に、ウイルス様粒子中で製剤化されたＣｐＧオリゴヌクレオチドを投与することと、さらに任意選択で、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体などのチェックポイント阻害剤を投与することとを含む、がんの治療方法を提供する。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象の同定方法であって、前記方法が、
（ｉ）がんに罹患している対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルを検出することとを含み、
濃縮された発現レベルの前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、前記同定方法。

【請求項2】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象の同定方法であって、前記方法が、
（ｉ）がんに罹患している対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）前記腫瘍が「ホット」ではないことを確認することと、
（ｉｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルを検出することとを含み、
「ホット」ではない腫瘍における少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の濃縮された発現レベルの前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、前記同定方法。

【請求項3】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象の同定方法であって、前記方法が、
（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルの上昇を検出することと、
（ｉｉｉ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在を検出することとを含み、
前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、前記同定方法。

【請求項4】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象の同定方法であって、前記方法が、
（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルの上昇を検出することと、
（ｉｉｉ）前記腫瘍試料において、
（ａ）ＥＬＦ２の発現の上昇、及び／または
（ｂ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在、及び／または
（ｃ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現
のうちの１つ以上を検出することとを含み、
前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、前記同定方法。

【請求項5】

自然免疫活性化因子を含むがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象の同定方法であって、前記対象から腫瘍試料を採取することと、前記腫瘍試料において、
（ａ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在、
（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、及び／または
（ｃ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在、
（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現
のうちの１つ以上を検出することとを含み、
前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、前記同定方法。

【請求項6】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法であって、前記方法が、
（ｉ）がんに罹患している対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルを検出することであって、その場合に濃縮された発現レベルが検出される、前記検出することと、
（ｉｉｉ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を前記対象に投与することとを含む、前記治療方法。

【請求項7】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法であって、前記方法が、
（ｉ）がんに罹患している対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）前記腫瘍が「ホット」ではないことを確認することと、
（ｉｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルを検出することであって、その場合に濃縮された発現レベルが検出される、前記検出することと、
（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を前記対象に投与することとを含む、前記治療方法。

【請求項8】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法であって、前記方法が、
（ｉ）対象から腫瘍試料を採取すること、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルの上昇を検出すること、及び／または
（ｉｉｉ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在を検出すること、ならびに
（ｉｖ）（ｉｉ）において濃縮された発現レベルが検出される場合、及び／または低マクロファージ及び／または単球細胞集団が検出される場合、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を前記対象に投与することを含む、前記治療方法。

【請求項9】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法であって、前記方法が、
（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、
（ｉｉ）ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の前記試料中の発現レベルの上昇を検出することと、
（ｉｉｉ）前記腫瘍試料において、
（ａ）ＥＬＦ２の発現の上昇、及び／または
（ｂ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在、及び／または
（ｃ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現
のうちの１つ以上を検出することと、
（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を前記対象に投与することとを含む、前記治療方法。

【請求項10】

自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法であって、前記方法が、前記対象から腫瘍試料を採取することと、前記腫瘍試料において、
（ａ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在、
（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、
（ｃ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在、及び／または
（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現
のうちの１つ以上を検出することと、
自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を前記対象に投与することとを含む、前記治療方法。

【請求項11】

前記自然免疫活性化因子が、ＴＬＲアゴニストからなる群から選択される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項12】

前記ＴＬＲアゴニストが、ＴＬＲ９、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８アゴニストからなる群から選択される、請求項１１に記載の方法。

【請求項13】

前記ＴＬＲアゴニストがＴＬＲ９アゴニストである、請求項１２に記載の方法。

【請求項14】

前記ＴＬＲ９アゴニストが、ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＣクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＥクラスＣｐＧ ＤＮＡ、Ａ／ＥクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＰクラスＣｐＧ ＤＮＡ、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。

【請求項15】

前記ＴＬＲ９アゴニストが、ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡである、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

前記ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡが、配列ＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＡＣＧＡＴＣＧＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧ（配列番号１）を含む、請求項１５に記載の方法。

【請求項17】

前記ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡを、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）として製剤化する、請求項１５または１６に記載の方法。

【請求項18】

前記ＶＬＰが、バクテリオファージＱβコートタンパク質を含む、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記腫瘍が、
（ａ）ＴＩＤＥスコア＜－１、
（ｂ）ＣＤ３Ｄ、ＩＤＯ１、ＣＩＩＴＡ、ＣＤ３Ｅ、ＣＣＬ５、ＧＺＭＫ、ＣＤ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１３、ＩＬ２ＲＧ、ＮＫＧ７、ＨＬＡ－Ｅ、ＬＡＧ３、ＴＡＧＡＰ、ＣＸＣＬ１０、ＳＴＡＴ１、ＧＺＭＢ、ＣＸＣＲ６遺伝子転写産物のうちの５つ以上を含む、ＩＦＮ－γ転写シグネチャの低発現、
（ｃ）低Ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅ、及び／または
（ｄ）ＰＤ－Ｌ１ ＣＰＳ＜１０
のうちの１つ以上に基づいて「ホット」ではないと判定される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項20】

前記腫瘍が、ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１からなる群から選択されるチェックポイント阻害剤に対して抵抗性である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項21】

前記対象が、１つ以上のがん性腫瘍に罹患したヒトである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項22】

前記がん性腫瘍が、リンパ腫であるか、または皮膚、頭頸部、食道、胃、肝臓、結腸、直腸、膵臓、肺、乳房、子宮頸部、卵巣、腎臓、膀胱、前立腺、甲状腺、脳、筋肉、及び骨からなる群から選択される組織もしくは器官のがん性腫瘍である、請求項２１に記載の方法。

【請求項23】

前記がん性腫瘍が、黒色腫、ＮＳＣＬＣ、及びＨＮＳＣＣである、請求項２１に記載の方法。

【請求項24】

前記対象が、放射線療法、化学療法、免疫療法、チェックポイント阻害剤を含む療法、外科手術、ホルモン療法からなる群から選択される療法を受けている、請求項２１に記載の方法。

【請求項25】

遺伝子転写産物の前記検出が、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）、ｍＲＮＡシーケンシング（ｍＲＮＡ－Ｓｅｑ）、標的化ＲＮＡ－Ｓｅｑ、及び非コードＲＮＡ－Ｓｅｑ、ナノストリング、マイクロアレイ、または他のハイブリダイゼーションベースの技術からなる群から選択される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項26】

１０、１５、２０、２５、３０、３５、またはそれより多いｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の存在を検出する、先行請求項のいずれかに記載の方法。

【請求項27】

前記検出したｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物が、前記腫瘍型についての患者生検の最高８０％においてエンリッチメントスコアを有する、先行請求項のいずれかに記載の方法。

【請求項28】

前記検出したｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物が、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）、形質細胞、マスト細胞、活性化単球、マクロファージ、樹状細胞、及び／またはＴ細胞からなる群から選択される１つ以上の細胞内で発現する、先行請求項のいずれかに記載の方法。

【請求項29】

前記がん免疫療法を、腫瘍内、腫瘍周囲、全身、静脈内、腹腔内、腸内、経口、筋肉内、皮下、経粘膜、局所、小胞内、及び／または経皮経路を介して投与する、先行請求項のいずれかに記載の方法。

【請求項30】

前記組成物を腫瘍内投与する、請求項２９に記載の方法。

【請求項31】

チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）を含む組成物の少なくとも１用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２９～３０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項32】

前記ＣＰＩが、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３、及びＣＴＬＡ－４からなる群から選択される抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である、請求項３１に記載の方法。

【請求項33】

前記ＣＰＩが、ＰＤ－１に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である、請求項３２に記載の方法。

【請求項34】

前記ＴＬＲ９アゴニストがｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄであり、前記ＣＰＩがＰＤ－１阻害剤である、請求項３１に記載の方法。

【請求項35】

ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物を検出することができる試薬を含む１つ以上の組成物を含むキット。

【請求項36】

（ａ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在、
（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、及び／または
（ｃ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在、及び／または
（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現
のうちの１つ以上を検出することができる試薬を含む１つ以上の組成物を含むキット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本出願は、２０２２年１月３日に提出された米国仮特許出願第６３／２９６，０９８号の利益を主張するものであり、その全開示内容は参照により本明細書に援用される。

【0002】

電子的に提出される資料の参照による援用
本明細書と同時に提出され、以下のように識別されるコンピュータ読み取り可能な配列表は、参照によりその全体が援用される：ファイル名：ＲＧＮ９－００９ＰＣ－ＳＬ２６．ｘｍｌ、サイズ：２，１２５バイト、作成日：２０２２年１２月２０日。

【背景技術】

【0003】

がん免疫療法は、主にＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路の阻害剤などの免疫チェックポイント遮断の成功に基づいて、相当程度の興奮を引き起こしている。この興奮にもかかわらず、ほとんどの患者、特にその腫瘍がＩＦＮシグネチャを欠いている患者はＰＤ－１遮断に応答しない。これは、例えば、腫瘍浸潤形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）を活性化し、それにより腫瘍特異的Ｔ細胞応答を増強することができる薬剤の腫瘍内（ＩＴ）送達を含む、自然免疫活性化因子などの、ＩＦＮ応答を誘導するように設計されたアプローチの評価につながる。

【0004】

合成の非メチル化ＣＧリッチＣｐＧオリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）は、原核生物ＤＮＡを模倣し、ＴＬＲ９を活性化する。以前、ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９（ＷＯ／２０１６／１０９３１０として公開）において、ＶＬＰ中で製剤化されたＣｐＧ－Ａ ＯＤＮであるＣＭＰ－００１（ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ）とチェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）との併用が開示された。ＰＤ－１遮断によるネオアジュバント治療を受けている早期黒色腫の患者では、病理学的治癒を含む応答率は、ＩＴ ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄの追加によっておよそ２倍になった（Ｄａｖａｒ，Ｄｉｗａｋａｒ，ｅｔ ａｌ．“３０３ Ｐｈａｓｅ ＩＩ ｔｒｉａｌ ｏｆ ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ ｎｉｖｏｌｕｍａｂ（Ｎｉｖｏ）ａｎｄ ｉｎｔｒａ－ｔｕｍｏｒａｌ（ＩＴ）ＣＭＰ－００１ ｉｎ ｈｉｇｈ－ｒｉｓｋ ｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ ｍｅｌａｎｏｍａ（Ｎｅｏ－Ｃ－Ｎｉｖｏ）：ｆｉｎａｌ ｒｅｓｕｌｔｓ．”（ＳＩＴＣ ２０２０）。ＰＤ－１遮断に抵抗性の転移性黒色腫患者では、ＩＴ ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄにより８／４０人（２０％）の患者で、及びＩＴ ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄとＰＤ－１遮断の併用により２３／９８人（２３％）の患者でＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１客観的応答が誘導された（Ｋｉｒｋｗｏｏｄ，Ｊｏｈｎ，ｅｔ ａｌ．“９５０ Ｆｉｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ：ｐｈａｓｅ １ｂ ｓｔｕｄｙ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｎｇ ｉｎｔｒａｔｕｍｏｒａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ９ ａｇｏｎｉｓｔ ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ ± ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＰＤ－１ ｂｌｏｃｋａｄｅ－ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｍｅｌａｎｏｍａ．”（ＳＩＴＣ ２０２１）。

【0005】

療法の実施前に、特定の抗がん療法に応答する可能性が高い患者を同定することにより、がん療法の有効性を改善する必要が依然としてある。例えば、がん免疫療法の分野では、ｉ）ＰＤ－Ｌ１に対するＩＨＣ（合計陽性スコア；ＣＰＳ）、ｉｉ）ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅ、ｉｉｉ）ＴＩＤＥ（ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５９１－０１８－０１３６－１）、ｉｖ）ＩＦＮ１８シグネチャ（Ａｙｅｒｓ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．，２０１７，１２７（８）：２９３０－２９４０；及びＷＯ／２０１６／０９４３７７）、ならびに当業者に公知の他のアッセイなどの標準的なアッセイによる判定で、ＰＤ－１遮断が、「ホット」、すなわち炎症している腫瘍の治療に最も効果的であり、腫瘍がコールド、すなわちベースラインで炎症が起こっていない患者には治療が効果的である可能性がはるかに低いことが十分に確立されている。ＰＤ－１遮断に対する応答を予測するためのこれらのアッセイは、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄまたは他の自然免疫活性化因子への応答を予測しない（Ｌｕｋｅ，Ｊａｓｏｎ Ｊｏｈｎ，ｅｔ ａｌ．“Ａｂｓｔｒａｃｔ ＣＴ０３２：ＣＭＰ－００１ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｎｏｎｉｎｆｌａｍｅｄ ａｎｔｉ－ＰＤ－１ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｍｅｌａｎｏｍａ ａｎｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｓｅｒｕｍ ＣＸＣＬ１０．”（ＳＩＴＣ ２０２１）：ＣＴ０３２－ＣＴ０３２．）。したがって、理想的には患者の腫瘍のベースラインの生検由来、もしくは腫瘍細胞を含む血液試料などの液体生検由来のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ及び他のＴＬＲ９アゴニスト、または他のＴＬＲアゴニスト（例えば、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８アゴニストを含む）、及び／または他の自然免疫活性化因子に対する応答を予測するためのアッセイが必要である。そのようなアッセイは、治療前にそのような療法に応答する可能性が最も高い患者を同定することによって、及びｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄまたは他のＴＬＲアゴニストまたは自然免疫活性化因子に応答する可能性が低いことがベースラインの生検によって示されている患者に他の治療の選択肢を提供することによって、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ及び他のＴＬＲアゴニストまたは自然免疫活性化因子に対する応答率を大幅に改善することを可能にするであろう。

【発明の概要】

【0006】

本開示は、がんを治療するための製剤、組成物、及び方法を提供する。本明細書に記載の通り、一実施形態では、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を特定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）がんを有する対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）試料中のＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルを検出することとを含み、濃縮した発現レベルの前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される。

【0007】

本開示の別の実施形態では、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）がんを有する対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）腫瘍が「ホット」ではないことを確認することと、（ｉｉｉ）その試料中のＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルを検出することとを含み、「ホット」ではない腫瘍中の少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の濃縮した発現レベルの前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される。

【0008】

さらに別の実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）その試料中のＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルの上昇を検出することと、（ｉｉｉ）マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないことを検出することとを含み、前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される。

【0009】

さらに別の実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）その試料中のＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルの上昇を検出することと、（ｉｉｉ）腫瘍試料中の（ａ）ＥＬＦ２の発現上昇、及び／または（ｂ）Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在が少ないこと、及び／または（ｃ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現低下のうちの１つ以上を検出することとを含み、前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される。

【0010】

さらに別の実施形態では、本開示は、対象から腫瘍試料を採取することと、腫瘍試料中の（ａ）マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないこと、（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、及び／または（ｃ）Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在が少ないこと、（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現が低いことのうちの１つ以上を検出することとを含み、前記検出により、自然免疫活性化因子を含むがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象が同定される、自然免疫活性化因子を含むがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供する。

【0011】

いくつかの実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供し、その場合、自然免疫活性化因子はｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄである。いくつかの実施形態では、本開示は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄがん療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定する方法を提供する。

【0012】

別の実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、前記方法は、（ｉ）がんに罹患した対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）試料中の、ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルを検出することであって、その場合に濃縮された発現レベルが検出される、検出することと、（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を対象に投与することとを含む。

【0013】

さらに別の実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、前記方法は、（ｉ）がんに罹患した対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）腫瘍が「ホット」ではないことを確認することと、（ｉｉｉ）その試料中の、ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の発現レベルを検出することであって、その場合に濃縮された発現レベルが検出される、検出することと、（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を対象に投与することとを含む。

【0014】

さらに別の実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から腫瘍試料を採取すること、（ｉｉ）その試料中の、ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物の上昇した発現レベルを検出すること、及び／または（ｉｉｉ）マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないことを検出すること、ならびに（ｉｖ）（ｉｉ）において濃縮された発現レベルが検出される場合、及び／またはマクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないことが検出される場合、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を対象に投与することを含む。

【0015】

一実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から腫瘍試料を採取することと、（ｉｉ）その試料中のＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の上昇した発現レベルを検出することと、（ｉｉｉ）腫瘍試料中の（ａ）ＥＬＦ２の発現の上昇、及び／または（ｂ）Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在が少ないこと、及び／または（ｃ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現が低いことのうちの１つ以上を検出することと、（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を対象に投与することとを含む。

【0016】

さらに別の実施形態では、本開示は、がんに罹患した対象を、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法で治療する方法を提供し、前記方法は、対象から腫瘍試料を採取することと、腫瘍試料中の（ａ）マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないこと、（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、（ｃ）Ｔｒｅｇ細胞集団の存在が少ないこと、及び／または（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現が低いことのうちの１つ以上を検出することと、（ｉｖ）自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法を対象に投与することとを含む。

【0017】

いくつかの実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、その場合、自然免疫活性化因子はｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄである。いくつかの実施形態では、本開示は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供する。

【0018】

いくつかの実施形態では、自然免疫活性化因子がＴＬＲアゴニストからなる群から選択される前述の方法を提供する。一実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ９、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８アゴニストからなる群から選択される。別の実施形態では、ＴＬＲアゴニストはＴＬＲ９アゴニストである。さらに別の実施形態では、ＴＬＲ９アゴニストは、ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＣクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＥクラスＣｐＧ ＤＮＡ、Ａ／ＥクラスＣｐＧ ＤＮＡ、ＰクラスＣｐＧ ＤＮＡ、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。さらに別の実施形態では、ＴＬＲ９アゴニストはＡクラスＣｐＧ ＤＮＡである。一実施形態では、ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡは、配列ＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＡＣＧＡＴＣＧＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧ（配列番号１）を含む。さらに他の実施形態では、ＡクラスＣｐＧ ＤＮＡは、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）として製剤化される。別の実施形態では、ＶＬＰは、バクテリオファージＱβコートタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法による、がんに罹患した対象の治療方法を提供し、その場合、自然免疫活性化因子は、配列ＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＡＣＧＡＴＣＧＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧ（配列番号１）を含むＡクラスＣｐＧ ＤＮＡであり、バクテリオファージＱβコートタンパク質を含むＶＬＰとして製剤化される。いくつかの実施形態では、前述の方法のいずれかにおいて列挙される自然免疫活性化因子はｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄである。

【0019】

別の実施形態では、（ａ）ＴＩＤＥスコア＜－１、（ｂ）ＣＤ３Ｄ、ＩＤＯ１、ＣＩＩＴＡ、ＣＤ３Ｅ、ＣＣＬ５、ＧＺＭＫ、ＣＤ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１３、ＩＬ２ＲＧ、ＮＫＧ７、ＨＬＡ－Ｅ、ＬＡＧ３、ＴＡＧＡＰ、ＣＸＣＬ１０、ＳＴＡＴ１、ＧＺＭＢ、ＣＸＣＲ６遺伝子転写産物のうちの５つ以上を含むＩＦＮ－γ転写シグネチャの低発現、（ｃ）低いＩｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅ、及び／または（ｄ）ＰＤ－Ｌ１ ＣＰＳ＜１０のうちの１つ以上に基づいて腫瘍が「ホット」ではないと判定される前述の方法を提供する。

【0020】

いくつかの実施形態では、腫瘍が、ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１からなる群から選択されるチェックポイントの阻害剤に対して抵抗性である前述の方法を提供する。さらに他の実施形態では、対象が１つ以上のがん性腫瘍に罹患したヒトである前述の方法を提供する。一実施形態では、がん性腫瘍は、リンパ腫であるか、または皮膚、頭頸部、食道、胃、肝臓、結腸、直腸、膵臓、肺、乳房、子宮頸部、卵巣、腎臓、膀胱、前立腺、甲状腺、脳、筋肉、及び骨からなる群から選択される組織もしくは器官のがん性腫瘍である。さらに別の実施形態では、がん性腫瘍は、黒色腫、ＮＳＣＬＣ、及びＨＮＳＣＣである。さらに別の実施形態では、対象は、放射線療法、化学療法、免疫療法、チェックポイント阻害剤を含む療法、外科手術、ホルモン療法からなる群から選択される療法を受けている。

【0021】

いくつかの実施形態では、遺伝子転写産物の検出が、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）、ｍＲＮＡシーケンシング（ｍＲＮＡ－Ｓｅｑ）、標的化ＲＮＡ－Ｓｅｑ、及び非コードＲＮＡ－Ｓｅｑ、ナノストリング、マイクロアレイ、または他のハイブリダイゼーションベースの技術からなる群から選択される前述の方法を提供する。

【0022】

さらに他の実施形態では、本開示は、１０、１５、２０、２５、３０、３５、またはそれより多くのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物の存在を検出する前述の方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、または４１のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物を検出する前述の方法を提供する。さらに他の実施形態では、本開示は、検出したｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物が、腫瘍型について、最高で８０％の患者生検においてエンリッチメントスコアを有する前述の方法を提供する。他の実施形態では、本開示は、検出したｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物が、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）、形質細胞、マスト細胞、活性化単球、マクロファージ、樹状細胞、及び／またはＴ細胞からなる群から選択される１つ以上の細胞内で発現する前述の方法を提供する。

【0023】

さらに他の実施形態では、本開示は、がん免疫療法を、腫瘍内、腫瘍周囲、全身、静脈内、腹腔内、腸内、経口、筋肉内、皮下、経粘膜、局所、小胞内、及び／または経皮経路を介して投与する前述の方法を提供する。一実施形態では、組成物を腫瘍内に投与する。さらに別の実施形態では、方法は、チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）を含む組成物の少なくとも１用量を対象に投与することをさらに含む。さらに別の実施形態では、ＣＰＩは、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３、及びＣＴＬＡ－４からなる群から選択される抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である。一実施形態では、ＣＰＩは、ＰＤ－１に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である。さらに別の実施形態では、ＴＬＲ９アゴニストはｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄであり、ＣＰＩはＰＤ－１阻害剤である。

【0024】

本開示はまた、キットも提供する。一実施形態では、ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、及びＶＡＰＡからなる群から選択される少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物を検出することができる試薬を含む１つ以上の組成物を含むキットを提供する。別の実施形態では、（ａ）マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在が少ないこと、（ｂ）ＥＬＦ２の高発現、及び／または（ｃ）Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在が少ないこと、及び／または（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現が低いことのうちの１つ以上を検出することができる試薬を含む１つ以上の組成物を含むキットを提供する。

【図面の簡単な説明】

【0025】

【図1】ベースラインの「コールド腫瘍」由来のＲＮＡ Ｓｅｑデータに対して実施した、分子シグネチャデータベース（ＭＳｉｇＤＢ）内のすべてのシグネチャに対して臨床試験ＮＣＴ０２６８０１８４のその後のレスポンダーとＰＤとを比較する遺伝子セットエンリッチメント解析（ＧＳＥＡ；ｗｗｗ．ｇｓｅａ－ｍｓｉｇｄｂ．ｏｒｇ／ｇｓｅａ／ｉｎｄｅｘ．ｊｓｐ；２群比較）の結果を示す。レスポンダー及びＰＤ（ＦＤＲ＜０．２５、デフォルトカットオフ）において濃縮された４つの遺伝子シグネチャが同定された。

【図2】臨床試験ＮＣＴ０２６８０１８４においてＰＤ－１抵抗性黒色腫を有する、ベースラインの「コールド」腫瘍生検を有していたｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄレスポンダーにおいて、非常に高度に濃縮された４つのシグネチャにおけるコア遺伝子を同定するために、どのようにＬｅａｄｉｎｇ ｅｄｇｅ ａｎａｌｙｓｉｓを使用したかを示す。

【図3】「ＣＯＰＩＩ＿ＣＯＡＴＥＤ＿ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＢＵＤＤＩＮＧ」及び「ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＴＡＲＧＥＴＩＮＧ＿ＴＯ＿ＦＲＯＭ＿ＯＲ＿ＷＩＴＨＩＮ＿ＧＯＬＧＩ」コア遺伝子が３５個の共通遺伝子を含めて、互いに高度に重複していることを説明するためのベン図を示す。対照的に、これら２つのシグネチャは、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答に最初に関連していた他の２つのシグネチャと最小限の重複を共有している。

【図4A】「コールド」腫瘍を有していた、臨床試験ＮＣＴ０２６８０１８４においてＰＤ－１抵抗性黒色腫を有する患者のベースラインの生検について、単剤療法としての、またはペムブロリズマブと併用してのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄへの応答が、ゴルジコアシグネチャの発現（「エンリッチメントスコア」）の増加と関連していたことを示すプロットの例である（本実施例については１つのみを示す）。ＰＤに移行する患者は、エンリッチメントスコアが最も低く、ＳＤを達成した患者は、エンリッチメントスコアが中間であった。

【図4B】「コールド」、「中間」、または「ホット」として特徴付けられるものを含む、ベースラインの生検のすべてに関するエンリッチメントスコアの同じプロットを示す。

【図4C】ベースラインの「ホット」生検を有する患者における、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対するその後の応答とゴルジコアシグネチャのエンリッチメントスコアとの間に関係がないことを示す。

【図5】ベースラインの「ホット」、「中間」、または「コールド」の生検の患者間でゴルジコアシグネチャの全体的なエンリッチメントに有意差がないことを示す。

【図6】全ベースライン集団（左側のパネル）における応答状態による、及びＩＦＮ１８シグネチャを使用した生検のベースラインの炎症状態による、ゴルジコアシグネチャの総合エンリッチメントを示す。ベースラインの「中間」の生検由来の患者データは、ゴルジシグネチャのオリジナルの同定には使用されていなかったため、これらのデータは、ゴルジシグネチャのエンリッチメントスコアとｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブ療法への応答の確率との間の有意な相関性の独立した確認を提供する。

【図7】ＰＤ－１抵抗性がん（この場合、臨床試験ＮＣＴ０３４３８３１８のＮＳＣＬＣ）患者におけるゴルジシグネチャのエンリッチメントスコアとｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ＰＤ－１遮断（この場合、抗ＰＤ－Ｌ１アテゾリズマブ）療法に対する腫瘍収縮の確率との間の有意な相関性を確認する別の独立したデータセットを示す。

【図8】公開データセットから、ゴルジコアシグネチャのエンリッチメントスコアが、ＰＤ－１もしくはＣＴＬＡ－４遮断に対する応答またはＰＤ－１もしくはＣＴＬＡ－４遮断による誘導と関連していないことを示す。

【図9】様々な腫瘍由来（この場合、黒色腫由来）の公開されている単細胞ＲＮＡ Ｓｅｑデータセットを使用して、ゴルジシグネチャが、次いでｐＤＣ、悪性細胞、マクロファージ、及び未成熟ＤＣが腫瘍関連血漿細胞内で最も高度に発現していることを示す。

【図10】ｉｎ ｖｉｔｒｏで活性化された精製ｐＤＣ由来の公開された単細胞ＲＮＡ Ｓｅｑデータセットを使用して、ゴルジシグネチャが、Ｉ型ＩＦＮを産生する主要なサブセットとしても同定されたＰ１ ｐＤＣサブセット内で最も高度に発現していることを示す。

【図11】数千の腫瘍由来のＲＮＡ ＳｅｑのＴＣＧＡデータベース内で、ゴルジシグネチャが、ほとんどの腫瘍型にわたって高度に発現していることを示す。

【図12】照射された組織及び正常組織由来の公開されたＲＮＡ Ｓｅｑデータセットを使用して、照射された正常細胞または悪性細胞においてゴルジコアシグネチャが高エンリッチメントの傾向にあることを示す。

【図13】ベースラインの腫瘍生検の遺伝子発現データから、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ（及び他の自然免疫活性化因子またはＴＬＲアゴニスト）に対する応答をより良好に予測し得る新規のアルゴリズムを使用して、ゴルジシグネチャの潜在的な「パートナー」遺伝子としてＥＬＦ２を同定する、ＡＩツールであるＱｌａｔｔｉｃｅを使用した解析の結果を示す。

【図14】ＥＬＦ２の発現が、ベースラインの腫瘍炎症状態に関係なく、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答と独立した相関性を示すことを示す。

【図15】ＰＤ－１抵抗性黒色腫患者の本発明者らのＲＮＡ Ｓｅｑデータセットについて、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ変異状態が、公開されたＩＦＮ１８シグネチャと相関しているがゴルジシグネチャとは相関していないこと、及びゴルジシグネチャの発現と以前のＢｒａｆ阻害剤治療との相関性がないことを示す。

【図16】ゴルジコアシグネチャのエンリッチメントが、免疫療法に対する黒色腫の応答に関する既知の有害な予後因子であるベースラインのＬＤＨまたは肝臓転移と相関していないことを示す。

【図17】ゴルジコアシグネチャのエンリッチメントが、免疫療法に対する黒色腫の応答に関する別の既知の予後不良因子であるベースラインの腫瘍量と相関していないことを示す。

【図18】マクロファージ／単球について高シグネチャを有するベースラインの「ホット」生検が、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブに応答する可能性が低いことを示す。

【図19】ＴＬＲ８、ＴＧＦ－ｂ、ＴＮＦＲ、Ｃ１ＱＣ、またはＰＤ－Ｌ２を含めたマクロファージ／単球発現遺伝子の低発現が、ベースラインの「ホット」腫瘍生検における臨床応答を予測することを示す。

【図20】ＴＮＦ－ａまたはＴＬＲ９の低発現により、コールド腫瘍生検における臨床応答が予測されるが、ホット腫瘍生検では予測されないことを示す。

【図21】すべてのベースラインの生検の中で、Ｔ_ｒｅｇの高シグネチャを有する生検は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブに応答する可能性が低い。

【図22】ベースラインのホット生検の中で、ＧＡＢＡ Ｂ細胞活性化について高シグネチャを有する生検が、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブに応答する可能性が低いことを示す。

【発明を実施するための形態】

【0026】

本開示は、例えば、がん免疫療法を含むがん治療に応答するバイオマーカーを提供する。本明細書で使用される場合、用語「がん免疫療法」とは、腫瘍細胞に対する直接的な効果ではなく、主にまたは大部分、免疫機能への影響を介して効果をもたらすがん治療を指す。がん免疫療法には、ｉ）本質的に免疫系の「ブレーキを除去する」ように機能するチェックポイント阻害剤、ならびにｉｉ）抗腫瘍免疫をもたらす自然免疫及び適応免疫を刺激するように機能する自然免疫活性化因子が含まれる。本明細書で使用される場合、がん免疫療法に関連する自然免疫活性化因子には、例えば、様々なＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、特にＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及びＴＬＲ９、ＲＩＧ－Ｉ様受容体（ＲＬＲ）、ｃＧＡＳ／ＳＴＩＮＧ、サイトカイン、インターフェロン、及び腫瘍溶解性ウイルスが含まれる。

【0027】

本明細書で使用される場合、「バイオマーカー（複数可）」とは、試料中の遺伝子産物（例えば、転写産物もしくはタンパク質）、細胞型もしくは細胞型集団、及び／またはタンパク質、サイトカイン、もしくはホルモンの存在または非存在を指す。本明細書に記載のバイオマーカーの個別または集合的な存在または非存在は、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子を含むがん治療から恩恵を受ける可能性が高い患者を判定または同定するために使用される。

【0028】

いくつかの実施形態では、がん免疫療法は、ＴＬＲ９アゴニストと、ＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤との併用を含み得る。本明細書において、例示的なＴＬＲ９アゴニスト及びチェックポイント阻害剤を提供する。さらに、当業者には理解されようが、本明細書に記載されるシグネチャ及び方法は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８アゴニストを含めた他のＴＬＲアゴニストを含むがん治療も包含する。

【0029】

本明細書で使用されるがん療法から恩恵を受ける可能性が高い患者は、例えば、抗腫瘍応答の誘導によるものを含む、１つ以上のがん症状の緩和を示す患者である。抗腫瘍応答とは、治療剤、ＴＬＲ９アゴニスト（任意選択でＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤と併用して）で治療されたがん患者を指す場合、例えば、がん細胞数の低減、腫瘍サイズの低減、末梢器官へのがん細胞浸潤速度の低減、腫瘍転移もしくは腫瘍増殖速度の低減、または無増悪生存期間などの少なくとも１つのプラスの治療効果を意味する。がんにおけるプラスの治療効果は、いくつかの方法で測定することができる（Ｗ．Ａ．Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｎｕｌｌ．Ｍｅｄ．５０：１Ｓ－１０Ｓ（２００９）；Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，前出を参照のこと）。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１アンタゴニストに対する抗腫瘍応答を、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準、二次元ｉｒＲＣまたは一次元ｉｒＲＣを使用して評価する。いくつかの実施形態では、抗腫瘍応答は、ＳＤ（不変）、ＰＲ（部分奏効）、ＣＲ（完全奏効）、ＰＦＳ（無増悪生存期間）、ＤＦＳ（無病生存期間）、またはＯＳ（全生存期間）のいずれかである。いくつかの実施形態では、本開示の転写シグネチャは、固形腫瘍を有する対象がＰＲまたはＣＲを達成する可能性が高いかどうかを予測する。

【0030】

本明細書に記載の方法を使用して得られる転写シグネチャ及びシグネチャまたは遺伝子バイオマーカーは、ＴＬＲ９アゴニスト（任意選択で、ＰＤ－１に対する抗体などの１つ以上のチェックポイント阻害剤と併用して）による治療で臨床的有用性が得られる可能性が最も高いがん患者を同定するのに有用であり得る。この有用性は、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子（任意選択でＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤と併用して）の臨床試験を含むがこれらに限定されない様々な研究及び商業的用途でのそのようなバイオマーカーの使用を支持するものであり、その場合、患者は、遺伝子シグネチャもしくは遺伝子バイオマーカーに関して陽性もしくは陰性と判定されるか、患者の遺伝子シグネチャスコアを決定するための、または患者を遺伝子シグネチャ及び／または遺伝子バイオマーカーに関して陽性もしくは陰性として分類するための診断方法及び製品、患者の遺伝子シグネチャスコアまたはバイオマーカーの状態に基づいて患者の薬物療法を調整することを含む個別化された治療方法、ならびに遺伝子シグネチャバイオマーカーに関して陽性と判定された患者の治療に使用するためのＴＬＲ９アゴニストを（任意選択でＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤と組み合わせて）含む医薬組成物及び医薬品に基づいて選択される。

【0031】

本明細書で特許請求される研究及び商業的用途のいずれかの有用性は、遺伝子シグネチャバイオマーカーに陽性と判定された患者の１００％が、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子（任意選択で、ＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤と併用して）に対する抗腫瘍応答を達成する必要はなく、また、すべての対象においてバイオマーカーの有無を判定する際に特定の程度の特異性または感度を有する診断方法またはキットを必要とせず、また、すべての対象について、その対象がＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子（任意選択でＰＤ－１に対する抗体などのチェックポイント阻害剤と併用して）に対して有益な応答を有する可能性が高いかどうかを予測する際に、本明細書で特許請求される診断方法が１００％の精度であることを必要としない。したがって、本明細書の本開示は、用語「判定する（ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ）」、「決定する（ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ）」、及び「予測する（ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ）」が、明確または特定の結果を必要とするかのように解釈されるべきではないことを規定し、代わりに、これらの用語は、特許請求される方法が少なくとも大部分の対象に対して正確な結果を提供するか、または任意の所与の対象についての結果もしくは予測が不正確であるよりも正確である可能性が高いことのいずれかを意味すると解釈すべきである。

【0032】

ＴＬＲ９アゴニストがん療法に対する応答に関連するバイオマーカー
本開示は、がん療法に応答するためのバイオマーカーを提供する。本開示は、例えば、がん治療から恩恵を受ける可能性が高い患者が同定された後、がんを治療するために免疫活性化を促進し、免疫阻害を低減する、例えばメタファー的には、免疫系の「アクセルを踏み」ながら「ブレーキを解放する」、製剤、組成物、及び方法をさらに提供する。本開示は、例えば、「コールド」（炎症していない、治療抵抗性または治療不応性の）がんまたは腫瘍を、チェックポイント阻害による治療を含む治療に適した「ホット」（または炎症した）がんまたは腫瘍に変換するために使用することができる。例えば、本明細書に記載のＴＬＲ９アゴニストは、いわゆる「コールド腫瘍」（すなわち、活性化免疫細胞による浸潤の程度が低い腫瘍）、または中間腫瘍を、免疫原性腫瘍、すなわち、中間または高度の活性化免疫細胞浸潤を有する腫瘍である「ホット腫瘍」へと変換するために使用される。ＴＬＲ９アゴニストはまた、「ホット」腫瘍を有する患者の治療においても、それ自体で、または例えばＰＤ－（Ｌ）１遮断薬などのＣＰＩと組み合わせて使用することができる。

【0033】

「コールド」腫瘍及び「ホット」腫瘍の概念は、当業者には周知である。コールド腫瘍は、免疫抑制性サイトカインで濃縮されることが多く、多数のＴ_ｒｅｇ細胞及び／または骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を有し得る。コールド腫瘍は通常、活性化Ｔ_Ｈ１細胞、ＮＫ細胞、及びＣＤ８^＋Ｔ細胞が比較的少なく、機能的抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞／ＤＣ）が少ない。対照的に、ホット腫瘍は、Ｔ_Ｈ１型ケモカインで比較的濃縮され、活性化したエフェクター免疫細胞（Ｔ_Ｈ１細胞、ＮＫ細胞、及びＣＤ８^＋Ｔ細胞）の数が比較的多く、及び／または機能的ＤＣの数が多い。

【0034】

免疫細胞浸潤の程度は、例えば、がん患者の臨床転帰を予測するために使用される、いわゆる「Ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅ」によって測定することができる。コンセンサスＩｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅは、腫瘍内のＣＤ３^＋及びＣＤ８^＋Ｔ細胞の密度及びその侵襲マージンをまとめたスコアリングシステムである。例えば、Ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅは、ＣＤ３^＋／ＣＤ８^＋Ｔ細胞密度に応じて低度、中間、高度に分類され得るが、参照研究において、０～２５％の密度は好ましくは低度とスコアリングされ、２５～７０％の密度は好ましくは中間とスコアリングされ、７０～１００％の密度は好ましくは高度とスコアリングされる（Ｐａｇｅ Ｆ．ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｌａｎｃｅｔ ３９１（１０１３５）：２１２８－２１３９）。コールド腫瘍は、免疫細胞浸潤の程度が低い、すなわち、好ましくは低度のＩｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅを有すると定義される。ホット腫瘍は、中間または高度の免疫細胞浸潤を有する、すなわち、好ましくは中間または高度のＩｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅを有すると定義され得る。

【0035】

いくつかの腫瘍型は、多くの場合、治療前であってもホット腫瘍型、例えば黒色腫に属する。これらのホット腫瘍は、コールド腫瘍よりもチェックポイント阻害剤に対して頻繁に応答する。コールド腫瘍は通常、チェックポイント阻害剤に十分に応答しない。本開示は、ＴＬＲ９アゴニストが、腫瘍への免疫細胞の浸潤を増加させ、それによって腫瘍微小環境にプラスの影響を与えることによって、そのような応答性を改善し得ることを提供する。したがって、コールド腫瘍患者は、ＴＬＲ９アゴニストによる治療から特に恩恵を受ける可能性がある。結果として、腫瘍はチェックポイント阻害剤に対してより良好な応答性を示し得る。それにより、コールド腫瘍がホット腫瘍へと変換され得る。

【0036】

腫瘍浸潤免疫細胞（存在する場合、ホット腫瘍であることが示唆され得る）は、特に活性化される場合、Ｔ_Ｈ１細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、及び／または樹状細胞（ＤＣ）を含むが、これらに限定されない。同様に、炎症性サイトカイン、例えば、インターフェロン、ＩＬ－１２、ＩＦＮ－ｇ、及び／またはＩ型ＩＦＮが存在する場合も、ホット腫瘍であることが示唆される。

【0037】

ＴＩＤＥは、ＣＰＩに応答する可能性が高い腫瘍を、腫瘍炎症のレベルに部分的に基づいて、そうでない腫瘍と機能的に区別するための別のアプローチとして、腫瘍における免疫機能不全のレベルを推定するために開発されたアルゴリズムである。

【0038】

ＷＯ／２０１６／０９４３７７には、ホット／炎症した腫瘍とコールド／炎症していない腫瘍とを区別するためのいくつかのアプローチのうちの１つが記載されており、この場合、転写プロファイリングを使用して、「ＩＦＮ１８」遺伝子ＣＤ３Ｄ、ＩＤＯ１、ＣＩＩＴＡ、ＣＤ３Ｅ、ＣＣＬ５、ＧＺＭＫ、ＣＤ２、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１３、ＩＬ２ＲＧ、ＮＫＧ７、ＨＬＡ－Ｅ、ＬＡＧ３、ＴＡＧＡＰ、ＣＸＣＬ１０、ＳＴＡＴ１、ＧＺＭＢ、ＣＸＣＲ６のＲＮＡ転写産物のレベルを決定する。

【0039】

対象から取り出した腫瘍組織の試料中で、転写シグネチャ（すなわち、ＴＬＲ９アゴニストがん療法に対する応答に関連するバイオマーカーシグネチャ）を判定する。腫瘍は、原発性または再発性であってもよく、任意の型（上記のような）、任意の病期（例えば、ステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ、もしくはＩＶ、または他のステージングシステムの同等のもの）、及び／または組織学であってもよい。対象は、任意の年齢、性別、治療歴、及び／または寛解の程度及び期間のものであってよい。腫瘍試料は、外科的切除、吸引、または生検を含むがこれらに限定されない様々な手順によって得ることができる。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞を検出し、試験することができる「液体生検」または血液試料から腫瘍試料を取得してもよい。組織試料を、新鮮な標本として切片化し、アッセイしてもよく、あるいは、組織試料をさらなる切片化のために凍結させてもよい。いくつかの実施形態では、組織試料を、パラフィンなどの中に固定し包埋することにより保存する。

【0040】

腫瘍組織の適切な試料が得られると、いくつかの実施形態では、それを解析して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子もしくは本明細書で提供される他の遺伝子及びシグネチャ、またはそれらに由来する遺伝子シグネチャのそれぞれ、または１つ以上、または５つ以上などについて、ＲＮＡ発現レベルを定量化する。いくつかの実施形態では、試料を分析して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、または４１のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子もしくは本明細書で提供される他の遺伝子及びシグネチャ、またはそれらに由来する遺伝子シグネチャについて、ＲＮＡ発現レベルを定量化する。本明細書で使用される場合、語句「遺伝子のＲＮＡ発現レベルを決定する」とは、その遺伝子から転写されたＲＮＡを検出し、定量することを指す。用語「ＲＮＡ転写産物」には、遺伝子から転写されたｍＲＮＡ、及び／またはその特定のスプライシングバリアント、及び／またはそのようなｍＲＮＡ及びスプライシングバリアントの断片が含まれる。

【0041】

当業者であれば、いくつかの方法を使用して、分析用に組織試料からＲＮＡを単離することができることを理解するであろう。例えば、凍結組織試料から、イソチオシアン酸グアニジニウム中のホモジナイゼーション及び酸フェノール－クロロホルム抽出によってＲＮＡを単離してもよい。ＦＦＰＥ試料からＲＮＡを単離するための市販のキットが入手可能であり、多くの企業が腫瘍生検でこのサービスを提供している。腫瘍試料がスライドガラス上のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片である場合、単離された全ＲＮＡ上ではなく、全細胞溶解物上で遺伝子発現解析を実施することが可能である。

【0042】

当業者はまた、単離されたＲＮＡまたは全細胞溶解物内のＲＮＡ転写産物のレベルを検出し、定量するのに有用ないくつかの方法を認識している。定量的検出方法としては、アレイ（すなわち、マイクロアレイ）、定量的リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、マルチプレックスアッセイ、ヌクレアーゼ保護アッセイ、及びノーザンブロット分析が挙げられるが、これらに限定されない。一般に、そのような方法では、検出しようとする各転写産物の一部に相補的な標識プローブを用いる。これらの方法に用いるためのプローブは、遺伝子及びそこから発現させる転写産物の既知の配列に基づいて容易に設計することができる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子の転写産物を検出するためのプローブは、その遺伝子の標的領域に特異的にハイブリダイズするように設計されている。プローブの適切な標識は周知であり、例えば、蛍光、化学発光、及び放射性標識が含まれる。

【0043】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子、またはそれに由来する転写シグネチャの発現についての腫瘍試料のアッセイでは、分子ビーコン検出分子と組み合わせた核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）を使用したリアルタイムでのＲＮＡレベルの検出及び定量化を使用する。ＮＡＳＢＡは、例えばＣｏｍｐｔｏｎ Ｊ．，Ｎａｔｕｒｅ ３５０（６３１３）：９１－９２（１９９１）に記載されている。ＮＡＳＢＡは、単一ステップの等温ＲＮＡ特異的増幅法である。他の実施形態では、アッセイ形式は、Ｉｎｖａｄｅｒ（商標）アッセイ（Ｔｈｉｒｄ Ｗａｖｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）などのｆｌａｐエンドヌクレアーゼベースの形式である。さらに他の実施形態では、このアッセイ形式は、分岐状ＤＮＡによる直接的なｍＲＮＡ捕捉（ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（商標）、Ｐａｎｏｍｉｃｓ）またはＨｙｂｒｉｄ Ｃａｐｔｕｒｅ（商標）（Ｄｉｇｅｎｅ）を用いる。

【0044】

本発明の遺伝子発現プラットフォームにおける遺伝子の発現を測定する際の使用に適したアレイ技術の一例は、ＨＴＧ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，Ｔｕｃｓｏｎ Ａｒｉｚｏｎａによって販売され、Ｍａｒｔｅｌ，Ｒ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ，Ａｓｓａｙ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ １（１）：６１－７１，２００２に記載されているＡｒｒａｙＰｌａｔｅ（商標）アッセイ技術である。

【0045】

別の実施形態では、本明細書で提供されるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子の転写産物の存在量を測定するための１つのアッセイ法は、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＵＳＡ）が販売するｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）分析システムを利用する。Ｇｅｉｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２（３）：３１７－３２５（２００８）に記載されているこのシステムは、検出すべき転写産物に相補的な３５～５０塩基配列を各々が含む捕捉プローブ及びレポータープローブという一対のプローブを利用する。捕捉プローブはさらに、固定化タグ、例えば、データ収集のために複合体を固定化することを可能にするアフィニティータグにカップリングされた短い共通配列を含む。レポータープローブはさらに、検出可能なシグナルまたは標識を含み、例えば、色分けされたタグに結合される。ハイブリダイゼーション後、過剰なプローブを試料から除去し、ハイブリダイズしたプローブ／標的複合体をアラインし、カートリッジ内のアフィニティータグまたは他のタグを介して固定化する。次いで、試料を、例えば、この目的に適合したデジタルアナライザまたは他のプロセッサを用いて分析する。一般に、各転写産物の色分けされたタグを各標的転写産物についてカウントし、表にすることで、試料中の各転写産物の発現レベルが得られる。このシステムは、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇによって設計された捕捉プローブ及びレポータープローブを使用して、単一のマルチプレックスアッセイで数百のユニークな遺伝子転写産物の発現を測定することができる。

【0046】

ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子及び本明細書で提供される他の遺伝子の発現を測定する際、いくつかの実施形態では、腫瘍試料中の遺伝子の各々の絶対発現を、同じ腫瘍試料の１つ以上のハウスキーピング遺伝子または構成的発現遺伝子などの対照と比較する。この方法により、バイオマーカーシグネチャまたは遺伝子の発現レベルが各試料内で正規化され、試料間でのバイオマーカーシグネチャまたは遺伝子の発現の相対レベルを比較することが可能になり、それによって、特定の集団またはデータセットについての平均発現レベルと比較した、特定の試料または試料セットのエンリッチメントスコアが定義される。比較の感度を増加させるために、発現レベル値を、好ましくは、いくつかの方法のいずれかで変換する。したがって、本明細書で使用される場合、語句「…の発現の濃縮されたレベルを検出する」とは、自然免疫活性化因子を用いた治療に応答する可能性が高いがん患者を区別するための用途に関する場合、バイオマーカーシグネチャまたは遺伝子のＲＮＡ発現の大きさが、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子による治療に応答する確率が低い患者における大きさに比べて相対的に大きいことを示すことを意味する。当業者であれば理解するであろうが、療法で治療される患者を選択するためのアッセイとして使用されるエンリッチメントスコアのカットオフは、特定の患者集団における応答を予測するためのバイオマーカーの感度及び特異性に基づいており、バイオマーカーの分野における標準的な方法を使用して決定される。理想的には、エンリッチメントスコアのカットオフは、治療に応答するであろうすべての患者を含み、応答しないであろうすべての患者を除外する。したがって、閾値は、患者の個人的な特性及び他の利用可能な治療の選択肢に応じて、個々の患者に腫瘍治療の成功の最大の可能性を提供すると考えられる多くの要因に依存し得る。例えば、エンリッチメントスコアのカットオフは、少なくとも５つのｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物についてのデータセットにおける平均発現レベルに基づいて決定することができる（例えば、Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２４（２０１８）：１５５０－１５５８を参照のこと）。いくつかの実施形態では、エンリッチメントスコアのカットオフを、Ａｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（ＷＯ／２０１６／０９４３７７）（その全体が参照により本明細書に援用される）に記載されている統計的手法のいずれかを使用して決定する。

【0047】

エンリッチメントスコアを他の予後因子またはバイオマーカーと併用して、この予測を行ってもよい。他の予後因子またはバイオマーカーの非限定的な例としては、（ａ）低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在／非存在、（ｂ）ＥＬＦ２の発現レベル、（ｃ）低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団の存在／非存在、及び／または（ｄ）ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの発現レベルが挙げられる。

【0048】

がん療法で治療される患者を選択することを目的として、異なる生検及びデータセットにわたってエンリッチメントスコアを標準化するために、当業者に周知の標準的な方法を使用して、内部対照として選択されたハウスキーピングまたは他のＲＮＡに対してシグネチャ発現が正規化されるように、所望のエンリッチメントレベルを設定する。腫瘍の病期及び位置、腫瘍型、他の治療の既往歴、ならびに他のバイオマーカーシグネチャ及び遺伝子の存在または非存在に応じて、異なるエンリッチメントスコアを使用して、治療のために患者を選択してもよい。いくつかの実施形態では、「パートナー」遺伝子またはシグネチャをバイオマーカー遺伝子またはシグネチャと数学的に組み合わせることにより、レスポンダーであると考えられる患者を除外することなく、治療に対して応答する確率が最も高い患者を選択する際に、より高いレベルの識別がもたらされる。これらの因子のすべてを考慮すると、レスポンダーを予測することを目的とした濃縮された発現レベルは、最低１０％の発現（すなわち、エンリッチメントスコアのカットオフは、特定の集団内で９０％の患者を含み得る）、もしくは最低２０％の発現、もしくは最低３０％、もしくは最低４０％を有する患者における発現レベルよりも高い場合があるか、またはいくつかの実施形態では、濃縮された発現レベルは、全集団中の平均発現レベルよりも高い。いくつかの実施形態では、治療のために患者を選択するために使用するエンリッチメントスコアは、発現の最高１０％、もしくは最高２０％、もしくは最高３０％、もしくは最高４０％、またはこれらの値のいずれかの間の中間レベルのみを含む。

【0049】

同様に、他のシグネチャまたは遺伝子を検出または測定する場合、細胞集団の存在量、遺伝子発現、または他のマーカーの測定を、周知の標準に基づいて、または対照試料と比較することによって行う。例えば、本明細書で使用される場合、語句「ＥＬＦ２の発現の上昇」とは、上記のエンリッチメントスコアの使用と同様に、対照遺伝子と比較して相対的に低いレベルのＥＬＦ２ ＲＮＡを含有する腫瘍を有する患者と比較して、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子に対する応答の確率がより高いことと関連する発現レベルを意味する。本明細書で提供されるいくつかのバイオマーカーシグネチャ及び遺伝子は、自然免疫活性化因子またはＴＬＲ９アゴニストでの治療に対する耐性と関連しており、そのため、これらのバイオマーカーを使用した治療の選択は、応答と正の相関関係にあるバイオマーカーシグネチャ及び遺伝子について上記で説明した方法とは逆に、全集団と比較して発現レベルまたはエンリッチメントが低下していることを検出することに基づいている。

【0050】

本明細書に記載の免疫細胞についてのシグネチャは、分子シグネチャデータベース（ＭＳｉｇＤＢ）内に含まれており、例えば、ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャについてはＲＥＡＣＴＯＭＥ＿ＧＡＢＡ＿Ｂ＿ＲＥＣＥＰＴＯＲ＿ＡＣＴＩＶＡＴＩＯＮ、Ｔ_ｒｅｇについてはＴ＿ｃｅｌｌ＿ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ＿（Ｔ_ｒｅｇ）＿ＣＩＢＥＲＳＯＲＴ、マクロファージ／単球についてはＭａｃｒｏｐｈａｇｅ／Ｍｏｎｏｃｙｔｅ＿ＭＣＰＣＯＵＮＴＥＲなどの免疫細胞シグネチャが挙げられる。本明細書で使用される場合、語句「低Ｔ_ｒｅｇ細胞集団」、「ＧＡＢＡ Ｂ細胞シグネチャの低発現」、「マクロファージ／単球シグネチャの低発現」、またはＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＧＦＢ２、ＴＮＦＡ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、Ｃ１ＱＣ、及び／またはＰＤ－Ｌ１のいずれかの低発現とは、本明細書に記載されているような特定の患者集団内で発現レベルが高い患者と比較して、ＴＬＲ９アゴニストなどの自然免疫活性化因子に対する応答の確率の増加と関連することが示されているこれらのシグネチャ及び／または遺伝子のいずれか１つ以上の発現の相対レベルを指す。

【0051】

本明細書に記載の遺伝子発現プラットフォームにおける臨床応答遺伝子の生の発現値は、下記のいずれかによって正規化され得る：ハウスキーピング遺伝子のセットの平均ＲＮＡレベルによる共通の参照分布への分位正規化、パーセンタイル、例えば７５パーセンタイルに依存するグローバル正規化、または当業者に公知の他の生物学的及び臨床的に関連する正規化アプローチ。

【0052】

例えば、各臨床応答遺伝子の発現レベルを、遺伝子発現プラットフォーム内の全遺伝子の平均ＲＮＡ発現レベルによって、または正規化遺伝子のセット、例えば、ハウスキーピング遺伝子の平均発現レベルによって正規化することができる。したがって、一実施形態では、遺伝子発現プラットフォーム内の遺伝子は、プローブのセットによって表され、遺伝子の各々のＲＮＡ発現レベルは、表される遺伝子のすべてにわたる、すなわち、本明細書に記載の遺伝子発現プラットフォーム内の全臨床応答遺伝子及び正規化遺伝子にわたる平均発現レベルまたは発現レベル中央値によって正規化される。特定の実施形態では、正規化は、遺伝子発現プラットフォーム内の全遺伝子のＲＮＡ発現レベル中央値または平均レベルを除算することによって実行される。別の実施形態では、臨床応答遺伝子のＲＮＡ発現レベルを、正規化遺伝子セットの発現レベルの平均または中央値によって正規化する。特定の実施形態では、正規化遺伝子は、ハウスキーピング遺伝子を含む。別の特定の実施形態では、臨床応答遺伝子について測定したＲＮＡ発現レベルの正規化は、測定されたレベルを正規化遺伝子の発現レベル中央値または平均発現レベルで割ることによって達成される。

【0053】

対象の腫瘍試料を標準または対照と比較する場合、試料中の特定の遺伝子の発現値を、標準または対照におけるその遺伝子の発現値と比較する。いくつかの実施形態では、本発明の遺伝子シグネチャにおける各遺伝子について、標準または対照に対する個々の試料中の発現値について、対数（１０）比を作成する。遺伝子シグネチャのスコアは、シグネチャ内の遺伝子の平均ｌｏｇ（１０）比を決定することによって計算される。被験試料の遺伝子シグネチャスコアが、その遺伝子シグネチャの所定の閾値以上の場合、その試料はその遺伝子シグネチャバイオマーカーに対して陽性であるとみなされる。所定の閾値はまた、標準または対照として使用される試料のコレクションまたはプールされた試料中のその遺伝子シグネチャのスコアの平均値、中央値、またはパーセンタイルであり得る。

【0054】

本明細書で得られるシグネチャは、ＰＤ－１遮断に抵抗性の患者において定義された。すなわち、ＰＤ－１遮断に対する応答を予測する腫瘍シグネチャを元々有していた患者は、通常、ＣＰＩに応答しており、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄを用いた臨床試験の候補ではないであろう。ＰＤ－１遮断にナイーブである患者が、チェックポイント阻害剤と併用した自然免疫活性化因子の併用療法による治療を検討している場合、別個のバイオマーカーを使用して、患者がチェックポイント阻害剤単独に応答する確率を予測するとともに、自然免疫活性化因子に対する応答を予測してもよい。チェックポイント阻害剤に対する応答を予測するバイオマーカー（例えば、ＴＩＤＥ、ＩＦＮ１８、ＣＰＳ、Ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅなど）を有する患者は、これらの患者が自然免疫活性化因子に対する応答を予測するための本明細書に記載のバイオマーカーのうちの１つ以上のエンリッチメントを示す場合、自然免疫活性化因子に応答するそれらのバイオマーカーのエンリッチメントレベルが、患者がＰＤ－１遮断に対する応答を予測するシグネチャを有していない場合（すなわち、患者が「コールド」腫瘍を有していた場合）に使用されるであろう閾値を下回っている場合であっても、組み合わせによる治療のために選択され得る。チェックポイント阻害剤に自然免疫活性化因子を追加すると、チェックポイント阻害剤単独による治療と比較して、応答の期間及び深さが改善され得ると考えられており、本明細書に記載のバイオマーカー戦略は、そのような組み合わせから恩恵を受けることが最も多い患者の選択に役立ち得る。

【0055】

当業者であれば、ｌｏｇ（１０）比に加えて他の示差的な発現値を、その値が遺伝子の転写産物の存在量の客観的な測定値を表す限り、シグネチャスコアの計算に使用してもよいことを認識するであろう。例としては、ｘｄｅｖ、誤差重み付け対数（比）、及び平均減算対数（強度）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0056】

本明細書に記載の遺伝子発現プラットフォームまたは遺伝子シグネチャにおける遺伝子の発現についての腫瘍試料のアッセイを、この目的のために特別に設計されたキットを使用して実施してもよい。一実施形態では、キットは、本明細書に記載のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物などの標的転写産物のセットにハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドプローブのセットを含む。オリゴヌクレオチドプローブのセットは、マイクロチップ、シリカビーズ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡのＢｅａｄＡｒｒａｙ技術など）、またはスライドガラス（例えば、ＷＯ９８／２００２０及びＷＯ９８／２００１９を参照のこと）などの固相表面上のオリゴヌクレオチドの規則的なアレイを含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブを、液体形態または乾燥形態の１つ以上の組成物中に提供する。キットはまた、いくつかの実施形態では、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）、ｍＲＮＡシーケンシング（ｍＲＮＡ－Ｓｅｑ）、標的化ＲＮＡ－Ｓｅｑ、及び非コードＲＮＡ－Ｓｅｑ、ナノストリング、マイクロアレイ、または他のハイブリダイゼーションベースの技法のための試薬を含み得る。例えば、キットは、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ遺伝子転写産物などの標的転写産物の１つ以上の存在を検出することができるか、またはその発現レベルを決定することができる試薬を含み得る。

【0057】

本開示のキットはまた、他の試薬、例えば、ハイブリダイゼーションバッファー、及び特定の標的分子とのハイブリダイゼーションがいつ生じたかを検出するための試薬を含み得る。検出試薬は、ビオチンまたは蛍光タグ付きオリゴヌクレオチド、及び／または酵素標識抗体、及び酵素によって作用される場合に検出可能なシグナルを生成する１つ以上の基質を含み得る。当業者であれば、アッセイを実施するためのオリゴヌクレオチド及び試薬のセットが、生物学的または化学的活性を保存し、アッセイにおける適切な使用を可能にするために適切な場合、キット容器に配置される別個のレセプタクル中に提供されることを理解するであろう。

【0058】

転写バイオマーカー
本明細書に記載されるように、本開示は、患者が例えばＴＬＲ９ベースのがん療法から恩恵を受けるかどうかを判断するために使用することができる転写マーカー（例えば、ｍＲＮＡ転写産物）を提供する。いくつかの実施形態では、転写マーカーは、ＥＲからゴルジへの輸送及び小胞輸送に関与する遺伝子に関連している。いくつかの実施形態では、これらの遺伝子には、本明細書において「ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ」または「ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ」と称されるＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、ＶＡＰＡのうちの一部または全部が含まれる。

【0059】

密接に関連するエンドソーム自然免疫受容体ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８と同様に、ＴＬＲ９は、静止細胞内の小胞体（ＥＲ）で産生され、主にそこに常在する（Ｃｈｏｃｋａｌｉｎｇａｍ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００９，８７，２０９－２１７）。ＣｐＧ－ＤＮＡで刺激すると、ＴＬＲ９は、初期エンドソームに再分布する。エンドリソソーム局在化は、ＣｐＧ ＤＮＡに対するＴＬＲ９応答にとって重要であり、なぜなら、ＩＦＮ－ａ産生を最大に誘導するＣｐＧ－Ａ ＤＮＡが初期エンドソームに蓄積する一方で、より強力な炎症性サイトカイン及び免疫細胞成熟を誘導するホスホロチオエート骨格を有するＣｐＧ－Ｂ及びＣｐＧ－Ｃ ＤＮＡが蓄積し、後期エンドソーム及び／またはリソソームにおいてＴＬＲ９を活性化するからである。ＴＬＲ９のプールは、ＥＲからゴルジ複合体を介して構成的に輸送され、エンドリソソームに存在すると考えられており、このＴＬＲ９のプールは、シグナル伝達に関与していると考えられている（Ｃｈｏｃｋａｌｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ）。タンパク質Ｕｎｃ９３ｂ１は、ＥＲからゴルジを介したエンドリソソームへのＴＬＲ９輸送に必要である（Ｅｗａｌｄ，Ｓ．Ｅ．，ａｎｄ Ｂａｒｔｏｎ，Ｇ．Ｍ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１１，２３：３－９に概説されている）。ＴＬＲ９（及びＴＬＲ７）の外部ドメインは、エンドリソソーム中で切断され、おそらくカテプシンＫなどのカテプシンによって切断され、ＴＬＲ９外部ドメインの切断は、ＣｐＧ ＤＮＡに対する応答に不可欠であると思われる（Ｅｗａｌｄ，Ｓ．Ｅ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｌｅｔｔｅｒｓ，ｄｏｉ．１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ０７４０５；Ｅｗａｌｄ，Ｓ．Ｅ．，ａｎｄ Ｂａｒｔｏｎ，Ｇ．Ｍ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１１，２３：３－９）。さらに、ゴルジ複合体を介するＴＬＲ９の移行は、ＣｐＧ ＤＮＡに応答して生じ、最適なシグナル伝達に必要とされることが報告されている（Ｃｈｏｃｋａｌｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ）。

【0060】

共焦点顕微鏡法により、ＨＭＧＢ１がＴＬＲ９と事前に会合し、静止細胞のＥＲ、ＥＲＧＩＣ、及びゴルジのマーカーと共局在することが明らかになる（Ｉｖａｎｏｖ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，２００７，１１０：６，１９７０－１９８１）。ＣｐＧオリゴデオキシヌクレオチド（ＣｐＧ－ＯＤＮ）で刺激すると、ＨＭＧＢ１及びＴＬＲ９は、初期エンドソームマーカーＥＥＡ１と共局在する。ＨＭＧＢ１の切除または枯渇により、ＣｐＧ－ＯＤＮに応答した初期エンドソームへのＴＬＲ９の再分布が損なわれた。結果として、ＨＭＧＢ１欠損細胞は、ＣｐＧ－ＯＤＮに対する応答の実質的な減少を示した（Ｉｖａｎｏｖ ｅｔ ａｌ）。Ｒａｂタンパク質は、細胞内膜輸送の重要な調節因子である。例えば、Ｒａｂ７は、後期エンドソーム及びリソソームへの輸送を調節し、リソソーム及びファゴソームの生合成、ならびに後期自食性液胞の成熟に重要であり、一方、Ｒａｂ７ｂは、エンドソームからトランスゴルジネットワーク（ＴＧＮ）への小胞輸送を制御する（Ｂｕｃｃｉ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｍｍｕｎ．Ａｎｄ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１０，３：５，４０１－４０４）。マウスＢ細胞におけるＲＡＢ７の過剰発現は、ＴＲＡＦ６の活性を上方制御し、ＮＦ－ｋＢの活性化を増強する（Ｙａｎ，Ｈｕｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２０４．５（２０２０）：１１４６－１１５７）。Ｒａｂ７ｂの高レベルの発現は、ＴＬＲ４及びＴＬＲ９を介した炎症反応を下方制御し、一方、枯渇は、これらの反応の上方制御をもたらす（Ｂｕｃｃｉ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｍｍｕｎ．Ａｎｄ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１０，３：５，４０１－４０４）。プロタンパク質転換酵素１／３（ＰＣ１／３）は、ＴＬＲ４及びＴＬＲ９依存性シグナル伝達の別の重要な調節因子であり、ＣｐＧ刺激後にＣｐＧ－ＯＤＮ含有エンドソームにおいてＴＬＲ９と急速に共局在し、多小胞体（ＭＶＢ）におけるＴＬＲ９のクラスター化及びＲａｂ７との共局在化を防止する（Ｄｕｈａｍｅｌ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．“Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ｒｅｐｏｒｔｓ，６．１（２０１６）：１－１３）。

【0061】

様々なＴＬＲ及び他の自然免疫受容体の基本的な生物学的性質の類似性は、ＴＬＲ９アゴニストに対する応答のためのバイオマーカーが、他のＴＬＲ９アゴニストだけでなく、より一般的には他のＴＬＲアゴニスト（特にＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８を含む）、ならびに、例えば、ｃＧＡＳ／ＳＴＩＮＧ及びＲＩＧ－Ｉアゴニスト、またはＬＧＰ２、ＭＤＡ５、ＰＫＲ、及び／またはＡＩＭ２の活性化因子を含む当業者に公知の他の自然免疫活性化因子に対する応答の予測に有用性を有し得ることを示唆している。

【0062】

ＥＲからゴルジネットワーク及び他の細胞内区画へのＴＬＲ９の移行を調節するメカニズムは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで免疫応答を調節する上で重要である可能性が高いが、最近まで、これらのプロセスに関連するバイオマーカーは、がん患者の腫瘍生検では同定されていなかった。

【0063】

さらに、本開示は、単独でまたはゴルジシグネチャと組み合わせてのいずれかで、患者が例えばＴＬＲ９ベースのがん療法から恩恵を受けるかどうかを判断するために使用することができる他の転写シグネチャを提供する。例えば、ＥＬＦ２の転写因子の高発現は、ベースラインのホット腫瘍及びコールド腫瘍全体にわたってｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答と関連しており、ＥＬＦ２の発現をゴルジシグネチャのエンリッチメントと組み合わせて、がん患者の集団におけるいずれかのバイオマーカー単独よりも高いｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答の予測値を達成することができる。

【0064】

他のバイオマーカー
いくつかの実施形態では、自然免疫活性化因子を含むがん免疫療法から恩恵を受ける可能性が高い対象を同定することは、１つ以上の他の予後因子またはバイオマーカーと組み合わせて、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄコアシグネチャ遺伝子転写産物を検出することを含む。転写シグネチャは、予後因子の一例を表す。これらの他の予後因子またはバイオマーカーをゴルジシグネチャの１つ以上と組み合わせて、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単独に対して、またはＰＤ－１遮断などの他の免疫療法との併用においてｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対して応答する確率をより正確に予測することができる。

【0065】

患者が、本発明に含まれるＴＬＲ９ベースのがん療法などの自然免疫活性化因子から恩恵を受ける可能性が高いと判断するために使用することができる他の転写シグネチャまたはバイオマーカーは、例えば、マクロファージ／単球の低ベースライン出現頻度（いくつかの公開された転写シグネチャのいずれかを使用して）、低ベースラインＴ_ｒｅｇシグネチャ（具体的には、Ｔ＿ｃｅｌｌ＿ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ＿（Ｔ_ｒｅｇｓ）＿ＣＩＢＥＲＳＯＲＴ）、及び中程度／低Ｂ細胞由来ＧＡＢＡシグネチャである。この目的のためのバイオマーカーの一部を構成し得る個々の遺伝子としては、特にベースラインの「ホット」腫瘍においてはＴＬＲ８、ＴＧＦＢ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、Ｃ１ＱＣ、及び／またはＰＤ－Ｌ１、または特にベースラインの「コールド」腫瘍においてはＴＬＲ９及び／またはＴＮＦＡが挙げられ、これらの遺伝子のうちの１つ以上の相対的に低いレベルの発現を使用して、自然免疫活性化因子による治療に応答する可能性が高い患者を同定する。

【0066】

転写バイオマーカーまたは他のバイオマーカーを提示する患者の治療方法
ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ（ＣＭＰ－００１）は、自然免疫と適応免疫を繋ぐ形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）を活性化するウイルス様粒子におけるファーストインクラスのＣｐＧ－Ａ ＴＬＲ９アゴニストである。ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄの腫瘍内（ＩＴ）注射は、ｉｎ ｓｉｔｕ免疫化として機能し、ネオ抗原に対する全身応答を有する抗腫瘍ＣＤ８^＋Ｔ細胞の生成を促進するように腫瘍微小環境をリプログラミングすることができる。ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄは、ＰＤ－１抵抗性及び／またはネオアジュバント黒色腫（ＮＣＴ０２６８０１８４及びＮＣＴ０３６１８６４１）、ＮＳＣＬＣ（ＮＣＴ０３４３８３１８）、ならびにＨＮＳＣＣ（ＮＣＴ０２５５４８１２）において、単独で、及び／またはＰＤ－１遮断との併用において抗腫瘍活性のエビデンスを示しており、ＭＳＳ ＣＲＣ（ＮＣＴ０３５０７６９９）においても評価されている。

【0067】

いくつかの実施形態では、本開示のＣｐＧ ＯＤＮは、少なくとも部分的に、大量のＩ型ＩＦＮを誘導する傾向を特徴とする。例示的なＣｐＧ ＯＤＮは、ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９（その全体が参照により本明細書に援用される）に記載されているＣｐＧ－Ａクラスの分子である。本開示の様々な実施形態において、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）を使用して、１つ以上のＣｐＧ ＯＤＮを製剤化する。ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９には、ＣＭＰ－００１を含めたＡクラスＣｐＧとのＶＬＰの使用が記載され、これは本明細書で具体的に企図される。

【0068】

ウイルスカプシドは、ほとんどの天然のウイルスに対して様々なサイズの保護殻を提供する（Ｍａｎｎｉｇｅ，Ｒ．Ｖ．，ａｎｄ Ｂｒｏｏｋｓ，Ｃ．Ｌ．，ＰＬｏＳＯＮＥ，５（３）：ｅ９４２３（２０１０）；Ｐｅｒｌｍｕｔｔｅｒ，Ｊ．Ｄ．，ａｎｄ Ｈａｇａｎ，Ｍ．Ｆ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４２７（１５）：２４５１－２４６７（２０１５）。ｓｓＲＮＡファージであるＱβについては、構造情報も入手可能である（Ｇｏｒｚｌｅｎｉｋ，Ｋ．Ｖ．，ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，１１３（４１）：１１５１９－１１５２４（２０１６）。様々なグループが、製剤中のＶＬＰの安定化に注目している（Ｌａｎｇ，ｒ．，ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｇ．，Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｔ．Ａｎｄ Ｉｎｄｕｓｔｒ．Ｐｈａｒｍ．，３５：８３－９７（２００９）；Ｍｅｒｔｅｎｓ，Ｂ．Ｓ．，ａｎｄ Ｖｅｌｅｖ，Ｏ．Ｄ．，Ｓｏｆｔ Ｍａｔｔｅｒ，１１（４４）：８６２１－８６３１（２０１５）；及びＳｈｉ，Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．，９４（７）：１５３８－１５５１（２００５））。

【0069】

本明細書で使用される場合、用語「治療有効量」とは、哺乳動物、好ましくはヒトに投与された場合に、化合物の非存在下で検出される応答と比較して、検出可能な治療応答を媒介する量を意味する。腫瘍成長（腫瘍サイズの静止を含む）、腫瘍サイズ、転移の阻害及び／または低減などであるがこれらに限定されない治療応答は、例えば、本明細書に開示されるような方法を含む、多数の当技術分野で認識されている方法によって容易に評価することができる。

【0070】

「治療有効量」は、腫瘍性障害の症状の１つ以上を検出可能にある程度軽減するのに必要な薬剤の量を限定することを意図しており、このことには限定されないが、１）がん細胞数の低減、２）腫瘍サイズの低減、３）末梢臓器へのがん細胞浸潤の抑制（すなわち、ある程度の遅延、好ましくは停止）、４）腫瘍転移の抑制（すなわち、ある程度の遅延、好ましくは停止）、５）腫瘍成長のある程度の抑制、６）障害に関連する症状の１つ以上のある程度の緩和もしくは軽減、及び／または７）抗がん剤の投与に伴う副作用の緩和もしくは軽減が含まれる。

【0071】

特定の好ましいＣｐＧ ＯＤＮは、多量または大量のＩ型ＩＦＮを誘導する。Ｉ型ＩＦＮを測定するためのアッセイは、当技術分野で周知であり、これにはｉｎ ｖｉｔｒｏ酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及び細胞ベースのアッセイ、例えば、本明細書に記載のアッセイが含まれる。限定することを意図しないが、多量または大量のＩ型ＩＦＮは、そのようなｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによる測定で約１０００ｐｇ／ｍＬ以上のＩＦＮ－αを指し得る。特定の実施形態では、多量または大量のＩ型ＩＦＮは、そのようなｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによる測定で約２０００ｐｇ／ｍＬ以上のＩＦＮ－αを指し得る。特定の実施形態では、多量または大量のＩ型ＩＦＮは、そのようなｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによる測定で約３０００ｐｇ／ｍＬ以上のＩＦＮ－αを指し得る。特定の実施形態では、多量または大量のＩ型ＩＦＮは、そのようなｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによる測定で約４０００ｐｇ／ｍＬ以上のＩＦＮ－αを指し得る。特定の実施形態では、多量または大量のＩ型ＩＦＮは、そのようなｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによる測定で約５，０００ｐｇ／ｍＬ以上のＩＦＮ－αを指し得る。

【0072】

特記なき限り、用語「患者」または「対象」は同じ意味で使用され、ヒト患者及び非ヒト霊長類などの哺乳動物、ならびにウサギ、ラット、及びマウスなどの獣医学的対象、ならびに他の動物を指す。好ましくは、「患者」または「対象」は、ヒトを指す。特定の実施形態では、対象は、成人のヒトである。特定の実施形態では、対象は小児である。特定の実施形態では、対象は約１８歳未満である。特定の実施形態では、対象は約１２歳未満である。

【0073】

本明細書で使用される場合、「治療する」とは、疾患の症状（すなわち、腫瘍成長及び／または転移、または免疫細胞の数及び／または活性によって媒介される他の効果など）を患者が経験する頻度を低減することを意味する。治療は、予防的（疾患の発症を予防もしくは遅延させるか、またはその臨床症状もしくは無症候性の症状の発現を予防すること）であってもよく、または疾患の発現後の症状の治療的な抑制もしくは緩和であってもよい。用語「治療する」には、疾患、病態、または障害の（ｉ）症状、合併症、もしくは生化学的徴候を予防するかもしくはその発症を遅延させ、（ｉｉ）症状を軽減し、及び／または（ｉｉｉ）さらなる発症を抑制もしくは停止させるために、本開示の化合物または薬剤を投与することが含まれる。

【0074】

ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを含む。少なくとも１つの非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチドは、シトシン－グアニンジヌクレオチド配列（すなわち、「ＣｐＧ ＤＮＡ」すなわちリン酸結合によって３’グアニンへ連結された５’シトシンを含有するＤＮＡ）を含有するオリゴヌクレオチド分子である。ＣｐＧオリゴヌクレオチド全体を非メチル化とすることができ、または一部が非メチル化であってもよいが、少なくとも５’ＣＧ３’のＣは非メチル化でなければならない。

【0075】

ＣｐＧ ＯＤＮは一般に、約８～１００ヌクレオチド長である。特定の実施形態では、ＣｐＧ ＯＤＮは、約８～５０ヌクレオチド長、約８～４０ヌクレオチド長、約８～３０ヌクレオチド長、約８～２４ヌクレオチド長、約８～２０ヌクレオチド長、または約８～１６ヌクレオチド長である。

【0076】

本明細書で記載されるように、いくつかの実施形態では、本開示のＣｐＧ ＯＤＮは、少なくとも部分的に、多量のＩ型ＩＦＮを誘導する傾向を特徴とする。例示的なＣｐＧ ＯＤＮは、例えば、ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９（その全体が参照により本明細書に援用される）に記載されているＣｐＧ－Ａクラスの分子である。具体的には、完全にＰＯ ＯＤＮ Ｇ１０（配列番号８２、ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９の図６及び７中で「ＣＹＴ００３」と表記される）が、本明細書で企図される：
ＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＡＣＧＡＴＣＧＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧ （配列番号１）

【0077】

本明細書に記載されるように、本明細書に記載の方法は、様々な実施形態において、放射線療法、化学療法、外科手術、及び／またはシクロホスファミド、小分子阻害剤、及び／またはＣＴＬＡ－４、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ（ＣＤ１３７Ｌ）、ＰＤＬ１（ＰＤ－Ｌ１）、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、ＢＴＬＡ、ＳＩＧＬＥＣ９、及び２Ｂ４を含むがこれらに限定されないチェックポイント阻害剤、ならびにペムブロリズマブ、アベルマブ、アテゾリズマブ、セトレリマブ、ドスタリマブ、セミプリマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、デュルバルマブ、またはニボルマブなどだがこれらに限定されないチェックポイント阻害剤の投与を含み得る。

【0078】

本開示は、一実施形態において、がん性腫瘍内に、またはその近傍にＣｐＧ ＯＤＮを局所投与し、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、または抗ＣＴＬＡ－４抗体などのチェックポイント阻害剤を全身投与してがんを治療することを含む、併用腫瘍免疫療法に関する。

【0079】

高ＩＦＮ誘導性ＣｐＧ ＯＤＮと、抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１、または抗ＣＴＬＡ－４との組み合わせは、原発性及び二次性（すなわち、転移性）がんの治療に有用である。より具体的には、多くの潜在的な治療選択肢の中で、ＣｐＧ ＯＤＮと抗チェックポイントの併用療法を使用して、がんを治療することができる。特定の実施形態では、治療しようとするがんは、がん性腫瘍であるか、またはがん性腫瘍を含む。本明細書で使用される「がん性腫瘍」とは、正常な外部シグナルによって調節されないそれらの成長または増殖を特徴とする、異常な細胞を含む細胞の異常な腫脹または巨視的な集合体を指す。特定の実施形態では、がん性腫瘍は、がん腫、肉腫、または腺癌であり、これらは、固形腫瘍と称されることもある。特定の実施形態では、がん性腫瘍は、血液悪性腫瘍を除外する。特定の実施形態では、がん性腫瘍は、特定の悪性血液疾患、例えば、リンパ腫を含む。

【0080】

本開示の方法（例えば、１つ以上のＣｐＧ－ＯＤＮの単独の投与または１つ以上のＣＰＩとの併用によるがんの治療方法）によって治療可能な代表的ながんとしては、具体的には、限定されないが、皮膚、頭頸部、食道、胃、肝臓、結腸、直腸、膵臓、肺、乳房、子宮頸部、卵巣、腎臓、膀胱、前立腺、甲状腺、脳、筋肉、及び骨のがんが挙げられる。本発明の方法で治療可能ながんの中には、具体的には、黒色腫、腎細胞癌、及び非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）も含まれる。本発明の方法で治療可能ながんの中には、具体的には、リンパ腫、骨髄癌、カルチノイド腫瘍、及び神経芽細胞腫も含まれる。

【0081】

いくつかの実施形態では、前述のがんが好ましい一方で、本開示は、カポジ肉腫、滑膜肉腫、中皮腫、肝胆道（肝管及び胆管）、原発性脳腫瘍もしくは二次性脳腫瘍、肺癌（ＮＳＣＬＣ及びＳＣＬＣ）、骨癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚黒色腫もしくは眼内黒色腫、肛門部癌、胃（ｓｔｏｍａｃｈ）（胃（ｇａｓｔｒｉｃ））癌、胃腸（胃、結腸直腸、及び十二指腸）癌、結腸癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、食道癌、小腸癌、内分泌系の癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、前立腺癌、陰茎癌、精巣癌、膀胱癌、腎癌もしくは尿管癌、腎盪癌、膵臓癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物（原発性または二次性ＣＮＳ腫瘍を含む）、脊椎軸腫瘍、脳幹神経膠腫、神経膠芽腫、髄膜腫、筋芽腫、星細胞腫、下垂体腺腫、副腎皮質癌、胆嚢癌、胆管癌、線維肉腫、神経芽細胞腫、及び網膜芽細胞腫、ならびに、いくつかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫（低悪性及び侵襲性を含むＮＨＬ）、ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、リンパ球性リンパ腫、原発性ＣＮＳリンパ腫、慢性もしくは急性骨髄性白血病、慢性もしくは急性リンパ性白血病、赤血球腫、及び多発性骨髄腫、または前述のがんのうちの２つ以上の組み合わせを含むがこれらに限定されない、多種多様な悪性細胞増殖性障害の治療に関する。

【0082】

がんと診断された、またはがんを有することが疑われる対象に適用される「腫瘍」とは、任意のサイズの悪性または潜在的に悪性の新生物または組織塊を指し、原発性腫瘍及び二次性新生物を含む。固形腫瘍は、通常嚢胞または液状領域を含まない組織の異常な成長または塊である。異なる型の固形腫瘍は、その腫瘍を形成している細胞型から名付けられる。固形腫瘍の例は、肉腫、がん腫、及びリンパ腫である。白血病（血液のがん）は一般に、固形腫瘍を形成しない（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｅｒｍｓ）。

【0083】

「腫瘍量」は「腫瘍負荷」とも称され、身体全体に分布する腫瘍物質の総量を指す。腫瘍量とは、リンパ節及び骨狭窄部を含む身体全体にわたるがん細胞の総数または腫瘍（複数可）の総サイズを指す。腫瘍量は、当技術分野で公知の様々な方法によって、例えば、対象から除去する際に、例えばノギスを用いて、または体内に存在する間に画像化技術、例えば、超音波、骨スキャン、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、または磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）スキャンを用いて、腫瘍（複数可）の寸法を測定することによって決定することができる。

【0084】

用語「腫瘍サイズ」とは、腫瘍の長さ及び幅として測定され得る腫瘍の総サイズを指す。腫瘍サイズは、当技術分野で公知の様々な方法によって、例えば、対象から除去する際に、例えばノギスを用いて、または体内に存在する間に画像化技術、例えば、骨スキャン、超音波、ＣＴ、またはＭＲＩスキャンを用いて、腫瘍（複数可）の寸法を測定することによって決定してもよい。

【0085】

治療しようとするがんは、抵抗性のがん、例えばＰＤ－１に対して抵抗性のがんであってもよい。本明細書で使用される抵抗性のがんは、処方される通常の標準治療に抵抗性のがんである。これらのがんは、最初は治療に応答性であるように見える（そしてその後再発する）場合もあれば、治療に完全に応答しない場合もある。通常の標準治療は、対象におけるがんの型、及び進行の程度に応じて様々に異なる。標準治療は、化学療法、免疫療法、外科手術、放射線治療、またはそれらの組み合わせであってもよい。当業者は、そのような標準治療を認識している。したがって、抵抗性のがんについて本発明によって治療される対象は、それらのがんに対する別の治療にすでに曝露されている場合がある。あるいは、がんが抵抗性である可能性が高い場合（例えば、対象のがん細胞または病歴の分析が可能であれば）、対象は別の治療にまだ曝露されていない可能性がある。

【0086】

特定の実施形態では、抵抗性のがんには、チェックポイント阻害剤による治療に対して抵抗性であるがんが含まれる。このタイプのがんは、「コールド」と称されることがある。本発明の方法を使用して、そのような「コールド」のがんまたは腫瘍を治療して、それらを「ホット」のがんまたは腫瘍に、すなわちチェックポイント阻害剤、さらには同一のチェックポイント阻害剤による治療を含む、治療に応答するがんまたは腫瘍に変換することができる。

【0087】

抵抗性のがんの例としては、黒色腫、腎細胞癌、結腸癌、肝臓（肝）癌、膵臓癌、非ホジキンリンパ腫、他のリンパ腫、肺癌、前立腺癌、乳癌、及び白血病が挙げられるが、これらに限定されない。

【0088】

本開示の方法に従って、本明細書に記載されるがん療法を、様々な実施形態において、がん性腫瘍に局所的に、すなわち、腫瘍内投与または腫瘍周囲への投与によって投与する。あるいはまたはさらに、特定の実施形態では、ＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法を、例えば、腹腔内注射もしくは注入または小胞内滴下注入によって、がん性腫瘍に局所的に投与する。当業者であれば理解するであろうが、本明細書に記載されるＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストの投与を含むがん療法は、好ましい実施形態では、本明細書に記載されるように、ＶＬＰ、例えばＱβ、及びＣＭＰ－００１を介した投与に関する投与量及び投与レジメンを含む。このように、ＶＬＰは、約１ｍｇ～約１００ｍｇの量のバクテリオファージＱβコートタンパク質を含む。他の実施形態では、ＶＬＰは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２５、５０、または１００ｍｇの量のバクテリオファージＱβコートタンパク質を含む。他の実施形態では、１．５６ｍｇ、約３．１２５ｍｇ、約６．２５ｍｇ、約１２．５ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、または約１００ｍｇが企図される。

【0089】

いくつかの実施形態では、約８０個のオリゴヌクレオチド、例えば、本明細書に記載のＧ１０もしくは他のＣｐＧ ＯＤＮ、またはおよそ７６０ｋＤａの分子量のＣｐＧ ＯＤＮ凝集体をＶＬＰにパッケージングする。いくつかの実施形態では、１、５、１０、５０、８０、１００、１２０、１５０、もしくは２００、またはそれ以上のオリゴをパッケージングする。

【0090】

ＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストの投与を含むがん療法の前に行われるＸＲＴの免疫効果は、通常はＣｐＧが誘導する応答の有効性を制限する抑制機構を破壊し、臨床応答の可能性を増大させる。さらに、腫瘍内のＩＦＮ－αの産生は、ＸＲＴに対する応答の向上と関連しており、また、そのために必要であり（Ｂｕｒｎｅｔｔｅ ｅｔ ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１１ ７１：２４８８－２４９６）、ＸＲＴ後の腫瘍内高ＩＦＮ ＣｐＧの使用から恩恵を受ける、さらなるエビデンスを提供する。ＸＲＴ及びＴＬＲ９アゴニストの投与のタイミングは様々に異なり得る。いくつかの実施形態では、ＸＲＴを、ＴＬＲ９アゴニストの少なくとも１か月前、または少なくとも２週間前、または少なくとも１週間前に投与する。他の実施形態では、ＸＲＴを、ＴＬＲ９アゴニスト療法中に生じる新規病変に投与し、ＴＬＲ９アゴニストを、ＸＲＴの前、後、またはその最中に、新規照射した病変内に注射する。

【0091】

ＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法の腫瘍内送達または腫瘍周囲への送達の方法には、直接注射だけでなく、局所送達、例えば、卵巣、膵臓、結腸、または胃などの腹部腫瘍に対する腹腔内送達、眼の悪性腫瘍に対する眼内送達、胃癌及び腸癌に対する経口投与、及び膀胱癌に対する小胞内投与も含まれ得る。ＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法の腫瘍内投与については、腫瘍標的化アプタマー、抗体複合体、ナノ粒子、ＩＳＣＯＭＳ、ＶＬＰ、多層小胞、ｐＨ感受性ペプチド、及びカチオン性ペプチドなどの腫瘍送達ビヒクルを使用した全身性送達も企図される。

【0092】

特定の実施形態では、腫瘍内送達及び腫瘍周囲への送達のためのＣｐＧ ＯＤＮの対象の用量は、通常、１回の投与当たり約１０μｇ～約１００ｍｇの範囲であり、これは、用途に応じて、毎日、毎週、または毎月、及びそれらの間の任意の他の期間で与えられ得る。特定の実施形態では、腫瘍内送達及び腫瘍周囲への送達のためのＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法の対象の用量は、通常、１回の投与当たり約１００μｇ～約１００ｍｇの範囲であり、これは、用途に応じて、毎日、毎週、または毎月、及びそれらの間の任意の他の期間で与えられ得る。特定の実施形態では、腫瘍内送達及び腫瘍周囲への送達のためのＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法の対象の用量は、通常、１回の投与当たり約１ｍｇ～約１００ｍｇの範囲であり、これは、用途に応じて、毎日、毎週、または毎月、及びそれらの間の任意の他の期間で与えられ得る。特定の実施形態では、腫瘍内送達及び腫瘍周囲への送達のためのＣＭＰ－００１などのＴＬＲ９アゴニストを含むがん療法の対象の用量は、通常、１回の投与当たり約１０ｍｇ～約１００ｍｇの範囲であり、これは、用途に応じて、毎日、毎週、または毎月、及びそれらの間の任意の他の期間で与えられ得る。

【0093】

特定の市販の抗ＰＤ－１抗体は、３週間に１回、２ｍｇ／ｋｇ体重での静脈内注入投与が現在、米国で承認されている。他の市販の抗ＰＤ－１抗体は、２週間に１回、３ｍｇ／ｋｇ体重での静脈内注入投与が現在、米国で承認されている。市販の抗ＣＴＬＡ－４抗体は、３週間に１回、３ｍｇ／ｋｇ体重での静脈内注入投与が現在、米国で承認されている。

【0094】

本開示の方法に従って、特定の実施形態では、ＣＰＩ抗体を、少なくとも部分的に、全身的に、例えば静脈内に投与する。

【0095】

本明細書において別途定義されない限り、本開示に関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別途要求されない限り、単数形の用語は、複数形の用語を含むものとし、複数形の用語は単数形の用語を含むものとする。一般に、本明細書に記載される、細胞及び組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学、ならびにタンパク質化学及び核酸化学、ならびにハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法及びその技術は、当技術分野で周知であり、一般的に使用されているものである。

【0096】

本開示の方法及び技術は、別途指示されない限り、当技術分野で周知の方法に従って、また本明細書の全体を通して引用され、論じられる様々な一般的な及びより特定の参考文献に記載されるように、一般的に実行される。そのような参考文献としては、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ（２００２）、及びＨａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９９０）が挙げられ、これらは参照により本明細書に援用される。酵素反応及び精製技術は、当技術分野で一般的に達成されるように、または本明細書に記載されるように、製造業者の仕様書に従って実行する。本明細書に記載の分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにその検査法及び技法は当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法は、化学合成、化学分析、医薬品の調製、製剤化、及び送達、ならびに患者の治療に使用される。

【0097】

本明細書で使用される場合、以下の用語の各々は、本節においてそれに関連付けられた意味を有する。

【0098】

冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、その冠詞の文法上の対象が１つまたは複数（すなわち、少なくとも１つ）を指すように本明細書で使用される。本明細書で使用される場合、２０種の従来のアミノ酸及びそれらの略称は、従来の使用法に従う。参照により本明細書に援用されるＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ－－Ａ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｅ．Ｓ．Ｇｏｌｕｂ ａｎｄ Ｄ．Ｒ．Ｇｒｅｎ，Ｅｄｓ．，Ｓｉｎａｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａｓｓ．（１９９１））を参照のこと。ポリペプチド配列を描写するために、本明細書では従来の表記を使用する：ポリペプチド配列の左側の端部はアミノ末端であり、ポリペプチド配列の右側の端部はカルボキシル末端である。「保存的アミノ酸置換」とは、あるアミノ酸残基を、類似の化学特性（例えば、電荷または疎水性）を有する側鎖（Ｒ基）を有する別のアミノ酸残基に置換するアミノ酸置換である。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の機能特性を実質的に変化させない。保存的置換によって互いに２つ以上のアミノ酸配列が異なる場合、配列同一性の割合または類似性の程度を上方調整して、置換の保存的な性質について補正してもよい。この調整を行うための手段は、当業者に周知である。例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４３：３０７－３１（１９９４）を参照のこと。

【0099】

本開示を詳細に説明してきたが、以下の実施例を参照することにより、本開示がより明確に理解されるであろう。これらの実施例は、単に説明のみを目的として本明細書に含まれており、本発明を限定することを意図するものではない。

【実施例】

【0100】

ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０６７２６９では、いくつかのＡクラスのＣｐＧ ＯＤＮが開示されているが、これらの各々が企図され、参照により本明細書に援用される。本明細書で使用される場合、ＣＭＰ－００１とは、ＶＬＰ中に製剤化され、Ｇ１０及び配列番号１と称される、ＡクラスのＣｐＧ－ＯＤＮを指す。ＣＭＰ－００１は、ＣＹＴ００３及びＱｂＧ１０としても知られており、その名称で、例えば、Ｋｌｉｍｅｋ，Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ ＆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ａｌｌｅｒｇｙ，４１．９（２０１１）：１３０５－１３１２、及びＣａｓａｌｅ，Ｔ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｌｌｅｒｇｙ，７０．９（２０１５）：１１６０－１１６８において、非腫瘍学の適応症についてマウス及びヒトで以前に研究されている。

【0101】

実施例１
Ａ． ＰＤ－１抵抗性黒色腫において小胞－ゴルジ輸送シグネチャ（「ゴルジシグネチャ」）はｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ（ＣＭＰ－００１）に対する臨床応答と関連している
単剤療法群及びペムブロリズマブ処置併用群の両方を含む、ＰＤ－１抵抗性黒色腫における腫瘍内ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄの臨床試験ＮＣＴ０２６８０１８４の設計及びアウトカムの測定基準については、以前に記載されている（Ｋｉｒｋｗｏｏｄ，Ｊｏｈｎ，ｅｔ ａｌ．“９５０ Ｆｉｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ：ｐｈａｓｅ １ｂ ｓｔｕｄｙ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｎｇ ｉｎｔｒａｔｕｍｏｒａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ９ ａｇｏｎｉｓｔ ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ ± ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＰＤ－１ ｂｌｏｃｋａｄｅ－ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｍｅｌａｎｏｍａ，”ＳＩＴＣ ２０２１）。ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ療法は、非希釈（Ｋｉｒｋｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，ＳＩＴＣ ２０２１の「ＰＳ２０Ａ」）または０．９％生理食塩水での希釈（Ｋｉｒｋｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，ＳＩＴＣ ２０２１の「ＰＳ２０Ｂ」）のいずれかであった。本臨床試験における患者のアーカイブまたはスクリーニングベースライン／治療前の腫瘍生検由来のＲＮＡ－ｓｅｑデータを、標準的な方法を使用して処理し、正規化した。本試験の解析に含まれるこのデータセットは、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１（ＣＲ＝完全奏効、ＰＲ＝部分奏効、ＳＤ＝不変、ＰＤ＝進行性疾患）を使用して評価した、本治療後のその後のレスポンダーの状況別で、その後ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単剤療法またはペムブロリズマブとの併用療法を受けた患者に由来する９８件のベースラインの生検（表Ａ）を含んでいた。レスポンダー（Ｒ）がＣＲまたはＰＲを示す一方、ノンレスポンダー（ＮＲ）はＳＤまたはＰＤを示している。

【表1】

【0102】

応答に関連する遺伝子または遺伝子発現シグネチャを同定するための初期の試みでは、応答のベースラインの予測因子を同定するために、完全なＲＮＡ Ｓｅｑデータセットの一部を、標準的なバイオインフォマティクスアプローチを使用して解析した。候補応答シグネチャの同定を含む、レスポンダーとノンレスポンダーとの間の遺伝子発現に多くの差異が見出されたが、レスポンダーとノンレスポンダーを有意に区別するための完全なデータセットにおいて、候補シグネチャまたは遺伝子発現の差異は確認されなかった。

【0103】

これらの解析により、「ホット」腫瘍、すなわち「炎症した」腫瘍を反映すると考えられる遺伝子シグネチャ（これらは、ＰＤ－１遮断に対する応答と関連することが以前に報告されていた）、例えば、Ａｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（ＷＯ／２０１６／０９４３７７）のＩＦＮ１８シグネチャ、またはＴＩＤＥ、またはＰＤ－Ｌ１についての生検ＩＨＣ複合病理学的スコア（ＣＰＳ）、または腫瘍変異が、ＰＤ－１抵抗性黒色腫のデータセットにおけるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答と関連していなかったことが示された（Ｌｕｋｅ，Ｊａｓｏｎ Ｊｏｈｎ，ｅｔ ａｌ．“Ａｂｓｔｒａｃｔ ＣＴ０３２：ＣＭＰ－００１ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｎｏｎｉｎｆｌａｍｅｄ ａｎｔｉ－ＰＤ－１ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｍｅｌａｎｏｍａ ａｎｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｓｅｒｕｍ ＣＸＣＬ１０．”（ＳＩＴＣ ２０２１）：ＣＴ０３２－ＣＴ０３２）。この結果は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄのユニークなメカニズムに基づいて、予想された結果であった。本明細書に記載されるように、一実施形態では、ＴＩＤＥ、Ｉｍｍｕｎｏｓｃｏｒｅ、Ａｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（ＷＯ／２０１６／０９４３７７）のＩＦＮ１８シグネチャ、及び／またはＰＤ－Ｌ１についての生検ＩＨＣ複合病理学的スコア（ＣＰＳ）を含む、前述の及び本明細書に記載の技法のうちの１つ以上を使用して、腫瘍が「ホットではない」と判定される。

【0104】

ＴＩＤＥ及びＩＦＮ１８シグネチャなどの腫瘍「炎症」の公開マーカーを用いたこれらの試験では、調べた患者集団内の高い度合の不均一性が明らかとなり、患者のほとんどが「コールド」、すなわち炎症していない腫瘍を有し、他は「ホット」すなわち炎症しており、残りはベースラインにおいて中間である。興味深いことに、免疫療法薬に対する応答に関連するベースラインの「コールド」腫瘍において、いかなるシグネチャの報告も存在していない。ベースラインの「コールド」腫瘍、「ホット」腫瘍、または「中間」腫瘍に固有であり得る潜在的なシグネチャを同定するために、ＴＩＤＥ、ＩＦＮ１８、及びＣＰＳを含む公開ツールを使用して、上記のベースライン生検のセットを３つのサブセットに分割した。

【0105】

最初に、ベースラインの「コールド」及び「ホット」生検データセットのみを選択し、分子シグネチャデータベース（ＭＳｉｇＤＢ；Ｎ＝１８，４９４）由来のすべてのシグネチャについて、及び各試料中のｓｓＧＳＥＡ（単一試料ＧＳＥＡ）を使用してＣｈｅｃｋｍａｔｅ（Ｎ＝５５５）によって開発され、Ｌｉｍｍａを使用して、レスポンダー（ＣＲ及びＰＲ）とノンレスポンダー（ＰＤまたはＳＤ）との間の調節不全を同定したシグネチャについて、エンリッチメントスコアを計算した。ベースラインのコールド生検を選択するためにＩＦＮ１８を使用したこの解析の結果を、小胞輸送及びゴルジ輸送または機能に関連するシグネチャを強調表示して、以下の表Ｂに示す。

【表2】

【0106】

上位の遺伝子シグネチャのうち、レスポンダーとＰＤにおいて最も高度に濃縮されたのは、小胞出芽または標的化及びゴルジ輸送（例えば、ＣＯＰＩＩ小胞出芽及び／またはゴルジ体へのまたはゴルジ体からの小胞輸送に関連する遺伝子）を伴うシグネチャであった。

【0107】

ＭＳｉｇＤＢにおけるシグネチャに対するレスポンダーとＰＤ間で、追加の解析をＧＳＥＡ（ｗｗｗ．ｇｓｅａ－ｍｓｉｇｄｂ．ｏｒｇ／ｇｓｅａ／ｉｎｄｅｘ．ｊｓｐ；２群比較）を用いて「コールド腫瘍」由来のデータ上で実施した（図１）。ＣＯＰＩＩ＿ＣＯＡＴＥＤ＿ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＢＵＤＤＩＮＧ（７３遺伝子）（ＦＤＲ＝０．１１５）、ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＴＡＲＧＥＴＩＮＧ＿ＴＯ＿ＦＲＯＭ＿ＯＲ＿ＷＩＴＨＩＮ＿ＧＯＬＧＩ（７４遺伝子）（ＦＤＲ＝０．１５６）、ＨＡＬＬＭＡＲＫ＿ＰＲＯＴＥＩＮ＿ＳＥＣＲＥＴＩＯＮ（９６遺伝子）（ＦＤＲ＝０．１７３）、及びＤＩＴＴＭＥＲ＿ＰＴＨＬＨ＿ＴＡＲＧＥＴＳ＿ＤＮ（７０遺伝子）（ＦＤＲ＝０．２３４）を含む、レスポンダーとＰＤ（ＦＤＲ＜０．２５、デフォルトカットオフ）において濃縮された４つの遺伝子シグネチャが同定された（図１）。

【0108】

この４つの遺伝子シグネチャのエンリッチメントシグナルに最も寄与するコア遺伝子サブセットを同定するために、Ｌｅａｄｉｎｇ ｅｄｇｅ ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＳＥＡ内のツール；Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００５，１０２（４３）：１５５４５－５０）を実施した（図２）。

【0109】

次いで、ベン図を用いてこれらのコア遺伝子リストを調べて、４つのコア遺伝子シグネチャ間の共通の遺伝子を検出した。このベン図（図３）から、ＤｉｔｔｍｅｒとＨａｌｌｍａｒｋのタンパク質分泌遺伝子リストの間での重複がごく少ないことが示されたため、これらをさらなる解析から除外した。

【0110】

この手段により、元の遺伝子数を削減し、３５の共通遺伝子を含むＣＯＰＩＩ＿ＣＯＡＴＥＤ＿ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＢＵＤＤＩＮＧ及びＶＥＳＩＣＬＥ＿ＴＡＲＧＥＴＩＮＧ＿ＴＯ＿ＦＲＯＭ＿ＯＲ＿ＷＩＴＨＩＮ＿ＧＯＬＧＩに由来する新規の高度に重複する「コア遺伝子セット」（本明細書では「共通コア」と称される）と、各シグネチャについての３つの追加のユニークな遺伝子を含む、合計４１の遺伝子を定義したが（図３）、これらには、ＳＥＣ１６Ｂ、ＡＲＥＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＣＮＩＨ２、ＭＡＰＫ１５、ＴＧＦＡ、ＣＵＬ３、ＳＡＲ１Ｂ、ＵＳＯ１、ＴＲＡＰＰＣ６Ａ、ＳＥＣ２４Ａ、ＴＭＥＤ２、ＳＥＣ３１Ａ、ＢＥＴ１、ＧＯＬＧＡ２、ＲＡＢ１Ａ、ＮＡＰＡ、ＬＭＡＮ１、ＴＲＡＰＰＣ３、ＰＲＥＢ、ＳＣＦＤ１、ＳＥＣ２３Ａ、ＣＴＳＣ、ＴＲＡＰＰＣ１、ＡＮＫＲＤ２８、ＳＥＣ２４Ｂ、ＭＣＦＤ２、ＣＤ５９、ＴＭＥＤ１０、ＳＴＸ５、ＴＲＡＰＰＣ６Ｂ、ＰＰＰ６Ｒ３、ＳＥＣ１３、ＴＲＡＰＰＣ９、ＣＥＰ１９、ＡＲＦＧＡＰ３、ＧＯＳＲ１、ＳＥＣ２３Ｂ、ＭＩＡ３、ＶＡＰＡ（６つのユニークな遺伝子は最後に示される）が含まれ、これらを合わせて、ゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャ（本明細書では「ゴルジシグネチャ」または「ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答コアシグネチャ」とも呼ばれる）が構成される。

【0111】

ＣＭＰ－００１－００１ベースライン試料中の１９，０００超のすべての遺伝子シグネチャに加えて、新たに同定された４つのコアシグネチャ及び「共通コア」について、ｓｓＧＳＥＡ解析を再実行した。ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単剤療法またはペンブロリズマブとの併用療法で治療した患者のベースラインのコールド腫瘍についてレスポンダーとＰＤ間で調節不全であった上位３つのシグネチャは、ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＴＡＲＧＥＴＩＮＧ＿ＴＯ＿ＦＲＯＭ＿ＯＲ＿ＷＩＴＨＩＮ＿ＧＯＬＧＩ＿ｃｏｒｅ（３８遺伝子）（調整Ｐ＝０．０５９）、ＣＯＰＩＩ＿ＣＯＡＴＥＤ＿ＶＥＳＩＣＬＥ＿ＢＵＤＤＩＮＧ＿ｃｏｒｅ（３８遺伝子）（調整Ｐ＝０．０５９）、及びｃｏｍｍｏｎ＿ｃｏｒｅ（３５遺伝子）（調整Ｐ＝０．０８５）である。以下の追加の評価では、これら３つのコアシグネチャに焦点を当てた。

【0112】

Ｂ． 併用療法（ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブ）及びｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単剤療法の両方に対するベースラインのコールドレスポンダーにおけるゴルジシグネチャのエンリッチメント。
ゴルジシグネチャの発現と応答との相関性の最初の同定は、併用療法または単剤療法を受けた患者を含む、未希釈のｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄで治療されたベースラインのコールド腫瘍を有するすべての患者からプールされたデータに対して実施された。これらのサブセットの個別の解析からは、両方のサブセットにおける応答との同程度の相関性が示され、これは、この相関性が併用治療の生物学的特性だけでなく、むしろｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄの生物学的特性を反映しているという仮説と一致する（図４Ａ）。ベースライン生検の全集団を群として解析した場合、ゴルジコアシグネチャと応答との相関に同様の強い傾向があった（図４Ｂ）。

【0113】

Ｃ． ベースラインの「ホット」生検における共通のコアゴルジシグネチャのエンリッチメントの欠如
例えば、ＰＤ－１遮断への応答がベースラインのホット腫瘍においてコールド腫瘍と比較してはるかに頻繁であるという事実によって示されるように、ベースラインの「ホット」腫瘍と「コールド」腫瘍の生物学的性質はかなり異なる。この十分に確立された事実に基づいて、本発明者らは、異なるベースライン因子により、ベースラインの「コールド」腫瘍及び「ホット」腫瘍におけるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答が予測され得るという仮説を立てた。実際、ベースラインの「ホット」腫瘍は、ゴルジシグネチャと応答との相関性を示さず（図４Ｃ）、これらの腫瘍の特有の生物学的性質と一致していた。ゴルジシグネチャのエンリッチメントスコアは、すべてのベースラインの「コールド」腫瘍、及び「中間」腫瘍、及び「ホット」腫瘍にわたって同程度であったが、これにより、このシグネチャが、「コールド」腫瘍と「ホット」腫瘍との間の何らかの固有の生物学的差異の代理指標ではないことが示された（図５）。

【0114】

Ｄ． 独立データセットにおける共通コアとゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャとの相関性の検証。
ベースラインの「コールド」未希釈腫瘍におけるゴルジシグネチャのエンリッチメントが、そのデータセットに特有であるかどうかを判定するために、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ±抗ＰＤ－（Ｌ）１で治療したＰＤ－（Ｌ）－１抵抗性黒色腫（臨床試験ＮＣＴ０２６８０１８４）患者またはＮＳＣＬＣ（臨床試験ＮＣＴ０３４３８３１８）患者由来のベースラインの生検ＲＮＡ Ｓｅｑデータの独立サブセットにおいて、ゴルジシグネチャのエンリッチメントスコアを評価した。これらのデータは、ゴルジシグネチャの最初の同定には使用されていなかったため、シグネチャと応答とのより広範な相関性を試験するための妥当性確認データセットとして機能した。

【0115】

ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋ペムブロリズマブで治療されたベースラインの「中間」腫瘍を有するＰＤ－１抵抗性黒色腫患者において、ゴルジシグネチャは、レスポンダーとＰＤにおいてベースラインの「コールド」腫瘍と同様のレベルに有意に濃縮され、ＳＤ患者は中間である（図６；１つのシグネチャのみを示す；他のシグネチャ及び共通コアについては、同等の有意な相関性が認められた）。

【0116】

ＰＤ－１抵抗性黒色腫におけるこれらの所見の独立した妥当性確認のために、ゴルジシグネチャのエンリッチメントを、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ＋アテゾリズマブで治療したＰＤ－１抵抗性ＮＳＣＬＣ患者由来のベースラインの生検においても評価した。その試験の患者２名は、腫瘍収縮を有し、治療後に不変が長期続いていた。これらの同２名の患者はまた、ベースラインの腫瘍におけるゴルジシグネチャのエンリッチメントが最も高く、これは、ノンレスポンダー患者のスコアをはるかに上回っていた（図７）。これらのデータにより、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ療法に対する応答をベースラインの腫瘍生検から予測するためのゴルジシグネチャの妥当性についての独立した確認がもたらされる。

【0117】

Ｅ． ゴルジシグネチャについてのエンリッチメントスコアを定義するためのスコアリング方法
上記の分析において、スコアリング方法はｓｓＧＳＥＡである。また、ｓｓＧＳＥＡはｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎＢｙＭｅａｎ／ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎＢｙＭｅｄｉａｎと比較してロバストであるが、様々な実施形態において、ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎＢｙＭｅａｎとｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎＢｙＭｅｄｉａｎの両方のスコアリング方法が企図され、本明細書で提供される。

【0118】

Ｆ． コールド／ホット腫瘍をグループ化する方法
コールド／ホット腫瘍をグループ化する様々な方法を評価した：（１）ＩＦＮｇ＿１８遺伝子シグネチャ（Ａｙｅｒｓ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．，２０１７，１２７（８）：２９３０－２９４０）、「コールド」腫瘍については低ＩＦＮｇ＿１８スコア（現在のデータ及び分析において＜－０．５）、「ホット」腫瘍については高ＩＦＮｇ＿１８スコア（＞０．５）、その他は「中間」腫瘍である。（２）ＴＩＤＥスコア（ｈｔｔｐｓ：／／ｐｕｂｍｅｄ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／３０１２７３９３／）：「コールド」腫瘍については高ＴＩＤＥスコア（＞１、ＣＰＩに応答しないと予測される）、「ホット」腫瘍については低ＴＩＤＥスコア（＜－１、ＣＰＩに応答すると予測される）、その他は「中間」腫瘍である。（３）ＣＰＳスコア（ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣアッセイ）：コールド：ＣＰＳ＜１；中間：１＜ＣＰＳ＜１０；ウォーム：ＣＰＳ＞１０。

【0119】

Ｇ． ゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャとＣＰＩ（チェックポイント阻害剤）に対する応答との相関性の欠如
ゴルジシグネチャのエンリッチメントを、公開されているＣＰＩ処置ＲＮＡ Ｓｅｑデータセット由来のベースライン試料においても評価した。抗ＣＴＬＡ－４単剤療法（イピリムマブ）の一試験（Ｎａｔｈａｎｓｏｎ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ．，２０１７，５（１）：８４－９１）では、ゴルジシグネチャと応答との相関性はなく、抗ＣＴＬＡ４治療後のゴルジシグネチャの誘導／低減もない（図８）。抗ＰＤ－１単剤療法を用いた別の試験（Ｇｉｄｅ，Ｔ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ，２０１９，３５（２）：２３８－２５５）では、この場合もゴルジコアシグネチャと臨床応答との相関性はなく、治療後のシグネチャの誘導もなく、これは、このシグネチャが任意のがん免疫療法に対する応答を予測する一般的なマーカーではないことを示している（図８）。

【0120】

Ｈ． 形質細胞、ＩＦＮ分泌ｐＤＣ、及び他の免疫細胞におけるゴルジシグネチャのエンリッチメント
ゴルジシグネチャが多くの異なる細胞からの寄与を反映し得る可能性、及び単一の細胞がシグネチャ全体を発現し得ない可能性があった。異なる個々の免疫細胞におけるゴルジシグネチャのエンリッチメントを評価するために、独自の公開されている単一細胞ＲＮＡ Ｓｅｑデータセットにおいてシグネチャを評価した。複数の公開されている単一細胞データセットでは、ゴルジシグネチャの発現は、形質細胞で最も高く、次いでｐＤＣ、マクロファージ、及びいくつかの他の免疫細胞集団である（図９は典型的なデータの例である）。さらに、ｉｎ ｖｉｔｒｏで３つの別個のサブセット（Ｐ１、Ｐ２、Ｐ３）へと活性化される精製ｐＤＣについての公開データでは、ゴルジシグネチャは、最も高度にＩ型ＩＦＮを産生するｐＤＣサブセットであるＰ１サブセットにおいて最も高度に発現している。（図１０）これらの試験はさらに、ゴルジシグネチャの生物学的性質を、抗腫瘍免疫を駆動するためのＩ型ＩＦＮの誘導に依存するＴＬＲ９活性化及びｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄのＭＯＡの生物学的性質と関連させる。

【0121】

Ｉ． ゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャは、多くの異なる腫瘍適応症において高度に発現する
公開されているＴＣＧＡを使用して、ゴルジシグネチャのエンリッチメントを様々な腫瘍適応症において評価した（図１１）。本解析は、シグネチャの発現が、黒色腫（ＳＫＣＭ）またはＮＳＣＬＣに限定されないが、ほとんどの腫瘍型の間で高度に蔓延していることを示し、このシグネチャ単独での、またはｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単独療法もしくは他の薬剤との併用療法に応答する可能性が高いがん患者を選択するための他のバイオマーカーと組み合わせた広範な使用についての大きな潜在的可能性を示している。

【0122】

Ｊ． ゴルジシグネチャは、標準治療（ＳＯＣ）化学療法と放射線療法（ＸＲＴ）の併用によって誘導され得る
ゴルジシグネチャに対するＸＲＴ及びＳＯＣ治療の効果を評価するために、本発明者らは、ＣＲＣにおける公開データセットを解析し、それにより、シグネチャが、ＸＲＴ処置の５週間後の照射された組織（正常及び腫瘍の両方）と、別個の対照において濃縮されたことが明らかとなった（図１２）。本試験では、各患者に、５週間の間に５０Ｇｙ（２Ｇｙの分画で２５回送達）を与えた。さらに、全期間を通して、患者にカペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標）、Ｒｏｃｈｅ）２５００ｍｇ／ｍｌを毎日投与した。術前の放射線療法の４～６週間後に直腸の切除を実施した。

【0123】

Ｋ． ベースラインの「ホット」に対するｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答の予測を拡張し、レスポンダーとノンレスポンダーとの間の全体的な区別を高めるためのゴルジシグネチャを有する潜在的な「パートナー」の同定
ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄで治療された患者に由来するすべてのベースラインの腫瘍における治療応答を予測するためにゴルジシグネチャと組み合わせて使用され得る可能性がある１つ以上の潜在的な「パートナー」遺伝子またはシグネチャを同定するために、ＱＬａｔｔｉｃｅアルゴリズム（ｗｗｗ．ａｂｚｕ．ａｉ／より）を適用した。０．９３のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．８２～１）を有する最良のモデルは、免疫調節において重要であることが知られている転写因子である遺伝子「パートナー」ＥＬＦ２である（図１３）。ＥＬＦ２の発現は、ホット及びコールドを含むＰＤ－１抵抗性黒色腫のベースラインの生検の本発明者らのデータセット全体にわたって応答との強力な独立した相関性を示す（図１４）。わずかに低いＡＵＣでゴルジシグネチャと作用する他の遺伝子／シグネチャ（例えば、ＭＯＯＴＨＡ＿ＧＬＵＣＯＮＥＧＥＮＥＳＩＳ、ＢＯＬＬ、ＢＡＺ２Ａ、ＩＮＳＬ６など）も同定された。

【0124】

Ｌ． 黒色腫におけるゴルジシグネチャとのシグネチャ相関性
腫瘍微小環境におけるゴルジシグネチャの潜在的な機能を明確にするために、すべての遺伝子シグネチャを、ＴＣＧＡ黒色腫（ＳＫＣＭ）におけるゴルジシグネチャとの相関性について評価した。それらの上位（陽性）の相関性のあるシグネチャは小胞－ゴルジ輸送に関連しており（表Ｃ）、これは本発明者らの予想と一致しているが、上位の反相関性のシグネチャは、特にマクロファージ、ＤＣ、及びｐＤＣなどの骨髄細胞を含む免疫細胞またはそれらの状態（表Ｄ）に、より多く関与している。これらのデータは、ゴルジシグネチャの存在が、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄによる活性化に適した骨髄細胞の活性化または機能の状態を反映している可能性があることを示している。さらに、これらの反相関性のシグネチャは、がん免疫療法におけるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄなどの自然免疫活性化因子への応答に関連する新規遺伝子シグネチャの同定に対する独立したアプローチを提供し得る。

【表3】

【表4】

【0125】

Ｍ． ゴルジシグネチャとＢＲＡＦ変異状態及びベースラインリスク因子との相関性
ＰＤ－１抵抗性黒色腫のデータセットでは、ゴルジシグネチャの発現は、ＢＲＡＦ変異の状態もしくはＢＲＡＦｉ／ＭＥＫｉの前治療（図１５）、ベースラインのＬＤＨレベルもしくは肝転移（図１６）、またはベースラインの腫瘍量（図１７）などのリスク因子との相関性を示さなかったが、これは、ゴルジシグネチャの発現が他の既知の予後因子の代用ではないというさらなるエビデンスを提供するものである。

【0126】

Ｎ． 高ベースラインマクロファージ／単球またはＴ_ｒｅｇは、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄとペムブロリズマブとの併用に対する非応答またはＰＤの独立した予測因子である
マクロファージ／単球シグネチャは、ＰＤ、特にＣＭＰ－００１－００１データ由来のベースラインの「ホット」腫瘍において、ＰＤと関連していることが分かった（図１８）。高度の腫瘍内骨髄細胞は、免疫療法に対する抵抗性と相関していることが知られている。ベースラインの腫瘍生検における高度の骨髄細胞の存在のシグネチャまたは他の指標は、いくつかの実施形態では、単独で、またはゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャと連携して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ療法に対する患者の選択に使用され得るシグネチャの構成要素であり得る。例えば、マクロファージ及び／または単球で発現し、特にベースラインのホット腫瘍においてｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄへの応答との強力な逆相関を示す個々の遺伝子としては、ＴＬＲ８、ＴＧＦＢ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、Ｃ１ＱＣ、及びＰＤ－Ｌ１が挙げられる（図１９）。これらの遺伝子のうちの１つ以上のＲＮＡレベルは、この目的のためのバイオマーカーの一部を構成することができ、これらの遺伝子の発現のレベルが比較的低いことは、免疫抑制性マクロファージまたは単球のレベルが低いことを示し、それにより、これらの遺伝子の発現が比較的低い患者は、患者のベースライン腫瘍生検におけるこれらの遺伝子の発現レベルが高い患者と比較して、自然免疫活性化因子に応答する確率が高いと予測される。本明細書で使用される場合、「低マクロファージ及び／または単球細胞集団の存在を検出する」とは、Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ／Ｍｏｎｏｃｙｔｅ＿ＭＣＰＣＯＵＮＴＥＲなどの比較的低いマクロファージシグネチャ、または骨髄関連遺伝子ＴＬＲ８、ＴＧＦＢ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、Ｃ１ＱＣ、及びＰＤ－Ｌ１のうちの１つ以上の比較的低い発現レベルのいずれかを検出することを意味する。

【0127】

逆に、ベースラインの「コールド」腫瘍では（ホット腫瘍ではなく）、ＴＬＲ９及びＴＮＦＡの発現が低いことは、それらのベースライン腫瘍生検においてこれらの遺伝子の発現レベルが高い患者と比較して、自然免疫活性化因子に対する応答の可能性が高いことと相関している（図２０）。

【0128】

さらに、制御性Ｔ（Ｔ_ｒｅｇ）シグネチャの高発現は、すべてのベースラインの試料においてＰＤと相関していることが分かった（図２１）。ベースライン腫瘍生検における高度のＴ_ｒｅｇ細胞の存在のシグネチャまたは他の指標は、いくつかの実施形態では、単独で、またはゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャと連携して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ療法に対する患者の選択に使用され得るシグネチャの構成要素であり得る。

【0129】

最後に、ＧＡＢＡ産生Ｂ細胞に関連するシグネチャ（ＲＥＡＣＴＯＭＥ＿ＧＡＢＡ＿Ｂ＿ＲＥＣＥＰＴＯＲ＿ＡＣＴＩＶＡＴＩＯＮ）は、ベースラインの「ホット」腫瘍においてＰＤと相関することが見出された（図２２）。ベースライン腫瘍生検における高度のＧＡＢＡ産生Ｂ細胞の存在のシグネチャまたは他の指標は、いくつかの実施形態では、単独で、またはゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャと連携して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ療法に対する患者の選択に使用され得るシグネチャの構成要素であり得る。

【0130】

要約すると、本実施例は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄについて、さらには、他のＴＬＲ９アゴニスト、他のＴＬＲアゴニスト、及び他の自然免疫活性化因子について、集合的に示している。

【0131】

１． ゴルジｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ応答シグネチャ内の遺伝子の一部またはすべての高発現は、特にベースラインの生検が「ホット」ではない患者における、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答の独立した予測因子である。

【0132】

２． ＥＬＦ２の高発現は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄに対する応答の独立した予測因子であり、これをゴルジシグネチャの１つ以上と併用して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単独に、またはＰＤ－１遮断などの他の免疫療法との組み合わせに応答する確率をより正確に予測し得る。

【0133】

３． Ｔ_ｒｅｇ、及び／またはマクロファージ／単球に相関するシグネチャまたは遺伝子の低発現は、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ±ＰＤ－１遮断に対する応答の独立した予測因子であり、これをゴルジシグネチャの１つ以上と併用して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単独に、またはＰＤ－１遮断などの他の免疫療法との組み合わせに応答する確率をより正確に予測し得る。

【0134】

４． Ｂ細胞ＧＡＢＡシグネチャの低発現は、ベースラインの「ホット」腫瘍を有する患者におけるｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ±ＰＤ－１遮断に対する応答の独立した予測因子であり、これをゴルジシグネチャの１つ以上と併用して、ｖｉｄｕｔｏｌｉｍｏｄ単独に、またはＰＤ－１遮断などの他の免疫療法との組み合わせに応答する確率をより正確に予測し得る。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【図17】

【図18】

【図19】

【図20】

【図21】

【図22】

【配列表】

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【国際調査報告】