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特表2025-501775ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的な抗体及びその使用
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2025-01-23
(54)【発明の名称】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的な抗体及びその使用
(51)【国際特許分類】
C07K 16/08 20060101AFI20250116BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20250116BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20250116BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20250116BHJP
C12N 15/62 20060101ALI20250116BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20250116BHJP
C12N 15/50 20060101ALI20250116BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20250116BHJP
C12N 15/09 20060101ALI20250116BHJP
C07K 19/00 20060101ALI20250116BHJP
A61K 39/215 20060101ALI20250116BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20250116BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20250116BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20250116BHJP
C12N 1/15 20060101ALN20250116BHJP
【ＦＩ】
C07K16/08
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12N15/62 Z
C12N15/63 Z
C12N15/50
C12N15/13
C12N15/09 Z
C07K19/00
A61K39/215
A61P31/14
A61K39/395 S
A61P43/00 121
C12N1/15 ZNA
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024539010
(86)(22)【出願日】2022-12-27
(85)【翻訳文提出日】2024-08-23
(86)【国際出願番号】 US2022082428
(87)【国際公開番号】W WO2023129928
(87)【国際公開日】2023-07-06
(31)【優先権主張番号】63/266,008
(32)【優先日】2021-12-27
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＷＥＥＮ
(71)【出願人】
【識別番号】596118493
【氏名又は名称】アカデミア シニカ
【氏名又は名称原語表記】ＡＣＡＤＥＭＩＡ ＳＩＮＩＣＡ
【住所又は居所原語表記】１２８ Ｓｅｃ ２，Ａｃａｄｅｍｉａ Ｒｏａｄ，Ｎａｎｋａｎｇ，Ｔａｉｐｅｉ １１５２９ ＴＷ
(74)【代理人】
【識別番号】110001173
【氏名又は名称】弁理士法人川口國際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】リン，クオ－イー
(72)【発明者】
【氏名】ウォン，チー－ヒューイ
(72)【発明者】
【氏名】ワン，ズー－ウェン
(72)【発明者】
【氏名】チャン，イー－シュアン
【テーマコード（参考）】
4B065
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B065AA01X
4B065AA57X
4B065AA72X
4B065AA90X
4B065AA90Y
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA43
4B065CA44
4C085AA03
4C085AA14
4C085BA71
4C085BB11
4C085GG01
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA09
4H045BA10
4H045DA76
4H045DA86
4H045EA29
4H045FA74
4H045GA26
(57)【要約】
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的である抗体又はその抗原結合断片に関する。本開示は、コロナウイルスによって引き起こされる疾患及び／又は障害を治療及び／又は予防することを必要とする対象においてコロナウイルスによって引き起こされる疾患及び／又は障害を治療及び／又は予防するための医薬組成物、並びに試料中のコロナウイルスを検出するための方法にも関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＣｏＶのスパイクタンパク質中に位置するエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、前記スパイクタンパク質は、完全にグリコシル化されている、抗体又はその抗原結合断片。
【請求項2】
ＣｏＶが、アルファ－ＣｏＶ、ベータ－ＣｏＶ、ガンマ－ＣｏＶ、デルタ－ＣｏＶ２又はオミクロン－ＣｏＶである、請求項１に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項3】
ＣｏＶが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項１に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項4】
ＣｏＶのスパイクタンパク質中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、前記抗体又はその抗原結合断片は、重鎖可変領域の相補性決定領域（ＣＤＲ）及び軽鎖可変領域のＣＤＲを含み、前記重鎖可変領域の前記ＣＤＲは、配列番号１若しくは６のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ１、配列番号２若しくは７のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ２、及び配列番号３若しくは８のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ３を含み、並びに
前記軽鎖可変領域の前記ＣＤＲは、配列番号４若しくは９のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ１、ＡＡＳ若しくはＡＡＴのアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ２、及び配列番号５若しくは１０のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ３を含む、
抗体又はその抗原結合断片。
【請求項5】
ＣＤＲＨ１のアミノ酸配列が、配列番号１若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ２のアミノ酸配列が、配列番号２若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ３のアミノ酸配列が、配列番号３若しくはその実質的に類似する配列であり；及びＣＤＲＬ１のアミノ酸配列が、配列番号４若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２のアミノ酸配列が、ＡＡＳ若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３のアミノ酸配列が、配列番号５若しくはその実質的に類似する配列である；
又は
ＣＤＲＨ１の前記アミノ酸配列が、配列番号６若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ２の前記アミノ酸配列が、配列番号７若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ３の前記アミノ酸配列が、配列番号８若しくはその実質的に類似する配列であり；及び
ＣＤＲＬ１の前記アミノ酸配列が、配列番号９若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２の前記アミノ酸配列が、ＡＡＴ若しくはその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３の前記アミノ酸配列が、配列番号１０若しくはその実質的に類似する配列である、請求項４に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項6】
抗体又はその抗原結合断片が、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ＳｃＦｖ断片、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ナノボディ、ヒト化抗体又はヒト抗体である、請求項４に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項7】
抗体又はその抗原結合断片が多重特異性である、請求項４に記載の抗体又はその抗原結合断片。
【請求項8】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はその断片に結合された、請求項１に記載の抗体又はその抗原結合断片を含む複合体。
【請求項9】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はその断片に結合された、請求項４に記載の抗体又はその抗原結合断片を含む複合体。
【請求項10】
請求項１に記載の抗体又はその抗原結合断片をコードするベクター。
【請求項11】
請求項４に記載の抗体又はその抗原結合断片をコードするベクター。
【請求項12】
請求項１若しくは４に記載の抗体若しくはその抗原結合断片を発現するか、又は請求項１０若しくは１１に記載のベクターを含有する、遺伝子操作された細胞。
【請求項13】
請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片を製造するための方法であって、（ａ）前記抗体又は抗原結合断片をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入することと；（ｂ）前記１つ以上のポリヌクレオチドの発現に有利な条件下で前記宿主細胞を培養することと；（ｃ）任意に、前記宿主細胞及び／又は前記宿主細胞が増殖されている培地から前記抗体又は抗原結合断片を単離することとを含む、方法。
【請求項14】
請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片又は請求項８若しくは９に記載の複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物。
【請求項15】
治療剤が、抗ウイルス剤、抗炎症剤又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的である抗体若しくはその抗原結合断片である、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項16】
コロナウイルスによる感染を治療若しくは予防すること及び／又はコロナウイルスを中和することを必要とする対象においてコロナウイルスによる感染を治療若しくは予防し、及び／又はコロナウイルスを中和するのに使用するための医薬組成物であって、治療有効量の請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片又は請求項８若しくは９に記載の複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物。
【請求項17】
さらなる治療剤が、抗ウイルス剤、抗炎症剤又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的である抗体若しくはその抗原結合断片である、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項18】
対象がワクチン接種される、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項19】
医薬組成物が、注射に適した形態である、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項20】
試料中のコロナウイルスを検出するための方法であって、前記試料を請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片と接触させる工程を含む、方法。
【請求項21】
試料中のコロナウイルスを検出するためのキットであって、請求項１～７のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合断片を含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
優先権情報
本出願は、２０２１年１２月２７日に出願された米国仮特許出願第６３／２６６，００８号の優先権及び利益を主張し、その開示はその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２１年１２月２７日に出願された米国仮特許出願第６３／２６６，００８号の優先権及び利益を主張し、その開示はその全体が本明細書に組み込まれる。
【0002】
配列表
本出願は、．ｘｍｌ形式で電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２２年１２月２６日に作成された．ｘｍｌコピーは、「Ａ１０００－０１０００ＰＣＴ＿ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ＿２０２２１２２６．ｘｍｌ」という名前で、サイズが１２キロバイトである。
本出願は、．ｘｍｌ形式で電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２２年１２月２６日に作成された．ｘｍｌコピーは、「Ａ１０００－０１０００ＰＣＴ＿ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ＿２０２２１２２６．ｘｍｌ」という名前で、サイズが１２キロバイトである。
【0003】
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対して特異的である抗体又はその抗原結合断片及びそれらの使用に関する。
【背景技術】
【0004】
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）によって引き起こされるＣＯＶＩＤ－１９の感染爆発が、世界中に広まっている。この感染症は、感染した対象において直接的な細胞変性作用及び過剰な炎症反応という症候を引き起こす。有効な治療の欠如が、高い罹患率及び死亡率を引き起こす。これらの新たに同定されたウイルスの出現は、新規な抗ウイルス戦略の開発の必要性を浮き彫りにする。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
したがって、ＣＯＶＩＤ－１９のための効果的な治療の開発が必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本開示は、新規な中和治療用又は検出用抗コロナウイルススパイクタンパク質（抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質など）抗体、及びウイルス感染を治療又は予防又は検出するためのそれらの使用を提供する。
【0007】
したがって、本開示は、コロナウイルス（ＣｏＶ）、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片を提供し、特にスパイクタンパク質は完全にグリコシル化されている。したがって、本開示による抗体は、ＣｏＶ、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる又はＣｏＶ、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連する疾患及び／又は障害を治療及び／又は予防又は検出することに有用である。本開示の抗体は、ＣｏＶ（特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）を検出することにも有用である。
【0008】
一実施形態では、本開示は、ＣｏＶのスパイクタンパク質中に位置するエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、前記スパイクタンパク質は、完全にグリコシル化されている、抗体又はその抗原結合断片を提供する。
【0009】
本開示のいくつかの実施形態では、本明細書に記載されているＣｏＶは、アルファ－ＣｏＶ、ベータ－ＣｏＶ、ガンマ－ＣｏＶ、デルタ－ＣｏＶ２又はオミクロン－ＣｏＶである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているＣｏＶは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含むが、これらに限定されない。
【0010】
一実施形態では、本開示は、ＣｏＶのスパイクタンパク質中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、前記抗体又はその抗原結合断片は、重鎖可変領域の相補性決定領域（ＣＤＲ）及び軽鎖可変領域のＣＤＲを含み、
前記重鎖可変領域のＣＤＲは、
ＧＹＴＦＴＤＹＮ（配列番号１）若しくはＧＹＴＦＴＥＹＴ（配列番号６）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ１、ＶＮＰＮＮＧＧＴ（配列番号２）若しくはＩＮＰＮＮＧＧＴ（配列番号７）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ２、及びＡＲＧＫＧＤＹ（配列番号３）若しくはＳＲＮＹＧＹＳＹＶＹＹＦＤＮ（配列番号８）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ３を含み、並びに
前記軽鎖可変領域のＣＤＲは、
ＥＳＶＥＹＳＧＴＳＬ（配列番号４）若しくはＥＮＩＹＳＮ（配列番号９）又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ１、ＡＡＳ若しくはＡＡＴのアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ２、及びＬＱＳＲＫＶＰＹＴ（配列番号５）若しくはＱＨＦＷＧＴＰＴ（配列番号１０）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ３を含む、抗体又はその抗原結合断片を提供する。
前記重鎖可変領域のＣＤＲは、
ＧＹＴＦＴＤＹＮ（配列番号１）若しくはＧＹＴＦＴＥＹＴ（配列番号６）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ１、ＶＮＰＮＮＧＧＴ（配列番号２）若しくはＩＮＰＮＮＧＧＴ（配列番号７）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ２、及びＡＲＧＫＧＤＹ（配列番号３）若しくはＳＲＮＹＧＹＳＹＶＹＹＦＤＮ（配列番号８）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＨ３を含み、並びに
前記軽鎖可変領域のＣＤＲは、
ＥＳＶＥＹＳＧＴＳＬ（配列番号４）若しくはＥＮＩＹＳＮ（配列番号９）又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ１、ＡＡＳ若しくはＡＡＴのアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ２、及びＬＱＳＲＫＶＰＹＴ（配列番号５）若しくはＱＨＦＷＧＴＰＴ（配列番号１０）のアミノ酸配列又はそれらの実質的に類似する配列のＣＤＲＬ３を含む、抗体又はその抗原結合断片を提供する。
【0011】
いくつかの実施形態では、ＣＤＲＨ１のアミノ酸配列は、配列番号１又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ２のアミノ酸配列は、配列番号２又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ３のアミノ酸配列は、配列番号３又はその実質的に類似する配列であり；及び
ＣＤＲＬ１のアミノ酸配列は、配列番号４又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２のアミノ酸配列は、ＡＡＳ又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３のアミノ酸配列は、配列番号５又はその実質的に類似する配列である。
ＣＤＲＬ１のアミノ酸配列は、配列番号４又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２のアミノ酸配列は、ＡＡＳ又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３のアミノ酸配列は、配列番号５又はその実質的に類似する配列である。
【0012】
いくつかの実施形態では、ＣＤＲＨ１のアミノ酸配列は、配列番号６又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ２のアミノ酸配列は、配列番号７又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＨ３のアミノ酸配列は、配列番号８又はその実質的に類似する配列であり；及び
ＣＤＲＬ１のアミノ酸配列は、配列番号９又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２のアミノ酸配列は、ＡＡＴ又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３のアミノ酸配列は、配列番号１０又はその実質的に類似する配列である。
ＣＤＲＬ１のアミノ酸配列は、配列番号９又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ２のアミノ酸配列は、ＡＡＴ又はその実質的に類似する配列であり；ＣＤＲＬ３のアミノ酸配列は、配列番号１０又はその実質的に類似する配列である。
【0013】
本開示のいくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は完全にグリコシル化されている。一実施形態では、スパイクタンパク質はモノグリコシル化されている。
【0014】
本開示のいくつかの実施形態では、エピトープは、スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、Ｓ１領域及び／又はＳ２領域中に位置する。本開示のいくつかの実施形態では、配列番号１～５を含む抗体は、スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン中に位置するエピトープに対して特異的である。本開示のいくつかの実施形態では、配列番号６～１０を含む抗体は、スパイクタンパク質のＳ２領域中に位置するエピトープに対して特異的である。
【0015】
本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ＳｃＦｖ断片、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ナノボディ、ヒト化抗体又はヒト抗体である。
【0016】
本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は多重特異性である。
【0017】
本開示のいくつかの実施形態では、抗体若しくはその抗原結合断片はＦｃ領域を含むか、又は抗原結合断片はＦｃ領域に融合されており、及び抗体若しくはその抗原結合断片はＦｃ領域上にＮ－グリカンを有する。
【0018】
本開示はまた、ＣｏＶのスパイクタンパク質若しくはその断片に結合した本明細書に開示される抗体又はその抗原結合断片を含む複合体を提供する。
【0019】
本開示は、本明細書に開示される抗体又はその抗原結合断片をコードするベクターを提供する。
【0020】
本開示は、本明細書に開示される抗体若しくはその抗原結合断片を発現するか、又は本明細書に開示されるベクターを含有する遺伝子操作された細胞を提供する。
【0021】
本開示は、本明細書に開示されている抗体又はその抗原結合断片を製造するための方法であって、（ａ）前記抗体又は抗原結合断片をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入する工程と；（ｂ）前記１つ以上のポリヌクレオチドの発現に有利な条件下で前記宿主細胞を培養する工程と；（ｃ）任意に、前記宿主細胞及び／又は前記宿主細胞がその中で増殖されている培地から前記抗体又は抗原結合断片を単離する工程とを含む、方法も提供する。
【0022】
本開示は、本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体と、医薬として許容される担体と、及び任意にさらなる治療剤とを含む医薬組成物を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１～５を含む。
【0023】
本開示は、本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を含む容器又は注射装置を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１～５を含む。
【0024】
本開示は、コロナウイルスによる感染を治療又は予防することを必要とする対象においてコロナウイルスによる感染を治療又は予防するための方法であって、治療有効量の本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を投与する工程を含む、方法を提供する。あるいは、本開示は、コロナウイルスによる感染を治療又は予防することを必要とする対象においてコロナウイルスによる感染を治療又は予防するのに使用するための医薬組成物であって、治療有効量の本明細書で使用される抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１～５を含む。
【0025】
本開示は、コロナウイルスを中和することを必要とする対象においてコロナウイルスを中和するための方法であって、本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を対象に投与する工程を含む、方法を提供する。あるいは、本開示は、コロナウイルスを中和することを必要とする対象においてコロナウイルスを中和するのに使用するための医薬組成物であって、治療有効量の本明細書で使用される抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１～５を含む。
【0026】
さらなる治療剤の例は、抗ウイルス剤を含むが、これに限定されない。本開示のいくつかの実施形態では、さらなる治療剤は、抗炎症剤又はＣｏＶのスパイクタンパク質に対して特異的である抗体若しくはその抗原結合断片である。
【0027】
本開示のいくつかの実施形態では、対象はワクチン接種される。
【0028】
本開示のいくつかの実施形態では、対象は、１つ以上のさらなる治療剤が投与される。
【0029】
本開示のいくつかの実施形態では、医薬組成物は注射に適した形態である。あるいは、本開示は、本明細書に開示されている抗体又はその抗原結合断片を対象の体内に投与するための方法であって、抗体又は抗原結合断片を対象の体内に注射する工程を含む、方法を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号１～５を含む。
【0030】
本開示のいくつかの実施形態では、注射は、皮下、静脈内又は筋肉内である。あるいは、抗体又は抗原結合断片は、対象の体内に皮下、静脈内又は筋肉内に注射される。
【0031】
本開示は、試料中のコロナウイルスを検出するための方法であって、試料を本明細書に開示されている抗体又はその抗原結合断片と接触させる工程を含む、方法を提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号６～１０を含む。
【0032】
本開示は、試料中のコロナウイルスを検出するためのキットであって、キットは本明細書に開示されている抗体又はその抗原結合断片を含む、キットを提供する。本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号６～１０を含む。
【0033】
本開示は、以下のセクションで詳細に説明される。本開示の他の特徴、目的及び利点は、詳細な説明及び特許請求の範囲に見出すことができる。
【図面の簡単な説明】
【0034】
【発明を実施するための形態】
【0035】
本発明は、本明細書に記載されている特定の材料及び方法に限定されないことが理解される。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することを目的としており、本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解されたい。
【0036】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、内容が明らかに反対を指示しない限り、複数の指示対象を含むことに留意しなければならない。
【0037】
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、特定の抗原（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質）に対して特異的であるか又は特定の抗原（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質）と相互作用する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む任意の抗原結合分子又は分子複合体を指す。「抗体」という用語は、４つのポリペプチド鎖、すなわち、ジスルフィド結合によって相互接続された２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む免疫グロブリン分子並びにその多量体（例えば、ＩｇＭ）を含む。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＨＣＶＲ又はＶＨと略される）及び重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＬＣＶＲ又はＶＬと略される）及び軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は、１つのドメイン（ＣＬ１）を含む。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域にさらに細分することができる。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端へ以下の順序で配置された３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。本開示の異なる実施形態では、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体（又はその抗原結合部分）のＦＲは、ヒト生殖系列配列と同一であり得るか、又は天然若しくは人工的に改変され得る。アミノ酸コンセンサス配列は、２つ以上のＣＤＲの対照比較分析に基づいて定義され得る。
【0038】
本明細書で使用される場合、抗体の「抗原結合部分」、抗体の「抗原結合断片」などの用語は、抗原を特異的に結合して複合体を形成する任意の天然に存在する、酵素的に取得可能な、合成の、若しくは遺伝子操作されたポリペプチド又は糖タンパク質を含む。
【0039】
本明細書で使用される場合、「に特異的である」又は「に特異的に結合する」という用語は、抗体が他のエピトープと有意な程度で交差反応しないことを意味する。
【0040】
本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗体が結合する抗原上の部位を指す。
【0041】
本明細書で使用される場合、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）という用語は、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドの両方の可変領域内に見出される不連続な抗原結合部を指す。ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５２：６６０９－６６１６（１９７７）；Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ”（１９９１）；ｂｙ Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７）；及びＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６）によって記載されており、これらの定義は、互いに対して比較された場合のアミノ酸残基の重複又はサブセットを含む。
【0042】
ポリペプチドに適用される場合、「実質的な類似性」又は「実質的に類似」という用語は、２つのペプチド配列が、デフォルトのギャップ重み付けを使用してプログラムＧＡＰ又はＢＥＳＴＦＩＴなどによって最適に並置された場合に、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を共有することを意味する。好ましくは、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なる。「保存的アミノ酸置換」は、あるアミノ酸残基が、類似の化学的特性（例えば、電荷又は疎水性）を有する側鎖（Ｒ基）を有する別のアミノ酸残基によって置換されているアミノ酸置換である。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の機能的特性を実質的に変化させない。２つ以上のアミノ酸配列が保存的置換によって互いに異なる場合には、パーセント配列同一性又は類似性の程度は、置換の保存的性質を補正するために上方に調整され得る。この調整を行うための手段は、当業者に周知である。類似の化学的特性を有する側鎖を有するアミノ酸の群の例としては、（１）脂肪族側鎖：グリシン、アラニン、バリン、ロイシン及びイソロイシン；（２）脂肪族－ヒドロキシル側鎖：セリン及びトレオニン；（３）アミド含有側鎖：アスパラギン及びグルタミン；（４）芳香族側鎖：フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン；（５）塩基性側鎖：リジン、アルギニン及びヒスチジン；（６）酸性側鎖：アスパラギン酸及びグルタミン酸並びに（７）硫黄含有側鎖はシステイン及びメチオニンである。好ましい保存的アミノ酸置換群は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、グルタミン酸－アスパラギン酸及びアスパラギン－グルタミンである。あるいは、保存的置き換えは、参照により本明細書に組み込まれるＧｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：１４４３－１４４５に開示されているＰＡＭ２５０対数尤度行列において正の値を有する任意の変化である。「中程度に保存的な」置き換えは、ＰＡＭ２５０対数尤度行列において負でない値を有する任意の変化である。
【0043】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、ハイブリドーマ技術を通じて産生される抗体に限定されない。モノクローナル抗体は、任意の真核生物クローン、原核生物クローン又はファージクローンを含む単一のクローンに由来し、いずれによっても、当技術分野で利用可能又は公知なものを指す。
【0044】
本明細書で使用される「キメラ」抗体という用語は、非ヒト免疫グロブリンに由来する可変配列と、典型的にはヒト免疫グロブリン鋳型から選択されるヒト免疫グロブリン定常領域とを有する抗体を指す。
【0045】
本明細書で使用される場合、「ナノボディ」という用語は、小さな単一可変ドメイン（ラクダ科動物及びヒトコブラクダから得られた抗体のＶＨＨを含む抗体を指す。ラマ種（ラマ・パッコス（Ｌａｍａ ｐａｃｃｏｓ）、ラマ・グラマ（Ｌａｍａ ｇｌａｍａ）及び（ラマ・ビクーニャ（Ｌａｍａ ｖｉｃｕｇｎａ））などの新世界のメンバーを含むラクダ及びヒトコブラクダ（カメルス・バクルリアヌス（Ｃａｍｅｌｕｓ ｂａｃｌｒｉａｎｕｓ）及びカレルス・ドロマデリウス（Ｃａｌｅｌｕｓ ｄｒｏｍａｄｅｒｉｕｓ））科のメンバーから得られた抗体タンパク質は、サイズ、構造の複雑さ及びヒト対象に対する抗原性に関して特徴付けられている。自然界で見出される哺乳動物のこの科からのある種のＩｇＧ抗体は軽鎖を欠いており、したがって、他の動物からの抗体における２つの重鎖及び２つの軽鎖を有する典型的な４鎖４次構造とは構造的に異なる。
【0046】
非ヒト抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含有するキメラ免疫グロブリンである。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、可変ドメインにおいては、ＣＤＲ領域の全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、ＦＲ領域の全て又は実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である。
【0047】
本開示で使用される場合、「完全にグリコシル化された」という用語は、ＣｏＶスパイクタンパク質（特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質）内の全てのＮ－グリカン部位が少なくとも１つの糖部分でグリコシル化されているＣｏＶスパイクタンパク質（特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質）上のグリコシル化の状態を指す。
【0048】
本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は糖抗体である。本明細書で使用される「糖抗体」という用語は、Ｆｃ領域上に単一の一様なグリコフォームを有するモノクローナル抗体の均一な集団を指す。均一な集団中の個々の糖抗体は同一であり、同じエピトープに結合し、詳細に明らかにされたグリカン構造及び配列を有する同じＦｃグリカンを含有する。
【0049】
Ｆｃ領域のグリコシル化プロファイルの文脈における「均一な」という用語は互換的に使用され、１つの所望のＮ－グリカン種によって表され、微量の前駆体Ｎ－グリカンをほとんど又は全く含まない単一のグリコシル化パターンを意味することが意図される。ある実施形態では、微量の前駆体Ｎ－グリカンは、約２％未満である。
【0050】
本明細書で使用される場合、「グリカン」という用語は、多糖、オリゴ糖又は単糖を指す。グリカンは、糖残基のモノマー又はポリマーであり得、直鎖又は分枝鎖であり得る。グリカンは、天然の糖残基（例えば、グルコース、Ｎ－アセチルグルコサミン、Ｎ－アセチルノイラミン酸、ガラクトース、マンノース、フコース、ヘキソース、アラビノース、リボース、キシロースなど）及び／又は修飾された糖（例えば、２’－フルオロリボース、２’－デオキシリボース、ホスホマンノース、６’スルホＮ－アセチルグルコサミンなど）を含み得る。グリカンはまた、糖タンパク質、糖脂質、糖ペプチド、糖プロテオーム、ペプチドグリカン、リポ多糖又はプロテオグリカンなどの複合糖質の炭水化物部分を指すために本明細書で使用される。グリカンは、通常、単糖間のＯ－グリコシド結合のみからなる。例えば、セルロースは、β－１，４結合Ｄ－グルコースから構成されるグリカン（又はより具体的にはグルカン）であり、キチンは、β－１，４結合Ｎ－アセチル－Ｄ－グルコサミンから構成されるグリカンである。グリカンは、単糖残基のホモ又はヘテロポリマーであり得、直鎖又は分枝鎖であり得る。グリカンは、糖タンパク質及びプロテオグリカンにおけるようにタンパク質に付着した状態で見出され得る。グリカンは、一般に細胞の外面に見られる。Ｏ－及びＮ－結合型グリカンは、真核生物においては極めて一般的であるが、それより一般的ではないが、原核生物においても見出され得る。Ｎ結合型グリカンは、シークオン中のアスパラギンのＲ基窒素（Ｎ）に付着した状態で見出される。シークオンはＡｓｎ－Ｘ－Ｓｅｒ又はＡｓｎ－Ｘ－Ｔｈｒ配列であり、Ｘはプラリン（ｐｒａｌｉｎｅ）を除く任意のアミノ酸である。
【0051】
本明細書で使用される場合、「Ｎ－グリカン」という用語は、Ｆｃ含有ポリペプチド中のアスパラギン残基のアミド窒素に結合されたＮ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）によって付着されたＮ結合型オリゴ糖を指す。
【0052】
本開示の１つの好ましい実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、グリコール操作されたＮ－グリカンを有する。抗体はＦｃ領域を含むか、又は抗原結合断片はＦｃ領域に融合され、抗体又はその抗原結合断片はＦｃ領域上にＮ－グリカンを有する。
【0053】
本開示で使用される場合、「治療剤」という用語は、哺乳動物、例えばヒトへの投与に適している、治療効果又は薬理効果を有する任意の化合物、物質、薬物、薬物成分又は活性成分を指す。
【0054】
本明細書で使用される場合、「イムノコンジュゲート」という用語は、放射性作用物質、サイトカイン、インターフェロン、標的若しくはレポーター部分、酵素、ペプチド若しくはタンパク質又は治療剤に化学的に又は生物学的に連結された抗原結合タンパク質、例えば抗体又は抗原結合断片を指す。抗原結合タンパク質は、その標的（ＣｏＶ－Ｓ）を結合することができる限り、分子に沿った任意の位置で放射性作用物質、サイトカイン、インターフェロン、標的又はレポーター部分、酵素、ペプチド又は治療剤に連結され得る。イムノコンジュゲートの例は、抗体－薬物コンジュゲート及び抗体－毒素融合タンパク質を含む。本発明の一実施形態では、作用物質は、ＣｏＶ－Ｓに特異的に結合する第２の異なる抗体であり得る。抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質（例えば、抗体又は断片）にコンジュゲートされ得る治療部分の種類は、治療されるべき症状及び達成されるべき所望の治療効果を考慮に入れるであろう。
【0055】
本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、その核酸分子が連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指すことが意図される。
【0056】
細胞の「遺伝子操作された」又は「遺伝子工学」という用語は、細胞における遺伝子コピー及び／又は遺伝子発現レベルの変化のために、遺伝物質を使用して遺伝子を操作することを指す。遺伝物質は、ＤＮＡ又はＲＮＡの形態であり得る。ウイルス形質導入及び非ウイルス形質移入を含む様々な手段によって、遺伝物質を細胞内に移入させることができる。遺伝子操作された後、永久的に又は一時的に、細胞中のある遺伝子の発現レベルを変化させることができる。
【0057】
「コロナウイルス」又は「ＣｏＶ」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶを含むがこれらに限定されない、コロナウイルス科の任意のウイルスを指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、地球の他の地域に急速に広がっている新たに出現したコロナウイルスを指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ウイルスのスパイクタンパク質を介してヒト宿主細胞受容体アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に結合する。スパイクタンパク質はまた、ウイルスの膜融合のためにスパイクタンパク質を活性化するＴＭＰＲＳＳ２に結合し、ＴＭＰＲＳＳ２によって切断される。
【0058】
「Ｓ」又は「Ｓタンパク質」とも呼ばれる「ＣｏＶ－Ｓ」という用語は、コロナウイルスのスパイクタンパク質を指し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ Ｓ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓなどの特定のＳタンパク質を指すことができる。
【0059】
本明細書で使用される「コロナウイルス感染」又は「ＣｏＶ感染」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶなどのコロナウイルスによる感染を指す。この用語は、しばしば下気道におけるコロナウイルス呼吸器感染症を含む。症候には、高熱、乾性咳、息切れ、肺炎、下痢などの胃腸症候、臓器不全（腎不全及び腎機能障害）、敗血症性ショック及び重篤な症例における死亡が含まれ得る。
【0060】
本発明で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、哺乳動物が罹患する特定の疾患又は病的状態を予防し、治療し、又は排除するために哺乳動物、例えばヒトに投与される治療剤を含有する混合物を指す。
【0061】
本明細書で使用される場合、「治療有効量」又は「有効量」という用語は、疾患を治療するために哺乳動物又はその他の対象に投与された場合に、疾患に対するそのような治療に影響を及ぼすのに十分である抗体の量を指す。
【0062】
本明細書で使用される場合、「治療」、「治療する」などの用語は、哺乳動物における、特にヒトにおける疾患の任意の治療を包含し、（ａ）疾患への素因を有し得るが、疾患を有すると未だ診断されていない対象において疾患が発生することを予防すること；（ｂ）疾患を阻害すること、すなわち、その進展を停止させること；並びに（ｃ）疾患を軽減すること、すなわち、疾患の退縮を引き起こすことを含む。
【0063】
「予防する」又は「予防」という用語は当技術分野で広く認められており、症状に関連して使用される場合、この用語は、作用物質を与えられていない対象と比較して、対象における医学的症状の症候の頻度若しくはその重症度を低減させるための作用物質又は対象における医学的症状の症候の開始を遅延させるための作用物質を、症状の開始より前に投与することを含む。
【0064】
本明細書で互換的に使用されるように、「個体」、「対象」、「宿主」及び「患者／患畜」という用語は、マウス（ラット、マウス）、非ヒト霊長類、ヒト、イヌ、ネコ、有蹄動物（例えば、ウマ、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ）などを含むが、これらに限定されない哺乳動物を指す。特に、対象は、ワクチン接種される。
【0065】
本明細書で使用される場合、「治療を必要とする」という用語は、介護者（例えば、ヒトの場合には、医師、看護師、診療看護師又は個人；非ヒト哺乳動物を含む動物の場合には獣医）によって行われる、対象が治療を必要とする又は治療から利益を得るであろうという判断を指す。この判断は、介護者の専門知識の領域に属するが、本開示の化合物によって治療可能な症状の結果として対象が病気である、又は病気になるという知識を含む様々な要因に基づいて行われる。
【0066】
本明細書で使用される場合、「試料」という用語は、個体、対象又は患者／患畜から得られた様々な試料タイプを包含し、診断アッセイ又はモニタリングアッセイにおいて使用され得る。この定義は、生物学的起源の血液及びその他の液体試料、生検標本若しくは組織培養物又はそれらに由来する細胞及びその子孫などの固体組織試料を包含する。
【0067】
「中和」は、分子（例えば、抗体）がコロナウイルスの活性を任意の検出可能な程度まで阻害する、例えば、受容体に結合するコロナウイルスの能力、プロテアーゼによって切断されるコロナウイルスの能力、又は宿主細胞へのウイルスの侵入若しくは宿主細胞におけるウイルスの複製を媒介するコロナウイルスの能力を阻害する過程を指す。
【0068】
コロナウイルス（ＣｏＶ）は、ヒト及び動物に感染し、呼吸器、腸、腎臓及び神経疾患を含む様々な疾患を引き起こす。ＣｏＶは、中和抗体の主な標的であるそのスパイク糖タンパク質（Ｓ）を使用して、その受容体を結合し、膜融合及びウイルス侵入を媒介する。コロナウイルスのスパイクタンパク質は、全てのヒトコロナウイルス（ＣｏＶ）の間で高度に保存されており、受容体認識、ウイルス付着及び宿主細胞への侵入に関与している。同様に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もＣｏＶのＳタンパク質とともに高度に保存されている。Ｓタンパク質が受容体に結合すると、宿主細胞膜上に位置する２型ＴＭセリンプロテアーゼであるＴＭプロテアーゼセリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）が、Ｓタンパク質を活性化することによって細胞へのウイルス侵入を促進する。ウイルスが細胞に入ると、ウイルスのＲＮＡが放出され、ポリタンパク質がＲＮＡゲノムから翻訳され、ウイルスのＲＮＡゲノムの複製及び転写が、複製酵素－転写酵素複合体のタンパク質切断及び集合を介して起こる。ウイルスのＲＮＡが複製され、宿主細胞中で構造タンパク質が合成され、組み立てられ、パッケージングされ、その後、ウイルス粒子が放出される（Ｆｅｈｒ ＡＲ，Ｐｅｒｌｍａｎ Ｓ．Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｅｓ：ａｎ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１５；１２８２：１－２３）。
【0069】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質は、エンベロープに包まれたコロナウイルス粒子の表面上でスパイク又はペプロマー（ｐｅｐｌｏｍｅｒ）を構成する三量体に集合する１２７３アミノ酸のＩ型膜糖タンパク質である。このタンパク質は、宿主受容体結合及び膜融合という２つの不可欠な機能を有しており、これらの機能は、Ｓタンパク質のＮ末端（Ｓ１）及びＣ末端（Ｓ２）の半分によって担われる。ＣｏＶ－Ｓは、Ｓ１サブユニット中に存在する受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を介してその同族受容体に結合する。全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１１のアミノ酸配列によって例示される。Ｓ１ドメインが受容体を結合すると、ウイルスエンベロープとその標的細胞の細胞膜の間での融合を促進するＳ２ドメインの立体構造の変化をもたらす。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の変異型の例には、Ｄ６１４Ｇ：Ｄ６１４Ｇ；Ｂ．１．１．７：６９～７０欠失、１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ及びＤ１１１８Ｈ；Ｂ．１．３５１：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４２－２４４欠失、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ及びＡ７０１Ｖが含まれるが、これらに限定されない。「ＣｏＶ－Ｓ」という用語は、異なるＣｏＶ分離株から単離されたＣｏＶスパイクタンパク質のタンパク質変異型の他、組換えＣｏＶスパイクタンパク質又はその断片を含む。この用語は、例えばヒスチジンタグ、マウス若しくはヒトＦｃ、又はＲＯＲ１などのシグナル配列に結合されたＣｏＶスパイクタンパク質又はその断片も包含する。
【0070】
本開示は、ＣｏＶスパイクタンパク質（特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質）中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片を開発する。
【0071】
特に、ＣｏＶのスパイクタンパク質中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、前記抗体又はその抗原結合断片は、重鎖可変領域のＣＤＲ及び軽鎖可変領域のＣＤＲを含み、重鎖可変領域のＣＤＲは、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３領域を含み、軽鎖可変領域のＣＤＲは、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２及びＣＤＲＬ３領域を含み、
ＣＤＲＨ１領域は、配列番号１のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ２領域は、配列番号２のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ３領域は、配列番号３のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；及びＣＤＲＬ１領域は、配列番号４のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む；ＣＤＲＬ２領域は、ＡＡＳのアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３領域は、配列番号５のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む。
ＣＤＲＨ１領域は、配列番号１のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ２領域は、配列番号２のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ３領域は、配列番号３のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；及びＣＤＲＬ１領域は、配列番号４のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む；ＣＤＲＬ２領域は、ＡＡＳのアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３領域は、配列番号５のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む。
【0072】
本開示のいくつかの実施形態では、配列番号１～５を含む抗体又はその抗原結合断片は、様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異型に対して高い親和性及び保護効率を有するｍ３１Ａ１２である。ｍ３７Ａ１２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のＲＢＤドメインを認識するキメラｍＡｂである。ｍ３７Ａ１２は、細胞ベースの結合アッセイにおいてピコモル濃度範囲のＥＣ５０値で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株（ＷＨ０１）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のデルタ（Ｂ．１．６１７．２）変異型のスパイクタンパク質を認識する。シュードウイルスベースの中和アッセイにおいて、ｍ３７Ａ１２は、ピコモル濃度範囲のＩＣ５０値で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢（ＷＨ０１）、Ｄ６１４Ｇ、アルファ（Ｂ１．１．７）及びデルタ（Ｂ．１．６１７．２）シュードウイルスを中和する活性を有する。
【0073】
特に、ＣｏＶのスパイクタンパク質中のエピトープに対して特異的である抗体又はその抗原結合断片であって、
ＣＤＲＨ１領域は、配列番号６のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ２領域は、配列番号７のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ３領域は、配列番号８のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；及びＣＤＲＬ１領域は、配列番号９のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む；ＣＤＲＬ２領域は、ＡＡＴのアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３領域は、配列番号１０のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む。
ＣＤＲＨ１領域は、配列番号６のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ２領域は、配列番号７のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；ＣＤＲＨ３領域は、配列番号８のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含み；及びＣＤＲＬ１領域は、配列番号９のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む；ＣＤＲＬ２領域は、ＡＡＴのアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３領域は、配列番号１０のアミノ酸配列又は少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％若しくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似する配列を含む。
【0074】
本開示のいくつかの実施形態では、配列番号６～１０を含む抗体又はその抗原結合断片は、Ｐ３６Ｈ３である。
【0075】
本開示による抗体又はその抗原結合断片は、全長（例えば、ＩｇＧ１又はＩｇＧ４抗体）であることができ、又は抗原結合部分（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２又はｓｃＦｖ断片）のみを含み得、必要に応じて機能性に影響を及ぼすように修飾され得る。
【0076】
本開示のいくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、別の部分、例えば、トキソイド又はコロナウイルス感染を治療するための抗ウイルス剤などの治療部分「イムノコンジュゲート」にコンジュゲートされた抗ＣｏＶ－Ｓ抗原結合タンパク質、例えば抗体又は抗原結合断片とコンジュゲートされる。本発明の一実施形態では、抗ＣｏＶ－Ｓ抗体又は断片は、本明細書に記載されているさらなる治療剤のいずれにもコンジュゲートされる。本開示はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はその断片に結合された本明細書に開示される抗体又はその抗原結合断片を含む複合体を提供する。
【0077】
抗体がポリペプチド又はタンパク質内の「１つ以上のアミノ酸に特異的に結合する」か否かを決定するために、当業者に公知の様々な技術を使用することができる。例示的な技術には、例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．，Ｎ．Ｙ．）に記載されているものなどの日常的なクロスブロッキングアッセイ、アラニンスキャニング変異分析、ペプチドブロット分析（Ｒｅｉｎｅｋｅ，２００４，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２４８：４４３－４６３）及びペプチド切断分析が含まれる。さらに、エピトープ切除、エピトープ抽出及び抗原の化学修飾などの方法を使用することができる（Ｔｏｍｅｒ，２０００，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ ９：４８７－４９６）。抗体が特異的に結合する、ポリペプチド内のアミノ酸を同定するために使用することができる別の方法は、質量分析によって検出される水素／重水素交換である。一般的に言えば、水素／重水素交換法は、目的のタンパク質を重水素標識し、続いて抗体を重水素標識されたタンパク質に結合させることを含む。次に、タンパク質／抗体複合体を水に移して、抗体によって保護された残基（重水素標識されたままである）を除く全ての残基で水素－重水素交換を生じさせる。抗体の解離後、標的タンパク質をプロテアーゼ切断及び質量分析に供し、それにより、抗体が相互作用する特定のアミノ酸に対応する重水素標識された残基を明らかにする。例えば、Ｅｈｒｉｎｇ（１９９９）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６７（２）：２５２－２５９；Ｅｎｇｅｎ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ（２００１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７３：２５６Ａ－２６５Ａを参照されたい。
【0078】
当技術分野で公知の日常的な方法を使用することによって、抗体が参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体と同じエピトープに特異的に結合するか、又は参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体と結合について競合するか否かを容易に決定することができる。例えば、試験抗体が本開示の参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体と同じエピトープに結合するか否かを決定するために、参照抗体をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質に結合させる。次に、試験抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質分子に結合する能力を評価する。試験抗体が、参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体による飽和結合後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質に結合することができれば、試験抗体は、参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体とは異なるエピトープに結合すると結論付けることができる。他方、試験抗体が、参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体による飽和結合後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質分子に結合することができなければ、試験抗体は、本開示の参照抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体によって結合されるエピトープと同じエピトープに結合し得る。試験抗体の結合の観察された欠如が実際に参照抗体と同じエピトープへの結合によるものであるか否か、又は立体的な封鎖（又は別の現象）が観察された結合の欠如の原因であるか否かを確認するために、次いで、さらなる日常的な実験（例えば、ペプチド変異及び結合分析）を行うことができる。この種の実験は、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、Ｂｉａｃｏｒｅ、フローサイトメトリー又は当技術分野で利用可能な任意の他の定量的若しくは定性的抗体結合アッセイを使用して行うことができる。本開示のある実施形態によれば、例えば、競合結合アッセイで測定された場合に、１倍、５倍、１０倍、２０倍又は１００倍過剰の一方の抗体が、他方の抗体の結合を少なくとも５０％、但し、好ましくは７５％、９０％又はさらには９９％阻害すれば、２つの抗体は同じ（又は重複する）エピトープに結合する。あるいは、一方の抗体の結合を低減又は排除する、抗原中の本質的に全てのアミノ酸変異が他方の抗体の結合を低減又は排除すれば、２つの抗体は、同じエピトープに結合すると考えられる。一方の抗体の結合を低減又は排除するアミノ酸変異の一部のみが他方の抗体の結合を低減又は排除すれば、２つの抗体は「重複するエピトープ」を有すると考えられる。
【0079】
抗体は、完全な抗体分子の抗原結合断片も含む。抗体の抗原結合断片は、例えば、タンパク質分解消化又は抗体可変ドメイン及び任意に定常ドメインをコードするＤＮＡの操作及び発現を伴う組換え遺伝子工学技術などの任意の適切な標準的技術を使用して、完全な抗体分子から誘導され得る。このようなＤＮＡは公知であり、及び／又は例えば商業的供給源、ＤＮＡライブラリー（例えばファージー抗体ライブラリーを含む）から容易に入手可能であるか、又は合成することができる。例えば、１つ以上の可変ドメイン及び／又は定常ドメインを適切な構成に配置するために、又はコドンを導入し、システイン残基を作製し、アミノ酸を修飾、付加若しくは欠失させるなどのために、化学的に又は分子生物学技術を使用することによって、ＤＮＡを配列決定し、操作し得る。
【0080】
抗原結合断片の非限定的な例には、（ｉ）Ｆａｂ断片；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片；（ｉｉｉ）Ｆｄ断片；（ｉｖ）Ｆｖ断片；（ｖ）一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）分子；（ｖｉ）ｄＡｂ断片；及び（ｖｉｉ）抗体の超可変領域（例えば、ＣＤＲ３ペプチドなどの単離された相補性決定領域（ＣＤＲ））又は拘束されたＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４ペプチドを模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位が含まれる。ドメイン特異的抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン欠失抗体、キメラ抗体、ＣＤＲをグラフトした抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、ナノボディ（例えば、一価ナノボディ、二価ナノボディなど）、小型モジュラー免疫医薬品（ＳＭＩＰ）及びサメ可変ＩｇＮＡＲドメインなどのその他の操作された分子も、本明細書で使用される「抗原結合断片」という表現によって包含される。
【0081】
抗体の抗原結合断片は、典型的には、少なくとも１つの可変ドメインを含む。可変ドメインは、任意のサイズ又はアミノ酸組成のものであり得、一般に、１つ以上のフレームワーク配列に隣接するか又は１つ以上のフレームワーク配列とインフレームである少なくとも１つのＣＤＲを含む。ＶＬドメインと会合したＶＨドメインを有する抗原結合断片では、ＶＨドメイン及びＶＬドメインは、任意の適切な配置で互いに対して位置し得る。例えば、可変領域は二量体であり得、ＶＨ－ＶＨ、ＶＨ－ＶＬ又はＶＬ－ＶＬ二量体を含有し得る。あるいは、抗体の抗原結合断片は、単量体のＶＨ又はＶＬドメインを含有し得る。
【0082】
ある実施形態では、抗体の抗原結合断片は、少なくとも１つの定常ドメインに共有結合された少なくとも１つの可変ドメインを含有し得る。本開示の抗体の抗原結合断片内に見出され得る可変ドメイン及び定常ドメインの非限定的な例示的構成には、（ｉ）ＶＨ－ＣＨ１；（ｉｉ）ＶＨ－ＣＨ２；（ｉｉｉ）ＶＨ－ＣＨ３；（ｉｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２；（ｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３、（ｖｉ）ＶＨ－ＣＨ２－ＣＨ３；（ｖｉｉ）ＶＨ－ＣＬ；（ｖｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１；（ｉｘ）ＶＬ－ＣＨ２；（ｘ）ＶＬ－ＣＨ３；（ｘｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２；（ｘｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３；（ｘｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ２－ＣＨ３；及び（ｘｉｖ）ＶＬ－ＣＬが含まれる。本明細書に列挙されている例示的な構成のいずれかを含む、可変ドメイン及び定常ドメインの任意の構成において、可変ドメイン及び定常ドメインは、互いに直接連結され得、又は完全な若しくは部分的なヒンジ若しくはリンカー領域によって連結され得る。ヒンジ領域は、単一のポリペプチド分子内の隣接する可変ドメイン及び／又は定常ドメイン間に柔軟な又は半柔軟な連結をもたらす少なくとも２つ（例えば、５、１０、１５、２０、４０、６０又はそれより多く）のアミノ酸からなり得る。さらに、本開示の抗体の抗原結合断片は、（例えば、ジスルフィド結合によって）互いと及び／又は１つ以上の単量体のＶＨ若しくはＶＬドメインと非共有結合で会合した、上に列挙されている可変ドメイン及び定常ドメイン構成のいずれかのホモ二量体又はヘテロ二量体（又は他の多量体）を含み得る。
【0083】
本明細書に開示される抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体は、抗体が由来する対応する生殖系列配列と比較して、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのフレームワーク及び／又はＣＤＲ領域に１つ以上のアミノ酸置換、挿入及び／又は欠失を含み得る。このような変異は、本明細書に開示されているアミノ酸配列を、例えば公開されている抗体配列データベースから入手可能な生殖系列配列と比較することによって容易に確認することができる。本開示は、本明細書に開示されているアミノ酸配列のいずれかに由来する抗体及びその抗原結合断片であって、１つ以上のフレームワーク及び／又はＣＤＲ領域内の１つ以上のアミノ酸が、その抗体が由来する生殖系列配列の対応する残基に、又は別の哺乳動物の生殖系列配列の対応する残基に、又は対応する生殖系列残基の保存的アミノ酸置換に変異されている（このような配列変化は、本明細書において、「生殖系列変異」と総称される。）、抗体及びその抗原結合断片を含む。当業者は、本明細書に開示されている重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列から出発して、１つ以上の個々の生殖系列変異又はそれらの組み合わせを含む多数の抗体及び抗原結合断片を容易に生産することができる。ある実施形態では、ＶＨ及び／又はＶＬドメイン内のフレームワーク及び／又はＣＤＲ残基の全てが、その抗体が由来した元の生殖系列配列中に見い出される残基に戻るように変異される。他の実施形態では、ある残基のみ、例えばＦＲ１の最初の８アミノ酸内若しくはＦＲ４の最後の８アミノ酸内に見い出される変異した残基のみ、又はＣＤＲ１、ＣＤＲ２若しくはＣＤＲ３内に見い出される変異した残基のみが元の生殖系列配列に戻るように変異される。他の実施形態では、フレームワーク及び／又はＣＤＲ残基の１つ以上が、異なる生殖系列配列（すなわち、その抗体が元々由来した生殖系列配列とは異なる生殖系列配列）の対応する残基に変異されている。さらに、本開示の抗体は、フレームワーク及び／又はＣＤＲ領域内に２つ以上の生殖系列変異の任意の組み合わせを含有し得、例えば、ある個々の残基は、特定の生殖系列配列の対応する残基に変異されているのに対して、元の生殖系列配列とは異なるある他の残基は、維持されているか、又は異なる生殖系列配列の対応する残基に変異されている。一旦得られると、１つ以上の生殖系列変異を含有する抗体及び抗原結合断片は、１つ以上の所望の特性、例えば、改善された結合特異性、増加した結合親和性、（場合に応じて）改善された又は増強された拮抗性又は作動性生物学的特性、低下した免疫原性などについて容易に試験され得る。この一般的な様式で得られる抗体及び抗原結合断片は、本開示によって包含される。
【0084】
本開示は、１つ以上の保存的置換を有する本明細書に開示されているＶＨ、ＶＬ及び／又はＣＤＲアミノ酸配列のいずれかの変異型を含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体も含む。例えば、本開示は、本明細書に開示されているＶＨ、ＶＬ及び／又はＣＤＲアミノ酸配列のいずれかと比較して、例えば１０個以下、８個以下、６個以下、４個以下などの保存的アミノ酸置換を有するＶＨ、ＶＬ及び／又はＣＤＲアミノ酸配列を有する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体を含む。
【0085】
本開示のいくつかの実施形態では、本開示による抗体又はその抗原結合断片はヒト化抗体である。本開示によるヒト化抗体の結合親和性を改善するために、ヒトフレームワーク領域中のいくつかのアミノ酸残基が、ＣＤＲの種、例えば、げっ歯類中の対応するアミノ酸残基によって置き換えられる。
【0086】
本開示の抗体又はその抗原結合断片は、単一特異性、二重特異性又は多重特異性であり得る。多重特異性抗体は、１つの標的ポリペプチドの異なるエピトープに対して特異的であり得るか、又は１つより多くの標的ポリペプチドに対して特異的な抗原結合ドメインを含有し得る。本開示の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体は、別の機能性分子、例えば別のペプチド又はタンパク質に連結され得るか、又はそれと同時発現され得る。例えば、抗体又はその断片は、別の抗体又は抗体断片などの１つ以上の他の分子実体に（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合的会合又はその他によって）機能的に連結されて、第２の結合特異性を有する二重特異性又は多重特異性抗体を生成することができる。例えば、本開示は、免疫グロブリンの一方のアームがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質又はその断片に対して特異的であり、免疫グロブリンの他方のアームが第２の治療標的に対して特異的であるか、又は治療部分にコンジュゲートされている二重特異性抗体を含む。
【0087】
別の態様では、本開示は、抗体若しくはその抗原結合断片を発現するか、又はベクターを含有する遺伝子操作された細胞を提供する。遺伝子操作された細胞は、免疫細胞であり得る。
【0088】
本開示の１つの好ましい実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、原核生物及び真核生物の発現系を含む任意の数の発現系を使用して生産され得る。いくつかの態様では、発現系は、ハイブリドーマなどの哺乳動物細胞発現、又はＣＨＯ細胞発現系である。多くのこのような系が、商業的供給業者から広く入手可能である。抗体がＶＨ及びＶＬ領域の両方を含む実施形態では、ＶＨ及びＶＬ領域は、単一のベクターを使用して、例えば２シストロン性発現単位で、又は異なるプロモーターの制御下で発現され得る。他の実施形態では、ＶＨ及びＶＬ領域は、別個のベクターを使用して発現され得る。本明細書に記載されているＶＨ又はＶＬ領域は、任意に、Ｎ末端にメチオニンを含み得る。
【0089】
目的の抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子は、細胞からクローニングすることができ、例えば、モノクローナル抗体をコードする遺伝子は、ハイブリドーマからクローニングされ、組換えモノクローナル抗体を生産するために使用され得る。モノクローナル抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子ライブラリーは、ハイブリドーマ又は形質細胞から作製することもできる。重鎖及び軽鎖遺伝子産物のランダムな組み合わせは、異なる抗原特異性を有する抗体の大きなプールを生成する（例えば、Ｋｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（３ｒｄ ｅｄ．１９９７）を参照のこと。）。
【0090】
抗体又は抗原結合断片を製造するための方法の例は、（ａ）前記抗体又は抗原結合断片をコードする１つ以上のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入する工程と；（ｂ）前記１つ以上のポリヌクレオチドの発現に有利な条件下で前記宿主細胞を培養する工程と；（ｃ）任意に、前記宿主細胞及び／又は前記宿主細胞がその中で増殖されている培地から前記抗体又は抗原結合断片を単離する工程とを含む。
【0091】
本発明の抗体又は抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するために、ベクターを使用することができる。一実施形態では、ベクターの１つの種類は「プラスミド」であり、その中に追加のＤＮＡセグメントが連結され得る環状二本鎖ＤＮＡループを指す。ベクターの別の種類は、追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノム中に連結され得るウイルスベクターである。ある種のベクターは、その中にベクターが導入される宿主細胞において自律複製することができる（例えば、細菌の複製起点を有する細菌ベクター及びエピソーム哺乳動物ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞中に導入されると宿主細胞のゲノムに組み込まれることができ、それによって宿主ゲノムとともに複製される。さらに、ある種のベクターは、ベクターが作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示することができる。このようなベクターは、本明細書では「組換え発現ベクター」（又は単に「発現ベクター」）と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態である。プラスミドがベクターの最も一般的に使用される形態であるので、本明細書では、「プラスミド」及び「ベクター」は、交換可能に使用され得る。しかしながら、本発明は、同等の機能を果たす、ウイルスベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス及びアデノ随伴ウイルス）などの他の形態の発現ベクターを含むことを意図している。
【0092】
本開示は、抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を含む医薬組成物を提供する。本開示の医薬組成物は、適切な希釈剤、担体、賦形剤及び改善された移入、送達、耐容性などを提供する他の因子とともに製剤化される。組成物は、獣医学的使用又はヒトにおける医薬的使用などの特定の使用のために製剤化され得る。組成物の形態並びに使用される賦形剤、希釈剤及び／又は担体は、抗体の意図される用途及び、治療用途の場合には投与の様式に依存する。多数の適切な製剤は、全ての製薬化学者に知られている処方集：Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａに見出すことができる。これらの製剤には、例えば、散剤、ペースト、軟膏、ゼリー、ワックス、油、脂質、脂質（カチオン性又はアニオン性）含有小胞（ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（商標）、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆ．など）、ＤＮＡコンジュゲート、無水吸収ペースト、水中油型及び油中水型エマルジョン、エマルジョンカルボワックス（様々な分子量のポリエチレングリコール）、半固体ゲル及びカルボワックスを含有する半固体混合物が含まれる。Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ ｆｏｒ ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ” ＰＤＡ（１９９８）Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ Ｔｅｃｈｎｏｌ ５２：２３８－３１１も参照されたい。
【0093】
本開示のいくつかの実施形態では、医薬組成物は、抗ウイルス剤などのさらなる治療剤を含む。抗ウイルス剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に対する抗体；抗炎症剤；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＮＴＤ領域に対する抗体；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＨＲ１領域に対する抗体；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤ領域に対する抗体；ＳＡＲＳ－ＣｏＶモノクローナル抗体；ＭＥＲＳ－ＣｏＶモノクローナル抗体；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体；ペプチド；プロテアーゼ阻害剤；ＰＩＫｆｙｖｅ阻害剤；ＴＭＰＲＳＳ２阻害剤；及びカテプシン阻害剤；フューリン阻害剤；抗ウイルスペプチド；抗ウイルスタンパク質；抗ウイルス化学化合物であり得る。例えば、抗ウイルス剤は、１Ａ９；２０１；３１１ｍａｂ－３１Ｂ５；３１１ｍａｂ－３２Ｄ４；４７Ｄ１１；４Ａ８；４Ｃ２；８０Ｒ；アピリモド；Ｂ３８；メシル酸カモスタット；カシリビマブ；ＣＲ３０１４；ＣＲ３０２２；Ｄ１２；Ｅ－６４Ｄ；ＥＫ１；ＥＫ１Ｃ４；Ｈ４；ＨＲ２Ｐ；ＩＢＰ０２；イムデビマブ；ｍ３３６；ＭＥＲＳ－２７；ＭＥＲＳ－４；ＭＩ－７０１；ｎ３０８８；ｎ３１３０；Ｐ２Ｂ－２Ｆ６；Ｐ２Ｃ－１Ｆ１１；ＰＩ８；Ｓ２３０；Ｓ３０９；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ ＨＲ２Ｐ断片（ａａｌ １６８～１２０３）；テトランドリン；ビラセプト（メシル酸ネルフィナビル）；ＹＭ２０１６３６；ａ－１－ＰＤＸ；ファビピラビル；ＩＦＮ－ａ；ＩＦＮ－ａｌｂ；ＩＦＮ－ａ２ａ；ロピナビル－リトナビル；Ｑ－グリフィシン（Ｑ－ＧＲＦＴ）；及びグリフィシン；オセルタミビル；ザナミビル；アバカビル；ジドブジン；ザルシタビン；ジダノシン；スタブジン；エファビレンツ；インジナビル；リトナビル；ネルフィナビル；アンプレナビル；リバビリン；レムデシビル；クロロキン；ヒドロキシクロロキン；ｒＩＦＮ－α－２ａ；ｒＩＦＮ－β－ｌｂ；ｒＩＦＮ－γ；ｎＩＦＮ－α；ｎＩＦＮ－β；ｎｌＦＮ－γ；ＩＬ－２；ＰＤ－Ｌ１；抗ＰＤ－Ｌ１；チェックポイント阻害剤；インターフェロン；インターフェロン混合物；組換え又は天然のインターフェロン；アルフェロン；α－インターフェロン種；組換え又は天然のインターフェロンα；組換え又は天然のインターフェロンα２ａ；組換え又は天然のインターフェロンβ；組換え又は天然のインターフェロンβｌｂ；及び組換え又は天然のインターフェロンγからなる群から選択される少なくとも１つであり得る。アルファ－インターフェロン種は、ヒト白血球によって産生されるα－インターフェロンの少なくとも７つの種の混合物であり得、７つの種は、インターフェロンα２；インターフェロンα４；インターフェロンα７；インターフェロンα８；インターフェロンα１０；インターフェロンα１６；及びインターフェロンα１７である。
【0094】
患者／患畜に投与される抗体の用量は、患者／患畜の年齢及びサイズ、標的疾患、症状、投与経路などに応じて変化し得る。好ましい用量は、典型的には、体重又は体表面積に従って計算される。成人患者／成体患畜におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連する症状又は疾患を治療するために本開示の抗体が使用される場合、本開示の抗体を静脈内投与することが有利であり得る。症状の重症度に応じて、治療の頻度及び期間を調整することができる。抗体を投与するための効果的な投与量及びスケジュールは、経験的に決定され得、例えば、定期的な評価によって患者／患畜の進行を監視し、それに応じて用量を調整することができる。さらに、当技術分野で周知の方法を使用して、投与量の種間増加減少を行うことができる（例えば、Ｍｏｒｄｅｎｔｉ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔ．Ｒｅｓ．８：１３５１）。
【0095】
例えば、リポソーム中への封入、微粒子、マイクロカプセル、変異体ウイルスを発現することができる組換え細胞、受容体媒介性エンドサイトーシスなど、様々な送達系が公知であり、本開示の医薬組成物を投与するために使用することができる（例えば、Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９－４４３２を参照）。導入の方法には、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外及び経口経路が含まれるが、これらに限定されない。組成物は、任意の都合のよい経路によって、例えば注入又はボーラス注射によって、上皮又は皮膚粘膜内層（例えば、口腔粘膜、直腸及び腸粘膜など）を介した吸収によって投与され得、他の生物学的に活性な因子と一緒に投与され得る。投与は、全身的又は局所的であり得る。
【0096】
本開示の医薬組成物は、標準的な針及び注射器などの容器又は注射装置を用いて皮下又は静脈内に送達することができる。さらに、皮下送達に関して、ペン送達装置は、本開示の医薬組成物を送達する上での用途を容易に有する。このようなペン送達装置は、再使用可能又は使い捨て可能であり得る。再使用可能なペン送達装置は、一般に、医薬組成物を含有する交換可能なカートリッジを利用する。カートリッジ内の医薬組成物の全てが投与され、カートリッジが空になったら、直ちに空のカートリッジを廃棄し、医薬組成物を含有する新しいカートリッジと交換することができる。次いで、ペン送達装置を再使用することができる。使い捨て可能なペン送達装置では、交換可能なカートリッジは存在しない。むしろ、使い捨て可能なペン送達装置は、装置内のリザーバ中に保持された医薬組成物が予め充填された状態で供給される。リザーバに医薬組成物がなくなったら、装置全体が廃棄される。
【0097】
特定の状況では、医薬組成物は、徐放系で送達され得る。一実施形態では、ポンプが使用され得る（Ｌａｎｇｅｒ、前出；Ｓｅｆｔｏｎ，１９８７，ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｆ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１４：２０１を参照）。別の実施形態では、ポリマー材料を使用することができる。Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，Ｌａｎｇｅｒ ａｎｄ Ｗｉｓｅ（ｅｄｓ．），１９７４，ＣＲＣ Ｐｒｅｓ．Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａを参照されたい。さらに別の実施形態では、徐放系を組成物の標的の近くに配置することができ、これにより、全身用量のごく一部のみが必要となる（例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，１９８４，ｉｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，上記，ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５－１３８を参照）。他の徐放系は、Ｌａｎｇｅｒ，１９９０，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７－１５３３による総説で論述されている。
【0098】
注射用調製物としては、静脈内、皮下、皮内及び筋肉内注射、点滴注入などのための剤形が挙げられ得る。これらの注射用調製物は、公知の方法により調製され得る。例えば、注射可能な調製物は、例えば、本明細書中に記載されている抗体又はその塩を、注射のために通常使用される無菌の水性媒体又は油性媒体中に溶解し、懸濁し、又は乳化することによって調製され得る。注射用水性媒体としては、例えば、生理食塩水、アルコール（例えば、エタノール）、多価アルコール（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール）、非イオン性界面活性剤［例えば、ポリソルベート８０、ＨＣＯ－５０（硬化ヒマシ油のポリオキシエチレン（５０ｍｏｌ）付加物）］などの適切な可溶化剤と組み合わせて使用され得る、グルコース及びその他の助剤などを含有する等張溶液が存在する。油性媒体としては、例えば、安息香酸ベンジル、ベンジルアルコールなどの可溶化剤と組み合わせて使用され得るゴマ油、大豆油などが使用されている。このようにして調製された注射剤は、好ましくは、適切なアンプルに充填される。
【0099】
有利には、上記の経口又は非経口使用のための医薬組成物は、活性成分の用量に合うように適合された単位用量の剤形に調製される。単位用量のこのような剤形としては、例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤、注射剤（アンプル）、坐剤などが挙げられる。
【0100】
本開示は、コロナウイルスによる感染を治療又は予防することを必要とする対象においてコロナウイルスによる感染を治療又は予防するための方法であって、治療有効量の本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を投与する工程を含む、方法を提供する。あるいは、本開示は、コロナウイルスによる感染を治療又は予防することを必要とする対象においてコロナウイルスによる感染を治療又は予防するのに使用するための医薬組成物であって、治療有効量の本明細書で使用される抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物を提供する。
【0101】
本開示は、コロナウイルスを中和することを必要とする対象においてコロナウイルスを中和するための方法であって、本明細書に開示されている抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体を対象に投与する工程を含む、方法を提供する。あるいは、本開示は、コロナウイルスを中和することを必要とする対象においてコロナウイルスを中和するのに使用するための医薬組成物であって、治療有効量の本明細書で使用される抗体若しくはその抗原結合断片又は複合体と、医薬として許容される担体と、任意にさらなる治療剤とを含む、医薬組成物を提供する。
【0102】
本開示は、試料中のコロナウイルスを検出するためのキットであって、キットは抗体又はその抗原結合断片を含む、キットを提供する。
【0103】
本開示の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体はまた、例えば診断目的のために、試料中のコロナウイルス又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質発現細胞を検出及び／又は測定するために使用され得る。例えば、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体又はその断片は、コロナウイルス感染を特徴とする症状又は疾患を診断するために使用され得る。コロナウイルスのための例示的な診断アッセイは、例えば、患者／患畜から得られた試料を本開示の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体と接触させることを含み得、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体は、検出可能な標識又はレポーター分子で標識されている。あるいは、標識されていない抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクタンパク質抗体を、それ自体が検出可能に標識されている二次抗体と組み合わせて診断用途において使用することができる。検出可能な標識又はレポーター分子は、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ又は１２５Ｉなどの放射性同位体；フルオレセインイソチオシアネート若しくはローダミンなどの蛍光又は化学発光部分；又はアルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ若しくはルシフェラーゼなどの酵素であり得る。試料中のコロナウイルスを検出又は測定するために使用され得る具体的な例示的アッセイとしては、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）が挙げられる。
【0104】
以下の実施例は、当業者が本開示を実施するのを補助するために提供される。
【実施例】
【0105】
材料及び方法
スパイク特異的Ｂ細胞のＦＡＣＳ分析及び選別。Ｓｍｇ免疫化マウスから単離された脾細胞を２μｇ／ｍｌのＳタンパク質とともに４℃で１時間インキュベートした後、洗浄し、ＣＤ１９（クローン：６Ｄ５、ＰＥ－Ｃｙ７コンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））、ＣＤ３（クローン：１７Ａ２、ＰＥコンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））及びＨｉｓ（クローン：Ｊ０９５Ｇ４６、ＡＰＣコンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））に対する抗体カクテルとともに４℃で１５分間インキュベートした。ヨウ化プロピジウム（ＢＩＯＬＥＧＥＮＤＴＭ）を使用して死細胞を除外した。ＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩによって、１０μｌ／ウェルのキャッチ緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８、ａｍｄ ５Ｕ／μｌのＲＮａｓｉｎ（ＰＲＯＭＥＧＡ（商標））を含有する９６ウェルＰＣＲプレート（ＡＰＰＬＩＥＤ ＢＩＯＳＹＳＴＥＭＳ（商標））中に生きた単一のスパイク特異的Ｂ細胞（ＣＤ３－ＣＤ１９＋）を選別した。レパートリー分析のために、Ｓｍｇ又はＳｆｇ免疫化マウス由来の５つの脾臓をプールし、選別前に染色した。
スパイク特異的Ｂ細胞のＦＡＣＳ分析及び選別。Ｓｍｇ免疫化マウスから単離された脾細胞を２μｇ／ｍｌのＳタンパク質とともに４℃で１時間インキュベートした後、洗浄し、ＣＤ１９（クローン：６Ｄ５、ＰＥ－Ｃｙ７コンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））、ＣＤ３（クローン：１７Ａ２、ＰＥコンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））及びＨｉｓ（クローン：Ｊ０９５Ｇ４６、ＡＰＣコンジュゲート、ＢＩＯＬＥＧＥＮＤ（商標））に対する抗体カクテルとともに４℃で１５分間インキュベートした。ヨウ化プロピジウム（ＢＩＯＬＥＧＥＮＤＴＭ）を使用して死細胞を除外した。ＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩによって、１０μｌ／ウェルのキャッチ緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８、ａｍｄ ５Ｕ／μｌのＲＮａｓｉｎ（ＰＲＯＭＥＧＡ（商標））を含有する９６ウェルＰＣＲプレート（ＡＰＰＬＩＥＤ ＢＩＯＳＹＳＴＥＭＳ（商標））中に生きた単一のスパイク特異的Ｂ細胞（ＣＤ３－ＣＤ１９＋）を選別した。レパートリー分析のために、Ｓｍｇ又はＳｆｇ免疫化マウス由来の５つの脾臓をプールし、選別前に染色した。
【0106】
単一Ｂ細胞スクリーニング。以前の刊行物に基づいて、プライマーを設計した。次いで、５０℃で３０分間、９５℃で１５分間、続いて９４℃で３０秒間、５０℃で３０秒間、７２℃で１分間の４０サイクル及び７２℃で１０分間の最終インキュベーションで反応を行った。１μｌの未精製の第１ラウンドＰＣＲ産物とともにＫＯＤ Ｏｎｅ ＰＣＲマスターミックス（ＴＯＹＯＢＯ（商標））を使用して、９８℃で２分間、続いて９８℃で１０秒間、５５℃で１０秒間、６８℃で１０秒間の４５サイクル及び６８℃で１分間の最終インキュベーションで、半ネステッド第２ラウンドＰＣＲを行った。次いで、ＰＣＲ産物を１．５％アガロースゲルで分析し、配列決定した。ＩＭＧＴウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴ＿ｖｑｕｅｓｔ／ｉｎｐｕｔ）で検索することによって、ＩｇＶ及びＬ遺伝子を同定した。次いで、ヒトＩｇＨ又はＩｇＬ発現骨格を含有するベクターにクローニングするための制限部位を含有する単一遺伝子特異的なＶ及びＬ遺伝子プライマーを用いて、第２ラウンドのＰＣＲ産物から遺伝子を増幅した。抗体産生のために、キメラＩｇＨ及びＩｇＬ発現構築物をＥｘｐｉ２９３に同時形質移入した。
【0107】
Ｓタンパク質を発現する２９３Ｔ表面との抗体の結合。２９３Ｔ細胞をｐｃＤＮＡ６／スパイク－Ｐ２Ａ－ｅＧＦＰで形質移入した。１０μｇ／ｍｌのブラストサイジン下で２～３週間、形質移入された細胞を選択した。次いで、選択された細胞をＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩによって選別して、ｅＧＦＰ＋発現細胞を得た。１０％ ＦＢＳ及び１０μｇ／ｍｌのブラストサイジンを含有するＤＭＥＭ中でこれらの細胞を維持した。段階希釈された抗体とともに、２～３×１０５個の細胞をＦＡＣＳ緩衝液中、氷上で１時間インキュベートした。次いで、ＦＡＣＳ緩衝液で細胞を３回洗浄した後、氷上で２０分間、ＢＶ４２１マウス抗ヒトＩｇＧ（ＢＤ ＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥＳ（商標）、５６２５８１、１：１００）で染色し、ＦＡＣＳ緩衝液で２回洗浄した。ＦＡＣＳ Ｃａｎｔｏ ＩＩを用いて陽性細胞のパーセンテージを定量し、ＦｌｏｗＪｏでデータを分析した。ここで使用されたＳタンパク質変異型は、ＷＨ０１スパイク：元のＳタンパク質；Ｄ６１４Ｇ：Ｄ６１４Ｇ；Ｂ．１．１．７：６９～７０欠失、１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ及びＤ１１１８Ｈ；Ｂ．１．３５１：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４２～２４４欠失、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ及びオミクロンＢＡ．１である。
【0108】
Ｏｃｔｅｔ（バイオレイヤー干渉法）を用いた親和性及びアビディティーの決定。製造者の説明書に従ってＰｉｅｒｃｅ Ｆａｂ Ｍｉｃｒｏ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＴＨＥＲＭＯＦＩＳＨＥＲ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ（商標））を使用することによって、Ｆａｂ断片を調製した。簡潔には、固定化されたパパイン樹脂とともに３７℃で８時間インキュベートすることによって、ｍ３１Ａ７ ＩｇＧ（２５０μｇ）を消化した。次いで、ＦａｂをプロテインＡカラムによって精製した。１０又は６．７μｇ／ｍｌの速度論緩衝液（ＰＢＳ中０．０１％エンドトキシン非含有ＢＳＡ、０．００２％ Ｔｗｅｅｎ－２０、０．００５％ ＮａＮ３）で、それぞれＰｒｏｔｅｉｎ Ｇ又はＦＡＢ２Ｇバイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦＯＲＴＥＢＩＯ（商標））上に、精製したｍ３１Ａ７ ＩｇＧ又はＦａｂ断片をロードした。ＩｇＧ又はＦａｂの両方によるＳタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＷＨ０１）の会合及び解離を、それぞれ５分間及び１５分間、指示された濃度で、速度論緩衝液中で行った。１：１グローバルフィットモデル（ＯＣＴＥＴ（商標））を使用して、ＫＤ値を計算した。
【0109】
モノ－ＧｌｃＮＡｃ－ＩｇＧの調製。２９３Ｓ細胞において生成された１ｍｇのＩｇＧ（例えば、ｍ３７Ａ１２又はＰ３６Ｈ３）を、リン酸ナトリウム緩衝液（２０ ｍＭ、ｐＨ７．４、０．５ｍＬ）中で、Ｅｎｄｏ Ｈ（５０００単位）とともに室温で１６時間インキュベートした。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって、重鎖上のＮ－グリカンの完全な切断を確認した。プロテインＡアフィニティーカラムで、モノ－ＧｌｃＮＡｃ－ＩｇＧを精製した。モノ－ＧｌｃＮＡｃ－ＩｇＧを含有する画分を合わせ、遠心濾過（Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ遠心分離フィルタ、ＭＩＬＬＩＰＯＲＥ（商標））によって濃縮した。
【0110】
グリカンオキサゾリンによるモノ－ＧｌｃＮＡｃ ＩｇＧの糖転移。以前に記載されたように（Ｌｏ，Ｈ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ １４１，６４８４－６４８８）、２０ｍＭトリス緩衝液（ｐＨ７．４）中の１００ｐｇのＥｎｄｏＳ Ｄ２３３Ｑ及び１ｍｇのモノ－ＧｌｃＮＡｃ ＩｇＧの混合物を、１ｍｇのＦＳＣＴ－オキサゾリンに添加した。溶液を３７℃で６０分間インキュベートした。次いで、反応混合物をプロテインＡアフィニティーカラムで精製した。
【0111】
結果：
本発明者らは、本実施例において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のモノグリコシル化された状態（Ｓｍｇ）で免疫化されたマウスからスパイク特異的モノクローナル抗体を単離した。Ｓｍｇ免疫化マウスからのＳタンパク質特異的Ｂ細胞の選別は、ＩＧＨＶ１－１８増幅クローンからの２つのモノクローナル抗体（ｍＡｂ）ｍ３７Ａ１２及びＰ３６Ｈ３の同定をもたらした。このｍ３７Ａ１２ ｍＡｂは、野生型（ＷＴ）全長Ｓタンパク質、Ｓ１及びＲＢＤと相互作用する（図１Ａ）。Ｓタンパク質のＥＣ５０（Ｍ）は５．０８４×１０－１１であり、ＲＢＤのＥＣ５０（Ｍ）は８．０００×１０－１１である。本発明者らのバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）分析は、全長ＷＴ スパイクタンパク質に対するｍ３１Ａ７のＫＤが４．２×１０－１０Ｍであるようであることを示した（図１Ｂ）。Ｐ３６Ｈ３は、ＷＴスパイクタンパク質のＳ２ドメインに結合する（図２Ａ）。Ｓタンパク質のＥＣ５０（Ｍ）は１．６２２×１０－１０であり、Ｓ２のＥＣ５０（Ｍ）は２．３１６×１０－１１である。ＢＬＩ分析は、全長ＷＴスパイクタンパク質に対するＰ３６Ｈ３のＫＤが７．０２×１０－１２Ｍであることを示した（図２Ｂ）。さらに、ＦＡＣＳ分析は、ｍ３７Ａ１２が、１０－１１ＭレベルのＥＣ５０で、ＷＨ０１（ＷＴ）及びデルタスパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の両方に結合することを示す（図３Ａ）。ＷＨ０１のＥＣ５０（Ｍ）は２．４６９×１０－１０であり、デルタのＥＣ５０（Ｍ）は２．０４２×１０－１１である。重要なことに、ｍ３７Ａ１２は、様々なシュードウイルス変異型、（ＷＴ、Ｄ６１４Ｇ及びデルタ）をサブピコモル濃度レベルのＩＣ５０で中和することが示された（図３Ｂ）。ＷＨ０１のＩＣ５０（Ｍ）は８．７８８×１０－１１であり；アルファのＩＣ５０（Ｍ）は６．７６４×１０－１１であり；ベータのＩＣ５０（Ｍ）は２．５５７×１０－９であり；ガンマのＩＣ５０（Ｍ）は２．４２４×１０－９であり；デルタのＩＣ５０（Ｍ）は１．５０４×１０－１０である。他方で、ＦＡＣＳ分析は、Ｐ３６Ｈ３が、１０－１０ＭレベルのＥＣ５０で、ＷＨ０１（ＷＴ）及びデルタスパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の両方に結合することを示した（図４）。ＷＨ０１のＥＣ５０（Ｍ）は２．２２７×１０－１０であり、デルタのＥＣ５０（Ｍ）は３．７３７×１０－１０である。ＦＡＣＳ分析は、ｍ３７Ａ１２及びｐ３６Ｈ３が、７．７３４×１０－９Ｍ（ｍ３７Ａ１２）又は５．２１３×１０－９Ｍ（ｐ３６Ｈ３）のＥＣ５０で、オミクロンＢＡ．１スパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞に結合することを示す（図５）。さらに、ｍ３７Ａ１２は、５．９９３×１０－８のＩＣ５０で、シュードウイルスオミクロンＢＡ．１変異型を中和することが示された（図６）。
本発明者らは、本実施例において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のモノグリコシル化された状態（Ｓｍｇ）で免疫化されたマウスからスパイク特異的モノクローナル抗体を単離した。Ｓｍｇ免疫化マウスからのＳタンパク質特異的Ｂ細胞の選別は、ＩＧＨＶ１－１８増幅クローンからの２つのモノクローナル抗体（ｍＡｂ）ｍ３７Ａ１２及びＰ３６Ｈ３の同定をもたらした。このｍ３７Ａ１２ ｍＡｂは、野生型（ＷＴ）全長Ｓタンパク質、Ｓ１及びＲＢＤと相互作用する（図１Ａ）。Ｓタンパク質のＥＣ５０（Ｍ）は５．０８４×１０－１１であり、ＲＢＤのＥＣ５０（Ｍ）は８．０００×１０－１１である。本発明者らのバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）分析は、全長ＷＴ スパイクタンパク質に対するｍ３１Ａ７のＫＤが４．２×１０－１０Ｍであるようであることを示した（図１Ｂ）。Ｐ３６Ｈ３は、ＷＴスパイクタンパク質のＳ２ドメインに結合する（図２Ａ）。Ｓタンパク質のＥＣ５０（Ｍ）は１．６２２×１０－１０であり、Ｓ２のＥＣ５０（Ｍ）は２．３１６×１０－１１である。ＢＬＩ分析は、全長ＷＴスパイクタンパク質に対するＰ３６Ｈ３のＫＤが７．０２×１０－１２Ｍであることを示した（図２Ｂ）。さらに、ＦＡＣＳ分析は、ｍ３７Ａ１２が、１０－１１ＭレベルのＥＣ５０で、ＷＨ０１（ＷＴ）及びデルタスパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の両方に結合することを示す（図３Ａ）。ＷＨ０１のＥＣ５０（Ｍ）は２．４６９×１０－１０であり、デルタのＥＣ５０（Ｍ）は２．０４２×１０－１１である。重要なことに、ｍ３７Ａ１２は、様々なシュードウイルス変異型、（ＷＴ、Ｄ６１４Ｇ及びデルタ）をサブピコモル濃度レベルのＩＣ５０で中和することが示された（図３Ｂ）。ＷＨ０１のＩＣ５０（Ｍ）は８．７８８×１０－１１であり；アルファのＩＣ５０（Ｍ）は６．７６４×１０－１１であり；ベータのＩＣ５０（Ｍ）は２．５５７×１０－９であり；ガンマのＩＣ５０（Ｍ）は２．４２４×１０－９であり；デルタのＩＣ５０（Ｍ）は１．５０４×１０－１０である。他方で、ＦＡＣＳ分析は、Ｐ３６Ｈ３が、１０－１０ＭレベルのＥＣ５０で、ＷＨ０１（ＷＴ）及びデルタスパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の両方に結合することを示した（図４）。ＷＨ０１のＥＣ５０（Ｍ）は２．２２７×１０－１０であり、デルタのＥＣ５０（Ｍ）は３．７３７×１０－１０である。ＦＡＣＳ分析は、ｍ３７Ａ１２及びｐ３６Ｈ３が、７．７３４×１０－９Ｍ（ｍ３７Ａ１２）又は５．２１３×１０－９Ｍ（ｐ３６Ｈ３）のＥＣ５０で、オミクロンＢＡ．１スパイクタンパク質を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞に結合することを示す（図５）。さらに、ｍ３７Ａ１２は、５．９９３×１０－８のＩＣ５０で、シュードウイルスオミクロンＢＡ．１変異型を中和することが示された（図６）。
【0112】
本開示を記載された特定の実施形態と併せて説明してきたが、それに対する多くの代替及び改変及びその変形が当業者には明らかであろう。そのような代替、改変及び変形は全て、本開示の範囲内に属するものとみなされる。
【図1A】
【図1B】
【図2A】
【図2B】
【図3A】
【図3B】
【図4】
【図5】
【図6】
【配列表】
【国際調査報告】