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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2025-02-28
(54)【発明の名称】プロバイオティックワクチンおよび関連する使用方法
(51)【国際特許分類】
A61K 39/00 20060101AFI20250220BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20250220BHJP
A61P 7/00 20060101ALI20250220BHJP
A61P 31/12 20060101ALI20250220BHJP
A61P 37/04 20060101ALI20250220BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20250220BHJP
C12N 15/34 20060101ALI20250220BHJP
C12N 7/01 20060101ALI20250220BHJP
C12N 15/12 20060101ALN20250220BHJP
【ＦＩ】
A61K39/00 H
A61K48/00
A61P7/00
A61P31/12
A61P37/04
A61P35/00
C12N15/34 ZNA
C12N7/01
C12N15/12
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024549118
(86)(22)【出願日】2023-02-21
(85)【翻訳文提出日】2024-10-16
(86)【国際出願番号】 US2023013542
(87)【国際公開番号】W WO2023158883
(87)【国際公開日】2023-08-24
(31)【優先権主張番号】63/311,977
(32)【優先日】2022-02-19
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/312,052
(32)【優先日】2022-02-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/321,638
(32)【優先日】2022-03-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524307944
【氏名又は名称】サルバイタス、インコーポレイテッド
【氏名又は名称原語表記】ＳＡＬＶＩＴＵＳ， ＩＮＣ．
(74)【代理人】
【識別番号】100120031
【弁理士】
【氏名又は名称】宮嶋 学
(74)【代理人】
【識別番号】100120617
【弁理士】
【氏名又は名称】浅野 真理
(74)【代理人】
【識別番号】100126099
【弁理士】
【氏名又は名称】反町 洋
(72)【発明者】
【氏名】ジョージ、ピチェニック
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C085
【Ｆターム（参考）】
4B065AA93Y
4B065AA95Y
4B065AA98X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA45
4C084AA13
4C084ZB091
4C084ZB092
4C084ZB261
4C084ZB262
4C084ZB331
4C084ZB332
4C085AA03
4C085BB01
4C085DD62
4C085GG01
4C085GG02
4C085GG05
(57)【要約】
本明細書では、プロバイオティックがんワクチン、組換えファージ、およびそれらの使用方法、が提供される。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
プロバイオティックワクチンであって、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムと、
前記組換えファージに感染した細菌と、
を含む、プロバイオティックワクチン。
【請求項2】
外来ペプチドエピトープが、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている、請求項１に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項3】
コートタンパク質が、ｐＩＩＩである、請求項１～２に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項4】
ファージが、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥを含む、繊維状ファージ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される、請求項１～３に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項5】
ファージが、Ｍ１３Ｋ３である、請求項１～４に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項6】
細菌が、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）；バチルス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、Ｂｉｓｐａｎ株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＧＰＳ１２０９株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＨＮ０１９（ＤＲ１０６４）株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム（（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ））、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム、Ｒｏｓｅｌｌ－７１株；ビフィドバクテリウム・ブレビ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、Ｍ－１６Ｖ株；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）；ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）；ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌａ－１株；ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ＨＡ－１１２株；ラクトバチルス・フェルメントゥム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ＨＡ－１７９株；ラクトバチルス・ヘルベティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ１０株；ラクトバチルス・ヘルベティクス、Ｒｏｓｅｌｌ－５２株；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ２６株；ラクトバチルス・パラカゼイ・サブスピーシス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ ｓｕｂｓｐ． ｐａｒａｃａｓｅｉ）、４３１株；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ＨＮ００１（ＤＲ２０）株；ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ＤＳＭ １３０８４株；ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）；バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、ＧＢＩ－３０、６０８６、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ） ＢＢ－１２、ビフィドバクテリウム・ロンガム・サブスピーシス・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ． ｉｎｆａｎｔｉｓ）、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭ、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ） Ｓｔｌ１（またはＮＣＣ２４６１）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ） Ｌａｉ（ラクトバチルス ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニー ＮＣＣ５３３とも称される。）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）２９９ｖ、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ） ＡＴＣＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリ ＳＤ２１１２）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロテクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８、ＡＴＣＣ ５５７３０の娘株）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロデンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｄｅｎｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８／ＡＴＣＣ ５５７３０およびＡＴＣＣ ＰＴＡ ５２８９の併用）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ） ＧＧ、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス ＧＲ－１とラクトバチルス・ロイテリ ＲＣ－１４の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ビフィダム ＢＢ－１２の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ ＬＢＣ８０Ｒの混合物、ラクトバチルス・プランタルム ＨＥＡＬ ９とラクトバチルス・パラカゼイ ８７００：２の混合物、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトコッカス・サーモフィルスおよびラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）から選択される、請求項１～５に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項7】
細菌が、Ｆ因子陽性であり、且つ、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ １９１７または大腸菌ＥＲ２７３８から選択される、請求項１～６に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項8】
プロバイオティックワクチンが、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体およびＩｇＡ抗体の両方を生成する、請求項１～７に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項9】
組換え繊維状ファージゲノムであって、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）
から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムを含む、組換え繊維状ファージゲノム。
【請求項10】
外来ペプチドエピトープが、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている、請求項９に記載の組換えファージ。
【請求項11】
コートタンパク質が、ｐＩＩＩである、請求項９～１０に記載の組換えファージ。
【請求項12】
ファージが、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥを含む、繊維状ファージ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される、請求項９～１１に記載の組換えファージ。
【請求項13】
ファージが、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ、及びＭ１３Ｋ３から成る群から選択される繊維状ファージである、請求項９～１２に記載の組換えファージ。
【請求項14】
ファージが、Ｍ１３Ｋ３である、請求項９～１３に記載の組換えファージ。
【請求項15】
組換えファージが、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体を生成する、請求項９～１４に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項16】
がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、請求項１～８に記載のプロバイオティックワクチンの１もしくは複数、または、請求項９～１５に記載の組換えファージの１もしくは複数を投与することを含む、方法。
【請求項17】
がんが、多発性骨髄腫、上皮がん、上皮性卵巣がん、粘膜黒色腫、非小細胞肺がん、黒色腫、頭頸部がん、腎細胞がん、ホジキンリンパ腫、皮膚扁平上皮がん、膠芽腫、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、虫垂がん、大腸がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、肛門がん、膵臓がん、肝臓がん、胆嚢がん、脾臓がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、精巣がん、子宮がん、子宮内膜がん、卵巣がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、甲状腺がん、胸腺がん、脳腫瘍、神経系がん、神経膠腫、口腔がん、皮膚がん、血液がん、リンパ腫、眼がん、骨肉腫、骨髄腫、筋肉がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）、から成る群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
がんが、多発性骨髄腫である、請求項１６に記載の方法。
【請求項19】
乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法。
【請求項20】
白血病、リンパ腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、および／または慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法。
【請求項21】
韓国熱ウイルス感染症を予防する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法。
【請求項22】
がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含み、がんが、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸もしくは直腸がん、食道もしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）から成る群から選択される、方法。
【請求項23】
細菌が、溶原性ファージを継続的に生成する、請求項１～８に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項24】
‐ＴＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧ‐が、コートタンパク質と外来ペプチドエピトープとの間のリンカーとして使用される、請求項１～８に記載のプロバイオティックワクチン、または請求項９～１５に記載のプロバイオティックワクチン。
【請求項25】
請求項１～８に記載のプロバイオティックワクチン、または請求項９～１５に記載のプロバイオティックワクチンと、前記プロバイオティックワクチンまたは前記組換えファージの投与のための指示書と、を含むキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
［０１］
本出願は、２０２２年２月１９日に出願された米国仮特許出願第６３，３１１，９７７号、２０２２年２月２０日に出願された米国仮特許出願第２０２２年２月２０日提出の米国仮特許出願第６３／３１２，０５２号、および２０２２年３月１８日提出の米国仮特許出願第６３／３２１，６３８号に優先権を主張する。これらの出願は、参照することにより本明細書にその全体が援用される。
［０１］
本出願は、２０２２年２月１９日に出願された米国仮特許出願第６３，３１１，９７７号、２０２２年２月２０日に出願された米国仮特許出願第２０２２年２月２０日提出の米国仮特許出願第６３／３１２，０５２号、および２０２２年３月１８日提出の米国仮特許出願第６３／３２１，６３８号に優先権を主張する。これらの出願は、参照することにより本明細書にその全体が援用される。
【背景技術】
【0002】
［０２］
本発明の分野
本発明の分野
【0003】
［０３］
本発明は、組換えファージ、プロバイオティックワクチン、およびそれらを使用する方法に関する。
本発明は、組換えファージ、プロバイオティックワクチン、およびそれらを使用する方法に関する。
【0004】
［０４］
関連技術
関連技術
【0005】
［０５］
がんは、遺伝子の異常の結果として、ならびに、細胞発生およびアポトーシス経路におけるエピジェネティックな変化の結果として、今日ではより一般的になっている。腫瘍の発生および成長は、がんにおける細胞成長および増殖に関連する遺伝子の過剰発現、ならびに、細胞死活動を制御する遺伝子の発現低下、によって引き起こされる。細胞経路の変化はしばしば、ランダムな突然変異や不健康な生活習慣によって生じる。免疫機能が正常な個人は、自然免疫の変化であって、コンピテントな腫瘍細胞を破壊するための多様な免疫反応の活性化を伴う自然免疫の変化に対して脆弱である。腫瘍を引き起こす細胞は、アポトーシスとネクローシスを起こし、周囲の組織は、ストレスを受け、腸内の微生物叢は、すべて抗がん免疫反応とシグナルを生成する。
がんは、遺伝子の異常の結果として、ならびに、細胞発生およびアポトーシス経路におけるエピジェネティックな変化の結果として、今日ではより一般的になっている。腫瘍の発生および成長は、がんにおける細胞成長および増殖に関連する遺伝子の過剰発現、ならびに、細胞死活動を制御する遺伝子の発現低下、によって引き起こされる。細胞経路の変化はしばしば、ランダムな突然変異や不健康な生活習慣によって生じる。免疫機能が正常な個人は、自然免疫の変化であって、コンピテントな腫瘍細胞を破壊するための多様な免疫反応の活性化を伴う自然免疫の変化に対して脆弱である。腫瘍を引き起こす細胞は、アポトーシスとネクローシスを起こし、周囲の組織は、ストレスを受け、腸内の微生物叢は、すべて抗がん免疫反応とシグナルを生成する。
【0006】
［０６］
免疫療法は、免疫系を活性化してがん細胞を攻撃し、根絶するがんの処置の一形態である。細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）は、抗腫瘍免疫反応の成功に欠かせない。がん細胞を攻撃するＴ細胞は、活性化、クローン増殖を経て、最終的に細胞溶解性エフェクター機能を果たすナイーブＴ細胞への腫瘍抗原の提示を必要とする。効果的な抗原提示は、ＣＴＬエフェクター機能の成功に不可欠である。したがって、Ｔ細胞への腫瘍抗原提示を開始するための効果的な戦略の開発は、がんの処置のための免疫療法戦略にとって重要である。
免疫療法は、免疫系を活性化してがん細胞を攻撃し、根絶するがんの処置の一形態である。細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）は、抗腫瘍免疫反応の成功に欠かせない。がん細胞を攻撃するＴ細胞は、活性化、クローン増殖を経て、最終的に細胞溶解性エフェクター機能を果たすナイーブＴ細胞への腫瘍抗原の提示を必要とする。効果的な抗原提示は、ＣＴＬエフェクター機能の成功に不可欠である。したがって、Ｔ細胞への腫瘍抗原提示を開始するための効果的な戦略の開発は、がんの処置のための免疫療法戦略にとって重要である。
【0007】
［０７］
同様に、Ｂ細胞は、腫瘍反応性抗体の産生、ＮＫ細胞による腫瘍殺傷、マクロファージによる貪食、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞のプライミングを促進することにより、腫瘍の増殖を抑制することができる。Ｂ細胞は、自己抗体および腫瘍増殖因子の産生により、腫瘍の増殖を促進することができる。
同様に、Ｂ細胞は、腫瘍反応性抗体の産生、ＮＫ細胞による腫瘍殺傷、マクロファージによる貪食、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞のプライミングを促進することにより、腫瘍の増殖を抑制することができる。Ｂ細胞は、自己抗体および腫瘍増殖因子の産生により、腫瘍の増殖を促進することができる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0008】
［０８］
多くの種類のがんの臨床結果が、不十分なものから致死的なものまで多岐にわたっているため、新規の予防的および／または治療的な処置の開発についての必要性が存在している。
発明の概要
多くの種類のがんの臨床結果が、不十分なものから致死的なものまで多岐にわたっているため、新規の予防的および／または治療的な処置の開発についての必要性が存在している。
発明の概要
【課題を解決するための手段】
【0009】
［０９］
本明細書では、プロバイオティックワクチンであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１；ＨＥＲ２）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２；ＨＥＲ２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３；ＣＤ３８）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４；ＣＤ３８）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５；ＣＤ３８）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６；ＣＤ３８）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７；ＣＤ３８）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８；ＰＤ－１）から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムと、
前記組換えファージに感染した細菌と、
を含む、プロバイオティックワクチン、が提供される。
本明細書では、プロバイオティックワクチンであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１；ＨＥＲ２）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２；ＨＥＲ２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３；ＣＤ３８）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４；ＣＤ３８）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５；ＣＤ３８）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６；ＣＤ３８）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７；ＣＤ３８）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８；ＰＤ－１）から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムと、
前記組換えファージに感染した細菌と、
を含む、プロバイオティックワクチン、が提供される。
【0010】
［１０］
本発明のワクチンの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている。特定の実施形態において、コートタンパク質は、ｐＩＩＩである。
本発明のワクチンの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている。特定の実施形態において、コートタンパク質は、ｐＩＩＩである。
【0011】
［１１］
さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。特定の実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。
さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。特定の実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。
【0012】
［１２］
さらに他の実施形態において、本明細書で提供される本発明に係る組換えファージに感染する細菌（例えば、プロバイオティック細菌）は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）；バチルス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、Ｂｉｓｐａｎ株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＧＰＳ１２０９株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＨＮ０１９（ＤＲ１０６４）株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム（（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ））、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム、Ｒｏｓｅｌｌ－７１株；ビフィドバクテリウム・ブレビ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、Ｍ－１６Ｖ株；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）；ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）；ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌａ－１株；ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ＨＡ－１１２株；ラクトバチルス・フェルメントゥム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ＨＡ－１７９株；ラクトバチルス・ヘルベティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ１０株；ラクトバチルス・ヘルベティクス、Ｒｏｓｅｌｌ－５２株；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ２６株；ラクトバチルス・パラカゼイ・サブスピーシス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ ｓｕｂｓｐ． ｐａｒａｃａｓｅｉ）、４３１株；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ＨＮ００１（ＤＲ２０）株；ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ＤＳＭ １３０８４株；ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）；バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、ＧＢＩ－３０、６０８６、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ） ＢＢ－１２、ビフィドバクテリウム・ロンガム・サブスピーシス・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ． ｉｎｆａｎｔｉｓ）、大腸菌 Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭ、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ） Ｓｔｌ１（またはＮＣＣ２４６１）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ） Ｌａｉ（ラクトバチルス ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニー ＮＣＣ５３３とも称される。）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）２９９ｖ、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ） ＡＴＣＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリ ＳＤ２１１２）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロテクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８、ＡＴＣＣ ５５７３０の娘株）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロデンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｄｅｎｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８／ＡＴＣＣ ５５７３０およびＡＴＣＣ ＰＴＡ ５２８９の併用）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ） ＧＧ、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス ＧＲ－１とラクトバチルス・ロイテリ ＲＣ－１４の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ビフィダム ＢＢ－１２の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ ＬＢＣ８０Ｒの混合物、ラクトバチルス・プランタルム ＨＥＡＬ ９とラクトバチルス・パラカゼイ ８７００：２の混合物、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトコッカス・サーモフィルスおよびラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、から選択することができる。特定の実施形態において、本明細書で提供される本発明に係る組換えファージに感染する細菌は、Ｆ因子陽性である。別の実施形態において、細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７または大腸菌ＥＲ２７３８から選択されるＦ因子陽性である。特定の実施形態において、細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ １９１７である。別の実施形態において、細菌は、大腸菌ＥＲ２７３８である。
さらに他の実施形態において、本明細書で提供される本発明に係る組換えファージに感染する細菌（例えば、プロバイオティック細菌）は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）；バチルス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、Ｂｉｓｐａｎ株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＧＰＳ１２０９株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＨＮ０１９（ＤＲ１０６４）株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム（（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ））、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム、Ｒｏｓｅｌｌ－７１株；ビフィドバクテリウム・ブレビ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、Ｍ－１６Ｖ株；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）；ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）；ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌａ－１株；ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ＨＡ－１１２株；ラクトバチルス・フェルメントゥム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ＨＡ－１７９株；ラクトバチルス・ヘルベティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ１０株；ラクトバチルス・ヘルベティクス、Ｒｏｓｅｌｌ－５２株；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ２６株；ラクトバチルス・パラカゼイ・サブスピーシス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ ｓｕｂｓｐ． ｐａｒａｃａｓｅｉ）、４３１株；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ＨＮ００１（ＤＲ２０）株；ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ＤＳＭ １３０８４株；ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）；バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、ＧＢＩ－３０、６０８６、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ） ＢＢ－１２、ビフィドバクテリウム・ロンガム・サブスピーシス・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ． ｉｎｆａｎｔｉｓ）、大腸菌 Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭ、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ） Ｓｔｌ１（またはＮＣＣ２４６１）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ） Ｌａｉ（ラクトバチルス ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニー ＮＣＣ５３３とも称される。）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）２９９ｖ、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ） ＡＴＣＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリ ＳＤ２１１２）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロテクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８、ＡＴＣＣ ５５７３０の娘株）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロデンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｄｅｎｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８／ＡＴＣＣ ５５７３０およびＡＴＣＣ ＰＴＡ ５２８９の併用）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ） ＧＧ、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス ＧＲ－１とラクトバチルス・ロイテリ ＲＣ－１４の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ビフィダム ＢＢ－１２の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ ＬＢＣ８０Ｒの混合物、ラクトバチルス・プランタルム ＨＥＡＬ ９とラクトバチルス・パラカゼイ ８７００：２の混合物、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトコッカス・サーモフィルスおよびラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、から選択することができる。特定の実施形態において、本明細書で提供される本発明に係る組換えファージに感染する細菌は、Ｆ因子陽性である。別の実施形態において、細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７または大腸菌ＥＲ２７３８から選択されるＦ因子陽性である。特定の実施形態において、細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ １９１７である。別の実施形態において、細菌は、大腸菌ＥＲ２７３８である。
【0013】
［１３］
特定の実施形態において、プロバイオティックワクチンは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体およびＩｇＡ抗体の両方を生成する。他の実施形態において、細菌を含むプロバイオティックワクチンは、溶原性ファージを継続的に生成する。プロバイオティックワクチンのさらに他の実施形態において、ペプチド‐ＴＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧ‐が、コートタンパク質と外来ペプチドエピトープとの間のリンカーとして使用される。
特定の実施形態において、プロバイオティックワクチンは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体およびＩｇＡ抗体の両方を生成する。他の実施形態において、細菌を含むプロバイオティックワクチンは、溶原性ファージを継続的に生成する。プロバイオティックワクチンのさらに他の実施形態において、ペプチド‐ＴＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧ‐が、コートタンパク質と外来ペプチドエピトープとの間のリンカーとして使用される。
【0014】
［１４］
本明細書では、以下の：
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）
から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノム、も提供される。
本明細書では、以下の：
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）
から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノム、も提供される。
【0015】
［１５］
組換えファージの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上で機能的に発現されている。組換えファージの特定の実施形態において、コートタンパク質は、ｐＩＩＩである。さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。さらに別の実施形態において、ファージは、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ、およびＭ１３Ｋ３から成る群から選択される繊維状ファージである。特に好ましい実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。さらに別の実施形態において、組換えファージは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体を生成する。組換えファージのさらに別の実施形態において、ペプチドＴＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧは、外来ペプチドエピトープとコートタンパク質との間のリンカーとして使用される。
組換えファージの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上で機能的に発現されている。組換えファージの特定の実施形態において、コートタンパク質は、ｐＩＩＩである。さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。さらに別の実施形態において、ファージは、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ、およびＭ１３Ｋ３から成る群から選択される繊維状ファージである。特に好ましい実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。さらに別の実施形態において、組換えファージは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体を生成する。組換えファージのさらに別の実施形態において、ペプチドＴＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳＧは、外来ペプチドエピトープとコートタンパク質との間のリンカーとして使用される。
【0016】
［１６］
本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対し、本明細書で提供される１又は複数のプロバイオティックワクチン、または本明細書で提供される組換え１又は複数のファージを投与すること、を含む、方法、も提供される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫、上皮がん、上皮性卵巣がん、粘膜黒色腫、非小細胞肺がん、黒色腫、頭頸部がん、腎細胞がん、ホジキンリンパ腫、皮膚扁平上皮がん、膠芽腫、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、虫垂がん、大腸がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、肛門がん、膵臓がん、肝臓がん、胆嚢がん、脾臓がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、精巣がん、子宮がん、子宮内膜がん、卵巣がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、甲状腺がん、胸腺がん、脳腫瘍、神経系がん、神経膠腫、口腔がん、皮膚がん、血液がん、リンパ腫、眼がん、骨肉腫、骨髄腫、筋肉がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などから成る群から選択される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫である。
本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対し、本明細書で提供される１又は複数のプロバイオティックワクチン、または本明細書で提供される組換え１又は複数のファージを投与すること、を含む、方法、も提供される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫、上皮がん、上皮性卵巣がん、粘膜黒色腫、非小細胞肺がん、黒色腫、頭頸部がん、腎細胞がん、ホジキンリンパ腫、皮膚扁平上皮がん、膠芽腫、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、虫垂がん、大腸がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、肛門がん、膵臓がん、肝臓がん、胆嚢がん、脾臓がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、精巣がん、子宮がん、子宮内膜がん、卵巣がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、甲状腺がん、胸腺がん、脳腫瘍、神経系がん、神経膠腫、口腔がん、皮膚がん、血液がん、リンパ腫、眼がん、骨肉腫、骨髄腫、筋肉がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などから成る群から選択される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫である。
【0017】
［１７］
本明細書では、本発明のプロバイオティックワクチン、または本発明の組換えファージ、と、プロバイオティックワクチンまたは組換えファージの投与のための指示書と、を含むキット、も提供される。
本明細書では、本発明のプロバイオティックワクチン、または本発明の組換えファージ、と、プロバイオティックワクチンまたは組換えファージの投与のための指示書と、を含むキット、も提供される。
【0018】
［１８］
以下の詳細な説明および添付の図面を検討することにより、当業者であれば、本発明の他の特徴および利点がより容易に明らかになる。
以下の詳細な説明および添付の図面を検討することにより、当業者であれば、本発明の他の特徴および利点がより容易に明らかになる。
【図面の簡単な説明】
【0019】
【発明を実施するための形態】
【0020】
詳細な説明
［２０］
本明細書では、新規のプロバイオティックワクチンであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換えファージ（例えば、繊維状ファージ）ゲノムと、
前記組換えファージに感染した細菌と、
を含む、プロバイオティックワクチン、が提供される。
［２０］
本明細書では、新規のプロバイオティックワクチンであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換えファージ（例えば、繊維状ファージ）ゲノムと、
前記組換えファージに感染した細菌と、
を含む、プロバイオティックワクチン、が提供される。
【0021】
［２１］
「プロバイオティックワクチン」という用語は、本明細書で使用される場合、組換えファージに感染したプロバイオティック細菌の組み合わせを指す。
「プロバイオティックワクチン」という用語は、本明細書で使用される場合、組換えファージに感染したプロバイオティック細菌の組み合わせを指す。
【0022】
［２２］
本明細書に記載のとおり、本発明のプロバイオティックワクチンは、がんまたは感染症を処置および／または予防する方法において特に有用である。プロバイオティックベースのワクチンは、従来のワクチンとは異なり、厳密な保存条件や輸送も必要としない。従来の生ワクチンは通常、投与前に低温での保存が必要である。さらに、従来のワクチン接種は、病原性細菌、例えばサルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、および枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の弱毒株を用いて開発されているが、これらの菌は、多くの欠点、例えば弱毒株が体内で再び病原性を持つようになる可能性などがある。また、弱毒株ワクチンは、個体において追加の免疫反応を引き起こし、そのため、ワクチンの効果が弱まる。人間の腸内の過酷な酸性条件下での生存率も、プロバイオティック経口ワクチンと比較して従来のワクチンが失敗する要因となる問題である。従来のワクチンは一般的に、過酷な酸性条件下では生存できず、その結果、粘膜層の内側まで到達することができない。一方、プロバイオティクスは、酸性環境にたけている。プロバイオティクスは、酸や胆汁に耐性があるため、ワクチン開発に適している。
本明細書に記載のとおり、本発明のプロバイオティックワクチンは、がんまたは感染症を処置および／または予防する方法において特に有用である。プロバイオティックベースのワクチンは、従来のワクチンとは異なり、厳密な保存条件や輸送も必要としない。従来の生ワクチンは通常、投与前に低温での保存が必要である。さらに、従来のワクチン接種は、病原性細菌、例えばサルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、および枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の弱毒株を用いて開発されているが、これらの菌は、多くの欠点、例えば弱毒株が体内で再び病原性を持つようになる可能性などがある。また、弱毒株ワクチンは、個体において追加の免疫反応を引き起こし、そのため、ワクチンの効果が弱まる。人間の腸内の過酷な酸性条件下での生存率も、プロバイオティック経口ワクチンと比較して従来のワクチンが失敗する要因となる問題である。従来のワクチンは一般的に、過酷な酸性条件下では生存できず、その結果、粘膜層の内側まで到達することができない。一方、プロバイオティクスは、酸性環境にたけている。プロバイオティクスは、酸や胆汁に耐性があるため、ワクチン開発に適している。
【0023】
［２３］
「ワクチン」という用語は、本明細書で使用される場合、有害な抗原に対する防御が、予防または治療のいずれかを通じて提供されるように、生物の免疫系を刺激することができる組成物を指す。好ましくは、ワクチンまたはワクチン組成物は、１又は複数の免疫アジュバント物質をさらに含む。
「ワクチン」という用語は、本明細書で使用される場合、有害な抗原に対する防御が、予防または治療のいずれかを通じて提供されるように、生物の免疫系を刺激することができる組成物を指す。好ましくは、ワクチンまたはワクチン組成物は、１又は複数の免疫アジュバント物質をさらに含む。
【0024】
［２４］
「予防」（「ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ」、「ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ」、「ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ」、「ｐｒｅｖｅｎｔ」）という用語は、本明細書で使用される場合、一般的に、疾患または状態の発症前におけるその発症または進行を回避するか、または最小限にすること、を意味し、「処置」（「ｔｒｅａｔｉｎｇ」、「ｔｒｅａｔｍｅｎｔ」又は「ｔｒｅａｔ」）という用語は、疾患（例えば、がんなど）または状態（または、疾患もしくは状態の症状）の発症後のその軽減、改善または治癒を包含する。「予防」（「ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ」）という用語は、「発生の可能性の軽減」または「再発の可能性の軽減」を包含する。
「予防」（「ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ」、「ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ」、「ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ」、「ｐｒｅｖｅｎｔ」）という用語は、本明細書で使用される場合、一般的に、疾患または状態の発症前におけるその発症または進行を回避するか、または最小限にすること、を意味し、「処置」（「ｔｒｅａｔｉｎｇ」、「ｔｒｅａｔｍｅｎｔ」又は「ｔｒｅａｔ」）という用語は、疾患（例えば、がんなど）または状態（または、疾患もしくは状態の症状）の発症後のその軽減、改善または治癒を包含する。「予防」（「ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ」）という用語は、「発生の可能性の軽減」または「再発の可能性の軽減」を包含する。
【0025】
［２５］
「有効量」または「有効用量」は、本明細書で使用される場合、所望の効果を提供する量である。治療（「ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ」）目的の場合、有効量とは、有益なまたは所望の臨床結果を提供するのに十分な量である。所定の応用にとって好ましい有効量は、例えば、対象のサイズ、年齢、体重、予防または処置される疾患／障害の種類、および疾患／障害が始まってからの期間を考慮することで、当業者であれば容易に決定できる。本発明において、予防または処置という観点では、組成物の有効量とは、疾患または障害に対して体液性および／または細胞媒介性免疫応答を誘導するのに十分な量である。
「有効量」または「有効用量」は、本明細書で使用される場合、所望の効果を提供する量である。治療（「ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ」）目的の場合、有効量とは、有益なまたは所望の臨床結果を提供するのに十分な量である。所定の応用にとって好ましい有効量は、例えば、対象のサイズ、年齢、体重、予防または処置される疾患／障害の種類、および疾患／障害が始まってからの期間を考慮することで、当業者であれば容易に決定できる。本発明において、予防または処置という観点では、組成物の有効量とは、疾患または障害に対して体液性および／または細胞媒介性免疫応答を誘導するのに十分な量である。
【0026】
［２６］
本明細書に記載される本発明の異なる態様および実施形態によると、「対象」または「宿主」は好ましくは哺乳類を指し、最も好ましくはヒトを指す。前記対象は、がんおよび／または感染症（例えば、韓国熱ウイルス感染（Ｋｏｒｅａｎ Ｆｅｖｅｒ Ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）などを経由するもの）を有するか、発症している可能性があり、発症するリスクがある、と疑われている者であってもよい。
外来ペプチドエピトープ
本明細書に記載される本発明の異なる態様および実施形態によると、「対象」または「宿主」は好ましくは哺乳類を指し、最も好ましくはヒトを指す。前記対象は、がんおよび／または感染症（例えば、韓国熱ウイルス感染（Ｋｏｒｅａｎ Ｆｅｖｅｒ Ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）などを経由するもの）を有するか、発症している可能性があり、発症するリスクがある、と疑われている者であってもよい。
外来ペプチドエピトープ
【0027】
［２７］
「外来ペプチドエピトープ」という用語は、本明細書で使用される場合、本発明に係る組換えファージを製造するために使用される宿主ファージ株との比較で、固有ではないか、又は天然ではない、任意のペプチドまたは配列を指す。換言すると、外来ペプチドエピトープおよびそれをコードする核酸は、利用される特定のファージ株のペプチド配列に対して異種（すなわち、外来のもの）である。複数の特定の実施形態において、外来ペプチド（ｐｅｐｔｄｉｄｅ）エピトープの長さは、４～２０アミノ酸、４～２５アミノ酸（ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｄｓ）、５～２０アミノ酸、５～２５アミノ酸、５～３０アミノ酸、５～３５アミノ酸、５～４０アミノ酸、５～４５アミノ酸、および５～５０アミノ酸から成る群から選択される範囲であり得る。特定の実施形態において、外来ペプチド（ｐｅｐｔｄｉｄｅ）エピトープの長さは、５～２０アミノ酸の範囲である。
「外来ペプチドエピトープ」という用語は、本明細書で使用される場合、本発明に係る組換えファージを製造するために使用される宿主ファージ株との比較で、固有ではないか、又は天然ではない、任意のペプチドまたは配列を指す。換言すると、外来ペプチドエピトープおよびそれをコードする核酸は、利用される特定のファージ株のペプチド配列に対して異種（すなわち、外来のもの）である。複数の特定の実施形態において、外来ペプチド（ｐｅｐｔｄｉｄｅ）エピトープの長さは、４～２０アミノ酸、４～２５アミノ酸（ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｄｓ）、５～２０アミノ酸、５～２５アミノ酸、５～３０アミノ酸、５～３５アミノ酸、５～４０アミノ酸、５～４５アミノ酸、および５～５０アミノ酸から成る群から選択される範囲であり得る。特定の実施形態において、外来ペプチド（ｐｅｐｔｄｉｄｅ）エピトープの長さは、５～２０アミノ酸の範囲である。
【0028】
［２８］
本発明によれば、本明細書で提供される組換えファージおよび／またはプロバイオティックワクチンに使用するための外来（ｅｘｏｇｏｎｅｏｕｓ）ペプチドエピトープ（例えば抗原性ペプチド）は、以下のような、配列番号１～８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、またはその断片もしくは変異体、を含むか、それらから成る：
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）。
本発明によれば、本明細書で提供される組換えファージおよび／またはプロバイオティックワクチンに使用するための外来（ｅｘｏｇｏｎｅｏｕｓ）ペプチドエピトープ（例えば抗原性ペプチド）は、以下のような、配列番号１～８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、またはその断片もしくは変異体、を含むか、それらから成る：
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）。
【0029】
［２９］
プロバイオティック細菌細胞で組換えファージを培養するために使用されるエピトープは、処置または予防されるがんの種類、または予防される感染症の種類に依存する。例えば、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんなどを含む、がんの処置に、ＨＥＲ２外来ペプチドエピトープを使用する実施形態において、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体が、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号１または２において、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換を有する、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）を含む。したがって、本明細書では、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんを含む、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
プロバイオティック細菌細胞で組換えファージを培養するために使用されるエピトープは、処置または予防されるがんの種類、または予防される感染症の種類に依存する。例えば、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんなどを含む、がんの処置に、ＨＥＲ２外来ペプチドエピトープを使用する実施形態において、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体が、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号１または２において、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換を有する、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）を含む。したがって、本明細書では、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんを含む、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
【0030】
［３０］
白血病、リンパ腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、ＣＬＬなどを含む、がんの処置にＣＤ３８外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号３～７における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換を有する、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）を含む。したがって、本明細書では、白血病、リンパ腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、および／または慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対し、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
白血病、リンパ腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、ＣＬＬなどを含む、がんの処置にＣＤ３８外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号３～７における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換を有する、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）を含む。したがって、本明細書では、白血病、リンパ腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、および／または慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を含む、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対し、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
【0031】
［３１］
別の実施形態において、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体が、韓国熱ウイルスによる感染を予防することができることが本明細書では想定されている。したがって、本明細書では、韓国熱ウイルス感染症を予防する方法であって、それを必要とする患者に対し、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体（ｖｅｒｉａｎｔ）を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
別の実施形態において、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体が、韓国熱ウイルスによる感染を予防することができることが本明細書では想定されている。したがって、本明細書では、韓国熱ウイルス感染症を予防する方法であって、それを必要とする患者に対し、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体（ｖｅｒｉａｎｔ）を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
【0032】
［３２］
がんの処置にＰＤ－１外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＰＤ－１介在型のがん、例えば、粘膜がん、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などを処置又は予防することができる。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号８における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換（複数可）を有する、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）を含む。したがって、本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体、を含む組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含み、がんが、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸もしくは直腸がん、食道もしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）から成る群から選択される、方法、が提供される。
がんの処置にＰＤ－１外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＰＤ－１介在型のがん、例えば、粘膜がん、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などを処置又は予防することができる。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号８における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換（複数可）を有する、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）を含む。したがって、本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体、を含む組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含み、がんが、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸もしくは直腸がん、食道もしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）から成る群から選択される、方法、が提供される。
【0033】
［３３］
「断片」という用語またはその文法上の変形は、本明細書で使用される場合、それが由来する完全な参照ペプチド配列と比較してより小さいペプチド（例えば、アミノ酸のサブセット）を指す。例えば、断片は、完全な参照ペプチドよりも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のアミノ酸が少ないものであってもよい。
「断片」という用語またはその文法上の変形は、本明細書で使用される場合、それが由来する完全な参照ペプチド配列と比較してより小さいペプチド（例えば、アミノ酸のサブセット）を指す。例えば、断片は、完全な参照ペプチドよりも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のアミノ酸が少ないものであってもよい。
【0034】
［３４］
「その変異体」、「変異体」という用語またはそれらの文法上の変形は、本明細書で使用される場合、最大パーセントの配列同一性を達成するように、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後で、且つ、配列同一性の一部として保存的置換を考慮しない場合に、参照配列ポリペプチドと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを指す。そのような変異体には、例えば、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端で１又は複数のアミノ酸残基が追加されたか、欠失されたポリペプチドが含まれる。実施形態によって、変異体は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、および９９％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、天然の配列ポリペプチドと少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性を有する。
「その変異体」、「変異体」という用語またはそれらの文法上の変形は、本明細書で使用される場合、最大パーセントの配列同一性を達成するように、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後で、且つ、配列同一性の一部として保存的置換を考慮しない場合に、参照配列ポリペプチドと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを指す。そのような変異体には、例えば、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端で１又は複数のアミノ酸残基が追加されたか、欠失されたポリペプチドが含まれる。実施形態によって、変異体は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、および９９％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性を有する。実施形態によって、変異体は、天然の配列ポリペプチドと少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性を有する。
【0035】
［３５］
ペプチドまたはポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性のパーセント（％）（Ｐｅｒｃｅｎｔ （％） ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」および「相同性（ｈｏｍｏｌｏｇｙ）」は、本明細書で使用される場合、最大パーセント配列同一性を達成するように、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後で、且つ、配列同一性の一部として任意の保存的置換を考慮しない場合に、特定のペプチドまたはポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である、候補配列におけるアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性のパーセントを決定するためのアラインメントは、一般に入手可能なコンピュータソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭＥＧＡＬＩＧＮ（登録商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどを使用するなど、当業界の技術の範囲内にある様々な方法で達成できる。当業者は、比較する配列の全長にわたって最大の整列を達成するために必要なアルゴリズムを含む、整列を測定するための適切なパラメータを決定できる。
ペプチドまたはポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性のパーセント（％）（Ｐｅｒｃｅｎｔ （％） ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」および「相同性（ｈｏｍｏｌｏｇｙ）」は、本明細書で使用される場合、最大パーセント配列同一性を達成するように、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後で、且つ、配列同一性の一部として任意の保存的置換を考慮しない場合に、特定のペプチドまたはポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である、候補配列におけるアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性のパーセントを決定するためのアラインメントは、一般に入手可能なコンピュータソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭＥＧＡＬＩＧＮ（登録商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどを使用するなど、当業界の技術の範囲内にある様々な方法で達成できる。当業者は、比較する配列の全長にわたって最大の整列を達成するために必要なアルゴリズムを含む、整列を測定するための適切なパラメータを決定できる。
【0036】
［３６］
特定の実施形態において、アミノ酸置換は、ポリペプチド中のあるアミノ酸を別のアミノ酸に置き換えることを含んでよいが、これに限定されない。例示的な保存的置換を表１に示す。他の実施形態において、保存的アミノ酸置換は、注目のペプチドに導入されてもよく、生成物は、例えば、増加した免疫原性など、所望の活性についてスクリーニングされてもよい。
特定の実施形態において、アミノ酸置換は、ポリペプチド中のあるアミノ酸を別のアミノ酸に置き換えることを含んでよいが、これに限定されない。例示的な保存的置換を表１に示す。他の実施形態において、保存的アミノ酸置換は、注目のペプチドに導入されてもよく、生成物は、例えば、増加した免疫原性など、所望の活性についてスクリーニングされてもよい。
【0037】
［３７］
実施形態によって、修飾は、ペプチドまたはタンパク質への少なくとも１つの保存的置換の導入を含むことができ、ここで、アミノ酸の少なくとも１つの特性、例えばアミノ酸のサイズ、形状、または電荷などが保存される。「保存的アミノ酸置換」は、タンパク質の機能を実質的に変化させずに実施され得る、構造上および／または機能的に類似のアミノ酸の置換を指す。保存的置換の例は、以下のグループのうちのあるアミノ酸を、同じグループの別のアミノ酸と交換することである（米国特許第５，７６７，０６３号；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．１５７：１０５－１３２（１９８２））：
・（１）疎水性：ノルロイシン、メチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、リジン；
・（２）中性親水性：システイン、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン；
・（３）酸性：アスパラギン酸、グルタミン酸；
・（４）塩基性：ヒスチジン、リジン、アルギニン；
・（５）鎖の配向に影響を与える残基：グリシン、プロリン；
・（６）芳香族：トリプトファン、チロシン、フェニルアラニン。
実施形態によって、修飾は、ペプチドまたはタンパク質への少なくとも１つの保存的置換の導入を含むことができ、ここで、アミノ酸の少なくとも１つの特性、例えばアミノ酸のサイズ、形状、または電荷などが保存される。「保存的アミノ酸置換」は、タンパク質の機能を実質的に変化させずに実施され得る、構造上および／または機能的に類似のアミノ酸の置換を指す。保存的置換の例は、以下のグループのうちのあるアミノ酸を、同じグループの別のアミノ酸と交換することである（米国特許第５，７６７，０６３号；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．１５７：１０５－１３２（１９８２））：
・（１）疎水性：ノルロイシン、メチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、リジン；
・（２）中性親水性：システイン、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン；
・（３）酸性：アスパラギン酸、グルタミン酸；
・（４）塩基性：ヒスチジン、リジン、アルギニン；
・（５）鎖の配向に影響を与える残基：グリシン、プロリン；
・（６）芳香族：トリプトファン、チロシン、フェニルアラニン。
【0038】
表１
【表1-1】
【0039】
【表1-2】
【0040】
［３８］
例えば、置換は、ＶａｌをＬｅｕに、ＳｅｒをＴｈｒに、またはＡｓｐをＧｌｕに変更することによって行うことができる。他の置換も、特定のアミノ酸の環境およびタンパク質の三次元構造におけるその役割によっては保存的であると考えられる。例えば、側鎖のサイズおよび構造を維持しながらアミノ酸側鎖のｐＫａを変更することが望まれる場合、ＧｌｕはＧｌｎで置換され、ＡｓｐはＡｓｎで置換され得る。
例えば、置換は、ＶａｌをＬｅｕに、ＳｅｒをＴｈｒに、またはＡｓｐをＧｌｕに変更することによって行うことができる。他の置換も、特定のアミノ酸の環境およびタンパク質の三次元構造におけるその役割によっては保存的であると考えられる。例えば、側鎖のサイズおよび構造を維持しながらアミノ酸側鎖のｐＫａを変更することが望まれる場合、ＧｌｕはＧｌｎで置換され、ＡｓｐはＡｓｎで置換され得る。
【0041】
［３９］
実施形態によって、修飾（例えば、別のアミノ酸残基との置換）のために選択されるアミノ酸残基は、Ｈｉｓ、Ｇｌｕ、Ａｓｐ、Ｃｙｓ、Ｌｙｓ、およびＴｙｒから成る群から選択される。実施形態によって、修飾のために選択されるアミノ酸残基は、ヒスチジンおよびグルタミン酸残基を含む。これらのアミノ酸残基は、通常、（全タンパク質の文脈においてさえも）約ｐＨ６から約ｐＨ８までのｐＫａ値を有し、それ故に高い緩衝能を有する。実施形態によって、少なくとも１つの保存的アミノ酸置換は、ヒスチジンからアルギニン、グルタミン酸からグルタミン、アスパラギン酸からアスパラギン、リジンからアルギニン、およびチロシンからフェニルアラニン、から成る群から選択される。
実施形態によって、修飾（例えば、別のアミノ酸残基との置換）のために選択されるアミノ酸残基は、Ｈｉｓ、Ｇｌｕ、Ａｓｐ、Ｃｙｓ、Ｌｙｓ、およびＴｙｒから成る群から選択される。実施形態によって、修飾のために選択されるアミノ酸残基は、ヒスチジンおよびグルタミン酸残基を含む。これらのアミノ酸残基は、通常、（全タンパク質の文脈においてさえも）約ｐＨ６から約ｐＨ８までのｐＫａ値を有し、それ故に高い緩衝能を有する。実施形態によって、少なくとも１つの保存的アミノ酸置換は、ヒスチジンからアルギニン、グルタミン酸からグルタミン、アスパラギン酸からアスパラギン、リジンからアルギニン、およびチロシンからフェニルアラニン、から成る群から選択される。
【0042】
［４０］
実施形態によって、１又は複数のアミノ酸修飾のうちの少なくとも１つは、アミノ酸のアラニン残基への置換を含む。緩衝能の高いアミノ酸残基をアラニン残基に置換または置き換えることは、ペプチドまたはタンパク質の緩衝能を低下させることが望ましい用途において有利な場合がある。ノルロイシンは、コードされず、置換後に修飾されることに留意すべきである。
細菌
実施形態によって、１又は複数のアミノ酸修飾のうちの少なくとも１つは、アミノ酸のアラニン残基への置換を含む。緩衝能の高いアミノ酸残基をアラニン残基に置換または置き換えることは、ペプチドまたはタンパク質の緩衝能を低下させることが望ましい用途において有利な場合がある。ノルロイシンは、コードされず、置換後に修飾されることに留意すべきである。
細菌
【0043】
［４１］
上記の通り、本明細書で提供される発明は、組換えファージと、当該組換えファージに感染した細菌とを含む、プロバイオティックワクチンである。特定の実施形態においては、Ｆ因子（すなわち、性因子）を有する任意の細菌（Ｆ＋細胞）であって、他の細菌と接合するために線毛および性線毛を生成する細菌が本明細書での使用に適している。Ｆ＋細胞がＦ－細胞と接合／交配すると、結果として２つのＦ＋細胞が生成され、共に、接合によって他のＦ－細胞にプラスミドを伝達することができるようになる。Ｆ＋細胞の線毛が受容細胞と相互作用し、接合接点が形成されると、ＤＮＡは一方の鎖が切断され、巻き戻されて受容体に移される。例示的なＦ因子含有細菌には、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７、大腸菌ＥＲ２７３８などがある。
上記の通り、本明細書で提供される発明は、組換えファージと、当該組換えファージに感染した細菌とを含む、プロバイオティックワクチンである。特定の実施形態においては、Ｆ因子（すなわち、性因子）を有する任意の細菌（Ｆ＋細胞）であって、他の細菌と接合するために線毛および性線毛を生成する細菌が本明細書での使用に適している。Ｆ＋細胞がＦ－細胞と接合／交配すると、結果として２つのＦ＋細胞が生成され、共に、接合によって他のＦ－細胞にプラスミドを伝達することができるようになる。Ｆ＋細胞の線毛が受容細胞と相互作用し、接合接点が形成されると、ＤＮＡは一方の鎖が切断され、巻き戻されて受容体に移される。例示的なＦ因子含有細菌には、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７、大腸菌ＥＲ２７３８などがある。
【0044】
［４２］
したがって、特定の実施形態において、本発明に従って使用するプロバイオティック細菌の例としては、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、ＧＢＩ－３０、６０８６、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ） ＢＢ－１２、ビフィドバクテリウム・ロンガム・サブスピーシス・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ． ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭ、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ） Ｓｔｌ１（またはＮＣＣ２４６１）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ） Ｌａｉ（ラクトバチルス ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニー ＮＣＣ５３３とも称される。）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ） ２９９ｖ、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ） ＡＴＣＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリ ＳＤ２１１２）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロテクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８、ＡＴＣＣ ５５７３０の娘株）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロデンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｄｅｎｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８／ＡＴＣＣ ５５７３０およびＡＴＣＣ ＰＴＡ ５２８９の併用）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ） ＧＧ、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス ＧＲ－１とラクトバチルス・ロイテリ ＲＣ－１４の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ビフィダム ＢＢ－１２の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ ＬＢＣ８０Ｒの混合物、ラクトバチルス・プランタルム ＨＥＡＬ ９とラクトバチルス・パラカゼイ ８７００：２の混合物、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトコッカス・サーモフィルスおよび／またはラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、から選択することができる。実施形態によっては、本開示に従って使用するためのプロバイオティック細菌は、本明細書に記載の上記菌株のうちの任意の２つ以上の混合物であってもよい。特定の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７または大腸菌ＥＲ２７３８である。別の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７である。さらに別の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌ＥＲ２７３８である。
したがって、特定の実施形態において、本発明に従って使用するプロバイオティック細菌の例としては、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌ＥＲ２７３８、バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、ＧＢＩ－３０、６０８６、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ） ＢＢ－１２、ビフィドバクテリウム・ロンガム・サブスピーシス・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂｓｐ． ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭ、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ） Ｓｔｌ１（またはＮＣＣ２４６１）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ） Ｌａｉ（ラクトバチルス ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニー ＮＣＣ５３３とも称される。）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ） ２９９ｖ、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ） ＡＴＣＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリ ＳＤ２１１２）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロテクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８、ＡＴＣＣ ５５７３０の娘株）、ラクトバチルス・ロイテリ・プロデンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ Ｐｒｏｄｅｎｔｉｓ）（ＤＳＭ １７９３８／ＡＴＣＣ ５５７３０およびＡＴＣＣ ＰＴＡ ５２８９の併用）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ） ＧＧ、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂｏｕｌａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス ＧＲ－１とラクトバチルス・ロイテリ ＲＣ－１４の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ） ＮＣＦＭとビフィドバクテリウム・ビフィダム ＢＢ－１２の混合物、ラクトバチルス・アシドフィルス ＣＬ１２８５とラクトバチルス・カゼイ ＬＢＣ８０Ｒの混合物、ラクトバチルス・プランタルム ＨＥＡＬ ９とラクトバチルス・パラカゼイ ８７００：２の混合物、ラクトバチルス・ブルガリクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトコッカス・サーモフィルスおよび／またはラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、から選択することができる。実施形態によっては、本開示に従って使用するためのプロバイオティック細菌は、本明細書に記載の上記菌株のうちの任意の２つ以上の混合物であってもよい。特定の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７または大腸菌ＥＲ２７３８である。別の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７である。さらに別の実施形態において、プロバイオティック細菌は、大腸菌ＥＲ２７３８である。
【0045】
［４３］
他の実施形態において、本明細書での使用に適した細菌は、小さく（典型的な線形寸法が約１ミクロン）、区画化されていない（ｎｏｎ－ ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｅｄ）生物であって、少なくとも１つの環状ＤＮＡ染色体と７０Ｓのリボソームを有する生物である。「細菌」という用語は、本明細書で使用される場合、細菌のすべての変種（例えば、内在細菌であって、閉鎖系で天然に存在するもの、環境細菌、またはバイオレメディエーションもしくはその他の取り組みのために放出された細菌）を包含する。
他の実施形態において、本明細書での使用に適した細菌は、小さく（典型的な線形寸法が約１ミクロン）、区画化されていない（ｎｏｎ－ ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｅｄ）生物であって、少なくとも１つの環状ＤＮＡ染色体と７０Ｓのリボソームを有する生物である。「細菌」という用語は、本明細書で使用される場合、細菌のすべての変種（例えば、内在細菌であって、閉鎖系で天然に存在するもの、環境細菌、またはバイオレメディエーションもしくはその他の取り組みのために放出された細菌）を包含する。
【0046】
［４４］
本明細書で提供される本発明プロバイオティックワクチンにおける、本発明に係る組換えファージは、必要とする対象（例えば、ヒト患者）に送達するために、ドナー細菌（例えば、プロバイオティック細菌および／または常在細菌）に導入（ｌｏａｄ）（例えば、感染）される。プロバイオティック細菌は、例えば、宿主に健康上の利益をもたらすことができる生きた細菌であり、そして／あるいは、少なくとも宿主（例えば、ヒト患者）にとって有害ではない（例えば、病原性ではない）細菌である。したがって、本発明の態様では、非溶解性または誘導性バクテリオファージが導入されているか、それに感染しているドナー細菌（例えば、プロバイオティック細菌および／または常在細菌）であって、インサイチュでバクテリオファージベースのデリバリー粒子を発現および生成できる、細菌の使用が想定される。プロバイオティクスは、腸の内部粘膜層に浸透し、有害な細菌の侵入を助けるとともに、多数の腸内感染症から保護することも明らかとなっている。
本明細書で提供される本発明プロバイオティックワクチンにおける、本発明に係る組換えファージは、必要とする対象（例えば、ヒト患者）に送達するために、ドナー細菌（例えば、プロバイオティック細菌および／または常在細菌）に導入（ｌｏａｄ）（例えば、感染）される。プロバイオティック細菌は、例えば、宿主に健康上の利益をもたらすことができる生きた細菌であり、そして／あるいは、少なくとも宿主（例えば、ヒト患者）にとって有害ではない（例えば、病原性ではない）細菌である。したがって、本発明の態様では、非溶解性または誘導性バクテリオファージが導入されているか、それに感染しているドナー細菌（例えば、プロバイオティック細菌および／または常在細菌）であって、インサイチュでバクテリオファージベースのデリバリー粒子を発現および生成できる、細菌の使用が想定される。プロバイオティクスは、腸の内部粘膜層に浸透し、有害な細菌の侵入を助けるとともに、多数の腸内感染症から保護することも明らかとなっている。
【0047】
［４５］
特定の実施形態において、本明細書で使用する、本発明による組換えファージによる感染のためのプロバイオティック細菌の例としては、「ＰＲＯＢＩＯ」データベース（「／／ｂｉｄｄ．ｇｒｏｕｐ／ｐｒｏｂｉｏ／ｈｏｍｅｐａｇｅ．ｈｔｍ」； Ｓｈａｍｅｋｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｏｎｃｏｌ（２０２０）２２（８）：１２２７－３９．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１２０９４－０１９－０２２７０－０；こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。）に記載されているものがあり、このデータベースには、現在市販されている３２９種類のプロバイオティクス、臨床試験中の１１５種類のプロバイオティック細菌が含まれている。特定の実施形態において、本発明に係る組換えファージは、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）；バチルス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、Ｂｉｓｐａｎ株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＧＰＳ１２０９株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＨＮ０１９（ＤＲ１０６４）株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム（（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ））、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム、Ｒｏｓｅｌｌ－７１株；ビフィドバクテリウム・ブレビ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、Ｍ－１６Ｖ株；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）；ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）；ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌａ－１株；ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ＨＡ－１１２株；ラクトバチルス・フェルメントゥム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ＨＡ－１７９株；ラクトバチルス・ヘルベティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ１０株；ラクトバチルス・ヘルベティクス、Ｒｏｓｅｌｌ－５２株；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ２６株；ラクトバチルス・パラカゼイ・サブスピーシス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ ｓｕｂｓｐ． ｐａｒａｃａｓｅｉ）、４３１株；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ＨＮ００１（ＤＲ２０）株；ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ＤＳＭ １３０８４株；ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）から成る群から選択される、免疫調節能力を有する特定のプロバイオティック細菌に感染しているか、それらが導入されている。例えば、Ｓｉｎｇｈら、Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０２２；１３： １００２６７４；２０２２年１０月３日オンライン公開。ｄｏｉ： １０．３３８９／ｆｉｍｍｕ．２０２２．１００２６７４の表１を参照のこと。こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。
特定の実施形態において、本明細書で使用する、本発明による組換えファージによる感染のためのプロバイオティック細菌の例としては、「ＰＲＯＢＩＯ」データベース（「／／ｂｉｄｄ．ｇｒｏｕｐ／ｐｒｏｂｉｏ／ｈｏｍｅｐａｇｅ．ｈｔｍ」； Ｓｈａｍｅｋｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｏｎｃｏｌ（２０２０）２２（８）：１２２７－３９．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１２０９４－０１９－０２２７０－０；こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。）に記載されているものがあり、このデータベースには、現在市販されている３２９種類のプロバイオティクス、臨床試験中の１１５種類のプロバイオティック細菌が含まれている。特定の実施形態において、本発明に係る組換えファージは、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）；バチルス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、Ｂｉｓｐａｎ株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＧＰＳ１２０９株；ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． Ｌａｃｔｉｓ）、ＨＮ０１９（ＤＲ１０６４）株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム（（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ））、ＢＢ－１２株；ビフィドバクテリウム・ビフィダム、Ｒｏｓｅｌｌ－７１株；ビフィドバクテリウム・ブレビ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、Ｍ－１６Ｖ株；ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）；ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）；ラクトバチルス・アシッドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌａ－１株；ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ＨＡ－１１２株；ラクトバチルス・フェルメントゥム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ＨＡ－１７９株；ラクトバチルス・ヘルベティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ１０株；ラクトバチルス・ヘルベティクス、Ｒｏｓｅｌｌ－５２株；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌａｆｔｉ Ｌ２６株；ラクトバチルス・パラカゼイ・サブスピーシス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ ｓｕｂｓｐ． ｐａｒａｃａｓｅｉ）、４３１株；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ＨＮ００１（ＤＲ２０）株；ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ＤＳＭ １３０８４株；ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）から成る群から選択される、免疫調節能力を有する特定のプロバイオティック細菌に感染しているか、それらが導入されている。例えば、Ｓｉｎｇｈら、Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０２２；１３： １００２６７４；２０２２年１０月３日オンライン公開。ｄｏｉ： １０．３３８９／ｆｉｍｍｕ．２０２２．１００２６７４の表１を参照のこと。こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。
【0048】
［４６］
他の実施形態において、本開示の本発明に係る組換えバクテリオファージは、大腸菌以外の細菌、例えば、限定されないが、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ）（例えば、Ｂｌ）、Ｂ．フラジリス（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）（例えば、ＡＴＣＣ ５１４７７－Ｂ１、Ｂ４０－８、Ｂｆ－１）、Ｂ．カッカエ（Ｂ． ｃａｃｃａｅ）（例えば、ｐｈ ｐｈｉＨＳＣＯＩ）、Ｂ．オバツス（Ｂ．ｏｖａｔｕｓ）（例えば、ｐｈｉＨＳＣ０２）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（例えば、ｐｈｉＣ２、ｐｈｉＣ５、ｐｈｉＣ６、ｐｈｉＣＳ、ｐｈｉＣＤ１１９、ｐｈｉＣＤ２７）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（例えば、ＫＰ０１ Ｋ２、ＫＩ Ｉ、Ｋｐｎ５、ＫＰ３４、ＪＤＯＯＩ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（例えば、ｐｈｉＮＭＩ、８０α）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）（例えば、ＩＭＥ－ＥＦ１）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）（例えば、ＥＮＢ６、Ｃ３３）、およびシュードモナス エルギノーザ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）（例えば、ｐｈｉＫＭＶ、ＰＡＫ－Ｐ１、ＬＫＤ１６、ＬＫＡ１、デルタ、シグマ－１、Ｊ－ｌ）を標的とすることが本明細書において想定されている。
他の実施形態において、本開示の本発明に係る組換えバクテリオファージは、大腸菌以外の細菌、例えば、限定されないが、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ）（例えば、Ｂｌ）、Ｂ．フラジリス（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）（例えば、ＡＴＣＣ ５１４７７－Ｂ１、Ｂ４０－８、Ｂｆ－１）、Ｂ．カッカエ（Ｂ． ｃａｃｃａｅ）（例えば、ｐｈ ｐｈｉＨＳＣＯＩ）、Ｂ．オバツス（Ｂ．ｏｖａｔｕｓ）（例えば、ｐｈｉＨＳＣ０２）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（例えば、ｐｈｉＣ２、ｐｈｉＣ５、ｐｈｉＣ６、ｐｈｉＣＳ、ｐｈｉＣＤ１１９、ｐｈｉＣＤ２７）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（例えば、ＫＰ０１ Ｋ２、ＫＩ Ｉ、Ｋｐｎ５、ＫＰ３４、ＪＤＯＯＩ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（例えば、ｐｈｉＮＭＩ、８０α）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）（例えば、ＩＭＥ－ＥＦ１）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）（例えば、ＥＮＢ６、Ｃ３３）、およびシュードモナス エルギノーザ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）（例えば、ｐｈｉＫＭＶ、ＰＡＫ－Ｐ１、ＬＫＤ１６、ＬＫＡ１、デルタ、シグマ－１、Ｊ－ｌ）を標的とすることが本明細書において想定されている。
【0049】
［４７］
したがって、本開示のバクテリオファージは、上記の細菌属および／または細菌種のいずれか１つ以上の細菌細胞を標的（例えば、特異的に標的）とすることができる。他の細菌細胞および微生物も標的とされ得る。
したがって、本開示のバクテリオファージは、上記の細菌属および／または細菌種のいずれか１つ以上の細菌細胞を標的（例えば、特異的に標的）とすることができる。他の細菌細胞および微生物も標的とされ得る。
【0050】
［４８］
「内在」細菌細胞は、本明細書で使用される場合、正常な内部生態系、例えば細菌叢の一部である非病原性細菌を指す場合がある。
「内在」細菌細胞は、本明細書で使用される場合、正常な内部生態系、例えば細菌叢の一部である非病原性細菌を指す場合がある。
【0051】
［４９］
さらに別の実施形態において、本開示の細菌細胞は、嫌気性細菌細胞（例えば、増殖に酸素を必要としない細胞）である。嫌気性細菌細胞には、通性嫌気性細胞、例えば大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、シェワネラ・オネイデンシス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ ｏｎｅｉｄｅｎｓｉｓ）、およびリステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）が含まれる。嫌気性細菌細胞には、偏性嫌気性細胞、例えばバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅ）およびクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属も含まれる。ヒトでは、例えば嫌気性細菌細胞は最も一般的に消化管に存在する。したがって、本開示のバクテリオファージは、嫌気性細菌細胞を標的（例えば、特異的に標的）とし得る。
組換えバクテリオファージ
さらに別の実施形態において、本開示の細菌細胞は、嫌気性細菌細胞（例えば、増殖に酸素を必要としない細胞）である。嫌気性細菌細胞には、通性嫌気性細胞、例えば大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、シェワネラ・オネイデンシス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ ｏｎｅｉｄｅｎｓｉｓ）、およびリステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）が含まれる。嫌気性細菌細胞には、偏性嫌気性細胞、例えばバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅ）およびクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属も含まれる。ヒトでは、例えば嫌気性細菌細胞は最も一般的に消化管に存在する。したがって、本開示のバクテリオファージは、嫌気性細菌細胞を標的（例えば、特異的に標的）とし得る。
組換えバクテリオファージ
【0052】
［５０］
本明細書では、組換え繊維状ファージゲノムであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）
から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムを含む、組換え繊維状ファージゲノム、も提供される。
本明細書では、組換え繊維状ファージゲノムであって、
ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）、
ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）、
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、
ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、
ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、
ＩＱＦＳＣ（配列番号７）、および
ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）
から成る群から選択される、外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、ポリペプチドをコードする核酸を含む組換え繊維状ファージゲノムを含む、組換え繊維状ファージゲノム、も提供される。
【0053】
［５１］
組換えファージの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている。組換えファージの特定の実施形態において、コートタンパク質はｐＩＩＩである。「機能的に発現されている」という表現は、本明細書で使用される場合、エピトープがファージの表面に表示され、免疫応答を誘発できるような、外来ペプチドエピトープの発現を指す。
組換えファージの特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩおよびｐＩＸから成る群から選択されるコートタンパク質上に機能的に発現されている。組換えファージの特定の実施形態において、コートタンパク質はｐＩＩＩである。「機能的に発現されている」という表現は、本明細書で使用される場合、エピトープがファージの表面に表示され、免疫応答を誘発できるような、外来ペプチドエピトープの発現を指す。
【0054】
［５２］
さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。さらに別の実施形態において、ファージは、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ、およびＭ１３Ｋ３から成る群から選択される繊維状ファージである。特に好ましい実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。さらに別の実施形態において、組換えファージは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体を生成する。
さらなる実施形態において、ファージは、繊維状ファージ、例えばＭ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ；Ｍ１３Ｋ３；マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆｄ様ウイルス）；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択される。さらに別の実施形態において、ファージは、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、Ｐｆ３、ｆ１、ＭＫＥ、およびＭ１３Ｋ３から成る群から選択される繊維状ファージである。特に好ましい実施形態において、ファージは、Ｍ１３Ｋ３である。さらに別の実施形態において、組換えファージは、外来ペプチドエピトープに結合するＩｇＧ抗体を生成する。
【0055】
［５３］
本開示の特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープをコードする核酸は、微生物細胞集団、例えばプロバイオティック細菌細胞への送達のために、組換えにより、天然の、改変された（例えば、合理的に改変された）、または適応進化されたバクテリオファージに組み込まれる。バクテリオファージ、またはファージは、細菌に感染して増殖するウイルスである。バクテリオファージは、ＤＮＡまたはＲＮＡゲノムをカプセル封入するタンパク質から構成され、比較的単純な構造または複雑な構造を持つ場合がある。それらのゲノムは、わずか４つの遺伝子または数百もの遺伝子をコードする場合がある。バクテリオファージは、細菌細胞の溶解をもたらす溶菌サイクル、または、細菌細胞をそのまま残す溶原サイクル(非溶菌サイクル)、のいずれかを用いて複製する。
本開示の特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープをコードする核酸は、微生物細胞集団、例えばプロバイオティック細菌細胞への送達のために、組換えにより、天然の、改変された（例えば、合理的に改変された）、または適応進化されたバクテリオファージに組み込まれる。バクテリオファージ、またはファージは、細菌に感染して増殖するウイルスである。バクテリオファージは、ＤＮＡまたはＲＮＡゲノムをカプセル封入するタンパク質から構成され、比較的単純な構造または複雑な構造を持つ場合がある。それらのゲノムは、わずか４つの遺伝子または数百もの遺伝子をコードする場合がある。バクテリオファージは、細菌細胞の溶解をもたらす溶菌サイクル、または、細菌細胞をそのまま残す溶原サイクル(非溶菌サイクル)、のいずれかを用いて複製する。
【0056】
［５４］
本開示のバクテリオファージは、実施形態によっては、非溶菌性ファージ（溶原性ファージまたはテンペレートファージとも称される）である。「細菌が、溶原性ファージを継続的に生成する」という表現は、本明細書で使用される場合、細菌、例えば本明細書で規定されるプロバイオティック細菌への非溶菌性ファージ感染であって、組換え溶原性ファージが、溶菌のない場合に、感染細胞から活発に分泌されるような感染を指す。例示的な溶原性（非溶菌性）ファージには、限定しないが、繊維状ファージ、例えば、ｆ１、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、およびＰｆ３が含まれる。したがって、外来ペプチドエピトープをファージで細菌細胞に導入した後、細菌細胞は、生存可能なままで且つ、抗原エピトープの発現を安定的に維持できる場合がある。実施形態によって、溶原性バクテリオファージを送達媒体（ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｖｅｈｉｃｌｅｓ）として使用することができる。天然の溶原性ファージは、ファージミドシステムと併用する場合、カーゴシャトルとして機能し、本質的には標的細胞を溶菌しない。
本開示のバクテリオファージは、実施形態によっては、非溶菌性ファージ（溶原性ファージまたはテンペレートファージとも称される）である。「細菌が、溶原性ファージを継続的に生成する」という表現は、本明細書で使用される場合、細菌、例えば本明細書で規定されるプロバイオティック細菌への非溶菌性ファージ感染であって、組換え溶原性ファージが、溶菌のない場合に、感染細胞から活発に分泌されるような感染を指す。例示的な溶原性（非溶菌性）ファージには、限定しないが、繊維状ファージ、例えば、ｆ１、Ｍ１３、ｆｄ、ＩＫｅ、ＣＴＸ－φ、Ｐｆｌ、Ｐｆ２、およびＰｆ３が含まれる。したがって、外来ペプチドエピトープをファージで細菌細胞に導入した後、細菌細胞は、生存可能なままで且つ、抗原エピトープの発現を安定的に維持できる場合がある。実施形態によって、溶原性バクテリオファージを送達媒体（ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｖｅｈｉｃｌｅｓ）として使用することができる。天然の溶原性ファージは、ファージミドシステムと併用する場合、カーゴシャトルとして機能し、本質的には標的細胞を溶菌しない。
【0057】
［５５］
本開示に従って使用する非溶原性または非溶原性バクテリオファージの例には、限定しないが、マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆ１様ウイルス（ｆ１－ｌｉｋｅ ｖｉｒｕｓｅｓ））；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択されるものが含まれる。そのようなファージは、天然に存在するファージまたは改変されたファージであってもよい。実施形態によっては、バクテリオファージは、大腸菌ファージ（ｃｏｌｉｐｈａｇｅ）（例えば、大腸菌に感染するファージ）である。当業者であれば、本開示に従って他のバクテリオファージを使用できることを容易に理解するであろう。
本開示に従って使用する非溶原性または非溶原性バクテリオファージの例には、限定しないが、マイオウイルス科（Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）（Ｐｌ様ウイルス；Ｐ２様ウイルス；Ｍｕ様ウイルス；ＳＰＯＩ様ウイルス；ｐｈｉＨ様ウイルス）；シフォウイルス科（Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅ）（λ様ウイルス、γ様ウイルス、Ｔｌ様ウイルス；Ｔ５様ウイルス；ｃ２様ウイルス；Ｌ５様ウイルス；ｐｓｉＭｌ様ウイルス；ｐｈｉＣ３１様ウイルス；Ｎ１５様ウイルス）；ポドウイルス科（Ｐｏｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（ｐｈｉ２９様ウイルス；Ｐ２２様ウイルス；Ｎ４様ウイルス）；テクティウイルス科（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｉｄａｅ）（テクティウイルス（Ｔｅｃｔｉｖｉｒｕｓ））；コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）（コルチウイルス（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｕｓ））；リポスリクスウイルス科（Ｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｉｄａｅ）（アルファリポトリックスウイルス（Ａｌｐｈａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ベータリポトリックスウイルス（Ｂｅｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、ガンマリポトリックスウイルス（Ｇａｍｍａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ）、デルタリポトリックスウイルス（Ｄｅｌｔａｌｉｐｏｔｈｒｉｘｖｉｒｕｓ））；プラズマウイルス科（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｉｄａｅ）（プラズマウイルス（Ｐｌａｓｍａｖｉｒｕｓ））；ルディウイルス科（Ｒｕｄｉｖｉｒｉｄａｅ）（ルディウイルス（Ｒｕｄｉｖｉｒｕｓ））；フセロウイルス科（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（フセロウイルス（Ｆｕｓｅｌｌｏｖｉｒｕｓ））；イノウイルス科（Ｉｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（イノウイルス（Ｉｎｏｖｉｒｕｓ）、プレクトロウイルス（Ｐｌｅｃｔｒｏｖｉｒｕｓ）、Ｍ１３様ウイルス、ｆ１様ウイルス（ｆ１－ｌｉｋｅ ｖｉｒｕｓｅｓ））；ミクロウイルス科（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ミクロウイルス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、スピロミクロウイルス（Ｓｐｉｒｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、ブデロマクロウイルス（Ｂｄｅｌｌｏｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ）、クラミジアミクロウイルス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｍｉｃｒｏｖｉｒｕｓ））；レビウイルス科（Ｌｅｖｉｖｉｒｉｄａｅ）（レビウイルス（Ｌｅｖｉｖｉｒｕｓ）、アロレヴィウイルス（Ａｌｌｏｌｅｖｉｖｉｒｕｓ））およびシストウイルス科（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｉｄａｅ）（シストウイルス（Ｃｙｓｔｏｖｉｒｕｓ））のファージから成る群から選択されるものが含まれる。そのようなファージは、天然に存在するファージまたは改変されたファージであってもよい。実施形態によっては、バクテリオファージは、大腸菌ファージ（ｃｏｌｉｐｈａｇｅ）（例えば、大腸菌に感染するファージ）である。当業者であれば、本開示に従って他のバクテリオファージを使用できることを容易に理解するであろう。
【0058】
［５６］
特定の実施形態において、本明細書で使用されるバクテリオファージは、繊維状ファージである。繊維状ファージは、多くのグラム陰性菌に感染する細菌ウイルスの大きなファミリーを構成する。適当な周知の繊維状ファージには、例えば、大腸菌に感染するｆ１、Ｍ１３、ｆｄ、Ｉｋｅなどが含まれる。ファージｆ１、Ｍ１３、およびｆｄは、これまで繊維状ファージディスプレイに使用されてきたものである。それらのゲノムは、９８％以上同一であり、それらの遺伝子産物は、互換性がある。
特定の実施形態において、本明細書で使用されるバクテリオファージは、繊維状ファージである。繊維状ファージは、多くのグラム陰性菌に感染する細菌ウイルスの大きなファミリーを構成する。適当な周知の繊維状ファージには、例えば、大腸菌に感染するｆ１、Ｍ１３、ｆｄ、Ｉｋｅなどが含まれる。ファージｆ１、Ｍ１３、およびｆｄは、これまで繊維状ファージディスプレイに使用されてきたものである。それらのゲノムは、９８％以上同一であり、それらの遺伝子産物は、互換性がある。
【0059】
［５７］
繊維状ファージ集合の独特な態様は、多くの他のバクテリオファージの集合とは対照的に、それが分泌プロセスであることである。成長中のファージへのコートポリペプチドの組み込みは、細胞質膜で起こり、新生ファージは、集合と同時に細胞から押し出される。この過程で大腸菌細胞は溶解しない。５つのウイルスコートタンパク質（ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩ、ｐＩＸ）が、ファージ粒子に組み込まれる前に細胞質膜に挿入されることは当業者に周知である。例えば、ｐＩＩＩの大部分は、膜を横断してペリプラスムへと移動する一方で、そのＣ末端の疎水性尾部は、膜内でタンパク質を固定する。
繊維状ファージ集合の独特な態様は、多くの他のバクテリオファージの集合とは対照的に、それが分泌プロセスであることである。成長中のファージへのコートポリペプチドの組み込みは、細胞質膜で起こり、新生ファージは、集合と同時に細胞から押し出される。この過程で大腸菌細胞は溶解しない。５つのウイルスコートタンパク質（ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩ、ｐＩＸ）が、ファージ粒子に組み込まれる前に細胞質膜に挿入されることは当業者に周知である。例えば、ｐＩＩＩの大部分は、膜を横断してペリプラスムへと移動する一方で、そのＣ末端の疎水性尾部は、膜内でタンパク質を固定する。
【0060】
［５８］
別の実施形態において、発明に係る組換えファージを調製するために使用されるバクテリオファージは、Ｍ１３バクテリオファージである。Ｍ１３は、イノウイルス科の繊維状バクテリオファージであり、環状の一本鎖ＤＮＡで構成される。Ｍ１３ファージは、長さ約９００ｎｍ、直径６～７ｎｍであり、５つのタンパク質から構成されている。マイナーコートタンパク質であるＰ３は、大腸菌宿主細胞のＦピルスの先端にある受容体に付着している。したがって、特定の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチンおよびがんを処置または予防する方法におけるその使用は、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩ、およびｐＩＸから成る群から選択されるそのコートタンパク質の１つにおいて、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープを機能的に発現するように改変された、本発明に係る組換えＭ１３バクテリオファージを細菌細胞に送達することを含む。特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、Ｍ１３バクテリオファージの遺伝子ｐＩＩＩで機能的に発現されている。
別の実施形態において、発明に係る組換えファージを調製するために使用されるバクテリオファージは、Ｍ１３バクテリオファージである。Ｍ１３は、イノウイルス科の繊維状バクテリオファージであり、環状の一本鎖ＤＮＡで構成される。Ｍ１３ファージは、長さ約９００ｎｍ、直径６～７ｎｍであり、５つのタンパク質から構成されている。マイナーコートタンパク質であるＰ３は、大腸菌宿主細胞のＦピルスの先端にある受容体に付着している。したがって、特定の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチンおよびがんを処置または予防する方法におけるその使用は、ｐＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩ、およびｐＩＸから成る群から選択されるそのコートタンパク質の１つにおいて、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープを機能的に発現するように改変された、本発明に係る組換えＭ１３バクテリオファージを細菌細胞に送達することを含む。特定の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、Ｍ１３バクテリオファージの遺伝子ｐＩＩＩで機能的に発現されている。
【0061】
［５９］
本明細書で使用するためのバクテリオファージは、細菌が存在するあらゆる環境から単離することができる。実施形態によって、本発明の組換えバクテリオファージは、糞便もしくは下水、陸上または海洋環境から単離される（例えば、採取される、得られる）。
治療方法
がん
本明細書で使用するためのバクテリオファージは、細菌が存在するあらゆる環境から単離することができる。実施形態によって、本発明の組換えバクテリオファージは、糞便もしくは下水、陸上または海洋環境から単離される（例えば、採取される、得られる）。
治療方法
がん
【0062】
［６０］
本明細書では、がんまたは感染症を予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、本明細書に記載の本発明に係るプロバイオティックワクチンまたは本明細書に記載の本発明に係る組換えファージを投与することを含む、方法、も提供される。
本明細書では、がんまたは感染症を予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、本明細書に記載の本発明に係るプロバイオティックワクチンまたは本明細書に記載の本発明に係る組換えファージを投与することを含む、方法、も提供される。
【0063】
［６１］
「がん」という用語またはその文法上の変形は、本明細書で使用される場合、悪性新生物を指す。特に、「がん」という用語は、細胞の制御不能な分裂と、これらの細胞が浸潤によって隣接する組織に直接成長するか、または転移によって遠隔部位に植え付けられることによって、他の組織に侵入する能力によって特徴づけられる疾患または障害のクラスのいずれかのメンバーを指す。転移とは、がん細胞が血流またはリンパ系を通じて運ばれる段階として定義される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫、上皮がん、上皮性卵巣がん、粘膜黒色腫、非小細胞肺がん、黒色腫、頭頸部がん、腎細胞がん、ホジキンリンパ腫、皮膚扁平上皮がん、膠芽腫、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、虫垂がん、大腸がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、肛門がん、膵臓がん、肝臓がん、胆嚢がん、脾臓がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、精巣がん、子宮がん、子宮内膜がん、卵巣がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、甲状腺がん、胸腺がん、脳腫瘍、神経系がん、神経膠腫、口腔がん、皮膚がん、血液がん、リンパ腫、眼がん、骨肉腫、骨髄腫、筋肉がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）など、から成る群から選択される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫である。
「がん」という用語またはその文法上の変形は、本明細書で使用される場合、悪性新生物を指す。特に、「がん」という用語は、細胞の制御不能な分裂と、これらの細胞が浸潤によって隣接する組織に直接成長するか、または転移によって遠隔部位に植え付けられることによって、他の組織に侵入する能力によって特徴づけられる疾患または障害のクラスのいずれかのメンバーを指す。転移とは、がん細胞が血流またはリンパ系を通じて運ばれる段階として定義される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫、上皮がん、上皮性卵巣がん、粘膜黒色腫、非小細胞肺がん、黒色腫、頭頸部がん、腎細胞がん、ホジキンリンパ腫、皮膚扁平上皮がん、膠芽腫、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、虫垂がん、大腸がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、肛門がん、膵臓がん、肝臓がん、胆嚢がん、脾臓がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、精巣がん、子宮がん、子宮内膜がん、卵巣がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、甲状腺がん、胸腺がん、脳腫瘍、神経系がん、神経膠腫、口腔がん、皮膚がん、血液がん、リンパ腫、眼がん、骨肉腫、骨髄腫、筋肉がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）など、から成る群から選択される。特定の実施形態において、がんは、多発性骨髄腫である。
【0064】
［６２］
特定の実施形態において、上記の通り、本明細書では、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
特定の実施形態において、上記の通り、本明細書では、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ（配列番号１）またはＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ（配列番号２）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
【0065】
［６３］
別の実施形態において、上記の通り、多発性骨髄腫を予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
別の実施形態において、上記の通り、多発性骨髄腫を予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
【0066】
［６４］
がんの処置にＰＤ－１外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＰＤ－１介在型のがん、例えば、粘膜がん、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などを処置又は予防することができる。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号８における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換（複数可）を有する、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）を含む。したがって、本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含み、がんが、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸もしくは直腸がん、食道もしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）から成る群から選択される、方法、が提供される。
感染症（Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｅｓｅ）
がんの処置にＰＤ－１外来ペプチドエピトープを使用する別の実施形態において、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体は、ＰＤ－１介在型のがん、例えば、粘膜がん、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）などを処置又は予防することができる。別の実施形態において、外来ペプチドエピトープは、配列番号８における５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個のアミノ酸置換（複数可）を有する、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）を含む。したがって、本明細書では、がんを予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ（配列番号８）に相当する少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含み、がんが、胃がん、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋層浸潤性膀胱がん［ＮＭＩＢＣ］、結腸もしくは直腸がん、食道もしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）から成る群から選択される、方法、が提供される。
感染症（Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｅｓｅ）
【0067】
［６５］
ウイルス性出血熱（ＶＨＦ）は、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、ハンタウイルス科（Ｈａｎｔａｖｉｒｉｄａｅ）、およびフラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）から主に選択される、エンベロープを持つＲＮＡウイルスによって引き起こされ得る、臨床的に類似した疾患群である。臨床上、この疾患群には、共通点として、発熱、疲労、めまい、筋肉痛、そして、血管漏出、出血および多臓器不全へと進行し得るその他の関連症状がある。例えば、Ｐｅｒｄｏｍｏ－Ｃｅｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅｓ ２０１９，７（１），１１； …ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．３３９０／ｖａｃｃｉｎｅｓ７０１００１１を参照のこと；こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。
ウイルス性出血熱（ＶＨＦ）は、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、ハンタウイルス科（Ｈａｎｔａｖｉｒｉｄａｅ）、およびフラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）から主に選択される、エンベロープを持つＲＮＡウイルスによって引き起こされ得る、臨床的に類似した疾患群である。臨床上、この疾患群には、共通点として、発熱、疲労、めまい、筋肉痛、そして、血管漏出、出血および多臓器不全へと進行し得るその他の関連症状がある。例えば、Ｐｅｒｄｏｍｏ－Ｃｅｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅｓ ２０１９，７（１），１１； …ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．３３９０／ｖａｃｃｉｎｅｓ７０１００１１を参照のこと；こちらは、あらゆる目的について、参照することによりその全体が本明細書に援用される。
【0068】
［６６］
ＶＨＦは、汚染された体液や組織との直接接触により、人から人へ感染する可能性がある。ＶＨＦの多くが、自然界で人獣共通感染症（ｚｏｏｎｏｔｉｃ）でもあり、各ウイルスによって異なるメカニズムで感染が広がる。それらの一部は、感染した動物から摂取した生肉や体液、ネズミやコウモリとの直接接触、ネズミの排泄物で汚染された物質の吸入や接触、によって感染する。他のものとしては、感染した蚊やダニに刺されることで感染するベクター媒介性疾患（ｖｅｃｔｏｒ－ｂｏｒｎｅ ｄｉｓｅａｓｅｓ）がある。これらの疾患は、無症状から重症化、死亡に至るまで臨床的に多様であり、数時間から数日の間に急速に進行する。承認された特異的な治療法がないことが、疾患の負担と、好ましくない臨床結果の一因となっている。
ＶＨＦは、汚染された体液や組織との直接接触により、人から人へ感染する可能性がある。ＶＨＦの多くが、自然界で人獣共通感染症（ｚｏｏｎｏｔｉｃ）でもあり、各ウイルスによって異なるメカニズムで感染が広がる。それらの一部は、感染した動物から摂取した生肉や体液、ネズミやコウモリとの直接接触、ネズミの排泄物で汚染された物質の吸入や接触、によって感染する。他のものとしては、感染した蚊やダニに刺されることで感染するベクター媒介性疾患（ｖｅｃｔｏｒ－ｂｏｒｎｅ ｄｉｓｅａｓｅｓ）がある。これらの疾患は、無症状から重症化、死亡に至るまで臨床的に多様であり、数時間から数日の間に急速に進行する。承認された特異的な治療法がないことが、疾患の負担と、好ましくない臨床結果の一因となっている。
【0069】
［６７］
別の実施形態において、上記の通り、本明細書では、ウイルス性出血熱（ＶＨＦ）などの、ハンタウイルス科またはハンタウイルスなどのコロナウイルス属に属する韓国熱ウイルス（例えば、ハンタウイルス科（Ｈａｎｔａｖｉｒｉｄａｅ）またはハンタウイルス（Ｈａｎｔａｖｉｒｕｓ））感染および／または症状発現を予防する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
プロバイオティックワクチンの投与
別の実施形態において、上記の通り、本明細書では、ウイルス性出血熱（ＶＨＦ）などの、ハンタウイルス科またはハンタウイルスなどのコロナウイルス属に属する韓国熱ウイルス（例えば、ハンタウイルス科（Ｈａｎｔａｖｉｒｉｄａｅ）またはハンタウイルス（Ｈａｎｔａｖｉｒｕｓ））感染および／または症状発現を予防する方法であって、それを必要とする患者に対して、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、およびＩＱＦＳＣ（配列番号７）から選択される、少なくとも１つの外来ペプチドエピトープ、またはその断片もしくは変異体を含む、組換えファージまたはプロバイオティックワクチンを投与することを含む、方法、が提供される。
プロバイオティックワクチンの投与
【0070】
［６８］
本発明に係るプロバイオティックワクチンは、任意の適当な送達（ｄｅｌｉｖｅｒｙ）経路により、患者（例えば、がんを有する患者）または実験動物に送達することができる。実施形態によって、生きたプロバイオティック細菌細胞は、発酵乳製品および／またはプロバイオティック強化食品を介して、インビボで送達することができる。例示的な送達される食品（ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｆｏｏｄｓ）は、プロバイオティック溶液、グミ、錠剤、ヨーグルト、漬けた野菜、発酵した豆のペースト（例えば、テンペ、味噌、テンジャン）、ケフィア、バターミルクもしくはカルネメルク、キムチ、パオツァイ、ザワークラウト、醤油、ザーツァイなどから選択することができる。他の実施形態において、プロバイオティック細菌は、凍結乾燥した細菌を含む錠剤、カプセル、粉末および／またはサシェとしてインビボで送達することができる。
本発明に係るプロバイオティックワクチンは、任意の適当な送達（ｄｅｌｉｖｅｒｙ）経路により、患者（例えば、がんを有する患者）または実験動物に送達することができる。実施形態によって、生きたプロバイオティック細菌細胞は、発酵乳製品および／またはプロバイオティック強化食品を介して、インビボで送達することができる。例示的な送達される食品（ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｆｏｏｄｓ）は、プロバイオティック溶液、グミ、錠剤、ヨーグルト、漬けた野菜、発酵した豆のペースト（例えば、テンペ、味噌、テンジャン）、ケフィア、バターミルクもしくはカルネメルク、キムチ、パオツァイ、ザワークラウト、醤油、ザーツァイなどから選択することができる。他の実施形態において、プロバイオティック細菌は、凍結乾燥した細菌を含む錠剤、カプセル、粉末および／またはサシェとしてインビボで送達することができる。
【0071】
［６９］
他の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチンは、注射、輸液、接種、直接的な外科的投与、またはそれらの任意の組み合わせによって患者に投与することができる。実施形態によって、プロバイオティックワクチンは、ヒトに対しては、三角筋領域または腋窩領域に投与される。例えば、ワクチンは、皮内注射として、腋窩領域に投与される。他の実施形態において、ワクチンは、静脈内投与される。
他の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチンは、注射、輸液、接種、直接的な外科的投与、またはそれらの任意の組み合わせによって患者に投与することができる。実施形態によって、プロバイオティックワクチンは、ヒトに対しては、三角筋領域または腋窩領域に投与される。例えば、ワクチンは、皮内注射として、腋窩領域に投与される。他の実施形態において、ワクチンは、静脈内投与される。
【0072】
［７０］
細胞を投与するための適切な担体は、当業者であれば慣用の技術によって選択することができる。例えば、医薬担体は、緩衝化された生理食塩水、例えば細胞培養培地であってもよく、細胞の生存性を維持するためにＤＭＳＯを含むことができる。特定の実施形態において、細胞は、注入可能な凍結保存培地で投与される。細胞を含む組成物は、凍結保護剤としてＤＭＳＯおよびヘキサスターチ、ならびにタンパク質成分としてＰｌａｓｍａｌｙｔｅ Ａおよび／またはデキストロース溶液、ならびにタンパク質成分としてヒト血清アルブミンを含むことができる。
細胞を投与するための適切な担体は、当業者であれば慣用の技術によって選択することができる。例えば、医薬担体は、緩衝化された生理食塩水、例えば細胞培養培地であってもよく、細胞の生存性を維持するためにＤＭＳＯを含むことができる。特定の実施形態において、細胞は、注入可能な凍結保存培地で投与される。細胞を含む組成物は、凍結保護剤としてＤＭＳＯおよびヘキサスターチ、ならびにタンパク質成分としてＰｌａｓｍａｌｙｔｅ Ａおよび／またはデキストロース溶液、ならびにタンパク質成分としてヒト血清アルブミンを含むことができる。
【0073】
［７１］
本明細書に記載の方法を実施するためにがんワクチンとして患者に投与するためのプロバイオティックワクチンの量、そして、そのような投与の最も都合のよい経路は、ワクチン自体の処方と同様に、さまざまな要因に基づく。これらの要因には、患者の物理的な特徴（例えば、年齢、体重、性別）、腫瘍の物理的な特徴（例えば、位置、大きさ、成長速度、接近性）、および他の治療方法（例えば、化学療法、放射線療法）が全体的な処置計画に関連してどの程度実施されているか、などが含まれる。がんまたは感染症を予防または治療的に処置するために本発明の方法を実施する際に考慮すべき要因は多岐にわたるが、哺乳動物、好ましくはヒトは、１回の投与で、約０．０５ｍＬ～約２ｍＬの溶液（例えば生理食塩水）に含まれる約５×１０６～約２×１０８個のプロバイオティックワクチン細胞が投与され得る。他の実施形態では、哺乳動物、好ましくはヒトは、約１×１０３～約１×１０１５、１×１０４～約１×１０１４、１×１０５～約１×１０１３、１×１０５～約１×１０１２、１×１０５～約１ｘ１０１１、１ｘ１０５～約１ｘ１０１０、１ｘ１０５～約１ｘ１０９、１ｘ１０５～約１ｘ１０８、１ｘ１０６～約１ｘ１０１２、１ｘ１０６～約１ｘ１０１１、１ｘ１０６～約１ｘ１０１０、１ｘ１０６～約１ｘ１０９、１ｘ１０６～約１ｘ１０８、プロバイオティクスワクチン細胞が、１回の投与で、約０．０５ｍＬ～約２ｍＬの溶液（例えば、生理食塩水）が投与され得る。
本明細書に記載の方法を実施するためにがんワクチンとして患者に投与するためのプロバイオティックワクチンの量、そして、そのような投与の最も都合のよい経路は、ワクチン自体の処方と同様に、さまざまな要因に基づく。これらの要因には、患者の物理的な特徴（例えば、年齢、体重、性別）、腫瘍の物理的な特徴（例えば、位置、大きさ、成長速度、接近性）、および他の治療方法（例えば、化学療法、放射線療法）が全体的な処置計画に関連してどの程度実施されているか、などが含まれる。がんまたは感染症を予防または治療的に処置するために本発明の方法を実施する際に考慮すべき要因は多岐にわたるが、哺乳動物、好ましくはヒトは、１回の投与で、約０．０５ｍＬ～約２ｍＬの溶液（例えば生理食塩水）に含まれる約５×１０６～約２×１０８個のプロバイオティックワクチン細胞が投与され得る。他の実施形態では、哺乳動物、好ましくはヒトは、約１×１０３～約１×１０１５、１×１０４～約１×１０１４、１×１０５～約１×１０１３、１×１０５～約１×１０１２、１×１０５～約１ｘ１０１１、１ｘ１０５～約１ｘ１０１０、１ｘ１０５～約１ｘ１０９、１ｘ１０５～約１ｘ１０８、１ｘ１０６～約１ｘ１０１２、１ｘ１０６～約１ｘ１０１１、１ｘ１０６～約１ｘ１０１０、１ｘ１０６～約１ｘ１０９、１ｘ１０６～約１ｘ１０８、プロバイオティクスワクチン細胞が、１回の投与で、約０．０５ｍＬ～約２ｍＬの溶液（例えば、生理食塩水）が投与され得る。
【0074】
［７２］
追加の投与は、上記の要因および腫瘍病理の重症度などの他の要因に応じて行うことができる。さらなる実施形態では、約１～約５回の投与について、約１ｘ１０４／ｍｌ、約１ｘ１０５／ｍｌ、約１ｘ１０６／ｍｌ、約１ｘ１０７／ｍｌ、約１ｘ１０８／ｍｌ、約１ｘ１０９／ｍｌ、約１ｘ１０１０／ｍｌ、約１ｘ１０１１／ｍｌ、約１ｘ１０１２／ｍｌ、約１ｘ１０１３／ｍｌ、約１ｘ１０１４／ｍｌ、約１ｘ１０１５／ｍｌのプロバイオティクスワクチン細胞の約１～約５回の投与が２週間間隔で実施される。一実施形態では、約１ｘ１０８／ｍｌのプロバイオティクスワクチン細胞の約１回～約５回が２週間間隔で実施される。
併用の処置
追加の投与は、上記の要因および腫瘍病理の重症度などの他の要因に応じて行うことができる。さらなる実施形態では、約１～約５回の投与について、約１ｘ１０４／ｍｌ、約１ｘ１０５／ｍｌ、約１ｘ１０６／ｍｌ、約１ｘ１０７／ｍｌ、約１ｘ１０８／ｍｌ、約１ｘ１０９／ｍｌ、約１ｘ１０１０／ｍｌ、約１ｘ１０１１／ｍｌ、約１ｘ１０１２／ｍｌ、約１ｘ１０１３／ｍｌ、約１ｘ１０１４／ｍｌ、約１ｘ１０１５／ｍｌのプロバイオティクスワクチン細胞の約１～約５回の投与が２週間間隔で実施される。一実施形態では、約１ｘ１０８／ｍｌのプロバイオティクスワクチン細胞の約１回～約５回が２週間間隔で実施される。
併用の処置
【0075】
［７３］
本明細書で提供されるプロバイオティックワクチン接種は、他の処置と組み合わせることができる。例えば、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、直接および／またはプロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、または後に、化学療法、免疫腫瘍療法、放射線療法、および／または外科療法を受けることもできる。化学療法は、がんの成長を縮小し、遅らせるために使用される。化学療法は、がんに対する最初の外科手術後に、多数のがんに対して推奨されるが、時には、手術前にがんを縮小するために化学療法が施されることもある。化学療法の処置のサイクル数は、病気の段階によって異なる。化学療法は、ワクチン療法によって生じた抗腫瘍免疫応答を中和する場合がある。さらに、化学療法は、組み合わせが合理的に設計されている限り、免疫療法と安全に組み合わせることができ、おそらくは相加的または相乗的な効果がある。がんを有する患者の処置に使用できる化学療法剤の例には、カルボプラチン、シスプラチン、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、エトポシド、ゲムシタビン、オキサリプラチン、パクリタキセル、タキソール（ＴＡＸＯＬ）（登録商標）、トポテカン、およびビノレルビンなどが含まれるが、これらに限定されない。実施形態によって、プロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、婦人科のがんまたは腹膜がんに対してすでに化学療法、放射線療法、および／または外科的な処置を受けている。免疫療法（免疫腫瘍学療法）とは、選択された標的、例えばＴＮＦ、そして、そのような標的などに対する抗体の産生を誘導することによって免疫応答を生成し、促進し、そして／あるいは調節することを指す。本発明に係るプロバイオティックワクチン（または本発明に係る組換えファージ）と併用して使用する免疫療法には、キイトルーダ（登録商標）（ペンブロリズマブ）、オプジーボ（登録商標）（ニボルマブ）などによる処置が含まれる。
本明細書で提供されるプロバイオティックワクチン接種は、他の処置と組み合わせることができる。例えば、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、直接および／またはプロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、または後に、化学療法、免疫腫瘍療法、放射線療法、および／または外科療法を受けることもできる。化学療法は、がんの成長を縮小し、遅らせるために使用される。化学療法は、がんに対する最初の外科手術後に、多数のがんに対して推奨されるが、時には、手術前にがんを縮小するために化学療法が施されることもある。化学療法の処置のサイクル数は、病気の段階によって異なる。化学療法は、ワクチン療法によって生じた抗腫瘍免疫応答を中和する場合がある。さらに、化学療法は、組み合わせが合理的に設計されている限り、免疫療法と安全に組み合わせることができ、おそらくは相加的または相乗的な効果がある。がんを有する患者の処置に使用できる化学療法剤の例には、カルボプラチン、シスプラチン、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、エトポシド、ゲムシタビン、オキサリプラチン、パクリタキセル、タキソール（ＴＡＸＯＬ）（登録商標）、トポテカン、およびビノレルビンなどが含まれるが、これらに限定されない。実施形態によって、プロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、婦人科のがんまたは腹膜がんに対してすでに化学療法、放射線療法、および／または外科的な処置を受けている。免疫療法（免疫腫瘍学療法）とは、選択された標的、例えばＴＮＦ、そして、そのような標的などに対する抗体の産生を誘導することによって免疫応答を生成し、促進し、そして／あるいは調節することを指す。本発明に係るプロバイオティックワクチン（または本発明に係る組換えファージ）と併用して使用する免疫療法には、キイトルーダ（登録商標）（ペンブロリズマブ）、オプジーボ（登録商標）（ニボルマブ）などによる処置が含まれる。
【0076】
［７４］
化学療法的な処置に加えて、または、それとは別に、本発明に係るプロバイオティックワクチンを受ける患者は、特定のがんに有益な他の処置で処置することができる。例えば、卵巣がん、卵管がん、または腹膜がんの患者は、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、または後に、ＣＯＸ－２阻害剤、例えばＹｕおよびＡｋａｓａｋｉのＷＯ２００５／０３７９９５に記載のようなもので処置することができる。別の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、プロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、またはワクチン接種後に、ベバシズマブ（アバスチン（登録商標））による処置を受けることができる。
化学療法的な処置に加えて、または、それとは別に、本発明に係るプロバイオティックワクチンを受ける患者は、特定のがんに有益な他の処置で処置することができる。例えば、卵巣がん、卵管がん、または腹膜がんの患者は、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、または後に、ＣＯＸ－２阻害剤、例えばＹｕおよびＡｋａｓａｋｉのＷＯ２００５／０３７９９５に記載のようなもので処置することができる。別の実施形態において、本発明に係るプロバイオティックワクチン接種を受ける患者は、プロバイオティックワクチン接種の前に、同時に、またはワクチン接種後に、ベバシズマブ（アバスチン（登録商標））による処置を受けることができる。
【0077】
［７５］
本明細書では、本発明に係るプロバイオティックワクチンまたは組換えファージと、前記プロバイオティックワクチンまたは前記組換えファージの投与のための指示書と、を含むキット、も提供される。
本明細書では、本発明に係るプロバイオティックワクチンまたは組換えファージと、前記プロバイオティックワクチンまたは前記組換えファージの投与のための指示書と、を含むキット、も提供される。
【実施例】
【0078】
［７６］
以下の実施例は、特許請求の範囲の開示をよりよく説明するために提供されるものであり、本開示の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。特定の材料が言及されている範囲において、それは単に説明を目的としたものであり、本開示の範囲を限定することを意図したものではない。当業者であれば、発明の能力を発揮することなく、また本開示の範囲から逸脱することなく、同等の手段または反応物を開発することができる。
材料および方法
実施例１－ＨＥＲ２エピトープ含有プロバイオティックワクチン：
以下の実施例は、特許請求の範囲の開示をよりよく説明するために提供されるものであり、本開示の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。特定の材料が言及されている範囲において、それは単に説明を目的としたものであり、本開示の範囲を限定することを意図したものではない。当業者であれば、発明の能力を発揮することなく、また本開示の範囲から逸脱することなく、同等の手段または反応物を開発することができる。
材料および方法
実施例１－ＨＥＲ２エピトープ含有プロバイオティックワクチン：
【0079】
［７７］
ここでは、Ｎｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌細胞に感染しているＭ１３ＫＥファージ上に機能的に発現されたＨＥＲ２エピトープを含むバクテリオファージ経口ワクチンが提供される。具体的には、ＨＥＲ２エピトープは、ＭＫＥ、ｆｌおよび／またはＭ１３バクテリオファージのコートタンパク質遺伝子に組み込まれ、ＨＥＲ２に対する免疫学的耐性を克服するワクチン接種が行われる。担体は、アジュバントとして作用し、エピトープの安定性とＢ細胞提示を改善する。
ここでは、Ｎｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌細胞に感染しているＭ１３ＫＥファージ上に機能的に発現されたＨＥＲ２エピトープを含むバクテリオファージ経口ワクチンが提供される。具体的には、ＨＥＲ２エピトープは、ＭＫＥ、ｆｌおよび／またはＭ１３バクテリオファージのコートタンパク質遺伝子に組み込まれ、ＨＥＲ２に対する免疫学的耐性を克服するワクチン接種が行われる。担体は、アジュバントとして作用し、エピトープの安定性とＢ細胞提示を改善する。
【0080】
［７８］
断片のＮ末端およびＣ末端の２つの別個の領域に対する抗体が、増殖阻害作用を示したことが明らかとなった。Ｃ末端抗体のエピトープマッピングにより、２つの異なるエピトープ（ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ）を含む２４アミノ酸領域が、効率的な増殖阻害を媒介することが明らかになった。これらの結果は、ＨＥＲ２のドメインＩＩＩのこの領域を標的とする抗体が、周知のモノクローナル抗体であるトラスツズマブおよびペルツズマブとは異なり、生細胞上のＨＥＲ２に結合し、増殖阻害を示すことを示している。
断片のＮ末端およびＣ末端の２つの別個の領域に対する抗体が、増殖阻害作用を示したことが明らかとなった。Ｃ末端抗体のエピトープマッピングにより、２つの異なるエピトープ（ＬＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱＶＦ）を含む２４アミノ酸領域が、効率的な増殖阻害を媒介することが明らかになった。これらの結果は、ＨＥＲ２のドメインＩＩＩのこの領域を標的とする抗体が、周知のモノクローナル抗体であるトラスツズマブおよびペルツズマブとは異なり、生細胞上のＨＥＲ２に結合し、増殖阻害を示すことを示している。
【0081】
［７９］
本明細書で提供される発明の特定の実施形態において、ＨＥＲ２の細胞外ドメインからのＰ４３７８－３９４ Ｂ細胞エピトープ（ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ）が、繊維状ファージの遺伝子ＩＩＩ（すなわち、ｐＩＩＩ）に挿入されることで提示された。以前より、前臨床研究において、Ｐ４３７８－３９４エピトープを単一エピトープまたは多エピトープ製剤として免疫すると、強い抗腫瘍活性を有するＨＥＲ２特異的ＩｇＧ抗体が誘導されることが明らかとなっている。さらに、Ｐ４３７８－３９４エピトープを含む多エピトープワクチンを用いた臨床第Ｉ相試験は、ワクチンが、安全で耐容性が高く、ＨＥＲ２に対する免疫学的耐性を克服する効果があることを示した。
本明細書で提供される発明の特定の実施形態において、ＨＥＲ２の細胞外ドメインからのＰ４３７８－３９４ Ｂ細胞エピトープ（ＰＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬＱ）が、繊維状ファージの遺伝子ＩＩＩ（すなわち、ｐＩＩＩ）に挿入されることで提示された。以前より、前臨床研究において、Ｐ４３７８－３９４エピトープを単一エピトープまたは多エピトープ製剤として免疫すると、強い抗腫瘍活性を有するＨＥＲ２特異的ＩｇＧ抗体が誘導されることが明らかとなっている。さらに、Ｐ４３７８－３９４エピトープを含む多エピトープワクチンを用いた臨床第Ｉ相試験は、ワクチンが、安全で耐容性が高く、ＨＥＲ２に対する免疫学的耐性を克服する効果があることを示した。
【0082】
［８０］
－ＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬ－のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、下記の実施例３に記載するとおり、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列との間に挿入された。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
－ＥＳＦＤＧＤＰＡＳＮＴＡＰＬＱＰＥＱＬ－のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、下記の実施例３に記載するとおり、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列との間に挿入された。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
【0083】
［８１］
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させた。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用された。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされた。
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させた。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用された。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされた。
【0084】
［８２］
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離された。
Ｍ１３ＫＥ－ＨＥＲ２ファージの構築
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離された。
Ｍ１３ＫＥ－ＨＥＲ２ファージの構築
【0085】
［８３］
ＨＥＲ２エピトープをコードするＤＮＡが合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされた。ＨＥＲ２－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８のコンピテントセルに形質転換された。回復（ｒｅｓｕｓｃｉｔａｔｉｏｎ）後、それらは、対数増殖期の大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養された。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＨＥＲ２を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレートには青いスポットが多数見られたが、コントロール群では青いスポットは観察されなかった。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証された。その結果、すべてのクローンが、ＧＡＡＴＣＡＴＴＴＧＡＣＧＧＡＧＡＴＣＣＣＧＣＴＡＧＴＡＡＣＡＣＣＧＣＧＣＣＧＣＴＧＣＡＧＣＣＧＧＡＧＣＡＧＴＴＧのｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有していることが示された。
ファージの調製
ＨＥＲ２エピトープをコードするＤＮＡが合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされた。ＨＥＲ２－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８のコンピテントセルに形質転換された。回復（ｒｅｓｕｓｃｉｔａｔｉｏｎ）後、それらは、対数増殖期の大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養された。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＨＥＲ２を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレートには青いスポットが多数見られたが、コントロール群では青いスポットは観察されなかった。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証された。その結果、すべてのクローンが、ＧＡＡＴＣＡＴＴＴＧＡＣＧＧＡＧＡＴＣＣＣＧＣＴＡＧＴＡＡＣＡＣＣＧＣＧＣＣＧＣＴＧＣＡＧＣＣＧＧＡＧＣＡＧＴＴＧのｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有していることが示された。
ファージの調製
【0086】
［８４］
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＨＥＲ２エピトープ配列が挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染された。一晩培養した後、培養上清が採取され、最終濃度１０％となるようグリセロールが加えられ、－２０℃で保存された。
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＨＥＲ２エピトープ配列が挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染された。一晩培養した後、培養上清が採取され、最終濃度１０％となるようグリセロールが加えられ、－２０℃で保存された。
【0087】
［８５］
上記のＭ１３Ｋ３－ＨＥＲ２ファージは、雄と確認され、プロバイオティックとして使用されているＮｉｓｓｌｅ１９１７大腸菌に感染するために使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＨＥＲ２エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、その後、患者が彼又は彼女のがん（例えば、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がん）に対する抗ＨＥＲ２抗体を生成するためのプロバイオティック経口ワクチンとして使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（例えば、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗体を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＨＥＲ２プロバイオティックの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＨＥＲ２に対する反応性を有する患者のＩｇＧを生成することができる。
実施例２－ＣＤ３８エピトープ含有プロバイオティックワクチンの構築：
上記のＭ１３Ｋ３－ＨＥＲ２ファージは、雄と確認され、プロバイオティックとして使用されているＮｉｓｓｌｅ１９１７大腸菌に感染するために使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＨＥＲ２エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、その後、患者が彼又は彼女のがん（例えば、乳がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、および／または胃がん）に対する抗ＨＥＲ２抗体を生成するためのプロバイオティック経口ワクチンとして使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（例えば、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗体を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＨＥＲ２プロバイオティックの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＨＥＲ２に対する反応性を有する患者のＩｇＧを生成することができる。
実施例２－ＣＤ３８エピトープ含有プロバイオティックワクチンの構築：
【0088】
［８６］
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７）のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列の間に挿入される。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７）のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ－ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列の間に挿入される。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
【0089】
［８７］
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させる。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用される。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされる。
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させる。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用される。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされる。
【0090】
［８８］
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離される。
Ｍ１３ＫＥ－ＣＤ３８ファージの構築
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離される。
Ｍ１３ＫＥ－ＣＤ３８ファージの構築
【0091】
［８９］
ＣＤ３８エピトープをコードするＤＮＡ（ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７））が合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされる。ＨＥＲ２－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８コンピテントセルに形質転換される。回復後、それらは、対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養される。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＣＤ３８を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレート上に青いスポットが多数現れるが、コントロール群では青いスポットは観察されない。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証される。その結果、すべてのクローンが、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７）をコードするｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有することが示される。
ファージの調製
ＣＤ３８エピトープをコードするＤＮＡ（ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７））が合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされる。ＨＥＲ２－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８コンピテントセルに形質転換される。回復後、それらは、対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養される。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＣＤ３８を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレート上に青いスポットが多数現れるが、コントロール群では青いスポットは観察されない。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証される。その結果、すべてのクローンが、ＱＰＥＫＶＱＴＬＥＡＷＶＩＨＧＧ（配列番号３）、
ＩＳＫＲＮＩＱＦＳＣＫＮＩＹＲ（配列番号４）、ＴＦＧＳＶＥＶＨＮＬ（配列番号５）、ＱＴＬＥＡ（配列番号６）、および／またはＩＱＦＳＣ（配列番号７）をコードするｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有することが示される。
ファージの調製
【0092】
［９０］
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＣＤ３８外来ペプチドエピトープが挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染される。一晩培養した後、培養上清が採取され、グ最終濃度１０％となるようグリセロールが加えられ、－２０℃で保存される。
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＣＤ３８外来ペプチドエピトープが挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染される。一晩培養した後、培養上清が採取され、グ最終濃度１０％となるようグリセロールが加えられ、－２０℃で保存される。
【0093】
［９１］
上記のＭ１３Ｋ３－ＣＤ３８ファージは、プロバイオティックとして用いられるＮｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌に感染させるために使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＣＤ３８エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、その後、患者が彼又は彼女のがん（例えば、多発性骨髄腫）に対する抗ＣＤ３８抗体を生成するためのプロバイオティック経口ワクチンとして使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（例えば、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗ＣＤ３８抗体の両方を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＣＤ３８プロバイオティックの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＣＤ３８に対する反応性を有するＩｇＧを患者に生成することができる。
実施例３－ＰＤ－１／ＡＦＰ１０エピトープ含有プロバイオティックワクチンの構築：
上記のＭ１３Ｋ３－ＣＤ３８ファージは、プロバイオティックとして用いられるＮｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌に感染させるために使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＣＤ３８エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、その後、患者が彼又は彼女のがん（例えば、多発性骨髄腫）に対する抗ＣＤ３８抗体を生成するためのプロバイオティック経口ワクチンとして使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（例えば、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗ＣＤ３８抗体の両方を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＣＤ３８プロバイオティックの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＣＤ３８に対する反応性を有するＩｇＧを患者に生成することができる。
実施例３－ＰＤ－１／ＡＦＰ１０エピトープ含有プロバイオティックワクチンの構築：
【0094】
［９２］
－ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ－（配列番号８、本明細書では「ＡＦＰ１０」と称される。）のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０ ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシリンシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列との間に挿入され、この配列情報を図１に示す。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
－ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ－（配列番号８、本明細書では「ＡＦＰ１０」と称される。）のアミノ酸配列をコードするｍＲＮＡ配列は、Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０ ＲＦ Ｉ ＤＮＡを構築するために、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのｐＩＩＩシリンシグナルペプチドとｐＩＩＩタンパク質コード配列との間に挿入され、この配列情報を図１に示す。
Ｍ１３ＫＥベクターの調製
【0095】
［９３］
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させた。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用された。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされた。
大腸菌 ＥＲ２７３８を対数増殖期にＭ１３ＫＥファージに感染させた。培養後、細菌は、遠心分離により集められ、Ａｘｙｇｅｎ ＭｉｄｉＰｒｅｐプラスミド抽出キットによるプラスミドの抽出のために使用された。Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡは、さらに精製され、その後、ＱＣ用のアガロースゲルにロードされた。
【0096】
［９４］
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離された。
Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０ファージの構築
Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡ は、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、その後、アガロースゲル電気泳動で分離された。
Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０ファージの構築
【0097】
［９５］
ＡＦＰ１０エピトープをコードするＤＮＡが合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされた。ＡＦＰ１０－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８のコンピテントセルに形質転換された。回復（ｒｅｓｕｓｃｉｔａｔｉｏｎ）後、それらは、対数増殖期の大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養された。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレートには青いスポットが多数見られたが、コントロール群では青いスポットは観察されなかった。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証された。その結果、すべてのクローンが、正しいｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有していることが示された。
ファージの調製
ＡＦＰ１０エピトープをコードするＤＮＡが合成され、Ｋｐｎ １／Ｅａｇ Ｉで消化され、Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡとライゲーションされた。ＡＦＰ１０－Ｍ１３ＫＥ ＲＦ Ｉ ＤＮＡのコンストラクトは、大腸菌ＥＲ２７３８のコンピテントセルに形質転換された。回復（ｒｅｓｕｓｃｉｔａｔｉｏｎ）後、それらは、対数増殖期の大腸菌ＥＲ２７３８に感染され、ＩＰＴＧ／Ｘ－ｇａｌを含むＴＯＰアガーＬＢプレート上で３２℃で一晩培養された。その結果、Ｍ１３ＫＥ－ＡＦＰ１０を大腸菌ＥＲ２７３８に形質転換したプレートには青いスポットが多数見られたが、コントロール群では青いスポットは観察されなかった。いくつかの青いスポットが選択され、配列決定により検証された。その結果、すべてのクローンが、正しいｍＲＮＡ配列に対応する正しいコンストラクトを有していることが示された。
ファージの調製
【0098】
［９６］
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＡＦＰ１０エピトープ配列が挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染された。一晩培養した後、培養上清が採取され、グリセロールが最終濃度を１０％にするよう加えられ、その後－２０°Ｃで保存された。
対数増殖期にある大腸菌ＥＲ２７３８は、正しいＡＦＰ１０エピトープ配列が挿入されたＭ１３ＫＥファージに感染された。一晩培養した後、培養上清が採取され、グリセロールが最終濃度を１０％にするよう加えられ、その後－２０°Ｃで保存された。
【0099】
［９７］
上記のＭ１３Ｋ３－ＡＦＰ１０ファージは、Ｎｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌に感染させるために使用され、そして、プロバイオティックとして使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＡＦＰ１０エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、
患者のプロバイオティクス経口ワクチンとして、彼又は彼女のがん、例えば胃がん、メラノーマ、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋肉浸潤性膀胱がん[ＮＭＩＢＣ］）、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）に対するＰＤ－１抗体を生成させるために使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（すなわち、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗ＰＤ－１抗体を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＡＦＰ１０プロバイオティクスの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＰＤ－１に対する反応性を有する患者においてＩｇＧを生成することができる。
上記のＭ１３Ｋ３－ＡＦＰ１０ファージは、Ｎｉｓｓｌｅ １９１７大腸菌に感染させるために使用され、そして、プロバイオティックとして使用される。このＮｉｓｓｌｅ菌に感染し、ＡＦＰ１０エピトープを発現するバクテリオファージを有する細菌は、
患者のプロバイオティクス経口ワクチンとして、彼又は彼女のがん、例えば胃がん、メラノーマ、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、尿路上皮がん、非筋肉浸潤性膀胱がん[ＮＭＩＢＣ］）、結腸がんもしくは直腸がん、食道がんもしくは特定の胃食道接合部（ＧＥＪ）がん、子宮頸がん、腎細胞がん（ＲＣＣ）、進行子宮内膜がん、皮膚扁平上皮がん（ｃＳＣＣ）、および／またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）に対するＰＤ－１抗体を生成させるために使用される。上記のエピトープを含むプロバイオティックファージ（すなわち、ファージ＋大腸菌）が生産される。本明細書では、患者のＩｇＡおよびＩｇＧ抗ＰＤ－１抗体を生成するために、Ｍ１１３ＫＥ－ＡＦＰ１０プロバイオティクスの経口投与が想定されているが、ファージ単独（プロバイオティック細菌とは別）の注射は、患者のヒトがん細胞上のＰＤ－１に対する反応性を有する患者においてＩｇＧを生成することができる。
【0100】
［９８］
開示された実施形態に関する上記の説明は、当業者が本発明を作成または使用することを可能にするために提供される。これらの実施形態に対する様々な修正は当業者にとって容易に明らかであり、本明細書に記載された一般的な原則は、本発明の精神または範囲から逸脱することなく、他の実施形態に適用することができる。したがって、本明細書に提示された説明および図面は、現時点において好ましいとされる発明の実施形態を表しており、したがって、本発明によって広く意図される主題を表していると理解される。さらに、当業者にとって自明となる可能性のある他の実施形態も、本発明の範囲に完全に含まれ、その結果、本発明の範囲は限定されないことが理解される。
開示された実施形態に関する上記の説明は、当業者が本発明を作成または使用することを可能にするために提供される。これらの実施形態に対する様々な修正は当業者にとって容易に明らかであり、本明細書に記載された一般的な原則は、本発明の精神または範囲から逸脱することなく、他の実施形態に適用することができる。したがって、本明細書に提示された説明および図面は、現時点において好ましいとされる発明の実施形態を表しており、したがって、本発明によって広く意図される主題を表していると理解される。さらに、当業者にとって自明となる可能性のある他の実施形態も、本発明の範囲に完全に含まれ、その結果、本発明の範囲は限定されないことが理解される。
【図1】
【配列表】
【国際調査報告】