特表 2019-515918 細菌療法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】特表2019-515918(P2019-515918A)

(43)【公表日】2019年6月13日

(54)【発明の名称】細菌療法

(51)【国際特許分類】

   A61K 35/74 20150101AFI20190524BHJP

   A61K 9/08 20060101ALI20190524BHJP

   A61K 35/741 20150101ALI20190524BHJP

   A61K 9/19 20060101ALI20190524BHJP

   A61K 9/48 20060101ALI20190524BHJP

   A61K 9/20 20060101ALI20190524BHJP

   A61K 47/02 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 1/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 3/06 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 3/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 3/04 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 9/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 25/16 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 25/28 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 7/00 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 19/02 20060101ALI20190524BHJP

   A61P 11/06 20060101ALI20190524BHJP

   A61K 35/742 20150101ALI20190524BHJP

   C12N 1/20 20060101ALN20190524BHJP

【ＦＩ】

   A61K35/74 AZNA

   A61K9/08

   A61K35/741

   A61K9/19

   A61K9/48

   A61K9/20

   A61K47/02

   A61P1/00

   A61P1/04

   A61P43/00 121

   A61P25/00

   A61P37/02

   A61P37/08

   A61P35/00

   A61P3/06

   A61P1/16

   A61P3/00

   A61P3/04

   A61P3/10

   A61P9/00

   A61P25/16

   A61P25/28

   A61P7/00

   A61P19/02

   A61P11/06

   A61K35/742

   C12N1/20 E

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

【全頁数】87

(21)【出願番号】特願2018-555633(P2018-555633)

(86)(22)【出願日】2017年4月19日

(85)【翻訳文提出日】2018年12月17日

(86)【国際出願番号】GB2017051083

(87)【国際公開番号】WO2017182796

(87)【国際公開日】20171026

(31)【優先権主張番号】1606801.7

(32)【優先日】2016年4月19日

(33)【優先権主張国】GB

(81)【指定国】 AP(BW,GH,GM,KE,LR,LS,MW,MZ,NA,RW,SD,SL,ST,SZ,TZ,UG,ZM,ZW),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,RU,TJ,TM),EP(AL,AT,BE,BG,CH,CY,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,RS,SE,SI,SK,SM,TR),OA(BF,BJ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GQ,GW,KM,ML,MR,NE,SN,TD,TG),AE,AG,AL,AM,AO,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BH,BN,BR,BW,BY,BZ,CA,CH,CL,CN,CO,CR,CU,CZ,DE,DJ,DK,DM,DO,DZ,EC,EE,EG,ES,FI,GB,GD,GE,GH,GM,GT,HN,HR,HU,ID,IL,IN,IR,IS,JP,KE,KG,KH,KN,KP,KR,KW,KZ,LA,LC,LK,LR,LS,LU,LY,MA,MD,ME,MG,MK,MN,MW,MX,MY,MZ,NA,NG,NI,NO,NZ,OM,PA,PE,PG,PH,PL,PT,QA,RO,RS,RU,RW,SA,SC,SD,SE,SG,SK,SL,SM,ST,SV,SY,TH,TJ,TM,TN,TR,TT,TZ

(71)【出願人】

【識別番号】518369590

【氏名又は名称】ゲノム・リサーチ・リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100108453

【弁理士】

【氏名又は名称】村山 靖彦

(74)【代理人】

【識別番号】100110364

【弁理士】

【氏名又は名称】実広 信哉

(74)【代理人】

【識別番号】100133400

【弁理士】

【氏名又は名称】阿部 達彦

(72)【発明者】

【氏名】アン・ネヴィル

(72)【発明者】

【氏名】ヒラリー・ブラウン

(72)【発明者】

【氏名】サム・フォースター

(72)【発明者】

【氏名】トレヴァー・ローリー

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA23X

4B065AC20

4B065BA22

4B065BC34

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4B065BD35

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4C076AA30

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4C087MA35

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4C087NA14

4C087ZA02

4C087ZA16

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4C087ZA96

4C087ZB07

4C087ZB13

4C087ZB26

4C087ZC21

4C087ZC33

4C087ZC35

4C087ZC75

(57)【要約】

本発明は、少なくとも1種の分離された細菌及び薬学的に許容される賦形剤を含む治療用組成物、並びにそのような治療用組成物を調製する方法に関する。治療用組成物は、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置に適用を見出す。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

少なくとも1種の分離された細菌及び薬学的に許容される賦形剤を含む治療用組成物であって、前記細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1〜51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、治療用組成物。

【請求項2】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号1に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1に記載の治療用組成物。

【請求項3】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号2に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1又は2に記載の治療用組成物。

【請求項4】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号3に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項5】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号4に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項6】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号5に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項7】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号6に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項8】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号7に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項9】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号8に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項10】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号9に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項11】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号10に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項12】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号11に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項13】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号12に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項14】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号13に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項15】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号14に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜14のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項16】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号15に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜15のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項17】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号16に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項18】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号17に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜17のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項19】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号18に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項20】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号19に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項21】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号20に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜20のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項22】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜21のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項23】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号22に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜22のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項24】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号23に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項25】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号24に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜24のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項26】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号25に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜25のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項27】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号26に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜26のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項28】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号27に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜27のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項29】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号28に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜28のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項30】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号29に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項31】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号30に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜30のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項32】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号31に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜31のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項33】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号32に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜32のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項34】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号33に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜33のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項35】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号34に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜34のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項36】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号35に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜35のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項37】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号36に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜36のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項38】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号37に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜37のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項39】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号38に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜38のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項40】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号39に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜39のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項41】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号40に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜40のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項42】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号41に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜41のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項43】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号42に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜42のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項44】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号43に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜43のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項45】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号44に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜44のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項46】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号45に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜45のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項47】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号46に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜46のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項48】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号47に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜47のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項49】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号48に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜48のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項50】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号49に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜49のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項51】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号50に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜50のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項52】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号51に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜51のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項53】

配列同一性が少なくとも91%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項54】

配列同一性が少なくとも92%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項55】

配列同一性が少なくとも93%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項56】

配列同一性が少なくとも94%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項57】

配列同一性が少なくとも95%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項58】

配列同一性が少なくとも96%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項59】

配列同一性が少なくとも97%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項60】

配列同一性が少なくとも98%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項61】

配列同一性が少なくとも98.7%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項62】

配列同一性が少なくとも99%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項63】

配列同一性が100%である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項64】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号29に示された配列と少なくとも91%の配列同一性、配列番号6、11、19、若しくは24のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号13、22、26、若しくは35のいずれか1つに示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号5、14、15、17、18、23、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号20、33、41、43、45、46、47、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、7、8、10、12、30、32、39、42、44、若しくは48のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号3、16、25、31、34、36、37、若しくは40のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4若しくは9のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号27、28、38、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項65】

16S rRNAをコードする遺伝子が、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号6若しくは11に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号35に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号5、19、22、23、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号13、15、29、33、41、43、45、若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号7、12、32、39、42、若しくは44のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号3、8、10、16、34、36、37、40、48、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4、9、17、若しくは31のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2、20、38、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14、18、24、25、26、27、28、30、若しくは47のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜52のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項66】

分離された細菌が、Leibniz-Institut DSMZに、アクセッション番号DSM32191、DSM32147、DSM32149、DSM32175、DSM32153、DSM32152、DSM32158、DSM32192、DSM32148、DSM32166、DSM32151、DSM32150、DSM32193、DSM32162、DSM32194、DSM32163、DSM32205、DSM32195、DSM32164、DSM32177、DSM32167、DSM32165、DSM32169、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32180、DSM32184、DSM32181、DSM32183、DSM32262、DSM32211、DSM32219、DSM32222、DSM32261、DSM32212、DSM32220、DSM32213、DSM32226、DSM32215、DSM32216、DSM32217、DSM32221、DSM32218、DSM32224、DSM32214、DSM32263、DSM32223、DSM32225、又はDSM32265で寄託された細菌である、請求項1〜65のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項67】

組成物が、少なくとも2種の異なる分離された細菌を含み、細菌は、請求項1〜66のいずれか一項で規定されたものである、請求項1〜66のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項68】

個体の胃腸管のディスバイオシスを処置する方法における使用のための、請求項1〜67のいずれか一項に記載の治療用組成物。

【請求項69】

個体の胃腸管のディスバイオシスを処置する方法であって、請求項1〜67のいずれか一項に記載の治療用組成物の治療有効量を、それを必要とする個体に投与する工程を含む、方法。

【請求項70】

ディスバイオシスが、腸内細菌感染に関連するディスバイオシスである、請求項68に記載の治療用組成物又は請求項69に記載の方法。

【請求項71】

腸内細菌感染が病原性細菌による感染である、請求項70に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項72】

病原性細菌が、1種又は複数の抗生物質を用いる処置に耐性である、請求項71に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項73】

腸内細菌感染が、クロストリジウム属、エシェリキア属、エンテロコッカス属、クレブシエラ属、エンテロバクター属、プロテウス属、サルモネラ属、赤痢菌属、ブドウ球菌属、ビブリオ属、アエロモナス属、カンピロバクター属、バチルス属、ヘリコバクター属、リステリア属、プレシオモナス属、又はエルシニア属の病原性細菌による感染である、請求項70〜72のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項74】

腸内細菌感染が、病原性細菌による感染であり、病原性細菌が、クロストリジウム・ディフィシル又は大腸菌である、請求項70〜73のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項75】

腸内細菌感染が、病原性クロストリジウム・ディフィシルによる感染である、請求項74に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項76】

腸内細菌感染が、反復性又は慢性の感染である、請求項70〜75のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項77】

ディスバイオシスが、炎症性腸疾患(IBD)又は回腸嚢炎に関連するディスバイオシスである、請求項68又は69に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項78】

IBDが、潰瘍性大腸炎(UC)又はクローン病である、請求項77に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項79】

ディスバイオシスが、過敏性腸症候群(IBS)に関連するディスバイオシスである、請求項68又は69に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項80】

ディスバイオシスが、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、又は癌に関連するディスバイオシスである、請求項68又は69に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項81】

代謝性疾患が、メタボリックシンドローム、肥満、2型真性糖尿病、心臓血管疾患、及び非アルコール性脂肪肝からなる群から選択される、請求項80に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項82】

神経精神病学的障害が、パーキンソン病、アルツハイマー病、多発性硬化症、ミオクローヌスジストニア、自閉症、及び慢性疲労症候群からなる群から選択される、請求項80に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項83】

自己免疫疾患が、突発性血小板減少性紫斑病、関節炎、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、及び橋本甲状腺炎からなる群から選択される、請求項80に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項84】

アレルギー障害が、アトピー及び喘息からなる群から選択される、請求項80に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項85】

癌が、結直腸癌、腸管外腫瘍、乳腺の腫瘍、肝細胞癌腫、リンパ腫、メラノーマ、及び肺癌からなる群から選択される、請求項80に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項86】

ディスバイオシスが、肝性脳症に関連するディスバイオシスである、請求項68又は69に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項87】

分離された細菌が胞子形成細菌である、請求項1〜86のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項88】

分離された細菌が、1種又は複数の抗生物質を用いる処置に感受性である、請求項1〜87のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項89】

抗生物質が、ベータラクタム、フシジン酸、エルファマイシン、アミノグリコシド、ホスホマイシン、及び/又はツニカマイシンである、請求項88に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項90】

組成物中の細菌の少なくとも1種が、病原性腸内細菌に対して拮抗性であるか、病原性腸内細菌の生育を阻害若しくは予防するか、又は腸内細菌により産生される毒素を中和するか若しくはそれに対して防御する、請求項1〜89のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項91】

病原性細菌が、クロストリジウム属、エシェリキア属、エンテロコッカス属、クレブシエラ属、エンテロバクター属、プロテウス属、サルモネラ属、赤痢菌属、ブドウ球菌属、ビブリオ属、アエロモナス属、カンピロバクター属、バチルス属、ヘリコバクター属、リステリア属、プレシオモナス属、又はエルシニア属の病原性細菌である、請求項90に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項92】

病原性細菌が、クロストリジウム・ディフィシル又は大腸菌である、請求項91に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項93】

組成物中の細菌の少なくとも1種が、免疫調節活性を有する、請求項1〜92のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項94】

組成物がプレバイオティクスを更に含む、請求項1〜93のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項95】

組成物が担体を更に含む、請求項1〜94のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項96】

組成物が、不溶性繊維、緩衝剤、浸透圧調節剤、消泡剤、及び/又は防腐剤を更に含む、請求項1〜95のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項97】

組成物がケモスタット培地中で提供される、請求項1〜96のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項98】

組成物が生理食塩水、任意選択で0.9%生理食塩水中で提供される、請求項1〜97のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項99】

組成物が還元性雰囲気下で提供される、請求項1〜98のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項100】

組成物がN₂、CO₂、H₂、又はそれらの混合物の下にある、請求項99に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項101】

組成物が経口投与又は直腸投与用である、請求項1〜100のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項102】

組成物が経口投与用であり、凍結乾燥されている、請求項1〜101のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項103】

組成物が安定化剤及び/又は凍結保護剤を更に含む、請求項102に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項104】

組成物がカプセル、錠剤、又は浣腸剤の形態である、請求項1〜103のいずれか一項に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項105】

カプセル又は錠剤が、腸溶コーティング、pH依存性、徐放性、及び/又は胃耐性である、請求項104に記載の治療用組成物又は方法。

【請求項106】

(i)請求項1〜67のいずれか一項に規定の分離された細菌を培養する工程;及び
(ii)(i)で得られた細菌を、薬学的に許容される賦形剤と混合する工程
を含む、請求項1〜67のいずれか一項に記載の治療用組成物を調製する方法。

【請求項107】

(i)請求項1〜67のいずれか一項に規定の第1の分離された細菌を培養する工程;
(ii)請求項1〜67のいずれか一項に規定の第2の分離された細菌を培養する工程;並びに
(iii)(i)及び(ii)で得られた細菌を薬学的に許容される賦形剤と混合する工程、
を含み、工程(i)及び(ii)で培養された細菌は、異なる16S rRNA配列を有し、工程(i)及び(ii)が独立に行われる、
請求項106に記載の方法。

【請求項108】

請求項106又は107に記載の方法により得ることができる治療用組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、本明細書で定義された少なくとも1種の分離された細菌及び薬学的に許容される賦形剤を含む治療用組成物、並びにそのような治療用組成物を調製する方法に関する。治療用組成物は、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置において適用を見出す。ディスバイオシスは、腸内細菌感染、炎症性腸疾患、回腸嚢炎、過敏性腸症候群、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、癌、又は肝性脳症に関連するディスバイオシスであることもある。

【背景技術】

【0002】

典型的なヒトの腸の微生物叢は、100〜1000種の細菌種を含有する。個体間には広範な組成の多様性があり、その結果、各個体の微生物叢は、指紋のように固有である(Qin、Liら、2010年;Nielsen、Almeidaら、2014年)。成人の微生物叢内の細菌種の大部分は、4つの高レベルの分類学の分類又は門、ファーミクテス門、バクテロイデス門、放線菌門及びプロテオバクテリア門に由来する。これらの群は、変化する環境の影響、例えば、分娩初期の状態、食事等、障害、例えば、病原体感染、及び多くの場合に、抗生物質の使用法等を反映して、誕生から成人、老齢に至るまで存在量が変化する(Dominguez-Bello、Costelloら、2010年、Koenig、Sporら、2011年、Ottman、Smidtら、2012年)。成人では、腸の微生物叢は、ファーミクテス門及びバクテロイデス門により支配され、これらはどちらも完全な嫌気性菌である。

【0003】

腸の微生物叢は、ヒトの胃腸管に近づき難い食物を消化すること、例えば、炭水化物を短鎖脂肪酸に代謝すること(Sekirov、Russellら、2010年)、免疫系と相互作用してホメオスタシスを維持すること(Hooper、Littmanら、2012年)、消化管の成熟を促進すること(Hooper、Wongら、2001年)及び免疫系の発達等において、非常に重要な役割を果たす。腸の微生物叢は、「コロニー形成耐性」と称する病原体侵襲に抵抗することでも重要な役割を果たす。このことは、多様な及び多数の存在する共生種により、並びに重要なニッシェの占拠及び栄養素の利用により機能する(Lawley及びWalker、2013年;Britton及びYoung、2014年)。微生物のホメオスタシスが、例えば、抗生物質の使用により撹乱されると、ディスバイオシスへの偏移が起こり得る。

【0004】

ディスバイオシスは、病原体がそれら自身を確立して、問題の個体に疾患を引き起こす機会を提供する。このことは、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile) 等の単一の関わりのある病原体に関して最もよく研究されているが(Lawleyら、2012年;Britton及びYoung、2014年;Buffieら、2015年)、ディスバイオシスは、他の更に多くの複雑な多因子性の疾患、例えば、炎症性腸疾患(IBD)、回腸嚢炎(Angerimanら、2014年)、過敏性腸症候群(IBS)、肝性脳症(Bajaj、2014年;Bajajら、2012年)、代謝性疾患(メタボリックシンドローム、栄養不良、及び肥満を含む)、パーキンソン病及びアルツハイマー病等の神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、並びに癌(Jostins、Ripkeら、2012年、Collins、2014年、Hold、Smithら、2014年、PerezMartinez、Bauerlら、2014年、Scheperjans、Ahoら、2015年;Blantonら、2016年、Xuら、2015年)等とも関連づけられている。

【0005】

糞便の微生物叢移植(FMT)は、C.ディフィシル(C. difficile)が関連するディスバイオシスを解決することに成功したことが証明され(Petrofら、2013年、van Noodら、2013年)、特定の細菌の投与が、この目的に効果的であることも証明された(Lawleyら、2012年、Buffieら、2015年)。FMTは、他の腸疾患の処置、並びに、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、及び腫瘍を含む消化管微生物叢に関連する腸管外障害の管理でも有望な結果を示した(Xuら、2015年)。

【0006】

近年、腸の微生物叢が、健康及び疾患で果たす役割、並びにそれが、ホストの利益のためにどのように操作され得るかの理解に大きい進歩が見られた。これまでの本発明者らの理解の大部分は、培養によらない研究により、即ち、微生物叢の組成の成分を研究することにより、並びにそれらが、疾患中にどのように変化するかを分子的及びゲノム技法を使用して研究することにより導き出された。この方法は、疾患を解決できる将来性のある治療候補の同定を可能にする。しかしながら、そのような候補の治療用細菌の分離、精製及び取得は困難であることが証明された。

【0007】

それ故、ディスバイオシスを処置するために使用することができる特定の細菌、及び細菌の組合せを同定及び分離する技術に必要性がある。既知の限定された、細菌又は細菌混合物に基づく治療用組成物は、それらが、ヒトの健康を助長して害さないことが知られており、かつ不注意で病原性物質をFMTによってレシピエント（受容者）に移入する可能性を排除することが知られている、限定され、十分キャラクタライズ（特性解析）された細菌のみを含むという理由で、患者の安全性を改善するので有利である。それに加えて、そのような治療用組成物は、インビトロで大規模様式に標準化された、再現性のある手順を使用して調製され、それによりバッチの一貫性を提供することができるため、健常ヒトのドナー（供与者）からの定期的な提供に頼らない。既知の、限定された、細菌又は細菌混合物を含む治療用組成物は、例えば、カプセルで、錠剤として、又は浣腸剤として、治療用に送達することもでき、これは、FMTの場合に使用される糞便材料の懸濁液よりも患者及び保健医療専門職にとって許容される。そのような治療用組成物に含まれる細菌は、細菌組成物を、問題のディスバイオシスの状態を最適に解決するように特定して変化させ、その結果、効力を改善することにより、特定のディスバイオシスの状態及びそれに関連する疾患を処置するように、更に要求に合わせることができる。

【0008】

しかしながら、ディスバイオシスの処置のためのそのような候補の治療用細菌を分離するためには、問題の候補の生物学の徹底的な理解、及び選択すべき候補の大きい初期パネルが必要である。このことは、腸の微生物叢中の細菌の大部分が培養不能と考えられていて、実験室で未だかつて分離されたことがないので、問題を提起する(Eckburg、Bikら、2005年、Hattori及びTaylor、2009年、Stewart、2012年)。したがって、微生物叢の機能の属性の基本的理解を得ること、及び培養困難な、嫌気性共生の分離株を用いる多種の細菌に基づく治療を開発することは、侮りがたい難題を提示する。最近の努力は、この問題の解決に進歩を遂げているが(Goodman、Kallstromら、2011年、Lagier、Hugonら、2015年)、ディスバイオシスを処置することができる細菌を同定して分離する技術の必要は依然として存在する。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0009】

【非特許文献1】Altschulら、(1990年) J. Mol. Biol.215巻: 405〜410頁

【非特許文献2】Pearson及びLipman(1988年) PNAS USA 85巻: 2444〜2448頁

【非特許文献3】Smith及びWaterman(1981年) J. Mol Biol. 147巻: 195〜197頁

【非特許文献4】Nucl. Acids Res. (1997年) 25巻、3389〜3402頁

【非特許文献5】Robinson編、Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems、Marcel Dekker社、New York、1978年

【非特許文献6】Chakrabory A.ら、2012年、A Database of Bacterial Exotoxins for Humans(DBETH)

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0010】

本発明は、治療用組成物、特に、個体におけるディスバイオシスの処置に使用するための治療用組成物に関する。ディスバイオシスは、細菌及び他の微生物によって通常コロニーを形成されるヒトの又は動物の身体の任意の部分で起こり得る。本発明は、ヒトにおける胃腸管のディスバイオシスに特に関する。

【課題を解決するための手段】

【0011】

本発明者らは、驚くべきことに、ヒトの腸の微生物叢の大部分は培養不能であるという当技術分野において支配的な見解に反して、ヒトの腸の微生物叢中に存在する細菌の大部分は、培養され得るということを見出した。この主要なブレークスルーは、今や、ヒトの微生物叢中に存在する細菌の大部分が、分離されてキャラクタライズされること、及びディスバイオシスの処置におけるそれらの活性について評価されることを可能にする。これは、個々の細菌分離株についてだけでなく、腸の微生物叢から分離された細菌の組合せについても可能である。それに加えて、これらの細菌の分離は、細菌を、例えば、それらを治療用組成物に含める前に病毒性因子及び抗生物質耐性の不在についてスクリーニングして、それにより安全性を改善することを可能にする。それに加えて、治療用組成物中に含まれる細菌は、問題のディスバイオシスを解決するための細菌組成物を最適化して、それにより効力を改善することにより、特定のディスバイオシスの状態及び/又はそれに関連する疾患の状態を処置するために合わせることができる。このいずれも、通常健常ヒトのドナーの糞便の試料から得られた細菌の明確にされていない混合物が使用されるFMTでは、可能でない。ディスバイオシスの処置のために分離された細菌の使用は、細菌療法の処置が標準化されること、患者の結果がより予測可能になること、及びFMTの使用に関連する細菌組成物における変動性を除くことにより、特定の疾患に関して、細菌療法の治療の将来性の評価を容易にすることを可能にするというさらなる利点を有する。

【0012】

驚くべきことに、ヒトの腸の微生物叢中に存在する細菌の大部分を培養することができることにより、本発明者らは、腸内細菌のライブラリーを調製することができて、それを次に、全ゲノムの配列決定にかけて、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置に有用であると期待される細菌を同定するために、インシリコ分析及びインビトロ実験の両方を使用して、スクリーニングした。この手法を使用して、本発明者らは、以前に記載されたことがなく、単独で分離されたことがなく又はディスバイオシスの処置で使用されたことがない数通りの科、属、及び種の細菌を含む、この目的のために有用であると期待される51種の細菌を同定した。既に上で説明したように、ヒトの微生物叢の大部分は、当技術分野では、培養不能と考えられていたので、これらの細菌の1種の16SリボソームRNA配列の単なる開示は、それ自体でその天然の環境からそのような細菌の分離を可能にすることはない。16SリボソームRNA配列の情報は、個々の細菌の分離を必要とせずに、糞便試料を含む細菌集団から得ることができるので、そのような16SリボソームRNA配列の開示も、そのような配列を有する細菌が、以前に分離されていたことを示唆しない。しかしながら、細菌を、それらの天然の環境から、純粋な形態で分離できることは、それらを、本発明による治療用組成物に含めるための前提条件である。

【0013】

したがって、第1の態様で、本発明は、少なくとも1種の分離された細菌及び薬学的に許容される賦形剤を含む治療用組成物を提供する。細菌は、好ましくは、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0014】

治療用組成物は、薬学的に許容される賦形剤に加えて2種以上の分離された細菌を含むことができる。2種以上の細菌が、治療用組成物に含まれる場合、細菌は、好ましくは異なっており、各細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。したがって、例えば、治療用組成物は、2種の異なる分離された細菌を含むことができて、第1の細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含み、第2の細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0015】

上記のように、本発明の治療用組成物は、ディスバイオシスの処置、特に腸管のディスバイオシスの処置に適用を見出す。したがって、第2の態様で、本発明は、ディスバイオシス、好ましくは個体における胃腸管のディスバイオシスを処置する方法で使用するために、本発明による治療用組成物を提供する。個体におけるディスバイオシスを処置する方法も提供され、方法は、治療有効量の本発明による治療用組成物を、それを必要とする個体に投与する工程、及び個体におけるディスバイオシスの処置のための医薬を製造するための本発明による治療用組成物の使用を含む。個体におけるディスバイオシスの処置のための医薬を製造するための、本明細書に記載された少なくとも1種の分離された細菌、及び任意選択で薬学的に許容される賦形剤の使用も提供され、細菌は、好ましくは、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0016】

本発明による治療用組成物を調製又は製造する方法も、本発明の一部を形成する。したがって、第3の態様で、本発明は、本発明による治療用組成物を調製又は製造する方法を提供し、方法は、好ましくは:
(i)本明細書に記載された分離された細菌を培養する工程;及び
(ii)(i)で得られた細菌を薬学的に許容される賦形剤と混合する工程
を含む。

【0017】

上記のように、本発明の治療用組成物は、本明細書に記載された少なくとも2種の異なる分離された細菌を含むことができる。治療用組成物が2種以上の異なる分離された細菌を含む場合、治療用組成物を調製又は製造する方法は、好ましくは:
(i)本明細書に記載された第1の分離された細菌を培養する工程;
(ii)本明細書に記載された第2の分離された細菌を培養する工程;及び
(iii)(i)及び(ii)で得られた細菌を、薬学的に許容される賦形剤と混合する工程を含む。工程(i)及び(ii)で培養された細菌は、好ましくは、異なる16S rRNA配列を有する。工程(i)及び(ii)は、好ましくは独立に実施される。上の方法は、追加の工程又は本明細書で開示された第3の若しくはさらなる分離された細菌を培養する工程を含むことにより、3種以上の異なる分離された細菌、好ましくは16S rRNA配列の異なる細菌を培養することを可能にするさらなる工程を含むように適合させることができる。この場合に、上記方法で培養された全ての細菌は、薬学的に許容される賦形剤と混合される。

【0018】

本明細書で開示された治療用組成物を調製又は製造する方法により得ることができる治療用組成物も、本発明の一部を形成する。

【図面の簡単な説明】

【0019】

【図1】腸の微生物叢を培養し、保管（アーカイブ）してキャラクタライズするために使用される作業の流れの模式図を示す。方法は、培養、再画線培養、保管及び表現型の数工程を組み込む。(A)新鮮な糞便試料を未処理のままにするか又は処理して所望の表現型を有する細菌を選抜した(胞子形成等)。糞便を均質化してから段階的に希釈した後、ホモジェネートのアリコットをYCFA寒天に接種して、糞便試料中に存在する細菌を培養した。(B)単一のコロニーを選択して、次にそれを画線培養して純粋にすることにより、細菌分離株を同定した後、全長16S rRNA遺伝子の増幅及び配列決定を実施した。(C)各固有の、新規な及び所望の細菌の分離株を、培養コレクションに凍結保管して、全ゲノム配列を、各々について発生させた。(D)次に、表現型のキャラクタリゼーション及びメタゲノミクス研究の機能の検証を、インビトロ及びインビボの方法を使用して実施した。

【図2】標的とされる表現型の培養は、健常ヒトの糞便の微生物叢からの細菌発見を容易にする。図2は、糞便試料中の細菌のメタゲノム配列決定により決定された相対存在量(x軸)を、YCFA寒天プレート上で生育する細菌の相対存在量(y軸)と比較して示す。結果は、YCFA寒天上で生育した細菌は、スピアマンのロー=0.75により示される、完全糞便試料中に存在する細菌を表すことを示す。

【図3】完全糞便試料(中空円)、YCFA寒天プレートからエタノール予備処理せずに回収された糞便の細菌コロニー(中実黒色正方形)又はエタノール耐性胞子形成細菌を選択するためにエタノール予備処理して回収された糞便の細菌コロニー(中実黒色円)中の細菌を代表する6個のドナー糞便試料から検出された、16S rRNA遺伝子配列の主成分分析(PCoA)のプロットを示す図である。これらの結果は、エタノール選択なしの培養は、完全糞便試料を代表するのに対して、エタノール処理は、プロファイルを偏移させて、エタノール耐性胞子形成細菌を富化し、その後のそれらの分離を可能にすることを示す。

【図4A】嫌気性培養による細菌多様性及び新規性の保管を示す図である。図4Aは、本発明者らにより使用された培養条件が、メタゲノム配列決定により決定された25種の最も豊富な糞便の細菌属のうち21種からの代表的なものの分離を可能にしたことを示す。黒色のドットは、各属から培養されて保管された種の数を示す。ラクノスピラセアエ・インケルタエ・セディス(Lachnospiraceae incertae sedis)、未分類のラクノスピラセアエ、クロストリジウムIV(Clostridium IV)及びクロストリジウムXI(Clostridium XI)は、厳密な属ではなくて、現在のところ未分類の種を表す。

【図4B】嫌気性培養による細菌多様性及び新規性の保管を示す図である。図4Bは、メタゲノム配列決定により決定された24種の最も豊富な細菌種(種レベルにおける全細菌の90%の存在量を含む)を示す。オドリバクター・スプラクニクス(Odoribacter splanchnicus)を除いて、全てが培養されて保管された。

【図4C】嫌気性培養による細菌多様性及び新規性の保管を示す図である。図4Cは、低い存在量で存在する腸の微生物叢のメンバーも培養したことを示す。存在する属の各々から少なくとも1つの代表的種を培養した。属を、減少する存在量の順に掲載する。

【図5】健常ヒトの糞便の微生物叢から培養されて保管された細菌の系統を示す図である。図5は、6名のドナーから培養された細菌の全長16S rRNAの遺伝子配列から構築された系統樹を示す。新規候補の種(中実黒色円)、属(グレイの中実円)及び科(中実の星印)を、ドットの色により示す。主要な門及び科の名称を示す。プロテオバクテリア門は、培養しなかったが、関係のために含めた。

【図6】糞便の微生物叢移植(FMT)が、繰り返しC.ディフィシルに感染する患者の腸の微生物叢を健常状態に回復させることを示す図である。図6は、FMT後2〜3ヵ月におけるドナー、レシピエント及び対照の主成分分析の結果を示す。糞便試料のクラスタリングは、同様な微生物のコミュニティー構造を示す。抗生物質の使用及びC.ディフィシルへの曝露は、メトロニダゾールで処理された対照試料で見られるように、健常状態からの偏移に結びつきやすい。バンコマイシンというグラム陽性微生物を標的とする抗生物質を用いるC.ディフィシル感染(CDI)の処置は、おそらく腸の微生物叢のさらなる撹乱に結びつくであろう。FMTは、ドナー及び健常対照試料と共にFMT後の試料のクラスタリングの大部分で、病んだ微生物叢から健常微生物叢への偏移をもたらした。

【図7】FMTを使用してC.ディフィシルを処置する研究から、ドナー、レシピエント及び対照の糞便試料から分離された細菌の分類学的まとめを示す図である。これらの細菌分離株は、腸の微生物叢の多様性の一般的な例を表す。

【図8】健常個体における細菌療法候補の平均相対存在量を示す図である。細菌療法候補は、1883名の健常個体(3218試料)の胃腸の微生物叢内で0.001%を超える平均存在量で出現する。

【図9】細菌療法候補は、ディスバイオシスの及び疾患の状態で激減していることを示す図である。疾患の及びディスバイオシスの状態における各細菌療法候補の相対存在量における平均倍率の変化を、健常微生物叢におけるその相対存在量と比較してプロットする。大腸菌(Escherichia coli)というディスバイオシスのマーカーも、比較のために含めてある。細菌の相対存在量は、問題の細菌により表される全微生物叢の比率を示す。

【図10】細菌療法候補の周りを透明にするゾーンを、オーバーレイアッセイで測定した方法を示す図である。図10は、細菌療法候補をX-形状で画線して生育させたYCFA寒天プレートの部分を示す。細菌療法候補の生育に従って、プレートを、C.ディフィシル又は大腸菌(E. coli)を含むオーバーレイ寒天で覆った。細菌療法候補によるC.ディフィシル又は大腸菌の生育の阻害を、プレート上で生育した細菌療法候補株の周りを透明にするゾーンの幅を決定することにより測定した。図10中の黒色対角線は、典型的細菌療法候補について透明になったゾーンの幅として測定されて記録された距離を示す。プレート当たり4通りのそのような測定を行った。

【図11】細菌療法候補の抗病原体活性を決定するためのC.ディフィシル及び大腸菌の生育のオーバーレイアッセイの結果を示す図である。透明化ゾーンは、図10で記載されたように定規を用いて測定した。ミリメートル(mm)まで測定した。図11は、代表的実験から平均測定±標準偏差を示す。

【図12】細菌療法候補の抗病原体活性を決定するためのC.ディフィシル及び大腸菌の生育阻害アッセイの結果を示す図である。図12Aは、細菌療法候補培養の細胞を含まない上清(CFS)中の、18.17時間の点における減少した相対的C.ディフィシル生育を示し、一方、図12Bは、候補の細菌療法分離株からのCFS中における減少した相対的大腸菌生育を示す。対照のYCFA培地におけるいずれの病原体の相対生育も高かった(18.17時間の点におけるC.ディフィシル=8.96±0.39相対生育単位;大腸菌11.61±2.55相対生育単位)。細菌療法候補培養から誘導されたCFS中におけるいずれかの病原体の相対生育の平均に標準偏差の2倍を足した値が、18.17時間の点におけるYCFA中におけるその平均生育より標準偏差の2倍を超えて下であった場合には、病原体の生育は阻害されると考えられた。特定のCFSについて、唯一の相対生育値が得られた場合(C.ディフィシルに対して、図12A: HMI15、HMI26、HMI27、HMI28)、そのC.ディフィシルの相対生育が、YCFAブロス中におけるC.ディフィシルの平均生育より標準偏差の2倍下でであった場合には、細菌療法候補は阻害されたと考えられた。阻害するCFSからの結果だけを示す。

【図13】生育オーバーレイ及び生育阻害アッセイで得られた結果のまとめを示す図である。大腸菌(AIEC)のオーバーレイアッセイ、C.ディフィシルのオーバーレイアッセイ並びにC.ディフィシル及び大腸菌の生育アッセイで阻害活性を有することが示された細菌分離株を示す。2つ以上のアッセイで阻害活性を示す細菌分離株を、重なり領域で示す。細菌分離株は、それらの分離株番号で呼ばれる。リストに挙げた細菌分離株の詳細については、Table 1(表1)を参照されたい。

【図14】ドナー及びレシピエントの両方のFMT後3ヵ月における各属の相対存在量を示す樹状図及びバープロットを図14に示した。樹状図のクラスター試料は、試料内に存在する微生物のコミュニティーの系統分類の関係に基づいた。ドナー及びレシピエントのプロファイルの構成は、FMT後に属レベルで査定された場合も、同様であった。

【発明を実施するための形態】

【0020】

本明細書で開示された細菌は、ヒトの糞便試料から得られ、したがって少なくとも一部の健常ヒトの個体の胃腸管に自然に存在する。しかしながら、これらの細菌は、本発明者らにより初めてインビトロで培養されて、それによりそれらの環境から純粋な形態で分離されて、それらを、定義された治療用組成物中の活性成分として含めることが可能になった。本発明の治療用組成物中に存在する細菌は、このように分離される。言い換えれば、治療用組成物中に存在する細菌は、分離された及び/又は精製された形態で、例えば、それが通常存在する環境、例えば胃腸管及び/又は糞便試料から、分離されて及び/又は精製されて提供される。治療用組成物中に存在する分離された細菌は、実質的に純粋な、又は均一な形態にあることができる。例えば、細菌は、それが通常存在する環境(例えば、胃腸管及び/又は糞便試料)で共に見出された材料を含まない又は実質的に含まないことが可能である。

【0021】

本発明の治療用組成物中に存在する細菌は、好ましくは、ヒトの腸内細菌、即ち、ヒトの腸中で見出される細菌である。16S rRNAの遺伝子配列が配列番号1から51に示された細菌は、全て腸内細菌である。

【0022】

細菌は、好ましくは非病原性細菌である。言い換えれば、細菌は、好ましくは、健常ヒトの個体で、前記個体に、特に前記個体の胃腸管に投与されたときに疾患を引き起こさない。治療用組成物は、本明細書の別の箇所でより詳細に記載される、錠剤又は浣腸剤の形態を含む種々の手段で個体に投与することができる。

【0023】

本発明の治療用組成物中に存在する細菌は、好ましくは、1種又は複数の抗生物質を用いる処置に感受性である。言い換えれば、細菌は、好ましくは、少なくとも1種の抗生物質を用いる処置に耐性でない。このことは、個体に投与された治療用組成物に含まれる1種又は複数の細菌が、期待に反して個体に疾患を生じさせる事象で、個体の抗生物質処置を可能にする。以下の抗生物質:ベータラクタム、フシジン酸、エルファマイシン、アミノグリコシド、ホスホマイシン、及びツニカマイシンに耐性を与える既知の遺伝子を担持しないことが見出される51種の細菌の全てが、本明細書で開示される。したがって、好ましい実施形態で、細菌は:ベータラクタム、フシジン酸、エルファマイシン、アミノグリコシド、ホスホマイシン、及びツニカマイシンからからなる群から選択される1種又は複数の抗生物質を用いる処置に感受性である。細菌を抗生物質耐性についてスクリーニングするインビトロ及びインシリコにおける方法は当技術分野で知られている。典型的なインシリコにおける方法は、実施例1でも記載される。

【0024】

本発明の治療用組成物に含まれる細菌は、好ましくは、1種若しくは複数の病毒性因子をコードする1種若しくは複数の遺伝子を含まない、及び/又は好ましくは、1種若しくは複数の病毒性因子を産生しない。この関係における病毒性因子は、細菌の個体で疾患を惹起する潜在能力を強化する性質である。病毒性因子は、細菌による細菌毒素、例えば内毒素及び外毒素の産生、並びに細菌の病原性の原因となり得る加水分解酵素の産生を含む。病毒性因子をコードする遺伝子について、細菌をスクリーニングする方法は当技術分野で知られており、実施例1に記載されたインシリコにおける方法を含む。51種の本明細書で開示された細菌は、インシリコにおける分析を使用して、任意の既知の病毒性因子を担持していないことが見出された。病毒性因子の産生について細菌をスクリーニングする方法は、同様に当技術分野で知られている。

【0025】

細菌は、細菌中の16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子の配列に基づいて、分類学的に分類することができる。この遺伝子配列は、リボソームDNA配列(rDNA)とも称される。第2の細菌によりコードされる16S rRNAと90%以上の配列同一性を有する16S rRNAをコードする遺伝子を含む細菌は、前記第2の細菌と同じ科に属する。第2の細菌によりコードされる16S rRNAと95%以上の配列同一性を有する16S rRNAをコードする遺伝子を含む細菌は、前記第2の細菌と同じ属に属する。第2の細菌によりコードされる16S rRNAと97%以上、又は98.7%以上の配列同一性を有する16S rRNAをコードする遺伝子を含む細菌は、前記第2の細菌と同じ種に属する。本発明の治療用組成物に含まれる細菌は、本明細書で開示された細菌と同じ科、属、及び/又は種に属する細菌であることができる。

【0026】

本明細書で開示された細菌と同じ科、属、及び/又は種に属する細菌は、開示された細菌の1種又は複数の性質を保持すると期待される。したがって、好ましい実施形態において、本発明の治療用組成物中に存在する細菌は、本明細書で開示された細菌と同じ科、属、及び/又は種に属して、本明細書で開示された細菌の少なくとも1つの性質を保持する。本明細書で開示された細菌の種々の性質が記載されて、例えば、1種又は複数の病毒性因子の産生の欠如、1種又は複数の抗生物質を用いる処置に対する感受性、及び病原性の欠如を含む。

【0027】

本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0028】

例えば、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。好ましい実施形態において、治療用組成物は、分離された細菌を含み、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0029】

それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む。好ましい実施形態において、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含み、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2から20、又は22から51のいずれか1つ、より好ましくは、配列番号5、6、11、13、14、15、17、18、19、20、22、23、24、26、29、33、35、41、43、45、46、47、49、又は50のいずれか1つ、更により好ましくは、配列番号5、6、11、13、15、19、22、23、29、33、35、41、43、45、46、又は50のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む。

【0030】

それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%、又は少なくとも98.7%の配列同一性を有する配列を含む。好ましい実施形態において、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含み、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2から20、又は22から51のいずれか1つ、より好ましくは、配列番号2から3、5から8、10から20、22から26、29から37、又は39から50のいずれか1つ、更により好ましくは、配列番号3、5から8、10から13、15、16、19、22、23、29、32から37、39から46、又は48から50のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性を有する配列を含む。代替的な好ましい実施形態において、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2から20、又は22から51のいずれか1つ、より好ましくは、配列番号2から4、5から20、22から26、29から37から51のいずれか1つ、更により好ましくは、配列番号2から8、10から13、15、16、17、19、20、22、23、29、31、32から37から46、又は48から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも98.7%の配列同一性を有する配列を含む。

【0031】

上記のように、好ましい実施形態において、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1又は配列番号21に示された配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号29に示された配列と少なくとも91%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号6、11、19又は24のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号13、22、26又は35のいずれか1つに示された配列と少なくとも93%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号5、14、15、17、18、23、又は50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号20、33、41、43、45、46、47、又は49のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2、7、8、10、12、30、32、39、42、44、又は48のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号3、16、25、31、34、36、37、又は40のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号4又は9のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号27、28、38、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0032】

より好ましくは、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号1又は配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号6又は11のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号35に示された配列と少なくとも93%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号5、19、22、23、又は50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号13、15、29、33、41、43、45、又は46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号7、12、32、39、42、又は44のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号3、8、10、16、34、36、37、40、48、又は49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号4、9、17又は31のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号2、20、38、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、配列番号14、18、24、25、26、27、28、30、又は47のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0033】

配列同一性は、アルゴリズムギャップに関して共通的に定義される(Wisconsin GCGパッケージ、Accelerys社、San Diego、米国)。ギャップは、Needleman及びWunschアルゴリズムを使用して、2つの完全配列をアラインメントし、それが、一致の数を最大化して、ギャップの数を最少化する。一般的に、デフォルトパラメーターを使用して、ギャップ開始ペナルティ=12及びギャップ伸張ペナルティ=4である。ヌクレオチド配列のアラインメントのために適当な他のアルゴリズムを、ギャップの代わりに使用してもよく、例えば、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(Altschulら、(1990年) J. Mol. Biol.215巻: 405〜410頁の方法を使用する)、FASTA(Pearson及びLipman(1988年) PNAS USA 85巻: 2444〜2448頁の方法を使用する)、Smith-Watermanアルゴリズム(Smith及びWaterman(1981年) J. Mol Biol. 147巻: 195〜197頁)、AltschulらのTBLASTNプログラム(1990年)前出、又はpsi-Blastアルゴリズム(Nucl. Acids Res. (1997年) 25巻、3389〜3402頁)を使用してもよく、一般的にデフォルトパラメーターを使用する。特に、BLASTを使用することができて、好ましくは、デフォルトパラメーターを使用する。

【0034】

配列アラインメントアルゴリズム、例えばBLAST等は、問い合わせ配列と対象配列との間の類似性スコアを計算する。対象配列に対する問い合わせ配列の配列同一性は、対象配列と重なるために必要とされる問い合わせ配列のパーセンテージに依存し得る。これは、クエリーカバレッジ(query coverage)とも言われる。好ましい実施形態において、本発明の治療用組成物中に存在する分離された細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、(特定された配列同一性に加えて)少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%、好ましくは少なくとも98%のクエリーカバレッジを有する配列を含む。クエリーカバレッジは、特定された配列同一性を有する配列、例えば、配列番号1と重なる前記配列のパーセンテージを指す。例えば、治療用組成物中に存在する細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含むことができて、前記遺伝子は、配列番号1から51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性及び少なくとも98%のクエリーカバレッジを有する配列を含む。

【0035】

更により好ましくは、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH(DSMZ)社、Inhoffenstr. 7B、38124 Braunschweigにおける特許手順の目的のための微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約に基づいて、Genome Research社により下のTable 1(表1)にリストを挙げたアクセッション番号で寄託された細菌である。特に、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、DSMZにおけるブダペスト条約に基づいて、以下のアクセッション番号の1つで寄託された細菌である(寄託された各細菌についてのDSMZによる寄託の日付は、アクセッション番号の後の括弧内に示される):DSM32191(2015年10月27日)、DSM32147(2015年9月23日)、DSM32149(2015年9月23日)、DSM32175(2015年10月6日)、DSM32153(2015年10月27日)、DSM32152(2015年9月23日)、DSM32158(2015年9月23日)、DSM32192(2015年10月27日)、DSM32148(2015年9月23日)、DSM32166(2015年10月6日)、DSM32151(2015年9月23日)、DSM32150(2015年9月23日)、DSM32193(2015年10月27日)、DSM32162(2015年10月6日)、DSM32194(2015年10月27日)、DSM32163(2015年10月6日)、DSM32205(2016年3月1日)、DSM32195(2015年10月27日)、DSM32164(2015年10月6日)、DSM32177(2015年10月13日)、DSM32167(2015年10月6日)、DSM32165(2015年10月6日)、DSM32169(2015年10月6日)、DSM32168(2015年10月6日)、DSM32178(2015年10月13日)、DSM32182(2015年10月13日)、DSM32179(2015年10月13日)、DSM32180(2015年10月13日)、DSM32184(2015年10月13日)、DSM32181(2015年10月13日)、DSM32183(2015年10月13日)、DSM32262(2016年2月2日)、DSM32211(2015年12月2日)、DSM32219(2015年12月8日)、DSM32222(2015年12月8日)、DSM32261(2016年2月2日)、DSM32212(2015年12月2日)、DSM32220(2015年12月8日)、DSM32213(2015年12月2日)、DSM32226(2015年12月8日)、DSM32215(2015年12月2日)、DSM32216(2015年12月2日)、DSM32217(2016年2月2日)、DSM32221(2015年12月8日)、DSM32218(2015年12月2日)、DSM32224(2015年12月8日)、DSM32214(2015年12月2日)、DSM32263(2016年2月2日)、DSM32223(2015年12月8日)、DSM32225(2015年12月8日)、及びDSM32265(2016年2月10日)。寄託された細菌の推定上の属及び種の名称、並びにそれらの知られた特性を、下のTable 1(表1)に掲げる。

【0036】

更により好ましくは、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含み、細菌は、DSMZにおけるブダペスト条約に基づいて、以下のアクセッション番号の1つで寄託された細菌である: DSM32191及びDSM32177。それに加えて又は或いは、治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、細菌は、DSMZにおけるブダペスト条約に基づいて以下のアクセッション番号:DSM32153、DSM32152、DSM32151、DSM32193、DSM32162、DSM32194、DSM32205、DSM32195、DSM32164、DSM32177、DSM32165、DSM32169、DSM32168、DSM32182、DSM32184、DSM32211、DSM32222、DSM32215、DSM32217、DSM32218、DSM32224、DSM32214、DSM32223、及びDSM32225の1つで寄託された細菌であり;より好ましくは、以下のアクセッション番号: DSM32153、DSM32152、DSM32151、DSM32193、DSM32194、DSM32164、DSM32165、DSM32169、DSM32184、DSM32211、DSM32222、DSM32215、DSM32217、DSM32218、DSM32224、及びDSM32225の1つで寄託された細菌である。

【0037】

或いは、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、前記細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、寄託された上記の細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0038】

本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の、少なくとも2種の、少なくとも3種の、少なくとも4種の、少なくとも5種の、少なくとも6種の、少なくとも7種の、少なくとも8種の、少なくとも9種の、少なくとも10種の、少なくとも11種の、少なくとも12種の、少なくとも13種の、少なくとも14種の、少なくとも15種の、少なくとも16種の、少なくとも17種の、少なくとも18種の、少なくとも19種の、少なくとも19種の、少なくとも20種の、少なくとも21種の、少なくとも22種の、少なくとも23種の、少なくとも24種の、少なくとも25種の、少なくとも26種の、少なくとも27種の、少なくとも28種の、少なくとも29種の、少なくとも30種の、少なくとも31種の、少なくとも32種の、少なくとも33種の、少なくとも34種の、少なくとも35種の、少なくとも36種の、少なくとも37種の、少なくとも38種の、少なくとも39種の、少なくとも40種の、少なくとも41種の、少なくとも42種の、少なくとも43種の、少なくとも44種の、少なくとも45種の、少なくとも46種の、少なくとも47種の、少なくとも48種の、少なくとも49種の、少なくとも50種の、又は少なくとも51種の本明細書で開示された細菌を含むことができる。

【0039】

本発明の治療用組成物は、1種、2種まで、3種まで、4種まで、5種まで、6種まで、7種まで、8種まで、9種まで、10種まで、11種まで、12種まで、13種まで、14種まで、15種まで、16種まで、17種まで、18種まで、19種まで、19種まで、20種まで、21種まで、22種まで、23種まで、24種まで、25種まで、26種まで、27種まで、28種まで、29種まで、30種まで、31種まで、32種まで、33種まで、34種まで、35種まで、36種まで、37種まで、38種まで、39種まで、40種まで、41種まで、42種まで、43種まで、44種まで、45種まで、46種まで、47種まで、48種まで、49種まで、50種まで、又は51種までの本明細書で開示された細菌を含むことができる。好ましくは、本発明の治療用組成物は、20種まで、好ましくは10種までの、本明細書で開示された細菌を含む。

【0040】

治療用組成物が、2種以上の分離された細菌を含む場合、分離された細菌は、好ましくは異なっている。「異なる（distinct）」は、異なる16S rRNA配列をコードする分離された細菌を指すこともある。

【0041】

本発明の治療用組成物は、胞子を形成する少なくとも1種の分離された細菌を含むことができる。そのような細菌は、胞子形成細菌とも称される。胞子は、環境の障害に順応性のある代謝的に休眠中の構造であり、有害な条件に遭遇したときに、ある種の細菌により生存戦略として使用される。細菌療法候補、HMI_1、HMI_2、HMI_4、HMI_6、HMI_10、HMI_15、HMI_17、HMI_21、HMI_22、HMI_33、HMI_36、HMI_37、HMI_38、HMI_44、HMI_47、HMI_48、HMI_50、HMI_51、及びHMI_52は、エタノールで処理された試料から分離され、したがって、胞子を形成することができると予想される。それに加えて、HMI_3、HMI_7、HMI_8、HMI_16、HMI_18、HMI_19、HMI_24、HMI_25、HMI_26、HMI_27、HMI_28、HMI_29、HMI_30、HMI_34、HMI_41、及びHMI_46は、系統分類の分析に基づいて胞子形成体であると予想される。

【0042】

したがって、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、少なくとも19種、少なくとも20種、少なくとも21種、少なくとも22種、少なくとも23種、少なくとも24種、少なくとも25種、少なくとも26種、少なくとも27種、少なくとも28種、少なくとも29種、少なくとも30種、少なくとも31種、少なくとも32種、少なくとも33種、少なくとも34種、又は少なくとも35種の分離された胞子形成細菌を含むことができる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、胞子形成細菌からなることができる。

【0043】

胞子形成細菌は、したがって、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、3、4、6、7、8、10、14、15、16、17、18、20、21、23、24、25、26、27、28、29、32、33、35、36、37、40、43、45、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。或いは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、4、6、10、14、16、20、21、32、35、36、37、43、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0044】

胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、3、4、6、7、8、10、14、15、16、17、18、20、21、23、24、25、26、27、28、29、32、33、35、36、37、40、43、45、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。或いは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、4、6、10、14、16、20、21、32、35、36、37、43、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0045】

好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、及び/又は配列番号2、3、4、6、7、8、10、14、15、16、17、18、20、23、24、25、26、27、28、29、32、33、35、36、37、40、43、45、46、47、49、50、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、若しくは100%の配列同一性を有する配列を含む。より好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、及び/又は配列番号2、4、6、10、14、16、20、32、35、36、37、43、46、47、49、50、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、若しくは100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0046】

より好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号29に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号6若しくは24に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号35若しくは26に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号14、15、17、18、23、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号20、33、43、45、46、47、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、7、8、10、若しくは32のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号3,16、25、36、37若しくは40のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号27、28、若しくは51に示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。更により好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号6に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号35に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号14若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号20、43、46、47、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、10、若しくは32のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16、36、若しくは37のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号51に示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0047】

より好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号6に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号35に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号23若しくは50に示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号15、29、33、43、45若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号7若しくは32に示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号3、10、16、36、37、40若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4、8若しくは17に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2、20、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14、18、25、26、27、28、若しくは47のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。更により好ましくは、胞子形成細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1若しくは配列番号21に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号6に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号35に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号50に示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号43若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号32に示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号10、16、36、37、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2、20、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14若しくは47のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0048】

更により好ましくは、胞子形成細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32191、DSM32147、DSM32175、DSM32152、DSM32166、DSM32162、DSM32163、DSM32177、DSM32167、DSM32262、DSM32222、DSM32261、DSM32212、DSM32217、DSM32224、DSM32214、DSM32223、DSM32225、DSM32265、DSM32149、DSM32158、DSM32192、DSM32194、DSM32205、DSM32195、DSM32169、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32180、DSM32211、DSM32226、又はDSM32218で寄託された細菌であることができる。最も好ましくは、胞子形成細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32191、DSM32147、DSM32175、DSM32152、DSM32166、DSM32162、DSM32163、DSM32177、DSM32167、DSM32262、DSM32222、DSM32261、DSM32212、DSM32217、DSM32224、DSM32214、DSM32223、DSM32225、又はDSM32265で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、少なくとも1種の分離された胞子形成細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0049】

治療用組成物中に存在する分離された細菌は、腸内細菌に対して拮抗することができて、腸内細菌の生育若しくは胞子形成を阻害若しくは予防し、及び/又は腸内細菌による毒素産生に対して中和若しくは防御することができる。好ましくは、細菌は、腸内細菌の生育を阻害又は予防する。腸内細菌は、病原性であることもあり又は非病原性腸内細菌であることもある。好ましくは、腸内細菌は病原性細菌である。これは、腸内細菌感染に関連するディスバイオシスの処置で使用するための治療用組成物の関係で特に好ましい。しかしながら、他の疾患も、胃腸管中におけるあるタイプの細菌の増大によりキャラクタライズされることが知られている。例えば、炎症性腸疾患は、腸の微生物叢におけるプロテオバクテリア門からの細菌、例えば大腸菌の増大によりキャラクタライズされることが知られている。同様に、過敏性腸症候群、肥満及び栄養不良は、胃腸管中におけるあるタイプの細菌の増大によりキャラクタライズされることが知られている。腸内細菌に対して拮抗する少なくとも1種の細菌を含む細菌組成物は、腸内細菌の生育若しくは胞子形成を阻害若しくは予防し、及び/又は腸内細菌による毒素産生に対して中和若しくは防御し、したがって、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、肥満、又は栄養不良に関連するディスバイオシスの処置においても適用を見出す。

【0050】

病原性細菌は、グラム陽性細菌であることもあり、グラム陰性細菌であることもある。典型的病原性細菌は、クロストリジウム属(Clostridium)、エシェリキア属(Escherichia)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、クレブシエラ属(Klebsiella)、エンテロバクター属(Enterobacter)、プロテウス属(Proteus)、サルモネラ属(Salmonella)、赤痢菌属(Shigella)、ブドウ球菌属(Staphylococcus)、ビブリオ属(Vibrio)、アエロモナス属(Aeromonas)、カンピロバクター属(Campylobacter)、バチルス属(Bacillus)、ヘリコバクター属(Helicobacter)、リステリア属(Listeria)、プレジオモナス属(Plesiomonas)、又はエルシニア属(Yersinia)の病原性細菌を含む。好ましい実施形態において、病原性細菌は、クロストリジウム属又はエシェリキア属、例えば、クロストリジウム・ディフィシル又は大腸菌の病原性細菌である。

【0051】

病原性大腸菌の例は、付着性の侵襲性大腸菌(AIEC)、腸管凝集性大腸菌、腸管出血性大腸菌、腸管組織侵入性大腸菌、腸内毒素原性大腸菌、及び大腸菌0157:H7を含む。腸内毒素原性大腸菌は、熱的化学変化を起こしやすいエンテロトキシン、又は熱安定性エンテロトキシンを産生し得る。

【0052】

例えば、病原性細菌が、クロストリジウム・ディフィシル又は付着性の侵襲性大腸菌(AIEC)であることもある。

【0053】

細菌療法候補、HMI_14、HMI_25、HMI_42、HMI_26、HMI_28、HMI_35及びHMI_46は、オーバーレイアッセイでクロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害することが示された。それに加えて、HMI_2、HMI_4、HMI_5、HMI_6、HMI_15、HMI_26、HMI_27、HMI_28、HMI_34、HMI_35、HMI_39、HMI_40、HMI_43、HMI_44、HMI_46及びHMI_47は、CFS相対生育阻害アッセイでクロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害することが示された(実施例2、図13、及びTable 1(表1)を参照されたい)。

【0054】

細菌療法候補、HMI_4、HMI_10、HMI_11、HMI_14、HMI_26、HMI_28、HMI_33、HMI_35、HMI_42及びHMI_46は、オーバーレイアッセイで大腸菌の生育を阻害することが示された。それに加えて、HMI_46及びHMI_28は、CFS相対生育阻害アッセイで大腸菌の生育を阻害することが示された(実施例2、図13、及びTable 1(表1)を参照されたい)。

【0055】

大腸菌の生育を阻害する細菌は、他のプロテオバクテリア門の生育も阻害することが期待される。したがって、病原性細菌は、プロテオバクテリア門であり得る。プロテオバクテリア門は、(エシェリキア種を別として)サルモネラ種、カンピロバクター種、ビブリオ種、ヘリコバクター種、及びエルシニア種を含む。

【0056】

クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、クロストリジウム属の他の細菌の生育も阻害することが期待される。したがって、病原性細菌が、クロストリジウム属の細菌であることもある。クロストリジウム属の病原性細菌(クロストリジウム・ディフィシルは別として)は、クロストリジウム・ペルフリンゲンス(Clostridium perfringens)、クロストリジウム・ボツリヌス(Clostridium botulinum)、及びクロストリジウム・テタニ(Clostridium tetani)を含む。

【0057】

したがって、治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する少なくとも1種の分離された細菌を含むこともできる。例えば、治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、少なくとも19種、少なくとも20種、少なくとも21種、又は少なくとも22種の分離された細菌を含むこともできる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、クロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害することが示されている1種又は複数の分離された細菌からなることができる。

【0058】

好ましい実施形態において、治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害することが示されている少なくとも1種の分離された細菌を含むことができる。これは、腸内感染に関連するディスバイオシス、特に病原性クロストリジウム関連種、例えば、クロストリジウム・ディフィシル、クロストリジウム・ペルフルンゲンス、クロストリジウム・ボツリヌス、又はクロストリジウム・テタニ、最も好ましくはクロストリジウム・ディフィシル等による感染に関連するディスバイオシスの処置で使用するための治療用組成物の関係で好ましい。

【0059】

例えば、治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、又は少なくとも19種の分離された細菌を含むことができる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌からなることができる。

【0060】

クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号2、4、5、6、13、14、24、25、26、27、33、34、38、39、41、42、43、45及び46のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0061】

或いは、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号2、4、5、6、13、14、24、25、26、27、33、34、38、39、41、42、43、45及び46のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%,少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0062】

より好ましくは、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号6若しくは24のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号13若しくは26のいずれか1つに示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号5若しくは14のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号33、41、43、45、若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、39、若しくは42のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号25若しくは34のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号27若しくは38のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0063】

更により好ましくは、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号6に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号5に示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号13、33、41、43、45、若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号39若しくは42のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号34に示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2若しくは38のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14、24、25、26、若しくは27のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0064】

最も好ましくは、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32147、DSM32175、DSM32153、DSM32152、DSM32193、DSM32162、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32211、DSM32219、DSM32220、DSM32213、DSM32215、DSM32216、DSM32217、DSM32218、DSM32224で寄託された細菌であることもできる。或いは、本発明の治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシルの生育を阻害する少なくとも1種の分離された細菌であることもできて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0065】

代替的な好ましい実施形態において、治療用組成物は、大腸菌の生育を阻害する少なくとも1種の分離された細菌を含むこともできる。これは、腸内感染に関連するディスバイオシス、特にプロテオバクテリア門、例えば、エシェリキア種、サルモネラ種、カンピロバクター種、ビブリオ種、ヘリコバクター種、及びエルシニア種等による感染に関連するディスバイオシス、最も好ましくは、大腸菌による感染に関連するディスバイオシスの処置で使用するための治療用組成物の関係で好ましい。

【0066】

例えば、治療用組成物は、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、又は少なくとも10種の分離された細菌を含むことができて、それは大腸菌の生育を阻害する。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、大腸菌の生育を阻害する細菌からなっていてもよい。

【0067】

大腸菌の生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号4、10、11、13、25、27、32、34、41、及び45のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0068】

或いは、大腸菌の生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号4、10、11、13、25、27、32、34、41、及び45のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0069】

より好ましくは、大腸菌の生育を阻害する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号11に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号13に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号41若しくは45のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号10若しくは32のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号25若しくは34のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号27に示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0070】

更により好ましくは、大腸菌の生育を阻害する細菌16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号11に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号13、41、若しくは45のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号32に示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号10若しくは34のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号25若しくは27のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0071】

最も好ましくは、大腸菌の生育を阻害する細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32175、DSM32166、DSM32151、DSM32193、DSM32178、DSM32179、DSM32262、DSM32219、DSM32215、DSM32218で寄託された細菌であることもできる。或いは、本発明の治療用組成物は、大腸菌の生育を阻害する少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0072】

治療用組成物は、クロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する分離された細菌に加えて、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する少なくとも1種の分離された細菌を含むこともできる。クロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現することが示された細菌療法候補は、HMI_2、HMI_5、HMI_6、HMI_7、HMI_8、HMI_9、HMI_10、HMI_11、HMI_12、HMI_14、HMI_15、HMI_16、HMI_17、HMI_18、HMI_19、HMI_20、HMI_26、HMI_27、HMI_31、HMI_33、HMI_34、HMI_35、HMI_37、HMI_38、HMI_39、HMI_41、HMI_42、HMI_43、HMI_44、HMI_46、HMI_47、HMI_48、HMI_50、HMI_51、及びHMI_52である(詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。

【0073】

したがって、治療用組成物は、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、少なくとも19種、少なくとも19種、少なくとも20種、少なくとも21種、少なくとも22種、少なくとも23種、少なくとも24種、少なくとも25種、少なくとも26種、少なくとも27種、少なくとも28種、少なくとも29種、少なくとも30種、少なくとも31種、少なくとも32種、少なくとも33種、少なくとも34種、又は35種の分離された細菌を含むことができる。

【0074】

本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号2、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、25、26、30、32、33、34、36、37、38、40、41、42、43、45、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0075】

或いは、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号2、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、25、26、30、32、33、34、36、37、38、40、41、42、43、45、46、47、49、50、又は51のいずれか1つに示された配列と、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0076】

好ましくは、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号6、11、若しくは19のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号13若しくは26のいずれか1つに示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号5、14、15、17、18、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号33、41、43、45、46、47、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、7、8、10、12、30、32、若しくは42のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16、25、34、36、37、若しくは40のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号9に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号38若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0077】

より好ましくは、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号6若しくは11のいずれか1つに示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号5、19、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号13、15、33、41、43、45、若しくは46のいずれか1つに示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号7、12、32、若しくは42のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号8、10、16、34、36、37、40、若しくは49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号9若しくは17のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2、38、51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14、18、25、26、30、若しくは47のいずれか1つに示された配列と少なくとも100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0078】

最も好ましくは、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32147、DSM32153、DSM32152、DSM32158、DSM32192、DSM32148、DSM32166、DSM32151、DSM32150、DSM32193、DSM32162、DSM32194、DSM32163、DSM32205、DSM32195、DSM32164、DSM32178、DSM32182、DSM32181、DSM32262、DSM32211、DSM32219、DSM32261、DSM32212、DSM32220、DSM32226、DSM32215、DSM32216、DSM32217、DSM32218、DSM32224、DSM32214、DSM32223、DSM32225、又はDSM32265で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、本明細書で開示されたクロストリジウム・ディフィシル及び/又は大腸菌の生育を阻害する細菌と共出現する少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、前記細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0079】

クロストリジウム属と関係する細菌は、ホストの免疫系との相互作用を通して、炎症を低下させることに有益であることが示されている(Atarashi、Tanoueら、2013年)。したがって、治療用組成物中に存在する分離された細菌は、免疫調節活性を有する細菌であってもよい。例えば、細菌は、個体における、例えば、個体の胃腸管における炎症を低下させることができる。ホストの免疫系との相互作用を通して炎症を低下させることに有益であることが示されている細菌と同じ属にある細菌療法候補は、HMI_4、HMI_9、HMI_10、HMI_15、HMI_27、HMI_28及びHMI_38である。それ故、細菌は、免疫調節活性を有すること、例えば、個体で、例えば、個体の胃腸管で炎症を低下させることが期待される。

【0080】

したがって、治療用組成物は、免疫調節活性を有する、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、又は少なくとも7種の分離された細菌を含むことができる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、個体における炎症を低下させる細菌からなることもできる。

【0081】

免疫調節活性を有する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号4、9、10、14、26、27、又は37のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0082】

或いは、免疫調節活性を有する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号4、9、10、14、26、27、又は37のいずれか1つに示された配列と、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0083】

好ましくは、免疫調節活性を有する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号26に示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号14に示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号10に示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号37に示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4若しくは9のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号27に示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。より好ましくは、免疫調節活性を有する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号10若しくは37のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4若しくは9のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号14、26、若しくは27のいずれか1つに示された配列と少なくとも100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0084】

最も好ましくは、免疫調節活性を有する細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32175、DSM32148、DSM32166、DSM32162、DSM32182、DSM32179、又はDSM32212で寄託された細菌であることもできる。或いは、本発明の治療用組成物は、免疫調節活性を有する少なくとも1種の分離された細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0085】

本発明の治療用組成物は、Human Microbiome Project(HMP)の「最も望まれる」リストにある少なくとも1種の分離された細菌を含むこともできる。細菌療法候補、HMI_1、HMI_2、HMI_4、HMI_5、HMI_7、HMI_11、HMI_12、HMI_15、HMI_16、HMI_17、HMI_18、HMI_19、HMI_35、HMI_37、HMI_38、HMI_39、HMI_45、HMI_50、及びHMI_51は、HMPの「最も望まれる」リストにある。

【0086】

したがって、本発明の治療用組成物は、HMPの「最も望まれる」リストにある少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、又は19種の細菌を含むことができる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、HMPの「最も望まれる」リストにある細菌からなることができる。

【0087】

HMPの「最も望まれる」リストにある細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、4、5、7、11、12、14、15、16、17、18、34、36、37、38、44、49、又は50のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0088】

或いは、HMPの「最も望まれる」リストにある細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号1、2、4、5、7、11、12、14、15、16、17、18、34、36、37、38、44、49、又は50のいずれか1つに示された配列と、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0089】

好ましくは、HMPの「最も望まれる」リストにある細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号1に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号11に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号5、14、15、17、18、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号49に示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号2、7、12、若しくは44のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16、34、36、若しくは37のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、又は配列番号38に示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0090】

より好ましくは、HMPの「最も望まれる」リストにある細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号1に示された配列と少なくとも90%の配列同一性、配列番号11に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号5若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号15に示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号7、12、若しくは44のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16、34、36、37、49のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号4若しくは17のいずれか1つに示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号2若しくは38のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号14若しくは18のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0091】

最も好ましくは、HMPの「最も望まれる」リストにある細菌は、DSMZにアクセッション番号DSM32191、DSM32147、DSM32175、DSM32153、DSM32158、DSM32151、DSM32150、DSM32162、DSM32194、DSM32163、DSM32205、DSM32195、DSM32219、DSM32261、DSM32212、DSM32220、DSM32221、DSM32223、又はDSM32225で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、HMPの「最も望まれる」リストにある少なくとも1種の細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0092】

本発明の治療用組成物は、キーストーン種（中枢種）である少なくとも1種の分離された細菌を含むことができる。細菌療法候補、HMI_17、HMI_23、HMI_24、HMI_25、HMI_26、HMI_27、HMI_28、HMI_29、HMI_30、HMI_31、HMI_32、HMI_45、HMI_49、HMI_51、及びHMI_52は、キーストーン種であることが期待される。

【0093】

したがって、本発明の治療用組成物は、キーストーン種である、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、又は15種の細菌を含むことができる。一実施形態において、治療用組成物中の細菌は、キーストーン種である細菌からなることができる。

【0094】

キーストーン種である細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号16、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、44、48、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。

【0095】

或いは、キーストーン種である細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であることができて、前記遺伝子は、配列番号16、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、44、48、50、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0096】

好ましくは、キーストーン種である細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号29に示された配列と少なくとも91%の配列同一性、配列番号24に示された配列と少なくとも92%の配列同一性、配列番号22若しくは26のいずれか1つに示された配列と少なくとも93%の配列同一性、配列番号23若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号30、44、若しくは48のいずれか1つに示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16、25、若しくは31のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、又は配列番号27、28、若しくは51のいずれか1つに示された配列と少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。

【0097】

より好ましくは、キーストーン種である細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含む細菌であり、前記遺伝子は、配列番号22、23、若しくは50のいずれか1つに示された配列と少なくとも94%の配列同一性、配列番号29に示された配列と少なくとも95%の配列同一性、配列番号44に示された配列と少なくとも96%の配列同一性、配列番号16若しくは48のいずれか1つに示された配列と少なくとも97%の配列同一性、配列番号31に示された配列と少なくとも98%の配列同一性、配列番号51に示された配列と少なくとも99%の配列同一性、又は配列番号24、25、26、27、28、若しくは30のいずれか1つに示された配列と100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0098】

最も好ましくは、キーストーン種である細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32163、DSM32165、DSM32169、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32180、DSM32184、DSM32181、DSM32183、DSM32221、DSM32263、DSM32225、又はDSM32265で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、キーストーン種である少なくとも1種の細菌を含むことができて、前記細菌は、16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0099】

それに加えて又は或いは、本発明の治療用組成物は、FMT後に存在することが示されている少なくとも1種の分離された細菌を含むこともできる。このことが適用される細菌療法候補をTable 1(表1)に示す。例えば、治療用組成物は、FMT後に存在することが示されている、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、少なくとも14種、少なくとも15種、少なくとも16種、少なくとも17種、少なくとも18種、少なくとも19種、少なくとも20種、少なくとも21又は22種の細菌を含むことができる。例えば、FMT後に存在することが示されている細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含むことができて、前記遺伝子は、配列番号22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、36、38、40、43、44、45、46、48、又は51のいずれか1つに示された配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。好ましくは、FMT後に存在することが示されている細菌は、DSMZにアクセッション番号DSM32165、DSM32169、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32180、DSM32184、DSM32181、DSM32183、DSM32262、DSM32211、DSM32219、DSM32261、DSM32220、DSM32226、DSM32217、DSM32221、DSM32218、DSM32224、DSM32263、又はDSM32265で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、FMT後に存在することが示されている少なくとも1種の細菌を含むことができて、前記細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0100】

それに加えて又は或いは、本発明の治療用組成物は、短鎖脂肪酸(SCFA)等の1種又は複数の有益な代謝物を産生することが期待される、少なくとも1種の分離された細菌を含むことができる。このことが適用される細菌療法候補をTable 1(表1)に示す。例えば、治療用組成物は、1種又は複数の有益な代謝物を産生する、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも11種、少なくとも12種、少なくとも13種、又は14種の細菌を含むことができる。例えば、1種又は複数の有益な代謝物を産生する細菌は、16SリボソームRNA(rRNA)をコードする遺伝子を含むことができて、前記遺伝子は、配列番号9、12、19、20、22、23、24、25、26、27、28、29、30、又は31のいずれか1つに示された配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。好ましくは、1種又は複数の有益な代謝物を産生することが期待される細菌は、DSMZに、アクセッション番号DSM32148、DSM32150、DSM32164、DSM32177、DSM32165、DSM32169、DSM32168、DSM32178、DSM32182、DSM32179、DSM32180、DSM32184、DSM32181、又はDSM32183で寄託された細菌である。或いは、本発明の治療用組成物は、1種又は複数の有益な代謝物を産生する少なくとも1種の細菌を含むことができて、前記細菌は16S rRNAをコードする遺伝子を含み、前記遺伝子は、上記の寄託された細菌の16S rRNAをコードする遺伝子の配列と、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも98.7%、少なくとも99%、又は100%の配列同一性を有する配列を含む。

【0101】

治療用組成物中に存在する分離された細菌は、治療用組成物の、体積又は質量で、少なくとも1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、7%、75%、80%、85%、又は90%を占めることができる。

【0102】

治療用組成物は、問題の分離された細菌以外の他の活性成分を含まなくてもよく、任意選択でプレバイオティクスを含んでよい。したがって、治療用組成物の活性成分は、本明細書で開示された1種又は複数の分離された細菌、及び任意選択でプレバイオティクスからなることができる。これは、定義された活性成分と称することもできる。

【0103】

本発明の治療用組成物は、糞便の微生物叢移植(FMT)ではない。FMTは、通常は健常ヒトのドナーからの糞便試料からなり、それが、レシピエントに直接、例えば、浣腸剤の形態で投与され、糞便試料中に存在する細菌が、のレシピエントへの投与の前に分離されることはない。本発明の治療用組成物の利点は、FMT中に存在する明確にされていない成分を含まないことが可能であり、それにより、治療用組成物が標準化されて、安全性が向上することが可能である。

【0104】

本発明の治療用組成物は、治療用組成物中に存在する1種又は複数の分離された細菌を、適当な培地中で培養する工程を含む方法により調製することができる。本発明の治療用組成物中に含まれるべき細菌を培養するために適当な培地及び条件は、本明細書中の他の場所で詳細に記載される。例えば、本発明による治療用組成物を調製する方法は:
(i)第1の分離された細菌を培養する工程;
(ii)第2の分離された細菌を、任意選択で培養する工程;並びに
(iii)(i)及び任意選択の(ii)で得られた細菌を混合して、治療用組成物を調製する工程
を含むこともできる。治療用組成物中に含まれるべき分離された細菌は、好ましくは、別々の工程で培養される。言い換えれば、治療用組成物中に含まれるべき各細菌の別々の培養物が、好ましくは調製される。このことは、各細菌の生育が評価されること、及び薬学的組成物中に含まれるべき各細菌の量が所望のように制御されることを可能にする。工程(i)及び(ii)で培養された細菌は、好ましくは、異なる16S rRNA配列を有する。

【0105】

上の方法は、治療用組成物中に含まれるべき各分離された細菌を培養する工程を含むことができる。したがって、方法は、例えば、必要に応じて、第3の、第4の、第5の、第6の、第7の、第8の、第9の、及び/又は第10の異なる分離された細菌を培養する工程を更に含むことができる。このように、方法は、最大51種の異なる分離された細菌を培養する工程を含む。前記方法により培養された細菌は、本明細書で開示されたどの細菌であってもよい。

【0106】

上記方法は、細菌が、1種又は複数の追加の成分、例えば、薬学的に許容される賦形剤、プレバイオティクス、担体、不溶性繊維、緩衝剤、浸透圧調節剤、消泡剤、及び/又は防腐剤等と混合される1回又は複数のさらなる工程を任意選択で含むことができる。それに加えて又は或いは、方法は、(i)及び任意選択で(ii)で得られた細菌をケモスタット（連続培養）培地、又は生理食塩水、例えば、0.9%生理食塩水中に懸濁させる工程を含むことができる。(i)及び任意選択で(ii)で得られた細菌は、還元性雰囲気下、例えば、N₂、CO₂、H₂、又はそれらの混合物、例えば、N₂: CO₂: H₂の下で提供されてもよい。気体は、治療用組成物中に存在する細菌を保存するために適当な比で存在することができる。例えば、還元性雰囲気は、80%N₂、10%CO₂及び10%H₂を含むことができる。それに加えて又は或いは、方法は、(i)及び任意選択で(ii)で得られた細菌を、任意選択で安定化剤及び/又は凍結保護剤の存在下で凍結乾燥させる工程を含むことができる。方法は、(i)及び任意選択で(ii)で得られた細菌を含むカプセル、錠剤、又は浣腸剤を調製する工程も含むこともできる。カプセル又は錠剤は、腸溶コーティング、pH依存性、徐放性、及び/又は胃耐性であってもよい。

【0107】

本発明は、本明細書で開示された方法により得ることができる又は得られた治療用組成物も包含する。そのような治療用組成物は、本明細書に記載された、治療目的のために、治療方法で、又は医薬の製造のために、例えば、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置のために、更に使用することができる。

【0108】

本明細書で開示された細菌は、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置のために適当であることが期待される。理論により制限されることは望まないが、1種又は複数の本明細書で開示された細菌の個体への投与は、個体で、胃腸のディスバイオシスが存在する場合にはそれを解決すること、及び/又は胃腸のディスバイオシスの出現を予防することが期待される。本明細書において使用する「個体」は、ヒトの個体又はヒトの患者を指す。

【0109】

ディスバイオシスの処置は、ディスバイオシスの治癒、予防、若しくは軽快、又はディスバイオシスに関連する少なくとも1つの症状の軽快を指すことができる。ディスバイオシスが、炎症性腸疾患等の疾患に関連する場合、ディスバイオシスの処置は、前記疾患の治癒、予防、若しくは軽快、又は前記疾患に関連する少なくとも1つの症状の軽快を指すことができる。

【0110】

したがって、本発明の治療用組成物は、ディスバイオシス、特に胃腸管のディスバイオシスの処置に適用を見出す。したがって、本発明は、治療有効量の本発明の治療用組成物を、それを必要とする個体に投与する工程を含む、ディスバイオシスを処置する方法、個体におけるディスバイオシスを処置する方法で使用するための本発明による治療用組成物、及び個体におけるディスバイオシスの処置のための医薬を製造するための本発明の治療用組成物の使用を提供する。

【0111】

本発明に関係する「ディスバイオシス」は、微生物叢又はマイクロバイオーム、特にヒトの胃腸の微生物叢の正常な多様性及び/又は機能が撹乱されている状態を指す。健常個体における微生物叢の正常な状態からの任意の撹乱は、たとえ、ディスバイオシスが、個体の健康における検出可能な低下を生じさせないとしても、ディスバイオシスと考えることができる。好ましい実施形態において、ディスバイオシスは、1種又は複数の病理学的症状に関連していることがある。例えば、「ディスバイオシス」は、微生物の微生物叢の多様性における減少を指すことがある。それに加えて又は或いは、「ディスバイオシス」は、健常個体、即ちディスバイオシスのない個体の微生物叢中における細菌の存在量と比較した、個体の微生物叢における1種又は複数の前記細菌、例えば、1種又は複数の病原性細菌の存在量における増大を指すことがある。ディスバイオシス中に存在する病原性細菌は、しばしばプロテオバクテリア門であり、1種又は複数の抗生物質に耐性である。プロテオバクテリア門の例には、エシェリキア、サルモネラ、カンピロバクター、ビブリオ、ヘリコバクター、及びエルシニア種が含まれる。

【0112】

ディスバイオシスは、腸内細菌感染、例えば、病原性細菌による胃腸管の感染等に関連するディスバイオシスであることもある。ヒトで胃腸管の感染を引き起こすことができる多くの細菌が知られており、グラム陽性細菌、及びグラム陰性細菌を含む。病原性細菌は、好ましくは、クロストリジウム属、エシェリキア属、エンテロコッカス属、クレブシエラ属、エンテロバクター属、プロテウス属、サルモネラ属、赤痢菌属、ブドウ球菌属、ビブリオ属、アエロモナス属、カンピロバクター属、プレシオモナス属、バチルス属、ヘリコバクター属、リステリア属、又はエルシニア属の病原性種である。そのような病原性細菌の好ましい例は、クロストリジウム・ディフィシル、クロストリジウム・ペルフルンゲンス、クロストリジウム・ボツリヌス、大腸菌、チブス菌(Salmonella typhi)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、コレラ菌(Vibrio cholerae)、ビブリオ・パラハエモリチクス(Vibrio parahaemolyticus)、ビブリオ・ブルニフィクス(Vibrio vulnificus)、カンピロバクター・フィタス(Campylobacter fetus)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)、アエロモナス・ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、プレシオモナス・シゲロイデス(Plesiomonas shigelloides)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、ピロリ菌(Helicobacter pylori)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、及びエルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitica)を含む。より好ましくは、病原性細菌は、クロストリジウム属又はエシェリキア属の病原性種である。最も好ましくは、病原性細菌は、クロストリジウム・ディフィシル又は大腸菌である。

【0113】

病原性細菌は、1種又は複数の抗生物質に耐性であることもある。例えば、病原性細菌、例えば、クロストリジウム・ディフィシルは、フルオロキノロンに耐性であることもある。それに加えて又は或いは、病原性細菌は、1種又は複数のカルバペネムに耐性であることもある。カルバペネムは、多剤耐性(MDR)細菌による感染の処置のために使用される抗生物質であり、例は、イミペネム、メロペネネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、及びビアペネムを含む。

【0114】

病原性細菌による感染に関連するディスバイオシスの処置は、例えば、個体の胃腸管における病原性細菌の存在量を、処置前の病原性細菌の存在量に対して減少させる工程を含むことができる。

【0115】

ディスバイオシスは、反復性又は慢性のディスバイオシスであることもある。例えば、クロストリジウム・ディフィシルは、一部の個体における反復性感染を生じさせることが知られており、感染は、抗生物質処置が停止されると再発する。これは、反復性又は慢性ディスバイオシスと称されることもある。

【0116】

胃腸管のディスバイオシスは、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、又は癌を含む多くの多様な疾患に関連していることが知られており、因果的役割を果たすと考えられている。したがって、ディスバイオシスは、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、癌、又は肝性脳症に関連するディスバイオシスであることもある。炎症性腸疾患の例には、潰瘍性大腸炎及びクローン病が含まれる。

【0117】

胃腸管のディスバイオシスが役割を果たすことが示されている代謝性疾患には、メタボリックシンドローム、肥満、2型真性糖尿病、心臓血管疾患、及び非アルコール性脂肪肝が含まれる。

【0118】

胃腸管のディスバイオシスが一因となることが示されている神経精神病学的障害には、パーキンソン病、アルツハイマー病、多発性硬化症、ミオクローヌスジストニア、自閉症及び慢性疲労症候群が含まれる。

【0119】

胃腸管のディスバイオシスが一因となることが示されている自己免疫疾患には、突発性血小板減少性紫斑病、関節炎、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、及び橋本甲状腺炎が含まれる。

【0120】

胃腸管のディスバイオシスが一因となることが示されているアレルギー障害には、アトピー及び喘息が含まれる。

【0121】

胃腸管のディスバイオシスが一因となることが示されている癌には、結直腸癌、腸管外腫瘍、乳腺の腫瘍、肝細胞癌腫、リンパ腫、メラノーマ、及び肺癌が含まれる。

【0122】

本発明の治療用組成物は、当業者に周知の薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝剤、安定化剤又は他の材料を含むことができる。そのような材料は、無毒性であるべきであり、治療用組成物中に存在する分離された細菌の効力を妨げるべきではない。薬学的に許容される賦形剤又は他の材料の精密な性質は、投与経路に依存して、それは経口であっても直腸であってもよい。治療用組成物を調製する多くの方法が当業者に知られている。例えば、Robinson編、Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems、Marcel Dekker社、New York、1978年を参照されたい。

【0123】

本発明の治療用組成物は、プレバイオティクス、担体、不溶性繊維、緩衝剤、浸透圧調節剤、消泡剤及び/又は防腐剤を含むことができる。

【0124】

プレバイオティクスは、治療用組成物中に存在する分離された細菌に栄養素を提供して、個体に投与後のそれらの早い生育及びコロニー形成を助けることができる。当技術分野で知られている任意のプレバイオティクスが使用され得る。プレバイオティクスの例には、オリゴ糖、例えば、フルクトオリゴ糖、例えばオリゴフルクトース及びイヌリン等、マンナンオリゴ糖並びにガラクトオリゴ糖、可溶性オリゴフルクトースに富むイヌリン並びに可溶性繊維が含まれるが、これらに限定されない。不溶性繊維は、治療用組成物中に担体として含まれてもよく、例えば、輸送又は貯蔵中の保護を提供する。緩衝剤は、治療用組成物に含まれて存在する分離された細菌の生存能力を助長することができる。抗カビ剤は、治療用組成物中に防腐剤として含まれ得る。

【0125】

治療用組成物は、ケモスタット培地中で作製又は提供することができる。或いは、治療用組成物は、生理食塩水、例えば、0.9%生理食塩水中で作製又は提供することができる。治療用組成物中に存在する細菌の生存能力を損なわず、個体への投与に適合する任意の担体又は溶液が使用され得ることは理解されるであろう。

【0126】

治療用組成物は、還元性雰囲気下で、即ち、酸素の不在で作製又は提供することができる。合成糞便の製剤は、N₂、CO₂、H₂、又はそれらの混合物の下で、任意選択で、N₂: CO₂: H₂の制御されたレベルの分圧下で、作製又は提供することができる。

【0127】

治療用組成物は、個体に経口投与又は直腸投与するためのものであることができる。治療用組成物が経口投与用である場合、治療用組成物は、カプセル、又は錠剤の形態にあってもよい。治療用組成物が直腸投与用である場合には、治療用組成物は、浣腸剤の形態であってもよい。適当なカプセル、錠剤及び浣腸剤の調製は、当技術分野で周知である。カプセル又は錠剤は、胃酸からカプセル又は錠剤を保護するためのコーティングを含むことができる。例えば、カプセル又は錠剤は、腸溶コーティング、pH依存性、徐放性、及び/又は胃耐性であってもよい。そのようなカプセル及び錠剤は、例えば、胃中におけるカプセル又は錠剤の溶解を最少化して、小腸中における溶解を可能にするために使用される。

【0128】

治療用組成物は凍結乾燥させることができる。凍結乾燥された治療用組成物は、1種又は複数の安定剤及び/又は凍結保護剤を含むことができる。凍結乾燥された治療用組成物は、個体への投与前に、適当な希釈剤を使用して再構成することができる。

【0129】

本発明による治療用組成物は、ディスバイオシス、又は本明細書に記載されたディスバイオシスに関連する疾患を処置するために、単独若しくは他の処置との組合せで、同時に若しくは順次に、又は別の治療剤と組み合わされた製剤として、投与することができる。例えば、本発明のコンジュゲートは、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、代謝性疾患、神経精神病学的障害、自己免疫疾患、アレルギー障害、癌、又は肝性脳症のために、既存の治療剤との組合せで使用することができる。

【0130】

例えば、治療用組成物が、癌に関連するディスバイオシスの処置のためのものである場合、治療用組成物は、任意選択で免疫チェックポイント阻害剤等の癌免疫療法との組合せで、個体に投与することができる。この関係で使用され得るチェックポイント阻害剤の例は、プログラム細胞死タンパク質1(PD-1)阻害剤、プログラム細胞死リガンド1(PD-L1)阻害剤、細胞傷害性T-リンパ球関連タンパク質4(CTLA-4)阻害剤を含む。免疫チェックポイント阻害剤処置と組み合わされた消化管微生物叢の操作は、癌の処置において免疫チェックポイント阻害剤の効力を改善することが示された(Snyderら、2015年)。好ましい実施形態において、この関係における癌は、肺癌又はメラノーマである。免疫チェックポイント阻害剤は、これらの癌の処置のために承認されており、細菌療法は、メラノーマの処置において、チェックポイント阻害剤の効力を改善することが示された(Snyderら、2015年)。

【0131】

本発明の治療用組成物は、個体、好ましくはヒトの個体に投与することができる。投与は、「治療有効量」であってもよく、これは個体に利益を示すために十分である。そのような利益は、少なくとも、少なくとも1つの症状の軽快であってもよい。したがって、特定された疾患の「処置」は、少なくとも1つの症状の軽快を指す。実際に投与された量、並びに投与の速度及び時間経過は、処置される対象、処置される特定の患者の性質及び重症度、個体患者の臨床状態、ディスバイオシスの原因、組成物の送達部位、治療用組成物のタイプ、投与の方法、投与のスケジュール並びに開業医に知られている他の要因に依存するであろう。処置の処方、例えば、投薬量の決定その他は、一般の開業医及び他の医師の責任の内であり、症状の重症度及び/又は処置される疾患の進行に依存し得る。本発明の治療用組成物の治療有効量又は適当な投与量は、動物モデルにおけるそのインビトロ活性及びインビボ活性との比較により決定することができる。マウス及び他の試験動物で効果的な投薬量をヒトに外挿する方法は知られている。精密な投与量は、治療用組成物が予防のためか又は処置のためかを含む多くの要因に依存するであろう。

【0132】

本発明のさらなる態様及び実施形態は、以下の実験の例示を含む本発明の開示が与えられれば、当業者には明らかであろう。

【0133】

本明細書で言及された全ての文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0134】

他のように指示されない限り、単数形は複数も含む。

【0135】

「及び/又は」は、本明細書で使用される場合、他のものがあってもなくても、2つの特定された特徴又は成分の各々の特定の開示と受けとられるべきである。例えば、「A及び/又はB」は、恰も各々が本明細書で個々に記述されているように、(i) A、(ii) Bの各々並びに(iii) A及びBの特定の開示と受けとられるべきである。

【0136】

他のように指示されない限り、上で述べられた特徴の記載及び定義は、本発明の如何なる特定の態様又は実施形態にも限定されず、記載された全ての態様及び実施形態に均等に適用される。

【0137】

本発明のある態様及び実施形態を、ここで、上で記載された例により及び図を参照して例示することにする。

【実施例】

【0138】

(実施例1)
細菌療法候補の同定及び分離
材料及び方法
2つの異なる手法を使用して、ディスバイオシスを処置するための治療用組成物に含める細菌種を分離した。第1の手法は、健常成人ドナーからの広範な培養手法を頼りに、健常個体の腸の微生物叢の細菌成分を可能な限り代表する培養コレクションを確立した。この方法は、特定の表現型又は機能、例えば、胞子形成を示す細菌を優先的に選択する標的培養手法も組み込む。第2の手法は、C.ディフィシル感染に関連するディスバイオシスを解決するための糞便の微生物叢移植(FMT)投与の前と後の個体の微生物叢を比較することにより、胃腸のディスバイオシスを解決することに特に関連する細菌種を分離することを更に本質的に標的として狙った。これらの2つの手法を、それぞれ、下で候補分離方法1(CIP1)及び候補分離方法2(CIP2)と称する。

【0139】

試料コレクション及び培養
CIP1のために、新鮮糞便試料を、6名の同意を得た健常成人ドナーから得た(ドナー1名当たり1つの糞便試料-最少0.5g)。嫌気性細菌の生存能力を保存するために、試料を、嫌気性条件に置いて1時間以内過ごさせた。全ての試料の処理及び培養は、嫌気性条件下でWhitley DG250ワークステーション(Don Whitley社、ウェスト・ヨークシャー州、英国)中37℃で行った。培養のために使用した培養培地、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)及び全ての他の材料は、使用前に嫌気性キャビネット中に24時間置いた。糞便試料を2つの部分に分割した。1つの部分は、最小限のPBS(0.1g糞便/mlPBS)中で均質化して、段階的に希釈し、大きい(13.5cm直径)ペトリ皿中で、各々0.002g/mlのグルコース、マルトース及びセロビオースで補完されたYCFA(Duncan、Holdら、2002年)寒天上に直接置いた。この試料も、メタゲノム配列決定にかけて、全コミュニティーをプロファイルした。他の部分は、周囲の好気性条件下で、等体積の70%(v/v)エタノールにより室温で4時間処理して、生長力のある細胞を殺害した。次に、固体材料を、3回PBSで洗浄して最後にそれをPBSに再懸濁した。プレート培養を、エタノールで処理されなかった上記の試料について記載されたのと同じ様式で実施した。

【0140】

エタノールで処理されたCIP1の試料について、培地は、胞子発芽を刺激するために、0.1%タウロコール酸ナトリウムで補完した。プレート培養の72時間後に、コンフルエントにならない生育(即ち、コロニーが分かれており、触れ合わないプレート)を収容する、エタノールで処理された及びエタノールで処理されなかった両方の条件のペトリ皿から、コロニーを採取した。採取されたコロニーを再び画線培養して、純度を確認した。

【0141】

CIP2については、各クロストリジウム・ディフィシル感染(CDI)の3回を超える再発を経験して、メトロニダゾール及びバンコマイシンを用いる処置が不成功であった12名の個体を、糞便の微生物叢移植(FMT)のために選択した。ドナーを、病原体及び他のウイルスの感染について、前に記載されたように(Landy、Al-Hassiら、2011年)スクリーニングした。患者は、経口のバンコマイシンをFMTの1〜2日前に中止した。FMTを、レシピエントに浣腸(n=3)、ピル(n=6)、両方の組合せ(n=2、R8及びR10)、又は経鼻胃注入(n=1、R7)により投与した。患者から糞便試料を、バンコマイシン処置を中止して1〜2日後(FMTの前)及びFMT後の色々なときに集めた。FMTのために使用された糞便試料は、ドナーからも集めた。健常個体及びC.ディフィシルに感染して抗生物質で処置された個体からの試料も、対照として含めた。糞便試料は、滅菌容器に集めて-80℃で凍結した。全ての試料からDNAを抽出して454種の配列決定をして、その後下で記載したように分析した。

【0142】

糞便の微生物叢移植(FMT)レシピエント(CIP2)からの試料を培養するために、50mgの各糞便試料を、0.5mlの最小限の滅菌リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中で徹底的に混合した。ホモジェネートを、段階的に10^-6に希釈して、この希釈液のアリコットを、嫌気性条件下で培地のパネル上に置いた。以下の培地を使用した: 2%脱フィブリンウマ血液を含有する培養困難な嫌気性向きの寒天(FAA、Lab M社、ランカシャー州、英国)、Brain Heart Infusion(BHI社、Oxoid、英国)、10μg/mlバンコマイシン(AppliChem社、ドイツ)を添加した又は添加しないde Man Rogosa Sharpe and CCEY(Bioconnections社、英国)寒天。好気的に37℃で24〜48時間インキュベートしたBHI寒天を除いて、全てのプレート培地は、嫌気的に37℃で48〜72時間インキュベートした。

【0143】

微生物叢プロファイリング及び配列決定
培養された各分離株の同定は、7F(5-AGAGTTTGATYMTGGCTCAG-3)順方向プライマー及び1510R(5-ACGGYTACCTTGTTACGACTT-3)逆方向プライマーを使用する全長16S rRNA遺伝子のPCR増幅とそれに続く毛細管配列決定により実施した。CIP1及びCIP2の両方について、16S rRNA遺伝子配列の読みをRibosomal Database Project(RDP)でアラインして、ARBで(Ludwig、Strunkら、2004年)手により検証と修正を行った。CIP1について、Rパッケージseqinrバージョン3.1を使用して、16S rRNA遺伝子配列間の配列類似性を決定して、全長16S rRNA遺伝子配列の読みを発生させて、98.7%を種レベルのカットオフとして使用して、読みをOperational Taxonomic Units (OTU)(Bosshard、Abelsら、2003年、Clarridge、2004年)により分類した。16S rRNAの遺伝子配列の部分的長さの読みだけが、候補細菌についてCIP2から発生されたので、97%を種レベルのカットオフとして使用して(Bosshard、Abelsら、2003年、Clarridge、2004年)、OTUをこのカットオフでmothurを使用して決定した(Schloss、Westcottら、2009年)。CIP1及びCIP2の両方について、次に、種の各々のレベルのOTUの16S rRNA遺伝子配列を、Ribosomal Database Project(RDP)の参照データベースと比較して、分類学の呼称を属レベルに割り当てた(Wang、Garrityら、2007年)。次に、BLASTn検索を16S rRNA遺伝子配列について実施して、OTUが、既にキャラクタライズされているか、それとも新規種であるかのいずれを表すかを決定した(Altschul、Gishら、1990年)。

【0144】

細菌についてHuman Microbiome Project (HMP)の「最も望まれる」リスト及び参照ゲノムデータベースでは、部分的な16S rRNA遺伝子配列しか利用できないので、16S rRNA遺伝子配列の97%の配列同一性を使用して、OTUとHMPの「最も望まれる」リスト及び参照ゲノムデータベースとの比較を実施して、細菌種を定義した。最も望まれる分類群及び完全配列決定プロジェクトに関するHMPデータは、NIHのHuman Microbiome Project's "Most Wanted"から、分類群はHuman Microbiome for Whole Genome Sequencing(2016年3月8日のウェブ<http: //hmpdacc. org/most_wanted/#data>)及びNIHのHuman Microbiome Project's Reference Genomes Data(2016年3月8日のウェブ<http: //hmpdacc. org/HMRGD/>)から、それぞれダウンロードした。ゲノムDNAは、各固有のOTUの少なくとも1つの代表から、フェノール-クロロホルムに基づくDNA分離手順を使用して抽出した。DNAの配列決定を、Illumina HiSeqプラットフォームが発生する100bpの長さの読みに基づいて行い、これらを集めて整理し、さらなる分析のためにアノテートした。

【0145】

全コミュニティーのメタゲノミック及び16S rRNA遺伝子のアンプリコン配列決定のために、土壌のためのMP Biomedical FastDNA SPINキットを使用して、DNAも各糞便試料から直接抽出した。完全コミュニティー試料との比較を可能にするために、初期糞便試料を接種後72時間に、非コンフルエント培養を、寒天プレートから掻き取って、DNAを、このコミュニティーから同じDNA分離方法を使用して抽出した。New England Biolabs社により供給されるQ5 High-Fidelity Polymeraseキットを使用して、16S rRNA遺伝子のアンプリコンライブラリーを、16S rRNA遺伝子の可変領域1及び2のPCR増幅によって作製した。プライマー27F AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTATGGTAATTCCAGMGTTYGATYMTGGCTCAG(第1部分=Illuminaアダプター、第2部分=順方向プライマーパッド、第3部分=順方向プライマーリンカー、及び第4部分=順方向プライマー)及び338R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACGAGACTGATTAGTCAGTCAGAAGCTGCCTCCCGTAGGAGT(第1部分=3'Illuminaアダプターの逆方向相補配列、第2部分=ゴレイバーコード、第3部分=逆方向プライマーパッド、第4部分=逆方向プライマーリンカー、及び第5部分=逆方向プライマー)を使用した。1試料当たり4回のPCR増幅反応を実施して、生成物を溜めて、Illumina MiSeqプラットフォームを使用する配列決定のために、等モル量で組み合わせ、150bpの読みを発生させた。

【0146】

CIP2由来の糞便試料の454種のアンプリコン配列決定のために、土壌のためのFastDNA SpinキットをFastprep instrument (MP Biomedicals社、米国)でメーカーの使用説明書に従って使用して、DNAを糞便試料(70mg)から直接抽出した。16S rRNA遺伝子のV3〜V5領域を、リンカーと適合させたバーコード付きプライマー338F(5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3')及び926R(5'-CCGTCAATTCMTTTRAGT-3')を使用して増幅した。加熱サイクルは、94℃における最初2分の変性工程に続く、変性(94℃、30秒間)、アニーリング(53℃、30秒間)及び伸張(68℃、2分間)の20サイクルを含んだ。PCR生成物は、Wizard SVゲル及びPCR Clean-Up系(Promega社、英国)をメーカーのプロトコルに従って使用して精製して、Qubit(登録商標) dsDNAHSアッセイキット(Life Technologies社、英国)を使用して定量した。等モル量の各PCR反応の各浄化生成物を、Roche 454 FLX-Titaniumプラットフォームで配列決定した。

【0147】

微生物叢の分析
CIP1から誘導された培養物の細菌の最大尤度の系統を、アラインされたRDP配列から、以下の設定でFastTreeバージョン2.1.3(Price、Dehalら、2010年)を使用して発生させた:ヌクレオチド置換の一般時間逆転モデル(Generalised Time-Reversible model)(GTR)及び20の比率のカテゴリーのサイトにわたる比率における変動のCAT近似。エタノール耐性の系統は、培養系統全体から誘導された。全ての系統樹はITOLで編集した(Letunic及びBork、2011年)。

【0148】

CIP1誘導された糞便試料からの16S rRNA遺伝子のアンプリコンライブラリーから一般化された部分的な16S rRNA遺伝子配列の分析を、mothur MiSeq SOP(Kozich、Westcottら、2013年)を使用して2014年8月29日に実施して、全ての試料にわたって7549のOTUを同定した。≧97%の配列同一性閾値を再び使用してOTUを定義した。

【0149】

CIP2から誘導された糞便試料からの454種の配列分析のために、配列の読みを整理し、濾過して、2012年11月にアクセスしたmothurソフトウェア454 SOPを使用して予備処理した(Schloss、Westcottら、2009年、Schloss、Geversら、2011年)。分析のための高品質の配列データを確実にするために、配列を、50bpのサイズの枠を使用して整理して(35bpの平均品質スコア)、>8bpのホモポリマーを除き、プライマー配列中に、多義の塩基又はミスマッチは許容しなかった。重複する配列の読みを除去して唯一の配列を発生させ、それを、SILVAアラインメントデータベースにアラインした(Pruesse、Quastら、2007年)。これらのアラインされた配列をスクリーニングして、mothurでscreen. seqsコマンドを使用して、配列が同じアラインメント区域で重なることを確実にした。独特の配列を再び発生させて、配列をプレクラスターにしてピロシーケンスの誤差に基づくと思われる配列を除去した(Huse、Dethlefsenら、2008年)。キメラ配列は、Perseus(Quince、Lanzenら、2011年)を使用して除去して、クロロプラスト及びミトコンドリア等の他の汚染物質も除去した。≧97%の配列同一性を有する配列及びRibosomal Database Project(RDP)(Cole、Wangら、2014年)及びSILVA(Pruesse、Quastら、2007年)データベースにより門から属レベルに割り当てられたそれらの分類は、同じ分類学の作業単位(OTU)に属するとみなした。各試料における種の多様性は、種の存在量及び相対存在率の両方を考慮に入れた(Schloss、Westcottら、2009年) Shannonの多様性インデックス(SDI)を計算することにより測定した。次にOTUを使用して樹状図を、mothurパッケージのBray Curtis計算を使用してクラスターにした。微生物のコミュニティーを比較する他の分析、例えば、Invsimpsonインデックス、主成分分析(PCA)及びUniFracの方法等は、前に記載したようにmothurソフトウェア(Lozupone及びKnight、2005年、Lawley、Clareら、2012年)を使用して実施した。

【0150】

メタゲノミック分析
微生物の存在量は、Human Pan-Microbe Community Database(Forster、Browneら、2015年)を使用して、1883名の健常個体(3218試料)及び458名の疾患個体(628試料)に対して計算した。発生は、1000を超えると計算され、試料内の全部の高品質の読みに対して計算された存在量で規準化された独立の読みであった。抗菌性の耐性及び病毒性因子の同定は、完全ゲノム配列でアノテートされたタンパク質配列に対して自動化された配列相同性検索を使用して実施した。抗菌性の耐性の参照リストは、総合的な抗菌性のCARDデータベース(McArthur、Waglechnerら、2013年)に基づいて定義されたが、毒素は、Database of Bacterial Exotoxins for Humans(DBETH)(Chakraborty、Ghoshら、2012年)における出現により同定された。

【0151】

実験の設定及び結果
本発明者らは、胃腸管のディスバイオシス、及び例えば、腸内感染、例えば、クロストリジウム・ディフィシルにより惹起されるが、これらに限定されない腸内感染の処置のために特に合わせた治療用組成物に組み込むために、細菌を分離して同定する方法を確立した。上記のように、治療に含める細菌候補を取得するために、2つの異なる手法を使用した。第1の手法(CIP1)は、健常ヒトの腸の微生物叢の細菌成分を可能な限り代表する培養コレクションを確立するために、健常成人ドナーからの広い培養手法に頼った。この方法は、特定の表現型又は機能、例えば胞子形成を示す細菌を優先的に選択する標的培養手法も組み込んだ。第2の方法(CIP2)は、C.ディフィシルに関連するディスバイオシスを解決する前の個体とFMTを比較することにより、胃腸のディスバイオシスを解決することに特に関連する細菌種を取得することを、更に本質的に標的として狙った。これらの2つの手法を、下で更に詳細に説明する。

【0152】

CIP1-治療候補を同定する広範な培養手法
本発明者らは、特定の細菌の表現型を標的とする培養のためのプラットフォームとして使用することができるゲノムに基づく作業の流れを確立することに最初は務めた(図1)。新鮮糞便試料を、6名の健常ヒトから集めて、メタゲノム配列決定と細菌培養手法を組み合わせて、常在細菌のコミュニティーを定義した。ショットガンメタゲノム配列決定を適用して、本発明者らは、元の糞便試料中に存在する細菌種のプロファイルを作成して、複雑な広範囲の細菌培地、YCFAを含有する、グルコース、マルトース及びセロビオースで補完された寒天プレート(Duncan、Holdら、2002年)上で個別のコロニーとして生育する細菌種と比較した。重要なことに、2種の試料間で種レベルにおける強い相関が観察された(スピアマンのロー=0.75、p<0.01)(図2)。配列決定されると、元の糞便試料と培養された細菌コミュニティーとが、6名のドナーにわたって平均93%の粗読みを共有した。

【0153】

これらの結果は、驚くべきことに、当技術分野で確立された見解に反して、糞便の微生物叢内の大きい比率の細菌が、単一の生育培地中で培養され得ることを示す。したがって、高い処理能力の獲得又は特定の表現型の選択と組み合わされたときに、ヒトの胃腸管から新規な細菌を分離して同定するために使用することができる、広範な範囲の培養方法が確立された。

【0154】

ヒトの腸の微生物叢では、周囲の酸素に極端に敏感な厳格な嫌気性細菌が優勢である。クロストリジウム・ディフィシルを含むファーミクテス門のあるメンバーは、コロニー形成中における代謝的に休眠中の及び高度に耐性の胞子を産生して、それは、ホスト内における残留及び環境への透過の両方を容易にする(Lawley、Clareら、2009年、Francis、Allenら、2013年、Janoir、Deneveら、2013年)。比較的少ない腸胞子形成細菌しか現在まで培養されていないが、メタゲノミクスの研究は、腸の微生物叢の他の予想されないメンバーが潜在的な胞子形成遺伝子を有し、それらは殆どキャラクタライズされていないままであることを示唆する(Galperin、Mekhedovら、2012年、Abecasis、Serranoら、2013年、Meehan及びBeiko、2014年、Rajilic-Stojanovic及びdeVos、2014年)。

【0155】

本発明者らは、胞子形成が、微生物叢の持続性及びヒト間の広がりに深甚な影響を有し得る、ヒトの腸の微生物叢の認識されていない基本的な表現型であり得るという仮説をたてた。胞子形成は、細菌療法製剤のために望ましいとも考えられ、その理由は、胞子構造の耐性の性質は、医薬品の製造及びその後の貯蔵中における生存を助長すると思われるからである。C.ディフィシルからの胞子は、エタノールに耐性であり、この表現型は、胞子の混合された集団及びエタノールに感受性の生長力のある細胞から胞子を選択するために使用することができる(Riley、Brazierら、1987年)。エタノール処理をした、又はしていない糞便試料を、本発明者らの培養及びメタゲノミクス作業の流れの組合せを使用して処理した(図1)。主要成分の分析により、エタノール処理は、培養可能な細菌組成物を大きく変化させて、元のプロファイルと比較したときに、エタノール耐性細菌を効率的に富化させて、それらの分離を容易にすることが示された(図3)。約2,000の個々の細菌コロニーを、エタノールで処理された及びエタノールで処理されなかった両方の条件から採取して、それらを再画線培養して精製し、全長16S rRNAの遺伝子の配列決定を実施して、分類学のキャラクタリゼーションを可能にした。次に特徴的な分類群を、凍結したストックとして、今後の表現型の分析のために保管した。

【0156】

合計で、6名のドナー全員の平均相対存在量に基づいて、属レベルにおける細菌の存在量の96%及び種レベルにおける細菌の存在量の90%を代表する細菌(図4A及び4B)を保管した。低い平均相対存在量(<0.2%)で存在した属も、分離して精製した(図4C)。エタノール耐性種は、5種の既知の科(クロストリジアセアエ(Clostridiaceae)、ペプトストレプトコッカセアエ(Peptostreptococcaceae)、ラクノスピラセアエ(Lachnospiraceae)、ルミノコッカセアエ(Ruminococcaceae)及びエリシペロトリカセアエ(Erysipelotrichaceae))及び2種の新しく同定された候補科(細菌分離株HMI_1及びHMI_22)から分離された(詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。これらの新しい予想されなかった胞子形成細菌の同定は、ファーミクテス門の腸内種の中におけるこの表現型の広い分類学的分布に脚光を当てる。45種の候補新規種及び20種の候補新規属及び2種の候補新規科を代表する分離株を含む、全体として、137種の異なる細菌種が保管された(図5)。本発明者らのコレクションは、未だ培養されたことのない及び配列決定されていない微生物のHuman Microbiome Project(HMP)の「最も望まれる」リストからの90の種を含有する(Fodor、DeSantisら、2012年)。Table 1(表1)にリストを挙げた寄託された細菌分離株の19種、すなわち: HMI_1、HMI_2、HMI_4、HMI_5、HMI_7、HMI_11、HMI_12、HMI_15、HMI_16、HMI_17、HMI_18、HMI_19、HMI_35、HMI_37、HMI_38、HMI_39、HMI_45、HMI_50及びHMI_51が、HMPの「最も望まれる」リストに含まれる(詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。したがって、本発明者らの広範囲のYCFAに基づく培養手法は、多数の新規細菌(新規科、属、種、及び分離株を含む)の発見に結びつき、大部分の腸の微生物叢は「培養可能でない」という当技術分野において支配的な見方に異議を申し立てる。

【0157】

CIP2:胃腸のディスバイオシスを解決する候補を標的とする同定
上で記載されたように、FMTは、CDIを解決することに効果的であることが証明された。それ故、本発明者らは、FMTドナー及びレシピエントからの糞便試料を培養して、治療に使用することができる候補細菌を分離することを探求した。種々の微生物の培地のパネルを、糞便試料から最も広い範囲の細菌種を回収するために試験した(方法を参照されたい)。この手法は、細菌候補の培養及び保管を可能にした。2600を超える種の細菌分離株を培養して、16S rRNAの遺伝子の配列決定を使用して、これらを分類学的に分類した(図7)。これらの細菌分離株は、腸の微生物叢における4つの主要な門(放線菌門、バクテロイデス門、プロテオバクテリア門及びファーミクテス門)のメンバーであった。これらの細菌分離株は、部分的長さの16S rRNA遺伝子のアラインメントに基づいて350種を超える異なるOTUを表した。

【0158】

候補細菌のインシリコにおける分析
培養コレクションを、上で記載された2つの手法(CIP1及びCIP2)により確立して、本発明者らは、次に、これらの細菌をスクリーニングして、細菌療法のための細菌候補を同定することを探求した。

【0159】

本発明者らは、FMTドナー及びレシピエントから培養された分離株を分析することを最初に試みた。FMTの1から3ヵ月後に、レシピエントの糞便微生物叢のプロファイルは、ドナー及び健常対照のものと同様であった。特に、消化管微生物叢中に存在する4つの主要な細菌門の相対存在量も、これらの群を越えて同様であった。ドナー及びレシピエントにおける微生物叢コミュニティー構造(FMTの前及び後)を、主成分分析(PCA)を使用して評価するために可視化した(図6)。PCAプロットは、「健康が関連する」微生物叢、及び「バンコマイシン」微生物叢を代表する2つの異なる組成のプロファイルの存在を示す。健康が関連するプロファイルは、処置後2〜3ヵ月におけるFMTドナー、健常対照及びFMTレシピエントからの試料を含有した。「バンコマイシン」微生物叢のプロファイルは、健康が関連する微生物叢から主成分1に従って分離されて、バンコマイシンで処置された個体だけを含有した。これらのバンコマイシン対照個体は、C.ディフィシルに感染したが、その間に他の疾患状態を処置する抗生物質を取っていた。それに加えて、「メトロニダゾールが関連する」プロファイルは、「健康が関連する」プロファイルから、主成分2に従って分離されて、メトロニダゾールで治療されたC.ディフィシルに感染した患者からの試料を含有した。

【0160】

各対のドナー-レシピエントプロファイルを、FMTの前と後で比較してドナー試料中に存在する分類群を同定すると、FMT後のレシピエントのプロファイルにおける相対存在量が増加していた。全てのレシピエント試料から合計で786のOTUがFMT後に検出されたが、異なる時点に存在する単独個体のOTUは除いた。これは、更に分析するための375のOTUを生じた。CDIの再発は、典型的には、抗生物質処置の中止の3〜4週間後に起こることを考慮に入れて(Cornely、Millerら、2012年、Abujamel、Cadnumら、2013年)、FMT後2〜3ヵ月に相対比率で存在量が増加したOTUを更に分析した。

【0161】

次に、本発明者らは、本発明者らの両方の培養手法(CIP1及びCIP2)から細菌療法候補を更にスクリーニングするためにインシリコで分析することを行った。上で記載されたように、健常な腸の微生物叢は、多様な及び豊富な微生物のコミュニティーに基づく。本発明者らがCIP1及びCIP2からの細菌分離株から発生させた全ゲノム配列を使用して、本発明者らは、HPMCデータベースツール(Forster、Browneら、2015年)を使用する、公開のメタゲノムのデータセットにおける健常及び疾患個体におけるそれらの罹患率を、コンピューターで査定した。候補細菌が、最初に濾過されて、それらが検出された全ての健常個体にわたって、細菌コミュニティー内で、平均存在量が0.001%を超えるこれらの分離株のみを含んだ(図8)。したがって、DSMZに寄託された全ての細菌は、それが検出された全ての健常個体にわたる細菌コミュニティー内で、平均存在量が0.001%を超えていた(Table 1(表1)を参照されたい)。健康に関連することに加えて、細菌療法の適用ために好ましい候補は、胃腸のディスバイオシスを改善することが期待される。そのような候補を同定するために、公開で利用できるメタゲノムのデータセットにおける本発明者らの分離株の各々の分布を調べた。合計平均存在量が、胃腸のディスバイオシスを有する個体で、健常個体と比較して実質的に減少した(4倍を超える減少)細菌種を選択して、下に記載するようなさらなる分析にかけた(図9)。したがって、DSMZに寄託された細菌の全てが、胃腸のディスバイオシスを有する個体で、健常個体と比較して減少した合計平均存在量(4倍を超える減少)を示した(Table 1(表1)を参照されたい)。

【0162】

細菌療法候補のリストを、コンピューターで予測される抗菌性の耐性(AMR)及び病毒性因子を基準にして更に分析した。既知の病原体C.ディフィシル、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)及び大腸菌の全体で予測される耐性スコアの20%未満の全体的予測耐性スコアを有する細菌療法候補が含まれた。候補は、ベータラクタム、フシジン酸、エルファマイシン、アミノグリコシド、ホスホマイシン及びツニカマイシンに対してインシリコで予測される耐性がないこと並びにChakrabory A.ら、2012年、A Database of Bacterial Exotoxins for Humans(DBETH)で既知の毒素がないことによっても選択した。この分析に基づいて、本発明者らは、CIP1及びCIP2によって細菌療法で使用するための51種の候補を同定した(Table 1(表1)を参照されたい)。これらの細菌療法候補のうち10種、すなわち:HMI_23、HMI_24、HMI_25、HMI_26、HMI_27、HMI_28、HMI_29、HMI_30、HMI_31及びHMI_32は、CIP2を使用して同定した(詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。これらの10種の分離株の全ては、健常ドナーから培養された。その他の細菌療法候補は、CIP1を使用して同定した。

【0163】

CIP1及びCIP2を使用して同定された細菌療法候補は、HMI_17を除いて、次に、インビトロ分析にかけて、下の実施例2で記載するように、C.ディフィシル及び大腸菌感染の処置においてそれらの治療効力を確立した。

【0164】

(実施例2)
細菌療法候補のインビトロにおける分析
オーバーレイアッセイによる細菌療法候補の抗病原体活性の検出
実施例1で同定された目的の細菌分離株を、加温された最小限のYCFA寒天を含有する標準的ペトリ皿の表面で、「X」形状で画線培養した。これらの接種されたプレートを、次に37℃で、細菌の生育が明確に可視になるまで、3から6日の間、嫌気的にインキュベートした。オーバーレイ寒天は、適当なブロスに0.8%寒天を加えることにより調製した。C.ディフィシルのためには、BHIブロス+0.8%寒天を使用した。大腸菌のためには、LB+0.8%寒天を使用した。オーバーレイ寒天を、使用前には50℃で溶融した状態に保った。オーバーレイ寒天に、目的の病原体、この場合C.ディフィシルM7404又は大腸菌(AIEC)のいずれかの濁った培養物のアリコットを接種した(1%の接種材料)。接種されたオーバーレイ寒天の10mlのアリコットを、目的の各共生株を担持する寒天プレートの表面に加えた。オーバーレイ寒天を静置して、プレートを、嫌気的に37℃で1日から2日インキュベートした。インキュベーションに続いて、ゾーンの透明化で、目的の共生株がオーバーレイ層で病原体の生育を阻害することができたかどうかを観察することができた。図10に示したように、各ゾーンの透明化の幅を定規で測定した。結果を図11に示す。

【0165】

CFSの相対生育阻害アッセイによる抗病原体活性の検出
細菌療法候補を、最小限のYCFAブロスの1mlのアリコットで、嫌気性条件下に2日間37℃で生育させた。各培養物を遠心分離分離して細菌を除去することにより、及び生じた上清を0.22μmフィルターを通して滅菌することにより、細胞を含まない上清(CFS)を調製した。接種されていないYCFAブロスもフィルターで滅菌した。CFS及び濾過されたYCFAブロスアリコットを、必要になるまで-20℃で凍結した。これらの濾過物を嫌気性条件下に37℃で解凍して、平底96ウェルプレートの1ウェルに各CFSの100μlのアリコットを加えた。数個のウェルをフィルター滅菌されたYCFAブロスで満たして、病原体生育のための陽性対照として役立てた。各ウェルに、濁った、初期ないし中期の指数関数相のC.ディフィシルM7404培養物を接種した(2〜5%の接種材料)。或いは、OD₆₀₀≒1に調節された定常相の大腸菌培養物の5%の接種材料を使用した。96ウェルプレートを光学的に透明なフィルムで封じて、それをFLUOstar Omegaマイクロプレートリーダー(BMG Labtech社)に移した。プレートを静的に37℃で、プレートリーダーでインキュベートして、18.17時間の間10分毎にOD₆₀₀を読み取った。各OD読み取りの前にプレートを10秒間震盪させた。HMI17を除く全ての分離株を試験した。

【0166】

次に、CFS試験の各々における目的の病原体の相対生育を、以下のように計算した:各CFS試験について、全ての粗データ値を、10分の時点で取られたそのOD₆₀₀読み取りに対して表示した。CFSの光学密度における初期の固有の変動(培地の事前の発酵に基づく)を考慮から排除することによる、そのようなデータの規準化により、種々のCFSにおけるC.ディフィシル又は大腸菌生育の直接比較が可能になった。CFSの各々においてC.ディフィシル又は大腸菌により18.17時間の時点で達成された相対生育を、YCFAブロスで達成された目的の病原体の相対生育と比較した。共生株は、その同じ共生の分離株から誘導されたCFSにおける目的の病原体の相対生育に標準偏差の2倍を足した値が、YCFAブロスにおける病原体の相対生育の平均から標準偏差の2倍を引いた値未満であれば、C.ディフィシル又は大腸菌の将来性のある阻害剤と考えられた。相対生育値が1つしか利用できない場合には、CFSは、相対的な病原体生育が、YCFAブロスにおける平均相対生育より標準偏差の2倍を超えて低ければ、潜在的に阻害性であると考えられた。阻害活性を有することが見出された細菌療法候補についての結果を図12に示す。

【0167】

結果
生育オーバーレイ及び生育阻害アッセイで得られた結果のまとめを図13及びTable 1(表1)に示す。インビトロアッセイの各々で活性を示した細菌療法候補をこの図に示す。

【0168】

試験された50種の細菌療法候補のうち、22種が、実施されたアッセイの1つで、C.ディフィシルM7404又は大腸菌(AIEC)のうち少なくとも1種の生育阻害を示す。11種の細菌療法候補が、オーバーレイアッセイでC.ディフィシル又は大腸菌のいずれかの少なくとも1つの生育を阻害して、これらの細菌療法候補により与えられた阻害は直接的であることを示唆した。オーバーレイアッセイのデータによれば、5種の細菌療法候補は、C.ディフィシル又は大腸菌のいずれかのみの生育を阻害して、これらの細菌療法候補の阻害活性は一般的でないこと、即ち阻害活性が1種又は複数の病原性細菌に特異的であることを示唆する。

【0169】

試験された50種の細菌療法候補のうち、6種がオーバーレイアッセイで、C.ディフィシル及び大腸菌の両方の生育を阻害して、それらが阻害活性の広いスペクトルを有し、他の病原性細菌に対しても阻害活性を有すると思われることを示唆した。

【0170】

CFSの相対生育阻害アッセイからの結果は、試験された50種の細菌療法候補のうち、16種からのCFSだけが、18.17時間の時点で、C.ディフィシルの相対生育を、YCFAブロスにおける平均相対生育より標準偏差の2倍を超えて低いレベルで支持することを示した。したがって、これらの細菌療法候補は、C.ディフィシル生育を阻害すると考えられた。これらの細菌療法候補のうち5種は、C.ディフィシル及び/又は大腸菌生育を、オーバーレイアッセイで直接阻害することも示された。このことは、これらの5種の細菌療法候補は、これらの病原性細菌の生育を阻害する1種又は複数の物質を分泌することを示唆する。CFSの相対生育阻害アッセイで阻害活性を示したその他の11種の細菌療法候補は、C.ディフィシルと栄養素を求めて競合すると思われる。細菌療法候補のうち2種からのCFSは、YCFAブロスで大腸菌について観察された平均生育の標準偏差の2倍以内で、大腸菌の生育を支持しなかった。それ故、これらの分離株は、大腸菌の生育を阻害すると考えられる。

【0171】

(実施例3)
インシリコにおける共存在量ネットワークの分析
実施例2で試験されたときに、病原体生育を直接阻害することができなかったが、実施例2で病原体の生育の直接阻害を示したこれらの細菌の生育又は生存を支持し得る細菌を同定するために、共存在量ネットワーク分析を実施した。この分析は、HPMCデータベースツールにおける健常データセットの完全リスト(Forster、Browneら、2015年)を使用して、前に記載されたように実施した。実施例2で病原体生育の阻害を示した各候補細菌について、0.001%を超える平均存在量及び最小100の読みを有する糞便試料の少なくとも95%にわたって、候補細菌と共出現を示した第1度の近接種の完全リストを作成した。病原体生育の直接阻害活性を示す候補細菌との広範な共出現を示した細菌は、候補細菌による胃腸管のコロニー形成のために必要とされる代謝の、環境の及び/又は免疫調節の支持機能を提供すると予測される。そのような共出現を示す寄託された細菌をTable 1(表1)に示す。

【0172】

考察
実施例2に示された1種又は複数の病原性細菌の生育を阻害した細菌分離株は、ヒトにおける胃腸のディスバイオシスの治療に適すると期待される。

【0173】

しかしながら、実施例2で病原体阻害の証拠を示さなかった細菌分離株も、胃腸のディスバイオシスの処置のために有用であることが未だ期待される。

【0174】

第1に、実施例3で得られた共出現データに基づいて、多数の寄託された細菌が、実施例2で同定された阻害性細菌による胃腸管のコロニー形成を、直接又は間接相互作用により支持すると期待される。細菌の共同体が、栄養共生、構造ネットワーク、例えば、菌膜、又は「キーストーン種」の相互作用等によりよく育つ代謝のネットワークは、微生物叢が確立されて安定化されることを可能にする(Ze及びMougenら、2013年)。共出現分析により、95%を超える率で直接阻害性細菌と第1度の共出現近接を形成した35種の候補が同定された(HMI_2、HMI_5、HMI_6、HMI_7、HMI_8、HMI_9、HMI_10、HMI_11、HMI_12、HMI_14、HMI_15、HMI_16、HMI_17、HMI_18、HMI_19、HMI_20、HMI_26、HMI_27、HMI_31、HMI_33、HMI_34、HMI_35、HMI_37、HMI_38、HMI_39、HMI_41、HMI_42、HMI_43、HMI_44、HMI_46、HMI_47、HMI_48、HMI_50、HMI_51、HMI_52;詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。それに加えて、Table 1(表1)のリストに挙げた細菌分離株の数種は、既知のキーストーン種と同じ属に属し(HMI_17、HMI_23〜HMI_32、HMI_45、HMI_49、HMI_51及びHMI_52;詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)、したがって、それら自身キーストーン種を代表すると期待される。

【0175】

第2に、Table 1(表1)のリストに挙げた細菌分離株は、胃腸の微生物叢の全体的多様性に寄与することが、実施例1に示されたが、それは、ディスバイオシス中は低い。特に、多くのこれらの細菌(HMI_23からHMI_32を含む)は、FMTドナーの腸の微生物叢からCIP2の一部として回収された。健常ドナーの微生物叢が、反復性C.ディフィシル感染のための抗生物質処置に基づくディスバイオシスを有する個体に移されたときに、全ての固体が健康を回復し(図6)、そのことは、FMTの2〜3ヵ月後におけるC.ディフィシルの不在として決定された。CIP2の方法による細菌療法候補を同定するための基準は、ある候補細菌種が、FMTの2〜3ヵ月後に0.6%を超える平均相対存在量で、レシピエントの半分の微生物叢に存在することを要求した。その上、Table 1(表1)のリストに挙げた51種のうちの細菌の数種を代表する属が、健常ドナー及びFMT後に治癒したレシピエントでも同定された(図14)。更に、本明細書で紹介したインシリコ分析(図8及び9)は、51種の候補細菌療法分離株が健常個体で支配的であり、彼らにおいて、それらの分離株が>0.001%の平均相対存在量で出現し、これらの細菌は、ディスバイオシスの状態の下では涸渇する傾向があることを明らかにした(図9)。同時に、これらのデータは、Table 1(表1)のリストに挙げた51種の細菌分離株が、胃腸のディスバイオシスの処置に適することを強く示唆する。

【0176】

第3に、Table 1(表1)のリストに挙げた細菌分離株は、胃腸管中の腸内病原体と競合することが期待され、したがって、胃腸のディスバイオシスの処置に適用を見出す。特に、健常個体におけるこれらの細菌の広く広がった出現は、それらが胃腸管に効率的にコロニーを形成することを意味する。微生物叢にこれらの健康に関連する細菌が住み着くと、任意の病原性細菌による腸内感染の尤度は、そのような感染は、健常な胃腸の微生物叢を有する個体では通常起こらないので、低くなることが知られている。実際、C.ディフィシル感染のための抗生物質処置の後の胃腸管のディスバイオシスのために処置された個体において、Table 1(表1)のリストに挙げた51種の細菌の多くを代表する属が同定されたFMTの後では(図14)、健常微生物叢プロファイルが回復されて(図6及び図14)、C.ディフィシル感染は、3ヵ月以内には起こらなかった。このことは、これらの細菌は、病原体が、栄養素及び付着部位について、常在する健康が関連する細菌との競合により排除又は抑制されるコロニー形成耐性の原理により、健康を助長することを示す(Britton & Young、2014年;Lawley & Walker、2013年)。

【0177】

第4に、Table 1(表1)のリストに挙げた細菌分離株のうち数種は、同じ属又はクレードの他の種の検討(Louis & Flint、2009年)からの外挿に基づいて、胃腸の健康のための知られた利益を有する短鎖脂肪酸等の代謝物を産生することが期待される(例えば、HMI_9、HMI_12、HMI_20、HMI_21及びHMI_23-HMI_32;詳細についてはTable 1(表1)を参照されたい)。

【0178】

最後に、一部のクロストリジウム関係の種は、免疫調節性であることが示されており、炎症を低下させることに有益であり得る(Atarashi、Tanoueら、2013年)。16S rRNAの遺伝子配列の比較に基づいて、95%の配列同一性を、属を定義するためのカットオフとして使用して(Bosshard、Abelsら、2003年)、この関係で、これらの細菌と同じ属にある例は、HMI_4、HMI_9、HMI_10、HMI_15、HMI_27、HMI_28及びHMI_38である。

【0179】

【表1A】

【0180】

【表1B】

【0181】

【表1C】

【0182】

【表1D】

【0183】

【表1E】

【0184】

配列のリスト
Table 1(表1)のリストに挙げた51種の寄託された細菌分離株の16S rRNA遺伝子配列を下に提示する。各細菌療法候補について、推定上の属及び種の名称を記載する。属及び種の名称は、Ribosomal Database Project(RDP)の参照データベース及び実施例1で説明したBLASTn分析に基づいて割り当てた。したがって、細菌療法候補の各々に割り当てられた属及び種の名称は、最も密接に関係する既知の細菌のものであり、それ故、変化を仮定している。

【0185】

HMI_1 Clostridium thermocellum 16S rDNA配列(配列番号1)
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAGAATCTTTGAACAGATCTTTTCGGAGTGACGTTCAAAGAGGAAAGTGGCGGACGGGCGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCCATAAGAGGGGGATAATCCATGGAAACGTGGACTAATACCGCATATTGTAGTCAAGTCGCATGACTAGATTATGAAAGATTTATCGCTTATGGATGGACTCGCGTCAGATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCAACGATCTGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCGCATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGCAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTGTTGTCGCAAGGGAAGAAGACAGTGACGGTACCTTGTGAGAAAGTCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGACAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGCGTAGGCGGACTGTCAAGTCAGTCGTGAAATACCGGGGCTTAACCCCGGGGCTGCGATTGAAACTGACAGCCTTGAGTATCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATCCCTGGAATCGAGTAGAGATACTTGAGTGCCTTCGGGAATCAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTCAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTGGCGAGACTGCCGGTGACAAATCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGCCCAGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGATAACAAAGTGCAGCGAAACCGTGAGGTGGAGCGAATCACAAAACTCGGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGATAACACCCGAAGCCTGTGAGCTAACCTATTAGGAGGCAGCAGTCGAAGGTGGGGTTGATGATTGGGGTGAAGTCG

【0186】

HMI_2 Flavonifractor plautii 16S rDNA配列(配列番号2)
GAGTGCTCATGACAGAGGATTCGTCCAATGGAGTGAGTTACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGGTGGAAACATCTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTCTCAGGGACGAAGCAAGTGACGGTACCTGAGGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCAAGTCAGATGTGAAAACCATGGGCTCAACCTGTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTACTGGAGAGGCAGACGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCTGCTGGACAGCAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCGGTGACCGGTGTAGAGATACACCTTCTTCTTCGGAAGCGCCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTCAACAGAGGGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAACCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGT

【0187】

HMI_3 Flavonifractor plautii 16S rDNA配列(配列番号3)
TGGCTGTTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACACAGTGAAAACTGTGCTAATACCGCATGACATATTGGTGTCGCATGGCACTGATATCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGTCTGATTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGTCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTAACAGGGACGAAGTAAGTGACGGTACCTGTTGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTCAACCCATAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGTCGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACGATAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCTACTAACGAACCAGAGATGGATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGCGGTTAACAGAGGGAGGCAAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCTAAAAGCCGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACTGCAAAGGGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAGGGTAACCG

【0188】

HMI_4 Clostridium orbiscindens 16S rDNA配列(配列番号4)
TGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACAGACCGAAAGGCCTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGACCGCATGGTCCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAATGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTCTCAGGGACGAACAAATGACGGTACCTGAGGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGAAGGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTCAACCCATAGCCTGCATTTGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGTGGTAAACAGAGGGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAGGGTAACC

【0189】

HMI_5 Ruminococcus flavefaciens 16S rDNA配列(配列番号5)
CGGATCAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTAAGAGGGGGATAACGTTTGGAAACGAACGCTAATACCGCATAACATAGAAGATTCACATGTTTCTTCTATCAAAGATTTATCGCTTAAAGATGGGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGTACTGAGAGGTAGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTCAGGGACGATAATGACGGTACCTGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATCTTAAGTCAGGTGTGAAAACTATGGGCTCAACCCATAGACTGCACTTGAAACTGAGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCACGCGAAGAACCTTACCGGGTCTTGACATCTACAGAATCCTTTAGAGATAAGGGAGTGCCCTTCGGGGAACTGTAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCCGGGCTACACACGTACTACAATGGCGTAACAGAGGGAAGCAACATCGCGAGGTGAAGCAAATCTCTAAAAAACGTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGACGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGTCGCTTGTCTAA

【0190】

HMI_6 Anaerotruncus colihominis 16S rDNA配列(配列番号6)
AGTCGACGGACACATCCGACGGAATAGCTTGCTAGGAAGATGGATGTTGTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTACCTCAGAGTGGGGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGATGGCAGGGTCGCATGGCCTGGTCATAAAAGGAGCAATTCGCTCTGAGATGGGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTTTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTGTGGGACGATAGTGACGGTACCACAGGAGGAAGCCATGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGATGGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGCGGGCTGGTAAGTTGAATGTGAAACCTTCGGGCTCAACCCGGAGCGTGCGTTCAAAACTGCTGGTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGATTGACCCCCTCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATCCATCGCCAGGCTAAGAGATTAGCTGTTCCCTCCGGGGACGATGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGTTAACAGAGAGCAGCGATACCGCGAGGTGGAGCGAATCTAGAAAAACGGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGTAACACCCGAAGTCAGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTGCCGAAGGTGGGGCTGGTAATTGGGGTGAAGTCGTAAC

【0191】

HMI_7 Clostridium xylanolyticum 16S rDNA配列(配列番号7)
GTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGTCGCATGACCTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGTCTGACAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACTCCGGGACTGCTTTTGAAACTGCCGGACTAGATTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAAATGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCACAGCTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCGATGACCGTCCCGTAACGGGGGCTTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGTACGGCCGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAAACTGTGAAGTCTAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGAAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG

【0192】

HMI_8 Clostridium oroticum 16S rDNA配列(配列番号8)
TTTTGATTGATTTCTTCGGAAAGAGAGAGACTGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCACACAGCTTCGCATGAAGCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAATGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTGTAACTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTAAGCAAAGCTTATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCCTCTGACAGCTGAGTAATGTCGGTTTTCTTTCGGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCATATGAGATGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTTCAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0193】

HMI_9 Eubacterium contortum 16S rDNA配列(配列番号9)
CTTAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGTGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCACCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTATGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCATTGGAAACTGTCGAACTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTAGCAGAGCTATTCGGTGCCGCAGCCAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCTCCCTGACCGGCAAGTAATGTTGCCTTTCCTTCGGGACAGGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCGGTTTGGCCGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG

【0194】

HMI_10 Clostridium oroticum 16S rDNA配列(配列番号10)
ACATGCAAGTCGAGCGAGCGCTTTAGTGGAATTCTACGGAAGGAAAGTGAAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCCCAGTACCGCATGGTACAGAGGTAAAAACTGAGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAGAGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAGCAGCAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGAGTGCATTGGAAACTGTTGATCTAGAGTGCTGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACAGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTAGCAAAGCTATTCGGTGCCGCAGCCAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCCCTTGACATCCGGGTGACCGGCGAGTAATGTCGCCTTCTCTTCGGAGCAGCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGATAAGCCGGGGACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAAGC
TGTGAAGCGGAGCGAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG

【0195】

HMI_11 Lachnospira pectinoschiza 16S rDNA配列(配列番号11)
AGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTGTACAGGGGGACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCCCTTAGCACTGCATGGTGCATAGGGAAAAGGAGCAATCCGGTACAGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGATCTGAGAGGATGTACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGTGGCAAGGCAAGCCAGAAGTGAAAACCCGGGGCTCAACCGCGGGATTGCTTTTGGAACTGTCATGCTAGAGTGCAGGAGGGGTGAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGGCTCACTGGACTGTAACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCGGTAAACGATGAATACTAGATGTCGGGTAGCAAAGCTACTCGGTGTCGTCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCCCATTCGATAGAGGGTAATGCTTCTAGCCCTTCGGGGGAATGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTCAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTGATGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAGAGGGAAGCGAAGGAGTGATCTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAAAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAATGCCCGAAGTCAGTGACTCAACCGAAAGGAAAAAGCTGCCGAAGGCAGGACTGGTAACTGGGGTGAAGTCGT

【0196】

HMI_12 Roseburia faecis 16S rDNA配列(配列番号12)
AGTCGAACGAAGCACTTTATTACGATTTCTTCGGAATGACGATTTAGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGATTGCATGATCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTGCGGCAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTGTCGTACTTGAGTATCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGACATAGTCCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCGGTGACAAAGTATGTAATGTACTCTTTCTTCGGAACACCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTCTTAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAAAAGGTGACTTCTAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACTCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGGAATGCCCGAAGCCGGTGACTCAACCGAAAGGAGAGAGCCGTCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC

【0197】

HMI_14 Clostridium hathewayi 16S rDNA配列(配列番号13)
AGTCGACGGAGATGCGATGTGAGCGAGAGGTGCTTGCACTGATCAATCTTTTCGTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACCGGGGGATAACACTTAGAAATAGGTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGTGTCGCATGACACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAGAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGGTTGGGGCTCAACCCCGAAACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTACAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGTGGATATGGATCCATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCTATGAATACAGGGTAATGCCTGTAGTACTTCGGTACATAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCAGTAAGATGGGCACTCTAGAGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAGAGGGAAGCGAAGTGGTGACATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTAGGTAATGCCCGAAGTCGGTGACCTAACCGCAAGGAAGGAGCCGCCGAAGGCAGGACTTATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGT

【0198】

HMI_15 Fusicatenibacter_saccharivorans 16S rDNA配列(配列番号14)
CGGATGGAATCGGTATAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAACCTGCCCTGTACCGGGGGATAACACTTAGAAATAGGTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGAACTGCATGGTTCTGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGCCAGATGTGAAAACCCAGGGCTCAACCTTGGGATTGCATTTGGAACTGCCAGGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCGGTAAACGATGATTGCTAGGTGTAGGTGGGTATGGACCCATCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCAATGACGCACCTGTAAAGAGGTGTTCCCTTCGGGGCATTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAGAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGAAATGCCCGAAGTCTGTGACCTAACCGAAAGGGAGGAGCAGCCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGTA

【0199】

HMI_16 Clostridium_clostridioforme 16S rDNA配列(配列番号15)
CTGCTTTGATGAAGTTTTCGGATGGATTTAAAACAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATAGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGTTCCGCATGGAACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAGTGACGGTACCTGAATAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCAAGGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGTGCTTAACGCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAGCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTGCTAGGTGTAGGTGGGTATGGACCCATCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGATGAAAAACCCGTAACGGGGTTCCCTCTTCGGAGCATCGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTTAGTAGCCAGCAGGTAAGGCTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGTCTGTGACTCAACCGCAAGGAGAGAGCAGCCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0200】

HMI_17 Ruminococcus_torques 16S rDNA配列(配列番号16)
CGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAGGCAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGTGACTGCATTGGAAACTGTTTTGCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGCAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGCCTTGACATCCCATTGACAGAGCATGTAATGTGCTTTCCCTTCGGGGCAGTGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCGGTTTGGCCGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGCAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCGAAAG

【0201】

HMI_18 Clostridium_celerecrescens 16S rDNA配列(配列番号17)
AGTCGACGAGGTAATGAGATGAAGTTTTCGGATGGATTCTTATTTCCGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACGATTGGAAACGATTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCACATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCAACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGATGCAAGTCTGAAGTGAAATACCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCTTTGGAAACTGTATGGCTAGAGTGCTGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACAGTAACTGACGTTCAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGACAAAGTCTTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCCTCTGAAAAGCCTTTAATCGAGCTCCTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGATGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAGGCGAAGCTGTGAGGCAGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGCCAGTGACCCAAGCGAAAGCAGGGAGCTGTCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0202】

HMI_19 Clostridium_celerescens 16S rDNA配列(配列番号18)
TCGACGAGGTATTTTGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCAGATACCGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACGGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGACGCAAGTCTGAAGTGAAATACCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCTTTGGAAACTGTGTTGCTAGAGTGCTGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACAGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGTGAGCAAAGCTCATCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCCTCTGAAACGCCCTTAATCGGGCTCCTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGATGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAGCCTGCGAGGGGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGCCAGTGACCCAAGCGAAAGCAGGGAGCTGTCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAGGGTAACCG

【0203】

HMI_20 Eubacterium_infirmum 16S rDNA配列(配列番号19)
GAGCTCATCACAGATGCTTCGGTTGAAGTGATGAGTGGAAAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTGCCCTTTGCAGAGGGATAGCCTCGGGAAACCGGGATTAAAACCTCATGACACCTCTTAAAGACATCTTTGAGAGGTCAAAGATTTATCGGCAGAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCCTTTGGGTCGTAAACTTCTGTTCTAAGGGAAGATAATGACGGTACCTTAGGAGCAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGTACGTAGGTGGTTACCTAAGCACGAGGTATAAGGCAATGGCTTAACCATTGTTCGCCTTGTGAACTGGGCTACTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGTAACTGACACTGAGGTACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGGTGTCGGGGTCGCAAGACTTCGGTGCCGCAGTTAACGCAATAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATCCCTCTGACAGCCTTTTAATCGAGGTTTTCTACGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCCAGCAGTAAGATGGGCACTCTAGTGAGACTGCCGGGGATAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTTCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGAGAAAGCGAGACTGCGAAGTGGAGCGAAACTCAAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAGTTGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGTTGGGGGCGCCCGAAGTTGGCAGATAAATATGTTACCTAAGGCGAAATCAATGACTGGGGTGAAGTCGT

【0204】

HMI_21 Eubacterium_infirmum 16S rDNA配列(配列番号20)
TCGGTAAAGGGATATGGCGGAAAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTGCCCCTTACAGAGGGATAGCCATTGGAAACGATGATTAAGACCTCATAACGCCTCCCTCCCACATGAGGGGGAGGCCAAAGATTCATCGGTAAGGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGAAGGCCTTCGGGTCGTAAACCTCTGTCCTTGGGGAAGAAACAAATGACGGTACCCATGGAGGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGTGCGTAGGTGGTTACCTAAGCGCAGGGTCTAAGGCAATGGCTCAACCATTGTTCGCCCTGCGAACTGGGCTACTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGTTACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGGTGTCGGGGCCGCAAGGCTTCGGTGCCGCAGTTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATCCCCCTGACAGATCCTTAACCGGATCCTTCTTCGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCCATTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAATGGGACTGCCGGGGACAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTTCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGCAGGAAGCGATCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAACCGGTCCCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCACGAAGCCGGAGTTGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGTTGGGGGTGCCCGAAGCCGGCAGGGAGATATGCTGTCTAAGGCAAAACCAAT

【0205】

HMI_22 Clostridium_thermocellum 16S rDNA配列(配列番号21)
GGATGAGGAAATGCTTCGGCATGGAGACATCCGATCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAACCTGTCCTGCACAGGGGGATAACACTGAGAAATCAGTGCTAATACCGCATGAGACCACAGTATCACATGGTACAGGGGTCAAAGGAGAAATCCGGTGCAGGGTGGGCTCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATGGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGGCCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTCTTTGGATTGTAAACTTTTGTCCTATGGGAAGAAGGAAGTGACGGTACCATGGGAGGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGGCCGATCAAGTTAGATGTGAAATACCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTAAAACTGGTTGGCTAGGAGTGCAGGAGAGGGAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAATACTAGGTGTAGGGGGTATCGACCCCCCCTGTGCCGGAGCAAACGCAATAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCTCGAAGTGCATAGAGATATGTACGTCCTTCGGGACGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACAGTTAGTTACCAGCGGGTAAAGCCGGGGACTCTAACAGGACTGCCGTGGATAACACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCTCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAAAGAGAAGCGAGACCGTAAGGTGGAGCGGATCTCAAAAAACCGGTCCCAGTTCGGATTGTGGGCTGCAACCCGCCCACATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGGAGCGCCCGAAGTCGTTGAGGTAACCCGCAAGGGAGCCAGGCGCCGAAGGTGAGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0206】

HMI_23 Anaerovorax_odorimutans 16S rDNA配列(配列番号22)
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGGAAATCTTGGAACGATACTTCGGTAAAGGGAAGAGATGGATAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTCATGCAGAGGGATAGCCTCGGGAAACTGGGATTAATACCTCATAATGCGGAGGAGTCACATGGCTCCATCGCCAAAGATTTATCGGCATGAGATGGACCTGCGTCTGATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAGCGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGCGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTCCTAGGGGAAGAATATATGACGGTACCCTTGGAGGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGTTCGTAGGTGGTTTTGTAAGCGCGGGGTTTAAGGCAACGGCTCAACCGTTGTTCGCCTTGCGAACTGCAAGACTTGAGTGCGGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACCGTAACTGACACTGAGGAACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGGTGTCGGGGCCGCAAGGTTTCGGTGCCGCAGTTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCGATGACCGGCGGGTAACGCCGCCTTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCCAGCAGTTCGGCTGGGCACTCTAGTGAGACTGCCGGGGACAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTTCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGAGACGCAAGACTGTGAAGTGGAGCAAAACTCTAAAACCGGTCCCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGTTGGGGGCGCCCGAAGTTGGTCAACAAATCGATTACCTAAGGCGAAACCAATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT

【0207】

HMI_24 Clostridium_saccharogumia 16S rDNA配列(配列番号23)
AGCCACCGGCTTCGGGTGTTATCAACTCTCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGAGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCATCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGAGAACGGGTTTTTGAGTTTCGCTCCAAGTCGCCTCTTCGCTTCCCTTTGATCCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGGCTTGTCACCGGCTGTCTCGTTAGAGTCCCCATCTTACTGCTGGTAACTAACGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTTGAGTATATCTATCCCTCTATCTCTAGAGTCTTTACTCTGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTACTCAGGCGGAGTACTTATTGCGTTAACTGCAGCACTGAGGCTTGTCCCCCCAACACTTAGTACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACTAGGGTATCTAATCCTATTTGCTCCCCACGCTTTCGGGACTGAGCGTCAGTTACAGACCAGATCGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCATATATCTACGCATTTCACCGCTACACATGGAATTCCACGATCCTCTTCTGCACTCTAGCTATTTGGTTTCCATGGCTTACTGAAGTTAAGCTTCAGCCTTTTACCACAGACCTCCATTGCCGCCTGCTCCCTCTTTACGCCCAATAATTCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTCCTCACAAAGTACCGTCACTCTAATACCATTCCCTGTATTAGTCGTTCTTCCTTTATAACAGAAGTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCCTTCACGCGGCGTTGCTCGGTCAGGGTTCCCCCCATTGCCGAAAATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTATGCATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCCTCCAACTAGCTAATGCACCATAAGCCCATCTGTTCCCTATCCCTTAGGATATTTAACTTAGAGAAAATGCTTCCTCTAAGCCTATGCGGTGTTAGCGCATGTTTCCACGCGTTATCCCCCTGGTACAGCCAGGTTGCTTATGTCTTACTCACCCGTTCGCCACTCATCACCGAAGTGATGCGTTCGACTTGCATGTAT

【0208】

HMI_25 Clostridium_saccharogumia 16S rDNA配列(配列番号24)
GGCATCTACAGGGGGATAACTGATGGAAACGTCAGCTAAGACCGCATAGGTGTAGAGATCGCATGAACTCTATATGAAAAGTGCTACGGGACTGGTAGATGATGGACTTATGGCGCATTAGCTTGTTGGTAGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGGGAAACCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTAATTCGTTATGTAAACTTCTGTCATAGAGGAAGAACGGTGGATATAGGGAATGATATCCAAGTGACGGTACTCTATAAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCACTAAGGGTCTGTGGTGAAAGATCGAAGCTTAACTTCGGTAAGCCATGGAAACCGTAGAGCTAGAGTGTGTGAGAGGATCGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACGATCTGGCGCATAACTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGGTGTCAAAGCTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCTAAAGGCTCCAGAGATGGAGAGATAGCTATAGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGGACTCTGGCGAGACTGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAGCAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCGAAACCCATAAAACTGTTCTCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGATGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGCAAGGAAGGAGCTGTCTAAGGTGGGACTGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGGTAACC

【0209】

HMI_26 Blautia_luti 16S rDNA配列(配列番号25)
CGGGAATACTTTATTGAAACTTCGGTGGATTTAATTTATTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACTGGGGGATAACAGCCAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAACCGCATGGTTCCGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGCAGGGCAGCGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGCAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCAGGGGCTTAACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGCTGTGCTTGAGTGCCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCAGGGAGCACAGCTCTTTGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCCTCTGACCGGGACTTAACCGTCCCTTTCCTTCGGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCACGTAATGGTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAACCCGCGAGGGTGGGCAAATCTCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAG

【0210】

HMI_27 Clostridium_clostridioforme 16S rDNA配列(配列番号26)
TTGCGGTAGGTCACAGGCTTCGGGCATTTCCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGTATTCACCGCGACATGCTGATTCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGTCGAGTTGCAGACTACAATCCGAACTGAGACGTTATTTCTGGGATTTGCTCAACATCACTGTCTCGCTTCCCTTTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAATCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGGGTTATCCCCGGCAGTCTCCCTAGAGTGCCCAGCTCTACCTGCTGGCTACTAAGGATAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTCCAATGCTCCGAAGAGAATGCCCCGTTACGGACACGTCATTGGGATGTCAAGACTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGATTGCTTATTGCGTTAGCTGCGGCACCGATGGGTCCATACCCACCTACACCTAGCAATCATCGTTTACCGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCCAGCCTGGCAGTTCCAAATGCAGTCCCAGGGTTGAGCCCTGGGTTTTCACATCTGGCTTGTCATGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCTTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGGACCATCCTGTACCACCGGAGTTTTTCACACTGCCTCATGTGAAGCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCGGTACAGGGCAGGTTTCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAAGTTACGCCGATTCCATCCGAAAACTTCCTCTGCATAACTCCGTCGACTG

【0211】

HMI_28 Blautia_producta 16S rDNA配列(配列番号27)
CCGGTGGTCG CATCGGCGCT CCTCCTGTAG GTTGGGTCAC TGACTTCGGG
CGTTACTGAC TCCCATGGTG TGACGGGCGG TGTGTACAAG ACCCGGGAAC
GTATTCACCG CGACATTCTG ATTCGCGATT ACTAGCGATT CCAGCTTCGT
GCAGTCGAGT TGCAGACTGC AGTCCGAACT GGGACGTTAT TTTTGGGATT
TGCTCAACAT CGCTGTCTCG CTTCCCTTTG TTTACGCCAT TGTAGCACGT
GTGTAGCCCA AATCATAAGG GGCATGATGA TTTGACGTCG TCCCCGCCTT
CCTCCGGGTT ATCCCCGGCA GTCTCCCTAG AGTGCCCAGC TTCACCTGCT
GGCTACTAAG GATAGGGGTT GCGCTCGTTG CGGGACTTAA CCCAACATCT
CACGACACGA GCTGACGACA ACCATGCACC ACCTGTCTCC TCTGCCCCGA
AGGGAAGGCC CCGTTACGGG CCGGTCAGAG GGATGTCAAG ACTTGGTAAG
GTTCTTCGCG TTGCTTCGAA TTAAACCACA TGCTCCACCG CTTGTGCGGG
TCCCCGTCAA TTCCTTTGAG TTTCATTCTT GCGAACGTAC TCCCCAGGTG
GAATACTTAT TGCGTTTGCT GCGGCACCGA ATGGGCTTTG CCACCCGACA
CCTAGTATTC ATCGTTTACG GCGTGGACTA CCAGGGTATC TAATCCTGTT
TGCTCCCCAC GCTTTCGAGC CTCAACGTCA GTTACCGTCC AGAAAGCCGC
CTTCGCCACT GGTGTTCCTC CTAATATCTA CGCATTTCAC CGCTACACTA
GGAATTCCGC TTACCTCTCC GGCACTCTAG AAAAACAGTT TCCAATGCAG
TCCTGGGGTT AAGCCCCAGC CTTTCACATC AGACTTGCTC TTCCGTCTAC
GCTCCCTTTA CACCCAGTAA ATCCGGATAA CGCTTGCCCC CTACGTATTA
CCGCGGCTGA TGGCACGTAG TTAGCCGGGG CTTCTTAGTC AGGTACCGTC
ATTTTCTTCC CTGCTGATAG AAGTTTACAT ACCGAGATAC TTCTTCCTTC
ACGCGGCGTC GCTGCATCAG GGTTTCCCCC ATTGTGCAAT ATTCCCCACT
GCTGCCTCCC GTAGGAGTCT GGGCCGTGTC TCAGTCCCAA TGTGGCCGTT
CACCCTCTCA GGCCGGCTAC TGATCGTCGC CTTGGTGGGC CGTTACCCCT
CCAACTAGCT AATCAGACGC GGGTCCATCT CATACCACCG GAGTTTTTCA
CACCAGACCA TGCGGTCCTG TGCGCTTATG CGGTATTAGC AGCCATTTCT
AACTGTTATC CCCCTGTATG AGGCAGGTTA CCCACGCGTT ACTCAGCCCG
TCCGCCGCTC AGTCAAATAA GTTTCAATCC GAAGAGATCC ACTTAAGTGC
TTCGCTCGAC TTGCATGTGT TAAGCACGCC GCCAGCGTTC ATCCT

【0212】

HMI_29 Blautia glucerasea 16S rDNA配列(配列番号28)
GCCTTCGGCAGCTCCGTCCTTTCGGTTCGGTCACTGACTTCGGGCGTTACTGACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATTCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCGTGCAGTCGAGTTGCAGACTGCAGTCCGAACTGGGACGTTATTTTTGGGATTTGCTTAAGCTCACACTCTCGCTTCCCTTTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAATCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCAGGTTATCCCTGGCAGTCTCCTCAGAGTGCCCGGCCAAACCGCTGGCTACTAAGGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTCCGATGCTCCGAAGAAAAGGCGACGTTACTCGCCGGTCATAGGGATGTCAAGACTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTACTGCGTTTGCTGCGGCACCGAATGGCTCTGCCACCCGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCAAGATCAACAGTTTCCAATGCAGTCCGGGGGTTGAGCCCCCGCCTTTCACATCAGACTTGCTGCTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTATGGATCGTCGCTTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTGGCTAATCCAACGCGGGTCCATCTCACACCACCGGAGTTTTTCACACTGGATCATGCAATCCCGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTGACTGTTATCCCCCAGTGTGAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAGGATTATAACGACTTCAACCGAAGTCTCTGTCAAAATAATCCCCGTTCGACTTGCATGTGT

【0213】

HMI_30 Clostridium_straminisolvens 16S rDNA配列(配列番号29)
AGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTTAGGAGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATAAAATTATTGTATCGCATGGTATAATAATCAAAGATTTATCGCCTAAAGATGGACTCGCGTCCGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAAGCCTACCAAGGCGACGATCGGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTTCTTTAAGTGTGGAAGATAATGACGGTACACACAGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGTAGACAAGTCAGATGTGAAATACCGGGGCTCAACTCCGGGGCTGCATTTGAAACTGTATATCTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACGATAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATCCCACGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGTCCTACGGGACGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTGTCAGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCTGGCAGGACTGCCGGTGACAAATCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTGTTAACAAAGTGAAGCAAAGCAGTGATGTGGAGCAAAACACAAAAAGCAGTCTCAGTTCAGATTGTAGGCTGAAACTCGCCTATATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGATAACACCCGAAGCCTGT

【0214】

HMI_31 Butyricoccus_pullicaecorum 16S rDNA配列(配列番号30)
AGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAATCTGCCTTTAAGAGGGGGATAACAGTCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAAGCATCGAAACCGCATGATTTTGATGCCAAAGGAGCAATCCGCTTTTAGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGATTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGATCTTTAATCAGGGACGAAACAAATGACGGTACCTGAAGAATAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGCGCAGGCGGGCCGGTAAGTTGGAAGTGAAATCTATGGGCTTAACCCATAAACTGCTTTTCAAACTGCTGGTCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACATTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGAGGTATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGATGACCGCCTCAGAGATGAGCCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACGGTTAGTTGATACGCAAGATCACTCTAGCCGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCAGTCATACAGAGGGAAGCAAAACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCTGTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGTCAATACCCGAAGTCCGT

【0215】

HMI_32 Clostridium_maritium 16S rDNA配列(配列番号31)
CTACACTGCA GTCGAGCGAT TTCTTCGGTA AGAGCGGCGG ACGGGTGAGT
AACGCGTGGG TAACCTGCCC TATACACACG GATAACATAC CGAAAGGTAT
GCTAATACGA GATAACATAA GAGATTCGCA TGGATTTCTT ATCAAAGCTT
TTGCGGTATA GGATGGACCC GCGTCTGATT AGCTAGTTGG TAAGGTAACG
GCTTACCAAG GCGACGATCA GTAGCCGACC TGAGAGGGTG ATCGGCCACA
TTGGAACTGA GACACGGTCC AAACTCCTAC GGGAGGCAGC AGTGGGGAAT
ATTGCACAAT GGGCGAAAGC CTGATGCAGC AACGCCGCGT GAGCGATGAA
GGCCTTCGGG TCGTAAAGCT CTGTCCTCAA GGAAGATAAT GACGGTACTT
GAGGAGGAAG CCCCGGCTAA CTACGTGCCA GCAGCCGCGG TAATACGTAG
GGGGCTAGCG TTATCCGGAA TTACTGGGCG TAAAGGGTGC GTAGGTGGTT
TCTTAAGTCA GAGGTGAAAG GCTACGGCTC AACCGTAGTA AGCCTTTGAA
ACTGAGAAAC TTGAGTGCAG GAGAGGAGAG TAGAATTCCT AGTGTAGCGG
TGAAATGCGT AGATATTAGG AGGAATACCA GTTGCGAAGG CGGCTCTCTG
GACTGTAACT GACACTGAGG CACGAAAGCG TGGGGAGCAA ACAGGATTAG
ATACCCTGGT AGTCCACGCC GTAAACGATG AGTACTAGCT GTCGGAGGTT
ACCCCCTTCG GTGGCGCAGC TAACGCATTA AGTACTCCGC C

【0216】

HMI_33_Eubacterium fissicatens 16S rDNA配列(配列番号32)
AGTGGCGGAC GGGTGAGTAA CGCGTGGGTA ACCTGCCTTG TACAGGGGGA
TAACAGTTAG AAATGACTGC TAATACCGCA TAAGCGCACA GTATCGCATG
GTACAGTGTG AAAAACTCCG GTGGTACAAG ATGGACCCGC GTCTGATTAG
CTAGTTGGTA AGGTAACGGC TTACCAAGGC AACGATCAGT AGCCGACTTG
AGAGAGTGAT CGGCCACATT GGGACTGAGA CACGGCCCAA ACTCCTACGG
GAGGCAGCAG TGGGGAATAT TGCACAATGG GGGAAACCCT GATGCAGCGA
CGCCGCGTGA GTGAAGAAGT ATTTCGGTAT GTAAAACTCT ATCAGCAAGG
AAGATAATGA CGGTACTTGA CTAAGAAGCC CCGGCTAACT ACGTGCCAGC
AGCCGCGGTA ATACGTAGGG GGCAAGCGTT ATCCGGATTT ACTGGGTGTA
AAGGGAGCGT AGACGGTATG GTAAGTCAGA TGTGAAAGCC CGGGGCTTAA
CCCCGGAACT GCATTTGAAA CTATCAAACT AGAGTGTCGG AGAGGTAAGT
GGAATTCCTA GTGTAGCGGT GAAATGCGTA GATATTAGGA GGAACACCAG
TGGCGAAGGC GGCTTACTGG ACGATAACTG ACGTTGAGGC TCGAAAGCGT
GGGGAGCAAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACGCCG TAAACGATGA
ATACTAGGTG TCAGGGAACA ATAGTTCTTT GGTGCCGCAG CAAACGCATT
AAGTATTCCA CCTGGGGAGT ACGTTCGCAA GAATGAAACT CAAAGGAATT
GACGGGGACC CGCACAAGCG GTGGAGCATG TGGTTTAATT CGAAGCAACG
CGAAGAACCT TACCTGGTCT TGACATCCCA ATGACGCCTC TTTAATCGGA
GGTTTCCTTC GGGACATTGG AGACAGGTGG TGCATGGTTG TCGTCAGCTC
GTGTCGTGAG ATGTTGGGTT AAGTCCCGCA ACGAGCGCAA CCCTTATCTT
TAGTAGCCAG CAGTTCGGCT GGGCACTCTA GAGAGACTGC CAGGGATAAC
CTGGAGGAAG GTGGGGATGA CGTCAAATCA TCATGCCCCT TATGACCAGG
GCTACACACG TGCTACAATG GCGTAAACAA AGGGAAGCAA AACTGTGAGG
TTGAGCAAAT CCCAAAAATA ACGTCTCAGT TCGGATTGTA GTCTGCAACT
CGACTACATG AAGCTGGAAT CGCTAGTAAT CGCAGATCAG AATGCTGCGG
TGAATACGTT CCCGGGTCTT GTACACACCG CCCGTCACAC CATGGGAGTC
GGATATGCCC GAAGTCAGTG ACCCAACCGT AAGGAGGGAG CTGCCGAAGG
TGGAGCCGAT AACTGGGGTG AAGTCGT

【0217】

HMI_34_Clostridium_saccharolyticum 16S rDNA配列(配列番号33)
AGCGGCGGAC GGGTGAGTAA CGCGTGGGTA ACCTGCCTCA TACAGGGGGA
TAACAGTTAG AAATGACTGC TAATACCGCA TAAGCGCACA GTGCTGCATG
GCACAGTGTG AAAAACTCCG GTGGTATGAG ATGGACCCGC GTTGGATTAG
GCAGTTGGCG GGGTAACGGC CCACCAAACC GACGATCCAT AGCCGGCCTG
AGAGGGTGAA CGGCCACATT GGGACTGAGA CACGGCCCAA ACTCCTACGG
GAGGCAGCAG TGGGGAATAT TGCACAATGG GGGAAACCCT GATGCAGCGA
CGCCGCGTGA GTGAAGAAGT AATTCGTTAT GTAAAGCTCT ATCAGCAGGG
AAGAAAATGA CGGTACCTGA CTAAGAAGCC CCGGCTAACT ACGTGCCAGC
AGCCGCGGTA ATACGTAGGG GGCAAGCGTT ATCCGGATTT ACTGGGTGTA
AAGGGAGCGT AGACGGCCGT GCAAGTCTGA TGTGAAAGGC TGGGGCTCAA
CCCCGGGACT GCATTGGAAA CTGTATGGCT GGAGTGCCGG AGAGGTAAGC
GGAATTCCTA GTGTAGCGGT GAAATGCGTA GATATTAGGA GGAACACCAG
TGGCGAAGGC GGCTTACTGG ACGGTAACTG ACGTTGAGGC TCGAAAGCGT
GGGGAGCAAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACGCCG TAAACGATGA
TTACTAGGTG TTGGGGGACA TGGTCCTTCG GTGCCGCCGC AAACGCAGTA
AGTAATCCAC CTGGGGAGTA CGTTCGCAAG AATGAAACTC AAAGGAATTG
ACGGGGACCC GCACAAGCGG TGGAGCATGT GGTTTAATTC GAAGCAACGC
GAAGAACCTT ACCAAGTCTT GACATCGAGA GGACAGAGTA TGTAATGTAC
TTTCCCTTCG GGGCCTCGAA GACAGGTGGT GCATGGTTGT CGTCAGCTCG
TGTCGTGAGA TGTTGGGTTA AGTCCCGCAA CGAGCGCAAC CCCTATCTTC
AGTAGCCAGC AATTCGGATG GGCACTCTGG AGAGACTGCC GGGGATAACC
CGGAGGAAGG CGGGGATGAC GTCAAATCAT CATGCCCCTT ATGACTTGGG
CTACACACGT GCTACAATGG CGTAAACAAA GGGAAGCGAG GGAGTGATCC
GGAGCAAATC CCAAAAATAA CGTCTCAGTT CGGATTGTAG TCTGCAACTC
GACTACATGA AGCTGGAATC GCTAGTAATC GCGAATCAGC ATGTCGCGGT
GAATACGTTC CCGGGTCTTG TACACACCGC CCGTCACACC ATGGGAGTCG
ATAACGCCCG AAGTCAGTGA CCCAACCGAA AGGAGGGAGC TGCCGAAGGC
GGGATTGGTA ACTGGGGTGA AGTCGT

【0218】

HMI_35 Blautia_luti 16S rDNA配列(配列番号34)
AGTGGCGGAC GGGTGAGTAA CGCGTGGGTA ACCTGCCTTA TACTGGGGGA
TAACAGCCAG AAATGGCTGC TAATACCGCA TAAGCGCACG GGGCCGCATG
GTCCTGTGTG AAAAACTCCG GTGGTATAAG ATGGACCCGC GTTGGATTAG
CTAGTTGGCA GGGCAGCGGC CTACCAAGGC GACGATCCAT AGCCGGCCTG
AGAGGGTGAA CGGCCACATT GGGACTGAGA CACGGCCCAG ACTCCTACGG
GAGGCAGCAG TGGGGAATAT TGCACAATGG GGGAAACCCT GATGCAGCGA
CGCCGCGTGA AGGAAGAAGT ATCTCGGTAT GTAAACTTCT ATCAGCAGGG
AAGATAATGA CGGTACCTGA CTAAGAAGCC CCGGCTAACT ACGTGCCAGC
AGCCGCGGTA ATACGTAGGG GGCGAGCGTT ATCCGGATTT ACTGGGTGTA
AAGGGAGCGT AGACGGCGTA TCAAGTCTGA TGTGAAAGGC AGGGGCTTAA
CCCCTGGACT GCATTGGAAA CTGGTATGCT TGAGTGCCGG AGGGGTAAGC
GGAATTCCTA GTGTAGCGGT GAAATGCGTA GATATTAGGA GGAACACCAG
TGGCGAAGGC GGCTTACTGG ACGGTAACTG ACGTTGAGGC TCGAAAGCGT
GGGGAGCAAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACGCCG TAAACGATGA
ATACTAGGTG TCTGGGAGCA CAGCTCTTAG GTGCCGCCGC AAACGCATTA
AGTATTCCAC CTGGGGAGTA CGTTCGCAAG AATGAAACTC AAAGGAATTG
ACGGGGACCC GCACAAGCGG TGGAGCATGT GGTTTAATTC GAAGCAACGC
GAAGAACCTT ACCAAATCTT GACATCCCTC TGACAGAGTA TGTAATGTAC
TTTTCCTTCG GGACAGGGGA GACAGGTGGT GCATGGTTGT CGTCAGCTCG
TGTCGTGAGA TGTTGGGTTA AGTCCCGCAA CGAGCGCAAC CCCTATCCTT
AGTAGCCAGC AAGTAATGTT GGGCACTCTG AGGAGACTGC CAGGGATAAC
CTGGAGGAAG GCGGGGATGA CGTCAAATCA TCATGCCCCT TATGATTTGG
GCTACACACG TGCTACAATG GCGTAAACAA AGGGAAGCGA ACCTGTGAGG
GTGGGCAAAT CTCAAAAATA ACGTCCCAGT TCGGACTGCA GTCTGCAACT
CGACTGCACG AAGCTGGAAT CGCTAGTAAT CGCGGATCAG AATGCCGCGG
TGAATACGTT CCCGGGTCTT GTACACACCG CCCGTCACAC CATGGGAGTC
AGTAACGCCC GAAGTCAGTG ACCTAACCGT AAGGAAGGAG CTGCCGAAGG
CGGGACGGAT GACTGGGGTG AAGTCGT

【0219】

HMI_36 Clostridium_methylpentosum 16S rDNA配列(配列番号35)
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCAACCCCACCTTCGACGACGTCCCCCTTGCGGTTAGACTATCGGCTTCGGGTGTTGCCAACTCTCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCAATTCCGGCTTCATGCAGGCGGGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGAGACTATTTTTAGGGGTTTGCTCCATGTCACCATCTTGCTTCCCTCTGTTAATAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGTTTTGTCAACGGCAGTCCGTCTAGAGTGCTCTTGCGTAGCAACTAAACGTAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTCGGTGCCCCGAAGGGCTTCACCTATCTCTAGGCTATGCACCGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATACTCCACTGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGTGGATTACTTATTGTGTTAACTCCGGCACGGAAGGGGTCAGTCCCCCCACACCTAGTAATCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTACCCACGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTAAAGCCCAGCAGGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATTTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCCTGCCTCTACTTCACTCAAGAACTGCAGTTTTGAACGCGGCTATGGGTTGAGCCCATAGATTTAACATTCAACTTGCAATCCCGCCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAATTCCGGACAACGCTCGCTACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTAGCTTCCTCCTTGGTTACCGTCATTATCTTCACCAAGGACAGAGGTTTACAATCCGAAAACCTTCTTCCCTCACTCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACCAATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATTGGACGCGAGTCCATCTTTCAGCGGATTGCTCCTTTGATATCAGCTCCATGCGAAACCAATATGTTATGCGGTATTAGCGTCCGTTTCCAGACGTTATCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTACTCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAAGTTGAATCAAATTCCTTCCGAAGAATTCATTCAAAGCAACTTCGTCGACTTGCATGTGTAAGGCGCGCCGACAGCGTTCGT

【0220】

HMI_37 Clostridium_xylanolyticum 16S rDNA配列(配列番号36)
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAATTTACATGAAGCCTAGCGATTGTAAATTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGCTTCGCATGAAGCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGAAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTTGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTAGGACTAGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGTGGGTACGACCCATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCCTATGAATAACGGGCAATGCCGTTAGTACTTCGGTACATAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCAGTAAGATGGGCACTCTAGAGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAAGTCGTGAGGCAGAGCGAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGTCGGTGACCTAACCGAA

【0221】

HMI_38 Oscillibacter_valericigenes 16S rDNA配列(配列番号37)
CTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCACCCTTGACTGAGGTTTCGGCCAAATGATAGGAATGCTTAGTGGCGGACTGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTACCTTCCAGAGGGGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATGACGCATGACCGGGGCATCCCGGGCATGTCAAAGATTTTATCGCTGGAAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGATGGTGGGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGACGCAAGTCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCAGGGAAGAGTAGAAGACGGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGCAGCCGGGCCGGCAAGTCAGATGTGAAATCTGGAGGCTTAACCTCCAAACTGCATTTGAAACTGTAGGTCTTGAGTACCGGAGAGGTTATCGGAATTCCTTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATAACTGGACGGCAACTGACGGTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGGATACTAGGTGTGCGGGGACTGACCCCCTGCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCTACTAACGAAGTAGAGATACATCAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTAATACAATGGCGGTCAACAGAGGGAGGCAAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCCAAAAGCCGTCCCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG

【0222】

HMI_39 Ruminococcus_obeum 16S rDNA配列(配列番号38)
AGTCGAACGGGAACCTTTTATTGAAGCTTCGGCAGATTTAGCTGGTTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAACCAGAAATGGTTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAGGATGGACCCGCGTTGGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATTAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCAGGGGCTCAACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGCCAGTCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGCAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACGGACTCTTAACCGAGTCTTTCCTTCGGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCCCAGTAGCCAGCATTTCGGATGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGTAAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACCGCAAGGGAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACCGCAAGGAAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACA

【0223】

HMI_40 Megasphaera elsdenii 16S rDNA配列(配列番号39)
ACGCGTAAGCAACCTGCCCTCCGGATGGGGACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGAATACGTTTCCATTGCCGCATGGCAGTGGGAAGAAAGGTGGCCTCTGAATATGCTACCGCCGGGGGAGGGGCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGCGAAGACGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTGTTATACGGGACGAACGGCTAGTGTGCCAATACCACATTAGAATGACGGTACCGTAAGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGGTTTCATAAGTCTGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACGGAAACTGTGAGACTGGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCCAGGGGAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGGGGTATCGACCCCTCCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGCCTTGACATTGAGTGCTATCCTCAGAGATGAGGAGTTCTTCTTCGGAAGACGCGAAAACAGGTGGTGCACGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCTGTTGCCAGCGCGTCATGGCGGGGACTCAGGAGAGACTGCCGCAGACAATGCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGGCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTCTTAATAGAGGGAAGCGAAGGAGCGATCCGGAGCAAACCCCAAAAACAGAGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTCATTCACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCGTAAGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGGGCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAA

【0224】

HMI_41 Blautia_luti 16S rDNA配列(配列番号40)
GGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGCCCGGTGTGAAAAACTGAGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATAACAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTGTTAAGCTTGAGTGCCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGAGCACAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCTGCCTGACCGGTGAGTAACGTCACCTTTCCTTCGGGACAGGCAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCCCAGTAGCCAGCATGTAAAGGTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAGAGGGAAGCGAAAGGGTGACCTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACCGAAAGGGAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACGGATGACTGGGGTGAAGTCGTAAC

【0225】

HMI_42 Bacteroides coprocola 16S rDNA配列(配列番号41)
GTATCCAACCTTCCGTTTACTCAGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCTGATAGTATGGTAAGATTGCATGATAATACCATTAAAGATTCATCGGTAAACGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGCCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGTTCTATGGATTGTAAACTTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCTTTACGTGTAGAGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGACGGGATGTTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGGGGCTCAACCTTAAAATTGCAGTTGAAACTGGCGTTCTTGAGTGCGGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCTGGAGCGTAACTGACGTTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGGATACTCGCTGTTGGCGATATACGGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTATGCATGAATGATCTGGAGACAGATCAGCCGCAAGGCATGTATGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTTCTGCCAGTTACTAACAGGCAATGCTGAGGACTCTGGCGGTACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTTACCGGCGACGGTTGGCCAATCCCTAAAGCCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGAGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGAGCGCCCTAGGGTAACACTGGTAATTGGGGCTAAGTCGT

【0226】

HMI_43 Bacteroides plebius 16S rDNA配列(配列番号42)
GGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTCGATGGCGACCGGCGCACCGTTGAGTAACGCGTATCCAACCTTCCGTACACTCAGGAATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCTGATGGTATGATGGGATTGCATGAAATCATCATTAAAGATTCATCGGTGTACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGTCCTACGGATTGTAAACTTCTTTTATAAGGGAATAAAGTCACCCACGTGTGGGTGTTTGTATGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGACGGGTCGTTAAGTCAGCTGTGAAAGTTCGGGGCTCAACCTTGAAATTGCAGTTGATACTGGCGTCCTTGAGTACGGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAACCGCCACTGACGTTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGGATACTCGCTGTTGGCGATAGACTGTCAGCGGCTTAGCGAAAGCGTTAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAGACGAATTGCTTGGAAACAGGCAAGCCGCAAGGCGTCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTCGTGTCCAGTTGCTAGCAGGTAGTGCTGAGGACTCTGGACAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGCAGGCAGCTACCGGGCGACCGGATGCCAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAGCGCCCTAGGGTAAAACTGGTAATT

【0227】

HMI_44 Roseburia inulinivorans 16S rDNA配列(配列番号43)
GCACTTTTGCCGATTTTCTTCGGAACTGAAGTAATAGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCTCCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTATGACAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTCAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTCAGACTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGACAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGAGGCAGAGCCTTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCCCCTGACGGGACAGTAATGTGTCCGTTCCTTCGGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTCAGTAGCCAGCGGATAAAGCCGGGCACTCTGTGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAAGCTGTGAAGTGAAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGGAATGCCCGAAGCCGGTGACCCAACCTTAAGGAGGGAGCCGTCGAAGGCAGGCCTGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0228】

HMI_45 Ruminococcus albus 16S rDNA配列(配列番号44)
CTGATCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAATCTGCCTTTCAGAGGGGGATACCGATTGGAAACGATCGTTAATACCGCATAACATAATTGAACCGCATGATTTGATTATCAAAGATTTATCGCTGAAAGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAGGATTGTAAACCTCTGTCTTCAGGGACGAAAAAAGACGGTACCTGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATCGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTTAACCCATAAACTGCATTTGAAACTGTGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGATTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATAGCTCAGAGATGAGTGAAATCTCTTCGGAGACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCCTCACACGTACTACAATGGCTGTTAACAGAGGGATGCAAAGCCGCGAGGTAGAGCGAACCCCTAAAAGCAGTCTTAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCTGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAGGGTAACCG

【0229】

HMI_46 Blautia producta 16S rDNA配列(配列番号45)
TGGACAGATTCTTCGGATGAAGTCCTTAGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGTACTGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGGACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAATGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTGTCAATCTAGAGTACCGGAGGGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCGATCTGACCGGACTGTAATGAGTCCTTTCCCTTCGGGGACAGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTCAGTAGCCAGCAAGTGAAGTTGGGCACTCTGTGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGATCACGCGAGTGTGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACACCCGAAGCCGGTGACCTAACCGAAAGGAAGGAGCCGTCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGT

【0230】

HMI_47 Clostridium nexile 16S rDNA配列(配列番号46)
GTTTGTGACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTCTCGCATGGGACAGTGTGAAAAACTAAGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCTCCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGTTATGCAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCATTTGAAACTGTGTAACTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCTGGATGACCGGACCGTAATGGGTCCTTTCCTTCGGGACATCCAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGTAAGATGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGAGACAATCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACCGCGAGGTTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGATAACGCCCGAAGCCGGTGACTCAACCGAAAGGAGAGAGCCGTCGAAGGCGGGATGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAAC

【0231】

HMI_48 Butyricicoccus pullicaecorum 16S rDNA配列(配列番号47)
ATCTCTTCGGAGATGGAATTCTTAACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAATCTGCCTTTAGGAGGGGGATAACAGTCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAATACGTTTGGGAGGCATCTCTTGAACGTCAAAGATTTTATCGCCTTTAGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGATTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGATCTTTAATCAGGGACGAAAAATGACGGTACCTGAAGAATAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGCGCAGGCGGGCCGGCAAGTTGGGAGTGAAATCCCGGGGCTTAACCCCGGAACTGCTTTCAAAACTGCTGGTCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACATTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGAGGTATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGATGACCGGCGTAGAGATACGCCCTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACGGTTAGTTGATACGCAAGATCACTCTAGCCGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCAGTCATACAGAGGGAAGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCTGTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGTCAATACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGCCGAAGGTAGGGGTGGTAATTAGGGTGAAGTCGTAC

【0232】

HMI_49 Ruminococcus flavefaciens 16S rDNA配列(配列番号48)
AGTCGACGGACGAGGAGGAGCTTGCTTCTCCGAGTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTACCCTTGAGAGGGGGATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAATACCCCATAACATATATTTTAGGCATCTAAGATATATCAAAGAAATTCGCTCAAGGATGGGCTCGCGTCTGATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGTCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGGAACCCTGATGCAGCGATGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTCCTTTTAACAGGGACGATAATGACGGTACCTGAAGAAAAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGACGGTAAGTCAGGTGTGAAATATACGTGCTCAACATGTAGACTGCACTTGAAACTGCTGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCGGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATAGTCTAGAGATAGATGAAATCCCTTCGGGGACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACCTTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGAGGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCAATTAACAGAGGGAAGCAAAACAGCGATGTGGAGCAAATCCCGAAAAATTGTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCTGTAGTCTAACCTTATAGGAGGACGCAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGT

【0233】

HMI_50 Clostridium orbiscindens 16S rDNA配列(配列番号49)
AAAGGGAATGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTATCTGGATCGCATGGTTCTGGATACCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCCCTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCAGGGACGAAGCAAGTGACGGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGAGTGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTCAACCCATAGCCTGCATTTGAAACTGTACTTCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACATTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGATGCATAAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGCGGTCAACAGAGGGAAGCAAAGCCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACTCGCCTGTATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACAGCAATGGG

【0234】

HMI_51 Ruminococcus_bromii_16S rDNA配列(配列番号50)
ACGAAGCTTTGAGGAGCTTGCTTTTTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAACCTGCCTCTCAGAGGGGAATAACGTTTTGAAAAGAACGCTAATACCGCATAACATATCGGAACCGCATGATTCTGATATCAAAGGAGCAATCCGCTGAGAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACTACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTTCTTTTGTCAGGGACGAAGAAAGTGACGGTACCTGACGAATAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCGAGCAAGTCAGTTGTGAAAACTATGGGCTTAACCCATAACGTGCAATTGAAACTGTCCGGCTTGAGTGAAGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTGAGAATCCTTAAGAGATTAGGGAGTGCCTTCGGGAACTCAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCATTAACAGAGGGAAGCAAAACCGCGAGGCAGAGCAAACCCCTAAAAATGGTCCCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTACATGAAGTTGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGCCGGTAATACCCGAAGTCAGTAGTCTAACAGCAATGAGGACGCTGCCGAAGGTAGGATTGGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG

【0235】

HMI_52 Ruminococcus albus 926R 16S rDNA配列(配列番号51)
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAGAAGAGAAGCTTGCTTTTCTGATCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAATCTGCCTTTCAGAGGGGGATACCGATTGGAAACGATCGTTAATACCGCATAACATAATTGAACCGCATGATTTGATTATCAAAGATTTATCGCTGAAAGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAGGATTGTAAACCTCTGTCTTCAGGGACGAAAAAAAAGACGGTACCTGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATCGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTTAACCCATAAACTGCATTTGAAACTGTGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGATTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATAGCTCAGAGATGAGTGAAATCTCTTCGGAGACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCCTCACACGTACTACAATGGCTGTCAACAGAGGGATGCAAAGCCGCGAGGTGGAGCGAACCCCTAAAAGCAGTCTTAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCTGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG

【0236】

参考文献
本願明細書中に言及した全ての文書は、参照によりその全体が本願に援用される。
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【図1】

【図2】

【図3】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【配列表】

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【国際調査報告】