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特表2021-535108ペプチドの集団、ペプチド剤、及びその使用方法
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】特表2021-535108(P2021-535108A)
(43)【公表日】2021年12月16日
(54)【発明の名称】ペプチドの集団、ペプチド剤、及びその使用方法
(51)【国際特許分類】
C07K 2/00 20060101AFI20211119BHJP
C40B 40/08 20060101ALI20211119BHJP
C12P 21/00 20060101ALI20211119BHJP
C12N 15/11 20060101ALI20211119BHJP
C12N 15/62 20060101ALI20211119BHJP
C12N 15/33 20060101ALI20211119BHJP
C40B 40/10 20060101ALI20211119BHJP
C07C 233/43 20060101ALI20211119BHJP
C07C 69/63 20060101ALI20211119BHJP
C12N 7/01 20060101ALN20211119BHJP
【ＦＩ】
C07K2/00ZNA
C40B40/08
C12P21/00 C
C12N15/11 Z
C12N15/62 Z
C12N15/33
C40B40/10
C07C233/43CSP
C07C69/63
C12N7/01
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
【全頁数】153
(21)【出願番号】特願2021-509747(P2021-509747)
(86)(22)【出願日】2019年8月20日
(85)【翻訳文提出日】2021年4月5日
(86)【国際出願番号】US2019047206
(87)【国際公開番号】WO2020041270
(87)【国際公開日】20200227
(31)【優先権主張番号】62/719,996
(32)【優先日】2018年8月20日
(33)【優先権主張国】US
(81)【指定国】
AP(BW,GH,GM,KE,LR,LS,MW,MZ,NA,RW,SD,SL,ST,SZ,TZ,UG,ZM,ZW),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,RU,TJ,TM),EP(AL,AT,BE,BG,CH,CY,CZ,DE,DK,EE,ES,FI,FR,GB,GR,HR,HU,IE,IS,IT,LT,LU,LV,MC,MK,MT,NL,NO,PL,PT,RO,RS,SE,SI,SK,SM,TR),OA(BF,BJ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GQ,GW,KM,ML,MR,NE,SN,TD,TG),AE,AG,AL,AM,AO,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BH,BN,BR,BW,BY,BZ,CA,CH,CL,CN,CO,CR,CU,CZ,DE,DJ,DK,DM,DO,DZ,EC,EE,EG,ES,FI,GB,GD,GE,GH,GM,GT,HN,HR,HU,ID,IL,IN,IR,IS,JO,JP,KE,KG,KH,KN,KP,KR,KW,KZ,LA,LC,LK,LR,LS,LU,LY,MA,MD,ME,MG,MK,MN,MW,MX,MY,MZ,NA,NG,NI,NO,NZ,OM,PA,PE,PG,PH,PL,PT,QA,RO,RS,RU,RW,SA,SC,SD,SE,SG,SK,SL,SM,ST,SV,SY,TH,TJ,TM,TN,TR,TT
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＲＩＴＯＮ
２．ＴＷＥＥＮ
(71)【出願人】
【識別番号】520079027
【氏名又は名称】フォグ ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】マギー， ジョン ハニー
(72)【発明者】
【氏名】トムソン， タイ マシュー
(72)【発明者】
【氏名】ウォール， セバスティアン クリストフ セオドア
(72)【発明者】
【氏名】ヴァーダイン， グレゴリー エル．
(72)【発明者】
【氏名】レザイー アラギ， ラヘリー
(72)【発明者】
【氏名】ジャン， ユエ−メイ
(72)【発明者】
【氏名】マルヴィヒル， マーク ジョゼフ
【テーマコード（参考）】
4B064
4B065
4H006
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B064AG37
4B064CA12
4B064CA19
4B064CC24
4B064DA20
4B065AA98X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA46
4H006AA01
4H006AB20
4H006BJ20
4H006BM10
4H006BM73
4H006BT14
4H006BV25
4H045AA10
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA17
4H045BA19
4H045BA31
4H045BA41
4H045CA01
4H045CA40
4H045EA60
4H045FA52
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、ステープル化ペプチド組成物の開発、生産、特性解析、及び／または使用のための強力な技術を提供する。とりわけ、本開示は、ステープル化に特に適しているかまたは有用なアミノ酸配列を定義するための戦略、ならびにかかるアミノ酸配列を有するステープル化ペプチドを開発する、生産する、特性解析する、及び／または使用するための技術、試薬、及び系を提供する。本開示は、予め選択されたアミノ酸配列に必然的に制約されるかかる技術に伴う問題の源を特定する。【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
Ｌｓの構造を有するステープルを含むステープル化ペプチドであって、ここで、
Ｌｓが、−Ｌｓ１−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−Ｌｓ３−であり、
Ｌｓ１及びＬｓ３が、各々独立して、Ｌであり、
Ｌｓ２が、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）−を含み、
各Ｌが独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基であり、前記脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する、前記ステープル化ペプチド。
Ｌｓが、−Ｌｓ１−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−Ｌｓ３−であり、
Ｌｓ１及びＬｓ３が、各々独立して、Ｌであり、
Ｌｓ２が、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）−を含み、
各Ｌが独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基であり、前記脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する、前記ステープル化ペプチド。
【請求項2】
ステープル化ペプチドの集団であって、前記ステープル化ペプチドの各々が独立して、
６〜３２アミノ酸残基の範囲内の長さを有し、
−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−の構造を有するリンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の少なくとも１つの対を含み、ここで、各Ｓは独立して、システイン残基の硫黄原子であり、かつ
対のシステイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、
アミノ酸配列を有する、前記ステープル化ペプチドの集団。
６〜３２アミノ酸残基の範囲内の長さを有し、
−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−の構造を有するリンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の少なくとも１つの対を含み、ここで、各Ｓは独立して、システイン残基の硫黄原子であり、かつ
対のシステイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、
アミノ酸配列を有する、前記ステープル化ペプチドの集団。
【請求項3】
少なくとも１×１０４、１×１０５、または１×１０６個の固有のステープル化ペプチドを含む、請求項２に記載の集団。
【請求項4】
前記ステープル化ペプチドの集団が、８〜２６アミノ酸残基の範囲内の長さを有する、請求項２〜３のいずれか１項に記載の集団。
【請求項5】
Ｌｓ２が、任意選択で置換される
【化137】
[この文献は図面を表示できません]
である、請求項２〜４のいずれか１項に記載の集団。
【請求項6】
Ｌｓ２が、構造、
【化138】
[この文献は図面を表示できません]
によって表される、請求項２〜４のいずれか１項に記載の集団。
【請求項7】
Ｌｓ２が、構造、
【化139】
[この文献は図面を表示できません]
によって表される、請求項２〜４のいずれか１項に記載の集団。
【請求項8】
前記対の前記システイン残基が、３アミノ酸残基によって隔てられている、請求項２〜７のいずれか１項に記載の集団。
【請求項9】
前記対の前記システイン残基が、６アミノ酸残基によって隔てられている、請求項２〜７のいずれか１項に記載の集団。
【請求項10】
前記集団における各々個々のステープル化ペプチドが、ファージ粒子に共有結合している、請求項２〜９のいずれか１項に記載の集団。
【請求項11】
前記集団における個々のステープル化ペプチドが独立して、下記構造を有し、
［Ｘ１］ｐ１［Ｘ２］ｐ２［Ｘ３］ｐ３［Ｘ４］ｐ４［Ｘ５］ｐ５［Ｘ６］ｐ６［Ｘ７］ｐ７［Ｘ８］ｐ８［Ｘ９］ｐ９［Ｘ１０］ｐ１０［Ｘ１１］ｐ１１［Ｘ１２］ｐ１２［Ｘ１３］ｐ１３−Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９−［Ｘ２０］ｐ２０［Ｘ２１］ｐ２１［Ｘ２２］ｐ２２［Ｘ２３］ｐ２３［Ｘ２４］ｐ２４［Ｘ２５］ｐ２５［Ｘ２６］ｐ２６［Ｘ２７］ｐ２７［Ｘ２８］ｐ２８［Ｘ２９］ｐ２９［Ｘ３０］ｐ３０［Ｘ３１］ｐ３１［Ｘ３２］ｐ３２、
ここで、
ｐ１、ｐ２、ｐ３、ｐ４、ｐ５、ｐ６、ｐ７、ｐ８、ｐ９、ｐ１０、ｐ１１、ｐ１２、ｐ１３、ｐ２０、ｐ２１、ｐ２２、ｐ２３、ｐ２４、ｐ２５、ｐ２６、ｐ２７、ｐ２８、ｐ２９、ｐ３０、ｐ３１、ｐ３２の各々が独立して、０または１であり、
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、アミノ酸残基であり、
Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−の構造を有するリンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の対であり、ここで、各Ｓが独立して、システイン残基の前記硫黄原子であり、前記対の前記システイン残基が、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、請求項２〜１０のいずれか１項に記載の集団。
［Ｘ１］ｐ１［Ｘ２］ｐ２［Ｘ３］ｐ３［Ｘ４］ｐ４［Ｘ５］ｐ５［Ｘ６］ｐ６［Ｘ７］ｐ７［Ｘ８］ｐ８［Ｘ９］ｐ９［Ｘ１０］ｐ１０［Ｘ１１］ｐ１１［Ｘ１２］ｐ１２［Ｘ１３］ｐ１３−Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９−［Ｘ２０］ｐ２０［Ｘ２１］ｐ２１［Ｘ２２］ｐ２２［Ｘ２３］ｐ２３［Ｘ２４］ｐ２４［Ｘ２５］ｐ２５［Ｘ２６］ｐ２６［Ｘ２７］ｐ２７［Ｘ２８］ｐ２８［Ｘ２９］ｐ２９［Ｘ３０］ｐ３０［Ｘ３１］ｐ３１［Ｘ３２］ｐ３２、
ここで、
ｐ１、ｐ２、ｐ３、ｐ４、ｐ５、ｐ６、ｐ７、ｐ８、ｐ９、ｐ１０、ｐ１１、ｐ１２、ｐ１３、ｐ２０、ｐ２１、ｐ２２、ｐ２３、ｐ２４、ｐ２５、ｐ２６、ｐ２７、ｐ２８、ｐ２９、ｐ３０、ｐ３１、ｐ３２の各々が独立して、０または１であり、
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、アミノ酸残基であり、
Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−の構造を有するリンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の対であり、ここで、各Ｓが独立して、システイン残基の前記硫黄原子であり、前記対の前記システイン残基が、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、請求項２〜１０のいずれか１項に記載の集団。
【請求項12】
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、ランダムに選択された天然アミノ酸残基である、請求項１１に記載の集団。
【請求項13】
式Ｒ−Ｉの構造を有する化合物、
各Ｒｘが独立して、脱離基であり、
各Ｑが独立して、共有結合、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−から選択され、
Ｌｘ１、Ｌｘ２、及びＬ’の各々が独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族基であり、前記脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する、前記化合物またはその塩。
【化140】
[この文献は図面を表示できません]
またはその塩であって、式中、各Ｒｘが独立して、脱離基であり、
各Ｑが独立して、共有結合、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−から選択され、
Ｌｘ１、Ｌｘ２、及びＬ’の各々が独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族基であり、前記脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する、前記化合物またはその塩。
【請求項14】
各Ｒｘが独立して、−Ｂｒである、請求項１３に記載の化合物。
【請求項15】
各Ｒｘが独立して、−Ｉである、請求項１３に記載の化合物。
【請求項16】
Ｌｘ１及びＬｘ２が、−ＣＨ２−である、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項17】
Ｑが、−ＮＨ−である、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項18】
Ｌ’が、任意選択で置換される
【化141】
[この文献は図面を表示できません]
である、請求項１３〜１７のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項19】
表１、２、または３から選択される化合物。
【請求項20】
６〜３２アミノ酸残基の範囲内の長さを有し、かつ
システイン残基の少なくとも１つの対を含み、対の前記システイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、アミノ酸配列、を有するペプチドをコードする核酸を細胞において発現させるステップであって、
前記核酸が、ファージ粒子に組み込まれる融合タンパク質をコードする、前記ステップと、
ファージ粒子を前記細胞から単離し、式Ｒ−Ｉの構造を有する架橋剤に前記ファージ粒子を接触させるステップと、を含み、それにより、前記システイン残基の対が−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−を介して共有結合性で連結されている前記ペプチドのステープル化バージョンが、前記ファージ粒子上で生成されるようにする、方法。
システイン残基の少なくとも１つの対を含み、対の前記システイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、アミノ酸配列、を有するペプチドをコードする核酸を細胞において発現させるステップであって、
前記核酸が、ファージ粒子に組み込まれる融合タンパク質をコードする、前記ステップと、
ファージ粒子を前記細胞から単離し、式Ｒ−Ｉの構造を有する架橋剤に前記ファージ粒子を接触させるステップと、を含み、それにより、前記システイン残基の対が−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−を介して共有結合性で連結されている前記ペプチドのステープル化バージョンが、前記ファージ粒子上で生成されるようにする、方法。
【請求項21】
６〜３２アミノ酸残基の範囲内の長さを有し、かつ
システイン残基の少なくとも１つの対を含み、対の前記システイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、アミノ酸配列、を有するペプチドをクロスリンカーに接触させるステップを含み、それにより、前記システインの少なくとも１つの対の前記システイン残基の間でステープルが生成されるようにする、方法。
システイン残基の少なくとも１つの対を含み、対の前記システイン残基が独立して、０〜１２アミノ酸残基によって隔てられている、アミノ酸配列、を有するペプチドをクロスリンカーに接触させるステップを含み、それにより、前記システインの少なくとも１つの対の前記システイン残基の間でステープルが生成されるようにする、方法。
【請求項22】
前記クロスリンカーが式Ｒ−Ｉの構造を有する、請求項２１に記載の方法。
【請求項23】
前記クロスリンカーが、表１、２、または３の化合物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項24】
前記ステープルが、−ＣＨ２−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−ＣＨ２−の構造を有し、前記ステープルの各末端が独立して、アミノ酸残基のアルファ−炭素に接続している、請求項２１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項25】
目的とする標的にペプチドの集団を接触させるステップであって、それにより、前記集団の１つまたは複数のステープル化ペプチドが前記標的に結合するようにする、前記ステップと、
前記標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定するステップと、を含む、方法。
前記標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定するステップと、を含む、方法。
【請求項26】
前記集団が、請求項２〜１２のいずれか１項に記載のものである、請求項２５に記載の方法。
【請求項27】
前記集団が、親配列において１つまたは複数のアミノ酸残基の各々を独立して異なるアミノ酸残基で置き換えることによって生成される、請求項２５に記載の方法。
【請求項28】
少なくとも２つのアミノ酸残基を各々独立して、ステープル化に好適なアミノ酸残基で置き換えることを含み、前記ステープル化に好適な置き換えのアミノ酸残基がステープル化される、請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
前記ステープル化に好適な置き換えのアミノ酸残基が、各々独立して、オレフィンを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
前記ステープル化に好適な置き換えのアミノ酸残基が、システインである、請求項２８に記載の方法。
【請求項31】
前記親配列が、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、もしくはペプチドＹＹ、またはその断片の配列である、請求項２７〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項32】
前記親配列が、ペプチドＹＹまたはその断片のものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記親配列が、表Ｓ−１から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項34】
ステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定することが、前記ステープル化ペプチドの前記アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を決定することを含む、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項35】
ステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定することが、ファージ粒子に含有されるヌクレオチド配列を決定することを含む、請求項２５〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項36】
前記ヌクレオチド配列を決定するステップが、ハイスループットシーケンシングによる、請求項２６〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項37】
シーケンシングの前にスパイクイン配列を添加することを含む、請求項２６〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項38】
前記スパイクイン配列が、試料にわたる核酸配列の存在量を正規化し得る、請求項３７に記載の方法。
【請求項39】
ステープル化ペプチドの第２の集団を合成することをさらに含み、前記ステープル化ペプチドの各々が、前記標的に結合する１つまたは複数のステープル化ペプチドと少なくともあるモチーフを共有するアミノ酸配列を有する、請求項２４〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項40】
修飾されたペプチドを提供するように１つまたは複数のアミノ酸残基の各々を独立して異なるアミノ酸残基で置き換えることによって、親ペプチドを修飾することであって、前記修飾されたペプチドが、ステープル化に好適な少なくとも２つの残基を含む、前記修飾することと、
前記ステープル化に好適な２つの残基をステープル化することと、を含む、方法。
前記ステープル化に好適な２つの残基をステープル化することと、を含む、方法。
【請求項41】
ステープル化に好適な少なくとも２つの残基が、システイン残基である、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記２つのシステイン残基がステープル化される、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
ペプチドの集団を得ることを含み、前記集団が、１つまたは複数の独立して修飾されたペプチドを含む、請求項４０〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項44】
前記集団が、請求項２〜１２のいずれか１項に記載の集団である、請求項４３に記載の方法。
【請求項45】
前記集団が、ファージディスプレイライブラリとして提供される、請求項４３または４４に記載の方法。
【請求項46】
前記集団が、１つまたは複数の残基をランダム化することによって調製される、請求項４３〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項47】
前記親ペプチドが、親配列のものであるか、またはそれを含み、前記親配列が、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、もしくはペプチドＹＹ、またはその断片の配列である、請求項４０〜４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項48】
前記親配列が、ペプチドＹＹまたはその断片のものである、請求項４７に記載の方法。
【請求項49】
前記親配列が、表Ｓ−１から選択される、請求項４７に記載の方法。
【請求項50】
前記修飾されたペプチドを目的とする標的と共にし、それにより、前記集団の１つまたは複数のステープル化ペプチドが前記標的に結合するようにすることと、前記標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定することと、をさらに含む、請求項４０〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項51】
前記集団が、請求項４３〜４９のいずれか１項に記載の集団である、請求項２５〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照本願は、２０１８年８月２０日に出願された米国仮出願第６２／７１９，９９６号の優先権を主張するものであり、この仮出願の全体が参照により本明細書に援用される。
【背景技術】
【0002】
ステープル化ペプチドは、ステープルを欠いたペプチドと比べて改善された特性を有することが報告されており、種々の生物学的目的に有用であり得る。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0003】
本開示は、ステープル化ペプチド組成物の開発、生産、特性解析、及び／または使用のための強力な技術を提供する。とりわけ、本開示は、ステープル化に特に適しているかまたは有用なアミノ酸配列を定義するための戦略、ならびにかかるアミノ酸配列を有するステープル化ペプチドを開発する、生産する、特性解析する、及び／または使用するための技術、試薬、及び系を提供する。
【0004】
既存のステープル化技術により、既知の（及びしばしば天然に存在する）アミノ酸配列を典型的に利用して、有用かつ強力なステープル化ペプチドが開発されてきた。本開示は、予め選択されたアミノ酸配列に必然的に制約されるかかる技術に伴う問題の源を特定する。とりわけ、本開示は、ある特定のシステインステープル化技術が生物系（例えば、ファージディスプレイ系）において実装され得、それにより、複数のペプチド配列を問い合わせることができ、既定の配列の選択または偏りの不在下を含む、ステープル化ペプチドのハイスループット生成及び解析が可能となる、という認識を包含する。故に、例えば、一部の実施形態では、本開示は、特定の標的に結合するが、当該標的の天然に存在するタンパク質相互作用パートナー（複数可）のアミノ酸配列とは異なる（及び、一部の実施形態では、それに対する顕著な同一性を欠いた）アミノ酸配列（複数可）を有する、及び一部の実施形態では、既知のタンパク質相互作用パートナーを全く有しない標的に結合する、ステープル化ペプチド（及びその集団）の開発を可能にする。したがって、提供される技術は、特定の標的に対して望ましい結合特性（複数可）を示す、また特に、ステープル化形態で提供された際に望ましい結合特性（複数可）を示す、アミノ酸配列の特定を可能にする。故に、本開示は、本明細書に記載されるように特定、特性解析、及び／または生産されたアミノ酸配列を有する、目的とする標的に結合するペプチド剤を提供し、一部の実施形態では、かかるペプチド剤は、ステープル化ペプチドを含む。
【0005】
本明細書に記載されるように、生物系におけるまたは生物系によるステープル化ペプチドの生産及び／または特性解析を容易にするために、システインステープル化戦略が採用され得る。一部の実施形態では、かかる生産及び／または特性解析は、有用なアミノ酸配列の特定及び／または選択を含んでもよい。本開示を閲読して、当業者であれば、ひとたびかかるアミノ酸配列が特定及び／または選択されると、かかるアミノ酸配列を有するステープル化ペプチド剤が、任意の所望のステープル化技術を用いて調製され得ることを理解しよう。
【0006】
一部の実施形態では、本開示は、当該アミノ酸配列が互いに及び／または天然に存在する参照タンパク質に対して顕著な多様性を示す、ペプチド（またはそれらをコードする核酸）の集団を提供する。一部の実施形態では、かかるステープル化ペプチドは、生物系（例えば、ファージディスプレイライブラリ）において実装される（例えば、生物系によって及び／または生物系において発現される）。一部の実施形態では、該集団のペプチドは、共通の長さを共有する。一部の実施形態では、該集団のペプチドは、１つまたは複数の特定の配列要素（例えば、同一の残基、システイン残基の数及び／または相対間隔等）を共有する。
【0007】
一部の実施形態では、本開示は、ペプチドの集団を提供する。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ステープル化ペプチドの集団である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような集団内のペプチドは、１つまたは複数の構造的特徴（例えば、特定の範囲内の長さ；例えば、標的もしくは対象に対する既知の相互作用パートナーに見出される配列要素等の特定の配列要素、または一緒にステープルの形成を支持するアミノ酸の組［例えば、本明細書に記載されるようなシステインステープルが当該システイン残基の対の間で生み出されるか、または生み出され得るように互いに対して位置付けられた、２つ以上のシステイン残基］の存在、１つもしくは複数のステープル（これらは一部の実施形態では同じ種類のものであり得る）の存在等、またはそれらの任意の組み合わせ）を共有し得、一部の実施形態では、特定の集団が、かかる共有される構造的特徴（複数可）によって特性解析及び／または定義され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチドの集団におけるペプチドの共通の構造的特徴は、本明細書に記載されるようなシステインステープルが当該システイン残基の対の間で形成されるか、または形成され得るように互いに対して位置付けられた、２つのまたは少なくとも２つのシステイン残基であり、一部の実施形態では、かかるペプチドを式Ｒ−Ｉの化合物と反応させて、システインステープル化ペプチドの集団を生産することができる。
【0008】
一部の実施形態では、提供されるペプチド集団は、ステープル化ペプチドの集団であり、該ステープル化ペプチドの各々が独立して、ａ＊及びｂ＊の範囲内の長さを有し（ここで、ａ＊及びｂ＊は各々、２〜１００から独立して選択される整数であり、ｂ＊は、ａ＊よりも大きい）、かつ
リンカーを介して互いに共有結合性で連結された残基の少なくとも１つの対を含む、アミノ酸配列を有する。
【0009】
一部の実施形態では、提供されるペプチド（またはそれらをコードする核酸）の集団は、該集団のペプチドが全て、本明細書に記載されるようなシステインステープル化を可能にするように互いに対して離間されたシステイン残基（例えば、システイン残基の対）を含むが、その他の点では、独立したアミノ酸配列を有すること、及び任意選択で、該集団のペプチドが全て同じ長さを有することを特徴とする。一部のかかる実施形態では、システイン残基は、該ペプチドの各々における対応する位置に位置する。一部の実施形態では、システイン残基以外の全ての位置は、該集団内で縮重しており（すなわち、該集団における異なるペプチドが、任意の所与の位置で異なる残基を有してもよい）、一部のかかる実施形態では、１つまたは複数の位置は、該集団の少なくとも１つのペプチドにおける当該位置で利用されるあらゆるアミノ酸（例えば、あらゆる天然アミノ酸）が含まれるという点で、該集団内で完全に縮重している。一部の実施形態では、システイン以外の各位置は、該集団にわたって完全に縮重している。一部の実施形態では、１つまたは複数の位置は、複数の異なるアミノ酸において、それらの各々が、制限された組（すなわち、全てよりも少ない可能なアミノ酸残基、及び一部の実施形態では、全てよりも少ない天然アミノ酸）から選択されるという点で、該集団にわたって偏っている。一部の実施形態では、生物系における選択された核酸配列の遺伝子操作及び／または発現により、縮重及び／または偏りが１つまたは複数の位置に導入される。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団またはライブラリのペプチドにおける１つまたは複数の位置での縮重または偏りの程度は、（例えば、同等のシステイン残基を有する）関連するライブラリまたは集団の１つまたは複数の結合特性の事前評価によって情報提供及び／または選択される。一部の実施形態では、かかる事前評価は、目的とする標的に照らし合わせたシステインステープル化ペプチドの集団（単数または複数）のハイスループット解析（例えば、スクリーニング）によるものであり、ハイスループットシーケンシングを用いて、ペプチドの集団の部分集合の遺伝子型を解読することにより、偏ったライブラリの生産について情報提供することができる。
【0010】
一部の実施形態では、本開示は、目的とする標的に結合するステープル化ペプチド剤の特定、特性解析、及び／または生産のための技術を提供する。一部の実施形態では、提供される技術は、ペプチドの集団（例えば、ステープル化ペプチドの集団；一部の実施形態では、該集団のペプチドは、１つまたは複数の構造的特徴を共有する）に目的とする標的を接触させることと、個々のペプチド（複数可）と標的との間の相互作用の１つまたは複数の特性（例えば、オン速度、オフ速度、親和性［例えば、１つまたは複数の濃度で］、特異性、結合曲線等）を決定することとを伴う。一部の実施形態では、かかる決定は、適切な参照（例えば、標的と既知の相互作用物質との間、または異なる相互作用パートナー間の、以前から知られている相互作用または特性解析された相互作用等の、陽性対照または陰性対照）との比較を伴う。
【0011】
一部の実施形態では、目的とする標的は、（例えば、ポリペプチド、グリカン等であるか、またはそれを含む）天然に存在するエピトープであり得るか、またはそれを含み得る。一部の実施形態では、目的とする標的は、天然に存在する相互作用パートナーが知られていないものである。一部の実施形態では、目的とする標的は、天然に存在する相互作用パートナーが知られているものである（そして、例えば、（例えば、既知の相互作用パートナーと競合し得る）代替の相互作用パートナーを特定する要望が存在し、及び／または既知の相互作用パートナーの代替のフォーマットを特定する要望が存在する）。
【0012】
一部の実施形態では、提供される技術は、候補ペプチド（例えば、当該アミノ酸配列が、本明細書に記載されるようなシステインステープル化を支持するように互いに対して位置付けられた少なくとも２つのシステイン残基を含む）が、ファージコート（例えば、タンパク質ｐＩＩＩ）との融合タンパク質として生産される、ファージ発現系を提供し得、及び／またはそれを利用し得る。
【0013】
一部の実施形態では、本開示は、任意選択で１つまたは複数の既定の結合特性を有する、目的とする標的に結合するステープル化ペプチド剤を開発する（例えば、特定する及び／または特性解析する）、生産する、及び／または使用するための技術を提供する。一部のかかる実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイを利用した解析を介して）設計され、生産され、及び／または特性解析された１つまたは複数のシステインステープル化ペプチドは、システインステープルを非システインステープルで置換するように修飾される。つまり、一部の実施形態では、システインステープル化技術を利用して、１つまたは複数の所望の結合属性を有する安定な構造を生み出すためにステープル化に適しているペプチド（すなわち、ペプチドのアミノ酸配列及び／または他の構造）が特定され及び／または特性解析される。かかるペプチドは、本発明により、システインステープルが非システインステープルにより置き換えられた対応するペプチドへと再フォーマットされ得る（例えば、任意選択で、とりわけ、ステープル（複数可）に関与するシステイン残基を、代替のステープル化技術（例えば、炭化水素ステープル化、ヘテロ原子ステープル化等）に修正可能な他の残基で置換することにより）。
【0014】
一部の実施形態では、本開示によって提供される技術は、式Ｉの構造を有するペプチド（例えば、個々のペプチド及び／またはペプチド集団）、【化1】
[この文献は図面を表示できません]
またはその塩に関し、式中、Ｒａ、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４の各々が独立して、Ｒ’であり、
Ｒｂが、Ｒ’、−ＯＲ’、または−Ｎ（Ｒ’）２であり、
各Ｘが独立して、アミノ酸残基であり、
ａ、ｂ、ｃ、ｓ、及びｄの各々が独立して、整数１〜２０（端点値を含む）であり、
Ｃ１及びＣ２の各々が独立して、炭素原子であり、
Ｌｓが、−Ｌｓ１−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−Ｌｓ３−であり、
Ｌｓ１及びＬｓ３が、各々独立して、Ｌであり、
Ｌｓ２が、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）−を含み、
各Ｌが独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、該原子と一緒になって、該原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
【0015】
一部の実施形態では、ＲａはＲ’であり、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａは−Ｈである。一部の実施形態では、ＲａはＲ−Ｃ（Ｏ）−である。
【0016】
一部の実施形態では、本開示は、ステープル化ペプチドの集団であって、該ステープル化ペプチドの各々が独立して、式Ｉの構造を有する、該ステープル化ペプチドの集団、またはその塩を提供する。
【0017】
一部の実施形態では、ａは１である。一部の実施形態では、ａは２である。一部の実施形態では、ａは３である。一部の実施形態では、ａは４である。一部の実施形態では、ａは５である。一部の実施形態では、ａは６である。一部の実施形態では、ａは７である。一部の実施形態では、ａは８である。一部の実施形態では、ａは９である。一部の実施形態では、ａは１０である。一部の実施形態では、ａは１１である。一部の実施形態では、ａは１２である。一部の実施形態では、ａは１３である。一部の実施形態では、ａは１４である。一部の実施形態では、ａは１５である。一部の実施形態では、ａは１６である。一部の実施形態では、ａは１７である。一部の実施形態では、ａは１８である。一部の実施形態では、ａは１９である。一部の実施形態では、ａは２０である。
【0018】
一部の実施形態では、Ｒ１は、本開示に記載されるようなＲ’である。一部の実施形態では、Ｒ１は、本開示に記載されるようなＲである。一部の実施形態では、Ｒ１は−Ｈである。一部の実施形態では、Ｒ１はＨではない。
【0019】
一部の実施形態では、Ｒ２は、本開示に記載されるようなＲ’である。一部の実施形態では、Ｒ２は、本開示に記載されるようなＲである。一部の実施形態では、Ｒ２は−Ｈである。一部の実施形態では、Ｒ２はＨではない。
【0020】
一部の実施形態では、Ｒ３は、本開示に記載されるようなＲ’である。一部の実施形態では、Ｒ３は、本開示に記載されるようなＲである。一部の実施形態では、Ｒ３は−Ｈである。一部の実施形態では、Ｒ３はＨではない。
【0021】
一部の実施形態では、Ｒ４は、本開示に記載されるようなＲ’である。一部の実施形態では、Ｒ４は、本開示に記載されるようなＲである。一部の実施形態では、Ｒ４は−Ｈである。一部の実施形態では、Ｒ４はＨではない。
【0022】
一部の実施形態では、Ｃ１はアキラルである。一部の実施形態では、Ｃ１はキラルである。一部の実施形態では、Ｃ１は（Ｒ）である。一部の実施形態では、Ｃ１は（Ｓ）である。
【0023】
一部の実施形態では、Ｃ２はアキラルである。一部の実施形態では、Ｃ２はキラルである。一部の実施形態では、Ｃ２は（Ｒ）である。一部の実施形態では、Ｃ２は（Ｓ）である。
【0024】
一部の実施形態では、ｂは２〜１１である。一部の実施形態では、ｂは２である。一部の実施形態では、ｂは３である。一部の実施形態では、ｂは４である。一部の実施形態では、ｂは５である。一部の実施形態では、ｂは６である。一部の実施形態では、ｂは７である。一部の実施形態では、ｂは８である。一部の実施形態では、ｂは９である。一部の実施形態では、ｂは１０である。一部の実施形態では、ｂは１１である。
【0025】
一部の実施形態では、ｃは１である。一部の実施形態では、ｃは２である。一部の実施形態では、ｃは３である。一部の実施形態では、ｃは４である。一部の実施形態では、ｃは５である。一部の実施形態では、ｃは６である。一部の実施形態では、ｃは７である。一部の実施形態では、ｃは８である。一部の実施形態では、ｃは９である。一部の実施形態では、ｃは１０である。一部の実施形態では、ｃは１１である。一部の実施形態では、ｃは１２である。一部の実施形態では、ｃは１３である。一部の実施形態では、ｃは１４である。一部の実施形態では、ｃは１５である。一部の実施形態では、ｃは１６である。一部の実施形態では、ｃは１７である。一部の実施形態では、ｃは１８である。一部の実施形態では、ｃは１９である。一部の実施形態では、ｃは２０である。
【0026】
一部の実施形態では、ｓは１〜５である。一部の実施形態では、ｓは１である。一部の実施形態では、ｓは２である。一部の実施形態では、ｓは３である。一部の実施形態では、ｓは４である。一部の実施形態では、ｓは５である。
【0027】
一部の実施形態では、ｄは１である。一部の実施形態では、ｄは２である。一部の実施形態では、ｄは３である。一部の実施形態では、ｄは４である。一部の実施形態では、ｄは５である。一部の実施形態では、ｄは６である。一部の実施形態では、ｄは７である。一部の実施形態では、ｄは８である。一部の実施形態では、ｄは９である。一部の実施形態では、ｄは１０である。一部の実施形態では、ｄは１１である。一部の実施形態では、ｄは１２である。一部の実施形態では、ｄは１３である。一部の実施形態では、ｄは１４である。一部の実施形態では、ｄは１５である。一部の実施形態では、ｄは１６である。一部の実施形態では、ｄは１７である。一部の実施形態では、ｄは１８である。一部の実施形態では、ｄは１９である。一部の実施形態では、ｄは２０である。
【0028】
一部の実施形態では、Ｒｂは、本開示に記載されるようなＲ’である。一部の実施形態では、Ｒｂは、本開示に記載されるようなＲである。一部の実施形態では、Ｒｂは−Ｈである。一部の実施形態では、Ｒｂは−ＯＲ’であり、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒｂは−ＯＨである。一部の実施形態では、Ｒｂは−Ｎ（Ｒ’）２であり、ここで、各Ｒ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒｂは−ＮＨ（Ｒ’）であり、ここで、Ｒ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒｂは−ＮＨ２であり、ここで、Ｒ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【図面の簡単な説明】
【0029】
【図1】精製リンカー３の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図2】精製リンカー４の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図3】精製リンカー５の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図4】精製リンカー６の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図5】精製リンカー７の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図6-1】精製リンカー８の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図6-2】精製リンカー８の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図7-1】精製リンカー９の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図7-2】精製リンカー９の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図7-3】精製リンカー９の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図7-4】精製リンカー９の１Ｈ ＮＭＲスペクトル（実施例１を参照されたい）。
【図8】ＬＣ−ＭＳによって特性解析した、位置（ｉ、ｉ＋４）または（ｉ、ｉ＋７）にシステインを含むｘＳｔＡｘ４１のペプチド誘導体でのリンカー１〜９についてのステープル化変換効率対時間。ｘＳｔＡｘ４１は、Ｇｒｏｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０１２，１０９（４４），１７４９４２−１７９４７に開示されるペプチドである。
【図9】蛍光プレートリーダーによって特性解析した、正規化された平均蛍光偏光度対ペプチド濃度。各データ点は、３回の蛍光偏光法実施の平均値を表す。使用したペプチドは、リンカー１〜９により位置（ｉ、ｉ＋４）または（ｉ、ｉ＋７）でステープル化されたｘＳｔＡｘ４１の結合誘導体及び非結合誘導体であった。
【図10】リンカー１〜９により位置（ｉ、ｉ＋４）または（ｉ、ｉ＋７）でステープル化されたｘＳｔＡｘ４１の結合誘導体及び非結合誘導体の結合親和性の要約。値はマイクロモル濃度である。
【図11-1】ｉ）パネルＡ：リンカー９でステープル化された、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたトリプシン処理済みＡＣＩＬＤＣＨＩＱＲ、及びパネルＢ：リンカー７でステープル化された、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたトリプシン処理済みＡＣＩＬＤＡＨＩＣＲについての、液体クロマトグラフィー−質量分析法による軌跡。
【図11-2】ｉ）パネルＡ：リンカー９でステープル化された、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたトリプシン処理済みＡＣＩＬＤＣＨＩＱＲ、及びパネルＢ：リンカー７でステープル化された、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたトリプシン処理済みＡＣＩＬＤＡＨＩＣＲについての、液体クロマトグラフィー−質量分析法による軌跡。
【図12】「スパイクイン」法と、クラスター結合シグナルに対する競合剤添加の効果を決定するためのベータ−カテニンのアキシン／ＴＣＦ結合部位に対する既知の競合剤の添加との組み合わせを用いた、ベータ−カテニンに照らし合わせたスクリーニングで特定された配列のクラスターについての解析。左側のパネルは、β−カテニンに照らし合わせたスクリーニングで特定された１０個のクラスターの結合強度の箱ひげ図を示す。中央のパネルは、同じであるが、アキシン／ＴＣＦ結合部位に対する既知の競合剤が添加される場合を示す。５個のクラスターは、結合シグナルが有意に減少し、このことは、それらがベータ−カテニン上の同じ結合部位と競合する可能性があることを示している。右側のパネルは、アキシン／ＴＣＦ結合部位への結合剤との競合を測定するアッセイにおける、一番左のクラスター及び右から３番目のクラスターからの代表的なペプチドのインビトロでの結合挙動を示し、これは予測された結合挙動が、測定されたインビトロでの結合挙動と一致することを実証している。
【図13-1】ライブラリ（ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ）をリンカー７でステープル化し、ベータ−カテニンに照らし合わせてスクリーニングした。パネルＡ：ベータ−カテニンに対する結合特異性を実証している、３つの異なる標的タンパク質及びブランクビーズにわたる上位１５の結合配列についての用量−応答プロファイル。灰色の線は、同じ実験的な標的濃度条件内での各配列についての計数を結びつけるために使用される。パネルＢ〜Ｄ：配列ロゴ（Ｂ）、用量応答プロファイル（Ｃ）、及び用量応答プロファイルの箱ひげ図（Ｄ）が、有効ＩＣ５０に基づくクラスター内の上位５、上位１０、上位１５、及び全ての配列（上から下）について示される。Ｄの最も下における灰色の箱ひげ図は、パネルＡに示される配列モチーフと一致する、クラスタリングに含まれない配列についての計数分布を示す。パネルＥ：配列、有効ＩＣ５０、アミノ酸による配列分割、及び各ベータ−カテニン濃度の計数。
【図13-2】同上。
【図13-3】同上。
【図13-4】同上。
【図14-1】ライブラリ（ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ）をリンカー７でステープル化し、ベータ−カテニンに照らし合わせてスクリーニングした。パネルＡ：配列クラスターからの配列についての溶出ファージの計数。黒色の線は、異なる標的濃度にわたる各配列についての計数を結びつける。灰色の線は、同じ実験的な標的濃度条件内での各配列についての計数を結びつけるために使用される。パネルＢ〜Ｄ：配列ロゴ（Ｂ）、用量応答プロファイル（Ｃ）、及び用量応答プロファイルの箱ひげ図（Ｄ）が、有効ＩＣ５０に基づくクラスター内の上位５、上位１０、上位１５、及び全ての配列（上から下）について示される。Ｄの最も下における灰色の箱ひげ図は、パネルＡに示される配列モチーフと一致する、クラスタリングに含まれない配列についての計数分布を示す。パネルＥ：配列、有効ＩＣ５０、アミノ酸による配列分割、及び各ベータ−カテニン濃度の計数。化合物１が可能性のあるベータ−カテニン結合剤として特定された。
【図14-2】同上。
【図14-3】同上。
【図14-4】同上。
【図15-1】ライブラリ（ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ）をリンカー７でステープル化し、ベータ−カテニンに照らし合わせてスクリーニングした。パネルＡ：配列クラスターからの配列についての溶出ファージの計数。黒色の線は、異なる標的濃度にわたる各配列についての計数を結びつける。灰色の線は、同じ実験的な標的濃度条件内での各配列についての計数を結びつけるために使用される。パネルＢ〜Ｄ：配列ロゴ（Ｂ）、用量応答プロファイル（Ｃ）、及び用量応答プロファイルの箱ひげ図（Ｄ）が、有効ＩＣ５０に基づくクラスター内の上位５、上位１０、上位１５、及び全ての配列（上から下）について示される。Ｄの最も下における灰色の箱ひげ図は、パネルＡに示される配列モチーフと一致する、クラスタリングに含まれない配列についての計数分布を示す。パネルＥ：配列、有効ＩＣ５０、アミノ酸による配列分割、及び各ベータ−カテニン濃度の計数。化合物２が可能性のあるベータ−カテニン結合剤として特定された。
【図15-1】同上。
【図15-2】同上。
【図15-3】同上。
【図15-4】同上。
【図16】Ｂｉａｃｏｒｅシステムを用いた、固相ペプチド合成によって化学合成され、リンカー７で架橋された（すなわち、ファージ上で提示されていない）精製化合物１及び２についての結合親和性の例。
【図17】８つの選択されたペプチドについての競合蛍光偏光曲線ｍＰ（ミリ偏光）単位がＹ軸上にあり、ペプチドの濃度がＸ上にある。添加されるペプチドの量が増加するにつれて、ＦＩＴＣ標識プローブペプチドがベータ−カテニンタンパク質から置き換えられるため、ｍＰ値が低下する。
【発明を実施するための形態】
【0030】
定義本明細書で使用されるとき、別途指定されない限り、以下の定義が適用されるものとする。この開示の目的において、化学元素は、元素周期表、ＣＡＳ版（Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃｓ，７５ｔｈ Ｅｄ）に従って特定される。追加として、有機化学の一般原則は、“Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”，Ｔｈｏｍａｓ Ｓｏｒｒｅｌｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｂｏｏｋｓ，Ｓａｕｓａｌｉｔｏ：１９９９、及び“Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｅｄ．：Ｓｍｉｔｈ，Ｍ．Ｂ．ａｎｄ Ｍａｒｃｈ，Ｊ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：２００１に記載されている。
【0031】
投与：本明細書で使用されるとき、「投与」という用語は典型的に、対象または系への組成物の投与を指す。当業者であれば、適切な状況下で、対象、例えばヒトへの投与に利用され得る、様々な経路について知っているであろう。例えば、一部の実施形態では、投与は、眼、経口、非経口、局所等であってもよい。一部の特定の実施形態では、投与は、気管支（例えば、気管支点滴によって）、頬側、皮膚（これは例えば、真皮、皮内、皮膚間（ｉｎｔｅｒｄｅｒｍａｌ）、経皮等への局所のうちの１つまたは複数であり得るか、またはそれを含み得る）、経腸、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、具体的な臓器内（例えば、肝臓内）、粘膜、鼻腔、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管（例えば、気管内点滴によって）、膣、硝子体等であってもよい。一部の実施形態では、投与は、断続的（例えば、時間を置いた複数回用量）及び／または周期的（例えば、共通の一定期間を置いた個々の用量）投薬である投薬を伴ってもよい。一部の実施形態では、投与は、少なくとも選択される一定期間にわたる連続的投薬（例えば、灌流）を伴ってもよい。
【0032】
薬剤：一般に、本明細書で使用される「薬剤」という用語は、例えば、ポリペプチド、核酸、糖類、脂質、小分子、金属、またはその組み合わせもしくは複合体を含めた、任意の化学クラスの化合物または実体を指して使用されてもよい。当業者には前後関係から明らかとなろうが、適切な状況下で、この用語は、細胞もしくは生物、またはその画分、抽出物、もしくは構成成分であるか、またはそれを含む実体を指して利用されてもよい。代替または追加として、前後関係から明らかとなろうが、この用語は、それが自然界で見出される及び／または自然界から得られるという点で、天然産物を指して使用されてもよい。一部の事例では、同じく前後関係から明らかとなろうが、この用語は、それが人為的作用を通して設計される、操作される、及び／または生産される、及び／または自然界で見出されないという点で人造である、１つまたは複数の実体を指して使用されてもよい。一部の実施形態では、薬剤は、単離された形態または純粋な形態で利用されてもよく、一部の実施形態では、薬剤は、未精製の形態で利用されてもよい。一部の実施形態では、可能性のある薬剤は、例えば、集合体またはライブラリとして提供されてもよく、この集合体またはライブラリが、それらの内部の活性薬剤を特定するか、または特性解析するためにスクリーニングされてもよい。場合によっては、「薬剤」という用語は、ポリマーであるか、またはそれを含む化合物または実体を指してもよく、場合によっては、この用語は、１つまたは複数のポリマー部分を含む化合物または実体を指してもよい。一部の実施形態では、「薬剤」という用語は、ポリマーではない、及び／またはあらゆるポリマー及び／または１つもしくは複数の特定のポリマー部分を実質的に含まない、化合物または実体を指してもよい。一部の実施形態では、この用語は、あらゆるポリマー部分を欠いているか、またはあらゆるポリマー部分を実質的に含まない、化合物または実体を指してもよい。一部の実施形態では、薬剤は化合物である。一部の実施形態では、薬剤はステープル化ペプチドである。
【0033】
脂肪族：本明細書で使用されるとき、「脂肪族」とは、完全に飽和であるか、または１つもしくは複数の不飽和単位を含有する直鎖（すなわち、非分岐状）または分岐状、置換または非置換の炭化水素鎖、あるいは完全に飽和であるか、または１つもしくは複数の不飽和単位を含有する置換または非置換の単環式、二環式、または多環式炭化水素環、あるいはそれらの組み合わせを意味する。別途明記されない限り、脂肪族基は、１〜１００個の脂肪族炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪族基は、１〜２０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１〜１０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１〜９個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１〜８個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１〜７個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１〜６個の脂肪族炭素原子を含有する。依然として他の実施形態では、脂肪族基は、１〜５個の脂肪族炭素原子を含有し、なおも他の実施形態では、脂肪族基は、１、２、３、または４個の脂肪族炭素原子を含有する。好適な脂肪族基には、直鎖状または分岐状、置換または非置換のアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、及びそれらのハイブリッドが含まれるが、これらに限定されない。
【0034】
アルケニル：本明細書で使用されるとき、「アルケニル」という用語は、１つまたは複数の二重結合を有する、本明細書で定義されるような脂肪族基を指す。
【0035】
アルケニレン：「アルケニレン」という用語は、二価アルケニル基を指す。
【0036】
アルキル：本明細書で使用されるとき、「アルキル」という用語は、当該技術分野におけるその通常の意味を与えられ、直鎖アルキル基、分岐鎖アルキル基、シクロアルキル（脂環式）基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含めた、飽和脂肪族基を含んでもよい。一部の実施形態では、アルキルは、１〜１００個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖または分岐鎖アルキルは、その骨格（例えば、直鎖の場合Ｃ１〜Ｃ２０、分岐鎖の場合Ｃ２〜Ｃ２０）において約１〜２０個、代替としては、約１〜１０個の炭素原子を有する。一部の実施形態では、シクロアルキル環は、それらの環構造において約３〜１０個の炭素原子を有し（かかる環は、単環式、二環式、または多環式である）、代替としては、環構造において約５、６、または７個の炭素を有する。一部の実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基とは、１〜４個の炭素原子（例えば、直鎖低級アルキルの場合Ｃ１〜Ｃ４）を含むものである。
【0037】
アルキレン：「アルキレン」という用語は、二価アルキル基を指す。
【0038】
アミノ酸：本明細書で使用されるその最も広義において、例えば１つまたは複数のペプチド結合の形成を通して、ポリペプチド鎖に組み込まれ得る任意の化合物及び／または物質を指す。一部の実施形態では、アミノ基とカルボン酸基とを含むアミノ酸。一部の実施形態では、アミノ酸は、ＮＨ（Ｒａ１）−Ｌａ１−Ｃ（Ｒａ２）（Ｒａ３）−Ｌａ２−ＣＯＯＨの構造を有し、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、アミノ酸は、一般構造ＮＨ（Ｒ’）−Ｃ（Ｒ’）２−ＣＯＯＨを有し、ここで、各Ｒ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｒ’）２−ＣＯＯＨを有し、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ’）−ＣＯＯＨを有し、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸は、非天然アミノ酸であり、一部の実施形態では、アミノ酸は、Ｄ−アミノ酸であり、一部の実施形態では、アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」は、天然に存在するペプチドに一般的に見出される２０個の標準Ｌ−アミノ酸のうちのいずれかを指す。「非標準アミノ酸」は、それが合成的に調製されるか、または天然の供給源から得られるかを問わず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。一部の実施形態では、ポリペプチドにおけるカルボキシ末端及び／またはアミノ末端アミノ酸を含めた、アミノ酸は、上記の一般構造と比較して構造修飾を含有し得る。例えば、一部の実施形態では、アミノ酸は、一般構造と比較して、メチル化、アミド化、アセチル化、ペグ化、グリコシル化、リン酸化、及び／または置換（例えば、アミノ基、カルボン酸基、１つもしくは複数の陽子、１つもしくは複数の水素、及び／またはヒドロキシル基の）によって修飾されてもよい。一部の実施形態では、かかる修飾は、例えば、その他の点では同一の未修飾アミノ酸を含有するポリペプチドと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの循環半減期を改変し得る。一部の実施形態では、かかる修飾は、その他の点では同一の未修飾アミノ酸を含有するポリペプチドと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの関連性のある活性を顕著に改変しない。前後関係から明らかとなろうが、一部の実施形態では、「アミノ酸」という用語は、遊離アミノ酸を指して使用されてもよく、一部の実施形態では、それは、ポリペプチドのアミノ酸残基を指して使用されてもよい。
【0039】
類似体：本明細書で使用されるとき、「類似体」という用語は、参照物質と１つまたは複数の特定の構造的特徴、要素、構成成分、または部分を共有する物質を指す。典型的には、「類似体」は、例えば、コアまたはコンセンサス構造を共有して、参照物質との顕著な構造的類似性を示すが、同時にある特定の個別的な様式で異なる。一部の実施形態では、類似体は、例えば参照物質の化学的操作によって、参照物質から生成され得る物質である。一部の実施形態では、類似体は、参照物質を生成する合成プロセスに実質的に類似した（例えば、それと複数の工程を共有する）合成プロセスの実施を通して生成され得る物質である。一部の実施形態では、類似体は、参照物質を生成するために用いられる合成プロセスとは異なる合成プロセスの実施を通して生成されるか、生成され得る。
【0040】
動物：本明細書で使用されるとき、動物界の任意の成員を指す。一部の実施形態では、「動物」は、いずれの性別の、任意の発生段階にあるヒトを指す。一部の実施形態では、「動物」は、任意の発生段階にある非ヒト動物を指す。ある特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳動物（例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び／またはブタ）である。一部の実施形態では、動物には、哺乳動物、鳥、爬虫類、両生類、魚、昆虫、及び／または蠕虫が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物、及び／またはクローンであってもよい。
【0041】
およそ：本明細書で使用されるとき、目的とする１つまたは複数の値に適用される「およそ」または「約」という用語は、定められる参照値に類似した値を指す。ある特定の実施形態では、「およそ」または「約」という用語は、別途定められるか、または別途文脈から明らかでない限り、定められる参照値からいずれかの方向で（それ超または未満）２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満以内に該当する幅広い値を指す（かかる数が可能な値の１００％を超える場合を除く）。
【0042】
アリール：単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」、「アリールオキシアルキル」等にあるように、より大きな部分の一部として使用される「アリール」という用語は、総計５〜３０個の環員を有する単環式、二環式、または多環式環系であり、この系における少なくとも１個の環が芳香族であるものを指す。一部の実施形態では、アリール基は、総計５〜１４個の環員を有する単環式、二環式、または多環式環系であり、この系における少なくとも１個の環が芳香族であり、この系における各環が３〜７個の環員を含有するものである。一部の実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。「アリール」という用語は、「アリール環」という用語と互換的に使用されてもよい。本開示のある特定の実施形態では、「アリール」は、１つまたは複数の置換基を担持し得る、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル等を含むが、これらに限定されない芳香環系を指す。一部の実施形態では、本明細書で使用されるとき、インダニル、フタルイミジル、ナフトイミジル（ｎａｐｈｔｈｉｍｉｄｙｌ）、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチル等といった、芳香環が１つまたは複数の非芳香環に縮合しており、ラジカルまたは結合点がアリール環上にある基もまた、「アリール」という用語の範囲内に含まれる。
【0043】
に関連する：その用語が本明細書で使用されるとき、２つの事象または実体は、一方の存在、レベル、及び／または形態が他方の存在、レベル、及び／または形態と相関する場合、互いに「関連する」。例えば、特定の実体（例えば、核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、転写物、ｍＲＮＡ等）、ポリペプチド、遺伝子サイン、代謝産物、微生物等）は、その存在、レベル、及び／または形態が（例えば、関連性のある集団にわたる）特定の疾患、障害、または病態の発生率及び／または易罹患性と相関する場合、その疾患、障害、または病態に関連すると見なされる。
【0044】
担体：本明細書で使用されるとき、組成物が共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルを指す。一部の代表的な実施形態では、担体には、例えば、ピーナツ油、大豆油、鉱物油、ゴマ油等といった、石油、動物、植物、または合成由来の油を含む、例えば、水及び油等の、滅菌液体が含まれ得る。一部の実施形態では、担体は、１つまたは複数の固体構成成分であるか、またはそれを含む。
【0045】
同等の：本明細書で使用されるとき、「同等の」という用語は、互いに同一でない可能性があるが、それらの間の比較を許容するのに十分に類似しており、これにより、当業者であれば、観察される差異または類似性に基づいて結論が合理的に導かれ得るということを理解しよう、２つ以上の薬剤、実体、状態、条件の組等を指す。一部の実施形態では、同等の条件の組、状態、個体、または集団は、複数の実質的に同一の特徴及び１つまたは少数の変化のある特徴によって特徴付けられる。当業者であれば、前後関係において、任意の所与の状況で、２つ以上のかかる薬剤、実体、状況、条件の組等が同等と見なされるにはどの程度の同一性が必要とされるかを理解しよう。例えば、当業者であれば、異なる状況の組、個体、もしくは集団の下で、または異なる状況の組、個体、もしくは集団により得られた結果または観察される現象の差異が、変化のある特徴における変動によって引き起こされるか、またはその変動を示すものであるという合理的な結論を保証するのに十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、状況の組、個体、または集団が互いに同等であることを理解しよう。
【0046】
組成物：当業者であれば、「組成物」という用語が、１つまたは複数の明記される構成成分を含む個別的な物理的実体を指して使用されてもよいことを理解しよう。一般に、別途明記されない限り、組成物は、任意の形態、例えば、ガス、ゲル、液体、固体等のものであってもよい。
【0047】
を含む：１つまたは複数の指示される要素または工程「を含む」として本明細書に記載される組成物または方法は、オープンエンドであり、つまり、指定される要素または工程は必須であるが、他の要素または工程が本組成物または方法の範囲内で追加されてもよい。冗長さを回避するために、１つまたは複数の指定される要素または工程「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」として記載される（またはそれ「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」）任意の組成物または方法はまた、同じ指定される要素または工程「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」（またはそれ「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」）、対応する、より限定された組成物または方法についても記載し、つまり、本組成物または方法は、指定される必須の要素または工程を含み、また、本組成物または方法の基本的で新規の特質（複数可）に著しく影響を及ぼさない追加の要素または工程を含んでもよいこともまた理解される。１つまたは複数の指定される要素または工程「を含む」またはそれ「から本質的になる」として本明細書に記載される任意の組成物または方法はまた、任意の他の指定されていない要素または工程を除外するように、指定される要素または工程「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」（またはそれ「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｏｆ）」）、対応する、より限定されたクローズドエンドの組成物または方法についても記載することもまた理解される。本明細書に開示される任意の組成物または方法において、任意の指定される必須の要素または工程に対する既知のまたは開示される均等物が、その要素または工程を置換してもよい。
【0048】
環状脂肪族：本明細書で使用される「環状脂肪族」という用語は、例えば３〜３０員を有する、飽和または部分的に不飽和の、脂肪族の単環式、二環式、または多環式環系を指し、この脂肪族環系は、任意選択で置換される。環状脂肪族基には、限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルが含まれる。一部の実施形態では、シクロアルキルは、３〜６個の炭素を有する。「環状脂肪族」という用語にはまた、デカヒドロナフチルまたはテトラヒドロナフチル等の、１つまたは複数の芳香環または非芳香環に縮合しており、ラジカルまたは結合点が脂肪族環上にある脂肪族環も含まれる。一部の実施形態では、炭素環基は、二環式である。一部の実施形態では、炭素環基は、三環式である。一部の実施形態では、炭素環基は、多環式である。一部の実施形態では、「環状脂肪族」（または「炭素環」もしくは「シクロアルキル」）は、完全に飽和であるか、または１つもしくは複数の不飽和単位を含有するが、芳香族ではない単環式Ｃ３〜Ｃ６炭化水素、またはＣ８〜Ｃ１０二環式炭化水素、あるいは完全に飽和であるか、または１つもしくは複数の不飽和単位を含有するが、芳香族ではないＣ９〜Ｃ１６三環式炭化水素を指す。
【0049】
誘導体：本明細書で使用されるとき、「誘導体」という用語は、参照物質の構造的類似体を指す。つまり、「誘導体」は、例えば、コアまたはコンセンサス構造を共有して、参照物質との顕著な構造的類似性を示すが、同時にある特定の個別的な様式で異なる物質である。一部の実施形態では、誘導体は、化学的操作によって参照物質から生成され得る物質である。一部の実施形態では、誘導体は、参照物質を生成する合成プロセスに実質的に類似した（例えば、それと複数の工程を共有する）合成プロセスの実施を通して生成され得る物質である。
【0050】
剤形または単位剤形：当業者であれば、「剤形」という用語が、対象への投与のための、活性薬剤（例えば、治療剤または診断剤）の物理的に個別的な単位を指して使用されてもよいことを理解しよう。典型的には、かかる各単位は、既定分量の活性薬剤を含有する。一部の実施形態では、かかる分量は、関連性のある集団に投与されたときに所望の転帰または有益な転帰と相関すると決定された投薬レジメンに（すなわち、治療的投薬レジメンに）従った投与に適切な、単位投薬量（またはその完全な小部分（ｗｈｏｌｅ ｆｒａｃｔｉｏｎ））である。当業者は、特定の対象に投与される治療的組成物または治療剤の総量が１名または複数名の主治医によって決定され、複数の剤形の投与を伴なってもよいことを理解する。
【0051】
投薬レジメン：当業者であれば、「投薬レジメン」という用語が、典型的には一定期間を置いて、対象に個々に投与される一組の単位用量（典型的には１つよりも多く）を指して使用されてもよいことを理解しよう。一部の実施形態では、所与の治療剤は、推奨される投薬レジメンを有し、この投薬レジメンは、１回または複数回の用量を伴ってもよい。一部の実施形態では、投薬レジメンは、複数回用量を含み、これらの各々は、他の用量から時間を置かれる。一部の実施形態では、個々の用量は、同じ長さの一定期間を互いに置かれ、一部の実施形態では、投薬レジメンは、複数回用量を含み、個々の用量が少なくとも２つの異なる一定期間を置かれる。一部の実施形態では、投薬レジメン内の全ての用量が、同じ単位用量の量のものである。一部の実施形態では、投薬レジメン内の異なる用量は、異なる量のものである。一部の実施形態では、投薬レジメンは、第１の用量の量での第１の用量、続いて第１の用量の量とは異なる第２の用量の量での１つまたは複数の追加用量を含む。一部の実施形態では、投薬レジメンは、第１の用量の量での第１の用量、続いて第１の用量の量と同じ第２の用量の量での１つまたは複数の追加用量を含む。一部の実施形態では、投薬レジメンは、関連性のある集団にわたって投与するときに所望の転帰または有益な転帰と相関する（すなわち、治療的投薬レジメンである）。
【0052】
ハロゲン：「ハロゲン」という用語は、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、またはＩを意味する。
【0053】
ヘテロ脂肪族：「ヘテロ脂肪族」という用語は、当該技術分野におけるその通常の意味を与えられ、１個または複数の炭素原子が１個または複数のヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等）で置き換えられる、本明細書に記載されるような脂肪族基を指す。
【0054】
ヘテロアルキル：「ヘテロアルキル」という用語は、当該技術分野におけるその通常の意味を与えられ、１個または複数の炭素原子がヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等）で置き換えられる、本明細書に記載されるようなアルキル基を指す。ヘテロアルキル基の例としては、アルコキシ、ポリ（エチレングリコール）−、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニル等が挙げられるが、これらに限定されない。
【0055】
ヘテロアリール：単独でまたはより大きな部分、例えば、「ヘテロアラルキル」、もしくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される、「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル−（ｈｅｔｅｒｏａｒ−）」という用語は、例えば、総計５〜３０個、例えば、５、６、９、１０、１４個等の環員を有する単環式、二環式、または多環式環系であり、この系における少なくとも１個の環が芳香族であり、少なくとも１個の芳香環原子がヘテロ原子であるものを指す。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、または硫黄である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、５〜１０個の環原子（すなわち、単環式、二環式、または多環式）、一部の実施形態では５、６、９、または１０個の環原子を有する基である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、環状のアレイにおいて共有される６、１０、または１４個のπ電子を有し、炭素原子に加えて１〜５個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基には、限定されないが、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、及びプテリジニルが含まれる。一部の実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジル等といったヘテロビアリール基である。本明細書で使用される「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル−（ｈｅｔｅｒｏａｒ−）」という用語にはまた、ヘテロ芳香環が１つまたは複数のアリール環、環状脂肪族環、またはヘテロシクリル環に縮合しており、ラジカルまたは結合点がヘテロ芳香環上にある基も含まれる。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド［２，３−ｂ］−１，４−オキサジン−３（４Ｈ）−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式、または多環式であり得る。「ヘテロアリール」という用語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、または「ヘテロ芳香族」という用語と互換的に使用されてもよく、これらの用語のいずれにも、任意選択で置換される環が含まれる。「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、このアルキル部分及びヘテロアリール部分が独立して、任意選択で置換される。
【0056】
ヘテロ原子：「ヘテロ原子」という用語は、炭素ではなく、かつ水素ではない原子を意味する。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素、またはケイ素（窒素、硫黄、リン、またはケイ素の任意の酸化形態；任意の塩基性窒素の四級化形態または複素環式環の置換可能な窒素（例えば、３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ピロリルにあるようなＮ）、ＮＨ（ピロリジニルにあるような）もしくはＮＲ＋（Ｎ−置換ピロリジニルにあるような）等を含む）である。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、または硫黄である。
【0057】
ヘテロシクリル：本明細書で使用されるとき、「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環ラジカル」、及び「複素環式環」という用語は、互換的に使用され、飽和または部分的に不飽和であり、１個または複数のヘテロ原子の環原子を有する単環式、二環式、または多環式環部分（例えば、３〜３０員）を指す。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄、またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、または硫黄である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和または部分的に不飽和のいずれかであり、炭素原子に加えて、１個または複数の、好ましくは１〜４個の、上記に定義されるようなヘテロ原子を有する、安定な５員〜７員の単環式または７員〜１０員の二環式の複素環部分である。複素環の環原子を参照して使用されるとき、「窒素」という用語には、置換される窒素が含まれる。例として、酸素、硫黄、または窒素から選択される０〜３個のヘテロ原子を有する飽和または部分的に不飽和の環において、窒素は、Ｎ（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ピロリルにあるような）、ＮＨ（ピロリジニルにあるような）、または＋ＮＲ（Ｎ−置換ピロリジニルにあるような）であってもよい。複素環式環は、任意のヘテロ原子または炭素原子でそのペンダント基に結合して、これにより安定な構造をもたらすことが可能であり、環原子のうちのいずれかは、任意選択で置換され得る。かかる飽和または部分的に不飽和の複素環ラジカルの例としては、限定されないが、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられる。「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環基」、「複素環部分」、及び「複素環ラジカル」という用語は、本明細書で互換的に使用され、これにはまた、インドリニル、３Ｈ−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロキノリニル等の、ヘテロシクリル環が１つまたは複数のアリール環、ヘテロアリール環、または環状脂肪族環に縮合しており、ラジカルまたは結合点がヘテロ脂肪族環上にある基も含まれる。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式、または多環式であり得る。「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、このアルキル部分及びヘテロシクリル部分が独立して、任意選択で置換される。
【0058】
相同性：本明細書で使用されるとき、「相同性」という用語は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子間（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。一部の実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である場合、互いに「相同」であると見なされる。一部の実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％類似している（例えば、対応する位置に、関連する化学特性を有する残基を含有する）場合、互いに「相同」であると見なされる。例えば、当業者には周知であるが、ある特定のアミノ酸は、「疎水性」もしくは「親水性」アミノ酸として、及び／または「極性」もしくは「非極性」側鎖を有するものとして、互いに類似するとして典型的に分類される。１つのアミノ酸による、同じ種類の別のアミノ酸の置換は、多くの場合、「相同」置換と見なされ得る。典型的なアミノ酸のカテゴリー分類を下記に要約する。【表4】
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【表5-1】
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【表5-2】
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【0059】
当業者には理解されようが、配列の相同性の程度を決定するために配列の比較を許容する様々なアルゴリズムが利用可能であり、これは、異なる配列においてどの残基が互いに「対応する」かを考慮する際に、１つの配列において別の配列と比べて指定の長さのギャップを許容することによるものを含む。例えば、２つの核酸配列間の相同性パーセントの算出は、最適な比較を得る目的で２つの配列をアライメントすることによって行われ得る（例えば、最適なアライメントを得るために第１の核酸配列及び第２の核酸配列の一方または両方においてギャップが導入され得、対応しない配列は比較目的において無視され得る）。ある特定の実施形態では、比較目的でアライメントした配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次いで、対応するヌクレオチド位置でのヌクレオチドが比較される。第１の配列におけるある位置が、第２の配列における対応する位置と同じヌクレオチドによって占有される場合、当該分子は、その位置で同一であり、第１の配列におけるある位置が、第２の配列における対応する位置と類似したヌクレオチドによって占有される場合、当該分子は、その位置で類似している。２つの配列間の相同性パーセントは、２つの配列の最適なアライメントを得るために導入される必要のあるギャップの数、及び各ギャップの長さを考慮した上で、当該配列によって共有される同一の位置及び類似した位置の数の関数である。２つのヌクレオチド配列間の相同性パーセントを決定する際に有用な、代表的なアルゴリズム及びコンピュータプログラムには、例えば、Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）のアルゴリズムが含まれ、これは、ＰＡＭ１２０重み残基表（ｗｅｉｇｈｔ ｒｅｓｉｄｕｅ ｔａｂｌｅ）、ギャップ長ペナルティ１２及びギャップペナルティ４を用いる、ＡＬＩＧＮプログラム（第２．０版）に組み込まれている。２つのヌクレオチド配列間の相同性パーセントは、代替として、例えば、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用いる、ＧＣＧソフトウェアパッケージにおけるＧＡＰプログラムを用いて決定され得る。
【0060】
「改善される」、「増加する」、または「低減される」：本明細書で使用されるとき、これらの用語、または文法的に同等の比較用語は、同等の参照測定値と比べたものである値を示す。例えば、一部の実施形態では、目的とする薬剤で達成される評価値は、同等の参照薬剤で得られる値と比べて「改善される」場合がある。代替または追加として、一部の実施形態では、目的とする対象または系において達成される評価値は、異なる条件下（例えば、目的とする薬剤の投与等の事象の前または後）での同じ対象もしくは系において、または異なる同等の対象において（例えば、目的とする特定の疾患、障害、もしくは病態の１つもしくは複数の指標の存在の点で、またはある条件もしくは薬剤への以前の曝露の点で、目的とする対象または系とは異なる、同等の対象または系において等）得られると比べて、「改善される」場合がある。一部の実施形態では、比較用語は、統計的に意義のある差異（例えば、統計的意義を達成するのに十分な普及度及び／または規模のもの）を指す。当業者であれば、所与の文脈において、かかる統計的有意性を達成するのに必要とされる、またはそれを達成するのに十分である、差異の程度及び／または普及度について知っているか、または容易に決定可能であろう。
【0061】
部分的に不飽和の：本明細書で使用されるとき、「部分的に不飽和の」という用語は、少なくとも１つの二重結合または三重結合を含む部分を指す。「部分的に不飽和の」という用語は、複数の不飽和の部位を有する基を包含することを意図するが、アリール部分またはヘテロアリール部分を含むことは意図しない。
【0062】
ペプチド：本明細書で使用される「ペプチド」という用語は、典型的には比較的短い、例えば、約１００アミノ酸未満、約５０アミノ酸未満、約４０アミノ酸未満、約３０アミノ酸未満、約２５アミノ酸未満、約２０アミノ酸未満、約１５アミノ酸未満、または１０アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指す。
【0063】
薬学的組成物：本明細書で使用されるとき、「薬学的組成物」という用語は、１つまたは複数の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化された活性薬剤を指す。一部の実施形態では、活性薬剤は、関連性のある集団に投与したときに既定の治療効果を達成する統計的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適切な、単位用量の量で存在する。一部の実施形態では、薬学的組成物は、以下のために適合されたものを含めて、固体または液体形態での投与用に特別に製剤化されてもよい：経口投与、例えば、飲薬（水性または非水性液剤または懸濁剤）、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身性吸収を目的としたもの、巨丸剤、散剤、顆粒剤、舌に適用するためのパスタ剤；例えば、滅菌溶液もしくは懸濁剤、または徐放性製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内、または硬膜外注射による非経口投与；例えば、皮膚、肺、または口腔に適用されるクリーム、軟膏、または制御放出性の貼付剤もしくはスプレー剤としての局所適用；例えば、ペッサリー、クリーム、または泡沫として、腟内または直腸内に；舌下に；眼に；経皮的に；あるいは鼻腔に、肺に、及び他の粘膜表面に。
【0064】
薬学的に許容される：本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される」という語句は、賢明な医療判断の範囲内で、合理的なベネフィット／リスク比に見合って、過度の毒性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴わずにヒト及び動物の組織と接触して使用するのに好適な、化合物、材料、組成物、及び／または剤形を指す。
【0065】
薬学的に許容される担体：本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される担体」という用語は、対象となる化合物を１つの臓器または身体部分から別の臓器または身体部分に運搬または輸送することに関与する、液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒カプセル封入材料（ｓｏｌｖｅｎｔ ｅｎｃａｐｓｕｌａｔｉｎｇ ｍａｔｅｒｉａｌ）等の、薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であると共に、患者にとって有害でないという意味で「許容される」必要がある。薬学的に許容される担体としての役目を果たすことができる材料のいくつかの例としては、ラクトース、グルコース、及びスクロース等の糖；トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン等のデンプン；ナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、及び酢酸セルロース等のセルロース及びその誘導体；トラガカント末；麦芽；ゼラチン；タルク；ココアバター及び坐剤ワックス等の賦形剤；ピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及び大豆油等の油；プロピレングリコール等のグリコール；グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール等のポリオール；オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル等のエステル；寒天；水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム等の緩衝剤；アルギン酸；発熱物質不含水；等張食塩水；リンゲル液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル、ポリカーボネート、及び／またはポリ無水物；ならびに薬学的製剤に採用される他の無毒の適合性物質が挙げられる。
【0066】
薬学的に許容される塩：本明細書で使用される「薬学的に許容される塩」という用語は、薬学関連で使用するのに適切であるような化合物の塩、すなわち、賢明な医療判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー応答等を伴わずにヒト及び下等動物の組織と接触して使用するのに好適であり、合理的なベネフィット／リスク比に見合った塩を指す。薬学的に許容される塩は周知である。例えば、Ｓ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅらは、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６６：１−１９（１９７７）で薬学的に許容される塩について詳述している。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩には、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸等の無機酸と共に形成される、または酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸等の有機酸と共に形成される、あるいはイオン交換等の他の既知の方法を用いることによって形成されるアミノ基の塩である、無毒の酸付加塩が含まれるが、これに限定されない。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩には、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩（ｈｙｄｒｏｉｏｄｉｄｅ）、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩（ｐｅｃｔｉｎａｔｅ）、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩（ｐｉｖａｌａｔｅ）、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩（ｕｎｄｅｃａｎｏａｔｅ）、吉草酸塩等が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩には、塩基と共に、提供される化合物の酸性基（例えば、オリゴヌクレオチドのリン酸結合基、オリゴヌクレオチドのホスホロチオエート結合基等）によって形成されるもの等の、無毒の塩基付加塩が含まれるが、これに限定されない。代表的なアルカリ塩またはアルカリ土類金属塩には、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム等の塩が含まれる。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、アンモニウム塩（例えば、−Ｎ（Ｒ）３＋）である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩には、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボキシレート、サルフェート、ホスフェート、ナイトレート、１〜６個の炭素原子を有するアルキル、スルホネート、及びアリールスルホネート等の対イオンを用いて形成される、無毒のアンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが含まれる。
【0067】
ポリペプチド：本明細書で使用されるとき、アミノ酸の任意のポリマー鎖を指す。一部の実施形態では、ポリペプチドは、自然界に存在するアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、自然界に存在しないアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、それが人為的作用を通して設計される及び／または生産されるという点で操作されている、アミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、または両方を含み得るか、またはそれからなり得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、天然アミノ酸のみまたは非天然アミノ酸のみを含み得るか、またはそれからなり得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、Ｄ−アミノ酸、Ｌ−アミノ酸、または両方を含んでもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドは、Ｄ−アミノ酸のみを含んでもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドは、Ｌ−アミノ酸のみを含んでもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端で、ポリペプチドのＣ末端で、またはそれらの任意の組み合わせで、例えば、１つまたは複数のアミノ酸側鎖を修飾するか、またはそれに結合した、１つまたは複数のペンダント基または他の修飾を含んでもよい。一部の実施形態では、かかるペンダント基または修飾は、アセチル化、アミド化、脂質化、メチル化、ペグ化等（それらの組み合わせを含む）からなる群から選択され得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは環状であってもよく、及び／または環状部分を含んでもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドは環状ではなく、及び／またはいかなる環状部分も含まない。一部の実施形態では、ポリペプチドは直鎖状である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ステープル化ポリペプチドであってもよいか、またはそれを含んでもよい。一部の実施形態では、「ポリペプチド」という用語は、参照ポリペプチド、活性、または構造の名称に付加されてもよく、かかる事例において、それは、関連性のある活性または構造を共有し、故に、ポリペプチドの同じクラスまたはファミリーの成員であると見なされ得るポリペプチドを指して本明細書で使用される。各かかるクラスに関して、本明細書は、アミノ酸配列及び／または機能が知られている当該クラス内の代表的なポリペプチドを提供し、及び／または当業者であれば、それを知っているであろう。一部の実施形態では、かかる代表的なポリペプチドは、当該ポリペプチドクラスまたはファミリーに対する参照ポリペプチドである。一部の実施形態では、ポリペプチドクラスまたはファミリーの成員は、当該クラスの参照ポリペプチドとの（一部の実施形態では当該クラス内の全てのポリペプチドとの）顕著な配列相同性もしくは同一性を示し、それと共通の配列モチーフ（例えば、特有の配列要素）を共有し、及び／またはそれと共通の活性を共有する（一部の実施形態では、同等のレベルでまたは指定範囲内で）。例えば、一部の実施形態では、成員ポリペプチドは、少なくとも約３０〜４０％である、また多くの場合、約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％超もしくはそれよりも高い、参照ポリペプチドとの全体的な配列相同性または同一性の程度を示し、及び／または、しばしば９０％超またはさらには９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の非常に高い配列同一性を示す少なくとも１つの領域（例えば、一部の実施形態では特有の配列要素であり得るか、またはそれを含み得る保存された領域）を含む。かかる保存された領域は通常、少なくとも３〜４個、及び多くの場合、最大２０個またはそれよりも多くのアミノ酸を包含し、一部の実施形態では、保存された領域は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個またはそれよりも多くの連続したアミノ酸の少なくとも１つの連なりを包含する。一部の実施形態では、関連性のあるポリペプチドは、親ポリペプチドの断片を含み得るか、またはそれからなり得る。一部の実施形態では、有用なポリペプチドは、複数の断片を含み得るか、またはそれからなり得、これらの断片の各々は、目的とするポリペプチドに見出されるものとは異なる互いに対する空間的配置で同じ親ポリペプチドに見出され（例えば、親において直接連結されている断片が、目的とするポリペプチドにおいては空間的に隔てられ得るか、もしくはその逆であり、及び／または断片が、目的とするポリペプチドにおいて、親における順序とは異なる順序で存在し得る）、その結果、目的とするポリペプチドは、その親ポリペプチドの誘導体である。
【0068】
予防するまたは予防：本明細書で使用されるとき、疾患、障害、及び／または病態の発生に関連して使用される場合、疾患、障害、及び／または病態の発症リスクを低減すること、及び／または疾患、障害、もしくは病態の１つもしくは複数の特徴もしくは症状の発現を遅延させることを指す。予防は、疾患、障害、または病態の発現が所定の一定期間遅延された場合、完全と見なされ得る。
【0069】
保護基：本明細書で使用される「保護基」という語句は、反応性の可能性がある官能基を望まれない化学的変換から保護する、一時的な置換基を指す。かかる保護基の例としては、カルボン酸のエステル、アルコールのシリルエーテル、ならびに、それぞれアルデヒド及びケトンのアセタール及びケタールが挙げられる。「Ｓｉ保護基」は、Ｓｉ−トリアルキル（例えば、トリメチルシリル、トリブチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル）、Ｓｉ−トリアリール、Ｓｉ−アルキル−ジフェニル（例えば、ｔ−ブチルジフェニルシリル）、またはＳｉ−アリール−ジアルキル（例えば、Ｓｉ−フェニルジアルキル）等の、Ｓｉ原子を含む保護基である。全般的に、Ｓｉ保護基は、酸素原子に結合している。保護基の化学的性質の分野については概説されている（Ｇｒｅｅｎｅ，Ｔ．Ｗ．；Ｗｕｔｓ，Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，２ｎｄ ｅｄ．；Ｗｉｌｅｙ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１）。かかる保護基（及び関連する保護された部分）については、下記に詳述される。
【0070】
保護されたヒドロキシル基は当該技術分野で周知であり、これには、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９９に詳述されるものが含まれ、同文献の全体が参照により本明細書に援用される。好適に保護されたヒドロキシル基の例としては、エステル、カーボネート、スルホネート、アリルエーテル、エーテル、シリルエーテル、アルキルエーテル、アリールアルキルエーテル、及びアルコキシアルキルエーテルがさらに挙げられるが、これらに限定されない。好適なエステルの例としては、ギ酸エステル、酢酸エステル、プロピオン酸エステル、ペンタン酸エステル、クロトン酸エステル、及び安息香酸エステルが挙げられる。好適なエステルの具体的な例としては、ギ酸エステル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロ酢酸エステル、トリフルオロ酢酸エステル、メトキシ酢酸エステル、トリフェニルメトキシ酢酸エステル、ｐ−クロロフェノキシ酢酸エステル、３−フェニルプロピオン酸エステル、４−オキソペンタン酸エステル、４，４−（エチレンジチオ）ペンタン酸エステル、ピバル酸エステル（ｐｉｖａｌｏａｔｅ）（トリメチル酢酸エステル）、クロトン酸エステル、４−メトキシ−クロトン酸エステル、安息香酸エステル、ｐ−ベンジル安息香酸エステル、２，４，６−トリメチル安息香酸エステルが挙げられる。好適なカーボネートの例としては、９−フルオレニルメチル、エチル、２，２，２−トリクロロエチル、２−（トリメチルシリル）エチル、２−（フェニルスルホニル）エチル、ビニル、アリル、及びｐ−ニトロベンジルカーボネートが挙げられる。好適なシリルエーテルの例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルエーテル、及び他のトリアルキルシリルエーテルが挙げられる。好適なアルキルエーテルの例としては、メチル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、３，４−ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ−ブチル、及びアリルエーテル、またはそれらの誘導体が挙げられる。アルコキシアルキルエーテルには、メトキシメチル、メチルチオメチル、（２−メトキシエトキシ）メチル、ベンジルオキシメチル、ベータ−（トリメチルシリル）エトキシメチル、及びテトラヒドロピラン−２−イルエーテル等のアセタールが含まれる。好適なアリールアルキルエーテルの例としては、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４−ジメトキシベンジル、Ｏ−ニトロベンジル、ｐ−ニトロベンジル、ｐ−ハロベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ｐ−シアノベンジル、２−及び４−ピコリルエーテルが挙げられる。
【0071】
保護されたアミンは当該技術分野で周知であり、これには、Ｇｒｅｅｎｅ（１９９９）に詳述されるものが含まれる。好適なモノ保護（ｍｏｎｏ−ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ）アミンには、アラルキルアミン、カルバメート、アリルアミン、アミド等がさらに含まれるが、これらに限定されない。好適なモノ保護アミノ部分の例としては、ｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ（−ＮＨＢＯＣ）、エチルオキシカルボニルアミノ、メチルオキシカルボニルアミノ、トリクロロエチルオキシカルボニルアミノ、アリルオキシカルボニルアミノ（−ＮＨＡｌｌｏｃ）、ベンジルオキソカルボニルアミノ（−ＮＨＣＢＺ）、アリルアミノ、ベンジルアミノ（−ＮＨＢｎ）、フルオレニルメチルカルボニル（−ＮＨＦｍｏｃ）、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、ジクロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、フェニルアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、ベンズアミド、ｔ−ブチルジフェニルシリル等が挙げられる。好適なジ保護（ｄｉ−ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ）アミンには、モノ保護アミンとして上述されるものから独立して選択される２つの置換基で置換されているアミンが含まれ、フタルイミド、マレイミド、スクシンイミド等といった環状イミドがさらに含まれる。好適なジ保護アミンにはまた、ピロール等、２，２，５，５−テトラメチル−［１，２，５］アザジシロリジン等、及びアジドも含まれる。
【0072】
保護されたアルデヒドは当該技術分野で周知であり、これには、Ｇｒｅｅｎｅ（１９９９）に詳述されるものが含まれる。好適な保護されたアルデヒドには、非環状アセタール、環状アセタール、ヒドラゾン、イミン等がさらに含まれるが、これらに限定されない。かかる基の例としては、ジメチルアセタール、ジエチルアセタール、ジイソプロピルアセタール、ジベンジルアセタール、ビス（２−ニトロベンジル）アセタール、１，３−ジオキサン、１，３−ジオキソラン、セミカルバゾン、及びそれらの誘導体が挙げられる。
【0073】
保護されたカルボン酸は当該技術分野で周知であり、これには、Ｇｒｅｅｎｅ（１９９９）に詳述されるものが含まれる。好適な保護されたカルボン酸には、任意選択で置換されるＣ１−６脂肪族エステル、任意選択で置換されるアリールエステル、シリルエステル、活性化エステル、アミド、ヒドラジド等がさらに含まれるが、これらに限定されない。かかるエステル基の例としては、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ベンジル、及びフェニルエステルが挙げられ、ここで、各基は、任意選択で置換される。追加の好適な保護されたカルボン酸には、オキサゾリン及びオルトエステルが含まれる。
【0074】
保護されたチオールは当該技術分野で周知であり、これには、Ｇｒｅｅｎｅ（１９９９）に詳述されるものが含まれる。好適な保護されたチオールには、ジスルフィド、チオエーテル、シリルチオエーテル、チオエステル、チオカーボネート、及びチオカルバメート等がさらに含まれるが、これらに限定されない。かかる基の例としては、ほんの少数を挙げると、アルキルチオエーテル、ベンジル及び置換ベンジルチオエーテル、トリフェニルメチルチオエーテル、ならびにトリクロロエトキシカルボニルチオエステルが挙げられるが、これらに限定されない。
【0075】
参照：本明細書で使用されるとき、相対して比較が行われる標準または対照を説明する。例えば、一部の実施形態では、目的とする薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値が、参照または対照となる薬剤、動物、個体、集団、試料、配列、または値と比較される。一部の実施形態では、参照または対照は、目的とする試験または決定と実質的に同時に試験され及び／または決定される。一部の実施形態では、参照または対照は、任意選択で有形的媒体において具体化された、歴史的参照または対照である。典型的には、当業者には理解されようが、参照または対照は、評価を受けているものと同等の条件または状況下で決定されるか、または特性解析される。当業者であれば、特定の可能な参照または対照に対する信頼性及び／またはそれとの比較の正当性を示すのに十分な類似性が存在する場合について理解しよう。
【0076】
置換：本明細書に記載されるとき、本開示の化合物は、任意選択で置換される及び／または置換された部分を含有してもよい。一般に、「置換される」という用語は、「任意選択で」という用語が前に付くか否かにかかわらず、指定部分の１個または複数の水素が好適な置換基で置き換えられることを意味する。別途指定されない限り、「任意選択で置換される」基は、当該基の置換可能な各位置に好適な置換基を有してもよく、任意の所与の構造において１つよりも多くの位置が、明記される群から選択される１つよりも多くの置換基で置換され得る場合、その置換基は、各々全ての位置で同じであっても、または異なってもよい。この開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定なまたは化学的に可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書で使用される「安定な」という用語は、それらの生産、検出、ならびに、ある特定の実施形態では、それらの回収、精製、及び本明細書に開示される目的のうちの１つまたは複数に向けた使用を可能にする条件に供した際に、実質的に変化しない化合物を指す。一部の実施形態では、例となる置換基が下記に記載される。
【0077】
好適な一価置換基は、ハロゲン、−（ＣＨ２）０−４Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４ＯＲ°、−Ｏ（ＣＨ２）０−４Ｒ°、−Ｏ−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°、−（ＣＨ２）０−４ＣＨ（ＯＲ°）２、−（ＣＨ２）０−４Ｐｈ（これはＲ°で置換されてもよい）、−（ＣＨ２）０−４Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ（これはＲ°で置換されてもよい）、−ＣＨ＝ＣＨＰｈ（これはＲ°で置換されてもよい）、−（ＣＨ２）０−４Ｏ（ＣＨ２）０−１−ピリジル（これはＲ°で置換されてもよい）、−ＮＯ２、−ＣＮ、−Ｎ３、−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒ°）２、−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°、−Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ°）２、−（ＣＨ２）０−４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°、−Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°、−Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°、−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）Ｒ°、−Ｃ（Ｓ）Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°、−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＳＲ°、−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉ（Ｒ°）３、−（ＣＨ２）０−４ＯＣ（Ｏ）Ｒ°、−ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０−４ＳＲ°、−ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°、−（ＣＨ２）０−４ＳＣ（Ｏ）Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ°、−ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°、−（ＣＨ２）０−４ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°、−Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ°、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ°、−Ｃ（ＮＯＲ°）Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４ＳＳＲ°、−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）２Ｒ°、−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ°、−（ＣＨ２）０−４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ°、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ°）２、−（ＣＨ２）０−４Ｓ（Ｏ）Ｒ°、−Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ°）２、−Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２Ｒ°、−Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°、−Ｃ（ＮＨ）Ｎ（Ｒ°）２、−Ｓｉ（Ｒ°）３、−ＯＳｉ（Ｒ°）３、−Ｐ（Ｒ°）２、−Ｐ（ＯＲ°）２、−ＯＰ（Ｒ°）２、−ＯＰ（ＯＲ°）２、−Ｎ（Ｒ°）Ｐ（Ｒ°）２、−Ｂ（Ｒ°）２、−ＯＢ（Ｒ°）２、−Ｐ（Ｏ）（Ｒ°）２、−ＯＰ（Ｏ）（Ｒ°）２、−Ｎ（Ｒ°）Ｐ（Ｏ）（Ｒ°）２、−（Ｃ１−４直鎖もしくは分岐状アルキレン）Ｏ−Ｎ（Ｒ°）２、または−（Ｃ１−４直鎖もしくは分岐状アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｎ（Ｒ°）２であり、ここで、各Ｒ°は、下記に定義されるように置換されてもよく、独立して、水素、Ｃ１−２０脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される１〜５個のヘテロ原子を有するＣ１−２０ヘテロ脂肪族、−ＣＨ２−（Ｃ６−１４アリール）、−Ｏ（ＣＨ２）０−１（Ｃ６−１４アリール）、−ＣＨ２−（５〜１４員のヘテロアリール環）、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される０〜５個のヘテロ原子を有する５〜２０員の単環式、二環式、または多環式の飽和環、部分的に不飽和の環、またはアリール環であるか、あるいは、上記の定義にかかわらず、Ｒ°の２つの独立した出現例が、それらの介在原子（複数可）と一緒になって、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される０〜５個のヘテロ原子を有する５〜２０員の単環式、二環式、または多環式の飽和環、部分的に不飽和の環、またはアリール環を形成し、これは、下記に定義されるように置換されてもよい。
【0078】
Ｒ°（またはＲ°の２つの独立した出現例がそれらの介在原子と一緒になることによって形成される環）上の好適な一価置換基は独立して、ハロゲン、−（ＣＨ２）０−２Ｒ・、−（ハロＲ・）、−（ＣＨ２）０−２ＯＨ、−（ＣＨ２）０−２ＯＲ・、−（ＣＨ２）０−２ＣＨ（ＯＲ・）２、−Ｏ（ハロＲ・）、−ＣＮ、−Ｎ３、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）Ｒ・、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−（ＣＨ２）０−２Ｃ（Ｏ）ＯＲ・、−（ＣＨ２）０−２ＳＲ・、−（ＣＨ２）０−２ＳＨ、−（ＣＨ２）０−２ＮＨ２、−（ＣＨ２）０−２ＮＨＲ・、−（ＣＨ２）０−２ＮＲ・２、−ＮＯ２、−ＳｉＲ・３、−ＯＳｉＲ・３、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ・、−（Ｃ１−４直鎖もしくは分岐状アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ・、または−ＳＳＲ・であり、ここで、各Ｒ・は、置換されていないか、または「ハロ」が前に付く場合、１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１〜４脂肪族、−ＣＨ２Ｐｈ、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環から選択される。Ｒ°の飽和炭素原子上の好適な二価置換基には、＝Ｏ及び＝Ｓが含まれる。
【0079】
好適な二価置換基は、以下のものである：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、−Ｏ（Ｃ（Ｒ＊２））２−３Ｏ−、または−Ｓ（Ｃ（Ｒ＊２））２−３Ｓ−（ここで、Ｒ＊の独立した各出現例は、水素、下記に定義されるように置換されてもよいＣ１−６脂肪族、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環から選択される）。「任意選択で置換される」基のビシナル位の置換可能な炭素に結合している好適な二価置換基には、−Ｏ（ＣＲ＊２）２−３Ｏ−が含まれ、ここで、Ｒ＊の独立した各出現例は、水素、下記に定義されるように置換されてもよいＣ１−６脂肪族、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環から選択される。
【0080】
Ｒ＊の脂肪族基上の好適な置換基は、ハロゲン、−Ｒ・、−（ハロＲ・）、−ＯＨ、−ＯＲ・、−Ｏ（ハロＲ・）、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ・、−ＮＨ２、−ＮＨＲ・、−ＮＲ・２、または−ＮＯ２であり、ここで、各Ｒ・は、置換されていないか、または「ハロ」が前に付く場合、１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１−４脂肪族、−ＣＨ２Ｐｈ、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環である。
【0081】
一部の実施形態では、置換可能な窒素上の好適な置換基は、−Ｒ†、−ＮＲ†２、−Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、−Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ†２、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ†２、−Ｃ（ＮＨ）ＮＲ†２、または−Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†であり、ここで、各Ｒ†は独立して、水素、下記に定義されるように置換されてもよいＣ１-６脂肪族、非置換−ＯＰｈ、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環であるか、あるいは、上記の定義にかかわらず、Ｒ†の２つの独立した出現例が、それらの介在原子（複数可）と一緒になって、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する非置換の３〜１２員の飽和、部分的に不飽和、またはアリールの単環または二環を形成する。
【0082】
Ｒ†の脂肪族基上の好適な置換基は独立して、ハロゲン、−Ｒ・、−（ハロＲ・）、−ＯＨ、−ＯＲ・、−Ｏ（ハロＲ・）、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ・、−ＮＨ２、−ＮＨＲ・、−ＮＲ・２、または−ＮＯ２であり、ここで、各Ｒ・は、置換されていないか、または「ハロ」が前に付く場合、１つもしくは複数のハロゲンでのみ置換されており、独立して、Ｃ１−４脂肪族、−ＣＨ２Ｐｈ、−Ｏ（ＣＨ２）０−１Ｐｈ、または窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０〜４個のヘテロ原子を有する５〜６員の飽和環、部分的に不飽和の環、もしくはアリール環である。
【0083】
対象：本明細書で使用されるとき、「対象」または「試験対象」という用語は、例えば、実験、診断、予防、及び／または治療目的で、提供される化合物または組成物が本開示に従って投与される任意の生物を指す。典型的な対象には、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長動物、及びヒトといった哺乳動物；昆虫；蠕虫等）及び植物が含まれる。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害、及び／または病態を患う、及び／またはそれに罹患しやすい可能性がある。一部の実施形態では、対象は、ヒトである。
【0084】
に罹患しやすい：疾患、障害、及び／または病態「に罹患しやすい」個体は、当該疾患、障害、及び／または病態の発症リスクが一般大衆の成員のそれよりも高い個体である。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または病態に罹患しやすい個体は、当該疾患、障害、及び／または病態を診断されていない場合がある。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または病態に罹患しやすい個体は、当該疾患、障害、及び／または病態の症状を呈する場合がある。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または病態に罹患しやすい個体は、当該疾患、障害、及び／または病態の症状を呈しない場合がある。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または病態に罹患しやすい個体は、当該疾患、障害、及び／または病態を発症することになる。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または病態に罹患しやすい個体は、当該疾患、障害、及び／または病態を発症することはない。
【0085】
治療剤：本明細書で使用されるとき、「治療剤」という語句は、対象に投与されるとき、治療効果を有する、及び／または所望の生物学的効果及び／または薬理効果を引き出す薬剤を指す。一部の実施形態では、治療剤は、疾患、障害、及び／または病態の１つまたは複数の症状または特徴を緩和する、回復させる、軽減する、阻害する、予防する、その発現を遅延させる、その重症度を低減する、及び／またはその発生率を低減するために使用することができる、任意の物質である。
【0086】
治療レジメン：「治療レジメン」は、その用語が本明細書で使用されるとき、関連性のある集団にわたるその投与が所望のまたは有益な治療転帰と相関し得る、投薬レジメンを指す。
【0087】
治療上有効量：本明細書で使用されるとき、「治療上有効量」という用語は、治療レジメンの一環として投与されるときに所望の生物学的応答を引き出す、物質（例えば、治療剤、組成物、及び／または製剤）の量を意味する。一部の実施形態では、物質の治療上有効量は、疾患、障害、及び／または病態を患うか、またはそれに罹患しやすい対象に投与されるときに、当該疾患、障害、及び／または病態を治療する、診断する、予防する、及び／またはその発現を遅延させるのに十分な量である。当業者には理解されようが、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達対象の物質、標的細胞または組織等といった要因に応じて異なり得る。例えば、疾患、障害、及び／または病態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、当該疾患、障害、及び／または病態の１つまたは複数の症状または特徴を緩和する、回復させる、軽減する、阻害する、予防する、その発現を遅延させる、その重症度を低減する、及び／またはその発生率を低減する量である。一部の実施形態では、治療上有効量は単回用量で投与され、一部の実施形態では、治療上有効量を送達するために複数回の単位用量が必要とされる。
【0088】
治療する：本明細書で使用されるとき、「治療する」、「治療」、または「治療すること」という用語は、疾患、障害、及び／または病態の１つまたは複数の症状または特徴を部分的にまたは完全に緩和する、回復させる、軽減する、阻害する、予防する、その発現を遅延させる、その重症度を低減する、及び／またはその発生率を低減するために用いられる任意の方法を指す。治療は、疾患、障害、及び／または病態の徴候を呈しない対象に施与されてもよい。一部の実施形態では、治療は、例えば、当該疾患、障害、及び／または病態に関連する病状の発症リスクを減少させる目的で、疾患、障害、及び／または病態の早期の徴候のみを呈する対象に施与されてもよい。
【0089】
単位用量：本明細書で使用される「単位用量」という表現は、薬学的組成物の単回用量として及び／または薬学的組成物の物理的に個別的な単位で投与される量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、既定分量の活性薬剤を含有する。一部の実施形態では、単位用量は、当該薬剤の全単回用量を含有する。一部の実施形態では、総計単回用量を達成するために１回よりも多くの単位用量が投与される。一部の実施形態では、意図する効果を達成するために、複数回の単位用量の投与が必要とされるか、または必要とされることが予想される。単位用量は、例えば、既定分量の１つまたは複数の治療剤を含有するある体積の液体（例えば、許容される担体）、固体形態にある既定量の１つまたは複数の治療剤、既定量の１つまたは複数の治療剤を含有する徐放性製剤または薬物送達デバイス等であり得る。単位用量は、治療剤（複数可）に加えて様々な構成成分のうちのいずれかを含む製剤中に存在してもよいことが理解されよう。例えば、下記に記載されるように、許容される担体（例えば、薬学的に許容される担体）、希釈剤、安定剤、緩衝液、防腐剤等が含まれてもよい。多くの実施形態で、特定の治療剤の適切な総計１日投薬量が単位用量の一部分または複数回の単位用量を含んでもよく、例えば、賢明な医療判断の範囲内で主治医によって決定され得ることが当業者には理解されよう。一部の実施形態では、任意の特定の対象または生物にとって有効な具体的な用量レベルは、治療されている障害及び障害の重症度；採用される具体的な活性化合物の活性；採用される具体的な組成物；対象の年齢、体重、全身の健康状態、性別、及び食生活；採用される具体的な活性化合物の投与時間及び排泄速度；治療の継続期間；採用される具体的な化合物（複数可）と組み合わせてまたはそれと同時に使用される薬物及び／または追加の療法、ならびに医療分野で周知の同様の要因を含めた、様々な要因に左右され得る。
【0090】
不飽和の：本明細書で使用される「不飽和の」という用語は、ある部分が１つまたは複数の不飽和単位を有することを意味する。
【0091】
野生型：本明細書で使用されるとき、「野生型」という用語は、（変異体の、病的な、変化した等と対比して）「正常な」状態または背景にある自然界で見出されるような構造及び／または活性を有する実体を指す、その分野で理解される意味を有する。当業者であれば、野生型遺伝子及びポリペプチドが多くの場合、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することを理解しよう。
【0092】
別途明記されない限り、提供される化合物の薬学的に許容される酸または塩基付加塩等の塩、立体異性体、及び互変異性体が含まれる。
【0093】
文脈から別途明らかでない限り、本開示において、（ｉ）「ａ」という用語は、「少なくとも１つ」を意味することが理解され得、（ｉｉ）「または」という用語は、「及び／または」を意味することが理解され得、（ｉｉｉ）「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」及び「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、細別される構成成分または工程を、それら自体で提示されるか、または１つもしくは複数の追加の構成成分もしくは工程と一緒に提示されるかにかかわらず包含することが理解され得、（ｉｖ）「約」及び「およそ」という用語は、当業者には理解されよう標準変動を許容することが理解され得、（ｖ）範囲が提供される場合、端点が含まれる。
【0094】
ペプチド剤本開示によって提供される及び／または本開示に記載される技術は、特に、ペプチド剤、例えば、ステープル化ペプチドであるか、またはそれを含む薬剤に関する。
【0095】
とりわけ、本開示は、目的とする標的の１つまたは複数の機能を調節することができるステープル化ペプチドを開発する、特定する、特性解析する、及び／または作製するための技術を提供する。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、目的とする標的に関連する種々の病態、障害、及び／または疾患を治療するのに有用である。提供されるステープル化ペプチドの代表的な構造的要素が本明細書に記載される。
【0096】
とりわけ、本明細書で考察されるように、本開示は、生物系を利用して、システインステープル化に適切な及び／またはそれに適しているシステイン残基を含むペプチド剤を生成することができるという洞察を包含する。本開示はさらに、かかる生物系の使用が、（例えば、目的とする１つまたは複数の標的とのそれらの結合相互作用（複数可）の１つまたは複数の（例えば、特異性、親和性、オン速度、オフ速度、競合に対する安定性、濃度、温度、ｐＨ、オスモル濃度等の幅広い条件にわたる結合曲線、競合剤の存在または量等）特性に関して）システインステープル化ペプチドのハイスループット生産及び／または評価を可能にし得ることを認識する。
【0097】
故に、一部の実施形態では、本開示は、システインステープル化を支持するように互いに適切に離間配置された２つ以上のシステイン残基を含む、ペプチド剤を提供する。一部の実施形態では、かかるペプチド剤の集団が提供される。一部の実施形態では、システインステープル化ペプチド及び／またはその集団が提供される。
【0098】
本開示はさらに、１つまたは複数のシステインステープル化ペプチドを生産する、スクリーニングする、及び／または別様に解析もしくは特性解析することにより収集した洞察が、目的とする特定の標的での１つまたは複数の結合特性をそれらの「親」システインステープル化ペプチドと共有する、類似または同等の（例えば、ステープルに関与するシステイン残基（複数可）が、類似または同等のステープルに関与し得るかまたは実際に関与する非システイン残基（複数可）で置換されていることを除いて、同じまたは実質的に同じ［例えば、１つもしくは複数の保存的置換及び／または１つもしくは少数の他の変化を除いて］アミノ酸配列を含有する）ペプチド剤の設計、生産、及び／または使用について情報提供し得るということを認識する。したがって、本開示は、システインステープル化ペプチドに対応する（但し、ステープルに関与するシステインではなく非システイン残基（複数可）を含む）、（例えば、ステープル化ペプチドであるか、またはそれを含む）ペプチド剤を提供する。
【0099】
アミノ酸配列本開示によって提供される技術の１つの特定の利点は、それらが、ステープル化ペプチドに特に有用である（例えば、目的とする特定の標的に結合する）アミノ酸配列の発見を可能にする及び／またはそのようなアミノ酸配列を定義するということである。
【0100】
故に、一部の実施形態では、本開示は、ステープル化ペプチドのためのアミノ酸配列を提供する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列を含むステープル化ペプチドは、目的とする標的と相互作用し（例えば、それに直接結合し）、一部の実施形態では、かかる結合は、本明細書で考察されるような１つまたは複数の特性を示す。
【0101】
本開示を閲読する当業者には理解されようが、一部の実施形態では、本開示は、多様性に富む場合がある、例えば、ステープルに関与するアミノ酸（多くの実施形態では、それはシステインである）を除いて、アミノ酸鎖に沿った任意の１つの位置または位置の集団（その全てを含む）に２つ以上のアミノ酸の選択肢を含み得る集団から、有用なアミノ酸配列を定義する。
【0102】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド剤において利用されるアミノ酸配列は、自然界に見出されるかまたはそうでなくても適切な参照ポリペプチド（例えば、目的とする関連性のある標的に、例えば、本明細書に記載される１つまたは複数の特徴によって特徴付けられる相互作用を介して、結合することが知られ得るもの）に見出される配列であり得るか、もしくはそれを含み得るか、またはそれに由来し得る。
【0103】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド剤、またはペプチド剤の集団において利用されるアミノ酸配列は、（１）それがシステインステープルに適しているかもしくはそれに関与するシステイン残基の対を含み、これらのうちの少なくとも１つが、参照配列における対応する位置には見出されない、及び／または（２）それが参照配列の１つもしくは複数の位置にアミノ酸置換を含む、という点で、参照配列のバリアントである。一部の実施形態では、置換は、当該技術分野で理解されるような保存的置換であり得る。一部の実施形態では、置換は、ホモログの置換を伴い得る。一部の実施形態では、アミノ酸のホモログは、例えば、「非極性」、「極性」、「疎水性」、「親水性」、「塩基性」、「酸性」、「脂肪族」、「芳香族」、及び／または「類似したサイズ」のものとして互いに類似するとして典型的に分類される、当該アミノ酸及びまたは置き換えられようとしているアミノ酸側鎖に類似した１つまたは複数の特性を有する天然に存在するまたは天然に存在しないアミノ酸である。
【0104】
例えば、一部の実施形態では、前後関係に応じて、ロイシンのホモログは、イソロイシン、アラニン、ホモロイシン、３−シクロブチルアラニン、アルファ−ネオペンチルグリシン、３−シクロプロピルアラニン、アルファ−メチルロイシン、及び３−シクロヘキシルアラニンから選択される、任意選択で置換されるアミノ酸であり得、イソロイシンのホモログは、アラニン、ロイシン、ホモロイシン、３−シクロブチルアラニン、アルファ−ネオペンチルグリシン、３−シクロプロピルアラニン、Ｌ−アロイソロイシン、及びアルファ−メチルロイシンから選択される、任意選択で置換されるアミノ酸であり得、フェニルアラニンのホモログは、トリプトファン、チロシン、３−（１−ナフチルアラニン）、３−（２−ナフチルアラニン）、２−クロロフェニルアラニン、３−クロロフェニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニルアラニン、Ｏ−メチルチロシン、ホモフェニルアラニン、４−フルオロフェニルアラニン、４−メチルフェニルアラニン、４−ブロモフェニルアラニン、４−フェニル−Ｌ−フェニルアラニン、５−クロロトリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン、４−トリフルオロメチルフェニルアラニン、４−グアニジノ−Ｌ−フェニルアラニン、２−キノイル（ｑｕｉｎｏｙｌ）−Ｌ−アラニン、３−シクロブチルアラニン、アルファ−ネオペンチルグリシン、及びＬ−２−アミノアジピン酸から選択される、任意選択で置換されるアミノ酸残基であり得る、等である。
【0105】
一部の実施形態では、非極性アミノ酸のホモログは、別の非極性アミノ酸である。一部の実施形態では、非極性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、非極性側鎖を含む別の非極性アミノ酸である。
【0106】
一部の実施形態では、極性アミノ酸のホモログは、別の極性アミノ酸である。一部の実施形態では、極性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、極性側鎖を含む別の極性アミノ酸である。
【0107】
一部の実施形態では、疎水性アミノ酸のホモログは、別の疎水性アミノ酸である。一部の実施形態では、疎水性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、疎水性側鎖を含む別の疎水性アミノ酸である。
【0108】
一部の実施形態では、親水性アミノ酸のホモログは、別の親水性アミノ酸である。一部の実施形態では、親水性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、親水性側鎖を含む別の親水性アミノ酸である。
【0109】
一部の実施形態では、塩基性アミノ酸のホモログは、別の塩基性アミノ酸である。一部の実施形態では、塩基性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、塩基性側鎖を含む別の塩基性アミノ酸である。
【0110】
一部の実施形態では、酸性アミノ酸のホモログは、別の酸性アミノ酸である。一部の実施形態では、酸性側鎖を含むアミノ酸のホモログは、酸性側鎖を含む別の酸性アミノ酸である。
【0111】
一部の実施形態では、脂肪族アミノ酸のホモログは、別の脂肪族アミノ酸である。一部の実施形態では、脂肪族側鎖を含むアミノ酸のホモログは、脂肪族側鎖を含む別の脂肪族アミノ酸である。
【0112】
一部の実施形態では、芳香族アミノ酸のホモログは、別の芳香族アミノ酸である。一部の実施形態では、芳香族側鎖を含むアミノ酸のホモログは、芳香族側鎖を含む別の芳香族アミノ酸である。
【0113】
一部の実施形態では、アミノ酸のホモログは、当該アミノ酸に立体的に類似する。一部の実施形態では、アミノ酸のホモログは、当該アミノ酸の側鎖に類似したサイズを有する側鎖を含む。
【0114】
提供されるアミノ酸配列及びステープル化ペプチドは、種々の長さ、例えば、２〜１００、５〜５０、５〜４０、５〜３５アミノ酸残基、２、３、４、５、６、または７アミノ酸残基から（端点値を含む）、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５アミノ酸残基まで（端点値を含む）の範囲であり得る。
【0115】
一部の実施形態では、長さは、少なくとも５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３５アミノ酸残基である。
【0116】
一部の実施形態では、長さは、５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、１９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２５アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、２９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３１アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３３アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、長さは、３５アミノ酸残基である。
【0117】
一部の実施形態では、長さは、１７アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、１８アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、１９アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２０アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２１アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２２アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２３アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２４アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２５アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２６アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２７アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２８アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、２９アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、３０アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、３５アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、４０アミノ酸残基以下である。一部の実施形態では、長さは、５０アミノ酸残基以下である。
【0118】
天然に存在するアミノ酸及び天然に存在しないアミノ酸の両方を本開示に従って利用することができる。一部の実施形態では、アミノ酸は、カルボキシル基とアミド基を形成することができるアミノ基と、カルボキシル基とを含む化合物である。
【0119】
一部の実施形態では、アミノ酸は、式Ａ−Ｉの構造を有する化合物、【化2】
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またはその塩であり、式中、Ｒａ１、Ｒａ２、Ｒａ３の各々が独立して、−Ｌａ−Ｒ’であり、
Ｌａ、Ｌａ１及びＬａ２の各々が独立して、Ｌであり、
各Ｌが独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、該原子と一緒になって、該原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
【0120】
一部の実施形態では、Ｌａ１は共有結合である。一部の実施形態では、式Ａ−１の化合物は、構造ＮＨ（Ｒａ１）−Ｃ（Ｒａ２）（Ｒａ３）−Ｌａ２−ＣＯＯＨのものである。
【0121】
一部の実施形態では、Ｌａ２は共有結合である。一部の実施形態では、式Ａ−１の化合物は、構造ＮＨ（Ｒａ１）−Ｃ（Ｒａ２）（Ｒａ３）−Ｌａ２−ＣＯＯＨのものである。
【0122】
一部の実施形態では、Ｌａ１は共有結合であり、Ｌａ２は共有結合である。一部の実施形態では、式Ａ−１の化合物は、構造ＮＨ（Ｒａ１）−Ｃ（Ｒａ２）（Ｒａ３）−ＣＯＯＨのものである。
【0123】
一部の実施形態では、Ｌａは共有結合である。一部の実施形態では、Ｒ’はＲである。一部の実施形態では、Ｒａ１はＲであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａ２はＲであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａ３はＲであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａ１、Ｒａ２、及びＲａ３の各々は独立して、Ｒであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。
【0124】
一部の実施形態では、Ｒａ１は水素である。一部の実施形態では、Ｒａ２は水素である。一部の実施形態では、Ｒａ３は水素である。一部の実施形態では、Ｒａ１は水素であり、かつＲａ２及びＲａ３のうちの少なくとも一方は水素である。一部の実施形態では、Ｒａ１は水素であり、Ｒａ２及びＲａ３のうちの一方が水素であり、他方が水素ではない。
【0125】
一部の実施形態では、Ｒａ２は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａ２は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、Ｃ３−３０環状脂肪族、Ｃ５−３０アリール、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基である。一部の実施形態では、Ｒａ２は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、Ｃ６−３０アリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリールから選択される、任意選択で置換される基である。一部の実施形態では、Ｒａ２は、アミノ酸の側鎖である。一部の実施形態では、Ｒａ２は、標準アミノ酸の側鎖である。
【0126】
一部の実施形態では、Ｒａ３は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｒａ３は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、Ｃ３−３０環状脂肪族、Ｃ５−３０アリール、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基である。一部の実施形態では、Ｒａ３は、−Ｌａ−Ｒであり、ここで、Ｒは、Ｃ６−３０アリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリールから選択される、任意選択で置換される基である。一部の実施形態では、Ｒａ３は、アミノ酸の側鎖である。一部の実施形態では、Ｒａ３は、標準アミノ酸の側鎖である。
【0127】
アミノ酸配列は、天然に存在するアミノ酸配列に対して種々の程度の相同性を有し得る。当業者には理解されようが、本開示を利用して、高い相同性もしくは低い相同性のいずれかを有する、または相同性を有しない（例えば、あるゲノムにおいてコードされるいずれの配列にも完全に無関係な配列）配列を設計及び特定することができる。一部の実施形態では、本開示は、例えば、天然アミノ酸配列と比較して多くのランダムな位置を有するように設計されるライブラリから、または完全にランダムなライブラリから、天然に存在するアミノ酸配列に対して低い程度の相同性を共有する有用なアミノ酸配列を特定するための技術を提供する。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、天然に存在するアミノ酸配列に対して少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％相同である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、天然に存在するアミノ酸配列に対して５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％以下、相同である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも５％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも１０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも２０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも３０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも４０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも５０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも６０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも７０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも８０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも９０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも９５％である。一部の実施形態では、相同性は、５％以下である。一部の実施形態では、相同性は、１０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、２０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、３０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、４０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、５０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、６０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、７０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、８０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、９０％以下である。一部の実施形態では、相同性は、９５％以下である。
【0128】
アミノ酸配列は、種々の長さであり得る。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４５、または５０アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも５アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも６アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも７アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも８アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも９アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１０アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１１アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１２アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１３アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１４アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１５アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１６アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１７アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１８アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１８アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２０アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２５アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３０アミノ酸残基であるか、またはそれを含む。
【0129】
本明細書で実証されるように、出発アミノ酸配列（例えば、完全にランダムなライブラリまたはある特定の位置にある特定の既定のアミノ酸残基を含むライブラリのいずれか）と共にまたはそれなしに、提供される技術を利用して、所望の特性及び／または活性を有する有用なアミノ酸配列を特定することができる。一部の実施形態では、本開示は、標的、例えば、種々の病態、障害、または疾患に関連するタンパク質を調節するのに有用な、アミノ酸配列を提供する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、Ｘｓ１Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘｓ２を含み、ここで、Ｘｓ１及びＸｓ２は、ステープルを介して接続されたアミノ酸残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、及びＸ６の各々は独立して、アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ３及びＸ４はＡであり、Ｘ５はＨである。一部の実施形態では、Ｘ２はＬであり、Ｘ３及びＸ４はＡであり、Ｘ５はＨである。一部の実施形態では、Ｘ２はＬである。一部の実施形態では、Ｘ１はＩである。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、Ｘｓ１Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘｓ２Ｘ７Ｘ８を含み、ここで、Ｘｓ１及びＸｓ２は、ステープルを介して接続されたアミノ酸残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、及びＸ８の各々は独立して、アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ３及びＸ４はＡであり、Ｘ６はＨである。一部の実施形態では、Ｘ２は芳香族アミノ酸残基であり、Ｘ３及びＸ４はＡであり、Ｘ６はＨである。一部の実施形態では、Ｘ２はＷである。一部の実施形態では、Ｘ１はＥである。一部の実施形態では、Ｘ７は酸性アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ７はＥである。一部の実施形態では、Ｘ８はＬである。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、Ｘ−２Ｘ−１Ｘｓ１Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘｓ２Ｘ７を含み、ここで、Ｘｓ１及びＸｓ２は、ステープルを介して接続されたアミノ酸残基であり、Ｘ−２、Ｘ−１、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、及びＸ７の各々は独立して、アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ２はＨであり、Ｘ３はＡであり、Ｘ４はＡである。一部の実施形態では、Ｘ−２はＷである。一部の実施形態では、Ｘ−１は酸性アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ−１はＥである。一部の実施形態では、Ｘ−１はＤである。一部の実施形態では、Ｘ１は酸性アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ１はＥである。一部の実施形態では、Ｘ１はＤである。一部の実施形態では、Ｘ５はＬまたはＩである。一部の実施形態では、Ｘ５はＬである。一部の実施形態では、Ｘ５はＩである。一部の実施形態では、Ｘ６はＬまたはＩである。一部の実施形態では、Ｘ６はＬである。一部の実施形態では、Ｘ６はＩである。一部の実施形態では、Ｘ７は酸性アミノ酸残基である。一部の実施形態では、Ｘ７はＥである。一部の実施形態では、Ｘ７はＤである。
【0130】
ペプチドライブラリ一部の実施形態では、本開示は、ペプチドの集団を提供する。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ステープル化ペプチドの集団である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような集団内のペプチドは、１つまたは複数の構造的特徴（例えば、特定の範囲内の長さ；例えば、標的もしくは対象に対する既知の相互作用パートナーに見出される配列要素等の特定の配列要素、または一緒にステープルの形成を支持するアミノ酸の組［例えば、本明細書に記載されるようなシステインステープルが当該システイン残基の対の間で生み出されるか、または生み出され得るように互いに対して位置付けられた、２つ以上のシステイン残基］の存在、１つもしくは複数のステープル（これらは一部の実施形態では同じ種類のものであり得る）の存在等、またはそれらの任意の組み合わせ）を共有し得、一部の実施形態では、特定の集団が、かかる共有される構造的特徴（複数可）によって特性解析及び／または定義され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチドの集団におけるペプチドの共通の構造的特徴は、当該システイン残基の対の間で本明細書に記載されるようなシステインステープルが形成されるか、または形成され得るように互いに対して位置付けられた、２つのまたは少なくとも２つのシステイン残基であり、一部の実施形態では、かかるペプチドを式Ｒ−Ｉの化合物と反応させて、ステープル化ペプチドの集団を生産することができる。
【0131】
一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ステープル化ペプチドの集団であり、該ステープル化ペプチドの各々が独立して、ａ＊及びｂ＊の範囲内の長さを有し（ここで、ａ＊及びｂ＊は各々、２〜１００から独立して選択される整数であり、ｂ＊は、ａ＊よりも大きい）、かつ
リンカーを介して互いに共有結合性で連結された残基の少なくとも１つの対を含む、アミノ酸配列を有する。
【0132】
一部の実施形態では、ａ＊及びｂ＊は各々、２〜５０から独立して選択される整数であり、ｂ＊は、ａ＊よりも大きい。一部の実施形態では、ａ＊及びｂ＊は各々、６〜３６から独立して選択される整数であり、ｂ＊は、ａ＊よりも大きい。
【0133】
一部の実施形態では、ａ＊は１である。一部の実施形態では、ａ＊は２である。一部の実施形態では、ａ＊は３である。一部の実施形態では、ａ＊は４である。一部の実施形態では、ａ＊は５である。一部の実施形態では、ａ＊は６である。一部の実施形態では、ａ＊は７である。一部の実施形態では、ａ＊は８である。一部の実施形態では、ａ＊は９である。一部の実施形態では、ａ＊は１０である。一部の実施形態では、ａ＊は１１である。一部の実施形態では、ａ＊は１２である。一部の実施形態では、ａ＊は１３である。一部の実施形態では、ａ＊は１４である。一部の実施形態では、ａ＊は１５である。一部の実施形態では、ａ＊は１６である。一部の実施形態では、ａ＊は１７である。一部の実施形態では、ａ＊は１８である。一部の実施形態では、ａ＊は１９である。一部の実施形態では、ａ＊は２０である。一部の実施形態では、ａ＊は２１である。一部の実施形態では、ａ＊は２２である。一部の実施形態では、ａ＊は２３である。一部の実施形態では、ａ＊は２４である。一部の実施形態では、ａ＊は２５である。一部の実施形態では、ａ＊は２６である。一部の実施形態では、ａ＊は２７である。一部の実施形態では、ａ＊は２８である。一部の実施形態では、ａ＊は２９である。一部の実施形態では、ａ＊は３０である。一部の実施形態では、ａ＊は３１である。一部の実施形態では、ａ＊は３２である。一部の実施形態では、ａ＊は３３である。一部の実施形態では、ａ＊は３４である。一部の実施形態では、ａ＊は３５である。一部の実施形態では、ａ＊は３６である。一部の実施形態では、ａ＊は３７である。一部の実施形態では、ａ＊は３８である。一部の実施形態では、ａ＊は３９である。一部の実施形態では、ａ＊は４０である。一部の実施形態では、ａ＊は４１である。一部の実施形態では、ａ＊は４２である。一部の実施形態では、ａ＊は４３である。一部の実施形態では、ａ＊は４４である。一部の実施形態では、ａ＊は４５である。一部の実施形態では、ａ＊は４６である。一部の実施形態では、ａ＊は４７である。一部の実施形態では、ａ＊は４８である。一部の実施形態では、ａ＊は４９である。
【0134】
一部の実施形態では、ｂ＊は２である。一部の実施形態では、ｂ＊は３である。一部の実施形態では、ｂ＊は４である。一部の実施形態では、ｂ＊は５である。一部の実施形態では、ｂ＊は６である。一部の実施形態では、ｂ＊は７である。一部の実施形態では、ｂ＊は８である。一部の実施形態では、ｂ＊は９である。一部の実施形態では、ｂ＊は１０である。一部の実施形態では、ｂ＊は１１である。一部の実施形態では、ｂ＊は１２である。一部の実施形態では、ｂ＊は１３である。一部の実施形態では、ｂ＊は１４である。一部の実施形態では、ｂ＊は１５である。一部の実施形態では、ｂ＊は１６である。一部の実施形態では、ｂ＊は１７である。一部の実施形態では、ｂ＊は１８である。一部の実施形態では、ｂ＊は１９である。一部の実施形態では、ｂ＊は２０である。一部の実施形態では、ｂ＊は２１である。一部の実施形態では、ｂ＊は２２である。一部の実施形態では、ｂ＊は２３である。一部の実施形態では、ｂ＊は２４である。一部の実施形態では、ｂ＊は２５である。一部の実施形態では、ｂ＊は２６である。一部の実施形態では、ｂ＊は２７である。一部の実施形態では、ｂ＊は２８である。一部の実施形態では、ｂ＊は２９である。一部の実施形態では、ｂ＊は３０である。一部の実施形態では、ｂ＊は３１である。一部の実施形態では、ｂ＊は３２である。一部の実施形態では、ｂ＊は３３である。一部の実施形態では、ｂ＊は３４である。一部の実施形態では、ｂ＊は３５である。一部の実施形態では、ｂ＊は３６である。一部の実施形態では、ｂ＊は３７である。一部の実施形態では、ｂ＊は３８である。一部の実施形態では、ｂ＊は３９である。一部の実施形態では、ｂ＊は４０である。一部の実施形態では、ｂ＊は４１である。一部の実施形態では、ｂ＊は４２である。一部の実施形態では、ｂ＊は４３である。一部の実施形態では、ｂ＊は４４である。一部の実施形態では、ｂ＊は４５である。一部の実施形態では、ｂ＊は４６である。一部の実施形態では、ｂ＊は４７である。一部の実施形態では、ｂ＊は４８である。一部の実施形態では、ｂ＊は４９である。
【0135】
一部の実施形態では、リンカーを介して互いに共有結合性で連結された残基の対は、ステープルを介して共有結合性で連結されている。一部の実施形態では、リンカーを介して互いに共有結合性で連結された残基の対は、非炭化水素ステープルを介して共有結合性で連結されている。一部の実施形態では、リンカーを介して互いに共有結合性で連結された残基の対は、システインステープルを介して共有結合性で連結されている。一部の実施形態では、システインステープルは、本開示に記載されるような構造を有する。
【0136】
一部の実施形態では、本開示は、ステープル化ペプチドの集団を提供し、該ステープル化ペプチドの各々は独立して、ａ＊及びｂ＊の範囲内の長さを有し（ここで、ａ＊及びｂ＊は、２〜１００（端点値を含む）から独立して選択される整数であり、ｂ＊は、ａ＊よりも大きい）、
部分−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−を含むリンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の少なくとも１つの対を含み、ここで、各Ｓが独立して、システイン残基の硫黄原子であり、
Ｌｓ２が本開示に記載され、かつ
対のシステイン残基が独立して、ｃ＊残基（ここで、ｃ＊は、０〜１２から選択される整数である）によって隔てられている、アミノ酸配列を有する。
【0137】
一部の実施形態では、リンカーを介して互いに共有結合性で連結されたシステイン残基の対は、ｃ＊残基によって隔てられており、ここで、ｃ＊は、整数１〜１２（端点値を含む）である。一部の実施形態では、ｃ＊は１である。一部の実施形態では、ｃ＊は２である。一部の実施形態では、ｃ＊は３である。一部の実施形態では、ｃ＊は４である。一部の実施形態では、ｃ＊は５である。一部の実施形態では、ｃ＊は６である。一部の実施形態では、ｃ＊は７である。一部の実施形態では、ｃ＊は８である。一部の実施形態では、ｃ＊は９である。一部の実施形態では、ｃ＊は１０である。一部の実施形態では、ｃ＊は１１である。一部の実施形態では、ｃ＊は１２である。
【0138】
一部の実施形態では、本開示は、下記構造のステープル化ペプチドの集団を提供し、［Ｘ１］ｐ１［Ｘ２］ｐ２［Ｘ３］ｐ３［Ｘ４］ｐ４［Ｘ５］ｐ５［Ｘ６］ｐ６［Ｘ７］ｐ７［Ｘ８］ｐ８［Ｘ９］ｐ９［Ｘ１０］ｐ１０［Ｘ１１］ｐ１１［Ｘ１２］ｐ１２［Ｘ１３］ｐ１３−Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９−［Ｘ２０］ｐ２０［Ｘ２１］ｐ２１［Ｘ２２］ｐ２２［Ｘ２３］ｐ２３［Ｘ２４］ｐ２４［Ｘ２５］ｐ２５［Ｘ２６］ｐ２６［Ｘ２７］ｐ２７［Ｘ２８］ｐ２８［Ｘ２９］ｐ２９［Ｘ３０］ｐ３０［Ｘ３１］ｐ３１［Ｘ３２］ｐ３２、
ここで、
ｐ１、ｐ２、ｐ３、ｐ４、ｐ５、ｐ６、ｐ７、ｐ８、ｐ９、ｐ１０、ｐ１１、ｐ１２、ｐ１３、ｐ２０、ｐ２１、ｐ２２、ｐ２３、ｐ２４、ｐ２５、ｐ２６、ｐ２７、ｐ２８、ｐ２９、ｐ３０、ｐ３１、ｐ３２の各々が独立して、０または１であり、
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、アミノ酸残基であり、
Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、任意選択で一緒に連結されてシステインステープルを形成する、システイン鎖を含む。
【0139】
一部の実施形態では、各Ｘｊは独立して、標準アミノ酸の群から選択され、ここで、ｊは、１〜３２（端点値を含む）の整数である。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸の部分集合から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、システインを除く全ての天然アミノ酸の群から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの２０個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１９個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１８個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１７個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１６個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１５個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１４個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１３個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１２個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１１個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１０個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの９個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの８個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの７個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの６個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの５個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの４個未満から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの３個未満から選択される。一部の実施形態では。
【0140】
一部の実施形態では、各Ｘｊは独立して、標準アミノ酸のうちの２０個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１９個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１８個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１７個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１６個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１５個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１４個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１３個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１２個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１１個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１０個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの９個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの８個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの７個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの６個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの５個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの４個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの３個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの２個から選択される。一部の実施形態では、Ｘｊは、標準アミノ酸のうちの１個から選択される。
【0141】
一部の実施形態では、ｊは１である。一部の実施形態では、ｊは２である。一部の実施形態では、ｊは３である。一部の実施形態では、ｊは４である。一部の実施形態では、ｊは５である。一部の実施形態では、ｊは６である。一部の実施形態では、ｊは７である。一部の実施形態では、ｊは８である。一部の実施形態では、ｊは９である。一部の実施形態では、ｊは１０である。一部の実施形態では、ｊは１１である。一部の実施形態では、ｊは１２である。一部の実施形態では、ｊは１３である。一部の実施形態では、ｊは１４である。一部の実施形態では、ｊは１５である。一部の実施形態では、ｊは１６である。一部の実施形態では、ｊは１７である。一部の実施形態では、ｊは１８である。一部の実施形態では、ｊは１９である。一部の実施形態では、ｊは２０である。一部の実施形態では、ｊは２１である。一部の実施形態では、ｊは２２である。一部の実施形態では、ｊは２３である。一部の実施形態では、ｊは２４である。一部の実施形態では、ｊは２５である。一部の実施形態では、ｊは２６である。一部の実施形態では、ｊは２７である。一部の実施形態では、ｊは２８である。一部の実施形態では、ｊは２９である。一部の実施形態では、ｊは３０である。一部の実施形態では、ｊは３１である。一部の実施形態では、ｊは３２である。
【0142】
本開示を閲読して、当業者であれば、本明細書に記載されるようなペプチド集団が様々なフォーマットで調製され得、提供され得、及び／または利用され得ることを理解しよう。一部の実施形態では、ペプチド集団は、例えば、ファージディスプレイ、酵母ディスプレイ、細菌ディスプレイ、リボソームディスプレイ、ｍＲＮＡディスプレイ、固体支持体上、固相上、樹脂上、液体溶液中、乾燥試料として、またはそれらの組等といったフォーマットで調製され、提供され、及びまたは利用される。
【0143】
一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ファージディスプレイにおいて提供され得、及びまたは利用され得る。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ファージタンパク質に融合される。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ファージコートタンパク質に融合される。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合される。
【0144】
ペプチド集団は、いくつかの技術を用いて提示され得る。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドは、Ｍ１３ファージのｐ４上に提示される。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドは、Ｍ１３ファージのｐ７上に提示される。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドは、Ｍ１３ファージのｐ８上に提示される。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドは、Ｍ１３ファージのｐ９上に提示される。
【0145】
一部の実施形態では、ライブラリ、例えば、ファージライブラリは、例えば、「サイレント」変異（例えば、全てが同じアミノ酸をコードする明確に異なるコドン）、アミノ酸変異等を含む、ライブラリ成員のＤＮＡ配列内に、１つまたは複数のバーコードを有するように調製され得る。一部の実施形態では、バーコードは、ライブラリ成員のある特定の特徴及び／または使用（例えば、ライブラリ成員が選抜される実験）のある特定の特徴を特定するために使用され、それにより、例えば、スクリーニングのＤＮＡシーケンシング出力の解析中に、それらの特徴がライブラリ成員のスクリーニング結果に関連付けられ得る。例えば、一部の実施形態では、バーコードは、複数のライブラリに組み込まれ、それにより、それらのライブラリが一緒にスクリーニングされ得、それらの結果が、バーコードの使用によって特定される（及び区別される）。一部の実施形態では、バーコードは、プロセス、例えば、ライブラリ成員が選抜された実験の特徴を特定するために使用される。代表的な特徴には、標的（例えば、タンパク質、核酸、細胞等）、緩衝液条件、結合パートナー、スクリーニングに含められる競合剤、実験の温度、実験の継続期間、洗浄手順、及び／または実験手順の他の特徴が含まれる。一部の実施形態では、バーコードは、クロスリンカー、例えば、ステープル化ペプチドを含む化学修飾されたファージライブラリを調製するために使用されるクロスリンカーを特定するために利用される。
【0146】
本開示に従って、種々の技術を利用して、非天然アミノ酸をペプチド、集団（例えば、本明細書に記載の種々のライブラリ）等に導入することができる。一部の実施形態では、組み込みは、非天然アミノ酸の組み込みをもたらす、コドン抑制及び／またはアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼ／ｔＲＮＡ対の使用を含む。一部の実施形態では、有用な方法は、成長培地中でのグリホサート（または１つもしくは複数のアミノ酸の生合成を選択的に抑制する他の薬剤）及び非天然アミノ酸（複数可）の添加を含む。一部の実施形態では、有用な方法は、成長培地中での、ある特定のアミノ酸を合成する能力を欠いた細胞株の使用及び非天然アミノ酸（複数可）の添加を含む。一部の実施形態では、有用な方法は、成長培地中での非天然アミノ酸（複数可）の添加を含む。一部の実施形態では、バーコードは、非天然アミノ酸のライブラリ設計への組み込みを特定するために使用される。
【0147】
一部の実施形態では、既知の配列（複数可）（「スパイクイン」試料）を用いてＤＮＡシーケンシングデータをスケーリングまたは正規化する目的で、ファージスクリーニングのステップ中に既知のファージまたはＤＮＡ配列（複数可）が添加される。
【0148】
一部の実施形態では、（例えば、提供されるライブラリの）ペプチドの集団（またはタンパク質等）の関連において、多様性は、ａ）該ペプチドの集団に存在する固有のアミノ酸配列の実際の数、またはｂ）例えば、該集団の設計及び／または調製に基づいて存在し得る、固有のアミノ酸配列の理論上の数、のいずれかを指してもよい。一部の実施形態では、多様性は、例えば、実施例で測定され、記載されるような、実際の多様性である。
【0149】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１×１０４個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０５個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０６個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０７個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０８個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０９個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１０個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１１個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１２個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１３個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１４個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、ペプチド集団は、少なくとも１×１０１５個の固有のペプチド配列である実際の多様性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、（例えば、ライブラリの）ペプチド集団についての好ましい実際の多様性は、１０８〜１０９個の固有のペプチド配列である。一部の実施形態では、かかる集団は、実際の多様性よりもしばしば１，０００〜１０，０００倍大きい理論上の多様性を有してもよく、例えば、各位置において１６通りのアミノ酸の可能性を有する１０個の位置は、１０１２の理論上の多様性を有し得る。手順、目的等に応じて、（例えば、ライブラリの）ペプチドの集団は、例えば、１０８個の固有の配列である、理論上の多様性の部分集合を有するように調製され得る。
【0150】
一部の実施形態では、アミノ酸残基位置のうちの１つもしくは複数、またはその各々が、ランダム化される。一部の実施形態では、ペプチドの集団（例えば、実施例に記載のライブラリ）において、ランダム化された位置で様々なアミノ酸残基が独立して提示される。一部の実施形態では、各位置がランダム化される。一部の実施形態では、いずれの位置でもアミノ酸残基の選好のない集団が提供される（例えば、一部の実施形態では、「ナイーブ」または「偏りのない」集団／ライブラリ）。当業者には理解されようが、一部の実施形態におけるランダム化された位置の組み込みは、ライブラリを生成するために使用されるオリゴヌクレオチドプライマーにおいて縮重コドン、例えば、ＮＮＮまたはＮＮＫ（ここで、Ｎ＝Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇであり、Ｋ＝Ｔ、Ｇである）をコードさせることによって行うことができる。代替として、ランダム化された位置は、対応する規定のアミノ酸の混合物をコードする三量体コドンの規定の混合物が、ライブラリを生成するために使用されるオリゴヌクレオチドプライマーに組み込まれている、三量体ホスホロアミダイト混合物、例えば、Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈから入手可能なものの使用によって組み込むことができる。例えば、ライブラリは、２０個全ての天然に存在するアミノ酸の混合物を用いて、または代替として、２０個全ての天然に存在するアミノ酸の部分集合（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ等）を用いることによって、構築され得る。一部の実施形態では、種々の技術を用いて非天然アミノ酸がまた組み込まれてもよい。
【0151】
一部の実施形態では、集団（例えば、ライブラリ）のペプチドは、１つまたは複数の所望の特性及び／または活性のために、例えば、一部の実施形態では、アルファ−ヘリックス状立体構造に有利となるように、１つまたは複数の位置内で固定の好ましいアミノ酸または好ましいアミノ酸の部分集合を含む。例えば、ペプチドの中央部の規定の位置でのアラニン残基（例えば、上記のライブラリ設計ｂ）、ｅ）、及びｈ））、Ｎ末端でのプロリン（例えば、上記のライブラリ設計ｇ）、ｈ）、ｉ））、またはＮ末端でのアスパラギン酸とそれに続くプロリン（例えば、上記のリストにおけるライブラリ設計ｄ）、ｅ）、ｆ））の組み込み。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、特定の標的（例えば、タンパク質、核酸等）への結合である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、細胞透過性である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、（例えば、プロテアーゼまたは他の種類の分解に対する）安定性である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、低い免疫原性である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、改善された物理化学的特性である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、改善された薬物動態特性である。一部の実施形態では、所望の特性または活性は、標的または組織に対する選択性である。当業者であれば理解しようが、固定の好ましいアミノ酸及び／または好ましいアミノ酸の部分集合は独立して、１つまたは複数の所望の特性及び／または活性を提供するために、１つまたは複数の位置の各々で提示されてもよい。
【0152】
一部の実施形態では、集団、例えば、ペプチドライブラリは、１つまたは複数の好ましい配列または親配列に基づいて設計され得る。一部の実施形態では、親配列は、多くの集団成員を生じさせるように体系的に多様化される。一部の実施形態では、親配列は、集団においていくつかのペプチドを提供するために、配列内の各残基が、個々に、または他の変化、変異、及び／または修飾と組み合わせてのいずれかで、アラニンに変化させられる、「アラニン走査」に供される。一部の実施形態では、アラニン走査は、ある特定の特性及び／または活性、例えば、結合、相互作用、安定性、物理化学的特性、細胞透過性、免疫原性、（例えば、標的（例えば、タンパク質、核酸等）、組織等に対する）選択性、薬物動態特性等に対する、１つまたは複数の残基の重要性を評価するのに有用である。親配列は同様に、例えば、構造的変化及び／または立体構造的変化の効果を評価するために、プロリンまたはグリシンへと体系的に変化させる／変異させることが可能である。親配列また、例えば、結合、安定性、物理化学的特性、細胞透過性、免疫原性、選択性、薬物動態特性等における電荷の役割を調べるために、荷電性残基へと変化させる／変異させることも可能である。親配列はまた、例えば、改善された特性及び／または活性、例えば、結合、安定性、物理化学的特性、細胞透過性、免疫原性、選択性、薬物動態特性等を伴う点変異を特定するために、各位置で、様々なアミノ酸へと変化させる／変異させることも可能である。当業者であれば理解しようが、集団は、本開示に従って、種々の確立されたライブラリ変異誘発法及び指向性進化法（ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）を用いて設計され得る。
【0153】
一部の実施形態では、親配列は、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、もしくはペプチドＹＹ、またはその断片である。一部の実施形態では、断片は、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０アミノ酸残基、またはそれを超える長さを有する。例えば、一部の実施形態では、配列は、下記から選択される。【表S-1】
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【0154】
一部の実施形態では、親配列は、別の配列、例えば、上記の膵臓ポリペプチド配列とある特定のレベルの相同性を共有する配列である。一部の実施形態では、レベルは、８５％、９０％、９５％、またはそれを超える。一部の実施形態では、レベルは、９０％である。一部の実施形態では、レベルは、９５％である。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドのアミノ酸配列は、親配列の１つまたは複数の残基がステープル化用の残基（例えば、本明細書に記載されるようなシステインステープル化用のシステイン残基）で置き換えられていることを除いて、親配列と同じである。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドのアミノ酸配列は、親配列の２つ以上の残基がステープル化用の残基で置き換えられていることを除いて、親配列と同じである。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドのアミノ酸配列は、親配列の２つの残基がステープル化用の残基で置き換えられていることを除いて、親配列と同じである。
【0155】
一部の実施形態では、ペプチドの集団、例えば、種々のライブラリは、膵臓ポリペプチドに基づく。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチドのライブラリは、アルファ−ヘリックス状領域において１つまたは複数の残基のランダム化を含む。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹのライブラリは、ＰＰＩＩ領域において１つまたは複数の残基のランダム化を含む。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹのライブラリは、ループ領域において１つまたは複数の残基のランダム化を含む。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹのライブラリは、該ペプチドの２個以上の領域において１つまたは複数の残基のランダム化を含む。一部の実施形態では、かかるライブラリは、１つまたは複数の領域において残基をランダム化することによって調製される。
【0156】
一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｉｃｔａｌｕｒｕｓ ｐｕｎｃｔａｔｕｓ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｍａｒｍｏｔａ ｍａｒｍｏｔａ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｍｙｏｔｉｓ ｌｕｃｉｆｕｇｕｓ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｂｅｔｔａ ｓｐｌｅｎｄｅｎｓ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｎｏｔｅｃｈｉｓ ｓｃｕｔａｔｕｓ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｏｒｃｉｎｕｓ ｏｒｃａ由来である。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹは、Ｃａｌｙｐｔｅ ａｎｎａ由来である。一部の実施形態では、より高い熱安定性を有するタンパク質の折り畳みが、ライブラリのランダム化／生成に好ましい足場である。一部の実施形態では、（例えば、膵臓ポリペプチドの）ライブラリは、高い熱安定性を有する天然に存在する膵臓ポリペプチドの折り畳みの残基をランダム化することによって調製される。一部の実施形態では、膵臓ポリペプチドのライブラリは、熱安定性を改善するように修飾された膵臓ポリペプチドの折り畳みの残基をランダム化することによって調製される。
【0157】
一部の実施形態では、本開示は、親配列のペプチドを最適化するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、修飾されたペプチドを提供するように１つまたは複数のアミノ酸残基の各々を独立して異なるアミノ酸残基で置き換えることによって、ペプチドを修飾することであって、該修飾されたペプチドが、ステープル化に好適な少なくとも２つの残基を含む、該修飾することと、
ステープル化に好適な該２つの残基をステープル化することと、を含む、方法を提供する。
【0158】
一部の実施形態では、ペプチドは、本明細書に記載されるような親配列（例えば、ペプチドＹＹ配列またはその断片）のものであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ステープル化に好適な該２つの残基は、システイン残基である。一部の実施形態では、２つのシステイン残基は、例えば、本明細書に記載の試薬を用いて、本明細書に記載されるようにステープル化される。一部の実施形態では、修飾されたペプチドは、改善された特性及び／または活性、例えば、標的結合に対する改善された親和性及び／または選択性、改善された安定性、改善されたヘリックス形成、改善された細胞透過性等を提供する。一部の実施形態では、修飾されたペプチドの集団は、例えば、本明細書に記載されるように１つまたは複数の残基をランダム化することによって、調製される。一部の実施形態では、修飾されたペプチドの集団は、ファージディスプレイライブラリとして提供される。一部の実施形態では、かかる集団／ライブラリの成員は、本明細書に記載されるようなステープル、例えば、システインステープルを含む。一部の実施形態では、本開示は、提供される集団、ライブラリ、または修飾されたペプチドを目的とする標的に接触させることであって、それにより、該集団の１つまたは複数のステープル化ペプチドが該標的に結合するようにする、該接触させることと、本明細書に記載されるように該標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定することと、を提供する。
【0159】
当業者には理解されようが、提供される技術は、種々の親配列及び／またはヘリックス状足場に適用可能である。一部の実施形態では、親配列は、エキセンディン−４、ｔｒｐ−ケージペプチド、レトロｔｒｐ−ケージペプチド、コノトキシン、シラトキシン（ｓｃｙｌｌａｔｏｘｉｎ）、サソリ毒素、カリブドトキシン、ビリンヘッドピース（ｖｉｌｌｉｎ ｈｅａｄｐｉｅｃｅ）、ベータ−アルファ−ベータモチーフペプチド、ベータ−ベータ−アルファモチーフペプチド、マストパラン、亜鉛フィンガー、ヘリックス−リンカー−ヘリックス足場、ロイシンジッパー足場、膵臓ポリペプチド足場、神経ペプチドＹ足場、ペプチドＹＹ足場、ヘリックス安定化を増加させる目的で修飾された前述の足場の変異体、及び当該技術分野における他のヘリックス状ディスプレイ足場であるか、またはその断片（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０アミノ酸残基、またはそれを超えるアミノ酸残基を含む）であるか、またはそのヘリックス状足場である。一部の実施形態では、提供される集団のペプチドは、ヘリックス開始またはヘリックス終結配列を含む。一部の実施形態では、提供される集団のペプチドは、ＡＡＡ、ＤＰＡ、ＮＰＡ、ＡＰＡ、ＰＡ、Ｐ、もしくはＡＰ等のＮ末端リーダー配列、及び／またはＲ、ＲＲ、ＲＰ、ＲＧ、ＧＲ、ＰＲ、Ｇ、ＧＧ、Ｐ、ＰＰ、ＧＰ、もしくはＰＧ等のＣ末端リーダー配列を含む。
【0160】
一部の実施形態では、システインは、ペプチド、例えば、種々のディスプレイ技術を用いて提示されたペプチドの配列に組み込まれる。一部の実施形態では、標的タンパク質上の１つまたは複数のシステインから近距離内の部位で標的ペプチドまたはタンパク質に結合するペプチドが、直接またはリンカーを介して（例えば、システイン残基の架橋に好適な種々の試薬を用いることにより）のいずれかでの、ペプチド上のシステインと標的タンパク質（例えば、その表面上）のシステインとの間の共有結合の形成を介して特定され得、一部の実施形態では、これは、アッセイ（例えば、結合を評価するスクリーニングアッセイ）において、観察される高親和性及び／または緩徐なオフ速度相互作用をもたらし得る。とりわけ、かかるシステインの特定は、種々の目的、例えば、標的と相互作用し得る薬剤（例えば、共有結合性の標的阻害剤）の開発、ライブラリ合成のためのジスルフィド係留の使用、化合物の最適化等に有用である。当業者であれば、当該技術分野において、標的システイン、例えば、標的上の表面システインの種々の用途が利用可能であることを理解しよう。
【0161】
本開示のペプチドは、種々の配列を有し得る。有用な配列は、１つまたは複数のアミノ酸残基の種々のパーセンテージ及び／または数を有し得る。例えば、一部の実施形態では、配列は、２つかつ２つを超えないシステイン残基（ステープル化されているか、またはされていないかのいずれか）を含む。一部の実施形態では、配列は、２つを超えるシステイン残基（ステープル化されているかまたはされていない）を含む。一部の実施形態では、配列は、２つかつ２つを超えないステープル化システイン残基を含む。一部の実施形態では、配列は、２つを超えるステープル化システイン残基を含む。一部の実施形態では、配列におけるステープル化システイン残基のパーセンテージは、５％〜５０％である。一部の実施形態では、パーセンテージは、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、または５０％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、または５０％である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約５％または約５％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約６％または約６％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約７％または約７％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約８％または約８％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約９％または約９％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１０％または約１０％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１１％または約１１％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１２％または約１２％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１３％または約１３％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１４％または約１４％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約１５％または約１５％以下である。一部の実施形態では、パーセンテージは、約２０％または約２０％以下である。
【0162】
一部の実施形態では、ペプチドの集団、例えば、提供されるペプチドライブラリは、ある特定の特性及び／または活性を有するペプチドについてスクリーニングするために利用される。種々のスクリーニング技術が当該技術分野で記載されており、本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、ライブラリは、標的、例えば、タンパク質、核酸等に照らし合わせてスクリーニングされる。一部の実施形態では、標的における全てのアミノ酸残基が、Ｄ配置のアミノ酸である（例えば、鏡像ディスプレイ）。一部の実施形態では、ライブラリは、当該技術分野で記載される種々の技術を用いて、細胞、例えば、細胞試料、培養物中等でまたはインビボで成長させた細胞に照らし合わせてスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、ヒト細胞に照らし合わせてスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、生存している哺乳動物においてスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、生存している霊長動物においてスクリーニングされる。
【0163】
一部の実施形態では、ライブラリは、標的、例えば、タンパク質、核酸等への結合親和性に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、１つの標的（例えば、タンパク質）に対する、別の標的（例えば、タンパク質）を上回る選択性に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、安定性、物理化学的特性、細胞透過性、免疫原性（例えば、低い免疫原性）、薬物動態特性等といった１つまたは複数の所望の特性に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、物理化学的特性及び／または細胞透過性を最適化するために、脂質への親和性に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、物理化学的特性及び／または細胞透過性を最適化するために、固定化された脂質に照らし合わせてスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、インビボでまたは血液脳関門もしくは神経関門のインビトロモデルを用いてのいずれかで、血液脳関門または神経関門の通過に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、インビボでまたは腸もしくは他の関連性のある上皮細胞のインビトロモデルを用いてのいずれかで、腸または他の関連性のある上皮細胞の通過に関してスクリーニングされる。一部の実施形態では、ライブラリは、オルガノイドモデルを用いてスクリーニングされる。
【0164】
一部の実施形態では、スクリーニングは、例えば、スクリーニングの対象である標的（例えば、タンパク質、細胞等）に対して最適化された緩衝液中で行われる。一部の実施形態では、スクリーニングは、非特異的結合を低減する緩衝液、例えば、ウシ血清アルブミン、ウシガンマ−グロブリン、コラーゲン及びせん断されたコラーゲン、乳タンパク質、合成ペプチドのランダム化混合物、細菌または哺乳類細胞の溶解物、タンパク質限定加水分解に供される溶解物またはタンパク質調製物、ポリ（デオキシイノシン−デオキシシチジル）酸、サケ精子ＤＮＡ、せん断されたＤＮＡ、ポリリジン、グリセロール、トレハロース、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、ＮＰ−４０、Ｔｗｅｅｎ−２０、Ｔｗｅｅｎ−８０、Ｐｌｅｕｒｏｎｉｃ Ｆ−１２７、オクチルベータ−Ｄ−グルコピラノシド等の洗剤等を含む緩衝液中で行われる。追加の添加剤が当業者に既知であり、本開示に従って利用され得る。
【0165】
本明細書に記載の技術、例えば、ペプチド集団（ライブラリ）、スクリーニング等を用いて、多様なタンパク質標的（例えば、ベータ−カテニン（ＣＴＮＮＢ１）、ＣＢＬ、ＣＢＬＢ、ＴＥＡＤ４、ＥＲＧ）に対するペプチド結合剤が特定された。
【0166】
一部の実施形態では、ステープル化ペプチドまたはその集団は、参照ペプチド及び／またはその集団と比べて評価されてもよい。一部の実施形態では、参照ペプチドは、非ステープル化ペプチドである。一部の実施形態では、参照ペプチドは、同じまたは同等の配列の非ステープル化ペプチドである。一部の実施形態では、ペプチドは、システインステープル化を含むペプチドであり、参照ペプチドは、かかるシステインステープル化を有しない。一部の実施形態では、参照ペプチドは、システインステープル化に利用されるシステインを含有しない。一部の実施形態では、参照ペプチドは、ヘリックス状構造を安定化するために利用され得る、膵臓ポリペプチド、神経ペプチドＹ、またはペプチドＹＹのＰＰＩＩ領域を含有しない。
【0167】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、ある特定の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、（例えば、提供されるライブラリの）ペプチドの集団（またはタンパク質等）の関連における冗長性は、該ペプチドの集団内の固有のアミノ酸配列のコピーの数を指す。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１００００の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも５０００の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１０００の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも５００の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１００の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも５０の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１０の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団は、少なくとも１の冗長性によって特徴付けられる。一部の実施形態では、実際の多様性に関して好ましい冗長性は、所与のスクリーニング試料中の各固有の配列につき１００〜１０００個のファージであり、これにより各配列の良好なオーバーサンプリングが提供される。例えば、１０８個の配列及び１配列当たり１０００個のファージのライブラリは、１０１１個のファージ粒子を含有することになり、４８個の試料の典型的なスクリーニングにおいては、したがって、総計４．８×１０１２個のファージが存在することになろう。
【0168】
一部の実施形態では、ペプチドの集団は、「スパイクインされる（ｓｐｉｋｅｄ−ｉｎ）」標準物質を含む。一部の実施形態では、スパイクインされる標準物質は、該ペプチドの集団のスクリーニング後、かつその核酸配列（例えば、該ペプチドをコードする核酸配列）を特定するシーケンシング前に、ペプチドの集団に添加される。一部の実施形態では、スパイクインされる標準物質は、スパイクインされるファージである。一部の実施形態では、スパイクインされる標準物質は、スパイクインされるヌクレオチド配列である。一部の実施形態では、スパイクインされる標準物質は、内部標準物質としての役目を果たす。一部の実施形態では、スパイクインされる標準物質は、ある特定のアミノ酸配列の濃縮度の測定を可能にする。
【0169】
一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ファージディスプレイフォーマットで提供され得、及び／または利用され得る。一部の実施形態では、本開示は、ｉ）ａ＊〜ｂ＊アミノ酸残基の範囲内の長さを有し、２〜１５アミノ酸残基によって隔てられているシステイン残基の少なくとも１つの対を含む、アミノ酸配列、を有するペプチドをコードする核酸を細胞において発現させるステップであって、該核酸が、ファージ粒子に組み込まれる融合タンパク質をコードする、該ステップと、
ｉｉ）ファージ粒子を該細胞から単離するステップと、
ｉｉｉ）ファージ粒子を、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの構造を有する架橋剤もしくはその塩、または式Ｒ−Ｉの構造を有する架橋剤、
【化3】
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もしくはその塩に接触させるステップと、を含む、方法を提供し、ここで、ａ＊、ｂ＊、及びＲｘ、Ｑ、及びＬ’は、本開示に記載されている。
【0170】
一部の実施形態では、架橋剤は、本明細書に記載されるような試薬である。一部の実施形態では、架橋剤は、ＲＥ−Ｌｓ２−ＲＥの構造を有する化合物またはその塩である。一部の実施形態では、架橋剤は、ＲＥ−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ２−ＲＥの構造を有する化合物またはその塩である。一部の実施形態では、架橋剤は、ＲＥ−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−ＲＥの構造を有する化合物またはその塩である。一部の実施形態では、架橋剤は、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの構造を有する化合物またはその塩である。一部の実施形態では、架橋剤は、Ｒｘ−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ２−Ｒｘの構造を有する化合物またはその塩である。
【0171】
一部の実施形態では、本開示は、ｉｖ）目的とする標的にペプチドの集団を接触させるステップであって、それにより、該集団の１つまたは複数のステープル化ペプチドが目的とする標的に結合するようにする、該ステップと、
ｖ）目的とする標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列を決定するステップと、
をさらに含む、方法を提供する。
【0172】
一部の実施形態では、各アミノ酸配列は、各アミノ酸配列が独立して特定され得るように、識別子に個別的に結びつけられる。一部の実施形態では、各アミノ酸配列は独立して、アミノ酸配列またはその一部分（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５個、もしくはそれよりも多くの任意選択で連続するアミノ酸残基、または該アミノ酸配列の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくはそれよりも多く）をコードする核酸配列を含む、識別子に結びつけられる。一部の実施形態では、結びつきは、共有結合性である。一部の実施形態では、結びつきは、アミノ酸配列及びその識別子を含む個別的な系を介する。一部の実施形態では、系は、アミノ酸配列及びその識別子を含む及び／または発現する細胞、ファージ等である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の決定は、ファージ粒子に組み込まれる融合タンパク質のペプチドをコードするヌクレオチド配列を決定することを含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列を決定することは、該アミノ酸配列をコードする核酸のハイスループットシーケンシングの使用を含む。一部の実施形態では、ハイスループットシーケンシングは、単一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体シーケンシング（例えば、Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔシーケンシング）、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（例えば、ＳＯＬｉＤシーケンシング）、ナノポアシーケンシング等を含む。当業者には理解されようが、種々のハイスループットシーケンシング技術が本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、本開示は、本開示の先行技術が著しくかつ本質的に限定される場合があり、多くの事例において、多数の多様なアミノ酸配列を含有するライブラリが利用される場合において、例えば、個々に評価され得る配列の数が限定される故に、例えば、所望の特性及び／または活性を有するアミノ酸配列をバックグラウンドノイズから容易に特定することができないため、成功裏に行うことができないことを認識する。とりわけ、本開示は、ペプチドライブラリと、対応するコード核酸配列のハイスループットシーケンシングとの組み合わせが、多数の多様な配列を含むペプチドライブラリをスクリーニングして、かかるライブラリから有用なアミノ酸配列、一部の事例においては、天然アミノ酸配列とは非常に異なるかまたは全く異なるアミノ酸配列を特定するために、特に強力であることを実証する。一部の実施形態では、提供される技術は、スループットを大幅に改善し、及び／またはかつてないレベルで多くの候補配列の解析／評価を可能にする。
【0173】
一部の実施形態では、本開示は、ｖｉ）目的とする標的に結合するステープル化ペプチドのアミノ酸配列の決定中に観察されるパターンにより導かれる、新たなペプチドの集団を合成するステップをさらに含む、方法を提供する。
【0174】
一部の実施形態では、本開示は、目的とする標的に特異的な結合薬剤を特定するかまたは特性解析することを含む方法を提供し、該方法は、目的とする標的をステープル化ペプチドの集団の成員に接触させるステップと、成員のうちの１つまたは複数による標的への特異的結合を検出するステップと、を含む。
【0175】
一部の実施形態では、ペプチドの集団は、ポリペプチドの集団である。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、二次構造を有するポリペプチドの集団である。一部の実施形態では、ペプチドの集団は、三次構造を有するポリペプチドの集団である。一部の実施形態では、ポリペプチドの集団は、タンパク質の集団である。一部の実施形態では、タンパク質の集団は、ステープル化タンパク質の集団である。
【0176】
本開示に記載されるように、一部の実施形態では、ライブラリにおけるペプチドは、例えばスクリーニング用の、アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、かかるアミノ酸配列は、ステープル化アミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、かかるアミノ酸配列は、同じ長さを有し、及び／または同じ位置でステープルを有する。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドの集団におけるアミノ酸配列は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個のランダムな位置を含み、かかる位置の各々でのアミノ酸残基は独立して、任意のアミノ酸残基（例えば、天然アミノ酸残基）であることができる。一部の実施形態では、少なくとも５個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも６個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも７個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも８個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも９個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１０個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１１個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１２個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１３個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１４個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１５個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１６個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１７個のランダムな位置が存在する。一部の実施形態では、ステープル化残基を除く各アミノ酸残基が独立して、ランダムである。一部の実施形態では、ライブラリのペプチドの集団内において、ランダムな位置で、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも２個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも３個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも４個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも５個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも６個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも７個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも８個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも９個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１０個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも１５個の異なるアミノ酸残基が存在する。一部の実施形態では、少なくとも２０個の異なるアミノ酸残基が存在する。
【0177】
ライブラリ足場一部の実施形態では、本開示は、下記構造のペプチドの集団を提供し、
［Ｘ０］ｐ０［Ｘ１］ｐ１［Ｘ２］ｐ２［Ｘ３］ｐ３［Ｘ４］ｐ４［Ｘ５］ｐ５［Ｘ６］ｐ６［Ｘ７］ｐ７［Ｘ８］ｐ８［Ｘ９］ｐ９［Ｘ１０］ｐ１０［Ｘ１１］ｐ１１［Ｘ１２］ｐ１２［Ｘ１３］ｐ１３−Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９−［Ｘ２０］ｐ２０［Ｘ２１］ｐ２１［Ｘ２２］ｐ２２［Ｘ２３］ｐ２３［Ｘ２４］ｐ２４［Ｘ２５］ｐ２５［Ｘ２６］ｐ２６［Ｘ２７］ｐ２７［Ｘ２８］ｐ２８［Ｘ２９］ｐ２９［Ｘ３０］ｐ３０［Ｘ３１］ｐ３１［Ｘ３２］ｐ３２、
ここで、
Ｘ０が、足場定常領域であり、
ｐ０、ｐ１、ｐ２、ｐ３、ｐ４、ｐ５、ｐ６、ｐ７、ｐ８、ｐ９、ｐ１０、ｐ１１、ｐ１２、ｐ１３、ｐ２０、ｐ２１、ｐ２２、ｐ２３、ｐ２４、ｐ２５、ｐ２６、ｐ２７、ｐ２８、ｐ２９、ｐ３０、ｐ３１、ｐ３２の各々が独立して、０または１であり、
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、アミノ酸残基であり、
Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、任意選択で一緒に連結されてステープルを形成する、側鎖を含む。
【0178】
一部の実施形態では、ｐ０は０である。一部の実施形態では、ｐ０は１である。
【0179】
一部の実施形態では、足場定常領域は、天然に存在するアミノ酸配列に対して少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％相同であるペプチド配列を提供する。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも５０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも６０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも７０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも８０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも９０％である。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも９５％である。一部の実施形態では、足場定常領域は、アミノ酸配列ＡＧＰＡＫＰＥＡＧＥＤＡＳＰを含む。
【0180】
目的とする標的一部の実施形態では、本開示は、目的とする標的と相互作用する試薬、ペプチド剤、及びペプチドの組み合わせを提供する。一部の実施形態では、目的とする標的は、生体分子（例えば、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ等）、組織、または細胞である。一部の実施形態では、目的とする標的は、疾患、障害、または病態に関連する活性または特性を有する。一部の実施形態では、目的とする標的は、タンパク質である。一部の実施形態では、目的とする標的は、病態、障害、または疾患に関連するタンパク質、例えば、がんに関連するタンパク質である。種々の病態、障害、または疾患に関連する多くの標的が当該技術分野で既知であり、本開示の技術を用いて標的とされ得る。
【0181】
一部の実施形態では、目的とする標的は、生物系または生物（例えば、ヒト）において生じる実体であり得る。一部の実施形態では、目的とする標的は、既知の相互作用パートナーを有し得る。一部の実施形態では、目的とする標的は、いずれの既知の相互作用パートナーも有しない場合があるか、または、該標的との結合相互作用が本明細書に記載されるような１つまたは複数の特徴によって特徴付けられる、いずれの既知の相互作用パートナーも有しない場合がある。
【0182】
一部の実施形態では、目的とする標的は、ベータ−カテニン及びＣａｓｉｔａｓ Ｂ細胞系列リンパ腫がん原遺伝子−ｂ（Ｃｂｌ−ｂ）のうちの１つまたは複数であり得るか、またはそれを含み得る。一部の実施形態では、目的とする標的は、ベータ−カテニンである。一部の実施形態では、目的とする標的は、Ｃａｓｉｔａｓ Ｂ細胞系列リンパ腫がん原遺伝子−ｂ（Ｃｂｌ−ｂ）である。
【0183】
試薬一部の実施形態では、本開示は、ステープル化ペプチド（例えば、システインステープル化ペプチド）の生産、特定、特性解析、及び／または使用に有用な試薬を提供する。一部の実施形態では、提供される試薬は、生物系（例えば、アミノ酸配列を発現する系）の組み合わせで使用されるときに特に有用であり、例えば、それらは高い収率及び／または純度を提供する。
【0184】
一部の実施形態では、本開示は、ＲＥ−Ｌｓ２−ＲＥの構造を有する（例えば、試薬として有用であり得る）化合物またはその塩を提供し、ここで、各可変要素は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、ＲＥは、求電子基であるか、またはそれを含む。当業者には理解されようが、種々の求電子基が当該技術分野で既知でありかつ利用され、これらが本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、求電子基は、好適な条件（例えば、当該技術分野で利用されるある特定のｐＨ条件）下で、−ＳＨ、例えば、アミノ酸側鎖の−ＳＨと反応し、それにより、−ＳＨ基と求電子基との間で反応が生じて、−Ｓ−と求電子基との間で共有結合を形成する。一部の実施形態では、求電子基は、炭素原子に結合した脱離基、例えば、−ＣＨ２Ｒｘ（ここで、Ｒｘは、脱離基である）を含む。一部の実施形態では、−ＳＨは、−ＣＨ２Ｒｘと反応して、−ＣＨ２−Ｓ−を形成する。一部の実施形態では、求電子基は、二重または三重結合であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、二重または三重結合は、１つまたは複数の電子求引性基（例えば、１つまたは複数の−Ｃ（Ｏ）−基）に結合している。一部の実施形態では、求電子基は、マイケルアクセプターである。一部の実施形態では、求電子基は、【化4】
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であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＲＥは、【化5】
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である。一部の実施形態では、ＲＥは、Ｒｘ−Ｌｘ１−である。一部の実施形態では、同じ分子における２つのＲＥは同じである。一部の実施形態では、それらは異なる。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−Ｌｘ１−ＥＷＧ−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−ＥＷＧ−Ｌｘ２−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各ＥＷＧは独立して、電子求引性基部分（例えば、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−等であるか、またはそれを含む）であり、他の各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ２−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−Ｌｘ１−ＳＯ２−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−ＳＯ２−Ｌｘ２−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−ＥＷＧ−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−ＥＷＧ−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各ＥＷＧは独立して、電子求引性基部分（例えば、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−等であるか、またはそれを含む）であり、他の各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−ＳＯ２−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−ＳＯ２−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、試薬として有用な化合物は、ＲＥ−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−ＲＥの式またはその塩を有し、式中、各可変要素は独立して、本明細書に記載されるようなものである。一部の実施形態では、本開示は、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの構造を有する（例えば、試薬として有用であり得る）化合物またはその塩を提供し、ここで、各可変要素は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、本開示は、式Ｒ−Ｉを有する（例えば、試薬として有用であり得る）化合物、【化6】
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またはその塩を提供し、式中、各Ｒｘが独立して、脱離基であり、
各Ｑが独立して、共有結合、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−から選択され、
Ｌｘ１、Ｌｘ２、及びＬ’の各々が独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、該原子と一緒になって、該原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成し、かつ
【0185】
種々の脱離基が当該技術分野で既知であり、例えば、Ｒｘの実施形態として、本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、脱離基、例えば、Ｒｘは、ハロゲンである。一部の実施形態では、Ｒｘは、−Ｃｌである。一部の実施形態では、Ｒｘは、−Ｂｒである。一部の実施形態では、Ｒｘは、−Ｉである。一部の実施形態では、脱離基は、−ＯＳＯ２Ｒである（例えば、ここで、Ｒは、任意選択で置換されるアルキル（例えば、−ＣＦ３等のペルフルオロアルキル））、任意選択で置換されるフェニル等である）。一部の実施形態では、脱離基は、−ＯＴｓまたは−ＯＭｓである。
【0186】
一部の実施形態では、同じ化合物内のＲｘ基は同じである。一部の実施形態では、同じ化合物内のＲｘ基は異なる。
【0187】
一部の実施形態では、Ｌｘ１は、任意選択で置換されるメチレン基である。一部の実施形態では、Ｌｘ１は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｘ２は、任意選択で置換されるメチレン基である。一部の実施形態では、Ｌｘ２は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｘ１及びＬｘ２は同じであり、他の実施形態では、それらは異なる。一部の実施形態では、Ｌｘ１及びＬｘ２の両方が、−ＣＨ２−である。
【0188】
一部の実施形態では、Ｑは共有結合である。一部の実施形態では、Ｑは、共有結合、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−から選択される。一部の実施形態では、Ｑは、−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｑは、−Ｏ−である。一部の実施形態では、Ｑは、−Ｓ−である。一部の実施形態では、各Ｑは共有結合である。一部の実施形態では、各Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−から選択される。一部の実施形態では、各Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、各Ｑは独立して、−ＮＨ−である。一部の実施形態では、各Ｑは独立して、−Ｏ−である。一部の実施形態では、各Ｑは独立して、−Ｓ−である。
【0189】
一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、任意選択で置換される二価のＣ３−２０環状脂肪族環である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、任意選択で置換される二価のＣ６−２０アリール環である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、任意選択で置換される二価のフェニル環である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される５〜２０員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜２０員のヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、単環式である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、二環式である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、多環式である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、１つまたは複数の任意選択で置換される複素環式環を含み、ここで、複素環式環の各々は独立して、１つまたは複数の窒素原子を含み、窒素原子の各々は独立して、Ｑ、またはＱが共有結合である場合には−Ｃ（Ｏ）−に結合している。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、単環式である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、二環式である。一部の実施形態では、−Ｃｙ−は、多環式である。
【0190】
一部の実施形態では、二環式環または多環式環に関して、単環式環の各々は独立して、０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、３〜１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０）員の飽和もしくは部分的に不飽和の環、または０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、５〜１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０）員の芳香族環である。
【0191】
一部の実施形態では、Ｌ’は、−Ｃｙ−であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、Ｌ’は、−Ｃｙ−である。
【0192】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ８脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ７脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ６脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ３脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）３−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）４−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）５−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）６−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）７−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）８−である。
【0193】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−２０アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−１４アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−１０アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、当業者に理解されるような少なくとも１つの電子求引性基で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される【化7】
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である。一部の実施形態では、Ｌ’は、【化8】
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である。一部の実施形態では、Ｌ’は、置換【化9】
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である。一部の実施形態では、Ｌ’は、二置換【化10】
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である。一部の実施形態では、Ｌ’は、２，５−二置換【化11】
[この文献は図面を表示できません]
である。
【0194】
一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する、二価の５〜２０員ヘテロアリール環を含むか、またはそのような二価の５〜２０員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、二価の５〜６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、二価の５〜６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、二価の６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、２つの窒素を有する二価の６員ヘテロアリール環である。
【0195】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−２０環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−１５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−１０環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−９環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−８環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−７環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−６環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−４環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ４環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５シクロアルキル環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５シクロアルケニル環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６シクロアルキル環である。
【0196】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−を含み、Ｌ’は共有結合である。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ）−Ｎ（Ｒ）−を含み、ここで、各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
【0197】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ）−Ｎ（Ｒ）−を含み、ここで、各Ｒが独立して、任意選択で置換されるＣ１−３０脂肪族であるか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換される３〜３０員の単環式環を形成する。
【0198】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ１−であり、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−であり、ここで、各−ＣＨ２−は、独立してかつ任意選択で、置換される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−である。一部の実施形態では、提供される化合物、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの化合物は、下記からなる群から選択される。【表1-1】
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【表1-2】
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一部の実施形態では、提供される化合物、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの化合物は、Ｒｘ−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ２−ＲｘまたはＲｘ−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−Ｒｘの構造を有し、下記からなる群から選択される。【表2-1】
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【表2-2】
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一部の実施形態では、化合物は、【化12】
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ではない。一部の実施形態では、化合物は、【化13】
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ではない。一部の実施形態では、化合物は、【化14】
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ではない。一部の実施形態では、化合物は、【化15】
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ではない。一部の実施形態では、化合物は、【化16】
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ではない。一部の実施形態では、Ｌｓ２または−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−は、かかる化合物において説明されるようなものであり、ここで、Ｒｘは、−Ｂｒである。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化17】
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ではない。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化18】
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ではない。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化19】
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ではない。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化20】
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ではない。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化21】
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である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化22】
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である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、置換【化23】
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である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、置換【化24】
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である。一部の実施形態では、ＬｓもしくはＬｓ２または−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ１−もしくは−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−は、【化25】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化26】
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であり、一部の実施形態では、それは【化27】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化28】
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であり、一部の実施形態では、それは【化29】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化30】
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であり、一部の実施形態では、それは【化31】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化32】
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であり、一部の実施形態では、それは任意選択で置換される【化33】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化34】
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であり、一部の実施形態では、それは【化35】
[この文献は図面を表示できません]
であり、ここで、二価のフェニル環が、任意選択で置換され、一部の実施形態では、それは【化36】
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であり、一部の実施形態では、それは任意選択で置換される【化37】
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であり、一部の実施形態では、それは【化38】
[この文献は図面を表示できません]
であり、ここで、二価のフェニル環が、任意選択で置換され、一部の実施形態では、それは【化39】
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ではなく、一部の実施形態では、それは【化40】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化41】
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であり、一部の実施形態では、それは任意選択で置換される【化42】
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であり、一部の実施形態では、それは【化43】
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であり、ここで、二価のフェニル環が、任意選択で置換され、一部の実施形態では、それは【化44】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化45】
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であり、一部の実施形態では、それは【化46】
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であり、一部の実施形態では、それは【化47】
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であり、一部の実施形態では、それは【化48】
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であり、一部の実施形態では、それは【化49】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化50】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化51】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化52】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化53】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化54】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化55】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化56】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化57】
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であり、一部の実施形態では、それは【化58】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化59】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化60】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化61】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化62】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化63】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化64】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化65】
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である。
【0199】
一部の実施形態では、有用な化合物は、下記から選択される。【表3-1】
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【表3-2】
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【0200】
一部の実施形態では、ＬｓもしくはＬｓ２または−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ１−もしくは−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−は、０〜１０（０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、任意選択で置換される飽和または部分的に不飽和の３〜２０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）員の単環式、二環式、または多環式環を含み、一部の実施形態では、それは、任意選択で置換される３〜２０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）員の環状脂肪族環を含み、一部の実施形態では、それは【化66】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化67】
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であり、一部の実施形態では、それは【化68】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化69】
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であり、一部の実施形態では、それは【化70】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化71】
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であり、一部の実施形態では、それは【化72】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化73】
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であり、一部の実施形態では、それは【化74】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化75】
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であり、一部の実施形態では、それは、任意選択で置換される６〜２０（例えば、６、１０、または１４）員の単環式、二環式、または多環式アリール環を含み、一部の実施形態では、それは任意選択で置換される【化76】
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であり、一部の実施形態では、それは【化77】
[この文献は図面を表示できません]
であり、ここで、フェニル環が、任意選択で置換され、一部の実施形態では、それは【化78】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化79】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化80】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化81】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化82】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化83】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化84】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化85】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化86】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化87】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは、０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、任意選択で置換される５〜２０（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）員の単環式、二環式、または多環式ヘテロアリール環を含み、一部の実施形態では、それは【化88】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化89】
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であり、一部の実施形態では、それは【化90】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化91】
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であり、一部の実施形態では、それは【化92】
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であり、一部の実施形態では、それは置換【化93】
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であり、一部の実施形態では、それは、２つ以上の任意選択で置換される環を含み、該環の各々が独立して、３〜１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０）員の飽和もしくは部分的に不飽和の環または５〜１０員の芳香族環であり、かつ該環の各々が独立して、０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有し、一部の実施形態では、それは【化94】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化95】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは、０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、任意選択で置換される５〜２０（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）員の二環式または多環式環を含み、単環式環の各々が独立して、０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、３〜１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０）員の飽和もしくは部分的に不飽和の環であるか、または０〜１０（例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）個のヘテロ原子（例えば、一部の実施形態では、窒素、酸素、及び硫黄から選択される）を有する、５〜１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０）員の芳香族環であり、一部の実施形態では、それは【化96】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化97】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化98】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化99】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化100】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化101】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化102】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化103】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化104】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化105】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化106】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化107】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化108】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化109】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化110】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化111】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは【化112】
[この文献は図面を表示できません]
であり、一部の実施形態では、それは置換【化113】
[この文献は図面を表示できません]
である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化114】
[この文献は図面を表示できません]
である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、置換【化115】
[この文献は図面を表示できません]
である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、【化116】
[この文献は図面を表示できません]
である。一部の実施形態では、ＬｓまたはＬｓ２は、置換【化117】
[この文献は図面を表示できません]
である。
【0201】
本明細書に記載されるように、環は、種々のサイズのものであり得る。一部の実施形態では、非芳香族環は、３〜２０員である。一部の実施形態では、芳香族環は、５〜２０員である。一部の実施形態では、環は、３〜１０員である。一部の実施形態では、環は、３員である。一部の実施形態では、環は、４員である。一部の実施形態では、環は、５員である。一部の実施形態では、環は、６員である。一部の実施形態では、環は、７員である。一部の実施形態では、環は、８員である。一部の実施形態では、環は、９員である。一部の実施形態では、環は、１０員である。一部の実施形態では、環は、１１員である。一部の実施形態では、環は、１２員である。一部の実施形態では、環は、１３員である。一部の実施形態では、環は、１４員である。一部の実施形態では、環は、１５員である。環はまた、種々の数及び種類のヘテロ原子を有してもよい。一部の実施形態では、環は、０〜１０個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、０個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、１個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、２個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、３個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、４個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、５個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、６個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、７個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、８個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、９個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、環は、１０個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、少なくとも１個のヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、少なくとも１個のヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、少なくとも１個のヘテロ原子は、硫黄である。一部の実施形態では、環は、飽和である。一部の実施形態では、環は、部分的に不飽和のである。一部の実施形態では、環は、芳香族である。一部の実施形態では、環は、環状脂肪族環である。一部の実施形態では、環は、シクロアルキル環である。一部の実施形態では、環は、ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態では、環は、ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、環は、ヘテロシクロアルキル環である。一部の実施形態では、環は、アリール環である。一部の実施形態では、環は、ヘテロアリール環である。当業者には理解されようが、環は、独立してかつ任意選択で、置換される、すなわち、置換されているか、または置換されていないかのいずれかである。
【0202】
多くの追加の技術が、本開示に従ってステープル化ペプチドを調製するのに有用である。例えば、一部の実施形態では、二重または三重結合及び任意選択で種々のヘテロ原子を含む側鎖を有するアミノ酸残基を利用して、種々の種類のステープル、例えば、炭化水素ステープル、アミノまたはカルバメート含有ステープル等を構築してもよい。
【0203】
当業者であれば理解しようが、本明細書に記載の試薬を用いてステープル化した後、試薬の一部分の構造が、生成物においてステープルに組み込まれる。故に、試薬に関して記載されるＬｓ、Ｌｓ２、−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ１−、−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−、Ｌｘ１、Ｑ、Ｌ’等の種々の実施形態が、ステープルにおいて利用され得、逆もまた同様である。
【0204】
ステープル化ペプチド本明細書に記載されるようなステープル化ペプチドは、ペプチド鎖の２つ以上のアミノ酸がアミノ酸残基の２つのペプチド骨格原子の結合を介して連結されているペプチドであり、当業者には理解されようが、結果として得られる結合は、連結されたアミノ酸残基間のペプチド骨格を介するものではない。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、ステープルを含む。本明細書に記載されるようなステープルは、１つのアミノ酸残基を別のアミノ酸残基に、これらのアミノ酸残基の２つのペプチド骨格原子への結合を介して連結し得るリンカーであり、当業者には理解されようが、結果として得られる結合は、連結されたアミノ酸残基間のペプチド骨格を介するものではない。一部の実施形態では、ステープルは、ペプチド骨格原子（例えば、Ｃ、Ｎ等）上の１つまたは複数の水素及び／または置換基（例えば、側鎖、Ｏ、Ｓ等）を置き換えることによって、ペプチド骨格に結合する。
【0205】
当業者には理解されようが、炭化水素ステープル化技術及び非炭化水素ステープル化技術の両方を含めた、様々なペプチドステープル化技術が利用可能である。
【0206】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなステープルは、炭化水素ステープルである。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなステープルは、非炭化水素ステープルである。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、１つまたは複数の鎖ヘテロ原子を含み、ここで、ステープルの鎖は、ステープルの一端からステープルの他端までそのステープル内で最も短い共有結合性の接続である。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、ポリペプチドのアミノ酸残基に由来する少なくとも１個の硫黄原子を含む。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、ポリペプチドの２つの異なるアミノ酸残基に由来する２個の硫黄原子を含む。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、ポリペプチドの２つの異なるシステイン残基に由来する２個の硫黄原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、システインステープルである。一部の実施形態では、ステープルは、非システインステープルである。
【0207】
一部の実施形態では、本開示は、下記構造を有するステープル化ペプチドを提供し、［Ｘ１］ｐ１［Ｘ２］ｐ２［Ｘ３］ｐ３［Ｘ４］ｐ４［Ｘ５］ｐ５［Ｘ６］ｐ６［Ｘ７］ｐ７［Ｘ８］ｐ８［Ｘ９］ｐ９［Ｘ１０］ｐ１０［Ｘ１１］ｐ１１［Ｘ１２］ｐ１２［Ｘ１３］ｐ１３−Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９−［Ｘ２０］ｐ２０［Ｘ２１］ｐ２１［Ｘ２２］ｐ２２［Ｘ２３］ｐ２３［Ｘ２４］ｐ２４［Ｘ２５］ｐ２５［Ｘ２６］ｐ２６［Ｘ２７］ｐ２７［Ｘ２８］ｐ２８［Ｘ２９］ｐ２９［Ｘ３０］ｐ３０［Ｘ３１］ｐ３１［Ｘ３２］ｐ３２、
ここで、
ｐ１、ｐ２、ｐ３、ｐ４、ｐ５、ｐ６、ｐ７、ｐ８、ｐ９、ｐ１０、ｐ１１、ｐ１２、ｐ１３、ｐ２０、ｐ２１、ｐ２２、ｐ２３、ｐ２４、ｐ２５、ｐ２６、ｐ２７、ｐ２８、ｐ２９、ｐ３０、ｐ３１、ｐ３２の各々が独立して、０または１であり、
Ｘ１〜Ｘ３２の各々が独立して、アミノ酸残基であり、
Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、任意選択で一緒に連結されてステープルを形成する、側鎖を含む。
【0208】
一部の実施形態では、提供されるペプチドは、ステープル化ペプチドであり、Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、一緒に連結されてステープルを形成する側鎖を含む。一部の実施形態では、提供されるペプチドは、非ステープル化ペプチドであり、ここで、Ｘ１〜Ｘ３２のうちの少なくとも２つが、一緒に連結されてステープルを形成し得る側鎖を含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチド、またはひとたびステープル化された非ステープル化ペプチドは、目的とする標的上の１つまたは複数の部位で目的とする標的と相互作用する。
【0209】
一部の実施形態では、Ｘ１〜Ｘ３２の各々は独立して、式Ａ−Ｉの構造を有するアミノ酸のアミノ酸残基である。
【0210】
一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍは、各々独立して、チオールを含む側鎖を含み、これら２つの側鎖は、一緒に連結されてステープルを形成し得る。一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍは、各々独立して、システイン側鎖を含み、これら２つの側鎖は、一緒に連結されてシステインステープルを形成し得る。
【0211】
一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍは、各々独立して、オレフィンを含む側鎖を含む。一部の実施形態では、これらのオレフィンの両方が、末端オレフィンである。一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍのうちの少なくとも一方は、オレフィン及び窒素原子を含む側鎖を含む。一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍのうちの少なくとも一方は、−Ｃ（−Ｌａ−Ｒ’）（Ｒ３ａ）である−Ｃ（Ｒ２ａ）（Ｒ３ａ）を含み、ここで、Ｌａの少なくとも１つのメチレン単位は、−Ｎ（Ｒ’）−で置き換えられ、Ｒ’は、オレフィンを含む。一部の実施形態では、Ｘｉ及びＸｉ＋ｍのうちの少なくとも一方は、−Ｃ（−Ｌａ−ＣＨ＝ＣＨ２）（Ｒ３ａ）である−Ｃ（Ｒ２ａ）（Ｒ３ａ）を含み、ここで、Ｌａの少なくとも１つのメチレン単位は、−Ｎ（Ｒ’）−で置き換えられる。
【0212】
一部の実施形態では、ｉは、１〜３１（端点値を含む）の整数であり、ｍは、１〜１２（端点値を含む）の整数である。
【0213】
一部の実施形態では、ｉは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１である。一部の実施形態では、ｉは１である。一部の実施形態では、ｉは２である。一部の実施形態では、ｉは３である。一部の実施形態では、ｉは４である。一部の実施形態では、ｉは５である。一部の実施形態では、ｉは６である。一部の実施形態では、ｉは７である。一部の実施形態では、ｉは８である。一部の実施形態では、ｉは９である。一部の実施形態では、ｉは１０である。一部の実施形態では、ｉは１１である。一部の実施形態では、ｉは１２である。一部の実施形態では、ｉは１３である。一部の実施形態では、ｉは１４である。一部の実施形態では、ｉは１５である。一部の実施形態では、ｉは１６である。一部の実施形態では、ｉは１７である。一部の実施形態では、ｉは１８である。一部の実施形態では、ｉは１７である。一部の実施形態では、ｉは１８である。一部の実施形態では、ｉは１９である。一部の実施形態では、ｉは２０である。一部の実施形態では、ｉは２１である。一部の実施形態では、ｉは２２である。一部の実施形態では、ｉは２３である。一部の実施形態では、ｉは２４である。一部の実施形態では、ｉは２５である。一部の実施形態では、ｉは２６である。一部の実施形態では、ｉは２７である。一部の実施形態では、ｉは２８である。一部の実施形態では、ｉは２９である。一部の実施形態では、ｉは３０である。一部の実施形態では、ｉは３１である。一部の実施形態では、ｉは３２である。
【0214】
一部の実施形態では、ｍは１である。一部の実施形態では、ｍは２である。一部の実施形態では、ｍは３である。一部の実施形態では、ｍは４である。一部の実施形態では、ｍは５である。一部の実施形態では、ｍは６である。一部の実施形態では、ｍは７である。一部の実施形態では、ｍは８である。一部の実施形態では、ｍは９である。一部の実施形態では、ｍは１０である。一部の実施形態では、ｍは１１である。一部の実施形態では、ｍは１２である。
【0215】
一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、１つまたは複数のステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、システインステープル化からの１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化118】
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の構造を有する１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化119】
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の構造を有する１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化120】
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の構造を有する１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化121】
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の構造を有する１つかつ１つを超えないステープルを含む。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化122】
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の構造を有するステープルを何ら含まない。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化123】
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の構造を有するステープルを何ら含まない。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化124】
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の構造を有するステープルを何ら含まない。一部の実施形態では、ステープル化ペプチドは、【化125】
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の構造を有するステープルを何ら含まない。
【0216】
一部の実施形態では、本開示のペプチド、例えば、ステープルペプチドは、ヘリックス構造であるか、またはそれを含む。当業者であれば理解しようが、ヘリックスは、種々の長さを有し得る。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、５〜３０アミノ酸残基の範囲である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０アミノ酸残基であるか、またはそれを超える。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１０アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１４アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１６アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１７アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１８アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、１９アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ヘリックスの長さは、２０アミノ酸残基である。
【0217】
システインステープル化一部の実施形態では、本開示は、システインステープル化に関連する有用な技術を提供する。とりわけ、本開示は、システインステープル化に適している及び／または１つもしくは複数のシステインステープルを含むペプチドを、生物系において生産する及び／または評価することができることを認識している。本開示はさらに、ある特定のかかる系が、幅広い異なる構造（例えば、異なるアミノ酸配列）を有するシステインステープル化ペプチドの開発、生産、及び／または評価を可能にし、実際、ステープル化ペプチドに組み込まれるべきアミノ酸配列の選択及び実装に対する完全な制御をユーザーに提供し得ることを認識している。
【0218】
本明細書に記載されるように、システインステープル化は、１つのシステイン残基を別のシステイン残基に連結することを伴い、ここで、結果として得られる結合は、連結されたシステイン酸残基間のペプチド骨格を介するものではない。
【0219】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなステープル化ペプチドは、当該ステープルがＬｓであるステープルを含み、ここで、Ｌｓが、−Ｌｓ１−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−Ｌｓ３−であり、
Ｌｓ１及びＬｓ３が、各々独立して、Ｌであり、
Ｌｓ２が、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）−を含み、
各Ｌが独立して、共有結合、または任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられ、
各−Ｃｙ−が独立して、Ｃ３−２０環状脂肪族環、Ｃ６−２０アリール環、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜２０員のヘテロアリール環、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜２０員のヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換される二価の基であり、
各Ｒ’が独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、または−ＳＯ２Ｒであり、
各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２つのＲ基が、任意選択でかつ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、または
同じ原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、該原子と一緒になって、該原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、もしくは多環式環を形成するか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
【0220】
一部の実施形態では、Ｌは独立して、二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族基である。一部の実施形態では、Ｌは独立して、二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族基である。一部の実施形態では、Ｌは独立して、二価のＣ１〜Ｃ１０脂肪族基である。一部の実施形態では、Ｌは独立して、二価のＣ１〜Ｃ５脂肪族基である。一部の実施形態では、Ｌは独立して、二価のＣ１脂肪族基である。一部の実施形態では、Ｌは、−ＣＨ２である。
【0221】
一部の実施形態では、Ｌｓ１は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｓ１及びＬｓ３は両方とも、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｓは、−ＣＨ２−Ｓ−Ｌｓ２−Ｓ−ＣＨ２−である。
【0222】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｌ’−Ｃ（Ｒ’）２−を含み、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｌｘ１−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−Ｌｘ１−であり、ここで、各可変要素は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−であり、ここで、各−ＣＨ２−は、独立してかつ任意選択で、置換される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）ＣＨ２−である。
【0223】
一部の実施形態では、Ｌｓ２、一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）Ｑ−を含み、ここで、Ｑは、共有結合、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−からなる群から選択される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）Ｑ−を含み、ここで、Ｑは、−Ｎ（Ｒ’）−及び−Ｏ−の間から選択される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）Ｑ−を含み、ここで、Ｑは、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓ−からなる群から選択される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）Ｑ−を含み、ここで、Ｑは、−Ｎ（Ｒ’）−及び−Ｏ−の間から選択される。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも１つの−Ｃ（Ｏ）Ｏ−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、かつ少なくとも２つの−Ｃ（Ｏ）Ｏ−を含む。
【0224】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓからなる群から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。
【0225】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｑ−Ｌ’−Ｑ−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−及び−Ｏ−の間から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓからなる群から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−及び−Ｏの間から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｒ’）２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）Ｃ（Ｒ’）２−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｏ−、及び−Ｓからなる群から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｒ’）２Ｃ（Ｏ）Ｑ−Ｌ’−ＱＣ（Ｏ）Ｃ（Ｒ’）２−を含み、ここで、Ｑは独立して、−Ｎ（Ｒ’）−及び−Ｏの間から選択され、Ｌ’は、本開示に記載されている。
【0226】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｒ’）２Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｒ’）２−であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。
【0227】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｏ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｏ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｌ’−ＯＣ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｃ（Ｒ’）２Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｌ’−ＯＣ（Ｏ）Ｃ（Ｒ’）２−であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されている。
【0228】
一部の実施形態では、Ｒ’は、任意選択で置換されるＣ１−３０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｒ’は、任意選択で置換されるＣ１−１５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｒ’は、任意選択で置換されるＣ１−１０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｒ’は、任意選択で置換されるＣ１−５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｒ’は水素である。
【0229】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ８脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ７脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ６脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ３脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）３−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）４−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）５−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）６−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）７−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）８−である。
【0230】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−２０アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−１４アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６−１０アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６アリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つのハロゲンで置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つのフッ素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つの塩素で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも１つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも２つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、少なくとも３つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。一部の実施形態では、Ｌ’は、４つの−Ｏ（ＣＨ２）０−４ＣＨ３で置換された二価のＣ６アリールである。
【0231】
一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する、二価の５〜２０員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、二価の５〜６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される１〜４個のヘテロ原子を有する、二価の５〜６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、酸素、窒素、及び硫黄から独立して選択される１〜２個のヘテロ原子を有する、二価の６員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、２つの窒素を有する二価の６員ヘテロアリール環である。
【0232】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−２０環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−１５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−１０環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−９環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−８環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−７環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−６環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３−４環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ３環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ４環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５シクロアルキル環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ５シクロアルケニル環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６環状脂肪族環である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ６シクロアルキル環である。
【0233】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ’）−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−を含み、Ｌ’は共有結合である。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ）−Ｎ（Ｒ）−を含み、ここで、各Ｒが独立して、−Ｈであるか、もしくはＣ１−３０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ１−３０ヘテロ脂肪族、Ｃ６−３０アリール、Ｃ６−３０アリール脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有するＣ６−３０アリールヘテロ脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する５〜３０員のヘテロアリール、ならびに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される１〜１０個のヘテロ原子を有する３〜３０員のヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換される基であるか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、該介在原子に加えて酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される０〜１０個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換される３〜３０員の単環式、二環式、または多環式環を形成する。
【0234】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−Ｎ（Ｒ）−Ｎ（Ｒ）−を含み、ここで、各Ｒが独立して、任意選択で置換されるＣ１−３０脂肪族であるか、または
２個以上の原子上の２つ以上のＲ基が、任意選択でかつ独立して、それらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換される３〜３０員の単環式環を形成する。
【0235】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、下記からなる群から選択されるステープルである。【化126】
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【0236】
当業者であれば理解しようが、提供される技術を利用して、非システイン残基及びそれに好適な化学反応を用いてペプチドの集団を調製することができる。例えば、一部の実施形態では、システインステープル化は、リジンステープル化で置き換えられ、ここで、システインステープル化用のシステイン残基は、リジンステープル化用のリジン残基で置き換えられている（例えば、２つのリジン残基を、例えば側鎖アミノ基との反応を介して、架橋することができる薬剤を用いて）。一部の実施形態では、リジンステープル化に関して、種々の式におけるＲＥは、活性化カルボン酸基（例えば、ＮＨＳエステル基）、イミドエステル基等であるか、またはそれを含む。好適な試薬は、多くの市販の試薬を含めて当該技術分野で周知である。一部の実施形態では、システインステープル化は、メチオニンステープル化で置き換えられる。一部の実施形態では、システインステープル化用のシステイン残基は、メチオニンステープル化用のメチオニン残基で置き換えられる。一部の実施形態では、システインステープル化は、トリプトファンステープル化で置き換えられる。一部の実施形態では、システインステープル化用のシステイン残基は、トリプトファンステープル化用のトリプトファン残基で置き換えられる。当業者であれば理解しようが、例えば、メチオニンステープル化、トリプトファンステープル化等に関して、種々の技術（例えば、試薬、反応等）が当該技術分野で記載されており、本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、かかるステープル化は、本明細書に記載の種々の式を有する試薬を用いて行うことができ、式中、ＲＥは、メチオニン及び／またはトリプトファンステープル化に好適な基であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ステープル化は、第１の位置で１つの残基、及び第２の位置で異なる残基を用いて行われてもよい。かかるステープル化に有用な試薬は、第１の位置でのステープル化用の第１の反応性基（例えば、第１のＲＥを介して）、及び第２の位置でのステープル化用の第２の反応性基（例えば、第２のＲＥを介して）を含んでもよい。
【0237】
一部の実施形態では、種々の種類のステープル化（例えば、システインステープル化、または非システインステープル化）に関して、ステープル化は、２残基によって隔てられている残基（例えば、システインステープル化用のシステイン残基）間にある（ｉ＋３ステープル化）。一部の実施形態では、ステープル化は、３残基によって隔てられている残基間にある（ｉ＋４ステープル化）。一部の実施形態では、ステープル化は、６残基によって隔てられている残基間にある（ｉ＋７ステープル化）。
【0238】
当業者には理解されようが、一部の実施形態では、２つよりも多くの残基が同時にステープル化され得る。例えば、一部の実施形態では、３つ以上のシステインが、３つ以上の反応性基（例えば、ＲＥ基）を含有する架橋試薬を用いてステープル化される。
【0239】
非システインステープル化一部の実施形態では、本開示は、非システインステープル化に関連する有用な技術を提供する。とりわけ、本開示は、システインステープル化に適している及び／または１つもしくは複数の非システインステープルを含むペプチドにおいて、そのシステイン残基及びシステインステープルが他のアミノ酸及びステープル（例えば、炭化水素及び他の非炭化水素アミノ酸及びステープル）で置き換えられていることが可能であることを認識している。一部の実施形態では、結果として得られる非システインステープル化ペプチドは、参照システインステープル化ペプチドと比較したときに同じまたは類似の、目的とする標的との相互作用を維持する。本明細書では、かかる非システインアミノ酸残基を伴う非システインアミノ酸及び非システインステープルが記載される。
【0240】
一部の実施形態では、式Ａ−Ｉのアミノ酸は、式Ａ−ＩＩの構造を有する化合物、【化128-1】
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またはその塩であり、式中、各可変要素は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0241】
一部の実施形態では、式Ａ−Ｉのアミノ酸は、式Ａ−ＩＩＩの構造を有する化合物、【化128-2】
[この文献は図面を表示できません]
またはその塩であり、式中、各可変要素は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0242】
一部の実施形態では、Ｌａは、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｒ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0243】
一部の実施形態では、式Ａ−Ｉのアミノ酸は、標準アミノ酸である。一部の実施形態では、式Ａ−Ｉのアミノ酸は、表Ａ−Ｉ、Ａ−ＩＩ、及びＡ−ＩＩＩから選択される。
【0244】
【表A-I】
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【0245】
【表A-II-1】
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【表A-II-2】
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【0246】
【表A-III-1】
[この文献は図面を表示できません]
【表A-III-2】
[この文献は図面を表示できません]
【0247】
一部の実施形態では、アミノ酸は、アルファ−アミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸は、Ｄ−アミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸のアルファ−炭素は、アキラルである。一部の実施形態では、アミノ酸は、ベータ−アミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸は、ガンマ−アミノ酸である。
【0248】
一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、側鎖が一緒に連結されて１つまたは複数のステープルを形成する、２つ以上のアミノ酸残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、各々が独立してオレフィンを含む側鎖を有する、２つ以上のアミノ酸残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、各々が独立して末端オレフィンを含む側鎖を有する、２つ以上のアミノ酸残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、各々が独立してオレフィンを含む側鎖を有する、２つかつ２つを超えないアミノ酸残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、各々が独立して末端オレフィンを含む側鎖を有する、２つかつ２つを超えないアミノ酸残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、オレフィン及びそのアミノ基の窒素原子以外の窒素原子を含む、アミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、末端オレフィン及びそのアミノ基の窒素原子以外の窒素原子を含む、アミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、末端オレフィン及び窒素原子を含む側鎖を有する、アミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、式Ａ−Ｉのアミノ酸の少なくとも１つの残基を含み、式中、Ｒａ２は、オレフィン及び−Ｎ（Ｒ’）−部分を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである（一部の実施形態では、任意選択でＲａ３及びそれらの介在原子と一緒になって、本開示に記載されるような任意選択で置換される環を形成することを含む）。一部の実施形態では、Ｒａ２は、末端オレフィン及び−Ｎ（Ｒ’）−部分を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、表Ａ−Ｉから選択されるアミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、表Ａ−ＩＩから選択されるアミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、提供されるアミノ酸配列は、表Ａ−ＩＩＩから選択されるアミノ酸の少なくとも１つの残基を含む。一部の実施形態では、２つの側鎖からの２つのオレフィンが、オレフィンメタセシスを介して一緒に連結されて、ステープルを形成する。一部の実施形態では、ステープルは、好ましくは、目的とする標的の対応する位置にないアミノ酸残基の側鎖によって形成される。一部の実施形態では、形成されたステープルは、当該ペプチドと目的とする標的との間の相互作用を妨害しない。
【0249】
一部の実施形態では、提供されるステープルは、炭化水素ステープルである。一部の実施形態では、炭化水素ステープルは、鎖ヘテロ原子を何ら含まず、ここで、ステープルの鎖は、ステープルの一端からステープルの他端までそのステープル内で最も短い共有結合性の接続である。
【0250】
一部の実施形態では、提供されるステープルは、非炭化水素ステープルである。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、１つまたは複数の鎖ヘテロ原子を含み、ここで、ステープルの鎖は、ステープルの一端からステープルの他端までそのステープル内で最も短い共有結合性の接続である。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、それがその鎖内に−Ｎ（Ｒ’）−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−部分を含むという点で、カルバメートステープルである。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、それがその鎖内に−Ｎ（Ｒ’）−部分を含むという点で、アミノステープルであり、この−Ｎ（Ｒ’）−部分は、−Ｎ（Ｒ’）−Ｃ（Ｏ）−Ｏ−の部分ではない。一部の実施形態では、非炭化水素ステープルは、それがその鎖内に−Ｎ（Ｒ’）−部分を含むという点で、アミノステープルであり、この−Ｎ（Ｒ’）−部分は、ヘテロ原子と二重結合（例えば、−Ｃ（＝Ｏ）、−Ｃ（＝Ｓ）、−Ｃ（＝Ｎ−Ｒ’）等）をさらに形成する炭素原子には結合していない。
【0251】
一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドは、ステープルがＬｓであるステープルを含み、ここで、Ｌｓは、−Ｌｓ１−Ｌｓ２−Ｌｓ３−であり、Ｌｓ１、Ｌｓ２、及びＬｓ３の各々は独立して、Ｌであり、各Ｌは独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、提供されるステープルは、Ｌｓである。
【0252】
一部の実施形態では、Ｌｓ１は、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、２個の炭素原子に結合しており、これら２個の炭素原子のうちのいずれも、ヘテロ原子と二重結合を形成しない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｏ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｓ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（＝ＮＲ’）−に結合していない。一部の実施形態では、Ｌｓ１は、−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌｓ１は、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。
【0253】
一部の実施形態では、Ｒ’は、任意選択で置換されるＣ１−６アルキルである。一部の実施形態では、Ｒ’は、Ｃ１−６アルキルである。一部の実施形態では、Ｒ’は、メチルである。一部の実施形態では、Ｌｓ１が結合しているペプチド骨格原子はまた、Ｒ１にも結合しており、Ｒ’及びＲ１は両方ともＲであり、それらの介在原子と一緒になって、本開示に記載されるような任意選択で置換される環を形成する。一部の実施形態では、形成された環は、Ｒ’が結合している窒素原子に加えて追加の環ヘテロ原子を何ら有しない。一部の実施形態では、形成された環は、３員である。一部の実施形態では、形成された環は、４員である。一部の実施形態では、形成された環は、５員である。一部の実施形態では、形成された環は、６員である。
【0254】
一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ８脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ７脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ６脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ４脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換されるアルキレンである。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換されるアルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌ’は、非置換アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌ’は、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）２−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）３−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）４−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）５−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）６−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）７−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、−（ＣＨ２）８−である。一部の実施形態では、Ｌ’は、ペプチド骨格原子に結合している。一部の実施形態では、Ｌ’は、任意選択で置換されるアルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌ’は、非置換アルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌ’は、−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−である。
【0255】
一部の実施形態では、Ｌｓ１は、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ１は、−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−であり、ここで、Ｌ’及びＲ’の各々は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ１は、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）Ｃ（Ｏ）−であり、ここで、Ｌ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0256】
一部の実施形態では、Ｌｓ１は共有結合である。
【0257】
一部の実施形態では、Ｌｓ１は、Ｌ’であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されるようなものである。
【0258】
一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌであり、ここで、Ｌは、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、Ｌ’であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−（ＣＨ２）４−を含む。一部の実施形態では、Ｌｓ２は、−（ＣＨ２）４−である。
【0259】
一部の実施形態では、Ｌｓ３は、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、２個の炭素原子に結合しており、これら２個の炭素原子のうちのいずれも、ヘテロ原子と二重結合を形成しない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｏ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｓ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（＝ＮＲ’）−に結合していない。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。
【0260】
一部の実施形態では、Ｌｓ３は、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−であり、ここで、Ｌ’及びＲ’の各々は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）Ｃ（Ｏ）−であり、ここで、Ｌ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0261】
一部の実施形態では、Ｌｓ３は、Ｌ’であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、任意選択で置換されるアルキレンである。一部の実施形態では、Ｌｓ３は、非置換アルキレンである。
【0262】
一部の実施形態では、Ｌｓは、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、２個の炭素原子に結合しており、これら２個の炭素原子のうちのいずれも、ヘテロ原子と二重結合を形成しない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｏ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｓ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（＝ＮＲ’）−に結合していない。一部の実施形態では、Ｌｓは、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。
【0263】
一部の実施形態では、Ｌは、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、２個の炭素原子に結合しており、これら２個の炭素原子のうちのいずれも、ヘテロ原子と二重結合を形成しない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｏ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（Ｓ）−に結合していない。一部の実施形態では、−Ｎ（Ｒ’）−は、−Ｃ（＝ＮＲ’）−に結合していない。一部の実施形態では、Ｌは、−Ｌ’−Ｎ（Ｒ’）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）−であり、ここで、Ｌ’は、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１９脂肪族である。
【0264】
一部の実施形態では、Ｌは、少なくとも１つの−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−を含み、ここで、Ｒ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌは、−Ｌ’Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）であり、ここで、Ｌ’及びＲ’の各々は独立して、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌは、−Ｌ’−Ｎ（ＣＨ３）Ｃ（Ｏ）−であり、ここで、Ｌ’は独立して、本開示に記載されるようなものである。
【0265】
一部の実施形態では、Ｌは、Ｌ’であり、ここで、Ｌ’は、本開示に記載されるようなものである。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換されるアルキレンである。一部の実施形態では、Ｌは、非置換アルキレンである。
【0266】
一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ２０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ１０脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ９脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ８脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ７脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ６脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ５脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換される二価のＣ１〜Ｃ４脂肪族である。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換されるアルキレンである。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換されるアルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌは、非置換アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌは、−ＣＨ２−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）２−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）３−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）４−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）５−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）６−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）７−である。一部の実施形態では、Ｌは、−（ＣＨ２）８−である。一部の実施形態では、Ｌは、ペプチド骨格原子に結合している。一部の実施形態では、Ｌは、任意選択で置換されるアルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌは、非置換アルケニレンである。一部の実施形態では、Ｌは、−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−である。
【0267】
一部の実施形態では、ステープルの一端は、ペプチド骨格の原子Ａｎ１に接続しており、ここで、Ａｎ１は、Ｒ１で任意選択で置換され、当該ペプチドのＮ末端からのアミノ酸位置ｎ１におけるアミノ酸残基の原子であり、他端は、ペプチド骨格の原子Ａｎ２に接続しており、ここで、Ａｎ２は、Ｒ２（一部の実施形態では、Ｒ１及び／またはＲ２は、水素であり得るＲである）で任意選択で置換され、当該ペプチドのＮ末端からのアミノ酸位置ｎ２におけるアミノ酸残基の原子であり、ここで、ｎ１及びｎ２は独立して、整数であり、ｎ２＝ｎ１＋ｍであり、ここで、ｍは、３〜１２である。
【0268】
一部の実施形態では、ｍは３である。一部の実施形態では、ｍは４である。一部の実施形態では、ｍは５である。一部の実施形態では、ｍは６である。一部の実施形態では、ｍは７である。一部の実施形態では、ｍは８である。一部の実施形態では、ｍは９である。一部の実施形態では、ｍは１０である。一部の実施形態では、ｍは１１である。一部の実施形態では、ステープルは、（ｉ、ｉ＋ｍ）ステープルと言及される。
【0269】
一部の実施形態では、Ａｎ１は炭素原子である。一部の実施形態では、Ａｎ１はアキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ１はキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＲである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＳである。
【0270】
一部の実施形態では、Ａｎ２は炭素原子である。一部の実施形態では、Ａｎ２はアキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ２はキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ２はＲである。一部の実施形態では、Ａｎ２はＳである。
【0271】
一部の実施形態では、Ａｎ１はアキラルであり、Ａｎ２はアキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ１はアキラルであり、Ａｎ２はＲである。一部の実施形態では、Ａｎ１はアキラルであり、Ａｎ２はＳである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＲであり、Ａｎ２はアキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＲであり、Ａｎ２はＲである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＲであり、Ａｎ２はＳである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＳであり、Ａｎ２はアキラルである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＳであり、Ａｎ２はＲである。一部の実施形態では、Ａｎ１はＳであり、Ａｎ２はＳである。
【0272】
一部の実施形態では、ステープル−骨格接続点において提供される立体化学構造及び／またはそれらの組み合わせは、任意選択で、提供されるペプチドの１つまたは複数の構造的要素、例えば、ステープルの化学構造（炭化水素、非炭化水素）、ステープル長等と一緒に、調製物の改善された収率、純度、及び／または選択性、改善された特性（例えば、改善された溶解度、改善された安定性、低下した毒性、改善された選択性等）、改善された活性等といった種々の有益性を提供し得る。一部の実施形態では、提供される立体化学構造及び／または立体化学構造の組み合わせは、典型的に使用されるもの、例えば、ＵＳ９６１７３０９、ＵＳ２０１５−０２２５４７１、ＵＳ２０１６−００２４１５３、ＵＳ２０１６−０２１５０３６、ＵＳ２０１６−０２４４４９４、ＷＯ２０１７／０６２５１８のものとは異なり、本開示に記載される有益性のうちの１つまたは複数を提供した。
【0273】
一部の実施形態では、ステープルは、一部の実施形態でステープルの鎖原子の数によって表されるように、種々の長さであり得る。一部の実施形態では、ステープルの鎖は、ステープルの第１の端（ペプチド骨格との接続点）からステープルの第２の端までそのステープルにおいて最も短い共有結合性の接続であり、これら第１の端及び第２の端は、２つの異なるペプチド骨格原子に接続している。一部の実施形態では、ステープルは、５〜３０個の鎖原子、例えば、５、６、７、８、９、または１０個から、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、５個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、６個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、７個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、８個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、９個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１０個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１１個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１２個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１３個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１４個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１５個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１６個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１７個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１８個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、１９個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、２０個の鎖原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、５個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、６個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、７個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、８個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、９個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１０個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１１個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１２個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１３個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１４個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１５個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１６個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１７個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１８個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、１９個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、２０個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、８〜１５個の鎖原子の長さを有する。一部の実施形態では、ステープルは、８〜１２個の鎖原子を有する。一部の実施形態では、ステープルは、９〜１２個の鎖原子を有する。一部の実施形態では、ステープルは、９〜１０個の鎖原子を有する。一部の実施形態では、ステープルは、８〜１０個の鎖原子を有する。一部の実施形態では、ステープルの長さは、それが接続するアミノ酸残基の距離に従って調整することができ、例えば、（ｉ、ｉ＋７）ステープルの場合、（ｉ、ｉ＋４）ステープルよりも長いステープルが必要とされ得る。ステープル長は、別様に説明され得る。例えば、一部の実施形態では、ステープル長は、鎖原子及び非鎖状環原子の総数として説明され得、この場合、非鎖状環原子は、１個または複数の鎖原子と環を形成するが、それがステープルの第１の端からステープルの第２の端まで最も短い共有結合性の接続内にないという点で鎖原子ではない、ステープルの原子である。一部の実施形態では、モノマーＡ（これはアゼチジン部分を含む）、モノマーＢ（これはピロリジン部分を含む）、及び／またはモノマーＣ（これはピロリジン部分を含む）を用いて形成されるステープルは、代表的なステープル化ペプチドにおいて例示されるように１個または２個の非鎖状環原子を含んでもよい。
【0274】
一部の実施形態では、ステープルは、その鎖内にヘテロ原子を何ら有しない。一部の実施形態では、ステープルは、その鎖内に少なくとも１個のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、ステープルは、その鎖内に少なくとも１個の窒素原子を含む。
【0275】
一部の実施形態では、ステープルは、Ｌｓであり、ここで、Ｌｓは、任意選択で置換される二価のＣ８−１４脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられる。一部の実施形態では、ステープルは、Ｌｓであり、ここで、Ｌｓは、任意選択で置換される二価のＣ９−１３脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられる。一部の実施形態では、ステープルは、Ｌｓであり、ここで、Ｌｓは、任意選択で置換される二価のＣ１０−１５脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられる。一部の実施形態では、ステープルは、Ｌｓであり、ここで、Ｌｓは、任意選択で置換される二価のＣ１１−１４脂肪族基であり、該脂肪族基の１つまたは複数のメチレン単位が、任意選択でかつ独立して、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−で置き換えられる。一部の実施形態では、ステープルは、ステープルに直接接続した２つのアミノ酸残基を含めずに、ステープルに直接接続した２つのアミノ酸残基の間に３つのアミノ酸残基が存在するという点で、（ｉ、ｉ＋４）ステープルである。一部の実施形態では、ステープルは、ステープルに直接接続した２つのアミノ酸残基を含めずに、ステープルに直接接続した２つのアミノ酸残基の間に６つのアミノ酸残基が存在するという点で、（ｉ、ｉ＋７）ステープルである。
【0276】
一部の実施形態では、Ｌｓ、Ｌｓ１、Ｌｓ２、及びＬｓ３の各々に関して、存在する場合、メチレン単位の任意の置き換え例は、−Ｎ（Ｒ’）−または−Ｎ（Ｒ’）−Ｃ（Ｏ）−で置き換えられる。
【0277】
一部の実施形態では、ステープルにおけるオレフィンは、Ｚ−オレフィンである。一部の実施形態では、ステープルにおけるオレフィンは、Ｅ−オレフィンである。一部の実施形態では、提供される組成物は、Ｚ−オレフィンを含有するステープルを含むステープル化ペプチドと、Ｅ−オレフィンを含有するステープルを含むステープル化ペプチドとを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、Ｚ−オレフィンを含有するステープルを含むステープル化ペプチドを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、Ｅ−オレフィンを含有するステープルを含むステープル化ペプチドを含む。一部の実施形態では、ステープルオレフィンのＥ／Ｚ配置においてのみ異なる、その他の点では同一のステープル化ペプチドは、本明細書で実証されるように、異なる特性及び／または活性を実証する。一部の実施形態では、ステープルにおいてＥ−オレフィンを有するステープル化ペプチドが、前後関係を考慮してある特定の望ましい特性及び／または活性を提供し得る。一部の実施形態では、ステープルにおいてＺ−オレフィンを有するステープル化ペプチドが、前後関係を考慮してある特定の望ましい特性及び／または活性を提供し得る。
【0278】
一部の実施形態では、２つのステープルがペプチド骨格の同じ原子に結合して、「ステッチ」構造を形成してもよい。
【0279】
一部の実施形態では、ステープルは、ステープルの一端がプロリン残基のアルファ−炭素に結合しているという点で、Ｐｒｏ−ロック（Ｐｒｏ−ｌｏｃｋ）である。
【0280】
一部の実施形態では、代表的なステープルは、下記で表Ｓ−１、Ｓ−２、Ｓ−３、及びＳ−４に例示されるようなステープルである（明確さのために代表的なペプチド骨格が例示され（他のペプチド骨格に適用され得る）、Ｘはアミノ酸残基である）。一部の実施形態では、オレフィンはＺである。一部の実施形態では、オレフィンはＥである。一部の実施形態では、（ｉ、ｉ＋４）ステープルは、表Ｓ−１から選択される。一部の実施形態では、（ｉ、ｉ＋４）ステープルは、表Ｓ−２から選択される。一部の実施形態では、（ｉ、ｉ＋７）ステープルは、表Ｓ−３から選択される。一部の実施形態では、（ｉ、ｉ＋７）ステープルは、表Ｓ−４から選択される。
【0281】
【表S-1-1】
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【表S-1-2】
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【表S-1-3】
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【0282】
【表S-2-1】
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【表S-2-2】
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【表S-2-3】
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【0283】
【表S-3-1】
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【表S-3-2】
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【表S-3-3】
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【表S-3-4】
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【表S-3-5】
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【表S-3-6】
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【表S-3-7】
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【0284】
【表S-4】
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【0285】
ペプチド特性解析一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド（例えば、ステープル化ペプチド、例えば、本明細書に記載されるような、システインステープル化ペプチド、システインステープル化ペプチドのバリアントである非システインステープル化ペプチド、及び／またはその集団）は、例えば、結合特性（例えば、目的とする特定の標的に関して）、安定特性（例えば、溶液中または乾燥形態での）、細胞透過特性等、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、１つまたは複数の特性に関して特性解析される。
【0286】
一部の実施形態では、結合特性は、任意選択で、例えば、濃度、温度、ｐＨ、細胞型、特定の競合剤の存在またはレベル等といった指定の条件下での（またはそれらの範囲にわたる）、特異性、親和性、オン速度、オフ速度等であり得るか、またはそれを含み得る。
【0287】
当業者には理解されようが、本明細書に記載されるような特性の評価は、適切な参照（例えば、陽性対照または陰性対照）との比較を伴ってもよく、そのような参照は、一部の実施形態では、同時期の参照あり得るか、または、一部の実施形態では、歴史的参照であり得る。
【0288】
一部の実施形態では、望ましいペプチド特性は、例えば、所望の標的への結合（例えば、少なくとも１μＭ未満、好ましくは５０ｎＭ未満の結合親和性）、細胞透過性（例えば、細胞画分等の蛍光に基づくアッセイまたは質量分析法によって測定されるような）、活性（例えば、標的（これは細胞レポーターアッセイによって評価されてもよい（例えば、例えば、１μＭ、５００ｎＭ等の濃度未満のＩＣ５０を有する））、動物モデル及び／または対象の１つまたは複数の機能を調節すること）、安定性（これはいくつかのアッセイを用いて評価されてもよい（例えば、ラット薬物動態研究において（例えば、経口、静脈内、腹腔内等を介して投与される）、好適な時間、例えば１時間を超える、終末相半減期を有する））、低い毒性（これはいくつかのアッセイ（例えば、標準的ＡＤＭＥ／毒性アッセイ）によって評価され得る）、及び／または低レベルの細胞毒性（例えば、好適な濃度、例えば、約１０μＭのペプチドで処理されたときに細胞から放出される乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）が低レベルであること）であり得る。
【0289】
ペプチド生産ステープル化ペプチドを生産するための種々の技術が当該技術分野で既知であり、本開示に従って利用され得る。本開示を閲読して、当業者であれば、かかる技術が本開示のあらゆる態様において適用可能であることを十分に理解しよう。
【0290】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるように、ある特定のステープル化ペプチド、特にシステインステープル化ペプチドが、提供される試薬、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘ、式Ｒ−Ｉの構造を有する試薬、またはその塩との反応によって、生物系において提供され、及び／または生物系によって生産されてもよい。
【0291】
一部の実施形態では、ペプチドは、典型的にはＦｍｏｃ化学作用を用いて、合成装置において固相上で調製される。
【0292】
一部の実施形態では、ステープルは、オレフィンメタセシスによって形成される。一部の実施形態では、メタセシスの生成物の二重結合は、還元される／水素化される。一部の実施形態では、ＣＯ２は、ステープルのカルバメート部分から押し出される。一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドは、さらに修飾され、及び／または他の実体にコンジュゲートされる。これらの反応の条件及び／または試薬は、当該技術分野で周知であり、ステープル化ペプチドを提供するために本開示に従って実施され得る。
【0293】
提供されるステープル化ペプチドの特性及び／または活性は、例えば、実施例に記載される１つまたは複数の方法の使用を通して、本開示に従って容易に評定され得る。
【0294】
一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドを調製する及び／または評定するための技術には、ＵＳ９６１７３０９、ＵＳ２０１５−０２２５４７１、ＵＳ２０１６−００２４１５３、ＵＳ２０１６−０２１５０３６、ＵＳ２０１６−０２４４４９４、ＷＯ２０１７／０６２５１８等に記載されるものが含まれる。
【0295】
一部の実施形態では、提供される薬剤、例えば、提供されるペプチドは、６０％〜１００％の純度を有する。一部の実施形態では、提供される薬剤は、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の純度を有する。一部の実施形態では、純度は、少なくとも６０％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも７０％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも８０％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも８５％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９０％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９１％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９２％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９３％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９４％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９５％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９６％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９７％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９８％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９９％である。一部の実施形態では、純度は、少なくとも９９．５％である。
【0296】
一部の実施形態では、提供される方法は、高収率を提供する。一部の実施形態では、収率は、５０％〜１００％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも６０％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも６５％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも７０％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも７５％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも８０％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも８５％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９０％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９１％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９２％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９３％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９４％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９５％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９６％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９７％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９８％である。一部の実施形態では、収率は、少なくとも９９％である。
【0297】
一部の実施形態では、提供される方法は、オレフィンに関して高いＥ／Ｚ選択性を送達する。一部の実施形態では、提供される選択性は、Ｅ異性体に有利である。一部の実施形態では、提供される選択性は、Ｚ異性体に有利である。一部の実施形態では、Ｅ：Ｚ比は、少なくとも１：１、１．５：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、２０：１、３０：１、４０：１、５０：１、または１００：１である。一部の実施形態では、Ｚ：Ｅ比は、少なくとも１：１、１．５：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、２０：１、３０：１、４０：１、５０：１、８０：１、９０：１、９５：１、９９：１、または１００：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも１：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも１．５：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも２：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも３：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも４：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも５：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも６：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも７：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも８：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも９：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも１０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも２０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも３０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも４０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも５０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも８０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも９０：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも９５：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも９９：１である。一部の実施形態では、比は、少なくとも１００：１である。
【0298】
一部の実施形態では、提供の方法は、室温よりも高い温度での一定期間を含む。一部の実施形態では、温度は、約２５〜２００℃である。一部の実施形態では、温度は、約２５℃である。一部の実施形態では、温度は、約３０℃である。一部の実施形態では、温度は、約３５℃である。一部の実施形態では、温度は、約４０℃である。一部の実施形態では、温度は、約４５℃である。一部の実施形態では、温度は、約５０℃である。一部の実施形態では、温度は、約５５℃である。一部の実施形態では、温度は、約６０℃である。一部の実施形態では、温度は、約６５℃である。一部の実施形態では、温度は、約７０℃である。一部の実施形態では、温度は、約７５℃である。一部の実施形態では、温度は、約８０℃である。一部の実施形態では、温度は、約８５℃である。一部の実施形態では、温度は、約９０℃である。一部の実施形態では、温度は、約９５℃である。一部の実施形態では、温度は、約１００℃である。一部の実施形態では、温度は、約１５０℃である。一部の実施形態では、温度は、約１５０℃よりも高い。
【0299】
ペプチド組成物とりわけ、本開示は、本明細書に記載されるようなペプチド、例えば、ステープル化ペプチドを含むか、またはそのようなペプチドに別様に関連する、組成物を提供する。
【0300】
例えば、一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に記載されるようなステープル化ペプチド（例えば、システインステープル化ペプチド）、またはその集団をコードする及び／またはそれを発現する、ファージディスプレイ系の要素であるか、またはそれを含む。
【0301】
一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に記載されるようなステープル化ペプチドを特性解析するための（及び任意選択でそれを含む）アッセイ系であるか、またはそれを含む。
【0302】
一部の実施形態では、提供される組成物は、例えば、１つまたは複数のステープル化ペプチド（例えば、一部の実施形態では、本明細書に記載されるような親システインステープル化ペプチドに対応し得る、及び／またはそのバリアントであり得る、特に１つまたは複数の非システインステープル化ペプチド）を含むか、またはそれを送達する、薬学的組成物である。
【0303】
一部の実施形態では、薬学的組成物は、ペプチド剤を、薬学的に許容される賦形剤（例えば、担体）と組み合わせて含む。
【0304】
一部の実施形態では、ペプチド組成物は、本明細書に記載されるようなペプチド剤の特定の形態（例えば、特定の光学異性体、ジアステレオマー、塩形態、共有結合性のコンジュゲート形態［例えば、担体部分に共有結合性で結合している］等、またはそれらの組み合わせ）を含み得るか、またはそれを送達し得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される薬学的組成物に含まれる、またはそれによって送達されるペプチド剤は、担体部分に共有結合性で連結されていない。
【0305】
一部の実施形態では、提供される治療用組成物は、１つもしくは複数の追加の治療剤及び／または１つもしくは複数の安定剤及び／または送達速度もしくは送達範囲を経時的に変化させる（例えば、特定の組織、位置、または部位に拡張するかまたは限定する）１つもしくは複数の薬剤を含んでもよい。
【0306】
使用及び用途一部の実施形態では、本開示は、（例えば、目的とする標的に結合する）ステープル化ペプチドの開発及び／または使用のための、ある特定のステープル化ペプチド及び／または他の技術（例えば、ステープル化ペプチドの集団、及び／またはかかるステープル化ペプチド（複数可）を発現もしくは提示するように適合された及び／またはそれを発現もしくは提示している生物系等）を提供する。
【0307】
一部の実施形態では、本開示は、ある特定のステープル化ペプチド、またはその集団（例えば、個々のペプチドがファージコートタンパク質と融合され得る集団を含む）、及び／またはかかるシステインステープル化ペプチド（複数可）を発現もしくは提示するように適合された及び／またはそれを発現もしくは提示している生物系を提供する。一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術を利用して、目的とする標的と相互作用する（例えば、それに結合する）ステープル化ペプチドの１つまたは複数の望ましい構造的特徴（例えば、アミノ酸配列、ステープルの位置及び／または構造［例えば、長さ、組成、拘束度等］）を特定する及び／または特性解析することができる。一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、システイン（複数可）が他の非システインステープル形成残基（複数可）で置換されていることを除いて、参照システインステープル化ペプチドに対応する（例えば、参照システインステープル化ペプチドと顕著な構造的同一性、及び任意選択でそれと構造的同一性を共有する）、ステープル化ペプチド（例えば、非システインステープル化ペプチド）の開発に有用である。
【0308】
一部の実施形態では、当該アミノ酸配列が少なくとも２つの適切に離間されたシステイン残基を含む、提供されるペプチドまたはその集団を用いて、システインステープル化ペプチド、またはその集団が調製される（例えば、式Ｒ−Ｉの化合物との反応によって）。ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術
【0309】
一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチドは、本開示に記載の技術及び実施例によって特定し、合成することができる。一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチドは、システインステープル化ペプチドである。一部の実施形態では、目的とする標的に結合するシステインステープル化ペプチドは、システインステープル及び対応するシステイン残基が、非システインステープル及びかかる非システインステープルを容易にするために必要なアミノ酸により置き換えられていてもよい。
【0310】
一部の実施形態では、提供されるペプチド（またはそれらをコードする核酸）の集団は、該集団のペプチドが全て、本明細書に記載されるようなシステインステープル化を可能にするように互いに対して離間されたシステイン残基（例えば、システイン残基の対）を含むが、その他の点では、独立したアミノ酸配列を有すること、及び任意選択で、該集団のペプチドが全て同じ長さを有することを特徴とする。一部の実施形態では、生物系における選択された核酸配列の遺伝子操作及び／または発現により、縮重及び／または偏りが１つまたは複数の位置に導入される。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド集団またはライブラリのペプチドにおける１つまたは複数の位置での縮重または偏りの程度は、（例えば、同等のシステイン残基を有する）関連するライブラリまたは集団の１つまたは複数の結合特性の事前評価によって情報提供及び／または選択される。一部の実施形態では、かかる事前評価は、目的とする標的に照らし合わせたステープル化ペプチドの集団（単数または複数）のハイスループット解析（例えば、スクリーニング）によるものであり、ハイスループットシーケンシングを用いて、ステープル化ペプチドの集団の部分集合の遺伝子型を解読することにより、偏ったライブラリの生産について情報提供することができる。
【0311】
一部の実施形態では、ステープル化ペプチドの集団は、生物系（例えば、ファージディスプレイ）または非生物系において使用するための別の分子に融合されたシステインステープル化ペプチドを含む。一部の実施形態では、生物系または非生物系の関連においてステープル化ペプチドの集団をスクリーニングした後、高スループットシーケンシングにより、目的とする標的と相互作用する特定のシステインステープル化ペプチドが特定されるであろう。一部の実施形態では、生物系において使用するための別の分子に融合されていない場合の特定のシステインステープル化ペプチドは、該分子に融合された場合の特定のシステインステープル化ペプチドと同じまたは類似の、目的とする標的との相互作用を示すであろう。一部の実施形態では、生物系において使用するための別の分子に融合されていない場合の特定のシステインステープル化ペプチドは、そのシステイン残基及びシステインステープルが他のアミノ酸及びステープルで置き換えられていることが可能である。一部の実施形態では、結果として得られるペプチドは、同じまたは類似の、目的とする標的との相互作用を維持する。
【0312】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、例えば、目的とする関連性のある標的との結合によって、１つまたは複数の生物学的事象または状態を調節するために有用であり得る。
【0313】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術の薬剤は、１つまたは複数の疾患、障害、または病態の治療に有用であり得る。一部の実施形態では、ステープル化ペプチド（例えば、本明細書に記載されるように特定され及び／または特性解析される親システインステープル化ペプチドに対応する、例えば、非システインステープル化ペプチド）を含む及び／または送達する、本明細書に記載されるような治療用組成物が、それを必要とする対象に投与される。一部の実施形態では、対象は、他の療法を受けたことがある、及び／または受けている場合があり、その結果、一部の実施形態では、提供されるペプチド剤による療法が、他の療法と組み合わせて投与され得、一部のかかる実施形態では、本明細書に記載されるようなペプチド剤が、別の治療剤を含有する及び／または送達する組成物を介して投与され得、一部の実施形態では、別個の組成物が採用される。
【0314】
ステープル化ペプチドを投与するための種々の戦略が当該技術分野で利用可能であり、本開示に従って利用され得る。一部の実施形態では、提供されるペプチドは、非ステープル化であるがさもなければ同一のペプチドと比較して、強化された細胞透過特性を有する。
【0315】
一部の特定の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、ベータ−カテニンに結合するため及び／またはベータ−カテニンの１つまたは複数の活性もしくは効果を調節するために有用である。
【0316】
一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、Ｗｎｔ／ベータ−カテニンシグナル伝達に関与する１つまたは複数の構成要素に関連する及び／または１つもしくは複数のベータ−カテニン機能に具体的に関連する、病態、障害、または疾患の治療に有用である。
【0317】
一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、ベータ−カテニンと別のタンパク質、例えば、アキシン、ＡＰＣ、ＢＣＬ９、ＴＣＦ４／ＴＣＦ７Ｌ２、ＴＣＦ３／ＴＣＦ７Ｌ１、及びＴＣＦ７との間の相互作用を調節する、例えば、それを低減するのに有用である。
【0318】
一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、ベータ−カテニンと、Ｗｎｔ／ベータ−カテニンシグナル伝達において１つまたは複数のタンパク質と相互作用する１つまたは複数のベータ−カテニン部位との間の相互作用に関連する、病態、障害、または疾患の治療に有用である。一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチドは、ベータ−カテニンとＢＣＬ９との間の結合と競合し、及び／または別様にベータ−カテニンとＢＣＬ９との間の結合に干渉するかもしくはそれを低減する。一部の実施形態では、病態、障害、または疾患は、ベータ−カテニンと、ＢＣＬ９と相互作用する１つまたは複数のベータ−カテニンの部位との間の相互作用に関連する。一部の実施形態では、病態、障害、または疾患は、ベータ−カテニンとの相互作用に関してＢＣＬ９と競合する１つまたは複数のタンパク質との相互作用に関連する。一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチドは、別のタンパク質とのベータ−カテニンの相互作用に拮抗し、この別のタンパク質の１つまたは複数の結合部位は、ＢＣＬ９または提供されるステープル化ペプチドと相互作用する１つまたは複数のベータ−カテニンの部位と同一であるかもしくは重複するか、またはそれに近接する。一部の実施形態では、病態、障害、または疾患は、ベータ−カテニンとＢＣＬ９との間の相互作用に関連する。一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドは、ＢＣＬ９と相互作用する１つまたは複数のベータ−カテニンの部位でベータ−カテニンと相互作用する。一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドは、１つまたは複数のＢＣＬ９の活性を阻害する。一部の実施形態では、提供されるステープル化ペプチドは、１つまたは複数のＷｎｔ／ベータ−カテニン経路の活性を阻害する。
【0319】
一部の実施形態では、ある特定の提供されるステープル化ペプチド及び／または他の技術は、がん、心疾患、拡張型心筋症、胎児アルコール症候群、うつ病、及び糖尿病から選択される病態、障害、または疾患の治療に有用である。
【0320】
一部の実施形態では、病態、障害、または疾患は、心臓の病態、障害、または疾患である。
【0321】
一部の実施形態では、病態、障害、または疾患は、がんである。一部の実施形態では、がんは、結腸癌、結腸直腸癌、直腸癌、前立腺癌、家族性腺腫性ポリポーシス（ＦＡＰ）、ウィルムス腫瘍、黒色腫、肝細胞癌、卵巣癌、子宮内膜癌、髄芽細胞腫、毛母腫、原発性肝細胞（ｈｅｔｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ）癌、卵巣癌、乳癌、肺癌、膠芽腫、石灰化上皮腫（ｐｌｉｏｍａｔｒｉｘｏｍａ）、髄芽細胞腫、甲状腺腫瘍、卵巣新生物から選択される。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸癌である。一部の実施形態では、がんは、肝細胞癌である。一部の実施形態では、がんは、前立腺癌である。一部の実施形態では、がんは、黒色腫である。一部の実施形態では、がんは、Ｗｎｔ／ベータ−カテニンシグナル伝達に関連する。一部の実施形態では、がんは、ベータ−カテニンに関連する。当業者には理解されようが、提供される技術は、がんに関連する多くのタンパク質標的を含めた、種々の標的に適用可能である。
【実施例】
【0322】
実施例１−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製とりわけ、本開示は、ステープルの構築に有用である化合物、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ−Ｒｘもしくはその塩または式Ｒ−Ｉもしくはその塩を提供する。種々の技術を利用して、本開示の提供される化合物を調製することができる。一部の実施形態では、本開示は、表Ｅ−１に列挙される化合物を提供する。
【0323】
【表E-1】
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【0324】
表Ｅ−１にある化合物を調製するための手順において、５０ｍｍｏｌのそれぞれ対応するジアミノアルカン（３に対してはエチレンジアミン、４に対してはプロピレンジアミン、５に対してはブチレンジアミン、６に対してはペンチレンジアミン、及び７に対してはベンゼン−１，４−ジアミン）を１００ｍＬのクロロホルムに溶解させ、次いで１．５ＭのＫ２ＣＯ３水溶液１００ｍＬを添加した。氷浴を用いて、溶液を２０分間冷却した。絶えず撹拌しながら、１．５Ｍの臭化ブロモアセチル溶液１００ｍＬを混合物に３０分間滴加した。次いで、混合物を室温で１２時間撹拌した。その後、不溶性固体をガラス漏斗に通して濾過した。濾過した固体を水で繰り返し洗浄し、遠心蒸発器を用いて６０℃で乾燥させた。濾過から残った有機層を、分離漏斗を用いて分離させた。水層をクロロホルムで２回洗浄した。次いで、全ての有機収集物を合わせ、Ｈ２Ｏで３回洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。次いで、有機溶媒を回転蒸発器で蒸発させた。合わせた生成物を、質量分析法（ＭＳ）及び核磁気共鳴分光法（ＮＭＲ）を用いて分析した。
【0325】
リンカー８及び９を類似のプロトコルに従って合成した。反応中に２つの相を用いる代わりに、水相のみを使用した。試薬は、１，２−ジメチルヒドラジン及びヘキサヒドロピリダジンの二塩酸塩であった。全ての他の反応条件は同じままであった。臭化ブロモアセチルを添加した後に室温で２時間撹拌した後、反応を終了させた。
【0326】
精製には種々の技術を利用することができる。例えば、リンカー３〜６及び８〜９は、順相フラッシュクロマトグラフィーを用いて精製した。１つの調製物においては、４０〜６０μｍ孔径のシリカゲルを使用した。標準プロトコルに従った。全てのリンカーが、８０％（ｖ／ｖ）酢酸エチル及び２０％（ｖ／ｖ）ヘキサンの移動相を用いた薄層クロマトグラフィーにおいて良好な分離を示した。次いで、ＴＬＣプレートを、過マンガン酸カリウム染料（６ｇのＫＭｎＯ４、４０ｇのＫ２ＣＯ３、１０ｍＬの５％（ｗ／ｖ）ＮａＯＨ水溶液、６００ｍＬのＨ２Ｏ）を用いて染色した。この移動相についてのリンカーの保持係数（Ｒｆ）値は、リンカーの極性に応じて０．２〜０．４の間にあった。試料をクロロホルムに溶解させ、その後、カラムに負荷した。次いで、収集した画分を、薄層クロマトグラフィーを用いて確認した。リンカーを含有していた画分を合わせ、回転蒸発器で蒸発させた。ペプチドの正確な質量を確認するために、精製し、乾燥させたリンカーをＬＣ／ＭＳ、ならびにＱ Ｅｘａｃｔｉｖｅ Ｐｌｕｓで分析した。試料を１Ｈ ＮＭＲ分析に供した。溶媒としてＣＤＣｌ３を用いて１Ｈ ＮＭＲ試料を調製し、４００ＭＨｚで１２８回の走査を実施した（図１〜７）。
【0327】
実施例２−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製例えば、ステープルの構築に有用である、追加の代表的な化合物、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ−Ｒｘもしくはその塩または式Ｒ−Ｉもしくはその塩の調製について、実施例２〜１１に記載した。
【0328】
スキームＥ−１【化127】
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【0329】
ＥｔＯＨ（５０ｍＬ）中の化合物２．１（２．５０ｇ、２３．１２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、Ｂｏｃ２Ｏ（１２．１ｇ、５５．４８ｍｍｏｌ、１２．７ｍＬ、２．４０当量）及び塩酸グアニジン（３３１ｍｇ、３．４７ｍｍｏｌ、２７８μＬ、０．１５当量）を少量に分けて添加した。添加が完了した後、反応混合物を４０℃で８時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、化合物２．１が完全に消費されたことが示された。溶媒を減圧下で除去した。次いで、酢酸エチル（１００ｍＬ）を添加し、混合物を２０℃で３０分間撹拌した。混合物を濾過し、湿潤ケークを酢酸エチル（５０．０ｍＬ×５）で洗浄した。有機相を真空下で乾燥させて、化合物２．２（５．００ｇ、粗）を灰白色の固体として得た。
【0330】
ＴＨＦ（３０．０ｍＬ）中の化合物２．２（１．７０ｇ、５．５１ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮａＨ（３３０ｍｇ、８．２７ｍｍｏｌ、純度６０％、１．５０当量）を０℃で少量に分けて添加した。添加が完了した後、混合物を１０分間撹拌した。次いで、ＭｅＩ（２．６０ｇ、１８．３２ｍｍｏｌ、１．１４ｍＬ、３．３２当量）を０℃で少量に分けて添加した。次いで、混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＮＨ４Ｃｌ（１０．０ｍＬ、飽和）を混合物中に０℃で添加した。次いで、水層を酢酸エチル（１０．０ｍＬ×３）で抽出した。有機抽出物をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮して、１．７０ｇの黄色の油を得た。１ＨＮＭＲにより、化合物２．３（１．７０ｇ、粗）が黄色の油として得られたことが示された。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ７．２３ （ｓ， ４Ｈ）， ３．１７ （ｓ， ６Ｈ）， １．４０ （ｓ， １８Ｈ）。
【0331】
ＨＣｌ／酢酸エチル（４Ｍ、４８．０ｍＬ、４０．３）中の化合物２．３（１．６０ｇ、４．７６ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１／１、Ｒｆ＝０．０６）により、反応が完了したことが示された。反応混合物を真空下で濃縮して、灰白色の固体を得た（８８０ｍｇ、粗、２・ＨＣｌ塩）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ９．６７ （ｂｒ ｓ， ４Ｈ）， ７．２７ （ｂｒ ｓ， ４Ｈ）， ２．７８ （ｓ， ６Ｈ）。
【0332】
化合物２．４（８３５ｍｇ、３．９９ｍｍｏｌ、１当量、２ＨＣｌ）を水（１０．０ｍＬ）に溶解させ、混合物のｐＨを８に調整するために、Ｋ２ＣＯ３（１．２１ｇ、８．７８ｍｍｏｌ、２．２０当量）を混合物に少量に分けて添加した。次いで、ジクロロメタン（１０．０ｍＬ×５）を添加して、生成物を抽出した。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮して、黄色の油を得た（０．５０ｇ、粗、遊離塩基）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ６．４１ （ｂｒ ｓ， ４Ｈ）， ４．７４ （ｂｒ ｓ， ２Ｈ）， ２．５８ （ｂｒ ｓ， ６Ｈ）。
【0333】
ジクロロメタン（１５０ｍＬ）中の化合物２．４（５００ｍｇ、３．６７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ピリジン（６９７ｍｇ、８．８１ｍｍｏｌ、７１１．１７μＬ、２．４０当量）及びＤＭＡＰ（１３．５ｍｇ、１１０．１４μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、２−臭化ブロモアセチル（１．６３ｇ、８．０８ｍｍｏｌ、７０２．７１μＬ、２．２０当量）を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、化合物２．４が完全に消費されたことが示され、所望の質量を有する主要化合物が示された。反応混合物をＨＣｌ（０．５Ｎ、５０．０ｍＬ×２）、次いでブライン（５０．０ｍＬ×２）で洗浄した。有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、次いで、真空下で濃縮して、リンカー１０（１．５０ｇ、粗）を薄黄色の固体として得た。
【0334】
粗リンカー１０（５００ｍｇ）をジクロロメタン／石油エーテル（１ｍＬ、１／１）の溶液中のスラリーによって３０分間精製した。混合物を濾過し、残渣を真空下で乾燥させて、１２０ｍｇの薄黄色の固体を得た（１２０ｍｇ、３１７．４１μｍｏｌ、収率２４．０％）。ＨＰＬＣにより、９９．４８％の純度が示された。１Ｈ ＮＭＲ： （４００ ＭＨｚ， クロロホルム−ｄ ）： δ ７．４１ （ｓ， ４Ｈ）， ３．７０ （ｓ， ４Ｈ）， ３．３５ （ｂｒ ｓ， ６Ｈ）。
【0335】
実施例３−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−２
【化128】
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【0336】
ジクロロメタン（３５ｍＬ）中の化合物３．１（１０．０ｇ、７７．４６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ａｃ２Ｏ（９．４７ｇ、９２．７５ｍｍｏｌ、８．６９ｍＬ、１．２０当量）を２０℃で少量に分けて添加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で１６時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、化合物１が消費され、主生成物が化合物３．２であることが示された（保持時間＝０．６２６分、［Ｍ＋Ｈ］＋＝１７１．８）。反応混合物を減圧下で濃縮した。次いで、水（８０ｍＬ）を残渣に添加し、灰白色の固体を濾過によって収集し、真空下で乾燥させて、化合物３．２を得た（１２．３ｇ、７１．８７ｍｍｏｌ、収率９２．８％）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＣＤＣｌ３）δ ８．２３ − ８．１２ （ｍ， １Ｈ）， ７．４６ （ｂｒ ｓ， １Ｈ）， ７．０３ （ｄｔ， Ｊ ＝ ４．８， ９．８ Ｈｚ， １Ｈ）， ６．７２ （ｂｒ ｔ， Ｊ ＝ ８．２ Ｈｚ， １Ｈ）， ２．２４ （ｓ， ３Ｈ）。
【0337】
ＨＮＯ３の撹拌溶液（２１．９ｇ、３３３．２７ｍｍｏｌ、１５．６３ｍＬ、純度９６％、１１．４１当量）に、化合物３．２（５．００ｇ、２９．２２ｍｍｏｌ、１当量）を０℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を０℃で２時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳ及びＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１／１、Ｒｆ＝０．６１）により、化合物３．２が消費され、主生成物が化合物３．３であることが示された（保持時間＝０．７４６分、［Ｍ＋Ｈ］＋＝２１６．７）。反応混合物を氷水（５０ｍＬ）に注ぎ、１０分間撹拌し、次いで濾過した。結果として得られたケークを水（５０ｍＬ×３）で洗浄し、減圧下で乾燥させて、化合物３．３（５．７２ｇ、２６．４６ｍｍｏｌ、収率９０．６％）を黄色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ １０．４７ （ｂｒ ｓ， １Ｈ）， ８．３６ （ｄｄ， Ｊ ＝ ６．５， １４．１ Ｈｚ， １Ｈ）， ８．２１ （ｄｄ， Ｊ ＝ ７．０， １０．８ Ｈｚ， １Ｈ）， ２．２０ （ｓ， ３Ｈ）。
【0338】
ＥｔＯＨ（２５ｍＬ）中の化合物３．３（５．６０ｇ、２５．９１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＨＣｌ（１２Ｍ、５８．２８ｍＬ、２６．９９当量）を添加した。添加が完了した後、反応混合物を撹拌し、８０℃で２時間還流させた。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１／１、Ｒｆ＝０．０８）及びＬＣ−ＭＳにより、化合物３．３が全て消費され、主生成物が化合物３．４であることが示された（保持時間＝０．７１９分、［Ｍ＋Ｈ］＋＝１７４．８）。反応混合物を減圧下で濃縮した。水（６０ｍＬ）を添加し、３０分間撹拌し、次いで濾過した。結果として得られたケークを水（５０ｍＬ×３）で洗浄した。結果として得られた茶色の固体を減圧下で乾燥させて、化合物３．４（３．１０ｇ、１７．８１ｍｍｏｌ、収率６８．８％）を茶色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ７．８９ （ｄｄ， Ｊ ＝ ７．２， １１．４ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．０８ （ｂｒ ｓ， ２Ｈ）， ６．６２ （ｄｄ， Ｊ ＝ ７．３， １３．８ Ｈｚ， １Ｈ）。
【0339】
ＭｅＯＨ（３０ｍＬ）中の化合物３．４（２．５０ｇ、１４．３６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ／Ｃ（６００ｍｇ、純度１０％）をＮ２下で添加した。懸濁液を真空下で脱気し、Ｈ２で数回パージした。混合物をＨ２（１５ｐｓｉ）下で、２０℃で５時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、化合物３．４が消費され、主生成物が化合物３．５であることが示された（保持時間＝０．１１４分、［Ｍ＋Ｈ］＋＝１４４．７）。反応混合物をセライトパッドに通して濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、化合物３．５（１．８２ｇ、１２．６３ｍｍｏｌ、収率８８．０％）を黒色がかった茶色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ６．４８ （ｔ， Ｊ ＝ １０．４ Ｈｚ， ２Ｈ）， ４．４５ （ｂｒ ｓ， ４Ｈ）。
【0340】
ジクロロメタン（１５０ｍＬ）中の化合物３．５（１．００ｇ、６．９４ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（１．３２ｇ、１６．６５ｍｍｏｌ、１．３４ｍＬ、２．４当量）及びＤＭＡＰ（２５．４ｍｇ、２０８．１６μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物３．６（３．０８ｇ、１５．２６ｍｍｏｌ、１．３３ｍＬ、２．２当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン／ＭｅＯＨ＝１５／１）及びＬＣ−ＭＳにより、化合物３．５（Ｒｆ＝０．２３）が消費されたことが示された。新たなスポットが観察された（Ｒｆ＝０．６２）。混合物を濾過し、残渣をジクロロメタン（１０ｍＬ×３）で洗浄した。残渣を真空下で乾燥させて、２．３０ｇの茶色の固体を得た。粗物質（２００ｍｇ）をＤＭＳＯ／ＭｅＯＨ（６ｍＬ、１／５比）の溶液中で３０分間粉砕して、リンカー１１（１２０ｍｇ、２９９．８２μｍｏｌ、収率５７．９％、純度９６．４４％）を灰色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ １０．３７ （ｓ， ２Ｈ）， ７．９５ （ｔ， Ｊ ＝ ９．８ Ｈｚ， ２Ｈ）， ４．１６ （ｓ， ４Ｈ）。
【0341】
実施例４−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−３
【化129】
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【0342】
ジクロロメタン（１５０ｍＬ）中の化合物４．１（１．００ｇ、５．６５ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（１．０７ｇ、１３．５６ｍｍｏｌ、１．０９ｍＬ、２．４当量）及びＤＭＡＰ（２０．７ｍｇ、１６９．４６μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物４．２（２．５１ｇ、１２．４３ｍｍｏｌ、１．０８ｍＬ、２．２当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン／ＭｅＯＨ＝１５／１）により、化合物４．１（Ｒｆ＝０．２３）が消費されたことが示された。新たなスポットが観察できた（Ｒｆ＝０．６２）。混合物を濾過し、残渣をジクロロメタン（１０ｍＬ×３）で洗浄した。残渣を真空下で乾燥させて、白色の固体を得た（２．３０ｇ）。粗物質（５００ｍｇ）をジクロロメタン／ＭｅＯＨ（６ｍＬ、１／１比）の溶液中で３０分間粉砕して、リンカー１２（１２０ｍｇ、２８５．０６μｍｏｌ、収率２３．９％、純度９９．５１％）を白色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ １０．１０ （ｓ， ２Ｈ）， ７．９４ （ｓ， ２Ｈ）， ５．７７ （ｓ， １Ｈ）， ４．１９ （ｓ， ４Ｈ）。
【0343】
実施例５−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−４
【化130】
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【0344】
ＥｔＯＨ（１５０ｍＬ）中の化合物５．１（１．００ｇ、５．０５ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ／Ｃ（０．３０ｇ、純度１０．０％）を一度に添加し、次いで、反応混合物をＨ２雰囲気（１５ｐｓｉ）下で、２０℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン／ＭｅＯＨ＝１５／１）により、化合物５．１（Ｒｆ＝０．７０）が消費されたことが示された。新たなスポットが観察できた（Ｒｆ＝０．４１）。反応混合物をセライトパッドに通して濾過し、濾液を濃縮して、化合物５．２（８００ｍｇ、粗）を黒色がかった茶色の固体として得た。
【0345】
ジクロロメタン（１００ｍＬ）中の化合物５．２（８００ｍｇ、４．７６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（９０３ｍｇ、１１．４２ｍｍｏｌ、９２１．３９μＬ、２．４当量）及びＤＭＡＰ（１７．４ｍｇ、１４２．６９μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物５．３（２．１１ｇ、１０．４６ｍｍｏｌ、９１０．４３μＬ、２．２当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＬＣ−ＭＳにより、化合物５．２が消費され、生成物がリンカー１３であることが示された（保持時間＝０．７９６分、［Ｍ＋Ｈ］＋＝４１０．９）。反応混合物を水（５０ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（３０ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１〜約１／１）によって精製して、３００ｍｇの粗生成物を得た。次に、残渣を分取ＨＰＬＣによって精製して、リンカー１３（１０３ｍｇ、２４１．４６μｍｏｌ、収率５．０８％、純度９６．１３％）を黄色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ９．６５ （ｓ， ２Ｈ）， ７．８３ （ｓ， ２Ｈ）， ４．１９ （ｓ， ４Ｈ）， ３．７７ （ｓ， ７Ｈ）。
【0346】
実施例６−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−５
【化131】
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【0347】
ジクロロメタン（１５０ｍＬ）中の化合物６．１（１．００ｇ、９．２５ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ピリジン（１．７６ｇ、２２．２ｍｍｏｌ、１．７９ｍＬ、２．４０当量）及びＤＭＡＰ（３３．９ｍｇ、２７７μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ＤＣＭ（５０．０ｍＬ）中の２−臭化ブロモアセチル（４．１１ｇ、２０．３ｍｍｏｌ、１．７７ｍＬ、２．２０当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。撹拌中に、白色の沈殿物が観察できた。ＬＣ−ＭＳにより、化合物６．１が消費され、生成物が所望の質量を有することが示された。混合物を濾過し、残渣をＤＣＭ（１０．０ｍＬ×３）で洗浄した。残渣を真空下で乾燥させて、リンカー１４を灰白色の固体として得た（２．５０ｇ）。
【0348】
粗リンカー１４（２００ｍｇ）をジクロロメタン／酢酸エチル（２．００ｍＬ、１／１比）の溶液中で３０分間粉砕した。混合物を濾過して、残渣を得た。残渣を真空下で乾燥させて、リンカー１４を白色の固体として得た（１１０ｍｇ、３１４．２８μｍｏｌ、純度約１００％）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ １０．４３ （ｂｒ ｓ， ２Ｈ）， ７．９４ （ｂｒ ｓ， １Ｈ）， ７．３８ − ７．２０ （ｍ， ３Ｈ）， ４．０２ （ｓ， ４Ｈ）。
【0349】
実施例７−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−６
【化132】
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【0350】
ジクロロメタン（１５０ｍＬ）中の化合物７．１（５００ｍｇ、４．６２ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ピリジン（８７８ｍｇ、１１．１０ｍｍｏｌ、８９５μＬ、２．４当量）及びＤＭＡＰ（１７ｍｇ、１３８．７１μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の２−臭化ブロモアセチル（２．０５ｇ、１０．１７ｍｍｏｌ、８８５μＬ、２．２０当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。撹拌中に、白色の沈殿物が観察できた。ＴＬＣ（ジクロロメタン／メタノール＝１５／１）により、化合物７．１（Ｒｆ＝０．４３）が消費されたことが示された。新たなスポットが観察できた（Ｒｆ＝０．７３）。混合物を濾過し、残渣をジクロロメタン（１０．０ｍＬ×３）で洗浄した。残渣を真空で乾燥させて、リンカー１５ａ（１．０７ｇ）を灰白色の固体として得た。
【0351】
粗リンカー１５ａ（５００ｍｇ）をシリカゲルクロマトグラフィー（ジクロロメタン／メタノール＝１００／１〜１００／１、１．００Ｌ）によって精製して、灰白色の固体を得た（１１０ｍｇ、３１２．２７μｍｏｌ、収率２１．８％、純度９９．３６％）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ９．７２ （ｓ， ２Ｈ）， ７．５２ （ｄｄ， Ｊ ＝ ３．８， ５．８ Ｈｚ， ２Ｈ）， ７．２１ （ｄｄ， Ｊ ＝ ３．５， ６．０ Ｈｚ， ２Ｈ）， ４．１１ （ｓ， ４Ｈ）。
【0352】
実施例８−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−７
【化133】
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【0353】
ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物８．１（５００ｍｇ、４．３０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（８１８ｍｇ、１０．３３ｍｍｏｌ、８３３．８４μＬ、２．４当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物８．２（１．９１ｇ、９．４７ｍｍｏｌ、８２３．９２μＬ、２．２当量）の溶液を混合物に０℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１）により、化合物８．１が全て消費されたことが示された（Ｒｆ＝０．３５）。新たなスポットは何ら検出されなかった。反応混合物を水（５０ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（３０ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機相をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝３０／１〜約２０／１）によって精製して、リンカー１５ｂ（１２０ｍｇ、３２６．００μｍｏｌ、収率７．５７％、ＧＣ純度９７．２６３３％）を無色の油として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ ＣＤＣｌ３）： δ ４．９４ （ｂｒ ｓ， ２Ｈ）， ３．８４ （ｓ， ４Ｈ）， １．９６ − １．８３ （ｍ， ４Ｈ）， １．８２ − １．７０ （ｍ， ４Ｈ）。
【0354】
実施例９−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−８
【化134】
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【0355】
ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物９．１（５００ｍｇ、４．３０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（８１８ｍｇ、１０．３３ｍｍｏｌ、８３３．８４μＬ、２．４当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（５０ｍＬ）中の化合物９．２（１．９１ｇ、９．４７ｍｍｏｌ、８２３．９２μＬ、２．２当量）の溶液を混合物に０℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１）により、化合物９．１が消費されたことが示された（Ｒｆ＝０．３１）。新たなスポットは何ら検出されなかった。反応混合物を水（５０ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（３０ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機相をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝３０／１〜約２０／１）によって精製して、リンカー１６（１２０ｍｇ、３２２．０１μｍｏｌ、収率７．４８％、ＧＣ純度９６．０７３６％）を無色の油として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＣＤＣｌ３）： δ ４．９１ − ４．７７ （ｍ， ２Ｈ）， ３．８１ （ｓ， ４Ｈ）， ２．３２ − ２．２５ （ｍ， １Ｈ）， ２．０２ − １．８６ （ｍ， ３Ｈ）， １．６７ − １．５７ （ｍ， １Ｈ）， １．４６ − １．３３ （ｍ， ３Ｈ）。
【0356】
実施例１０−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−９
【化135】
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【0357】
ジクロロメタン（１００ｍＬ）中の化合物１０．１（５００ｍｇ、４．９０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ピリジン（９３０ｍｇ、１１．７５ｍｍｏｌ、９４８．３６μＬ、２．４当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（２０ｍＬ）中の化合物１０．２（２．１７ｇ、１０．７７ｍｍｏｌ、９３７．０８μＬ、２．２当量）の溶液を混合物に０℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１）及びＬＣ−ＭＳにより、化合物１０．１が消費されたことが示され（Ｒｆ＝０．３５）、新たなスポットは何ら検出されなかった。反応混合物を水（５０ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（３０ｍＬ×３）で抽出した。合わせた有機相をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、１．５の残渣を得た。残渣（５００ｍｇ）をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１００／０〜約５／１）によって精製して、リンカー１７（１２０ｍｇ、３３４．１８μｍｏｌ、収率２２．９％、ＧＣ純度９５．７９７６％）を薄黄色の油として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＣＤＣｌ３）： δ ５．２２ （ｂｒ ｓ， ２Ｈ）， ３．８２ （ｓ， ４Ｈ）， ２．３６ − ２．２４ （ｍ， １Ｈ）， ２．０９ − １．９３ （ｍ， ５Ｈ）
【0358】
実施例１１−ペプチドステープル化に有用な化合物の調製スキームＥ−１０
【化136】
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【0359】
ＭｅＯＨ（１０．０ｍＬ）中の化合物１１．１（１．００ｇ、５．４３ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、Ｋ２ＣＯ３（２．００ｇ、１４．４７ｍｍｏｌ、２．６７当量）を０℃で一度に添加した。添加が完了した後、反応混合物を０℃で４時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１）により、化合物１１．１が消費されたことが示され（Ｒｆ＝０．０８）、新たなスポットが観察できた（Ｒｆ＝０．６３）。混合物を濾過し、濾液を真空下で濃縮して、化合物１１．２（８００ｍｇ、粗）を黄色の油として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ６）： δ ５．６５ （ｓ， ２Ｈ）， ４．２５ （ｄｄ， Ｊ ＝ ２．６， ６．９ Ｈｚ， ２Ｈ）， ２．１６ （ｔｄ， Ｊ ＝ ６．９， １３．５ Ｈｚ， １Ｈ）， １．３４ （ｂｒ ｄ， Ｊ ＝ １３．６ Ｈｚ， １Ｈ）。
【0360】
ジクロロメタン（８０ｍＬ）中の化合物１１．２（６００ｍｇ、５．９９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ピリジン（１．１４ｇ、１４．３８ｍｍｏｌ、１．１６ｍＬ、２．４０当量）及びＤＭＡＰ（２２．０ｍｇ、１７９．７９μｍｏｌ、０．０３当量）を０℃で一度に添加した。その後、ジクロロメタン（１２．０ｍＬ）中の２−臭化ブロモアセチル（２．６６ｇ、１３．１８ｍｍｏｌ、１．１５ｍＬ、２．２０当量）の溶液を混合物におよそ０〜５℃で滴加した。添加が完了した後、反応混合物を２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１）により、化合物１１．２が消費されたことが示され（Ｒｆ＝０．０８）、新たなスポットが観察できた（Ｒｆ＝０．６３）。ＨＣｌ（１Ｎ、４０．０ｍＬ）を反応物中に０℃で少量に分けて添加した。混合物を分離させ、有機層をＮａＨＣＯ３（２０．０ｍＬ×３、飽和）で洗浄した。混合物をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過した。濾液を濃縮して、粗リンカー１８（１．５０ｇ）を薄黄色の油として得た。
【0361】
粗リンカー１８（２００ｍｇ）をシリカゲルクロマトグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝１００／０〜約１０／１）によって精製して、リンカー１８を薄黄色の油として得た（１２０ｍｇ、３４４．０１μｍｏｌ、収率２３．４％、純度９７．４７２７％）。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， クロロホルム−ｄ）： δ ６．２３ − ６．１５ （ｍ， ２Ｈ）， ５．６７ − ５．５８ （ｍ， ２Ｈ）， ３．８５ （ｓ， ４Ｈ）， ２．９３ （ｔｄ， Ｊ ＝ ７．５， １５．２ Ｈｚ， １Ｈ）， １．８５ （ｔｄ， Ｊ ＝ ３．６， １５．１ Ｈｚ， １Ｈ）。
【0362】
実施例１２−ある特定の化合物を用いたペプチドステープル化本明細書に記載されるように、提供される薬剤、例えば、Ｒｘ−Ｌｓ２−Ｒｘの化合物もしくはその塩または式Ｒ−Ｉの化合物もしくはその塩を利用して、特にシステインステープル化を介して、ステープル化ペプチドを調製することができる。一組の調製において、当業者に周知の固相ペプチド合成及び精製技法を用いて、ベータ−カテニンに対する（ｉ、ｉ＋４）及び（ｉ、ｉ＋７）ペプチド結合剤ならびに非結合剤を合成した。これらのペプチドは、Ｇｒｏｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０１２，１０９（４４），１７４９４２−１７９４７に記載されるペプチドである、ｘＳｔＡｘ４１の誘導体を含む。ルテニウムメタセシスによりステープル化されたこれらのペプチドの結合親和性を決定した。これらのペプチドの非天然アミノ酸をシステイン残基で置き換え、リンカー１〜９でステープル化した。
【0363】
ベータ−カテニンに対する（ｉ、ｉ＋４）及び（ｉ、ｉ＋７）ペプチド結合剤ならびに非結合剤をリンカー１〜９でステープル化した後、ＬＣ−ＭＳを介してステープル化効率を評価した。ペプチドのステープル化効率を、ステープル化ペプチドと非ステープル化ペプチドとの間のＡ２８０ピークの積分比を比較することによって決定した。この計算は、下記の等式により要約される。【数1】
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【0364】
ステープル化効率の決定のために、１０分間、３０分間、１時間、及び２時間の４つの時点を選定する。１つの（ｉ、ｉ＋４）及び１つの（ｉ、ｉ＋７）の２種のペプチドを選定した。設定時点で反応を、１％（ｖ／ｖ）ＴＦＡの最終濃度を得るようにＴＦＡを試料に添加することによって停止処理した。次いで、ＬＣ−ＭＳを用いることによって読み取り値を取得した。Ａｇｉｌｅｎｔソフトウェアはピーク積分を可能にする。次いで、特有のＡ２８０ピークの面積をＲスクリプトに挿入し、これにより、２種の別個のペプチドにおける全てのリンカーの、設定時点でのステープル化効率の比較を可能にするプロットを得た（図８）。
【0365】
実証されるように、提供される化合物は、異なる位置、例えば、（ｉ、ｉ＋４）、（ｉ、ｉ＋７）等でのステープル化に利用することができる。一部の実施形態では、提供される化合物は、迅速なステープル化を提供する。一部の実施形態では、提供される化合物は、高パーセンテージのステープル化を提供する。一部の実施形態では、提供される化合物は、異なる位置、例えば、（ｉ、ｉ＋４）、（ｉ、ｉ＋７）等でのステープルについて類似のステープル化効率を提供する。一部の実施形態では、高いリンカー対ペプチド比を利用することができ、これは１つのペプチドに接続している２つのリンカーの副生成物を産出しなかった。一部の実施形態では、検出された唯一の実質的な副生成物は、ペプチドの他の側鎖での求核置換反応から生じた。一部の実施形態では、かかる副反応は、反応停止物質としてＤＴＴを添加することによって回避され得る。一部の実施形態では、ステープル化反応はほぼ完了まで進行し、ステープル化後の精製は何ら行われなかった。
【0366】
実施例１３−システインステープル化ペプチドは標的と相互作用する本明細書で実証されるように、提供されるシステインステープル化ペプチドは、それらの標的と相互作用する。１つの手順において、リンカー１〜９でステープル化したベータ−カテニンに対する（ｉ、ｉ＋４）及び（ｉ、ｉ＋７）ペプチド結合剤ならびに非結合剤を、蛍光偏光（ＦＰ）アッセイを用いてベータ−カテニンへの結合に関して評価した。蛍光偏光法用の緩衝液は、５０ｍＭのトリス（ｐＨ８．０）、２５０ｍＭのＮａＣｌ、２％（ｖ／ｖ）グリセロール、０．５ｍＭのＴＣＥＰ、０．５ｍＭのＥＤＴＡ、０．０２％（ｗ／ｖ）ナトリウムアジドからなっていた。凍結したペプチド溶液を５００μＬ ＬｏＢｉｎｄ Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆプレート上で段階希釈した。
【0367】
プレートの各ウェルに、既知の結合定数を有するペプチドを含むプローブ混合物を添加した。標的／プローブ混合物を、緩衝液、次いで標的、次いでプローブを添加することによって調製した。各ウェルの蛍光読み取り値をＳｐｅｃｔｒａｍａｘＭ５で取得した。Ｒスクリプトは、データを読み取り、関連性のあるＦＰデータを計算するように作成された。このＲスクリプトは、各ウェルの生の蛍光読み取り値を使用し、全ての試料間の比較を可能にするためにそれらを正規化する。次いで、読み取り値をプロットし、以下の等式を用いて解釈する。【数2】
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（図９及び図１０）。この等式は、試験されたペプチドの結合親和性を解釈するために使用されたヒルの式を表現する。ｆｂは、標的に結合したペプチドの割合であり、ｃは、ペプチドの濃度であり、ｎは、ヒル係数であり、ＫＤは、見かけの解離定数である。次いで、ＫＤの値を用いて、別個のペプチドの結合親和性を比較する。結合親和性は、濃度単位で与えられ、結合した標的の割合０．５を得るために必要とされる基質濃度を表す。
【0368】
実施例１４−ペプチド発現及びステープル化とりわけ、本開示は、有用なアミノ酸配列及びステープル化ペプチドを特定し、設計するための技術を提供する。一例では、ファージディスプレイによるペプチドまたはペプチドライブラリを調製した（かかるライブラリを構築するのに有用な技術については、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２０００；３２８：３３３−３６３、またはＣｈｅｎ ａｎｄ Ｈｅｉｎｉｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．，２０１５；１２４８：１１９−１３７を参照されたい）。単一クローンまたは縮重ライブラリのいずれかをコードするオリゴヌクレオチドを、標準的な分子生物学的技法を用いてｆＡＤＬ、ｐＡＤＬ、またはＭ１３ＫＥ等のファージまたはファージミドベクターの中に組み立て、エレクトロポレーションを用いてＥ．ｃｏｌｉ株ＥＲ２７３８またはＴＧ１等の好適な宿主の中に導入して形質転換させた。Ｅ．ｃｏｌｉ培養物を３７℃で振とうしながらＬＢ培地中で５時間増殖させ、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞を５０００×ｇでペレット化し、ファージ粒子を、１／５体積の２０％（ｗ／ｖ）ポリエチレングリコール８０００、２．５ＭのＮａＣｌの添加によって上清から沈殿させ、続いて４℃で一晩インキュベートし、５０００×ｇペレット化し、トリス緩衝食塩水（ＴＢＳ）に再懸濁させることによって、ファージ粒子を増幅した。ファージ粒子は、沈殿ステップ、ペレット化ステップ、及び再懸濁ステップを繰り返すことによってさらに精製され得る。ファージ粒子溶液をＯＤ６００が１．０になるようにＴＢＳ中に希釈し、ジチオスレイトールを１ｍＭの濃度まで添加し、続いて１００体積の２０ｍＭのＮＨ４ＣＯ３、２ｍＭのＥＤＴＡ（ｐＨ約８）に対して３０〜６０分間透析し、続いて透析したファージを、２０ｍＭのＮＨ４ＣＯ３、２ｍＭのＥＤＴＡ（ｐＨ約８）（最終クロスリンカー濃度は２００μＭである）中で調製されたクロスリンカーの溶液に添加し、３２℃で２時間インキュベートすることによって、ファージディスプレイによるペプチドまたはペプチドライブラリを共有結合性で架橋した（「ステープル化」）。過剰のクロスリンカーを、最初に５０００×ｇでペレット化し、続いてジチオスレイトールを０．２５ｍＭの濃度まで添加すると共に１０分間インキュベートし、次いで、ヨードアセトアミドを０．７５ｍＭの濃度まで添加すると共にさらに１０分間インキュベートすることによって除去した。ファージ粒子を、Ｅ．ｃｏｌｉ培養物からの精製に関して上述した沈殿ステップ、ペレット化ステップ、及び再懸濁ステップを繰り返すことによってさらに精製した。
【0369】
図１１は、ファージ上での２種の代表的なペプチドクローンの架橋についての質量分析法データを図示する。パネルＡでは、リンカー９を用いて、ファージコートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたＡＣＩＬＤＣＨＩＱＲの配列を有するペプチドを架橋した。パネルＢでは、リンカー７を用いて、コートタンパク質ｐＩＩＩに融合されたＡＣＩＬＤＡＨＩＣＲの配列を有するペプチドを架橋した。上記のファージ上架橋プロトコルに従って、ファージ粒子を２μｇのトリプシン（ブタ膵臓由来）と混合し、３７℃で１時間インキュベートし、次いで、０．１％のギ酸を含有する水中、４分間で５〜１００％のアセトニトリルの勾配を用いて、ＵｌｔｉＭａｔｅ ３０００ ＬＣシステム及びＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ａｅｒｉｓ Ｃ１８カラムを装着したＴｈｅｒｍｏ Ｑ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ Ｐｌｕｓで分析した。抽出されたイオン軌跡は、ＭＷ＝１３３６．６４３（パネルＡ、観察質量は４４６．５５５の（Ｍ＋３Ｈ）／３イオンである）及びＭＷ＝１３０１．６０１（パネルＢ、観察質量は４３４．８７４の（Ｍ＋３Ｈ）／３イオンである）の予想された架橋及びトリプシン処理済み生成物を示す。
【0370】
実施例１５−ステープル化ペプチドライブラリの調製ならびに有用な配列及びステープル化ペプチドの特定本開示に従って、多くの技術を利用してペプチドライブラリを調製してもよい。１つの手順において、例えば、上述したような標準方法を用いて、ファージディスプレイによるペプチドまたはペプチドライブラリを調製した。一部の好ましい実施形態では、ライブラリは、２つのシステイン残基の間が３または６アミノ酸により離間された（ｉ、ｉ＋４またはｉ、ｉ＋７間隔）、２つのシステイン残基を含有する。一部の実施形態では、ライブラリは、２つのシステイン残基の間が２、５、８、１０、１１、または１２残基をおいて離間された、２つのシステイン残基を含有する。一部の実施形態では、ライブラリは、システインの複数の対を含有し、各対は、２つのシステイン残基の対の間が３または６アミノ酸をおいて離間されている。ある特定の代表的なライブラリ設計を下記に列挙する。
ａ）ＸＸＸＸＸＣＸＸＸＸＸＸＣＸＸＸＸＸ
ｂ）ＸＸＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸＸＸ
ｃ）ＸＸＸＸＸＣＸＸＸＣＸＸＸＸＸ
ｄ）ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＸＸＸＸＣＸＸＸ
ｅ）ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ
ｆ）ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＸＣＸＸＸ
ｇ）ＰＸＸＸＣＸＸＸＸＸＸＣＸＸＸ
ｈ）ＰＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ
ｉ）ＰＸＸＸＣＸＸＸＣＸＸＸ
【0371】
一部の実施形態では、「Ｘ」は、ライブラリ設計において複数のアミノ酸が可能な位置であり、例えば、それはランダム化された位置である。当業者には理解されようが、ランダム化された位置の組み込みは、ライブラリを生成するために使用されるオリゴヌクレオチドプライマーにおいて縮重コドン、例えば、ＮＮＮまたはＮＮＫ（ここで、Ｎ＝Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇであり、Ｋ＝Ｔ、Ｇである）をコードさせることによって行うことができる。代替として、ランダム化された位置は、三量体ホスホロアミダイト混合物、例えば、Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈから入手可能なものの使用によって組み込むことができ、ここで、対応する規定のアミノ酸の混合物をコードする三量体コドンの規定の混合物が、ライブラリを生成するために使用されるオリゴヌクレオチドプライマーに組み込まれる。例えば、ライブラリは、２０個全ての天然に存在するアミノ酸の混合物を用いて、または代替として、２０個全ての天然に存在するアミノ酸の部分集合（例えば、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ等）を用いることによって、構築され得る。一部の実施形態では、種々の利用可能な技術を用いて非天然アミノ酸がまた組み込まれてもよい。
【0372】
ライブラリは、所望の特性及び／または活性のために、例えば、一部の実施形態では、アルファ−ヘリックス状立体構造に有利となるように、配列内に固定の好ましいアミノ酸または好ましいアミノ酸の部分集合を含有してもよい。例えば、ペプチドの中央部の規定の位置でのアラニン残基（例えば、上記のライブラリ設計ｂ）、ｅ）、及びｈ））、Ｎ末端でのプロリン（例えば、上記のライブラリ設計ｇ）、ｈ）、ｉ））、またはＮ末端でのアスパラギン酸とそれに続くプロリン（例えば、上記のリストにおけるライブラリ設計ｄ）、ｅ）、ｆ））の組み込み。いくつかの技術を用いて、これらのライブラリをコードするオリゴヌクレオチドをファージまたはファージミドベクターの中に組み立て、増幅及び精製することができる。ファージライブラリのサイズは、１０５個の固有の成員〜１０１０個またはさらにそれよりも多くの固有の成員の範囲であり得る。典型的には、サイズは、１０８個の固有の成員である。ライブラリの多様性は、例えば、標準方法を用いてファージでの形質転換を滴定することによって決定することができる。クロスリンカーを用いてライブラリを修飾して、ペプチドステープルを形成させることができる。
【0373】
以下の表は、上記に列挙したライブラリ設計のうちの２つから得られたある特定の代表的なクローンを示した。これらのクローンを、形質転換後にライブラリの部分集合をプレートし、上述したようにファージを増幅及び単離し、プライマー５’−ＣＣＣＴＣＡＴＡＧＴＴＡＧＣＧＴＡＡＣＧ−３’を用いてファージから直接配列決定することによって、配列決定した。ライブラリ設計ｆ）の多様性は、６．２×１０８個の固有の形質転換体であり、ライブラリ設計ｅ）の多様性は、６．５×１０８個の固有の形質転換体であった。【表6】
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【0374】
実施例１６−追加のペプチドライブラリ及びその使用他の代表的なライブラリ設計には、「ＰＹＹ」ベースの足場、
ｊ）ＡＧＰＡＫＰＥＡＰＧＥＤＡＳＰＸＥＬＸＸＹＹＸＸＬＸＸＹＬＸＸＶＡ、
に基づくライブラリが含まれるがこれらに限定されず、ここで、「Ｘ」は、上述したように、ライブラリ設計において複数のアミノ酸が可能な位置であり、例えば、それはランダム化された位置である。以下の表は、上記に列挙したライブラリから得られた代表的なクローンを示す。これらのクローンを実施例１５に記載されるように配列決定した。ライブラリｊ）の多様性は、２．６×１０８個の固有の形質転換体であった。
【表7】
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【0375】
実施例１７−ライブラリスクリーニングのための代表的な技術種々の技術を利用して、提供されるライブラリをスクリーニングすることができる。一例では、本開示に従って、既知の方法（例えば、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２０００；３２８：３３３−３６３、Ｃｈｅｎ ａｎｄ Ｈｅｉｎｉｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．，２０１５；１２４８：１１９−１３７等）を用いて、生体分子標的に照らし合わせたファージライブラリのスクリーニングが行われる。代表的なプロトコルは以下の通りである。１００倍の過剰出現（ｏｖｅｒ−ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ）を含むファージライブラリを、１倍ＴＢＳ、１ｍＭのＭｇＣｌ２、１％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ、０．１％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０、０．０２％（ｗ／ｖ）ナトリウムアジド、５％（ｗ／ｖ）脱脂乳を含有する緩衝液に添加し、次いで、標的タンパク質を担持していない磁気ビーズ（例えば、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ Ｈｉｓ−Ｔａｇ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ＰｕｌｌｄｏｗｎまたはＤｙｎａｂｅａｄｓ ＭｙＯｎｅ Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ Ｔ１）と混合する。１時間のインキュベーション後、ビーズをファージから分離して、ビーズに非特異的に結合するファージライブラリ成員を除去する。次いで、目的とする標的生体分子を、標準的な親和性捕捉法（例えば、ニッケルもしくはコバルト親和性（ＩＭＡＣ）ビーズとのヘキサヒスチジンタグ付きタンパク質、ストレプトアビジンビーズとのビオチンタグ付きタンパク質、または抗ＦＬＡＧ抗体ビーズとのＦＬＡＧタグ付きタンパク質）を用いて、同じ種類の磁気ビーズに結合させる。次いで、結果として得られたビーズをファージライブラリと混合し、室温で１時間インキュベートし、続いて繰り返し洗浄して、未結合のファージを除去する。標的生体分子及び結合したファージを含有する、結果として得られたビーズを、２５ｍＭのトリス（ｐＨ８）、５０ｍＭのＮａＣｌ、０．５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０を含有する緩衝液中で９５℃に加熱して、ファージＤＮＡを解離させる。次いで、結果として得られたＤＮＡを配列決定する（詳細については後続の実施例を参照されたい）。
【0376】
結合の特異性、効力、または機構の評価と並行して、例えば、他の生体分子標的をビーズ上に固定化してスクリーニングを行うことによって、標的を担持していないビーズをスクリーニングすることによって、または当該タンパク質に対する既知の結合剤の存在もしくは不在下で所与の標的を固定化したビーズをスクリーニングすることによって、複数のスクリーニングを行ってもよい。下記に記載される「スパイクイン」法を用いて評価されるような結合強度の差異を用いて、ペプチド／ペプチドクラスター結合の特異性が決定されるか、または標的タンパク質上のペプチド結合部位が予測される。
【0377】
実施例１８−追加のスクリーニング技術細胞または組織標的に照らし合わせた、提供されるライブラリ、例えば、ファージペプチドライブラリのスクリーニングは、種々の方法（例えば、Ｐａｓｑｕａｌｉｎｉ ａｎｄ Ｒｕｏｓｌａｈｔｉ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９６）、Ｉｖａｎｅｎｋｏｖ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ １４４８（１９９９）、Ｒａｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ，ｎａｔｕｒｅ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｖｏｌ．８ Ｎｏ．１０（２０１３）等に記載される方法）を用いて行われてもよい。一部の実施形態では、結合の特異性または効力の評価と並行して、例えば、目的とする組織に加えて他の組織型を単離することによって、または代替の細胞株もしくは空の組織培養ウェルをスクリーニングすることによって、対照スクリーニングが行われてもよい。
【0378】
実施例１９−スクリーニングにおけるハイスループットシーケンシング及びデータ処理一部の実施形態では、本明細書に記載されるように、ペプチドは、スクリーニング中に該ペプチドを特定するために利用され得る識別子に結びつけられる。一部の実施形態では、識別子は、核酸、例えば、ペプチドまたは該ペプチドを特定するのに十分なその一部分をコードする配列を含む核酸である。例えば、一部の実施形態では、ライブラリは、ファージディスプレイによるペプチドライブラリであり、ペプチドは、該ペプチドをコードすることができる核酸配列により特定され得る。一部の実施形態では、スクリーニングからもたらされたファージＤＮＡを、次世代シーケンシング法を用いて配列決定し、ペプチド配列に翻訳して、典型的に固定化された目的とする標的（例えば、生体分子、細胞、組織等）に結合したファージライブラリ成員の相対存在量を決定した。標的に対するスクリーニングにおける配列計数を、ブランクビーズ、他の標的を含有するビーズ、または代替の細胞もしくは組織型等の対照に対するスクリーニングにおける配列計数と比較することによって、目的とする標的に選択的であった配列を特定した。この方法を用いて特定された配列をさらに分析して、関連する配列の群（「ファミリー」または「クラスター」）を特定する。
【0379】
候補配列の特定前に、全ての配列計数を任意選択で、１つまたは複数の内部標準に基づいて正規化する（例えば、上述したようなファージＤＮＡの解離後であるが、ＰＣＲ及びシーケンシングの前に、既知の量の特異的「スパイクイン」配列を各スクリーニングまたはシーケンシング試料に添加することによって）。正規化は、内部標準配列についての計数が、試料にスパイクインされた内部標準ファージ粒子の数と一致するように、スクリーニング試料中の各配列につき計数を線形スケーリングすることを伴う。とりわけ、これにより、ある配列についての計数がその配列についての読み取り数ではなく、その配列での溶出ファージの絶対計数となるように調整することができる。
【0380】
配列は、複数の対照スクリーニング条件（例えば、緩衝液条件、異なる標的生体分子、細胞、及び組織、異なる試薬濃度等）にわたる濃縮倍率プロファイルまたは総計数と比較した、目的とする標的でのスクリーニングにおけるそれらの濃縮倍率に基づいて、順位序列化してもよい。幅広い標的濃度をスクリーニングした場合、有効ＩＣ５０を各配列につき計算し、順位付けに使用することができる。上位の配列が候補薬物として考慮され得る。
【0381】
例として、図１２は、「スパイクイン」法と、クラスター結合シグナルに対する競合剤添加の効果を決定するためのベータ−カテニンの「アキシン／ＴＣＦ結合部位」に対する既知の競合剤の添加との組み合わせを用いた、ベータ−カテニンに照らし合わせたスクリーニングで特定された配列のクラスターについての解析を示す。
【0382】
上位の配列をさらにクラスター化して、配列ファミリーを特定することができる。各候補配列間のペアワイズ距離は、下記を含めた様々な配列距離の測定基準のうちのいずれか１つを用いて計算することができ、【数3】
[この文献は図面を表示できません]
ここで、スコアｉｊは、配列ｉ及びｊ間のアライメントスコアである。アライメントスコアは、標準的な配列類似度スコア行列（例えば、ＢＬＯＳＵＭ及びＰＡＭ行列等）を用いて計算することができる。ペアワイズ配列距離の行列が求められると、配列を、階層クラスタリング、ｋ平均法によるクラスタリング、または任意の他のクラスタリング法を用いてクラスター化することができる。次いで、結果として得られるクラスターによって、基礎をなす配列モチーフを表す配列ファミリーを特定することができる。類似の配列のクラスターに該当しない配列は、スクリーニングからの偽陽性を表す場合があるが、一方で、多くの類似の配列を有するクラスターに該当する配列は、そのクラスターの基礎をなす共有の配列モチーフによって支持され、故に、さらなる試験における目的とする標的の結合剤として妥当である可能性が高い。
【0383】
クラスターまたはファミリーにおける個々の配列または配列の群もまた、目的とする標的に対するそれらの特異性に関して調査することができる。これらの配列は、同じシーケンシング実行内での、またはあるスクリーニング実行から得られ、別個に配列決定されたかのいずれかでの、同じライブラリを用いて、他の標的に照らし合わせたスクリーニングにおいて検査することができる。対照スクリーニングと他の標的に照らし合わせたスクリーニングとの間で計数の増加を示す配列または配列ファミリーは、非特異的結合を示す場合があり、可能性として、有意差を何ら示さない配列と比べて優先度が下げられ得る。所与の特異性条件を満たさない配列がさらなる解析から排除され得るように、配列及び配列ファミリーをそれらの特異性に関して、クラスタリング前を含めて、ヒット優先順位付けプロセスにおける任意の段階で検査することができる。さらに、一組の相同タンパク質にわたって所与の特異性プロファイルが所望とされる場合、この特異性プロファイルを用いて、クラスタリング前または後に配列及びファミリーを優先順位付けすることができる。
【0384】
一実施形態では、配列計数は、既知の量の「スパイクイン」ファージに基づいて正規化され、配列が、標的生体分子の存在下での対照試料と比較したそれらの計数の増加倍率により順位付けされる。一部の実施形態では、上位３０００に順位付けされた配列間のペアワイズ距離が、上記の距離の測定基準及びＰＡＭ７０配列アライメントスコア行列を用いて比較される。階層クラスタリングを用いて、配列がクラスター化され、系統樹における全ての内部ノード高さの組から５０個の距離閾値が均一に選択される。クラスターは、各距離閾値を用いて定義される。同時に、３０００個の配列がランダムに選択され、同じ階層クラスタリングに供される。これを１０００回繰り返して、一組の帰無仮説系統樹を生成する。閾値（クラスターの数）及びその閾値での各クラスター（クラスターサイズ）の両方についての経験的ｐ値を計算するために、上位の配列についての各閾値でのクラスターの数及びサイズが、１０００個全ての帰無仮説系統樹における同じ閾値でのクラスターの数及びサイズの分布と比較される。０．０５以下のｐ値を有するクラスターのみが考慮される。基礎をなす配列モチーフを可視化し、候補ペプチドの選択を容易にするために、各クラスターについて配列ロゴを構築することができる。追加として、対照スクリーニング試料と他の標的に対するスクリーニング試料との間の有意差に注目することによって、各クラスターの標的特異性が手動で検査され、特異性の欠如を示すファミリーがさらなる考慮から除かれる。次いで、このプロセスを次の３０００に順位付けされた配列について繰り返し、その後も同様である（有意性基準を満たすクラスターがなくなるまで）。
【0385】
実施例２０−追跡調査的（Ｆｏｌｌｏｗ−ｕｐ）ライブラリ一部の実施形態では、スクリーニング結果、例えば、前述のスクリーニングから得られたシーケンシング情報を用いて、「集中的ライブラリ（ｆｏｃｕｓｅｄ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ）」または「最適化ライブラリ」を調製することができる。これは、上述した同じライブラリ構築手法を用いて行うことができるが、但し、「ランダム化」されている位置において、各位置で許容されるアミノ酸は、同じ配列ファミリーまたはクラスターにおける配列に基づいて制限される。
【0386】
例えば、実施例６で特定された配列の各ファミリーの場合、各位置で許容されるアミノ酸は、その頻度が閾値、例えば、１０％を上回るものとして定義される。この基準を満たすアミノ酸がない場合、全てのアミノ酸（または全てのアミノ酸の既定の部分集合）が許容されると想定され得る。一部の実施形態では、各位置につき、全ての許容されるアミノ酸を網羅する最も制限的な縮重コドンが選択される。合わせて、各位置における縮重コドンの組が、最適化ライブラリを定義する。次いで、ライブラリサイズを、各位置で選択されたコドンによってコードされる配列空間（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｐａｃｅ）のサイズに基づいて計算する。次いで、閾値を変化させて、サイズが何らかの既定の基準、例えば、１０６成員未満の最大のライブラリを満たす、ライブラリをもたらすことができる。これらのライブラリは、ライブラリの配列空間内にあるほぼ全ての配列がスクリーニングにおいてその検出を可能にするのに十分な数で存在するように、作製され、スクリーニングされ得る。
【0387】
集中的ライブラリは、上述したようにスクリーニングし、配列決定し、分析することができる。一部の実施形態では、本開示は、候補配列の各ファミリーの周りの配列空間のほぼ完全なサンプリングを提供し、集中的ライブラリは、許容されるアミノ酸及び許容されないアミノ酸を含めた、各位置でのアミノ酸の選好についての詳細な情報を提供することができ、対照試料を上回る選択性に対する異なるアミノ酸の定量的効果が提供され得る。
【0388】
実施例２１−標的に結合する特定されたペプチド一部の実施形態では、提供される技術は、当該アミノ酸配列が標的に結合する既知の天然アミノ配列とは非常に異なる、ペプチドを提供する。一部の実施形態では、提供される技術は、既知の結合剤が何ら存在しない標的に対するペプチドを提供することができる。一例では、システインステープル化ペプチドの集団をベータ−カテニンに照らし合わせてスクリーニングした。１０個のランダムな部位（ＡＤＰＡＸＸＸＣＸＸＡＡＸＸＣＸＸＸ）を有するライブラリをリンカー７でステープル化し、ある特定の配列の濃縮度を達成した（図１２、１３、及び１４）。これらの配列から、化合物１及び２を各々、Ｂｉａｃｏｒｅシステムを用いて、ベータ−カテニンへのそれらの結合に関して評価した（図１５）。およそ６ｎｍｏｌの乾燥ペプチドを緩衝液（５０ｍＭのトリス（ｐＨ８．０）、３００ｍＭのＮａＣｌ、２％（ｖ／ｖ）グリセロール、０．５ｍＭのＴＣＥＰ、０．５ｍＭのＥＤＴＡ、０．００５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０、１ｍｇ／ｍＬのＣＭデキストラン、０．０２％（ｗ／ｖ）ナトリウムアジド）中に希釈し、２８０ｎｍの吸光度により定量。各ペプチドを、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｂｉｏｔｉｎ ＣＡＰｔｕｒｅ Ｋｉｔ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）及びビオチン化ベータ−カテニンを用いてＢｉａｃｏｒｅ Ｘ１００においてアッセイし、結果を、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｘ１００評価ソフトウェアを用いて分析した（図１５）。
【0389】
実施例２２−標的タンパク質に結合する種々のステープル化ペプチド本明細書に記載の技術を用いて、いくつかのペプチドを調製し、評価した。ある特定の有用な技術が例として下記に記載される。
【0390】
ペプチド合成及び精製：ペプチドを、Ｆｍｏｃ戦略を用いてＰｒｏＴｉｄｅ樹脂（０．６５ｍｍｏｌ／ｇ）上の固相アセンブリによって合成した。全てのカップリングは、４倍過剰のアミノ酸ならびにＨＡＴＵ及びＤＩＰＥＡ等のカップリング試薬により行った。ペプチドを、水（２．５％（ｖ／ｖ））、トリイソプロピルシラン（２．５％（ｖ／ｖ））、及びトリフルオロ酢酸（９５％（ｖ／ｖ））からなる切断カクテルで１．５時間処理することによって樹脂から外した。ペプチドを氷冷エーテルの添加によって沈殿させた。
【0391】
架橋（ステープル化）：凍結乾燥した粗ペプチド溶液（約３〜５ｍｇ／ｍＬ）を５０％アセトニトリル／水に溶解させた。溶液をジイソプロピルエチルアミン（約３当量）で処理し、５分間振とうした。ＤＭＦ（１．１当量）中のアルキル化剤（例えば、リンカー７）を溶液に添加し、３７℃で３０分間撹拌した。反応物を２当量の１ＭのＤＴＴの添加によって反応停止処理して、残りのリンカーを反応停止処理した。粗混合物を、Ｃ１８カラム、及び溶媒Ａ：Ｈ２Ｏ、ＨＣＯ２Ｈ（０．１％（ｖ／ｖ））、溶媒Ｂ：ＣＨ３ＣＮ、ＨＣＯ２Ｈ（０．１％（ｖ／ｖ））の勾配を用いて、逆相ＨＰＬＣによって精製した。ペプチド特性解析のために種々の技術が利用可能である。一部の実施形態では、ペプチドを分析ＨＰＬＣ及び質量分析法によって特性解析した。
【0392】
ペプチド評価：ベータ−カテニンへの結合を評価するための１つのアッセイにおいて、ペプチド溶液を、５μＭからの３倍段階希釈を用いて緩衝液（５０ｍＭのトリス（ｐＨ８．０）、２５０ｍＭのＮａＣｌ、２％グリセロール、０．５ｍＭのＥＤＴＡ、０．０２％（ｗ／ｖ）ナトリウムアジド）中で調製した。プローブ溶液（緩衝液中１５ｎＭの完全長β−カテニン、２０ｎＭのＦＩＴＣ標識アキシンペプチド（Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２０１２ Ｏｃｔ ３０；１０９（４４）：１７９４２−７に報告されるような、［ＦＡＭ−ＰＥＧ１−ＲＲＷＰＲ（Ｓ５）ＩＬＤ（Ｓ５）ＨＶＲＲＶＷＲ］（ここで、２つのＳ５残基はステープル化されている））を調製し、５分間インキュベートし、次いで、１ウェル当たり４０μＬで黒色のポリスチレン３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）にプレートした。等体積の用量設定したペプチドをプレートに加え、読み取りの前に光から保護しながら１５分間インキュベートした。読み取りは、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ Ｍ５（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）において二連で行った。
【0393】
ＬｏｇＤの測定：ＬｏｇＤ値を、ＵＶ検出器（２５４、２２０ｎｍ）を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２６０ ＨＰＬＣにおいて、Ｇｅｍｉｎｉ ＮＸ Ｃ−１８ ５０×３ｍｍカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）を用いて、１ｍＬ／分の流量及び３〜５ｕＬの注入体積により２５℃で、６分間で０〜１００％のＡ）５０ｍＭの酢酸アンモニウム（ｐＨ７．４）及びＢ）アセトニトリルの移動相の勾配で測定した。検量用混合物Ｃ−１８をＢｉｏ−ｍｉｍｅｔｉｃ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ｌｔｄから購入し、これを用いて検量を実行し、ＣＨＩ値を計算し、次いで、等式：ＣＨＩ ｌｏｇ Ｄ＝０．０５２５×ＣＨＩ−１．４６７を用いて、ＣＨＩ ｌｏｇＤを計算した。
【0394】
ＬｏｇＫの測定：ＬｏｇＫ値を、ＵＶ検出器（２５４、２８０ｎｍ）を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２６０ ＨＰＬＣにおいて、ＩＡＭ．ＰＣ．ＤＤ２ １００×４．６ｍｍカラム（Ｒｅｇｉｓ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ １−７７４０１１−３００）を用いて、５０ｍＭの酢酸アンモニウム（ｐＨ７．４）の移動相Ａ、及びアセトニトリルの移動相Ｂにより、６．５分間でＢを０〜９０％とする勾配で測定した。温度は３０℃であり、流量１．５ｍＬ／分、注入体積３〜５ｕＬであった。検量用混合物ＩＡＭをＢｉｏ−ｍｉｍｅｔｉｃ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ｌｔｄから購入し、これを用いて検量を実行し、ＣＨＩ ＩＡＭ値を計算し、次いで、等式：ｌｏｇ ｋ ＩＡＭ＝０．０４６×ＣＨＩ ＩＡＭ＋０．４２を用いて、ｌｏｇｋ ＩＡＭを計算した。
【0395】
ある特定の測定からのデータを下記及び図１７に提示する。本明細書で実証されるように、ある特定のペプチド、例えば、種々のリンカーからのシステインステープルを含むペプチドは、ベータ−カテニンに効果的に結合し得る（例えば、５０、１００、１５０、２００、５００、１０００、２０００、３０００、５０００、または１００００ｎＭ以下のＥＣ５０で）。【表8-1】
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【表8-2】
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【表8-3】
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＊１５〜３０（ステープル化されていない）の親配列はＰＹＹである。＊＊リンカー薬剤は２つのシステイン残基を連結する（−Ｓ−が−Ｂｒ等の脱離基を置き換えている）。
【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6-1】
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【図6-2】
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【図7-1】
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【図7-2】
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【図7-3】
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【図7-4】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11-1】
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【図11-2】
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【図12】
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【図13-1】
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【図13-2】
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【図13-3】
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【図13-4】
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【図14-1】
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【図14-2】
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【図14-3】
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【図14-4】
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【図15-1】
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【図15-2】
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【図15-3】
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【図15-4】
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【図16】
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【図17】
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【配列表】
【国際調査報告】
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