知財求人 - 知財ポータルサイト「IP Force」
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024120848
(43)【公開日】2024-09-05
(54)【発明の名称】ダイズ植物、その種子及びその作出方法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/29 20060101AFI20240829BHJP
C07K 14/415 20060101ALI20240829BHJP
A01H 6/54 20180101ALI20240829BHJP
A01H 5/10 20180101ALI20240829BHJP
A01H 5/00 20180101ALI20240829BHJP
【ＦＩ】
C12N15/29 ZNA
C07K14/415
A01H6/54
A01H5/10
A01H5/00 A
【審査請求】未請求
【請求項の数】9
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2024003871
(22)【出願日】2024-01-15
(31)【優先権主張番号】P 2023027158
(32)【優先日】2023-02-24
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
【新規性喪失の例外の表示】特許法第３０条第２項適用申請有り ▲１▼ウェブサイトの掲載日 令和５年３月３１日 ▲２▼ウェブサイトのアドレス（ＵＲＬ） ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｊｓｔａｇｅ．ｊｓｔ．ｇｏ．ｊｐ／ａｒｔｉｃｌｅ／ｎａｒｏｊ／２０２３／１３／２０２３＿８１／＿ａｒｔｉｃｌｅ／－ｃｈａｒ／ｊａ
(71)【出願人】
【識別番号】501203344
【氏名又は名称】国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
(74)【代理人】
【識別番号】100088155
【弁理士】
【氏名又は名称】長谷川 芳樹
(74)【代理人】
【識別番号】100128381
【弁理士】
【氏名又は名称】清水 義憲
(74)【代理人】
【識別番号】100211199
【弁理士】
【氏名又は名称】原田 さやか
(72)【発明者】
【氏名】高橋 有
(72)【発明者】
【氏名】竹島 亮馬
(72)【発明者】
【氏名】加賀 秋人
【テーマコード（参考）】
2B030
4H045
【Ｆターム（参考）】
2B030AA02
2B030AB03
2B030CA14
4H045AA10
4H045CA33
4H045EA05
4H045FA74
(57)【要約】 （修正有）
【課題】難裂莢性を示す新規のダイズ植物及びその作出方法を提供すること。
【解決手段】特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、さらに別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、さらに別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物。
【選択図】なし
【解決手段】特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、さらに別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子、さらに別の特定の塩基配列からなる遺伝子又はその類似遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下の（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
【請求項2】
少なくとも前記（１）及び（２）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているか、又は少なくとも前記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、請求項１に記載のダイズ植物。
【請求項3】
前記（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、請求項１に記載のダイズ植物。
【請求項4】
前記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異によるものであり、前記変異が、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択される、請求項１～３のいずれか一項に記載のダイズ植物。
【請求項5】
前記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異により、ストップコドンが発生することによるものである、請求項４に記載のダイズ植物。
【請求項6】
ストップコドンが発生する変異が、以下の（５）、（６）、（７）、（８）及びこれらの組み合わせから選択されるものである、請求項５に記載のダイズ植物。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
【請求項7】
ストップコドンが、以下の（９）、（１０）、（１１）、（１２）及びこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列において発生するものである、請求項５に記載のダイズ植物。
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
【請求項8】
請求項１～３のいずれか一項に記載のダイズ植物から得られた種子。
【請求項9】
請求項１～３のいずれか一項に記載のダイズ植物を作出する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、ダイズ植物、その種子及びその作出方法に関する。
【背景技術】
【0002】
国内の大豆生産においては、コンバイン収穫時に莢がはじけて子実がこぼれ落ちることによる収穫量の低下が、大きな問題となっている。この子実が成熟した際に莢がはじける裂莢性は、もともと野生種の生息域拡大に寄与する適応形質である。多くのマメ科植物の莢は、セルロースを主成分とする外層と、リグニンを主成分とする内層の繊維が、互いに４５度ずれており、乾燥につれて垂直方向に収縮することで、ねじれ張力を生じ、莢の縫合部の離層が断裂して、勢いよくはじける。この裂莢による収穫ロスを防ぐため、「フクユタカＡ１号」や「サチユタカＡ１号」などの難裂莢性品種群が育成され、普及が進められているが、これら品種の裂莢による収穫ロスは、収穫時期や収穫方法に応じて２割以上に達することもある。裂莢は乾燥によって加速するため、乾燥化が進む将来、より優れた難裂莢性品種が求められると考えられる。
【0003】
ダイズでは、難裂莢性に関与する２つの遺伝子、Ｐｄｈ１及びＳｈａｔ１－５が知られている（非特許文献１及び２）。Ｐｄｈ１の変異は、顕微的変異を伴わないが、莢片のねじれ張力を減少させる。一方、Ｓｈａｔ１－５の変異は、莢片縫合部の離層を強化することで、莢片のねじれ張力への抵抗性を与える。しかし、これらＰｄｈ１及びＳｈａｔ１－５の変異を２つ積み上げても、ダイズの難裂莢性は不十分であり、さらなる難裂莢性品種の開発が求められている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【非特許文献1】Ｆｕｎａｔｓｕｋｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｏｆ ａ ｓｈａｔｔｅｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｂｏｏｓｔｉｎｇ ｇｌｏｂａｌ ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｏｙｂｅａｎ”，ＰＮＡＳ，１１（５０）１７７９７－１７８０２（２０１４）
【非特許文献2】Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｏｄ ｓｈａｔｔｅｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ ｉｓ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｂｙ ａ ＮＡＣ ｇｅｎｅ ｉｎ ｓｏｙｂｅａｎ”，Ｎａｔｕｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ５，３３５２（２０１４）
【非特許文献3】Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．，“Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｈｉｇｈ－ｄｅｎｓｉｔｙ ｍｕｔａｎｔ ｌｉｂｒａｒｙ ｉｎ ｓｏｙｂｅａｎ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｍｕｔａｎｔ ｒｅｔｒｉｅｖａｌ ｍｅｔｈｏｄ ｕｓｉｎｇ ａｍｐｌｉｃｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ”，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１６：１０１４ Ｎｏｖ ２６（２０１５）
【非特許文献4】Ｐｏｍａｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｏ－４－Ｌｉｎｋｅｄ ｃｏｎｉｆｅｒｙｌ ａｎｄ ｓｉｎａｐｙｌ ａｌｄｅｈｙｄｅｓ ｉｎ ｌｉｇｎｉｆｙｉｎｇ ｃｅｌｌ ｗａｌｌｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｍａｉｎ ｔａｒｇｅｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｗｉｅｓｎｅｒ（ｐｈｌｏｒｏｇｌｕｃｉｎｏｌ－ＨＣｌ）ｒｅａｃｔｉｏｎ”，Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ ２２０，００１７－００２８（２００２）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
本発明の目的は、難裂莢性を示す新規のダイズ植物及びその作出方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本発明者らは、鋭意研究の結果、ダイズにおけるシロイヌナズナの転写因子ＭＹＢ２６の相同遺伝子である４つのＧｍＭＹＢ２６（Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５）のそれぞれに変異が入った２重変異体、３重変異体、及び４重変異体のダイズ植物が難裂莢性を示すことを見出し、本発明を完成した。なお、本明細書におけるダイズの遺伝子名は、ダイズ品種「Ｗｉｌｌｉａｍｓ８２」のゲノムおよびアノテーションのバージョン「Ｗｍ８２.ａ１.ｖ１．１」に基づいている。
【0007】
すなわち、本発明は以下に関する。
［１］
以下の（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
［２］
少なくとも上記（１）及び（２）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているか、又は少なくとも上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、［１］に記載のダイズ植物。
［３］
上記（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、［１］又は［２］に記載のダイズ植物。
［４］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異によるものであり、上記変異が、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択される、［１］～［３］のいずれかに記載のダイズ植物。
［５］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異により、ストップコドンが発生することによるものである、［４］に記載のダイズ植物。
［６］
ストップコドンが発生する変異が、以下の（５）、（６）、（７）、（８）及びこれらの組み合わせから選択されるものである、［５］に記載のダイズ植物。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
［７］
ストップコドンが、以下の（９）、（１０）、（１１）、（１２）及びこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列において発生するものである、［５］に記載のダイズ植物。
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
［８］
［１］～［７］のいずれかに記載のダイズ植物から得られた種子。
［９］
［１］～［７］のいずれかに記載のダイズ植物を作出する方法。
［１］
以下の（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
［２］
少なくとも上記（１）及び（２）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているか、又は少なくとも上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、［１］に記載のダイズ植物。
［３］
上記（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、［１］又は［２］に記載のダイズ植物。
［４］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異によるものであり、上記変異が、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択される、［１］～［３］のいずれかに記載のダイズ植物。
［５］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異により、ストップコドンが発生することによるものである、［４］に記載のダイズ植物。
［６］
ストップコドンが発生する変異が、以下の（５）、（６）、（７）、（８）及びこれらの組み合わせから選択されるものである、［５］に記載のダイズ植物。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
［７］
ストップコドンが、以下の（９）、（１０）、（１１）、（１２）及びこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列において発生するものである、［５］に記載のダイズ植物。
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
［８］
［１］～［７］のいずれかに記載のダイズ植物から得られた種子。
［９］
［１］～［７］のいずれかに記載のダイズ植物を作出する方法。
【0008】
本発明はまた、以下にも関する。
［Ｐ１］
以下の（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
［Ｐ２］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異によるものであり、上記変異が、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択される、［１］に記載のダイズ植物。
［Ｐ３］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異により、ストップコドンが発生することによるものである、［１］又は［２］に記載のダイズ植物。
［Ｐ４］
ストップコドンが発生する変異が、以下の（５）、（６）、（７）、（８）及びこれらの組み合わせから選択されるものである、［３］に記載のダイズ植物。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
［Ｐ５］
ストップコドンが、以下の（９）、（１０）、（１１）、（１２）及びこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列において発生するものである、［３］又は［４］に記載のダイズ植物。
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
［Ｐ６］
［１］～［５］のいずれかに記載のダイズ植物から得られた種子。
［Ｐ７］
［１］～［５］のいずれかに記載のダイズ植物を作出する方法。
［Ｐ１］
以下の（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
［Ｐ２］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異によるものであり、上記変異が、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択される、［１］に記載のダイズ植物。
［Ｐ３］
上記遺伝子の機能の欠損又は抑制が、転写領域の配列の変異により、ストップコドンが発生することによるものである、［１］又は［２］に記載のダイズ植物。
［Ｐ４］
ストップコドンが発生する変異が、以下の（５）、（６）、（７）、（８）及びこれらの組み合わせから選択されるものである、［３］に記載のダイズ植物。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基のアラニンへの置換
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基のアラニンへの置換
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基のアラニンへの置換
［Ｐ５］
ストップコドンが、以下の（９）、（１０）、（１１）、（１２）及びこれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列において発生するものである、［３］又は［４］に記載のダイズ植物。
（９）配列番号２における第３７位に対応するトリプトファン、
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するトリプトファン
（１１）配列番号６における第３７位に対応するトリプトファン
（１２）配列番号８における第３７位に対応するトリプトファン
［Ｐ６］
［１］～［５］のいずれかに記載のダイズ植物から得られた種子。
［Ｐ７］
［１］～［５］のいずれかに記載のダイズ植物を作出する方法。
【発明の効果】
【0009】
本発明によれば、優れた難裂莢性を示すダイズ植物及びその作出方法を提供することができる。また、本発明によれば、裂莢性の程度の異なる難裂莢性ダイズ植物を用いることで、難裂莢性品種の開発において裂莢性を段階的に制御することができる。
【図面の簡単な説明】
【0010】
【図1】実施例の［裂莢性の評価（１）］におけるＧｍＭＹＢ２６の三重変異体と四重変異体の莢形質の違いを示す写真である。Ａ～Ｄはそれぞれの莢の外観を確認した結果を示し、Ｅ及びＦはフロログルシノール塩酸反応で莢のリグニンを染色した結果を示す。
【図2】実施例の［裂莢性の評価（２）］における、相対湿度の低下に応じたＧｍＭＹＢ２６変異体群の非裂莢率の日変化を示すグラフである。グラフの凡例中、７ｇはＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０の変異、８ｇはＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の変異、１３ｇはＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の変異、１５ｇはＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の変異を有することを示す。例えば、７ｇ／１３ｇ／１５ｇは、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５に変異を有する３重変異体であることを指す。
【発明を実施するための形態】
【0011】
［ダイズ植物］
本明細書において、ダイズ又はダイズ植物は、マメ科ダイズ属ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．）を意味する。これは、栽培ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．ｓｕｂｓｐ．ｍａｘ）と野生ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．ｓｕｂｓｐ．ｓｏｊａ（Ｓｉｅｂｏｌｄ＆Ｚｕｃｃ．）Ｈ．Ｏｈａｓｈｉ＝Ｇｌｙｃｉｎｅ ｓｏｊａ Ｓｉｅｂｏｌｄ＆Ｚｕｃｃ．）を含む。
本明細書において、ダイズ又はダイズ植物は、マメ科ダイズ属ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．）を意味する。これは、栽培ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．ｓｕｂｓｐ．ｍａｘ）と野生ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（Ｌ．）Ｍｅｒｒ．ｓｕｂｓｐ．ｓｏｊａ（Ｓｉｅｂｏｌｄ＆Ｚｕｃｃ．）Ｈ．Ｏｈａｓｈｉ＝Ｇｌｙｃｉｎｅ ｓｏｊａ Ｓｉｅｂｏｌｄ＆Ｚｕｃｃ．）を含む。
【0012】
本明細書において、「植物」は、特段の限定がない限り、植物全体、植物細胞、植物プロトプラスト、植物カルス、又は植物の部分、例えば、胚、花粉、胚珠、配偶子、種子、葉、花、枝、果実、茎、根、葯等を含む。
【0013】
裂莢性は、莢がはじけやすい性質を意味し、野生の植物が種子を散布して、生息域を拡大するための性質である。マメ科野生種の莢において、セルロースを主成分とする外層と、リグニンを主成分とする内層の繊維は、互いに４５度ずれている。これらの繊維が乾燥につれて垂直方向に収縮することで、ねじれ張力が生じる。１対の莢片は互いに鏡像方向にねじれるため、莢片縫合部の離層にひずみが生じて断裂すると、抑制されていたねじれ張力が解放されて勢いよく裂莢する。
【0014】
裂莢性に対し、難裂莢性は、莢がはじけにくい性質を意味する。ダイズ植物が難裂莢性であるか否かの判断は、例えば、成熟後の自然裂莢、室内での加熱試験による裂莢、及び／又は刈り遅れを想定した自然裂莢による脱穀損失を基準として判断することができる。
【0015】
ダイズ植物が難裂莢性であるか否かは、裂莢しやすいと知られている品種（例えば、サチユタカ、フクユタカ、エンレイ、ことゆたか）又は既存の難裂莢性品種（例えば、ハヤヒカリ、サチユタカＡ１号、フクユタカＡ１号、えんれいのそら、ことゆたかＡ１号）と比較して当業者が適宜判断することができる。また、野生型対照と比較して裂莢性が低下しているダイズ植物を難裂莢性であると判断してもよい。
【0016】
ここで、野生型対照は、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５のいずれの遺伝子の機能も欠損又は抑制されておらず、裂莢性を示すダイズ植物であってよい。野生型は、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の遺伝子の機能を欠損又は抑制させる前のダイズ植物、すなわち、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５のいずれの遺伝子の機能も欠損又は抑制されていない以外は、これらの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物と同一であるダイズ植物であってもよい。
【0017】
例えば、複数の植物体における成熟後（例えば、全ての莢が褐変した時）の自然裂莢の割合が、裂莢しやすいと知られている品種又は野生型対照と比較して有意に低い場合に、そのダイズ植物を難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、植物体上で褐変した直後の１０以上の非裂莢を収穫し、４０℃の循環式乾燥機で３日間静置した際に、裂莢しやすいと知られている品種又は野生型対照と比較して裂莢の割合（裂莢率ともいう）が有意に低い場合に、そのダイズ植物は難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、植物体上で褐変した直後の１０以上の非裂莢を収穫し、２５℃相対湿度約４０％の循環型恒温機に１５日間静置した際に、裂莢しやすいと知られている品種又は野生型対照と比較して裂莢の割合が有意に低い場合に、そのダイズ植物は難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、刈り遅れ時期（例えば、全ての莢が褐変した後に２週間以上経過した時）の自然裂莢の割合が、裂莢しやすいと知られている品種又は野生型対照と比較して有意に低い場合（すなわち、脱穀損失も低い）に、そのダイズ植物を難裂莢性であると判断してもよい。裂莢しやすいと知られている品種又は野生型対照と比較して低い場合とは、例えば、１／２以下、１／３以下、１／４以下、１／５以下、１／６以下、１／７以下、又は１／１０以下であってもよい。
【0018】
また、ダイズ植物が難裂莢性であるか否かは、所定の基準値に基づき判断してもよい。所定の基準値は、裂莢しやすいと知られている品種又は既存の難裂莢性品種に基づき設定されたものであってもよい。
【0019】
例えば、複数の植物体における成熟後（例えば、全ての莢が褐変した時）の自然裂莢の割合が２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％以下である場合に、そのダイズ植物を難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、植物体上で褐変した直後の１０以上の非裂莢を収穫し、４０℃の循環式乾燥機で３日間静置した際に、裂莢の割合が２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％以下である場合に、そのダイズ植物は難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、植物体上で褐変した直後の１０以上の非裂莢を収穫し、２５℃相対湿度約４０％の循環型恒温機に１５日間静置した際に裂莢の割合が２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％以下である場合に、そのダイズ植物は難裂莢性であると判断してもよい。また、例えば、全ての莢が褐変した後に２週間以上経過した時の複数の植物体における自然裂莢の割合が２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％以下である場合に、そのダイズ植物を難裂莢性であると判断してもよい。
【0020】
Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５は、ダイズにおけるシロイヌナズナの転写因子ＭＹＢ２６の相同遺伝子（ＧｍＭＹＢ２６）であり、これら４つの遺伝子のコードされる４つのタンパク質がそれぞれ転写因子として機能する。したがって、各遺伝子がコードするタンパク質それぞれが転写制御機能（転写因子が有する機能）を有する。タンパク質が転写制御機能を有しているか否かは、公知の転写因子アッセイキット等を用いた手法により調べることができる。
【0021】
なお、「Ｇｌｙｍａ」後「ｇ」前の数値は染色体番号を意味する。したがって、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０は第７染色体、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０は第８染色体、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１は第１３染色体、Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５は第１５染色体に存在する遺伝子である。
【0022】
Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の４つすべての遺伝子の機能が欠損又は抑制されたダイズ植物は難裂莢性を示す。
【0023】
Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０は、配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子であり、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする。なお、配列番号１で表される塩基配列はＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０の転写領域の配列である。
【0024】
Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０は、配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子であり、配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする。なお、配列番号３で表される塩基配列はＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の転写領域の配列である。
【0025】
Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１は、配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子であり、配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする。なお、配列番号５で表される塩基配列はＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の転写領域の配列である。
【0026】
Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５は、配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子であり、配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする。なお、配列番号７で表される塩基配列はＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の転写領域の配列である。
【0027】
本発明は、上記の特定の遺伝子だけでなく、
配列番号１、３、５若しくは７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
配列番号１、３、５若しくは７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
配列番号２、４、６若しくは８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
配列番号２、４、６若しくは８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子の機能が欠損又は抑制された場合でも同様の効果が期待される。
配列番号１、３、５若しくは７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
配列番号１、３、５若しくは７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
配列番号２、４、６若しくは８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
配列番号２、４、６若しくは８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子の機能が欠損又は抑制された場合でも同様の効果が期待される。
【0028】
したがって、本発明の一実施形態において、ダイズ植物は、以下の（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されている。なお、（１）がＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、（２）がＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、（３）がＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、（４）がＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５に対応する。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
【0029】
ダイズ植物は、少なくとも上記（１）及び（２）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているか、又は少なくとも上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってもよい。
【0030】
ダイズ植物は、上記（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも３つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってよく、上記（１）、（２）、（３）及び（４）のすべての遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってもよい。
【0031】
ダイズ植物は、上記（１）及び（２）、上記（１）及び（３）、上記（１）及び（４）、上記（２）及び（３）、上記（２）及び（４）、又は上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている２重変異体であってもよく、上記（１）、（２）及び（３）、上記（１）、（２）及び（４）、上記（１）、（３）及び（４）、又は（２）、（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている３重変異体であってもよく、上記（１）、（２）、（３）及び（４）のすべての遺伝子の機能が欠損又は抑制されている４重変異体であってもよい。
【0032】
なお、本明細書において「２重変異体」、「３重変異体」及び「４重変異体」は、上記（１）、（２）、（３）及び（４）の遺伝子のうち、いくつの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているかを示す。すなわち、（１）、（２）、（３）及び（４）の遺伝子のうち、２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているものを２重変異体、３つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているものを３重変異体、４つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているものを４重変異体と表す。
【0033】
本明細書において、「配列同一性」とは、当該技術分野において公知の数学的アルゴリズムを用いて２つのＤＮＡ塩基配列又はアミノ酸配列をアラインさせた場合の最適なアラインメントにおける、オーバーラップする全ＤＮＡ塩基配列又は全アミノ酸配列に対する同一塩基又はアミノ酸残基の割合（％）を意味する。アラインメントの作成及び配列同一性の算出には、例えば、ＥＭＢＯＳＳ Ｎｅｅｄｌｅ（ＥＭＢＬ－ＥＢＩ提供 ＵＲＬ：ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／）を用いることができる。
【0034】
本明細書において、各塩基配列又はアミノ酸配列に対する配列同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上。９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上であってもよい。
【0035】
本明細書において変異とは、ダイズ植物における各ＧｍＭＹＢ２６遺伝子又はそれによってコードされるタンパク質が、野生型のダイズ植物におけるＧｍＭＹＢ２６遺伝子又はそれによってコードされるタンパク質と少なくとも１塩基又は１アミノ酸残基において異なっていることを意味する。また、変異は、塩基又はアミノ酸残基の欠失、置換、及び／又は付加（挿入）であってもよい。
【0036】
本明細書において、塩基の欠失とは、遺伝子（ＤＮＡ）においてヌクレオチド塩基の一部が欠け、塩基数が変化する（減る）ことを意味する。アミノ酸残基の欠失とは、タンパク質においてアミノ酸残基の一部が欠失し、アミノ酸数が変化（減る）ことを意味する。
【0037】
本明細書において、塩基の置換とは、遺伝子（ＤＮＡ）においてヌクレオチド塩基の一部が別の塩基に置き換わることを意味する。アミノ酸残基の置換とは、タンパク質においてアミノ酸残基の一部が別のアミノ酸残基に置き換わることを意味する。１塩基対の置換の中でも、例えば、アミノ酸に変化をもたらさないサイレント変異、機能的に同種のアミノ酸に変わるニュートラル変異は、各遺伝子がコードするタンパク質への転写制御機能への影響が少ないと予想される。
【0038】
本明細書において、塩基の付加（挿入）とは、遺伝子（ＤＮＡ）においてヌクレオチド塩基の一部が追加され、塩基数が変化（増える）ことを意味する。アミノ酸残基の付加とは、タンパク質においてアミノ酸残基の一部が追加され、アミノ酸数が変化（増える）ことを意味する。
【0039】
欠失、置換又は付加される塩基又はアミノ酸残基の数は、例えば、１～３０個、１～２０個、１～１５個、１～１０個、１～６個、１～５個、１～４個、１～３個、又は１若しくは２個であってもよい。
【0040】
本明細書において、遺伝子の機能が欠損又は抑制されているとは、各遺伝子がノックアウト及び／若しくは発現量が低減されていること、並びに／又は発現産物の機能が欠失及び／若しくは低下されていることを意味する。遺伝子の機能を欠損又は抑制させる方法は、当業者に公知の方法により行うことができる。遺伝子の機能の欠損又は抑制は、遺伝子における変異以外によるものであってもよく、遺伝子における変異によるものであってもよい。
【0041】
遺伝子における変異以外によるものである場合、例えば、各遺伝子を標的とするアンチセンス核酸、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ等のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を誘導する核酸並びにリボザイム等を形質転換した形質転換体を作出することで各遺伝子の発現量を低減（ノックダウン）することが挙げられる。通常遺伝子の発現が低減されると、その発現産物（発現により生じるＲＮＡ又はタンパク質）量も低減する。また、例えば、各遺伝子の転写領域（ＯＲＦ又はｃＤＮＡ）以外の、転写や翻訳に関連する箇所（例えば、調節領域、非翻訳領域）における変異により、各遺伝子の転写量を低減させたり、翻訳を阻害したりすることもできる。
【0042】
遺伝子における変異によるものである場合、変異は各遺伝子の転写領域（ＯＲＦ又はｃＤＮＡ）上に存在する。変異としては、例えば、導入することにより各目的遺伝子の発現量を低減（ノックダウン）する変異、目的遺伝子の機能を欠損（ノックアウト）させる変異が挙げられる。変異を導入する方法としては、例えば、外来因子の挿入による方法、変異原処理による方法、ゲノム編集技術による方法、及び機能欠損型の遺伝子を導入する方法が挙げられる。外来因子の挿入による方法としては、例えば、トランスポゾン及びＴ－ＤＮＡ等を利用したもの挙げられる。変異原処理としては、例えば、エチルメタンスルホン酸（ＥＭＳ）、Ｎ－メチル－Ｎ－ニトロソグアニジン（ＮＴＧ）及び亜硝酸等の化学的変異原を使用した処理、並びにガンマ線及び重イオンビーム等の物理的変異源を使用した処理が挙げられる。ゲノム編集技術としては、例えば、転写活性化因子様ヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）及びＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９が挙げられる。これらの方法により、遺伝子における変異、すなわち塩基の欠失、付加、置換などにより目的遺伝子の遺伝子配列を変更して遺伝子の発現を低減したり、遺伝子機能を欠損させたりすることができる。また、目的遺伝子への変異の導入により、その発現産物の機能を欠失させたり、低下させたりすることができる。例えば、遺伝子の変異によりコードされるタンパク質におけるアミノ酸が変化し、本来（野生型）のタンパク質が有する機能が欠失したり低下したりすることもある。
【0043】
各遺伝子の機能の欠損又は抑制が遺伝子における変異又は転写領域以外の転写や翻訳に関連する領域のＤＮＡにおける変異によるものである場合、例えば、変異は、１若しくは複数の塩基の欠失、１若しくは複数の塩基の挿入、及び１若しくは複数の塩基の置換、並びにこれらの組み合わせから選択されるものであってもよい。各遺伝子の機能の欠損又は抑制は、各遺伝子の機能の欠損又は抑制を目的とする変異であるため、１塩基～数塩基の変異に留まる必要はなく、比較的長い塩基の挿入であったり、遺伝子の大部分又は全体を欠損するような変異であったりしてもよい。
【0044】
変異が２塩基以上の変異である場合、連続した塩基が変異していてもよく、連続しない塩基の変異であってもよく、これらの組み合わせであってもよい。
【0045】
１若しくは複数の塩基の欠失は、例えば、遺伝子全体の欠失であってもよく、１～８００塩基、１～５００塩基、１～４００塩基、１～３００塩基、１～２００塩基、１～１００塩基、１～５０塩基、１～２０塩基、１～１０塩基、１～５塩基、１～３塩基、１若しくは２塩基、又は１塩基の欠失であってもよい。
【0046】
１若しくは複数の塩基の挿入は、例えば、１～８００塩基、１～５００塩基、１～４００塩基、１～３００塩基、１～２００塩基、１～１００塩基、１～５０塩基、１～２０塩基、１～１０塩基、１～５塩基、１～３塩基、１若しくは２塩基、又は１塩基の挿入であってもよい。
【0047】
１若しくは複数の塩基の置換は、例えば、１～８００塩基、１～５００塩基、１～４００塩基、１～３００塩基、１～２００塩基、１～１００塩基、１～５０塩基、１～２０塩基、１～１０塩基、１～５塩基、１～３塩基、１若しくは２塩基、又は１塩基の置換であってもよい。
【0048】
上記の欠失、挿入、置換は、連続した塩基にて生じてもよい。２００塩基の欠失を例として挙げると、例えば、連続した２００塩基の欠失であってもよく、１００塩基の欠失が２箇所で生じていてもよい。
【0049】
変異は、塩基の欠失及び／又は挿入によりフレームシフトを生じる変異（フレームシフト変異）、１塩基が変化することにより、その遺伝子がコードするタンパク質を構成するアミノ酸のうちの１つが別のアミノ酸に置換される変異（ミスセンス変異）、及び１塩基が変化することにより、その遺伝子がコードするタンパク質を構成するアミノ酸のうちの１つがストップ（終始）コドンに変化する変異（ナンセンス変異）から選択される１以上を含んでもよい。
【0050】
遺伝子における変異が１若しくは複数の塩基の置換を含む場合、少なくとも１塩基においてミスセンス変異又はナンセンス変異が生じているものであってもよい。
【0051】
また、各遺伝子の機能の欠損又は抑制が、各遺伝子における変異により、ストップコドンが発生することによるものであってもよい。各遺伝子における変異により、ストップコドンが発生する場合としては、上述したナンセンス変異によるもの及びフレームシフトによるものが挙げられる。ナンセンス変異又はフレームシフト等によりストップコドンが発生することで、野生型よりも短いタンパク質が生じることとなる。ナンセンス変異は、トリプトファンがストップコドンに変換されるものであってもよい。
【0052】
ナンセンス変異が生じる位置は特に限定されないが、例えば、
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基
であってよく、これらがアラニンへ置換されるものであってもよい。なお、配列番号９における第１４９位の塩基、配列番号１０における第６３９位の塩基、配列番号１１における第３１５位の塩基、及び配列番号１２における第２７３位の塩基はいずれもグアニンである。
（５）配列番号９における第１４９位に対応する塩基
（６）配列番号１０における第６３９位に対応する塩基
（７）配列番号１１における第３１５位に対応する塩基
（８）配列番号１２における第２７３位に対応する塩基
であってよく、これらがアラニンへ置換されるものであってもよい。なお、配列番号９における第１４９位の塩基、配列番号１０における第６３９位の塩基、配列番号１１における第３１５位の塩基、及び配列番号１２における第２７３位の塩基はいずれもグアニンである。
【0053】
また、これらをアミノ酸配列で表すと、
（９）配列番号２における第３７位に対応するアミノ酸残基
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するアミノ酸残基
（１１）配列番号６における第３７位に対応するアミノ酸残基
（１２）配列番号８における第３７位に対応するアミノ酸残基
となり、これらがストップコドンに変換されるものであってもよい。なお、配列番号２における第３７位のアミノ酸残基、配列番号４における第１０８位のアミノ酸残基、配列番号６における第３７位のアミノ酸残基、及び配列番号８における第３７位のアミノ酸残基はいずれもトリプトファンである。
（９）配列番号２における第３７位に対応するアミノ酸残基
（１０）配列番号４における第１０８位に対応するアミノ酸残基
（１１）配列番号６における第３７位に対応するアミノ酸残基
（１２）配列番号８における第３７位に対応するアミノ酸残基
となり、これらがストップコドンに変換されるものであってもよい。なお、配列番号２における第３７位のアミノ酸残基、配列番号４における第１０８位のアミノ酸残基、配列番号６における第３７位のアミノ酸残基、及び配列番号８における第３７位のアミノ酸残基はいずれもトリプトファンである。
【0054】
また、（１）、（２）、（３）及び（４）の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物における、機能が欠損又は抑制されている遺伝子の配列は、
（１３）配列番号２１で表される塩基配列からなる遺伝子
（１４）配列番号２３で表される塩基配列からなる遺伝子
（１５）配列番号２５で表される塩基配列からなる遺伝子
（１６）配列番号２７で表される塩基配列からなる遺伝子
であってもよく、これらがそれぞれコードするタンパク質は、
（１７）配列番号２２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（１８）配列番号２４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（１９）配列番号２６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（２０）配列番号２８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
であってもよい。
（１３）配列番号２１で表される塩基配列からなる遺伝子
（１４）配列番号２３で表される塩基配列からなる遺伝子
（１５）配列番号２５で表される塩基配列からなる遺伝子
（１６）配列番号２７で表される塩基配列からなる遺伝子
であってもよく、これらがそれぞれコードするタンパク質は、
（１７）配列番号２２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（１８）配列番号２４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（１９）配列番号２６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
（２０）配列番号２８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子
であってもよい。
【0055】
ストップコドンの発生により生じた野生型よりも短いタンパク質は、例えば、１０～３００個、２０個～２００個、３０個～１５０個、３０個～１１０個、又は３６個～１０７個のアミノ酸からなるものであってもよい。また、野生型と比較して、例えば、１０～３４０個、５０～３３０個、１００～３３０個、２００～３３０個、２３０個～３２０個、又は２４５個～３１６個のアミノ酸残基分短いタンパク質であってもよい。
【0056】
各遺伝子の機能が欠損又は抑制されているかは、実際に、例えば、遺伝子の発現量、転写産物、転写量、コードされるタンパク質の活性等を分析することで確認することができる。
【0057】
また、各遺伝子の配列又は各遺伝子がコードするタンパク質の配列から推測することもできる。例えば、ナンセンス変異やフレームシフトによりストップコドンが発生する場合であれば、タンパク質が野生型よりも短くなることでタンパク質の機能、すなわち発現産物の機能が欠失及び／若しくは低下していることが予測できる。各遺伝子の配列は、当業者に周知の方法により解析することができる。例えば、常法によりダイズ植物からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡシーケンス解析を実施する方法等が挙げられる。
【0058】
各遺伝子がノックアウト及び／若しくは発現量が低減されていること、又は発現産物の発現量が低減していることは、特に限定されないが、例えば、野生型のダイズ植物と比較して５０％以下、４０％以下、３０％以下、２０％以下、１０％以下、５％以下又は１％以下に低減している場合であってもよい。
【0059】
各遺伝子の発現量及び／又は発現産物の発現量は、例えば、リアルタイムＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、及びノーザンブロッティング等によって、当業者に公知の方法で測定することができる。
【0060】
各遺伝子の発現産物の機能は、当業者に公知の方法、例えば、公知の転写因子アッセイキット等を用いた手法によって測定することができる。
【0061】
上述したように、ＧｍＭＹＢ２６の４つの遺伝子の機能の欠損又は抑制により、そのダイズ植物が難裂莢性を示すため、各遺伝子がノックアウト及び／若しくは発現量が低減されていること、並びに／又は発現産物の機能が欠失及び／若しくは低下されていることを、そのダイズ植物が難裂莢性を示すことで確認してもよい。
【0062】
各遺伝子の機能の欠損又は抑制が遺伝子における変異によるものである場合、ダイズ植物は当該変異を有する遺伝子（変異型遺伝子）が対立遺伝子の両方に存在するホモ接合体でも片方の対立遺伝子のみに存在するヘテロ接合体でもよいが、ホモ接合体であることが好ましい。
【0063】
［ダイズ植物の作出方法］
本発明は、一実施形態として、上述したダイズ植物を作出する方法も提供する。本実施形態に係る作出方法により、難裂莢性を示すダイズ植物を作出することができる。本実施形態に係るダイズ植物の作出方法は、上述した本実施形態に係るダイズ植物の態様を限定なく適用することができる。
本発明は、一実施形態として、上述したダイズ植物を作出する方法も提供する。本実施形態に係る作出方法により、難裂莢性を示すダイズ植物を作出することができる。本実施形態に係るダイズ植物の作出方法は、上述した本実施形態に係るダイズ植物の態様を限定なく適用することができる。
【0064】
具体的には、例えば、以下の（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されている、ダイズ植物を作出する方法である。
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（１）（ｉ）配列番号１で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号１で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号１で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号２で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号２で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（２）（ｉ）配列番号３で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号３で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号３で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号４で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号４で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（３）（ｉ）配列番号５で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号５で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号５で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号６で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号６で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
（４）（ｉ）配列番号７で表される塩基配列からなる遺伝子、
（ｉｉ）配列番号７で表される塩基配列と９０％以上の配列同一性を有する塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｉｉ）配列番号７で表される塩基配列において、１～３０個の塩基が欠失、置換又は付加されている塩基配列からなる遺伝子であって、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、
（ｉｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、
（ｖ）配列番号８で表されるアミノ酸配列と９０％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子、又は
（ｖｉ）配列番号８で表されるアミノ酸配列において１～１０個のアミノ酸残基が欠失、置換又は付加されているアミノ酸配列からなり、転写制御機能を有するタンパク質をコードする遺伝子
【0065】
作出されるダイズ植物は、少なくとも上記（１）及び（２）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているか、又は少なくとも上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってもよい。
【0066】
作出されるダイズ植物は、上記（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも３つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってよく、上記（１）、（２）、（３）及び（４）のすべての遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物であってもよい。
【0067】
作出されるダイズ植物は、上記（１）及び（２）、上記（１）及び（３）、上記（１）及び（４）、上記（２）及び（３）、上記（２）及び（４）、又は上記（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている２重変異体であってもよく、上記（１）、（２）及び（３）、上記（１）、（２）及び（４）、上記（１）、（３）及び（４）、又は（２）、（３）及び（４）の遺伝子の機能が欠損又は抑制されている３重変異体であってもよく、上記（１）、（２）、（３）及び（４）のすべての遺伝子の機能が欠損又は抑制されている４重変異体であってもよい。
【0068】
（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物（２重変異体、３重変異体、又は４重変異体）を作出する方法は、（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物を準備する工程を含んでよい。
【0069】
（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物（変異体）は、（１）、（２）、（３）及び（４）からなる群から選択される１の変異体、２重変異体、３重変異体又は４重変異体であってよい。２重変異体及び３重変異体における（１）～（４）の組み合わせは特に限定されず、最終的に作出するダイズ植物が有する変異に合わせて準備すればよい。
【0070】
遺伝子の機能の欠損又は抑制は、上述した各遺伝子における変異以外によるものであってもよく、各遺伝子における変異によるものであってもよい。遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物は、例えば、下記の方法により準備することができる。
【0071】
各遺伝子における変異以外による方法としては、例えば、各遺伝子を標的とする、アンチセンス核酸、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ等のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を誘導する核酸やリボザイム等をアグロバクテリウム法などによりダイズ植物に形質転換し、形質転換ダイズ植物を作出することが挙げられる。
【0072】
各遺伝子又は転写領域以外の転写や翻訳に関連する領域のＤＮＡに変異を導入する方法としては、例えば、外来因子の挿入による方法、変異原処理による方法、ゲノム編集技術による方法、及び機能欠損型の遺伝子を導入する方法が挙げられる。例えば、トランスポゾン又はＴ－ＤＮＡの挿入や、ＥＭＳ等の変異原処理によりランダムに変異を導入し、その中から各遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物を選抜してもよく、機能欠損型の各遺伝子をベクターを利用してアグロバクテリウム法などにより形質転換した形質転換ダイズ植物を作出してもよく、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬＥＮ又はＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を利用して各遺伝子を標的として変異を導入してもよい。また、例えば、トランスポゾン又はＴ－ＤＮＡがランダムに挿入されたダイズ植物の変異体ライブラリー、及びＥＭＳ等の変異原処理によりランダムに変異が導入されたダイズ植物の変異体ライブラリー等から各遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物を選抜してもよい。なお、ＥＭＳ処理によりランダムに変異が導入されたダイズ植物の変異体ライブラリーとしては、例えば、Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１６：１０１４ Ｎｏｖ ２６（２０１５）に記載のものがある。
【0073】
変異の導入により（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物（変異体）を準備する場合、準備工程は、ダイズ植物に対して変異を導入する変異導入工程を含んでいてもよい。また、ランダムに変異が導入される方法を利用する場合、変異導入工程の後にさらに選別工程を含んでいてもよい。また、上述したようなランダムに変異が導入されたダイズ植物の変異体ライブラリーを利用する場合にも選別工程を含んでいてもよい。選別工程では、目的の遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物が選抜される。
【0074】
また、当該変異に関して各ダイズ植物はヘテロ接合体でもよく、ホモ接合体でもよいが、ホモ接合体であることが好ましい。本願発明の効果が顕著になる観点から、少なくとも２つの遺伝子の変異、３つの遺伝子の変異、又は４つの遺伝子の変異すべてについてダイズ植物がホモ接合体であることが好ましい。
【0075】
各遺伝子の機能が欠損又は抑制されているかは、上述した方法で確認することができる。各遺伝子の配列から各遺伝子の機能が欠損又は抑制されているかを確認する場合、例えば、常法によりダイズ植物からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡシーケンス解析を実施し、野生型ダイズ植物の遺伝子の配列と比較することで変異の有無を確認することができる。また、遺伝子配列の長さが変異により変化する場合には、例えば、常法によりダイズ植物からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡを鋳型にＰＣＲを実施してそのＰＣＲ産物の長さを野生型ダイズ植物の長さを比較することで確認することができる。また、遺伝子における塩基が変化する場合には、例えば、常法によりダイズ植物からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡを鋳型にＰＣＲを実施し、野生型又は変異型のＰＣＲ産物のいずれかを特異的に切断する制限酵素で処理し、ＤＮＡ断片数により確認することができる。ＰＣＲ産物の長さやＤＮＡ断片数により変異を確認できる場合、野生型か変異型かだけでなく、野生型と変異型のヘテロ型であるか、変異型のホモ型であるかも確認することができる。
【0076】
例えば、各遺伝子の変異が、配列番号９における第１４９位に対応するグアニンのアラニンへの置換、配列番号１０における第６３９位に対応するグアニンのアラニンへの置換、配列番号１１における第３１５位に対応するグアニンのアラニンへの置換、配列番号１２における第２７３位に対応するグアニンのアラニンへの置換であった場合、常法によりダイズ植物からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡを鋳型にプライマーセット（例えば、下記の表１）を用いてＰＣＲを実施し、ＰＣＲ産物を制限酵素（例えば、表２に記載のＥｃｏＲＩ及びＳａｃＩ）で処理することで、ＤＮＡ断片数の違いにより野生型又は変異型であると判別することができる。なお、表１のプライマーセット及び表２の制限酵素を用いた場合においては、ＤＮＡ断片数が１の場合には野生型、ＤＮＡ断片数が２の場合には変異型と判断することができる。制限酵素は、ＤＮＡ断片数により判断できるようにＰＣＲ産物を切断できるものであれば特に限定されない。また、プライマーセットも、ＤＮＡ断片数により判断できるようにＰＣＲ産物を増幅できるものであれば特に限定されず、例えば、表１のフォワードプライマー及びリバースプライマーそれぞれと９０％以上、９２％以上、９５％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有するプライマーのセットを用いてもよく、それよりも外側又は内側を挟み込むように増幅させるプライマーセットを使用してもよい。
【0077】
【表1】
【0078】
【表2】
【0079】
（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物（変異体）が、（１）、（２）、（３）及び（４）からなる群から選択される１の変異体、２重変異体又は３重変異体であった場合、これらのダイズ植物を交配することで、（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される少なくとも２つの遺伝子の機能が欠損又は抑制されているダイズ植物（２重変異体、３重変異体、又は４重変異体）を作出してもよい。上述したように、２重変異体及び３重変異体における組み合わせは特に限定されず、交配の組み合わせや交配の順番も特に限定されない。したがって、本実施形態に係る作出方法は、（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されている第１の変異体と、（１）、（２）、（３）及び（４）から選択される１以上の機能が欠損又は抑制されている第２の変異体とを交配する工程を含んでもよい（ここで、第１及び第２の変異体は４重変異体ではなく、第２の変異体は（１）～（４）のうちの第１の変異体とは異なる少なくとも１つの遺伝子における変異を含む）。また、第１の変異体と第２の変異体の交配後代（Ｆ１）を第３の変異体と交配する工程（ここで、第３の変異体は４重変異体ではなく、（１）～（４）のうちの上記交配後代とは異なる少なくとも１つの遺伝子における変異を含む）、さらにその交配後代（Ｆ１）を第４の変異体と交配する工程を含んでもよい（ここで、第４の変異体は４重変異体ではなく、（１）～（４）のうちの上記交配後代とは異なる少なくとも１つの遺伝子における変異を含む）。
【0080】
一例として、（１）の変異体、（２）の変異体、（３）の変異体、（４）の変異体を選別し、（１）の変異体、（３）の変異体、（４）の変異体を用いて交配により（１）及び（４）の２重変異体、（１）及び（３）の２重変異体を作出し、この２重変異体同士を交配して（１）、（３）、及び（４）の３重変異体を作出し、この３重変異体に（２）の変異体を交配して、（１）、（２）、（３）、及び（４）の４重変異体を作出することが挙げられる。
【0081】
２重変異体、３重変異体、又は４重変異体を作出後、さらに他のダイズ植物との交配により、難裂莢性を維持しつつ、より優れた形質を有するダイズ植物を作出することもできる。
【0082】
本実施形態に係る作出方法は、ダイズ植物の製造方法と表すこともできる。当該方法は、作出したダイズ植物を収穫する工程をさらに含んでもよい。
【実施例0083】
[ダイズ変異原処理集団からのＧｍＭＹＢ２６変異体の選抜]
日本のダイズ品種「エンレイ」の種子を０．３５％のＥＭＳで処理し、栽培した植物から採種した種子（Ｍ２世代）に、改めて０．３５％のメタンスルホン酸エチルを処理し、栽培した植物（Ｍ１’世代）から採種した。その種子を栽培した１，５３６個体の植物（Ｍ２’世代）から抽出したゲノムＤＮＡと採種した種子（Ｍ３’世代）が対になって個別に保存されている（Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１６：１０１４ Ｎｏｖ ２６（２０１５））。スクリーニングを効率化するため、これらのＤＮＡは濃度を均一に調整した上で１６個体ずつ１プールとして混合されており、すなわち１，５３６個体の変異原集団が９６種類のＤＮＡプールに集約されている。この各ＤＮＡプールを鋳型に、４つのＧｍＭＹＢ２６（Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５）を表３のプライマーを用いてＰＣＲ増幅し、その後、上記Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）に記載されているアンプリコンシーケンス法により、表４の突然変異を選抜した。
日本のダイズ品種「エンレイ」の種子を０．３５％のＥＭＳで処理し、栽培した植物から採種した種子（Ｍ２世代）に、改めて０．３５％のメタンスルホン酸エチルを処理し、栽培した植物（Ｍ１’世代）から採種した。その種子を栽培した１，５３６個体の植物（Ｍ２’世代）から抽出したゲノムＤＮＡと採種した種子（Ｍ３’世代）が対になって個別に保存されている（Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１６：１０１４ Ｎｏｖ ２６（２０１５））。スクリーニングを効率化するため、これらのＤＮＡは濃度を均一に調整した上で１６個体ずつ１プールとして混合されており、すなわち１，５３６個体の変異原集団が９６種類のＤＮＡプールに集約されている。この各ＤＮＡプールを鋳型に、４つのＧｍＭＹＢ２６（Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５）を表３のプライマーを用いてＰＣＲ増幅し、その後、上記Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．（２０１５）に記載されているアンプリコンシーケンス法により、表４の突然変異を選抜した。
【0084】
【表3】
【0085】
【表4】
【0086】
詳細には、増幅した各遺伝子のＰＣＲ産物のモル比が同じになるようにプール毎に混合し、これらをＮｅｘｔｅｒａＸＴ ＤＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐ Ｋｉｔ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）を用いてＤＮＡを断片化し、ＤＮＡプールを識別するインデックス配列を付与し、シーケンスライブラリーを作成した。次に、９６種類のライブラリーを１つに混合した上で、次世代型シーケンサーＭｉＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）による塩基配列解読を行い、塩基配列データに含まれるインデックス配列を使って付属のソフトウェアでそれぞれのＤＮＡプールのデータに分割した。次世代シーケンス解析ソフトＣＬＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（キアゲン社）を用いて塩基配列データを各遺伝子のリファレンス配列にマッピングし、それぞれのＤＮＡプールに含まれる変異配列を検出し、各遺伝子の予測アミノ酸配列にストップコドン変異を生じる変異配列を含むＤＮＡプールを特定した。そのＤＮＡプールを構成していた１６個体の植物のＤＮＡを鋳型として、表３のプライマーを用いて該当遺伝子をＰＣＲ増幅し、サンガー法による塩基配列解析を行い、突然変異を持つＭ２’世代の植物を特定し、Ｍ３’世代の種子をストックから取り出して栽培した。選抜したトリプトファン＝Ｗ（ＵＧＧ）がストップコドン＝＊（ＵＧＡ）となる変異は、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１、及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５において予測アミノ酸配列の３７番目、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０において予測アミノ酸配列の１０８番目に存在する（表５）。これらのうち、Ｇｌｙｍａ１５ｇ０２９５５以外の変異はヘテロ型であったため、Ｍ４’世代の植物を栽培して、表３のプライマーを用いてＰＣＲ増幅し、サンガー法による塩基配列解析により、４つのＧｍＭＹＢ２６の変異型ホモ個体を選抜した。
【0087】
【表5】
【0088】
［ＧｍＭＹＢ２６多重変異体の作出］
上述の変異型ホモ個体間の雑種の自殖後代からＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体に加え、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０及びＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の２重変異体を選抜した。それら２重変異体同士を交雑して作出したＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体に、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の変異体を交雑することで、４重変異体を作出した。その際、表３のプライマーを用いたＰＣＲ産物（表４）を、表６の配列特異的に切断する制限酵素で処理し、アガロースゲル電気泳動により視覚化したＤＮＡ断片数により、分離集団の遺伝子型を、野生型ホモ、ヘテロ型、変異型ホモの３型に分けた。
上述の変異型ホモ個体間の雑種の自殖後代からＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体に加え、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０及びＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の２重変異体を選抜した。それら２重変異体同士を交雑して作出したＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体に、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の変異体を交雑することで、４重変異体を作出した。その際、表３のプライマーを用いたＰＣＲ産物（表４）を、表６の配列特異的に切断する制限酵素で処理し、アガロースゲル電気泳動により視覚化したＤＮＡ断片数により、分離集団の遺伝子型を、野生型ホモ、ヘテロ型、変異型ホモの３型に分けた。
【0089】
【表6】
【0090】
［裂莢性の評価（１）］
交雑の過程で得られたＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０及びＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の２重変異体、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体は、茨城県つくば市の２０℃以上に管理された温室で５リットルのプランターで栽培した際に、栽培中の植物体上で裂莢が認められた上、褐変直後の各１０以上の非裂莢を封筒に収穫して、４０℃の循環式乾燥機で３日間静置したところ全てが裂莢した。
交雑の過程で得られたＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０及びＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の２重変異体、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体は、茨城県つくば市の２０℃以上に管理された温室で５リットルのプランターで栽培した際に、栽培中の植物体上で裂莢が認められた上、褐変直後の各１０以上の非裂莢を封筒に収穫して、４０℃の循環式乾燥機で３日間静置したところ全てが裂莢した。
【0091】
４重変異体とその作出の過程で得られたＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体について、茨城県つくば市の２０℃以上に管理された温室で５リットルのプランターで栽培した後、褐変直後の各１０以上の非裂莢を封筒に収穫して、４０℃の循環式乾燥機で３日間静置したところ、３重変異体は全て裂莢したが、４重変異体は全く裂莢しなかった（図１のＡとＢ）。その後、４重変異体の莢片を人為的に分割して４０℃の循環式乾燥機に３日間静置したところ、三重変異体では１粒莢の莢片が約１／２回転、２粒莢と３粒莢の莢片が約１回転ねじれたが、４重変異体では莢片にややゆがみが生じた程度であった（図１のＣとＤ）。４重変異体の難裂莢性及び莢片ねじれ数の変異の要因を明らかにするため、Ｐｏｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ ２２０，００１７－００２８（２００２）に記載された方法にて、リグニンを特異的に赤染色するフロログルシノール塩酸反応を莢に適用した。その結果、４重変異体の莢片内層のリグニンは、三重変異体と比較して薄くなっていることが明らかとなった（図１のＥとＦ）。
【0092】
［裂莢性の評価（２）］
その後、上述の４重変異体の選抜に利用した雑種集団（Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の変異体との雑種第２世代）から、以下の変異型ホモ系統６系統を選抜した。
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の２重変異体
・Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
その後、上述の４重変異体の選抜に利用した雑種集団（Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の変異体との雑種第２世代）から、以下の変異型ホモ系統６系統を選抜した。
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の２重変異体
・Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
・Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０とＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の３重変異体
【0093】
これらと先の４重変異体に加え、変異体群の原品種（野生型）である「エンレイ」と既存の難裂莢品種である「えんれいのそら」を含む９系統を植物材料とした。なお、「えんれいのそら」は、北海道品種「ハヤヒカリ」に由来する難裂莢遺伝子（非機能型Ｐｄｈ１アリル）を、ＤＮＡマーカーで選抜しながら「エンレイ」に５回戻し交雑した後代から開発された品種である。
【0094】
これらを茨城県つくば市の２５℃以上に管理された温室で５リットルのプランターにより栽培し、各個体あたり収穫した１０莢を、２５℃相対湿度約４０％の循環型恒温機に１５日間、続いて、２５℃相対湿度約１２％のタイトボックスに１５日間静置した。裂莢は乾燥により加速することが知られており（Ｃａｖｉｎｅｓｓ Ｃ． １９６５ Ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｒｅｌａｔｉｖｅ ｈｕｍｉｄｉｔｙ ｏｎ ｐｏｄ ｄｅｈｉｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｏｙｂｅａｎｓ． Ｃｒｏｐ Ｓｃｉ ５： ５１１－５１３）、相対湿度４０％処理は日本のダイズの収穫期である秋の湿度を模倣した弱い処理、相対湿度１２％処理は極度の乾燥環境を模倣した強い処理として設定した。
【0095】
その結果、相対湿度４０％処理において、４重変異体と「えんれいのそら」は１５日間まったく裂莢しなかった一方で、「エンレイ」は６日目ですべて裂莢した（図２）。同条件において、非裂莢率の程度に差はあるものの、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０の２重変異体、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５との２重変異体、並びに、Ｇｌｙｍａ０７ｇ０１０５０、Ｇｌｙｍａ０８ｇ２０４４０、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１及びＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５から選択される３つの変異を有する３重変異体は、いずれも難裂莢性を示した。特に、Ｇｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５との２重変異体の非裂莢率は約８割と、もう一方のオルソログ対であるＧｌｙｍａ０７ｇ０１０５０とＧｌｙｍａ０８ｇ２０４４０との２重変異体の非裂莢率（約３割）よりも優れた難裂莢性を示した。
【0096】
さらに相対湿度１２％処理の１５日目（合算で３０日目）では、４重変異体は約８割、「えんれいのそら」は約５割の非裂莢率を保ち、その他は全て裂莢した（図２）。したがって、４重変異体は、現在の日本の環境はもちろん、世界的な環境変動により拡大している乾燥環境においても、高度の難裂莢性を提供できる可能性が示唆された。
【0097】
現在、「えんれいのそら」をはじめとする非機能型Ｐｄｈ１アリルを導入した難裂莢品種群が開発されてきているが、乾燥と収穫遅延によって、裂莢による収穫ロスは２割以上に達することがあるため、さらに優れた難裂莢品種が求められている。ただし、難裂莢性を強化しすぎると、既存のコンバインでは莢から脱粒させることができず、排出口から未脱粒の子実が排出される恐れがあるため、裂莢性を段階的に制御することが求められる。したがって、本評価における結果から、強い難裂莢性を示す４重変異体だけでなく、４重変異体よりも難裂莢性が低い他のＧｌｙｍａ１３ｇ４２４３１とＧｌｙｍａ１５ｇ０２９５５の２重変異体等も、例えば、既存の難裂莢品種群（非機能型Ｐｄｈ１アリル）に組み合わせることでより優れた難裂莢品種の開発に利用できることが示唆される。このような、多重変異体により裂莢性を段階的に制御できるという知見は、多様な環境及び条件において収穫ロスを低減するための難裂莢品種の開発に大きく貢献することが期待される。
【0098】
［裂莢性の評価（１）及び（２）の結果の違いに関する考察］
前述した［裂莢性の評価（１）］では、莢を４０℃の循環式乾燥機で３日間静置することで取得しているが、［裂莢性の評価（２）］では、２５℃を保ち相対湿度４０％に１５日間つづいて相対湿度１２％に１５日間静置して取得した（図２参照）。［裂莢性の評価（１）］の条件は、裂莢を強く誘導する処理であったため、２重変異体及び３重変異体が裂莢したが、［裂莢性の評価（２）］において、相対湿度４０％の際には２重変異体及び３重変異体は１５日間難裂莢性を示した。
前述した［裂莢性の評価（１）］では、莢を４０℃の循環式乾燥機で３日間静置することで取得しているが、［裂莢性の評価（２）］では、２５℃を保ち相対湿度４０％に１５日間つづいて相対湿度１２％に１５日間静置して取得した（図２参照）。［裂莢性の評価（１）］の条件は、裂莢を強く誘導する処理であったため、２重変異体及び３重変異体が裂莢したが、［裂莢性の評価（２）］において、相対湿度４０％の際には２重変異体及び３重変異体は１５日間難裂莢性を示した。
【0099】
［裂莢性の評価（１）］における４０℃の循環式乾燥機で３日間静置という評価と比較して、［裂莢性の評価（２）］における２５℃で相対湿度４０％の１５日間による裂莢性の評価は、現在の日本のダイズの収穫時（秋）における温度・湿度・完熟後日数により近い条件であるため、より実際の栽培環境に即したものとなっている。したがって、［裂莢性の評価（２）］は、より現実的な条件下での裂莢傾向を把握するための指標として、［裂莢性の評価（１）］よりも好ましいと考えられる。
【図1】
【図2】
【配列表】