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特許7157063糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体及び測定方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2022-10-11
(45)【発行日】2022-10-19
(54)【発明の名称】糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体及び測定方法
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/53 20060101AFI20221012BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20221012BHJP
   C12N 1/15 20060101ALI20221012BHJP
   C12N 1/19 20060101ALI20221012BHJP
   C12N 1/21 20060101ALI20221012BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20221012BHJP
   C12Q 1/26 20060101ALI20221012BHJP
   C12N 15/31 20060101ALI20221012BHJP
【FI】
C12N15/53 ZNA
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12Q1/26
C12N15/31
【請求項の数】 6
(21)【出願番号】P 2019539668
(86)(22)【出願日】2018-08-31
(86)【国際出願番号】 JP2018032389
(87)【国際公開番号】W WO2019045052
(87)【国際公開日】2019-03-07
【審査請求日】2021-08-23
(31)【優先権主張番号】P 2017167890
(32)【優先日】2017-08-31
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(73)【特許権者】
【識別番号】000004477
【氏名又は名称】キッコーマン株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】110002572
【氏名又は名称】弁理士法人平木国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】一柳 敦
【審査官】太田 雄三
(56)【参考文献】
【文献】国際公開第2015/060431(WO,A1)
【文献】国際公開第2015/060429(WO,A1)
【文献】国際公開第2016/159384(WO,A1)
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C12N 15/00
C12Q 1/00
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamIII)
CAplus/MEDLINE/EMBASE/BIOSIS(STN)
GenBank/EMBL/DDBJ/GeneSeq
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
HbS1cまたはHbC1cを含み得る試料に糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作用させる工程を含む、試料中のHbS1cまたはHbC1cを測定する方法。
【請求項2】
糖化ヘモグロビンオキシダーゼの作用により生じる還元型化合物の量を測定する、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
測定される還元型化合物が過酸化水素である、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
糖化ヘモグロビンオキシダーゼが(a)及び/又は(b)の性質を有する、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法、
(a) HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.45以上である、
(b) HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.15以上である。
【請求項5】
糖化ヘモグロビンオキシダーゼの至適pH範囲が6~8、作用pH範囲が5~9、至適温度範囲が25~40℃であり、SDS-PAGE上での分子量が約45~55KDaである、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項6】
以下の工程を含む、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを改変して糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作製する方法、
(i) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を取得する、
(ii) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを発現させ、発現産物を単離する、
(iii) 発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定する、
(iv) アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位又は102位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されるよう、前記アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を改変する、
(v) 改変後の遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、改変体を発現させ、発現産物を単離する、
(vi) 改変体の発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定し、工程(iii)の値と比較する、
(vii) 改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbS1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbS1c/HbA1c]が1.1倍以上増大している、かつ/又は改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbC1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbC1c/HbA1c]が1.1倍以上増大している場合、当該改変体を糖化ヘモグロビンオキシダーゼとする、並びに
(viii) 必要に応じて、工程(vii)の糖化ヘモグロビンオキシダーゼについて、工程(iv)~(vi)を繰り返す。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、複数の糖化ヘモグロビンに対する活性を有する糖化ヘモグロビンオキシダーゼ、及びこれを用いた糖化ヘモグロビン測定方法に関する。
【背景技術】
【0002】
糖化タンパク質は、グルコースなどのアルドース(アルデヒド基を潜在的に有する単糖およびその誘導体)のアルデヒド基と、タンパク質のアミノ基が非酵素的に共有結合を形成し、アマドリ転移することにより生成したものである。
【0003】
中でも血糖コントロールマーカーとして、ヘモグロビンA1c(HbA1c)が注目されている。HbA1cは、へモグロビン「β鎖」のN末端(アミノ末端)のVal(バリン)の、α-アミノ基にグルコースが結合したタンパク質である。血液中のHbA1c濃度は、過去の一定期間の平均血糖値を反映することから、HbA1cの値は糖尿病の症状の診断や管理において重要な指標となっている。
このHbA1cを迅速かつ簡便に測定する方法として、従来、アマドリアーゼを用いる数種類の酵素的方法が知られている。
【0004】
アマドリアーゼは、酸素の存在下で、イミノ2酢酸若しくはその誘導体(「アマドリ化合物」とも言う)を酸化して、グリオキシル酸若しくはα-ケトアルデヒド、アミノ酸若しくはペプチド、および過酸化水素を生成する反応を触媒する酵素の総称である。アマドリアーゼは、HbA1cを酵素的方法により測定するために有用な酵素として知られている。アマドリアーゼにより酸化される基質としては、例えば、α-フルクトシルバリルヒスチジン(以降αFVHと表す)が知られている。
【0005】
アマドリアーゼはこれまでに、細菌、酵母、真菌から見出されており、例えば、コニオカエタ(Coniochaeta)属、ユーペニシリウム(Eupenicillium)属、ピレノケータ(Pyrenochaeta)属、アルスリニウム(Arthrinium)属、カーブラリア(Curvularia)属、ネオコスモスポラ(Neocosmospora)属、クリプトコッカス(Cryptococcus)属、フェオスフェリア(Phaeosphaeria)属、アスペルギルス(Aspergillus)属、エメリセラ(Emericella)属、ウロクラディウム(Ulocladium)属、ペニシリウム(Penicillium)属、フザリウム(Fusarium)属、アカエトミエラ(Achaetomiella)属、アカエトミウム(Achaetomium)属、シエラビア(Thielavia)属、カエトミウム(Chaetomium)属、ゲラシノスポラ(Gelasinospora)属、ミクロアスカス(Microascus)属、レプトスフェリア(Leptosphaeria)属、オフィオボラス(Ophiobolus)属、プレオスポラ(Pleospora)属、コニオケチジウム(Coniochaetidium)属、ピチア(Pichia)属、デバリオマイセス(Debaryomyces)属、コリネバクテリウム(Corynebacterium)属、アグロバクテリウム(Agrobacterium)属、アルスロバクター(Arthrobacter)属由来のアマドリアーゼが報告されている(例えば、特許文献1、6~15、非特許文献1~9参照。)。これらの属のことを本明細書においてコニオカエタ(Coniochaeta)属等と呼ぶことがある。なお、上記報告例の中で、アマドリアーゼは、文献によってはケトアミンオキシダーゼやフルクトシルアミノ酸オキシダーゼ、フルクトシルペプチドオキシダーゼ、フルクトシルアミンオキシダーゼ等の表現で記載されている場合もある。
【0006】
上述のような各種のアマドリアーゼを用いて、HbA1cを迅速かつ簡便に測定する方法としては、プロテアーゼまたはペプチダーゼ(以下、プロテアーゼ等という)の切り出し用酵素でHbA1cを分解し、HbA1cのβ鎖アミノ末端より特定の測定用物質を遊離させ、遊離した測定用物質を、上述のようなアマドリアーゼを用いて定量する方法が知られている(例えば、特許文献1~7参照)。
【0007】
具体的には、HbA1cを特定のプロテアーゼ等で分解し、そのβ鎖アミノ末端よりαFVHを遊離させたのちに、遊離したαFVHを定量する方法が知られている。
【0008】
さらに、HbA1cをプロテアーゼで消化し、α-フルクトシルヘキサペプチド(α-フルクトシルバリルヒスチジルロイシルスレオニルプロリルグルタミン酸、以降αF6Pと表す)を遊離させたのちに、遊離したαF6Pを定量する方法がある(例えば、特許文献16-18参照)。この方法は、IFCC(International Federation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine)により定められたHbA1c測定法(非特許文献10参照)に則った、酵素によるHbA1cの測定方法である。
【0009】
さらに、プロテアーゼでの前処理を必要とせず、直接HbA1cのβ鎖を酸化して過酸化水素を生成させるアマドリアーゼと、それを利用したHbA1c測定法が報告されている(特許文献20、21、22)。このようなアマドリアーゼは、A1cオキシダーゼ(A1cOX)と呼ぶことができる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0010】
【文献】国際公開第2004/104203号
【文献】国際公開第2005/49857号
【文献】特開2001-95598号公報
【文献】特公平05-33997号公報
【文献】特開平11-127895号公報
【文献】国際公開第97/13872号
【文献】特開2011-229526号公報
【文献】特開2003-235585号公報
【文献】特開2004-275013号公報
【文献】特開2004-275063号公報
【文献】特開2010-35469号公報
【文献】特開2010-57474号公報
【文献】国際公開第2010/41715号
【文献】国際公開第2010/41419号
【文献】国際公開第2011/15325号
【文献】国際公開第2004/38034号
【文献】国際公開第2008/108385号
【文献】国際公開第2013/162035号
【文献】国際公開第2015/005257号
【文献】国際公開第2015/060429号
【文献】国際公開第2016/159384号
【文献】国際公開第2015/005257号
【文献】国際公開第2012/018094号
【非特許文献】
【0011】
【文献】Biochem. Biophys. Res. Commun. 311, 104-11, 2003
【文献】Biotechnol. Bioeng. 106, 358-66, 2010
【文献】J. Biosci. Bioeng. 102, 241-3, 2006
【文献】Appl. Microbiol. Biotechnol. 74, 813-9, 2007
【文献】Eur. J. Biochem. 242, 499-505, 1996
【文献】Mar. Biotechnol. 6, 625-32, 2004
【文献】Biosci. Biotechnol. Biochem. 66, 1256-61, 2002
【文献】Biosci. Biotechnol. Biochem. 66, 2323-29, 2002
【文献】Biotechnol. Letters 27, 27-32, 2005
【文献】Jeppsson JO, et al.;Approved IFCC reference method for the measurement of HbA1c in human blood. Clin. Chem. Lab. Med. 40, 78-89,2002
【文献】J. Biol. Chem., 283, 27007-27016 (2008)
【文献】Proteins, 84, 744-758 (2016)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0012】
本発明者は、プロテアーゼでの前処理を必要とせず、直接HbA1cのβ鎖を酸化して過酸化水素を生成させるアマドリアーゼ、すなわちA1cOXを用いるHbA1c測定法を報告した(特許文献20、21)。そして、このような酵素を用いて種々の試験を行ったところ、A1cOXの、β鎖N末端のValのα-アミノ基が糖化されたヘモグロビンC(本明細書においてHbC1cという)やβ鎖N末端のValのα-アミノ基が糖化されたヘモグロビンS(本明細書においてHbS1cという)に対する相対活性が、HbA1cに対する活性と比較して、予想外に低いであろうことを示す知見を得た。
すなわちモデル基質として、下記3種のα-フルクトシルオクタペプチド(αF8P)を用意した:
α-fru-V-H-L-T-P-E-E-K(本明細書においてHbA1c型αF8Pという)
α-fru-V-H-L-T-P-V-E-K(本明細書においてHbS1c型αF8Pという)
α-fru-V-H-L-T-P-K-E-K(本明細書においてHbC1c型αF8Pという)
【0013】
HbA1c型αF8Pとは、HbA1cのN末端8アミノ酸に対応する糖化基質であるα-フルクトシルバリルヒスチジルロイシルスレオニルプロリルグルタミルグルタミルリジンを意味する。HbA1c型αF8Pでは6位はグルタミン酸である(E6)。HbS1c型αF8Pでは6位がバリンである(E6V変異)。HbC1c型αF8Pでは6位がリシンである(E6K変異)。すなわちHbS1c型αF8PとHbC1c型αF8Pは第6位が変異しており、変異はそれぞれ、HbS1c及びHbC1cに対応する。
【0014】
これらの基質(10μM)に対する、A1cOXの相対活性を比較したところ、HbA1c型αF8Pに対する活性を100%とした場合、HbS1c型αF8Pに対する活性が39%であり、HbC1c型αF8Pに対する活性が11%であることを見出した。
【0015】
ヘモグロビンS(HbS)は人口の一部に見られるヘモグロビンAの遺伝性のバリアントであり、へモグロビンAのβ鎖のN末端から数えて6つ目(すなわちN末端のバリンを1位とすると6位)のグルタミン酸がバリンとなっている(E6V変異)。またヘモグロビンC(HbC)は人口の一部に見られるヘモグロビンAの遺伝性のバリアントであり、へモグロビンAのβ鎖のN末端から数えて6つ目(すなわちN末端のバリンを1位とすると6位)のグルタミン酸がリシンとなっている(E6K変異)。A1cOXを用いて糖化ヘモグロビンを測定する場合、HbSやHbCの遺伝型を有する被験体については、これらの遺伝型ヘモグロビンに対応するαF8P基質の相対活性が低いことに鑑みれば、測定値が真の値と乖離する可能性がある。
【0016】
以上より、本発明者は、HbA1cのみならずHbS1cやHbC1cといった遺伝型にも対応可能な糖化ヘモグロビンオキシダーゼを提供する必要がある、という新規の課題を見出した。すなわち、本発明が解決しようとする課題は、HbA1cのみならずHbS1c及び/又はHbC1cにも作用する糖化ヘモグロビンオキシダーゼ及びこれを用いた測定方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【0017】
本発明者は、鋭意研究を重ねた結果、A1cOXに特定のアミノ酸置換を導入することにより、HbA1cに対する活性と比較して、HbS1c及び/又はHbC1cに対する相対活性の向上した改変アマドリアーゼが得られることを見出し、本発明を完成させた。
【0018】
すなわち、本発明は以下を包含する。
[1] HbS1cまたはHbC1cを含み得る試料に糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作用させる工程を含む、試料中のHbS1cまたはHbC1cを測定する方法。
[2] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼの作用により生じる還元型化合物の量を測定する、実施形態1に記載の方法。
[3] 測定される還元型化合物が過酸化水素である、実施形態2に記載の方法。
[4] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼが(a)及び/又は(b)の性質を有する、実施形態1~3のいずれかに記載の方法、
(a) HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.45以上である、
(b) HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.15以上である。
[5] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼの至適pH範囲が6~8、作用pH範囲が5~9、至適温度範囲が25~40℃であり、SDS-PAGE上での分子量が約45~55KDaである、実施形態1~4のいずれかに記載の方法。
[6] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼが、以下の(i)~(viii)からなる群より選択される糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体である、実施形態1~5のいずれかに記載の方法、
(i) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(ii) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における109位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アラニン、アスパラギン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(iii) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における106位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アラニン、アスパラギン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(iv) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における102位に対応する位置のアミノ酸がアラニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(v) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位、及び102位に対応する位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列からなる糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(vi) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(vii) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上の配列同一性を有し、配列番号1又は配列番号45の相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上の配列同一性を有する糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、或いは
(viii) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と50%以上の配列同一性を有し、配列番号1又は配列番号45の相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが70%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体。
[7] 試料中のHbS1cまたはHbC1cを測定するための糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[8] HbS1cまたはHbC1cに糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作用させて生じる還元型化合物の量を測定するためのものである、実施形態7に記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[9] 生じる還元型化合物が過酸化水素である、実施形態8に記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[10] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼが(a)及び/又は(b)の性質を有する、実施形態7~9のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ、
(a) HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.45以上である、
(b) HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.15以上である。
[11] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼの至適pH範囲が6~8、作用pH範囲が5~9、至適温度範囲が25~40℃であり、SDS-PAGE上での分子量が約45~55KDaである、実施形態7~10のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[12] 糖化ヘモグロビンオキシダーゼが、以下の(i)~(viii)からなる群より選択されるものである、実施形態7~11のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ、
(i) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(ii) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における109位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アラニン、アスパラギン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(iii) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における106位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アラニン、アスパラギン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(iv) 糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における102位に対応する位置のアミノ酸がアラニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(v) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位、及び102位に対応する位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列からなる糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(vi) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、
(vii) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上の配列同一性を有し、配列番号1又は配列番号45の相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上の配列同一性を有する糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体、或いは
(viii) 前記(i)、(ii)、(iii)、又は(iv)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号45のアミノ酸配列と50%以上の配列同一性を有し、配列番号1又は配列番号45の相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが70%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体。
[13] コニオカエタ(Coniochaeta)属、ユーペニシリウム(Eupenicillium)属、ピレノケータ(Pyrenochaeta)属、アルスリニウム(Arthrinium)属、カーブラリア(Curvularia)属、ネオコスモスポラ(Neocosmospora)属、クリプトコッカス(Cryptococcus)属、フェオスフェリア(Phaeosphaeria)属、アスペルギルス(Aspergillus)属、エメリセラ(Emericella)属、ウロクラディウム(Ulocladium)属、またはペニシリウム(Penicillium)属のアマドリアーゼに基づくものである、実施形態7~12のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[14] アマドリアーゼがコニオカエタ エスピー(Coniochaeta sp.)、ユーペニシリウム テレナム(Eupenicillium terrenum)、ピレノケータ エスピー(Pyrenochaeta sp.)、アルスリニウム エスピー(Arthrinium sp.)、カーブラリア クラベータ(Curvularia clavata)、ネオコスモスポラ バシンフェクタ(Neocosmospora vasinfecta)、クリプトコッカス ネオフォルマンス(Cryptococcus neoformans)、フェオスフェリア ノドラム(Phaeosphaeria nodorum)、アスペルギルス ニードランス(Aspergillus nidulans)、エメリセラ ニードランス(Emericella nidulans)属、ウロクラディウム エスピー(Ulocladium sp.)、またはペニシリウム ヤンシネラム(Penicillium janthinelum)もしくはペニシリウム クリソゲナム(Penicillium chrysogenum)由来である、実施形態13に記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ。
[15] 実施形態7~14のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼを含む、HbS1cまたはHbC1c測定用試薬組成物。
[16] 実施形態7~14のいずれかに記載の糖化ヘモグロビンオキシダーゼをコードする、遺伝子。
[17] 実施形態16に記載の遺伝子を含む、ベクター。
[18] 実施形態17に記載のベクターを含む、宿主細胞。
[19] 以下の工程を含む、糖化ヘモグロビンオキシダーゼの製造方法、
(i)実施形態18に記載の宿主細胞を、糖化ヘモグロビンオキシダーゼを発現しうる条件下で培養する工程、及び
(ii)培養物又は培養液から糖化ヘモグロビンオキシダーゼを単離する工程。
[20] 以下の工程を含む、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを改変して糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作製する方法、
(i) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を取得する、
(ii) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを発現させ、発現産物を単離する、(iii) 発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定する、(iv) アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位又は102位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されるよう、前記アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を改変する、
(v) 改変後の遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、改変体を発現させ、発現産物を単離する、
(vi) 改変体の発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定し、工程(iii)の値と比較する、
(vii) 改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbS1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbS1c/HbA1c]が1.1倍以上増大している、かつ/又は改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbC1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbC1c/HbA1c]が1.1倍以上増大している場合、当該改変体を糖化ヘモグロビンオキシダーゼとする、並びに
(viii) 必要に応じて、工程(vii)の糖化ヘモグロビンオキシダーゼについて、工程(iv)~(vi)を繰り返す。
【0019】
本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2017-167890号の開示内容を包含する。
【発明の効果】
【0020】
本発明によれば、HbA1cのみならずHbS1cやHbC1cといった遺伝型の糖化ヘモグロビンをも認識する糖化ヘモグロビンオキシダーゼが提供される。これは種々の遺伝型に対応可能な糖化ヘモグロビン測定試薬とすることができる。
【図面の簡単な説明】
【0021】
図1-1】各種公知のアマドリアーゼのアミノ酸配列における同一性を例示する1番目の図である。Co(Coniochaeta sp.)、Et(Eupenicillium terrenum)、Py(Pyrenochaeta sp.)、Ar(Arthrinium sp.)、Cc(Curvularia clavata)、Nv(Neocosmospora vasinfecta)のほか、Cn(Cryptococcus neoformans)、Pn(Phaeosphaeria nodorum)、An(Aspergillus nidulans)、En(Emericella nidulans)、Ul(Ulocladium sp.)及びPj(Penicillium janthinelum)をアライメントした。
図1-2】図1-2は、図1-1のつづきである。
図1-3】図1-3は、図1-2のつづきである。
図1-4】図1-4は、図1-3のつづきである。
図1-5】図1-5は、図1-4のつづきである。
図2-1】各種公知のアマドリアーゼのアミノ酸配列における同一性及び類似アミノ酸を例示する図である。図1に示すアマドリアーゼに加え、Ao2、Af2、At、Fo、Ao1、Af1、Pi、Dhをアライメントした。
図2-2】図2-2は、図2-1の続きである。
図2-3】図2-3は、図2-2の続きである。
図2-4】図2-4は、図2-3の続きである。
図2-5】図2-5は、図2-4の続きである。
図2-6】図2-6は、図2-5の続きである。
図2-7】図2-7は、図2-6の続きである。
図2-8】図2-8は、図2-7の続きである。
図2-9】図2-9は、図2-8の続きである。
図2-10】図2-10は、図2-9の続きである。
【発明を実施するための形態】
【0022】
以下、本発明を詳細に説明する。
【0023】
(糖化ヘモグロビン、ヘモグロビンA1c、糖化されたHbS、糖化されたHbC)
ヘモグロビンとしては、正常ヘモグロビンであるヘモグロビンA(HbA)の他に、異常ヘモグロビン、例えばヘモグロビンS(HbS)やヘモグロビンC(HbC)が挙げられる。本明細書において糖化ヘモグロビンとは、非酵素的に糖化されたヘモグロビンをいう。本明細書において糖化ヘモグロビンという場合、この用語は、糖化されたHbAのみならず、糖化された異常ヘモグロビン、例えば糖化されたHbS及び糖化されたHbCも包含するものとする。糖化ヘモグロビンは生体内では血液等に存在する。糖化ヘモグロビンの中でもHbAのβ鎖アミノ末端のバリンが糖化された糖化ヘモグロビンを特にヘモグロビンA1c(HbA1c)と言う。ここで、糖化されたHbSまたはHbCには、β鎖に結合した糖の種類に応じて種々の糖化HbSまたは糖化HbCがあり得る。しかしながら本明細書では、便宜上、糖化HbSという場合、特に断らない限り、これはHbSのβ鎖アミノ末端のバリンが糖化されたものをいうものとする(HbS1cということもできる)。また本明細書では、便宜上、糖化HbCという場合、特に断らない限り、これはHbCのβ鎖アミノ末端のバリンが糖化されたものをいうものとする(HbC1cということもできる)。
【0024】
(糖化ペプチド、フルクトシルペプチド)
本発明における糖化ペプチドとは、糖化タンパク質由来の非酵素的に糖化されたペプチドを指し、ペプチドが直接非酵素的に糖化されたものや、プロテアーゼ等により糖化タンパク質が分解された結果生じたものや糖化タンパク質を構成する(ポリ)ペプチドが糖化されたものが含まれる。糖化ペプチドをフルクトシルペプチドと表記することもある。糖化タンパク質において、糖化を受けるペプチド側のアミノ基としては、アミノ末端のα-アミノ基、ペプチド内部のリジン残基側鎖のε-アミノ基などが挙げられるが、本発明における糖化ペプチドとは、より具体的には、α-アミノ基が糖化されたα-糖化ペプチド(α-フルクトシルペプチド)である。
【0025】
(基質特異性)
本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、HbA1c、より具体的にはHbA1cのβ鎖に直接作用する。ここで直接作用する、とは、アマドリアーゼが酸素の存在下で糖化ヘモグロビンのβ鎖のN末端のフルクトシル基に作用し、2-ケト-Dグルコースおよび過酸化水素、ヘモグロビンのβ鎖が生じることをいう。また本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、HbA1c型αF8Pに作用する。さらに、重要なこととして、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、HbA1c型αF8Pのみならず、HbS1c型αF8P及び/又はHbC1c型αF8Pにも作用する。HbA1c型αF8Pに作用するアマドリアーゼがHbA1cにも作用することが知られていることから(特許文献21)、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼはHbA1cのみならず、糖化HbS及び/又は糖化HbCにも作用すると合理的に考えられる。すなわちある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、HbA1cのみならず、糖化HbS及び/又は糖化HbCにも作用する。
【0026】
(糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体の相対活性)
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、改変前のA1cオキシダーゼと比較してHbS1c型αF8Pに対する相対活性が向上している。HbS1c型αF8Pに対する相対活性とは、酵素量や反応条件を一定とした場合のHbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8P(正常型αF8P)に対する活性との比、すなわち(HbS1c型αF8Pに対する活性/HbA1c型αF8Pに対する活性)をいう。HbS1c型αF8Pに対する活性/HbA1c型αF8Pに対する活性を便宜上、本明細書において相対活性[HbS1c/HbA1c]と表記することがある。
【0027】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、改変前のA1cオキシダーゼと比較してHbC1c型αF8Pに対する相対活性が向上している。HbC1c型αF8Pに対する相対活性とは、酵素量や反応条件を一定とした場合のHbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち(HbC1c型αF8Pに対する活性/HbA1c型αF8Pに対する活性)をいう。HbC1c型αF8Pに対する活性/HbA1c型αF8Pに対する活性を、便宜上、本明細書において相対活性[HbC1c/HbA1c]と表記することがある。
【0028】
すなわち、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、改変前のA1cオキシダーゼと比較して、相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大している。なお、本明細書では相対活性をモデル基質αF8Pとの関係で規定したが、これはあくまで便宜上のものであり、各種の糖化ヘモグロビンに対する相対的な活性についてもこの性質は同様に反映されると合理的に考えられる。
【0029】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、改変前のアマドリアーゼの相対活性[HbS1c/HbA1c]と比較して、改変後の相対活性[HbS1c/HbA1c]が1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、2.0倍以上、2.5倍以上、例えば2.6倍以上増大していてもよい。例えば改変前のA1cOXの相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.39であり、改変後の糖化ヘモグロビンオキシダーゼの相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.77である場合、改変の前後で相対活性[HbS1c/HbA1c]は、約1.97倍増大している。
【0030】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、改変前のアマドリアーゼの相対活性[HbC1c/HbA1c]と比較して、改変後の相対活性[HbC1c/HbA1c]が1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、2.0倍以上、2.5倍以上、3.0倍以上、4.0倍以上、5.0倍以上、6.0倍以上、7.0倍以上、8.0倍以上、例えば8.3倍以上増大していてもよい。例えば改変前のA1cOXの相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.11であり、改変後の糖化ヘモグロビンオキシダーゼの相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.91である場合、改変の前後で相対活性[HbC1c/HbA1c]は、約8.3倍増大している。
【0031】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、相対活性[HbS1c/HbA1c]が、0.4以上、0.41以上、0.42以上、0.43以上、0.44以上、0.45以上、0.5以上、0.55以上、0.6以上、0.65以上、0.7以上、0.75以上、0.8以上、0.85以上、0.9以上、例えば0.95以上であり得る。ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、相対活性[HbC1c/HbA1c]が、0.10以上、0.11以上、0.12以上、0.13以上、0.14以上、0.15以上、0.16以上、0.17以上、0.18以上、0.19以上、0.2以上、0.25以上、0.3以上、0.35以上、0.4以上、0.5以上、0.6以上、0.7以上、0.8以上、例えば0.9以上であり得る。
【0032】
本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、HbA1cに作用するのみならず、相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大しているため、糖化HbSや糖化HbCを含む試料の測定に用いることができ、測定値が真の値と乖離する問題を回避することができる。
【0033】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、試料中の糖化ヘモグロビンを正確に測定することができ、測定値と真の値との乖離をもたらさない。ある実施形態において、測定値と真の値との乖離をもたらさないとは、試料中に実際に含まれる糖化ヘモグロビンが100(任意単位)である場合に、例えば、測定値が90(任意単位)未満または110を超える値を示すことをいう。
【0034】
(アマドリアーゼ)
アマドリアーゼは、ケトアミンオキシダーゼ、フルクトシルアミノ酸オキシダーゼ、フルクトシルペプチドオキシダーゼ、フルクトシルアミンオキシダーゼとも呼ばれる。アマドリアーゼは、酸素の存在下で、イミノ2酢酸若しくはその誘導体(アマドリ化合物)を酸化して、グリオキシル酸若しくはα-ケトアルデヒド、アミノ酸若しくはペプチド、および過酸化水素を生成する反応を触媒する酵素のことをいう。アマドリアーゼは、自然界に広く分布しており、微生物や、動物若しくは植物起源の酵素を探索することにより、得ることができる。微生物においては、例えば、糸状菌、酵母、若しくは細菌等から得ることができる。
【0035】
アマドリアーゼは、例えば、コニオカエタ属、ユーペニシリウム属、ピレノケータ属、アルスリニウム属、カーブラリア属、ネオコスモスポラ属、クリプトコッカス属、フェオスフェリア属、アスペルギルス属、エメリセラ属、ウロクラディウム属、ペニシリウム属、フザリウム属、アカエトミエラ属、アカエトミウム属、シエラビア属、カエトミウム属、ゲラシノスポラ属、ミクロアスカス属、レプトスフェリア属、オフィオボラス属、プレオスポラ属、コニオケチジウム属、ピチア属、コリネバクテリウム属、アグロバクテリウム属、又はアルスロバクター属の微生物から得ることができる。
【0036】
(アマドリアーゼをコードする遺伝子の取得)
アマドリアーゼをコードする遺伝子(以下、単に「アマドリアーゼ遺伝子」ともいう)を得るには、通常一般的に用いられている遺伝子のクローニング方法が用いられる。例えば、アマドリアーゼ生産能を有する微生物菌体や種々の細胞から常法、例えば、Current Protocols in Molecular Biology(WILEY Interscience,1989)記載の方法により、染色体DNAまたはmRNAを抽出することができる。さらにmRNAを鋳型としてcDNAを合成することができる。このようにして得られた染色体DNAまたはcDNAを用いて、染色体DNAまたはcDNAのライブラリーを作製することができる。
【0037】
次いで、上記アマドリアーゼのアミノ酸配列に基づき、適当なプローブDNAを合成して、これを用いて染色体DNAまたはcDNAのライブラリーからアマドリアーゼ遺伝子を選抜する方法、あるいは、上記アミノ酸配列に基づき、適当なプライマーDNAを作製して、5’RACE法や3’RACE法などの適当なポリメラーゼ連鎖反応(Polymerase Chain Reaction、PCR法)により、アマドリアーゼをコードする目的の遺伝子断片を含むDNAを増幅させ、これらのDNA断片を連結させて、目的のアマドリアーゼ遺伝子の全長を含むDNAを得ることができる。
【0038】
アマドリアーゼ遺伝子の一例として、コニオカエタ属由来のアマドリアーゼ遺伝子(特開2003-235585号公報)が挙げられる。また別の例として、Phaeosphaeria属由来のアマドリアーゼ遺伝子、Neocosmospora属由来のアマドリアーゼ遺伝子、Aspergillus属由来のアマドリアーゼ遺伝子、及びCryptococcus属由来のアマドリアーゼ遺伝子、及びCurvularia属由来のアマドリアーゼ遺伝子、及びEupenicillium属由来のアマドリアーゼ遺伝子が挙げられる。
【0039】
アマドリアーゼ遺伝子は、ベクターに連結されていてもよい。ベクターとしては、プラスミド、バクテリオファージ、コスミド等の任意のベクターが挙げられ、例えば、pBluescriptII SK+(Stratagene社製)が挙げられる。Coniochaeta sp. NISL 9330株由来のアマドリアーゼ遺伝子及びこれを含むプラスミドは国際公開第2007/125779号に開示されている。Eupenicillium terrenum ATCC 18547株由来のアマドリアーゼ遺伝子及びこれを含むプラスミドは国際公開第2007/125779号に開示されている。Aspergillus nidulans FGSC A26株由来のアマドリアーゼ遺伝子及びこれを含むプラスミドは国際公開第2012/018094号に開示されている。Cryptococcus neoformans由来のアマドリアーゼ遺伝子及びこれを含むプラスミドは国際公開第2012/018094号に開示されている。Neocosmospora vasinfecta由来のアマドリアーゼ遺伝子及びこれを含むプラスミドは国際公開第2012/018094号に開示されている。プラスミドは、常法に従い取得しうる。例えばGenElute Plasmid Miniprep Kit(Sigma-Alcrich社製)を用いることにより、アマドリアーゼ遺伝子を含むプラスミドを、抽出、精製し得る。例えば特許文献20~22の教示を参考に、得られたアマドリアーゼ遺伝子を操作してA1cOX遺伝子を作製したり精製酵素を得ることができる。
【0040】
(アマドリアーゼ遺伝子の変異処理)
アマドリアーゼ遺伝子の変異処理は、企図する変異形態に応じた、公知の任意の方法で行うことができる。すなわち、アマドリアーゼ遺伝子あるいは当該遺伝子の組み込まれた組換え体DNAと変異原となる薬剤とを接触・作用させる方法;紫外線照射法;遺伝子工学的手法;または蛋白質工学的手法を駆使する方法等を広く用いることができる。
【0041】
上記変異処理に用いられる変異原となる薬剤としては、例えば、ヒドロキシルアミン、N-メチル-N’-ニトロ-N-ニトロソグアニジン、亜硝酸、亜硫酸、ヒドラジン、蟻酸、若しくは5-ブロモウラシル等を挙げることができる。
【0042】
この接触・作用の諸条件は、用いる薬剤の種類等に応じた条件を採ることが可能であり、現実に所望の変異をアマドリアーゼ遺伝子において惹起することができる限り特に限定されない。通常、好ましくは0.5~12Mの上記薬剤濃度において、20~80℃の反応温度下で10分間以上、好ましくは10~180分間接触・作用させることで、所望の変異を惹起可能である。紫外線照射を行う場合においても、上記の通り常法に従い行うことができる(現代化学、024~30、1989年6月号)。
【0043】
蛋白質工学的手法を駆使する方法としては、一般的に、Site-Specific Mutagenesisとして知られる手法を用いることができる。例えば、Kramer法(Nucleic Acids Res., 12, 9441 (1984): Methods Enzymol., 154, 350 (1987): Gene, 37, 73 (1985))、Eckstein法(Nucleic Acids Res., 13, 8749 (1985): Nucleic Acids Res., 13, 8765 (1985): Nucleic Acids Res, 14, 9679 (1986))、Kunkel法(Proc. Natl. Acid. Sci. U.S.A., 82, 488 (1985): Methods Enzymol., 154, 367 (1987))等が挙げられる。
【0044】
また、一般的なPCR法を用いることもできる(Technique, 1, 11(1989)参照)。なお、上記遺伝子改変法の他に、有機合成法または酵素合成法により、直接所望の改変アマドリアーゼ遺伝子、或いは糖化ヘモグロビンオキシダーゼ遺伝子を合成することもできる。
【0045】
アマドリアーゼ遺伝子の塩基配列は、例えばマルチキャピラリーDNA解析システムApplied Biosystems 3130xlジェネティックアナライザ(Life Technologies社製)により確認し得る。
【0046】
(形質転換・形質導入)
アマドリアーゼ遺伝子は、常法により、バクテリオファージ、コスミド、または原核細胞若しくは真核細胞の形質転換に用いられるプラスミド等のベクターに組み込むことができる。これを用いて、各々のベクターに対応する宿主を、常法により形質転換又は形質導入しうる。大腸菌の宿主としては、各種大腸菌株、例えばK-12株、JM109株(タカラバイオ社)、DH5α株(タカラバイオ社)等が挙げられるがこれに限らない。
【0047】
(A1cOX)
アマドリアーゼの中でもHbA1cに直接作用するものをA1cオキシダーゼ(A1cOX)と呼ぶことがある。A1cOX遺伝子は特許文献20~22の教示に基づき、上記のアマドリアーゼ遺伝子から作製しうる。これらの均等物も本発明に利用しうる。
【0048】
例えば特許文献20及び21は、Coniochaeta sp. NISL 9330由来アマドリアーゼ(配列番号1)に基づくA1cOXを開示している。特許文献21は、αF8Pに対する比活性が高いA1cOXを開示している。参照によりこれら全内容を本明細書に組み入れる。下記の表に、A1cOXが有し得る変異とその位置を示す。表中、示される位置の左のアミノ酸(1文字表記)が野生型アミノ酸であり、右が置換後のアミノ酸である。置換後のアミノ酸として複数のアミノ酸が開示されている場合は、各候補を句点で区切って示してある。
【0049】
【表1】
【0050】
他の由来のアマドリアーゼの各配列における、配列番号1の62位、63位、102位、106位、110位、113位、355位、419位、68位、356位、64位及び99位に対応するそれぞれの位置は次の表のとおりである。対応する位置については後述する。
【0051】
【表2】
【0052】
【表3】
【0053】
また特許文献22はEmericella nidulans由来アマドリアーゼ(FPOX)に基づく改変体を開示している。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる。下記表に、FPOX改変体が有し得る変異とその位置を示す。表中、左欄に示される位置が、本明細書の配列番号1に対応する位置であり、右欄の位置がそれぞれ対応する、当該アマドリアーゼにおける位置である。また表中、示される位置の左のアミノ酸が野生型アミノ酸であり、右が置換後のアミノ酸である。置換後のアミノ酸として複数のアミノ酸が開示されている場合は、各候補を句点で区切って示してある。
【0054】
【表4】
【0055】
他の由来のアマドリアーゼの各配列における、配列番号1の62位、63位、64位、72位、109位、116位、76位、67位、96位、106位、及び355位に対応するそれぞれの位置は次の表のとおりである。
【0056】
【表5】
【0057】
【表6】
【0058】
A1cOXは上記の変異を有しうる。当業者であれば、特許文献20~22の記載、及び上記の記載を参考にA1cOX遺伝子を作製しうる。例えばある実施形態において、A1cOXは配列番号1の62位に対応する位置にアルギニン以外のアミノ酸へのアミノ酸置換、例えば上記の表に示されるアミノ酸への置換や、さらにはリシン、ヒスチジン、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシン等へのアミノ酸置換を有しうる。さらにA1cOXは配列番号1の63位に対応する位置、355位に対応する位置及び419位に対応する位置からなる群より選択される位置において、1以上、例えば2以上、例えば3つのアミノ酸置換を有し得る。置換アミノ酸は、上記の表に記載にものであり得る。或いは、A1cOXはさらに配列番号1の63位に対応する位置、64位に対応する位置、72位に対応する位置、109位に対応する位置、116位に対応する位置、76位に対応する位置、67位に対応する位置、96位に対応する位置、及び355位に対応する位置からなる群より選択される位置において、1以上、例えば2以上、例えば3以上、例えば4以上、例えば5以上、例えば6以上、例えば7以上、例えば8以上、例えば9つのアミノ酸置換を有し得る。置換アミノ酸は、上記の表に記載にものであり得る。場合によりA1cOXはさらに、配列番号1の68位に対応する位置、356位に対応する位置、64位に対応する位置、及び99位に対応する位置からなる群より選択される位置において、1以上、例えば2以上、例えば3以上、例えば4つのアミノ酸置換を有し得る。置換アミノ酸は、上記の表に記載にものであり得る。
【0059】
(A1cOXの改変体)
A1cOX遺伝子に本発明の変異を導入することによりA1cOX改変体を作製し、糖化HbSや糖化HbCに対する相対活性の増大した糖化ヘモグロビンオキシダーゼを製造しうる。
【0060】
(本発明の変異)
本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、配列番号1の113位、109位、106位及び/又は102位に対応する位置に、変異を有しうる。対応する位置については下記に説明する。ある実施形態では、Coniochaeta sp. NISL 9330由来アマドリアーゼ(配列番号1)に基づくA1cOX又はEmericella nidulans由来アマドリアーゼ(配列番号11)に基づくアマドリアーゼ(例えば配列番号45)に、以下の位置において1又は複数のアミノ酸置換を導入しうる:
(a)配列番号1の113位に対応する位置
(a’)配列番号1の109位に対応する位置
(b)配列番号1の106位に対応する位置
(c)配列番号1の102位に対応する位置
【0061】
上記の位置に関し、配列番号1の(a)113位、(a’)109位、(b)106位及び/又は(c)102位に対応する位置のアミノ酸を、正電荷を帯びたアミノ酸(リシン、ヒスチジン、アルギニン)以外のアミノ酸、例えばアスパラギン酸、グルタミン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、例えばグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、ロイシン、バリン、グルタミン、アスパラギン、例えばグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニンに置換することができる。
【0062】
一部の限定的な実施形態では、置換後のアミノ酸から、天然アマドリアーゼ配列におけるアミノ酸(天然アミノ酸)への復帰変異は除かれる。別の実施形態では、配列番号1の102位、106位、109位又は113位に対応する位置の置換後のアミノ酸は、天然アマドリアーゼ配列における当該位置のアミノ酸(天然アミノ酸)と同一でありうる。これは見かけ上、復帰変異のように見える。しかしながら、当該天然アミノ酸が、当該天然アマドリアーゼから前記A1cオキシダーゼを作製するに当たり、別のアミノ酸へと置換されていた場合、それは、A1cオキシダーゼにとって好ましい構成又は必要な構成と理解される。そうすると、A1cオキシダーゼから出発してHbA1cのみならず糖化HbSや糖化HbCにも作用する糖化ヘモグロビンオキシダーゼを得る上では、そのような好ましい構成又は必要と考えられていた構成を改変するアミノ酸置換は、天然アマドリアーゼへの復帰変異ではなく、本発明の課題を解決するための基質特異性改変アミノ酸置換と理解される。したがって、ある実施形態において本発明は、見かけ上、天然アミノ酸への復帰変異に見える置換であっても、本発明の課題を解決することができるアミノ酸置換としてこれを包含する。
【0063】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、10μMのHbS1c型αF8Pに対する比活性が20mU/mg以上、30mU/mg以上、40mU/mg以上、50mU/mg以上、60mU/mg以上、70mU/mg以上、80mU/mg以上、90mU/mg以上、100mU/mg以上、110mU/mg以上、120mU/mg以上、130mU/mg以上、140mU/mg以上、150mU/mg以上、160mU/mg以上、170mU/mg以上、例えば180mU/mg以上でありうる。ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、10μMのHbC1c型αF8Pに対する比活性が20mU/mg以上、30mU/mg以上、40mU/mg以上、50mU/mg以上、60mU/mg以上、70mU/mg以上、80mU/mg以上、90mU/mg以上、100mU/mg以上、110mU/mg以上、120mU/mg以上、130mU/mg以上、140mU/mg以上、150mU/mg以上、160mU/mg以上、170mU/mg以上、例えば180mU/mg以上でありうる。ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、10μMのHbA1c型αF8Pに対する比活性が20mU/mg以上、30mU/mg以上、40mU/mg以上、50mU/mg以上、60mU/mg以上、70mU/mg以上、80mU/mg以上、90mU/mg以上、100mU/mg以上、110mU/mg以上、120mU/mg以上、130mU/mg以上、140mU/mg以上、150mU/mg以上、160mU/mg以上、170mU/mg以上、例えば180mU/mg以上でありうる。
【0064】
(対応する位置)
本明細書において、ある基準となるアミノ酸配列中の特定の位置が別の類似するアミノ酸配列中の特定の位置と対応する場合、これを対応する位置という。また対応する位置のアミノ酸を対応するアミノ酸という。本明細書では便宜上、配列番号1に示すConiochaeta属由来のアマドリアーゼのアミノ酸配列を基準として説明する。この場合、アミノ酸配列における「対応する位置」とは、配列番号1に示すConiochaeta属由来のアマドリアーゼのアミノ酸配列の特定の位置に対応する他の生物種由来のアマドリアーゼのアミノ酸配列における位置をいう。
【0065】
アミノ酸配列における「対応する位置」を特定する方法としては、例えばリップマン-パーソン法等の公知のアルゴリズムを用いてアミノ酸配列を比較し、各アマドリアーゼのアミノ酸配列中に存在する保存アミノ酸残基に最大の同一性を与えることにより行うことができる。アマドリアーゼのアミノ酸配列をこのような方法で整列させることにより、アミノ酸配列中にある挿入、欠失にかかわらず、相同アミノ酸残基の各アマドリアーゼ配列における配列中の位置を決めることが可能である。対応する位置(相同位置)は、三次元構造中で同位置に存在すると考えられ、対象となるアマドリアーゼの特異的機能に関して類似した効果を有することが推定できる。
【0066】
(変異の対応位置)
本明細書において、「配列番号1のアミノ酸配列の113位に対応する位置」とは、対象のアマドリアーゼのアミノ酸配列を、配列番号1のアミノ酸配列と比較した場合に、配列番号1の113位に対応する位置をいう。これは、上記の方法でアミノ酸配列を整列させた図1又は図2より特定することができる。配列番号1の109位に対応する位置、106位に対応する位置、及び102位に対応する位置についても同様である。
【0067】
各種アマドリアーゼ配列における、配列番号1の102位、106位、109位及び113位に対応する位置は次の表のとおりである。
【0068】
【表7】
【0069】
さらに、種々のアマドリアーゼ配列における、配列番号1の102位、106位、109位及び113位に対応する位置を次の表に示す。
【0070】
【表8】
【0071】
(アミノ酸配列の相同性、同一性又は類似性)
アミノ酸配列の相同性、同一性又は類似性は、GENETYX(GENETYX社製)のマキシマムマッチングやサーチホモロジー等のプログラム、またはDNASIS Pro(日立ソリューションズ社製)のマキシマムマッチングやマルチプルアライメント、またはCLUSTAL Wのマルチプルアライメント等のプログラムにより計算することができる。アミノ酸配列同一性を計算するために、2以上のアマドリアーゼをアライメントしたときに、該2以上のアマドリアーゼにおいて同一であるアミノ酸の位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の同一領域を決定できる。ここで2以上のアミノ酸配列について、同一性%とは、Blosum62等のアルゴリズムを利用して2以上のアミノ酸配列のアラインメントを行った際に、アラインメント可能であった領域の総アミノ酸数を分母とし、そのうち同一のアミノ酸によって占められる位置の数を分子としたときのパーセンテージをいう。故に、通常、2以上のアミノ酸配列に同一性が全く見られない領域がある場合、例えばC末端に同一性が全く見られない付加配列が一方のアミノ酸配列にある場合、当該同一性のない領域はアラインメント不可能であるため、同一性%の算出には利用されない。
【0072】
また、2以上のアマドリアーゼにおいて類似であるアミノ酸の位置を調べることもできる。例えばCLUSTALWを用いて複数のアミノ酸配列をアライメントすることができ、この場合、アルゴリズムとしてBlosum62を使用し、複数のアミノ酸配列をアライメントしたときに類似(similar)と判断されるアミノ酸を類似アミノ酸と呼ぶことがある。本発明の変異体において、アミノ酸置換はこのような類似アミノ酸の間の置換によるものであり得る。こうしたアライメントにより、複数のアミノ酸配列について、アミノ酸配列が同一である領域及び類似アミノ酸によって占められる位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の相同性領域(保存領域)を決定できる。
【0073】
(相同性領域)
本明細書において「相同性領域」とは、2以上のアマドリアーゼをアライメントしたときに、ある基準となるアマドリアーゼと比較対象のアマドリアーゼの対応する位置におけるアミノ酸が同一であるか又は類似アミノ酸からなる領域であって、連続する3以上、4以上、5以上、6以上、7以上、8以上、9以上又は10以上のアミノ酸からなる領域をいう。例えば、図1では全長アミノ酸配列の配列同一性が、配列番号1のアマドリアーゼを基準として74%以上であるアマドリアーゼをアライメントした。このうち、配列番号1で示されるConiochaeta sp.由来アマドリアーゼを基準として第10位~32位は同一又は類似アミノ酸からなり、よって相同性領域に該当する。同様に、配列番号1で示されるConiochaeta sp. 由来アマドリアーゼを基準として、10位~32位、36~41位、49~52位、54~58位、63~65位、73~75位、84~86位、88~90位、120~122位、145~150位、156~162位、164~170位、180~182位、202~205位、207~211位、214~224位、227~230位、236~241位、243~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、295~297位、306~308位、310~316位、324~329位、332~334位、341~344位、346~355位、357~363位、370~383位、385~387位、389~394位、405~410位及び423~431位は相同性領域に該当しうる。ある実施形態においてアマドリアーゼの相同性領域はこれらの位置からなる領域である。別のアマドリアーゼを基準とした場合、配列番号1のこれらの位置にそれぞれ対応する位置も相同性領域に該当しうる。例えば、同様に、配列番号45で示されるEmericella nidulans由来アマドリアーゼを基準として、配列番号45の9位~31位、35~40位、48~51位、53~57位、62~64位、72~74位、83~85位、87~89位、119~121位、144~149位、155~161位、163~169位、179~181位、202~205位、207~211位、214~224位、227~230位、236~241位、243~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、295~297位、306~308位、310~316位、324~329位、332~334位、341~344位、346~355位、357~363位、370~383位、385~387位、389~394位、405~410位及び424~432位は相同性領域に該当しうる。ある実施形態においてアマドリアーゼの相同性領域はこれらの位置からなる領域である。配列番号45の元となった配列番号11についても同様である。
【0074】
ある実施形態において、アマドリアーゼの相同性領域は、配列番号1で示されるConiochaeta sp. 由来アマドリアーゼを基準として、第11位~32位、36~41位、50~52位、54~58位、84~86位、88~90位、145~150位、157~168位、202~205位、207~212位、215~225位、236~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、347~354位、357~363位、370~383位、385~387位、及び405~410位のアミノ酸配列からなる領域である。別の実施形態において、アマドリアーゼの相同性領域は、配列番号45で示されるEmericella nidulans由来アマドリアーゼを基準として、配列番号45の10位~31位、35~40位、49~51位、53~57位、83~85位、87~89位、144~149位、156~167位、202~205位、207~212位、215~225位、236~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、347~354位、357~363位、370~383位、385~387位、及び405~410位のアミノ酸配列からなる領域である。配列番号45の元となった配列番号11についても同様である。
【0075】
ある実施形態において、アマドリアーゼの相同性領域は、配列番号1で示されるConiochaeta sp. 由来アマドリアーゼを基準として第11~18位、20~32位、50~52位、54~58位、266~268位、270~273位、277~286位、及び370~383位のアミノ酸配列からなる領域である。別の実施形態において、アマドリアーゼの相同性領域は、配列番号45で示されるEmericella nidulans由来アマドリアーゼを基準として、配列番号45の第10~17位、19~31位、49~51位、53~57位、266~268位、270~273位、277~286位、及び370~383位のアミノ酸配列からなる領域である。配列番号45の元となた配列番号11についても同様である。
【0076】
(保存性の高いアミノ酸残基)
アマドリアーゼの特定のアミノ酸残基は基質の糖部分(例えばフルクトシル基)と相互作用することが知られている。そしてそのようなアミノ酸残基は、各種アマドリアーゼにおいて保存性が高い。ある実施形態において、アマドリアーゼは、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンである。これらのアミノ酸残基は、基質の糖部分(フルクトシル基)を認識することが知られている(J. Biol. Chem., 283, 27007-27016 (2008); Proteins, 84, 744-758 (2016))。
【0077】
アマドリアーゼは特定のアミノ酸配列モチーフを介して補酵素と結合することが知られている。FAD結合型アマドリアーゼでは、補酵素FADと結合するモチーフ配列は、Gly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)であり(Eur. J. Biochem., 242, 499-505 (1996))、これは各種のFAD結合型アマドリアーゼにおいて保存性が高い。同モチーフ配列は、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列に見られる。したがって、ある実施形態において、アマドリアーゼは、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である。
【0078】
ある実施形態において、アマドリアーゼが糖化アミノ酸のみならず、糖化ペプチドを基質とするためには、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸はグリシンであることが望ましい(国際公開第2012/018094号)。ある実施形態において、アマドリアーゼ中の、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸はセリン、グルタミン酸、ヒスチジン、グルタミンではない。
【0079】
各種アマドリアーゼ配列における、配列番号1の239位、282位、376位、418位、15位、17位、20位及び60位に対応する位置は次の表のとおりである。
【0080】
【表9】
【0081】
さらに、種々のアマドリアーゼ配列における、配列番号1の239位、282位、376位、418位、15位、17位、20位及び60位に対応する位置を次の表に示す。
【0082】
【表10】
【0083】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、配列番号1に示されるアミノ酸配列を有するアマドリアーゼとアライメントしたときに50%以上、55%以上、60%以上、61%以上、62%以上、63%以上、64%以上、65%以上、66%以上、67%以上、68%以上、69%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上の全長アミノ酸配列同一性を有し、かつ、改変前のA1cOXと比較して相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大している。さらに、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体の相同性領域におけるアミノ酸配列は、配列番号1における相同性領域のアミノ酸配列と65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、例えば99%以上の配列同一性を有するものであり得る。
【0084】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体は、配列番号1の113位、109位、106位、及び102位に対応する位置以外の位置に、1又は数個のアミノ酸が改変若しくは変異、または、欠失、置換、付加および/または挿入されたアミノ酸配列を有し、かつ改変前のA1cOXと比較して相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大している。ここで1又は数個のアミノ酸とは、1~15個、1~10個、1~7個、1~5個、1~4個、例えば1~3個、例えば1又は2個のアミノ酸をいう。
【0085】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、
(i) 配列番号1記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位及び/又は102に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アラニン、アスパラギン酸、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されている、
(ii) 前記(i)において、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位、及び102位に対応する位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されているたアミノ酸配列からなる、
(iii) 前記(i)若しくは(ii)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1、配列番号22、配列番号24、配列番号11又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、または90%以上、例えば95%以上の配列同一性を有する、
(iv) 前記(i)、又は(ii)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号11若しくは配列番号45のアミノ酸配列と70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、または90%以上、例えば95%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である、
(v) 前記(i)、(ii)若しくは(iii)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1、配列番号22、配列番号24、配列番号11又は配列番号45のアミノ酸配列と70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、80%以上、85%以上、または90%以上の配列同一性を有し、配列番号1または配列番号22若しくは24の第10位~32位、36~41位、49~52位、54~58位、73~75位、84~86位、88~90位、120~122位、145~150位、156~162位、164~170位、180~182位、202~205位、207~211位、214~224位、227~230位、236~241位、243~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、295~297位、306~308位、310~316位、324~329位、332~334位、341~344位、346~355位、357~363位、370~383位、385~387位、389~394位、405~410位及び423~431位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが80%以上、85%以上、90%、95%以上、98%以上、例えば99%以上の配列同一性を有する、
(vi) 前記(i)又は(ii)において、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号11若しくは配列番号45のアミノ酸配列と50%以上、55%以上、60%以上、61%以上、62%以上、63%以上、64%以上、65%以上、66%以上、67%以上、68%以上、69%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、85%以上、例えば90%以上の配列同一性を有し、配列番号1の第10位~32位、36~41位、49~52位、54~58位、63~65位、73~75位、84~86位、88~90位、120~122位、145~150位、156~162位、164~170位、180~182位、202~205位、207~211位、214~224位、227~230位、236~241位、243~248位、258~261位、266~268位、270~273位、275~287位、295~297位、306~308位、310~316位、324~329位、332~334位、341~344位、346~355位、357~363位、370~383位、385~387位、389~394位、405~410位及び423~431位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが65%以上、66%以上、67%以上、68%以上、69%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上の配列同一性を有し、当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼにおける、配列番号1の60位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の239位に対応する位置のアミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン又はチロシンであり、配列番号1の282位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸であり、配列番号1の376位に対応する位置のアミノ酸がグリシンであり、配列番号1の418位に対応する位置のアミノ酸がアルギニンであり、配列番号1の15~20位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である。この糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、
(a) 改変前のA1cオキシダーゼと比較して、HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比が増大している、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が増大している、かつ/又は
(b) 改変前のA1cオキシダーゼと比較して、HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比が増大している、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大している、か、並びに/或いは、
(c) HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.45以上、0.5以上、0.6以上、0.7以上、0.8以上、例えば0.9以上である、かつ/又は
(d) HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.15以上、0.2以上、0.3以上、0.4以上、0.5以上、0.6以上、0.7以上、0.8以上、例えば0.9以上である。
【0086】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、
(i)糖化ヘモグロビンオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位、及び/又は102位に対応する位置のアミノ酸の1、2または3つが、グルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されており、かつ、
(a) HbS1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbS1c/HbA1c]が0.45以上である、及び/又は
(b) HbC1c型αF8Pに対する活性とHbA1c型αF8Pに対する活性との比、すなわち相対活性[HbC1c/HbA1c]が0.15以上、例えば0.2以上である。
【0087】
本発明者は、配列番号1の102位、106位、109位、又は113位に対応する位置に、正電荷を帯びたアミノ酸ではないアミノ酸へのアミノ酸置換を有する糖化ヘモグロビンオキシダーゼが、改変前の酵素と比較して、相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大していることを見出した。当業者であれば、これらの知見に基づき、配列番号1に示すアミノ酸配列における102位、106位、109位、又は113位に対応する位置に、正電荷を帯びたアミノ酸ではないアミノ酸へのアミノ酸置換を有する他のA1cOxも同様に相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]が増大し、各種遺伝型の糖化ヘモグロビンに作用し、その測定に用いることができると理解する。
【0088】
(糖化ヘモグロビンオキシダーゼの生産)
ある実施形態において、本発明は、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ産生能を有する菌株を当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼを発現しうる条件下で培養する工程、及び培養物又は培養液から糖化ヘモグロビンオキシダーゼを単離する工程を含む、糖化ヘモグロビンオキシダーゼの製造方法を提供する。この方法には、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼをコードする遺伝子を組み込んだベクターで形質転換された宿主細胞を用いることができる。ここで糖化ヘモグロビンオキシダーゼを発現しうる条件とは、糖化ヘモグロビンオキシダーゼ遺伝子が転写、翻訳され、当該遺伝子によりコードされるポリペプチドが産生されることをいう。
【0089】
また、上記菌株を培養する培地としては、例えば、酵母エキス、トリプトン、ペプトン、肉エキス、コーンスティープリカーあるいは大豆若しくは小麦ふすまの浸出液等の1種以上の窒素源に、塩化ナトリウム、リン酸2水素カリウム、リン酸水素2カリウム、硫酸マグネシウム、塩化マグネシウム、塩化第2鉄、硫酸第2鉄あるいは硫酸マンガン等の無機塩類の1種以上を添加し、さらに必要により糖質原料、ビタミン等を適宜添加したものが用いられる。
【0090】
また、培地に当該糖化ヘモグロビンオキシダーゼが作用し得る基質やその類似化合物、例えば糖化アミノ酸、糖化ペプチド類、糖化タンパク質分解物、若しくは糖化ヘモグロビンや糖化アルブミン等の糖化タンパク質を添加することにより目的の酵素の製造量を向上させることができる。
【0091】
培地の初発pHは、pH7~9に調整するのが適当である。培養は、20~42℃の培養温度、好ましくは25~37℃前後の培養温度で4~24時間、さらに好ましくは25~37℃前後の培養温度で8~16時間、通気攪拌深部培養、振盪培養、静置培養等により実施するのが好ましい。
【0092】
培養終了後、該培養物より糖化ヘモグロビンオキシダーゼを採取するには、通常の酵素採取手段を用いて得ることができる。例えば、常法により菌体を、超音波破壊処理、磨砕処理等するか、またはリゾチーム等の溶菌酵素を用いて本酵素を抽出するか、またはトルエン等の存在下で振盪若しくは放置して溶菌を行わせ、本酵素を菌体外に排出させることができる。そして、この溶液を濾過、遠心分離等して固形部分を除去し、必要によりストレプトマイシン硫酸塩、プロタミン硫酸塩、若しくは硫酸マンガン等により核酸を除去したのち、これに硫安、アルコール、アセトン等を添加して分画し、沈澱物を採取し、粗酵素を得る。
【0093】
粗酵素よりさらに精製酵素標品を得るには、例えば、セファデックス、スーパーデックス若しくはウルトロゲル等を用いるゲル濾過法、イオン交換性担体、疎水性担体、ヒドロキシアパタイトを用いる吸着溶出法、ポリアクリルアミドゲル等を用いる電気泳動法、蔗糖密度勾配遠心法等の沈降法、アフィニティクロマトグラフィー法、分子ふるい膜若しくは中空糸膜等を用いる分画法等を適宜選択し、またはこれらを組み合わせて実施することにより、精製された糖化ヘモグロビンオキシダーゼ酵素標品を得ることができる。
【0094】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、好ましくは
基質としてHbA1cを認識し、かつ、糖化HbS及び/又は糖化HbCを認識し、
作用として糖化ヘモグロビンのβ鎖を酸化して過酸化水素を生成し、
至適pH範囲をpH6~8の範囲に有し、
作用pH範囲をpH5~9の範囲に有し、
作用温度が25~40℃であり、
SDS-PAGE上での分子量が約45~55KDa、例えば約48~50KDaであるものであり得る。
【0095】
ある実施形態において、本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼは、30~40℃、例えば35℃で30分熱処理後の残存活性が50%以上、60%以上、70%以上、例えば80%以上でありうる。
【0096】
本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼ改変体からは、糖化ヘモグロビンに対する活性を全く示さないアマドリアーゼは除くものとする。
【0097】
(組成物、試薬、キット)
ある実施形態において本発明は、糖化ヘモグロビンオキシダーゼを含む、糖化ヘモグロビン測定用試薬組成物、測定試薬又はキットを提供する。ある実施形態において本発明は、糖化ヘモグロビンオキシダーゼを含む、HbS1c又はHbC1c測定用試薬組成物、測定試薬又はキットを提供する。該組成物、試薬又はキットは、還元型化合物の測定用試薬、過酸化水素の測定用試薬、緩衝剤、界面活性剤、塩類、防腐剤などを含み得る。また、溶解補助剤、安定化剤、反応性向上剤、糖化ヘモグロビン変性剤、還元剤、牛血清アルブミン、糖類(グリセリン、乳糖、シュークロース等)等を添加してもよい。該組成物、試薬又はキットは、必要に応じ、その他の公知の安定化剤や夾雑物質の消去系などを追加しうる。糖化ヘモグロビンに作用するプロテアーゼ等を使用し糖化ペプチドを酵素法により測定する従来の各種の試薬やキットに用いられている技術を、適宜改変して本発明の組成物、試薬又はキットに用いることができる。本発明の組成物、測定試薬又はキットはプロテアーゼを含んでもよく、含まなくともよい。
【0098】
界面活性剤としては、非イオン性界面活性剤、イオン性の界面活性剤、例えば、カチオン性界面活性剤、アニオン性界面活性剤、両性界面活性剤等が挙げられる。
【0099】
非イオン界面活性剤としては、例えば、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、脂肪酸ソルビタンエステル、アルキルポリグルコシド、脂肪酸ジエタノールアミド、アルキルモノグリセリルエーテルなどが挙げられる。
【0100】
カチオン性界面活性剤としては、例えば、アルキルトリメチルアンモニウム塩、ジアルキルジメチルアンモニウム塩、アルキルベンジルジメチルアンモニウム塩、ピリジニウム塩、例えばアルキルピリジニウム塩、ホスホニウム塩、例えばアルキルホスホニウム塩、イミダゾリウム塩、例えばアルキルイミダゾリウム塩、イソキノニウム塩、例えばアルキルイソキノニウム塩などが挙げられる。
【0101】
過酸化水素の測定用試薬は、ペルオキシダーゼ及び/又は発色基質を含みうる。発色基質としては、4-アミノアンチピリンの他に、例えば、ADOS(N-エチル-N-(2-ヒドロキシ-3-スルホプロピル)-m-アニシジン)、ALOS(N-エチル-N-(2-ヒドロキシ-3-スルホプロピル)アニリン)、TOOS(N-エチル-N-(2-ヒドロキシ-3-スルホプロピル)-m-トルイジンナトリウム)、DA-67(10-(カルボキシメチルアミノカルボニル)-3、7-ビス(ジメチルアミノ)-フェノシアジン)、DA-64(N-(カルボキシメチルアミノカルボニル)-4、4’-ビス(ジメチルアミノ)-ジフェニルアミン)等が挙げられる。
【0102】
(糖化ヘモグロビンの測定方法)
ある実施形態において、本発明は糖化ヘモグロビンの測定方法を提供する。糖化ヘモグロビン測定は、定性的又は定量的な方法であり得る。定量法は、糖化ヘモグロビンを含む試料と本発明の糖化ヘモグロビンオキシダーゼとを接触させる工程、及び反応生成物又は消費物を測定する工程を含み得る。糖化ヘモグロビンは未変性でもよく、または変性したものでもよい。該定量法についていう接触とは、糖化ヘモグロビンオキシダーゼが糖化ヘモグロビンの酸化反応を触媒しうるように、該酵素と試料とを物理的に一緒にするあらゆる態様を包含し、例えば溶液中で遊離の酵素と糖化ヘモグロビンを混合する場合のみならず、固相担体に担持された酵素に糖化ヘモグロビンを含む溶液試料を添加又は滴下するような態様も包含する。
【0103】
ある実施形態において、本発明はHbS1cまたはHbC1cを測定する方法を提供する。この方法は、HbS1cまたはHbC1cを含み得る試料に糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作用させる工程を含む。ある実施形態では、糖化ヘモグロビンオキシダーゼの作用により生じる還元型化合物の量が測定される。ある実施形態では、測定される還元型化合物は過酸化水素である。
【0104】
測定に用いる試料(サンプル)は、糖化ヘモグロビンを含む可能性のあるあらゆる生物学的試料、例えば血液、体液、リンパ液等に由来する試料とすることができる。試料は適宜、加工処理されたものでありうる。
【0105】
糖化ヘモグロビンオキシダーゼと糖化ヘモグロビンとの反応効率を高めるためには、変性処理された糖化ヘモグロビンを用いてもよい。変性処理としては界面活性剤処理、熱処理、酸・アルカリでの変性処理、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
【0106】
用いる酵素量及び反応時間を一定とし、添加する糖化ヘモグロビンの量を変化させた場合に、糖化ヘモグロビン添加量が減少するにつれて、検出される発光基質の吸光度も比例的に減少する糖化ヘモグロビン濃度範囲を調べることで、当該アマドリアーゼを用いた場合の検出可能な最低糖化ヘモグロビン濃度(検出限界濃度)を決定することができる。検出限界が、測定試料中又は血中の糖化ヘモグロビン濃度よりも低くなるよう酵素量及び反応時間を設定しうる。
【0107】
定量的測定では、予め、濃度既知の糖化ヘモグロビンを含む対照の吸光度等の測定値から最小二乗法などの回帰分析を行うことによって検量線を作成しておくこともできる。作成した検量線に対し、糖化ヘモグロビン濃度が未知である試料の測定値をプロットすることで、当該試料中の糖化ヘモグロビン濃度を定量できる。
【0108】
糖化ヘモグロビンを含む試料に糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作用させる時間は、例えば5秒以上、10秒以上、20秒以上、30秒以上、1分以上、60分未満、30分未満、10分未満、例えば5分未満、例えば0.5分以上~60分未満、1分以上~30分未満、1分以上~20分未満、例えば1分以上~10分未満、例えば1分以上~5分未満としうる。作用温度は、用いる酵素の至適温度にもよるが、例えば、20~45℃であり、通常の酵素反応に用いられる温度を適宜選択できる。
【0109】
使用する糖化ヘモグロビンオキシダーゼの酵素量は、試料溶液中に含まれる基質の量にもよるが、例えば、終濃度が、0.1~50U/mL、例えば0.2~10U/mLとなるように添加しうる。作用させる際のpHは、アマドリアーゼが作用可能なpH、例えば至適pHを考慮して、緩衝剤を用いて調整しうる。反応pHは、例えば3~11、5~9、例えば6~8である。
【0110】
過酸化水素の測定は、過酸化水素を生成する工程と同時に行うことができ、アマドリアーゼの作用時と同時に進行させることができる。生成物の代わりに消費物を測定してもよく、測定する消費物としては溶存酸素が挙げられ、溶存酸素計等を用いて反応液中の溶存酸素量を測定することができる。
【0111】
(アマドリアーゼ活性の測定方法)
以下に、モデル基質としてHbA1c型αF8P、HbS1c型αF8P、又はHbC1c型αF8Pを用いた、アマドリアーゼ活性の測定方法を例示するが、測定方法はこれに限らない。これらの基質は合成基質でありうる(ペプチド研究所製)。本明細書において、特に断らない限り、酵素力価は、HbA1c型αF8Pを基質として測定した時の、1分間に1μmolの過酸化水素を生成する酵素量を1Uと定義する。
【0112】
他の基質での評価が必要であれば、αFV、αFVH等の糖化ペプチドは、例えば、阪上らの方法に基づき合成、精製したものを用いることができる(特開2001-95598号公報)。αF6Pは、HbA1cをエンドプロテイナーゼGlu-Cで処理することにより得られる(Clin.Chem.,43,1994-1951(1997))。合成基質として提供されるαF6P(ペプチド研究所製)を用いてもよい。
【0113】
A:活性測定用試薬
(試薬1):5U/ml パーオキシダーゼ(東洋紡製)、0.49mM 4-アミノアンチピリン(和光純薬工業社製)を含む0.1M リン酸緩衝液 pH6.5
(試薬2):15mM TOOS(N-エチル-N-(2-ヒドロキシ-3-スルホプロピル)-m-トルイジンナトリウム、同仁化学研究所製)溶液
500mgのTOOSをイオン交換水に溶解し、100mlに定容する。
(試薬3):300μMHbA1c型、HbC1c型、又はHbS1c型αF8P(ペプチド研究所製)溶液(終濃度10μM)
B:活性測定法
2.7mlの試薬1、100μlの試薬2、および100μlの酵素液を混和し、37℃で5分間予備加温する。その後、試薬3を100μl加えて良く混ぜた後、分光光度計(U-3900、日立ハイテクサイエンス社製)により、555nmにおける吸光度の経時変化を37℃で観測し、555nmにおける吸光度の1分間あたりの変化量(ΔAs)を測定する。なお、対照液は、100μlの試薬3の代わりに100μlのイオン交換水を加える以外は前記と同様にして、555nmにおける吸光度の1分間あたりの変化量(ΔA0)を測定する。37℃で1分間当たりに生成される過酸化水素のマイクロモル数を酵素液中の活性単位(U)とし、下記の式に従って算出する。
活性(U/ml)={(ΔAs-ΔA0)×3.0×df}÷(39.2×0.5×0.1)
ΔAs:反応液の1分間あたりの吸光度変化
ΔA0:対照液の1分間あたりの吸光度変化
39.2:反応により生成されるキノイミン色素のミリモル吸光係数(mM-1・cm-1)
0.5:1 molの過酸化水素による生成されるキノイミン色素のmol数
df:希釈係数。
【0114】
(さらなる糖化ヘモグロビンオキシダーゼの作製方法)
本発明者は、HbA1cのみならずHbS1cやHbC1cにも対応可能な糖化ヘモグロビンオキシダーゼが必要である、という新規の課題を見出し、A1cOXに特定のアミノ酸置換を導入して糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作製することによりこの課題を解決した。本発明の変異は適宜組み合わせることができる。また本発明の知見に基づいてさらなる改変体を作製することもできる。したがってある実施形態において本発明は、以下の工程を含む、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを改変して糖化ヘモグロビンオキシダーゼを作製する方法を提供する:
(i) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を取得する、
(ii) アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼを発現させ、発現産物を単離する、(iii) 発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定する、(iv) アマドリアーゼ又はA1cオキシダーゼのアミノ酸配列を、配列番号1に記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における113位、109位、106位又は102位に対応する位置のアミノ酸がグルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、グリシン、プロリン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸に改変されるよう、前記アマドリアーゼ遺伝子又はA1cオキシダーゼ遺伝子を改変する、
(v) 改変後の遺伝子をベクターに組み入れ、宿主細胞を形質転換し、改変体を発現させ、発現産物を単離する、
(vi) 改変体の発現産物の相対活性[HbS1c/HbA1c]及び/又は相対活性[HbC1c/HbA1c]を測定し、工程(iii)の値と比較する、
(vii) 改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbS1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbS1c/HbA1c]が1.1倍以上増大しているか、又は改変前のアマドリアーゼ若しくはA1cオキシダーゼの相対活性[HbC1c/HbA1c]と比較して、改変後の改変体の相対活性[HbC1c/HbA1c]が1.1倍以上増大している場合、当該改変体を糖化ヘモグロビンオキシダーゼとする、並びに
(viii) 必要に応じて、工程(vii)の改変体について、工程(iv)~(vi)を繰り返す。上記工程(iii)や(vi)の評価基質は、便宜上αF8Pとすることができるが、6アミノ酸以上の鎖長を有する他のフルクトシル基質やHbA1c、HbS1c、HbC1cを用いてもよい。
【0115】
(実施例)
以下、実施例により、本発明をさらに具体的に説明する。ただし、本発明の技術的範囲は、それらの例により何ら限定されるものではない。
【0116】
1.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの調製
Coniochaeta属由来アマドリアーゼ遺伝子(配列番号23)の組換え体プラスミドを有する大腸菌JM109(pKK223-3-CFP-T7-H38-GY)株(国際公開第2016/159384号参照)を、3mlのLB-amp培地[1%(w/v)バクトトリプトン、0.5%(w/v)ペプトン、0.5%(w/v)NaCl、50μg/ml アンピシリン]に接種して、37℃で16時間振とう培養し、培養物を得た。
【0117】
この培養物を10,000×gで、1分間遠心分離することにより集菌して菌体を得た。この菌体より、GenElute Plasmid Miniprep Kit(Sigma-Aldrich社製)を用いて組換え体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H38-GYを抽出して精製し、2.5μgの組換え体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H38-GYを得た。
【0118】
2.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの部位特異的改変操作
得られた組換え体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H38-GYを鋳型として、配列番号25、26の合成オリゴヌクレオチド、KOD-Plus-Neo(東洋紡績社製)を用い、以下の条件でPCRを行った。
【0119】
すなわち、10× PCR Buffer for KOD -Plus- Neoを5μl、dNTPが各2mMになるよう調製されたdNTPs混合溶液を5μl、25mMのMgSO4溶液を3μl、鋳型となるプラスミドDNAを50ng、上記合成オリゴヌクレオチドをそれぞれ15pmol、KOD-Plus-Neoを1Unit加えて、滅菌水により全量を50μlとした。調製した反応液をサーマルサイクラー(エッペンドルフ社製)を用いて、94℃で2分間インキュベートし、続いて、「94℃、15秒」-「50℃、30秒」-「68℃、3分」のサイクルを15回繰り返した。
【0120】
得られたDNAを制限酵素DpnI(NEW ENGLAND BioLabs社製)で処理し、残存している鋳型DNAを切断した後、大腸菌JM109を形質転換し、LB-amp寒天培地に展開した。生育したコロニーをLB-amp培地に接種して振とう培養し、慣用法によりプラスミドDNAを単離した。該プラスミド中のアマドリアーゼをコードするDNAの塩基配列を、マルチキャピラリーDNA解析システムApplied Biosystems 3130xlジェネティックアナライザ(Life Technologies社製)を用いて決定し、変異が導入されていることを確認した。目的の変異が導入された、改変型アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミド(pKK223-3-CFP-T7-H39-1M)を得た。
【0121】
得られた組換え体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H39-Mを鋳型として、配列番号27、28の合成オリゴヌクレオチド、KOD-Plus-Neo(東洋紡績社製)を用い、以下の条件でPCRを行った。
【0122】
すなわち、10× PCR Buffer for KOD -Plus- Neoを5μl、dNTPが各2mMになるよう調製されたdNTPs混合溶液を5μl、25mMのMgSO溶液を3μl、鋳型となるプラスミドDNAを50ng、上記合成オリゴヌクレオチドをそれぞれ15pmol、KOD-Plus-Neoを1Unit加えて、滅菌水により全量を50μlとした。調製した反応液をサーマルサイクラー(エッペンドルフ社製)を用いて、94℃で2分間インキュベートし、続いて、「94℃、15秒」-「68℃、3分」のサイクルを7回繰り返した。
【0123】
得られたDNAを制限酵素DpnI(NEW ENGLAND BioLabs社製)で処理し、残存している鋳型DNAを切断した。DpnI処理後の反応液を2μl、Ligation high Ver.2(東洋紡製)を5μl、T4 Polynucleotide Kinase (東洋紡製)を5Units加えて、滅菌水により全量を15μlとして、16℃で1時間ライゲーション反応を行った。得られた環状DNAを用いて大腸菌JM109を形質転換し、LB-amp寒天培地に展開した。生育したコロニーをLB-amp培地に接種して振とう培養し、慣用法によりプラスミドDNAを単離した。該プラスミド中のアマドリアーゼをコードするDNAの塩基配列を、マルチキャピラリーDNA解析システムApplied Biosystems 3130xlジェネティックアナライザ(Life Technologies社製)を用いて決定し、変異が導入されていることを確認した。目的の変異が導入された、改変型アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミド(pKK223-3-CFP-T7-H39-3M)を得た。
【0124】
得られた組換え体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H39-3Mを鋳型として、配列番号29、30の合成オリゴヌクレオチド、KOD-Plus-Neo(東洋紡績社製)を用い、以下の条件でPCRを行った。
【0125】
すなわち、10× PCR Buffer for KOD -Plus- Neoを5μl、dNTPが各2mMになるよう調製されたdNTPs混合溶液を5μl、25mMのMgSO溶液を3μl、鋳型となるプラスミドDNAを50ng、上記合成オリゴヌクレオチドをそれぞれ15pmol、KOD-Plus-Neoを1Unit加えて、滅菌水により全量を50μlとした。調製した反応液をサーマルサイクラー(エッペンドルフ社製)を用いて、94℃で2分間インキュベートし、続いて、「94℃、15秒」-「50℃、30秒」-「68℃、3分」のサイクルを15回繰り返した。
【0126】
得られたDNAを制限酵素DpnI(NEW ENGLAND BioLabs社製)で処理し、残存している鋳型DNAを切断した後、大腸菌JM109を形質転換し、LB-amp寒天培地に展開した。生育したコロニーをLB-amp培地に接種して振とう培養し、慣用法によりプラスミドDNAを単離した。該プラスミド中のアマドリアーゼをコードするDNAの塩基配列を、マルチキャピラリーDNA解析システムApplied Biosystems 3130xlジェネティックアナライザ(Life Technologies社製)を用いて決定し、変異が導入されていることを確認した。目的の変異が導入された、改変型アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミド(pKK223-3-CFP-T7-H40-3M)を得た。
【0127】
3.Coniochaeta属由来アマドリアーゼの生産、精製
上記のようにして得られたアマドリアーゼを生産する形質転換大腸菌(JM109)を、終濃度0.1mMとなるようにIPTGを添加したLB-amp培地100mlに植菌し、25℃で16時間培養した。得られた培養菌体を10mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.5)で洗浄した後、同緩衝液に菌体を懸濁して超音波破砕処理を行い、20,000×gで10分間遠心分離し、粗酵素液40mlを調製した。
【0128】
HiScreen CaptoQカラム(GEヘルスケア社製)を10mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.5)で平衡化した後、調製した変異体アマドリアーゼを含む各粗酵素液をアプライして該アマドリアーゼを陰イオン交換樹脂に結合させた。その後、10mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.5)で20カラム体積分送液し、夾雑タンパク質を溶出させた後、10mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.5)中のNaCl濃度を0mMから250mMのに直線的に増加させながら樹脂に結合したタンパク質を溶出させ、アマドリアーゼ活性を示す画分を回収した。
【0129】
得られたアマドリアーゼ活性を示す画分を、Amicon Ultra Ultracel-30K(ミリポア社製)により濃縮し、HiLoad 26/60 Superdex200により精製した。樹脂の平衡化、溶出には150mMのNaClを含む10mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.0)を用いた。溶出した各フラクションの純度をSDS-PAGEにより評価し、夾雑タンパク質を含んでいないフラクションを回収し、アマドリアーゼの精製標品とした。H40とH40-3Mの基質特異性は同じであることを確認した。
【0130】
4.Coniochaeta属由来アマドリアーゼの活性測定
精製CFP-T7-H40-3M標品を用いて10μM のHbA1c型、HbS1c型及びHbC1c型のαF8Pを基質とした時の活性を測定した。その結果CFP-T7-H40-3Mの、HbA1c型αF8Pに対する活性を100%とした場合、HbS1c型αF8Pに対する活性は39%であり、HbC1c型αF8Pに対する活性は11%であった。
【0131】
5.Coniochaeta属由来アマドリアーゼの改変体の作製
上記のCFP-T7-H40-3M(A1cOX)に基づき、鋳型としてpKK223-3-CFP-T7-H40-3Mさらに以下のプライマーを使用し、下記の変異を導入した。プラスミド調製、導入変異の配列確認、精製酵素の調製等は上記と同様の方法により行った。変異導入時のPCRの班応益組成および反応条件は、下記プライマーを用いる点以外は、組み換体プラスミドpKK223-3-CFP-T7-H39-1Mを調製する時と同一の条件で実施した。
配列番号31、32 導入変異:K102A
配列番号31、33 導入変異:K102E
配列番号34、35 導入変異:K106A
配列番号34、36 導入変異:K106D
配列番号37、38 導入変異:K113A
配列番号37、39 導入変異:K113E
配列番号37、40 導入変異:K113S
配列番号37、41 導入変異:K113T
配列番号37、42 導入変異:K113N
配列番号37、43 導入変異:K113Q
配列番号37、44 導入変異:K113D
【0132】
6.Coniochaeta属由来アマドリアーゼの改変体の評価
得られた各種の精製酵素標品を用いてHbA1c型及びHbS1c型のαF8Pを基質とした時の活性を測定した。結果を下記の表に示す。各酵素の、HbA1c型αF8Pに対する活性を100%としたときの、HbS1c型αF8Pに対する相対活性を示す。
【0133】
【表11】
【0134】
上記の表のとおり、K102A及びK102E変異は、アマドリアーゼの、HbS1c型基質に対する相対活性を向上させた。改変の前後で相対活性[HbS1c/HbA1c]は、K102A変異体について約1.97倍、K102E変異体について約1.74倍増大した。
【0135】
さらなる変異体について、3種の基質で試験を行った。得られた各種の精製酵素標品を用いてHbA1c型、HbS1c型及びHbC1c型のαF8Pを基質とした時の活性を測定した。結果を下記の表に示す。各酵素の、HbA1c型αF8Pに対する活性を100%としたときの、HbS1c型αF8P及びHbC1c型αF8Pに対する相対活性を示す。
【0136】
【表12】
【0137】
上記の表のとおり、K106A、K106D、K113A、K113E K113S、K113T、K113N、K113Q、K113D及びK113H変異は、アマドリアーゼの、HbS1c型及びHbC1c型基質に対する相対活性を向上させた。改変により相対活性[HbS1c/HbA1c]は約2.1倍~約3.3倍増大し、相対活性[HbC1c/HbA1c]は約2.8倍~約9.4倍増大した。なお、各変異体の各基質に対する比活性はいずれも20mU/mg以上であることを確認した。これらの結果から、K113位、K106位、K102位を、正電荷を帯びたアミノ酸(K、H、R)以外のアミノ酸、例えばD、E、S、T、N、Q、C、G、P、A、V、I、L、M、F、Y、Wに変異させても同様に相対活性が向上すると期待される。例えば、K113位をC、G、P、V、I、L、M、F、Y又はWに変異させても同様に相対活性が向上すると期待される。例えば、K106位をE、S、T、N、Q、C、G、P、V、I、L、M、F、Y又はWに変異させても同様に相対活性が向上すると期待される。例えば、D、S、T、N、Q、C、G、P、V、I、L、M、F、Y又はWに変異させても同様に相対活性が向上すると期待される。
【0138】
7.Emericella属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの部位
配列番号45は、国際公開第WO2015/005258号に開示されているEmericella nidulans由来糖化ヘキサペプチドオキシダーゼ(FPOX-42、本明細書中ではEn42FXと表記する)のアミノ酸配列であり、配列番号46の遺伝子にコードされている。En42FX遺伝子をpET22bプラスミドベクターにサブクローニングしたpET22b-En42FX(調製方法は国際公開第WO2016/063984号参照)を鋳型にして、以下のプライマーを使用し、下記の変異を導入した。プラスミド調製は(1.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの調製)および(2.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの部位特異的改変操作)と同様の方法により行った。変異導入時のPCRは(2.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの部位特異的改変操作)に記載の方法に沿って、pET22b-En42FXを鋳型として、下記プライマーを用いて実施した。PCR反応条件、導入変異の配列確認等は、(2.Coniochaeta属由来アマドリアーゼをコードする組換え体プラスミドの部位特異的改変操作)と同一の条件で実施した。
配列番号47、48 導入変異:R105A
配列番号47、49 導入変異:R105S
配列番号47、50 導入変異:R105L
配列番号47、52 導入変異:R105N
配列番号47、53 導入変異:R105Q
配列番号47、54 導入変異:R105D
配列番号47、55 導入変異:R105E
配列番号56、57 導入変異:R108A
配列番号56、58 導入変異:R108S
配列番号56、59 導入変異:R108L
配列番号56、61 導入変異:R108Q
配列番号56、62 導入変異:R108D
配列番号56、63 導入変異:R108E
配列番号64、65 導入変異:S112D
配列番号64、66 導入変異:S112E
【0139】
目的の変異が導入されたことを確認したプラスミドは、大腸菌BL21(DE3)株に形質導入し、各改変型En42FX生産株を得た。
【0140】
8.Emericella属由来アマドリアーゼの生産
各改変型En42FX生産株を、0.1mMのIPTGを添加したLB-amp培地50mlにおいて、25℃で16時間培養した。その後、各菌体をpH7.0の10mMリン酸緩衝液で洗浄、超音波破砕、15,000rpmで10分間遠心分離し、各粗酵素液4.0mlを調製した。各粗酵素液はAmicon Ultra Ultracel-30K(ミリポア社製)を用いて、およそ1.0mlに濃縮して活性測定に使用した。
【0141】
9.Emericella属由来アマドリアーゼの改変体の評価
得られた各種の精製酵素標品を用いてHbA1c型及びHbS1c型のαF8Pを基質とした時の活性を測定した。結果を下記の表に示す。各酵素の、HbA1c型αF8Pに対する活性を100%としたときの、HbS1c型αF8P及びHbS1c型αF8Pに対する相対活性を示す。
【表13】
上記の表のとおり、En42FXに対するR105A、R105S、R105L、R105N、R105Q、R105D、R105E、R108A、R108S、R108L、R108Q、R108D、R108E、S112D、S112E変異は、アマドリアーゼの、HbS1c型及びHbC1c型基質に対する相対活性を向上させた。改変により相対活性[HbS1c/HbA1c]は約1.4倍~約3.7倍増大し、相対活性[HbC1c/HbA1c]は約1.1倍~約10.8倍増大した。これらの結果から、R105、R108を、正電荷を帯びたアミノ酸(K、H、R)以外のアミノ酸、例えばD、E、S、T、N、Q、C、G、P、A、V、I、L、M、F、Y、Wに変異させても同様に相対活性[HbS1c/HbA1c]及び相対活性[HbC1c/HbA1c]が向上すると期待される。S112を負電荷を帯びたアミノ酸(D、E)に変異させると相対活性[HbS1c/HbA1c]及び相対活性[HbC1c/HbA1c]が向上すると期待される。
【0142】
本発明で見出した、HbS1c型及び/又はHbC1c型αF8Pに対する相対活性を向上させる変異を導入したA1cオキシダーゼは、HbA1cのみならず、糖化HbS及び/又は糖化HbCに対する相対活性が向上していると考えられる。これは種々の遺伝型の糖化ヘモグロビンを有する被験者群についての測定に用いることができ、産業上の利用価値が期待される。
【0143】
[配列表の簡単な説明]
配列番号1 Coniochaeta属由来のアマドリアーゼ(CFP-T7)
配列番号2 CFP-T7遺伝子配列
配列番号3 Eupenicillium terrenum由来のアマドリアーゼ
配列番号4 Pyrenochaeta sp.由来のケトアミンオキシダーゼ
配列番号5 Arthrinium sp.由来のケトアミンオキシダーゼ
配列番号6 Curvularia clavata由来のケトアミンオキシダーゼ
配列番号7 Neocosmospora vasinfecta由来のケトアミンオキシダーゼ
配列番号8 Cryptococcus neoformans由来のフルクトシルアミノ酸オキシダーゼ
配列番号9 Phaeosphaeria nodorum由来のフルクトシルペプチドオキシダーゼ
配列番号10 Aspergillus nidulans由来のフルクトシルアミノ酸オキシダーゼ
配列番号11 Emericella nidulans由来のフルクトシルペプチドオキシダーゼ
配列番号12 Ulocladium sp.由来のフルクトシルアミノ酸オキシダーゼ
配列番号13 Penicillium janthinellum由来のフルクトシルアミノ酸オキシダーゼ
配列番号14 Ao2 (Aspergillus oryzae由来アマドリアーゼ、別称FaoAo2)
配列番号15 Af2 (Aspergillus fumigatus由来アマドリアーゼ、別称AmadoriaseII)
配列番号16 At (Aspergillus terreus由来アマドリアーゼ、別称FAOD-A)
配列番号17 Fo (Fusarium oxysporum由来アマドリアーゼ)
配列番号18 Ao1 (Aspergillus oryzae由来アマドリアーゼ、別称FaoAo 1)
配列番号19 Af1 (Aspergillus fumigatus由来アマドリアーゼ、別称AmadoriaseI)
配列番号20 Pi (Pichia sp.由来アマドリアーゼ)
配列番号21 Dh (Debaryomyces hansenii由来アマドリアーゼ)
配列番号22 CFP-T7-H38-GY アミノ酸配列
配列番号23 CFP-T7-H38-GY遺伝子配列
配列番号24 CFP-T7-H40-3M アミノ酸配列
配列番号25~44 プライマー
配列番号45 En42FXアミノ酸配列
配列番号46 En42FX遺伝子配列
配列番号47~66 プライマー
【0144】
本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願はそのまま引用により本明細書に組み入れられるものとする。他の文献と記載が齟齬する場合は本明細書が優先する。
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図2-7】
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【配列表】
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