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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2023-10-16
(45)【発行日】2023-10-24
(54)【発明の名称】リンゴ属植物及びリンゴ属植物の作出方法
(51)【国際特許分類】
A01H 6/74 20180101AFI20231017BHJP
A01H 5/08 20180101ALI20231017BHJP
A01H 5/10 20180101ALI20231017BHJP
C12N 15/29 20060101ALI20231017BHJP
C12N 15/56 20060101ALI20231017BHJP
【ＦＩ】
A01H6/74
A01H5/08
A01H5/10
C12N15/29 ZNA
C12N15/56
【請求項の数】
10
(21)【出願番号】P 2021202398
(22)【出願日】2021-12-14
(65)【公開番号】P2023087871
(43)【公開日】2023-06-26
【審査請求日】2022-09-27
(73)【特許権者】
【識別番号】501203344
【氏名又は名称】国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
(74)【代理人】
【識別番号】100088155
【弁理士】
【氏名又は名称】長谷川 芳樹
(74)【代理人】
【識別番号】100128381
【弁理士】
【氏名又は名称】清水 義憲
(74)【代理人】
【識別番号】100211199
【弁理士】
【氏名又は名称】原田 さやか
(72)【発明者】
【氏名】森谷 茂樹
(72)【発明者】
【氏名】澤村 豊
(72)【発明者】
【氏名】清水 拓
(72)【発明者】
【氏名】岡田 和馬
【審査官】鳥居 敬司
(56)【参考文献】
【文献】特開２０２０－０８０７４２（ＪＰ，Ａ）
【文献】米国特許出願公開第２０１１／０１９１９０２（ＵＳ，Ａ１）
【文献】岡田和馬，最近の優良品種と今後の展開方向 リンゴにおける最近の優良品種と今後の展開方向，果実日本，日本，日本園芸農業協同組合連合会，2013年07月15日，第68巻第7号，pp.62-67
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０
Ａ０１Ｈ ５／００－５／１２
Ａ０１Ｈ ６／００－６／８８
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流配列と比較した場合に、前記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内に１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が挿入されており、前記挿入された塩基配列がレトロトランスポゾンである、
リンゴ属植物。
【請求項2】
前記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子が、配列番号１で示されるポリヌクレオチドからなる遺伝子である、請求項１に記載のリンゴ属植物。
【請求項3】
前記挿入された１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が、配列番号１２の配列に対して９０％以上の配列同一性を有する配列中に存在する塩基配列である、請求項１又は２に記載のリンゴ属植物。
【請求項4】
前記ＭｄＰＧ１対立遺伝子が、配列番号３で示されるポリヌクレオチドからなる遺伝子である、請求項１～３のいずれか一項に記載のリンゴ属植物。
【請求項5】
請求項１～４のいずれか一項に記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
【請求項6】
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてホモ接合型である第１の親植物体と、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、且つ、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてヘテロ接合型である第２の親植物体とを交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
【請求項7】
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程において、
前記植物体が、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、
ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものである、請求項６に記載の方法。
【請求項8】
請求項１～４のいずれか一項に記載のリンゴ属植物を第１の親植物体として、第２の親植物体と交配する工程、並びに交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
【請求項9】
請求項６～８のいずれか一項に記載の方法により得られたリンゴ属植物。
【請求項10】
請求項９に記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、リンゴ属植物及びリンゴ属植物の作出方法に関する。
【背景技術】
【0002】
円筒型の樹形を示すカラムナー（ｃｏｌｕｍｎａｒ）タイプリンゴは、枝が横に広がらずにしかも葉と葉の間（節間）の長さが比較的短く、樹体構造が単純でコンパクトなため、せん定及び収穫が容易にでき、省力的な栽培に適した性質である。この性質の原因遺伝子として、Ｃｏ遺伝子が報告されている（非特許文献１）。
【0003】
また、リンゴの果実の日持ち性には、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）が主働因子として関与すること、３種類の対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－１型、ＭｄＰＧ１－２型、ＭｄＰＧ１－３型）が存在することが知られている（非特許文献２）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【文献】Ｏｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，“Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｄｉｏｘｙｇｅｎａｓｅ ｇｅｎｅ ａｄｊａｃｅｎｔ ｔｏ ａｎ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｓ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｓｈｏｒｔ ｉｎｔｅｒｎｏｄｅｓ ｏｆ ｃｏｌｕｍｎａｒ ａｐｐｌｅｓ （Ｍａｌｕｓ × ｄｏｍｅｓｔｉｃａ）”，Ｊ Ｐｌａｎｔ Ｒｅｓ（２０１６）１２９：１１０９－１１２６
【文献】Ｃｏｓｔａ ｅｔ ａｌ．，“ＱＴＬ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｆｏｒ ｆｒｕｉｔ ｆｉｒｍｎｅｓｓ ａｎｄ ｓｏｆｔｅｎｉｎｇ ａｒｏｕｎｄ ａｎ ｅｔｈｙｌｅｎｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｏｌｙｇａｌａｃｔｕｒｏｎａｓｅ ｇｅｎｅ ｉｎ ａｐｐｌｅ（Ｍａｌｕｓ×ｄｏｍｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．）”，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｂｏｔａｎｙ ６１：３０２９－３０３９（２０１０）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
カラムナータイプ（カラムナー性）とリンゴの果実の日持ち性に関する研究は、これまで独立して進展しており、これまでに両者を関連づけた研究に関する報告はなかった。本研究者らは、これら２つの遺伝子の関連について新たに着目し、研究を進めたところ、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）の近傍（約１ｃＭ）に、日持ち性に負の影響を与えるＭｄＰＧ１－３型の対立遺伝子が存在し、これらが強く連鎖していて、負の連鎖関係が断ち切れない（リンケージドラッグ）という課題を新たに見出した。本発明は、この負の連鎖を断ち切り、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子と良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子を同一染色体上に併せ持つリンゴ属植物を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本発明者らは、上記課題を解決するため、鋭意研究の結果、カラムナー性と日持ち性の悪い形質との連鎖を断ち切ることに成功し、本発明を完成させるに至った。
【0007】
すなわち、本発明は、例えば、以下の形態を含む。
［１］
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するコーディング配列（ＣＤＳ）を含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と
を同一染色体上に有する、リンゴ属植物。
［２］
上記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子が、配列番号１で示されるＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子である、［１］に記載のリンゴ属植物。
［３］
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流配列と比較した場合に、上記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内に１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が挿入されている、［１］又は［２］に記載のリンゴ属植物。
［４］
上記挿入された塩基配列がレトロトランスポゾンである、［３］に記載のリンゴ属植物。
［５］
上記挿入された１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が、配列番号１２の配列に対して７０％以上の配列相同性を有する配列中に存在する塩基配列である、［３］又は［４］に記載のリンゴ属植物。
［６］
上記ＭｄＰＧ１対立遺伝子が、配列番号３で示されるＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子である、［１］～［５］のいずれかに記載のリンゴ属植物。
［７］
［１］～［６］のいずれかに記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
［８］
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてホモ接合型である第１の親植物体と、
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、且つ、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてヘテロ接合型である第２の親植物体とを交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
［９］
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程において、
上記植物体が、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、
ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものである、［８］に記載の方法。
［１０］
［１］～［６］のいずれか一項に記載のリンゴ属植物を第１の親植物体として、第２の親植物体と交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
［１１］
［８］～［１０］のいずれか一項に記載の方法により得られるリンゴ属植物。
［１２］
［１１］に記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
［１］
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するコーディング配列（ＣＤＳ）を含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と
を同一染色体上に有する、リンゴ属植物。
［２］
上記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子が、配列番号１で示されるＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子である、［１］に記載のリンゴ属植物。
［３］
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流配列と比較した場合に、上記カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内に１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が挿入されている、［１］又は［２］に記載のリンゴ属植物。
［４］
上記挿入された塩基配列がレトロトランスポゾンである、［３］に記載のリンゴ属植物。
［５］
上記挿入された１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が、配列番号１２の配列に対して７０％以上の配列相同性を有する配列中に存在する塩基配列である、［３］又は［４］に記載のリンゴ属植物。
［６］
上記ＭｄＰＧ１対立遺伝子が、配列番号３で示されるＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子である、［１］～［５］のいずれかに記載のリンゴ属植物。
［７］
［１］～［６］のいずれかに記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
［８］
通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてホモ接合型である第１の親植物体と、
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、且つ、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてヘテロ接合型である第２の親植物体とを交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
［９］
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程において、
上記植物体が、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、
ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものである、［８］に記載の方法。
［１０］
［１］～［６］のいずれか一項に記載のリンゴ属植物を第１の親植物体として、第２の親植物体と交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法。
［１１］
［８］～［１０］のいずれか一項に記載の方法により得られるリンゴ属植物。
［１２］
［１１］に記載のリンゴ属植物から得られた果実又は種子。
【発明の効果】
【0008】
本発明によれば、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子及び良好な日持ちを付与するポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子の両方を同一染色体上に有するリンゴ属植物を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【0009】
【発明を実施するための形態】
【0010】
本発明は、一実施形態として、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する、リンゴ属植物、を提供する。
ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する、リンゴ属植物、を提供する。
【0011】
本明細書において、「対立遺伝子（アレル）」は、特段の限定がない限り、相同な遺伝子座を占める遺伝子に複数の種類がある場合にその個々の遺伝子を意味する。
【0012】
本明細書において、「植物」は、特段の限定がない限り、植物全体、植物細胞、植物プロトプラスト、植物カルス、又は植物の部分、例えば、胚、花粉、胚珠、配偶子、種子、葉、花、枝、果実、茎、根、葯等を含む。
【0013】
リンゴ属植物は、リンゴ属（Ｍａｌｕｓ）に属する植物であれば、特に制限はない。リンゴ属植物としては、例えば、セイヨウリンゴ（Ｍａｌｕｓ×ｄｏｍｅｓｔｉｃａ、Ｍａｌｕｓ ｐｕｍｉｌａ）、エゾノコリンゴ（Ｍａｌｕｓ ｂａｃｃａｔａ ｖａｒ．ｍａｎｄｓｈｕｒｉｃａ）、カイドウズミ（Ｍａｌｕｓ ｆｌｏｒｉｂｕｎｄａ）、イヌリンゴ（ヒメリンゴ）（Ｍａｌｕｓ ｐｒｕｎｉｆｏｌｉａ）、ワリンゴ（Ｍａｌｕｓ ａｓｉａｔｉｃａ）、マルバカイドウ（Ｍａｌｕｓ ｐｒｕｎｉｆｏｌｉａ ｖａｒ．ｒｉｎｇｏ）、ノカイドウ（Ｍａｌｕｓ ｓｐｏｎｔａｎｅａ）、ハナカイドウ（Ｍａｌｕｓ ｈａｌｌｉａｎａ）、ズミ（コリンゴ、コナシ）（Ｍａｌｕｓ ｔｏｒｉｎｇｏ）及びオオウラジロノキ（Ｍａｌｕｓ ｔｓｃｈｏｎｏｓｋｉｉ）が挙げられる。リンゴ属植物は、良好な果実の日持ち性という本発明の効果が顕著に奏されるという観点から、果実が食用又は観賞用であるリンゴ属植物であることが好ましい。
【0014】
カラムナー性は、円筒形樹形の形質を意味し、省力栽培適性を付与する形質である。通常樹形の品種マッキントッシュ（ＭｃＩｎｔｏｓｈ）における突然変異により生じたカラムナー性品種ウィジック（Ｗｉｊｃｉｋ）を起源とする特徴であり、カラムナー性原因遺伝子によるカラムナー性は１遺伝子支配の優性遺伝をする。本明細書において、カラムナー樹形品種にみられるカラムナー性の原因遺伝子をカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）、通常樹形品種にみられる対立遺伝子を通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子（ｃｏ）という。カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、ＭｄＤＯＸ－Ｃｏと呼ばれることもある。
【0015】
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１の塩基配列に対して９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、９９．５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１で示されるポリヌクレオチドからなる遺伝子であってもよい。また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１の塩基配列又は配列番号１の塩基配列に対して１以上（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１～５、１～４、１～３）のヌクレオチドが欠失しているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１の塩基配列又は配列番号１の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが挿入されているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１の塩基配列又は配列番号１の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが置換されているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。配列番号１の塩基配列は、カラムナー樹形品種‘Ｔｅｌａｍｏｎ（テラモン）’（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＬＣ０５０６４５）由来のＣｏ遺伝子のＣＤＳである。
【0016】
また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１４の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１４の塩基配列に対して９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、９９．５％以上の配列同一性を有するポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１４で示されるポリヌクレオチドからなる遺伝子であってもよい。また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、配列番号１４の塩基配列又は配列番号１４の塩基配列に対して１以上（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１～５、１～４、１～３）のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１４の塩基配列又は配列番号１４の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが挿入されているポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号１４の塩基配列又は配列番号１４の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが置換されているポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。配列番号１４の塩基配列は、カラムナー樹形品種‘Ｔｅｌａｍｏｎ（テラモン）’（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＬＣ０５０６４５）由来のＣｏ遺伝子（ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ）の配列である。カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）はカラムナー樹形品種由来の遺伝子であってもよい。カラムナー樹形品種としては、例えば、ウィジック、テラモン、タスカン、トラジャン、メイポール、ゴールデン・センチネル、及びスカーレット・センチネル等が挙げられる。
【0017】
一方、通常樹形品種における対立遺伝子である通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子（ｃｏ）は、配列番号２の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。また、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子（ｃｏ）は、配列番号２の塩基配列に対して９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、９９．５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号２で示されるポリヌクレオチドからなる遺伝子であってもよい。配列番号２の塩基配列は、通常樹形品種‘Ｇｏｌｄｅｎ Ｄｅｌｉｃｉｏｕｓ（ゴールデン・デリシャス）’（Ｍａｌｕｓ×ｄｏｍｅｓｔｉｃａ）の倍加半数体ＧＤＤＨ１３由来の遺伝子（ＧＤＤＨ１３ゲノム ｖ１．１における遺伝子番号ＭＤ１０Ｇ１１８５４００）のＣＤＳである。通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子（ｃｏ）は通常樹形品種由来の遺伝子であってもよい。通常樹形品種としては、例えば、ふじ、つがる、王林、シナノスイート、シナノゴールド、もりのかがやき、錦秋、及びさんさ等が挙げられる。
【0018】
カラムナー性は、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）の１６ｋｂ上流にレトロトランスポゾンが挿入されたことにより、Ｃｏが異所発現するようになったことが関係していると考えられている（Ｏｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｌａｎｔ Ｒｅｓ（２０１６）１２９：１１０９－１１２６）。例えば、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）を含む領域がクローニングされたＢＡＣクローンのプラスミド配列の公開情報Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＬＣ０５０６４６より抜粋した配列番号１０に示す配列において、以下の配列が含まれている。ここで、ＭｄＤＯＸ－Ｃｏは、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子Ｃｏを意味する。
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＡ（１．．４４３１５）：トランスポゾンまでの塩基配列（配列番号１１）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＢ（４４３１６．．５２５１７）：変異の原因となったレトロトランスポゾン（配列番号１２）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＣ（５２５１８．．６９１４６）：レトロトランスポゾンとＭｄＤＯＸ－Ｃｏ間の塩基配列（配列番号１３）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＤ（６９１４７．．７０７７７）：ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ（イントロンを含む）（配列番号１４）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＥ（７０７７８．．１７１２７０）：上記以下、最後までの配列（配列番号１５）
ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ上流の配列（ｐａｒｔＡ+ｐａｒｔＢ+ｐａｒｔＣ）（配列番号１６）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＡ（１．．４４３１５）：トランスポゾンまでの塩基配列（配列番号１１）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＢ（４４３１６．．５２５１７）：変異の原因となったレトロトランスポゾン（配列番号１２）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＣ（５２５１８．．６９１４６）：レトロトランスポゾンとＭｄＤＯＸ－Ｃｏ間の塩基配列（配列番号１３）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＤ（６９１４７．．７０７７７）：ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ（イントロンを含む）（配列番号１４）
ＬＣ０５０６４６＿ｐａｒｔＥ（７０７７８．．１７１２７０）：上記以下、最後までの配列（配列番号１５）
ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ上流の配列（ｐａｒｔＡ+ｐａｒｔＢ+ｐａｒｔＣ）（配列番号１６）
【0019】
本実施形態のリンゴ属植物において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏの同一染色体上の上流配列と比較した場合に、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内に１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が挿入されていてもよい。
【0020】
上記挿入された連続する塩基配列はレトロトランスポゾンであってもよく、配列番号１２の配列に対して５０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して６０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して７０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して８０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して８５％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９５％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９８％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９９％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１２の配列又はその一部を含むものであってもよい。
【0021】
上記挿入された連続する塩基配列が、配列番号１２の配列に対して５０％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して６０％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して７０％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して８０％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して８５％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９０％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９５％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９８％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列に対して９９％以上の配列相同性を有する配列中に存在するものであってもよく、配列番号１２の配列中に存在するものであってもよい。
【0022】
上記挿入された連続する塩基配列の塩基長は、１０００ｂｐ～２０００ｂｐであってよく、１０００ｂｐ以上、２０００ｂｐ以上、３０００ｂｐ以上、４０００ｂｐ以上、５０００ｂｐ以上、６０００ｂｐ以上、７０００ｂｐ以上、７５００ｂｐ以上、又は８０００ｂｐ以上であってよく、２００００ｂｐ以下、１５０００ｂｐ以下、１００００ｂｐ以下、９５００ｂｐ以下、９０００ｂｐ以下、８５００ｂｐ以下、又は８３００ｂｐ以下であってよく、８２０１ｂｐであってもよい。
【0023】
上記塩基配列は、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏの同一染色体上の上流配列と比較した場合に、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流５ｋｂ～２０ｋｂのいずれかの位置に挿入されていてもよく、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内、１９ｋｂ以内、１８ｋｂ以内、１７ｋｂ以内、１６．８ｋｂ以内、１６．７ｋｂ以内に挿入されていてもよく、５ｋｂ以降、７ｋｂ以降、９ｋｂ以降、１１ｋｂ以降、１３ｋｂ以降、１４ｋｂ以降、１５ｋｂ以降、１６ｋｂ、１６．２ｋｂ以降又は１６．６ｋｂ以降に挿入されていてもよく、１６．６２８ｋｂの位置に挿入されていてもよい。また、上記塩基配列は、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の上流の配列番号１３の配列に対応する配列の上流直後に挿入されていてもよい。
【0024】
本実施形態のリンゴ属植物において、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の上流の配列が、配列番号１６に対して５０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６に対して６０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６に対して７０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６に対して８０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列に対して８５％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列に対して９０％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列に対して９５％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列に対して９８％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列に対して９９％以上の配列相同性を有する配列又はその一部を含むものであってもよく、配列番号１６の配列又はその一部であってもよい。
【0025】
上記塩基配列の挿入により、根のみにおいて発現していたところが、カラムナー性遺伝子の異所発現が引き起こされるものであってよく、カラムナー性遺伝子の根以外における発現も引き起こされるものであってよく、カラムナー性遺伝子の地上部（葉、茎頂等）における発現が引き起こされるものであってよい。
【0026】
上記挿入された連続する塩基配列は、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏの同一染色体上の対応する上流配列には存在しない。
【0027】
当業者であれば、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）であるか、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏであるかを周辺の配列から区別することもできる。区別する方法の詳細については後述する。
【0028】
本明細書において、「配列同一性」とは、当該技術分野において公知の数学的アルゴリズムを用いて２つのＤＮＡ塩基配列をアラインさせた場合の最適なアラインメントにおける、オーバーラップする全ＤＮＡ塩基配列に対する同一塩基の割合（％）を意味する。アラインメントの作成及び配列同一性の算出には、例えば、ＥＭＢＯＳＳ Ｎｅｅｄｌｅ（ＥＭＢＬ－ＥＢＩ提供 ＵＲＬ： ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／）を用いることができる。
【0029】
果実の日持ち性の主働因子は、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）であり、３種類の対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－１型、ＭｄＰＧ１－２型、ＭｄＰＧ１－３型）が存在する。そのうち、配列番号３で示されるポリペプチドからなるＭｄＰＧ１－２型は、良好な日持ち性を付与する上で最も有用である。配列番号３の塩基配列は、‘Ｇａｌａ（ガラ）’（Ｍａｌｕｓ ｄｏｍｅｓｔｉｃａ ｃｖ． Ｇａｌａ ｄｉｐｌｏｉｄ ｖ１．０）由来のポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－２型、Ｇａｌａ＿ｄｉｐｌｏｉｄ＿ｖ１．０ 遺伝子番号Ｍｄｇ＿１０Ｂ０１７７００）のＣＤＳである。一方、配列番号４で示されるポリペプチドからなるＭｄＰＧ１－３型対立遺伝子は、細胞壁構成成分分解遺伝子であり、日持ち性に負の影響を与える。配列番号４の塩基配列は、‘Ｇａｌａ（ガラ）’（Ｍａｌｕｓ ｄｏｍｅｓｔｉｃａ ｃｖ． Ｇａｌａ ｄｉｐｌｏｉｄ ｖ１．０）由来のポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－３型、Ｇａｌａ＿ｄｉｐｌｏｉｄ＿ｖ１．０ 遺伝子番号Ｍｄｇ＿１０Ａ０１８２７０）のＣＤＳである。
【0030】
本実施形態に係るリンゴ属植物は、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子と同一染色体上に、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子を有してもよい。また、当該ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子は、配列番号３の塩基配列に対して９９．８％％以上、９９．９％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号３で示されるＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってもよい。また、当該ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子は、配列番号３の塩基配列又は配列番号３の塩基配列に対して１以上（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１～５、１～４、１～３）のヌクレオチドが欠失しているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号３の塩基配列又は配列番号３の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが挿入されているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよく、配列番号３の塩基配列又は配列番号３の塩基配列に対して１以上のヌクレオチドが置換されているＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であってよい。当該ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子は、良好な日持ち性を有する品種由来の遺伝子であってもよい。良好な日持ち性を有する品種としては、例えば、千秋、きたろう、紅みのり、シナノスイート、シナノゴールド、及びスリムレッド等が挙げられる。
【0031】
相同染色体のもう一方の染色体に、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とは異なる対立遺伝子が存在する場合、その対立遺伝子は、良好な日持ち性を有する品種由来の遺伝子であってもよく、それ以外の品種由来であってもよい。それ以外の品種としては、例えば、さんさ、ちなつ、デリシャス、きたかみ、及びレッドゴールド等が挙げられる。
【0032】
果実の日持ち性は、例えば、果実の粉質化の程度を基準として判断することができる。ＭｄＰＧ１－３型対立遺伝子をヘテロ接合型又はホモ接合型に有する品種（ヘテロ接合型：デリシャス、あかね等、ホモ接合型：さんさ等）をそれぞれの果実の成熟期（成熟期は品種毎に決まっており、８月上旬～１１月中旬の間に分布）に収穫後、２０℃及び湿度８５％で４週間経過させたところ、高い粉質化程度を示したのに対して、ＭｄＰＧ１－２型対立遺伝子をホモ接合型に有する品種（千秋、シナノゴールド等）は、同期間が経過しても粉質化程度が低く（例えば、２０％未満）保たれていたことが報告されている（Ｍｏｒｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ８６（２）：１５９－１７０（２０１７））。したがって、例えば、収穫以降の特定期間経過後において、対象リンゴ属植物の粉質化の程度が所定の値よりも低い場合に、果実の日持ち性が良好であると判断することができる。収穫以降の特定期間経過後とは、例えば、収穫後に２週間、３週間、４週間、又は５週間経過後であってもよい。収穫以降の貯蔵条件としては、例えば、２０℃～２５℃で湿度８０％～９０％であってよく、２０℃で湿度８５％であってもよい。リンゴ属植物の粉質化の程度は、例えば、一定の形状に切り出した果肉片をショ糖溶液中で８時間振とうさせた後の重量の減少程度を求めることで数値化することができる。例えば、数値化した対象リンゴ属植物の粉質化の程度が、３０％以下、２０％以下、１０％以下、又は５％以下である場合に、果実の日持ち性が良好であると判断することができる。粉質化の程度は、複数のリンゴ属植物の平均値を使用して算出してもよい。また、例えば、上記収穫以降の特定期間経過後において、数値化した対象リンゴ属植物の粉質化の程度が、官能で粉質化を知覚するとされる閾値である３０％未満である場合に、果実の日持ち性が良好であると判断することもできる。
【0033】
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子が存在する染色体は、リンゴ属植物の第１０染色体であってよい。
【0034】
また、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子は同一染色体上に存在するが、相同染色体のもう一方の染色体においても同様にこれらの遺伝子が同一染色体上に存在する、すなわち２遺伝子についてホモ接合型であってもよく、例えば、相同染色体のもう一方の染色体においては、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子がホモ接合型であって、ポリヌクレオチドからなる遺伝子とポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子がヘテロ接合型であってもよく、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子がヘテロ型であって、ポリヌクレオチドからなる遺伝子とポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子がホモ接合型であってもよい。ポリガラクチュロネース対立遺伝子がホモ接合型、すなわち、相同染色体のもう一方の染色体においても、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であると、カラムナー性及び良好な日持ち性を兼ね備えたリンゴ属植物を得られるため、好ましい。
【0035】
また、上述したように、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏの同一染色体上の上流配列と比較した場合に、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子の同一染色体上の上流２０ｋｂ以内に１０００ｂｐ以上の連続する塩基配列が挿入されている場合、当該塩基配列の挿入は、相同染色体のもう一方の染色体においても同様に存在してもよく、相同染色体のもう一方の染色体においては存在しなくてもよい。
【0036】
上述したリンゴ属植物におけるハプロタイプは、カラムナー性と良好な日持ち性が強く連鎖していることから、交配に使用した場合、後代植物においてでも容易にカラムナー性と良好な日持ち性を兼ね備えた個体を選抜可能であり、育種素材として利用価値が高いと考えられる。
【0037】
本発明は、一実施形態として、上述したリンゴ属植物から得られた果実又は種子も提供する。「リンゴ属植物から得られた果実」とは、上述したリンゴ属植物を受粉樹等の花粉を使用して受粉させた後、収穫した果実を意味し、「リンゴ属植物から得られた種子」とは、その果実内に含まれる種子を意味する。
【0038】
本発明は、一実施形態として、
上記通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてホモ接合型である第１の親植物体と、
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、且つ、相同染色体のもう一方の染色体において、上記通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてヘテロ接合型である第２の親植物体とを交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法も提供する。
上記通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてホモ接合型である第１の親植物体と、
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、且つ、相同染色体のもう一方の染色体において、上記通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有し、これらの２遺伝子についてヘテロ接合型である第２の親植物体とを交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、リンゴ属植物の作出方法も提供する。
【0039】
上記第１の親植物体と第２の親植物体を交配すると、染色体の組換えにより、交配後代植物に、上述したカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するリンゴ属植物が含まれる。したがって、この方法により、上述したカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するリンゴ属植物を得ることができる。
【0040】
本発明は、一実施形態として、上述したリンゴ属植物から得られた果実又は種子も提供する。「リンゴ属植物から得られた果実」とは、上述したリンゴ属植物を受粉樹等の花粉を使用して受粉させた後、収穫した果実を意味し、「リンゴ属植物から得られた種子」とは、その果実内に含まれる種子を意味する。受粉樹としては、例えば、ふじ、もりのかがやき、紅みのり、及び錦秋が挙げられる。
【0041】
なお、上述したように、配列番号３で示されるポリペプチドからなるＭｄＰＧ１－２型対立遺伝子は、良好な日持ち性を付与する上で最も有用である。一方、配列番号４で示されるポリペプチドからなるＭｄＰＧ１－３型対立遺伝子は、細胞壁構成成分分解遺伝子であり、日持ち性に負の影響を与える。
【0042】
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程において、選抜される植物体は、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。また、選抜される植物体は、相同染色体のもう一方の染色体において、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。選抜される植物体において、ポリガラクチュロネース対立遺伝子がホモ接合型、すなわち、相同染色体のもう一方の染色体においても、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であると、カラムナー性及び良好な日持ち性を兼ね備えたリンゴ属植物を得られやすくなるため、好ましい。
【0043】
本実施形態の方法における、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程は、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子と、良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程に変更することもできる。
【0044】
第１の親植物体及び第２の親植物体は、交配、葯培養、遺伝子組換え技術等により作出した植物体（例えば、Ｆ１雑種、Ｆ２雑種）を用いてもよく、既に存在する品種の植物体を使用してもよい。例えば、第２の親植物体は、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏ及びＭｄＰＧ１－２型対立遺伝子をホモ接合型に有する植物（シナノゴールド、秋映等）と、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）及びＭｄＰＧ１－３型対立遺伝子を同一染色体に有し、相同染色体のもう一方の染色体において通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏ及びＭｄＰＧ１－３型対立遺伝子を同一染色体に有する植物（例えば、タスカン、ウィジック等）とを交配した中から選抜により得たＦ１雑種であってもよい。当業者であれば、通常用いる方法、例えば、後述する方法等により簡単に植物体の選抜をすることができる。
【0045】
第１の親植物体として使用できる既存の品種としては、例えば、シナノゴールド、秋映、千秋及びきたろう等が挙げられる。第２の親植物体として使用できる既存の品種としては、例えば、テラモン等が挙げられる。
【0046】
交配方法は特に限定されることなく、当業者が通常用いる方法により行うことができる。第１の親植物体を雄親、第２の親植物体を雌親として交配に使用してもよく、第２の親植物体を雄親、第１の親植物体を雌親として交配に使用してもよい。交配により得られた後代植物を、交配後代植物と表すこともできる。
【0047】
カラムナー性対立遺伝子座とＭｄＰＧ１対立遺伝子座間の距離が近いため、組換えの生じる頻度は低いものの、第１の親植物体及び第２の親植物体の交配後代植物において、染色体の組換えにより、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体が発生する。交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程は、配列に基づく選抜及び形質による選抜等、当業者が通常用いる選抜方法により行うことができる。
【0048】
配列に基づく選抜の場合、例えば、遺伝子配列の違い又は遺伝子配列の周辺配列の違いを利用する方法が挙げられる。そのような方法としては、例えば、対応する配列を決定して配列を公知の配列と比較する方法、インデル又は一塩基多型（ＳＮＰ）に基づく方法（例えば、ＰＣＲ産物の比較）、及びいずれかの配列に特異的なプローブを用いてハイブリダイゼーションを行う方法等が挙げられる。
【0049】
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）と通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏは、これらの遺伝子配列の違いや遺伝子配列の周辺配列の違いを利用して区別してもよい。例えば、これらの遺伝子の遺伝子配列の違い又は遺伝子配列の周辺配列の違いを利用するＤＮＡマーカーを利用してもよい。カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子については、上述したように、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）は、上流の配列が対立遺伝子ｃｏと大きく異なることから、上流配列の違い（例えば、レトロトランスポゾンの挿入の有無）を利用することで効果的に区別することができる。上流の配列の違いに基づき、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）と通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏを区別するためのＤＮＡマーカー（プライマー）としては、例えば、Ｏｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２９： １１０９－１１２６（２０１６）に記載された、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｆ（ＧＡＡＴＴＣＴＡＡＡＣＧＣＴＡＴＴＧＴＣＣＴＴＧＧ：配列番号５）、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｒ（ＣＴＧＡＧＡＡＴＧＡＧＡＧＣＴＴＴＧＡＧＡＡＧＧ：配列番号６）、Ｃｏ＿Ｃｏｌｕｍｎａｒ－Ｒ（ＧＣＴＡＧＴＴＡＡＴＴＣＴＣＧＣＡＴＣＡＧＴＣＣ：配列番号７）が挙げられる。これらのプライマーセットは、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｆがカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）上流のレトロトランスポゾン（８２０２ｂｐ）の上流に、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｒがカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）上流のレトロトランスポゾン（８２０２ｂｐ）を挟み込むように、Ｃｏ＿Ｃｏｌｕｍｎａｒ－Ｒはカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）上流のレトロトランスポゾン（８２０２ｂｐ）内に設計されている。したがって、これらのプライマーセットを用いてＰＣＲ法により図２に例示したサイクルで増幅した際、上流のレトロトランスポゾンの存在の有無により、ＰＣＲ産物の長さが相違することから、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（Ｃｏ）と通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子ｃｏを区別することができる。レトロトランスポゾンが含まれる場合には、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－ＦとＣｏ＿Ｃｏｌｕｍｎａｒ－Ｒで挟み込まれる１２０ｂｐ～１３５ｂｐ（約１２８ｂｐ）のＰＣＲ産物が得られ、レトロトランスポゾンが含まれない場合には、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－ＦとＣｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｒで挟み込まれる２４０ｂｐ～２６０ｂｐ（約２５１ｂｐ）のＰＣＲ産物が得られる。レトロトランスポゾンが含まれる場合、Ｃｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－ＦとＣｏ＿Ｎｏｒｍａｌ－Ｒ間には８０００ｂｐを越える長さの塩基が存在するため、図２に例示したサイクルでＰＣＲを行っても可視化される増幅産物は得られない。
【0050】
ＭｄＰＧ１対立遺伝子についても、例えば、良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子と日持ち性に負の影響を与えるＭｄＰＧ１対立遺伝子の遺伝子配列の違いや遺伝子配列の周辺配列の違いを利用して区別してもよい。例えば、これらの対立遺伝子の遺伝子配列の違い又は遺伝子配列の周辺配列の違いを利用するＤＮＡマーカーを利用してもよい。良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－２型）と、日持ち性に負の影響を与えるＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－３型）は、遺伝子内の塩基配列の違い又は、下流配列の違いを利用することで効果的に区別することができる。遺伝子内の塩基配列の違いに基づき、良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－２型）と、日持ち性に負の影響を与えるＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－３型）を区別するためのＤＮＡマーカー（プライマー）としては、例えば、Ｃｏｓｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｂｏｔａｎｙ ６１：３０２９－３０３９（２０１０）に記載された、ＰＧ１＿ｔｙｐｅ３－Ｆ（Ｍｄ－ＰＧ１ｆｏｒ）（ＣＧＧＡＣＡＣＣＡＴＡＧＡＡＧＧＴＴＴＡＡＡＣＧ：配列番号８）とＰＧ１＿ｃｏｍｍｏｎ－Ｒ（Ｍｄ－ＰＧ１ｒｅｖ）（ＧＧＴＴＣＡＡＣＣＡＡＡＴＴＡＡＡＣＧＣＴ：配列番号９）が挙げられる。これらのプライマーセットは、ＭｄＰＧ１対立遺伝子の塩基配列の違いに基づき、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－３型の場合に特異的な増幅が確認できるように設計されている。したがって、これらのプライマーセットを用いてＰＣＲ法により増幅した際、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－３型の場合に特異的な増幅によるＰＣＲ産物がみられるため、そのＰＣＲ産物の有無により、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－３型であるか否かを区別することができる。下流配列の違いに基づき、良好な日持ち性を付与するＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－２型）と、日持ち性に負の影響を与えるＭｄＰＧ１対立遺伝子（ＭｄＰＧ１－３型）を区別するためのＤＮＡマーカー（プライマー）としては、例えば、Ｌｏｎｇｈｉ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ １３：ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ ３７（２０１３）に記載された、Ｍｄ－ＰＧ１ＳＳＲ１０ｋｄ－Ｆ（ＴＴＴＣＴＴＣＣＴＴＧＧＧＴＴＴＴＴＧＧ：配列番号１７）とＭｄ－ＰＧ１ＳＳＲ１０ｋｄ－Ｒ（ＡＣＴＣＧＴＧＣＧＣＣＡＧＡＴＡＧＣ：配列番号１８）が挙げられる。これらのプライマーセットは、ＭｄＰＧ１対立遺伝子の下流の配列の違いに基づき、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－２型の場合に２９１ｂｐの増幅が確認できるように設計されている。したがって、これらのプライマーセットを用いてＰＣＲ法により増幅した際、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－２型の場合に２９１ｂｐのＰＣＲ産物がみられるため、そのＰＣＲ産物の長さの判定により、ＭｄＰＧ１対立遺伝子がＭｄＰＧ１－２型であるか否かを区別することができる。なお、ＭｄＰＧ１－３型の場合には、２９８ｂｐのＰＣＲ産物がみられる。これらのＰＣＲ産物の増幅長の識別は、キャピラリー型シーケンサーを用いたフラグメント解析により行うことができる。
【0051】
カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜した後、選抜した植物体を用いてさらに交配をしてもよい。例えば、より優れた形質を有する交配後代植物を得るために、例えば、近親交配、戻し交配及び連続戻し交配等を行ってもよい。
【0052】
本発明は、一実施形態として、上述したリンゴ属植物から得られた果実又は種子も提供する。「リンゴ属植物から得られた果実」とは、上述したリンゴ属植物を受粉樹等の花粉を使用して受粉させた後、収穫した果実を意味し、「リンゴ属植物から得られた種子」とは、その果実内に含まれる種子を意味する。
【0053】
本作出方法における具体的な態様等は、上述した具体的な態様等を制限なく適用できる。
上述したリンゴ属植物におけるハプロタイプは、カラムナー性を付与する対立遺伝子と良好な日持ち性を付与する対立遺伝子が強く連鎖していることから、交配に使用した場合、後代植物においてでも容易にカラムナー性と良好な日持ち性を兼ね備えた個体を選抜可能であり、育種素材として利用価値が高いと考えられる。本明細書において、「連鎖」とは、同一染色体上にある２以上のそれぞれ別の形質を支配する遺伝子（対立遺伝子）が、高頻度で後代に伝わる現象を意味する。したがって、本発明は、一実施形態として、
上述したリンゴ属植物、すなわち、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する、リンゴ属植物を第１の親植物体として、第２の親植物体と交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、方法も提供する。
上述したリンゴ属植物におけるハプロタイプは、カラムナー性を付与する対立遺伝子と良好な日持ち性を付与する対立遺伝子が強く連鎖していることから、交配に使用した場合、後代植物においてでも容易にカラムナー性と良好な日持ち性を兼ね備えた個体を選抜可能であり、育種素材として利用価値が高いと考えられる。本明細書において、「連鎖」とは、同一染色体上にある２以上のそれぞれ別の形質を支配する遺伝子（対立遺伝子）が、高頻度で後代に伝わる現象を意味する。したがって、本発明は、一実施形態として、
上述したリンゴ属植物、すなわち、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する、リンゴ属植物を第１の親植物体として、第２の親植物体と交配する工程、並びに
交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程を含む、方法も提供する。
【0054】
第１の親植物は、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。また、第１の親植物は、相同染色体のもう一方の染色体において、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。
【0055】
第２の親植物は、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子又は通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子又はＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号４の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有し、且つ配列番号３の塩基配列に対して９９．５％以下の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するリンゴ属植物であってよい。相同染色体のもう一方の染色体において、各遺伝子は、ホモ接合型であってもよく、ヘテロ接合型であってもよい。相同染色体のもう一方の染色体において、ポリガラクチュロネース対立遺伝子がホモ接合型、すなわち、相同染色体のもう一方の染色体においても、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であると、交配後代のリンゴ属植物として、カラムナー性及び良好な日持ち性を兼ね備えたリンゴ属植物を得られやすくなるため、好ましい。
【0056】
第２の親植物体は、交配、葯培養、遺伝子組換え技術等により作出した植物体を用いてもよく、既に存在する品種の植物体を使用してもよい。第２の親植物体として使用できる既存の品種としては、例えば、シナノゴールド、秋映、千秋、ふじ、及びつがる等が挙げられる。
【0057】
交配方法は特に限定されることなく、当業者が通常用いる方法により行うことができる。第１の親植物体を雄親、第２の親植物体を雌親として交配に使用してもよく、第２の親植物体を雄親、第１の親植物体を雌親として交配に使用してもよい。交配により得られた後代植物を、交配後代植物と表すこともできる。
【0058】
「交配により得られた後代植物から、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程」については、上述した具体的な態様等を制限なく適用できる。
ＭｄＰＧ１対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有する植物体を選抜する工程」については、上述した具体的な態様等を制限なく適用できる。
【0059】
選抜される植物体は、相同染色体のもう一方の染色体において、通常樹形形質を付与するカラムナー性対立遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。また、選抜される植物体は、相同染色体のもう一方の染色体において、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子であって、配列番号１の塩基配列に対して９５％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子と、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子とを同一染色体上に有するものであってもよい。選抜される植物体において、ポリガラクチュロネース対立遺伝子がホモ接合型、すなわち、相同染色体のもう一方の染色体においても、ポリガラクチュロネース対立遺伝子であって、配列番号３の塩基配列に対して９９．７％以上の配列同一性を有するＣＤＳを含むポリヌクレオチドからなる遺伝子であると、カラムナー性及び良好な日持ち性を兼ね備えたリンゴ属植物である可能性が高いため、好ましい。
【0060】
本発明は、一実施形態として、上述したリンゴ属植物から得られた果実又は種子も提供する。「リンゴ属植物から得られた果実」とは、上述したリンゴ属植物を受粉樹等の花粉を使用して受粉させた後、収穫した果実を意味し、「リンゴ属植物から得られた種子」とは、その果実内に含まれる種子を意味する。
【0061】
本作出方法における具体的な態様等は、上述した具体的な態様等を制限なく適用できる。
【実施例】
【0062】
［材料及び方法］
（１）交配材料の作出及び評価
リンゴ‘秋映’にカラムナー個体５－１３０９７（さんさ×８Ｈ－２－２６）を交雑して得られた種子を播種して養成した交雑実生集団から、果実品質に優れた個体７－４１５１を選抜した。上記の２点の他に‘シナノゴールド’についても、後述するＤＮＡマーカーによってカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ）及びＭｄＰＧ１についての遺伝子型検定を行った。
（１）交配材料の作出及び評価
リンゴ‘秋映’にカラムナー個体５－１３０９７（さんさ×８Ｈ－２－２６）を交雑して得られた種子を播種して養成した交雑実生集団から、果実品質に優れた個体７－４１５１を選抜した。上記の２点の他に‘シナノゴールド’についても、後述するＤＮＡマーカーによってカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子（ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ）及びＭｄＰＧ１についての遺伝子型検定を行った。
【0063】
図１に示すように、‘秋映’は日持ちが良好な品種であり、良好な日持ち性を付与するポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（図１のＭｄＰＧ１－２）と、通常樹形品種におけるＣｏの対立遺伝子ｃｏを同一染色体上に持ち、２遺伝子についてホモ接合型である。‘５－１３０９７’は日持ちが不良な選抜個体であり、日持ち性に負の影響を与えるポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（図１のＭｄＰＧ１－３）と、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子Ｃｏを同一染色体上に持ち、ＭｄＰＧ１対立遺伝子についてホモ接合型、カラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子Ｃｏについてヘテロ接合型である。選抜された‘７－４１５１’は、日持ちが不良な選抜個体であり、日持ち性に負の影響を与えるポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（図１のＭｄＰＧ１－３）とカラムナー性を付与するカラムナー性対立遺伝子Ｃｏを同一染色体上に持ち、相同染色体のもう一方の染色体において、良好な日持ち性を付与するポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子と、通常樹形品種におけるＣｏの対立遺伝子ｃｏを同一染色体上に持ち、２遺伝子についてヘテロ接合型である。‘シナノゴールド’は、‘秋映’と同様に、良好な日持ち性を付与するポリガラクチュロネース（ＭｄＰＧ１）対立遺伝子（図１のＭｄＰＧ１－２）と、通常樹形品種におけるＣｏの対立遺伝子ｃｏを同一染色体上に持ち、２遺伝子についてホモ接合型である。
【0064】
（２）交雑実生の獲得
‘シナノゴールド’１４００花に対して７－４１５１の花粉を受粉した。得られた果実から種子を調製し、４℃に保存して休眠打破処理を行った。１２月中旬から２月上旬にかけて、最低気温を１６度に保ったガラス室内で播種を行った。播種はピートモスポットに行い、乾燥しないように適宜灌水を行って管理した。
‘シナノゴールド’１４００花に対して７－４１５１の花粉を受粉した。得られた果実から種子を調製し、４℃に保存して休眠打破処理を行った。１２月中旬から２月上旬にかけて、最低気温を１６度に保ったガラス室内で播種を行った。播種はピートモスポットに行い、乾燥しないように適宜灌水を行って管理した。
【0065】
発芽後、最初の本葉が展葉した個体から葉片を採取し、ＤＮＡマーカー検定に利用した。サンプリング及びＤＮＡ抽出はＭｏｒｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｐｈｙｔｉｃａ ｖｏｌｕｍｅ ２１３，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：７８（２０１７）の方法で行い、５倍希釈液１μＬをＰＣＲのテンプレートとして利用した。
【0066】
（３）ＤＮＡマーカーによる遺伝子型検定
ＭｄＤＯＸ－Ｃｏの検定にはＯｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２９： １１０９－１１２６（２０１６）に記載のＤＮＡマーカーを利用した。また、ＭｄＰＧ１の検定にはＣｏｓｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｂｏｔａｎｙ ６１：３０２９－３０３９（２０１０）に記載のＤＮＡマーカーを利用した。表１に使用したプライマー配列及びＰＣＲミクスチャ中での各プライマーの最終濃度を示す。Ｔａｑ酵素にはＧｏ ｔａｑ（登録商標）Ｇ２ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（プロメガ社）を用いた。ＰＣＲはタッチダウン法によって行った。ＭｄＤＯＸ－ＣｏとＭｄＰＧ１のＤＮＡマーカー検定を同時に行うためのＰＣＲサイクルを図２に示す。
ＭｄＤＯＸ－Ｃｏの検定にはＯｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２９： １１０９－１１２６（２０１６）に記載のＤＮＡマーカーを利用した。また、ＭｄＰＧ１の検定にはＣｏｓｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｂｏｔａｎｙ ６１：３０２９－３０３９（２０１０）に記載のＤＮＡマーカーを利用した。表１に使用したプライマー配列及びＰＣＲミクスチャ中での各プライマーの最終濃度を示す。Ｔａｑ酵素にはＧｏ ｔａｑ（登録商標）Ｇ２ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（プロメガ社）を用いた。ＰＣＲはタッチダウン法によって行った。ＭｄＤＯＸ－ＣｏとＭｄＰＧ１のＤＮＡマーカー検定を同時に行うためのＰＣＲサイクルを図２に示す。
【0067】
【表1】
【0068】
ＰＣＲ産物は２％アガロースゲルを用いた電気泳動で分離し、エチジウムブロマイドで染色後、紫外線で可視化して写真を撮影し、ＤＮＡマーカー多型の判定に利用した。
【0069】
［結果］
（１）交雑組み合わせの選定
ＤＮＡマーカーＭｄ－ＰＧ１ＳＳＲ１０ｋｄを用いた検定によって、７－４１５１の遺伝子型がＭｄＤＯＸ－Ｃｏ／ｃｏ、およびＭｄＰＧ１－２／３であることを確認した。同様に、シナノゴールドの遺伝子型はＭｄＤＯＸ－ｃｏ／ｃｏ、およびＭｄＰＧ１－２／２型であることを確認した。
（１）交雑組み合わせの選定
ＤＮＡマーカーＭｄ－ＰＧ１ＳＳＲ１０ｋｄを用いた検定によって、７－４１５１の遺伝子型がＭｄＤＯＸ－Ｃｏ／ｃｏ、およびＭｄＰＧ１－２／３であることを確認した。同様に、シナノゴールドの遺伝子型はＭｄＤＯＸ－ｃｏ／ｃｏ、およびＭｄＰＧ１－２／２型であることを確認した。
【0070】
（２）交雑実生の獲得
７－４１５１の花粉が受粉された‘シナノゴールド’の果実を約１２００果収穫した。種子を調製したところ、約１１０００粒が得られたので、全粒を播種した。
７－４１５１の花粉が受粉された‘シナノゴールド’の果実を約１２００果収穫した。種子を調製したところ、約１１０００粒が得られたので、全粒を播種した。
【0071】
播種した種子から、不発芽種子や、発芽したものの明らかな生育不良を示す個体を除いた９６８０個体についてＤＮＡマーカー検定を行った。その結果、ＭｄＤＯＸ－Ｃｏ／ｃｏ、およびＭｄＰＧ１－２／２型を示す個体が５７個体得られた。ＤＮＡマーカー検定のＰＣＲ産物のアガロースゲルによる電気泳動の様子の一例を図３（ａ）及び（ｂ）に示す。
【0072】
作出したハプロタイプは、カラムナー性と良好な日持ち性が強く連鎖していることから、交配に使用した場合、後代植物においてでも容易にカラムナー性と良好な日持ち性を兼ね備えた個体を選抜可能であり、育種素材として利用価値が高いと考えられる。
【図1】
【図2】
【図3】
【配列表】