特許 7398121 カンキツの品種の識別方法および識別キット

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2023-12-06

(45)【発行日】2023-12-14

(54)【発明の名称】カンキツの品種の識別方法および識別キット

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6895 20180101AFI20231207BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20231207BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6895 Z

C12Q1/686 Z

【請求項の数】 8

(21)【出願番号】P 2021026673

(22)【出願日】2021-02-22

(65)【公開番号】P2021185904

(43)【公開日】2021-12-13

【審査請求日】2022-06-10

(31)【優先権主張番号】P 2020094974

(32)【優先日】2020-05-29

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

【新規性喪失の例外の表示】特許法第３０条第２項適用 ［１］令和１年１１月に発行された「日本ＤＮＡ多型学会第２８回学術集会抄録集」（発行所 一般社団法人 多型学会第２８回学術集会運営委員会）第５７頁において公開。

【新規性喪失の例外の表示】特許法第３０条第２項適用 ［２］令和１年１１月２９日に京都大学国際科学イノベーション棟において開催された、日本ＤＮＡ多型学会第２８回学術集会において公開。

(73)【特許権者】

【識別番号】501203344

【氏名又は名称】国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構

(74)【代理人】

【識別番号】110000338

【氏名又は名称】弁理士法人 ＨＡＲＡＫＥＮＺＯ ＷＯＲＬＤ ＰＡＴＥＮＴ ＆ ＴＲＡＤＥＭＡＲＫ

(72)【発明者】

【氏名】島田 武彦

(72)【発明者】

【氏名】遠藤 朋子

(72)【発明者】

【氏名】藤井 浩

【審査官】小田 浩代

(56)【参考文献】

【文献】特開２００７－２５９７５５（ＪＰ，Ａ）

【文献】Fujii H. et al.，Breeding Science，2016年，Vol. 66，pp. 683-691, Supplemental table 1

【文献】二宮 泰造 ほか，園芸学研究，Vol. 14，2015年，pp. 127-133

【文献】Fujii H. et al.，Tree Genetics & Genomes，2013年，Vol. 9，pp. 145-153, Table S2

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ１５／００－１５／９０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

ＰｕｂＭｅｄ

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

カンキツの品種の識別方法であって、
下記（ａ）～（ｌ）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカー：
（ａ）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３１２）；
（ｂ）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ００１）；
（ｃ）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３２２）；
（ｄ）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４９）
（ｅ）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３０６）；
（ｆ）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０１）；
（ｇ）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２１０）；および
（ｈ）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３８１）；
（ｉ）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４５）；
（ｊ）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２７１１）；
（ｋ）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２８１）；および、
（ｌ）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０４２）；
からなるＳＮＰマーカーの群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを用いて、カンキツ被検体の前記品種を特定する特定工程を含み、
前記品種は、あすき、璃の香、みはや、あすみ、津之望、はるひ、津之輝、西南のひかり、麗紅、はれひめ、せとか、甘平、愛媛果試第２８号、はるみ、かんきつ中間母本農６号、たまみ、西之香、および、あまかであり、
前記特定工程において、前記カンキツ被検体について、下記（Ａ）～（ＡＧ）からなる群より選択される少なくとも１つの前記品種の特定を行い：
（Ａ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（Ｂ）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（Ｃ）前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（Ｄ）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ１４５からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（Ｅ）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、みはやの特定；
（Ｆ）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、みはやの特定；
（Ｇ）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ１４９からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（Ｈ）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（Ｉ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之望の特定；
（Ｊ）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、津之望の特定；
（Ｋ）前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はるひの特定；
（Ｌ）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、はるひの特定；
（Ｍ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之輝の特定；
（Ｎ）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（Ｏ）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（Ｐ）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブセットを用いた、麗紅の特定；
（Ｑ）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブセットを用いた、麗紅の特定；
（Ｒ）前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ００１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はれひめの特定；
（Ｓ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（Ｔ）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（Ｕ）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（Ｖ）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（Ｗ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（Ｘ）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（Ｙ）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、はるみの特定；
（Ｚ）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、はるみの特定；
（ＡＡ）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定；
（ＡＢ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、たまみの特定；
（ＡＣ）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、たまみの特定；
（ＡＤ）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、西之香の特定；
（ＡＥ）前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、西之香の特定；
（ＡＦ）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、あまかの特定；ならびに、
（ＡＧ）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あまかの特定；
前記特定工程において、表１～２に記載の、前記品種と前記ＳＮＰマーカーとの関係に基づき、前記カンキツ被検体の前記品種を特定する、

【表1】

【表2】

識別方法。

【請求項2】

前記特定工程において、前記品種の特定に用いるＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するプライマーセットを用いて、前記カンキツ被検体のＤＮＡにおける前記領域を増幅する、請求項１に記載の識別方法。

【請求項3】

前記プライマーセットは、長さ１５０ｂｐ以下の増幅断片が生じるように設計されている、請求項２に記載の識別方法。

【請求項4】

前記プライマーセットは、下記（ａ’）～（ｌ’）：
（ａ’）前記ＳＩ３１２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）前記ＳＩ００１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）前記ＳＩ３２２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｄ’）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４９）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）前記ＳＩ３０６を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）前記ＳＩ２０１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）前記ＳＩ２１０を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｈ’）前記ＳＩ３８１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）前記ＳＩ１４５を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）前記ＳＩ２７１１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）前記ＳＩ２８１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）前記ＳＩ２０４２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択される、請求項２または３に記載の識別方法。

【請求項5】

前記特定工程において、前記プライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに用いる、請求項２から４の何れか１項に記載の識別方法。

【請求項6】

前記カンキツ被検体のＤＮＡは、前記カンキツ被検体の生鮮果実または加工果実から調製したＤＮＡである、請求項２から５の何れか１項に記載の識別方法。

【請求項7】

請求項１から６の何れか１項に記載の識別方法において、カンキツの品種を識別するための識別キットであって、下記（ａ’）～（ｌ’）：
（ａ’）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｄ’）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４９）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｈ’）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーセットを含む、識別キット。

【請求項8】

前記プライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに含む、請求項７に記載の識別キット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、カンキツの品種の識別方法および識別キットに関する。

【背景技術】

【0002】

近年、果樹類の優良品種が無断で国外に流出する問題、並びに、それらの生産物および加工品が違法に国内に逆輸入される問題が顕在化しており、育成者権の侵害のリスクが高まっている。したがって、育成者権の保護の観点から、生産物等の被検体に対して、果樹類の品種を、ＤＮＡレベルで、迅速かつ高精度に識別する方法が求められている。また、食品の偽装表示を取締り、食品の安全性を確保する観点からも、加工業者が自社調査により原材料等の品種を識別し得る方法への需要がある。

【0003】

植物品種の識別方法として、増幅断片制限断片長多型（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence；ＣＡＰＳ）のようなＤＮＡ多型を利用したＤＮＡ多型分析が知られている（非特許文献１）。ＣＡＰＳ分析においては、特定のゲノム領域をＰＣＲにより増幅し、増幅産物を特定の制限酵素で切断し、切断断片のサイズを電気泳動により分析することにより、品種を識別する。ＣＡＰＳ分析は、ＤＮＡシーケンサ等の解析装置を必要とせず、簡便であり、かつ、安定した結果が得られるという利点を備える。非特許文献１には、国内に流通するカンキツの品種を、カンキツの種苗等の被検体から抽出したＤＮＡを用いてＣＡＰＳ分析することが記載されている。

【0004】

また、ＣＡＰＳのようにＤＮＡ多型分析に用いられる他のＤＮＡ多型として、一塩基多型（Single nucleotide polymorphism；ＳＮＰ）が知られている（非特許文献２）。非特許文献２には、カンキツの品種間における３８４個のＳＮＰ、および、幾つかの代表的なカンキツの品種におけるＳＮＰの近傍配列が開示されている。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0005】

【文献】藤井浩ら、ＤＮＡ多型、２７（１）、７１－７９、２０１９

【文献】Fujii et al., Tree Genetics and Genomes 9, 2013, 145-153

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

税関等の検査現場において果樹品種の識別を行う際に、被検体として、生鮮果実および加工品が使用され得る。しかしながら、生鮮果実および加工品から抽出されたＤＮＡには、糖、酸、ポリフェノール等の夾雑物が混入し易い。また、加工品に含まれているＤＮＡは、加工時の熱処理および化学処理等により劣化し易い。そのため、生鮮果実および加工品等の被検体からは、高品質のＤＮＡが得られにくい。

【0007】

非特許文献１に記載されたようなＣＡＰＳ分析は、ＣＡＰＳを検出するために、比較的長鎖のＰＣＲ増幅産物を必要とする。したがって、ＰＣＲの増幅に時間がかかる場合もある。また、生鮮果実および加工品等の被検体から調製された低品質のＤＮＡを用いてＣＡＰＳ分析法を行うと、ＰＣＲの増幅効率および制限酵素処理の精度が低下して、安定した解析結果が得られにくい場合もある。

【0008】

非特許文献２に記載されたようなＳＮＰは、ＣＡＰＳ分析よりも必要なＰＣＲ増幅産物が短いため、ＤＮＡが低品質な場合にも高い解析精度が期待できる。しかしながら、ある植物のＳＮＰが知られていたとしても、どのＳＮＰが目的の品種識別に適切に用いることができるかは不明であり、それぞれのＳＮＰと特定の品種との関係を明らかにすることは容易ではない。

【0009】

本発明は、上記の問題に鑑みてなされたものであり、その目的は、検出精度および作業効率に優れ、かつ、安定した解析結果が得られる、カンキツの品種の識別方法および識別キットを提供することである。

【課題を解決するための手段】

【0010】

本発明者らは、上記の問題に鑑み、カンキツの品種を識別するＤＮＡ多型として、ＳＮＰを用いることを鋭意検討した。そして、日本国内において流通するカンキツの９８％を占める４８品種について、非特許文献２に開示された３８４個のＳＮＰを検討し、品種の同定に使用可能なＳＮＰを選出し、選出されたＳＮＰについて、アレル頻度、検出精度、作業効率等の各種条件を鋭意検討した。その結果、上記４８品種のカンキツのすべてを、高い検出精度および作業効率で、安定して識別し得る、８個のＳＮＰからなるＳＮＰマーカーを見出した。さらに、上記４８品種を含むカンキツ８４品種のカンキツのすべてを、高い検出精度および作業効率で、安定して識別し得る、１１個のＳＮＰからなるＳＮＰマーカーを見出して、本発明を完成するに至った。

【0011】

具体的には、本発明は、以下の特徴を有する。
〔１〕カンキツの品種の識別方法であって、
下記（ａ）～（ｃ）および（ｅ）～（ｌ）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカー：
（ａ）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３１２）；
（ｂ）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ００１）；
（ｃ）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３２２）；
（ｅ）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３０６）；
（ｆ）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０１）；
（ｇ）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２１０）；
（ｈ）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３８１）；
（ｉ）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４５）；
（ｊ）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２７１１）；
（ｋ）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２８１）；および、
（ｌ）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０４２）；
からなるＳＮＰマーカーの群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを用いて、カンキツ被検体の前記品種を特定する特定工程を含む、識別方法。
〔２〕前記ＳＮＰマーカーの群より選択される２つ以上の前記ＳＮＰマーカーの組合せを用いて、カンキツ被検体の前記品種を特定する特定工程を含む、上記〔１〕に記載の識別方法。
〔３〕前記品種は、宮川早生、ダンカングレープフルーツ、トロビタスイートオレンジ、リスボンレモン、璃の香、不知火（またはデコポン（登録商標））、イヨカン、川野なつだいだい、ハッサク、太田ポンカン、みはや、あすみ、あすき、麗紅、津之輝、西南のひかり、津之望、はるひ、清見、せとか、はるみ、はれひめ、甘平、愛媛果試第２８号（または紅まどんな（登録商標））、ユズ、土佐文旦、河内晩柑、ヒュウガナツ、スダチ、大宜味クガニー、カラ、タンカンＴ１３２、セミノール、カボスの品種、天草、黄金柑、キシュウミカン、スイートスプリング、サンボウカン、アンコール、たまみ、西之香、サガマンダリン、マーコット、南香、あまか、かんきつ中間母本農６号、カブス、せとみ、陽香、朱見、早香、べにばえ、はれやか、津之香、ミホコール、ダンシータンジェリン、クレメンティン、チチュウカイマンダリン、キングマンダリン、ミネオラ、オーランド、フォーチュン、サザンイエロー、ありあけ、安芸タンゴール、ウィルキング、ページ、ロビンソン、リー、フェアチャイルド、ノバ、オセオラ、清峰、かんきつ中間本母農５号、サザンレッド、辺塚だいだい、スィートライム、タヒチライム、サマーフレッシュ、タチバナ、ユコウ、ジャバラ、および、クネンボである、上記〔１〕または〔２〕に記載の識別方法。
〔４〕前記品種は、あすき、璃の香、みはや、あすみ、津之望、はるひ、津之輝、西南のひかり、麗紅、はれひめ、せとか、甘平、愛媛果試第２８号、はるみ、かんきつ中間母本農６号、たまみ、西之香、およびあまかである、上記〔３〕に記載の識別方法。
〔５〕前記特定工程において、前記カンキツ被検体について、下記（１）～（３０）からなる群より選択される少なくとも１つの前記品種の特定を行う、上記〔１〕に記載の識別方法：
（１）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、宮川早生の特定；
（２）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ１４９をからなるサブセットを用いた、ダンカングレープフルーツの特定；
（３）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３１２、およびＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、トロビタスイートオレンジの特定；
（４）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、リスボンレモンの特定；
（５）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、不知火の特定；
（６）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、イヨカンの特定；
（７）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、川野なつだいだいの特定；
（８）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、ハッサクの特定；
（９）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、太田ポンカンの特定；
（１０）前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（１１）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、みはやの特定；
（１２）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ１４９からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（１３）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（１４）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブセットを用いた、麗紅の特定；
（１５）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之輝の特定；
（１６）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（１７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之望の特定；
（１８）前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、ＳＩ２０１およびＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はるひの特定；
（１９）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、清見の特定；
（２０）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（２１）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、はるみの特定；
（２２）前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ００１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はれひめの特定；
（２３）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（２４）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（２５）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、ユズの特定；
（２６）ＳＩ２０１、およびＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、河内晩柑の特定；
（２７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、たまみの特定；
（２８）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、西之香の特定；
（２９）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、あまかの特定；および、
（３０）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定；
前記ＳＩ１４９は、配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーである。
〔６〕前記特定工程において、前記カンキツ被検体について、下記（３１）～（５２）からなる群より選択される少なくとも１つの前記品種の特定を行う、上記〔１〕に記載の識別方法：
（３１）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ１４５からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（３２）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、朱見の特定；
（３３）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（３４）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（３５）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あまかの特定；
（３６）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（３７）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農５号の特定；
（３８）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定；
（３９）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（４０）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（４１）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（４２）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとみの特定；
（４３）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、たまみの特定；
（４４）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニットを用いた、津之輝の特定；
（４５）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブユニットを用いた、津之望の特定；
（４６）前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からサブユニットを用いた、西之香の特定；
（４７）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、はるひの特定；
（４８）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、はるみの特定；
（４９）前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２８１からなるサブユニットを用いた、はれひめの特定；
（５０）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニットを用いた、べにばえの特定；
（５１）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニットを用いた、みはやの特定；
（５２）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブユニットを用いた、麗紅の特定。
〔７〕前記特定工程において、前記品種の特定に用いるＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するプライマーセットを用いて、前記カンキツ被検体のＤＮＡにおける前記領域を増幅する、上記〔１〕から〔６〕の何れかに記載の識別方法。
〔８〕前記プライマーセットは、長さ１５０ｂｐ以下の増幅断片が生じるように設計されている、上記〔７〕に記載の識別方法。
〔９〕前記プライマーセットは、下記（ａ’）～（ｃ’）および（ｄ’）～（ｌ’）：
（ａ’）前記ＳＩ３１２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）前記ＳＩ００１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）前記ＳＩ３２２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）前記ＳＩ３０６を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）前記ＳＩ２０１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）前記ＳＩ２１０を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｈ’）前記ＳＩ３８１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）前記ＳＩ１４５を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）前記ＳＩ２７１１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）前記ＳＩ２８１を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）前記ＳＩ２０４２を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択される、上記〔７〕または〔８〕に記載の識別方法。
〔１０〕前記特定工程において、前記プライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに用いる、上記〔７〕から〔９〕の何れかに記載の識別方法。
〔１１〕前記カンキツ被検体のＤＮＡは、前記カンキツ被検体の生鮮果実または加工果実から調製したＤＮＡである、上記〔７〕から〔１０〕の何れかに記載の識別方法。
〔１２〕カンキツの品種を識別するための識別キットであって、下記（ａ’）～（ｃ’）および（ｅ’）～（ｌ’）：
（ａ’）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｄ’）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｈ’）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーセットを含む、識別キット。
〔１３〕前記プライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに含む、上記〔１２〕に記載の識別キット。

【発明の効果】

【0012】

本発明によれば、検出精度および作業効率に優れ、かつ、安定した解析結果が得られるカンキツの品種の識別方法を提供することができる。

【図面の簡単な説明】

【0013】

【図1】表７に示す８個のＳＮＰについての、カンキツ４８品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を示すグラフである。

【図2】ＳＩ２７１１およびＳＩ２８１についての、カンキツ８４品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を示すグラフである。

【図3】ＳＩ２０４２およびＳＩ１４５についての、カンキツ８４品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を示すグラフである。

【発明を実施するための形態】

【0014】

以下、本発明の一態様について、詳細に説明する。なお、本明細書中に記載された文献の全てが、本明細書中において参考として援用される。また、本明細書において特記しない限り、数値範囲を表す「Ａ～Ｂ」は、「Ａ以上（Ａを含みかつＡより大きい）、Ｂ以下（Ｂを含みかつＢより小さい）」を意味する。

【0015】

本明細書中で使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」は、「核酸」または「核酸分子」と交換可能に使用され、ヌクレオチドの重合体が意図される。ここで、核酸は、ＤＮＡの形態（例えば、ｃＤＮＡもしくはゲノムＤＮＡ）、または、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）の形態にて存在し得る。ＤＮＡまたはＲＮＡは、二本鎖であっても、一本鎖であってもよい。一本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡは、コード鎖（センス鎖）であっても、非コード鎖（アンチセンス鎖）であってもよい。本明細書において使用される場合、塩基の表記は、適宜ＩＵＰＡＣおよびＩＵＢの定める１文字表記を使用する。また、本明細書において、「３’末端」とは、遺伝子配列の下流における端部領域または位置を意味し、「５’末端」とは、遺伝子配列の上流における端部領域または位置を意味している。

【0016】

〔識別方法〕
本発明の一態様に係るカンキツの品種の識別方法は、一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを用いてカンキツの品種を識別する方法である。識別方法は、下記（ａ）～（ｃ）および（ｅ）～（ｌ）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカー：
（ａ）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３１２）；
（ｂ）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ００１）；
（ｃ）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３２２）；
（ｅ）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３０６）；
（ｆ）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０１）；
（ｇ）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２１０）；
（ｈ）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３８１）；
（ｉ）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４５）；
（ｊ）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２７１１）；
（ｋ）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２８１）；
（ｌ）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０４２）；
からなるＳＮＰマーカーの群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを用いて、カンキツ被検体の前記品種を特定する特定工程を含む。

【0017】

（カンキツの品種）
本発明の一態様に係る識別方法により識別するカンキツの品種は、ミカン科ミカン亜科のミカン属（Citrus）、キンカン属（Fortunella）、およびカラタチ属（Poncirus）等に属する植物体の集合であり、その特性の相違により他の植物体の集合と区別可能な植物体の集合を意味している。また、カンキツの品種は、日本の農林水産省に品種登録された品種であってもよいし、品種登録されていない品種であってもよいし、品種として確立される前の育成段階のものを含む。

【0018】

このようなカンキツの品種は、例えば、ウンシュウミカン（Citrus unshiu）の品種（または宮川早生）、ダンカングレープフルーツ、トロビタスイートオレンジ（Citrus sinensis）、リスボンレモン、不知火（またはデコポン（登録商標））、イヨカン（Citrus iyo）の品種、ナツダイダイ（Citrus natsudaidai）の品種（または川野なつだいだい）、ハッサク（Citrus hassaku）の品種、ポンカン（Citrus reticulata var poonensis）の品種（または太田ポンカン）、璃の香、みはや、あすみ、あすき、麗紅、津之輝、西南のひかり、津之望、はるひ、清見、せとか、はるみ、はれひめ、甘平、愛媛果試第２８号（または紅まどんな（登録商標））、ユズ（Citrus jyunos）の品種、ブンタン（Citrus maxima）の品種（または土佐文旦）、河内晩柑、ヒュウガナツ（Citrus tamurana）の品種、スダチ（Citrus sudachi）の品種、シークヮーサー（Citrus depressa）の品種（または大宜味クガニー）、カラ（カラマンダリン）、タンカン（Citrus tankan）の品種（またはＴ１３２）、セミノール、カボス（Citrus sphaerocarpa）の品種、天草、黄金柑、キシュウミカン、スイートスプリング、サンボウカン、アンコール、たまみ、西之香、サガマンダリン、マーコット、南香、あまか、かんきつ中間母本農６号、およびカブス（Citrus aurantium）の品種である。これらのカンキツの４８品種（以下、「カンキツ４８品種」と略記する場合がある）は、日本国内におけるカンキツの品種の総流通量の９８％を占める。

【0019】

また、上記のカンキツ４８品種に加えて、カンキツの品種は、例えば、せとみ、陽香、朱見、早香、べにばえ、はれやか、津之香、ミホコール、ダンシータンジェリン、クレメンティン、チチュウカイマンダリン、キングマンダリン、ミネオラ、オーランド、フォーチュン、サザンイエロー、ありあけ、安芸タンゴール、ウィルキング、ページ、ロビンソン、リー、フェアチャイルド、ノバ、オセオラ、清峰、かんきつ中間本母農５号、サザンレッド、辺塚だいだい、スィートライム、タヒチライム、サマーフレッシュ、タチバナ、ユコウ、ジャバラ、および、クネンボ、等の品種が挙げられる。

【0020】

これらの中でも、宮川早生、ダンカングレープフルーツ、トロビタスイートオレンジ、リスボンレモン、璃の香、不知火、イヨカンの品種、川野なつだいだい、ハッサクの品種、太田ポンカン、みはや、あすみ、あすき、麗紅、津之輝、西南のひかり、津之望、はるひ、清見、せとか、はるみ、はれひめ、甘平、および愛媛果試第２８号は、日本国内の作付面積の約９４％を占める主要な品種である。

【0021】

また、本発明の一態様に係る識別方法により識別するカンキツの品種は、あすき、璃の香、みはや、あすみ、津之望、はるひ、津之輝、西南のひかり、麗紅、はれひめ、せとか、甘平、愛媛果試第２８号、はるみ、かんきつ中間母本農６号、たまみ、西之香、およびあまかであることが特に好ましい。これらの品種は、２０２０年５月時点において、日本の農林水産省に品種登録されて付与された育成者権が存続しており、これらの品種の識別は、育成者権保護の観点から特に重要である。

【0022】

本明細書において、カンキツの品種の識別とは、品種が不特定の１種または複数種のカンキツ被検体を解析して、カンキツ被検体の品種を他の品種と区別すること、カンキツ被検体の品種が特定の品種に含まれているか否かを判定すること、または、カンキツ被検体の品種を特定すること等を意味する。

【0023】

本明細書において、カンキツ被検体は、ミカン科ミカン亜科のミカン属（Citrus）、キンカン属（Fortunella）、およびカラタチ属（Poncirus）等に属する植物体の生鮮果実、種子、苗、花、葉、樹木、根、芽、およびこれらの一部分、ならびに、これらの加工品、特に加工果実が挙げられる。当該植物体の加工果実としては、果汁（ジュース）、果実缶詰、果実瓶詰、乾燥果実、ジャム、砂糖漬け果皮等が挙げられる。税関および加工業者の検査現場等においてカンキツの品種識別に実用的に使用し得るという観点から、カンキツ被検体として、生鮮果実および加工果実を好適に使用することができる。

【0024】

（ＳＮＰマーカー）
本発明の一態様にかかる識別方法においては、上記（ａ）～（ｃ）および（ｅ）～（ｌ）の１１個のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１つを用いたＳＮＰ分析を行う。また、１１個のＳＮＰマーカーの他に、（ｄ）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４９）も、カンキツの識別方法に用いることができる。ここで、ＳＮＰは、ＤＮＡの塩基配列中のある特定の領域内に一塩基の変異が見られるＤＮＡ多型を意味している。本発明の一態様にかかる識別方法において、ＳＮＰは、クレメンティン（Citrus clementina v1.0）のゲノム配列を基準とした一塩基多型である。基準品種であるクレメンティン（Citrus clementina v1.0）のゲノム配列は、Ｐｈｙｔｏｚｏｍｅのゲノムデータベース（https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html）に公表されている。

【0025】

「配列番号Ｘ（Ｘ＝１～８）で表される塩基配列（塩基配列Ｘとする）のＹ番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー」とは、非特許文献２に記載されたＳＮＰマーカーである。塩基配列Ｘは、基準となるカンキツ品種（品種名：クレメンティン（Citrus clementina v1.0））由来の塩基配列であり、他のカンキツ品種においては、ＳＮＰマーカーの部分以外でも塩基配列が異なる部分が含まれ得る。

【0026】

他のカンキツ品種において、塩基配列Ｘに対応する塩基配列を塩基配列Ｘ’としたとき、「配列番号Ｘで表される塩基配列のＹ番目の塩基に相当する」とは、次の通りである。塩基配列ＸのＹ番目の塩基（塩基配列ＸとＸ’とがＹ番目の塩基以外で同一の場合）や、塩基配列Ｘ’上で当該塩基に対応している塩基を指す。このＳＮＰマーカーが位置するゲノム上の領域は、多数のカンキツ品種間で保存されているため、ホモロジー検索等の手法によって、このＳＮＰマーカーを特定することができる。

【0027】

上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーにおいて、ＳＮＰの位置および塩基は、以下のとおりである：
（ａ）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基のＣまたはＧ；
（ｂ）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基のＣまたはＧ；
（ｃ）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基のＡまたはＴ；
（ｄ）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基のＡまたはＧ；
（ｅ）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基のＡまたはＧ；
（ｆ）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基のＣまたはＴ；
（ｇ）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基のＡまたはＧ；
（ｈ）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基のＣまたはＴ；
（ｉ）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基のＡまたはＴ；
（ｊ）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基のＡまたはＣ；
（ｋ）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基のＡまたはＧ；
（ｌ）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基のＡまたはＣ。

【0028】

非特許文献２には、カンキツの品種における３８４個のＳＮＰマーカーが開示されている。本発明者らは、３８４個のＳＮＰマーカーの情報を参照して鋭意検討した結果、カンキツ４８品種を識別可能であり、アレル頻度、ＳＮＰ検出のためのＰＣＲプライマーおよびプローブの設計等の各種条件を満たす、（ａ）～（ｈ）の８個のＳＮＰマーカーを見出し、本発明を完成させた。上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーは、カンキツ被検体において、３８４個のＳＮＰマーカーの中から選択された８個のＳＮＰマーカーのそれぞれの存在を検出するためのＤＮＡマーカーである。

【0029】

ＳＮＰマーカーは、識別の対象となるカンキツ被検体のＤＮＡの塩基配列におけるＳＮＰを検出し、品種ごとに対応付けられたＳＮＰの情報と比較することで、カンキツ被検体の品種を識別する。識別方法においては、識別の対象となるカンキツの品種に応じて、上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーの中から、適切な種類および数のＳＮＰマーカーを任意に選択して組み合わせて、カンキツの品種識別用ＳＮＰマーカーサブセットを構成する。

【0030】

上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーの中から適切なＳＮＰマーカーまたはそのサブセットを選択することにより、カンキツ被検体の品種を識別することができる。具体的には、品種が不特定のカンキツ被検体が、カンキツ４８品種のいずれであるかを特定することができる。さらには、カンキツ被検体が、カンキツ４８品種以外の品種であるか否かについても判定することができる。

【0031】

例えば、識別したい品種が特定の２品種だけである場合は、上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーのうちから、当該２品種の間で相違する１個のＳＮＰマーカーを選択し、解析すればよい。これにより、被検体が２品種のいずれかであるかを特定することができる。また、識別したい品種が多数である場合は、当該品種間でＳＮＰ解析結果が重複しないように、上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーの群より、少なくとも１つのＳＮＰマーカーを選択し、カンキツ被検体の品種を特定すればよい。また、識別する品種に応じて、上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーの群より選択される２つ以上のＳＮＰマーカーの組合せを用いて、カンキツ被検体の品種を特定してもよい。さらに、上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーの群より選択される３個以上、４個以上、５個以上、６個以上、７個以上、または８個のＳＮＰマーカーの組合せを用いて、カンキツ被検体の品種を特定してもよい。

【0032】

本発明の一態様に係る識別方法において用いる上記（ａ）～（ｈ）のＳＮＰマーカーのうち、７個のＳＮＰマーカーからなる２組の最少サブセット（サブセット１およびサブセット２）内のＳＮＰマーカーを適宜組み合わせてＳＮＰ分析することにより、カンキツの上記４８品種の全てを識別することができる。上記サブセット１は、上述した８個のＳＮＰマーカーのうちのＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ１４９、ＳＩ３０６、ＳＩ２１０およびＳＩ３８１からなる。また、サブセット２は、上述した８個のＳＮＰマーカーのうちのＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ１４９、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１およびＳＩ２１０からなる。

【0033】

また、本発明の一態様に係る識別方法において用いる上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーのうち、９個のＳＮＰ（ＳＩ３１２、ＳＩ２０４２、ＳＩ１４５、ＳＩ３２２、ＳＩ２８１、ＳＩ２７１１、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１、および、ＳＩ３８１）からなる最少サブセットを用いることによって、後述する表５および６に示す８４品種のカンキツの全てを識別することができる。

【0034】

カンキツ４８品種と上記（ａ）～（ｈ）のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係を、以下の表１に示す。また、カンキツ４８品種と上記（ｉ）～（ｌ）のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係を、以下の表２に示す。

【0035】

【表1】

【0036】

【表2】

【0037】

本発明の一実施形態において、表１に示すカンキツの上記４８品種と上記（ａ）～（ｈ）のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係に基づけば、カンキツ被検体について、下記（１）～（３０）からなる群より選択される少なくとも１つの品種の特定を行うことができる：
（１）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、宮川早生の特定；
（２）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ１４９をからなるサブセットを用いた、ダンカングレープフルーツの特定；
（３）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３１２、およびＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、トロビタスイートオレンジの特定；
（４）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、リスボンレモンの特定；
（５）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、不知火の特定；
（６）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、イヨカンの特定；
（７）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、川野なつだいだいの特定；
（８）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、ハッサクの特定；
（９）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、太田ポンカンの特定；
（１０）前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（１１）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、みはやの特定；
（１２）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ１４９からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（１３）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（１４）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブセットを用いた、麗紅の特定；
（１５）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之輝の特定；
（１６）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（１７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之望の特定；
（１８）前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、ＳＩ２０１およびＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はるひの特定；
（１９）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、清見の特定；
（２０）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（２１）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、はるみの特定；
（２２）前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ００１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はれひめの特定；
（２３）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（２４）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（２５）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、ユズの特定；
（２６）ＳＩ２０１、およびＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、河内晩柑の特定；
（２７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、たまみの特定；
（２８）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、西之香の特定；
（２９）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、あまかの特定；および、
（３０）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定。

【0038】

例えば、ＳＩ００１およびＳＩ２１０からなるサブセットを用いてカンキツ被検体をＳＮＰ分析する。その結果、ＳＩ００１で検出されるＳＮＰアレルがＧＧであり、ＳＩ２１０で検出されるＳＮＰアレルがＡＡであれば、このような解析結果が得られる品種は宮川早生だけであるので、当該カンキツ被検体の品種が宮川早生であると特定することができる。

【0039】

また、本発明の一態様に係る識別方法の特定工程においては、カンキツ被検体について、下記の少なくとも１つの品種を特定することがより好ましい：
（１０）前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（１１）前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、みはやの特定；
（１２）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ１４９からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（１３）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（１４）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブセットを用いた、麗紅の特定；
（１５）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之輝の特定；
（１６）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（１７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、津之望の特定；
（１８）前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、ＳＩ２０１およびＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はるひの特定；
（２０）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３１２、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（２１）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３２２、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、はるみの特定；
（２２）前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ００１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、はれひめの特定；
（２３）前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（２４）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（２７）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、たまみの特定；
（２８）前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３０６、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ２１０、および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４９、前記ＳＩ３８１、および前記ＳＩ２０１からなるサブセットを用いた、西之香の特定；
（２９）前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３０６、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ２１０、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４９、および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、あまかの特定；および、
（３０）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定。

【0040】

本発明者らは、さらに鋭意検討した結果、実施例に示すように、（ａ）～（ｃ）および（ｅ）～（ｌ）の１１個のＳＮＰマーカーが、カンキツ４８品種を含む、８４品種のカンキツを識別可能である、アレル頻度、ＳＮＰ検出のためのＰＣＲプライマーおよびプローブの設計等の各種条件を満たすことを見出した。具体的な識別方法は、上述のカンキツ４８品種の識別方法と同様である。

【0041】

３６品種のカンキツと上記（ａ）～（ｈ）のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係を、以下の表３に示す。また、３６品種のカンキツと上記（ｉ）～（ｌ）のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係を、以下の表４に示す。

【0042】

【表3】

【0043】

【表4】

【0044】

本発明の一実施形態において、表１および表３に示すカンキツ８４品種と（ａ）～（ｃ）および（ｅ）～（ｌ）の１１個のそれぞれのＳＮＰマーカーとの関係に基づけば、カンキツ被検体について、下記（３１）～（５２）からなる群より選択される少なくとも１つの品種の特定を行うことができる：
（３１）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ１４５からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、璃の香の特定；
（３２）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、朱見の特定；
（３３）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ２８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブセット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あすきの特定；
（３４）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ３０６からなるサブセットを用いた、あすみの特定；
（３５）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブセット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、あまかの特定；
（３６）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブセット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、愛媛果試第２８号の特定；
（３７）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農５号の特定；
（３８）前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、かんきつ中間母本農６号の特定；
（３９）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、甘平の特定；
（４０）前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブセットを用いた、西南のひかりの特定；
（４１）前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０４２および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとかの特定；
（４２）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３０６、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブセットを用いた、せとみの特定；
（４３）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、たまみの特定；
（４４）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニットを用いた、津之輝の特定；
（４５）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２１０からなるサブユニットを用いた、津之望の特定；
（４６）前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３８１からサブユニットを用いた、西之香の特定；
（４７）前記ＳＩ１４５および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、はるひの特定；
（４８）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２７１１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ１４５、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ３０６からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２８１、前記ＳＩ２７１１、前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３８１からなるサブユニットを用いた、はるみの特定；
（４９）前記ＳＩ２７１１および前記ＳＩ２８１からなるサブユニットを用いた、はれひめの特定；
（５０）前記ＳＩ２０１、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３１２および前記ＳＩ３２２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２８１および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ２０１および前記ＳＩ２１０からなるサブユニットを用いた、べにばえの特定；
（５１）前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ２１０、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３１２からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２１０からなるサブユニット、または、前記ＳＩ３１２、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ３８１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ２０４２、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニット、または、前記ＳＩ００１、前記ＳＩ３２２、前記ＳＩ３０６および前記ＳＩ２０１からなるサブユニットを用いた、みはやの特定；
（５２）前記ＳＩ２１０および前記ＳＩ３１２からなるサブユニットを用いた、麗紅の特定。

【0045】

（ＳＮＰ分析）
特定工程において、上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーを用いてカンキツ被検体のＳＮＰ分析を行う方法としては、特に限定されず、ＳＮＰを検出する公知のＳＮＰ分析方法を用いることができる。このような公知のＳＮＰ分析方法には、カンキツ被検体のＰＣＲ増幅断片中のＳＮＰを、蛍光標識したオリゴヌクレオチドプローブにより検出することによりＳＮＰ分析する方法が含まれる。

【0046】

すなわち、特定工程において、品種の特定に用いるＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するプライマーセットを用いて、カンキツ被検体のＤＮＡにおける前記領域を増幅してもよい。カンキツ被検体のＤＮＡの前記領域の増幅は、カンキツ被検体から抽出したＤＮＡを鋳型にして、ＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するプライマーを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により行う。そして、得られた増幅断片におけるＳＮＰの塩基（遺伝子型）を決定し、決定された塩基（遺伝子型）と品種との関係を示す表１～４に示すようなデータに基づいて、カンキツ被検体の品種を特定する。

【0047】

ここで、カンキツ被検体からＤＮＡを抽出する方法としては、特に限定されず、公知のＤＮＡ抽出方法を用いることができる。また、市販のＤＮＡ抽出キットを用いて、ＤＮＡを抽出してもよい。被検体の種類および夾雑物の量等に応じて、ＤＮＡ抽出工程の前に、適宜に前処理を行ってもよい。例えば、被検体が固体である場合は、ＤＮＡ抽出工程の前に、被検体を、液化窒素等により予め粉末化しておいてもよい。また、被検体が液体である場合は、被検体を遠心分離することにより固形分を沈殿させて、回収されるペレットを、ＤＮＡ抽出工程に用いてもよい。さらに、被検体が生鮮果実または加工果実等である場合は、ＤＮＡ抽出工程の前に、洗浄バッファによる洗浄を行い、被検体に含まれる糖類およびフェノール類等をある程度除去してもよい。また、被検体から抽出されたＤＮＡは、ＰＣＲ反応において鋳型として用いるために、必要に応じて洗浄または精製してもよい。

【0048】

ＰＣＲにより、上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーのいずれかを含む領域を増幅するためのプライマーセットは、標的のＳＮＰマーカーを含む領域のＤＮＡ断片を増幅することができるものである限り、特に限定されない。カンキツ被検体が生鮮果実および加工果実等である場合には、抽出されるＤＮＡサンプル中の夾雑物が多いため、増幅断片の長さが短くなるようにプライマーセットを設計することが好ましい。例えば、プライマー増幅断片の長さが、１５０塩基対（ｂｐ）以下となるようにプライマーセットを設計することが好ましく、１２０ｂｐ以下となるようにプライマーセットを設計することがより好ましく、１００ｂｐ以下となるようにプライマーセットを設計することがさらに好ましい。

【0049】

上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーのいずれかを含む領域を増幅するためのプライマーセットは、フォワードプライマーである第１のプライマーと、リバースプライマーである第２のプライマーとが含まれる。これらのプライマーの長さは、例えば、１５ｂｐ以上、１６ｂｐ以上、１７ｂｐ以上、１８ｂｐ以上、または２０ｂｐ以上であってもよく、５０塩基ｂｐ以下、４０ｂｐ以下、または３０ｂｐ以下であってもよい。

【0050】

ＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットは、下記（ａ’）～（ｈ’）：
（ａ’）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３１２）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ００１）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３２２）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｄ’）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ１４９）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３０６）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２０１）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ２１０）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｈ’）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカー（ＳＩ３８１）を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択されてもよい。

【0051】

例えば、（ａ’）のプライマーセットにおいて、第１のプライマーには、配列番号９の塩基配列を全て含み、より長いプライマー、ならびに、配列番号９の塩基配列の少なくとも一部（例えば１５ｂｐ）を含み、その前または後に他の塩基配列を含むプライマーも含まれる。

【0052】

また、例えば、（ａ’）のプライマーセットは、（ａ’－１）配列番号１に示される塩基配列における１番目～２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列からなる第１のプライマーと、第２のプライマーは、配列番号１に示される塩基配列における６６番目～９１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列からなる第２のプライマー、の組み合わせ、または、（ａ’－２）配列番号１に示される塩基配列における１番目～２２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列からなる第１のプライマー、および、配列番号１に示される塩基配列における６６番目～９１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列からなる第２のプライマー、の組み合わせであってもよい。

【0053】

なお、本願明細書において、「均等な塩基配列」とは、品種間における塩基配列のバリエーションに対応する塩基配列であってよい。所定の塩基配列に均等な塩基配列とは、所定の塩基配列において、数個（例えば１～１０個、好ましくは１～５個、より好ましくは１、２または３個）の塩基の修飾（置換、欠失、挿入または付加）を含む塩基配列であってよい。このような均等な塩基配列は、当該技術分野における当業者にとって明らかであり、カンキツの品種の遺伝子情報を登録しているデータベースを参照することにより、または、カンキツの品種において染色体番号および塩基のゲノム上の位置により特定されるＳＮＰの近傍領域の塩基配列を解読することにより、決定することができる。

【0054】

ＳＮＰ分析におけるＰＣＲは、単独のプライマーセットを含む反応系でＤＮＡ断片を増幅するシングルプレックスＰＣＲ、または、複数のプライマーセットを含む反応系で遺伝子増幅するマルチプレックスＰＣＲ、のいずれであってもよい。マルチプレックスＰＣＲの場合は、異なる波長を有する蛍光物質（例えば、ＮＥＤ、６－ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＰＥＴ）により標識したプライマーセットを混合してもよい。

【0055】

ＰＣＲの反応条件は、用いるＤＮＡポリメラーゼおよびＰＣＲ装置の種類、増幅断片の長さ等に応じて適宜に設定され得る。サイクル条件としては、変性工程、アニーリング工程および伸長工程の３工程を１サイクルとする３ステップＰＣＲ法、および、変性工程とアニーリングおよび伸長工程との２工程を１サイクルとする２ステップＰＣＲ法を適用することができる。２ステップＰＣＲ法を用いることにより、ＰＣＲにかかる時間を短縮することができる。２ステップＰＣＲ法のサイクル条件の一例としては、例えば、ＤＮＡポリメラーゼの活性化を９０～１００℃で５～１５分間（例えば、９５℃で１０分間）行った後に、変性工程（９０～１００℃で１０～２０秒間、例えば、９５℃で１５秒間）とアニーリングおよび伸長工程（５５～６５℃で４５秒間～２分間、例えば、６０℃で１分間）とを１サイクルとして、合計３０～５０サイクル、例えば、４０サイクル行う。鋳型となるＤＮＡの量および品質に応じて、ＳＮＰマーカーを安定的に検出するために、サイクル数を調整してもよい。例えば、加工果実等から抽出されるＤＮＡは、葉等から抽出されるＤＮＡよりも、量および品質が低下するため、サイクル数を４５～５０サイクル程度に増加させてもよい。

【0056】

ＳＮＰ分析におけるＰＣＲとして、ＰＣＲによる増幅およびＳＮＰマーカーの特定を行うＴａｑＭａｎ（登録商標）－ＰＣＲ法のようなリアルタイムＰＣＲを用いることがより好ましい。すなわち、特定工程において、上述したプライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに用いることが好ましい。リアルタイムＰＣＲ法を用いることにより、高処理能力の識別方法を提供することができる。なお、ＰＣＲにより増幅した増幅断片においてＳＮＰマーカーを特定する方法としては、自動ＤＮＡシークエンサー等を用いて増幅断片の塩基配列を決定することにより、解析してもよい。

【0057】

ＴａｑＭａｎ（登録商標）－ＰＣＲ法によるリアルタイムＰＣＲに用いるプローブは、上述したプライマーセットと共に用いられる、蛍光標識したプローブセットであり、このようなプローブセットは、例えば、下記（ａ’’）～（ｌ’’）から選択されるプローブセットである：
（ａ’’）前記（ａ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号２５に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号２６に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｂ’’）前記（ｂ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号２７に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号２８に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｃ’’）前記（ｃ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号２９に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号３０に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｄ’’）前記（ｄ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号３１に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号３２に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｅ’’）前記（ｅ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号３３に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号３４に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｆ’’）前記（ｆ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号３５に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号３６に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｇ’’）前記（ｇ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号３７に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号３８に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｈ’’）前記（ｈ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号３９に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号４０に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｉ’’）前記（ｉ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号５３に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号５４に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｊ’’）前記（ｊ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号５５に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号５６に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；
（ｋ’’）前記（ｋ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号５７に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号５８に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット；および、
（ｌ’’）前記（ｌ’）のプライマーセットと共に用いるプローブであって、配列番号５９に示される塩基配列を有する第１のプローブと、配列番号６０に示される塩基配列を有する第２のプローブとからなるプローブセット。

【0058】

ＳＮＰ分析におけるＴａｑＭａｎ（登録商標）－ＰＣＲ法によるリアルタイムＰＣＲは、例えば、以下のように行う。まず、プローブの５’末端にレポーター蛍光（ＦＡＭ、ＶＩＣ等）を標識する。このプローブの３’末端に上記レポーター蛍光を消光可能なクエンチャー蛍光を標識する。次いで、レポーター蛍光およびクエンチャー蛍光を標識したプローブを、カンキツ被検体から抽出したＤＮＡに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせる。ここで、ストリンジェントな条件とは、例えば、１×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ中、６０℃で洗浄する条件である。そして、５’ヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼ（Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ等）を用いて標的配列を増幅する。その結果、レポーター蛍光とクエンチャー蛍光を標識したプローブのレポーター蛍光標識部分が切断され、レポーター蛍光が遊離する。遊離したレポーター蛍光を検出し、レポーター蛍光の発光を対照と比較する。

【0059】

本発明の一態様に係る識別方法において用いられる上記（ａ）～（ｌ）のＳＮＰマーカーは、ＰＣＲによる増幅断片が短鎖である、アレル頻度が適切である、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを作成可能である等の条件を満たすものとして選択されたものである。したがって、当該識別方法においては、ＰＣＲ増幅等にかかる時間が短く、従来のＣＡＰＳ分析法の８分の１程度の時間で迅速に品種を識別することができる。また、当該識別方法は、マルチプレックス解析が可能であり、作業効率が高い。さらに、当該識別方法は、夾雑物の混入、および熱処理等による劣化を有する低品質のＤＮＡサンプルを用いる場合であっても、検出精度に優れ、再現性の高い安定した結果が得られる。そのため、当該識別方法は、カンキツ被検体として、種苗だけでなく、生鮮果実および加工果実を用いても精度よくカンキツの品種を識別することが可能である。したがって、当該識別方法は、税関および加工業者の検査現場等の導入に適しており、実用的な技術として、育成者権の保護および食品安全性の確保に貢献することができる。

【0060】

（その他）
別の実施形態において、本発明の一態様に係る識別方法は、指定の品種のカンキツの植物体またはその加工品において、他の品種の混在の可能性の評価に利用することができる。例えば、指定の品種のカンキツの植物体またはその加工品について、指定の品種に特有のＳＮＰ以外のＳＮＰが検出される場合（例えば、他の品種に特有のＳＮＰが検出される場合）、他の品種の混在の可能性、および／または、指定の品種が、他の品種により代用されている可能性があると評価することができる。また、指定の品種に特有のＳＮＰ以外のＳＮＰが検出されない場合、他の品種の混在の可能性、および／または、指定の品種が他の品種により代用されている可能性がないか、または、低いと評価することができる。

【0061】

〔識別キット〕
本発明の一態様に係るカンキツの品種の識別キットは、カンキツの品種を識別するための識別キットであって、下記（ａ’）～（ｌ’）：
（ａ’）配列番号１で表される塩基配列の３１番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｂ’）配列番号２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｃ’）配列番号３で表される塩基配列の３６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｄ’）配列番号４で表される塩基配列の６６番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｅ’）配列番号５で表される塩基配列の３５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号１８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｆ’）配列番号６で表される塩基配列の３７番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｇ’）配列番号７で表される塩基配列の４４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｈ’）配列番号８で表される塩基配列の７４番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号２３に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号２４に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｉ’）配列番号４１で表される塩基配列の４０番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４５に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４６に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｊ’）配列番号４２で表される塩基配列の３３番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４７に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号４８に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
（ｋ’）配列番号４３で表される塩基配列の３８番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号４９に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５０に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；および、
（ｌ’）配列番号４４で表される塩基配列の５５番目の塩基に相当するＳＮＰマーカーを含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号５１に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第１のプライマーと、配列番号５２に示される塩基配列における１５以上の連続する塩基を含む第２のプライマーとからなるプライマーセット；
からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーセットを含む。

【0062】

例えば、本発明の一態様に係るカンキツの品種の識別キットは、上記（ａ’）～（ｌ’）のプライマーセットのうち少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０つまたは１１つのプライマーセットを含んでいてもよい。また、当該識別キットは、上記（ａ’）～（ｌ’）の１２個のプライマーセットをすべて含んでいてもよい。

【0063】

また、本発明の一形態に係る識別キットは、前記プライマーセットを用いて増幅した増幅断片に含まれるＳＮＰマーカーを検出するＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブをさらに含んでもよい。

【0064】

すなわち、上述したプライマーセットおよびプローブは、本発明に係るカンキツの品種の識別キットに含まれるプライマーセットおよびプローブの一態様である。したがって、本発明に係るカンキツの品種の識別キットの詳細は、上述した本発明の一形態に係るカンキツの品種の識別方法の説明に準じる。

【0065】

本発明の一形態に係るカンキツの品種の識別キットは、上述したプライマーセットおよびプローブの他に、ＰＣＲに必要な試薬類、ＤＮＡ抽出用試薬、使用説明書等を含んでもよい。

【0066】

本発明は上述した各実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。

【実施例】

【0067】

〔１．材料およびＤＮＡの調製〕
（材料）
生鮮果実として、農業・食品産業技術総合研究機構 果樹茶業研究部門（ＮＩＦＴＳ）のカンキツ研究領域において保存されるカンキツのうち、以下の表５に示される４８品種および表６に示される３６品種の果実を用意した。

【0068】

【表5】

【0069】

【表6】

【0070】

表５および６におけるアクセッション番号（JP No.）は、農業・食品産業技術総合研究機構（ＮＡＲＯ）遺伝資源センターにおけるＧｅｎｅｂａｎｋ（http://www.gene.affrc.go.jp/databases-plant_search.php）に基づく記載である。また、登録番号は、農林水産省（ＭＡＦＦ）における品種登録ホームページ（http://www.hinshu2.maff.go.jp）に基づく記載である。分類学による分類は、田中式（Tanaka, T. （1956）Species problem in Citrus. Japanese Society for Promotion of Science, Tokyo, 1-152）に基づいて行った。

【0071】

以下の品種：宮川早生、ダンカングレープフルーツ、トロビタスイートオレンジ、リスボンレモン、イヨカン、川野なつだいだい、ハッサク、太田ポンカン、ユズ、およびスダチについては、長期にわたる栽培において開発された、遺伝的に有利な形質を備えた栽培変種を用いた。

【0072】

在来種のうち、アクセッション番号を有する代表的な品種を選択し、全てのＣＡＰＳマーカー遺伝子型により同一であることを確認した。

【0073】

各品種の生鮮果実を採取した。また、生鮮果実から、果汁（ストレートジュース）、果実缶詰および乾燥果実を調製した。果汁（ストレートジュース）は、生鮮全果を絞り、９５℃で５秒間殺菌することにより調製した。果実缶詰は、０．３％水酸化ナトリウムで処理してパルプセグメントおよび付着するアルベドを除き、砂糖１８％を含むシロップ中に浸漬したさのうを密封し、８０℃で１５分間殺菌することにより調製した。乾燥果実は、スライスした果実を食品乾燥機中、５０℃で１０時間乾燥させることにより調製した。さらに、市販の加工品として、不知火の果汁ジュース、果実缶詰、および乾燥果実を購入した。

【0074】

上記の生鮮果実、果汁、果実缶詰および乾燥果実、並びに市販の加工品から、以下の方法により、ゲノムＤＮＡを抽出した。果汁は、６，０００ｇで１０分間、遠心分離（工機ホールディングス株式会社製ＣＲ２１Ｎ）することにより回収したペレットを使用した。

【0075】

また、コントロールとして、各品種の葉から、同様にしてゲノムＤＮＡを抽出した。

【0076】

（ＤＮＡの調製）
用意した各材料のサンプルを、液化窒素により粉末化し、洗浄バッファ（０．１Ｍ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、５０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）、１％ポリビニルピロリドン、１０％ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）＃６，０００、および２％β－メルカプトエタノール）を用いて２回プレ洗浄を行い、セチルトリメチルアンモニウムブロミド（ＣＴＡＢ）法によりゲノムＤＮＡを単離した。

【0077】

単離されたＤＮＡを、ＤＮＡ洗浄プロトコル（DNeasy（登録商標）Plant Mini Kit（キアゲン社製））にしたがって、DNeasy（登録商標）ミニスピンカラムを用いて精製した。

【0078】

〔２．プライマーセットおよびプローブの設計、並びにＳＮＰジェノタイピングアッセイ〕
（プライマーセットおよびプローブの設計）
３８４個の予め報告されているＳＮＰを検証し、これらが以下の基準に適合しているかを検証した：（１）高いアレル頻度；（２）共顕性の対立遺伝子型；（３）ＰＣＲの増幅断片が短く（例えば、１００ｂｐ未満）、生鮮果実および加工果実のジェノタイピングに適しているか；および、（４）各ＳＮＰ座のゲノム領域が、異なる染色体に分散していて、ゲノムワイドなＳＮＰアッセイを可能にしているか。

【0079】

上記基準に適合したＳＮＰについて、Primer Express ver. 3.0（Applied Biosystems社製）を用いて、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭＧＢプローブおよびプライマーセットを設計した。プローブについては、５－カルボキシルフルオレセイン（ＦＡＭ）およびヘキサクロロ－フルオレセイン（ＨＥＸ）を用いて、オリゴヌクレオチドの５’末端を標識した。これらの２種類の色素は、異なる励起波長を有するため（ＦＡＭ：５１８ｎｍ、ＨＥＸ：５５６ｎｍ）、同じチューブ内で識別することが可能である。

【0080】

（ＳＮＰジェノタイピングアッセイ）
生鮮果実から抽出したＤＮＡを用いて、ＳＮＰジェノタイピングアッセイを行った。ＳＮＰジェノタイピング試薬は、以下のように調製した：TaqMan Genotyping Master Mix（Thermo Fisher社製）７．５μＬ、各プライマー１０μＭ、ＦＡＭ－およびＨＥＸ－標識ＴａｑＭａｎ（登録商標）－ＭＧＢプローブ５μＭ、および精製ＤＮＡ１０ｎｇに、ＲＮａｓｅフリー水を加えて１５μＬとした。

【0081】

サイクル条件は、以下のとおりであった：５０℃ ２分；９５℃ １０分；９５℃ １５秒（変性）および６０℃ １分（アニーリング）を４０サイクル。全ての反応は、QuantStudio（登録商標）３リアルタイムＰＣＲシステム（Thermo Fisher社製）において行った。生鮮果実および加工果実のサンプルについて、各サンプルから抽出されたＤＮＡの量が少ない場合は、ＰＣＲサイクル数を４５サイクルに、ＤＮＡテンプレート量を１ｎｇに変更した。

【0082】

QuantStudio（登録商標）Design & Analysis software v 1.4.1（Thermo Fisher社製）を用いてデータ分析を行い、閾値サイクル（Ｃｔ）値およびΔＲｎ値を算出したところ、バックグラウンドの蛍光を超える有意な蛍光シグナルを示した。レポーター色素の蛍光は、各ウェルにおいてパッシブ色素の蛍光に対して標準化した。各サンプルにおける２種類のレポーター色素の標準化された強度を、対立遺伝子の識別プロット上にプロットし、アルゴリズム的にクラスター化した。対立遺伝子の識別プロット上のサンプルの位置にしたがって、遺伝子型を判定した。

【0083】

明瞭なシグナルおよび対立遺伝子識別プロットパターンを解析可能であるＳＮＰとして、以下の表７に示す８個のＳＮＰを見出した。これらの８個のＳＮＰについての全てのジェノタイピングアッセイにおいて、生鮮果実から抽出したＤＮＡを用いた結果は、葉から抽出したＤＮＡを用いた結果と一致した。

【0084】

【表7】

【0085】

増幅および塩基決定に使用したプライマーセットおよびプローブは、以下の表８および表９に示したとおりである。表９において、プローブのヌクレオチド配列中、ＳＮＰ部位に相当する部分は下線が付されている。

【0086】

【表8】

【0087】

【表9】

【0088】

選出された８個のＳＮＰ：ＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ１４９、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１、ＳＩ２１０、およびＳＩ３８１は、カンキツの４８品種のジェノタイピングに適用可能であった。ＰＣＲの増幅断片は、いずれも６０～９９ｂｐであった。８個のＳＮＰは、クレメンティンおよびマンダリンの基準ゲノム配列において、スキャフォールド１、２、４、６、７、８および９に分散していた。また、８個のＳＮＰは、非コード領域よりもむしろ、カンキツおよび関連種にわたって高度に保存されているコード領域内に位置していた。

【0089】

図１は、８個のＳＮＰについて、カンキツ４８品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を示す対立遺伝子識別プロットである。８個のＳＮＰは、４８品種の全てについて、明瞭な対立遺伝子識別プロットパターンを示し、高い信頼性で遺伝子型を割り当てることができた。

【0090】

８個のＳＮＰと、カンキツの４８品種との関係は、上述の表１に示したとおりであった。また、８個のＳＮＰについてのヘテロ接合性（Ｈｅ値）、ホモ接合性（Ｈｏ値）および多型情報含有値（ＰＩＣ値）を、以下の表１０に示す。Ｈｅ値、Ｈｏ値およびＰＩＣ値は、出願人が開発したＭａｒｋｅｒＴｏｏｌＫｉｔソフトウェアにより算出した。

【0091】

【表10】

【0092】

Ｈｅ値は、０．３６～０．５０であり、平均値は０．４５であった。Ｈｏ値は、０．３５～０．６５であり、平均値は０．５０であった。ＰＩＣ値は、０．３０～０．３８であり、平均値は０．３５であった。

【0093】

１８の代表的なカンキツ品種の間のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）におけるＳＮＰのＰＩＣ値は、０．３２～０．３５の範囲であり、平均ＰＩＣ値は０．３４であることが報告されており、これは本発明の結果と類似していた。これは、８個のＳＮＰが、カンキツの品種識別のための適度な多様性を保持していることを示す。

【0094】

〔３．親子関係の利用による選出されたＳＮＰのバリデーション〕
８個のＳＮＰの信頼性を評価するために、出願人が開発した親子推定ソフトウェアＭＡＲＣＯにより、共顕性を有する遺伝様式を、親子関係の品種のサブセットを用いて評価した。ＭＡＲＣＯにより、親から子への各ＳＮＰにおける対立遺伝子の伝達に基づき、親子関係を評価した。

【0095】

試験に用いたカンキツの４８品種のうち、以下の親子関係を有する９種類の組み合わせ：不知火（清見×中野３号ポンカン）、璃の香（リスボンレモン×ヒュウガナツ）、清見（宮川早生×トロビタスイートオレンジ）、はるみ（清見×ポンカンＦ－２４３２）、甘平（西之香×ポンカン）、愛媛果試第２８号（南香×天草）、スイートスプリング（上田温州×ハッサク）、西之香（清見×トロビタスイートオレンジ）、および、あまか（清見×アンコール）を用いて、８個のＳＮＰにおける品種の遺伝子型を解析し、親から子への系統を追跡した。

【0096】

解析した９種類の親子関係の組み合わせの全てにおいて、不一致なしに、８個のＳＮＰについて、親の対立遺伝子の子への遺伝が確認された。

【0097】

この結果から、８個のＳＮＰは、親子関係を有するカンキツ間で遺伝しており、親子分析および品種識別に適用可能であることが示された。

【0098】

〔４．品種識別のためのＳＮＰの最少サブセット〕
８個のＳＮＰについてのカンキツ４８品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を、出願人が開発したＭｉｎｉｍａｌＭａｒｋｅｒソフトウェアにより解析し、カンキツの４８品種を識別するための最少サブセットを解析した。

【0099】

その結果、８個のＳＮＰのうち、カンキツの４８品種の全てを識別し得る、７個のＳＮＰからなる２組の最少サブセットが見つかった。サブセット１は、ＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ１４９、ＳＩ３０６、ＳＩ２１０およびＳＩ３８１からなる。一方、サブセット２は、ＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ１４９、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１およびＳＩ２１０からなる。

【0100】

さらに、カンキツの４８品種のうち、特定の品種を識別するためのＳＮＰの最少サブセットを解析した。

【0101】

宮川早生、ダンカングレープフルーツ、リスボンレモン、川野なつだいだい、麗紅、はるひ、璃の香、みはや、およびかんきつ中間母本農６号は、少なくとも２個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0102】

不知火、ハッサク、太田ポンカン、津之輝、西南のひかり、津之望、清見、せとか、はれひめ、あすみ、あすき、甘平、愛媛果試第２８号（紅まどんな（登録商標））、たまみ、西之香、およびあまかは、少なくとも３個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0103】

イヨカンおよびはるみは、少なくとも４個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0104】

例えば、璃の香は、ＳＩ３０６（ＧＧ）およびＳＩ３２２（ＡＴ）における遺伝子型により、他のカンキツ４７品種から識別することができた。また、麗紅は、ＳＩ２１０（ＡＡ）およびＳＩ３１２（ＣＣ）における遺伝子型により、他のカンキツ４７品種から識別することができた。一方、西南のひかりは、２種類のサブセット、すなわち、サブセット１：ＳＩ１４９（ＧＧ）、ＳＩ２１０（ＧＧ）およびＳＩ３０６（ＡＡ）、または、サブセット２：ＳＩ２１０（ＧＧ）、ＳＩ３０６（ＡＡ）およびＳＩ３２２（ＡＡ）により、識別することができた。また、津之輝は、２種類のサブセット、すなわち、サブセット１：ＳＩ００１（ＣＧ）、ＳＩ２１０（ＡＡ）およびＳＩ３１２（ＣＧ）、または、サブセット２：ＳＩ２１０（ＡＡ）、ＳＩ３１２（ＣＧ）およびＳＩ３８１（ＴＣ）により、識別することができた。

【0105】

異なるＳＮＰの組み合わせを有する最少サブセットの総数は、品種に応じて、１個（ダンカングレープフルーツ、リスボンレモン、川野なつだいだい、麗紅、璃の香、みはや、甘平、および、たまみ）から１８個（あすみ）まで異なる。以下の表１１に、４８品種のうちの幾つかの品種について、識別に必要なＳＮＰの最少サブセットの例、および、最少サブセットの数を示す。

【0106】

【表11】

【0107】

〔５．ＳＮＰジェノタイピングアッセイの加工果実への適用〕
８個のＳＮＰについてのジェノタイピングアッセイが、加工果実に適用可能であるかを検証した。

【0108】

複数の品種の加工果実（果汁、果実缶詰および乾燥果実）から抽出したＤＮＡを用いて、８個のＳＮＰについて、ＳＮＰジェノタイピングアッセイを行った。

【0109】

ＤＮＡの調製において、加工果実から抽出されたＤＮＡの量が少なかったため、ＰＣＲ増幅を４５サイクル行った。鋳型ＤＮＡの量は、全てのサンプルの種類の間で等しく調製したが、Ｃｔ値は異なり、葉、生鮮果実、ジュース、果実缶詰、乾燥果実の順に低かった。この順番は、全てのアッセイにわたって一致した。ΔＲｎ値は、ＤＮＡの変性の程度に対応する傾向があり、果実缶詰および乾燥果実から調製したＤＮＡサンプルは、生鮮果実およびジュースから調製したＤＮＡサンプルと比較して、低い値を示した。

【0110】

８個のＳＮＰの全ては、加工果実から抽出したＤＮＡを用いた場合であっても、安定して検出された。また、ＳＮＰの対立遺伝子の遺伝子型は、葉および生鮮果実から抽出したＤＮＡを用いた場合の結果と一致した。これらの結果から、上記８個のＳＮＰについてのジェノタイピングアッセイは、加工果実に適用可能であることが確認された。

【0111】

〔６．８４品種のカンキツの識別〕
表３のＳＩ３１２、ＳＩ００１、ＳＩ３２２、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１、ＳＩ２１０およびＳＩ３８１、ならびに、表１２のＳＩ１４５、ＳＩ２７１１、ＳＩ２８１およびＳＩ２０４２の合計１１個のＳＮＰについて、ジェノタイピングアッセイを行った。その結果、表５および６に記載の８４品種のカンキツに適用可能であることが分かった。表１２のＳＮＰに関し、増幅および塩基決定に使用したプライマーセットおよびプローブは、以下の表１３および表１４に示したとおりである。表１４において、プローブのヌクレオチド配列中、ＳＮＰ部位に相当する部分は下線が付されている。１１個のＳＮＰについての全てのジェノタイピングアッセイにおいて、生鮮果実から抽出したＤＮＡを用いた結果は、葉から抽出したＤＮＡを用いた結果と一致した。

【0112】

【表12】

【0113】

【表13】

【0114】

【表14】

【0115】

図２および３は、表１２の４個のＳＮＰについて、カンキツ８４品種のＳＮＰジェノタイピングの結果を示す対立遺伝子識別プロットである。４個のＳＮＰは、８４品種の全てについて、明瞭な対立遺伝子識別プロットパターンを示し、高い信頼性で遺伝子型を割り当てることができた。

【0116】

〔７．親子関係の利用による選出されたＳＮＰのバリデーション〕
上記〔６．８４品種のカンキツの識別〕で検証した１１個のＳＮＰの信頼性を評価するために、出願人が開発した親子推定ソフトウェアＭＡＲＣＯにより、共顕性を有する遺伝様式を、親子関係の品種のサブセットを用いて評価した。ＭＡＲＣＯにより、親から子への各ＳＮＰにおける対立遺伝子の伝達に基づき、親子関係を評価した。

【0117】

試験に用いた８４品種のうち、以下の親子関係を有する４２種類の組み合わせを用いて、１１個のＳＮＰにおける品種の遺伝子型を解析し、親から子への系統を追跡した。宮川早生以外の下記カンキツの親子関係は、表５または表６に記載のとおりである。

【0118】

（親子関係を有する４２種類の組み合わせ）
宮川早生（キシュウミカン×クネンボ）、不知火、璃の香、津之望、清見、はるみ、甘平、愛媛果試第２８号、カラ、セミノール、スイートスプリング、アンコール、たまみ、西之香、サガマンダリン、南香、あまか、かんきつ中間母本農６号、せとみ、陽香、朱見、早香、はれやか、津之香、ミホコール、クレメンティン、ミネオラ、オーランド、フォーチュン、ありあけ、安芸タンゴール、ウィルキング、ページ、ロビンソン、リー、フェアチャイルド、ノバ、オセオラ、清峰、かんきつ中間本母農５号、サザンレッド、サマーフレッシュ。

【0119】

解析した４２種類の親子関係の組み合わせの全てにおいて、不一致なしに、１１個のＳＮＰについて、親の対立遺伝子の子への遺伝が確認された。この結果から、１１個のＳＮＰは、親子関係を有するカンキツ間で遺伝しており、親子分析および品種識別に適用可能であることが示された。

【0120】

〔８．８４品種のカンキツ識別のためのＳＮＰの最少サブセット〕
１１個のＳＮＰについての８４品種のカンキツのＳＮＰジェノタイピングの結果を、出願人が開発したＭｉｎｉｍａｌＭａｒｋｅｒソフトウェアにより解析し、カンキツの８４品種を識別するための最少サブセットを解析した。

【0121】

その結果、１１個のＳＮＰのうち、カンキツの８４品種の全てを識別し得る、９個のＳＮＰ（ＳＩ３１２、ＳＩ２０４２、ＳＩ１４５、ＳＩ３２２、ＳＩ２８１、ＳＩ２７１１、ＳＩ３０６、ＳＩ２０１、および、ＳＩ３８１）からなる最少サブセットが見つかった。

【0122】

さらに、１１個のＳＮＰのうち、特定の品種を識別するためのＳＮＰの最少サブセットを解析した。

【0123】

あすみ、かんきつ中間母本農６号、津之輝、津之望、西之香、はるひ、はれひめ、麗紅は、１１個のＳＮＰのうち、少なくとも２個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0124】

璃の香、あすき、あまか、愛媛果試第２８号（紅まどんな（登録商標））、西南のひかり、せとか、せとみは、１１個のＳＮＰのうち、少なくとも３個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0125】

かんきつ中間母本農５号、甘平、たまみ、はるみ、べにばえ、みはやは、１１個のＳＮＰのうち、少なくとも４個のＳＮＰからなるサブセットにより識別することができた。

【0126】

異なるＳＮＰの組み合わせを有する最少サブセットの総数は、品種に応じて、１個（あすみ、津之輝、津之望、はれひめ、麗紅）から２６個（璃の香）まで異なっていた。以下の表１５および表１６に、８４品種のうちの幾つかの品種について、識別に必要なＳＮＰの最少サブセットの例、および、最少サブセットの数を示す。

【0127】

【表15】

【0128】

【表16】

【産業上の利用可能性】

【0129】

本発明は、税関等の検査現場に導入できる術用可能な技術として、育成者権の保護および食品安全性の確保に貢献することができる。

【図1】

【図2】

【図3】

【配列表】

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