▶ 株式会社リコーの特許一覧 ▶ 株式会社ファスマックの特許一覧
特許7477095デバイス、核酸の検査方法及び核酸の検査装置、並びに遺伝子検査方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-04-22
(45)【発行日】2024-05-01
(54)【発明の名称】デバイス、核酸の検査方法及び核酸の検査装置、並びに遺伝子検査方法
(51)【国際特許分類】
C12M 1/34 20060101AFI20240423BHJP
C12Q 1/6888 20180101ALI20240423BHJP
C12N 1/00 20060101ALI20240423BHJP
【ＦＩ】
C12M1/34 B
C12Q1/6888 Z
C12N1/00 A
【請求項の数】
18
(21)【出願番号】P 2019219787
(22)【出願日】2019-12-04
(65)【公開番号】P2020096590
(43)【公開日】2020-06-25
【審査請求日】2022-04-01
(31)【優先権主張番号】P 2018236805
(32)【優先日】2018-12-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
【前置審査】
(73)【特許権者】
【識別番号】000006747
【氏名又は名称】株式会社リコー
(73)【特許権者】
【識別番号】503335179
【氏名又は名称】株式会社ファスマック
(74)【代理人】
【識別番号】100107766
【弁理士】
【氏名又は名称】伊東 忠重
(74)【代理人】
【識別番号】100070150
【弁理士】
【氏名又は名称】伊東 忠彦
(72)【発明者】
【氏名】橋本 みちえ
(72)【発明者】
【氏名】海野 洋敬
(72)【発明者】
【氏名】中澤 聡
(72)【発明者】
【氏名】米川 侑希
(72)【発明者】
【氏名】布藤 聡
(72)【発明者】
【氏名】リズティアン
【審査官】小金井 悟
(56)【参考文献】
【文献】中国特許出願公開第１０３５７１９６０（ＣＮ，Ａ）
【文献】国際公開第２００６／０２６３８８（ＷＯ，Ａ２）
【文献】国際公開第２０１５／１５１５１１（ＷＯ，Ａ１）
【文献】米国特許出願公開第２０１８／０１６９６５０（ＵＳ，Ａ１）
【文献】中国特許出願公開第１０８１３０３６３（ＣＮ，Ａ）
【文献】特開２０１７－０９３３６７（ＪＰ，Ａ）
【文献】BMC Microbiol.，2012年11月08日，Vol.12, No.255，pp.1-11
【文献】J. Appl. Phycol.，2010年，Vol.22，pp.1-9
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｍ １／００－ ３／１０
Ｃ１２Ｑ １／００－ ３／００
Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬ／ＤＤＢＪ／ＧｅｎｅＳｅｑ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
少なくとも１つのウェルを有し、少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の前記特定コピー数が１，０００以下であり、
前記特定コピー数の変動係数ＣＶが、平均コピー数ｘに対してＣＶ＜１／√ｘを満たし、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である、ことを特徴とするデバイス。
【請求項2】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、担体に含まれている請求項１に記載のデバイス。
【請求項3】
前記担体が、細胞、ファージ、及びウイルスのいずれかである請求項２に記載のデバイス。
【請求項4】
前記細胞が、酵母菌、動物細胞、及び植物細胞のいずれかである請求項３に記載のデバイス。
【請求項5】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの開口部を密閉する密閉部材を有する請求項１から４のいずれかに記載のデバイス。
【請求項6】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの数が２以上であり、一の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、
他の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、が異なる請求項１から５のいずれかに記載のデバイス。
【請求項7】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルが、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を含む請求項１から６のいずれかに記載のデバイス。
【請求項8】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、ブタ １２Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号１の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれか、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号５の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有し、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の全長が５０塩基以上である、
請求項１から７のいずれかに記載のデバイス。
【請求項9】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列である塩基配列を含む、又は、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列である塩基配列を含む、
請求項１から８のいずれかに記載のデバイス。
【請求項10】
前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列と、５'末端側、又は３'末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘを含む、又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列と、５'末端側、又は３'末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘを含む、
請求項７から８のいずれかに記載のデバイス。
【請求項11】
前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として、配列番号２及び３のプライマー、配列番号４のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号９、１０、１１、１２、１３、及び１４のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号６及び７のプライマー、配列番号８のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、及び２０のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
請求項７、８及び１０のいずれかに記載のデバイス。
【請求項12】
前記ウナギが、ニホンウナギであり、前記ニホンウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号２１及び２２のプライマー、配列番号２３のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号２４、２５、２６、２７、２８、及び２９のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
請求項７、８、１０及び１１のいずれかに記載のデバイス。
【請求項13】
請求項１から１２のいずれかに記載のデバイスを用い、検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出することを特徴とする核酸の検査方法。
【請求項14】
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む請求項１３に記載の核酸の検査方法。
【請求項15】
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含むウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルに対し、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を充填し、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬を、増幅反応に供することにより、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸及び前記増幅可能な試薬が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む請求項１３から１４のいずれかに記載の核酸の検査方法。
【請求項16】
前記デバイスにおける、前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、所定の特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと、前記一のウェルにおける前記特定コピー数と異なる特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む他のウェルとを含み、前記特定コピー数が異なる前記一のウェル及び前記他のウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と、前記検査対象の試料とを増幅反応に供し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの量を判定する請求項１３から１５のいずれかに記載の核酸の検査方法。
【請求項17】
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査装置であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定手段を、
有し、
前記特定コピー数の変動係数ＣＶが、平均コピー数ｘに対してＣＶ＜１／√ｘを満たし、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である、ことを特徴とする核酸の検査装置。
【請求項18】
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをターゲットにした遺伝子検査方法であって、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの数をカウントすることで不確かさを含む絶対数を規定した標準物質で精度を管理する対象の精度を管理し、
前記特定コピー数の変動係数ＣＶが、平均コピー数ｘに対してＣＶ＜１／√ｘを満たし、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である、ことを特徴とする遺伝子検査方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、デバイス、核酸の検査方法及び核酸の検査装置、並びに遺伝子検査方法に関する。
【背景技術】
【0002】
遺伝子検査のターゲットとして、核ゲノムを調べる以外にｒＲＮＡ、ｒＤＮＡを検出する用途がある。ｒＤＮＡ遺伝子（ｒＤＮＡ）はｒＲＮＡをコードしている遺伝子で、ｒＲＮＡはリボソームを構成するＲＮＡである。細菌には、その大きさによって、２３Ｓ ｒＲＮＡ、１６Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡがある。真核生物には、２８Ｓ ｒＲＮＡ、１８Ｓ ｒＲＮＡ、５．８Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡがある。これらのｒＲＮＡは、配列の保存性が高いため、広く様々な生物種の検出に利用可能である。一方で、種毎に異なった変異箇所も存在するため、生物種・品種・系統を判別する目的にも用いられる。こうした手法は、例えば、ブタ肉の特異検出やウナギの品種判別に利用することが可能である。
【0003】
そのｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの検出方法としては、例えば、生物種の特定に利用可能な配列に対するプライマーを設計し、ＰＣＲ法やリアルタイムＰＣＲ法による検査方法が提案されている（例えば、特許文献１参照）。
また、例えば、検査対象のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの標的領域と同一ＰＣＲ条件及び同一反応容器内で増幅することができる人為的ＤＮＡ配列と、検査対象ＤＮＡの標的配列の両方を含むリアルタイムＰＣＲ検査用標準分子を用いることで、偽陰性判定を判別する方法が提案されている（例えば、特許文献２参照）。
また、例えば、検査対象のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの標的領域と同一ＰＣＲ条件及び同一反応容器内で増幅することができる人為的ＤＮＡ配列と、検査対象ＤＮＡの標的配列の両方を含むリアルタイムＰＣＲ検査用標準分子を用いることで、偽陰性判定を判別する方法が提案されている（例えば、特許文献２参照）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
本発明は、試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を検出することができ、特にこのｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が低コピー数である場合であっても、偽陰性の判定をより確実に回避し、陽性及び陰性の正確な定性検査を行うことができ、さらに定量ＰＣＲの場合においては、より正確なコピー数を測定可能なデバイスを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0005】
上記課題を解決するための手段としての本発明のデバイスは、少なくとも１つのウェルを有し、少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数が１，０００以下である。
【発明の効果】
【0006】
本発明によると、試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を検出することができ、特にこのｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が低コピー数である場合であっても、偽陰性の判定をより確実に回避し、陽性及び陰性の正確な定性検査を行うことができるデバイスを提供することを目的とする。また、本発明は、試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の正確な定量検査を行うことができるデバイスを提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【0007】
【発明を実施するための形態】
【0008】
（デバイス）
本発明のデバイスは、少なくとも１つのウェルを有し、少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数が１，０００以下であり、識別手段、更に必要に応じてその他の部材を有する。
本発明のデバイスは、少なくとも１つのウェルを有し、少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数が１，０００以下であり、識別手段、更に必要に応じてその他の部材を有する。
【0009】
本発明は、従来のデバイスでは、ウェルに含まれる参照用の核酸のコピー数が特定されていないため、増幅反応に供しても、その参照用の核酸の増幅結果の信頼性が低いという知見に基づくものである。
本発明のデバイスは、参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、特定コピー数各ウェルに一定以上の充填精度（一定以下の変動係数）で配されている。
本発明のデバイスは、ウェルに含まれる参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定コピー数であるため、偽陰性の判定をより確実に回避でき、陰性の判定精度をより向上させた定性検査に用いることができる。つまり、本発明のデバイスは、陽性又は陰性の正確な定性検査に用いることができる。また、本発明のデバイスは、ウェルに含まれる参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定数であるため、試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの正確な定量検査に用いることができる。
本発明のデバイスは、参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、特定コピー数各ウェルに一定以上の充填精度（一定以下の変動係数）で配されている。
本発明のデバイスは、ウェルに含まれる参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定コピー数であるため、偽陰性の判定をより確実に回避でき、陰性の判定精度をより向上させた定性検査に用いることができる。つまり、本発明のデバイスは、陽性又は陰性の正確な定性検査に用いることができる。また、本発明のデバイスは、ウェルに含まれる参照用の核酸であるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定数であるため、試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの正確な定量検査に用いることができる。
【0010】
以下、本発明のデバイスについて説明する。
なお、本明細書において、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれるデバイスを「デバイス」と称する。また、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれていないデバイスを「プレート」と称することもある。
なお、本明細書において、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれるデバイスを「デバイス」と称する。また、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれていないデバイスを「プレート」と称することもある。
【0011】
図１は、本発明のデバイスの一例を示す斜視図である。図２は、本発明のデバイスの他の一例を示す斜視図である。図３は、図２のデバイスの側面図である。
図中、デバイス１は、基材２に複数のウェル３が設けられている。前記ウェルには、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸４が充填されるウェルが存在する。また、他のウェル（図における空のウェル）には、試料が充填される。後述するが、本発明のデバイスが、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）とは異なる増幅可能な試薬を充填する態様で構成される場合には、前記増幅可能な試薬は、前記検査対象の試料が配されるウェルに充填されるとよい。なお、図２及び図３中符号５は、密閉部材である。
また、デバイス１は、図２及び図３に示すように、各ウェル３に充填する試薬の数とその数の不確かさ（確からしさ）の情報、もしくはこれらの情報と関連付けられた情報を記憶するＩＣチップ又はバーコード（識別手段６）を、密閉部材５と基材２との間で且つウェルの開口部以外の位置に有していてもよい。これは、識別手段の意図しない改変等を防止するのに好適である。
また、デバイス１が識別手段を有することで、識別手段を有しない一般のウェルプレートとの区別可能である。このため、取り違えを防止することが可能である。
図４は、本発明のデバイスの他の一例を示す斜視図である。この図４のデバイスでは、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が１、２、３、４、５の５水準設けられている。
図中、デバイス１は、基材２に複数のウェル３が設けられている。前記ウェルには、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸４が充填されるウェルが存在する。また、他のウェル（図における空のウェル）には、試料が充填される。後述するが、本発明のデバイスが、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）とは異なる増幅可能な試薬を充填する態様で構成される場合には、前記増幅可能な試薬は、前記検査対象の試料が配されるウェルに充填されるとよい。なお、図２及び図３中符号５は、密閉部材である。
また、デバイス１は、図２及び図３に示すように、各ウェル３に充填する試薬の数とその数の不確かさ（確からしさ）の情報、もしくはこれらの情報と関連付けられた情報を記憶するＩＣチップ又はバーコード（識別手段６）を、密閉部材５と基材２との間で且つウェルの開口部以外の位置に有していてもよい。これは、識別手段の意図しない改変等を防止するのに好適である。
また、デバイス１が識別手段を有することで、識別手段を有しない一般のウェルプレートとの区別可能である。このため、取り違えを防止することが可能である。
図４は、本発明のデバイスの他の一例を示す斜視図である。この図４のデバイスでは、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が１、２、３、４、５の５水準設けられている。
【0012】
図５は、本発明のデバイスの特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を充填するウェルの位置の一例を示す図である。図５中のウェル内の数字は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定数を表す。図５中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料が充填される。また、図５中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料の他に、増幅可能な試薬を充填してもよい。
図６は、本発明のデバイスの特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を充填するウェルの位置の他の一例を示す図である。図６中のウェル内の数字は特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定数を表す。図６中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料が充填される。また、図６中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料の他に、増幅可能な試薬を充填してもよい。
図６は、本発明のデバイスの特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を充填するウェルの位置の他の一例を示す図である。図６中のウェル内の数字は特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定数を表す。図６中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料が充填される。また、図６中の数字が記載していないウェルには、前記検査対象の試料の他に、増幅可能な試薬を充填してもよい。
【0013】
本発明において、コピー数とは、前記ウェルに含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列（標的の塩基配列）の数を意味している。
前記標的の塩基配列とは、少なくともプライマー及びプローブ領域の塩基配列が決まっているものを指し、特に、塩基配列の全長が定められているものを特定の塩基配列とも呼称する。
本発明において、特定コピー数とは、前記コピー数のうち、標的の塩基配列の数が一定以上の精度で特定されていることを意味する。
すなわち、実際にウェルに含まれている標的の塩基配列の数として既知ということができる。つまり、本発明における特定コピー数は、従来の系列希釈により得られる所定のコピー数（算出推定値）よりも、数としての精度、信頼性が高く、特に、１，０００以下の低コピー数領域であってもポアソン分布によらない制御された値となる。制御された値は、概ね、不確かさを表す変動係数ＣＶが平均コピー数ｘに対し、ＣＶ＜１／√ｘもしくはＣＶ≦２０％のどちらか値の大きさの中に収まっていることが好ましい。それゆえ、当該特定コピー数の標的の塩基配列を含むウェルを有するデバイスを用いることで、従来よりも正確に標的の塩基配列を有する試料の定性的、定量的な検査を行うことが可能となる。
なお、ここで標的の塩基配列の数とその配列を有する核酸の分子数とが一致する場合には、「コピー数」と「分子数」は対応付けられる場合もある。
具体的には、例えば、ノロウイルスの場合は、ウイルスの個数＝１なら核酸分子数＝１、コピー数＝１で、ＧＩ期の酵母の場合は、酵母数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝１、コピー数＝１で、Ｇ０／ＧＩ期のヒト細胞の場合は、ヒト細胞数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝２、コピー数＝２である。
さらに、標的の塩基配列を２箇所に導入したＧＩ期の酵母の場合は、酵母数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝１、コピー数＝２となる。
また、本発明においては、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数は、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の所定数又は絶対数と称することもある。
前記標的の塩基配列とは、少なくともプライマー及びプローブ領域の塩基配列が決まっているものを指し、特に、塩基配列の全長が定められているものを特定の塩基配列とも呼称する。
本発明において、特定コピー数とは、前記コピー数のうち、標的の塩基配列の数が一定以上の精度で特定されていることを意味する。
すなわち、実際にウェルに含まれている標的の塩基配列の数として既知ということができる。つまり、本発明における特定コピー数は、従来の系列希釈により得られる所定のコピー数（算出推定値）よりも、数としての精度、信頼性が高く、特に、１，０００以下の低コピー数領域であってもポアソン分布によらない制御された値となる。制御された値は、概ね、不確かさを表す変動係数ＣＶが平均コピー数ｘに対し、ＣＶ＜１／√ｘもしくはＣＶ≦２０％のどちらか値の大きさの中に収まっていることが好ましい。それゆえ、当該特定コピー数の標的の塩基配列を含むウェルを有するデバイスを用いることで、従来よりも正確に標的の塩基配列を有する試料の定性的、定量的な検査を行うことが可能となる。
なお、ここで標的の塩基配列の数とその配列を有する核酸の分子数とが一致する場合には、「コピー数」と「分子数」は対応付けられる場合もある。
具体的には、例えば、ノロウイルスの場合は、ウイルスの個数＝１なら核酸分子数＝１、コピー数＝１で、ＧＩ期の酵母の場合は、酵母数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝１、コピー数＝１で、Ｇ０／ＧＩ期のヒト細胞の場合は、ヒト細胞数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝２、コピー数＝２である。
さらに、標的の塩基配列を２箇所に導入したＧＩ期の酵母の場合は、酵母数＝１なら核酸分子数（同一の染色体数）＝１、コピー数＝２となる。
また、本発明においては、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数は、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の所定数又は絶対数と称することもある。
【0014】
前記特定コピー数は、異なる２種類以上の整数であることが好ましい。
前記特定コピー数（特定数）の組み合わせとしては、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０の場合、１、３、５、７、９の場合、２、４、６、８、１０の場合などが挙げられる。
また、前記特定コピー数（特定数）の組み合わせは、例えば、１、１０、１００、１，０００の４水準などとしてもよい。
前記特定コピー数（特定数）が異なる複数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果を利用すると、検量線を作成することができる。この検量線を利用すれば、前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡなどの核酸の正確な定量を行うことができる。
前記特定コピー数（特定数）の組み合わせとしては、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０の場合、１、３、５、７、９の場合、２、４、６、８、１０の場合などが挙げられる。
また、前記特定コピー数（特定数）の組み合わせは、例えば、１、１０、１００、１，０００の４水準などとしてもよい。
前記特定コピー数（特定数）が異なる複数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果を利用すると、検量線を作成することができる。この検量線を利用すれば、前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡなどの核酸の正確な定量を行うことができる。
【0015】
＜ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸＞
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、細胞が有するｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの塩基配列である。
前記ｒＲＮＡは、リボソームＲＮＡである。
前記ｒＲＮＡとしては、例えば、細菌においては、その大きさによって、２３Ｓ ｒＲＮＡ、１６Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡなどが挙げられる。真核生物においては、その大きさによって、２８Ｓ ｒＲＮＡ、１８Ｓ ｒＲＮＡ、５．８Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡなどが挙げられる。
前記１２Ｓ ｒＲＮＡは、細胞小器官であるリボソームが有するサブユニットのひとつである１２Ｓサブユニットが有するＲＮＡである。
前記ｒＤＮＡは、リボソームＲＮＡ遺伝子である。
前記ｒＤＮＡは、前記ｒＲＮＡをコードしているＤＮＡを意味する。
また、本明細書において、「ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれか」とは、以下の態様を意味している。
（１－１）ｒＲＮＡの全長の塩基配列
（１－２）ｒＲＮＡの一部の塩基配列
（１－３）ｒＲＮＡの全長の塩基配列、及びｒＲＮＡの一部の塩基配列の両方
（２－１）ｒＤＮＡの全長の塩基配列
（２－２）ｒＤＮＡの一部の塩基配列
（２－３）ｒＤＮＡの全長の塩基配列、及びｒＤＮＡの一部の塩基配列の両方
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、細胞が有するｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの塩基配列である。
前記ｒＲＮＡは、リボソームＲＮＡである。
前記ｒＲＮＡとしては、例えば、細菌においては、その大きさによって、２３Ｓ ｒＲＮＡ、１６Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡなどが挙げられる。真核生物においては、その大きさによって、２８Ｓ ｒＲＮＡ、１８Ｓ ｒＲＮＡ、５．８Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮＡなどが挙げられる。
前記１２Ｓ ｒＲＮＡは、細胞小器官であるリボソームが有するサブユニットのひとつである１２Ｓサブユニットが有するＲＮＡである。
前記ｒＤＮＡは、リボソームＲＮＡ遺伝子である。
前記ｒＤＮＡは、前記ｒＲＮＡをコードしているＤＮＡを意味する。
また、本明細書において、「ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれか」とは、以下の態様を意味している。
（１－１）ｒＲＮＡの全長の塩基配列
（１－２）ｒＲＮＡの一部の塩基配列
（１－３）ｒＲＮＡの全長の塩基配列、及びｒＲＮＡの一部の塩基配列の両方
（２－１）ｒＤＮＡの全長の塩基配列
（２－２）ｒＤＮＡの一部の塩基配列
（２－３）ｒＤＮＡの全長の塩基配列、及びｒＤＮＡの一部の塩基配列の両方
【0016】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、特に制限はなく、例えば、ブタの組織から採取された細胞から抽出した１２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を組み込んだ核酸、人工的に合成した１２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を組み込んだ核酸、ウナギの組織から採取された細胞から抽出した１６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列、人工的に合成した１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を組み込んだ核酸、各種細菌の１６Ｓ ｒＲＮＡなどが挙げられる。
【0017】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、プラス鎖の一本鎖ＲＮＡからなる核酸を有する。前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、修飾又は変異されていてもよい。
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、ウェル内で剥き出しの状態でもよいし、担体に担持された状態でもよいが、担体に担持された状態が好ましい。
前記担体としては、核酸を担持することができれば、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞、リポソーム、マイクロカプセル、ファージ、ウイルスなどが挙げられる。これらの中でも、細胞が好ましい。
前記細胞自身の核酸の中に、組織から抽出した塩基配列の一部をＲＮＡ、及びＤＮＡとして遺伝子導入した後、１担体中に１核酸（コピー数）を有することから、遺伝子導入した前記担体の数を測定することにより、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列の存在数を求めることができる。
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、ウェル内で剥き出しの状態でもよいし、担体に担持された状態でもよいが、担体に担持された状態が好ましい。
前記担体としては、核酸を担持することができれば、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞、リポソーム、マイクロカプセル、ファージ、ウイルスなどが挙げられる。これらの中でも、細胞が好ましい。
前記細胞自身の核酸の中に、組織から抽出した塩基配列の一部をＲＮＡ、及びＤＮＡとして遺伝子導入した後、１担体中に１核酸（コピー数）を有することから、遺伝子導入した前記担体の数を測定することにより、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列の存在数を求めることができる。
【0018】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ブタやウナギの検出、品種判別を目的とする場合には、ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡ、ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡなどが挙げられる。
前記ブタとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
ウナギとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ニホンウナギなどが挙げられる。
前記ブタ １２Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列としては、例えば、配列番号１などが挙げられる。
前記ウナギ １６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列としては、例えば、配列番号５などが挙げられる。
また、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列において、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の全長が５０塩基以上であることが好ましい。
前記ブタとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
ウナギとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ニホンウナギなどが挙げられる。
前記ブタ １２Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列としては、例えば、配列番号１などが挙げられる。
前記ウナギ １６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列としては、例えば、配列番号５などが挙げられる。
また、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の塩基配列において、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の全長が５０塩基以上であることが好ましい。
【0019】
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号１の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含むことが好ましい。
又は、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号５の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含むことが好ましい。
又は、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号５の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含むことが好ましい。
【0020】
前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号１の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙとを含むことが好ましい。
又は、前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ及びｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号５の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含むことが好ましい。
又は、前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ及びｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸としては、配列番号５の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含むことが好ましい。
【0021】
前記配列番号１の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
【0022】
前記塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｙの順序としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、５’末端側から前記塩基配列Ｘの後に、前記塩基配列Ｙを有してもよいし、５’末端側から前記塩基配列Ｙの後に、前記塩基配列Ｘを有してもよい。
【0023】
前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として配列番号２及び３のプライマー、配列番号４のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、ＬＡＭＰ反応用として、配列番号９、１０、１１、１２、１３、及び１４のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有することが好ましい。
又は、前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として配列番号６及び７のプライマー、配列番号８のプローブ、及び増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、ＬＡＭＰ反応用として、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、及び２０のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有することが好ましい。
また、前記ウナギが二ホンウナギである場合、前記ニホンウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として配列番号２１及び２２のプライマー、配列番号２３のプローブ、及び増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、ＬＡＭＰ反応用として、配列番号２４、２５、２６、２７、２８、及び２９のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有することが好ましい。
前記ＬＡＭＰとは、遺伝子増幅法の一つであり、Ｌｏｏｐ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎの略称である。ＰＣＲが２種類のプライマーで増幅可能であるのに対し、６種の領域を使った４種類のプライマーを必要とすることと、ＰＣＲがｄｅｎａｔｕｒｅ， ａｎｎｅａｌｉｎｇ， ｅｘｔｅｎｓｉｏｎの３段階の温度変化を必要とするのに対し、６０℃～６５℃付近の一定の温度で反応が進むことが特徴である。前記ＬＡＭＰは、５’→３’ＤＮＡポリメラーゼ活性と鎖置換活性を有する酵素を用いて、プライマー自身の配列を鋳型して起こる連続的なＤＮＡ伸長起こすことで、短時間に爆発的な増幅反応を可能にした遺伝子増幅法である。
又は、前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として配列番号６及び７のプライマー、配列番号８のプローブ、及び増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、ＬＡＭＰ反応用として、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、及び２０のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有することが好ましい。
また、前記ウナギが二ホンウナギである場合、前記ニホンウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、ＰＣＲ反応用として配列番号２１及び２２のプライマー、配列番号２３のプローブ、及び増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、ＬＡＭＰ反応用として、配列番号２４、２５、２６、２７、２８、及び２９のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有することが好ましい。
前記ＬＡＭＰとは、遺伝子増幅法の一つであり、Ｌｏｏｐ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎの略称である。ＰＣＲが２種類のプライマーで増幅可能であるのに対し、６種の領域を使った４種類のプライマーを必要とすることと、ＰＣＲがｄｅｎａｔｕｒｅ， ａｎｎｅａｌｉｎｇ， ｅｘｔｅｎｓｉｏｎの３段階の温度変化を必要とするのに対し、６０℃～６５℃付近の一定の温度で反応が進むことが特徴である。前記ＬＡＭＰは、５’→３’ＤＮＡポリメラーゼ活性と鎖置換活性を有する酵素を用いて、プライマー自身の配列を鋳型して起こる連続的なＤＮＡ伸長起こすことで、短時間に爆発的な増幅反応を可能にした遺伝子増幅法である。
【0024】
遺伝子導入により導入されたｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、１細胞に１コピー（１分子数）のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が導入されていることを確認することが好ましい。なお、ここでｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸（特定の塩基配列）のコピー数とその配列を有する核酸の分子数が一致する場合には、「コピー数」と「分子数」は対応付けられる場合もある。
１コピー（１分子数）のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が導入されていることの確認方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、シーケンサー、ＰＣＲ法、サザンブロット法などを用いて確認することができる。
遺伝子導入により導入されるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数は、１種類であってもよいし、２種類以上であってもよい。なお、遺伝子導入により導入される核酸の数が１種類の場合にも、目的に応じてタンデムに同様の塩基配列を導入してもよい。
１コピー（１分子数）のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が導入されていることの確認方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、シーケンサー、ＰＣＲ法、サザンブロット法などを用いて確認することができる。
遺伝子導入により導入されるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数は、１種類であってもよいし、２種類以上であってもよい。なお、遺伝子導入により導入される核酸の数が１種類の場合にも、目的に応じてタンデムに同様の塩基配列を導入してもよい。
【0025】
前記遺伝子導入の方法としては、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が狙いの場所に狙いのコピー数導入できれば特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、相同組換え、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃｐｆ１、ＴＡＬＥＮ、Ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ、Ｆｌｉｐ－ｉｎ、Ｊｕｍｐ－ｉｎなどが挙げられる。これらの中でも、前記担体が酵母菌の場合は、遺伝子導入の効率の高さ、及び制御のしやすさの点から、相同組換えが好ましい。
【0026】
前記デバイスは、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの数が２以上であり、一の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の特定コピー数と、他の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の特定コピー数とが異なることが好ましい。
【0027】
本発明のデバイスは、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を配するウェル以外に検査対象の試料を配するウェルを有する。また、検査対象の試料が配されるウェルには、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を所定量充填してもよい。ここで、所定量とは、十分に検出可能な量であるとよい。増幅可能な試薬が増幅されれば、増幅可能な試薬が配されているウェルにおいて、増幅反応が成功していると認められる。そのため、その増幅可能な試薬と同じウェルにおける検査対象の試料の増幅結果の信頼性がより担保される。
【0028】
前記増幅可能な試薬としては、核酸が好ましい。前記核酸が細胞の核酸中に組み込まれていることが好ましい。
以下、本発明のデバイスで用いられる、増幅可能な試薬である「核酸」、及び担体としての「細胞」について、以下詳しく説明する。
以下、本発明のデバイスで用いられる、増幅可能な試薬である「核酸」、及び担体としての「細胞」について、以下詳しく説明する。
【0029】
－核酸－
前記核酸とは、プリン又はピリミジンから導かれる含窒素塩基、糖、及びリン酸が規則的に結合した高分子の有機化合物を意味し、核酸の断片、あるいはこれら核酸又はその断片のアナログなども含まれる。
前記核酸としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどが挙げられる。
前記核酸とは、プリン又はピリミジンから導かれる含窒素塩基、糖、及びリン酸が規則的に結合した高分子の有機化合物を意味し、核酸の断片、あるいはこれら核酸又はその断片のアナログなども含まれる。
前記核酸としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどが挙げられる。
【0030】
前記核酸又は核酸断片としては、生物から得られる天然物又はそれらの加工物であってもよく、また、遺伝子組換技術を利用して製造されたもの、化学的に合成された人工合成核酸分子などでもよい。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。前記人工合成核酸分子とすることにより、不純物が少なくなり、低分子化することが可能となるため、初期反応効率を向上させることができる。
なお、前記人工合成核酸分子としては、天然に存在するＤＮＡ又はＲＮＡと同様の構成成分（塩基、デオキシリボース、リン酸）からなる核酸を人工的に合成した核酸を意味する。人工合成核酸としては、例えば、タンパク質をコードする塩基配列を有する核酸に限らず、任意の塩基配列を有する核酸を含む。
なお、前記人工合成核酸分子としては、天然に存在するＤＮＡ又はＲＮＡと同様の構成成分（塩基、デオキシリボース、リン酸）からなる核酸を人工的に合成した核酸を意味する。人工合成核酸としては、例えば、タンパク質をコードする塩基配列を有する核酸に限らず、任意の塩基配列を有する核酸を含む。
【0031】
前記核酸の形態としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、二本鎖核酸、一本鎖核酸、部分的に二本鎖又は一本鎖核酸などが挙げられ、環状又は直鎖状のプラスミドも使用することができる。
また、前記核酸は修飾又は変異されていてもよい。
また、前記核酸は修飾又は変異されていてもよい。
【0032】
前記核酸は、特定の塩基配列を有することが好ましい。特定とは、特に定められていることを意味する。
前記特定の塩基配列としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、感染症検査に用いられる塩基配列、自然界には存在しない非天然の塩基配列、動物細胞由来の塩基配列、植物細胞由来の塩基配列、真菌の細胞由来の塩基配列、細菌由来の塩基配列、ウイルス由来の塩基配列などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
前記非天然の塩基配列を用いる場合、ＧＣ含有率が特定の塩基配列の３０％以上７０％以下であることが好ましく、ＧＣ含量が一定であることが好ましい（例えば、配列番号１など参照）。
前記特定の塩基配列の塩基長としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、２０塩基対（又はｍｅｒ）以上１０，０００塩基対（又はｍｅｒ）以下の塩基長などが挙げられる。
前記感染症検査に用いられる塩基配列を用いる場合、その感染症特有の塩基配列を含んでいれば、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、公定法や通知法で指定されている塩基配列を含んでいることが好ましい（例えば、配列番号２及び３など参照）。
前記特定の塩基配列としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、感染症検査に用いられる塩基配列、自然界には存在しない非天然の塩基配列、動物細胞由来の塩基配列、植物細胞由来の塩基配列、真菌の細胞由来の塩基配列、細菌由来の塩基配列、ウイルス由来の塩基配列などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
前記非天然の塩基配列を用いる場合、ＧＣ含有率が特定の塩基配列の３０％以上７０％以下であることが好ましく、ＧＣ含量が一定であることが好ましい（例えば、配列番号１など参照）。
前記特定の塩基配列の塩基長としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、２０塩基対（又はｍｅｒ）以上１０，０００塩基対（又はｍｅｒ）以下の塩基長などが挙げられる。
前記感染症検査に用いられる塩基配列を用いる場合、その感染症特有の塩基配列を含んでいれば、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、公定法や通知法で指定されている塩基配列を含んでいることが好ましい（例えば、配列番号２及び３など参照）。
【0033】
前記核酸としては、使用する細胞由来の核酸であってもよく、遺伝子導入により導入された核酸であってもよい。核酸として、遺伝子導入により導入された核酸、及びプラスミドを使用する場合は、１細胞に１コピー数の核酸が導入されていることを確認することが好ましい。１コピー数の核酸が導入されていることの確認方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、シーケンサー、ＰＣＲ法、サザンブロット法などを用いて確認することができる。
【0034】
前記遺伝子導入により導入される特定の塩基配列を有する核酸の種類は、１種類であってもよいし、２種類以上であってもよい。なお、遺伝子導入により導入される核酸の数が１種類の場合にも、目的に応じてタンデムに同様の塩基配列を導入してもよい。
【0035】
前記遺伝子導入の方法としては、特定の核酸配列が狙いの場所に狙いのコピー数導入できれば特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、相同組換え、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃｐｆ１、ＴＡＬＥＮ、Ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ、Ｆｌｉｐ－ｉｎ、Ｊｕｍｐ－ｉｎなどが挙げられる。これらの中でも、酵母菌の場合は、効率の高さ、及び制御のしやすさの点から、相同組換えが好ましい。
【0036】
－担体－
前記増幅可能な試薬は、担体に担持された状態で扱われることが好ましい。なお、増幅可能な試薬が核酸である場合には、核酸が粒子形状をした担体(担体粒子）に担持（より好ましくは内包）されている態様などが好ましい。
前記担体としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞、樹脂、ファージ、ウイルス、リポソーム、マイクロカプセルなどが挙げられる。
前記増幅可能な試薬は、担体に担持された状態で扱われることが好ましい。なお、増幅可能な試薬が核酸である場合には、核酸が粒子形状をした担体(担体粒子）に担持（より好ましくは内包）されている態様などが好ましい。
前記担体としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞、樹脂、ファージ、ウイルス、リポソーム、マイクロカプセルなどが挙げられる。
【0037】
－細胞－
前記細胞は、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を有し、生物体を形成する構造的及び機能的単位を意味する。
前記細胞としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、真核細胞、原核細胞、多細胞生物細胞、単細胞生物細胞を問わず、すべての細胞について使用することができる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
前記細胞は、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を有し、生物体を形成する構造的及び機能的単位を意味する。
前記細胞としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、真核細胞、原核細胞、多細胞生物細胞、単細胞生物細胞を問わず、すべての細胞について使用することができる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
【0038】
前記真核細胞としては、特に制限はなく、目的応じて適宜選択することができ、例えば、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、真菌、藻類、原生動物などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、動物細胞、真菌が好ましい。
【0039】
前記接着性細胞としては、組織や器官から直接採取した初代細胞でもよく、組織や器官から直接採取した初代細胞を何代か継代させたものでもよく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、分化した細胞、未分化の細胞などが挙げられる。
【0040】
前記分化した細胞としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、肝臓の実質細胞である肝細胞；星細胞；クッパー細胞；血管内皮細胞；類道内皮細胞、角膜内皮細胞等の内皮細胞；繊維芽細胞；骨芽細胞；砕骨細胞；歯根膜由来細胞；表皮角化細胞等の表皮細胞；気管上皮細胞；消化管上皮細胞；子宮頸部上皮細胞；角膜上皮細胞等の上皮細胞；乳腺細胞；ペリサイト；平滑筋細胞、心筋細胞等の筋細胞；腎細胞；膵ランゲルハンス島細胞；末梢神経細胞、視神経細胞等の神経細胞；軟骨細胞；骨細胞などが挙げられる。
【0041】
前記未分化の細胞としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、未分化細胞である胚性幹細胞、多分化能を有する間葉系幹細胞等の多能性幹細胞；単分化能を有する血管内皮前駆細胞等の単能性幹細胞；ｉＰＳ細胞などが挙げられる。
【0042】
前記真菌としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、カビ、酵母菌などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、細胞周期を調節することができ、１倍体を使用することができる点から、酵母菌が好ましい。
前記細胞周期とは、細胞が増えるとき、細胞分裂が生じ、細胞分裂で生じた細胞（娘細胞）が再び細胞分裂を行う細胞（母細胞）となって新しい娘細胞を生み出す過程を意味する。
前記細胞周期とは、細胞が増えるとき、細胞分裂が生じ、細胞分裂で生じた細胞（娘細胞）が再び細胞分裂を行う細胞（母細胞）となって新しい娘細胞を生み出す過程を意味する。
【0043】
前記酵母菌としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞周期をＧ１期に制御するフェロモン（性ホルモン）の感受性が増加したＢａｒ－１欠損酵母が好ましい。酵母菌がＢａｒ－１欠損酵母であると、細胞周期が制御できていない酵母菌の存在比率を低くすることができるため、ウェル内に収容された細胞の特定の核酸の数の増加等を防ぐことができる。
【0044】
前記原核細胞としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、真正細菌、古細菌などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
【0045】
前記細胞としては、死細胞が好ましい。前記細胞が死細胞であると、分取後に細胞分裂が起こることを防ぐことができる。
前記細胞としては、光を受光したときに発光可能な細胞であることが好ましい。光を受光したときに発光可能な前記細胞であると、細胞の数を高精度に制御してウェル内に着弾させることができる。
前記受光とは、光を受けることを意味する。
前記光学センサとは、人間の目で見ることができる可視光線と、それより波長の長い近赤外線や短波長赤外線、熱赤外線領域までの光のいずれかの光をレンズで集め、対象物である細胞の形状などを画像データとして取得する受動型センサを意味する。
前記細胞としては、光を受光したときに発光可能な細胞であることが好ましい。光を受光したときに発光可能な前記細胞であると、細胞の数を高精度に制御してウェル内に着弾させることができる。
前記受光とは、光を受けることを意味する。
前記光学センサとは、人間の目で見ることができる可視光線と、それより波長の長い近赤外線や短波長赤外線、熱赤外線領域までの光のいずれかの光をレンズで集め、対象物である細胞の形状などを画像データとして取得する受動型センサを意味する。
【0046】
－－光を受光したときに発光可能な細胞－－
光を受光したときに発光可能な前記細胞としては、光を受光したときに発光可能であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、蛍光色素によって染色された細胞、蛍光タンパク質を発現した細胞、蛍光標識抗体により標識された細胞などが挙げられる。
前記細胞における蛍光色素による染色部位、蛍光タンパク質の発現部位、又は蛍光標識抗体による標識部位としては、特に制限はなく、細胞全体、細胞核、細胞膜などが挙げられる。
光を受光したときに発光可能な前記細胞としては、光を受光したときに発光可能であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、蛍光色素によって染色された細胞、蛍光タンパク質を発現した細胞、蛍光標識抗体により標識された細胞などが挙げられる。
前記細胞における蛍光色素による染色部位、蛍光タンパク質の発現部位、又は蛍光標識抗体による標識部位としては、特に制限はなく、細胞全体、細胞核、細胞膜などが挙げられる。
【0047】
－－蛍光色素－－
前記蛍光色素としては、例えば、フルオレセイン類、アゾ類、ローダミン類、クマリン類、ピレン類、シアニン類などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、フルオレセイン類、アゾ類、ローダミン類が好ましく、エオシン、エバンスブルー、トリパンブルー、ローダミン６Ｇ、ローダミンＢ、ローダミン１２３がより好ましい。
前記蛍光色素としては、例えば、フルオレセイン類、アゾ類、ローダミン類、クマリン類、ピレン類、シアニン類などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、フルオレセイン類、アゾ類、ローダミン類が好ましく、エオシン、エバンスブルー、トリパンブルー、ローダミン６Ｇ、ローダミンＢ、ローダミン１２３がより好ましい。
【0048】
前記蛍光色素としては、市販品を用いることができ、市販品としては、例えば、商品名：ＥｏｓｉｎＹ（和光純薬工業株式会社製）、商品名：エバンスブルー（和光純薬工業株式会社製）、商品名：トリパンブルー（和光純薬工業株式会社製）、商品名：ローダミン６Ｇ（和光純薬工業株式会社製）、商品名：ローダミンＢ（和光純薬工業株式会社製）、商品名：ローダミン１２３（和光純薬工業株式会社製）などが挙げられる。
【0049】
－－蛍光タンパク質－－
前記蛍光タンパク質としては、例えば、Ｓｉｒｉｕｓ、ＥＢＦＰ、ＥＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ、ｍＴＦＰ１、ＭｉｄｏｒｉｉｓｈｉＣｙａｎ、ＣＦＰ、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＡｃＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、Ａｚａｍｉ－Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ、ＥｍＧＦＰ、ＥＧＦＰ、ＧＦＰ２、ＨｙＰｅｒ、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ－ｍ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ、ｍＢａｎａｎａ、ＫｕｓａｂｉｒａＯｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｍｏｎｏｍｅｒ、ＡｓＲｅｄ２、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ｍＲＦＰ１、ＪＲｅｄ、ＫｉｌｌｅｒＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＰｌｕｍ、ＰＳ－ＣＦＰ、Ｄｅｎｄｒａ２、Ｋａｅｄｅ、ＥｏｓＦＰ、ＫｉｋｕｍｅＧＲなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
前記蛍光タンパク質としては、例えば、Ｓｉｒｉｕｓ、ＥＢＦＰ、ＥＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ、ｍＴＦＰ１、ＭｉｄｏｒｉｉｓｈｉＣｙａｎ、ＣＦＰ、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＡｃＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、Ａｚａｍｉ－Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ、ＥｍＧＦＰ、ＥＧＦＰ、ＧＦＰ２、ＨｙＰｅｒ、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ－ｍ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ、ｍＢａｎａｎａ、ＫｕｓａｂｉｒａＯｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｍｏｎｏｍｅｒ、ＡｓＲｅｄ２、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ｍＲＦＰ１、ＪＲｅｄ、ＫｉｌｌｅｒＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＰｌｕｍ、ＰＳ－ＣＦＰ、Ｄｅｎｄｒａ２、Ｋａｅｄｅ、ＥｏｓＦＰ、ＫｉｋｕｍｅＧＲなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
【0050】
－－蛍光標識抗体－－
前記蛍光標識抗体としては、蛍光標識されていれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＣＤ４－ＦＩＴＣ、ＣＤ８－ＰＥなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
前記蛍光標識抗体としては、蛍光標識されていれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＣＤ４－ＦＩＴＣ、ＣＤ８－ＰＥなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
【0051】
前記細胞の体積平均粒径としては、遊離状態において、３０μｍ以下が好ましく、１０μｍ以下がより好ましく、７μｍ以下が特に好ましい。体積平均粒径が、３０μｍ以下であれば、インクジェット法やセルソーターなどの液滴吐出手段に好適に用いることができる。
【0052】
前記細胞の体積平均粒径としては、例えば、下記の測定方法で測定することができる。
作製した染色済み酵母分散液から１０μＬ取り出してＰＭＭＡ製プラスチックスライドに載せ、自動セルカウンター（商品名：Ｃｏｕｎｔｅｓｓ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｃｅｌｌ Ｃｏｕｎｔｅｒ、ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用いることにより体積平均粒径を測定することができる。なお、細胞数も同様の測定方法により求めることができる。
作製した染色済み酵母分散液から１０μＬ取り出してＰＭＭＡ製プラスチックスライドに載せ、自動セルカウンター（商品名：Ｃｏｕｎｔｅｓｓ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｃｅｌｌ Ｃｏｕｎｔｅｒ、ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用いることにより体積平均粒径を測定することができる。なお、細胞数も同様の測定方法により求めることができる。
【0053】
前記細胞懸濁液における細胞の濃度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、５×１０４個／ｍＬ以上５×１０８個／ｍＬ以下が好ましく、５×１０４個／ｍＬ以上５×１０７個／ｍＬ以下がより好ましい。細胞数が、５×１０４個／ｍＬ以上５×１０８個／ｍＬ以下であると、吐出した液滴中に細胞を確実に含むことができる。細胞数としては、体積平均粒径の測定方法と同様にして、自動セルカウンター（商品名：Ｃｏｕｎｔｅｓｓ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｃｅｌｌ Ｃｏｕｎｔｅｒ、ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用いて測定することができる。
【0054】
前記核酸を有する細胞の細胞数は、複数であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
【0055】
－樹脂－
前記樹脂としては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を担持することができれば、その材質、形状、大きさ、構造については特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記樹脂としては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を担持することができれば、その材質、形状、大きさ、構造については特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
【0056】
－リポソーム－
前記リポソームとは、脂質分子を含む脂質二重層から形成される脂質小胞体であり、具体的には、脂質分子の疎水性基と親水性基の極性に基づいて生じる脂質二重層により外界から隔てられた空間を有する閉鎖された脂質を含む小胞体を意味する。
前記リポソームは、脂質を用いた脂質二重膜で形成される閉鎖小胞体であり、その閉鎖小胞の空間内に水相（内水相）を有する。内水相には、水等が含まれる。リポソームはシングルラメラ（単層ラメラ、ユニラメラ、二重層膜が一重）であっても、多層ラメラ（マルチラメラ、タマネギ状の構造をした多数の二重層膜で、個々の層は水様の層で仕切られている）であってもよい。
前記リポソームとしては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することのできるリポソームが好ましく、その形態は特に限定されない。「内包」とは、前記リポソームに対して核酸が内水相および膜自体に含まれる形態をとることを意味する。例えば、膜で形成された閉鎖空間内に核酸を封入する形態、膜自体に内包する形態などが挙げられ、これらの組合せでもよい。
前記リポソームの大きさ（平均粒子径）は、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができれば特に限定されないが、球状又はそれに近い形態をとることが好ましい。
前記リポソームの脂質二重層を構成する成分（膜成分）は、脂質から選ばれる。脂質として、水溶性有機溶媒及びエステル系有機溶媒の混合溶媒に溶解するものであれば任意に使用することができる。脂質として、具体的には、リン脂質、リン脂質以外の脂質、コレステロール類及びそれらの誘導体等が挙げられる。これらの成分は、単一種又は複数種の成分から構成されてよい。
前記リポソームとは、脂質分子を含む脂質二重層から形成される脂質小胞体であり、具体的には、脂質分子の疎水性基と親水性基の極性に基づいて生じる脂質二重層により外界から隔てられた空間を有する閉鎖された脂質を含む小胞体を意味する。
前記リポソームは、脂質を用いた脂質二重膜で形成される閉鎖小胞体であり、その閉鎖小胞の空間内に水相（内水相）を有する。内水相には、水等が含まれる。リポソームはシングルラメラ（単層ラメラ、ユニラメラ、二重層膜が一重）であっても、多層ラメラ（マルチラメラ、タマネギ状の構造をした多数の二重層膜で、個々の層は水様の層で仕切られている）であってもよい。
前記リポソームとしては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することのできるリポソームが好ましく、その形態は特に限定されない。「内包」とは、前記リポソームに対して核酸が内水相および膜自体に含まれる形態をとることを意味する。例えば、膜で形成された閉鎖空間内に核酸を封入する形態、膜自体に内包する形態などが挙げられ、これらの組合せでもよい。
前記リポソームの大きさ（平均粒子径）は、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができれば特に限定されないが、球状又はそれに近い形態をとることが好ましい。
前記リポソームの脂質二重層を構成する成分（膜成分）は、脂質から選ばれる。脂質として、水溶性有機溶媒及びエステル系有機溶媒の混合溶媒に溶解するものであれば任意に使用することができる。脂質として、具体的には、リン脂質、リン脂質以外の脂質、コレステロール類及びそれらの誘導体等が挙げられる。これらの成分は、単一種又は複数種の成分から構成されてよい。
【0057】
－マイクロカプセル－
前記マイクロカプセルとは、壁材と中空構造とを有する微小な粒体を意味し、中空構造に増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができる。
前記マイクロカプセルとしては、特に制限はなく、適宜目的に応じて、壁材、大きさ等を選択することができる。
前記マイクロカプセルの壁材としては、例えば、ポリウレタン樹脂、ポリ尿素、ポリ尿素－ポリウレタン樹脂、尿素－ホルムアルデヒド樹脂、メラミン－ホルムアルデヒド樹脂、ポリアミド、ポリエステル、ポリスルホンアミド、ポリカーボネート、ポリスルフィネート、エポキシリ、アクリル酸エステル、メタクリル酸エステル、酢酸ビニル、ゼラチンなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
前記マイクロカプセルの大きさとしては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記マイクロカプセルの製造方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ｉｎ－ｓｉｔｕ法、界面重合法、コアセルベーション法などが挙げられる。
前記マイクロカプセルとは、壁材と中空構造とを有する微小な粒体を意味し、中空構造に増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができる。
前記マイクロカプセルとしては、特に制限はなく、適宜目的に応じて、壁材、大きさ等を選択することができる。
前記マイクロカプセルの壁材としては、例えば、ポリウレタン樹脂、ポリ尿素、ポリ尿素－ポリウレタン樹脂、尿素－ホルムアルデヒド樹脂、メラミン－ホルムアルデヒド樹脂、ポリアミド、ポリエステル、ポリスルホンアミド、ポリカーボネート、ポリスルフィネート、エポキシリ、アクリル酸エステル、メタクリル酸エステル、酢酸ビニル、ゼラチンなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
前記マイクロカプセルの大きさとしては、増幅可能な試薬（例えば、核酸）を内包することができれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記マイクロカプセルの製造方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ｉｎ－ｓｉｔｕ法、界面重合法、コアセルベーション法などが挙げられる。
【0058】
本発明のデバイスは、少なくとも１つのウェルを有し、基材、識別手段を有することが好ましく、更に必要に応じてその他の部材を有する。
本発明では、プレートには、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を充填するウェル以外にも、前記検査対象の試料を充填するウェル（この試料を充填するウェルには、上述したように増幅可能な試薬を充填してもよい）を配してもよく、以下では、これらウェル全般について説明する。
本発明では、プレートには、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を充填するウェル以外にも、前記検査対象の試料を充填するウェル（この試料を充填するウェルには、上述したように増幅可能な試薬を充填してもよい）を配してもよく、以下では、これらウェル全般について説明する。
【0059】
＜ウェル＞
前記ウェルは、その形状、数、容積、材質、色などについては特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記ウェルの形状としては、核酸などを配することができれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、平底、丸底、Ｕ底、Ｖ底等の凹部、基板上の区画などが挙げられる。
前記ウェルの数は、少なくとも１つであり、２以上の複数であることが好ましく、５以上がより好ましく、５０以上が更に好ましい。
前記ウェルの数が１つであるものとしては、例えば、ＰＣＲチューブなどが挙げられる。
前記ウェルの数が２以上であるものとしては、例えば、マルチウェルプレートが好適に用いられる。
前記マルチウェルプレートとしては、例えば、２４、４８、９６、３８４、又は１,５３６のウェルプレートが挙げられる。
前記ウェルの容積としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、一般的な核酸検査装置に用いられる試料量を考慮すると、１０μＬ以上１，０００μＬ以下が好ましい。
前記ウェルの材質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ふっ素樹脂、アクリル樹脂、ポリカーボネート、ポリウレタン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレンテレフタレートなどが挙げられる。
前記ウェルの色としては、例えば、透明、半透明、着色、完全遮光などが挙げられる。
前記ウェルの濡れ性としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、撥水性であることが好ましい。ウェルの濡れ性が、撥水性であると、ウェル内壁へのｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の吸着を低減化できる。また、ウェルの濡れ性が、撥水性であると、ウェル内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬を溶液状態で移動することができる。
前記ウェル内壁の撥水化の方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ふっ素系樹脂被膜を形成する方法、ふっ素プラズマ処理、エンボス加工が挙げられる。特に、接触角が１００°以上となる撥水化処理を施すことで、液体の取りこぼしによるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の減少及び不確かさ（又は変動係数）の増大を抑えることができる。
前記ウェルは、その形状、数、容積、材質、色などについては特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記ウェルの形状としては、核酸などを配することができれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、平底、丸底、Ｕ底、Ｖ底等の凹部、基板上の区画などが挙げられる。
前記ウェルの数は、少なくとも１つであり、２以上の複数であることが好ましく、５以上がより好ましく、５０以上が更に好ましい。
前記ウェルの数が１つであるものとしては、例えば、ＰＣＲチューブなどが挙げられる。
前記ウェルの数が２以上であるものとしては、例えば、マルチウェルプレートが好適に用いられる。
前記マルチウェルプレートとしては、例えば、２４、４８、９６、３８４、又は１,５３６のウェルプレートが挙げられる。
前記ウェルの容積としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、一般的な核酸検査装置に用いられる試料量を考慮すると、１０μＬ以上１，０００μＬ以下が好ましい。
前記ウェルの材質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ふっ素樹脂、アクリル樹脂、ポリカーボネート、ポリウレタン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレンテレフタレートなどが挙げられる。
前記ウェルの色としては、例えば、透明、半透明、着色、完全遮光などが挙げられる。
前記ウェルの濡れ性としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、撥水性であることが好ましい。ウェルの濡れ性が、撥水性であると、ウェル内壁へのｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の吸着を低減化できる。また、ウェルの濡れ性が、撥水性であると、ウェル内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬を溶液状態で移動することができる。
前記ウェル内壁の撥水化の方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ふっ素系樹脂被膜を形成する方法、ふっ素プラズマ処理、エンボス加工が挙げられる。特に、接触角が１００°以上となる撥水化処理を施すことで、液体の取りこぼしによるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の減少及び不確かさ（又は変動係数）の増大を抑えることができる。
【0060】
＜基材＞
デバイスは、ウェルが基材に設けられたプレート状のものが好ましいが、８連チューブ等の連結タイプのウェルチューブであってもよい。
前記基材としては、その材質、形状、大きさ、構造などについて特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記基材の材質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、半導体、セラミックス、金属、ガラス、石英ガラス、プラスチックスなどが挙げられる。これらの中でも、プラスチックスが好ましい。
前記プラスチックスとしては、例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ふっ素樹脂、アクリル樹脂、ポリカーボネート、ポリウレタン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレンテレフタレートなどが挙げられる。
前記基材の形状としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、板状、プレート状などが好ましい。
前記基材の構造としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、単層構造であっても複数層構造であっても構わない。
デバイスは、ウェルが基材に設けられたプレート状のものが好ましいが、８連チューブ等の連結タイプのウェルチューブであってもよい。
前記基材としては、その材質、形状、大きさ、構造などについて特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記基材の材質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、半導体、セラミックス、金属、ガラス、石英ガラス、プラスチックスなどが挙げられる。これらの中でも、プラスチックスが好ましい。
前記プラスチックスとしては、例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ふっ素樹脂、アクリル樹脂、ポリカーボネート、ポリウレタン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレンテレフタレートなどが挙げられる。
前記基材の形状としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、板状、プレート状などが好ましい。
前記基材の構造としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、単層構造であっても複数層構造であっても構わない。
【0061】
＜識別手段＞
デバイスは、前記ウェルにおける特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の変動係数ＣＶ値の情報、及び不確かさの情報を識別可能な識別手段を有することが好ましい。なお、ＣＶ値の情報、及び不確かさの情報についての詳しい説明は、後述する。
前記識別手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、メモリ、ＩＣチップ、バーコード、ＱＲコード（登録商標）、Ｒａｄｉｏ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ（以下、「ＲＦＩＤ」とも称することがある）、色分け、印刷などが挙げられる。
前記識別手段を設ける位置及び識別手段の数としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記識別手段に記憶させる情報としては、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸がウェルにおいて特定コピー数で存在している存在確率以外にも、例えば、分析結果（活性値、発光強度等）、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数（例えば、細胞の数）、細胞の生死、特定塩基配列のコピー数、複数のウェルのうちどのウェルに特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が充填されているのか、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の種類、測定日時、測定者の氏名などが挙げられる。
前記識別手段に記憶された情報は、各種読取手段を用いて読み取ることができ、例えば、識別手段がバーコードであれば読取手段としてバーコードリーダーが用いられる。
デバイスは、前記ウェルにおける特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の変動係数ＣＶ値の情報、及び不確かさの情報を識別可能な識別手段を有することが好ましい。なお、ＣＶ値の情報、及び不確かさの情報についての詳しい説明は、後述する。
前記識別手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、メモリ、ＩＣチップ、バーコード、ＱＲコード（登録商標）、Ｒａｄｉｏ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ（以下、「ＲＦＩＤ」とも称することがある）、色分け、印刷などが挙げられる。
前記識別手段を設ける位置及び識別手段の数としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
前記識別手段に記憶させる情報としては、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸がウェルにおいて特定コピー数で存在している存在確率以外にも、例えば、分析結果（活性値、発光強度等）、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数（例えば、細胞の数）、細胞の生死、特定塩基配列のコピー数、複数のウェルのうちどのウェルに特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が充填されているのか、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の種類、測定日時、測定者の氏名などが挙げられる。
前記識別手段に記憶された情報は、各種読取手段を用いて読み取ることができ、例えば、識別手段がバーコードであれば読取手段としてバーコードリーダーが用いられる。
【0062】
前記識別手段に情報を書き込む方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、手入力、ウェルに特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を分注する際に特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の個数を計数する液滴形成装置から直接データを書き込む方法、サーバに保存されているデータの転送、クラウドに保存されているデータの転送などが挙げられる。
【0063】
＜その他の部材＞
前記その他の部材としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、密閉部材などが挙げられる。
前記その他の部材としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、密閉部材などが挙げられる。
【0064】
－密閉部材－
前記デバイスは、ウェルへの異物混入は充填物の流出などを防ぐために、密閉部材を有することが好ましい。
前記密閉部材としては、少なくとも１つのウェルの開口部を密閉可能であり、１つ１つのウェルを個別に密閉乃至開封できるように、切り取り線により切り離し可能に構成することが好ましい。
前記密閉部材の形状としては、ウェル内壁径と一致するキャップ状、又はウェル開口部を被覆するフィルム状であることが好ましい。
前記密閉部材の材質としては、例えば、ポリオレフィン樹脂、ポリエステル樹脂、ポリスチレン樹脂、ポリアミド樹脂などが挙げられる。
前記密閉部材としては、全てのウェルを一度に密閉可能なフィルム状であることが好ましい。また、使用者の誤使用を低減化できるように再開封が必要なウェルと不必要なウェルとの接着強度が異なるように構成されていることが好ましい。
前記デバイスは、ウェルへの異物混入は充填物の流出などを防ぐために、密閉部材を有することが好ましい。
前記密閉部材としては、少なくとも１つのウェルの開口部を密閉可能であり、１つ１つのウェルを個別に密閉乃至開封できるように、切り取り線により切り離し可能に構成することが好ましい。
前記密閉部材の形状としては、ウェル内壁径と一致するキャップ状、又はウェル開口部を被覆するフィルム状であることが好ましい。
前記密閉部材の材質としては、例えば、ポリオレフィン樹脂、ポリエステル樹脂、ポリスチレン樹脂、ポリアミド樹脂などが挙げられる。
前記密閉部材としては、全てのウェルを一度に密閉可能なフィルム状であることが好ましい。また、使用者の誤使用を低減化できるように再開封が必要なウェルと不必要なウェルとの接着強度が異なるように構成されていることが好ましい。
【0065】
前記ウェルは、プライマー及び増幅試薬の少なくともいずれかを含むことが好ましい。
前記プライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ)において、鋳型ＤＮＡに特異的な１８塩基～３０塩基の相補的塩基配列を持つ合成オリゴヌクレオチドであり、増幅したい領域を挟むようにフォワードプライマーとリバースプライマーとの２か所（一対）設定される。
前記増幅試薬としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ)において、例えば、酵素としてＤＮＡポリメラーゼ、基質として４種の塩基（ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ）、Ｍｇ２＋（２ｍＭの塩化マグネシウム）、最適ｐＨ（ｐＨ７．５～９．５）を保持するバッファーなどが挙げられる。
前記プライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ)において、鋳型ＤＮＡに特異的な１８塩基～３０塩基の相補的塩基配列を持つ合成オリゴヌクレオチドであり、増幅したい領域を挟むようにフォワードプライマーとリバースプライマーとの２か所（一対）設定される。
前記増幅試薬としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ)において、例えば、酵素としてＤＮＡポリメラーゼ、基質として４種の塩基（ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ）、Ｍｇ２＋（２ｍＭの塩化マグネシウム）、最適ｐＨ（ｐＨ７．５～９．５）を保持するバッファーなどが挙げられる。
【0066】
前記ウェル内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬の状態は、特に限定はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、溶液又は固体のいずれかの状態であってもよい。使用性の観点からは、特に、溶液状態であることが好ましい。溶液状態であると、使用者はすぐに試験に用いることができる。輸送上の観点からは、特に、固体状態であることが好ましく、固体乾燥状態がより好ましい。固体乾燥状態であると、分解酵素等によるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の分解の反応速度を低減化することができ、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬の保存性を向上させることができる。
また、固体乾燥状態のデバイスの使用直前に、バッファーや水に溶解させることで、すぐに反応液として用いることができるよう、適正量のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬が充填されていることが望ましい。
前記ウェル内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬の乾燥方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、凍結乾燥、加熱乾燥、熱風乾燥、真空乾燥、蒸気乾燥、吸引乾燥、赤外線乾燥、バレル乾燥、スピン乾燥などが挙げられる。
また、固体乾燥状態のデバイスの使用直前に、バッファーや水に溶解させることで、すぐに反応液として用いることができるよう、適正量のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬が充填されていることが望ましい。
前記ウェル内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、プライマー、及び増幅試薬の乾燥方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、凍結乾燥、加熱乾燥、熱風乾燥、真空乾燥、蒸気乾燥、吸引乾燥、赤外線乾燥、バレル乾燥、スピン乾燥などが挙げられる。
【0067】
前記ウェルの変動係数は、ＣＶ値２０％以下であると好ましく、ＣＶ値１０％以下であるとより好ましい。
また、前記ウェルは、前記特定数及び前記特定数に基づく不確かさの情報を有しているとよい。
前記ＣＶ値、前記不確かさの情報について、以下説明する。
また、前記ウェルは、前記特定数及び前記特定数に基づく不確かさの情報を有しているとよい。
前記ＣＶ値、前記不確かさの情報について、以下説明する。
【0068】
核酸試料のような溶質分子は溶媒分子に溶解した状態において、熱運動によって溶媒分子中を運動している。その際の分子の分布状態は一般的にポアソン分布に従うとされる。このことは、規定濃度の溶液をいかなる精度で量り取り、容器に充填した場合でも、充填された溶液中の分子数は分布、つまり、ばらつき（変動係数）を有することを示している。
【0069】
ここで、変動係数とは、核酸（細胞、又は増幅可能な試薬の場合も同じ）を凹部に充填する際に生じる各凹部に充填される核酸数のばらつきの相対値を意味する。即ち、変動係数とは、凹部に充填した核酸の数の変動係数を意味する。変動係数とは、標準偏差σを平均値ｘで除した値である。ここで、標準偏差σを平均コピー数（平均充填コピー数）ｘで除した値を変動係数ＣＶとすると、下記式１の関係式になる。
【0070】
【数1】
【0071】
一般的に、核酸は分散液中でポアソン分布のランダムな分布状態を取っています。そのため、段階希釈法、即ち、ポアソン分布におけるランダムな分布状態では、標準偏差σは、平均コピー数ｘと下記式２の関係式を満たすとみなすことができる。これより、核酸の分散液を段階希釈法により希釈した場合、標準偏差σと平均コピー数ｘとから平均コピー数ｘの変動係数ＣＶ（ＣＶ値）を、上記式１及び式２から導出された下記式３を用いて求めると、表１及び図７に示すようになる。
【0072】
【数2】
【0073】
【数3】
【0074】
【表1】
【0075】
表１及び図７の結果から、例えば、ウェルに１００コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を段階希釈法により充填する場合には、最終的に反応溶液中に充填されるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数はその他の精度を無視しても、少なくとも１０％の変動係数（ＣＶ値）を持つことがわかる。
ここで、変動係数とは、標準偏差σを平均コピー数ｘで除した値であり、略称としてＣＶ値が用いられる。なお、ポアソン分布に基づくばらつきを持ったコピー数の変動係数ＣＶ値は、図７から求めることができる。
ここで、変動係数とは、標準偏差σを平均コピー数ｘで除した値であり、略称としてＣＶ値が用いられる。なお、ポアソン分布に基づくばらつきを持ったコピー数の変動係数ＣＶ値は、図７から求めることができる。
【0076】
また、前記ウェルは、ウェルにおけるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数について、特定コピー数に基づく不確かさの情報を有することが好ましい。
不確かさとは、「測定の結果に付随した、合理的に測定量に結びつけられ得る値のばらつきを特徴づけるパラメータ」とＩＳＯ／ＩＥＣ Ｇｕｉｄｅ９９：２００７［国際計量計測用語－基本及び一般概念並びに関連用語（ＶＩＭ）］に定義されている。ここで、「合理的に測定量に結びつけられ得る値」とは、測定量の真の値の候補を意味する。即ち、不確かさとは、測定対象の製造に係る操作、機器などに起因する測定結果のばらつきの情報を意味する。不確かさが大きいほど、測定結果として予想されるばらつきが大きくなる。
不確かさとしては、例えば、測定結果から得られる標準偏差であってもよく、真の値が所定の確率以上で含まれている値の幅として表す信頼水準の半分の値としてもよい。
不確かさを算出する方法としては、Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｕｎｃｅｒｔａｉｎｔｙ ｉｎ Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ（ＧＵＭ：ＩＳＯ／ＩＥＣ Ｇｕｉｄｅ９８－３）、及びＪａｐａｎ Ａｃｃｒｅｄｉｔａｔｉｏｎ Ｂｏａｒｄ Ｎｏｔｅ １０ 試験における測定の不確かさに関するガイドラインなどに基づき算出することができる。不確かさを算出する方法としては、例えば、測定値などの統計を用いたタイプＡ評価法と、校正証明書、製造者の仕様書、公表されている情報などから得られる不確かさの情報を用いたタイプＢ評価法の２つの方法を適用することができる
不確かさは、操作及び測定などの要因から得られる不確かさを全て標準不確かさに変換することにより、同じ信頼水準で表現することができる。標準不確かさとは、測定値から得られた平均値のばらつきを示す。
不確かさを算出する方法の一例としては、例えば、不確かさを引き起こす要因を抽出し、それぞれの要因の不確かさ（標準偏差）を算出する。さらに、算出したそれぞれの要因の不確かさを平方和法により合成し、合成標準不確かさを算出する。合成標準不確かさの算出において、平方和法を用いるため、不確かさを引き起こす要因の中で不確かさが十分に小さい要因については無視することができる。
不確かさを引き起こす要因としてはいくつか考えられ、例えば、目的の核酸を細胞に導入し、当該細胞をカウント・分注して作製する場合、各ウェル内の目的のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数の不確かさの要因としては、細胞内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数（例えば、細胞の細胞周期など）、細胞をプレートに配置する手段（インクジェット装置、又はその装置の動作のタイミングなどの装置における各部位の動作による結果を含む。例えば、細胞懸濁液を液滴化した時の液滴に含まれる細胞数など）、配置された細胞がプレートの適切な位置に配置された頻度（例えば、ウェル内に配置された細胞数など）、試薬のコンタミネーションなどが挙げられる。
変動係数ＣＶ値は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の平均特定コピー数及び不確かさの実験結果をもとに算出し、不確かさ（標準偏差σ）を平均特定コピー数ｘで除することにより求めることもできる。
不確かさとは、「測定の結果に付随した、合理的に測定量に結びつけられ得る値のばらつきを特徴づけるパラメータ」とＩＳＯ／ＩＥＣ Ｇｕｉｄｅ９９：２００７［国際計量計測用語－基本及び一般概念並びに関連用語（ＶＩＭ）］に定義されている。ここで、「合理的に測定量に結びつけられ得る値」とは、測定量の真の値の候補を意味する。即ち、不確かさとは、測定対象の製造に係る操作、機器などに起因する測定結果のばらつきの情報を意味する。不確かさが大きいほど、測定結果として予想されるばらつきが大きくなる。
不確かさとしては、例えば、測定結果から得られる標準偏差であってもよく、真の値が所定の確率以上で含まれている値の幅として表す信頼水準の半分の値としてもよい。
不確かさを算出する方法としては、Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｕｎｃｅｒｔａｉｎｔｙ ｉｎ Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ（ＧＵＭ：ＩＳＯ／ＩＥＣ Ｇｕｉｄｅ９８－３）、及びＪａｐａｎ Ａｃｃｒｅｄｉｔａｔｉｏｎ Ｂｏａｒｄ Ｎｏｔｅ １０ 試験における測定の不確かさに関するガイドラインなどに基づき算出することができる。不確かさを算出する方法としては、例えば、測定値などの統計を用いたタイプＡ評価法と、校正証明書、製造者の仕様書、公表されている情報などから得られる不確かさの情報を用いたタイプＢ評価法の２つの方法を適用することができる
不確かさは、操作及び測定などの要因から得られる不確かさを全て標準不確かさに変換することにより、同じ信頼水準で表現することができる。標準不確かさとは、測定値から得られた平均値のばらつきを示す。
不確かさを算出する方法の一例としては、例えば、不確かさを引き起こす要因を抽出し、それぞれの要因の不確かさ（標準偏差）を算出する。さらに、算出したそれぞれの要因の不確かさを平方和法により合成し、合成標準不確かさを算出する。合成標準不確かさの算出において、平方和法を用いるため、不確かさを引き起こす要因の中で不確かさが十分に小さい要因については無視することができる。
不確かさを引き起こす要因としてはいくつか考えられ、例えば、目的の核酸を細胞に導入し、当該細胞をカウント・分注して作製する場合、各ウェル内の目的のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数の不確かさの要因としては、細胞内のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数（例えば、細胞の細胞周期など）、細胞をプレートに配置する手段（インクジェット装置、又はその装置の動作のタイミングなどの装置における各部位の動作による結果を含む。例えば、細胞懸濁液を液滴化した時の液滴に含まれる細胞数など）、配置された細胞がプレートの適切な位置に配置された頻度（例えば、ウェル内に配置された細胞数など）、試薬のコンタミネーションなどが挙げられる。
変動係数ＣＶ値は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の平均特定コピー数及び不確かさの実験結果をもとに算出し、不確かさ（標準偏差σ）を平均特定コピー数ｘで除することにより求めることもできる。
【0077】
＜デバイスの製造方法＞
以下、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有するデバイスの製造方法について説明する。
本発明のデバイスの製造方法は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含む細胞懸濁液を生成する細胞懸濁液生成工程と、細胞懸濁液を液滴として吐出することによりプレートのウェル内に液滴を順次着弾させる液滴着弾工程と、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、前記液滴に含まれる細胞数をセンサによって計数する細胞数計数工程と、ウェル内の細胞から核酸を抽出する核酸抽出工程と、を含み、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程における推定する核酸の数の確からしさを算出する工程、出力工程、記録工程を含むことが好ましく、更に必要に応じてその他の工程を含む。
以下、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有するデバイスの製造方法について説明する。
本発明のデバイスの製造方法は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含む細胞懸濁液を生成する細胞懸濁液生成工程と、細胞懸濁液を液滴として吐出することによりプレートのウェル内に液滴を順次着弾させる液滴着弾工程と、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、前記液滴に含まれる細胞数をセンサによって計数する細胞数計数工程と、ウェル内の細胞から核酸を抽出する核酸抽出工程と、を含み、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程における推定する核酸の数の確からしさを算出する工程、出力工程、記録工程を含むことが好ましく、更に必要に応じてその他の工程を含む。
【0078】
＜＜細胞懸濁液生成工程＞＞
前記細胞懸濁液生成工程は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含む細胞懸濁液を生成する工程である。
前記溶剤とは、細胞を分散させるために用いる液体を意味する。
前記細胞懸濁液における懸濁とは、細胞が溶剤中に分散して存在する状態を意味する。
生成とは、作り出すことを意味する。
前記細胞懸濁液生成工程は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含む細胞懸濁液を生成する工程である。
前記溶剤とは、細胞を分散させるために用いる液体を意味する。
前記細胞懸濁液における懸濁とは、細胞が溶剤中に分散して存在する状態を意味する。
生成とは、作り出すことを意味する。
【0079】
－細胞懸濁液－
前記細胞懸濁液は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含み、添加剤を含むことが好ましく、更に必要に応じてその他の成分を含む。
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞については、上述したとおりである。
前記細胞懸濁液は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞、及び溶剤を含み、添加剤を含むことが好ましく、更に必要に応じてその他の成分を含む。
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞については、上述したとおりである。
【0080】
－－溶剤－－
前記溶剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、水、培養液、分離液、希釈液、緩衝液、有機物溶解液、有機溶剤、高分子ゲル溶液、コロイド分散液、電解質水溶液、無機塩水溶液、金属水溶液、及びこれらの混合液体などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、水、緩衝液が好ましく、水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、Ｔｒｉｓ－ＥＤＴＡ緩衝液（ＴＥ）がより好ましい。
前記溶剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、水、培養液、分離液、希釈液、緩衝液、有機物溶解液、有機溶剤、高分子ゲル溶液、コロイド分散液、電解質水溶液、無機塩水溶液、金属水溶液、及びこれらの混合液体などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、水、緩衝液が好ましく、水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、Ｔｒｉｓ－ＥＤＴＡ緩衝液（ＴＥ）がより好ましい。
【0081】
－－添加剤－－
前記添加剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、界面活性剤、核酸、樹脂などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
前記添加剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、界面活性剤、核酸、樹脂などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよく、２種以上を併用してもよい。
【0082】
前記界面活性剤は、細胞同士の凝集を防止し、連続吐出安定性を向上することができる。
【0083】
前記界面活性剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、イオン性界面活性剤、非イオン性界面活性剤などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、添加量にもよるが、タンパク質を変性及び失活させない点から、非イオン性界面活性剤が好ましい。
【0084】
前記イオン性界面活性剤としては、例えば、脂肪酸ナトリウム、脂肪酸カリウム、アルファスルホ脂肪酸エステルナトリウム、直鎖アルキルベンゼンスルホン酸ナトリウム、アルキル硫酸エステルナトリウム、アルキルエーテル硫酸エステルナトリウム、アルファオレフィンスルホン酸ナトリウムなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、脂肪酸ナトリウムが好ましく、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）がより好ましい。
【0085】
前記非イオン性界面活性剤としては、例えば、アルキルグリコシド、アルキルポリオキシエチレンエーテル（Ｂｒｉｊシリーズ等）、オクチルフェノールエトキシレート（Ｔｒｉｔｏｎ Ｘシリーズ、Ｉｇｅｐａｌ ＣＡシリーズ、Ｎｏｎｉｄｅｔ Ｐシリーズ、Ｎｉｋｋｏｌ ＯＰシリーズ等）、ポリソルベート類（Ｔｗｅｅｎ２０等のＴｗｅｅｎシリーズなど）、ソルビタン脂肪酸エステル、ポリオキシエチレン脂肪酸エステル、アルキルマルトシド、ショ糖脂肪酸エステル、グリコシド脂肪酸エステル、グリセリン脂肪酸エステル、プロピレングリコール脂肪酸エステル、脂肪酸モノグリセリドなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、ポリソルベート類が好ましい。
【0086】
前記界面活性剤の含有量としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、細胞懸濁液全量に対して、０．００１質量％以上３０質量％以下が好ましい。含有量が、０．００１質量％以上であると、界面活性剤の添加による効果を得ることができ、３０質量％以下であると、細胞の凝集を抑制することができるため、細胞懸濁液中の核酸の分子数を厳密に制御することができる。
【0087】
前記核酸としては、検出対象の核酸の検出に影響しないものであれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＣｏｌＥ１ ＤＮＡなどが挙げられる。前記添加剤が、核酸（検出対象の核酸の検出に影響しないもの）であると、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、ウェルの壁面などに付着することを防ぐことができる。
【0088】
前記樹脂としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ポリエチレンイミドなどが挙げられる。
【0089】
－－その他の材料－－
前記その他の材料としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、架橋剤、ｐＨ調整剤、防腐剤、酸化防止剤、浸透圧調整剤、湿潤剤、分散剤などが挙げられる。
前記その他の材料としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、架橋剤、ｐＨ調整剤、防腐剤、酸化防止剤、浸透圧調整剤、湿潤剤、分散剤などが挙げられる。
【0090】
［細胞を分散する方法］
前記細胞を分散する方法としては、特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ビーズミル等のメディア方式、超音波ホモジナイザー等の超音波方式、フレンチプレス等の圧力差を利用する方式などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、細胞へのダメージが少ないことから超音波方式がより好ましい。メディア方式では、解砕能力が強く、細胞膜や細胞壁を破壊する可能性やメディアがコンタミとして混入することがある。
前記細胞を分散する方法としては、特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ビーズミル等のメディア方式、超音波ホモジナイザー等の超音波方式、フレンチプレス等の圧力差を利用する方式などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、細胞へのダメージが少ないことから超音波方式がより好ましい。メディア方式では、解砕能力が強く、細胞膜や細胞壁を破壊する可能性やメディアがコンタミとして混入することがある。
【0091】
［細胞のスクリーニング方法］
前記細胞のスクリーニング方法としては、特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、湿式分級、セルソーター、フィルタによるスクリーニングなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、細胞へのダメージが少ないことから、セルソーター、フィルタによるスクリーニングが好ましい。
前記細胞のスクリーニング方法としては、特に制限がなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、湿式分級、セルソーター、フィルタによるスクリーニングなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、細胞へのダメージが少ないことから、セルソーター、フィルタによるスクリーニングが好ましい。
【0092】
前記細胞は、細胞周期を測定することにより、細胞懸濁液に含まれる細胞数から前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数を推定することが好ましい。
前記細胞周期を測定するとは、細胞分裂による細胞数を数値化することを意味する。
前記核酸の数を推定するとは、細胞数から、核酸の分子（コピー）数を求めることを意味する。
前記細胞周期を測定するとは、細胞分裂による細胞数を数値化することを意味する。
前記核酸の数を推定するとは、細胞数から、核酸の分子（コピー）数を求めることを意味する。
【0093】
計数対象が細胞数ではなく前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が何個入っているかであってもよい。通常は、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は細胞１個につき１つの領域が入っていないものを選択する、あるいは遺伝子組み換えにより導入するため、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数は細胞数と等しいと考えてよい。ただし、細胞は特定の周期で細胞分裂を起こすために細胞内で核酸の複製が行われる。細胞周期は細胞の種類によって異なるが、細胞懸濁液から所定量の溶液を抜き取り複数細胞の周期を測定することによって、細胞１個中に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸数に対する期待値及びその確からしさを算出することが可能である。これは、例えば、核染色した細胞をフローサイトメーターによって観測することによって可能である。
確からしさとは、いくつかの事象の生じる可能性がある時、特定の１つの事象が起こる可能性の程度を事前に予測して、その事象の起こる確率を意味する。
算出とは、計算して求める数値を出すことを意味する。
確からしさとは、いくつかの事象の生じる可能性がある時、特定の１つの事象が起こる可能性の程度を事前に予測して、その事象の起こる確率を意味する。
算出とは、計算して求める数値を出すことを意味する。
【0094】
図８は、ＤＮＡ複製済みの細胞の頻度と、蛍光強度との関係の一例を示すグラフである。図８に示すように、ヒストグラム上で前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の複製有無により２つのピークが現れるため、ＤＮＡ複製済みの細胞がどの程度の割合で存在するかを算出することが可能である。この算出結果から１細胞中に含まれる平均的な前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数を算出することが可能であり、前述の細胞数計数結果に乗じることにより、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の推定数を算出することが可能である。
また、細胞懸濁液を作製する前に細胞周期を制御する処理を行うことが好ましく、前述のような複製が起きる前、又は後の状態に揃えることによって、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数を細胞数からより精度良く算出することが可能になる。
また、細胞懸濁液を作製する前に細胞周期を制御する処理を行うことが好ましく、前述のような複製が起きる前、又は後の状態に揃えることによって、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の数を細胞数からより精度良く算出することが可能になる。
【0095】
推定する前記特定コピー数は、確からしさ（確率）を算出することが好ましい。確からしさ（確率）を算出することにより、これらの数値に基づき確からしさを分散又は標準偏差として表現して出力することが可能である。複数因子の影響を合算する場合には、一般的に用いられる標準偏差の二乗和平方根を用いることが可能である。例えば、因子として吐出した細胞数の正答率、細胞内のＤＮＡ数、吐出された細胞がウェル内に着弾する着弾率などを用いることができる。これらの中で影響の大きい項目を選択して算出することもできる。
【0096】
＜＜液滴着弾工程＞＞
前記液滴着弾工程は、前記細胞懸濁液を液滴として吐出することによりプレートのウェル内に液滴を順次着弾させる工程である。
前記液滴とは、表面張力によりまとまった液体のかたまりを意味する。
前記吐出とは、細胞懸濁液を液滴として飛翔させることを意味する。
前記順次とは、次々に順序どおりにすることを意味する。
前記着弾とは、液滴をウェルに到達させることを意味する。
前記液滴着弾工程は、前記細胞懸濁液を液滴として吐出することによりプレートのウェル内に液滴を順次着弾させる工程である。
前記液滴とは、表面張力によりまとまった液体のかたまりを意味する。
前記吐出とは、細胞懸濁液を液滴として飛翔させることを意味する。
前記順次とは、次々に順序どおりにすることを意味する。
前記着弾とは、液滴をウェルに到達させることを意味する。
【0097】
吐出手段としては、前記細胞懸濁液を液滴として吐出する手段（以下、「吐出ヘッド」とも称することがある）を好適に用いることができる。
【0098】
前記細胞懸濁液を液滴として吐出する方式としては、例えば、インクジェット法におけるオンデマンド方式、コンティニュアス方式などが挙げられる。これらの中でも、前記コンティニュアス方式の場合、安定的な吐出状態に至るまでの空吐出、液滴量の調整、ウェル間を移動する際にも連続的に液滴形成を行い続ける等の理由から、用いる前記細胞懸濁液のデッドボリュームが多くなる傾向にある。本発明では、細胞数を調整する観点からデッドボリュームによる影響を低減させることが好ましく、そのため上記２つの方式では、オンデマンド方式の方がより好適である。
【0099】
前記オンデマンド方式としては、例えば、液体に圧力を加えることによって液体を吐出する圧力印加方式、加熱による膜沸騰によって液体を吐出するサーマル方式、静電引力によって液滴を引っ張ることによって液滴を形成する静電方式等の既知の複数の方式などが挙げられる。これらの中でも、以下の理由から、圧力印加方式が好ましい。
【0100】
前記静電方式は、細胞懸濁液を保持して液滴を形成する吐出部に対向して電極を設置する必要がある。デバイスの製造方法では、液滴を受けるためのプレートが対向して配置されており、プレート構成の自由度を上げるため電極の配置は無いほうが好ましい。
前記サーマル方式は、局所的な加熱が発生するため生体材料である細胞への影響や、ヒーター部への焦げ付き（コゲーション）が懸念される。熱による影響は、含有物やプレートの用途に依存するため、一概に除外する必要はないが、圧力印加方式は、サーマル方式よりヒーター部への焦げ付きの懸念がないという点から好ましい。
前記サーマル方式は、局所的な加熱が発生するため生体材料である細胞への影響や、ヒーター部への焦げ付き（コゲーション）が懸念される。熱による影響は、含有物やプレートの用途に依存するため、一概に除外する必要はないが、圧力印加方式は、サーマル方式よりヒーター部への焦げ付きの懸念がないという点から好ましい。
【0101】
前記圧力印加方式としては、ピエゾ素子を用いて液体に圧力を加える方式、電磁バルブ等のバルブによって圧力を加える方式などが挙げられる。細胞懸濁液の液滴吐出に使用可能な液滴生成デバイスの構成例を図９Ａ～図９Ｃに示す。
図９Ａは、電磁バルブ方式の吐出ヘッドの一例を示す模式図である。電磁バルブ方式の吐出ヘッドは、電動機１３ａ、電磁弁１１２、液室１１ａ、細胞懸濁液３００ａ、及びノズル１１１ａを有する。
電磁バルブ方式の吐出ヘッドとしては、例えば、ＴｅｃｈＥｌａｎ社のディスペンサなどを好適に用いることができる。
また、図９Ｂは、ピエゾ方式の吐出ヘッドの一例を示す模式図である。ピエゾ方式の吐出ヘッドは、圧電素子１３ｂ、液室１１ｂ、細胞懸濁液３００ｂ、及びノズル１１１ｂを有する。
前記ピエゾ方式の吐出ヘッドとしては、Ｃｙｔｅｎａ社のシングルセルプリンターなどを好適に用いることができる。
これらの吐出ヘッドのいずれも用いることが可能であるが、電磁バルブによる圧力印加方式では高速に繰り返し液滴を形成することができないため、プレートの生成のスループットを上げるためにはピエゾ方式を用いることが好ましい。また、一般的な圧電素子１３ｂを用いたピエゾ方式の吐出ヘッドでは、沈降によって細胞濃度のムラが発生することや、ノズル詰まりが生じることが問題として生じることがある。
このため、より好ましい構成として図９Ｃに示した構成などが挙げられる。図９Ｃは、図９Ｂにおける圧電素子を用いたピエゾ方式の吐出ヘッドの変形例の模式図である。図９Ｃの吐出ヘッドは、圧電素子１３ｃ、液室１１ｃ、細胞懸濁液３００ｃ、及びノズル１１１ｃを有する。
図９Ｃの吐出ヘッドでは、図示していない制御装置からの圧電素子１３ｃに対して電圧印加することにより、紙面横方向に圧縮応力が加わりメンブレンを紙面上下方向に変形させることができる。
図９Ａは、電磁バルブ方式の吐出ヘッドの一例を示す模式図である。電磁バルブ方式の吐出ヘッドは、電動機１３ａ、電磁弁１１２、液室１１ａ、細胞懸濁液３００ａ、及びノズル１１１ａを有する。
電磁バルブ方式の吐出ヘッドとしては、例えば、ＴｅｃｈＥｌａｎ社のディスペンサなどを好適に用いることができる。
また、図９Ｂは、ピエゾ方式の吐出ヘッドの一例を示す模式図である。ピエゾ方式の吐出ヘッドは、圧電素子１３ｂ、液室１１ｂ、細胞懸濁液３００ｂ、及びノズル１１１ｂを有する。
前記ピエゾ方式の吐出ヘッドとしては、Ｃｙｔｅｎａ社のシングルセルプリンターなどを好適に用いることができる。
これらの吐出ヘッドのいずれも用いることが可能であるが、電磁バルブによる圧力印加方式では高速に繰り返し液滴を形成することができないため、プレートの生成のスループットを上げるためにはピエゾ方式を用いることが好ましい。また、一般的な圧電素子１３ｂを用いたピエゾ方式の吐出ヘッドでは、沈降によって細胞濃度のムラが発生することや、ノズル詰まりが生じることが問題として生じることがある。
このため、より好ましい構成として図９Ｃに示した構成などが挙げられる。図９Ｃは、図９Ｂにおける圧電素子を用いたピエゾ方式の吐出ヘッドの変形例の模式図である。図９Ｃの吐出ヘッドは、圧電素子１３ｃ、液室１１ｃ、細胞懸濁液３００ｃ、及びノズル１１１ｃを有する。
図９Ｃの吐出ヘッドでは、図示していない制御装置からの圧電素子１３ｃに対して電圧印加することにより、紙面横方向に圧縮応力が加わりメンブレンを紙面上下方向に変形させることができる。
【0102】
前記オンデマンド方式以外の方式としては、例えば、連続的に液滴を形成させるコンティニュアス方式などが挙げられる。前記コンティニュアス方式では、液滴を加圧してノズルから押し出す際に圧電素子やヒーターによって定期的なゆらぎを与え、それによって微小な液滴を連続的に作り出すことができる。更に、飛翔中の液滴の吐出方向を電圧印加によって制御することにより、ウェルに着弾させるか、回収部に回収するかを選ぶことも可能である。このような方式は、セルソーター、又はフローサイトメーターで用いられており、例えば、ソニー株式会社製の装置名：セルソーターＳＨ８００Ｚを用いることができる。
【0103】
図１０Ａは、圧電素子に印加する電圧の一例を示す模式図である。また、図１０Ｂは、圧電素子に印加する電圧の他の一例を示す模式図である。図１０Ａは、液滴を形成するための駆動電圧を示す。電圧（ＶＡ、ＶＢ、ＶＣ）の強弱により、液滴を形成することができる。図１０Ｂは、液滴の吐出を行わずに細胞懸濁液を撹拌するための電圧を示している。
【0104】
液滴を吐出しない期間中に、液滴を吐出するほどには強くない複数のパルスを入力することによって、液質内の細胞懸濁液を撹拌することが可能であり、細胞沈降による濃度分布の発生を抑制することができる。
【0105】
本発明において使用することができる吐出ヘッドの液滴形成動作に関して、以下に説明する。
前記吐出ヘッドは、圧電素子に形成された上下電極に、パルス状の電圧を印加することにより液滴を吐出することができる。図１１Ａ～図１１Ｃは、それぞれのタイミングにおける液滴の状態を示す模式図である。
図１１Ａは、まず、圧電素子１３ｃに電圧を印加することにより、メンブレン１２ｃが急激に変形することによって、液室１１ｃ内に保持された細胞懸濁液とメンブレン１２ｃとの間に高い圧力が発生し、この圧力によってノズル部から液滴が外に押し出される。
次に、図１１Ｂに示すように、圧力が上方に緩和するまでの時間、ノズル部からの液押し出しが続き液滴が成長する。
最後に、図１１Ｃに示すように、メンブレン１２ｃが元の状態に戻る際に細胞懸濁液とメンブレン１２ｃとの界面近傍の液圧力が低下し、液滴３１０’が形成される。
前記吐出ヘッドは、圧電素子に形成された上下電極に、パルス状の電圧を印加することにより液滴を吐出することができる。図１１Ａ～図１１Ｃは、それぞれのタイミングにおける液滴の状態を示す模式図である。
図１１Ａは、まず、圧電素子１３ｃに電圧を印加することにより、メンブレン１２ｃが急激に変形することによって、液室１１ｃ内に保持された細胞懸濁液とメンブレン１２ｃとの間に高い圧力が発生し、この圧力によってノズル部から液滴が外に押し出される。
次に、図１１Ｂに示すように、圧力が上方に緩和するまでの時間、ノズル部からの液押し出しが続き液滴が成長する。
最後に、図１１Ｃに示すように、メンブレン１２ｃが元の状態に戻る際に細胞懸濁液とメンブレン１２ｃとの界面近傍の液圧力が低下し、液滴３１０’が形成される。
【0106】
デバイスの製造方法では、ウェルが形成されたプレートを移動可能なステージ上に固定し、ステージの駆動と吐出ヘッドとからの液滴形成を組み合わせることにより、凹部に順次液滴を着弾させる。ここで、ステージの移動としてプレートを移動させる方法を示したが、当然のことながら吐出ヘッドを移動させてもよい。
【0107】
前記プレートとしては、特に制限はなく、バイオ分野において一般的に用いられるウェルが形成されたものを用いることが可能である。
前記プレートにおけるウェルの数は、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、単数であってもよく、複数であってもよい。
前記プレートにおけるウェルの数は、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、単数であってもよく、複数であってもよい。
【0108】
図１２は、プレートのウェル内に順次液滴を着弾させるための分注装置４００の一例を示す概略図である。
図１２に示すように、液滴を着弾させるための分注装置４００は、液滴形成装置４０１と、プレート７００と、ステージ８００と、制御装置９００とを有している。
図１２に示すように、液滴を着弾させるための分注装置４００は、液滴形成装置４０１と、プレート７００と、ステージ８００と、制御装置９００とを有している。
【0109】
分注装置４００において、プレート７００は、移動可能に構成されたステージ８００上に配置されている。プレート７００には液滴形成装置４０１の吐出ヘッドから吐出された液滴３１０が着滴する複数のウェル７１０（凹部）が形成されている。制御装置９００は、ステージ８００を移動させ、液滴形成装置４０１の吐出ヘッドとそれぞれのウェル７１０との相対的な位置関係を制御する。これにより、液滴形成装置４０１の吐出ヘッドからそれぞれのウェル７１０中に順次、蛍光染色細胞３５０を含む液滴３１０を吐出することができる。
【0110】
制御装置９００は、例えば、ＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、メインメモリ等を含む構成とすることができる。この場合、制御装置９００の各種機能は、ＲＯＭ等に記録されたプログラムがメインメモリに読み出されてＣＰＵにより実行されることによって実現できる。ただし、制御装置９００の一部又は全部は、ハードウェアのみにより実現されてもよい。又、制御装置９００は、物理的に複数の装置等により構成されてもよい。
【0111】
吐出する前記液滴としては、ウェル内に細胞懸濁液を着弾させる際に、複数の水準を得るように液滴をウェル内に着弾させることが好ましい。
前記複数の水準とは、標準となる複数の基準を意味する。
前記複数の水準としては、ウェル内にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞が所定の濃度勾配を有することが好ましい。濃度勾配を有することにより、検量線用試薬として好適に使用することができる。前記複数の水準は、センサによって計数される値を用いて制御することができる。
前記複数の水準とは、標準となる複数の基準を意味する。
前記複数の水準としては、ウェル内にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を有する複数の細胞が所定の濃度勾配を有することが好ましい。濃度勾配を有することにより、検量線用試薬として好適に使用することができる。前記複数の水準は、センサによって計数される値を用いて制御することができる。
【0112】
前記プレートとしては、１穴マイクロチューブ、８連チューブ、９６穴、３８４穴のウェルプレートなどを用いることが好ましいが、ウェルが複数である場合には、これらのプレートにおけるウェルには同じ個数の細胞を分注することも可能であるし、異なる水準の個数を入れることも可能である。また、細胞が含まれないウェルが存在していてもよい。特に核酸の量を定量的に評価するリアルタイムＰＣＲ装置やデジタルＰＣＲ装置の評価に用いるプレートを作成する際には、複数水準の数の核酸が分注されたものを用いることが好ましい。例えば、細胞（又は核酸）が、おおよそ１個、２個、４個、８個、１６個、３２個、６４個の７水準で分注したプレートを作製することが考えられる。このようなプレートを用いることによって、リアルタイムＰＣＲ装置やデジタルＰＣＲ装置の定量性、線形性、評価下限値などを調べることが可能である。
【0113】
＜＜細胞数計数工程＞＞
前記細胞数計数工程は、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数をセンサによって計数する工程である。
前記センサとは、自然現象や人工物の機械的・電磁気的、熱的、音響的、又は化学的性質、或いはそれらにより示される空間情報・時間情報を、何らかの科学的原理を応用して、人間や機械が扱い易い別媒体の信号に置き換える装置を意味する。
前記計数とは、数を数えることを意味する。
前記細胞数計数工程は、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数をセンサによって計数する工程である。
前記センサとは、自然現象や人工物の機械的・電磁気的、熱的、音響的、又は化学的性質、或いはそれらにより示される空間情報・時間情報を、何らかの科学的原理を応用して、人間や機械が扱い易い別媒体の信号に置き換える装置を意味する。
前記計数とは、数を数えることを意味する。
【0114】
前記細胞数計数工程としては、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数をセンサによって計数すれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、吐出前に細胞を観測する処理、着弾後の細胞をカウントする処理を含んでもよい。
【0115】
液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数の計数としては、液滴がプレートのウェルに確実に入ることが予測されるウェル開口部の直上の位置にあるタイミングにて液滴中の細胞を観測することが好ましい。
【0116】
液滴中の細胞を観測する方法としては、例えば、光学的に検出する方法、電気的・磁気的に検出方法などが挙げられる。
【0117】
－光学的に検出する方法－
図１３、図１７、及び図１８を用いて、光学的に検出する方法に関して以下に述べる。
図１３は、液滴形成装置４０１の一例を示す模式図である。図１７、及び図１８は、液滴形成装置４０１Ａ、４０１Ｂの他の一例を示す模式図である。図１３に示すように、液滴形成装置４０１は、吐出ヘッド（液滴吐出手段）１０と、駆動手段２０と、光源３０と、受光素子６０と、制御手段７０とを有する。
図１３、図１７、及び図１８を用いて、光学的に検出する方法に関して以下に述べる。
図１３は、液滴形成装置４０１の一例を示す模式図である。図１７、及び図１８は、液滴形成装置４０１Ａ、４０１Ｂの他の一例を示す模式図である。図１３に示すように、液滴形成装置４０１は、吐出ヘッド（液滴吐出手段）１０と、駆動手段２０と、光源３０と、受光素子６０と、制御手段７０とを有する。
【0118】
図１３では、細胞懸濁液として細胞を特定の色素によって蛍光染色した後に所定の溶液に分散した液を用いており、吐出ヘッドから形成した液滴に光源から発せられる特定の波長を有する光を照射し細胞から発せられる蛍光を受光素子によって検出することによって計数を行う。このとき、蛍光色素によって細胞を染色する方法に加え、細胞中に元々含まれる分子が発する自家蛍光を利用してもよいし、細胞に蛍光タンパク質（例えば、ＧＦＰ（Ｇｒｅｅｎ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｔｅｉｎ））を生産するための遺伝子を予め導入しておき細胞が蛍光を発するようにしておいてもよい。
光を照射とは、光をあてることを意味する。
光を照射とは、光をあてることを意味する。
【0119】
吐出ヘッド１０は、液室１１と、メンブレン１２と、駆動素子１３とを有しており、蛍光染色細胞３５０を懸濁した細胞懸濁液３００を液滴として吐出することができる。
【0120】
液室１１は、蛍光染色細胞３５０を懸濁した細胞懸濁液３００を保持する液体保持部であり、下面側には貫通孔であるノズル１１１が形成されている。液室１１は、例えば、金属やシリコン、セラミック等から形成することができる。蛍光染色細胞３５０としては、蛍光色素によって染色された無機微粒子や有機ポリマー粒子などが挙げられる。
【0121】
メンブレン１２は、液室１１の上端部に固定された膜状部材である。メンブレン１２の平面形状は、例えば、円形とすることができるが、楕円状や四角形等としてもよい。
【0122】
駆動素子１３は、メンブレン１２の上面側に設けられている。駆動素子１３の形状は、メンブレン１２の形状に合わせて設計することができる。例えば、メンブレン１２の平面形状が円形である場合には、円形の駆動素子１３を設けることが好ましい。
【0123】
駆動素子１３に駆動手段２０から駆動信号を供給することにより、メンブレン１２を振動させることができる。メンブレン１２の振動により、蛍光染色細胞３５０を含有する液滴３１０を、ノズル１１１から吐出させることができる。
【0124】
駆動素子１３として圧電素子を用いる場合には、例えば、圧電材料の上面及び下面に電圧を印加するための電極を設けた構造とすることができる。この場合、駆動手段２０から圧電素子の上下電極間に電圧を印加することによって紙面横方向に圧縮応力が加わり、メンブレン１２を紙面上下方向に振動させることができる。圧電材料としては、例えば、ジルコン酸チタン酸鉛（ＰＺＴ）を用いることができる。この他にも、ビスマス鉄酸化物、ニオブ酸金属物、チタン酸バリウム、或いはこれらの材料に金属や異なる酸化物を加えたもの等、様々な圧電材料を用いることができる。
【0125】
光源３０は、飛翔中の液滴３１０に光Ｌを照射する。なお、飛翔中とは、液滴３１０が液滴吐出手段１０から吐出されてから、着滴対象物に着滴するまでの状態を意味する。飛翔中の液滴３１０は、光Ｌが照射される位置では略球状となっている。又、光Ｌのビーム形状は略円形状である。
【0126】
ここで、液滴３１０の直径に対し、光Ｌのビーム直径が１０倍～１００倍程度であることが好ましい。これは、液滴３１０の位置ばらつきが存在する場合においても、光源３０からの光Ｌを確実に液滴３１０に照射するためである。
【0127】
ただし、液滴３１０の直径に対し、光Ｌのビーム直径が１００倍を大きく超えることは好ましくない。これは、液滴３１０に照射される光のエネルギー密度が下がるため、光Ｌを励起光として発する蛍光Ｌｆの光量が低下し、受光素子６０で検出し難くなるからである。
【0128】
光源３０から発せられる光Ｌはパルス光であることが好ましく、例えば、固体レーザー、半導体レーザー、色素レーザー等が好適に用いられる。光Ｌがパルス光である場合のパルス幅は１０μｓ以下が好ましく、１μｓ以下がより好ましい。単位パルス当たりのエネルギーとしては、集光の有無等、光学系に大きく依存するが、概ね０．１μＪ以上が好ましく、１μＪ以上がより好ましい。
【0129】
受光素子６０は、飛翔中の液滴３１０に蛍光染色細胞３５０が含有されていた場合に、蛍光染色細胞３５０が光Ｌを励起光として吸収して発する蛍光Ｌｆを受光する。蛍光Ｌｆは、蛍光染色細胞３５０から四方八方に発せられるため、受光素子６０は蛍光Ｌｆを受光可能な任意の位置に配置することができる。この際、コントラストを向上するため、光源３０から出射される光Ｌが直接入射しない位置に受光素子６０を配置することが好ましい。
【0130】
受光素子６０は、蛍光染色細胞３５０から発せられる蛍光Ｌｆを受光できる素子であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、液滴に特定の波長を有する光を照射して液滴内の細胞からの蛍光を受光する光学センサが好ましい。受光素子６０としては、例えば、フォトダイオード、フォトセンサ等の１次元素子が挙げられるが、高感度な測定が必要な場合には、光電子増倍管やアバランシェフォトダイオードを用いることが好ましい。受光素子６０として、例えば、ＣＣＤ（Ｃｈａｒｇｅ Ｃｏｕｐｌｅｄ Ｄｅｖｉｃｅ）、ＣＭＯＳ（Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ Ｍｅｔａｌ Ｏｘｉｄｅ Ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）、ゲートＣＣＤ等の２次元素子を用いてもよい。
【0131】
なお、光源３０が発する光Ｌと比較して蛍光染色細胞３５０の発する蛍光Ｌｆが弱いため、受光素子６０の前段（受光面側）に光Ｌの波長域を減衰させるフィルタを設置してもよい。これにより、受光素子６０において、非常にコントラストの高い蛍光染色細胞３５０の画像を得ることができる。フィルタとしては、例えば、光Ｌの波長を含む特定波長域を減衰させるノッチフィルタ等を用いることができる。
【0132】
また、前述のように、光源３０から発せられる光Ｌはパルス光であることが好ましいが、光源３０から発せられる光Ｌを連続発振の光としてもよい。この場合には、連続発振の光が飛翔中の液滴３１０に照射されるタイミングで受光素子６０が光を取り込み可能となるように制御し、受光素子６０に蛍光Ｌｆを受光させることが好ましい。
【0133】
制御手段７０は、駆動手段２０及び光源３０を制御する機能を有している。また、制御手段７０は、受光素子６０が受光した光量に基づく情報を入手し、液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０の個数（ゼロである場合も含む）を計数する機能を有している。以下、図１４～図１６を参照し、制御手段７０の動作を含む液滴形成装置４０１の動作について説明する。
【0134】
図１４は、図１３の液滴形成装置の制御手段のハードウェアブロックを例示する図である。図１５は、図１３の液滴形成装置の制御手段の機能ブロックを例示する図である。図１６は、液滴形成装置の動作の一例を示すフローチャートである。
【0135】
図１４に示すように、制御手段７０は、ＣＰＵ７１と、ＲＯＭ７２と、ＲＡＭ７３と、Ｉ／Ｆ７４と、バスライン７５とを有している。ＣＰＵ７１、ＲＯＭ７２、ＲＡＭ７３、及びＩ／Ｆ７４は、バスライン７５を介して相互に接続されている。
【0136】
ＣＰＵ７１は、制御手段７０の各機能を制御する。記憶手段であるＲＯＭ７２は、ＣＰＵ７１が制御手段７０の各機能を制御するために実行するプログラムや、各種情報を記憶している。記憶手段であるＲＡＭ７３は、ＣＰＵ７１のワークエリア等として使用される。また、ＲＡＭ７３は、所定の情報を一時的に記憶することができる。Ｉ／Ｆ７４は、液滴形成装置４０１を他の機器等と接続するためのインターフェイスである。液滴形成装置４０１は、Ｉ／Ｆ７４を介して、外部ネットワーク等と接続されてもよい。
【0137】
図１５に示すように、制御手段７０は、機能ブロックとして、吐出制御手段７０１と、光源制御手段７０２と、細胞数計数手段（細胞数検知手段）７０３とを有している。
【0138】
図１５及び図１６を参照しながら、液滴形成装置４０１の細胞数（粒子数）計数について説明する。
まず、ステップＳ１１において、制御手段７０の吐出制御手段７０１は、駆動手段２０に吐出の指令を出す。吐出制御手段７０１から吐出の指令を受けた駆動手段２０は、駆動素子１３に駆動信号を供給してメンブレン１２を振動させる。メンブレン１２の振動により、蛍光染色細胞３５０を含有する液滴３１０が、ノズル１１１から吐出される。
まず、ステップＳ１１において、制御手段７０の吐出制御手段７０１は、駆動手段２０に吐出の指令を出す。吐出制御手段７０１から吐出の指令を受けた駆動手段２０は、駆動素子１３に駆動信号を供給してメンブレン１２を振動させる。メンブレン１２の振動により、蛍光染色細胞３５０を含有する液滴３１０が、ノズル１１１から吐出される。
【0139】
次に、ステップＳ１２において、制御手段７０の光源制御手段７０２は、液滴３１０の吐出に同期して（駆動手段２０から液滴吐出手段１０に供給される駆動信号に同期して）光源３０に点灯の指令を出す。これにより、光源３０が点灯し、飛翔中の液滴３１０に光Ｌを照射する。
【0140】
なお、ここで、同期するとは、液滴吐出手段１０による液滴３１０の吐出と同時に（駆動手段２０が液滴吐出手段１０に駆動信号を供給するのと同時に）発光することではなく、液滴３１０が飛翔して所定位置に達したときに液滴３１０に光Ｌが照射されるタイミングで、光源３０が発光することを意味する。つまり、光源制御手段７０２は、液滴吐出手段１０による液滴３１０の吐出（駆動手段２０から液滴吐出手段１０に供給される駆動信号）に対して、所定時間だけ遅延して発光するように光源３０を制御する。
【0141】
例えば、液滴吐出手段１０に駆動信号を供給した際に吐出する液滴３１０の速度ｖを予め測定しておく。そして、測定した速度ｖに基づいて液滴３１０が吐出されてから所定位置まで到達する時間ｔを算出し、液滴吐出手段１０に駆動信号を供給するタイミングに対して、光源３０が光を照射するタイミングをｔだけ遅延させる。これにより、良好な発光制御が可能となり、光源３０からの光を確実に液滴３１０に照射することができる。
【0142】
次に、ステップＳ１３において、制御手段７０の細胞数計数手段７０３は、受光素子６０からの情報に基づいて、液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０の個数（ゼロである場合も含む）を計数する。ここで、受光素子６０からの情報とは、蛍光染色細胞３５０の輝度値（光量）や面積値である。
【0143】
細胞数計数手段７０３は、例えば、受光素子６０が受光した光量と予め設定された閾値とを比較して、蛍光染色細胞３５０の個数を計数することができる。この場合には、受光素子６０として１次元素子を用いても２次元素子を用いても構わない。
【0144】
受光素子６０として２次元素子を用いる場合は、細胞数計数手段７０３は、受光素子６０から得られた２次元画像に基づいて、蛍光染色細胞３５０の輝度値或いは面積を算出するための画像処理を行う手法を用いてもよい。この場合、細胞数計数手段７０３は、画像処理により蛍光染色細胞３５０の輝度値或いは面積値を算出し、算出された輝度値或いは面積値と、予め設定された閾値とを比較することにより、蛍光染色細胞３５０の個数を計数することができる。
【0145】
なお、蛍光染色細胞３５０は、細胞や染色細胞であってもよい。染色細胞とは、蛍光色素によって染色された細胞、又は、蛍光タンパク質を発現可能な細胞を意味する。
【0146】
染色細胞において、蛍光色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、フルオレセイン類、ローダミン類、クマリン類、ピレン類、シアニン類、アゾ類などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、エオシン、エバンスブルー、トリパンブルー、ローダミン６Ｇ、ローダミンＢ、ローダミン１２３がより好ましい。
蛍光タンパク質としては、例えば、Ｓｉｒｉｕｓ、ＥＢＦＰ、ＥＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ、ｍＴＦＰ１、ＭｉｄｏｒｉｉｓｈｉＣｙａｎ、ＣＦＰ、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＡｃＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、Ａｚａｍｉ－Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ、ＥｍＧＦＰ、ＥＧＦＰ、ＧＦＰ２、ＨｙＰｅｒ、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ－ｍ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ、ｍＢａｎａｎａ、ＫｕｓａｂｉｒａＯｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｍｏｎｏｍｅｒ、ＡｓＲｅｄ２、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ｍＲＦＰ１、ＪＲｅｄ、ＫｉｌｌｅｒＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＰｌｕｍ、ＰＳ－ＣＦＰ、Ｄｅｎｄｒａ２、Ｋａｅｄｅ、ＥｏｓＦＰ、ＫｉｋｕｍｅＧＲなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
蛍光タンパク質としては、例えば、Ｓｉｒｉｕｓ、ＥＢＦＰ、ＥＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ、ｍＴＦＰ１、ＭｉｄｏｒｉｉｓｈｉＣｙａｎ、ＣＦＰ、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＡｃＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、Ａｚａｍｉ－Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ、ＥｍＧＦＰ、ＥＧＦＰ、ＧＦＰ２、ＨｙＰｅｒ、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ、ＰｈｉＹＦＰ－ｍ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ、ｍＢａｎａｎａ、ＫｕｓａｂｉｒａＯｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄ－Ｍｏｎｏｍｅｒ、ＡｓＲｅｄ２、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ｍＲＦＰ１、ＪＲｅｄ、ＫｉｌｌｅｒＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＰｌｕｍ、ＰＳ－ＣＦＰ、Ｄｅｎｄｒａ２、Ｋａｅｄｅ、ＥｏｓＦＰ、ＫｉｋｕｍｅＧＲなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。
【0147】
このように、液滴形成装置４０１では、蛍光染色細胞３５０を縣濁した細胞懸濁液３００を保持する液滴吐出手段１０に、駆動手段２０から駆動信号を供給して、蛍光染色細胞３５０を含有する液滴３１０を吐出させ、飛翔中の液滴３１０に光源３０から光Ｌを照射する。そして、飛翔する液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０が光Ｌを励起光として蛍光Ｌｆを発し、蛍光Ｌｆを受光素子６０が受光する。更に、受光素子６０からの情報に基づいて、細胞数計数手段７０３が、飛翔する液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０の個数を計数（カウント）する。
【0148】
つまり、液滴形成装置４０１では、飛翔する液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０の個数を実際にその場で観察するため、蛍光染色細胞３５０の個数の計数精度を従来よりも向上することが可能となる。又、飛翔する液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０に光Ｌを照射して蛍光Ｌｆを発光させて蛍光Ｌｆを受光素子６０で受光するため、高いコントラストで蛍光染色細胞３５０の画像を得ることが可能となり、蛍光染色細胞３５０の個数の誤計数の発生頻度を低減できる。
【0149】
図１７は、図１３の液滴形成装置４０１の変形例を示す模式図である。図１７に示すように、液滴形成装置４０１Ａは、受光素子６０の前段にミラー４０を配置した点が、液滴形成装置４０１（図１３参照）と相違する。なお、既に説明した実施の形態と同一構成部についての説明は省略する場合がある。
【0150】
このように、液滴形成装置４０１Ａでは、受光素子６０の前段にミラー４０を配置したことにより、受光素子６０のレイアウトの自由度を向上することができる。
【0151】
例えば、ノズル１１１と着滴対象物を近づけた際に、図１３のレイアウトでは着滴対象物と液滴形成装置４０１の光学系（特に受光素子６０）との干渉が発生するおそれがあるが、図１７のレイアウトにすることで、干渉の発生を回避することができる。
【0152】
図１７に示すように、受光素子６０のレイアウトを変更することにより、液滴３１０が着滴する着滴対象物とノズル１１１との距離（ギャップ）を縮めることが可能となり、着滴位置のばらつきを抑制することができる。その結果、分注の精度を向上することが可能となる。
【0153】
図１８は、図１３の液滴形成装置４０１の他の変形例を示す模式図である。図１８に示すように、液滴形成装置４０１Ｂは、蛍光染色細胞３５０から発せられる蛍光Ｌｆ１を受光する受光素子６０に加え、蛍光染色細胞３５０から発せられる蛍光Ｌｆ２を受光する受光素子６１を設けた点が、液滴形成装置４０１（図１３参照）と相違する。なお、既に説明した実施の形態と同一構成部についての説明は省略する場合がある。
【0154】
ここで、蛍光Ｌｆ１及びＬｆ２は、蛍光染色細胞３５０から四方八方に発せられる蛍光の一部を示している。受光素子６０及び６１は、蛍光染色細胞３５０から異なる方向に発せられる蛍光を受光できる任意の位置に配置することができる。なお、蛍光染色細胞３５０から異なる方向に発せられる蛍光を受光できる位置に３つ以上の受光素子を配置してもよい。又、各受光素子は同一仕様としてもよいし、異なる仕様としてもよい。
【0155】
受光素子が１つであると、飛翔する液滴３１０に複数個の蛍光染色細胞３５０が含まれる場合に、蛍光染色細胞３５０同士が重なることに起因して、細胞数計数手段７０３が液滴３１０に含有された蛍光染色細胞３５０の個数を誤計数する（カウントエラーが発生する）おそれがある。
【0156】
図１９Ａ及び図１９Ｂは、飛翔する液滴に２個の蛍光染色細胞が含まれる場合を例示する図である。例えば、図１９Ａに示すように、蛍光染色細胞３５０１と３５０２とに重なりが発生する場合や、図１９Ｂに示すように、蛍光染色細胞３５０１と３５０２とに重なりが発生しない場合があり得る。受光素子を２つ以上設けることで、蛍光染色細胞が重なる影響を低減することが可能である。
【0157】
前述のように、細胞数計数手段７０３は、画像処理により蛍光粒子の輝度値或いは面積値を算出し、算出された輝度値或いは面積値と、予め設定された閾値とを比較することにより、蛍光粒子の個数を計数することができる。
【0158】
受光素子を２つ以上設置する場合，それぞれの受光素子から得られる輝度値或いは面積値のうち、最大値を示すデータを採択することで、カウントエラーの発生を抑制することが可能である。これに関して、図２０を参照して、より詳しく説明する。
【0159】
図２０は、粒子同士の重なりが生じない場合の輝度値Ｌｉと、実測される輝度値Ｌｅとの関係を例示する図である。図２０に示すように、液滴内の粒子同士の重なりがない場合には、Ｌｅ＝Ｌｉとなる。例えば、細胞１個の輝度値をＬｕとすると、細胞数／滴=１個の場合はＬｅ＝Ｌｕであり、粒子数／滴＝ｎ個の場合はＬｅ＝ｎＬｕである（ｎ：自然数）。
【0160】
しかし、実際には、ｎが２以上の場合には粒子同士の重なりが発生し得るため、実測される輝度値はＬｕ≦Ｌｅ≦ｎＬｕ（図２０の網掛部分）となる。そこで、細胞数／滴＝ｎ個の場合、例えば閾値を（ｎＬｕ－Ｌｕ／２）≦閾値＜（ｎＬｕ＋Ｌｕ／２）と設定することができる。そして、複数の受光素子を設置する場合、それぞれの受光素子から得られたデータのうち最大値を示すものを採択することで、カウントエラーの発生を抑制することが可能となる。なお、輝度値に代えて面積値を用いてもよい。
【0161】
また、受光素子を複数設置する場合、得られる複数の形状データを基に、細胞数を推定するアルゴリズムにより粒子数を決定づけてもよい。
このように、液滴形成装置４０１Ｂでは、蛍光染色細胞３５０が異なる方向に発した蛍光を受光する複数の受光素子を有しているため、蛍光染色細胞３５０の個数の誤計数の発生頻度を更に低減できる。
このように、液滴形成装置４０１Ｂでは、蛍光染色細胞３５０が異なる方向に発した蛍光を受光する複数の受光素子を有しているため、蛍光染色細胞３５０の個数の誤計数の発生頻度を更に低減できる。
【0162】
図２１は、図１３の液滴形成装置４０１の他の変形例を示す模式図である。図２１に示すように、液滴形成装置４０１Ｃは、液滴吐出手段１０が液滴吐出手段１０Ｃに置換された点が、液滴形成装置４０１（図１３参照）と相違する。なお、既に説明した実施の形態と同一構成部についての説明は省略する場合がある。
【0163】
液滴吐出手段１０Ｃは、液室１１Ｃと、メンブレン１２Ｃと、駆動素子１３Ｃとを有している。液室１１Ｃは、液室１１Ｃ内を大気に開放する大気開放部１１５を上部に有しており、細胞懸濁液３００中に混入した気泡を大気開放部１１５から排出可能に構成されている。
【0164】
メンブレン１２Ｃは、液室１１Ｃの下端部に固定された膜状部材である。メンブレン１２Ｃの略中心には貫通孔であるノズル１２１が形成されており、液室１１Ｃに保持された細胞懸濁液３００はメンブレン１２Ｃの振動によりノズル１２１から液滴３１０として吐出される。メンブレン１２Ｃの振動の慣性により液滴３１０を形成するため、高表面張力（高粘度）の細胞懸濁液３００でも吐出が可能である。メンブレン１２Ｃの平面形状は、例えば、円形とすることができるが、楕円状や四角形等としてもよい。
【0165】
メンブレン１２Ｃの材質としては特に限定はないが、柔らか過ぎるとメンブレン１２Ｃが簡単に振動し、吐出しないときに直ちに振動を抑えることが困難であるため、ある程度の硬さがある材質を用いることが好ましい。メンブレン１２Ｃの材質としては、例えば、金属材料やセラミック材料、ある程度硬さのある高分子材料等を用いることができる。
【0166】
特に、蛍光染色細胞３５０として細胞を用いる際には、細胞やタンパク質に対する付着性の低い材料であることが好ましい。細胞の付着性は一般的に材質の水との接触角に依存性があると言われており、材質の親水性が高い又は疎水性が高いときには細胞の付着性が低い。親水性の高い材料としては各種金属材料やセラミック（金属酸化物）を用いることが可能であり、疎水性が高い材料としてはフッ素樹脂等を用いることが可能である。
【0167】
このような材料の他の例としては、ステンレス鋼やニッケル、アルミニウム等や、二酸化ケイ素、アルミナ、ジルコニア等を挙げることができる。これ以外にも、材料表面をコーティングすることで細胞接着性を低下させることも考えられる。例えば、材料表面を前述の金属又は金属酸化物材料でコーティングすることや、細胞膜を模した合成リン脂質ポリマー（例えば、日油株式会社製、Ｌｉｐｉｄｕｒｅ）によってコーティングすることが可能である。
【0168】
ノズル１２１は、メンブレン１２Ｃの略中心に実質的に真円状の貫通孔として形成されていることが好ましい。この場合、ノズル１２１の径としては特に限定はないが、蛍光染色細胞３５０がノズル１２１に詰まることを避けるため、蛍光染色細胞３５０の大きさの２倍以上とすることが好ましい。蛍光染色細胞３５０が例えば動物細胞、特にヒトの細胞である場合、ヒトの細胞の大きさは一般的に５μｍ～５０μｍ程度であるため、ノズル１２１の径を、使用する細胞に合わせて１０μｍ以上が好ましく、１００μｍ以上がより好ましい。
【0169】
一方で、液滴が大きくなり過ぎると微小液滴を形成するという目的の達成が困難となるため、ノズル１２１の径は２００μｍ以下であることが好ましい。つまり、液滴吐出手段１０Ｃにおいては、ノズル１２１の径は、典型的には１０μｍ～２００μｍの範囲となる。
【0170】
駆動素子１３Ｃは、メンブレン１２Ｃの下面側に形成されている。駆動素子１３Ｃの形状は、メンブレン１２Ｃの形状に合わせて設計することができる。例えば、メンブレン１２Ｃの平面形状が円形である場合には、ノズル１２１の周囲に平面形状が円環状（リング状）の駆動素子１３Ｃを形成することが好ましい。駆動素子１３Ｃの駆動方式は、駆動素子１３と同様とすることができる。
【0171】
駆動手段２０は、メンブレン１２Ｃを振動させて液滴３１０を形成する吐出波形と、液滴３１０を形成しない範囲でメンブレン１２Ｃを振動させる撹拌波形とを駆動素子１３Ｃに選択的に（例えば、交互に）付与することができる。
【0172】
例えば、吐出波形及び撹拌波形を何れも矩形波とし、吐出波形の駆動電圧よりも撹拌波形の駆動電圧を低くすることで、撹拌波形の印加により液滴３１０が形成されないようにすることができる。つまり、駆動電圧の高低により、メンブレン１２Ｃの振動状態（振動の程度）を制御することができる。
【0173】
液滴吐出手段１０Ｃでは、駆動素子１３Ｃがメンブレン１２Ｃの下面側に形成されているため、駆動素子１３Ｃによりメンブレン１２が振動すると、液室１１Ｃの下部方向から上部方向への流れを生じさせることが可能である。
【0174】
この時、蛍光染色細胞３５０の動きは下から上への運動となり、液室１１Ｃ内で対流が発生して蛍光染色細胞３５０を含有する細胞懸濁液３００の撹拌が起きる。液室１１Ｃの下部方向から上部方向への流れにより、沈降、凝集した蛍光染色細胞３５０が液室１１Ｃの内部に均一に分散する。
【0175】
つまり、駆動手段２０は、吐出波形を駆動素子１３Ｃに加え、メンブレン１２Ｃの振動状態を制御することにより、液室１１Ｃに保持された細胞懸濁液３００をノズル１２１から液滴３１０として吐出させることができる。又、駆動手段２０は、撹拌波形を駆動素子１３Ｃに加え、メンブレン１２Ｃの振動状態を制御することにより、液室１１Ｃに保持された細胞懸濁液３００を撹拌することができる。なお、撹拌時には、ノズル１２１から液滴３１０は吐出されない。
【0176】
このように、液滴３１０を形成していない間に細胞懸濁液３００を撹拌することにより、蛍光染色細胞３５０がメンブレン１２Ｃ上に沈降、凝集することを防ぐと共に、蛍光染色細胞３５０を細胞懸濁液３００中にムラなく分散させることができる。これにより、ノズル１２１の詰まり、及び吐出する液滴３１０中の蛍光染色細胞３５０の個数のばらつきを抑えることが可能となる。その結果、蛍光染色細胞３５０を含有する細胞懸濁液３００を、長時間連続して安定的に液滴３１０として吐出することができる。
【0177】
また、液滴形成装置４０１Ｃにおいて、液室１１Ｃ内の細胞懸濁液３００中に気泡が混入する場合がある。この場合でも、液滴形成装置４０１Ｃでは、液室１１Ｃの上部に大気開放部１１５が設けられているため、細胞懸濁液３００中に混入した気泡を、大気開放部１１５を通じて外気に排出できる。これによって、気泡排出のために大量の液を捨てることなく、連続して安定的に液滴３１０を形成することが可能となる。
【0178】
即ち、ノズル１２１の近傍に気泡が混入した場合や、メンブレン１２Ｃ上に多数の気泡が混入した場合には吐出状態に影響を及ぼすため、長い時間安定的に液滴の形成を行うためには、混入した気泡を排出する必要がある。通常、メンブレン１２Ｃ上に混入した気泡は、自然に若しくはメンブレン１２Ｃの振動によって上方に移動するが、液室１１Ｃには大気開放部１１５が設けられているため、混入した気泡を大気開放部１１５から排出可能となる。そのため、液室１１Ｃに気泡が混入しても不吐出が発生することを防止可能となり、連続して安定的に液滴３１０を形成することができる。
【0179】
なお、液滴を形成しないタイミングで、液滴を形成しない範囲でメンブレン１２Ｃを振動させ、積極的に気泡を液室１１Ｃの上方に移動させてもよい。
【0180】
－電気的又は磁気的な検出する方法－
電気的又は磁気的な検出する方法としては、図２２に示すように、液室１１’から細胞懸濁液を液滴３１０’としてプレート７００’に吐出する吐出ヘッドの直下に、細胞数計数のためのコイル２００がセンサとして設置されている。細胞は特定のタンパク質によって修飾され細胞に接着することが可能な磁気ビーズによって覆うことにより、磁気ビーズが付着した細胞がコイル中を通過する際に発生する誘導電流によって、飛翔液滴中の細胞の有無を検出することが可能である。一般的に、細胞はその表面に細胞特有のタンパク質を有しており、このタンパク質に接着することが可能な抗体を磁気ビーズに修飾することによって、細胞に磁気ビーズを付着させることが可能である。このような磁気ビーズとしては既製品を用いることが可能であり、例えば、株式会社ベリタス製のＤｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）が利用可能である。
電気的又は磁気的な検出する方法としては、図２２に示すように、液室１１’から細胞懸濁液を液滴３１０’としてプレート７００’に吐出する吐出ヘッドの直下に、細胞数計数のためのコイル２００がセンサとして設置されている。細胞は特定のタンパク質によって修飾され細胞に接着することが可能な磁気ビーズによって覆うことにより、磁気ビーズが付着した細胞がコイル中を通過する際に発生する誘導電流によって、飛翔液滴中の細胞の有無を検出することが可能である。一般的に、細胞はその表面に細胞特有のタンパク質を有しており、このタンパク質に接着することが可能な抗体を磁気ビーズに修飾することによって、細胞に磁気ビーズを付着させることが可能である。このような磁気ビーズとしては既製品を用いることが可能であり、例えば、株式会社ベリタス製のＤｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）が利用可能である。
【0181】
［吐出前に細胞を観測する処理］
吐出前に細胞を観測する処理としては、図２３に示すマイクロ流路２５０中を通過してきた細胞３５０’をカウントする方法や、図２４に示す吐出ヘッドのノズル部近傍の画像を取得する方法などが挙げられる。図２３はセルソーター装置において用いられている方法であり、例えば、ソニー株式会社製のセルソーターＳＨ８００Ｚを用いることができる。
図２３では、マイクロ流路２５０中に光源２６０からレーザー光を照射して散乱光や蛍光を、集光レンズ２６５を用いて検出器２５５により検出することによって細胞の有無や、細胞の種類を識別しながら液滴を形成することが可能である。本方法を用いることによって、マイクロ流路２５０中に通過した細胞の数から所定のウェル中に着弾した細胞の数を推測することが可能である。
また、図２４に示す吐出ヘッド１０’としては、Ｃｙｔｅｎａ社製のシングルセルプリンターを用いることが可能である。図２４では、吐出前において、ノズル部近傍をレンズ２６５’を介して、画像取得部２５５’において画像取得した結果からノズル部近傍の細胞３５０”が吐出されたと推定することや、吐出前後の画像から差分により吐出されたと考えられる細胞の数を推定することによって、所定のウェル中に着弾した細胞の数を推測することができる。図２３に示すマイクロ流路中を通過してきた細胞をカウントする方法では、液滴が連続的に生成されるのに対して、図２４は、オンデマンドで液滴形成が可能であるため、より好ましい。
吐出前に細胞を観測する処理としては、図２３に示すマイクロ流路２５０中を通過してきた細胞３５０’をカウントする方法や、図２４に示す吐出ヘッドのノズル部近傍の画像を取得する方法などが挙げられる。図２３はセルソーター装置において用いられている方法であり、例えば、ソニー株式会社製のセルソーターＳＨ８００Ｚを用いることができる。
図２３では、マイクロ流路２５０中に光源２６０からレーザー光を照射して散乱光や蛍光を、集光レンズ２６５を用いて検出器２５５により検出することによって細胞の有無や、細胞の種類を識別しながら液滴を形成することが可能である。本方法を用いることによって、マイクロ流路２５０中に通過した細胞の数から所定のウェル中に着弾した細胞の数を推測することが可能である。
また、図２４に示す吐出ヘッド１０’としては、Ｃｙｔｅｎａ社製のシングルセルプリンターを用いることが可能である。図２４では、吐出前において、ノズル部近傍をレンズ２６５’を介して、画像取得部２５５’において画像取得した結果からノズル部近傍の細胞３５０”が吐出されたと推定することや、吐出前後の画像から差分により吐出されたと考えられる細胞の数を推定することによって、所定のウェル中に着弾した細胞の数を推測することができる。図２３に示すマイクロ流路中を通過してきた細胞をカウントする方法では、液滴が連続的に生成されるのに対して、図２４は、オンデマンドで液滴形成が可能であるため、より好ましい。
【0182】
［着弾後の細胞をカウントする処理］
着弾後の細胞をカウントする処理としては、プレートにおけるウェルを蛍光顕微鏡などにより観測することにより、蛍光染色した細胞を検出する方法を取ることが可能である。この方法は、例えば、Ｓａｎｇｊｕｎ ｅｔ ａｌ．,ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，Ｖｏｌｕｍｅ ６（３），ｅ１７４５５などに記載されている。
着弾後の細胞をカウントする処理としては、プレートにおけるウェルを蛍光顕微鏡などにより観測することにより、蛍光染色した細胞を検出する方法を取ることが可能である。この方法は、例えば、Ｓａｎｇｊｕｎ ｅｔ ａｌ．,ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，Ｖｏｌｕｍｅ ６（３），ｅ１７４５５などに記載されている。
【0183】
液滴の吐出前及び着弾後に、細胞を観測する方法では、以下に述べる問題があるが、生成するプレートの種類によっては吐出中の液滴内の細胞を観測することがもっとも好ましい。吐出前に細胞を観測する手法においては、流路中を通過した細胞数や吐出前（及び吐出後）の画像観測から、着弾したと思われる細胞数を計数するため、実際にその細胞が吐出されたのかどうかの確認は行われておらず、思いがけないエラーが発生することがある。例えば、ノズル部が汚れていることにより液滴が正しく吐出せず、ノズルプレートに付着し、それに伴い液滴中の細胞も着弾しない、といったケースが発生する。他にも、ノズル部の狭い領域に細胞が残留することや、細胞が吐出動作によって想定以上に移動し観測範囲外に出てしまうといった問題の発生も起こりうる。
また、着弾後のプレート上の細胞を検出する手法においても問題がある。まず、プレートとして顕微鏡観察が可能であるものを準備する必要がある。観測可能なプレートとして、一般的に底面が透明かつ平坦なプレート、特に底面がガラス製となっているプレートが用いられるが、特殊なプレートとなってしまうため、一般的なウェルを使用することができなくなる問題がある。また、細胞数が数十個など多いときには、細胞の重なりが発生するため正確な計数ができなくなる問題もある。そのため、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数をセンサ及び粒子数（細胞数）計数手段によって計数することに加えて、吐出前に細胞を観測する処理、着弾後の細胞をカウントする処理を行うことが好ましい。
また、着弾後のプレート上の細胞を検出する手法においても問題がある。まず、プレートとして顕微鏡観察が可能であるものを準備する必要がある。観測可能なプレートとして、一般的に底面が透明かつ平坦なプレート、特に底面がガラス製となっているプレートが用いられるが、特殊なプレートとなってしまうため、一般的なウェルを使用することができなくなる問題がある。また、細胞数が数十個など多いときには、細胞の重なりが発生するため正確な計数ができなくなる問題もある。そのため、液滴の吐出後、かつ液滴のウェルへの着弾前に、液滴に含まれる細胞数をセンサ及び粒子数（細胞数）計数手段によって計数することに加えて、吐出前に細胞を観測する処理、着弾後の細胞をカウントする処理を行うことが好ましい。
【0184】
また、受光素子としては１又は少数の受光部を有する受光素子、例えば、フォトダイオード、アバランシェフォトダイオード、光電子増倍管を用いることが可能であるし、その他に２次元アレイ状に受光素子が設けられたＣＣＤ（Ｃｈａｒｇｅ Ｃｏｐｕｌｅｄ Ｄｅｖｉｃｅ）、ＣＭＯＳ（Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ Ｍｅｔａｌ Ｏｘｉｄｅ Ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）、ゲートＣＣＤなど二次元センサを用いることも可能である。
１又は少数の受光部を有する受光素子を用いる際には、蛍光強度から細胞が何個入っているかを予め用意された検量線を用いて決定することも考えられるが、主として飛翔液滴中の細胞有無を二値的に検出することが行われる。細胞懸濁液の細胞濃度が十分に低く、液滴中に細胞が１個又は０個しかほぼ入らない状態で吐出を行う際には、二値的な検出で十分精度よく計数を行うことが可能である。細胞懸濁液中で細胞はランダムに配置していることを前提とすれば、飛翔液滴中の細胞数はポアソン分布に従うと考えられ、液滴中に細胞数が２個以上入る確率Ｐ（＞２）は下記式（１）で表される。図２５は、確率Ｐ（＞２）と平均細胞数の関係を表すグラフである。ここで、λは液滴中の平均細胞数であり、細胞懸濁液中の細胞濃度に吐出液滴の体積を乗じたものになる。
Ｐ（＞２）＝１－（１＋λ）×ｅ－λ ・・・ 式（１）
１又は少数の受光部を有する受光素子を用いる際には、蛍光強度から細胞が何個入っているかを予め用意された検量線を用いて決定することも考えられるが、主として飛翔液滴中の細胞有無を二値的に検出することが行われる。細胞懸濁液の細胞濃度が十分に低く、液滴中に細胞が１個又は０個しかほぼ入らない状態で吐出を行う際には、二値的な検出で十分精度よく計数を行うことが可能である。細胞懸濁液中で細胞はランダムに配置していることを前提とすれば、飛翔液滴中の細胞数はポアソン分布に従うと考えられ、液滴中に細胞数が２個以上入る確率Ｐ（＞２）は下記式（１）で表される。図２５は、確率Ｐ（＞２）と平均細胞数の関係を表すグラフである。ここで、λは液滴中の平均細胞数であり、細胞懸濁液中の細胞濃度に吐出液滴の体積を乗じたものになる。
Ｐ（＞２）＝１－（１＋λ）×ｅ－λ ・・・ 式（１）
【0185】
二値的な検出で細胞数計数を行う場合には、確率Ｐ（＞２）が十分小さい値であることが精度を確保する上では好ましく、確率Ｐ（＞２）が１％以下となるλ＜０．１５であることが好ましい。光源としては、細胞の蛍光を励起できるものであれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、水銀ランプやハロゲンランプなどの一般的なランプに特定の波長を照射するようにフィルタをかけたものや、ＬＥＤ（Ｌｉｇｈｔ Ｅｍｉｔｔｉｎｇ Ｄｉｏｄｅ）、レーザーなどを用いることが可能である。ただし、特に１ｎＬ以下の微小な液滴を形成するときには、狭い領域に高い光強度を照射する必要があるため、レーザーを用いるのが好ましい。レーザー光源としては、固体レーザーやガスレーザー、半導体レーザーなど一般的に知られている多種のレーザーを用いることが可能である。また、励起光源としては、液滴が通過する領域を連続的に照射したものであってもよいし、液滴の吐出に同期して液滴吐出動作に対して所定時間遅延を付けたタイミングでパルス的に照射するものであってもよい。
【0186】
＜＜細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程における推定する核酸の数の確からしさを算出する工程＞＞
細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程における推定する核酸の数の確からしさを算出する工程は、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程それぞれの工程における確からしさを算出する工程である。
当該推定する核酸の数の確からしさの算出は、細胞懸濁液生成工程における確からしさと同様に算出することができる。
なお、確からしさの算出タイミングは、細胞数計数工程の次工程で、纏めて算出してもよいし、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程の各工程の最後に算出し、細胞数計数工程の次工程で各不確かさを合成して算出してもよい。言い換えれば、上記各工程での確からしさは、合成算出までに適宜算出しておけばよい。
細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程における推定する核酸の数の確からしさを算出する工程は、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程それぞれの工程における確からしさを算出する工程である。
当該推定する核酸の数の確からしさの算出は、細胞懸濁液生成工程における確からしさと同様に算出することができる。
なお、確からしさの算出タイミングは、細胞数計数工程の次工程で、纏めて算出してもよいし、細胞懸濁液生成工程、液滴着弾工程、及び細胞数計数工程の各工程の最後に算出し、細胞数計数工程の次工程で各不確かさを合成して算出してもよい。言い換えれば、上記各工程での確からしさは、合成算出までに適宜算出しておけばよい。
【0187】
＜＜出力工程＞＞
出力工程は、ウェル内に着弾した細胞懸濁液に含まれる細胞数を、センサにより測定された検出結果に基づいて細胞数計数手段にて計数された値を出力する工程である。
計数された値とは、センサにより測定された検出結果から、細胞数計数手段にて当該ウェルに含まれる細胞数を意味する。
出力とは、原動機、通信機、計算機などの装置が入力を受けて計数された値を外部の計数結果記憶手段としてのサーバに電子情報として送信することや、計数された値を印刷物として印刷することを意味する。
出力工程は、ウェル内に着弾した細胞懸濁液に含まれる細胞数を、センサにより測定された検出結果に基づいて細胞数計数手段にて計数された値を出力する工程である。
計数された値とは、センサにより測定された検出結果から、細胞数計数手段にて当該ウェルに含まれる細胞数を意味する。
出力とは、原動機、通信機、計算機などの装置が入力を受けて計数された値を外部の計数結果記憶手段としてのサーバに電子情報として送信することや、計数された値を印刷物として印刷することを意味する。
【0188】
出力工程は、プレートの生成時に、プレートにおける各ウェルの細胞数又は核酸数を観察又は推測し、観測値又は推測値、外部の記憶部に出力する。
出力は、細胞数計数工程と同時に行ってもよく、細胞数計数工程の後に行ってもよい。
出力は、細胞数計数工程と同時に行ってもよく、細胞数計数工程の後に行ってもよい。
【0189】
＜＜記録工程＞＞
記録工程は、出力工程において、出力された観測値又は推測値を記録する工程である。
記録工程は、記録部において好適に実施することができる。
記録は、出力工程と同時に行ってもよく、出力工程の後に行ってもよい。
記録とは、記録媒体に情報を付与することだけでなく、記録部に情報を保存することも含む意味である。
記録工程は、出力工程において、出力された観測値又は推測値を記録する工程である。
記録工程は、記録部において好適に実施することができる。
記録は、出力工程と同時に行ってもよく、出力工程の後に行ってもよい。
記録とは、記録媒体に情報を付与することだけでなく、記録部に情報を保存することも含む意味である。
【0190】
＜＜核酸抽出工程＞＞
核酸抽出工程は、ウェル内の細胞からｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を抽出する工程である。
抽出とは、細胞膜や細胞壁などを破壊し、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸をぬき出すことを意味する。
核酸抽出工程は、ウェル内の細胞からｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を抽出する工程である。
抽出とは、細胞膜や細胞壁などを破壊し、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸をぬき出すことを意味する。
【0191】
細胞からｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を抽出する方法としては、９０℃～１００℃で熱処理する方法が知られている。９０℃以下で熱処理すると核酸が抽出されない可能性があり、１００℃以上で熱処理すると核酸が分解される可能性がある。このとき界面活性剤を添加し熱処理することが好ましい。
【0192】
界面活性剤としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、イオン性界面活性剤、非イオン性界面活性剤などが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、添加量にもよるが、タンパク質を変性・失活させない点から、非イオン性界面活性剤が好ましい。
【0193】
イオン性界面活性剤としては、例えば、脂肪酸ナトリウム、脂肪酸カリウム、アルファスルホ脂肪酸エステルナトリウム、直鎖アルキルベンゼンスルホン酸ナトリウム、アルキル硫酸エステルナトリウム、アルキルエーテル硫酸エステルナトリウム、アルファオレフィンスルホン酸ナトリウムなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、脂肪酸ナトリウムが好ましく、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）がより好ましい。
【0194】
非イオン性界面活性剤としては、例えば、アルキルグリコシド、アルキルポリオキシエチレンエーテル（Ｂｒｉｊシリーズ等）、オクチルフェノールエトキシレート（Ｔｏｔｉｔｏｎ Ｘシリーズ、Ｉｇｅｐａｌ ＣＡシリーズ、Ｎｏｎｉｄｅｔ Ｐシリーズ、Ｎｉｋｋｏｌ ＯＰシリーズ等）、ポリソルベート類（Ｔｗｅｅｎ２０等のＴｗｅｅｎシリーズなど）、ソルビタン脂肪酸エステル、ポリオキシエチレン脂肪酸エステル、アルキルマルトシド、ショ糖脂肪酸エステル、グリコシド脂肪酸エステル、グリセリン脂肪酸エステル、プロピレングリコール脂肪酸エステル、脂肪酸モノグリセリドなどが挙げられる。これらは、１種単独で使用してもよいし、２種以上を併用してもよい。これらの中でも、ポリソルベート類が好ましい。
【0195】
界面活性剤の含有量としては、ウェル中の細胞懸濁液全量に対して、０．０１質量％以上５．００質量％以下が好ましい。含有量が、０．０１質量％以上であると、核酸抽出に対して効果を発揮でき、５．００質量％以下であると、ＰＣＲの際に増幅の阻害を防止することができるため、両方の効果を得られる数値範囲として上記０．０１質量％以上５．００質量％以下が好適である。
細胞壁を保有している細胞に関しては、上記の方法で十分に核酸抽出されないことがある。その場合、例えば、浸透圧ショック法、凍結融解法、酵素消化法、核酸抽出用キットの使用、超音波処理法、フレンチプレス法、ホモジナイザーなどの方式などが挙げられる。これらの中でも、抽出核酸のロスが少ないことから、酵素消化法が好ましい。
細胞壁を保有している細胞に関しては、上記の方法で十分に核酸抽出されないことがある。その場合、例えば、浸透圧ショック法、凍結融解法、酵素消化法、核酸抽出用キットの使用、超音波処理法、フレンチプレス法、ホモジナイザーなどの方式などが挙げられる。これらの中でも、抽出核酸のロスが少ないことから、酵素消化法が好ましい。
【0196】
＜＜その他の工程＞＞
その他の工程としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、酵素失活工程などが挙げられる。
その他の工程としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、酵素失活工程などが挙げられる。
【0197】
－酵素失活工程－
酵素失活工程は、酵素を失活させる工程である。
酵素としては、例えば、ＤＮａｓｅ、ＲＮａｓｅ、核酸抽出工程においてｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を抽出するために使用した酵素などが挙げられる。
酵素を失活させる方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、公知の方法を好適に用いることができる。
酵素失活工程は、酵素を失活させる工程である。
酵素としては、例えば、ＤＮａｓｅ、ＲＮａｓｅ、核酸抽出工程においてｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を抽出するために使用した酵素などが挙げられる。
酵素を失活させる方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、公知の方法を好適に用いることができる。
【0198】
次に、本発明のデバイスを用いた核酸の検査方法、核酸の検査装置、及び核酸の検査プログラムについて以下に詳しく説明する。
【0199】
（核酸の検査方法、核酸の検査装置、及び核酸の検査プログラム）
本発明の核酸の検査方法は、
本発明のデバイスを用い、検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する工程を含み、更に必要に応じてその他の工程を含む。
また、本発明の核酸の検査方法は、
検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する核酸の検査方法であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含み、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果、及び前記検査対象の試料の増幅結果を取得する、取得工程と、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と前記検査対象の試料の増幅結果とを分析する、分析工程とを含むことがより好ましく、
更に必要に応じてその他の工程を含む。
本発明の核酸の検査方法は、
本発明のデバイスを用い、検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する工程を含み、更に必要に応じてその他の工程を含む。
また、本発明の核酸の検査方法は、
検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する核酸の検査方法であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含み、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果、及び前記検査対象の試料の増幅結果を取得する、取得工程と、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と前記検査対象の試料の増幅結果とを分析する、分析工程とを含むことがより好ましく、
更に必要に応じてその他の工程を含む。
【0200】
本発明の核酸の検査装置は、
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査装置であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定手段を、有し、更に必要に応じてその他の手段を有する。
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査装置であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定手段を、有し、更に必要に応じてその他の手段を有する。
【0201】
本発明の核酸の検査プログラムは、
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査プログラムであって、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、処理をコンピュータに実行させ、更に必要に応じてその他の処理を実行させる。
特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査プログラムであって、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、処理をコンピュータに実行させ、更に必要に応じてその他の処理を実行させる。
【0202】
本発明の核酸の検査装置における制御部等が行う制御は、本発明の核酸の検査方法を実施することと同義であるので、本発明の核酸の検査装置の説明を通じて本発明の核酸の検査方法の詳細についても明らかにする。また、本発明の核酸の検査プログラムは、ハードウェア資源としてのコンピュータ等を用いることにより、本発明の核酸の検査装置として実現させることから、本発明の核酸の検査装置の説明を通じて本発明の核酸の検査プログラムの詳細についても明らかにする。
【0203】
本発明の核酸の検査方法、本発明の核酸の検査装置、及び核酸の検査プログラムは、本発明では、一定の精度で特定のコピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を各ウェルに一定以下の変動係数（一定以上の充填精度）で分注した本発明のデバイスを用いることを前提とする。
本発明のデバイスを用いて、検査対象の試料において増幅反応を行うことにより、試料に含まれる核酸を検出することができ、特にこの核酸が低コピー数である場合であっても、偽陰性の判定をより確実に回避し、陽性及び陰性の正確な定性検査を行うことができ、陰性の判定精度をより向上させることができる。
また、本発明によれば、陰性との判定結果となった場合には、検査対象の試料にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が存在するとしても、少なくとも参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数以下、検出限界以下であることを保証する。つまり、本発明は、検査対象の試料にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が存在しなかったというあいまいな「陰性」という判定結果に対し、量的な観点からも保証している。
本発明において、「低コピー数」とは、コピー数が少ないことをいう。
本発明の核酸の検査方法、本発明の核酸の検査装置、及び核酸の検査プログラムは、低コピー数の核酸を含む検査対象の試料に対し、より効果を発揮するものである。例えば、検査対象の試料に含まれているｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数は１，０００以下であり、５００以下が好ましく、２００以下がより好ましく、１００以下がさらに好ましく、１０以下が特に好ましい。
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、その核酸のコピー数が特定の数であり、そのコピー数が既知である。前記特定コピー数としては、本発明のデバイスと同様のものであるため、説明を省略する。
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数は１，０００以下であり、５００以下が好ましく、２００以下がより好ましく、１００以下がさらに好ましく、１０以下が特に好ましい。
本発明のデバイスを用いて、検査対象の試料において増幅反応を行うことにより、試料に含まれる核酸を検出することができ、特にこの核酸が低コピー数である場合であっても、偽陰性の判定をより確実に回避し、陽性及び陰性の正確な定性検査を行うことができ、陰性の判定精度をより向上させることができる。
また、本発明によれば、陰性との判定結果となった場合には、検査対象の試料にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が存在するとしても、少なくとも参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数以下、検出限界以下であることを保証する。つまり、本発明は、検査対象の試料にｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が存在しなかったというあいまいな「陰性」という判定結果に対し、量的な観点からも保証している。
本発明において、「低コピー数」とは、コピー数が少ないことをいう。
本発明の核酸の検査方法、本発明の核酸の検査装置、及び核酸の検査プログラムは、低コピー数の核酸を含む検査対象の試料に対し、より効果を発揮するものである。例えば、検査対象の試料に含まれているｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数は１，０００以下であり、５００以下が好ましく、２００以下がより好ましく、１００以下がさらに好ましく、１０以下が特に好ましい。
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は、その核酸のコピー数が特定の数であり、そのコピー数が既知である。前記特定コピー数としては、本発明のデバイスと同様のものであるため、説明を省略する。
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数は１，０００以下であり、５００以下が好ましく、２００以下がより好ましく、１００以下がさらに好ましく、１０以下が特に好ましい。
【0204】
＜判定工程及び判定部＞
前記判定工程は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を用い、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料が増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する工程であり、判定部により実施される。
前記判定工程は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を用い、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料が増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する工程であり、判定部により実施される。
【0205】
従来技術のように、定量的ＰＣＲを行う際のコントロールに用いる参照用の核酸は段階希釈法により調製されているため、低コピー数の核酸においては、定量的ＰＣＲの測定結果のばらつき（例えば、ＣＴ（Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｃｙｃｌｅ）値のばらつき）が大きく高精度な検出結果の判定ができない可能性がある。
これに対して、本発明の核酸の検査方法は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を高精度にウェル内に配した本発明のデバイスを用いることにより、低コピー数の核酸においても、定量的ＰＣＲの測定結果のばらつき（例えば、ＣＴ値のばらつき）を小さくすることができ、高精度な検出結果の判定ができる。
よって、本発明の核酸の検査方法は、低コピー数の核酸における定量的ＰＣＲの測定結果のばらつき（例えば、ＣＴ値のばらつき）が小さく、参照用の核酸の検出結果の信頼性が高いため、検査対象の試料に含まれる核酸が低コピー数であっても、検出結果を偽陰性とする判定をより確実に回避することができる。そして、陰性の判定精度をより向上させることができ、陽性及び陰性の正確な定性を行うことができる。
さらに、本発明の核酸の検査方法は、コピー数の異なる特定コピー数の核酸を低コピー数であっても高精度にウェル内に配することができるため、検査対象の試料に含まれる核酸が低コピー数であっても検査対象の試料に含まれる核酸の量を正確に定量することができる。
これに対して、本発明の核酸の検査方法は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を高精度にウェル内に配した本発明のデバイスを用いることにより、低コピー数の核酸においても、定量的ＰＣＲの測定結果のばらつき（例えば、ＣＴ値のばらつき）を小さくすることができ、高精度な検出結果の判定ができる。
よって、本発明の核酸の検査方法は、低コピー数の核酸における定量的ＰＣＲの測定結果のばらつき（例えば、ＣＴ値のばらつき）が小さく、参照用の核酸の検出結果の信頼性が高いため、検査対象の試料に含まれる核酸が低コピー数であっても、検出結果を偽陰性とする判定をより確実に回避することができる。そして、陰性の判定精度をより向上させることができ、陽性及び陰性の正確な定性を行うことができる。
さらに、本発明の核酸の検査方法は、コピー数の異なる特定コピー数の核酸を低コピー数であっても高精度にウェル内に配することができるため、検査対象の試料に含まれる核酸が低コピー数であっても検査対象の試料に含まれる核酸の量を正確に定量することができる。
【0206】
例えば、従来技術のように、コントロールに用いる参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、例えば、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果及び参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果から、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡなどの核酸の検出について判定すると、下記表２で示されるような結果となる。
【0207】
【表2】
【0208】
表２で示されるように、増幅反応結果には、（１）前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）、及び参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の両方に増幅が認められる場合と、（２）参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸には増幅が認められ、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）には増幅が認められない場合と、（３）前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）には増幅が認められ、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸には増幅が認められない場合と、（４）前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）、及び参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の両方に増幅が認められない場合の４通りのパターンが存在する。
表２で示されるように、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、上記（１）から（４）の結果に対し、以下のように判定できる。
（１）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確認できる。さらに、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していることが確認できる。
（２）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確認できる。しかし、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在しているか否かについては特定できない。参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていないので、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していないのか（陰性）、それとも存在するが判別できず陰性と誤って判定したのか（偽陰性）、いずれの場合であるか特定できない。特に、核酸のコピー数が低コピー数である場合には、この陰性か偽陰性かの判断はより困難となる。
（３）及び（４）の場合は、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸に増幅が認められないことから、何らかの原因（例えば、反応温度条件、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の調製、サーマルサイクラー、及びリアルタイムＰＣＲ装置の設定など）によりＰＣＲ反応が進行しなかったこと、又は参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が検出限界値に対して不十分であったことなどが想定され、「ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数を見直す必要あり」と判定される。参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、コピー数のばらつきが大きいため、検出限界値以上のコピー数である確率が低下し、必然的に（３）及び（４）の試験結果となる頻度が増大する。そのため、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、検出限界値よりも２～３倍程度多いコピー数で試験を行うこと必要がある。
表２で示されるように、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、上記（１）から（４）の結果に対し、以下のように判定できる。
（１）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確認できる。さらに、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していることが確認できる。
（２）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確認できる。しかし、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在しているか否かについては特定できない。参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていないので、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していないのか（陰性）、それとも存在するが判別できず陰性と誤って判定したのか（偽陰性）、いずれの場合であるか特定できない。特に、核酸のコピー数が低コピー数である場合には、この陰性か偽陰性かの判断はより困難となる。
（３）及び（４）の場合は、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸に増幅が認められないことから、何らかの原因（例えば、反応温度条件、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の調製、サーマルサイクラー、及びリアルタイムＰＣＲ装置の設定など）によりＰＣＲ反応が進行しなかったこと、又は参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が検出限界値に対して不十分であったことなどが想定され、「ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数を見直す必要あり」と判定される。参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、コピー数のばらつきが大きいため、検出限界値以上のコピー数である確率が低下し、必然的に（３）及び（４）の試験結果となる頻度が増大する。そのため、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できていない場合には、検出限界値よりも２～３倍程度多いコピー数で試験を行うこと必要がある。
【0209】
一方、本発明のように、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できている場合には、例えば、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果及び特定コピー数の参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果から、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の検出について判定すると、下記表３で示されるような結果となる。
【0210】
【表3】
【0211】
表３で示されるように、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定されている場合には、上記（１）から（４）の結果に対し、以下のように判定できる。
（１）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確定できる。さらに、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していることが確定できる。核酸のコピー数が低コピー数の場合であっても、「陽性」との判定結果を保証することができる。
（２）の場合は、検出限界以下で検出が認められないため、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在しないといえる。上記表２において、（２）の場合には、陰性か偽陰性か特定できなかったのが、本発明による表３の結果では、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できているため、「陰性」と結論付けることが可能になる。
本発明により、偽陰性の判定をより確実に排除することができる。本発明は、偽陰性を低減化するとともに、少なくとも参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数以下、検出限界以下であるとして「陰性」という判定結果を保証することができる。
（３）及び（４）の場合は、参照用の特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸に増幅が認められないことから、何らかの原因（例えば、反応温度条件、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の調製、サーマルサイクラー、及びリアルタイムＰＣＲ装置の設定など）によりＰＣＲ反応が進行しなかったこと、又は参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が検出限界値に対して不十分であったことなどが想定され、「ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要あり」と判定される。
（１）の場合は、ＰＣＲ反応による実験が成功したことが確定できる。さらに、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）が存在していることが確定できる。核酸のコピー数が低コピー数の場合であっても、「陽性」との判定結果を保証することができる。
（２）の場合は、検出限界以下で検出が認められないため、前記検査対象の試料中に検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在しないといえる。上記表２において、（２）の場合には、陰性か偽陰性か特定できなかったのが、本発明による表３の結果では、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が特定できているため、「陰性」と結論付けることが可能になる。
本発明により、偽陰性の判定をより確実に排除することができる。本発明は、偽陰性を低減化するとともに、少なくとも参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数以下、検出限界以下であるとして「陰性」という判定結果を保証することができる。
（３）及び（４）の場合は、参照用の特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸に増幅が認められないことから、何らかの原因（例えば、反応温度条件、参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の調製、サーマルサイクラー、及びリアルタイムＰＣＲ装置の設定など）によりＰＣＲ反応が進行しなかったこと、又は参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸のコピー数が検出限界値に対して不十分であったことなどが想定され、「ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要あり」と判定される。
【0212】
本発明の核酸の検査方法において、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の検出限界値と、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の検出限界値とは同等であるとよい。
それにより、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果をもとに得られた検出限界値を使って、検査対象である核酸の検出限界値とみなすことができる。
それにより、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果をもとに得られた検出限界値を使って、検査対象である核酸の検出限界値とみなすことができる。
【0213】
また、本発明の核酸の検査方法は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含むウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）が配されるウェルに対し、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）とは異なる増幅可能な試薬を充填し、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）、及び前記増幅可能な試薬を、増幅反応に供するとよい。
即ち、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）とは異なる前記増幅可能な試薬を、一定量用いて、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）と同一のウェルに配し、増幅反応を行う。前記増幅可能な試薬が増幅されれば、前記増幅可能な試薬が配されているそのウェルにおいて、増幅反応が成功したと認められる。これにより、前記増幅可能な試薬と同じウェルにおける前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果の信頼性がより担保される。ここで、一定量とは十分に検出可能な量であるとよい。
よって、核酸の検査方法は、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記増幅可能な試薬、及び前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記増幅可能な試薬が増幅され、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）が増幅されない場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると、より確実に結果を判定することができる。
前記増幅可能な試薬としては、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）とは異なる核酸であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、前述した「－核酸－」の項で説明した核酸を用いることができる。本発明の核酸の検査方法においては、前記増幅可能な試薬としては、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）とは明確に区別することができるため、自然界に存在しない非天然の核酸を用いてもよい。
即ち、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）とは異なる前記増幅可能な試薬を、一定量用いて、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）と同一のウェルに配し、増幅反応を行う。前記増幅可能な試薬が増幅されれば、前記増幅可能な試薬が配されているそのウェルにおいて、増幅反応が成功したと認められる。これにより、前記増幅可能な試薬と同じウェルにおける前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果の信頼性がより担保される。ここで、一定量とは十分に検出可能な量であるとよい。
よって、核酸の検査方法は、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記増幅可能な試薬、及び前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記増幅可能な試薬が増幅され、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）が増幅されない場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると、より確実に結果を判定することができる。
前記増幅可能な試薬としては、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）とは異なる核酸であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、前述した「－核酸－」の項で説明した核酸を用いることができる。本発明の核酸の検査方法においては、前記増幅可能な試薬としては、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）とは明確に区別することができるため、自然界に存在しない非天然の核酸を用いてもよい。
【0214】
さらに、本発明の核酸の検査方法は、前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、所定の特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと、前記一のウェルにおける前記特定コピー数と異なる特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む他のウェルとを含み、
前記特定コピー数が異なる前記一のウェル及び前記他のウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と、前記検査対象の試料とを増幅反応に供し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの量を判定することが好ましい。
このように、異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと他のウェルを有する本発明のデバイスを用いることにより、前記検査対象の試料に含まれる検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を定量することができる。
即ち、該デバイスを用いて、前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、検査対象の試料ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を判定することができる。
前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを比較して検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を判定する方法としては、例えば、前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果から検量線を作成し、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の増幅結果から検量線に基づき定量する方法などが挙げられる。
前記特定コピー数が異なる前記一のウェル及び前記他のウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と、前記検査対象の試料とを増幅反応に供し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの量を判定することが好ましい。
このように、異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと他のウェルを有する本発明のデバイスを用いることにより、前記検査対象の試料に含まれる検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を定量することができる。
即ち、該デバイスを用いて、前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、検査対象の試料ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を判定することができる。
前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを比較して検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の量を判定する方法としては、例えば、前記異なる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果から検量線を作成し、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）の増幅結果から検量線に基づき定量する方法などが挙げられる。
【0215】
＜検査結果取得工程及び検査結果取得部＞
前記検査結果取得工程は、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得する工程であり、検査結果取得部により実施される。
前記検査結果取得部１３１は、ＰＣＲ反応により得られた、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得する。尚、係る取得した増幅結果のデータは、検査結果データベース１４１に記憶される。
前記検査結果取得工程は、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得する工程であり、検査結果取得部により実施される。
前記検査結果取得部１３１は、ＰＣＲ反応により得られた、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得する。尚、係る取得した増幅結果のデータは、検査結果データベース１４１に記憶される。
【0216】
＜検査結果分析工程及び検査結果分析部＞
前記検査結果分析工程は、取得した特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、取得した検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを分析する工程であり、検査結果分析部により実施される。
前記検査結果分析部１３２は、検査結果データベース１４１に記憶された増幅結果のデータを取得する。そして、そのデータをもとに、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められたか否か、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）について増幅が認められたか否かを分析する。
前記検査結果分析工程は、取得した特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、取得した検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを分析する工程であり、検査結果分析部により実施される。
前記検査結果分析部１３２は、検査結果データベース１４１に記憶された増幅結果のデータを取得する。そして、そのデータをもとに、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められたか否か、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡが含まれている可能性のある試料）について増幅が認められたか否かを分析する。
【0217】
本発明に係る核酸の検査プログラムによる処理は、核酸の検査装置を構成する制御部を有するコンピュータを用いて実行することができる。
以下、核酸の検査装置のハードウェア構成、及び機能構成について説明する。
以下、核酸の検査装置のハードウェア構成、及び機能構成について説明する。
【0218】
＜核酸の検査装置のハードウェア構成＞
図２６は、核酸の検査装置１００のハードウェア構成の一例を示すブロック図である。
図２６で示すように、核酸の検査装置１００は、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）１０１、主記憶装置１０２、補助記憶装置１０３、出力装置１０４、入力装置１０５の各部を有する。これらの各部は、バス１０６を介してそれぞれ接続されている。
ＣＰＵ１０１は、種々の制御や演算を行う処理装置である。ＣＰＵ１０１は、主記憶装置１０２などが記憶するＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）やプログラムを実行することにより、種々の機能を実現する。即ち、ＣＰＵ１０１は、本実施例では、核酸の検査プログラムを実行することにより、核酸の検査装置１００の制御部１３０として機能する。
また、ＣＰＵ１０１は、核酸の検査装置１００全体の動作を制御する。尚、本実施例では、核酸の検査装置１００全体の動作を制御する装置をＣＰＵ１０１としたが、これに限ることなく、例えば、ＦＰＧＡ（Ｆｉｅｌｄ Ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ Ｇａｔｅ Ａｒｒａｙ）などとしてもよい。
図２６は、核酸の検査装置１００のハードウェア構成の一例を示すブロック図である。
図２６で示すように、核酸の検査装置１００は、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）１０１、主記憶装置１０２、補助記憶装置１０３、出力装置１０４、入力装置１０５の各部を有する。これらの各部は、バス１０６を介してそれぞれ接続されている。
ＣＰＵ１０１は、種々の制御や演算を行う処理装置である。ＣＰＵ１０１は、主記憶装置１０２などが記憶するＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）やプログラムを実行することにより、種々の機能を実現する。即ち、ＣＰＵ１０１は、本実施例では、核酸の検査プログラムを実行することにより、核酸の検査装置１００の制御部１３０として機能する。
また、ＣＰＵ１０１は、核酸の検査装置１００全体の動作を制御する。尚、本実施例では、核酸の検査装置１００全体の動作を制御する装置をＣＰＵ１０１としたが、これに限ることなく、例えば、ＦＰＧＡ（Ｆｉｅｌｄ Ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ Ｇａｔｅ Ａｒｒａｙ）などとしてもよい。
【0219】
核酸の検査プログラムや各種データベースは、必ずしも主記憶装置１０２や、補助記憶装置１０３などに記憶されていなくともよい。インターネット、ＬＡＮ（Ｌｏｃａｌ Ａｒｅａ Ｎｅｔｗｏｒｋ）、ＷＡＮ（Ｗｉｄｅ Ａｒｅａ Ｎｅｔｗｏｒｋ）などを介して、核酸の検査装置１００に接続される他の情報処理装置などに核酸の検査プログラムや各種データベースを記憶させてもよい。核酸の検査装置１００がこれら他の情報処理装置から核酸の検査プログラムや各種データベースを取得して実行するようにしてもよい。
主記憶装置１０２は、各種プログラムを記憶し、各種プログラムを実行するために必要なデータ等を記憶する。
主記憶装置１０２は、図示しない、ＲＯＭ（Ｒｅｅｄ Ｏｎｌｙ Ｍｅｍｏｒｙ）と、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）と、を有する。
ＲＯＭは、ＢＩＯＳ（Ｂａｓｉｃ Ｉｎｐｕｔ／Ｏｕｔｐｕｔ Ｓｙｓｔｅｍ）等の各種プログラムなどを記憶している。
ＲＡＭは、ＲＯＭに記憶された各種プログラムがＣＰＵ１０１により実行される際に展開される作業範囲として機能する。ＲＡＭとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。ＲＡＭとしては、例えば、ＤＲＡＭ（Ｄｙｎａｍｉｃ Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）、ＳＲＡＭ（Ｓｔａｔｉｃ Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）などが挙げられる。
補助記憶装置１０３としては、各種情報を記憶できれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ソリッドステートドライブ、ハードディスクドライブなどが挙げられる。また、補助記憶装置１０３は、例えば、ＣＤ（Ｃｏｍｐａｃｔ Ｄｉｓｃ）ドライブ、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ Ｄｉｓｃ）ドライブ、ＢＤ（Ｂｌｕ－ｒａｙ（登録商標） Ｄｉｓｃ）ドライブなどの可搬記憶装置としてもよい。
主記憶装置１０２は、各種プログラムを記憶し、各種プログラムを実行するために必要なデータ等を記憶する。
主記憶装置１０２は、図示しない、ＲＯＭ（Ｒｅｅｄ Ｏｎｌｙ Ｍｅｍｏｒｙ）と、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）と、を有する。
ＲＯＭは、ＢＩＯＳ（Ｂａｓｉｃ Ｉｎｐｕｔ／Ｏｕｔｐｕｔ Ｓｙｓｔｅｍ）等の各種プログラムなどを記憶している。
ＲＡＭは、ＲＯＭに記憶された各種プログラムがＣＰＵ１０１により実行される際に展開される作業範囲として機能する。ＲＡＭとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。ＲＡＭとしては、例えば、ＤＲＡＭ（Ｄｙｎａｍｉｃ Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）、ＳＲＡＭ（Ｓｔａｔｉｃ Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）などが挙げられる。
補助記憶装置１０３としては、各種情報を記憶できれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ソリッドステートドライブ、ハードディスクドライブなどが挙げられる。また、補助記憶装置１０３は、例えば、ＣＤ（Ｃｏｍｐａｃｔ Ｄｉｓｃ）ドライブ、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ Ｄｉｓｃ）ドライブ、ＢＤ（Ｂｌｕ－ｒａｙ（登録商標） Ｄｉｓｃ）ドライブなどの可搬記憶装置としてもよい。
【0220】
出力装置１０４は、ディスプレイやスピーカーなどを用いることができる。ディスプレイとしては、特に制限はなく、適宜公知のものを用いることができ、例えば、液晶ディスプレイ、有機ＥＬディスプレイが挙げられる。
入力装置１０５は、核酸の検査装置１００に対する各種要求を受け付けることができれば、特に制限はなく、適宜公知のものを用いることができ、例えば、キーボード、マウス、タッチパネルなどが挙げられる。
以上のようなハードウェア構成によって、核酸の検査装置１００の処理機能を実現することができる。
入力装置１０５は、核酸の検査装置１００に対する各種要求を受け付けることができれば、特に制限はなく、適宜公知のものを用いることができ、例えば、キーボード、マウス、タッチパネルなどが挙げられる。
以上のようなハードウェア構成によって、核酸の検査装置１００の処理機能を実現することができる。
【0221】
＜核酸の検査装置の機能構成＞
図２７は、核酸の検査装置１００の機能構成の一例を示す図である。
この図２７に示すように、核酸の検査装置１００は、入力部１１０、出力部１２０、制御部１３０、記憶部１４０、を有する。
制御部１３０は、検査結果取得部１３１と、検査結果分析部１３２と、判定部１３３と、を有する。制御部１３０は、核酸の検査装置１００全体を制御する。
記憶部１４０は、検査結果データベース１４１と、判定結果データベース１４２と、を有する。以下、「データベース」を「ＤＢ」と称することもある。
図２７は、核酸の検査装置１００の機能構成の一例を示す図である。
この図２７に示すように、核酸の検査装置１００は、入力部１１０、出力部１２０、制御部１３０、記憶部１４０、を有する。
制御部１３０は、検査結果取得部１３１と、検査結果分析部１３２と、判定部１３３と、を有する。制御部１３０は、核酸の検査装置１００全体を制御する。
記憶部１４０は、検査結果データベース１４１と、判定結果データベース１４２と、を有する。以下、「データベース」を「ＤＢ」と称することもある。
【0222】
検査結果取得部１３１は、ＰＣＲ反応により得られた、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得する。制御部１３０は、係る取得した増幅結果のデータを、検査結果ＤＢ１４１へ記憶する。
検査結果分析部１３２は、記憶部１４０の検査結果ＤＢ１４１で記憶されている増幅結果のデータを用い、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを分析する。
判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果をもとに、以下の分類に該当する場合には、「陽性」、及び「陰性」と判定する。
（１）前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅される場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検査結果は陽性であると判定する。
（２）前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検査出結果は陰性であると判定する。
尚、判定部１３３は、上記（１）及び（２）の判定を行う他に、さらに上記表３の（３）や（４）に該当する場合について、実験失敗等の判定を行ってもよい。
制御部１３０は、判定部１３３において行われた判定結果を、判定結果ＤＢ１４２へ記憶する。
検査結果分析部１３２は、記憶部１４０の検査結果ＤＢ１４１で記憶されている増幅結果のデータを用い、前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを分析する。
判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果をもとに、以下の分類に該当する場合には、「陽性」、及び「陰性」と判定する。
（１）前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅される場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検査結果は陽性であると判定する。
（２）前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ前記検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない場合には、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検査出結果は陰性であると判定する。
尚、判定部１３３は、上記（１）及び（２）の判定を行う他に、さらに上記表３の（３）や（４）に該当する場合について、実験失敗等の判定を行ってもよい。
制御部１３０は、判定部１３３において行われた判定結果を、判定結果ＤＢ１４２へ記憶する。
【0223】
次に、本発明に係る核酸の検査プログラムの処理手順を示す。図２８は、核酸の検査装置１００の制御部１３０における核酸の検査プログラムの処理手順の一例を示すフローチャートである。
【0224】
ステップＳ１０１では、核酸の検査装置１００の制御部１３０の検査結果取得部１３１は、ＰＣＲ反応により得られた、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）の増幅結果とを取得し、処理をＳ１０２に移行する。ステップＳ１０１では、制御部１３０は、検査結果取得部１３１で取得した増幅結果のデータを、記憶部１４０にある検査結果ＤＢ１４１へ記憶する。
ステップＳ１０２では、核酸の検査装置１００の制御部１３０の検査結果分析部１３２は、検査結果ＤＢ１４１に記憶された増幅結果のデータを取得する。そして、検査結果分析部１３２は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められたか否か、検査対象である核酸について増幅が認められたか否か、それぞれの結果を分析し、処理をＳ１０３に移行する。
ステップＳ１０３では、核酸の検査装置１００の制御部１３０の判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０４に移行する。一方、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０７に移行する。
ステップＳ１０４では、判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０５に移行する。一方、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０６に移行する。
ステップＳ１０５では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅された結果をもとに、検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検査結果は陽性であるとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０６では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない結果をもとに、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検査結果は陰性であると判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０７では、判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０８に移行する。一方、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０９に移行する。
ステップＳ１０８では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅されず、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅された結果をもとに、ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要ありとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０９では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である核酸が増幅されず、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない結果をもとに、ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要ありとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１１０では、制御部１３０は、判定部１３３により判定された結果を記憶部１４０の判定結果ＤＢ１４２に記憶し、本処理を終了する。
尚、本発明では、上記ステップＳ１０５とステップＳ１０６の判定が行われればよく、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０７に移行することなく、本処理を終了する態様でも構わない。
ステップＳ１０２では、核酸の検査装置１００の制御部１３０の検査結果分析部１３２は、検査結果ＤＢ１４１に記憶された増幅結果のデータを取得する。そして、検査結果分析部１３２は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められたか否か、検査対象である核酸について増幅が認められたか否か、それぞれの結果を分析し、処理をＳ１０３に移行する。
ステップＳ１０３では、核酸の検査装置１００の制御部１３０の判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０４に移行する。一方、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０７に移行する。
ステップＳ１０４では、判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０５に移行する。一方、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０６に移行する。
ステップＳ１０５では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅された結果をもとに、検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は存在、検査結果は陽性であるとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０６では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない結果をもとに、前記検査対象の核酸（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸）は不存在又は検出限界以下であり、検査結果は陰性であると判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０７では、判定部１３３は、検査結果分析部１３２での分析結果を用いて、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められた場合には、処理をＳ１０８に移行する。一方、検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０９に移行する。
ステップＳ１０８では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅されず、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅された結果をもとに、ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要ありとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１０９では、判定部１３３は、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である核酸が増幅されず、かつ検査対象の試料（ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が含まれている可能性のある試料）が増幅されない結果をもとに、ＰＣＲ反応系や参照用のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数を見直す必要ありとの判定を行い、処理をＳ１１０に移行する。
ステップＳ１１０では、制御部１３０は、判定部１３３により判定された結果を記憶部１４０の判定結果ＤＢ１４２に記憶し、本処理を終了する。
尚、本発明では、上記ステップＳ１０５とステップＳ１０６の判定が行われればよく、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸について増幅が認められない場合には、処理をＳ１０７に移行することなく、本処理を終了する態様でも構わない。
【0225】
（遺伝子検査方法）
本発明の遺伝子検査方法は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをターゲットにした遺伝子検査方法であって、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをカウントすることで不確かさを含む絶対数を規定した標準物質で精度を管理する対象の精度を管理する。
精度を管理する対象としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、遺伝子検査方法に用いる遺伝子検査解析機器、試薬、プライマーなどが挙げられる。
本発明の遺伝子検査方法は、本発明のデバイスを用いることを前提とする。本発明のデバイスを用いることにより、遺伝子検査を高感度及び高精度に行うことができる。
なお、標準物質とは、本発明のデバイスに用いられる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と同様の意味であるため、説明を省略する。その他の用語についても、本発明のデバイスと同様の意味であるため、説明を省略する。
本発明の遺伝子検査方法は、ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをターゲットにした遺伝子検査方法であって、前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをカウントすることで不確かさを含む絶対数を規定した標準物質で精度を管理する対象の精度を管理する。
精度を管理する対象としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、遺伝子検査方法に用いる遺伝子検査解析機器、試薬、プライマーなどが挙げられる。
本発明の遺伝子検査方法は、本発明のデバイスを用いることを前提とする。本発明のデバイスを用いることにより、遺伝子検査を高感度及び高精度に行うことができる。
なお、標準物質とは、本発明のデバイスに用いられる特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と同様の意味であるため、説明を省略する。その他の用語についても、本発明のデバイスと同様の意味であるため、説明を省略する。
【実施例】
【0226】
以下、本発明の実施例を説明するが、本発明は、これらの実施例に何ら限定されるものではない。
【0227】
（実施例）
＜デバイスの作製＞
以下のようにして、デバイスを作製した。
＜デバイスの作製＞
以下のようにして、デバイスを作製した。
【0228】
［核酸試料の調製］
－遺伝子組換え酵母－
出芽酵母ＹＩＬ０１５Ｗ ＢＹ４７４１（ＡＴＣＣ社製、ＡＴＣＣ４００１４０８）を１コピーの特定の塩基配列のキャリア細胞として組換え体の作製に使用した。
特定の塩基配列は、ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列（合成メーカー：株式会社ファスマック、配列番号１参照）と選択マーカーとしたＵＲＡ３とがタンデムに並ぶように作出したプラスミドとして、キャリア細胞のＢＡＲ１領域を対象に相同組換えによって１コピーの特定の塩基配列を酵母ゲノムＤＮＡに導入し、遺伝子組換え酵母を作製した。なお、本実施例では特定の塩基配列としてブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列の一部の配列のみを使用したが、その他の特定の塩基配列を各ウェルに配して１プレート（デバイス）上で同時に複数の検体に対して検査を行うこともできる。
－遺伝子組換え酵母－
出芽酵母ＹＩＬ０１５Ｗ ＢＹ４７４１（ＡＴＣＣ社製、ＡＴＣＣ４００１４０８）を１コピーの特定の塩基配列のキャリア細胞として組換え体の作製に使用した。
特定の塩基配列は、ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列（合成メーカー：株式会社ファスマック、配列番号１参照）と選択マーカーとしたＵＲＡ３とがタンデムに並ぶように作出したプラスミドとして、キャリア細胞のＢＡＲ１領域を対象に相同組換えによって１コピーの特定の塩基配列を酵母ゲノムＤＮＡに導入し、遺伝子組換え酵母を作製した。なお、本実施例では特定の塩基配列としてブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列の一部の配列のみを使用したが、その他の特定の塩基配列を各ウェルに配して１プレート（デバイス）上で同時に複数の検体に対して検査を行うこともできる。
【0229】
－－培養及び細胞周期制御－－
５０ｇ／ＬのＹＰＤ培地（タカラバイオ株式会社製、ＣＬＮ－６３０４０９）で培養した遺伝子組換え酵母を９０ｍＬ分取した三角フラスコに、ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、１４１９０－１４４、以下、「ＤＰＢＳ」と称する）を用いて５００μｇ／ｍＬとなるように調製したα１－Ｍａｔｉｎｇ Ｆａｃｔｏｒ ａｃｅｔａｔｅ ｓａｌｔ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ社製、Ｔ６９０１－５ＭＧ、以下、「αファクター」という）を９００μＬ添加した。
次いで、バイオシェイカー（タイテック株式会社製、ＢＲ－２３ＦＨ）を用いて、振盪速度：２５０ｒｐｍ、温度：２８℃にて２時間インキュベートし、酵母をＧ０／Ｇ１期に同調して酵母懸濁液を得た。
５０ｇ／ＬのＹＰＤ培地（タカラバイオ株式会社製、ＣＬＮ－６３０４０９）で培養した遺伝子組換え酵母を９０ｍＬ分取した三角フラスコに、ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、１４１９０－１４４、以下、「ＤＰＢＳ」と称する）を用いて５００μｇ／ｍＬとなるように調製したα１－Ｍａｔｉｎｇ Ｆａｃｔｏｒ ａｃｅｔａｔｅ ｓａｌｔ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ社製、Ｔ６９０１－５ＭＧ、以下、「αファクター」という）を９００μＬ添加した。
次いで、バイオシェイカー（タイテック株式会社製、ＢＲ－２３ＦＨ）を用いて、振盪速度：２５０ｒｐｍ、温度：２８℃にて２時間インキュベートし、酵母をＧ０／Ｇ１期に同調して酵母懸濁液を得た。
【0230】
－固定化－
同調確認済み酵母懸濁液を遠心管（アズワン株式会社製、ＶＩＯ－５０Ｒ）に４５ｍＬ移し、遠心分離機（株式会社日立製作所製、Ｆ１６ＲＮ）を用いて、回転速度：３，０００ｒｐｍにて５分間遠心し、上澄み液を除去して酵母ペレットを得た。
得られた酵母ペレットにホルマリン（和光純薬工業株式会社製、０６２－０１６６１）を４ｍＬ添加し、５分間静置後、遠心して上澄み液を除去し、エタノールを１０ｍＬ添加して懸濁させることにより、固定化済みの酵母懸濁液を得た。
同調確認済み酵母懸濁液を遠心管（アズワン株式会社製、ＶＩＯ－５０Ｒ）に４５ｍＬ移し、遠心分離機（株式会社日立製作所製、Ｆ１６ＲＮ）を用いて、回転速度：３，０００ｒｐｍにて５分間遠心し、上澄み液を除去して酵母ペレットを得た。
得られた酵母ペレットにホルマリン（和光純薬工業株式会社製、０６２－０１６６１）を４ｍＬ添加し、５分間静置後、遠心して上澄み液を除去し、エタノールを１０ｍＬ添加して懸濁させることにより、固定化済みの酵母懸濁液を得た。
【0231】
－核染色－
固定化済みの酵母懸濁液は、固定化済み酵母懸濁液を２００μＬ分取し、ＤＰＢＳで１回洗浄した後、４８０μＬのＤＰＢＳに再懸濁した。
次に、２０μＬの２０ｍｇ／ｍＬ ＲＮａｓｅ Ａ（株式会社ニッポンジーン製、３１８－０６３９１）を添加後、バイオシェイカーを用いて３７℃で２時間インキュベートした。
次に、２５μＬの２０ｍｇ／ｍＬプロテイナーゼＫ（タカラバイオ株式会社製、ＴＫＲー９０３４）を添加し、プチクール（ワケンビーテック株式会社製、プチクール ＭｉｎｉＴ－Ｃ）を用いて、５０℃で２時間インキュベートした。
最後に、６μＬの５ｍＭ ＳＹＴＯＸ Ｇｒｅｅｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｔａｉｎ（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、Ｓ７０２０）を加えて、遮光下で３０分間染色した。
固定化済みの酵母懸濁液は、固定化済み酵母懸濁液を２００μＬ分取し、ＤＰＢＳで１回洗浄した後、４８０μＬのＤＰＢＳに再懸濁した。
次に、２０μＬの２０ｍｇ／ｍＬ ＲＮａｓｅ Ａ（株式会社ニッポンジーン製、３１８－０６３９１）を添加後、バイオシェイカーを用いて３７℃で２時間インキュベートした。
次に、２５μＬの２０ｍｇ／ｍＬプロテイナーゼＫ（タカラバイオ株式会社製、ＴＫＲー９０３４）を添加し、プチクール（ワケンビーテック株式会社製、プチクール ＭｉｎｉＴ－Ｃ）を用いて、５０℃で２時間インキュベートした。
最後に、６μＬの５ｍＭ ＳＹＴＯＸ Ｇｒｅｅｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｔａｉｎ（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、Ｓ７０２０）を加えて、遮光下で３０分間染色した。
【0232】
－分散－
染色済みの酵母懸濁液を超音波ホモジナイザー（ヤマト科学株式会社製、ＬＵＨ１５０）を用いて、出力：３０％、１０秒間分散処理して、酵母懸濁インクを得た。
染色済みの酵母懸濁液を超音波ホモジナイザー（ヤマト科学株式会社製、ＬＵＨ１５０）を用いて、出力：３０％、１０秒間分散処理して、酵母懸濁インクを得た。
【0233】
＜核酸試料の充填＞
－低濃度核酸試料系列の充填－
－－酵母懸濁液の個数計測分注－－
低濃度の核酸試料系列は、充填容器（９６穴平底プレート（ワトソン株式会社製、４８４６－９６－ＦＳ））に予め細胞壁溶解用の溶解液を各ウェルに４μＬずつ充填した後に、セルソーター（ソニー株式会社製、ＳＨ８００Ｚ）により各ウェルに１細胞ずつ分注した。
次に、細胞壁溶解液としてＴｒｉｓ－ＥＤＴＡ（ＴＥ） Ｂｕｆｆｅｒ（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、ＡＭ９８６１）を用いて、ＣｏｌＥ１ ＤＮＡ（株式会社ニッポンジーン製、３１２－００４３４）を５ｎｇ／μＬとなるようにＣｏｌＥ１／ＴＥを調製し、このＣｏｌＥ１／ＴＥを用いて、Ｚｙｍｏｌｙａｓｅ（Ｒ） １００Ｔ（ナカライテスク株式会社製、０７６６５－５５）を１ｍｇ／ｍＬとなるように調製したＺｙｍｏｌｙａｓｅ溶液を使用した。
なお、セルソーターによる分注は、励起波長４８８ｎｍで細胞周期の分析を行い、Ｇ０／Ｇ１期の領域のみを選択して、シングルセルモードにより行った。
－低濃度核酸試料系列の充填－
－－酵母懸濁液の個数計測分注－－
低濃度の核酸試料系列は、充填容器（９６穴平底プレート（ワトソン株式会社製、４８４６－９６－ＦＳ））に予め細胞壁溶解用の溶解液を各ウェルに４μＬずつ充填した後に、セルソーター（ソニー株式会社製、ＳＨ８００Ｚ）により各ウェルに１細胞ずつ分注した。
次に、細胞壁溶解液としてＴｒｉｓ－ＥＤＴＡ（ＴＥ） Ｂｕｆｆｅｒ（サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社製、ＡＭ９８６１）を用いて、ＣｏｌＥ１ ＤＮＡ（株式会社ニッポンジーン製、３１２－００４３４）を５ｎｇ／μＬとなるようにＣｏｌＥ１／ＴＥを調製し、このＣｏｌＥ１／ＴＥを用いて、Ｚｙｍｏｌｙａｓｅ（Ｒ） １００Ｔ（ナカライテスク株式会社製、０７６６５－５５）を１ｍｇ／ｍＬとなるように調製したＺｙｍｏｌｙａｓｅ溶液を使用した。
なお、セルソーターによる分注は、励起波長４８８ｎｍで細胞周期の分析を行い、Ｇ０／Ｇ１期の領域のみを選択して、シングルセルモードにより行った。
【0234】
－分注酵母からの核酸抽出－
酵母からの核酸抽出は、充填容器を３７℃にて３０分間インキュベートすることにより、細胞壁を溶解（核酸抽出）した後、９５℃で２分間熱処理した。
酵母からの核酸抽出は、充填容器を３７℃にて３０分間インキュベートすることにより、細胞壁を溶解（核酸抽出）した後、９５℃で２分間熱処理した。
【0235】
＜ブタ由来の核酸検査用標準物質によるプライマー性能評価試験＞
ｑＰＣＲ反応の効率や感度は、プライマーの性能に寄るところが大きいとされているが、その性能評価においては高コピー数のターゲットでは十分な性能の差分が表出できない。そこで、本発明で可能になった低コピーの鋳型濃度下で増幅試験することにより、２種類のプライマー、プローブセットで性能差がどの程度表れるかについて調べた。
高感度、且つ、高精度なブタ由来の核酸の検査方法を構築するために、適切なプライマー及びプローブを比較検討した。適切なプライマー及びプローブを比較検討するために、標的であるブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を１ウェルあたり１、２、４、８、１６、３２コピー数分注しデバイスを、１ウェルあたり１コピー数分注したデバイスを作製したときと同じ方法で作製した。図２９に示す位置でデバイス上にそれぞれのコピー数を配置した。
ｑＰＣＲ反応の効率や感度は、プライマーの性能に寄るところが大きいとされているが、その性能評価においては高コピー数のターゲットでは十分な性能の差分が表出できない。そこで、本発明で可能になった低コピーの鋳型濃度下で増幅試験することにより、２種類のプライマー、プローブセットで性能差がどの程度表れるかについて調べた。
高感度、且つ、高精度なブタ由来の核酸の検査方法を構築するために、適切なプライマー及びプローブを比較検討した。適切なプライマー及びプローブを比較検討するために、標的であるブタ １２Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を１ウェルあたり１、２、４、８、１６、３２コピー数分注しデバイスを、１ウェルあたり１コピー数分注したデバイスを作製したときと同じ方法で作製した。図２９に示す位置でデバイス上にそれぞれのコピー数を配置した。
【0236】
作製したデバイスについて、下記に示す組成のＰＣＲ反応液を１ウェルあたり１６μＬ添加した。
［ＰＣＲ反応液（Ｃｏｃｋｔａｉｌ）］
・ＴａｑＭａｎ ２×Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ＊１ １０μＬ
・Ｆｏｗａｒｄ ｐｒｉｍｅｒ１又は１’＊２（１０μＭ） １μＬ
・Ｒｅｖｅｒｓｅ ｐｒｉｍｅｒ２又は２’＊２（１０μＭ） １μＬ
・ＴａｑＭａｎ ｐｒｏｂｅ＊３ ２μＬ
・ＤＷ ２μＬ
計（１ウェルあたり）１６μＬ
＊１：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ.社製
＊２：プライマーについて、プライマー１は配列番号３０、プライマー１’は配列番号２、プライマー２は配列番号３１、プライマー２’は配列番号３に記載のプライマーを合成して使用した。プライマーの組合せは、１及び２の組成Ａ、又は１’及び２’の組成Ｂで使用した。
＊３：５’ＦＡＭ， ３’ＴＡＭＲＡで修飾
なお、プローブ配列は、上記組成Ａでは配列番号３２の塩基配列、上記組成Ｂでは配列番号４の塩基配列を使用した。
［ＰＣＲ反応液（Ｃｏｃｋｔａｉｌ）］
・ＴａｑＭａｎ ２×Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ＊１ １０μＬ
・Ｆｏｗａｒｄ ｐｒｉｍｅｒ１又は１’＊２（１０μＭ） １μＬ
・Ｒｅｖｅｒｓｅ ｐｒｉｍｅｒ２又は２’＊２（１０μＭ） １μＬ
・ＴａｑＭａｎ ｐｒｏｂｅ＊３ ２μＬ
・ＤＷ ２μＬ
計（１ウェルあたり）１６μＬ
＊１：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ.社製
＊２：プライマーについて、プライマー１は配列番号３０、プライマー１’は配列番号２、プライマー２は配列番号３１、プライマー２’は配列番号３に記載のプライマーを合成して使用した。プライマーの組合せは、１及び２の組成Ａ、又は１’及び２’の組成Ｂで使用した。
＊３：５’ＦＡＭ， ３’ＴＡＭＲＡで修飾
なお、プローブ配列は、上記組成Ａでは配列番号３２の塩基配列、上記組成Ｂでは配列番号４の塩基配列を使用した。
【0237】
次に、調製したデバイスを以下の条件で定量的ＰＣＲ反応と測定を行った。反応と測定はＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ.社製のＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ５にて行った。
［反応条件］
－ｐｒｅ ｈｅａｔ－
・５０℃ ２分間
・９５℃ １０分間
－ｃｙｃｌｅ－（５０ｃｙｃｌｅ）
・９５℃ ３０秒間
・６１℃ １分間
［反応条件］
－ｐｒｅ ｈｅａｔ－
・５０℃ ２分間
・９５℃ １０分間
－ｃｙｃｌｅ－（５０ｃｙｃｌｅ）
・９５℃ ３０秒間
・６１℃ １分間
【0238】
【0239】
図３０から図３２に示すように、組成Ａ，組成Ｂともに、１コピーまで検出可能な高感度ｑＰＣＲ法であることがわかる。差分を抽出すると、１６コピーや３２コピーの領域では、組成Ｂの方が小さい値を示し、反応が早いことが認められる。早い反応は、結果的に感度を上げる可能性があるため、選択の指標に使われることがあるため、組成Ａより組成Ｂが優れていると評価できる。
また、図３０から図３２に示すように、蛍光強度に関しては、バックグラウンド値からＭａｘ値までの差分が、組成Ｂに比して組成Ａの方が大きかった。これは、反応の安定性としては組成Ａの方が優れていると言える。
以上のように、本発明を用いると、それぞれの検査法の性能をより明確にすることができ、検査法選択の時に役に立てることができる。
また、図３０から図３２に示すように、蛍光強度に関しては、バックグラウンド値からＭａｘ値までの差分が、組成Ｂに比して組成Ａの方が大きかった。これは、反応の安定性としては組成Ａの方が優れていると言える。
以上のように、本発明を用いると、それぞれの検査法の性能をより明確にすることができ、検査法選択の時に役に立てることができる。
【0240】
本発明の態様は、例えば、以下の通りである。
＜１＞ 少なくとも１つのウェルを有し、
少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の前記特定コピー数が１，０００以下であることを特徴とするデバイスである。
＜２＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、担体に含まれている前記＜１＞に記載のデバイスである。
＜３＞ 前記担体が、細胞、ファージ、及びウイルスのいずれかである前記＜２＞に記載のデバイスである。
＜４＞ 前記細胞が、酵母菌、動物細胞、及び植物細胞のいずれかである前記＜３＞に記載のデバイスである。
＜５＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの開口部を密閉する密閉部材を有する前記＜１＞から＜４＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜６＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの数が２以上であり、
一の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、
他の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、が異なる前記＜１＞から＜５＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜７＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルが、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を含む前記＜１＞から＜６＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜８＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である、
前記＜１＞から＜７＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜９＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号１の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれか、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号５の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有し、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の全長が５０塩基以上である、
前記＜１＞から＜８＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１０＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含む、
又は、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含む、
前記＜１＞から＜９＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１１＞ 前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含む、
又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含む、
前記＜８＞から＜１０＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１２＞ 前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号２及び３のプライマー、配列番号４のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号９、１０、１１、１２、１３、及び１４のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号６及び７のプライマー、配列番号８のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、及び２０のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
前記＜８＞から＜１１＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１３＞ 前記ウナギが、ニホンウナギであり、
前記ニホンウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号２１及び２２のプライマー、配列番号２３のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号２４、２５、２６、２７、２８、及び２９のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
前記＜８＞から＜１２＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１４＞ 前記＜１＞から＜１３＞のいずれかに記載のデバイスを用い、検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出することを特徴とする核酸の検査方法である。
＜１５＞ 前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む前記＜１４＞に記載の核酸の検査方法である。
＜１６＞ 前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含むウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルに対し、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を充填し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬を、増幅反応に供することにより、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸及び前記増幅可能な試薬が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む前記＜１４＞から＜１５＞のいずれかに記載の核酸の検査方法である。
＜１７＞ 前記デバイスにおける、前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、所定の特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと、前記一のウェルにおける前記特定コピー数と異なる特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む他のウェルとを含み、
前記特定コピー数が異なる前記一のウェル及び前記他のウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と、前記検査対象の試料とを増幅反応に供し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの量を判定する前記＜１４＞から＜１６＞のいずれかに記載の核酸の検査方法である。
＜１８＞ 特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査装置であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定手段を、
有することを特徴とする核酸の検査装置である。
＜１９＞ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをターゲットにした遺伝子検査方法であって、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの数をカウントすることで不確かさを含む絶対数を規定した標準物質で精度を管理する対象の精度を管理することを特徴とする遺伝子検査方法である。
＜１＞ 少なくとも１つのウェルを有し、
少なくとも１つの前記ウェルが特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含み、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の前記特定コピー数が１，０００以下であることを特徴とするデバイスである。
＜２＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、担体に含まれている前記＜１＞に記載のデバイスである。
＜３＞ 前記担体が、細胞、ファージ、及びウイルスのいずれかである前記＜２＞に記載のデバイスである。
＜４＞ 前記細胞が、酵母菌、動物細胞、及び植物細胞のいずれかである前記＜３＞に記載のデバイスである。
＜５＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの開口部を密閉する密閉部材を有する前記＜１＞から＜４＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜６＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルの数が２以上であり、
一の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、
他の前記ウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の特定コピー数と、が異なる前記＜１＞から＜５＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜７＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルが、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を含む前記＜１＞から＜６＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜８＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸である、
前記＜１＞から＜７＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜９＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、
ブタ １２Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号１の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれか、
又は、
ウナギ １６Ｓ ｒＤＮＡの塩基配列である配列番号５の塩基配列の全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有し、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の全長が５０塩基以上である、
前記＜１＞から＜８＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１０＞ 前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含む、
又は、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列若しくは任意の長さの塩基配列に対し相同性が８０％以上である塩基配列を含む、
前記＜１＞から＜９＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１１＞ 前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号１の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含む、
又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が、配列番号５の塩基配列と、５’末端側、又は３’末端側に１，０００塩基以下の任意の長さの塩基配列とを含む塩基配列Ｘ、及び前記塩基配列Ｘに対し相同性が８０％以上である塩基配列Ｙを含む、
前記＜８＞から＜１０＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１２＞ 前記ブタ １２Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号２及び３のプライマー、配列番号４のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号９、１０、１１、１２、１３、及び１４のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
前記ウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号６及び７のプライマー、配列番号８のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、若しくは、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、及び２０のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
前記＜８＞から＜１１＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１３＞ 前記ウナギが、ニホンウナギであり、
前記ニホンウナギ １６Ｓ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、
ＰＣＲ反応用として、配列番号２１及び２２のプライマー、配列番号２３のプローブ、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
又は、
ＬＡＭＰ反応用として、配列番号２４、２５、２６、２７、２８、及び２９のプライマー、並びに増幅試薬の少なくともいずれかを有する、
前記＜８＞から＜１２＞のいずれかに記載のデバイスである。
＜１４＞ 前記＜１＞から＜１３＞のいずれかに記載のデバイスを用い、検査対象の試料、及び特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を、増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出することを特徴とする核酸の検査方法である。
＜１５＞ 前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む前記＜１４＞に記載の核酸の検査方法である。
＜１６＞ 前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含むウェルとは異なるウェルであって、検査対象の試料が配されるウェルに対し、前記検査対象の試料とは異なる増幅可能な試薬を充填し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬を、増幅反応に供することにより、特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、前記検査対象の試料、及び前記増幅可能な試薬のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸及び前記増幅可能な試薬が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定工程を含む前記＜１４＞から＜１５＞のいずれかに記載の核酸の検査方法である。
＜１７＞ 前記デバイスにおける、前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む前記ウェルが、所定の特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む一のウェルと、前記一のウェルにおける前記特定コピー数と異なる特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸を含む他のウェルとを含み、
前記特定コピー数が異なる前記一のウェル及び前記他のウェルにおける前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸と、前記検査対象の試料とを増幅反応に供し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸の増幅結果と、前記検査対象の試料の増幅結果とを比較することにより、前記検査対象試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの量を判定する前記＜１４＞から＜１６＞のいずれかに記載の核酸の検査方法である。
＜１８＞ 特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び検査対象の試料を増幅反応に供することにより、
前記検査対象の試料に含まれるｒＲＮＡ又はｒＤＮＡを検出する際に用いる核酸の検査装置であって、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸、及び前記検査対象の試料のいずれも増幅される場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は存在し、検出結果は陽性であると判定し、
前記特定コピー数の前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸が増幅され、前記検査対象の試料が増幅されない場合には、前記検査対象の試料にはｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸は不存在又は検出限界以下であり、検出結果は陰性であると判定する、判定手段を、
有することを特徴とする核酸の検査装置である。
＜１９＞ ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡをターゲットにした遺伝子検査方法であって、
前記ｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの数をカウントすることで不確かさを含む絶対数を規定した標準物質で精度を管理する対象の精度を管理することを特徴とする遺伝子検査方法である。
【0241】
前記＜１＞から＜１３＞のいずれかに記載のデバイス、前記＜１４＞から＜１７＞のいずれかに記載の核酸の検査方法、前記＜１８＞に記載の核酸の検査装置、及び前記＜１９＞に記載の遺伝子検査方法によると、従来における前記諸問題を解決し、前記本発明の目的を達成することができる。
【符号の説明】
【0242】
１ デバイス
２ 基材
３ ウェル
４ 特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸
５ 密閉部材
２ 基材
３ ウェル
４ 特定コピー数のｒＲＮＡ又はｒＤＮＡの全長及び一部の塩基配列の少なくともいずれかを有する核酸
５ 密閉部材
【先行技術文献】
【特許文献】
【0243】
【文献】特表２０１０－５３０７６３号公報
【文献】国際公開ＷＯ２００９／１５７４６５号公報
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図9C】
【図10A】
【図10B】
【図11A】
【図11B】
【図11C】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19A】
【図19B】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【配列表】