特表2023-551192乳がんにおける内分泌療法のモニタリングに使用するためのＥＲ制御遺伝子のパネル
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-12-07
(54)【発明の名称】乳がんにおける内分泌療法のモニタリングに使用するためのＥＲ制御遺伝子のパネル
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20231130BHJP
C12Q 1/6851 20180101ALI20231130BHJP
C12Q 1/6813 20180101ALI20231130BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALN20231130BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6886 Z
C12Q1/6851 Z
C12Q1/6813 Z
C12Q1/6869 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023530545
(86)(22)【出願日】2021-11-22
(85)【翻訳文提出日】2023-07-07
(86)【国際出願番号】 US2021060349
(87)【国際公開番号】W WO2022109395
(87)【国際公開日】2022-05-27
(31)【優先権主張番号】63/117,229
(32)【優先日】2020-11-23
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/173,107
(32)【優先日】2021-04-09
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】21315066.7
(32)【優先日】2021-04-16
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】504456798
【氏名又は名称】サノフイ
【氏名又は名称原語表記】ＳＡＮＯＦＩ
(74)【代理人】
【識別番号】100127926
【弁理士】
【氏名又は名称】結田 純次
(74)【代理人】
【識別番号】100140132
【弁理士】
【氏名又は名称】竹林 則幸
(74)【代理人】
【識別番号】100216105
【弁理士】
【氏名又は名称】守安 智
(72)【発明者】
【氏名】モンシフ・ブアブラ
(72)【発明者】
【氏名】フイ・ツァオ
(72)【発明者】
【氏名】ジューン・サン・リー
(72)【発明者】
【氏名】ヴァシリキ・ペレカヌ
(72)【発明者】
【氏名】メイスン・ショマリ
【テーマコード（参考）】
4B063
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ02
4B063QQ03
4B063QQ53
4B063QR08
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4B063QR62
4B063QS25
4B063QS32
4B063QS34
4B063QX01
(57)【要約】
本開示は、ＥＲ制御遺伝子のパネル、およびアムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするためにパネルを使用するための方法に関し、ここで本方法は、パネルを用いたアムセネストラントによる治療の前の第１の時点における個体からのサンプルから、第１のＥＲ活性スコアを決定する工程、その後、パネルを用いて、アムセネストラントの投与の後の第２の時点における個体からのサンプルから、第２のＥＲ活性スコアを決定する工程、ならびに、第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程を含み、ここで第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子となる。
【選択図】図６Ｄ
【選択図】図６Ｄ
【特許請求の範囲】
【請求項1】
Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルであって、Ｎは少なくとも７であり、約８７と等しいか８７未満（８７以下）であり、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む、パネル。
【請求項2】
Ｎが８７であり、８７個の遺伝子が以下の２１個のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびに８７個の遺伝子が、以下の６６個のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む、請求項１に記載のパネル。
【請求項3】
アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法であって、前記方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、Ｎは少なくとも７であって、８７以下であり、ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む、方法。
【請求項4】
ＥＲ制御遺伝子のパネルが８７個の遺伝子を有し、８７個の遺伝子が以下の２１個のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびに、８７個の遺伝子は、以下の６６個のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項5】
第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントのオン・ターゲット活性の予測因子である、請求項３または４に記載の方法。
【請求項6】
アムセネストラントのオン・ターゲット活性は、ＥＲ分解およびＥＲ阻害を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項7】
個体からのサンプルをプローブと接触させることを含む、請求項３～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
個体からのサンプル中のＮ個の遺伝子の各々のＲＮＡ発現レベルを検出することを含む、請求項３～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項9】
ＲＮＡ配列決定を含む、請求項３～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
個体がＥＲ＋乳がんを有する、請求項３～９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項11】
個体がＨＥＲ２－乳がんを有する、請求項３～１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項12】
個体が進行性または転移性乳がんを有する、請求項３～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
サンプルが腫瘍生検である、請求項３～１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項14】
サンプルが血液サンプルである、請求項３～１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項15】
サンプルが血清サンプルである、請求項３～１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項16】
腫瘍生検が、ホルマリン固定腫瘍生検、パラフィン包埋腫瘍生検、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍生検、新鮮凍結（ＦＦ）腫瘍生検、凍結腫瘍生検、または新鮮な腫瘍生検である、請求項１３に記載の方法。
【請求項17】
アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブのセットを含むキットであって；ここで、アップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに
ダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む、キット。
【請求項18】
アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブのセットが、アップレギュレートされた遺伝子ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを検出するためのプローブを含み；ならびにダウンレギュレートされた遺伝子Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを検出するためのプローブを含む、請求項１７に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１１月２３日に出願された米国仮出願第６３／１１７，２２９号、２０２１年４月９日に出願された米国仮出願第６３／１７３，１０７号、および２０２１年４月１６日に出願された欧州出願第２１３１５０６６．７号に対する優先権の利益を主張し、これらのそれぞれの内容は、全ての目的のために参照によって全体を本明細書に組み入れる。
本出願は、２０２０年１１月２３日に出願された米国仮出願第６３／１１７，２２９号、２０２１年４月９日に出願された米国仮出願第６３／１７３，１０７号、および２０２１年４月１６日に出願された欧州出願第２１３１５０６６．７号に対する優先権の利益を主張し、これらのそれぞれの内容は、全ての目的のために参照によって全体を本明細書に組み入れる。
【背景技術】
【0002】
本開示は、内分泌療法アムセネストラント（ａｍｃｅｎｅｓｔｒａｎｔ）のオン・ターゲット活性を含むＥＲ標的エンゲージメントをモニタリングするために有用なＥＲ制御遺伝子のパネル、ならびに関連キットを記載する。Ｓｈｏｍａｌｉら、ＳＡＲ４３９８５９、ａ Ｎｏｖｅｌ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｅｓｔｒｏｇｅｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｄｅｇｒａｄｅｒ （ＳＥＲＤ）、Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｎｄ Ｂｒｏａｄ Ａｎｔｉｔｕｍｏｒ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ Ｗｉｌｄ－Ｔｙｐｅ ａｎｄ Ｍｕｔａｎｔ ＥＲ－Ｐｏｓｉｔｉｖｅ Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌｓ、Ｍｏｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ． （２０２１）は、あらゆる目的のためにその全体を参照によって本明細書に組み入れる。
【0003】
乳がんは、女性で最も頻繁に診断されるがんである。エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）がんは、全ての乳がんの約７５％を占めている。
【0004】
ＥＲシグナル伝達に依存しているため、ＥＲ＋乳がんの主要治療アプローチは、エストロゲン機能をブロックすることであった。エストロゲン受容体アルファ（ＥＲα；タモキシフェン（ｔａｍｏｘｉｆｅｎ）など）の機能に直接拮抗する抗ホルモン療法、またはそのリガンドであるエストロゲンの産生をブロックする療法（アロマターゼ阻害剤など）は、ＥＲ陽性（ＥＲ＋）乳がんの頼みの綱の療法である。これらの治療は、初期段階の疾患からの再発リスクを著しく低下させ、進行した疾患の患者の転帰を改善するが、長期間の治療後に再発することがよくある。最近、１つまたは複数の以前のホルモン療法を受けた後に再発した患者のおよそ２５～４０％において、ＥＲαのリガンド結合ドメインに再発性変異が同定された。これらの変異は、ＥＲαのエストロゲンに依存しない構成的活性、腫瘍増殖の誘導、抗ＥＲα療法に対する効力の低下、およびアロマターゼ阻害剤に対する完全な耐性を付与する。
【0005】
ＥＲαを標的とする一部のリガンドは、リガンド結合に際して転写補償または熱力学的安定性の増加のような生物学的フィードバック機構により、ＥＲαタンパク質の定常状態のレベルを増加させることができる。例えば、タモキシフェンは、ＥＲαタンパク質の安定化を誘導し、アゴニストシグナル伝達を引き起こす可能性のあるコンフォメーションをとる。また、Ｙ５３７ＳまたはＤ５３８Ｇのアミノ酸に影響を与える変異のようなＥＲαの一部の変異が、ＥＲαの安定化に関与している可能性が示唆されている。さらに、ＥＲαの安定性が増加すると、継続的な治療範囲が達成されない場合にＥＲαシグナル伝達の漏洩を引き起こす可能性もある。以上より、ＥＲα拮抗作用に加えて、ＥＲαタンパク質の分解が、ＥＲαの生物学的性質およびＥＲαを標的とした療法の効能に影響を与える可能性がある合理性が存在する。
【0006】
ＥＲ活性を調節するために、選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）および選択的エストロゲン受容体分解剤（ＳＥＲＤ）が開発された。
【0007】
フルベストラント（Ｆｕｌｖｅｓｔｒａｎｔ）は、ＳＥＲＭによるＥＲ転写活性の部分的な調節を克服するために開発された。フルベストラントのような選択的エストロゲン受容体分解剤（ＳＥＲＤ）は、ＥＲαに結合して、ＥＲα機能に拮抗するだけでなく、プロテアソームを介した分解を引き起こし、ＥＲαシグナル伝達をより効果的に阻害する構造変化を誘導する。（非特許文献１）。フルベストラントは、抗エストロゲン療法後に疾患が進行した閉経後女性におけるＥＲ＋転移性乳がんの治療を適応とする承認済みのＳＥＲＤである。フルベストラントは、他のホルモン療法が無効であった後に、前臨床的および臨床的に有用であることが実証されている。しかし、中性で親油性の側鎖を持つステロイドであるフルベストラントは、従来とは異なる長時間作用型の筋肉内デポ製剤が必要であり、受容体に最大限エンゲージメントするために用量および曝露量が制限される。フルベストラントの臨床的利益は、その薬学的特性および筋肉内投与の負担によって制限される。
【0008】
フルベストラントよって引き起こされる前述の薬理学的欠点に対処するために、ＧＤＣ－０８１０（ＮＣＴ ０１８２３８３５）、ＡＺＤ９４９６（ＮＣＴ０２２４８０９０）、ＡＺＤ９８３３（ＮＣＴ０３６１６５８６）、ＧＤＣ－０９２７（ＮＣＴ０２３１６５０９）およびＧＤＣ－９５４５（ＮＣＴ０３９１６７４４、ＮＣＴ０３３３２７９７）を含む、いくつかのＳＥＲＤが臨床試験を開始した。フルベストラントとは化学的に異なるこれらの新規のＳＥＲＤは、ＥＲαの分解を促進する鍵となる側鎖の化学構造に基づいて、２つの主要なグループに分類できる。ＧＤＣ－０９２７はフルオロアルキルアミン側鎖により特徴付けられるが、ＧＤＣ－０８１０、ＡＺＤ９４９６、およびＬＳＺ１０２はそれぞれ桂皮酸側鎖を持っている。異なる側鎖および／またはＥＲα分解を誘導するそれらの能力が、それらの生物学および抗腫瘍活性の違いにつながるかどうかはよくわかっていない。さらに、これらのＳＥＲＤは、ＥＲαアゴニスト活性を誘導するか、完全なＥＲα分解を促進する相対的な能力において、矛盾するデータを提示している。
【0009】
ＳＥＲＤの最適な臨床活性を達成するための分子特性をより良く定義するためには、薬物の分子構造、ＥＲα分解のレベル、およびその後の抗腫瘍活性への影響の間の関係を理解することが重要である。本明細書では、桂皮酸側鎖を有するＳＥＲＤとは異なり、フルオロプロピルピロリジニル側鎖を有する新規の非ステロイド性で、経口バイオアベイラブルなＳＥＲＤであるアムセネストラント（研究室コードＳＡＲ４３９８５９）について記載するが、ＳＡＲ４３９８５９は強いＥＲαアンタゴニスト作用を示して、その分解を強力に誘導し、その結果、イン・ビトロおよびイン・ビボの両方のＥＲ＋乳がんモデルで効能が改善した。
【0010】
現在、臨床でのＳＥＲＤ活性は、ＩＨＣを使用した分解によって、およびＥＲ標的遺伝子プロゲステロン受容体（ＰＧＲ）の阻害において、測定されている。アゴニストとして作用するエストロゲンは、エストロゲン受容体の分解も促進するため、ＥＲの分解のみでは、ＥＲ経路でのＳＥＲＤの活性を決定するには不十分である。ＰＧＲは十分に確立されたＥＲの標的遺伝子であるが、ＥＲは多くの遺伝子の転写を制御する転写因子であり、ＰＧＲは、ＥＲ経路上のこれらの分子の活性を完全には捕捉しない可能性がある。
【0011】
したがって、オン・ターゲット活性を含む標的エンゲージメントを予測することにより、アムセネストラントを含むＳＥＲＤによる治療を受けているがん患者の応答をモニタリングするツールに対する必要性が存在する。ＥＲは多くの遺伝子のセットの発現を調節する転写因子であるため、治療前に、これらの遺伝子のサブセット（すなわち遺伝子シグネチャー）の発現レベルを、およびアムセネストラントでの治療後に、この遺伝子シグネチャーの調節をモニタリングすれば、オン・ターゲット活性を含む標的エンゲージメントが示されると考えられる。
【0012】
遺伝子シグネチャーは、細胞または組織における特定の遺伝子グループの発現レベルの情報を提供する。乳がんにおいては、遺伝子シグネチャーが古典的な予後因子（年齢、陽性リンパ節、腫瘍サイズなど）を補完して、予測値および予後値を与えることができる。例えば、乳がんにおいては、７０遺伝子シグネチャー（ＭａｍｍａＰｒｉｎｔ）および２１遺伝子シグネチャー（ＯｎｃｏＴｙｐｅ）が、補助療法が最も有効である患者を同定するために使用されており、ヨーロッパおよび米国において広く使用されている。乳がんにおける内分泌療法の有効性を予測するために、ＳＥＴインデックス、転移性乳がんのＳＥＴＥＲ／ＰＲ（非特許文献２；非特許文献３）、またはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｈｏｆｆｍａｎ－Ｌａ Ｒｏｃｈｅによって公開されたＥＲ活性スコア（特許文献１）のような追加の遺伝子シグネチャーが開発されている。
【0013】
略語
ＤＭＳＯ ジメチルスルホキシド
ＥＲ エストロゲン受容体
ＥＲα エストロゲン受容体アルファ
ＩＨＣ 免疫組織化学
ＩＬ インターロイキン
ＬＢＤ リガンド結合ドメイン
ＮＡ 該当無し
ＱＤ １日１回
Ｑ２Ｗ ２週間ごと
ＲＴ－ｑＰＣＲ 逆転写－定量的ポリメラーゼ連鎖反応
ＳＥＲＤ 選択的ＥＲ分解剤
ＷＴ 野生型
ＤＭＳＯ ジメチルスルホキシド
ＥＲ エストロゲン受容体
ＥＲα エストロゲン受容体アルファ
ＩＨＣ 免疫組織化学
ＩＬ インターロイキン
ＬＢＤ リガンド結合ドメイン
ＮＡ 該当無し
ＱＤ １日１回
Ｑ２Ｗ ２週間ごと
ＲＴ－ｑＰＣＲ 逆転写－定量的ポリメラーゼ連鎖反応
ＳＥＲＤ 選択的ＥＲ分解剤
ＷＴ 野生型
【先行技術文献】
【特許文献】
【0014】
【特許文献1】国際公開第２０２０／０３７２０３号
【非特許文献】
【0015】
【非特許文献1】Ｈｅｉｄａｒｉら、Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｇｕｉｄｅｓ Ｄｏｓｉｎｇ ｏｆ ａ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｅｓｔｒｏｇｅｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｄｅｇｒａｄｅｒ． Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． （２０１５）
【非特許文献2】Ｗ． Ｓｙｍｍａｎｓら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙにおいて、第２８巻、第２７号、２０１０年９月２０日、４１１１～４１１９ページ
【非特許文献3】Ｂ． Ｓｉｎｎら、Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒにおいて、（２０１９）５：１６
【図面の簡単な説明】
【0016】
【図1-1】Ａ、外因性エストロゲンの非存在下におけるＨＣＣ１４２８ ＬＴＥＤ乳がん細胞株で差次的に発現した１０２２遺伝子の、２つの用量（３０ｎＭおよび３００ｎＭ）でのヒートマップを示す図である。データはｌｏｇ２で正規化され、続いて標準化および階層的クラスタリングが行われた；Ｂ、ＥＲスコアと６つのＳＥＲＤの比較／ＳＥＲＤによるＥＲ転写活性の調節の評価を示す図である。ＥＲシグネチャーを使用し、ＧＳＶＡからのＥＲ活性スコアとして表されるＥＲ転写活性（ウィルコクソン検定を使用して、＊＊ Ｐ＜０．０１および＊＊＊ Ｐ＜０．００１で描写されたグループの平均を比較する）。Ｃ、Ｄ ＥＲα標的遺伝子ＣＸＣＬ１２およびＢｃａｓ１の発現に対する異なる選択的ＥＲ分解分子の効果の逆転写－定量的ポリメラーゼ連鎖反応分析を示す図である。＊対応のないｔ検定で比較した有意性（Ｐ＜０．０１）を示す。
【図2】タモキシフェン（３０ｍｇ／ｋｇ）、フルベストラント（２００ｍｇ／ｋｇ）、ＧＤＣ０８１０（１００ｍｇ／ｋｇ）、およびＳＡＲ４３９８５９（１００ｍｇ／ｋｇ）の最終投与から８時間後に収集された腫瘍におけるＰＧＲ遺伝子発現の分析を示す図である。図２については、＊Ｐ＜０．０５；は、対応のないｔ検定を使用して、研究終了時のビヒクル治療群と比較した有意性を示す。
【図3】ＨＣＩ０１３ ＰＤＸ腫瘍モデルにおけるＳＥＲＤ間の遺伝子発現プロファイルの類似性の相関を示す図である。少なくとも１つの化合物対ＤＭＳＯの比較において、差次的に発現されると同定された１０２２遺伝子のパネルを、それぞれの用量および時点でＤＭＳＯ対照に対して正規化された化合物治療データの階層的クラスタリングに使用した。化合物間の発現プロファイルの類似性は、差次的に発現する遺伝子のピアソン相関によって評価された。
【図4】内分泌療法抵抗性腫瘍モデルにおけるＥＲαリガンドの標的遺伝子調節の評価を示す図である。ＨＣＩ０１３ ＰＤＸ腫瘍モデルにおける、タモキシフェン（３０ｍｇ／ｋｇ、ＱＤ）、ＧＤＣ０８１０（１００ｍｇ／ｋｇ、ＱＤ）、フルベストラント（２００ｍｇ／ｋｇ、Ｑ２Ｗ）およびＳＡＲ４３９８５９（１００ｍｇ／ｋｇ、ＱＤ）の最終投与の８時間後の（Ａ） ＣＸＣＬ１２の遺伝子発現分析および（Ｂ） ＥＲ活性スコア。データは、ＣＸＣＬ１２遺伝子発現の３つの複製の平均および標準偏差を表す。８７個の遺伝子のＥＲシグネチャーは、エストラジオールによって調節され、その後ＳＥＲＭによってブロックされ、ＳＥＲＤ化合物を使用してＥＲ活性スコアを算出し、遺伝子セットのバリエーション分析（ＧＳＶＡ）を使用して評価した。データは、記載されている治療の各々の平均および平均からの偏差を表している。
【図5】ＥＲ活性シグネチャーを示す図である。ヒートマップは、ＥＲ活性シグネチャーにおける８７個の遺伝子のＤＭＳＯ正規化遺伝子発現を示している。６６個の遺伝子がＥ２によって誘導され、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってダウンレギュレートされ、２１個の遺伝子がＥ２によって抑制され、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってアップレギュレートされる。
【図6-1】スクリーニングからサイクル２、２８日目（すなわち、治療前および治療後）までの変化によって示される、アムセネストラント療法中のオン・ターゲットエストロゲン受容体分解／経路阻害を示す図であって、Ａにおいては、ＩＨＣによるＥＲ核Ｈスコア（ＩＨＣ ＥＲ発現）；Ｂにおいては、ＩＨＣによるＰｇＲ核Ｈスコア；およびＣにおいては、ＩＨＣによるＫｉ６７タンパク質発現を示す陽性細胞の割合；Ｄにおいては、ＧＳＶＡによる前後のＥＲ活性化スコア（対のある腫瘍生検からのＲＮＡ－ｓｅｑデータに基づくＥＲ活性スコア）を示す。＊各々の図６Ａ～Ｄの各々の行は、ベースライン／スクリーニング時およびベースライン後の利用可能なデータを持つ１人の患者を示している。図６Ａには８人の患者が示される。図６Ｂには８人の患者が示される；図６Ｂのいくつかの線は重なっている。図６Ｃには８人の患者が示される。図６Ｄには５人の患者が示される。Ｃ１Ｄ１、サイクル１、１日目；Ｃ２Ｄ２８、サイクル２、２８日目；ＣＢ、臨床的利益（完全奏効 ＋ 部分奏効 ＋ ２４週間以上の安定した疾患）；ＥＲ、エストロゲン受容体；ＥＳＲ１、エストロゲン受容体１；ＧＳＶＡ、遺伝子セットのバリエーション分析；ＩＨＣ、免疫組織化学；ＰｇＲ、プロゲステロン受容体。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0017】
本明細書において、エストラジオール、およびＳＥＲＤを含むＥＲアンタゴニストに感受性のある遺伝子を同定するために、細胞株の転写プロファイリングからそれぞれ同定された、より高い発現レベルおよびより低い発現レベルを有する８７個の遺伝子のセットが提供される。ＥＲ制御遺伝子のこのセットは、がんを有する個体のアムセネストラントによる治療に対する応答をモニタリングすることに有用であろう。本開示は、例えば、以下の実施形態のいずれか１つまたは組み合わせを含む：
【課題を解決するための手段】
【0018】
実施形態１。Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルであって、Ｎは少なくとも７であり、約８７と等しいか８７未満（８７以下）であり、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
【0019】
実施形態２。Ｎは８７であり、８７個の遺伝子は以下の２１個のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびに８７個の遺伝子は、以下の６６個のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む、実施形態１のパネル。
【0020】
実施形態３。アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法であって、前記方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、
ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、Ｎは少なくとも７であって、８７以下であり、ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、Ｎは少なくとも７であって、８７以下であり、ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
【0021】
実施形態４。ＥＲ制御遺伝子のパネルが８７個の遺伝子を有し、８７個の遺伝子が以下の２１個のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびに、８７個の遺伝子は、以下の６６個のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む、実施形態３に記載の方法。
【0022】
実施形態５。第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少が、アムセネストラントのオン・ターゲット活性の予測因子である、実施形態３または４に記載の方法。
【0023】
実施形態６。アムセネストラントのオン・ターゲット活性がＥＲ分解およびＥＲ阻害を含む、実施形態５に記載の方法。
【0024】
実施形態７。個体からのサンプルをプローブと接触させることを含む、実施形態３～６のいずれか１つに記載の方法。
【0025】
実施形態８。個体からのサンプル中のＮ個の遺伝子の各々のＲＮＡ発現レベルを検出することを含む、実施形態３～７のいずれか１つに記載の方法。
【0026】
実施形態９。ＲＮＡ配列決定を含む、実施形態３～８のいずれか１つに記載の方法。
【0027】
実施形態１０。個体がＥＲ＋乳がんを有する、実施形態３～９のいずれか１つに記載の方法。
【0028】
実施形態１１。個体がＨＥＲ２－乳がんを有する、実施形態３～１０のいずれか１つに記載の方法。
【0029】
実施形態１２。個体が進行性または転移性乳がんを有する、実施形態３～１１のいずれか１つに記載の方法。
【0030】
実施形態１３。サンプルが腫瘍生検である、実施形態３～１２のいずれか１つに記載の方法。
【0031】
実施形態１４。サンプルが血液サンプルである、実施形態３～１２のいずれか１つに記載の方法。
【0032】
実施形態１５。サンプルが血清サンプルである、実施形態３～１２のいずれか１つに記載の方法。
【0033】
実施形態１６。腫瘍生検が、ホルマリン固定腫瘍生検、パラフィン包埋腫瘍生検、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍生検、新鮮凍結（ＦＦ）腫瘍生検、凍結腫瘍生検、または新鮮な腫瘍生検である、実施形態１３に記載の方法。
【0034】
実施形態１７。アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブのセットを含むキットであって；
ここで、アップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに
ダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
ここで、アップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに
ダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
【0035】
実施形態１８。アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブのセットが、アップレギュレートされた遺伝子ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを検出するためのプローブを含み；ならびにダウンレギュレートされた遺伝子Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを検出するためのプローブを含む、実施形態１７に記載のキット。
【発明を実施するための形態】
【0036】
定義
「ＥＲ」または「エストロゲン受容体」という用語は、エストラジオール（Ｅ２）に結合するタンパク質であるエストロゲン受容体α（遺伝子名ＥＳＲ１）のことを指す。ＥＲは多数の遺伝子の転写を活性化し、乳がんにおける遺伝子転写全体の主要な決定因子である。エストロゲンに結合すると、ＥＲは細胞増殖を促進する可能性がある。エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんは、典型的には、乳がん細胞の増殖がエストロゲンに依存していることを示す。
「ＥＲ」または「エストロゲン受容体」という用語は、エストラジオール（Ｅ２）に結合するタンパク質であるエストロゲン受容体α（遺伝子名ＥＳＲ１）のことを指す。ＥＲは多数の遺伝子の転写を活性化し、乳がんにおける遺伝子転写全体の主要な決定因子である。エストロゲンに結合すると、ＥＲは細胞増殖を促進する可能性がある。エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳がんは、典型的には、乳がん細胞の増殖がエストロゲンに依存していることを示す。
【0037】
本明細書で使用される場合、「パネル」または「セット」は、グループを指す。例えば、本明細書で使用される「ＥＲ制御遺伝子のパネル（またはセット）」は、ＥＲによって制御される遺伝子のグループを意味する。
【0038】
「アップレギュレートされた遺伝子」という用語は、アムセネストラントのような単剤の投与後に、ＤＭＳＯのような対照を用いた治療と比較して、または治療を受けた個体における治療前のより初期の時点と比較して、発現の増加を示す遺伝子を指す。
【0039】
「ダウンレギュレートされた遺伝子」という用語は、アムセネストラントのような単剤の投与後に、ＤＭＳＯのような対照を用いた治療と比較して、または治療を受けた個体における治療前のより初期の時点と比較して、発現の低下を示す遺伝子を指す。
【0040】
本明細書で使用する場合、「ＥＲ活性スコア」という用語は、生物学的サンプルから得られた遺伝子発現データセットに対して、ＧＳＶＡなどの算出方法を使用して得られるスコアのことを指す（ＧＳＶＡ法を使用してスコアを計算することの記述について、その全体を参照によって本明細書に組み入れるＨａｎｚｅｌｍａｎｎら、ＧＳＶＡ： ｇｅｎｅ ｓｅｔ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ＲＮＡ－ｓｅｑ ｄａｔａ、ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓにおける、２０１３年；１４：７ページ）。Ｅ２誘導スコアおよびＥ２抑制スコアは個別に算出される。Ｅ２誘導スコアは、生物学的サンプルから得られた遺伝子発現データセットからのアップレギュレートされた遺伝子のセットに対するＧＳＶＡなどの算出方法を使用することによって計算される。Ｅ２抑制スコアは、生物学的サンプルから得られた遺伝子発現データセットからのダウンレギュレートされた遺伝子のセットに対するＧＳＶＡなどの算出方法を使用することによって計算される。ＥＲ活性スコアは以下のように計算される：ＥＲ活性スコア ＝ ＥＲ誘導スコア － Ｅ２抑制スコア。
【0041】
「アムセネストラントのオン・ターゲット活性」とは、ＥＲの分解および／または阻害のことを指し、例えば、免疫組織化学によるＥＲタンパク質発現の減少、ＥＲシグナル伝達経路（プロゲステロン受容体、Ｋｉ６７）によって制御されるタンパク質の発現の減少によってＧＳＶＡによる免疫組織化学、および／またはＥＲ活性スコアによって示すことができる。
【0042】
「進行乳がん」という用語は、腫瘍が局所領域にない（すなわち、腫瘍の原発部位の外にある）がん、または手術で切除できない場合を指す。
【0043】
「転移性乳がん」という用語は、肝臓、肺、骨、脳、および／または他の部位など、身体の他の部位に転移したがんを指す。
【0044】
ＥＲ制御遺伝子
いくつかの実施形態において、ＥＲ制御遺伝子のパネルが包含され、ここでＥＲ制御遺伝子のパネルはＮ個の遺伝子を有し、Ｎは少なくとも７であり、約８７以下であり、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み、；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
いくつかの実施形態において、ＥＲ制御遺伝子のパネルが包含され、ここでＥＲ制御遺伝子のパネルはＮ個の遺伝子を有し、Ｎは少なくとも７であり、約８７以下であり、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み、；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
【0045】
いくつかの実施形態において、ＥＲ制御遺伝子のパネルが包含され、ここでＥＲ制御遺伝子のパネルはＮ個の遺伝子を有し、ここでＮは約８７以下であり、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、少なくとも４５個、少なくとも４６個、少なくとも４７個、少なくとも４８個、少なくとも４９個、少なくとも５０個、少なくとも５１個、少なくとも５２個、少なくとも５３個、少なくとも５４個、少なくとも５５個、少なくとも５６個、少なくとも５７個、少なくとも５８個、少なくとも５９個、少なくとも６０個、少なくとも６１個、少なくとも６２個、少なくとも６３個、少なくとも６４個、少なくとも６５個、少なくとも６６個、少なくとも６７個、少なくとも６８個、少なくとも６９個、少なくとも７０個、少なくとも７１個、少なくとも７２個、少なくとも７３個、少なくとも７４個、少なくとも７５個、少なくとも７６個、少なくとも７７個、少なくとも７８個、少なくとも７９個、少なくとも８０個、少なくとも８１個、少なくとも８２個、少なくとも８３個、少なくとも８４個、少なくとも８５個、少なくとも８６個、または８７個の遺伝子を含み、ならびにＮ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個、３～２１個、４～２１個、５～２１個、６～２１個、７～２１個、８～２１個、９～２１個、１０～２１個、１１～２１個、１２～２１個、１３～２１個、１４～２１個、１５～２１個、１６～２１個、１７～２１個、１８～２１個、１９～２１個、２０～２１個、または２１個を含み；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個、６～６６個、７～６６個、８～６６個、９～６６個、１０～６６個、１１～６６個、１２～６６個、１３～６６個、１４～６６個、１５～６６個、１６～６６個、１７～６６個、１８～６６個、１９～６６個、２０～６６個、２１～６６個、２２～６６個、２３～６６個、２４～６６個、２５～６６個、２６～６６個、２７～６６個、２８～６６個、２９～６６個、３０～６６個、３１～６６個、３２～６６個、３３～６６個、３４～６６個、３５～６６個、３６～６６個、３７～６６個、３８～６６個、３９～６６個、４０～６６個、４１～６６個、４２～６６個、４３～６６個、４４～６６個、４５～６６個、４６～６６個、４７～６６個、４８～６６個、４９～６６個、５０～６６個、５１～６６個、５２～６６個、５３～６６個、５４～６６個、５５～６６個、５６～６６個、５７～６６個、５８～６６個、５９～６６個、６０～６６個、６１～６６個、６２～６６個、６３～６６個、６４～６６個、６５～６６個、または６６個を含む。
【0046】
いくつかの実施形態において、ＥＲ制御遺伝子のパネルは、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、ＳＹＮＰＯ、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む約８７個の遺伝子を有する。約８７個の遺伝子のうち、２１個：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯがアップレギュレートされた遺伝子であり；ならびに６６個：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨがダウンレギュレートされた遺伝子である。
【0047】
方法
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法が本明細書に提供され、本方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、Ｎは少なくとも７であって、約８７以下であり、ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法が本明細書に提供され、本方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、Ｎは少なくとも７であって、約８７以下であり、ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個を含み；ならびに、Ｎ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個を含む。
【0048】
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法が本明細書に提供され、本方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、Ｎ個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、ここでＮは約８７以下であり、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも３１個、少なくとも３２個、少なくとも３３個、少なくとも３４個、少なくとも３５個、少なくとも３６個、少なくとも３７個、少なくとも３８個、少なくとも３９個、少なくとも４０個、少なくとも４１個、少なくとも４２個、少なくとも４３個、少なくとも４４個、少なくとも４５個、少なくとも４６個、少なくとも４７個、少なくとも４８個、少なくとも４９個、少なくとも５０個、少なくとも５１個、少なくとも５２個、少なくとも５３個、少なくとも５４個、少なくとも５５個、少なくとも５６個、少なくとも５７個、少なくとも５８個、少なくとも５９個、少なくとも６０個、少なくとも６１個、少なくとも６２個、少なくとも６３個、少なくとも６４個、少なくとも６５個、少なくとも６６個、少なくとも６７個、少なくとも６８個、少なくとも６９個、少なくとも７０個、少なくとも７１個、少なくとも７２個、少なくとも７３個、少なくとも７４個、少なくとも７５個、少なくとも７６個、少なくとも７７個、少なくとも７８個、少なくとも７９個、少なくとも８０個、少なくとも８１個、少なくとも８２個、少なくとも８３個、少なくとも８４個、少なくとも８５個、少なくとも８６個、または８７個の遺伝子を含み、ならびにＮ個の遺伝子は、以下のアップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個、３～２１個、４～２１個、５～２１個、６～２１個、７～２１個、８～２１個、９～２１個、１０～２１個、１１～２１個、１２～２１個、１３～２１個、１４～２１個、１５～２１個、１６～２１個、１７～２１個、１８～２１個、１９～２１個、２０～２１個、または２１個を含み；ならびにＮ個の遺伝子は、以下のダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個、６～６６個、７～６６個、８～６６個、９～６６個、１０～６６個、１１～６６個、１２～６６個、１３～６６個、１４～６６個、１５～６６個、１６～６６個、１７～６６個、１８～６６個、１９～６６個、２０～６６個、２１～６６個、２２～６６個、２３～６６個、２４～６６個、２５～６６個、２６～６６個、２７～６６個、２８～６６個、２９～６６個、３０～６６個、３１～６６個、３２～６６個、３３～６６個、３４～６６個、３５～６６個、３６～６６個、３７～６６個、３８～６６個、３９～６６個、４０～６６個、４１～６６個、４２～６６個、４３～６６個、４４～６６個、４５～６６個、４６～６６個、４７～６６個、４８～６６個、４９～６６個、５０～６６個、５１～６６個、５２～６６個、５３～６６個、５４～６６個、５５～６６個、５６～６６個、５７～６６個、５８～６６個、５９～６６個、６０～６６個、６１～６６個、６２～６６個、６３～６６個、６４～６６個、６５～６６個、または６６個を含む。
【0049】
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするための方法が本明細書に提供され、本方法は：（ａ）アムセネストラントによる治療の前の第１の時点での個体からのサンプルから第１のＥＲ活性スコアを決定する工程；（ｂ）工程（ａ）に続いて、アムセネストラントの投与に続く第２の時点で、個体からのサンプルから第２のＥＲ活性スコアを決定する工程；ならびに（ｃ）第１のＥＲ活性スコアを第２のＥＲ活性スコアと比較する工程であって、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントの標的エンゲージメントの予測因子である工程を含み、ここで、第１のＥＲ活性スコアおよび第２のＥＲ活性スコアを決定することは、約８７個の遺伝子を有するＥＲ制御遺伝子のパネルを分析することを含み、ならびに２１個の遺伝子が、アップレギュレートされた遺伝子：ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびに６６個の遺伝子が、ダウンレギュレートされた遺伝子：Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む。
【0050】
いくつかの実施形態において、第１のＥＲ活性スコアに対する第２のＥＲ活性スコアの減少は、アムセネストラントのオン・ターゲット活性の予測因子である。いくつかの実施形態において、アムセネストラントのオン・ターゲット活性は、ＥＲ分解およびＥＲ阻害を含む。
【0051】
アッセイ／ＲＮＡ配列決定
いくつかの実施形態において、遺伝子の発現レベルは、ＲＮＡ発現レベル、ｍＲＮＡ発現レベル、またはＤＮＡ発現レベルのような核酸発現レベルであってもよい。核酸発現レベルを決定する任意の適切な方法を使用することができる。いくつかの実施形態において、核酸発現レベルは、ＲＮＡ－ｓｅｑを使用して決定される。例えば、核酸発現レベルは、ＲＮＡ ＡＣＣＥＳＳプロトコルまたはＴＲＵＳＥＱ ＲＩＢＯ－ＺＥＲＯ００プロトコル（ＩＬＬＵＭＩＮＡ））、ＲＴ－ｑＰＣＲ、ｑＰＣＲ、マルチプレックスｑＰＣＲまたはＲＴ－ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはそれらの組み合わせを使用して決定してもよい。
いくつかの実施形態において、遺伝子の発現レベルは、ＲＮＡ発現レベル、ｍＲＮＡ発現レベル、またはＤＮＡ発現レベルのような核酸発現レベルであってもよい。核酸発現レベルを決定する任意の適切な方法を使用することができる。いくつかの実施形態において、核酸発現レベルは、ＲＮＡ－ｓｅｑを使用して決定される。例えば、核酸発現レベルは、ＲＮＡ ＡＣＣＥＳＳプロトコルまたはＴＲＵＳＥＱ ＲＩＢＯ－ＺＥＲＯ００プロトコル（ＩＬＬＵＭＩＮＡ））、ＲＴ－ｑＰＣＲ、ｑＰＣＲ、マルチプレックスｑＰＣＲまたはＲＴ－ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはそれらの組み合わせを使用して決定してもよい。
【0052】
細胞内のｍＲＮＡを評価する方法は周知であり、例えば、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－ｓｅｑ）、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、所定の遺伝子セットに特異的な相補的プライマーを用いたＲＴ－ＰＣＲのような様々な核酸増幅アッセイが含まれる。いくつかの実施形態において、ｑＲＴ－ＰＣＲが使用される。さらに、そのような方法は、例えば、アクチンファミリーメンバーのような「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって、生物学的サンプル中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする１つまたは複数の工程を含むことができる。いくつかの実施形態において、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。任意選択的な方法としては、マイクロアレイ技術によって組織または細胞サンプル中の標的ｍＲＮＡのようなｍＲＮＡを検査または検出するプロトコルが含まれる。核酸マイクロアレイを使用して、試験および対照の組織サンプルからの試験および対照のｍＲＮＡサンプルを逆転写および標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。その後、固体支持体上に固定化された核酸のアレイに、プローブをハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列および位置がわかるように構成されている。例えば、その発現がオン・ターゲット活性を含む、アムセネストラントを含む治療の標的エンゲージメントと相関する遺伝子の選択は、固体支持体上に整列させることができる。例えば、表３の８７個の遺伝子のいずれかを固体支持体上に整列させることができる。標識されたプローブと特定のアレイメンバーとのハイブリダイゼーションは、プローブが由来するサンプルがその遺伝子を発現することを示している。
【0053】
生物学的サンプル
１つまたは複数の腫瘍細胞を含む任意の生物学的サンプルを、本明細書に開示される方法において使用することができる。いくつかの実施形態において、サンプルは、腫瘍生検、血液サンプル、血清サンプル、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、サンプルは腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、ホルマリン固定腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍（ＦＦＰＥ）生検またはパラフィン包埋腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、新鮮凍結（ＦＦ）腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは新鮮な腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルはアーカイブ腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは凍結腫瘍生検である。
１つまたは複数の腫瘍細胞を含む任意の生物学的サンプルを、本明細書に開示される方法において使用することができる。いくつかの実施形態において、サンプルは、腫瘍生検、血液サンプル、血清サンプル、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、サンプルは腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、ホルマリン固定腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍（ＦＦＰＥ）生検またはパラフィン包埋腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られたサンプルは、新鮮凍結（ＦＦ）腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは新鮮な腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルはアーカイブ腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは凍結腫瘍生検である。
【0054】
任意の方法およびアッセイのいくつかの例において、サンプルは、本明細書に記載のアムセネストラントの投与の前に、個体から得られる。いくつかの実施形態において、サンプルは、本明細書に記載のアムセネストラントの投与の数分、数時間、数日、数週間、数ヶ月、または数年前に得られる。換言すると、サンプルはベースラインサンプルであってもよい。いくつかの実施形態において、サンプルは、本明細書に記載のアムセネストラントの投与の後に、個体から得られる。いくつかの場合において、個体からのサンプルは、内分泌療法の投与後３０時間以内に得られる。いくつかの実施形態において、サンプルは、本明細書に記載のアムセネストラントの投与の数分、数時間、または数日後に得られる。いくつかの実施形態において、例えば、本明細書に記載のアムセネストラントの投与の前および投与の後の異なる時点で、同じ個体から複数のサンプルが得られる。
【0055】
ＳＥＲＤ化合物
いくつかの実施形態において、ＳＥＲＤ化合物はＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）である。ＳＡＲ４３９８５９の合成は、特許出願の国際公開第２０１７１４０６６９号（実施例５１）に記載されている。ＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）は６－（２，４－ジクロロフェニル）－５－［４－［（３Ｓ）－１－（３－フルオロプロピル）ピロリジン－３－イル］オキシフェニル］－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－ベンゾ［７］アンヌレン－２－カルボン酸である。ＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）の化学式は以下のとおりである：
いくつかの実施形態において、ＳＥＲＤ化合物はＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）である。ＳＡＲ４３９８５９の合成は、特許出願の国際公開第２０１７１４０６６９号（実施例５１）に記載されている。ＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）は６－（２，４－ジクロロフェニル）－５－［４－［（３Ｓ）－１－（３－フルオロプロピル）ピロリジン－３－イル］オキシフェニル］－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－ベンゾ［７］アンヌレン－２－カルボン酸である。ＳＡＲ４３９８５９（アムセネストラント）の化学式は以下のとおりである：
【化1】
【0056】
追加の抗がん療法
いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、アムセネストラントおよび追加の抗がん療法を投与することをさらに含む。追加の抗がん療法は、対象における腫瘍の治療のための当該技術分野で既知の任意の療法および／または任意の標準治療療法を含むことができる。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、化学療法を含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、免疫療法を含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、ホルモン療法を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、アムセネストラントおよび追加の抗がん療法を投与することをさらに含む。追加の抗がん療法は、対象における腫瘍の治療のための当該技術分野で既知の任意の療法および／または任意の標準治療療法を含むことができる。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、化学療法を含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、免疫療法を含む。いくつかの実施形態において、追加の抗がん療法は、ホルモン療法を含む。
【0057】
いくつかの実施形態において、抗がん療法はパルボシクリブ（ｐａｌｂｏｃｉｃｌｉｂ）である。いくつかの実施形態において、抗がん療法はアルペリシブ（ａｌｐｅｌｉｓｉｂ）である。
【0058】
がん
いくつかの実施形態において、本開示は、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングする方法を対象とする。
いくつかの実施形態において、本開示は、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングする方法を対象とする。
【0059】
いくつかの実施形態において、がんは、乳がんであり、好ましくはＥＲ＋／ＨＥＲ２－進行性または転移性乳がんである。
【0060】
キットおよび製造品
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするのに有用な材料を含むキットまたは製造品が、本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブの第１のセットを含み；ここでアップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個、３～２１個、４～２１個、５～２１個、６～２１個、７～２１個、８～２１個、９～２１個、１０～２１個、１１～２１個、１２～２１個、１３～２１個、１４～２１個、１５～２１個、１６～２１個、１７～２１個、１８～２１個、１９～２１個、２０～２１個、または２１個を含み；ならびにダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個、６～６６個、７～６６個、８～６６個、９～６６個、１０～６６個、１１～６６個、１２～６６個、１３～６６個、１４～６６個、１５～６６個、１６～６６個、１７～６６個、１８～６６個、１９～６６個、２０～６６個、２１～６６個、２２～６６個、２３～６６個、２４～６６個、２５～６６個、２６～６６個、２７～６６個、２８～６６個、２９～６６個、３０～６６個、３１～６６個、３２～６６個、３３～６６個、３４～６６個、３５～６６個、３６～６６個、３７～６６個、３８～６６個、３９～６６個、４０～６６個、４１～６６個、４２～６６個、４３～６６個、４４～６６個、４５～６６個、４６～６６個、４７～６６個、４８～６６個、４９～６６個、５０～６６個、５１～６６個、５２～６６個、５３～６６個、５４～６６個、５５～６６個、５６～６６個、５７～６６個、５８～６６個、５９～６６個、６０～６６個、６１～６６個、６２～６６個、６３～６６個、６４～６６個、６５～６６個、または６６個を含む。
いくつかの実施形態において、アムセネストラントによる治療に対するがんを有する個体の応答をモニタリングするのに有用な材料を含むキットまたは製造品が、本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブの第１のセットを含み；ここでアップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯの任意の２～２１個、３～２１個、４～２１個、５～２１個、６～２１個、７～２１個、８～２１個、９～２１個、１０～２１個、１１～２１個、１２～２１個、１３～２１個、１４～２１個、１５～２１個、１６～２１個、１７～２１個、１８～２１個、１９～２１個、２０～２１個、または２１個を含み；ならびにダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨの任意の５～６６個、６～６６個、７～６６個、８～６６個、９～６６個、１０～６６個、１１～６６個、１２～６６個、１３～６６個、１４～６６個、１５～６６個、１６～６６個、１７～６６個、１８～６６個、１９～６６個、２０～６６個、２１～６６個、２２～６６個、２３～６６個、２４～６６個、２５～６６個、２６～６６個、２７～６６個、２８～６６個、２９～６６個、３０～６６個、３１～６６個、３２～６６個、３３～６６個、３４～６６個、３５～６６個、３６～６６個、３７～６６個、３８～６６個、３９～６６個、４０～６６個、４１～６６個、４２～６６個、４３～６６個、４４～６６個、４５～６６個、４６～６６個、４７～６６個、４８～６６個、４９～６６個、５０～６６個、５１～６６個、５２～６６個、５３～６６個、５４～６６個、５５～６６個、５６～６６個、５７～６６個、５８～６６個、５９～６６個、６０～６６個、６１～６６個、６２～６６個、６３～６６個、６４～６６個、６５～６６個、または６６個を含む。
【0061】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、アップレギュレートされた遺伝子およびダウンレギュレートされた遺伝子の発現を検出するためのプローブの第１のセットを含み；ここでアップレギュレートされた遺伝子は、ＰＴＰＲＴ、ＣＡＭＫ１Ｄ、ＢＣＡＳ１、ＡＢＣＧ１、ＫＲＴ８１、ＴＬＥ２、ＳＡＬＬ４、ＩＴＧＢ６、ＢＢＣ３、ＩＬ１Ｒ１、ＣＯＲＯ２Ａ、ＧＲＭ４、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ４、ＭＡＴＮ２、ＰＰＦＩＢＰ２、ＢＭＦ、ＬＯＣ２８３０７０、ＰＳＣＡ、ＢＡＫ１、ＰＬＩＮ２、およびＳＹＮＰＯを含み；ならびにダウンレギュレートされた遺伝子は、Ｈ１９、ＭＹＢＬ１、ＭＧＰ、ＳＬＣ５Ａ８、ＰＫＩＢ、ＰＧＲ、ＴＭＰＲＳＳ３、ＩＧＳＦ１、ＣＯＬ２１Ａ１、ＦＳＩＰ１、ＫＬＨＬ４、ＥＧＲ３、ＮＰＹ１Ｒ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｃ、ＧＲＩＫ３、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＦＲＫ、ＰＲＳＳ２３、ＳＥＲＰＩＮＡ５、ＳＦＸＮ２、ＣＡＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＭ、ＣＤＣ４５、ＷＤＲ６２、ＤＳＣＣ１、ＧＪＡ１、ＦＡＭ１９６Ａ、ＮＴＲＫ２、ＲＡＤ５４Ｌ、ＳＤＫ２、ＳＬＣ４Ａ１０、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＲＧＳ２２、ＳＹＢＵ、ＣＡ８、ＤＩＡＰＨ３、ＦＨＬ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、ＫＣＮＨ１、ＲＡＤ５１ＡＰ１、ＦＡＮＣＤ２、ＳＬＣ３９Ａ８、ＳＫＰ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＡＵＲＫＢ、ＤＥＰＴＯＲ、ＸＲＣＣ２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、ＥＲＣＣ６Ｌ、ＯＲＣ１、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＲＲＭ２、ＥＭＥ１、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＦ、ＣＬＳＰＮ、ＥＸＯ１、ＳＤＣ２、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｉ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＢ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｂ、ＡＳＣＬ１、ＡＴＡＤ５、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、およびＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨを含む。
【0062】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、ＲＮＡ配列決定分析のためのサンプルを調製するための１つまたは複数の試薬を含んでもよい。いくつかの実施形態において、サンプルは、腫瘍生検、血液サンプル、血清サンプル、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、サンプルは、腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られるサンプルは、ホルマリン固定腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られるサンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍（ＦＦＰＥ）生検またはパラフィン包埋腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、対象から得られるサンプルは、新鮮凍結（ＦＦ）腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは、新鮮な腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは、アーカイブ腫瘍生検である。いくつかの実施形態において、サンプルは、凍結腫瘍生検である。
【0063】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、サンプルからのＥＲ活性スコアを決定するための１つまたは複数の試薬をさらに含む。
【0064】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、本明細書に記載の、アムセネストラントによる治療に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングおよび／または評価するためにキットを使用するための取扱説明書を含むことができる。
【0065】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、容器、容器上のラベル、および容器内に含まれる組成物を含んでもよく、ここで、組成物は、ストリンジェントな条件下で本明細書に列挙される遺伝子（例えば、表３の任意の遺伝子）の相補体にハイブリダイズする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含み、容器上のラベルは、サンプル中の本明細書の表３に列挙された遺伝子のセットの活性を評価するために、組成物が使用できることを示し、キットには、特定のサンプルタイプにおける遺伝子のＲＮＡまたはＤＮＡの存在を評価するためにポリヌクレオチド（複数可）を使用するための、取扱説明書が含まれる。
【0066】
いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、オリゴヌクレオチドベースであり、例えば、（１）オリゴヌクレオチド、例えば、タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズする検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、または（２）核酸分子の増幅に有用なプライマーのペアを含むことができる。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、緩衝剤、保存剤、またはタンパク質安定化剤もまた、含むことができる。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、検出可能な標識を検出するために必要な構成要素、例えば、酵素または基質をさらに含むことができる。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品は、アッセイして試験サンプルと比較することができる対照サンプルまたは一連の対照サンプルもまた、含むことができる。いくつかの実施形態において、キットまたは製造品の各構成要素は、個々の容器内に封入することができ、キットまたは製造品を使用して実行されたアッセイの結果を解釈するための取扱説明書とともに、種々の容器の全てを単一のパッケージ内に封入することができる。
【実施例1】
【0067】
材料および方法
使用した材料および方法の主な詳細を以下に示す。
使用した材料および方法の主な詳細を以下に示す。
【0068】
細胞培養および試薬
ＭＣＦ７、ＣＡＭＡ－１、ＺＲ－７５～１、ＭＤＡＭＢ１３４ＶＩ、ＭＤＡＭＢ３６１、ＢＴ４７４、ＢＴ４７３、ＭＤＡＭＢ４１５、ＥＦＭ１９、ＨＣＣ１４２８、ＨＣＣ１５００、ＨＥＫ２９３Ｔ、ＭＤＡＭＢ２３１、およびＳＵＭ４４ＰＥ細胞は、ＡＴＣＣまたはＡｓｔｅｒａｎｄから購入し、Ｉｄｅｘｘでの短いタンデムリピート（ＳＴＲ）ＤＮＡプロファイリングを使用して認証を受けた。ＨＣＣ１４２８ ＬＴＥＤ細胞株は、Ｃａｒｌｏｓ Ａｒｔｅａｇａから入手した（ＴＷ Ｍｉｌｌｅｒら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２０１１年；１７：２０２４～２０３４ページ）。全ての細胞株は、マイコプラズマ汚染についてロンザ・マイコアラート（Ｌｏｎｚａ Ｍｙｃｏａｌｅｒｔ）およびストラタジーン・マイコセンサー（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｍｙｃｏｓｅｎｓｏｒ）を使用して、定期的にスクリーニングされた。特に明記しない限り、組織培養サプリメントおよび培地は、Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、またはＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから購入した。ＡＴＣＣによる推奨に従って細胞を維持した。ＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤは、１０％のデキストラン－チャコール処理（ＣＳＳ）ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）を含む、フェノールレッドを含まない改良修飾イーグル培地（ＩＭＥＭ、Ｃｏｒｎｉｎｇ）で維持した。ＳＵＭ４４ＰＥは、２％のＣＳＳを含むＩＭＥＭで以前の記載に従って維持された。ＨＣＩ－０１３は、転移性ＥＲ＋／プロゲステロン受容体陽性／ヒト上皮成長因子受容体２陰性の浸潤性小葉癌を有する５３歳の女性の胸水から確立された（Ａｌａｎａ Ｗｅｌｍｓから寄贈）。フルベストラント、４ＯＨ－タモキシフェン、ラロキシフェン（ｒａｌｏｘｉｆｅｎｅ）、バゼドキシフェン（ｂａｚｅｄｏｘｉｆｅｎｅ）、および１７β－エストラジオールは、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから購入した。
ＭＣＦ７、ＣＡＭＡ－１、ＺＲ－７５～１、ＭＤＡＭＢ１３４ＶＩ、ＭＤＡＭＢ３６１、ＢＴ４７４、ＢＴ４７３、ＭＤＡＭＢ４１５、ＥＦＭ１９、ＨＣＣ１４２８、ＨＣＣ１５００、ＨＥＫ２９３Ｔ、ＭＤＡＭＢ２３１、およびＳＵＭ４４ＰＥ細胞は、ＡＴＣＣまたはＡｓｔｅｒａｎｄから購入し、Ｉｄｅｘｘでの短いタンデムリピート（ＳＴＲ）ＤＮＡプロファイリングを使用して認証を受けた。ＨＣＣ１４２８ ＬＴＥＤ細胞株は、Ｃａｒｌｏｓ Ａｒｔｅａｇａから入手した（ＴＷ Ｍｉｌｌｅｒら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２０１１年；１７：２０２４～２０３４ページ）。全ての細胞株は、マイコプラズマ汚染についてロンザ・マイコアラート（Ｌｏｎｚａ Ｍｙｃｏａｌｅｒｔ）およびストラタジーン・マイコセンサー（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｍｙｃｏｓｅｎｓｏｒ）を使用して、定期的にスクリーニングされた。特に明記しない限り、組織培養サプリメントおよび培地は、Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、またはＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎから購入した。ＡＴＣＣによる推奨に従って細胞を維持した。ＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤは、１０％のデキストラン－チャコール処理（ＣＳＳ）ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）を含む、フェノールレッドを含まない改良修飾イーグル培地（ＩＭＥＭ、Ｃｏｒｎｉｎｇ）で維持した。ＳＵＭ４４ＰＥは、２％のＣＳＳを含むＩＭＥＭで以前の記載に従って維持された。ＨＣＩ－０１３は、転移性ＥＲ＋／プロゲステロン受容体陽性／ヒト上皮成長因子受容体２陰性の浸潤性小葉癌を有する５３歳の女性の胸水から確立された（Ａｌａｎａ Ｗｅｌｍｓから寄贈）。フルベストラント、４ＯＨ－タモキシフェン、ラロキシフェン（ｒａｌｏｘｉｆｅｎｅ）、バゼドキシフェン（ｂａｚｅｄｏｘｉｆｅｎｅ）、および１７β－エストラジオールは、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから購入した。
【0069】
化合物
ＳＡＲ４３９８５９は、特許出願の国際公開第２０１７１４０６６９号（実施例５１）に記載されているように合成された。ＧＤＣ０８１０およびＡＺＤ９４９６は、国際公開第２０１２０３７４１０号（実施例１１１）および国際公開第２０１４１９１７２６号（実施例１）にそれぞれ記載されているように合成された。ＡＺＤ－ＳＡＲおよびＧＤＣ－ＳＡＲの両方は、国際公開第２０１８０９１１５３号に記載されているように作成された（それぞれ実施例２５５および２５６）。
ＳＡＲ４３９８５９は、特許出願の国際公開第２０１７１４０６６９号（実施例５１）に記載されているように合成された。ＧＤＣ０８１０およびＡＺＤ９４９６は、国際公開第２０１２０３７４１０号（実施例１１１）および国際公開第２０１４１９１７２６号（実施例１）にそれぞれ記載されているように合成された。ＡＺＤ－ＳＡＲおよびＧＤＣ－ＳＡＲの両方は、国際公開第２０１８０９１１５３号に記載されているように作成された（それぞれ実施例２５５および２５６）。
【0070】
ＲＮＡの単離および定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）
ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ）を製造業者による取扱説明書に従って使用して抽出し、ＮａｎｏＤｒｏｐ ８０００（ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって定量化し、ｃＤＮＡアーカイブキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて逆転写した。Ｔａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、ＰＧＲ（Ｈｓ００１７２１８３＿ｍ１）、Ｂｃａｓ１（Ｈｓ００９５２８２２＿ｍ１）、ＣＸＣＬ１２ （Ｈｓ０３６７６６５６＿ｍＨ）、ＢＬＮＫ１（Ｈｓ００９２９９１４＿ｍ１）、ＩＬ２０（Ｈｓ００２１８８８８＿ｍ１）、およびハウス－キーピング遺伝子ＰＧＫ（Ｈｓ００３９１４８０＿ｍ１）およびＧＡＰＤＨ（Ｈｓ９９９９９９０５＿ｍ１）を定量した。相対量は、製造業者による取扱説明書（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に従って、ΔΔ閾値サイクル（ΔΔＣｔ）を使用して決定された。
ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ）を製造業者による取扱説明書に従って使用して抽出し、ＮａｎｏＤｒｏｐ ８０００（ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって定量化し、ｃＤＮＡアーカイブキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて逆転写した。Ｔａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、ＰＧＲ（Ｈｓ００１７２１８３＿ｍ１）、Ｂｃａｓ１（Ｈｓ００９５２８２２＿ｍ１）、ＣＸＣＬ１２ （Ｈｓ０３６７６６５６＿ｍＨ）、ＢＬＮＫ１（Ｈｓ００９２９９１４＿ｍ１）、ＩＬ２０（Ｈｓ００２１８８８８＿ｍ１）、およびハウス－キーピング遺伝子ＰＧＫ（Ｈｓ００３９１４８０＿ｍ１）およびＧＡＰＤＨ（Ｈｓ９９９９９９０５＿ｍ１）を定量した。相対量は、製造業者による取扱説明書（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に従って、ΔΔ閾値サイクル（ΔΔＣｔ）を使用して決定された。
【0071】
ＲＮＡ配列決定／ＥＲ制御遺伝子のパネルの開発
ＥＲ制御遺伝子のパネルを開発するために、以下のように実験を行った。最初に、個別にＤＭＳＯ、エストラジオール（Ｅ２）、２つのＳＥＲＭおよび５つのＳＥＲＤ化合物を用いて、３つの濃度でＭＣＦ－７細胞を治療した。単剤（ＤＭＳＯ、エストラジオール、ＳＥＲＭ、またはＳＥＲＤ）によるＭＣＦ－７細胞の治療についての治療スキームを示す、以下の表１を参照されたい。濃度の単位はｎＭである。
ＥＲ制御遺伝子のパネルを開発するために、以下のように実験を行った。最初に、個別にＤＭＳＯ、エストラジオール（Ｅ２）、２つのＳＥＲＭおよび５つのＳＥＲＤ化合物を用いて、３つの濃度でＭＣＦ－７細胞を治療した。単剤（ＤＭＳＯ、エストラジオール、ＳＥＲＭ、またはＳＥＲＤ）によるＭＣＦ－７細胞の治療についての治療スキームを示す、以下の表１を参照されたい。濃度の単位はｎＭである。
【0072】
【表1】
【0073】
２番目に、エストラジオールとＳＥＲＤおよびＳＥＲＤ化合物の１つとの組み合わせで、ＭＣＦ－７細胞を治療した。エストラジオールに加えて２つのＳＥＲＭおよび５つのＳＥＲＤのうちの１つを用いたＭＣＦ－７細胞の治療のための治療スキームを示す、以下の表２を参照されたい。濃度の単位はｎＭである。
【0074】
【表2】
【0075】
ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ）を製造業者のプロトコルに従って使用して抽出した。ＲＮＡサンプルの濃度はＮａｎｏＤｒｏｐ ８０００（ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して決定し、ＲＮＡの完全性は４２００ ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって決定した。
【0076】
ＮｕＧｅｎオベーション（登録商標）ユニバーサルＲＮＡ－Ｓｅｑシステム法（Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）プラットフォーム）からのキットを製造業者のプロトコルに準拠して使用して、９６のＳＥＲＤ ＲＮＡサンプルのＲＮＡ－ｓｅｑライブラリを調製した。５０ｂｐのラピッドシングルリードフローセルを使用して、ラピッドモードのＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００でライブラリを配列決定した。ＲＮＡ－ｓｅｑデータは以下のように処理した：ＲＮＡ配列決定のＦＡＳＴＱファイルは、参照に対するスプライシングされた転写物整列（Ｓｐｌｉｃｅｄ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｔｏ ａ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ；ＳＴＡＲ）アライナー（Ｄｏｂｉｎら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２０１３年１月、２９巻、１号、１５～２１ページ）およびＣｕｆｆｌｉｎｋｓを使用して参照ゲノムＧＲＣｈ ３８にマッピングされ、１００万あたりの転写産物（ＴＰＭ）で発現の遺伝子レベル推定値を生成した。ＴＰＭは、発現単位としての算出測定値として算出され、その後、分位点正規化され、ｌｏｇ２変換された。この細胞株分析から生成されたＲＮＡ－ｓｅｑデータは、Ｅ２によってＤＭＳＯと比較して顕著にアップレギュレートおよびダウンレギュレートされた遺伝子を同定した。ＥＲ制御遺伝子は、２つの比較を使用して同定された。最初に、表１における１つまたは複数のＳＥＲＭまたはＳＥＲＤ化合物によって調節され、エストラジオールによって反対方向に調節される遺伝子を同定した（［ｌｏｇ２ ＦＣ］＞２およびＦＤＲ＜０．０５対ＤＭＳＯ対照）。ＳＥＲＤ化合物治療群とジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ；対照）治療群との間で差次的に発現する遺伝子を同定するために、それぞれの用量および時点での２因子（治療および用量）分散分析（ＡＮＯＶＡ）モデルを使用した。治療因子は、７つのレベルで固定された：６つのＳＥＲＤ化合物およびＤＭＳＯ対照。用量因子もまた、２つのレベルで固定された：低および高。全てのサンプルは２４時間で治療された。各々のＳＥＲＤ化合物治療とＤＭＳＯ対照との間で、各々の用量および時間レベルで事後コントラスト分析を行った。絶対倍数変化≧１．５および偽発見率調整ｐ値≦０．０５のカットオフレベルを使用して、差次的に発現する遺伝子（ＤＥＧ）を選択し、１０２２ＤＥＧのパネルを得た。この分析は、アレイ・スタジオ（Ａｒｒａｙ Ｓｔｕｄｉｏ）（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して実行された。少なくとも１つの化合物対ＤＭＳＯの比較で差次的に発現されるとして同定された１０２２遺伝子のパネルを、それぞれの用量および時点でＤＭＳＯ対照に対して正規化された化合物治療データの階層的クラスタリングに使用した。完全連鎖クラスタリングは、ピアソン相関係数に基づいて実行された。化合物間の発現プロファイルの類似性は、差次的に発現される遺伝子のピアソン相関によって評価された。
【0077】
２番目に、エストラジオールの存在下で１つまたは複数のＳＥＲＭまたはＳＥＲＤ分子によって調節される遺伝子が同定された（［ｌｏｇ２ ＦＣ］＞２およびＦＤＲ＜０．０５対エストラジオールのみ）（表２を参照されたい）。両方の比較で８７個の遺伝子が調節された。８７個の遺伝子の中には、Ｅ２によって誘導され、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってダウンレギュレートされる６６個の遺伝子、およびＥ２によって抑制され、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってアップレギュレートされる２１個の遺伝子がある。このシグネチャーは、ＳＥＲＭおよびＳＥＲＤによるＥＲ調節の測定に使用することができる。一般に、８７個の遺伝子は、ＳＥＲＭ化合物よりもＳＥＲＤ化合物によってより強く調節された；図５を参照されたい。
【0078】
結果
アムセネストラントおよび他のＳＥＲＤによるＥＲ調節を評価するために、ＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤ（長期エストロゲン欠乏）乳がん細胞株を３００ｎＭ（高）または３０ｎＭ（低）のＳＥＲＤ化合物で２４時間治療した。ＥＲ固有の活性を明らかにするために、その後、我々は、ホルモンが欠乏している細胞株であるＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤ細胞における化合物治療の後の遺伝子発現を評価した。全体的なｍＲＮＡ発現の変化は、治療後２４時間を評価した。１０２２の転写産物の選択されたパネルでの階層的クラスタリングにより、異なるシグネチャーを持つ２つのグループが同定された：１つのグループはＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６を含み、もう１つのグループはフルベストラント、ＳＡＲ４３９８５９、ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲを含んでいた（図１Ａ）。我々のＥＲ活性スコア分析は、２つのＳＥＲＤ、フルベストラントおよびＳＡＲ４３９８５９が、２つのハイブリッド分子、ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲが行うように、ＥＲ活性スコアを強力に低下させることを示した。対照的に、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６は、ＥＲ活性スコアを部分的にしか低下させなかった。ＳＡＲ４３９８５９によって誘導される発現プロファイルは、フルベストラントと密接に相関していることが、統計的相関関係により明らかになった。一方で、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６の転写プロファイルは、フルベストラントの転写プロファイルと弱い相関があるのみであった。興味深いことに、ハイブリッド分子ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲのプロファイルもまた、フルベストラントおよびＳＡＲ４３９８５９のプロファイルと密接に相関している（図１Ａ；図３）。
アムセネストラントおよび他のＳＥＲＤによるＥＲ調節を評価するために、ＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤ（長期エストロゲン欠乏）乳がん細胞株を３００ｎＭ（高）または３０ｎＭ（低）のＳＥＲＤ化合物で２４時間治療した。ＥＲ固有の活性を明らかにするために、その後、我々は、ホルモンが欠乏している細胞株であるＨＣＣ１４２８－ＬＴＥＤ細胞における化合物治療の後の遺伝子発現を評価した。全体的なｍＲＮＡ発現の変化は、治療後２４時間を評価した。１０２２の転写産物の選択されたパネルでの階層的クラスタリングにより、異なるシグネチャーを持つ２つのグループが同定された：１つのグループはＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６を含み、もう１つのグループはフルベストラント、ＳＡＲ４３９８５９、ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲを含んでいた（図１Ａ）。我々のＥＲ活性スコア分析は、２つのＳＥＲＤ、フルベストラントおよびＳＡＲ４３９８５９が、２つのハイブリッド分子、ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲが行うように、ＥＲ活性スコアを強力に低下させることを示した。対照的に、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６は、ＥＲ活性スコアを部分的にしか低下させなかった。ＳＡＲ４３９８５９によって誘導される発現プロファイルは、フルベストラントと密接に相関していることが、統計的相関関係により明らかになった。一方で、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６の転写プロファイルは、フルベストラントの転写プロファイルと弱い相関があるのみであった。興味深いことに、ハイブリッド分子ＧＤＣ－ＳＡＲおよびＡＺＤ－ＳＡＲのプロファイルもまた、フルベストラントおよびＳＡＲ４３９８５９のプロファイルと密接に相関している（図１Ａ；図３）。
【0079】
一般的に、８７個の遺伝子は、ＳＥＲＭ化合物よりもＳＥＲＤ化合物によってより強力に調節された。８７個の遺伝子の中には、Ｅ２によって誘導されて、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってダウンレギュレートされる６６個の遺伝子、およびＥ２によって抑制されて、ＳＥＲＤ／ＳＥＲＭによってアップレギュレートされる２１個の遺伝子がある。
【0080】
化合物の相対的なＥＲ制御活性を評価するために、複数の細胞株の転写プロファイリングによってＥＲ調節遺伝子パネル（８７遺伝子、表３）を開発し、エストラジオールで調節され、その後ＳＥＲＭおよびＳＥＲＤでブロックされる遺伝子を同定した。ＥＲ制御遺伝子のこのパネルは、ＳＥＲＭおよびＳＥＲＤによるＥＲ調節を測定するために使用することができる。その後、ＥＲシグネチャー（ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ． ２０１３；１４：７）の遺伝子セットバリエーション分析（ＧＳＶＡ）を使用して、ＥＲ活性スコアを評価した。
【0081】
フルベストラントおよびＳＡＲ４３９８５９は、ＥＲ活性の深い阻害を実証した一方で、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６は、ＥＲα活性を部分的に阻害するのみであり、上記の観察をさらに支持した。興味深いことに、両方のハイブリッド分子、ＧＤＣ－ＳＡＲとＡＺＤ－ＳＡＲもまた、ＥＲα転写活性を強力に阻害した（図１Ｂ）。ＲＴ－ｑＰＣＲによって、２つの十分に検証されたＥＲ標的遺伝子、ＣＸＣＬ１２およびＢＣＡＳ１の発現を測定することによって、調査結果が確認された。遺伝子発現解析により、十分に検証されたＥＲα標的遺伝子に対するこれらの分子の差次的な応答のさらなる確認が提供された（Ｅｌｉｆｅ． ２０１６；５、Ｅｎｄｏｃｒ Ｒｅｌａｔ Ｃａｎｃｅｒ． ２０１５；２２（５）：７１３～２４ページ）。ＳＡＲ４３９８５９、ＧＤＣ－ＳＡＲ、およびＡＺＤ－ＳＡＲはＣＸＣＬ１２の発現を阻害し、Ｂｃａｓ１の発現を誘導した一方で、ＧＤＣ－０８１０およびＡＺＤ９４９６はこれらの遺伝子の発現に有意な変化を何も誘発できなかった（図１Ｃ、Ｄ）。驚くべきことに、ＳＡＲ４３９８５９およびフルベストラントは、Ｅ２の非存在下で、ＥＲα固有の活性の大きな調節を誘導しているが、これはこれらの化合物の強力な逆アゴニスト活性を示唆している。
【0082】
以下に提供されるリストは、ＳＥＲＤ、より特には、アムセネストラントによる治療によってダウンレギュレートまたはアップレギュレートされる遺伝子である。
【0083】
【表3-1】
【表3-2】
【0084】
ＰＧＲおよびＣＸＣＬ１２のような個別のＥＲα抑制遺伝子のＲＴ－ｑＰＣＲ分析により、フルベストラントまたはＧＤＣ－０８１０と比較して、ＳＡＲ４３９８５９によるより強力な阻害が、ＨＣＩ０１３腫瘍において確認された（それぞれ、図２および図４Ａ）。ＥＲα転写活性は、以前に記載されたように、ＨＣＩ０１３モデルにおいて、イン・ビトロ細胞株分析由来のＥＲ遺伝子シグネチャーに対応する遺伝子のパネルを使用して、分析された。ＳＡＲ４３９８５９およびＧＤＣ－０８１０の両方の治療で、ＥＲαシグナル伝達の抑制活性が示され、ＧＤＣ－０８１０と比較してより顕著なＥＲα抑制が、ＳＡＲ４３９８５９により達成された（図４Ｂ）。
【実施例2】
【0085】
本試験は、用量漸増コホート（パートＡ）および用量拡大コホート（パートＢ）では単剤療法、および研究のその他のアームでは併用療法として投与された、アムセネストラントの安全性、抗腫瘍活性、薬物動態、薬力学的特性を評価した、ＥＲ＋／ＨＥＲ２－進行性／転移性乳がんを有する閉経後の女性を対象とした非盲検の第１／２相試験である。ベースラインの２８日前からベースラインまでを含むスクリーニング期間があった。治療期間には、ＳＡＲ４３９８５９を投与する２８日間の療法サイクルが含まれていた。治療終了後、フォローアップ期間があった。パートＡの用量漸増では、ＳＡＲ４３９８５９の２０～６００ｍｇのＰＯ（経口）ＱＤ（１日１回）が投与された。パートＢの用量拡大では、ＳＡＲ４３９８５９の４００ｍｇのＰＯ ＱＤが投与された。
【0086】
対のある腫瘍生検は、収集に同意したパートＢからの患者のスクリーニング時およびサイクル２の終了時（サイクル２、２８日目）に収集された。各生検について、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織（ブロックまたはスライド）を、免疫組織化学（ＩＨＣ）分析用にそれぞれ５μｍ、ＲＮＡ抽出およびその後のＲＮＡ－ｓｅｑ分析用にそれぞれ１０μｍ収集した。ＩＨＣ ＥＲ、プロゲステロン受容体（ＰｇＲ）、およびＫｉ６７タンパク質発現スライドは、２人の専門病理学者（ＶＰおよびＡ－ＬＢ）によって評価された。ＩＨＣ染色は、Ｖｅｎｔａｎａ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ＸＴ ＩＨＣプラットフォームで、抗ＥＲクローンＳＰ１（ＣＯＮＦＩＲＭ抗エストロゲン受容体、Ｒｏｃｈｅ、ｒｅｆ． ７９０－４３２５）、抗ＰｇＲクローン１Ｅ２（ＣＯＮＦＩＲＭ抗プロゲステロン受容体、Ｒｏｃｈｅ、ｒｅｆ． ７９０－４２９６）、および抗Ｋｉ６７クローン３０－９（ＣＯＮＦＩＲＭ抗Ｋｉ－６７、Ｒｏｃｈｅ、Ｒｅｆ． ７９０－４２８６）を使用して実行した。染色されたスライドは、標準的な光学顕微鏡により、手動スコアリングシステムを使用して評価された。染色は、腫瘍細胞のみで評価された。ＥＲおよびＰｇＲの発現については、Ｈスコアを算出した。Ｋｉ６７タンパク質発現については、陽性腫瘍細胞のパーセンテージを算出した。全ＲＮＡは、ＦＦＰＥ組織（１０μｍのスライド）から抽出された。ＫＡＰＡ ＲＮＡ ＨｙｐｅｒＰｒｅｐおよび全エクソームＳｅｑＣａｐキット（Ｒｏｃｈｅ）を利用したターゲット濃縮ＲＮＡ－ｓｅｑアプローチを適用した後、ＮｅｘｔＳｅｑ ５００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を用いて配列決定リードを生成した。ＲＮＡ－ｓｅｑ ＦＡＳＴＱファイルをＳＴＡＲアライナーおよびＣｕｆｆｌｉｎｋｓを用いて処理して、１００万のマッピングされたリード（ＦＰＫＭ）あたりの転写物のキロベースあたりの遺伝子レベルのフラグメントを生成した。これらのＦＰＫＭ値は、１００万あたりの転写産物（ＴＰＭ）における発現の遺伝子レベル推定値に変換された。その後、ＴＰＭデータは、分位点正規化され、ｌｏｇ２変換された。以前に記載のように遺伝子セットバリエーション分析（ＧＳＶＡ）によって測定されたＥＲ活性化スコアの減少が、ＲＮＡ－ｓｅｑ分析によって決定された。
【0087】
血漿サンプルは、ＥＳＲ１変異を評価するために、サイクル１、１日目およびサイクル２、２８日目の最後に収集された。
【0088】
循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における野生型および変異型ＥＳＲ１の状態が決定された。ｃｆＤＮＡは、治療期間のベースラインおよび５６日目で測定された。ｃｆＤＮＡは、Ｓｙｓｍｅｘ Ｉｎｏｓｔｉｃｓ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ、ＭＤ、ＵＳＡ）のＯｎｃｏＢＥＡＭ（商標）プラットフォームを使用したマルチプレックスセントラルドロップレットデジタルポリメラーゼ連鎖反応（ｄｄ－ＰＣＲ）ＢＥＡＭｉｎｇ １２遺伝子アッセイによって、ＥＳＲ１のリガンド結合ドメインにおけるホットスポットの病原性ＥＳＲ１変異（単一ヌクレオチドバリアント）について評価された。ｃｆＤＮＡは、Ｒｏｃｈｅ ＡＶＥＮＩＯ拡張パネル、７７遺伝子ＮＧＳパネル（Ａｍｂｒｙ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）を使用して、ベースライン時および治療終了時に別の方法でも測定された。ベースラインでは、生殖細胞変異が評価された。唾液変異は、ｃｆＤＮＡの生殖細胞変異の可能性についての参照のために呼び出す。
【0089】
アムセネストラントは、対のある腫瘍生検で証明されるように、ＥＲ分解／シグナル伝達阻害を誘導した（ベースライン時およびアムセネストラント投与の２つの２８日間サイクル後に収集した）。１人の患者では、最初の投与サイクルの１５日目に、治療中の生検が収集された。
【0090】
アムセネストラントは、ＩＨＣ ＥＲ発現の全体的な減少（ＥＲ分解）（図６Ａ；ベースラインからの相対変化の中央値は、スクリーニング時およびサイクル２、２８日目の入手可能なデータで、非ゼロ値の患者間において－５８％［範囲－９３％から－４４％］であった；ｎ＝６）、ＰｇＲ発現の減少（図６Ｂ；スクリーニングからの相対変化の中央値は、－８８％［範囲－１００％から－３８％］であった；ｎ＝３）、Ｋｉ６７タンパク質発現の減少（図６Ｃ；Ｋｉ６７陽性細胞のパーセンテージにおけるスクリーニングからの変化量の中央値は、－８％［範囲－３０％から＋３０％］であった；ｎ＝７）、およびＧＳＶＡによるＥＲ活性化スコアの減少（図６Ｄ；スクリーニングからの変化量の中央値は、－０．４［範囲－１．１から＋０．４］であった；ｎ＝５）によって示されるように、堅牢なオン・ターゲット活性を示した。ＥＲまたはＰｇＲ核のＨスコアは、非ゼロのスクリーニング値である全ての患者で、サイクル２、２８日目で減少した。スクリーニング時にＥＲまたはＰｇＲ核のＨスコアがゼロに等しかった患者のうち、１人の患者は、サイクル２、２８日目にＰｇＲ核のＨスコアが増加していた。ＥＲ活性化スコアは、臨床的利益を示した患者間においてのみ減少または安定を維持し（スクリーニングからの変化量の中央値は、－０．６［範囲－１．１から０］であった；ｎ＝４）、臨床的利益がなかった患者においてはＥＲ活性化スコアが増加した（スクリーニングからの変化量：＋０．４）。上記の「（ｎ＝）」の数値は、記述統計（変化量の中央値または相対変化の中央値）が算出された患者の数を示す。ベースライン／スクリーニング時およびベースライン後（図６Ａ～Ｄのそれぞれの各線は、１人の患者を表す）で利用可能なデータを持つ患者の数は、上記の「（ｎ＝）」の数とは異なる可能性があるが、これは、少なくとも、ベースライン／スクリーニングがゼロに等しい場合は相対変化の中央値が算出されなかったことが理由である。
【0091】
臨床的利益評価のための応答は、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って評価された。
【0092】
ＥＲ活性スコア（５つの対のある生検で評価された）は、臨床的利益を示した患者では減少するか、安定を維持したままであったが、臨床的利益を示さなかった患者では増加した。部分奏効のない臨床的利益を示した患者では、ＥＲ活性スコアが低下した。臨床的利益および部分奏効の両方を達成した１人の患者では、活性化スコアに変化はなかった（したがって、ベースラインスコアが非常に低く、ＥＲ活性が低いことを示している）。
【0093】
ＥＲ活性スコアは、ＥＲタンパク質ＩＨＣよりも臨床的利益（ＣＢ）と密接に相関していた。腫瘍生検（免疫組織化学的およびトランスクリプトーム分析）におけるアムセネストラントのオン・ターゲット活性を評価するために使用される全ての方法の中で、ＥＲ活性スコアは、臨床的利益を達成するか否かを患者間で最も明確に区別した。ＩＨＣ ＥＲタンパク質のレベルは、ＥＲ経路状態と必ずしも相関していなかった。
【0094】
前臨床および臨床研究へのＥＲ活性スコアの適用は、ＳＥＲＤの標的エンゲージメント薬力学（ＰＤ）バイオマーカーのようなバイオマーカーとしての潜在的な価値を示している。
【0095】
本研究の強みには、ＥＲ＋／ＨＥＲ２－進行乳がんにおける強力な標的エンゲージメントとＥＲ分解／経路阻害を実証する、安全性、抗腫瘍活性、薬物動態／薬力学を組み合わせた評価が含まれる。
【図1-1】
【図1-2】
【図1-3】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6-1】
【図6-2】
【国際調査報告】