特表 2024-535770 菌体外多糖生成微生物及びその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-10-02

(54)【発明の名称】菌体外多糖生成微生物及びその使用

(51)【国際特許分類】

   C12N 1/21 20060101AFI20240925BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20240925BHJP

   A61K 35/742 20150101ALI20240925BHJP

   A61K 35/74 20150101ALI20240925BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20240925BHJP

   A61P 39/06 20060101ALI20240925BHJP

   A61K 38/16 20060101ALI20240925BHJP

   A61K 47/36 20060101ALI20240925BHJP

   A01P 21/00 20060101ALI20240925BHJP

   A01N 63/25 20200101ALI20240925BHJP

   C12N 1/20 20060101ALN20240925BHJP

【ＦＩ】

C12N1/21 ZNA

C12N15/63 Z

A61K35/742

A61K35/74 Z

A61P35/00

A61P39/06

A61K38/16

A61K47/36

A01P21/00

A01N63/25

C12N1/20 D

C12N1/20 E

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024515331

(86)(22)【出願日】2022-09-09

(85)【翻訳文提出日】2024-03-08

(86)【国際出願番号】 EP2022075122

(87)【国際公開番号】W WO2023036938

(87)【国際公開日】2023-03-16

(31)【優先権主張番号】21196088.5

(32)【優先日】2021-09-10

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】508020155

【氏名又は名称】ビーエーエスエフ ソシエタス・ヨーロピア

【氏名又は名称原語表記】ＢＡＳＦ ＳＥ

【住所又は居所原語表記】Ｃａｒｌ－Ｂｏｓｃｈ－Ｓｔｒａｓｓｅ ３８， ６７０５６ Ｌｕｄｗｉｇｓｈａｆｅｎ ａｍ Ｒｈｅｉｎ， Ｇｅｒｍａｎｙ

(74)【代理人】

【識別番号】110002572

【氏名又は名称】弁理士法人平木国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】マイ，トビアス

(72)【発明者】

【氏名】ヘロルト，アンドレア

(72)【発明者】

【氏名】ハインリヒ，ダニエル クリストフ

(72)【発明者】

【氏名】ホイシュケル，インゲボルク

(72)【発明者】

【氏名】センドロフスキ，ヘイコ

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C087

4H011

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA15X

4B065AA23X

4B065AB01

4B065BA02

4B065CA41

4B065CA43

4B065CA44

4B065CA47

4B065CA49

4B065CA54

4C076EE30A

4C084AA02

4C084AA03

4C084BA01

4C084BA08

4C084BA22

4C084BA23

4C084CA04

4C084DC50

4C084NA14

4C084ZB26

4C084ZC41

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC54

4C087BC64

4C087BC68

4C087CA12

4C087CA14

4C087NA14

4C087ZB26

4C087ZC41

4H011AB03

4H011BB21

(57)【要約】

本発明は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の菌体外多糖生成に関与する遺伝子に関する。本発明は、特に発酵の過程にわたり、菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させるため又は菌体外多糖の自己分解を防止するための、それらの遺伝子に対する変異及び対応する変異タンパク質を提供する。本発明はまた、微生物及び菌体外多糖の好適な発酵方法、並びに微生物及び菌体外多糖の変異遺伝子及び変異タンパク質の好適な使用を提供する。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子、並びに任意選択的に更に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む微生物であって、
菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す、微生物。

【請求項2】

変異型ｄｅｇＵ遺伝子を含む、請求項１に記載の微生物であって、
－ 前記ｄｅｇＵ遺伝子が、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／若しくは機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする、且つ／又は
－ 前記ｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードし、その変異が、各選択肢ａ）及びｂ）について優先度の降順で、
ａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、及び／若しくは
ｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか若しくはそれらからなる、微生物。

【請求項3】

変異型ｄｅｇＳ遺伝子を含む、請求項１又は２に記載の微生物であって、
－ 前記ｄｅｇＳ遺伝子が、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスポアクセプター（ｐｈｏｓｐｏａｃｃｅｐｔｏｒ）ドメイン及び／若しくは機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする、且つ／又は
－ 前記ｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードし、その変異が、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ若しくはＬ９９Ｙを含むか若しくはそれらからなる、微生物。

【請求項4】

変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の微生物であって、
ａ）その変異が、ＤＮＡ結合ドメイン若しくはレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減若しくは消失及び／若しくは二量体化の低減若しくは消失をもたらし、且つ／又は
ｂ）前記変異が、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、若しくは
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、若しくは
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ若しくはＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか若しくはそれらのいずれかを含む、微生物。

【請求項5】

前記微生物が液体発酵培地中で増殖する場合、好ましくはバッチ発酵中に最大炭素移動速度（ＣＴＲ）に達した後４８時間にわたり、前記発酵培地の粘度が、対応する野生型株の発酵で得られる最大発酵培地粘度の５０％、好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％よりも高いままであるように、前記発酵培地の粘度増加を引き起こす、請求項１～４のいずれか一項に記載の微生物。

【請求項6】

前記微生物が、
－ ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｉ）綱、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱又はネガティウィクテス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）綱、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）目、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）目、サーモセディミニバクター（Ｔｈｅｒｍｏｓｅｄｉｍｉｎｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）目又はセレノモナス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）目、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科、パスツリア（Ｐａｓｔｅｕｒｉａｃｅａｅ）科、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）科、ペプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科、ヘリオバクテリウム（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）科、シントロフォモナス（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）科、テピダナエロバクター（Ｔｅｐｉｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）科又はスポロミュサ（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａｃｅａｅ）科、
－ より好ましくはアルカリバチルス（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ゲオバチルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ハロバチルス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、リシニバチルス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ピシバチルス（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、テリバチルス（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ブレビバチルス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、サーモバチルス（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パスツリア（Ｐａｓｔｅｕｒｉａ）属、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属、デスルホトマクルム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ）属、ヘリオバクテリウム（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ペロスポラ（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ）属、ペロトマクルム（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ）属、カルダナエロバクター（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、ムーレラ（Ｍｏｏｒｅｌｌａ）属、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、テピダナエロバクター（Ｔｅｐｉｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、プロピオニスポラ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ）属又はスポロミュサ（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ）属、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属又はクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）
の分類階級から選択される、請求項１～５のいずれか一項に記載の微生物。

【請求項7】

微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させる方法、又は微生物の菌体外多糖分解を低減若しくは防止する方法であって、
ａ）請求項２に記載の変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）請求項３に記載の変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）請求項４に記載の変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質
のうちの１つ以上を前記微生物に提供する工程を含む、方法。

【請求項8】

ａ）請求項２に記載の変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）請求項３に記載の変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）請求項４に記載の変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質
のうちの１つ以上を発現させるための発現カセットを含む、発現ベクター。

【請求項9】

請求項１～６のいずれか一項に記載の微生物を、
ａ）植物材料及び／又は
ｂ）植物栽培基材
に適用することを含む、植物の健康を改善する方法。

【請求項10】

菌体外多糖の生成方法であって、
ｉ）請求項１～６のいずれか一項に記載の微生物を増殖させること、及び
ｉｉ）任意選択的に前記菌体外多糖から前記微生物を分離すること
を含む、方法。

【請求項11】

請求項１～６のいずれか一項に記載の微生物、又は請求項２に記載のｄｅｇＵ遺伝子若しくはタンパク質及び／又は請求項３に記載のｄｅｇＳ遺伝子若しくはＤｅｇＳタンパク質及び／又は請求項４に記載のｓｐｏ０Ａ遺伝子若しくはＳｐｏ０Ａタンパク質の使用であって、
－ 菌体外多糖組成物の生成、
－ 植物、植物の葉、植物の根及び／又は植物の種子の処理、
－ 好ましくは土壌肥沃度を高めるための、土壌の接種、
－ 収量一貫性の改善、
－ 地下層の処理、
－ 廃水の処理、
－ 医薬担体又は化粧品担体の調製、
－ 医薬組成物又は化粧用組成物の調製、
－ 皮膚水和組成物の調製、
－ 凝集剤の調製、
－ 食品又は飼料添加物の調製、
－ 抗腫瘍剤の調製、
－ 抗酸化剤の調製
のいずれかのための、使用。

【請求項12】

請求項６に記載の分類階級のいずれかから選択される微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させるか又は菌体外多糖分解を防止するための、
ａ）請求項２に記載の変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）請求項３に記載の変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）請求項４に記載の変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質
のうちの１つ以上の使用。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の菌体外多糖生成に関与する遺伝子に関する。本発明は、特に発酵の過程にわたり、菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させるため又は菌体外多糖分解を防止するための、それらの遺伝子の変異及び対応する変異タンパク質を提供する。本発明はまた、微生物及び菌体外多糖の好適な発酵方法、並びに微生物及び菌体外多糖の変異遺伝子及び変異タンパク質の好適な使用を提供する。

【背景技術】

【0002】

微生物の菌体外多糖は、例えばバイオフィルム中に見られるような増殖促進性の微小環境を作り出すことにより、生成細胞に対して複数の保護機能、例えば、乾燥、毒素及び非生物的ストレスに対する保護、栄養素及び細胞外酵素の捕捉、表面への細胞の接着物質としての役割、並びに構造上の目的の維持を担っている。

【0003】

したがって、菌体外多糖は、例えば植物の処理において、有益微生物による生存及び表面への定着を改善するための有用なツールである。菌体外多糖の生成により、例えば雨又は風によって葉から植物に有益な微生物が洗い流されることが防止されるか又は低減され、葉、苗条及び根の表面への定着が改善される。これは、例えば、植物に有益なパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｉ）を適用する際に有利であり、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｉ）が植物表面に定着することにより、植物が真菌性病原体から顕著に保護され、且つ根の栄養摂取が改善される。一例として、Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）Ａ２６のバイオフィルム多糖は、フサリウム・グラミネアラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ）に拮抗することができる（Ｔｉｍｍｕｓｋ Ｓ，Ｃｏｐｏｌｏｖｉｃｉ Ｄ，Ｃｏｐｏｌｏｖｉｃｉ Ｌ，Ｔｅｄｅｒ Ｔ，Ｎｅｖｏ Ｅ，Ｂｅｈｅｒｓ Ｌ．Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｂｉｏｆｉｌｍ ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ ａｎｔａｇｏｎｉｓｅ Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ．２０１９ Ｊａｎ ２４；９（１）：６６２．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９８－０１８－３７７１８－ｗ）。一部のパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）種のバイオフィルム形成は、それらが植物の根に定着するのを効果的に補助し、宿主植物が過酷な条件で適応し生存するのを補助することができる。

【0004】

加えて、菌体外多糖及び菌体外多糖を生成する微生物は、例えば吸水及び植物へのアンモニアの供給によって、土壌肥沃度を高め、収量一貫性を改善することができる。これに関連して、菌体外多糖は細菌周囲における微好気性環境の確立を補助することができ、したがって微生物による大気窒素の固定に必要な酸素感受性酵素ニトロゲナーゼの活動を可能にすることができる。

【0005】

菌体外多糖の他の用途は、液体のレオロジー特性を変化させる能力、特に同時に生物学的分解性であることによって粘度を増加させる能力に依拠する。これは、例えば、地下の石油及びガスの抽出、化粧品、食品、飼料及び医薬の調製に有用である。一例として、菌体外多糖は、組織工学、薬物送達及び創傷被覆材における足場又はマトリックスとして適用される（Ｎｗｏｄｏ ＵＵ，Ｇｒｅｅｎ Ｅ，Ｏｋｏｈ ＡＩ．Ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ ａｎｄ ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｍｏｌ Ｓｃｉ．２０１２；１３（１１）：１４００２－１４０１５．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ２０１２ Ｏｃｔ ３０．ｄｏｉ：１０．３３９０／ｉｊｍｓ１３１１１４００２）。更に、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）由来の菌体外多糖は、抗腫瘍剤、抗酸化剤又は凝集剤として適用された（Ｈｅ Ｘ，Ｌｉ Ｑ，Ｗａｎｇ Ｎ，Ｃｈｅｎ Ｓ．Ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ａｎ ＥＰＳ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｇｅｎｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ ｏｆ Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ＷＬＹ７８ ｏｎ Ｂｉｏｆｉｌｍ Ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｎｉｔｒｏｇｅｎ Ｆｉｘａｔｉｏｎ ｕｎｄｅｒ Ａｅｒｏｂｉｃ Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ．Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ．２０２１ Ｊａｎ ３０；９（２）：２８９．ｄｏｉ：１０．３３９０／ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ９０２０２８９）。このことは、微生物の菌体外多糖の生物工学上及び産業上の適用分野が広範にわたることを示している。菌体外多糖は糖単位から構築され、１種の単量体のみ（例えば、多糖レバン中のフルクトース）又は異なる単量体のいずれかからなり得る。多糖の例には、特に、グルカン、フルクタン、カードラン、ジェラン、キサンタン、エマルサン、デキストラン、セルロース、アリギネート（ａｌｉｇｉｎａｔｅ）、コロン酸（ｃｏｌｏｎｉｃ ａｃｉｄ）、カードラン、デキストラン、ジウタン（ｄｉｕｔａｎ）、レバン、スクシノグリカン、ウェラン及びそれらの組み合わせがあるが、これらに限定されない。同様に、菌体外多糖を生成するための製造材料及び製造方法が記載されている：公報国際公開第２０１５１１８５１６号パンフレット及び国際公開第２０１６０４４７６８号パンフレットには、特に土壌肥沃度を改善するための、菌体外多糖を使用した土壌接種について記載されている。公報国際公開第２０２０１６３２５１号パンフレットには、収量一貫性を改善するための菌体外多糖の適用について記載されている。公報国際公開第２０１４１７６０６１号パンフレットには、地下層の処理のための、特に石油及びガスの抽出における菌体外多糖の適用について記載されている。また、公報国際公開第２０１４１６０３５０号パンフレットには、菌体外多糖を使用した廃水の処理について記載されている。菌体外多糖を沈殿させ、その中に植物に有益な微生物を捕捉するための材料及び方法は、国際公開第２０１７１５１７４２号パンフレットに記載されている。パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）の菌体外多糖生成に関与する遺伝子及び代謝は、Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｉｌｏｒ－ｍａｄｅ ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ － ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ｅｄｉｔｉｎｇ ｉｎ Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ，Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０１７，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｓｙｎｂｉｏ／ｙｓｘ００７（その全体が本明細書に組み込まれる）に、特に、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）の菌体外多糖糖単量体の組成及び菌体外多糖合成に関与する遺伝子への参照として、詳細に研究されている。

【0006】

それらの利益を別にして、菌体外多糖は、工業的液相発酵における懸念の主要因である。菌体外多糖により引き起こされる発酵培地粘度の増加によって酸素及び栄養素の移動速度が低減する可能性があり、それにより発酵収量が低減し、より高いエネルギーが発酵培地の撹拌に必要となる。したがって、典型的には、微生物中の菌体外多糖生成を低減させる又は消滅させるための試みがなされる。

【0007】

多くの微生物は、発酵の間、主に対数期増殖中に細胞外多糖を生成する。発酵の後期段階、特に対数期増殖の終了時に、菌体外多糖は分解され栄養素として消費されるため、菌体外多糖生成に消費された代謝エネルギーの一部が回収される。したがって、発酵ブロスの最大菌体外多糖含有量は、標的発酵生成物の最大含有量にしばしば先行する。例えば、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）の発酵では、フサリシジンＡ、Ｂ又はＤの最大含有量に達する前に最大粘度、したがって最大菌体外多糖含有量に達するため、菌体外多糖含有量をフサリシジン含有量と交換する必要がある。これは、特に植物保護用途においては明らかに望ましくない。更に、回収後の発酵ブロスの保管中に、菌体外多糖は多くの場合、数時間又は数日以内に細胞又は残存酵素から分解された。したがって、高レベルの菌体外多糖を得るためには、下流処理は多くの場合時間が重要視される。

【0008】

したがって、本発明の目的は、従来技術の前述の欠点を緩和又は軽減することであった。特に、本発明の目的は、対応する微生物が発酵ブロス中で対応する野生型と比較してより高い菌体外多糖含有量をもたらすことを可能にするアレルを含む改変された核酸を提供することであった。更に、本発明の目的は、後期発酵相における発酵槽内容物の菌体外多糖含有量を、好ましくは、菌体外多糖に加えて微生物により生成される少なくとも１種の標的発酵生成物、好ましくは抗菌物質の最大含有量が利用可能である場合に、対応する野生型と比較して増加させることを可能にするような核酸、アレル及び微生物を提供することであった。

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0009】

本発明は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子、並びに任意選択的に更に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む微生物を提供し、この微生物は、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す。

【0010】

本発明はまた、微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させる方法、又は微生物の菌体外多糖分解を低減若しくは防止する方法であって、
ａ）変異型ｄｅｇＵ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＵ遺伝子が、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／若しくは機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする、且つ／又は
－ ｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードし、その変異が、各選択肢ａａ）及びａｂ）について優先度の降順で、
ａａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、及び／若しくは
ａｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＵ遺伝子；
ｂ）変異型ｄｅｇＳ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＳ遺伝子が、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスホアクセプタードメイン及び／若しくは機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする、且つ／又は
－ ｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードし、その変異が、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ若しくはＬ９９Ｙを含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＳ遺伝子；
ｃ）変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子であって、
ｃａ）その変異が、ＤＮＡ結合ドメイン若しくはレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減若しくは消失及び／若しくは二量体化の低減若しくは消失をもたらし、且つ／又は
ｃｂ）その変異が、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ若しくはＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか若しくはそれらのいずれかを含む、変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子、のうちの１つ以上を微生物に提供する工程を含む方法を提供する。

【0011】

本発明はまた、
ａ）変異型ｄｅｇＵ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＵ遺伝子が、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／若しくは機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする、且つ／又は
－ ｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードし、その変異が、各選択肢ａａ）及びａｂ）について優先度の降順で、
ａａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、及び／若しくは
ａｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＵ遺伝子；
ｂ）変異型ｄｅｇＳ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＳ遺伝子が、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスホアクセプタードメイン及び／若しくは機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする、且つ／若しくは
－ ｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードし、その変異が、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ若しくはＬ９９Ｙを含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＳ遺伝子；
ｃ）変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子であって、
ｃａ）その変異が、ＤＮＡ結合ドメイン若しくはレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減若しくは消失及び／若しくは二量体化の低減若しくは消失をもたらし、且つ／又は
ｃｂ）その変異が、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ若しくはＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか若しくはそれらのいずれかを含む、変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子、のうちの１つ以上を発現させるための発現カセットを含む発現ベクターを提供する。

【0012】

更に、本発明は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子、並びに任意選択的に更に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む微生物の適用を含む、植物の健康を改善する方法を提供し、この微生物は、
ａ）植物材料及び／又は
ｂ）植物栽培基材、に対する菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す。

【0013】

また、本発明は、
ｉ）変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子、並びに任意選択的に更に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む微生物を増殖させることであって、この微生物が、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す、増殖させること、並びに
ｉｉ）任意選択的に菌体外多糖から微生物を分離すること、を含む、菌体外多糖の生成方法を提供する。

【0014】

本発明はまた、
変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子、並びに任意選択的に更に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含む微生物の使用であって、この微生物が菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す、使用
或いはｄｅｇＵ遺伝子若しくはタンパク質であって、
－ ｄｅｇＵ遺伝子が、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／若しくは機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする、且つ／若しくは
－ ｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードし、その変異が、各選択肢ａａ）及びａｂ）について優先度の降順で、
ａａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、及び／若しくは
ａｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか若しくはそれらからなる、ｄｅｇＵ遺伝子若しくはタンパク質、
並びに／又はｄｅｇＳ遺伝子若しくはＤｅｇＳタンパク質であって、
－ ｄｅｇＳ遺伝子が、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスホアクセプタードメイン及び／若しくは機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする、且つ／若しくは
－ ｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードし、その変異が、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ若しくはＬ９９Ｙを含むか若しくはそれらからなる、ｄｅｇＳ遺伝子若しくはＤｅｇＳタンパク質；
並びに／又はｓｐｏ０Ａ遺伝子若しくはＳｐｏ０Ａタンパク質であって、
ｃａ）その変異が、ＤＮＡ結合ドメイン若しくはレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減若しくは消失及び／若しくは二量体化の低減若しくは消失をもたらし、且つ／若しくは
ｃｂ）その変異が、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ若しくはＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか若しくはそれらのいずれかを含む、ｓｐｏ０Ａ遺伝子若しくはＳｐｏ０Ａタンパク質、の使用であって、
以下のいずれか：
－ 菌体外多糖組成物の生成、
－ 植物、植物の葉、植物の根及び／若しくは植物の種子の処理、
－ 好ましくは土壌肥沃度を高めるための、土壌の接種、
－ 収量一貫性の改善、
－ 地下層の処理、
－ 廃水の処理、
－ 医薬担体又は化粧品担体の調製、
－ 医薬組成物又は化粧用組成物の調製、
－ 皮膚水和組成物の調製、
－ 食品又は飼料添加物の調製、
－ 抗腫瘍剤の調製、
－ 抗酸化剤の調製、
－ 凝集剤の調製、のための使用を提供する。

【0015】

また、本発明は、
ａ）変異型ｄｅｇＵ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＵ遺伝子が、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／若しくは機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする、且つ／又は
－ ｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードし、その変異が、各選択肢ａａ）及びａｂ）について優先度の降順で、
ａａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、及び／若しくは
ａｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＵ遺伝子；
ｂ）変異型ｄｅｇＳ遺伝子であって、
－ ｄｅｇＳ遺伝子が、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスポアクセプター（ｐｈｏｓｐｏａｃｃｅｐｔｏｒ）ドメイン及び／若しくは機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする、且つ／又は
－ ｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードし、その変異が、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ若しくはＬ９９Ｙを含むか若しくはそれらからなる、変異型ｄｅｇＳ遺伝子；
ｃ）変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子であって、
ｃａ）その変異が、ＤＮＡ結合ドメイン若しくはレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減若しくは消失及び／若しくは二量体化の低減若しくは消失をもたらし、且つ／又は
ｃｂ）その変異が、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ若しくはＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか若しくはそれらのいずれかを含む、変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子、のうちの１つ以上の使用であって、
ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｉ）綱、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱又はネガティウィクテス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）綱の分類階級のいずれかから選択される微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させるか又は菌体外多糖分解を防止するための、使用を提供する。

【図面の簡単な説明】

【0016】

【図1】実施例３に従って測定した発酵ブロス粘度の進展を示す。発酵ブロスは、実施例２に記載の２１ｌバイオリアクタ内での発酵中に野生型パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）ＤＳＭ３６５及びその変異型から得た。グラフ中、野生型ＤＳＭ３６５の粘度プロファイルを、それぞれの変異株と比較するための参照として常に維持した。野生株の場合、粘度は１００／ｓで発酵開始の１３時間後におよそ１２０［ｍＰａ・ｓ］の最大値に達し、その後１００／ｓで発酵開始の２４時間後におよそ５０［ｍＰａ・ｓ］まで低下する。その後、粘度は著しくは変化しない。ＤＳＭ３６５ ＤｅｇＵ変異株（株ＤｅｇＵ Ｑ２１８＊及び株ＤｅｇＵ Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ）の両方の発酵ブロスは、それぞれ発酵開始の１６時間後及び２４時間後に、１００／ｓでそれぞれおよそ１２０［ｍＰａ・ｓ］の粘度に達し、粘度はそれぞれ３６時間及び２８時間時点で１００／ｓでおよそ１６０［ｍＰａ・ｓ］へと増加する。その後、両方のブロス粘度は１００／ｓで１２０［ｍＰａ・ｓ］以上を維持する。ＤＳＭ３６５のＤｅｇＳ Ｌ９９Ｆ変異型の発酵ブロス粘度は、発酵開始の１２時間後に１００／ｓでおよそ１４０［ｍＰａ・ｓ］に達し、１００／ｓでおよそ２００［ｍＰａ・ｓ］でピークに達し、１００／ｓでおよそ１３０［ｍＰａ・ｓ］を上回って維持される。変異したｄｅｇＵ Ｑ２１８＊とｄｅｇＳ Ｌ９９Ｆの両方を有するＤＳＭ３６５株は、発酵開始のおよそ１４時間後に１００／ｓでおよそ１２０［ｍＰａ・ｓ］に達し、発酵ブロス粘度は粘度の開始の２８時間後に１００／ｓでおよそ１８０［ｍＰａ・ｓ］まで増加し続けた。ｓｐｏ０Ａ Ａ２５７Ｖ変異のみを有するＤＳＭ３６５株は、発酵開始後２２時間で１００／ｓでおよそ１２０［ｍＰａ・ｓ］の発酵ブロス粘度に達し、発酵開始後３２時間で１００／ｓで１４０［ｍＰａ・ｓ］のピークまで発酵ブロス粘度を増加させた。三重変異株ＤＳＭ３６５ ｄｅｇＵ Ｑ２１８＊＋ｄｅｇＳ Ｌ９９Ｆ＋ｓｐｏ０Ａ Ａ２５７Ｖは、発酵開始後１６時間で発酵ブロス粘度が１００／ｓでおよそ１２０［ｍＰａ・ｓ］に達し、発酵ブロス粘度のピークは１００／ｓでおよそ１８０［ｍＰａ・ｓ］であり、その後、１００／ｓで少なくともおよそ１５０［ｍＰａ・ｓ］の発酵ブロス粘度が続いた。

【図2】野生型株パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）ＤＳＭ３６５の炭素移動速度（ＣＴＲ、質量分析計で測定）とブロス粘度（実施例３に従って測定、図１と同じデータ）との比較を例示的に示す。

【図3-1】ＤｅｇＳタンパク質に関し、配列番号２とＵｎｉｐｒｏｔエントリＡ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯによる配列との配列アラインメントを示す。番号は、ＵｎｉｐｒｏｔエントリＡ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯ配列の位置に従って示されている。Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯ配列の各アミノ酸の上にあるアスタリスクの数は保存の程度を示しており、星の数が多いほど保存が強いことを示す。配列番号２の各アミノ酸の下に示すアミノ酸は、それぞれの位置で許容される起こり得る置換を示し、「－」は、ギャップ（Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯ配列に対する欠失）を示す。起こり得る置換はそれぞれの優先度順に列挙されており、好ましい置換ほど配列番号２のそれぞれの位置の近くに示されている。

【図3-2】図３の続き。

【図3-3】図３の続き。

【図3-4】図３の続き。

【図4-1】ＤｅｇＵタンパク質に関し、配列番号１とＵｎｉｐｒｏｔエントリＥ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳによる配列との配列アラインメントを示す。番号は、ＵｎｉｐｒｏｔエントリＥ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳ配列の位置に従って示されている。Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳ配列の各アミノ酸の上にあるアスタリスクの数は保存の程度を示しており、星の数が多いほど保存が強いことを示す。配列番号１の各アミノ酸の下に示すアミノ酸は、それぞれの位置で許容される起こり得る置換を示し、「－」は、ギャップ（Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳ配列に対する欠失）を示す。起こり得る置換はそれぞれの優先度順に列挙されており、好ましい置換ほど配列番号１のそれぞれの位置の近くに示されている。

【図4-2】図４の続き。

【図4-3】図４の続き。

【図5-1】Ｓｐｏ０Ａタンパク質に関し、配列番号３とＵｎｉｐｒｏｔエントリＡ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯによる配列との配列アラインメントを示す。番号は、ＵｎｉｐｒｏｔエントリＡ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯ配列の位置に従って示されている。Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯ配列の各アミノ酸の上にあるアスタリスクの数は保存の程度を示しており、星の数が多いほど保存が強いことを示す。配列番号３の各アミノ酸の下に示すアミノ酸は、それぞれの位置で許容される起こり得る置換を示し、「－」は、ギャップ（Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯ配列に対する欠失）を示す。起こり得る置換はそれぞれの優先度順に列挙されており、好ましい置換ほど配列番号３のそれぞれの位置の近くに示されている。

【図5-2】図５の続き。

【図5-3】図５の続き。

【発明を実施するための形態】

【0017】

【表1】

【0018】

発明の詳細な説明
本発明の技術的教示は、言語手段を使用して、特に科学用語及び技術用語を使用することにより、本明細書で表される。しかしながら、当業者は、言語手段が、それが詳細且つ正確であり得るとしても、教示を表現する複数の方法があり、その各々が全ての概念上のつながりを完全に表現することは、表現の各々が必然的に完結しなければならないことから必然的に不可能である、ということのみが理由であるとしても、技術的教示の完全な内容に近似するものに過ぎない可能性があることを理解している。これを念頭において、当業者は、本発明の主題が、本明細書で示されるか又は本明細書の本質的な制約によって必然的にパルス・プロ・トト方式で表現される個々の技術的概念の総和であることを理解する。特に、当業者は、個々の技術的概念の表明が、本明細書において、技術的に実用的である限り概念の各々の考えられる組み合わせを詳細に述べたものの略記としてなされ、その結果、例えば、３つの概念又は実施形態の開示であるＡ、Ｂ及びＣは、概念Ａ＋Ｂ、Ａ＋Ｃ、Ｂ＋Ｃ、Ａ＋Ｂ＋Ｃの省略表記であることを理解するであろう。特に、特徴に関する代替案は、代替例又は具体例を集約するリストに関して本明細書で記載される。別途記述されない限り、本明細書に記載の本発明は、そのような代替例の任意の組み合わせを含む。そのようなリストから幾分好ましい要素を選択することは、本発明の一部であり、またそれぞれの特徴によって伝えられる利点を最小程度に現実化させるための当業者の優先性によるものである。かかる複数の組み合わされた具体例は、本発明の適切に好ましい形態を表す。

【0019】

本明細書中でデータベースエントリ、例えば、Ｕｎｉｐｒｏｔエントリへの参照がなされている限り、エントリは２０２１年５月１日１０：００ＣＥＴに公開されたものである。これは、対応するデータベースエントリ識別子下で公開された配列にも適用される。

【0020】

核酸及びアミノ酸は、標準的な１文字又は３文字の略称を使用して略記される。欠失は「－」で示され、トランケーションは「＊」で示される。アミノ酸の改変は、それぞれの親配列における改変の位置によって指定される。

【0021】

本明細書で使用される場合、文脈上明らかに別途示されている場合を除き、単数の用語並びに「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その」などの単数形には、複数の指示対象が含まれる。したがって、例えば、「核酸」という用語の使用は、実際に、その核酸分子の多くのコピーを任意選択で含む。同様に、「プローブ」という用語は、任意選択で（且つ典型的には）多くの類似又は同一のプローブ分子を包含する。本明細書で使用される場合、「含んでいる」という語又は「含む」若しくは「含んでいる」などの変形形態は、記載された要素、整数若しくは工程又は要素、整数若しくは工程の群を含むが、いかなる他の要素、整数若しくは工程又は要素、整数若しくは工程の群を排除するものではないことも理解される。

【0022】

本明細書で使用される場合、「及び／又は」という用語は、関連する列挙された項目の１つ以上のあらゆる全ての可能な組み合わせ並びに二者択一（「又は」）で解釈される場合の組み合わせの欠如を指し、且つ包含する。「含む」という用語は、「からなる」という用語も包含する。

【0023】

「約」という用語は、測定可能な値、例えば質量、用量、時間、温度、配列同一性などの大きさに関して使用される場合、特定の値の±０．１％、０．２５％、０．５％、０．７５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％又は更に２０％の変動値及びその特定の値を指す。したがって、所与の組成物が「約５０％のＸ」を含むと記載されている場合、いくつかの実施形態では、組成物は５０％のＸを含む一方、他の実施形態では、組成物は、４０％～６０％のＸ（即ち５０％±１０％）を含み得ることを理解されたい。

【0024】

本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、核酸中で具現化されると、遺伝子産物、即ち更なる核酸、好ましくはＲＮＡに転写され得る、また好ましくはペプチド又はポリペプチドに翻訳され得る、生化学的情報を指す。したがって、この用語は、前記情報に類似する核酸のセクション及びかかる核酸の配列（本明細書では「遺伝子配列」とも呼ばれる）を示すためにも使用される。

【0025】

また、本明細書で使用される場合、「アレル」という用語は、他の配列差異の存在を問わず、野生型遺伝子配列と比較した遺伝子配列における１つ以上の特異的差異を特徴とする遺伝子の変種を指す。本発明のアレル又はヌクレオチド配列バリアントは、野生型遺伝子のヌクレオチド配列に対して、少なくとも、優先度の昇順に、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％～８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のヌクレオチド「配列同一性」を有する。同様に、「アレル」がペプチド又はポリペプチドを発現するための生化学的情報を指す場合、アレルのそれぞれの核酸配列は、それぞれの野生型ペプチド又はポリペプチドに対して、少なくとも、優先度の昇順に、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％～８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸「配列同一性」を有する。

【0026】

アミノ酸配列又は核酸配列の変異又は改変は、置換、欠失又は挿入のいずれかであり得る。「変異」又は「改変」という用語は、これらの任意の組み合わせも包含する。以下に、アミノ酸配列変異を参照して、変異の３つの具体的な方法全てをより詳細に記載する。対応する教示は核酸配列に適用され、それにより「アミノ酸」が「ヌクレオチド」に置き換えられる。変異は、ランダム変異誘発技術又は指向性変異誘発技術によって遺伝子のヌクレオチド配列に導入され得る。ランダム変異誘発技術としては、例えば、ＵＶ照射及び化学物質、例えばＥＭＳへの曝露が挙げられる。指向性変異誘発技術としては、プライマー伸長、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及びＣＲＩＳＰＲ型鋳型指向性変異誘発が挙げられる。

【0027】

「置換」は、元のアミノ酸の後にアミノ酸配列内の位置の番号を付与し、その後に置換されたアミノ酸を付与することにより記述される。例えば、１２０位でのヒスチジンのアラニンによる置換は、「Ｈｉｓ１２０Ａｌａ」又は「Ｈ１２０Ａ」と命名される。

【0028】

「欠失」は、元のアミノ酸の後にアミノ酸配列内の位置の番号を付与し、その後に「－」を付与することにより記述される。したがって、１５０位でのグリシンの欠失は、「Ｇｌｙ１５０－」又は「Ｇ１５０－」と命名される。或いは欠失は、例えば「Ｄ１８３及びＧ１８４の欠失」により示される。

【0029】

「終結」は、元のアミノ酸の後にアミノ酸配列内の位置の番号を付与し、その後に「＊」を付与することにより記述される。したがって、１５０位でのこの位置にあるグリシンに代わるアミノ酸鎖の終結は、「Ｇ１５０＊」の「Ｇｌｙ１５０＊」と命名される。

【0030】

「挿入」は、元のアミノ酸の後にアミノ酸配列内の位置の番号を付与し、その後に元のアミノ酸と付加されたアミノ酸とを付与することにより記述される。例えば、グリシンの隣へのリジンの１８０位での挿入は、「Ｇｌｙ１８０ＧｌｙＬｙｓ」又は「Ｇ１８０ＧＫ」と命名される。例えばＧｌｙ１８０の後にＬｙｓ及びＡｌａなど、複数のアミノ酸残基が挿入される場合、これは、Ｇｌｙ１８０ＧｌｙＬｙｓＡｌａ又はＧ１８０ＧＫＡと示され得る。置換及び挿入が同じ位置で起こる場合、これはＳ９９ＳＤ＋Ｓ９９Ａ、又は略してＳ９９ＡＤと示され得る。既存のアミノ酸残基と同一のアミノ酸残基が挿入される場合、命名に縮重が生じることは明らかである。例えば、上記の例でグリシンがグリシンの後に挿入される場合、これは、Ｇ１８０ＧＧによって示されることになる。

【0031】

複数の改変を含むバリアントは、「＋」によって分離され、例えば「Ａｒｇ１７０Ｔｙｒ＋Ｇｌｙ１９５Ｇｌｕ」又は「Ｒ１７０Ｙ＋Ｇｌｙ１９５Ｅ」は、１７０位及び１９５位のアルギニン及びグリシンのチロシン及びグルタミン酸による置換をそれぞれ表す。或いは複数の改変は、スペース又はカンマによって分離される場合があり、例えば、それぞれＲ１７０Ｙ Ｇ１９５Ｅ又はＲ１７０Ｙ，Ｇ１９５Ｅである。

【0032】

ある位置に異なる改変が導入され得る場合、異なる改変は、カンマによって分離され、例えば「Ａｒｇ１７０Ｔｙｒ，Ｇｌｕ」は、１７０位のアルギニンのチロシン又はグルタミン酸による置換を表す。或いは、異なる改変又は任意選択の置換は、角括弧で示される場合があり、例えばＡｒｇ１７０［Ｔｙｒ，Ｇｌｙ］若しくはＡｒｇ１７０｛Ｔｙｒ，Ｇｌｙ｝又は略してＲ１７０［Ｙ，Ｇ］若しくはＲ１７０｛Ｙ，Ｇ｝である。

【0033】

アミノ酸置換に関する特別な局面は、タンパク質フォールディングに対する影響が最小限であると思われることが多い保存的変異であり、結果としてそれぞれのペプチド又はポリペプチドバリアントのペプチド又はポリペプチド特性が、親ペプチド又はポリペプチドのペプチド又はポリペプチド特性と比較して実質的に維持される。保存的変異とは、あるアミノ酸が類似のアミノ酸と交換される変異である。％類似性の決定には、以下が適用される。これは、データベース検索及び配列アラインメントに最も使用されるアミノ酸類似性マトリックスの１つであるＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスにも準拠している：
アミノ酸Ａは、アミノ酸Ｓと類似する
アミノ酸Ｄは、アミノ酸Ｅ、Ｎと類似する
アミノ酸Ｅは、アミノ酸Ｄ、Ｋ及びＱと類似する
アミノ酸Ｆは、アミノ酸Ｗ、Ｙと類似する
アミノ酸Ｈは、アミノ酸Ｎ、Ｙと類似する
アミノ酸Ｉは、アミノ酸Ｌ、Ｍ及びＶと類似する
アミノ酸Ｋは、アミノ酸Ｅ、Ｑ及びＲと類似する
アミノ酸Ｌは、アミノ酸Ｉ、Ｍ及びＶと類似する
アミノ酸Ｍは、アミノ酸Ｉ、Ｌ及びＶと類似する
アミノ酸Ｎは、アミノ酸Ｄ、Ｈ及びＳと類似する
アミノ酸Ｑは、アミノ酸Ｅ、Ｋ及びＲと類似する
アミノ酸Ｒは、アミノ酸Ｋ及びＱと類似する
アミノ酸Ｓは、アミノ酸Ａ、Ｎ及びＴと類似する
アミノ酸Ｔは、アミノ酸Ｓと類似する
アミノ酸Ｖは、アミノ酸Ｉ、Ｌ及びＭと類似する
アミノ酸Ｗは、アミノ酸Ｆ及びＹと類似する
アミノ酸Ｙは、アミノ酸Ｆ、Ｈ及びＷと類似する

【0034】

保存的アミノ酸置換は、ペプチド又はポリペプチドなどの機能的タンパク質のポリペプチド配列の配列の完全長にわたって起こり得る。好ましくは、かかる変異は、ペプチド又はポリペプチドの機能的ドメインに関係しない。

【0035】

タンパク質又は核酸のバリアントは、親タンパク質又は親核酸と比較した際の配列同一性によって定義され得る。配列同一性は、通常、「％配列同一性」又は「％同一性」として示される。第１工程で２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性を決定するために、それらの２つの配列間でペアワイズ配列アラインメントを作製し、この２つの配列をそれらの完全長にわたりアラインメントする（即ち、ペアワイズグローバルアラインメント）。アラインメントは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ及びＷｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７９）４８，ｐ．４４３－４５３）を実装したプログラムで、好ましくは「ＮＥＥＤＬＥ」（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｏｐｅｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｓｕｉｔｅ（ＥＭＢＯＳＳ））をプログラムデフォルトパラメータ（ギャップオープン＝１０．０、ギャップ伸長＝０．５及びマトリックス＝ＥＢＬＯＳＵＭ６２）を用いて使用することにより作製される。本発明の目的のための好ましいアラインメントは、最大配列同一性を決定することができるアラインメントである。

【0036】

以下の例は２つのヌクレオチド配列を説明することを意図しているが、同じ計算がタンパク質配列にも適用される。
配列Ａ：ＡＡＧＡＴＡＣＴＧ 長さ：９塩基
配列Ｂ：ＧＡＴＣＴＧＡ 長さ：７塩基
よって、短い方の配列が配列Ｂである。

【0037】

両方の配列をそれらの完全長にわたって示すペアワイズグローバルアラインメントを生成すると、以下が得られる。

【化1】

【0038】

アラインメント内の記号「Ｉ」は同一残基を示す（ＤＮＡの場合は塩基、タンパク質の場合はアミノ酸を意味する）。同一残基の数は６である。

【0039】

アラインメント内の記号「－」はギャップを示す。アラインメントによって導入される配列Ｂ内のギャップの数は１である。アラインメントによって導入される配列Ｂの境界でのギャップの数は２であり、配列Ａの境界では１である。

【0040】

完全長にわたってアラインメントされた配列を示すアラインメント長は１０である。

【0041】

本発明に従って、より短い配列をその完全長にわたって示すペアワイズアラインメントを生成すると、結果として以下が得られる。

【化2】

【0042】

本発明に従って、配列Ａをその完全長にわたって示すペアワイズアラインメントを生成すると、結果として以下が得られる。

【化3】

【0043】

本発明に従って、配列Ｂをその完全長にわたって示すペアワイズアラインメントを生成すると、結果として以下が得られる。

【化4】

【0044】

より短い配列をその完全長にわたって示すアラインメント長は８である（より短い配列のアラインメント長に含まれている１つのギャップが存在する）。

【0045】

したがって、配列Ａをその完全長にわたって示すアラインメント長は９となり（配列Ａが本発明の配列であることを意味する）、配列Ｂをその完全長にわたって示すアラインメント長は８となる（配列Ｂが本発明の配列であることを意味する）。

【0046】

２つの配列をアラインメントした後、第２工程で、アラインメントから同一性値が決定されることとなる。したがって、本発明の記載に従って、以下のパーセント同一性の計算が適用される。
％同一性＝（同一残基／本発明のそれぞれの配列をその完全長にわたって示すアラインメント領域の長さ）＊１００。したがって、本発明による２つのアミノ酸配列の比較に関する配列同一性は、同一残基の数を、本発明のそれぞれの配列をその完全長にわたって示すアラインメント領域の長さで除すことによって計算される。この値に１００を乗じると、「％同一性」が得られる。上に示される例によれば、％同一性は、配列Ａが本発明の配列である場合、（６／９）×１００＝６６．７％；配列Ｂが本発明の配列である場合、（６／８）＊１００＝７５％である。

【0047】

「発現カセット」という用語は、発現されるアミノ酸配列をコードする核酸配列が、その発現（即ち、転写及び／又は翻訳）を可能にする又は調節する少なくとも１つの遺伝子制御要素に作動可能に連結されているコンストラクトを意味する。発現は例えば、安定的又は一時的、構成的又は誘導的であり得る。発現カセットは、２つ以上のポリペプチドのコード領域を含み、ポリシストロン性ＲＮＡの転写をもたらす場合もある。

【0048】

「発現する」、「発現している」、「発現された」及び「発現」という用語は、遺伝子産物（例えば、本出願に定義され且つ記載される経路又は反応の遺伝子の生合成酵素）の発現であって、コードされるこのタンパク質の結果として生じる酵素活性のレベルでの発現、又はそれが指す経路若しくは反応が、この遺伝子／経路が発現される生物内でこの経路若しくは反応を介した代謝フラックスを可能にするレベルでの発現を指す。発現は、出発生物として使用される微生物の遺伝子改変によって行われる場合もある。いくつかの実施形態では、微生物は、出発微生物によって生成されるもの又は改変されていない同等の微生物において生成されるものと比較して増加したレベルで遺伝子産物を発現するように遺伝子改変（例えば遺伝子操作）され得る。遺伝子改変には、限定されないが、特定の遺伝子の発現に関連する調節配列又は調節部位の改変又は修飾（例えば、強力なプロモーター、誘導性プロモーター若しくは複数のプロモーターを追加することによる、又は発現が構成的になるように調節配列を除去することによる）、特定の遺伝子の染色体上位置の変更、リボソーム結合部位又は転写ターミネーターなどの特定の遺伝子に隣接する核酸配列の改変、特定の遺伝子のコピー数の増加、特定の遺伝子の転写及び／又は特定の遺伝子産物の翻訳に関与するタンパク質（例えば、調節タンパク質、サプレッサー、エンハンサー、転写活性化因子など）の修飾、或いは当該技術分野における日常的作業を使用した特定の遺伝子の発現を調節解除する任意の他の従来の手段（例えばリプレッサータンパク質の発現を遮断するための、アンチセンス核酸分子の使用が含まれるがこれらに限定されない）が含まれる。

【0049】

「過剰発現する」、「過剰発現している」、「過剰発現される」及び「過剰発現」という用語は、遺伝子産物の発現を指し、特に、出発微生物の遺伝子改変前に存在するレベルよりも高いレベルで遺伝子産物の発現を高めることを指す。いくつかの実施形態では、微生物は、出発微生物によって生成されるものと比較して増加したレベルで遺伝子産物を発現するように遺伝子改変（例えば遺伝子操作）され得る。遺伝子改変には、限定されないが、特定の遺伝子の発現に関連する調節配列又は調節部位の改変又は修飾（例えば、強力なプロモーター、誘導性プロモーター若しくは複数のプロモーターを追加することによる、又は発現が構成的になるように調節配列を除去することによる）、特定の遺伝子の染色体上位置の変更、リボソーム結合部位又は転写ターミネーターなどの特定の遺伝子に隣接する核酸配列の改変、特定の遺伝子のコピー数の増加、特定の遺伝子の転写及び／又は特定の遺伝子産物の翻訳に関与するタンパク質（例えば、調節タンパク質、サプレッサー、エンハンサー、転写活性化因子など）の修飾、或いは当該技術分野における日常的作業を使用した特定の遺伝子の発現を調節解除する任意の他の従来の手段（例えばリプレッサータンパク質の発現を遮断するための、アンチセンス核酸分子の使用が含まれるがこれらに限定されない）が含まれる。遺伝子産物を過剰発現させる別の方法は、遺伝子産物の安定性を高めてその寿命を増大させることである。「過剰発現する」、「過剰発現している」、「過剰発現される」及び「過剰発現」という用語はまた、例えば、組換え遺伝子、例えば異種遺伝子を、好ましくは遺伝子工学によって１つ以上のコピーで微生物に導入することによって、遺伝子活性が、そのそれぞれの遺伝子活性が以前に観察されていない微生物に導入されることも意味し得る。

【0050】

「植物」という用語は、それが有機物質に属することから、本明細書ではその最も広い意味で使用され、分類学上の植物界のメンバーである真核生物を包含することを意図しており、その例としては、単子葉植物及び双子葉植物、維管束植物、野菜、穀類、花、樹木、草本、灌木、イネ科草本、つる、シダ、コケ、真菌類、藻類など、並びに無性生殖に使用されるクローン、側枝及び植物の一部（例えば、切穂、管状体、苗条、根茎、地下茎、群生株、樹冠、鱗茎、球茎、塊茎、根茎、組織培養で生成された植物／組織など）が挙げられるが、これらに限定されない。別途記述されない限り、「植物」という用語は、植物全体、その任意の部分又は植物に由来する細胞若しくは組織培養物を指し、植物全体、植物の構成要素若しくは器官（例えば、葉、茎、根など）、植物組織、種子、植物細胞及び／又はそれらの後代のいずれかを含む。植物細胞は、植物から採取された又は植物から採取された細胞の培養を通して得られた、植物又は植物の部分中の生物学的細胞である。

【0051】

本発明の目的に特に有用である植物には、カエデ属種（Ａｃｅｒ ｓｐｐ．）、マタタビ属種（Ａｃｔｉｎｉｄｉａ ｓｐｐ．）、トロロアオイ属種（Ａｂｅｌｍｏｓｃｈｕｓ ｓｐｐ．）、サイザルアサ（Ａｇａｖｅ ｓｉｓａｌａｎａ）、カモジグサ属種（Ａｇｒｏｐｙｒｏｎ ｓｐｐ．）、ハイコヌカグサ（Ａｇｒｏｓｔｉｓ ｓｔｏｌｏｎｉｆｅｒａ）、アリウム属種（Ａｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．）、ヒユ属種（Ａｍａｒａｎｔｈｕｓ ｓｐｐ．）、アンモフィラ・アレナリア（Ａｍｍｏｐｈｉｌａ ａｒｅｎａｒｉａ）、パイナップル（Ａｎａｎａｓ ｃｏｍｏｓｕｓ）、バンレイシ属種（Ａｎｎｏｎａ ｓｐｐ．）、セロリ（Ａｐｉｕｍ ｇｒａｖｅｏｌｅｎｓ）、ラッカセイ属種（Ａｒａｃｈｉｓ ｓｐｐ．）、パンノキ属種（Ａｒｔｏｃａｒｐｕｓ ｓｐｐ．）、アスパラガス（Ａｓｐａｒａｇｕｓ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）、カラスムギ属種（Ａｖｅｎａ ｓｐｐ．）（例えば、アベナ・サティバ（Ａｖｅｎａ ｓａｔｉｖａ）、アベナ・ファツア（Ａｖｅｎａ ｆａｔｕａ）、アベナ・ビザンチナ（Ａｖｅｎａ ｂｙｚａｎｔｉｎａ）、アベナ・ファツア変種サティバ（Ａｖｅｎａ ｆａｔｕａ ｖａｒ．ｓａｔｉｖａ）、アベナ・ハイブリダ（Ａｖｅｎａ ｈｙｂｒｉｄａ））、スターフルーツ（Ａｖｅｒｒｈｏａ ｃａｒａｍｂｏｌａ）、ホウライチク属種（Ｂａｍｂｕｓａ ｓｐ．）、トウガン（Ｂｅｎｉｎｃａｓａ ｈｉｓｐｉｄａ）、ブラジルナッツ（Ｂｅｒｔｈｏｌｌｅｔｉａ ｅｘｃｅｌｓｅａ）、サトウダイコン（Ｂｅｔａ ｖｕｌｇａｒｉｓ）、アブラナ属種（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｓｐｐ．）（例えば、セイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）、ブラッシカ・ラパ亜種（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ ｓｓｐ．）［キャノーラ、ナタネ、カブラナ（ｔｕｒｎｉｐ ｒａｐｅ）］）、カダバ・ファリノーサ（Ｃａｄａｂａ ｆａｒｉｎｏｓａ）、チャノキ（Ｃａｍｅｌｌｉａ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ダンドク（Ｃａｎｎａ ｉｎｄｉｃａ）、大麻（Ｃａｎｎａｂｉｓ ｓａｔｉｖａ）、トウガラシ属種（Ｃａｐｓｉｃｕｍ ｓｐｐ．）、カレックス・エラータ（Ｃａｒｅｘ ｅｌａｔａ）、パパイヤ（Ｃａｒｉｃａ ｐａｐａｙａ）、オオバナカリッサ（Ｃａｒｉｓｓａ ｍａｃｒｏｃａｒｐａ）、ペカン属種（Ｃａｒｙａ ｓｐｐ．）、ベニバナ（Ｃａｒｔｈａｍｕｓ ｔｉｎｃｔｏｒｉｕｓ）、クリ属種（Ｃａｓｔａｎｅａ ｓｐｐ．）、カポック（Ｃｅｉｂａ ｐｅｎｔａｎｄｒａ）、エンダイブ（Ｃｉｃｈｏｒｉｕｍ ｅｎｄｉｖｉａ）、ニッケイ属種（Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｓｐｐ．）、スイカ（Ｃｉｔｒｕｌｌｕｓ ｌａｎａｔｕｓ）、ミカン属種（Ｃｉｔｒｕｓ ｓｐｐ．）、ココヤシ属種（Ｃｏｃｏｓ ｓｐｐ．）、コーヒーノキ属種（Ｃｏｆｆｅａ ｓｐｐ．）、サトイモ（Ｃｏｌｏｃａｓｉａ ｅｓｃｕｌｅｎｔａ）、コーラ属種（Ｃｏｌａ ｓｐｐ．）、ツナソ属種（Ｃｏｒｃｈｏｒｕｓ ｓｐ．）、コリアンダー（Ｃｏｒｉａｎｄｒｕｍ ｓａｔｉｖｕｍ）、ハシバミ属種（Ｃｏｒｙｌｕｓ ｓｐｐ．）、サンザシ属種（Ｃｒａｔａｅｇｕｓ ｓｐｐ．）、サフラン（Ｃｒｏｃｕｓ ｓａｔｉｖｕｓ）、カボチャ属種（Ｃｕｃｕｒｂｉｔａ ｓｐｐ．）、キュウリ属種（Ｃｕｃｕｍｉｓ ｓｐｐ．）、チョウセンアザミ属種（Ｃｙｎａｒａ ｓｐｐ．）、ノラニンジン（Ｄａｕｃｕｓ ｃａｒｏｔａ）、ヌスビトハギ属種（Ｄｅｓｍｏｄｉｕｍ ｓｐｐ．）、リュウガン（Ｄｉｍｏｃａｒｐｕｓ ｌｏｎｇａｎ）、ヤマノイモ属種（Ｄｉｏｓｃｏｒｅａ ｓｐｐ．）、カキノキ属種（Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｓｐｐ．）、ヒエ属種（Ｅｃｈｉｎｏｃｈｌｏａ ｓｐｐ．）、アブラヤシ属（Ｅｌａｅｉｓ）（例えば、ギニアアブラヤシ（Ｅｌａｅｉｓ ｇｕｉｎｅｅｎｓｉｓ）、アメリカアブラヤシ（Ｅｌａｅｉｓ ｏｌｅｉｆｅｒａ））、シコクビエ（Ｅｌｅｕｓｉｎｅ ｃｏｒａｃａｎａ）、テフ（Ｅｒａｇｒｏｓｔｉｓ ｔｅｆ）、エリアンサス属種（Ｅｒｉａｎｔｈｕｓ ｓｐ．）、ビワ（Ｅｒｉｏｂｏｔｒｙａ ｊａｐｏｎｉｃａ）、ユーカリ属種（Ｅｕｃａｌｙｐｔｕｓ ｓｐ．）、ピタンガ（Ｅｕｇｅｎｉａ ｕｎｉｆｌｏｒａ）、ソバ属種（Ｆａｇｏｐｙｒｕｍ ｓｐｐ．）、ブナ属種（Ｆａｇｕｓ ｓｐｐ．）、オニウシノケグサ（Ｆｅｓｔｕｃａ ａｒｕｎｄｉｎａｃｅａ）、イチジク（Ｆｉｃｕｓ ｃａｒｉｃａ）、キンカン属種（Ｆｏｒｔｕｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、フラガリア属種（Ｆｒａｇａｒｉａ ｓｐｐ．）、イチョウ（Ｇｉｎｋｇｏ ｂｉｌｏｂａ）、ダイズ属種（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｓｐｐ．）（例えば、ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ）、ソヤ・ヒスピダ（Ｓｏｊａ ｈｉｓｐｉｄａ）又はソヤ・マックス（Ｓｏｊａ ｍａｘ））、ワタ（Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｈｉｒｓｕｔｕｍ）、ヒマワリ属種（Ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓ ｓｐｐ．）（例えば、ヒマワリ（Ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓ ａｎｎｕｕｓ）、ノカンゾウ（Ｈｅｍｅｒｏｃａｌｌｉｓ ｆｕｌｖａ））、フヨウ属種（Ｈｉｂｉｓｃｕｓ ｓｐｐ．）、オオムギ属種（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｓｐｐ．）（例えば、オオムギ（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ））、サツマイモ（Ｉｐｏｍｏｅａ ｂａｔａｔａｓ）、クルミ属種（Ｊｕｇｌａｎｓ ｓｐｐ．）、レタス（Ｌａｃｔｕｃａ ｓａｔｉｖａ）、レンリソウ属種（Ｌａｔｈｙｒｕｓ ｓｐｐ．）、レンズマメ（Ｌｅｎｓ ｃｕｌｉｎａｒｉｓ）、アマ（Ｌｉｎｕｍ ｕｓｉｔａｔｉｓｓｉｍｕｍ）、レイシ（Ｌｉｔｃｈｉ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）、ハス属種（Ｌｏｔｕｓ ｓｐｐ．）、トカドヘチマ（Ｌｕｆｆａ ａｃｕｔａｎｇｕｌａ）、ルピナス属種（Ｌｕｐｉｎｕｓ ｓｐｐ．）、ルズラ・シルバチカ（Ｌｕｚｕｌａ ｓｙｌｖａｔｉｃａ）、トマト属種（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ ｓｐｐ．）（例えば、トマト（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ ｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍ）、リコペルシコン・リコペルシクム（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）、リコペルシコン・ピリフォルメ（Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ ｐｙｒｉｆｏｒｍｅ））、マクロチロマ属種（Ｍａｃｒｏｔｙｌｏｍａ ｓｐｐ．）、リンゴ属種（Ｍａｌｕｓ ｓｐｐ．）、アセロラ（Ｍａｌｐｉｇｈｉａ ｅｍａｒｇｉｎａｔａ）、マメイアップル（Ｍａｍｍｅａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）、マンゴー（Ｍａｎｇｉｆｅｒａ ｉｎｄｉｃａ）、キャッサバ属種（Ｍａｎｉｈｏｔ ｓｐｐ．）、サポジラ（Ｍａｎｉｌｋａｒａ ｚａｐｏｔａ）、ムラサキウマゴヤシ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｓａｔｉｖａ）、シナガワハギ属種（Ｍｅｌｉｌｏｔｕｓ ｓｐｐ．）、ハッカ属種（Ｍｅｎｔｈａ ｓｐｐ．）、ススキ（Ｍｉｓｃａｎｔｈｕｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ツルレイシ属種（Ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｓｐｐ．）、クロミグワ（Ｍｏｒｕｓ ｎｉｇｒａ）、バショウ属種（Ｍｕｓａ ｓｐｐ．）、タバコ属種（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｓｐｐ．）、オリーブ属種（Ｏｌｅａ ｓｐｐ．）、オプンティア属種（Ｏｐｕｎｔｉａ ｓｐｐ．）、オルニソプス種（Ｏｒｎｉｔｈｏｐｕｓ ｓｐｐ．）、イネ属種（Ｏｒｙｚａ ｓｐｐ．）（例えば、イネ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ）、オリザ・ラティフォリア（Ｏｒｙｚａ ｌａｔｉｆｏｌｉａ））、キビ（Ｐａｎｉｃｕｍ ｍｉｌｉａｃｅｕｍ）、パニクム・ヴィルガツム（Ｐａｎｉｃｕｍ ｖｉｒｇａｔｕｍ）、クダモノトケイソウ（Ｐａｓｓｉｆｌｏｒａ ｅｄｕｌｉｓ）、パースニップ（Ｐａｓｔｉｎａｃａ ｓａｔｉｖａ）、チカラシバ属種（Ｐｅｎｎｉｓｅｔｕｍ ｓｐ．）、ワニナシ属種（Ｐｅｒｓｅａ ｓｐｐ．）、パセリ（Ｐｅｔｒｏｓｅｌｉｎｕｍ ｃｒｉｓｐｕｍ）、クサヨシ（Ｐｈａｌａｒｉｓ ａｒｕｎｄｉｎａｃｅａ）、インゲンマメ属種（Ｐｈａｓｅｏｌｕｓ ｓｐｐ．）、オオアワガエリ（Ｐｈｌｅｕｍ ｐｒａｔｅｎｓｅ）、ナツメヤシ属種（Ｐｈｏｅｎｉｘ ｓｐｐ．）、ヨシ（Ｐｈｒａｇｍｉｔｅｓ ａｕｓｔｒａｌｉｓ）、ホオズキ属種（Ｐｈｙｓａｌｉｓ ｓｐｐ．）、マツ属種（Ｐｉｎｕｓ ｓｐｐ．）、ピスタチオ（Ｐｉｓｔａｃｉａ ｖｅｒａ）、エンドウ属種（Ｐｉｓｕｍ ｓｐｐ．）、イチゴツナギ属種（Ｐｏａ ｓｐｐ．）、ヤマナラシ属種（Ｐｏｐｕｌｕｓ ｓｐｐ．）、プロソピス属種（Ｐｒｏｓｏｐｉｓ ｓｐｐ．）、サクラ属種（Ｐｒｕｎｕｓ ｓｐｐ．）、パンジロウ属種（Ｐｓｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．）、ザクロ（Ｐｕｎｉｃａ ｇｒａｎａｔｕｍ）、セイヨウナシ（Ｐｙｒｕｓ ｃｏｍｍｕｎｉｓ）、コナラ属種（Ｑｕｅｒｃｕｓ ｓｐｐ．）、ダイコン（Ｒａｐｈａｎｕｓ ｓａｔｉｖｕｓ）、カラダイオウ（Ｒｈｅｕｍ ｒｈａｂａｒｂａｒｕｍ）、スグリ属種（Ｒｉｂｅｓ ｓｐｐ．）、トウゴマ（Ｒｉｃｉｎｕｓ ｃｏｍｍｕｎｉｓ）、キイチゴ属種（Ｒｕｂｕｓ ｓｐｐ．）、サトウキビ属種（Ｓａｃｃｈａｒｕｍ ｓｐｐ．）、ヤナギ属種（Ｓａｌｉｘ ｓｐ．）、ニワトコ属種（Ｓａｍｂｕｃｕｓ ｓｐｐ．）、ライムギ（Ｓｅｃａｌｅ ｃｅｒｅａｌｅ）、ゴマ属種（Ｓｅｓａｍｕｍ ｓｐｐ．）、シナピス属種（Ｓｉｎａｐｉｓ ｓｐ．）、ナス属種（Ｓｏｌａｎｕｍ ｓｐｐ．）（例えば、ジャガイモ（Ｓｏｌａｎｕｍ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、ヒラナス（Ｓｏｌａｎｕｍ ｉｎｔｅｇｒｉｆｏｌｉｕｍ）又はトマト（Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））、モロコシ（Ｓｏｒｇｈｕｍ ｂｉｃｏｌｏｒ）、ホウレンソウ属種（Ｓｐｉｎａｃｉａ ｓｐｐ．）、フトモモ属種（Ｓｙｚｙｇｉｕｍ ｓｐｐ．）、センジュギク属種（Ｔａｇｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、タマリンド（Ｔａｍａｒｉｎｄｕｓ ｉｎｄｉｃａ）、カカオ（Ｔｈｅｏｂｒｏｍａ ｃａｃａｏ）、シャジクソウ属種（Ｔｒｉｆｏｌｉｕｍ ｓｐｐ．）、ガマグラス（Ｔｒｉｐｓａｃｕｍ ｄａｃｔｙｌｏｉｄｅｓ）、トリチコセケル・リンパウイ（Ｔｒｉｔｉｃｏｓｅｃａｌｅ ｒｉｍｐａｕｉ）、コムギ属種（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｓｐｐ．）（例えば、コムギ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ）、デュラムコムギ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｄｕｒｕｍ）、リベットコムギ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｔｕｒｇｉｄｕｍ）、トリチカム・ハイベルナム（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｈｙｂｅｒｎｕｍ）、マッハコムギ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｍａｃｈａ）、トリチカム・サチバム（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｓａｔｉｖｕｍ）、ヒトツブコムギ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ）又はトリチカム・ブルガレ（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ））、ヒメキンレンカ（Ｔｒｏｐａｅｏｌｕｍ ｍｉｎｕｓ）、キンレンカ（Ｔｒｏｐａｅｏｌｕｍ ｍａｊｕｓ）、スノキ属種（Ｖａｃｃｉｎｉｕｍ ｓｐｐ．）、ソラマメ属種（Ｖｉｃｉａ ｓｐｐ．）、ササゲ属種（Ｖｉｇｎａ ｓｐｐ．）、ニオイスミレ（Ｖｉｏｌａ ｏｄｏｒａｔａ）、ブドウ属種（Ｖｉｔｉｓ ｓｐｐ．）、トウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｙｓ）、ワイルドライス（Ｚｉｚａｎｉａ ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、ナツメ属種（Ｚｉｚｉｐｈｕｓ ｓｐｐ．）、アマランス、アーティチョーク、アスパラガス、ブロッコリー、メキャベツ、キャベツ、キャノーラ、ニンジン、カリフラワー、セロリ、カラードグリーン、アマ、ケール、レンズマメ、ナタネ、オクラ、タマネギ、ジャガイモ、イネ、ダイズ、イチゴ、テンサイ、サトウキビ、ヒマワリ、トマト、カボチャ、茶及び藻類をとりわけ含む一覧から選択される、緑色植物亜界の上科、特に飼葉用又は飼料用マメ科植物を含む単子葉及び双子葉植物、観葉植物、食用穀物、樹木又は低木に属する全ての植物が含まれる。本発明の好ましい実施形態によれば、植物は作物である。作物の例には、とりわけ、ダイズ、ヒマワリ、キャノーラ、アルファルファ、ナタネ、ワタ、トマト、ジャガイモ、トウモロコシ又はタバコが含まれる。

【0052】

本発明によれば、植物は、植物材料を得るために栽培される。栽培条件は、植物を考慮して選択され、例えば、温室での生育、畑での生育、ハイドロカルチャーでの生育及び水耕による生育のいずれかが含まれ得る。植物及び植物の部分、例えば、種子及び細胞は遺伝子修飾されたものであり得る。特に、植物及びその部分、好ましくは種子及び細胞は、組換えされたもの、好ましくはトランスジェニック又はシスジェニックで組換えされたものであり得る。

【0053】

「植物材料」という用語は、植物細胞、茎、根、花、植物繁殖材料、胚珠、雄しべ、種子、葉、胚、成長点領域、カルス組織、葯培養物、配偶体、胞子体、花粉、小胞子、プロトプラスト、毛状根培養物、わら、外皮、果実及び堅果の殻を含むがこれらに限定されない、植物によって生成される任意の組織、器官又は材料を意味する。本明細書で使用される場合、「植物細胞」は、プロトプラスト、配偶子生成細胞、及び植物全体に再生する細胞を含むが、これらに限定されない。「植物繁殖材料」という用語は、種子並びに植物の増殖のために使用され得る切穂及び塊茎（例えばジャガイモ）などの栄養植物材料などの植物の全ての生殖部分を意味すると理解されるべきである。これは、種子、根、果実、塊茎、鱗茎、根茎、苗条、新芽、並びに発芽後又は土壌からの出芽後に移植されることになる実生及び苗を含む植物の他の部分を含む。これらの苗はまた、本発明の植物健康促進組成物中での浸漬又はその注入による全体的又は部分的処理によって、移植前に保護され得る。

【0054】

本発明は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子を含む微生物を提供する。変異型ｄｅｇＵ遺伝子が微生物内で発現される場合、変異型ＤｅｇＵタンパク質が生成される。これはｄｅｇＵ遺伝子がＤｅｇＵタンパク質をコードするためである。本発明によれば、野生型ＤｅｇＵタンパク質は、ＣｈｅＹ様スーパーファミリー（ＩｎｔｅｒＰｒｏ ＩＤ ＩＰＲ０１１００６）のメンバーであり、ＩｎｔｅｒＰｒｏ表記を使用すると、シグナル伝達応答調節因子（レシーバードメイン）（ＩＰＲ００１７８９）及び転写調節因子ＬｕｘＲドメイン（Ｃ末端）（ＩＰＲ０００７９２）を含む。Ｐｆａｍ命名法に従って、野生型ＤｅｇＵタンパク質は、応答調節因子レシーバードメイン（ＰＦ０００７２，Ｐａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｅｖｏｌ １９９５，１３６－１５４ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｉｇｎａｌ ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍｓ：ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｄｏｍａｉｎ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｄｕｒｉｎｇ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）及びＬｕｘＲ型ＤＮＡ結合ＨＴＨドメイン（ＰＦ００１９６）を含む。好ましくは、野生型ｄｅｇＵ遺伝子は、アミノ酸配列が配列番号１に対して少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも４３％、より好ましくは少なくとも４５％、より好ましくは少なくとも５３％、より好ましくは少なくとも５７％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７７％、より好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも８８％の配列同一性を有するＤｅｇＵタンパク質をコードし、好ましくは、配列番号１に対する配列同一性は、最大で９５％、より好ましくは最大で９２％である。特に好ましい野生型ＤｅｇＵタンパク質は、配列番号１に対して５０～９５％、より好ましくは７７～９１％の配列同一性を有する。配列番号１がアミノ酸配列のスクリーニング及びアニーリングを目的とした鋳型として特別に構築された人工アミノ酸配列であることを理解されたい。したがって、この配列は、本明細書では配列番号１のポリペプチドのＤｅｇＵ活性が示されていないという事実とは無関係に、ｄｅｇＵ遺伝子の同定に使用することができる。本発明による方法又は植物における野生型ＤｅｇＵ遺伝子として特に好ましいのは、優先度の降順で以下のＵｎｉｐｒｏｔ識別子によって定義されるアミノ酸配列のいずれかである：Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳ、Ａ０Ａ４Ｒ６ＭＵＸ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２６８ＳＡ７９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０６９ＤＥＺ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｂ０ＨＶＮ５＿９ＢＡＣＬ、Ｗ４ＥＩ２８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＧＢ６２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９ＭＥＵ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｅ４ＨＥＣ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｐ８ＸＵＳ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｍ２ＶＫＲ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９Ｍ３６４＿９ＢＡＣＬ、Ｖ９ＧＩＷ８＿９ＢＡＣＬ、Ｗ７ＹＴＭ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９８ＭＦＴ１＿９ＢＡＣＬ、Ｄ３ＥＭＧ０＿ＧＥＯＳ４、Ａ０Ａ１Ｂ８ＶＵ５４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｚ２ＫＳＦ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２６９Ｗ３Ｐ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＥＥＬ５＿９ＢＡＣＬ、Ｘ５Ａ６Ｅ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９ＩＴ６７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ０ＪＶ８０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６８ＱＥＬ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ３ＶＦＭ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＺＬＮ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６７Ｄ８４８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｅ３Ｌ０Ｋ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｗ１ＬＣＢ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ２Ｎ３Ｎ５＿９ＢＡＣＬ、Ｌ０ＥＨＷ２＿ＴＨＥＣＫ、Ａ０Ａ１Ｔ２Ｘ７２９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＵＵＣ０＿９ＢＡＣＬ、Ｈ３Ｓ９Ｗ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＳＣ７２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４０１Ｉ４Ｒ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ６ＷＨＺ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０１５ＮＭ３０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｆ５Ｒ７２５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｎ５ＮＤＮ０＿９ＢＡＣＬ、Ｍ９ＬＬＬ０＿ＰＡＥＰＰ、Ａ０Ａ０Ｄ５ＮＲＲ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｓ０ＵＥＬ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ２Ｍ１Ｉ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ１ＷＭＰ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ａ１ＵＳ４５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｇ９ＪＩＩ４＿９ＢＡＣＬ、Ｃ６Ｄ５Ａ１＿ＰＡＥＳＪ、Ａ０Ａ４３３ＸＧＱ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ３ＰＺＫ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＤＡＤ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｐ６Ｆ１Ｎ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ４Ｒ５１７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＴＩＨ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ４Ｘ７２４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｙ５ＫＤ６０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６８ＶＳＳ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＶＺＹ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３７１Ｐ０Ｘ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２３１ＲＢ８９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６９ＢＣ２７＿９ＢＡＣＬ、Ｅ０ＩＥＥ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ２ＹＺＱ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ７ＰＮＲ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｓ１ＢＪＦ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ａ５ＹＤＬ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ２ＷＧＮ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４９４Ｘ９８６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＫＤ００＿９ＢＡＣＬ、Ｃ６Ｊ２Ｉ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｑ９ＩＦ２５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｇ３Ｋ２Ｚ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９０ＸＵＤ０＿ＰＡＥＭＡ、Ａ０Ａ３Ｄ９Ｉ７８７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３９８ＣＦＳ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ１Ｎ３Ｙ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８１Ｐ３Ｉ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｔ１ＤＤＧ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｋ１ＱＸＫ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｑ８ＳＡ７６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＫＷＣ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２２９ＵＳＹ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ９ＤＫＹ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ５ＫＥ７０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２９Ｌ４Ｖ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｗ１Ｎ４Ｔ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ１ＢＢ６１＿９ＢＡＣＬ、Ｈ６ＮＴ６４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ４ＬＤ００＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２９ＭＢＢ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｓ１ＡＫＦ３＿９ＢＡＣＬ、Ｆ５ＬＳＴ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｖ４ＨＧＪ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ０Ｌ０Ｔ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ７ＪＰＳ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ４ＲＱ８６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｓ０ＢＴＡ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｃ０ＺＹＣ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｃ２ＲＦＸ７＿９ＢＡＣＬ、Ｖ９Ｗ４Ａ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ５ＫＢＢ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｂ０Ｃ３Ｇ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ４ＥＦＨ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｕ９ＫＡＬ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ３ＫＩＦ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２９２ＹＪＢ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０７５ＲＨＨ４＿ＢＲＥＬＡ、Ａ０Ａ０Ｄ１ＸＤＦ４＿ＡＮＥＭＩ、Ａ０Ａ１Ａ５ＸＪＳ０＿９ＢＡＣＬ、Ｖ６Ｍ９Ｚ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１２０ＨＲＺ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４１９Ｖ９５０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｒ９ＱＮＭ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ４Ｌ１１７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ０Ｊ２Ｆ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３Ｍ８ＤＹＱ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ２ＥＩＢ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４２８Ｎ９Ｓ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｐ６ＭＨＣ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ４ＣＧ５６＿９ＢＡＣＬ、Ｃ０Ｚ７３０＿ＢＲＥＢＮ、Ｍ８ＤＦＰ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３４５ＢＺＤ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４１９ＳＦ７８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８ＢＥ３８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ９Ｗ９５３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｑ１ＳＴ０１＿９ＢＡＣＬ、Ｆ５Ｌ９Ｂ２＿ＣＡＬＴＴ、Ａ０Ａ１Ｇ８ＡＥＥ７＿９ＢＡＣＩ、Ｄ６Ｙ０Ｅ８＿ＢＡＣＩＥ、Ａ０Ａ４Ｑ０ＶＷ２８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｔ４Ｕ７Ｐ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０６１ＮＸ６８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０６１Ｐ３Ｒ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９８ＥＩＵ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８Ｐ３Ｃ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ２ＵＡＭ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３Ａ９ＫＣＱ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｙ０ＩＪ２２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ８Ｅ１Ｑ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｓ２Ｍ８Ｐ６＿９ＢＡＣＩ、Ｑ９Ｋ６Ｕ７＿ＢＡＣＨＤ、Ａ０Ａ４Ｒ３Ｎ１Ｆ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４３７ＫＣＩ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｐ８ＧＣＢ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ９ＭＦＧ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ９ＴＴＧ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３２７ＹＨＵ２＿９ＢＡＣＩ及びＡ０Ａ３６８Ｙ３Ｑ５＿９ＢＡＣＩ。本発明によれば、野生型ＤｅｇＵタンパク質配列及びそれをコードする対応するｄｅｇＵ遺伝子であって、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも４５％、より好ましくは少なくとも５１％、より好ましくは少なくとも５４％、更により好ましくは７３～１００％の配列同一性を有するものが特に好ましい。本発明に従って記載されるＤｅｇＵタンパク質配列に対する特定の変異を考慮しない場合、変異型ＤｅｇＵタンパク質は、好ましくは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳによって示されるアミノ酸配列と、０～２０アミノ酸、より好ましくは０～１５アミノ酸、更により好ましくは０～１０アミノ酸、更により好ましくは１～５アミノ酸が異なり、それらの差異は好ましくは図４による制約に合致する。変異型ＤｅｇＵ配列が、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳによる配列とアラインメントされたときに前記配列よりも長い場合、各Ｃ末端又はＮ末端伸長は、好ましくは１０アミノ酸以下、より好ましくは０～５アミノ酸である。

【0055】

本発明はまた、変異型ｄｅｇＳ遺伝子を含む微生物を提供する。変異型ｄｅｇＳ遺伝子が微生物内で発現される場合、変異型ＤｅｇＳタンパク質が生成される。これはｄｅｇＳ遺伝子がＤｅｇＳタンパク質をコードするためである。本発明によれば、野生型ＤｅｇＳタンパク質は、ＤｅｇＳ型シグナル伝達ヒスチジンキナーゼファミリー（ＩｎｔｅｒＰｒｏ ＩＤ ＩＰＲ０１６３８１）のメンバーであり、ＩｎｔｅｒＰｒｏ表記を使用すると、センサーＤｅｇＳドメイン（ＩＰＲ００８５９５）及びヒスチジンキナーゼドメイン（ＩＰＲ００５４６７）を含む。Ｐｆａｍ命名法に従って、野生型ＤｅｇＳタンパク質は、センサータンパク質ＤｅｇＳドメイン（ＰＦ０５３８４）、ＨｉｓＫＡ＿３ヒスチジンキナーゼドメイン（ＰＦ０７７３０）及びＨＡＴＰアーゼ＿ｃ ＧＨＫＬドメイン（ＰＦ０２５１８）を含む。好ましくは、野生型ｄｅｇＳ遺伝子は、アミノ酸配列が配列番号２に対して少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも４３％、より好ましくは少なくとも４６％、より好ましくは少なくとも５０％、より好ましくは少なくとも５８％、より好ましくは少なくとも６４％、より好ましくは少なくとも７９％、より好ましくは少なくとも８４％の配列同一性を有するＤｅｇＳタンパク質をコードし、好ましくは、配列番号２に対する配列同一性は、最大で９５％、より好ましくは最大で９１％である。特に好ましい野生型ＤｅｇＳタンパク質は、配列番号２に対して５０～９５％、より好ましくは５８～８９％の配列同一性を有する。配列番号２がアミノ酸配列のスクリーニング及びアニーリングを目的とした鋳型として特別に構築された人工アミノ酸配列であることを理解されたい。したがって、この配列は、本明細書では配列番号２のポリペプチドのＤｅｇＳ活性が示されていないという事実とは無関係に、ｄｅｇＳ遺伝子の同定に使用することができる。本発明による方法又は植物における野生型ｄｅｇＳ遺伝子として特に好ましいのは、優先度の降順で以下のＵｎｉｐｒｏｔ識別子によって定義されるアミノ酸配列のいずれかである：Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯ、Ｅ３ＥＢＰ６＿ＰＡＥＰＳ、Ａ０Ａ４Ｒ６ＭＶＲ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０６９ＤＬＧ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２６８ＳＡＩ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＧＢ８６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｍ２ＶＬＺ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＥＥＤ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｂ０ＨＲ８３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｐ８ＸＲＭ７＿９ＢＡＣＬ、Ｗ７ＹＰＴ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４３３ＸＧＹ７＿９ＢＡＣＬ、Ｄ３ＥＭＧ１＿ＧＥＯＳ４、Ｖ９ＧＫ２２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２６９Ｗ１７７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｑ８ＳＡ２２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｅ３Ｌ２Ｘ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６９ＢＣＦ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｓ０ＵＥＪ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９０ＸＳＫ７＿ＰＡＥＭＡ、Ａ０Ａ３Ｓ１ＤＭＱ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ１Ｎ３Ｘ４＿９ＢＡＣＬ、Ｃ６Ｊ２Ｉ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＺＬＳ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ７ＰＬＤ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｚ２ＫＭ３６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｑ９ＩＤＰ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ３ＶＦＥ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６８ＱＥＪ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＶＵ５７＿９ＢＡＣＩ、Ｗ４ＥＨＮ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｅ４ＣＺＩ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９Ｌ４Ｙ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９８ＭＥＣ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９ＩＰＷ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６７Ｄ８３７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９ＮＡＮ３＿９ＢＡＣＬ、Ｘ４ＺＳＥ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｗ１Ｍ２Ｊ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ０ＪＴＺ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ２ＬＷ１２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ３ＰＺ４０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４０１Ｉ４Ｔ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＵＵ８４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｔ２Ｘ７０９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｎ５ＮＤＪ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｆ５ＲＡＦ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｇ９ＩＹＢ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ１ＷＭ０７＿９ＢＡＣＬ、Ｈ３Ｓ９Ｗ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ６ＷＩＪ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ５ＮＱＫ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０１５ＫＫＷ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＳＤ２１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＶＺＺ２＿９ＢＡＣＩ、Ｍ９ＬＦＤ８＿ＰＡＥＰＰ、Ａ０Ａ２Ｖ４ＷＢＥ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ２ＷＩ２５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＤＡＩ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６８ＶＳ８１＿９ＢＡＣＬ、Ｅ０ＩＥＥ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３７１Ｐ０Ｓ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｐ６ＥＹ４０＿９ＢＡＣＬ、Ｌ０ＥＪＫ６＿ＴＨＥＣＫ、Ａ０Ａ３Ｄ９Ｉ７７２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＫＹ９３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２３１Ｒ９Ｆ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ａ１ＵＸＮ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４９４ＸＦＩ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｙ５ＫＤ１５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３９８ＣＩ６３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｔ１ＤＤＤ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ４ＲＤＭ１＿９ＢＡＣＬ、Ｃ６Ｄ５Ａ２＿ＰＡＥＳＪ、Ａ０Ａ２Ｖ２Ｚ２６２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｇ３Ｋ１９４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＫＢＶ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ａ５ＹＤ７１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４３３Ｒ８Ｌ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＴＩＴ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ１ＢＣＳ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８１Ｐ３Ｉ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ５ＫＧＹ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２２９ＵＳＪ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ５ＪＷＫ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２９ＭＣＩ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ２ＩＮＥ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｋ１ＱＸ９３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｗ１ＮＷＺ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ４ＬＣＱ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２９Ｌ６Ｘ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｃ２Ｖ９Ａ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ９ＤＩＣ７＿９ＢＡＣＬ、Ｈ６ＮＴ６３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ４ＲＱＬ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｂ０Ｃ２Ｆ８＿９ＢＡＣＬ、Ｖ９ＶＺ７８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ０Ｌ１Ｌ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４３０ＪＡ１６＿９ＢＡＣＬ、Ｆ５ＬＳＴ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ４ＥＡＦ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ７ＪＲＡ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｖ４ＨＧＪ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｃ０ＺＹＪ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ３ＫＪＪ５＿９ＢＡＣＩ、Ｍ８ＤＦＫ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｕ９ＫＡＲ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８ＤＷＶ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ａ５ＸＫＡ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｅ５ＬＡ８９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０７４ＬＴＴ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ４ＣＥ８１＿９ＢＡＣＬ、Ｃ０Ｚ７３１＿ＢＲＥＢＮ、Ｖ６ＭＢＸ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｙ０ＩＪ１６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８ＢＥ７１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ１ＳＴＺ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｅ５Ｇ３Ｎ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０７５ＲＢ７７＿ＢＲＥＬＡ、Ａ０Ａ４１９ＳＦ９３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｚ５ＨＴＨ４＿９ＴＨＥＯ、Ｆ５Ｌ９Ｂ１＿ＣＡＬＴＴ、Ａ０Ａ３Ｓ９Ｔ１Ｐ５＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ２Ｎ５Ｍ９Ｎ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２３５ＦＧＡ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｍ２Ｕ６Ｇ０＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ４Ｒ６ＴＵ８７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｅ５ＬＤＭ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４９８ＲＩＭ９＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ１２０ＨＲＺ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ０ＶＶ２３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ２ＥＪ２９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｕ７ＭＧＫ１＿９ＦＩＲＭ、Ｅ６ＴＳＡ５＿ＢＡＣＣＪ、Ａ０Ａ３Ｅ２ＪＭＳ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ４Ｌ１Ｖ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｐ８ＨＱＲ２＿９ＢＡＣＩ、Ｑ９Ｋ６Ｕ６＿ＢＡＣＨＤ、Ａ０Ａ４０２ＢＳ９１＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ４Ｒ３ＭＶＢ０＿９ＢＡＣＩ、Ｘ０ＲＭＢ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ２ＲＭ７２＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ１Ｈ４ＡＴ８３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２９２ＹＣ８６＿９ＢＡＣＬ、Ｃ５Ｄ８７３＿ＧＥＯＳＷ、Ｑ５ＫＶ５０＿ＧＥＯＫＡ、Ａ０Ａ１Ｗ２ＢＦＷ９＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ２８５ＣＺＨ１＿９ＢＡＣＩ及びＡ０Ａ１Ｇ９ＱＫＺ２＿９ＦＩＲＭ。本発明によれば、野生型ＤｅｇＳタンパク質配列及びそれをコードする対応するｄｅｇＳ遺伝子であって、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも４６％、より好ましくは少なくとも５８％、更により好ましくは８０～１００％の配列同一性を有するものが特に好ましい。本発明に従って記載されるＤｅｇＳタンパク質配列に対する特定の変異を考慮しない場合、変異型ＤｅｇＳタンパク質は、好ましくは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列と、０～４０アミノ酸、より好ましくは０～２０アミノ酸、更により好ましくは０～１０アミノ酸、更により好ましくは１～５アミノ酸が異なり、それらの差異は好ましくは図３による制約に合致する。変異型ＤｅｇＳ配列が、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯによる配列とアラインメントされたときに前記配列よりも長い場合、各Ｃ末端又はＮ末端伸長は、好ましくは１０アミノ酸以下、より好ましくは０～５アミノ酸である。

【0056】

本発明による微生物は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子若しくは変異型ｄｅｇＳ遺伝子のいずれかを含むことができ、又は微生物は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子と変異型ｄｅｇＳ遺伝子の両方を含む。同様に、本発明による微生物は、変異型ＤｅｇＵタンパク質若しくは変異型ＤｅｇＳタンパク質のいずれかを含むことができ、又は微生物は、変異型ＤｅｇＵタンパク質と変異型ＤｅｇＳタンパク質の両方を含む。

【0057】

本発明によれば、微生物は、変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含むことができる。変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子が微生物内で発現される場合、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質が生成される。これはｓｐｏ０Ａ遺伝子がＳｐｏ０Ａタンパク質をコードするためである。本発明によれば、野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、胞子形成転写因子Ｓｐｏ０Ａ（ＩＰＲ０１２０５２）のメンバーであり、ＩｎｔｅｒＰｒｏ表記を使用すると、シグナル伝達応答調節因子レシーバードメイン（ＩＰＲ００１７８９）及びウィングドヘリックス様ＤＮＡ結合ドメインスーパーファミリー（ＩＰＲ０３６３８８）の一部である胞子形成開始因子Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメイン（ＩＰＲ０１４８７９）を含む。Ｐｆａｍ命名法に従って、野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、応答調節因子レシーバードメイン（ＰＦ０００７２）及び胞子形成開始因子Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメイン（ＰＦ０８７６９）を含む。好ましくは、野生型ｓｐｏ０Ａ遺伝子は、アミノ酸配列が配列番号３に対して少なくとも４５％、より好ましくは少なくとも５６％、より好ましくは少なくとも６９％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも６７％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７３％、より好ましくは少なくとも７４％、より好ましくは７５％の配列同一性を有するＳｐｏ０Ａタンパク質をコードし、好ましくは、配列番号３に対する配列同一性は、最大で８５％、より好ましくは最大で１１％である。特に好ましい野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、配列番号３に対して５０～８５％、より好ましくは７６～８４％の配列同一性を有する。配列番号３がアミノ酸配列のスクリーニング及びアニーリングを目的とした鋳型として特別に構築された人工アミノ酸配列であることを理解されたい。したがって、この配列は、本明細書では配列番号３のポリペプチドのＳｐｏ０Ａ活性が示されていないという事実とは無関係に、ｓｐｏ０Ａ遺伝子の同定に使用することができる。本発明による方法又は植物における野生型ｓｐｏ０Ａ遺伝子として特に好ましいのは、優先度の降順で以下のＵｎｉｐｒｏｔ識別子によって定義されるアミノ酸配列のいずれかである：Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯ、Ｅ０ＲＤＸ７＿ＰＡＥＰ６、Ｈ６ＣＭ４１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ７ＷＺ７８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６７ＤＩ０９＿９ＢＡＣＬ、Ｗ７ＹＫＢ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６８ＢＲＦ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ５ＪＷＪ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６８Ｐ４Ｑ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１６８Ｍ３Ｄ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＥＵＸ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｗ６ＰＥ２９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ４ＷＴＮ３＿ＰＡＥＢＡ、Ａ０Ａ３２８ＷＧＭ０＿ＰＡＥＬＡ、Ｄ３Ｅ６Ｎ２＿ＧＥＯＳ４、Ｇ４ＨＦ０５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｒ０ＸＢＸ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９８Ｍ８Ｕ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｑ８ＳＢＴ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｍ１Ｐ３Ｎ３＿９ＢＡＣＬ、Ｒ９ＬＱＸ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｚ２ＫＲＮ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ８ＷＱＮ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０８９ＭＥＵ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８９ＬＺＰ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｆ７ＦＡ９５＿ＰＡＥＤＵ、Ａ０Ａ０Ｅ４ＨＤＫ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ７Ｒ７Ｑ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ８Ｎ６Ｐ６＿９ＢＡＣＬ、Ｘ４ＺＦＡ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｇ９ＩＱＥ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６９ＢＮＰ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｂ１Ｎ０Ｉ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０１５ＫＲＪ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｎ５Ｎ５Ｆ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｔ２ＸＮＵ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０９０ＺＦＪ２＿ＰＡＥＭＡ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＱＸ０６＿９ＢＡＣＬ、Ｅ０ＩＣＨ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ９Ｅ５Ｚ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｓ１ＤＵＭ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ５ＮＰＬ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３６８ＷＣＬ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｑ２ＬＭ９８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２８Ｕ１Ｇ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＴＭ０１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ２ＥＫＡ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ａ５ＹＣＡ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３７１ＰＭ８４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ａ６ＰＢ１３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｖ２ＹＸＭ７＿９ＢＡＣＬ、Ｌ０ＥＥＮ３＿ＴＨＥＣＫ、Ａ０Ａ３Ａ１ＵＸＹ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｂ０ＣＨ８８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｖ４ＨＲ００＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｖ０ＵＷＪ６＿９ＢＡＣＬ、Ｈ３ＳＦＧ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＪＫＨ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ２ＦＤＳ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＩＪＢ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３９８ＣＥ４６＿９ＢＡＣＬ、Ｍ９ＬＢ５１＿ＰＡＥＰＰ、Ａ０Ａ３Ｄ９ＫＳＲ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０８１ＮＷＴ７＿９ＢＡＣＬ、Ｈ６ＮＬ９４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｃ０ＺＷＦ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｙ８Ｍ８２３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｘ７ＨＪ７０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３２９ＭＦＢ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ４Ｐ４Ｔ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２２９ＵＸＦ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ２ＷＢＱ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｓ０ＢＭ７４＿９ＢＡＣＬ、Ｋ４ＺＰ７６＿ＰＡＥＡ２、Ａ０Ａ２Ｗ１ＮＢＫ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１７２ＺＫ５６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８ＣＩＲ１＿９ＢＡＣＬ、Ｍ８ＥＥ１７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ３Ｔ５Ｅ２＿ＢＲＥＣＨ、Ａ０Ａ０Ｋ９ＹＲＢ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ３Ｕ４８３＿９ＢＡＣＬ、Ｖ６ＭＣＡ１＿９ＢＡＣＬ、Ｃ０ＺＣ１７＿ＢＲＥＢＮ、Ａ０Ａ４Ｒ３ＫＭ８８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３Ｍ８Ｂ６Ｅ４＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｎ３ＬＮ８７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４１９ＳＭＷ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｍ８Ｄ０８８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０７５Ｒ４Ａ３＿ＢＲＥＬＡ、Ｕ１Ｘ７Ｎ０＿ＡＮＥＡＥ、Ａ０Ａ１Ｈ２ＵＦＮ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｄ１ＶＷ７２＿ＡＮＥＭＩ、Ａ０Ａ０Ｘ８Ｄ３Ｅ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｕ５ＡＺＫ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ３Ｌ００２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｑ３ＷＸＡ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｂ０ＩＡＥ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２２３ＫＳＶ６＿９ＢＡＣＩ、Ｗ４ＰＸＮ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２３５ＢＣＭ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２３５ＦＡＫ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｔ４Ｚ９Ｊ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｓ２ＭＥＺ１＿９ＢＡＣＩ、Ｑ９Ｋ９７７＿ＢＡＣＨＤ、Ａ０Ａ１Ｓ２ＬＵＺ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｕ９ＫＣ１６＿９ＢＡＣＬ、Ａ７Ｚ６Ｊ０＿ＢＡＣＶＺ、Ｑ６５ＨＪ７＿ＢＡＣＬＤ、Ｗ４ＱＷＸ１＿ＢＡＣＡ３、Ａ０Ａ１Ｉ６ＴＵＸ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｉ２Ｌ３Ｉ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｈ３Ｅ１７９＿ＢＡＣＡ１、ＳＰ０Ａ＿ＢＡＣＳＵ、Ａ８ＦＦ０６＿ＢＡＣＰ２、Ａ０Ａ０Ｊ６ＥＶＣ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４１７ＹＶ３４＿９ＢＡＣＩ、Ｄ５ＤＳ６２＿ＢＡＣＭＱ、Ａ０Ａ４Ｑ０ＶＱＵ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ９ＰＫＮ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ３ＱＡＩ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ６Ｑ９Ｔ８＿９ＢＡＣＬ、Ｗ１ＳＨＹ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３６４Ｋ８Ｍ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１５０Ｆ６Ｋ４＿９ＢＡＣＩ、Ｍ５ＰＥＮ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｓ２Ｍ７５４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ａ８Ｘ８Ｓ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｒ１ＲＵ５３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｓ２ＬＹＶ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｂ３ＸＱＸ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ８ＥＱＸ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｎ５ＧＲＥ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ１Ｂ００５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ１ＱＦＨ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｂ１Ｚ５Ｗ５＿９ＢＡＣＩ、Ｋ６ＢＸＨ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１６０Ｆ７５３＿９ＢＡＣＩ、Ｕ５ＬＤＦ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｍ０ＫＹＴ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０６１ＮＬ５７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ａ１ＱＺＪ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｎ５Ｈ８５４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１６０ＩＳＥ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｉ７ＳＲＮ１＿ＬＡＣＳＨ、Ａ０Ａ１Ｍ４ＴＬＱ２＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｒ２ＱＳＪ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ３Ｌ７Ｋ５Ｈ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｎ５Ｍ４５２＿９ＢＡＣＩ、Ｗ４ＱＫＭ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ２ＰＡＡ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｊ１ＩＭＮ１＿ＢＡＣＣＩ、Ｒ９Ｃ８５７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｍ４ＦＸ２３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１６５ＸＳＲ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１７９ＳＶ９９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｙ０ＩＳ８８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２４８ＴＬＥ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ０ＷＩ３３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｈ４ＰＩＬ５＿９ＢＡＣＩ、Ｉ８ＡＭＴ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｄ６ＺＡＡ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３Ｔ０Ｉ１Ｑ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ０ＳＱＱ４＿９ＢＡＣＩ、Ｉ３ＥＡＡ８＿ＢＡＣＭＭ、Ａ０Ａ０Ｍ０ＧＢ２９＿ＳＰＯＧＬ、Ａ０Ａ１Ｌ８ＺＬＺ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３７０ＧＢＭ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４３３Ｈ９２８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ６Ｕ７９５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０６０ＬＸＳ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０７４ＬＭＥ５＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｋ９ＧＷＵ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１５０ＫＭ６３＿９ＢＡＣＩ、Ｋ６ＣＶ０８＿ＢＡＣＡＺ、Ａ０Ａ３２３ＴＸＭ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｎ０Ｚ９Ｑ２＿９ＢＡＣＩ、Ｊ８ＡＫ６７＿ＢＡＣＣＥ、Ａ０Ａ０７３ＫＵＰ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２９２ＹＱＺ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２２６ＱＬＲ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１６０ＦＢＪ９＿９ＢＡＣＩ、Ｃ３ＢＰＲ４＿９ＢＡＣＩ、Ｅ６ＴＸＲ１＿ＢＡＣＣＪ、Ａ０Ａ１Ｌ３ＭＱ５３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｃ２ＹＣＱ６＿ＢＡＣＢＡ、Ｑ８ＥＱ４９＿ＯＣＥＩＨ、Ａ０Ａ３１６Ｄ８Ｍ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｊ６ＦＵ６１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ８Ｃ０Ｃ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０８４Ｊ３７３＿ＢＡＣＭＹ、Ａ０Ａ１Ｉ４ＪＰＺ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｍ２ＳＧ３７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１５０ＭＭＳ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｊ６ＷＧＷ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｐ６Ｗ２Ｑ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ０ＳＺＥ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ７ＧＳＪ０＿ＢＡＣＣＮ、Ａ０Ａ２Ｃ９Ｚ３Ｐ６＿ＢＡＣＨＵ、Ａ０Ａ３９８ＢＧ１５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｖ８ＪＦＩ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ５ＮＰＷ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ２Ｂ８６６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０２３ＤＥ０４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０２３ＣＬＲ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３２７ＹＮ４７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｑ９ＸＶ７４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１４７Ｋ７Ｒ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４４３Ｊ４０８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４９８ＤＤＫ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｋ６ＧＭＰ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４２９ＸＤ５８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ１ＺＬＤ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ４ＩＱＲ２＿ＧＥＯＴＮ、Ａ０Ａ０７３Ｋ３Ｖ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｘ７Ｄ０６３＿９ＢＡＣＩ、Ｑ５ＷＦ６８＿ＢＡＣＳＫ、Ａ０Ａ３Ｓ４ＲＬＴ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１５０ＪＴ６８＿ＢＡＣＣＯ、Ｆ５Ｌ３Ｈ６＿ＣＡＬＴＴ、Ａ０Ａ０Ｍ０ＧＰＵ２＿９ＢＡＣＩ、Ｓ５Ｚ７Ｃ０＿ＢＡＣＰＪ、Ａ０Ａ１Ｚ２Ｖ３Ｈ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３Ａ９ＫＧＵ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２８５ＣＬＵ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３６６ＸＹＨ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｄ８ＢＲＦ６＿ＧＥＯＫＵ、Ａ０Ａ２６５ＮＦＧ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４２８Ｎ８６８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｐ８ＨＡＧ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ０Ｂ３Ｕ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１５０Ｍ７Ｃ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｇ８Ｄ１Ｃ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｇ８ＢＲＤ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｑ４ＩＩＨ６＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ４Ｙ９ＡＥＧ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ０ＦＱＧ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｆ５ＨＷＫ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ１ＢＪ６９＿９ＢＡＣＩ、Ｗ９Ａ８Ｘ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ９ＬＷ７７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４９４Ｚ０Ｋ１＿９ＢＡＣＩ、
Ａ０Ａ１Ｍ５ＣＸＬ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｇ８ＪＪＮ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｇ６ＩＧＨ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｙ７Ｓ８Ｌ６＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ１Ｘ９ＭＦＧ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ａ２ＵＺＦ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｈ９ＺＬＰ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｍ４ＸＬＫ４＿９ＣＬＯＴ、Ａ０Ａ０Ａ５ＧＩＦ６＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｃ２ＶＩＭ１＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ａ２ＩＤＡ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３６６ＥＪ４５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ３１７ＫＺＡ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ａ５ＧＥＱ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｅ５ＬＫ８８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｓ５ＧＥＬ８＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｇ９ＬＭ９４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｎ６ＰＦＸ１＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｅ７ＤＭＸ２＿９ＢＡＣＩ、Ｎ４ＷＳＳ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ１Ｔ１Ｚ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ａ１ＭＺ９８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｒ３Ｎ０Ｑ４＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｙ８ＫＳＴ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ２Ｕ１Ｋ６Ｎ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０７５ＬＬＤ７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１Ｉ０Ｖ６Ｒ２＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｕ１ＫＬ９５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｐ６ＭＫ９９＿９ＢＡＣＩ、Ｃ８ＷＸＦ８＿ＡＬＩＡＤ、Ａ０Ａ１Ｍ６ＫＩＱ３＿９ＣＬＯＴ、Ａ０Ａ１Ｌ８ＣＴＷ３＿９ＴＨＥＯ、Ａ０Ａ１Ｖ２Ａ９Ｑ９＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２Ｔ４ＵＡＮ８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ４Ｚ０ＧＫＶ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｍ６Ｉ６Ｕ１＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ１Ｉ２ＶＰＴ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｍ６Ｓ６Ｄ３＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｎ７ＫＭＨ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１４０Ｌ８Ｅ０＿９ＣＬＯＴ、Ａ０Ａ０９０Ｊ２９９＿９ＢＡＣＩ、Ｖ６ＩＷＵ０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０２４Ｐ５Ｈ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ２８５ＮＭ８８＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ１４３ＭＲＡ０＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ａ５ＧＣＡ３＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｕ１ＱＳＩ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ０Ｂ５ＡＳ７０＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｍ６Ｃ４Ｘ１＿９ＣＬＯＴ、Ａ０Ａ２Ｉ０ＱＸ９７＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０Ｐ９ＥＪＴ７＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｕ７ＭＬＡ０＿９ＦＩＲＭ、Ａ０Ａ２Ｔ０ＢＲＳ８＿９ＣＬＯＴ、Ａ０Ａ１Ｈ２Ｔ３Ｃ９＿９ＢＡＣＬ、Ａ０Ａ１Ｈ９Ａ７Ｍ５＿９ＢＡＣＩ、Ａ０Ａ０８４ＪＩＸ０＿９ＣＬＯＴ、Ｄ９ＳＬＶ６＿ＣＬＯＣ７、Ａ０Ａ４Ｒ２ＲＷＰ５＿９ＦＩＲＭ、Ｕ２ＣＬＦ１＿９ＦＩＲＭ及びＡ０Ａ１Ｇ８ＶＧ９０＿９ＢＡＣＩ。本発明によれば、野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質配列及びそれをコードする対応するｓｐｏ０Ａ遺伝子であって、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも５５％、より好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも６２％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは８０～１００％、更により好ましくは９５～１００％の配列同一性を有するものが特に好ましい。本発明に従って記載されるＳｐｏ０Ａタンパク質配列に対する特定の変異を考慮しない場合、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、好ましくは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列と、０～２０アミノ酸、より好ましくは０～１５アミノ酸、更により好ましくは０～１０アミノ酸、更により好ましくは１～５アミノ酸が異なり、それらの差異は好ましくは図５による制約に合致する。変異型Ｓｐｏ０Ａ配列が、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯによる配列とアラインメントされたときに前記配列よりも長い場合、各Ｃ末端又はＮ末端伸長は、好ましくは３０アミノ酸以下、より好ましくは０～１０アミノ酸である。

【0058】

本発明による微生物は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子及び／又は変異型ｄｅｇＳ遺伝子に加えて、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質又は変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含むことができる。微生物は、変異型ＤｅｇＵタンパク質及び／又は変異型ＤｅｇＳタンパク質に加えて、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質又は変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含むこともできる。

【0059】

本発明の微生物は、本発明の変異を欠く菌体外多糖生成対照株（「親」）と比較して、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す。但し、本発明は、菌体外多糖生成微生物の修飾に限定されない。本発明はまた、有益なことに、これまで欠如していた菌体外多糖生成のための１つ以上の遺伝子が導入された後に、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示す微生物を作り出すことを可能にする。特に、本発明は、本発明のｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及び／又はｓｐｏ０Ａを導入することによって、菌体外多糖を生成するためのファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）株を調製することを可能にし、その結果、異種菌体外多糖遺伝子クラスターの更なる導入又は天然遺伝子の修飾の後、株は、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減を示しつつ、１種以上の所望の菌体外多糖を生成することができる。

【0060】

本発明の利点の１つは、菌体外多糖生成の増加若しくは安定化及び／又は菌体外多糖分解の防止若しくは低減が、多種多様なファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）微生物における容易にアクセス可能な遺伝子の変異によって可能になることである。したがって、本発明は以下の具体的な実施例によって説明されるものの、実施例に記載される方法を他の微生物種に移用して、菌体外多糖生成を増加させ且つ／若しくは安定化させ、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させることができる。更に、本明細書に記載される変異は、下流遺伝子の転写に影響を及ぼし得る大型核酸断片の欠失又は挿入を必要としない。菌体外多糖の形成に関与する様々な遺伝子の転写調節因子結合部位を変更する又はそれらの遺伝子を欠失させる必要の代わりに、本発明は、ｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及び／又はｓｐｏ０Ａ遺伝子の変異によって、本明細書に記載される利点を達成することを可能にする。これらの遺伝子は遺伝子調節経路の複雑な網に関与しており、本発明の変異の導入により引き起こされる影響は予測可能ではなかった。同様に、菌体外多糖の生成及び分解は、それ自体が複雑な調節機序の影響を受け、これは本質的に予測不能である。更に、公報国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットを踏まえると、ｄｅｇＳ、ｄｅｇＵ及び／又はｓｐｏ０Ａ遺伝子の変異が、菌体外多糖生成の増加若しくは安定化及び／又は菌体外多糖分解の防止若しくは低減をもたらすことは特に驚くべきことであった。この文献では、発酵中に菌体外多糖によって引き起こされる粘度を低減させるという明確な意図を伴って、Ｓｐｏ０Ａ欠損のバックグラウンドを有し、且つＳｐｏ０Ａ欠損に加えて変異したｄｅｇＵ及びｄｅｇＳ遺伝子を含む株が用いられている。しかしながら、本明細書に示すように、またこの文献の一見妥当である教示に反して、野生型微生物においてｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及び／又はｓｐｏ０Ａ遺伝子のみに変異を導入すると、菌体外多糖生成が増加若しくは安定化し、且つ／又は菌体外多糖分解が防止若しくは低減される。したがって、前記公報に記載されている効果は、ｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及びｓｐｏ０Ａ遺伝子の変異と因果的に関連しているわけではない。

【0061】

本発明は、特に注目すべき利点として、発酵生成中の菌体外多糖の安定化、及び／又は特に発酵生成中の、微生物による菌体外多糖分解の低減を可能にする。これはバッチ発酵の比較分析で検出可能である。かかる分析では、本発明による微生物のバッチ発酵及び適切な対照微生物を使用した対照発酵を実施し、最大炭素移動速度の時間を決定する。その時点以降、次の４８時間にわたり各発酵ブロスの粘度を所定の間隔で測定する。その後、本発明の微生物の発酵の粘度読取値の合計が、比較発酵の同数の粘度測定値の合計よりも高いことが見出される。菌体外多糖は、実施例に示されるように、後期発酵段階において予備炭素又はエネルギー源として微生物によって使用され得る。したがって、初期発酵段階の間に多量に生成された菌体外多糖であっても、後期発酵状態又はその後の保管及び下流処理中に分解される可能性があり、それにより、特に生成物が菌体外多糖を、更なる成分、好ましくは１種以上の微生物、その胞子、及び微生物により生成される標的物質、好ましくは１種以上のフサリシジンとともに含む場合、菌体外多糖の収量が低減し、生成物組成が変化する可能性がある。しかしながら、本発明により、発酵全体を通して、更には場合により更なる下流処理又は保管中でさえも、高粘度を維持すること、したがって高い菌体外多糖含有量を維持することが可能になる。したがって、野生型株と比較して、菌体外多糖収量を前記更なる成分の収量に対して均衡させるために発酵槽を早期に回収する必要がない。事実上、本発明は、単回の発酵によって２つの生成物カテゴリー、即ち、１種以上の菌体外多糖及び前記１種以上の更なる成分を生成するために使用することができる。

【0062】

好ましくは、標的発酵生成物は、リポペプチド及び／又はシデロフォアであるか又はそれらを含み、好ましくは抗菌活性、好ましくは抗真菌活性を有する。好ましくは、リポペプチドは、非リボソームリポペプチド（ＮＲＰ）である。更により好ましくは、リポペプチド及び／又はシデロフォアは、以下のタイプのいずれか：アクレアシン、アンフィシン、アンホマイシン、アンチカプシン、アスパルトシン、バシラエン、バシリバクチン、バシロマイシン、バシロリン（ｂａｃｉｌｌｏｒｉｎ）、バシリシン、バシトラシン、カスポファンギン、セレキシン、シコファクチン（ｃｉｃｈｏｆａｃｔｉｎ）、コルマイシン、クリスタロマイシン（ｃｒｙｓｔａｌｌｏｍｙｃｉｎ）、ダプトマイシン、ディフィシジン（ｄｉｆｆｉｃｉｄｉｎ）、エコマイシン（ｅｃｏｍｙｃｉｎ）、エントリシン（ｅｎｔｏｌｙｓｉｎ）、フェンギシン、フリウリマイシン（ｆｒｉｕｌｉｍｉｃｉｎ）、フサリシジン、ガタバリン（ｇａｔａｖａｌｉｎ）、ホデルシン（ｈｏｄｅｒｓｉｎ）、イツリン、ジョリペプチン（ｊｏｌｉｐｅｐｔｉｎ）、クルスタキン（ｋｕｒｓｔａｋｉｎ）、ラスパルトマイシン、リケニシン、ロシロマイシン（ｌｏｃｉｌｌｏｍｙｃｉｎ）、ロキシン、マクロラクチン、マリバシン、マリヒシン、マセトリド（ｍａｓｓｅｔｏｌｉｄｅ）、オクタペプチン、オルファミド、パエニバクテリン（ｐａｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｎ）、パエニラルビン（ｐａｅｎｉｌａｒｖｉｎ）、パエニプロキシリン（ｐａｅｎｉｐｒｏｘｉｌｉｎ）、パエニセリン（ｐａｅｎｉｓｅｒｉｎ）、ペルギペプチン（ｐｅｌｇｉｐｅｐｔｉｎ）、プランタゾリシン、プリパスタチン、ニューモカンジン、ポリケチド、ポリミキシン、ポリペプチン、シュードデスミン（ｐｓｅｕｄｏｄｅｓｍｉｎ）、シュードマイシン（ｐｓｅｕｄｏｍｙｃｉｎ）、シュードホミン（ｐｓｅｕｄｏｐｈｏｍｉｎ）、プチソルビン（ｐｕｔｉｓｏｌｖｉｎ）、サルタバリン（ｓａｌｔａｖａｌｉｎ）、サーファクチン、シリンガファクチン（ｓｙｒｉｎｇａｆａｃｔｉｎ）、シリンゴマイシン、シリンゴペプチン、テンシン、トラアシン、トリデカプチン（ｔｒｉｄｅｃａｐｔｉｎ）、ツシマイシン、ビスコシン及びビスコシンアミドの１つ以上の抗菌剤を含む。特に、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｌｕｓ）株から得ることができる抗菌標的発酵生成物の生成は、国際公開第２０１６１５４２９７号パンフレットに記載されている。特に好ましい標的発酵生成物は、フサリシジンである。フサリシジンは、環状リポデプシペプチドのクラスのパエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．）から単離された抗生物質群であり、これらは多くの場合、以下の構造的特徴：６個のアミノ酸残基からなる大環状環（うち３個はＬ－Ｔｈｒ、Ｄ－アロ－Ｔｈｒ及びＤ－Ａｌａ）並びにアミド結合によりＮ末端Ｌ－Ｔｈｒ残基に付着した１５－グアニジノ－３－ヒドロキシペンタデカン酸尾部、を共有している（ＣｈｅｍＭｅｄＣｈｅｍ ７，８７１－８８２，２０１２；Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｅｔｈ．８５，１７５－１８２，２０１１）。これらの化合物は、Ｎ末端Ｌ－Ｔｈｒヒドロキシル基とＣ末端Ｄ－Ａｌａカルボニル基の間のラクトン架橋によって環化される。デプシペプチド環内のアミノ酸残基の位置は、通常、それ自体もＧＨＰＤ鎖を保有する前述のＬ－Ｔｈｒから出発して付番され、Ｃ末端Ｄ－Ａｌａで終わる。パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）から単離されたフサリシジンの非限定的な例は、ＬＩ－Ｆ０３、ＬＩ－Ｆ０４、ＬＩ－Ｆ０５、ＬＩ－Ｆ０７及びＬＩ－Ｆ０８（Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ４０（１１），１５０６－１５１４，１９８７；Ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｅｓ ５３（７），１５３３－１５４９，２０００；Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ３２，１９１７－１９２３，２０１１）、並びにフサリシジンＡ（Ｌｌ－Ｆ０４ａとも呼ばれる）、Ｂ（Ｌｌ－Ｆ０４ｂとも呼ばれる）、Ｃ（Ｌｌ－Ｆ０３ａとも呼ばれる）及びＤ（Ｌｌ－Ｆ０３ｂとも呼ばれる）（Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ４９（２），１２９－１３５，１９９６；Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ５０（３），２２０－２２８，１９９７）と命名されている。フサリシジンのアミノ酸鎖は、リボソームにより作製されるのではなく、非リボソームペプチド合成酵素によって作製される。単離されたフサリシジンの中でも、フサリシジンＡは、種々の臨床的に関連する真菌及び黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）などのグラム陽性菌に対して最も有望な抗菌活性を示している（ＭＩＣ値範囲：０．７８～３．１２ｇ／ｍｌ）（ＣｈｅｍＭｅｄＣｈｅｍ ７，８７１－８８２，２０１２）。フサリシジンＡ、Ｂ、Ｃ及びＤはまた、フサリウム・オキシスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、アルペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ）、アルペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）及びペニシリウム・ソミイ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｔｈｏｍｉｉ）などの植物病原性真菌を阻害することが報告されている（Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ４９（２），１２９－１３５，１９９６；Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ５０（３），２２０－２２８，１９９７）。Ｌｉ－Ｆ０５、ＬＩ－Ｆ０７及びＬＩ－Ｆ０８などのフサリシジンは、フサリウム・モニリフォルメ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｅ）、Ｆ．オキシスポラム（Ｆ．ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、Ｆ．ロゼウム（Ｆ．ｒｏｓｅｕｍ）、ジベレラ・フジクロイ（Ｇｉｂｅｒｅｌｌａ ｆｕｊｋｕｒｏｉ）、ヘルミントスポリウム・セサマム（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ ｓｅｓａｍｕｍ）及びペニシリウム・エクスパンサム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｅｘｐａｎｓｕｍ）などの様々な植物病原性真菌に対するある特定の抗真菌活性を有することが見出されている（Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ４０（１１），１５０６－１５１４，１９８７）。フサリシジンはまた、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）を含むグラム陽性細菌に対する抗細菌活性を有する（Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ４９，１２９－１３５，１９９６；Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ５０，２２０－２２８，１９９７）。加えて、フサリシジンは、キャノーラの黒根病を引き起こすレプトスファエリア・マキュランス（Ｌｅｐｔｏｓｐｈａｅｒｉａ ｍａｃｕｌａｎｓ）に対する抗真菌活性を有する（Ｃａｎ．Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４８，１５９－１６９，２００２）。更に、ある特定のパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株によって生成されるフサリシジンＡ及びＢ並びにその２つの関連する化合物は、培養されたパセリ細胞中において耐性反応を誘導し、フサリウム・オキシスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）の増殖を阻害することが見出された（国際公開第２００６／０１６５５８号パンフレット；欧州特許第１７８８０７４Ａ１号明細書）。国際公開第２０１６／０２０３７１号パンフレットにおいて、細菌株Ｌｕ１６７７４、Ｌｕ１７００７及びＬｕ１７０１５の全培養ブロス、培養培地及び無細胞抽出物は、とりわけアルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ ｓｐｐ．）、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ ｃｉｎｅｒｅａ）及びフィトフトラ・インフェスタンス（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓｔａｎｓ）に対する阻害活性を示すことが見出された。

【0063】

本発明による微生物は、好ましくは変異型ｄｅｇＵ遺伝子を含み、このｄｅｇＵ遺伝子は、ＤＮＡ結合活性が低減しており且つ／又は機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠く、ＤｅｇＵタンパク質をコードする。これは、好ましくは、変異型ＤｅｇＵタンパク質をコードする変異型ｄｅｇＵ遺伝子を提供することによって達成され、この変異は、ＬｕｘＲ型ＤＮＡ結合ＨＴＨドメイン（ＰＦ００１９６）に影響を及ぼす。以下の実施例に示されるように、単に変異型ｄｅｇＵ遺伝子を提供することが、発酵プロセス中に菌体外多糖生成を改善し、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させるのに既に十分である。これは、ｄｅｇＵ遺伝子のかかる変異が発酵ブロスの粘度の増加をもたらさず、したがって発酵中に菌体外多糖生成を増加及び／若しくは安定化させ、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させるのに好適ではないと明示的に公表している、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットを考慮すると、特に驚くべきことであった。

【0064】

本発明のＤｅｇＳ、ＤｅｇＵ及びＤｅｇＳ＋ＤｅｇＵ変異型が、微生物の胞子形成能を消滅させない又は著しく低減させないことは、更なる利点である。これは、胞子形成植物健康組成物又は胞子形成に依拠する他の用途にとって特に有利である。

【0065】

ＤｅｇＵタンパク質は、好ましくは、ＤＮＡ結合活性が低減しており、且つ／又は機能的ＤＮＡ結合ドメインを欠いている。これらの形質の存在は、本発明の微生物、好ましくはパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属の微生物において、対応する野生型株と比較して、発酵中の粘度の増加又は粘度の保持を観察することにより容易に同定され得る。

【0066】

上述したように、野生型ＤｅｇＵタンパク質は、ＤＮＡ結合ＨＴＨドメインを含む。このドメインは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５を有するタンパク質配列の付番に従って、アミノ酸１７１位から配列の終わりまで延在する。ＤＮＡ結合ドメインに関する更なる情報は、対応するＰｆａｍ及びＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースから入手可能である。例えば、最も好ましい野生型ＤｅｇＵタンパク質配列Ｅ３ＥＢＰ５の場合、ＤＮＡ結合ドメインは、１８０～１９１位、１９５～２０２位、２０６～２２１位及び２２５～２３５位に及ぶ４つのアルファヘリックスドメインを含むと予測される。ＤｅｇＵタンパク質のＤＮＡ結合ドメインが３番目又は４番目で変異していることが好ましく、第３のアルファヘリカルドメインで変異していれば最も好ましい。ここで、タンパク質配列の変異は、概してＤｅｇＵタンパク質の残部の正しいフォールディング及び機能に影響を与えない。

【0067】

好ましくは、ＤｅｇＵタンパク質変異は、各選択肢ａ）及びｂ）について優先度の降順で、
ａ）Ｑ２１８＊、Ｑ２１８Ｋ、Ｑ２１８Ｎ、Ｑ２１８Ｄ、Ｑ２１８Ｒ、
ｂ）Ｄ２２３＊、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｄ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｅ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｈ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｆ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｗ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ｓ、Ｄ２２３＊＋Ｍ２２０Ａ、のうちの１つ以上を含むか又はそれらからなる。

【0068】

本発明の目的のために、前述の付番は、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５の野生型ＤｅｇＵタンパク質配列を参照している。上記のように、変異型ＤｅｇＵタンパク質は、上述の具体的に列挙された変異を無視した場合、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５＿ＰＡＥＰＳによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも４５％、より好ましくは少なくとも５１％、より好ましくは少なくとも５４％、更により好ましくは７３～１００％の配列同一性を有することに留意されたい。

【0069】

ａ）及びｂ）の両方の変異は、ＤＮＡ結合ドメインの予測される第３のアルファヘリックスに同時に含まれる。実施例に示されるように、タイプａ）及びｂ）の両方の変異は、両方とも発酵の過程にわたって発酵ブロス粘度の増加をもたらす。更に、発酵ブロスの粘度は、後期発酵段階において変化したとしても、発酵中の最大炭素移動速度の時点の４８時間後に測定して、実施例に示されるように、野生型株の発酵ブロスの最大粘度の５０％を下回らず、好ましくは野生型株の発酵ブロスの最大粘度の７０％を下回らない。粘度の測定条件は以下の実施例に示される。

【0070】

好ましくは、選択肢ａ）の変異は、選択肢ｂ）による変異のみを含む微生物と比較して粘度のより速い増加をもたらし、その結果、選択肢ｂ）による変異のみを含む微生物と比較してより早く粘度のプラトーに達する。一方、選択肢ｂ）によるＤｅｇＵ変異を含む微生物は、選択肢ａ）による微生物と比較して、好ましくはより高いピーク粘度をもたらす（図１も参照されたい）。

【0071】

選択肢ａ）及びｂ）による変異アミノ酸は、それぞれ、ＤｅｇＵタンパク質の天然ホモログにおけるそれぞれの頻度の昇順で上に列挙されている。本発明の関心は、野生型と比較してＤｅｇＵタンパク質の特性が改変された微生物を提供することにあるため、最も頻度が低い改変が最も好ましい改変であり、それぞれの位置におけるそれぞれのアミノ酸の頻度が増加するにつれて優先度は低下する。

【0072】

変異Ｑ２１８＊を除いて、前述のＤｅｇＵタンパク質変異を組み合わせることもできる。したがって、本発明はまた、変異型ＤｅｇＵタンパク質をコードする変異型ｄｅｇＵ遺伝子を含む微生物にも関し、変異は、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ｅ３ＥＢＰ５による配列の付番で、Ｑ２１８Ｋ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｄ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｅ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｈ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｆ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｗ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ｓ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｋ＋Ｍ２２０Ａ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｄ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｅ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｈ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｆ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｗ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ｓ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｎ＋Ｍ２２０Ａ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｄ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｅ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｈ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｆ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｗ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ｓ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｄ＋Ｍ２２０Ａ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｎ＋Ｅ２２１Ｇ＋Ｖ２２２Ｇ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｄ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｅ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｈ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｆ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｗ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ｓ＋Ｄ２２３＊、Ｑ２１８Ｒ＋Ｍ２２０Ａ＋Ｄ２２３＊のいずれかを含むか又はそれらからなる。

【0073】

本発明による微生物は、好ましくは変異型ｄｅｇＳ遺伝子を含み、このｄｅｇＳ遺伝子は、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスホアクセプタードメイン及び／又は機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠くＤｅｇＳタンパク質をコードする。以下の実施例に示されるように、単に変異型ｄｅｇＳ遺伝子を提供することが、発酵プロセス中に菌体外多糖生成を改善し、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させるのに既に十分である。これは、ｄｅｇＳ遺伝子のかかる変異が発酵ブロスの粘度の増加をもたらさず、したがって発酵中に菌体外多糖生成を増加及び／若しくは安定化させ、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させるのに好適ではないと明示的に公表している、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットを考慮すると、特に驚くべきことであった。

【0074】

ＤｅｇＳタンパク質は、好ましくは、機能的単一結合ドメイン、機能的ホスホアクセプタードメイン及び／又は機能的ＡＴＰアーゼドメインを欠く。これらの形質の存在は、本発明の微生物、好ましくはパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属の微生物において、対応する野生型株と比較して、発酵中の粘度の増加又は粘度の保持を観察することにより容易に同定することができ、例えばセンサーＤｅｇＳドメイン（ＩＰＲ００８５９５）に変異を導入することにより容易に達成することができる。

【0075】

上述したように、野生型ＤｅｇＳタンパク質は、センサーＤｅｇＳドメインを含む。このドメインは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯを有するタンパク質配列の付番に従って、アミノ酸１０位から１６５位に延在する。ＤＮＡ結合ドメインに関する更なる情報は、対応するＰｆａｍ及びＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースから入手可能である。例えば、最も好ましい野生型ＤｅｇＳタンパク質配列Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯの場合、ＤＮＡ結合ドメインは、５～８１位及び８４～１８６位に及ぶ２つのアルファヘリックスドメインを含むと予測され、１７５～１８６位のアミノ酸は既にヒスチジンキナーゼドメインと重複している。ヒスチジンキナーゼドメインのフォールディングへの干渉を防止するために、アルファヘリカル構造全体がそのまま維持されるようにＤｅｇＳタンパク質のＤＮＡ結合ドメインが変異していれば好ましい。

【0076】

好ましくは、変異型ＤｅｇＳタンパク質は、優先度の降順で、Ｌ９９Ｆ、Ｌ９９Ｃ、Ｌ９９Ｄ、Ｌ９９Ｅ、Ｌ９９Ｇ、Ｌ９９Ｈ、Ｌ９９Ｋ、Ｌ９９Ｎ、Ｌ９９Ｐ、Ｌ９９Ｑ、Ｌ９９Ｒ、Ｌ９９Ｓ、Ｌ９９Ｗ又はＬ９９Ｙから選択される１つ以上の変異によって、対応する野生型配列とは異なる。

【0077】

本発明の目的のために、前述の付番は、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯの野生型ＤｅｇＳタンパク質配列を参照している。上記のように、変異型ＤｅｇＳタンパク質は、上述の具体的に列挙された変異を無視した場合、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＢＹ４＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも４６％、より好ましくは少なくとも５８％、更により好ましくは８０～１００％の配列同一性を有することに留意されたい。

【0078】

前述の特定の変異は、ＤｅｇＳセンサードメインの予測される第２のアルファヘリックスに含まれる。実施例に示されるように、かかる変異は、いずれも発酵の過程にわたって発酵ブロス粘度の増加をもたらす。更に、発酵ブロスの粘度は、後期発酵段階において変化したとしても、実施例に示されるように、野生型株の発酵ブロスの最大粘度の５０％を下回らず、好ましくは野生型株の発酵ブロスの最大粘度の７０％を下回らない。粘度の測定条件は以下の実施例に示される。

【0079】

好ましくは、本発明によるｄｅｇＳ遺伝子の変異は野生型株と比較してより高いピーク粘度をもたらし、更に好ましくは、粘度の増加は野生型株と比較して遅延せず、その結果、野生型発酵ブロスの最大粘度の時点で、対応するＤｅｇＳ変異型発酵ブロスの粘度は、野生型発酵ブロスの粘度の少なくとも９０％、好ましくは野生型発酵ブロスの粘度の１００％～３００％である（図１も参照されたい）。

【0080】

ＤｅｇＳ変異型タンパク質の変異アミノ酸は、ＤｅｇＳタンパク質の天然ホモログにおけるそれぞれの頻度の昇順に上に列挙されている。本発明の関心は、野生型と比較してＤｅｇＳタンパク質の特性が改変された微生物を提供することにあるため、最も頻度が低い改変が最も好ましい改変であり、それぞれの位置におけるそれぞれのアミノ酸の頻度が増加するにつれて優先度は低下する。

【0081】

本発明による微生物は、好ましくは変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を含み、その変異は、ＤＮＡ結合ドメイン又はレシーバードメインに位置し、Ｓｐｏ０Ａタンパク質のリン酸化の低減又は消失をもたらす。以下の実施例に示されるように、単に変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子を提供することが、発酵プロセス中に菌体外多糖生成を改善し、且つ／又は菌体外多糖分解を低減させるのに既に十分である。これは、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレット及び国際公開第２０１６１５４２９７号パンフレットを考慮すると、特に驚くべきことであった。後者の公報によれば、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットの全てのＤｅｇＵ／ＤｅｇＳ変異型の親株は、既にｓｐｏ０Ａ変異を含んでいた。国際公開第２０１６１５４２９７号パンフレットでは、安定したコロニー形態型の理由としてこのｓｐｏ０Ａ変異が記載されていたが、一方でその親株は粘稠性の粘液様表現型などの様々な形態を示していた。点変異の標的挿入に野生型株を使用した本発明者らの知見とは対照的に、特に、後者の文献において既にランダムに変異した株が更なる遺伝的最適化のために親株として使用されたことを踏まえると、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットでは、発酵ブロスの粘度の増加又は安定化は観察されていなかった。

【0082】

変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、好ましくは、機能的ＤＮＡ結合ドメイン又はレシーバードメインを欠いている。これらの形質の存在は、本発明の微生物、好ましくはパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属の微生物において、対応する野生型株と比較して、発酵中の粘度の増加又は粘度の保持を観察することにより容易に同定することができ、例えばＳｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメイン（ＩＰＲ０１４８７９）に変異を導入することにより容易に達成することができる。

【0083】

上述したように、野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、胞子形成開始因子Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメインを含む。このドメインは、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯを有するタンパク質配列の付番に従って、アミノ酸１５８位から２６１位に延在する。Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメインに関する更なる情報は、前述した対応するＰｆａｍ及びＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースから入手可能である。

【0084】

好ましくは、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質の変異は、
－ Ａ２５７Ｖ、より好ましくはＡ２５７Ｓ、又は
－ Ｉ１６１Ｒ、より好ましくはＩ１６１Ｌ、又は
－ 優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ又はＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒ、のいずれかからなるか又はそれらのいずれかを含む。

【0085】

本発明の目的のために、前述の付番は、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯの野生型Ｓｐｏ０Ａタンパク質配列を参照している。上記のように、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、上述の具体的に列挙された変異を無視した場合、Ｕｎｉｐｒｏｔ識別子Ａ０Ａ０７４ＬＺＹ６＿ＰＡＥＰＯによって示されるアミノ酸配列に対して少なくとも５５％、より好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも６２％、より好ましくは少なくとも７０％、更により好ましくは８０～１００％、更により好ましくは９５～１００％の配列同一性を有することに留意されたい。

【0086】

好ましくは、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、２５７位に前述の２つの変異のうちの１つ、即ちＡ２５７Ｖ、又はより好ましくはＡ２５７Ｓを含む。この位置は、Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメインの予測される最後のアルファヘリックスに含まれる。また、好ましくは、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、１６１位に前述の２つの変異のうちの１つ、即ちＩ１６１Ｒ、又はより好ましくはＩ１６１Ｌを含む。この位置は、Ｓｐｏ０Ａ Ｃ末端ドメインの予測される第１のアルファヘリックスに含まれる。更に好ましくは、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質は、前述の位置の各々に前述のそれぞれの変異のいずれか、即ち優先度の降順で、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｌ、Ａ２５７Ｖ＋Ｉ１６１Ｉ、Ａ２５７Ｓ＋Ｉ１６１Ｆ又はＡ２５７Ａ＋Ｉ１６１Ｒを含む。二重変異型の変異アミノ酸は、Ｓｐｏ０Ａタンパク質の天然ホモログにおけるそれぞれの頻度の昇順に列挙されている。本発明の関心は、野生型と比較してＳｐｏ０Ａタンパク質の特性が改変された微生物を提供することにあるため、最も頻度が低い改変が最も好ましい改変であり、それぞれの位置におけるそれぞれのアミノ酸の頻度が増加するにつれて優先度は低下する。

【0087】

典型的には、Ｓｐｏ０Ａタンパク質の前述の変異により、野生型と比較して、発酵ブロス粘度が最大に達するまでに遅延が生じる。更に、発酵ブロスの粘度は、後期発酵段階において変化したとしても、実施例に示されるように、野生型株の発酵ブロスの最大粘度の５０％を下回らず、好ましくは野生型株の発酵ブロスの最大粘度の７０％を下回らない。粘度の測定条件は以下の実施例に示される。

【0088】

実施例に示されるように、１つの遺伝子のみではなく２つの遺伝子に変異型を含む微生物を提供することにより、本発明により得ることができる利点を更に改善することができ、特に、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減をもたらすことができる。

【0089】

更に、本発明は、変異型ｄｅｇＵ遺伝子と変異型ｄｅｇＳ遺伝子の両方、変異型ｄｅｇＵ遺伝子と変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子、変異型ｄｅｇＳ遺伝子と変異型ｓｐｏ０Ａ遺伝子、又は変異型ｄｅｇＵ遺伝子と変異型ｄｅｇＳ遺伝子と変異型ｓｐｏ０Ａ、を含む微生物を提供する。実施例に例示的に示されるように、１つの遺伝子のみではなく２つの遺伝子に変異型を含む微生物を提供することにより、本発明により得ることができる利点を更に改善することができ、特に、菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減をもたらすことができる。例えば、変異型ＤｅｇＵタンパク質と変異型ＤｅｇＳタンパク質の両方を含む微生物により、後期発酵段階においてより安定した粘度を達成することが可能になる。また、実施例に示されるように、変異型ＤｅｇＵタンパク質と、変異型ＤｅｇＳタンパク質と、変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質とを含む微生物により、対応するＳｐｏ０Ａ単一遺伝子変異型微生物と比較してより早く最大粘度に達することも可能になる。また、一例として、変異型ＤｅｇＳを有する微生物は、野生型ｄｅｇＳ遺伝子を有する株と比較して著しく高い粘度に達し得る。

【0090】

本発明によれば、微生物が液体発酵培地中で増殖する場合、バッチ発酵における最大炭素移動速度の４８時間後以内に、発酵培地の粘度が、対応する野生型株の発酵で得られる最大発酵培地粘度の５０％、好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％よりも高いままであるように、発酵培地の粘度増加を引き起こすことが特に好ましい。したがって、本発明の微生物の菌体外多糖生成が有利に増加し、且つ／又は菌体外多糖分解が有利に低減する。

【0091】

本発明による微生物は、好ましくは、
－ ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｉ）綱、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）綱又はネガティウィクテス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）綱、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）目、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）目、サーモセディミニバクター（Ｔｈｅｒｍｏｓｅｄｉｍｉｎｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）目又はセレノモナス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）目、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科、パスツリア（Ｐａｓｔｅｕｒｉａｃｅａｅ）科、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）科、ペプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科、ヘリオバクテリウム（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）科、シントロフォモナス（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）科、テピダナエロバクター（Ｔｅｐｉｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）科又はスポロミュサ（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａｃｅａｅ）科、
－ より好ましくはアルカリバチルス（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ゲオバチルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ハロバチルス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、リシニバチルス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ピシバチルス（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、テリバチルス（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、ブレビバチルス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属、サーモバチルス（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パスツリア（Ｐａｓｔｅｕｒｉａ）属、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）属、デスルホトマクルム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ）属、ヘリオバクテリウム（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、ペロスポラ（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ）属、ペロトマクルム（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ）属、カルダナエロバクター（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、ムーレラ（Ｍｏｏｒｅｌｌａ）属、サーモアナエロバクター（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、テピダナエロバクター（Ｔｅｐｉｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属、プロピオニスポラ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ）属又はスポロミュサ（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ）属、
－ より好ましくはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属又はクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の分類階級から選択される。

【0092】

特に、バチルス（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）科及びクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）科の微生物は、菌体外多糖を生成することが公知であり、工業的発酵プロセスにおいて重要な微生物である。更に、かかる属の微生物の中では、胞子生成株が知られている。

【0093】

農業では、細菌胞子は、植物病原性真菌性又は細菌性病害を低減させるか又は防止する植物有害生物防除組成物に使用された。胞子生物製剤は、生物的及び非生物的ストレスに対する植物の耐性を改善し、植物の生長を加速させ、且つ植物、果実又はマメ科植物の収穫時の収量を増加させるためにも適用される。胞子製品は、葉、苗条、果実、根又は植物繁殖材料及び植物が生長する基材に適用された（Ｔｏｙｏｔａ Ｋ．Ｂａｃｉｌｌｕｓ－ｒｅｌａｔｅｄ Ｓｐｏｒｅ Ｆｏｒｍｅｒｓ：Ａｔｔｒａｃｔｉｖｅ Ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｐｌａｎｔ Ｇｒｏｗｔｈ Ｐｒｏｍｏｔｉｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｅｎｖｉｒｏｎ．２０１５；３０（３）：２０５－２０７．ｄｏｉ：１０．１２６４／ｊｓｍｅ２．ｍｅ３００３ｒｈ）。Ｂｏｃｈｏｗ，Ｈ．，ｅｔ ａｌ．“Ｕｓｅ ｏｆ Ｂａｃｉｌｌｕｓ Ｓｕｂｔｉｌｉｓ ａｓ Ｂｉｏｃｏｎｔｒｏｌ Ａｇｅｎｔ．ＩＶ．Ｓａｌｔ－Ｓｔｒｅｓｓ Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｂａｃｉｌｌｕｓ Ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＦＺＢ２４ Ｓｅｅｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｉｎ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ｖｅｇｅｔａｂｌｅ Ｆｉｅｌｄ Ｃｒｏｐｓ，ａｎｄ Ｉｔｓ Ｍｏｄｅ ｏｆ Ａｃｔｉｏｎ ／ Ｄｉｅ Ｖｅｒｗｅｎｄｕｎｇ ｖｏｎ Ｂａｃｉｌｌｕｓ Ｓｕｂｔｉｌｉｓ ｚｕｒ ｂｉｏｌｏｇｉｓｃｈｅｎ Ｂｅｋａｅｍｐｆｕｎｇ．ＩＶ．Ｉｎｄｕｋｔｉｏｎ ｅｉｎｅｒ Ｓａｌｚｓｔｒｅｓｓ－Ｔｏｌｅｒａｎｚ ｄｕｒｃｈ Ａｐｐｌｉｋａｔｉｏｎ ｖｏｎ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＦＺＢ２４ ｂｅｉ ｔｒｏｐｉｓｃｈｅｍ Ｆｅｌｄｇｅｍｕｅｓｅ ｕｎｄ ｓｅｉｎ Ｗｉｒｋｕｎｇｓｍｅｃｈａｎｉｓｍｕｓ．”Ｚｅｉｔｓｃｈｒｉｆｔ ｆｕｅｒ Ｐｆｌａｎｚｅｎｋｒａｎｋｈｅｉｔｅｎ ｕｎｄ Ｐｆｌａｎｚｅｎｓｃｈｕｔｚ ／ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ，ｖｏｌ．１０８，ｎｏ．１，２００１，ｐｐ．２１－３０．ＪＳＴＯＲ，ｗｗｗ．ｊｓｔｏｒ．ｏｒｇ／ｓｔａｂｌｅ／４３２１５３７８．Ａｃｃｅｓｓｅｄ １４ Ｄｅｃ．２０２０．）（Ｈａｓｈｅｍ，Ａｂｅｅｒ＆Ｔａｂａｓｓｕｍ，Ｂ．＆Ａｂｄ＿Ａｌｌａｈ，Ｅｌｓａｙｅｄ．（２０１９）．Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ：Ａ ｐｌａｎｔ－ｇｒｏｗｔｈ ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ ｒｈｉｚｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈａｔ ａｌｓｏ ｉｍｐａｃｔｓ ｂｉｏｔｉｃ ｓｔｒｅｓｓ．Ｓａｕｄｉ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ．２６．１０．１０１６／ｊ．ｓｊｂｓ．２０１９．０５．００４．）

【0094】

更に、細菌胞子は、ナノバイオテクノロジー及び建築化学の領域において、例えば自己修復コンクリート（亀裂の修復）、モルタルの安定性及び透水性の低減のために適用された［Ｊ．Ｙ．Ｗａｎｇ，Ｈ．Ｓｏｅｎｓ，Ｗ．Ｖｅｒｓｔｒａｅｔｅ，Ｎ．Ｄｅ Ｂｅｌｉｅ，Ｓｅｌｆ－ｈｅａｌｉｎｇ ｃｏｎｃｒｅｔｅ ｂｙ ｕｓｅ ｏｆ ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｕｌａｔｅｄ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｏｒｅｓ，Ｃｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｃｏｎｃｒｅｔｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅ ５６，２０１４，１３９－１５２，ＩＳＳＮ ０００８－８８４６，ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｃｅｍｃｏｎｒｅｓ．２０１３．１１．００９］［Ｒｉｃｃａ Ｅ，Ｃｕｔｔｉｎｇ ＳＭ．Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｓｐｏｒｅｓ ｉｎ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｊ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．２００３；１（１）：６．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ２００３ Ｄｅｃ １５．ｄｏｉ：１０．１１８６／１４７７－３１５５－１－６］。

【0095】

加えて、細菌胞子は、臨床環境及び家庭環境における洗濯物、硬質表面、衛生設備の清浄用及び臭気抑制用などの清浄製品の領域に適用された（Ｃａｓｅｌｌｉ Ｅ．Ｈｙｇｉｅｎｅ：ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｔｏ ｒｅｄｕｃｅ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ａｎｄ ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｅｔｔｉｎｇｓ．Ｍｉｃｒｏｂ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１７ Ｓｅｐ；１０（５）：１０７９－１０８３．ｄｏｉ：１０．１１１１／１７５１－７９１５．１２７５５．Ｅｐｕｂ ２０１７ Ｊｕｌ ５）。一例として、胞子は、化粧品組成物、例えば皮膚清浄製品（米国特許出願公開第２００７００４８２４４号明細書）、食器洗浄剤（国際公開第２０１４／１０７１１１号パンフレット）、パイプ脱脂剤（独国特許第１９８５００１２号明細書）、洗濯物の悪臭抑制（国際公開第２０１７／１５７７７８号パンフレット及び欧州特許第３４３０１１３号明細書）又はアレルゲンの除去（米国特許出願公開第２００２０１８２１８４号明細書）に使用された。胞子は、その後のマトリックス分解を触媒するために、非生物起源のマトリックスに埋め込むこともできる。

【0096】

加えて、細菌胞子は、ヒト及び動物の栄養及び健康の領域に適用された。一例として、抗生物質置き換え戦略の一環として、様々な細菌株がブロイラーに適用された（Ｎｅｖｅｌｉｎｇ，Ｄ．Ｐ．，Ｄｉｃｋｓ，Ｌ．Ｍ．Ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ：ａｎ Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ Ｈｅａｌｔｈｙ Ｂｒｏｉｌｅｒｓ ａｎｄ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ Ｒｅａｒｉｎｇ．Ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ ＆ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏ．Ｐｒｏｔ．１３，１－１１（２０２１）．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／ｓ１２６０２－０２０－０９６４０－ｚ）。他の例には、水産養殖、ブタなど多数が含まれる（Ｎａｙａｋ，Ｓ．Ｋ．（Ｎａｙａｋ，Ｓ．Ｋ．（２０２１），Ｍｕｌｔｉｆａｃｅｔｅｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｐｒｏｂｉｏｔｉｃ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ａｑｕａｃｕｌｔｕｒｅ ｗｉｔｈ ｓｐｅｃｉａｌ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｔｏ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ．Ｒｅｖ．Ａｑｕａｃｕｌｔ．，１３：８６２－９０６．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１１１／ｒａｑ．１２５０３）。ヒトの健康に対する細菌胞子の適用も広範に記載されている（例えば、米国特許出願公開第２０１８０２８９７５２号明細書；Ｌｅｅ，ＮＫ．，Ｋｉｍ，ＷＳ．＆ Ｐａｉｋ，ＨＤ．Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｔｒａｉｎｓ ａｓ ｈｕｍａｎ ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ：ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ｓａｆｅｔｙ，ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ，ａｎｄ ｐｒｏｂｉｏｔｉｃ ｃａｒｒｉｅｒ．Ｆｏｏｄ Ｓｃｉ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２８，１２９７－１３０５（２０１９）．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／ｓ１００６８－０１９－００６９１－９）。

【0097】

したがって、本明細書に記載される変異により、かかる工業的に関連する生物における菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減が可能になることは、本発明の特定の利点である。微生物の菌体外多糖の補助により、細菌胞子は生物的及び非生物的ストレスから更に保護され、発芽及び繁殖が支援された。

【0098】

特に好ましいものは、以下の種のうちの１つの微生物である。

【0099】

パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）種：Ｐ．アベカワエンシス（Ｐ．ａｂｅｋａｗａｅｎｓｉｓ）、Ｐ．アビシ（Ｐ．ａｂｙｓｓｉ）、Ｐ．アセリス（Ｐ．ａｃｅｒｉｓ）、Ｐ．アセチ（Ｐ．ａｃｅｔｉ）、Ｐ．アエスツアリイ（Ｐ．ａｅｓｔｕａｒｉｉ）、Ｐ．アガレクセデンス（Ｐ．ａｇａｒｅｘｅｄｅｎｓ）、Ｐ．アガリデボランス（Ｐ．ａｇａｒｉｄｅｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．アルバ（Ｐ．ａｌｂａ）、Ｐ．アルビダス（Ｐ．ａｌｂｉｄｕｓ）、Ｐ．アルブス（Ｐ．ａｌｂｕｓ）、Ｐ．アルギノリチカス（Ｐ．ａｌｇｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アルゴリフォンティコラ（Ｐ．ａｌｇｏｒｉｆｏｎｔｉｃｏｌａ）、Ｐ．アルカリテラエ（Ｐ．ａｌｋａｌｉｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．アルベイ（Ｐ．ａｌｖｅｉ）、Ｐ．アミロリティカス（Ｐ．ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アナエリカヌス（Ｐ．ａｎａｅｒｉｃａｎｕｓ）、Ｐ．アンタルクティカス（Ｐ．ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アンチバイオチコフィラ（Ｐ．ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｏｐｈｉｌａ）、Ｐ．アントリ（Ｐ．ａｎｔｒｉ）、Ｐ．アピアリーズ（Ｐ．ａｐｉａｒｉｅｓ）、Ｐ．アピアリウス（Ｐ．ａｐｉａｒｉｕｓ）、Ｐ．アピス（Ｐ．ａｐｉｓ）、Ｐ．アクイスタグニ（Ｐ．ａｑｕｉｓｔａｇｎｉ）、Ｐ．アラキジス（Ｐ．ａｒａｃｈｉｄｉｓ）、Ｐ．アークティカス（Ｐ．ａｒｃｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アサメンシス（Ｐ．ａｓｓａｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．アウランティアクス（Ｐ．ａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ）、Ｐ．アゾレデュセンス（Ｐ．ａｚｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、Ｐ．アゾティフィゲンス（Ｐ．ａｚｏｔｉｆｉｇｅｎｓ）、Ｐ．ベクロクダミソリ（Ｐ．ｂａｅｋｒｏｋｄａｍｉｓｏｌｉ）、Ｐ．バルキノネンシス（Ｐ．ｂａｒｃｉｎｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．バレンゴルトジ（Ｐ．ｂａｒｅｎｇｏｌｔｚｉｉ）、Ｐ．ベイジンゲンシス（Ｐ．ｂｅｉｊｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ボレアリス（Ｐ．ｂｏｒｅａｌｉｓ）、Ｐ．ボウチェスデュルホネンシス（Ｐ．ｂｏｕｃｈｅｓｄｕｒｈｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ボビス（Ｐ．ｂｏｖｉｓ）、Ｐ．ブラジレンシス（Ｐ．ｂｒａｓｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ブラシカエ（Ｐ．ｂｒａｓｓｉｃａｅ）、Ｐ．ブリョフィラム（Ｐ．ｂｒｙｏｐｈｙｌｌｕｍ）、Ｐ．カエスピティス（Ｐ．ｃａｅｓｐｉｔｉｓ）、Ｐ．カメリアエ（Ｐ．ｃａｍｅｌｌｉａｅ）、Ｐ．カメロウネンシス（Ｐ．ｃａｍｅｒｏｕｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．キャンピナセンシス（Ｐ．ｃａｍｐｉｎａｓｅｎｓｉｓ）、Ｐ．カスタネアエ（Ｐ．ｃａｓｔａｎｅａｅ）、Ｐ．カタルパエ（Ｐ．ｃａｔａｌｐａｅ）、Ｐ．カトルミ（Ｐ．ｃａｔｈｏｒｍｉｉ）、Ｐ．カベルナエ（Ｐ．ｃａｖｅｒｎａｅ）、Ｐ．セルロシリティカス（Ｐ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．セルロシトロフィカス（Ｐ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、Ｐ．チャータリウス（Ｐ．ｃｈａｒｔａｒｉｕｓ）、Ｐ．チベンシス（Ｐ．ｃｈｉｂｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チネンシス（Ｐ．ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チンジュエンシス（Ｐ．ｃｈｉｎｊｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．キチノリティカス（Ｐ．ｃｈｉｔｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．コンドロイティヌス（Ｐ．ｃｈｏｎｄｒｏｉｔｉｎｕｓ）、Ｐ．チュンガゲンシス（Ｐ．ｃｈｕｎｇａｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．シネリス（Ｐ．ｃｉｎｅｒｉｓ）、Ｐ．シスオロケンシス（Ｐ．ｃｉｓｏｌｏｋｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コンタミナンス（Ｐ．ｃｏｎｔａｍｉｎａｎｓ）、Ｐ．クッキイ（Ｐ．ｃｏｏｋｉｉ）、Ｐ．クラソストレアエ（Ｐ．ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａｅ）、Ｐ．ククミス（Ｐ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｐ．カードラノリティカス（Ｐ．ｃｕｒｄｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．テジョネンシス（Ｐ．ｄａｅｊｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ダカレンシス（Ｐ．ｄａｋａｒｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ダランシエンシス（Ｐ．ｄａｒａｎｇｓｈｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ダーウィニアヌス（Ｐ．ｄａｒｗｉｎｉａｎｕｓ）、Ｐ．ダウチ（Ｐ．ｄａｕｃｉ）、Ｐ．デンドリティフォルミス（Ｐ．ｄｅｎｄｒｉｔｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｐ．ドンドネンシス（Ｐ．ｄｏｎｇｄｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ドンハエンシス（Ｐ．ｄｏｎｇｈａｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ドゥーサネンシス（Ｐ．ｄｏｏｓａｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ダラス（Ｐ．ｄｕｒｕｓ）、Ｐ．エダフィカス（Ｐ．ｅｄａｐｈｉｃｕｓ）、Ｐ．エヒメンシス（Ｐ．ｅｈｉｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．エルギイ（Ｐ．ｅｌｇｉｉ）、Ｐ．エリミ（Ｐ．ｅｌｙｍｉ）、Ｐ．エンドフィティカス（Ｐ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．エンシディス（Ｐ．ｅｎｓｈｉｄｉｓ）、Ｐ．エステリソルベンス（Ｐ．ｅｓｔｅｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、Ｐ．エテリ（Ｐ．ｅｔｈｅｒｉ）、Ｐ．エウコムミアエ（Ｐ．ｅｕｃｏｍｍｉａｅ）、Ｐ．ファエシス（Ｐ．ｆａｅｃｉｓ）、Ｐ．ファビスポラス（Ｐ．ｆａｖｉｓｐｏｒｕｓ）、Ｐ．フェラリウス（Ｐ．ｆｅｒｒａｒｉｕｓ）、Ｐ．フィリシス（Ｐ．ｆｉｌｉｃｉｓ）、Ｐ．フラゲラータス（Ｐ．ｆｌａｇｅｌｌａｔｕｓ）、Ｐ．フォンティコーラ（Ｐ．ｆｏｎｔｉｃｏｌａ）、Ｐ．フォルシチアエ（Ｐ．ｆｏｒｓｙｔｈｉａｅ）、Ｐ．フリゴリレシステンス（Ｐ．ｆｒｉｇｏｒｉｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、Ｐ．フジエンシス（Ｐ．ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．フクイネンシス（Ｐ．ｆｕｋｕｉｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ガンスエンシス（Ｐ．ｇａｎｓｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ゼラチンリティカス（Ｐ．ｇｅｌａｔｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．ジンセンアグリ（Ｐ．ｇｉｎｓｅｎｇａｇｒｉ）、Ｐ．ジンセンアルビ（Ｐ．ｇｉｎｓｅｎｇａｒｖｉ）、Ｐ．ジンセンイフミ（Ｐ．ｇｉｎｓｅｎｇｉｈｕｍｉ）、Ｐ．ジンセンイテラエ（Ｐ．ｇｉｎｓｅｎｇｉｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．グラシアリス（Ｐ．ｇｌａｃｉａｌｉｓ）、Ｐ．グレバエ（Ｐ．ｇｌｅｂａｅ）、Ｐ．グルカノリティカス（Ｐ．ｇｌｕｃａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．グリカニリティカス（Ｐ．ｇｌｙｃａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．ゴリラエ（Ｐ．ｇｏｒｉｌｌａｅ）、Ｐ．グラミニス（Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ）、Ｐ．グラニボランス（Ｐ．ｇｒａｎｉｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．グアンゾウエンシス（Ｐ．ｇｕａｎｇｚｈｏｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ハレナエ（Ｐ．ｈａｒｅｎａｅ）、Ｐ．ヘリアンティ（Ｐ．ｈｅｌｉａｎｔｈｉ）、Ｐ．ヘメロカリコラ（Ｐ．ｈｅｍｅｒｏｃａｌｌｉｃｏｌａ）、Ｐ．ヘルベルティ（Ｐ．ｈｅｒｂｅｒｔｉ）、Ｐ．ヒスパニカス（Ｐ．ｈｉｓｐａｎｉｃｕｓ）、Ｐ．ホドガイエンシス（Ｐ．ｈｏｄｏｇａｙｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ホルデイ（Ｐ．ｈｏｒｄｅｉ）、Ｐ．ホルティ（Ｐ．ｈｏｒｔｉ）、Ｐ．フミカス（Ｐ．ｈｕｍｉｃｕｓ）、Ｐ．フナンエンシス（Ｐ．ｈｕｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．イベタエ（Ｐ．ｉｈｂｅｔａｅ）、Ｐ．イフアエ（Ｐ．ｉｈｕａｅ）、Ｐ．イフミ（Ｐ．ｉｈｕｍｉｉ）、Ｐ．イリノイセンシス（Ｐ．ｉｌｌｉｎｏｉｓｅｎｓｉｓ）、Ｐ．インスラエ（Ｐ．ｉｎｓｕｌａｅ）、Ｐ．インテスティニ（Ｐ．ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、Ｐ．ジャミラエ（Ｐ．ｊａｍｉｌａｅ）、Ｐ．ジルンリ（Ｐ．ｊｉｌｕｎｌｉｉ）、Ｐ．コベンシス（Ｐ．ｋｏｂｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コレオボランス（Ｐ．ｋｏｌｅｏｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．コンクケンシス（Ｐ．ｋｏｎｋｕｋｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コンシデンシス（Ｐ．ｋｏｎｓｉｄｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コーリエンシス（Ｐ．ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、Ｐ．クリベンシス（Ｐ．ｋｒｉｂｂｅｎｓｉｓ）、Ｐ．キュンヘンシス（Ｐ．ｋｙｕｎｇｈｅｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ラクティス（Ｐ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｐ．ラクス（Ｐ．ｌａｃｕｓ）、Ｐ．ラルバエ（Ｐ．ｌａｒｖａｅ）、Ｐ．ロータス（Ｐ．ｌａｕｔｕｓ）、Ｐ．レムナエ（Ｐ．ｌｅｍｎａｅ）、Ｐ．レンティモルブス（Ｐ．ｌｅｎｔｉｍｏｒｂｕｓ）、Ｐ．レンタス（Ｐ．ｌｅｎｔｕｓ）、Ｐ．リャオニンエンシス（Ｐ．ｌｉａｏｎｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．リミコーラ（Ｐ．ｌｉｍｉｃｏｌａ）、Ｐ．ルピニー（Ｐ．ｌｕｐｉｎｉ）、Ｐ．ルテウス（Ｐ．ｌｕｔｅｕｓ）、Ｐ．ルチミネラリス（Ｐ．ｌｕｔｉｍｉｎｅｒａｌｉｓ）、Ｐ．マセランス（Ｐ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｐ．マッカリエンシス（Ｐ．ｍａｃｑｕａｒｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．マーチャンチオフィトルム（Ｐ．ｍａｒｃｈａｎｔｉｏｐｈｙｔｏｒｕｍ）、Ｐ．マリニセディミニス（Ｐ．ｍａｒｉｎｉｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｐ．マリヌム（Ｐ．ｍａｒｉｎｕｍ）、Ｐ．マシリエンシス（Ｐ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．マイシエンシス（Ｐ．ｍａｙｓｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．メディカジニス（Ｐ．ｍｅｄｉｃａｇｉｎｉｓ）、Ｐ．メンデリイ（Ｐ．ｍｅｎｄｅｌｉｉ）、Ｐ．メソフィルス（Ｐ．ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．メタノリカス（Ｐ．ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃｕｓ）、Ｐ．モビリス（Ｐ．ｍｏｂｉｌｉｓ）、Ｐ．モンタニソリ（Ｐ．ｍｏｎｔａｎｉｓｏｌｉ）、Ｐ．モンタニテラエ（Ｐ．ｍｏｎｔａｎｉｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．モトブエンシス（Ｐ．ｍｏｔｏｂｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ムシラギノサス（Ｐ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｐ．ナネンシス（Ｐ．ｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ナフタレノボランス（Ｐ．ｎａｐｈｔｈａｌｅｎｏｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．ナスチテルミチス（Ｐ．ｎａｓｕｔｉｔｅｒｍｉｔｉｓ）、Ｐ．ネブラスケンシス（Ｐ．ｎｅｂｒａｓｋｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ネマトフィルス（Ｐ．ｎｅｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．ニコチアナエ（Ｐ．ｎｉｃｏｔｉａｎａｅ）、Ｐ．ヌルキ（Ｐ．ｎｕｒｕｋｉ）、Ｐ．オセアニセディミニス（Ｐ．ｏｃｅａｎｉｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｐ．オドリファー（Ｐ．ｏｄｏｒｉｆｅｒ）、Ｐ．オエノセラエ（Ｐ．ｏｅｎｏｔｈｅｒａｅ）、Ｐ．オラリス（Ｐ．ｏｒａｌｉｓ）、Ｐ．オリゼー（Ｐ．ｏｒｙｚａｅ）、Ｐ．オリジソリ（Ｐ．ｏｒｙｚｉｓｏｌｉ）、Ｐ．オットウィー（Ｐ．ｏｔｔｏｗｉｉ）、Ｐ．オウロフィネンシス（Ｐ．ｏｕｒｏｆｉｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．パブリ（Ｐ．ｐａｂｕｌｉ）、Ｐ．パエオニアエ（Ｐ．ｐａｅｏｎｉａｅ）、Ｐ．パナチフミ（Ｐ．ｐａｎａｃｉｈｕｍｉ）、Ｐ．パナチソリ（Ｐ．ｐａｎａｃｉｓｏｌｉ）、Ｐ．パナチテラエ（Ｐ．ｐａｎａｃｉｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．パリディス（Ｐ．ｐａｒｉｄｉｓ）、Ｐ．パサデネンシス（Ｐ．ｐａｓａｄｅｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ペクチニリティクス（Ｐ．ｐｅｃｔｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．ペオリアエ（Ｐ．ｐｅｏｒｉａｅ）、Ｐ．ペリアンドラエ（Ｐ．ｐｅｒｉａｎｄｒａｅ）、Ｐ．フォカエンシス（Ｐ．ｐｈｏｃａｅｎｓｉｓ）、Ｐ．フェニシス（Ｐ．ｐｈｏｅｎｉｃｉｓ）、Ｐ．フィルロスファエラエ（Ｐ．ｐｈｙｌｌｏｓｐｈａｅｒａｅ）、Ｐ．フィスコミトレラエ（Ｐ．ｐｈｙｓｃｏｍｉｔｒｅｌｌａｅ）、Ｐ．ピニ（Ｐ．ｐｉｎｉ）、Ｐ．ピニフミ（Ｐ．ｐｉｎｉｈｕｍｉ）、Ｐ．ピニソリ（Ｐ．ｐｉｎｉｓｏｌｉ）、Ｐ．ピニストラメンティ（Ｐ．ｐｉｎｉｓｔｒａｍｅｎｔｉ）、Ｐ．ポケオネンシス（Ｐ．ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）、Ｐ．ポリサッカロリティクス（Ｐ．ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．ポピリアエ（Ｐ．ｐｏｐｉｌｌｉａｅ）、Ｐ．ポプリ（Ｐ．ｐｏｐｕｌｉ）、Ｐ．プロフンダス（Ｐ．ｐｒｏｆｕｎｄｕｓ）、Ｐ．プロソピディス（Ｐ．ｐｒｏｓｏｐｉｄｉｓ）、Ｐ．プロタエチアエ（Ｐ．ｐｒｏｔａｅｔｉａｅ）、Ｐ．プロベンセンシス（Ｐ．ｐｒｏｖｅｎｃｅｎｓｉｓ）、Ｐ．サイコロレジステンス（Ｐ．ｐｓｙｃｈｒｏｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、Ｐ．プエリ（Ｐ．ｐｕｅｒｉ）、Ｐ．プエルニーセ（Ｐ．ｐｕｅｒｎｅｓｅ）、Ｐ．プルデウンゲンシス（Ｐ．ｐｕｌｄｅｕｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．プリスパティ（Ｐ．ｐｕｒｉｓｐａｔｉｉ）、Ｐ．チンシェンイー（Ｐ．ｑｉｎｇｓｈｅｎｇｉｉ）、Ｐ．チンリンエンシス（Ｐ．ｑｉｎｌｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．クエルカス（Ｐ．ｑｕｅｒｃｕｓ）、Ｐ．ラジシス（Ｐ．ｒａｄｉｃｉｓ）、Ｐ．レリクチセサミ（Ｐ．ｒｅｌｉｃｔｉｓｅｓａｍｉ）、Ｐ．レシジュイ（Ｐ．ｒｅｓｉｄｕｉ）、Ｐ．リゾプラナエ（Ｐ．ｒｈｉｚｏｐｌａｎａｅ）、Ｐ．リゾリザエ（Ｐ．ｒｈｉｚｏｒｙｚａｅ）、Ｐ．リゾスファエラエ（Ｐ．ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、Ｐ．リグイ（Ｐ．ｒｉｇｕｉ）、Ｐ．リパエ（Ｐ．ｒｉｐａｅ）、Ｐ．ルビンファンティス（Ｐ．ｒｕｂｉｎｆａｎｔｉｓ）、Ｐ．ルミノコラ（Ｐ．ｒｕｍｉｎｏｃｏｌａ）、
Ｐ．サビナエ（Ｐ．ｓａｂｉｎａｅ）、Ｐ．サチョネンシス（Ｐ．ｓａｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．サリニカエニ（Ｐ．ｓａｌｉｎｉｃａｅｎｉ）、Ｐ．サングイニス（Ｐ．ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、Ｐ．セディミニス（Ｐ．ｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｐ．セゲティス（Ｐ．ｓｅｇｅｔｉｓ）、Ｐ．セレニー（Ｐ．ｓｅｌｅｎｉｉ）、Ｐ．セレニティレデュセンス（Ｐ．ｓｅｌｅｎｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、Ｐ．セネガレンシス（Ｐ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、Ｐ．セネガリマシリエンシス（Ｐ．ｓｅｎｅｇａｌｉｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．セオドネンシス（Ｐ．ｓｅｏｄｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．セプテントリオナリス（Ｐ．ｓｅｐｔｅｎｔｒｉｏｎａｌｉｓ）、Ｐ．セプルクリ（Ｐ．ｓｅｐｕｌｃｒｉ）、Ｐ．シェンヤンエンシス（Ｐ．ｓｈｅｎｙａｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．シラカミエンシス（Ｐ．ｓｈｉｒａｋａｍｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．シュンペンギイ（Ｐ．ｓｈｕｎｐｅｎｇｉｉ）、Ｐ．シアメンシス（Ｐ．ｓｉａｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．シラゲイ（Ｐ．ｓｉｌａｇｅｉ）、Ｐ．シルバエ（Ｐ．ｓｉｌｖａｅ）、Ｐ．シノポドフィリー（Ｐ．ｓｉｎｏｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉ）、Ｐ．ソラナセアルム（Ｐ．ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ）、Ｐ．ソラニ（Ｐ．ｓｏｌａｎｉ）、Ｐ．ソリ（Ｐ．ｓｏｌｉ）、Ｐ．ソンチ群（Ｐ．ｓｏｎｃｈｉ ｇｒｏｕｐ）、Ｐ．ソフォラエ（Ｐ．ｓｏｐｈｏｒａｅ）、Ｐ．スピリタス（Ｐ．ｓｐｉｒｉｔｕｓ）、Ｐ．スプチ（Ｐ．ｓｐｕｔｉ）、Ｐ．ステリファー（Ｐ．ｓｔｅｌｌｉｆｅｒ）、Ｐ．スーソンエンシス（Ｐ．ｓｕｓｏｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．スウェンシス（Ｐ．ｓｗｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．タイチュンゲンシス（Ｐ．ｔａｉｃｈｕｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．タイヒュエンシス（Ｐ．ｔａｉｈｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．タイワンエンシス（Ｐ．ｔａｉｗａｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．タオファシャネンセ（Ｐ．ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、Ｐ．タリメンシス（Ｐ．ｔａｒｉｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．テルリス（Ｐ．ｔｅｌｌｕｒｉｓ）、Ｐ．テピディフィラス（Ｐ．ｔｅｐｉｄｉｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．テラエ（Ｐ．ｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．テレウス（Ｐ．ｔｅｒｒｅｕｓ）、Ｐ．テリゲナ（Ｐ．ｔｅｒｒｉｇｅｎａ）、Ｐ．テズプレンシス（Ｐ．ｔｅｚｐｕｒｅｎｓｉｓ）、Ｐ．タイランデンシス（Ｐ．ｔｈａｉｌａｎｄｅｎｓｉｓ）、Ｐ．サーモアエロフィルス（Ｐ．ｔｈｅｒｍｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．サーモフィルス（Ｐ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．チアミノリティカス（Ｐ．ｔｈｉａｍｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．チアンムエンシス（Ｐ．ｔｉａｎｍｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チベテンシス（Ｐ．ｔｉｂｅｔｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チモネンシス（Ｐ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．トランスルーセンス（Ｐ．ｔｒａｎｓｌｕｃｅｎｓ）、Ｐ．トリティシ（Ｐ．ｔｒｉｔｉｃｉ）、Ｐ．トリティシソリ（Ｐ．ｔｒｉｔｉｃｉｓｏｌｉ）、Ｐ．トゥアレギ（Ｐ．ｔｕａｒｅｇｉ）、Ｐ．トゥンバエ（Ｐ．ｔｕｍｂａｅ）、Ｐ．ツンドラエ（Ｐ．ｔｕｎｄｒａｅ）、Ｐ．ツリセンシス（Ｐ．ｔｕｒｉｃｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チロピリ（Ｐ．ｔｙｌｏｐｉｌｉ）、Ｐ．チファエ（Ｐ．ｔｙｐｈａｅ）、Ｐ．チルフィス（Ｐ．ｔｙｒｆｉｓ）、Ｐ．ウリギニス（Ｐ．ｕｌｉｇｉｎｉｓ）、Ｐ．ウリナリス（Ｐ．ｕｒｉｎａｌｉｓ）、Ｐ．バリダス（Ｐ．ｖａｌｉｄｕｓ）、Ｐ．ベラエイ（Ｐ．ｖｅｌａｅｉ）、Ｐ．ヴィニー（Ｐ．ｖｉｎｉ）、Ｐ．ボルテックス（Ｐ．ｖｏｒｔｅｘ）、Ｐ．ボルチカリス（Ｐ．ｖｏｒｔｉｃａｌｉｓ）、Ｐ．ブルネリス（Ｐ．ｖｕｌｎｅｒｉｓ）、Ｐ．ウェンシーニアエ（Ｐ．ｗｅｎｘｉｎｉａｅ）、Ｐ．ウイットソニアエ（Ｐ．ｗｈｉｔｓｏｎｉａｅ）、Ｐ．ウーポネンシス（Ｐ．ｗｏｏｐｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ウーソンゲンシス（Ｐ．ｗｏｏｓｏｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ウルムチエンシス（Ｐ．ｗｕｌｕｍｕｑｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ウィニイ（Ｐ．ｗｙｎｎｉｉ）、Ｐ．キサンタニリティカス（Ｐ．ｘａｎｔｈａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．キサンチニリティカス（Ｐ．ｘａｎｔｈｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．キセロサーモデュランス（Ｐ．ｘｅｒｏｔｈｅｒｍｏｄｕｒａｎｓ）、Ｐ．シンジャンゲンシス（Ｐ．ｘｉｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．キシラネクセデンス（Ｐ．ｘｙｌａｎｅｘｅｄｅｎｓ）、Ｐ．キシラニクラスティカス（Ｐ．ｘｙｌａｎｉｃｌａｓｔｉｃｕｓ）、Ｐ．キシラニリティカス（Ｐ．ｘｙｌａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．キシラニソルベンス（Ｐ．ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、Ｐ．ヤンチェンゲンシス（Ｐ．ｙａｎｃｈｅｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ヨンギネンシス（Ｐ．ｙｏｎｇｉｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ユンナネンシス（Ｐ．ｙｕｎｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ザントキシリ（Ｐ．ｚａｎｔｈｏｘｙｌｉ）、Ｐ．ジアエ（Ｐ．ｚｅａｅ）、好ましくは、Ｐ．アガレクセデンス（Ｐ．ａｇａｒｅｘｅｄｅｎｓ）、Ｐ．アガリデボランス（Ｐ．ａｇａｒｉｄｅｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．アルギノリチカス（Ｐ．ａｌｇｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アルカリテラエ（Ｐ．ａｌｋａｌｉｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．アルベイ（Ｐ．ａｌｖｅｉ）、Ｐ．アミロリティカス（Ｐ．ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アナエリカヌス（Ｐ．ａｎａｅｒｉｃａｎｕｓ）、Ｐ．アンタルクティカス（Ｐ．ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｓ）、Ｐ．アサメンシス（Ｐ．ａｓｓａｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．アゾレデュセンス（Ｐ．ａｚｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、Ｐ．バルキノネンシス（Ｐ．ｂａｒｃｉｎｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ボレアリス（Ｐ．ｂｏｒｅａｌｉｓ）、Ｐ．ブラシカエ（Ｐ．ｂｒａｓｓｉｃａｅ）、Ｐ．キャンピナセンシス（Ｐ．ｃａｍｐｉｎａｓｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チンジュエンシス（Ｐ．ｃｈｉｎｊｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．キチノリティカス（Ｐ．ｃｈｉｔｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．コンドロイティヌス（Ｐ．ｃｈｏｎｄｒｏｉｔｉｎｕｓ）、Ｐ．シネリス（Ｐ．ｃｉｎｅｒｉｓ）、Ｐ．カードラノリティカス（Ｐ．ｃｕｒｄｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．テジョネンシス（Ｐ．ｄａｅｊｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．デンドリティフォルミス（Ｐ．ｄｅｎｄｒｉｔｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｐ．エヒメンシス（Ｐ．ｅｈｉｍｅｎｓｉｓ）、Ｐ．エルギイ（Ｐ．ｅｌｇｉｉ）、Ｐ．ファビスポラス（Ｐ．ｆａｖｉｓｐｏｒｕｓ）、Ｐ．グルカノリティカス（Ｐ．ｇｌｕｃａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．グリカニリティカス（Ｐ．ｇｌｙｃａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．グラミニス（Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ）、Ｐ．グラニボランス（Ｐ．ｇｒａｎｉｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．ホドガイエンシス（Ｐ．ｈｏｄｏｇａｙｅｎｓｉｓ）、Ｐ．イリノイセンシス（Ｐ．ｉｌｌｉｎｏｉｓｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ジャミラエ（Ｐ．ｊａｍｉｌａｅ）、Ｐ．コベンシス（Ｐ．ｋｏｂｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コレオボランス（Ｐ．ｋｏｌｅｏｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．コーリエンシス（Ｐ．ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、Ｐ．クリベンシス（Ｐ．ｋｒｉｂｂｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ラクティス（Ｐ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｐ．ラルバエ（Ｐ．ｌａｒｖａｅ）、Ｐ．ロータス（Ｐ．ｌａｕｔｕｓ）、Ｐ．レンティモルブス（Ｐ．ｌｅｎｔｉｍｏｒｂｕｓ）、Ｐ．マセランス（Ｐ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｐ．マッカリエンシス（Ｐ．ｍａｃｑｕａｒｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．マシリエンシス（Ｐ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．メンデリイ（Ｐ．ｍｅｎｄｅｌｉｉ）、Ｐ．モトブエンシス（Ｐ．ｍｏｔｏｂｕｅｎｓｉｓ）、Ｐ．ナフタレノボランス（Ｐ．ｎａｐｈｔｈａｌｅｎｏｖｏｒａｎｓ）、Ｐ．ネマトフィルス（Ｐ．ｎｅｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｐ．オドリファー（Ｐ．ｏｄｏｒｉｆｅｒ）、Ｐ．パブリ（Ｐ．ｐａｂｕｌｉ）、Ｐ．ペオリアエ（Ｐ．ｐｅｏｒｉａｅ）、Ｐ．フェニシス（Ｐ．ｐｈｏｅｎｉｃｉｓ）、Ｐ．フィルロスファエラエ（Ｐ．ｐｈｙｌｌｏｓｐｈａｅｒａｅ）、Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）、Ｐ．ポピリアエ（Ｐ．ｐｏｐｉｌｌｉａｅ）、Ｐ．リゾスファエラエ（Ｐ．ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、Ｐ．サングイニス（Ｐ．ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、Ｐ．ステリファー（Ｐ．ｓｔｅｌｌｉｆｅｒ）、Ｐ．タイチュンゲンシス（Ｐ．ｔａｉｃｈｕｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｐ．テラエ（Ｐ．ｔｅｒｒａｅ）、Ｐ．チアミノリティカス（Ｐ．ｔｈｉａｍｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．チモネンシス（Ｐ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｐ．チロピリ（Ｐ．ｔｙｌｏｐｉｌｉ）、Ｐ．ツリセンシス（Ｐ．ｔｕｒｉｃｅｎｓｉｓ）、Ｐ．バリダス（Ｐ．ｖａｌｉｄｕｓ）、Ｐ．ボルテックス（Ｐ．ｖｏｒｔｅｘ）、Ｐ．ブルネリス（Ｐ．ｖｕｌｎｅｒｉｓ）、Ｐ．ウィニイ（Ｐ．ｗｙｎｎｉｉ）、Ｐ．キシラニリティカス（Ｐ．ｘｙｌａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、
特に好ましいのは、パエニバチルス・コーリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・リゾスファエラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・アミロリティカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、パエニバチルス・テラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒａｅ）、パエニバチルス・ポリミクサ・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポリミクサ・プランタルム（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、パエニバチルス新種エピフィチカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｎｏｖ．ｓｐｅｃ ｅｐｉｐｈｙｔｉｃｕｓ）、パエニバチルス・テラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒａｅ）、パエニバチルス・マセランス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｅｒａｎｓ）、パエニバチルス・アルベイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｖｅｉ）、
より好ましいのは、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポリミクサ・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポリミクサ・プランタルム（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、パエニバチルス新種エピフィチカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｎｏｖ．ｓｐｅｃ ｅｐｉｐｈｙｔｉｃｕｓ）、パエニバチルス・テラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒａｅ）、パエニバチルス・マセランス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｃｅｒａｎｓ）、パエニバチルス・アルベイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｖｅｉ）、
更により好ましいのは、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポリミクサ・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポリミクサ・プランタルム（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）及びパエニバチルス・テラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒａｅ）。

【0100】

バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）種：Ｂ．アビッサリス（Ｂ．ａｂｙｓｓａｌｉｓ）、Ｂ．アカンティ（Ｂ．ａｃａｎｔｈｉ）、Ｂ．アシディセラー（Ｂ．ａｃｉｄｉｃｅｌｅｒ）、Ｂ．アシディコーラ（Ｂ．ａｃｉｄｉｃｏｌａ）、Ｂ．アシディプロデュセンス（Ｂ．ａｃｉｄｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、Ｂ．アシディトレランス（Ｂ．ａｃｉｄｉｔｏｌｅｒａｎｓ）、Ｂ．アシドプルリチカス（Ｂ．ａｃｉｄｏｐｕｌｌｕｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．アシドボランス（Ｂ．ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．アエオリウス（Ｂ．ａｅｏｌｉｕｓ）、Ｂ．エクオロリス（Ｂ．ａｅｑｕｏｒｏｒｉｓ）、Ｂ．アエリス（Ｂ．ａｅｒｉｓ）、Ｂ．アエリウス（Ｂ．ａｅｒｉｕｓ）、Ｂ．アエロラクティカス（Ｂ．ａｅｒｏｌａｃｔｉｃｕｓ）、Ｂ．アエスツアリイ（Ｂ．ａｅｓｔｕａｒｉｉ）、Ｂ．アイディンゲンシス（Ｂ．ａｉｄｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．アキバイ（Ｂ．ａｋｉｂａｉ）、Ｂ．アルカリイヌリヌス（Ｂ．ａｌｃａｌｉｉｎｕｌｉｎｕｓ）、Ｂ．アルカロフィルス（Ｂ．ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．アルギコーラ（Ｂ．ａｌｇｉｃｏｌａ）、Ｂ．アルカリコーラ（Ｂ．ａｌｋａｌｉｃｏｌａ）、Ｂ．アルカリラクス（Ｂ．ａｌｋａｌｉｌａｃｕｓ）、Ｂ．アルカリニトリリクス（Ｂ．ａｌｋａｌｉｎｉｔｒｉｌｉｃｕｓ）、Ｂ．アルカリセディミニス（Ｂ．ａｌｋａｌｉｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｂ．アルカリテルリス（Ｂ．ａｌｋａｌｉｔｅｌｌｕｒｉｓ）、Ｂ．アルカリトレランス（Ｂ．ａｌｋａｌｉｔｏｌｅｒａｎｓ）、Ｂ．アルカロガヤ（Ｂ．ａｌｋａｌｏｇａｙａ）、Ｂ．アルティテュディニス（Ｂ．ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ）、Ｂ．アルベアユエンシス（Ｂ．ａｌｖｅａｙｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．アミリエンシス（Ｂ．ａｍｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．アンドレエセニ（Ｂ．ａｎｄｒｅｅｓｅｎｉｉ）、Ｂ．アンドレラオウルティ（Ｂ．ａｎｄｒｅｒａｏｕｌｔｉｉ）、Ｂ．アポロエウス（Ｂ．ａｐｏｒｒｈｏｅｕｓ）、Ｂ．アクイマリス（Ｂ．ａｑｕｉｍａｒｉｓ）、Ｂ．アルブチニボランス（Ｂ．ａｒｂｕｔｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．アリアブハッタイ（Ｂ．ａｒｙａｂｈａｔｔａｉ）、Ｂ．アサヒイ（Ｂ．ａｓａｈｉｉ）、Ｐ．アウランティアクス（Ｐ．ａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ）、Ｂ．オーストラリマリス（Ｂ．ａｕｓｔｒａｌｉｍａｒｉｓ）、Ｂ．アゾトフォルマンス（Ｂ．ａｚｏｔｏｆｏｒｍａｎｓ）、Ｂ．バクテリウム（Ｂ．ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．バディウス（Ｂ．ｂａｄｉｕｓ）、Ｂ．ベキュリュンゲンシス（Ｂ．ｂａｅｋｒｙｕｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．バタビエンシス（Ｂ．ｂａｔａｖｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベンゾエボランス（Ｂ．ｂｅｎｚｏｅｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．ベリンゲンシス（Ｂ．ｂｅｒｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベルケレイ（Ｂ．ｂｅｒｋｅｌｅｙｉ）、Ｂ．ベベリッジイ（Ｂ．ｂｅｖｅｒｉｄｇｅｉ）、Ｂ．ビンマヨンゲンシス（Ｂ．ｂｉｎｇｍａｙｏｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ボゴリエンシス（Ｂ．ｂｏｇｏｒｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ボルボリ（Ｂ．ｂｏｒｂｏｒｉ）、Ｂ．ボロニフィルス（Ｂ．ｂｏｒｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．ブタノリボランス（Ｂ．ｂｕｔａｎｏｌｉｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．カブリアレシイ（Ｂ．ｃａｂｒｉａｌｅｓｉｉ）、Ｂ．カカエ（Ｂ．ｃａｃｃａｅ）、Ｂ．カメリアエ（Ｂ．ｃａｍｅｌｌｉａｅ）、Ｂ．カンピサリス（Ｂ．ｃａｍｐｉｓａｌｉｓ）、Ｂ．カナベラリウス（Ｂ．ｃａｎａｖｅｒａｌｉｕｓ）、Ｂ．カパリディス（Ｂ．ｃａｐｐａｒｉｄｉｓ）、Ｂ．カルボニフィルス（Ｂ．ｃａｒｂｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．カサマンセンシス（Ｂ．ｃａｓａｍａｎｃｅｎｓｉｓ）、Ｂ．カゼイニリティクス（Ｂ．ｃａｓｅｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．カテヌラツス（Ｂ．ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｓ）、Ｂ．カベルナエ（Ｂ．ｃａｖｅｒｎａｅ）、Ｂ．セセムベンシス（Ｂ．ｃｅｃｅｍｂｅｎｓｉｓ）、Ｂ．セルロシリティカス（Ｂ．ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．チャガンノレンシス（Ｂ．ｃｈａｇａｎｎｏｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．チャンディーガルヘンシス（Ｂ．ｃｈａｎｄｉｇａｒｈｅｎｓｉｓ）、Ｂ．チョナネンシス（Ｂ．ｃｈｅｏｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．チュンガゲンシス（Ｂ．ｃｈｕｎｇａｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シセンシス（Ｂ．ｃｉｃｃｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シフエンシス（Ｂ．ｃｉｈｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．サークランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．クラウシイ（Ｂ．ｃｌａｕｓｉｉ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．コアウィレンシス（Ｂ．ｃｏａｈｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．コーニイ（Ｂ．ｃｏｈｎｉｉ）、Ｂ．コンポスティ（Ｂ．ｃｏｍｐｏｓｔｉ）、Ｂ．コニフェルム（Ｂ．ｃｏｎｉｆｅｒｕｍ）、Ｂ．コレアエンシス（Ｂ．ｃｏｒｅａｅｎｓｉｓ）、Ｂ．クラソストレアエ（Ｂ．ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａｅ）、Ｂ．クレッセンス（Ｂ．ｃｒｅｓｃｅｎｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．ダカレンシス（Ｂ．ｄａｋａｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ダリエンシス（Ｂ．ｄａｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ダナンゲンシス（Ｂ．ｄａｎａｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ダキンゲンシス（Ｂ．ｄａｑｉｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．デシシフロンディス（Ｂ．ｄｅｃｉｓｉｆｒｏｎｄｉｓ）、Ｂ．デコロラティオニス（Ｂ．ｄｅｃｏｌｏｒａｔｉｏｎｉｓ）、Ｂ．デプレサス（Ｂ．ｄｅｐｒｅｓｓｕｓ）、Ｂ．デラミフィカンス（Ｂ．ｄｅｒａｍｉｆｉｃａｎｓ）、Ｂ．デザーティ（Ｂ．ｄｅｓｅｒｔｉ）、Ｂ．ディエルモエンシス（Ｂ．ｄｉｅｌｍｏｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ジベロレンシス（Ｂ．ｄｊｉｂｅｌｏｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ドレンテンシス（Ｂ．ｄｒｅｎｔｅｎｓｉｓ）、Ｂ．エクトイニフォルマンス（Ｂ．ｅｃｔｏｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、Ｂ．エイセニアエ（Ｂ．ｅｉｓｅｎｉａｅ）、Ｂ．エンクレンシス（Ｂ．ｅｎｃｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．エンドリチカス（Ｂ．ｅｎｄｏｌｉｔｈｉｃｕｓ）、Ｂ．エンドフィティカス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．エンドラディシス（Ｂ．ｅｎｄｏｒａｄｉｃｉｓ）、Ｂ．エンドザントキシリカス（Ｂ．ｅｎｄｏｚａｎｔｈｏｘｙｌｉｃｕｓ）、Ｂ．ファラギニス（Ｂ．ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ）、Ｂ．ファスティディオサス（Ｂ．ｆａｓｔｉｄｉｏｓｕｓ）、Ｂ．フェンキウエンシス（Ｂ．ｆｅｎｇｑｉｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．フェルメンティ（Ｂ．ｆｅｒｍｅｎｔｉ）、Ｂ．フェラリアラム（Ｂ．ｆｅｒｒａｒｉａｒｕｍ）、Ｂ．フィラメントスス（Ｂ．ｆｉｌａｍｅｎｔｏｓｕｓ）、Ｂ．フィルミス（Ｂ．ｆｉｒｍｉｓ）、Ｂ．ファーマス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．フラボカルダリウス（Ｂ．ｆｌａｖｏｃａｌｄａｒｉｕｓ）、Ｂ．フレクス（Ｂ．ｆｌｅｘｕｓ）、Ｂ．ホラミニス（Ｂ．ｆｏｒａｍｉｎｉｓ）、Ｂ．フォルディ（Ｂ．ｆｏｒｄｉｉ）、Ｂ．フォルモセンシス（Ｂ．ｆｏｒｍｏｓｅｎｓｉｓ）、Ｂ．フォルティス（Ｂ．ｆｏｒｔｉｓ）、Ｂ．フリューデンレイッヒイ（Ｂ．ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、Ｂ．フコシボランス（Ｂ．ｆｕｃｏｓｉｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．フマリオリ（Ｂ．ｆｕｍａｒｉｏｌｉ）、Ｂ．フニクルス（Ｂ．ｆｕｎｉｃｕｌｕｓ）、Ｂ．ガラクトシディリティカス（Ｂ．ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．ガリシエンシス（Ｂ．ｇａｌｌｉｃｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ギブソニイ（Ｂ．ｇｉｂｓｏｎｉｉ）、Ｂ．ジンセンギソリ（Ｂ．ｇｉｎｓｅｎｇｇｉｓｏｌｉ）、Ｂ．ジンセンイフミ（Ｂ．ｇｉｎｓｅｎｇｉｈｕｍｉ）、Ｂ．ジンセンイソリ（Ｂ．ｇｉｎｓｅｎｇｉｓｏｌｉ）、Ｂ．グレンニー（Ｂ．ｇｌｅｎｎｉｉ）、Ｂ．グリシニフェルメンタンス（Ｂ．ｇｌｙｃｉｎｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、Ｂ．ゴビエンシス（Ｂ．ｇｏｂｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ゴシッピー（Ｂ．ｇｏｓｓｙｐｉｉ）、Ｂ．ゴッテイリイ（Ｂ．ｇｏｔｔｈｅｉｌｉｉ）、Ｂ．グラミニス（Ｂ．ｇｒａｍｉｎｉｓ）、Ｂ．グラナデンシス（Ｂ．ｇｒａｎａｄｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ハッケンサッキイ（Ｂ．ｈａｃｋｅｎｓａｃｋｉｉ）、Ｂ．ハイコウエンシス（Ｂ．ｈａｉｋｏｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ハルマパルス（Ｂ．ｈａｌｍａｐａｌｕｓ）、Ｂ．ハロデュランス（Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）、Ｂ．ハロサッカロボランス（Ｂ．ｈａｌｏｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．ハイネシイ（Ｂ．ｈａｙｎｅｓｉｉ）、Ｂ．ヘミセルロシリティカス（Ｂ．ｈｅｍｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．ヘミセントロティ（Ｂ．ｈｅｍｉｃｅｎｔｒｏｔｉ）、Ｂ．ハーバーステイネンシス（Ｂ．ｈｅｒｂｅｒｓｔｅｉｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ヒサシイ（Ｂ．ｈｉｓａｓｈｉｉ）、Ｂ．ホリコシイ（Ｂ．ｈｏｒｉｋｏｓｈｉｉ）、Ｂ．ホルネキアエ（Ｂ．ｈｏｒｎｅｃｋｉａｅ）、Ｂ．ホルティ（Ｂ．ｈｏｒｔｉ）、Ｂ．フイジョウエンシス（Ｂ．ｈｕｉｚｈｏｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ヒュミ（Ｂ．ｈｕｍｉ）、Ｂ．フナンエンシス（Ｂ．ｈｕｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ヒュワジンポエンシス（Ｂ．ｈｗａｊｉｎｐｏｅｎｓｉｓ）、Ｂ．イドリエンシス（Ｂ．ｉｄｒｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．インディカス（Ｂ．ｉｎｄｉｃｕｓ）、Ｂ．インファンティス（Ｂ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）、Ｂ．インフェルナス（Ｂ．ｉｎｆｅｒｎｕｓ）、Ｂ．インターメディウス（Ｂ．ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、Ｂ．インテスティナリス（Ｂ．ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、Ｂ．イオカサエ（Ｂ．ｉｏｃａｓａｅ）、Ｂ．イサベリアエ（Ｂ．ｉｓａｂｅｌｉａｅ）、Ｂ．イスラエリ（Ｂ．ｉｓｒａｅｌｉ）、Ｂ．ジェダヘンシス（Ｂ．ｊｅｄｄａｈｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ジェトガリ（Ｂ．ｊｅｏｔｇａｌｉ）、Ｂ．ケクスエアエ（Ｂ．ｋｅｘｕｅａｅ）、Ｂ．キスクンサゲンシス（Ｂ．ｋｉｓｋｕｎｓａｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．コッチイ（Ｂ．ｋｏｃｈｉｉ）、Ｂ．コケシフォルミス（Ｂ．ｋｏｋｅｓｈｉｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．コーリエンシス（Ｂ．ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、Ｂ．コルレンシス（Ｂ．ｋｏｒｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．クリベンシス（Ｂ．ｋｒｉｂｂｅｎｓｉｓ）、Ｂ．クルウィチアエ（Ｂ．ｋｒｕｌｗｉｃｈｉａｅ）、Ｂ．クワシオルコリ（Ｂ．ｋｗａｓｈｉｏｒｋｏｒｉ）、Ｂ．キョンギエンシス（Ｂ．ｋｙｏｎｇｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ラシサルシー（Ｂ．ｌａｃｉｓａｌｓｉ）、Ｂ．ラクス（Ｂ．ｌａｃｕｓ）、Ｂ．レヘンシス（Ｂ．ｌｅｈｅｎｓｉｓ）、Ｂ．レンタス（Ｂ．ｌｅｎｔｕｓ）、Ｂ．リグニニフィルス（Ｂ．ｌｉｇｎｉｎｉｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．リンディアネンシス（Ｂ．ｌｉｎｄｉａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．リトラリース（Ｂ．ｌｉｔｏｒａｌｉｓ）、Ｂ．ロイセレウリアエ（Ｂ．ｌｏｉｓｅｌｅｕｒｉａｅ）、Ｂ．ロナレンシス（Ｂ．ｌｏｎａｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ロンギクアエシトゥム（Ｂ．ｌｏｎｇｉｑｕａｅｓｉｔｕｍ）、
Ｂ．ロンギスポルス（Ｂ．ｌｏｎｇｉｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．ルシフェレンシス（Ｂ．ｌｕｃｉｆｅｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ルテオルス（Ｂ．ｌｕｔｅｏｌｕｓ）、Ｂ．ルテウス（Ｂ．ｌｕｔｅｕｓ）、Ｂ．リコペルシシ（Ｂ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）、Ｂ．マガテリウム（Ｂ．ｍａｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．マリキイ（Ｂ．ｍａｌｉｋｉｉ）、Ｂ．マングロベンシス（Ｂ．ｍａｎｇｒｏｖｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マングロビ（Ｂ．ｍａｎｇｒｏｖｉ）、Ｂ．マンナニライティカス（Ｂ．ｍａｎｎａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．マヌセンシス（Ｂ．ｍａｎｕｓｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マラスミ（Ｂ．ｍａｒａｓｍｉ）、Ｂ．マルコレスチンクタム（Ｂ．ｍａｒｃｏｒｅｓｔｉｎｃｔｕｍ）、Ｂ．マリニセディメントーラム（Ｂ．ｍａｒｉｎｉｓｅｄｉｍｅｎｔｏｒｕｍ）、Ｂ．マリスフラビ（Ｂ．ｍａｒｉｓｆｌａｖｉ）、Ｂ．マリティムス（Ｂ．ｍａｒｉｔｉｍｕｓ）、Ｂ．マルマレンシス（Ｂ．ｍａｒｍａｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マッシリグラシエイ（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｇｌａｃｉｅｉ）、Ｂ．マッシリオアノレクシウス（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｏａｎｏｒｅｘｉｕｓ）、Ｂ．マッシリオガボネンシス（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｏｇａｂｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マッシリオゴリラエ（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｏｇｏｒｉｌｌａｅ）、Ｂ．マッシリオニゲリエンシス（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｏｎｉｇｅｒｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マッシリオセネガレンシス（Ｂ．ｍａｓｓｉｌｉｏｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メディテラネエンシス（Ｂ．ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．メソナエ（Ｂ．ｍｅｓｏｎａｅ）、Ｂ．メソフィラム（Ｂ．ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｍ）、Ｂ．メソフィルス（Ｂ．ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．メタノリカス（Ｂ．ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃｕｓ）、Ｂ．ミスカンティ（Ｂ．ｍｉｓｃａｎｔｈｉ）、Ｂ．ムラリス（Ｂ．ｍｕｒａｌｉｓ）、Ｂ．ムリマルティニ（Ｂ．ｍｕｒｉｍａｒｔｉｎｉ）、Ｂ．ナカムライ（Ｂ．ｎａｋａｍｕｒａｉ）、Ｂ．ナンハイイセディミニス（Ｂ．ｎａｎｈａｉｉｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｂ．ナトロノフィルス（Ｂ．ｎａｔｒｏｎｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．ンディオピクス（Ｂ．ｎｄｉｏｐｉｃｕｓ）、Ｂ．ネアルソニイ（Ｂ．ｎｅａｌｓｏｎｉｉ）、Ｂ．ネマトシダ（Ｂ．ｎｅｍａｔｏｃｉｄａ）、Ｂ．ナイアベンシス（Ｂ．ｎｉａｂｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ナイアシニ（Ｂ．ｎｉａｃｉｎｉ）、Ｂ．ナイアメイエンシス（Ｂ．ｎｉａｍｅｙｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ニトリトフィルス（Ｂ．ｎｉｔｒｉｔｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．ノトジンセンイソリ（Ｂ．ｎｏｔｏｇｉｎｓｅｎｇｉｓｏｌｉ）、Ｂ．ノバリス（Ｂ．ｎｏｖａｌｉｓ）、Ｂ．オブストラクティブス（Ｂ．ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｕｓ）、Ｂ．オセアニ（Ｂ．ｏｃｅａｎｉ）、Ｂ．オセアニセディミニス（Ｂ．ｏｃｅａｎｉｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｂ．オーベンシス（Ｂ．ｏｈｂｅｎｓｉｓ）、Ｂ．オケンシス（Ｂ．ｏｋｈｅｎｓｉｓ）、Ｂ．オクヒデンシス（Ｂ．ｏｋｕｈｉｄｅｎｓｉｓ）、Ｂ．オレイボランス（Ｂ．ｏｌｅｉｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．オレロニウス（Ｂ．ｏｌｅｒｏｎｉｕｓ）、Ｂ．オリバエ（Ｂ．ｏｌｉｖａｅ）、Ｂ．オヌベンシス（Ｂ．ｏｎｕｂｅｎｓｉｓ）、Ｂ．オリゼー（Ｂ．ｏｒｙｚａｅ）、Ｂ．オリゼーコルチシス（Ｂ．ｏｒｙｚａｅｃｏｒｔｉｃｉｓ）、Ｂ．オリジソリ（Ｂ．ｏｒｙｚｉｓｏｌｉ）、Ｂ．オリジテラエ（Ｂ．ｏｒｙｚｉｔｅｒｒａｅ）、Ｂ．オシメンシス（Ｂ．ｏｓｈｉｍｅｎｓｉｓ）、Ｂ．パキスタネンシス（Ｂ．ｐａｋｉｓｔａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．パナチソリ（Ｂ．ｐａｎａｃｉｓｏｌｉ）、Ｂ．パナチテラエ（Ｂ．ｐａｎａｃｉｔｅｒｒａｅ）、Ｂ．パラフレクサス（Ｂ．ｐａｒａｆｌｅｘｕｓ）、Ｂ．パタゴニエンシス（Ｂ．ｐａｔａｇｏｎｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ペルシクス（Ｂ．ｐｅｒｓｉｃｕｓ）、Ｂ．ペルバガス（Ｂ．ｐｅｒｖａｇｕｓ）、Ｂ．フォカエエンシス（Ｂ．ｐｈｏｃａｅｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ピチノチイ（Ｂ．ｐｉｃｈｉｎｏｔｙｉ）、Ｂ．ピスシコーラ（Ｂ．ｐｉｓｃｉｃｏｌａ）、Ｂ．ピスシス（Ｂ．ｐｉｓｃｉｓ）、Ｂ．プラコルチディス（Ｂ．ｐｌａｋｏｒｔｉｄｉｓ）、Ｂ．ポケオネンシス（Ｂ．ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ポリゴニ（Ｂ．ｐｏｌｙｇｏｎｉ）、Ｂ．ポリマチュス（Ｂ．ｐｏｌｙｍａｃｈｕｓ）、Ｂ．ポプリ（Ｂ．ｐｏｐｕｌｉ）、Ｂ．プラエディー（Ｂ．ｐｒａｅｄｉｉ）、Ｂ．シュードアルカリフィルス（Ｂ．ｐｓｅｕｄａｌｃａｌｉｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．シュードファーマス（Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．シュードフレクス（Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｆｌｅｘｕｓ）、Ｂ．シュードメガテリウム（Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．サイクロサッカロリティカス（Ｂ．ｐｓｙｃｈｒｏｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．プルガチオニレジステンス（Ｂ．ｐｕｒｇａｔｉｏｎｉｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、Ｂ．チンシェンイー（Ｂ．ｑｉｎｇｓｈｅｎｇｉｉ）、Ｂ．ラセミラクティカス（Ｂ．ｒａｃｅｍｉｌａｃｔｉｃｕｓ）、Ｂ．リゾスファエラエ（Ｂ．ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、Ｂ．リジリプロフンディ（Ｂ．ｒｉｇｉｌｉｐｒｏｆｕｎｄｉ）、Ｂ．ルビインファンティス（Ｂ．ｒｕｂｉｉｎｆａｎｔｉｓ）、Ｂ．ルリス（Ｂ．ｒｕｒｉｓ）、Ｂ．サフェンシス（Ｂ．ｓａｆｅｎｓｉｓ）、Ｂ．サガニー（Ｂ．ｓａｇａｎｉｉ）、Ｂ．サラセティス（Ｂ．ｓａｌａｃｅｔｉｓ）、Ｂ．サラリウス（Ｂ．ｓａｌａｒｉｕｓ）、Ｂ．サリデュランス（Ｂ．ｓａｌｉｄｕｒａｎｓ）、Ｂ．サリス（Ｂ．ｓａｌｉｓ）、Ｂ．サリトレランス（Ｂ．ｓａｌｉｔｏｌｅｒａｎｓ）、Ｂ．サルマラヤ（Ｂ．ｓａｌｍａｌａｙａ）、Ｂ．サルサス（Ｂ．ｓａｌｓｕｓ）、Ｂ．セディミニス（Ｂ．ｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）、Ｂ．セレナタルセナティス（Ｂ．ｓｅｌｅｎａｔａｒｓｅｎａｔｉｓ）、Ｂ．セネガレンシス（Ｂ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．セオヘアネンシス（Ｂ．ｓｅｏｈａｅａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シャチェエンシス（Ｂ．ｓｈａｃｈｅｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シャクレトニイ（Ｂ．ｓｈａｃｋｌｅｔｏｎｉｉ）、Ｂ．シャントゥンゲンシス（Ｂ．ｓｈａｎｄｏｎｇｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シバジ（Ｂ．ｓｈｉｖａｊｉｉ）、Ｂ．シミリス（Ｂ．ｓｉｍｉｌｉｓ）、Ｂ．シンプレックス（Ｂ．ｓｉｍｐｌｅｘ）、Ｂ．シネサロウムエンシス（Ｂ．ｓｉｎｅｓａｌｏｕｍｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シラリス（Ｂ．ｓｉｒａｌｉｓ）、Ｂ．スミシイ（Ｂ．ｓｍｉｔｈｉｉ）、Ｂ．ソラニ（Ｂ．ｓｏｌａｎｉ）、Ｂ．ソリ（Ｂ．ｓｏｌｉ）、Ｂ．ソリマングロビ（Ｂ．ｓｏｌｉｍａｎｇｒｏｖｉ）、Ｂ．ソリシルバエ（Ｂ．ｓｏｌｉｓｉｌｖａｅ）、Ｂ．ソングクレンシス（Ｂ．ｓｏｎｇｋｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．スポンギアエ（Ｂ．ｓｐｏｎｇｉａｅ）、Ｂ．スポロサーモデュランス（Ｂ．ｓｐｏｒｏｔｈｅｒｍｏｄｕｒａｎｓ）、Ｂ．スタムシ（Ｂ．ｓｔａｍｓｉｉ）、Ｂ．サブテラネウス（Ｂ．ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅｕｓ）、Ｂ．スウェゼイ（Ｂ．ｓｗｅｚｅｙｉ）、Ｂ．タエアネンシス（Ｂ．ｔａｅａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．タイワンエンシス（Ｂ．ｔａｉｗａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．タマリシス（Ｂ．ｔａｍａｒｉｃｉｓ）、Ｂ．タクシ（Ｂ．ｔａｘｉ）、Ｂ．テラエ（Ｂ．ｔｅｒｒａｅ）、Ｂ．テスティス（Ｂ．ｔｅｓｔｉｓ）、Ｂ．タオンヒエンシス（Ｂ．ｔｈａｏｎｈｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．サーモアルカロフィルス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．サーモアミロリケファシエンス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．サーモアミロボランス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ）、Ｂ．サーモコプリアエ（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｃｏｐｒｉａｅ）、Ｂ．サーモラクティス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｌａｃｔｉｓ）、Ｂ．サーモフィルス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｂ．サーモプロテオリティカス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．サーモテレストリス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）、Ｂ．サーモゼアマイゼ（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｚｅａｍａｉｚｅ）、Ｂ．チオパランス（Ｂ．ｔｈｉｏｐａｒａｎｓ）、Ｂ．チアンムエンシス（Ｂ．ｔｉａｎｍｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ティエンシェンイー（Ｂ．ｔｉａｎｓｈｅｎｉｉ）、Ｂ．チモネンシス（Ｂ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．チプキラリス（Ｂ．ｔｉｐｃｈｉｒａｌｉｓ）、Ｂ．トリポキシリコーラ（Ｂ．ｔｒｙｐｏｘｙｌｉｃｏｌａ）、Ｂ．トゥアレギ（Ｂ．ｔｕａｒｅｇｉ）、Ｂ．ウルムチエンシス（Ｂ．ｕｒｕｍｑｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベトナメンシス（Ｂ．ｖｉｅｔｎａｍｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ヴィニー（Ｂ．ｖｉｎｉ）、Ｂ．ビレティ（Ｂ．ｖｉｒｅｔｉ）、Ｂ．ビスコーサス（Ｂ．ｖｉｓｃｏｓｕｓ）、Ｂ．ビテリヌス（Ｂ．ｖｉｔｅｌｌｉｎｕｓ）、Ｂ．ワコーエンシス（Ｂ．ｗａｋｏｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ウェイハイエンシス（Ｂ．ｗｅｉｈａｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ウーターリエンチーエンシス（Ｂ．ｗｕｄａｌｉａｎｃｈｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ウーイーシャンエンシス（Ｂ．ｗｕｙｉｓｈａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シアメンエンシス（Ｂ．ｘｉａｍｅｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シャオシエンシス（Ｂ．ｘｉａｏｘｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ザントキシリ（Ｂ．ｚａｎｔｈｏｘｙｌｉ）、Ｂ．ジアエ（Ｂ．ｚｅａｅ）、Ｂ．チャンチョウエンシス（Ｂ．ｚｈａｎｇｚｈｏｕｅｎｓｉｓ）、Ｂ．チャンチヤンエンシス（Ｂ．ｚｈａｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ）、
好ましくは、バチルス・リケニホルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．サブティリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ファーマス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．リネンス（Ｂ．ｌｉｎｅｎｓ）、Ｂ．アトロファエウス（Ｂ．ａｔｒｏｐｈａｅｕｓ）、Ｂ．アミロリクエファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．アリアブハッタイ（Ｂ．ａｒｙａｂｈａｔｔａｉ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．アクアティリス（Ｂ．ａｑｕａｔｉｌｉｓ）、Ｂ．サークランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．クラウシイ（Ｂ．ｃｌａｕｓｉｉ）、Ｂ．スファエリカス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チアミノリティカス（Ｂ．ｔｈｉａｍｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．モジャベンシス（Ｂ．ｍｏｊａｖｅｎｓｉｓ）、Ｂ．バリスモルティス（Ｂ．ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ソノレンシス（Ｂ．ｓｏｎｏｒｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ハロデュランス（Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）、Ｂ．ポケオネンシス（Ｂ．ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ギブソニイ（Ｂ．ｇｉｂｓｏｎｉｉ）、Ｂ．アシディセラー（Ｂ．ａｃｉｄｉｃｅｌｅｒ）、Ｂ．フレクス（Ｂ．ｆｌｅｘｕｓ）、Ｂ．フナンエンシス（Ｂ．ｈｕｎａｎｅｎｓｉｓ）、Ｂ．シュードマイコイデス（Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．シンプレックス（Ｂ．ｓｉｍｐｌｅｘ）、Ｂ．サフェンシス（Ｂ．ｓａｆｅｎｓｉｓ）、Ｂ．マイコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、
特に好ましいのは、Ｂ．アミロリクエファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．リケニホルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．サブティリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及びＢ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｈｅｒｉｕｍ）、
更により好ましくは、Ｂ．アミロリクエファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）及びＢ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｈｅｒｉｕｍ）。

【0101】

クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種：Ｃ．オートエタノゲナム（Ｃ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ）、Ｃ．ベイジェリンキ（Ｃ．ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）、Ｃ．ブチリカム（Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、Ｃ．カルボキシディボランス（Ｃ．ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ）、Ｃ．ディスポリカム（Ｃ．ｄｉｓｐｏｒｉｃｕｍ）、Ｃ．ドラケイ（Ｃ．ｄｒａｋｅｉ）、Ｃ．リュングダリイ（Ｃ．ｌｊｕｎｇｄａｈｌｉｉ）、Ｃ．クルイベリ（Ｃ．ｋｌｕｙｖｅｒｉ）、Ｃ．パステリアヌム（Ｃ．ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ）、Ｃ．プロピオニカム（Ｃ．ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、Ｃ．サッカロブチリカム（Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ）、Ｃ．サッカロパーブチルアセトニカム（Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｐｅｒｂｕｔｙｌａｃｅｔｏｎｉｃｕｍ）、Ｃ．スカトロゲネス（Ｃ．ｓｃａｔｏｌｏｇｅｎｅｓ）、Ｃ．チロブチリカム（Ｃ．ｔｙｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、好ましくは、Ｃ．ブチリカム（Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、Ｃ．パステリアヌム（Ｃ．ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ）及び／又はＣ．チロブチリカム（Ｃ．ｔｙｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、Ｃ．アエロトレランス（Ｃ．ａｅｒｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、Ｃ．アミノフィルム（Ｃ．ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ）、Ｃ．アミンバレリカム（Ｃ．ａｍｉｎｖａｌｅｒｉｃｕｍ）、Ｃ．セレレクレッセンス（Ｃ．ｃｅｌｅｒｅｃｒｅｓｃｅｎｓ）、Ｃ．アスパラグフォルメ（Ｃ．ａｓｐａｒａｇｆｏｒｍｅ）、Ｃ．ボルテアエ（Ｃ．ｂｏｌｔｅａｅ）、Ｃ．クロストリディオフォルメ（Ｃ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、Ｃ．グリチリジニリチカム（Ｃ．ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ）、Ｃ．（フンガテラ）ハセワイ（Ｃ．（Ｈｕｎｇａｔｅｌａ）ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、Ｃ．ヒストリティカム（Ｃ．ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ）、Ｃ．インドーリス（Ｃ．ｉｎｄｏｌｉｓ）、Ｃ．レプツム（Ｃ．ｌｅｐｔｕｍ）、Ｃ．（ティゼレラ）ネキシレ（Ｃ．（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ）ｎｅｘｉｌｅ）、Ｃ．パーフリンジェンス（Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、Ｃ．（エリシペラトクロストリジウム）ラモーサム（Ｃ．（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ｒａｍｏｓｕｍ）、Ｃ．シンデンス（Ｃ．ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、Ｃ．シンビオサム（Ｃ．ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、クロストリジウム・サッカログミア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ）、クロストリジウム・ソルデリイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ）、クロストリジウム・クロストリディオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、Ｃ．メチルペントサム（Ｃ．ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、Ｃ．イスランジクム（Ｃ．ｉｓｌａｎｄｉｃｕｍ）並びにクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）クラスターＩＶ、ＸＩＶａ及びＸＶＩＩＩの全てのメンバー、特に好ましいのは、Ｃ．ブチリカム（Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）。

【0102】

いくつかの好適なバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）株及びパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株は、以下の国際特許出願に記載され寄託されている。かかる微生物の胞子又はそれらの任意の殺有害生物活性を有するバリアントは、本発明による組成物の胞子として組み込まれ得る：国際公開第２０２０２００９５９号パンフレット：ＮＲＲＬアクセッション番号Ｂ－２１６６１で寄託されたバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）又はバチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）ＱＳＴ７１３又はその殺真菌性変異体。バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＱＳＴ７１３、その変異体、その上清及びそのリポペプチド代謝産物並びに植物病原体及び昆虫を防除するためのそれらの使用方法は、米国特許第６０６００５１号明細書、同第６１０３２２８号明細書、同第６２９１４２６号明細書、同第６４１７１６３号明細書及び同第６６３８９１０号明細書に十分に記載されている。これらの特許において、株はＱＳＴ７１３と同義のＡＱ７１３と称される；国際公開第２０２０１０２５９２号パンフレット：バチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７６８５、ＮＲＲＬ Ｂ－６７６８７及びＮＲＲＬ Ｂ－６７６８８；国際公開第２０１９１３５９７２号パンフレット：寄託アクセッション番号ＮＲＲＬ Ｂ－６７５３３又はＮＲＲＬ Ｂ－６７５３４を有するバチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｈｅｒｉｕｍ）；国際公開第２０１９０３５８８１号パンフレット：パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－５０９７２、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９、アクセッション番号ＮＲＲＬ Ｂ－５０４２１で寄託されたバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株ＱＳＴ３０００２及びバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－５０４５５；国際公開第２０１８０８１５４３号パンフレット：ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴ Ａ－１２３７２０又はＰＴ Ａ－１２４２４６で寄託されたバチルス・サイクロサッカロリティカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｓｙｃｈｒｏｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）株；国際公開第２０１７１５１７４２号パンフレット：アクセッション番号ＮＲＲＬ Ｂ－２１６６１を割り当てられたバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）；国際公開第２０１６１０６０６３号パンフレット：バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ）ＮＲＬＬ Ｂ－３００８７；国際公開第２０１３１５２３５３号パンフレット：ＣＮＭＣ １－１５８２として寄託されたバチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）；国際公開第２０１３０１６３６１号パンフレット：ＮＲＲＬ Ｂ－５０７６０として寄託されたバチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）株ＳＧＩ－０１５－Ｆ０３、ＮＲＲＬ Ｂ－５０７６１として寄託されたバチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）株ＳＧＩ－０１５－Ｈ０６；国際公開第２０２０１８１０５３号パンフレット：パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－６７７２１、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－６７７２３、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－６７７２４、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－５０３７４。

【0103】

最も好ましくは、微生物は、分類学上のパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属の微生物であり、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）種、パエニバチルス・ポリミクサ・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｏｌｙｍｙｘａ）種、パエニバチルス・ポリミクサ・プランタルム（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）種及びパエニバチルス・テラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒａｅ）種のいずれかから選択される。微生物がパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）微生物である場合、好ましくは微生物は、本発明に従って記載されるＡ２５７Ｖ Ｓｐｏ０Ａ変異と、Ｑ２１８＊ ＤｅｇＵ変異及び／又はＬ９９Ｆ ＤｅｇＳ変異との両方をともに含まない。更により好ましくは、微生物は、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７３０４、パエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７３０６又はパエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）ＮＲＲＬ Ｂ－６７６１５ではない。株ＮＲＲＬ Ｂ－６７３０６及びＮＲＲＬ Ｂ－６７６１５は、国際公開第２０１９２２１９８８号パンフレットに記載されている。しかしながら、上述したように、この公報では、本発明に記載されているような菌体外多糖生成の増加若しくは安定化、及び／又は菌体外多糖分解の低減が認められていない。これら３つの株は全てパエニバチルス属種（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９に由来し、この株は、国際公開第２０１６１５４２９７号パンフレットの実施例２２、２５及び図１６によると、ｓｐｏ０Ａ遺伝子にＡ２５７Ｖ変異及び更なる変異を含む。更に好ましくは、微生物は、２０１５年９月１日にＮＲＲＬに寄託されたパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９に由来しない。したがって、本発明のパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）微生物のゲノム（このためあらゆる染色体外核酸、例えばプラスミドは除外される）を、（ａ）パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９のゲノム及び（ｂ）当該パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）微生物の種の基準株のゲノムに対してアラインメントする場合、当該パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）微生物の配列同一性は、好ましくは、それぞれの種の基準株に対するものの方が、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９に対するものよりも高い。本発明によれば、以下の基準株が好ましい。

【0104】

【表2】

【0105】

【表3】

【0106】

【表4】

【0107】

【表5】

【0108】

【表6】

【0109】

当該微生物について種を確実に決定することができない場合、当該微生物のゲノムが、パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）株ＮＲＲＬ Ｂ－６７１２９のゲノムに対してよりも、前述の好ましい基準株のいずれかのゲノムに対してより大きな配列同一性を有していれば十分である。

【0110】

本発明はまた、微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させる方法、又は微生物の菌体外多糖分解を低減若しくは防止する方法であって、
ａ）本発明による本明細書に記載の変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）本発明による本明細書に記載の変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）本発明による本明細書に記載の変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質のうちの１つ以上を微生物に提供する工程を含む方法を提供する。

【0111】

本明細書に記載されるように、かかる変異型タンパク質を提供することにより、本発明によって付与される利点、特に後期発酵段階における菌体外多糖分解の低減及び／又は最大発酵ブロス粘度の安定化を達成することが可能になる。したがって、微生物が更に目的物質、例えば１種以上のフサリシジンを生成する場合、本発明は、有利なことに、一方の最高粘度／菌体外多糖含有量と目的物質の最高濃度との両方が達成された場合に発酵ブロスを回収することを可能にし、それにより、目的物質の最大濃度又は最大菌体外多糖含有量のいずれかの間で決定する必要をなくす。

【0112】

同様に、本発明はまた、微生物の菌体外多糖を生成するための方法であって、
ｉ）本発明の微生物を発酵させて、１種以上の菌体外多糖、好ましくは１種以上の標的発酵生成物を含有する発酵ブロスを生成する工程、及び
ｉｉ）前記発酵ブロスから、１種以上の菌体外多糖を、また好ましくは１種以上の標的発酵生成物も濃縮する工程、を含む方法を提供する。

【0113】

本明細書に記載されるように、該当する場合、ｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及び／又はｓｐｏ０Ａ遺伝子のアレルを含む本発明の微生物の特定の利点は、これらの微生物が菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させること、並びに／又は菌体外多糖分解を低減させることが可能であることである。したがって、本発明は、有利には、高含有量の菌体外多糖と高含有量の標的発酵生成物の両方が回収可能な時点で発酵を回収することを可能にする。本発明の教示を使用すると、菌体外多糖分解微生物を使用した場合に起こるであろう菌体外多糖収量の損失を被ることなく、十分な標的発酵生成物収量に達するまで回収時間を延長することができる。

【0114】

発酵中の菌体外多糖生成を増加させるための技術及び／又は菌体外多糖を濃縮するための技術は、当業者に公知である。それらは例えば、Ｌｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃｅｎｔ Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ ｆｒｏｍ Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．：Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ，Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ａｎｄ Ｂｉｏａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ， Ｍａｒ．Ｄｒｕｇｓ ２０１５，１３，１８４７－１８６３，ｄｏｉ：１０．３３９０／ｍｄ１３０４１８４７；Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｐｏｌｙｍｅｒｉｃ ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ ｉｎ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｓｌｕｄｇｅ ｕｓｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ，Ｊ Ｃｈｅｍ Ｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２０１５；９０：１４４８－１４５４，ＤＯＩ １０．１００２／ｊｃｔｂ．４４４９；Ｃｈｅｎ Ｘｕ，Ｏｐｔｉｍｉｓｅｄ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ，Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｘｏｐｏｌｙｍｅｒｉｃ Ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ（ＥＰＳ）ｆｒｏｍ Ｔｗｏ Ｂａｃｔｅｒｉａ Ｗｉｔｈ Ｒｅｌｅｖａｎｃｅ ｔｏ ｔｈｅ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ａｃｔｉｎｉｄｅ Ｂｉｎｄｉｎｇ ｉｎ Ａｑｕａｔｉｃ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ；Ｍｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｈｅｓｉｓ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２００７，Ｔｅｘａｓ Ａ＆Ｍ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙのいずれかに記載されている。濃縮には、典型的には、発酵ブロス上清の沈殿又は陽イオン交換樹脂抽出を行って、未精製の菌体外多糖画分を得ることが含まれる。未精製の菌体外多糖画分は、例えばクロマトグラフィーによって、更に精製することができる。

【0115】

本発明はまた、
ａ）本発明による本明細書に記載の変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）本発明による本明細書に記載の変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）本発明による本明細書に記載の変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質のうちの１つ以上を発現させるための発現カセットを含む発現ベクターを提供する。

【0116】

かかる発現ベクターにより、それぞれの野生型遺伝子に加えて、又はそれらの置き換えとしてのいずれかで、それぞれの変異型遺伝子を野生型生物に導入することが可能になる。したがって、本発明の発現ベクターにより、野生型微生物を本発明の微生物へと特に容易に転換することできる。

【0117】

上記のように、本発明による微生物は、好ましくは農学的関連性を有する。同様に、本発明が植物の健康を改善する方法を提供することは特に有利であり、本方法は、本発明の微生物を、
ａ）植物材料及び／又は
ｂ）植物栽培基材に適用することを含む。

【0118】

本発明の微生物の菌体外多糖生成の増加及び／若しくは安定化並びに／又は菌体外多糖分解の低減により、有利には、微生物が当初適用された場所でのその滞留時間を増加させることが可能になる。本発明によるプロバイオティック微生物は、菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させること並びに／又は菌体外多糖分解を低減させることができる。したがって、微生物は、対応する野生型微生物と比較して、より大きな菌体外多糖のコートに埋め込まれる傾向がある。次に、菌体外多糖は、本発明の微生物の移動を防止し、且つ例えば、降雨による洗い流し又は風による吹き飛ばしから微生物を保護する。

【0119】

好ましくは、本発明の微生物は、発酵中又は植物材料若しくは植物栽培物質への適用後に、植物に有益な化合物を生成する。したがって、本発明の微生物は、好ましくは植物プロバイオティック微生物である。

【0120】

本発明の植物健康促進組成物は、好ましくはドレッシング、噴霧、コーティング、フィルムコーティング、ペレット化、散布又は浸漬のいずれかの工程によって植物材料、好ましくは植物繁殖材料に適用される。

【0121】

本発明の植物プロバイオティック微生物は、好ましくは植物の表面、好ましくは植物の葉に適用される。菌体外多糖生成の改善及び／又は菌体外多糖分解の低減によって、本発明のプロバイオティック微生物は適用部位における不動性の増加を示すことになる。これは、植物の表面、最も好ましくは葉の表面に抗病原性コーティングを提供するのに特に有利である。最も好ましくは、本発明のプロバイオティック微生物は、植物の表面に定着し、それにより植物に対するその有益な効果、好ましくは抗病原性効果を更に拡大する。これに関連して、本発明のパエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）属の微生物は、それらが真菌感染に対して植物に与える保護を考慮すると特に好ましい。

【0122】

本発明のプロバイオティック微生物の植物表面への適用に加えて又はその代替として、本発明のプロバイオティック微生物は、好ましくは植物栽培基材、最も好ましくは土壌に適用される。また、本発明の微生物の菌体外多糖生成の改善及び／又は菌体外多糖分解の低減に起因して、前記微生物は、それぞれの野生型微生物と比較して適用部位により長時間保持される。したがって、最も好ましくは、本発明のプロバイオティック微生物は、適用部位で植物栽培基材に定着し、それにより植物生長基材の品質を改善し、且つそれを植物生長の改善により適するようにする。

【0123】

したがって、本発明は、土壌肥沃度の改善及び／又は収量一貫性の改善を可能にし、それにより、それぞれ参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５１１８５１６号パンフレット、国際公開第２０１６０４４７６８号パンフレット及び国際公開第２０２０１６３２５１号パンフレットの各々の教示を更に前進させる。

【0124】

好ましくは、植物に有益な化合物は、本明細書に記載される標的発酵生成物である。かかる化合物及びそれらの混合物は、抗菌特性、好ましくは抗真菌特性を有する。したがって、本発明の微生物は、本明細書に記載される植物栽培基材及び／又は植物材料に適用される場合、植物の健康及び／又は収量及び／又は収量一貫性を有利に改善する。

【0125】

特に、本発明の微生物は、植物病原体微生物、好ましくは真菌による植物材料、好ましくは植物全体の感染を防止し、遅延させ、且つ／又は低減させるために好ましく使用される。好ましくは、本発明の微生物は、以下のいずれかから選択される微生物による植物材料、好ましくは植物全体の感染を防止し、遅延させ、且つ／又は低減させるために使用される：
－ ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱、より好ましくはキサントモナス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）目、より好ましくはキサントモナス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはキサントモナス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ）属のもの；
－ フンタマカビ（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはヒポクレア（Ｈｙｐｏｃｒｅａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはベニアワツブタケ（Ｎｅｃｔｒｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはフサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）属のもの；
－ フンタマカビ（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはグロメレラ（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはグロメレラ（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはコレトトリカム（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ）属のもの；
－ レオチノマイセテス（Ｌｅｏｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはビョウタケ（Ｈｅｌｏｔｉａｌｅｓ）目のもの、より好ましくは菌核病菌（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）属のもの；
－ クロイボタケ（Ｄｏｔｈｉｄｅｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはプレオスポラ（Ｐｌｅｏｓｐｏｒａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはプレオスポラ（Ｐｌｅｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはアルテルナリア（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）属のもの；
－ クロイボタケ（Ｄｏｔｈｉｄｅｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはプレオスポラ（Ｐｌｅｏｓｐｏｒａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはファエオスファエリア（Ｐｈａｅｏｓｐｈａｅｒｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはファエオスファエリア（Ｐｈａｅｏｓｐｈａｅｒｉａ）属のもの；
－ クロイボタケ（Ｄｏｔｈｉｄｅｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはボトリオスファエリア（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈａｅｒｉａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはボトリオスファエリア（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈａｅｒｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはマクロフォミナ（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ）属のもの；
－ クロイボタケ（Ｄｏｔｈｉｄｅｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはカプノディウム（Ｃａｐｎｏｄｉａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはコタマカビ（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはジモセプトリア（Ｚｙｍｏｓｅｐｔｏｒｉａ）属のもの；
－ ハラタケ（Ａｇｒａｒｉｃｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはアンズタケ（Ｃａｎｔｈａｒｅｌｌａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはツノタンシキン（Ｃｅｒａｔｏｂａｓｉｄｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはリゾクトニア（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ）属又はタナテフォルス（Ｔｈａｎａｔｅｐｈｏｒｕｓ）属のもの；
－ サビキン（Ｐｕｃｃｉｎｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはサビキン（Ｐｕｃｃｉｎｉａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはサビキン（Ｐｕｃｃｉｎｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはウロマイセス（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ）属又はサビキン（Ｐｕｃｃｉｎｉａ）属のもの；
－ クロボキン（Ｕｓｔｉｌａｇｉｎｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはクロボキン（Ｕｓｔｉｌａｇｉｎａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはクロボキン（Ｕｓｔｉｌａｇｉｎａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはクロボキン（Ｕｓｔｉｌａｇｏ）属のもの；
－ 卵菌（Ｏｏｍｙｃｏｔａ）綱、より好ましくはフハイカビ（Ｐｙｔｈｉａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはフハイカビ（Ｐｙｔｈｉａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはフハイカビ（Ｐｙｔｈｉｕｍ）属のもの；
－ 卵菌（Ｏｏｍｙｃｏｔａ）綱、より好ましくはツユカビ（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはツユカビ（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくは疫病菌（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ）属、プラスモパラ（Ｐｌａｓｍｏｐａｒａ）属又はシュードペロノスポラ（Ｐｓｅｕｄｏｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ）属のもの；
－ ユーロチウム（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）綱、より好ましくはユーロチウム（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）目又はホネタケ（Ｏｎｙｇｅｎａｌｅｓ）目のもの、より好ましくはアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ）科のもの、より好ましくはアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）属、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）属又はシュードペニシリウム（Ｐｓｅｕｄｏｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）属のもの；
更により好ましくはアルテルナリア（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）属、ボトリチス属（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）属、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）属、菌核病菌（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ）属又はトリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）属。

【0126】

本発明の微生物は、活性細胞（即ち、代謝が活発であり分裂可能である非胞子形成細胞）の形態で植物材料及び／又は植物栽培物質に適用することができる。本明細書に記載されるとおり、微生物は植物材料及び／又は栽培基材に定着して、その有益な特性を発揮することができる。しかしながら、好ましくは微生物は、任意選択的に微生物の活性細胞とともに、前記微生物の胞子の形態で適用される。胞子により、微生物は活性細胞の増殖及び生存に不適な条件に耐えることができる。特に、発酵槽の回収、下流処理、保管及び高圧噴霧は、植物健康製品の製造に一般に使用される工程であるが、これらの各工程は、生存している活性細胞の含有量の顕著な低減を引き起こし得る。一方、胞子はこれらの条件で容易に生き延びることができるため、植物健康製品の製造に特に好適である。

【0127】

これに応じて、本発明は、本発明の１種以上の微生物の微生物培養物（好ましくは胞子及び／又は活性細胞を含む）を含む植物健康製品を提供する。微生物は、異なる種の微生物及び／又はある種の微生物の異なる株からなる混合培養物の形態で植物健康製品に含まれ得る。或いは、微生物培養物は、好ましくは、１つの種の１種の微生物からなる純粋培養物であり、更により好ましくは、１つの種の本発明の微生物の１種の株からなる。

【0128】

微生物培養物の少なくとも１種の微生物が胞子を生成する場合、好ましくはかかる胞子が回収される。遠視分離、濾過及び装置による濾過のような回収技術は、当業者に公知である。高含有量の抗真菌物質、特にフサリシジンを有する高力価の胞子を、都合よく短時間に低労力で生成することができ、それらが高い抗真菌活性を有することは、本発明の発酵方法の特定の利点である。

【0129】

本発明の発酵方法の最後に無細胞懸濁液を回収することも好ましい。また、当業者には未知である無細胞懸濁液を得るための技術は、胞子を回収するための方法と有利に組み合わせることができる。

【0130】

本発明はまた、本発明による方法によって得ることができる又は得られる植物健康促進組成物を提供する。本明細書に記載されるとおり、かかる組成物は驚くほど効果的であり、且つそれらは、生成するのが容易であり、迅速に生成され、対費用効果の高いものである。

【0131】

植物健康組成物は、任意選択的に、安定化剤（好ましくは国際公開第２０１９２２２２５３Ａ号パンフレットに開示されているもの）及び好ましくは上述の１種以上の標的発酵生成物を更に含む。

【0132】

更に、本発明の植物健康組成物は、好ましくは、
ａ）殺真菌活性、殺細菌活性、殺ウイルス活性及び／又は植物防御活性化剤活性を有する１種以上の微生物殺有害生物剤、
ｂ）殺真菌活性、殺細菌活性、殺ウイルス活性及び／又は植物防御活性化剤活性を有する１種以上の生化学的殺有害生物剤、
ｃ）殺虫活性、殺ダニ活性、殺軟体動物活性及び／又は殺線虫活性を有する１種以上の微生物殺有害生物剤、
ｄ）殺虫活性、殺ダニ活性、殺軟体動物活性、フェロモン活性及び／又は殺線虫活性を有する１種以上の生化学的殺有害生物剤、
ｅ）呼吸阻害剤、ステロール生合成阻害剤、核酸合成阻害剤、細胞分裂及び細胞骨格の形成又は機能の阻害剤、アミノ酸及びタンパク質合成の阻害剤、シグナル伝達阻害剤、脂質及び膜合成阻害剤、多部位作用性阻害剤、細胞壁合成阻害剤、植物防御誘導剤並びに作用機序が不明である殺真菌剤から選択される１種以上の殺真菌剤を更に含む。

【0133】

更なる成分ａ）～ｄ）は、それぞれの物質を列挙する目的のために本明細書に組み込まれる国際公開第２０１７１３７３５３号パンフレットに記載されている。更なる成分ｅ）は、それぞれの殺真菌剤を列挙する目的のために同様に本明細書に組み込まれる国際公開第２０１７１３７３５１号パンフレットに記載されている。

【0134】

本発明はまた、本発明による微生物を増殖させ、任意選択的に菌体外多糖から微生物を分離することを含む、菌体外多糖の生成方法も提供する。本発明の微生物を増殖させる好適な方法、即ち発酵方法は、一般に当業者に公知である。本発明によって、対応する発酵プロセスを根本的に変更せずに菌体外多糖の収量の改善を達成することができることは、特に有利である。

【0135】

本発明の利点の拡張として、
－ 菌体外多糖組成物の生成、
－ 植物、植物の葉、植物の根及び／又は植物の種子の処理、
－ 好ましくは土壌肥沃度を高めるための、土壌の接種、
－ 収量一貫性の改善、
－ 地下層の処理、
－ 廃水の処理、
－ 医薬担体又は化粧品担体の調製、
－ 医薬組成物又は化粧用組成物の調製、
－ 皮膚水和組成物の調製、
－ 凝集剤の調製、
－ 食品又は飼料添加物の調製、
－ 抗腫瘍剤の調製、
－ 抗酸化剤の調製
のいずれかのための本発明による微生物又は変異型ＤｅｇＵタンパク質若しくは遺伝子及び／又は変異型ＤｅｇＳタンパク質若しくは遺伝子及び／又は変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質若しくは遺伝子の使用が更に提供される。

【0136】

地下層の処理に菌体外多糖及び／又は微生物を使用する特に好適な方法は、国際公開第２０１４１７６０６１号パンフレットに記載されている。廃水の処理に菌体外多糖及び／又は微生物を使用する特に好適な方法は、国際公開第２０１４１６０３５０号パンフレットに記載されており、いずれも参照により本明細書に組み込まれる。

【0137】

本発明はまた、上で定義された分類階級のいずれかから選択される微生物の菌体外多糖生成を増加若しくは安定化させるか又は菌体外多糖分解を防止するための、
ａ）本発明による変異型ＤｅｇＵタンパク質、
ｂ）本発明による変異型ＤｅｇＳタンパク質、
ｃ）本発明による変異型Ｓｐｏ０Ａタンパク質
のうちの１つ以上の使用を提供する。

【0138】

本発明の選択された態様を、以下の非限定的な実施例によって以下に更に説明する。

【実施例】

【0139】

実施例１：変異型の作製
株及び栽培条件
Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）におけるＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓ９による点変異の標的組み込みに使用した株の一覧を表１に示す。野生型株Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）ＤＳＭ３６５における標的点変異を、Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ ｅｔ．ａｌ（Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｉｌｏｒ－ｍａｄｅ ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ－ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ｅｄｉｔｉｎｇ ｉｎ Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ．Ｓｙｎｔｈ Ｂｉｏｌ（Ｏｘｆ）．２０１７ Ｄｅｃ ２１；２（１）：ｙｓｘ００７．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｓｙｎｂｉｏ／ｙｓｘ００７）に記載されているＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓ９手順に従って組み込んだ。ＤＳＭ ３６５を、Ｇｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（ＤＳＭＺ），Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ，Ｇｅｒｍａｎｙから得た。プラスミドのクローニング及び増殖を、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）ＤＨ５α又はＮＥＢ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，ＵＳＡ）のＴｕｒｂｏのいずれかで実施した。Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）の形質転換を、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１（ＤＳＭＺ）の媒介による接合により実施した。株をＬＢ培地（１０ｇ／Ｌトリプトンペプトン、５ｇ／Ｌ酵母抽出物、５ｇ／Ｌ ＮａＣｌ）中で増殖させた。平板培地には１．５％寒天を使用した。必要に応じて、陽性形質転換体の対抗選択及び接合手順後の大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）の除去のために、培地に５０μｇ／ｍｌネオマイシン及び／又は２０μｇ／ｍＬポリミキシンを補充した。別途記述されない限り、Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）は３０℃、２５０ｒｐｍで増殖させ、一方大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）は３７℃、２５０ｒｐｍで増殖させた。株を２４％グリセロールを含む凍結培養物として保管し、長期保管用に－８０Ｃで保管した。

【0140】

【表7】

【0141】

接合
Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ Ｍ，Ｃｒｅｓｓ ＢＦ，Ｓｃｈｉｌｌｉｎｇ Ｍ，Ｒｕｅｈｍａｎｎ Ｂ，Ｋｏｆｆａｓ ＭＡＧ，Ｓｉｅｂｅｒ Ｖ，Ｓｃｈｍｉｄ Ｊ．Ｔａｉｌｏｒ－ｍａｄｅ ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ－ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ｅｄｉｔｉｎｇ ｉｎ Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ．Ｓｙｎｔｈ Ｂｉｏｌ（Ｏｘｆ）．２０１７ Ｄｅｃ ２１；２（１）：ｙｓｘ００７．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｓｙｎｂｉｏ／ｙｓｘ００７．ＰＭＩＤ：３２９９５５０８；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ７４４５８７４）に記載されているＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓ９手順に従って、Ｐ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）（レシピエント株）と目的のプラスミドを保有する大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１（ドナー株）との間で接合を実施した。誤りのない接合体の確認を、コロニーＰＣＲ及びＤＮＡ断片の配列決定により実施した。プラスミドのキュアリングを、ＬＢ液体培地中にて３７℃で陽性変異型を１：１００で継代培養することにより実施した。

【0142】

プラスミドの構築
ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９媒介系により標的点変異を実現した。選択したｇＲＮＡ配列は、ｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ又はｓｐｏ０Ａ遺伝子内の標的位置に最も近い位置に基づいて選択した。等温ギブソンアセンブリによりプラスミドをアセンブリした。相同隣接部のＰＣＲに使用したプライマーから、所望の点変異を導入した。ｄｅｇＳ及びｓｐｏ０Ａについては、系の効率を改善するためにいくつかのサイレント変異もプライマーに導入した。相同隣接部は、標的ヌクレオチドの約１ｋｂｐ上流及び下流のＰ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）ゲノムＤＮＡのＰＣＲによって得た。大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）ＤＨ５α又はＴｕｒｂｏにギブソンアセンブリ混合物を形質転換し、５０μｇ／ｍｌネオマイシンを含有するＬＢプレート上にプレーティングした。陽性コロニーのスクリーニングをコロニーＰＣＲによって行った。プラスミドをミニプレップにより単離し、更なる確認のために配列決定により検証した。誤りのないプラスミドを使用して、後にＰ．ポリミクサ（Ｐ．ｐｏｌｙｍｙｘａ）への形質転換を媒介することになる大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）Ｓ１７－１を形質転換した。

【0143】

ｐＣａｓＰＰベクター系と、標的点変異領域に隣接するゲノム配列周囲の１０００ｂｐをそれぞれ保有するホモログ隣接部とを使用して、以下の変異を作製した（表２）：

【0144】

【表8】

【0145】

実施例２：発酵条件
Ｒｕｅｔｅｒｉｎｇ ｅｔ．ａｌ ２０１７を適合した１２ｌの菌体外多糖生成培地を充填した２１ｌバイオリアクタ（Ｔｅｃｈｆｏｒｓ，Ｉｎｆｏｒｓ）で、変異型の特性評価を実行した。発酵培地の組成を表３に列挙する。

【0146】

【表9】

【0147】

発酵を３０℃で４０時間行い、ｐＨを６．８に設定し、Ｈ３ＰＯ４（２５％）及びＮａＯＨ（１Ｍ）で調整した。前培養として、全ての変異型を、１００ｍｌの改変ＴＳＢ培地（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｅｎｓｏｎ Ａｒｔ．番号２１１８２５の３０ｇ／Ｌ ＴＳＢ、３ｇ／Ｌ酵母抽出物、２０．９ｇ／Ｌ ＭＯＰＳ緩衝液、１０ｇ／Ｌグルコース）を含有するバッフル付き１Ｌ振盪フラスコ中、３３℃、１５０ｒｐｍ／２．５ｃｍスロー（ｔｈｒｏｗ）で２４時間増殖させた。

【0148】

バイオリアクタでは、撹拌器－ガスフローカスケード中で標的溶存酸素レベルを３０％以上に設定した。生成される菌体外多糖のせん断を防止するために、２つのプロペラと１つのＲｕｓｈｔｏｎからなる撹拌器機構を使用する間、撹拌を３００～６００ｒｐｍに制限し、Ｒｕｓｈｔｏｎは撹拌シャフト付近に配置した。酸素供給を維持するために、エアレーションを０．５ｂａｒの圧力にて５～３０ｌ／分で実施した。Ｓｔｒｕｋｔｏｌ Ｊ６７３（Ｓｃｈｉｌｌ＋Ｓｅｉｌａｃｈｅｒ“Ｓｔｒｕｋｔｏｌ”ＧｍｂＨ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を消泡剤として使用した。培養試料をレオロジー粘度分析及び更なるオフライン分析のために４時間毎に採取した。

【0149】

実施例３：培養ブロス粘度のレオロジー分析
二重スリッド形状（ｄｏｕｂｌｅ ｓｌｉｄ ｇｅｏｍｅｔｒｙ）のＡｎｔｏｎ Ｐａａｒ ＭＣＲ３０２レオメーターを使用して、ブロス粘度のレオロジー分析を発酵中４時間毎に行った（計量カップ：Ｃ－ＤＧ２６．７／ＳＳ／空気、温度：３０℃、試料体積：全培養ブロスのうちの５ｍｌ）。試料を、１０ｓ－１の一定のせん断速度で１００秒間の予備せん断実験で予備調整した。１０秒毎に１０個のデータポイントを記録した。予備調整後、粘度をせん断速度の関数として測定した。したがって、せん断速度を１ｓ－１から１００ｓ－１まで対数的に増加させ、その間、合計２５個のデータポイントを記録した。発酵時間の経過にわたって測定した培養ブロス粘度を図１に示す。

【0150】

実施例４：炭素移動速度の決定
炭素移動速度（ＣＴＲ、ｍｍｏｌ／ｌ＊ｈ－１）を、Ａｎｄｅｒｌｅｉ ｅｔ ａｌ．（Ａｎｄｅｒｌｅｉ，Ｔｉｂｏｒ ＆ Ｚａｎｇ，Ｗｅｒｎｅｒ ＆ Ｐａｐａｓｐｙｒｏｕ，Ｍａｎｆｒｅｄ ＆ Ｂｕｅｃｈｓ，Ｊｏｃｈｅｎ．（２００４）．Ｏｎｌｉｎｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ（ＯＴＲ，ＣＴＲ，ＲＱ）ｉｎ ｓｈａｋｅ ｆｌａｓｋｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｊｏｕｒｎａｌ．１７．１８７－１９４．１０．１０１６／Ｓ１３６９－７０３Ｘ（０３）００１８１－５）のプロトコルに従って、質量分析計を使用して、実施例２の２１Ｌ発酵槽のヘッドスペース内で５分毎に評価した。炭素移動速度を株の代謝活性のオンライン指標として使用した。パエニバチルス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）ＤＳＭ３６５の炭素移動速度及び粘度のプロファイルを図２に例示的に示す。最大ＣＴＲの後に発酵ブロスの最大粘度に達する。この挙動は、図１で考察したｄｅｇＵ、ｄｅｇＳ及びｓｐｏ０Ａ変異株にも見出される（データは示さず）。

【図1】

【図2】

【図3-1】

【図3-2】

【図3-3】

【図3-4】

【図4-1】

【図4-2】

【図4-3】

【図5-1】

【図5-2】

【図5-3】

【配列表】

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【国際調査報告】