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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2023147730
(43)【公開日】2023-10-13
(54)【発明の名称】遺伝子組換え体の検出方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6888 20180101AFI20231005BHJP
C12Q 1/6851 20180101ALI20231005BHJP
C12N 15/11 20060101ALI20231005BHJP
C12N 15/29 20060101ALN20231005BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6888 Z ZNA
C12Q1/6851 Z
C12N15/11 Z
C12N15/29
【審査請求】未請求
【請求項の数】25
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022055412
(22)【出願日】2022-03-30
(71)【出願人】
【識別番号】501203344
【氏名又は名称】国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
(71)【出願人】
【識別番号】000226998
【氏名又は名称】株式会社日清製粉グループ本社
(74)【代理人】
【識別番号】100079108
【弁理士】
【氏名又は名称】稲葉 良幸
(74)【代理人】
【識別番号】100109346
【弁理士】
【氏名又は名称】大貫 敏史
(74)【代理人】
【識別番号】100117189
【弁理士】
【氏名又は名称】江口 昭彦
(74)【代理人】
【識別番号】100134120
【弁理士】
【氏名又は名称】内藤 和彦
(72)【発明者】
【氏名】真野 潤一
(72)【発明者】
【氏名】井川 豪志
(72)【発明者】
【氏名】野間 聡
(72)【発明者】
【氏名】菊池 洋介
【テーマコード（参考）】
4B063
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA18
4B063QQ09
4B063QQ13
4B063QR08
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS34
4B063QX02
(57)【要約】
【課題】遺伝子組換え体の検出方法を提供する。
【解決手段】遺伝子組換え体の検出方法であって、少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ＰＣＲにより増幅することと、ＰＣＲの結果に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することと、を含む、方法。
【選択図】なし
【解決手段】遺伝子組換え体の検出方法であって、少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ＰＣＲにより増幅することと、ＰＣＲの結果に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することと、を含む、方法。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
遺伝子組換え体の検出方法であって、
少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、前記遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、前記遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ＰＣＲにより増幅することと、
前記ＰＣＲの結果に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することと、
を含む、方法。
少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、前記遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、前記遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ＰＣＲにより増幅することと、
前記ＰＣＲの結果に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することと、
を含む、方法。
【請求項2】
前記試料中の前記核酸配列の少なくとも一部が分解されている、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記試料が加工されている、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
前記ＰＣＲの結果に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比を決定することをさらに含む、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項5】
前記試料中の前記核酸配列の少なくとも一部が分解されており、前記核酸配列が分解される前の前記試料における前記遺伝子組換え体の存在比が、前記決定された前記遺伝子組換え体の存在比より低いと判定することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記試料が加工されており、加工される前の前記試料における前記遺伝子組換え体の存在比が、加工された前記試料における前記決定された遺伝子組換え体の存在比より低いと判定することをさらに含む、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項7】
前記ＰＣＲの結果に基づいて決定される前記試料中に存在する前記組換え遺伝子の量と、前記ＰＣＲの結果に基づいて決定される前記試料中に存在する前記内在性遺伝子の量と、に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比を決定する、請求項４から６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
下記（１）式に基づいて、前記遺伝子組換え体の存在比を決定する、請求項４から７のいずれか１項に記載の方法。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１）
（１）式において、Ｃは前記遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは前記試料中の前記組換え遺伝子の量、ＮEは前記試料中の前記内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１）
（１）式において、Ｃは前記遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは前記試料中の前記組換え遺伝子の量、ＮEは前記試料中の前記内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
【請求項9】
前記内標比が、下記（２）式で与えられる、請求項８に記載の方法。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （２）
（２）式において、ＮG100は１００％の前記遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の前記遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （２）
（２）式において、ＮG100は１００％の前記遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の前記遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
【請求項10】
前記内標比が、下記（３）式で与えられる、請求項８に記載の方法。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ （３）
（３）式において、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ （３）
（３）式において、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
【請求項11】
前記組換え遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、前記内在性遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定する、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項12】
前記組換え遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、前記内在性遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、の差に基づいて、前記試料中の前記遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定する、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２５％以上である、請求項１から１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項14】
前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長が４０ｂｐ以上１０００ｂｐ以下である、請求項１から１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項15】
前記ＰＣＲが定量ＰＣＲである、請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項16】
前記ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲである、請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項17】
前記ＰＣＲがマルチプレックスＰＣＲである、請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項18】
前記生物種が植物である、請求項１から１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項19】
遺伝子組換え体の検出キットであって、
遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するＰＣＲプライマーと、
前記遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたＰＣＲプライマーと、
を備える、キット。
遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するＰＣＲプライマーと、
前記遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたＰＣＲプライマーと、
を備える、キット。
【請求項20】
前記内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２５％以上である、請求項１９に記載のキット。
【請求項21】
前記組換え遺伝子の増幅産物の増幅長が４０ｂｐ以上１０００ｂｐ以下である、請求項１９又は２０に記載のキット。
【請求項22】
前記ＰＣＲが定量ＰＣＲである、請求項１９から２１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項23】
前記ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲである、請求項１９から２１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項24】
前記ＰＣＲがマルチプレックスＰＣＲである、請求項１９から２１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項25】
前記生物種が植物である、請求項１９から２４のいずれか１項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は遺伝子技術に関し、遺伝子組換え体の検出方法に関する。
【背景技術】
【0002】
食品等の試料に含まれる遺伝子組換え体の定量には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が広く用いられている（例えば、特許文献１から７及び非特許文献１から４参照。）。一方、試料が加工されるに従って、熱、ｐＨ変化、及び物理的な力等によって、試料に含まれるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）が分解し、断片化することが知られている。また、ＤＮＡが断片化すると、ＰＣＲによる遺伝子組換え体の定量値に誤差が生じることも確認されている。
【0003】
例えば、遺伝子組換え体を５％含むダイズ原料を、豆腐、豆乳、及び煮豆に加工すると、加工方法や加工量に応じて、ＰＣＲで定量された加工品における遺伝子組換え体の存在比が、実際の５％より高くなったり、低くなったりすることが報告されている（例えば、非特許文献５及び特許文献８参照。）。したがって、ＰＣＲで定量された加工品における遺伝子組換え体の存在比が基準値より高くても、加工品の原材料は実際には基準値以上の遺伝子組換え体を含んでいない可能性がある。また、ＰＣＲで定量された加工品における遺伝子組換え体の存在比が基準値より低くても、加工品の原材料は実際には基準値以上の遺伝子組換え体を含んでいる可能性がある。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】特許第４２９１５６８号公報
【特許文献2】特許第４３１７４５０号公報
【特許文献3】特許第４９２５６０７号公報
【特許文献4】特許第５２２９８６４号公報
【特許文献5】特表２００２－５３６０２４号公報
【特許文献6】特開２０１３－０６３０８２号公報
【特許文献7】特開２０１７－１４３８０３号公報
【特許文献8】特開２０２１－４０５９２号公報
【非特許文献】
【0005】
【非特許文献1】Takeshi Ogasawara et al., "Fragmentation of DNAs of Processed Foods Made from Genetically Modified Soybeans," Jpn, J. Food Chem., 2003, 10, 155-160
【非特許文献2】食品表示基準Q&A別添「遺伝子組換え食品に関する事項」、消費者庁、平成27年3月30日改正
【非特許文献3】食品表示基準別添「安全性審査済みの遺伝子組換え食品の検査方法」、消費者庁、2019年3月28日改正
【非特許文献4】第113回日本食品衛生学会学術講演会 講演要旨 ７３頁
【非特許文献5】Tomoaki Yoshimura et al., "Comparative Studies of the Quantification of Genetically Modified Organisms in Foods Processed from Maize and Soy Using Trial Producing," J. Agric. Chem., 2005, 53, 2060-2069
【非特許文献6】知っていますか？ 遺伝子組換え表示制度、消費者庁
【非特許文献7】食品表示基準別添「安全性審査済みの遺伝子組換え食品の検査方法」（消費者庁）２０２１年９月１５日改正
【非特許文献8】遺伝子組換え食品と検査状況、衛研ニュースNo.２００、令和２年９月発行、神奈川県衛生研究所
【非特許文献9】第1回遺伝子組換え表示制度に関する検討会、平成２９年４月２６日、資料４、遺伝子組換え表示制度に係る分別生産流通管理等の実態調査の概要、消費者庁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
日本においては、遺伝子組換え食品に関して遺伝子組換え表示制度がある（例えば、非特許文献６、７参照。）。遺伝子組換え表示制度は、食品表示基準に定められている。食品表示基準は改正され、改正後の食品表示基準は２０２３年４月１日に施行される。改正前の食品表示基準では、分別生産流通管理をして、意図せざる混入を５％以下に抑えている大豆及びとうもろこし並びにそれらを原材料とする加工食品については、「遺伝子組換えでないものを分別」、「遺伝子組換えでない」等の表示が可能である。
【0007】
改正後の食品表示基準では、分別生産流通管理をして、遺伝子組換えの混入がないと認められる大豆及びとうもろこし並びにそれらを原材料とする加工食品に対して、「遺伝子組換えでない」、「非遺伝子組換え」等の表示が可能となる。分別生産流通管理をして、意図せざる混入を５％以下に抑えている大豆及びとうもろこし並びにそれらを原材料とする加工食品については、適切に分別生産流通管理された旨の表示が可能となる。
【0008】
分別生産流通管理の下で生産された穀物に含まれている遺伝子組換え体の混入は基準値を大幅に下回っている場合が大半を占めている（非特許文献８、９）。試料における遺伝子組換え体の存在比を正確に定量できなくとも、試料における遺伝子組換え体が基準値以下であることを証明する方法が望まれている。そこで、本発明は、試料における遺伝子組換え体が基準値以下であることを証明する、遺伝子組換え体の検出方法を提供することを目的の一つとする。
【課題を解決するための手段】
【0009】
本発明の態様によれば、遺伝子組換え体の検出方法であって、少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ＰＣＲにより増幅することと、ＰＣＲの結果に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することと、を含む、方法が提供される。
【0010】
上記の方法において、遺伝子組換え体の存在比が基準値よりも低い場合、試料が遺伝子組換え体を含まないと判定してもよい。
【0011】
上記の方法において、試料中の核酸配列の少なくとも一部が分解されていてもよい。
【0012】
上記の方法において、試料が加工されていてもよい。
【0013】
上記の方法において、ＰＣＲの結果に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比を決定することをさらに含んでいてもよい。
【0014】
上記の方法において、試料中の核酸配列の少なくとも一部が分解されており、上記の方法が、核酸配列が分解される前の試料における遺伝子組換え体の存在比が、決定された遺伝子組換え体の存在比より低いと判定することをさらに含んでいてもよい。
【0015】
上記の方法において、試料が加工されており、上記の方法が、加工される前の試料における遺伝子組換え体の存在比が、加工された試料における決定された遺伝子組換え体の存在比より低いと判定することをさらに含んでいてもよい。
【0016】
上記の方法において、ＰＣＲの結果に基づいて決定される試料中に存在する組換え遺伝子の量と、ＰＣＲの結果に基づいて決定される試料中に存在する内在性遺伝子の量と、に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比を決定してもよい。
【0017】
上記の方法において、下記（１）式に基づいて、遺伝子組換え体の存在比を決定してもよい。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１）
（１）式において、Ｃは遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは試料中の組換え遺伝子の量、ＮEは試料中の内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１）
（１）式において、Ｃは遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは試料中の組換え遺伝子の量、ＮEは試料中の内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
【0018】
上記の方法において、内標比が、下記（２）式で与えられてもよい。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （２）
（２）式において、ＮG100は１００％の遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （２）
（２）式において、ＮG100は１００％の遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
【0019】
上記の方法において、内標比が、下記（３）式で与えられてもよい。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ （３）
（３）式において、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ （３）
（３）式において、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
【0020】
上記の方法において、組換え遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、内在性遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定してもよい。
【0021】
上記の方法において、組換え遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、内在性遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数と、の差に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定してもよい。
【0022】
上記の方法において、内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２５％以上であってもよい。
【0023】
上記の方法において、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長が４０ｂｐ以上１０００ｂｐ以下であってもよい。
【0024】
上記の方法において、ＰＣＲが定量ＰＣＲであってもよい。
【0025】
上記の方法において、ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲであってもよい。
【0026】
上記の方法において、ＰＣＲがマルチプレックスＰＣＲであってもよい。
【0027】
上記の方法において、生物種が植物であってもよい。
【0028】
また、本発明の態様によれば、遺伝子組換え体の検出キットであって、遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するＰＣＲプライマーと、遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたＰＣＲプライマーと、を備える、キットが提供される。
【0029】
上記のキットが、試料中の遺伝子組換え体の検出キットであってもよい。
【0030】
上記のキットにおいて、試料中の核酸配列の少なくとも一部が分解されていてもよい。
【0031】
上記のキットにおいて、試料が加工されていてもよい。
【0032】
上記のキットにおいて、内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２５％以上であってもよい。
【0033】
上記のキットにおいて、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長が４０ｂｐ以上１０００ｂｐ以下であってもよい。
【0034】
上記のキットにおいて、ＰＣＲが定量ＰＣＲであってもよい。
【0035】
上記のキットにおいて、ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲであってもよい。
【0036】
上記のキットにおいて、ＰＣＲがマルチプレックスＰＣＲであってもよい。
【0037】
上記のキットにおいて、生物種が植物であってもよい。
【発明の効果】
【0038】
本発明によれば、試料における遺伝子組換え体が基準値以下であることを証明する、遺伝子組換え体の検出方法を提供可能である。
【図面の簡単な説明】
【0039】
【図1】実施形態に係る試料中の核酸配列の分子数と増幅産物のコピー数との関係を模式的に示す図である。
【図2】実施形態に係るΔＣｑと遺伝子組換え体の存在比の関係を模式的に示す図である。
【図3】実施形態に係るΔＣｑと遺伝子組換え体の存在比の関係を模式的に示す図である。
【図4】実施形態に係る未加工品のΔＣｑと加工品のΔＣｑの関係を模式的に示す図である。
【図5】実施形態に係る未加工品のΔＣｑと加工品のΔＣｑの関係を模式的に示す図である。
【図6】実施形態に係る未加工品のΔＣｑと加工品のΔＣｑの関係を模式的に示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0040】
以下に本発明の実施形態を説明する。ただし、以下の実施形態が本発明を限定するものであると理解するべきではない。本開示から当業者には様々な代替実施形態、実施例及び運用技術が明らかになるはずである。本発明はここでは記載していない様々な実施形態等を包含するということを理解すべきである。
【0041】
実施形態に係る遺伝子組換え体の検出方法は、少なくとも１種の遺伝子組換え体を含む可能性のある試料に含まれる核酸配列の少なくとも一部を、遺伝子組換え体に由来する組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーと、遺伝子組換え体に対応する生物種が共通に有する内在性遺伝子を特異的に増幅し、かつ内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上となるよう構成されたプライマーと、を使用して、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅することと、ＰＣＲの結果に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いことを証明することと、を含む。
【0042】
試料は、例えば植物原料を含む。植物の例としては、ダイズ、コムギ、オオムギ、及びトウモロコシ等が挙げられる。試料は、遺伝子組換え体からなる原料と、当該遺伝子組換え体と同じ種である非遺伝子組換え体からなる原料と、を含み得る。内在性遺伝子（内在性ＤＮＡ配列）とは、種が同じであれば、遺伝子組換え体、非遺伝子組換え体を問わずに普遍的に存在する遺伝子（ＤＮＡ配列）である。遺伝子組換え体と、当該遺伝子組換え体と同じ種である非遺伝子組換え体は、共に同じ内在性遺伝子を有する。例えば、遺伝子組換えダイズと、非遺伝子組換えダイズは、共に同じ内在性遺伝子を有する。遺伝子組換え体が有する組換え遺伝子（組換えＤＮＡ配列）を、非遺伝子組換え体は有しない。
【0043】
試料は加工されていてもよく、試料に含まれるＤＮＡ等の核酸配列の少なくとも一部が分解により断片化されていてもよい。分解とは、加熱による分解、酵素による分解、酸による分解、アルカリによる分解、物理的な力による分解、及び菌等の微生物による発酵等による分解等を含む。試料に含まれる核酸配列は、ＰＣＲを実施する前に、試料から抽出される。
【0044】
プライマーはＰＣＲプライマーである。ＰＣＲは、リアルタイムＰＣＲ等の定量ＰＣＲであってもよいし、マルチプレックスＰＣＲであってもよい。ＰＣＲの結果から試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか否かを判定することが可能であれば、ＰＣＲの種類は限定されない。本開示において、増幅長とは、ＰＣＲによる増幅産物の配列長を指す。組換え遺伝子を特異的に増幅するプライマーの設計部位としては、例えば、非遺伝子組換え体のゲノムが有しない導入遺伝子、導入遺伝子を挟むプロモーター及びターミネーター、これら配列の境界領域、非遺伝子組換え体ゲノムとこれら配列との境界領域が挙げられる。プロモーターは導入遺伝子を発現させるために必要な領域のことであり、ターミネーターは導入遺伝子の発現を終了させるために必要な領域である。
【0045】
内在性遺伝子の増幅産物の増幅長は、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して、１２３％以上、１２５％以上、１２７％以上、１２９％以上、１３１％以上、１３３％以上、あるいは１３４％以上である。また、内在性遺伝子の増幅産物の増幅長は、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して、２５００％以下、１０００％以下、あるいは５００％以下である。
【0046】
組換え遺伝子の増幅産物の増幅長は、例えば、４０ｂｐ以上、５０ｂｐ以上、６０ｂｐ以上、７０ｂｐ以上、８０ｂｐ以上、９０ｂｐ以上、あるいは１００ｂｐ以上である。また、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長は、例えば、１０００ｂｐ以下、４００ｂｐ以下、２００ｂｐ以下、１９０ｂｐ以下、１８０ｂｐ以下、１７０ｂｐ以下、１６０ｂｐ以下、あるいは１５０ｂｐ以下である。
【0047】
ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲ等の定量ＰＣＲである場合、ＰＣＲの結果に基づいて決定される試料中に存在する組換え遺伝子の量と、ＰＣＲの結果に基づいて決定される試料中に存在する内在性遺伝子の量と、に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比を決定する。
【0048】
例えば、試料中の遺伝子組換え体の存在比は、下記（４）式に基づいて算出される。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （４）
（４）式において、Ｃは試料中の遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは定量ＰＣＲで決定される試料中の組換え遺伝子の量、ＮEは定量ＰＣＲで決定される試料中の内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （４）
（４）式において、Ｃは試料中の遺伝子組換え体の存在比（％）、ＮGは定量ＰＣＲで決定される試料中の組換え遺伝子の量、ＮEは定量ＰＣＲで決定される試料中の内在性遺伝子の量、Ｒは内標比を表す。
【0049】
内標比とは、純度１００％の遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量に対する純度１００％の遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量の比であり、下記（５）式で与えられる。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （５）
（５）式において、Ｒは内標比、ＮG100は１００％の遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
また、内標比は、遺伝子組換え体の存在比が明らかな認証標準物質などを用いることでも定めることができる。この場合、内標比Ｒは下記（６）式で与えられる。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ（６）
（６）式において、Ｒは内標比、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
Ｒ＝ＮG100／ＮE100 （５）
（５）式において、Ｒは内標比、ＮG100は１００％の遺伝子組換え体中の組換え遺伝子の量、ＮE100は１００％の遺伝子組換え体中の内在性遺伝子の量を表す。
また、内標比は、遺伝子組換え体の存在比が明らかな認証標準物質などを用いることでも定めることができる。この場合、内標比Ｒは下記（６）式で与えられる。
Ｒ＝ＮGx／ＮEx×１００／ｘ（６）
（６）式において、Ｒは内標比、ＮGxは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の組換え遺伝子の量、ＮExは遺伝子組換え体ｘ％の認証標準物質中の内在性遺伝子の量を表す。
【0050】
内標比は、組換え体系統のそれぞれにおいて固有であり、一定の値を示すと考えられている。したがって、内標比としては、予め取得された値や、公開されている値を用いてもよい。ただし、内標比は、定量ＰＣＲを実施する機種の違いによって変化する場合があるので、試料を分析する定量ＰＣＲ装置と同じ定量ＰＣＲ装置で決定された内標比の値を用いることが好ましい。
【0051】
ここで、図１（ａ）に示すように、試料が未加工であり、試料中の核酸配列が分解されていない場合は、鋳型核酸配列のコピー数は、増幅産物の増幅長にかかわらず、試料中の鋳型核酸配列の分子数に理論的には対応する。これに対し、図１（ｂ）に示すように、試料が加工されており、試料中の核酸配列が分解されている場合は、鋳型核酸配列のコピー数は少なくなる傾向にある。さらに、増幅産物の増幅長が長いほど、鋳型核酸配列のコピー数はより減少する傾向にある。
【0052】
本実施形態においては、内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上と長くなるよう設定される。そのため、試料を加工し試料中の核酸配列が分解したことによる内在性遺伝子の鋳型核酸配列のコピー数の減少の程度は、試料を加工し試料中の核酸配列が分解したことによる組換え遺伝子の鋳型核酸配列のコピー数の減少の程度よりも大きくなる。
【0053】
試料中の遺伝子の量は、ＰＣＲによる鋳型核酸配列のコピー数に基づいて決定される。したがって、加工される前の試料中の内在性遺伝子の実際の量に対する、定量ＰＣＲにより決定される加工され分解した試料中の内在性遺伝子の量の減少度は、加工される前の試料中の組換え遺伝子の実際の量に対する、定量ＰＣＲにより決定される加工され分解した試料中の組換え遺伝子の量の減少度よりも大きくなる。
【0054】
そのため、上記（４）式におけるＮGの減少度より、ＮEの減少度の方が大きいことから、本実施形態に係る方法によって決定される試料中の遺伝子組換え体の存在比は、加工される前の試料中の遺伝子組換え体の実際の存在比よりも高くなる。したがって、本実施形態に係る方法によって決定される試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値よりも低い場合は、試料に含まれる核酸配列の分解の程度にかかわらず、加工される前の試料中の遺伝子組換え体の存在比も基準値より必ず低いと判断することが可能である。よって、本実施形態に係る方法によって決定される試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値よりも低い場合は、加工される前の試料中に基準値よりも必ず低い存在比で遺伝子組換え体が存在していたと判断することが可能である。
【0055】
なお、基準値は、政府機関、自治体機関、食品メーカー、流通業者、及び消費者団体等が任意に設定した値であってもよい。日本においては、分別生産流通管理を実施しても意図せずに混入してくる遺伝子組換え食品の混入許容値は、ダイズ及びトウモロコシについては５％となっているが、基準値はこれに限定されない。
【0056】
上述したように、ＰＣＲはマルチプレックスＰＣＲであってもよい。マルチプレックスＰＣＲにおいては、複数セットのプライマー対とプローブをＰＣＲ液に添加することにより、内在性遺伝子と組換え遺伝子を同時に検出することが可能である。つまり、マルチプレックスＰＣＲを用いて、試料中の組換え遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数（ＣｑGA）と、試料中の内在性遺伝子の増幅産物が閾値に達した時のサイクル数（ＣｑEA）と、に基づいて、試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値より低いか判定することができる。ＣｑGA及びＣｑEAは、例えば、増幅産物の量を反映するプローブの蛍光強度が閾値に達した時のサイクル数として検出される。
【0057】
下記（７）式で与えられるＣｑGAとＣｑEAの差ΔＣｑAは、試料中の遺伝子組換え体の存在比の対数値と負の相関があることが知られている。
ΔＣｑA＝ＣｑGA－ＣｑEA （７）
したがって、図２に例示するように、試料中の遺伝子組換え体の存在比が高いほどΔＣｑAは小さくなり、試料中の遺伝子組換え体の存在比が低いほどΔＣｑAは大きくなる。
ΔＣｑA＝ＣｑGA－ＣｑEA （７）
したがって、図２に例示するように、試料中の遺伝子組換え体の存在比が高いほどΔＣｑAは小さくなり、試料中の遺伝子組換え体の存在比が低いほどΔＣｑAは大きくなる。
【0058】
ここで、図３及び下記（８）式に示すように、検査対象の試料のΔＣｑAが、基準値と同じ存在比で遺伝子組換え体を含む標準試料のΔＣｑSよりも大きい場合、検査対象の試料中の遺伝子組換え体の存在比は、基準値以下と判定することが可能である。
ΔΔＣｑ＝ΔＣｑA－ΔＣｑS≧０ （８）
また、下記（９）式に示すように、検査対象の試料のΔＣｑAが、基準値と同じ存在比で遺伝子組換え体を含む標準試料のΔＣｑSよりも小さい場合、検査対象の試料中の遺伝子組換え体の存在比は、基準値より高いと判定することが可能である。
ΔΔＣｑ＝ΔＣｑA－ΔＣｑS＜０ （９）
ΔΔＣｑ＝ΔＣｑA－ΔＣｑS≧０ （８）
また、下記（９）式に示すように、検査対象の試料のΔＣｑAが、基準値と同じ存在比で遺伝子組換え体を含む標準試料のΔＣｑSよりも小さい場合、検査対象の試料中の遺伝子組換え体の存在比は、基準値より高いと判定することが可能である。
ΔΔＣｑ＝ΔＣｑA－ΔＣｑS＜０ （９）
【0059】
本発明者らの知見によれば、試料を加工することにより試料に含まれる核酸配列が分解されると、図４に例示するように、ＣｑGAとＣｑEAは大きくなる傾向にある。また、増幅長が長いほうがＣｑGAとＣｑEAが大きくなる程度が大きく、増幅長が短いほうがＣｑGAとＣｑEAが大きくなる程度が小さくなる。本実施形態では、内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して１２３％以上と長くなるよう設定する。図５に例示するように内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して短い場合と比較して、図６に例示するように内在性遺伝子の増幅産物の増幅長が、組換え遺伝子の増幅産物の増幅長に対して長いと、増幅長が短い組換え遺伝子のＣｑGAの方が大きくなる程度が小さく、増幅長が長い内在性遺伝子のＣｑEAの方が大きくなる程度が大きくなる。そのため、加工品のΔＣｑAは、未加工品のΔＣｑAより小さくなる。
【0060】
未加工品に対し、分解された試料のＣｑGAが大きくなる程度と、分解された試料のＣｑEAが大きくなる程度と、が等しければ、ΔＣｑAは変化しない。これに対し、本実施形態に係る方法では、分解された試料のＣｑGAが大きくなる程度より、分解された試料のＣｑEAが大きくなる程度が大きいため、未加工品に対し、加工され核酸配列が分解された試料のΔＣｑAは小さくなる。そのため、未加工品のΔＣｑAよりも小さいにもかかわらず、加工され核酸配列が分解された試料のΔＣｑAが標準試料のΔＣｑSより大きく、（８）式に示すように、検査対象の試料中の遺伝子組換え体の存在比が基準値以下と判定した場合、試料に含まれる核酸配列の分解の程度にかかわらず、加工される前の試料中の遺伝子組換え体の存在比も基準値より必ず低いと判断することが可能である。
【0061】
（実施例）
以下に本発明の実施例を説明する。ただし、本発明は以下の実施例に限定されないことはもちろんである。
以下に本発明の実施例を説明する。ただし、本発明は以下の実施例に限定されないことはもちろんである。
【0062】
（実施例１）
定量ＰＣＲの一つであるリアルタイムＰＣＲを用いて、モデル加工品の遺伝子組換え体の存在比（ＧＭ含量）を測定した。
定量ＰＣＲの一つであるリアルタイムＰＣＲを用いて、モデル加工品の遺伝子組換え体の存在比（ＧＭ含量）を測定した。
【0063】
（試料）
遺伝子組換えトウモロコシ系統標準物質（１０％ＭＯＮ８１０認証標準物質、カタログナンバー：ＥＲＭＢＦ４１３ＧＫ－１Ｇ、シグマアルドリッチ）を用意した。この遺伝子組換えトウモロコシ系統標準物質を１３０℃にて０分間、３０分間、６０分間、及び１２０分間のそれぞれで乾熱滅菌処理を行い、モデル加工品を作製した。ＤＮｅａｓｙ Ｐｌａｎｔ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（キアゲン）を用いて、作製したモデル加工品から、ＰＣＲの鋳型となるＤＮＡを抽出した。
遺伝子組換えトウモロコシ系統標準物質（１０％ＭＯＮ８１０認証標準物質、カタログナンバー：ＥＲＭＢＦ４１３ＧＫ－１Ｇ、シグマアルドリッチ）を用意した。この遺伝子組換えトウモロコシ系統標準物質を１３０℃にて０分間、３０分間、６０分間、及び１２０分間のそれぞれで乾熱滅菌処理を行い、モデル加工品を作製した。ＤＮｅａｓｙ Ｐｌａｎｔ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（キアゲン）を用いて、作製したモデル加工品から、ＰＣＲの鋳型となるＤＮＡを抽出した。
【0064】
（リアルタイムＰＣＲ）
リアルタイムＰＣＲ反応液は、プライマー終濃度０．５μｍｏｌ／Ｌ、プローブ終濃度０．２μｍｏｌ／Ｌとなるように調製した。鋳型ＤＮＡは反応液あたり２５ｎｇとなるように調製した。ＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を１２．５μＬ用い、反応系の液量が２５μＬとなるよう蒸留水で液量を調製した。
リアルタイムＰＣＲ反応液は、プライマー終濃度０．５μｍｏｌ／Ｌ、プローブ終濃度０．２μｍｏｌ／Ｌとなるように調製した。鋳型ＤＮＡは反応液あたり２５ｎｇとなるように調製した。ＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を１２．５μＬ用い、反応系の液量が２５μＬとなるよう蒸留水で液量を調製した。
【0065】
トウモロコシ内在性遺伝子として、ＳＳIIｂ遺伝子配列を増幅対象とした。ＳＳIIｂ遺伝子配列を増幅するプライマー対として、表１に示すように、配列番号１、２に記載のプライマー対「ＳＳIIｂ－３」（１１４ｂｐ）、配列番号３、４に記載のプライマー対「ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ１」（１２０ｂｐ）、配列番号５、６に記載のプライマー対「ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ２」（１３０ｂｐ）、配列番号７、８に記載のプライマー対「ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ３」（１３９ｂｐ）、及び配列番号９、１０に記載のプライマー対「ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ４」（１５１ｂｐ）を用意した。また、ＳＳIIｂ遺伝子配列を増幅するプライマー対の間を認識する、下記の配列を有するプローブを用意した。下記の配列は配列番号１１に対応する。
5'-FAM-AGCAAAGTCAGAGCGCTGCAATGCA-TAMRA-3'
5'-FAM-AGCAAAGTCAGAGCGCTGCAATGCA-TAMRA-3'
【0066】
組換え遺伝子として、Ｐ３５Ｓ遺伝子配列及びＭＯＮ８１０遺伝子配列を増幅対象とした。Ｐ３５Ｓ遺伝子配列を増幅するプライマー対として、表２に示すように、配列番号１２、１３に記載のプライマー対「Ｐ３５Ｓ－１」（１０１ｂｐ）を用意し、ＭＯＮ８１０遺伝子配列を増幅するプライマー対として配列番号１４、１５に記載のプライマー対「ＭＯＮ８１０－２」（１１３ｐ）を用意した。
【0067】
また、Ｐ３５Ｓ遺伝子配列を増幅するプライマー対の間を認識する、下記の配列を有するプローブを用意した。下記の配列は配列番号１６に対応する。
5'-FAM-CCCACTATCCTTCGCAAGACCCTTCCT-TAMRA-3’
5'-FAM-CCCACTATCCTTCGCAAGACCCTTCCT-TAMRA-3’
【0068】
また、ＭＯＮ８１０遺伝子配列を増幅するプライマー対の間を認識する、下記の配列を有するプローブを用意した。下記の配列は配列番号１７に対応する。
5'-FAM-AGATACCAAGCGGCCATGGACAACAA-TAMRA-3’
5'-FAM-AGATACCAAGCGGCCATGGACAACAA-TAMRA-3’
【0069】
【表1】
【表2】
【0070】
モデル加工品のＧＭ含量を測定するためにプライマー対セットを用意した。具体的には、表３に示すように、「Ｐ３５Ｓ－１／ＳＳIIｂ－３」セット、「Ｐ３５Ｓ－１／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ１」セット、「Ｐ３５Ｓ－１／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ２」セット、「Ｐ３５Ｓ－１／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ３」セット、及び「Ｐ３５Ｓ－１／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ４」セットを用意した。また、表４に示すように、「ＭＯＮ８１０－２／ＳＳIIｂ－３」セット、「ＭＯＮ８１０－２／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ１」セット、「ＭＯＮ８１０－２／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ２」セット、「ＭＯＮ８１０－２／ＳＳIIｂ－３ｌｏｎｇ３」セット、及び「ＭＯＮ８１０－２／ＳＳIIｂｌｏｎｇ４」セットを用意した。
【0071】
【表3】
【0072】
【表4】
【0073】
以降の分析は、食品表示基準別添「安全性審査済みの遺伝子組換え食品の検査方法」（消費者庁２０２１年９月１５日改正）に従って行い、各モデル加工品における内在性遺伝子ＳＳIIｂのコピー数、組換え遺伝子Ｐ３５Ｓのコピー数、及び組換え遺伝子ＭＯＮ８１０のコピー数を算出した。
【0074】
（結果）
モデル加工品のコピー数は、表５及び表６に示すとおりであった。
モデル加工品のコピー数は、表５及び表６に示すとおりであった。
【0075】
【表5】
【0076】
【表6】
【0077】
サンプルのＧＭ含量（％）は、下記（１０）式を用いて算出した。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１０）
（１０）式において、ＣはＧＭ含量（％）、ＮGはモデル加工品から抽出したＤＮＡ中の組換え遺伝子のコピー数、ＮEはモデル加工品から抽出したＤＮＡ中の内在性遺伝子のコピー数、Ｒは内標比を表す。
Ｃ＝（ＮG／ＮE）×（１／Ｒ）×１００ （１０）
（１０）式において、ＣはＧＭ含量（％）、ＮGはモデル加工品から抽出したＤＮＡ中の組換え遺伝子のコピー数、ＮEはモデル加工品から抽出したＤＮＡ中の内在性遺伝子のコピー数、Ｒは内標比を表す。
【0078】
Ｐ３５Ｓの内標比としては、１０％ＭＯＮ８１０認証標準物質において「Ｐ３５Ｓ－１」で増幅されたコピー数を「ＳＳIIｂ－３」で増幅されたコピー数で除した値に１０を乗じた０．４１を使用した。ＭＯＮ８１０の内標比としては、「ＭＯＮ８１０－２」で増幅されたコピー数を「ＳＳIIｂ－３」で増幅されたコピー数で除した値に１０を乗じた０．４５を使用した。
【0079】
上記（１０）式を用いて算出された、各モデル加工品のＧＭ含量（％）を表７及び表８に示す。
【0080】
【表7】
【0081】
【表8】
【0082】
ＭＯＮ８１０／ＳＳIIｂプライマーセットを用いた場合、比較例３（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．０１）、比較例４（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．０６）、及び比較例５（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．１５）のモデル加工品のＧＭ含量は、未処理（０分）の場合より、乾熱処理をした場合に低くなることがあった。一方、検証例４（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．２３）及び検証例５（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．３４）のモデル加工品のＧＭ含量は、未処理（０分）の場合と比較して、乾熱処理をした場合は常に高くなり、かつ乾熱処理時間に応じて段階的に高くなった。
【0083】
これらの結果から、遺伝子組換え体ＤＮＡ配列（本実施例ではＰ３５Ｓ又はＭＯＮ８１０）の増幅産物の増幅長に対し、内在性遺伝子配列（本実施例ではＳＳIIｂ）の増幅産物の増幅長が所定の割合より長くなるように設定されたプライマー対セットを用いてＧＭ含量を測定すると、加工された試料のＧＭ含量は加工される前の試料のＧＭ含量と比較して常に高く、かつ加工度合いが高くなるにつれて段階的に高くなることが示された。
【0084】
したがって、加工により必ずＧＭ含量が過大評価される方法を用いて測定された加工された試料のＧＭ含量が基準値（例えば５％）より低ければ、加工前の試料ないしは加工された試料の原材料のＧＭ含量は、必ず基準値（例えば５％）より低いと判定できることが示された。
【0085】
（実施例２）
マルチプレックスＰＣＲを用いて、モデル加工品のＧＭ含量を測定した。
マルチプレックスＰＣＲを用いて、モデル加工品のＧＭ含量を測定した。
【0086】
（試料）
実施例１と同じモデル加工品を作製し、ＰＣＲの鋳型となるＤＮＡを抽出した。
実施例１と同じモデル加工品を作製し、ＰＣＲの鋳型となるＤＮＡを抽出した。
【0087】
（マルチプレックスＰＣＲ）
モデル加工品のＧＭ含量を測定するために実施例１と同じプライマー対セットを用意した。分析は、食品表示基準別添「安全性審査済みの遺伝子組換え食品の検査方法」（消費者庁２０２１年９月１５日改正）に従って行った。蛍光強度の閾値を０．２、Ｂａｓｅ ＬｉｎｅをＳｔａｒｔでは３にＥｎｄでは１５に設定し、各モデル加工品における内在性遺伝子ＳＳIIｂのＣｑ値、及び組換え遺伝子Ｐ３５Ｓ及び組換え遺伝子ＭＯＮ８１０のＣｑ値を算出した。
モデル加工品のＧＭ含量を測定するために実施例１と同じプライマー対セットを用意した。分析は、食品表示基準別添「安全性審査済みの遺伝子組換え食品の検査方法」（消費者庁２０２１年９月１５日改正）に従って行った。蛍光強度の閾値を０．２、Ｂａｓｅ ＬｉｎｅをＳｔａｒｔでは３にＥｎｄでは１５に設定し、各モデル加工品における内在性遺伝子ＳＳIIｂのＣｑ値、及び組換え遺伝子Ｐ３５Ｓ及び組換え遺伝子ＭＯＮ８１０のＣｑ値を算出した。
【0088】
（結果）
モデル加工品の各Ｃｑ値は、表９に示すとおりであった。
モデル加工品の各Ｃｑ値は、表９に示すとおりであった。
【0089】
【表9】
【0090】
モデル加工品のΔＣｑ値（＝Ｃｑ（Ｐ３５Ｓ）－Ｃｑ（ＳＳIIｂ）又はＣｑ（ＭＯＮ８１０）－Ｃｑ（ＳＳIIｂ））は、表１０及び表１１に示すとおりであった。
【0091】
【表10】
【0092】
【表11】
【0093】
Ｐ３５Ｓ／ＳＳIIｂプライマーセットを用いた場合、比較例６（ＳＳIIｂ／Ｐ３５Ｓ増幅長比１．１３）及び比較例７（ＳＳIIｂ／Ｐ３５Ｓ増幅長比１．１９）のモデル加工品のΔＣｑ値は、未処理（０分）のΔＣｑ値と比較して常に小さくならず、かつ乾熱処理時間に応じた減少も見られなかった。一方、検証例６（ＳＳIIｂ／Ｐ３５Ｓ増幅長比１．２９）、検証例７（ＳＳIIｂ／Ｐ３５Ｓ増幅長比１．３８）、及び検証例８（ＳＳIIｂ／Ｐ３５Ｓ増幅長比１．５０）のモデル加工品のΔＣｑ値は、未処理（０分）のΔＣｑ値と比較して乾熱処理により常に小さくなり、かつ乾熱処理時間に応じて段階的に減少した。
【0094】
ＭＯＮ８１０／ＳＳIIｂプライマーセットを用いた場合、比較例８（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．０１）、比較例９（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．０６）、及び比較例１０（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．１５）のモデル加工品のΔＣｑ値は、未処理（０分）のΔＣｑ値と比較して常に小さくならず、かつ乾熱処理時間に応じた減少も見られなかった。一方、検証例９（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．２３）、及び検証例１０（ＳＳIIｂ／ＭＯＮ８１０増幅長比１．３４）のモデル加工品のΔＣｑ値は、未処理（０分）のΔＣｑ値と比較して乾熱処理により常に小さくなり、かつ乾熱処理に応じて段階的に減少した。
【0095】
これらの結果から、遺伝子組換え体ＤＮＡ配列（本実施例ではＰ３５Ｓ又はＭＯＮ８１０）の増幅産物の増幅長に対し、内在性遺伝子配列（本実施例ではＳＳIIｂ）の増幅産物の増幅長が所定の割合より長くなるよう設定したプライマー対セットを用いると、加工された試料のΔＣｑ値は、加工される前の試料のΔＣｑ値と比較して常に小さくなり、かつ加工度合いが高くなるにつれて段階的に減少することが示された。
【0096】
したがって、加工によりΔＣｑ値が必ず小さくなる方法を用いて測定された加工された試料のΔＣｑA値が標準試料（例えばＧＭ含量５％）のΔＣｑS値より大きければ、加工前の試料ないしは加工された試料の原材料のＧＭ含量は、必ず基準値（例えば５％）より低いと判定できることが示された。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【配列表】