平成31(行ケ)10010審決取消請求事件

令和２年２月２５日判決言渡
平成３１年（行ケ）第１００１０号 審決取消請求事件
口頭弁論終結日 令和元年１２月１８日
判 決
原 告 ザ・ブロード・インスティテュート
・インコーポレ イテッド
原 告 マサチューセッツ・インスティテュート
・オブ・テクノロジー
原 告 プレジデント アンド フェローズ
オブ ハーバード カレッジ
原告ら訴訟代理人弁護士 大 野 聖 二
多 田 宏 文
原告ら訴訟代理人弁理士 森 田 裕
今 野 智 介
大 木 信 人
実 広 信 哉
堀 江 健 太 郎
楠 田 大 輔
佐 伯 圭
被 告 特許庁長官
同 指 定 代 理 人 小 暮 道 明
長 井 啓 子
田 村 聖 子
原 賢 一
主 文
１ 原告らの請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
３ 原告らに対し，この判決に対する上告及び上告受理
申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１ 請求
特許庁が不服２０１７－１３７９５号事件について平成３０年９月１４日にした
審決を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 特許庁における手続の経緯等
⑴ 原告らは，平成２８年６月１４日，発明の名称を「配列操作のための系，方法
および最適化ガイド組成物のエンジニアリング」とする特許出願をした（特願２０
１６－１１７７４０。特願２０１５－５４７５７３（優先権主張：平成２４年１２
月１２日，米国）の分割。公開日：平成２８年９月１５日。甲９）。
⑵ 原告らは，平成２９年４月２８日付けで拒絶査定を受けたことから（甲１４），
同年９月１５日，これに対する不服審判の請求をし（甲１５），特許庁は，上記請求
を不服２０１７－１３７９５号事件として審理した。
⑶ 特許庁は，平成３０年９月１４日，本件審判請求は成り立たないとする別紙
審決書（写し）記載の審決（以下「本件審決」という。）をし，その謄本は，同年１
０月１日に原告らに送達された。
⑷ 原告らは，平成３１年１月２９日，本件審決の取消しを求める本件訴えを提
起した。
２ 特許請求の範囲の記載
本件審決が対象とした特許請求の範囲請求項１の記載は，以下のとおりである（甲
１２。以下，上記請求項１に記載された発明を「本願発明」といい，この出願に係る
明細書（甲９）を，図面を含めて「本願明細書」という。。なお，文中の「／」は，
）
原文の改行箇所を示す（以下同じ）。
【請求項１】
エンジニアリングされた，天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピー
ト（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）
（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）ベクタ
ー系であって，／ａ）ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を
含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列をコードするヌクレオチド配
列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって，前記ガイド配列が，
真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブリダイズ
する，第１の調節エレメント，／ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌク
レオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント，／ｃ）組換えテン
プレート／を含む１つ以上のベクターを含み，／成分（ａ）（ｂ）及び（ｃ）が，前
，
記系の同じ又は異なるベクター上に位置し，前記系が，前記Ｃａｓ９タンパク質を
コードする前記ヌクレオチド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル
（複数の場合も有り）（ＮＬＳ（複数の場合も有り））をさらに含み，／それによっ
て，前記ガイド配列が，真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を
標的とし，前記Ｃａｓ９タンパク質が，前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座
を開裂し，それによって，前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が，改
変される，／ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系。
３ 本件審決の理由の要旨
⑴ 本件審決の理由は，別紙審決書（写し）記載のとおりである。要するに，本願
発明は，①先願の下記引用例１に記載された発明（以下「引用発明１」という。）と
同一であるから，特許法２９条の２に該当し，②下記引用例２に記載された発明（以
下「引用発明２」という。）及び本願優先日（２０１２年１２月１２日）前の周知技
術に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，同法２９
条２項に該当するので，特許を受けることができない，というものである。
ア 引用例１：ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７３３０７号（国際公開第２０１４／
０８９２９０号。出願日：２０１３年１２月５日（優先権主張:２０１２年１２月６
日），公開日：２０１４年６月１２日。甲１の１）
イ 引用例２“A Programmable Dual-RNA‐Guided DNA Endonuclease in Adaptive
：
Bacterial Immunity”（Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821。甲２の１）及び
“Supplementary Materials”（甲２の２）（オンラインによる公開:２０１２年６月
２８日）
⑵ 本件審決は，引用発明１について，以下のとおり認定した。
（ｉ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＩＩ型Ｃａｓ
９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含
むベクター，／（ⅱ）真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端
における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域，及び本質的に
一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡをコード
するＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター，及び，
／（ⅲ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクター，／を含むベク
ター系であって，前記ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核細胞中の
染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が，該標的
部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色体配列が修
飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される，ベクター系。
⑶ 本件審決は，引用発明２，本願発明と引用発明２との対比について，以下の
とおり認定した。
ア 引用発明２の認定
エンジニアリングされた，天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピー
ト（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）
（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）系であ
って，／ａ）標的認識配列を５’末端に含み，その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲ
ＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含むキメラＲＮＡであ
って，前記標的認識配列が緩衝液中で標的配列にハイブリダイズするキメラＲＮＡ
と，／ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質，／を含み，／それによって，前記Ｃａｓ９タ
ンパク質が前記標的配列を開裂する，／ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系。
イ 本願発明と引用発明２との一致点
エンジニアリングされた，天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピー
ト（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）
（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）系であ
って，／ａ）ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲ
ＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチドであって，前記ガイド配列が，標的配列に
ハイブリダイズするＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチドと，／ｂ）ＩＩ型
Ｃａｓ９タンパク質，／を含み，／それによって，前記Ｃａｓ９タンパク質が，前記
標的配列を開裂する，／ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系。
ウ 本願発明と引用発明２との相違点
（相違点１）
本願発明は，ガイド配列が，
「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以
上の標的配列にハイブリダイズ」し，
「前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌ
クレオチド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有
り）
（ＮＬＳ（複数の場合も有り） をさらに含」むことによって，
） ガイド配列が，
「真
核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座」を標的とし，Ｃａｓ９タン
パク質がこれを開裂するのに対し，引用発明２では，標的配列が緩衝液中に存在し，
Ｃａｓ９タンパク質が核局在化シグナルを有していない点。
（相違点２）
本願発明は，「組換えテンプレート」を含み，「前記１つ以上のポリヌクレオチド
遺伝子座の配列が，改変される」のに対し，引用発明２では，組換えテンプレートを
含まず，標的配列を開裂するにとどまる点。
（相違点３）
本願発明は，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列を「コードするヌ
クレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメント」と，ＩＩ型Ｃａ
ｓ９タンパク質を「コードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の
調節エレメント」を含む「１つ以上のベクターを含み，成分（ａ）（ｂ）及び（ｃ）
，
が，前記系の同じ又は異なるベクター上に位置」する，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ「ベク
ター」系であるのに対し，引用発明２では，
「キメラＲＮＡ」と「Ｃａｓ９タンパク
質」を用いるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である点。
４ 取消事由
⑴ 引用発明１に基づく特許法２９条の２の判断の誤り（取消事由１）
⑵ 引用発明２に基づく進歩性の判断の誤り（取消事由２）
第３ 当事者の主張
１ 取消事由１（引用発明１に基づく特許法２９条の２の判断の誤り）について
〔原告らの主張〕
⑴ 引用例１は，後記⑶で詳述するとおり，標的部位において組換えが生じたこ
とを実験データによって示していない。引用発明１は，当業者が反復継続して所定
の効果を挙げることができる程度まで具体的・客観的なものとして構成されていな
いから，特許法２９条の２による後願排除効を有していないというべきである（東
京高裁平成１３年４月２５日判決・平成１０年（行ケ）第４０１号）。
⑵ 原核生物のＣＲＩＳＰＲシステムを真核細胞において作動するように適合さ
せられるか否かは，本願発明の発明者であるＡ博士（Ａ博士）が２０１３年の論文
（Ｂほか）において報告するまでは明らかでなく，引用例１に接した当業者は，引
用例１のＦＡＣＳ実験とＰＣＲ実験の矛盾した結果を検討し，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａ
ｓ９システムが真核細胞において作動するか否かが未解決であると結論したはずで
ある。引用例１の結果は，それが開示された２０１２年当時の技術常識に基づき，
後知恵を入れることなく検討されなければならない。
⑶ 引用例１は，本願発明の構成「前記ガイド配列が，真核細胞中の前記１つ以
上のポリヌクレオチド遺伝子座を標的とし，前記Ｃａｓ９タンパク質が，前記遺伝
子座を開裂し，それによって，遺伝子座の配列が改変される」を開示していない。
引用例１には，ヒトのＫ５６２細胞の６つのトランスフェクション処理（処理Ａ
～Ｆ。表７．トランスフェクション処理）が記載されているところ，このうち本願発
明のクレームと同じベクター系に係るものは処理Ｄである。引用例１には，処理Ａ
～Ｆに対して行われた２つの実験が開示されており，これらの実験の目的は，ＣＲ
ＩＳＰＲ－Ｃａｓ９系がゲノムＤＮＡの標的ポリヌクレオチド配列を開裂し，コー
ド配列をそこに組み込むかどうかを確認することにある。
ところが，実施例４の蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）実験の処理Ｄの蛍光は，細
胞の死による自家蛍光とＧＦＰの自家蛍光を区別することができず，組換えがされ
たか否かや，組換えが標的部位でされたか否かを判断することができない。むしろ，
実施例５のＰＣＲ実験は，処理Ｄで標的部位の編集がされていないことを示してお
り，処理Ｄの蛍光が標的部位の遺伝子編集によるものでないことを裏付ける。
引用例１のＦＡＣＳ実験とＰＣＲ実験により得られた結果には矛盾があるので，
当業者は，この矛盾点を検討し，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムが真核細胞にお
いて作動するか否かにはなお疑問があると判断したはずである。
このように，引用例１には，真核細胞内でのゲノムＤＮＡの標的部位での配列の
編集ができなかった系が記載されているにすぎないから，上記のとおりの配列の編
集ができる本願発明と実質的に同一であるということはできない。
⑷ 被告は，実施例５の処理Ｄにおいて，標的部位へのドナー配列の挿入が実験
で確認されていないとしても，それは，処理Ｄで採用した実験プロトコルに適切で
ない部分があったことに起因するものにすぎない旨主張するが，本願優先日当時の
技術水準において，適切な実験プロトコルは存在しなかった。
ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９のような複雑な系をエンジニアリングするには，多くの
系の設計の選択が必要である。本願発明は，Ｃａｓ９に複数のＮＬＳを付加するこ
とやｔｒａｃｒＲＮＡの長さを長くすることの技術的意義，キメラＲＮＡの３’末
端にターミネーターとして例えばポリＴを挿入することなど，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａ
ｓ９システムを真核細胞内環境において真核生物のゲノムＤＮＡに適合させるガイ
ダンスを開示し，引用発明１のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９系とは異なる。
適切なプロトコル下に置かれた場合に引用発明１の系が真核細胞でも機能すると
考えることは，本願発明と引用発明１の系の相違を見誤っている。
〔被告の主張〕
引用例１には，
（ｉ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つの
ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモーター
調節配列を含むベクター，
（ⅱ）真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的であ
る５’末端における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域，及
び本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮ
ＡをコードするＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクタ
ー，及び，
（ⅲ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクター，を含む
ベクター系が記載されている。
そして，引用例１には，上記のベクター系であって，
「ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃ
ａｓ９タンパク質を真核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ
型Ｃａｓ９タンパク質が，該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該
二本鎖の切断が，染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される」
との機能を発揮するように構成されているものが，引用発明として認定し得る程度
十分に，技術思想として開示されている。
実施例５の処理Ｄにおいて，標的部位へのドナー配列の挿入が実験で確認されて
いないとしても，それは，処理Ｄで採用した実験プロトコルに適切でない部分があ
ったことに起因するものであり，上記の認定を左右することはない。
２ 取消事由２（引用発明２に基づく進歩性の判断の誤り）について
〔原告らの主張〕
⑴ 引用発明の認定の誤り
本件審決がした引用発明２の認定は，引用例２に記載された発明を上位概念で認
定している点において不当である。引用発明２は，次のとおり，下線部を有するも
のとして認定されるべきである。
ａ）標的認識配列を５’末端に含み，その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡ
の間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含み，前記標的認識配列が
緩衝液中で標的配列にハイブリダイズするキメラＲＮＡであるキメラＡであって，
試験管内で事前に９５℃で加熱してその後室温にまで冷却させて得られるキメラＡ
と，／ｂ）大腸菌（E. Coli）に産生させ，できるだけ純度高く精製したＩＩ型Ｃａ
ｓ９タンパク質と，／を複合体形成に適した緩衝液中で混合して得られる複合体を
含み，／それによって，前記Ｃａｓ９タンパク質が，開裂に適した緩衝液中で，オリ
ゴヌクレオチドＤＮＡ又はプラスミドＤＮＡ中の前記標的配列を開裂する，／ＣＲ
ＩＳＰＲ－Ｃａｓ系。
⑵ 相違点の看過等
ア 相違点４
引用例２においては，試験管内で転写されたキメラＡをＣａｓ９と混合してＣａ
ｓ９複合体を形成し，それを標的ＤＮＡと共に緩衝液環境に導入しているのに対し，
本願発明では，真核細胞内において構成要素がまず別々に，かつ適切に発現し，そ
の後，発現した構成要素が，真核細胞の核内においてＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９複合
体を形成しなければならない。
したがって，本願発明と引用発明２の相違点としては，本件審決が認定した相違
点１ないし３のほかに，
「本願発明は，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系であり，ベ
クターで真核細胞の核内にＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの構成要素を送達するものであり，
本願発明で用いる複合体はあらかじめ形成させたものではないのに対して，引用発
明２では，用いる複合体は複合体形成に適した緩衝液中で構成要素を混合して得ら
れる，事前に形成された複合体である点」（相違点４）を認定すべきである。
そして，引用発明２では，真核細胞内でのベクター系を用いたときにＣａｓ９と
ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｔＲＮＡとの複合体が適切に形成するか否か，仮に形成でき
たとしても活性な複合体を形成し得るか不明であること，真核細胞には，二本鎖Ｒ
ＮＡを検知し，破壊し，除去する免疫機構が備わっており，ＣＲＩＳＰＲ複合体を
形成する前に，ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｔＲＮＡのような二本鎖ＲＮＡが十分な時間，
存在することができたとはいえないことから，この相違点は容易に想到できない。
イ 相違点５
引用例２で用いられたオリゴヌクレオチドＤＮＡやプラスミドＤＮＡは，染色体
構造（特に真核細胞の染色体構造）を形成するものではないのに対し，本願発明の
開裂対象は，真核細胞中の染色体配列中の標的部位であり，オリゴヌクレオチドＤ
ＮＡでもプラスミドＤＮＡでもなく，真核細胞のゲノムＤＮＡは，真核細胞の核に
存在し，かつ，染色体という構造を形成して安定化されていること，さらに，引用例
２が，開裂に適した環境下の試験管内の緩衝液中で行われるのに対し，本願発明は，
開裂に適した環境であるかが不明な真核細胞内で行う。
したがって，本願発明と引用発明２の相違点としては，更に，
「本願発明のＣＲＩ
ＳＰＲ－Ｃａｓベクター系は，真核細胞内環境下で，真核生物のゲノムＤＮＡ中の
標的部位を開裂するものであり，開裂に適した環境下の緩衝液中で開裂を行うもの
ではなく，開裂対象はオリゴヌクレオチドＤＮＡでもプラスミドＤＮＡでもないの
に対して，引用発明２は，開裂に適した緩衝液中で，オリゴヌクレオチドＤＮＡ又
はプラスミドＤＮＡ中の標的部位を開裂するものである点」
（相違点５）を認定すべ
きである。
そして，引用例２で開示されているのは，緩衝液において予め形成させた複合体
が，切断に適した緩衝液中でＤＮＡを切断したということだけであり，真核細胞に
おいて機能するかどうかを当業者に予測させるものではないから，相違点５は，引
用発明２から容易に想到することができない。
⑶ 相違点１ないし３の判断の誤り
ア 相違点１に関する容易想到性判断の誤り
(ア) 本件審決は，本願発明は「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ
以上の標的配列にハイブリダイズ」するものであるのに対して，引用発明２はこの
ような構成を有しない点で相違すると認定する。
引用例２に開示されたのは，複合体形成に適した緩衝液中で予め形成させた複合
体を用いて，切断に適した緩衝液中で，オリゴヌクレオチドＤＮＡ又はプラスミド
ＤＮＡを切断したことであり，
「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以
上の標的配列にハイブリダイズ」させることとは大きく異なる。
ベクター系を用いてＣａｓ９タンパク質や，ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡを真
核細胞内で発現させた場合，これらの構成要素は，複合体として合成されるのでは
なく，それぞれが個別のものとして合成され，完成した後に，①真核細胞内で互い
に接触する必要があり，かつ，②接触後，適切に複合体形成することにより，活性な
複合体を形成する必要がある。仮に，当該複合体が形成されたとしても，③複合体
がゲノム全体をスキャンするに十分な時間存在していなければならない。その後に
初めて，
「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブ
リダイズ」するために，標的配列に結合することができる。
①真核細胞内において複合体を形成することは困難で，②原核細胞ではＤＮＡか
らｍＲＮＡへの転写及びタンパク質の翻訳が細胞質で同時に起こるのに対し，真核
細胞では核内で転写が行われ，細胞質で翻訳が行われるように，転写と翻訳のシス
テムが異なり，③ゲノム構造と標的とされた遺伝子座への接触や④ゲノムサイズと
遺伝子座への接触も困難で，⑤原核生物における遺伝子ターゲティングシステムを
真核細胞に適用することについては失敗例も存在する。
(イ) 本件審決は，本願発明と引用発明２との相違点１が周知技術に基づいて容易
に想到できると判断する。
しかし，本件審決の上記判断において，Ｃａｓ９タンパク質に核局在化シグナル
を付加することにより，真核細胞の核内のゲノムにＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９系を到
達させることができるとする科学的根拠は示されていない。
本件審決では，核局在化シグナルをＣａｓ９タンパク質に付加することが，タン
パク質を核内に移行させるための常套手段であるというが，常套手段として挙げら
れているものは，いずれも細胞内で複合体を形成する必要がなく，かつ，細胞内で
機能するためにＲＮＡの必要のない技術に関するものであって，単にタンパク質の
みを核に移行させればその機能を発揮することが明白な技術であるから，細胞内に
おいて複合体形成を必要とするＣａｓ９複合体とは異なる。
第１優先日当時にはＮＬＳがＣａｓ９複合体を真核細胞内で機能させる手法であ
るかは不明であり，引用例２では，核局在化シグナルについて開示も示唆もない。
イ 相違点２に関する容易想到性判断の誤り
ゲノム編集技術において，組換えテンプレートで「相同組換え」を行うには，その
前提として，相同組換えの標的である「標的配列」がヌクレアーゼによって切断さ
れることが必須である。ところが，引用例２の記載及び第１優先日当時の技術水準
を考慮しても，組換えテンプレート以外の発明の構成において，真核細胞において
は標的配列においてゲノムが切断されると当業者は理解することができなかったか
ら，これにさらに組換えテンプレートを組み合わせようとすることはない。
さらに，ＤＮＡのランダム組込みは，真核細胞内にＤＮＡが導入された後，真核
細胞のゲノムの標的部位以外のどこかの個所が開裂されれば，生じることが知られ
ていた。組換えテンプレートが，ランダムな組換え（ランダムインテグレーション）
によってランダムな部位に挿入されたことは明らかであり，そのため，引用発明２
は，本願発明の「前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が，改変される」
という構成を有さない。
ウ 相違点３に関する容易想到性判断の誤り
細胞の内部で複合体を形成することなく機能する所望のタンパク質や核酸などの
因子を機能させようとする場合に，それらを発現するベクターを用いることは常套
手段であるとしても，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムは複合体でなければ機能し
ないことが，引用例２において明確に実証されているのであるから，ＣＲＩＳＰＲ
－Ｃａｓ９システムをベクターで，しかも，原核細胞ではなく真核細胞に導入する
ことが，同様に常套手段であるとか，容易になし得たということはできない。
〔被告の主張〕
⑴ 本願優先日である平成２４年１２月１２日当時，真核細胞のゲノム編集を行
うために，人工酵素であるジンク－フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）や転写活性
化様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）を使用することは，周知であった。し
たがって，当業者には，同様にゲノム編集のツールである引用発明２のＣＲＩＳＰ
Ｒ－Ｃａｓ系を，真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに動機付
けがあった。このことは，本願発明の発明者とは異なる少なくとも３つの研究グル
ープが，本願優先日前から，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を真核細胞中のゲノムに対し
て機能させようと試みていたことが示されていることからも裏付けられる。
⑵ 細胞の内部で所望のタンパク質や核酸を機能させようとする場合に，それら
を発現するベクターを用いることは常套手段であり，本願優先日当時，ゲノム編集
のための成分を導入するために，ベクター系を用いることも一般的であった。した
がって，当業者は，適宜，引用発明２のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系や組換えテンプレ
ートをベクター系とすることができた。
⑶ 原告らが示す問題点は，いずれも引用発明２のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を真
核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みる際に生じるおそれのあるものを挙
げているにすぎない。当業者は，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９の真核細胞への適用の成
否について，確信までは持てなかったとしても，上記の問題点は，当業者に真核細
胞への適用ができないとの認識を生じさせるほどのものではない。
第４ 当裁判所の判断
１ 本願発明について
⑴ 本願明細書の記載
本願明細書には，以下の記載がある（甲９）。
ア 技術分野
【０００３】本発明は，一般に，クラスター化等間隔短鎖回分リピート（Clustered
Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat）（ＣＲＩＳＰＲ）及びその成分に関す
るベクター系を使用し得る配列ターゲティング，例えば，ゲノム摂動又は遺伝子編
集を含む遺伝子発現の制御に使用される系，方法及び組成物に関する。
イ 背景技術
【０００５】正確なゲノムターゲティング技術は，因果的遺伝子変異の体系的な
リバースエンジニアリングを可能とするため，並びに合成生物学，バイオテクノロ
ジー及び医薬用途を進歩させるために必要とされる。ゲノム編集技術，例えば，デ
ザイナー亜鉛フィンガー，転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ），又はホ
ーミングメガヌクレアーゼが利用可能であるが，安価で，設定が容易で，スケーラ
ブルで，真核ゲノム内の複数位置をターゲティングしやすい新たなゲノムエンジニ
アリング技術が依然として必要とされている。
ウ 発明が解決しようとする課題
【０００７】ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ又はＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は，単一Ｃａｓ
酵素を短鎖ＲＮＡ分子によりプログラミングして特異的ＤＮＡ標的を認識させるこ
とができ，換言すると，Ｃａｓ酵素は，前記短鎖ＲＮＡ分子を使用して特異的ＤＮ
Ａ標的にリクルートすることができる。
エ 課題を解決するための手段
【０００８】一部の実施形態において，ＣＲＩＳＰＲ酵素は，ＩＩ型ＣＲＩＳＰ
Ｒ系酵素である。一部の実施形態において，ＣＲＩＳＰＲ酵素は，Ｃａｓ９酵素で
ある。一部の実施形態において，Ｃａｓ９酵素は，肺炎連鎖球菌（S.pneumoniae），
化膿性連鎖球菌（S.pyogenes），又はＳ．サーモフィラス（S.thermophilus）Ｃａｓ
９であり，それらの生物に由来する突然変異Ｃａｓ９を含み得る。
一部の実施形態において，ＣＲＩＳＰＲ酵素は，真核細胞中の発現のためにコド
ン最適化されている。
一部の実施形態において，ガイド配列は，少なくとも１５，１６，１７，１８，１
９，２０，２５ヌクレオチド，又は１０～３０，もしくは１５～２５，もしくは１５
～２０ヌクレオチド長である。
一般に，及び本明細書全体で，用語「ベクター」は，それが結合した別の核酸を輸
送し得る核酸分子を指す。
あるタイプのベクターは，
「プラスミド」であり，それは，付加ＤＮＡセグメント
を例えば標準分子クローニング技術により挿入することができる環状二本鎖ＤＮＡ
ループを指す。別のタイプのベクターは，ウイルスベクターであり，それにおいて
ウイルス由来ＤＮＡ又はＲＮＡ配列がウイルス（‥）中へのパッケージングのため
にベクター中に存在する。
組換えＤＮＡ技術において有用な一般的な発現ベクターは，プラスミドの形態で
あることが多い。
【００１０】用語「調節エレメント」は，プロモーター，エンハンサー，内部リボ
ソーム進入部位（ＩＲＥＳ），及び他の発現制御エレメント（例えば，転写終結シグ
ナル，例えば，ポリアデニル化シグナル及びポリＵ配列）を含むものとする。
一部の実施形態において，ベクターは，１つ以上のｐｏｌＩＩＩプロモーター(‥)，
１つ以上のｐｏｌＩＩプロモーター（‥），１つ以上のｐｏｌＩプロモーター（‥）
又はそれらの組合せを含む。ｐｏｌＩＩＩプロモーターの例としては，限定される
ものではないが，Ｕ６及びＨ１プロモーターが挙げられる。ｐｏｌＩＩプロモータ
ーの例としては，限定されるものではないが，レトロウイルスのラウス肉腫ウイル
ス（ＲＳＶ）ＬＴＲプロモーター（‥），サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモー
ターが挙げられる。用語「調節エレメント」により，エンハンサーエレメント，例え
ば，ＷＰＲＥ；ＣＭＶエンハンサー；ＨＴＬＶ－ＩのＬＴＲ中のＲ－Ｕ５’セグメン
ト；ＳＶ４０エンハンサー；も包含される。ベクターを宿主細胞中に導入し，それに
より本明細書に記載の核酸によりコードされる転写物，融合タンパク質又はペプチ
ドを含むタンパク質，又はペプチドを産生することができる。
【００１２】一態様において，本発明は，１つ以上の核局在化配列を含むＣＲＩ
ＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している調節エレメント
を含むベクターを提供する。
【００２３】本発明の態様において，改変は，エンジニアリングされた二次構造
を含む。例えば，改変は，ｔｒａｃｒメイト配列とｔｒａｃｒ配列との間のハイブ
リダイゼーションの領域の低減を含み得る。例えば，改変は，人工ループを通すｔ
ｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列の融合も含み得る。改変は，４０～１２０
ｂｐの長さを有するｔｒａｃｒ配列を含み得る。
ある実施形態において，ｔｒａｃＲＮＡの長さは，野生型ｔｒａｃＲＮＡの少な
くともヌクレオチド１～６７を含み，一部の実施形態において，少なくともヌクレ
オチド１～８５を含む。
改変は，配列最適化を含み得る。
配列最適化は，ｔｒａｃｒメイト配列とｔｒａｃｒ配列との間のハイブリダイゼ
ーションの領域の低減；例えば，ｔｒａｃｒ配列の長さの低減と組み合わせること
ができる。
【００２５】一態様において，本発明は，改変が，ポリＴターミネーター配列を付
加することを含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系又はＣＲＩＳＰＲ酵素系を提供する。
【００３５】本発明の一部の態様において，本発明の構築物，例えば，キメラ構築
物において要求されるｔｒａｃＲＮＡの長さは，必ずしも固定する必要はなく，本
発明の一部の態様において，それは４０～１２０ｂｐであり得，本発明の一部の態
様において，最大で全長のｔｒａｃｒであり，例えば，本発明の一部の態様におい
て，細菌ゲノム中の転写終結シグナルにより中断されるｔｒａｃｒの３’末端まで
である。ある実施形態において，ｔｒａｃＲＮＡの長さは，野生型ｔｒａｃＲＮＡ
の少なくともヌクレオチド１～６７を含み，一部の実施形態において，少なくとも
ヌクレオチド１～８５を含む。一部の実施形態において，少なくとも野生型化膿性
連鎖球菌（S.pyogenes）Ｃａｓ９ｔｒａｃＲＮＡのヌクレオチド１～６７又は１～
８５に対応するヌクレオチドを使用することができる。
ｔｒａｃｒ＋ｔｒａｃｒメイト転写物中のポリＴターミネーター配列，例えば，
ポリＴターミネーター（ＴＴＴＴＴ又はそれより多い数のＴ）の存在に関して，本
発明の一部の態様において，２つのＲＮＡ（ｔｒａｃｒ及びｔｒａｃｒメイト）で
あろうと単一ガイドＲＮＡ形態であろうと，このようなものを転写物の末端に付加
することが有利である。ｔｒａｃｒ及びｔｒａｃｒメイト転写物中のループ及びヘ
アピンに関して，本発明の一部の態様において，最少の２つのヘアピンがキメラガ
イドＲＮＡ中に存在することが有利である。第１のヘアピンは，ｔｒａｃｒとｔｒ
ａｃｒメイト（ダイレクトリピート）配列との間の相補性により形成されるヘアピ
ンであり得る。第２のヘアピンは，ｔｒａｃｒＲＮＡ配列の３’末端におけるもの
であり得，これは，Ｃａｓ９との相互作用のための二次構造を提供し得る。追加の
ヘアピンは，ガイドＲＮＡの３’に付加し，例えば，本発明の一部の態様において，
ガイドＲＮＡの安定性を増加させることができる。
オ 発明を実施するための形態
【００６５】一般に，
「ＣＲＩＳＰＲ系」は，集合的に，ＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａ
ｓ」）遺伝子の発現又はその活性の指向に関与する転写物及び他のエレメント，例と
して，Ｃａｓ遺伝子をコードする配列，ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）
配列（例えば，ｔｒａｃｒＲＮＡ又は活性部分ｔｒａｃｒＲＮＡ），ｔｒａｃｒメイ
ト配列（内因性ＣＲＩＳＰＲ系に関して「ダイレクトリピート」及びｔｒａｃｒＲ
ＮＡによりプロセシングされる部分ダイレクトリピートを包含），ガイド配列（内因
性ＣＲＩＳＰＲ系に関して「スペーサー」とも称される），又はＣＲＩＳＰＲ遺伝子
座からの他の配列及び転写物を指す。
一部の実施形態において，ＣＲＩＳＰＲ系の１つ以上のエレメントは，内因性Ｃ
ＲＩＳＰＲ系を含む特定の生物，例えば，化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）
に由来する。一般に，ＣＲＩＳＰＲ系は，標的配列（内因性ＣＲＩＳＰＲ系に関して
プロトスペーサーとも称される）におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進するエ
レメントを特徴とする。ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成に関して，
「標的配列」は，ガイ
ド配列が相補性を有するように設計される配列を指し，標的配列とガイド配列との
間のハイブリダイゼーションがＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進する。
標的配列を含むターゲティングされる遺伝子座中への組換えに使用することがで
きる配列又はテンプレートは，「編集テンプレート」又は「編集ポリヌクレオチド」
又は「編集配列」と称される。本発明の態様において，外因性テンプレートポリヌク
レオチドを編集テンプレートと称することができる。本発明の一態様において，組
換えは，相同組換えである。
【００６６】理論により拘束されるものではないが，ｔｒａｃｒ配列は，野生型
ｔｒａｃｒ配列の全部又は一部（例えば，野生型ｔｒａｃｒ配列の約又は約２０，
２６，３２，４５，４８，５４，６３，６７，８５，又はそれよりも多い数を超える
ヌクレオチド）を含み得，又はそれからなっていてよく，例えば，ガイド配列に作動
可能に結合しているｔｒａｃｒメイト配列の全部又は一部とのｔｒａｃｒ配列の少
なくとも一部に沿うハイブリダイゼーションによりＣＲＩＳＰＲ複合体の一部も形
成し得る。
【００７１】一部の実施形態において，ベクターは，１つ以上の核局在化配列（Ｎ
ＬＳ），例えば，約また約１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，又はそれよ
りも多い数を超えるＮＬＳを含むＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする。
ＮＬＳの非限定的な例としては，アミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶを有するＳＶ４０
ウイルスラージＴ抗原のＮＬＳが挙げられる。
【００７２】一般に，１つ以上のＮＬＳは，真核細胞の核中の検出可能な量のＣ
ＲＩＳＰＲ酵素の蓄積をドライブするために十分な強度である。
【００７６】一般に，ｔｒａｃｒメイト配列は，
（１）対応するｔｒａｃｒ配列を
含有する細胞中でｔｒａｃｒメイト配列によりフランキングされているガイド配列
の切り出し；及び（２）標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成（ＣＲＩＳＰＲ
複合体は，ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされるｔｒａｃｒメイト配列を含む）
の１つ以上を促進するためにｔｒａｃｒ配列との十分な相補性を有する任意の配列
を含む。
一部の実施形態において，ｔｒａｃｒ配列は，約又は約５，６，７，８，９，１０，
１１，１２，１３，１４，１５，１６，１７，１８，１９，２０，２５，３０，４０，
５０，又はそれよりも大きい数を超えるヌクレオチド長である。一部の実施形態に
おいて，ｔｒａｃｒ配列及びｔｒａｃｔメイト配列は，単一転写物内に含有され，
その結果，２つの間のハイブリダイゼーションが二次構造，例えば，ヘアピンを有
する転写物を産生する。ヘアピン構造において使用される好ましいループ形成配列
は，４ヌクレオチド長であり，最も好ましくは，配列ＧＡＡＡを有する。しかしなが
ら，代替配列であり得るようにより長い又は短いループ配列を使用することができ
る。配列は，好ましくは，ヌクレオチドトリプレット（例えば，ＡＡＡ），及び追加
のヌクレオチド（例えば，Ｃ又はＧ）を含む。ループ形成配列の例としては，ＣＡＡ
Ａ及びＡＡＡＧが挙げられる。本発明の一実施形態において，転写物又は転写され
るポリヌクレオチド配列は，少なくとも２つ以上のヘアピンを有する。好ましい実
施形態において，転写物は，２，３，４又は５つのヘアピンを有する。本発明の別の
さらなる実施形態において，転写物は，多くとも５つのヘアピンを有する。一部の
実施形態において，単一転写物は，転写終結配列をさらに含み；好ましくは，これは
ポリＴ配列，例えば，６つのＴヌクレオチドである。このようなヘアピン構造の例
示的説明を，図８Ｂ（別紙１のとおり）の下方位置に提供し，最後の「Ｎ」及びルー
プの上流の５’側の配列の部分は，ｔｒａｃｒメイト配列に対応し，ループの３’側
の配列の部分は，ｔｒａｃｒ配列に対応する（原文では，
「図１３Ｂ」であるが，前
後の文脈から図８Ｂであると認められる。。
）
カ 実施例
(ア) 実施例１：真核細胞の核中のＣＲＩＳＰＲ複合体活性
【０１４６】哺乳動物細胞中のＣＲＩＳＰＲ成分の発現を改善するため，化膿性
連鎖球菌（Streptococcus pyogenes（S.pyogenes））ＳＦ３７０遺伝子座１からの２
つの遺伝子Ｃａｓ９（ＳｐＣａｓ９）及びＲＮアーゼＩＩＩ（ＳｐＲＮアーゼＩＩ
Ｉ）をコドン最適化した。核局在化を促進するため，核局在化シグナル（ＮＬＳ）を
ＳｐＣａｓ９及びＳｐＲＮアーゼＩＩＩの両方のアミノ（Ｎ）又はカルボキシル（Ｃ）
末端に含めた（図２Ｂ）。
Ｎ及びＣ末端の両方に付着しているＮＬＳを有するＳｐＣａｓ９のバージョン
（２×ＮＬＳ－ＳｐＣａｓ９）も生成した。
Ｃ末端ＮＬＳは標的ＳｐＲＮアーゼＩＩＩを核にターゲティングするために十分
であった一方，ＳｐＣａｓ９のＮ又はＣ末端のいずれかへのこれらの特定のＮＬＳ
の単一コピーの付着は，この系中の適切な核局在化を達成し得なかった。この例に
おいて，Ｃ末端ＮＬＳは，ヌクレオプラスミンのもの（ＫＲＰＡＡＴＫＫＡＧＱＡ
ＫＫＫＫ）であり，Ｃ末端ＮＬＳは，ＳＶ４０ラージＴ抗原のもの（ＰＫＫＫＲＫ
Ｖ）であった。試験されたＳｐＣａｓ９のバージョンのうち，２×ＮＬＳ－ＳｐＣ
ａｓ９のみが核局在化を示した（図２Ｂ）。
(イ) 実施例４：複数のキメラｃｒＲＮＡ－ｔｒａｃｒＲＮＡハイブリッドの評
価
【０１６５】本実施例は，異なる長さの野生型ｔｒａｃｒＲＮＡ配列を取り込む
ｔｒａｃｒ配列を有するキメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ；ガイド配列，ｔｒａｃｒメ
イト配列，及びｔｒａｃｒ配列を単一転写物中で含む）について得られた結果を記
載する。
Ｃａｓ９はＣＢｈプロモーターによりドライブされ，キメラＲＮＡはＵ６プロモ
ーターによりドライブされる。
ガイド及びｔｒａｃｒ配列は，ｔｒａｃｒメイト配列ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ
と，それに続くループ配列ＧＡＡＡにより離隔している。ヒト遺伝子座ＥＭＸ１及
びＰＶＡＬＢ遺伝子座におけるＣａｓ９媒介インデルについてのＳＵＲＶＥＹＯＲ
アッセイの結果を，それぞれ図１８ｂ及び１８ｃに説明する。
ｃｈｉＲＮＡをそれらの「＋ｎ」表記により示し，ｃｒＲＮＡは，ガイド及びｔｒ
ａｃｒ配列が別個の転写物として発現されるハイブリッドＲＮＡを指す。トリプリ
ケートで実施されたこれらの結果の定量を，図１１ａ及び１１ｂにヒストグラムに
より示し，それぞれ図１０ｂ及び１０ｃ（別紙１のとおり）に対応する（「Ｎ．Ｄ．」
は，インデルが検出されなかったことを示す）。
【０１７１】最初に，ヒトＨＥＫ２９３ＦＴ細胞中のＥＭＸ１遺伝子座内の３つ
の部位をターゲティングした。それぞれのｃｈｉＲＮＡのゲノム改変効率は，ＤＮ
Ａ二本鎖切断（ＤＳＢ）及び非相同末端結合（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ損傷修復経路による
その後続の修復から生じる突然変異を検出するＳＵＲＶＥＹＯＲヌクレアーゼアッ
セイを使用して評価した。ｃｈｉＲＮＡ（＋ｎ）と表記される構築物は，野生型ｔｒ
ａｃｒＲＮＡの最大＋ｎ個のヌクレオチドがキメラＲＮＡ構築物中に含まれること
を示し，ｎについては４８，５４，６７，及び８５の値が使用される。野生型ｔｒａ
ｃｒＲＮＡのより長い断片を含有するキメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ（＋６７）及び
ｃｈｉＲＮＡ（＋８５））は，３つ全てのＥＭＸ１標的部位におけるＤＮＡ開裂を媒
介し，特にｃｈｉＲＮＡ（＋８５）は，ガイド及びｔｒａｃｒ配列を別個の転写物中
で発現する対応するｃｒＲＮＡ／ｔｒａｃｒＲＮＡハイブリッドよりも顕著に高い
レベルのＤＮＡ開裂を実証した（図１０ｂ及び１０ａ）。ハイブリッド系（別個の転
写物として発現されるガイド配列及びｔｒａｃｒ配列）を検出可能な開裂を生じな
かったＰＶＡＬＢ遺伝子座中の２つの部位も，ｃｈｉＲＮＡを使用してターゲティ
ングした。ｃｈｉＲＮＡ（＋６７）及びｃｈｉＲＮＡ（＋８５）は，２つのＰＶＡＬ
Ｂプロトスペーサーにおける顕著な開裂を媒介し得た（図１０ｃ及び１０ｂ）。
【０１７２】ＥＭＸ１及びＰＶＡＬＢ遺伝子座中の５つ全ての標的について，ｔ
ｒａｃｒ配列長さの増加に伴うゲノム改変効率の一貫した増加が観察された。いか
なる理論によっても拘束されるものではないが，ｔｒａｃｒＲＮＡの３’末端によ
り形成される二次構造は，ＣＲＩＳＰＲ複合体形成の比率の向上における役割を担
い得る。本実施例において使用されるキメラＲＮＡのそれぞれについての予測二次
構造の説明を，図２１に提供する。より長いｔｒａｃｒ配列を有するｃｈｉＲＮＡ
は，天然ＣＲＩＳＰＲｃｒＲＮＡ／ｔｒａｃｒＲＮＡハイブリッドにより開裂され
ない標的を開裂し得たため，キメラＲＮＡをＣａｓ９上にその天然ハイブリッド相
当物よりも効率的にロードすることができることが考えられる。
【０１７３】図１１（別紙１のとおり）及び２１は，最大＋８５ヌクレオチドの野
生型ｔｒａｃｒＲＮＡ配列，及び核局在化配列を有するＳｐＣａｓ９を含むキメラ
ＲＮＡの発現のための例示的なバイシストロニック発現ベクターを説明する。Ｓｐ
Ｃａｓ９は，ＣＢｈプロモーターから発現され，ｂＧＨポリＡシグナル（ｂＧＨｐ
Ａ）により終結される。模式図の直下に説明される拡大配列は，ガイド配列挿入部
位を包囲する領域に対応し，５’から３’でＵ６プロモーターの３’部分（最初の陰
影領域），ＢｂｓＩ開裂部位（矢印），部分ダイレクトリピート（ｔｒａｃｒメイト配
列ＧＴＴＴＴＡＧＡＧＣＴＡ，下線付き），ループ配列ＧＡＡＡ，及び＋８５ｔｒａ
ｃｒ配列（ループ配列後の下線付き配列）を含む。例示的なガイド配列インサート
を，ガイド配列挿入部位の下方に説明し，選択される標的についてのガイド配列の
ヌクレオチドを「Ｎ」により表す。
⑵ 本願発明の特徴
本願発明は，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクターを用いたゲノム編集技術に関する発
明である。
本願発明においては，短鎖ＲＮＡ分子（ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ配列及び
ｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列）に
より，Ｃａｓ酵素（ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質）に，真核細胞中の特異的ＤＮＡ標的
（ポリヌクレオチド遺伝子座）を認識させ，前記Ｃａｓ酵素が前記ＤＮＡ標的を開
裂し，それにより前記ＤＮＡ標的が改変する。
本願発明は，ａ）前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列をコード
するヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメント，ｂ）前記
ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合してい
る第２の調節エレメント，及びｃ）組換えテンプレート，が１つ以上の同じ又は異
なるベクター上に位置し，前記Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列
とともに発現される核局在化シグナルを含むこと，を要件とする。
２ 取消事由１（引用発明１に基づく特許法２９条の２の判断の誤り）について
⑴ 引用例１の記載（甲１の１。なお，段落番号は，国内公表公報である特表２０
１６－５０２８４０号公報（甲１の２）の段落番号である。
【０１５１】は，引用例
１の優先基礎明細書（甲１０５）による。）
ア 技術分野
【０００１】本発明は，標的ゲノム修飾に関する。特に，本発明は，ＲＮＡ誘導型
エンドヌクレアーゼ又はＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ様タンパク質を含む融合タンパク質，
及び標的染色体配列を修飾又は調節するための該タンパク質の使用方法に関する。
イ 背景技術
【０００２】標的ゲノム修飾は，真核細胞，胚及び動物の遺伝子操作のための強
力なツールである。現在の方法は，例えば，ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦ
Ｎ）又は転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）のよう
な人工ヌクレアーゼの使用に依存している。しかしながら，それぞれの新規ゲノム
標的は，新規の配列特異的ＤＮＡ結合分子を含む新規ＺＦＮ又はＴＡＬＥＮの設計
を必要とする。したがって，これらのカスタム設計されたヌクレアーゼは，割高な
費用が掛かり，製造に時間を要する傾向がある。さらに，ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮの
特異性は，それらがオフターゲット(‥)の切断を仲介し得る程度のものである。
【０００３】したがって，それぞれの新しい標的ゲノム部位に対する新しいヌク
レアーゼの設計を必要としない標的ゲノム修飾技術‥，オフターゲット作用が殆ど
又は全くない，向上した特異性を有する技術が必要とされている。
ウ 発明の概要
【０００４】本開示の種々の面には，単離されたＲＮＡ誘導型エンドヌクレアー
ゼの提供であって，該エンドヌクレアーゼが，少なくとも１つの核局在化シグナル，
少なくとも１つのヌクレアーゼドメイン，及び切断のために特定のヌクレオチド配
列にエンドヌクレアーゼを標的化するガイドＲＮＡと相互作用する少なくとも１つ
のドメインを含む，エンドヌクレアーゼの提供が含まれる。
他の態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸配列は，
プロモーター調節配列に操作可能に連結されていてよく，要すれば，ベクターの一
部であってよい。他の態様において，プロモーター調節配列に操作可能に連結され
ていてよいＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする配列を含むベクターはま
た，プロモーター調節配列に操作可能に連結されていてよいガイドＲＮＡをコード
する配列も含み得る。
【請求項１３】真核細胞又は胚において染色体配列を修飾するための方法であっ
て，／ａ）真核細胞又は胚に，
（ⅰ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少な
くとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ，又は少なくとも１つの核局在化シ
グナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸，
（ⅱ）少なくとも１つのガイドＲＮＡ又は少なくとも１つのガイドＲＮＡをコード
するＤＮＡ，及び任意に， ⅲ）
（ 少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを導入し，
／ｂ）真核細胞又は胚を，各ガイドＲＮＡが，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを
染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこでＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼが，該
標的部位にて二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色体配列が修飾される
ようにＤＮＡ修復過程により修復されるように培養することを含む，／方法。
【請求項１４】ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼがＣａｓ９タンパク質に由来す
る，請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸がｍＲＮＡで
ある，請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１６】ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸がＤＮＡであ
る，請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１７】ＤＮＡが，ガイドＲＮＡをコードする配列をさらに含むベクター
の一部である，請求項１６に記載の方法。
【０００５】本発明の別の面は，真核細胞又は胚において染色体配列を修飾する
ための方法を包含する。該方法は，真核細胞又は胚に，
（ｉ）本明細書に記載の，少
なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌク
レアーゼ又は少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸，
（ⅱ）少なくとも１つのガイドＲＮＡ又は少なくとも１つのガイドＲＮＡをコード
するＤＮＡ，及び要すれば，
（ⅲ）ドナー配列を含む少なくとも１つのドナーポリヌ
クレオチド，を導入することを含む。該方法はさらに，細胞又は胚を，各ガイドＲＮ
Ａが，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを染色体配列中の標的部位に誘導され，そ
こでＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼが，標的部位に二本鎖の切断を導入し，二本
鎖の切断が，染色体配列が修飾されるようなＤＮＡ修復過程により修復されるよう
に培養することを含む。一態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，Ｃ
ａｓ９タンパク質に由来し得る。別の態様において，細胞又は胚に導入されている
ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸は，ｍＲＮＡであり得る。さら
なる態様において，細胞又は胚に導入されているＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ
をコードする核酸はＤＮＡであり得る。さらなる態様において，ＲＮＡ誘導型エン
ドヌクレアーゼをコードするＤＮＡは，ガイドＲＮＡをコードする配列をさらに含
むベクターの一部であり得る。
エ 発明を実施するための形態
【００１４】一態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，ＩＩ型ＣＲ
ＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム由来である。特定の態様において，ＲＮＡ誘導型エンド
ヌクレアーゼは，Ｃａｓ９タンパク質に由来する。
【００２２】任意の態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，ガイド
ＲＮＡを含むタンパク質－ＲＮＡ複合体の一部であり得る。ガイドＲＮＡは，ＲＮ
Ａ誘導型エンドヌクレアーゼと相互作用し，エンドヌクレアーゼを，特定の標的部
位（ガイドＲＮＡ塩基対の５’末端にある特定のプロトスペーサー配列）へ誘導す
る。
【００６０】任意のドナーポリヌクレオチドが存在する態様において，ドナーポ
リヌクレオチドにおけるドナー配列は，二本鎖の切断の修復中に標的部位において
染色体配列で置換されるか，又は染色体配列中に挿入され得る。例えば，ドナー配
列が，染色体配列中の標的部位の上流及び下流配列のそれぞれと実質的に同一の配
列を有する上流及び下流配列に挟まれている態様において，該ドナー配列は，相同
組換え修復過程により仲介される修復中に標的部位において染色体配列で置換され
るか，又は染色体配列に挿入され得る。
(ア) ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ
【００６３】本方法は，細胞又は胚に，少なくとも１つの核局在化シグナルを含
む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ又は少なくとも１つの核局在
化シグナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする
核酸を導入することを含む。
【００６４】ある態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，細胞又は
胚に単離されたタンパク質として導入されてよい。他の態様において，ＲＮＡ誘導
型エンドヌクレアーゼは，細胞又は胚にｍＲＮＡ分子として導入され得る。さらに
他の態様において，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，細胞又は胚にＤＮＡ分子
として導入され得る。ＤＮＡ配列は直鎖であってよく，又はＤＮＡ配列はベクター
の一部であってよい。
(イ) ガイドＲＮＡ
【００６６】本方法は，また，細胞又は胚に，少なくとも１つのガイドＲＮＡ又は
少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを導入することも含む。ガイド
ＲＮＡは，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼと相互作用して，エンドヌクレアーゼ
を，染色体配列中の特定のプロトスペーサー配列を有するガイドＲＮＡ塩基対の５’
末端である特定の標的部位へ導く。
【００６７】各ガイドＲＮＡは，３つの領域：染色体配列中の標的部位に相補的
である５’末端における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域
及び本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む。‥第一の領域は，各ガイ
ドＲＮＡが融合タンパク質を特定の標的部位へ誘導するように異なっている。‥第
二及び第三の領域は，全てのガイドＲＮＡで同じであってよい。
【００６８】ガイドＲＮＡの第一の領域は，ガイドＲＮＡの第一の領域が標的部
位と塩基対を形成し得るように，染色体配列中の標的部位で配列（すなわち，プロ
トスペーサー配列）に相補的である。例示的態様において，ガイドＲＮＡの第一の
領域は，約１９，２０又は２１のヌクレオチド長である。
【００６９】ガイドＲＮＡは，また，二次構造を形成する第二の領域を含む。ある
態様において，該二次構造は，ステム（又はヘアピン）及びループを含む。例えば，
ループは，約３から約１０ヌクレオチド長の範囲であってよく，ステムは，約６か
ら約２０塩基対長であってよい。したがって，第二の領域の全体の長さは，約１６
から約６０ヌクレオチド長の範囲であり得る。例示的態様において，ループは，約
４ヌクレオチド長であり，ステムは，約１２塩基対を含む。
【００７０】ガイドＲＮＡは，また，本質的に一本鎖のままである第三の領域を
３’末端に含む。したがって，第三の領域は，目的の細胞内の染色体配列に相補性を
有しておらず，ガイドＲＮＡの残りの部分に相補性を有していない。第三の領域の
長さは可変である。一般的に，第三の領域は，約４ヌクレオチド長以上である。例え
ば，第三の領域の長さは，約５から約６０ヌクレオチド長の範囲である。
【００７１】ガイドＲＮＡの第二及び第三領域の合わせた長さは，約３０から約
１２０ヌクレオチド長の範囲であり得る。一面において，ガイドＲＮＡの第二及び
第三領域を合わせた長さは，約７０から約１００ヌクレオチド長の範囲である。
【００７２】ある態様において，ガイドＲＮＡは，全ての３つの領域を含む単一
分子からなる。他の態様において，ガイドＲＮＡは，２つの別個の分子を含み得る。
第一のＲＮＡ分子は，ガイドＲＮＡの第一の領域及びガイドＲＮＡの第二の領域の
“ステム”の半分を含んでいてよい。第二のＲＮＡ分子は，ガイドＲＮＡの第二の
領域の“ステム”の他の半分及びガイドＲＮＡの第三の領域を含んでいてよい。し
たがって，この態様において，第一及び第二のＲＮＡ分子はそれぞれ，互いに相補
的なヌクレオチド配列を含む。例えば，一態様において，第一及び第二のＲＮＡ分
子はそれぞれ，他の配列と塩基対をつくって機能的ガイドＲＮＡを形成する配列（約
６から約２０ヌクレオチド）を含む。
【００７３】ガイドＲＮＡは，ＲＮＡ分子として細胞又は胚に導入され得る。
【００７４】他の態様において，ガイドＲＮＡは，ＤＮＡ分子として細胞又は胚
に導入され得る。かかる場合において，ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡは，目的
の細胞又は胚においてガイドＲＮＡを発現させるためにプロモーター調節配列に操
作可能に連結されていてよい。例示的態様において，配列をコードするＲＮＡは，
マウス又はヒトＵ６プロモーターに連結されている。
【００７５】ある態様において，ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡ配列は，ベク
ターの一部であり得る。好適なベクターには，プラスミドベクター及びウイルスベ
クターが含まれる。
【００７６】ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ及びガイドＲＮＡの両方がＤＮＡ
分子として細胞に導入される態様において，それぞれが，別個の分子の一部である
か又は両方が同じ分子の一部であってよい。
(ウ) 標的部位
【００７７】ガイドＲＮＡと結合させたＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，染
色体配列中の標的部位に導かれ，そこで，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは，染
色体配列中に二本鎖の切断を導入する。
(エ) 任意のドナーポリヌクレオチド
【００８５】標的染色体配列と配列類似性を有する上流及び下流配列を含むドナ
ーポリヌクレオチドは，直鎖又は環状であり得る。ドナーポリヌクレオチドが環状
である態様において，それは，ベクターの一部であり得る。例えば，ベクターは，プ
ラスミドベクターであり得る。
【００８８】典型的に，ドナーポリヌクレオチドはＤＮＡであり得る。ＤＮＡは，
一本鎖若しくは二本鎖及び／又は直鎖若しくは環状であり得る。ドナーポリヌクレ
オチドは，ＤＮＡプラスミド，細菌の人工染色体（ＢＡＣ），酵母の人工染色体（Ｙ
ＡＣ） ウイルスベクター，
， ＤＮＡの直鎖状断片，ＰＣＲフラグメント， （naked）
裸の
核酸，又はリポソーム又はポロキサマーのような送達ビークルと複合体を形成した
核酸であり得る。ある態様において，ドナー配列を含むドナーポリヌクレオチドは，
プラスミドベクターの一部であり得る。これらの状況のいずれかにおいて，ドナー
配列を含むドナーポリヌクレオチドは，少なくとも１つのさらなる配列をさらに含
み得る。
(オ) 実施例１：哺乳動物発現のためのＣａｓ９遺伝子の修飾
【０１３８】化膿性連鎖球菌株ＭＧＡＳ１５２５２（受託番号ＹＰ＿００５３８
８８４０．１）由来のＣａｓ９遺伝子を，哺乳動物細胞におけるその翻訳を強化す
るためにヒトのコドンで優先的に最適化した。Ｃａｓ９遺伝子は，また，哺乳動物
細胞の核に該タンパク質を標的化するためにＣ末端に核局在化シグナルＰＫＫＫＲ
ＫＶ（配列番号１）を付加することにより修飾された。
【０１４０】修飾されたＣａｓ９ＤＮＡ配列を，哺乳動物細胞における構成的発
現のために，サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーターの制御下に置いた。修飾
されたＣａｓ９ ＤＮＡ配列は，また，Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼを用いるインビトロ
でのｍＲＮＡ合成のためにＴ７プロモーターの制御下に置いた。
(カ) 実施例２：Ｃａｓ９のターゲティング
【０１４１】アデノ随伴ウイルス挿入部位１（ＡＡＶＳ１）遺伝子座を，Ｃａｓ９
仲介性ヒトゲノム修飾のための標的として用いた。ヒトＡＡＶＳ１遺伝子座は，タ
ンパク質ホスファターゼ１，調節サブユニット１２Ｃ（ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ）のイン
トロン１（４４２７ｂｐ）に位置する。
【０１４３】Ｃａｓ９ガイドＲＮＡは，ヒトＡＡＶＳ１遺伝子座を標的とするた
めに設計された。標的認識配列（すなわち，標的配列の非コーディング鎖に相補的
な配列）及びプロトスペーサー配列を含む４２ヌクレオチドのＲＮＡ（本明細書中
“ｃｒＲＮＡ”配列という。（５’から３’；ｃｒＲＮＡの３’配列に相補的な５’
） ）
配列及び付加的ヘアピン配列を含む８５ヌクレオチドのＲＮＡ（本明細書中“ｔｒ
ａｃｒＲＮＡ”配列という。；並びに，ｃｒＲＮＡのヌクレオチド１－３２，ＧＡＡ
）
Ａループ及びｔｒａｃｒＲＮＡのヌクレオチド１９－４５を含むキメラＲＮＡを調
製した。キメラＲＮＡコーディング配列はまた，ヒト細胞におけるインビボ転写の
ためのヒトＵ６プロモーターの制御下に置いた。
【０１４４】【表８】（別紙２のとおり）
(キ) 実施例３：ゲノム修飾をモニターするためのドナーポリヌクレオチドの調製
【０１４５】ＰＰＰ１Ｒ１２ＣのＮ末端へのＧＦＰタンパク質の特異的挿入を，
Ｃａｓ９仲介性ゲノム修飾をモニターするために用いた。相同組換えによる挿入を
仲介するために，ドナーポリヌクレオチドを調製した。ＡＡＶＳ１－ＧＦＰ ＤＮＡ
ドナーは，５’
（１１８５ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アーム，ＲＮＡスプラ
イシング受容体，ターボＧＦＰコーディング配列，３’転写ターミネーター及び３’
（１２１７ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アームを含んでいた。
【０１４７】特異的遺伝子導入は，ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ酸と
ターボＧＦＰの融合タンパク質をもたらし得る。予期される融合タンパク質は，Ｐ
ＰＰ１Ｒ１２Ｃの第一エクソンと設計されたスプライス受容体の間のＲＮＡスプラ
イシングからＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ酸残基（網掛け灰色部分）を
含む（‥）。
(ク) 実施例４：Ｃａｓ９仲介性特異的導入
【０１４９】トランスフェクションをヒトＫ５６２細胞で行った。Ｋ５６２細胞
株を American Type Culture Collection（ＡＴＣＣ）より入手し，１０％ＦＢＳ及び
２ｍＭのＬ－グルタミンを添加したイスコフ改変ダルベッコ培地中で増殖させた。
培養物をトランスフェクションの１日前に（１ｍＬ当たり約５０万個の細胞で）分
割した。細胞を，Ｔ－０１６プログラムを用いて Nucleofector Lonza） Nucleofector
（ の
ソリューションＶ（Lonza）を用いてトランスフェクションした。トランスフェクシ
ョン処理を表７に詳述する。
【０１５０】【表７】（別紙２のとおり）
【０１５１】蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）をトランスフェクションの４日後
に行った。ＦＡＣＳデータを図４に示す。４つの実験処理群（Ａ－Ｄ）のそれぞれで
検出されたＧＦＰの割合は，対照処理群（Ｅ，Ｆ）よりも多かった（甲１０５）。
(ケ) 実施例５：標的組換えのＰＣＲ確認
【０１５２】ゲノムＤＮＡを，トランスフェクションの１２日後に GenElute
Mammalian Genomic DNA Miniprep Kit（Sigma）を用いてトランスフェクション細胞
から抽出した。その後，ゲノムＤＮＡを，ＡＡＶＳ１－ＧＦＰプラスミドドナーの
５’相同アームの外側に位置するフォワードプライマー及びＧＦＰの５’領域に位
置するリバースプライマーを用いて，ＰＣＲ増幅させた。フォワードプライマーは，
５’－ＣＣＡＣＴＣＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＡＣＴＣＴ－３’ 配列番号１８）
（ であり，
リバースプライマーは，５’－ＧＣＧＧＣＡＣＴＣＧＡＴＣＴＣＣＡ－３’
（配列番
号１９）であった。ジャンクションＰＣＲから予期されるフラグメントサイズは，
１３ ８８ｂｐであった。増幅 を，以下のサイクル条件を用いて JumpStart Taq
ReadyMix（Sigma）を用いて行った：最初の変性のために９８℃で２分間；９８℃で
１５秒間，６２℃で３０秒間，及び７２℃で１分３０秒を３５サイクル；そして，最
後の伸張を７２℃で５分間。ＰＣＲ産物を１％アガロースゲル上で分離した。
【０１５３】アンチリバースキャップアナログ（ＡＲＣＡ）を用いて転写された
Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ（１０μｇ），０．３ｎｍｏｌのプレアニーリングされたｃｒＲ
ＮＡ－ｔｒａｃｒＲＮＡの二本鎖，及び１０μｇのＡＡＶＳ１－ＧＦＰ プラスミ
ドＤＮＡをトランスフェクトされた細胞は，予期されたサイズのＰＣＲ産物を示し
た（図５のレーンＡを参照のこと）。
⑵ 引用例１の記載のまとめ及び本件審決が認定した引用発明１
ア 引用例１には，ゲノム編集技術として，ガイドＲＮＡにより誘導されるＲＮ
Ａ誘導型エンドヌクレアーゼを提供することを主な目的とし，これによれば，従来
のゲノム編集技術であるＺＦＮ又はＴＡＬＥＮのように，標的ゲノム部位に対する
新しいヌクレアーゼの設計を要せず，特異性にも優れる技術が記載されている（【０
００１】～【０００４】。
）
イ 具体的には，⑴真核細胞に核局在化シグナルを含むＲＮＡ誘導型エンドヌク
レアーゼ（Ｃａｓ９タンパク質）を導入すること，⑵ガイドＲＮＡがＲＮＡ誘導型
エンドヌクレアーゼを標的部位に誘導すること及び⑶真核細胞において，ＲＮＡ誘
導型エンドヌクレアーゼが標的部位に二本鎖の切断を導入し，ドナーＤＮＡにより
標的部位の染色体配列が修飾されることが記載されている（【請求項１３】【請求項
，
１４】【０００５】。
， ）
このうち，⑴のＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを真核細胞に導入する方法とし
て，①タンパク質を導入する方法，②タンパク質をコードするｍＲＮＡを導入する
方法及び③タンパク質をコードするＤＮＡをベクターの一部にして導入する方法が
開示されている（【請求項１５～１７】【０００５】【００６４】。
， ， ）
また，⑵のガイドＲＮＡを真核細胞に導入する方法として，①単一分子（キメラ
ＲＮＡの一本鎖）を導入する方法及び②２つの別個の分子（ｃｒＲＮＡ－ｔｒａｃ
ｒＲＮＡの二本鎖）を導入する方法が開示され 【００７２】 実施例２，
（ ， 実施例４），
③上記①又は②のＲＮＡ（一本鎖又は二本鎖）をコードするＤＮＡをベクターの一
部にして導入する方法が開示されている（【００７４】【００７５】。
， ）
さらに，⑶のドナーＤＮＡについては，ベクターの一部にして真核細胞に導入す
ることが開示されている（【００８５】【００８８】。
， ）
そして，上記⑴から⑶の調製方法は，実施例１～３に記載されている。
ウ 実施例４及び５においては，⑴及び⑵の導入方法を変更した処理Ａ（⑴②，
⑵②），処理Ｂ及びＣ（⑴①，⑵①）並びに処理Ｄ（⑴③，⑵③）について，対照処
理群（Ｅ，Ｆ）と対比して，蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）
（実施例４），ＰＣＲ試
験（実施例５）を用いて，真核細胞の染色体配列の修飾の有無が確認されている。な
お，処理ＡないしＤのうち，処理ＡないしＣはベクター系ではなく，処理Ｄのみが
ベクター系である。
エ 本件審決は，引用例１から前記第２の３⑵のとおり引用発明１を認定した。
⑶ 引用発明１の認定
ア 引用例１には，標的ゲノム編集に関する発明が記載されている 【０００１】
（ ）
ところ，その発明につき，真核細胞又は胚に，少なくとも１つの核局在化シグナル
を含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ，又は少なくとも１つの
核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコー
ドする核酸を導入することを含み（【請求項１３】【０００５】，このうちＲＮＡ誘
， ）
導型エンドヌクレアーゼがＣａｓ９タンパク質に由来し（【請求項１４】 【０００
，
５】，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸がＤＮＡであり，ＤＮＡ
）
がガイドＲＮＡをコードする配列をさらに含むベクターの一部である（【請求項１
６】【請求項１７】
， 【００７５】）という構成が記載され，ＲＮＡ誘導型エンドヌクレ
アーゼをコードする核酸配列がプロモーター調節配列に操作可能に連結され，ベク
ターの一部となっている（【０００４】）という構成も記載されている。
よって，引用例１には，
「少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１
つのⅠⅠ型Ｃａｓ９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモー
ター調整配列を含むベクター」が記載されている。
イ 引用例１には，その発明につき，真核細胞又は胚に，少なくとも１つのガイ
ドＲＮＡ又は少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを導入することを
含み 【請求項１３】
（ ，
【０００５】，
） このうちガイドＲＮＡが３つの領域，すなわち，
染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域，ステムルー
プ構造を形成する第二の内部領域及び本質的に一本鎖のままである第三の３’領域
を含み（【００６７】，目的の細胞又は胚においてガイドＲＮＡを発現させるために
）
プロモーター調節配列に操作可能に連結され（【００７４】，ガイドＲＮＡをコード
）
するＤＮＡ配列がベクターの一部である（【００７５】）構成が記載されている。
よって，引用例１には，
「真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’
末端における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域，及び本質
的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡをコ
ードするＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター」が
記載されている。
ウ 引用例１には，その発明につき，真核細胞又は胚に，少なくとも１つのドナ
ーポリヌクレオチドを導入することを含み（【請求項１３】【０００５】，このドナ
， ）
ーポリヌクレオチドが環状である態様において，それがベクターの一部である（【０
０８５】）という構成が記載されている。
よって，引用例１には，
「少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクタ
ー」が記載されている。
エ 引用例１には，その発明が「ベクター系」であることが記載されている。
オ 引用例１には，その発明につき，真核細胞又は胚を，各ガイドＲＮＡが，ＲＮ
Ａ誘導型エンドヌクレアーゼを染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこでＲＮＡ誘
導型エンドヌクレアーゼが，該標的部位にて二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切
断が，染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復されるように培養
するという機能を有することが記載されている（【請求項１３】【０００５】。
， ）
よって，引用例１には，
「前記ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核
細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が，
該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色体配
列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される」が記載されている。
カ 以上によれば，引用例１には，上記アないしオの構成の記載があるから，本
件審決が認定したとおりの発明（引用発明１）が記載されているものと認められる。
⑷ 本願発明と引用発明１との対比
ア 本願発明は，前記第２の２のとおりであり，構成要件に分説すれば次のとお
りである。
Ａ エンジニアリングされた，天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リ
ピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）
（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）ベ
クター系であって，
Ｂ－ａ ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲＩ
ＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列をコードするヌクレオチド配列に作動可
能に結合している第１の調節エレメントであって，前記ガイド配列が，真核細胞中
のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブリダイズする，第１
の調節エレメント，
Ｂ－ｂ ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に
結合している第２の調節エレメント，
Ｂ－ｃ 組換えテンプレート
Ｃ を含む１つ以上のベクターを含み，
Ｄ 成分 a），ｂ）及びｃ）が，前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し，
Ｅ 前記系が，前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列とと
もに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有り）
（ＮＬＳ（複数の
場合も有り））をさらに含み，
Ｆ それによって，前記ガイド配列が，真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレ
オチド遺伝子座を標的とし，前記Ｃａｓ９タンパク質が，前記１つ以上のポリヌク
レオチド遺伝子座を開裂し，それによって，前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝
子座の配列が，改変される，
Ｇ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系。
イ 構成要件Ａ（Ｃ）について
(ア) 本願発明は，エンジニアリングされた，天然に存在しないクラスター化等
間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）
（ＣＲＩＳＰ
Ｒ－Ｃａｓ）系である。
他方，引用発明１は，天然に存在するＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム由来
のＣａｓ９タンパク質に，核局在化シグナルを含むなどの改変を行い 【００１４】
（ ，
【００６３】，エンジニアリングされた，天然に存在しないＣａｓ９タンパク質を
）
用いるから，引用発明１のこの部分は，本願発明の構成要件Ａのうちベクター系が
「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃ
ａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）」のものであるという部分に相当する。
(イ) 本願発明の構成要件Ａのうち「ベクター系」の部分（同Ｃも同じ。）は，引
用発明１の構成「ベクター系」に相当する。
ウ 構成要件Ｂ－ａについて
引用発明１の「真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端に
おける第一の領域」は，本願発明の「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の
１つ以上の標的配列にハイブリダイズする」「ガイド配列」に相当する。
引用発明１の「ステムループ構造を形成する第二の内部領域」と「本質的に一本
鎖のままである第三の３’領域」を合わせた第二及び第三領域は，本願明細書の【０
０７６】における「図１３Ｂ（判決注：
「図８Ｂ」の誤記である。）の下方位置に提供
し，最後の「Ｎ」およびループの上流の５’側の配列の部分は，ｔｒａｃｒメイト配
列に対応し，ループの３’側の配列の部分は，ｔｒａｃｒ配列に対応する。」の記載
から，本願発明の「ｔｒａｃｒＲＮＡ」配列及び「ｔｒａｃｒメイト配列」に「ルー
プ」を加えた配列に相当する。
そうすると，引用発明１の「真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的であ
る５’末端における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域及び
本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡ」
は，本願発明の構成要件Ｂ－ａの「ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒ
メイト配列を含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列」であり，
「前記
ガイド配列が，真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列に
ハイブリダイズする」ものに相当する。
したがって，引用発明１の「（ⅱ）真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的
である５’末端における第一の領域，ステムループ構造を形成する第二の内部領域
及び本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲ
ＮＡをコードするＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベク
ター」は，本願発明の「ａ）ガイド配列，ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配
列を含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ポリ－ヌクレオチド配列をコードするヌクレオチ
ド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって，前記ガイド配列
が，真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブリダ
イズする，第１の調節エレメント」「を含む１つ‥のベクター」に相当する。
エ 構成要件Ｂ－ｂについて
本願発明の第２の調節エレメントは，核局在化配列（ＮＬＳ）を含むＣＲＩＳＰ
Ｒ酵素をコードするものを含む（【００７１】）から，核局在化配列を含むＣＲＩＳ
ＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している調節エレメント
（
【００１２】）である。
他方，引用発明１の「（ⅰ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも
１つのＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモ
ーター調節配列を含むベクター」は，本願発明の「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を
コードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント」
「を
含む１つ‥のベクター」であり，
「Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチ
ド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有り）
（ＮＬ
Ｓ（複数の場合も有り））をさらに含」むものに相当する。
オ 構成要件Ｂ－ｃについて
引用発明１の「
（ⅲ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチド」は，本願発明の
「標的配列を含むターゲティングされる遺伝子座中への組換えに使用することがで
きる配列またはテンプレート」に当たる（本願明細書の【００６５】にその旨の説明
がある。）から，
「組換えテンプレート」に相当する。したがって，引用発明１の「少
なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクター」は，本願発明の「ｃ）組換
えテンプレート」「を含む１つ‥のベクター」に相当する。
カ 構成要件Ｄについて
引用例１には，
（ｉ） （ⅲ）
～ のベクターを，異なるベクターとする態様のほかに，
同じベクターとする態様も記載されている（【０００５】【００８８】
， ）から，本願発
明の構成要件Ｄに相当する。
キ 構成要件Ｅについて
引用発明１は，前記エのとおり，少なくとも１つの核局在化シグナルを含み，そ
の核局在化シグナルは，Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列と
ともに発現されるものであるから，本願発明の構成要件Ｅに相当する。
ク 構成要件Ｆについて
引用発明１は，上記（ｉ）～（ⅲ）の３つのベクターを構成要素とし，これら３つ
のベクターを含むベクター系が，
「ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真
核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質
が，該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色
体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される」という機能を備える
ものであるところ，引用発明１の「真核細胞中の染色体配列中の標的部位」 切断」
，
「 ，
「修飾」 本願発明の
は， 「真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座」，
「開裂」「改変」にそれぞれ相当する。
，
したがって，引用発明１の上記機能は，本願発明が備える「ガイド配列が，真核細
胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を標的とし，前記Ｃａｓ９タンパ
ク質が，前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を開裂し，それによって，前記
１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が，改変される」機能と同じ機能を有
するものであり，構成要件Ｆに相当する。
ケ 構成要件Ｇについて
引用発明１がＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系であることは明らかであり，本願
発明の構成要件Ｇにも相当する。
コ 以上によれば，本願発明と引用発明１は，同一であると認められる。
⑸ 原告らの主張について
ア 原告らは，引用例１は，標的部位の配列の改変がされたことにつき実験デー
タの裏付けがなく，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムを真核生物用途に適応するこ
とができたとする合理的根拠を示していないとして，①引用発明１には，本願発明
の機能である「ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核細胞中の染色体
配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が，該標的部位に
て染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色体配列が修飾され
るようにＤＮＡ修復過程により修復される」ことが含まれていないから，本願発明
と引用発明１が実質的に同一であるとはいえない，②引用例１に開示された系は，
本願発明の課題を解決することができないものであるから，特許法２９条の２の後
願排除効を有しているとはいえない，と主張する。
イ 上記ア①の主張について
(ア) 実施例４及び実施例５
引用例１は，新しいゲノム編集技術の提供，具体的には，ガイドＲＮＡにより誘
導されるＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼの提供を主たる目的とした特許文献であ
るところ，その実施例４の処理Ｄでは，真核細胞に核局在化シグナルを含むＲＮＡ
誘導型エンドヌクレアーゼ（Ｃａｓ９タンパク質）を導入する方法として，タンパ
ク質をコードするＤＮＡをベクターの一部にして導入する方法が開示され，真核細
胞にガイドＲＮＡを導入する方法として，Ｕ６－キメラＲＮＡプラスミドＤＮＡを
用いることが開示されている。
実施例４では，蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）が行われ，実施例５でＰＣＲ実験
が行われている。
(イ) 蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）
標的配列にドナー配列が導入されると，ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ
酸とターボＧＦＰの融合タンパク質がもたらされ（実施例３），当該融合タンパク質
（発現したＧＰＦタンパク質）に，レーザー光を照射すると，特定波長の蛍光を発
する（甲１０３の５頁２行～５行）。このＧＦＰタンパク質が発する蛍光を測定すれ
ば，ＧＦＰタンパク質が細胞内で発現していることや標的配列にドナー配列（ＧＦ
Ｐ遺伝子など）が組み込まれていることなどの推測が可能となる。
引用例１の実施例４には，処理Ｄ（処理Ｅ～Ｆは対照処理群）において，実施例１
～３にて調製されたＣａｓ９，ガイドＲＮＡ，ドナーポリヌクレオチドを用いて蛍
光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を行ったことが記載されている。
実施例４の実験結果を示す図４－１～３（別紙２のとおり）によれば，処理Ｄの
数値７．４７％は，対照処理群である「ＡＡＶＳ１－ＧＦＰプラスミドＤＮＡ」
（ド
ナーＤＮＡ）のみを用いた処理Ｅ（１．９２％）や試薬なしの処理Ｆ（０．１５９％）
よりも相当高く，これによれば，標的配列にドナー配列（ＧＦＰ遺伝子など）が組み
込まれていると認められる。
(ウ) ＰＣＲ実験の結果について
ＰＣＲ実験では，実験で得られるＰＣＲ産物の有無をゲル上のバンドで検出する
ことにより，ドナー配列（ＧＦＰ遺伝子）が標的配列又はその近傍に組み込まれて
いることを推測することが可能となる（甲１０３の１８頁１０行～２０頁１６行）。
実施例５には，実施例４と同じサンプルを用いてＰＣＲ実験を行ったことが記載
されているところ，実施例５の実験結果を示す図５（別紙２のとおり）によると，処
理Ｄについて予想される１３８８ｂｐ（塩基長）のバンドが検出されなかった。
しかしながら，実施例５の処理Ｄにおいては，本願明細書のｎが＋４８のキメラ
ＲＮＡ（ｔｒａｃｒ配列が２６ヌクレオチド長）や＋５４のキメラＲＮＡ（ｔｒａ
ｃｒ配列が３２ヌクレオチド長）と同様に，ガイドＲＮＡや標的配列などの違いに
より，ゲノム改変効率が不足していた結果として，所定のゲル上のバンドが検出さ
れなかった可能性も否定できない。よって，実施例５の処理Ｄの結果があるからと
いって，引用発明１のベクター系が，標的配列にドナー配列（ＧＦＰ遺伝子など）を
組み込む機能を有することは否定されない。
(エ) 以上によれば，引用例１の記載から，ガイドＲＮＡにより誘導されるＲＮＡ
誘導型エンドヌクレアーゼが真核細胞における標的部位の染色体配列を修飾できる
機能を備えることを理解することができる。
(オ) 引用例１においては，（ｉ）のベクターとして，化膿性連鎖球菌株から得ら
れたＣａｓ９遺伝子を，哺乳動物細胞での翻訳を強化するために最適化し，Ｃ末端
に核局在化シグナルＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号１）を付加した後，プロモーターの
制御下において得られたベクターが用いられている（実施例１）。
また，引用例１では，
（ⅱ）のベクターとして，ｃｒＲＮＡのヌクレオチド１－３
２，ＧＡＡＡループ及びｔｒａｃｒＲＮＡのヌクレオチド１９－４５を含むキメラ
ＲＮＡをヒトＵ６プロモーターの制御下においた得られたベクターが用いられてい
る（実施例２）。
さらに，引用例１では，
（ⅲ）のベクターとして，目的遺伝子を標的配列に相同組
換えにより挿入する「ＡＡＶＳ１－ＧＦＰプラスミドＤＮＡ」が用いられている（実
施例３）。
そして，引用例１の実施例４には，実施例１～３に記載された各ベクターを含む
ベクター系が，真核細胞中の標的配列を開裂し，当該標的配列の改変を行う機能を
備えていることが実験例をもって開示されている。
このように，引用発明１の（ｉ）～（ⅲ）の各ベクターは，真核細胞内で適切に転
写，翻訳，核移行等がなされるに必要な技術手段，及び，真核細胞内で適切に標的配
列の改変がなされるに必要な技術手段を備えたものであり，したがって，それらが
真核細胞中の標的配列を開裂し，当該標的配列の改変を行う機能を有していること
も開示されていると理解することができる。
(カ) 小括
以上によれば，引用例１には，
「ガイドＲＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真
核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質
が，該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色
体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される」ことが，形式的な記
載だけでなく，実体を伴って記載されていたというべきであり，引用発明１のベク
ター系も，上記機能を含むものとして開示されていると理解することができる。
ウ 上記ア②の主張について
(ア) 特許法２９条の２は，特許出願に係る発明が，当該特許出願の日前の他の特
許出願又は実用新案登録出願であって，当該特許出願後に特許掲載公報，実用新案
掲載公報の発行がされたものの願書に最初に添付した明細書又は図面（以下「先願
明細書等」という。）に記載された発明又は考案と同一であるときは，その発明につ
いて特許を受けることができないと規定する。
同条の趣旨は，先願明細書等に記載されている発明は，特許請求の範囲以外の記
載であっても，出願公開等により一般にその内容は公表されるので，たとえ先願が
出願公開等をされる前に出願された後願であっても，その内容が先願と同一内容の
発明である以上，さらに出願公開等をしても，新しい技術をなんら公開するもので
はなく，このような発明に特許権を与えることは，新しい発明の公表の代償として
発明を保護しようとする特許制度の趣旨からみて妥当でない，というものである。
同条にいう先願明細書等に記載された「発明」とは，先願明細書等に記載されて
いる事項及び記載されているに等しい事項から把握される発明をいい，記載されて
いるに等しい事項とは，出願時における技術常識を参酌することにより，記載され
ている事項から導き出せるものをいうものと解される。
したがって，特に先願明細書等に記載がなくても，先願発明を理解するに当たっ
て，当業者の有する技術常識を参酌して先願の発明を認定することができる一方，
抽象的であり，あるいは当業者の有する技術常識を参酌してもなお技術内容の開示
が不十分であるような発明は，ここでいう「発明」には該当せず，同条の定める後願
を排除する効果を有しない。そして，ここで求められる技術内容の開示の程度は，
当業者が，先願発明がそこに示されていること及びそれが実施可能であることを理
解し得る程度に記載されていれば足りるというべきである。
(イ) これを本件についてみると，引用発明１の実施例１～３には，引用発明１
の（ｉ）～（ⅲ）の各ベクターを製造する方法が詳細に記載されており，実施例４に
は，ドナー配列（ＧＦＰ遺伝子）が標的配列又はその近傍に組み込まれていること
を確認するための具体的な試験方法も明記されている。
また，前記のとおり，実施例４の実験結果から，核局在化シグナルを含むＲＮＡ
誘導型エンドヌクレアーゼ，ガイドＲＮＡ，ドナーポリヌクレオチドの組合せが，
真核細胞に組み込まれ，標的部位にて二本鎖の切断及び修復が生じていると理解す
ることができ，実施例５の実験結果も上記の理解の妨げになるものとは解されない。
さらに，上記（ｉ）～（ⅲ）のベクターを含むベクター系は，真核細胞内で適切に
転写，翻訳，核移行等がなされるに必要な技術手段，及び，真核細胞内で適切に標的
配列の改変がなされるに必要な技術手段を備えたものであるから，ベクター系にし
た場合でも，真核細胞中の標的配列を開裂し，標的配列の改変を行う機能を有する
ものと理解できることも，上記のとおりである。
そうすると，引用例１には，当業者が，先願発明がそこに示されていること及び
それが実施可能であることを理解し得る程度の記載があるといえるから，
「ガイドＲ
ＮＡが，ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導
し，そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が，該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の
切断を誘導し，該二本鎖の切断が，染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程
により修復される」機能の部分も含めて，後願を排除するに足りる程度の技術が公
開されていたものと認めるのが相当である。
エ 原告らのその他の主張について
(ア) 原告らは，引用例１の優先基礎明細書（甲１０５）によれば，実施例４に「ド
ナー配列の挿入および融合タンパク質の発現が確認された」という文言がなく，実
施例４で採用されたＦＡＣＳだけでは，検出された蛍光が標的部位への組込み以外
の他の要因によるものでないことが示されているとはいえず，また，対象と比較し
て約１０倍以上の蛍光が検出されなければ，標的部位への組込みが生じていないと
理解すべきであるとして，これに沿う研究者の意見書（甲１０３）を提出する。しか
し，引用例１に記載された実験結果について，技術内容の開示が不十分であるとま
ではいえない。
原告らは，実施例５のＰＣＲ実験の結果で，処理ＤにおいてＰＣＲ産物が確認さ
れなかったことから，標的部位にはドナー配列の遺伝子が組み込まれなかったこと
が示されていると主張するが，実施例５の処理Ｄにおいては，前記イ(ウ)のとおり，
ガイドＲＮＡや標的配列などの違いにより，ゲノム改変効率が不足していた結果と
して，所定のゲル上のバンドが検出されなかった可能性があるから，実施例５の処
理Ｄの結果から，引用発明１のベクター系が，標的配列にドナー配列（ＧＦＰ遺伝
子など）を組み込む機能を有することまで否定されないと解すべきである。
(イ) 原告らは，当業者であれば，引用例１のＦＡＣＳ実験とＰＣＲ実験により得
られた矛盾する結果を検討し，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムが真核細胞におい
て作動するか否かの疑問は未解決であると結論したはずである，あるいは，他の科
学者らが他の技術又は構築物を用いて真核細胞で成功を収めることができたことに
基づいて引用例１の実験が成功したと推論することもできないとも主張する。
しかし，実施例４の実験結果は，核局在化シグナルを含むＲＮＡ誘導型エンドヌ
クレアーゼ，ガイドＲＮＡ，ドナーポリヌクレオチドが，真核細胞に組み込まれ，標
的部位において二本鎖の切断及び修復が生じていることを理解するに足りるもので
あるし，実施例５の実験結果も上記の理解の妨げになるものとまでは解されない。
また，引用発明１の（ｉ）～（ⅲ）のベクターを含むベクター系は，前記イ(オ)の
とおり，真核細胞内で適切に転写，翻訳，核移行等がなされるに必要な技術手段，及
び，真核細胞内で適切に標的配列の改変がされるに必要な技術手段を備えるから，
引用発明１のベクター系が，真核細胞中の標的配列を開裂し，当該標的配列の改変
を行う機能を有するものと理解することができ，引用例１には，引用発明１の実施
が可能であることを理解するに足りる記載がある。
そうすると，引用発明１において，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムが真核細胞
でも作動するか否かが解決していないとはいえない。
(ウ) 原告らは，本願発明は，ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムを真核細胞内環境
において真核生物のゲノムＤＮＡに適合させるガイダンスを開示しているとして，
引用例１のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９系との機能の相違を強調するが，本願発明は，
請求項１の記載から判断して，Ｃａｓ９に複数のＮＬＳを付加する，ｔｒａｃｒＲ
ＮＡを長くする，キメラＲＮＡの３’末端にターミネーターとして例えばポリＴを
挿入する等の選択を行ったものではなく，むしろ，本願発明と引用発明１は，発明
の構成上，共通のベクターを含むベクター系を使用するものである。
両者の相違を強調する原告らの主張は理由がない。
⑹ 小括
以上のとおり，本願発明は，引用発明１と同一であるから，特許法２９条の２の
規定により特許を受けることができない。
よって，取消事由１は理由がない。
３ 結論
以上によれば，本件審判請求が成り立たないとした本件審決の結論に誤りはなく，
原告らの請求は理由がないから棄却することとし，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第１部
裁判長裁判官 高 部 眞 規 子
裁判官 小 林 康 彦
裁判官 関 根 澄 子
別紙１（本願発明図面目録）
【図８】
【図１１】
別紙２（引用発明１図面等目録）
【表７】
【表８】
【図４】