令和1(行ケ)10112審決取消請求事件

令和２年１０月２１日判決言渡
令和元年（行ケ）第１０１１２号 審決取消請求事件
口頭弁論終結日 令和２年８月２４日
判 決
大阪市北区大深町３番１号
原 告 株 式 会 社 ダ イ セ ル
同訴訟代理人弁護士 吉 澤 敬 夫
川 田 篤
同訴訟代理人弁理士 紺 野 昭 男
井 波 実
原告補助参加人 株式会社アドバンスト・メディカル・ケア
同訴訟代理人弁護士 水 野 晃
丹 羽 厚 太 郎
中 田 裕 人
同訴訟代理人弁理士 関 根 宣 夫
被 告 大 塚 製 薬 株 式 会 社
同訴訟代理人弁護士 城 山 康 文
林 康 司
山 内 真 之
大 出 萌
同訴訟代理人弁理士 小 野 誠
重 森 一 輝
主 文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用のうち，補助参加によって生じた費用は原告補助参加人
の負担とし，その余は原告の負担とする。
事 実 及 び 理 由
第１ 請求
特許庁が無効２０１８－８００１２２号事件について令和元年７月１９日にした
審決を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，特許無効審判請求に対する不成立審決の取消訴訟である。争点は，①訂
正要件違反の有無，②サポート要件及び実施可能要件違反の有無，③新規性・進歩
性の各認定判断の誤りの有無である。
１ 手続の経緯
被告は，平成２０年６月１３日（以下「本件原出願日」という。，発明の名称を
）
「エクオール含有抽出物及びその製造方法，エクオール抽出方法，並びにエクオー
ルを含む食品」とする発明について，特許出願（特願２００９－５１９３２６号［以
下「本件原出願」という。 ，優先権主張：平成１９年６月１３日［以下「本件優先
］
日」という。，優先権主張国：日本国）をし，平成２５年５月２２日，上記特願２
］
００９－５１９３２６号の一部を特願２０１３－１０８４３９号として分割出願し，
平成２８年８月９日，上記特願２０１３－１０８４３９号の一部を特願２０１６－
１５６３７２号として分割出願し，平成２９年６月２８日，上記特願２０１６－１
５６３７２号の一部を特願２０１７－１２５８８０号として分割出願し，平成３０
年１月１９日，特許第６２７５３１３号として特許権の設定登録（請求項の数１）
を受けた（甲３，２０，甲５８の１，甲５９。以下，この特許を「本件特許」とい
い，本件特許に係る明細書及び図面を「本件明細書」という。 。
）
原告は，平成３０年１０月１２日，本件特許の無効審判請求をし，被告は，平成
３１年１月２４日付で本件特許の特許請求の範囲についての訂正請求（以下「本件
訂正」という。）をした。
特許庁は，上記無効審判請求を無効２０１８－８００１２２号事件として審理し，
令和元年７月１９日，本件訂正を認めた上，「本件審判の請求は，成り立たない。」
との審決をし，同審決謄本は，同月２６日に原告に送達された。
２ 発明の要旨（甲２０，甲２７の１・２）
(1) 本件訂正前の本件特許の特許請求の範囲の記載は，次のとおりである。
【請求項１】
ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択され
る少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料をオルニチ
ン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オ
ルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法。
(2) 本件訂正による訂正後の本件特許の特許請求の範囲の記載は，次のとおりで
ある（以下，本件訂正後の請求項１記載の発明を「本件訂正発明」という。下線部
が本件補正による補正箇所である。）。
【請求項１】
ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択され
る少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること，及び，
前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエ
クオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエク
オールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，
前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチ
ン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成し，及び，
前記発酵物が食品素材として用いられるものである，
前記製造方法。
３ 審決の理由の要点
(1) 無効理由
原告は，本件訂正が新規事項の追加に当たるとして，本件訂正の可否を争うとと
もに，以下の理由から，本件訂正発明が，特許法１２３条１項２号及び４号に該当
すると主張する。
ア 無効理由１
本件訂正発明は，甲１（国際公開第２００７／０６６６５５号）に記載された発
明であるか，甲１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることがで
きたものであり，特許法２９条１項３号又は同条２項により特許を受けることがで
きない。
イ 無効理由２
本件訂正発明は，サポート要件及び実施可能要件を満たさないものであるから，
特許法第３６条６項１号及び同条４項１号の要件を充足しない。
ウ 無効理由３
本件訂正発明は，甲６（南田公子ほか「Production of Equol from Daidzein by
Gram-Positive Rod-Shaped Bacterium Isolated from Rat Intestine」JOURNAL OF
BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING Vo.102 No.3 p.247-250,２００６年）に記載され
た発明（以下「甲６発明」という。）であるか，甲６発明に基づいて当業者が容易
に発明をすることができたものであり，特許法２９条１項３号又は同条２項により
特許を受けることができない。
(2) 本件訂正の可否について
ア 訂正事項１について
請求項１に「少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原
料を」と記載されているのを，
「少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加
すること，及び，前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料を」と訂正す
る訂正事項１は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものであり，また，本件明細
書の段落【００３６】【００５０】【０２２２】【０２２６】等には，ダイゼイン
， ， ，
類にアルギニンを添加して発酵を行うことが記載されているから，新規事項の追加
に該当せず，実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
イ 訂正事項２について
請求項１に「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法」と記載さ
れているのを，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法」
と訂正する訂正事項２は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものであり，また，
本件明細書の段落【０１４４】【０２２２】【０２２５】【０２２９】などには，
， ， ，
発酵物を粉末状にすることが記載されているから，新規事項の追加に該当せず，実
質上特許請求の範囲を拡張し，又は変更するものでもない。
ウ 訂正事項３について
請求項１に，オルニチン及びエクオールの生成量の具体的な数値を更に特定する
「・・・であって，前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍ
ｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成し，」の記載を追加する訂
正事項３は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものであり，また，本件明細書の
段落【００５０】には，アルギニンを含む「大豆胚軸」を発酵原料とした発酵物に
ついて，
「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上」に該当する量のオルニチンを生
成することが記載され，段落【００４２】には，
「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍ
ｇ以上」に該当する量のエクオールを生成することが記載されており，エクオール
やオルニチンの生成量は，アルギニンを含むダイゼイン類を発酵原料とした用いた
場合についても同様であると認められ，本件明細書の段落【００４２】，
【０２２６】
には，オルニチン及びエクオールが発酵処理により生成したものであることが記載
されているから，新規事項の追加に該当せず，実質上特許請求の範囲を拡張し，又
は変更するものでもない。
エ 訂正事項４について
請求項１に，生成物である発酵物の用途が食品素材であることを更に特定する「及
び，前記発酵物が食品素材として用いられるものである」の記載を追加する訂正事
項４は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものであり，また，本件明細書の段落
【０１４４】等には，発酵物の用途が食品素材であることが記載されているから，
新規事項の追加に該当せず，実質上特許請求の範囲を拡張し，又は変更するもので
もない。
(3) 無効理由１（甲１に基づく新規性・進歩性欠如）について
本件原出願の優先権の基礎となる出願に係る書類（甲２の１［特願２００７－１
５６８２２号に係る書類。以下「基礎出願Ａ」という。］，甲２の２［特願２００
７－１５６８２５号に係る書類。以下「基礎出願Ｂ」という。］，甲２の３［特願
２００７－１５６８３３号に係る書類。以下「基礎出願Ｃ」という。］。以下，基
礎出願Ａ～Ｃを併せて「基礎出願」という。）に「発酵原料」として明示的に記載
されているのは「大豆胚軸」であるが，基礎出願には，発酵原料に「大豆胚軸」以
外の成分を添加すること，「大豆胚軸」はダイゼイン配糖体やダイゼイン等のダイ
ゼイン類を多く含む材料として使用されることが記載されている。
また，基礎出願には，エクオール産生微生物が「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，
及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」
を資化することでエクオールを産生することが記載されている。
そうすると，「発酵原料」として微生物が資化する「ダイゼイン配糖体，ダイゼ
イン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼ
イン類」を含むものを用いることは，基礎出願の記載から自明であって，記載され
ていたに等しい事項である。したがって，本件訂正発明の新規性・進歩性の判断基
準日は，優先権を主張する優先日（本件優先日）である平成１９年６月１３日とな
り，本件優先日より後に頒布された刊行物である甲１を証拠として本件訂正発明の
新規性・進歩性欠如をいうことはできない。
(4) 無効理由２（サポート要件及び実施可能要件違反）について
本件訂正発明の解決しようとする課題は，「ダイゼイン類とアルギニンを含む発
酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理す
ることによって，オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物を製造でき
る方法」の提供である。
発酵原料に含まれる「ダイゼイン類」とは「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及び
ジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種」であり，
「ダイゼイ
ン配糖体」は，
「ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン等」であることが
本件明細書に記載されており，これらの物質やアルギニンは当業者が入手可能なも
のである。
また，発酵に用いられる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する
微生物」について，本件明細書には，ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物は
開示されていないものの，アルギニンからオルニチンへの変換能を指標としてオル
ニチンを産生する微生物を得る方法は当該技術分野における周知技術であること及
び本件原出願日当時にいくつかのエクオール産生微生物が知られていたことからす
ると，当業者は，本件明細書の段落【００３２】に記載されるような，本件原出願
日当時にエクオール産生微生物として知られていたものを対象とし，アルギニンか
らオルニチンへの変換能を指標として，オルニチンを産生するものを得ることがで
きる。
そして，本件明細書の段落【０１４４】【０２２２】【０２２５】【０２２９】
， ， ，
等には，発酵物を乾燥処理及び粉末化処理により粉末状とすることが記載されてい
る。
そうすると，当業者は，本件明細書の記載から，ダイゼイン類とアルギニンを含
む発酵原料を準備し，これをオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する
微生物で発酵処理して発酵物とし，発酵物を乾燥処理及び粉末化処理することによ
って，オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物を製造することができ，
本件訂正発明の上記課題が解決できることを理解するといえる。したがって，サポ
ート要件及び実施可能要件は満たされている。
(5) 無効理由３（甲６に基づく新規性・進歩性欠如）について
ア 甲６発明
甲６には，次の発明（甲６発明）が記載されている。
「エクオール産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３を，アルギニ
ン及びダイゼインを含む培地で培養し，ダイゼインをエクオールに変換する方法。」
イ 対比
本件訂正発明と甲６発明とを対比すると， 本件訂正発明では，微生物が「オルニ
チン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であり，微生物による発酵
原料の発酵処理によって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン
及び１ｍｇ以上のエクオール」が生成し，発酵物が「オルニチン及びエクオールを
含有する」ものであるのに対して，甲６発明では，微生物が「エクオール産生能力
を有する微生物」であり，発酵物が「エクオールを含有する」ものである点で相違
する（以下，この相違点を「本件相違点１」という。。
）
ウ 判断
甲６には培地を発酵させてエクオールを得ることが記載されているが，発酵物の
乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチンを得ることについて何ら記載されて
おらず，本件訂正発明は甲６発明と同一ではない。
また，アルギニンからオルニチンを生成させ，オルニチンを「発酵物の乾燥重量
１ｇ当たり，８ｍｇ以上」のような高い割合の有用な生成物として得ることについ
てまで甲６に示唆されているともいえない。
したがって，当業者が甲６発明に基づいて容易に本件訂正発明を発明することが
できたとはいえない。
第３ 原告及び原告補助参加人（以下「原告ら」という。）が主張する審決取消事由
１ 取消事由１（訂正要件の認定及び判断の誤り）
２ 取消事由２（優先権主張についての認定及び判断の誤り）
３ 取消事由３（サポート要件・実施可能要件についての認定及び判断の誤り）
４ 取消事由４（甲６に基づく新規性・進歩性欠如についての認定及び判断の誤
り）
第４ 当事者の主張
１ 取消事由１（訂正要件の認定及び判断の誤り）について
（原告らの主張）
(1) 訂正事項１について
ア 本件明細書の段落【００３６】 【００５０】 【０２２２】 【０２２６】
， ， ，
等に記載されているのは，
「大豆胚軸にアルギニンを添加」して発酵を行うことであ
り，
「ダイゼイン類にアルギニンを添加」して発酵を行うことは記載されていないか
ら，訂正事項１は新規事項を追加するものである。
イ 「ダイゼイン配糖体」「ダイゼイン」「ジヒドロダイゼイン」は，それ
， ，
ぞれ，「大豆胚軸」から抽出された特定のイソフラボンの一種であるから，「大豆胚
軸」が，
「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，およびジヒドロダイゼインよりなる群か
ら選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の一例であるとする被告の主張は，
ある原料から抽出した特定成分の一例が，抽出前の原料そのものであると主張して
いるものであって，論理矛盾である。
「大豆胚軸」にアルギニンを添加している本件明細書の実施例（段落【０２２２】
～【０２２８】）は，「大豆胚軸」に含まれない「ジヒドロダイゼイン」にアルギニ
ンを添加することの実証にはなり得ない。
(2) 訂正事項２について
本件明細書の段落【０１４４】は，大豆胚軸発酵物の粉末化処理を述べたものに
すぎないし，同【０２２２】【０２２５】【０２２９】の記載も「粉末状の大豆胚
， ，
軸発酵物」を得るための粉末化処理であり，
「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジ
ヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の発
酵物の粉末化処理について記載されているものではないから，訂正事項２は新規事
項を追加するものである。
(3) 訂正事項３について
ア 本件明細書の段落【００４２】には，
「大豆胚軸発酵物中のエクオール含
量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通
常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場
合），エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８
ｍｇ含まれている。」と記載されているだけであり，審決が認定する「発酵物の乾燥
重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」に該当する量のエクオールを生成することについては
記載がなく，また，訂正事項３の「１ｍｇ以上のエクオール」という「１ｍｇ以上」
であれば，どのような値であってもよいことなどは一切開示がない。
イ オルニチン含有量についても，本件明細書の段落【００５０】には，
「こ
のようなエクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体
的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２
０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。」
と記載されているだけであり，審決が認定する「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍ
ｇ以上」に該当する量のオルニチンを生成することについては記載がなく，また，
訂正事項３の「８ｍｇ以上のオルニチン」という「８ｍｇ以上」であれば，どのよ
うな値であってもよいことなどは一切開示がない。
オルニチンの健康食品としての用量は，８００ｍｇ／日（甲５２）や１０００ｍ
ｇ／日（甲５３）などとされているが，
「８ｍｇ以上」という数値に，このような１
０００ｍｇもの値を含まれるとすると，そのような多量のオルニチンをどのように
すれば得られるのかなどについて，本件明細書には一切記載はない。
「以上」という文言は，文理解釈によると，上限がないという意味であり，本件
訂正発明の技術的範囲は，特許法７０条から上限のない広い範囲に当然に及ぶ。ま
た，技術常識上「下限値をはるかに超えるような生成量である場合」とすると，そ
の上限値を規定しないと，請求項が広すぎることになって，訂正要件違反となるこ
とは論理的に明らかである。審決は，侵害論等における解釈論と特許法の訂正要件
や記載要件違反の問題を混同するという誤りを犯している。
また，本件明細書の段落【００５６】【０２２６】によると，本件訂正発明にお
，
いて生成するオルニチンは，大豆胚軸中に既に含まれているアルギニンとは無関係
であり，飽くまで添加されたアルギニンから生成するもののみに限られるところ，
本件明細書において，添加されたアルギニンから８ｍｇ以上のオルニチンが生成し
た旨の記載はなく，本件明細書の【表３】の実施例を踏まえても，添加されたアル
ギニンからは５．６４ｍｇのオルニチンしか生成していない。
ウ 「大豆胚軸」に含まれる微生物が生育するためのアミノ酸等の栄養成分
を含まない「ダイゼイン類」そのものを発酵原料として用いたものは，本件明細書
には開示されておらず，原告がした実験の結果（甲４６。 「原告実験」
以下 という。）
によると，
「大豆胚軸」を用いず「ダイゼイン類」だけにアルギニンを加えたとして
も，タンパク質，微生物の生育に必要なアミノ酸などの栄養成分を含まないため，
発酵は進まなかった。
「ダイゼイン類」を発酵原料として用いた場合のエクオールや
オルニチンの生成量についての審決の認定は，本件明細書の開示を超えたものであ
る。
被告の挙げる本件明細書の段落【００４２】 【００５０】に記載の数値は，いず
，
れも「大豆胚軸」と「アルギニン」を用いて発酵させた例であり，アルギニンを添
加する対象を「ダイゼイン類」とした場合の数値ではない。本件明細書の段落【０
２２８】【表３】のオルニチンの数値も，アルギニンを「大豆胚軸」に添加した場
，
合に含まれるアルギニンから得られたオルニチンの数値を示しているだけで，アル
ギニンを「ダイゼイン類」に添加した場合に得られるオルニチンの数値を示しては
いない。
なお，被告は，原告実験の追試をしたところ，
「ダイゼイン＋水＋アルギニン」の
みからでもエクオールが生成したとする原告実験の結果と相反する実験報告書（乙
１３）を提出するが，被告が乙１３の実験報告書において用いたのは，水素が大量
に用いられるなど，極めて特殊な嫌気的条件であり（甲７６）本件明細書において，
，
嫌気的条件についての具体的な記載が存在しないから，上記主張を左右するもので
はない。
(4) 訂正事項４について
本件明細書の段落【０１４４】には，大豆胚軸発酵物を食品素材として使用する
ことが記載されているだけで，
「ダイゼイン類」の発酵物について食品に使用するこ
とを記載しておらず，訂正の根拠とならないから，訂正事項４も新規事項を追加す
るものである。
なお，
「ダイゼイン類」の発酵物と「大豆胚軸発酵物の発酵後の状態」のものとは，
含まれる成分が全く異なるから，本件明細書の段落【０１４４】の記載は，
「ダイゼ
イン類」を食品に使用することを記載したものとはいえず，訂正の根拠とならない。
(5) 小括
訂正事項１～４は，いずれも新規事項の追加に当たり，本件訂正は，訂正要件を
充足しない不適法なものである。
（被告の主張）
(1) 本件特許の技術思想について
ア 本件明細書の段落【００３１】【００３８】
， ，基礎出願Ａの段落【００１
３】【００２０】
， ，基礎出願Ｂの段落【００１５】【００２２】
， ，基礎出願Ｃの段落
【００１４】【００２１】にあるとおり，発酵原料においてエクオール産生のため
，
に微生物が資化するのは，「大豆胚軸」やイソフラボンに含まれる「ダイゼイン類」
であることが説明されているから，当業者は，用いられ得る発酵原料としては，エ
クオールに資化される「ダイゼイン類」を含むものである限り，
「大豆胚軸」のみに
留まらないこと ，すなわち，「大豆胚軸」は，飽くまで「少なくとも１種のダイゼ
イン類を含む発酵原料」の代表的な例として記載されていることを当然に理解でき
る。
現に，以下の本件明細書の【表２】にあるとおり，本件明細書の段落【０２２５】
～【０２２８】，基礎出願Ａの段落【０１０３】～【０１０５】，基礎出願Ｂの段落
【００７４】～【００７７】及び基礎出願Ｃの段落【００５７】～【００５９】【０
，
０６７】～【００８０】の実施例では，
「ダイゼイン類」が資化されてエクオールが
生成することが実証されている。
また，証拠（甲３８［内山成人他「新規エクオール産生乳酸菌のヒト糞便からの
単離・同定」腸内細菌学雑誌２１巻３号２１７頁～２２０頁，平成１９年］，甲３９
［特開２００８－６１５８４号公報］，甲４０［内山成人「大豆由来の新規成分“エ
クオール”の最新知見」日本食品科学工学会誌６２巻７号３５６頁～３６３頁，平
成２７年７月］）にあるとおり，ダイゼイン類からエクオールへの発酵過程（ダイゼ
イン配糖体［ダイジン］から，ダイゼイン，ジハイドロダイゼインを経てエクオー
ルが産生される過程）から，当業者は，本件明細書や基礎出願においてエクオール
産生のために微生物が資化するもの，すなわち，実質的な発酵原料は，
「ダイゼイン
類」であることを当然に理解する。
【表２】
甲４０の図１
イ 原告らは，ジヒドロダイゼインが「大豆胚軸」の成分ではないと主張す
るが，上記甲４０の図１からも明らかなように，中間代謝物であるジヒドロダイゼ
イン自体を発酵原料中に含む場合においては，ジヒドロダイゼインを原料としてエ
クオールが得られることも十分に理解できる。原告が述べるように，本件特許が「大
豆胚軸」のみを発酵原料として想定しているならば，本件明細書の段落【００３１】
で（大豆胚軸中に当初成分として含まれない）ジヒドロダイゼインを含めた形で「ダ
イゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される
少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）」
と説明しないはずであり，この点から見ても，本件特許が，
「ダイゼイン類」を発酵
原料として認識していることが裏付けられる。
ウ 被告が原告実験と同様の実験を行ったところ，栄養素を別途添加するこ
となく，ダイゼイン，水及びアルギニンを発酵原料とした場合でも発酵が進み，乾
燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが産生することが示された（乙１３）。
原告らは，乙１３の実験の嫌気的条件が極めて特殊なものであると主張するが，
被告らは，市販のガスパックの条件に基づいて調整しただけのものであり，ガス組
成を利用するのに試行錯誤を要したものではない（乙１９）。
さらに，被告において，ラクトコッカス２０－９２株及びｄｏ０３株について，
それぞれ，
「水素：二酸化炭素：窒素＝１０：１０：８０」の割合の混合ガスを用い
て「ダイゼイン＋水＋アルギニン」を発酵させるという，甲４６に記載の条件に倣
って再現実験を行ったところ，発酵物の乾燥重量１ｇ当たりそれぞれ１ｍｇ以上の
エクオール及び８ｍｇ以上のオルニチンが生成することが確認された（乙２１）。
(2) 訂正事項１について
原告らの主張は，「大豆胚軸」と本件訂正発明で規定される「ダイゼイン配糖体，
ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種の
ダイゼイン類を含む発酵原料」とが異なるものであるという誤った前提のもと，本
件明細書には，発酵原料として「大豆胚軸」のみを用いることしか記載されていな
いという独自の解釈を根拠とするものであるが，前記(1)のとおり，本件明細書には
「ダイゼイン類」を発酵させてエクオールを得ることが開示されている。
本件明細書の段落【００３１】【００３３】【００９１】【００９３】の記載か
， ， ，
らすると，本件明細書中において「大豆胚軸」は，あくまで「ダイゼイン配糖体，
ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種の
ダイゼイン類を含む発酵原料」に包含される発酵原料の一例又は代表例として記載
されていることが分かる。
本件明細書の段落【００３６】【００５０】【０２２２】【０２２６】には，
， ， ， 「ダ
イゼイン類を含む発酵原料」の例である「大豆胚軸」にアルギニンを添加すること
が記載されているから，当業者は，本件明細書には，ダイゼイン類を含む発酵原料」
「
にアルギニンを添加することが記載されているものと理解できる。
また，本件明細書の実施例（段落【０２２２】～【０２２８】）では，「ダイゼイ
ン類を含む発酵原料」の例である「大豆胚軸」にアルギニンを添加した発酵原料を
用いて，エクオール及びオルニチンを含有する発酵生成物を得たことが実証されて
いるし，段落【００２０】には，
「使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，
前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフ
ラボンを発酵原料に別途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエ
クオール含量をより高めることが可能になり，その有用性を一層向上させることが
できる。」との記載がされていることからすると，本件明細書において，発酵原料は
「大豆胚軸」のみに限定されているものではない。
したがって，訂正事項１は，本件明細書の記載の範囲内でされたものであって，
新規事項を追加するものではない。
(3) 訂正事項２について
前記(1)，(2)のように，本件明細書では全体にわたって，
「ダイゼイン類を含む発
酵原料」の例として「大豆胚軸」が記載されているのであるから，本件明細書の段
落【０１４４】における「大豆胚軸発酵物」も，
「ダイゼイン類」を発酵原料として
得られる「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」に包含される一例として
記載されていることは明らかである。
したがって，訂正事項２は本件明細書の記載の範囲内でされたものであって，新
規事項を追加するものではない。
(4) 訂正事項３について
ア エクオールとオルニチンの生成量について，本件明細書の段落【００４
２】【００５０】には，本件訂正発明の製造方法によって得られる発酵物中におけ
，
るエクオール及びオルニチンの含有量の好ましい範囲として，大豆胚軸発酵物の乾
燥重量１ｇ当たり「エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好
ましくは５～８ｍｇ」で，「オルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，
更に好ましくは９～１２ｍｇ程度」であることが具体的な数値として記載されてい
る。また，本件明細書の実施例では，このような数値範囲を満たすエクオールとオ
ルニチンを含む発酵物を得たことが実証されている（段落【０２２６】～【０２２
８】【表２】【表３】。したがって，訂正事項３は，本件明細書に記載されている
， ， ）
数値範囲に基づいてエクオール及びオルニチンの生成量の下限値を特定したもので
あるから，新規事項ではない。
原告らは，本件明細書中に上限値に限定がないことを許容する記載がないと主張
するが，本件訂正前は，エクオールとオルニチンの量に関する数値範囲が何ら制限
されていなかったものを，訂正事項３によって「８ｍｇ以上のオルニチン」及び「１
ｍｇ以上のエクオール」と特定され，本件明細書の記載に基づき請求項に係る発明
の範囲が減縮されたことは明らかであるから，訂正前と同様に依然として上限値が
規定されていないことのみを理由に，そのような訂正が新規事項に該当するという
ことはない。
また，原告らは，本件明細書の実施例（【表３】）に記載されているオルニチン量
について，
「大豆胚軸由来のオルニチン」と「添加由来のオルニチン」とを分け，当
該実施例では，添加アルギニン由来のオルニチンの値が「８ｍｇ以上」を満たして
いない旨を主張するが，本件訂正発明では，単に「前記発酵物の乾燥重量１ｇ当た
り，８ｍｇ以上のオルニチン・・・を生成し」と規定されているにすぎず，生成さ
れたオルニチンの全量が添加アルギニン由来であると限定されているわけではなく，
発酵処理により生成するオルニチンが「前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ
以上」を満たしさえすればよいから，
「大豆胚軸」を用いた場合のように，原料中に
当初より含有されているアルギニンが存在する場合には，このようなアルギニンに
由来して生成したオルニチンも「前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上の
オルニチン」に含まれ得ることに何ら問題はない。したがって，本件明細書の実施
例は，本件訂正発明に対応する実施例であることに変わりはない。
そして，原告らは，オルニチンの健康食品としての用量（甲５２，５３）の値に
言及しつつ，
「ダイゼイン類」を発酵原料とする際に「８ｍｇ以上」というオルニチ
ンを得る手段について，本件明細書には一切記載がないから，新規事項に該当する
とも主張するが，特定量のオルニチンを得るための手段が記載されているかどうか
と，訂正事項３に係るオルニチンの数値範囲自体が新規事項に該当するかの判断と
は無関係である。また，
「ダイゼイン類」を発酵原料とした場合に発酵物中のオルニ
チン量を「８ｍｇ以上」とする手段は，当業者が本件明細書の記載から十分に理解
できる事項である。
イ 原告らは，本件明細書には，
「ダイゼイン類」を発酵原料として用いた場
合の記載がなく，原告実験によると，
「ダイゼイン類」を発酵原料とした場合に発酵
が進まないと主張するが，これも訂正事項３が新規事項に該当するかどうかの判断
とは関係がない事項である。本件明細書の実施例（段落【０２２２】 【０２２８】
～ ）
では，
「ダイゼイン類を含む発酵原料」の例である「大豆胚軸」にアルギニンを添加
した発酵原料を用いて，エクオール及びオルニチンを含有する発酵生成物を得たこ
とが実証されているから，
「ダイゼイン類」を含む発酵原料を用いた例が記載されて
いるといえる。原告実験の結果についても，本件明細書の段落【００３６】【００
，
９５】【００９６】等には，
， 「ダイゼイン類」を含む発酵原料を用いる際に，発酵が
促進されるように適宜栄養成分を補うなど適切な発酵条件等を用いることが記載さ
れているから，原告実験に基づく原告らの主張は訂正事項３の訂正要件とは無関係
である。
(5) 訂正事項４について
前記(3)と同様であり，本件明細書の段落【０１４４】では，「ダイゼイン類」を
発酵原料として得られる発酵物の一例である「大豆胚軸発酵物」を食品素材に用い
ることが記載されているから，訂正事項４は本件明細書の記載の範囲内でされたも
のであって，新規事項を追加するものではない。
２ 取消事由２（優先権主張についての認定及び判断の誤り）について
（原告らの主張）
(1) 基礎出願に「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインより
なる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」を発酵原料とすることが記
載されていないこと
ア 基礎出願の発酵原料が，
「大豆胚軸」であることは，基礎出願Ａの段落【０
００５】～【０００８】の記載及び段落【０１３０】以下の実施例の記載から明ら
かであり，基礎出願に記載された発明は，
「大豆胚軸」に含まれる栄養成分（基礎出
願Ａの段落【０１０６】
【表３】 を利用して発酵させ，
） 基本的に，
「大豆胚軸」 「水」
と
と「微生物」だけで発酵可能とする点に特徴がある発明である。被告の本件特許に
係る発明と一連の発明の一つである特許第５９４６９８９号（甲４）の発明（以下
「甲４発明」という。）では，大豆胚軸抽出物を用いる場合には別途栄養成分の添加
が必要であることが欠点として挙げられている。
基礎出願上に「ダイゼイン類」を発酵させることでエクオールを得るという技術
思想は存在せず，むしろ，そのような技術思想は排除されている。
「大豆胚軸」を発
酵原料とする技術と，「ダイゼイン類」を発酵原料とする技術とは別の技術であり，
発酵原料として「大豆胚軸」に代え，
「ダイゼイン類」を含む「イソフラボン」を用
いた場合には，栄養成分が不足して発酵は起きずエクオールは得られない（甲４６）。
基礎出願は，上記のように公知のダイゼイン類（大豆胚軸からの抽出物）を発酵
原料とする発酵方法（甲１９［国際公開第２００５／００００４２号］）とは区別し
て，
「大豆胚軸」を発酵原料とする発酵方法に限定した出願であったところ，国際出
願（ＰＣＴ出願）における優先権主張や，出願の分割の過程を経るうちに，明細書
中にダイゼイン類を原料として発酵させたとする具体的手段も，対応する実施例も
一切の記載が存在せず，
「ダイゼイン類」を発酵させることによる作用効果の記載も
存在しないにもかかわらず，基礎出願に開示されている発明とは全く別の「ダイゼ
イン類」を発酵原料とする発酵方法の発明となってしまった。
通常の出願は，発明をサポートし第三者が追試して再現することを可能とする具
体的な条件を記載した実施例その他の詳細な説明と，その発明による効果などの記
載が求められるのに，分割出願による場合には，そのような発明を裏付ける具体的
で詳細な記載，実施例，作用効果の記載のいずれもが省かれていてよいという理由
はない。
当業者である第三者からすると，出願人自ら除外していたと理解される「ダイゼ
イン類」を発酵原料に変更することを認めるのは，特許法４１条１項に反し，第三
者の明細書の開示に対する信頼を裏切るものであって，優先権の趣旨に反する。本
件のような優先権主張が認められると，当業者は安心して事業を行うことはできず，
産業の発展どころか産業の発展の阻害にすらなり，特許法の趣旨に反し，特許制度
への信頼をも失わせる結果を導く。
イ 審決や被告は，基礎出願Ａの段落【００１２】～【００２０】 【０１０
，
３】～【０１０６】の記載を根拠に「ダイゼイン類」を発酵原料とすることが，基
礎出願Ａに記載されているに等しいとするが，これは，以下のとおり誤りであり，
基礎出願には，「ダイゼイン類」を発酵原料とすることは記載されていない。
(ｱ) 基礎出願Ａの段落【００１２】には，「ダイゼイン類」についての記
載はない。
(ｲ) 基礎出願Ａの段落【００１３】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，基礎
出願Ｃの段落【００１４】は，エクオール産生微生物に必要な能力を記載している
にすぎず，発酵原料を記載したものではない。上記各段落の記載は，これらの発明
の出願人が，甲１９の出願時に，ラクトコッカス２０－９２株に「ダイゼイン配糖
体」の糖を切断する能力（β-グルコシダーゼ活性）があり，ダイゼイン配糖体から
一挙にエクオールを産生する能力があることを見いだしたことに基づき，これらの
発明の微生物が，「ダイゼイン配糖体」からでも，「ダイゼイン」からでも，また，
「ジヒドロダイゼイン」からでもエクオールを得る代謝活性があることを述べてい
るだけである。
また，上記各段落における目的物は「大豆胚軸発酵物」であり，発酵原料は「大
豆胚軸」である。
「大豆胚軸」にはイソフラボンが２％程度しか含まれておらず，
「大
豆胚軸」の発酵と，
「大豆胚軸」から抽出したダイジン，ダイゼインなどのイソフラ
ボンを発酵させることとは，用いる微生物も発酵させるための手段や条件も異なる
し，発酵の結果得られる生成物も異なる別の方法である。
「大豆胚軸」に「ダイゼイン類」が含まれているからといって「大豆胚軸」を発
酵させる方法が当然「ダイゼイン類」の発酵に適用できるものではないことは，本
件訂正発明の実施例における「大豆胚軸」に代えてイソフラボンを用いても，発酵
が起きないことなどから明らかである（甲４６）。
また，ジヒドロダイゼインは「大豆胚軸」には含まれていない（甲２の１の段落
【０１０５】【表２】）から，ジヒドロダイゼインについて，大豆胚軸中の成分との
関係を論ずるのは誤りである。
(ｳ) 基礎出願Ａの段落【００１５】，基礎出願Ｂの段落【００１７】，基礎
出願Ｃの段落【００１６】は，「大豆胚軸」中に「ダイゼイン類」が含まれること，
「大豆胚軸」に脱脂処理や脱タンパク処理を施してもよいことの記載があるだけで，
「ダイゼイン類」自体を発酵処理することなどは記載されていないし，発酵原料は
「大豆胚軸」であることを明記している。
(ｴ) 基礎出願Ａの段落【００１６】，【００１７】，基礎出願Ｂの段落【０
０１８】，【００１９】，基礎出願Ｂの段落【００１７】，【００１８】は，基礎
出願が，発酵に際して，通常必要とされる微生物のための栄養成分を必須の構成と
せず，水と，「大豆胚軸」と，エクオール産生微生物の三つだけで発酵させること
ができることを記載している。基礎出願の発明において栄養成分を必須としないの
は，基礎出願では「大豆胚軸」中に含まれる栄養成分によって，微生物が繁殖でき
るという独自の技術思想によることに基づいている。基礎出願の発明で，「大豆胚
軸」に代えて，「ダイゼイン類」を用いると，水と「ダイゼイン類」と，エクオー
ル産生微生物によっては，発酵が生じないから，エクオールが得られず，基礎出願
には，「ダイゼイン類」を発酵原料とする思想そのものが存在しない。
(ｵ) 基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎出願Ｂの段落【００２０】，基礎
出願Ｃの段落【００１９】の発酵原料となる「大豆胚軸」には，必要に応じて，「栄
養成分を添加してもよい」との記載は，「大豆胚軸」を発酵させる際に「必要に応
じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的」として栄養成分を添加するも
のであるから，発酵原料として「ダイゼイン類」を発酵させる際に栄養成分を添加
することを記載しているものではない。
基礎出願Ａの段落【００２０】，基礎出願Ｂの段落【００２２】，基礎出願Ｃの
段落【００２１】にある「使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記
ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい」との記載も，飽くまで
も発酵原料は大豆胚軸含有物であって，それにイソフラボンを添加することが記載
されているだけであって，「ダイゼイン類」を含むイソフラボンのみを発酵原料に
するというものではない。
基礎出願の発明は，「大豆胚軸」に含まれる，基礎出願Ａの【表３】の栄養素を
微生物の増殖のための栄養分として用いるという特異な思想に基づく発明であり，
微生物の増殖のために栄養成分の添加は必ずしも必要ではなく，基礎出願Ａの段落
【００１８】では，「必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上を目的」
として添加する場合を述べているにすぎないし，基礎出願Ａの段落【００２０】も，
「大豆胚軸」の中に含まれる栄養素を用いるため，別途栄養成分の添加について記
載していない。
(ｶ) 基礎出願に記載された参考例（実施例）は，「粉末状大豆胚軸，アル
ギニン，及び水」から成る「大豆胚軸溶液（原料）」に「ラクトコッカス20-92株
(FERMBP-10036号)を植菌」してエクオールを得る例だけであり，「ダイゼイン類」
だけを発酵させた例は存在しない。
また，この参考例（実施例）の「大豆胚軸」に代えてイソフラボンを用いて発酵
させようとしても発酵しない（甲４６）。
(ｷ) 被告は，当業者は，基礎出願Ａの段落【０１０３】～【０１０５】【表
２】のように，大豆胚軸中の「ダイゼイン類」からエクオールが得られる場合には，
エクオール産生能を有する微生物によってジヒドロダイゼインが生成し，さらにジ
ヒドロダイゼインを経て最終的にエクオールを生成していることを理解できると主
張するが，そのようなことは基礎出願Ａに記載がないし，反応によって生ずる物質
は微生物によって様々であり，微生物によってはダイゼイン配糖体からはエクオー
ルが得られないもの，ダイゼインからジヒドロダイゼインは得られてもエクオール
は得られないものなどがあるから，微生物が「属」・「種」・「株」で特定されな
い本件訂正発明にあって，中間生成物や，最終生成物が何であるかなどが当然に理
解されるものではない。本件訂正発明の【請求項１】は，「ダイゼイン配糖体，ダ
イゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイ
ゼイン類」とされており，発酵原料として選択される対象を特定していて，中間生
成物を規定しているものではないから，請求項の「発酵原料」の解釈において中間
生成物が何であるのかを論じることに意味はない。
(2) 基礎出願に「公知のスクリーニング方法」が記載されていないこと
ア 審決が，サポート要件及び実施可能要件の判断の根拠として依拠する「公
知のスクリーニング方法」について，基礎出願には，本件明細書の段落【００３２】，
【００３６】にある「公知のスクリーニング方法」に関する記載はない。公知のス
クリーニング方法に関する記載や「ダイゼイン類を含む発酵原料」に関する記載は，
本件原出願において新たに追加されたものである。
したがって，本件明細書の段落【００３２】【００３６】に記載される「公知の
，
スクリーニング」を用いるという技術的事項は，基礎出願に開示された事項に基づ
くものとはいえない。
イ 本件原出願において，基礎出願に「公知のスクリーニング方法」との形
式的な文言が追加されたのみでは，サポート要件及び実施可能要件を満たすもので
はないが，仮に，
「公知のスクリーニング方法」の追記により初めて本件原出願にお
いてサポート要件及び実施可能要件を満たすことになるとすると，そのような実質
的な事項の追記は，新規事項の追加に当たるものである。
したがって，
「公知のスクリーニング方法」に関する追記は，基礎出願には記載さ
れていない新規事項の追加に当たるといえる。
(3) 被告が令和２年８月２０日付けの準備書面でした主張について
被告が令和２年８月２０日付けの準備書面でした乙１９，２１などに基づく新た
な主張立証は，故意又は重過失により時機に後れてされたもので，訴訟の完結を遅
延させるものであるから，却下すべきである。
(4) 小括
審決は，①基礎出願には「大豆胚軸」を発酵原料とする記載しかないにもかかわ
らず，本件原出願には発酵原料としてダイゼインのみを用いることが記載されてい
るとする点，及び②基礎出願には，オルニチン・エクオール産生能力を有する微生
物を得るための「公知のスクリーニング方法」については一切記載がないにもかか
わらず，本件原出願には「公知のスクリーニング」によりこのような微生物を得る
ことが記載されているとする点を的確に認定していない点において誤りがある。審
決は，このような認定の誤りの結果，本件原出願日まで基準日が繰り下がらないも
のと誤って判断し，甲１に記載の発明を公知発明と認定しなかった。
（被告の主張）
(1) 基礎出願に「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりな
る群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」を発酵原料とすることが記載
されていること
ア 前記１（被告の主張）(1)アのとおり，基礎出願には「ダイゼイン類」を
発酵させてエクオールを得ることが開示されており（基礎出願Ａの段落【００１３】，
【００１５】，【００２０】，【０１０３】～【０１０６】，基礎出願Ｂの段落【０
０１５】，【００１７】，【００２０】，【００２２】，【００７４】～【００７
７】，基礎出願Ｃの段落【００１４】，【００１６】，【００１９】，【００２１】，
【００５７】～【００５９】，【００６７】～【００８０】），当業者は，使用可
能な発酵原料としては，エクオールに資化される「ダイゼイン類」を含むものであ
る限り，「大豆胚軸」に留まらないこと，すなわち，「大豆胚軸」が「少なくとも
１種のダイゼイン類を含む発酵原料」の代表的な例として記載されていることを当
然に理解できる。
また，前記１（被告の主張）(1)イのとおり，ジヒドロダイゼインは，エクオール
産生微生物を用いて，ダイゼイン類であるダイジンやダイゼインからエクオールが
生成する際の中間代謝物となる化合物であることが知られていたから，当業者は，
基礎出願Ａの実施例（段落【０１０３】～【０１０５】，【表２】）のように，中
間代謝物であるジヒドロダイゼイン自体を発酵原料中に含む場合においては，ジヒ
ドロダイゼインを原料としてエクオールが得られることを十分に理解できる。した
がって，基礎出願には，ジヒドロダイゼインを原料としてエクオールが得られるこ
とも実質的に開示されている。
イ 発酵原料にアルギニンを添加する点も，基礎出願Ａには，エクオール産
生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するものを使用する
場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発
酵物中にオルニチンを含有させることができる（段落【００１８】）と記載されて
おり，実施例では，発酵原料にアルギニンを添加することによりエクオールに加え
てオルニチンが生成することが実証されている（段落【０１０３】～【０１０６】，
【表３】）。
ウ 発酵条件について，基礎出願Ａの段落【００１８】に，発酵が促進され
るように適宜栄養成分を補ってもよいことが説明されているから，基礎出願におい
て，原告実験のように「水」と「微生物」だけで発酵させることを必須の要件とは
されていない。
また，基礎出願Ａの段落【００２１】～【００２４】にも，発酵環境や発酵温度，
発酵時間等の発酵条件については適切な条件を設定し得ることが記載されている
のであるから，原告実験の結果だけで発酵が生じないということはできない。
基礎出願Ａの段落【００２０】には「また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）
には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。」と
記載され，段落【００２３】には，発酵時間について「ダイゼイン類の残存量・・・
等に応じて適宜設定できる」と記載されているように，「イソフラボン」や「ダイ
ゼイン類」が発酵原料として認識されているのであるから，それらを発酵原料とし
て用いる場合に，上記記載に基づいて，発酵が促進されるように適宜栄養成分を補
ったり，適切な発酵条件等を用いたりすることができることは当業者には自明であ
るし，許容されてもいるから，原告実験の結果は，原告らの主張の根拠となるもの
ではない。
なお，前記１（被告の主張）(1)ウのとおり，被告がした実験では，栄養素を別途
添加することなくダイゼイン，水及びアルギニンを発酵原料とした場合でも発酵が
進み，乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが産生することが示されている
（乙１３）。
エ 原告らは，「大豆胚軸」は，イソフラボン（ダイゼイン類）が２％とい
う僅かな量を含むにすぎず，ダイジンなどとは異なるとも主張するが，大豆胚軸中
の「ダイゼイン類」を資化してエクオールが得られるのであれば足りるから，大豆
胚軸中における「ダイゼイン類」の含有割合の大小は，本件訂正発明が基礎出願に
開示された範囲のものかどうかという優先権主張の問題とは何ら関連しない事項
である。
また，原告らは，本件特許は「発明に対応する実施例すら存在しない」とも述べ
るが，前記アのとおり，基礎出願Ａには「少なくとも１種のダイゼイン類を含む発
酵原料」の一例である「大豆胚軸」とアルギニンを原料とし，オルニチン・エクオ
ール産生微生物を用いた発酵処理により，エクオール及びオルニチンを含有する発
酵物を得ることが，実施例（段落【０１０３】～【０１０６】等）において実証さ
れていて，本件訂正発明に対応する実施例が開示されている。
オ 一般に，優先権主張を伴うＰＣＴ出願の時点で望ましい態様についても
クレーム化することで，基礎出願における請求項の記載に追加を行うことは実務上
慣用されていることであるし，また，その後の審査過程における分割出願の際に，
親出願における当初の請求項とは異なる請求項とすることは，親出願とは別途に権
利化を目指す上で，当然のことであって，何ら特異なこととはいえない。
(2) 公知のスクリーニング方法について
ア 基礎出願Ａの段落【００１４】には，甲４５において「オルニチン産生能
力及びエクオール産生能力を有する微生物」であることが確認されている本件明細
書の段落【００３２】に記載の「ストレプトコッカスA6G225（FERM BP-6437号）」
及びバクテロイデス属に属する「バクテロイデスE-23-15（FERM BP-6435号）」が記
載されているから，ラクトコッカス２０－９２株に限らず，これらの具体例を含む
「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」についての優先権
は有効であると認められるし，基礎出願Ｂの段落【００１６】及び基礎出願Ｃの段
落【００１５】にも同様の記載がある。
イ 原告らは，本件明細書の段落【００３６】における「公知のスクリーニン
グ方法」との記載が，サポート要件及び実施可能要件を満たすという判断の根拠の
一つとされていることを捉え，基礎出願には表面上「公知のスクリーニング方法」
との文言が記載されていないことをもって，優先権主張の効果が認められないかの
ような主張を行っているが，特許庁の審査基準において明確に規定されているよう
にサポート要件等の判断と優先権の有効性は直接関係しないのであるから，原告ら
の主張には理由がない。
また，基礎出願Ａには，「エクオール産生微生物は，例えば，ヒト糞便中からエ
クオールの産生能の有無を指標として単離することができる。」（基礎出願Ａの段
落【００１４】）と記載されており，実質的に，エクオール産生微生物を取得する
方法（スクリーニング方法）が記載されている。
そして，オルニチン・エクオール産生微生物についても，「エクオール産生微生
物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの」（基礎出願Ａの
段落【００１８】）と記載されていることから，上記エクオール産生微生物と同様
に，アルギニンからオルニチンの産生能の有無を指標として，オルニチン・エクオ
ール産生微生物を探索し得ることが実質的に記載されている。
３ 取消事由３（サポート要件・実施可能要件についての認定及び判断の誤り）
について
（原告らの主張）
(1) 無効理由のすり替え
審決は，無効理由２の中核である，本件原出願日当時の当業者において「エクオ
ール産生能力を有する微生物」を探索することの困難性について言及することなく，
本件原出願日当時に既に「エクオール産生能力を有する微生物」として知られてい
る菌株における「オルニチン産生能力」の検証の容易性に無効理由をすり替えて判
断をしており，無効理由について判断していない。
(2) 本件訂正発明の微生物探索の困難性（取消事由３－１）
ア エクオール産生微生物が希少であること
(ｱ) 腸内に５０兆個から１００兆個ある腸内細菌の中から希少なエクオ
ール産生微生物を見いだすことは至難であり，本件原出願日当時においても，エク
オール産生微生物は，数株しか見いだされていない（甲４０の「表１」）し，公的
に認められた細菌の名称リストである「List of Prokaryotic Names with standing
in Nomenclature」（以下「ＬＰＳＮ」という。）でも僅かしか特定されていない。
審決は，僅か数株しか見いだされていないエクオール産生微生物について「オル
ニチン産生能力」を検証することは当業者には容易であることから，「属」や「種」
による限定もない，全ての「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する
微生物」について，サポート要件及び実施可能要件が満たされていると判断してい
ている。
ラクトコッカス２０－９２株や証拠（甲６，甲４８［Ａ名誉教授（以下「Ａ教授」
という。）の陳述書］）にあるｄｏ０３株（通称「ドレミ株」）の例からも分かるとお
り，エクオール産生能力を有する微生物は極めてまれなものであり，一株を見つけ
るために同様の試行錯誤を必要とする。ｄｏ０３株を見つけるためには，４年の歳
月を要した（甲４８）。
(ｲ) エクオール産生能力を有する微生物の希少性に鑑みると，「エクオー
ル産生能力を有する微生物」と特許請求の範囲を限定したのみでは，そのような機
能を有する微生物を用いて発明の課題を解決できると認識できる範囲のものとはい
えず，少なくとも，「エクオール産生能力を有する微生物」が含まれる高い蓋然性
があり，その具体的なスクリーニング条件などに共通性のある範囲と考えられる「属」
又は「種」による限定がされた上で，「エクオール産生能力を有する」との機能的
な限定がされなければ，サポート要件を満たさない。
イ 公知のスクリーニング方法によるエクオール産生微生物特定の困難性
(ｱ) 次の①から③までの条件を全て満たすような微生物として，無数の微
生物の中から，どのようなものがあるかを見いだすためには，過度の試行錯誤を必
要とする。
① エクオール産生能力を有する微生物であること
本件訂正発明の「ダイゼイン類」にはダイゼインのみならず，ダイジンも含まれ
ており，本件訂正発明の微生物は，ダイゼインからエクオールを産生する能力のみ
ならず，大豆胚軸」
「 に含まれるダイジンからエクオールを産生する能力，すなわち，
ダイジンの糖鎖を切断し，ダイゼインにしてからエクオールを産生する能力も備え
ていないと，ダイジンとの関係において実施可能要件を満たさない部分を含んでい
ると解釈できる。そのようなダイジンからエクオールを産生する能力を備えたもの
は，本件原出願日においては，ラクトコッカス２０－９２株のみである。
② 発酵物が食品素材として用いられることに適していること
③ 発酵原料１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオ
ールを生成すること
①のエクオール及びオルニチンの産生能力，特にエクオールの産生能力を有する
微生物を見いだすことは，前記アのとおり，相当な時間と作業と偶然とを必要とす
るし，②見いだされたエクオール産生能力を有する微生物についても食歴があるか
などを調査しなければならず，③このようにして見いだされたエクオール及びオル
ニチン産生能力を有し，食歴もあり食品として安全なものであるとしても，それが
一定量以上のエクオール又はオルニチンを生産するとは限らない。
したがって，上記①から③までの条件を備えた微生物を見つけるためには，膨大
な回数の実験を必要とし，相当の時間を要することは明らかであるので，当業者に
おいて過度の試行錯誤を要することは明らかである。
原告において，経験的には，１種類の培養条件で，３００から１０００株の菌を
評価するとき，この作業を一人ですると，１か月から２か月を必要とするものと見
込まれている。ここで，１０種類の培養条件についてスクリーニングを進めるとす
れば，一人で作業すると，１０か月から２０か月を必要とすることになる。また，
スクリーニングにより得られた菌株について，属，種の同定に２，３か月を要する
であろうし，同定された菌株について，バイオセーフティレベル(以下「ＢＳＬ」と
いう。)２の病原性が疑われるときは，菌株レベルでの安全性評価に更に６か月以上
の機関と１株当たり数百万円の費用が必要となる（甲４７）。
ところが，本件明細書の発明の詳細な説明の記載を見ても，
「公知のスクリーニン
グ」によるとしか記載がなく，どのような微生物をどのような方法で具体的にスク
リーニングするのかについては何らの手掛かりもなく，当該発明の詳細な説明は明
確かつ十分に記載されているとはいえないし，かつ，そのような課題を解決できる
と，本件原出願日当時の当業者において認識することができない。
(ｲ) スクリーニングにおいて，一定の特性を備え，かつ，極めてまれにし
か存在しない微生物を特定するためには，そのような微生物の培養方法すら知られ
ていないことが通常であり，培地の種類やｐＨ，微生物の生育温度，嫌気などその
微生物に応じた培養方法を探し出す必要がある場合が多く，相当の試行錯誤を要す
る（甲４９）し，そのような培養方法は企業内でノウハウとして蓄積されており，
その一部しか公開されていない。腸内細菌は，現在知られている方法では培養が困
難な難培養微生物が６０％から８０％を占めるといわれ，培養できない６０％から
８０％の腸内細菌は，エクオールを産生するかを確認する試験すら実施できないし，
腸内細菌は，その種類により栄養要求性が異なるため，実際に培養することができ
るまで，培養条件自体を検討することについても，多大な労力を必要とする。
さらに，腸内細菌の多くは，酸素に触れると死滅する絶対嫌気性細菌であり，そ
の取扱いは細心の注意と経験が必要になる。
被告は，ラクトコッカス２０－９２株を見いだすスクリーニングにおいて，１３
００株を試みたとしているが，この１３００株の培養条件を見いだすだけでも，相
当の労力と被告のノウハウとを必要としたことが容易に推測される。また，被告が
ラクトコッカス２０－９２株を見いだす前に長期間にわたり実施したであろうスク
リーニング方法においても，３株程度のエクオール産生微生物しか得ることができ
ていない。それ以外の多様なエクオール産生微生物の全てを得るためには，多種多
様なスクリーニング方法を多数回にわたり試す必要があることが予想され，被告以
上の過度の試行錯誤を必要とすることになる。
(ｳ) 本件明細書において，「公知のスクリーニング方法」の内容は明確で
はなく，かつ，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」が
どのような菌かは分からないことから，非選択培地（微生物を培養できる一般的な
固形培地）を用いざるをえないが，それでは，多様な菌が生育し，その生育した微
生物を一つ一つ単離し，単離した菌を用いてダイゼインを含む培地で培養し，エク
オールが生成しているかどうかを全て試験する必要があり，非常に効率が悪く，こ
れだけでも過度の試行錯誤が必要である。
(ｴ) Ａ教授の陳述書（甲６１）によると，エクオール産生菌については，
それらしきものを単離し，その再現性を確認した上で，ＤＮＡを特定し，生理・生
化学性状試験などを経て，新しい種類の菌であることを確認して初めて学術上の成
果となる。
ＤＮＡの同定や生理・生化学性状試験のために，外部機関に委託する場合には，
一定の期間を要する（甲６２）。
ウ エクオールを産生する微生物に高い安全性が求められること
微生物自体を「プロバイオティクス」として食品として直接食べるのではなく，
その後，菌を分離して，微生物を含まない食品素材として販売する場合でも，ヒト
の口に入る食品生産に使用する微生物には高い安全性が求められる。
生産菌を完全に分離すること保証することが技術的に困難であること，菌は分離
することができても，その菌による代謝物は分離することができないことが少なく
ないこと及び食品を生産する工場における衛生状態を確保するとともに，食品の生
産に従事する労働者の安全を確保する必要があることからすると，食品生産に使用
する微生物には，ＢＳＬが２以上ではないことが一般に求められている。食品の生
産に使用される腸内細菌として適正なものといえるには，単にエクオール産生能が
あることで足りるわけではなく，その腸内細菌自体の病原性，その代謝物の安全性，
その腸内細菌を含んだ食歴の有無などを踏まえて，問題がないかを確認する必要が
ある。
現に，被告従業員らが作成した論文（甲３８）にも高い安全性の示唆があること
やその他の証拠（甲１４［被告ウェブサイトの記載］，４８，５０）からすると，公
知のスクリーニング方法により，エクオールを産生する能力を有し，かつ食品とし
て用いる際の安全性を備えるものを特定することは極めて困難であることが分かる。
食品素材としての安全性のあるものを特定するという観点からも，「属」や「種」
による限定がない，およそ全ての「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を
有する微生物」について，サポート要件や実施可能要件が充足されているとはいえ
ない。
エ 被告の主張に対する反論
(ｱ) 被告従業員Ｂ（以下「被告従業員Ｂ」という。）の陳述書（乙１）
について，ＢＳＬ２以上の菌株を食品に用いないなどの技術常識として各社が独自
に定めた基準があり，厳しい安全性評価基準を満たす菌株でなければならないこと
を踏まえると，食品に用いることができるエクオール産生菌のスクリーニングが当
業者において容易であることを何ら裏付けるものとはいえない。上記陳述書中のＣ
教授（以下「Ｃ教授」という。）の伝聞証言にも信用性がない。
(ｲ) Ｄ教授（以下「Ｄ教授」という。）の意見書（乙２）についても，①
臭豆腐中の無数の微生物の中から「エクオール産生能力を有する微生物」を単離・
同定することは，その「エクオール産生能力を有する微生物」の種類も性質も不明
であり，培養方法も多様であるため，容易ではなく，現にＤ教授の研究室の学生の
実験では単離・同定がされていないこと，②上記意見書に添付された資料のＴａｂ
ｌｅ１中でエクオール産生能力を有する微生物として挙げられた２３種の２７菌株
のうち，真にエクオール産生能力を有する微生物といえるものは，１５種の１９菌
株のみであること（甲７１，７２）及び③本件原出願日よりも前の「エクオール産
生能力を有する微生物」は，３菌株のみである上，これまで世界中で単離・同定さ
れたエクオール産生微生物のうち，食歴が明らかなのはラクトコッカス・ガルビエ
２０－９２株のみであること（甲６０）からすると，エクオール産生微生物の単離・
同定が容易なことを裏付けるものとはいえない。
(ｳ) Ｅ教授（以下「Ｅ教授」という。）の意見書（乙３）について，Ｅ
教授は甲６のｄｏ０３株の単離・同定に至る一部始終を目撃していないし，ｄｏ０
３株のスクリーニングの期間について話を聞いたのかどうか，仮にそのような話を
聞いたとして，具体的にどの位の期間として聞いたのかについて全く言及していな
いから，甲６のｄｏ０３株の単離・同定に要した期間についてのＥ教授の意見書に
は信用性がない。
(ｴ) 被告は，スクリーニングにおいて試行錯誤を要することやスクリーニ
ングの対象となる微生物の数が多数に上ることは通常のことである旨を主張するが，
そのように試行錯誤を要し，また，微生物の種類は多数に上ることなどから，微生
物に係る発明においては，機能的な特定をするのみでは足りず，作用効果を奏する
具体的な微生物を単離・同定することができる高い蓋然性がある範囲を「属」又は
「種」により特定し，明細書において具体的な微生物を得られるものと認識し得る
程度に記載する必要があるというべきである。
本件明細書の段落【０２２１】～【０２３０】の実施例は，いずれも「大豆胚軸」
を発酵原料としてラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株を用いた実験であり，そ
の培養条件が，それ以外のエクオール産生能力を有する微生物の培養条件として適
用することができる保証はなく，被告の主張を裏付けるものではない。
(ｵ) 本件原出願日より後に多数の「エクオール産生能力を有する微生物」
が単離・同定されているとの被告の主張は，本件原出願日の技術水準を基準とする
サポート要件及び実施可能要件の判断に当たって許されないものであるし，発明の
詳細な説明の記載内容を記載外で補足するものとしても許されない。
(ｶ) 被告は，「属」又は「種」による特定が困難であるとか，広くなりすぎ
ると主張するが，そうであれば「菌株」単位で特定すべきである。本件訂正発明に
ついて，過度の試行錯誤を要することなく実施をすることができ，かつ，発明の課
題を解決できると認識できる範囲のものは，ラクトコッカス・ガルビエ２０－９２
株のみであるから，「属」又は「種」による限定ではなお足りず，ラクトコッカス・
ガルビエ２０－９２株による限定がされるべきである。仮に，機能的な限定がされ
る場合においても，本件訂正発明は，「ラクトコッカス・ガルビエ種においてエク
オール産生能力を有する菌株」にまで限定されてしかるべきである。被告を出願人
とする特許出願（特願２００５－５１１１４０号，その分割出願である特願２００
６－１７３７８９号）の審査経過（甲１３の１・２）を見ると，特許請求の範囲を
「少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力を有するラ
クトコッカス・ガルビエ」というように「機能」及び「種」による限定をした上で，
「ラクトコッカス・ガルビエ種」に属する３０菌株のうち「エクオールを産生する
能力」を有するものがラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株のみであるものにつ
いて特許の査定を得ようと試みている。いずれの出願も，その後，特許査定を経て，
特許権の設定登録がされている（特許第３８６４３１７号，第４６１０５２５号）
が，その際には，「少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生す
る能力を有するラクトコッカス２０－９２（ＦＥＲＭ ＢＰ－１００３６号）」と
いうように「菌株」単位にまで減縮して初めて特許の査定を得ている。少なくとも，
「機能」による限定がされるにしても，ある程度，スクリーニングの方法にも共通
性が見られ，かつ，ある程度の蓋然性で「機能」のある菌株が見いだされ得る「属」
又は「種」までに，特許請求の範囲が限定されるべきである。
なお，このような「機能」による限定のみならず，「属」又は「種」による限定
がされるべきことが，出願の審査においても審査官から要請されることは，特許庁
における運用基準であった（甲６８，甲６９の１～３，甲７０の１～３）。特許庁
における上記運用基準は廃止されたものの，微生物が有する「機能」のみならず，
「属」，「種」又は「菌株」による特定は，現在に至るまで本件訂正発明の分野に
おける一般的な取扱いである。
ところが，本件訂正発明では，ラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株を超えて，
「菌株」による限定だけでなく，「属」や「種」による限定もないまま，エクオー
ルを産生するという希少な特定の機能を有する微生物を全て技術的範囲に含ませて
いる。スクリーニングの方法にも共通性がなく，かつ，スクリーニングをしてもエ
クオールを産生する能力という機能を有する微生物が単離・同定される蓋然性は極
めて低い範囲にまで特許請求の範囲の範囲に含ませたのでは，そのような希少な特
定の機能を有する微生物を探索する第三者の努力を阻害することは明らかであり，
産業の発達の妨げになる。
(ｷ) 被告は，本件訂正発明が，「エクオール産生能力に加えてオルニチン
産生能力を有する微生物を用いて，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発
酵処理することにより所定量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の発酵
物を得ることができるという技術的思想を新規に見いだしたものである。」と主張
するが，アルギニンにより微生物を培養し，微生物がアルギニンジヒドロラーゼ経
路からエネルギーを得てオルニチンを生成することは技術常識であるし，通常の培
地に含まれる程度のアルギニンから生ずるにすぎない僅かな量のオルニチンを生成
することは，当業者であれば認識しているにも等しいことであり，新規な技術的思
想ではない。
また，前記のとおり，個別具体的なエクオール産生能力を有する微生物を見いだ
すことは容易ではなく，本件訂正発明の「エクオール産生能力に加えてオルニチン
産生能力を有する微生物」と概括的かつ抽象的に特定するのみでは，当業者におい
て本件訂正発明の課題を解決できると認識できない。
(3) エクオール生成量などの限定は「大豆胚軸」にラクトコッカス２０－９２株
を用いたものに限られること（取消事由３－２）
ア 発酵原料が「大豆胚軸」に限られること
「発酵原料１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを
生成」することができるかどうかは，発酵原料として「大豆胚軸」を用い，かつ，
エクオール産生能力を有する微生物としてラクトコッカス２０－９２株を用いたと
きに初めていえることである。基礎出願時には，
「大豆胚軸」を発酵させるという技
術思想のみがあったため，本件明細書の段落【００３４】【００３５】には，
， 「大豆
胚軸」と水と「エクオール産生微生物」だけで発酵できると記載され，段落【０２
２１】以下の実施例は，粉末状大豆胚軸と水とアルギニンで発酵させる方法の開示
があるのみで，これら「大豆胚軸」に代えて「ダイゼイン類」のみを用いて発酵さ
せる方法の開示は存在しないし，「ダイゼイン」のみ，又は「ジヒドロダイゼイン」
のみを発酵原料として用いる場合に栄養成分を補うこととする実施例もない。
原告実験でも，本件訂正発明の特許請求の範囲に規定されているとおり，
「ダイゼ
イン類」とアルギニンのみからなる発酵原料を用いて発酵処理したとしてもエクオ
ールを生成しなかった（甲４６）。
したがって，本件明細書には，特許請求の範囲に記載の「ダイゼイン類」を発酵
させる方法について，これを裏付ける記載がそもそも存在しない。仮に被告が主張
するとおり，適宜，栄養成分を補ったり，適切な発酵条件を用いたりすることで，
エクオールが得られる場合があるとしても，特許請求の範囲の中にエクオールが生
成されない有用性を有しない部分が含まれているから，いずれにせよサポート要件
及び実施可能要件は充足されていない。
イ 本件訂正発明は「嫌気的条件」との関係のみでもサポート要件及び実施
可能要件を満たさないこと
本件訂正発明は，①「発酵原料」を「ダイゼイン類」とするのみで，極めて広汎
であるほか，②オルニチン・エクオール産生微生物についても何ら限定がなく，い
まだ発見されていないものも含めて全てのオルニチン・エクオール産生微生物を含
むものであり，極めて広汎であるほか，③その発酵処理における条件についても，
「好気的条件」でも「嫌気的条件」でもよく，極めて広汎なものである。
ここで，本件訂正発明において，発酵原料を「水＋ダイゼイン＋アルギニン」と
し，オルニチン・エクオール産生微生物をｄｏ０３株とし，発酵条件を「嫌気的条
件」に限定したところで，本件明細書には「嫌気的条件」については何ら具体的な
記載がないから，エクオールを産生し得る「嫌気的条件」を見いだすためだけでも，
当業者において過度の試行錯誤を要する。まして，それ以外の「発酵原料」や，
「オ
ルニチン・エクオール産生微生物」を用いた場合においても，どのような「嫌気的
条件」を用いるとエクオールを産生するのかについては，当業者において過度の試
行錯誤を要し，かつ，本件訂正発明の課題を解決できると認識できないから，本件
訂正発明は，実施可能要件やサポート要件に違反する。
ウ 上限値がないこと
本件訂正発明は，エクオールの含有量について上限を限定していないが，本件明
細書の段落【００４２】においてエクオール含有量の上限値として２０ｍｇが記載
されている。２０ｍｇを超えた値をどのようにすれば得られるのか，特に，どのよ
うな原料，どのような微生物，どのような発酵処理を用いれば達成できるのかが，
開示されていない。
また，オルニチン含有量についても上限値がないところ，エクオール含有量と同
様に本件明細書の段落【００５０】において記載された，２０ｍｇを超えた値をど
のようにすれば得られるのかが開示されていない。後記のとおり，オルニチンの健
康食品としての必要量は，１日当たり８００ｍｇ，１０００ｍｇなどとされるが，
このような値が含まれるとすると，どうすればそのような値が得られるのかも本件
明細書には開示はない。
エ 下限値について
前記(1)のとおり，
「エクオール産生能力を有する微生物」を見いだすこと自体，過
度の試行錯誤が必要となるところ，未発見のものを含むおよそ全ての「エクオール
産生能力を有する微生物」について，発酵原料１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオール
や８ｍｇ以上のオルニチンを生成するかどうかは分からない。
本件明細書には，微生物としては，ラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株を用
いることが記載されているのみである。本件明細書の段落【００３２】に記載され
た，ストレプトコッカスＡ６Ｇ―２２５及びバクテロイデスＥ－２３－１５につい
ても，発酵物の乾燥重量１ｇについて，８ｍｇ以上のオルニチン，１ｍｇ以上のエ
クオールが得られるのかどうか，どのような材料を選択すれば得ることができるの
かなどについては，本件明細書においては一切明らかではないし，これらの微生物
により，
「ダイゼイン類」とアルギニンを含む発酵原料を発酵させると，本件訂正発
明の下限値以上の量のオルニチン及びエクオールが生成されるという公知技術が本
件原出願日当時に存在したわけではない。被告のした実験（甲４５）でも，これら
の本件明細書に記載の微生物についてさえ，オルニチンの産生能力があるかどうか
が確認されていないことを裏付けられている。
本件明細書の【表２】に記載された発酵前のダイジン，ダイゼインなどの量が全
てエクオールに変換されたものとして算出されるエクオールの量と【表２】に記載
されたエクオールの量は異なり，同じラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株を使
用し，同じ発酵原料を使用する場合には，ある程度，比例関係があるとしても，そ
れ以外の微生物については，どのような変換率でエクオールが得られるかは分から
ない。しかも，発酵条件によっても変動するから，
「大豆胚軸」を用いたラクトコッ
カス・ガルビエ２０－９２株による以外の場合においては，実際に生成するエクオ
ール量を本件明細書の【表２】から推測することは困難である。オルニチンについ
ても，同様に，本件明細書の【表３】から，実際に生成するオルニチンの量を，ラ
クトコッカス・ガルビエ２０－９２株による以外の場合において，予測することも
困難である。微生物によりアルギニンが発酵されて生成したオルニチンの一部が更
に分解されることがあるのであれば，なおさら，実際に生成するオルニチンの量を
推測することは困難である。
なお，本件明細書には，発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンの下限値であ
る「８ｍｇ」の技術上の意義が一切開示されておらず，特許法施行規則２４条の２
に違反する。この主張は，サポート要件及び実施可能要件に関する事情として述べ
るものであるから，許容されるべきである。
以上のとおり，本件明細書に記載のある微生物でも，ラクトコッカス・ガルビエ
２０－９２株を除いては，本件訂正発明の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンの８ｍ
ｇ以上を産生するかどうかは分からない。仮にオルニチン産生能力及びエクオール
産生能力を有する微生物が見いだされたとしても，本件訂正発明の下限値以上の量
のオルニチン及びエクオールを生成するのかは，本件明細書には一切記載がないこ
とはもとより，技術常識を踏まえても，本件明細書の記載からは明らかにはならな
い。
オ 被告の主張に対する反論
(ｱ) 本件明細書の段落【００９３】には，「これらの中でも，「大豆胚軸」
は，ダイゼイン類を豊富に含んでいるので，ダイゼイン類を含む発酵原料として好
ましい。 と記載されているから，
」 本件訂正発明において，
「乾燥重量１ｇ当たり，・
・・
１ｍｇ以上のエクオールを生成」するための発酵原料としては，「大豆胚軸」が想
定されているといえ，発酵原料が「大豆胚軸」に限られないとする被告の主張は理
由がない。
(ｲ) 上限値が特定されていない請求項の文言のままではその広い範囲に技
術的範囲が及ぶことが特許法７０条の原則であるから，その広い範囲を許容する文
言自体についてサポート要件や実施可能要件が問われているのに，技術常識によっ
て請求項が制限解釈されることを持ち出す被告の主張は失当である。また，被告が
主張するとおり，「生成量の特定が下限値をはるかに超えるような生成量である場
合まで含むものとは解されない」とすると，本件明細書の記載及び出願当時の技術
常識を踏まえた適切な上限値が定められるべきであり，そうでないと，将来にわた
り，オルニチン及びエクオールを従来技術よりも，はるかに効率よく産生するよう
な新規な方法の開発を阻害することになるから，特許法の目的にも反する。
(ｳ) 本件明細書の段落【０２２７】の【表２】には，「大豆胚軸」を発酵原
料とし，ラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株を用いた場合の数値が記載されて
いるだけであるから，これらの記載のみから，当然に「大豆胚軸」以外の発酵原料
とラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株以外の微生物について，「乾燥重量１ｇ
当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成」するかどう
かは明らかではない。仮に，技術常識を踏まえて，「ダイゼイン類」の量を調整す
ることにより「乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエ
クオールを生成」することができることが実験報告書（乙４）のように自明である
とすると，このような数値限定は意味のない限定であることになり，何らの臨界的
な意義も有しない数値であることになる。
(ｴ) オルニチンの下限量の技術的意義について，被告の提出するＦ教授（以
下「Ｆ教授」という。）の意見書（乙８）や追加意見書（乙１６）は，本件訂正発
明の下限値のオルニチンの量は「８ｍｇ」の効果を何ら裏付けるものではない。
なお，乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇのオルニチン及び１ｍｇのエクオールを含んだ
サプリメントによりオルニチンを「４００ｍｇ」を摂取しようとすると，エクオー
ルの摂取量は「５０ｍｇ」以上となるが，これはエクオールの一日摂取量としては
過剰であり（甲６５），安全性が懸念されることになる。
(ｵ) 被告は，①発酵後の生成物を滅菌すればよい，②製造者独自の安全基準
などはともかく法規制が明確にあるわけではない，③被告従業員が作成した文献や
被告ウェブサイトの「安全性」についての言及も「プロバイオティクス」（菌自体
をヒトが摂取するもの）としての「安全性」である，④ラクトコッカス・ガルビエ
が一般に毒性があり食品に適さなくとも，ラクトコッカス・ガルビエ以外の「エク
オール産生能力を有する微生物」を探せば足りると主張する。
しかし，滅菌しても微生物のその代謝物を除去することは困難なことが多い。そ
の代謝物に毒素が含まれていれば，その毒素を除去することは困難である。
また，菌株を食品に用いる際の明確な基準は法令にないことから，各社において
食品に用いるための厳しい独自の基準を設けているのが通常である。例えば，原告
においては，「ＢＳＬ」が「２以上」のものは，原則として用いないとしており，
「ラクトコッカス・ガルビエ」は「ＢＳＬ２」であるから，よほどの安全性を保障
する食歴などがない限り，当業者において，そのような菌を用いることは避けるこ
とが技術常識である。被告においても「ＢＳＬ２」のものは用いないこととされて
いると推測されるが，「ラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株」については，食
歴，感染性などを調査し，安全性評価を十分にした上で，例外的に「ＢＳＬ１」と
判定した後，食品に用いることとしたものと考えられる（甲３８）。
さらに，被告がエクオール産生能力を有する乳酸菌のスクリーニングを試みたの
は，乳酸菌を「プロバイオティクス」として生きた菌のまま食するためというより
は，乳酸菌が「プロバイオティクス」として用いられることがあり，食品としての
安全性が認められる可能性が高いと考えたことによるものと思われる。
そして，ラクトコッカス・ガルビエ以外の食品に用いるだけの安全性を備えた「エ
クオール産生能力を有する微生物」を探せば足りるとの主張は，希少種である「エ
クオール産生能力を有する微生物」自体を見いだすことさえも困難であることを踏
まえれば，極論としかいいようがない。
このように，被告の主張はいずれも理由がない。
(4) 本件訂正発明の「課題」及び「技術的思想」（課題解決手段）の認定に基
づく審決の判断の誤り
ア 無効審判における被告の主張（甲２８の１）によると，本件訂正発明の
課題は，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を，ダイゼイン類を資化してエ
クオールを産生する能力と，アルギニンをオルニチンに変換する能力とを有する微
生物で発酵処理することにより，所定量のエクオール及びオルニチンを含有する粉
末状の発酵物を製造できる方法を提供することであり，その技術思想（課題の解決
手段）は，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を，ダイゼイン類を資化して
エクオールを産生する能力と，アルギニンをオルニチンに変換する能力とを有する
微生物で発酵処理することにより，所定量のエクオール及びオルニチンを含有する
粉末状の発酵物を製造することであると認められ，本件訂正発明は，本件訂正発明
の課題（目的）そのものを特定したにすぎないものである。
特許付与によって保護されるべき発明とは，課題をいかなる手段によって解決し
たかという，具体的な解決手段でなければならないが，本件訂正発明は，課題解決
手段と課題（目的）が一致してしまっている。そのような課題（目的）を記載した
にすぎない発明に対して保護を与えることは，出願人が明細書に開示した解決手段
を超えて，開示されていない発明に対してまでも特許保護を与えることに帰し，発
明の公開に対する代償としての特許制度に反することになり，サポート要件及び実
施可能要件に反する。
イ 本件訂正発明では，エクオール及びオルニチンを産生するという課題に
対応する解決手段としては「微生物」であることを特定しているのみであるが，
「微
生物」であると「高い蓋然性」をもってエクオール及びオルニチンを産生する能力
を有するとはいえないし，仮に課題に対応する解決手段を「エクオール産生能力及
びオルニチン産生能力を有する微生物」と捉えたとしても，高い蓋然性」
「 をもって，
「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオ
ール」を産生する能力を有するともいえず，微生物によって必要なスクリーニング
の条件等が異なっていることからすると，
「属」や「種」による限定がないとサポー
ト要件を充足しない。
「属」や「種」で限定することが不適切であるとする被告の主張については，被
告の主張するような懸念があるとすると，「オルニチン産生能力及びエクオール産
生能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌」などと特定すればよいだけであ
り，
「属」や「種」を限定する方法よりも包括的に規定する方法の方が当該技術分野
において適切であるという被告の主張は誤りである。
（被告の主張）
(1) 本件訂正発明の微生物の探索をすることが困難である（取消事由３－１）と
の主張に対して
ア 審決に無効理由のすり替えがないこと
審決は，本件明細書の段落【００３２】等に記載されているように本件原出願日
時点で既に複数のエクオール産生微生物が存在することが知られていたことから，
少なくとも，本件明細書の記載に基づいてこれら既知のエクオール産生微生物の中
から「ラクトコッカス２０－９２株」以外にも「オルニチン産生能力及びエクオー
ル産生能力を有する微生物」を得ることができる。したがって，サポート要件を満
たすと正しく認定しており，原告らが指摘するように「エクオール産生能力を有す
る微生物」を探索することの困難性を捨象して判断を行ったわけではないし，無効
理由をすり替えているわけでもない。
原告らは，
「エクオール産生能力を有する微生物」をスクリーニングすることが困
難か否かという点に拘泥しているが，
「エクオール産生能力を有する微生物」自体は
本件特許によって初めて見いだされたものでもないし，本件特許はそのような微生
物自体を対象とするものでもない。既に公知のエクオール産生微生物が複数存在す
るという前提を踏まえると，そのような微生物の数が希少であるかどうかにかかわ
らず，そのような公知の「エクオール産生能力を有する微生物」を対象として公知
のスクリーニング方法によって「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有
する微生物」を得ることができるから，その点をもってサポート要件を満たすと判
断した点に誤りはない。
イ 「公知のスクリーニング方法」について
(ｱ) 特定物質を生産する微生物（菌）をスクリーニングによって探索するこ
とは，当該技術分野における技術常識かつ日常的に行われている行為であって，当
業者は，かかる技術常識及び本件明細書の記載に基づいてエクオール産生能力を有
する微生物のスクリーニングを実行できる（甲２８の１）。
エクオール産生微生物を特定するための具体的なスクリーニング手順の典型例は，
以下のとおりである。
① 脊椎動物(ヒト，ウシ，ヒツジ，ヤギ，サル，ラット他）の胃／腸内容物(糞便，
ルーメン液他)，あるいはエクオール産生能をスクリーニングしたい微生物を固形培
地（寒天培地等の一般的な固形培地が使用可能）に塗布し培養する。
② 上記①で出現したコロニーを，それぞれ，ダイゼインを含む栄養培地に植菌
し，２～４日間程度３７℃で嫌気培養する。
③ 上記②のそれぞれの培養液を，所定の時間間隔(例えば，２４時間～９６時間
程度）で抜き出し，ダイゼイン量及びエクオール量を定量しエクオールが検出され
た培養液を選択する。ここで，ダイゼイン量やエクオール量は，ＨＰＬＣ，ＬＣ－
ＭＳ，ＧＣ－ＭＳなどを用いて定量する。
④ 上記③の培養液を希釈し，上記寒天培地に塗布し，出現したコロニーが単菌
になるまで上記の操作を繰り返す。これにより，エクオール産生微生物を単離する。
原告らは，スクリーニングにおける培地として非選択培地を用いる場合には過度
の試行錯誤が必要であるなどと述べるが，新規な菌を探索する際に非選択培地を用
いることは当該技術分野において汎用される条件であって，実際には，培地を希釈
しても活性を有する菌を検体から単離するなど，効率的に行うための工夫がされて
いるから，過度の試行錯誤ではない。
(ｲ) 被告従業員Ｂの陳述書（乙１）に述べられているように，教科書的な書
籍に記載されているような一般的な微生物の単離・同定の手法を用いることで，エ
クオール産生者の糞便からエクオール産生微生物を容易に特定することができ，実
際に，被告の佐賀研究所における過去の研究では，エクオール産生者の糞便提供か
らエクオール産生微生物の単離まではおおよそ２週間程度ででき，エクオール産生
者の比率検討等を含めた試験全体としても３か月程度の期間で行うことができた。
原告らが指摘する上記陳述書の中で言及されている菌の安全性についても，法令
には菌株を食品に用いる際の明確な基準はなく，各社において食品に用いるための
一定の厳しい独自の基準を設けているのが通常であり，原告が主張するＢＳＬも全
ての企業における技術常識とは限らないから，そのような指標のみによってスクリ
ーニングの困難性を基礎付けることはできない。
(ｳ) Ｄ教授の意見書（乙２）においても，同様に，エクオール産生微生物の
スクリーニングは，特殊な機器や手法を要するものではなく，一般的な教科書に記
載された手法で行うことができる実験操作であり，実際に，研究室に所属する学生
が食品（臭豆腐）からエクオールを検出することに成功しているとされている。
原告らは，Ｄ教授の意見書について主張するが，腸内細菌が酸素の少ない環境に
存在することは食品衛生学における技術常識であり，当業者は，腸内細菌のような
絶対的嫌気性菌の培養においては，公知の高価ではない嫌気的な培養装置（乙１４，
１５）を使用することができ，通常の知識の範囲内で絶対的嫌気性菌の培養及び単
離を行うことができる。
原告らは，上記意見書に添付され，Ｔａｂｌｅ１に記載された微生物のうち５菌
株についてエクオール産生能力がない可能性が高いと主張するが，同文献は，査読
を受けた上で掲載された学術論文であり，当該文献中にエクオール産生微生物とし
て記載されている以上，これらが「エクオール産生能力を有する微生物」であるこ
とには一定の信頼性があるものというべきである。また，原告の指摘するエクオー
ル産生能を有することが不明なものを除いたとしても，上記Ｔａｂｌｅ１には，そ
の他にも１９株（１５種）が挙げられていて，多数の「エクオール産生能力を有す
る微生物」の報告が存在すること自体に変わりはなく，
「エクオール産生能力を有す
る微生物」をターゲットとする目的さえ定まると，そのような微生物のスクリーニ
ングに格別の困難性はないことは十分裏付けられている。
原告らは，甲６０を根拠にラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株以外に食歴が
明らかになっていないと指摘するが，現状で食歴が判明していない菌の中にも食品
に用い得る安全性を満たすものが存在する可能性も否定できないから，原告らの指
摘は無意味である。
(ｴ) 原告らは，Ａ教授の陳述書（甲４８）によると，甲６で用いられてい
るエクオール産生微生物であるｄｏ０３株を見つけるために４年の歳月を要したと
しているが，Ａ教授と同じ甲６の共同執筆者であるＥ教授及びＣ教授からは，腸内
細菌のスクリーニングの容易性について，ラットの腸内細菌について培養を始めて
からｄｏ０３株の単離に成功するまで長い時間を要していないことが確認されてい
る（乙１，３）。また，Ｅ教授の意見書（乙３）には，ｄｏ０３株を単離する際に特
別な手法は使われておらず，甲６の研究当時，ラットの腸内からであれば，イソフ
ラボンをエクオールに変換する能力のある細菌を単離することが比較的容易である
と考えられていたことも述べられている。
原告らは，甲４８を引用して「エクオール産生能力を有する微生物」は極めてま
れなものであると主張するが，甲４８の５頁～６頁によると，甲６の研究過程では，
スクリーニングに用いるヒト糞便の入手が容易でなかったためにエクオール産生微
生物の発見に苦労したことをスクリーニングの困難性として述べているだけであっ
て，エクオール産生微生物に対するスクリーニング自体が常識外に困難であること
を裏付けるものではない。気兼ねなく集めやすいラットの糞便からの腸内細菌を対
象としてスクリーニングを行うようになった後，比較的短期間でエクオール産生微
生物であるｄｏ０３株を発見することができたのであるから，むしろ過度の試行錯
誤を伴うものではないことを示している。
(ｵ) スクリーニングの際の培養条件等について，前記のように特定物質を
生産する微生物（菌）をスクリーニングによって探索することは，当該技術分野に
おける技術常識であり，日常的に行われている行為であり，スクリーニングの目的
ごとに必要とされる種々の工程が分類されて確立しているほどに，当該技術分野に
おいては微生物のスクリーニングという手法が慣用的なものであって研究活動に不
可欠なものである。
このような技術常識の下では，原告らが指摘する培養方法や微生物ごとの多様性
などは，どのようなスクリーニング方法の実施においても多かれ少なかれ必然的に
生じる実験的な試行錯誤のレベルにすぎず，当業者は適宜微調整して対応し得る程
度のことである。当業者にとっては，目的とする発酵生成成分や発酵物の活性がタ
ーゲットとして設定されると，研究活動における通常の労力と試行錯誤の範囲内で，
そのような生成成分や活性が得られるような微生物をスクリーニングにより特定で
きる。
また，エクオール産生微生物のスクリーニングの際に用いる培地や温度条件につ
いて，本件明細書の実施例には，ダイゼイン類とアルギニンを含む原料からオルニ
チン・エクオール産生微生物を用いてオルニチン及びエクオールを実際に発酵生成
させた条件が記載されている（本件明細書の段落【０２２１】 【０２３０】 から，
～ ）
スクリーニングを行う場合には，当該発酵条件を参照し，同様の培養条件等を用い
ればよいことは当業者には明らかである。
スクリーニング対象となり得る細菌の数についても，当業者が通常の研究活動で
行い得る程度の時間と労力の範囲内であって，過度の試行錯誤に該当するとまでは
いえない。原告らは，腸内には５０兆個から１００兆個の腸内細菌が存在するなど
と，あたかもスクリーニングが非現実的なほど無数にターゲット微生物が存在する
かのように述べるが，当業者は，腸内に存在する細菌の数は当然に把握した上で，
種々の研究活動を行っているのであるから，その点に特段の事情が存在するとはい
えない。また，その範囲についても，当業者は，キノコが含まれるなどと誤解する
ことはなく，本件明細書の段落【００１８】の具体例を踏まえ，対象となる微生物
の範囲を十分に理解できる。
(ｶ) 本件明細書の段落【００３２】等に記載されているように，本件原出願
日当時において既に公知のエクオール産生微生物が知られていたところ，より簡便
には，これら公知のエクオール産生微生物に対してオルニチン産生能に関するスク
リーニングを行うことでも，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有す
る微生物」を特定することができる。実際に，甲４５の実験報告書では，
「ラクトコ
ッカス２０－９２株」以外にも，エクオール産生能に加えてオルニチン産生能を有
するものが存在することが実際に確認されたことが示されている。
(ｷ) 原告らの主張するＤＮＡの同定や生理・生化学性状試験は，外部機関に
委託等により行うことができるから，そのような工程に期間を要するとしても，そ
のことだけで，スクリーニングの困難性や過度の試行錯誤の裏付けとなるものでは
ないし，特許のサポート要件や実施可能要件の判断は，
「学術上の成果」におけるそ
れと必ずしも一致するものではない。
ウ 「エクオールを産生する微生物」が希少であったとしても，サポート要
件等の判断が左右されないこと
(ｱ) ある種の特定の機能を有する微生物であると，それにある程度の希少
性が認められることは当然のことであって，その点を殊更に強調する理由はない。
サポート要件の判断においては，実際にどの程度の数の「エクオール産生能力を
有する微生物」 「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」
及び
が存在するかとは関係なく，スクリーニングを行うことによって，そのような微生
物を特定できる蓋然性が高いことを理解できることで足りる。当業者が「エクオー
ル産生能力を有する微生物」を探索するための具体的なスクリーニング手順を理解
し，実行できることは，前記イのとおりであり，スクリーニングの結果として得ら
れる「エクオール産生能力を有する微生物」が，仮に希少種だったとしても，目的
とする発酵生成成分や発酵物の活性がターゲットとして設定され，そのためのスク
リーニング工程さえ明確であるならば，スクリーニングを行うこと自体に困難性は
ない。
実施可能要件についても，スクリーニングの結果として得られる「オルニチン産
生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」が５種類であろうと１０００種類
であろうと，その数の大小によりその判断が左右されるべきではない。
原告らは，ＬＰＳＮに登録されている微生物の中で「エクオール産生能力を有す
る微生物」は僅かしか特定されていないと主張するが，被告が「エクオール産生能
力を有する微生物」の単離に最初に成功して以後，多数の「エクオール産生能力を
有する微生物」の報告が続いており，乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙さ
れているように２０種を超える「エクオール産生能力を有する微生物」が単離され
ている。
(ｲ) 「属」 「種」
や に限定がないとする原告らの主張は，仮にそのような「属」
や「種」などの菌の分類上の定義を用いて包括的に規定した場合には，当該種に属
する全ての菌が「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する」ものでな
い限り，かえってサポート要件等を満たす菌群の特定が困難なケースが生じ得るこ
とになる。
また，用いる微生物を「菌株」単位に限定した場合には，本件訂正発明による新
規な技術的思想を必要以上に狭めることにもなってしまう。そして，原告ら主張に
係る特許庁の運用は，既に廃止されているし，甲６９の１（特許第６６３５４７９
号公報）や甲７０の１（特許第６６５４６３９号公報）は，
「物の発明」を対象とす
るものであって本件訂正発明のような「製造方法の発明」とは必ずしも同一視でき
ない。引用文献（従来技術）との関係や明細書の記載内容を捨象して単に審査の最
終結果のみを提示しても何ら意味をなさない。
甲３２の１（特許第６３９１９５６号公報）
・甲３２の２（特許第４７４３１１４
号公報）
・甲３２の３（特許第４４９０３６１号公報）に例示されるように，当該技
術分野においては，本件訂正発明と同様に「特定の成分を産生する能力を有する微
生物」という形式で発酵に用いる微生物を特定することが広く用いられ，それが当
業者にとっての常識的な特定手法の一つとなっており，「特定の成分を産生する能
力を有する微生物」と特定することで，当業者は，その技術的意義を理解できる。
本件訂正発明は，エクオール産生能力に加えてオルニチン産生能力を有する微生
物を用いて，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することにより
所定量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の発酵物を得ることができる
という技術的思想を新規に見いだし，これによって発明の課題を解決したものであ
る。
本件訂正発明で用いられる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有す
る微生物」とは，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（本件明細書
の段落【００３１】）と，アルギニンをオルニチンに変換する能力（本件明細書の段
落【００３６】 とを有する微生物を意味するものであることが明確に定義されてお
）
り，そのような能力を有しない微生物は，本件訂正発明にいう微生物には該当しな
い。
そして，本件明細書の実施例では，
「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力
を有する微生物」であるラクトコッカス２０－９２株を用いて，ダイゼイン類とア
ルギニンを含む発酵原料を発酵処理することによって，エクオールとオルニチンを
含有する発酵物が得られることが実証されている（段落【０２２２】 【０２３０】
～ ）
から，当業者は，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力と，アルギニ
ンをオルニチンに変換する能力とを有する「オルニチン産生能力及びエクオール産
生能力を有する微生物」を用いることで，本件訂正発明の課題が解決できることを
理解できる。
エ 食品素材の発酵に用いられる微生物の安全性について
(ｱ) 乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙されているエクオール産生
微生物（菌）の２３種のうち５種類の菌は，既存の食品からも検出されている乳酸
菌であり，食品素材への利用可能性が高いものである（乙１，２）。２３種のうちの
５種という割合を考慮すると，原告が主張するように安全性を備える「エクオール
産生能力を有する微生物」を特定することが極めて困難であるとはいえない。
一般に，本件訂正発明のように微生物を用いた発酵で得られた生成物については，
発酵後の生成物を滅菌し菌を除去することで，最終物中に菌が含まれないものにす
ることができるし，法令には菌株を食品に用いる際の明確な基準はなく，製品表示
においても発酵に用いた菌種を開示する義務も設けられていない。単に「発酵生成
物を食品として用いる」という観点だけでいうと，食品として用いる際の安全性を
備える微生物が，ラクトコッカス２０－９２株に限られるものではなく，それ以外
の微生物を特定できる蓋然性が高いことは，当業者には明らかである。
(ｲ) 甲３８や甲１４における「安全性の高い」「食品に利用可能」とは，
，
菌自体をヒトに摂取させる「プロバイオティクス」を想定した記載であり，本件訂
正発明において用いられる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する
微生物」をスクリーニングで特定できるかという問題とは無関係である。
甲４８についても，乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙されているエクオ
ール産生微生物を見ても明らかなとおり，エクオール産生微生物（菌）はラクトコ
ッカス・ガルビエに属するものに限られず，他の種に属するものも多数存在するか
ら，スクリーニングの困難性を示すものではない。
(2) エクオール生成量などの限定は「大豆胚軸」にラクトコッカス２０－９２
株を用いたものに限られる（取消事由３－２）との主張に対して
ア 発酵原料が「大豆胚軸」に限られないこと
前記（被告の主張）１(1)のとおり，本件明細書（特に，段落【００９３】）には，
「ダイゼイン類を含む発酵原料」を用いることが記載されているし，原告実験（甲
４６）は原告らの主張の根拠となるものではない。
イ エクオール及びオルニチンの「上限値」について
本件訂正発明におけるオルニチン及びエクオールの生成量の範囲は，これらが有
用生理作用を有する成分であるという観点から規定されたものである（本件明細書
の段落【００４２】【００５０】
， ）ところ，このような目的に照らすと，その生成量
の「下限」のみを示せば十分である。また，このような生成量の上限が無限ではな
く現実的な上限を有することは当業者には明白であり，技術常識に照らして判断す
ることで足りる。また，生成量についていえば，発酵物全体からオルニチン又はエ
クオールの下限値を引いた値（［１ｇ－８ｍｇ］又は［１ｇ－１ｍｇ］）が実質的な
上限値であることは明らかである。
ウ エクオール及びオルニチンの「下限値」について
(ｱ) 本件明細書の実施例には，発酵工程における培養条件が具体的に記載さ
れており（段落【０２２１】～【０２３０】，特に，
） 【表２】には，原料中（発酵前）
のダイゼイン類の含有量とそれによるエクオールの生成量（発酵後）が記載されて
おり，
【表３】には，原料中の遊離アルギニンの含有量とそれによるオルニチンの生
成量が記載されている。
当業者は，これらの表に示される結果を見て，どの程度の量のダイゼイン類とア
ルギニンを原料として用いると，その発酵生成物としてどの程度のエクオールとオ
ルニチンが得られるかを理解することできる。また，原料を増減させることで，目
的物の生成量を調整できることも技術常識である。この点は，
「大豆胚軸」以外の「ダ
イゼイン類を含む発酵原料」を用いる場合も同様であり，エクオールはダイゼイン
類が代謝されて生じるものであるから ，発酵原料中に含まれるダイゼイン類を適
宜調節することで，本件訂正発明に規定される下限値を満たすエクオールを得るこ
とができる。現に，乙１３においてイソフラボンを発酵原料とした場合にも乾燥重
量１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが産生することが実証されている。
(ｲ) ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物を用いる場合は，原料の変
換効率が実施例に示されたラクトコッカス２０－９２株と多少異なるとしても，当
業者は，本件明細書中の実施例の結果を踏まえて，原料中のダイゼイン類とアルギ
ニンの量を適宜調整することでの所望のオルニチン及びエクオールの生成量を得る
ことができるし，本件訂正発明に規定される生成量の範囲とするために予備実験等
を要するとしても，少なくとも過度の試行錯誤までは要することなく，本件訂正発
明を実施することができる。
また，甲４５と同様の実験を行った乙４の結果によると，ラクトコッカス２０－
９２株以外のストレプトコッカスＡ６Ｇ２２５とバクテロイデスＥ－２３－１５の
いずれについても，本件訂正発明の下限値を満たす乾燥重量１ｇ当たり８．０ｍｇ
以上のオルニチンが産生することが確認された。エクオールについても，原料のダ
イゼイン濃度に依存して生成量の増加が見られ，ダイゼイン１００ｍｇ／Ｌとして
培地２について，乾燥重量１ｇあたり１．０ｍｇ以上のエクオールの産生が確認さ
れた。
(ｳ) 本件明細書の段落【００５０】には，本件訂正発明に規定されるオル
ニチン含有量が記載されており，当業者は，オルニチンの含有量の技術的意義を十
分に理解できるから，特許法施行規則２４条の２に違反することはない。
なお，本件訂正発明に規定されるオルニチンの含有量の規定が特許法施行規則２
４条の２に違反すると主張することは，審判段階では何ら主張されていなかった主
張を，本件訴訟に至って追加するものであるから，新たな無効理由を追加している
こととなり，許されない。
エ 「嫌気的条件」について
「嫌気的条件」とは，
「無酸素条件下で培養すること」にとどまる。それ以上，具
体的なガスの割合は，限定・特定されていないのであって，仮に，市販の培養キッ
トや混合ガスで発酵が進むものがなかった場合でも，当業者は，培養する微生物の
性質などを踏まえて，ガスの成分比率を調整して発酵に適した条件とすることを通
常行っている（乙１９）。
このようなガスの成分比率の調整は，当業者が通常の研究活動で行い得る程度の
時間と労力の範囲内のものであり，何ら過度の試行錯誤ではない。
(3) 本件訂正発明の「課題」及び「技術的思想」
（課題解決手段）の認定に基づ
く審決の判断の誤りの主張に対して
本件訂正発明が発明の課題（目的）を記載したにすぎないものであるとしても，
それによりなぜサポート要件等を満たさないといえるのか，原告らは特許制度に反
すると抽象的に述べるだけで，何ら具体的な理由を述べていない。
課題の設定自体が新規な着想に基づくものであると，創出された新規な発明もそ
のような課題に対応にするものとなることは当然であり，本件についても，
「ダイゼ
イン類とアルギニンを含む発酵原料を，オルニチン産生能力及びエクオール産生能
力を有する微生物で発酵処理することにより，所定量のエクオール及びオルニチン
を含有する粉末状の発酵物を製造できる方法を提供すること」という発明の課題自
体が従来には存在しない新規なものであったから，それを実現した本件訂正発明が
課題に対応した記載となることは妥当である。本件訂正発明が，発明の課題（目的）
を記載したにすぎないものであり，特許制度に反するなどという原告らの主張は理
由がない。
４ 取消事由４（甲６に基づく新規性・進歩性欠如についての認定及び判断の誤
り）について
（原告らの主張）
(1) 相違点の認定の誤り
ア アルギニンジヒドロラーゼ経路に基づくオルニチン生成が甲６に記載さ
れているに等しいこと
(ｱ) 甲６には，「アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いてエネルギーを
得る」点及び「アルギニンジヒドロラーゼ経路」が記載されているところ，甲６で
引用されている甲７（JAY F.SPERRY他「Arginine, a Growth-Limiting Factor for
Eubacterium lentum」JOURNAL OF BACTERIOGY Vol.127 No.2,１９７６年）の以下
のＦＩＧ．２には，アルギニンからアルギニンジヒドロラーゼ経路によりエネルギ
ーを得る場合にはオルニチンが生成されることが開示されており，アルギニンジヒ
ドロラーゼ経路は本件優先日時点において技術常識であった（甲８［日本生化学会
編「生化学実験講座１１ アミノ酸代謝と生体アミン（中）」東京化学同人，昭和
５１年］，甲９［Ｒ．Ｙ．スタニエ他「微生物学（上）」培風館，昭和５６年］，
甲１０［日本微生物学会編「微生物学事典」技報堂出版，平成元年］）。
甲６は，ｄｏ０３株の培養に甲７の Eubacterium lentum（以下「Ｅ．ｌｅｎｔｕｍ」
という。 の例などを参考にしてアルギニンを使用しており，
） 甲６にアンモニアが生
成したとの記載があること及び甲７で開示されているｄｏ０３株とＥ．ｌｅｎｔｕ
ｍが近縁種であることからすると，甲６においてもオルニチンが生成され，かつそ
れが分解されていないことを当業者は認識できる（甲４８）。
(ｲ) 甲６には，アンモニアが産生され，培地ブロスのｐＨが増加したこ
とを認識した旨と，ＯＤ６００の吸光度が増加していることから，ｄｏ０３株がエネ
ルギーを得て成長し，菌数が増加していることが分かり，アルギニンを菌代謝して
いることを認識した旨とが記載されているから，当業者は，ＯＤ６００の吸光度の増
加から，ｄｏ０３株がＡＴＰエネルギーを得て成長し，菌数が増加し，アルギニン
ジヒドロラーゼ経路においてシトルリンを経てオルニチンまで代謝が進んでおり，
アンモニアの産生によりｐＨが増加したことを認識できる。
イ オルニチンの蓄積量について
(ｱ) 甲６において，アルギニンの添加は，菌の成長のために，アルギニン
ジヒドロラーゼ経路を用いて，エネルギーを得るためにされているから，アルギニ
ンは限りなく１００％オルニチンに代謝（変換）されるものと当業者に理解される。
甲６において１％Ｌ－アルギニンを含む培地に含まれる遊離アルギニンが全てオル
ニチンに代謝（変換）された場合には，発酵物１ｇ当たり１５５ｍｇのオルニチン
が産生することとなる。一方，本件訂正発明のオルニチンの量の下限値は８ｍｇで
ある。
仮に，被告が主張するように，甲６のオルニチンの蓄積量が不明であるとか，オ
ルニチンが別の物質に代謝されて消費されたか，あるいはオルニチン以外の代謝産
物のために消費されたとしても，その蓄積量が１００％オルニチンに代謝（変換）
された値である１５５ｍｇの約５％未満である８ｍｇ未満にまで減少するとは当業
者は想定し得ない。
現に，甲７のＴＡＢＬＥ１では，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍによりオルニチンが産生・蓄
積されることが開示されており，当業者は，ｄｏ０３株も同様にオルニチンを産生・
蓄積するものと想定する。
(ｲ) 大豆発酵食品の発酵中に微生物がアルギニンの異化作用により系内に
含まれるアルギニンからオルニチンが生成することは古くから知られている（甲１
５の１［平宏和「大豆発酵食品の成分よりみた発酵分解の意義」日本醸造協会雑誌
６２巻４号３６７頁～３７３頁］，甲１５の２［伊藤寛ほか「みその乳酸菌の研究
（第７報）アルギニンの分解」食糧研究所研究報告第１９号１２１頁～１２６頁，
昭和４０年］）。しかも，アルギニンはこの種の微生物による発酵の際によく用い
られる通常の培地中に少なからず含まれており，このことも技術常識である。原告
において，これらの培地に含まれるアルギニンの量を分析したところ，ＢＨＩブロ
ス，ＧＡＭ培地又は変法ＧＡＭ培地１００グラム当たり「１．１４～３．３５ｇ」
のアルギニンが含まれていることが分かる（甲７４）。そして，これらの培地中の
アルギニンのほとんどが「オルニチン」に変換されるとすると，発酵物の乾燥重量
１グラム当たり「８．６～２５．４ｍｇ」のオルニチンが生成することになり，こ
のことは原告がした再現実験（甲６７，甲７５の１）からも明らかである。
ウ 甲１１，１７及び６７の各実験（以下，併せて「原告再現実験」という。）
について
(ｱ) 甲６の再現実験である甲１１の実験により，オルニチンが８５ｍｇ
程度産生かつ蓄積されていることが確認されているし，甲１７の実験でも，本件訂
正発明の構成要件を満たすオルニチンが得られていることが分かる。静置培養を採
用した場合の再現実験である甲６７によっても同様であった。
(ｲ) 被告は，原告再現実験の実験条件について論難するが，①ダイゼイン
の供給源については，甲１１の実験では甲６に記載された「LC Laboratories」製の
ダイゼインを用いていること（甲６６），②甲６において，エクオール産生微生物
を単離したエクオールアッセイ培地は，「フジフラボンＰ１０」，「ＣａＣＯ３」な
どを含む「ＧＡＭ培地」ではないこと，③エクオール生産の原料であるイソフラボ
ンが水にほとんど溶解せず培養液の下部に沈降し，発酵の原料として利用しにくい
状態となるため，振とう培養を採用することは技術常識であり，甲１１の実験は，
甲６の記載のない技術常識で補ったにすぎず，上記(ｱ)のとおり，静置培養でも，本
件訂正発明の構成要件を満たすオルニチンが得られている。
エ 小括
以上の検討からすると，甲６発明は，正しくは，
「エクオール産生能力及びオルニ
チン産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３及びアルギニンを，ダイ
ゼインを含む培地に添加して培養し，ダイゼインからエクオールを得ると共にアル
ギニンからオルニチンを得る方法であって，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり０．６２
ｍｇのエクオール及び７４．３ｍｇのオルニチンを得る方法」と認定されるべきで
あり，本件訂正発明と甲６発明との相違点は，
「本件訂正発明が発酵処理により，発
酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上のエクオールを生成することを規定してい
るのに対して，甲６発明がこの数量を明示していない点」以下
（ 「相違点１」という。）
となり，審決の相違点の認定は誤りである。
また，審決の相違点の認定は，本件明細書に記載がなく，特許法施行規則２４条
の２の違反があるににもかかわらず，「オルニチンを有用な生成物として得ること」
も相違点としている点でも誤っている。
(2) 容易想到性の判断の誤り
ア 前記(1)の相違点１は，実質的な相違点ではない。仮に，相違点１が実質
的な相違点であるとしても，当業者は，少しでも多くの量のエクオールを得ること
を目的としているから，甲６のＦＩＧ．１を見るなどして，ダイゼインの量を増や
すと等量のエクオールが得られることを理解し，エクオール生成量を更に増加させ
ようとして，実験報告書（甲１７）に示されるように原料となるダイゼインを多く
することを当然に試みるはずである。また，甲１９にも，原料となるダイゼインを
増加させれば，エクオールの生産量が増加することが開示されている。したがって，
相違点１は容易想到である。
イ 仮に，本件訂正発明と甲６発明との間に審決が認定する本件相違点１が
あるとしても，甲６のｄｏ０３株がオルニチンを産生・蓄積していることは，前記
(1)のとおり，アルギニンからのオルニチン生成に関する技術常識から明らかといえ
るから，オルニチン産生能力の点や発酵物がオルニチンを含有するかどうかという
点は実質的な相違点とはいえない。
また，上記のようなアルギニンからのオルニチン生成に関する技術常識に加え，
オルニチンが優れた生理活性成分であることも，本件優先日において，技術常識・
周知技術であったことからすると，優れた生理活性成分であるオルニチン量を確認
することは当業者が当然に行う事項であり，特許庁の審査基準に記載される「刊行
物に記載されている事項から本願の出願時における技術常識を参酌することにより
当業者が導き出せる事項」ともいえる。大豆イソフラボンとオルニチンとを組み合
わせた食品も幾つか見受けられる（甲５３，５６）ことからすると，大豆イソフラ
ボンの一つであるダイゼインが腸内細菌により代謝されて産生されるエクオールが
備える，大豆イソフラボンと同様の生理機能に着目するとき，併せてオルニチンの
生理機能にも注目することは，食品関係の技術分野の当業者には自然なことである。
そして，８ｍｇ以上のオルニチンを生成する点についても，①８ｍｇという値は，
オルニチンの健康食品としての摂取必要量である「８００ｍｇ／日」
（甲５２）や１
０００ｍｇ／日（甲５３）などと比較すると僅かな値でオルニチンの生理作用を発
現するものではなく，技術的意義がなく，顕著な効果を奏するものでもないこと，
②アルギニンなどの高価な原料を用いなくても安価な栄養成分から大量に効率よく
オルニチンを生成する微生物が本件優先日当時知られていたことからすると，本件
訂正発明の進歩性を基礎付けるものではなく，実質的な相違点ではない。
ウ 被告の主張に対する反論
(ｱ) 被告は，エクオール及びオルニチンの効果について主張するが，オルニ
チンの効果について本件明細書に一切記載がないことなどからすると，本件明細書
に基づかない主張である。
Ｄ教授の意見書（乙７）及びＦ教授の意見書（乙８）やそこで引用されている文
献は，更年期症状としての疲労感・倦怠感とエクオール又はオルニチンとがどのよ
うな関係を有するかについて現時点で見いだされた事項を述べているにすぎなかっ
たり，オルニチンを食品として経口摂取した場合のオルニチンの濃度が，更年期症
状とどのように関係するかについて科学的に証明していなかったりするものであ
る。
(ｲ) オルニチンの数値範囲について，被告が主張する機能性表示食品にお
ける良質な睡眠というような機能（乙９の１・２）は，本件明細書には記載がない。
しかも，このような機能を奏するためには，オルニチン含有量は約４００ｍｇであ
ることが必要であるが，本件訂正発明の下限値のオルニチンの量は「８ｍｇ」であ
り，この量では被告が主張するオルニチンの効果としての「肝臓における代謝に関
与して疲労感の改善の効果」も奏することはおよそ困難である。
Ｆ教授の意見書（乙８，１６）の知見について，本件優先日よりも前のものであ
るかどうかについては何ら明らかにされていない。前者の意見書（乙８）では，「通
常の食品からの低用量のオルニチン摂取（１０ｍｇ程度）」により肝臓のオルニチ
ン含量が「約１００ｍｇ」となるメカニズムについての説明がないし，そのような
低用量のオルニチンにより肝臓のオルニチン含量が「約１００ｍｇ」となるかどう
かも明らかにされていない。後者の意見書（乙１６）でも経口摂取した全量がＯＴ
Ｃの基質になる前提で書かれているし，臨床的な実証を欠くものである。
オルニチンの睡眠機能の研究者であるＧ博士は，「１０ミリグラム」程度のオル
ニチンを経口摂取しても，およそ肝臓の機能を改善するとは考え難いとしている（甲
６４）。Ｈ准教授の陳述書（甲７３）も，ヒトが毎日「５２５０ｍｇ」程度のアル
ギニンを摂取し，これらの多量のアルギニンから常にオルニチンが肝臓において生
成している状況において，仮に僅か「１０ｍｇ」のオルニチンを経口摂取し，その
全量が肝臓に到達したとしても，肝臓の酵素活性に与える影響はほとんどないとし
ている。
また，前記のとおり，本件訂正発明の発酵物によりオルニチンの良質な睡眠など
の機能が発揮されるように「４００ｍｇ」摂取しようとすると，エクオールの摂取
量は「５０ｍｇ」以上となって一日の摂取量としては過剰となり，その安全性が懸
念されることになる。
以上のとおり，オルニチンの数値範囲における被告の主張は失当である。
(ｳ) エクオールの生成量について，被告は，甲６について，エクオールの
生成量を「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上」となるように，「原料や発
酵条件を設定する」動機付けはないと主張するが，本件明細書に記載されていない
事項に基づく主張である。
(ｴ) 前記イのとおり，甲６ではエクオールを食品又は医薬品などのヒトが摂
取することを前提として議論されており，発酵物の用途が「食品素材として用いら
れるもの」であることは相違点とはならない。また，エクオールは，本件優先日当
時，食品として用いられるものであることが公知となっており（甲１９，４３），
発酵物を「食品素材」として用いることは，当業者が当然に行う事項である。
被告が挙げている「発酵物が粉末状であること」についても，輸送特性や輸送コ
ストの削減，保存性の改良，食品加工の容易さなどから食品原料を「粉末状」にす
ることは，通常の加工方法であるから，「発酵物を粉末状」とすることは，当業者
にとって周知の事項であって，当然に想到することである。したがって，「発酵物
が粉末状であること」は相違点ではない。
（被告の主張）
(1) 相違点の認定の誤りの主張に対して
ア アルギニンジヒドロラーゼ経路に基づくオルニチン生成が甲６に記載さ
れているに等しい事項とはいえないこと
原告らが根拠とする甲６中のアルギニンジヒドロラーゼ経路に関する記載部分は，
ある菌の成長のためにはアルギニンが必要であり，それはアルギニンジヒドロラー
ゼ経路を用いてエネルギーを得るからであるという一般論を述べた上で，実際の実
験結果に関して，①アルギニンの菌代謝により，ＮＨ３が産生され，それらによって
培養ブロスｐＨが増加したこと，②アルギニン追加により，ＯＤ６００が増加し，そ
れによって，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンを用いていることが記載されて
いるにすぎない。
甲６でアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いるとされている菌株は，Ｅ．ｌｅｎ
ｔｕｍであり，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いる
とは記載されていないし，実験的に確認もされていない。
上記①のｐＨの点に関しては，甲６の表１にあるｐＨの増加がＮＨ３に由来する
ものかどうかは確認されていないし，仮にＮＨ３の増加に由来したとしても，アルギ
ニンジヒドロラーゼ経路におけるシトルニンまでで反応が止まっている可能性もあ
り，オルニチンが生成されていることの確認にはならない。原告らは，甲７におい
てｄｏ０３株の近縁の株についてオルニチンが分解していないことが示されている
としても，甲６のｄｏ０３株でも同じような結果が得られることは自明ではない。
また，上記②のＯＤ６００に関しても，甲６には，ＯＤ６００の増加がなぜアルギニン
の菌代謝を示すのかについて説明はされていないし，アルギニンジヒドロラーゼ経
路によりアルギニンが代謝されてＮＨ３が産生されたことは，実験的に確認されて
いない。特に，甲６には，
「培地ブロスのｐＨが対照試料よりも増加したため，株ｄ
ｏ０３はアルギニンを用いたようにも思われたが，しかし，ＯＤ６００は増加しなか
った。」として，ＯＤ６００の増加が必ずしもアルギニンの菌代謝を示すとはいえない
という結果も記載しているから，ＯＤ６００の増加によりアルギニンの菌代謝よりオ
ルニチンが産生していることを意味していると解することはできない。
そして，甲８～１０に関しても，単にアルギニンジヒドロラーゼ経路についての
説明があるのみであって，甲６で用いられているｄｏ０３株において，アルギニン
ジヒドロラーゼ経路が現に機能することについては何ら具体的に言及されていない。
さらに，原告は，発酵によってオルニチンとエクオールを得る製造方法に係る発
明についての特許（特許第６００５４５３号［乙５］。以下「別件特許」という。）
を取得しているところ，その審査過程においてされた拒絶理由通知（乙６）に対す
る意見書（甲３５）において，
「アルギニンが含まれる培地で嫌気性微生物を培養し
ても，常にＬ－オルニチンが得られるとは言えません」「引用文献４には，オルニ
，
チンについては開示されておらず，示唆もされないと考えます。一方，本願発明は
Ｌ－オルニチンとエクオールの両方を生産する方法の発明に関します。」などと述
べ，上記拒絶理由通知における引用文献４の発酵液中Ｌ－オルニチンが含まれると
推測されるとの審査官の判断に反論しており，この原告自身の主張に照らしても，
甲６にオルニチンの生成が記載されているに等しいとはいえない。
イ オルニチンの蓄積量について
甲７の文献で用いられているＥ．ｌｅｎｔｕｍは，甲６で用いられているｄｏ０
３株とは異なる菌であるが，なぜｄｏ０３株を用いる甲６においてもオルニチンが
蓄積されるといえるのか不明であり，原告らは具体的な説明ができていない。
甲６の共同執筆者であるＡ教授自身，オルニチンの生成に関して「その際，蓄積
される量はわかりませんが」
（甲４８），
「オルニチンの生成量が必ずしも安定しない
傾向があります」
（甲６１）と述べているから，甲６では，少なくとも発酵物にオル
ニチンが蓄積されているかどうかは不明であり，甲６において，一定量のオルニチ
ンを含有する発酵物が得られることまで認識されていたということはできない。
甲６の共同執筆者であるＥ教授の意見書（乙３）によると，甲６におけるアルギ
ニンの添加は，エクオール産生微生物の生育のためにすぎず，甲６の研究時点にお
いて，研究当事者の間でもオルニチンの生成については何ら関心が持たれておらず，
甲６の実験系においてオルニチンが生成・蓄積したことを認識していなかったので
あるから，当該文献を見た他の当事者がそのような認識・理解をする可能性は極め
て少ない。
ウ 原告再現実験について
原告再現実験は，①ダイゼインの供給源が同一のものであるかどうかが，甲６６
のメールを考慮しても不明であること，②フジフラボンＰ１０が原告再現実験では
用いられていないこと，③振とうの有無に違いがあること，④得られた実験結果に
ついて，甲６のＴＡＢＬＥ１によると，アルギニンを培地に添加することによりエ
クオールの生成量を約４倍に増加する結果となっているのに対し，甲１１の再現実
験では，培地へのアルギニンの無添加及び添加のいずれの場合もエクオール濃度は
３９．６ｍｇ／Ｌであり，アルギニンの添加にかかわらず，ほぼ等量のエクオール
が生成する結果となっており（甲１１の表１） 両者の結果は明らかに乖離している
，
ことからすると，甲６の再現実験とはいえないものである。
甲６７の再現実験も，甲６のＴＡＢＬＥ１によると，アルギニンを培地に添加す
ることによりエクオールの生成量は約４倍に増加する結果となっているのに対し，
甲６７の再現実験では１．５倍程度の増加にすぎないから，甲６の再現実験とはい
えないものであるし，甲１１の実験結果と甲６７の実験結果は整合しない。
本件優先日時点における公知技術には，オルニチンが乳酸菌等のオルニチン脱炭
酸能により分解されるというものもあること（甲３３［梅津雅裕ほか「硝酸還元菌
および清酒乳酸菌によるアミン類の生成」醗酵工学５５巻２号６８頁～７４頁，昭
和５２年］，甲３４［藤原伸介「天然に存在するポリアミンとその機能－植物・微生
物を中心にして－」土と微生物３８号４５頁～６０頁，平成３年］）からすると，仮
に，甲６の培養系において一時的にオルニチンが生成したとしても，発酵により分
解され，
「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」が生成していない可能性が
あると理解することが，当業者の常識である。甲１１の再現実験の結果についても，
培地に添加されたアルギニンの初期量のうち，培養後に産生されたオルニチンと残
存するアルギニンに相当する量は，約６７％にすぎないと算出され，培地にアルギ
ニンを添加したとしても，最終産物に一定量以上のオルニチンが残存するとは必ず
しもいえない。
エ 以上からすると，甲６に，オルニチンが産生したこと及びその生成量が
記載されているに等しいということはできず，審決の相違点の認定に誤りはない。
(2) 容易想到性の判断の誤りの主張に対して
ア 本件訂正発明についての動機付けがないこと及び本件訂正発明が顕著な
効果を有すること
本件訂正発明により製造される発酵物は，エクオール及びオルニチンのいずれも
含有することにより，エクオールにより更年期女性のホルモンバランス異常による
肝機能の低下を改善し，かつ，オルニチンにより肝機能を改善することで，脂質代
謝異常をも改善し，同時に複数の側面から，更年期の女性の疲労感の改善効果を訴
求できるという顕著な効果を有するものである（乙７，８）。
これに対して，甲６発明は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明する
ことを主眼とするものであって，エクオールと共にオルニチンを含有する発酵物を
得ることを課題とするものではない。そして，甲６には，オルニチン産生能力及び
エクオール産生能力を有する微生物を用いてエクオールとオルニチンを含有する発
酵物を得るという具体的な技術的思想は開示されておらず，エクオールを含む発酵
物を機能性食品素材の用途に用いることは何ら想定されていないし，オルニチン自
体に関する記載は一切されていない。また，原告がアルギニンジヒドロラーゼ経路
が技術常識であった根拠とする甲７～１０にも，オルニチンが「優れた生理活性を
示す成分」であることは何ら言及されていないし，エクオールとともにオルニチン
を発酵により得ることについても何ら積極的な動機付けは開示されていない。さら
に，甲６には，上記のような本件訂正発明の顕著な効果についても開示や示唆はな
い。したがって，本件訂正発明についての積極的な動機付けは存在しない。
原告らの挙げた証拠（甲５３，５６）のうち，甲５６は，エクオールとオルニチ
ンを組み合わせた食品に関するものではなく，少なくともエクオールという成分に
オルニチンを組み合わせるという技術的思想を提供しているものではないし，甲５
３には，当該食品が大豆イソフラボンを含有することは明示されていない。したが
って，このような例だけをもって，エクオールとオルニチンを組み合わせることが
食品関係の技術分野の当業者にとってごく自然なことということはできない。
イ オルニチンの数値範囲について
オルニチンの生成量について，機能性表示食品におけるオルニチン含有量約４０
０ｍｇ（乙９の１・２）は，機能性表示を行う際の届出において睡眠障害という疾
病の改善効果が統計的に認められる量として示されているものであるし，甲６４，
７３で言及されているオルニチン量も同様である。
疾病を改善する目的ではなく，罹患前から継続的にオルニチンを摂取して，健康
を維持する目的の場合には，上記の数値よりはるかに少ない量（オルニチンを多く
含むとされている食品に含まれるオルニチン量）で健康上の効果を訴求できる。実
際，酵素活性は食品から摂取できるオルニチン量（１０ｍｇ程度）でも効果が期待
される（乙８，１６）。また，本件訂正発明のオルニチンの下限量は，オルニチンを
多く含む食品のオルニチン含有量より多い。本件訂正発明の発酵物は健康食品とし
て利用可能であるところ，健康効果が訴求できるか否かが問題となり得るとしても，
医薬品のように疾病治療や症状改善を示すほどのオルニチン量を含有することを要
しない。
したがって，本件訂正発明に規定されるオルニチンの下限量は，健康維持，疾病
予防の効果を訴求するに足る有用性のある量であり，何ら効果が期待できるもので
はないとする原告らの主張は誤りである。
ウ エクオール生成量の範囲について
甲６は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することを主眼とするも
のであって，発酵物を食品素材として用いることは何ら想定されていないから，甲
６発明においてエクオール生成量を「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」の
範囲内となるように，原料や発酵条件を設定する動機付けは存在しない。
原告らは，甲１７の実験結果によると，甲６の実験条件から，ダイゼイン濃度を
増加させることで「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」のエクオールが生成
することを主張するが，甲１７の発酵条件は，甲６の実験とは同一ではなく，甲６
の再現実験とはいえないから，原告らの主張は失当である。
甲１９には，本件訂正発明で規定された量の２０分の１～５０分の１に当たる「１
ｇ当たり０．０２～０．０５ｍｇ」
（２～５ｍｇ／１００ｇ）程度の少量で十分であ
ると記載されており，本件訂正発明の「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」
という量まで増加させることは何ら示唆されておらず，甲１９を参照したとしても，
甲６発明においてエクオールの生成量を高めることの動機付けとはなり得ず，むし
ろ阻害要因があるといえる。
エ その他の相違点について
本件訂正発明と甲６発明については，本件訂正発明に規定される「発酵物が粉末
状」であること及び発酵物の用途が「食品素材として用いられるもの」であること
も，相違点として認定されるべきである。
甲６は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することを主眼とするも
のであって，本件訂正発明のように，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物
を食品素材として用いることも，その際に好適な粉末状とすることも何ら想定され
ておらず，粉末状とすることについて開示や示唆もなく，甲６発明の発酵物におい
て，本件訂正発明の上記構成を採用する動機付けは存在しない。このことは，甲６
で用いられているグラム陽性菌ｄｏ０３株がラット由来のものであることからも示
唆される。
第５ 当裁判所の判断
１ 本件訂正発明について
(1) 本件明細書（甲２０）の記載
【技術分野】
【０００１】
本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物から有用成分が抽出されたエクオール
含有抽出物，及びその製造方法に関する。また，本発明は，エクオール含有物から
高純度のエクオールを効率的に精製する方法に関する。更に，本発明は，エクオー
ル含有食品素材，及びエクオール含有食品に関する。
【背景技術】
【０００２】
大豆中に含まれるイソフラボン（大豆イソフラボン；ダイゼイン，ゲニステイン，
グリシテイン）はエストラジオールと構造が類似しており，エストロゲンレセプタ
ー（以下，ERと表記する）への結合に伴う抗エストロゲン作用及びエストロゲン様
作用を有している。これまでの大豆イソフラボンの疫学研究や介入研究からは，抗
エストロゲン作用による乳癌，前立腺癌等のホルモン依存性の癌の予防効果や，エ
ストロゲン様作用による更年期障害，閉経後の骨粗鬆症，高脂血症の改善効果が示
唆されている。
【０００３】
近年，これら大豆イソフラボンの生理作用の活性本体がダイゼインの代謝物のエ
クオールである可能性が指摘されている。即ち，エクオールは大豆イソフラボンと
比較して ERとの結合能（特に，Eβとの結合）が強く，乳房や前立腺組織などの標
的臓器への移行性が顕著に高いことが報告されている（・・・）。また，患者－対
照研究では，乳癌，前立腺癌患者でエクオール産生者が有意に少ないことが報告さ
れ，閉経後の骨密度，脂質代謝に対する大豆イソフラボンの改善効果をエクオール
産生者と非産生者に分けて解析するとエクオール産生者で有意に改善されたことも
報告されている。
【０００４】
エクオールは，ダイゼインより腸内細菌の代謝を経て産生されるが，エクオール
産生能には個人差があり，日本人のエクオール産生者の割合は，約５０％と報告さ
れている。・・・従って，エクオール非産生者に，エクオールの作用に基づく有用
生理効果を発現させるには，エクオール自体を摂取させることが有効であると考え
られる。
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
これまでに，本発明者等は，エクオールを含有する食品素材として，大豆胚軸を
エクオール産生微生物で発酵させることにより得られる大豆胚軸発酵物を見出した。
当該大豆胚軸発酵物には，エクオールのみならず，イソフラボンやサポニン等の大
豆由来の有用成分を含み，これによって有用生理効果を発現できるので，機能性素
材として有用であることが明らかにされている。更に，当該大豆胚軸発酵物は，大
豆胚軸由来のアレルゲンが低減されており，低アレルゲン素材としても有用である
ことが確認されている。・・・
【０００７】
一方，大豆胚軸発酵物中のエクオールの含有量は，製造に使用した大豆胚軸の種
類，エクオール産生微生物の種類等によって異なるが，１重量％程度であることが
多い。そこで，エクオール含有割合をより高めた素材が提供できれば，食品形態の
多様化等に対応でき，様々なタイプのエクオール含有食品を容易に提供することが
可能になる。・・・
【０００８】
・・・発酵法によって得られるエクオール含有物には，エクオール以外の代謝産物
も含まれ，更には原料由来の多種の成分も残存する。またアレルゲンとなり得る物
質が混在している場合もある。･･･
【００１０】・・・また，本発明は，エクオール含有物から高純度のエクオールを
効率的に精製する方法を提供すること・・・エクオール産生微生物で大豆胚軸を発
酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含み，
その風味が改善されている食品素材を提供すること・・・エクオール含有大豆胚軸
発酵物を含み，良好な風味を呈する食品（特に，焼き菓子）を提供すること・・・
エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品を提供するこ
とを目的とする。
【発明の効果】
【００２３】
本発明のエクオール含有抽出物の製造方法によれば，エクオール含有大豆胚軸発
酵物から，エクオールを含む有用成分を効率的に抽出して，機能性食品素材として
有用なエクオール含有抽出物を製造することができる。また，エクオール含有大豆
胚軸発酵物に対して，エタノール水溶液を用いた抽出処理及びエタノールを用いた
抽出処理を順次実施することによって，エクオール及びグリシテインを高濃度で含
みながら，不快味の原因となるサポニンが低減されているエクオール含有抽出物が
得られる。従って，当該エクオール含有抽出物には，呈味に悪影響を及ぼすことな
く，食品に配合できるという利点がある。
【００２４】
また，本発明の精製方法によれば，エクオール含有物から，簡便且つ効率的に高
純度のエクオールを得ることが可能になる。特に，本発明の精製方法は，エクオー
ル含有物に， エクオールと構造が類似するイソフラボンが混在していても，これら
のイソフラボンを除去して，エクオールを高純度に精製することができる。それ故，
本発明の精製方法は，イソフラボンを多く含むエクオール含有発酵物から，エクオ
ールを精製するために好適に使用できる。
【００２５】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵又はその抽出物がカカオマスに分散されてな
る本発明の食品素材は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含みなが
ら，苦味が抑制されており，良好な風味を有している。・・・
【００２６】
そして更に，本発明の各種形態の食品によれば，エクオール含有大豆胚軸発酵物
又はその抽出物に基づく有用生理作用を享受することができる。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
エクオール含有大豆胚軸発酵物とは，エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵さ
せて得られる大豆胚軸発酵物である。
【００３１】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造に使用されるエクオール産生微生物と
しては，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から
選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（
代謝活性）を有する微生物が使用される。・・・
【００３２】
上記エクオール産生微生物としては，食品衛生上許容され，上記能力を有する限
り特に制限されず，従来公知のもの，或いは通常の方法でスクリーニングしたもの
を使用できる。例えば，ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcus garvieae）等の
ラクトコッカス属に属する微生物；ストレプトコッカス・インターメディアス
（ Streptococcus intermedius ） ， ス ト レ プ ト コ ッ カ ス ・ コ ン ス テ ラ ー タ ス
（Streptococcus constellatus）等のストレプトコッカス属に属する微生物；バク
テロイデス・オバタス（Bacteroides ovatus）等のバクテロイデス属に属する微生
物の中にエクオール産生能を有する微生物が存在していることが分かっている。エ
クオール産生微生物の中で，好ましくは，ラクトコッカス属，及びストレプトコッ
カス属等の乳酸菌であり，更に好ましくはラクトコッカス属に属する乳酸菌であり，
特に好ましくはラクトコッカス ガルビエが挙げられる。
・ エクオール産生微生物は，
例えば，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離することがで
きる。上記エクオール産生微生物については，本発明者等により，ヒト糞便から単
離同定された菌，即ち，ラクトコッカス20-92（FERM BP-10036号），ストレプトコ
ッカスE-23-17 FERM
（ BP-6436号）ストレプトコッカスA6G225 FERM
， （ BP-6437号），
及びバクテロイデスE-23-15（FERM BP-6435号）が寄託されており，本発明ではこ
れらの寄託菌を使用できる。これらの寄託菌の中でも，ラクトコッカス20-92が好適
に使用される。
【００３４】
大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに
上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。
【００３６】
また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，
発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，
肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，
硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，
エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するも
の（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合に
は，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中
にオルニチンを含有させることができる。・・・なお，オルニチン・エクオール産
生微生物としては，エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指
標として公知のスクリーニング方法により得ることができる。オルニチン・エクオ
ール産生微生物は，例えばラクトコッカス・ガルビエから選択することができ，そ
の具体例としてラクトコッカス20-92（FERM BP-10036号）が挙げられる。
【００３８】
また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含
むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別
途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエクオール含量をより高
めることが可能になり，その有用性を一層向上させることができる。
【００３９】
大豆胚軸の発酵は，使用するエクオール産生微生物の生育特性に応じた環境条件
下で実施される。例えば，上記で具体的に列挙したエクオール産生微生物を使用す
る場合であれば，大豆胚軸の発酵は嫌気性条件下で行われる。
【００４０】
また，発酵温度としては，エクオール産生微生物の生育に好適な条件であればよ
く，例えば，２０～４０℃，好ましくは３５～４０℃，更に好ましくは３６～３８
℃が挙げられる。
【００４１】
発酵時間については，エクオールの生成量，ダイゼイン類の残存量，エクオール
産生微生物の種類等に応じて適宜設定できるが，通常１～１０日間，好ましくは２
～７日間，更に好ましくは３～５日間とすることができる。
【００４２】
・・・大豆胚軸発酵物中のエクオール含量については，使用するエクオール産生微
生物や発酵条件等によって異なるが，通常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大
豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオールが１～２０ｍｇ，好まし
くは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。
【００４９】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵物には，大豆胚軸に由来するサポニンをも有
している。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のサポニンは，エクオール含有大豆胚
軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，サポニンが１０～８０ｍｇ，好ましくは２０～５
０ｍｇ，更に好ましくは３０～４０ｍｇ含まれている。
【００５０】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアル
ギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚
軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸
発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸
発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，
更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。
【００５１】
上記の条件で発酵処理されて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵後
の状態のまま，本発明の製造方法に供してもよいが，必要に応じて乾燥処理に供し
て乾燥固形物状にして本発明の製造方法に供することもできる。
【００８９】
エクオール含有物
本発明の精製方法において，精製処理に供されるエクオール含有物は，エクオー
ルを含有する限り，特に制限されるものではなく，化学合成法によってエクオール
が合成された反応産物であっても，また発酵法によってエクオールが産生された発
酵物であってもよい。・・・本発明の精製方法に供されるエクオール含有物の好ま
しい一例として，エクオールを含有する発酵物が挙げられる。
【００９０】
以下，エクオールを含有する発酵物について説明する。
【００９１】
エクオールを含む発酵物は，エクオール産生微生物を用いて公知の方法に従って
発酵することにより製造される。具体的には，エクオール産生微生物を，ダイゼイ
ン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なく
とも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有す
る微生物を，該ダイゼイン類を含む発酵原料（発酵に供される原料）に接種し，該
微生物の生育環境下で発酵（培養）させることにより，エクオールを含む発酵物を
得ることができる。
【００９３】
また，ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制
限されるものではないが，安全性の観点から，食品素材としても利用可能なものが
好適である。ダイゼイン類を含む発酵原料としては，具体的には，大豆，大豆胚軸，
大豆胚軸の抽出物，豆腐，油揚げ，豆乳，納豆，醤油，味噌，テンペ，レッドクロ
ーブ又はその抽出物，アルファルファ又はその抽出物等が挙げられる。これらの中
でも，大豆胚軸は，ダイゼイン類を豊富に含んでいるので，ダイゼイン類を含む発
酵原料として好ましい 。
【００９４】
また，ダイゼイン類を含む発酵原料には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフ
ラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別途添加し
ておくことにより，得られる発酵物中のエクオール含量をより高めることが可能に
なる。
【００９５】
更に，ダイゼイン類を含む発酵原料には，必要に応じて，発酵効率の促進等を目
的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュク
ロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸
等の栄養成分を添加してもよい。
【００９６】
エクオールを含む発酵物の製造において，発酵原料の水分量，醗酵時間，発酵温
度，発酵雰囲気等の発酵条件については，エクオール産生微生物の種類，発酵原料
の種類，エクオールの産生量，ダイゼイン類の残存量等に応じて適宜設定すればよ
い。
【００９７】
本発明の精製方法において使用されるエクオール含有物としては・・・エクオー
ル含有大豆胚軸発酵物が好適である。
【０１４２】
３．食品素材
更に，本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物が，カカオマス
に分散されている食品素材を提供する。以下，本発明の食品素材について，含有成
分等に分けて説明する。
【０１４４】
エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵後の状態のまま，本発明の食品素材に使
用してもよく，また，必要に応じて乾燥処理に供して乾燥固形物状にして本発明の
食品素材に使用することもできる。・・・また，加熱乾燥処理されたエクオール含
有大豆胚軸発酵物は，必要に応じて粉末化処理に供して，粉末状にしてもよい。
【０１５４】
食品素材の形状
本発明の食品素材の形状については，特に制限されず，粉末状，粒状，チップ状，
プレート状等のいずれであってもよく，使用される食品の種類に応じて適宜設定さ
れる。食品中で本発明の食品素材の食感を活かすという観点からは，好ましくは粒
状又はチップ状であり，特に好ましくは１粒又は１チップ当たり30～1000ｍｇ程度
の粒状又はチップ状である。
【０１５６】
本発明の食品素材は，必要に応じて，破砕，粉砕，整粒等の処理に供して，所望
の形状に成形される。また，本発明の食品素材は，製造時に押出造粒により成形す
ることもできる。
【０１５７】
上記食品素材の用途
本発明の上記食品素材は，エクオール含有食品の製造原料，或いは食品添加剤と
して使用され，様々な食品に配合される。即ち，本発明は，更に，上記食品素材を
含有するエクオール含有食品を提供する。
【０１６２】
当該エクオール含有食品に含まれる本発明の食品素材の配合割合については，特
に制限されず，本発明の食品素材中のエクオール含量，当該エクオール含有食品の
形態等に応じて適宜設定される。一例として，当該エクオール含有食品の原料の総
量当たり，本発明の 食品素材が3～30重量％，好ましくは5～20重量％，更に好まし
くは5～8重量％となる割合が例示される。また，当該エクオール含有食品に含まれ
るエクオールの割合としては，当該エクオール含有食品の原料の総量当たり，エク
オールが0.002～0.1重量％，好ましくは 0.004～0.05重量％，更に好ましくは0.005
～0.03重量％となる範囲が例示される。このような割合で，本発明の食品素材を含
有することにより，エクオール含有食品の良好な風味を保持しながら，エクオール
含有大豆胚軸発酵物に基づく有用生理活性を有効に享受させることができる。
【０１６３】
当該エクオール含有食品は，本発明の食品素材と共に，該食品の他の原料を所定
量混合し，該食品の種類に応じて，成形，焼成，冷却等の工程に適宜供することに
よって製造される。
【０１６４】
当該エクオール含有食品は，エクオール含有大豆胚軸発酵物を含み，エクオール
を初めとして，種々の有用生理活性物質を含有しているので様々な生理活性や薬理
活性を発現することができる。それ故，当該エクオール含有食品は，一般の食品の
他，特定保健用食品 ，栄養補助食品，機能性食品，病者用食品等として使用できる。
特に，本発明の大豆胚軸 発酵物を含有する食品は，栄養補助食品として栄養補助食
品として有用である。
【０１６５】
例えば，当該エクオール含有食品は，更年期障害，骨粗鬆症，前立腺肥大，メタ
ボリックシンドローム等の疾患や症状の予防乃至改善，血中コレステロール値の低
減，美白，にきびの改善，整腸，肥満改善，利尿等に有用である。中でも，当該エ
クオール含有食品は ，特に，中高年女性における不定愁訴乃至閉経に伴う症状（例
えば，骨粗鬆症，更年期障害等）の予防乃至改善に有用である。
【実施例】
【０２２１】
以下に，参考例，実施例等に基づいて本発明を詳細に説明するが，本発明はこれ
らによって限定されるものではない。
【０２２２】
参考例1-1～1-3 エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造
表１に示す組成となるように，粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して，
大豆胚軸溶液（原料）を調製した。この大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20
-92株（FERM BP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養を
行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌
した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理する
ことにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０２２３】
表１に，培養９６時間後の培養液における生菌数及びｐＨ，粉末状の大豆胚軸発
酵物の取得量，及び粉末状の大豆胚軸発酵物中のエクオール濃度を示す。・・・
【０２２４】
【０２２５】
参考例1-4 エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造
粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液
５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERM BP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，
３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った。培養後，得られた発
酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾
燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚
軸発酵物を得た。
【０２２６】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得
られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分
析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３
に示す。この結果からも，ラクトコッカス20‑92株によって大豆胚軸を発酵させるこ
とにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認され
た。また，ラフィノースやスタキオース等のオリゴ糖は，発酵前後でその含量が同
程度であり，発酵による影響を殆ど受けないことが明らかとなった。一方，
アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。
従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理する
ことにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかと
なった。
【０２２７】
【０２２８】
【０２２９】
参考例1-5～1-11 エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造
上記参考例1-3とは異なる７種のロットの粉末状大豆胚軸を使用すること以外は，
上記参考例1-3と同様の条件で，粉末状の大豆胚軸発酵物（参考例1-5～1‐11）を製
造した。
(2) 本件訂正発明の概要
本件訂正発明は，オルニチン及び更年期障害等の改善効果が示唆されるエクオー
ルを含有する食品素材として用いられる粉末状の発酵物の製造方法に関するもので
ある（【請求項１】，段落【０００２】，【０００３】）。
本件訂正発明は，アルギニンを添加したダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒ
ドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を含むも
のを発酵原料とし，それをオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微
生物で発酵処理することにより，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上のオルニ
チン及び１ｍｇ以上のエクオールを含有する，食品素材として用いられる粉末状の
発酵物を製造するというものである（【請求項１】，段落【０００１】，【００３
６】，【００４２】，【００５０】，【００９１】～【００９６】，【０２２２】
～【０２２７】，【０２２９】）。
本件訂正発明により製造された発酵物を食品素材に用いたエクオール及びオルニ
チンを含有する食品は，エクオールによる中高年女性における不定愁訴や閉経に伴
う症状（骨粗鬆症，更年期障害等）の予防又は改善をはじめとした様々な生理活性
や薬理活性を発現し，一般の食品の他，特定保健用食品 ，栄養補助食品，機能性食
品，病者用食品等として使用できるものである（段落【０１４４】，【０１５７】，
【０１６２】～【０１６５】）。
２ 取消事由１（訂正要件の認定及び判断の誤り）について
(1) 訂正事項１について
ア 訂正事項１は，訂正前の請求項１に記載されていた「少なくとも１種の
ダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料を」を「少なくとも１種のダイ
ゼイン類にアルギニンを添加すること，及び，前記ダイゼイン類と前記アルギニン
を含む発酵原料を」に訂正するものであり，「少なくとも１種のダイゼイン類，並
びに，アルギニンを含む発酵原料」について，「ダイゼイン類にアルギニンを添加
する」という限定を加えるものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的としたも
のである。
イ 次に，訂正事項１が新規事項の追加に当たるかについて検討する。
本件明細書の【００３６】，【００５０】，【０２２２】，【０２２６】等には，
「大豆胚軸」にアルギニンを添加することが記載されている。この点，本件明細書
の段落【００９３】には，「ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類
を含む限り，特に制限されるものではない」として，「大豆，大豆胚軸，大豆胚軸
の抽出物，豆腐，油揚げ，豆乳，納豆，醤油，味噌，テンペ，レッドクローブ又は
その抽出物，アルファルファ又はその抽出物等」が発酵原料として使用可能である
ことが記載されていることからすると，本件明細書の段落【００３６】，【００５
０】，【０２２２】，【０２２６】等に記載された「大豆胚軸」は，「ダイゼイン
類を含む発酵原料」の一例として記載されたものと認められる。
また，本件明細書の段落【００３１】では，用いられる微生物は，「大豆胚軸」
には当初成分として含まれないジヒドロダイゼインを含む「ダイゼイン類」を資化
して，エクオールを産生するものであることが記載されている。
そして，本件明細書の段落【０２２５】～【０２２８】では，ラクトコッカス２
０－９２株を用いて，「大豆胚軸」にアルギニンを添加したものを発酵原料とした
場合に，「大豆胚軸」に含まれる本件特許の【請求項１】にいう「ダイゼイン類」
であるダイジン，マロニルダイジン及びアセチルダイジンが，ラクトコッカス２０
－９２株により資化されてエクオールが生成されるとともに，アルギニンがオルニ
チンに変換されたことが記載されている。
さらに，後述するとおり，本件原出願日当時，ダイジンからエクオールが生成さ
れる過程は，当業者の間で技術常識となっていて，ダイジン，ダイゼイン，ジヒド
ロダイゼインといった「ダイゼイン類」を発酵原料として，エクオールを生成する
こともまた技術常識となっていたから，本件明細書の上記各記載に接した当業者は，
用いる微生物の種類によっては，「大豆胚軸」には含まれないジヒドロダイゼイン
からでもエクオールを生成できるし，本件明細書中にある「大豆胚軸」についても，
実質的には「大豆胚軸」中の「ダイゼイン類」が微生物により資化されてエクオー
ルが生成していると理解すると認められる。
以上からすると，本件明細書には，発酵原料として「大豆胚軸」以外の「ダイゼ
イン類」を用い，そこにアルギニンを添加することが記載されているか，実質的に
記載されているに等しいといえ，訂正事項１は，本件明細書に記載された事項の範
囲内のものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。
ウ 原告らは，①本件明細書に開示されているのは「大豆胚軸」にアルギニ
ンを添加して発酵を行うことだけであるし，本件明細書の実施例にある「大豆胚軸」
に含まれないジヒドロダイゼインにアルギニンを添加することは本件明細書に記載
されていない，②「大豆胚軸」が「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，およびジヒド
ロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の一例で
ある，とする被告の主張は，ある原料から抽出した特定成分の一例が抽出前の原料
そのものであると主張しているものであって，論理矛盾であると主張する。
しかし，前記イで検討したとおり，本件明細書にはジヒドロダイゼインを含む「ダ
イゼイン類」にアルギニンを添加することが記載されているか，実質的に記載され
ているに等しいから，上記①は採用できない。
また，上記②について，前記第４（被告の主張）１(1)アのとおり，被告は，正確
には，「『大豆胚軸』は，あくまで『少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原
料』の代表的な例として記載されている」と主張しているのであり，「大豆胚軸」
が「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，およびジヒドロダイゼインよりなる群から選
択される少なくとも１種のダイゼイン類」の一例であるとは主張していないから，
原告らの主張は，その前提を欠くものである。また，本件明細書の段落【００９３】
から被告の上記主張が是認できることは，前記イのとおりである。
(2) 訂正事項２について
ア 訂正事項２は，発酵物が粉末状であることを特定するものであり，訂正
前の請求項１で製造された発酵物の性状を限定するものであるから，特許請求の範
囲の減縮を目的としたものである。
イ 本件明細書の段落【０１４４】，【０１５６】，【０２２２】，【０２
２５】，【０２２９】には，「大豆胚軸」を発酵原料として生成されるエクオール
含有大豆胚軸発酵物を粉末状にすることが記載されている。
そして，前記(1)イで検討したとおり，本件明細書には，「ダイゼイン類を含む原
料」を発酵原料とすることが，記載されているか，実質的に記載されているに等し
いといえるのであり，上記各段落では，「大豆胚軸」を用いた場合に生成される「エ
クオール含有大豆胚軸発酵物」が，「ダイゼイン類を含む発酵原料」を用いた場合
に生成される「エクオールを含有する発酵物」の一例として記載されているものと
解される。したがって，発酵物を粉末状に特定することの追加は，本件明細書に記
載された事項の範囲内で行われたものであって，新規事項の追加に当たらないとい
うべきである。
(3) 訂正事項３について
ア 訂正事項３は，訂正前の請求項１に係る発明における，発酵処理につい
て，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエ
クオールを生成し，」と特定するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的と
するものである。
イ 本件明細書には，「大豆胚軸発酵物中のエクオール含有量については，
使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，大豆胚軸発
酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオー
ルが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれて
いる。」（段落【００４２】），「エクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオル
ニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ
当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～
１２ｍｇ程度が例示される。」（段落【００５０】）と記載されており，訂正事項
３は，エクオール及びオルニチンの含有量を，本件明細書中に例示された「１～２
０ｍｇ」，「８～１５ｍｇ」のうちの下限値により特定したものである。
また，前記(1)イで検討したとおり，本件明細書には，
「ダイゼイン類を含む原料」
を発酵原料とすることが，記載されているか，実質的に記載されているに等しいと
いえるのであり，上記段落【００４２】，【００５０】は，「ダイゼイン類を含む
原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のエクオール及びオルニチンの含有
量について記載したものであると解され，訂正事項３は，本件明細書に記載された
事項の範囲内のものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。
ウ 原告らは，①本件明細書には，「大豆胚軸」以外を発酵原料とした場合
に１ｍｇ以上に該当する量のエクオール又は８ｍｇ以上に該当する量のオルニチン
を生成することの記載がなく，実際に，原告実験の結果からすると，水と「ダイゼ
イン類」及びアルギニンだけでは発酵が進まずエクオールが生成されなかった（甲
４６），②本件明細書には，１ｍｇ以上又は８ｍｇ以上であれば，どのような値で
あってもよいことの開示がない，③本件訂正発明において生成するオルニチンは，
添加されたアルギニンから生成するもののみに限られるところ，本件明細書には，
添加されたアルギニンから，８ｍｇ以上のオルニチンが生成した旨の記載はないと
主張する。
(ｱ) 上記①について
前記イのとおり，本件明細書の段落【００４２】【００５０】は，
， 「ダイゼイン類
を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のエクオール及びオルニチン
の含有量が記載されており，訂正事項３は，エクオール及びオルニチンの含有量を，
上記各段落に表れた下限値をもって特定したものであるから，訂正事項３は，本件
明細書に記載された事項の範囲内でされたものというべきである。
なお，原告実験の結果（甲４６）は，訂正事項３が新規事項の追加に当たるかと
いうこととは無関係なものといえる。
(ｲ) 上記②について
a 本件明細書の段落【００４２】の「大豆胚軸発酵物中のエクオール含
量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通
常・・・エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５
～８ｍｇ含まれている。」との記載や本件明細書の段落【００５０】の「具体的に
は，
・・・エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２
０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。」
との記載からすると，上記段落【００４２】【００５０】は，エクオール及びオル
，
ニチンの含有量の上限が同各段落に記載されたものに限られることを述べたもので
はないといえ，当業者が「ダイゼイン類」やアルギニンを適宜追加したり，発酵条
件を調整したりするなどして，より多量のエクオール及びオルニチンが得ることを
否定する趣旨のものではないというべきである。したがって，エクオール及びオル
ニチンの含有量の上限が特許請求の範囲で定められていないことは，本件明細書に
記載された事項の範囲内のものであるといえる。
ｂ 本件明細書には１００ｍｇのオルニチンを得る実施例が記載されてい
ないとしても，本件明細書の記載が上記ａのようなものである以上，前記イの判断
は左右されない。
(ｳ) 上記③について
本件特許の【請求項１】では，最終的に発酵物中に存在するオルニチンが何に由
来するのかについては，何の限定も付されていないのであり，本件訂正発明におい
て生成するオルニチンが，添加されたアルギニンから生成するもののみに限られる
とする原告らの主張は採用することができないから，上記③の原告の主張は，その
前提を欠くものである。そして，本件訂正発明のオルニチンの含有量が本件明細書
に記載された事項の範囲内のものであることは，前記イのとおりである。
(4) 訂正事項４について
ア 訂正事項４は，訂正前の請求項１において，製造される発酵物の用途を
食品素材に特定するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的とするものであ
る。
イ 本件明細書の段落【０１４４】等には「エクオール含有大豆胚軸発酵物」
を食品素材として使用することが記載されているところ，前記(3)イで検討したと
ころと同様に，上記「エクオール含有大豆胚軸発酵物」は，「ダイゼイン類を含む
原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合の「エクオールを含有する発酵物」
の例として記載されていたものと解することができるから，発酵物の用途を食品素
材に特定することの追加は，本件明細書に記載された事項の範囲内において行われ
たものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。
ウ 原告らは，「ダイゼイン類」の発酵物と，「大豆胚軸発酵物の発酵後の
状態」のものとは，含まれる成分が全く異なるから，本件明細書の段落【０１４４】
の記載は，「ダイゼイン類」を食品に使用することを記載したものとはいえないと
主張する。
しかし，既に判示したとおり，本件明細書において，「大豆胚軸」は，「ダイゼ
イン類を含む原料」の一例であり，それを発酵させた「エクオール含有大豆胚軸発
酵物」は，「エクオールを含有する発酵物」の一例といえるから，原告らの主張す
る点をもって，訂正事項４が新規事項の追加に当たるということはできない。
また，本件明細書の段落【００９３】に掲げられている「ダイゼイン類を含む原
料」である各種食品を発酵させたものが，食品用途に適さないものであると当業者
が認識するとは考え難く，このことからしても，成分の相違から新規事項の追加に
該当するというものではないことは明らかである。
(5) 小括
以上からすると，原告らが主張する取消事由１は理由がない。
３ 取消事由２（優先権主張についての認定及び判断の誤り）について
(1) 基礎出願の記載事項等
ア 基礎出願Ａ（甲２の１）
【発明の名称】 エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む食品
【請求項１】 エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール
含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含有する，飲料。
【請求項３】
エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸
発酵物又はその抽出物を含有する，クリーム状食品。
【技術分野】
【０００１】
本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品
に関する。
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
これまでに，本発明者等は，エクオールを含有する食品素材として，大豆胚軸を
エクオール産生微生物で発酵させることにより得られる大豆胚軸発酵物を見出し
た。当該大豆胚軸発酵物には，エクオールのみならず，イソフラボンやサポニン等
の大豆由来の有用成分を含み，これによって有用生理効果を発現できるので，機能
性素材として有用であることが明らかにされている。更に，当該大豆胚軸発酵物は，
大豆胚軸由来のアレルゲンが低減されており，低アレルゲン素材としても有用であ
ることが確認されている。・・・
【０００６】
更に，上記大豆胚軸発酵物からエクオールを含む有用成分を溶媒抽出することに
より得られる抽出物についても，機能性食品素材として有用であることが分かって
いる。
【０００７】
そこで，本発明の目的は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む
各種形態の食品を提供することである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１２】
エクオール含有大豆胚軸発酵物
本発明の食品素材に用いられるエクオール含有大豆胚軸発酵物とは，エクオール
産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られる大豆胚軸発酵物である。
【００１３】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造は，エクオール産生微生物としては，
ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択され
る少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）
を有する微生物が使用される。ここで，ダイゼイン配糖体としては，具体的には，
ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン等が挙げられる。
【００１４】
上記エクオール産生微生物としては，食品衛生上許容され，上記能力を有する限
り特に制限されない。例えば，ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcus garvieae）
等のラクトコッカス属に属する微生物；ストレプトコッカス・インターメディアス
（ Streptococcus intermedius ） ， ス ト レ プ ト コ ッ カ ス ・ コ ン ス テ ラ ー タ ス
（Streptococcus constellatus）等のストレプトコッカス属に属する微生物；バク
テロイデス・オバタス（Bacteroides ovatus）等のバクテロイデス属に属する微生
物の中に上記能力を有する微生物が存在していることが分かっている。エクオール
産生微生物の中で，好ましくは，ラクトコッカス属，及びストレプトコッカス属等
の乳酸菌であり，更に好ましくはラクトコッカス属に属する乳酸菌であり，特に好
ましくはラクトコッカス・ガルビエが挙げられる。エクオール産生微生物は，例え
ば，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離することができる。
上記エクオール産生微生物については，本発明者等により，ヒト糞便から単離同定
された菌，即ち，ラクトコッカス20-92（FERM BP-10036号），ストレプトコッカス
E-23-17（FERM BP-6436号），ストレプトコッカスA6G225（FERM BP-6437号），及
びバクテロイデスE-23-15（FERM BP-6435号）が寄託されており，本発明ではこれら
の寄託菌を使用できる。これらの寄託菌の中でも，ラクトコッカス20-92が好適に使
用される。
【００１５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵原料として大豆胚軸を用いて製造さ
れる。大豆胚軸とは，大豆の発芽時に幼芽，幼根となる部分であり，ダイゼイン配
糖体やダイゼイン等のダイゼイン類が多く含まれていることが知られている。本発
明に使用される大豆胚軸は，含有されているダイゼイン類が著しく損失されていな
いことを限度として，大豆の産地や加工の有無については制限されない。例えば，
生の状態のもの；加熱処理，乾燥処理，蒸煮処理等に供された大豆から分離したも
の；未加工の大豆から分離した胚軸を加熱処理，乾燥処理又は蒸煮処理等に供した
もの等のいずれであってもよい。また，使用される大豆胚軸は，脱脂処理や脱タン
パク処理に供したものであってもよい。また，使用される大豆胚軸の形状について
は，特に制限されるものではなく，粉末状であっても，粉砕又は破砕された粒状又
は塊状であってもよい。より効率的にエクオールを生成させるという観点からは，
粉末状の大豆胚軸を使用することが望ましい。
【００１６】
大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに
上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。
【００１７】
大豆胚軸に添加される水の量は，使用するエクオール産生微生物の種類や発酵槽
の種類等によって応じて適宜設定される。通常，発酵開始時に，大豆胚軸と水が以
下の割合で共存していればよい：大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，
水が４００～４０００重量部，好ましくは５００～２０００重量部，更に好ましく
は６００～１０００重量部。
【００１８】
また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，
発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，
肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，
硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，
エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するも
の（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合に
は，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中
にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量について
は，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．
５～３重量部程度が例示される。なお，アルギニンをオルニチンに変換する能力を
有するエクオール産生微生物としては，具体的には，ラクトコッカス・ガルビエか
ら選択することができ，具体的には，ラクトコッカス20-92（FERM BP-10036号）が
挙げられる。
【００１９】
更に，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）のｐＨについては，エクオール産生
微生物が生育可能である限り特に制限されないが，エクオール産生微生物を良好に
増殖させるという観点からは，発酵原料のｐＨを６～７程度，好ましくは６．３～
６．８程度に調整しておくことが望ましい。
【００２０】
また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含
むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別
途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエクオール含量をより高
めることが可能になり，その有用性を一層向上させることができる。
【００２５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物には，エクオール以外に，ダイジン，マロニ
ルダイジン，アセチルダイジン，ダイゼイン，ジハイドロダイゼイン等のダイゼイ
ン類（以下，これらの成分を「ダイゼイン類」と表記する）；ゲニスチン，マロニ
ルゲニスチン，アセチルゲニスチン，ゲニステイン，ジハイドロゲニステイン等の
ゲニステイン類（以下，これらの成分を「ゲニステイン類」と表記する）等の各種
イソフラボンも含まれており，これらのイソフラボンの有用生理活性をも発現する
ことができる。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のイソフラボン（エクオールを含
む）含有量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異な
るが，通常，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，イソフラボン
が５～２０ｍｇ，好ましくは５～１５ｍｇ，更に好ましくは８～１５ｍｇ程度が例
示される。
【００３１】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵物には，大豆胚軸に由来するサポニンをも有
している。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のサポニンは，エクオール含有大豆胚
軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，サポニンが１０～８０ｍｇ，好ましくは２０～５
０ｍｇ，更に好ましくは３０～４０ｍｇ含まれている。
【００３２】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアル
ギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚
軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸
発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸
発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，
更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。
【０１００】
以下に，参考例，実施例等に基づいて本発明を詳細に説明するが，本発明はこれ
らによって限定されるものではない。
参考例１－１～１－３ エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造
表１に示す組成となるように，粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して，
大豆胚軸溶液（原料）を調製した。この大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-
92株（FERM BP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養を行
った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌し
た後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理するこ
とにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０１０１】
表１に，培養９６時間後の培養液における生菌数及びｐＨ，粉末状の大豆胚軸発
酵物の取得量，及び粉末状の大豆胚軸発酵物中のエクオール濃度を示す。この結果
から，エクオール産生菌を用いて粉末状大豆胚軸を発酵させることにより，高効率
でエクオールが生成されることが確認された。
【０１０２】
【０１０３】
参考例１－４ エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造
粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液
５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERM BP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，
３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った。培養後，得られた発
酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾
燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚
軸発酵物を得た。
【０１０４】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得
られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分
析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３
に示す。この結果からも，ラクトコッカス20-92株によって大豆胚軸を発酵させるこ
とにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認され
た・・・一方，アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されるこ
とが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株
で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得る
ことが明らかとなった。
【０１０５】
【表２】
【０１０６】
イ 基礎出願Ｂ（甲２の２）
【発明の名称】エクオール含有食品素材，及びこれを用いた食品
【請求項１】
(A)エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆
胚軸発酵物又はその抽出物が(B)カカオマスに分散されてなる，食品素材。
基礎出願Ｂの段落【００１５】～【００２０】，【００２７】，【００３３】，
【００３４】，【００７０】～【００７７】には，前記基礎出願Ａの段落【００１
３】～【００１８】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】
～【０１０６】に対応する記載が存在している。
ウ 基礎出願Ｃ（甲２の３）
【発明の名称】エクオール含有抽出物，及びその製造方法
【請求項１】
エクオール含有大豆胚軸発酵物を抽出溶媒としてエタノール水溶液を用いて抽出
処理し，抽出液を回収する第１工程を含む，エクオール含有抽出物の製造方法
基礎出願Ｃの段落【００１４】～【００２１】，【００２６】，【００３２】，
【００３３】，【００５６】～【００５９】には，前記基礎出願Ａの段落【００１
３】～【００２０】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】
～【０１０２】に対応する記載が存在している。
エ 本件原出願（甲３）において追加された記載
「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることを明示す
る本件明細書の段落【００９３】や「ダイゼイン類」に適宜の栄養成分を添加する
ことを明示する本件明細書の段落【００９５】に相当する記載は，基礎出願には存
在せず，本件原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落
【００９１】，【００９３】）。
また，公知のスクリーニング方法に関する本件明細書の段落【００３２】に相当
する記載及び段落【００３６】の「エクオール産生能とアルギニンからオルニチン
への変換能を指標として公知のスクリーニング方法」により「オルニチン・エクオ
ール産生微生物」を得ることに係る記載についても，基礎出願には存在せず，本件
原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落【００３０】，
【００３４】）。
(2) 検討
ア 本件優先日当時の技術常識等
(ｱ) 本件優先日当時，大豆胚軸中に含まれるダイジンからエクオールが生
成される過程，すなわち，エクオール産生微生物（ダイジンから直接にエクオール
を産生することができないものも含む。）の働きによって，ダイジンからダイゼイ
ン，ジヒドロダイゼインを経るなどしてエクオールが生成されるということは，当
業者の間で技術常識になっていた（甲６，４０，弁論の全趣旨）。
(ｲ) 甲１９には，基礎出願の実施例でも用いられているラクトコッカス２
０－９２株を用い，本件訂正発明にいう「ダイゼイン類」又は「ダイゼイン類を含
む原料」であるダイゼイン，水溶性大豆たんぱく，粗精製大豆イソフラボン末，豆
乳を用いて，エクオールを生成する実施例が記載されており（甲１９の２１頁１１
行目～２６頁２２行目），甲１９のこれらの記載に証拠（甲４，６）と弁論の全趣
旨を総合すると，発酵原料について，本件訂正発明にいう物質自体としての「ダイ
ゼイン類」又は「ダイゼイン類を含む原料（ただし，大豆胚軸は除く。）」を用い，
エクオール産生微生物の維持，増殖に必要な栄養成分を含む培地などを用いて栄養
成分を適宜補うことにより，エクオール産生微生物の代謝によって，エクオールを
生成することも本件優先日当時の技術常識であったと認められる。
(ｳ) 本件優先日当時，特定の性質を有する微生物（菌）を，スクリーニン
グによって探索し，他の微生物から単離・同定するための一般的な手順は，技術常
識であった（甲３６の１［福井三郎監修「バイオテクノロジーシリーズ スクリー
ニング技術－微生物の潜在機能をさぐる」講談社，昭和６０年］，甲３６の２［新
井守ほか「微生物のスクリーニング法Ｉ」化学と生物５巻５号２９４頁～３０３頁，
昭和４２年］，乙１，２，弁論の全趣旨）。
(ｴ) エクオール産生微生物（菌）については，本件優先日当時までにヒト
の糞便やラットの糞便（盲腸内容物）などからラクトコッカス２０－９２株，スト
レプトコッカスＡ６Ｇ－２２５株，ルミノコッカスＥ－２３－１５株，バクロイデ
スＥ－２３－１５株，ｄｏ０３株のようなエクオール産生微生物が複数単離・同定
されていた（甲６，甲１８［国際公開第９９／０７３９２号］，甲１９，甲４０，
４７，４８，乙１～３，弁論の全趣旨）。
イ 優先権主張の可否について
前記(1)でみたように，基礎出願に明示的に発酵原料として記載されているのは
「大豆胚軸」だけであり，「大豆胚軸」以外のものを発酵原料とできることを明示
する記載が追加されたのは，本件原出願以降である。
しかし，基礎出願では，「ダイゼイン類」を資化してエクオールを産生する能力
を有する微生物を使用するとされている上，基礎出願の実施例で使用されているラ
クトコッカス２０－９２株がそのような微生物の一例として記載されている（基礎
出願Ａの段落【００１３】，【００１４】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，【０
０１６】，基礎出願Ｃの段落【００１４】，【００１５】）。また，基礎出願では，
「当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造は，エクオール産生微生物としては，
ダイゼイン配糖体，・・・ジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくと
も１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する
微生物が使用される。」として，「大豆胚軸」には含まれないジヒドロダイゼイン
を資化する微生物も使用可能であると記載されている（基礎出願Ａの段落【００１
３】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，基礎出願Ｃの段落【００１４】）ところ，
この記載を素直に解釈すると，Ｊｕｌｏｎｇ７３２株のように「大豆胚軸」には含
まれないジヒドロダイゼインからエクオールを生成する能力しか有しない微生物
（甲７７）も利用可能であるとの趣旨の記載であると解することができる。
基礎出願では，「・・・大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，
必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，・・・栄養成
分を添加してもよい。」と記載されており（基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎
出願Ｂの段落【００２０】，基礎出願Ｃの段落【００１９】），基礎出願において，
「水」と「アルギニン」以外の栄養成分を添加することは排除されていないといえ
るし，上記ア(ｲ)で認定した技術常識からすると，むしろ，当業者は，上記記載を手
掛かりに，「水」と「アルギニン」以外に適宜の栄養成分を添加することで，「大
豆胚軸」以外の発酵原料でもエクオール及びオルニチンの生成が可能であることを
認識するといえる。
基礎出願では，「また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記
ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。 と記載されており
」 （基
礎出願Ａの段落【００２０】，基礎出願Ｂの段落【００２２】，基礎出願Ｃの段落
【００２１】），「ダイゼイン類」を含むイソフラボンを発酵原料とすることが想
定されているということができる。
前記(1)ア，イのとおり，基礎出願Ａ，Ｂに記載された実施例においては，「大豆
胚軸」を発酵原料とした場合に，ラクトコッカス２０－９２株により，「大豆胚軸」
に含まれるダイジンが代謝されてエクオールが生成するとともに，同株によりアル
ギニンがオルニチンに変換されることが，具体的な実験結果と共に記載されている
（基礎出願Ａの段落【０１０３】～【０１０６】，基礎出願Ｂの段落【００７４】
～【００７７】）。
そして，上記アのとおり，本件優先日当時，①ダイジンからエクオールが生成さ
れる過程及び②エクオール産生微生物を用い，本件訂正発明にいう「ダイゼイン類」
や「ダイゼイン類を含む原料」に適宜の栄養成分を添加するなどしてエクオールを
生成することは，いずれも技術常識になっていたのであるから，当業者は，基礎出
願において，実質的に代謝されるのが「大豆胚軸」中のダイジンなど「ダイゼイン
類」であり，かつ，「ダイゼイン類を含む原料」に適宜に必要に応じて，栄養成分
を添加するなどして用いることができると認識するものと認められる。
さらに，基礎出願中には，甲４発明の明細書の段落【０００７】のような，大豆
胚軸抽出物のデメリットについての記載はない。
以上判示したところからすると，基礎出願Ａ，Ｂの上記記載に接した当業者は，
それと上記アで認定した本件優先日当時の技術常識とを考え併せ，「大豆胚軸」以
外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とした場合でも，必要に応じて栄養成
分を適宜添加するなどして，ラクトコッカス２０-９２株のようなエクオール及び
オルニチンの産生能力を有する微生物によって，発酵原料中の「ダイゼイン類」が
アルギニンと共に代謝されるようにすることにより，エクオールのみならずオルニ
チンについても生成することが可能であると認識することができたというべきであ
る。そして，そのことに，前記(1)ア，イで認定した基礎出願Ａ，Ｂの記載を総合す
ると，本件訂正発明を基礎出願Ａ，Ｂから読み取ることができるものと認められる。
したがって，本件訂正発明は，少なくとも基礎出願Ａ，Ｂに記載されていたか，
記載されていたに等しい発明であると認められ，本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂ
に基づく優先権主張の効果を享受できるというべきである。
ウ 原告らは，①基礎出願に係る発明は，「大豆胚軸」，「水」及び「微生
物」で発酵可能とすることに特徴がある発明であり，「大豆胚軸」以外のダイゼイ
ン類からエクオールを産生するという技術思想は排除されている，②本件で優先権
主張を認めるのは，第三者の明細書の開示に対する信頼を裏切るものであって，優
先権の趣旨に反する，③「大豆胚軸」を発酵原料とすることと，「ダイゼイン類」
を発酵原料とすることは技術的に異なり，現に原告実験（甲４６）では，エクオー
ルは生じなかった，④基礎出願には「公知のスクリーニング方法」が記載されてい
ないから，基礎出願に基づく優先権を主張できないし，仮に本件原出願の記載が追
加されたことにより初めてサポート要件及び実施可能要件を満たすこととなる場合
には新規事項の追加に当たると主張する。
(ｱ) 上記①，②について
本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂに記載されていたか，記載されていたに等しい
ということができることは，前記イで判断したとおりであって，基礎出願が，「大
豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」や「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として，
適宜の栄養成分を添加してエクオールを生成することを，積極的に排除していると
はいえない。
基礎出願の「大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調
整し，これに上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。」，「大
豆胚軸に添加される水の量は，使用するエクオール産生微生物の種類や発酵槽の種
類等によって応じて適宜設定される。・・・」という記載（基礎出願Ａの段落【０
０１６】【００１７】，基礎出願Ｂの段落【００１８】【００１９】，基礎出願Ｃ
の段落【００１７】【００１８】）は，「大豆胚軸」の発酵処理が「水」及び「微
生物」だけでも可能であることを示しているものにすぎず，「大豆胚軸」以外の「ダ
イゼイン類」や「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることを積極的に排除
する趣旨の記載であるとは認められないし，その他，基礎出願の記載内容から，基
礎出願が，本件優先日当時の技術常識である「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」
を発酵原料とすることを積極的に排除していることを認めることはできない。
したがって，原告らの上記①の主張は採用することができないし，それを前提と
する上記②の主張も採用することができない。
(ｲ) 上記③について
ａ 前記(2)ア(ｲ)のとおり，「ダイゼイン類」や「大豆胚軸」以外の「ダ
イゼイン類を含む原料」を発酵原料として，必要に応じて適宜の栄養成分を添加し
てエクオールを産生することは，本件優先日当時の技術常識であったと認められる
から，当業者は，基礎出願の記載に必ずしもとらわれることなく，上記技術常識を
考慮して，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とし，適宜，
必要な栄養成分を添加するなどして，エクオール及びオルニチンを産生することが
できると認識するものと認められる。したがって，原告らの主張するような「大豆
胚軸」と「ダイゼイン類」との技術的な違いや原告実験の結果が，前記アの判断を
左右するものとはいえない。
ｂ 上記(ｱ)のとおり，基礎出願は，必要に応じて適宜の栄養成分を添加
してエクオールを生成するものであるから，仮に，原告実験の実験結果（甲４６）
が正しく，ダイゼインと水とアルギニンのみでは発酵が進まず，エクオールが生成
しないとしても，それが，基礎出願において，発酵原料を「大豆胚軸」に限定する
ことにつながるものではない。したがって，本件において，原告実験の正確性につ
いてこれを論じる意味はない。
原告らは，被告が令和２年８月２０日付けの準備書面でした，原告実験に対抗し
てされた実験に関する新たな主張やそれに伴う証拠（乙１９，２１）は，故意又は
重過失により時機に後れてされたもので，訴訟の完結を遅延させるものであるから
却下すべきであるとも主張するが，上記のように，本件において，そもそも原告実
験の正確性を論じる必要がないことからすると，被告の上記主張立証が訴訟の完結
を遅延させるものであるとは認められないから，被告の上記主張立証を時機に後れ
たものとして却下しないこととする。また，被告の上記準備書面におけるその余の
主張についても訴訟の完結を遅延させるものとは認められないから却下しないこと
とする。
(ｳ) 上記④について
①基礎出願では，エクオール産生微生物は，ラクトコッカス２０－９２株に限定
されておらず，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離された
菌が使用可能であるとされていて（基礎出願Ａの段落【００１４】，基礎出願Ｂの
段落【００１６】，基礎出願Ｃの段落【００１５】），スクリーニングによりエク
オール産生微生物を単離することについて記載されており，また，オルニチン・エ
クオール産生微生物についても，「エクオール産生微生物として，アルギニンをオ
ルニチンに変換する能力を有するもの」（基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎出
願Ｂの段落【００２０】，基礎出願Ｃの段落【００１９】）と記載されているから，
実質的に「公知のスクリーニング方法」について言及されているといえること，②
前記ア(ｳ)(ｴ)のとおり，特定の性質を有する微生物（菌）を，スクリーニングによ
って探索し，他の微生物から単離・同定する一般的な手法は，本件優先日当時の技
術常識であり，実際に本件優先日当時までにヒトやラットの糞便からエクオール産
生微生物がスクリーニングにより単離・同定されていたことからすると，本件明細
書の段落【００３２】に相当する記載及び段落【００３６】の「エクオール産生能
とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法」
により「オルニチン・エクオール産生微生物」を得るとの記載に相当する記載が，
本件原出願の段階になって追加されたことで初めてサポート要件及び実施可能要件
が満たされたということはできないし，「公知のスクリーニング方法」に関する上
記記載が本件原出願の段階で追加されたことで，基礎出願に基づく優先権の主張が
できなくなるということもない。
したがって，上記④の点についての原告らの主張は採用することができない。
(3) 小括
以上からすると，被告は，本件訂正発明について，少なくとも基礎出願Ａ，Ｂに
基づく優先権を主張することができるといえるから，原告らが主張する取消事由２
は理由がない。
４ 取消事由３（サポート要件・実施可能要件についての認定及び判断の誤り）
について
(1) サポート要件について
ア 特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，
特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記
載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載
により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否
か，また，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明
の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきも
のである。
イ 前記１のとおり，本件明細書では，「ダイゼイン類」を資化してエクオ
ールを産生する能力を有する微生物が複数挙げられるとともに，エクオール産生能
とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法に
より，オルニチン・エクオール産生微生物を得ることができると記載されている（本
件明細書の段落【００３２】，【００３６】）。また，本件明細書には，「大豆胚
軸」以外の大豆胚軸抽出物等の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として使用
可能であること（本件明細書の段落【００９３】）や前記２のとおり「ダイゼイン
類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」の発酵物について，粉末状の食品素材と
して使用できることが記載されている（本件明細書の段落【０１４４】）。そして，
前記のとおり「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」にアルギニン
を添加したものを発酵原料として，ラクトコッカス２０－９２株を用い，本件訂正
発明に規定する量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の大豆胚軸発酵物
を製造する実施例が記載され（本件明細書の段落【０２２５】～【０２２８】），
同発酵物を利用した様々な食品の例が記載されている（本件明細書の段落【０２７
１】～【０６１６】）。
以上の本件明細書の記載に，前記３(2)ア(ｲ)のとおり，「ダイゼイン類」や「大
豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」をエクオール産生微生物で発酵処理し
てエクオールを産生するのは，本件原出願日当時において技術常識であったことを
総合すると，本件明細書では，「大豆胚軸」のみならず，特許請求の範囲に記載さ
れた「ダイゼイン類を含む原料」についてサポートされているということができる。
よって，「大豆胚軸」のみサポートされているとする原告らの主張を採用すること
はできない。
ウ 次に，実施例に記載されているラクトコッカス２０－９２株以外のオル
ニチン・エクオール産生微生物が，スクリーニング方法との関係でサポートされて
いるかについて検討する。
(ｱ) 前記３(2)ア(ｴ)のとおり，エクオール産生能を有する微生物は，本件原
出願日時点までにラクトコッカス２０－９２株以外にも複数発見されていたのであ
り，それら既知のエクオール産生能を有する微生物を対象にして，当該微生物のオ
ルニチン産生能を検討するという方法でも，オルニチン・エクオール産生微生物を
得ることができる。このように既知のエクオール産生微生物を対象にオルニチン産
生能を指標にしてオルニチン・エクオール産生微生物を得ることについて，格別の
困難性はないと認められる。
(ｲ) ａ 本件原出願日時点において，未だ発見されていないオルニチン・
エクオール産生微生物について検討するに，本件明細書には，前記のとおり，段落
【００３６】に「公知のスクリーニング方法」によりオルニチン・エクオール産生
微生物を得ることができると記載されている。そして，前記３(2)ア(ｳ)のとおり，
本件原出願日当時，特定の性質を有する微生物（菌）をスクリーニングにより探索
する一般的な手法は技術常識になっていたものである。
ｂ この点，原告らは，無数に存在する腸内細菌の中から希少なエク
オール産生微生物を探索するのが困難であることを培養条件の設定の困難性ととも
に主張する。
しかし，証拠（甲６，甲１８，１９，甲２８の１，甲３７［特開２００６－２４
２６０２号］，甲３８，甲３９［特開２００８－６１５８４号］，甲４２［特開２０
０６－２０４２９６号］，甲４４［特開２００８－６１５８４号］，乙１，２）及び
弁論の全趣旨からすると，エクオール産生菌を探索する場合の一般的なスクリーニ
ングの方法は，上記ａの特定の性質を有する微生物（菌）をスクリーニングにより
探索する一般的な方法と特段異なるものではなく，例えば，①エクオールを産生す
る動物から採取した糞便等の試料やスクリーニングしたい菌を培地に塗布して培養
する，②上記①で出現した菌のコロニーから釣菌し，イソフラボンを含む培地に植
菌して嫌気条件下において培養し，所定の時間間隔でエクオール量などを測定する，
③上記②でエクオールが検出された培養液を希釈し，イソフラボンを含む培地で嫌
気条件下において更に培養し，出現したコロニーが単菌になるまで上記の操作を繰
り返すといったような方法でエクオール産生菌を探索できることは，本件原出願日
当時に，当業者に周知になっていたと認められる。
また，本件明細書の段落【０２２４】 【０２２５】や証拠（甲６，１８，１９，
，
３７～３９，４２，４４）には，ラクトコッカス２０－９２株やｄｏ０３株をはじ
めとする各種エクオール産生微生物の培養条件が記載されているところ，そこに記
載された培養条件が，嫌気条件の設定も含めて菌株ごとに特殊な条件が設定されて
いるとは認められないので，培養条件の設定に困難を要したとはいえないし，当業
者は，上記スクリーニングを実施するに当たって，上記各証拠に記載された培養条
件を手掛かりにすることができたと認められる。
さらに，前記３(2)ア(ｴ)のとおり，本件原出願日前に発見されていたエクオール
産生微生物のうち，ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５株，ルミノコッカスＥ－２
３－１５株，バクロイデスＥ－２３－１５株についてはヒトの糞便から単離までが
２週間程度で終了し，同定やその他の検討も含めた試験全体が３か月程度で終了し
ており（乙１），ｄｏ０３株についても，ラットの糞便を探索の対象としてから４か
月程度で単離・同定に至っている（甲４８，６１，乙３，弁論の全趣旨）。
これらのことからすると，エクオール産生微生物の探索に過度の試行錯誤が必要
とされるということはできない。
この点，原告らは，嫌気条件についても主張するが，上記エクオール産生菌のス
クリーニング方法のところでみたように，腸内細菌が嫌気性細菌であることは，本
件原出願日当時，技術常識であったと認められるし，嫌気条件を作り出す方法とし
て，ガスパック法，嫌気グローブボックス法など様々な方法が本件原出願日前から
知られていた（甲７６，乙１７）のであるから，種々の嫌気条件を設定し，適切な
条件を見いだすことは，当業者によって容易であったと認められる。
ｃ そして，一旦，エクオール産生微生物が単離・同定された後におい
ては，同微生物を対象に，さらに，アルギニンからオルニチンへの変換能を指標と
してオルニチン・エクオール産生微生物を得るができることは，上記(ｱ)の既知のエ
クオール産生微生物の場合と同様であり，そこに格別の困難性があるとはいえない。
ｄ 以上の検討からすると，本件原出願日時点において，未だ発見され
ていないオルニチン・エクオール産生微生物について，具体的なスクリーニングの
方法などが実施例で開示されていないからといって，本訂正発明が，本件明細書の
記載によりサポートされていないということはできない。
(ｳ) 上記(ｱ)(ｲ)からすると，本件訂正発明が，ラクトコッカス２０－９２株
以外のオルニチン・エクオール産生微生物に対するスクリーニング方法との関係で
もサポートされているというべきである。
エ 次に，本件訂正発明のエクオール及びオルニチンの量について検討する。
(ｱ) エクオールの量について，本件明細書の段落【００３６】，【００９４】
～【００９６】には，エクオール含量や発酵効率の促進等の目的のために，適宜，
発酵原料となるイソフラボンを追加したり，栄養成分を添加したりしてもよく，微
生物の種類等に応じて適宜発酵条件を設定すべきと記載されているし，本件明細書
の段落【０２２４】にある【表１】によると，同一条件下で，「大豆胚軸」の量を
３倍に増やした場合，エクオールの生成量が増大していることが分かる。
そうすると，当業者は，実施例にあるラクトコッカス２０－９２株以外の菌を用
いる場合でも，本件明細書の上記記載や発酵に関する技術常識を踏まえ，「ダイゼ
イン類」を増量したり，栄養成分を添加したり，発酵条件を適宜調節したりするこ
とで，本件訂正発明に規定された量のエクオールを得られると認識するといえる。
(ｲ) オルニチンについても，当業者が，原料となるアルギニンの量を増やし
たり，発酵条件を適宜調整したりして，本件訂正発明に規定するような量でオルニ
チンを生成することが，格別の創意や工夫を要するような困難なものであったとは
いえない。そして，このことは，本件訂正発明のオルニチンの上限値がないことに
よって左右されるとはいえない。したがって，当業者は，ラクトコッカス２０－９
２株以外を用いる場合でも，本件訂正発明に規定された量でオルニチンが得られる
ことを認識するといえる。
オ 得られた発酵物を食品素材として用いる点についても，証拠（甲４７，
乙１，１８）及び弁論の全趣旨によると，法令上，ある菌やそれを利用して生成さ
れた発酵物を食品に用いる際に明確な基準はなく，各当業者は，独自の基準を設け
るなどして安全性検査を行っていると認められ，単離・同定された特定のオルニチ
ン・エクオール産生微生物を対象に，各当業者が，そのような安全性検査を実施す
ることは格別困難なことではなかったと認められる。また，エクオール産生微生物
が希少であるとしても，前記ウで認定判断したところからすると，そのことから直
ちにサポート要件が満たされなくなるというものではない。
カ 以上の検討からすると，本件訂正発明はサポート要件に違反するもので
はないと認められる。
(2) 実施可能要件について
前記(1)で検討したところからすると，当業者は，過度の試行錯誤を要することな
く，「大豆胚軸」以外のアルギニンが添加された「ダイゼイン類を含む原料」を発
酵原料とし，ラクトコッカス２０－９２株以外の菌株を用いて，本件訂正発明が規
定する量のエクオール及びオルニチンを含有する食品素材として使用可能な粉末状
の発酵物を得られるといえるから，本件訂正発明は，実施可能要件に違反するもの
ではないと認められる。
原告らは，本件訂正発明の微生物は，「大豆胚軸」に含まれるダイジンからエク
オールを産生する能力も備えていないと，ダイジンとの関係において実施可能要件
を満たさない部分を含んでいると主張する。
しかし，少なくともラクトコッカス２０－９２株が，ダイジンからエクオールを
生成できる菌であることは，本件明細書に記載されている（段落【０２２７】の【表
２】）。また，本件訂正発明の「ダイゼイン類」の中には，ダイゼインやジヒドロ
ダイゼインも含まれており，そのようなダイジン以外の「ダイゼイン類」とアルギ
ニンからエクオールとオルニチンを規定量生成できるものも，本件訂正発明にいう
微生物に該当し，ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物についても，必ずダイ
ジンからエクオールの産生能を備えていないと，実施可能要件違反になるとはいえ
ないから，原告らの上記主張は採用することができない。
(3) その他の原告らの主張について
ア 原告らは，サポート要件・実施可能要件違反について，前記(1),(2)の中
で判断を示したもののほかに，①エクオール産生能力を有する微生物は，「属」や
「種」や「菌株」による限定が必要であるのに，本件訂正発明ではそれがされてお
らず，発明の範囲が広範となり，産業の発達を阻害する，②オルニチンの下限値で
ある「８ｍｇ」の技術上の意義が本件明細書に開示されておらず，特許法施行規則
２４条の２に違反する，③本件訂正発明は課題を記載したものにすぎないので，特
許として保護を与えるべきではないし，本件訂正発明において，高い蓋然性をもっ
て微生物がエクオールとオルニチンを生成する能力を有するといえないと，高い蓋
然性をもって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ
以上のエクオール」を産生する能力を有するとはいえないと主張する。
(ｱ) 上記①について
エクオール産生能力を有する微生物について，必ず「属」や「種」や「菌株」の
特定が必要であるというべき根拠はない。サポート要件及び実施可能要件が満たさ
れているかどうかで判断すべきであり，それらの要件が満たされていれば，それで
足りるというべきである。
原告らが提出する証拠（甲６８，丙１）も，上記判断を左右するものではない。
(ｲ) 上記②について
上記②の主張について，原告らは，同主張がサポート要件及び実施可能要件違反
の事情として主張するものであるとするが，実質的には審判段階でしていない特許
法施行規則２４条の２違反の主張を新たにするものといえ，そのような主張をする
ことは，審決取消訴訟の審理範囲を超えるもので許されないというべきである。
なお，①本件明細書の段落【００５０】には，発酵物中には，オルニチンが，乾
燥重量１ｇ当たり８～１５ｍｇ含まれているのが好ましい旨記載されていること，
②後述するように，本件原出願日当時，オルニチンは，様々な機能を有し，健康に
有利な作用を持つ物質として，当業者の間で周知になっていたことなどからすると，
特許請求の範囲のオルニチンの下限値の記載が，特許法施行規則２４条の２に反す
るとはいえない。
(ｳ) 上記③について
本件訂正発明が課題を記載したものにすぎず，仮に，本件訂正発明において，発
明の課題と発明の内容が一致していたとしても，それだけで，サポート要件又は実
施可能要件が充足されなくなるというものではないし，原告らの主張するような「高
い蓋然性」が必要となるというべき理由もない。
本件原出願日当時の技術常識及び本件明細書の記載に照らして，サポート要件及
び実施可能要件が充足されているといえることは，これまで検討してきたとおりで
ある。
イ その他，原告らが主張するところは，既に判示したところに照らし，採
用することができないことは明らかである。
(4) 小括
よって，原告らが主張する取消事由３は理由がない。
５ 取消事由４（甲６に基づく新規性・進歩性欠如についての認定及び判断の誤
り）について
(1) 甲６の記載事項
甲６には，以下の記載がされている。
ア 「エクオール産生菌を単離後，３７℃で２８時間，前培養した，１％Ｌ
－アルギニンを含むＧＡＭブロスを，定量測定のため，蒸留水１リットルあたりＧ
ＡＭブロス５９ｇ及びダイゼイン（最終濃度：２００μＭ）を含むエクオールアッ
セイ培地へ添加した。その後，培地を３７℃，嫌気下でインキュベートして，抽出
し，以下のとおりＨＰＬＣで分析した。」（２４８頁左欄２３行～２９行）
イ 「エクオール産生能力を有する嫌気性グラム陽性ロッド状株をラット盲
腸内容物から単離した。この株をグラム陽性菌ｄｏ０３ (ＡＢ２６６１０２)とい
う。」（２４８頁右欄８行～１１行）
ウ 「ｄｏ０３株は，３７℃，嫌気下，４日間で２００μＭダイゼインをエ
クオールに変換した。」（２４８頁右欄２５行～２６行）
エ 「アルギニンを含む培地において，エクオール比率は，ＯＤ６００および
培地ブロスｐＨの増加と共に，０．６７±０．０１まで増加した。」（２４８頁右
欄３８行～４０行）
オ 「さらに，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍのようなある菌の成長のために，アルギニ
ンは必要である。なぜなら，それらの菌は，成長のために，アルギニンジヒドロラ
ーゼ経路を用いて，エネルギーを得るからである（１９）。アルギニンの菌代謝に
より，ＮＨ３ が産生され，それらによって，培地ブロスｐＨが増加した。アルギニ
ン追加により，ＯＤ６００ が増加し，それによって，ｄｏ０３株が成長のためにアル
ギニンを用いている。したがって，エクオール比の増加は，ｄｏ０３の菌数の増加
に起因する可能性がある。酢酸及びアルギニンの添加は，エクオール比を約１０％
減少させた。培養液のｐＨがコントロールのｐＨよりも上昇したため，ｄｏ０３株
は，アルギニンを利用したと思われるが，ＯＤ ６００は増加しなかった。酢酸添加は
ＯＤ６００の減少を引き起こした。酢酸添加によって促進されるエクオール産生メカ
ニズムは，まだ報告されていない。アンタゴニスト作用は，酢酸及びアルギニンの
添加によって起こると思われる。」（２４８頁右欄４５行～６０行及び２５０頁１
行）
(2) 甲６発明及び相違点の認定
ア 前記(1)のとおり，甲６には，ｄｏ０３株によるダイゼインからのエクオ
ールの生成については記載されているものの，発酵物１ｇ当たり１ｍｇ以上のエク
オールが得られることについては記載されていない。また，オルニチンについては
全く記載がない。そして，発酵物を粉末状にして，食品用素材として用いることも
記載されていない。そうすると，審決が認定したとおり，甲６には，「エクオール
産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３株及びアルギニンを，ダイゼ
インを含む培地に添加して培養し，ダイゼインからエクオールを得る方法」である
甲６発明が記載されていると認められる。
そして，本件訂正発明と甲６発明との間には，審決が認定した，①本件訂正発明
では微生物が「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であ
り，微生物により発酵原料の発酵処理によって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８
ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」が生成して，発酵物が「オル
ニチン及びエクオールを含有する」ものであるのに対して，甲６発明では微生物が
「エクオール産生能力を有する微生物」であり，発酵物が「エクオールを含有する」
ものである点（本件相違点１）の他に，②本件訂正発明では，得られるものが食品
素材として用いられる粉末状の発酵物であるのに対し，甲６ではそのような特定が
されていない点という相違点（以下「本件相違点２」という。）があるものと認め
られる。
イ 原告らは，①甲７をはじめとする証拠（甲７～１０）や原告再現実験（甲
１１，１７，６７）からすると，甲６において，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり０．
６２ｍｇのエクオール及び７４．３ｍｇのオルニチンを生産されていることが認定
できるから，本件訂正発明と甲６発明との相違点は，「本件訂正発明が発酵処理に
より，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上のエクオールを生成することを規
定しているのに対して，甲６発明がこの数量を明示していない点」となり，審決の
相違点の認定は誤りである，②審決の相違点の認定は，「オルニチンを有用な生成
物として得ること」も相違点としている点でも誤っていると主張する。
(ｱ) 上記①について
ａ 前記のとおり，甲６には発酵物におけるエクオールの量は記載され
ていないし，オルニチンについての記載はない。
もっとも，甲６に参考文献として引用されている甲７には，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍが
アルギニンジヒドロラーゼ経路でアルギニンをオルニチンに変換し，その際に，Ｎ
Ｈ３とＡＴＰが産生されることが記載されており，甲６には，ｄｏ０３株が，Ｅ．ｌ
ｅｎｔｕｍと同様に，アルギニンの代謝を行い，ＮＨ３が産生されたとの記載があ
る。
しかし，甲７～１０は，いずれも， ｄｏ０３株の代謝について述べた文献ではな
く，甲６において，ｄｏ０３株のアルギニン代謝経路の詳細な分析はされていない。
原告は，別件特許（乙５）の取得過程で，拒絶理由通知（乙６）の中で，審査官
から，「ＤＳＭ１９４５０株等の菌株をアルギニンを含む培地で培養して得られる
発酵液中にＬ－オルニチンが含まれると推測される。」と指摘されたのに対し，意
見書（甲３５）を提出し，その中で，「アルギニンが含まれる培地で嫌気性微生物
を培養しても，常にＬ－オルニチンが得られるとは言えません。Ｌ－オルニチンが
得られるためには，嫌気性微生物が，アルギニンをＬ－オルニチンに変換するため
の酵素を有することが必要です。しかしながら，ＤＳＭ１９４５０株がそのような
酵素を有するオルニチン生産菌であることは引用文献１および２には開示されてお
らず，示唆もされていません」などと反論し，特許査定を得ているところ，アルギ
ニンの代謝経路が文献上で明らかになっていないという意味では，ｄｏ０３株は，
原告が上記意見書の中で主張しているＤＳＭ１９４５０株と同じである。
また，仮に，ｄｏ０３株が，アルギニンを，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍなどと同様に代謝
に使用してエネルギーを得ているとしても，証拠（甲３３，３４）によると，細菌
の中には，オルニチンを更に代謝するものが存在しているものと認められるから，
当業者は，本件優先日当時，一旦生成されたオルニチンが必ず蓄積されるわけでは
ないとの認識を有していたものと認められる。
そして，甲６の共同執筆者であったＥ教授は，陳述書（乙３）において，ｄｏ０
３株について，オルニチンの生成や蓄積について，気にしていた記憶はなく，甲６
の他の著者とも話をした記憶がないとしている。また，同じく甲６の共同執筆者で
あるＡ教授も，陳述書（甲４８，６１）において，ｄｏ０３株について，オルニチ
ンの蓄積量は分からない（甲４８），微生物がオルニチンを生産する量は一定しな
いと述べており（甲６１），両者の陳述書は，甲６において，オルニチンの蓄積量
が不明であるとする点で相互に一致している。なお，原告らがいうようにＥ教授の
陳述書の記載が信用できないということはない。
ｂ 原告再現実験（甲１１，１７，６７）については，いずれも本件優
先日後にされたものであるから，仮にそれが，甲６の実験条件を忠実に再現したも
のであるとしても，それをもって，本件優先日当時，甲６に接した当業者が，甲６
においてオルニチンが生成・蓄積していると認識することを裏付けるものとはいえ
ない。
ｃ 以上からすると，甲６に接した当業者が，甲６発明において，発酵
物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上のオルニチンが生成すると認識するとは認める
ことはできず，原告らの上記①の主張は採用することができない。
(ｲ) 上記②について
審決は，本件相違点１の認定に当たって，オルニチンを有用な生成物として得る
ことを認定しているわけではなく，本件相違点１の容易想到性の判断の中でオルニ
チンの有用性について言及しているものと解されるので，審決は「オルニチンを有
用な生成物として得ること」を相違点としているものではない。したがって，原告
らの主張は前提を欠き失当である。
(3) 実質的な相違点及び容易想到性についての判断の誤りについて
ア(ｱ) 前記(2)のとおり，本件訂正発明と甲６発明との間には本件相違点１，
２が存在し，かつ，甲６からオルニチンの生成・蓄積が認定できない以上，少なく
とも本件相違点１は実質的な相違点といえるから，本件訂正発明が甲１発明との関
係で新規性を欠くとはいえない。
(ｲ) 原告らは，仮に本件相違点１が存在するとしても，本件訂正発明のオ
ルニチンの量が生理作用を発現しない僅かな量であることや他に安価に大量にオル
ニチンを生成する微生物が本件優先日当時に知られていたことからすると，本件相
違点１が実質的な相違点ではないと主張する。
しかし，証拠（甲５２［小松美穂「オルニチンの機能性研究」食品と開発 ＶＯ
Ｌ．４０ Ｎｏ．１１ ６２頁～６４頁］，甲５６）及び弁論の全趣旨によると，
本件優先日前に，オルニチンは，様々な機能を有し，健康に有利な作用を持つ物質
として，当業者の間で周知になっていたと認められる。確かに，証拠（甲６４，７
３，乙９の１・２）によると，睡眠の質の改善という機能の観点からは，多量のオ
ルニチン摂取が必要であると認識されていることが分かるが，オルニチンの機能が
それに限られるとはいえず，かつ，本件訂正発明の下限量のオルニチンが，オルニ
チンを多く含む食品として知られているしじみのオルニチン含有量より多いこと
（乙１０），被告が，本件訂正発明に規定されている量でも有利な健康効果が生じ
るとする研究者の意見書（乙７，８，１６）を証拠として提出していることからす
ると，本件優先日当時，当業者が，本件訂正発明で規定されている量のオルニチン
では，有利な健康効果が全く生じず，無意味であると認識していたとまではいえな
いので，本件相違点１が実質的な相違点ではないということはできない。そして，
このことは，他に安価に大量にオルニチンを生成する微生物が知られていたとして
も左右されることはない。
イ 甲６には，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及
び１ｍｇ以上のエクオール」を生成することについては記載も示唆ないから，本件
相違点１は容易想到であるとはいえず，本件相違点２について判断するまでもなく，
本件訂正発明が，甲１発明との関係で進歩性を欠くとはいえない。
(4) 小括
以上からすると，原告ら主張の取消事由４は理由がない。
第６ 結論
よって，原告の請求には理由がないからこれを棄却することとして，主文のとお
り判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官
森 義 之
裁判官
眞 鍋 美 穂 子
裁判官
熊 谷 大 輔