令和3(行ケ)10093審決取消請求事件

令和５年１月２６日判決言渡
令和３年（行ケ）第１００９３号 審決取消請求事件
口頭弁論終結日 令和４年１１月７日
判 決
原 告 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・
インコーポレイテッド
10 同訴訟代理人弁護士 三 村 量 一
同 東 崎 賢 治
同 中 島 慧
同 浜 崎 翔 多
同訴訟代理人弁理士 南 条 雅 裕
15 同 瀬 田 あ や 子
同 伊 波 興 一 朗
被 告 アムジエン・インコーポレーテツド
同訴訟代理人弁護士 大 野 聖 二
同 山 口 裕 司
同 多 田 宏 文
同 盛 田 真 智 子
25 同訴訟代理人弁理士 森 田 裕
主 文
１ 特許庁が無効２０２０－８０００１１号事件について令和３年４月
７日にした審決を取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
5 ３ この判決に対する上告及び上告受理の申立てのための付加期間を３
０日と定める。
事 実 及 び 理 由
第１ 請求
主文第１項と同旨。
10 第２ 事案の概要
１ 特許庁における手続の経緯等
被告は、平成２０年８月２２日（優先日平成１９年８月２３日、同年１２
月２１日、平成２０年１月９日及び同年８月４日（以下「本件優先日」とい
う。 、優先権主張国米国）を国際出願日とする特許出願（特願２０１０－５
）
15 ２２０８４号）の一部を分割して、平成２５年９月２０日、発明の名称を「プ
ロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）に対
する抗原結合タンパク質」とする発明について特許出願（以下「本件出願」
という。）をし、平成２７年３月６日、特許権の設定登録（特許番号第５７０
５２８８号。請求項の数９。以下、この特許を「本件特許」という。）を受け
20 た。
サノフィ（フランス法人）は、平成２８年１月１８日、本件特許について
特許無効審判（無効２０１６－８００００４号事件。以下「別件無効審判」
という。）を請求した。
被告は、平成２９年３月９日付けの審決の予告を受けたため、同年５月８
25 日付けで、特許請求の範囲の請求項１ないし４及び９からなる一群の請求項
のうち、請求項１及び９を訂正し、請求項２ないし４を削除し、請求項５な
いし８からなる一群の請求項を削除する旨の訂正請求（以下「本件訂正」と
いう。）をした。
その後、特許庁は、平成２９年８月２日、本件訂正を認めた上、
「本件特許
の請求項１、９に係る発明についての審判請求は成り立たない。請求項２な
5 いし８に係る発明についての審判請求を却下する。」との審決（以下「別件審
決」という。）をした。
サノフィは、平成２９年１２月８日、別件審決のうち、本件特許の請求項
１及び９に係る部分について取消しを求める訴訟（以下「別件審決取消訴訟」
という。）を提起した（知的財産高等裁判所平成２９年（行ケ）第１０２２５
10 号）が、知的財産高等裁判所は、平成３０年１２月２７日、サノフィの請求
を棄却した（サノフィが主張する取消事由（進歩性の判断の誤り、サポート
要件の判断の誤り、実施可能要件の判断の誤り）の存在をいずれも否定した。 。
）
サノフィは、同判決を不服として上告受理申立てをしたが、最高裁判所は、
令和２年４月２４日、上告不受理決定をし、同判決は確定した。
15 原告は、令和２年２月１２日、本件特許の請求項１及び９に係る部分につ
いて特許無効審判（無効２０２０－８０００１１号事件）を請求した。
特許庁は、令和３年４月７日付けで、
「本件審判の請求は、成り立たない。」
との審決（以下「本件審決」という。）をし、その謄本は、同月１６日、原告
に送達された（附加期間９０日）。
20 原告は、令和３年８月１３日、本件審決の取消しを求める本件訴訟を提起
した。
２ 特許請求の範囲の記載
本件訂正後の特許請求の範囲の請求項１及び９の記載は、以下のとおりであ
る（以下、請求項１に係る発明を「本件発明１」、請求項９に係る発明を「本件
25 発明９」といい、本件発明１と本件発明９を合わせて「本件発明」という。ま
た、
「配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番
号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」を「２
１Ｂ１２抗体」といい、「参照抗体」ともいう。 。
）
【請求項１】 ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、
ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変
5 領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む
軽鎖とを含む抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。
【請求項９】 請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬
組成物。
３ 本件審決の要旨
10 無効理由１（サポート要件違反）
本件発明は、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することが
でき」るという特性と、
「ＰＣＳＫ９との結合に関して２１Ｂ１２抗体と競合
する」という特性との両方を兼ね備えた「単離されたモノクローナル抗体」
及びこれ「を含む医薬組成物」であるところ、本件出願の願書に添付した明
15 細書（以下、図面を含めて、「本件明細書」という。）の【０００２】 【００
、
０３】【００６６】【００７１】【０１５５】【０２７０】【０２７１】【０
、 、 、 、 、 、
２７６】の各記載によれば、本件発明の課題は、このような新規な抗体を提
供し、これを含む医薬組成物を作製することで、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合を中和し、ＬＤＬＲの量を増加させることにより、対象中の血清コレス
20 テロールの低下をもたらす効果を奏し、高コレステロール血症等の上昇した
コレステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスク
を低減することにあると理解することができる。
そして、本件明細書には、抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の作製方法（免
疫化マウスの作製、免疫化マウスを使用したハイブリドーマ（抗体産生細胞）
25 の作製）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体をスクリーニング
する方法、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体をスクリーニングする方法が具体
的に記載されており（【０１３８】 【０３１２】 【０３１３】 【０３２０】
、 、 、 、
【０３２２】ないし【０３２８】 【０３３２】ないし【０３３４】 【０３３
、 、
６】 【０３７７】 【０３７８】
、 、 、表１ないし表３）、また、実施例には、ヒト
免疫グロブリン遺伝子を含有する二つのグループのマウスにヒトＰＣＳＫ９
5 抗原を注射して得たハイブリドーマから、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を
強く中和する抗体を産生するものを選択し、それらの抗体のエピトープビニ
ングを行った２つの独立した実験の結果が示されており（実施例１０、実施
例３７） 抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体に対して
、 「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
との結合を中和することができ」るものを選択するスクリーニング、
「２１Ｂ
10 １２抗体と競合する」ものを選択するスクリーニングの２回のスクリーニン
グをすることで十分に高い確率で本件発明の抗体をいくつも繰り返し同定す
ることができることが具体的に示されている。そして、本件明細書には、Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することにより、ＬＤＬＲの量を増加さ
せ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらすという作用機序が記載さ
15 れている（【００６６】【０１５５】【０２７０】【０２７１】【０２７６】
、 、 、 、 ）
から、
「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」ると
いう特性を有する本件発明の抗体が、対象中の血清コレステロールの低下を
もたらす効果を奏し、高コレステロール血症等の、上昇したコレステロール
のレベルが関連する疾患を治療し、予防し、疾患のリスクを低減するという
20 課題を解決できるものであることを合理的に認識できる。
したがって、当業者であれば、本件明細書の記載から、本件発明の抗体は
上記の課題を解決できることを認識できるものであり、本件発明は、明細書
に記載されたものといえるから、本件特許は、サポート要件に適合する。
無効理由２（実施可能要件違反）
25 前記 のとおり、本件明細書には、抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の作
製方法（免疫化マウスの作製、免疫化マウスを使用したハイブリドーマの作
製）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体をスクリーニングする
方法及び２１Ｂ１２抗体と競合する抗体をスクリーニングする方法といった、
本件発明の抗体を作成するための方法が具体的に記載されるとともに、抗Ｐ
ＣＳＫ９モノクローナル抗体に対してＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和
5 することができること、２１Ｂ１２抗体と競合することの２つのスクリーニ
ングを施すことにより、十分に高い確率で本件発明の抗体をいくつも繰り返
し同定することができることが具体的データにより示されているから、当業
者は、本件明細書のこれらの具体的な記載に基づいて、十分に高い確率で本
件発明の抗体を製造することができるといえる。
10 そして、抗体の結合領域の構造（アミノ酸配列）は、免疫化された動物の
免疫細胞における抗体遺伝子の再構成の結果物であるから、当業者であれば、
本件明細書の記載を手掛かりに免疫化される動物の種類や免疫化プログラム
を変更することにより、本件発明に含まれる実施例以外の多種多様な抗体を
無数に製造することができると合理的に理解するものと認められる。
15 したがって、本件明細書は、当業者に過度な負担を強いることなく本件発
明の抗体を取得することができる程度に記載されているといえるから、本件
特許は、実施可能要件に適合する。
無効理由３（進歩性欠如）
ア 本件審決が認定した Nature Structural & Molecular Biology、vol.14(5)、
20 pp.413-419 (2007)（甲１。以下「甲１文献」という。別紙２参照。）に記載
された発明（以下「甲１発明」という。）
「ＬＤＬＲと結合するＰＣＳＫ９である、機能獲得型ＰＣＳＫ９突然変異
体Ｆ２１６Ｌ、Ｓ１２７Ｒ、Ｄ３７４Ｙ、又は野生型ＰＣＳＫ９。」
イ 本件審決が認定した一致点及び相違点
25 本件発明１の「モノクローナル抗体」及び甲１発明の「ＰＣＳＫ９」は
ともにタンパク質であるから、両者は、タンパク質である点で一致し、次
の点で相違する。
（相違点）
本件発明１は、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和するこ
とができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する、単
5 離されたモノクローナル抗体」であるのに対して、甲１発明は、
「ＬＤＬＲ
と結合するＰＣＳＫ９である、機能獲得型ＰＣＳＫ９突然変異体Ｆ２１６
Ｌ、Ｓ１２７Ｒ、Ｄ３７４Ｙ、又は野生型ＰＣＳＫ９」である点。
ウ 相違点に関する判断
別紙２の甲１－１１（以下、単に「甲１－１１」という。 、甲１－１２
）
10 の記載から、動物免疫法やファージディスプレイ法といったモノクローナ
ル抗体を得る手法を用いてＰＣＳＫ９全長を抗原として抗ＰＣＳＫ９抗
体を得て、その中からＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するものをス
クリーニングすることによって、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和す
る、何らかの抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体を得ることができる可能性
15 までは認めることができるが、抗原としてＰＣＳＫ９全長を用いて得られ
た抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の中から結合中和アッセイによりス
クリーニングして得られたＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗
ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体には、結合面や結合面周辺に存在する様々
なエピトープに結合する相当多種多様のモノクローナル抗体が包含され
20 ると考えられるから、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することがで
きる抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体の中から２１Ｂ１２抗体と競合す
るものを取得するためには、２１Ｂ１２抗体との競合アッセイを行って選
択することが不可欠であって、そのためには２１Ｂ１２抗体が得られてい
ることが前提となる。
25 しかしながら、甲１文献には、２１Ｂ１２抗体について記載も示唆もな
く、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ抗体との結合を阻害することができる抗ＰＣＳ
Ｋ９モノクローナル抗体の中から２１Ｂ１２抗体や、ＰＣＳＫ９との結合
に関して２１Ｂ１２抗体と競合するモノクローナル抗体を得るための手
がかりとなるような情報は何ら記載されておらず、また、２１Ｂ１２抗体
が本件優先日前に広く知られていたものであったとも認めることができ
5 ない。
したがって、当業者といえども２１Ｂ１２抗体と競合するモノクローナ
ル抗体の取得に至ることはできないから、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」こ
とを発明特定事項に含む本件発明１は、甲１発明及び周知技術に基づいて
当業者が容易に発明することができたものとはいえず、本件発明１の抗体
10 を含む医薬組成物である本件発明９についても同様である。
無効理由４（明確性要件違反）
本件発明において「競合」とは、当業者における常識的な程度の競合を意
味すると解するべきであって、本件明細書においても、 ０１４０】
【 のとおり、
「競合」が常識的な意味で用いられており、その試験方法が具体的文献とと
15 もに記載され、常識的な程度の結合阻害を意味することが記載されているか
ら、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」の外延が不明確であるということはできな
い。
無効理由５（発明該当性要件違反）
本件発明１及び９は、いずれも、課題を解決するための具体的手段を提示
20 するものであり、自然法則を利用した技術的思想の創作であるといえるから、
特許法上の「発明」に該当する。
４ 取消事由
甲１発明に基づく進歩性の判断の誤り（取消事由１）
ア 本件発明１と甲１発明の一致点及び相違点の認定の誤り（取消事由１－
25 １）
イ 本件発明の容易想到性の判断の誤り（取消事由１－２）
サポート要件違反の判断の誤り（取消事由２）
実施可能要件違反の判断の誤り（取消事由３）
明確性要件違反の判断の誤り（取消事由４）
発明該当性要件違反の判断の誤り（取消事由５）
5 第３ 当事者の主張
１ 取消事由１－１（本件発明１と甲１発明の一致点及び相違点の判断の誤り）
原告の主張
本件審決は、前記第２の３ イのとおり、本件発明１と甲１発明との対比
において、両者の一致点は単に「タンパク質」であると認定し、本件発明の
10 発明特定事項はすべて相違点であると認定したが、以下のとおり誤りである。
ア 甲１文献の記載事項
甲１文献は、冒頭で多くの文献を引用しつつ、ＰＣＳＫ９が脂質異常
症の治療のための魅力的なターゲットであることを述べた上で（別紙２
の甲１－２）、後記 の実験結果と従来の知見を踏まえた分析を示した
15 上で、結論部分において、ＰＣＳＫ９を標的として、心血管疾患の治療
に用いるための結合を中和する抗体を具体的に提案しており（甲１－１
２）、甲１文献は、「ＰＣＳＫ９に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合を中和する抗体」を治療に用いるという技術的思想を開示している。
甲１文献は、① ＬＤＬが細胞表面のＬＤＬＲと結合し、 続いて、
20 ＬＤＬと結合したＬＤＬＲがエンドソーム内に移行し、 エンドソーム
の酸性条件（低ｐＨ条件）によってＬＤＬＲはＬＤＬを放出し、 ＬＤ
ＬＲは細胞表面へとリサイクルされること（甲１－８） ②
、 エンドソー
ムにおいて、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲと共に局在化すること、 このこと
は、ＬＤＬＲと結合したＰＣＳＫ９が、ＬＤＬＲと結合したＬＤＬと同
25 様に、ＬＤＬＲと共に、エンドソームに取り込まれることを示唆するこ
と、 しかしながら、ＬＤＬのＬＤＬＲへの結合がエンドソームにおい
て弱まるのに対して、ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲへの結合はエンドソームに
おいて強まり得ること、 ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲへの結合はエンドソー
ムにおいて強まり得ることによって、ＬＤＬＲはＰＣＳＫ９を放出でき
ないため、ＬＤＬＲが細胞表面に戻るリサイクル機構が働かず、細胞表
5 面のＬＤＬＲが減少し得ること、 （機能獲得型変異である）ＰＣＳＫ
９のＤ３７４変異体が野生型ＰＣＳＫ９よりもより強固にＬＤＬＲと
結合することは、ＰＣＳＫ９のＤ３７４変異体が、野生型ＰＣＳＫ９よ
りもＬＤＬＲを減少させる活性がより強いことを説明し得ること（甲１
－１０） ③②の記載事項と整合する実験結果として、
、 野生型ＰＣＳＫ９
10 とＬＤＬＲの結合は、エンドソームの酸性条件（低ｐＨ条件）において
血漿中に相当する中性条件におけるよりも１７０倍強くなることを実
験的に示し（甲１－５）、また、ＰＣＳＫ９のＤ３７４変異体は、血漿中
に相当する中性条件（ｐＨ７．５）において、野生型ＰＣＳＫ９よりも
約２５倍強くＬＤＬＲに結合する実験結果（甲１－７、１－１０）の記
15 載がある。
このように、甲１文献は、実験結果と従来の知見を踏まえた分析とし
て、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの直接結合が細胞表面へのＬＤＬＲのリサ
イクルの阻害をもたらすメカニズムが記載されており、これに基づいて、
前記 のとおり、ＰＣＳＫ９に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合
20 を中和する抗体を治療に用いることが開示されているといえる。
イ 本件発明１と甲１発明との対比
前記アのとおり、甲１文献は、ＰＣＳＫ９の作用・機能により生じる
高コレステロール血症や心血管の治療のために、ＰＣＳＫ９の阻害剤と
して「ＰＣＳＫ９に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和す
25 る抗体」を用いるという技術的思想を開示している。
他方で、甲１文献には、「モノクローナル抗体」の文言はなく、また、
本件発明１は「参照抗体（２１Ｂ１２抗体）と競合する」抗体である旨
を規定するが、甲１文献にはその点に関する記載はない。
そうすると、甲１発明と本件発明１は、高コレステロール血症や心血
管疾患の治療のために「ＰＣＳＫ９に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
5 との結合を中和する抗体」を用いる点において一致するが、甲１発明の
抗体が「モノクローナル抗体」であるか不明であること、
「参照抗体（２
１Ｂ１２抗体）と競合する」抗体であるか不明である点で相違する。
本件審決は、前記第２の３ イのとおり、甲１発明と本件発明１は、
単に「タンパク質」である点で一致し、その他の本件発明１の発明特定
10 事項はすべて相違点であると認定するが、前記アの甲１文献の開示事項
からすると、一致点及び相違点の認定に誤りがある。そして、本件優先
日当時の技術常識や周知技術を踏まえれば、治療に用いることを意図し
た抗体は、当然に「モノクローナル抗体」を意味するものであり、この
点は実質的な相違点ではなく、一応の相違点である。
15 そうすると、本件発明１と甲１発明との一致点及び相違点に関し、両
者の相違点は実質的に「２１Ｂ１２抗体と競合する」ことのみであるこ
とを明らかにすれば、本件発明１の進歩性判断の本質は、甲１文献の記
載から取得可能な結合中和抗体と本件発明１の「２１Ｂ１２抗体と競合
する」結合中和抗体とがどのように相違するものであるのか、
「２１Ｂ１
20 ２抗体と競合する」ことは実質的な相違点たり得るのか（優先日当時に
取得可能な結合中和抗体の多くが事実上有する性質にすぎないのではな
いか）が明らかになるため、本件審決の一致点及び相違点の認定の誤り
は、進歩性の判断に影響を与えるものである。
被告の主張
25 本件発明１は、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和すること
ができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号４９のアミノ酸配列からな
る重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可
変領域を含む軽鎖とを含む抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。」
との発明特定事項を有する。これに対して、甲１文献は、抗体が作製された
ことについては何ら開示するものではない。
5 すなわち、甲１文献には、
「理論の上では、ＰＣＳＫ９の自己プロセシング
及び分泌を阻害し、ＰＣＳＫ９の機能喪失型変異と同様の効果を奏する細胞
透過性のプロテアーゼ阻害剤によってＰＣＳＫ９を標的とすることができる
のかもしれない。 、
」「血漿中のＰＣＳＫ９に結合し、そのＬＤＬＲとの結合を
阻害する抗体や低分子もＰＣＳＫ９の機能の効果的な阻害剤となり得る。」
10 （甲１－１２）との記載があるが、この記載は、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲを低
下させたから、単に抽象的な候補として、治療薬として実用の可能性が低い
ものも含め、理論の上でのあらゆる候補を羅列したにすぎない。
むしろ、甲１文献は、ＰＣＳＫ９が細胞外（血漿中）ではなく、細胞内で
ＬＤＬＲに作用する可能性を示唆しており、抗体（通常、細胞内に入ること
15 ができない）による治療も有効ではないと思わせる内容であった。しかも、
本件優先日当時、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲにどのように作用しているのか解明
されておらず、甲１文献は、ＰＣＳＫ９の結晶構造を明らかにしたものの、
当時、ＰＣＳＫ９は他の転換酵素と同様にタンパク質分解活性を持ち、プロ
テアーゼとして働き、ＬＤＬＲを低下させるのではないかとも考えられてい
20 たし、標的とすべきＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合部位である特定のドメイン
も未だ不明であった。
このように、本件優先日当時、ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲに対する作用は不明
な点が多く、甲１文献はこれらの点を明らかにする内容ではなかったから、
この段階で甲１文献が結合中和抗体による治療を具体的に開示しているとは
25 いえず、甲１文献と本件発明１には一致点はない。
したがって、本件発明１と甲１発明との間には一致点はなく、相違点は、
本件審決が認定したとおりである。
２ 取消事由１－２（本件発明の容易想到性の判断の誤り）
原告の主張
ア 容易想到性の判断基準
5 進歩性要件の趣旨は、特許の付与がなくて生み出される技術に対する
独占権が生じるのを防ぎ、技術の自由な利用を不当に制約しないことに
あるから、出願時において引用発明に基づいて当業者が容易に作成する
ことができるものが請求項に係る発明の技術的範囲に属している場合
には、当該発明は進歩性を欠くものというべきである。
10 一般的な特許審査実務では、発明の進歩性の判断基準として、引用発
明との一致点及び相違点を認定し、相違点である発明特定事項の容易想
到性を検討するが、前記の進歩性要件の趣旨に鑑みると、発明特定事項
が容易想到ではなかったとしても、当業者が容易に想到し得るものが請
求項に係る発明の技術的範囲に含まれている場合には、当該発明は進歩
15 性を欠くと判断されるべきである。
したがって、本件発明の進歩性の判断においては、本件発明に含まれ
る何らかの抗体を本件優先日当時に当業者が容易に取得できる限り、本
件発明は進歩性を欠くと判断されるべきである。
本件審決は、前記第２の３ ウのとおり、本件優先日当時、２１Ｂ１
20 ２抗体が容易に取得可能でなかったから、本件発明１は当業者が容易に
発明をすることができたものということはできない旨判断した。
しかし、本件発明１の「２１Ｂ１２抗体と競合する」との発明特定事
項は、２１Ｂ１２抗体自体が本件優先日当時公知ではなく、本件発明１
は、本件優先日当時において特許権者以外には知る者がいない事項によ
25 って特定されたものであり、こうした事項によって特定された発明の進
歩性の判断において、２１Ｂ１２抗体が本件優先日当時に公知でも入手
可能でもないことのみを理由に進歩性欠如を否定することは、「出願日
ないし優先日当時に公知公用又は取得可能なものが、その要件に該当す
るか否かは分からないが、少なくともその発明は新たな要件によって特
定されているから、新規性・進歩性がある」と判断することと同じであ
5 って、誤りである。
イ 本件発明１の容易想到性の判断の誤り
甲１文献及び周知技術に基づきＰＣＳＫ９全長を抗原として結合中
和モノクローナル抗体を取得するだけで本件発明１に含まれる抗体を
容易に取得することができること
10 ａ ２１Ｂ１２抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合部位に部分的に
結合するため、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する結合中和抗
体には、当然ながら２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が少なからず含ま
れる。
したがって、甲１文献及び周知技術に基づき、ＰＣＳＫ９全長を抗
15 原として結合中和モノクローナル抗体をいくつか取得するだけで、当
業者は、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体、すなわち、本件発明１に含
まれる抗体を容易に取得することができるのであって、この際、当業
者は、本件発明１に含まれる抗体を取得する上で、２１Ｂ１２抗体を
何ら知っている必要はない。
20 ｂ 上記の事実を裏付けるために、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻
害する結合中和抗体には、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が少なから
ず含まれることを示す実証実験の結果（甲２の１、２）を示す。
すなわち、
【Ａ】博士（以下「【Ａ】博士」という。）の供述書 （甲
２の１）は、本件優先日当時の周知技術を用いてＰＣＳＫ９全長を抗
25 原として得られた抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体（結合中和するか
どうかを問わずＰＣＳＫ９に特異的に結合する抗体）についての実証
実験結果であり、これによると、本件優先日当時の周知技術を用いて
ＰＣＳＫ９全長を抗原として結合中和モノクローナル抗体を得たとこ
ろ、そのうち約４割が２１Ｂ１２抗体と競合したことを示した。また、
【Ｂ】博士（以下「【Ｂ】」博士」という。）の供述書 （甲２の２）は、
5 【Ａ】博士の実験結果に基づいて検討した結果について、２００７年
当時の平均的スキルを持つ科学者であれば、標準的技術を用いて、Ｐ
ＣＳＫ９－ＬＤＬＲ結合中和抗体を得られたであろうこと、そして、
それらのうちの多くが２１Ｂ１２抗体とも競合したであろうことは明
らかであると述べており、
【Ｂ】博士も、当業者が、本件優先日当時の
10 周知技術を用いてＰＣＳＫ９全長を抗原としてＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
の結合中和試験を行って結合中和抗体を取得すれば、その中には２１
Ｂ１２抗体と競合する抗体が多く含まれていることを指摘している。
ｃ また、本件発明１には、結合中和活性の程度については何らの限定
もなく、本件明細書でも、
「中和抗体」の説明として、少なくとも約１
15 ～２０％の中和能しか有しない抗体も中和抗体に含まれるものとして
いる（【０１３８】）から、２１Ｂ１２抗体自体の結合中和活性の程度
は高いものであっても、本件発明１には結合中和活性の程度が低いも
のも含まれており、本件発明１が顕著な効果を有するといえるものに
限定されているわけではない。加えて、本件発明１は、２１Ｂ１２抗
20 体との競合についても何ら限定はなく、競合の程度が高いものもあれ
ば、低いものも含まれる。
このように、結合中和活性の程度も競合の程度も無限定である以上、
周知技術に基づき結合中和抗体のいくつかを取得し、そのような抗体
を結合中和の程度や２１Ｂ１２抗体との競合の程度で分類すれば、そ
25 の際には、２１Ｂ１２抗体と何らかの程度において競合するものが含
まれることになる。
したがって、周知技術に基づき取得される結合中和抗体の１つ１つ
が常に２１Ｂ１２抗体と競合するとはいえないとしても、低くない合
理的な割合で本件発明１に含まれる抗体を取得できるのであれば、進
歩性を否定すべきところ、本件発明１には結合中和の程度も２１Ｂ１
5 ２抗体の競合において何らの限定もないから、当業者は、本件発明１
に含まれる抗体を容易に取得できたものといえる。
甲１文献及び周知技術に基づきＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチド
を抗原として結合中和モノクローナル抗体を取得するだけで本件発明
１に含まれる抗体を容易に取得することができること
10 ａ 甲１文献には、①ＰＣＳＫ９の機能獲得型変異は、ＬＤＬＲ（ＬＤ
Ｌ－Ｃの受容体）を減少させ、血漿中のＬＤＬ－Ｃを増やし、高コレ
ステロールとなること、②ＰＣＳＫ９の機能喪失型変異は、ＬＤＬＲ
（ＬＤＬ－Ｃの受容体）を増大させ、血漿中のＬＤＬ－Ｃを減少させ、
低コレステロールとなる旨の記載がある（甲１－２）。
15 そして、甲１文献には、ＰＣＳＫ９のＤ３７４変異体が機能獲得型
変異であり、高コレステロール血症と結び付けられると要約されてい
る（甲１－１）。ここで、ＰＣＳＫ９のＤ３７４変異体とは、ＰＣＳＫ
９の３７４位のアミノ酸が野生型アスパラギン酸（Ｄ）ではなくチロ
シン（Ｙ）に置換されている機能獲得型変異を意味するものである。
20 そして、甲１文献は、ＰＣＳＫ９のＤ３７４変異体は、血漿中に相当
する中性条件（ｐＨ７．５）において、野生型ＰＣＳＫ９よりも約２
５倍強くＬＤＬＲに結合する旨を実験結果と共に示すとともに、Ｄ３
７４変異体によるＬＤＬＲを低下させる効果の増大がＬＤＬＲの細胞
外ドメイン（ＥＣＤ）への結合が強化されることにより生じるもので
25 あることを試験結果は強く示唆している旨の記載がある（甲１－６、
１－７）。
このように、甲１文献には、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合におい
て、ＰＣＳＫ９の３７４位が重要であることが示されている。
また、甲１文献には、ＰＣＳＫ９の３７４位がＰＣＳＫ９の表面を
形成することが立体構造とともに示されており（甲１－４。図４）、Ｐ
5 ＣＳＫ９の３７４位が図４のＰＣＳＫ９の頂点部分（一番上の部分）
に位置していることが理解することができる。このように、甲１文献
の図４には、ＰＣＳＫ９の３７４位がＰＣＳＫ９の表面に存すること
が開示されている。
ｂ 前記１ ア のとおり、甲１文献は、ＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ結合中
10 和抗体が有効な治療薬になることを開示しており、ＰＣＳＫ９－ＬＤ
ＬＲ結合中和抗体の取得を動機付ける。また、前記 ａのとおり、甲
１文献には、特にＰＣＳＫ９の３７４位がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結
合において重要であり、また、ＰＣＳＫ９の３７４位がＰＣＳＫ９の
表面を形成することが立体構造モデルと共に示されている。そうする
15 と、当業者は、ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを抗原として結合
中和抗体モノクローナル抗体を取得することが動機付けられるといえ
る。
本件優先日当時、特定の抗原に対して結合する抗体を作成する方法
としては、タンパク質の全長を抗原として用いて取得する方法だけで
20 はなく、例えば、ファージディスプレイ法でペプチドを抗原として抗
体を取得する方法や、抗原としてのペプチドを、直接ではなく、ビオ
チン化して間接的にマイクロビーズに固相化することによって、ペプ
チドを抗原として結合するファージ抗体をより効果的に選抜するとい
ったように、タンパク質の特定部位のペプチドを用いて取得する方法
25 も周知であったから、甲１文献の記載により動機付けられた当業者は、
「ＰＣＳＫ９に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する
抗体」を、ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを抗原としてモノクロ
ーナル抗体として取得することはできた。
そして、ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを抗原として抗ＰＣＳ
Ｋ９抗体を取得した場合には、ＰＣＳＫ９上の３７４位周辺ペプチド
5 をエピトープとする抗体が得られ、そのような抗体は、結合中和抗体
であり、２１Ｂ１２抗体とも競合するもの（本件明細書の実施例３１、
表１２参照）であって、得られた結合中和抗体のうち２１Ｂ１２抗体
と競合する抗体を選択する必要はない。
このように、ＰＣＳＫ９の３７４位に結合する抗体であれば、ＬＤ
10 ＬＲの結合を中和し、２１Ｂ１２抗体とも競合するから、当業者は、
本件発明１に含まれる抗体を容易に取得し得たといえる。
ｃ 甲１文献及び周知技術に基づき、ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチ
ドを抗原として結合中和モノクローナル抗体を取得するだけで、本件
発明１に含まれる抗体を容易に取得できることは、以下の実験結果か
15 らも明らかである。
すなわち、
【Ａ】博士の供述書 （甲５の１）は、本件優先日当時の
周知技術を用いてＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを抗原として得
られた抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体（結合中和するかどうかを問
わず、ＰＣＳＫ９に特異的に結合する抗体）について、結合中和試験
20 及び２１Ｂ１２抗体との競合試験を行った結果であり、これによると、
本件優先日当時の周知技術を用いてＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチ
ドを抗原として結合中和モノクローナル抗体を得たところ、全て２１
Ｂ１２抗体と競合したことを示した。また、
【Ｂ】博士の供述書 （甲
５の２）は、
【Ａ】博士の実験結果に基づいて検討し、２００７年当時
25 の当業者であれば、標準的技術、プロトコル、及び広く利用可能であ
った試薬を用いて、ＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ結合を中和し、かつ、ｈＰ
ＣＳＫ９（ヒト由来のＰＣＳＫ９）との結合に際し、２１Ｂ１２抗体
と競合するヒト抗体を作成できたであろうことは明らかであると述べ
ており、
【Ｂ】博士も、当業者が、本件優先日当時の周知技術を用いて
ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを抗原としてＰＣＳＫ９に結合す
5 るモノクローナル抗体を作成し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和
試験を行って結合中和抗体を取得すれば、その中には、２１Ｂ１２抗
体と競合する抗体が多く含まれていることを指摘している。
ｄ なお、本件発明１には、結合中和活性の程度や２１Ｂ１２抗体との
競合の程度については何らの限定もないことは、前記 ｃのとおりで
10 ある。周知技術に基づき取得される結合中和抗体の１つ１つが常に２
１Ｂ１２抗体と競合するとはいえないとしても、低くない合理的な割
合で本件発明１に含まれる抗体を取得できるのであれば、進歩性を否
定すべきところ、本件発明１には結合中和の程度も２１Ｂ１２抗体の
競合において何らの限定もないから、当業者は、本件発明１に含まれ
15 る抗体を容易に取得できたものといえる。
ウ 本件発明９の容易想到性の判断の誤り
本件審決は、前記第２の３ ウのとおり、本件発明９は、本件発明１の
抗体を含む医薬組成物であるから、本件発明１と同様である旨判断するが、
前記イのとおり、本件発明１についての容易想到性の判断に誤りがあるか
20 ら、本件発明９についての判断も誤りである。
被告の主張
ア 原告が主張する容易想到性の判断基準の誤り
原告は、前記 アのとおり、本件発明に含まれる何らかの抗体を当業者
が容易に取得することができる限り、本件発明は進歩性を欠くと判断され
25 なければならない旨主張するが、特許法２９条２項は、
「特許出願前にその
発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が前項各号に掲
げる発明に基いて容易に発明をすることができたときは、その発明につい
ては、同項の規定にかかわらず、特許を受けることができない」と規定し、
容易想到性の対象は、技術思想である「発明」であって、
「発明」に含まれ
る個々の物ではないことを明確に規定している。本件発明は、ＰＣＳＫ９
5 とＬＤＬＲとの結合を中和し、参照抗体と競合するという構成要件によっ
て規定された単離されたモノクローナル抗体であって、個々の抗体ではな
い。
仮に、結合中和抗体のプールの中に参照抗体と競合する抗体が含まれて
いるとしても、本件優先日当時はその抗体が参照抗体と競合するという特
10 性を認識することができないことは当事者間に争いがない。そうであれば、
抗体分野の技術常識で競合抗体が得られたというものではなく、原告が主
張する進歩性基準を前提としても、本件発明は進歩性を有する。
イ 本件発明１の容易想到性の判断の誤りについて
本件優先日当時、参照抗体が知られていない以上、ＰＣＳＫ９とＬＤ
15 ＬＲとの結合中和抗体の中に２１Ｂ１２抗体が含まれているかどうか
当業者は認識することができないし、また、そのようにして得られるＰ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体のプールには事後的に見ても、参
照抗体と競合する抗体と参照抗体と競合しない抗体が含まれるから、Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の中から所定の割合でしか含ま
20 れない２１Ｂ１２抗体と競合する抗体を選択する必要があるが、ＰＣＳ
Ｋ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の中から所定の割合でしか含まれな
い２１Ｂ１２抗体と競合する抗体を選択する動機付けは先行技術には
ない。モノクローナル抗体は、実質的には１種類の抗体からなるもので
あり、医薬には通常１種類のモノクローナル抗体が含まれるから、何を
25 指標にして選択するかについて試行錯誤がされる。競合するかどうか分
からないありとあらゆるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を入
手できたからといって、そこから競合する１つの抗体を選択する指標が
なければモノクローナル抗体を作製、取得することができないのであっ
て、選んだ抗体を含む医薬を得ることもできないから、参照抗体と競合
する抗体を選択する動機付け及び選択する技術的手段はない以上、本件
5 発明１は甲１発明から容易に想到し得たものではない。
また、ＰＣＳＫ９に結合する抗体を得る際には、単なる周知慣用技術
では足りず、固相化方法を適切に選択する必要がある。本件発明の発明
者は、ＰＣＳＫ９をビオチン標識し、ビオチン－ニュートラビジンリン
カーを介して固相化する方法（ビオチン化ＰＣＳＫ９法又はｂ－ＰＣＳ
10 Ｋ９法）を採用した（【０３２５】ないし【０３２７】 。
）
このように、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの中和抗体（特に、ＬＤＬＲのう
ちＰＣＳＫ９に結合する領域である「ＥＧＦａドメイン」と相互作用す
るＰＣＳＫ９上の領域に直接結合し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合を効
果的に中和するのに適した抗体）を得るためには、ＰＣＳＫ９を特定の
15 方法で固定化しなければならないが、甲１文献にはこうした開示はなく、
甲１文献は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合中和抗体を得ることが可能と
なるような記載も示唆もない。
本件発明は、ＰＣＳＫ９に反応する３０００のハイブリドーマを最初
の大規模セットとしてＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和する
20 能力でスクリーニングを実施し、特に野生型ＰＣＳＫ９よりもＬＤＬＲ
に対して強く結合する変異型ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を９０％
以上阻害することができる抗体を選別したことで、ＬＤＬＲのＥＧＦａ
ドメインと相互作用し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を遮断する
のに有効なＰＣＳＫ９上の重要領域に結合する多くの抗体を得ること
25 ができたのであり、こうした遮断抗体のスクリーニングが、甲１文献に
は記載も示唆もない。
以上のとおり、甲１文献及び周知技術に基づいてＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒの結合を中和する抗体のプールは容易に得られたものではなく、その
抗体の中から参照抗体の競合という結合特性を指標にして１つの抗体
を選択することなしには、参照抗体と同様のメカニズムでＰＣＳＫ９と
5 ＬＤＬＲの結合を中和する本件発明１のモノクローナル抗体を得るこ
とはできないから、甲１文献及び周知技術から本件発明１の抗体を選択
する動機付けはない。
ウ 原告の主張について
原告は、前記 イ ｂのとおり、甲１文献及び周知技術に基づいて結
10 合中和抗体を得ることは実証実験により示されている旨主張するが、
【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）の実証実験は偽陽性を含むものであ
り、誤りである。
すなわち、技術分野の専門家である【Ｃ】教授（以下「【Ｃ】教授」と
いう。）による専門家意見書（乙２４）によれば、①本件明細書の実施例
15 １０では「プレミックス」法（ＰＣＳＫ９と参照抗体をあらかじめ混ぜ
て十分に結合させ、この混合物をプレート上に固定化された試験対象の
抗体に加える方法）を用いているところ、
【Ａ】博士はこの方法を用いて
おらず、
【Ａ】博士の用いた、プレート上の被験抗体にまずＰＣＳＫ９を
加えて結合させ、次いで参照抗体を加える方法では、被験抗体がプレー
20 トに固定化された向きによってはＰＣＳＫ９上の参照抗体結合部位が
閉塞してしまうため、参照抗体がＰＣＳＫ９＋被験抗体複合体と結合す
ることができなくなり、見かけ上競合しているかのような結果を示して
いる、②【Ａ】博士は、実施例１０よりはるかに高い濃度のＰＣＳＫ９
と、実施例１０より高い濃度の被験抗体を使用し、それにもかかわらず
25 実施例１０よりわずかに少ない濃度のブロッキング緩衝液を使用した
（使用する抗体及び抗原の濃度が高いと、抗体と抗原間、抗体とプレー
ト間での非特異的な結合が増加し、こうした非特異的な結合を防止する
ためにはより強力なブロッキング緩衝液を使用する必要があることが
知られている。 ために、
） ＰＣＳＫ９が参照抗体の結合部位を閉塞するよ
うな形で被験抗体に非特異的に結合し、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合で
5 きなくなるなどの現象が防げないため、見かけ上競合しているかのよう
な結果になっていることが指摘されている。そして、
【Ａ】博士の実験の
問題点に基づいてＰｅｐｓｃａｎがより強力なブロッキング緩衝液を
使用して実験したところ、
【Ａ】博士が「競合する」と結論付けた０８１
００６Ａ、０８１００６Ｂ、１９０５１５－４１の各抗体は、参照抗体
10 と競合しないことが示されており、このことは、
【Ａ】博士の実験の問題
点を明らかに示すものである。
原告は、前記 イ のとおり、ＰＣＳＫ９の３７４位周辺ペプチドを
抗原とする動機付けがあり、そのような抗体を取得すれば２１Ｂ１２抗
体と競合する抗体が得られる旨主張する。
15 しかし、甲１文献及び甲第８号証には、Ｄ３７４Ｙの機能獲得型変異
があるＰＣＳＫ９がＬＤＬＲと強固に結合することは示されているも
のの、この部位が結合面であることは全く示唆されておらず、むしろ、
甲１文献には、３つのドメイン（Ｎ末端のプロドメイン（Ｓ１２７が存
在）、スブチリシン様触媒ドメイン（Ｄ３７４が存在）及びＣ末端ドメイ
20 ン）が全て結合に関与し、触媒ドメインのみでは結合に不十分であり、
プロドメインが結合に関与しているとの記載があり、また、Ｄ３７４Ｙ
だけでなく、Ｓ１２７もＬＤＬＲと強固に結合することも示唆されてい
るから（甲１－１１） 甲１文献により３７４位周辺ペプチドを抗原とし
、
て抗ＰＣＳＫ９抗体を取得することが動機付けられるとはいえない。
25 また、
【Ａ】博士の供述書 （甲５－１）及び【Ｂ】博士の供述書 （甲
５－２）は、ヒトＰＣＳＫ９のアミノ酸３６８ないし３８３位のアミノ
酸配列と同一の配列を有するペプチドを用いて抗体を得たとするが、Ｌ
ＤＬＲのＥＧＦａドメインとの結合に３７４位のアミノ酸が関与する
こと（【０４２９】 、参照抗体が３７４位のアミノ酸の周辺に結合する
）
（図１９Ａ参照）という本件明細書の記載に基づいて組み立てた後知恵
5 の実験系によるものであって、本件優先日当時の技術水準を反映したも
のではない。
エ 小括
以上によれば、甲１文献及び周知技術によって当業者は本件発明１のモ
ノクローナル抗体を容易に取得することはできないことは明らかであっ
10 て、これと同旨の本件審決の判断に誤りはない。
３ 取消事由２（サポート要件違反の判断の誤り）について
原告の主張
ア サポート要件の判断基準
サポート要件の判断基準は、請求項に係る発明が、発明の詳細な説明に
15 おいて「発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載さ
れた範囲」を超えるものであるか否かにより判断されるべきである。そう
でなければ、公開されていない発明について独占的、排他的な権利が発生
することになり、一般公衆からその自由利用の利益を奪い、ひいては産業
の発達を阻害するおそれを生じ、特許制度の趣旨に反することになるから
20 である。
本件発明が解決すべき課題は、
「結合中和抗体を提供すること」であり、
この課題は、甲１文献にも記載のある周知の課題である。そして、本件発
明は、
「２１Ｂ１２抗体と競合する（単離されたモノクローナル）抗体」で
あり、
「２１Ｂ１２抗体」との競合の程度については何ら特定されていない
25 から、こうした発明において特許請求の範囲がサポート要件に適合すると
いうためには、
「２１Ｂ１２抗体と競合する（単離されたモノクローナル）
抗体」であれば、高い蓋然性をもって「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を
中和する抗体」であると当業者が理解できるように明細書に記載されてい
なければならないといえる。
なお、
「結合中和抗体であること」は、本件発明の発明特定事項に記載さ
5 れているが、備えるべき性質、作用効果が発明特定事項に含まれているか
らといって、サポート要件を充足すると判断されてはならず、
「解決すべき
課題」を記載（クレームアップ）したにすぎない発明特定事項以外の発明
特定事項によって、高い蓋然性をもって当該課題が解決できると認識でき
る必要があるというべきである。
10 イ 本件発明は、発明の詳細な説明において「発明の課題が解決できること
を当業者が認識できるように記載された範囲」を超えるものであること
本件発明は、
「結合中和抗体の提供」という本件発明が解決すべき課題
と、
「参照抗体（２１Ｂ１２抗体）と競合する（単離されたモノクローナ
ル）抗体」という課題解決手段のみによって特定されているから、本件
15 発明に含まれる抗体の数は、少なくとも何百万もの抗体が含まれるのみ
ならず、本件明細書の実施例抗体とは全く異なる種々の性質・構造・結
合部位を有する抗体が含まれることになる。
本件明細書に開示されている「２１Ｂ１２抗体と競合する抗体」は、
結合中和する抗体をスクリーニングにより先に選別した上で、次に「２
20 １Ｂ１２抗体との競合の有無」により分類した結果得られた抗体にすぎ
ないから、本件明細書に開示のある２１Ｂ１２抗体と競合する抗体は、
全て結合中和抗体ということになるにすぎない。本件明細書の実施例の
記載は、論理関係からして、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であれば結
合中和抗体であることを示すものではなく、また、結合中和抗体であれ
25 ば２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であることを示すものでもない。
したがって、本件明細書には、
「２１Ｂ１２抗体と競合する（単離され
たモノクローナル）抗体」であれば、高い蓋然性をもって「ＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体」であると理解できる記載は存在し
ない。
科学的事実としても、以下のとおり、
「２１Ｂ１２抗体と競合する（単
5 離されたモノクローナル）抗体」であれば、高い蓋然性をもって「ＰＣ
ＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体」であるとはいえない。
ａ ２１Ｂ１２抗体は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインが結合するＰＳＣ
Ｋ９表面上の部位のごく末端において、ＰＣＳＫ９に結合するにすぎ
ず、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインが結合するＰＣＳＫ９表面上の部位
10 とは無関係な部位であって２１Ｂ１２抗体と競合し得る部位において、
ＰＣＳＫ９上に結合する抗体は無数に存在する。
被告は、後記 イのとおり、本件発明に係る抗体は、参照抗体との
競合によってＰＣＳＫ９上の複数の結合面のうち特定の領域内の特定
の位置（ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインが相互作用する部位と重複する
15 位置（又は同様の位置） に結合する抗体であるかのように主張するが、
）
結合中和抗体であるからといってＬＤＬＲのＥＧＦａドメインが相互
作用する部位と重複する位置（又は同様の位置）に結合する抗体に限
られるものではない。抗体がＰＣＳＫ９に対するＬＤＬＲの結合を中
和する（阻害する）ことは、ＰＣＳＫ９の表面上においてＬＤＬＲと
20 抗体とが立体障害を生じることと同じである。本件明細書上も、抗体
とＬＤＬＲがその結合部位（エピトープを構成するＰＣＳＫ９上のア
ミノ酸）において何ら重複せず、結合部位自体が離間したものであっ
ても立体障害があれば競合を生じる（【０１４０】 。しかも、本件発明
）
は、結合中和性の程度や参照抗体との競合の程度については極めて広
25 範な結合中和抗体を含むものであって、結合中和抗体であるからとい
って、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインと相互作用するＰＣＳＫ９上の部
位と重複する位置（又は同様の位置）に結合する抗体に限られない。
ｂ この事実を裏付けるための実証実験結果は、次のとおりである。
すなわち、
【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）は、本件優先日当時の
周知技術を用いて得られたＰＣＳＫ９に結合するモノクローナル抗体
5 を多数取得し、２１Ｂ１２抗体との競合試験、ＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ
結合中和試験を行った結果であるが、これによると、２１Ｂ１２抗体
と競合する抗体であっても、その大部分といえる約８割（１３個中１
０個）の抗体は、結合中和することができない抗体であったことが示
されている。
10 また、【Ｂ】博士の供述書 （甲２の２）は、【Ａ】博士の実証実験
結果は、２１Ｂ１２と競合する抗体の大部分がｈＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒとの結合を中和することができないことを示していること、本件特
許によれば、２１Ｂ１２の結合部位は、ｈＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲ結
合部位とわずかに部分的に重複するにすぎず、別の抗体の結合部位は、
15 ＬＤＬＲの結合部位と重複することなく２１Ｂ１２の結合部位と重複
し得るのであり、このようにして、別の抗体は、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤ
ＬＲ結合を中和することなく、２１Ｂ１２と競合し得ることを指摘し
た上で、この結果は、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体はＬＤＬＲとの
結合を中和するであろうという考えは科学的に誤りであることを示す
20 とともに、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体は必ず２１Ｂ１２抗体と同
様の親和性又は結合部位を共有するという考えには同意しない旨述べ
る。
ｃ 実証実験において示された２１Ｂ１２抗体と競合する抗体の大部分
の抗体は、結合中和することができない抗体であったという事実は、
25 【Ｄ】教授（以下「【Ｄ】教授」という。）の供述書（甲１７）による
構造解析によっても、科学的に裏付けられている。
すなわち、下記の図のとおり、ＰＣＳＫ９の表面上における、①Ｌ
ＤＬＲの結合領域、②２１Ｂ１２抗体の結合領域、③２１Ｂ１２抗体
と競合する抗体の結合領域を図示したところ、ＰＣＳＫ９の表面上に
おいて、①ＬＤＬＲの結合領域（表面積の約３％）に比べ、③２１Ｂ
5 １２抗体と競合する抗体の結合領域（表面積の約２２％）が広大であ
る（エピトープ（結合領域）が重複する範囲として控え目に見積もっ
たものであり、エピトープが重複しなくても立体障害により競合する
ことを考慮すると、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体の結合領域は２
２％よりも更に広い）ことを示しており、この構造解析は、実証実験
10 において示された、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体の大部分（約８割）
の抗体は結合中和することのできない抗体であったという事実を科学
的に裏付けるものである。
本件発明の特許請求の範囲には、
「ＥＧＦａミミック抗体」が含まれる
15 が、本件明細書には、「ＥＧＦａミミック抗体」の記載はない。
ａ 請求項１に含まれる膨大な数の種々の結合中和抗体の中には、ＬＤ
ＬＲのうちＰＣＳＫ９が結合する領域であるＥＧＦａドメインと相互
作用するＰＣＳＫ９の表面上におけるアミノ酸の大部分を認識する結
合中和抗体（「ＥＧＦａミミック抗体」と呼ばれる抗体で、現時点にお
いてアリロクマブとして発見されているもの）が存在するから、請求
項１に含まれる膨大な数の種々の結合中和抗体の中には、この結合中
和抗体も含まれるところ、本件明細書においては、ＬＤＬＲのＥＧＦ
5 ａドメインと相互作用する、ＰＣＳＫ９の表面におけるアミノ酸が１
５個開示されており 【０４３０】 、
（ ） ２１Ｂ１２抗体はそのうち４ない
し６個、３１Ｈ４抗体はそのうち３個を認識するにすぎない 【０４３
（
０】、
【０４４０】 、
） 実施例２８ないし３０、図２０Ａ等）のに対して、
アリロクマブはそのうち１２個を認識するのであるから、２１Ｂ１２
10 抗体及び３１Ｈ４抗体は、ＥＧＦａミミック抗体ではない（以上につ
き、下記の表参照）。また、本件明細書のその他の実施例の抗体も、Ｅ
ＧＦａミミック抗体とはいえない。
のみならず、被告は、本件優先日から約５年後の２０１２年におい
15 ても、 （我々は）現在、ＥＧＦａミミック抗体を取得できていない」
「 、
「ＥＧＦａミミック抗体は、我々が現在有する抗体の２つの一部重複
するエピトープのちょうど中間に位置することから、ＥＧＦａミミッ
ク抗体を見つけることは一筋縄ではいかないだろう」と述べているよ
うに（甲４の１）、本件明細書に記載された方法では、ＥＧＦａミミッ
ク抗体を取得できていない。
なお、本件審決は、サポート要件は明細書の記載及び出願時の技術
常識から判断されるべきものであるからその後の事情は考慮しないと
5 判断したが、その後の事情は考慮しないとしても、本件優先日及び本
件出願時の技術常識や技術水準によれば、不連続なアミノ酸により構
成される特定の立体構造的エピトープ（ＬＤＬＲ結合部位）の大部分
を認識する抗体を取得するための方法論は存在せず、また、本件明細
書にはＥＧＦａミミック抗体を取得できるような記載はないのである
10 から、いずれにしても本件審決の判断は誤りである。
ｂ 被告は、後記 エ のとおり、①当業者は、本件優先日又は本件出
願時においてＥＧＦａミミック抗体という概念や同抗体を取得すると
いった課題は存在していないから、こうした課題を解決する必要はな
かった、②ＥＧＦａミミック抗体は、２１Ｂ１２抗体に基づいて開発
15 されたエボロクマブと同等の作用効果しか示しておらず、ＥＧＦａミ
ミック抗体は参照抗体を超える何らかの技術的意義はなく、③本件明
細書には、９Ｃ９抗体という「ＥＧＦａドメインを十分にミミックす
る抗体」が開示されている旨主張する。
しかし、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和する抗体が
20 高コレステロール血症の治療薬として有用であることは、本件優先日
当時既に公知であり、また、本件優先日当時、モノクローナル抗体の
作製技術や結合中和抗体アッセイの技術は、既に周知技術であったか
ら、当業者は、これらを用いて何らかの中和抗体を取得することがで
きたことは、前記２ のとおりである。
「ＥＧＦａミミック抗体」とい
25 う用語が本件優先日当時に周知でなかったとしても、ＰＣＳＫ９とそ
の天然のリガンド（生体分子と複合体を形成して生物学的な目的を果
たす物質のこと）であるＬＤＬＲとの天然において生じる相互作用を
忠実に模倣する抗体という概念は当業者が認識し得たことであり、ま
た、そうした抗体であれば、ＬＤＬ－Ｃのレベルを減少させるのに好
適であるということも当業者が認識し得たことであって、①は理由が
5 ない。
また、ＥＧＦａミミック抗体は、請求項１には本件明細書に開示さ
れた内容を超えて本件明細書にサポートされていない抗体まで広範囲
に含まれることの端的な例証であるにすぎないから、ＥＧＦａミミッ
ク抗体の技術的意義を論じる実益はなく、②の点は議論のすり替えで
10 ある。さらに、被告がＬＤＬＲ結合部位の中央に結合すると主張する
９Ｃ９抗体は、「弱い結合中和抗体」であり（【０１３８】 、出願後に
）
開示された情報を考慮しても、ＬＤＬＲ結合部位の１５アミノ酸のう
ち５アミノ酸と相互作用を有する抗体であるにすぎず、ＥＧＦａドメ
「
インを十分にミミックする抗体」なるものではないから、③も理由が
15 ない。
前記アのとおり、本件発明の解決すべき課題は、ＰＣＳＫ９抗体に結
合し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体の提供であるとこ
ろ、本件発明には「競合」及び「中和」についての限定はないから、２
１Ｂ１２抗体との競合の程度が低い（例えば５％）抗体でも、何らかの
20 結合中和をする限り、本件発明に含まれることになる。
ところが、２１Ｂ１２抗体と競合すれば結合中和抗体であるとの蓋然
性があるといえないことは前記 のとおりであり、仮に、２１Ｂ１２抗
体との競合が結合中和の指標であるとしても、２１Ｂ１２抗体とわずか
にしか競合しない抗体（低競合抗体）について、類型的に、全てあるい
25 は大部分が結合中和抗体であるとはいえないことは明らかである。もと
より、本件明細書には、２１Ｂ１２抗体との低競合抗体について類型的
にＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体である蓋然性が高い
といった記載はなく、そうした技術常識もない。
サポート要件は、特許請求の範囲全体において当業者が課題を解決で
きると認識することができるものでなければならないところ、こうした
5 低競合抗体については、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体
の提供という本件発明の課題を解決できる蓋然性が高いと当業者が認
識することができるものではない。
ウ 取消事由２の主張が特許法１６７条に反するとの点について
被告は、後記 アのとおり、サポート要件違反は法条単位で考えるべき
10 であるから、別件審決取消訴訟の判決確定後に取消事由２を主張すること
は、特許法１６７条に反するものである旨主張する。
しかし、特許法１６７条は、
「同一の事実及び同一の証拠」に関して規定
するものであるから、サポート要件違反は「法条単位」で適用すべきであ
るとの上記主張は、明文に反する独自の見解である。本件無効審判では、
15 別件無効審判では判断されていない【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）や
【Ｂ】博士の供述書 （甲２の２）に記載された実証実験、ＥＧＦａミミ
ック抗体の存在（甲４の１、２）に基づいて主張するものである以上、取
消事由２は、
「同一の事実及び同一の証拠」に基づく無効理由ではなく、同
条に反するものではないから、被告の上記主張は失当である。
20 エ 小括
以上のとおり、①２１Ｂ１２抗体と競合する単離されたモノクローナル
抗体であれば、高い蓋然性をもってＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和
する抗体であると当業者が理解できる記載は本件明細書にはなく、科学的
にもこうした事実はないから、本件発明は、発明の詳細な説明において「発
25 明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲」
を超えるものであること、②本件発明のうち、少なくともＥＧＦａミミッ
ク抗体に関する部分については、本件明細書に記載されているとはいえな
いこと、③本件発明には、２１Ｂ１２抗体とわずかにしか競合しない抗体
も含まれるが、そのような低競合抗体は、なおさらＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
との結合を中和する抗体の提供という本件発明の課題を解決できる蓋然
5 性が高いと当業者が認識することができないことからすれば、本件発明は、
サポート要件に反するものである。
被告の主張
ア 原告の主張する取消事由２は特許法１６７条に反すること
特許法１６７条は、
「特許無効審判・・・の審決が確定したときは、当事
10 者及び参加人は、同一の事実及び同一の証拠に基づいてその審判を請求す
ることができない」と規定するところ、同条の「当事者」は、利害関係を
同一とする者を含むものと解するべきである。また、同条の「同一の事実
及び同一の証拠」の範囲は、記載要件に関しては、新規性等の要件とは異
なり、法条単位で考えるべきである。
15 これを前提にして本件についてみると、サノフィは、本件とほぼ同じ主
張と重複する証拠に基づいて、前記第２の１ のとおり、本件特許につい
ての無効審判請求（別件無効審判）をし、特許庁で不成立審決がされた後、
知的財産高等裁判所にこの審決の取消訴訟を提起したが、同社の請求は棄
却され、最高裁判所に上告受理を申し立てたが、上告不受理決定で同判決
20 は確定した。さらに、被告は、サノフィ株式会社に対して、本件特許に係
る特許権に基づいて、サノフィ及びサノフィ株式会社が製品化した製剤等
につき販売等の差止を求める訴訟を提起し、請求が認容されて確定したと
ころ、原告は、サノフィ及びサノフィ株式会社と共同で上記製剤等の製品
化、販売をしており、サノフィと利害関係を共通にしている。原告は、形
25 式的に無効審判請求人を変更して、別件無効審判で排斥されたサポート要
件違反の主張を行うものであるから、特許法１６７条に反するものである。
イ 抗体の分野における技術常識について
サポート要件の判断は、明細書の記載と出願当時の技術常識を考慮して
されるものであるところ、本件特許の出願当時の技術常識として、以下の
点が挙げられる（乙２）。①低分子化合物では、いくつかの化合物間で、あ
5 る共通の性質を有していたとしても、化学構造は必然的に様々であり、化
合物間で他の性質まで共通していることはほとんど無く、仮に、同じ特定
の特徴を有していたとしても、ある化合物は別の作用を有し、別の化合物
は更に別の作用を有することとなり、同じ性質を有するというだけでは化
合物の一面を記述したにすぎず、化合物の全体像を記述することにはなら
10 ないのに対して、抗体は、相手の分子と特異的に結合するという能力に特
化した生体分子であって、抗原への結合に関与する部位以外は抗体として
の共通した構造と性質を共有しており、また、抗原に結合する部位に関し
ても、抗原に結合する以外の特定の能力が期待されるものではなく、抗原
への結合特性を記述すれば抗体の全体像を記述したこととなる。②化合物
15 は、構造を参照し、その具体的構造に基づいて合成法を検討し、得なけれ
ばならないのに対して、抗体分野の特徴として、免疫により優れた結合特
性を有する抗体が、動物の体内で生み出され得て、その産生過程で発明に
適したアミノ酸配列が決定されていくことから、特定の結合特性を有する
抗体を得るときに、そのアミノ酸配列を設計しておく必要はなく、抗体を
20 その特性を試験してスクリーニングすることにより所望の特性を有する
抗体を得ることができる。
ウ 本件発明は、発明の詳細な説明において記載されたものであること
本件明細書の発明の詳細な説明には、以下のとおりの記載があり、当業
者は、出願時の技術常識に照らし、参照抗体との競合によってＰＣＳＫ９
25 上の複数の結合面のうち特定の領域内の特定の位置（ＬＤＬＲのＥＧＦａ
ドメインと結合する部位と重複する位置（又は同様の位置） に結合する抗
）
体は、ＰＣＳＫ９とＬＲＬＲのタンパク質の結合を中和することができる
と理解するものであり、発明の技術的範囲の全体にわたって発明の課題を
解決できると認識することができたといえる。
なお、２１Ｂ１２抗体（参照抗体）と競合するが、ＰＣＳＫ９とＬＤＬ
5 Ｒとの結合を中和できない抗体が仮に存在したとしても、そのような抗体
は、本件発明１の技術的範囲から文言上除外されているし、そのような抗
体は、本件明細書の記載に基づいて、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用
を確認することにより技術的にも困難なく取り除くことができることか
ら、本件発明がサポート要件に反する理由とはならない。
10 本件明細書の【０３２５】ないし【０３３６】には、ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲの結合を中和する能力を有する抗体が取得されたことが記載さ
れており、本件明細書に記載のあるスクリーニング方法により取得され
た３８４個の抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体がＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒとの結合を遮断することが示され、また、前記結合を９０％以上遮断
15 することができる顕著な遮断能力を有する抗体が１００個得られたこ
とも開示されている（【０３３２】 。
）
２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体は、実施例３において取得された抗
体であり、共にＰＣＳＫ９に結合するが、ＰＣＳＫ９上ではＬＤＬＲの
ＥＧＦａドメインと相互作用する領域にまたがる、隣接するが異なる領
20 域に結合することが示されている（図２０Ａ）。そして、このＰＣＳＫ９
上の結合位置によって、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体（更にこれら
と競合する抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を極めて顕著に遮
断することが示されている（実施例１１）。
また、ＫｉｎＥｘＡ （Ｒ） 親和性測定の結果、２１Ｂ１２抗体はヒトＰ
25 ＣＳＫ９に対して１５ｐＭのＫ Ｄ 値（平衡解離定数）を示し（表８． 、
２）
３１Ｈ４抗体はヒトＰＣＳＫ９に対して３ｐＭのＫ Ｄ 値を示し（表８．
１）、ヒトＰＣＳＫ９に対して強い結合親和性を有しており、特に、ＬＤ
ＬＲとの結合が強い変異体Ｄ３７４Ｙ ＰＣＳＫ９を用いた遮断実験に
おいて、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体は、サブナノモーラーレベル
のＩＣ ５０ という非常に強い結合遮断作用を有したこと 【０３７８】 や、
（ ）
5 ２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体は、ＬＤＬＲへの野生型ＰＣＳＫ９の
結合も遮断したこと（【０３７９】）が開示されている。
本件明細書には、実施例１４及び図９に示されるように、ＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲとの結合を中和（遮断）する抗体の一例として示される３１
Ｈ４抗体が、ＬＤＬＲレベルを増加させることが開示されている。また、
10 本件明細書には、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体が、２５Ａ７．１Ａ
ＢＰ（非中和物質）より、スタチンの存在下でさえ、ＬＤＬＲレベルの
より大きな増加をもたらしたこと（実施例２４、図１２Ａ、Ｂ、Ｄ）、２
１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体がＰＣＳＫ９によるＬＤＬＲコレステ
ロール細胞取込み作用を極めて効果的に阻害すること（実施例１２、図
15 ７ＡないしＤ）、ヒトＰＣＳＫ９を発現する遺伝子組換えマウスにおい
て２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体がいずれも効果的に血清コレステ
ロールを低下させること（実施例２６、図１４）がそれぞれ示されてい
る。
こうした記載から、当業者は、本件発明の抗ＰＣＳＫ９抗体は、ＰＣ
20 ＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの結合を細胞外において阻害
（中和）することによって、血清ＬＤＬ－コレステロールを効果的に低
下させることを理解できる。
本件明細書には、競合ＥＬＩＳＡという実験方法により得られた抗Ｐ
ＣＳＫ９抗体をビニング（binning）した結果、ビン１（２１Ｂ１２抗体
25 と競合する）又はビン３（３１Ｈ４抗体と競合する）に分類される多数
の抗体が得られたこと 【０３７３】
（ 以下の実施例１０、
【表１１】
（表８．
３））が開示されている。
本件明細書には、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン、２１Ｂ１２抗体及び
３１Ｈ４抗体のＰＣＳＫ９上での結合部位が結晶構造解析のデータに
より示されている（図１７、図１９Ａ、Ｂ、図２０ＡないしＦ）。具体的
5 には、実施例３０の結晶構造解析データにおいて、２１Ｂ１２抗体は、
３１Ｈ４抗体とＰＣＳＫ９に同時に結合できることが記載されている
（図１９Ａ）。図１９Ａに示されるとおり、２１Ｂ１２抗体は、３１Ｈ４
抗体と隣接するが、異なるＰＣＳＫ９上の触媒ドメイン上のエピトープ
に結合する。そして、実施例３１及び３２において、２１Ｂ１２抗体及
10 び３１Ｈ４抗体のＰＣＳＫ９への結合部位が示され、ＬＤＬＲがＰＣＳ
Ｋ９に結合するのに対する構造的障害となることが示されている（図２
０ＤないしＦ） 図２０ＤないしＦにおいて、
。 ＬＤＬＲは立体的障害によ
り、２１Ｂ１２抗体又は３１Ｈ４抗体とは同時にＰＣＳＫ９に結合する
ことがないことが示されている。このように、本件明細書には、①２１
15 Ｂ１２抗体のＰＣＳＫ９上での結合領域がＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
ンとの結合領域と重複していること、②３１Ｈ４抗体の結合領域が２１
Ｂ１２抗体の結合領域と隣接していること、③３１Ｈ４抗体のＰＣＳＫ
９上での結合領域がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの結合領域と重複
していることが開示されている。
20 また、実施例１０及び表８．３において３１Ｈ４抗体と競合する（同
じビンに属する）モノクローナル抗体として１６Ｆ１２抗体が開示され
ているが、１６Ｆ１２抗体は、動物実験である実施例１５及び実施例２
６において、参照抗体と競合する抗体の代表例として実験され、コレス
テロールを低下させるのに非常に有効な抗体であることが確認された
25 （図１０Ｃ、１４Ａ、１４Ｂ）。
これらの開示事項から、当業者であれば、２１Ｂ１２抗体と競合する
抗体又は３１Ｈ４抗体と競合する抗体は、それぞれＰＣＳＫ９とＬＤＬ
ＲのＥＧＦａドメインとの結合を抑制できるであろうことを十分に認識
できる。
エ 原告の主張について
5 原告は、前記 アのとおり、特許請求の範囲がサポート要件に適合す
るというためには、
「２１Ｂ１２抗体と競合する（単離されたモノクロー
ナル）抗体」であれば、高い蓋然性をもって「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
の結合を中和する抗体」であると当業者が理解できるように明細書に記
載されていなければならない旨主張するが、本件明細書で開示されてい
10 る抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することができ、かつ、
２１Ｂ１２抗体とＰＣＳＫ９との結合に関して競合する抗体であり
（【０３３２】 【０３３６】
、 、表２、表８．３） 「２１Ｂ１２抗体と競合
、
する」との要件のみを満たす抗体ではないから、論理関係からして、
「２
１Ｂ１２抗体と競合する」との要件のみを満たす抗体が高い蓋然性をも
15 って「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することができる」必要は
ない。
また、原告は、前記 アのとおり、結合中和抗体であることが本件発
明の「解決すべき課題」であると主張するが、本件発明は、２１Ｂ１２
抗体と同様のメカニズムによってＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中
20 和することによって血中コレステロール濃度を低下させることができ
る抗体に向けられているのであって、課題はＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合を中和することではない。
原告は、前記 イ ｂの【Ａ】博士供述書 （甲２の１）記載の実証
実験結果と、この結果に基づいた【Ｂ】博士の供述書 （甲２の２）を
25 論拠とした主張をするが、
【Ａ】博士の実証実験結果に問題点があること
は、前記２ ウ のとおりである。
また、原告は、前記 イ ｃのとおり、実証実験を裏付けるものとし
て【Ｄ】教授の供述書（甲１７）による構造解析を論拠とするが、この
構造解析は、
【Ｅ】教授の見解書（乙２）で指摘されているとおり、エピ
トープの端の２アミノ酸が共通するだけで抗体が競合するとの技術常
5 識は存在しない点、ＰＣＳＫ９の表面の三次元的な形状が無視されてい
る点で問題があり、抗体工学の技術常識に反する誤った見解である。本
件明細書で開示されたＰＣＳＫ９の構造と抗体工学の技術常識を踏ま
えると、ＰＣＳＫ９の立体形状が平坦でないことから、２１Ｂ１２抗体
や３１Ｈ４抗体と競合する抗体の結合位置は限られると考えられる。
10 原告は、前記 イ のとおり、本件発明１には「ＥＧＦａミミック抗
体」なる抗体が含まれることを指摘し、本件明細書にはＥＧＦａミミッ
ク抗体が記載されていないことや同抗体が得られなかったことを挙げ
て、サポート要件に違反する旨主張するが、これらの指摘は同要件違反
とは関係がない。
15 すなわち、前記のとおり、本件特許に係る抗体は、ＬＤＬＲのＥＧＦ
ａドメインと重複する位置（又は同様の位置）に結合してＬＤＬＲとＰ
ＣＳＫ９の触媒ドメインとの結合を中和できる抗体であり、本件明細書
で初めて開示された新しいクラスの抗体である。本件特許の出願までは、
ＰＣＳＫ９の触媒ドメインの２１Ｂ１２と同じ部位と結合するような
20 抗体が、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの結合を中和し、
最終的に体内のＬＤＬ－Ｃレベルを低下させる上で有効であろうとの
知見は当業者に知られておらず、そもそも、本件発明の出願時において
さえ、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインの１５アミノ酸（前記 イ ａの表の
「ＰＣＳＫ９結合部位」）の小さな領域とＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン
25 との結合が、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合において重要であることは
知られていなかったから、当業者は、本件優先日又は本件出願時点にお
いて、ＥＧＦａミミック抗体と称する抗体を得るという課題を認識する
こともなく、当該課題を解決する必要はなかった。特許法上、出願後に
生じ得る課題についてまで解決手段を提供することは要件とされてい
ないから、本件明細書にＥＧＦａミミック抗体について記載がないこと
5 やそうした解決手段が記載されてないことはサポート要件とは関係が
なく、出願後にＥＧＦａミミック抗体が見出されたとしても、サポート
要件に反するものではない。
また、原告がミミック抗体と称するアリロクマブは、被告が２１Ｂ１
２抗体に基づいて開発したエボロクマブと同等の作用効果しか示してお
10 らず、ＥＧＦａミミック抗体が参照抗体を超える何らかの技術的意義は
ない。原告は、
「ＥＧＦａミミック抗体」を「ＰＣＳＫ９の表面上におけ
るＬＤＬＲ結合部位の大部分のアミノ酸を認識するような結合中和抗体」
とする独自の定義を作り出して、ＥＧＦａミミック抗体が「大部分のア
ミノ酸を認識」する点を強調するが、抗体が「大部分のアミノ酸」を認
15 識するかどうかは、本件発明の課題の解決において何らの技術的意義も
有するものではなく、課題の解決に関係しない技術事項がサポート要件
と関係するものではない。
なお、本件明細書に開示されている９Ｃ９抗体は、ＰＣＳＫ９上のＬ
ＤＬＲのＥＧＦａ結合領域の正に中心部分に結合するものであり、程度
20 はともかくとして、ＥＧＦａドメインを模倣（ミミック）する抗体であ
る。上記のとおり、
「ＬＤＬＲ結合部位の大部分を認識」するかどうかは、
本件発明の課題の解決において何らの技術的意義も有しないから、本件
明細書には、ＥＧＦａドメインを模倣（ミミック）する抗体が開示され
ているといえる。
25 原告は、前記 イ のとおり、本件発明の解決すべき課題は、ＰＣＳ
Ｋ９に結合し、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体の提供で
あるとの誤解に基づいて、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」抗体には、低競
合抗体も含まれるから、なおさら本件発明の課題を解決できない旨を主
張する。
しかし、本件発明１は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するこ
5 とができるという要件と２１Ｂ１２抗体と競合するという要件の２つを
満たすものとして規定されており、当然のことながら、ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲとの結合を中和することができるというのは、技術的に有意にＰ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することができることを意味するも
のである。そうとすれば、本件発明は、当業者が、本件明細書と本件出
10 願日当時の技術常識に基づいて、発明の効果を有意に奏すると理解する
ことができるものであるから、原告の主張は失当である。
オ 小括
以上によれば、原告主張の取消事由２は特許法１６７条に反するもので
あり、その点を措くとしても、本件発明１は、サポート要件に適合する発
15 明であり、これを引用する本件発明９も、サポート要件に適合する発明で
あるから、原告主張の取消事由２は理由がない。
４ 取消事由３（実施可能要件違反の判断の誤り）について
原告の主張
ア 本件明細書の記載は当業者に過度の試行錯誤を要すること
20 実施可能要件を充足するためには、特許請求の範囲に含まれる発明全
体について、明細書の発明の詳細な説明において、当業者が、明細書の
発明の詳細な説明の記載及び出願当時の技術常識に基づいて、過度の負
担や試行錯誤を要することなく、その発明を実施することができる程度
に記載されていることを要する。
25 本件発明に含まれる抗体は、アミノ酸配列によって特定されておらず
（アミノ酸配列で特定されているのは参照抗体である。 、また、本件明
）
細書の実施例抗体とは全く異なる種々の性質・構造・結合部位を有する
抗体を含むものであるため、結合中和し、参照抗体と競合するあらゆる
抗体が含まれることになる。本件明細書において実際に得られた実施例
抗体は、本件発明に含まれる膨大な数の抗体のうちのわずか一部でしか
5 すぎないため、本件明細書において開示されていない多種多様な結合中
和抗体を取得するには、モノクローナル抗体作製技術、結合中和アッセ
イ技術が周知であったとしても、当業者は、無数の抗体を無作為に製造
し、本件発明で規定される活性を有する抗体であるか否かを判別するた
めの２つのアッセイ（結合中和アッセイ、競合アッセイ）を行うことに
10 よって本件発明に規定される活性を有する抗体を発見しなければなら
ず、その工程は過度の試行錯誤や負担を強いるものである。
本件審決は、前記第２の３ のとおり、当業者は、本件明細書の実施
例の記載に基づき、「十分に高い確率で本件特許発明の抗体をいくつも
繰り返し同定することができることが具体的に示されている」旨判断す
15 るが、本件明細書においては、３０００超ものハイブリドーマを調製し、
幾度ものスクリーニングを経て結果的に得られた「２１Ｂ１２抗体と競
合する結合中和抗体」は１５～１９個（２１Ｂ１２抗体と２６Ｅ１０抗
体は重鎖及び軽鎖の配列番号は同一であるから実質的には１４～１８
個）である（０．５～０．６％程度）から、十分に高い確率といえるも
20 のではなく、しかも、本件明細書では、本件明細書で開示されている一
連の抗体作製・スクリーニング工程は、１回しか行われていないから、
高い再現性があるか実証されていない。
のみならず、本件発明に含まれる抗体のうち、本件明細書の実施例に
開示されていない追加の抗体を取得するためには、本件明細書に記載さ
25 れている一連の抗体作製、スクリーニング工程を経る必要があるが、無
数の抗体を取得するためには、これらの工程を繰り返す回数が膨大とな
ることは明らかである。
イ ＥＧＦａミミック抗体を得るために当業者に過度の試行錯誤を要する
こと
前記３ イ のとおり、本件発明には、ＥＧＦａミミック抗体が含まれ
5 るところ、本件明細書にはＥＧＦａミミック抗体の記載はなく、被告は、
本件優先日から約５年後においてもＥＧＦａミミック抗体を取得するこ
とはできておらず、このことは、本件明細書に記載の方法では、当業者が
過度の試行錯誤や実験を強いられることなく、ＥＧＦａミミック抗体を取
得、製造し得たといえないことを裏付けるものである。
10 なお、本件審決は、実施可能要件は明細書の記載及び出願時の技術常識
により判断されるべきものであるからその後の事情は考慮しないとして、
原告の主張を排斥したが、前記３ イ のとおり、本件優先日当時の技術
常識として、ＥＧＦａミミック抗体を取得する特定の方法は存在しなかっ
たのであるから、当時の技術常識の検討を怠った本件審決の判断は誤りで
15 ある。
ウ ２１Ｂ１２抗体との低競合体を得るために当業者に過度の試行錯誤を強
いられること
前記３ イ のとおり、本件発明には「競合」及び「中和」についての
限定はないから、２１Ｂ１２抗体との競合の程度が低い（例えば５％）抗
20 体でも、何らかの結合中和をする限り、本件発明に含まれることになると
ころ、当業者が、低競合抗体であってＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中
和する抗体を、本件明細書に記載の方法により過度の試行錯誤及び実験を
強いられることなく製造し得たとは到底いえないし、また、こうした抗体
全体の数や多様性は更に膨大となるため、当業者は、本件明細書の記載の
25 方法により過度の試行錯誤及び実験を強いられることなく製造し得たと
はいえない。
エ 小括
以上のとおり、本件発明に含まれる多種多様な膨大な数の抗体を当業者
が取得するには当業者に過度の試行錯誤を強いるものであり、また、本件
発明にはＥＧＦａミミック抗体が含まれるが、本件明細書の記載からは当
5 業者が過度の試行錯誤や実験を強いられることなくこの抗体を取得し得
たとはいえないから、本件発明は、実施可能要件に反するものである。
なお、被告は、後記 アのとおり、取消事由３の主張が特許法１６７条
に反する旨主張するが、前記３ ウのとおり、実施可能要件は「法条単位」
で検討されるべきであるとの主張は独自の見解であり、本件無効審判事件
10 では、ＥＧＦａミミック抗体（甲４の１、２）に関する証拠等に基づいて、
実施可能要件違反の主張をするものであって、「同一の事実及び同一の証
拠」に基づくものではないから、特許法１６７条に反するものではない。
被告の主張
ア 原告の主張する取消事由３は特許法１６７条に反すること
15 前記３ アのとおり、サノフィが申し立てた別件無効審判における実施
可能要件違反が成り立たないとの審決が確定しているところ、原告は、サ
ノフィと利害関係が実質的には同一であり、特許法１６７条の「同一の事
実及び同一の証拠」については、サポート要件と同じく実施可能要件につ
いても法条単位で考えるべきであるから、原告が主張する取消事由３は、
20 同条に反するものである。
イ 実施可能要件を充足すること
実施可能要件を満たすかどうかについては、当業者が期待し得る程度を
超える試行錯誤、複雑高度な実験等を必要とするか否かを判断基準とすべ
きである。
25 特許・実用新案審査ハンドブック附属書Ｂ（乙１）
「第２章 生物関連発
明」の「〔事例２９〕実施可能要件に関する事例」は、実施可能要件に関す
る事例として特許庁の判断が示されたものであり、抗原Ｐに対して解離定
数：１０ －１１ Ｍ以上、１０ －１０ Ｍ以下で反応する抗体を産生するハイブリド
ーマを３株確認したにとどまる状況が説明されており、しかも、得られた
３種類の抗体のアミノ酸配列が明細書に開示されているとの前提にすら
5 なっていない事例について拒絶理由なしと説明するものである。このよう
に、抗体の技術分野では、抗体のアミノ酸配列そのものは抗体を特定する
ために必須であると考えられていないことが特許庁の実務である。
本件発明１は、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することができ
る」という特性と「２１Ｂ１２抗体と競合する」という特性を有する抗体
10 を規定するが、このような抗体は、表８．３のビン１として複数の抗体が
記載されていることから分かるように、再現性をもって取得できる抗体で
ある。
したがって、本件発明は、実施可能要件を満たす。
ウ 原告の主張について
15 原告は、前記 アのとおり、本件発明に含まれる全ての抗体を発見す
るためには、膨大の数の抗体を作製し、膨大な回数の実験をして結合中
和及び参照抗体との競合について確認することを余儀なくされるから、
本件発明は実施可能要件に反する旨主張する。
しかし、実施可能要件を充足するためには、当業者が明細書の記載及
20 び出願時の技術常識に基づいて抗体を作製することができると理解でき
るように明細書に記載されていれば足り、全ての抗体が明細書に記載さ
れている必要はない。本件発明の抗体は、そのアミノ酸配列等の構造を
参照しなくても作製することができ、かつ、そのアミノ酸配列等の構造
によって区別することなく使用することができるものであり、アミノ酸
25 配列を明らかにするまで実施できない発明ではないから、当業者は、本
件明細書及び出願時の技術常識に基づいて再現性をもって本件発明の抗
体を取得することができるし、また、多種多様な抗体を無数に製造する
必要性もない。仮に、多種多様な抗体を製造するとしても、そのときの
試験量はその抗体の数に応じたものとなり、当業者の期待し得る程度の
ものとなるのであって、当業者の期待し得る程度を超えるものとはなら
5 ない。
したがって、いずれにせよ、原告の主張は失当である。
原告は、前記 イのとおり、本件発明は、ＥＧＦａミミック抗体をそ
の範囲に含むものであるが、ＥＧＦａミミック抗体を取得することがで
きるように本件明細書には記載されていないから、実施可能要件を満た
10 さない旨主張するが、前記３ エ のとおり、ＥＧＦａミミック抗体な
る概念は本件出願時には存在しなかった概念であり、こうした抗体を取
得するという課題はなく、特許法は、出願時に存在しなかった課題を解
決することは求めていないこと、ＥＧＦａミミック抗体における「大部
分のアミノ酸を認識する」という技術事項は本件明細書で開示した抗体
15 を超える技術的意義を有するものではなく、課題解決の観点で何ら技術
的意義を有しない抗体を多数取得し続けることは、実施可能要件では求
められないことからすると、ＥＧＦａミミック抗体が本件明細書に記載
されていないことは、実施可能要件とは関係がない。
原告は、前記 ウのとおり、本件発明には２１Ｂ１２との競合の程度
20 が低い抗体も含まれるから、本件発明は実施可能要件を満たさない旨主
張するが、当業者は、２１Ｂ１２との競合の程度が低い抗体についても、
本件明細書の記載と出願当時の技術常識に基づいて再現性をもって取得
することができることを理解できるから、原告の主張は失当である。
５ 取消事由４（明確性要件違反の判断の誤り）について
25 原告の主張
本件審決は、前記第２の３ のとおり、本件発明において「競合」とは、
当業者における常識的な程度の競合を意味すると解するべきであるとして、
本件明細書の【０１４０】を引用し、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」の外延が
不明確であるとはいえない旨判断した。
しかし、本件発明は、「競合」の程度に関して何らの限定もなく、「中和」
5 の程度に関しても何らの限定もないため、発明の外延は明確ではない。
また、ＰＣＳＫ９との結合に関し、ある抗体が参照抗体と競合するか否か
を判断するに際しては、ある抗体を最初に抗原（ＰＣＳＫ９）に結合させて
参照抗体をその後に加える場合と、参照抗体を最初に抗原に結合してある抗
体をその後に加える場合とで、
「競合」について異なる結果が生じ得るが、こ
10 れらの結果が異なる場合に「競合」するといえるのかは不明である。本件明
細書においても、片方のパターンで競合するからといって他方のパターンで
競合するとは限らず、競合試験において抗体が使用される順序が重要である
ことが開示されている（【０４９５】 。
）
のみならず、本件発明においては、いかなる試験方法で「競合」の程度を
15 評価するのかも特定されておらず、この点でも、本件発明の外延は不明確で
ある。
以上のとおり、本件発明の「２１Ｂ１２抗体と競合する」との発明特定事
項は、その外延が不明確であるから、本件発明は、明確性要件に違反する。
被告の主張
20 本件明細書には、「競合」は、「検査されている抗原結合タンパク質（例え
ば、抗体又は免疫学的に機能的なその断片）が共通の抗原（例えば、ＰＣＳ
Ｋ９又はその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンド又は参
照抗体）の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）アッセ
イによって測定された抗原結合タンパク質間の競合を意味する」
（【０１４０】）
25 と規定されている。当業者であれば、この記載と出願当時の技術常識に基づ
いて適切に実施された競合アッセイにより、有意な競合を検出できることを
理解し、ＰＣＳＫ９との結合に関して競合する抗体を得ることができる。競
合する抗体を得る試験では、例えば、適切な対照実験を行うのに使われる、
競合しないことが知られている抗体又は競合することが知られている抗体と
の比較により、有意な競合を示す抗体を取得できたであろうと当業者であれ
5 ば理解できる。
原告は、ある抗体と参照抗体のどちらを最初に抗原に結合させるかによっ
て結果が異なる場合に「競合」するといえるのかが不明であると主張するが、
本件明細書の記載からも明らかであるように、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結
合を中和し、かつ「競合」するならば、当該ある抗体が参照抗体と重複する
10 位置に結合して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和すると考えられるか
ら、ある適切な条件下で競合を示す抗体であれば、本件発明の効果を奏する
こととなる。原告が指摘する本件明細書の記載（【０４９５】）は、競合の順
序によっては、重複するエピトープに結合する抗体であっても競合しないよ
うに見える場合があることを述べたものであり、いずれかの順番で競合試験
15 をした場合に、
「競合」することが示されれば権利範囲であることを明確にし
たものである。本件明細書では、順番によらずに競合することを「互いに競
合する」と区別している（例えば、【０３０８】 【０４８９】 【０４９２】
、 、 ）
ことからも、「競合する」は「互いに競合する」場合と「互いに競合しない」
場合を含むことは明らかなのであって、不明確ではない。
20 原告は、いかなる試験方法によって、
「競合」の程度を評価するのかについ
ても、何ら特定されておらず、本件発明の外延は不明確であると主張するが、
本件明細書は、当業者が、本件出願日当時の技術常識と本件明細書の記載に
基づいて適切に設定した条件下で、適切に競合アッセイをすることにより、
有意に「競合」するか否かを判定することが理解できるように本件発明を記
25 載しているから、本件発明は明確であり、第三者に不測の不利益をもたらす
ことはない。
したがって、原告主張の取消事由４は理由がない。
６ 取消事由５（発明該当性要件違反の判断の誤り）について
原告の主張
本件審決は、前記第２の３ のとおり、本件発明は、２１Ｂ１２抗体と競
5 合する結合中和抗体に関する発明であり、この抗体は、
「２１Ｂ１２抗体と競
合する」様式で、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和すること」
によって、対象中のＬＤＬＲの量を増加させ、それによりＬＤＬの量を低下
させ、血清コレステロールの低下をもたらすことで、高コレステロール血症
などの上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、
10 疾患のリスクを低減するという技術効果を奏するものであるから、本件発明
は、課題を解決するための具体的手段を提示するものであり、発明に該当す
る旨判断した。
しかし、本件発明が課題を解決することができるのは、
「結合を中和するこ
とにより、ＬＤＬＲの量を増加させ、対象中の血清コレステロールの低下を
15 もたらす」という公知の作用機序によるものである。そして、前記１ のと
おり、結合中和抗体を選別すれば、およそ、ＰＣＳＫ９の表面上においてＬ
ＤＬＲが結合する部位周辺に結合する抗体が選別されるのであり、結合中和
抗体同士は、抗原上の同じ結合部位に結合しようとして互いに競合すること
も当然に生じることからすると、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」ことは、結合
20 中和抗体の多くが有する性質にすぎず、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」様式で
あるか否かによって「結合を中和することによりＬＤＬＲの量を増加させ、
対象中の血清コレステロールの低下をもたらす」という作用機序に影響が出
るわけではないから、
「２１Ｂ１２抗体と競合する」様式であることには何ら
の技術的意義はない。
25 したがって、本件発明は、従来技術に対し、課題を解決するための具体的
手段を新たに見出して提示するものではないから、
「技術的思想の創作」とい
うことはできず、「発明」に該当しない。
被告の主張
本件発明１は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することができると
いう発明特定事項とＰＣＳＫ９との結合に関して２１Ｂ１２抗体と競合する
5 という発明特定事項との両方を兼ね備えた単離されたモノクローナル抗体と
いう物の発明である。この「単離されたモノクローナル抗体」は、ＰＣＳＫ
９との結合に関して「２１Ｂ１２抗体と競合する」様式で、
「ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲとの結合を中和すること」によって、対象中のＬＤＬＲの量を増加さ
せ、それにより血清ＬＤＬコレステロール濃度を低下させるという技術的効
10 果を奏するものであることが、本件明細書の記載から理解される。
このように、本件発明は、血清ＬＤＬコレステロール濃度を低下させると
いう課題を解決するために、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和すること
ができるという特性とＰＣＳＫ９との結合に関して２１Ｂ１２抗体と競合す
るという特性を有する抗体を具体的手段として提示するものであり、自然法
15 則を利用した技術的思想の創作であるといえるから、特許法上の「発明」に
該当するといえる。
したがって、原告主張の取消事由５は理由がない。
第４ 当裁判所の判断
１ 本件明細書（甲２０１）等の記載事項について
20 本件明細書（甲２０１）の記載事項について
ア 本件明細書の【発明の詳細な説明】には、別紙１のとおりの記載があり、
これらの記載によれば、本件発明に関し、次のような事項が開示されてい
る。
ＰＣＳＫ９（プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９
25 型）は、低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレベル
の制御に関与するセリンプロテアーゼであり、ＬＤＬＲタンパク質と直
接相互作用し、ＬＤＬＲとともに肝臓の細胞内に取り込まれ、肝臓中の
ＬＤＬＲタンパク質のレベルを減少させ、さらには、細胞表面（細胞外）
でＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲタンパク質の量を減少させるこ
とにより、対象中のＬＤＬの量を増加させる 【０００２】
（ 、
【０００３】、
5 【００７１】 。
）
配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と、配列番号２３
のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域とを含む抗体（「２１Ｂ１２抗体」）
（参照抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を強く遮断
する中和抗体である（実施例１１、
【０３７７】ないし【０３７９】【０
。
10 １３８】、表２）。参照抗体は、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
ンの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害す
る（実施例３１、【０４４４】、図２０Ａ）。
ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合す
るものであり、結晶構造上、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以
15 内に存在するＰＣＳＫ９のアミノ酸残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
ンとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）
であり、ＥＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロー
ムに存在するＰＣＳＫ９残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互
作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基であり、これらのアミノ酸残基
20 のいずれかと相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
のＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤＬＲ一般）との間の相互作用を阻
害する抗体として有用であり得る（実施例２８、
【０４２８】ないし【０
４３２】 。
）
参照抗体と「競合」するモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９への参照
25 抗体の結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体である 【０
（
１３８】 【０１４０】 【０２６１】 【０２６９】 。
、 、 、 ）
ＰＣＳＫ９に対する中和ＡＢＰ（抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
の結合を中和し、ＬＤＬＲの量を増加させることにより、対象中のＬＤ
Ｌの量を低下させ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果
を奏し、また、この効果により、高コレステロール血症等の上昇したコ
5 レステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリス
クを低減することができるので、治療的に有用であり得る 【０１５５】
（ 、
【０２７０】 【０２７１】 【０２７６】 。
、 、 ）
イ 前記アで摘記した本件明細書の開示事項によれば、本件発明は、ＬＤＬ
Ｒタンパク質の量を増加させることにより、対象中のＬＤＬの量を低下さ
10 せ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を奏し、また、こ
の効果により、高コレステロール血症などの上昇したコレステロールレベ
ルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスクを低減すること、
そのために、ＬＤＬＲタンパク質と結合することにより、対象中のＬＤＬ
Ｒタンパク質の量を減少させ、ＬＤＬの量を増加させるＰＣＳＫ９とＬＤ
15 ＬＲタンパク質との結合を中和する抗体又はこれを含む医薬組成物を提
供することを課題とした上で、ＰＣＳＫ９は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
ンに結合すること、及び、参照抗体は、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａ
ドメインの位置と部分的に重複する位置でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパ
ク質の結合を立体的に妨害し、その結合を強く遮断する中和抗体であり、
20 参照抗体と「競合」するモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９への参照抗体
の結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体であることを明
らかにするものである。
甲１文献の記載事項について
ア 本件優先日前に頒布された刊行物である甲１文献には、別紙２のとおり
25 の記載があり（ただし、訳文による。 、これらの記載によれば、甲１文献
）
には、次のような開示があることが認められる。
家族性高コレステロール血症は、血漿中のＬＤＬコレステロールレベ
ルの上昇等に起因するものである。プロタンパク質コンベルターゼスブ
チリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）は、細胞表面に存在する低密度リ
ポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）の存在量を低下させるものであり、Ｐ
5 ＣＳＫ９の機能獲得型変異は、ＬＤＬＲの数のより激しい減少とそれに
伴う高コレステロール血症を引き起こす。（以上、甲１－２）
分泌されたＰＣＳＫ９は、ヒト肝細胞表面と相互作用してＬＤＬＲと
共免疫沈降し得るものであり、エンドソームのｐＨにおいて、ＰＣＳＫ
９がＬＤＬＲに１７０倍ものより大きく増大した親和性で結合すること
10 が研究の成果として示されている（甲１－５）。
ヒトＰＣＳＫ９の機能獲得型変異は、家族性高コレステロール血症に
関連するものであり、特に、Ｄ３７４Ｙ変異体は、ＬＤＬＲ数の減少に
おいて野生型ＰＣＳＫ９よりも約１０倍活性が高く、Ｄ３７４Ｙ変異体
の増大したＬＤＬＲ低減効果は、細胞表面ＬＤＬＲへの強化された結合
15 により生じる可能性がある（甲１－６、１－９）。
遺伝的証拠は、ＰＣＳＫ９が心血管疾患の治療のための魅力的な標的
であることを示唆しており、血漿中でのＬＤＬＲタンパク質との結合及
び受容体依存性の細胞内への取り込みが、ほぼＰＣＳＫ９の機能の速度
決定ステップであるため、血漿中のＰＣＳＫ９に結合し、そのＬＤＬＲ
20 との結合を阻害する抗体や低分子はＰＣＳＫ９の機能の効果的な阻害
剤となり得るものであり、特に、ＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ複合体の構造は、
新たな治療のデザインのために有用なものである（甲１－１２）。
イ 前記で摘記した各記載からすると、甲１文献には、家族性高コレステロ
ール血症は、血漿中のＬＤＬコレステロールレベルの上昇に起因するもの
25 であるところ、プロタンパク質コベルターゼスブチリシンケクシン９型
（ＰＣＳＫ９）は、細胞表面に存在する低密度リポタンパク質受容体（Ｌ
ＤＬＲ）の存在量を低下させるものであるため、ＰＣＳＫ９が治療のため
の魅力的な標的であり、血漿中のＰＣＳＫ９に結合し、そのＬＤＬＲタン
パク質との結合を阻害する抗体等が効果的な阻害剤となり得ることが開
示されていたものと認められる。
5 【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）記載の実証実験結果とその評価
ア 【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）の抄訳によれば、別紙３のとおり
の実験結果が記載されている。
【Ｂ】博士の供述書 （甲２の２）の抄訳によれば、以下の記載があ
る。
10 ａ 「４．私はまた、ｈＰＣＳＫ９に対する抗体のパネル（一群の抗体）
に関してＹｕｍａｂ ＧｍｂＨ（以降、「Ｙｕｍａｂ」）によって行わ
れた実験の詳細、および、Ｙｕｍａｂからの「【Ａ】博士の供述書 」
（以降、「Ｄ１」）の写しも提供されていて、その供述書は、これらの
実験の全体的な説明を示すものである。私は、これらの結果に関して
15 レビューおよびコメントをするように求められ、・・・」（２頁１９行
～２４行（該当箇所は原文を指す。以下同じ。 ）
）
ｂ 「Ｃ． 競合および中和の分析
１４． リジェネロン抗体に関するデータは、
「２１Ｂ１２または３１
Ｈ４抗体の結合における５０％以上の減少」という競合に関する基準
20 を用いて、表１に要約される。
表１：競合に関して５０％閾値を用いた、２１Ｂ１２／３１Ｈ４と競
合するリジェネロン抗体の中和特性
２１Ｂ１２と競合する ３１Ｈ４と競合する
中和する 3 6
中和しない 10 28
合計 13 34
中和しない（％） 76.90% 82.40%
１５．表１が示すように、２１Ｂ１２抗体と競合するものとして分類
されるリジェネロン抗体の約８０％は、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ相互
作用を中和することができない。さらに、表１が示すように、３１Ｈ
４抗体と競合するものとして分類されるリジェネロン抗体の８０％よ
りも多くが、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ相互作用を中和することができ
5 ない。
１６．要するに、これらの結果は、結合に関して２１Ｂ１２と競合す
る抗体の大部分が、ｈＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和すること
ができないことを示している。
・・・本件特許によれば、２１Ｂ１２抗
体の結合部位はｈＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲの結合部位と部分的にしか
10 重複しないからである。したがって、別の抗体の結合部位は、ＬＤＬ
Ｒの結合部位と重複することなく２１Ｂ１２結合部位と重複し得るの
であり、このようにして、別の抗体は、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ相互
作用を中和することなく、２１Ｂ１２と競合し得る。また、２つの抗
体は、必ずしも同一部位に結合しなくても互いと競合し得るのであり
15 （例えば、ある抗体が、近くの結合部位に対する他の抗体の結合を立
体的に妨げる場合）、したがって、競合が見られるために、結合部位の
重複は必要とされない。 （５頁８行～６頁１１行）
」
ｃ 「Ｄ．結論
１９．これらの結果を考慮すると、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が
20 「ＬＤＬＲに対する結合を中和」するだろうと言うのは、科学的に誤
りである。
・・・数多くの２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が、ｈＰＣＳ
Ｋ９－ＬＤＬＲの結合を中和する効果を有さないことはいうまでもな
く、この相互作用に対していかなる効果も有さないことを示す・・・
２０．２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が、２１Ｂ１２抗体と同様の親
25 和性および／または結合部位を必ず有するだろうということについて
は、私も同意しない。・・・
２１．したがって、２１Ｂ１２と競合する抗体は、当該具体の２１Ｂ
１２抗体と同様の活性を有するに違いないという考えは、私の科学的
見解として受け入れられるものではない。
・・・実際にそのような抗体
の非常に多くがｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲの結合を阻害することができ
5 ないという事実は、この考えが非現実的であることを示している。い
ずれにせよ、これらの非中和抗体の任意の生物学的効果は、２１Ｂ１
２および３１Ｈ４とは異なるメカニズムを介して生じ得るものであり、
本件特許の請求項における中和の定義（すなわち、生体外（ｉｎ ｖ
ｉｔｒｏ）での競合アッセイで検証されたようにｈＰＣＳＫ９および
10 ＬＤＬＲが互いと相互作用するのを妨げることによる阻害）には入ら
ない。 （６頁１９行～７頁１５行）
」
イ 被告は、前記第３の２ ウ のとおり、
【Ａ】博士の供述書 （甲２の
１）記載の実証実験について、【Ｃ】教授による専門家意見書（乙２４）
に依拠して、①実施例１０では「プレミックス」法を用いているところ、
15 【Ａ】博士はこの方法を用いておらず、プレート上の被験抗体にまずＰ
ＣＳＫ９を加えて結合させ、次いで参照抗体を加えるという【Ａ】博士
の用いた方法では、被験抗体がプレートに固定化された向きによっては
ＰＣＳＫ９上の参照抗体結合部位が閉塞してしまうため、参照抗体がＰ
ＣＳＫ９＋被験抗体複合体と結合することができなくなり、見かけ上競
20 合しているかのような結果を示している、②実施例１０よりはるかに高
い濃度のＰＣＳＫ９と、実施例１０より高い濃度の被験抗体を使用し、
それにもかかわらず実施例１０よりわずかに少ない濃度のブロッキング
緩衝液を使用したために、ＰＣＳＫ９が参照抗体の結合部位を閉塞する
ような形で被験抗体に非特異的に結合し、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合
25 できなくなる等の現象が防げないため、見かけ上競合しているかのよう
な結果になっている、③強力なブロッキング緩衝液を使用して実験した
ところ、
【Ａ】博士が「競合する」と結論付けた０８１００６Ａ、０８１
００６Ｂ、１９０５１５－４１抗体は、参照抗体と競合しないことが示
されたと指摘し、
【Ａ】博士の実証実験の結果は偽陽性を含むものであっ
て誤りである旨主張する。
5 しかし、上記主張は、
【Ａ】博士の上記実証実験と本件明細書の実施例
１０の実験条件を比較するものであるが、例えば、本件明細書の実施例
３７は、プレミックス法ではなく、ブロッキング緩衝液は上記実証実験
で用いられた２％ＢＳＡ（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）よりも更
に濃度が低い１％ＢＳＡを加えたリン酸緩衝化生理食塩水であるから、
10 実施例１０との実験条件の比較をもって上記実証実験の条件が不適切で
あるということはできないし、もとより、本件発明では、ＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲとの結合中和に関するモノクローナル抗体の競合や中和に関す
る測定方法や測定条件は規定されていない。
また、上記実証実験では、リジェネロン抗体６３個のうち、５種類の
15 抗体（０８１２１１Ｂ、１９０５１５－３５、１９０５１５－７、１９
０５１５－８、１９０５１５－９）は、ＰＣＳＫ９と結合しないことが
確認されており（別紙３の資料Ｂ１参照）、この点からも、上記実証実験
がＰＣＳＫ９の非特異的結合が偽陽性の結果を生じる条件下で行われた
とはいえないのみならず、上記実証実験は、本件明細書で開示されてい
20 る抗体（９Ｃ９、３Ｂ６、２７Ｂ２）をコントロールとして用いて、結
合特異性、両立性及び中和特性を検証するものであり、別紙３の資料Ｂ
１のとおり、９Ｃ９、３Ｂ６はＰＣＳＫ９に結合し、２１Ｂ１２抗体と
競合し、中和特性を有することが確認されており、この実証実験結果は
本件明細書で開示されている結果と同じであることが確認されている
25 （【０３７４】 【０４９３】 【０１３８】
、 。 、表２参照）。
そうすると、上記実証実験の結果は、不適切な実験結果であるとはい
えず（仮に、不適切な実験結果であるというのであれば、被告は、原告
が指摘するように、実施例１０と同一の条件で行った実験結果を示すべ
きであろうが、そのようなことはせずに、上記実験結果を弾劾すること
に終始している。 、また、この実証実験を踏まえた【Ｂ】博士の供述書
）
5 （甲２の２）も不適切な意見とはいえない。
なお、弁論準備手続期日（専門委員３名の関与の下で当事者双方が本
件発明に係る技術説明を行った。 終結後、
） 当事者双方は同期日における
説明を補足することがあれば、その限度で主張書面を提出することとさ
れたところ（第１回弁論準備手続調書参照）、それにもかかわらず、被告
10 は、第１回口頭弁論期日の直前になって、新たな【Ｃ】教授の専門家意
見書（乙４８）を提出の上、
【Ａ】博士による実証実験について、①用い
られたリジェネロン抗体６３個のうち２５個は、原告の米国仮出願（Ｎ
ｏ．６１／１２２．４８２）において開示されているところ、そのうち
０８１２１１Ｂと１９０５１５－３５は、それぞれ原告の仮出願におい
15 て開示された抗体Ｈ１Ｈ３１４Ｐ及びＨ１Ｈ３１７Ｐと同一であり、原
告の仮出願ではこれらの抗体はいずれもＰＣＳＫ９に結合するとされて
いるが、上記実証実験ではＰＣＳＫ９に全く結合しないと結論付けられ
ている点、②１９０５１５－３６と１９０５１５－３７は、それぞれ原
告の仮出願において開示された抗体Ｈ１Ｈ３２０Ｐ及びＨ１Ｈ３２１Ｐ
20 と同一であり（乙４８） 仮出願ではＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合の遮断
、
活性が確認されているのに、上記実証実験結果では、非中和と記載され
ている点、③０８１００８Ｂと１９０５１５－４３は、アミノ酸配列が
同じであるため競合試験の結果は同じでなければならないにもかかわら
ず、上記実証実験結果では、１９０５１５－４３は３１Ｈ４抗体と競合
25 するとする一方で、０８１００Ｂは３１Ｈ４抗体と競合しないと結論付
けている点を挙げて、これらの点は、上記実証実験の結果の信頼性を低
下させるものであるなどと主張する。
上記主張は、弁論準備手続期日における上記実証実験結果の信頼性に
関する被告の説明を補足する限度を超えるものであって、時機に後れた
攻撃防御方法に当たるものであり、却下は免れないところである。もっ
5 とも、これに対する反論として口頭弁論終結日に原告第９準備書面が提
出されたことから、念のため付言すると、以下の指摘をすることができ
る。①の点については、仮出願で開示されているＨ１Ｈ３１４Ｐ及びＨ
１Ｈ３１７Ｐは、いずれも結合活性が他の抗体よりも低いことは明らか
である（甲２２２の表４参照）から、仮出願と異なる実験アッセイにお
10 いて結合しないと評価されるからといって、上記実証実験の結果の信頼
性を損なうものではない。②については、仮出願（甲２２２）の段落［０
０７６］には、Ｈ１Ｈ３２０Ｐ（１９０５１５－３６）、Ｈ１Ｈ３２１Ｐ
（１９０５１５－３７）は、ｈＰＣＳＫ９とｈＬＤＬＲ－ＥＧＦ－Ａド
メインとの結合を遮断することが開示されているが、ＰＣＳＫ９との明
15 確な結合遮断性を有する抗体の例として作成された表６にはＨ１Ｈ３２
０Ｐ、Ｈ１Ｈ３２１Ｐの記載はないし（段落［００７７］ 、また、①と
）
同様に仮出願と異なる実験アッセイにおいて異なる評価がされているか
らといって、上記実証実験の全体的な信頼性を損なうものではない。③
については、原告の仮出願では、甲２２２及び乙１０の配列表から、１
20 ９０５１５－４３（仮出願ではＨ１Ｍ５０５（配列番号２６６／２７４） 、
）
０８１００８Ｂ（仮出願ではＨ１ＨＭ５０４（配列番号２４２／２５０））
として別の抗体として記載されているものと認められ、表７においてＰ
ＣＳＫ９のキメラタンパク質やＤ３７４Ｙ変異体に対する結合特異性に
おいて異なる記載がされていることから、
【Ａ】博士の実証実験で異なる
25 評価がされているからといって同実証実験の結果の信頼性を左右するも
のではない。
以上によれば、
【Ａ】博士の供述書 （甲２の１）記載の実証実験結果
は、信頼性を有するものというべきである。
２ 取消事由２（サポート要件違反の判断の誤り）について
事案に応じて、まず取消事由２（サポート要件違反の判断の誤り）について
5 判断する。
被告は、前記第３の３ アのとおり、原告とサノフィが実質的に利害関係
を共通していることを前提として、本件特許がサポート要件違反等を理由と
した別件無効審判に係る別件審決が確定していること等をもって、原告が取
消事由２を主張することは特許法１６７条に反する旨主張する。
10 しかし、特許法１６７条は、
「特許無効審判・ ・の審決が確定したときは、
・
当事者及び参加人は、同一の事実及び同一の証拠に基づいてその審判を請求
することができない。 と定めるところ、
」 原告とサノフィ又はサノフィ株式会
社が本件特許に関する係争に係る製剤等を共同で製品化する関係にあるから
といって、原告は、サノフィと別法人であって、サノフィと親会社と子会社
15 の関係であるとか、日本法人と外国法人の関係にあるといった、実質的にみ
れば同一当事者であると評価すべき特段の事情があると認められないから
（もとより原告は別件無効審判の参加人でもない。 、そもそも同条の適用は
）
ないというべきである。
特許法３６条６項１号は、特許請求の範囲の記載に際し、発明の詳細な説
20 明に記載した発明の範囲を超えて記載してはならない旨を規定したものであ
り、その趣旨は、発明の詳細な説明に記載していない発明について特許請求
の範囲に記載することになれば、公開されていない発明について独占的、排
他的な権利を請求することになって妥当でないため、これを防止することに
あるものと解される。
25 そうすると、特許請求の範囲の記載が同号所定の要件（サポート要件）に
適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対
比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された
発明で、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決でき
ると認識できる範囲のものであるか否か、また、その記載や示唆がなくとも
当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識でき
5 る範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものであると解するのが相
当である。
そこで、本件発明に係る特許請求の範囲の記載について見ると、本件発明
の請求項１は、①「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和すること
ができ」、②ＰＣＳＫ９との結合に関して、「配列番号４９のアミノ酸配列か
10 らなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽
鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」（２１Ｂ１２抗体）（参照抗体）と「競
合する」、③「単離されたモノクローナル抗体」との発明特定事項を有するも
のであり、①と②の発明特定事項は、③のモノクローナル抗体の性質を決定
するものと解される。
15 ア ①の「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」
との発明特定事項における「中和」の技術的意義を解釈するために本件明
細書の記載をみると、 『中和抗原結合タンパク質』又は『中和抗体』とい
「
う用語は、リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は
低下させる、それぞれ、抗原結合タンパク質又は抗体を表す。これは、例
20 えば、リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって、又はリガンド
に結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）
を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって行うことができる。」
（【０１３８】 、
） 「本明細書中に提供されている抗原結合タンパク質は、Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節
25 することができる。このような抗原結合タンパク質は、『中和』と表され
る。
・・・中和ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置
及び／又は様式で、ＰＣＳＫ９に結合する。このようなＡＢＰは、
『競合的
に中和する』ＡＢＰと特に記載することができる。 （
」 【０１５５】）との記
載がある。これらの記載からすると、本件発明における「中和」とは、Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下さ
5 せ、又は調節することであり、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質結合部位
を直接封鎖するものに限らず、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエ
ネルギー変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合
能を変化させる態様を含むものである。
イ 次に、②の「ＰＣＳＫ９との結合に関して、参照抗体と『競合する』」と
10 の発明特定事項の技術的意義を解釈するために本件明細書の記載を見ると、
本件明細書には、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質
（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピト
ープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基準抗
原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エ
15 ピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。・ （
・ ・」【０１４０】 、
）
「競合する抗原結合タンパク質 ・・・ＰＣＳＫ９への特異的結合に関し
て、本明細書中に記載されているエピトープに結合する例示された抗体又
は機能的断片の１つと競合する抗原結合タンパク質が提供される。このよ
うな抗原結合タンパク質は、本明細書中に例示されている抗原結合タンパ
20 ク質の１つと同じエピトープ又は重複するエピトープにも結合し得る」
（【０２６９】 、
） 「同じエピトープに対して競合する抗原タンパク質（例え
ば・・・中和抗体）という文脈において使用される場合の「競合する」と
いう用語は、検査されている抗原結合タンパク質（例えば、抗体又は免疫
学的に機能的なその断片）が共通の抗原（例えば、ＰＣＳＫ９又はその断
25 片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンド又は参照抗体）の特
異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）アッセイによって
測定された抗原結合タンパク質間の競合を意味する。 （
」 【０１４０】）との
記載がある。これらの記載からすると、本件発明における参照抗体と「競
合する」とは、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する部位と同一の又は重複す
るＰＣＳＫ９上の部位に結合して、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻
5 害する（例えば、低下させる）ことや、参照抗体とＰＣＳＫ９との結合を
立体的に妨害して、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、
低下させる）ことをも意味するものと解され、抗体がＰＣＳＫ９への参照
抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）ことがア
ッセイにより測定されれば抗体間の「競合」と評価されるものであり、本
10 件発明では「競合」の程度は特定されていない。
そうすると、参照抗体と競合する、本件発明のモノクローナル抗体は、
様々な程度で、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低
下させる）ものであって、必ずしも参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する同一
のＰＣＳＫ９上の部位に結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害
15 （例えば、低下させる）する特性を有するモノクローナル抗体に限らず、
参照抗体がＰＣＳＫ９と結合するＰＣＳＫ９上の部位と重複する部位に
結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害（例えば、低下させる）
する特性を有するモノクローナル抗体や、参照抗体とＰＣＳＫ９との結合
を立体的に妨害する態様でＰＣＳＫ９に結合し、参照抗体のＰＣＳＫ９へ
20 の特異的結合を妨げ、又は阻害（例えば、低下させる）する特性を有する
モノクローナル抗体を含むものであると認められる。
ア 次に、本件明細書の記載について更に具体的に検討すると、本件明細書
には、前記１ アに加えて、以下のとおりの記載がある。
ＰＣＳＫ９に対する抗体を作製するためにＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（Ｒ）
25 マウスの２つのグループを使用し、表３の免疫化プログラムのスケジュ
ールに従って免疫化マウスを作製し、ＰＣＳＫ９に対して特異的な抗体
を産生するマウス（１０匹）を選択し、脾臓及びリンパ節から脾細胞及
びリンパ球を単離した（実施例１。
【０３１２】ないし【０３１４】【０
、
３２０】 【０３２１】 。
、 ）
で選択したマウスのリンパ系組織からＢ細胞を解離させ、非分泌性
5 骨髄腫Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８．６５３細胞と混合し、融合された細胞を遠心
沈降させる等の手順を経て、ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質を
産生するハイブリドーマを作製した（実施例２。
【０３２２】ないし【０
３２４】 。
）
ニュートラビジンで被覆したプレートに結合させたＶ５タグを持た
10 ないビオチン化されたＰＣＳＫ９を捕捉試料とするＥＬＩＳＡによる
一次スクリーニングを行い、これによって合計３１０４の抗原（野生型
ＰＣＳＫ９）特異的ハイブリドーマを得た（実施例３。
【０３２５】ない
し【０３２８】 。
）
安定なハイブリドーマが確立されたことを確認するために、野生型Ｐ
15 ＣＳＫ９の結合に関して上記の合計３０００の陽性を再スクリーニン
グして合計２４４１の陽性を第２のスクリーニング（確認用スクリーニ
ング）で反復し、次いで、抗体がヒト及びマウスの両方に結合すること
を確認するために「マウス交叉反応スクリーニング」を行い、５７９抗
体がマウスＰＣＳＫ９と交叉反応することを確認した 【０３２９】
（ 、
【０
20 ３３０】 。
）
捕捉試料としてＬＤＬＲを結合させたプレートに、ハイブリドーマ枯
渇上清と、ＬＤＬＲに対して高い結合親和性を有するビオチン化された
Ｄ３７４ＹＰＣＳＫ９変異体を移し、ＬＤＬＲに結合されたビオチン化
されたＤ３７４Ｙ変異体をストレプトアビジンＨＲＰを用いて検出す
25 るスクリーニング（大規模受容体リガンド遮断スクリーニング）を行い、
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲウェル間での相互作用を遮断する３８４の抗体
を同定し、うち１００の抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合相互作用
を９０％超阻害することを確認した（【０３３２】 。
）
次いで、第１の大規模受容体リガンド遮断スクリーニングにおいて同
定された中和物質３８４に対してＤ３７４Ｙ変異体を用いて受容体リガ
5 ンドアッセイを反復し、９０％を超えてＤ３７４Ｙ変異体とＬＤＬＲ間
の相互作用を遮断する８５の抗体を同定した【０３３３】 ０３３４】 。
（ 、
【 ）
これらのアッセイ（スクリーニング）に基づいて同定されたＰＣＳＫ
９との所望の相互作用を有する抗体を産生するハイブリドーマから産
生される２１Ｂ１２抗体（参照抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結
10 合を強く遮断する中和抗体である（実施例１１、
【０３７７】ないし【０
３７９】 【０１３８】
、 、表２）。
ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合す
るものであり、結晶構造上、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以
内に存在するＰＣＳＫ９のアミノ酸残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
15 ンとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）
であり、ＥＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロー
ムに存在するＰＣＳＫ９残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互
作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基であり、これらのアミノ酸残基
のいずれかと相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
20 のＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤＬＲ一般）との間の相互作用を阻
害する抗体として有用であり得る（実施例２８、
【０４２８】ないし【０
４３２】、図１７）。
図１９Ａ、図１９Ｂに図示されるように、２１Ｂ１２抗体は、ＰＣＳ
Ｋ９の触媒ドメインに結合し、３１Ｈ４抗体と異なる結合部位を有し、
25 ３１Ｈ４抗体と同時にＰＣＳＫ９に結合する。結晶構造上、２１Ｂ１２
抗体の５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９のアミノ酸残基
は、２１Ｂ１２抗体との相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸
残基（コア残基）である。ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界
面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）又はＬＤＬＲのＥ
ＧＦａドメインとの相互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基のい
5 ずれかの残基と相互作用し、または遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９／ＬＤ
ＬＲ相互作用の阻害のために有用であり得る（実施例３０、
【０４３８】
ないし【０４４０】 【０４４３】
、 、図１９Ａ、図１９Ｂ）。
実施例３０から得られた三次複合体（ＰＣＳＫ９／３１Ｈ４／２１Ｂ
１２、図１９Ａ）の構造をＰＣＳＫ９／ＥＧＦａドメイン構造（実施例
10 ２８、図１７）上に重ね合わせた結果が図２０Ａであるが、２１Ｂ１２
抗体及び３１Ｈ４抗体のいずれも、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置
と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害する（実施
例３１、
【０４４４】、図２０Ａ）。ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互
作用界面の１５個の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）と、
15 ２１Ｂ１２抗体との相互作用界面の２０個の特異的コアＰＣＳＫ９ア
ミノ酸残基（コア残基）は、６アミノ酸残基が共通している。また、Ｅ
ＧＦａドメインへの結合に関与し、かつ、抗原結合タンパク質（２１Ｂ
１２抗体又は３１Ｈ４抗体）が結合する領域に近い残基は、ＬＤＬＲへ
のＰＣＳＫ９の結合を操作するのに有用であり得る 【０４４６】
（ 、
【０４
20 ４７】、表１２）。
第１の抗体を含む抗体（各２μｇ／ｍＬ）で被覆し、３％ウシ血清ア
ルブミン（ＢＳＡ）でブロックしたＥＬＩＳＡプレート上にビオチン化
されたヒトＰＣＳＫ９（３０ｎｇ／ｍＬ）を第２の抗体と共に適用して
5 洗浄後、同じ結合特性を有する抗体を同じエピトープビンにグループ分
けした結果は、表８．３のとおりであり、２１Ｂ１２抗体はビン１に、
３１Ｈ４抗体はビン３にグループ分けされた（実施例１０、 ０３７３】
【 、
【０３７４】、表８．３）。
次いで、ヒトＩｇＧ捕捉抗体で被覆されたビーズコートを１％ＢＳＡ
10 を加えたリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳＡ）で３回洗浄して２μｇ／
ｍＬの抗ＰＣＳＫ９抗体を加えＰＢＳＡで３回洗浄した後に２μｇ／ｍ
ＬのＰＣＳＫ９を添加し、さらに２μｇ／ｍＬの抗ＰＣＳＫ９抗体を添
加してビニングを行って、競合する抗体を同定した結果が表３７．１の
とおりであり、ビン１（２１Ｂ１２抗体と競合する）及びビン３（３１
15 Ｈ４抗体と競合する）は互いに排他的であり、ビン２はビン１及びビン
３と競合し、ビン４はビン１及びビン３と競合しない。ビンのそれぞれ
の中の抗体は、ＰＣＳＫ９上のエピトープ位置の異なる種類の代表であ
り、それらの幾つかは互いに重複する（実施例３７、
【０４８９】ないし
【０４９５】、表３７．１、図２３Ａ～Ｄ）。
図２７Ｄは、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２抗体とのＰＣＳＫ９の結晶構造
上にマッピングされた、１２Ｈ１１エピトープヒットを図示するもので
あり、１２Ｈ１１は、ビニングアッセイにおいて２１Ｂ１２抗体及び３
5 １Ｈ４抗体と競合する（【０５２３】 【０５２６】
、 、図２７Ｄ）。
ヒトＰＣＳＫ９を発現する遺伝子組み換えマウスに２１Ｂ１２抗体及
び３１Ｈ４抗体の１０ｍｇ／ｋｇ又は３０ｍ／ｋｇのいずれかの単回大
量瞬時注射を行った結果、対照マウスと比較して、３１Ｈ４及び２１Ｂ
１２抗体はいずれも投与後最大４８時間（４８時間を含む）著しいＬＤ
10 Ｌ－コレステロール低下を示した（実施例２６、０４２２】 ０４２３】
【 、
【 、
図１４Ａ、図１４Ｂ）。
イ 前記アで摘記した本件明細書の開示事項によれば、①ＰＣＳＫ９に特
異的な抗体を産生する３１０４のハイブリドーマを得て、このハイブリ
ドーマが産生する抗体についてＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合
15 相互作用に関するアッセイ（スクリーニング）を行い、ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲタンパク質の結合を中和する活性を有する抗体を同定したこと、
②同定されたハイブリドーマから２１Ｂ１２抗体を作製し、当該抗体は、
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を強く遮断する中和抗体であ
ること、③結晶構造で２１Ｂ１２抗体のＰＣＳＫ９上の結合領域を特定
し、２１Ｂ１２抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重
複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害するメカニズムを解明し
5 たこと、④ＥＧＦａドメイン結合に関与し、かつ、抗原結合タンパク質
（２１Ｂ１２抗体又は３１Ｈ４抗体）が結合する領域に近いＰＣＳＫ９
上の位置に存在するアミノ酸残基は、ＬＤＬＲタンパク質へのＰＣＳＫ
９の結合を操作するのに有用であり得ること、⑤実施例で結合中和性が
高いことが確認された抗体についてエピトープビニングを行い、２１Ｂ
10 １２抗体と競合するグループの抗体をグループ分けしたことが開示され
ている。
こうした開示事項によれば、当業者は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパ
ク質の結合中和性が高い抗体のうち２１Ｂ１２抗体（参照抗体）と競合
する抗体が選別されることや、２１Ｂ１２抗体が、結晶構造上、ＬＤＬ
15 ＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結
合を立体的に妨害するものであることについては理解できるといえる。
次に、本件明細書の表３７．１は、図２３ＡないしＤのデータに基づ
きグルーピングされた表である（表８．３に記載のクローンを一部含む
ことが認められるが、表８．３のグルーピングの元となるデータの記載
20 は、本件明細書の発明の詳細な説明及び図面にはない。表８．３でＮＤ
とされた２７Ｂ２に関連して、表３７．１には２７Ｂ２．６がビン１に、
２７Ｂ２．１及び２７Ｂ２．５がビン２に含まれること、表８．３でビ
ン１に含まれるとされた３０Ａ４に関して、表３７．１には３０Ａ４．
１がビン５に含まれること等、両者の関係には不明な点が散見される。 。
）
25 ２１Ｂ１２抗体と競合するとされる表３７．１のビン１に含まれる２１
Ｂ１２抗体以外の１８の抗体、ビン１と競合することからみて２１Ｂ１
２抗体と競合する抗体を含むと言い得るビン２の３つの抗体には、以下
の事項が確認される。
すなわち、１７Ｃ２．１、２３Ｇ１．１、２６Ｅ１０．１、１９Ｈ９．
２、２６Ｈ５．１、２７Ｅ７．１、２７Ｈ５．１、３０Ｂ９．１の各抗
5 体は、それぞれ表２に記載の配列番号に対応するアミノ酸配列を有する
ものと認められるところ、２６Ｅ１０．１の抗体のアミノ酸配列は、２
１Ｂ１２抗体のアミノ酸配列と同一であり、それ以外の抗体のアミノ酸
配列は、２１Ｂ１２抗体のアミノ酸配列と、ＣＤＲ領域のアミノ酸配列
を含め、同一性が高いものである。また、表２に記載の配列番号に対応
10 するアミノ酸配列から、０３Ｂ６．１の抗体に関しては、アミノ酸配列
の同一性の高い他の抗体は確認できないものの、２５Ｇ４．１と２３Ｂ
５．１の抗体同士、０１Ａ１２．２と０９Ｃ９．１と０９Ｈ６．１の抗
体同士も、アミノ酸配列の同一性が高いことが読み取れる。さらに、０
２Ｂ５．１の抗体のアミノ酸配列は不明であり、２７Ｂ２．６、２７Ｂ
15 ２．１及び２７Ｂ２．５の抗体は非中和抗体であり（【０１３８】 、１１
）
Ｈ４．１、１１Ｈ８．１及び１２Ｈ１１．１の抗体については、中和抗
体であるとの記載はない。
これらの開示事項を踏まえると、本件明細書の発明の詳細な説明には、
２１Ｂ１２抗体と競合するものであり、かつ、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタ
20 ンパク質の結合を中和する抗体として、２１Ｂ１２抗体と同一性の高い
アミノ酸配列を有する抗体群のほか、それ以外のアミノ酸配列を有する
数グループの抗体が開示されていることが認められる。
ア 以上を前提に検討すると、前記 において説示したとおり、サポート要
件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載
25 とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記
載された発明で、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題
を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、その記載や示
唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決で
きると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものであ
ると解するのが相当であるところ、前記１ において示したとおり、本件
5 発明は、ＬＤＬＲタンパク質の量を増加させることにより、対象中のＬＤ
Ｌの量を低下させ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を
奏し、また、この効果により、高コレステロール血症などの上昇したコレ
ステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスクを
低減すること、そのために、ＬＤＬＲタンパク質と結合することにより、
10 対象中のＬＤＬＲタンパク質の量を減少させ、ＬＤＬの量を増加させるＰ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和する抗体又はこれを含む医
薬組成物を提供することを課題とするものであり、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
タンパク質との結合を強く遮断する中和抗体である参照抗体と競合する抗
体は、ＰＣＳＫ９への参照抗体の結合を妨げ、又は阻害する単離されたモ
15 ノクローナル抗体であることを明らかにするものであると理解される。
そして、前記 によれば、本件発明における「中和」とは、タンパク質
結合部位を直接封鎖してＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作
用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節する以外に、間接的な手段（リ
ガンド中の構造的又はエネルギー変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に
20 対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる態様を含むものであるが、前記１
のとおり、参照抗体自体が、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン
（ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合するものであり、その領域内に存在す
るＰＣＳＫ９残基のいずれかと相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳ
Ｋ９とＬＤＬＲとの間の相互作用を阻害する抗体として有用であり得る
25 とされるもの）の位置と部分的に重複する位置でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタ
ンパク質の結合を立体的に妨害し、その結合を強く遮断する中和抗体であ
ると認められることを踏まえると、本件発明における「ＰＣＳＫ９との結
合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する」との発明特定事項も、２１Ｂ１
２抗体と競合する抗体であれば、２１Ｂ１２抗体と同様のメカニズムによ
り、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して（具体的には、結晶構
5 造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置でＰＣＳ
Ｋ９に結合して）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨
害し、遮断し、低下させ、又は調節することを明らかにする点に技術的意
義があるものというべきであり、逆に言えば、参照抗体と競合する抗体は、
このような位置で結合するからこそ、中和が可能になるということもでき
10 る。この点は、被告自身が、前記第３の３ ウにおいて、本件明細書の発
明の詳細な説明によれば、当業者は、出願時の技術常識に照らし、参照抗
体との競合によってＰＣＳＫ９上の複数の結合面のうち特定の領域内の
特定の位置（ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインと結合する部位と重複する位置
（又は同様の位置） に結合する抗体は、
） ＰＣＳＫ９とＬＲＬＲタンパク質
15 の結合を中和することができると理解するものであり、発明の技術的範囲
の全体にわたって発明の課題を解決できると認識することができたとい
える旨主張していることからも裏付けられるところである。
また、前記１ において認定した甲１文献の開示事項によれば、家族性
高コレステロール血症は、血漿中のＬＤＬコレステロールレベルの上昇に
20 起因するものであるところ、ＰＣＳＫ９は、細胞表面に存在するＬＤＬＲ
タンパク質の存在量を低下させるものであるため、ＰＣＳＫ９が治療のた
めの魅力的な標的であり、血漿中のＰＣＳＫ９に結合し、そのＬＤＬＲタ
ンパク質との結合を阻害する抗体等が効果的な阻害剤となり得ることが
既に示されていたものと認められるのであるから、このような観点から見
25 ても、本件発明の技術的意義は、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であれば、
２１Ｂ１２抗体と同様のメカニズムにより、上記のようなＬＤＬＲタンパ
ク質との結合を阻害する抗体、すなわち結合中和抗体としての機能的特性
を有することを特定した点にあるということもできる。そもそも本件発明
の課題は、前記１ イにおいて認定したとおり、ＬＤＬＲタンパク質と結
合することにより、対象中のＬＤＬＲタンパク質の量を減少させ、ＬＤＬ
5 の量を増加させるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和する
抗体又はこれを含む医薬組成物を提供することであり、このような課題の
解決との関係では、参照抗体と競合すること自体に独自の意味を見出すこ
とはできないから、このような観点からも、上記のとおり、本件発明の技
術的意義は、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であれば、２１Ｂ１２抗体と
10 同様のメカニズムにより、結合中和抗体としての機能的特性を有すること
を特定した点にあるというべきである。
イ さらに検討すると、前記 イ のとおり、本件明細書の発明の詳細な説
明には、エピトープビニングを行った結果、２１Ｂ１２抗体と同一性が高
いとはいえないアミノ酸配列を有する数グループの抗体のみならず、２１
15 Ｂ１２抗体と同一性が高いアミノ酸配列を有する抗体群が２１Ｂ１２抗
体と競合するものとして同定されたことが開示されている。本件明細書に
は、上記競合する抗体として同定された抗体の中で中和活性を有すると記
載される抗体がＰＣＳＫ９上へ結合する位置についての具体的な記載は
なされていないものの、２１Ｂ１２抗体と同一性の高いアミノ酸配列を有
20 する抗体群については、２１Ｂ１２抗体と同様の位置でＰＣＳＫ９に結合
する蓋然性が高いといえるとしても、それ以外のアミノ酸配列を有する数
グループの抗体については、エピトープビニングのようなアッセイで競合
すると評価されたことをもって、抗体がＰＣＳＫ９上に結合する位置が明
らかになるといった技術常識は認められない以上、ＰＣＳＫ９上で結合す
25 る位置が明らかとはいえない。
また、本件発明の「ＰＣＳＫ９との結合に関して、参照抗体と競合する」
との性質を有する抗体には、上記本件明細書の発明の詳細な説明に具体的
に記載される数グループの抗体以外に非常に多種、多様な抗体が包含され
ることは自明であり、また、前記２ イのとおり、このような抗体には、
被告が主張するように、２１Ｂ１２抗体がＰＣＳＫ９と結合するＰＣＳＫ
5 ９上の部位と重複する部位に結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は
阻害する（例えば、低下させる）抗体にとどまらず、参照抗体とＰＣＳＫ
９との結合を立体的に妨害する態様でＰＣＳＫ９に結合し、様々な程度で
参照抗体のＰＣＳＫ９への特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低
下させる）抗体をも包含するものである。そうすると、その中には、例え
10 ば、２１Ｂ１２抗体がＰＣＳＫ９と結合する部位と異なり、かつ、結晶構
造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置とも異なる部位に結合し、
２１Ｂ１２抗体に軽微な立体的障害をもたらして、２１Ｂ１２抗体のＰＣ
ＳＫ９への特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）もの
等も含まれ得るところ、このような抗体がＰＣＳＫ９に結合する部位は、
15 結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置で
はないのであるから、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して、Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下さ
せ、又は調節するものとはいえない。
なお、本件明細書には「例示された抗原結合タンパク質と同じエピトー
20 プと競合し、又は結合する抗原結合タンパク質及び断片は、類似の機能的
特性を示すと予想される。 （
」 【０２６９】）との記載があるが、上記のとお
り、
「ＰＣＳＫ９との結合に関して２１Ｂ１２抗体と競合する」とは、２１
Ｂ１２抗体と同じ位置でＰＣＳＫ９と結合することを特定するものでは
ないから、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であれば、２１Ｂ１２抗体と同
25 じエピトープと競合し、又は結合する抗原結合タンパク質（抗体）である
とはいえず、このような抗体全般が２１Ｂ１２抗体と類似の機能的特性を
示すことを裏付けるメカニズムにつき特段の説明が見当たらない以上、本
件発明の「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体」
が２１Ｂ１２抗体と「類似の機能的特性を示す」ということはできない。
前述のとおり、本件発明の技術的意義は、２１Ｂ１２抗体と競合する抗
5 体であれば、２１Ｂ１２抗体と同様のメカニズムにより、ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲタンパク質との結合を中和する抗体としての特性を有することを
特定する点にあるというべきところ、前記のとおり、２１Ｂ１２抗体と競
合する抗体であれば、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインと相互作用する部位
（本件明細書の記載からは、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以内
10 に存在するＰＣＳＫ９残基として定義されるＬＤＬＲのＥＧＦａドメイ
ンとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基） Ｅ
、
ＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロームに存在す
るＰＣＳＫ９残基として定義されるＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相
互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基と理解され得る。）に結合して
15 ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖するとはいえず、
他には、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体であれば、どのようなものであっ
ても、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤＬＲ一
般）との間の相互作用（結合）を阻害する抗体となるメカニズムについて
の開示がない以上、当業者において、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体が結
20 合中和抗体であるとの理解に至ることは困難というほかない。
ウ 以上のとおり、
「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合す
る抗体」であれば、２１Ｂ１２抗体と同様に、ＬＤＬＲタンパク質の結合
部位を直接封鎖して（具体的には、結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦ
ａドメインの位置と重複する位置でＰＣＳＫ９に結合して）、ＰＣＳＫ９
25 とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は
調節するものであるとはいえないから、
「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２
１Ｂ１２抗体と競合する抗体」であれば、結合中和抗体としての機能的特
性を有すると認めることもできない。なお、前記 アのとおり、本件発明
における「中和」とは、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質結合部位を直接
封鎖するものに限らず、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギ
5 ー変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変
化させる態様を含むものではあるが、
「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１
Ｂ１２抗体と競合する抗体」であれば、上記間接的な手段を通じてＬＤＬ
Ｒタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる抗体となること
が、本件出願時の技術常識であったとはいえないし、本件明細書の発明の
10 詳細な説明に開示されていたということもできない。
エ こうした点は、前記１ においてその信頼性を認定した【Ａ】博士の実
証実験の結果及び同実証実験を踏まえた【Ｂ】博士の供述書 からも裏付
けられる。すなわち、この実証実験は、リジェネロンの６３の抗体につい
て参照抗体との競合及び結合中和性を実験したものであるが、競合に関し
15 て５０％の閾値を用いた結果、１３の抗体が参照抗体と競合するが、うち
１０の抗体（約８０％）は結合中和性を有しないことが確認されており（別
紙３の資料Ｂ１及び前記１ ア ｂ）、参照抗体と競合する抗体であれば
結合中和性を有するものとはいえないことが具体的な実験結果として示
されている。さらに、この実験結果に加え、
「本件特許によれば、２１Ｂ１
20 ２抗体の結合部位はｈＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲの結合部位と部分的にし
か重複しないから・・別の抗体の結合部位は、ＬＤＬＲの結合部位と重複
することなく２１Ｂ１２結合部位と重複し得るのであり、このようにして、
別の抗体は、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲの結合部位と重複することなく２１
Ｂ１２結合部位と重複し得」る（前記１ ア ｂ）として、
【Ｂ】博士が、
25 「２１Ｂ１２抗体と競合する抗体がＬＤＬＲに対する結合を中和」するだ
ろうと言うのは、科学的に誤りである旨の意見を述べているところである
（前記１ ア ｃ）。
オ 被告は、前記第３の３ ウにおいて、２１Ｂ１２抗体（参照抗体）と競
合するが、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和できない抗体
が仮に存在したとしても、そのような抗体は、本件発明１の技術的範囲か
5 ら文言上除外されているなどとして、本件発明がサポート要件に反する理
由とはならない旨主張する。しかし、既に説示したとおり、２１Ｂ１２抗
体と競合する抗体であれば、２１Ｂ１２抗体と同様のメカニズムにより、
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合中和抗体としての機能的特性
を有することを特定した点に本件発明の技術的意義があるというべきで
10 あって、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体に結合中和性がないものが含まれ
るとすると、その技術的意義の前提が崩れることは明らかである（本件の
ような事例において、結合中和性のないものを文言上除けば足りると解す
れば、抗体がＰＣＳＫ９と結合する位置について、例えば、ＰＣＳＫ９の
大部分などといった極めて広範な指定を行うことも許されることになり、
15 特許請求の範囲を正当な根拠なく広範なものとすることを認めることに
なるから、相当でない。 。なお、被告が主張するように、本件発明１の特
）
許請求の範囲は、ＰＣＳＫ９との結合に関して、参照抗体と競合する抗体
のうち、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」
る抗体のみを対象としたものであると解したとしても、前示のとおり、本
20 件発明のＰＣＳＫ９との競合に関して、参照抗体と競合するとの発明特定
事項は、被告が主張するような、参照抗体が結合する位置と同一又は重複
する位置に結合する抗体にとどまるものではなく、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
タンパク質の結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で競合する
抗体をも含むものであるから、このような抗体についても結合中和抗体で
25 あることがサポートされる必要があるところ、参照抗体が結合する位置と
同一又は重複する位置に結合する抗体の場合とは異なり、ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲタンパク質との結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で
競合する抗体が結合を中和するメカニズムについては本件明細書には何
らの記載はなく、また、ビニングによる実験結果（前記 イ ）に基づく
結合中和抗体は、いずれも結合中和に係るメカニズムが開示されている、
5 参照抗体が結合する位置と同一又は重複する位置に結合する抗体である
可能性が高く、その点を措くとしても、少なくともこれらが立体的に妨害
する抗体であることを示唆する記載はない。そうすると、本件明細書の発
明の詳細な説明には、参照抗体と競合する抗体のうちＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒタンパク質との結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で競合
10 する抗体が結合中和活性を有することについて何らの開示がないという
ほかなく、この点からも、本件発明はサポート要件を満たさない。
また、前記第２の３ のとおり、本件審決は、本件明細書には、本件明
細書記載の免疫プログラムの手順及びスケジュールに従った免疫化マウ
スの作製及び選択、選択された免疫化マウスを使用したハイブリドーマの
15 作製、本件明細書記載のＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合相互作用を強く遮
断する抗体を同定するためのスクリーニング及びエピトープビニングア
ッセイを最初から繰り返し行うことによって、十分に高い確率で本件発明
の抗体をいくつも繰り返し同定することが具体的に示される旨判断する
が、
【Ｆ】教授（【Ｆ】教授という。）の第２鑑定書（甲２３０）に「特定の
20 マウスが特定の抗体を生成するかどうかは運に支配されるため、候補とな
り得る抗体を全て生成しスクリーニングすることは不可能である」と記載
されているように、本件明細書に記載された抗体の作製過程を経たとして
も、免疫化されたマウスの中でＰＣＳＫ９上のどのような位置に結合する
抗体が得られるかは「運に支配される」ものであって、抗体の抗原タンパ
25 ク質への結合を立体的に妨害する態様で抗原タンパク質に結合する抗体
を製造する方法が本件出願時における技術常識であったともいえないこ
とからすると、本件明細書に記載された抗体の作製方法に関する記載をも
って、本件発明に含まれる多様な抗体が本件明細書の発明の詳細な説明に
記載されていたとはいえない。
カ そして、本件発明１のモノクローナル抗体を含む医薬組成物に係る発明
5 である本件発明９も、上記同様の理由から、サポート要件を満たすもので
はない。
以上によれば、本件発明１及び９は、いずれもサポート要件に適合するも
のと認められないから、これと異なる本件審決の判断は誤りである（なお、
原告の主張のうち前記第３の３ イ の「ＥＧＦａミミック抗体」に係る点
10 は首肯するに値するものを含み、サポート要件が満たされているとする被告
の主張に疑義を生じさせるものと考えるが、この点に関する判断をするまで
もなく、上記のとおり、本件発明１及び９は、いずれもサポート要件に適合
するものとは認められないから、更なる判断を加えることは差し控えること
とする。 。
）
15 以下、念のために付言する。
ア 本件発明を巡る国際的状況について、原告は、欧州では、異議申立抗告
審において、令和２年に、本件発明と実質的に同じ対応欧州特許について、
進歩性欠如により無効であると判断されており、また、米国では、合衆国
連邦巡回区控訴裁判所において、令和３年２月１１日に、本件発明より限
20 定された対応米国特許につき、実施可能要件違反により無効であると判断
されており、現在、我が国は、本件特許の有効性が裁判所により維持され
ている世界で唯一の国である旨主張し、他方、被告は、上記連邦巡回区控
訴裁判所の判断につき、連邦最高裁判所は、令和４年１１月４日に、裁量
上告受理申立てを認めたので、上記判断が覆される可能性が極めて高い旨
25 主張するが、もとより、他国における判断が本件判断に直ちに影響を与え
るものではないことは明らかである（なお、米国については、仮に、連邦
巡回区控訴裁判所の無効判断が覆されたとしても、対応米国特許は、参照
抗体との「競合」を発明特定事項とするものではないと認められるから（例
えば、米国特許８８２９１６５特許の請求項１は、
「ＰＣＳＫ９に結合する
とき、次の残基：配列番号３のＳ１５３、Ｉ１５４、Ｐ１５５、Ｒ１９４、
5 Ｄ２３８、Ａ２３９、Ｉ３６９、Ｓ３７２、Ｄ３７４、Ｃ３７５、Ｔ３７
７、Ｃ３７８、Ｆ３７９、Ｖ３８０、又はＳ３８１の少なくとも１つに結
合し、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合するのを阻害する、単離されたモノク
ローナル抗体」との発明特定事項である（甲１９） ）
。 、いずれにしても本件
発明に係る判断に直接関係しない。 。
）
10 イ 本件発明に係る別件審決取消訴訟においては、前記第２の１ のとおり、
サノフィによるサポート要件違反に関する主張は退けられている。しかし、
これは、当時の主張や立証の状況に鑑み、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体
は、２１Ｂ１２抗体とほぼ同一のＰＣＳＫ９上の位置に結合し２１Ｂ１２
抗体と同様の機能を有するものであることを当然の前提としたことによ
15 るものと理解することも可能である。これに対し、本訴においては、
【Ａ】
博士や【Ｂ】博士の各供述書、
【Ｆ】教授の鑑定書等（甲１８、２３０）に
よる構造解析、
「ＥＧＦａミミック抗体」に係る関係書証（甲４の１及び２）
等の新証拠に基づく新主張により、上記前提に疑義が生じたにもかかわら
ず、この前提を支える判断材料が見当たらないのであるから、別件判決の
20 結論と本件判断が異なることには相応の理由があるというべきである。
３ 結論
以上によれば、原告主張の取消事由２は理由があるから、その余の取消事由
について判断するまでもなく、本件審決は取り消されるべきである。
よって、主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官
菅 野 雅 之
裁判官
中 村 恭
裁判官
岡 山 忠 広
（別紙１）
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００２】
5 発明の分野
本発明は、プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ
９）に結合する抗原結合タンパク質並びに該抗原結合タンパク質を使用及び作製す
る方法に関する。
【背景技術】
10 【０００３】
プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）は、低密
度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレベルの制御に関与するセリン
プロテアーゼである（Ｈｏｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ． 、 ２００７；Ｓｅｉｄａｈ ａｎ
、
ｄ Ｐｒａｔ、 ２００７）
、 。インビトロ実験は、ＨｅｐＧ２細胞へのＰＣＳＫ９の
15 添加は細胞表面ＬＤＬＲのレベルを低下させることを示している（Ｂｅｎｊａｎｎ
ｅｔ ｅｔ ａｌ． 、 ２００４；Ｌａｇａｃｅ ｅｔ ａｌ． 、 ２００６；Ｍａｘｗ
、 、
ｅｌｌ ｅｔ ａｌ． 、 ２００５；Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ． 、 ２００４）
、 、 。マウスを
用いた実験は、ＰＣＳＫ９タンパク質レベルを増加させることが肝臓中のＬＤＬＲ
タンパク質のレベルを減少させる（Ｂｅｎｊａｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ． 、 ２００
、
20 ４； Ｌａｇａｃｅ ｅｔ ａｌ． 、 ２００６； Ｍａｘｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ． 、 ２
、 、
００５； Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ． 、 ２００４）が、ＰＣＳＫ９ノックアウトマウス
、
は肝臓中のＬＤＬＲの増加したレベルを有する（Ｒａｓｈｉｄ ｅｔ ａｌ． 、 ２
、
００５）ことを示した。さらに、血漿ＬＤＬの増加又は減少したレベルの何れかを
もたらす様々なヒトＰＣＳＫ９変異が同定されている （Ｋｏｔｏｗｓｋｉ ｅ
25 ｔ ａｌ． 、 ２００６；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ． 、 ２００６）
、 、 。ＰＣＳＫ９は、ＬＤ
ＬＲタンパク質と直接相互作用し、ＬＤＬＲとともに細胞内に取り込まれ、エンド
ソーム経路全体を通じてＬＤＬＲと同時に免疫蛍光を発する（Ｌａｇａｃｅ ｅ
ｔ ａｌ． 、 ２００６）ことが示されている。ＰＣＳＫ９によるＬＤＬＲの分解は
、
観察されておらず、細胞外ＬＤＬＲタンパク質レベルを低下させる機序は不明であ
る。
5 【発明を実施するための形態】
【００６６】
当業者によって理解されるように、本発明の開示に照らせば、ＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒの間の相互作用を変化させることは、ＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲの量
を増加させ、続いて、これは、対象中の血清ＬＤＬの量を減少させ、対象の血清コ
10 レステロールレベルの低下をもたらす。従って、ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タン
パク質は、上昇した血清コレステロールレベルを有する対象、上昇した血清コレス
テロールレベルのリスクを有する対象又は血清コレステロールレベルの低下が有益
であり得る対象を治療するための様々な方法及び組成物において使用することがで
きる。従って、血清コレステロールの増加を低下させ、維持し、又は妨げるための
15 様々な方法及び技術も、本明細書中に記載されている。幾つかの実施形態において、
抗原結合タンパク質はＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの間の結合を可能とするが、抗原結合
タンパク質はＬＤＬＲに対するＰＣＳＫ９の有害な活性を妨げ、又は低下させる。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結
合を妨げ、又は低下させる。
20 【００７１】
「ＰＣＳＫ９活性」という用語は、ＰＣＳＫ９のあらゆる生物学的効果を含む。あ
る種の実施形態において、ＰＣＳＫ９活性は、基質若しくは受容体と相互作用し、
又は基質若しくは受容体に結合するＰＣＳＫ９の能力を含む。幾つかの実施形態に
おいて、ＰＣＳＫ９活性は、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬＲ）に結合するＰＣＳＫ９の能
25 力によって表される。幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９は、ＬＤＬＲを含む
反応に結合し、触媒する。幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９活性は、ＬＤＬ
Ｒの利用可能性を変化させる（例えば、低下させる）ＰＣＳＫ９の能力を含む。幾
つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９活性は、対象中のＬＤＬの量を増加させるＰ
ＣＳＫ９の能力を含む。幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９活性は、ＬＤＬへ
の結合に利用可能なＬＤＬＲの量を減少させるＰＣＳＫ９の能力を含む。幾つかの
5 実施形態において、
「ＰＣＳＫ９活性」は、ＰＣＳＫ９シグナル伝達から生じるあら
ゆる生物活性を含む。典型的な活性には、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合、ＬＤＬ
Ｒ又は他のタンパク質を切断するＰＣＳＫ９酵素活性・・・が含まれるが、これら
に限定されない。
【０１０９】
10 本明細書において使用される「抗原結合タンパク質」「ＡＢＰ」
（ ）は、特定された
標的抗原を結合するあらゆるタンパク質を意味する。本願において、特定された標
的抗原は、ＰＣＳＫ９タンパク質又はその断片である。 抗原結合タンパク質」
「 には、
抗体及びその結合部分（免疫学的に機能的な断片など）が含まれるが、これらに限
定されない。ペプチボディは、抗原結合タンパク質の別の例である。本明細書にお
15 いて使用される抗体又は免疫グロブリン鎖（重鎖又は軽鎖）抗原結合タンパク質の
「免疫学的に機能的な断片」（又は単に「断片」）という用語は、完全長の鎖中に存
在するアミノ酸の少なくとも幾つかを欠如するが、抗原になお特異的に結合するこ
とができる抗体の部分（当該部分がどのようにして取得され、又は合成されたかを
問わない。）を含む抗原結合タンパク質の種である。このような断片は、標的抗原に
20 結合し、あるエピトープへの結合に関して、完全な状態の抗体を含む他の抗原結合
タンパク質と競合し得るという点で生物学的に活性を有する。幾つかの実施形態に
おいて、断片は、中和断片である。幾つかの実施形態において、断片は、ＬＤＬＲ
とＰＣＳＫ９の間の相互作用の可能性を遮断し、又は低下させることができる。一
態様において、このような断片は、完全長の軽鎖又は重鎖中に存在する少なくとも
25 １つのＣＤＲを保持し、幾つかの実施形態において、単一の重鎖及び／又は軽鎖又
はその一部を含む。・・・
【０１２３】
「抗原結合領域」は、特定の抗原（例えば、パラトープ）を特異的に結合するタン
パク質又はタンパク質の一部を意味する。例えば、抗原と相互作用し、抗原に対す
るその特異性及び親和性を抗原結合タンパク質に対して付与するアミノ酸残基を含
5 有する抗原結合タンパク質のその部分は、
「抗原結合領域」と称される。抗原結合領
域は、通例、１つ又はそれ以上の「相補性結合領域」「ＣＤＲ」
（ ）を含む。ある種の
抗原結合領域は、１つ又はそれ以上の「フレームワーク」領域も含む。
「ＣＤＲ」は、
抗原結合特異性及び親和性に寄与するアミノ酸配列である。
「フレームワーク」領域
は、ＣＤＲの適切な立体構造の維持を補助して、抗原結合領域と抗原の間の結合を
10 促進することができる。構造的には、フレームワーク領域は、抗体中においてＣＤ
Ｒ間に位置することができる。フレームワーク及びＣＤＲ領域の例は、図２Ａから
３Ｄ、３ＣＣＣ－ＪＪＪ及び１５Ａから１５Ｄに示されている。・・・
【０１２７】
可変領域は、３つの超可変領域（相補性決定領域又はＣＤＲとも称される。）によ
15 って連結された、相対的に保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）の同じ一般的構
造を典型的に呈する。各対の２つの鎖から得られるＣＤＲは、フレームワーク領域
によって通例並列され、これにより、特異的なエピトープへの結合が可能となり得
る。Ｎ末端からＣ末端へ、軽鎖及び重鎖可変領域は何れも、通例、ドメインＦＲ１、
ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３及びＦＲ４を含む。各ドメインへ
20 のアミノ酸の割り当ては、通例、免疫学的に関心が持たれるタンパク質のＫａｂａ
ｔ配列の定義（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、 Ｂ
、
ｅｔｈｅｓｄａ、 Ｍｄ．
、 （１９８７ ａｎｄ １９９１） 、又は「Ｃｈｏｔｈｉ
）
ａ ＆ Ｌｅｓｋ、 Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ． 、１９６：９０１－９１７ （１９８
、 、
７） Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ． 、 Ｎａｔｕｒｅ、 ３４２：８７８－８８
； 、 、
25 ３ （１９８９）」に従う。
【０１３２】
「軽鎖」という用語は、完全長の軽鎖及び結合特異性を付与するのに十分な可変領
域配列を有するその断片を含む。完全長軽鎖は、可変領域ドメイン、Ｖ Ｌ 及び定常領
域ドメイン、Ｃ Ｌ を含む。軽鎖の可変領域ドメインは、ポリペプチドのアミノ末端に
位置する。軽鎖は、κ 鎖及び λ 鎖を含む。
5 【０１３３】
「重鎖」という用語は、完全長の重鎖及び結合特異性を付与するのに十分な可変領
域配列を有するその断片を含む。完全長の重鎖は、可変領域ドメインＶ Ｈ 及び３つの
定常領域ドメインＣ Ｈ１、Ｃ Ｈ２及びＣ Ｈ ３を含む。Ｖ Ｈドメインはポリペプチドのア
ミノ末端に、及びＣ Ｈ ドメインはカルボキシル末端に位置し、Ｃ Ｈ ３がポリペプチド
10 のカルボキシ末端に最も近い。重鎖は、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及
びＩｇＧ４サブタイプを含む。、
） ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２サブタイプを含む。 、
）
ＩｇＭ及びＩｇＥなどのあらゆるイソタイプのものであり得る。
【０１３８】
「中和抗原結合タンパク質」又は「中和抗体」という用語は、リガンドに結合し、
15 そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる、それぞれ、抗原結合タンパ
ク質又は抗体を表す。これは、例えば、リガンド上の結合部位を直接封鎖すること
によって、又はリガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネル
ギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって行うこと
ができる。幾つかの実施形態において、この用語は、それが結合しているタンパク
20 質が生物学的機能を発揮するのを妨げる抗原結合タンパク質も表し得る。抗原結合
タンパク質（例えば、抗体又は免疫学的に機能的なその断片）の結合及び／又は特
異性を評価する際に、抗体の過剰が（インビトロ競合的結合アッセイで使用された
場合に）少なくとも約１から２０、２０から３０％、３０から４０％、４０から５
０％、５０から６０％、６０から７０％、７０から８０％、８０から８５％、８５
25 から９０％、９０から９５％、９５から９７％、９７から９８％、９８から９９％
又はそれ以上、リガンドに結合された結合対の量を低下させるときに、抗体又は断
片はその結合対へのリガンドの結合を大幅に阻害することができる。
・・・幾つかの
実施形態において、ＰＣＳＫ９抗原結合タンパク質の場合には、このような中和分
子は、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲを結合する能力を低減させることができる。幾つかの
実施形態において、競合アッセイを介して、中和能力を性質決定し、及び／又は記
5 載する。
・・・幾つかの実施形態において、ＡＢＰ２７Ｂ２、１３Ｈ１、１３Ｂ５及
び３Ｃ４は、非中和ＡＢＰであり、３Ｂ６、９Ｃ９及び３１Ａ４は弱い中和物質で
あり、表２中の残りのＡＢＰは強い中和物質である。幾つかの実施形態において、
抗体又は抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９へ結合し、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結
合するのを妨げる（又はＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合する能力を低下させる）こと
10 によって中和する。幾つかの実施形態において、抗体又はＡＢＰは、ＰＣＳＫ９に
結合し、ＰＣＳＫ９をＬＤＬＲへ結合させながら、ＬＤＬＲのＰＣＳＫ９媒介性分
解を妨げ、又は低下させることによって中和する。・・・
【０１４０】
同じエピトープに対して競合する抗原結合タンパク質（例えば、中和抗原結合タン
15 パク質又は中和抗体）という文脈において使用される場合の「競合する」という用
語は、検査されている抗原結合タンパク質（例えば、抗体又は免疫学的に機能的な
その断片）が共通の抗原（例えば、ＰＣＳＫ９又はその断片）への参照抗原結合タ
ンパク質（例えば、リガンド又は参照抗体）の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例
えば、低下させる）アッセイによって測定された抗原結合タンパク質間の競合を意
20 味する。ある抗原結合タンパク質が別の抗原結合タンパク質と競合するかどうかを
決定するために、競合的結合アッセイの多数の種類、例えば、固相直接又は間接ラ
ジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接又は間接酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、
サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ、 １９８３、 Ｍ
、 、
ｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２－２５３参照）
；固相直接ビ
25 オチン－アビジンＥＩＡ（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ、 １９８６、 Ｊ．
、 、
Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４－３６１９参照） ・・・固相直接ビオチン－ア
、
ビジンＥＩＡ（例えば、Ｃｈｅｕｎｇ、 ｅｔ ａｌ． 、 １９９０、 Ｖｉｒｏｌ
、 、 、
ｏｇｙ １７６：５４６－５５２参照）
・・・を使用することができる。典型的には、
このようなアッセイは、これらの何れかを有する固体表面又はセルに結合された精
製抗原、標識されていない検査抗原結合タンパク質及び標識された基準抗原結合タ
5 ンパク質を使用することを含む。競合的阻害は、検査抗原結合タンパク質の存在下
で、固体表面又はセルに結合された標識の量を測定することによって測定される。
通常、検査抗原結合タンパク質は過剰に存在する。競合アッセイによって同定され
る抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質
と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基
10 準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピト
ープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。・・・
【０１４２】
「エピトープ」という用語は、抗体又はＴ細胞受容体などの抗原結合タンパク質に
よって結合され得るあらゆる決定基を含む。エピトープは、その抗原を標的とする
15 抗原結合タンパク質によって結合される抗原の領域であり、抗原がタンパク質であ
る場合、抗原結合タンパク質に直接接触する特定のアミノ酸を含む。最も頻繁には、
エピトープはタンパク質上に存在するが、幾つかの事例では、核酸などの分子の他
の種類上に存在することができる。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホス
ホリル又はスルホニル基などの分子の化学的に活性な表面基を含むことができ、特
20 異的な三次元構造の特徴及び／又は特異的な電荷的特長を有することができる。一
般に、特定の標的抗原に対して特異的な抗体は、タンパク質及び／又は高分子の複
雑な混合物中において、標的抗原上のエピトープを優先的に認識する。
【０１５４】
ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質
25 プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）は、低密
度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレベルの制御に関与しているセ
リンプロテアーゼである（Ｈｏｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ、 ２００７ Ｓｅｉｄａｈ ａ
、 ；
ｎｄ Ｐｒａｔ、 ２００７）
、 。ＰＣＳＫ９は、セリンプロテアーゼのスブチリシン
（Ｓ８）ファミリーのプロホルモン－プロタンパク質コンベルターゼである（Ｓｅ
ｉｄａｈ ｅｔ ａｌ． 、２００３）・・・ＰＣＳＫ９タンパク質の構造は、２つの
、 。
5 グループによって最近解決された・・・。ＰＣＳＫ９は、シグナル配列、Ｎ末端プ
ロドメイン、スブチリシン様触媒ドメイン及びＣ末端ドメインを含む。
【０１５５】
ヒトＰＣＳＫ９を含むＰＣＳＫ９を結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）は、本
明細書中に記載されている。幾つかの実施形態において、提供される抗原結合タン
10 パク質は、本明細書に記載されているように、１つ又はそれ以上の相補性決定領域
（ＣＤＲ）を含むポリペプチドである。同じ抗原結合タンパク質において、ＣＤＲ
は、ＣＤＲの適切な抗原結合特性が達成されるようにＣＤＲを方向付ける「フレー
ムワーク」領域中に包埋されている。幾つかの実施形態において、本明細書中に提
供されている抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を妨害し、
15 遮断し、低下させ、又は調節することができる。このような抗原結合タンパク質は、
「中和」と表される。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質が中和性で
あり、ＰＣＳＫ９に結合されている場合でさえ、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の結合は
なお起こり得る。例えば、幾つかの実施形態において、ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９上の
ＬＤＬＲ結合部位を封鎖することなく、ＬＤＬＲに対するＰＣＳＫ９の悪影響を妨
20 げ、又は低下させる。従って、幾つかの実施形態において、ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲ間の結合相互作用を抑制する必要なしに、ＬＤＬＲの分解をもたらすＰ
ＣＳＫ９の能力を調節し、又は変化させる。このようなＡＢＰは、
「非競合的に中和
する」ＡＢＰと特に記載することができる。幾つかの実施形態において、中和ＡＢ
Ｐは、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置及び／又は様式で、ＰＣＳ
25 Ｋ９に結合する。このようなＡＢＰは、
「競合的に中和する」ＡＢＰと特に記載する
ことができる。上記中和物質は何れも、対象中に存在している遊離のＬＤＬＲのよ
り大きな量をもたらすことができ、これにより、ＬＤＬに結合しているより多くの
ＬＤＬＲがもたらされる（これにより、対象中のＬＤＬの量を低下させる。 。続い
）
て、これは、対象中に存在する血清コレステロールの量の低下をもたらす。
【０１７０】
5 提供されている抗体の軽鎖及び重鎖の可変領域の幾つかの具体例及びそれらの対
応するアミノ酸配列は表２中に要約されている。
【０１７１】
【表２】
10 【０１７２】
同じく、表２に列記されている典型的な可変重鎖の各々は、抗体を形成するため
に、表２に示されている典型的な可変軽鎖の何れとも組み合わせることができる。
表２は、本明細書中に開示されている抗体の幾つかの中に見出される典型的な軽鎖
及び重鎖の対を示している。・・・
【０２６１】
・・・幾つかの実施形態において、ＡＢＰはＡＢＰ２１Ｂ１２と競合する。
【０２６８】
5 幾つかの実施形態において、ＡＢＰ２１Ｂ１２は、残基１６２から１６７（例えば、
配列番号１の残基Ｄ１６２－Ｅ１６７）を含むエピトープに結合する。・・・
【０２６９】
競合する抗原結合タンパク質
別の態様において、ＰＣＳＫ９への特異的結合に関して、本明細書中に記載されて
10 いるエピトープに結合する例示された抗体又は機能的断片の１つと競合する抗原結
合タンパク質が提供される。このような抗原結合タンパク質は、本明細書中に例示
されている抗原結合タンパク質の１つと同じエピトープ又は重複するエピトープに
も結合し得る。例示された抗原結合タンパク質と同じエピトープと競合し、又は結
合する抗原結合タンパク質及び断片は、類似の機能的特性を示すと予想される。例
15 示された抗原結合タンパク質及び断片は、重鎖及び軽鎖可変領域ドメイン並びに表
２及び／又は図２から３及び１５に含まれるＣＤＲを有するものなど、上述されて
いるものを含む。従って、具体例として、提供される抗原結合タンパク質には、
（ａ）図２から３及び１５に列記されている抗体に対して列記されているＣＤＲの
６つ全て；
20 （ｂ）表２中に列記されている抗体に対して列記されているＶＨ及びＶＬ；又は
（ｃ）表２に列記されている抗体に対して明記されている２つの軽鎖及び２つの重
鎖
を有する抗体又は抗原結合タンパク質と競合するものが含まれる。
【０２７０】
25 ある種の治療的用途及び医薬組成物
ある種の事例において、ＰＣＳＫ９活性は、多数のヒトの病状と相関する。例えば、
ある種の事例において、高すぎる又は低すぎるＰＣＳＫ９活性は、高コレステロー
ル血症などのある種の症状と相関する。従って、ある種の事例において、ＰＣＳＫ
９活性を調節することは治療的に有用であり得る。ある種の実施形態において、Ｐ
ＣＳＫ９に対する中和的抗原結合タンパク質は、少なくとも１つのＰＣＳＫ９活性
5 （例えば、ＬＤＬＲへの結合）を調節するために使用される。このような方法は、
上昇した血清コレステロールレベルと関連する、又は上昇したコレステロールレベ
ルが関連する疾患を治療し、及び／又は予防し、及び／又は疾患のリスクを低減す
ることができる。
【０２７１】
10 当業者によって理解されるように、本開示に照らして、変動したコレステロール、
ＬＤＬ又はＬＤＬＲレベルと関連し、変動したコレステロール、ＬＤＬ又はＬＤＬ
Ｒレベルを伴い、又は変動したコレステロール、ＬＤＬ又はＬＤＬＲレベルによっ
て影響を受け得る疾患は、抗原結合タンパク質の様々な実施形態によって対処する
ことができる。幾つかの実施形態において、 「血清コレステロール関連疾患」を含
（
15 む）
「コレステロール関連疾患」には、例えば、上昇した総血清コレステロール、上
昇したＬＤＬ、上昇したトリグリセリド、上昇したＶＬＤＬ及び／又は低ＨＤＬを
呈し得る以下のもの：高コレステロール血症、心臓病、メタボリックシンドローム、
糖尿病、冠状動脈性心臓病、卒中、心血管疾患、アルツハイマー病及び脂質異常症
全般の何れか１つ又はそれ以上が含まれる。・・・
20 【０２７６】
幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質は、異常に高
いレベル又は正常なレベルからＰＣＳＫ９活性の量を減少させるために使用される。
幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質は、高コレス
テロール血症を治療若しくは予防するために、並びに／又は高コレステロール血症
25 及び／若しくは他のコレステロール関連疾患（本明細書中に記載されているものな
ど）に対する医薬の調製において使用される。ある種の実施形態において、ＰＣＳ
Ｋ９に対する抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９活性が正常である高コレステロー
ル血症などの症状を治療又は予防するために使用される。このような症状において、
例えば、正常を下回るＰＣＳＫ９活性の低下は、治療効果を提供することができる。
【０３１２】
5 （実施例１）
免疫化及び力価測定
抗ＰＣＫＳ９抗体及びハイブリドーマの作製
ＰＣＳＫ９の成熟形態に対する抗体（図１Ａ中の配列として図示されており、プロ
ドメインに下線が付されている。 を、
） ヒト免疫グロブリン遺伝子を含有するマウス
10 であるＸｅｎｏＭｏｕｓｅ （Ｒ） マウス（Ａｂｇｅｎｉｘ、 Ｆｒｅｍｏｎｔ、 Ｃ
、 、
Ａ）中で作製した。ＰＣＳＫ９に対する抗体を作製するために、ＸｅｎｏＭｏｕｓ
ｅ（Ｒ）マウスの２つのグループ（グループ１及び２）を使用した。グループ１は、完
全ヒトＩｇＧ２κ 及びＩｇＧ２λ 抗体を産生するＸｅｎｏＭｏｕｓｅ （Ｒ） 系統ＸＭＧ
２－ＫＬのマウスを含んだ。グループ１のマウスを、ヒトＰＣＳＫ９で免疫化した。
15 ＧｅｎＢａｎｋ配列を参照として（ＮＭ １７４９３６）を使用する標準的組換え技
術を用いて、ＰＣＳＫ９を調製した。グループ２は、完全ヒトＩｇＧ４ κ 及びＩｇＧ
４λ 抗体を産生するＸｅｎｏＭｏｕｓｅ （Ｒ） 系統ＸＭＧ４－ＫＬのマウスを含んだ。
グループ２のマウスも、ヒトＰＣＳＫ９で免疫化した。
【０３１３】
20 表３中のスケジュールに従って、両グループのマウスに抗原を１１回注射した。最
初の免疫化において、腹部中に腹腔内送達された抗原計１０μｇを各マウスに注射
した。その後の強化免疫は５μｇの用量であり、注射法は、腹部内への腹腔内注射と
尾の基部への皮下注射間でずらされる。腹腔内注射のために、ＴｉｔｅｒＭａｘ（Ｒ）
Ｇｏｌｄ（Ｓｉｇｍａ、 Ｃａｔ ＃ Ｔ２６８４）を加えたエマルジョンとして抗
、
25 原を調製し、皮下注射のために、抗原をＡｌｕｍ（リン酸アルミニウム）及びＣｐ
Ｇオリゴと混合する。注射２から８及び１０において、アジュバントａｌｕｍゲル
中の抗原計５μｇを各マウスに注射した。マウス当り抗原５μｇの最終注射をリン酸
緩衝化された生理的食塩水中に送達し、２つの部位に送達する（腹部内へ５０％腹
腔内及び尾の基部に５０％皮下） 免疫化プログラムは、
。 以下に示されている表３中
に要約されている。
5 【０３１４】
【表３】
【０３２０】
ヒトＰＣＳＫ９に対する抗体の力価は、記載されている可溶性抗原を用いて免疫
化されたマウスに対するＥＬＩＳＡアッセイによって検査した。表４は、ＥＬＩＳ
Ａデータを要約し、ＰＣＳＫ９に対して特異的であるように見受けられる幾つかの
マウスが存在したことを示す。例えば、表４を参照されたい。従って、免疫化プロ
グラムの終わりに、１０匹のマウス（表４中の太字）を採集のために選択し、本明
5 細書中に記載されているように、それぞれ、脾臓及びリンパ節から脾細胞及びリン
パ球を単離した。
【０３２１】
【表４】
10 【０３２２】
（実施例２）
リンパ球の回収、Ｂ細胞の単離、融合及びハイブリドーマの作製
この実施例は、免疫細胞がどのようにして回収され、ハイブリドーマがどのように
して作製されたかについて概説する。選択された免疫化マウスを頚椎脱臼によって
5 屠殺し、各コホートから流入領域リンパ節を採集し、プールした。細胞を組織から
放出させるために、ＤＭＥＭ中で磨り潰すことによって、リンパ系組織からＢ細胞
を解離させ、細胞をＤＭＥＭ中に懸濁した。細胞を計数し、穏やかに、但し、完全
に細胞を再懸濁させるために、１億のリンパ球当りＤＭＥＭ０．９ｍＬを細胞沈降
物に添加した。
10 【０３２３】
１：４の比で、リンパ球をＡＴＣＣ、ｃａｔ．＃ＣＲ１１５８０から購入した非分
泌性骨髄腫Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８．６５３細胞（Ｋｅａｒｎｅｙ ｅｔ ａｌ． 、
、（１９７
９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２３、、１５４８－１５５０）と混合した。４００×ｇ
で、４分の遠心によって、細胞混合物を穏やかに沈降させた。容器を傾けて上清を
15 除去した後、１ｍＬピペットを用いて、細胞を穏やかに混合した。１分にわたって、
穏やかに撹拌しながら、Ｓｉｇｍａ（ｃａｔ＃Ｐ７３０６）から得た事前加熱され
たＰＥＧ／ＤＭＳＯ溶液（Ｂ細胞１００万個当り１ｍＬ）をゆっくり添加した後、
１分間混合した。次いで、穏やかに撹拌しながら、２分にわたって、事前加熱され
たＩＤＭＥＭ（Ｂ細胞１００万個当り２ｍＬ）
（グルタミン、Ｌ－グルタミン、ペニ
20 シリン／ストレプトマイシン、ＭＥＭ非必須アミノ酸なしのＤＭＥＭ）
（全て、Ｉｎ
ｖｉｔｒｏｇｅｎから得た）を添加した。最後に、３分にわたって、事前加熱され
たＩＤＭＥＭ（１０ ６個のＢ細胞当り８ｍＬ）を添加した。
【０３２４】
４００×ｇで６分、融合された細胞を遠心沈降させ、１００万個のＢ細胞当り選択
25 培地２０ｍＬ（Ｌ－グルタミン、ペニシリン／ストレプトマイシン、ＭＥＭ非必須
アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、２－メルカプトエタノール（全て、Ｉｎｖｉｔ
ｒｏｇｅｎから入手） ＨＡ－アザセリンヒポキサンチン及びＯＰＩ
、 （オキサロアセ
タート、ピルバート、ウシインシュリン）
（何れも、Ｓｉｇｍａから入手）及びＩＬ
－６（Ｂｏｅｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）が補充された、ＤＭＥＭ（Ｉｎｖｉ
ｔｒｏｇｅｎ）、１５％ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）中に再懸濁した。３７℃で２０か
5 ら３０分間、細胞を温置し、次いで、選択培地２００ｍＬ中に再懸濁し、９６ウェ
ルへの播種の前に、Ｔ１７５フラスコ中で３から４日間培養した。このようにして、
ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質を産生するハイブリドーマを作製した。
【０３２５】
（実施例３）
10 ＰＣＳＫ９抗体の選択
本実施例は、様々なＰＣＳＫ９抗原結合タンパク質をどのようにして性質決定し、
選択したかについて概説する。（実施例１及び２で産生されたハイブリドーマから
産生された）分泌された抗体のＰＣＳＫ９への結合を評価した。抗体の選択は、結
合データ及びＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合の阻害及び親和性を基礎とした。以下
15 に記載されているように、ＥＬＩＳＡによって、可溶性ＰＣＳＫ９への結合を分析
した。結合親和性を定量するために、ＢＩＡｃｏｒｅ（Ｒ）
（表面プラズモン共鳴）を
使用した。
【０３２６】
一次スクリーニング
20 野生型ＰＣＳＫ９に結合する抗体に対する一次スクリーニングを行った。２つの
採集物に対して、一次スクリーニングを行った。一次スクリーニングは、ＥＬＩＳ
Ａアッセイを含み、以下のプロトコールを用いて行った。
【０３２７】
Ｃｏｓｔａｒ３７－２培地結合３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｌｉｆ
25 ｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用した。４０μＬ／ウェルの容量で、１×ＰＢＳ／０．
０５％アジ化物中、４μｇ／ｍＬの濃度のニュートラビジンでプレートを被覆した。
４℃で一晩、プレートを温置した。次いで、Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置（Ｔ
ｉｔｅｒｔｅｋ、 Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、 ＡＬ）
、 、 を用いて、プレートを洗浄した。
３サイクルの洗浄を行った。１×ＰＢＳ／１％ミルク９０μＬでプレートをブロック
し、室温で約３０分間温置した。次いで、プレートを洗浄した。再度、３サイクル
5 の洗浄を行った。捕捉試料は、Ｖ５タグを持たないビオチン化合されたＰＣＳＫ９
であり、４０μＬ／ウェルの容量で、１×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋中に
０．９μｇ／ｍＬで添加した。次いで、プレートを室温で１時間温置した。次に、３
サイクル洗浄を用いて作動されるＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いて、プ
レートを洗浄した。１×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ ４０μＬ中に、上清１
10 ０μＬを移し、室温で１．５時間温置した。再度、３サイクル洗浄を用いて作動され
るＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いて、プレートを洗浄した。１×ＰＢＳ／
１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ 中、１００ｎｇ／ｍＬ（１：４０００）の濃度のヤギ
抗ヒトＩｇＧＦｃＰＯＤ４０μＬ／ウェルをプレートに添加し、室温で１時間温置
した。３サイクル洗浄を用いて、プレートをもう一度洗浄した。最後に、１工程Ｔ
15 ＭＢ（Ｎｅｏｇｅｎ、 Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、 Ｋｅｎｔｕｃｋｙ）の４０μＬ／
、 、
ウェルをプレートに添加し、室温で３０分後に、１Ｎ塩酸の４０μＬ／ウェルを用い
て消光を行った。Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレートリーダーを用いて、４５０ｎｍでＯＤ
を直ちに読み取った。
【０３２８】
20 一次スクリーニングによって、２つの採集物から同定された合計３１０４の抗原
特異的ハイブリドーマが得られた。最高のＥＬＩＳＡＯＤに基づいて、合計３００
０の陽性に対して、採集物当り１５００のハイブリドーマをさらなる操作に用いた。
【０３２９】
確認用スクリーニング
25 次いで、安定なハイブリドーマが確立されたことを確認するために、野生型ＰＣＳ
Ｋ９への結合に関して、３０００の陽性を再スクリーニングした。
・・・合計２４４
１の陽性を、第二のスクリーニングで反復した。次いで、その後のスクリーニング
において、これらの抗体を使用した。
【０３３０】
マウス交叉反応スクリーニング
5 次いで、抗体がヒト及びマウスＰＣＳＫ９の両方に結合できることを確認するた
めに、マウスＰＣＳＫ９に対する交叉反応性に関して、ハイブリドーマのパネルを
スクリーニングした。
・・・５７９抗体は、マウスＰＣＳＫ９と交叉反応することが
観察された。次いで、その後のスクリーニングにおいて、これらの抗体を使用した。
【０３３１】
10 Ｄ３７４Ｙ変異体結合スクリーニング
ＰＣＳＫ９中のＤ３７４Ｙ変異は、ヒト集団中において文献に記載されている（例
えば、Ｔｉｍｍｓ ＫＭ ｅｔ ａｌ、 “Ａ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ＰＣＳＫ９ ｃ
、
ａｕｓｉｎｇ ａｕｔｏｓｏｍａｌ－ｄｏｍｉｎａｎｔ ｈｙｐｅｒｃｈｏｌｅｓ
ｔｅｒｏｌｅｍｉａ ｉｎ ａ Ｕｔａｈ ｐｅｄｉｇｒｅｅ”、 Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ
、
15 ｔ．１１４：３４９－３５３、 ２００４）
、 。抗体が野生型に対して特異的であり、
又はＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ形態に結合されているかどうかを測定するために、次
いで、変異Ｄ３７４Ｙを含む変異体ＰＣＳＫ９配列への結合に関して、試料をスク
リーニングした。
・・・野生型ＰＣＳＫ９に対する陽性ヒットの９６％以上が、変異
体ＰＣＳＫ９も結合した。
20 【０３３２】
大規模受容体リガンド遮断スクリーニング
ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合を遮断する抗体をスクリーニングするために、Ｄ３
７４ＹＰＣＳＫ９変異体を用いたアッセイを開発した。ＬＤＬＲに対してより高い
結合親和性を有するので、このアッセイに対して変異体を使用し、より感度が高い
25 受容体リガンド遮断アッセイの開発を可能とした。受容体リガンド遮断スクリーニ
ングでは、以下のプロトコールを使用した。スクリーニングでは、Ｃｏｓｔａｒ３
７０２培地結合３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ
ｓ）を使用した。４０μＬ／ウェルの容量で、１×ＰＢＳ／０．０５％アジ化物中、
２μｇ／ｍＬのヤギ抗ＬＤＬＲ（Ｒ＆ＤＣａｔ＃ＡＦ２１４８）でプレートを被覆し
た。４℃で一晩、プレートを温置した。次いで、Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装
5 置（Ｔｉｔｅｒｔｅｋ、、Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、、ＡＬ）を用いて、プレートを洗
浄した。３サイクルの洗浄を行った。１×ＰＢＳ／１％ミルク９０μＬでプレートを
ブロックし、室温で約３０分間温置した。次いで、Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄
装置を用いてプレートを洗浄した。３サイクルの洗浄を行った。捕捉試料は、ＬＤ
ＬＲ（Ｒ＆Ｄ、Ｃａｔ＃２１４８ＬＤ／ＣＦ）であり、４０μＬ／ウェルの容量で、
10 １×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ 中に０．４μｇ／ｍＬで添加した。次いで、
プレートを室温で１時間１０分間温置した。同時に、Ｎｕｎｃポリプロピレンプレ
ート中のハイブリドーマ枯渇上清１５μＬとともに、ビオチン化されたヒトＤ３７
４ＹＰＣＳＫ９の２０ｎｇ／ｍＬを温置し、枯渇上清濃度を１：５希釈した。次い
で、プレートを室温で約１時間３０分間事前温置した。次に、３サイクル洗浄を用
15 いて作動されるＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いて、プレートを洗浄した。
事前温置された混合物５０μＬ／ウェルを、ＬＤＬＲで被覆されたＥＬＩＳＡプレ
ート上に移し、室温で１時間温置した。ＬＤＬＲに結合されたｂ－ＰＣＳＫ９を検
出するために、アッセイ希釈液中の５００ｎｇ／ｍＬのストレプトアビジンＨＲＰ
４０μＬ／ウェルをプレートに添加した。プレートを室温で１時間温置した。再度、
20 Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いてプレートを洗浄した。３サイクルの洗
浄を行った。最後に、１工程ＴＭＢ（Ｎｅｏｇｅｎ、 Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、 Ｋ
、 、
ｅｎｔｕｃｋｙ）の４０μＬ／ウェルをプレートに添加し、室温で３０分後に、１Ｎ
塩酸の４０μＬ／ウェルを用いて消光した。Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレートリーダーを
用いて、４５０ｎｍでＯＤを直ちに読み取った。スクリーニングによって、ＰＣＳ
25 Ｋ９とＬＤＬＲウェル間での相互作用を遮断する３８４の抗体が同定され、１００
の抗体は相互作用を強く遮断した（ＯＤ＜０．３）。これらの抗体は、ＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲの結合相互作用を９０％超阻害した（９０％超の阻害）。
【０３３３】
遮断物質のサブセットに対する受容体リガンド結合アッセイ
次いで、第一の大規模受容体リガンド阻害アッセイにおいて同定された中和物質
5 の３８４にサブセットに対して、変異体酵素を用いて受容体リガンドアッセイを反
復した。３８４の遮断物質サブセットアッセイのスクリーニングでは、大規模受容
体リガンド遮断スクリーニングにおいて行われたものと同じプロトコールを使用し
た。この反復スクリーニングによって、最初のスクリーニングデータが確認された。
【０３３４】
10 この３８４メンバーのサブセットのスクリーニングによって、９０％を超えて、Ｐ
ＣＳＫ９変異体酵素とＬＤＬＲ間の相互作用を遮断する８５の抗体が同定された。
【０３３５】
野生型ＰＣＳＫ９を結合するが、Ｄ３７４Ｙ変異体を結合しない遮断物質の受容
体リガンド結合アッセイ３０００の上清の当初パネル中には、野生型ＰＣＳＫ９に
15 特異的に結合するが、ｈｕＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）変異体に結合しないことが示
された８６の抗体が存在していた。ＬＤＬＲ受容体への野生型ＰＣＳＫ９の結合を
遮断する能力に関して、これらの８６の上清を検査した。・・・
【０３３６】
スクリーニングの結果
20 記載されているアッセイの結果に基づいて、ＰＣＳＫ９との所望の相互作用を有
する抗体を産生するとして、幾つかのハイブリドーマ株が同定された。各株からク
ローンの管理可能な数を単離するために、限外希釈を使用した。ハイブリドーマ株
の数字（例えば、２１Ｂ１２）及びクローン数（例えば、２１Ｂ１２．１）によっ
て、クローンを表記した。一般に、特定の株の異なるクローン間の差は、本明細書
25 中に記載されている機能的アッセイによって検出された。２、３の事例では、機能
的アッセイにおいて異なる挙動を示した特定の株からクローンが同定された。例え
ば、２５Ａ７．１はＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲを遮断しないが、２５Ａ７．３（本明細
書において、２５Ａ７と称される。）は中和性であることが見出された。単離された
クローンを、ハイブリドーマ溶媒５０から１００ｍＬ中でそれぞれ増殖させ、枯渇
するまで増殖させた（すなわち、約１０％未満の細胞生存率）。これらの培養物の上
5 清中でのＰＣＳＫ９に対する抗体の濃度及び効力を、本明細書中に記載されている
ようなＥＬＩＳＡによって、及びインビトロ機能的検査によって測定した。本明細
書に記載されているスクリーニングの結果として、ＰＣＳＫ９に対する抗体の最も
高い力価を有するハイブリドーマを同定した。図２Ａから３Ｄ及び表２中に、選択
されたハイブリドーマが示されている。
10 【０３７３】
（実施例１０）
エピトープビニング
抗ＰＣＳＫ９抗体のビニングのために、競合ＥＬＩＳＡを使用した。要約すれば、
２つの抗体が同じエピトープのビンに属するかどうかを決定するために、一晩の温
15 置によって、２μｇ／ｍＬで、ＥＬＩＳＡプレート（ＮＵＮＣ）上に、まず抗体（ｍ
Ａｂ１）の１つを被覆した。次いで、プレートを洗浄し、３％ＢＳＡでブロックし
た。一方、ビオチン化されたｈＰＣＳＫ９の３０ｎｇ／ｍＬを、室温で２時間、第
二の抗体（ｍＡｂ２）とともに温置した。混合物を被覆されたｍＡｂ１に適用し、
室温で１時間温置した。次いで、ＥＬＩＳＡプレートを洗浄し、１：５０００の希
20 釈で１時間、Ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ－ＨＲＰ（Ｐｉｅｒｃｅ）とともに温置した。
さらなる洗浄後、ＴＭＢ基質とともにプレートを温置し、Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレー
トリーダーを用いて、シグナルを６５０ｎｍで検出した。同じ結合特性を有する抗
体を、同じエピトープビンの中にグループ分けした。抗体ビニング研究の結果が、
表８．３に示されている。
25 【０３７４】
【表１１】
【０３７７】
（実施例１１）
Ｄ３７４ＹＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲ結合を遮断する３１Ｈ４及び２１Ｂ１２の効果
5 本実施例は、ＰＣＳＫ９Ｄ３７４ＹがＬＤＬＲに結合する能力を遮断する上での、
抗体の２つに対するＩＣ５０値を提供する。緩衝液Ａ（１００ｍＭカコジル酸ナト
リウム、ｐＨ７．４）中に希釈されたヤギ抗ＬＤＬ受容体抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅ
ｍｓ）２μｇ／ｍＬで、透明な３８４ウェルプレート（Ｃｏｓｔａｒ）を被覆した。
緩衝液Ａでプレートを完全に洗浄した後、緩衝液Ｂ（緩衝液Ａ中の１％ミルク）で
10 ２時間ブロックした。洗浄後、緩衝液Ｃ（１０ｍＭＣａＣｌ ２が補充された緩衝液Ｂ）
中に希釈されたＬＤＬ受容体（Ｒ＆ＤＳｙｓｔｅｍｓ）０．４μｇ／ｍＬとともに、
プレートを１．５時間温置した。この温置と同時に、緩衝液Ａ中に希釈された３１
Ｈ４ＩｇＧ２、３１Ｈ４ＩｇＧ４、２１Ｂ１２ＩｇＧ２又は２１Ｂ１２ＩｇＧ４抗
体の様々な濃度又は緩衝液Ａのみ（対照）とともに、ビオチン化されたＤ３７４Ｙ
5 ＰＣＳＫ９の２０ｎｇ／ｍＬを温置した。ＬＤＬ受容体を含有するプレートを洗浄
し、ビオチン化されたＤ３７４ＹＰＣＳＫ９／抗体混合物をプレートに移し、室温
で１時間温置した。ＬＤＬ受容体へのビオチン化されたＤ３７４Ｙの結合は、緩衝
液Ｃ中の５００ｎｇ／ｍＬのストレプトアビジン－ＨＲＰ（Ｂｉｏｓｏｕｒｃｅ）
とともに、次いで、ＴＭＢ基質（ＫＰＬ）とともに温置することによって検出した。
10 １ＮＨＣｌを用いてシグナルを消光し、４５０ｎｍで吸光度を読み取った。
【０３７８】
この結合研究の結果が、図６Ａから６Ｄに示されている。要約すると、各抗体に対
してＩＣ ５０ 値を測定し、３１Ｈ４ＩｇＧ２に対して１９９ｐＭ（図６Ａ） ３１Ｈ４
、
ＩｇＧ４に対して１５６ｐＭ（図６Ｂ）、２１Ｂ１２ＩｇＧ２に対して１７０ｐＭ
15 （図６Ｃ）及び２１Ｂ１２ＩｇＧ４に対して１６９ｐＭ（図６Ｄ）であることが見
出された。
【０３７９】
抗体は、このアッセイにおいて、ＬＤＬＲへの野生型ＰＣＳＫ９の結合も遮断し
た。
20 【０３８０】
（実施例１２）
細胞ＬＤＬ取り込みアッセイ
本実施例は、様々な抗原結合タンパク質が細胞によるＬＤＬの取り込みを低下さ
せ得ることを示す。・・・
25 【０３８１】
細胞取り込みアッセイの結果が、図７Ａから７Ｄに示されている。要約すると、各
抗体に対してＩＣ ５０ 値を測定し、３１Ｈ４ＩｇＧ２に対して１６．７ｎＭ（図７Ａ）、
３１Ｈ４ＩｇＧ４に対して１３．３ｎＭ（図７Ｂ）、２１Ｂ１２ＩｇＧ２に対して１
３．３ｎＭ（図７Ｃ）及び２１Ｂ１２ＩｇＧ４に対して１８ｎＭ（図７Ｄ）である
ことが見出された。これらの結果は、適用された抗原結合タンパク質がＰＣＳＫ９
5 （Ｄ３７４Ｙ）の効果を低下させて、細胞によるＬＤＬの取り込みを遮断できるこ
とを示している。抗体は、このアッセイにおいて、野生型ＰＣＳＫ９の効果も遮断
した。
【０３８２】
（実施例１３）
10 ６日の研究における３１Ｈ４抗体の血清コレステロール低下効果
ＰＣＳＫ９タンパク質に対する抗体治療を介した野生型（ＷＴ）マウスにおける総
血清コレステロール（ＴＣ）低下を評価するために、以下の手順を行った。
【０３８３】
Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ、、ＭＥ）から得ら
15 れた雄のＷＴマウス（Ｃ５７ＢＬ／６系統、９から１０週齢、１７－２７ｇ）には、
実験の期間を通じて、通常の食餌（Ｈａｒｌａｎｄ－Ｔｅｋｌａｄ、 Ｄｉｅｔ２
、
９１８）を与えた。ｔ＝０において、マウスの尾静脈を通じて、１０ｍｇ／ｋｇの
レベルで、抗ＰＣＳＫ９抗体３１Ｈ４（ＰＢＳ中の２ｍｇ／ｍＬ）又は対照ＩｇＧ
（ＰＢＳ中２ｍｇ／ｍＬ）の何れかをマウスに投与した。ナイーブマウスも、ナイ
20 ーブ対照群として別に分けた。投薬群及び屠殺の時間が、表９に示されている。
【０３８４】
【表１２】
【０３８５】
表９に示されている所定の時点でのＣＯ ２ 窒息を用いて、マウスを屠殺した。大静
脈を介して、エッペンドルフチューブの中に血液を集め、室温で３０分間凝固させ
5 た。次いで、血清を分離するために、１０分間、１２、、０００×ｇでの卓上遠心機
中で、試料を遠心沈降させた。Ｈｉｔａｃｈｉ９１２臨床分析装置及びＲｏｃｈｅ
／ＨｉｔａｃｈｉＴＣ及びＨＤＬ－Ｃキットを用いて、血清総コレステロール及び
ＨＤＬ－Ｃを測定した。
【０３８６】
10 実験の結果が、図８Ａから８Ｄに示されている。要約すると、抗体３１Ｈ４が投与
されたマウスは、実験の間にわたって、減少した血清コレステロールレベルを示し
た（図８Ａ及び図８Ｂ）。さらに、マウスは減少したＨＤＬレベルを示すことも注目
される（図８Ｃ及び図８Ｄ）。図８Ａ及び図８Ｃに関して、％変化は、同じ時点での
対照ＩｇＧに対する ＊Ｐ＜０．
（ ０１、＃Ｐ＜０．０５） 図８Ｂ及び８Ｄに関して、
。 ％
15 変化は、ｔ＝０時間で、ナイーブ動物中において測定された総血清コレステロール
及びＨＤＬレベルに対する（ ＊ Ｐ＜０．０１、＃Ｐ＜０．０５）。
【０３８７】
低下したＨＤＬレベルに関して、マウス中でのＨＤＬの減少はＨＤＬの減少がヒ
トで起きることを示唆せず、この生物中での血清コレステロールが減少したことを
さらに反映するに過ぎないことが当業者に理解されることが注目される。マウスは
高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）粒子中に血清コレステロールの大半を輸送し、こ
れはＬＤＬ粒子上に殆どの血清コレステロールを有するヒトとは異なることが注目
5 される。マウスでは、総血清コレステロールの測定は、血清ＨＤＬ－Ｃのレベルを
最も近似する。マウスＨＤＬは、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬＲ）に対するリガンドであ
るアポリポタンパク質Ｅ（ａｐｏＥ）を含有しており、ＬＤＬＲによるＨＤＬの排
除を可能とする。従って、ＨＤＬを調べることは、マウスにおける、本実施例での
適切な指標である（ＨＤＬの減少は、ヒトに対しては予測されないことが理解され
10 る。。これに対して、例えば、ヒトＨＤＬは、ａｐｏＥを含有しておらず、ＬＤＬ
）
Ｒに対するリガンドではない。ＰＣＳＫ９抗体はマウス中でのＬＤＬＲ発現を増加
させるので、肝臓はより多くのＨＤＬを排除させることができ、従って、血清ＨＤ
Ｌ－Ｃレベルを低下させる。
【０３８８】
15 （実施例１４）
６日の研究における、ＬＤＬＲレベルに対する抗体３１Ｈ４の効果
本実施例は、予想されたように、抗原結合タンパク質が、経時的に、対象中のＬＤ
ＬＲのレベルを変化させることを示す。ＬＤＬＲレベルに対する抗体３１Ｈ４の効
果を確認するために、ウェスタンブロット分析を行った。実施例１３で記載した屠
20 殺されたマウスから得られた肝臓組織５０から１００ｍｇを、完全なプロテアーゼ
阻害剤（Ｒｏｃｈｅ）を含有するＲＩＰＡ緩衝液（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔ
ｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｃ．）０．３ｍＬ中において均質化した。ホモゲネートを
氷上で３０分間温置し、細胞破砕物を沈降させるために遠心した。ＢｉｏＲａｄタ
ンパク質アッセイ試薬（Ｂｉｏ Ｒａｄ ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を用いて、上
25 清中のタンパク質濃度を測定した。７０℃で１０分間、タンパク質１００μｇを変性
させ、４から１２％Ｂｉｓ－ＴｒｉｓＳＤＳ勾配ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上
で分離した。 ４５μｍＰＶＤＦ膜
０． （Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にタンパク質を移し、
室温で１時間、５％無脂肪ミルクを含有する洗浄緩衝液（５０ｍＭＴｒｉｓ ＰＨ
７．５、 １５０ｍＭＮａＣｌ、 ２ｍＭＣａＣｌ ２ 及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２
、 、
０）中でブロックした。次いで、室温で１時間、ヤギ抗マウスＬＤＬＲ抗体（Ｒ＆
5 Ｄｓｙｓｔｅｍ）１：２０００又は抗 β アクチン（ｓｉｇｍａ）１：２０００を用
いて、ブロットのプローブ検査を行った。ブロットを短時間洗浄し、ウシ抗ヤギＩ
ｇＧ－ＨＲＰ（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｃ．）１：
２０００又はヤギ抗マウスＩｇＧ－ＨＲＰ（Ｕｐｓｔａｔｅ）１：２０００ととも
に温置した。室温で１時間の温置後、ブロットを完全に洗浄し、ＥＣＬｐｌｕｓキ
10 ット（Ａｍｅｒｓｈａｍ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて、免疫反応性バンドを
検出した。ウェスタンブロットは、図９に図示されているように、抗体３１Ｈ４の
存在下でのＬＤＬＲタンパク質レベルの増加を示した。
【０３８９】
（実施例１５）
15 １３日の研究における抗体３１Ｈ４の血清コレステロール低下効果
１３日の研究において、ＰＣＳＫ９タンパク質に対する抗体治療を介した野生型
（ＷＴ）マウスにおける総血清コレステロール（ＴＣ）低下を評価するために、以
下の手順を行った。
【０３９０】
20 Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＢａｒＨａｒｂｏｒ、 ＭＥ）から得られ
、
た雄のＷＴマウス（Ｃ５７ＢＬ／６系統、９から１０週齢、１７－２７ｇ）には、
実験の期間を通じて、通常の食餌（Ｈａｒｌａｎｄ－Ｔｅｋｌａｄ、 Ｄｉｅｔ ２
、
９１８）を与えた。ｔ＝０において、マウスの尾静脈を通じて、１０ｍｇ／ｋｇの
レベルで、抗ＰＣＳＫ９抗体３１Ｈ４（ＰＢＳ中の２ｍｇ／ｍＬ）又は対照ＩｇＧ
25 （ＰＢＳ中２ｍｇ／ｍＬ）の何れかをマウスに投与した。ナイーブマウスも、ナイ
ーブ対照群として別に分けた。
【０３９１】
投薬群及び屠殺の時間が、表１０に示されている。動物を屠殺し、肝臓を摘出し、
実施例１３のとおりに調製した。
【０３９２】
5 【表１３】
【０３９３】
６日の実験を１３日の研究に延長すると、６日の研究において観察された同じ血
清コレステロール低下効果が、１３日の研究においても観察された。より具体的に
10 は、１０ｍｇ／ｋｇで投薬された動物は、３日目に、血清コレステロールの３１％
の減少を示し、１３日までに、投薬前レベルまで徐々に戻った。図１０Ａは、この
実験の結果を図示する。図１０Ｃは、３１Ｈ４の１０ｍｇ／ｋｇ用量を用いた、及
び同じく１０ｍｇ／ｋｇの別の抗体１６Ｆ１２を用いた上記手順を反復した結果を
図示している。投薬群及び屠殺の時間が、表１１に示されている。
15 【０３９５】
図１０Ｃに示されているように、１６Ｆ１２及び３１Ｈ４は何れも、単回投薬のみ
の後に、総血清コレステロールの著しく、大幅な減少をもたらし、１週以上にわた
って（１０日又はそれ以上）有益であった。反復された１３日の研究の結果は最初
の１３日の研究の結果と合致しており、３日目における２６％の血清コレステロー
ルレベルの減少が観察される。図１０Ａ及び図１０Ｂに関して、％変化は、同じ時
5 点での対照ＩｇＧに対する（ ＊ Ｐ＜０．０１）。図１０Ｃに関して、％変化は、同じ
時点での対照ＩｇＧに対する（ ＊ Ｐ＜０．０５）。
【０４２２】
（実施例２６）
インビボでＬＤＬを低下させるＰＣＳＫ９及びＡＢＰの能力に対するマウスモデ
10 ル
ヒトＰＣＳＫ９を過剰発現するマウスを作製するために、マウス中のＬＤＬ－コ
レステロールの測定可能な増加を与える正しい力価を測定するためにヒトＰＣＳＫ
９を発現するように組換え的に修飾されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の様々な
濃度を、尾静脈投与を介して３週齢ＷＴＣ５７Ｂ１／６マウスに注射した。ヒトＰ
15 ＣＳＫ９を発現するこのウイルスを用いて、ウイルスの４．５×１０Ｅ１２ｐｆｕは
循環血液中の約４０ｍｇ／ｄＬのＬＤＬ－コレステロールレベル（ＷＴマウス中の
ＬＤＬの正常レベルは、約１０ｍｇ／ｄＬである。）をもたらすことが決定された。
これらの動物中のヒトＰＣＳＫ９レベルは、約１３μｇ／ｍＬであることが見出さ
れた。この注射基準を用いて、マウスのコロニーを作製した。
20 【０４２３】
注射から１週後に、ＬＤＬ－コレステロールレベルに関してマウスを評価し、異な
る処理群へ無作為に振り分けた。次いで、尾静脈注射を介して、１６Ｆ１２、２１
Ｂ１２又は３１Ｈ４抗原結合タンパク質の１０ｍｇ／ｋｇ又は３０ｍ／ｋｇの何れ
かの単回大量瞬時注射を動物に投与した。投薬対照として、動物の別個の群にＩｇ
25 Ｇ２ＡＢＰを投与した。次いで、ＡＢＰ動物から２４及び４８時間後に、動物のサ
ブグループ（ｎ＝６から７）を安楽死させた。何れの投薬量でも、ＩｇＧ２投与後
に、ＬＤＬ－コレステロールレベルに対する影響は存在しなかった。３１Ｈ４及び
２１Ｂ１２は何れも、ＩｇＧ２対照（２つの異なる投薬量で図１４Ａ及び１４Ｂに
示されている。）と比べて、投与後最大４８時間まで（４８時間を含む。）著しいＬ
ＤＬ－コレステロール低下を示した。１６Ｆ１２は、４８時間の時点までに、約４
5 ０ｍｇ／ｄＬのベースラインに復帰するレベルで、中間のＬＤＬ－コレステロール
低下応答を示す。このデータは、３１Ｈ４と２１Ｂ１２の間でヒトＰＣＳＫ９に対
してほぼ等しい結合親和性を示し、ＰＣＳＫ９に対して１６Ｆ１２のより低い親和
性を示すインビトロ結合データ（Ｂｉａｃｏｒｅ及びＫｉｎｅｘａ）と合致してい
る。
10 【０４２６】
（実施例２７）
３１Ｈ４及び２１Ｂ１２は、ＰＣＳＫ９のＰｒｏＣａｔ領域に結合する
本実施例は、様々な抗体がＰＣＳＫ９のどこに結合するかを決定するための１つ
の方法を記載する。
15 【０４２７】
ＰＣＳＫ９タンパク質のＰｒｏＣａｔ（配列番号３の３１から４４９）又はＶドメ
イン（配列番号３の４５０から６９２）を、抗体３１Ｈ４又は２１Ｂ１２の何れか
と組み合わせた。複合体の形成に関して、非変性ＰＡＧＥによって、試料を分析し
た。図１６Ａ及び図１６Ｂから明らかなように、ＰｒｏＣａｔ／３１Ｈ４及びＰｒ
20 ｏＣａｔ／２１Ｂ１２試料に関してゲルシフトが存在し、抗体がＰｒｏＣａｔドメ
インに結合したことを示す。
【０４２８】
（実施例２８）
ＬＤＬＲＥＧＦａドメインは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合する本実施例は、
25 ２．９オングストロームの分解能で（以下の実施例に記載されている条件）、ＬＤＬ
ＲＥＧＦａドメイン（２９３から３３４）に結合されたＰＣＳＫ９ＰｒｏＣａｔ（配
列番号３の３１から４５４）の解明された結晶構造を表す。
【０４２９】
ＥＧＦａに結合されたＰＣＳＫ９の構造の図解が、図１７に示されている。結晶構
造（及び図１７中のその図解）は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインがＰＣＳＫ９の触
5 媒ドメインに結合することを明らかにする。さらに、ＰＳＣＫ９とＥＧＦａの相互
作用は、図１７に図示されている構造中の残基Ｄ３７４とＳ１５３の間にあるＰＣ
ＳＫ９の表面を横切って起こるようである。
【０４３０】
ＬＤＬＲＥＧＦａドメインとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残
10 基が、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９残基とし
て定義された。コア残基は、以下のとおりである。Ｓ１５３、Ｉ１５４、Ｐ１５５、
Ｒ１９４、Ｄ２３８、Ａ２３９、Ｉ３６９、Ｓ３７２、Ｄ３７４、Ｃ３７５、Ｔ３
７７、Ｃ３７８、Ｆ３７９、Ｖ３８０及びＳ３８１。
【０４３１】
15 ＬＤＬＲＥＧＦａドメインとの相互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基は、
ＥＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロームに存在するＰＣＳ
Ｋ９残基として定義された。境界残基は、以下のとおりである。Ｗ１５６、Ｎ１５
７、Ｌ１５８、Ｅ１５９、Ｈ１９３、Ｅ１９５、Ｈ２２９、Ｒ２３７、Ｇ２４０、
Ｋ２４３、Ｄ３６７、Ｉ３６８、Ｇ３７０、Ａ３７１、Ｓ３７３、Ｓ３７６及びＱ
20 ３８２。下線が付された残基は、ＰＣＳＫ９内にほぼ埋没し、又は完全に埋没して
いる。
【０４３２】
当業者に理解されるように、本実施例から得られた結果は、ＰＣＳＫ９とＥＧＦａ
が相互作用することを示している。従って、これらの残基の何れかと相互作用し、
25 又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤ
ＬＲ一般）との間の相互作用を阻害する抗体として有用であり得る。幾つかの実施
形態において、ＰＣＳＫ９に結合された場合に、上記残基の何れかと相互作用し若
しくは遮断する抗体、又は上記残基の１５から８、８、８から５若しくは５オング
ストロームにある抗体は、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合の有用な阻害を与えるもの
と想定される。
5 【０４３８】
（実施例３０）
２１Ｂ１２は、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合し、３１Ｈ４と異なる結合部位を
有し、３１Ｈ４と同時にＰＣＳＫ９に結合することができる。
【０４３９】
10 本実施例は、２．８オングストロームの分解能で測定された（以下の実施例に記載
されている条件）、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２のＦａｂ断片に結合されたＰＣＳＫ９
ＰｒｏＣａｔ（配列番号３の３１から４４９）の結晶構造を表す。図１９Ａ及び１
９Ｂに図示されているこの結晶構造は、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２がＰＣＳＫ９上に
異なる結合部位を有すること、両抗原結合タンパク質はＰＣＳＫ９に同時に結合で
15 きることを示す。構造は、２１Ｂ１２はＰＣＳＫ９の触媒ドメイン由来のアミノ酸
残基と相互作用することを示す。この構造において、ＰＣＳＫ９と３１Ｈ４の間の
相互作用は上に観察されたものと類似している。
【０４４０】
２１Ｂ１２との相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基が、２１Ｂ１
20 ２タンパク質の５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９残基として定義され
た。コア残基は、以下のとおりである。Ｓ１５３、Ｓ１８８、Ｉ１８９、Ｑ１９０、
Ｓ１９１、Ｄ１９２、Ｒ１９４、Ｅ１９７、Ｇ１９８、Ｒ１９９、Ｖ２００、Ｄ２
２４、Ｒ２３７、Ｄ２３８、Ｋ２４３、Ｓ３７３、Ｄ３７４、Ｓ３７６、Ｔ３７７
及びＦ３７９。
25 【０４４３】
当業者によって理解されるように、実施例３０から得られる結果は、ＰＣＳＫ９に
対する抗体結合タンパク質のどこがＰＣＳＫ９に対して相互作用できるか、及びＥ
ＧＦａとの（従って、ＬＤＬＲとの）相互作用からＰＣＳＫ９をなお遮断できるこ
とを示す。従って、これらのＰＣＳＫ９残基の何れかと相互作用し、又はこれらの
残基の何れかを遮断する抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９とＥＧＦａ（従って、
5 ＬＤＬＲ）の相互作用を阻害する抗体として有用であり得る。従って、幾つかの実
施形態において、上記残基の何れかと相互作用し、又は上記残基の５オングストロ
ーム以内の残基と相互作用する抗体は、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合の有用な阻害
を提供するものと想定される。同様に、上記残基の何れかを遮断する抗原結合タン
パク質（例えば、競合アッセイを介して測定することができる。）は、ＰＣＳＫ９／
10 ＬＤＬＲ相互作用の阻害のためにも有用であり得る。
【０４４４】
（実施例３１）
ＥＧＦａ、ＰＣＳＫ９及び抗体の間の相互作用
上例から得られた三次複合体（ＰＣＳＫ９／３１Ｈ４／２１Ｂ１２）の構造をＰＣ
15 ＳＫ９／ＥＧＦａ構造（実施例２８に記載されているとおりに決定された。 上に重
）
ね合わせ、この組み合わせの結果が図２０Ａに図示されている。この図は、ＥＧＦ
ａとのＰＣＳＫ９相互作用を阻害するように有用に標的化することができるＰＣＳ
Ｋ９上の領域を示す。図は、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２が何れも、ＬＤＬＲのＥＧＦ
ａドメインの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害する
20 ことを示している。さらに、構造から明らかなように、２１Ｂ１２は、ＬＤＬＲＥ
ＧＦａドメインへの結合に特異的に関与しているアミノ酸残基のサブセットと直接
相互作用する。
【０４４５】
上述のように、結晶構造の分析によって、ＰＣＳＫ９と対タンパク質（コア及びＰ
25 ＣＳＫ９表面上の界面の境界領域）間の相互作用に関与している特異的アミノ酸及
びこれらの対タンパク質がＰＣＳＫ９と相互作用する空間的必要条件が同定された。
この構造は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を阻害する方法を示唆する。第一
に、上述のように、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの結合部位と共通する残基を共有
しているＰＣＳＫ９への因子の結合は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を阻害
する。第二に、共通の残基の外側に結合する因子は、ＥＧＦａドメインに対してＮ
5 末端又はＣ末端にあるＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン又は領域を立体的に妨害して、
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を妨害することができる。
【０４４６】
幾つかの実施形態において、ＥＧＦａ結合に関与し、且つ上記抗原結合タンパク質
が結合する領域に近い残基は、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合を操作するのに特に
10 有用である。例えば、異なる結合対に対してコア領域と境界領域の両領域中の共通
する界面由来のアミノ酸残基が、下表１２に列記されている。ＰＣＳＫ９タンパク
質内に完全に埋没されているアミノ酸残基に、下線が付されている。
【０４４７】
【表１５】
【０４４８】
当業者によって理解されるように、幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク
質は、上記残基の少なくとも１つに結合し、及び／又は遮断する。
【０４８９】
（実施例３７）
エピトープマッピング－ビニング
5 実施例１０中の組に加えて、ビニング実験の別の組を実施した。実施例１０におけ
ると同様に、互いに競合するＡＢＰは、標的上の同じ部位に結合するものと考える
ことができ、一般的な語法では、互いに「ビン」を形成していると言われる。
【０４９０】
Ｊｉａ他（Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ、 ２８８ （２０
、
10 ０４） ９１－９８）によって記載された多重化ビニング法の改変を使用した。室温
で１時間、暗所にて、０．５μｇ／ｍＬビオチン化一価マウス抗ヒトＩｇＧ捕捉抗体
（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、 ＃５５５７８５）
、 １００μＬ中で、ストレプトアビ
ジンによって被覆されたＬｕｍｉｎｅｘビーズの各ビーズコードを温置し、次いで、
ＰＢＳＡ（１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を加えたリン酸緩衝化生理的食塩水
15 （ＰＢＳ））で３回洗浄した。２μｇ／ｍＬ抗ＰＣＳＫ９抗体（ＣｏａｔｉｎｇＡｎ
ｔｉｂｏｄｙ）１００μＬとともに、各ビーズコードを別々に１時間温置した後、Ｐ
ＢＳＡで３回洗浄した。ビーズをプールした後、９６ウェルフィルタープレート（Ｍ
ｉｌｌｉｐｏｒｅ、、＃ＭＳＢＶＮ１２５０）に分配した。２μｇ／ｍＬの精製され
たＰＣＳＫ９タンパク質１００μＬをウェルの半分に添加した。緩衝液を対照とし
20 て他の半分に添加した。反応を１時間温置した後、洗浄した。２μｇ／ｍＬ抗ＰＣＳ
Ｋ９抗体（ＤｅｔｅｃｔｉｏｎＡｂ）１００μＬを全てのウェルに添加し、１時間温
置し、次いで、洗浄した。別の対象として、無関係のヒトＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ、、
＃００９－０００－００３）を走行させた。各ウェルに、ＰＥ連結された一価マウ
ス抗ヒトＩｇＧ（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、、＃５５５７８７）２０μＬを添加
25 し、１時間温置し、次いで、洗浄した。ＰＢＳＡ１００μＬ中にビーズを再懸濁し、
最低１００事象／ビーズコードをＢｉｏＰｌｅｘ装置（ＢｉｏＲａｄ）上で収集し
た。
【０４９１】
ＰＣＳＫ９を含有する対応する反応のシグナルから、ＰＣＳＫ９なしでの抗体対
の中央値蛍光強度（ＭＦＩ）を差し引いた。抗体対が同時に（従って、異なるビン
5 に）結合したと考えられるためには、差し引かれたシグナルは、それ自身と競合す
る抗体のシグナルより３倍大きく、且つ無関係の抗体と競合する抗体のシグナルよ
り３倍大きくなければならなかった。
【０４９２】
上記から得られたデータは、図２３Ａから２３Ｄに図示されている。ＡＢＰは、５
10 つのビンに属した。影が付いた枠は、ＰＣＳＫ９へ同時に結合することができるＡ
ＢＰを示している。影が付いていない枠は、結合に関して互いに競合するＡＢＰを
示している。結果の要約が、表３７．１に示されている。
【０４９３】
【表１７】
【０４９４】
ビン１（ＡＢＰ２１Ｂ１２と競合する。）及び３（３１Ｈ４と競合する）は、互いに
排他的であり、ビン２はビン１及び３と競合し、並びにビン４はビン１及び３と競
合しない。この実施例において、ビン５は、他のビンに適合するＡＢＰを記載する
5 ために、
「キャッチオール」ビンとして表される。従って、ビンのそれぞれの中の上
記ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９上のエピトープ位置の異なる種類の代表であり、それらの
幾つかは互いに重複する。
【０４９５】
当業者によって理解されるように、基準ＡＢＰがプローブＡＢＰの結合を妨げる
10 のであれば、抗体は同じビン中にあると称される。ＡＢＰが使用される順序が重要
であり得る。ＡＢＰＡが基準ＡＢＰとして使用され、ＡＢＰＢの結合を遮断すれば、
逆は必ずしも真ではない。基準ＡＢＰとして使用されるＡＢＰＢは必ずしもＡＢＰ
Ａを遮断しない。ここで役割を果たしている多数の因子が存在する。ＡＢＰの結合
は、標的中の立体構造の変化を引き起こすことができ、これは、第二のＡＢＰの結
15 合を妨げ、又は互いに重複するが、互いを完全に封鎖しないエピトープは、結合を
可能とするのに十分な標的との高親和性相互作用を第二のＡＢＰがなお有すること
を可能にし得る。ずっと高い親和性を有するＡＢＰは、遮断するＡＢＰを押し出す
より大きな能力を有し得る。一般に、何れの順序においても競合が観察されれば、
ＡＢＰは互いにビンであると称され、両ＡＢＰが互いに遮断することができれば、
20 エピトープはより完全に重複する可能性がある。
【０５２１】
表３９．５は、様々な抗体に対するヒットの全ての要約を示している。
【０５２２】
【表２２】
【０５２３】
これらの残基が関連するエピトープの一部又は全部をどのようにして形成するか
をさらに調べるために、上記位置を様々な結晶構造モデル上にマッピングし、結果
5 が図２７Ａから２７Ｅに示されている。・・・
【０５２６】
図２７Ｄは、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２抗体とのＰＣＳＫ９の結晶構造上にマッピ
ングされた、１２Ｈ１１エピトープヒットを図示する。構造は、ＰＣＳＫ９残基を
以下のように同定する。薄い灰色は、変異を受けていない残基を示し（構造上に明
10 示されている残基を除く。 、より濃い灰色は変異を受けた残基を示す（それらの一
）
部は発現できなかった。 。
）（図の上に示されている影に関わらず）明示されている残
基を検査し、ＥＣ５０及び／又はＢｍａｘの有意な変化を得た。１２Ｈ１１は、上
に記載されているビニングアッセイにおいて、２１Ｂ１２及び３１Ｈ４と競合する。
（別紙２）
※ 以下の甲１の該当箇所（ページ数・行数は原文による）を摘記するときは、
例えば、「甲１－１」と略記する。
5 １ 第４１３頁要約
「 プロタンパク質コンベルターゼサブチリシンケキシンタイプ９（PCSK9）は、
定義づけされてはいない機序を通じて、表面低密度リポタンパク質（LDL）受容体
の数を低下させる。
・・・バイオセンサーの研究は、PCSK9 が、LDL 受容体の細胞
外ドメインと、血漿の中性 pH では Kd＝170nM で、エンドソームの酸性 pH では
10 １nM 程度の低さの Kd で結合することを示す。D374Y 機能獲得型変異体は、高コ
レストロール血症及び心血管疾患の早期発症と結び付けられ、中性 pH において野
生型 PCSK9 よりも２５倍強く受容体に結合し、酸性 pH においてもっぱら高親和
性複合体であり続ける。PCSK9 は、直接的結合を必要とするが、必ずしも受容体タ
ンパク質分解を必要としない機序によって LDL 受容体を減少させ得る。」
15 ２ 第４１３頁左欄１～２１行
「 家族性高コレステロール血症は、肝臓コレステロール除去における欠陥、血
漿 LDL コレステロール（LDL-C）の上昇したレベル、及び、心血管疾患の早期発
症を引き起こす変異の結果を生じる。
・・・近年、家族性高コレステロール血症に関
連する第３の遺伝子座が見出された：それは、セリンプロテアーゼである PCSK9
20 をコードする遺伝子であった。そのタンパク質は、肝臓において主に発現され、未
詳の機序によって細胞表面 LDLR の数を低下させる。PCSK9 の機能獲得型変異は、
複数の個体群における臨床試験を通じて特徴づけられ、LDLR の数のより激しい減
少とそれに伴う高コレステロール血症を引き起こす。機能喪失型変異は、増大した
受容体の数を導き、循環血中からの LDL-C の除去が増え、心血管疾患のリスクが
25 減少する。このように、PCSK9 は、脂質異常症の治療的な介入のための魅力的な新
しいターゲットとみなされている。そして、この魅力は次の証拠によってさらに高
められている。すなわち、PCSK9 によってもたらされる脂質低下効果は、コレステ
ロールの生合成阻害薬として広く用いられているスタチンによってもたらされる脂
質低下効果と相乗効果がある。このことは、PCSK9 の阻害剤は、それら既存の治療
を向上させる利点があることを示唆する。」
5 ３ 第４１３頁左欄２２～２５行
「 PCSK9（又は NARC-1、文献１１）は、プロタンパク質コンベルターゼファ
ミリーの９番目の既知のメンバーである。コンベルターゼチモーゲンは常に、N-末
プロドメイン、サブシチリン様触媒ドメイン及び C-末ドメインを有する。」
４ ４１６頁図４
10 「 図４ C-末ドメインの構造及び配向。・・・（ｄ）触媒ドメインとともに重ね合
わせられた PCSK9 及びフリンのステレオビュー。グレイ、フリン；赤、PCSK9 P’
ペプチド；黄色、PCSK9 の触媒ドメイン（449 で終わる）
；シアン、PCSK9 C-末
ドメイン（453 から始まる）；マゼンタ、空間充填、セリン 386．いくつかの他の
PCSK9 残基が表示されている。」
15 ５ ４１７頁左欄１～２０行
「 LDLR の PCSK9 結合の生物物理学的分析
分泌された PCSK9 は、ヒト肝細胞表面と相互作用し、LDLR とともに免疫
沈降され得る。非変性条件下で SDS-PAGE に供した LDLR の組換え細胞外ドメイ
ン（ECD）のリガンドブロッティングはまた、LDLR ECD が PCSK9 に直接結合
することを示した。・・・最も重要なことに、これらの研究は、エンドソームの pH
において、PCSK9 が LDLR に（１７０倍もの）より大きく増大した親和性で結合
することを示す。」
5 ６ ４１７頁左欄２８～４１行
「 機能獲得型変異
ヒト PCSK9 における機能獲得型変異は、家族性高コレステロール血症と関
連する。特に、D374Y 変異体は、LDLR 数の減少において野生型 PCSK9 よりも約
１０倍活性が高い。我々は、D374Y 及び２つの他の機能獲得型変異体を過剰発現さ
10 せ、精製し、SPR によって LDLR ECD へのそれらの結合を試験した（表１）。pH
７．５において D374Y は LDLR の細胞外ドメイン（ECD）に対して、野生型 PCSK9
よりも２５倍大きい親和性（Kd＝６nM）を示した。さらに、pH５．４では、D374Y
は、１．６nM の Kd を有する単一の結合様式を有した（表１）。野生型 PCSK9 の
うちの５０％が酸性 pH において４２nM の Kd を有したことから、結合のこの部分
15 は、D374Y 変異体の場合に２５倍強められる。D374Y 変異体による LDLR を低下
させる効果の増大は、その LDLR ECD への結合が強化されることにより生じる
ものであることを、この結果は強く示唆する。」
７ ４１７頁表１
20 「表１ 固定化された LDLR ECD に結合する PCSK9 及び変異体の親和性
それぞれの値は、３～４回の決定の平均を表し、標準偏差とともに示す。ａ ２つ
の値は、データが、モデルを結合部位又は立体構造の２つの集団とフィットするこ
とを示す；各集団の割合は、括弧の中に示される。」
８ ４１８頁左欄１～１７行
「 PCSK9 による LDLR 低下
5 LDLR の細胞外ドメインは、７つの LDLR タイプ A モジュール（LA1～LA7）、
続いて、２個の上皮増殖因子（EGF）反復、YWTD β-プロペラドメイン、別の EGF
反復及び高度にグリコシル化された５８残基のセグメントを含む。中性 pH では、
LDL 粒子は、LA3～LA5 モジュールに主に結合する。LA モジュールはしばしば、
３つの保存された Ca２+結合酸性残基をタンパク質-タンパク質相互作用のために使
10 用する。細胞表面の LDLR への LDL の結合は、LDL と結合した受容体のエンドソ
ーム区画内への細胞内取り込みへと続き、そこで、酸性 pH が立体構造変化を促し、
それが LDLR の LA3－LA5 モジュールとβ-プロドメインの間の自己会合を導く。
この再編成は、結合した LDL の放出、及び、リガンドが結合していない LDLR の
細胞表面へのリサイクリングに助力し、そこで、エンドソームにおいて遊離された
15 LDL は、リソームにおいて分解される。通常は、LDLR は、細胞内取り込み及びリ
サイクリングの迅速なプロセスを受けるが、エンドソーム中で結合したリガンドを
放出しないいくつかの LDLR 変異体は、細胞表面へとリサイクルされない。」
９ ４１８頁左欄１８～２８行
「 リガンド－ブロッティング実験は、PCSK9 が、LDLR の細胞外ドメインに直
20 接結合することを示している。 ・
・ ・従って、D374Y の増大した LDLR 低減効果は、
細胞表面 LDLR への強化された結合により実際に生じ得る。」
１０ ４１８頁左欄２９～右欄６行
「 PCSK9 は、LDLR とともにエンドソームに移動し、このことは、LDLR と
結合した PCSK9 が、LDL のように、受容体をこの酸性区画へとともに移動するこ
25 とを示唆する；しかしながら、LDL と LDLR との結合が弱まるのとは対照的に、
PCSK9 と LDLR との親和性はエンドソームにおいて増大し得る。PCSK9 を放出
しそこなうことが、受容体がリサイクルすることを妨げ、LDLR の細胞表面の数を
減少させ得る。D374Y 変異体は、LDLR に、PCSK9 の野生型よりも強くさえ結合
するのであり、このことは、LDLR の減少における増大した活性を説明し得る。」
１１ ４１８頁右欄１０～１７行
5 「 PCSK９が未同定のパートナーと相互作用して、プロドメインの放出を促し、
LDLR 低下のためのプロテアーゼとして PCSK9 を活性化するかどうかは未解決の
問題である。組換え及び血漿 PCSK9 におけるプロドメインの保持は、プロドメイ
ン S127R 変異体の増強した LDLR 結合を併せると、プロドメインが LDLR 結合に
貢献することを示唆する。プロドメインと触媒ドメインでは、活性に不十分であり、
10 これは、全３個のドメインが、LDLR に対する広範な結合表面を形成することに関
与することを示唆する。」
１２ ４１８右欄２３～３２行
「 遺伝的証拠は、PCSK9 が心血管疾患の治療のための魅力的な標的であること
を示唆する。理論の上では、PCSK9 の自己プロセシング及び分泌を阻害し、PCSK9
15 の機能喪失型変異と同様の効果を奏する細胞透過性のプロテアーゼ阻害剤によって
PCSK9 を標的とすることができるのかもしれない。血漿中での LDLR との結合、
及び、受容体依存性の細胞内への取り込みが、ほぼ PCSK9 の機能の速度決定ステ
ップであるため、血漿中の PCSK9 に結合し、その LDLR との結合を阻害する抗体
や低分子も PCSK9 の機能の効果的な阻害剤となり得る。ここで報告した我々の構
20 造、特に PCSK9-LDLR 複合体の構造は、最終的には、新たな治療のデザインのた
めに有用となるであろう。」
（別紙３）
１ 「３． 私は、ｈＰＣＳＫ９に特異的に結合する様々な抗体が２つの参照抗体
（それぞれ、２１Ｂ１２抗体および３１Ｈ４抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可
変軽鎖（ＶＬ）領域を含む）と競合する能力を試験するように、リジェネロン
5 の代理人から求められた。 （１頁２８～３２行）
」
２ 「４．１ リジェネロン抗体
我々は、リジェネロンの【Ｇ】博士から、以下の名称によって命名された
６３個の異なるモノクローナル抗体を受領した・・・
４．２ アムジェン抗体
10 私は、ＩｎＳＣＲＥＥＮｅＸの【Ｈ】博士から、９Ｃ９、３Ｂ６、２７Ｂ
２、２１Ｂ１２、および３１Ｈ４と命名された５つのモノクローナル抗体を受
領した。・・・」（２頁１行～３頁１９行）
３ 「５．１ ＰＣＳＫ９へのＭＡｂ（訳注：モノクローナル抗体）の結合
・・・
15 リジェネロンおよびアムジェン由来の抗体をＰＢＳで希釈して３８４ウェル
ＥＬＩＳＡプレート上に室温にて１時間コーティングした（グライナー（Ｇｒ
ｅｉｎｅｒ#７８１０６１、＞５μｇ／ｍｌ、３０μｌ／ウェル）。プレート上
のコーティングされていない（抗体なしの）ウェルをネガティブコントロール
として用いた。Ｈ ２Ｏ（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）でプレートを洗浄す
20 ることによってコーティングしていない抗体を除去した後に、２％のＢＳＡ溶
液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）を用いてＥＬＩＳＡプレートのブロッ
キングを室温で３０分間行なった（８０μｌ／ウェル） ブロッキング溶液が除
。
去された時点で、ＰＣＳＫ９（ＩｎＳＣＲＥＥＮｅＸから受領）を、２連で（ｉ
ｎ ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）それぞれの固定化抗体に加えた（３０μｌ／ウェル、
25 ０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含む２％のＢＳＡ溶液中、５μｇ／ｍｌ）。ネガ
ティブコントロールとして、２％のＢＳＡ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０
含有）を２連で（ｉｎ ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）それぞれの固定化抗体に加えた。
溶液を室温にて４５分間インキュベートした。Ｈ ２ Ｏ（０．０５％のＴｗｅｅｎ
２０含有）を用いたプレートの洗浄後、捕捉された抗原（Ｍｙｃ－タグ付き－
ＰＣＳＫ９）を、ＨＲＰが結合した抗－Ｍｙｃ抗体（２％のＢＳＡ溶液（０．
5 ０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）中に１：１０、００００希釈、３０μｌ／ウェ
ル）を用いて室温にて１．５時間検出した。さらなる洗浄ステップの後に、Ｔ
ＭＢ（３０μｌ／ウェル）を添加して、３０μｌのＨ ２ ＳＯ４（０．５Ｍ）でＨ
ＲＰ反応を止める前に室温にて２０分間インキュベートした。吸光度を４５０
ｎｍ（基準波長６２０ｎｍ）で測定した。
10 吸光度の値に基づいて、同一の測定値の算術平均値および標準偏差を計算し
た。
この実験結果を、資料Ｂ１として添付した表の２列目に示す。ＰＣＳＫ９あ
り／なしの結合シグナルを比較した場合に＜１０のシグナル・ノイズ比が検出
された場合は、当該ＭＡｂ（訳注：モノクローナル抗体）は、
「可溶性ＰＣＳＫ
15 ９に結合しない」と考えられ、赤で強調した。ＰＣＳＫ９あり／なしの結合シ
グナルを比較した場合に＞１０のシグナル・ノイズ比が検出された場合は、当
該ＭＡｂは「可溶性ＰＣＳＫ９に結合する」と考えられ、陰影で強調した。」
（４
頁８行～５頁１０行）
４ 「５．２ ＰＣＳＫ９への結合に関する３１Ｈ４または２１Ｂ１２との競合
20 ・・・
リジェネロンおよびアムジェン由来の抗体をＰＢＳで希釈して、３８４ウェ
ルＥＬＩＳＡプレート上に室温にて１時間コーティングした（グライナー（Ｇ
ｒｅｉｎｅｒ）#７８１０６１、＞５μｇ／ｍｌ、３０μｌ／ウェル）。プレー
ト上のコーティングされていない（抗体なしの）ウェルをネガティブコントロ
25 ールとして用いた。Ｈ ２ Ｏ（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）でプレートを洗
浄することによってコーティングしていない抗体を除去した後に、２％のＢＳ
Ａ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）を用いてＥＬＩＳＡプレートのブ
ロッキングを室温にて３０分間行なった（８０μｌ／ウェル） ブロッキング溶
。
液が除去された時点で、ＰＣＳＫ９（ＩｎＳＣＲＥＥＮｅＸから受領）を、２
連で（ｉｎ ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）それぞれの固定化抗体に加えた（３０μｌ
5 ／ウェル、０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含む２％のＢＳＡ溶液中、５μｇ／
ｍｌ）。ネガティブコントロールとして、２％のＢＳＡ溶液（０．０５％のＴｗ
ｅｅｎ２０含有）を２連で（ｉｎ ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）それぞれの固定化抗
体に添加した。溶液を室温にて４５分間インキュベートした。Ｈ ２ Ｏ（０．０
５％のＴｗｅｅｎ２０含有）を用いたプレートの洗浄後、捕捉された抗原を、
10 ビオチン化２１Ｂ１２またはビオチン化３１Ｈ４抗体（３０μｌ／ウェル、０．
０５％のＴｗｅｅｎ２０含む２％のＢＳＡ溶液中、１．２５μｇ／ｍｌ）の添
加により、室温にて４５分間検出した。さらなる洗浄ステップの後に、ストレ
プトアビジン－ＨＲＰ試薬を添加して（３０μｌ／ウェル、０．０５％のＴｗ
ｅｅｎ２０含む２％のＢＳＡ溶液中に１：５０００希釈） 室温にて４５分間イ
、
15 ンキュベートした。プレートを再度洗浄して、ＴＭＢを添加して（３０μｌ／
ウェル）、３０μｌのＨ ２ＳＯ ４（０．５Ｍ）でＨＲＰ反応を止める前に室温にて
２０分間インキュベートした。吸光度を４５０ｎｍ（基準波長６２０ｎｍ）で
測定した。
吸光度の値に基づいて同一の測定値の算術平均値および標準偏差を計算した。
20 ２１Ｂ１２抗体の固定化抗体の両立性を、それぞれの個々の結合シグナルを２
１Ｂ１２抗体と固定化３１Ｈ４抗体の結合シグナル（１００％）に標準化する
ことによって定量化した。３１Ｈ４抗体と固定化抗体の両立性を、それぞれの
個々の結合シグナルを３１Ｈ４抗体と固定化２１Ｂ１２抗体の結合シグナル
（１００％）に標準化することによって定量化した。
25 この実験結果を、資料Ｂ１として添付した表の左から３列目（２１Ｂ１２抗
体について）および左から４列目（３１Ｈ４抗体について）に示す。
私は、本件特許１の請求項１および本件特許２の請求項１が、他の抗体が参
照抗体の一方と“競合する抗体”であると考えられるために達成すべき、クレ
ームされた抗体と参照抗体の結合の阻害、すなわち競合、に関する特定の値を
示していないことに、注意が必要であると考える。上述したとおり、３１Ｈ４
5 抗体と固定化抗体の両立性は、それぞれの個々の結合シグナルを、３１Ｈ４抗
体と固定化２１Ｂ１２抗体の結合シグナル（１００％）に標準化することによ
って定量化された。しかしながら、添付した資料Ｂ１から明らかなように、Ｐ
ＣＳＫ９抗体の代わりにＢＳＡが固定化された場合、残っている蛍光（バック
グランドコントロール）は、それぞれ３％および４％のシグナルの２１Ｂ１２
10 結合両立性または３１Ｈ４結合両立性となった。したがって、シグナルが約３％
に減少した場合は完全な競合が達成される。そのような根拠から、私は、２１
Ｂ１２または３１Ｈ４のいずれかと＜５０％の結合両立性を有するＭＡｂ（訳
注：モノクローナル抗体）を競合抗体とすることが合理的であると考えた。資
料Ｂ１として添付した表の左から３列目（２１Ｂ１２抗体について）および左
15 から４列目（３１Ｈ４について）において、競合抗体を陰影によって強調する。」
（５頁１１行～７頁２行）。
５ 「５．３ ＰＣＳＫ９へのＬＤＬＲの結合の中和
・・・
ＬＤＬ－ＲをＰＢＳで希釈して、３８４ウェルＥＬＩＳＡプレート上に４℃
20 にて１６時間コーティングした（グライナー（Ｇｒｅｉｎｅｒ）#７８１０６１、
１μｇ／ｍｌ、３０μｌ／ウェル）。プレート上のコーティングされなかった
（抗原なしの）ウェルをネガティブコントロールとして用いた。コーティング
しなかった抗原の除去後、ＥＬＩＳＡプレートのブロッキングを、２％のＢＳ
Ａ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）を用いて室温にて２時間行なった
25 （８０μｌ／ウェル）。それから、プレートを２％のＢＳＡ溶液（０．０５％の
Ｔｗｅｅｎ２０含有）で洗浄した。
その間に、リジェネロンおよびアムジェン抗体の希釈系列を調製した（２％
のＢＳＡ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）中、２０μｇ／ｍｌ、２μ
ｇ／ｍｌ、０．２μｇ／ｍｌ、および０μｇ／ｍｌ）。５０μｌのそれぞれの抗
体希釈を、９６ウェルプレートにおいて、５０μｌのＰＣＳＫ９（リジェネロ
5 ン由来）に添加して（２％のＢＳＡ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）
中、１μｇ／ｍｌ）、室温にて１時間、プレインキュベートした。プレインキュ
ベーション後、それぞれの抗体：抗原混合物を、洗浄したＥＬＩＳＡプレート
（３０μｌ／ウェル）へ移し、室温にて１時間インキュベートした。 ２ Ｏ
Ｈ （０．
０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）を用いたプレートの洗浄後、抗－Ｍｙｃ抗体（３
10 ０μｌ／受ける、２％のＢＳＡ溶液（０．０５％のＴｗｅｅｎ２０含有）中に
１：１０００希釈）を用いて、ＰＣＳＫ９を室温にて１時間検出した。プレー
トを再洗浄して、ＴＭＢを添加して（３０μｌ／ウェル）、３０μｌのＨ ２ＳＯ
（０．
４ ５Ｍ）でＨＲＰ反応を止める前に室温にて２０分間インキュベートした。
吸光度を４５０ｎｍ（基準波長６２０ｎｍ）で測定した。
15 抗体の不存在下でのＰＣＳＫ９結合シグナルを１００％に標準化した。抗体
の存在下での残っているＰＣＳＫ９結合シグナルをそれに従って計算した。最
も高い抗体濃度でのＰＣＳＫ９結合活性が≦６０％ならば、抗体は中和すると
考えられた。
これらの実験において観察される「ＬＤＬ－Ｒに対するＰＣＳＫ９活性」の
20 数値は、１０μｇ／ｍｌのＭａｂ、１μｇ／ｍｌのＭａｂ、０．１μｇ／ｍｌ
のＭａｂおよび０μｇ／ｍｌのＭａｂに関して、それぞれ、資料Ｂ１の表の６
～９列目に示される。私は、本件特許１の請求項１および本件特許２の請求項
１には、ＰＣＳＫ９へのＬＤＬＲの結合の減少に関して観測される必要のある
特定の値が示されていないことに注意するべきであると考える。しかしながら、
25 結果を分類する目的のために、中和または非中和として抗体を定義するための
閾値を選択する必要があった。私は、１０μｇ／ｍｌの濃度でＬＤＬ－Ｒへの
ＰＣＳＫ９の結合を少なくとも４０％減少させるＭＡｂ（すなわち、ＬＤＬＲ
へ結合している残りのＰＣＳＫ９が６０％よりの高いＭＡｂ）を「中和」と呼
ぶことが合理的であると考えた。同様に、１０μｇ／ｍｌのＭＡｂで、ＬＤＬ
Ｒへ結合する残りのＰＣＳＫ９が最大レベルの６０％より高い場合（すなわち、
5 ＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲ結合の減少が４０％未満である）、ＭＡｂを非中和と呼
ぶこととした。資料Ｂ１の表の左から５列目のカラムにおいて、中和ＭＡｂを
陰影で強調する。 （７頁３行から８頁２０行）
」
（資料Ｂ１）