平成19(行ケ)10345審決取消請求事件

平成１９年（行ケ）第１０３４５号 審決取消請求事件
平成２０年１１月１９日判決言渡，平成２０年１０月１５日口頭弁論終結
判 決
原 告 エンゾー バイオケム インコーポレイテッド
訴訟代理人弁理士 浜田治雄
被 告 特許庁長官
指定代理人 鵜飼健，小暮道明，北村明弘，森山啓
主 文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１ 請求
特許庁が不服２０００−１３５６２号事件について平成１９年６月５日にした審
決を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，原告が特許出願をして拒絶査定を受け，これを不服として審判請求をし
たところ，請求が成り立たないとの審決がされたので同審決の取消しを求める事案
である。
１ 特許庁における手続の経緯
原告は，発明の名称を「増幅捕捉アッセイ」とする発明について，平成２年１２
月２８日（パリ条約による優先権主張：１９８９年１２月２９日，米国）に特許出
願をした（以下「本件出願」という 。）が，平成１２年５月１９日付けで拒絶査定
を受けたので，同年８月２８日，同拒絶査定に対する不服審判を請求し，その後，
平成１６年３月１１日，手続補正をした（以下「本件補正」という。。
）
特許庁は，上記不服審判請求を不服２０００−１３５６２号事件として審理し，
平成１９年６月５日，「本件審判の請求は成り立たない。」との審決をし，その謄本
は同月１５日，原告に送達された。
２ 発明の要旨
(1 ) 審決は，本件補正後の明細書（甲７，８。以下「本願明細書」という 。）に
おける特許請求の範囲の請求項１，４及び６に記載された発明を対象としたもので
あり，各発明の要旨は次のとおりである（なお，請求項の数は１２個である。。
）
「 請求項１】
【 試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する組成物
であって，
（ａ）次の配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー，
5’ TGTGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAA 3’ および
5’ TATATAATTCACTTCTCCAATTGTCCCTCAT 3’
（ｂ）４つの核酸塩基のそれぞれのモノヌクレオチド，
（ｃ）プライマーおよびモノヌクレオチドから延長生成物を生成し得る核酸ポリ
メラーゼ（これは一本鎖ＨＩＶ核酸に相補的であり，これに対してプライマーがア
ニールする），
（ｄ）第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕捉部分からな
る第１ポリヌクレオチドプローブ（これは次よりなる群から選択される配列を有す
る），
5’ CCTCCTCCAGGTCTGAAGATCTCGGACTCATTGTT 3’ および
5’ GTCCACTGATGGGAGGGGCATACATTGCTTTTCCT 3’
（ｅ）この配列の他のものを有する第２ポリヌクレオチドプローブ，
（ｆ）第２ポリヌクレオチドプローブが固定されるマトリックス，並びに
（ｇ）第１ポリヌクレオチドプローブが，増幅された標的核酸配列に対するハイ
ブリダイズにより捕捉される場合（これは次にマトリックス固定第２ポリヌクレオ
チドプローブとのハイブリダイズにより捕捉される）第１ポリヌクレオチドプロー
，
ブに含有される第１普遍的ラベル捕捉部分によって捕捉され得る普遍的ラベル
からなる組成物。（以下 ，
」 「本願発明１」という。）
「 請求項４】
【 試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する方法で
あって，
（ａ）次の配列を有するＨＩＶ核酸のコピー数を増幅し，
5’ TGTGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAA 3’ および
5’ TATATAATTCACTTCTCCAATTGTCCCTCAT 3’
（ｂ）ハイブリッド形成を可能とすべく増幅したコピー数のＨＩＶ核酸と，次よ
りなる群から選択される配列を有する第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した
第１普遍的ラベル捕捉部分からなる第１ポリヌクレオチドプローブとを接触させ，
5’ CCTCCTCCAGGTCTGAAGATCTCGGACTCATTGTT 3’ および
5’ GTCCACTGATGGGAGGGGCATACATTGCTTTTCCT 3’
（ｃ）ハイブリダイズし得る条件下で，かくして形成されたハイブリッドと，こ
の配列の他のものを有する第２一本鎖ポリヌクレオチド断片からなるマトリックス
固定第２ポリヌクレオチドプローブとを接触させ，
（ｄ）ハイブリッドとマトリックス固定第２プローブとのハイブリダイズを可能
とし，
（ｅ）必要に応じて結合ハイブリッドを全ゆる未結合核酸から分離し，
（ｆ）増幅されたＨＩＶ核酸の存在または非存在を測定する
ことからなる方法。（以下，
」 「本願発明４」という 。）
「 請求項６】
【 試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する方法で
あって，
（ａ）次の配列を有するプライマーを使用し，標的核酸のコピー数を増幅し，
5’ TGTGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAA 3’ および
5’ TATATAATTCACTTCTCCAATTGTCCCTCAT 3’
（ｂ）ハイブリッド形成を可能とすべく増幅したコピー数のＨＩＶ核酸と，
（ｉ）次よりなる群から選択される配列を有する第１一本鎖ポリヌクレオチド断
片に付着したラベル系の少なくとも１つの成分からなる第１ヌクレオチドプロー
ブ，
5’ CCTCCTCCAGGTCTGAAGATCTCGGACTCATTGTT 3’ および
5’ GTCCACTGATGGGAGGGGCATACATTGCTTTTCCT 3’
（ｉｉ）この配列の他のものを有する第２一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着し
た第１実体からなる第２ポリヌクレオチドプローブ，
（ｉｉｉ）第１実体と特異的に結合し得る核酸である第２実体が結合したマトリ
ックスとを接触させ，
（ｃ）第１および第２プローブと存在する全ゆる増幅されたコピー数のＨＩＶ核
酸とをハイブリダイズさせ，第１実体と第２実体とを結合させて結合複合体を形成
させ，
（ｄ）必要に応じて結合複合体を全ゆる未結合核酸から分離し，
（ｅ）増幅されたＨＩＶ核酸の存在または非存在を測定する
ことからなる方法。（以下，
」 「本願発明６」という 。）
なお，審決は ， 本願の請求項６の（ｂ） ｉｉｉ）には，上記の「とを接触させ」
「 （
という記載はないが，その請求項６の記載では，本願の請求項６に係る発明の構成
に欠くことができない事項が不明瞭であり ，・・・本来，発明の構成に欠くことが
できない事項である とを接触させ」
「 という語句が欠落しているものと認められる」
（審決３頁１７∼２２行）として，本願発明６の要旨を上記のとおり認定したとこ
ろ，原告も，上記認定を認めている。
３ 審決の理由の要旨
審決は，本願発明４は後記引用例１ないし３及び６に記載された事項に基づいて，
本願発明１は後記引用例１及び６に記載された事項に基づいて，本願発明６は後記
引用例１，３，４及び６に記載された事項に基づいて，いずれも当業者が容易に発
明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受け
ることができないとした。
審決が上記結論に至った理由は，以下のとおりである。なお，審決の引用部分に
おいて，本訴の書証番号を付記した。また，表現を一部改めた部分がある。
(1) 引用例の記載事項
「 １）Analytical Biochemistry, 177, 1989 Feb, p.27-32（以下， 引用例１」という：本訴甲１ ）
（ 「
（１−１）「我々は，マイクロタイターを基盤としたサンドイッチハイブリダイゼーション
アッセイであって， HIV-1 の低コピー数の配列の検出を目的としたものを開発した。アッセイ
は，マイクロタイターウェルにリンカーアームを介して共有結合した捕捉プローブ配列を用い
る。検出プローブは，ビオチンで標識された DNA 断片であって，捕捉配列に隣接する配列か
ら得られる。試料核酸の存在下でのハイブリダイゼーションの後，検出プローブは，試料が捕
捉プローブ及び検出プローブ間の連結を橋渡しする相補的配列を含む時に限り，結合して残る 。
結合した検出プローブの量は，ペルオキシダーゼ−ストレプトアビジン結合体とのインキュ
ベート，及びペルオキシダーゼ基質の比色により定量される。このアッセイは，患者試料中の
HIV-1 の高感度の検出を達成するために，酵素的なターゲットの増幅と組み合わされた。ポリ
メラーゼ連鎖反応を使用した HIV-1 DNA の増幅によって，190-bp の生産物が得られた。この
生産物は，サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイの使用により，容易かつ明確に定量
５
される。テスト結果は，10 細胞中の HIV-1 感染細胞，又は約３０分子の HIV-1 DNA を検出
することができる。（要約）
」
（１−２）「…(B)HIV-1 の DNA の PCR 増幅の戦略。190-bp の gag PstI 部位を跨ぐ領域が，
PCR 増幅の対象として選択された。…一対の 20 塩基長のオリゴヌクレオチドが，この領域間
の増幅に用いられた。 （図１の説明）
」
（１−３） DNA の酵素的増幅
「 10 μｌの水中の１マイクログラムの DNA 試料が PCR バ
ッファに…となるように調整された。これに 10 μｌの DMSO，さらに各 dNTP が１ mM，各
プライマーが 6.6 μ g/m ｌ加えられた。反応は，93 ℃で 7 分間変性され，室温に冷却され，10
単位の Thermus Aquaticus (Taq) DNA ポリメラーゼが加えられた。…使用されたプライマー配
列は GK55(5'-CCTGCTATGTCACTTCCCCT)と GK56(5'-TTATCAGAAGGAGCCACCCC)であっ
た（図 1B）」 29 頁左欄 19-39 行）
。（
（１−４） HIV-1 核酸の検出アッセイの計画において，我々は，サンドイッチハイブリダ
「
イゼーション法を選択した。診断アッセイにおいては，サンドイッチハイブリダイゼーション
は，直接ハイブリダイゼーションよりも望ましい。それは，試料の固定化が不要であり，未加
工試料の信頼できるアッセイが可能だからである 。サンドイッチハイブリダイゼーションには ，
２つの近接し重複していないプローブ，固定化された捕捉プローブとラベルされた検出プロー
ブとが必要である。ゲノムクローン pBH10 を使用して，我々は２つの HIV-1 の DNA 断片を選
択した。それは gag PstI 部位の両端に位置し，ラベル化された，図１Ａの断片１及び２である 。
断片２の鎖は HIV-1 の RNA に相補的であり，捕捉プローブとして機能させるために M13mp18
にクローニングされた。断片１は，検出プローブとして機能させるために pBR322 にクローニ
ングされた。
M13mp18 断片２ DNA 捕捉プローブは，その固定化のために，まず，末端が１級アミノ基で
あるリンカーアームで修飾された。このリンカーアームは，塩基に化学的に直接結合された。
４種の塩基のフラクションは，グアニン及びアデニンは C-8 部位で，シトシンは C-5 部位で，
チミジンはおそらく C-6 部位で，化学的手法により修飾された(13)。修飾された捕捉 DNA は，
活性なマイクロタイターウェルに共有結合され，アッセイが， ELISA 類似のハイブリダイゼー
ション手法を用いて実施することができた（第２図）。クローン化された pBR322 断片１は，
フォトビオチンによりビオチン標識され，検出プローブとして使用された。 gag PstI 部位を含
む HIV-1 の相補的核酸断片の存在下で，捕捉プローブ及び検出プローブ配列との間でサンドイ
ッチ構造が形成された。適切な洗浄後，結合した検出プローブは，パーオキサイドに結合した
ストレプトアビジンと比色基質とインキュベートすることにより定量化される。（29 頁右欄下
」
から 18 行∼ 30 頁左欄下から 11 行）
（１−５） HIV-1 サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイの概要図。 A)リンカーアー
「 (
ムで修正した M13mp18 断片 2 は，該リンカーアームを介してマイクロタイターウェルに固定
化される。pBR322 の断片 1 は，ビオチンで標識される。( B)gag PstI 部位を跨ぐ DNA 断片に
相補的な DNA 断片の存在下で，捕捉プローブと検出プローブとの間にサンドイッチ構造が形
成される。(C)ウェルが洗浄された後，ハイブリダイズしたプローブは，ペルオキシダーゼが
結合したストレプトアビジン及び比色基質とインキュベートすることにより検出される 。 （図
」
２の説明）
（２）Gene, 61, 1987, p.253-264（以下「引用例２」という：本訴甲２）
（２−１）ＨＢＶのＤＮＡアッセイ系において，捕捉プローブＡとラベルプローブＢとを対
象ＤＮＡとハイブリダイズさせ，形成したハイブリッドを，固相捕捉プローブＣにハイブリダ
イズさせ，ラベルされたプローブＥを増幅マルチマーＤを介してハイブリダイズさせて，対象
ＤＮＡを検出する方法（図１及びその説明）
（３）Analytical Biochemistry 181, 1989.9, p.345-359（以下「引用例３」という：本訴甲３）
（３−１）「該手法は，検出対象核酸を， dA テイルを有する捕捉プローブ及びラベルされた
プローブと溶液中でハイブリダイズさせることを含む。捕捉プローブ−検出対象−ラベルされ
たプローブ，という「３成分複合体」は，その後，オリゴ(dT)を含む磁気ビーズ上に，オリゴ
(dT)とポリ(dA)とのハイブリダイゼーションにより捕捉される。（訳文９∼１３行）
」
（３−２）「標準的なホスホラミダイト法によりオリゴヌクレオチドを調製し，逆相 HPLC
により精製した。リステリア特異的な 16S rRNA オリゴヌクレオチド捕捉プローブ No.773 は，
5’ TGT CCC CGA AGG GAA AGC TCT GTC TCC AGA GTG GT 3’であった。 （346 頁左欄
」
5 ∼ 10 行）
（３−３）「図１ 可逆対象捕捉（RTC）の概要図 第１部．検出対象，捕捉プローブ（ dA
を伴う波線）及びラベルされたプローブ（●を伴う波線）からなる３成分複合体は，四角枠で
強調されている。… 第２部．３成分複合体は，オリゴ(dT)とポリ(dA)との間のハイブリダ
イゼーションにより，オリゴ(dT)磁気ビーズ上に捕捉される。…第３部 検出対象は最終的に
検出用の固相上に捕捉された 。（図１及びその説明）
」
（４）Molecular and Cellular Probes 2, 1988, p.47-57（以下「引用例 4」という：本訴甲４）
（４−１）「クローニングされた LT 遺伝子 DNA は，連続的に希釈され，合成オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて，酵素的に増幅された。増幅された DNA は，ビオチン標識された
M13 に基づくプローブを用いて検出された。 （47 頁「要約」の 9 ∼ 11 行）
」
（４−２）「ビオチン又は酵素で標識されたプローブは，放射性ラベルがされたプローブの
魅力的な代替手段を提供した。しかし，非放射性ラベルプローブは，放射性アイソトープでラ
ベルされたプローブと同様の感度を実現できるものではなかった。最近， Saiki 等は，特定の
標的 DNA 配列を酵素的に増幅する方法について述べた。彼らは，この手法を用いて，標的配
列の量を 2.2 × 105 倍に増幅したと報告した。この手法は，ハイブリダイゼーションアッセイ
の感度を劇的に高めるかもしれない。（48 頁 6 ∼ 13 行）
」
（５）Nature, 313, 1985, p.277-284（以下，「引用例６」という：本訴甲６）
（５−１）ＨＩＶの核酸配列であって，以下の部分配列を有するもの
６９３３∼６９５８位に 5’ TGTGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAA 3’
７２２４∼７２５４位に 5’ATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATA 3’
７１８５∼７２１９位に 5’ AACAATGAGTCCGAGATCTTCAGACCTGGAGGAGG 3’
７０９１∼７１２５位に 5’ AGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAGTGGAC 3’
（図１） （審決３頁３０行∼６頁２０行）
」
(2) 本願発明４について
ア 本願発明４と引用例１記載の発明との一致点及び相違点の認定
「引用例１記載の方法は，プライマーとして用いられた特定の配列が含まれているＨＩＶ核
酸が増幅されている（前記記載事項（１−２）及び（１−３ ））のであるから，本願発明４と
同様に「特定配列を有するＨＩＶ核酸のコピー数を増幅」する工程を有するものである。そし
て，引用例１記載の pBR322 断片１は，本願発明４の「第１一本鎖ポリヌクレオチド断片」に
相当する。
また，引用例１記載の方法において検出プローブとして使用される pBR322 断片１は，ビオ
チンで標識されており，それを，パーオキシドに結合したストレプトアビジン及び比色基質と
インキュベートすることにより定量化されるものであり（前記記載事項（１−４）及び（１−
５） ，本願の請求項３には，普遍的ラベル捕捉手段とその結合パートナーとして「アビジンま
）
たはストレプトアビジン」及び「ビオチンまたはその結合アナログ」 が記載されているから，
，
引用例１記載のビオチンは，本願発明４の「第１普遍的ラベル捕捉部分」に相当する。すなわ
ち，引用例１の記載において，ビオチン標識され検出プローブとして使用される pBR322 断片
１は，本願発明４の「第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した第１普遍的ラベル捕捉部分
からなる第１ポリヌクレオチドプローブ」に相当する。
さらに，引用例１の M13mp18 断片２は，本願発明４の「第２一本鎖ポリヌクレオチド断片」
に相当し，本願明細書の段落【００２１】記載の「マトリックス」の定義からみて，引用例１
の「マイクロタイターウエル」は，本願発明４の「マトリックス」に相当することは明らかで
あるから，引用例１の，マイクロタイターウェルに共有結合された捕捉 DNA プローブは，本
願発明４の「マトリックス固定第２ポリヌクレオチドプローブ」に相当する。
そして，本願発明も引用例１に記載された方法も，標的配列，第１プローブ及び第２プロー
ブという３種の核酸を接触させ，そのハイブリダイズを可能としている点で共通する。
また，本願発明４の工程（ｅ）は選択的な工程であるから，本願発明４は工程（ｅ）を有さ
ない発明を選択肢として包含している。そこで，その工程（ｅ）を有さない選択肢に係る本願
発明４と，引用例１に記載された発明（以下「引用発明１」という）とを比較すると，その一
致点及び相違点は，以下の通りである。
［一致点］（本願発明４の対応する構成の符号を付した）
「試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する方法であって，
（ａ）特定の配列を有するＨＩＶ核酸のコピー数を増幅し，
（ｂ−ｄ）ハイブリッド形成を可能とすべく増幅したコピー数のＨＩＶ核酸，該増幅核酸中
に存在する第１の特定配列に対して相補的な配列を有する第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に
付着した第１普遍的ラベル捕捉部分からなる第１ポリヌクレオチドプローブ，及び該増幅核酸
中に存在する第２の特定配列を有する第２一本鎖ポリヌクレオチド断片からなるマトリックス
固定第２ポリヌクレオチドプローブとを接触させ，３種の核酸のハイブリダイズを可能とし，
（ｆ）増幅されたＨＩＶ核酸の存在または非存在を測定する
ことからなる方法」
である点。
［相違点］
（１）ＨＩＶ核酸増幅工程で用いるプライマーの具体的配列が異なり，増幅されるＨＩＶ核酸
の配列が異なることから，それにハイブリダイズして検出するための第１ポリヌクレオチドプ
ローブ及び第２ポリヌクレオチドプローブの具体的配列も異なる点
（２）本願発明は，増幅ＨＩＶ核酸と第１ポリヌクレオチドプローブとを接触させ，形成され
たハイブリッドとマトリックス固定第２ポリヌクレオチドプローブとを接触させてハイブリダ
イズさせているのに対し，引用発明１は，増幅ＨＩＶ核酸，第１ポリヌクレオチドプローブ及
びマトリックス固定第２ポリヌクレオチドプローブとを同時に接触させハイブリダイズしてい
る点」（審決６頁２６行∼８頁３行）
イ 相違点についての判断
(ア) 相違点（１）について
「引用例６には，本願発明４における測定対象であるＨＩＶの全配列が記載されている。検
出対象の配列の適当な部分配列に対応したプライマーやプローブを設計することは，本技術分
野においてよく行われていることであり，当業者であれば容易に行うことができることである 。
本願発明４において採用している増幅用のプライマーは，引用例６に記載されたＨＩＶの配列
の６９３３∼６９５８位と７２２４∼７２５４位に対応しており（後者については 3’から 5
’方向に読んだ配列の相補配列） プローブとして使用している配列は，上記配列をプライマー
，
として使用した場合に増幅される６９３３∼７２５４位の中に存在する７１８５∼７２１９位
と７０９１∼７１２５位に対応している（いずれも 3’から 5’方向に読んだ配列の相補配列）。
ＨＩＶの全配列のうち特にこの部分の配列を選択することが困難であるとは認められない 。」
（審決８頁６∼１７行）
(イ) 相違点（２）について
「ＨＩＶ核酸，第１ポリヌクレオチドプローブ，及びマトリックス固定第２ポリヌクレオチ
ドプローブを，引用発明１のように同時にハイブリダイズさせるか，あるいは，本願発明４の
ようにＨＩＶ核酸と第１ポリヌクレオチドプローブとをまずハイブリダイズさせて形成された
ハイブリッドを，マトリックス固定第２ポリヌクレオチドプローブとハイブリダイズさせるか
は，ＨＩＶ核酸を検出するという引用発明１の目的を達成するためには，最終的に３種類の核
酸がハイブリダイズしたものが得られればいいのであるから適宜選択できる事項である 。また ，
例えば，引用例２（特に第１図を参照）及び引用例３（特に第１図を参照）には，サンドイッ
チハイブリダイゼーションにおいて，マトリクスに固定された核酸とハイブリダイズさせる前
に，まず，標的核酸と他のプローブとのハイブリダイズを行う方法が記載されており，引用発
明１においても，このような段階を経てハイブリダイズを行うことは，当業者が容易に想到し
得たことである。（審決８頁２０∼３２行）
」
ウ 小活
「上記のように，本願発明４は，引用例１∼３及び６に記載された事項に基づいて，当業者
が容易に想到することができたものである。
また，本件明細書の記載からは，本願発明４で用いられた特定の配列を用いることによって，
初めて標的配列の検出が可能となったとか，ウイルス検出効率が高まった等の格別顕著な効果
があるということもできない。
したがって，本願発明４は，引用文献１∼３及び６に記載された事項に基づき，当業者が容
易に発明をすることができたものである 。 （審決９頁下１行∼１０頁６行）
」
(3) 本願発明１について
ア 本願発明１と引用例１記載の発明との一致点及び相違点の認定
「本願発明１は，本願発明４の測定方法に用いる各種の成分を集めて組成物にしたものと認
められる。
そして，本願発明１と引用例１に記載された発明（以下 ，「引用発明２」という）とを比較
すると，その一致点及び相違点は，以下の通りである。
［一致点］
「試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する成分である
（ａ）特定の配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー，
（ｂ）４つの核酸塩基のそれぞれのモノヌクレオチド，
（ｃ ）プライマーおよびモノヌクレオチドから延長生成物を生成し得る核酸ポリメラーゼ こ
（
れは一本鎖ＨＩＶ核酸に相補的であり，これに対してプライマーがアニールする ），
（ｄ）第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕捉部分からなる第１ポリ
ヌクレオチドプローブ（これは増幅された配列中の特定の部位の配列を有する），
（ｅ）増幅された配列中の特定の部位の配列であって ，（ｄ）とは異なる配列を有する第２
ポリヌクレオチドプローブ，
（ｆ）第２ポリヌクレオチドプローブが固定されるマトリックス，並びに
（ｇ）第１ポリヌクレオチドプローブが，増幅された標的核酸配列に対するハイブリダイズ
により捕捉される場合（これは次にマトリックス固定第２ポリヌクレオチドプローブとのハイ
ブリダイズにより捕捉される ），第１ポリヌクレオチドプローブに含有される第１普遍的ラベ
ル捕捉部分によって捕捉され得る普遍的ラベル」
に係るものである点
［相違点］
（１）本願発明１は，上記の成分（ａ）∼（ｇ）からなる組成物であるのに対し，引用発明２
は，成分（ａ）∼（ｇ）についての記載はあるものの，それらを組成物とすることは特定され
ていない点
（２）ＨＩＶ核酸増幅工程で用いるプライマーの具体的配列が異なり，増幅されるＨＩＶ核酸
の配列が異なることから，それにハイブリダイズして検出するための第１ポリヌクレオチドプ
ローブ及び第２ポリヌクレオチドプローブの具体的配列も異なる点 」（審決１０頁１１行∼１
１頁４行）
イ 相違点についての判断
(ア) 相違点（１）について
「引用例１に記載された検出方法に使用するすべての成分は，検出に際して予め準備してお
く必要があるものであり，また，ある作業のために必要な複数の要素をキットとして組み合わ
せることは例を挙げるまでもなく周知のことであるから，検出に必要な各成分を一緒にして組
成物とすることは，当業者が容易に想到しうることである。（審決１１頁７∼１１行）
」
(イ) 相違点（２）について
「前記「第３」の「２」で述べたと同様の理由により，この点は，引用例６に記載された H
IV の配列に基づいて，当業者が容易に想到しうることである。 （審決１４∼１６行）
」
ウ 小活
「上記のように，本願発明１は，引用例１及び６に記載された事項から当業者が容易に想到
することができたものである。
また，本件明細書の記載からは，本願発明１で用いられた特定の配列を用いることによって，
初めて標的配列の検出が可能となったとか，ウイルス検出効率が高まった等の格別顕著な効果
があるということもできない。
したがって，本願発明１は，引用例１及び６に記載された事項に基づき，当業者が容易に発
明をすることができたものである。 （審決１９∼２５行）
」
(4) 本願発明６について
ア 本願発明６と引用例３記載の発明との一致点及び相違点の認定
「引用例３に記載された「ポリ（ dA） ，
」 「オリゴ（ dT） ，
」 「ラベルされたプローブ 」 「捕捉
，
プローブ」 「固体支持体」 「３成分複合体」は，本願発明６の「第１実体 」 「第２実体 」 「第
， ， ， ，
１ヌクレオチド断片に付着したラベル系の少なくとも一つの成分からなる第１ヌクレオチドプ
ローブ」 「第２ポリヌクレオチドプローブ」 「マトリクス」 「結合複合体」に相当する。
， ， ，
そして，本願発明６の工程（ｄ）は選択的な工程であるから，本願発明６は工程（ｄ）を有
さない発明を選択肢として包含している。そこで，その工程（ｄ）を有さない選択肢に係る本
願発明６（判決注： 本願初発明６」は「本願発明６」の誤記と認める 。
「 ）と，引用例３に記載
された発明（以下「引用発明３」という）とを比較すると，その一致点及び相違点は，以下の
通りである。
［一致点］
「試験に供するサンプル中の核酸を測定する方法であって，
（ｂ）標的核酸と，
（ｉ）第１の特定配列を有する第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着したラベル系の少な
くとも１つの成分からなる第１ヌクレオチドプローブ，
（ｉｉ）第２の特定配列を有する第２一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した第１実体から
なる第２ポリヌクレオチドプローブ，
（ｉｉｉ）第１実体と特異的に結合し得る核酸である第２実体が結合したマトリックスとを
接触させ，
（ｃ）第１および第２プローブと存在する全ゆるＨＩＶ核酸とをハイブリダイズさせ，第１
実体と第２実体とを結合させて結合複合体を形成させ，
（ｅ）増幅されたＨＩＶ核酸の存在または非存在を測定する
ことからなる方法。」
［相違点］
（１）本願発明６は，測定対象がＨＩＶであり，プライマー，プローブの配列は，ＨＩＶの部
分配列であるのに対し，引用発明３は，測定対象がリステリア菌であり，プローブとしてリス
テリア菌の部分配列を用いている点
（２）本願発明６は，ハイブリッドの形成の前に，特定の配列を有するプライマーを使用し，
標的核酸のコピー数を増幅しているのに対し ，引用発明３では，そのような増幅工程がない点」
（審決１１頁３０行∼１２頁２３行）
イ 相違点についての判断
(ア) 相違点（１）について
「ＨＩＶの検出は周知の課題であり（例えば引用例１を参照 ），引用発明３の測定対象をＨ
ＩＶ核酸として，引用例６（判決注： 引例６」は「引用例６」の誤記と認める 。
「 ）に記載され
たＨＩＶ核酸の配列に基づいて捕捉プローブ及び検出プローブの配列を適宜選択することは，
当業者が容易に想到しうることである。（審決１２頁２６∼２９行）
」
(イ) 相違点（２）について
「ハイブリダイゼーションによる検出の前に，標的核酸をＰＣＲにより増幅して感度を高め
ることは，引用例１及び４に記載されている（前記記載事項（１−１）及び（４−２）を参照）
ようによく知られていることであり，引用発明３のサンドイッチハイブリダイゼーションによ
る検出法において，標的核酸を予め増幅することは当業者が容易に想到しうることである。ま
た増幅のためのプライマーの設計も，引用例６に記載されたＨＩＶ核酸の配列から当業者が容
易に設計できるものである。 （審決１２頁３２∼３８行）
」
ウ 小活
「上記のように，本願発明６は，引用発明１，３，４及び６に記載された事項に基づいて，
当業者が容易に想到することができたものである。
また，本件明細書の記載からは，本願発明６で用いられた特定の配列を用いることによって，
初めて標的配列の検出が可能となったとか，ウイルス検出効率が高まった等の格別顕著な効果
があるということもできない。
したがって，本願発明６は，引用例１，３，４及び６に記載された事項に基づき，当業者が
容易に発明をすることができたものである。（審決１３頁１∼７行）
」
第３ 審決取消事由の要点
審決は，本願発明４について，引用発明１との一致点の認定を誤った結果，相違
点を看過し，また，引用発明１との相違点についての判断を誤り，本願発明１につ
いて，引用発明２との一致点の認定を誤った結果，相違点を看過し，また，引用発
明２との相違点についての判断を誤り，本願発明６について，引用発明３との一致
点の認定を誤った結果，相違点を看過し，また，引用発明３との相違点についての
判断を誤っており，これらの誤りがいずれも結論に影響を及ぼすことは明らかであ
るから，違法なものとして取り消されるべきである。
なお，本判決においても，審決における引用例１ないし６及び引用発明１ないし
３の各略語表記を用いる。
１ 取消事由１（本願発明４と引用発明１との一致点の認定誤りによる相違点看
過）
(1) 審決は，引用発明１が，本願発明４と同様に「特定配列を有するＨＩＶ核
酸のコピー数を増幅」する工程を有するものであると認定したが，誤りである。
(2) 本願発明４の特徴は，同発明の核酸検出において２つの異なる増幅方法，
すなわち標的増幅方法（ＰＣＲ法）とシグナル増幅方法（ユニバーサルラベル）と
を同時に使用することができる点である。シグナル増幅方法及び標的増幅方法（Ｐ
ＣＲ法）は核酸検出技術に関する２つの方法であるが ，シグナル増幅方法とは ， 反
「
応における標的の量に応じてシグナルが増加することを直接的に検出する特異的検
出方法」であり，リポーター基あるいは酵素増幅を含む分岐ＤＮＡプローブの使用
が含まれる。また，「ユニバーサルラベル」とはシグナル増幅方法から生じた用語
であり，シグナル生成を増加させる，すなわちシグナル増幅させるために結合する
ことができる多様なリポーター基に対するリンカーあるいはシグナル伝達全体を意
味する。シグナル増幅及びユニバーサルラベルは本願発明４において必須の要素で
あり，これがなければ核酸検出は不可能である。
これに対し，引用発明１においては，ＤＮＡをＰＣＲ法で増幅させることとは別
に，２つのプローブ，すなわち非−放射性標識されたＨＩＶ及びＰＢＲ配列を含ん
だ第一プローブと，固体マトリックスに結合された標識されていない第二プローブ
を使用しており，引用例１には，本願発明４の標的増幅方法（ＰＣＲ法）とシグナ
ル増幅方法（ユニバーサルラベル）を同時に組み合わせて行うことについての開示
も示唆もない。
本件出願前においては，標的あるいは分析物の増幅は，シグナル増幅とは分けて
別々に行われており，同一の発明において標的増幅とシグナル増幅の両方を組み合
わせることは考えられておらず，本願発明４が標的増幅とシグナル増幅を有利に組
み合わせたことによって核酸検出が非常に高感度に達成可能となり，更にこの高感
度アッセイは，ＨＩＶ及びＥＢＶの特定のウイルス性因子により提供されることが
明らかとなった。
(3) したがって，引用発明１が本願発明４と同様に「特定配列を有するＨＩＶ
核酸のコピー数を増幅」する工程を有するとした審決の認定は誤りである。
２ 取消事由２（本願発明４と引用発明１との相違点についての判断の誤り）
審決の本願発明４と引用発明１との相違点（１ ）（２）についての判断は，以下
，
のとおり誤りである。
(1) 相違点（１）について
審決は，「引用例６には，本願発明４における測定対象であるＨＩＶの全配列が
記載されている。検出対象の配列の適当な部分配列に対応したプライマーやプロー
ブを設計することは，本技術分野においてよく行われていることであり，当業者で
あれば容易に行うことができることである。本願発明４において採用している増幅
用のプライマーは，引用例６に記載されたＨＩＶの配列の６９３３∼６９５８位と
７２２４∼７２５４位に対応しており（後者については 3’から 5’方向に読んだ
配列の相補配列 ），プローブとして使用している配列は，上記配列をプライマーと
して使用した場合に増幅される６９３３∼７２５４位の中に存在する７１８５∼７
２１９位と７０９１∼７１２５位に対応している（いずれも 3’から 5’方向に読
んだ配列の相補配列 ）。ＨＩＶの全配列のうち特にこの部分の配列を選択すること
が困難であるとは認められない。」と判断したが，誤りである。
ア 本願明細書の請求項１∼１２には，ＨＩＶ及びＥＢＶ（Ｅ−Ｂ（Ｅｐｓｔｅ
ｉｎ−Ｂａｒｒ）ウィルス）に対する特定の配列について記載されているところ，
本願発明に係る組成物及び方法に記載されるこれらの配列については，引用例１な
いし４及び６に開示も示唆もない。特に，引用例６は，題名に「エイズウイルスＨ
ＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列」と掲げており，請求項１∼６に記載された特
定のＨＩＶ配列に関して全く触れていない。さらに，請求項７∼１２に記載される
ＥＢＶ配列に関し，核酸の検出に特に有用なものであることについて，上記５つの
引用例には開示も示唆もない。
イ したがって，審決の上記判断は誤りである。
(2) 相違点（２）について
審決は，「ＨＩＶ核酸，第１ポリヌクレオチドプローブ，及びマトリックス固定
第２ポリヌクレオチドプローブを，引用発明１のように同時にハイブリダイズさせ
るか，あるいは，本願発明４のようにＨＩＶ核酸と第１ポリヌクレオチドプローブ
とをまずハイブリダイズさせて形成されたハイブリッドを，マトリックス固定第２
ポリヌクレオチドプローブとハイブリダイズさせるかは，ＨＩＶ核酸を検出すると
いう引用発明１の目的を達成するためには，最終的に３種類の核酸がハイブリダイ
ズしたものが得られればいいのであるから適宜選択できる事項である。また，例え
ば，引用例２（特に第１図を参照）及び引用例３（特に第１図を参照）には，サン
ドイッチハイブリダイゼーションにおいて，マトリクスに固定された核酸とハイブ
リダイズさせる前に，まず，標的核酸と他のプローブとのハイブリダイズを行う方
法が記載されており，引用発明１においても，このような段階を経てハイブリダイ
ズを行うことは，当業者が容易に想到し得たことである。」と判断したが，誤りで
ある。
ア 本願発明４の特徴及びこれが引用例１に開示されていないことは，前記１ 取
（
消事由１）(2)に主張したとおりである。
イ 引用例２には，標的核酸の直接分析方法が記載されているのみで，本願発明
４に必須の要素である特定の標的核酸を増幅させることについては全く記載がな
く，ＨＩＶ及びＥＢＶ（Ｅ−Ｂ（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ）ウィルス）に対する
特定の配列についても記載がない。さらに，本願発明４の（ａ）∼（ｄ）の一連の
工程についても全く開示も示唆もない。
ウ 引用例３には，標的捕捉のためのユニバーサル配列が記載されているのみで
あり，それは本願発明４のようにプローブの一部として非−標的配列を使用してお
らず，標的に相補的な配列からなるプローブを使用しているのみである。また，引
用例３には，本願発明４に必須の要素である特定の配列の核酸を増幅させることに
ついて全く記載がなく，ＨＩＶ及びＥＢＶ（Ｅ−Ｂ（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ）
ウィルス）に対する特定の配列及びその配列を含むプローブについても記載がない。
さらに，本願発明４の（ａ）∼（ｄ）の一連の工程についても全く開示も示唆もな
い。
エ 以上のように，引用例１ないし３においては，本願発明４の特徴的な配列を
増殖させ，かつ，ハイブリダイズさせる一連の連続工程について全く開示も示唆も
ないのであり，本願発明４の特徴的な配列を用い，かつ，上記一連の連続工程によ
り，初めて従来にない核酸検出が非常に高感度に達成可能となることは，引用例１
ないし３から容易に想到できるものではない。
したがって，審決の前記判断は誤りである。
３ 取消事由３（本願発明１と引用発明２との一致点の認定誤りによる相違点看
過）
(1) 審決は，引用例１に「試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定
する成分」として以下のもの，すなわち，
「 ａ）特定の配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー，
（
（ｂ）４つの核酸塩基のそれぞれのモノヌクレオチド，
（ｃ）プライマーおよびモノヌクレオチドから延長生成物を生成し得る核酸ポ
リメラーゼ（これは一本鎖ＨＩＶ核酸に相補的であり，これに対してプライマーが
アニールする），
（ｄ）第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕捉部分から
なる第１ポリヌクレオチドプローブ（これは増幅された配列中の特定の部位の配列
を有する ），
（ｅ）増幅された配列中の特定の部位の配列であって ，（ｄ）とは異なる配列を
有する第２ポリヌクレオチドプローブ，
（ｆ）第２ポリヌクレオチドプローブが固定されるマトリックス，並びに
（ｇ）第１ポリヌクレオチドプローブが，増幅された標的核酸配列に対するハ
イブリダイズにより捕捉される場合（これは次にマトリックス固定第２ポリヌクレ
オチドプローブとのハイブリダイズにより捕捉される），第１ポリヌクレオチドプ
ローブに含有される第１普遍的ラベル捕捉部分によって捕捉され得る普遍的ラベ
ル」
が記載されていると認定したが，誤りである。
(2) 引用例１には，本願発明１の請求項１記載の（ａ）∼（ｄ）の成分を具体
的に使用することは全く開示されておらず，また，本願発明１のＨＩＶ及びＥＢＶ
（Ｅ−Ｂ（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ）ウィルス）に対する特定の配列を増幅させ
たプライマー，このハイブリッド形成を可能とすべく増幅したコピー数のＨＩＶ核
酸と，特定の配列を有する第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した第１普遍的
ラベル捕捉部分からなる第１ポリヌクレオチドプローブとを接触させ，かつ，ハイ
ブリダイズし得る条件下で，かくして形成されたハイブリッドと，この配列の他の
ものを有する第２一本鎖ポリヌクレオチド断片からなるマトリックス固定第２ポリ
ヌクレオチドプローブとを接触させ，ハイブリッドとマトリックス固定第２プロー
ブとのハイブリダイズを可能とする一連の工程に使用される上記特定の必須成分に
ついては全く開示も示唆もない。
また，本件出願前においては，標的あるいは分析物の増幅は，シグナル増幅とは
分けて別々に行われており，本件出願までは，同一の発明において両方の方法を組
み合わせることは考えられておらず，本願発明１が標的増幅とシグナル増幅を有利
に組み合わせたことにより，核酸検出が非常に高感度に達成可能となり，さらに，
この高感度アッセイは，ＨＩＶ及びＥＢＶの特定のウイルス性因子により提供され
ることが明らかとなったが，この新規な測定工程において必須である具体的な配列
を含有する成分について，引用例１には全く開示も示唆もない。
(3) したがって，審決の上記一致点についての認定は誤りである。
４ 取消事由４（本願発明１と引用発明２との相違点についての判断の誤り）
審決の本願発明１と引用発明２との相違点（１ ）（２）についての判断は，以下
，
のとおり誤りである。
(1 ) 相違点（１）について
審決は，「引用例１に記載された検出方法に使用するすべての成分は，検出に際
して予め準備しておく必要があるものであり，また，ある作業のために必要な複数
の要素をキットとして組み合わせることは例を挙げるまでもなく周知のことである
から，検出に必要な各成分を一緒にして組成物とすることは，当業者が容易に想到
しうることである。
」と判断したが，前記３（取消事由３）(2)で述べたことからす
れば，当業者にとって，本願発明１を引用例１から想到するには過度の試行錯誤を
要するものであり，容易推考とはいえないから，審決の上記判断は誤りである。
(2) 相違点（２）について
審決は，本願発明１のＨＩＶ核酸増幅工程で用いるプライマー，第１ポリヌクレ
オチドプローブ及び第２ポリヌクレオチドプローブの各具体的配列は，引用例６に
記載されたＨＩＶ配列に基づいて当業者が容易に想到し得ることであると判断して
いる。
しかしながら，前記２（取消事由２）(1)アで述べたことからすれば，当業者に
とって，引用例６に開示されたＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発
明４の核酸測定方法において特に有用である本願発明１に特定されたＨＩＶ核酸増
幅工程で用いるプライマー，第１ポリヌクレオチドプローブ及び第２ポリヌクレオ
チドプローブの各具体的配列を容易に推考できるものではないから，審決の上記判
断は誤りである。
５ 取消事由５（本願発明６と引用発明３との一致点の認定誤りによる相違点看
過）
(1) 審決は，「試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸を測定する方法であ
って」前記第２の３（審決の理由の要旨）(4)アの（ｂ） （ｃ）及び（ｅ）からな
，
る方法である点を，本願発明６と引用発明３との一致点であると認定したが，誤り
である。
(2) 引用例３に記載ないし開示された内容は，前記２（取消事由２）(2)イのと
おりであり，引用例３は，標的捕捉のためのユニバーサル配列が記載されているの
みで，本願発明６のように，プローブの一部として非−標的配列を使用しておらず ，
標的に相補的な配列からなるプローブを使用しているのみであり，引用例３におけ
る「ラベルされたプローブ」「捕捉プローブ」及び「３成分複合体」と，本願発明
，
６の進歩的な一連の工程における必須成分である「第１ヌクレオチド断片に付着し
たラベル系の少なくとも一つの成分からなる第１ヌクレオチドプローブ」「第２ポ
，
リヌクレオチドプローブ」及び「第１および第２プローブと存在する全ゆる増幅さ
れたコピー数のＨＩＶ核酸とをハイブリダイズさせ，第１実体と第２実体とを結合
させ」た「結合複合体」とは全く異なる成分であるから，審決の上記一致点の認定
は誤りである。
６ 取消事由６（本願発明６と引用発明３との相違点についての判断の誤り）
審決の本願発明６と引用発明３との相違点（１ ）（２）についての判断は，以下
，
のとおり誤りである。
(1) 相違点（１）について
審決は，「ＨＩＶの検出は周知の課題であり（例えば引用例１を参照），引用発明
３の測定対象をＨＩＶ核酸として，引用例６に記載されたＨＩＶ核酸の配列に基づ
いて捕捉プローブ及び検出プローブの配列を適宜選択することは，当業者が容易に
想到しうることである。」と判断している。
しかしながら，前記２( 1)アで述べたことからすれば，当業者にとって，引用例
６に開示されたＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発明６の核酸測定
方法において特に有用であると特定されたＨＩＶ核酸増幅工程で用いるプライ
マー，捕捉プローブ及び検出プローブの具体的配列を容易に推考できるものではな
いから，審決の上記判断は誤りである。
(2) 相違点（２）について
審決は，「ハイブリダイゼーションによる検出の前に，標的核酸をＰＣＲにより
増幅して感度を高めることは，引用例１及び４に記載されている 前記記載事項 １
（ （
−１）及び（４−２）を参照）ようによく知られていることであり，引用発明３の
サンドイッチハイブリダイゼーションによる検出法において，標的核酸を予め増幅
することは当業者が容易に想到しうることである。また増幅のためのプライマーの
設計も，引用例６に記載されたＨＩＶ核酸の配列から当業者が容易に設計できるも
のである 。」と判断するが，誤りである。
引用例４においては，分析物は，マトリックスに直接，非特異的に結合するのに
対し，本願発明６では，分析物は，第２ポリヌクレオチドプローブとのハイブリダ
イゼーションを介してマトリックスに特異的に結合するものであり，引用例４は，
このような捕捉プローブを使用してない。
また，本願発明６の特徴である２つの異なる増幅方法，すなわち，標的増幅方法
（ＰＣＲ法）とシグナル増幅方法（ユニバーサルラベル）を同発明の核酸検出にお
いて両方同時に使用することについては，引用例１，３，４及び６のいずれにも全
く開示も示唆もない。さらに，上記核酸検出に必要な本願発明６の一連の工程に必
須な各成分ついても具体的に記載されておらず，特に，本願発明６における，ＨＩ
Ｖ及びＥＢＶ（Ｅ−Ｂ（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ）ウィルス）に対する特定の配
列については全く開示も示唆もない。
本件出願前においては，標的あるいは分析物の増幅は，シグナル増幅とは分けて
別々に行われており，同一の発明において両方の方法を組み合わせることは考えら
れておらず，本願発明６が標的増幅とシグナル増幅を有利に組み合わせたことによ
り，核酸検出が非常に高感度に達成可能となり，さらに，この高感度アッセイは，
ＨＩＶ及びＥＢＶの特定のウイルス性因子により提供されることが明らかとなっ
た。
したがって，審決の上記認定は誤りである。
第４ 被告の反論の要点
１ 取消事由１（本願発明４と引用発明１との一致点の認定誤りによる相違点看
過）に対し
原告は，本願発明４が，標的増幅方法とシグナル増幅方法 ユニバーサルラベル）
（
とを組み合わせるものであることを前提に，引用発明１との相違について主張して
いるが，本願明細書の請求項４には ，「ユニバーサルラベル」や「シグナル増幅」
なる用語の記載はなく，本願発明４がシグナル増幅を行っていることについては何
の特定もされていない。
また，本願発明４の「普遍的ラベル」は， 一般的ラベル」又は「汎用のラベル」
「
を意味するものと解すべきであり，「ユニバーサルラベル」を意味するものと解す
ることはできない。そして ，「一般的ラベル」又は「汎用のラベル」を用いた場合
に，本願発明４の方法により必然的にシグナルの増幅が生じるということはできな
い。
したがって，原告の主張は，本願明細書の請求項４の記載に基づかない主張であ
り，失当である。
２ 取消事由２（本願発明４と引用発明１との相違点についての判断の誤り）に
対し
(1) 相違点（１）について
原告は，本願発明４の方法で用いられる特定の配列を有するプライマーやプロー
ブが引用例１ないし４及び６に開示されていないと主張するが，審決は，引用例６
に記載された「エイズウイルスＨＴＬＶ -III」の完全配列に基づいて本願発明４の
配列を有するプライマーやプローブを容易に設計できると判断しているのであり，
単に上記の開示がないというだけでは，審決の判断が誤りであることの根拠とはな
らない。
なお，本願明細書には，本願発明４で用いるプライマーやプローブの配列の意義
については何ら記載されておらず，ＨＩＶの全配列のうちの他の部分に基づいてプ
ライマーやプローブを設計した場合と比較した検出感度の相違等が記載されている
わけでもない。
(2) 相違点（２）について
原告は，引用例１ないし３には本願発明４の一連の工程について全く開示がない
と主張するが，審決は，ＨＩＶ核酸と第１ポリヌクレオチドプローブをハイブリダ
イズさせてから，それにマトリックス固定第２プローブをハイブリダイズ可能とす
るという本願発明４の方法が容易に想到できることを理由を示して判断しているの
であり，単に上記引用例に開示がないというだけでは，審決の判断が誤っている根
拠とはならない。
３ 取消事由３（本願発明１と引用発明２との一致点の認定誤りによる相違点看
過）に対し
審決は，本願発明１の成分と引用例１に記載されたものとの対応関係に基づいて
一致点の認定をしており，その認定に誤りはない。
原告は，引用例１に本願発明１の具体的な配列を含有する成分についての開示が
ないと主張するが，具体的な配列の相違は，相違点（２）に挙げられており，一致
点と認定されているわけではない。
４ 取消事由４（本願発明１と引用発明２との相違点についての判断の誤り）に
対し
(1) 相違点（１）について
原告が前記第３の３(2)で主張するところは，引用例１から本願発明１を想到す
るのに過度の試行錯誤を要することの理由とはならない。
(2) 相違点（２）について
原告が前記第３の２(1)アで主張するところは，当業者が，引用例６に開示され
たＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発明１のＨＩＶ核酸増幅工程で
用いるプライマー，第１ポリヌクレオチドプローブ及び第２ポリヌクレオチドプ
ローブの各具体的配列を容易に推考できないことの理由とはならない。
５ 取消事由５（本願発明６と引用発明３との一致点の認定誤りによる相違点看
過）に対し
原告は，引用例３における「ラベルされたプローブ」「捕捉プローブ」及び「３
，
成分複合体」と，本願発明６の「第１ヌクレオチド断片に付着したラベル系の少な
くとも一つの成分からなる第１ヌクレオチドプローブ」「第２ポリヌクレオチドプ
，
ローブ」及び「結合複合体」とは全く異なる成分であるから，審決の一致点の認定
は誤りであると主張するが，引用例３の２つの「プローブ」及び「３成分複合体」
と本願発明６の２つの「プローブ」及び「結合複合体」とで，具体的な配列が異な
るとしても，審決ではその点は相違点（１）として認定しており，両者の具体的な
配列が異なることから対応関係が否定されるわけではないから，原告の主張は理由
がない。
６ 取消事由６（本願発明６と引用発明３との相違点についての判断の誤り）に
対し
(1) 相違点（１）について
原告が前記第３の２(1)アで主張するところは，当業者が，引用例６に開示され
たＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発明６のＨＩＶ核酸増幅工程で
用いるプライマー，捕捉プローブ及び検出プローブの各具体的配列を容易に推考で
きることを否定するものではない。
(2) 相違点（２）について
原告は，引用例４では本願発明６で使用する捕捉プローブを使用していないと主
張するが，審決は，ハイブリダイズによる検出の前に標的核酸をＰＣＲにより増幅
して感度を高める点についての周知例として引用例４を挙げているのであるから，
引用例４で上記捕捉プローブを使用していないとしても，審決の相違点（２）の判
断が誤っていることにはならない。
また，原告は，本願発明６が，標的増幅方法とシグナル増幅方法（ユニバーサル
ラベル）とを組み合わせるものであることを前提に，引用発明１，３，４及び６に
その開示がないと主張するが，原告の主張は，本願明細書の請求項６の記載に基づ
かない主張であり，失当である。
第５ 当裁判所の判断
１ 本願発明４について
(1) 取消事由１（本願発明４と引用発明１との一致点の認定誤りによる相違点
看過）について
原告は，審決が，引用発明１が本願発明４と同様に「特定配列を有するＨＩＶ核
酸のコピー数を増幅」する工程を有する点で両発明は一致すると認定したことが誤
りであると主張するので，以下，検討する。
ア 引用例１は，１９８９年（平成元年）２月に発行された”ANALYTICAL BI
OCHEMISTRY”１７７号（２７∼３２頁）に登載された「高感度非同位体ハイブ
リダイゼーションアッセイによる HIV-1 DNA の検出」と題する論文であり，これ
には，以下の記載がある（甲１ ）。なお，以下においては，外国語文献の記載事項
は訳文を摘示し，当該該当箇所を括弧内に原文及び訳文の順に掲記する。
(ア) 「我々は，マイクロタイターに基づくサンドイッチハイブリダイゼーショ
ンアッセイであって，HIV-1 の低コピー数の配列の検出を目的としたものを開発し
た。このアッセイでは，マイクロタイターウェルにリンカーアームを介して共有結
合した捕捉プローブ配列を用いる。検出プローブは，ビオチン標識 DNA 断片であ
って，捕捉配列に隣接する配列に由来する。試料核酸の存在下でのハイブリダイゼー
ションの後，検出プローブは，試料が捕捉プローブ及び検出プローブ間の連結を橋
渡しする相補的配列を含む時に限り，結合して残る。結合した検出プローブの量は，
ペルオキシダーゼ−ストレプトアビジン結合体及び比色ペルオキシダーゼ基質との
インキュベーションにより定量される。このアッセイは，患者試料中の HIV-1 の
高感度の検出を実現するために，酵素による検出対象の増幅と組み合わされた。ポ
リメラーゼ連鎖反応を使用した HIV-1 DNA の増幅によって，190-bp の生産物が得
られた。この生産物は，サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイの使用によ
り，容易かつ明確に定量される。テスト結果は，10 ５細胞中の HIV-1 感染細胞，又
は約 30 分子の HIV-1 DNA を検出することができる。（２９頁左欄１∼２１行，
」
訳文「要約」の項）
(イ) 「・・・(B)HIV-1 の DNA の PCR 増幅の戦略
190-bp の gagPstI 部位を跨ぐ領域が，PCR 増幅の対象として選択された。・・・
一対の 20 塩基長のオリゴヌクレオチドが，この領域全体にわたる PCR 合成のプラ
イミングに用いられた。（２８頁３∼５行，訳文「図１の説明」の項５∼８行）
」
(ウ) 「DNA の酵素的増幅
水 10 μ l 中の１マイクログラムの DNA 試料を，２× PCR バッファを用いて PC
R バッファ状態に調整された・・・。これに 10 μ l の DMSO，さらに各 dNTP を
１ mM，各プライマーを 6.6 μ g/ml 加えた。反応物を 93 ℃で 7 分間変性して室温
に冷却し，10 単位の Thermus Aquaticus (Taq) DNA ポリメラーゼ( New England Bio
labs)・・・を加えた。・・・使用されたプライマー配列は GK55(5'-CCTGCTATGT
CACTTCCCCT)と GK56(5'-TTATCAGAAGGAGCCACCCC)であった（図 1B）」 ２
。（
９頁左欄２０∼４０行，訳文「２９頁左欄１９−３９行」）
(エ) 「HIV-1 核酸の検出アッセイを計画するにあたって，我々は，サンドイッ
チハイブリダイゼーション法を選択した。診断アッセイにおいては，サンドイッチ
ハイブリダイゼーションは，直接ハイブリダイゼーションよりも望ましい 。それは ，
試料の固定化が不要であり，未加工試料の確実なアッセイが可能だからである。サ
ンドイッチハイブリダイゼーションは，２つの近接した重複していないプローブ，
すなわち，固定化された捕捉プローブと標識された検出プローブとを必要とする。
遺伝子クローン pBH10 を使用して，我々は２つの HIV-1 DNA 断片を選択した。こ
の DNA 断片は gag PstI 部位の各端に位置するものであり，すなわち，図１Ａに示
す標識断片１及び２である。断片２の鎖は HIV-1 RNA に相補的であり ，捕捉プロー
ブとして機能するために M13mp18 にクローニングされた。断片１は，検出プロー
ブとして機能するために pBR322 にクローニングされた。M13mp18-断片２ DNA 捕
捉プローブを固定化するため，まず同プローブは，末端が１級アミノ基であるリン
カーアームで修飾された。このリンカーアームは，塩基に化学的に直接結合された 。
４種の塩基のフラクションは，グアニン及びアデニンは C-8 部位で，シトシンは C
-5 部位で，チミジンはおそらく C-6 部位で，化学的手法により修飾された(13)。
修飾された捕捉 DNA は，活性なマイクロタイターウェルに共有結合され， ELISA
類似のハイブリダイゼーション手法を用いてアッセイを実施することができた（第
２図）。クローン化された pBR322 断片１は，フォトビオチンによりビオチン標識
され，検出プローブとして使用された。 gag PstI 部位を跨ぐ HIV-1 相補的核酸断片
の存在下で，サンドイッチ構造が捕捉プローブ及び検出プローブ配列との間に形成
された。適切な洗浄後，結合された検出プローブは，ペルオキシダーゼ結合したス
トレプトアビジンと比色基質とのインキュベーションにより定量された。（２９頁
」
右欄下から１８行∼３０頁左欄下から１１行，訳文「２９頁右欄下から１８行∼３
０頁左欄下から１１行」）
イ 以上の記載によれば，引用発明１の HIV-1 DNA の検出方法においては，サ
ンドイッチハイブリダイゼーションアッセイに先だって，標的核酸である HIV-1 D
NA の増幅が行われ，この DNA 増幅工程においては， GK55 と GK56 というプライ
マー配列を用いて，図 1B に示される 190-bp からなる特定配列を有する HIV 核酸
のコピー数が増幅されていると認められるから，引用発明１は ，「特定配列を有す
るＨＩＶ核酸のコピー数を増幅」する工程を有するものである。
ウ したがって，原告の主張は採用することができず，取消事由１は理由がない。
エ なお，原告は，本願発明４の特徴は，同発明の核酸検出において，２つの異
なる増幅方法，すなわち標的増幅方法（ PCR 法）とシグナル増幅方法（ユニバー
サルラベル）を同時に使用することができる点にあると主張するところ，取消事由
１との関係でこの主張がどのような趣旨のものであるのか明瞭ではないが，原告は ，
他の取消事由においても同旨の主張を繰り返すので，便宜，ここでその当否を検討
することとする。
(ア) 原告の主張する「シグナル増幅方法」は甲第１１号証に基づくものである
ところ，同号証には，シグナル増幅方法の定義として「反応における標的の量に対
するシグナルの比率を直接上げるための特異的検出手法の使用。実例には，レポー
ター基または酵素増幅を含む分岐ＤＮＡプローブの使用が含まれる 。」と記載され
ている。また，原告が「シグナル増幅方法」の実例として援用する甲第１３号証に
は，バイオブリッジ・リンカーを用いた「バイオブリッジ・ラベリングシステム」
について，「バイオブリッジ・ラベリングシステムは，標的核酸にビオチンラベル
を供給するための間接的方法である。ポリＴテイルを有するプローブの標的配列へ
の１回目のハイブリダイゼーション後，ビオチン化テイルを含むポリＡオリゴマー
に２回目のハイブリダイゼーションによってラベルが導入される。バイオブリッジ
・システムは，より多くのビオチン分子をハイブリダイゼーション複合物に導入で
きるため，より高い検出感度を提供できる。」と記載されている。
以上の記載によれば，原告の主張する「シグナル増幅方法」とは，通常の検出手
法に比べて，同じ標的の量であっても，シグナルが強く発せられるように，信号を
発する物質をハイブリダイゼーション複合物に導入したり，反応により信号を発す
る物質が多く生成する等の工夫がされたものを意味するものと認められる。
(イ) ところで，本願明細書の請求項４には，標的核酸の検出工程として，標的
核酸の一部の配列を有する一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕
捉部分からなる第１ポリヌクレオチドプローブと試料中の標的核酸とを接触させて
ハイブリッドを形成し，かくして形成されたハイブリッドと，標的核酸の配列の他
のものを有する一本鎖ポリヌクレオチド断片からなるマトリックス固定第２ポリヌ
クレオチドプローブとを接触させることが記載されているが，信号を発する物質を
ハイブリダイゼーション複合物に導入したり，反応により信号を発する物質が多く
生成する等の工夫を行うことは，請求項４には記載がない。また，本願明細書の発
明の詳細な説明においても，第１ポリヌクレオチドプローブの「普遍的ラベル捕捉
部分」及びこれにより捕捉され得る「普遍的ラベル」
（請求項１（ｇ），段落【００
２５】の末行）が，上記の意味での「シグナル増幅方法」に利用されるものである
ことはおろか，そもそも本願発明４が「シグナル増幅方法」を使用するものである
ことを示唆する記載はない（この点に関しては原告の主張もない。。
）
(ウ) したがって，本願発明４は，上記の意味での「シグナル増幅方法」を使用
するものとは認められないから，原告の前記主張を採用することはできない。
なお，原告は ，「ユニバーサルラベル」について，シグナル増幅方法から生じた
用語であり，シグナル生成を増加させる，すなわちシグナル増幅させるために結合
することができる多様なリポーター基に対するリンカーあるいはシグナル伝達全体
を意味すると主張するところ，ユニバーサル（universal）の標準的な訳語として「普
遍的な」という意味（乙２）があるから，原告は，本願発明４の「普遍的ラベル捕
捉部分」により捕捉され得る「普遍的ラベル」が上記の意味の「ユニバーサルラベ
ル」に当たると主張するものと解する余地もないわけではない。
しかしながら，上記(イ)で認定したとおり，本願明細書には，本願発明４が「シ
グナル増幅方法」を使用するものであることを示唆する記載はなく，このことに 普
「
遍的」なる用語の本来の意味（乙１）を併せ考えれば，本願発明４の「普遍的ラベ
ル捕捉部分」及びこれに捕捉され得る「普遍的ラベル」とは，検出方法において従
来広く用いられている汎用的なラベルとその結合パートナーを意味するものと解す
るのが相当である。
したがって，本願発明４の「普遍的ラベル捕捉部分」に捕捉され得る「普遍的ラ
ベル」を原告の主張する「ユニバーサルラベル」と解する余地はない。
(エ) そして，以上に説示したところは，本願発明１及び６についても同様に当
てはまるものといえる。
(2) 取消事由２（本願発明４と引用発明１との相違点についての判断の誤り）
について
ア 相違点（１）について
(ア) 引用例１の前記１( 1)ア(ア)の記載，特に「このアッセイは，患者試料中
の HIV-1 の高感度の検出を実現するために，酵素による検出対象の増幅と組み合
わされた。ポリメラーゼ連鎖反応を使用した HIV-1 DNA の増幅によって，190-bp
の生産物が得られた 。」との記載によれば，引用発明１において，ポリメラーゼ連
鎖反応（PCR）を使用した DNA の増幅を行う目的は，患者試料中の HIV-1 の高感
度の検出を実現させることにあると認められるところ，そのためには検出対象であ
る HIV-1 の DNA 配列を選択的に増幅させる必要があるが，増幅に用いるプライ
マーは，その長さが長い程，他の配列を誤って増幅する可能性は低くなることは確
率論から明らかであるし（乙５），また， HIV-1 DNA を PCR で増幅する場合に特
定のプライマーを選択することが困難であることを窺わせる証拠はないから，引用
発明１において用いられたプライマーに代えて，HIV-1 の DNA 中のある程度の長
さを持つ他の配列を， PCR 増幅のためのプライマーとして選択することは，当業
者が適宜なし得るものと認められる。
以上によれば，引用発明１において，引用例６に開示された HIV の完全ヌクレ
オチド配列から，本願発明４の採用する配列をプライマーやプローブとして選択す
ることは当業者にとって容易であるといえるから，審決の相違点（１）についての
判断に誤りはない。
(イ) 原告は，本願発明４で用いるプライマー及びプローブの特定の HIV 配列
について，引用例１∼４及び６の５つの引用例には開示も示唆もないから，上記特
定の配列を選択することが困難ではないとした審決の判断は誤りであると主張する
が，上記各引用例に具体的な HIV 配列の開示ないし示唆がないとしても，その選
択が容易であることは上記(ア)に説示したとおりであるから，原告の主張は採用す
ることができない。
イ 相違点（２）について
原告は，本願発明４の特徴的な配列を増殖させ，かつ，ハイブリダイズさせる一
連の連続工程について，引用例１ないし３においては全く開示も示唆もないことか
ら，引用例１ないし３から相違点（２）について容易想到であるとした審決の判断
は誤りであると主張する。
相違点（２）は，ハイブリダイズ工程における標的核酸と２種のプローブを接触
させる順序に関する相違点であり，審決は，引用発明１の目的から，この順序を適
宜選択できる事項であると判断したものであるところ，原告の上記主張は，引用例
１ないし３の記載内容を指摘するのみであり，上記順序が有する格別の技術的意義
や順序選択の困難性などといった相違点（２）を適宜選択できる事項であるとした
判断の誤りを推認させる事情を主張するものとは理解しがたいから，これをもって
審決の判断を左右するものとはいえない。
また，原告は，本願発明４の特徴的な配列を用い，かつ，上記一連の連続工程に
より，初めて従来にない核酸検出が非常に高感度に達成可能となることは，引用例
１ないし３から容易に想到できるものではないとも主張するが，この主張は，本願
発明４が標的増幅方法（ PCR 法）とシグナル増幅方法（ユニバーサルラベル）を
同時に使用することを前提とするものであり，その前提が認められないことは前記
(1)エに説示したとおりであるから，原告の上記主張も採用することができない。
ウ 以上のとおりであるから，取消事由２は理由がない。
(3) 以上によれば，本願発明４についての取消事由はいずれも理由がないから，
同発明は引用例１∼３及び６に基づいて容易に想到できたとする審決の認定判断に
誤りはなく，そうすると，その余の審決認定の発明に係る取消事由の当否を判断す
るまでもなく，審決は結論において正当というべきである。
しかし，審判手続等の経緯にかんがみ，その余の取消事由についても念のため以
下において検討することとする。
２ 本願発明１について
(1) 取消事由３（本願発明１と引用発明２との一致点の認定誤りによる相違点
看過）について
ア 原告は，審決が，引用例１に「試験に供するサンプル中の一本鎖ＨＩＶ核酸
を測定する成分」として以下のもの，すなわち，
「 ａ）特定の配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー，
（
（ｂ）４つの核酸塩基のそれぞれのモノヌクレオチド，
（ｃ）プライマーおよびモノヌクレオチドから延長生成物を生成し得る核酸ポ
リメラーゼ（これは一本鎖ＨＩＶ核酸に相補的であり，これに対してプライマーが
アニールする），
（ｄ）第１一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕捉部分から
なる第１ポリヌクレオチドプローブ（これは増幅された配列中の特定の部位の配列
を有する ），
（ｅ）増幅された配列中の特定の部位の配列であって ，（ｄ）とは異なる配列を
有する第２ポリヌクレオチドプローブ，
（ｆ）第２ポリヌクレオチドプローブが固定されるマトリックス，並びに
（ｇ）第１ポリヌクレオチドプローブが，増幅された標的核酸配列に対するハ
イブリダイズにより捕捉される場合（これは次にマトリックス固定第２ポリヌクレ
オチドプローブとのハイブリダイズにより捕捉される），第１ポリヌクレオチドプ
ローブに含有される第１普遍的ラベル捕捉部分によって捕捉され得る普遍的ラベ
ル」
が記載されていると認定したことが誤りであると主張する。
イ 上記（ａ）∼（ｃ）の各成分は，標的核酸の増幅に用いるための成分である
ところ，引用例１の前記１(1)ア(ウ)の記載によれば，引用例１の「GK55」と「G
K56」の配列を有する各プライマーは，上記（ａ）の「特定の配列を有するオリゴ
ヌクレオチドプライマー」に当たり，「各 dNTP」が，上記（ｂ）の「４つの核酸
塩基のそれぞれのモノヌクレオチド」に当たり ， Thermus Aquaticus (Taq) DNA
「
ポリメラーゼ(New England Biolabs)」が，上記（ｃ）の「プライマーおよびモノヌ
クレオチドから延長生成物を生成し得る核酸ポリメラーゼ」に当たるということが
できる。
また，上記（ｄ）∼（ｇ）の各成分は，標的核酸の検出に用いるための成分であ
るところ，引用例１の前記１(1)ア(エ)の記載によれば，検出プローブとして使用
された図１Ａの断片１は，フォトビオチンによりビオチン標識されており，該ビオ
チン標識は，普遍的ラベル捕捉部分であると認められるから，上記（ｄ）の「第１
一本鎖ポリヌクレオチド断片に付着した普遍的ラベル捕捉部分からなる第１ポリヌ
クレオチドプローブ」に当たり，M13mp18 断片２ DNA 捕捉プローブは ，上記（ｅ）
の「増幅された配列中の特定の部位の配列であって ，（ｄ）とは異なる配列を有す
る第２ポリヌクレオチドプローブ」に当たり，上記捕捉プローブが結合される「活
性なマイクロタイターウェル」は，上記（ｆ）の「第２ポリヌクレオチドプローブ
が固定されるマトリックス」に当たり， 「ペルオキシダーゼ結合したストレプト
アビジン」は，上記（ｇ）の「第１ポリヌクレオチドプローブが，増幅された標的
核酸配列に対するハイブリダイズにより捕捉される場合（これは次にマトリックス
固定第２ポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイズにより捕捉される ），第１
ポリヌクレオチドプローブに含有される第１普遍的ラベル捕捉部分によって捕捉さ
れ得る普遍的ラベル」に当たるということができる。
ウ したがって，引用例１には，前記アの（ａ）∼（ｇ）の各成分が記載されて
いるから，取消事由３は理由がない。
なお，原告は，引用例１には本願発明１の請求項１記載の特定の成分についての
開示がないなどと主張するが，具体的な配列の点はともかく，各成分の記載がある
ことは前記イに認定のとおりであるから，原告の主張は失当である。
(2) 取消事由４（本願発明１と引用発明２との相違点についての判断の誤り）
について
ア 相違点（１）について
原告は，前記第３の３（取消事由３）(2)で述べたことからすれば，当業者にと
って，本願発明１を引用例１から想到するには過度の試行錯誤を要するものであり ，
容易推考とはいえないと主張する。
しかしながら，原告が前記第３の３（取消事由３）(2)で主張するところは，引
用例１には本願発明１の請求項１記載の特定の成分について開示も示唆もないとい
うことに尽きるのであり，具体的な配列の点を除けば，引用例１に本願発明１の
（ａ）∼（ｇ）の各成分が記載されていることは前記(1)ウに説示したとおりであ
るから，容易推考性を否定する原告の主張は，その前提を欠き，失当である。
イ 相違点（２）について
原告は，前記第３の２（取消事由２）(1)アで述べたことからすれば，当業者に
とって，引用例６に開示されたＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発
明４の核酸測定方法において特に有用である本願発明１に特定されたＨＩＶ核酸増
幅工程で用いるプライマー，第１ポリヌクレオチドプローブ及び第２ポリヌクレオ
チドプローブの各具体的配列を容易に推考できるものではなく ，審決の相違点 １）
（
についての判断は誤りであると主張する。
本願明細書の記載に照らせば，本願発明１は，本願発明４の測定方法に用いる各
種の成分を集めて組成物にしたものであると認められるところ，前記１(2)アに説
示したとおり，引用発明１において使用するプライマー及びプローブの具体的配列
として，引用例６に開示された HIV の完全ヌクレオチド配列から，本願発明４の
採用する配列のものを選択することは当業者にとって容易であるから，結局，本願
発明１のプライマー及びプローブの具体的な配列を選択することも，当業者にとっ
て容易ということになる。
ウ したがって，取消事由４は理由がない。
３ 本願発明６について
(1) 取消事由５（本願発明６と引用発明３との一致点の認定誤りによる相違点
看過）について
ア 引用例３は，１９８９年（平成元年）９月に発行された”ANALYTICAL BI
OCHEMISTRY”１８１号（３４５∼３５９頁）に登載された「ｄＡテイルを有す
る捕捉プローブを用いた核酸ハイブリダイゼーションアッセイ １．複数捕捉法」
と題する論文であり，これには，以下の記載がある（甲３）。
(ア) 「該手法は，検出対象核酸を， dA テイルを有する捕捉プローブ及び標識
プローブと溶液中でハイブリダイズさせることを含む。捕捉プローブ−検出対象−
標識プローブ，という「３成分複合体」は，その後，オリゴ(dT)を含む磁気ビー
ズ上に，オリゴ(dT)とポリ(dA)とのハイブリダイゼーションにより捕捉される 。」
（３４５頁左欄６∼１１行，訳文「要約」の項４∼８行）
(イ) 「図１ 可逆対象捕捉（ RTC）の概要
第１部．検出対象，捕捉プローブ（ dA を伴う波線）及びラベルされたプローブ
（●を伴う波線）からなる３成分複合体は，四角枠で強調されている。・・・
第２部．３成分複合体は，オリゴ(dT)とポリ( dA)との間のハイブリダイゼーショ
ンにより，オリゴ(dT)磁気ビーズ上に捕捉される。・・・
第３部．検出対象は最終的に検出用の固相上に捕捉された。・・・」（３５０頁Ｆ
ＩＧ．１．の説明文，訳文「図１の説明」の項）
イ 原告は，引用例３は，標的捕捉のためのユニバーサル配列が記載されている
のみで，本願発明６のように，プローブの一部として非−標的配列を使用しておら
ず，標的に相補的な配列からなるプローブを使用しているのみであるから，引用例
３の「標識プローブ」「捕捉プローブ」及び「３成分複合体」は，本願発明６の「第
，
１ヌクレオチド断片に付着したラベル系の少なくとも一つの成分からなる第１ヌク
レオチドプローブ」「第２ポリヌクレオチドプローブ」及び「結合複合体」に相当
，
せず，審決の一致点の認定は誤りであると主張する。
上記ア(ア)の「dA テイルを有する捕捉プローブ」との記載に照らすと，原告の
主張する「捕捉のためのユニバーサル配列」とは，ポリ(dA)テイルを指すものと
認められるところ，ポリ(dA)テイルは非−標的配列であるから，引用例３の「dA
テイルを有する捕捉プローブ」は，プローブの一部として非−標的配列を使用する
ものであり，本願発明６の「第２ポリヌクレオチドプローブ」に相当するものとい
える。
したがって，原告の主張は，前提を欠き，失当である。
なお，仮に，原告が，本願発明６において，プローブの一部として非−標的配列
を使用しているプローブは，第１ヌクレオチドプローブであると主張するものと解
すると，本願明細書の請求項６における第１ヌクレオチドプローブの記載に基づか
ない主張となるから，失当であることに変わりはない。
ウ また，原告は，引用例３の「標識プローブ」「捕捉プローブ」及び「３成分
，
複合体」と，本願発明６の「第１ヌクレオチド断片に付着したラベル系の少なくと
も一つの成分からなる第１ヌクレオチドプローブ」「第２ポリヌクレオチドプロー
，
ブ」及び「結合複合体」とは全く異なる成分であるから，審決の一致点の認定は誤
りであると主張するが，両者の具体的な配列が異なるとしても，その点は，両者の
対応関係を否定する理由とはならないから，原告の主張は採用することができない
（なお，両者の具体的な配列が異なる点については，審決は，相違点（１）として
認定し，これを判断している。。
）
エ 以上のとおりであるから，取消事由５は理由がない。
(2) 取消事由６（本願発明６と引用発明３との相違点についての判断の誤り）
について
ア 相違点（１）について
原告は，前記第３の２( 1)アで述べたことからすれば，当業者にとって，引用例
６に開示されたＨＴＬＶ-III の完全ヌクレオチド配列から，本願発明６の核酸測定
方法において特に有用であると特定されたＨＩＶ核酸増幅工程で用いるプライ
マー，捕捉プローブ及び検出プローブの具体的配列を容易に推考できるものではな
く，審決の相違点（１）についての判断は誤りであると主張する。
本願明細書の請求項４と請求項６を対比すると，本願発明４と本願発明６は，Ｈ
ＩＶ核酸増幅工程で用いるプライマー，第１ポリヌクレオチドプローブ及び第２ポ
リヌクレオチドプローブの各具体的配列が同一であると認められるところ，前記２
(1)に説示したとおり，引用例６に開示された HIV の完全ヌクレオチド配列から，
本願発明４の採用する配列をプライマー及びプローブとして選択することは当業者
にとって容易であるといえるから，引用発明３の測定対象をＨＩＶ核酸とした場合
に（弁論の全趣旨によれば，この点の容易想到性については，原告は争っていない
ものと解される。，捕捉プローブ及び検出プローブとして，本願発明６の各プロー
）
ブの具体的な配列を選択することもまた当業者にとって容易であるといえる。
イ 相違点（２）について
(ア) 引用例４は，１９８８年に発行された”Molecular and Cellular Probes”の
第２号（４７∼５７頁）に登載された「非耐熱性毒素遺伝子の酵素的増幅の後，ビ
オチン標識 DNA プローブを用いてなされる毒素産性大腸菌の検出」と題する論文
であり，これには，以下の記載がある（甲４）。
(ａ) 「クローニングされた LT 遺伝子 DNA は，連続的に希釈され，合成オリ
ゴヌクレオチドプライマーを用いて，酵素的に増幅された。増幅された DNA は，
ビオチン標識された M13 に基づくプローブを用いて検出された 。 （４７頁１６∼
」
１８行，訳文「要約」の項１０∼１２行）
(ｂ) 「ビオチン又は酵素で標識されたプローブは，放射性ラベルがされたプロー
ブの魅力的な代替手段を提供した。しかし，非放射性ラベルプローブは，放射性ア
イソトープでラベルされたプローブと同様の感度を実現できるものではなかった。
最近，Saiki 等は，特定の標的 DNA 配列を酵素的に増幅する方法について述べた。
彼らは，この手法を用いて，標的配列の量を 2.2 × 105 倍に増幅したと報告した。
この方法を用いることで，ハイブリダイゼーションアッセイの感度が劇的に向上す
ることも期待される。（４８頁６∼１３行，訳文１頁下５行∼２頁２行）
」
(イ) 引用例１（前記１( 1)ア）及び同４（上記(ア)）の記載によれば，ハイブ
リダイゼーションによる検出の前に，標的核酸をＰＣＲにより増幅して感度を高め
ることは，当該技術分野においてよく行われることであると認められるから，引用
発明３における核酸検出の前に，標的核酸を予めＰＣＲにより増幅することは当業
者が容易に想到し得ることであると認められ，その場合のプライマーとして，引用
例６に開示された HIV の完全ヌクレオチド配列から，本願発明６のプライマーの
具体的な配列を選択することも，前記アに説示したとおり，当業者にとって容易で
あるといえる。
ウ 原告は，本願発明６の特徴である，２つの異なる増幅方法，すなわち，標的
増幅方法（ PCR 法）とシグナル増幅方法（ユニバーサルラベル）を同時に使用す
ることについては，引用例１，３，４及び６にはいずれも全く開示も示唆もないな
どとして，審決の相違点（２）についての判断が誤りであると主張するが，本願発
明６が原告の主張する「シグナル増幅方法」を使用するものではないことは，前記
１(1)エに説示したとおりであるから ，「シグナル増幅方法」の使用と前提とする原
告の主張はいずれも失当である。
また，原告は，引用例４が捕捉プローブを使用していないとも主張するが，審決
が引用例４を援用したのは，ハイブリダイゼーションによる検出の前に，標的核酸
をＰＣＲにより増幅して感度を高める点についての周知例を示すためであるから，
原告の主張は，審決の判断の誤りを指摘する主張とはなり得ないものというべきで
ある。
エ 以上のとおり，取消事由６は理由がない。
４ 以上の次第であるから，審決取消事由はいずれも理由がなく，他に審決を違
法とする事由もないから，審決は適法であり，本件請求は理由がない。
第６ 結論
よって，本件請求を棄却することとし，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官
田 中 信 義
裁判官
榎 戸 道 也
裁判官
浅 井 憲