平成18(行ケ)10414審決取消請求事件

平成１８年（行ケ）第１０４１４号 審決取消請求事件
平成１９年１２月１２日判決言渡，平成１９年１１月２６日口頭弁論終結
判 決
原 告 イミユロジク・フアーマシユーチカル・コーポレーシ
ヨン
原 告 テレソン・インステイテユート・フオー・チヤイルド・
ヘルス・リサーチ
原告ら訴訟代理人弁理士 小田島平吉，江角洋治，藤井幸喜
被 告 特許庁長官 肥塚雅博
指定代理人 高堀栄二，徳永英男，種村慈樹，大場義則
主 文
原告らの請求を棄却する。
訴訟費用は原告らの負担とする。
この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１ 請求
特許庁が不服２００２−８３６９号事件について平成１８年４月２４日にした審
決を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 特許庁における手続の経緯等
本件は，特許出願をした原告らが，拒絶査定を受けて，不服審判の請求をしたが，
審判請求不成立の審決を受けたので，その審決の取消しを求めた事案である。
特許庁における手続の経緯は，次のとおりである。
(1) 原告らは，１９９３年（平成５年）１２月８日に米国においてした特許出願
に基づく優先権を主張して（以下「本件優先日」という。），平成６年１２月７日
を国際出願日として，発明の名称を「家庭のちりのダニ・アレルゲン，Ｄｅｒ ｐ
III をコードしている核酸，およびそれらの使用」とする発明について特許出願を
した（特願平７−第５１６３１６号。以下「本件出願」といい，その発明を「本願
発明」という。）（甲７）。
(2) 原告らは，平成１４年２月１日付けで拒絶査定を受けたので，同年５月１３
日，拒絶査定不服審判の請求をした（不服２００２−８３６９号事件として係属）。
(3) これに対し，特許庁は，平成１８年４月２４日，「本件審判の請求は，成り
立たない。」との審決をした（その謄本は同年５月１７日に原告らに送達され
た。）。
(4) なお，原告らは，上記拒絶査定の後の平成１４年６月１２日付け手続補正書
（甲８）により，本件出願に係る明細書の特許請求の範囲を補正している（以下，
公表特許公報である特表平９−５１００８３号公報に係る明細書を「本件明細書」
という。）。
(5) 本願発明は，原告らイミユロジク・フアーマシユーチカル・コーポレーシヨ
ン及びインステイテユート・フオー・チヤイルド・ヘルス・リサーチが共同で出願
したものであるが，その後，後者は，社名を「テイブイダブリュー・テレソン・イ
ンステイテユート・フオー・チヤイルド・ヘルス・リサーチ」に変更し，さらに，
「テレソン・インステイテユート・フオー・チヤイルド・ヘルス・リサーチ」に変
更した。
２ 平成１４年６月１２日付け手続補正書により補正された本件出願の特許請求
の範囲の請求項１及び３の記載（下線部が補正部分である。なお，請求項４以下は
省略する。）
「 【請求項１】 Ｄｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲンをコードし，かつ，配列
番号：１に示されたヌクレオチド配列またはそのコード領域を含む単離された核酸。
【請求項２】 Ｄｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲンをコードし，かつ，配列番号
：１に示されたヌクレオチド配列と高い緊縮条件下でハイブリダイズするヌクレオ
チド配列を含む単離された核酸。
【請求項３】 請求項１または２のいずれかに記載の核酸がコードする単離され
たＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン。」
（以下「本願発明１」∼「本願発明３」という。配列番号：１の配列は別紙のとお
りである。）
３ 審決の理由の要点
( 1) 審決は，次のとおり，①本願発明３は，「 Immunology, vol.75, pp.29-35
(1992)」に掲載されたG.A.Stewart他作成の論文「家庭チリダニ，デルマトファゴ
イデス・プテロニッシナス(Dermatophagoides pteronyssinus)由来のグループ III
アレルゲンは，トリプシン様酵素である」に記載の発明（甲１。以下，審決の引用
も含めて，同文献を「引用例」といい，これに記載された発明を「引用発明」とい
う。）と同一であるから，特許法２９条１項３号に該当し，特許を受けることがで
きず，また，②本願発明１は，引用発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発
明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受け
ることができないとした。
以下，家庭チリダニにつき，「デルマトファゴイデス・プテロニッシナス(Derma
tophagoides pteronyssinus)」，「デルマトファゴイデス・プテロニッシナス(D.p
teronyssinus)」，デルマトファゴイデス（Dermatophagoides）等とあるのを，引
用例も含めてすべて「Ｄ．プテロニッシナス」という。
(2) 引用発明について
引用例は，「家庭チリダニ，デルマトファゴイデス・プテロニッシナス由来のグループ III
アレルゲンは，トリプシン様酵素である。」と題する論文で，以下の事項が記載されている。
(a)「Ｄ．プテロニッシナスのフン濃縮抽出物には，アレルギー誘発性であるトリプシン様酵
素が含まれることが示された。クロマトフォーカシング研究により，４∼＞８の範囲のｐＩで，
Ｄ．プテロニッシナスにおける９つの主要アイソフォームの存在が示されたが，デルマトファ
ゴイデス・ファリナエ（D.farinae）では２つのみ（４∼５の範囲）であった。ベンズアミジ
ン−セファロース６Ｂアフィニティークロマトグラフィーおよびゲル濾過によりＤ．プテロニ
ッシナスから単離されるトリプシンは，無脊椎動物および脊椎動物の両方のトリプシンと酵素
的に類似する３１ｋＤタンパク質であることが判明した。得られたＮ末端配列（ＩＶＧＧＥＸ
ＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩＳＬ）は，ダニアレルゲンＤｅｒ ｐ III について報告されたものと同一
であり，そしてザリガニトリプシンおよびデルマトファゴイデス・ファリナエからのＤｅｒ
ｆ III と相同性を示した。ダニトリプシンは自己分解し，そして２つのフラグメントのＮ末端
配列はそれぞれＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩおよびＮＮＱＶＸＧＩであることが判明した。両方とも
ザリガニトリプシンと相同性を示し，そして前者の配列は天然酵素およびＤｅｒ ｐ III の残基
７∼１８と同一であった。ダニトリプシンの全てのアイソフォームは，放射性アレルゲン吸着
アッセイによりアレルギー誘発性であることが示され，そしてさらなる研究により，トリプシ
ン分解産物もまたアレルギー誘発性であることが示された。・・・これらのデータは，ダニト
リプシンが，以前に記述されたアレルゲンＤｅｒ ｐ III に対応する主要アレルゲンであること
を示す。」（第２９頁要約）
(b)「アフィニティ精製した物質は，分子量がそれぞれ２８ｋＤ及び３４ｋＤの２つの微量成
分が時々検出されるが，分子量約３１ｋＤの１種類の主要な成分を含むことがＳＤＳ−ＰＡＧ
Ｅにより示された（図３）。ゲル濾過分析により，そのまとまった物質には３つの主要ピーク
が含まれ，２つは分子量約＞６０ｋＤ及び２６ｋＤの高分子量で，３つめは分子量約１．３ｋ
Ｄの低分子量成分であった。２６ｋＤピークのみがトリプシン様活性を示した。この物質がプ
ールされ，後述するアレルゲン活性試験や配列決定に供された。・・・ゲル濾過精製トリプシ
ンのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により，分子量約３１ｋＤの主要成分とわずかに高分子量の３４ｋ
Ｄの微量成分の存在が示された。」（第３１頁右欄第１８行∼第３２頁左欄第５行）
(c)図３には，アフィニティ精製したチリダニトリプシン（レーンＡ；分子量約３１ｋＤ）及
びＤ．プテロニッシナスのＤｅｒ p I（レーンＢ；分子量約２８ｋＤ）のＳＤＳ−ＰＡＧＥ
（クーマシーブルー染色）が示されている。・・・
(g)「最後に，従来記述されていたアレルゲンＤｅｒ ｐ III は，Ｄ．プテロニッシナスのフン
が富化された抽出物中に見出される３１ｋＤトリプシン様酵素に相当するらしい。・・・さら
に，得られたデータによると，低分子量の分解産物もまたアレルゲン活性である。」（第３４
頁左欄第４２∼４９行）
上記( b)の記載によれば，アフィニティ精製後にゲル濾過精製して得られたトリプシン様活性
物質は，分子量が，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによれば３１ｋＤ，ゲル濾過によれば２６ｋＤと測定さ
れるものであって，アフィニティ精製後ゲル濾過前であってもＳＤＳ−ＰＡＧＥ（クーマシー
ブルー染色）でほぼ単一バンドとして現れること（図３，レーンＡ），上記( b)の「ゲル濾過
精製トリプシンのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により，分子量約３１ｋＤの主要成分とわずかに高分
子量の３４ｋＤの微量成分の存在が示された。」の記載，及びＮ末配列を決定できたことから
して，「単離した」と言えるものであると認める。そして，その実体は，トリプシン活性，ア
レルゲン活性及びＮ末配列に基づいてＤｅｒ ｐ III タンパク質であると結論づけられている
（上記(a)，( g)）のであるから，引用例には，Ｄ．プテロニッシナスのフンが富化された抽出
物からアフィニティ，及びゲル濾過により単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質が記載されてい
るといえる。
(3) 本願発明３について
ア 対比
本願発明３と引用発明を対比すると，両者は，単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質である点
で一致し，本願発明３においては当該タンパク質について「請求項１または２のいずれかに記
載の核酸がコードする」と記載しているのに対して，引用例には当該タンパク質をコードする
核酸については記載がない点において一応相違する。
イ 審決の認定判断
上記一応の相違点について検討すると，請求項１に記載の核酸とは，Ｄ．プテロニッシナス
から得られた，Ｄｅｒ ｐ III をコードする核酸であるので，「請求項１に記載の核酸がコード
する」という性質は，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質がもともと固有に有している性質にすぎず，物
を特定するのに役立っていないので，結局本願発明３のうち「請求項１に記載の核酸がコード
する単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン。」は，単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク
質そのものを意味しているにすぎない。したがって，本願発明３のうち「請求項１に記載の核
酸がコードする単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン。」は，引用例に記載されたも
のであるから，特許法第２９条第１項第３号に該当し，特許を受けることができない。
(4) 本願発明１について
ア 対比
本願発明１と引用発明を対比すると，本願発明１は，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲンを
コードし，かつ，配列番号：１に示されたヌクレオチド配列またはそのコード領域を含む単離
された核酸であるのに対して，引用例には単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン及び
そのＮ末アミノ酸配列及び中間部分アミノ酸配列が記載されているにすぎない点において相違
する。
イ 審決の判断
上記相違点について検討すると，本願優先日当時，あるタンパク質が単離された場合，その
Ｎ末や中間部分のアミノ酸配列を決定し，当該配列情報および由来生物のコドン使用頻度に基
づいてプローブを設計し，由来生物のｃＤＮＡライブラリーから当該タンパク質をコードする
遺伝子を単離し，当該遺伝子の塩基配列を解読することは，当業者がごく普通にたどる研究の
道筋であった。そして，目的タンパク質の発現が極めて微量であるため目的タンパク質のｃＤ
ＮＡを含むｃＤＮＡライブラリーの構築が困難であるとか，目的タンパク質に類似のタンパク
質が多数存在して特異的なプローブを設計することが困難である，などの特殊な事情がない限
り，あるタンパク質が単離された場合，それをコードする遺伝子を単離し，その塩基配列を決
定することは，本願優先日当時，当業者が通常なし得る程度のことであった（例えば，特開平
１−１３７９７１号公報，特開平１−１６５３８６号公報，及び特開平１−２５６４９１号公
報を参照）。
Ｄｅｒ ｐ III タンパク質の場合，引用例１にそのＮ末１８アミノ酸残基（Ｄｅｒ ｐ III 及び
それと同一タンパク質であると推定されているダニトリプシンのアミノ酸配列によると，４位
はグリシン，６位はリシン，１８位はロイシンと推定でき，１２位のみ解読できていない。）
及び中間部分７アミノ酸残基（ペプチド２；うち１つは解読できていない。）のアミノ酸配列
が記載されているが，それらに基づいて，あるいはそれらの配列情報ではプローブ設計ができ
ない場合には，引用例１に記載された手法によりＤｅｒ ｐ III タンパク質を精製し，その部分
アミノ酸配列を決定して，既に決定されていたデルマトファゴイデス(Dermatophagoides)由来
の他の遺伝子であるＤｅｒ ｆⅠ，Ｄｅｒ Ｆ II，Ｄｅｒ ｐⅠ及びＤｅｒ ｐ II 等の塩基配列情
報からデルマトファゴイデス(Dermatophagoides)のコドン使用頻度を考慮してプローブを製造
することは，当業者が通常行う試行錯誤の範囲内のことである。
また，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質は，引用例１においてフンが富化された抽出物から精製され
ていることからして，発現の様式や量が特殊であるとも認められないので，その遺伝子は，Ｄ．
プテロニッシナスから通常の手法で構築したｃＤＮＡライブラリーから単離し，塩基配列決定
できるものと考えられる。
そうしてみると，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質をコードする遺伝子を単離し，その塩基配列を決
定することは，引用例及び周知技術に基づいて当業者が容易になし得たことと認められる。そ
して，当該遺伝子が，引用例からは予測できない格別顕著な効果を有するものであるとは認め
られない。
したがって，本願発明１は，引用例及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすること
ができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができない。
・・・本願実施例においても，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質のＮ末配列及び中間配列に基づいて
プローブを作製し，当該プローブを用いて，Ｄ．プテロニッシナスのｃＤＮＡライブラリーか
らＤｅｒ ｐ III 遺伝子を単離するという，ごく通常の手法が採用されており，請求人の主張は，
当該手法において，クローニングに成功するために具体的にどのような工夫をしたのか明らか
にするものではないから，この際に格別の困難があったものと認めることができない。
(5) むすび
以上のとおりであるから，本願発明１は，引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易
に発明をすることができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けること
ができず，また，本願発明３のうち「請求項１に記載の核酸がコードする単離されたＤｅｒ
ｐ III タンパク質アレルゲン。」は，引用例に記載された発明であり，特許法第２９条第１項
第３号の規定により特許を受けることができないものであるから，その他の請求項に係る発明
については判断するまでもなく，本願は拒絶すべきものである。
第３ 原告らの主張
審決は，①本願発明３と引用発明との相違点を看過し（取消事由１），その結果，
本願発明３には新規性がないと誤った判断をし，また，②本願発明１の進歩性の判
断を誤り（取消事由２），その結果，本願発明１には進歩性がないと誤った判断を
したものであって，違法であるから，取り消されるべきである。
１ 取消事由１（本願発明３と引用発明の相違点の看過）
(1) 「単離された」
ア 審決は，「本願発明３と引用発明を対比すると，両者は，単離されたＤｅｒ
ｐ III タンパク質である点で一致」すると認定したが，誤りである。
イ 本願発明３にいう「単離された」は，本件明細書において，「『単離され
た』は，実質的に，組み換えＤＮＡ技術によって生産された場合には，細胞材料も
しくは培養培地を含有しないか，または化学的に合成された場合には，他の化学前
駆物質もしくは他の化学薬剤を含有しない核酸もしくはペプチドを称する。また，
そのようなペプチドは，すべての他の家庭のちりダニタンパク質を含有しないのが
特徴である。」（２０頁１３行∼１７行）と定義されており，また，本願発明の実
施例として，上方流動するポリアクリルアミドＰ−１００カラムで複数回処理して
得られる濃縮物につき，「ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，検出される唯一つのバ
ンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレットであると決定された。」（３８頁１３行
∼１５行）との記載がある。そうすると，本願発明３の「単離された」Ｄｅｒ ｐ
III タンパク質アレルゲンとは，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，検出される唯一
つのバンドとして現れるものである。
ウ 一方，引用例には，「アフィニティー精製した物質は，それぞれ２８及び３
４ｋＤａの分子量を有する２つの微量成分が時折検出されるが，３１ｋＤａの見か
け分子量を有する１つの主要成分を含有することがＳＤＳ−ＰＡＧＥ研究により示
された(図３)。ゲル濾過研究(図４）により，結合物質は３つの主要ピーク，それ
ぞれ＞６０ｋＤａおよび２６ｋＤａの見かけ分子量を有する２つの比較的高分子量
成分，ならびに１．３ｋＤａの見かけ分子量を有する第三の低分子量成分を含有す
ることが示された。・・・ゲル濾過精製したトリプシンのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析に
より，３１ｋＤａの見掛けの分子量を有する主要成分と３４ｋＤａのわずかに高い
分子量を有する微量成分の存在が示された。」(３１頁右欄１８行∼３２頁左欄５
行)との記載があるから，ゲル濾過精製したトリプシンには，微量成分とはいえ，
３４ｋＤａのわずかに高い分子量を有する物質が混在している。
エ この点について，被告は，本件明細書及び乙１刊行物の記載から，引用例に
記載されている「ダニトリプシン」の分子量３４ｋＤａの微量成分，分子量２８ｋ
Ｄａの微量成分は，いずれも分子量３１ｋＤａのタンパク質のアイソフォーム（イ
ソ型）である可能性が高い旨主張する。
本願発明に包含される分子量の２８ｋＤａのタンパク質と引用例の分子量２８ｋ
Ｄａのタンパク質は，ＳＤＳ−ＰＡＧＥで区別できない同一のタンパク質である可
能性があるといえるが，本願発明の３０ｋＤａのピークと引用例の２８ｋＤａのピ
ークは，強度が著しく異なるために，相互に明確に区別できるので，本願発明３と
引用例に記載の精製物を対比する場合は，個々のピークではなく，ダブレットとし
て比較すべきである。この観点からすると，引用発明が本願発明を示唆していると
いい得るためには，本願発明と同様に，２８ｋＤａのピークが常に存在し，かつ，
３１ｋＤａの主要ピークと同程度の強度を示し，そして，３４ｋＤａのピークが常
に存在しない場合に限るものというべきである。そうすると，引用例に記載の３１
ｋＤａと２８ｋＤａのピークの組合せがダブレットであると仮定したとしても，引
用例で観察された「ダブレット」は，本願発明のダブレットとは異なることが明ら
かであるから，引用発明は，本願発明と一致するものではない。
オ したがって，引用発明のＤｅｒ ｐ III タンパク質は，本願発明３の「単離さ
れた」Ｄｅｒ ｐ III に当たらない。
(2) 「請求項１に記載の核酸がコードする」による特定
ア 審決は，「上記一応の相違点について検討すると，請求項１に記載の核酸と
は，Ｄ．プテロニッシナスから得られた，Ｄｅｒ ｐ III をコードする核酸であるの
で，「請求項１に記載の核酸がコードする」という性質は，Ｄｅｒ ｐ III タンパク
質がもともと固有に有している性質にすぎず，物を特定するのに役立っていないの
で，結局本願発明３のうち「請求項１に記載の核酸がコードする単離されたＤｅｒ
ｐ III タンパク質アレルゲン。」は，単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質そのもの
を意味しているにすぎない。」と判断したが，誤りである。
イ 本願発明１の特許請求の範囲に記載の核酸は，「配列番号：１に示されたヌ
クレオチド配列またはそのコード領域を含む単離された核酸」であり，化合物たる
核酸の一次化学構造に該当するヌクレオチド配列として特定されている。
他方，本願発明３の「請求項１・・・に記載の核酸がコードする単離されたＤｅ
ｒ ｐ III タンパク質」は，配列番号：１に示された核酸がコードする配列番号：２
に示されるアミノ酸配列に基づく一次化学構造を有するタンパク質を意味するもの
であり，起源その他の特性でもって化合物たるタンパク質を特定されているのでは
なく，「請求項１に記載の核酸がコードする」というのは，Ｄｅｒ ｐ III タンパク
質を機能的に特定しようとするのではなく，ある一定の化学構造でもって特定して
いるのである。
２ 取消事由２（本願発明１と引用発明との相違点についての判断の誤り）
(1) 審決は，「Ｄｅｒ ｐ III タンパク質の場合，引用例１に・・・のアミノ酸配
列が記載されているが，それらに基づいて，あるいはそれらの配列情報ではプロー
グ設計ができない場合には，引用例に記載された手法によりＤｅｒ ｐ III タンパク
質を精製し，その部分アミノ酸配列を決定して，既に決定されていたＤ．プテロニ
ッシナス由来の他の遺伝子であるＤｅｒ ｆ I，Ｄｅｒ ｆ II，Ｄｅｒ ｐⅠ及びＤｅ
ｒ ｐ II 等の塩基配列情報からＤ．プテロニッシナスのコドン使用頻度を考慮して
プローブを製造することは，当業者が通常行う試行錯誤の範囲内のことである。」
と判断したが，誤りである。
(2) A 教授の宣言書（甲１２）によれば，引用例に記載された部分的であり，か
つ，正確でないアミノ酸配列に基づく全長Ｄｅｒ ｐ III タンパク質のクローニング
は，本件優先日前には，当業者にとって，決して通常行う試行錯誤の範囲内のこと
ではなかったのであり，事実，上記宣言書で明らかにされているとおり，引用例に
記載された配列に基づきプローブを設計し，全長Ｄｅｒ ｐ III をクローン化する試
みは失敗に帰したのである。このことは， B 博士の宣言書（甲１３）にも明らかに
されているものである。
(3) 引用例に記載された極めて限定された配列データからのコドン使用頻度の決
定方法は，本件優先日前には，成功するとは予測することができず，当該技術分野
でありふれた方法もしくは標準的な方法ではなかった。すなわち， C 博士の宣言書
（甲１４）に記載されているとおり，各アミノ酸に対するコドンは通常複数あり，
互いの出現頻度は生物種によって偏っており，このコドンの偏りが既知の場合に，
上記決定方法が首尾よく使用できるにすぎない。
ところで，審決で周知技術を表すものとして挙げられている特開平１−１３７９
７１号公報（甲２），特開平１−１６５３８６号公報（甲３）及び特開平１−２５
６４９１号公報（甲４）は，コドンの使用頻度データの解析及び収集の必要性につ
いて示唆さえもしていないから，本件明細書に開示された全長Ｄｅｒ ｐ III アミノ
酸配列に至るために使用された方法は，上記各公報に基づいて通常行う試行錯誤の
範囲内のものではない。
(4) 一方，本願発明１においては，本件明細書の発明の詳細な説明の「生来のＤ
ｅｒ ｐ III の精製」の「タンパク質配列の分析」に記載されているとおり，「タン
パク質の初期配列分析後の，ｏ−フタルアルデヒドを，プロリン（Ｄｅｒ ｐ III の
位置１３）を持つもの以外のＮ−末端をブロックするために適用して，混入してく
るペプチド配列を除去し，そしてＮ−末端配列を明白に伸長した。」（３８頁下か
ら３行∼３９頁１行）ことにより，目的のタンパク質配列を正確に分析し，次の段
階である，好適なコドンの使用を可能にしたのである。言い換えると，本願発明の
プローブを提供するには，①ｏ−フタルアルデヒドをアミノ酸の配列決定の工程に
組み入れ，プロリンを含まないＮ末端配列の混在を防ぐこと（Ｄｅｒ ｐ III はプロ
リン豊富である。），②ハイブリダイゼーション工程は，Ｎ末端領域におけるアミ
ノ酸の多くをコードするコドンの同義性を考慮することにより，デルマトファゴイ
デス抽出物中に見られる関連の汚染配列間を区別するように設計すること，③その
上で，ＤＮＡハイブリダイゼーションについて高ストリンジェント条件下で使用さ
れる単一の非同義性配列を有する大きなオリゴヌクレオチドプローブ（例えば，４
０−４５塩基長）の合成を可能にするＤ．プテロニッシナスの配列に由来する特有
のコドンの使用頻度データの認識及び収集を適正に行うことにより，初めて，本願
発明１の単離された核酸を取得できるのである。
したがって，当業者といえども，引用例に記載された部分的で不正確な配列に基
づいて，本願発明で使用するプローブを設計することはできなかったのである。
(5) また，上記の本願発明で使用するプローブの製造に関して説明したとおり，
本件明細書には，本願発明のＤｅｒ ｐ III タンパク質をコードする遺伝子をクロー
ニングするために実施された工夫について具体的に記載されているから，「本願実
施例においても，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質のＮ末端配列及び中間配列に基づいてプ
ローブを作製し，当該プローブを用いて，Ｄ．プテロニッシナスのｃＤＮＡライブ
ラリーからＤｅｒ ｐ III 遺伝子を単離するという，ごく通常の手法が採用されてお
り，請求人の主張は，当該手法において，クローニングに成功するために具体的に
どのような工夫をしたのか明らかにするものではないから，この際に格別の困難が
あったものと認めることができない。」との審決の判断も誤りである。
第４ 被告の主張
審決の認定判断に誤りはなく，原告ら主張の取消事由はいずれも理由がない。
１ 取消事由１（本願発明３と引用発明の相違点の看過）に対して
(1) 「単離された」
ア 原告らが指摘する本件明細書中の記載においては，「組み換えＤＮＡ技術に
よって生産された場合」，「化学的に合成された場合」のことが言及されているの
みであって，それ以外の場合（例えば，天然起源のものから精製されて得られる場
合など）についての記載はないこと，「すべての他の家庭のちりダニタンパク質を
含有しない」という記載は，「『単離された』は，・・・を称する。」と別の文と
して記載されていることから，本願発明３の「単離された」が原告らが主張するよ
うに「すべての他の家庭のちりダニタンパク質を含有しない」ことを意味する定義
として明確に記載されているとはいえない。また，「組み換えＤＮＡ技術によって
生産された場合」，「化学的に合成された場合」のこととして記載されているが，
上記本件明細書中の記載は「実質的に」という用語を用いていることから，「単離
された」にはある程度の不純物が存在する場合も含むものといえる。
本件明細書の実施例には，「これを２回繰り返した結果，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによ
る分析で，検出される唯一のバンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレットであると
決定された。」との記載があり，「唯一のバンド」という記載はあるものの，「ほ
ぼ分子量３０ｋＤａのダブレットである」という記載もある。
イ 引用例は「ダニトリプシンの単離」を研究の主題とした文献であることがわ
かる。そして，引用例には，分子量がそれぞれ２８ｋＤａ及び３４ｋＤａの２つの
微量成分が時々検出されると記載されているものの，図３のレーンＡをみると，約
３１ｋＤａの分子量のところに単一バンドが見えるだけで，それ以外の分子量のと
ころにバンドは見えないので，アフィニティークロマトグラフィーにより精製され
た「ダニトリプシン」の精製度はかなり高いものといえる。また，ゲル濾過精製後
の「ダニトリプシン」のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により，分子量約３１ｋＤａの主要
成分とわずかに高分子量の３４ｋＤａの微量成分の存在が示されたと記載されてい
るものの，単一バンドとして見える結果が示されたアフィニティー精製したものを
さらにゲル濾過により精製したものであるから，３４ｋＤａのタンパク質は「微量
成分」として存在している程度で，分子量約３１ｋＤａの主要成分に該当する「ダ
ニトリプシン」の精製度はかなり高いものといえる。そして，一般的に，タンパク
質のＮ末端のアミノ酸配列を決定できた場合には当該タンパク質の精製度が高いと
いえるので，引用例においてゲル濾過により精製したタンパク質のＮ末端のアミノ
酸配列を決定できたことからも，ゲル濾過精製後の「ダニトリプシン」の精製度は
かなり高いものといえる。
ウ 本件明細書の「Ｄｅｒ ｆ III・・・およびＤｅｒ ｐ III（Stewart et al.，I
mmunology（1992）75:29-35〔判決注：引用例のことである。〕）両方については，
単離された多重タンパク質バンドという他の報告があった。トリプシンタンパク質
が，数種のイソ型で存在することが知られているので，これらの結果は，異常では
ない。」（４９頁６行∼１１行），本願発明の発明者が発表した文献である
「Clinical and Experimental Allergy vol.24，No.3（1994.Mar）」（乙１。以下「乙刊
行物」という。）には，「Ｄ．プテロニッシナスにも相同のアレルゲン（Ｄｅｒ
ｐ III）が主として３１ｋＤａの形態で，時として３４ｋＤａおよび２８ｋＤａの
形態で存在することが明らかにされている。」（２２０頁右欄１１行∼１５行）と
の記載によると，引用例に記載されている「ダニトリプシン」の分子量３４ｋＤａ
の微量成分，分子量２８ｋＤａの微量成分は，いずれも分子量３１ｋＤａのタンパ
ク質のアイソフォーム（イソ型）である可能性が高い。
そうすると，引用例の分子量３４ｋＤａの微量成分も分子量２８ｋＤａの微量成
分も，分子量３１ｋＤａのタンパク質と同じくＤｅｒ ｐ III タンパク質の複数の分
子種の１つということになるから，アフィニティー精製あるいはゲル濾過精製され
たタンパク質に，分子量３４ｋＤａの微量成分，分子量２８ｋＤａの微量成分が含
まれていたとしても，それらは，「他の家庭のちりダニタンパク質」には該当する
ものではないので，「すべての他の家庭のちりダニタンパク質を含有しない」もの
である。したがって，本願発明３の「単離された」に「すべての他の家庭のちりダ
ニタンパク質を含有しない」という意味が含まれると解しても，引用例には単離さ
れたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲンが記載されているということができる。
(2) 「請求項１に記載の核酸がコードする」による特定
本願発明３にいう「請求項１に記載の核酸」は，天然のＤｅｒ ｐ III タンパク質
をコードするものであるから，「請求項１に記載の核酸がコードする」という修飾
は，天然のＤｅｒ ｐ III タンパク質のアミノ酸配列を有することを意味するものと
解されるので，そのような特定がなされても，既に述べたように引用例に天然のＤ
ｅｒ ｐ III タンパク質が記載されている以上，「請求項１に記載の核酸がコードす
る単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン」は，引用例に記載されている
「単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン」と物質として同一である。
２ 取消事由２（本願発明１と引用発明との相違点についての判断の誤り）に対
して
(1) 原告らの主張は，要するに，抗血清を用いたスクリーニング法，同義性プロ
ーブを用いたスクリーニング法などの様々なクローニング方法を試みたがいずれも
失敗したことから，本願発明１の単離された核酸を取得するのには困難性があり，
この困難性を克服するために，①アミノ酸配列決定においてｏ−フタルアルデヒド
を用いたこと，②使用頻度の高いコドン配列を含む長いオリゴヌクレオチドをプロ
ーブとして用いたことによって，本願発明１の単離された核酸を取得できたから進
歩性があるという主張であると解される。
しかし，平成２年６月２５日株式会社東京化学同人発行「新生化学実験講座１
タンパク質Ⅱ ― 一次構造 ―」（乙４。１８１頁１５行∼２３行）には，ｏ−フ
タルアルデヒドがプロリン（プロリンはイミノ酸。）以外のアミノ酸と反応してア
ミノ基を閉鎖させ，プロリンをＮ末端にもつもの以外のＮ−末端をブロックして，
Ｎ末端がプロリンであったペプチドのアミノ酸配列決定をバックグラウンドなく継
続することができることが記載されており，また，「Proc.Natl.Acad.Sci.USA Vo
l.88,Nov.1991」（乙５。９６９０頁右欄３５行∼３７行），「The Journal of Bi
ological Chemistry Vol.266,No.2,1991」（乙６。１２３０頁右欄３９行∼４２
行）には，本願発明と同様に，タンパク質をコードする遺伝子をクローニングする
際にも，タンパク質のＮ末端のアミノ酸配列決定においてｏ−フタルアルデヒドを
用いることが記載されているから，原告らが主張する上記①の手法は，本件優先日
当時に周知の手法であったものである。
また，平成４年１０月５日株式会社東京化学同人発行「新生化学実験講座２，核
酸 III −組換えＤＮＡ技術−」（乙７。１４７頁∼１４９頁）によれば，タンパ
ク質の部分アミノ酸配列のようなタンパク質の構造が知られている場合に，そのア
ミノ酸配列の情報に基づいて遺伝子（ＤＮＡ）のクローニングを行うこと，使用頻
度の高いコドン配列を含む長いオリゴヌクレオチドをプローブとして用いること，
すなわち，原告らが主張する上記②の手法は，本願優先日当時に周知技術であった
ものである。
したがって，抗血清を用いたスクリーニング法，同義性プローブを用いたスクリ
ーニング法などを試みたクローニング方法が失敗すれば別の手法によりクローニン
グを試みることは，当業者が通常行う創作能力の発揮にすぎず，結局，本願発明１
は，引用例及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものと
いうべきである。
(2) 原告らは，本件明細書に開示された全長Ｄｅｒ ｐ III アミノ酸配列に至るた
めに使用された方法は，上記各公報に基づいて通常行う試行錯誤の範囲内のもので
はない旨主張する。
しかし，引用例に記載されたＤｅｒ ｐ III タンパク質の精製度は，前記のとおり，
かなり高いものであるから，引用例に記載された方法によりＤｅｒ ｐ III タンパク
質を多量に精製し，上記決定できなかったアミノ酸残基を同定するために再度配列
決定を行ったり，あるいは，酵素などを使用してＤｅｒ ｐ III タンパク質を分解し
てペプチド断片を取得し，そのペプチド断片のアミノ酸配列を決定して，その配列
情報に基づきプローブを設計することができるのであり，これらのことは，当業者
が通常行う試行錯誤の範囲内のことである。
第５ 当裁判所の判断
１ 取消事由１（本願発明３と引用発明の相違点の看過）について
(1) 審決は，「本願発明３と引用発明を対比すると，両者は，単離されたＤｅｒ
ｐ III タンパク質である点で一致」すると認定したのに対し，原告らは，これを争
い，引用発明のＤｅｒ ｐ III タンパク質は，本願発明の「単離された」Ｄｅｒ ｐ
III タンパク質に当たらない旨主張するので，検討する。
(2) 本願発明のＤｅｒ ｐ III について
ア 本件明細書の発明の詳細な説明には，次の記載がある。
(ｱ) 「本発明は，Ｄｅｒ ｐ III の活性をもつペプチドを生産する方法に関する。
・・・ペプチドは，分泌され，そしてペプチドを含む細胞と培地の混合液から単離
されてもよい。あるいはまた，ペプチドは，細胞質に保持され，そしてその細胞が，
回収され，溶菌され，そしてタンパク質が単離されてもよい。細胞培養物は，宿主
細胞，培地および他の副生物を含む。細胞培養用の適切な培地は，技術的に既知で
ある。本発明のペプチドは，細胞培養液，宿主細胞，または両方から，イオン交換
クロマトグラフィー，ゲル濾過クロマトグラフィー，限外濾過，電気泳動，および
そのようなペプチドに特異的な抗体を用いるイムノアフィニティー精製を含む，タ
ンパク質精製のための既知技術を用いて単離される。」（１８頁１３行∼下から５
行）
(ｲ) 「本発明のなおその他の実施態様は，Ｄｅｒ ｐ III の活性をもつペプチドの
実質的に純粋な調製物を提供する。そのような調製物は，本ペプチドが，細胞中で
も，細胞によって分泌されても，ともに自然に生じるタンパク質とペプチド（すな
わち，他の家庭のちりダニペプチド）を実質的に含有しない。ここに使用される用
語，「単離された」は，実質的に，組み換えＤＮＡ技術によって生産された場合に
は，細胞材料もしくは培養培地を含有しないか，または化学的に合成された場合に
は，他の化学前駆物質もしくは他の化学薬剤を含有しない核酸もしくはペプチドを
称する。また，そのようなペプチドは，すべての他の家庭のちりダニタンパク質を
含有しないのが特徴である。したがって，Ｄｅｒ ｐ III の活性をもつ単離されたペ
プチドは，組み換え的にも，合成的にも生成され，そして実質的に，細胞材料およ
び培養培地を含有しないか，または実質的に，化学前駆物質もしくは他の化学薬剤
を含有せず，さらに他の家庭のちりダニタンパク質を含有しない。・・・Ｄｅｒ
ｐ III の活性をもつペプチドは，例えば，そのようなペプチドをコードしているＤ
ｅｒ ｐ III の核酸の対応する断片から，組み換えによって作製されたペプチドをス
クリーニングすることによって得られる。さらに，断片は，慣用の・・・技術上既
知の技術を用いて，化学的に合成できる。例えば，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質は，重
複断片のない目的の長さの断片中に任意に分配されても，または好ましくは，目的
の長さの重複する断片中に分配されてもよい。その断片を，作製し（組み換え的も
しくは化学合成によって），そして試験して，Ｄｅｒ ｐ III 活性をもつそれらのペ
プチドを同定することができる。すなわち・・・Ｔ細胞応答性か・・・低下された
ＩｇＥ結合活性をもつかについて試験される。」（２０頁９行∼２１頁７行）
(ｳ) 「Ｄ．プテロニッシナス培養株 すべてのダニは，Commonwealth Serum Lab
oratories，Parkville，Australiaから購入され，スペント（spent）培地は，同所
から贈られた。」（３７頁下から２行∼３８頁１行），「生来のＤｅｒ ｐ III の精
製 ・・・Ｄ．プテロニッシナスのスペント増殖培地の５０∼８０％飽和硫酸アン
モニウム沈殿物１５ｍｌを，ＰＢＳで平衡化された上方流動する２ｃｍ×９０ｃｍ
のポリアクリルアミドＰ−１００カラム・・・に適用した。流出された５ｍｌの画
分のタンパク質含量を，光学濃度（Ａ２８０ｎｍ）を測定することによって決定し，
そしてＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。３０ｋＤａ領域に顕著なバンドを含む
それらの画分をプールし，ポリエチレングリコール６０００・・・によって濃縮し，
ＰＢＳに対して透析し，そして再びカラムを通過させた。これを２回繰り返した結
果，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，検出される唯一のバンドがほぼ分子量３０ｋ
Ｄａのダブレットであると決定された。」（３８頁２行∼１５行）
(ｴ) 「実施例１：生来のグループ III アレルゲンの配列 タンパク質単離法によ
り，ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析で分子量３０と２８ｋをもつダブレットとして泳動する
Ｄｅｒ ｐ III サンプルを作製した。・・・混入しているタンパク質配列を除去する
ためにｏ−フタルアルデヒドを用いて，生来のＤｅｒ ｐ III・・・のＮ−末端配列
を修正し，既知Ｄｅｒ ｐ III 配列に伸長し・・・た。」（４３頁７行∼１６行）。
(ｵ) 「実施例２：組み換えＤｅｒ ｐ III の配列 実施例１に記載のようにして得
られたタンパク質配列情報を，好適なコドン使用データ・・・と一緒に使用して，
２種のオリゴヌクレオチドプローブを構築した。これらのオリゴヌクレオチドを，
Ｄｅｒ ｐ III クローンのヌクレオチド残基１５９−１９６および残基６８８−６４
８・・・にハイブリダイズするようにデザインした。両プローブと強くハイブリダ
イズする唯一のクローンは，λｇｔ１０ｃＤＮＡライブラリーから単離した。Ｐ３
ＷＳ１クローンについて得られるヌクレオチド配列およびその演繹されるアミノ酸
配列を，図１Ａおよび１Ｂに示した。完全なヌクレオチド配列は，長さ１０５９ｂ
ｐであった。これは，６２ｂｐの５’非コーディング領域，２１１ｂｐの３’非翻
訳領域およびヌクレオチド残基８４６−８４８において終止コドン（ＴＧＡ）をも
つ７８６ｂｐのオープン読み枠を含む。ポリＡテールを含まないが，ポリアデニル
化シグナル（ＡＡＴＡＡＡ）であると考えられる。オープン読み枠は，アミノ酸２
９個のプレプロ領域を含むタンパク質，およびＮ−末端イソロイシンで始まり，計
算分子量２４ ,９８５と８．５のｐＩをもつ２３２個のアミノ酸残基の成熟タンパ
ク質をコードしている。アミノ酸位置−２９のメチオニン残基（ＡＴＧ）は，もっ
とも可能性のある翻訳開始部位である。」（４４頁２行∼１８行）
(ｶ) 「基質結合実験を考慮して，他の脊椎動物および無脊椎動物セリンプロテア
ーゼとの配列の比較・・・は，グループ III アレルゲンが，トリプシンタンパク質
であることを示す。トリプシンタンパク質は，すべての脊椎動物および無脊椎動物
種の膵臓小胞細胞によってプレプロチモーゲンとして分泌される。無脊椎動物トリ
プシンは，分子量範囲２０∼３０ｋＤａをもつと報告された・・・。Ｄｅｒ ｐ III
Ｐ３ＷＳ１トリプシノーゲンは，計算された分子量２８ｋＤａをもち，そして対応
する成熟タンパク質は，分子量２４ ,９８５Ｄａ（判決注：原文では「２４ ,９８５
ｋＤａ」とあるが，「２４ ,９８５Ｄａ」又は「２４．９８５ｋＤａ」の誤りと認
める。）であり，一方，生来の精製タンパク質は，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって評価
されるように２８と３０ｋＤａの二重体(duplicate)として存在した。Ｄｅｒ ｆ
III・・・およびＤｅｒ ｐ III・・・両方については，単離された多重タンパク質バ
ンドという他の報告があった。トリプシンタンパク質が，数種のイソ型で存在する
ことが知られているので，これらの結果は，異常ではない。GendryとLaaunay
(1988)は，ラット膵臓から陰イオン性トリプシン様タンパク質の二重タンパク質バ
ンドを単離した。彼らは，より高い３２ｋＤａバンドが不活性のトリプシンを表し，
そしてより低い３０ｋＤａが，３２ｋＤａバンドの切断を自己触媒できるトリプシ
ンの活性形を表すことを示唆した。それ故，３０ｋＤａバンドが，不活性なトリプ
シノーゲンを表し，そして２８ｋＤａバンドが活性トリプシンを表す可能性もある。
無脊椎動物トリプシンに関するイソ酵素の数は，１∼１２の範囲と報告されている
・・・。Stewartら( 1992)は，ｐＩの範囲４∼＞８をもって存在するＤｅｒ ｐ III
の９個の主要なイソ型を示した。（判決注：引用例のことである。）」（４８頁下
から５行∼４９頁２０行）
イ 上記記載によれば，本件明細書の実施例において，配列番号：１の核酸は，
Ｄ．プテロニッシナスのスペント増殖培地からＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析で分子量が３
０と２８ｋＤａのダブレットとして単離された生来の精製タンパク質をもとに，こ
のタンパク質のアミノ酸配列を決定して２種のオリゴヌクレオチドプローブを構築
してｃＤＮＡライブラリーから目的の遺伝子を単離し，その塩基配列を決定したも
のであるところ，上記(ｳ)，(ｴ)には，「生来のＤｅｒ ｐ III の精製 ・・・Ｄ．プ
テロニッシナスのスペント増殖培地の５０∼８０％飽和硫酸アンモニウム沈殿物１
５ｍｌを，ＰＢＳで平衡化された上方流動する２ｃｍ×９０ｃｍのポリアクリルア
ミドＰ−１００カラム・・・に適用した。流出された５ｍｌの画分のタンパク質含
量を，光学濃度（Ａ２８０ｎｍ）を測定することによって決定し，そしてＳＤＳ−
ＰＡＧＥによって分析した。」，「実施例１：生来のグループ III アレルゲンの配
列 タンパク質単離法により，ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析で分子量３０と２８ｋをもつ
ダブレットとして泳動するＤｅｒ ｐ III サンプルを作製した。」との記載があって，
実施例１として，Ｄ．プテロニッシナスのスペント増殖培地から精製した「生来の
Ｄｅｒ ｐ III」が挙げられている。そして，カラムの通過を２回繰り返した後のＳ
ＤＳ−ＰＡＧＥによる分析において，検出される唯一のバンドがほぼ分子量３０ｋ
Ｄａのダブレット（分子量３０と２８ｋをもつダブレット）であるというのである
から，Ｄ．プテロニッシナスのスペント増殖培地から精製した「生来のＤｅｒ ｐ
III」は，本願発明３の「単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン」に該当す
るものと認められる。
ウ 原告らは，本件明細書の「『単離された』は，実質的に，組み換えＤＮＡ技
術によって生産された場合には，細胞材料もしくは培養培地を含有しないか，また
は化学的に合成された場合には，他の化学前駆物質もしくは他の化学薬剤を含有し
ない核酸もしくはペプチドを称する。また，そのようなペプチドは，すべての他の
家庭のちりダニタンパク質を含有しないのが特徴である。」との記載があることを
理由に，本願発明３にいう「単離された」とは，すべての他の家庭のちりダニタン
パク質を含有しないものである旨主張する。
確かに，前記ア(ｲ)のとおり，本件明細書には原告ら指摘の記載があるが，この
記載自体から明らかなとおり，「組み換えＤＮＡ技術によって生産された場合」又
は「化学的に合成された場合」について例示しているものであり，上記２つの場合
に限定しているものとはいえない。そして，これらの例示した２つの場合について，
「そのようなペプチドは，すべての他の家庭のちりダニタンパク質を含有しないの
が特徴である。」と述べているものであって，その他の場合，例えば，Ｄ．プテロ
ニッシナスのスペント増殖培地から精製した「生来のＤｅｒ ｐ III」については，
何の言及もしておらず，また，本件明細書を精査しても，このＤｅｒ ｐ III タンパ
ク質について，他の家庭のちりダニタンパク質を含有しないことを確認したことを
示唆する記載を見いだすことができない。
そうすると，本願発明３にいう「単離」されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲ
ンが，すべての他の家庭のちりダニタンパク質を含有しないものであるというもの
ではないから，原告らの上記主張は，採用することができない。
(3) 本願発明３と引用発明との対比について
ア 引用例には，次の記載がある，
（要約）
(ｱ) 「Ｄ．プテロニッシナスのフン濃縮抽出物には，アレルギー誘発性であるト
リプシン様酵素が含まれることが示された。クロマトフォーカシング研究により，
４∼＞８の範囲のｐＩで，Ｄ．プテロニッシナスにおける９つの主要アイソフォー
ムの存在が示されたが，デルマトファゴイデス・ファリナエ（D.farinae）では２
つのみ（４∼５の範囲）であった。ベンズアミジン−セファロース６Ｂアフィニテ
ィークロマトグラフィーおよびゲル濾過によりＤ．プテロニッシナスから単離され
るトリプシンは，無脊椎動物および脊椎動物の両方のトリプシンと酵素的に類似す
る３１ｋＤａタンパク質であることが判明した。得られたＮ末端配列（ＩＶＧＧＥ
ＸＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩＳＬ）は，ダニアレルゲンＤｅｒ ｐ III について報告され
たものと同一であり，そしてザリガニトリプシンおよびデルマトファゴイデス・フ
ァリナエからのＤｅｒ ｆ III と相同性を示した。ダニトリプシンは自己分解し，そ
して２つのフラグメントのＮ末端配列はそれぞれＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩおよびＮＮ
ＱＶＸＧＩであることが判明した。両方ともザリガニトリプシンと相同性を示し，
そして前者の配列は天然酵素およびＤｅｒ ｐ III の残基７∼１８と同一であった。
ダニトリプシンの全てのアイソフォームは，放射性アレルゲン吸着アッセイにより
アレルギー誘発性であることが示され，そしてさらなる研究により，トリプシン分
解産物もまたアレルギー誘発性であることが示された。この酵素を他のダニアレル
ゲンと比較し，そしてアレルギー誘発性の順序は：全ダニ抽出物＞ Der p I ＞トリ
プシンであることが示された。しかしながら，一団のダニアレルギー個体からの全
ての血清は，全ダニ抽出物およびＤｅｒ ｐⅠを用いて見られるものと匹敵するト
リプシンに対するＩｇＥ反応性を示した。これらのデータは，ダニトリプシンが，
以前に記述されたアレルゲンＤｅｒ ｐ III に対応する主要アレルゲンであることを
示す。」（２９頁）
（材料および方法）
(ｲ) 「ダニ抽出物，患者血清および試薬
Ｄ．プテロニッシナスおよびデルマトファゴイデス・ファリナエの抽出物は，以
前に記載のとおり使用済み成長培地（ＳＧＭ）から調製した。・・・
アフィニティークロマトグラフィー
ＳＧＭの５０∼８０％飽和硫酸アンモニウム沈殿物からベンズアミジン−セファ
ロース６Ｂ・・・上でダニトリプシンを単離した。０．５ＭのＮａＣｌを含有する
０．０１Ｍリン酸バッファー，ｐＨ７．２（ＰＢＳ）中の画分をカラムに載せた。
結合していないタンパク質はＰＢＳで溶出し，そして結合した物質はグリシン−Ｈ
Ｃｌ，ｐＨ２．８もしくは水に溶解した５０ｍＭのベンズアミジンのいずれかを用
いて脱着させた。個々の画分をプロテアーゼ活性について調べ，そして／もしくは
適切な画分をプールし，透析し，凍結乾燥させた。Ｄｅｒ ｐＩは，特異的モノク
ローナル抗体アフィニティーマトリックスを用いてアフィニティークロマトグラフ
ィーにより単離した。結合したアレルゲンは，水酸化アンモニウムでｐＨ１１に調
整した水を用いて脱着させ，そして二重拡散分析およびドデシル硫酸ナトリウム−
ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）により純度を決定した。
ゲル濾過
０．１Ｍ酢酸バッファー，ｐＨ４．５で平衡化したセファデックスＧ−７５のカ
ラム上でアフィニティー単離画分をさらに精製した。ダニトリプシンの見掛け分子
量（ｍｏｌ ｗｔ）は，分子量スタンダード；オボアルブミン（分子量４３，００
０），キモトリプシノーゲン（２５，５００）およびシトクロムｃ（１１，７０
０）を用いて記載のとおり決定した。適切な画分をプールし，透析し，凍結乾燥さ
せた。・・・
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ
ＳＤＳ−ＰＡＧＥは，記載のとおり行った。見掛け分子量は，ウシ血清アルブミ
ン（分子量６７ ,０００），オボアルブミン（４３ ,０００），グリセルアルデヒド
−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（３６ ,０００），炭酸脱水酵素（２９ ,０００），
トリプシノーゲン（２４ ,０００），ダイズトリプシンインヒビター（２０ ,１０
０）およびラクトアルブミン（１４ ,２００）を用いて作成された標準曲線を参照
して決定した。」（３０頁左欄１行∼右欄２０行）
（結果）
(ｳ) 「アフィニティー精製した物質は，それぞれ２８および３４ｋＤａの分子量
を有する２つの微量成分が時折検出されるが，３１ｋＤａの見かけ分子量を有する
１つの主要成分を含有することがＳＤＳ−ＰＡＧＥ研究により示された（図３）。
ゲル濾過研究（図４）により，結合物質は３つの主要ピーク，それぞれ＞６０ｋＤ
ａおよび２６ｋＤａの見掛け分子量を有する２つの比較的高分子量成分，ならびに
１．３ｋＤａの見かけ分子量を有する第三の低分子量成分を含有することが示され
た。２６ｋＤａピークは，トリプシン様活性を示す唯一のものであった。この物質
をプールし，そして下記のアレルギー誘発性およびシークエンシング研究の両方に
おいて使用した。この画分の酵素活性は，ＳＧＭの０．４Ｕ／ｍｇと比較して３６．
７Ｕ／ｍｇタンパク質であり，それは比活性の９２倍の増加に相当した。ゲル濾過
精製したトリプシンのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により，３１ｋＤａの見掛け分子量を
有する主要成分と３４ｋＤａのわずかに高い分子量を有する微量成分の存在が示さ
れた。」（３１頁右欄１８行∼３２頁左欄５行）
(ｴ) 図３には２つのレーンＡ，Ｂが示され，「クーマシーブルーＲ２５０で染色
した勾配ゲル上でのＤ．プテロニッシナス使用済み成長培地抽出物からのアフィニ
ティー精製したダニトリプシン(A)およびＤｅｒ ｐＩ( B)のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析。
分子量マーカーの相対位置をｋＤａ単位で示す。Ｄｅｒ ｐＩおよびダニトリプシ
ンの見掛け分子量は，それぞれ２８および３１ｋＤａであった。」との説明がある
（３２頁左欄）。
(ｵ) 「アミノ酸配列研究
ゲル濾過精製した物質のＮ末端配列を決定し，表１に示す。それはアレルゲンＤ
ｅｒ ｐ III について以前に報告されたＮ末端配列およびザリガニトリプシンと著し
い相同性を示した。アフィニティー単離した物質は，水溶液において室温で長期間
インキュベーションすると自己分解することが実験的観察により示された。しかし
ながら，生産物，特に各々約１２ ,０００の分子量を有する２つの成分をシークエ
ンスした。得られた配列は，それぞれＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩおよびＮＮＱＶＸＧＩ
であった。それらは両方ともザリガニトリプシンと相同性を示したが，前者はダニ
トリプシンおよびＤｅｒ ｐ III の残基７∼１８と同一であった（表１）。ダニトリ
プシン（および／もしくはＤｅｒ ｐ III）とＤｅｒ ｆ III 間の相同性の程度は７８
％であり，そして前者とザリガニトリプシン間で，相同性の程度は最初の１８残基
において６１％であった。」（３２頁左欄６行∼右欄７行）
(ｶ) 「表１．ダニトリプシンおよびその自己分解産物のＮ末端配列」には，上記
のとおり，アフィニティー単離して得られた物質の配列「ＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩ」
がダニトリプシンのＮ末端配列「ＩＶＧＧＥＸＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩＳＬ」，Ｄｅ
ｒ ｐ III のＮ末端配列「ＩＶＧ(Ｓ)ＥＫＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩＳ」と同一であるこ
と，同物質を水溶液において室温で長期間インキュベーションして自己分解した物
質の配列「ＮＮＱＶＸＧＩ」がザリガニトリプシンと相同性を有することが示され
ている（３３頁）。
（考察）
(ｷ) 「要するに，以前に記述されたアレルゲン，Ｄｅｒ ｐ III は，Ｄ．プテロニ
ッシナスのフン濃縮抽出物において見出された３１ｋＤａトリプシン様酵素に対応
すると思われる。それはＤｅｒ ｐⅠおよび II の両方に匹敵する主要アレルゲンで
あることが見出され，チリダニ抽出物にはアレルゲンの少なくとも３つの主要群が
含まれ，その２つはタンパク質分解活性を有することが示された。さらに，得られ
たデータは，低分子量分解産物もまたアレルギー誘発性であることを示唆した。こ
れらのデータおよび哺乳類源からのトリプシンおよび他のプロテアーゼもまた強力
なアレルゲンであることを示す他のデータは，生化学的性質が感受性個体における
感作性に寄与するかもしれないことを示唆する。」（３４頁左欄４２行∼５２行）
イ 上記記載によれば，引用例には，Ｄ．プテロニッシナスのフンが富化された
抽出物からアフィニティー精製及びゲル濾過により単離された物質は，分子量がＳ
ＤＳ−ＰＡＧＥによれば３１ｋＤａ，ゲル濾過によれば２６ｋＤａと測定されるタ
ンパク質であり，アミノ酸配列についての考察では，ダニトリプシンとＮ末端配列
が同一であることが認められる。
そうすると，上記( 2)イのとおり，本件明細書に，実施例１として挙げられてい
るＤ．プテロニッシナスのスペント増殖培地から精製した「生来のＤｅｒ ｐ III」
と，引用発明であるダニアレルゲンＤｅｒ ｐ III は，いずれも，Ｄ．プテロニッシ
ナスから精製，単離されたものであり，その分子量は，ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によ
れば，前者は，検出される唯一のバンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレットであ
り，後者は，主要成分の見掛け分子量が３１ｋＤａであるというのであるから，実
質的に同一であると認められる。
ウ 原告らは，引用発明には，ゲル濾過精製したトリプシンには，微量成分とは
いえ，３４ｋＤａのわずかに高い分子量を有する物質が混在している旨主張する。
しかし，上記のとおり，本願発明３にいう「単離された」は，すべての他の家庭
のちりダニタンパク質を含有しないものであるわけではないから，３４ｋＤａのわ
ずかに高い分子量を有する物質が混在していることをもって，本願発明３にいう
「単離された」に当たらないとはいえない。
また，本願発明の発明者が発表した文献である乙１刊行物は，本件出願の発明者
が本件優先日の直後の１９９４年３月に発表した論文を掲載しているものであると
ころ，同論文には，「Ｄ．プテロニッシナスにも相同のアレルゲン（Ｄｅｒ ｐ
III）が主として３１ｋＤａの形態で，時として３４ｋＤａおよび２８ｋＤａの形態
で存在することが明らかにされている。［注４］」（２２０頁右欄１１行∼１５
行）との記載があり，注４には，「Immunology, vol.75, pp.29-35 (1992)」に掲
載された G.A.Stewart 他作成の論文，すなわち，引用例（甲１）が引用されている。
本件明細書には，「グループ III アレルゲン，Ｄｅｒ ｐ III に関するヌクレオチ
ド配列をコードしている遺伝子の単離は，デルマトファゴイデス・アレルゲンのこ
のグループについて最初の一次配列の決定である。・・・Ｄｅｒ ｐ III Ｐ３ＷＳ１
トリプシノーゲンは，計算された分子量２８ｋＤａをもち，そして対応する成熟タ
ンパク質は，分子量２４，９８５ｋＤａであり，一方，生来の精製タンパク質は，
ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって評価されるように２８と３０ｋＤａの二重体(ｄｕｐｌ
ｉｃａｔｅ)として存在した。Ｄｅｒ ｆ III・・・およびＤｅｒ ｐ III・・・両方に
ついては，単離された多重タンパク質バンドという他の報告があった。トリプシン
タンパク質が，数種のイソ型で存在することが知られているので，これらの結果は，
異常ではない。GendryとLaaunay（ 1988）は，ラット膵臓から陰イオン性トリプシ
ン様タンパク質の二重タンパク質バンドを単離した。彼らは，より高い３２ｋＤａ
バンドが不活性のトリプシンを表し，そしてより低い３０ｋＤａが，３２ｋＤａバ
ンドの切断を自己触媒できるトリプシンの活性形を表すことを示唆した。それ故，
３０ｋＤａバンドが，不活性なトリプシノーゲンを表し，そして２８ｋＤａバンド
が活性トリプシンを表す可能性もある。無脊椎動物トリプシンに関するイソ酵素の
数は，１∼１２の範囲と報告されている・・・。」（４８頁下から７行∼４９頁１
９行）との記載があることからすると，乙１刊行物において，上記のとおり，「主
として３１ｋＤａの形態で，時として３４ｋＤａおよび２８ｋＤａの形態で存在す
る」とされるＤｅｒ ｐ III は，「イソ酵素」，すなわち，アイソフォーム（イソ
型）であると推認される。
この点について，原告らは，本願発明３と引用例に記載の精製物を対比する場合
は，個々のピークではなく，ダブレットとして比較すべきであるとし，引用発明の
ダブレットが，「時として３４ｋＤａおよび２８ｋＤａの形態で存在する」もので
あり，本願発明のダブレットの対比において，２８ｋＤａのピークが常に存在し，
３１ｋＤａの主要ピークと同程度の強度を示し，３４ｋＤａのピークが常に存在し
ないというものではないから，本願発明のダブレットと引用発明の精製物とは，相
違する旨主張する。
しかし，前記のとおり，本件明細書には，本願発明の実施例として，Ｄ．プテロ
ニッシナスのスペント増殖培地からＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により分子量が３０と２
８ｋＤａのダブレットとして生来の精製タンパク質を単離し，このタンパク質のア
ミノ酸配列を決定した上，２種のオリゴヌクレオチドプローブを構築してｃＤＮＡ
ライブラリーから目的の遺伝子を単離し，配列番号：１の核酸の塩基配列を決定し
たものが記載されてはいるが，本願発明３の特許請求の範囲においては，上記ダブ
レットをその構成要件としているのではなく，配列番号：１の核酸の塩基配列を含
む「単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン」を構成要件としているのであ
るから，対比されるべきであるのは，本願発明３の「単離されたＤｅｒ ｐ III タン
パク質アレルゲン」と引用発明の「単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲ
ン」であって，本願発明のダブレットと引用発明の精製物とが同一であるか否かで
はない。
そして，本件明細書には，上記のとおり，本願発明３の実施例として示される生
来のＤｅｒ ｐ III について，「ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，検出される唯一の
バンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレット」，「実施例１：生来のグループ III
アレルゲンの配列 タンパク質単離法により，ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析で分子量３０
と２８ｋをもつダブレットとして泳動するＤｅｒ ｐ III サンプル」，「３０ｋＤａ
バンドが，不活性なトリプシノーゲンを表し，そして２８ｋＤａバンドが活性トリ
プシンを表す可能性もある。」との記載があるのである。
一方，引用発明における精製物は，Ｄ．プテロニッシナスのフン濃縮抽出物を，
ベンズアミジン−セファロース６Ｂアフィニティークロマトグラフィー及びゲル濾
過により単離されたものであり，主として３１ｋＤａの形態で，時として３４ｋＤ
ａ及び２８ｋＤａの形態で存在し，上記のとおり単離された物質から得られた配列
から，そのＮ末端配列「ＩＶＧＧＥＸＡＬＡＧＥＸＰＹＱＩＳＬ」を決定している
が，本願発明３にいう配列番号：１の核酸の塩基配列に対応するアミノ酸配列「Ｉ
ＶＧＧＥＫＡＬＡＧＥＣＰＹＱＩＳＬ」（別紙参照）とも著しい相同性を有するこ
とが認められる。しかも，引用発明において得られたあと１つの配列「ＮＮＱＶＸ
ＧＩ」も，本願発明３にいう配列番号：１の核酸の塩基配列に対応するアミノ酸配
列の１９４∼２００と一致しているものである。そうすると，引用発明の分子量３
１ｋＤａと測定される単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質は，本件明細書の実施例
１の生来の精製タンパク質と，実質的に同一であると認めるのが相当である。
したがって，原告らの上記主張は，採用することができない。
エ 原告らは，「実施例」として，上方流動するポリアクリルアミドＰ−１００
カラムで複数回処理して得られる濃縮物につき，「ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，
検出される唯一つのバンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレットであると決定され
た。」との記載があることを理由に，本願発明３の「単離された」Ｄｅｒ ｐ III タ
ンパク質アレルゲンは，ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析で，検出される唯一つのバン
ドとして現れる旨主張する。
しかし，「検出される唯一つのバンドがほぼ分子量３０ｋＤａのダブレット」は，
「ほぼ分子量３０ｋＤａ」とされているように，ある程度幅のある数値である。
一方，前記( 3)ア(ｷ)のとおり，引用例には，「考察」の結論として，「以前に記
述されたアレルゲン，Ｄｅｒ ｐ III は，Ｄ．プテロニッシナスのフン濃縮抽出物に
おいて見出された３１ｋＤａトリプシン様酵素に対応すると思われる。それは Der
p I および II の両方に匹敵する主要アレルゲンであることが見出され，チリダニ抽
出物にはアレルゲンの少なくとも３つの主要群が含まれ，その２つはタンパク質分
解活性を有することが示された。」との記載があり，本願発明と同様の測定原理で，
ゲル濾過及びＳＤＳ−ＰＡＧＥにより上記３１ｋＤａと測定されるタンパク質を得
ており，アミノ酸配列も本願発明のそれと同様であることからすれば，この３１ｋ
Ｄａと測定される主要成分と，本願発明３の実施例の分子量３０ｋＤａのダブレッ
トとは，同じものと認められる。
したがって，原告らの上記主張も採用の限りでない。
(4) 「請求項１に記載の核酸がコードする」による特定について
審決が，本願発明３のうち「請求項１に記載の核酸がコードする単離されたＤｅ
ｒ ｐ III タンパク質アレルゲン。」は，単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質そのも
のを意味しているにすぎない。」と判断したのに対し，原告らはこれを争い，「請
求項１に記載の核酸がコードする」というのは，Ｄｅｒ ｐ III タンパク質を機能的
に特定しようとするのではなく，ある一定の化学構造でもって特定しているのであ
り，単に，起源その他の特性でもって化合物たるタンパク質を特定されているので
はない旨主張する。
しかし，前記判示のとおり，引用例には，生来のＤｅｒ ｐ III タンパク質が記載
されているものであり，これが「単離されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン」
と認められる以上，これが「請求項１に記載の核酸がコードする単離されたＤｅｒ
ｐ III タンパク質アレルゲン」に当たることが明らかであり，したがって，本願発
明３は，引用発明である生来のＤｅｒ ｐ III タンパク質と同一であるというべきで
ある。
(5) 以上によれば，本願発明３のうち「請求項１に記載の核酸がコードする単離
されたＤｅｒ ｐ III タンパク質アレルゲン。」が引用発明と同一であり，特許法２
９条１項３号に該当するとした審決の判断に誤りはない。
２ そうすると，原告らの請求は，その余の点について判断するまでもなく，理
由がないことに帰する。
知的財産高等裁判所第１部
裁判長裁判官 塚 原 朋 一
裁判官 宍 戸 充
裁判官 柴 田 義 明
（ 別 紙 ）