平成19(行ケ)10259行政訴訟 特許権

平成２０年７月１７日判決言渡

平成１９年（行ケ）第１０２５９号 審決取消請求事件

口頭弁論終結日 平成２０年６月３日

判 決

原 告 インディアナ・ユニバーシテ

ィ・リサーチ・アンド・テク

ノロジー・コーポレーション

同訴訟代理人弁護士 鈴 木 修

神 田 雄

同訴訟復代理人弁護士 岡 本 義 則

同訴訟代理人弁理士 増 井 忠 弐

被 告 特 許 庁 長 官

同 指 定代理 人 後 藤 時 男

秋 田 將 行

小 林 和 男

岩 崎 伸 二

主 文

１ 原告の請求を棄却する。

２ 訴訟費用は原告の負担とする。

３ この判決に対する上告及び上告受理申立てのための

付加期間を３０日と定める。

事実及び理由

第１ 請求

特許庁が不服２００４−２０４７２号事件について平成１９年３月６日にした審決を取り消す。

第２ 事案の概要

本件は，原告が発明の名称を「イオン移動度及び質量分析器」とする特許出願をしたところ，拒絶査定を受けたので，これを不服として審判請求をしたが，請求不成立の審決を受けたことから，その取消しを求めた事案である。争点は，本願発明が，国際公開第９８／５６０２９号パンフレット（甲３。国際公開日：１９９８年〔平成１０年〕１２月１０日，発明の名称「イオンの移動度及びハイブリッド質量分析装置」，出願人：アドヴァンスト・リサーチ・アンド・テクノロジー・インスティチュート〔アメリカ合衆国〕。以下｢刊行物１｣という｡刊行物１の日本語訳は，刊行物１のパテントファミリである特表２００１−５０３１９号公報である甲４のとおり。）に記載された発明（以下，審決を引用する場合を含め「刊行物１発明」という。）との関係で進歩性を有するかどうか（特許法２９条２項）である。１ 特許庁における手続の経緯原告は，１９９９年（平成１１年）５月１７日の優先権（アメリカ合衆国）を主張し，２０００年（平成１２年）５月１６日，名称を「イオン移動度及び質量分析器」とする発明について，国際特許出願（ＰＣＴ／ＵＳ００／１３３４４）をし，平成１３年１１月１９日に日本国特許庁へ国内書面を提出（甲１。特願２０００−号）したところ，特許庁から平成１６年６月２９日付けで拒絶査定を受けた。これに対し，原告は，同年１０月４日，不服の審判請求を行うとともに，特許請求の範囲等を補正した（甲２。以下｢本件補正｣という｡）。特許庁は，同審判請求を不服２００４−２０４７２号事件として審理した上，平成１９年３月６日，「本件審判の請求は，成り立たない。」との審決をし，その謄本は，同月１６日に原告に送達された。なお，原告のため９０日の出訴期間が附加された。２ 本件特許請求の範囲本件補正後の特許請求の範囲の請求項１(以下｢本願請求項１｣ということがある｡)は，次のとおりである（甲２。本願請求項１の発明を，審決を引用する場合を含め｢本願発明１｣という。。）「 請求項１】【 気塊状イオンを発生することと，該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内にゲートして上記気塊状イオンを時間的に分離することによりそれぞれ対応するイオン移動度を有する多数のイオンパケットを形成することと，上記形成された多数のイオンパケットのうち少なくとも一部のイオンパケットを順次質量分析器に向けることと，上記質量分析器を連続的に動作させることによって上記少なくとも一部のイオンパケットのうちの少なくとも一部を順次時間的に分離させてそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成することと，上記形成されたイオンサブパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を測定することと，の各ステップにより構成されたことを特徴とするイオン質量スペクトル情報を生成する方法。」３ 審決の理由

(1) 審決の理由の要点は，①本件補正は，平成１４年法律第２４号による改正前の特許法１７条の２第４項３号，４号の規定に該当する補正と認める，②本願発明１は，刊行物１発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるので，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない，というものである。

(2) 審決が認定する刊行物１発明の内容，本願発明１と刊行物１発明との一致点並びに相違点１及び２のうちの相違点２は，次のとおりである。ア 刊行物１発明の内容「気塊状イオンを発生することと，該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内で上記気塊状イオンを時間的に分離することによりそれぞれ対応するイオン移動度を有する多数のイオンパケットを形成することと，上記形成された多数のイオンパケットのうち少なくとも一部のイオンパケットを順次質量分析器に向けることと，上記質量分析器のイオン引き出し電界を，５１２回繰り返してパルス動作させるという仕方で，質量分析器を動作させることによって上記少なくとも一部のイオンパケットのうちの少なくとも一部を順次時間的に分離させてそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成することと，上記形成されたイオンサブパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を測定することと，の各ステップにより構成されたことを特徴とするイオン質量スペクトル情報を生成する方法」（６頁５∼１９行）イ 一致点「気塊状イオンを発生することと，該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内で上記気塊状イオンを時間的に分離することによりそれぞれ対応するイオン移動度を有する多数のイオンパケットを形成することと，上記形成された多数のイオンパケットのうち少なくとも一部のイオンパケットを順次質量分析器に向けることと，上記質量分析器を動作させることによって上記少なくとも一部のイオンパケットのうちの少なくとも一部を順次時間的に分離させてそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成することと，上記形成されたイオンサブパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を測定することと，の各ステップにより構成されたことを特徴とするイオン質量スペクトル情報を生成する方法」（６頁２８行∼７頁３行）ウ 相違点２「本願発明１は，『質量分析器を連続的に動作させる』のに対し，刊行物１発明は，『質量分析器のイオン引き出し電界を，５１２回繰り返してパルス動作させるという仕方で，質量分析器を動作させる』ものである点。（７頁１０∼１３行）」

(3) 相違点２についての判断「本願請求項１の発明で『質量分析器を連続的に動作させる』という記載は，本願明細書（平成１３年１１月１９日受付の国内書面である）において段落【００１６】の『本発明の他の面によれば ，・・・，上記気塊状イオンの少なくとも一部を上記ＩＭＳ（判決注:イオン移動度分析器）のイオンの入口にゲートし上記ＭＳ（判決注:質量分析器）のイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってイオンを上記イオン検出器順次向けるように動作可能なコンピュータと，・・・』の記載，乃至段落【００６５】の『・・・，ＴＯＦＭＳ（判決注：飛行時間質量分析器）３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０２の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている場合に，上述したようにイオントラップ１５２（図５〔判決注:別紙図５のとおり。以下，引用の図については，別紙の各図のとおり 。〕参照）は必要とされないことが実験により判定されている。言い換えると，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になっていれば，タイミングのためにイオントラップ１５２にイオンが収集される必要がない。・・・，本発明では，トラップ１５２がＴＯＦＭＳの入口３６に近接して配置されるような所望の形態において，このようなイオントラップ１５２が任意に用いられることを考えている。』の記載，乃至段落【００７６】の『・・・。その後にステップ４１０において，制御コンピュータ３１０は所定の時間だけイオンゲート３５６（図１０）にパルスを与えそれによって気塊状イオンを収集チャンバ３５４からＩＭＳ３４に通過させ，上述したようにＭＳ３６のイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってＭＳ３６を自由動作モードで動作させるように動作可能である 。・・・』の記載における，下線部（下線は便宜上，今回付与したものである）の記載に基づくものであり，それは，質量分析器（ＭＳ）のイオン加速領域に連続的にパルスを与えて質量分析器を動作させるという意味である。すなわち本願請求項１は，質量分析器のイオン加速領域に連続的にパルスを与えて質量分析器を動作させることを，『質量分析器を連続的に動作させる』と表現したものと認められる。刊行物１発明について検討すると，質量分析器のイオン引き出し電界はイオン加速のためのものであるから，該電界に係る領域はイオン加速領域ということができ，５１２回繰り返してパルス動作させるというのは，連続的にパルス動作させるということに外ならないから，刊行物１発明で，『質量分析器のイオン引き出し電界を ，“イオン導入事象”毎に，５１２回繰り返してパルス動作させるという仕方で，質量分析器を動作させる』というのは，質量分析器のイオン加速領域に連続的にパルスを与えて質量分析器を動作させるということであり，これは，本願明細書の前記表現方法を用いれば，質量分析器を連続的に動作させる，ということになる。したがって，相違点２は単なる表現上の相違に過ぎず，実質的には，両発明において同一の技術内容である。（７頁２２行∼８頁２４行）」

第３ 原告主張の取消事由

審決は，本願発明１と刊行物１発明との相違点２の判断を誤ったものである。相違点２は，単なる表現上の相違などではなく，両発明は，実体として異なる発明である。この審決の認定判断の誤りは結論に影響があるから，審決は違法なものとして取り消されるべきである。

１ 本願発明１の内容

(1) 「質量分析器を連続的に動作させる」ことの意義

本願発明１は，イオン移動度分析器内で形成され，質量分析器に向けられたイオンパケットの少なくとも一部を順次時間的に分離させてそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成するステップにおいて，イオンサブパケットの形成を 質量分析器を連続的に動作させる」「 ことによって行うものである 。この「質量分析器を連続的に動作させる」との要件に対応する本願明細書（本件補正後の本件発明に係る明細書。以下同じ。）の記載には，以下のものがある。

①「該質量分析器を連続的に作動させそれによって上記イオンパケットの少なく

とも一部をそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成するように順次時間的に分離することと」【００１５】

②「上記気塊状イオンの少なくとも一部を上記ＩＭＳのイオンの入口にゲートし

上記ＭＳのイオン加速領域に連続的にパルスを与え」【００１６】

③「ＴＯＦＭＳ３６に対するＩＭＳ３４の直角でない配置形態（すなわち図４に

示されるのとは異なる形態）では，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８，９４及び１０２の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている場合に，上述したようにイオントラップ１５２（図５参照）は必要とされないことが実験により判定されている。言い換えると，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になっていれば，タイミングのためにイオントラップ１５２にイオンが収集される必要がない。【００６５】」

④「工程４００はステップ４０６からステップ４０８に続き，ここでコンピュー

タ３１０はイオン源７４を作動させそれによって適当な試料源からのイオンの発生を開始するように動作可能である。その後にステップ４１０において，制御コンピュータ３１０は所定の時間だけイオンゲート３５６（図１０）にパルスを与えそれによって気塊状イオンを収集チャンバ３５４からＩＭＳ３４に通過させ，上述したようにＭＳ３６のイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってＭＳ３６を自由動作モードで動作させるように動作可能である。【００７６】」以上の本願明細書の記載からすれば，本願発明１の「質量分析器を連続的に動作させる」とは，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであり，これを「言い換えると，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になって」いることである。ここにいう「イオン加速領域が」「パルス状になっている」との文言の意味は，本願明細書（甲１，２）中の各記載によれば，イオン加速領域にパルス状に電圧をかけるということであることが明らかである。したがって，「質量分析器を連続的に動作させる」とは，質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に自由動作モードで連続的にパルス状の電圧をかけることである。そして， 質量分析器を連続的に動作させる」ことにより，イオンの導入との「タ「イミング」を計るために，非直交型では不可欠と考えられていたイオントラップを不要とすることができるのである。ここにいう「自由動作モード」の意義の理解には，本願明細書【００７７】の記載が役立つ。同段落には「自由動作状態」との文言があり，これは本願明細書において「自由動作モード」と同義であるところ，同段落では，図１４Ｂが，このような自由動作状態のイオン加速領域における電圧を表している旨記載されている。したがって，イオンの導入と質量分析器の動作のタイミングを計ることなく，図１４Ｂに表されているように，イオン導入と同時に一定間隔のパルス状の電圧を途切れることなく与え続けることを，本願発明１では自由動作モードという。以上からすると，本願発明１における「質量分析器を連続的に動作させる」の技術的意義は，質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作とのタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続けることである。審決は，本願発明１の 質量分析器を連続的に動作させる」「 との文言の意義を 質「量分析器（ＭＳ）のイオン加速領域に連続的にパルスを与えて質量分析器を動作させるという意味である 。」と認定するが，抽象的に「連続的にパルスを与えて」とするのみでは，本願発明１の理解として不十分であり，本願発明１でいうところの自由動作モードでパルス状の電圧がかけられることが明確に認識されなければならない。

(2) 「質量分析器を連続的に動作させる」時期

上記(1)のとおり，本願発明１において「質量分析器を連続的に動作させる」との意義は，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作とのタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく与え続けることであるところ，質量分析器のイオン加速領域へパルス状電圧が最初に与えられるのは，イオンゲート３５６にパルス状の電圧が与えられた時と同時である。このことは，本願明細書の図１４Ａ及び図１４Ｂから明らかである。すなわち，イオンゲートにおける電圧は図１４Ａに表されているところ（ ００７７ 】 ，図１【 ）Ａ及び図１４Ｂを並べて見れば，図１４Ａの左端においてパルスが描かれているのに対し，図１４Ｂにおいても同じく左端から自由動作モードによるパルスが描かれているのであって，このことから，イオンゲート３５６にパルス状の電圧を与えること（図１４Ａ）と自由動作モードによりイオン加速領域へパルス状の電圧をかけ始めること（図１４Ｂ）が同時であることが理解できる。また，本願発明１の工程を示した本願明細書の図１３において ，「イオンゲートにパルスを与え」ることと「ＴＯＦＭＳに連続的にパルスを与える」ことが４１０という一つの工程として記載されていることも，イオンゲートにパルス状の電圧をかけるのとＴＯＦＭＳにパルスの電圧がかけられ始めるのが同時であることを意味している。そして，イオンゲート３５６にパルス状の電圧を与えると，イオンゲートは不作動状態となり，それによってイオンがＩＭＳ３４に入ることが可能となる（ ００【】）のであるから，本願発明１においてイオン加速領域にパルス状の電圧がかけられる時期は，イオンがＩＭＳ３４に入った時ということになる。

２ 刊行物１発明の内容

刊行物１発明においても，質量分析器のイオン加速領域にパルス状の電圧がかけられるが，その電圧のかけ方は，イオン加速領域に進入してくるイオンパケットの位置や速度に応じ，そのタイミングに合わせて電圧をかけるというものである。このような理解の根拠として，刊行物１の次の記載が挙げられる。

(1) 直交型実施例について

①「電圧源ＶＳ２ ８８， ＶＳ３ ９６及びＶＳ４ １０４は典型的にはコン

ピュータ３８によって制御され，グリッド即ちプレート８６，９４，１０２において最初の電圧を生じ，ＩＭＳ３４（電圧源ＶＳ１５２によってセットされる）と電圧レベルが一致するようになる 。・・・グリッド即ちプレート８６，９４間で規定された空間内での最初のイオン位置または最初のイオン速度の推定によって，コンピュータ３８を作動して電圧源８８，９６及び／又は１０４を制御し，瞬時にグリッド即ちプレート８６，９４，１０２間の電界を増加し，それによってイオンが引き出された電界を創造し」（甲４の５８頁１４∼２３行。以下，甲３の刊行物１を挙示するときは，甲４の該当頁数を示す。）

②「例えば，このような垂直配置では，グリッド即ちプレート８６，９４間に規

定されたイオン加速領域にＩＭＳ３４から入るイオンパケットが，それらがドリフトチューブ軸線７２に沿ってその間を移動しているとき，一定であり，比較的良く規定された最初のイオンの位置を有する。上述したように，イオン光学素子４７は，イオンをイオン加速領域に集め，それによりイオンの空間的分布を最小にする。更にドリフトチューブ軸線７２はグリッド即ちプレート８６，９４と平行であるから，フライトチューブ軸線１２８に対するイオン位置は，比較的一定に維持している。この特徴により，グリッド即ちプレート８６，９４間で規定されたイオン加速領域内での最初のイオン位置を正確に推定することが可能となり，これにより上記パルスイオンの引き出された電界のより正確な推定をすることができる。好ましくは，コンピュータ３８は上述したように，イオン源７４からイオン発生を制御し，コンピュータ３８ＩＭＳ３４内にイオンが導入される時間を記憶する。」（６０頁２∼１５行）

(2) 非直交型実施例について

「このような向きのいずれにおいても，グリッド又はプレート８６′及び９４の間に形成された空間内のイオンパケットの初期位置は，(図示された向きにおけるように)いかなる精度でも予測することができないか又は(直角でないあらゆる配置におけるように)イオンパケットがドリフトチューブ軸線７２に沿って移動する時に変化する。（６１頁１１∼１６行）」

(3) 上記(1)及び(2)の記載によると，グリッド即ちプレート８６，９４，１０

に生じる電圧は，当初，ＩＭＳ３４と電圧レベルが一致するように制御されており，その後，グリッド（プレート８６，９４間で規定された空間），すなわちイオン加速領域に進入してきたイオンパケットの位置や速度に応じ，その進入のタイミングを計って瞬時にその電圧を増加することが理解される。そして，直交型実施例では，イオンパケットのイオン加速領域への到達が精度良く推定できるので，イオンパケットの到達に合わせてイオン加速領域に電圧をかけることができるが，非直交型では，精度良くイオンパケットのイオン加速領域への到達が予測できないため，イオントラップが必要となるのである。このように，イオン加速領域に進入してくるイオンパケットの位置や速度に応じ，そのタイミングに合わせてイオン加速領域にパルス状の電圧をかけるということは，いい換えれば，イオン加速領域にパルス状の電圧がかけられる時期は，同領域にイオンパケットが進入してきた時ということになる。つまり，刊行物１発明では，イオン加速領域へのパルス電圧の付与は，同領域へのイオンパケットの到達に合わせることが前提となっているのである。

３ 本願発明１と刊行物１発明との相違

(1) 以上で述べたように，本願発明１においては，イオンゲートに電圧をかけ

る時，すなわちイオンがＩＭＳ３４に進入した時に，イオン加速領域へパルス状の電圧がかけられ始め，その後はイオン加速領域に一定間隔のパルスの電圧が途切れることなく与え続けられる。本願発明１にいう 質量分析器を連続的に動作させる」「ことは，このような形で行われる。これに対し，刊行物１発明においては，イオン加速領域に進入してくるイオンパケットの位置や速度に応じ，そのタイミングに合わせてイオン加速領域にパルス状の電圧をかけるのであり，イオンがＩＭＳ３４に進入した時にはいまだイオン加速領域にパルス状の電圧は発生しない。しかも，刊行物１は ，「一実施例において，パルス化されたイオン引出し電界は，イオン導入事象ごとに５１２回繰り返して提供された。（６０頁１７，１８行）とし，有限の回数パルスが与えられる場合のみ」が記載されているが，本願発明１では，パルスの数に制限はない。なお，「イオン導入事象ごとに５１２回繰り返して提供された。」という記載の意味は，各イオン導入事象に対してそれぞれ５１２回パルス状の電圧が与えられたということにとどまり，ＩＭＳへのイオン導入と同時にパルス状の電圧が与えられたという意味ではない。このように，審決の挙げる相違点２は，単なる表現上の差異にとどまらず，イオン加速領域へのイオンパケット進入のタイミングを計ってパルス状の電圧をかけるか，イオン導入と同時にイオン加速領域にパルス状の電圧をかけ始めるか，という重要な相違を有している。そして，この相違は，下記４のとおり，本願発明１に刊行物１発明とは異なる効果をもたらす。

(2) 刊行物１発明は，１９９７年６月２日の米国出願（出願番号０８／８６７

号。以下「米国原出願」という。）を優先権の根拠として PCT 出願されたものである（甲３）。一方，本願発明は，１９９９年５月１７日の米国出願（出願番号０９／３１３４９２号）を優先権の根拠として PCT 出願されたものであるが，この優先権の根拠となった米国出願は，米国原出願の部分継続出願である（甲１【０】。）以上のとおり，本願発明も刊行物１発明も，いずれも米国原出願を基礎とするものであり，本願発明は，米国原出願の内容に加えて，新たな事項を追加してされた出願という関係にある。したがって，本願明細書の内容と刊行物１の内容とは共通する部分があるが，本願明細書は，刊行物１に対して，図面９以降が追加され，また，これに対応する説明が【００６５】以下に追加され，さらに，発明の概要に関する記載（ ００１５】【∼【００１９】）が変更されたものとなっている。よって，本願明細書は，刊行物１には開示されていない新規な事項が記載されており，本願発明は，本願明細書において新たに追加された事項に関するものである。なお，本願明細書には，刊行物１に相当する記載部分もあるが，これは本願発明が刊行物１の基礎となる米国出願の部分継続出願に基づくものであることに由来するものであり，このことから，本願発明が刊行物１の発明を含むものと理解すべきでなく，上記追加部分に開示された技術内容に基づき，刊行物１の発明との異同を判断すべきである。本願明細書 ００６５】【 以下の記載及び図９以降と刊行物１の記載を対比すれば ，刊行物１においては，発明の実施形態として，ＩＭＳ３４のドリフト管軸とＴＯＦＭＳ３６の飛行管軸が直交している直交型実施例（甲４の図４）と，直交しない場合はイオントラップ１５２が設けられるという非直交型実施例のみが開示されていた（甲４の図５。【請求項４０ 】，６１頁以降 ）。これに対し，本願発明１においては，その図９に示されるように，ＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＦＭＳの飛行管軸は直交していなくてもよく，「相互に対して所望の角度をなして配置され」る上，ＩＭＳに対してＴＯＦＭＳが直角でない配置形態においてもイオントラップは必要とされない（甲１の【００６５】。）

４ 本願発明１と刊行物１発明との効果の相違

(1) 刊行物１発明と同様の従来の方法を採る場合，イオン加速領域に到達した

イオンパケットをＴＯＦＭＳの飛行管へ向かわせるためには，イオンパケットのイオン加速領域への進入のタイミングを計って電圧をかける必要があるが，本願明細書【００４５】及び刊行物１（６１頁７行目以降）に記載されているように，ＴＯＦＭＳの飛行管軸がＩＭＳのドリフト管軸に対して垂直でない構造をとる場合には，イオン加速領域におけるイオンパケットの初期位置及び同領域にイオンパケットが到達するまでの時間を正確に把握することが困難である。そして，そのために，パルス状の電圧をかけるタイミングが不正確になり，イオンがＴＯＦＭＳ内で見失われるようになったり，ＴＯＦＭＳの質量分解能が逆効果を受ける，すなわち分解能が低下するという問題がある。この問題への対処方法として，従来，刊行物１の図５のようにイオントラップ１を設けることがあった。本願明細書【００４８】及び【００４９】並びに刊行物１（６２頁２２行目以降）にも記載されているように，イオントラップは，イオンパケットを閉じ込め，所望のタイミングで周期的に排出するようにコンピュータによって制御されるので，コンピュータは，イオン加速領域におけるイオンの初期位置や同領域にイオンが到達するまでの時間を正確に把握することが可能となる。そして，それによってパルス状の電圧をかけるタイミングを正確に測ることができ，イオンをＴＯＦＭＳ内で見失うこともなく，ＴＯＦＭＳの質量分解能を最大限に引き出すことができる。しかしながら，イオントラップを設けることには，当然ながら相応のコストがかかるし，新たな装置を付加することにより，器械・制御系統全体の複雑さが増して，故障などのリスクが高まるという問題もある。そこで，本願発明１は，質量分析器を連続的に動作させることにより，ＴＯＦＭＳとＩＭＳが垂直でない構造においても，イオントラップを不要とすることに成功した。すなわち，イオンがＩＭＳ３４に入るのと同時に，イオン加速領域にパルス状に電圧をかけ始め，その電圧を一定間隔で途切れることなく与え続けることで，イオン加速領域に到達したイオンにタイミングを合わせて電圧を与える必要はなくなり，したがって，イオン加速領域におけるイオンの位置や同領域への到達時間を測定する必要もなくなるので，イオントラップを必要としていた理由が失われたのである。以上のとおりであるから，ＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＦＭＳの飛行管軸が直交していない構造においてもイオントラップを不要とする効果は，本願発明１がイオン加速領域へのイオンパケットの進入のタイミングに合わせることなく「質量分析器を連続的に動作させる」という方法を採ったことがもたらしたものである。

(2) 刊行物１発明における非直交型では，初期のより高い質量分解能を達成す

るためにイオントラップを必要とするのであるから，非直交型の質量分析器においては，本願発明１と刊行物１発明との間に顕著な差異がある。また，刊行物１発明は，直交型について ，「フライトチューブ１１０の長さ，グリッド即ちプレート８８，９４，１１２間の距離及びグリッド即ちプレート１１２と検出器１１６との距離１１４のような種々の装置パラメータ，またグリッド即ちプレート８６，９４間で規定された空間内での最初のイオン位置または最初のイオン速度の推定によって，コンピュータ３８を作動して電圧源８８，９６及び／又はを制御し，瞬時にグリッド即ちプレート８６，９４，１０２間の電界を増加し，それによってイオンが引き出された電界を創造し，これらグリッド間のイオンをフライトチューブ１１０の方へ加速する」（５８頁１７∼２４行）と記載されており，刊行物１発明の直交型でも，イオンパケットが加速領域に達するタイミングを計って質量分析器を作動させていることは明らかである。これに対し，本願発明においては，直交型においても，イオン加速領域に進入してくるイオンパケットの位置や速度に応じそのタイミングに合わせて電圧をかけるのではなく，イオンゲートに電圧をかけ，イオンがＩＭＳ３４に進入すると同時に，イオン加速領域にパルス状の電圧がかけられる。このことは，本願請求項１における「質量分析器を連続的に動作させる」との記載が直交型にも非直交型にも限定していないこと及び本願明細書【００６５】以降の記載がやはり直交型にも非直交型にも限定していないことから明らかである。したがって，本願発明１では，直交型においても ，「質量分析器を連続的に動作させる」，すなわち，イオン加速領域へのイオンパケット進入とのタイミングを計らずに，イオン移動度分析器へのイオン導入と同時に，イオン加速領域へ一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく与え続けることが行われるのであり，このことによって，イオンパケットが加速領域に達するタイミングに合わせて質量分析器を動作させるという制御を行う必要がなくなった点において，本願発明１と刊行物発明との間には大きな相違がある。

５ 結論

以上のとおり，相違点２は，パルス状の電圧をかける時期をイオン加速領域にイオンパケットが進入するタイミングに合わせるかどうかという重要な相違を有するのであるから，単なる表現上の相違とはいえず，本願発明１と刊行物１発明は，実体として異なる技術内容である。そして，イオン加速領域にイオンパケットが進入するタイミングに合わせることなく，イオンがＩＭＳ３４に入るのと同時にパルス状の電圧をかけ始め，それを途切れることなく続けることとし，それによってＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＦＭＳの飛行管軸が直交していない構造においてもイオントラップを不要とすることは，刊行物１には一切記載されていないし，刊行物１発明から当業者が容易に想到し得たものではない。したがって，「相違点２は単なる表現上の相違に過ぎず，実質的には，両発明において同一の技術内容である。」とした審決には，相違点の判断を誤った違法があり，この審決の認定の誤りは結論に影響があるから，審決は取り消されるべきである。

第４ 被告の反論

１ 本願発明１の内容

(1) 前記第３の１(1)で原告が挙示する本願明細書 ００１５】 ００１６】 ０

【 ，【 ，【】及び【００７６】の記載を考慮すれば，本願発明１の「質量分析器を連続に動作させる」ことは，原告も認めているように ，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０２の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであることは明らかである。また，この「質量分析器を連続に動作させる」という記載から，イオンを導入するタイミングと質量分析器を連続に動作させるタイミングとを関係付けることは難しい。さらに，本願請求項１には，イオンゲートについて「該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内にゲートして」と記載され，また，質量分析器の動作について「上記質量分析器を連続的に動作させることによって」と記載されているものの，イオンゲートと質量分析器の動作について何ら関係付けて記載されていない。以上によれば，原告の「本願発明１の『質量分析器を連続的に動作させる』の技術的意義は，質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続けることである。」との主張及び「本願発明１において『質量分析器を連続的に動作させる』ことの意義はＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作とのタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく与え続けることである」との主張は，それぞれ特許請求の範囲の記載に基づかない主張であって，失当といわざるを得ない。

(2) また，本願発明１の「質量分析器を連続的に動作させる」ことが，「ＴＯＦ

ＭＳ３６のイオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであったとしても，上記のとおり，本願請求項１には「質量分析器を連続的に動作させる」と記載されているのみであり，さらに，この「質量分析器を連続的に動作させる」という記載では，質量分析器を連続的に動作させるタイミングを特定することができないことは明らかである。そして，仮に原告が主張するように ，「自由動作モード」が「イオン導入と質量分析の動作のタイミングを計ることなく，図Ｂに表されているようにイオン導入と同時に一定間隔のパルス状の電圧を途切れることなく与え続ける」ことを意味したとしても，本願請求項１には ，「自由動作モード」という発明を特定する事項が記載されておらず，上記のとおり，「質量分析器を連続的に動作させる」記載は，質量分析器を連続的に動作させるタイミングを特定する記載ではないから，本願発明１の 質量分析器を連続的に動作させる」「とは，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであり，これをいい換えれば，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が連続的なパルス状になって」いることであるとはいい得ても，原告が主張するように，「質量分析器を連続的に動作させる」記載から，質量分析器を連続的に動作させるタイミングを特定して ，「本発明の『質量分析器を連続的に動作させる』とは， ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０２の間の）『が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている』ことであり，これをいい換えると，『ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になって』いることである。」とはいえない。

(3) したがって，上記(1)及び(2)を根拠として，「本願発明１における『質量分

析器を連続的に動作させる』の技術的意義は，質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作のタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続けることである。」とはいえないものである。

(4) 本願明細書【００７７】には，「図１４Ｂの信号４５２はＴＯＦＭＳ３６の

イオン加速領域における電圧を表し」と記載されており，さらに，本願明細書の図Ｂを参照すると，図１４Ｂには信号４５２が一定間隔でパルス状になって供給されていることが描かれているから，図１４Ｂが「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０２の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことを意味すること，すなわち，本願発明１の「質量分析器を連続に動作させる」ことを意味することは明らかである。そして，図１４Ｂからだけでは最初の信号４５２がイオン導入と同時に供給されるかどうかは不明であり，図１Ａと図１４Ｂを比較して初めて，原告が主張する「質量分析器のイオン加速領域へパルス状電圧が最初に与えられるのは，イオンゲート３５６にパルス状の電圧が与えられた時と同時である。」ことが理解されるものである。さらにまた，図１３を参照すると，図１３の工程４１０には，「イオンゲートにパルスを与えＴＯＦＭＳに連続的にパルスを与える」と記載されているものの， イ「オンゲートにパルスを与え」ることと「ＴＯＦＭＳに連続的にパルスを与える」ことを同時に行うとは記載されていないから，図１３には，「イオンゲートにパルスを与え」ることと「ＴＯＦＭＳに連続的にパルスを与える」ことが４１０という一つの工程として記載されているからといって，イオンゲートにパルスを与えるのとＴＯＦＭＳにパルスの電圧がかけられ始めるのが同時であることを意味しないことは明らかである。

(5) そして，本願発明１の「質量分析器を連続的に動作させる」とは，「ＴＯＦ

ＭＳ３６のイオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであり，さらに ，「イオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことは，本願明細書【００１６】及び【００７６】の記載を参照すれば，「イオン加速領域に連続的にパルスを与え」ることであり，また，質量分析器のイオン加速領域にパルスを与えることは，「質量分析器を動作させる」ことであることが明らかであるから，審決において，「本願請求項１は，質量分析器のイオン加速領域に連続パルスを与えて質量分析器を動作させることを，『質量分析器を連続的に動作させる』と表現したものと認められる。（８頁１１∼１３行）と認定した」ことに誤りはない。

２ 本願発明１と刊行物１発明との相違について

(1) 本願請求項１には，質量分析器の動作について「上記質量分析器を連続的

に動作させることによって」と記載されているものの，イオンゲートと質量分析器の動作について関係付ける記載はない。本願発明１の「質量分析器を連続的に動作させる」とは，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」ことであり，また，「イオン加速領域が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている」こととは，「イオン加速領域に連続的にパルスを与え」ることであり，さらに，質量分析器のイオン加速領域にパルスを与えることは「質量分析器を動作させる」ことであることは明らかであるから，審決（８頁１１∼１３行）のとおり，本願請求項１は，質量分析器のイオン加速領域に連続パルスを与えて質量分析器を動作させることを，「質量分析器を連続的に動作させる」と表現したものと認められる。他方，刊行物１発明について検討すると，刊行物１には，「例えば，このような垂直配置では，グリッド即ちプレート８６，９４間に規定されたイオン加速領域にＩＭＳ３４から入るイオンパケットが，それらがドリフトチューブ軸線７２に沿ってその間を移動しているとき，一定であり，比較的良く規定された最初のイオンの位置を有する。・・・コンピュータ３８は電圧源８８，９６を制御するように作動し，何回かの各イオン導入事象で，パルス化されたイオン引き出し電界を提供する。一実施例において，パルス化されたイオン引き出し電界は，イオン導入事象ごとに回繰り返して提供された。（６０頁２∼１８行）と記載されており，ここで」いう質量分析器の「イオン引き出し電界」は，イオン加速領域（プレート８６，９間）でのイオン加速のためのものであり，「パルス化されたイオン引き出し電界は，イオン導入事象ごとに５１２回繰り返して提供された」とは，イオン加速領域のプレート８６，９４間にイオン引き出し電界のためのパルスを５１２回繰り返して与えることを意味し，さらに，イオン加速領域（プレート８６，９４間）にパルスを与えることは，質量分析器を動作させることにほかならないから，刊行物１発明は，審決認定の相違点２のとおり ，「質量分析器のイオンの引き出し電界を，５回繰り返してパルス動作させるという仕方で，質量分析器を動作させる」ものであることは明らかである。そして，「パルス化されたイオン引き出し電界は，イオン導入事象ごとに５１２回繰り返して提供された」こと，すなわち，「イオン加速領域のプレート８６，９間にイオン引き出し電界のためのパルスを５１２回繰り返して与える」ことは，質量分析器のイオン加速領域に連続的にパルスを与えて質量分析器を動作させることであり，これは，本願明細書の表現方法を用いれば ，「質量分析器を連続的に動作させる」ということになるから，審決が「相違点２は単なる表現上の相違に過ぎず，実質的には，両発明において同一の技術内容である。（８頁２３，２４行）と」した点に誤りはない。

(2) 原告は，本願発明１も刊行物１発明も，いずれも米国原出願を基礎とする

ものであるところ，本願明細書は，刊行物１には開示されていない新規な事項が記載されており，本願発明１は，本願明細書において新たに追加された事項に関するものであるから，本願発明１が刊行物１の発明を含むものと理解すべきでないこと，上記追加部分に開示された技術内容に基づき，刊行物１の発明との異同を判断すべきであることを主張する。しかしながら，発明の要旨認定は，特段の事情がない限り，明細書の特許請求の範囲の記載に基づいて行うべきであるから，原告の上記主張は失当である。

(3) 原告は，「刊行物１においては，前述のとおり発明の実施態様として，ＩＭ

Ｓ３４のドリフト管軸とＴＯＦＭＳ３６の飛行管軸は直交している直交型実施例（甲４，図４・・・）と，直交しない場合はイオントラップ１５２が設けられるという非直交型実施例のみが開示されていた（甲４図５，同請求項４０，同６１頁以下）。これに対し，本願においては，その図９に示されるように，ＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＦＭＳの飛行管軸は直交していなくともよく ，『相互に対して所望の角度をなして配置され』る上，ＩＭＳに対してＴＯＦＭＳが直角でない配置形態においてもイオントラップは必要とされない（甲１【００６５】」と主張する。）確かに，本願発明では，質量分析器の飛行管軸が直交しているとも直交しないとも限定していないが，直交型とも非直交型とも限定していないからこそ，本願発明は刊行物１の質量分析器の飛行管軸が直交する直交型も含むことになる。そして，本願発明１が含む直交型の場合には，原告も認めているようにイオントラップを必要としないことから，本願発明１と刊行物１発明との効果の差異はないことになり，上記原告の効果の主張は失当である。

３ 本願発明１と刊行物１発明との効果の相違について

(1)

（原告の主張）

する「ＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＭＦＳの飛行管軸が直交していない構造においてもイオントラップを不要とする」点の本願発明１の効果は，

（原告の主張）

に係る「質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続ける」構成又は「イオン導入と同時にイオン加速領域にパルス状の電圧をかけ始める」構成が本願請求項１に記載されていることを前提とするものである。しかし，本願請求項１には，イオンゲートについては「該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析内にゲートして」と記載され，また，質量分析器の動作については「上記質量分析器を連続的に動作させることによって」と記載されているものの，イオンゲートと質量分析器の動作について関係付ける記載はないことから，原告の本願発明１の効果の主張は，特許請求の範囲の記載に基づかない主張であって，失当といわざるを得ない。

(2) また，仮に，本願発明１に，

（原告の主張）

する「ＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＭＦＳの飛行管軸が直交していない構造においてもイオントラップを不要とする」点の効果があった場合についても検討する。本願発明１は，質量分析器の飛行管軸について直交型とも非直交型とも限定していないから，本願発明１は，刊行物１の質量分析器の飛行管軸が直交しない非直交型のほかに，質量分析器の飛行管軸が直交する直交型も含むことになる。そして，この直交型の場合には，本願発明１も刊行物１発明もイオントラップを必要としないことから，質量分析器の飛行管軸が直交する直交型も含む本願発明１と刊行物１発明との効果の差異はないことになる。

４ よって，審決の認定判断に何ら誤りはなく，

（原告の主張）

はいずれも理由がない。

第５ 当裁判所の判断

１ 本願発明１の内容

(1) 本願請求項１には，①「気塊状イオンを発生すること」，②気塊状イオンの

イオンゲートにつき，「該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内にゲートして」，③イオンパケットの形成につき，「上記気塊状イオンを時間的に分離することによりそれぞれ対応するイオン移動度を有する多数のイオンパケットを形成すること」，④イオンパケットを質量分析器に向けることにつき，「上記形成された多数のイオンパケットのうち少なくとも一部のイオンパケットを順次質量分析器に向けること」，⑤質量分析器の動作につき，「上記質量分析器を連続的に動作させることによって」，⑥イオンサブパケットの形成につき，「上記少なくとも一部のイオンパケットのうちの少なくとも一部を順次時間的に分離させてそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成すること」，⑦質量スペクトル情報の測定につき ，「上記形成されたイオンサブパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を測定すること」が記載されている。同記載によれば，質量分析器の動作について ，「連続的に動作させる」ことによって，「イオンパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を生成する」ものであることが記載されていることが認められるものの，それ以上の特定がされておらず，イオンゲートと質量分析器の動作について何ら関係付けて記載されておらず，本願請求項１の記載自体から，ＴＯＦＭＳへのパルス状電圧付与のタイミングが明らかとはいえない。

(2) さらに，本願明細書（甲１，２）の発明の詳細な説明について検討する。

ア 本願明細書には，以下の記載がある。「 ０００２】【【技術分野】 本発明は概略的に，構造に基づいた分子の特性や気相イオン等の質量―電荷比のための測定装置に関し，より詳細には，生体分子を含む有機分子や無機分子に関する組成，配列順序及び／または構造上の情報を迅速かつ高感度に分析するこのような測定装置に関する。・・・【０００６】研究者はこの数年来，生体分子の構造及び順序を分析するためのより迅速で高感度な手法の必要性を認識している。飛行時間質量分析（ＴＯＦＭＳ）及びフーリエ変換イオン・サイクロトロン共鳴質量分析のような質量分析（ＭＳ）の手法は，順序及び構造の決定されるようなイオン質量情報を迅速かつ正確に与えるための周知の手法である。この技術において知られているように，ＴＯＦＭＳシステムは電界により末端がイオン検出器となっている電界のない飛行管に向かってイオンを加速する。公知のＴＯＦＭＳの原理によれば，イオンの飛行時間はイオンの質量の関数であって，より小さい質量を有するイオンがより大きい質量を有するイオンより速く検出器に達する。かくして装置によりイオン飛行時間からイオンの質量が計算される。図１は既知の質量―電荷比（ｍ／ｚ）が１２３６０ｄａのチトクローム−ｃの試料と質量−電荷比 ｍ／ｚ）（ が１４３０６ｄａのリゾチームの試料とについて ，この原理を証明している。図１において，約４０．５２μｓの飛行時間を有する信号のピーク１０はより軽いチトクローム−ｃの試料のものであり，約４１．０４μｓの飛行時間を有する信号のピーク１２はより重いリゾチームの試料のものである。・・・【００１５】・・・本発明の１つの面によれば，気塊状イオンを発生することと，該気塊状イオンの少なくとも一部をイオン移動度分析器内にゲートしそれによって該気塊状イオンをそれぞれ対応するイオン移動度を有する多数のイオンパケットを形成するように時間的に分離することと，該イオンパケットの少なくとも一部を順次質量分析器に向けることと，該質量分析器を連続的に作動させそれによって上記イオンパケットの少なくとも一部をそれぞれ対応するイオン質量を有する多数のイオンサブパケットを形成するように順次時間的に分離することと，該イオンサブパケットの少なくとも一部を処理してそれから質量スペクトル情報を決定することと，の各ステップからなるイオン質量スペクトル情報を生成する方法が提供される。【００１６】本発明の他の面によれば，試料源から気塊状イオンを発生するための手段と，該気塊状イオンを発生するための手段に連結されたイオンの入口及びイオンの出口を有しイオンをイオン移動度の関数として時間的に分離するように動作可能なイオン移動度分析器（ＩＭＳ）と，該ＩＭＳの上記イオンの出口に連結されたイオン加速領域及びイオン検出器を有しイオンをイオン質量の関数として時間的に分離するように動作可能な質量分析器（ＭＳ）と，上記気塊状イオンの少なくとも一部を上記ＩＭＳのイオンの入口にゲートし上記ＭＳのイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってイオンを上記イオン検出器順次向けるように動作可能なコンピュータと，からなる試料源から質量スペクトル情報を生成するための装置が提供される。・・・【００２６】図４を参照すると，本発明によるハイブリッド型のイオン移動度及び飛行時間による質量分析器の装置３０が示されている。装置３０は基本的部分としてイオン移動度分析器３４に連通するイオン源領域３２を有し，イオン移動度分析器３４自体が質量分析器３６に連通している。装置３０の少なくとも一部を制御し，また質量分析器３６からの情報を収集するためにコンピュータ３８が備えられている。・・・【００２８】イオン移動度分析器（ＩＭＳ）３４は管４０のイオンの出口側端部４４に近接して配置された気体通口４２を有するドリフト管４０を含み ，・・・ドリフト管４０のイオンの出口側端部４４これには取り付けられた端板４３を含み，この端板４３はこれを貫通する開口ないしイオン通口４５を規定している。・・・【００３１】 ドリフト管４０はさらにイオンの入口側端部を被覆する管端部６６を形成するハウジング７０に囲まれており，管端部６６は開口ないしイオン通口６と端板４３に近接したイオン出口側開口ないし通口８４とを形成している 。・・・ドリフト管４０に入るイオンは以下に論ずるように個々の移動度の関数として時間的に分離され，開口７０を通じて順次ＴＯＦＭＳ３６に向けられる。・・・【００３３】ＴＯＦＭＳ３６はＩＭＳ３４に取り付けられたハウジング１２６に囲まれているのが好ましい。・・・この技術において知られているように，グリッドないしプレート８６，９４及び１０２はそれらの間に第１及び第２のイオン加速領域を形成するが，これについては以下により詳細に説明されよう。・・・【００３６】図４に示される装置３０において，ＴＯＦＭＳ３６はＩＭＳに対して，飛行管軸がドリフト管軸７２に垂直になるように配置されるのが好ましい。さらにＴＯＦＭＳ３６はＩＭＳに対して，ドリフト管軸７２と飛行管軸１２８とがグリッドないしプレート８６と９４との間に形成される第１のイオン加速領域内で交差するように配置されるのが好ましい。他の形態のＴＯＦＭＳにおいて，グリッドないしプレート９４は省略してもよく，その時ＴＯＦＭＳはＩＭＳ３４に対して，ドリフト管軸７２がグリッドないしプレート８６と１０２との間に形成されるイオン加速領域内で飛行管軸１２８に交差するように配置される必要がある。いずれの場合にも，ＴＯＦＭＳはＩＭＳ３４に対して，ドリフト管軸７２が問題となる領域内のほぼ中心で飛行管軸１２８に交差するように配置されるのが好ましい。・・・【００３８】公知のＩＭＳ３４の動作によれば，ＩＭＳの入口側開口６８に入るイオンはＩＭＳの出口側開口８４に向かってドリフト管４０を通過し，このイオンは個々の移動度に応じて時間的に分離する。小さい移動度を有するイオンはより大きい移動度を有するイオンより遅れ，このイオン移動度は主として衝突断面積の関数である。結果として，より密集したイオンはより拡散したイオンより速くＩＭＳの出口側開口に達する。・・・【００３９】ＴＯＦＭＳ３６はイオンをグリッドないしプレート８６と９４との間に形成される空間電界のない飛行管１１０に向かって加速するように動作可能であり，このイオンは個々の質量に応じて時間的に分離する。一般的により質量の小さいイオンはより大きい質量を有するイオンより速く検出器１１６に達するであろう。検出器１はイオンの到着時間を検出しそれに応じた信号を信号線路１２４を介してコンピュータ３８に与えるように動作可能である。・・・【００４１】・・・グリッドないしプレート８６と９４との間に形成される空間内のイオンはパルス状のイオン引出し電界によりグリッドないしプレート９４と１０２との間に形成される空間に向かって加速される 。・・・飛行管１１０はそれに対応する電界を有していないので，イオンはグリッドないしプレート１０２から検出器１１６に向かって漂流し，ここでイオンは上述したように個々の質量の関数として時間的に分離する。・・・【００４３】コンピュータ３８が以下により詳細に説明するようにイオン源７４からのイオンの発生を制御して，コンピュータ３８が，以下に導入結果と称する，イオンがＩＭＳ３４に導かれた時間についての知識を有しているのが好ましい。その時コンピュータ３８は電圧源８８及び９６を制御してイオン導入結果毎に反復的に数回パルス状のイオン引出し電界を与えるように動作可能である。１つの実施例において，イオン導入結果毎にパルス状引出し電界が５１２回反復して与えられる。導入結果毎に与えられるパルス状のイオン引出し電界の数は装置３０の最終的な分解能に正比例することが当業者に理解されよう。このパルス状の動作はＩＭＳ３４に対してＴＯＦＭＳ３６を垂直に配置することによるいくつかの利点に関係するので，この配置はいずれか１つのイオンパケットの全体あるいは一部が処理されずにＴＯＦＭＳを通過する可能性を最小にする。グリッドないしプレート８６及び９４に対するイオンパケットの進行方向により，またイオン引出し電界のパルス状の性質により，ＴＯＦＭＳ３６はイオンパケットが軸７２の方向に進む際に各々のイオンパケットを検出器に向けて加速する複数回の機会を有するであろう。そのため，装置３は検出器１１６への最大のイオンのスループットを与えるような形態になっている。【００４４】ここで図５を参照すると，本発明によるハイブリッド型のイオン移動度及び飛行時間による質量分析器１５０の他の実施例が示されている。分析器１５０は多くの点で図４に示されまた上述した分析器３０と同様であり，それゆえ同様の部分は同様の番号で示される。それゆえ共通の部分について，またＩＭＳ３４の基本的動作についての議論は簡略化のため繰り返さない。【００４５】図４の装置３０と異なって，装置１５０のＴＯＦＭＳ３６′はＩＭＳ３４に対して，ドリフト管軸７２がまたＴＯＦＭＳ３６′の飛行管軸にもなるように配置されている。あるいは，ＴＯＦＭＳ３６′はＩＭＳ３４に対して，ドリフト管軸７２が飛行管軸に対して垂直にならないような方向に配置されよう。いずれかのこのような方向で，グリッドないしプレート８６′と９４との間に形成される空間内のイオンパケットの初期位置は，・・・パルス状のイオン引出し電界のタイミングが予測し難い。その結果，パルス状のイオン引出し電界のタイミングが不正確になってイオンがＴＯＦＭＳ３６′内で見失われるようになったり，またＴＯＦＭＳ３６′の質量分解能が逆効果を受けたりし易い。【００４６】背景技術の項において前述したグーブレモントらのシステムに伴う同じ問題である，ＴＯＦＭＳ３６′の垂直でない配置状態に伴う前述の問題に対応するために，装置１５０にはＩＭＳ３４のイオンの出口開口８４と，グリッドないしプレート８′と９４との間に形成された空間との間で動作するように配置されたイオントラップ１５２が設けられている。・・・【００５０】装置１５０の動作時に，ＩＭＳ３４はイオン移動度の関数として時間的に分離されたイオンパケットをイオン出口開口８４を介してＴＯＦＭＳ３６′に与えるように動作可能である。コンピュータ３８はイオントラップ１５２における種々のイオンパケットを１度に１つずつ収集し各々の収集されたそこから周期的な時間間隔で排出するように制御する。排出されたイオンは上述したようにグリッドないしプレート８６′と９４との間に形成された空間内に入り，コンピュータ３８はイオン排出結果のタイミングに基づいてパルス状のイオン引出し電界を加えるのに適切な時間を計算することができる。その後にＴＯＦＭＳ３６′は上述したように質量スペクトル情報を与えるように動作可能である。・・・【００６５】ここで図９を参照すると，・・・本発明によるイオン移動度及び質量分析装置３の１つの好ましい実施例が示されている。装置３００のいくつかの部分は図４及び５に関して図示及び説明したのと同じであり，したがってその構造及び動作の詳細はここでは簡略にするために省略されよう。・・・この実施例において，ＩＭＳ３４のドリフト管軸（図９には示されていない）及びＴＯＦＭＳ３６の飛行管軸（図９には示されていない）は相互に対して所望の角度をなして配置されよう。ＴＯＦＭＳ３６に対するＩＭＳ３４の直角でない配置形態（すなわち図４に示されるのとは異なる形態）では，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域（グリッド８６，９４及び１０２の間の）が連続的に作動し，あるいはパルス状になっている場合に，上述したようにイオントラップ１５２（図５参照）は必要とされないことが実験により判定されている。言い換えると，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になっていれば，タイミングのためにイオントラップ１５にイオンが収集される必要がない。したがって，ＴＯＦＭＳの飛行管軸に対するＩＭＳのドリフト管軸のいずれの垂直方向あるいは垂直でない方向の配置形態のものからもイオントラップ１５２が省略されるが，本発明では，トラップ１５２がＴＯＦＭＳの入口３６に近接して配置されるような所望の形態において，このようなイオントラップ１５２が任意に用いられることを考えている。・・・【００６８】これまで図９に関して説明した装置３００の部分は図４及び５の装置３０及び／または１５０の前述した部分と同じである。しかしながら，装置３０及び１５０とは異なって，装置３００はさらにＩＭＳ３４のイオン出口に連結されたイオン入口と公知の構成の衝突セル３０４のイオン入口に接続されたイオン出口とを有する４極子質量フィルター３０２を含む。・・・【００７３】・・・ＱＭＦ３０２は帯域フィルターとして作用し，ｍ／ｚの値の通過帯域はＲＦ電圧供給源３２０１の動作強度及び周波数を制御しＤＣ電圧供給源３２０２の動作強度を制御することによりコンピュータ３１０によって制御される。本発明の重要な面によれば，コンピュータ３１０は，ある動作条件において，以下により詳細に説明するように，ＩＭＦ３４から衝突セル３０４に通過するイオンのｍ／ｚの値を制御するように動作可能である。・・・【００７５】ここで図１３を参照すると，本発明による，図９に示される装置３００を用いて順序規定を行うためのための（判決注:本願明細書のママ）工程４００を示す１つの好ましい実施例が示されている。・・・【００７６】工程４００はステップ４０６からステップ４０８に続き，ここでコンピュータ３はイオン源７４を作動させそれによって適当な試料源からのイオンの発生を開始するように動作可能である。その後にステップ４１０において，制御コンピュータ３１０は所定の時間だけイオンゲート３５６（図１０）にパルスを与えそれによって気塊状イオンを収集チャンバ３５４からＩＭＳ３４に通過させ，上述したようにＭＳ３６のイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってＭＳ３６を自由動作モードで動作させるように動作可能である。・・・工程４００はステップ４１からステップ４１２に続き，このステップで上述したようにイオンがＩＭＳ３４及びＭＳ３６を通過することにより生ずるイオンドリフト時間（すなわちイオン移動度）に対するイオン飛行時間 すなわちイオン質量）（ のスペクトルが観測される。【００７７】ここで図１４Ａ−１４Ｄを参照すると，ステップ４１０及び４１２のグラフの例が示されている。図１４Ａの信号４５０はイオンゲート３５６における電圧を表し，ここでコンピュータ３１０はステップ４１０においてゲート３５６にパルスを与えて所定の時間不作動状態にしそれによって気体イオン塊がＩＭＳ３４に入るのを許容する動作可能である。図１４Ｂの信号４５２はＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域における電圧を表し，ここでコンピュータ３１０はステップ４１０においてイオン自由動作状態で加速領域にパルスを与えそれによってイオンまたはイオンの部分をイオン検出器に向かって周期的に加速するように動作可能である。・・・【００７９】再び図１３を参照すると，工程４００はステップ４１２及びステップ４１４から続き，ここで工程４００は現在の値Ａを付された部分工程に向かう。工程４００で最初の時にＡ＝１であり，工程４００はステップ４１６にジャンプする。・・・【００８０】ここで図１５Ａ−１５Ｄを参照すると，ステップ４２２及びステップ４０８，４及び４１２による第２の過程が示されている。イオンゲート信号４５０及びＴＯＦＭＳ信号４５２は図１４Ａ及び１４Ｂに示されるのと同じである・・・【００８１】再び図１３を参照すると，工程４００はステップ４１２の２回目の実行からステップ４１４に進み，ここで工程４００はカウント変数Ａの最新の値を付した工程部分に向かう。この場合，Ａ＝２であるので，工程４００はステップ４２６に向かう。・・・【００８２】ここで図１６Ａ−１６Ｄを参照すると，ステップ４３０と，ステップ４０８，４及び４１２の３回目の過程とが示されている。イオンゲート信号４５０及びＴＯＦＭＳ信号４５２は図１４Ａ及び１４Ｂに示されるものと同じである・・・【００８３】図面及びこれまでの説明で発明を図示及び説明したが，これは例示的なものであり，その特徴を制限するものではない。ただ好ましい実施例を図示及び説明したものであり，本発明の思想の範囲内にある全ての変形，変更が保護されることが望まれる。・・・」イ 上記アによれば，本願明細書には，本願発明１の実施例として，次のことが記載されているものと認められる。(ア) 図４に示された，ＴＯＦＭＳ３６の飛行管軸１２８をＩＭＳ３４のドリフト管軸７２に対して垂直に配置した質量分析器３０を用いてイオン質量スペクトル情報（図１）を測定する方法（ ００２６】∼【００４３】。【 ）この方法においては，イオンがＩＭＳ３４に導かれた時間ごとに，反復的に連続的にパルス状のイオン引出し電界が与えられ，その一つの実施例において，イオン導入結果ごとにパルス状引出し電界が５１２回反復して与えられること【００４】。(イ) 図５に示された，ＩＭＳ３４のドリフト管軸７２が，ＴＯＦＭＳ３６′の飛行管軸にもなるように配置され，ＩＭＳ３４のイオンの出口開口８４とＴＯＦＭＳ３６′のグリッドないしプレート８６′と９４との間に，イオントラップ１５２が設けられた，質量分析器の装置１５０を用いてイオン質量スペクトル情報を測定する方法（ ００４４】∼【００５０】。【 ）この方法においては，イオントラップ１５２が，１度に一つずつイオンパケットを収集し，周期的な時間間隔で排出するように制御され，イオン排出結果のタイミングに基づいて，パルス状のイオン引出し電界が与えられることが記載されており【００５０】，そして，「ＩＭＳ３４の基本的動作についての議論は簡略化のため繰り返さない。【００４４】との記載を考慮すると，上記アの実施例と同様に，パル」ス状のイオン引出し電界が反復的に連続的に与えられるものと認められること。(ウ) 図９に示された，ＴＯＦＭＳ３６に対してＩＭＳ３４が直角でない形態で配置され，ＩＭＳ３４のイオン出口とＴＯＦＭＳ３６との間に４極子質量フィルター３０２及び衝突セル３０４が設けられた質量分析器３００を用いてイオン質量スペクトル情報を測定する方法（ ００６５】∼【００８２】。【 ）この実施例を用いて順序規定を行うための工程の一つの好ましい実施例である図のステップ４１０「イオンゲートにパルスを与え，ＴＯＦＭＳに連続的にパルスを与える」の例を示す図１４ないし図１６において，気体イオン塊がＩＭＳ３４に入るのを許容する信号４５０（図１４Ａ，図１５Ａ及び図１６Ａ）のパルスを与えると同時に，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に電圧を与える信号４５２（図１Ｂ，図１５Ｂ及び図１６Ｂ）のパルスが繰り返し生じる様子が示されていること 。ウ 以上によれば，上記実施例においては，イオンの導入と同時に，パルス状の電圧を反復して連続的に質量分析器に与えているということができる。しかし，上記イ(ウ)の実施例に関して ，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になっていれば，タイミングのためにイオントラップ１５２にイオンが収集される必要がない。【００６５】「ステップ４１０にお」 ，いて，制御コンピュータ３１０は所定の時間だけイオンゲート３５６（図１０）にパルスを与えそれによって気塊状イオンを収集チャンバ３５４からＩＭＳ３４に通過させ，上述したようにＭＳ３６のイオン加速領域に連続的にパルスを与えそれによってＭＳ３６を自由動作モードで動作させるように動作可能である。 ００７６】【」との記載があるが，そもそも「自由動作モード」とはどのように動作することを意味するのかについて本願明細書には説明されていない。そうすると ，「自由動作モード」につき，ステップ４１０の例として挙げられた，図１４ないし図１６に示される，気体イオン塊がＩＭＳ３４に入るのを許容する信号４５０のパルスを与えると同時に，ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に電圧を与える動作を意味するものということはできず，まして，自由動作モードであることすら特定されない本願発明の「質量分析器を連続的に動作させること」が ，「質量分析器であるＴＯＦＭＳのイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作とのタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続ける」ことを意味するものであるということはできない。さらに，上記イ(ア)ないし(ウ)のいずれの実施例も，パルス状の電圧が反復して連続的に質量分析器に与えられ，それによってイオン質量スペクトル情報を測定するものである上，「図面及びこれまでの説明で発明を図示及び説明したが，これは例示的なものであり，その特徴を制限するものではない。【００８３】との記載が」あることからすれば，本願発明１における 質量分析器を連続的に動作させること」「とは，前記イ(ウ)の実施例に限定されるものではなく，少なくとも，前記イ(ア)ないし(ウ)のいずれの実施例のパルス状の電圧の付与をも含むものと解さざるを得ない。エ 以上によれば，本願発明１の実施例の一つである図９に示された質量分析装置３００を用いた工程の一例にすぎない，図１３及び図１４ないし１６を根拠として，本願発明１の「質量分析器を連続的に動作させること」について，「質量分析器であるＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域に，イオンの導入と質量分析器の動作とのタイミングを計ることなく，イオンの導入と同時に，一定間隔のパルス状に電圧を途切れることなく質量分析器に与え続ける」ものと限定して解することはできない。

(3) したがって，本願明細書の発明の詳細な説明の記載を参酌したとしても，

本件発明１における「質量分析器を連続的に動作させる」の技術的意義及び時期についての

（原告の主張）

は，いずれも採用できない。

２ 本願発明１と刊行物１発明との相違について

(1) 刊行物１発明（甲３，４）の内容は，前記第２の３(2)アで審決が認定する

とおりである（当事者間にも争いはない。。）

(2) 刊行物１（甲３，４）には，以下の記載がある。

「図４を参照すると，ここには本件発明によるハイブリッドイオン移動度及び浮遊時間（以下，タイム−オブ−フライト型と呼ぶ）質量分析計装置３０についてのある好ましい実施例が示されている。この装置３０は，その基本的な要素として，イオン移動度分析器３４へ接続しているイオンソースリジョン即ちイオン源領域３を有している。ここで，イオン移動度分析器３４自体はマススペクトロメータ即ち質量分析器３６へ接続している。当該質量分析装置３０の少なくともいくつかの部分を制御しかつ該質量分析器３６からのイオン情報を集積するためにコンピュータ３８が設けられている。（甲４の５２頁１６∼２３行）」「イオン移動度分析器（ＩＭＳ）３４はドリフトチューブ４０を有している。このドリフトチューブ４０は当該ドリフトチューブ４０のイオン出口端部４４の付近に配置されているガス開口４２を有している 。・・・ドリフトチューブ４０のイオン出口端部４４はそこへ取り付けられた端部板４３を有しており，この端部板４３はそこを通る出口開口即ちイオン孔４５を画定している。 同５３頁１１∼１８行）（」「ドリフトチューブ４０は更にハウジング７０によって包囲されており，該ハウジング７０はイオン入口端部を覆っている管端部６６を画定しており，該管端部６はそこを通っている入口開口即ちイオン孔６８と，端部板４３に近接したイオンの出口開口即ち孔８４と，を画定している。・・・イオン導入用のドリフトチューブ４０は上述したように個々の移動度の関数として調時的に分断し，かつ連続的に出口開口８４を介してＴＯＦＭＳ３６の方へ指向される。（同５４頁下から３行∼」頁１０行）「ＴＯＦＭＳ３６は，望ましくは，ＩＭＳ３４に取り付けられたハウジング１２によって囲まれる。ＴＯＦＭＳ３６は，第１の導電性グリッドまたはプレート８を備えている。・・・グリッドまたはプレート８６，９４および１０２は，当業界で知られているように，互いの間に第１および第２のイオン加速領域を画成する。（同５５頁下から９行∼５６頁４行）」「図４に示した装置３０において，ＴＯＦＭＳ３６は，望ましくは，ＩＭＳ３４に対して，フライトチューブ軸線１２８がドリフトチューブ軸線７２に対して垂直になるように配置される。さらに，ＴＯＦＭＳ３６は，望ましくは，ＩＭＳ３４に対して，ドリフトチューブ軸線７２およびフライトチューブ軸線１２８が，グリッドまたはプレート８６および９４間に画成された第１のイオン加速領域内で二つに分かれるように，位置づけられる。別の配置構成のＴＯＦＭＳ３６においては，グリッドまたはプレート９４は省略され，したがって，ＴＯＦＭＳ３６は，グリッドまたはプレート８６および１０２間に画成されたイオン加速領域内でドリフトチューブ軸線７２がフライトチューブ軸線１２８を二分するように，ＩＭＳ３４に対して位置づけられる必要がある。いずれの場合においても，ＴＯＦＭＳは，望ましくは，ＩＭＳ３４に対して，関連範囲内でドリフトチューブ軸線７２がフライトチューブ軸線１２８をほぼ中央で二分するように，位置づけられる。（同５７頁４∼１」行）「公知のＩＭＳ３４操作に従って，ＩＭＳの入口開口６８に入るイオンは，ＩＭＳの出口開口８４に向かってドリフトチューブ４０を通って移動する。このとき，イオンは，個々の移動度に従って，やがて分離する。低い移動度を有するイオンは，比較的高い移動度を有するイオンから遅れるが，このとき，イオン移動度は，イオンの衝突断面積に大きく依存する。結局，よりコンパクトなイオンが，拡散イオンよりも早くＩＭＳの出口開口８４に到達する。 同５７頁下から４行∼５８頁２行）（」「ＴＯＦＭ （判決注： ＴＯＦＭＳ」の誤記と認められる。 ３６は，ゼロ電界フライ「 ）トチューブ１１０の方へグリッド即ちプレート８６，９４の間に規定された空間からイオンを加速するように操作できる。イオンは個々の質量に応じてやがて分離する。一般に質量の小さなイオンは質量の大きなイオンよりも素早く検出器１１６に到達する。検出器１１６は，そこにイオンが到着した時間を検出するように作動し ，単一経路１２４を介してコンピュータ３８に対応する信号を送る。（同５８頁６∼」行）「グリッド即ちプレート８６，９４間で規定された空間内のイオンは，グリッド即ちプレート９４，１０２間で規定された空間に，パルスイオンの引き出された電界により加速される。・・・フライトチューブ１１０はそこに関連した電界を有さず，イオンはグリッド即ちプレート１０２から検出器１１６の方へ流れ，イオンは上述したように個々の質量の関数としてやがて分離する。（同５９頁２∼１４行）」「好ましくは，コンピュータ３８は上述したように，イオン源７４からのイオンの発生を制御し，コンピュータ３８ 判決注： コンピュータ３８は」（ 「 の誤記と思われる。）ＩＭＳ３４内にイオンが導入される時間を記憶する。これを以後，イオン導入事象と呼ぶ。コンピュータ３８は電圧源８８，９６を制御するように作動し，何回かの各イオン導入事象で，パルス化されたイオン引き出し電界を提供する。一実施例において，パルス化されたイオン引き出し電界は，イオン導入事象ごとに５１２回繰り返して提供された。当業者は，各イオン導入事象で提供されたパルスイオン引き出し電界の数が質量分析装置３０の最終分解能に直接比例するということがわかるであろう。このパルス操作がＩＭＳ３４に対するＴＯＦＭＳ３６の垂直位置決めに幾分有利であるから，そのような配置は，イオンパケットの全てまたは一部が処理されていないＴＯＦＭＳ３６を介して移動する，という可能性を最小にする。グリッド即ちプレート８６，９４に対するイオンパケットの移動の方向により，及びイオン引き出し電界のパルス特性により，ＴＯＦＭＳ３６は，それらがドリフトチューブ軸線７２に沿って移動する時，各イオンパケットを検出器１１６の方へ加速する複数の機会を持つ。そのように，装置３０は検出器１１６に最大イオンスループットを提供するようになっている。（同６０頁１３行∼末行）」

(3) 上記(1)及び(2)によれば，質量分析器のイオン引き出し電界を５１２回繰

り返してパルス動作させるという仕方で質量分析器を動作させることによって，イオンサブパケットの少なくとも一部を処理して質量スペクトル情報を測定する刊行物１発明は，刊行物１の図４（本願明細書の図４と同一内容である。 に示された，）ＴＯＦＭＳ３６の飛行管軸１２８をＩＭＳ３４のドリフト管軸７２に対して垂直に配置した質量分析器３０を用いてイオン質量スペクトル情報を測定する方法であって，イオン導入事象ごとに質量分析器のイオン引き出し電界を５１２回繰り返してパルス動作させるものであることが認められ，これは，前記１(2)イ(ア)の本願発明１の実施例と何ら差異がないといえる。そして，前記１(2)のとおり，本願発明１における「質量分析器を連続的に動作させること」が，前記１(2)イ(ア)の実施例のパルス状の電圧の付与をも含むものである以上，質量分析器３０を用いてイオン引き出し電界を５１２回繰り返してパルス動作させるという仕方で質量分析器を動作させる刊行物１発明も，本願発明１における「質量分析器を連続的に動作させること」との要件を備えるものであるといえる。したがって，「相違点２は単なる表現上の相違に過ぎず，実質的には，両発明において同一の技術内容である」との審決の判断（８頁２３，２４行）に誤りはないといえる。

(4) なお，原告は，本願発明１も刊行物１発明も，いずれも米国原出願を基礎

とするものであるところ，本願明細書は，刊行物１には開示されていない新規な事項が記載されており，本願発明は，本願明細書において新たに追加された事項に関するものであるから，本願発明１が刊行物１の発明を含むものと理解すべきでないこと，上記追加部分に開示された技術内容に基づき，刊行物１の発明との異同を判断すべきであることを主張する。しかしながら，本願発明が米国原出願の部分継続出願であるとしても，米国原出願に対して追加された内容に基づいて本願発明を理解すべきとする法律上の根拠は存在せず，原告の上記主張は独自の見解をいうものであって，採用できない。本願発明１は，原則として請求項１の記載によって理解されるべきものであるところ，これによれば，本願発明１が，図９に示された実施例に限定されるものでないことは，前記１で検討したとおりである。したがって，原告の上記主張は，失当である。

３ 本願発明１と刊行物１発明との効果の相違について

(1) 上記２(3)のとおり，刊行物１発明は，本願明細書図４に示された，ＴＯＦ

ＭＳ３６の飛行管軸１２８をＩＭＳ３４のドリフト管軸７２に対して垂直に配置した質量分析器３０を用いてイオン質量スペクトル情報（図１）を測定する方法である実施例（前記１(2)イ(ア))と何ら差異はなく，本願発明１における「質量分析器を連続的に動作させること」との要件を備えるものであって，相違点２について，刊行物１発明が本願発明１と実質的に相違するといえないものである。そうである以上，相違点２に係る本願発明１の構成により，刊行物１発明と異なる効果を奏するものということはできない。

(2) 本願明細書【００６５】には，前記１(2)イ(ウ)の実施例（本願図９の実施

例）に関する説明として，「ＴＯＦＭＳ３６のイオン加速領域が自由動作モードで連続的なパルス状になっていれば，タイミングのためにイオントラップ１５２にイオンが収集される必要がない。したがって，ＴＯＦＭＳの飛行管軸に対するＩＭＳのドリフト管軸のいずれの垂直方向あるいは垂直でない方向の配置形態のものからもイオントラップ１５２が省略される」との記載に続けて ，「本発明では，トラップ１５２がＴＯＦＭＳの入口３６に近接して配置されるような所望の形態において，このようなイオントラップ１５２が任意に用いられることを考えている 。」との記載がある。上記記載によれば，図９の実施例の説明として，ＴＯＦＭＳの飛行管軸に対するＩＭＳのドリフト管軸が垂直でない方向の配置形態のものからもイオントラップ１が省略されるが，イオントラップ１５２が任意に用いられるとされているのであって，イオントラップ１５２を用いない場合，用いる場合の双方があり得ることが明らかである。そして，前記１(2)のとおり，本願発明１は，前記１(2)イ(ア)ないし(ウ)のいずれの実施例をも含むものであって，イオントラップが用いられていないＴＯＦＭＳに対してＩＭＳ３４が直角に配置された前記１(2)イ(ア)の実施例（本願明細書図４）とともに，イオントラップ１５２を用いるＩＭＳ３４のドリフト管軸７２がＴＯＦＭＳ３６′の飛行管軸にもなるように配置された前記１(2)イ(イ)の実施例（本願明細書図５）も含むものである。そもそも，本願発明１はイオン加速領域へのイオンパケットの進入のタイミングに合わせることなく「質量分析器を連続的に動作させる」という方法を採ったものである，との原告主張が失当であることは，前記１で検討したとおりであり，請求項１では，ＩＭＳ３４に対するＴＯＦＭＳ３６の配置方向は特定されていないから，本願明細書【００６５】の上記記載は，特定の実施例において，イオントラップ１を省略できることをいうにすぎないものであって，本願発明１が，イオントラップを必要としたＩＭＳのドリフト管軸とＴＯＦＭＳの飛行管軸が直交していない構造において，イオントラップを不要とする効果を生じるものということはできない。本願発明１が上記効果について記載することを前提として，刊行物１発明との相違をいう，

（原告の主張）

は採用できない。

４ 結論

以上によれば，審決が，本件発明１と刊行物１発明との相違点２について，実質的には，両発明において同一の技術内容であると判断したことに誤りはなく，原告主張の取消事由は理由がない。原告の請求は棄却されるべきである。知的財産高等裁判所第１部裁判長裁判官塚 原 朋 一裁判官本 多 知 成裁判官田 中 孝 一（別紙）（図１）（図４）（図５）（図９）（図１０）（図１３）（図１４)（図１５）（図１６）