平成29(行ケ)10226審決取消請求事件

平成３０年１２月２７日判決言渡
平成２９年（行ケ）第１０２２６号 審決取消請求事件
口頭弁論終結日 平成３０年１０月１０日
判 決
原 告 サ ノ フ ィ
訴訟代理人弁護士 三 村 量 一
同 東 崎 賢 治
同 中 島 慧
同 松 下 昂 永
訴訟代理人弁理士 南 条 雅 裕
同 瀬 田 あ や 子
同 伊 波 興 一 朗
被 告 アムジエン・インコーポレーテッド
訴訟代理人弁護士 大 野 聖 二
同 多 田 宏 文
同 山 口 裕 司
訴訟復代理人弁理士 森 田 裕
主 文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
３ この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０
日と定める。
事 実 及 び 理 由
第１ 請求
特許庁が無効２０１６－８０００６６号事件について平成２９年８月２日
にした審決のうち，特許第５９０６３３３号の請求項１及び５に係る部分を
取り消す。
第２ 事案の概要
１ 特許庁における手続の経緯等
(1) 被告は，平成２０年８月２２日（優先日平成１９年８月２３日，同年１
２月２１日，平成２０年１月９日及び同年８月４日（以下「本件優先日」
という。），優先権主張国米国）を国際出願日とする特許出願（特願２０
１０－５２２０８４号）の一部を分割して，平成２７年２月２３日，発明
の名称を「プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（Ｐ
ＣＳＫ９）に対する抗原結合タンパク質」とす る発明について特許出
願（以下「本件出願」という。）をし，平成２８年３月２５日，特許権の
設定登録（特許番号第５９０６３３３号。請求項の数５。以下，この特許
を「本件特許」という。甲２０１，２１１）を受けた。
(2) 原告は，平成２８年５月３１日，本件特許について特許無効審判（無効
２０１６－８０００６６号事件）を請求した（甲２１２）。
被告は，平成２９年３月９日付けの審決の予告（甲２２５）を受けたた
め，同年５月８日付けで，特許請求の範囲の請求項１，２及び５からなる
一群の請求項のうち，請求項１及び５を訂正し，請求項２を削除する，請
求項３及び４からなる一群の請求項を削除する旨の訂正請求（以下「本件
訂正」という。甲２０３）をした。
その後，特許庁は，同年８月２日，本件訂正を認めた上，「本件特許の
請求項１，５に係る発明についての審判請求は成り立たない。請求項２な
いし４に係る審判請求を却下する。」との審決（以下「本件審決」とい
う。）をし，その謄本は，同月１０日，原告に送達された。
(3) 原告は，平成２９年１２月８日，本件審決のうち，本件特許の請求項１
及び５に係る部分の取消しを求める本件訴訟を提起した。
２ 特許請求の範囲の記載
本件訂正後の特許請求の範囲の請求項１及び５の記載は，以下のとおりで
ある（以下，請求項１に係る発明を「本件訂正発明１」，請求項５に係る発
明を「本件訂正発明５」という。甲２０３）。
【請求項１】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ，
ＰＣＳＫ９との結合に関して，配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可
変領域を含む重鎖と，配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を
含む軽鎖とを含む抗体と競合する，単離されたモノクローナル抗体。
【請求項５】請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む，医薬
組成物。
３ 本件審決の理由の要旨
本件審決の理由は，別紙審決書（写し）記載のとおりである。このうち，
請求項１及び５に係る部分の要旨は，以下のとおりである。
(1) サポート要件違反（無効理由１）について
①（明細書の）発明の詳細な説明には，本件訂正発明１に含まれる具体
的な抗体が多種類記載されているし，その作成方法及びスクリーニング方
法の記載に基づいて本件訂正発明１に含まれる抗体をさらに得ることがで
きると当業者は理解できるから，本件訂正発明１はその全体にわたって発
明の詳細な説明に記載したものであり，②本件訂正発明１の抗体が医薬と
して使用できることは，理論的にも，実験的にも記載されているから，本
件訂正発明５も，発明の詳細な説明に記載したものである。
したがって，本件訂正発明１及び５は，特許法３６条６項１号の規定す
る要件（サポート要件）を満たすから，請求人（原告）主張の無効理由１
は理由がない。
(2) 実施可能要件違反（無効理由２）について
発明の詳細な説明には，本件訂正発明１に係る抗体及び本件訂正発明５
に係る医薬組成物について，当業者が作り，使うことができる程度に記載
されているから，本件訂正発明１及び５は特許法３６条４項１号の定める
要件（実施可能要件）を満たしていないとの請求人（原告）主張の無効理
由２は理由がない。
(3) 甲１を主引用例とする進歩性欠如（無効理由４）について
本件優先日前に頒布された刊行物である甲１（「Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖ
ｅｓｔ．，ｖｏｌ．１１６（１１），ｐｐ．２９９５－３００５（２００
６）」・訳文甲１の２）は，高コレステロール血症の治療用医薬を開発す
る目的で，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの相互作用を阻害する物質を探索する動
機づけを与えるものであり，生体分子間の相互作用を阻害する物質として
抗体は周知であるから，当業者であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの相互作
用を阻害する抗体の作成を容易に想到し得るとまでは認められる。
しかしながら，技術常識を考慮しても，甲１から，「配列番号６７のア
ミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と，配列番号１２のアミノ酸
配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」という特有の構造を
有する抗体を導き出すことはできないし，まして，当該抗体と「競合する
抗体」についてはなおさらであるから，本件訂正発明１及び５は，甲１及
び周知技術に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものと認
められず，請求人（原告）主張の無効理由４は理由がない。
第３ 当事者の主張
１ 取消事由１－１（本件訂正発明１の進歩性の判断の誤り）
(1) 原告の主張
ア 甲１の開示事項について
(ア) 甲１の記載事項（２９９５頁の３行～１４行（「要約」），３００
２頁左欄下から７行～右欄４行，３００２頁右欄下から６行～最終
行）によれば，甲１には，ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに対して細胞外で結
合して，ＬＤＬＲの減少を導くことを実証した上で，ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲとの相互作用（結合）を阻害（中和）する結合中和抗体が高コ
レステロール血症の治療のために有用であり得ることが明示的に開示
されている。
上記開示事項は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する抗体（結
合中和抗体）を取得し，その有用性を試験することを明示的に動機づけ
るものといえる。
(イ) 甲１の記載事項によれば，甲１には，「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合を阻害する抗体」の開示がある。
そして，本件訂正発明１と甲１記載の発明の一致点及び相違点は，次
のとおりである。
（一致点）
「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する抗体」である点
（相違点１）
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する抗体が，本件訂正発明１で
は，単離されたモノクローナル抗体であるのに対し，甲１には，その点
が明示的には記載されていない点
（相違点２）
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する抗体が，本件訂正発明１で
は，「配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と，
配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む
抗体」（以下「３１Ｈ４抗体」又は「参照抗体」という場合がある。）
と競合するのに対し，甲１には，その点が明示的には記載されていない
点
イ 相違点１の容易想到性について
本件優先日当時，抗原に対して特異的な結合を有するモノクローナル
抗体を作成する方法(動物免疫法，ファージディスプレイ法等），種々の
モノクローナル抗体の中から結合中和抗体を選別するアッセイ方法（抗
体のスクリーニングにおいて抗原をビオチン化により固相化する方法
等）は，周知であった（例えば，甲２２０ないし２２４）。
そして，甲１に接した当業者は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和
抗体を取得し，その有用性を試験することの動機づけがあるから（前記
ア(ア)），甲１及び上記周知技術に基づいて，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
の結合を阻害するモノクローナル抗体（相違点１に係る本件訂正発明１
の構成）を容易に想到することができたものである。
ウ 相違点２の容易想到性について
(ア) ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体が，ＰＣＳＫ９上のＬＤＬ
Ｒと結合する部位又はせいぜいそのごく近傍においてＰＣＳＫ９に結合
しようとする際に，同様の部位に結合しようとする参照抗体と競合する
こと（同時に存在したならば，立体的にぶつかりあうこと）は，当然に
大いに生じ得ることである。
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の多くが，参照抗体と競合す
る こ と は ，本 件 出 願の 願 書 に 添付 し た 明細 書 （ 以 下， 図 面 を含め
て，「本件明細書」という。甲２０１）記載の図２７Ｄ（ＰＣＳＫ９上
のＬＤＬＲ及び参照抗体の結合部位の位置関係を示した図）及び実施例
３７の表３７．１（参照抗体と競合するか否かを何ら指標とすることな
く，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を複数作成したところ，そ
のような抗体の多く（ビン１～４の抗体の総数に対するビン２～３の抗
体の数の割合が約３８％）が，参照抗体と競合するものであったことを
記載したもの）から裏付けられる。
さらには，本件明細書に記載されたデータに基づいて解析を行った，
Ａ教授の平成２９年１１月５日付け及び平成３０年４月２２日付け各供
述書（甲２０４，２１５。以下，これらを併せて，「Ａ教授の供述書」
という。）によっても裏付けられる。
したがって，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を取得した場合，
その中には参照抗体と競合する抗体が多く含まれており，少なくとも所
定の割合で含まれているといえるから，当業者は，何らかのＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲとの結合中和抗体をいくつか作成するだけで，参照抗体と競
合する結合中和抗体を取得し得たものといえる。
(イ) そして，甲１に接した当業者は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中
和抗体を取得し，その有用性を試験することの動機づけがあるから（前
記ア(ア)），甲１及び前記イの周知技術に基づいて，ＰＣＳＫ９とＬＤ
ＬＲとの結合中和抗体をいくつか作成するだけで，参照抗体と競合する
結合中和抗体（相違点２に係る本件訂正発明１の構成）を容易に想到す
ることができたものである。
(ウ) これに対し，被告は，本件訂正発明１の抗体は，免疫応答を誘導す
るための免疫補助剤（アジュバント）の使用など，動物免疫法における
工夫，ＰＣＳＫ９をプレートに付着させる固相化法として，ビオチン－
ニュートラビジンリンカーを介してプレートに固相化する方法（ビオチ
ン化による固相化法）の採用，変異型ＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ ＰＣＳ
Ｋ９）を用いた，参照抗体と競合する抗体のスクリーニング系などに特
徴がある，本件明細書記載の作製方法によって初めて得られたものであ
って，本件優先日当時の周知技術のみでは本件訂正発明１の抗体を取得
することはできなかった旨主張する。
しかしながら，前記イのとおり，本件優先日当時，動物免疫法，ファ
ージディスプレイ法等によりモノクローナル抗体を作成する方法や，ビ
オチン化による固相化法は周知であったものであり，動物免疫法におけ
る免疫補助剤の使用も，既に行われていたものにすぎない（例えば，甲
２２０）。
また，本件優先日前のＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体に関す
るメルク社（メルク エンド カンパニー インコーポレーテッド）の
出願（乙７）及びノバルティス社（ノバルティス アーゲー。以下同
じ。）の出願（乙９）では，動物免疫法を採用せずに，いずれもファー
ジディスプレイ法を採用し，変異型ＰＣＳＫ９を用いたスクリーニング
も行っていないこと，メルク社の出願ではビオチン化による固相化法で
はなく，Ｖ５－タグを用いた固相化法を採用し，ノバルティス社の出願
では，ビオチン－ストレプトアビジンを用いたビオチン化による固相化
法を採用していることに照らすと，被告主張の動物免疫法の工夫，ビオ
チン化による固相化法及び変異型ＰＣＳＫ９を用いたスクリーニングの
採用がなくても，従来技術によって，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中
和抗体を取得できたことは明らかである。
そして，何らかのＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体をいくつか
作成するだけで，参照抗体と競合する結合中和抗体を取得し得たことは，
前記ウ(ア)のとおりであるから，被告の上記主張は理由がない。
エ 小括
以上のとおり，当業者は，甲１及び周知技術に基づいて，本件訂正発
明１に含まれる抗体を容易に想到することができたものであるから，こ
れと異なる本件審決の判断は誤りである。
(2) 被告の主張
ア 甲１の開示事項の主張に対し
(ア) 甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を阻害する抗体を取
得する可能性が記載されているにすぎず，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合中和抗体を取得したことはもちろんのこと，そのような抗体自体
の記載もない。
また，甲１には，特定の参照抗体と競合する抗体はもちろんのこと，
そのような抗体が血清ＬＤＬコレステロールの低下に特に適しているこ
とについての記載も示唆もない。
さらに，本件優先日当時，体内におけるＰＣＳＫ９の正確な機能及び
作用機構は判明しておらず，ＰＣＳＫ９が実際に細胞内で機能するのか，
細胞外で機能するのか，そのどちらが有意な経路であるのかは不明であ
った。また，甲１に，「現在入手可能なデータは，ＰＣＳＫ９が細胞外
と細胞内とで機能し得ることを示唆するが，しかし，いずれの経路が通
常のおよび／または病的条件下において優勢であるのか分からない。」
などの記載があることからすると，甲１は，ＰＣＳＫ９が細胞外でＬＤ
ＬＲに作用することを実証したものとはいえない。むしろ，甲１の著者
らが本件優先日の前後に公表した著作（乙４，５）によれば，甲１の著
者らは，本件優先日時点で，ＰＣＳＫ９が体内の細胞外でＬＤＬＲに作
用すると判断できていなかったものである。
以上によれば，甲１の記載事項は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中
和抗体を取得し，その有用性を試験することの動機づけとはならない。
(イ) 前記(ア)のとおり，甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和
抗体の記載はないから，原告主張の本件訂正発明１と甲１記載の発明
の一致点は存在しない。
イ 相違点１及び２の容易想到性の主張に対し
(ア) 甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するモノクローナ
ル抗体を得ることについての記載も示唆もない。
また，本件訂正発明１の抗体は，本件明細書に開示された特定の方法
を用いて初めて得られたものであり，その方法は，周知慣用技術とは異
なるものである。すなわち，本件明細書の表３に示されるように非常に
強力な免疫計画を確立し，動物の免疫システムにできるだけ多くの表面
領域に結合する抗体を作製させるようにし，ＰＣＳＫ９の投与部位を交
互に入れ替え，強力な免疫応答を誘導するための免疫補助剤（アジュバ
ント）を交互に使用することにより，多様な抗ＰＣＳＫ９抗体のプール
を得たこと，ＰＣＳＫ９をプレートに付着させる固相化法として，ビオ
チン－ニュートラビジンリンカーを介してプレートに固相化する方
法（ビオチン化による固相化法）を採用したこと，変異型ＰＣＳＫ
９（Ｄ３７４Ｙ ＰＣＳＫ９）を用いた，参照抗体と競合する抗体のス
クリーニング系の構築において極めて高い基準を設定したことに特徴が
ある。
加えて，本件優先日当時，①周知慣用技術のみを用いて取得し得た，
参照抗体又は本件訂正発明１とはＬＤＬＲとの結合部位が異なる，ＰＣ
ＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体が様々に存在し得たこと（乙７，
９），②ＰＣＳＫ９がいずれの箇所でＬＤＬＲと結合しているのか知ら
れておらず，適したＰＣＳＫ９の固相化法を選択する必要性も知られて
いなかったこと，③参照抗体と競合する特性を有する抗体を得るための
スクリーニング系が存在せず，周知慣用技術には，そのような特性を有
する抗体を選択するための他の指標は存在しなかったことに照らすと，
当業者は，甲１及び周知技術に基づいて，本件訂正発明１（「ＰＣＳＫ
９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ，ＰＣＳＫ９との
結合に関して，参照抗体と競合する，単離されたモノクローナル抗
体」）を容易に想到することができたものとはいえない。
(イ) この点に関し，原告は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を
取得した場合，その中には参照抗体と競合する抗体が多く含まれており，
少なくとも所定の割合で含まれているから，当業者は，何らかのＰＣＳ
Ｋ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体をいくつか作成するだけで，参照抗体
とも競合する結合中和抗体を取得し得たから，当業者は，甲１及び周知
技術に基づいて，本件訂正発明１を容易に想到することができた旨主張
する。
しかしながら，原告が根拠として挙げる本件明細書記載の表３７．１
は，参照抗体又は２１Ｂ１２抗体と競合するものの一部を記載したもの
であって，この表を分析しても，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗
体のうち，参照抗体と競合する抗体の割合を導き出すことはできない。
また，原告が根拠として挙げるＡ教授の供述書における本件明細書の
図２７Ｄに基づく分析は，「競合領域」の設定が適切でなく，ＰＣＳＫ
９の表面の立体形状を考慮していない，具体的な実証データに基づく分
析ではないなどの問題（乙１）がある。
したがって，原告の上記主張は，その前提において理由がない。
ウ 小括
以上のとおり，当業者は，甲１及び周知技術に基づいて，本件訂正発
明１に含まれる抗体を容易に想到することができたものとはいえないか
ら，これと同旨の本件審決の判断に誤りはない。
２ 取消事由１－２（本件訂正発明５の進歩性の判断の誤り）
(1) 原告の主張
本件訂正発明５は，本件訂正発明１記載の抗体を含む医薬組成物に関す
る発明である。
前記１(1)ア(ア)のとおり，甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中
和抗体が高コレステロール血症の治療のために有用であり得ることが明示
的に開示されている。
そうすると，前記１(1)と同様の理由により，当業者は，甲１及び周知技
術に基づいて，本件訂正発明５に含まれる医薬組成物を容易に想到するこ
とができたものであるから，これと異なる本件審決の判断は誤りである。
(2) 被告の主張
原告の主張は争う。
３ 取消事由２（サポート要件の判断の誤り）
(1) 原告の主張
ア 本件訂正発明１における解決すべき課題は，「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタ
ンパク質の結合を中和することができる抗体」を提供すること，すなわ
ち，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を提供することであり，本
件訂正発明５における解決すべき課題も，同様に，ＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒとの結合中和抗体を含む医薬組成物を提供することである。
イ(ア) 本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）は，抗体の構造を特
定することなく，機能ないし特性（「結合中和」及び「参照抗体との競
合」）のみによって定義された発明であるため，文言上ありとあらゆる
構造の膨大な数ないし種類の抗体を含むものである。
すなわち，抗体の結合特異性は，相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ
酸配列，主として，重鎖ＣＤＲ１，重鎖ＣＤＲ２及び重鎖ＣＤＲ３（以
下「重鎖ＣＤＲ１～３」と総称する場合がある。）と軽鎖ＣＤＲ１，軽
鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３（以下「軽鎖ＣＤＲ１～３」と総称する場
合がある。）によって決定され，重鎖ＣＤＲ１～３や軽鎖ＣＤＲ１～３
において，１アミノ酸が置換・付加・欠失しただけでも，置換等の位置
や種類によっては，結合特異性をほとんど失うこともごく一般的である
ことは，技術常識である。
しかるところ，本件訂正発明１は，抗体の構造を特定していないため，
本件訂正発明１には，参照抗体の重鎖可変領域（重鎖ＣＤＲ１～３を含
む。）及び軽鎖可変領域（軽鎖ＣＤＲ１～３を含む。）とはアミノ酸配
列において全く異なる重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を有する多種多様
な結合中和抗体も文言上含まれ得る。さらには，本件訂正発明１には，
未だ知られていない膨大な種類の抗体も文言上含まれ得る。
(イ) 本件明細書の発明の詳細な説明には，本件訂正発明１に文言上含ま
れ得る具体的な抗体として，わずか２グループないし２種類の抗体しか
記載されていない。
すなわち，本件明細書記載の実施例３７（段落【０４８９】～【０４
９５】）には，表３７．１のビン２とビン３に分類された抗体が，本件
訂正発明１の「参照抗体と競合する」との要件を充足する抗体であるこ
との記載がある。これらの抗体について，本件明細書記載の重鎖ＣＤＲ
１～３及び軽鎖ＣＤＲ１～３のアミノ酸配列の同一性を検討し，そのア
ミノ酸配列に基づいて，アミノ酸置換が許容され得ると認識される範囲
のものを分類すると，参照抗体（グループ１），２８Ｄ６抗体及びその
変異体（グループ２）の２グループの抗体に分類される。そして，グル
ープ１には，参照抗体自体しか含まれない。
このような本件明細書に記載された具体的な抗体（わずか２グループ
ないし２種類の抗体）から，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項
１）に含まれ得る抗体全体にまで拡張ないし一般化することはできない。
(ウ) 本件訂正発明１は，特定の参照抗体と「競合する」ことによって特
定されるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の発明であるところ，
参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとが結合
中和するとはいえず，参照抗体と「競合する」抗体であることは，「結
合中和」の指標にはならない。
すなわち，ある抗体が「ＰＣＳＫ９との結合に関して参照抗体と競合
する」というのは，基本的には，当該ある抗体が，参照抗体と物理的な
障害を生じさせる位置でＰＣＳＫ９に結合することを意味するが，当該
位置が，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を阻害する位置とは限らない。
このことは，本件明細書の図２７Ｄを基に作成した別紙３の図Ａ及び
Ｂからも，明らかである。図Ｂのとおり，参照抗体（３１Ｈ４抗体）と
２１Ｂ１２抗体との結合部位との中間付近がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合部位であるところ，参照抗体（３１Ｈ４抗体）の右上側でＰＣＳＫ
９に結合する抗体（紫の楕円で示した仮想の抗体）は，参照抗体（３１
Ｈ４抗体）と競合するが，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合を中和すること
はできない。さらに，参照抗体と「競合する」としても，ＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲとが結合中和するとはいえないことは，Ａ教授の供述書によっ
ても裏付けられる。
加えて，本件明細書の実施例では，抗体の取得の段階においてまずＰ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体を選別する中和試験を行っ
た後に，参照抗体との競合試験を行っているから，本件明細書の発明の
詳細な説明に記載された試験によっては，参照抗体と競合することによ
って，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体であることを示す
ことができない
したがって，本件明細書の記載から，参照抗体と「競合する」抗体で
あれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の提供という本件訂正
発明１の課題を解決できると認識し得るものとはいえない。
(エ) 以上によれば，本件明細書に記載されていないありとあらゆる構造
の抗体についてまでも，本件明細書の記載から，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
との結合中和抗体の提供という本件訂正発明１の課題を解決できると認
識し得るものではない。
ウ 本件訂正発明１は，発明の対象である抗体について，物の構造としての
特定を一切することなく，スクリーニング方法（①ＰＣＳＫ９に結合す
る抗体を選別・取得し，それらのうち，②ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合
を中和する抗体であるものを選別・取得し，さらに，それらのうち，
③「特定の参照抗体と競合する」抗体を選別・取得して得るというも
の）によって特定している物の発明である。
本件明細書記載の実施例の参照抗体（３１Ｈ４抗体）が，ＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲとの結合を阻害する結合中和抗体であるとしても，本件訂正
発明１のように「自分の実施例抗体と競合する抗体はありとあらゆる構
造の抗体であっても全て自分のもの」という機能的な限定のみの強力な
クレームがまかりとおれば，公開されていない発明について独占的，排
他的な権利が発生することになり，特許法の目的である産業の発達を阻
害し，特許制度の趣旨に反する事態が生じることは明らかである。
したがって，本件訂正発明１のように，物（抗体）の具体的な構造が
特許請求の範囲において特定されておらず，その物が機能的にのみ定義
され，スクリーニング方法によって特定された物の発明である場合には，
機能的な定義やスクリーニング方法の特定は，サポート要件を基礎付け
ることにはならないというべきである。
エ 以上によれば，本件訂正発明１は，サポート要件を充足せず，また，本
件訂正発明５も，これと同様である。
したがって，本件訂正発明１及び５はサポート要件を満たすとした本
件審決の判断は誤りである。
(2) 被告の主張
ア 本件明細書には，①抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体を得ることができ，
その中から良好にＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を遮断するモノクロー
ナル抗体を得ることができること（【０３２５】～【０３３６】），②
参照抗体が，極めて良好にＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を遮断するこ
と（実施例１１，図２０Ａ），③ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を遮断
する抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体が，いずれも細胞膜上のＬＤＬＲ
レベルを増加させ，このＬＤＬＲレベルの増加は，血清ＬＤＬコレステ
ロールレベルの減少に有効であること（実施例１２，１４，２６，図７
Ａ～Ｄ，１２Ａ，Ｂ，Ｄ及びＥ，１４Ａ及びＢ），④参照抗体と競合す
る抗体は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を抑制できること（実施例１
０，表８．３）の記載がある。
そうすると，当業者は，本件明細書の記載から，本件訂正発明１の技
術的範囲全体にわたって，本件訂正発明１の課題を解決できると認識で
きたものである。
したがって，本件訂正発明１（請求項１）がその発明の効果を奏する
であろうことは，本件明細書の記載及び技術常識に基づいて理解できる
から，本件訂正発明１は，本件明細書のサポート要件に適合し，これを
引用する本件訂正発明５（請求項５）もサポート要件に適合する。
イ(ア) これに対し原告は，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）
は，抗体の構造を特定することなく，機能ないし特性（「結合中和」及
び「参照抗体との競合」）のみによって定義された発明であるため，文
言上ありとあらゆる構造の膨大な数ないし種類の抗体を含むものであり，
また，参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
が結合中和するとはいえず，参照抗体と「競合する」抗体であること
は，「結合中和」の指標にはならないから，本件明細書に記載されてい
ないありとあらゆる構造の抗体についてまでも，本件明細書の記載から，
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の提供という本件訂正発明１の
課題を解決できると認識し得るものではない旨主張する。
しかしながら，抗体の製造プロセスでは，免疫により優れた結合特性
を有する抗体が，動物の体内で⽣み出され得て，その産⽣過程で発明に
適したアミノ酸配列が決定されていくことから，特定の結合特性を有す
る抗体を得るときに，その抗体のアミノ酸配列を設計しておく必要はな
い。
また，抗体の特性が分かれば，その特性を試験してスクリーニングす
ることにより所望の特性を有する抗体を得ることができることは，本件
優先日当時の技術常識である。
さらに，抗体の技術分野においては，抗体のアミノ酸配列そのものは，
抗体を特定するために必須であるとは考えられていないし，アミノ酸配
列を記載しなくても，抗体の特性が分かればその抗体が奏する効果との
関係を把握するに十分であると考えられている。
そして，本件訂正発明１（請求項１）は，参照抗体（３１Ｈ４抗体）
とＰＣＳＫ９との結合に関して競合するとの特性を有することで発明を
特定したものであるところ，当業者においては，前記アの本件明細書の
記載事項及び技術常識に基づいて，抗体のアミノ酸配列を参照しなくと
も，本件訂正発明１の特性を有する抗体を得ることができたといえるし，
そのようにして得られた抗体が発明の効果を奏することも十分に理解で
きたものである。
仮に参照抗体と競合するが，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和で
きない例外的な抗体が存在していたとしても，そのような例外的な抗体
は，本件訂正発明１が「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和
することができ」ることを発明特定事項としているため，その技術的範
囲から文言上除外されており，本件明細書の記載に基づいて，ＰＣＳＫ
９とＬＤＬＲとの相互作用を確認することにより技術的にも困難なく取
り除くことができる。また，原告が述べるように抗体のアミノ酸配列の
うち１アミノ酸が置換・付加・欠失することにより，抗体の結合特性が
失われる場合があるとしても，本件訂正発明１は，「ＰＣＳＫ９とＬＤ
ＬＲタンパク質の結合を中和することができ」る抗体であることを発明
特定事項とし，抗体のそのアミノ酸配列は問わない規定をしているから，
アミノ酸配列自体の異同を議論することに意味はない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
(イ) 次に，原告は，本件訂正発明１は，発明の対象である抗体について，
物の構造としての特定を一切することなく，スクリーニング方法によっ
て特定している物の発明であり，機能的な定義やスクリーニング方法の
特定は，サポート要件を基礎付けることにはならない旨主張する。
しかしながら，前記(ア)のとおり，当業者は，本件明細書の記載事項
及び技術常識に基づいて，抗体のアミノ酸配列を参照しなくとも，本件
訂正発明１の結合特性を有する抗体を得ることができたといえるし，そ
のようにして得られた抗体が発明の効果を奏することも十分に理解でき
たものであるから，当業者が，本件訂正発明１がその発明の効果を奏す
ることを理解する上で，抗体のアミノ酸配列を参照する必要はない。
また，アミノ酸配列を全く規定せずに，競合等の特性のみによって規
定した請求項の記載形式によって抗ＰＣＳＫ９抗体の特許を取得した実
務例（乙２，３）も存在しており，アミノ酸配列で抗体を限定する場合
のみが，抗体の請求項の記載形式であるとはいえないし，本件訂正発明
１のクレームが過度に広範であるということもできない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
ウ 以上によれば，本件訂正発明１は，サポート要件に適合し，また，本件
訂正発明５も，これと同様である。
したがって，本件訂正発明１及び５は，サポート要件を満たすとした
本件審決の判断に誤りはない。
４ 取消事由３（実施可能要件の判断の誤り）
(1) 原告の主張
ア 本件訂正発明１は，物の発明であるから，特許請求の範囲に含まれる個
々の抗体の全体について，実施可能要件が充足されていなければならな
い。
しかるところ，本件訂正発明１は，抗体の構造を特定することなく，
機能的にのみ定義されており，極めて多種類の抗体を含むものである。
そのような権利範囲には，本件明細書の発明の詳細な説明において本件
訂正発明１に含まれ得る抗体として記載された具体的な抗体（２グルー
プないし２種類の抗体）とはアミノ酸配列が全く異なる多種多様な構造
の抗体も文言上含まれ得るし，当然ながら，今後発見される，いまだ全
く知られていない抗体も全て含まれている。
しかしながら，本件訂正発明１において，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの
結合を中和すること及び特定の参照抗体と競合することという抗体が有
すべき機能が特定されたからといって，当該機能を有する抗体の構造を
当業者が理解できるものではない。特に，重鎖ＣＤＲ１～３や軽鎖ＣＤ
Ｒ１～３において，１アミノ酸が置換・付加・欠失しただけでも，置換
等の位置や種類によっては，結合特異性をほとんど失うこともごく一般
的であるため，本件明細書の発明の詳細な説明に本件訂正発明１に含ま
れ得る抗体としていくつかの抗体が具体的に記載されていたとしても，
当業者が，当該実施例抗体以外の，構造が特定されていない本件訂正発
明１の特許請求の範囲の全体に含まれる，ありとあらゆる抗体を取得す
るには，無数の抗体を製造し続け，各試験を行い続け，抗体を発見しな
ければならない。
本件訂正発明１の特許請求の範囲に含まれる全体の抗体を得るために
は，当業者に期待し得る程度を超える過度の試行錯誤を要することは明
らかであるから，本件訂正発明１は，実施可能要件を満たさない。また，
本件訂正発明５も，これと同様である。
イ 本件訂正発明１は，発明の対象である抗体について，物の構造としての
特定を一切することなく，スクリーニング方法（①ＰＣＳＫ９に結合す
る抗体を選別・取得し，それらのうち，②ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合
を中和する抗体であるものを選別・取得し，さらに，それらのうち，
③「特定の参照抗体と競合する」抗体を選別・取得して得るというも
の）によって特定している物の発明である。
しかるところ，スクリーニング方法の発明が特許を受けられる場合で
あっても，スクリーニング方法によって特定される化合物の発明は特許
を受けることができないと解されている（知財高裁平成２２年５月１０
日判決（平成２１年（行ケ）第１０１７０号）参照）。なぜなら，特許
請求の範囲の全体には，多種多様な物が含まれているが，特許請求の範
囲全体に含まれる物がどのような物であるかを当業者が把握できないた
め，特許請求の範囲の全体を実施するためには，無数の物を製造し，確
認試験をしなければならず，当業者に過度の試行錯誤を強いることとな
り，実施可能要件を満たさないからである。
したがって，本件訂正発明１をスクリーニング方法によって特定され
る物（抗体）として特許請求の範囲を記載したとすれば実施可能要件違
反となるのと同様，それと実質的に変わらない本件訂正発明１が実施可
能要件違反であることは当然である。本件訂正発明５も，これと同様で
ある。
ウ 本件訂正発明１は，抗体の有すべき機能（解決すべき課題）を発明特定
事項としているが，実施可能要件は実質的な要件であるから，その物が
有すべき機能を発明特定事項に記載したとしても，そのことによって当
業者が当該発明に属する物の全てを使用できるとはいえず，実施可能要
件を充足することにはならない。この場合，実施可能要件違反にならな
いとすれば，機能的に定義された，いかなる広範囲のクレームであって
も，実施可能要件を充足することが可能となり，実施可能要件の判断が
形式的なものに貶められる。本件訂正発明５も，これと同様である。
エ 以上によれば，本件訂正発明１は，実施可能要件を充足せず，また，本
件訂正発明５も，これと同様である。
したがって，本件訂正発明１及び５は，実施可能要件を満たすとした
本件審決の判断は誤りである。
(2) 被告の主張
ア 本件訂正発明１を実施するためには，その技術的範囲に含まれるありと
あらゆる抗体のアミノ酸配列を知る必要はなく，また，ありとあらゆる
抗体を取得することも必要ない。例えば，参照抗体（３１Ｈ４抗体）と
競合し，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和することができる抗
体は，アミノ酸配列で区別することなく，本件訂正発明１の実施に用い
得る。
したがって，当業者であれば，本件明細書の記載に基づいて，参照抗
体以外の抗体のアミノ酸配列を知ることなく，本件訂正発明１で規定さ
れた抗体を作製することができたものである。
本件訂正発明１で規定された抗体を作製するのに，当業者に期待し得
る程度を超える過度の試行錯誤を要することはない。
イ また，抗体取得の再現性に関しては，本件明細書では，参照抗体とＰＣ
ＳＫ９との結合に関して競合する抗体をどのようにすれば取得できるか
が，具体的に開示されており，参照抗体とＰＣＳＫ９との結合に関して
競合する抗体を複数取得できたことは，表８．３のビン３に複数の抗体
がリストされていることから明らかである。
したがって，本件明細書の記載に基づいて，本件訂正発明１で規定さ
れた抗体を再現性を持って取得できることが理解できる。
ウ 以上によれば，本件訂正発明１は，実施可能要件に適合し，また，本件
訂正発明５も，これと同様であるから，これと同旨の本件審決の判断に
誤りはない。
第４ 当裁判所の判断
１ 取消事由１－１（本件訂正発明１の進歩性の判断の誤り）について
(1) 本件明細書の記載事項等について
ア 本件訂正発明１及び５の特許請求の範囲（請求項１及び５）の記載は，
前記第２の２のとおりである。
本件明細書（甲２０１）の「発明の詳細な説明」には，次のような記
載がある（下記記載中に引用する「表２」，「表３」，「表８．
３」，「表３７．１」，「図１Ａ」，「図７ＡないしＤ」，「図１４Ａ
及びＢ」，「図２０ＡないしＤ」及び「図２７Ｄ」については別紙１参
照）。
(ア) 技術分野
【０００２】
本発明は，プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９
型（ＰＣＳＫ９）に結合する抗原結合タンパク質並びに該抗原結合タ
ンパク質を使用及び作製する方法に関する。
(イ) 背景技術
【０００３】
プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳ
Ｋ９）は，低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレ
ベルの制御に関与するセリンプロテアーゼである（Ｈｏｒｔｏｎ ｅ
ｔ ａｌ．，２００７；Ｓｅｉｄａｈ ａｎｄ Ｐｒａｔ，２００
７）。インビトロ実験は，ＨｅｐＧ２細胞へのＰＣＳＫ９の添加は細
胞表面ＬＤＬＲのレベルを低下させることを示している（Ｂｅｎｊａ
ｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｌａｇａｃｅ ｅｔ ａｌ．，
２００６；Ｍａｘｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００５；Ｐａｒｋ ｅ
ｔ ａｌ．，２００４）。マウスを用いた実験は，ＰＣＳＫ９タンパ
ク質レベルを増加させることが肝臓中のＬＤＬＲタンパク質のレベル
を減少させる（Ｂｅｎｊａｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｌａ
ｇａｃｅ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｍａｘｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ
ｌ．，２００５；Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，２００４）が，ＰＣＳＫ
９ノックアウトマウスは肝臓中のＬＤＬＲの増加したレベルを有す
る（Ｒａｓｈｉｄ ｅｔ ａｌ．，２００５）ことを示した。さらに，
血漿ＬＤＬの増加又は減少したレベルの何れかをもたらす様々なヒト
ＰＣＳＫ９変異が同定されている（Ｋｏｔｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，
２００６；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＣＳＫ９は，Ｌ
ＤＬＲタンパク質と直接相互作用し，ＬＤＬＲとともに細胞内に取り
込まれ，エンドソーム経路全体を通じてＬＤＬＲと同時に免疫蛍光を
発する（Ｌａｇａｃｅ ｅｔ ａｌ．，２００６）ことが示されてい
る。ＰＣＳＫ９によるＬＤＬＲの分解は観察されておらず，細胞外Ｌ
ＤＬＲタンパク質レベルを低下させる機序は不明である。
(ウ) 発明を実施するための形態
【００６６】
当業者によって理解されるように，本発明の開示に照らせば，ＰＣＳ
Ｋ９とＬＤＬＲの間の相互作用を変化させることは，ＬＤＬへの結合に
利用可能なＬＤＬＲの量を増加させ，続いて，これは，対象中の血清Ｌ
ＤＬの量を減少させ，対象の血清コレステロールレベルの低下をもたら
す。従って，ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質は，上昇した血清
コレステロールレベルを有する対象，上昇した血清コレステロールレベ
ルのリスクを有する対象又は血清コレステロールレベルの低下が有益で
あり得る対象を治療するための様々な方法及び組成物において使用する
ことができる。…幾つかの実施形態において，抗原結合タンパク質は，
ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合を妨げ，又は低下させる。
【００７１】
「ＰＣＳＫ９活性」という用語は，ＰＣＳＫ９のあらゆる生物学的効
果を含む。ある種の実施形態において，ＰＣＳＫ９活性は，基質若しく
は受容体と相互作用し，又は基質若しくは受容体に結合するＰＣＳＫ９
の能力を含む。幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９活性は，ＬＤＬ
受容体（ＬＤＬＲ）に結合するＰＣＳＫ９の能力によって表される。幾
つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９は，ＬＤＬＲを含む反応に結合し，
触媒する。幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９活性は，ＬＤＬＲの
利用可能性を変化させる（例えば，低下させる）ＰＣＳＫ９の能力を含
む。幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９活性は，対象中のＬＤＬの
量を増加させるＰＣＳＫ９の能力を含む。幾つかの実施形態において，
ＰＣＳＫ９活性は，ＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲの量を減少さ
せるＰＣＳＫ９の能力を含む。幾つかの実施形態において，「ＰＣＳＫ
９活性」は，ＰＣＳＫ９シグナル伝達から生じるあらゆる生物活性を含
む。典型的な活性には，ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合，ＬＤＬＲ又は
他のタンパク質を切断するＰＣＳＫ９酵素活性…が含まれるが，これら
に限定されない。
【０１０９】
本明細書において使用される「抗原結合タンパク質」（「ＡＢＰ」）
は，特定された標的抗原を結合するあらゆるタンパク質を意味する。本
願において，特定された標的抗原は，ＰＣＳＫ９タンパク質又はその断
片である。「抗原結合タンパク質」には，抗体及びその結合部分（免疫
学的に機能的な断片など）が含まれるが，これらに限定されない。…本
明細書において使用される抗体又は免疫グロブリン鎖（重鎖又は軽鎖）
抗原結合タンパク質の「免疫学的に機能的な断片」（又は単に「断
片」）という用語は，完全長の鎖中に存在するアミノ酸の少なくとも幾
つかを欠如するが，抗原になお特異的に結合することができる抗体の部
分（当該部分がどのようにして取得され，又は合成されたかを問わな
い。）を含む抗原結合タンパク質の種である。このような断片は，標的
抗原に結合し，あるエピトープへの結合に関して，完全な状態の抗体を
含む他の抗原結合タンパク質と競合し得るという点で生物学的に活性を
有する。幾つかの実施形態において，断片は，中和断片である。幾つか
の実施形態において，断片は，ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９の間の相互作用の
可能性を遮断し，又は低下させることができる。一態様において，この
ような断片は，完全長の軽鎖又は重鎖中に存在する少なくとも１つのＣ
ＤＲを保持し，幾つかの実施形態において，単一の重鎖及び／又は軽鎖
又はその一部を含む。…
【０１２３】
「抗原結合領域」は，特定の抗原（例えば，パラトープ）を特異的に
結合するタンパク質又はタンパク質の一部を意味する。例えば，抗原と
相互作用し，抗原に対するその特異性及び親和性を抗原結合タンパク質
に対して付与するアミノ酸残基を含有する抗原結合タンパク質のその部
分は，「抗原結合領域」と称される。抗原結合領域は，通例，１つ又は
それ以上の「相補性結合領域」（「ＣＤＲ」）を含む。ある種の抗原結
合領域は，１つ又はそれ以上の「フレームワーク」領域も含む。「ＣＤ
Ｒ 」 は ， 抗原 結 合 特異 性 及 び 親和 性 に 寄与 す る ア ミノ 酸 配 列であ
る。「フレームワーク」領域は，ＣＤＲの適切な立体構造の維持を補助
して，抗原結合領域と抗原の間の結合を促進することができる。構造的
には，フレームワーク領域は，抗体中においてＣＤＲ間に位置すること
ができる。フレームワーク及びＣＤＲ領域の例は，図２Ａから３Ｄ，３
ＣＣＣ－ＪＪＪ及び１５Ａから１５Ｄに示されている。…
【０１２７】
可変領域は，３つの超可変領域（相補性決定領域又はＣＤＲとも称さ
れる。）によって連結された，相対的に保存されたフレームワーク領
域（ＦＲ）の同じ一般的構造を典型的に呈する。各対の２つの鎖から得
られるＣＤＲは，フレームワーク領域によって通例並列され，これによ
り，特異的なエピトープへの結合が可能となり得る。Ｎ末端からＣ末端
へ，軽鎖及び重鎖可変領域は何れも，通例，ドメインＦＲ１，ＣＤＲ１，
ＦＲ２，ＣＤＲ２，ＦＲ３，ＣＤＲ３及びＦＲ４を含む。各ドメインへ
のアミノ酸の割り当ては，通例，免疫学的に関心が持たれるタンパク質
のＫａｂａｔ配列の定義（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ
ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍｄ．（１９８７ ａｎ
ｄ １９９１）），又は「Ｃｈｏｔｈｉａ ＆ Ｌｅｓｋ， Ｊ．Ｍｏ
ｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１－９１７ （１９８７）； Ｃｈｏｔ
ｈｉａ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３４２：８７８－８８３
（１９８９）」に従う。
【０１３２】
「軽鎖」という用語は，完全長の軽鎖及び結合特異性を付与するのに
十分な可変領域配列を有するその断片を含む。完全長軽鎖は，可変領域
ドメイン，Ｖ Ｌ及び定常領域ドメイン，Ｃ Ｌを含む。軽鎖の可変領域ド
メインは，ポリペプチドのアミノ末端に位置する。軽鎖は，κ鎖及びλ
鎖を含む。
【０１３３】
「重鎖」という用語は，完全長の重鎖及び結合特異性を付与するのに
十分な可変領域配列を有するその断片を含む。完全長の重鎖は，可変領
域ドメインＶＨ及び３つの定常領域ドメインＣ Ｈ１，ＣＨ２及びＣＨ ３を
含む。Ｖ Ｈ ドメインはポリペプチドのアミノ末端に，及びＣ Ｈドメイン
はカルボキシル末端に位置し，ＣＨ３がポリペプチドのカルボキシ末端
に最も近い。重鎖は，ＩｇＧ（ＩｇＧ１，ＩｇＧ２，ＩｇＧ３及びＩｇ
Ｇ４サブタイプを含む。），ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２サブタイプ
を含む。），ＩｇＭ及びＩｇＥなどのあらゆるイソタイプのものであり
得る。
(エ) 【０１３８】
「中和抗原結合タンパク質」又は「中和抗体」という用語は，リガン
ドに結合し，そのリガンドの生物学的効果を妨げ，又は低下させる，そ
れぞれ，抗原結合タンパク質又は抗体を表す。これは，例えば，リガン
ド上の結合部位を直接封鎖することによって，又はリガンドに結合し，
間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じ
て，リガンドの結合能を変化させることによって行うことができる。…
幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９抗原結合タンパク質の場合には，
このような中和分子は，ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲを結合する能力を低減さ
せることができる。幾つかの実施形態において，競合アッセイを介して，
中和能力を性質決定し，及び／又は記載する。…幾つかの実施形態にお
いて，ＡＢＰ２７Ｂ２，１３Ｈ１，１３Ｂ５及び３Ｃ４は，非中和ＡＢ
Ｐであり，３Ｂ６，９Ｃ９及び３１Ａ４は弱い中和物質であり，表２中
の残りのＡＢＰは強い中和物質である。幾つかの実施形態において，抗
体又は抗原結合タンパク質は，ＰＣＳＫ９へ結合し，ＰＣＳＫ９がＬＤ
ＬＲに結合するのを妨げる（又はＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合する能力
を低下させる）ことによって中和する。幾つかの実施形態において，抗
体又はＡＢＰは，ＰＣＳＫ９に結合し，ＰＣＳＫ９をＬＤＬＲへ結合さ
せながら，ＬＤＬＲのＰＣＳＫ９媒介性分解を妨げ，又は低下させるこ
とによって中和する。…
【０１４０】
同じエピトープに対して競合する抗原結合タンパク質（例えば，中和
抗原結合タンパク質又は中和抗体）という文脈において使用される場合
の「競合する」という用語は，検査されている抗原結合タンパク質（例
えば，抗体又は免疫学的に機能的なその断片）が共通の抗原（例えば，
ＰＣＳＫ９又はその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば，リガ
ンド又は参照抗体）の特異的結合を妨げ，又は阻害する（例えば，低下
させる）アッセイによって測定された抗原結合タンパク質間の競合を意
味する。ある抗原結合タンパク質が別の抗原結合タンパク質と競合する
かどうかを決定するために，競合的結合アッセイの多数の種類，例えば，
固相直接又は間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ），固相直接又は間接
酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ），サンドイッチ競合アッセイ（例えば，
Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ， １９８３， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅ
ｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２－２５３参照）；固相直接ビオチン－
アビジンＥＩＡ（例えば，Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ， １９８６，
Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４－３６１９参照），…固相直接
ビオチン－アビジンＥＩＡ（例えば，Ｃｈｅｕｎｇ， ｅｔ ａｌ．，
１９９０， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６－５５２参照）…を使
用することができる。典型的には，このようなアッセイは，これらの何
れかを有する固体表面又はセルに結合された精製抗原，標識されていな
い検査抗原結合タンパク質及び標識された基準抗原結合タンパク質を使
用することを含む。競合的阻害は，検査抗原結合タンパク質の存在下で，
固体表面又はセルに結合された標識の量を測定することによって測定さ
れる。通常，検査抗原結合タンパク質は過剰に存在する。競合アッセイ
によって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）に
は，基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タン
パク質及び立体的妨害が生じるのに，基準抗原結合タンパク質に結合さ
れるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タ
ンパク質が含まれる。…
【０１４２】
「エピトープ」という用語は，抗体又はＴ細胞受容体などの抗原結合
タンパク質によって結合され得るあらゆる決定基を含む。エピトープは，
その抗原を標的とする抗原結合タンパク質によって結合される抗原の領
域であり，抗原がタンパク質である場合，抗原結合タンパク質に直接接
触する特定のアミノ酸を含む。最も頻繁には，エピトープはタンパク質
上に存在するが，幾つかの事例では，核酸などの分子の他の種類上に存
在することができる。エピトープ決定基は，アミノ酸，糖側鎖，ホスホ
リル又はスルホニル基などの分子の化学的に活性な表面基を含むことが
でき，特異的な三次元構造の特徴及び／又は特異的な電荷的特長を有す
ることができる。一般に，特定の標的抗原に対して特異的な抗体は，タ
ンパク質及び／又は高分子の複雑な混合物中において，標的抗原上のエ
ピトープを優先的に認識する。
(オ) 【０１５４】
ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質
プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ
９）は，低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレベル
の制御に関与しているセリンプロテアーゼである（Ｈｏｒｔｏｎ ｅｔ
ａｌ， ２００７； Ｓｅｉｄａｈ ａｎｄ Ｐｒａｔ， ２００７）。
ＰＣＳＫ９は，セリンプロテアーゼのスブチリシン（Ｓ８）ファミリー
のプロホルモン－プロタンパク質コンベルターゼである（Ｓｅｉｄａｈ
ｅｔ ａｌ．，２００３）。…ＰＣＳＫ９タンパク質の構造は，２つの
グループによって最近解決された（…）。ＰＣＳＫ９は，シグナル配列，
Ｎ末端プロドメイン，スブチリシン様触媒ドメイン及びＣ末端ドメイン
を含む。
【０１５５】
ヒトＰＣＳＫ９を含むＰＣＳＫ９を結合する抗原結合タンパク質（Ａ
ＢＰ）は，本明細書中に記載されている。幾つかの実施形態において，
提供される抗原結合タンパク質は，本明細書に記載されているように，
１つ又はそれ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むポリペプチドであ
る。同じ抗原結合タンパク質において，ＣＤＲは，ＣＤＲの適切な抗原
結合特性が達成されるようにＣＤＲを方向付ける「フレームワーク」領
域中に包埋されている。幾つかの実施形態において，本明細書中に提供
されている抗原結合タンパク質は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用
を妨害し，遮断し，低下させ，又は調節することができる。このような
抗原結合タンパク質は，「中和」と表される。幾つかの実施形態におい
て，抗原結合タンパク質が中和性であり，ＰＣＳＫ９に結合されている
場合でさえ，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の結合はなお起こり得る。例えば，
幾つかの実施形態において，ＡＢＰは，ＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲ結合部
位を封鎖することなく，ＬＤＬＲに対するＰＣＳＫ９の悪影響を妨げ，
又は低下させる。従って，幾つかの実施形態において，ＡＢＰは，ＰＣ
ＳＫ９とＬＤＬＲ間の結合相互作用を抑制する必要なしに，ＬＤＬＲの
分解をもたらすＰＣＳＫ９の能力を調節し，又は変化させる。このよう
なＡＢＰは，「非競合的に中和する」ＡＢＰと特に記載することができ
る。幾つかの実施形態において，中和ＡＢＰは，ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲ
に結合するのを妨げる位置及び／又は様式で，ＰＣＳＫ９に結合する。
このようなＡＢＰは，「競合的に中和する」ＡＢＰと特に記載すること
ができる。上記中和物質は何れも，対象中に存在している遊離のＬＤＬ
Ｒのより大きな量をもたらすことができ，これにより，ＬＤＬに結合し
ているより多くのＬＤＬＲがもたらされる（これにより，対象中のＬＤ
Ｌの量を低下させる。）。続いて，これは，対象中に存在する血清コレ
ステロールの量の低下をもたらす。
(カ) 【０１７０】
提供されている抗体の軽鎖及び重鎖の可変領域の幾つかの具体例及び
それらの対応するアミノ酸配列は表２中に要約されている。
【０１７２】
同じく，表２に列記されている典型的な可変重鎖の各々は，抗体を形
成するために，表２に示されている典型的な可変軽鎖の何れとも組み合
わせることができる。表２は，本明細書中に開示されている抗体の幾つ
かの中に見出される典型的な軽鎖及び重鎖の対を示している。…
(キ) 【０２６２】
…幾つかの実施形態において，ＡＢＰはＡＢＰ３１Ｈ４と競合する。
【０２６８】
幾つかの実施形態において，ＡＢＰ２１Ｂ１２は，残基１６２から１
６７（例えば，配列番号１の残基Ｄ１６２－Ｅ１６７）を含むエピトー
プに結合する。…
【０２６９】
競合する抗原結合タンパク質
別の態様において，ＰＣＳＫ９への特異的結合に関して，本明細書中
に記載されているエピトープに結合する例示された抗体又は機能的断片
の１つと競合する抗原結合タンパク質が提供される。このような抗原結
合タンパク質は，本明細書中に例示されている抗原結合タンパク質の１
つと同じエピトープ又は重複するエピトープにも結合し得る。例示され
た抗原結合タンパク質と同じエピトープと競合し，又は結合する抗原結
合タンパク質及び断片は，類似の機能的特性を示すと予想される。例示
された抗原結合タンパク質及び断片は，重鎖及び軽鎖可変領域ドメイン
並びに表２及び／又は図２から３及び１５に含まれるＣＤＲを有するも
のなど，上述されているものを含む。従って，具体例として，提供され
る抗原結合タンパク質には，
（ａ）図２から３及び１５に列記されている抗体に対して列記されてい
るＣＤＲの６つ全て；
（ｂ）表２中に列記されている抗体に対して列記されているＶＨ及びＶ
Ｌ；又は
（ｃ）表２に列記されている抗体に対して明記されている２つの軽鎖及
び２つの重鎖
を有する抗体又は抗原結合タンパク質と競合するものが含まれる。
【０２７０】
ある種の治療的用途及び医薬組成物
ある種の事例において，ＰＣＳＫ９活性は，多数のヒトの病状と相
関する。例えば，ある種の事例において，高すぎる又は低すぎるＰＣ
ＳＫ９活性は，高コレステロール血症などのある種の症状と相関する。
従って，ある種の事例において，ＰＣＳＫ９活性を調節することは治
療的に有用であり得る。ある種の実施形態において，ＰＣＳＫ９に対
する中和的抗原結合タンパク質は，少なくとも１つのＰＣＳＫ９活
性（例えば，ＬＤＬＲへの結合）を調節するために使用される。この
ような方法は，上昇した血清コレステロールレベルと関連する，又は
上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し，及び／又は
予防し，及び／又は疾患のリスクを低減することができる。
【０２７１】
当業者によって理解されるように，本開示に照らして，変動したコ
レステロール，ＬＤＬ又はＬＤＬＲレベルと関連し，変動したコレス
テロール，ＬＤＬ又はＬＤＬＲレベルを伴い，又は変動したコレステ
ロール，ＬＤＬ又はＬＤＬＲレベルによって影響を受け得る疾患は，
抗原結合タンパク質の様々な実施形態によって対処することができる。
幾つかの実施形態において，（「血清コレステロール関連疾患」を含
む）「コレステロール関連疾患」には，例えば，上昇した総血清コレ
ステロール，上昇したＬＤＬ，上昇したトリグリセリド，上昇したＶ
ＬＤＬ及び／又は低ＨＤＬを呈し得る以下のもの：高コレステロール
血症，心臓病，メタボリックシンドローム，糖尿病，冠状動脈性心臓
病，卒中，心血管疾患，アルツハイマー病及び脂質異常症全般の何れ
か１つ又はそれ以上が含まれる。…
【０２７６】
幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク
質は，異常に高いレベル又は正常なレベルからＰＣＳＫ９活性の量を
減少させるために使用される。幾つかの実施形態において，ＰＣＳＫ
９に対する抗原結合タンパク質は，高コレステロール血症を治療若し
くは予防するために，並びに／又は高コレステロール血症及び／若し
くは他のコレステロール関連疾患（本明細書中に記載されているもの
など）に対する医薬の調製において使用される。ある種の実施形態に
おいて，ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質は，ＰＣＳＫ９活性
が正常である高コレステロール血症などの症状を治療又は予防するた
めに使用される。このような症状において，例えば，正常を下回るＰ
ＣＳＫ９活性の低下は，治療効果を提供することができる。
(ク) 【０３１２】
（実施例１）
免疫化及び力価測定
抗ＰＣＫＳ９抗体及びハイブリドーマの作製
ＰＣＳＫ９の成熟形態に対する抗体（図１Ａ中の配列として図示されて
おり，プロドメインに下線が付されている。）を，ヒト免疫グロブリン
遺伝子を含有するマウスであるＸｅｎｏＭｏｕｓｅ （Ｒ）マウス（Ａｂｇ
ｅｎｉｘ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）中で作製した。ＰＣＳＫ９に対
する抗体を作製するために，ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ （Ｒ）マウスの２つのグ
ループ（グループ１及び２）を使用した。グループ１は，完全ヒトＩｇ
Ｇ２κ及びＩｇＧ２λ 抗体を産生するＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（Ｒ）系統ＸＭ
Ｇ２－ＫＬのマウスを含んだ。グループ１のマウスを，ヒトＰＣＳＫ９
で免疫化した。ＧｅｎＢａｎｋ配列を参照として（ＮＭ＿１７４９３
６）を使用する標準的組換え技術を用いて，ＰＣＳＫ９を調製した。グ
ループ２は，完全ヒトＩｇＧ４κ及びＩｇＧ４ λ抗体を産生するＸｅｎ
ｏＭｏｕｓｅ（Ｒ）系統ＸＭＧ４－ＫＬのマウスを含んだ。グループ２の
マウスも，ヒトＰＣＳＫ９で免疫化した。
【０３１３】
表３中のスケジュールに従って，両グループのマウスに抗原を１１回
注射した。最初の免疫化において，腹部中に腹腔内送達された抗原計１
０μｇを各マウスに注射した。その後の強化免疫は５μｇの用量であり，
注射法は，服部内への腹腔内注射と尾の基部への皮下注射間でずらされ
る。腹腔内注射のために，ＴｉｔｅｒＭａｘ（Ｒ）Ｇｏｌｄ（Ｓｉｇｍａ，
Ｃａｔ ＃ Ｔ２６８４）を加えたエマルジョンとして抗原を調製し，
皮下注射のために，抗原をＡｌｕｍ（リン酸アルミニウム）及びＣｐＧ
オリゴと混合する。注射２から８及び１０において，アジュバントａｌ
ｕｍゲル中の抗原計５μｇを各マウスに注射した。マウス当り抗原５μ
ｇの最終注射をリン酸緩衝化された生理的食塩水中に送達し，２つの部
位に送達する（腹部内へ５０％腹腔内及び尾の基部に５０％皮下）。免
疫化プログラムは，以下に示されている表３中に要約されている。
【０３２０】
ヒトＰＣＳＫ９に対する抗体の力価は，記載されている可溶性抗原を
用いて免疫化されたマウスに対するＥＬＩＳＡアッセイによって検査し
た。表４は，ＥＬＩＳＡデータを要約し，ＰＣＳＫ９に対して特異的で
あるように見受けられる幾つかのマウスが存在したことを示す。例えば，
表４を参照されたい。従って，免疫化プログラムの終わりに，１０匹の
マウス（表４中の太字）を採集のために選択し，本明細書中に記載され
ているように，それぞれ，脾臓及びリンパ節から脾細胞及びリンパ球を
単離した。
【０３２２】
（実施例２）
リンパ球の回収，Ｂ細胞の単離，融合及びハイブリドーマの作製
この実施例は，免疫細胞がどのようにして回収され，ハイブリドーマ
がどのようにして作製されたかについて概説する。選択された免疫化マ
ウスを頚椎脱臼によって屠殺し，各コホートから流入領域リンパ節を採
集し，プールした。細胞を組織から放出させるために，ＤＭＥＭ中で磨
り潰すことによって，リンパ系組織からＢ細胞を解離させ，細胞をＤＭ
ＥＭ中に懸濁した。細胞を計数し，穏やかに，但し，完全に細胞を再懸
濁させるために，１億のリンパ球当りＤＭＥＭ０．９ｍＬを細胞沈降物
に添加した。
【０３２３】
１：４の比で，リンパ球をＡＴＣＣ，ｃａｔ．＃ＣＲ１１５８０か
ら購入した非分泌性骨髄腫Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８．６５３細胞（…）と混
合した。４００×ｇで，４分の遠心によって，細胞混合物を穏やかに
沈降させた。容器を傾けて上清を除去した後，１ｍＬピペットを用い
て，細胞を穏やかに混合した。１分にわたって，穏やかに撹拌しなが
ら，Ｓｉｇｍａ（ｃａｔ＃Ｐ７３０６）から得た事前加熱されたＰＥ
Ｇ／ＤＭＳＯ溶液（Ｂ細胞１００万個当り１ｍＬ）をゆっくり添加し
た後，１分間混合した。次いで，穏やかに撹拌しながら，２分にわた
って，事前加熱されたＩＤＭＥＭ（Ｂ細胞１００万個当り２ｍ
Ｌ）（グルタミン，Ｌ－グルタミン，ペニシリン／ストレプトマイシ
ン，ＭＥＭ非必須アミノ酸なしのＤＭＥＭ）（全て，Ｉｎｖｉｔｒｏ
ｇｅｎから得た）を添加した。最後に，３分にわたって，事前加熱さ
れたＩＤＭＥＭ（１０６個のＢ細胞当り８ｍＬ）を添加した。
【０３２４】
４００×ｇで６分，融合された細胞を遠心沈降させ，１００万個のＢ
細胞当り選択培地２０ｍＬ（Ｌ－グルタミン，ペニシリン／ストレプト
マイシン，ＭＥＭ非必須アミノ酸，ピルビン酸ナトリウム，２－メルカ
プトエタノール（全て，Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎから入手），ＨＡ－アザ
セリンヒポキサンチン及びＯＰＩ（オキサロアセタート，ピルバート，
ウシインシュリン）（何れも，Ｓｉｇｍａから入手）及びＩＬ－６（Ｂ
ｏｅｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）が補充された，ＤＭＥＭ（Ｉｎ
ｖｉｔｒｏｇｅｎ），１５％ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）中に再懸濁した。
３７℃で２０から３０分間，細胞を温置し，次いで，選択培地２００ｍ
Ｌ中に再懸濁し，９６ウェルへの播種の前に，Ｔ１７５フラスコ中で３
から４日間培養した。このようにして，ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タ
ンパク質を産生するハイブリドーマを作製した。
【０３２５】
（実施例３）
ＰＣＳＫ９抗体の選択
本実施例は，様々なＰＣＳＫ９抗原結合タンパク質をどのようにして
性質決定し，選択したかについて概説する。（実施例１及び２で産生さ
れたハイブリドーマから産生された）分泌された抗体のＰＣＳＫ９への
結合を評価した。抗体の選択は，結合データ及びＬＤＬＲへのＰＣＳＫ
９の結合の阻害及び親和性を基礎とした。以下に記載されているように，
ＥＬＩＳＡによって，可溶性ＰＣＳＫ９への結合を分析した。結合親和
性を定量するために，ＢＩＡｃｏｒｅ（Ｒ）（表面プラズモン共鳴）を使
用した。
【０３２６】
一次スクリーニング
野生型ＰＣＳＫ９に結合する抗体に対する一次スクリーニングを行っ
た。２つの採集物に対して，一次スクリーニングを行った。一次スクリ
ーニングは，ＥＬＩＳＡアッセイを含み，以下のプロトコールを用いて
行った。
【０３２７】
Ｃｏｓｔａｒ３７－２培地結合３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎ
ｇ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用した。４０μＬ／ウェルの容
量で，１×ＰＢＳ／０．０５％アジ化物中，４μｇ／ｍＬの濃度のニュ
ートラビジンでプレートを被覆した。４℃で一晩，プレートを温置した。
次いで，Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置（Ｔｉｔｅｒｔｅｋ，Ｈｕ
ｎｔｓｖｉｌｌｅ，ＡＬ）を用いて，プレートを洗浄した。３サイクル
の洗浄を行った。１×ＰＢＳ／１％ミルク９０μＬでプレートをブロッ
クし，室温で約３０分間温置した。次いで，プレートを洗浄した。再度，
３サイクルの洗浄を行った。捕捉試料は，Ｖ５タグを持たないビオチン
化合されたＰＣＳＫ９であり，４０μＬ／ウェルの容量で，１×ＰＢＳ
／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ 中に０．９μｇ／ｍＬで添加した。次
いで，プレートを室温で１時間温置した。次に，３サイクル洗浄を用い
て作動されるＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いて，プレートを
洗浄した。１×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ ４０μＬ中に，
上清１０μＬを移し，室温で１．５時間温置した。再度，３サイクル洗
浄を用いて作動されるＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いて，プ
レートを洗浄した。１×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ 中，１
００ｎｇ／ｍＬ（１：４０００）の濃度のヤギ抗ヒトＩｇＧＦｃＰＯＤ
４０μＬ／ウェルをプレートに添加し，室温で１時間温置した。３サイ
クル洗浄を用いて，プレートをもう一度洗浄した。最後に，１工程ＴＭ
Ｂ（Ｎｅｏｇｅｎ， Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ， Ｋｅｎｔｕｃｋｙ）の４
０μＬ／ウェルをプレートに添加し，室温で３０分後に，１Ｎ塩酸の４
０μＬ／ウェルを用いて消光を行った。Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレートリー
ダーを用いて，４５０ｎｍでＯＤを直ちに読み取った。
【０３２８】
一次スクリーニングによって，２つの採集物から同定された合計３１
０４の抗原特異的ハイブリドーマが得られた。最高のＥＬＩＳＡＯＤに
基づいて，合計３０００の陽性に対して，採集物当り１５００のハイブ
リドーマをさらなる操作に用いた。
【０３２９】
確認用スクリーニング
次いで，安定なハイブリドーマが確立されたことを確認するために，
野生型ＰＣＳＫ９への結合に関して，３０００の陽性を再スクリーニン
グした。…合計２４４１の陽性を，第二のスクリーニングで反復した。
次いで，その後のスクリーニングにおいて，これらの抗体を使用した。
【０３３０】
マウス交叉反応スクリーニング
次いで，抗体がヒト及びマウスＰＣＳＫ９の両方に結合できることを
確認するために，マウスＰＣＳＫ９に対する交叉反応性に関して，ハイ
ブリドーマのパネルをスクリーニングした。…５７９抗体は，マウスＰ
ＣＳＫ９と交叉反応することが観察された。次いで，その後のスクリー
ニングにおいて，これらの抗体を使用した。
【０３３１】
Ｄ３７４Ｙ変異体結合スクリーニング
ＰＣＳＫ９中のＤ３７４Ｙ変異は，ヒト集団中において文献に記載さ
れている（例えば，Ｔｉｍｍｓ ＫＭ ｅｔ ａｌ， “Ａ ｍｕｔａ
ｔｉｏｎ ｉｎ ＰＣＳＫ９ ｃａｕｓｉｎｇ ａｕｔｏｓｏｍａｌ－
ｄｏｍｉｎａｎｔ ｈｙｐｅｒｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌｅｍｉａ ｉｎ
ａ Ｕｔａｈ ｐｅｄｉｇｒｅｅ”， Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１１４：
３４９－３５３， ２００４）。抗体が野生型に対して特異的であり，
又はＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ形態に結合されているかどうかを測定する
ために，次いで，変異Ｄ３７４Ｙを含む変異体ＰＣＳＫ９配列への結合
に関して，試料をスクリーニングした。…野生型ＰＣＳＫ９に対する陽
性ヒットの９６％以上が，変異体ＰＣＳＫ９も結合した。
【０３３２】
大規模受容体リガンド遮断スクリーニング
ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合を遮断する抗体をスクリーニングするた
めに，Ｄ３７４ＹＰＣＳＫ９変異体を用いたアッセイを開発した。ＬＤ
ＬＲに対してより高い結合親和性を有するので，このアッセイに対して
変異体を使用し，より感度が高い受容体リガンド遮断アッセイの開発を
可能とした。受容体リガンド遮断スクリーニングでは，以下のプロトコ
ールを使用した。スクリーニングでは，Ｃｏｓｔａｒ３７０２培地結合
３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ
ｓ）を使用した。４０μＬ／ウェルの容量で，１×ＰＢＳ／０．０５％
アジ化物中，２μｇ／ｍＬのヤギ抗ＬＤＬＲ（Ｒ＆ＤＣａｔ＃ＡＦ２１
４８）でプレートを被覆した。４℃で一晩，プレートを温置した。次い
で，Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置（Ｔｉｔｅｒｔｅｋ，Ｈｕｎｔ
ｓｖｉｌｌｅ，ＡＬ）を用いて，プレートを洗浄した。３サイクルの洗
浄を行った。１×ＰＢＳ／１％ミルク９０μＬでプレートをブロックし，
室温で約３０分間温置した。次いで，Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装
置を用いてプレートを洗浄した。３サイクルの洗浄を行った。捕捉試料
は，ＬＤＬＲ（Ｒ＆Ｄ，Ｃａｔ＃２１４８ＬＤ／ＣＦ）であり，４０μ
Ｌ／ウェルの容量で，１×ＰＢＳ／１％ミルク／１０ｍＭＣａ ２＋ 中に
０．４μｇ／ｍＬで添加した。次いで，プレートを室温で１時間１０分
間温置した。同時に，Ｎｕｎｃポリプロピレンプレート中のハイブリド
ーマ枯渇上清１５μＬとともに，ビオチン化されたヒトＤ３７４ＹＰＣ
ＳＫ９の２０ｎｇ／ｍＬを温置し，枯渇上清濃度を１：５希釈した。次
いで，プレートを室温で約１時間３０分間事前温置した。次に，３サイ
クル洗浄を用いて作動されるＴｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用い
て，プレートを洗浄した。事前温置された混合物５０μＬ／ウェルを，
ＬＤＬＲで被覆されたＥＬＩＳＡプレート上に移し，室温で１時間温置
した。ＬＤＬＲに結合されたｂ－ＰＣＳＫ９を検出するために，アッセ
イ希釈液中の５００ｎｇ／ｍＬのストレプトアビジンＨＲＰ４０μＬ／
ウェルをプレートに添加した。プレートを室温で１時間温置した。再度，
Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレート洗浄装置を用いてプレートを洗浄した。３サ
イクルの洗浄を行った。最後に，１工程ＴＭＢ（Ｎｅｏｇｅｎ， Ｌｅ
ｘｉｎｇｔｏｎ， Ｋｅｎｔｕｃｋｙ）の４０μＬ／ウェルをプレート
に添加し，室温で３０分後に，１Ｎ塩酸の４０μＬ／ウェルを用いて消
光した。Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレートリーダーを用いて，４５０ｎｍでＯ
Ｄを直ちに読み取った。スクリーニングによって，ＰＣＳＫ９とＬＤＬ
Ｒウェル間での相互作用を遮断する３８４の抗体が同定され，１００の
抗体は相互作用を強く遮断した（ＯＤ＜０．３）。これらの抗体は，Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合相互作用を９０％超阻害した（９０％超の阻
害）。
【０３３３】
遮断物質のサブセットに対する受容体リガンド結合アッセイ
次いで，第一の大規模受容体リガンド阻害アッセイにおいて同定され
た中和物質の３８４にサブセットに対して，変異体酵素を用いて受容体
リガンドアッセイを反復した。３８４の遮断物質サブセットアッセイの
スクリーニングでは，大規模受容体リガンド遮断スクリーニングにおい
て行われたものと同じプロトコールを使用した。この反復スクリーニン
グによって，最初のスクリーニングデータが確認された。
【０３３４】
この３８４メンバーのサブセットのスクリーニングによって，９０％
を超えて，ＰＣＳＫ９変異体酵素とＬＤＬＲ間の相互作用を遮断する８
５の抗体が同定された。
【０３３５】
野生型ＰＣＳＫ９を結合するが，Ｄ３７４Ｙ変異体を結合しない遮断
物質の受容体リガンド結合アッセイ
３０００の上清の当初パネル中には，野生型ＰＣＳＫ９に特異的に結
合するが，ｈｕＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）変異体に結合しないことが示
された８６の抗体が存在していた。ＬＤＬＲ受容体への野生型ＰＣＳＫ
９の結合を遮断する能力に関して，これらの８６の上清を検査した。…
【０３３６】
スクリーニングの結果
記載されているアッセイの結果に基づいて，ＰＣＳＫ９との所望の相
互作用を有する抗体を産生するとして，幾つかのハイブリドーマ株が同
定された。各株からクローンの管理可能な数を単離するために，限外希
釈を使用した。ハイブリドーマ株の数字（例えば，２１Ｂ１２）及びク
ローン数（例えば，２１Ｂ１２．１）によって，クローンを表記した。
一般に，特定の株の異なるクローン間の差は，本明細書中に記載されて
いる機能的アッセイによって検出された。２，３の事例では，機能的ア
ッセイにおいて異なる挙動を示した特定の株からクローンが同定された。
例えば，２５Ａ７．１はＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲを遮断しないが，２５Ａ
７．３（本明細書において，２５Ａ７と称される。）は中和性であるこ
とが見出された。単離されたクローンを，ハイブリドーマ溶媒５０から
１００ｍＬ中でそれぞれ増殖させ，枯渇するまで増殖させた（すなわち，
約１０％未満の細胞生存率）。これらの培養物の上清中でのＰＣＳＫ９
に対する抗体の濃度及び効力を，本明細書中に記載されているようなＥ
ＬＩＳＡによって，及びインビトロ機能的検査によって測定した。本明
細書に記載されているスクリーニングの結果として，ＰＣＳＫ９に対す
る抗体の最も高い力価を有するハイブリドーマを同定した。図２Ａから
３Ｄ及び表２中に，選択されたハイブリドーマが示されている。
【０３７３】
（実施例１０）
エピトープビニング
抗ＰＣＳＫ９抗体のビニングのために，競合ＥＬＩＳＡを使用した。
要約すれば，２つの抗体が同じエピトープのビンに属するかどうかを決
定するために，一晩の温置によって，２μｇ／ｍＬで，ＥＬＩＳＡプレ
ート（ＮＵＮＣ）上に，まず抗体（ｍＡｂ１）の１つを被覆した。次い
で，プレートを洗浄し，３％ＢＳＡでブロックした。一方，ビオチン化
されたｈＰＣＳＫ９の３０ｎｇ／ｍＬを，室温で２時間，第二の抗
体（ｍＡｂ２）とともに温置した。混合物を被覆されたｍＡｂ１に適用
し，室温で１時間温置した。次いで，ＥＬＩＳＡプレートを洗浄し，１
：５０００の希釈で１時間，Ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ－ＨＲＰ（Ｐｉｅ
ｒｃｅ）とともに温置した。さらなる洗浄後，ＴＭＢ基質とともにプレ
ートを温置し，Ｔｉｔｅｒｔｅｋプレートリーダーを用いて，シグナル
を６５０ｎｍで検出した。同じ結合特性を有する抗体を，同じエピトー
プビンの中にグループ分けした。抗体ビニング研究の結果が，表８．３
に示されている。
(ケ) 【０３７７】
（実施例１１）
Ｄ３７４ＹＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲ結合を遮断する３１Ｈ４及び２１Ｂ
１２の効果
本実施例は，ＰＣＳＫ９Ｄ３７４ＹがＬＤＬＲに結合する能力を遮断
する上での，抗体の２つに対するＩＣ５０値を提供する。緩衝液Ａ（１
００ｍＭカコジル酸ナトリウム，ｐＨ７．４）中に希釈されたヤギ抗Ｌ
ＤＬ受容体抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）２μｇ／ｍＬで，透明な３
８４ウェルプレート（Ｃｏｓｔａｒ）を被覆した。緩衝液Ａでプレート
を完全に洗浄した後，緩衝液Ｂ（緩衝液Ａ中の１％ミルク）で２時間ブ
ロックした。洗浄後，緩衝液Ｃ（１０ｍＭＣａＣｌ ２が補充された緩衝
液Ｂ）中に希釈されたＬＤＬ受容体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）０．４
μｇ／ｍＬとともに，プレートを１．５時間温置した。この温置と同時
に，緩衝液Ａ中に希釈された３１Ｈ４ＩｇＧ２，３１Ｈ４ＩｇＧ４，２
１Ｂ１２ＩｇＧ２又は２１Ｂ１２ＩｇＧ４抗体の様々な濃度又は緩衝液
Ａのみ（対照）とともに，ビオチン化されたＤ３７４ＹＰＣＳＫ９の２
０ｎｇ／ｍＬを温置した。ＬＤＬ受容体を含有するプレートを洗浄し，
ビオチン化されたＤ３７４ＹＰＣＳＫ９／抗体混合物をプレートに移し，
室温で１時間温置した。ＬＤＬ受容体へのビオチン化されたＤ３７４Ｙ
の結合は，緩衝液Ｃ中の５００ｎｇ／ｍＬのストレプトアビジン－ＨＲ
Ｐ（Ｂｉｏｓｏｕｒｃｅ）とともに，次いで，ＴＭＢ基質（ＫＰＬ）と
ともに温置することによって検出した。１ＮＨＣｌを用いてシグナルを
消光し，４５０ｎｍで吸光度を読み取った。
【０３７８】
この結合研究の結果が，図６Ａから６Ｄに示されている。要約すると，
各抗体に対してＩＣ ５０ 値を測定し，３１Ｈ４ＩｇＧ２に対して１９９
ｐＭ（図６Ａ），３１Ｈ４ＩｇＧ４に対して１５６ｐＭ（図６Ｂ），２
１Ｂ１２ＩｇＧ２に対して１７０ｐＭ（図６Ｃ）及び２１Ｂ１２ＩｇＧ
４に対して１６９ｐＭ（図６Ｄ）であることが見出された。
【０３７９】
抗体は，このアッセイにおいて，ＬＤＬＲへの野生型ＰＣＳＫ９の結
合も遮断した。
【０３８０】
（実施例１２）
細胞ＬＤＬ取り込みアッセイ
本実施例は，様々な抗原結合タンパク質が細胞によるＬＤＬの取り込
みを低下させ得ることを示す。…
【０３８１】
細胞取り込みアッセイの結果が，図７Ａから７Ｄに示されている。要
約すると，各抗体に対してＩＣ ５０ 値を測定し，３１Ｈ４ＩｇＧ２に対
して１６．７ｎＭ（図７Ａ），３１Ｈ４ＩｇＧ４に対して１３．３ｎ
Ｍ（図７Ｂ），２１Ｂ１２ＩｇＧ２に対して１３．３ｎＭ（図７Ｃ）及
び２１Ｂ１２ＩｇＧ４に対して１８ｎＭ（図７Ｄ）であることが見出さ
れた。これらの結果は，適用された抗原結合タンパク質がＰＣＳＫ
９（Ｄ３７４Ｙ）の効果を低下させて，細胞によるＬＤＬの取り込みを
遮断できることを示している。抗体は，このアッセイにおいて，野生型
ＰＣＳＫ９の効果も遮断した。
(コ) 【０３８２】
（実施例１３）
６日の研究における３１Ｈ４抗体の血清コレステロール低下効果
ＰＣＳＫ９タンパク質に対する抗体治療を介した野生型（ＷＴ）マウ
スにおける総血清コレステロール（ＴＣ）低下を評価するために，以下
の手順を行った。
【０３８３】
Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍ
Ｅ）から得られた雄のＷＴマウス（Ｃ５７ＢＬ／６系統，９から１０週
齢，１７－２７ｇ）には，実験の期間を通じて，通常の食餌（Ｈａｒｌ
ａｎｄ－Ｔｅｋｌａｄ， Ｄｉｅｔ２９１８）を与えた。ｔ＝０におい
て，マウスの尾静脈を通じて，１０ｍｇ／ｋｇのレベルで，抗ＰＣＳＫ
９抗体３１Ｈ４（ＰＢＳ中の２ｍｇ／ｍＬ）又は対照ＩｇＧ（ＰＢＳ中
２ｍｇ／ｍＬ）の何れかをマウスに投与した。ナイーブマウスも，ナイ
ーブ対照群として別に分けた。投薬群及び屠殺の時間が，表９に示され
ている。
【０３８５】
表９に示されている所定の時点でのＣＯ ２窒息を用いて，マウスを屠
殺した。大静脈を介して，エッペンドルフチューブの中に血液を集め，
室温で３０分間凝固させた。次いで，血清を分離するために，１０分間，
１２，０００×ｇでの卓上遠心機中で，試料を遠心沈降させた。Ｈｉｔ
ａｃｈｉ９１２臨床分析装置及びＲｏｃｈｅ／ＨｉｔａｃｈｉＴＣ及び
ＨＤＬ－Ｃキットを用いて，血清総コレステロール及びＨＤＬ－Ｃを測
定した。
【０３８６】
実験の結果が，図８Ａから８Ｄに示されている。要約すると，抗体３
１Ｈ４が投与されたマウスは，実験の間にわたって，減少した血清コレ
ステロールレベルを示した（図８Ａ及び図８Ｂ）。さらに，マウスは減
少したＨＤＬレベルを示すことも注目される（図８Ｃ及び図８Ｄ）。図
８Ａ及び図８Ｃに関して，％変化は，同じ時点での対照ＩｇＧに対す
る（＊Ｐ＜０．０１，＃Ｐ＜０．０５）。図８Ｂ及び８Ｄに関して，％
変化は，ｔ＝０時間で，ナイーブ動物中において測定された総血清コレ
ステロール及びＨＤＬレベルに対する（ ＊Ｐ＜０．０１，＃Ｐ＜０．０
５）。
【０３８７】
低下したＨＤＬレベルに関して，マウス中でのＨＤＬの減少はＨＤＬ
の減少がヒトで起きることを示唆せず，この生物中での血清コレステロ
ールが減少したことをさらに反映するに過ぎないことが当業者に理解さ
れることが注目される。マウスは高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）粒子
中に血清コレステロールの大半を輸送し，これはＬＤＬ粒子上に殆どの
血清コレステロールを有するヒトとは異なることが注目される。マウス
では，総血清コレステロールの測定は，血清ＨＤＬ－Ｃのレベルを最も
近似する。マウスＨＤＬは，ＬＤＬ受容体（ＬＤＬＲ）に対するリガン
ドであるアポリポタンパク質Ｅ（ａｐｏＥ）を含有しており，ＬＤＬＲ
によるＨＤＬの排除を可能とする。従って，ＨＤＬを調べることは，マ
ウスにおける，本実施例での適切な指標である（ＨＤＬの減少は，ヒト
に対しては予測されないことが理解される。）。これに対して，例えば，
ヒトＨＤＬは，ａｐｏＥを含有しておらず，ＬＤＬＲに対するリガンド
ではない。ＰＣＳＫ９抗体はマウス中でのＬＤＬＲ発現を増加させるの
で，肝臓はより多くのＨＤＬを排除させることができ，従って，血清Ｈ
ＤＬ－Ｃレベルを低下させる。
【０３８８】
（実施例１４）
６日の研究における，ＬＤＬＲレベルに対する抗体３１Ｈ４の効果
本実施例は，予想されたように，抗原結合タンパク質が，経時的に，
対象中のＬＤＬＲのレベルを変化させることを示す。ＬＤＬＲレベルに
対する抗体３１Ｈ４の効果を確認するために，ウェスタンブロット分析
を行った。実施例１３で記載した屠殺されたマウスから得られた肝臓組
織５０から１００ｍｇを，完全なプロテアーゼ阻害剤（Ｒｏｃｈｅ）を
含有するＲＩＰＡ緩衝液（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏ
ｌｏｇｙ Ｉｎｃ．）０．３ｍＬ中において均質化した。ホモゲネート
を氷上で３０分間温置し，細胞破砕物を沈降させるために遠心した。Ｂ
ｉｏＲａｄタンパク質アッセイ試薬（Ｂｉｏ Ｒａｄ ｌａｂｏｒａｔ
ｏｒｉｅｓ）を用いて，上清中のタンパク質濃度を測定した。７０℃で
１０分間，タンパク質１００μｇを変性させ，４から１２％Ｂｉｓ－Ｔ
ｒｉｓＳＤＳ勾配ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で分離した。０．４
５μｍＰＶＤＦ膜（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にタンパク質を移し，室温
で１時間，５％無脂肪ミルクを含有する洗浄緩衝液（５０ｍＭＴｒｉｓ
ＰＨ７．５，１５０ｍＭＮａＣｌ， ２ｍＭＣａＣｌ２及び０．０５％
Ｔｗｅｅｎ２０）中でブロックした。次いで，室温で１時間，ヤギ抗マ
ウスＬＤＬＲ抗体（Ｒ＆Ｄｓｙｓｔｅｍ）１：２０００又は抗βアクチ
ン（ｓｉｇｍａ）１：２０００を用いて，ブロットのプローブ検査を行
った。ブロットを短時間洗浄し，ウシ抗ヤギＩｇＧ－ＨＲＰ（Ｓａｎｔ
ａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｃ．）１：２０００
又はヤギ抗マウスＩｇＧ－ＨＲＰ（Ｕｐｓｔａｔｅ）１：２０００とと
もに温置した。室温で１時間の温置後，ブロットを完全に洗浄し，ＥＣ
Ｌｐｌｕｓキット（Ａｍｅｒｓｈａｍ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用
いて，免疫反応性バンドを検出した。ウェスタンブロットは，図９に図
示されているように，抗体３１Ｈ４の存在下でのＬＤＬＲタンパク質レ
ベルの増加を示した。
【０３８９】
（実施例１５）
１３日の研究における抗体３１Ｈ４の血清コレステロール低下効果
１３日の研究において，ＰＣＳＫ９タンパク質に対する抗体治療を介
した野生型（ＷＴ）マウスにおける総血清コレステロール（ＴＣ）低下
を評価するために，以下の手順を行った。
【０３９０】
Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ…から得られた雄のＷＴマウ
ス（Ｃ５７ＢＬ／６系統，９から１０週齢，１７－２７ｇ）には，実験
の期間を通じて，通常の食餌…を与えた。ｔ＝０において，マウスの尾
静脈を通じて，１０ｍｇ／ｋｇのレベルで，抗ＰＣＳＫ９抗体３１Ｈ
４（ＰＢＳ中の２ｍｇ／ｍＬ）又は対照ＩｇＧ（ＰＢＳ中２ｍｇ／ｍ
Ｌ）の何れかをマウスに投与した。ナイーブマウスも，ナイーブ対照群
として別に分けた。
【０３９１】
投薬群及び屠殺の時間が，表１０に示されている。動物を屠殺し，肝
臓を摘出し，実施例１３のとおりに調製した。
【０３９３】
６日の実験を１３日の研究に延長すると，６日の研究において観察さ
れた同じ血清コレステロール低下効果が，１３日の研究においても観察
された。より具体的には，１０ｍｇ／ｋｇで投薬された動物は，３日目
に，血清コレステロールの３１％の減少を示し，１３日までに，投薬前
レベルまで徐々に戻った。図１０Ａは，この実験の結果を図示する。図
１０Ｃは，３１Ｈ４の１０ｍｇ／ｋｇ用量を用いた，及び同じく１０ｍ
ｇ／ｋｇの別の抗体１６Ｆ１２を用いた上記手順を反復した結果を図示
している。投薬群及び屠殺の時間が，表１１に示されている。
【０３９５】
図１０Ｃに示されているように，１６Ｆ１２及び３１Ｈ４は何れも，
単回投薬のみの後に，総血清コレステロールの著しく，大幅な減少をも
たらし，１週以上にわたって（１０日又はそれ以上）有益であった。反
復された１３日の研究の結果は最初の１３日の研究の結果と合致してお
り，３日目における２６％の血清コレステロールレベルの減少が観察さ
れる。図１０Ａ及び図１０Ｂに関して，％変化は，同じ時点での対照Ｉ
ｇＧに対する（＊Ｐ＜０．０１）。図１０Ｃに関して，％変化は，同じ
時点での対照ＩｇＧに対する（＊Ｐ＜０．０５）。
(サ) 【０４２２】
（実施例２６）
インビボでＬＤＬを低下させるＰＣＳＫ９及びＡＢＰの能力に対する
マウスモデル
ヒトＰＣＳＫ９を過剰発現するマウスを作製するために，マウス中の
ＬＤＬ－コレステロールの測定可能な増加を与える正しい力価を測定す
るためにヒトＰＣＳＫ９を発現するように組換え的に修飾されたアデノ
随伴ウイルス（ＡＡＶ）の様々な濃度を，尾静脈投与を介して３週齢Ｗ
ＴＣ５７Ｂ１／６マウスに注射した。ヒトＰＣＳＫ９を発現するこのウ
イルスを用いて，ウイルスの４．５×１０Ｅ１２ｐｆｕは循環血液中の
約４０ｍｇ／ｄＬのＬＤＬ－コレステロールレベル（ＷＴマウス中のＬ
ＤＬの正常レベルは，約１０ｍｇ／ｄＬである。）をもたらすことが決
定された。これらの動物中のヒトＰＣＳＫ９レベルは，約１３μｇ／ｍ
Ｌであることが見出された。この注射基準を用いて，マウスのコロニー
を作製した。
【０４２３】
注射から１週後に，ＬＤＬ－コレステロールレベルに関してマウスを
評価し，異なる処理群へ無作為に振り分けた。次いで，尾静脈注射を介
して，１６Ｆ１２，２１Ｂ１２又は３１Ｈ４抗原結合タンパク質の１０
ｍｇ／ｋｇ又は３０ｍ／ｋｇの何れかの単回大量瞬時注射を動物に投与
した。投薬対照として，動物の別個の群にＩｇＧ２ＡＢＰを投与した。
次いで，ＡＢＰ動物から２４及び４８時間後に，動物のサブグルー
プ（ｎ＝６から７）を安楽死させた。何れの投薬量でも，ＩｇＧ２投与
後に，ＬＤＬ－コレステロールレベルに対する影響は存在しなかった。
３１Ｈ４及び２１Ｂ１２は何れも，ＩｇＧ２対照（２つの異なる投薬量
で図１４Ａ及び１４Ｂに示されている。）と比べて，投与後最大４８時
間まで（４８時間を含む。）著しいＬＤＬ－コレステロール低下を示し
た。１６Ｆ１２は，４８時間の時点までに，約４０ｍｇ／ｄＬのベース
ラインに復帰するレベルで，中間のＬＤＬ－コレステロール低下応答を
示す。このデータは，３１Ｈ４と２１Ｂ１２の間でヒトＰＣＳＫ９に対
してほぼ等しい結合親和性を示し，ＰＣＳＫ９に対して１６Ｆ１２のよ
り低い親和性を示すインビトロ結合データ（Ｂｉａｃｏｒｅ及びＫｉｎ
ｅｘａ）と合致している。
(シ) 【０４３３】
（実施例２９）
３１Ｈ４は，ＰＣＳＫ９のプロドメイン及び触媒ドメインの両方に由
来するアミノ酸残基と相互作用する。
本実施例は，２．３オングストロームの分解能になるように測定され
た（以下の実施例に記載されている条件），３１Ｈ４のＦａｂ断片に結
合された完全長ＰＣＳＫ９（配列番号３のＮ５３３Ａ変異体）の結晶構
造を表す。図１８Ａ及び１８Ｂに図示されているこの構造は，触媒部位
の領域中において，３１Ｈ４がＰＣＳＫ９に結合し，プロドメイン及び
触媒ドメインの両方に由来するアミノ酸残基と接触することを示す。
【０４３４】
図示されている構造によって，ＰＣＳＫ９との３１Ｈ４の相互作用界
面のための特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基を同定することも可能で
ある。これは，３１Ｈ４タンパク質の５オングストローム内に存在する
残基として定義された。コア残基は，以下のとおりである。Ｗ７２，Ｆ
１５０，Ａ１５１，Ｑ１５２，Ｔ２１４，Ｒ２１５，Ｆ２１６，Ｈ２１
７，Ａ２２０，Ｓ２２１，Ｋ２２２，Ｓ２２５，Ｈ２２６，Ｃ２５５，
Ｑ２５６，Ｇ２５７，Ｋ２５８，Ｎ３１７，Ｆ３１８，Ｔ３４７，Ｌ３
４８，Ｇ３４９，Ｔ３５０，Ｌ３５１，Ｅ３６６，Ｄ３６７，Ｄ３７４，
Ｖ３８０，Ｓ３８１，Ｑ３８２，Ｓ３８３又はＧ３８４。
【０４３７】
当業者によって理解されるように，実施例２９から得られる結果は，
ＰＣＳＫ９に対する抗体はＰＣＳＫ９に対して相互作用できること，及
びＥＧＦａとの（従って，ＬＤＬＲとの）相互作用からＰＣＳＫ９を遮
断できることを示す。従って，これらのＰＣＳＫ９残基の何れかと相互
作用し，又はこれらの残基の何れかを（例えば，これらの残基に結合す
る他の抗原結合タンパク質から）遮断する抗原結合タンパク質は，ＰＣ
ＳＫ９とＥＧＦａ（従って，ＬＤＬＲ）の相互作用を阻害する抗体とし
て有用であり得る。従って，幾つかの実施形態において，上記残基の何
れかと相互作用し，又は上記残基の５オングストローム以内の残基と相
互作用する抗原結合タンパク質は，ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合の有用
な阻害を与えるものと想定される。同様に，上記残基の何れかを遮断す
る抗原結合タンパク質（例えば，競合アッセイを介して測定することが
できる。）は，ＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲ相互作用の阻害のためにも有用で
あり得る。
(ス) 【０４８９】
（実施例３７）
エピトープマッピング－ビニング
実施例１０中の組に加えて，ビニング実験の別の組を実施した。実施
例１０におけると同様に，互いに競合するＡＢＰは，標的上の同じ部位
に結合するものと考えることができ，一般的な語法では，互いに「ビ
ン」を形成していると言われる。
【０４９０】
Ｊｉａ他（Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，
２８８ （２００４） ９１－９８）によって記載された多重化ビニン
グ法の改変を使用した。室温で１時間，暗所にて，０．５μｇ／ｍＬビ
オチン化一価マウス抗ヒトＩｇＧ捕捉抗体（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅ
ｎ，＃５５５７８５）１００μＬ中で，ストレプトアビジンによって被
覆されたＬｕｍｉｎｅｘビーズの各ビーズコードを温置し，次いで，Ｐ
ＢＳＡ（１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を加えたリン酸緩衝化生理
的食塩水（ＰＢＳ））で３回洗浄した。２μｇ／ｍＬ抗ＰＣＳＫ９抗
体（ＣｏａｔｉｎｇＡｎｔｉｂｏｄｙ）１００μＬとともに，各ビーズ
コードを別々に１時間温置した後，ＰＢＳＡで３回洗浄した。ビーズを
プールした後，９６ウェルフィルタープレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，
＃ＭＳＢＶＮ１２５０）に分配した。２μｇ／ｍＬの精製されたＰＣＳ
Ｋ９タンパク質１００μＬをウェルの半分に添加した。緩衝液を対照と
して他の半分に添加した。反応を１時間温置した後，洗浄した。２μｇ
／ｍＬ抗ＰＣＳＫ９抗体（ＤｅｔｅｃｔｉｏｎＡｂ）１００μＬを全て
のウェルに添加し，１時間温置し，次いで，洗浄した。別の対象として，
無関係のヒトＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ，＃００９－０００－００３）を
走行させた。各ウェルに，ＰＥ連結された一価マウス抗ヒトＩｇＧ（Ｂ
Ｄ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ，＃５５５７８７）２０μＬを添加し，１時
間温置し，次いで，洗浄した。ＰＢＳＡ１００μＬ中にビーズを再懸濁
し，最低１００事象／ビーズコードをＢｉｏＰｌｅｘ装置（ＢｉｏＲａ
ｄ）上で収集した。
【０４９１】
ＰＣＳＫ９を含有する対応する反応のシグナルから，ＰＣＳＫ９なし
での抗体対の中央値蛍光強度（ＭＦＩ）を差し引いた。抗体対が同時
に（従って，異なるビンに）結合したと考えられるためには，差し引か
れたシグナルは，それ自身と競合する抗体のシグナルより３倍大きく，
且つ無関係の抗体と競合する抗体のシグナルより３倍大きくなければな
らなかった。
【０４９２】
上記から得られたデータは，図２３Ａから２３Ｄに図示されている。
ＡＢＰは，５つのビンに属した。影が付いた枠は，ＰＣＳＫ９へ同時に
結合することができるＡＢＰを示している。影が付いていない枠は，結
合に関して互いに競合するＡＢＰを示している。結果の要約が，表３７．
１に示されている。
【０４９４】
ビン１（ＡＢＰ２１Ｂ１２と競合する。）及び３（３１Ｈ４と競合す
る）は，互いに排他的であり，ビン２はビン１及び３と競合し，並びに
ビン４はビン１及び３と競合しない。この実施例において，ビン５は，
他のビンに適合するＡＢＰを記載するために，「キャッチオール」ビン
として表される。従って，ビンのそれぞれの中の上記ＡＢＰは，ＰＣＳ
Ｋ９上のエピトープ位置の異なる種類の代表であり，それらの幾つかは
互いに重複する。
【０４９５】
当業者によって理解されるように，基準ＡＢＰがプローブＡＢＰの結
合を妨げるのであれば，抗体は同じビン中にあると称される。ＡＢＰ
が使用される順序が重要であり得る。ＡＢＰＡが基準ＡＢＰとして使
用され，ＡＢＰＢの結合を遮断すれば，逆は必ずしも真ではない。…
一般に，何れの順序においても競合が観察されれば，ＡＢＰは互いに
ビンであると称され，両ＡＢＰが互いに遮断することができれば，エ
ピトープはより完全に重複する可能性がある。
(セ) 【０５２１】
表３９．５は，様々な抗体に対するヒットの全ての要約を示してい
る。
【０５２３】
これらの残基が関連するエピトープの一部又は全部をどのようにし
て形成するかをさらに調べるために，上記位置を様々な結晶構造モデ
ル上にマッピングし，結果が図２７Ａから２７Ｅに示されている。…
【０５２６】
図２７Ｄは，３１Ｈ４及び２１Ｂ１２抗体とのＰＣＳＫ９の結晶構
造上にマッピングされた，１２Ｈ１１エピトープヒットを図示する。
構造は，ＰＣＳＫ９残基を以下のように同定する。薄い灰色は，変異
を受けていない残基を示し（構造上に明示されている残基を除く。），
より濃い灰色は変異を受けた残基を示す（それらの一部は発現できな
かった。）。（図の上に示されている影に関わらず）明示されている
残基を検査し，ＥＣ５０及び／又はＢｍａｘの有意な変化を得た。１
２Ｈ１１は，上に記載されているビニングアッセイにおいて，２１Ｂ
１２及び３１Ｈ４と競合する。
イ 前記アの記載事項によれば，本件明細書の発明の詳細な説明には，本
件訂正発明１及び５に関し，次のような開示があることが認められる。
(ア) ＰＣＳＫ９（プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシ
ン９型）は，セリンプロテアーゼであり，ＬＤＬＲ（低密度リポタン
パク質受容体）と結合して，相互作用し，ＬＤＬＲとともに肝臓の細
胞内に取り込まれ，肝臓中のＬＤＬＲのレベルを低下させ，さらには，
細胞表面（細胞外）でＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲの量を減
少させることにより，対象中のＬＤＬの量を増加させる（【０００２
】，【０００３】，【００７１】）。
本件明細書に開示されている抗原結合タンパク質（ＡＢＰ。配列番
号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と，配列番号１２のアミ
ノ酸配列からなる軽鎖可変領域とを含む抗体（「３１Ｈ４」）（参照
抗体）と「競合」する，単離されたモノクローナル抗体）は，ＰＣＳ
Ｋ９がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置及び／又は様式で，ＰＣＳ
Ｋ９に結合し，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用（結合）を遮断し，
又は低下させ，「競合的に中和する」中和抗原結合タンパク質（中和
ＡＢＰ）である（【０１３８】，【０１４０】，【０１５５】，【０
２６２】，【０２６９】，表２）。
(イ) このＰＣＳＫ９に対する中和ＡＢＰは，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
の結合を中和し，ＬＤＬＲの量を増加させることにより，対象中のＬ
ＤＬの量を低下させ，対象中の血清コレステロールの低下をもたらす
効果を奏し，また，この効果により，高コレステロール血症などの上
昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し，又は予防し，
疾患のリスクを低減することができるので，治療的に有用であり得
る（【０１５５】，【０２７０】，【０２７１】，【０２７６】）。
(2) 甲１の開示事項について
ア 甲１（訳文甲１の２）には，次のような記載がある（下記記載中に引用
する「図２Ａ」及び「図３」については別紙２参照）。
(ア) 「分泌されたＰＣＳＫ９が肝細胞及び並体結合マウスの肝臓におけ
るＬＤＬ受容体の数を減少させる。」（２９９５頁論文名，訳文１
頁）
(イ) 「我々は，ＨｅｐＧ２細胞の培養液に添加された精製ＰＣＳＫ９が，
用量及び時間依存的な態様で細胞表面のＬＤＬＲの数を減少させるこ
とを示す。この活性は，高コレステロール血症を引き起こす機能獲得
型変異体ＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）において，約１０倍大きいもので
あった。ＰＣＳＫ９の結合や取り込みは，ＬＤＬＲの存在に大きく依
存した。共免疫沈降及びリガンドブロッティング試験はＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲとが直接会合することを示した。…ＰＣＳＫ９が血漿中で活
性であるかを決定するために，ＰＣＳＫ９トランスジェニックマウス
を野生型同腹子と並体結合した。並体結合の後，分泌されたＰＣＳＫ
９は野生型マウスの循環血中に運ばれ，肝臓のＬＤＬＲの数を，ほぼ
検出できないレベルにまで減少させた。我々は，分泌されたＰＣＳＫ
９はＬＤＬＲと結合して肝臓のＬＤＬＲタンパク質のレベルを減少さ
せると結論する。」（２９９５頁要約３行～１４行，訳文１頁）
(ウ) 「ＰＣＳＫ９の生物活性はマウスにおける過剰発現研究をとおして
明らかとなった。転写後のＰＣＳＫ９過剰発現は，肝臓におけるＬＤ
ＬＲの量を減少させた（３，８－１０）。ＰＣＳＫ９が，通常時ＬＤ
ＬＲタンパク質のレベルを制御することの確証は，ヒト及びマウスに
おける機能喪失研究により行われた。ＰＣＳＫ９対立遺伝子にナンセ
ンス変異のヘテロ接合を有する個体は，著しくより低い血漿ＬＤＬコ
レステロールレベルを有し，ＰＣＳＫ９活性の低下はＬＤＬＲの増加
を導くことが示唆された（１１）。これらの結論は，ＰＣＳＫ９ノッ
クアウトマウスの研究によっても裏付けられ，当該研究は，ＰＣＳＫ
９の欠失が，肝細胞におけるＬＤＬＲの数の増大，血漿ＬＤＬクリア
ランスの加速，そして著しくより低い血漿コレステロールレベルとい
う結果をもたらすことを示した（１２）。最近のほとんどの研究にお
いて，ＰＣＳＫ９に機能欠失型変異のヘテロ接合を有するヒトは，ア
テローム硬化性心疾患を発症する長期的リスクにおける大幅な低減を
有することが示された（１３）。
ヒトの遺伝的データ及びマウスのｉｎ ｖｉｖｏ研究は，ＰＣＳＫ９
の一つの機能はＬＤＬＲの数を減少させることであること，及び，この
機能は，基礎状態のヒトにおいても明白であることを示してい
る。」（２９９５頁右欄６行～２５行，訳文１頁～２頁）
(エ) 「図２
細胞培養液に組換え精製ＰＣＳＫ９を添加した後のＨｅｐＧ２細胞にお
ける内在性ＬＤＬＲの減少。（Ａ）ＨｅｐＧ２細胞における細胞外ＰＣ
ＳＫ９－仲介型ＬＤＬＲ分解の投与量応答性。」（２９９６頁左欄，訳
文２頁）
「図２Ａに示されるように，生理学的に適切な濃度である，ＰＣＳＫ
９の０．５μｇ／ｍｌとともにインキュベーションした後，細胞表面の
ＬＤＬＲの数は，約５０％減少した（レーン２）。そして，ＰＣＳＫ９
の２．５μｇ／ｍｌへの接触後には，ほぼ検出不能となった（レーン
４）。ＨｅｐＧ２細胞の，ＰＣＳＫ９の５または１０μｇ／ｍｌとの４
時間のインキュベーションは，細胞全体のＬＤＬＲタンパク質のレベル
を約５０％減少させた（レーン１１および１２）。ＦＬＡＧタグ化され
たＰＣＳＫ９は，細胞全体抽出物において，濃度依存的に検出された
が（レーン７～１２），ビオチンラベル化された細胞表面タンパク質は
検出されなかったので（レーン１～６），このことは，細胞に結合した
ＰＣＳＫ９の大部分が内在化されたことを示唆する。」（２９９７頁左
欄１１行～２１行，訳文２頁～３頁）
(オ) 「序論において議論されたように，ＰＣＳＫ９におけるある種の点
突然変異は，高コレステロール血症を引き起こす。１つのこのような
突然変異が，細胞をベースとしたアッセイにおいて，ＰＣＳＫ９の活
性を増大させるか否かを決定するために，野生型ＰＣＳＫ９及びＰＣ
ＳＫ９変異体Ｄ３７４Ｙ（４）の種々の量が，ＨｅｐＧ２細胞に対し，
ＬＤＬＲタンパク質レベルが測定された後で，添加された（図３）。
Ｄ３７４Ｙ変異体は，この変異を有する個体は重篤な高コレステロー
ル血症を示してきたことから（１６），研究のために選択された。Ｐ
ＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）は，細胞表面ＬＤＬＲの低下において，野生
型ＰＣＳＫ９よりも，少なくとも１０倍高い活性を示した。したがっ
て，０．２５μｇ／ｍｌのＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）は，少なくとも，
２．５μｇ／ｍｌの野生型ＰＣＳＫ９と同程度に効果的である（レー
ン５及び１１の比較）。野生型ＰＣＳＫ９とのインキュベーション後
に，ＬＤＬＲの数は，細胞全体抽出物において著しく低下し，１０倍
低い濃度のＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）においても同様の結果が得られ
た（レーン１３～２４）。異なる濃度が用いられたにもかかわらず，
細胞抽出物において測定された野生型及び変異型ＰＣＳＫ９の量は同
様であり，このことは，変異型タンパク質は，細胞によって，野生型
タンパク質と比較して約１０倍より効果的に取り込まれたことを示唆
する。」（２９９７頁左欄３０行～右欄７行，訳文３頁）
「図３
精製されたＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）変異体のＨｅｐＧ２細胞培養液へ
の添加により，増大された細胞結合及びＬＤＬＲ分解。細胞は，培養液
Ｃ中において１８時間培養され，その後，示された量の精製されたヒト
ＰＣＳＫ９又はＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）とともに４時間インキュベー
トされた。ＬＤＬＲ，ＦＬＡＧ－タグ化ＰＣＳＫ９，及び，トランスフ
ェリン受容体のイムノブロット分析が図２の説明文に記載されているよ
うに行われた。アステリスクは，非特異的結合を示す。同様の結果が３
つの独立した実験において得られた。」（２９９７頁，訳文３頁～４
頁）
(カ) 「共免疫沈降と一致して，ＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）変異体は，Ｌ
ＤＬＲタンパク質に対してより大きな親和性で結合するとみられた。
組み合わせれば，これらの研究の結果は，ＰＣＳＫ９（Ｄ３７４Ｙ）
が，ＬＤＬＲに対して野生型ＰＣＳＫ９と比較してより高い親和性で
結合することを示し，これは，ＰＣＳＫ９変異体がＬＤＬＲを破壊す
る能力の増大と相関する知見である。」（２９９８頁右欄２０行～２
５行，訳文４頁）
(キ) 「本報告において，我々は，内因性のＰＣＳＫ９が細胞から急速に
分泌されること，および，分泌されたＰＣＳＫ９は培養されたＨｅｐ
Ｇ２細胞及びマウス初代肝細胞の培養液に添加されるとＬＤＬＲを破
壊すること，を実証する。培養細胞においてＬＤＬＲの数を減少させ
るのに有効なＰＣＳＫ９の濃度はヒト血漿中において測定される血漿
ＰＣＳＫ９の濃度と同等の範囲であった。ＰＣＳＫ９の細胞との会合
と細胞への取り込みがＬＤＬＲへの結合を介して生じた。そして，両
方のタンパク質は，後期エンドサイトーシス／リソソームのコンパー
トメントに共局在化された。ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲタンパク質レベル
を減少させるには，ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲを伴って，エンドソーム／
リソソームのコンパートメントへ内在化されることが必要であった。
なぜなら，この活性はＡＲＨの不存在下においてブロックされたから
である。最後に，我々は，ＰＣＳＫ９はトランスジェニックマウスの
血漿中に存在し，当該分泌されたタンパク質は，肝臓のＬＤＬＲの破
壊において活性であることを示す。
分泌されたＰＣＳＫ９の活性のメカニズムについての洞察は，ＭＥＦ
ｓ及びマウス肝細胞における研究に由来し，それらの研究はＰＣＳＫ９
の大部分が細胞表面に結合するのにＬＤＬＲが必要とされることを示し
たものである（図４Ａ及び図６Ｂ）。これらの研究は，ＬＤＬＲとＰＣ
ＳＫ９が直接相互作用しうることを示唆するものであったが，そして，
ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９が直接相互作用することは，ＬＤＬＲとＰＣＳＫ
９についての共免疫沈降及びリガンドブロッティングの研究により確認
された（図５）。」（３００１頁左欄下から２４行～下から２行，訳文
４頁）
(ク) 「これらを合わせ考えると，現在入手可能なデータは，ＰＣＳＫ９
が細胞外と細胞内とで機能し得ることを示唆するが，しかし，いずれ
の経路が通常のおよび／または病的条件下において優位であるのか分
からない。現在，当該タンパク質が細胞内で作用することを示唆する
すべての研究は，強力なＣＭＶプロモーターを通じたＰＣＳＫ９過剰
発現を用いて行われたものである。過剰発現は，生理学的に生じない
細胞内分画におけるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を許容する可能性
がある。本研究において，我々は，生理学的に適切な濃度のＰＣＳＫ
９がＨｅｐＧ２細胞に添加されたときに細胞表面のＬＤＬＲの数を著
しく減少させたことを実証することができた（図２および
３）。」（３００２頁左欄下から７行～右欄４行，訳文４頁～５頁）。
(ケ) 「ＰＣＳＫ９の機能喪失型変異体を有するヒトからの遺伝学的デー
タとＰＣＳＫ９を欠損したノックアウトマウスにおける研究を組み合
わせると，タンパク質分解酵素の阻害剤が高コレステロール血症の治
療に対して治療学的に有益であり得ることが明確に示される。マウス
における酵素的に不活性な形態のＰＣＳＫ９の過剰発現は，ＬＤＬＲ
タンパク質レベルを変化させなかったことのみからすれば（文献［９
］），小胞体におけるＰＣＳＫ９のプロテアーゼ活性の阻害剤は，Ｌ
ＤＬＲタンパク質レベルを減少させる能力を阻害するのに十分であろ
う。本研究のデータが示唆するとおりに，ＰＣＳＫ９が分泌因子とし
て機能するならば，ＬＤＬＲとの相互作用を遮断する抗体，または血
漿におけるその活性を遮断する阻害剤の開発などの，ＰＣＳＫ９の活
性を中和する追加の手法が，高コレステロール血症の治療として探求
し得る。」（３００２頁右欄下から１３行～最終行，訳文５頁）
(コ) 「抗体。抗ヒトＰＣＳＫ９ポリクローナル抗体のために，Ｐｒｏｔ
ｅａｎソフトウェア（Ｌａｓｅｒｇｅｎｅ；ＤＮＡｓｔａｒ）を用い
てヒトＰＣＳＫ９アミノ酸配列の免疫原性領域を分析した。アミノ酸
１６５－１８０（ＲＹＲＡＤＥＹＱＰＰＤＧＧＳＬＶ）及び２２０－
２４０（ＡＳＫＣＤＳＨＧＴＨＬＡＧＶＶＳＧＲＤＡＧ）を合成し，
Ｉｍｊｅｃｔ Ｍａｌｅｉｍｉｄｅ Ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｍｃＫＬ
Ｈ キット（Ｐｉｅｒｃｅ）を用いてキーホールリンペットヘモシア
ニンに結合し，以前に記載した方法（２８）により，ウサギに当該ペ
プチド（それぞれ２０μｇ）の混合物を注射した。ＩｇＧ画分を血清
から，ＩｍｍｕｎｏＰｕｒｅ（Ａ／Ｇ）ＩｇＧ精製キット（Ｐｉｅｒ
ｃｅ）を用いて精製した。」（３００３頁左欄２６行～３３行，訳文
５頁）
イ 前記アの記載事項によれば，甲１には，①精製されたＰＣＳＫ９をＨｅ
ｐＧ２細胞の培養液へ添加する実験により，精製されたＰＣＳＫ９が，
用量及び時間依存的な態様で，ＨｅｐＧ２細胞の細胞表面のＬＤＬＲの
数を減少させたことを確認したこと（図２及び３）（前記ア(イ)，(エ)，
(オ)，(キ)，(ク)），②①の実験結果から，分泌されたＰＣＳＫ９は，
ＬＤＬＲと結合して肝臓のＬＤＬＲタンパク質のレベルを減少させると
の結論に至ったこと（前記ア(イ)），③ＰＣＳＫ９の機能喪失型変異体
を有するヒトからの遺伝学的データとＰＣＳＫ９を欠損したノックアウ
トマウスにおける研究を組み合わせると，高コレステロール血症の治療
として，細胞内におけるＰＣＳＫ９のプロテアーゼ活性の阻害剤がＬＤ
ＬＲのレベルを減少させる能力を阻害するのに十分であろうが，本研究
のデータが示唆するとおり，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用（結
合）を遮断する抗体又は血漿におけるその活性を遮断する阻害剤の開発
などのＰＣＳＫ９の活性を中和する追加の手法も，高コレステロール血
症の治療として探求し得ること（前記ア(ケ)）の開示があることが認め
られる。
ウ この点に関し，原告は，甲１の記載事項によれば，甲１には，ＰＣＳＫ
９とＬＤＬＲとの結合を阻害する抗体（結合中和抗体）の開示がある旨主
張する。
しかしながら，甲１には，ＰＣＳＫ９に対する抗体として，ウサギに注
射して得た血清から精製して「抗ヒトＰＣＳＫ９ポリクローナル抗体」が
得られたこと（前記ア(コ)）の記載があるが，このポリクローナル抗体が
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するものであったことの記載はない。
また，前記イのとおり，甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作
用（結合）を遮断する抗体の開発などのＰＣＳＫ９の活性を中和する追加
の手法も，高コレステロール血症の治療として探求し得ることについての
開示があるが，このような作用を有する具体的な抗体の記載や示唆はない。
したがって，原告の上記主張は採用することができない。
エ 本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）の記載及び前記ウによれ
ば，本件訂正発明１と甲１に記載された抗体（「抗ヒトＰＣＳＫ９ポリク
ローナル抗体」）とは，①本件訂正発明１は，「単離されたモノクローナ
ル抗体」であって，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの「結合を中和」することが
できる結合中和抗体であるのに対し，甲１に記載された抗体は，ポリクロ
ーナル抗体であって，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体であるかど
うか明らかでない点（以下「相違点Ａ」という。），②本件訂正発明１
は，「ＰＣＳＫ９との結合」に関して，「配列番号６７のアミノ酸配列か
らなる重鎖可変領域を含む重鎖と，配列番号１２のアミノ酸配列からなる
軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」（参照抗体）と「競合する」のに
対し，甲１に記載された抗体は，参照抗体と競合するかどうか明らかでな
い点（以下「相違点Ｂ」という。）で相違するものと認められる。
(3) 本件優先日当時の周知技術について
ア 甲２２０ないし２２４には，次のような記載がある。
(ア) 甲２２０（「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ
ＭＡＮＵＡＬ」，１９８８年（昭和６３年））
「抗体 実験マニュアル」（書籍名，訳文１頁）
「ある特定の抗原に対する反応性を操り適合させるために研究者が介
入できるところはわずかに限られている。そのような介入のタイプは，
２つの大きなカテゴリーに分けられる。すなわち，抗原を改変すること，
又は，注射の条件を変えることである。…介入の２番目の種類は，動物
の選択，抗原の投与量及び形態，免疫補助剤（アジュバント）の使用，
注射の経路及び回数，及び，注射の間に置かれる期間を含む。」（９２
頁１行～１１行，訳文１頁）
「モノクローナル抗体の作成のためには，マウス及びラットの両方を
用いることができる。（…）」（９４頁１４行～１５行，訳文１頁））
(イ) 甲２２１（「Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｍｅｔ
ｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ」，２００４年（平成１６
年））
「３．６ 抗原結合の一次スクリーニング
１．適切な数のＥＬＩＳＡプレートを，プレートコーティングバッファ
ー（プレートの表面を被覆する緩衝液）中に…可溶性抗原，又は，ス
トレプトアビジンでコート（表面を被覆）されたプレート（…）を用
いる場合には，１００～３００ｎｇ／ｍＬのビオチン化抗原を，５０
μＬ／ウェルでコート（表面を被覆）する。」（１９７頁１２行～１
７行，訳文１頁～２頁）
「３．７ 二次ＥＬＩＳＡのスクリーニング
１．一次スクリーニング（…）に用いられたものと同様の条件を用いて，
培養プレートの数の２倍に等しい数のＥＬＩＳＡプレートを，可溶性
又はビオチン化された抗原の５０μＬ／ウェルでコート（表面を被
覆）する。」（１９７頁３３行～３６行，訳文２頁）
(ウ) 甲２２２（Ｐｈａｇｅ Ｄｉｓｐｌａｙ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ
ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａ
ｌ」，１９９６年（平成８年））
「ペプチド及びタンパク質のファージディスプレイ 実験マニュア
ル」（書籍名，訳文１頁）
「ビオチン化された抗原を用いた選択」（１０１頁１５行，訳文２
頁）
「プロトコル１２ ビオチン選択によるファージ－抗体ライブラリの
選択」（１０１頁下から５行，訳文２頁）。
(エ) 甲２２３（「ＲＥＶＩＥＷ「Ｓｅｌｅｃｔｉｎｇ ａｎｄ ｓｃｒ
ｅｅｎｉｎｇ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｌｉｂｒ
ａｒｉｅｓ」」，２００５年（平成１７年）９月）
「総説 遺伝子組み換え抗体ライブラリの選択及びスクリーニン
グ」（題名，訳文１頁）
「ファージディスプレイ
２種類のバクテリオファージであるｆｄ及びＭ１３の表面における抗体
のディスプレイは，抗体の大規模のコレクションのディスプレイ及び選
択のために，及び，選択された抗体のエンジニアリングのために，一般
に最も広く用いられる方法である（…）。」（１１０６頁左欄１０行～
右欄２行，訳文１頁）
「図３
結合のための生体外（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）選択の方法。ディスプレイ
ライブラリからの選択は，いくつかの方法（又はそれらの組合せ）を用
いて行われてきている。
（中略）
（ｂ）ビオチン化された抗原（ビオチン（赤）はストレプトアビジンで
コート（被覆）されたビーズ（グレー）介して捕捉される）」（１１１
１頁，訳文１～２頁）
(オ) 甲２２４（「ＲＥＶＩＥＷＳ「Ｐｏｔｅｎｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ
ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｂｙ ｄｅｓｉｇｎ」」，２００６年（平
成１８年）５月）
「総説 計画による，効果的な抗体医療」（題名，訳文１頁）
「表１ 米国において治療用途のために承認されたモノクローナル抗
体」（３４４頁，訳文１頁）
「ヒト抗体を作製するための遺伝子導入マウスの使用は，比較的シン
プルであり，広く用いられている技術に基づく。」（３４７頁左欄１８
行～１９行，訳文２頁）
「ファージディスプレイライブラリからのヒト抗体」（３４７頁左欄
下から９行，訳文２頁）
「ファージディスプレイライブラリから単離後，いくつかの抗体フラ
グメントは，治療適用として，十分に高い結合親和性や生物学的効力を
有する。」（３４７頁右欄３０行～３３行，訳文２頁）
「現在の抗体の親和性成熟とそれに続く機能的スクリーニングが，抗
体の有効性を高めるための，広く用いられ，かつ，高い頻度で成功する
戦略である。」（３５０頁右欄下から２行～３５１頁左欄２行，訳文３
頁）
イ 前記アの記載事項を総合すると，本件優先日当時，①動物免疫法又はフ
ァージディスプレイ法により，抗原に対して特異的な結合を有するモノク
ローナル抗体を作製する方法，②その作製工程において，ヒト抗体を作製
するための遺伝子導入マウスの使用，抗体のスクリーニングのために抗原
をビオチン化により固相化する方法，遺伝子組み換え抗体のファージディ
スプレイライブラリを得る手段は，周知であったことが認められる。
(4) 相違点の容易想到性について
ア 本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）中には，本件訂正発明１
の「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ，ＰＣ
ＳＫ９との結合に関して，配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変
領域を含む重鎖と，配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を
含む軽鎖とを含む抗体と競合する」にいう「抗体と競合する」との意義を
規定した記載はない。本件明細書を参酌すると，本件明細書には，「競合
アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク
質）には，基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合
タンパク質及び立体的妨害が生じるのに，基準抗原結合タンパク質に結合
されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タ
ンパク質が含まれる。」（【０１４０】），「中和ＡＢＰは，ＰＣＳＫ９
がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置及び／又は様式で，ＰＣＳＫ９に結
合する。このようなＡＢＰは，「競合的に中和する」ＡＢＰと特に記載す
ることができる。」（【０１５５】）との記載がある。
以上の本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）の文言及び本件明
細書の上記記載事項を総合すると，本件訂正発明１の「抗体と競合する」
とは，「配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と，
配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗
体」（参照抗体）がＰＣＳＫ９に結合する部位と同一のＰＣＳＫ９上の部
位又は参照抗体とＰＣＳＫ９との結合の立体的障害となるＰＣＳＫ９上の
部位に結合することを意味するものと解される。
イ 甲１には，「高コレステロール血症の治療として，細胞内におけるＰＣ
ＳＫ９のプロテアーゼ活性の阻害剤がＬＤＬＲのレベルを減少させる能力
を阻害するのに十分であろうが，本研究のデータが示唆するとおり，ＰＣ
ＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用（結合）を遮断する抗体又は血漿における
その活性を遮断する阻害剤の開発などのＰＣＳＫ９の活性を中和する追加
の手法も，高コレステロール血症の治療として探求し得ること」（前記
(2)イ③）の開示があり，この開示事項は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相
互作用（結合）を遮断し，ＰＣＳＫ９の活性を中和する抗体は，高コレス
テロール血症の治療に有用であり得ることを示唆するものといえるから，
甲１に接した当業者に対し，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を得
ることの動機づけとなるものと認められる。
加えて，甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和することので
きるモノクローナル抗体の記載はないものの，本件優先日当時，動物免疫
法又はファージディスプレイ法により，モノクローナル抗体を作製する一
般的な方法は周知であったこと（前記(3)イ①）からすると，当業者は，
甲１及び上記周知技術に基づいて，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和
することのできる，何らかのモノクローナル抗体（相違点Ａに係る本件訂
正発明１の構成）を得ることは可能であったものと認められる。
ウ(ア) 一方で，甲２２０の記載事項（前記(3)ア(ア)）によれば，動物免
疫法による抗体の作製においては，動物の選択，抗原の投与量及び形態，
免疫補助剤（アジュバント）の使用，注射の経路及び回数及び注射の間
に置かれる期間を含む（動物に対する）「注射の条件」の違いによって，
抗原に対する反応性の異なる抗体が得られることは，本件優先日当時，
技術常識であったものと認められる。
この点に関し，本件明細書には，実施例１として，参照抗体及びこれ
と競合する，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を得るために，表
３記載の免疫化プログラムのスケジュールに従って，ヒト免疫グロブリ
ン遺伝子を含有する二つのグループのマウスにヒトＰＣＳＫ９抗原を１
１回注射して免疫化マウスを作製し，ＰＣＳＫ９に対して特異的な抗体
を産生するマウス（１０匹）を選択したこと（【０３１２】，【０３１
３】，【０３２０】，表３）の記載がある。具体的には，第１回目の強
化免疫において，抗原１０μｇを各マウスに腹腔内注射したこと，その
後の強化免疫は，尾の基部への皮下注射と腹腔内注射を交互に各５μｇ
の用量で行ったこと，腹腔内注射の際に，ＴｉｔｅｒＭａｘ（Ｒ）Ｇｏｌ
ｄを加えたエマルジョンとして抗原を調製し，尾の基部への皮下注射の
際に，抗原をＡｌｕｍ（リン酸アルミニウム）及びＣｐＧオリゴと混合
したこと，第２回目から第８回及び第１０回目の強化免疫において，ア
ジュバントａｌｕｍゲル中の抗原各５μｇを各マウスに注射したこと，
マウス当たり抗原５μｇの最終注射をリン酸緩衝化された生理的食塩
水（ＰＢＳ）中に送達し，腹腔内及び尾の基部の皮下にそれぞれ５０％
ずつ送達したこと，ヒトＰＣＳＫ９に対する抗体の力価をＥＬＩＳＡに
よって検査し，免疫プログラムの終わりに，ＰＣＳＫ９に対して特異的
であるように見受けられる１０匹のマウスを選択したことの記載がある。
そして，本件明細書には，①上記選択された免疫化マウスを使用して，
ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質を産生するハイブリドーマを作
製したこと（実施例２，【０３２２】～【０３２４】），②ニュートラ
ビジン被覆したプレートに結合させたＶ５タグを持たないビオチン化合
されたＰＣＳＫ９を捕捉試料とするＥＬＩＳＡによる「一次スクリーニ
ング」によって，合計３１０４の抗原特異的ハイブリドーマが得られた
こと（実施例３，【０３２５】～【０３２８】），③安定なハイブリド
ーマが確立されたことを確認するため，合計３０００の陽性を再スクリ
ーニングし，更に合計２４４１の陽性を第二のスクリーニング（「確認
用スクリーニング」）で反復し，次いで，「マウス交叉反応スクリーニ
ング」によって５７９の抗体がマウスＰＣＳＫ９と交叉反応することを
確認したこと（【０３２９】，【０３３０】），④ＬＤＬＲへのＰＣＳ
Ｋ９結合を遮断する抗体をスクリーニングするために，ヤギ抗ＬＤＬＲ
で被覆したプレートに，捕捉試料としてＬＤＬＲを結合させ，ハイブリ
ドーマ枯渇上清とともに，ビオチン化されたヒトＤ３７４ＹＰＣＳＫ９
をプレート上に移し，ＬＤＬＲに結合されたビオチン化ＰＣＳＫ９をス
トレプトアビジンＨＲＰを用いて検出するスクリーニング（「大規模受
容体リガンド遮断スクリーニング」）を行い，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲウ
ェル間での相互作用を強く遮断する３８４の抗体が同定され，１００の
抗体は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合相互作用を９０％超阻害したこ
と（【０３３２】），⑤④により同定された３８４の中和物質（遮断物
質）のサブセットに対して，大規模受容体リガンド遮断スクリーニング
と同じプロトコールを使用して反復スクリーニング（「遮断物質のサブ
セットに対する受容体リガンド結合アッセイ」）を行い，９０％を超え
て，ＰＣＳＫ９変異体酵素とＬＤＬＲ間の相互作用を遮断する８５の抗
体が同定されたこと（【０３３３】，【０３３４】），⑥これらのアッ
セイ（スクリーニング）の結果に基づいて同定されたＰＣＳＫ９との所
望の相互作用を有する抗体を産生するいくつかのハイブリドーマ株中に
参照抗体（３１Ｈ４）が含まれていたこと（【０３３６】，表２），⑦
参照抗体は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を強く遮断する中和抗体で
あること（実施例１１，【０１３８】，【０３７８】）の記載がある。
本件明細書の上記記載を総合すると，まず，本件明細書記載の免疫プ
ログラムに従ってＰＣＳＫ９に対して特異的な抗体を産生する免疫化マ
ウスを作製及び選択し，次に，選択された免疫化マウスを使用してハイ
ブリドーマ（合計３１０４の抗原特異的ハイブリドーマ）を作製し，こ
のハイブリドーマから産生された抗体に対して，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
との結合相互作用を強く遮断する抗体を同定するために特定のプロトコ
ールのスクリーニングを組み合わせて実施し，その結果に基づいて，同
定されたＰＣＳＫ９との所望の相互作用を有する抗体の一つとして，Ｐ
ＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を強く中和する参照抗体が得られたことが
認められる。
しかるところ，本件優先日当時の上記技術常識に照らすと，本件明細
書記載の免疫化プログラムに従って免疫化された免疫化マウスから産生
される抗体とこれと異なる条件及びスケジュールの免疫化プログラムに
従って免疫化された免疫化マウスから産生される抗体とでは，ＰＣＳＫ
９に対して異なる反応性を示すものと認められ，免疫化プログラムの条
件及びスケジュールを最適化し，参照抗体を得るのに適した免疫化マウ
スを作製するには，通常期待し得る範囲を超えた試行錯誤を要するもの
と認められる。
また，モノクローナル抗体の作製工程において，ヒト抗体を作製する
ための遺伝子導入マウスの使用や抗体のスクリーニングのために抗原を
ビオチン化により固相化する方法は，本件優先日当時，周知であったも
のの（前記(3)イ②），これらの技術を用いて，上記免疫化マウスを使
用して作製されたハイブリドーマから参照抗体を得るのに適したスクリ
ーニング系を構築することについても，一定の創意工夫が必要であるも
のと認められる。
しかしながら，甲１には，本件明細書記載の免疫化プログラムの条件
及びスケジュールに関する記載や示唆はなく，そもそもＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲとの結合を阻害する抗体（結合中和抗体）の作製方法の記載はな
い。
そうすると，当業者は，甲１及び周知技術（前記(3)イ）に基づいて，
動物免疫法によって，参照抗体を得ることを容易に想到することができ
たものと認めることはできない。
(イ) また，ファージディスプレイ法によるモノクローナル抗体の作製に
は，抗体のＣＤＲのアミノ酸配列を設計し，当該アミノ酸配列を有する
ファージディスプレイライブラリを作製する必要があるが，甲１には，
参照抗体のＣＤＲのアミノ酸配列情報（本件明細書の【０１２３】，図
３Ｅ）の記載はなく，また，本件優先日前に，上記アミノ酸配列情報が
広く知られていたことを認めるに足りる証拠はない。
そうすると，当業者は，甲１及び周知技術（前記(3)イ）に基づいて，
ファージディスプレイ法によって，参照抗体を得ることを容易に想到す
ることができたものと認めることはできない。
エ 前記イ及びウを総合すると，甲１に接した当業者は，甲１及び周知技
術（前記(3)イ）に基づいて，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する
ことのできる，何らかのモノクローナル抗体（相違点Ａに係る本件訂正発
明１の構成）を得ることが可能であったとしても，参照抗体を得ることを
容易に想到することができたものと認められないから，参照抗体がＰＣＳ
Ｋ９に結合する部位と同一のＰＣＳＫ９上の部位又は参照抗体とＰＣＳＫ
９との結合の立体的障害となるＰＣＳＫ９上の部位に結合する，参照抗体
と「競合する」抗体（相違点Ｂに係る本件訂正発明１の構成）についても，
容易に想到することができたものと認めることはできない。
オ これに対し原告は，①本件明細書記載の図２７Ｄ（ＰＣＳＫ９上のＬＤ
ＬＲ及び参照抗体の結合部位の位置関係を示した図）及び実施例３７の表
３７．１（参照抗体と競合するか否かを何ら指標とすることなく，ＰＣＳ
Ｋ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を複数作成したところ，そのような抗体
の多く（ビン１～４の抗体の総数に対するビン２～３の抗体の数の割合が
約３８％）が，参照抗体と競合するものであったことを記載したもの），
②本件明細書に記載されたデータに基づいて解析を行ったＡ教授の供述書
を根拠として挙げて，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体を取得した
場合，その中には参照抗体と競合する抗体が多く含まれており，少なくと
も所定の割合で含まれているといえる，したがって，当業者は，何らかの
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体をいくつか作成するだけで，参照
抗体と競合する結合中和抗体を取得し得たものであるから，甲１に接した
当業者は，甲１及び周知技術に基づいて，参照抗体と競合する結合中和抗
体を容易に想到することができた旨主張する。
しかしながら，本件明細書記載の表３７．１は，確認用スクリーニング
によってＰＣＳＫ９に結合する抗体を産生する２４４１の安定なハイブリ
ドーマが確立したことを確認し（【０３２９】），そのうちの一部（合計
３９抗体）についてエピトープビニングした結果を要約したものであ
り（【０４８９】～【０４９２】），この表を分析しても，ＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲとの結合中和抗体のうち，参照抗体と競合する抗体の割合を導き
出すことはできない。
次に，Ａ教授の供述書における本件明細書の図２７Ｄに基づく分析は，
抗体が，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するためには，少なくとも
２つのアミノ酸残基においてＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲの結合部位と重複し
なければならず，その結合部位のサイズは２０Å×３０Åであることを前
提として，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗ＰＣＳＫ９抗体
は，「図２７Ｄに図示されるとおり，それらの抗体の結合の態様及びＬＤ
ＬＲのＰＣＳＫ９表面上の結合部位から，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合
を中和する抗ＰＣＳＫ９抗体のほとんどが３１Ｈ４又は２１Ｂ１２のいず
れかと競合することは明らかである。」旨を述べたものであるところ（甲
２０４の「４．１」，訳文３頁），上記の見解は，「３１Ｈ４又は２１Ｂ
１２のいずれかと競合する」とあるように，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結
合を中和する抗ＰＣＳＫ９抗体が参照抗体（３１Ｈ４抗体）のほとんどと
競合することを述べたものではなく，また，そのように参照抗体と競合す
ることを示す実証的データの裏付けもない。
さらに，ノバルティス社が出願した発明に係る公表特許公報（優先日２
００７年（平成１９年）４月１３日。乙９）によれば，ＰＣＳＫ９とＬＤ
ＬＲとの結合相互作用を中和する「Ｈ１－Ｆａｂ」（抗ＰＣＳＫ９抗体）
のｈＰＣＳＫ９（ヒトＰＣＳＫ９）との結合部位（エピトープにおけるア
ミノ酸残基１０１～１０７及び１２３～１３２に結合）（段落【０２３７
】～【０２４１】）の領域は，参照抗体（３１Ｈ４抗体）と競合する領
域（本件明細書の【０４３４】等）とは異なるものであることに照らすと，
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体であれば，参照抗体と競合
する関係にあるとはいえず，参照抗体と競合する抗体が多く含まれている
ということもできない。
したがって，原告の上記主張は，採用することができない。
(5) 小括
以上によれば，本件訂正発明１は，甲１及び周知技術に基づいて，容易に
想到することができたものとはいえないから，これと同旨の本件審決の判断
に誤りはなく，原告主張の取消事由１－１は理由がない。
２ 取消事由１－２（本件訂正発明５の進歩性の判断の誤り）
原告は，本件訂正発明５は，本件訂正発明１記載の抗体を含む医薬組成物に
関する発明であるところ，甲１には，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体
が高コレステロール血症の治療のために有用であり得ることが明示的に開示さ
れていることからすると，本件訂正発明１の場合と同様に，当業者は，甲１及
び周知技術に基づいて，本件訂正発明５に含まれる医薬組成物を容易に想到す
ることができたものであるから，これと異なる本件審決の判断は誤りである旨
主張する。
しかしながら，本件訂正発明１は，甲１及び周知技術に基づいて，当業者が
容易に想到することができたものとはいえないことは，前記１(5)のとおりで
あるから，原告の上記主張は，その前提を欠くものであって，理由がない。
したがって，原告主張の取消事由１－２は理由がない。
３ 取消事由２（サポート要件の判断の誤り）について
(1) サポート要件の適合性について
ア 前記１(1)及び(4)ウ(ア)の認定事実を総合すると，本件明細書の発明の
詳細な説明には，本件訂正発明１及び５に関し，次のとおりの開示がある
ことが認められる。
(ア) ＰＣＳＫ９（プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン
９型）は，セリンプロテアーゼであり，ＬＤＬＲ（低密度リポタンパク
質受容体）と結合して，相互作用し，ＬＤＬＲとともに肝臓の細胞内に
取り込まれ，肝臓中のＬＤＬＲのレベルを低下させ，さらには，細胞表
面（細胞外）でＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲの量を減少させる
ことにより，対象中のＬＤＬの量を増加させる（【０００２】，【００
０３】，【００７１】）。
「中和抗体」という用語は，リガンドに結合し，リガンドの生物学的
効果を妨げ，又は低下させる抗体を表し，抗ＰＣＳＫ９抗体においては，
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合を妨げることによる中和と，ＰＣＳＫ９と
ＬＤＬＲの結合は妨げず，ＬＤＬＲのＰＣＳＫ９媒介性分解を妨げるこ
とによる中和がある（【０１３８】）。
「競合する」という用語は，検査されている抗体が抗原への参照抗体
の特異的結合を妨げ，又は阻害する程度を測定する各種アッセイによっ
て決定された，抗体間の競合を意味するものであり，競合アッセイによ
って同定される抗体には，参照抗体と同じ又は重複するエピトープに結
合する抗体や，参照抗体がエピトープに結合するのを立体的に妨害する
の に 十 分 な ほ ど近 接し た 隣 接 エ ピ トー プに 結 合 す る 抗 体が 含ま れ
る（【０１４０】，【０２６９】）。
「エピトープ」という用語は，抗体によって結合される抗原の領域で
あり，抗原がタンパク質の場合，抗体に直接接触する特定のアミノ酸を
含む（【０１４２】）。
(イ) 配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域と，配列番号１
２ の ア ミ ノ 酸 配列 から な る 軽 鎖 可 変領 域と を 含 む 抗 体 （「 ３１ Ｈ
４」）（参照抗体）と「競合」する，単離されたモノクローナル抗体は，
ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置及び／又は様式で，Ｐ
ＣＳＫ９に結合し，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用（結合）を遮断
し，又は低下させ，「競合的に中和する」中和抗原結合タンパク質（中
和ＡＢＰ）である（【０１３８】，【０１４０】，【０１５５】，【０
２６２】，【０２６９】，表２）。
このＰＣＳＫ９に対する中和ＡＢＰは，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結
合を中和し，ＬＤＬＲの量を増加させることにより，対象中のＬＤＬの
量を低下させ，対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を奏
し，また，この効果により，高コレステロール血症などの上昇したコレ
ステロールレベルが関連する疾患を治療し，又は予防し，疾患のリスク
を低減することができるので，治療的に有用であり得る（【０１５５】，
【０２７０】，【０２７１】，【０２７６】）。
(ウ) 参照抗体及びこれと競合する，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和
抗体を得るために，表３記載の免疫化プログラムの手順及びスケジュ
ールに従って，ヒト免疫グロブリン遺伝子を含有する二つのグループ
のマウスにヒトＰＣＳＫ９抗原を１１回注射して免疫化マウスを作製
し，ＰＣＳＫ９に対して特異的な抗体を産生するマウス（１０匹）を
選択した（実施例１，【０３１２】，【０３１３】，【０３２０】，
表３）。
これらの選択された免疫化マウスを使用して，ＰＣＳＫ９に対する抗
原結合タンパク質を産生するハイブリドーマを作製し（実施例２，【０
３２２】～【０３２４】），ニュートラビジン被覆したプレートに結合
させたＶ５タグを持たないビオチン化合されたＰＣＳＫ９を捕捉試料と
するＥＬＩＳＡによる「一次スクリーニング」によって，合計３１０４
の抗原特異的ハイブリドーマが得られた（実施例３，【０３２５】～
【０３２８】）。
安定なハイブリドーマが確立されたことを確認するため，「一次スク
リーニング」によって得られた上記ハイブリドーマのうち，合計３００
０の陽性を再スクリーニングし，更に合計２４４１の陽性を第二のスク
リーニング（「確認用スクリーニング」）で反復し，次いで，「マウス
交叉反応スクリーニング」によって５７９の抗体がマウスＰＣＳＫ９と
交叉反応することを確認し（【０３２９】，【０３３０】），さらに，
ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９結合を遮断する抗体をスクリーニングするため
に，「大規模受容体リガンド遮断スクリーニング」を行い，ＰＣＳＫ９
とＬＤＬＲウェル間での相互作用を強く遮断する３８４の抗体が同定さ
れ，１００の抗体は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合相互作用を９０％超
阻害した（【０３３２】）。
このように同定された３８４の中和物質（遮断物質）のサブセットに
対して，「遮断物質のサブセットに対する受容体リガンド結合アッセ
イ」を行い，９０％を超えて，ＰＣＳＫ９変異体酵素とＬＤＬＲ間の相
互作用を遮断する８５の抗体が同定された（【０３３３】，【０３３４
】）。
これらのアッセイ（スクリーニング）の結果に基づいて同定されたＰ
ＣＳＫ９との所望の相互作用を有する抗体を産生するいくつかのハイブ
リドーマ株中に含まれていた参照抗体（３１Ｈ４）（【０３３６】，表
２）は，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を強く遮断する中和抗体であ
る（実施例１１，【０１３８】，【０３７８】）。
(エ) 表２（ＰＣＳＫ９との所望の相互作用を有する抗体を産生するいく
つかのハイブリドーマ株）記載の３２の抗体のうち，２７Ｂ２，１３Ｈ
１，１３Ｂ５及び３Ｃ４は非中和抗体，３Ｂ６，９Ｃ９及び３１Ａ４は
弱い中和抗体，その他（参照抗体を含む。）は，強い中和抗体であ
る（【０１３８】，【０３３６】）。
そして，上記３２の抗体に対するエピトープビニングの結果によれば，
２１Ｂ１２抗体と競合するもの（ビン１）が１９個，３１Ｈ４抗体（参
照抗体）と競合するもの（ビン３）が７個であり，これらは互いに排他
的であり，参照抗体と２１Ｂ１２抗体のいずれとも競合するもの（ビン
２）が１個，参照抗体と２１Ｂ１２抗体のいずれとも競合しないも
の（ビン４）が１個である（実施例１０，【０３７３】，【０４９４】，
表８．３）。
また，実施例１０中の組に加えて，別の組（合計３９抗体）に実施し
たエピトープビニングの結果によれば，２１Ｂ１２抗体と競合するが，
３１Ｈ４抗体（参照抗体）と競合しないもの（ビン１）が１９個，２１
Ｂ１２抗体と３１Ｈ４抗体のいずれとも競合するもの（ビン２）が３個，
３１Ｈ４抗体と競合するが２１Ｂ１２抗体と競合しないもの（ビン３）
が１０個である。そして，ビン３に含まれる抗体のうち７個は，表２に
掲げられた抗体であり，【０１３８】の記載によれば，中和抗体である
ことが確認されている（実施例３７，【０４８９】～【０４９５】，表
３７．１）。
イ 前記アの認定事実によれば，本件訂正発明１及び５は，本件明細書の発
明の詳細な説明に記載したものであることが認められる。
そして，本件明細書記載の表３７．１には，本件明細書の記載に従って
作製された免疫化マウスを使用してハイブリドーマを作製し，スクリーニ
ングによってＰＣＳＫ９に結合する抗体を産生する２４４１の安定なハイ
ブリドーマが確立され（【０３２９】），そのうちの一部（合計３９抗
体）について，エピトープビニングをした結果，３１Ｈ４抗体（参照抗
体）と競合するが，２１Ｂ１２抗体と競合しないもの（ビン３）が１０個
含まれ，そのうち７個は，中和抗体であることを確認されたこと（【０１
３８】，表２）が示されていることに照らすと，甲１に接した当業者は，
上記２４４１の安定なハイブリドーマから得られる残りの抗体についても，
同様のエピトープビニングアッセイを行えば，本件訂正発明１の特許請求
の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるも
のと認識できるものと認められる。
さらに，当業者は，本件明細書記載の免疫プログラムの手順及びスケジ
ュールに従った免疫化マウスの作製及び選択，選択された免疫化マウスを
使用したハイブリドーマの作製，本件明細書記載のＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ
との結合相互作用を強く遮断する抗体を同定するためのスクリーニング及
びエピトープビニングアッセイ（前記ア(ウ)及び(エ)）を最初から繰り返
し行うことによって，本件明細書に記載された参照抗体と競合する中和抗
体以外にも，本件訂正発明１の特許請求の範囲(請求項１)に含まれる参照
抗体と競合する様々な中和抗体を得られるものと認識できるものと認めら
れる。
以上によれば，本件訂正発明１（請求項１）は，サポート要件に適合す
るものと認められる。
また，前記ア(イ)のとおり，本件明細書には，高コレステロール血症な
どの上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し，又は予防し，
疾患のリスクを低減することができるので，治療的に有用であり得ること
の記載があることに照らすと，当業者は，本件明細書の記載から，本件訂
正発明１の抗体を医薬組成物として使用できることを認識できるものと認
められる。
したがって，本件訂正発明５（請求項５）は，サポート要件に適合する
ものと認められる。
(2) 原告の主張について
ア 原告は，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）は，抗体の構造
を特定することなく，機能ないし特性（「結合中和」及び「参照抗体との
競合」）のみによって定義された発明であるため，文言上ありとあらゆる
構造の膨大な数ないし種類の抗体を含むものであるが，本件明細書に記載
された具体的抗体はわずか２グループないし２種類の抗体しかなく，また，
参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとが結合中
和するとはいえず，参照抗体と「競合する」抗体であることは，「結合中
和」の指標にはならないから，本件明細書に記載されていないありとあら
ゆる構造の抗体についてまでも，本件明細書の記載から，ＰＣＳＫ９とＬ
ＤＬＲとの結合中和抗体の提供という本件訂正発明１の課題を解決できる
と認識し得るものではないとして，本件訂正発明１及び５はサポート要件
に適合しない旨主張する。
しかしながら，動物免疫法によるモノクローナル抗体の作製プロセスで
は，動物の体内で特定の抗原に特異的に反応する抗体が産生され，その免
疫化動物を使用して作製したハイブリドーマをスクリーニングし，特定の
結合特性を有する抗体を同定する過程において，アミノ酸配列が特定され
ていくことは技術常識であるから，特定の結合特性を有する抗体を得るた
めに，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ特定することが必須
であるとは認められない。
そして，本件訂正発明１（請求項１）は，「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタン
パク質の結合を中和することができ」，かつ，「ＰＣＳＫ９との結合に関
して」，参照抗体（３１Ｈ４抗体）と「競合する」ことを発明特定事項と
するものであり，前記(1)イのとおり，当業者は，抗体のアミノ酸配列を
参照しなくとも，本件明細書の記載から，本件訂正発明１の特許請求の範
囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるものと
認識できるものと認められる。
また，参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲと
の結合を中和するものといえないとしても，本件訂正発明１は「ＰＣＳＫ
９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」る抗体であること
を発明特定事項とするものであるから，そのことは，上記認定を左右する
ものではない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
イ 原告は，本件訂正発明１のように，物（抗体）の具体的な構造が特許請
求の範囲において特定されておらず，その物が機能的にのみ定義され，ス
クリーニング方法によって特定された物の発明である場合には，機能的な
定義やスクリーニング方法の特定は，サポート要件を基礎付けることには
ならないし，このような請求項の記載形式を認めることは，特許法の目的
である産業の発達を阻害し，特許制度の趣旨に反する事態が生じる旨主張
する。
しかしながら，前記アのとおり，特定の結合特性を有する抗体を得る
ために，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ特定することが必
須であるとはいえず，当業者は，抗体のアミノ酸配列を参照しなくとも，
本件明細書の記載から，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に
含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるものと認識できるものと
認められる。
また，本件訂正発明１の請求項の記載形式によって，原告が述べるよう
な特許法の目的である産業の発達を阻害し，特許制度の趣旨に反する事態
を招くということもできない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
(3) 小括
以上によれば，本件訂正発明１及び５がサポート要件に適合するとした本
件審決の判断に誤りはないから，原告主張の取消事由２は理由がない。
４ 取消事由３（実施可能要件の判断の誤り）について
(1) 実施可能要件の適合性について
前記３(1)アの認定事実によれば，本件明細書の記載から，本件訂正発明
１の抗体及び本件訂正発明５の医薬組成物を作製し，使用することができる
ものと認められるから，本件明細書の発明の詳細な説明は，当業者が本件訂
正発明１及び５の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したも
のであることが認められる。
したがって，本件訂正発明１及び５は，実施可能要件に適合するものと認
められる。
(2) 原告の主張について
ア 原告は，本件訂正発明１は，抗体の構造を特定することなく，機能的に
のみ定義されており，極めて多種類の抗体を含むものであるが，本件明
細書の発明の詳細な説明において本件訂正発明１に含まれ得る抗体とし
て記載された具体的な抗体（２グループないし２種類の抗体）とはアミ
ノ酸配列が全く異なる多種多様な構造の抗体も文言上含まれ得るし，当
然ながら，今後発見される，いまだ全く知られていない抗体も全て含む
ものであり，本件訂正発明１の特許請求の範囲に含まれる全体の抗体を
得るためには，当業者に期待し得る程度を超える過度の試行錯誤を要す
ることは明らかであるから，本件訂正発明１は，実施可能要件を満たさ
ず，また，本件訂正発明５も，これと同様である旨主張する。
しかしながら，前記３(2)アの認定事実に照らすと，特定の結合特性を
有する抗体を得るために，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ
特定することが必須であるとはいえず，当業者は，抗体のアミノ酸配列を
参照しなくとも，本件明細書の記載に従って，本件訂正発明１の特許請求
の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得ることが
できるものと認められる。
また，前記３(1)イの認定事実に照らすと，当業者は，本件明細書の記
載に基づいて，本件明細書に記載された参照抗体と競合する中和抗体以外
にも，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体
と競合する中和抗体を得られるものと認められるから，本件訂正発明１の
特許請求の範囲（請求項１）に含まれる抗体を得るために，当業者に期待
し得る程度を超える過度の試行錯誤を要するものとはいえない。
したがって，原告の上記主張は，理由がない。
イ 原告は，本件訂正発明１は，抗体の有すべき機能（解決すべき課題）を
発明特定事項としているが，実施可能要件は実質的な要件であるから，
その物が有すべき機能を発明特定事項に記載したとしても，そのことに
よって当業者が当該発明に属する物の全てを使用できるとはいえず，実
施可能要件を充足することにはならないし，この場合，実施可能要件違
反にならないとすれば，機能的に定義された，いかなる広範囲のクレー
ムであっても，実施可能要件を充足することが可能となり，実施可能要
件の判断が形式的なものに貶められるから，本件訂正発明１は，実施可
能要件を満たさず，また，本件訂正発明５も，これと同様である旨主張
する。
しかしながら，前記ア認定のとおり，当業者は，本件明細書の記載に基
づいて，本件明細書に記載された参照抗体と競合する中和抗体以外にも，
本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合
する中和抗体を得ることができるものと認められる。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
(3) 小括
以上によれば，本件訂正発明１及び５が実施可能要件に適合するとした本
件審決の判断に誤りはないから，原告主張の取消事由３は理由がない。
５ 結論
以上のとおり，原告主張の取消事由はいずれも理由がなく，本件審決にこれ
を取り消すべき違法は認められない。
したがって，原告の請求は棄却されるべきものである。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官 大 鷹 一 郎
裁判官 古 河 謙 一
裁判官 関 根 澄 子
別紙１
【表２】
【表３】
【表８．３】
【表３７．１】
【図１Ａ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２０Ｃ】
【図２０Ｄ】
【図２７Ｄ】
別紙２
【図２Ａ】
（訳）
Cell surface : 細胞表面
Whole-cell extract : 細胞全体抽出物
Transferrin receptor : トランスフェリン受容体
【図３】
(訳)
Cell surface : 細胞表面
Whole-cell extract : 細胞全体抽出物
Concentration (μｇ／ｍｌ) : 濃度（μｇ／ｍｌ）
Lane : レーン
Transferrin receptor : トランスフェリン受容体
別紙３
【図Ａ】
２１Ｂ１２抗体と
競合する仮想抗体
【図Ｂ】
３１Ｈ４抗体と
競合する仮想抗体