令和4(行ケ)10082審決取消請求事件

令和６年１月１６日判決言渡
令和４年（行ケ）第１００８２号 審決取消請求事件
口頭弁論終結日 令和５年１０月２日
判 決
原 告 ロシュ ダイアグノスティックス
ゲーエムベーハー
同 訴 訟 代 理 人 弁 理 士 細 田 芳 徳
同 細 田 芳 弘
15 被 告 アボット・ラボラトリーズ
被 告 アボットジャパン合同会社
同 代 表 者 代 表 社 員 セント・ジュード・メディカル・ア
20 ジアパシフィックホールディングス
合同会社
上記両名訴訟代理人弁護士 米 山 朋 宏
上記両名訴訟代理人弁理士 小 林 純 子
25 同 丸 山 智 裕
主 文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
３ この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３
０日と定める。
5 事 実 及 び 理 由
第１ 請求
特許庁が無効２０１９－８０００９１号事件について令和４年４月１４日
にした審決のうち、特許第５９８１９１４号の請求項３ないし５、１３、１５
ないし２２、２５ないし３１、３３ないし３８、４０、４５ないし５３、５５、
10 ５７ないし６９、７１、７２に係る部分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 特許庁における手続の経緯等
⑴ 被告は、出願日を平成２３年７月８日とし（以下「本件出願日」という。 、
）
発明の名称を「ＰＩＶＫＡ－ＩＩに関する抗体およびその使用」とする発明
15 について特許出願（特願２０１３－５２１７９８号。優先権主張（米国）：
平成２２年７月２６日（以下「本件優先日」という。））をし、平成２８年
８月５日、特許権の設定登録（特許第５９８１９１４号。請求項の数７５。
以下、この特許を「本件特許」という。）を受けた。（甲２２）
⑵ 原告は、令和元年１０月２９日、本件特許の請求項３ないし５、１３、１
20 ５ないし２２、２５ないし３１、３３ないし３８、４０、４５ないし５３、
５５、５７ないし６９及び７１ないし７４につき、無効審判請求をした（無
効２０１９－８０００９１号事件。以下「本件無効審判」という。）。
⑶ 特許庁は、当事者双方に対し、令和３年２月１０日付けの審決の予告を通
知した（請求項３８は理由なし）。被告らは、令和３年７月１９日付けで特許
25 請求の範囲及び明細書の訂正請求（以下「本件訂正」といい、本件訂正後の
本件特許に係る明細書及び図面を併せて「本件明細書等」という。）をした。
原告が主張した無効理由にかかる請求項のうち、請求項３８は訂正請求の対
象に含まれず、請求項７３及び７４は本件訂正により削除された。（甲３０、
乙７）
⑷ 特許庁は、令和４年４月１４日、本件訂正を認めた上で、「特許第５９８
5 １９１４号の請求項３～５、１３、１５～２２、２５～３１、３３～３８、
４０、４５～５３、５５、５７～６９、７１、７２に係る発明についての無
効審判請求は、成り立たない。特許第５９８１９１４号の請求項７３及び７
４に係る発明についての無効審判請求を却下する。」との審決（以下「本件
審決」という。）をし、その謄本は、同月２２日、原告に送達された（附加
10 期間９０日）。
⑸ 原告は、令和４年８月１０日、本件審決のうち、本件特許の請求項３ない
し５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、３３ないし３８、４０、４
５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１、７２に係る部分の取消しを求
めて本件訴えを提起した（以下、本件特許に係る発明のうち原告が取消しを
15 求める上記各請求項に係る発明を、順に「本件訂正発明３」等といい、併せ
て「本件各訂正発明」と総称する。ただし、前記⑶のとおり、請求項３８は
本件訂正による訂正がされておらず、請求項３８については単に「本件発明
３８」という。）。
２ 特許請求の範囲の記載
20 本件特許に係る本件訂正後の特許請求の範囲の記載は、別紙１「訂正特許請
求の範囲」記載のとおりである。（甲３０）
３ 本件無効審判で主張された無効理由
原告は、本件無効審判において、次の無効理由を主張した。
⑴ 無効理由１（新規性欠如）
25 本件特許の訂正前の請求項３に係る発明は、本件特許の優先日前に日本国
内又は外国において頒布された刊行物である甲４（The Journal of Biological
Chemistry,Vol.263, No.13 (1988)、６２５９～６２６７頁）に記載された発
明（以下「甲４発明」という。）であり、特許法２９条１項３号に該当し、特
許を受けることができないものであるから、当該発明についての特許は、同
法１２３条１項２号に該当し、無効とすべきものである。
5 ⑵ 無効理由２（進歩性欠如）
本件特許の訂正前の請求項３ないし５、１３、１５ないし２２、２５ない
し３１、３３ないし３８、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、
７１ないし７４に係る発明は、本件特許の優先日前に日本国内又は外国にお
いて頒布された刊行物である甲４及び甲１(Biochimica et Biophysica Acta
10 1586 (2002)、２８７～２９８頁)、甲５ないし１０の各文献に記載された発
明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、当該発明
は、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができないものである
から、当該発明についての特許は、同法１２３条１項２号に該当し、無効と
すべきものである。
15 ⑶ 無効理由３（拡大先願）
本件特許の訂正前の請求項３ないし５、１３、１５ないし２２、２５ない
し３１、３３ないし３８、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、
７１ないし７４は、本件特許の出願の日前の特許出願であって、その出願後
に出願公開がされた他の特許出願であるＰＣＴ／ＪＰ２０１１／０６４７２
20 ４の願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面（甲１１）に
記載された発明（以下「甲１１発明」といい、上記出願を「甲１１出願」と
いう。）と同一であり、しかも、本件特許の出願に係る発明の発明者が当該他
の特許出願に係る発明の発明者と同一ではなく、また本件特許の出願時の出
願人が当該他の特許出願の出願人と同一でもないので、特許法２９条の２の
25 規定により、特許を受けることができないものであり、同法１２３条１項２
号に該当し、無効とすべきものである。
⑷ 無効理由４（サポート要件違反）
本件特許の訂正前の請求項４５ないし５１及び訂正後の請求項３ないし
５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、３３ないし３７、４０、４５
ないし５３、５５、５７ないし６９、７１、７２に係る発明についての特許
5 は、特許法３６条６項１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対し
てされたものであるから、同法１２３条１項４号に該当し、無効とすべきも
のである。
⑸ 無効理由５（実施可能要件違反）
本件特許の訂正前の請求項２２、２５ないし３０、４５ないし５１、７４
10 及び訂正後の請求項３ないし５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、
３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１、７
２に係る発明についての特許は、特許法３６条４項１号に規定する要件を満
たしていない特許出願に対してされたものであるから、同法１２３条１項４
号に該当し、無効とすべきものである。
15 ⑹ 無効理由６（明確性要件違反）
本件特許の訂正前の請求項２９、４５ないし５１及び訂正後の請求項３な
いし５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、３３ないし３７、４０、
４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１、７２に係る発明についての
特許は、特許法３６条６項２号に規定する要件を満たしていない特許出願に
20 対してされたものであるから、同法１２３条１項４号に該当し、無効とすべ
きものである。
４ 本件審決の理由等
⑴ 本件審決の理由は、別紙２審決書（写し）記載のとおりであり、原告の主
張に対する判断の要旨は次のとおりである。なお、本件審決は、次のアから
25 カの順に判断している。
ア 無効理由６（明確性要件違反）について
訂正後の請求項３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」
については、プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩ）における６位及び／又は７位のＧｌｕ（脱カルボキシル化さ
れたグルタミン酸残基）が、プロトロンビンの６位及び７位のＧｌａ（カ
5 ルボキシル化されたグルタミン酸残基）とは異なる特異的な構造部位であ
るといえるから、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」が、当該特異的
な構造部位により「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」もの
であることが理解できる。したがって、訂正後の請求項３が不明確である
とはいえない。
10 本件訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、
３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１及
び７２は、いずれも、訂正後の請求項３を直接又は間接的に引用するか、
それと同様の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する、単離され
た結合性タンパク質」を発明特定事項とするものを含むから、訂正後の請
15 求項３と同様、明確性要件を満たすものである。
イ 無効理由４（サポート要件違反）について
本件各訂正発明（原告がサポート要件違反を主張していない本件発明３
８を除く。）は、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明
の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識し得るから、特
20 許法３６条６項１号に規定される要件（サポート要件）を満たす。
ウ 無効理由５（実施可能要件違反）について
本件明細書等の記載からすると、当業者であれば、本件訂正発明３の「結
合性タンパク質」を、過度の試行錯誤を要することなく製造し、使用する
ことが可能である。
25 本件訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、
３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１及
び７２は、いずれも、訂正後の請求項３を直接又は間接的に引用するか、
それと同様の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する、単離され
た結合性タンパク質」を発明特定事項とするものを含むところ、上記のと
おり、本件明細書等には、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する、
5 単離された結合性タンパク質」について当業者が実施できる程度の記載が
されているから、同様に、実施可能要件を満たす。
エ 無効理由１（新規性欠如）について
本件訂正発明３は、甲４と同一であるとは認められない。
オ 無効理由２（進歩性欠如）について
10 本件訂正発明３は、甲４発明に、甲１、甲５ないし１０に記載された事
項を組み合わせても当業者が容易に発明することができたものとはいえ
ない。
本件発明３８は、甲４発明に基づいて当業者が容易に発明することがで
きたものとはいえない。
15 その余の本件各訂正発明も、本件訂正発明３と同様の理由により、甲４
発明に甲１、甲５ないし１０に記載された事項を組み合わせ、又は、甲１
に記載された発明（以下「甲１－１発明」という。）に甲４ないし１０に記
載された事項を組み合わせても当業者が容易に発明することができたも
のとはいえない。
20 カ 無効理由３（先願発明との同一性）について
本件各訂正発明は、甲１１発明と同一ではない。
⑵ 本件審決は、上記判断をするに当たり、甲４発明、甲１－１発明及び甲１
１発明の各内容並びに本件各訂正発明と上記各発明との各一致点及び各相違
点を、次のとおり認定した。
25 ア 甲４発明
(ｱ) 本件審決は、甲４には以下の二つの発明が記載されていると認定した
（以下、ａの発明を「甲４－１発明」、ｂの発明を「甲４－２発明」と
いう。）。
ａ 甲４－１発明
「精製したヒトプロテインＣをマウスに注射することによって生産
5 されたマウスモノクローナル抗体Ｈ－１１。」
ｂ 甲４－２発明
「マウスモノクローナル抗体Ｈ－１１を発現するハイブリドーマ細
胞系統を生成する方法であって、ＢＡＬＢ／ｃマウスを、精製したヒ
トプロテインＣで免疫化し、４、８、１２週に追加免疫を行い、最後
10 の追加免疫の６週後にプロテインＣ抗体の力価を測定する、免疫化ス
テップ、前記マウスの脾臓から細胞を収集し、精製するステップ、ハ
イブリドーマを生成するために、前記脾臓細胞をミエローマと融合す
るステップ、ならびにプロテインＣに結合する抗体を発現するハイブ
リドーマ細胞系統を選択するステップを含む、マウスモノクローナル
15 抗体Ｈ－１１を発現するハイブリドーマ細胞系統を生成する方法。」
(ｲ) 本件審決が認定した、本件訂正発明３と甲４－１発明との一致点及び
相違点は、次のとおりである。
〔一致点〕
「単離された結合性タンパク質（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１
20 ２５９で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗
体を除く） 」
。
〔相違点〕
単離された結合性タンパク質が、本件訂正発明３では、
「プロトロンビ
ン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸
25 １－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的
に認識して結合する」ものであるのに対して、甲４－１発明では、その
ような特定がない点。
(ｳ) 本件審決が認定した、本件訂正発明１３、本件訂正発明３１、本件訂
正発明４０、本件訂正発明５２及び本件訂正発明５５と、甲４－１発明
との各一致点及び各相違点は、次のとおりである。
5 ａ 本件訂正発明１３と甲４－１発明
〔一致点〕
「抗体（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハ
イブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
〔相違点〕
10 （相違点１）
抗体が、本件訂正発明１３では、
「プロトロンビン誘導ビタミンＫア
ンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合す
る抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合
する」ものであるのに対して、甲４－１発明では、そのような特定が
15 ない点。
（相違点２）
本件訂正発明１３は、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出す
る方法であって、その具体的なステップが特定されているのに対して、
甲４－１発明は、そのような特定がない点。
20 ｂ 本件訂正発明３１と甲４－１発明
〔一致点〕
「抗体（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハ
イブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
〔相違点〕
25 （相違点１）
本件訂正発明３１は、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出す
る方法であって、その具体的なステップが特定されているのに対して、
甲４－１発明は、そのような試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検
出する方法ではなく、具体的なステップが特定されていない点。
（相違点２）
5 本件訂正発明３１では、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出
する際に利用する抗体が、さらに「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識
して結合するもの」であるのに対し、甲４－１発明は、この点が明記
されていない点。
ｃ 本件訂正発明４０と甲４－１発明
10 〔一致点〕
「結合性タンパク質（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で
特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除
く） 」
。
〔相違点〕
15 （相違点１）
単離された結合性タンパク質が、本件訂正発明４０では、
「プロトロ
ンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のア
ミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
を特異的に認識して結合する」ものであるのに対して、甲４－１発明
20 では、そのような特定がない点。
（相違点２）
本件訂正発明４０では、「結合性タンパク質および薬学的に許容さ
れる担体を含む、薬剤組成物。」であるが、甲４－１発明では、そのよ
うな特定がない点。
25 ｄ 本件訂正発明５２と甲４－１発明
〔一致点〕
「結合性タンパク質（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で
特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除
く） 」
。
〔相違点〕
5 （相違点１）
単離された結合性タンパク質が、本件訂正発明５２では、
「プロトロ
ンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のア
ミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
を特異的に認識して結合する」ものであるのに対して、甲４－１発明
10 では、そのような特定がない点。
（相違点２）
本件訂正発明５２では、「結合性タンパク質を含有する容器を含む、
試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／または定量するた
めのキット。 であるが、
」 甲４－１発明では、そのような特定がない点。
15 ｅ 本件訂正発明５５と甲４－１発明
〔一致点〕
「抗体（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハ
イブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
〔相違点〕
20 （相違点１）
抗体が、本件訂正発明５５では、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－
１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に
認識して結合する」ものであるのに対して、甲４－１発明では、その
ような特定がない点。
25 （相違点２）
本件訂正発明５５では、
「抗体を含む検出試薬、ならびに試験試料中
のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／または定量するための指示書
を含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／または定
量するためのキット。」であるのに対し、甲４－１発明では、そのよう
な特定がない点。
5 (ｴ) 本件審決が認定した、本件訂正３８と甲４－２発明との一致点及び相
違点は、次のとおりである。
〔一致点〕
「抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイブリドー
マ細胞系統を生成する方法であって、マウスを、抗原で、前記マウスが
10 前記抗原に対する抗体を生成するのに十分な時間および条件下、免疫化
するステップ、前記マウスの脾臓から細胞を収集し、精製するステップ、
ハイブリドーマを生成するために、前記脾臓細胞をミエローマと融合す
るステップ、ならびに抗原に結合する抗体を発現するハイブリドーマ細
胞系統を選択するステップを含む、結合性タンパク質を発現するハイブ
15 リドーマ細胞系統を生成する方法。」
〔相違点〕
（相違点１）
本件発明３８では、抗原がＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含
むものであるのに対し、甲４－２発明は、プロテインＣである点。
20 （相違点２）
本件発明３８では、免疫化するマウスがＧＡＮＰマウスであるのに対
し、甲４－２発明は、ＢＡＬＢ／ｃマウスである点。
（相違点３）
本件発明３８では、マウスの脾臓から収集する細胞が「８つ」である
25 ことを特定しているのに対し、甲４－２発明は、そのことが明記されて
いない点。
イ 甲１－１発明
(ｱ) 本件審決は、甲１には以下の発明（甲１－１発明）が記載されている
と認定した。
「試験試料中のデス－γ－カルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）を検
5 出する方法であって、ａ）試験試料を、デス－γ－カルボキシプロト
ロンビン（ＤＣＰ）のアミノ酸１７－２７に結合する抗原結合部分を
有するモノクローナル抗体ＭＵ－３と、接触させるステップ、ｂ）西
洋ワサビペルオキシダーゼで標識したウサギ抗プロトロンビン抗体の
Ｆａｂを、ＭＵ－３とデス－γ―カルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）
10 の複合体に、加えるステップ、ならびにｃ）西洋ワサビペルオキシダ
ーゼによって生成される蛍光を測定し、試験試料中のデス－γ－カル
ボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）を検出するステップを含む、試験試
料中のデス－γ－カルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）を検出する方
法。」
15 (ｲ) 本件審決が認定した、本件訂正発明２２、４５、６８及び７１と甲１
－１発明との一致点及び相違点は、次のとおりである。
ａ 本件訂正発明２２と甲１－１発明
〔一致点〕
「試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法であって、試験
20 試料を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合
性部分を有する第１の抗体と接触させるステップ、検出可能な標識に
コンジュゲートしている第２の抗体を第１の抗体／抗原複合体に加え
るステップ、検出可能な標識によって生成され、または検出可能な標
識から放射されるシグナルを測定し、試験試料中のＰＩＶＫＡ―ＩＩ
25 抗原を検出するステップを含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－Ｉ抗原を
検出する方法。」
〔相違点〕
第２の抗体が、本件訂正発明２２では、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ
酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合するのに対して、甲１－１発明では、ウサギ抗プ
5 ロトロンビン抗体のＦａｂであることが特定されるのみで、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合することが特定されていない点。
ｂ 本件訂正発明４５と甲１－１発明
〔一致点〕
10 「試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法であって、試験
試料を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合
性部分を有する第１の抗体と接触させるステップ、検出可能な標識に
コンジュゲートしている第２の抗体を第１の抗体／抗原複合体に加え
るステップ、検出可能な標識によって生成され、または検出可能な標
15 識から放射されるシグナルを測定し、試験試料中のＰＩＶＫＡ―ＩＩ
抗原を検出するステップを含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原
を検出する方法。」
〔相違点〕
（相違点１）
20 第２の抗体が、本件訂正発明４５では、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原のア
ミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを有し、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩを特異的に認識して結合するものであるのに対して、甲１－１発
明では、ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂであることが特定され
るのみで、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原のアミノ酸１－１３に結合する抗原
25 結合性ドメインを有し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合す
ることが特定されていない点。
（相違点２）
本件訂正発明４５は、予め決定されたレベルを超えるＰＩＶＫＡ－
ＩＩ抗原の量が、患者におけるＨＣＣまたは肝癌の存在を示す、シグ
ナルの強度を測定することによって生物学的試料中に存在するＰＩＶ
5 ＫＡ－ＩＩ抗原の量を測定するステップを含む、ＨＣＣまたは肝癌を
有することが疑われる患者におけるＨＣＣまたは肝癌の存在を決定す
る方法であるのに対して、甲１－１発明は、そのようなステップを含
む方法ではない点。
ｃ 本件訂正発明６８と甲１－１発明
10 〔一致点〕
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合性部分
を有する結合性タンパク質。」
〔相違点〕
（相違点１）
15 本件訂正発明６８は、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出お
よび／または定量するためのキットであるのに対して、甲１－１発明
は、そのようなキットではない点。
（相違点２）
本件訂正発明６８では、使用されるもう一つの抗体が、ＰＩＶＫＡ
20 －ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合するものであるのに対して、甲１
－１発明では、ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂであることが特
定されるのみで、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗
原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する
25 ことが特定されていない点。
ｄ 本件訂正発明７１と甲１－１発明
〔一致点〕
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－３３のサブセットに特異的に結合
する抗原結合性部分を含む結合性タンパク質」を使用する、試料中の
ＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を決定する方法である点。
5 〔相違点〕
本件訂正発明７１では、使用されるもう一つの抗体が、ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合するものであるのに対して、甲１
－１発明では、ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂであることが特
10 定されるのみで、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗
原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する
ことが特定されていない点。
ウ 甲１１発明
(ｱ) 本件審決は、甲１１には以下の七つの発明が記載されていると認定し
15 た（以下、順に「甲１１－１発明」ないし「甲１１－７発明」という。 。
）
ａ 甲１１－１発明
「精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産さ
れたモノクローナル抗体Ｐ－１６。」
ｂ 甲１１－２発明
20 「血清試料を、精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することに
よって生産されたモノクローナル抗体Ｐ－１６と、Ｒｕ標識Ｐ－１１
モノクローナル抗体を加え、３０℃で９分間反応させるステップ、お
よびＲｕの発光量を測定し、検体中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出する方
法。」
25 ｃ 甲１１－３発明
「血清試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出する方法であって、試料を、
抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩモノクローナル抗体（ＭＵ－３）と、精製したＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産されたモノクロ
ーナル抗体Ｐ－１６とを使用する二抗体サンドイッチ法を利用する免
疫学的測定方法によって検出する方法。」
5 ｄ 甲１１－４発明
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩに反応する抗体を産生するハイブリドーマ細胞系
統を生成する方法であって、ａ）ＢＡＬＢ／Ｃマウスを、クマジン血
漿より精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩで、皮下に２週間間隔で４回投与し
て免疫化するステップ、ｂ）マウスの脾臓から脾臓細胞を得るステッ
10 プ、ｃ）ハイブリドーマを生成するために、脾臓細胞と骨髄腫細胞と
融合するステップ、ならびにｄ）ＰＩＶＫＡ－ＩＩに反応する抗体を
産生するハイブリドーマを選択するステップを含む方法。」
ｅ 甲１１－５発明
「精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産さ
15 れたモノクローナル抗体Ｐ－１６を含む測定試薬。」
ｆ 甲１１－６発明
「血清試料中のＮＸ－ＰＶＫＡを検出して肝がんを判定する方法であ
って、試料を、抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩモノクローナル抗体（ＭＵ－３）
と、精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産
20 されたモノクローナル抗体Ｐ－１６とを使用する二抗体サンドイッチ
法を利用する免疫学的測定方法によって検出する方法。」
ｇ 甲１１－７発明
「抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩモノクローナル抗体（ＭＵ－３）と、精製した
ＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産されたモノク
25 ローナル抗体Ｐ－１６を含む測定試薬。」
(ｲ) 本件訂正発明３と甲１１－１発明、本件訂正発明１３と甲１１－２発
明、本件訂正発明２２と甲１１－３発明、本件訂正発明３１と甲１１－
２発明、本件発明３８と甲１１－４発明、本件訂正発明４０と甲１１－
５発明、本件訂正発明４５と甲１１－６発明、本件訂正発明５２と甲１
１－５発明、本件訂正発明５５と甲１１－５発明、本件訂正発明６８と
5 甲１１－７発明及び本件訂正発明７１と甲１１－３発明との各一致点
及び各相違点は、次のとおりである。
ａ 本件訂正発明３と甲１１－１発明
〔一致点〕
「単離された結合性タンパク質。」
10 〔相違点〕
本件訂正発明３では、単離された結合性タンパク質が、
「プロトロン
ビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミ
ノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを
特異的に認識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２
15 ５９で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗
体を除く） 」ものであるのに対し、甲１１－１発明は、この点が明記
。
されていない点。
ｂ 本件訂正発明１３と甲１１－２発明
〔一致点〕
20 「試験試料を抗体と、抗体－抗原複合体の形成に十分な時間および条
件下、接触させるステップ、前記抗体－抗原複合体の存在が前記試験
試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原の存在を示す、前記抗体－抗原複合体
の存在を検出するステップ、を含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ
抗原を検出する方法。」
25 〔相違点〕
本件訂正発明１３では、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出
する際に使用する抗体が、プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニ
「
ストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結
合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する（但
し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドー
5 マにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」ものであるのに対
。
し、甲１１－２発明は、この点が明記されていない点。
ｃ 本件訂正発明２２と甲１１－３発明
〔一致点〕
「試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法であって、試験
10 試料を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合
性部分を有する第１の抗体、及び、第２の抗体を使用する方法。」
〔相違点〕
（相違点１）
本件訂正発明２２は、第２の抗体が、
「プロトロンビン誘導ビタミン
15 ＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結
合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して
結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定される
ハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」もの
。
であるのに対し、甲１１－３発明は、この点が明記されていない点。
20 （相違点２）
具体的な検出方法について、本件訂正発明２２は、試験試料を第１
の抗体と接触させるステップ、検出可能な標識にコンジュゲートして
いる第２の抗体を、第１の抗体／抗原複合体に加えるステップ、検出
可能な標識によるシグナルを測定してＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出す
25 るステップであることを特定しているのに対して、甲１１－３発明で
は、二抗体サンドイッチ法を利用する免疫学的測定方法であることの
みが特定されている点。
ｄ 本件訂正発明３１と甲１１－２発明
〔一致点〕
「試験試料を、抗体を使用し、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を
5 検出する方法。」
〔相違点〕
（相違点１）
本件訂正発明３１は、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出す
る際に使用する抗体が、プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニス
「
10 トＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合
性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する（但し、
受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドーマに
より産生されるモノクローナル抗体を除く） 」ものであるのに対し、
。
甲１１－２発明は、この点が明記されていない点。
15 （相違点２）
具体的な検出方法について、本件訂正発明３１は、試験試料を、検
出可能なシグナルを生成することができる検出可能な標識に付いてい
る、ＰＩＶＫＡ－ＩＩレファレンス抗原、及びＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原
に対する抗体と、ＰＩＶＫＡ－ＩＩレファレンス抗原／抗体複合体を
20 形成するのに十分な時間および条件下、接触させるステップ、検出可
能な標識によって生成されるシグナルを検出するステップ、試験試料
中に検出されるＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原の量が、抗体に結合しているＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩレファレンス抗体の量に逆比例するステップを含むの
に対して、甲１１－２発明では、二抗体サンドイッチ法を利用する免
25 疫学的測定方法であることのみが特定されている点。
ｅ 本件発明３８と甲１１－４発明
〔一致点〕
「抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイブリド
ーマ細胞系統を生成する方法であって、マウスを、抗原で、前記マウ
スが前記抗原に対する抗体を生成するのに十分な時間および条件下、
5 免疫化するステップ、前記マウスの脾臓から細胞を収集するステップ、
ハイブリドーマを生成するために、前記脾臓細胞をミエローマと融合
するステップ、ならびに抗原に結合する抗体を発現するハイブリドー
マ細胞系統を選択するステップを含む、結合性タンパク質を発現する
ハイブリドーマ細胞系統を生成する方法。」
10 〔相違点〕
（相違点１）
マウスを免疫化するステップにおいて、本件発明３８では、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原を使用するのに対して、甲
１１－４発明では、クマジン血漿より精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩを抗
15 原として使用する点。
（相違点２）
本件発明３８では、免疫化するマウスがＧＡＮＰマウスであるのに
対し、甲１１－４発明は、ＢＡＬＢ／ｃマウスである点。
（相違点３）
20 本件発明３８では、マウスの脾臓から得る細胞が「８つ」であり、
さらに精製するステップを含むことが特定されているのに対し、甲１
１－４発明は、そのことが明記されていない点。
ｆ 本件訂正発明４０と甲１１－５発明
〔一致点〕
25 「結合性タンパク質を含む薬剤組成物。」
〔相違点〕
（相違点１）
本件訂正発明４０は、結合性タンパク質が、
「プロトロンビン誘導ビ
タミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１
３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認
5 識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定
されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
ものであるのに対し、甲１１－５発明は、この点が明記されていない
点。
（相違点２）
10 本件訂正発明４０では、薬剤組成物に含まれるものが、薬学的に許
容される担体を含むのに対して、甲１１－５発明ではそのような特定
がない点。
ｇ 本件訂正発明４５と甲１１－６発明
〔一致点〕
15 「肝癌を有することが疑われる患者における肝癌の存在を決定する方
法であって、試験試料を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に
結合する抗原結合性部分を有する第１の抗体、及び、第２の抗体を使
用してＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原の量を測定する方法。」
〔相違点〕
20 （相違点１）
本件訂正発明４５は、第２の抗体が、
「プロトロンビン誘導ビタミン
ＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結
合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して
結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定される
25 ハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」もの
。
であるのに対し、甲１１－６発明は、この点が明記されていない点。
（相違点２）
具体的な検出方法について、本件訂正発明４５は、試験試料を第１
の抗体と接触させるステップ、検出可能な標識にコンジュゲートして
いる第２の抗体を、第１の抗体／抗原複合体に加えるステップ、検出
5 可能な標識によるシグナルを測定してＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出す
るステップであることを特定しているのに対して、甲１１－６発明で
は、二抗体サンドイッチ法を利用する免疫学的測定方法であることの
みが特定されている点。
ｈ 本件訂正発明５２と甲１１－５発明
10 〔一致点〕
「結合性タンパク質を含有する、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量
を検出および／または定量するためのキット。」
〔相違点〕
（相違点１）
15 本件訂正発明５２は、結合性タンパク質が、
「プロトロンビン誘導ビ
タミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１
３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認
識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定
されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
20 ものであるのに対し、甲１１－５発明は、この点が明記されていない
点。
（相違点２）
本件訂正発明５２が、結合性タンパク質を含有する容器を含むもの
であるのに対して、甲１１－５発明は容器を含むものであることが特
25 定されていない点。
ｉ 本件訂正発明５５と甲１１－５発明
〔一致点〕
「抗体を含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／ま
たは定量するためのキット。」
〔相違点〕
5 （相違点１）
本件訂正発明５５は、検出試薬中の抗体が、
「プロトロンビン誘導ビ
タミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１
３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認
識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定
10 されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」
。
ものであるのに対し、甲１１－５発明は、この点が明記されていない
点。
（相違点２）
本件訂正発明５５が、「試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出
15 および／または定量するための指示書を含む」ものであるのに対して、
甲１１－５発明は、そのような指示書を含むものであることが特定さ
れていない点。
ｊ 本件訂正発明６８と甲１１－７発明
〔一致点〕
20 「（ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する）第１の結合性タンパク質、及び、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する第２の結合性タンパク
質を含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／または
定量するためのキット。」
〔相違点〕
25 本件訂正発明６８は、第１の結合性タンパク質が、
「プロトロンビン
誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸
１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異
的に認識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９
で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体を
除く） 」ものであるのに対し、甲１１－７発明は、この点が明記され
。
5 ていない点。
ｋ 本件訂正発明７１と甲１１－３発明
〔一致点〕
「少なくとも２つの異なる結合性タンパク質の使用を含み、前記結合
性タンパク質の各々が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－３３のサブ
10 セットに特異的に結合する抗原結合性部分を含み、前記結合性タンパ
ク質の各々の抗原結合性部分が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－３
３の異なるサブセットに結合する、試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を
決定するための方法。」
〔相違点〕
15 本件訂正発明７１は、結合性タンパク質の少なくとも一つが、
「プロ
トロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）
のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩを特異的に認識して結合する（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－
１１２５９で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクロー
20 ナル抗体を除く） 」ものであるのに対し、甲１１－３発明は、この点
。
が明記されていない点。
５ 原告の主張する取消事由
⑴ 取消事由１
本件訂正発明３の甲４－１発明に対する新規性の有無に関する判断の誤
25 り
⑵ 取消事由２
本件各訂正発明の甲４－１発明、甲１－１発明又は甲４－２発明に対する
進歩性の有無に関する判断の誤り
⑶ 取消事由３
本件各訂正発明と甲１１に記載された発明との同一性（拡大先願との同一
5 性）に関する判断の誤り
⑷ 取消事由４
本件各訂正発明の明確性要件違反の有無に関する判断の誤り
⑸ 取消事由５
本件各訂正発明のサポート要件違反の有無に関する判断の誤り
10 ⑹ 取消事由６
本件各訂正発明の実施可能要件違反の有無に関する判断の誤り
第３ 当事者の主張
１ 取消事由１（本件訂正発明３の甲４－１発明に対する新規性の有無に関する
判断の誤り）について
15 〔原告の主張〕
⑴ 本件審決は、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの１－１
２位にも結合するものであって、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合する」との特性を有さないことを理由として、本件訂正
発明３が甲４－１発明に対して新規性を有すると判断したが、この判断には
20 誤りがある。
上記の誤りは、本件審決における本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを
特異的に認識して結合する」の解釈の誤りに由来する。
本件審決は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位の脱カルボキ
シル化されたグルタミン酸残基（Ｇｌｕ）が、プロトロンビンの６位及び７
25 位のグルタミン酸残基（Ｇｌａ）とは異なる特異的な構造部位であるといえ、
訂正後の請求項３に係る「結合性タンパク質」は、当該特異的な構造部位に
より「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」ものであると理解で
きると指摘しており、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」の意
味は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕが、プロトロ
ンビンの６位又は７位のＧｌａとは異なる特異的な構造部位である」ことを
5 前提にした解釈をしている。
しかし、本件訂正発明３は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの「アミノ酸１－１３に結
合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合す
る」と規定しているだけであり、アミノ酸１－１３は６位及び／又は７位が
ＧｌｕであるＰＩＶＫＡ－ＩＩに限定されていることはなく、結合又は特異
10 性について６位及び／又は７位がＧｌｕでなければならないと規定している
こともない。
本件明細書等の段落【０００２】には、
「タンパク質プロトロンビンＩＩは
（中略）、ビタミンＫの存在下、合成後修飾を受け、ＧＬＡ－ドメインにおけ
る１０個のグルタミン酸残基（ＧＬＡ）がｇ－カルボキシグルタミン酸にカ
15 ルボキシ化されている。カルボキシ化のプロセスは、プロトロンビンがＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩ（ビタミンＫ欠乏時誘導蛋白）に変換される病状およびプロセ
スにおいて異常であり、不完全である。」と記載されている。また、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩは、本件明細書等の段落【００２８】において、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
タンパク質のＧＬＡドメインは、１０個のＧＬＡアミノ酸を含む、アミノ酸
20 １－４６（またはプロトロンビン配列の４４－８８）からなる。ＰＩＶＫＡ
タンパク質は、脱炭酸されたＧＬＡの位置および数に関して変化する複数の
形態において存在する。」と定義されている。
このように、本件明細書等が定義する「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」の用語は、Ｇ
ｌａドメイン中の１０個のＧｌａ残基のうち少なくとも一つでも脱炭酸され
25 たもの、すなわちＧｌｕ残基を有する全ての異常プロトロンビン種を含む。
ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸の中でγ－カルボキシル化できるアミノ酸位置
は６位及び７位であるから、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」には、以下の四つのタイプ
が含まれることになる（以下、それぞれ「タイプ（ｉ）「タイプ（ｉｉ）
」 」な
どという。 。
）
（ｉ）６位及び７位にＧｌｕを有し、他の部位はＧｌｕ及び／又はＧｌａで
5 あるＰＩＶＫＡ－ＩＩ
（ｉｉ）６位にＧｌｕを、７位にＧｌａを、それぞれ有し、他の部位はＧｌ
ｕ及び／又はＧｌａであるＰＩＶＫＡ－ＩＩ
（ｉｉｉ）６位にＧｌａを、７位にＧｌｕを、それぞれ有し、他の部位はＧ
ｌｕ及び／又はＧｌａであるＰＩＶＫＡ－ＩＩ
10 （ｉｖ）６位及び７位にＧｌａを有し、他の部位はＧｌｕ及び／又はＧｌａ
であるが、少なくとも一つはＧｌｕであるＰＩＶＫＡ－ＩＩ
本件明細書等の記載に基づけば、タイプ（ｉｖ）が排除される理由はなく、
本件審決におけるＰＩＶＫＡ－ＩＩに関する前記解釈は誤りである。
そして、本件明細書等の記載及び当業者の技術常識に基づけば、
「ＰＩＶＫ
15 Ａ－ＩＩを特異的に認識して結合する」とは、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸
１－１３に存在するエピトープを認識してＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合すること
にほかならない。
すなわち、本件明細書等の段落【００３５】には、
「本明細書で用いられる
『結合』『特異的結合』または『特異的に結合する』の語は、抗体、タンパ
、
20 ク質またはペプチドの、第２の化学種との相互作用に関して、相互作用は化
学種上の特定の構造（例えば、抗原性決定基もしくはエピトープ）の存在に
依拠することを意味し・・」とあり、
「特異的に結合する」とは、ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのエピトープの存在に依存して結合することであると定義している。
「特異的に認識して」の「認識して」については、本件明細書等に明示の定
25 義はないが、当業者の技術常識では、
「特異的に認識して」の「認識」は結合
プロセスの一部として含まれており、
「特異的に結合する」と同じ意味を有す
る。
また、一般に、抗原のエピトープは「６～１０個のアミノ酸残基より成る
ペプチド部分」であり、エピトープが抗原分子上の抗原抗体反応の特異性を
決定している構造であることは技術常識である（甲１５）。
5 そして、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１は、６位及び７位にＧｌａを有する
ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸にもプロトロンビンのアミノ酸１－１３にも結
合する。そして、６位及び７位にＧｌａを有するＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ
酸にも結合するということは、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３の範囲
内にエピトープがあるからであり、エピトープに結合するということは、そ
10 の部位を「特異的に認識して結合する」ものであると理解するのが、本件明
細書等の記載及び技術常識に沿っている。
したがって、本件明細書等の記載及び当業者の技術常識に基づいて解釈す
れば、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識し
て結合する」ものであるから、本件訂正発明３に係る結合性タンパク質は、
15 甲４－１発明の抗体Ｈ－１１と区別することはできず、抗体Ｈ－１１を含む
ものであるから、本件訂正発明３は甲４－１発明と同一であって、新規性を
有さない。
⑵ 仮に、審決の認定に沿って、
「特異的に認識して結合する」という用語に関
し、反応性を入れて解釈したとしても、甲４の抗体Ｈ－１１は本件訂正発明
20 ３の「結合性タンパク質」に該当するから、本件訂正発明３は新規性を有さ
ない。
すなわち、甲１８（Blood, Vol. 74, No.7 (1989)、２４１８～２４２５頁）
図３Ａにおいて、血中のカルシウムイオン濃度である１．８ｍＭ程度の条件
下での甲４－１発明の抗体Ｈ－１１の結合性について推論すると、抗体Ｈ－
25 １１は、血液中に含まれる程度の「通常の」カルシウムイオン濃度の条件下
で、ＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンとの間で反応性が明確に異なること
になるから、抗体Ｈ－１１は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合す
る」に該当するというべきである。
被告は、甲１８の記載を参酌して甲４－１発明の抗体Ｈ－１１の反応性を
解釈することは許されないと主張する。しかし、刊行物に、発明の主題に係
5 るものの属性が示されていない場合に、当業者が再現実験によりその属性を
確認できる場合は、刊行物の記載とその再現実験により確認される属性も含
めて、
「広義の刊行物記載発明」と評価することができる（知的財産高等裁判
所平成２５年（行ケ）第１０３２４号事件判決参照）。本件において、甲１８
は、甲４を引用してＨ－１１の同一性を示していることから、その実験は甲
10 ４より後に行われており、当業者が再現実験によりその属性（Ｈ－１１の反
応性）を確認できたものといえる。Ｈ－１１の反応性は、Ｈ－１１自体の属
性であり、再現実験によりＨ－１１を作製すれば、その属性である反応性は
容易に確認し得た。したがって、甲１８の記載を参酌して、甲４－１発明の
抗体Ｈ－１１の反応性を解釈することは許される。
15 〔被告の主張〕
⑴ 本件審決（審決書８３頁１６行～８４頁２８行）は、本件訂正後の請求項
３の文言及び本件明細書等（段落【００２８】、
【００２９】 の記載を踏まえ、
）
本件訂正発明３の「結合性タンパク質」とは、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６
位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位により「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
20 Ｉを特異的に認識して結合する」ものと正しく説示したものであって、この
内容に誤りはない。このことは、本件訂正発明３の解決課題及び解決手段に
ついて述べた本件明細書等の段落【０００１】 【０００２】 【０００５】及
、 、
び【００２８】によっても裏付けられる。
⑵ 取消事由１に関する原告の主張は、本件訂正発明３の内容を誤って解釈し
25 た上で、本件訂正発明３は甲４－１発明と同一であるとするものであって、
理由がない。
「甲４には、･･･抗原決定基のグルタミン酸残基がカルボキシル化されて
いてもされていなくてもＨ－１１抗体は認識することが記載されている」 審
（
決書９０頁２２～２６行目）のであって、抗体Ｈ－１１は、本件訂正発明３
の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」ものとは認められない
5 から、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１は、本件訂正発明３の「結合性タンパク
質」と同一であるとは認められない。
⑶ 本件訂正発明３の新規性を検討するに当たり、主引例である甲４とは別の
引例である甲１８の記載を参酌することは許されず、前記〔原告の主張〕⑵
の主張は前提において失当である。
10 また、甲１８に記載されているのは、カルシウムイオン濃度１０ｍＭの条
件下でのＨ－１１のＰＩＶＫＡ－ＩＩ等への結合性であって、カルシウムイ
オン濃度１．８ｍＭの条件下でのＨ－１１のＰＩＶＫＡ－ＩＩ等への結合性
については何ら記載されていない。
仮に、カルシウムイオン濃度１．８ｍＭの条件下でのＨ－１１の反応性を
15 考慮したとしても、Ｈ－１１は本件訂正発明３の「結合性タンパク質」と同
一とは認められない。すなわち、甲１８によれば、Ｈ－１１のプロトロンビ
ン（正確には、「プロトロンビンとカルシウムイオンの複合体」）に対する反
応性とＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性の違いは、カルシウムイオンに起因
するコンフォメーション変化及びそれによる抗原性部位の被覆が生じるか否
20 かによるものであって、Ｈ－１１が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／
又は７位のＧｌｕを含む構造と、プロトロンビンにおける６位及び７位のＧ
ｌａを含む構造とを識別することによるものではない。
２ 取消事由２（本件各訂正発明の甲４－１発明、甲１－１発明又は甲４－２発
明に対する進歩性の有無に関する判断の誤り）について
25 〔原告の主張〕
⑴ 本件訂正発明３について
ア 本件審決は、本件訂正発明３と甲４－１発明との相違点を第２の４⑵ア
(ｲ)のとおり認定した上で、甲４の全体をみても、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミ
ノ酸１－１３に対して特異的に認識して結合する抗体を取得することは
記載されていないし、甲１、５～１０にも、当該抗体に関する記載や示唆
5 が見当たらないから、甲４－１発明における「マウスモノクローナル抗体
Ｈ－１１」を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体
とすることが、当業者に容易に動機付けられるとはいえないと判断した。
また、本件審決は、甲１８を参酌しても、甲４に記載された抗体Ｈ－１１
が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３の６位及び／又は７位における
10 特異的な構造を認識して結合する（結合特異性）ものであるとは認められ
ないとも判断した。
しかし、甲４には、
「脱カルボキシル化タンパク質でのデータによると、
グルタミン酸残基のγ－カルボキシル化は抗体認識に必要とされないこ
とを示す。」との記載があり（甲４の６２６２頁１４～１６行目）、この記
15 載は、抗体Ｈ－１１は、プロトロンビンのみならず、脱カルボキシル化タ
ンパク質であるＰＩＶＫＡ－ＩＩにも結合するが、抗体認識にはグルタミ
ン酸残基のγ－カルボキシル化（Ｇｌａ）でなくＧｌｕでもよいことを述
べている。
また、甲４の図８（別紙４「文献の記載」１⑷キ）は、Ｈ－１１のプロ
20 トロンビンに結合する箇所を示しており、６位と７位のアミノ酸残基であ
るグルタミン酸残基を含むエピトープを特異的に認識して結合する抗原
結合性部分であることを示している。
上記２点を合わせ読むと、①Ｈ－１１はプロトロンビンのみならず、プ
ロトロンビンの脱カルボキシル化タンパク質であるＰＩＶＫＡ－ＩＩに
25 も結合すると認められ、②Ｈ－１１が特異的に認識して結合するのに必要
な箇所は６位と７位のアミノ酸残基であるグルタミン酸残基を含む領域
であることが甲４に記載されているといえ、③甲４には、Ｈ－１１の抗原
結合性部分が本件訂正発明３に係る「アミノ酸１－１３」に結合するとの
文言上の記載はないが、６位と７位のアミノ酸残基を含む６ないし１０個
のアミノ酸残基よりなるエピトープに結合するのであるから、これは同時
5 に「アミノ酸１－１３」にも結合するというべきである。
そして、前記１〔原告の主張〕⑴のとおり、抗体Ｈ－１１がＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合するということは、アミノ酸１－１３の
中に存在するエピトープ部分に特異的に結合することを意味する。
したがって、甲４－１発明に係る抗体Ｈ－１１が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに
10 も特異的に認識して結合し、その結合箇所が６位と７位のアミノ酸残基を
含む６ないし１０個のアミノ酸残基よりなるエピトープ部分であり、これ
を含むアミノ酸１－１３に結合するものであることは、甲４の記載から十
分に示唆され、実質的にその特定がされている。
そうすると、甲４－１発明は、本件訂正発明３と実質的に相違する点は
15 なく、仮に相違点があるとしても、甲４－１発明に係る当業者であれば、
抗体Ｈ－１１をＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗
体とすることは、容易に動機付けられる。
イ 仮に、本件審決は、
「特異的に認識して結合する」の用語に関し、本件審
決のように反応性を考慮に入れて解釈したとしても、６位及び７位の構造
20 が特異的な構造部位であることは、甲４－１発明に記載されているに等し
いか、あるいは容易に想到し得る。
すなわち、甲１８の図３Ａの左図に係るプロトロンビンの１－１３位と、
右図に係る脱カルボキシル化プロトロンビン（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）の１－
１３位は、抗体Ｈ－１１の結合する部位であるが、当該部位で異なる残基
25 は６位及び７位のものであり（プロトロンビンではＧｌａ、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩではＧｌｕである。 、この違いが図３Ａの左図と右図での反応性の違
）
いとなって検出されていると理解される。
したがって、甲１８を参酌することで、甲４－１発明に係る抗体Ｈ－１
１が、６位及び７位の残基の違いによる異なる反応性、すなわち所定の反
応特異性を示すことは、容易に理解されることである。
5 ウ 本件訂正発明３の効果は、本件訂正発明３の一つの実施例である抗体６
Ｈ６において、ヒト血清中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出できるという程度の
ものでしかなく、抗体として当然に予測されるものに過ぎない。
エ したがって、本件訂正発明３は、甲４－１発明に基づいて、出願当時の
技術常識、さらに要すれば甲１８を参酌することで、当業者が容易に想到
10 し得たものである。
⑵ 本件訂正発明２２について
本件訂正発明２２は、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法
の発明である。
本件審決は、甲１－１発明を主引例、甲４発明を副引例として、本件訂正
15 発明２２と甲１－１発明との相違点を第２の４⑵イ(ｲ)ａのとおり認定した
上で、甲４には「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」に対して特異的に
認識して結合する抗体を取得することの記載はないから、甲１－１発明にお
ける「ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂ」を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対し
て特異的に認識して結合する抗体とすることが、当業者に容易に動機付けら
20 れるとはいえないと判断した。
本件審決の上記判断は、要するに本件訂正発明３での指摘事項を繰り返し
ているにすぎず、前記⑴のとおり、甲４における抗体Ｈ－１１は、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体であり、あるいは甲１８を
参酌することでＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体で
25 あると当業者が容易に認識するものであるから、甲１－１発明における「ウ
サギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂ」を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的
に認識して結合する抗体とすることが、当業者に容易に動機付けられる。
したがって、本件訂正発明２２について、進歩性を肯定する根拠は何ら存
在しない。
⑶ 本件発明３８について
5 本件発明３８は、ハイブリドーマ細胞系統を生成する方法の発明である。
本件審決は、本件発明３８と甲４－２発明の相違点を第２の４⑵ア(ｴ)の
とおり認定した上で、相違点１について、甲４には、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗体
を取得しようとする技術的思想はなく、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
７を含む抗原でマウスを免疫化することは当業者が容易に想到できたもので
10 はないと判断した。
しかし、甲４には、プロテインＣを用いて免疫化することで、ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを含む結合性タン
パク質（モノクローナル抗体Ｈ－１１）を取得したことの開示がある。当業
者であれば、抗体Ｈ－１１とは別のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗体を取得しようとす
15 ることは容易に動機付けられることであり、その際に、取得しようとする抗
体に合わせて抗原を適宜選択し使用することは一般的なことであり、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗体を取得するには「ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１３を含む抗原」を使用すればよいので、そのような
抗原として、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」でマウスを
20 免疫化することは、当業者が容易に想到できたものである。
したがって、甲４－２発明において、プロテインＣに代えて「ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」を使用することは、当業者が適宜行
うことであり、格別の困難性はない。
また、甲４の標題には「数種類のヒトビタミンＫ依存性タンパク質の保存
25 されたエピトープ」とあるから、プロテインＣ以外のヒトビタミンＫ依存性
タンパク質でマウスを免疫化することは十分に動機付けられることであり、
得られたハイブリドーマの中から、プロテインＣ以外のヒトビタミンＫ依存
性タンパク質に結合する抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現
するハイブリドーマを選択することも十分に動機付けられる。
したがって、本件発明３８について進歩性は認められない。
5 ⑷ その余の本件各訂正発明について
ア 本件訂正発明１３、３１、４０、５２及び５５に関する本件審決の判断
は、その進歩性を肯定する根拠として、本件訂正発明３での指摘事項を単
に繰り返しているだけにすぎず、本件訂正発明４５、６８及び７１に関す
る本件審決の判断は、本件訂正発明２２と同様の理由で進歩性を肯定して
10 いるものであって、いずれも誤りである。
イ その余の本件各訂正発明は、前記⑴から⑶まで及び⑷アに掲げられた請
求項の従属項であるから、同様に進歩性は否定される。
ウ 本件訂正発明６８、６９、７１、及び７２について、原告は本件無効審
判に係る審判請求書（甲２３）において、甲４発明を主引例とし、これに
15 甲１、甲６発明を副引例として参酌することで進歩性を欠く旨を主張した。
しかしながら、本件審決は、上記各訂正発明に関し、主引例と副引例を
入れ替えて、甲１を主引例、甲４を副引例とする、原告の全く主張してい
ない理由に対し、進歩性欠如の理由がないとの判断を下している。
上記各訂正発明についての審決の判断は、原告の主張する無効理由に対
20 するものではないため、審理不尽の瑕疵ないしは判断遺脱の違法がある。
〔被告の主張〕
⑴ 本件訂正発明３について
ア 甲４には、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に対して「特異的に認
識して結合する」抗体を取得しようとする技術的思想については、記載も
25 示唆もない。このことは、原告が副引例として挙げる甲１及び甲５ないし
１０も同様である。
イ 甲１８を参酌することができないことは、前記１〔被告の主張〕⑶のと
おりである。
⑵ 本件発明３８について
甲４に接した当業者が、Ｈ－１１以外の抗体を取得しようと動機付けられ
5 ることはなく、まして、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３という具体的
なタンパク質を標的として、それに結合する抗原結合性ドメインを含む結合
性タンパク質を取得しようと動機付けられることはない。
また、プロテインＣ以外のタンパク質でマウスを免疫化すること、得られ
たハイブリドーマの中から、プロテインＣ以外のタンパク質に結合する抗原
10 結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイブリドーマを選択す
ることを動機付けられることもない。
⑶ その余の本件各訂正発明について
ア 上記⑴と同様に、その余の本件訂正発明にも進歩性欠如の無効理由は存
しない。
15 イ 本件審決は、本件訂正発明６８の進歩性欠如の有無の判断に先立ち、
「Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」の意義並びに甲４、甲１及
び甲６の記載内容を詳細に検討した上で、上記進歩性欠如の有無の判断に
おいて、甲４、甲１及び甲６を含む「いずれの甲号証にも、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩのアミノ酸１－１３の６位及び／又は７位における特異的な構造を
20 認識して結合する（結合特異性）ことについて、記載も示唆もされていな
い」ことから、
「甲４には、Ｈ－１１が『ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識
して結合する』抗体であることは実質的に記載されているので、当業者で
あればその記載から『ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する』も
容易に想到し、本件訂正発明６８も容易想到である」との請求人（原告）
25 の主張は失当であると説示している。
以上のとおり、本件審決は、原告主張の進歩性欠如の無効理由が成り立
たないことを説示しており、本件訂正発明６８の進歩性欠如の無効理由に
ついて審理不尽又は判断遺脱はない。
本件訂正発明６９、７１及び７２の進歩性欠如の無効理由にしても、本
件訂正発明６８と同様、本件審決に審理不尽又は判断遺脱はない。
5 審決予告（乙７）の８４頁以下では、本件訂正前の請求項６８に係る発
明について、甲１－１発明に基づき進歩性を欠くと説示されている。この
審決予告後に被告が訂正請求をしたことを受けて、原告は審判事件弁駁書
を提出したが、審決予告の上記説示について審理不尽又は判断遺脱の違法
性があるとは主張せず、本件訂正発明６８が甲４－１発明に基づき進歩性
10 を欠くとの主張だけをしている。このことは、本件審決が甲１－１発明に
基づく進歩性欠如の無効理由についても判断することが原告に対する不
意打ちとならないことを原告が自認していたことの証左であり、本件訴訟
に至って原告が本件審決の審理不尽又は判断遺脱を主張することはでき
ない。
15 ３ 取消事由３（本件各訂正発明と甲１１に記載された発明との同一性（拡大先
願との同一性）に関する判断の誤り）について
〔原告の主張〕
⑴ 本件審決は、甲１１出願の優先権に関し、甲１１には実施例１ないし４の
記載がある一方、甲１１出願の優先権明細書である甲１２（特願２０１０－
20 １４７７８４号。以下「先願明細書」という。）には、実施例１ないし３は記
載されているが、実施例４が記載されておらず、Ｐ－１６モノクローナル抗
体及びＰ－１１モノクローナル抗体のエピトープに関する記載も存しないか
ら、実施例４に記載されている箇所は、甲１１発明（先願発明）の認定に組
み入れることはできないと判断した。
25 しかし、Ｐ－１６モノクローナル抗体及びＰ－１１モノクローナル抗体の
エピトープに関する記載が先願明細書にないとしても、エピトープに関する
事項は、各モノクローナル抗体に内在している特性であって、当業者であれ
ば甲１１出願の出願時において容易に知り得た情報である。
したがって、実施例４に記載されているエピトープに関する事項は、先願
明細書に明示の記載はないものの、各モノクローナル抗体をそのような所定
5 のエピトープを内在した抗体として認定すべきであり、本件審決の上記判断
は誤りである。
⑵ 本件審決は、甲１１－１発明から甲１１－７発明までを、前記第２の４⑵
ウ(ｱ)のとおり認定した。
しかし、甲１１には、ＰＩＶＫＡ－ＩＩと反応する２種の抗体を用いた二
10 抗体サンドイッチ法によりＰＩＶＫＡ－ＩＩを測定することが開示され、使
用される抗体はＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗体であり、モノクローナル抗
体が好適であること、このような抗体を得るにはＰＩＶＫＡ－ＩＩを免疫原
にして、公知の方法によりハイブリドーマを作製し、所定のハイブリドーマ
選択基準により所望のハイブリドーマを選択し、公知の方法によりＰＩＶＫ
15 Ａ－ＩＩと反応するモノクローナル抗体を得ることが開示されている。そし
て、ハイブリドーマの一例として、ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５８で特定され
るハイブリドーマ及びＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリド
ーマが記載され、抗体の一例として、これらのハイブリドーマから得られる
Ｐ－１１モノクローナル抗体及びＰ－１６モノクローナル抗体が開示されて
20 いる（甲１１の明細書の段落【００１０】 【００１１】 【００１５】 【００
、 、 、
３０】 【００３１】 【００３２】 【００３８】～【００４４】 。これらは、
、 、 、 ）
先願明細書（甲１２）にも記載されている（甲１２の明細書の段落【０００
９】 【００１０】 【００１４】 【００２５】 【００２６】 【００２７】 【０
、 、 、 、 、 、
０３３】～【００３８】 。
）
25 そうすると、甲１１には、二抗体サンドイッチ法によるＰＩＶＫＡ－ＩＩ
の測定に使用される２種の抗体として、
「モノクローナル抗体Ｐ－１１」、
「モ
ノクローナル抗体Ｐ－１６」のみが開示されているのではなく、モノクロー
ナル抗体Ｐ－１１、Ｐ－１６をそれぞれ一例として含む、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
に特異的な抗体」が開示されていると読むのが相当である。
以上によれば、甲１１－１発明は以下の「甲１１－１’発明」のとおり認
5 定されるべきである（下線部は本件審決の認定と異なる箇所である。 。
）
〔甲１１－１’発明〕
「精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産され
る、モノクローナル抗体Ｐ－１６を一例とする、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異
的に結合するモノクローナル抗体。」
10 甲１１－２発明、甲１１－３発明、甲１１－５発明ないし甲１１－７発明
についても、本件審決の認定中「モノクローナル抗体Ｐ－１６」とある箇所
を「モノクローナル抗体Ｐ－１６を一例とする、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的
に結合するモノクローナル抗体」に訂正した内容として認定すべきである。
⑶ 本件訂正発明３と甲１１発明の同一性
15 ア 本件審決は、本件訂正発明３と甲１１－１発明の一致点及び相違点を前
記第２の４⑵ウ(ｲ)ａのとおり認定した上で、①先願（優先）明細書（甲１
１、１２）には、モノクローナル抗体Ｐ－１６のエピトープはおろか、当
該抗体の変性ＰＩＶＫＡ－ＩＩ、変性プロトロンビン、トロンビン、プロ
トロンビンフラグメント、Ｇｌａ残基非含有ペプチドに対する反応性につ
20 いても記載がないこと、②甲１１－１の「モノクローナル抗体Ｐ－１６」
のエピトープは、プロトロンビンフラグメント１のＮ末端から５残基（配
列番号１４で表すａａ１－５）の範囲であり、プロトロンビン誘導ビタミ
ンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合
する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合す
25 る抗体が、甲１１に記載されているに等しい事項であるとも認められない
こと、及び③甲１１－１発明の「モノクローナル抗体Ｐ－１６」は、
「受託
番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドーマにより生
産されるモノクローナル抗体」であり、当該抗体は本件訂正発明３から明
示的に除かれていることから、前記相違点が先願（優先）明細書（甲１１、
１２）に記載され、又は記載されているに等しい事項であるとは認められ
5 ず、本件訂正発明３が甲１１－１発明と同一ではないと判断した。
イ しかし、①については、本件訂正発明３は、エピトープや「変性ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩ、変性プロトロンビン、トロンビン、プロトロンビンフラグメ
ント、Ｇｌａ残基非含有ペプチドに対する反応性」を構成要件とする発明
ではないから、本件訂正発明３の請求項に記載のない要件を持ち出して、
10 その記載の有無によって甲１１－１との同一性を判断することは失当で
ある。
ウ ②については、甲１１の記載（明細書の段落【００６３】 【００６６】
、 、
【００６７】【００６９】
、 ）を総合すると、Ｐ－１６のエピトープは、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩの１ないし５位（ＡＮＴＦＬ）にあり、このエピトープを含
15 むＰＩＶＫＡ－ＩＩの１－１６のペプチドに対し反応性を示したことか
ら、Ｐ－１６は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３にも当然に結合す
るものであり、したがって、Ｐ－１６はＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－
１３に結合する抗原結合性部分を含む抗体であると理解される。
そして、前記⑵のとおり、Ｐ－１６はＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的に結合
20 するモノクローナル抗体の一例であり、
「特異的に結合する」とは「特異的
に認識して結合する」と同義であるから、Ｐ－１６はＰＩＶＫＡ－ＩＩを
特異的に認識して結合する抗体である。甲１１に記載のＰＩＶＫＡ－ＩＩ
の１－１６（配列番号４）における１－１３位のアミノ酸配列は、本件明
細書等に記載のＰＩＶＫＡ－ＩＩの１－１３位のアミノ酸配列と同一で
25 あり、Ｐ－１６と本件訂正発明３の抗体は、１－１３位が同一配列である
ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して同様に反応性を示す抗体である。
エ ③については、甲１１－１発明は前記⑵のとおり、Ｐ－１６のみからな
る発明ではないものと認定されるべき（甲１１－１’発明）であるから、
Ｐ－１６の抗体がピンポイントで除外されたとしても、Ｐ－１６と同様に
ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的に結合する他のモノクローナル抗体まで除か
5 れたわけでなく、本件訂正発明３の残余の部分において、甲１１－１’発
明と区別することはできない。したがって、本件訂正発明３においてＰ－
１６が除かれたことは、同一性を否定する根拠とならない。
オ さらに、本件審決は、甲１１にはＰＩＶＫＡ－ＩＩの１－５位に結合す
る抗体という技術的思想が記載されているとの原告の主張に対し、甲１１
10 の段落【００６９】は甲１１出願の先願明細書（甲１２）に記載がないか
ら優先権主張の利益を受けることができないとか、先願明細書に記載され
ていたとしても、本件訂正発明３の結合性タンパク質は、ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉのアミノ酸１－１３の６位及び／又は７位における特異的な構造を認
識して結合するものであるから、１－５位に結合する抗体とは技術的思想
15 が異なるなどと指摘する。
しかし、抗体に本質的に内在するエピトープに関して優先権の有効性が
問題とならないことは前記⑴のとおりであり、「６位及び／又は７位にお
ける特異的な構造」を理由とする指摘は、本件訂正発明３に記載のない事
項であって、請求項の記載に基づかない指摘であるから、失当である。
20 カ 以上を総合すると、本件訂正発明３は甲１１－１’発明と同一である。
⑷ 本件発明３８と甲１１発明の同一性
本件審決は、本件発明３８と甲１１－４発明の一致点及び相違点を前記第
２の４⑵ウ(ｲ)ｅのとおり認定した上で、少なくとも相違点１（マウスを免疫
化するステップにおいて、本件発明３８では、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸
25 １－１７を含む抗原を使用するのに対して、甲１１－４発明では、クマジン
血漿より精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩを抗原として使用する点。 は、
） 課題解決
のための具体化手段における微差（周知技術、慣用技術の追加、削除、転換
等であって、新たな効果を奏するものではないもの）とはいえないから、両
者は実質同一であるとはいえず、本件発明３８は甲１１－４発明と同一では
ないと判断した。
5 しかし、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」とは、「ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７からなる抗原」ではなく、
「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉのアミノ酸配列として１－１７の部分を含んでいる抗原」と読むのが自然
であり、これはＰＩＶＫＡ－ＩＩ自体をも包含するものである。したがって、
甲１１－４発明における「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原」は本件発明３８の「ＰＩ
10 ＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」の一例といえるから、実質的
な相違点であるとはいえない。
また、取得しようとする抗体に合わせて抗原を適宜使用することは周知で
あるので、甲１１－４発明において、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原ではなく、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原として使用することは、甲１１
15 －４発明に対する周知技術の付加、削除、転換等に当たる。
そして、甲１１－４発明により得られるＰ－１６モノクローナル抗体は、
アミノ酸１－１６のペプチドに反応性を示すものであり（甲１１の段落【０
０６７】参照） ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原もＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
、
７を含む抗原も、エピトープ部分を共通に含む抗原であるから、新たな効果
20 を奏するものではない。
したがって、本件発明３８は、甲１１－４発明と同一である。
⑸ その余の本件各訂正発明について
ア 本件審決は、本件訂正発明１３、２２、３１、４０、４５、５２、５５、
６８、７１と甲１１発明との相違点を前記第２の４⑵ウのとおり認定した
25 上で、本件訂正発明３の場合と同様の理由により、相違点については先願
明細書に記載されておらず、記載されているに等しい事項であるとも認め
られないとして、甲１１発明と同一ではないと判断した。
しかし、本件訂正発明３と甲１１発明との同一性に関する本件審決の判
断が失当であることは前記⑶のとおりであり、上記各訂正発明も先願発明
と同一である。
5 イ その余の本件各訂正発明については、本件各訂正発明３又は上記アに掲
げた各訂正発明の従属項であるところ、本件審決は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを
特異的に認識して結合する抗体」を発明特定事項とするものを含むもので
あることを理由に、先願発明と同一でないと判断しているが、前記⑶及び
上記アと同様、本件判断は誤りである。
10 ⑹ したがって、本件各訂正発明は、先願発明と同一であり、特許法２９条の
２の規定により特許を受けることができないものであるから、同法１２３条
１項２号に該当する。
〔被告の主張〕
⑴ 先願発明の認定について
15 甲１１発明（先願発明）となり得るのは、甲１１出願に係る優先権明細書
である先願明細書（甲１２）に記載されている事項、及び、先願明細書に記
載されているに等しい事項から把握される発明である。先願明細書に記載さ
れていない、甲１１の実施例４中のモノクローナル抗体Ｐ－１６のエピトー
プに関する記載は、先願発明の認定に組み入れることはできない。
20 原告は、先願明細書に、モノクローナル抗体Ｐ－１６だけでなく、当該抗
体を「一例とする、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的に結合するモノクローナル抗
体」なるものが開示されていると主張するが、原告の主張する事実は認めら
れない。
⑵ 本件訂正発明３について
25 本件訂正発明３の「結合性タンパク質」は、前記１〔被告の主張〕⑴に記
載のとおりの意義である。
しかし、先願明細書には、モノクローナル抗体Ｐ－１６のエピトープはお
ろか、当該抗体の変性ＰＩＶＫＡ－ＩＩ、変性プロトロンビン、トロンビン、
プロトロンビンフラグメント、Ｇｌａ残基非含有ペプチドに対する反応性に
ついての記載もない。よって、甲１１－１発明は、本件訂正発明３と実質的
5 に同一とは認められない。
加えて、甲１１の段落【００６９】
（実施例４中の段落）の記載を参酌して
モノクローナル抗体Ｐ－１６のエピトープを甲１１－１発明の内容とするこ
とができたとしても、モノクローナル抗体Ｐ－１６のエピトープが、アミノ
酸１－５の範囲であることが記載されているから、本件訂正発明３とは異な
10 るものである。
さらに、甲１１－１発明のモノクローナル抗体Ｐ－１６は、
「受託番号ＦＥ
ＲＭＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノク
ローナル抗体」であるところ、当該抗体は、本件訂正発明３から明示的に除
かれている。
15 ⑶ 本件発明３８について
本件発明３８の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」には、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩの全長タンパク質（甲１１－４発明の「クマジン血漿より
精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩ」）は含まれないから、かかる構成は、甲１１－４
発明との実質的な相違点である。
20 また、本件発明３８と甲１１－４発明とは、課題が異なるから、抗原につ
いての両発明の相違点は、課題解決のための具体化手段における微差とは認
められない。
⑷ その余の本件各訂正発明について
その余の本件各訂正発明は、前記⑵と同様、先願発明と同一とは認められ
25 ない。
４ 取消事由４（明確性要件違反）について
〔原告の主張〕
⑴ 前記１〔原告の主張〕⑴のとおり、本件訂正発明３における「ＰＩＶＫＡ
－ＩＩを特異的に認識して結合」の用語に関する本件審決の解釈には誤りが
あり、訂正後の請求項３等の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合」
5 し、かつ「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合」するという規定にお
ける「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」の用語の意義が多義的であり、当業者にとって一
義的に明確に理解できることができない。
すなわち、本件訂正発明３では、単に「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」と記載されて
いるに留まり、いずれかのタイプ（前記１〔原告の主張〕⑴に掲げた「タイ
10 プ（ｉ）」ないし「タイプ（ｉｖ） ）に限定されることの規定はないが、タイ
」
プ（ｉｖ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンとはアミノ酸１－１３の配
列が同一であるので、アミノ酸１－１３における結合性を区別することはで
きない。したがって、タイプ（ｉｖ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩは、本件訂正発明
３に記載の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」ではあっても、本件審決が認定するような
15 「プロトロンビンのアミノ酸１－１３により、置換されない特性を有する」
とはいえず、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合」し、かつ「ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合」するという、訂正後の請求項３が規
定する「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」の意義は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのタイプの違いに
よって異なることになり、意義を一義的に理解することはできない。
20 被告らは、「本件訂正発明３の結合性タンパク質はＨＣＣまたは肝癌の検
出用に限定されたもの」との前提で、解決課題及び解決手段の観点から「Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合」という用語を解釈しており、本件
訂正発明３は「結合性タンパク質」という化合物の発明であるにも関わらず、
意図的に特定用途に対する解決課題を取り込んで、請求項の記載に基づかな
25 い被告ら独自の見解を主張している。
⑵ 仮に、審決が認定したように、ＰＩＶＫＡ－ＩＩをタイプ（ｉ）ないしタ
イプ（ｉｉｉ）のものと限定的に捉えたとしても、タイプ（ｉｉ）とタイプ
（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する結合特異性を測定した実施例はなく、
タイプ（ｉ）と同様の結合特異性を示すとはいえないので、ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉのタイプの違いによって意義が異なることになり、意義を一義的に理解す
5 ることはできない。
また、仮に、タイプ（ｉ）ないしタイプ（ｉｉｉ）のものと限定的に捉え、
かつ、本件審決が認定したように、
「置換されない特性」の点から結合特異性
を判断するとしても、その基準や程度は、訂正後の請求項３に係る発明にも
本件明細書等にも明示の定義がなく全く不明であり、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを
10 特異的に認識して結合する」という点において、タイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉ
ｉｉ）とがタイプ（ｉ）と同様の結合特異性を示すとは到底いえず、
「置換さ
れない特性」も同様であるとはいえない。
⑶ 以上のとおり、訂正後の請求項３は明確性要件に違反する。
また、同様の記載を含む訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、
15 ２５ないし３１、３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ない
し６９、７１及び７２も、明確性要件に違反する。
〔被告の主張〕
本件訂正後の請求項３の記載、本件明細書等の記載及び技術常識を踏まえれ
ば、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」とは、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける
20 ６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、それとは異なる構造、例えば、プ
ロトロンビンにおける６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識別し、両者の構
造の違い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕ
を含む特異的な構造部位の有無）に依存して、その両者に対する反応性が異な
ることを意味することが当業者にとって明らかであるから、本件訂正後の請求
25 項３等の記載は、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確であるとは認め
られない。
５ 取消事由５（サポート要件違反）について
〔原告の主張〕
本件訂正発明３は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」と規定
されているだけで、６位及び／又は７位のＧｌｕを認識して結合するとの規定
5 はなく、本件審決が述べている結合特異性は、実施例２の抗体６Ｈ６に係る事
項でしかなく、本件訂正発明３の発明特定事項ではない。
仮に多種多様のＰＩＶＫＡ－ＩＩの中の特定のＰＩＶＫＡ－ＩＩ（タイプ
（ｉ） に対して抗体６Ｈ６が所定の結合特異性を示したとしても、
） それは広範
に機能的に規定された本件訂正発明３に含まれる結合性タンパク質の１例に過
10 ぎず、タイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対してすらプ
ロトロンビンとは異なる結合特異性を示すか否かは不明であるから、請求項の
範囲全体にわたって課題が解決できると認識することはできない。
また、仮に、
「特異的に認識して結合する」という規定について、本件審決の
前提に従い、プロトロンビンとの反応性の違いを考慮するとすれば、プロトロ
15 ンビンとの結合性と比較して多少なりとも反応性に違いさえあれば、抗体６Ｈ
６と比較して結合特異性が低いものでも「特異性」があるとして、それらを全
て包含した発明であるとみることになるところ、反応性の違いが低い抗体であ
っても、ＨＣＣ又は肝癌を検出できることを合理的に推論することは困難であ
る。
20 以上の事情を総合すれば、本件訂正発明３は、ＨＣＣ又は肝癌を検出するこ
とのできない結合性タンパク質を広く包含することになり、請求項の範囲全体
にわたって「ＨＣＣまたは肝癌を検出するための、結合性タンパク質を提供す
る」という課題が解決できると認識することはできず、このような結合性タン
パク質を含む本件訂正発明３はサポート要件に違反する。
25 また、同様の記載を含む訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２
５ないし３１、３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６
９、７１及び７２も、サポート要件に違反する。
〔被告の主張〕
本件明細書等（段落【０００２】）によると、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩは･･･ＨＣＣ
患者の場合に上昇することが知られている」ところ、
「腫瘍学において、ＨＣＣ
5 または肝癌を検出するのに有効に用いられ得る抗体の開発が極めて必要」であ
ることから、本件訂正発明３は、ＨＣＣ又は肝癌を検出するための、
「ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩ･･･のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含む単離された
結合性タンパク質を提供する」（段落【０００５】）ことを解決課題とするもの
であること、上記解決課題を解決するために、本件訂正発明３は、ＰＩＶＫＡ
10 －ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、それとは異なる構
造、例えば、プロトロンビンにおける６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識
別し、両者の構造の違い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又
は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位の有無）に依存して、本件訂正発明３
の「結合性タンパク質」の両者に対する反応性が異なるという特徴を有する「結
15 合性タンパク質」を提供するものであり、本件明細書等の実施例（段落【０１
７４】）において、上記「結合性タンパク質」の一つである抗体６Ｈ６が、肝細
胞癌などで発生するＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合することが実験
データにより具体的に裏付けられていることから、本件訂正後の請求項３（及
び他の請求項）の記載は、当業者が、上記の解決課題を解決できると認識し得
20 る範囲のものと認められ、サポート要件を満たす。
６ 取消事由６（実施可能要件）について
〔原告の主張〕
本件訂正発明３は、ＨＣＣ又は肝癌を検出するための、結合性タンパク質を
提供することを技術的課題にするものであるが、前記４〔原告の主張〕⑵のよ
25 うに、タイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対してすらプ
ロトロンビンとは異なる結合特異性を示すか否かは不明であり、
「特異性」の程
度が不明なもの、あるいは特異性が低いものでも「特異的」であるとして包含
するものであるから、調製した結合性タンパク質がＨＣＣ又は肝癌を検出する
のに使用できるか否かは、逐一実験をしなければ明らかでないことになる。
これは、当業者に過度の試行錯誤を必要とするものであり、実施可能要件を
5 充足しているとはいえない。
また、同様の記載を含む訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２
５ないし３１、３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６
９、７１及び７２も、実施可能要件に違反する。
〔被告の主張〕
10 本件訂正発明３の「結合性タンパク質」は、前記５〔被告の主張〕に示した
性質を持つものとして特定されており、本件明細書等の記載を踏まえると、当
業者であれば、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」を、過度の試行錯誤を
要することなく製造し、かつ、本件訂正発明３の解決課題を解決できる形で使
用することが可能と理解する。
15 第４ 当裁判所の判断
１ 本件各訂正発明の技術的意義等
⑴ 特許請求の範囲
本件訂正後の本件特許に係る特許請求の範囲は、前記第２の２記載のとお
りである。
20 ⑵ 本件明細書等の記載
本件明細書等の記載は、別紙３のとおりである。
⑶ 本件各訂正発明の技術的意義等
上記⑴の特許請求の範囲及び上記⑵の本件明細書等の記載によれば、本件
各訂正発明に係る課題、技術的意義等は、以下のとおりである。
25 ア 技術分野、背景技術
本件訂正発明は、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肝癌の診断等に用いられ得る抗体
及びイムノアッセイ方法に関するものである。（段落【０００１】）
ＰＩＶＫＡ－ＩＩは分子量７２ｋＤａを有する大型の糖タンパク質で
あり、病気等でビタミンＫが欠乏した時に、プロトロンビンからカルボキ
シル化が不完全なものとして変換されるものであるが、ＨＣＣ患者の場合
5 に上昇することが知られている（段落【０００２】 。
）
イ 本件各訂正発明における従前の課題
生物マーカーの使用によってＨＣＣ又は肝癌を検出するための利用可
能な効果的な方法はなく、さらに、ＨＣＣ若しくは肝癌を効果的に検出す
るイムノアッセイにおいて有用である又はＨＣＣ若しくは肝癌を処置す
10 るために必要とされる結合特異性を有するモノクローナル抗体は殆んど
知られていなかった（段落【０００２】 。
）
また、従来、利用可能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノアッセイは、
一部分のタンパク質だけ（主に、環状ジスルフィド結合のアミノ酸１７－
２３の配列） 及び周囲の配列、
、 すなわちアミノ酸１３－２７を検出するも
15 のであり、アミノ酸１７－２３のＧＬＡの外側（脱炭酸されたＧＬＡを含
む。）は検出されていなかった（段落【００２８】 。
）
このため、腫瘍学において、ＨＣＣ又は肝癌を検出するのに有効に用い
られ得る抗体の開発が極めて必要とされていた（段落【０００２】 。
）
本件訂正発明は、肝細胞癌（ＨＣＣ）又は肝癌を検出するのに有効に用
20 いられ得るモノクローナル抗体を提供することを課題とするものである
（段落【０００１】 【０００２】 。
、 ）
ウ 本件各訂正発明の効果
本件訂正発明３の「結合性タンパク質」は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ
酸１－１３」における脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応することが
25 でき、カルボキシル化された（通常の）アミノ酸残基と中程度に反応する
ことができる（段落【００２８】 。
）
このため、本件各訂正発明は、これをＰＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノ
アッセイに用いることにより、従来、利用可能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対す
るイムノアッセイでは不可能であったＰＩＶＫＡ－ＩＩの「アミノ酸１７
－２３のＧＬＡの外側（脱炭酸されたＧＬＡを含む。 」の検出を可能にし
）
5 た新たな抗体として、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する
抗原結合性部分」を含む単離された結合性タンパク質（抗体）を提供する
という技術的意義を有するものといえる。
ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合性部分を
有する第１の抗ＰＩＶＫＡ抗体、及びＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
10 ３に結合する抗原結合性部分を有する第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体（これが本
件訂正発明３に該当する）の両方の抗体をアッセイにおいて用いることで、
高レベルの特異性でＰＩＶＫＡ１３－２７及びＰＩＶＫＡ１－２７の両
方を検出することができ、したがってＰＩＶＫＡ１３－２７単独を検出す
ることによって生成されるものよりも強力なシグナルを生成する（段落
15 【００２８】 。
）
エ 具体的な実施形態及び実施例
(ｱ) 前記ウのとおり、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗
原結合性部分を有する第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体（本件訂正発明３に該当）
は、ＰＩＶＫＡの脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応することがで
20 き、カルボキシル化された（通常の）アミノ酸残基と中程度に反応する
ことができる。
本開示は、３７±４ｎＭ又はそれ未満の解離定数（Ｋ ｄ ）で、好ましく
は１×１０ －９Ｍ又はそれを超える範囲の、好ましくは約１×１０ １０Ｍ ９
又はそれを超える、ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドに対するＫ ｄで、ＰＩＶＫ
25 Ａ－ＩＩの一つ又は複数のエピトープに結合する結合性タンパク質、特
に、本件明細書等において「６Ｈ６」と呼ぶモノクローナル抗体を提供
する。特に、本開示の結合性タンパク質又は抗体は、約１×１０ －９Ｍ又
はそれを超える、好ましくは約１×１０－１０ Ｍ又はそれを超える、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩのアミノ酸領域１－１３に対するＫ ｄ を有する。抗体はこの
ように、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識し結合することができる。抗
5 体がＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合した後は、例えば、プロトロンビンによっ
て置換されない。抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩ及びプロトロンビンに同時に
曝露された場合、本開示の６Ｈ６抗体は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩよりもプロ
トロンビンに対して約１０倍から約１０００倍低い親和性を有するもの
である（段落【００２９】 。
）
10 (ｲ) ここで、上記(ｱ)の「３７±４ｎＭ」というＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド
に対する解離定数Ｋ ｄ 及び「ＰＩＶＫＡ－ＩＩよりもプロトロンビンに
対して約１０倍から約１０００倍低い親和性を有するものである」とい
う性質は、いずれも実施例２（段落【０１７２】～【０１７５】）におけ
る「６Ｈ６モノクローナル抗体」のＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１
15 ３）に対する親和性の結果を示したものである。
(ｳ) ６Ｈ６モノクローナル抗体についての実施例（実施例１～３）
実施例１は、本件訂正発明３の結合性タンパク質（抗体）に包含され
る「６Ｈ６モノクローナル抗体」の調製である（段落【０１６６】～【０
１７１】 。
）
20 実施例２は、前記(ｲ)のとおり、６Ｈ６モノクローナル抗体（ｍＡｂ ６
Ｈ６）のＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）又はプロトロンビンペ
プチド（１－１３）に対する親和性を比較するものである（段落【０１
７２】～【０１７５】 。
）
実施例３は、自動化イムノアッセイにおける６Ｈ６モノクローナル抗
25 体の使用例である（段落【０１７６】～【０１８１】 。
）
発明の詳細な説明に、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」として、
調製例及び使用例が具体的に開示されているのは、６Ｈ６モノクローナ
「
ル抗体」のみである。
２ 本件優先日及び本件出願日当時の技術常識
⑴ 甲２（動脈硬化 Vol.23[1996], No.10、５６７～５７１頁）及び甲３（特開
5 平５－２４９１０８号公報）の記載によれば、ＰＩＶＫＡ－ＩＩは、ビタミ
ンＫ依存性血漿タンパク質の一つであるプロトロンビンの前駆物質であって、
アミノ末端領域にあるＧｌａドメインにおける１０個のグルタミン酸残基に
ついてのγ‐カルボキシル化の程度が不完全なもの（脱炭酸、すなわち脱カ
ルボキシル化されたもの）であり、１０個のグルタミン酸残基中いくつがγ
10 －カルボキシル化を受けるかに応じて数種類のＰＩＶＫＡ－ＩＩが存在し得
る構造的特徴を有すること、及びＰＩＶＫＡ－ＩＩがＨＣＣ患者において上
昇することは、本件優先日及び本件出願日当時の技術常識であったと認めら
れる。
⑵ 甲６（免疫生物学－免疫系の正常と病理－（原書第５版）、笹月健彦監訳、
15 株式会社南江堂、２００５年７月１５日、６１９～６２８頁）によれば、ラ
ジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）はいずれ
も、抗体もしくは抗原への直接結合を測定する目的で使われる手法であり、
抗原を検出するには、当該抗原のエピトープを認識する抗体を標識して用い
ること、そして、抗体（モノクローナル抗体）をハイブリドーマ技術によっ
20 て調製することは、いずれも本件優先日及び本件出願日当時の技術常識であ
ったと認められる。
⑶ 甲１５（多田富雄他編、免疫学用語辞典 第三版、最新医学社、１９９３
年、４７頁）及び甲１６（免疫学ハンドブック、免疫学ハンドブック編集委
員会編、株式会社オーム社、平成１７年１０月２５日、１１～１３頁）の記
25 載によれば、抗原分子上の抗体が結合する部位を抗原決定基あるいはエピト
ープといい、抗原分子上で分子量４００ないし１０００程度の大きさの構造、
すなわち、６ないし１０個のアミノ酸残基より成るペプチド部分、５ないし
８個の単糖より成る多糖体部分がこれを形成していると考えられており、抗
原がタンパク質のような分子である場合、異なる抗原決定基（エピトープ）
が多数存在することが知られている。
5 そして、免疫グロブリン（抗体）の抗原結合部位（本件訂正発明３の「抗
原結合性部分」）と、抗原のエピトープとは、幾つもの弱い非共有結合〔静電
気的結合、水素結合、ファン デル ワールス（van der Waals）結合など〕
が合わさって、最終的には強く結合されることも、本件優先日及び本件出願
日当時の技術常識であったと認められる。
10 ３ 本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」の意義
について
原告は、各取消事由に関する主張において、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ
－ＩＩを特異的に認識して結合する」の意義に関する本件審決の解釈に誤りが
あり、この誤りが各取消事由に係る本件審決の判断の誤りにつながっていると
15 いう趣旨の主張をしている。そこで、まず、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－
ＩＩを特異的に認識して結合する」の意義について検討する。
⑴ 本件訂正発明３は、「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ
（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する、単離された結合性タンパク
20 質（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドー
マにより産生されるモノクローナル抗体を除く） 」である。
。
そして、本件審決は、本件明細書等に開示された抗体の一つである第２の
抗体、すなわち訂正後の請求項３に係る結合性タンパク質は、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩのアミノ酸１－１３の脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応し、反応
25 後（結合後）は、脱炭酸されていない通常のアミノ酸１－１３、すなわち、
プロトロンビンのアミノ酸１－１３により、置換されない特性を有すると認
定した。
また、本件審決は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌ
ｕが、プロトロンビンの６位及び７位のＧｌａとは異なる特異的な構造部位
であるといえ、訂正後の請求項３に係る「結合性タンパク質」は、当該特異
5 的な構造部位により「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」もの
であると理解できると判断した。
⑵ 本件各訂正発明に係る特許請求の範囲及び本件明細書等には、「ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩ」の明確な定義又は限定は示されていない。
しかし、本件明細書等には、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩタンパク質のＧＬＡドメイ
10 ンは、１０個のＧＬＡアミノ酸を含む、アミノ酸１－４６（またはプロトロ
ンビン配列の４４－８８）からなる。ＰＩＶＫＡタンパク質は、脱炭酸され
たＧＬＡの位置及び数に関して変化する複数の形態において存在する。（段
」
落【００２８】）と記載されている。
これは、甲３（前記２⑴）における「ＰＩＶＫＡ－ＩＩはビタミンＫ依存
15 性血漿蛋白質の一つであるプロトロンビンの前駆物質であって、アミノ末端
領域にある１０個のグルタミン酸残基についてのγ－カルボキシル化の程度
が不完全なもの」をいい、
「１０個のグルタミン酸残基中いくつがγ－カルボ
キシル化を受けるかにより数種類のＰＩＶＫＡ－ＩＩが混在した状態で存在
している」という記載（甲３の【発明の詳細な説明】
【０００２】）と整合し、
20 本件出願日当時及び本件優先日当時の技術常識であったといえる。
そうすると、本件訂正発明３における「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」は、１０個の
グルタミン酸残基中のγ－カルボキシル化の程度の違いによる複数の形態の
もの（全て又は一部が脱炭酸されたグルタミン酸残基であるもの）を包含す
るといえる。
25 そして、本件訂正発明３で特定される「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－
１３」の配列に着目した場合、脱炭酸され得るグルタミン酸残基は、６位及
び７位にのみ存在するから、原告が主張するように（前記第２の１〔原告の
主張〕⑴）、６位及び７位の構造の違い（カルボキシル基の有無）により、タ
イプ（ｉ）（６位及び７位がＧｌｕ）、タイプ（ｉｉ）及びタイプ（ｉｉｉ）
（６位又は７位の一方がＧｌｕで、他方がＧｌａ）並びにタイプ（ｉｖ）
（６
5 位及び７位がＧｌａ）が存在し得ることになる（カルボキシル基を有する場
合が「Ｇｌａ」、有しない場合が「Ｇｌｕ」である。 。
）
⑶ 抗体の「抗原結合性部分」とは、抗原に特異的に結合する能力を保持する
抗体の一つ又は複数のフラグメントを意味し、抗体の抗原結合性の機能は、
全長の抗体の一つ又は複数のフラグメントによって行われ得る（本件明細書
10 等段落【００３７】 。
）
他方、抗体によって結合される抗原の領域は、エピトープ（抗原決定基、
抗原性決定基）と呼ばれ、抗原分子上の抗原抗体反応の特異性及び免疫原性
を決定している構造であり、抗原分子上で分子量４００ないし１０００程度
の大きさの構造（６～１０個のアミノ酸残基より成るペプチド部分、５～８
15 個の単糖より成る多糖体部分がこれを形成していると考えられている。）を
有する（本件明細書等段落【００４６】、甲１５、甲１６（前記２⑶） 。
）
つまり、抗体は、そのフラグメントである抗原結合性部分において、抗原
の特定のペプチド部分等の構造（抗原性決定基又はエピトープ）と結合する。
そうすると、本件訂正発明３においては、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
20 －１３に結合する抗原結合性部分」とは、抗原であるＰＩＶＫＡ－ＩＩにお
いて、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」の範囲内にエピトープが存在
し、当該エピトープに結合する「抗原結合性部分」であることを意味するも
のと認められる。
⑷ 本件明細書等の段落【００２９】には、
「抗体はこのように、ＰＩＶＫＡ－
25 ＩＩを特異的に認識し結合することができる。」という記載が存在する。
上記段落【００２９】は、本件明細書等の段落【００２８】から始まる「発
明を実施するための形態」のうちの「Ａ．序文および定義」の項目に含まれ
るものである。
段落【００２８】は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗
原結合性部分」を有する新たな抗体である「第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体」につ
5 いて述べており、この「第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体」は、ＰＩＶＫＡの脱炭酸
されたアミノ酸残基と強力に反応することができ、カルボキシル化された（通
常の）アミノ酸残基と中程度に反応することができるものであり、これをＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノアッセイに用いることにより、従来、利用可
能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノアッセイでは不可能であったＰＩＶＫ
10 Ａ－ＩＩの「アミノ酸１７－２３のＧＬＡの外側（脱炭酸されたＧＬＡを含
む。 」の検出を可能にし、アッセイにおいて、
） 「第１の抗ＰＩＶＫＡ抗体」と
共に用いることにより、
「高レベルの特異性」でＰＩＶＫＡ１３－２７及びＰ
ＩＶＫＡ１－２７の両方を検出することが可能となるとされている。つまり、
アミノ酸１－１３のカルボキシル化されたアミノ酸残基（プロトロンビン）
15 よりも、アミノ酸１－１３の脱炭酸されたアミノ酸残基（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）
と強力に反応する特性を有する「第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体」を用いることに
より、従来、利用可能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノアッセイでは不可
能であったＰＩＶＫＡ－ＩＩの「アミノ酸１７－２３のＧＬＡの外側（脱炭
酸されたＧＬＡを含む。 の検出が可能になるものといえる。このような段落
）
20 【００２８】の内容からすると、同段落の「高レベルの特異性」は、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩの脱炭酸されたアミノ酸残基（Ｇｌｕ）と強力に反応することに
よって、ＰＩＶＫＡ－ＩＩをプロトロンビンと十分に識別することを意味す
ると解される。
そして、これを受けて、本件明細書等の段落【００２９】は、新たな「抗
25 体」ないし「結合性タンパク質」が、
「したがって３７±４ｎＭまたはそれ未
満の･･･ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドに対するＫｄで、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの１つ
または複数のエピトープに結合する結合性タンパク質」であること、特に、
「約１×１０ －９Ｍまたはそれを超える、好ましくは約１×１０ －１０ Ｍまたはそ
れを超える、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸領域１－１３に対する解離定数（Ｋ
ｄ ）を有する」ことを記載した上で、
「抗体はこのように、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
5 を特異的に認識し結合することができる。」と記載している。
以上によれば、本件明細書等の段落【００２９】の「抗体はこのように、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識し結合することができる」 「このように」
の
とは、
「抗体」ないし「結合性タンパク質」が、アミノ酸１－１３のカルボキ
シル化されたアミノ酸残基（プロトロンビン）よりも、アミノ酸１－１３の
10 脱炭酸されたアミノ酸残基（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）と強力に反応する特性を有
することにより、従来、利用可能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対するイムノアッセ
イでは不可能であったＰＩＶＫＡ－ＩＩの「アミノ酸１７－２３のＧＬＡの
外側（脱炭酸されたＧＬＡを含む。 」
） の検出を可能にし、 高レベルの特異性」
「
で、すなわち抗体（結合性タンパク質）のＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビ
15 ンとの反応性の違いに基づいて、プロトロンビンと十分に識別してＰＩＶＫ
Ａ１３－２７及びＰＩＶＫＡ１－２７の両方を検出することを指すものと認
められる。そして、このように、抗体のＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビン
との反応性の違いに基づいて、ＰＩＶＫＡ－ＩＩをプロトロンビンと識別し
て結合することが「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識し結合する」ことを意
20 味するものと解される。
段落【００２９】は、これに引き続いて、抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合
した後は、プロトロンビンによって置換されないこと、 本開示の６Ｈ６抗体」
「
がＰＩＶＫＡ－ＩＩよりもプロトロンビンに対して低い親和性を有すること
が記載されており、いずれも、抗体が、プロトロンビンよりもＰＩＶＫＡ－
25 ＩＩと強力に反応することを説明したものといえるから、それ以前の記載内
容と整合する。
以上によれば、本件審決において、
「その抗体の一つ（第２の抗体、すなわ
ち訂正後の請求項３に係る結合性タンパク質）は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミ
ノ酸１－１３の脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応し、反応後（結合後）
は、脱炭酸されていない通常のアミノ酸１－１３、すなわち、プロトロンビ
5 ンのアミノ酸１－１３により、置換されない特性を有し、 「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
」
Ｉを特異的に認識し、結合することができるものであることが理解できる。」
とした認定（審決書８４頁）に誤りはなく、本件訂正発明３の「単離された
結合性タンパク質」における「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニス
トＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分
10 を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」という発明特定事
項は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」の範囲内にエピトープが存在
し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの脱炭酸されたアミノ酸残基（Ｇｌｕ）と強力に反応
することによって、抗原であるＰＩＶＫＡ－ＩＩを「プロトロンビン」と識
別して結合することであると認められる。
15 前記１⑶イのとおり、本件訂正発明は、肝細胞癌（ＨＣＣ）又は肝癌を検
出するのに有効に用いられ得るモノクローナル抗体を提供することを課題と
するものであるが、ＰＩＶＫＡ－ＩＩは、ＨＣＣ患者の場合に上昇すること
が知られているのであるから、本件訂正発明の結合性タンパク質（抗体）が、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩ及びプロトロンビンの反応性の差異を利用して、ＰＩＶＫ
20 Ａ－ＩＩをプロトロンビンと識別して結合するものであるという上記解釈は、
本件訂正発明の技術的意義とも合致する。
⑸ 前記⑵のとおり、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」には、１０個のグルタミン酸残基中
のγ－カルボキシル化の程度の違いによる複数の形態のもの（全て又は一部
が脱炭酸されたグルタミン酸残基であるもの）が包含されること、つまり、
25 プロトロンビンのγ－カルボキシル化されたグルタミン酸残基（Ｇｌａ）の
うち、少なくとも一つが脱炭酸されてグルタミン酸残基（Ｇｌｕ）となった
ものがＰＩＶＫＡ－ＩＩであることが、本件優先日及び本件出願日当時の技
術常識であった。
また、本件訂正発明３で特定される「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
３」の配列に着目した場合、脱炭酸され得るグルタミン酸残基は、６位及び
5 ７位にのみ存在する（前記⑵）。この点は当事者間に争いがなく、本件出願当
時の技術常識であったと認められる。したがって、プロトロンビンとアミノ
酸残基が異なり得る箇所が、
「６位及び／又は７位のグルタミン酸残基」にお
けるカルボキシル基の有無のみであることも、本件出願当時の技術常識から
みて自明である。
10 これらのことからすると、当業者は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
３」における「脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応することができ、カ
ルボキシル化された（通常の）アミノ酸残基と中程度に反応することができ
る」（本件明細書等の段落【００２８】）という性質を利用して、イムノアッ
セイにおいてＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出可能とするためには、６位及び７位が
15 Ｇｌａであるプロトロンビンと、当該位置におけるアミノ酸残基が異なるＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩとを識別できる抗体（結合性タンパク質）であればよいこと
も理解できる。
以上の本件明細書等の記載（アミノ酸残基による反応性の違い）及び本件
出願当時の技術常識を踏まえれば、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおけるアミノ酸１
20 －１３」と「プロトロンビンにおけるアミノ酸１－１３」とは、
「６位及び／
又は７位のグルタミン酸残基」におけるカルボキシル基の有無（カルボキシ
ル基を有する場合は「Ｇｌａ」、有しない場合は「Ｇｌｕ」）によって、その
配列の違いにより、構造の違いを生じ得るから、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける
６位及び／又は７位のＧｌｕ」 「プロトロンビンにおける６位及び７位の
が、
25 Ｇｌａ」とは異なる特異的な構造部位であるといえる。
⑹ 前記⑷及び⑸によれば、本件明細書等の記載及び特許出願当時の技術常識
を踏まえれば、当業者であれば、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合」するとは、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」が、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、プロ
トロンビンにおける６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識別し、両者の構
5 造の違い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌ
ｕを含む特異的な構造部位の有無）に依存して、その両者に対する反応性が
異なることを意味すると理解することができる。
⑺ この点に関して原告は、前記第３の１〔原告の主張〕⑴のとおり、本件明
細書等の記載及び当業者の技術常識に基づけば、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異
10 的に認識して結合する」とは、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に存在
するエピトープを認識してＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合することを意味するにほ
かならないと主張する。
確かに、本件明細書等の段落【００３５】には、
「本明細書で用いられる『結
合』『特異的結合』または『特異的に結合する』の語は、抗体、タンパク質
、
15 またはペプチドの、第２の化学種との相互作用に関して、相互作用が化学種
上の特定の構造（例えば、抗原性決定基もしくはエピトープ）の存在に依存
すること」を意味するとある。
しかし、本件訂正発明３で用いられている語句は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合する」であり、段落【００３５】の「特異的に結合する」
20 と全く同一ではない。そして、
「特異的に認識して結合する」の語句は段落【０
０２９】に存在するところ、本件明細書等の文脈も踏まえた同段落の上記語
句の解釈は、前記⑷のとおりである。そして、本件明細書等の段落【００２
９】の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」と、本件訂正発明
３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」とを別異に解すべき
25 根拠となる事情は認められないから、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
を特異的に認識して結合する」という発明特定事項は、前記⑷のとおり、
「Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」の範囲内にエピトープが存在し、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩの脱炭酸されたアミノ酸残基（Ｇｌｕ）と強力に反応すること
によって、抗原であるＰＩＶＫＡ－ＩＩを「プロトロンビン」と識別して結
合することであると認めることができる。
5 これに加え、前記⑸の説示内容も併せれば、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩを特異的に認識して結合する」は前記⑹のとおり解するのが相当で
あり、単にＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に存在するエピトープを認
識してＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合することを意味すると解することはできない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
10 ４ 取消事由１（本件訂正発明３の甲４－１発明に対する新規性の有無に関する
判断の誤り）について
⑴ 甲４の記載内容は、別紙４「文献の記載」１に記載のとおりである。
上記のとおりである甲４の記載内容によれば、甲４に記載された発明の一
つとして、本件審決が認定した甲４－１発明（前記第２の４⑵ア(ｱ)ａ）があ
15 ると認められる。この甲４－１発明が甲４に記載されていることについては、
当事者間に争いがない。
甲４－１発明の内容に照らせば、本件訂正発明３と甲４－１発明との一致
点及び相違点は、本件審決が認定した前記第２の４⑵ア(ｲ)のとおりであると
認められる。したがって、本件訂正発明３と甲４－１発明との間には上記の
20 相違点があり、後記５⑴のとおり、同相違点は実質的な相違点であるから、
本件訂正発明３と甲４－１発明とが同一であるとは認められない。
⑵ 原告の前記第３の１〔原告の主張〕の主張について
ア 原告は、前記第３の１〔原告の主張〕⑴のとおり、本件明細書等の記載
及び当業者の技術常識に基づいて解釈すれば、甲４－１発明の抗体Ｈ－１
25 １は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」ものであるから、
本件訂正発明３に係る結合性タンパク質は、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１
と区別することはできず、本件訂正発明３は甲４－１発明と同一であって、
新規性を有さないと主張する。
しかし、前記３のとおり、本件明細書等の記載及び本件優先日当時の技
術常識を踏まえれば、本件訂正発明３の「単離された結合タンパク質」に
5 おける「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ
－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩを特異的に認識して結合する」という発明特定事項は、抗原であ
るＰＩＶＫＡ－ＩＩのうち、上記「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」
の範囲内にエピトープが存在し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの脱炭酸されたアミノ
10 酸残基（Ｇｌｕ）と強力に反応することによって、抗原であるＰＩＶＫＡ
－ＩＩを「プロトロンビン」と識別して結合することであると認められる。
これに対し、甲４には、抗体Ｈ－１１について、
「数種類の他のビタミン
Ｋ依存性タンパク質は、当該抗体（抗体Ｈ－１１）への免疫抗原プロテイ
ンＣの結合を阻害することが見出された。」との記載がある（別紙４「文献
15 の記載」１⑵ア、⑶オ）。これはすなわち、抗体Ｈ－１１が、数種類のビタ
ミンＫ依存性タンパク質に結合する（この結合のため、抗体Ｈ－１１が免
疫抗原プロテインＣと結合することが阻害される。）ことを意味しており、
プロトロンビンも抗体Ｈ－１１のプロテインＣとの結合を阻害したこと
が記載されている（別紙４「文献の記載」１⑶オ）。さらに、甲４には、プ
20 ロトロンビン上の抗原性部位が、Ｇｌａ残基の熱による脱カルボキシル化
の後にも反応性であり、この結果は、グルタミン酸残基のγ‐カルボキシ
ル化が抗体認識に必要とされないことを示すことが記載されている（別紙
４「文献の記載」１⑶カ）。
これらの記載内容からすれば、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１は、抗原決
25 定基のグルタミン酸残基がカルボキシル化されたプロトロンビンであっ
ても、脱カルボキシル化されたＰＩＶＫＡ－ＩＩであっても、認識し、結
合すると認められるから、本件訂正発明３の「プロトロンビン誘導ビタミ
ンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合
する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合す
る」ものに相当するとはいえない。
5 イ 原告は、前記第３の１〔原告の主張〕⑵のとおり、甲１８を参酌すれば、
抗体Ｈ－１１は、血液中に含まれる程度の「通常の」カルシウムイオン濃
度の条件下で、ＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンとの間で反応性が明確
に異なっているから、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」に
該当すると主張する。
10 しかし、甲４は、抗体Ｈ－１１について、
「抗原決定基のグルタミン酸残
基がカルボキシル化されたプロトロンビンであっても、脱カルボキシル化
されたＰＩＶＫＡ－ＩＩであっても、認識し、結合する」ことを開示する
にとどまる。確かに、甲１８は甲４の後に公開された文献であって、同文
献の記載からは、カルシウムイオン濃度１０ｍＭの条件下でのＨ－１１の
15 ＰＩＶＫＡ－ＩＩ等への結合性という甲４では開示されていなかった新
たな実験に基づくＨ－１１に関する性質を開示するものであると認めら
れるものの、カルシウムイオン存在等の条件によって、抗体Ｈ－１１のプ
ロトロンビン及びＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性に変化があることは、
甲４の開示から当業者が認識できるものではない。そうすると、甲１８に
20 おけるカルシウムイオン濃度１０ｍＭの特殊な条件下での結果による反
応性の違いという知見は、追加実験による新たな反応性の知見を提示する
ものであって、甲４の開示を超えた新たな性質の発見に基づく発明を認定
するものといえるから、甲４の記載の再現実験により確認された属性とい
うことはできない。
25 したがって、甲４を主引例とする新規性の判断において、甲１８を参酌
して甲４発明の内容を認定することは許されないと解すべきである。
甲４及び甲１８によれば、各文献の著者の一部が同一であることが認め
られ、この事実からすると、甲４の記載の基となっている研究と、甲１８
の記載の基となっている研究が関連するものである可能性は否定できな
いが、仮に上記各研究が関連するものであったとしても前記結論は左右さ
5 れない。
ウ 以上によれば、原告の上記各主張はいずれも採用することができない。
⑶ 取消事由１に関する結論
以上によれば、本件訂正発明３の甲４－１発明に対する新規性の有無に関
する本件審決の判断に誤りはなく、取消事由１には理由がない。
10 ５ 取消事由２（本件各訂正発明の甲４－１発明、甲１－１発明又は甲４－２発
明に対する進歩性の有無に関する判断の誤り）について
⑴ 本件訂正発明３の甲４－１発明に対する進歩性について
ア 前記４⑴及び⑵アのとおり、甲４の記載によれば、甲４－１発明の抗体
Ｈ－１１は、抗原決定基のグルタミン酸残基がカルボキシル化されたプロ
15 トロンビンであっても、脱カルボキシル化されたＰＩＶＫＡ－ＩＩであっ
ても認識し、結合すると認められるから、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認
識して結合」するものとは認められない。
そして、甲４の記載内容は別紙４「文献の記載」１に記載のとおりであ
るところ、甲４には、前記３のとおりの意味における「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
20 を特異的に認識して結合する」ものが記載も示唆もされているとは認めら
れないから、甲４－１発明の抗体Ｈ－１１を、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的
に認識して結合する」ものとすることは、当業者が容易に想到できたもの
とはいえない。
イ 原告の前記第３の２〔原告の主張〕⑴の主張について
25 (ｱ) 原告は、抗体Ｈ－１１はＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合
するものであり、これはアミノ酸１－１３の中に存在するエピトープ部
分に特異的に結合することを意味するのであって、抗体Ｈ－１１はＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩにも特異的に認識して結合するものであるから、甲４－１
発明は、本件訂正発明３と実質的に相違する点はなく、仮に相違点があ
るとしても、甲４－１発明に係る当業者であれば、抗体Ｈ－１１をＰＩ
5 ＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体とすることは、容
易に動機付けられると主張する。
しかし、前記３のとおり、本件明細書等の記載及び特許出願当時の技
術常識を踏まえれば、本件訂正発明３の「単離された結合タンパク質」
における「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶ
10 ＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」という発明特定は、抗原
であるＰＩＶＫＡ－ＩＩのうち、上記「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
－１３」の範囲内にエピトープが存在し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの脱炭酸さ
れたアミノ酸残基（Ｇｌｕ）と強力に反応することによって、抗原であ
15 るＰＩＶＫＡ－ＩＩを「プロトロンビン」と識別して結合することを意
味すると解される。そして、上記理解に基づけば、甲４－１発明が本件
訂正発明３と実質的に相違する点がないとはいえず、抗体Ｈ－１１をＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体とすることにつ
いて当業者が容易に動機付けられるとも認められない。
20 (ｲ) 原告は、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」を上記(ｱ)
のとおり解するとしても、甲１８を参酌することで、甲４－１発明に係
る抗体Ｈ－１１が、６位及び７位の残基の違いによる異なる反応性、す
なわち所定の反応特異性を示すことが認められると主張する。
しかし、甲１８の性質及び内容は、前記４⑵イのとおりであり、抗体
25 Ｈ－１１について甲４の開示を超え、新たな実験に基づく新たな性質を
開示するものであるところ、甲１８で開示された抗体Ｈ－１１の新たな
性質が本件優先日当時の技術常識であったとはいえない。また、甲４を
主引例とする進歩性の判断において、抗体Ｈ－１１について、甲４では
開示されておらず甲１８で開示された性質を、甲１８を副引例として用
いることで認定することは許されないというべきである。
5 (ｳ) 原告は、本件訂正発明３の効果は、本件訂正発明３の一つの実施例で
ある抗体６Ｈ６において、ヒト血清中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出できる
という程度のものでしかなく、抗体として当然に予測されるものに過ぎ
ないと主張する。
しかし、抗体６Ｈ６、さらには本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
10 を特異的に認識して結合する」
「単離された結合性タンパク質」が、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩを検出することができる性質を有することが、抗体として
「
当然に予測されるものに過ぎない」とは解されず、このような理由で、
本件訂正発明３と甲４発明との相違点について当業者が容易想到である
とは認められない。
15 (ｴ) 以上によれば、原告の上記各主張はいずれも採用することができない。
⑵ 本件訂正発明２２の甲１－１発明に対する進歩性について
ア 甲１の記載内容は、別紙４「文献の記載」２に記載のとおりである。
上記のとおりである甲１の記載内容によれば、甲１には本件審決が認定
した甲１－１発明（前記第２の４⑵イ(ｱ)）が記載されていると認められる。
20 甲１－１発明の内容については当事者間に争いがない。
甲１－１発明の内容に照らせば、本件訂正発明２２と甲１－１発明との
一致点及び相違点は、本件審決が認定した前記第２の４⑵イ(ｲ)ａのとおり
であると認められる。
そして、前記⑴及び前記４のとおり、甲４には、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのア
25 ミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合」する抗体は記載されておらず、容易に想到できたも
のともいえないから、甲４を副引例としたとしても、甲１－１発明におけ
る「ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂ」を、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミ
ノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異
的に認識して結合」する抗体とすることが、当業者に容易に動機付けられ
5 るとはいえない。
イ 原告の前記第３の２〔原告の主張〕⑵における主張について
原告は、甲１－１発明における「ウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂ」
を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識して結合する抗体とすること
が、当業者に容易に動機付けられると主張する。
10 しかし、原告の主張は、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的
に認識して結合する」を、前記３において認定した内容と異なる内容と解
することを前提としており、そもそもこの前提が誤りであるから、原告の
上記主張は採用することができない。
⑶ 本件発明３８について
15 ア 本件発明３８の内容は以下のとおりである。
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメイン
を含む結合性タンパク質を発現するハイブリドーマ細胞系統を生成する
方法であって、
ａ）ＧＡＮＰマウスを、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原
20 で、前記マウスが前記抗原に対する抗体を生成するのに十分な時間および
条件下、免疫化するステップ、ｂ）前記マウスの脾臓から８つの細胞を収
集し、精製するステップ、ｃ）ハイブリドーマを生成するために、前記脾
臓細胞をミエローマと融合するステップ、ならびにｄ）ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを含む前記結合性タ
25 ンパク質を発現するハイブリドーマ細胞系統を選択するステップを含む、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを
含む結合性タンパク質を発現するハイブリドーマ細胞系統を生成する前
記方法。」
イ 甲４の記載内容は、別紙４「文献の記載」１に記載のとおりであるとこ
ろ、この記載内容によれば、甲４には、甲４－１発明のほか、本件審決が
5 認定した甲４－２発明（前記第２の４⑵ア(ｱ)ｂ）が記載されていると認め
られる。この甲４－２発明が甲４に記載されていることについては、当事
者間に争いがない。
甲４－２発明の内容に照らせば、本件発明３８と甲４－２発明との一致
点及び相違点は、本件審決が認定した前記第２の４⑵ア(ｴ)のとおりである
10 と認められる。
相違点のうち相違点１（本件発明３８では、抗原がＰＩＶＫＡ－ＩＩの
アミノ酸１－１７を含むものであるのに対し、甲４－２発明は、プロテイ
ンＣである点。）について検討すると、甲４は、マウスに精製ヒトプロテイ
ンＣを注射することによって調製された抗体Ｈ－１１が、脱カルボキシル
15 化されたプロトロンビンであるＰＩＶＫＡ－ＩＩにも結合することを見
い出したものに過ぎず、甲４の記載全体からしても、当業者が、抗体Ｈ－
１１以外のＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合する抗体を取得しようとすること、プ
ロテインＣ以外のタンパク質でマウスを免疫化することや、得られたハイ
ブリドーマの中から、プロテインＣ以外のタンパク質に結合する抗原結合
20 性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイブリドーマを選択す
ることを動機付けられるとは認められない。
したがって、甲４－２発明に基づいて、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
－１７を含むもの」を抗原とすることを、当業者が容易に想到できたとは
いえない。
25 ウ 原告の前記第３の２〔原告の主張〕⑶における主張について
原告は、当業者であれば、抗体Ｈ－１１とは別のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗体
を取得しようとすることは容易に動機付けられることであり、ＰＩＶＫＡ
－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗体を取得するには「ＰＩＶＫＡ－
ＩＩのアミノ酸１－１３を含む抗原」を使用すればよいから、そのような
抗原として、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」でマウス
5 を免疫化することは、当業者が容易に想到できたと主張する。
しかし、甲４においてＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する
抗原結合性ドメインを含む抗体Ｈ－１１を取得したことの開示があるか
らといって、当業者が、抗体Ｈ－１１とは別のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗体を取
得しようと動機付けられるなどとはいえない。
10 また、甲４の表題が「数種類のヒトビタミンＫ依存性タンパク質のエピ
トープ」とあることをもって、当業者が、甲４から上記動機付けを得られ
ると解することもできない。
そして、他に、甲４において、抗体Ｈ－１１とは別のＰＩＶＫＡ－ＩＩ
抗体を取得することを示唆する記載があるとはいえず、当業者が上記動機
15 付けを得るとは解されない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
⑷ その余の本件各訂正発明について
ア 本件訂正発明４、５、１３、１５ないし２１、３１、３３ないし３７、
４０、５２、５３、５５、５７ないし６７について
20 (ｱ) 本件審決が認定した、本件訂正発明１３、本件訂正発明３１、本件訂正
発明４０、本件訂正発明５２及び本件訂正発明５５と、甲４－１発明と
の各一致点及び各相違点は、前記第２の４⑵ア(ｳ)のとおりであり、この
点については当事者間に争いがない。
上記各訂正発明と甲４－１発明との相違点には、本件訂正発明３と甲
25 ４－１発明との相違点と同様に、上記各訂正発明には「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉを特異的に認識して結合する」ものの要素が含まれるのに対して、甲
４－１発明では、そのような特定がない点が含まれる。
そうすると、前記⑴のとおり本件訂正発明３は、甲４－１発明に基づ
き、当業者が容易に想到できたものではないから、上記各訂正発明につ
いても、同様の理由により容易に想到できたものとはいえない。
5 (ｲ) 本件訂正発明４、５、１５ないし２１、３３ないし３７、５３、５７な
いし６７は、本件訂正発明３又は前記(ｱ)に掲げた各訂正発明の従属項で
あるから、本件訂正発明３又は前記(ｱ)に掲げた各訂正発明と同様、甲４
－１発明に基づき当事者が容易に想到できたものとは認められない。
イ 本件訂正発明２２、２５ないし３０、４５ないし５１について
10 (ｱ) 本件審決が認定した、本件訂正発明４５と、甲１－１発明との各一致
点及び各相違点は、前記第２の４⑵イ(ｲ)ｂのとおりであり、この点につ
いては当事者間に争いがない。
上記相違点のうち相違点１は、本件訂正発明２２と甲１－１発明との
相違点と同様であるといえる。
15 そうすると、前記⑵のとおり本件訂正発明２２は、甲１－１発明に基
づき、当業者が容易に想到できたものではないから、本件訂正発明４５
についても、同様の理由により容易に想到できたものとはいえない。
(ｲ) 本件訂正発明２５ないし３０は本件訂正発明２２をさらに特定した発
明であるから、本件訂正発明２２と甲１－１発明との相違点に加え、さ
20 らに上記特定による相違点があるといえる。そうすると、上記各訂正発
明は、本件訂正発明２２と同様、甲１－１発明に基づき当事者が容易に
想到できたものとはいえない。
本件訂正発明４６ないし５１は本件訂正発明４５をさらに特定した発
明であるから、本件訂正発明４５と甲１との相違点に加え、さらに上記
25 特定による相違点があるといえる。そうすると、上記各訂正発明は、本
件訂正発明４５と同様、甲１－１発明に基づき当事者が容易に想到でき
たものとはいえない。
ウ 本件訂正発明６８、６９、７１及び７２について
本件審決は、上記各訂正発明について、甲１－１発明に甲４ないし１０
に記載された事項を組み合わせても当業者が容易に発明することができ
5 たものとはいえないと判断した。
これに対し、原告は、本件審決において上記各訂正発明について原告が
主張したのは、甲４発明を主引例とし、これに甲１、甲６発明を副引例と
して参酌することで進歩性を欠いていることであったから、本件審決には
審理不尽又は判断遺脱の瑕疵があると主張する。
10 本件審決は、本件訂正発明６８と甲１－１発明との一致点及び相違点を、
前記第２の４⑵イ(ｲ)ｃのとおり認定した上で、甲４の全体をみても、「プ
ロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）の
アミノ酸１－１３」に対して特異的に認識して結合する抗体（相違点２）
を取得することは記載されておらず、甲１、甲５ないし１０にもそのよう
15 な記載や示唆は見当たらないから、甲１－１発明における「ウサギ抗プロ
トロンビン抗体のＦａｂ」を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して特異的に認識し
て結合する抗体とすることが、当業者に容易に動機付けられるとはいえず、
相違点１を検討するまでもなく、本件訂正発明６８は、甲１に記載された
発明に、甲４ないし１０に記載された事項を組み合わせても当業者が容易
20 に発明することができたものとはいえないと判断した。
さらに、本件審決は、本件審決の請求人である原告の主張に関し、
「請求
人は、甲４には、Ｈ－１１が『ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合
する』抗体であることは実質的に記載されているので、当業者であればそ
の記載から『ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する』も容易に想
25 到し、本件訂正発明６８も容易想到であると主張するが、上述のとおり、
いずれの甲号証にも、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３の６位及び／
又は７位における特異的な構造を認識して結合する（結合特異性）ことに
ついて、記載も示唆もされていない以上、請求人の主張は失当である。」と
判断した。
本件訂正発明６８において「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結
5 合する抗原結合性部分を含み、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合
する第２の単離された結合性タンパク質（但し、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ
－１１２５９で特定されるハイブリドーマにより産生されるモノクロー
ナル抗体を除く） と特定された
」 「第２の単離された結合性タンパク質」は、
本件訂正発明３の「結合性タンパク質」と同じである。
10 そうすると、仮に、甲４発明を主引例とし、これに甲１、甲６発明を副
引例として参酌する原告主張の無効理由を検討する場合には、本件訂正発
明６８は、本件訂正発明３と甲４発明との相違点と同じ相違点を少なくと
も有することになる。
審決で判断されているのは、
「甲１を主引例」とする理由ではあるが、原
15 告の主張に対する判断の中で、甲４、甲１及び甲６を含むいずれの甲号証
にも、
「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ（ＰＩＶＫＡ－
ＩＩ）のアミノ酸１－１３に対して特異的に認識して結合する抗体（相違
点２）」を取得することについて、記載も示唆もされておらず、相違点２の
構成とすることが容易ではない旨説示しているから、原告主張の無効理由
20 についての相違点（本件訂正発明３と同じ相違点）も、甲４、甲１及び甲
６を含むいずれの甲号証を踏まえても容易に想到し得ないことは審決に
おいて実質的に説示されていたといえる。
したがって、本件訂正発明６８の進歩性欠如の有無に関し、本件審決に
ついて、審理不尽又は判断遺脱があるためにこれを取り消すべきであると
25 は解されない。
本件訂正発明７１に関しても、本件訂正発明６８と同様に、甲４を主引
例とする進歩性に関して本件審決が実質的に判断しているといえるから、
本件審決について審理不尽又は判断遺脱があるためにこれを取り消すべ
きであるとは解されない。
本件訂正発明６９は本件訂正発明６８を引用するものであって、本件訂
5 正発明６８と同じ相違点を少なくとも有しており、本件訂正発明７２は本
件訂正発明７１を引用するものであって、本件訂正発明７１と同じ相違点
を少なくとも有しているから、これらの訂正発明についても、本件訂正発
明６８及び本件訂正発明７１と同様、甲４を主引例とする進歩性に関して
本件審決が実質的に判断しているといえ、本件審決について審理不尽又は
10 判断遺脱があるためにこれを取り消すべきであるとは解されない。
そして、以上の説示内容に照らせば、本件訂正発明６８、６９、７１及
び７２の進歩性に関する本件審決の判断については、本件訂正発明３と同
様、誤りがあるとは認められない。
⑸ 取消事由２に関する結論
15 以上によれば、本件各訂正発明の甲４－１発明、甲１－１発明又は甲４－
２発明に対する進歩性の有無に関する本件審決の判断に誤りはなく、取消事
由２には理由がない。
６ 取消事由３（本件各訂正発明と甲１１発明との同一性（拡大先願との同一性）
に関する判断の誤り）について
20 ⑴ 甲１１発明の認定について
ア 甲１１の記載内容は、別紙４「文献の記載」３に記載のとおりである。
上記のとおりである甲１１の記載内容によれば、甲１１には本件審決が
認定した甲１１－１発明ないし甲１１－７発明（前記第２の４⑵ウ(ｱ)）が
記載されていると認めることができる。
25 イ これに対し、原告は、前記第３の３〔原告の主張〕⑵のとおり、甲１１
には、二抗体サンドイッチ法によるＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定に使用される
２種の抗体として、
「モノクローナル抗体Ｐ－１１」、
「モノクローナル抗体
Ｐ－１６」のみが開示されているのではなく、モノクローナル抗体Ｐ－１
１、Ｐ－１６をそれぞれ一例として含む、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗
体」が開示されていると読むのが相当であるから、原審決の認定した甲１
5 １発明について、甲１１－１発明は「甲１１－１’発明」のとおり認定さ
れるべきであり、甲１１－２発明、甲１１－３発明、甲１１－５発明ない
し甲１１－７発明についても、本件審決の認定中「モノクローナル抗体Ｐ
－１６」とある箇所を「モノクローナル抗体Ｐ－１６を一例とする、ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩに特異的に結合するモノクローナル抗体」に訂正した内容と
10 して認定すべきであると主張する。
しかし、甲１１及び甲１２の記載をみても、Ｐ－１１、Ｐ－１６以外の
モノクローナル抗体は得られておらず、これらの抗体が「一例」に過ぎな
いことや、これら以外の「一例として含む、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な
抗体」が開示されているとする根拠も見いだせない。
15 したがって、甲１１－１発明を原告の主張する「甲１１－１’発明」の
とおり認定すべきと解することはできず、甲１１－２発明、甲１１－３発
明、甲１１－５発明ないし甲１１－７発明についても、本件審決の認定中
「モノクローナル抗体Ｐ－１６」とある箇所を「モノクローナル抗体Ｐ－
１６を一例とする、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的に結合するモノクローナル
20 抗体」に訂正した内容として認定すべきと解することはできない。甲１１
に記載された発明は、本件審決のとおり、甲１１－１発明ないし甲１１－
７発明のとおり認定することができる。
⑵ 本件訂正発明３について
甲１１－１発明は、「精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射すること
25 によって生産されたモノクローナル抗体Ｐ－１６。」である。
そして、甲１１の記載によれば、甲１１－１発明にある「モノクローナル
抗体Ｐ－１６」 「受託番号ＦＥＲＭ
は、 ＢＰ－１１２５９で特定されるハイ
ブリドーマにより産生されるモノクローナル抗体」であるところ（後記第４
「文献の記載」３⑵カ、キ、ク）、当該抗体は本件訂正発明３から明示的に除
かれている。
5 そして、前記⑴のとおり、甲１１－１発明を原告の主張する「甲１１－１’
発明」（精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩをマウスに注射することによって生産さ
れる、モノクローナル抗体Ｐ－１６を一例とする、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異
的に結合するモノクローナル抗体。）と認定することはできない。すなわち、
甲１１－１発明にモノクローナル抗体Ｐ－１６以外の抗体が含まれていると
10 は認められない。
以上によれば、甲１１－１発明は本件訂正発明３と同一ではない。
⑶ 本件発明３８について
ア 本件審決は、本件発明３８と甲１１－４発明との一致点及び相違点（相
違点１ないし３）を前記第２の４⑵ウ(ｲ)ｅのとおり認定した上で、少なく
15 とも相違点１は、課題解決のための具体化手段における微差（周知技術、
慣用技術の追加、削除、転換等であって、新たな効果を奏するものではな
いもの）とはいえないから、両者は実質同一であるとはいえないと判断し
た。
これに対し、原告は、本件発明３８の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
20 －１７を含む抗原」とは、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７からなる
抗原」ではなく、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸配列として１－１７の部分
を含んでいる抗原」と読むのが自然であり、これはＰＩＶＫＡ－ＩＩ自体
をも包含するものであるから、甲１１－４発明における「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉ抗原」は「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」の一例と
25 いえ、実質的な相違点であるとはいえないと主張する。
イ 本件明細書等には、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」
の定義や説明は記載されていない。
しかし、本件明細書等における実施例１（段落【０１６６】～【０１７
１】）には、「６Ｈ６モノクローナル抗体」を調製するための「ハイブリド
ーマ６Ｈ６のクローン」
（ハイブリドーマ細胞系統）を生成したことが記載
5 されている。段落【０１１６】には、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１
３に結合する抗原結合性部分」を有する「第２の抗体」が「例えば、６Ｈ
６、すなわち、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－１０５４１を有するハイブリド
ーマ細胞系統によって生成されるモノクローナル抗体」であると記載され
ており、本件明細書等の実施例２（段落【０１７２】 【０１７５】 には、
～ ）
10 実施例１のクローンにより得られた「６Ｈ６モノクローナル抗体」は、Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３ペプチドに対する高い親和性（平衡解
離定数Ｋ ｄ ＝３７±４ｎＭ）を有することが記載されている。これらの記載
によれば、上記実施例１が、本件発明３８の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ
酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発
15 現するハイブリドーマ細胞系統を調製する方法」の具体例に該当すると認
められる。
また、段落【０１６６】には、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ（すなわち、血液凝固
ＩＩ因子の非存在下ビタミンＫによって誘導されるタンパク質）特異的領
域のＰＩＶＫＡ－ＩＩ １－１７におけるアミノ酸長１７個のペプチド」
20 を免疫原として選択し、当該ペプチドの１７位のアミノ酸に、担体として、
キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）をコンジュゲート（結合）
させ、６Ｈ６モノクローナル抗体は、担体としてＫＬＨに連結している合
成ペプチド（その配列は【０１６７】に示されているものである。）を用い
て生成されたことが記載されている。すなわち、実施例１には、
「ＰＩＶＫ
25 Ａ－ＩＩのアミノ酸１－１７」のペプチドに、それ以外の構成要素として、
担体であるＫＬＨを結合させて抗原としたことが記載されている。
そして、本件明細書等において、実施例１以外に、本件発明３８の「Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性ドメインを含
む結合性タンパク質を発現するハイブリドーマ細胞系統を調製する方法」
の具体例に該当するものが記載されているとは認められない。
5 そうすると、本件明細書等中、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を
含む抗原」の記載の根拠は実施例１の記載にしかなく、それによれば、
「Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」とは、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
のアミノ酸１－１７のペプチド」に、ペプチド以外の構成要素（担体とし
てのＫＬＨ等）を「含む」ものを意味すると解され、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ自
10 体がこれに含まれると解することはできない。
ウ 甲１１には、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩである「非肝
がん症例のクマジン血漿（ビタミンＫ拮抗物質投与患者の血漿）より精製
したＰＩＶＫＡ－ＩＩ」を免疫原にして、公知の方法によりハイブリドー
マを作製することが記載されているものの（別紙４「文献の記載」３⑵エ、
15 オ、 、
カ） それ以外の抗原の使用については何ら記載ないし示唆されていな
い。
そして、甲１１で用いられた抗原に代えて、別の特定の配列のペプチド
を抗原として選択することが、周知技術の付加、削除、転換等に当たると
はいえない。
20 そうすると、甲１１－４発明において、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」自体ではな
く、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７を含む抗原」として使用するこ
とが、甲１１－４発明に対する周知技術の付加、削除、転換等であるとは
いえない。
エ 上記イ及びウによれば、本件発明３８と甲１１－４発明との相違点１は
25 実質的な相違点であるということができる。
したがって、その余の相違点について検討するまでもなく、本件発明３
８が甲１１－４発明と同一であるとはいえない。
⑷ その余の本件各訂正発明について
ア 本件訂正発明１３と甲１１－２発明、本件訂正発明２２と甲１１－３発
明、本件訂正発明３１と甲１１－２発明、本件訂正発明４０と甲１１－５
5 発明、本件訂正発明４５と甲１１－６発明、本件訂正発明５２と甲１１－
５発明、本件訂正発明５５と甲１１－５発明、本件訂正発明６８と甲１１
－７発明及び本件訂正発明７１と甲１１－３発明との各一致点及び各相
違点は、本件審決が認定した第２の４⑵ウ(ｲ)のとおりであると認められ
る。
10 上記相違点の内容によれば、上記各訂正発明は、甲１１に記載された各
発明との関係において、いずれも本件訂正発明３と甲１１－１発明との相
違点と同様の相違点を有するということができるから、本件訂正発明３の
場合と同様の理由により、甲１１に記載された各発明と同一であるとは認
められない。
15 イ その余の本件各訂正発明については、本件訂正発明３又は上記アに掲げ
た各訂正発明の従属項であるか、これらの訂正発明をさらに特定したもの
であるから、甲１１に記載された各発明との関係において、いずれも本件
訂正発明３と甲１１－１発明との相違点と同様の相違点を有するという
ことができる。したがって、本件訂正発明３と同様の理由により、甲１１
20 に記載された各発明と同一であるとは認められない。
⑸ 取消事由３に関する結論
以上によれば、本件各訂正発明と甲１１発明（先願発明）との同一性に関
する本件審決の判断に誤りはなく、取消事由３には理由がない。
なお、上記同一性の判断に関連して、甲１１に記載された抗体Ｐ－１６の
25 性質の認定に際して、甲１１には記載があるが先願明細書（甲１２）に記載
のない事項を参酌することができるか否かについて、当事者間に争いがある。
しかし、前記⑵から⑷までの判断内容に照らせば、甲１１には記載があるが
先願明細書に記載のない事項を参酌することができるか否かによって、前記
⑵から⑷までの結論は左右されないと解されるから、上記の点については判
断しない。
5 ７ 取消事由４（明確性要件違反）について
⑴ 判断基準
特許を受けようとする発明が明確であるか否かは、特許請求の範囲の記載
だけではなく、願書に添付した明細書の記載及び図面を考慮し、また、当業
者の出願当時における技術常識を基礎として、特許請求の範囲の記載が、そ
10 の技術的範囲に属するか否かの判断が困難となることにより第三者の利益が
不当に害されるほどに不明確であるか否かという観点から判断するのが相当
である。
⑵ 本件訂正発明３の明確性について
本件訂正発明３は、「プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニストＩＩ
15 （ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含み、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」という性質で特定された事
項を含む「結合性タンパク質」という物の発明である。
そして、前記３の説示のとおり、本件明細書等の記載及び特許出願当時の
技術常識を踏まえれば、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認
20 識して結合」するとは、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」が、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、プロトロン
ビンにおける６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識別し、両者の構造の違
い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含
む特異的な構造部位の有無）に依存して、その両者に対する反応性が異なる
25 ことを意味すると当業者は理解することができる。
したがって、本件訂正発明３について、特許請求の範囲の記載が、その技
術的範囲に属するか否かの判断が困難となることにより第三者の利益が不当
に害されるほどに不明確であるとは認められない。
⑶ 本件訂正発明４、５、１３、１５ないし２２、２５ないし３１、３３ない
し３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７１及び７２につ
5 いて
原告が明確性要件違反を主張する上記各訂正発明は、いずれもその特許請
求の範囲の記載に「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」という
語句が含まれるか、又はこの語句を用いた請求項を引用している。したがっ
て、本件各訂正発明３が明確性を欠くと認められないのと同様、上記各訂正
10 発明についても明確性を欠くとは認められない。
⑷ 原告の前記第３の４〔原告の主張〕における主張について
ア 原告は、前記第３の４〔原告の主張〕⑴のとおり、タイプ（ｉｖ）のＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩは、本件訂正発明３に記載の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」ではあ
っても、本件審決が認定するような「プロトロンビンのアミノ酸１－１３
15 により、置換されない特性を有する」とはいえず、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのア
ミノ酸１－１３に結合」し、かつ「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して
結合」するという、訂正後の請求項３が規定する「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」の
意義は、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのタイプの違いによって異なることになり、意
義を一義的に理解することはできないと主張する。
20 しかし、前記⑵のとおり、当業者は、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識
して結合する」との特定事項について、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及
び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、プロトロンビンにおける６位及び７
位のＧｌａを含む構造とを識別し、両者の構造の違い（すなわち、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部
25 位の有無）に依存して、その両者に対する反応性が異なることを意味する
と理解することができる。
そうすると、当業者は、プロトロンビンと配列が同一であるタイプ（ｉ
ｖ）
（６位及び７位がＧｌａ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩは、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」
自体には含まれるとしても、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合
する」と特定された場合の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」には該当しないものとな
5 ることも理解することができると認められる。
したがって、本件訂正発明３が規定する「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」の意義が
ＰＩＶＫＡ－ＩＩのタイプの違いによって異なるために明確性を欠くと
解することはできない。
イ(ｱ) 原告は、前記第３の４〔原告の主張〕⑵のとおり、①ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
10 のタイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉｉｉ）がタイプ（ｉ）と同様の結合特異
性を示すとはいえないので、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのタイプの違いによって
意義が異なることになり、意義を一義的に理解することはできない、②
仮に、本件審決が認定したように「置換されない特性」の点から結合特
異性を判断するとしても、その基準や程度は本件訂正発明３にも本件明
15 細書等にも明示の定義がなく全く不明であり、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異
「
的に認識して結合する」という点において、タイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉ
ｉｉ）がタイプ（ｉ）と同様の結合特異性を示すとは到底いえず、
「置換
されない特性」も同様であるとはいえないと主張する。
(ｲ) しかし、上記①については、前記３⑵のとおり、タイプ（ｉｉ）及びタ
20 イプ（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩが、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」自体に含ま
れることは明らかである。
そして、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合する」と特定され
た場合の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ」であることを考慮したとしても、タイプ
（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩは、６位又は７位のいずれ
25 かにＧｌｕを含む構造を有するものであって、プロトロンビンの「６位
及び７位のＧｌａ」を含む構造と異なることから、当該「ＰＩＶＫＡ－
ＩＩ」に含まれることは当業者が明確に把握できる。
したがって、タイプ（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）についてのＰＩＶＫＡ－
ＩＩに対する結合特異性を測定した実施例がなければ、 ＰＩＶＫＡ－Ｉ
「
Ｉを特異的に認識して結合する」と特定された場合の「ＰＩＶＫＡ－Ｉ
5 Ｉ」の意味内容を当業者が理解できないとはいえず、本件訂正発明３の
「結合性タンパク質」が、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確
であるとすることはできない。
(ｳ) 上記②については、前記３及び前記⑵の説示によれば、本件明細書等
の段落【００２８】及び【００２９】の記載等から、本件訂正発明３の
10 「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原性結合部分」を
含み、かつ「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して結合」するという「結
合性タンパク質」は、前記⑵のとおりの意味であることが明確であり、
「置換されない特性」の基準や程度によって、本件訂正発明３が規定さ
れているわけではないから、
「置換されない特性」の基準や程度が不明で
15 あるために本件訂正発明３が不明確であると解することはできない。
ウ したがって、原告の上記各主張は、いずれも採用することができない。
⑸ 取消事由４に関する結論
以上によれば、明確性要件違反に関する本件審決の判断に誤りはなく、取
消事由４には理由がない。
20 ８ 取消事由５（サポート要件違反）について
⑴ 判断基準
特許請求の範囲の記載がサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範
囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載され
た発明が、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明の記載
25 により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものである
か否か、また、発明の詳細な説明に記載や示唆がなくとも当業者が出願時の
技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであ
るか否かを検討して判断すべきものと解される。
⑵ 本件各訂正発明の課題
前記１⑶イのとおり、本件明細書等の記載によれば、本件各訂正発明は、
5 肝細胞癌（ＨＣＣ）又は肝癌を検出するのに有効に用いられ得るモノクロー
ナル抗体を提供することを課題とするものであると認められる。
⑶ 本件訂正発明３について
ア 前記１⑶ウのとおり、本件各訂正発明は、これをＰＩＶＫＡ－ＩＩに対
するイムノアッセイに用いることにより、従来、利用可能なＰＩＶＫＡ－
10 ＩＩに対するイムノアッセイでは不可能であったＰＩＶＫＡ－ＩＩの「ア
ミノ酸１７－２３のＧＬＡの外側（脱炭酸されたＧＬＡを含む。 」の検出
）
を可能にした新たな抗体として、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３
に結合する抗原結合性部分」を含む単離された結合性タンパク質（抗体）
を提供するという技術的意義を有する。
15 また、
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」における「脱炭酸された
アミノ酸残基と強力に反応することができ、カルボキシル化された（通常
の）アミノ酸残基と中程度に反応することができる」
（本件明細書等の段落
【００２８】 という性質を利用して、
） イムノアッセイにおいてＰＩＶＫＡ
－ＩＩを検出可能とするためには、６位及び７位がＧｌａであるプロトロ
20 ンビンと、当該位置におけるアミノ酸残基が異なるＰＩＶＫＡ－ＩＩとを
識別できる抗体（結合性タンパク質）であればよいことを当業者は理解す
ることができるところ、「ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位
のＧｌｕ」が、
「プロトロンビンにおける６位及び７位のＧｌａ」とは異な
る特異的な構造部位である（前記３⑸）。
25 したがって、本件明細書等の発明の詳細な説明には、本件各訂正発明の
課題を解決するために、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位の
Ｇｌｕを含む構造と、プロトロンビンにおける６位及び７位のＧｌａを含
む構造とを識別し、両者の構造の違い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにお
ける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位の有無）に依存
して、その両者に対する反応性が異なるという特徴を有する「結合性タン
5 パク質」を提供することが記載されていると認めることができる。
イ 本件明細書等の実施例２によれば、本件訂正発明３の「結合性タンパク
質」の具体例である６Ｈ６モノクローナル抗体は、プロトロンビンペプチ
ド（１－１３）に比してＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３ペプチドに
高い親和性を有しており（段落【０１７２】～【０１７５】 、実施例３に
）
10 よれば、６Ｈ６モノクローナル抗体を試薬として用いた自動イムノアッセ
イについて、ヒト血清中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出するアッセイの能力を
実証したことが記載されており（段落【０１７６】～【０１８１】 、ＨＣ
）
Ｃ患者の場合に上昇することが知られているＰＩＶＫＡ－ＩＩを実際に
検出できたことが裏付けられている。
15 ウ 上記ア、イの各事情を総合すれば、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び
／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位の有無に依存して、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩとプロトロンビンに対する反応性が異なるという本件訂正発明
３の「結合性タンパク質」の特徴を有することにより、ＨＣＣ患者の場合
に上昇することが知られているＰＩＶＫＡ－ＩＩを有効に検出でき、ＨＣ
20 Ｃ又は肝癌を検出するのに有効に用いられ得るといえるから、本件訂正発
明３の「結合性タンパク質」は前記⑵の課題を解決できるものと認められ
る。
したがって、本件明細書等の発明の詳細な説明の記載及び本件特許の出
願時における技術常識に照らし、本件訂正発明３は、当業者が前記⑵の課
25 題を十分に解決できると認識できる範囲のものであり、かつ、発明の詳細
な説明に記載されたものといえる。
⑷ その余の本件各訂正発明について
本件審決は、訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２５ないし
３１、３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７
１及び７２について、いずれも、訂正後の請求項３を直接又は間接的に引用
5 するか、訂正後の請求項３と同様の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して
結合する、単離された結合性タンパク質」を発明特定事項とするものを含む
ものであるところ、訂正後の請求項３と同様に、サポート要件を満たす旨判
断しているが（審決書８６頁）、この判断は相当であるといえる。
⑸ 原告の前記第３の５〔原告の主張〕における主張について
10 原告は、本件訂正発明３は、ＨＣＣ又は肝癌を検出することのできない結
合性タンパク質を広く包含することになり、請求項の範囲全体にわたって「Ｈ
ＣＣまたは肝癌を検出するための、結合性タンパク質を提供する」という課
題が解決できると認識することはできず、このような結合性タンパク質を含
む本件訂正発明３はサポート要件に違反すると主張する。
15 しかし、前記⑶のとおり、本件明細書等の記載から、本件訂正発明３の「結
合性タンパク質」について、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３の範囲内
における「脱炭酸されたアミノ酸残基」に対する反応性（相互作用）と、
「カ
ルボキシル化された（通常の）アミノ酸残基」に対する反応性（相互作用）
とが、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的
20 な構造部位の有無に依存して異なることが裏付けられているといえる。
６Ｈ６モノクローナル抗体が、タイプ（ｉ）
（６位及び７位がＧｌｕ）とは
異なる他のタイプのＰＩＶＫＡ－ＩＩのペプチド（１－１３）に対して結合
特異性を示すか否かが明らかでなかったとしても、少なくとも、アミノ酸残
基の脱炭酸の程度が最も大きいタイプ（ｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドを、
25 プロトロンビンと識別して結合するのであるから、ＨＣＣ患者の場合に上昇
することが知られているＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出でき、ＨＣＣ又は肝癌を検
出するのに有効に用いられ得るといえる。
さらに、①本件明細書等には、第２の抗体（本件訂正発明３の結合性タン
パク質）が「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３」における「脱炭酸され
たアミノ酸残基と強力に反応することができ、カルボキシル化された（通常
5 の）アミノ酸残基と中程度に反応することができる」との記載があること（段
落【００２８】 、
） ②実施例２において、６Ｈ６モノクローナル抗体について、
６位及び７位の二つのアミノ酸残基のみが異なるＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド
（１－１３）及びプロトロンビンとの関係で解離定数の値が大きく異なると
いう反応性（相互作用）の差異がある事実が明らかになっていること、並び
10 に③ＰＩＶＫＡ－ＩＩにタイプ（ｉ）ないし（ｉｖ）が存在するという技術
常識があることを踏まえれば、当業者は、本件訂正発明３の「結合性タンパ
ク質」が、「６位及び／又は７位のグルタミン酸残基（Ｇｌｕ）」の部分でＰ
ＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンとを識別することを理解し、「６位又は７
位の一方のみがＧｌｕ」であるタイプ（ｉｉ）及びタイプ（ｉｉｉ）のＰＩ
15 ＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）についても、
「６位及び７位がＧｌａ」で
あるプロトロンビンペプチド（１－１３）との配列の違いがあることから、
反応性（相互作用）に違いがあると理解するものといえる。
したがって、６Ｈ６モノクローナル抗体が、タイプ（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）
のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対し結合特異性を有することが確認できていないため
20 に、ＨＣＣ又は肝癌を検出するのに有効でなく、上記課題を解決できるもの
でないとは認められない。
以上によれば、本件訂正発明３がＨＣＣ又は肝癌を検出することのできな
い結合性タンパク質を広く包含するために前記⑵の課題を解決できると認識
することはできないとの理由で、本件訂正発明３がサポート要件に違反する
25 とは解されない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
⑹ 取消事由５に関する結論
以上によれば、サポート要件違反に関する本件審決の判断に誤りはなく、
取消事由５には理由がない。
９ 取消事由６（実施可能要件違反）について
5 ⑴ 判断基準
特許法３６条４項１号に規定する実施可能要件については、明細書の発明
の詳細な説明が、当業者において、その記載及び出願時の技術常識に基づい
て、過度の試行錯誤を要することなく、特許請求の範囲に記載された発明を
実施できる程度に明確かつ十分に記載されているかを検討すべきである。
10 ⑵ 本件訂正発明３について
ア 本件訂正発明３は、
「単離された結合性タンパク質」という物の発明であ
る。
そして、前記３⑹のとおり、本件訂正発明３の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特
異的に認識して結合」するとは、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」
15 が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、
プロトロンビンにおける６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識別し、両
者の構造の違い（すなわち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７
位のＧｌｕを含む特異的な構造部位の有無）に依存して、その両者に対す
る反応性が異なることを意味すると当業者は理解することができる。
20 本件明細書等の段落【００７３】ないし【００８０】には、モノクロー
ナル抗体の調製方法として、抗体の技術分野において知られている技術を
用いて調製され得ることが記載されており、特に、段落【００７５】ない
し【００８０】に記載のハイブリドーマ技術を用いて抗体を調製する方法
は、当該技術分野において日常的であり、よく知られている方法であるこ
25 とが記載されている。
そして、本件明細書等の実施例１（段落【０１６６】～【０１７１】）で
は、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」に該当する「６Ｈ６モノクロ
ーナル抗体」を製造するにあたり、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１７
（６位及び７位がＧｌｕ）の配列を有するペプチドを免疫原として用いて
マウスを免疫化し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して最高の反応性を示し、プロ
5 トロンビンに対して最小の反応性を示したマウスを選択し、また、ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩに対して高い反応性を示すハイブリドーマを選択するなどし
て、ハイブリドーマ６Ｈ６のクローンを確立するという、モノクローナル
抗体の製造方法が用いられている。
さらに、本件明細書等の実施例２（段落【０１７２】～【０１７５】）に
10 は、実施例１のハイブリドーマ６Ｈ６のクローンから生成される「６Ｈ６
モノクローナル抗体」のＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）及びプロ
トロンビンペプチド（１－１３）に対する親和性を比較し、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩペプチド（１－１３）に対する解離定数（Ｋ ｄ ）の値が、プロトロンビ
ンペプチド（１－１３）に対する解離定数の値よりも大幅に低い（すなわ
15 ち、高い親和性を有する）ものであったことが示されており、上記両ペプ
チドの配列の違いを踏まえると、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」
の、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３の範囲内における「脱炭酸され
たアミノ酸残基」に対する反応性（相互作用）と、
「カルボキシル化された
（通常の）アミノ酸残基」に対する反応性（相互作用）とが、ＰＩＶＫＡ
20 －ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位の
有無に依存して異なることが裏付けられているといえる（前記８⑶、 。
⑸）
以上を総合すると、発明の詳細な説明の記載事項によれば、ＰＩＶＫＡ
－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的な構造部位に
高い反応性を示す抗体を得るために、対応するＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ
25 酸１－１７の配列を有するペプチドを免疫原として用いた一般的な製造
方法により、本件訂正発明３の所定の「抗原結合性部分」を有する「結合
性タンパク質」
（抗体）を調製することは、当業者が過度の負担なくなし得
ることといえる。
イ 本件明細書等の段落【０１１４】には、抗体を使用する方法として、本
件明細書等に記載される抗体については、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ、そのエピト
5 ープ又はその部分に結合する抗体の能力を考慮すると、従来の競合的又は
非競合的イムノアッセイを用いて、生物学的試料（例えば、血清、血液、
組織もしくは血漿など）中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出及び／又は定量
するのに用いられ得ること、そして、当該検出が、生物学的試料が得られ
た患者に対するＨＣＣ又は肝癌の診断に用いられ得ることが記載されて
10 いる。
このうち、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法としては、
試験試料を「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合
性部分を有する第１の抗体」 「ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に
と、
結合する抗原結合性部分」を有する「第２の抗体」に接触させ、第１の抗
15 体／抗原／第２の抗体の複合体の形成を標識によって測定する方法が記
載されており、その「第１の抗体」が「例えば、ｍＡｂ ３Ｃ１０、すな
わち、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－９６３８を有するハイブリドーマ細胞系
統によって生成されるモノクローナル抗体」であり、
「第２の抗体」 「例
は、
えば、６Ｈ６、すなわち、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－１０５４１を有する
20 ハイブリドーマ細胞系統によって生成されるモノクローナル抗体」である
こと（段落【０１１６】）が開示されている。
また、前記８⑶のとおり、本件明細書等の実施例３（段落【０１７６】
～【０１８１】）には、実施例２の特徴を有する６Ｈ６モノクローナル抗体
を試薬として用いた自動化イムノアッセイについて、ヒト血清中のＰＩＶ
25 ＫＡ－ＩＩを検出するアッセイの能力を実証したことが記載されており、
ＨＣＣ患者の場合に上昇することが知られているＰＩＶＫＡ－ＩＩを実
際に検出できたことが裏付けられている。
以上の発明の詳細な説明の記載によれば、本件訂正発明３の「抗原結合
性部分」を有する「結合性タンパク質（抗体）」が、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにお
ける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む構造と、プロトロンビンにおける
5 ６位及び７位のＧｌａを含む構造とを識別し、両者の構造の違い（すなわ
ち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位及び／又は７位のＧｌｕを含む特異的
な構造部位の有無）に依存して、その両者に対する反応性が異なることを
利用して、従来の競合的又は非競合的イムノアッセイにより、生物学的試
料（例えば、血清、血液、組織もしくは血漿など）中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ
10 の量を検出及び／又は定量するのに使用することや、生物学的試料が得ら
れた患者に対するＨＣＣ又は肝癌の診断に使用することは、当業者が過度
の負担なくなし得ることといえる。
ウ 上記ア及びイによれば、明細書の発明の詳細な説明が、当業者において、
その記載及び出願時の技術常識に基づいて、過度の試行錯誤を要すること
15 なく、本件訂正発明３を実施できる程度に明確かつ十分に記載されている
といえる。
⑶ その余の本件各訂正発明について
本件審決は、訂正後の請求項４、５、１３、１５ないし２２、２５ないし
３１、３３ないし３７、４０、４５ないし５３、５５、５７ないし６９、７
20 １及び７２について、いずれも、訂正後の請求項３を直接又は間接的に引用
するか、訂正後の請求項３と同様の「ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に認識して
結合する、単離された結合性タンパク質」を発明特定事項とするものを含む
ものであるところ、訂正後の請求項３と同様に、実施可能要件を満たす旨判
断しているが（審決書８９頁）、この判断は相当であるといえる。
25 ⑷ 原告の前記第３の６〔原告の主張〕における主張について
原告は、タイプ（ｉｉ）とタイプ（ｉｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して
すらプロトロンビンとは異なる結合特異性を示すか否かは不明であり、「特
異性」の程度が不明なもの、あるいは特異性が低いものでも「特異的」であ
るとして包含するものであるから、調製した結合性タンパク質がＨＣＣ又は
肝癌を検出するのに使用できるか否かは、逐一実験をしなければ明らかにな
5 らず、これは当業者に過度の試行錯誤を必要とするものであり、実施可能要
件を充足しているとはいえないと主張する。
しかし、前記８⑸のとおり、本件訂正発明３の「結合性タンパク質」は、
「６位又は７位の一方のみがＧｌｕ」であるタイプ（ｉｉ）及びタイプ（ｉ
ｉｉ）のＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）についても、
「６位及び７位
10 がＧｌａ」であるプロトロンビンペプチド（１－１３）と反応性（相互作用）
に違いがあると考えられ、かつ、当業者がこれを理解することができるとい
える。
そして、前記⑵アの説示内容からすれば、タイプ（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）
についても、そのアミノ酸１－１３の配列部分において、６位又は７位のＧ
15 ｌｕを含む構造を有するペプチドを免疫原として用いて、所定の「抗原結合
性部分を有する」モノクローナル抗体を一般的な製造方法により製造し、プ
ロトロンビンとの反応性がＰＩＶＫＡ－ＩＩにおける６位又は７位のＧｌｕ
を含む特異的な構造部位の有無に依存して異なるという特徴を有する抗体を
調製できるといえる。
20 そうすると、タイプ（ｉｉ）及びタイプ（ｉｉｉ）がＰＩＶＫＡ－ＩＩに
対する結合特異性を示すか否かが不明である、あるいは結合特異性が低いた
めに、逐一実験をしなければ調製した結合性タンパク質がＨＣＣ又は肝癌を
検出するのに使用できるか否かが不明であり、当業者が過度の試行錯誤を要
するとはいえない。
25 したがって、原告の上記主張は採用することができない。
⑸ 取消事由６に関する結論
以上によれば、実施可能要件違反に関する本件審決の判断に誤りはなく、
取消事由６には理由がない。
10 結論
以上のとおりであり、原告が主張する取消事由はいずれも理由がないから、
5 原告の請求は棄却されるべきである。
よって、主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部
裁判長裁判官
東 海 林 保
裁判官
今 井 弘 晃
裁判官
25 水 野 正 則
（別紙１ 訂正特許請求の範囲写し、別紙２ 審決書写し省略）
別紙３
本件明細書等の記載
１ 技術分野
5 「本開示は、例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肝癌および関連の病状の診断、処置お
よび予防において用いられ得る抗体およびイムノアッセイ方法に関する。 （段落
」
【０００１】）
２ 背景技術、課題
「タンパク質プロトロンビンＩＩはＩＩ因子としても知られており、ビタミンＫ
10 の存在下、合成後修飾を受け、ＧＬＡ－ドメインにおける１０個のグルタミン酸
残基（ＧＬＡ）がｇ－カルボキシグルタミン酸にカルボキシ化されている。カル
ボキシ化のプロセスは、プロトロンビンがＰＩＶＫＡ－ＩＩ（ビタミンＫ欠乏時
誘導蛋白）に変換される病状およびプロセスにおいて異常であり、不完全である。
ＰＩＶＫＡ－ＩＩは分子量７２ｋＤａを有する大型の糖タンパク質であり、ＨＣ
15 Ｃ患者の場合に上昇することが知られている（文献略）。現在、生物マーカーの使
用によってＨＣＣまたは肝癌を検出するための利用可能な方法は効果的でない
（文献略） さらに、
。 このような状態を効果的に検出するイムノアッセイにおいて
有用であるため、またはこのような状態を処置するために必要とされる結合特異
性を有するモノクローナル抗体は殆んど知られていない（Naraki ら、Biochemica
20 et Biophysica Acta
（２００２年） １５８６巻、
、 ２８７－２９８頁） したがって、
。
腫瘍学において、ＨＣＣまたは肝癌を検出するのに有効に用いられ得る抗体の開
発が極めて必要とされている。 （段落【０００２】
」 ）
３ 課題を解決するための手段
「一態様において、本開示は、アメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）受託
25 番号ＰＴＡ－１０５４１によって表されるハイブリドーマ細胞系統を提供する。
本開示は、アメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）受託番号ＰＴＡ－１０５
４１によって表されるハイブリドーマ細胞系統によって生成されるモノクロー
ナル抗体も提供する。 （段落【０００４】
」 ）
「別の一態様において、本開示は、プロトロンビン誘導ビタミンＫアンタゴニス
トＩＩ（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を含
5 む単離された結合性タンパク質を提供する。例示の一実施形態において、単離さ
れた結合性タンパク質は約４．０×１０－９ Ｍまたはそれより低い結合解離定数を
有する。 （段落【０００５】
」 ）
「別の一態様において、本開示は、方法が、ａ）試験試料を、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ
のアミノ酸１－１３に結合する抗原結合性部分を有する抗体と、抗体－抗原複合
10 体の形成に十分な時間および条件下、接触させるステップ、およびｂ）抗原－抗
体複合体の存在は試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原の存在を示す、抗原－抗体
複合体の存在を検出するステップを含む、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を
検出するための方法を提供する。抗体は、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－１０５４１
を有するハイブリドーマ細胞系統によって生成されるモノクローナル抗体であ
15 ることができる。 （段落【０００９】
」 ）
「別の一態様において、本開示は、ａ）ＧＡＮＰマウスを、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの
アミノ酸１－１７を含む抗原で、マウスが抗原に対する抗体を生成するのに十分
な時間および条件下、免疫化するステップ、ｂ）マウスの脾臓から細胞８個を収
集し、精製するステップ、ｃ）ハイブリドーマを生成するために、脾臓細胞をミ
20 エローマ細胞と融合するステップ、ならびにｄ）ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
－１３に結合する抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイ
ブリドーマ細胞系統を選択するステップを含む、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１
－１３に結合する抗原結合性ドメインを含む結合性タンパク質を発現するハイ
ブリドーマ細胞系統を生成する方法を提供する。本方法において、ハイブリドー
25 マ細胞系統は、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－１０５４１を有する細胞系統であるこ
とができる。 （段落【００１３】
」 ）
４ 発明を実施するための形態
⑴ 序文および定義
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩタンパク質のＧＬＡドメインは、１０個のＧＬＡアミノ酸
を含む、アミノ酸１－４６（またはプロトロンビン配列の４４－８８）からな
5 る。ＰＩＶＫＡタンパク質は、脱炭酸されたＧＬＡの位置および数に関して変
化する複数の形態において存在する。現在利用可能なＰＩＶＫＡ－ＩＩに対す
るイムノアッセイは一部分のタンパク質だけ（主に、環状ジスルフィド結合の
アミノ酸１７－２３の配列） および周囲の配列、
、 すなわちアミノ酸１３－２７
を検出する。その結果、アミノ酸１７－２３のＧＬＡの外側（脱炭酸されたＧ
10 ＬＡを含む。）は検出されない。本明細書に開示する新たな抗体および方法は、
ＰＩＶＫＡのアミノ酸１－１７、およびアミノ酸１７－２３の領域における脱
炭酸された残基を検出するための方法を提供する。これは、例えば、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合性部分を有する第１の抗Ｐ
ＩＶＫＡ抗体、およびＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合する抗原結
15 合性部分を有する第２の抗ＰＩＶＫＡ抗体を用いることによって実現され得る。
第２の抗体は、ＰＩＶＫＡの脱炭酸されたアミノ酸残基と強力に反応すること
ができ、カルボキシル化された（通常の）アミノ酸残基と中程度に反応するこ
とができる。アッセイにおいて両方の抗体を用いることで、高レベルの特異性
でＰＩＶＫＡ１３－２７およびＰＩＶＫＡ１－２７の両方を検出することがで
20 き、したがってＰＩＶＫＡ１３－２７単独を検出することによって生成される
ものよりも強力なシグナルを生成する。 （段落【００２８】
」 ）
「本開示は、したがって３７±４ｎＭまたはそれ未満のＫ ｄ で、好ましくは１×
１０－９ Ｍまたはそれを超える範囲の、好ましくは約１×１０１０ Ｍまたはそれを
超える、ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドに対するＫ ｄで、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの１つま
25 たは複数のエピトープに結合する結合性タンパク質、特に、本明細書以後「６
Ｈ６」と呼ぶモノクローナル抗体を提供する。特に、本開示の結合性タンパク
質または抗体は、約１×１０ －９ Ｍまたはそれを超える、好ましくは約１×１０
－１０
Ｍまたはそれを超える、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸領域１－１３に対す
る解離定数（Ｋ ｄ）を有する。抗体はこのように、ＰＩＶＫＡ－ＩＩを特異的に
認識し結合することができる。抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩに結合した後は、例え
5 ば、プロトロンビンによって置換されない。抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩおよびプ
ロトロンビンに同時に曝露された場合、本開示の６Ｈ６抗体は、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩよりもプロトロンビンに対して約１０倍から約１０００倍低い親和性を有
することは注目すべきことである。 （段落【００２９】
」 ）
「本明細書で用いられる『結合』 『特異的結合』または『特異的に結合する』
、
10 の語は、抗体、タンパク質またはペプチドの、第２の化学種との相互作用に関
して、相互作用が化学種上の特定の構造（例えば、抗原性決定基もしくはエピ
トープ）の存在に依存することを意味し、例えば、抗体は、一般的にタンパク
質よりもむしろ特異的なタンパク質構造を認識し、結合する。抗体がエピトー
プ『Ａ』に特異的である場合、標識化されている『Ａ』および抗体を含む反応
15 における、エピトープＡ（または遊離の、非標識のＡ）を含む分子の存在は、
抗体に結合する標識化されているＡの量を低減する。 （段落【００３５】
」 ）
「本明細書で用いられる『抗体』の語は、２本の重（Ｈ）鎖および２本の軽（Ｌ）
鎖の４本のポリペプチド鎖からなるあらゆる免疫グロブリン（Ｉｇ）分子、ま
たはＩｇ分子の本質的なエピトープ結合性の性質を保持している、あらゆる機
20 能上のこれらのフラグメント、変異体、変形もしくは誘導体を広く意味する。
このような変異体、変形、または誘導体の抗体のフォーマットは、当技術分野
において知られている。この非制限的な実施形態を以下に論じる。全長の抗体
において、各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書においてＨＣＶＲまたはＶＨと
略記する）および重鎖定常領域からなる。重鎖定常領域は、ＣＨ１、ＣＨ２お
25 よびＣＨ３の３つのドメインからなる。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書に
おいてＬＣＶＲまたはＶＬと略記する）および軽鎖定常領域からなる。軽鎖定
常領域は、ＣＬの１つのドメインからなる。ＶＨおよびＶＬ領域は、フレーム
ワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存されている領域に散りばめられる、相
補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性の領域にさらに細分され得る。Ｖ
ＨおよびＶＬは各々、以下：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、
5 ＣＤＲ３、ＦＲ４の順番においてアミノ末端からカルボキシ末端まで配列され
た３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成される。免疫グロブリン分子はあら
ゆるタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＹ）、
クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１および
ＩｇＡ２）またはサブクラスであってよい。 （段落【００３６】
」 ）
10 「本明細書で用いられる、抗体の『抗原結合性部分』 または、 『抗原部分』
（ 単に ）
の語は、抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数のフラ
グメントを意味する（例えば、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの１つまたは複数のエピトー
プ） 抗体の抗原結合性の機能は、
。 全長の抗体の１つまたは複数のフラグメント
によって行われ得ることが示されている。このような抗体の実施形態は、二重
15 特異性（bispecific）、二特異性(dual specific）、または多重特異性であってもよ
く、２つまたはそれを超える異なる抗原に特異的に結合する。抗体の「抗原結
合性部分」の語の範囲内に包含される結合性フラグメントの例は、（ｉ）ＶＬ、
ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる１価のフラグメントであるＦａｂフ
ラグメント、
（ｉｉ）ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結されている２
20 つのＦａｂフラグメントを含む２価のフラグメントであるＦ（ａｂ’ ２フラグ
）
メント、（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント、（ｉ
ｖ）抗体の単一のアームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、
（ｖ）単一の可変ドメインを含むＤＡｂフラグメント（文献略）、ならびに（ｖ
ｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。さらに、Ｆｖフラグメント
25 の２つのドメインであるＶＬおよびＶＨは別々の遺伝子によってコードされる
が、これらは組換え方法を用いて、ＶＬ領域およびＶＨ領域の対が１価の分子
を形成する単一のタンパク質鎖として作製されるのを可能にする合成のリンカ
ーによって、連結され得る。このような単鎖抗体も、抗体の『抗原結合性部分』
の語の範囲内に包含される。ダイアボディなどの他の形態の単鎖抗体も包含さ
れる。ダイアボディは２価の、ＶＨドメインおよびＶＬドメインが単一のポリ
5 ペプチド鎖上に発現される二重特異性抗体であるが、非常に短いので同じ鎖上
の２つのドメイン間の対形成を可能にするリンカーを用いて、それによってド
メインを別の鎖の相補的なドメインと対を作らせ、２つの抗原結合性部位を作
り出す。 （段落【００３７】
」 ）
「本明細書で用いられる『単離された抗体』は、異なる抗原特異性を有する他
10 の抗体が実質的にない抗体（例えば、本開示の抗体が反応性であるＰＩＶＫＡ
－ＩＩの少なくとも１つのエピトープに特異的に結合し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ内
に存在するもの以外の抗原またはエピトープに特異的に結合する抗体が本質的
にない、単離された抗体）を意味するものとされる。 （段落【００３９】
」 ）
「『活性』の語は、本開示の抗体が反応性である抗原または抗原（複数）などの、
15 抗原に対する抗体の結合特異性／親和性などの活性を含む。 段落
」
（ 【００４５】）
「『エピトープ』の語は、免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体に特異的に結合す
ることができるあらゆるポリペプチドの決定基を含む。ある実施形態において、
エピトープ決定基は、アミノ酸、糖の側鎖、ホスホリル、またはスルホニルな
どの分子の化学的に活性な表面のグループ分けを含み、ある実施形態において、
20 特異的な３次元構造の特徴、および／または特異的な電荷の特徴を有すること
がある。エピトープは、抗体によって結合される抗原の領域である。ある実施
形態において、抗体は、タンパク質および／または巨大分子の複合体混合物に
おいてその標的抗原を優先的に認識する場合、抗原に特異的に結合すると言わ
れる。 （段落【００４６】
」 ）
25 「本明細書で用いられる『Ｋｄ 』の語は、当技術分野において知られている、特
定の抗体－抗原相互作用の解離定数を意味するものとされる。 （段落【００５
」
０】）
「本明細書で用いられる『標識化されている結合性タンパク質』の語は、結合
性タンパク質の同定をもたらす、組み入れられている標識を有するタンパク質
を意味する。好ましくは、標識は検出可能なマーカー、例えば、放射標識され
5 たアミノ酸の組入れ、または標識化されているアビジンによって検出され得る
ビオチニル部分のポリペプチドに対する付着である（例えば、光学的方法また
は比色法によって検出され得る蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプト
アビジン）。ポリペプチドに対する標識の例は、それだけには限定されないが、
以下：放射性同位体または放射性核種（例えば、３ Ｈ、１４ Ｃ、３５ Ｓ、９０ Ｙ、９９
10 Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５ Ｉ、１３１ Ｉ、１７７ Ｌｕ、１６６ Ｈｏまたは１５３ Ｓｍ）、蛍光標
識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニド、リン光体）、酵素標識（例え
ば、西洋ワサビのペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファター
ゼ）、化学発光マーカー、ビオチニル基、２次レポーターによって認識される予
め決定されたポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、２
15 次抗体に対する結合性部位、金属結合性ドメイン、エピトープタグ）、ならびに
ガドリニウムキレートなどの磁性物質を含む。 （段落【００５１】
」 ）
「『抗体コンジュゲート』の語は、治療物質または細胞毒性物質などの第２の化
学部分に化学的に連結している、抗体などの結合性タンパク質を意味する。」
（段落【００５２】）
20 ⑵ モノクローナル抗体の調製
「モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ、組換え、およびファージディスプ
レイ技術、またはこれらの組合せの使用を含む、当技術分野において知られて
いる広範囲の技術を用いて調製され得る。例えば、本開示のモノクローナル抗
体は、当技術分野において知られており、教示されているものを含むハイブリ
25 ドーマ技術（中略）を用いて生成されるのが好ましい。 （段落【００７３】
」 ）
「本明細書で用いられる『モノクローナル抗体』の語は、ハイブリドーマ技術
によって生成される抗体に限定されない。
『モノクローナル抗体』の語は、あら
ゆる真核生物、原核生物、またはファージクローンを含めた単一のクローンに
由来する抗体を意味し、それによってそれが生成される方法ではない。 （段落
」
【００７４】）
5 「ハイブリドーマ技術を用いて特異的な抗体を生成し、スクリーニングするた
めの技術は、当技術分野において日常的であり、よく知られている。一実施形
態において、本開示は、モノクローナル抗体、および本開示の抗体を分泌する
ハイブリドーマ細胞を培養することを含む方法によって生成される抗体を産生
する方法を提供し、ハイブリドーマは、本開示の抗原で免疫化されたマウスか
10 ら単離される脾細胞をミエローマ細胞と融合し、次いで本開示のポリペプチド
に結合することができる抗体を分泌するハイブリドーマクローンに対して、融
合物から得られるハイブリドーマをスクリーニングすることによって産生され
るのが好ましい。簡潔に述べると、マウスは対象の抗原で免疫化され得る。」
（段
落【００７５】）
15 「動物が抗原で免疫化された後、抗体および／または抗体産生細胞は動物から
得ることができる。抗体を含有する血清は、動物から、動物を出血させ、また
は屠殺することによって得られる。血清は、動物からそれが得られたまま用い
られてよく、免疫グロブリン分画は血清から得られてよく、または抗体は血清
から精製されてよい。このやり方で得られた血清または免疫グロブリンはポリ
20 クローナルであり、したがって不均一な配列の性質を有する。 （段落【００７
」
６】）
「例えば、抗原に特異的な抗体がマウス血清中で検出されるなど、免疫反応が
検出された後、マウスの脾臓を収集し、脾細胞を単離する。次いで、脾臓細胞
を、よく知られている技術によって、アメリカ培養細胞系統保存機関（Ｍａｎ
25 ａｓｓａｓ、ＶＡ）から入手できる細胞系統ＳＰ２０からの細胞など、あらゆ
る適切なミエローマ細胞に融合する。ハイブリドーマを選択し、限外希釈法に
よってクローニングする。次いで、ハイブリドーマクローンを、対象のペプチ
ドまたは抗原に結合することができる抗体を分泌する細胞に対して、当技術分
野において知られている方法によってアッセイする。一般的に高レベルの抗体
を含んでいる腹水は、ポジティブのハイブリドーマクローンで免疫化したマウ
5 スによって産生され得る。 （段落【００７７】
」 ）
「別の実施形態において、抗体生成性の不死化ハイブリドーマは、免疫化した
動物から調製され得る。免疫化後、動物を屠殺し、当技術分野においてよく知
られている通り、脾臓Ｂ細胞を不死化したミエローマ細胞と融合する。
・・・融
合および抗生物質選択の後、ハイブリドーマは、抗原もしくはその部分、また
10 は抗原を発現する細胞を用いてスクリーニングされる。好ましい一実施形態に
おいて、最初のスクリーニングは、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）または
ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、好ましくはＥＬＩＳＡを用いて行われる。Ｅ
ＬＩＳＡスクリーニングの一例は、参照により本明細書に組み込む、国際公開
第００／３７５０４号に提供されている。 （段落【００７８】
」 ）
15 「抗体生成性ハイブリドーマが選択され、クローニングされ、ハイブリドーマ
の活発な成長、抗体の高生成性、および下記にさらに論じる所望の抗体の特徴
を含めた望ましい性質に対してさらにスクリーニングされる。ハイブリドーマ
は、ヌードマウスなどの免疫系を欠く動物などの同質遺伝子的な動物において
インビボで、またはインビトロの細胞培養において培養および拡張されてもよ
20 い。ハイブリドーマを選択し、クローニングし、拡張する方法は、当業者には
よく知られている。 （段落【００７９】
」 ）
「好ましい一実施形態において、ハイブリドーマは、上記に記載した通り、マ
ウスのハイブリドーマである。別の好ましい一実施形態において、ハイブリド
ーマは、ラット、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウシまたはウマなどの非ヒトの、非マ
25 ウスの種において生成される。別の一実施形態において、ハイブリドーマは、
ヒトの非分泌性のミエローマが抗体を発現するヒトの細胞と融合しているヒト
ハイブリドーマである。 （段落【００８０】
」 ）
⑶ 抗体を使用する方法
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ、またはそのエピトープもしくはその部分に結合する本明
細書に記載する抗体の能力を考慮すると、本明細書に記載する抗体は、従来の
5 競合的または非競合的なイムノアッセイ（例えば、酵素結合免疫吸着検定法（Ｅ
ＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫測定、サンドイッチアッセ
イもしくは免疫組織化学）を用いて、生物学的試料（例えば、血清、血液、組
織もしくは血漿など）中のＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を検出および／または定量す
るのに用いられ得る。次いで、このような検出は、生物学的試料が得られた患
10 者に対するＨＣＣまたは肝癌の診断をもたらし得る。 （段落【０１１４】
」 ）
「生物学的試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩを検出するための方法は、例えば、第１
の抗体－抗原複合体の形成に十分な時間および条件下、生物学的試料を本開示
の抗体（またはその抗体部分）と接触させ、抗原／抗体複合体の形成を検出す
ることによってＰＩＶＫＡ－ＩＩまたは部分（例えば、そのエピトープ）を検
15 出することを含む。抗体は、結合している抗原もしくは非結合の抗原（すなわ
ち、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）の検出および／または定量を促進するために、検出可
能な物質で直接的または間接的に標識化され得る。 （段落【０１１５】
」 ）
「試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出する方法は、ａ）試験試料を、Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１３－２７に結合する抗原結合性部分を有する第１
20 の抗体と、第１の抗体－抗原複合体の形成に十分な時間および条件下、接触さ
せるステップ、ｂ）第２の抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩのアミノ酸１－１３に結合
する抗原結合性部分を有し、検出可能な標識にコンジュゲートしている、第２
の抗体を第１の抗体／抗原複合体に、第１の抗体／抗原／第２の抗体の複合体
を形成するのに十分な時間および条件下、加えるステップ、ならびにｃ）検出
25 可能な標識によって生成され、または検出可能な標識から放射されるシグナル
を測定し、試験試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を検出するステップを代替的に
含むことができる。第１の抗体は、例えば、ｍＡｂ ３Ｃ１０、すなわち、Ａ
ＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－９６３８を有するハイブリドーマ細胞系統によって生
成されるモノクローナル抗体である。第２の抗体は、例えば、６Ｈ６、すなわ
ち、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ－１０５４１を有するハイブリドーマ細胞系統に
5 よって生成されるモノクローナル抗体である。 （段落【０１１６】
」 ）
「イムノアッセイに基づく定量方法はよく知られており、例えば、イムノアッ
セイの出力から決定されたＰＩＶＫＡ－ＩＩの量を、閾値またはカットオフ値
など、ＰＩＶＫＡ－ＩＩのレベルがそれを超えるとＨＣＣもしくは肝癌である
ことを示す、予め決定されたレベルに比べることを含むことができる。 （段落
」
10 【０１１７】）
「抗体を標識化するのに適切な検出可能な物質は、様々な酵素、補欠分子族、
蛍光物質、発光物質および放射性物質を含む。 （段落【０１２１】
」 ）
「上記のイムノアッセイによって試験され得る生体液の例は、血漿、 全血、
尿、
乾燥全血、血清、脳脊髄液、唾液、涙液、鼻洗浄液または組織および細胞の水
15 性抽出物を含む。 （段落【０１２６】
」 ）
５ 実施例
「〔実施例１〕６Ｈ６モノクローナル抗体の開発
免疫原のデザイン：ＰＩＶＫＡ－ＩＩ（すなわち、血液凝固ＩＩ因子の非存在
下ビタミンＫによって誘導されるタンパク質）特異的領域のＰＩＶＫＡ－Ｉ
20 Ｉ １－１７におけるアミノ酸長１７個のペプチドを免疫原として選択した。Ｐ
ＩＶＫＡ－ＩＩにおけるアミノ酸長１７個のペプチド中にグルタミン酸の脱炭
酸されたアミノ酸が４個存在し、プロトロンビン（ＩＩ因子）はアミノ酸長１７
個のペプチド中にカルボキシル化されたグルタミン酸（ＧＬＡ）を４個有してい
た。Ｃ末端にシステインを有する、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ特異的なアミノ酸長１７個
25 のペプチドは、マレイミド活性化されたキーホールリンペットヘモシアニン（Ｋ
ＬＨ）に選択的にコンジュゲートしていた。ＰＩＶＫＡ－ＩＩ（１－１７）Ｃ末
端コンジュゲートしたＫＬＨを使用することで、抗原としてＰＩＶＫＡ－ＩＩの
Ｎ末端部分が提示される。ペプチドの合成およびＫＬＨに対するコンジュゲート
は標準方法で行った。ペプチドのＮ末端領域はＫＬＨに結合していた。６Ｈ６モ
ノクローナル抗体は、担体としてキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）
5 に連結している以下の合成ペプチド（配列番号１８）を用いて生成された。 （段
」
落【０１６６】）
「【化９】
」
10 （段落【０１６７】）
「免疫化：ペプチドＫＬＨを用いて、図１に示す通り、胚中心関連ＤＮＡプライ
マーゼ（ＧＡＮＰ）トランスジェニックＢａｌｂ／ｃマウス３匹およびＧＡＮＰ
トランスジェニックＣ５７ＢＬ／６マウス３匹を免疫化した。ＧＡＮＰトランス
ジェニックマウスの生成方法および免疫化方法は、Sakaguchi ら、The Journal
15 of Immunology、１７４巻（２００５年）、４４８５－４４９４頁に記載されてい
る方法にしたがった。ＰＩＶＫＡ－ＩＩおよびプロトロンビンに対する反応性の
決定：プロトロンビン乾燥粉末（Ｓｉｇｍａ Ｆ５１３２）を１１０℃で８時間加
熱することによって、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原を調製した（Bajaj ら、J.Biol.Chem.
（１９８２年４月１０日） ２５７巻
、 （７） ３７２６－３１頁を参照されたい。 。
、 ）
20 免疫化から８週間を超えた後、マウスの血清を出血させ、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対
する反応性およびプロトロンビンに対する反応性を、以下の手順を用いて決定し
た：ＰＩＶＫＡ－ＩＩ １ｕｇ／ｍＬまたはプロトロンビン５ｕｇ／ｍＬを、９６
ウエルのエンザイムイムノアッセイ（ＥＩＡ）プレート中に加え、ＰＩＶＫＡ－
ＩＩまたはプロトロンビンをウエル表面にコーティングした。Ｂｌｏｃｋ Ａｃ
ｅを含む溶液によってブロックした後、マウス血清を希釈し、次いでウエルに加
えた。洗浄ステップの後、西洋ワサビのペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）によって標
識化した抗マウス抗体を加えた。もう洗浄ステップをさらに１回行った後、基質
5 溶液を加え、次いで分光光度計によって吸光度を測定した。各群においてＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩに対して最高の反応性を示し、プロトロンビンに対して最小の反応性
を示したマウスを、次のステップのために選択した。 （段落【０１６８】
」 ）
「融合：ＧＡＮＰトランスジェニックＢａｌｂ／ｃおよびＧＡＮＰトランスジェ
ニックＣ５７ＢＬ／６の各群から選択したマウス１匹からの脾臓細胞を、
10 Sakaguchi ら、The Journal of Immunology、１７４巻（２００５年）、４４８５
－４４９４頁において記載されている標準方法でミエローマ細胞に融合した。ハ
イブリドーマ細胞を限外希釈法によって希釈し、次いで培養上清をハイブリドー
マのスクリーニングに用いた。 （段落【０１６９】
」 ）
「ハイブリドーマのスクリーニング：以下の手順を用いることによってハイブリ
15 ドーマのスクリーニングを行った：
（１）ＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性：ＰＩ
ＶＫＡ－ＩＩ １ｕｇ／ｍＬを９６ウエルのＥＩＡプレート中に加え、ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩをウエル表面上にコーティングした。Ｂｌｏｃｋ Ａｃｅを含む溶液に
よってブロックした後、次いでハイブリドーマの上清をウエルに加えた。洗浄ス
テップの後、西洋ワサビのペルオキシダーゼによって標識化した抗マウス抗体を
20 加えた。洗浄ステップをさらに１回行った後、基質溶液を加え、次いで分光光度
計によって吸光度を測定した。高い反応性を示したウエルを次のステップのため
に選択した。
（２）ｍＡｂ ３Ｃ１０（抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩ １７－２４抗体）を用
いたサンドイッチ反応性：マウスＦｃに対する抗体１０ｕｇ／ｍＬを９６ウエル
ＥＩＡプレート中に加え、抗マウスＦｃ抗体をウエル表面上にコーティングした。
25 Ｂｌｏｃｋ Ａｃｅを含む溶液によってブロックした後、次いで、１：１００倍希
釈したハイブリドーマの上清をウエルに加えた。洗浄ステップの後、異好性ブロ
ッカー試薬(heterophilic blocker reagent)（ＨＢＲ）をウエルに加えて、予めコー
ティングした抗マウスＦｃ抗体の残存する反応部位をキャッピングした。洗浄ス
テップの後、ビオチン化した抗ＰＩＶＫＡ１７－２４モノクローナル抗体（Ｃｌ
ｏｎｅ＃３Ｃ１０）をウエルに加えた。洗浄ステップの後、西洋ワサビのペルオ
5 キシダーゼによって標識化したアビジンを加えた。洗浄ステップをさらに１回行
った後、基質溶液を加え、次いで分光光度計によって吸光度を測定した。結果を
図２に示した。１ＯＤを超える吸光度を示したハイブリドーマを、次のステップ
のために選んだ。 （段落【０１７０】
」 ）
「クローンの確立：ハイブリドーマ６Ｈ６ハイブリドーマのクローニングを、
10 Sakaguchi ら、The Journal of Immunology、１７４巻（２００５年）、４４８５
－４４９４頁において記載されている標準手順を用いて行った。次いで６Ｈ６の
クローンを確立した。 （段落【０１７１】
」 ）
「〔実施例２〕６Ｈ６モノクローナル抗体親和性のキャラクタリゼーション
蛍光相関分光法（ＦＣＳ）を用いて、ｍＡｂ ６Ｈ６およびＰＩＶＫＡ－ＩＩ
15 ペプチド（１－１３） ｍＡｂ ６Ｈ６およびプロトロンビンペプチド
、 （１－１３）
のＫ ｄを決定した。ＦＣＳは、蛍光分子の拡散係数を測定することができる、溶液
相の、単分子レベルの蛍光技術である。遊離の、および抗体結合したＡｌｅｘａ
４８８－ペプチドの分子量における大きな差が拡散係数における実質的な変化
をもたらし、次にこの変化を用いてペプチドと抗体との相互作用をモニタリング
20 することができる。 （段落【０１７２】
」 ）
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）の配列はＡｌｅｘａ４８８－ＣＡＮＴ
ＦＬＥＥＶＲＫＧＮＬ（配列番号１９）であり、プロトロンビンペプチド（１－
１３）の配列はＡｌｅｘａ４８８－ＣＡＮＴＦＬＥ ＊ Ｅ ＊ ＶＲＫＧＮＬ（配列番号
２０）であった。標識化したペプチドの濃度を、Σ ４９５ ＝７１０００Ｍ －１ｃｍ －１
25 を用いて１ｃｍキュベット中の吸光度によって決定した。ｍＡｂ ６Ｈ６の濃度
を、Σ ２８０ ＝２１８０００Ｍ －１ｃｍ －１ を用いて決定した。Ｎｉｋｏｎ Ｅｃｌｉ
ｐｓｅ ＴＥ３００蛍光倒立顕微鏡（Nikon InsTech Co.,Ltd、神奈川、日本）と
一体化した２チャンネル蛍光相関分光計ＡＬＢＡ（ＩＳＳ、Ｃｈａｍｐａｉｇｎ、
ＩＬ）を用いて、ＦＣＳ実験を行った。詳しい情報は S. Y. Tetin ら（２００６年）、
「Interactions of two monoclonal antibodies with BNP : high resolution epitope
5 mapping using fluorescence correlation spectroscopy.」、Biochemistry、４５巻
（４７）、１４１５５－６５頁）に記載されている。ペプチドおよびペプチドの抗
体の平衡解離係数（Ｋ ｄ ）を、直接結合実験において、ｍＡｂ ６Ｈ６の存在下、
蛍光標識化したペプチドの自己相関曲線における変化をモニタリングすること
によって測定した。Ａｌｅｘａ－４８８で標識化したペプチドを２ｎＭで維持し、
10 抗体濃度を、一連の１５個の試料において、ナノモル以下からマイクロモルまで
増加性に増大した。抗体結合したペプチドの分画を、２成分適合モデル (two
component-fitting model)を用いて各自己相関曲線から算出した。適合のルーチ
ン(fitting routine)およびＫｄ の算出は S. Y. Tetin ら（２００６年）において記載
されている。 （段落【０１７３】
」 ）
15 「結合性の測定は全て、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、および０．０
０５％界面活性剤Ｐ２０を含む１０ｍＭ ＨＥＰＥＳバッファーｐＨ７．４中で
行った。図３は、ｍＡｂ ６Ｈ６およびＡｌｅｘａ４８８－ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプ
チドの結合曲線を示す。ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドに対するｍＡｂ ６Ｈ６のＫ ｄ
は３７±４ｎＭである。図４は、ｍＡｂ ６Ｈ６およびＡｌｅｘａ４８８－プロト
20 ロンビンペプチド（１－１３）の結合曲線を示す。曲線上の各データ点を、各自
己相関曲線の適合から抽出した（データは示さず）。６Ｈ６ ｍＡｂおよびプロト
ロンビンペプチドのＫ ｄ は４．６±０．５ｕＭである。 （段落【０１７４】
」 ）
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチドＣｙｓ１－１３の標識化：Ａｌｅｘａ４８８ＰＩＶ
ＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）を調製するために、ＰＩＶＫＡ－ＩＩ（ｃｙｓ
25 １－１３）６ｍｇを４ｍＬガラスバイアル中に秤量し、５０ｍＭ ＭＥＳ ｐＨ６．
２ ２ｍＬ中 に溶解 し、この 溶液に、 Ｄ ＭＦ（す なわち、 ジ メチルホ ルミ ド
(dimethylformide) ０ ． ２ ｍ Ｌ 中 Ａ ｌ ｅ ｘ ａ Ｆ ｌ ｕ ｏ ｒ ４ ８ ８ マ リ ミ ド
(malimide)１ｍｇを加えた。混合物を室温で２時間インキュベートした。Ａｌｅ
ｘａ４８８ ＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）を、６０分間、アセトニトリ
ル水（１０－４０％）の勾配を用いてＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｌｕｎａ １０ｕ、
5 Ｃ１８（２）２５０×５０ｍｍカラム（Phenomenex、Torrance、CA）上で精製
した。ピークの純粋な分画をプールし、凍結乾燥して乾燥粉末０．６ｍｇを得た。
標識化したペプチドの濃度を、Ｅ４９５＝７１０００Ｍ－ｌｃｍ－１を用いて１
ｃｍキュベット中の吸光度によって決定した。（段落【０１７５】）
「〔実施例３〕イムノアッセイ自動化イムノアッセイにおける６Ｈ６の使用
10 無血清培地中でハイブリドーマを培養した。培養上清中の抗体を、タンパク質
Ａカラムで精製した。精製した３Ｃ１０ ＰＩＶＫＡ－ＩＩ特異的モノクローナ
ル抗体を、磁性微粒子にコーティングした（カルボキシル基を、微粒子(Abbott
Laboratories、ＩＬ）の表面上に、塩酸１－エチル－３－［３－ジメチルアミノ
プロピル］カルボジイミド（ＥＤＣ）を用いて共有結合で付けた。 。コーティン
）
15 グした微粒子を、ウシ血清アルブミン（試薬Ａを作成するためのＢＳＡ）を含ん
でいたバッファー溶液中に分散させた。 （段落【０１７６】
」 ）
「アクリジニウムコンジュゲートを、上記に記載した６Ｈ６モノクローナル抗体
から作成した。抗体を、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）活性化したア
クリジニウムエステル（Abbott Laboratories、ＩＬ）を用いて標識化した。標識
20 化した抗体を、ＢＳＡを含むバッファー中に希釈して試薬Ｂを調製した。Ｔｒｉ
ｔｏｎＸ－１００を含むバッファー溶液を試薬Ｃとして調製した。イムノアッセ
イを、ＡＲＣＨＩＴＥＣＴｉ２０００（Abbott Laboratories、ＩＬ）の自動化イ
ムノアッセイシステムを利用した以下の手順で自動的に行った。特に、試薬Ａ５
０ｕＬおよび試薬Ｃ５０ｕＬを、試料５０ｕＬと混合した。混合物を３７℃で１
25 ８分間インキュベートして、試料中の磁性微粒子上にコーティングされた抗体お
よび反応性物質（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）を結合させた。磁性微粒子を磁石によって
引きつけ、次いで残余の溶液を除去した。磁性微粒子の表面上に非特異的に結合
した不純物が除去されるように、磁性微粒子をリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）によ
って洗浄した。次いで、試薬Ｂ ５０ｕＬを微粒子に加え、次いで（抗体がコーテ
ィングした磁性微粒子）－（試料中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ）－（アクリジニウム標
5 識化した抗体）の複合体が形成された。ＰＢＳによる洗浄ステップの後、アルカ
リ性条件下でペルオキシドを加え、次いでアクリジニウムエステルが発光シグナ
ルを生成し、このシグナルを光電子増倍管（ＰＭＴ）によって検出した。 （段落
」
【０１７７】）
「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ溶液を、磁性微粒子上にコーティングした４つの抗体を用い
10 て、Ａｒｃｈｉｔｅｃｔイムノアッセイで試験した（図２） クローン３Ｃ１０は、
。
ＰＩＶＫＡ－ＩＩ抗原に対して最も強い反応性を示した。これらの結果は３Ｃ１
０抗体がＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して高い特異性を示し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩと高度
に反応性であったことを示していた。アッセイは、ＢＳＡおよび抗微生物剤を含
むｐＨ７．４のリン酸バッファー中ＰＩＶＫＡ ０から３００００ｍＡＵ／ｍＬ
15 の濃度の６つのキャリブレーターを用いてキャリブレートされる。ヒトＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩ分子の図を抗体反応性の部位とともに図５Ａに示す。アッセイフォーマ
ットの図を図５Ｂに示す。 （段落【０１７８】
」 ）
「アッセイ性能の評価：６つのキャリブレーターを５回繰り返してアッセイし、
ヒトプロトロンビン（Abbott Japan、東京、日本）に対する対照のコンジュゲー
20 トおよび６Ｈ６コンジュゲートの反応を用いて各キャリブレーターに対するＲ
ＬＵ（相対的な光単位）の平均値を、表Ｂおよび図６に示す通り比較した。両方
のコンジュゲートともアッセイにおいて良好な応答をもたらした。 （段落【０１
」
７９】）
【表２】
（段落【０１８０】）
「２つのＡＲＣＨＩＴＥＣＴ ＰＩＶＫＡ－ＩＩアッセイからの結果を、ポリク
ローナル抗ヒトプロトロンビンコンジュゲートを用いる市販のＰＩＶＫＡ－Ｉ
5 Ｉアッセイ（Picolumi、EISAI、日本）からの結果に比較した。見かけ上健康な
人からの試料（ProMedDx LLC、Norton、Massachusetts）および肝細胞癌患者
か ら の 試 料 （ Clinical Research Center of Cape Cod 、 West Yarmouth 、
Massachusetts）を用いた。両方のアッセイフォーマット対Ｐｉｃｏｌｕｍｉに
対する相関を図７－８に示す。これらの結果は、ヒト血清中のＰＩＶＫＡ－ＩＩ
10 を検出するこれらのアッセイの能力を実証している。 （段落【０１８１】
」 ）
６ 図面（各図面に付記した説明は、段落【００２７】の「図面の簡単な説明」に
記載のものである。）
⑴ 図１
３匹の胚中心関連ＤＮＡプライマーゼ（ＧＡＮＰ）トランスジェニックＢａ
15 ｌｂ／Ｃマウスおよび３匹のＧＡＮＰトランスジェニックＣ５７ＢＬ／６マウ
スを免疫化するためのペプチドＫＬＨの使用を示す模式図である。
⑵ 図２
ｍＡｂ ３Ｃ１０（抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩ １７－２４）を用いたサンドイッ
チ反応性を用いたハイブリドーマスクリーニングの結果を示す棒グラフである。
⑶ 図３
ＰＩＶＫＡ－ＩＩ １－１３ペプチドに対するｍＡｂ ６Ｈ６のＫ ｄ が３７
±４ｎＭであることを示す、ｍＡｂ ６Ｈ６（抗ＰＩＶＫＡ－ＩＩ １－１３）
およびＡｌｅｘａ４８８標識化したＰＩＶＫＡ－ＩＩペプチド（１－１３）の
結合曲線を示すグラフである。
⑷ 図４
5 プロトロンビンペプチドに対する６Ｈ６ ｍＡｂのＫ ｄ が４．６±０．５μＭ
であることを示す、ｍＡｂ ６Ｈ６およびＡｌｅｘａ４８８標識化したプロト
ロンビンペプチド（１－１３）の結合曲線を示すグラフ）
⑸ 図５Ａ
抗体反応性の部位を示すヒトＰＩＶＫＡ－ＩＩ分子を示す模式図である。
⑹ 図５Ｂ
ｍＡｂ ６Ｈ６を用いた自動化イムノアッセイフォーマットを示す模式図で
ある。
⑺ 図６
図５において示したアッセイフォーマットによる、対照のコンジュゲート（Ｍ
ＡＣ１－１８）および６Ｈ６コンジュゲートの測定性能に用いた６個のＰＩＶ
5 ＫＡ－ＩＩキャリブレーター各々に対するＲＬＵ（相対的な光単位）値を示す
グラフである。
以 上
別紙４
文献の記載
１ 甲４（Journal of Biological Chemistry, 1988, 263(13),p.6259-6267：和訳は甲
5 １９）
⑴ 標題
「数種類のヒトビタミンＫ依存性タンパク質の保存されたエピトープ
抗原性部位の位置および抗体結合に対する金属イオンの影響」
⑵ 要約
10 ア 「マウスに精製ヒトプロテインＣを注射することによって産生されるマウ
スモノクローナル抗体（Ｈ－１１と称される）は、数種類のヒトビタミンＫ
依存性タンパク質に結合することが見出された。抗体をマイクロタイタープ
レート上に固定化した固相競合ラジオイムノアッセイを使用して、当該抗体
への １２５Ｉ標識プロテインＣの結合を、プロテインＣ、プロトロンビン、な
15 らびに第Ｘ因子および第ＶＩＩ因子の量を１×１０ －８ ～１×１０ －６ Ｍの濃
度範囲にわたって増加させていくことによって阻害した。 （６２５９頁左欄
」
１～９行目）
イ 「プロトロンビンのキモトリプシン消化およびプロトロンビンのアミノ末
端残基１－４４を表すペプチドのＱＡＥ Ｓｅｐｈａｄｅｘでの単離により、
20 そのモノクローナル抗体によって認識される抗原性部位を、高度に保存され
たγ－カルボキシグルタミン酸含有ドメインにさらに位置付けた。抗体Ｈ－
１１の抗原決定基の正確な位置を、合成ペプチドを使用して証明した。抗体
Ｈ－１１は、第ＶＩＩ因子の残基１～１２およびプロテインＣの残基１～２
２に相当する合成ペプチドに特異的に結合した。ウシとヒトのビタミンＫ依
25 存性タンパク質のタンパク質配列の比較は、配列Ｐｈｅ－Ｌｅｕ－Ｇｌｕ－
Ｇｌｕ－Ｘａａ－Ａｒｇ／Ｌｙｓが抗体結合に必要とされることを示唆す
る。 （６２５９頁左欄２７～４１行目）
」
⑶ 本文
ア 「モノクローナル抗体は、タンパク質の表面決定基に対する有用なプロー
ブである。それらがコンフォメーションエピトープおよび金属イオン依存性
5 エピトープの両方を認識する能力があることから、抗体は、プロトロンビン
の金属イオン誘導性構造変化をポリペプチドの個別のセグメントに位置付け
るために有用であることが証明されてきた。この報告では、我々は、マウス
に精製ヒトプロテインＣを注射することによって調製され、数種類の他のビ
タミンＫ依存性タンパク質に特異的に結合することが示された、単一のモノ
10 クローナル抗体（抗体Ｈ－１１と称される）を記載する。我々は、抗原性部
位の位置を定義し、Ｈ－１１の決定基が金属イオン－タンパク質複合体の形
成の際に失われることを見出した。 （６２６０頁左欄１９～３０行目）
」
イ 「ハイブリドーマＨ－１１の調製－完全フロイントアジュバント中の５０
μｇのプロテインＣで、ＢＡＬＢ／ｃマウスの複数の部位に皮下免疫した。
15 完全フロイントアジュバント中の５０μｇのブースター注射を、４週間、８
週間、および１２週間で与えた。最後の注射の６週間後に、プロテインＣ抗
体の存在に関して血清力価を決定し、最高の抗プロテインＣ力価を有するマ
ウスに、生理食塩水中の１００μｇのプロテインＣを静脈内に与えた。４日
後、当該マウスをクロロホルムで殺し、その脾臓を取り出した。２匹のマウ
20 スからの脾細胞（３×１０ ８個）を３×１０ ７ 個の骨髄腫細胞と混合し、遠心
分離した。その細胞ペレットを、３ｍｌの５０％ポリエチレングリコール１
０００に注意深く再懸濁し、３分間、穏やかに混合した。次いで、その懸濁
物を、３分間、１０００ｒｐｍで遠心分離し、その上清を廃棄し、そのペレ
ットを１５ｍｌのウシ胎仔血清に再懸濁した。その容積を培養培地で７２ｍ
25 ｌにし、その細胞混合物のうちの０．１ｍｌを、９６ウェルマイクロタイタ
ープレートの各ウェルにピペットで移した。翌日、各ウェルに２０％ウシ胎
仔血清およびヒポキサンチン／アミノプテリン／チミジンを含む培養培地の
０．１ｍｌを与えた。融合の２日後、フィーダー細胞として機能するように
胸腺細胞を添加した。抗プロテインＣ抗体についての、そのハイブリドーマ
上清のスクリーニングを、当該ハイブリドーマが目に見えるようになったと
5 きに行った。抗プロテインＣ抗体を産生するハイブリドーマを、限界希釈に
よって３回クローニングした。 （６２６０頁右欄９～３０行目）
」
「ハイブリドーマスクリーニングアッセイ－抗プロテインＣ抗体につい
ての、そのハイブリドーマのスクリーニングを、プロテインＣをコーティン
グしたマイクロタイタープレートを用いて酵素結合免疫吸着アッセイによっ
10 て行った。 （６２６０頁右側３１～３３行目）
」
ウ 「固相イムノアッセイ－ビタミンＫ依存性タンパク質への抗体Ｈ－１１の
結合を、プレート表面上に直接吸着させたかまたは精製ウサギ抗マウス免疫
グロブリンで間接的に吸着させた抗体Ｈ－１１を有するプラスチック製９６
ウ ェ ル マ イ ク ロ タ イ タ ー プ レ ー ト （ Dynatech Laboratories, Inc. 、
15 Removawells）中で行った。プレートを、５０ｍＭ炭酸ナトリウム緩衝液、
ｐＨ９．０中の抗体Ｈ－１１または精製ウサギ抗マウス免疫グロブリンで一
晩４℃においてコーティングした。次いで、そのプレートを、ＴＢＳ（１０
ｍＭＴｒｉｓ、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、ｐＨ７．４）で洗浄した。非特異的
タンパク質結合部位を、ＴＢＳ中の１％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミン（Ｂ
20 ＳＡ／ＴＢＳ）を室温において１～２時間添加することによってブロックし
た。そのプレートをまた、ＢＳＡ／ＴＢＳ中－２０℃で貯蔵した。ウサギ抗
マウス免疫グロブリンでコーティングしたプレートを抗体Ｈ－１１とともに
２時間室温においてインキュベートし、放射性標識したプロテインＣを添加
する前に、そのウェルをＴＢＳで３回洗浄した。プロテインＣを、以前に記
25 載されたように、クロラミンＴを使用して放射性標識した。２０μＣｉ／μｇ
タンパク質の比活性を、この手順によって慣用的に得た。放射性標識した抗
原（典型的には、５０，０００ｃｐｍ）を、当該ウェルにおいて、ＴＢＳ中
０．５％ＢＳＡ中で２～４時間室温においてインキュベートした。次いで、
当該ウェルをＴＢＳで３回洗浄し、当該ウェルと関連する放射活性を、Ｂｅ
ｃｋｍａｎ Ｂｉｏｇａｍｍａカウンターで決定した。
5 イムノブロッティング－タンパク質を、Ｌａｅｍｍｌｉによって記載され
るように、５～１５％ポリアクリルアミドスラブゲル上での電気泳動後に、
Towbin et al.に記載されるようにニトロセルロースへと電気泳動的に転写し
た。転写後に、そのニトロセルロースを、ＢＳＡ／ＴＢＳ中で１～２時間室
温においてインキュベートした。次いで、そのニトロセルロースブロットを、
10 ＴＢＳ中０．２％（ｗ／ｖ）ＢＳＡの抗体（５μｇ／ｍｌ）溶液の中に、２
時間室温において入れた。そのニトロセルロースブロットを、０．５％（ｖ
／ｖ）Ｎｏｎｉｄｅｔ Ｐ－４０界面活性剤を含む氷冷ＴＢＳで３回、合計
３０分間で洗浄し、次いで、０．２％ＢＳＡ／ＴＢＳ中で１：２０００希釈
した、西洋ワサビペルオキシダーゼとコンジュゲートしたヤギ抗マウス免疫
15 グロブリンの溶液の中に入れた。振盪機上で１時間室温において第２のイン
キュベーションを行った後に、そのブロットを、Ｎｏｎｉｄｅｔ Ｐ－４０
を含むＴＢＳで再び３回洗浄した。結合した抗体の位置を、０．８ｍＭ о－
ジアニシジンジハイドロクロリドを含むＴＢＳおよび０．００１％Ｈ ２ Ｏ ２ 、
または０．６ｍｇ／ｍｌ ４－クロロ－１－ナフトールおよび０．１％Ｈ ２Ｏ
20 ２ 中で、当該ブロットをインキュベートすることによって可視化した。当該ブ
ロットを０．２％（ｗ／ｖ）アジ化ナトリウムを含むＴＢＳ中で洗浄し、数
枚の濾紙の間でそのブロットを乾かすことによって、その反応を停止させた。
ドットブロットまたはスロットブロットいずれかのテンプレートを使用して
当該タンパク質をニトロセルロース上に直接ブロットすることによっても、
25 イムノブロッティングを行った。５０μｌ中に２～０．０５μｇの全タンパ
ク質量を含む、各タンパク質サンプルのいくつかの希釈物を、各ウェルにお
いてブロットし、上記のように免疫検出を行った。そのブロットを、Ｓｈｉ
ｍａｄｚｕ ＣＳ－９３０スキャナーを使用してデンシトメトリーによって
分析した。 （６２６０頁右欄４９行～６２６１頁左欄１７行目）
」
エ 「プロトロンビンを、Bajaj et al.によって記載される方法によって脱カル
5 ボキシル化した。 （６２６１頁左欄４６～４７行目）
」
オ 「結果
抗体Ｈ－１１の特徴付けの間に、数種類の他のビタミンＫ依存性タンパク
質は、当該抗体への免疫抗原プロテインＣの結合を阻害することが見出され
た。抗体Ｈ－１１を９６ウェルマイクロタイタープレートに吸着させた固相
10 競合ラジオイムノアッセイを使用して、放射性標識したプロテインＣを、精
製ビタミンＫ依存性タンパク質の濃度を増加させながら、その存在下、ウェ
ルにおいてインキュベートした。当該タンパク質の各々を、使用前に抗プロ
テインＣモノクローナル抗体カラムに通過させた。図１にまとめられたデー
タは、プロテインＣ、プロトロンビン、ならびに第Ｘ因子および第ＶＩＩ因
15 子が濃度依存的様式において１０ －８ ～１０ －６ Ｍの範囲にわたって １２５ Ｉ－
プロテインＣの結合を阻害できたことを示す。また、プロテインＳは、使用
した最高濃度（１．４５μＭ）においてより小さい程度の阻害を示した。第
ＩＸ因子は、同様の濃度範囲にわたって抗体への １２５ Ｉ－プロテインＣの結
合を阻害せず、２種の他のタンパク質、骨Ｇｌａタンパク質およびアンチト
20 ロンビンＩＩＩも阻害しなかった（データは示さず）。これらのデータは、抗
体Ｈ－１１によって認識されるエピトープが、全てではないが数種類のビタ
ミンＫ依存性タンパク質上で見出されることを示した。 （６２６１頁右欄１
」
２～３１行目）
カ 「抗体Ｈ－１１によって認識される抗原性部位の化学的性質を理解するた
25 めに、プロトロンビンを消化または化学に改変し、抗体Ｈ－１１がその改変
プロトロンビンに結合する能力を、ドットブロット装置またはスロットブロ
ット装置を使用して決定した。当該抗体が数種類のウシビタミンＫ依存性タ
ンパク質に結合する能力もまた、この様式で評価した。その抗原を、種々の
濃度でニトロセルロース上に固定化し、抗体Ｈ－１１（５μｇ／ｍｌ）とと
もにインキュベートした。当該抗体－固定化タンパク質複合体を、西洋ワサ
5 ビペルオキシダーゼとコンジュゲートしたヤギ抗マウス免疫グロブリンおよ
び基質（ニトロセルロース上の当該抗原－抗体複合体付近で着色したスポッ
トを形成する）を使用して可視化した。
そのスポットの密度を、デンシトメーターを使用して定量した。図２に示
されるデータは、ニトロセルロース上に固定化したウシプロテインＣ、ウシ
10 プロトロンビン、およびウシ第ＩＸ因子への抗体Ｈ－１１の結合を示し、他
のウシタンパク質のうちの数種類への結合ならびにその化学的におよび酵素
的に改変したプロトロンビン誘導体への結合に関するデータを、表Ｉにまと
める。陽性の反応性は、図２に示されるデータによって例示されるように、
抗体Ｈ－１１が、固定化した抗原と用量依存的に反応したことを示す。
15 プロトロンビン上の抗原性部位は、種々の処理（ＳＤＳによる変性、メル
カプトエタノールによるジスルフィドの還元もしくは還元に続いてのカルボ
キシメチル化、シトラコネートによるリジン残基の標識、ＣＮＢｒを用いた
メチオニン残基における切断、及びＧｌａ残基の熱による脱カルボキシル化
を含む）の後に反応性であった。プロトロンビン、シトラコネートによりリ
20 ジン残基が改変されたプロトロンビン、またはシステイン残基において還元
およびカルボキシメチル化されたプロトロンビンの、トリプシンによる切断
は、抗体Ｈ－１１によって認識される抗原性部位を破壊した。 （６２６１頁
」
右欄３２行目～６２６２頁右欄４行目）
「脱カルボキシル化タンパク質からのデータはまた、グルタミン酸残基の
25 γ－カルボキシル化が抗体認識に必要とされないことを示す。 （６２６２頁
」
右欄１４～１６行目）
キ 「図３に示されるデータは、抗体Ｈ－１１が、プロテインＣの軽鎖上およ
び第Ｘ因子上の決定基に、ならびにプロトロンビン上および第ＶＩＩ因子上
に見出される決定基に結合することを示す。 （６２６２頁右欄２３～２６行
」
目）
5 ク 「抗体Ｈ－１１抗原決定基の直接的な証拠および抗体Ｈ－１１抗原決定基
のＧｌａドメインのより小さな領域へのさらなる位置づけを、ビタミンＫ依
存性タンパク質の既知の配列を含む合成ペプチドを用いて得た。合成したペ
プチドは、第ＶＩＩ因子の残基１～１２、第ＶＩＩ因子の残基１３～２９を
含むペプチド、およびプロテインＣ軽鎖の残基１～２２を表すペプチドを含
10 んだ。Ｇｌａドメイン配列における当該ペプチドの位置を、図５に示す。図
５に示される配列は、ヒトプロテインＣ、プロトロンビン、ならびに第Ｘ因
子、第ＶＩＩ因子、および第ＩＸ因子の配列である。アスタリスクは、抗体
Ｈ－１１に結合する４種のタンパク質において同一の残基を示す。精製した
合成ペプチドを、９６ウェルマイクロタイタープレートの底に固定化した。
15 当該ペプチドへの抗体Ｈ－１１の結合を、西洋ワサビペルオキシダーゼとコ
ンジュゲートしたウサギ抗マウス免疫グロブリン二次抗体および色素生成性
基質を使用して測定した。図６に示されるように、抗体Ｈ－１１は、固定化
したプロトロンビン、第ＶＩＩ因子－（１～１２）－ペプチド、およびプロ
テインＣ－（１～２２）－ペプチドに結合したが、第ＶＩＩ因子－（１３～
20 ２９）－ペプチドには結合しなかった。このアッセイのコントロールは、任
意の配列の別のペプチドおよび当該ペプチドの各々とインキュベートされる、
非ビタミンＫ依存性タンパク質に対する別のモノクローナル抗体を含んだ。
これらのコントロールウェルはいずれも、同一のインキュベーションおよび
アッセイ条件下でいかなる発色をも示さなかった。これらのデータは、抗体
25 Ｈ－１１が、Ｇｌａドメインのアミノ末端セグメントに位置する残基に結合
することを証明する。なぜなら抗体Ｈ－１１は第ＶＩＩ因子－（１～１２）
－ペプチドおよびプロテインＣ－（１～２２）－ペプチドの両方に特異的に
結合したからである。また、当該データは、γ－カルボキシグルタミン酸が
抗体結合に直接的に必要とされないという、脱カルボキシル化プロトロンビ
ンで見られた結果を確認する。なぜなら当該ペプチドは、グルタミン酸で合
5 成されたからである。 （６２６３頁右欄２４行目～６２６４頁左欄９行目）
」
ケ 「この報告におけるデータは、抗体Ｈ－１１が、ヒトおよびウシのプロテ
インＣ、プロトロンビン、ならびに第Ｘ因子および第ＶＩＩ因子のＧｌａド
メインのアミノ末端に位置した進化的に保存された抗原決定基を認識するこ
とを示す。 （６２６４頁右欄２７～３０行目）
」
10 コ 「タンパク質および合成ペプチド化学の組み合わせを使用して、我々は、
抗体Ｈ－１１の抗原決定基をＧｌａドメインのアミノ末端ドデカペプチドに
マッピングした。ヒトおよびウシ両方のビタミンＫ依存性タンパク質に関す
るこの領域の比較を図８に示す。表Ｉにまとめられた情報のほかに、公知の
タンパク質配列のこのような比較は、抗体Ｈ－１１結合部位内のアミノ酸の
15 さらなる特定を可能にする。図８に示されるように、抗体Ｈ－１１に結合す
るそれらタンパク質によって共有される最小のコンセンサス配列は、ＦＬＥ
Ｅである。天然のタンパク質において、グルタミン酸は、ビタミンＫ依存性
カルボキシラーゼによるカルボキシル化の部位である。シトラコニル化ヒト
プロトロンビンのトリプシンによる切断は、抗原性部位がＡｒｇも含むかも
20 しれないことを示す。そのタンパク質の各々は、塩基性アミノ酸（Ａｒｇま
たはＬｙｓのいずれか、ＦＬＥＥのカルボキシル末端に向かって２残基）を
含む。これは、その抗原決定基内の残基の最小配列がＦＬＥＥＸＲ／Ｋであ
ることを示唆するかもしれない。抗体Ｈ－１１に結合しないタンパク質、具
体的には、ウシおよびヒトの第ＩＸ因子およびプロテインＳは、その保存さ
25 れたトリペプチドＬＥＥのアミノ末端においてフェニルアラニン残基を含ま
ない。これは、この残基が抗体Ｈ－１１結合に必要であることを意味する。」
（６２６４頁右欄４５行目～６２６５頁左欄２行目）
⑷ 表及び図面
ア 図２（６２６２頁）
「
（注：縦軸の「ＡＲＥＡ」は面積、横軸の「ＰＲＯＴＥＩＮ」は「タンパク
質」を意味する。）
図２．固定化したウシビタミンＫ依存性タンパク質への抗体Ｈ－１１の結
合。精製ウシビタミンＫ依存性タンパク質を、その量を減少させながら、ス
10 ロットブロット装置を使用してニトロセルロース上に固定化した。そのニト
ロセルロースシートを抗体Ｈ－１１（５μｇ／ｍｌ）とともにインキュベー
トした後、抗原－抗体複合体を、西洋ワサビペルオキシダーゼとコンジュゲ
ートしたヤギ抗マウス免疫グロブリンおよび色素生成性基質使用して可視化
した。ニトロセルロースの発色した領域の密度を、Ｓｈｉｍａｄｚｕ ＣＳ
15 －９３０デンシトメーターを使用して定量した。当該デンシトメーターのト
レースの相対的面積を、各スロットにブロットしたタンパク質の総質量に対
してプロットした。プロトロンビン（●） プロテインＣ
、 （■） 第ＩＸ因子
、 （〇）
の代表的データを示す。同様に得られたデータを表Ｉにまとめる。」
イ 表Ｉ（6262 頁）
「
」
ウ 図３（6262 頁）
「
（注：縦軸の「Molecular wt. ×10-3」は「分子量×10-3」を意味する。）
図３．抗体Ｈ－１１によるヒトビタミンＫ依存性タンパク質のイムノブロ
ット。タンパク質を、２％ＳＤＳの存在下で、２％β－メルカプトエタノー
ルで還元し、１００℃において加熱した。Ａ、タンパク質サンプル（８μｇ）
5 のクマシーブルー染色；Ｂ、５～１５％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルでの
電気泳動、ニトロセルロースへの電気泳動的転写、および抗体Ｈ－１１での
ブロット後のタンパク質サンプル（６μｇ）のイムノブロット。抗原－抗体
複合体の検出を、西洋ワサビペルオキシダーゼとコンジュゲートしたヤギ抗
マウス免疫グロブリン二次抗体およびｏ－ジアニシジンおよび基質としての
10 過酸化水素を使用して行った。」
エ 図４（Ａのみ）（6263 頁）
「
（注：「PROTHROMBIN」は「プロトロンビン」を意味する。）
15 図４．キモトリプシンで消化したプロトロンビンの、抗体Ｈ－１１を用い
たイムノブロット、およびＱＡＥ Ｓｅｐｈａｄｅｘにおけるプロトロンビ
ンＧｌａドメインの単離。Ａ、キモトリプシンによるプロトロンビン消化の
時間経過。示された時間において、サンプルを取り出し、２％ＳＤＳに入れ、
２分間、１００℃において加熱した。上側のパネルは、１０％ＳＤＳ－ポリ
アクリルアミドゲルでの電気泳動後のサンプル（６μｇ）のクマシーブルー
染色；下側のパネルは、ＳＤＳ－ＰＡＧＥでの電気泳動およびニトロセルロ
ースへの電気泳動的転写後の同じサンプル（３μｇ）の抗体Ｈ－１１でのイ
ムノブロット。上側のパネルの分子量標準は、ホスホリラーゼｂ（９７，０
5 ００）、ウシ血清アルブミン（６８，０００）、およびオボアルブミン（４３，
０００）である。」
オ 図５（6263 頁）
「
（注：上から順に、プロテインＣ、プロトロンビン、第Ｘ因子、第ＶＩＩ因
子、第ＩＸ因子）
図５．ヒトビタミンＫ依存性タンパク質のＧｌａドメインの配列比較。配
列を、the National Biomedical Research Foundation Protein Identification
15 Resource Data Base においてそれらが表示されているとおりに列挙する。
グルタミン酸残基は、天然に存在するアミノ酸である、Ｇｌｕ（Ｅ）として
示し、Ｇｌａとしては示さない。番号付けは、プロテインＣに対してのもの
である。アスタリスクは、プロテインＣ、プロトロンビン、ならびに第Ｘ因
子および第ＶＩＩ因子において同一の残基を示す。プロテインＣ配列の下線、
20 および第ＶＩＩ因子配列の上下の線は、合成されたペプチドの位置を示す。」
カ 図６（6264 頁）
「
（注：縦軸：４９０ｎｍでの吸光度、横軸：ｐｍｏｌｅｓ抗原）
図６．合成ペプチドへの抗体Ｈ－１１の結合。種々の量のペプチドを、炭
酸緩衝液中、マイクロタイタープレートのウェル上にコーティングした。抗
5 体Ｈ－１１（ＢＳＡ／ＴＢＳ中２０μｇ／ｍｌ）を、当該ウェル中でインキ
ュベートし、そのウェルをＴＢＳで洗浄し、抗体－ペプチド複合体の存在を、
西洋ワサビペルオキシダーゼとコンジュゲートしたヤギ抗マウス免疫グロブ
リンおよびｏ－フェニレンジアミンと基質としての過酸化水素を使用して測
定した。その反応を４Ｎ Ｈ２ ＳＯ４ で停止させた後、酵素結合免疫吸着アッ
10 セイプレートリーダーを使用する４９０ｎｍでの吸光度測定によって、その
発色を定量した。ヒトプロトロンビン（ＩＩ）、因子（ＦＶＩＩ）の残基１～
１２および１３～２９を表すペプチド、ならびにプロテインＣ（ＰＣ）の残
基１～２２への、抗体Ｈ－１１結合に関するデータを示す。」
キ 図８（6265 頁）
15 「
図８．ビタミンＫ依存性タンパク質のアミノ末端配列のアラインメント。
ヒトおよびウシのビタミンＫ依存性タンパク質のアミノ末端配列を、これら
タ ン パ ク 質 が 、 the National Biomedical Research Foundation Protein
5 Identification Resource Data Base に表示されるとおりに列挙する。太字の
残基は、抗体Ｈ－１１の結合に必要とされるかもしれないアミノ酸を示す。」
２ 甲１（Biochimica et Biophysica Acta 1586 (2002)、２８７～２９８頁。和訳は
甲３５。）
⑴ 標題
10 「肝細胞癌に関連するデス－γ－カルボキシプロトロンビンのγ－カルボキ
シグルタミン酸の含量」（２８７頁）
⑵ 要約
「血清デス－γ－カルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）は、肝細胞癌（ＨＣ
Ｃ）の診断に有用なマーカーであるが、肝疾患におけるその合成の正確な機構
15 及びその構造的特性は明らかになっていない。ＤＣＰを、モノクローナル抗体
ＭＵ－３により測定する。この研究の目的は、ＭＵ－３のエピトープを検査し
て、ＨＣＣと良性の肝疾患との間のＤＣＰの違いを明らかにすることであった。」
（２８７頁１～４行目）
⑶ 本文
20 ア 「肝臓中で合成される血液凝固タンパク質であるプロトロンビンは、６、
７、１４、１６、１９、２０、２５、２６、２９及び３２位にあるＧｌａド
メインの１０個のＧｌｕ残基がビタミンＫ依存性γ－グルタミルカルボキシ
ラーゼによってＧｌａにγ－カルボキシル化された後、活性形態に変換され
る。肝細胞癌（ＨＣＣ）及び肝硬変等の肝疾患を有する患者において、プロ
5 トロンビンの合成は低減され、そのγ－カルボキシル化は損なわれ、その結
果、デス－γ－カルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）、即ち、ビタミンＫの非
存在により誘導されるタンパク質（ＰＩＶＫＡ－ＩＩ）が代わりに形成され
る。 （２８７頁左欄１行目～右欄８行目）
」
イ 「ＭＵ－３抗体は、Motohara らによって作製されたＤＣＰに対するモノ
10 クローナル抗体である。臨床研究で、ＭＵ－３抗体を使用するイムノアッセ
イは、ＨＣＣにおいてＤＣＰに対して高い感度と特異性を有すること、ＤＣ
Ｐ測定がＨＣＣの早期検出に有用であることが証明されている。 （２８８頁
」
左欄３４～４０行目）
ウ 「２．５ 直接結合ＥＬＩＳＡ
15 ＭＵ－３抗体の、脱カルボキシル化タンパク質又は合成ペプチドに対す
る 反 応 性 を 、 ９ ６ ウ ェ ル マ イ ク ロ タ イ タ ー プ レ ー ト （ Nalge Nunc
International, Rochester, NY, USA）を使用して、ＥＬＩＳＡにより測定し
た。ＴＢＳ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、０．１Ｍ ＮａＣｌ、 ｐＨ８．
０）に希釈された脱カルボキシル化タンパク質又は合成ペプチドを、室温で
20 ５ｈインキュベートすることにより、マイクロタイタープレートのウェル上
にコートした。ＴＢＳでの３回の洗浄の後、ウェルを、１％ウシ血清アルブ
ミン－ＴＢＳ（ＢＳＡ－ＴＢＳ）で１ｈブロックした。ＴＢＳでの洗浄の後、
０．１％Ｔｗｅｅｎ２０－ＢＳＡ－ＴＢＳで種々の濃度に希釈したＭＵ－３
抗体の溶液を、各ウェルに添加した。室温で２ｈのインキュベーション及び
25 洗浄の後、ＭＵ－３抗体と反応させたウェルを、西洋ワサビペルオキシダー
ゼで標識したウサギ抗マウスＩｇＧ抗体（ICN Pharmaceuticals, Irvine, CA,
USA）の溶液と、室温で１ｈさらにインキュベートした。さらなる洗浄の後、
ウェルを、０．１Ｍクエン酸バッファー、ｐＨ５．５中に溶解させた１ｍｇ
／ｍｌ ｏ－フェニレンジアミン及び２ｍＭ Ｈ ２ Ｏ ２ とインキュベートし
た。反応を、２Ｎ硫酸の添加により停止させ、４９２ｎｍの吸光度を、マイ
5 クロプレート光度計を使用して読みとった。 （２８９頁左欄２５行目～右欄
」
７行目）
エ 「２．６ サンドイッチＥＬＩＳＡ
サンドイッチＥＬＩＳＡを、脱カルボキシル化タンパク質の代わりにＭ
Ｕ－３抗体をウェルにコートさせ、西洋ワサビペルオキシダーゼで標識した
10 ウサギ抗マウスＩｇＧ抗体の代わりにアフィニティ精製し西洋ワサビペルオ
キシダーゼで標識したウサギ抗プロトロンビン抗体のＦａｂを使用した以外
は、直接結合ＥＬＩＳＡに使用した方法により実施した。３％ＢＳＡ－ＴＢ
Ｓで希釈した脱カルボキシル化プロトロンビンを、参照標準タンパク質とし
て使用した。 （２８９頁右欄８～１７行目）
」
15 オ 「３．３ ＭＵ－３抗体エピトープの決定
ペプチド－２中のエピトープをより詳細に特定するために、より小さな
ペプチドを用いた調査が必要であったが、ペプチド－２より小さなペプチド
は、ウェルに直接結合させることが困難であった。従って、ＭＵ－３抗体の
エピトープを、脱カルボキシル化プロトロンビンに対するペプチドの競合を
20 用いて、ＭＵ－３抗体でコートしたウェルを用いたサンドイッチＥＬＩＳＡ
により調査した。各ペプチドとの競合後のＭＵ－３抗体と脱カルボキシル化
プロトロンビンとの活性を、相対活性として表した。ペプチド－５（残基１
３－２７）及びペプチド－６（残基１７－２７）は、ＭＵ－３抗体に対する
反応を阻害し、ペプチド－２と同じ反応性を示したが、ペプチド－７（残基
25 １７－２４）はＭＵ－３抗体と弱く反応しただけであった（図４）。これらの
結果から、ＭＵ－３抗体のエピトープが少なくとも１７－２７位の残基から
なることが明らかになる。 （２９１頁右欄１～１８行目）
」
３ 甲１１（国際公開第２０１２／００２３４５号）
甲１１は、２０１１年６月２８日を国際出願日とする国際出願ＰＣＴ／ＪＰ２
０１１／０６４７２４の国際公開公報であり、その優先権主張の基礎となる出願
5 は、特願２０１０－１４７７８４号（２０１０年６月２９日出願）
（甲１２）であ
る。
以下の記載のうち、下線部並びに⑵シ、⑵ス及び⑷は、先願明細書（甲１２）
に記載されていない。
⑴ 発明の名称
10 「ＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法、ＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定試薬及び抗体」
⑵ 明細書
ア 「 Ｐ Ｉ Ｖ Ｋ Ａ － Ｉ Ｉ （ Protein Induced by Vitamin K Absence or
Antagonist-II）は、ＡＦＰ（α－フェトプロテイン）と並んで肝がんを診断す
るマーカーとして広く臨床検査室で測定されている。
15 ＰＩＶＫＡ－ＩＩはビタミンＫ依存性血漿タンパク質の一つであるプロ
トロンビンの前駆物質である。プロトロンビン（血液凝固第ＩＩ因子）は、
分子量７１，６００のタンパクで、フラグメント１、２及びトロンビンの３
領域から構成されており、アミノ酸配列も明らかにされている（非特許文献
１） フラグメント１は、
。 Ｎ末端から４１個のアミノ酸によって構成されるＧ
20 ｌａドメインを含む１５６個のアミノ酸からなる。このＧｌａドメイン中の
１０個のγ－カルボキシグルタミン酸（Ｇｌａ）残基が正常に合成されたも
のが正常プロトロンビン、正常に合成されず、その全てあるいは一部がグル
タミン酸（Ｇｌｕ）残基のままのものがＰＩＶＫＡ－ＩＩである。従って、
ＰＩＶＫＡ－ＩＩとは正常プロトロンビンのγ－カルボキシグルタミン酸残
25 基についての脱カルボキシル化体であるということもでき、異常プロトロン
ビンと呼ばれることもある。１０個のグルタミン酸残基中いくつがγ－カル
ボキシル化を受けるかにより数種類のＰＩＶＫＡ－ＩＩが混在した状態で存
在している（非特許文献２） 」
。 （段落【０００２】）
イ 「肝がんは他臓器の悪性腫瘍と異なり、もともと慢性肝炎や肝硬変であっ
たところに肝がんが合併するため、肝がん症例の治療にあたっては腫瘍側因
5 子だけではなく、肝障害度を考量した上で治療方針を決定する必要がある。
腫瘍マーカー検査としては、ＰＩＶＫＡ－ＩＩやＡＦＰが用いられているが、
治療方針の決定に必要となる肝障害度や予後を必ずしも反映していない。こ
うした中、肝障害度や予後予測を反映する血液検査が望まれていた。 （段落
」
【０００５】）
10 「またＰＩＶＫＡ－II は、肝がんでない場合でも、ビタミンＫ不足、ビタ
ミンＫ拮抗剤投与症例においても上昇することがわかっている。試薬の高感
度化に伴いアルコール性肝炎等における偽陽性が散見され、さらにＰＩＶＫ
Ａ－II が陽性にもかかわらず画像診断では肝がんが見つからない症例も報告
されている。こうした中、より肝がんに特異性の高い測定方法の開発が望ま
15 れていた。 （段落【０００６】
」 ）
ウ 「本発明者らは、鋭意検討を行い、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ
－ＩＩと反応する２種の抗体を用いた二抗体サンドイッチ法によりＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩを測定することで、肝がんにおける肝障害度の判定及び予後予測が
可能となることを見出した。また、この抗体を用いて得られる測定値と従来
20 の方法で行ったＰＩＶＫＡ－ＩＩ測定値を比較することにより、アルコール
性肝炎や肝硬変と肝がんを区別することが可能であり、肝がんの予後予測と、
特異性の高い肝がんの検出が可能となることを見出し、本発明を完成した。
すなわち、本発明のＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法は、
（ａ）二抗体サンドイ
ッチ法を利用する免疫学的測定法によってビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶ
25 ＫＡ－ＩＩを測定し、測定値Ａを得る工程、を含むＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定
方法であって、前記（ａ）工程の二抗体サンドイッチ法で用いられる抗体と
して、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗体を使用す
ることを特徴とする。 （段落【００１０】 【００１１】
」 、 ）
「本発明のＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法は、
（ａ）二抗体サンドイッチ法を
利用する免疫学的測定法によってビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－Ｉ
5 Ｉを測定し、測定値Ａを得る工程、を含むＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法であ
って、前記（ａ）工程の二抗体サンドイッチ法で用いられる抗体として、ビ
タミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗体を使用するもので
ある。本願明細書において、前記（ａ）工程で測定されたビタミンＫ欠乏に
起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩをＮＸ－ＰＶＫＡと称することがある。 段落
」
（ 【０
10 ０２９】）
エ 「前記（ａ）工程の二抗体サンドイッチ法で用いられる抗体は、それぞれ、
ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩを抗原として作製されるビタミ
ンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩと反応する抗体であり、例えば、下記
方法により製造される。
15 非肝がん症例のクマジン血漿（ビタミンＫ拮抗物質投与患者の血漿）より
精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩ、すなわち、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩを免疫原にして、公知の方法によりハイブリドーマを作製し、ビタ
ミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩと反応するハイブリドーマ株を選択
する。該ハイブリドーマ株選択時に、人肝がん細胞培養細胞株より精製した
20 ＰＩＶＫＡ－ＩＩやヒトトロンビンと反応しないハイブリドーマ株を選択す
ることが好ましい。特に、プロトロンビンの１０個のグルタミン酸残基につ
いてのγ－カルボキシル化の割合が高いＰＩＶＫＡ－ＩＩに反応性が高いハ
イブリドーマを選択することが好適であり、具体的には、正常プロトロンビ
ンの脱炭酸処理時間が短いＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して高い反応性を示すハイ
25 ブリドーマを選択することが好適である。例えば、プロトロンビンより脱炭
酸処理時間３０分及び６時間で調製したＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性を
比較する場合、３０分で調製したＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性を６時間
で調製したＰＩＶＫＡ－ＩＩに対する反応性で割った場合に１より大きくな
るハイブリドーマを選択することが好ましい。前記ハイブリドーマとしては、
受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５８で特定されるハイブリドーマ及び受託
5 番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９で特定されるハイブリドーマが好ましい。
前記選択したハイブリドーマを用いてモノクローナル抗体産生ハイブリ
ドーマを作製し、該モノクローナル抗体産生ハイブリドーマを用いて公知の
方法によりビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩと反応するモノクロ
ーナル抗体を得ることが好ましい。 （段落【００３０】～【００３２】
」 ）
10 オ 「前記（ａ）工程における二抗体サンドイッチ法を利用する免疫学的測定
法は、例えば、下記方法により実施される。
前記方法により、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩを抗原とし
て２種のモノクローナル抗体を調製し、一方を固相化して用い、他方を標識
して用いる。該２種の抗体は、互いに交差反応しない抗体である。
15 抗体を固相化する方法は特に制限はないが、例えば、磁気ビーズやマイク
ロプレート等の固相に固相化することが好適である。
抗体を標識する方法は特に制限はないが、Ｒｕ等の標識物質により標識す
ることが好ましい。
前記固相化抗体及び標識抗体を用いて、検体中のビタミンＫ欠乏に起因す
20 るＰＩＶＫＡ－ＩＩを測定する。測定は、二抗体サンドイッチ法を利用する
免疫学的測定法における通常の手順に従って行えばよい。なお、後述する実
施例では、電気化学発光免疫測定法を用いた例を示したが、本発明はこれに
限定されるものではなく、例えば、化学発光法や放射性同位元素法等の公知
の測定法を広く使用可能である。 （段落【００３３】～【００３４】
」 ）
25 カ 「（実施例１）モノクローナル抗体の調製
⑴ ハイブリドーマの調製
クマジン血漿（ＵＮＩＧＬＯＢＥ ＲＥＳＥＡＲＣＨ ＣＯＲＰＯＲＡＴ
ＩＯＮ社製）より精製したＰＩＶＫＡ－ＩＩ（１ｍｇ／ｍＬ）とフロイドの
完全アジュバント（ＧＩＢＣＯ社製）とを１対１で混和乳化し、５０μｇ／
１００μｍＬ（エマルジョン）で８週齢の雌ＢＡＬＢ／Ｃマウス（日本チャ
5 ールズリバー（株）製）の皮下に２週間間隔で４回投与後、最終免疫の３日
後に脾臓を摘出した。摘出した脾臓から得られた脾臓細胞と骨髄腫細胞ＳＰ
２／Ｏ－Ａｇ１４とを１０対１の割合で混合し、５０％ポリエチレングリコ
ール１５４０（和光純薬工業（株）製）存在下にて細胞融合させた。融合細
胞は脾臓細胞として２．５×１０ ６ ／ｍＬになるようにＨＡＴ培地に懸濁し、
10 ９６穴培養プレート（ＣＯＲＮＩＮＧ社製）に０．２ｍＬずつ分注した。こ
れを５％ＣＯ ２ インキュベーター中で３７℃にて培養し、おおよそ２週間後
に、ハイブリドーマの生育してきたウェルの培養上清を、次に示すＥＬＩＳ
Ａ法にしたがって評価し、ＰＩＶＫＡ－ＩＩに反応する抗体を産生するハイ
ブリドーマを選択した。 （段落【００３８】
」 ）
15 「獲得したモノクローナル抗体の特異性を調べるため、プロトロンビン
（Enzyme Research Laboratories 社）から Bajah らの方法に従い、脱炭酸
時間の異なる各種ＰＩＶＫＡ－ＩＩを調製した。 （段落【００４０】
」 ）
「前記の各種ＰＩＶＫＡ－ＩＩのうち、脱炭酸処理時間３０分及び６時間
のＰＩＶＫＡ－ＩＩ、及びプロトロンビンを０．１μｇ／ｍＬ固相化したマ
20 イクロプレートを用いて、塩化カルシウムを４ｍｍｏｌ／Ｌの濃度で共存さ
せた条件で、選択したハイブリドーマの精製ＩｇＧの反応性を測定した。こ
の条件でプロトロンビンに反応せず、且つ脱炭酸処理時間６時間のＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩに比べて脱炭酸処理時間３０分のＰＩＶＫＡ－ＩＩに対して高い反
応性を示すハイブリドーマを選択し、２種類のモノクローナル抗体産生ハイ
25 ブリドーマ２４２１１と２４２１６（以下、それぞれ「ハイブリドーマ１１」
及び「ハイブリドーマ１６」と表記することがある）を獲得した。前記得ら
れたハイブリドーマ１１及び１６は、独立行政法人産業技術総合研究所 特
許生物寄託センター（日本国茨城県つくば市東１丁目１番地１ 中央第６）
に寄託され（受領日：２０１０年５月２８日）、ハイブリドーマ１１の受託番
号はＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５８であり、ハイブリドーマ１６の受託番号は
5 ＦＥＲＭ ＢＰ－１１２５９である。 （段落【００４１】
」 ）
キ 「脱炭酸処理時間を表１及び図１に示した如く変更した以外は上記と同様
の方法でプロトロンビンの脱炭酸処理を行い、５種類のＰＩＶＫＡ－ＩＩを
調製した。ハイブリドーマ１１から調製したＰ－１１モノクローナル抗体、
ハイブリドーマ１６から調製したＰ－１６モノクローナル抗体、及び従来試
10 薬（ピコルミＰＩＶＫＡ－ＩＩ（エーディア（株）製））の抗ＰＩＶＫＡ－Ｉ
Ｉモノクローナル抗体の前記５種類のＰＩＶＫＡ－ＩＩ及びプロトロンビン
（脱炭酸処理時間０分）に対する反応性を上記と同様の方法で測定した。結
果を表１及び図１に示す。表１及び図１において、
（１）はＰ－１１モノクロ
ーナル抗体、（２）はＰ－１６モノクローナル抗体、（３）は従来試薬の抗Ｐ
15 ＩＶＫＡ－ＩＩモノクローナル抗体（ＭＵ－３）である。なお、Ｐ－１１モ
ノクローナル抗体及びＰ－１６モノクローナル抗体の調製は後述する方法に
より行った。 （段落【００４２】
」 ）
ク 「（２）モノクローナル抗体の調製
ハイブリドーマ１１及びハイブリドーマ１６からそれぞれ下記方法によ
20 りＰ－１１モノクローナル抗体及びＰ－１６モノクローナル抗体を調製した。
あらかじめ２週間前にプリスタン０．５ｍＬを腹腔内に注射しておいた１
２週齢の雌ＢＡＬＢ／Ｃマウスに、ハイブリドーマを細胞数０．５×１０ ６個
の量で腹腔内に投与した。約１４日後に腹水を採取し、遠心処理して上清を
得た。上清を等量の吸着用緩衝液（３ｍｏｌ／Ｌ ＮａＣｌ－１．５ｍｏｌ
25 ／Ｌ Ｇｌｙｃｉｎｅ－ＮａＯＨ、ｐＨ８．５）と混和後、濾過した。この
ろ液を吸着用緩衝液で平衡化したプロテインＡカラム（ファルマシア社製）
に通して抗体をカラムに吸着させた後、 １ｍｏｌ／Ｌクエン酸緩衝液
０． （ｐ
Ｈ３． で溶出させてモノクローナル抗体を精製した。
０） 」
（段落【００４４】）
ケ 「（実施例２）
実施例１で得たＰ－１６モノクローナル抗体及びＰ－１１モノクローナ
5 ル抗体を用い、下記方法により、ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－II
の測定を行った。 （段落【００４５】
」 ）
「（３）ビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定
前記調製したＰ－１６モノクローナル抗体固相磁気ビーズ及びＲｕ標識
Ｐ－１１モノクローナル抗体を用い、電気化学発光免疫測定法により検体中
10 のビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩ（ＮＸ－ＰＶＫＡ）の測定値
Ａを求めた。検体として、手術を行っておらず、５年後の予後が判明してい
る肝細胞癌患者６３名の血清試料を用い、下記方法に従いＮＸ－ＰＶＫＡ量
を測定した。
各検体５０μＬにＰ－１６モノクローナル抗体固相磁気ビーズを２５μ
15 Ｌと１μｇ／ｍＬのＲｕ標識Ｐ－１１モノクローナル抗体を含むＲｕ標識抗
体液１５０μＬを加え、３０℃で９分間反応させた。反応後、磁気ビーズを
磁石でトラップしながらピコルミＢＦ洗浄液（エーディア（株）製）で３回
洗浄した。０．１ｍｏｌ／Ｌトリプロピルアミンを含むピコルミ発光電解液
（エーディア（株）製）を３００μＬ加えて、電極表面に送り、磁気ビーズ
20 に結合したＲｕの発光量を自動分析装置ピコルミＩＩI エーディア
（ （株）製）
で測定し、検体中のＮＸ－ＰＶＫＡ量を求めた。 （段落【００４７】 【００
」 、
４８】）
コ 「（比較例１）
ピコルミＰＩＶＫＡ－ＩＩ測定キット（エーディア（株）製）を用いて、
25 ＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定を行った。結果を表２、図２（ｂ）及び図３に示し
た。ＲＯＣ分析における曲線下面積は、０．６５３であった。 （段落【００
」
５１】）
サ 「（実施例３）
検体として肝細胞癌患者２８人、肝硬変患者２０人、慢性肝炎患者９人の
血清試料を用い、ＰＩＶＫＡ－ＩＩとＮＸ－ＰＶＫＡ量を測定した。ＰＩＶ
5 ＫＡ－ＩＩ測定値をＮＸ－ＰＶＫＡ測定値で割ったレシオ値（ＮＸ－ＰＶＫ
Ａ－Ｒ）を算出した。ＮＸ－ＰＶＫＡ量の測定は実施例２と同様の方法で行
った。ＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定は、ピコルミＰＩＶＫＡ－ＩＩ測定キット（エ
ーディア（株）製）を用いて行った。測定値を表３に示す。 （段落【００５
」
５】）
10 「ＰＩＶＫＡ－ＩＩ測定値をグラフにしたものを図４に示した。ＰＩＶＫ
Ａ－ＩＩ測定値をＮＸ－ＰＶＫＡ測定値で割ったレシオ値の結果をグラフに
したものを図５に示した。表３、図４及び図５において、ＨＣＣは肝細胞癌、
ＣＨは慢性肝炎、ＬＣは肝硬変、ＢはＢ型肝炎、ＣはＣ型肝炎、ＮＢＮＣは
非Ｂ型非Ｃ型肝炎、ＮＡＳＨは非アルコール性肝障害、ＡＩＨは自己免疫性
15 肝炎、ＡＬＤはアルコール性肝障害である。
表３、図４、図５に示した結果から明らかなように、従来の測定方法で得
たＰＩＶＫＡ－ＩＩ測定値をＮＸ－ＰＶＫＡ測定値で割ったレシオ値（図５
のＮＸ－ＰＶＫＡ－Ｒ）により、従来の測定方法では偽陽性となっていた検
体を区別することができ、肝がんに高い特異性を示した。 段落
（
」 【００５７】）
20 シ（先願明細書には記載なし）
「（実施例４）
実施例１で得たＰ－１６モノクローナル抗体及びＰ－１１モノクローナ
ル抗体のエピトープを下記方法により調べた。
⑴ Ｇｌａ残基含有ペプチドに対する反応性
25 ＰＩＶＫＡ－II のＮ末端１６残基に存在すると考えられるＧｌａ残基（γ
と表示）を含む下記配列番号１～３で表わす３種のペプチド（ＰＶ００２、
ＰＶ００３、ＰＶ００（４）を合成した。
ＰＶ００２： ＡＮＴＦＬＥγＶＲＫＧＮＬγＲγ
ＰＶ００３： ＡＮＴＦＬＥＥＶＲＫＧＮＬγＲγ
ＰＶ００４： ＡＮＴＦＬＥＥＶＲＫＧＮＬＥＲγ
5 ＰＶ００２のアミノ酸配列
Ala Asn Thr Phe Leu Glu Gla Val Arg Lys Gly Asn Leu Gla Arg Gla（配
列番号１）
ＰＶ００３のアミノ酸配列
Ala Asn Thr Phe Leu Glu Glu Val Arg Lys Gly Asn Leu Gla Arg Gla（配
10 列番号２）
ＰＶ００４のアミノ酸配列
Ala Asn Thr Phe Leu Glu Glu Val Arg Lys Gly Asn Leu Glu Arg Gla（配
列番号３） （段落【００５８】 【００５９】
」 、 ）
「この３種のペプチドに対する反応性を調べるため次の方法で競合ＥＬ
15 ＩＳＡを行った。
脱炭酸処理時間１時間のＰＩＶＫＡ－ＩＩをＰＢＳで０．１μｇ／ｍＬの
濃度に希釈した後、ＥＬＩＳＡ用９６穴プレートに５０μＬ／ｗｅｌｌずつ
分注し、４℃で一夜静置した。各ｗｅｌｌを０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０含有
ＰＢＳ（以下、
「ＰＢＳＴ」という）で３回洗浄後（４００μＬ／ｗｅｌｌ）、
20 １％ＢＳＡ含有ＰＢＳＴ（以下、
「ＢＳＡ－ＰＢＳＴ」という）を１００μＬ
／ｗｅｌｌずつ分注し、室温で１時間静置してブロッキングを行った。ＰＢ
ＳＴで３回洗浄後、各ｗｅｌｌにＢＳＡ－ＰＢＳＴで希釈した各濃度（２０、
４、０．８、０．１６、０．０３２μｍｏｌ／Ｌ）のペプチド溶液を２５μ
Ｌ／ｗｅｌｌずつ分注し、続いてＢＳＡ－ＰＢＳＴで２００ｎｇ／ｍＬの濃
25 度に希釈した各モノクローナル抗体（Ｐ－１６、Ｐ－１１）溶液を２５μＬ
／ｗｅｌｌずつ分注し、室温で１時間静置した。ＰＢＳＴで３回洗浄後、Ｂ
ＳＡ－ＰＢＳＴで３０００倍希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗マウスＩｇＧ抗体
（ＤＡＫＯ社製）溶液を５０μＬ／ｗｅｌｌずつ分注し、室温で１時間静置
した。ＰＢＳＴで３回洗浄後、オルトフェニレンジアミン（東京化成工業社
製）を含む基質溶液を５０μＬ／ｗｅｌｌずつ分注し、室温で１０分間静置
5 した。これに１．５Ｎ硫酸を５０μＬ／ｗｅｌｌずつ分注して反応を停止後、
マイクロプレートリーダー４９２ｎｍにおける吸光度を測定した。その結果
を図６に示す。
まず、Ｐ－１６モノクローナル抗体は３種のペプチド全てに同等の反応性
を示した。このことから、Ｐ－１６モノクローナル抗体のエピトープは３種
10 のペプチドの共通部位であるＰＩＶＫＡ－II のＮ末端の１～６残基（図７に
示すａａ１－６）、又はＰＩＶＫＡ－II のアミノ酸配列のＮ末端から８～１
３残基（図７に示すａａ８－１３）であることが示唆された。一方、Ｐ－１
１モノクローナル抗体は何れのペプチドとも反応しないことが判明した。本
願明細書において、ＰＩＶＫＡ－II のＮ末端からＸ～Ｙ残基のものをａａＸ
15 －Ｙと称する。 （段落【００６０】 【００６１】
」 、 ）
「⑵ 変性ＰＩＶＫＡ－II、変性プロトロンビン、及び変性トロンビンに対
する反応性
変性状態のＰＩＶＫＡ－II、プロトロンビン、及びトロンビンに対する各
モノクローナル抗体の反応性をウエスタンブロット法により調べた。具体的
20 には、脱炭酸処理時間 2 時間のＰＩＶＫＡ－ＩＩ、０分のプロトロンビン、
及び市販精製トロンビン（ベネシス社製）に対する反応性を次の方法で調べ
た。０．１ｍｇ／ｍＬＰＩＶＫＡ－ＩＩ、０．１ｍｇ／ｍＬプロトロンビン、
及び１０Ｕ／ｍＬトロンビンを、それぞれメルカプトエタノール含有のＳＤ
Ｓ処理液（コスモバイオ社製）と１対１で混和後、１０分間煮沸処理した。
25 各サンプルをコスモバイオ社製のポリアクリルアミドゲル（マルチゲルＩＩ
ミニ４／２０）に５μＬ／ｗｅｌｌずつ添加し、３０ｍＡで１時間電気泳動
（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）を行った。泳動後のゲルをセミドライブロッタ－（コ
スモバイオ社製）を用いＰＶＤＦ膜に転写を行った（１００ｍＡ、４５分間）。
該ＰＶＤＦ膜をレーン毎に切り分けた後、ＢＳＡ－ＰＢＳＴに浸し、４℃で
一夜ブロッキングを行った。ＰＢＳＴで１回洗浄後、５μｇ／ｍＬの濃度の
5 各モノクローナル抗体液をＰＶＤＦ膜と接触させ、室温で１時間静置した。
ＰＢＳＴで３回洗浄後、ＢＳＡ－ＰＢＳＴで２０００倍希釈したＨＲＰ標識
ヤギ抗マウスＩｇＧ抗体（ＤＡＫＯ社製）溶液入りの容器に移し、室温で１
時間緩やかに振とうさせた。各ＰＶＤＦ膜をＰＢＳＴで３回、更にＰＢＳで
１回洗浄後、ジアミノベンチジン（同仁化学研究所社製）を含む基質溶液に
10 浸して３分間反応させた後、精製水に移し反応を停止した。得られた染色像
の結果を図８に示す。
まず、従来試薬の抗体はＰＩＶＫＡ－ＩＩのみに反応しプロトロンビンに
は反応しなかったのに対し、Ｐ－１１及びＰ－１６モノクローナル抗体は何
れもＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンに対し同等に反応した。一方、トロ
15 ンビンに対しては、何れの抗体も反応しなかった。このことから、Ｐ－１１
及びＰ－１６モノクローナル抗体はＰＩＶＫＡ－ＩＩとプロトロンビンの一
次アミノ酸配列の共通部位即ちＧｌａ残基を含まない部位を認識しているこ
とが示唆された。 （段落【００６２】 【００６３】
」 、 ）
ス（先願明細書には記載なし）
20 「⑷ Ｇｌａ残基非含有ペプチドに対する反応性
プロトロンビンのＮ末端から７０番目まででＧｌａ残基を含まない（１０
個の Gla 残基全てが Gul 残基のままのＰＩＶＫＡ－II）配列番号４～１３で
表わされる部分ペプチド１０本を合成した。
ａａ１－１６のアミノ酸配列
25 Ala Asn Thr Phe Leu Glu Glu Val Arg Lys Gly Asn Leu Glu Arg Glu （配
列番号４）
（中略）
上記⑴と同様の競合ＥＬＩＳＡで各モノクローナル抗体と各ペプチドの
反応性を調べた。その結果を表４に示す。まず、Ｐ－１６モノクローナル抗
体はａａ１－１６のペプチドに反応性を示し、ａａ７－２２及び他のペプチ
5 ドに対しては反応性を示さなかった。一方、Ｐ－１１モノクローナル抗体は
何れのペプチドとも反応しないことが判明した。 （段落【００６６】 【００
」 、
６７】）
「以上の結果をまとめると、次の通りである。
Ｐ－１６モノクローナル抗体のエピトープは、該抗体の上記（１） （４）
と
10 に記載のペプチドに対する反応性、及び上記（２）に記載したＰＩＶＫＡ－
ＩＩとプロトロンビンに対する反応性から、プロトロンビンフラグメント１
のＮ末端から５残基（配列番号１４で表わすａａ１－５）の範囲であること
が判明した。
ａａ１－５のアミノ酸配列
15 Ａｌａ Ａｓｎ Ｔｈｒ Ｐｈｅ Ｌｅｕ （配列番号１４）
また、Ｐ－１１モノクローナル抗体のエピトープは、上記（３）でフラグ
メント１（ａａ１－１５６）に反応すること、及び上記（４）でａａ１－７
０に含まれる各ペプチドに反応しないことから、プロトロンビンフラグメン
ト１のａａ６０－１５６の範囲に存在することが考えられた。 （段落【００
」
20 ６６】～【００７０】）
⑶ 請求の範囲
ア 「［請求項１］（ａ）二抗体サンドイッチ法を利用する免疫学的測定法によ
ってビタミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩを測定し、測定値Ａを得る
工程、を含むＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法であって、
25 前記（ａ）工程の二抗体サンドイッチ法で用いられる抗体として、ビタミ
ンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗体を使用することを特徴
とするＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定方法。」
イ 「［請求項６］二抗体サンドイッチ法を利用する免疫学的測定法によってビ
タミンＫ欠乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩを測定するに当り、ビタミンＫ欠
乏に起因するＰＩＶＫＡ－ＩＩに特異的な抗体を使用することを特徴とする
5 ＰＩＶＫＡ－ＩＩの測定試薬。」
ウ 「［請求項１４］請求項２記載の方法によって得られた値により、肝がんを
判定することを特徴とする肝がんの判定方法。」
⑷ 表３
以 上